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Reference ( gi|4 )            :      CACATTGTAAATTACGGTTTCCAACAATGTA-TGTATTCATATAATTATATAAA-TATAAGTCGGTAACC-TCCCTGTTCATGTCATGATGTAATTATTTCAATCAGAGAACAGTACTTATAACATACATTT------CTTG-------TT-------A-GTTG-GCCTTTTGCTTTGTTTTCATTAGAG--TTTTGGTA----AATACATTGT-AAATTCTGACGGAGTTGTC-TTTGTTA-CTGTAAACAA-TTTTCAAATT
gi|1                          :      CACATCATAAATTACGGTTTCCAGCGATGTA-TGTATTCATATAATTATATAAA-TATAAGTTGGTAACC-TCCCTGTTCATGTCATGATGTAATTATTTCAATCAGAGAACAGTACTTATAACATACATTT------ATTG-------TT-------A-GTTG-GCCTTTTGCTTTGTTTTGATTAGAG--TTTTAGTA----AATACATTGT-AAATTCTGACGGAGTTGTC-TTTGTTACCTG-AAACAA-TTTTCAAATT
gi|25                         : aaaaaCACTTTATAAATTGCTGTTTCCAACTATGTCTTGTACTCATATAATGATATAAATTATA
gi|9                          :  aaaaaACACT-TAAATTACAGTTTCCAACTATGTT-TGTACTAATATA--TATAAAGA-TATAAGTCAGTTATC-TCCCTGTTCATGTCATGATGTAATTAT------CAGAGAACAGTATTTATAACATACATTT------ATTGC------CC-------ATGTTGAG---TTTGTTTTGTTTTCATTAGAA--TTTAGGTA----A----ATTGT-AAATTCTGACAGAGTTGTC-AATGTTA-CATTTAACAT-TTTTCAAATTta
gi|3                          :             TAAATTACGGTTTTGAACTATGTA-TGTACTCTTA-AATTTTATAAA-TATAAGTCAGTTACC-TACCTGTTCATGTCATTGTGTAATTATTTCAATCAGAGAACAGTACTTATAACATACATTTATTGCTCTTGG------TT-------A-GTTG-GCCTTTTGCTTTGTTTTCTTTAGAA--TTTTGGTA----AATACATTGT-AAATTCTGACAAAGTTGCC-TTTGTTA-CCGTTAGCAA-TTTTCAAATTg
gi|2                          :         cactTGAATTACGGTTTCAAACTATGTA-TGTACTCATATA--TATATAGA-TATAAGTCAGTTACC-TCCCTGTTTATGTCATGATGTAATTATTTCAATCAGACAACAGTACTTACAACGTACATTT------ATTG-------TCCATTGTAA-GTTG-GCCTTTTGCTTTGTTTTCATTAGAA--ATTAGGTA----AATACAGTGT-ATATTCGGACAGAGTTCTCTTTTGTTA-CCGTAAACAA-TTTCCAAATTg
gi|5                          :         cactTAAATTACGGTTTCCAACTATGCA-TGTACTCATAT--TTATA------GTCAGTCAGTTACC-TCTCTGTTCATGTCATGATGTAATTATTTCA----GAGAACAGTATTTATAACGTACATTT------ATTGCAAATGGTC-------A-GTTG-ACCTTTTGCTTTGTTTTCATTAGAA--TTTCG-TACATCAATACACTGT-AAATCTTGACGGATTTGTC-TTTGTTA-CCATAAACCC-TTTTTAAATTg
gi|7                          :           cactAATTACGGTTTCAAACGATGTA-TGTATTAATATAATTATATAAA-TATAAGTCAGTTAGC-TACCTGTTCATGTCATGATGTAATTATTTCAATCAGAGAACAGTACTTATAACATACATTT------ATTG-------TT-------A-GTTG-GCCTTTTGCTTTGTTTTCATTAGAG--TTTTGGTA----AATACATTGT-AAATTCTGACGGAGTTGTC-TTTGTTA-CTGTAAACAA-TTTTCAAATTg
gi|8                          :               AATTACGGTTTCCAACTATGAA-TGTACTCATATAATTACATAAA-TATAAGTCAGTAACC-TCCCTGTTCATGTCATGATGTAATTATTTCAATCAGAGAACAGTACTTATAACATACATTT------ATTG-------TT-------A-GTTG-GCCTTTTGCTTTGTTTTCATTAGAG--TTTTGGT-----AATACATTGT-AAATTCTGACGGAGTTGTC-TTTGTTA-CCGT-AACAA-TTTTCAAATT
