lowQualScore                  :                     1                                                                        1                                                   222     555555555           22                                                                 11111111      111111    222222222222222222222222222   111                                                                               222             1                     111       1                                                                                                                    1111111                           11111           2222222222222222222222222         1                    2222222222      3333333333333333                                      11        1          1                                            11   1            1111   11                111      11                     33333     11111        22222   2222            11  2222                 2222                     777777777              22        
lowQualScore                  :                     3                     1   5               888    888                2    6  7        888                                     666     222222222       2   22   99    66   66       66    66               0  5       4    4  22222222      111111    999999999999999999999999999   222      2  4        4  4          777               6     9     6    66     1    777        6    0           8     2   666       0                            3        6       6     6  6           3                        2                        0000000         0       3    66   55555     55    6666666666666666666666666   3     0  0              0  4444444444 2    2222222222222222 4  2       6       1      0  44 44   22  3   0 5          5                               1            33   0          6 2222   11            6 0 000  5 0 11         999         00000     33333      2 11111   3333     3      22  5555   6     44  9   8888     8   3 6         000000000  55  3       11        
lowQualScore                  :                     .                     .   .               ...    ...                .    .  .        ...                                     ...     .........       .   ..   ..    ..   ..       ..    ..               .  .       .    .  ........      ......    ...........................   ...      .  .        .  .          ...               .     .     .    ..     .    ...        .    .           .     .   ...       .                            .        .       .     .  .           .                        .                        .......         .       .    ..   .....     ..    .........................   .     .  .              .  .......... .    ................ .  .       .       .      .  .. ..   ..  .   . .          .                               .            ..   .          . ....   ..            . . ...  . . ..         ...         .....     .....      . .....   ....     .      ..  ....   .     ..  .   ....     .   . .         .........  ..  .       ..        
lowQualScore                  :                     2                     7   7               888    888                2    8  1        888                                     000     333333333       7   00   66    11   11       11    11               1  8       4    4  88888888      555555    222222222222222222222222222   999      2  0        0  0          000               0     8     6    99     4    000        0    9           8     2   555       9                            7        0       7     7  0           5                        5                        6666666         1       5    22   88888     55    2222222222222222222222222   0     5  2              2  5555555555 5    0000000000000000 5  2       0       2      2  00 88   00  2   2 8          0                               0            88   0          0 2222   00            2 8 000  0 8 00         222         44444     88888      5 55555   0000     2      88  0000   0     00  0   2222     8   0 7         555555555  55  0       00        
consensus                     :       GTGAACGTGCCATTGGCATGCTTAATGCTGGTATTGCGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGGACGTACGGAAGATTTACCACGT--AGTGGACGTCCGCGCGTCACGAC-GCATG--GGC--AAGACCG--CTAT--ATCATGAACACCCACCTACGCAATCG-TTTC-CA----A---ACTGCC------ACTG---------C------CGC--T--NA-CACCCCTGGTACACA-TAACAACC-GA-ATATCTGACC---AAACTGTACGCAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTACGTTGGCTGTGTTATGACGCGACGTCACCGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCACGTACACACCATCGCTGGGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCGAAGTGATGGCAGGGTTCGAGTATA---C---CGTAGAAGAAATGAACGNTATGCCGAC-TGC-TGCGTNNTTGA-----AC-AAGATC-GCTCTGGGGGTGGNGGTTCCGTCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGCGCATGGTTATCGCC--ACACCT--CTCGTCGTGATCGATGGGAATTTGAATGCCCAACGNTACCAAGATGAGANTCTTGCAAGGCACGTCATCCCACTGTTTCAAAATAATGCCAACATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGCCACAAGCC--ATACGGCTAGAGNTAC-T-GTCAAT--TTTCTCGGGACGAATAACATTGC---ATTTATTGACGACTGGCC----CGCCG-ACAGCCCAGATCTGAATCCC--ATCGAACACGTGTGGGA--C-AATTTGGACNATCGTGTTAGATGTTGNNNNATNNCANCATCAAACCTCAATGAA
Reference ( gi|1 )            :       GTGAACGTGCCATTTGCATGCTTAATGCTGGTATTGTGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCATGCTTTTTGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGGACGTACGGAAGATTAAACACGT--TGATAATGTCCGCGTGTCCTGAC-ACATG--GGC--AAGACCG--CTAT--ATCATGAACACCCACCTATGCAATCG-TTTC-CA----A---ACTGCC------ACTG---------C------TGC--T--TA-CACCCTTGGTACACA-TAACAACC-GA-ATATCTGACC---AAACTGTACGCAATCATCTGCACGAGGATGGT--CTACTTGGACAGTGTCCTTACATTGGATGTGTTATGACACGACGTCACCTTGTAAATCATGTTAATTGGGCACGTACACACCATCGCCGGGTAAGGTAACAATG-GAATA-GCATTCTCTTCTCCAACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCAAAGTGATGGCAGGGTTCGAGTATA---C---CGTAGAAGAAATGAACGTTATGTCGAC-TGC-TGTGTACTTGA-----AC-AAGATC-ATTTTGGGGGTGGAGGTTCTGTCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGCACATGGTTATCAC---ACATCT--CTTGTTGTGATTGGTGGGAATTTGAATGCCCAACACTACTGAGATGAGATTCTTGCAAGGAACGTCATCCCACTGTTTTAAAATAATGCCAATATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGTCACAAGCC--ATACAGCTAGAGATAC-T-GTGAAT--TTTCTCAGGACGAATAACATTGC---ATTTATTGATGACTGGCC----CGCCA-AAAGCCCAGATCTGAATCAC--ATCAAACACATGTTGGA--T-AATTTGGACAAGTGTGTTAGA-----CCTTATTCCAACATCAAATGTCAATGAA
gi|2                          :       GTGAACGTGCCATTGGCATGCTTAATGCTGGTATTATGAC-AAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTTGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGGACTTACGGAAGATTTACCACGT--AGTGGACATCTGCGCGTCACAAC-GCATG--GGC--AAGACTG--CTAT--ATCATAAACACCCACCTATGCAATTG-TTTC-CA----A---ACTGCC------ACTG---------CCACTGCTGC--T--AA-TAACCCTGGTTCACC-TAACAACT-GA-ATATCTGAAT---AAACTGTACGCAATTGTCTGCGCAAGGGTGGT--CTATTTGGACGTCTTCCTTACGTTGGCTGTGTTATGACGCGATGCCA---TGTAAATCGTGTTAATTGGGCACATACACACCATCGCTGTGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCTGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATAGAAGTGATGGCAGGGTTTGTGTATA---C---CGTAGAAGAAATTAACATTATGCCGAC-TGC-TGTGTACTTGA-----AC-GAGATC-GTTTTGGGGGTGGAGGTTCCATCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGTGCATGGTTATCGC---ACACTT--GTCATCGTGATCGATAAGAATTTGAATGCCC-ACACTACCAAAATGAGAATCTTGCAAGGCATGTCATCCCACTGTTTTAAAATAATGCCAACATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGCCACAAGCC--TTACAGCTAGAGATAC-T-GTGAAT--TTTCTCAGGACAAATCACATTGC---ATTTATTGATGAC
gi|4                          :   ttacGTGAACGTGCCATTGGCATGCTTATGGCTGGTATTGCGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAACCGTGCTATTCGAAACCTC---ATGCAACGTTTTCAAGCAACAGGACGTACGGAAGATTTACCACGT--AGTGGACGTCCACGCGTCACGAC-ACATG--GGT--AAGACCG--CTAT--ATCATGAAAACACAC-------ATCG-TTTC-CA----A---ACTGCC------ACTGCCACTGTCAC------TGC--TGCTACCATCCCTGGTACACA-TAACAACC-GA-ATATCTGACC---GAACTGTATGCAATCGTCCGC---------GT--GTA----GACGTCGTCCTTACGTTGGCTGTATTATGACTCGACGTCACCGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCGCGCACACACCATCCCTGGGTAAGGCAACACTG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCGAAGTGATAGCAGGGTTCAAGTATA---C---CATATAAGAAA
gi|18                         : atttacGTGAACGTGCCATTGGCATGCTAAATGCTGGTATTGCGAC-GAATGAAGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---A
gi|10                         : agtttacTGAACATGCCATTCACATGCTTAATGCTGGTATTGCGAT-GAATGAGGTTGCTTG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCTATGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGGATGTATGGAAGATTTACCTCGT--AGTGGATGTCTGCACGTCACGAC-GCATG--GGC--AAGACCA--CTAT--ATCATGAACACCCACCTACGCAATTG-TTTC-CA----A---ACTGCC------ACTG---------C------TGC-----AA-TACCCCTGGTACATA-TAACAACC-GA-ATATCTGACC---AAACTGTACACAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACCTGGACGTCGTCGTTATGTAGGCTGTGTTATGACGCGACGTCACCGTGTAAATCGTGTTAATTGGGAACGTACA
gi|6                          :    tacaTGAACGTGCCATTGGCATGCTTAATGCTGATATTGCAAC-AAATGAGATTGCTAG---AGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGGACGTATGGAAGATTTACCATGT--AGTGGACGTCCGCGTGTCACGAT-GCATG--GGC--AAGACCG--CTAT--ACCATGAACACCCACTCA-GCAATCG-TTTC-CA----A---ACTGCC------ACTG---------C------TGC--T--AA-CACCTCTGGTACATA-TAACAACC-GA-ATATCTGGCC---AAGCTGTACGCAATTGTCTGCGCGAGGGTG
