lowQualScore                  :                                                                                            2222222222222222222    11          22                                                                           11111                               111                 1111         22222                                                                                  1111111                               1                                                           11111                                                                                                                22               
lowQualScore                  :                                                                                    77777   0000000000000000000    22   4      44   666666   444   5    3           33 2   4          66    4               00000 33  9999  2    8888888  1     111   9   3         0000         44444  33   5                                         5  88                     7    4 6666666                        8    3 3                             3  1                          66666   3     0  4                         0    1   5  55             66                                      4      11               
lowQualScore                  :                                                                                    .....   ...................    ..   .      ..   ......   ...   .    .           .. .   .          ..    .               ..... ..  ....  .    .......  .     ...   .   .         ....         .....  ..   .                                         .  ..                     .    . .......                        .    . .                             .  .                          .....   .     .  .                         .    .   .  ..             ..                                      .      ..               
lowQualScore                  :                                                                                    11111   6666666666666666666    99   7      66   888888   333   2    3           22 4   4          55    4               22222 22  1111  1    1111111  4     222   2   0         6666         99999  44   1                                         0  77                     2    6 2222222                        8    3 6                             3  0                          00000   3     7  8                         5    4   0  00             55                                      1      00               
consensus                     :                                                     TGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC-----GTA------GGGGG---CC-TGAAAT-GAGTNCATAGTA-AAA------ATTGAAGTGTAGGTTTCATGGTCACA--T-TTT-TTATTGAAAA--TGCTGATTAAGTGCAGATATA----T--AT----GTCTGTG-------AGCTAAAATA-GTGGTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTTC---TNTG--TTGTATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGGATGTG-GTN-GTAATGCGGCGGAAGTGTCAGCTGTGGA------GTGTAAATATTGACAGTGACCTCAGAAATT-TCAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTAATGG-TACCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACA--TNTAA-TTGCTTTACAAGGAAACGGGACCAGTATATGGATCGGAAGGTCNGG--GAATTGGTCAGAGGCGGGACAATATTGACAATTTACTATAAGTTATATAGAGGGATTTTG-TACAGGTGTGACACCT
Reference ( gi|3 )            :                                                     TGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC-----GTA------GGGCG---CC-TGAAAT-GAGTCCATAGTATAAA------ATTGAAGTGCAGGTCTCATGGTCATA--T-TTT-TTATTGAAAA--TGCTAATTAAGTGCAGATATG----T--AT----GTCTGTG-------AGCTAAAAAA-GTGTTGTTGTTGATAAACCAAAGGTATTTC---GTTG--TTGCATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGGATGTG-GTG-GTAATGCGGCGGAAGTGTCAGATGTGCA------ATGTAAATATTGACAGTGACCTCAGCAATT-TAAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTAATGG-TATCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACA--CATAA-TTGCTCTATAAGGAAACGGGACCAGTATATGGATTGGAAGGTCTGG--GAATTGGTCAGAGGTAGGACAATATTGACAATTTACTATAAGTTATATAGAGGAATTTTG-AACAGGTGTGACACCT
gi|2                          :                                                     TGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC-----GTA------GGGGG---CC-TGAAAT-GAGTCCATAG--TAAA------ATTGAAGTGCAGGTCTCATGGTCATATTT-TTT-TTATTGCAAA--TGCTAATTAAGTGCAGATATA----T--AT----GTCTGTG-------AGATGAAATA-GTGGTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTTC---GTTG--TTGCATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGGATGTG-GTG-GTAATGCGGCGGAAGTGTCAGATGTGCA------ATGTAAATATTGACAGTGACCTCAGCAATT-TAAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCATAATGG-TATCATTTTCTGTGAATAAATCTGGAGACA--TATAA-TTGCTCTACAAGGAAACGGGCCCAGTATATGGATTGGAAGGTCTGG--GAATTGGTCAGAGGCAGGACAATATTGCCAATTTACTACAAGTTATATAGAGGGATTTTG-TACAGGTGTGACACC
gi|4                          :                                                    gTGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC-----GTA------GGGGG---CC-TGAAAT-GAGTCCATAGTA--AA------ATTACAATGTAGGTCTCATGGTCATA--T-TTT-TTATTGAAAA--TGCTGATTAAGTGCAGATGTT----T--AT----GTTTGTG-------AGCTAAAATA-GTGGTGGCATTGATAAATCAGAGGTATTTC---TTTG--TTGTATTTCAGGACTACTTTCCGAGAACTTGCAGTCAGGGATGTG-GTG-GTAATGCGGCGGAAGTGTCAGATGTGCA------GTGTAAATTTTGACAGTGACCTCAGCAATT-TCAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTAATGG-TATCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACA--TTTAA-TTGCTCTACAAGGAAACGGGACAAGTATATGGATTGGAAGGTCTGG--GAATTGGTCAGAGGCAGGACAATATTGACAATTTATTATAAGTTATAT---GGGATTTTG-TACAGGTGTGACACCT
gi|1                          :                                                     TGTCACACCACTACAGAAGTGCTTCCGGGTC-----GTA------GAGGG---CC-TGAAAT-GAGTCCATAGTA--AA------ATTGAAGTGCAGGTCTCATTGTCATA--T-TTT-TTATTAAAAA--TGCTAATTAAGTGCAGATATA----T--ATATAGGTATGTG-------AGCTAAAATA-TTGGTGTTGTTGATAAATCAGAGGCATTTT---TTTG--TTGTATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGGATGTG-GTG-GTAATGCGGCGGACGTGTCAGATGTGCA------GTGTAAATATTGACAGTGACCTCAGCAATT-TAAAATTTATGGAAAAGTTAAACCTTAATGG-TGTCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACA--TATAA-TTGCTCTACAAGAAAACGGGACCAGTATATGGATTGGAAGGTCTTG--TAATTGGTCAGAGGCGGGACAATATTGATAATTTACTATAAGTTATATAGAGGGGTTTTGTTACAGGTATGACACCT
gi|5                          :                                                    gTGTCACACCACTATGGAAGTGATTCCGGGTC-----A-A------GGGGG---CCCTGAAAT-GAGTCCATAGTA--AA------ATTGAAGTGTAGGTCTCATGGTCATA--T-TTT--TATTGAAAA--TGCTTATTAAGTGCAGATGTA----T--AT----GTTTGTG-------AGCTAAAATA-GTGGTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTTT---TTTG--TTGTATTTCAGGACTACTTTCCGAGAACTTGCAGTCAGGGATGTG-GTG-GTAATGCGGCGGAAGTGTCAGATGTGCA------GTGTAAATTTTGACAGTGACCTCAGCAATT-TCAAATATGTGGAAAAGTTAAACCTTAATGG-TATCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACA--TATAA-TTGCTCTACAAGGAAACGGGACCAGTATATGGATTGGAA------G--GAATTGGTCAGAGGCAGGACAATATTGACAATTTACTTTAAGTTATAGAGAGGGATTTTG-
gi|12                         :                                                   ggTATCACACAACTACAAATGTGCTTCCTGTTT-----GTA--------------------AAT--ATTACGT--TGTAAA------ATTTA-GTGT--------TGGTCACA--T-GTT-TTATTAGAAA--TGCTGATTAAGTGCAGATATA----TTGAT----GTATGTG-------AGGAAAAATA-GTGTTGATGTTGATAAATCA--GGTATTTC-----------------C-GAACTACTTTCCGAGAATATGCGGTTAGGGATGTGTGT--GTAATAAGGCGGAAGAGTCAGCTGCGGA------GTGTTAATGTTGACAGTGACTTCAGAAATG-TTACATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTCATGGATACCATTTTCTGTGGACAATTCTGAAGACT--TTTAA-TTGCTTTACAAGGATACAGGACt
gi|8                          :                                                     TGTCACAGCACTACGGAAGTGCTTTCGGGTC-----GT----------------C---AAAT--AGAACAAAGTA-AAA------ATGAAAGTGTAGGTTTCATGTTCACA--T-TTT-T-ATAAATAA--TAATAATAAAATGCTGATATA----T--AT----ATATATGTATATATAGCTCAAATA-GTGTTGTCGATGATCAATCATCGGTATTTC----------TGTATTTCAGAACTATTTTCCGTGAACATGCAGTCAGATATGAG-GGT-GTAAAACGACAGAAGAGATGGCTGTGCC------TTGAAAATATTAACAGTGACTTCAG-ACTTCT----TTTGCGGAAAAGTTAAACATGAATGG-TACCATTTTCTGTGGATAATTCTTGTGACGTCCAT---CTACTTTGCAATGCAACAGGACCAATATGTGAATCGGAATGTCAGGCAAAATTGGACAGA