gi|6                          :               AATTACGGTTTCCAACGATGTC-TGTATTCATATAATTATATAAA-TATAAGTCGGTAACC-TCCCTGTTCATGTCATGATTTAATTATTTCAATCAGAGAACAGTTCTTATAACATATATTT------ATTG-------TT-------A-GTTG-ACCTTTTGCTTTGTTTTCATTAGAG--TTTTGGTA----AATACATTGT-AAATTCTGACGGAGTTGTG-GTTGTTA-CTATAAACAA-TTTTCAAATTg
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): ATTATATATTATACATAAGAAGTAATGTGTCTATA






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Reference ( family-1306 )     :     CACATTATAAATTACGGTTTCCAACTATGTA-TGTACTCATATAATTATATAAA-TATAAGTCGGTAACC-TCCCTGTTCATGTCATGATGTAATTATTTCAATCAGAGAACAGTACTTATAACATACATTTATTG-------TT-------A-GTTG-GCCTTTTGCTTTGTTTTCATTAGAG--TTTTG---GTAAATACATTGT-AAATTCTGACGGAGTTGTC-TTTGTTA-CTGTAAACAA-TTTTCAAATT
gi|1                          :     CACATCATAAATTACGGTTTCCAGCGATGTA-TGTATTCATATAATTATATAAA-TATAAGTTGGTAACC-TCCCTGTTCATGTCATGATGTAATTATTTCAATCAGAGAACAGTACTTATAACATACATTTATTG-------TT-------A-GTTG-GCCTTTTGCTTTGTTTTGATTAGAG--TTTTA---GTAAATACATTGT-AAATTCTGACGGAGTTGTC-TTTGTTACCTG-AAACAA-TTTTCAAATT
gi|10                         :                                                   aaaaaAAA-TATAAGTCAGTAACC-TCCCTGTTCATGTCATGATGTAATTATTTCAATCAGAGAACAGTACTTATAACATAAATTTAATG-------TT-------A-GTTG-GCCCTTTGCTTTGTTTTCATTAGAGCTTTTTG---GT-AATACATTGTAAAATTCTGAGGGAATTGTC-TTTGTTA-CTGTAAACAATTTTTTAAATT
gi|11                         :                                                          A-TATAAGTCGGTTACCGTCCCTGTTCATGTCATGATGTAATTATTTCAATCAGAGAACAGTACTTATAACATACATTTATTG-------TT-------A-GTTG-GCCTTTTGCTTTGTTTTCATTAGAG--TTTTG---GTAAATACATTGT-AAATTCTGACGGAACTCTC-TTTGTAA-CTGTAAACAA-TTTTCAAATTg
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gi|2                          :            TGAATTACGGTTTCAAACTATGTA-TGTACTCATATA--TATATAGA-TATAAGTCAGTTACC-TCCCTGTTTATGTCATGATGTAATTATTTCAATCAGACAACAGTACTTACAACGTACATTTATTG-------TCCATTGTAA-GTTG-GCCTTTTGCTTTGTTTTCATTAGAA--ATTAG---GTAAATACAGTGT-ATATTCGGACAGAGTTCTCTTTTGTTA-CCGTAAACAA-TTTCCAAATTg
gi|20                         :                                                      cactA-TATAAGTCGGTAACC-TCCCTGTTCATGTCATGATGTAATTATTTCAATCAGAGAACAGTACTTATAACATACATTTATTG-------TT-------A-GTAA-GCCTTTTGCTTTGTTTTCATTAGAG--TTTTG---GTAAATACATTGT-AAATTCTGATGGAGTTGTC-TTTGTTA-CTGTAAACAA-TTTTCAAATTg
gi|21                         :                                                          A-TATAAGTCGGTAACC-TCCCTGTTCATGTCATGATGTAATTATTTCAATCAGAGA-CAGTACTTATAACATACATTTATTG-------TT-------A-GTTG-GCCTTTTGCTTTGTTTTCATTAGAG--TTTTG---GTAAATACATTGT-AAATTCTAACGGAGTTGTC-TTTGTTACCTG-AAACAA-TTTTCAAATT
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gi|24                         :                                                                                                        TCAATCATAGAAC--TACTTATAACATACATTTATTG-------TT-------A-GTTG-GCCTTTTGCTTTGTTTTCATTAGAG--TTTTG---GTAAATACATTGT-AAATTCTGACGGAGTTGTA-TTTGTTACCTG-AAACAA-CTTTCAAATT