gi|5                          :               atttacaGCATGCTTAATGCAAGTGTTGTGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGGACGTATGGAAGATTTACCACAT--AGTGGACGTCCGCGCGTCACGAC-TCATG--GGC--AAGACCG--CTAT--ATCATGAACACCCACATATGCAATCG-TTTC-CA----C---ACTGCC------ACTG---------C------TGC--T--AA-CACCCCTGGTACACA-TAACAACC-GA-ATATCTGACC---AAACTGTACGCAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTACGTTGGCTGTGTTATGACGCGACGTCATTGCGTAAATC-TGTTAATTGGACACGTACGTACCATCGCTTAGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCGAAGTGATGGCATGATTCGAGTATA---C---CGTAGAAGAAAtgttatgatgcaacatcactgcgtaaatcgtgttaattgggcatgtacacaccatccctgggtaaggcaacaatggaatagcgttctcttctccaataagtcgtgcttttccattcatcaaagtgatggaagggtttgagtaaaccgcagaagaaat
gi|11                         :                     gGCATGCTGGAGGCTGGGGTTCCGACTGAA-GAAGTTGC-AGCACGATTTCGGTCGTCAGTGCAGGCGATAA-----GGAGCCTCCAAAGGCGAT-TTGTGTAG--ATCGGAAGTACCGCGGACTCACCACGGAGTGGCA--GACCGCGTGTCACGAC-TC--G--GGCCCAATGCCG--CTAT--ATCTTGGACCAGCACCTTCGAGATCGATTTCTCACCGCA---ACAGCT------ACAT---------C------CGCCGT--TA-CACTC--GGTACCCA-CAACGCCC-AG-GTTTCCACCC---CGGCTGTGCG
gi|7                          :                                 aatttactggatagagtcgtcgGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACATGACGTATGGCAGATTTTCCACGT--AGCGGACGTCAGCGCGTCACGAC-GCATG--GGC--AAGACCG--CTAT--ATCATGAACACCAACCTATGCAATCG-TTTC-CA----A---ACTGCCCTATCCACTG---------C------TGC--T--AA-CACCCCTGGTACACA-TAACAACC-AA-ATATCTGATC---AAACTGTACGCAATCGTCTGCGCGTGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTGCGTTGGCTGTGTTATGACGCGACGATACCGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCACGTACACACCATCGCTGGGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCCAAGTGATGGCAGGGTTCGAGTATA---G---CATAGAAGAAAT
gi|12                         :                                                                                                                                        ACGGAAGATTTACCACGTATTGG--ACGTCCGCGCGTCACGAC-GCATG--GGC--AAGACCG--CTAT--ACCATGAACACCCACCTACGCAATCG-TTTC-CA----A---ACTGCC------ACTA---------C------CAC--T--GC-CAC---TGCTGC----TAACACCCCGA-ATATCTGACC---AAATTGTACGCAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTACGTTGGCTGTGTTATGACGCAATGTCACTGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCATGTACACACCATCGCTGGGTAAGGtcgt
gi|15                         :                                                                                                                                                                 ACGTCCGTGCGT---AACGACGTGACGTC--AAGACAGGGCTATTCGTCATG----CCCACCTGCATAATCG----C-CA----CGTTACTGCC------ACTGAAA------C------CGC--TATTAATAC----GGTATGCAATCATAACC-GCCACAT-TCACCCAAAAACTGTAAGGAACCGATTGCGCGAGGTTGGT--CTc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                       acggaagggttgccgaccgaccgcgatcggg---ACTGCA------ACTG---------C------GGC--T--GT-TACGATAGGTAGCCA-TAACCGCC-CG-ATCGGCGATC---AGACTGTCCGGAATAGGTTGAGTGAACATGGTATCCGCT--GTCGTCGTCCTTACGTTAGACCTGTTCCGACTCAACG--ACATCGTAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                           caacaagtgggtcatgatctaccgagacgtactcgtggacgtgtcaccactcggcagcacgacaacgctttctgcctgagacatctaaggactagaactactcaagcgGGGTGTGTTATGATGCAACATCACTGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCATGTACACACCATCCCTGGGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCAATAAGTCGTGCTTTTCCATTCATCAAAGTGATGGAAGGGTTTGAGTAAA---C---CGCAGAAGAAAT
gi|13                         :                                                                                                                                                     atttacatgaacgtgccattggcatgcttaatgctgatattgcaacaaatgagattgctagagttgttggcagttctagccgtgctattcgaaaccttaggcaacgttttcaagcaacaggacgtatggaagatttaccatgtagtggacgtccgcgtgtcacgatgcatgggcaagaccgctataccatgaacacccactcagcaatcgtttccaaactgccactgctgctaacacctctggtacatataacaaccgaatatctggccaagctgtacgcaattgtctgcgcgaCACACTAACGACGG--AATGCAATGATGTGGAGACGCGTTATTTTCTCGGATGAAAAGAGATTCACGCTACAGAAAACAGACGGCCGAGTTCGAGTGTA---CTAACGTCGTGG---TGAACGGTATACCAAC--GCTTGCGTCGTTGAAGCTGAC-A--ACT-ACCC-----GTCGCGGTTCGGTTATGGTATGGGGAGCAATCAACTACGC-TGGTAA--ACTTGACA------TTGTCGTGGTCAACGATAACATGAACGTTCAGCGATACCAAAATGACA-TCTTG
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gAAGTGATGGCAGGGTTGGAGTATA---C---CATAGAAGAAATGAACGTTATGCTGAC-TGC-TGTTTACTTGA-----AC-AAGATC-GCTTTGGGTTTGGAGGTTCGGTCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGCGCATGGTTATCGC---ACATCT--CTCGCCGTGATTGATGGGAATTTGAATGATCAATGCTACCAAGATGAGATTCTTGCAAGGCACGTCATCCCACTGTTTCAAAATAATGCCAATATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGCCACAAGCC--ATACAGCTAGAGATAC-T-GTGAAT--TTCCTCAGGACGAATAACATTGC---ATTTATTGATGACTGGCC----CACCA-AAAGCCCAGATCTGAATCCC--ATCGAACACATGTGGGA--T-AATTTGGACAAGCATGTTAGATGTTGCCCTATTCCACCATCAAACCTCAATGAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TATATCGC---CGTCGGGGA---GAAAGATATGCAGACATG--TGCGTCATCGA-----AAGAAAATCGATTC----GATGGCGGCTCCGTGATTGTCTAGGCCGGTAT----CTCTC-T--TTAT-ACCA-ATACCTTCCTGGTTATGATTGATGGGAATCTAAATGCCAACCGGTACCAAG-CGGAAGTCTTACAAc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CAACATCACCTTATTTTCCAG-CATGATAATGCCTGACGCC--ATGTAGTCAGACTT---T-GTCAATACTTTCTCGTAAACCATAACATT-T---ACCCAC--ACGATTGG-C----CGCCGTACAGTCCAGATTTG--TCCCCAATTGAACATCTGTGGGA--CGAACTT-GACAccggtaccaaacggaagtcttacaaccgggaccaattccatatgtgcaggcaaacagataaataattttcaaacaggataaagcccgccttatacggccagaactacacgtcaaatgttgcaggtcaccaacatccgaaagttagactggccagcttgccggcccgatctcaatccgatcgaacacgtatggaacgatattaaccattggattaggaggctgccttaac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTT--CAAACAGGATAAAGCC-C--GCCTTATACGGCCAGAACTACAC-GTCAAA--TGTTGCAGGTC-ACCAACATC-CGAAAGTTA-----GACTGGCCAGCTTGCC----GGCCC-GATCTCAATCCG--ATCGAACACGTATGGAA--C-GATATTAACCATTGGATTAGg
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tatatcgccgtcggggagaaagatatgcagacatgtgcgtcatcgaaagaaaatcgattcgatggcggctccgtgattgtctaggccggtatctctctttataccaataccttcctggttatgattgatgggaatctaaatgccaaccggtaccaagcggaagtcttacaaccggtaccaaacggaagtcttacaaccgggaccaattccatatgtgcaggcaaacagataaataatC--ATACGGCTAACGTTAC-TCGTCA-T--TTTCTTGCGCAGAACAACGTTA----ATCTGTTGA--ACTGGCC----AGCCA-ACAGTCCAGACTCGTCTCCC--ATTGAACATA-ATTGGAACG-AATTAGGACCATTGTGTTCGA-----AAAAATGGCAACATCAAgaggctgccttaac
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TAAGCAGAAGGTATTTAAAGACCTGCCGTGTAGTGGATATCATGGTGTCACAACTCGCGTCTAAGACTACTTTAACAGAAATACCTACATGCAGGATCAGTCTCAGACAGCAACCACAAGTGTTGCTTATACACCTGGGGCCCATT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                        1111111111                                                                                    111111                    11111111                          2222222222222  111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  2222222       11111                                   1111     1        222   11111                              777777777777777777777777                             11         1      1     111    111                       11                                                                         22222         1        1                          11                  1                     555555555                        
lowQualScore                  :                                                5               777    777                                 777                       4     0            1111111111    555  44                    555     44  44      44  44    44  3     3       7777 000000  2   44    44   3  11111111    555  999999  555  555 9999999999999  000 2    2       3   3  2  1    444          666                           0    55    0                   4                    2                                                           5     5                                       0                        8888888                 1         88   8    22     3333333  3    11111        1     3                    7777     0        666   11111  1                           777777777777777777777777 0  8 1      6      8        33  2  2   0      0     777    777    3     1      3     11   8            6 11   99    0       1   666  2   99      0    5         22222     44  0        0  8888       0      66    11         4        6         1 55        444444444  22  1        2        
lowQualScore                  :                                                .               ...    ...                                 ...                       .     .            ..........    ...  ..                    ...     ..  ..      ..  ..    ..  .     .       .... ......  .   ..    ..   .  ........    ...  ......  ...  ... .............  ... .    .       .   .  .  .    ...          ...                           .    ..    .                   .                    .                                                           .     .                                       .                        .......                 .         ..   .    ..     .......  .    .....        .     .                    ....     .        ...   .....  .                           ........................ .  . .      .      .        ..  .  .   .      .     ...    ...    .     .      .     ..   .            . ..   ..    .       .   ...  .   ..      .    .         .....     ..  .        .  ....       .      ..    ..         .        .         . ..        .........  ..  .        .        