gi|19                         :                                                     TGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC-------------------------TGAAAT-GAGTCCATAGTA--AA------ATTGAAGTGTAGGTTTCATGGTAATA--A-TTT-TTATTGAAAA--TGCTGATAAAGTGTAGATATGACAAT--AT----GTTTATaacattag
gi|20                         :                                                   ggTGCCCTACCAC-ACAGAAGTGCTTCCGGTTCATATTGTA------GGGAGAGGCC-T-AAATAGAG--CATAGTGAAAAGTTTTTATTG---TGTGGATTACATTGTCACA--T-ATT-TTATTGGAAA--TGCt
gi|21                         :                                                     TGTTGCACCACTACGGAAATATTCCCAGTTC-----GTAAGGTGGGGGCG---TC-AACAAT-GA----ATAGTA-AAA------CTTGAAGTGTATGTTTCGTTG---------TTT-TTATTattgatt
gi|15                         :                                                     tagtACAACATTATAGAAGTA------GGTC-------A------AGGCG---T----AAAC--AGCGCATCGTA-AAA------ACT-------AGCTTT-ATAGTCACA--G-TTT-TTATTGAAAG--TACTGATCAAGTACATATATA----T--ATTAT-GTCAGTG-------AGCTAAACAA-GTGGTTCTGTTGATAAATACGAGGTATTTCTGTATTGGTTTCTACTTT----CTCCTTTCCGAGAACATGCTGTTATGGATATG-G
gi|23                         :                                                             tACAACGGAAGTGCTTCCAGGTC-----GTA------GAGGG---CC-TGAAAT-GAGTCCATAG--TAAA------ATT-AACTGTAGGa
gi|10                         :                                                                           TTCCGGTTC-----GTA------GG------CC-TAAAAT-GAGTCCATAGTA--AG------ATTG---TGTA-----CATG--TATA--T-TAT-TTATTGAAAA-------------------------------T----GTCTGTG-------AGCTAAAAAAAGTGGTACTGTTGATAAATCAGAGGTATTTC---TGTG--ATGTATTCCAGACCTACTTTCCGAGAACATACAGTCATGGATGTG-GTG-GTAATGCTGCGGAAATGTCAGCTGTGGA------GTGTAAATATTGACAGTGACCTGAGAAATC-TCAAATTTGTGGA------AAACCTTAATGA-TACCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGATA--TTTAG-TTGCTTTTTAAGGAAACGGAACCAACATATGGATCGGAAGGTCAGA--G-ATTGGCCAGAGACGGGAAAATATTGATAATTTATTCTGATGTATATAGATGAATTTT
gi|13                         :                                                                              tGGTTT-----GTA------GGGGG---CA-TGAAAC-TAGTGCAGAGT-TAAA-------TTGAAGTGTAGGTTTCATGGTCACA--T-TTTGTTATTGAAAA--TACTGATTTAGTGTAGATATA----T--AT----GTGTATG-------AGATAAAATA-GTGTTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTTC---TGTG--TTGTA-TTCAAAAATACTTTCTGAGAACATGCAGTCATGAATGAA-GAT-GTAAAACGGCG
gi|6                          : caagctatgaattgttaatcttcgtggcagagtggcgtaatgtgagctgtctaaaaaacacgaacctcttcatggtgtcacgt-----GTA------GGG-G---CA-TGAAAC-CAGTGCATAGT-TAAA-------CTGAAGT--AGGTTTCATGGTCATA--T-TTTGTTATTGAAAA--TACTGATTAAGTGTAGATATA----T--AT----GTGTATG-------AGATAAAATA-GTGTTGTT-TTGATAAA-----------TC---TGTG--TTGTATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGAGATGTG-GAT-GTAATACGGCAAAAGAGTCAGCTGCGGA------GTGTAAATATTGACAGTGACCTCAGAAATA-TTGAATTTGTGGAAAAGTTAAGCCTTAATGG-TACCACTTTCTGTGGATAGTTCTGGATACT--TGTTA-TTGCTTTACAAGGAAACATGACGAGTATACCAATCGGAAGCTCTGG--GAATCGGTTAGAGACGGGCCAATATTGACAAATTACTATACGTTATATAGAGGGACTGTG-TACAGGTGTGACACTTaggtatg
gi|7                          :                                                                                                              tAAAT--AGTGCCTAGTA-AAA------ATTGAAGTATATGTTTCATGTTGATA--T-CTT-TAAT-GAAAT--TGCTGACTTAGTGCAGATATA----T--AT----GTCTGTG-------AG----------TGGTGTCGTTTCTAAAACAGACGTATTTC---TGTG--TTGTATTTCAGAACTACTTTCCGACAACATGCAGTCAGGTATGTG-GGT-GTGATGCGGCGGGAGTATCAGCTGTCGA------GTGTAAATATTGACAATGACCTCAAAATTT-TCAAATTTGTGGAATAGTTAAACCCTAATGA-TACCATTGTCTGTGGATAATTTACGGGAC---TTTAAGTTCCTTTACAGGGAAACAGGACCAGTCTATGGATCGGAATACCAAA--GAAATAGTCAGAACCAGGACAATACTGACAATTTTTTATAAGTTATATAGAGGGATTGTG-TACAGGTGGGACAC
gi|17                         :                                                                                                                AAT--AGTACATAGTGAAAA------AT------GTAGGTTTCATGGTCACA--T-TTT-TTATTGAAAAAATGCTGATTAAGTGCAGATATA----C--AT-----TTTGTA---------TTGA-----GTGGTAT-------------AATGTCTTTC---TTTG--TTGTATTTCAGAACTACTTTTCGAGAACATGCAGTGAGGGGTGTC-GTT-GTACTGCAGCGGAAt
gi|16                         :                                                                                                           gcatgAAT--AGTACATAGTGAAAA------AT------GTAGGTTTCATGGTCACA--T-TTT-TTATTGAAAAAATGCTGATTAAGTGCAGATATA----C--AT-----TTTGTA---------TTGA-----GTGGTAT-------------AATGTCTTTC---TTTG--TTGTATTTCAGAACTACTTTTCGAGAACATGCAGTGAGGGGTGTC-GTT-GTACTGCAGCGGAAtg
gi|24                         :                                                                                                                                          catgAAGTGTCGGTTTCATGCTCATG--TGTTT-TTATTGAAAA--TGCTGATTAAATGtggtc
gi|14                         :                                                                                                                                                                         TT-TGATTGAAAA--TACTGATTATGTGCAGATATA----T--AT----GTCTGTG-------AGCT--AAAA-TTGTT-TTGCTGATAAATCAGAAGTATTTC---TGTG--TTGGTTTTCAGAACTACTCATCTAGAACATGCGGTTATGGATGTGTGTATGTTATGCAGCGTAAAAGTCAGCTGTGGC------TTGATAATATTGATAGTGACATTAGAAATG-TTAAATGTGTAGA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                      AGATATA----T--AT----GTCTGTA-------AGCTAAAATA-GTG--GT-GTTGATAAATCAGAGGTATTTC---TGTG--TTGTATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGGATGTG-GTT-GTAATGCGGCGGAAGTGTCAGTTGCGGA------GTGTAAATATTTACAGTGACCTGAGAAATT-TCAAATTTGTGGAAAAGTTTAACATTATTGG-TACCATTCTCTGTGGATAATTTTTGAGACA--CATAA-TTGCTTTAC-AGGAAACGGGACCAGTATATGGATCGAAAGGTCTGG--GAATTGGTCAGAGACAGGACACTATTGACAATTTACTACAAG--------------TTTG-TACAGGTGTGACA
gi|11                         :                                                                                                                                              caaatgttatcgatactggtagcatatgtgaatatgggttcggaggcctataaaatataaATG----C--AT----GTCTGTG-------AGCTAAAAA--GTGATGTTAATGATAGATCAGAGGTATTTC---TGTG--TTGCATTT-AGAACTACTTTCCAAGAACATGCAGTCAGGGATGTG-GTG-GTATTGCGGCGGAAGTGTCATCTGTGAATATTGTGTGTAAATATTGACAGTGACCTGAGAAATT-TCAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTAATGG-TACCATTTTCTGTGAATAAGTCTAGAGACA--TTTAA-TTGCTTTGCAAGGAAACGGGACCAGTATATGGATCGGAAGGTCAGG--AAATTGGTCAGAGACAGGACAATATTAACACTTTACTATAAGTTATATAGAAGGATTTTG-TACAGGCGTGAC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          GA-TACCATTTTATGTGGTTAATTCTGGAGATT--TTCAA-TTGTTTTACAAGAAAACAGTACCAGCATATGGATCATAATGTCAGG--AAATTGAACAGATACAGGAGAATAATGACAATTTACTATAAGATATATAGAGGGATTTTA-TACAGGTGTCACAC
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ACAATTTACTGTAAGTTACACAGAGAAGTTTTG-TACCGGCGTGACA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ACAAGCTACGAATTGTTAATCTTCATGGCCGAGTGGCATAATGTGAGCTGTCTAAAAAAAACAGGAACCTCTTCATGGTATCACGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                 1               22222                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
lowQualScore                  :                                  66666   6666666666    2 2 33   2   1       2   00000  55                   0  2   4  22    66       33                 4444  33  8888  1    7777777  1      66 2        0                      4     55555                                          2  33                     0    2 888888                         0                                   3                             1 1   3                                       0   2  44               1                                            3                
lowQualScore                  :                                  .....   ..........    . . ..   .   .       .   .....  ..                   .  .   .  ..    ..       ..                 ....  ..  ....  .    .......  .      .. .        .                      .     .....                                          .  ..                     .    . ......                         .                                   .                             . .   .                                       .   .  ..               .                                            .                