gi|25                         :     CACTTTATAAATTGCTGTTTCCAACTATGTCTTGTACTCATATAATGATATAAATTATAg
gi|26                         :                                                                                                                                                                                           aaaaaTTTG---GTAAATACTTTGT-AAATTCTGACAAAGTTGTC-TTTGTTA-CTGTAAACAT-TTTTCAAATTta
gi|3                          :            TAAATTACGGTTTTGAACTATGTA-TGTACTCTTA-AATTTTATAAA-TATAAGTCAGTTACC-TACCTGTTCATGTCATTGTGTAATTATTTCAATCAGAGAACAGTACTTATAACATACATTTATTGCTCTTGGTT-------A-GTTG-GCCTTTTGCTTTGTTTTCTTTAGAA--TTTTG---GTAAATACATTGT-AAATTCTGACAAAGTTGCC-TTTGTTA-CCGTTAGCAA-TTTTCAAATTg
gi|4                          : cactCACATTGTAAATTACGGTTTCCAACAATGTA-TGTATTCATATAATTATATAAA-TATAAGTCGGTAACC-TCCCTGTTCATGTCATGATGTAATTATTTCAATCAGAGAACAGTACTTATAACATACATTTCTTG-------TT-------A-GTTG-GCCTTTTGCTTTGTTTTCATTAGAG--TTTTG---GTAAATACATTGT-AAATTCTGACGGAGTTGTC-TTTGTTA-CTGTAAACAA-TTTTCAAATTg
gi|5                          :            TAAATTACGGTTTCCAACTATGCA-TGTACTCATAT--TTATA------GTCAGTCAGTTACC-TCTCTGTTCATGTCATGATGTAATTATTTCA----GAGAACAGTATTTATAACGTACATTTATTGCAAATGGTC-------A-GTTG-ACCTTTTGCTTTGTTTTCATTAGAA--TTTCGTACATCAATACACTGT-AAATCTTGACGGATTTGTC-TTTGTTA-CCATAAACCC-TTTTTAAATT
gi|6                          :          cactAATTACGGTTTCCAACGATGTC-TGTATTCATATAATTATATAAA-TATAAGTCGGTAACC-TCCCTGTTCATGTCATGATTTAATTATTTCAATCAGAGAACAGTTCTTATAACATATATTTATTG-------TT-------A-GTTG-ACCTTTTGCTTTGTTTTCATTAGAG--TTTTG---GTAAATACATTGT-AAATTCTGACGGAGTTGTG-GTTGTTA-CTATAAACAA-TTTTCAAATTg
gi|7                          :              AATTACGGTTTCAAACGATGTA-TGTATTAATATAATTATATAAA-TATAAGTCAGTTAGC-TACCTGTTCATGTCATGATGTAATTATTTCAATCAGAGAACAGTACTTATAACATACATTTATTG-------TT-------A-GTTG-GCCTTTTGCTTTGTTTTCATTAGAG--TTTTG---GTAAATACATTGT-AAATTCTGACGGAGTTGTC-TTTGTTA-CTGTAAACAA-TTTTCAAATTg
gi|8                          :              AATTACGGTTTCCAACTATGAA-TGTACTCATATAATTACATAAA-TATAAGTCAGTAACC-TCCCTGTTCATGTCATGATGTAATTATTTCAATCAGAGAACAGTACTTATAACATACATTTATTG-------TT-------A-GTTG-GCCTTTTGCTTTGTTTTCATTAGAG--TTTTG---GT-AATACATTGT-AAATTCTGACGGAGTTGTC-TTTGTTA-CCGT-AACAA-TTTTCAAATT
gi|9                          :      ACACT-TAAATTACAGTTTCCAACTATGTT-TGTACTAATATA--TATAAAGA-TATAAGTCAGTTATC-TCCCTGTTCATGTCATGATGTAATTAT------CAGAGAACAGTATTTATAACATACATTTATTGC------CC-------ATGTTGAG---TTTGTTTTGTTTTCATTAGAA--TTTAG---GTAA----ATTGT-AAATTCTGACAGAGTTGTC-AATGTTA-CATTTAACAT-TTTTCAAATTg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): ATTATATATTATACATAAGAAGTAATGTGTCTATA