lowQualScore                  :                                                0               888    888                                 888                       4     4            1111111111    888  66                    888     66  66      66  66    66  3     3       1111 111111  9   66    55   3  22222222    888  666666  888  888 6666666666666  444 2    3       3   3  1  2    555          444                           7    55    8                   4                    2                                                           7     7                                       4                        3333333                 0         88   0    00     0000000  2    88888        0     2                    0000     6        444   44444  4                           000000000000000000000000 8  0 0      4      8        88  5  5   0      0     555    555    2     4      2     00   0            0 44   22    7       0   888  5   22      7    2         00000     88  5        0  8888       8      66    00         6        0         0 00        777777777  00  0        5        
consensus                     :        GTGAACGTGCCATTGGCATGCTTAATGCTGGTATTGCGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTACGGAAGATTTACC---A------CGTA---GT--GGACGTCCGCGCGTCACGAC---GCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-ACACCCA----C-----CTACGCA--ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------AC---TG---CC------------GC---TAACACCCCTGGTA-CAC-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---AAACTGTACGCAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTACGTT-GGCTGTGTTATGACGCGACGTCACCGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCACGTACACACCATCGCTGGGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCGAAGTGATGGCAGGGTTCGAGTATA---C---CGTAGAAGAAATGAACGTTATGCCGAC-TGCT-GCGTACTTGAA-----C-AAGATCG-TTTTGGGGGTGGAGGTTCCGTCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGCGCATGGTTATCGCNACACCT--CTCGTCGTGATCGATGGGAATTTGAATGCC------------------------CAAC-GCTACCAAGATGAGANTCTTGCAA--GGNACGTCA-TCCCAC-TGTTT---CAAA---ATAATGCCAACATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGCCACAAGCC--ATACGGCTAGAGNTAC-T-GTNAAT--TTTCTCGGGACGAATAACATTGC---ATTTATTGATGACTGGCCCGC-CG-ACAGCCCAGATCTGAATCCC--ATCGAACACGTGTGGGACGAATTTGGACNANCGTGTTAGAC-TT-----ATTCCAACATCAAACGTCAATGAA
Reference ( family-1276 )     :        GTGAACGTGCCATTGGCATGCTTAATGCTGGTATTGCGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTACGGAAGATTTACC---A------CGTA---GT--GGACGTCCGCGCGTCACGAC---GCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-ACACCCA----C-----CTACGCA--ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------AC---TG---CC------------GC---TNACACCCCTGGTA-CAC-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---AAACTGTACGCAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTACGTT-GGCTGTGTTATGACGCGACGTCACCGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCACGTACACACCATCGCTGGGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCGAAGTGATGGCAGGGTTCGAGTATA---C---CGTAGAAGAAATGAACGNTATGCCGAC-TGCT-GCGTNNTTGAA-----C-AAGATCG-CTCTGGGGGTGGNGGTTCCGTCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGCGCATGGTTATCGCCACACCT--CTCGTCGTGATCGATGGGAATTTGAATGCC------------------------CAAC-GNTACCAAGATGAGANTCTTGCAA--GGCACGTCA-TCCCAC-TGTTT---CAAA---ATAATGCCAACATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGCCACAAGCC--ATACGGCTAGAGNTAC-T-GTCAAT--TTTCTCGGGACGAATAACATTGC---ATTTATTGACGACTGGCCCGC-CG-ACAGCCCAGATCTGAATCCC--ATCGAACACGTGTGGGAC-AATTTGGACNATCGTGTTAGATGTTGNNNNATNNCANCATCAAACCTCAATGAA
gi|1                          :        GTGAACGTGCCATTTGCATGCTTAATGCTGGTATTGTGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCATGCTTTTTGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTACGGAAGATTAAAC---A------CGTT---GA--TAATGTCCGCGTGTCCTGAC---ACATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-ACACCCA----C-----CTATGCA--ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------AC---TG---CT------------GC---TTACACCCTTGGTA-CAC-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---AAACTGTACGCAATCATCTGCACGAGGATGGT--CTACTTGGACAGTGTCCTTACATT-GGATGTGTTATGACACGACGTCACCTTGTAAATCATGTTAATTGGGCACGTACACACCATCGCCGGGTAAGGTAACAATG-GAATA-GCATTCTCTTCTCCAACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCAAAGTGATGGCAGGGTTCGAGTATA---C---CGTAGAAGAAATGAACGTTATGTCGAC-TGCT-GTGTACTTGAA-----C-AAGATCA-TTTTGGGGGTGGAGGTTCTGTCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGCACATGGTTATCA-CACATCT--CTTGTTGTGATTGGTGGGAATTTGAATGCC------------------------CAAC-ACTACTGAGATGAGATTCTTGCAA--GGAACGTCA-TCCCAC-TGTTT---TAAA---ATAATGCCAATATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGTCACAAGCC--ATACAGCTAGAGATAC-T-GTGAAT--TTTCTCAGGACGAATAACATTGC---ATTTATTGATGACTGGCCCGC-CA-AAAGCCCAGATCTGAATCAC--ATCAAACACATGTTGGAT-AATTTGGACAAGTGTGTTAGACCTT-----ATTCCAACATCAAATGTCAATGAA
gi|10                         :         TGAACATGCCATTCACATGCTTAATGCTGGTATTGCGAT-GAATGAGGTTGCTTG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCTATGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ATGTATGGAAGATTTACC---T------CGTA---GT--GGATGTCTGCACGTCACGAC---GCATG--GG--CAAGAC--CA--CTAT--AT-CATGA-ACACCCA----C-----CTACGCA--ATTG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------AC---TG---CT------------GC----AATACCCCTGGTA-CAT-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---AAACTGTACACAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACCTGGACGTCGTCGTTATGTA-GGCTGTGTTATGACGCGACGTCACCGTGTAAATCGTGTTAATTGGGAACGTACA
gi|11                         :            tacaGTCGTCGGCATGCTGGAGGCTGGGGTTCCGACTGAA-GAAGTTGC-AGCACGATTTCGGTCGTCAGT----GCAG-GCGATAAGGAGCCTCCAAAGGCGAT-TTGTGTAG--ATCGG-AAGTACCGCGGACTCACC---A------CGGA---GT--GGCAGACCGCGTGTCACGAC---TC--G--GGCCCAATGC--CG--CTAT--AT-CTTGG-ACCAGCA----C-----CTTCGAG--ATCGATTTCTCACCGCA---ACAG---CT------AC---AT---CC------------GCCG-TTACACTC--GGTA-CCC-ACAACGCCCA-G-GTTTCCACCC---CGGCTGTGCG
gi|12                         :                                                                                                                           aatttactggatagaACGGAAGATTTACC---A------CGTA---TT--GGACGTCCGCGCGTCACGAC---GCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AC-CATGA-ACACCCA----C-----CTACGCA--ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------AC---TA---CC------------AC---TGCCACTGCTGCTA--AC-AC--C--CCG-A-ATATCTGACC---AAATTGTACGCAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTACGTT-GGCTGTGTTATGACGCAATGTCACTGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCATGTACACACCATCGCTGGGTAAGGC
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CACACTAACGACGG--AATGCAATGATGTGGAGACGCGTTATTTTCTCGGATGAAAAGAGATTCACGCTACAGAAAACAGACGGCCGAGTTCGAGTGTA---CTAACGTCGTGG---TGAACGGTATACCAAC--GCTTGCGTCGTTGAAGCTGAC-AA--CTA-CCC-----GTCGCGGTTCGGTTATGGTATGGGGAGCAATCAACTACGC-TGGTAAACTTGACA------TTGTCGTGGTCAACGATAACATGAACGTT------------------------CAGC-GATACCAAAATGACA-TCTTG
gi|14                         :                                                                                                                                               gGATCTACCGAGA------CGTACTCGT--GGACGT------GTCACCACTCGGCA-----G--CACGACAACG--CTTT--CTGCCTGAGACATCTAAGGACTAGAACTACTCA--AGCG----------------ACTG---CA------AC---TG---CG------------GC---TGTTACGATAGGTA-GCC-ATAACCGCCC-G-ATCGGCGATC---AGACTGTCCGGAATAGGTTGAGTGAACATGGTATCCGCT--GTCGTCGTCCTTACGTT-AGACCTGTTCCGACTCAACGACATCG