lowQualScore                  :                                  77777   9999999999    7 7 11   2   8       2   33333  00                   3  2   2  99    11       11                 7777  11  6666  4    6666666  8      55 4        7                      1     99999                                          4  55                     8    8 888888                         2                                   1                             9 0   1                                       4   2  66               6                                            6                
consensus                     :   TGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC-----GTA----GGG---GGCC-TGA--AATGAGTNCATAGTA-AAAA----TTGAAGTGTAGGTTTCATGGTCATAT-TTT-TT--ATTG--AAAATGC--TGATTAAGTGCAGATAT----AT--AT----GTCTGTG-------AGCTAAAAT--A-GTGGTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTTCTGTGTTG-----TATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGGATGTG-GT-TGTAATGCGGCGGAAGTGTCAGCTGTGNA------GTGTAAATATTGACAGTGACCTCAGAAATTTCAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTAATGG-TACCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACATNTAA-TTGCTTTACAAGGAAACGGGACCAGTATATGGATCGGAAGGTCNGG--GAATTGGTCAGAGGCAGGACAATATTGACAATTTACTATAAGTTATATAGAGGGATTTTG-TACAGGTGTGACACCT
Reference ( family-1297 )     :   TGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC-----GTA----GGG---GGCC-TGA--AATGAGTNCATAGTA-AAAA----TTGAAGTGTAGGTTTCATGGTCACAT-TTT-TT--ATTG--AAAATGC--TGATTAAGTGCAGATAT----AT--AT----GTCTGTG-------AGCTAAAAT--A-GTGGTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTTCTNTGTTG-----TATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGGATGTG-GT-NGTAATGCGGCGGAAGTGTCAGCTGTGGA------GTGTAAATATTGACAGTGACCTCAGAAATTTCAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTAATGG-TACCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACATNTAA-TTGCTTTACAAGGAAACGGGACCAGTATATGGATCGGAAGGTCNGG--GAATTGGTCAGAGGCGGGACAATATTGACAATTTACTATAAGTTATATAGAGGGATTTTG-TACAGGTGTGACACCT
gi|1                          :   TGTCACACCACTACAGAAGTGCTTCCGGGTC-----GTA----GAG---GGCC-TGA--AATGAGTCCATAGTA-AAA-----TTGAAGTGCAGGTCTCATTGTCATAT-TTT-TT--ATTA--AAAATGC--TAATTAAGTGCAGATAT----AT--ATATAGGTATGTG-------AGCTAAAAT--A-TTGGTGTTGTTGATAAATCAGAGGCATTTTTTTGTTG-----TATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGGATGTG-GT-GGTAATGCGGCGGACGTGTCAGATGTGCA------GTGTAAATATTGACAGTGACCTCAGCAATTTAAAATTTATGGAAAAGTTAAACCTTAATGG-TGTCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACATATAA-TTGCTCTACAAGAAAACGGGACCAGTATATGGATTGGAAGGTCTTG--TAATTGGTCAGAGGCGGGACAATATTGATAATTTACTATAAGTTATATAGAGGGGTTTTGTTACAGGTATGACACCT
gi|10                         :                        gTTCCGGTTC-----GTA----GG------CC-TAA--AATGAGTCCATAGTA-AGA-----TTG---TGTA-----CATG--TATAT-TAT-TT--ATTG--AAAATG-----------------------------------TCTGTG-------AGCTAAAAA--AAGTGGTACTGTTGATAAATCAGAGGTATTTCTGTGATG-----TATTCCAGACCTACTTTCCGAGAACATACAGTCATGGATGTG-GT-GGTAATGCTGCGGAAATGTCAGCTGTGGA------GTGTAAATATTGACAGTGACCTGAGAAATCTCAAATTTGTGGA------AAACCTTAATGA-TACCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGATATTTAG-TTGCTTTTTAAGGAAACGGAACCAACATATGGATCGGAAGGTCAGA--G-ATTGGCCAGAGACGGGAAAATATTGATAATTTATTCTGATGTATATAGATGAATTTT
gi|11                         :                                                                                                                                                      tAT----GC--AT----GTCTGTG-------AGCTAAAA---A-GTGATGTTAATGATAGATCAGAGGTATTTCTGTGTTG-----CATTT-AGAACTACTTTCCAAGAACATGCAGTCAGGGATGTG-GT-GGTATTGCGGCGGAAGTGTCATCTGTGAATATTGTGTGTAAATATTGACAGTGACCTGAGAAATTTCAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTAATGG-TACCATTTTCTGTGAATAAGTCTAGAGACATTTAA-TTGCTTTGCAAGGAAACGGGACCAGTATATGGATCGGAAGGTCAGG--AAATTGGTCAGAGACAGGACAATATTAACACTTTACTATAAGTTATATAGAAGGATTTTG-TACAGGCGTGAC
gi|12                         :   TATCACACAACTACAAATGTGCTTCCTGTTT-----GTA--------------------AAT-ATTACGTTGTA-AAAT----TT--AGTGT--------TGGTCACAT-GTT-TT--ATTA--GAAATGC--TGATTAAGTGCAGATAT----ATTGAT----GTATGTG-------AGGAAAAAT--A-GTGTTGATGTTGATAAATCAG---------------G-----TATTTCCGAACTACTTTCCGAGAATATGCGGTTAGGGATGTG-TG-TGTAATAAGGCGGAAGAGTCAGCTGCGGA------GTGTTAATGTTGACAGTGACTTCAGAAATGTTACATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTCATGGATACCATTTTCTGTGGACAATTCTGAAGACTTTTAA-TTGCTTTACAAGGATACAGGAC
gi|13                         :                             GGTTT-----GTA----GGG---GGCA-TGA--AACTAGTGCAGAGTT-AAA-----TTGAAGTGTAGGTTTCATGGTCACAT-TTTGTT--ATTG--AAAATAC--TGATTTAGTGTAGATAT----AT--AT----GTGTATG-------AGATAAAAT--A-GTGTTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTTCTGTGTTG-----TA-TTCAAAAATACTTTCTGAGAACATGCAGTCATGAATGAA-GA-TGTAAAACGGCG
gi|14                         :                               caagctatgaattgttaatcttcgtggcagagtggcgtaatgtgagctgtctaaaaaacacgaacctcttcatggtgtcacgtTT-TG--ATTG--AAAATAC--TGATTATGTGCAGATAT----AT--AT----GTCTGTG-------AGCTAAAAT-----TGTT-TTGCTGATAAATCAGAAGTATTTCTGTGTTG-----GTTTTCAGAACTACTCATCTAGAACATGCGGTTATGGATGTGTGTATGTTATGCAGCGTAAAAGTCAGCTGTGGC------TTGATAATATTGATAGTGACATTAGAAATGTTAAATGTGTAGAaggtatg
gi|15                         :       ACAACATTATAGAAGTA------GGTC-----A--------A---GGCG-T-A--AAC-AGCGCATCGTA-AAAA----CT-------AGCTTT-ATAGTCACAG-TTT-TT--ATTG--AAAGTAC--TGATCAAGTACATATAT----AT--ATTAT-GTCAGTG-------AGCTAAACA--A-GTGGTTCTGTTGATAAATACGAGGTATTTCTGTATTGGTTTCTACTTT----CTCCTTTCCGAGAACATGCTGTTATGGATATG-G
gi|16                         :                                                           t--AAT-AGTACATAGTG-AAAA---------ATGTAGGTTTCATGGTCACAT-TTT-TT--ATTGAAAAAATGC--TGATTAAGTGCAGATAT----AC--AT-----TTTGT---------------ATTGA-GTGGTAT--------AAT-----GTCTTTCTTTGTTG-----TATTTCAGAACTACTTTTCGAGAACATGCAGTGAGGGGTGTC-GT-TGTACTGCAGCGGAAa
gi|17                         :                                                        catg--AAT-AGTACATAGTG-AAAA---------ATGTAGGTTTCATGGTCACAT-TTT-TT--ATTGAAAAAATGC--TGATTAAGTGCAGATAT----AC--AT-----TTTGT---------------ATTGA-GTGGTAT--------AAT-----GTCTTTCTTTGTTG-----TATTTCAGAACTACTTTTCGAGAACATGCAGTGAGGGGTGTC-GT-TGTACTGCAGCGGAAtggtc
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gcatgGA-TACCATTTTATGTGGTTAATTCTGGAGATTTTCAA-TTGTTTTACAAGAAAACAGTACCAGCATATGGATCATAATGTCAGG--AAATTGAACAGATACAGGAGAATAATGACAATTTACTATAAGATATATAGAGGGATTTTA-TACAGGTGTCACACtg
gi|19                         :   TGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC-----------------------TGA--AATGAGTCCATAGTA-AAA-----TTGAAGTGTAGGTTTCATGGTAATAA-TTT-TT--ATTG--AAAATGC--TGATAAAGTGTAGATATGACAAT--AT----GTTTAT