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Reference ( family-1306 )     :     CACATTATAAATTACGGTTTCCAACTATGTA-TGTACTCATATAATTATATAAA-TATAAGTCGGTAACC-TCCCTGTTCATGTCATGATGTAATTATTTCAATCAGAGAACAGTACTTATAACATACATTTATTG-------TT-------A-GTTG-GCCTTTTGCTTTGTTTTCATTAGAG--TTTTG---GTAAATACATTGT-AAATTCTGACGGAGTTGTC-TTTGTTA-CTGTAAACAA-TTTTCAAATT
gi|1                          :     CACATCATAAATTACGGTTTCCAGCGATGTA-TGTATTCATATAATTATATAAA-TATAAGTTGGTAACC-TCCCTGTTCATGTCATGATGTAATTATTTCAATCAGAGAACAGTACTTATAACATACATTTATTG-------TT-------A-GTTG-GCCTTTTGCTTTGTTTTGATTAGAG--TTTTA---GTAAATACATTGT-AAATTCTGACGGAGTTGTC-TTTGTTACCTG-AAACAA-TTTTCAAATT
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gi|13                         :                                                          A-TATAAGTCTGTAACC-TCCTTGTTCATGTCATGATGTAATTATTTCAATCAGAGAACAGTACTTATAACAAACATGTATTG-------TT-------A-GTTG-GCCTTTTGCTTTGTTTTCATTAGAG--TTTTG---GTAAATACATTGT-AAATTCTGACGGAGTTGTC-TTTGTTA-CTGTAAACAA-TTTTCAAATTg
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gi|16                         :                                                          A-TATAAGTCGGTAACC-TCCCTGTTCATGTCATGATGTAATTATTTCAATCAGAGAACAGTACTTATAACATACATTTATTG-------TT-------A-GTTG-GCTTTTTGCTTTGTTTTCATTAGAG--TTTTG---GTAAATACATTGT-AAATTCTGACGGAGTTGTC-TTTGTTACCTG-AAACAA-TTTTCAAATTg
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gi|2                          :            TGAATTACGGTTTCAAACTATGTA-TGTACTCATATA--TATATAGA-TATAAGTCAGTTACC-TCCCTGTTTATGTCATGATGTAATTATTTCAATCAGACAACAGTACTTACAACGTACATTTATTG-------TCCATTGTAA-GTTG-GCCTTTTGCTTTGTTTTCATTAGAA--ATTAG---GTAAATACAGTGT-ATATTCGGACAGAGTTCTCTTTTGTTA-CCGTAAACAA-TTTCCAAATTg
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gi|24                         :                                                                                                        TCAATCATAGAAC--TACTTATAACATACATTTATTG-------TT-------A-GTTG-GCCTTTTGCTTTGTTTTCATTAGAG--TTTTG---GTAAATACATTGT-AAATTCTGACGGAGTTGTA-TTTGTTACCTG-AAACAA-CTTTCAAATT
gi|25                         :     CACTTTATAAATTGCTGTTTCCAACTATGTCTTGTACTCATATAATGATATAAATTATAg
gi|26                         :                                                                                                                                                                                           aaaaaTTTG---GTAAATACTTTGT-AAATTCTGACAAAGTTGTC-TTTGTTA-CTGTAAACAT-TTTTCAAATTta
gi|3                          :            TAAATTACGGTTTTGAACTATGTA-TGTACTCTTA-AATTTTATAAA-TATAAGTCAGTTACC-TACCTGTTCATGTCATTGTGTAATTATTTCAATCAGAGAACAGTACTTATAACATACATTTATTGCTCTTGGTT-------A-GTTG-GCCTTTTGCTTTGTTTTCTTTAGAA--TTTTG---GTAAATACATTGT-AAATTCTGACAAAGTTGCC-TTTGTTA-CCGTTAGCAA-TTTTCAAATTg