gi|15                         :                                                                                                                           caacaagtgggtcatACGGAAGGGTTGCC---GACCGACCGCG---ATCGGGACGTCCGTGCGTAACGAC---G--TGACGT--CAAGAC--AGGGCTATTCGT-CATG-----CCCA----C-----CTGCATA--ATCG----C-CA----CGTTACTG---CC------AC---TGAAACC------------GCTATTAATAC----GGTA-TGCAATCATAACCGCC-ACAT-TCACCCAAAAACTGTAAGGAACCGATTGCGCGAGGTTGGT--CTtaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CAACATCACCTTATTTTCCAG-CATGATAATGCCTGACGCC--ATGTAGTCAGACTT---T-GTCAATACTTTCTCGTAAACCATAACATT-T---ACCCAC--ACGATTGGCC-GC-CGTACAGTCCAGATTTG--TCCCCAATTGAACATCTGTGGGACGAACTTG
gi|17                         :                                                                                                                           AAGCAGAAGGTATTTA---AAGACCTGCC---G------TGTA---GT--GGATATCATGGTGTCACAAC---TCGCG--TC--TAAGAC--TA--CTTT--AA-CAGAA-ATACCTA----C-------ATGCAGGATCA-GTCT-CA----G---ACAGCAACC------ACAAGTG---TT------------GC---TTATACACCTGGGG-CCC-ATacag
gi|18                         :       tGTGAACGTGCCATTGGCATGCTAAATGCTGGTATTGCGAC-GAATGAAGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---At
gi|2                          : agtttacGTGAACGTGCCATTGGCATGCTTAATGCTGGTATTATGAC-AAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTTGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACTTACGGAAGATTTACC---A------CGTA---GT--GGACATCTGCGCGTCACAAC---GCATG--GG--CAAGAC--TG--CTAT--AT-CATAA-ACACCCA----C-----CTATGCA--ATTG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------AC---TG---CCACTGCT------GC---TAATAACCCTGGTT-CAC-CTAACAACTG-A-ATATCTGAAT---AAACTGTACGCAATTGTCTGCGCAAGGGTGGT--CTATTTGGACGTCTTCCTTACGTT-GGCTGTGTTATGACGCGATG---CCATGTAAATCGTGTTAATTGGGCACATACACACCATCGCTGTGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCTGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATAGAAGTGATGGCAGGGTTTGTGTATA---C---CGTAGAAGAAATTAACATTATGCCGAC-TGCT-GTGTACTTGAA-----C-GAGATCG-TTTTGGGGGTGGAGGTTCCATCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGTGCATGGTTATCG-CACACTT--GTCATCGTGATCGATAAGAATTTGAATGCC------------------------C-AC-ACTACCAAAATGAGAATCTTGCAA--GGCATGTCA-TCCCAC-TGTTT---TAAA---ATAATGCCAACATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGCCACAAGCC--TTACAGCTAGAGATAC-T-GTGAAT--TTTCTCAGGACAAATCACATTGC---ATTTATTGATGAC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ttacC--ATACGGCTAACGTTAC-TCGTCA-T--TTTCTTGCGCAGAACAACGTTA----ATCTGTTGA--ACTGGCCAGC-CA-ACAGTCCAGACTCGTCTCCC--ATTGAACATAATTGGAACGAATTAGGACCATTGTGTTCGA-----AAAAATGGCAACATCAA
gi|4                          :     gttGTGAACGTGCCATTGGCATGCTTATGGCTGGTATTGCGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAACCGTGCTATTCGAAACCTC---ATGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTACGGAAGATTTACC---A------CGTA---GT--GGACGTCCACGCGTCACGAC---ACATG--GG--TAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-AAACACA----C--------------ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------AC---TG---CCACTGTCACTGCTGC---TACCATCCCTGGTA-CAC-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---GAACTGTATGCAATCGTCCGCGTG---------------TAGACGTCGTCCTTACGTT-GGCTGTATTATGACTCGACGTCACCGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCGCGCACACACCATCCCTGGGTAAGGCAACACTG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCGAAGTGATAGCAGGGTTCAAGTATA---C---CATATAAGAAAcacagtcaacctagctgcagctcttcagcgtgagtggaatacattggcaccagcttacatcagaccttacgttaggagtatgagacgaagaatgcgtgcatgcattaattagaatggaggactcatcaggtcctaatgtacagtctttgataatcaagtttgaaggtgaactgtggctattctgtgatacgtcgatgactgtgacttttctgtgatatgttgatgactgaattttcctcgttttgtgatttttacttttgaacacatgttgattaaatgtgaattgtacattcatcaaagggttgattttgttgatacttcacatgtaacttccataatgattacagtccatgtttacttgaaaatattaagattttgttataaatctacttcaggattaccgttatagtaagtggaaactttttattt
gi|5                          :                atttacGGCATGCTTAATGCAAGTGTTGTGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTATGGAAGATTTACC---A------CATA---GT--GGACGTCCGCGCGTCACGAC---TCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-ACACCCA----C-----ATATGCA--ATCG-TTTC-CA----C---ACTG---CC------AC---TG---CT------------GC---TAACACCCCTGGTA-CAC-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---AAACTGTACGCAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTACGTT-GGCTGTGTTATGACGCGACGTCATTGCGTAAATC-TGTTAATTGGACACGTACGTACCATCGCTTAGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCGAAGTGATGGCATGATTCGAGTATA---C---CGTAGAAGAAA
gi|6                          :         TGAACGTGCCATTGGCATGCTTAATGCTGATATTGCAAC-AAATGAGATTGCTAG---AGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTATGGAAGATTTACC---A------TGTA---GT--GGACGTCCGCGTGTCACGAT---GCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AC-CATGA-ACACCCA----C-----TCA-GCA--ATCG-TTTC-CA----A------------------AC---TG---C---------------------CACTGCTGCTAACAC-CT-----CTG-GTACATATAAC-----AACCG-----AAT-ATCTG-GCCAAGCTG-----TAC--GCA-ATTGTC--TGCGCGAGGGTGTGTTATGATGCAACATCACTGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCATGTACACACCATCCCTGGGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCAATAAGTCGTGCTTTTCCATTCATCAAAGTGATGGAAGGGTTTGAGTAAA---C---CGCAGAAGAAAT
gi|7                          :                                                 atttacaGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACATG-ACGTATGGCAGATTTTCC---A------CGTA---GC--GGACGTCAGCGCGTCACGAC---GCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-ACACCAA----C-----CTATGCA--ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CCCTATCCAC---TG---CT------------GC---TAACACCCCTGGTA-CAC-ATAACAACCA-A-ATATCTGATC---AAACTGTACGCAATCGTCTGCGCGTGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTGCGTT-GGCTGTGTTATGACGCGACGATACCGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCACGTACACACCATCGCTGGGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCCAAGTGATGGCAGGGTTCGAGTATA---G---CATAGAAGAAAT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AAGTGATGGCAGGGTTGGAGTATA---C---CATAGAAGAAATGAACGTTATGCTGAC-TGCT-GTTTACTTGAA-----C-AAGATCG-CTTTGGGTTTGGAGGTTCGGTCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGCGCATGGTTATCGC-ACATCT--CTCGCCGTGATTGATGGGAATTTGAATGAT------------------------CAAT-GCTACCAAGATGAGATTCTTGCAA--GGCACGTCA-TCCCAC-TGTTT---CAAA---ATAATGCCAATATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGCCACAAGCC--ATACAGCTAGAGATAC-T-GTGAAT--TTCCTCAGGACGAATAACATTGC---ATTTATTGATGACTGGCCCAC-CA-AAAGCCCAGATCTGAATCCC--ATCGAACACATGTGGGAT-AATTTGGACAAGCATGTTAGATGTTGCCCTATTCCACCATCAAACCTCAATGAAtcgt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TATATCGC---CGTCGGGGA---GAAAGATATGCAGACATG-T-GCGTCATCGAA-----AGAAAATCGATTC----GATGGCGGCTCCGTGATTGTCTAGGCCGGTAT----CTCTC-T--TTATACCAATACCTTCCTGGTTATGATTGATGGGAATCTAAATGCCAACCGGTACCAAGCGGAAGTCTTACAACCGGTACCAA-ACGGAAGTCTTACAACCGGGAC--CAATTCCATATGTGCAGGCAAACAGATAA-------ATAATT----TT--CAAACAGGATAAAGCC-C--GCCTTATACGGCCAGAACTACAC-GTCAAA--TGTTGCAGGTC-ACCAACATC-CGAAAGTTA-----GACTGGCCAGCTTG-CCGGCCC-GATCTCAATCCG--ATCGAACACGTATGGAAC-GATATTAACCATTGGATTAGc





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                        1111111111                                                                                    111111                    11111111                             2222222222222                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      22222                 11                               1111     1          2   11111                              777777777777777777777777                             11         1      1     111    111                       11                                                                         22222                  1   111                    11                  1                   2222   66666666              1  1         