gi|2                          : ggTGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC-----GTA----GGG---GGCC-TGA--AATGAGTCCATAGTA-AAA-----TTGAAGTGCAGGTCTCATGGTCATAT-TTT-TTTTATTG--CAAATGC--TAATTAAGTGCAGATAT----AT--AT----GTCTGTG-------AGATGAAAT--A-GTGGTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTTCGTTGTTG-----CATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGGATGTG-GT-GGTAATGCGGCGGAAGTGTCAGATGTGCA------ATGTAAATATTGACAGTGACCTCAGCAATTTAAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCATAATGG-TATCATTTTCTGTGAATAAATCTGGAGACATATAA-TTGCTCTACAAGGAAACGGGCCCAGTATATGGATTGGAAGGTCTGG--GAATTGGTCAGAGGCAGGACAATATTGCCAATTTACTACAAGTTATATAGAGGGATTTTG-TACAGGTGTGACACCt
gi|20                         :  gTGCCCTACCAC-ACAGAAGTGCTTCCGGTTCATATTGTA----GGGAGAGGCC-T-A--AAT-AGAGCATAGTG-AAAAGTTTTTATTGTGTGGATTACATTGTCACAT-ATT-TT--ATTG--GAAATGCATTGATT
gi|21                         :   TGTTGCACCACTACGGAAATATTCCCAGTTC-----GTAAGGTGGG---GGCG-TCAACAATGA----ATAGTA-AAAC----TTGAAGTGTATGTTTCGTTG-------TTT-TT--ATT
gi|23                         :        tagtACAACGGAAGTGCTTCCAGGTC-----GTA----GAG---GGCC-TGA--AATGAGTCCATAGT--AAAA----TT-AACTGTAGG
gi|24                         :                                                                                         AAGTGTCGGTTTCATGCTCATGTGTTT-TT--ATTG--AAAATGC--TGATTAAATG
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ACAATTTACTGTAAGTTACACAGAGAAGTTTTG-TACCGGCGTGACA
gi|3                          :   TGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC-----GTA----GGG---CGCC-TGA--AATGAGTCCATAGTATAAAA----TTGAAGTGCAGGTCTCATGGTCATAT-TTT-TT--ATTG--AAAATGC--TAATTAAGTGCAGATAT----GT--AT----GTCTGTG-------AGCTAAAAA--A-GTGTTGTTGTTGATAAACCAAAGGTATTTCGTTGTTG-----CATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGGATGTG-GT-GGTAATGCGGCGGAAGTGTCAGATGTGCA------ATGTAAATATTGACAGTGACCTCAGCAATTTAAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTAATGG-TATCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACACATAA-TTGCTCTATAAGGAAACGGGACCAGTATATGGATTGGAAGGTCTGG--GAATTGGTCAGAGGTAGGACAATATTGACAATTTACTATAAGTTATATAGAGGAATTTTG-AACAGGTGTGACACCTt
gi|4                          :   TGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC-----GTA----GGG---GGCC-TGA--AATGAGTCCATAGTA-AAA-----TTACAATGTAGGTCTCATGGTCATAT-TTT-TT--ATTG--AAAATGC--TGATTAAGTGCAGATGT----TT--AT----GTTTGTG-------AGCTAAAAT--A-GTGGTGGCATTGATAAATCAGAGGTATTTCTTTGTTG-----TATTTCAGGACTACTTTCCGAGAACTTGCAGTCAGGGATGTG-GT-GGTAATGCGGCGGAAGTGTCAGATGTGCA------GTGTAAATTTTGACAGTGACCTCAGCAATTTCAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTAATGG-TATCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACATTTAA-TTGCTCTACAAGGAAACGGGACAAGTATATGGATTGGAAGGTCTGG--GAATTGGTCAGAGGCAGGACAATATTGACAATTTATTATAAGTTATAT---GGGATTTTG-TACAGGTGTGACACCT
gi|5                          :   TGTCACACCACTATGGAAGTGATTCCGGGTC-----A-A----GGG---GGCCCTGA--AATGAGTCCATAGTA-AAA-----TTGAAGTGTAGGTCTCATGGTCATAT-TTT--T--ATTG--AAAATGC--TTATTAAGTGCAGATGT----AT--AT----GTTTGTG-------AGCTAAAAT--A-GTGGTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTTTTTTGTTG-----TATTTCAGGACTACTTTCCGAGAACTTGCAGTCAGGGATGTG-GT-GGTAATGCGGCGGAAGTGTCAGATGTGCA------GTGTAAATTTTGACAGTGACCTCAGCAATTTCAAATATGTGGAAAAGTTAAACCTTAATGG-TATCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACATATAA-TTGCTCTACAAGGAAACGGGACCAGTATATGGATTGGAA------G--GAATTGGTCAGAGGCAGGACAATATTGACAATTTACTTTAAGTTATAGAGAGGGATTTTG-
gi|6                          :                                gg-----GTA----GGG---G-CA-TGA--AACCAGTGCATAGTT-AAA-----CTGAAGT--AGGTTTCATGGTCATAT-TTTGTT--ATTG--AAAATAC--TGATTAAGTGTAGATAT----AT--AT----GTGTATG-------AGATAAAAT--A-GTGTTGTT-TTGATAAATC-----------TGTGTTG-----TATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGAGATGTG-GA-TGTAATACGGCAAAAGAGTCAGCTGCGGA------GTGTAAATATTGACAGTGACCTCAGAAATATTGAATTTGTGGAAAAGTTAAGCCTTAATGG-TACCACTTTCTGTGGATAGTTCTGGATACTTGTTA-TTGCTTTACAAGGAAACATGACGAGTATACCAATCGGAAGCTCTGG--GAATCGGTTAGAGACGGGCCAATATTGACAAATTACTATACGTTATATAGAGGGACTGTG-TACAGGTGTGACACTT
gi|7                          :                                                          tA--AAT-AGTGCCTAGTA-AAAA----TTGAAGTATATGTTTCATGTTGATAT-CTT-TA--AT-G--AAATTGC--TGACTTAGTGCAGATAT----AT--AT----GTCTGTG-------AG------------TGGTGTCGTTTCTAAAACAGACGTATTTCTGTGTTG-----TATTTCAGAACTACTTTCCGACAACATGCAGTCAGGTATGTG-GG-TGTGATGCGGCGGGAGTATCAGCTGTCGA------GTGTAAATATTGACAATGACCTCAAAATTTTCAAATTTGTGGAATAGTTAAACCCTAATGA-TACCATTGTCTGTGGATAATTTACGGGAC-TTTAAGTTCCTTTACAGGGAAACAGGACCAGTCTATGGATCGGAATACCAAA--GAAATAGTCAGAACCAGGACAATACTGACAATTTTTTATAAGTTATATAGAGGGATTGTG-TACAGGTGGGACAC
gi|8                          :   TGTCACAGCACTACGGAAGTGCTTTCGGGTC-----GT--------------C---A--AAT-AGAACAAAGTA-AAAA----TGAAAGTGTAGGTTTCATGTTCACAT-TTT-T---ATAA--ATAATAA--TAATAAAATGCTGATAT----AT--AT----ATATATGTATATATAGCTCAAAT--A-GTGTTGTCGATGATCAATCATCGGTATTTCT-----G-----TATTTCAGAACTATTTTCCGTGAACATGCAGTCAGATATGAG-GG-TGTAAAACGACAGAAGAGATGGCTGTGCC------TTGAAAATATTAACAGTGACTTCAGA--CTTCT--TTTGCGGAAAAGTTAAACATGAATGG-TACCATTTTCTGTGGATAATTCTTGTGACGTCCAT-CTACTTTGCAATGCAACAGGACCAATATGTGAATCGGAATGTCAGGCAAAATTGGACAGAt
gi|9                          :                                                                                                                                                   AGATAT----AT--AT----GTCTGTA-------AGCTAAAAT--A-GTGGTGTT---GATAAATCAGAGGTATTTCTGTGTTG-----TATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGGATGTG-GT-TGTAATGCGGCGGAAGTGTCAGTTGCGGA------GTGTAAATATTTACAGTGACCTGAGAAATTTCAAATTTGTGGAAAAGTTTAACATTATTGG-TACCATTCTCTGTGGATAATTTTTGAGACACATAA-TTGCTTTAC-AGGAAACGGGACCAGTATATGGATCGAAAGGTCTGG--GAATTGGTCAGAGACAGGACACTATTGACAATTTACTACAAG--------------TTTG-TACAGGTGTGACAaacattag
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ACAAGCTACGAATTGTTAATCTTCATGGCCGAGTGGCATAATGTGAGCTGTCTAAAAAAAACAGGAACCTCTTCATGGTATCACGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                 1               22222                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
lowQualScore                  :                                  66666   6666666666    2 2 33   2   1       2   00000  55                      2   4  22    66       33                 4444  33  8888  1    7777777  1      66 2        0                      1     55555                                          2  44                     0    1 888888                         0                                   3                             1 1   3                                       0   2  44             0                                              3                
lowQualScore                  :                                  .....   ..........    . . ..   .   .       .   .....  ..                      .   .  ..    ..       ..                 ....  ..  ....  .    .......  .      .. .        .                      .     .....                                          .  ..                     .    . ......                         .                                   .                             . .   .                                       .   .  ..             .                                              .                