gi|4                          : cactCACATTGTAAATTACGGTTTCCAACAATGTA-TGTATTCATATAATTATATAAA-TATAAGTCGGTAACC-TCCCTGTTCATGTCATGATGTAATTATTTCAATCAGAGAACAGTACTTATAACATACATTTCTTG-------TT-------A-GTTG-GCCTTTTGCTTTGTTTTCATTAGAG--TTTTG---GTAAATACATTGT-AAATTCTGACGGAGTTGTC-TTTGTTA-CTGTAAACAA-TTTTCAAATTg
gi|5                          :            TAAATTACGGTTTCCAACTATGCA-TGTACTCATAT--TTATA------GTCAGTCAGTTACC-TCTCTGTTCATGTCATGATGTAATTATTTCA----GAGAACAGTATTTATAACGTACATTTATTGCAAATGGTC-------A-GTTG-ACCTTTTGCTTTGTTTTCATTAGAA--TTTCGTACATCAATACACTGT-AAATCTTGACGGATTTGTC-TTTGTTA-CCATAAACCC-TTTTTAAATT
gi|6                          :          cactAATTACGGTTTCCAACGATGTC-TGTATTCATATAATTATATAAA-TATAAGTCGGTAACC-TCCCTGTTCATGTCATGATTTAATTATTTCAATCAGAGAACAGTTCTTATAACATATATTTATTG-------TT-------A-GTTG-ACCTTTTGCTTTGTTTTCATTAGAG--TTTTG---GTAAATACATTGT-AAATTCTGACGGAGTTGTG-GTTGTTA-CTATAAACAA-TTTTCAAATTg
gi|7                          :              AATTACGGTTTCAAACGATGTA-TGTATTAATATAATTATATAAA-TATAAGTCAGTTAGC-TACCTGTTCATGTCATGATGTAATTATTTCAATCAGAGAACAGTACTTATAACATACATTTATTG-------TT-------A-GTTG-GCCTTTTGCTTTGTTTTCATTAGAG--TTTTG---GTAAATACATTGT-AAATTCTGACGGAGTTGTC-TTTGTTA-CTGTAAACAA-TTTTCAAATTg
gi|8                          :              AATTACGGTTTCCAACTATGAA-TGTACTCATATAATTACATAAA-TATAAGTCAGTAACC-TCCCTGTTCATGTCATGATGTAATTATTTCAATCAGAGAACAGTACTTATAACATACATTTATTG-------TT-------A-GTTG-GCCTTTTGCTTTGTTTTCATTAGAG--TTTTG---GT-AATACATTGT-AAATTCTGACGGAGTTGTC-TTTGTTA-CCGT-AACAA-TTTTCAAATT
gi|9                          :      ACACT-TAAATTACAGTTTCCAACTATGTT-TGTACTAATATA--TATAAAGA-TATAAGTCAGTTATC-TCCCTGTTCATGTCATGATGTAATTAT------CAGAGAACAGTATTTATAACATACATTTATTGC------CC-------ATGTTGAG---TTTGTTTTGTTTTCATTAGAA--TTTAG---GTAA----ATTGT-AAATTCTGACAGAGTTGTC-AATGTTA-CATTTAACAT-TTTTCAAATTg


blockSeqs                     :           A                        T            A         T               G                                                                 CTCTTGG  CATTGTA T    A                         CT     TAC             A                   T       C   T      T
blockSeqs                     :           G                        .            A         .               .                                                                 CAAATGG  .       T    .                         .      .               .                   .       C   T      .
blockSeqs                     :           .                        .            A         .               .                                                                 TATT     .       .    .                         .      .               .                   .       C   T      .
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Unaligned ( gi|27 ): ATTATATATTATACATAAGAAGTAATGTGTCTATA






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