lowQualScore                  :                                                5               777    777                                 777                       4     0            1111111111    555  44                    555     44  44      44  44    44  3     3       7777 000000  2   44    44   3  11111111    555  999999 555 555  555 9999999999999  66666    2       3   3  2  1    444          666                           0    55    0                   4                    2                                                           5     5                                       0                        8888888                 1         88  8     0     00000  8  8    77     00    0     3                    7777     0        3 4   11111  1                           777777777777777777777777 0  8        6      8        33  1  2   0      0     777    777    3     1      3     11   8            6 11   99    0       1   666  1   99      0    5         22222     44  5        0   555       0      66    11         4        0 8   6    1 33     1111   22222222              3  3         
lowQualScore                  :                                                .               ...    ...                                 ...                       .     .            ..........    ...  ..                    ...     ..  ..      ..  ..    ..  .     .       .... ......  .   ..    ..   .  ........    ...  ...... ... ...  ... .............  .....    .       .   .  .  .    ...          ...                           .    ..    .                   .                    .                                                           .     .                                       .                        .......                 .         ..  .     .     .....  .  .    ..     ..    .     .                    ....     .        . .   .....  .                           ........................ .  .        .      .        ..  .  .   .      .     ...    ...    .     .      .     ..   .            . ..   ..    .       .   ...  .   ..      .    .         .....     ..  .        .   ...       .      ..    ..         .        . .   .    . ..     ....   ........              .  .         
lowQualScore                  :                                                0               888    888                                 888                       4     4            1111111111    888  66                    888     66  66      66  66    66  3     3       1111 111111  9   66    55   3  22222222    888  666666 888 888  888 6666666666666  88888    3       3   3  1  2    555          444                           7    55    8                   4                    2                                                           7     7                                       4                        3333333                 0         88  0     6     00000  0  0    22     00    6     2                    0000     6        2 4   44444  4                           000000000000000000000000 8  0        4      8        88  0  5   0      0     555    555    2     4      2     00   0            0 44   22    7       0   888  0   22      7    2         00000     88  7        0   666       8      66    00         6        0 0   0    0 00     2222   33333333              3  3         
consensus                     :        GTGAACGTGCCATTGGCATGCTTAATGCTGGTATTGCGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTACGGAAGATTTACC---A------CGTA---GT--GGACGTCCGCGCGTCACGAC---GCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-ACACCCA----C-----CTACGCA--ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TG---CC------------GC---TAACACCCCTGGTA-CAC-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---AAACTGTACGCAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTACGTT-GGCTGTGTTATGACGCGACGTCACCGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCACGTACACACCATCGCTGGGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCGAAGTGATGGCAGGGTTCGAGTATA---C---CGTAGAAGAAATGAACGTTATGCCGAC-TGC-TGCGTACTTGA-----AC-AA-GATCGTTTTGGGNGTGGAGGTTCCGTCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGCGCATGGTTATCGC-ACACCT--CTCGTCGTGATCGATGGGAATTTGAATGCC------------------------CAAC-GCTACCAAGATGAGANTCTTGCAA--GGNACGTCA-TCCCAC-TGTTT---CAAA---ATAATGCCAACATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGCCACAAGCC--ATACGGCTAGAGNTAC-T-GTNAAT--TTTCTCGGGACGAATAACATTGC---ATTTATTGATGACTGGCCCGCC-G-ACAGCCCAGATCTGAATCCC--ATCGAACACGTGTGGGACGA-ATTTGGACNANCGTGTT----AGAC-----CCTATTCCAACATCAA-AC-GTCAATGAA
Reference ( family-1276 )     :        GTGAACGTGCCATTGGCATGCTTAATGCTGGTATTGCGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTACGGAAGATTTACC---A------CGTA---GT--GGACGTCCGCGCGTCACGAC---GCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-ACACCCA----C-----CTACGCA--ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TG---CC------------GC---TAACACCCCTGGTA-CAC-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---AAACTGTACGCAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTACGTT-GGCTGTGTTATGACGCGACGTCACCGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCACGTACACACCATCGCTGGGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCGAAGTGATGGCAGGGTTCGAGTATA---C---CGTAGAAGAAATGAACGTTATGCCGAC-TGC-TGCGTACTTGA-----AC-AA-GATCGTTTTGGGGGTGGAGGTTCCGTCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGCGCATGGTTATCGCNACACCT--CTCGTCGTGATCGATGGGAATTTGAATGCC------------------------CAAC-GCTACCAAGATGAGANTCTTGCAA--GGNACGTCA-TCCCAC-TGTTT---CAAA---ATAATGCCAACATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGCCACAAGCC--ATACGGCTAGAGNTAC-T-GTNAAT--TTTCTCGGGACGAATAACATTGC---ATTTATTGATGACTGGCCCGCC-G-ACAGCCCAGATCTGAATCCC--ATCGAACACGTGTGGGACGA-ATTTGGACNANCGTGTT----AGA------CTTATTCCAACATCAA-AC-GTCAATGAA
gi|1                          :        GTGAACGTGCCATTTGCATGCTTAATGCTGGTATTGTGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCATGCTTTTTGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTACGGAAGATTAAAC---A------CGTT---GA--TAATGTCCGCGTGTCCTGAC---ACATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-ACACCCA----C-----CTATGCA--ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TG---CT------------GC---TTACACCCTTGGTA-CAC-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---AAACTGTACGCAATCATCTGCACGAGGATGGT--CTACTTGGACAGTGTCCTTACATT-GGATGTGTTATGACACGACGTCACCTTGTAAATCATGTTAATTGGGCACGTACACACCATCGCCGGGTAAGGTAACAATG-GAATA-GCATTCTCTTCTCCAACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCAAAGTGATGGCAGGGTTCGAGTATA---C---CGTAGAAGAAATGAACGTTATGTCGAC-TGC-TGTGTACTTGA-----AC-AA-GATCATTTTGGGGGTGGAGGTTCTGTCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGCACATGGTTATCAC-ACATCT--CTTGTTGTGATTGGTGGGAATTTGAATGCC------------------------CAAC-ACTACTGAGATGAGATTCTTGCAA--GGAACGTCA-TCCCAC-TGTTT---TAAA---ATAATGCCAATATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGTCACAAGCC--ATACAGCTAGAGATAC-T-GTGAAT--TTTCTCAGGACGAATAACATTGC---ATTTATTGATGACTGGCCCGCC-A-AAAGCCCAGATCTGAATCAC--ATCAAACACATGTTGGAT-A-ATTTGGACAAGTGTGTT----AGAC-----CTTATTCCAACATCAA-AT-GTCAATGAA
gi|10                         :         TGAACATGCCATTCACATGCTTAATGCTGGTATTGCGAT-GAATGAGGTTGCTTG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCTATGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ATGTATGGAAGATTTACC---T------CGTA---GT--GGATGTCTGCACGTCACGAC---GCATG--GG--CAAGAC--CA--CTAT--AT-CATGA-ACACCCA----C-----CTACGCA--ATTG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TG---CT------------GC----AATACCCCTGGTA-CAT-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---AAACTGTACACAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACCTGGACGTCGTCGTTATGTA-GGCTGTGTTATGACGCGACGTCACCGTGTAAATCGTGTTAATTGGGAACGTACA