lowQualScore                  :                                  77777   9999999999    7 7 11   2   8       2   33333  00                      2   2  99    11       11                 7777  11  6666  4    6666666  8      55 4        7                      8     99999                                          4  00                     8    0 888888                         2                                   1                             9 0   1                                       4   2  66             1                                              6                
consensus                     :   TGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC-----GTA----GGG---GGCC-TGA--AATGAGTNCATAGTA-AAAA----TTGAAGTGTAGGTTTCATGGTCATAT-TTT-TT--ATTG--AAAATGC--TGATTAAGTGCAGATAT----AT--AT----GTCTGTG-------AGCTAAAAT--A-GTGGTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTTCTGTGTTG-----TATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGGATGTG-GT-TGTAATGCGGCGGAAGTGTCAGCTGTGNA------GTGTAAATATTGACAGTGACCTCAGAAATTTCAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTAATGG-TACCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACATNTAA-TTGCTTTACAAGGAAACGGGACCAGTATATGGATCGGAAGGTCNGG--GAATTGGTCAGAGGCAGGACAATATTGACAATTTACTATAAGTTATATAGAGGGATTTTG-TACAGGTGTGACACCT
Reference ( family-1297 )     :   TGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC-----GTA----GGG---GGCC-TGA--AATGAGTNCATAGTA-AAAA----TTGAAGTGTAGGTTTCATGGTCATAT-TTT-TT--ATTG--AAAATGC--TGATTAAGTGCAGATAT----AT--AT----GTCTGTG-------AGCTAAAAT--A-GTGGTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTTCTGTGTTG-----TATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGGATGTG-GT-TGTAATGCGGCGGAAGTGTCAGCTGTGNA------GTGTAAATATTGACAGTGACCTCAGAAATTTCAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTAATGG-TACCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACATNTAA-TTGCTTTACAAGGAAACGGGACCAGTATATGGATCGGAAGGTCNGG--GAATTGGTCAGAGGCAGGACAATATTGACAATTTACTATAAGTTATATAGAGGGATTTTG-TACAGGTGTGACACCT
gi|1                          :   TGTCACACCACTACAGAAGTGCTTCCGGGTC-----GTA----GAG---GGCC-TGA--AATGAGTCCATAGTA-AAA-----TTGAAGTGCAGGTCTCATTGTCATAT-TTT-TT--ATTA--AAAATGC--TAATTAAGTGCAGATAT----AT--ATATAGGTATGTG-------AGCTAAAAT--A-TTGGTGTTGTTGATAAATCAGAGGCATTTTTTTGTTG-----TATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGGATGTG-GT-GGTAATGCGGCGGACGTGTCAGATGTGCA------GTGTAAATATTGACAGTGACCTCAGCAATTTAAAATTTATGGAAAAGTTAAACCTTAATGG-TGTCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACATATAA-TTGCTCTACAAGAAAACGGGACCAGTATATGGATTGGAAGGTCTTG--TAATTGGTCAGAGGCGGGACAATATTGATAATTTACTATAAGTTATATAGAGGGGTTTTGTTACAGGTATGACACCT
gi|10                         :                        gTTCCGGTTC-----GTA----GG------CC-TAA--AATGAGTCCATAGTA-AGA-----TTG---TGTA-----CATG--TATAT-TAT-TT--ATTG--AAAATG-----------------------------------TCTGTG-------AGCTAAAAA--AAGTGGTACTGTTGATAAATCAGAGGTATTTCTGTGATG-----TATTCCAGACCTACTTTCCGAGAACATACAGTCATGGATGTG-GT-GGTAATGCTGCGGAAATGTCAGCTGTGGA------GTGTAAATATTGACAGTGACCTGAGAAATCTCAAATTTGTGGA------AAACCTTAATGA-TACCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGATATTTAG-TTGCTTTTTAAGGAAACGGAACCAACATATGGATCGGAAGGTCAGA--G-ATTGGCCAGAGACGGGAAAATATTGATAATTTATTCTGATGTATATAGATGAATTTT
gi|11                         :                                                                                                                                                      tAT----GC--AT----GTCTGTG-------AGCTAAAA---A-GTGATGTTAATGATAGATCAGAGGTATTTCTGTGTTG-----CATTT-AGAACTACTTTCCAAGAACATGCAGTCAGGGATGTG-GT-GGTATTGCGGCGGAAGTGTCATCTGTGAATATTGTGTGTAAATATTGACAGTGACCTGAGAAATTTCAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTAATGG-TACCATTTTCTGTGAATAAGTCTAGAGACATTTAA-TTGCTTTGCAAGGAAACGGGACCAGTATATGGATCGGAAGGTCAGG--AAATTGGTCAGAGACAGGACAATATTAACACTTTACTATAAGTTATATAGAAGGATTTTG-TACAGGCGTGAC
gi|12                         :   TATCACACAACTACAAATGTGCTTCCTGTTT-----GTA--------------------AAT-ATTACGTTGTA-AAAT----TT--AGTGT--------TGGTCACAT-GTT-TT--ATTA--GAAATGC--TGATTAAGTGCAGATAT----ATTGAT----GTATGTG-------AGGAAAAAT--A-GTGTTGATGTTGATAAATCAG---------------G-----TATTTCCGAACTACTTTCCGAGAATATGCGGTTAGGGATGTG-TG-TGTAATAAGGCGGAAGAGTCAGCTGCGGA------GTGTTAATGTTGACAGTGACTTCAGAAATGTTACATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTCATGGATACCATTTTCTGTGGACAATTCTGAAGACTTTTAA-TTGCTTTACAAGGATACAGGAC
gi|13                         :                             GGTTT-----GTA----GGG---GGCA-TGA--AACTAGTGCAGAGTT-AAA-----TTGAAGTGTAGGTTTCATGGTCACAT-TTTGTT--ATTG--AAAATAC--TGATTTAGTGTAGATAT----AT--AT----GTGTATG-------AGATAAAAT--A-GTGTTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTTCTGTGTTG-----TA-TTCAAAAATACTTTCTGAGAACATGCAGTCATGAATGAA-GA-TGTAAAACGGCG
gi|14                         :                               caagctatgaattgttaatcttcgtggcagagtggcgtaatgtgagctgtctaaaaaacacgaacctcttcatggtgtcacgtTT-TG--ATTG--AAAATAC--TGATTATGTGCAGATAT----AT--AT----GTCTGTG-------AGCTAAAAT-----TGTT-TTGCTGATAAATCAGAAGTATTTCTGTGTTG-----GTTTTCAGAACTACTCATCTAGAACATGCGGTTATGGATGTGTGTATGTTATGCAGCGTAAAAGTCAGCTGTGGC------TTGATAATATTGATAGTGACATTAGAAATGTTAAATGTGTAGAaggtatg
gi|15                         :       ACAACATTATAGAAGTA------GGTC-----A--------A---GGCG-T-A--AAC-AGCGCATCGTA-AAAA----CT-------AGCTTT-ATAGTCACAG-TTT-TT--ATTG--AAAGTAC--TGATCAAGTACATATAT----AT--ATTAT-GTCAGTG-------AGCTAAACA--A-GTGGTTCTGTTGATAAATACGAGGTATTTCTGTATTGGTTTCTACTTT----CTCCTTTCCGAGAACATGCTGTTATGGATATG-G
gi|16                         :                                                           t--AAT-AGTACATAGTG-AAAA---------ATGTAGGTTTCATGGTCACAT-TTT-TT--ATTGAAAAAATGC--TGATTAAGTGCAGATAT----AC--AT-----TTTGT---------------ATTGA-GTGGTAT--------AAT-----GTCTTTCTTTGTTG-----TATTTCAGAACTACTTTTCGAGAACATGCAGTGAGGGGTGTC-GT-TGTACTGCAGCGGAAa
gi|17                         :                                                        catg--AAT-AGTACATAGTG-AAAA---------ATGTAGGTTTCATGGTCACAT-TTT-TT--ATTGAAAAAATGC--TGATTAAGTGCAGATAT----AC--AT-----TTTGT---------------ATTGA-GTGGTAT--------AAT-----GTCTTTCTTTGTTG-----TATTTCAGAACTACTTTTCGAGAACATGCAGTGAGGGGTGTC-GT-TGTACTGCAGCGGAAtggtc
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gcatgGA-TACCATTTTATGTGGTTAATTCTGGAGATTTTCAA-TTGTTTTACAAGAAAACAGTACCAGCATATGGATCATAATGTCAGG--AAATTGAACAGATACAGGAGAATAATGACAATTTACTATAAGATATATAGAGGGATTTTA-TACAGGTGTCACACtg
gi|19                         :   TGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC-----------------------TGA--AATGAGTCCATAGTA-AAA-----TTGAAGTGTAGGTTTCATGGTAATAA-TTT-TT--ATTG--AAAATGC--TGATAAAGTGTAGATATGACAAT--AT----GTTTAT
gi|2                          : ggTGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC-----GTA----GGG---GGCC-TGA--AATGAGTCCATAGTA-AAA-----TTGAAGTGCAGGTCTCATGGTCATAT-TTT-TTTTATTG--CAAATGC--TAATTAAGTGCAGATAT----AT--AT----GTCTGTG-------AGATGAAAT--A-GTGGTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTTCGTTGTTG-----CATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGGATGTG-GT-GGTAATGCGGCGGAAGTGTCAGATGTGCA------ATGTAAATATTGACAGTGACCTCAGCAATTTAAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCATAATGG-TATCATTTTCTGTGAATAAATCTGGAGACATATAA-TTGCTCTACAAGGAAACGGGCCCAGTATATGGATTGGAAGGTCTGG--GAATTGGTCAGAGGCAGGACAATATTGCCAATTTACTACAAGTTATATAGAGGGATTTTG-TACAGGTGTGACACCt
gi|20                         :  gTGCCCTACCAC-ACAGAAGTGCTTCCGGTTCATATTGTA----GGGAGAGGCC-T-A--AAT-AGAGCATAGTG-AAAAGTTTTTATTGTGTGGATTACATTGTCACAT-ATT-TT--ATTG--GAAATGCATTGATT
gi|21                         :   TGTTGCACCACTACGGAAATATTCCCAGTTC-----GTAAGGTGGG---GGCG-TCAACAATGA----ATAGTA-AAAC----TTGAAGTGTATGTTTCGTTG-------TTT-TT--ATT
gi|23                         :        tagtACAACGGAAGTGCTTCCAGGTC-----GTA----GAG---GGCC-TGA--AATGAGTCCATAGT--AAAA----TT-AACTGTAGG
gi|24                         :                                                                                         AAGTGTCGGTTTCATGCTCATGTGTTT-TT--ATTG--AAAATGC--TGATTAAATG
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ACAATTTACTGTAAGTTACACAGAGAAGTTTTG-TACCGGCGTGACA
gi|3                          :   TGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC-----GTA----GGG---CGCC-TGA--AATGAGTCCATAGTATAAAA----TTGAAGTGCAGGTCTCATGGTCATAT-TTT-TT--ATTG--AAAATGC--TAATTAAGTGCAGATAT----GT--AT----GTCTGTG-------AGCTAAAAA--A-GTGTTGTTGTTGATAAACCAAAGGTATTTCGTTGTTG-----CATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGGATGTG-GT-GGTAATGCGGCGGAAGTGTCAGATGTGCA------ATGTAAATATTGACAGTGACCTCAGCAATTTAAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTAATGG-TATCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACACATAA-TTGCTCTATAAGGAAACGGGACCAGTATATGGATTGGAAGGTCTGG--GAATTGGTCAGAGGTAGGACAATATTGACAATTTACTATAAGTTATATAGAGGAATTTTG-AACAGGTGTGACACCTt
gi|4                          :   TGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC-----GTA----GGG---GGCC-TGA--AATGAGTCCATAGTA-AAA-----TTACAATGTAGGTCTCATGGTCATAT-TTT-TT--ATTG--AAAATGC--TGATTAAGTGCAGATGT----TT--AT----GTTTGTG-------AGCTAAAAT--A-GTGGTGGCATTGATAAATCAGAGGTATTTCTTTGTTG-----TATTTCAGGACTACTTTCCGAGAACTTGCAGTCAGGGATGTG-GT-GGTAATGCGGCGGAAGTGTCAGATGTGCA------GTGTAAATTTTGACAGTGACCTCAGCAATTTCAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTAATGG-TATCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACATTTAA-TTGCTCTACAAGGAAACGGGACAAGTATATGGATTGGAAGGTCTGG--GAATTGGTCAGAGGCAGGACAATATTGACAATTTATTATAAGTTATAT---GGGATTTTG-TACAGGTGTGACACCT
gi|5                          :   TGTCACACCACTATGGAAGTGATTCCGGGTC-----A-A----GGG---GGCCCTGA--AATGAGTCCATAGTA-AAA-----TTGAAGTGTAGGTCTCATGGTCATAT-TTT--T--ATTG--AAAATGC--TTATTAAGTGCAGATGT----AT--AT----GTTTGTG-------AGCTAAAAT--A-GTGGTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTTTTTTGTTG-----TATTTCAGGACTACTTTCCGAGAACTTGCAGTCAGGGATGTG-GT-GGTAATGCGGCGGAAGTGTCAGATGTGCA------GTGTAAATTTTGACAGTGACCTCAGCAATTTCAAATATGTGGAAAAGTTAAACCTTAATGG-TATCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACATATAA-TTGCTCTACAAGGAAACGGGACCAGTATATGGATTGGAA------G--GAATTGGTCAGAGGCAGGACAATATTGACAATTTACTTTAAGTTATAGAGAGGGATTTTG-
gi|6                          :                                gg-----GTA----GGG---G-CA-TGA--AACCAGTGCATAGTT-AAA-----CTGAAGT--AGGTTTCATGGTCATAT-TTTGTT--ATTG--AAAATAC--TGATTAAGTGTAGATAT----AT--AT----GTGTATG-------AGATAAAAT--A-GTGTTGTT-TTGATAAATC-----------TGTGTTG-----TATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGAGATGTG-GA-TGTAATACGGCAAAAGAGTCAGCTGCGGA------GTGTAAATATTGACAGTGACCTCAGAAATATTGAATTTGTGGAAAAGTTAAGCCTTAATGG-TACCACTTTCTGTGGATAGTTCTGGATACTTGTTA-TTGCTTTACAAGGAAACATGACGAGTATACCAATCGGAAGCTCTGG--GAATCGGTTAGAGACGGGCCAATATTGACAAATTACTATACGTTATATAGAGGGACTGTG-TACAGGTGTGACACTT
gi|7                          :                                                          tA--AAT-AGTGCCTAGTA-AAAA----TTGAAGTATATGTTTCATGTTGATAT-CTT-TA--AT-G--AAATTGC--TGACTTAGTGCAGATAT----AT--AT----GTCTGTG-------AG------------TGGTGTCGTTTCTAAAACAGACGTATTTCTGTGTTG-----TATTTCAGAACTACTTTCCGACAACATGCAGTCAGGTATGTG-GG-TGTGATGCGGCGGGAGTATCAGCTGTCGA------GTGTAAATATTGACAATGACCTCAAAATTTTCAAATTTGTGGAATAGTTAAACCCTAATGA-TACCATTGTCTGTGGATAATTTACGGGAC-TTTAAGTTCCTTTACAGGGAAACAGGACCAGTCTATGGATCGGAATACCAAA--GAAATAGTCAGAACCAGGACAATACTGACAATTTTTTATAAGTTATATAGAGGGATTGTG-TACAGGTGGGACAC
gi|8                          :   TGTCACAGCACTACGGAAGTGCTTTCGGGTC-----GT--------------C---A--AAT-AGAACAAAGTA-AAAA----TGAAAGTGTAGGTTTCATGTTCACAT-TTT-T---ATAA--ATAATAA--TAATAAAATGCTGATAT----AT--AT----ATATATGTATATATAGCTCAAAT--A-GTGTTGTCGATGATCAATCATCGGTATTTCTGT----------ATTTCAGAACTATTTTCCGTGAACATGCAGTCAGATATGAG-GG-TGTAAAACGACAGAAGAGATGGCTGTGCC------TTGAAAATATTAACAGTGACTTCAGA--CTTCT--TTTGCGGAAAAGTTAAACATGAATGG-TACCATTTTCTGTGGATAATTCTTGTGACGTCCAT-CTACTTTGCAATGCAACAGGACCAATATGTGAATCGGAATGTCAGGCAAAATTGGACAGAAACAt
gi|9                          :                                                                                                                                                   AGATAT----AT--AT----GTCTGTA-------AGCTAAAAT--A-GTGGTGTT---GATAAATCAGAGGTATTTCTGTGTTG-----TATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGGATGTG-GT-TGTAATGCGGCGGAAGTGTCAGTTGCGGA------GTGTAAATATTTACAGTGACCTGAGAAATTTCAAATTTGTGGAAAAGTTTAACATTATTGG-TACCATTCTCTGTGGATAATTTTTGAGACACATAA-TTGCTTTAC-AGGAAACGGGACCAGTATATGGATCGAAAGGTCTGG--GAATTGGTCAGAGACAGGACACTATTGACAATTTACTACAAG--------------TTTG-TACAGGTGTGACAttag