gi|11                         :            tacaGTCGTCGGCATGCTGGAGGCTGGGGTTCCGACTGAA-GAAGTTGC-AGCACGATTTCGGTCGTCAGT----GCAG-GCGATAAGGAGCCTCCAAAGGCGAT-TTGTGTAG--ATCGG-AAGTACCGCGGACTCACC---A------CGGA---GT--GGCAGACCGCGTGTCACGAC---TC--G--GGCCCAATGC--CG--CTAT--AT-CTTGG-ACCAGCA----C-----CTTCGAG--ATCGATTTCTCACCGCA---ACAG---CT------ACATC---CG---CC------------GT---T-ACACTC--GGTA-CCC-ACAACGCCCA-G-GTTTCCACCC---CGGCTGTGCG
gi|12                         :                                                                                                                           aatttactggatagaACGGAAGATTTACC---A------CGTA---TT--GGACGTCCGCGCGTCACGAC---GCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AC-CATGA-ACACCCA----C-----CTACGCA--ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TA---CC------------AC---TGCCACTGCTGCTA--AC-AC--C--CCG-A-ATATCTGACC---AAATTGTACGCAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTACGTT-GGCTGTGTTATGACGCAATGTCACTGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCATGTACACACCATCGCTGGGTAAGGC
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CACACTAACGACGG--AATGCAATGATGTGGAGACGCGTTATTTTCTCGGATGAAAAGAGATTCACGCTACAGAAAACAGACGGCCGAGTTCGAGTGTA---CTAACGTCGTGG---TGAACGGTATACCAAC--GCTTGCGTCGTTGAAGCTGAC-AACTACC--------CGTCGCGGTTCGGTTATGGTATGGGGAGCAATCAACTACGC-TGGTAAACTTGACA------TTGTCGTGGTCAACGATAACATGAACGTT------------------------CAGC-GATACCAAAATGACA-TCTTG
gi|14                         :                                                                                                                                               gGATCTACCGAGA------CGTACTCGT--GGACGT------GTCACCACTCGGCA-----G--CACGACAACG--CTTT--CTGCCTGAGACATCTAAGGACTAGAACTACTCA--AGCG----------------ACTG---CA------A---C---TG---CG------------GC---TGTTACGATAGGTA-GCC-ATAACCGCCC-G-ATCGGCGATC---AGACTGTCCGGAATAGGTTGAGTGAACATGGTATCCGCT--GTCGTCGTCCTTACGTT-AGACCTGTTCCGACTCAACGACATCG
gi|15                         :                                                                                                                           caacaagtgggtcatACGGAAGGGTTGCC---GACCGACCGCG---ATCGGGACGTCCGTGCGTAACGAC---G--TGACGT--CAAGAC--AGGGCTATTCGT-CATG-----CCCA----C-----CTGCATA--ATCG----C-CA----CGTTACTG---CC------A---C---TGAAACC------------GCTATTAATAC----GGTA-TGCAATCATAACCGCC-ACAT-TCACCCAAAAACTGTAAGGAACCGATTGCGCGAGGTTGGT--CTtaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        CAACATCACCTTATTTTCCAG-CATGATAATGCCTGACGCC--ATGTAGTCAGACTT---T-GTCAATACTTTCTCGTAAACCATAACATT-T---ACCCAC--ACGATTGGCC-GCC-GTACAGTCCAGATTTG--TCCCCAATTGAACATCTGTGGGACGA-ACTTG
gi|17                         :                                                                                                                           AAGCAGAAGGTATTTA---AAGACCTGCC---G------TGTA---GT--GGATATCATGGTGTCACAAC---TCGCG--TC--TAAGAC--TA--CTTT--AA-CAGAA-ATACCTA----C-------ATGCAGGATCA-GTCT-CA----G---ACAGCAACC------A---CAAGTG---TT------------GC---TTATACACCTGGGG-CCC-ATacag
gi|18                         :       tGTGAACGTGCCATTGGCATGCTAAATGCTGGTATTGCGAC-GAATGAAGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---At
gi|2                          : agtttacGTGAACGTGCCATTGGCATGCTTAATGCTGGTATTATGAC-AAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTTGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACTTACGGAAGATTTACC---A------CGTA---GT--GGACATCTGCGCGTCACAAC---GCATG--GG--CAAGAC--TG--CTAT--AT-CATAA-ACACCCA----C-----CTATGCA--ATTG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TG---CCACTGCT------GC---TAATAACCCTGGTT-CAC-CTAACAACTG-A-ATATCTGAAT---AAACTGTACGCAATTGTCTGCGCAAGGGTGGT--CTATTTGGACGTCTTCCTTACGTT-GGCTGTGTTATGACGCGATG---CCATGTAAATCGTGTTAATTGGGCACATACACACCATCGCTGTGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCTGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATAGAAGTGATGGCAGGGTTTGTGTATA---C---CGTAGAAGAAATTAACATTATGCCGAC-TGC-TGTGTACTTGA-----AC-GA-GATCGTTTTGGGGGTGGAGGTTCCATCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGTGCATGGTTATCGC-ACACTT--GTCATCGTGATCGATAAGAATTTGAATGCC------------------------C-AC-ACTACCAAAATGAGAATCTTGCAA--GGCATGTCA-TCCCAC-TGTTT---TAAA---ATAATGCCAACATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGCCACAAGCC--TTACAGCTAGAGATAC-T-GTGAAT--TTTCTCAGGACAAATCACATTGC---ATTTATTGATGAC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ttacC--ATACGGCTAACGTTAC-TCGTCA-T--TTTCTTGCGCAGAACAACGTTA----ATCTGTTGA--ACTGGCCAGCC-A-ACAGTCCAGACTCGTCTCCC--ATTGAACATAATTGGAACGA-ATTAGGACCATTGTGTTCGAAAAA---------ATGGCAACATCAACACAGTCAA
gi|4                          :     gttGTGAACGTGCCATTGGCATGCTTATGGCTGGTATTGCGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAACCGTGCTATTCGAAACCTC---ATGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTACGGAAGATTTACC---A------CGTA---GT--GGACGTCCACGCGTCACGAC---ACATG--GG--TAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-AAACACA----C--------------ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TG---CCACTGTCACTGCTGC---TACCATCCCTGGTA-CAC-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---GAACTGTATGCAATCGTCCGCGTG---------------TAGACGTCGTCCTTACGTT-GGCTGTATTATGACTCGACGTCACCGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCGCGCACACACCATCCCTGGGTAAGGCAACACTG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCGAAGTGATAGCAGGGTTCAAGTATA---C---CATATAAGAAAcctagctgcagctcttcagcgtgagtggaatacattggcaccagcttacatcagaccttacgttaggagtatgagacgaagaatgcgtgcatgcattaattagaatggaggactcatcaggtcctaatgtacagtctttgataatcaagtttgaaggtgaactgtggctattctgtgatacgtcgatgactgtgacttttctgtgatatgttgatgactgaattttcctcgttttgtgatttttacttttgaacacatgttgattaaatgtgaattgtacattcatcaaagggttgattttgttgatacttcacatgtaacttccataatgattacagtccatgtttacttgaaaatattaagattttgttataaatctacttcaggattaccgttatagtaagtggaaactttttattt
gi|5                          :                atttacGGCATGCTTAATGCAAGTGTTGTGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTATGGAAGATTTACC---A------CATA---GT--GGACGTCCGCGCGTCACGAC---TCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-ACACCCA----C-----ATATGCA--ATCG-TTTC-CA----C---ACTG---CC------A---C---TG---CT------------GC---TAACACCCCTGGTA-CAC-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---AAACTGTACGCAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTACGTT-GGCTGTGTTATGACGCGACGTCATTGCGTAAATC-TGTTAATTGGACACGTACGTACCATCGCTTAGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCGAAGTGATGGCATGATTCGAGTATA---C---CGTAGAAGAAA
gi|6                          :         TGAACGTGCCATTGGCATGCTTAATGCTGATATTGCAAC-AAATGAGATTGCTAG---AGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTATGGAAGATTTACC---A------TGTA---GT--GGACGTCCGCGTGTCACGAT---GCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AC-CATGA-ACACCCA----C-----TCA-GCA--ATCG-TTTC-CA----A------------------A---C---TG---C---------------------CACTGCTGCTAACAC-CT-----CTG-GTACATATAAC-----AACCG-----AAT-ATCTG-GCCAAGCTG-----TAC--GCA-ATTGTC--TGCGCGAGGGTGTGTTATGATGCAACATCACTGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCATGTACACACCATCCCTGGGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCAATAAGTCGTGCTTTTCCATTCATCAAAGTGATGGAAGGGTTTGAGTAAA---C---CGCAGAAGAAAT
gi|7                          :                                                 atttacaGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACATG-ACGTATGGCAGATTTTCC---A------CGTA---GC--GGACGTCAGCGCGTCACGAC---GCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-ACACCAA----C-----CTATGCA--ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CCCTATCCA---C---TG---CT------------GC---TAACACCCCTGGTA-CAC-ATAACAACCA-A-ATATCTGATC---AAACTGTACGCAATCGTCTGCGCGTGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTGCGTT-GGCTGTGTTATGACGCGACGATACCGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCACGTACACACCATCGCTGGGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCCAAGTGATGGCAGGGTTCGAGTATA---G---CATAGAAGAAAT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AAGTGATGGCAGGGTTGGAGTATA---C---CATAGAAGAAATGAACGTTATGCTGAC-TGC-TGTTTACTTGA-----AC-AA-GATCGCTTTGGGTTTGGAGGTTCGGTCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGCGCATGGTTATCGC-ACATCT--CTCGCCGTGATTGATGGGAATTTGAATGAT------------------------CAAT-GCTACCAAGATGAGATTCTTGCAA--GGCACGTCA-TCCCAC-TGTTT---CAAA---ATAATGCCAATATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGCCACAAGCC--ATACAGCTAGAGATAC-T-GTGAAT--TTCCTCAGGACGAATAACATTGC---ATTTATTGATGACTGGCCCACC-A-AAAGCCCAGATCTGAATCCC--ATCGAACACATGTGGGAT-A-ATTTGGACAAGCATGTT----AGATGTTGCCCTATTCCACCATCAA-AC-CTCAATGAAtcgt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TATATCGC---CGTCGGGGA---GAAAGATATGCAGACATG--TGCGTCATCGA-----AAGAA-AATCGATTCGA---TGGCGGCTCCGTGATTGTCTAGGCCGGTAT----CTCTC-T--TTATACCAATACCTTCCTGGTTATGATTGATGGGAATCTAAATGCCAACCGGTACCAAGCGGAAGTCTTACAACCGGTACCAA-ACGGAAGTCTTACAACCGGGAC--CAATTCCATATGTGCAGGCAAACAGATAA-------ATAATT----TT--CAAACAGGATAAAGCC-C--GCCTTATACGGCCAGAACTACAC-GTCAAA--TGTTGCAGGTC-ACCAACATC-CGAAAGTTA-----GACTGGCCAGCTTG-CCGGCCC-GATCTCAATCCG--ATCGAACACGTATGGAACGATATT--AACCATTGGATT----AGc





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                        1111111111                                                                                    111111                    11111111                             2222222222222                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      22222                                                  1111     1      11        11111                              777777777777777777777777                             11         1      1     111    111                       11                                                                         22222                  1   111                    11                  1                      33333333              1  1         
lowQualScore                  :                                                5               777    777                                 777                       4     0            1111111111    555  44                    555     44  44      44  44    44  3     3       7777 000000  2   44    44   3  11111111    555  999999 555 555  555 9999999999999  66666    2       3   3  2  1    444          666                           0    55    0                   4                    2                                                           5     5                                       0                        8888888                 1         88  8     0     00000  8  8    77     88    0     3                    7777     0      11     8  11111  1                           777777777777777777777777 0  8        6      8        33  1  2   0      0     777    777    3     1      3     11   8            6 11   99    0       1   666  1   99      0    5         22222     44  5        0   555       0      66    11         4        0 8   6    1 33        33333333              3  3         
lowQualScore                  :                                                .               ...    ...                                 ...                       .     .            ..........    ...  ..                    ...     ..  ..      ..  ..    ..  .     .       .... ......  .   ..    ..   .  ........    ...  ...... ... ...  ... .............  .....    .       .   .  .  .    ...          ...                           .    ..    .                   .                    .                                                           .     .                                       .                        .......                 .         ..  .     .     .....  .  .    ..     ..    .     .                    ....     .      ..     .  .....  .                           ........................ .  .        .      .        ..  .  .   .      .     ...    ...    .     .      .     ..   .            . ..   ..    .       .   ...  .   ..      .    .         .....     ..  .        .   ...       .      ..    ..         .        . .   .    . ..        ........              .  .         
lowQualScore                  :                                                0               888    888                                 888                       4     4            1111111111    888  66                    888     66  66      66  66    66  3     3       1111 111111  9   66    55   3  22222222    888  666666 888 888  888 6666666666666  88888    3       3   3  1  2    555          444                           7    55    8                   4                    2                                                           7     7                                       4                        3333333                 0         88  0     6     00000  0  0    22     88    6     2                    0000     6      00     0  44444  4                           000000000000000000000000 8  0        4      8        88  0  5   0      0     555    555    2     4      2     00   0            0 44   22    7       0   888  0   22      7    2         00000     88  7        0   666       8      66    00         6        0 0   0    0 00        77777777              3  3         
consensus                     :        GTGAACGTGCCATTGGCATGCTTAATGCTGGTATTGCGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTACGGAAGATTTACC---A------CGTA---GT--GGACGTCCGCGCGTCACGAC---GCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-ACACCCA----C-----CTACGCA--ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TG---CC------------GC---TAACACCCCTGGTA-CAC-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---AAACTGTACGCAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTACGTT-GGCTGTGTTATGACGCGACGTCACCGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCACGTACACACCATCGCTGGGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCGAAGTGATGGCAGGGTTCGAGTATA---C---CGTAGAAGAAATGAACGTTATGCCGAC-TGC-TGCGTACTTGA-----AC-AA-GATCGTTTTGGGNGTGGAGGTTCCGTCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGCGCATGGTTA--TCGCA-CACCT--CTCGTCGTGATCGATGGGAATTTGAATGCC------------------------CAAC-GCTACCAAGATGAGANTCTTGCAA--GGNACGTCA-TCCCAC-TGTTT---CAAA---ATAATGCCAACATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGCCACAAGCC--ATACGGCTAGAGNTAC-T-GTNAAT--TTTCTCGGGACGAATAACATTGC---ATTTATTGATGACTGGCCCGCC-G-ACAGCCCAGATCTGAATCCC--ATCGAACACGTGTGGGACGA-ATTTGGACNANCGTGTTAGA-----CCNTATTCCAACATCAA-AC-GTCAATGAA
Reference ( family-1276 )     :        GTGAACGTGCCATTGGCATGCTTAATGCTGGTATTGCGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTACGGAAGATTTACC---A------CGTA---GT--GGACGTCCGCGCGTCACGAC---GCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-ACACCCA----C-----CTACGCA--ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TG---CC------------GC---TAACACCCCTGGTA-CAC-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---AAACTGTACGCAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTACGTT-GGCTGTGTTATGACGCGACGTCACCGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCACGTACACACCATCGCTGGGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCGAAGTGATGGCAGGGTTCGAGTATA---C---CGTAGAAGAAATGAACGTTATGCCGAC-TGC-TGCGTACTTGA-----AC-AA-GATCGTTTTGGGNGTGGAGGTTCCGTCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGCGCATGGTTA--TCGCA-CACCT--CTCGTCGTGATCGATGGGAATTTGAATGCC------------------------CAAC-GCTACCAAGATGAGANTCTTGCAA--GGNACGTCA-TCCCAC-TGTTT---CAAA---ATAATGCCAACATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGCCACAAGCC--ATACGGCTAGAGNTAC-T-GTNAAT--TTTCTCGGGACGAATAACATTGC---ATTTATTGATGACTGGCCCGCC-G-ACAGCCCAGATCTGAATCCC--ATCGAACACGTGTGGGACGA-ATTTGGACNANCGTGTTAGA-----CCCTATTCCAACATCAA-AC-GTCAATGAA