blockSeqs                     :                                  ATATT   AGGTGGG       C A AC   G   C       T   AGTTT  GA                      G   G  TT    AA       AT                 GACA  TG  TAT   C    TATATAT  C      TG A                               G     GTTTC                                          T  AT                          G TATTGT                                                             A                             A T   G                                           A  CA                                                            .
blockSeqs                     :                                  .       GGGAGA        . G .    T   A       .   T      GA                      .   G  .     AA       .                  .     .   .     C    .        C      TG .                               G     .                                              .  G                           A .                                                                  .                             A T   .                                           A  .                                                             .
blockSeqs                     :                                  .       GGG           . G .    G   G       .   A      GA                      .   .  .     .        .                  .     .   .     A    .        G      .  .                               G     .                                              .  G                           G .                                                                  .                             T T   .                                           A  .                                                             .
blockSeqs                     :                                  .       GGG           . G .    G   G       .   A      AT                      .   .  .     .        .                  .     .   .     G    .        A      .  .                               G     .                                              .  T                           G .                                                                  .                             T T   .                                           T  .                                                             .
blockSeqs                     :                                  .       GAG           . C .    G   A       .   A      GA                      .   .  .     .        .                  .     .   .     C    .        C      .  .                               G     .                                              .  T                           C .                                                                  .                             A A   .                                           T  .                                                             .
blockSeqs                     :                                  .       GGG           . G .    G   A       .   C      GA                      .   .  .     .        .                  .     .   .     C    .        C      .  .                               T     .                                              .  T                           C .                                                                  .                             A A   .                                           T  .                                                             .
blockSeqs                     :                                  .       GGG           . G .    G   C       .   A      AC                      .   .  .     .        .                  .     .   .     T    .        A      .  .                               T     .                                              .  T                           C .                                                                  .                             A T   .                                           T  .                                                             .
blockSeqs                     :                                  .       GGG           . G .    G   C       .   A      GA                      .   .  .     .        .                  .     .   .     T    .        C      .  .                               T     .                                              .  G                           C .                                                                  .                             A A   .                                           A  .                                                             .
blockSeqs                     :                                  .       GGG           . G .    G   G       .   A      GA                      .   .  .     .        .                  .     .   .     T    .        C      .  .                               T     .                                              .  G                           G .                                                                  .                             T G   .                                           A  .                                                             .
blockSeqs                     :                                  .       GG            . G .    C   C       .   A      GA                      .   .  .     .        .                  .     .   .     C    .        C      .  .                               T     .                                              .  G                           G .                                                                  .                             G T   .                                           T  .                                                             .
blockSeqs                     :                                  .       A             . . .    .   C       .   .      AA                      .   .  .     .        .                  .     .   .     C    .        A      .  .                               T     .                                              .  G                           C .                                                                  .                             A C   .                                           .  .                                                              
blockSeqs                     :                                  .       .             . . .    .   C       .   .      G                       .   .  .     .        .                  .     .   .     T    .        C      .  .                               G     .                                              .  T                           G .                                                                  .                             . A   .                                                                                                             
blockSeqs                     :                                  .       .             . . .    .   C       .   .      A                       .   .  .     .        .                  .     .   .     T    .        C      .  .                               G     .                                              .  T                                                                                                                                                                                                                                                  
blockSeqs                     :                                  .       .             . . .    .   G       .   .      .                       .   .  .     .        .                  .     .   .     G    .        .      .  .                               G     .                                              .  T                                                                                                                                                                                                                                                  
blockSeqs                     :                                                            .    .   G       .   .      .                       .   .  .     .        .                  .     .   .     C    .        .      .  .                               G     .                                              .  T                                                                                                                                                                                                                                                  
blockSeqs                     :                                                            .    .   A       .   .      .                       .   .  .     .        .                  .     .   .     A    .        .      .  .                               .     .                                              .                                                                                                                                                                                                                                                     
blockSeqs                     :                                                            .    .   .       .   .      .                       .   .  .     .        .                  .     .   .     C                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
blockSeqs                     :                                                                                                                    .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    


blockSeqCons                  :                                                                                 A****                                                                             ****
originalCons                  :   TGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC-----GTA----GGG---GGCC-TGA--AATGAGTNCATAGTA-AAAA----TTGAAGTGTAGGTTTCATGGTCATAT-TTT-TT--ATTG--AAAATGC--TGATTAAGTGCAGATAT----AT--AT----GTCTGTG-------AGCTAAAAT--A-GTGGTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTTCTGTGTTG-----TATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGGATGTG-GT-TGTAATGCGGCGGAAGTGTCAGCTGTGNA------GTGTAAATATTGACAGTGACCTCAGAAATTTCAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTAATGG-TACCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACATNTAA-TTGCTTTACAAGGAAACGGGACCAGTATATGGATCGGAAGGTCNGG--GAATTGGTCAGAGGCAGGACAATATTGACAATTTACTATAAGTTATATAGAGGGATTTTG-TACAGGTGTGACACCT
finalCons                     :   TGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC-----GTA----GGG---GGCC-TGA--AATGAGTNCATAGTA-AAAA----TTGAAGTGTAGGTTTCATGGTCATAT-TTT-TT--ATTG--AAAATGC--TGATTAAGTGCAGATAT----AT--AT----GTCTGTG-------AGCTAAAAT--A-GTGGTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTTCTGTGTTG-----TATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGGATGTG-GT-TGTAATGCGGCGGAAGTGTCAGCTGTGNA------GTGTAAATATTGACAGTGACCTCAGAAATTTCAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTAATGG-TACCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACATNTAA-TTGCTTTACAAGGAAACGGGACCAGTATATGGATCGGAAGGTCNGG--GAATTGGTCAGAGGCAGGACAATATTGACAATTTACTATAAGTTATATAGAGGGATTTTG-TACAGGTGTGACACCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ACAAGCTACGAATTGTTAATCTTCATGGCCGAGTGGCATAATGTGAGCTGTCTAAAAAAAACAGGAACCTCTTCATGGTATCACGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                 1               22222                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
lowQualScore                  :                                  66666   6666666666    2 2 33   2   1       2   00000  55                      2   4  22    66       33                 4444  33  8888  1    7777777  1      66 2        0                      1     55555                                          2  44                     0    1 888888                         0                                   3                             1 1   3                                       0   2  44             0                                              3                
lowQualScore                  :                                  .....   ..........    . . ..   .   .       .   .....  ..                      .   .  ..    ..       ..                 ....  ..  ....  .    .......  .      .. .        .                      .     .....                                          .  ..                     .    . ......                         .                                   .                             . .   .                                       .   .  ..             .                                              .                
lowQualScore                  :                                  77777   9999999999    7 7 11   2   8       2   33333  00                      2   2  99    11       11                 7777  11  6666  4    6666666  8      55 4        7                      8     99999                                          4  00                     8    0 888888                         2                                   1                             9 0   1                                       4   2  66             1                                              6                
consensus                     :   TGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC-----GTA----GGG---GGCC-TGA--AATGAGTNCATAGTA-AAAA----TTGAAGTGTAGGTTTCATGGTCATAT-TTT-TT--ATTG--AAAATGC--TGATTAAGTGCAGATAT----AT--AT----GTCTGTG-------AGCTAAAAT--A-GTGGTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTTCTGTGTTG-----TATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGGATGTG-GT-TGTAATGCGGCGGAAGTGTCAGCTGTGNA------GTGTAAATATTGACAGTGACCTCAGAAATTTCAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTAATGG-TACCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACATNTAA-TTGCTTTACAAGGAAACGGGACCAGTATATGGATCGGAAGGTCNGG--GAATTGGTCAGAGGCAGGACAATATTGACAATTTACTATAAGTTATATAGAGGGATTTTG-TACAGGTGTGACACCT
Reference ( family-1297 )     :   TGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC-----GTA----GGG---GGCC-TGA--AATGAGTNCATAGTA-AAAA----TTGAAGTGTAGGTTTCATGGTCATAT-TTT-TT--ATTG--AAAATGC--TGATTAAGTGCAGATAT----AT--AT----GTCTGTG-------AGCTAAAAT--A-GTGGTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTTCTGTGTTG-----TATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGGATGTG-GT-TGTAATGCGGCGGAAGTGTCAGCTGTGNA------GTGTAAATATTGACAGTGACCTCAGAAATTTCAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTAATGG-TACCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACATNTAA-TTGCTTTACAAGGAAACGGGACCAGTATATGGATCGGAAGGTCNGG--GAATTGGTCAGAGGCAGGACAATATTGACAATTTACTATAAGTTATATAGAGGGATTTTG-TACAGGTGTGACACCT
gi|1                          :   TGTCACACCACTACAGAAGTGCTTCCGGGTC-----GTA----GAG---GGCC-TGA--AATGAGTCCATAGTA-AAA-----TTGAAGTGCAGGTCTCATTGTCATAT-TTT-TT--ATTA--AAAATGC--TAATTAAGTGCAGATAT----AT--ATATAGGTATGTG-------AGCTAAAAT--A-TTGGTGTTGTTGATAAATCAGAGGCATTTTTTTGTTG-----TATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGGATGTG-GT-GGTAATGCGGCGGACGTGTCAGATGTGCA------GTGTAAATATTGACAGTGACCTCAGCAATTTAAAATTTATGGAAAAGTTAAACCTTAATGG-TGTCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACATATAA-TTGCTCTACAAGAAAACGGGACCAGTATATGGATTGGAAGGTCTTG--TAATTGGTCAGAGGCGGGACAATATTGATAATTTACTATAAGTTATATAGAGGGGTTTTGTTACAGGTATGACACCT
gi|10                         :                        gTTCCGGTTC-----GTA----GG------CC-TAA--AATGAGTCCATAGTA-AGA-----TTG---TGTA-----CATG--TATAT-TAT-TT--ATTG--AAAATG-----------------------------------TCTGTG-------AGCTAAAAA--AAGTGGTACTGTTGATAAATCAGAGGTATTTCTGTGATG-----TATTCCAGACCTACTTTCCGAGAACATACAGTCATGGATGTG-GT-GGTAATGCTGCGGAAATGTCAGCTGTGGA------GTGTAAATATTGACAGTGACCTGAGAAATCTCAAATTTGTGGA------AAACCTTAATGA-TACCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGATATTTAG-TTGCTTTTTAAGGAAACGGAACCAACATATGGATCGGAAGGTCAGA--G-ATTGGCCAGAGACGGGAAAATATTGATAATTTATTCTGATGTATATAGATGAATTTT
gi|11                         :                                                                                                                                                      tAT----GC--AT----GTCTGTG-------AGCTAAAA---A-GTGATGTTAATGATAGATCAGAGGTATTTCTGTGTTG-----CATTT-AGAACTACTTTCCAAGAACATGCAGTCAGGGATGTG-GT-GGTATTGCGGCGGAAGTGTCATCTGTGAATATTGTGTGTAAATATTGACAGTGACCTGAGAAATTTCAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTAATGG-TACCATTTTCTGTGAATAAGTCTAGAGACATTTAA-TTGCTTTGCAAGGAAACGGGACCAGTATATGGATCGGAAGGTCAGG--AAATTGGTCAGAGACAGGACAATATTAACACTTTACTATAAGTTATATAGAAGGATTTTG-TACAGGCGTGAC
gi|12                         :   TATCACACAACTACAAATGTGCTTCCTGTTT-----GTA--------------------AAT-ATTACGTTGTA-AAAT----TT--AGTGT--------TGGTCACAT-GTT-TT--ATTA--GAAATGC--TGATTAAGTGCAGATAT----ATTGAT----GTATGTG-------AGGAAAAAT--A-GTGTTGATGTTGATAAATCAG---------------G-----TATTTCCGAACTACTTTCCGAGAATATGCGGTTAGGGATGTG-TG-TGTAATAAGGCGGAAGAGTCAGCTGCGGA------GTGTTAATGTTGACAGTGACTTCAGAAATGTTACATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTCATGGATACCATTTTCTGTGGACAATTCTGAAGACTTTTAA-TTGCTTTACAAGGATACAGGAC
gi|13                         :                             GGTTT-----GTA----GGG---GGCA-TGA--AACTAGTGCAGAGTT-AAA-----TTGAAGTGTAGGTTTCATGGTCACAT-TTTGTT--ATTG--AAAATAC--TGATTTAGTGTAGATAT----AT--AT----GTGTATG-------AGATAAAAT--A-GTGTTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTTCTGTGTTG-----TA-TTCAAAAATACTTTCTGAGAACATGCAGTCATGAATGAA-GA-TGTAAAACGGCG
gi|14                         :                               caagctatgaattgttaatcttcgtggcagagtggcgtaatgtgagctgtctaaaaaacacgaacctcttcatggtgtcacgtTT-TG--ATTG--AAAATAC--TGATTATGTGCAGATAT----AT--AT----GTCTGTG-------AGCTAAAAT-----TGTT-TTGCTGATAAATCAGAAGTATTTCTGTGTTG-----GTTTTCAGAACTACTCATCTAGAACATGCGGTTATGGATGTGTGTATGTTATGCAGCGTAAAAGTCAGCTGTGGC------TTGATAATATTGATAGTGACATTAGAAATGTTAAATGTGTAGAaggtatg
gi|15                         :       ACAACATTATAGAAGTA------GGTC-----A--------A---GGCG-T-A--AAC-AGCGCATCGTA-AAAA----CT-------AGCTTT-ATAGTCACAG-TTT-TT--ATTG--AAAGTAC--TGATCAAGTACATATAT----AT--ATTAT-GTCAGTG-------AGCTAAACA--A-GTGGTTCTGTTGATAAATACGAGGTATTTCTGTATTGGTTTCTACTTT----CTCCTTTCCGAGAACATGCTGTTATGGATATG-G
gi|16                         :                                                           t--AAT-AGTACATAGTG-AAAA---------ATGTAGGTTTCATGGTCACAT-TTT-TT--ATTGAAAAAATGC--TGATTAAGTGCAGATAT----AC--AT-----TTTGT---------------ATTGA-GTGGTAT--------AAT-----GTCTTTCTTTGTTG-----TATTTCAGAACTACTTTTCGAGAACATGCAGTGAGGGGTGTC-GT-TGTACTGCAGCGGAAa
gi|17                         :                                                        catg--AAT-AGTACATAGTG-AAAA---------ATGTAGGTTTCATGGTCACAT-TTT-TT--ATTGAAAAAATGC--TGATTAAGTGCAGATAT----AC--AT-----TTTGT---------------ATTGA-GTGGTAT--------AAT-----GTCTTTCTTTGTTG-----TATTTCAGAACTACTTTTCGAGAACATGCAGTGAGGGGTGTC-GT-TGTACTGCAGCGGAAtggtc
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gcatgGA-TACCATTTTATGTGGTTAATTCTGGAGATTTTCAA-TTGTTTTACAAGAAAACAGTACCAGCATATGGATCATAATGTCAGG--AAATTGAACAGATACAGGAGAATAATGACAATTTACTATAAGATATATAGAGGGATTTTA-TACAGGTGTCACACtg
gi|19                         :   TGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC-----------------------TGA--AATGAGTCCATAGTA-AAA-----TTGAAGTGTAGGTTTCATGGTAATAA-TTT-TT--ATTG--AAAATGC--TGATAAAGTGTAGATATGACAAT--AT----GTTTAT
gi|2                          : ggTGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC-----GTA----GGG---GGCC-TGA--AATGAGTCCATAGTA-AAA-----TTGAAGTGCAGGTCTCATGGTCATAT-TTT-TTTTATTG--CAAATGC--TAATTAAGTGCAGATAT----AT--AT----GTCTGTG-------AGATGAAAT--A-GTGGTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTTCGTTGTTG-----CATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGGATGTG-GT-GGTAATGCGGCGGAAGTGTCAGATGTGCA------ATGTAAATATTGACAGTGACCTCAGCAATTTAAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCATAATGG-TATCATTTTCTGTGAATAAATCTGGAGACATATAA-TTGCTCTACAAGGAAACGGGCCCAGTATATGGATTGGAAGGTCTGG--GAATTGGTCAGAGGCAGGACAATATTGCCAATTTACTACAAGTTATATAGAGGGATTTTG-TACAGGTGTGACACCt
gi|20                         :  gTGCCCTACCAC-ACAGAAGTGCTTCCGGTTCATATTGTA----GGGAGAGGCC-T-A--AAT-AGAGCATAGTG-AAAAGTTTTTATTGTGTGGATTACATTGTCACAT-ATT-TT--ATTG--GAAATGCATTGATT
gi|21                         :   TGTTGCACCACTACGGAAATATTCCCAGTTC-----GTAAGGTGGG---GGCG-TCAACAATGA----ATAGTA-AAAC----TTGAAGTGTATGTTTCGTTG-------TTT-TT--ATT
gi|23                         :        tagtACAACGGAAGTGCTTCCAGGTC-----GTA----GAG---GGCC-TGA--AATGAGTCCATAGT--AAAA----TT-AACTGTAGG
gi|24                         :                                                                                         AAGTGTCGGTTTCATGCTCATGTGTTT-TT--ATTG--AAAATGC--TGATTAAATG
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ACAATTTACTGTAAGTTACACAGAGAAGTTTTG-TACCGGCGTGACA
gi|3                          :   TGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC-----GTA----GGG---CGCC-TGA--AATGAGTCCATAGTATAAAA----TTGAAGTGCAGGTCTCATGGTCATAT-TTT-TT--ATTG--AAAATGC--TAATTAAGTGCAGATAT----GT--AT----GTCTGTG-------AGCTAAAAA--A-GTGTTGTTGTTGATAAACCAAAGGTATTTCGTTGTTG-----CATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGGATGTG-GT-GGTAATGCGGCGGAAGTGTCAGATGTGCA------ATGTAAATATTGACAGTGACCTCAGCAATTTAAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTAATGG-TATCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACACATAA-TTGCTCTATAAGGAAACGGGACCAGTATATGGATTGGAAGGTCTGG--GAATTGGTCAGAGGTAGGACAATATTGACAATTTACTATAAGTTATATAGAGGAATTTTG-AACAGGTGTGACACCTt
gi|4                          :   TGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC-----GTA----GGG---GGCC-TGA--AATGAGTCCATAGTA-AAA-----TTACAATGTAGGTCTCATGGTCATAT-TTT-TT--ATTG--AAAATGC--TGATTAAGTGCAGATGT----TT--AT----GTTTGTG-------AGCTAAAAT--A-GTGGTGGCATTGATAAATCAGAGGTATTTCTTTGTTG-----TATTTCAGGACTACTTTCCGAGAACTTGCAGTCAGGGATGTG-GT-GGTAATGCGGCGGAAGTGTCAGATGTGCA------GTGTAAATTTTGACAGTGACCTCAGCAATTTCAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTAATGG-TATCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACATTTAA-TTGCTCTACAAGGAAACGGGACAAGTATATGGATTGGAAGGTCTGG--GAATTGGTCAGAGGCAGGACAATATTGACAATTTATTATAAGTTATAT---GGGATTTTG-TACAGGTGTGACACCT
gi|5                          :   TGTCACACCACTATGGAAGTGATTCCGGGTC-----A-A----GGG---GGCCCTGA--AATGAGTCCATAGTA-AAA-----TTGAAGTGTAGGTCTCATGGTCATAT-TTT--T--ATTG--AAAATGC--TTATTAAGTGCAGATGT----AT--AT----GTTTGTG-------AGCTAAAAT--A-GTGGTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTTTTTTGTTG-----TATTTCAGGACTACTTTCCGAGAACTTGCAGTCAGGGATGTG-GT-GGTAATGCGGCGGAAGTGTCAGATGTGCA------GTGTAAATTTTGACAGTGACCTCAGCAATTTCAAATATGTGGAAAAGTTAAACCTTAATGG-TATCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACATATAA-TTGCTCTACAAGGAAACGGGACCAGTATATGGATTGGAA------G--GAATTGGTCAGAGGCAGGACAATATTGACAATTTACTTTAAGTTATAGAGAGGGATTTTG-
gi|6                          :                                gg-----GTA----GGG---G-CA-TGA--AACCAGTGCATAGTT-AAA-----CTGAAGT--AGGTTTCATGGTCATAT-TTTGTT--ATTG--AAAATAC--TGATTAAGTGTAGATAT----AT--AT----GTGTATG-------AGATAAAAT--A-GTGTTGTT-TTGATAAATC-----------TGTGTTG-----TATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGAGATGTG-GA-TGTAATACGGCAAAAGAGTCAGCTGCGGA------GTGTAAATATTGACAGTGACCTCAGAAATATTGAATTTGTGGAAAAGTTAAGCCTTAATGG-TACCACTTTCTGTGGATAGTTCTGGATACTTGTTA-TTGCTTTACAAGGAAACATGACGAGTATACCAATCGGAAGCTCTGG--GAATCGGTTAGAGACGGGCCAATATTGACAAATTACTATACGTTATATAGAGGGACTGTG-TACAGGTGTGACACTT
gi|7                          :                                                          tA--AAT-AGTGCCTAGTA-AAAA----TTGAAGTATATGTTTCATGTTGATAT-CTT-TA--AT-G--AAATTGC--TGACTTAGTGCAGATAT----AT--AT----GTCTGTG-------AG------------TGGTGTCGTTTCTAAAACAGACGTATTTCTGTGTTG-----TATTTCAGAACTACTTTCCGACAACATGCAGTCAGGTATGTG-GG-TGTGATGCGGCGGGAGTATCAGCTGTCGA------GTGTAAATATTGACAATGACCTCAAAATTTTCAAATTTGTGGAATAGTTAAACCCTAATGA-TACCATTGTCTGTGGATAATTTACGGGAC-TTTAAGTTCCTTTACAGGGAAACAGGACCAGTCTATGGATCGGAATACCAAA--GAAATAGTCAGAACCAGGACAATACTGACAATTTTTTATAAGTTATATAGAGGGATTGTG-TACAGGTGGGACAC
gi|8                          :   TGTCACAGCACTACGGAAGTGCTTTCGGGTC-----GT--------------C---A--AAT-AGAACAAAGTA-AAAA----TGAAAGTGTAGGTTTCATGTTCACAT-TTT-T---ATAA--ATAATAA--TAATAAAATGCTGATAT----AT--AT----ATATATGTATATATAGCTCAAAT--A-GTGTTGTCGATGATCAATCATCGGTATTTCTGT----------ATTTCAGAACTATTTTCCGTGAACATGCAGTCAGATATGAG-GG-TGTAAAACGACAGAAGAGATGGCTGTGCC------TTGAAAATATTAACAGTGACTTCAGA--CTTCT--TTTGCGGAAAAGTTAAACATGAATGG-TACCATTTTCTGTGGATAATTCTTGTGACGTCCAT-CTACTTTGCAATGCAACAGGACCAATATGTGAATCGGAATGTCAGGCAAAATTGGACAGAAACAt
gi|9                          :                                                                                                                                                   AGATAT----AT--AT----GTCTGTA-------AGCTAAAAT--A-GTGGTGTT---GATAAATCAGAGGTATTTCTGTGTTG-----TATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGGATGTG-GT-TGTAATGCGGCGGAAGTGTCAGTTGCGGA------GTGTAAATATTTACAGTGACCTGAGAAATTTCAAATTTGTGGAAAAGTTTAACATTATTGG-TACCATTCTCTGTGGATAATTTTTGAGACACATAA-TTGCTTTAC-AGGAAACGGGACCAGTATATGGATCGAAAGGTCTGG--GAATTGGTCAGAGACAGGACACTATTGACAATTTACTACAAG--------------TTTG-TACAGGTGTGACAttag
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ACAAGCTACGAATTGTTAATCTTCATGGCCGAGTGGCATAATGTGAGCTGTCTAAAAAAAACAGGAACCTCTTCATGGTATCACGT