gi|1                          :        GTGAACGTGCCATTTGCATGCTTAATGCTGGTATTGTGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCATGCTTTTTGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTACGGAAGATTAAAC---A------CGTT---GA--TAATGTCCGCGTGTCCTGAC---ACATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-ACACCCA----C-----CTATGCA--ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TG---CT------------GC---TTACACCCTTGGTA-CAC-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---AAACTGTACGCAATCATCTGCACGAGGATGGT--CTACTTGGACAGTGTCCTTACATT-GGATGTGTTATGACACGACGTCACCTTGTAAATCATGTTAATTGGGCACGTACACACCATCGCCGGGTAAGGTAACAATG-GAATA-GCATTCTCTTCTCCAACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCAAAGTGATGGCAGGGTTCGAGTATA---C---CGTAGAAGAAATGAACGTTATGTCGAC-TGC-TGTGTACTTGA-----AC-AA-GATCATTTTGGGGGTGGAGGTTCTGTCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGCACATGGTTA--TCACA-CATCT--CTTGTTGTGATTGGTGGGAATTTGAATGCC------------------------CAAC-ACTACTGAGATGAGATTCTTGCAA--GGAACGTCA-TCCCAC-TGTTT---TAAA---ATAATGCCAATATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGTCACAAGCC--ATACAGCTAGAGATAC-T-GTGAAT--TTTCTCAGGACGAATAACATTGC---ATTTATTGATGACTGGCCCGCC-A-AAAGCCCAGATCTGAATCAC--ATCAAACACATGTTGGAT-A-ATTTGGACAAGTGTGTTAGA-----CCTTATTCCAACATCAA-AT-GTCAATGAA
gi|10                         :         TGAACATGCCATTCACATGCTTAATGCTGGTATTGCGAT-GAATGAGGTTGCTTG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCTATGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ATGTATGGAAGATTTACC---T------CGTA---GT--GGATGTCTGCACGTCACGAC---GCATG--GG--CAAGAC--CA--CTAT--AT-CATGA-ACACCCA----C-----CTACGCA--ATTG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TG---CT------------GC----AATACCCCTGGTA-CAT-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---AAACTGTACACAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACCTGGACGTCGTCGTTATGTA-GGCTGTGTTATGACGCGACGTCACCGTGTAAATCGTGTTAATTGGGAACGTACA
gi|11                         :            tacaGTCGTCGGCATGCTGGAGGCTGGGGTTCCGACTGAA-GAAGTTGC-AGCACGATTTCGGTCGTCAGT----GCAG-GCGATAAGGAGCCTCCAAAGGCGAT-TTGTGTAG--ATCGG-AAGTACCGCGGACTCACC---A------CGGA---GT--GGCAGACCGCGTGTCACGAC---TC--G--GGCCCAATGC--CG--CTAT--AT-CTTGG-ACCAGCA----C-----CTTCGAG--ATCGATTTCTCACCGCA---ACAG---CT------ACATC---CG---CC------------GT---T-ACACTC--GGTA-CCC-ACAACGCCCA-G-GTTTCCACCC---CGGCTGTGCG
gi|12                         :                                                                                                                           aatttactggatagaACGGAAGATTTACC---A------CGTA---TT--GGACGTCCGCGCGTCACGAC---GCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AC-CATGA-ACACCCA----C-----CTACGCA--ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TA---CC------------AC---TGCCACTGCTGCTA--AC-AC--C--CCG-A-ATATCTGACC---AAATTGTACGCAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTACGTT-GGCTGTGTTATGACGCAATGTCACTGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCATGTACACACCATCGCTGGGTAAGGC
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CACACTAACGACGG--AATGCAATGATGTGGAGACGCGTTATTTTCTCGGATGAAAAGAGATTCACGCTACAGAAAACAGACGGCCGAGTTCGAGTGTA---CTAACGTCGTGG---TGAACGGTATACCAAC--GCTTGCGTCGTTGAAGCTGAC-AACTACC--------CGTCGCGGTTCGGTTATGGTATGGGGAGCAATCAACTACGC-TGGTAAACTTG-A-CA------TTGTCGTGGTCAACGATAACATGAACGTT------------------------CAGC-GATACCAAAATGACA-TCTTG
gi|14                         :                                                                                                                                               gGATCTACCGAGA------CGTACTCGT--GGACGT------GTCACCACTCGGCA-----G--CACGACAACG--CTTT--CTGCCTGAGACATCTAAGGACTAGAACTACTCA--AGCG----------------ACTG---CA------A---C---TG---CG------------GC---TGTTACGATAGGTA-GCC-ATAACCGCCC-G-ATCGGCGATC---AGACTGTCCGGAATAGGTTGAGTGAACATGGTATCCGCT--GTCGTCGTCCTTACGTT-AGACCTGTTCCGACTCAACGACATCG
gi|15                         :                                                                                                                           caacaagtgggtcatACGGAAGGGTTGCC---GACCGACCGCG---ATCGGGACGTCCGTGCGTAACGAC---G--TGACGT--CAAGAC--AGGGCTATTCGT-CATG-----CCCA----C-----CTGCATA--ATCG----C-CA----CGTTACTG---CC------A---C---TGAAACC------------GCTATTAATAC----GGTA-TGCAATCATAACCGCC-ACAT-TCACCCAAAAACTGTAAGGAACCGATTGCGCGAGGTTGGT--CTtaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CAACATCACCTTATTTTCCAG-CATGATAATGCCTGACGCC--ATGTAGTCAGACTT---T-GTCAATACTTTCTCGTAAACCATAACATT-T---ACCCAC--ACGATTGGCC-GCC-GTACAGTCCAGATTTG--TCCCCAATTGAACATCTGTGGGACGA-ACTTG
gi|17                         :                                                                                                                           AAGCAGAAGGTATTTA---AAGACCTGCC---G------TGTA---GT--GGATATCATGGTGTCACAAC---TCGCG--TC--TAAGAC--TA--CTTT--AA-CAGAA-ATACCTA----C-------ATGCAGGATCA-GTCT-CA----G---ACAGCAACC------A---CAAGTG---TT------------GC---TTATACACCTGGGG-CCC-ATacag
gi|18                         :       tGTGAACGTGCCATTGGCATGCTAAATGCTGGTATTGCGAC-GAATGAAGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---At
gi|2                          : agtttacGTGAACGTGCCATTGGCATGCTTAATGCTGGTATTATGAC-AAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTTGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACTTACGGAAGATTTACC---A------CGTA---GT--GGACATCTGCGCGTCACAAC---GCATG--GG--CAAGAC--TG--CTAT--AT-CATAA-ACACCCA----C-----CTATGCA--ATTG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TG---CCACTGCT------GC---TAATAACCCTGGTT-CAC-CTAACAACTG-A-ATATCTGAAT---AAACTGTACGCAATTGTCTGCGCAAGGGTGGT--CTATTTGGACGTCTTCCTTACGTT-GGCTGTGTTATGACGCGATG---CCATGTAAATCGTGTTAATTGGGCACATACACACCATCGCTGTGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCTGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATAGAAGTGATGGCAGGGTTTGTGTATA---C---CGTAGAAGAAATTAACATTATGCCGAC-TGC-TGTGTACTTGA-----AC-GA-GATCGTTTTGGGGGTGGAGGTTCCATCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGTGCATGGTTA--TCGCA-CACTT--GTCATCGTGATCGATAAGAATTTGAATGCC------------------------C-AC-ACTACCAAAATGAGAATCTTGCAA--GGCATGTCA-TCCCAC-TGTTT---TAAA---ATAATGCCAACATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGCCACAAGCC--TTACAGCTAGAGATAC-T-GTGAAT--TTTCTCAGGACAAATCACATTGC---ATTTATTGATGAC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ttacC--ATACGGCTAACGTTAC-TCGTCA-T--TTTCTTGCGCAGAACAACGTTA----ATCTGTTGA--ACTGGCCAGCC-A-ACAGTCCAGACTCGTCTCCC--ATTGAACATAATTGGAACGA-ATTAGGACCATTGTGTTCGA-----AAAAATGGCAACATCAACACAGTCAA
gi|4                          :     gttGTGAACGTGCCATTGGCATGCTTATGGCTGGTATTGCGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAACCGTGCTATTCGAAACCTC---ATGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTACGGAAGATTTACC---A------CGTA---GT--GGACGTCCACGCGTCACGAC---ACATG--GG--TAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-AAACACA----C--------------ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TG---CCACTGTCACTGCTGC---TACCATCCCTGGTA-CAC-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---GAACTGTATGCAATCGTCCGCGTG---------------TAGACGTCGTCCTTACGTT-GGCTGTATTATGACTCGACGTCACCGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCGCGCACACACCATCCCTGGGTAAGGCAACACTG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCGAAGTGATAGCAGGGTTCAAGTATA---C---CATATAAGAAAcctagctgcagctcttcagcgtgagtggaatacattggcaccagcttacatcagaccttacgttaggagtatgagacgaagaatgcgtgcatgcattaattagaatggaggactcatcaggtcctaatgtacagtctttgataatcaagtttgaaggtgaactgtggctattctgtgatacgtcgatgactgtgacttttctgtgatatgttgatgactgaattttcctcgttttgtgatttttacttttgaacacatgttgattaaatgtgaattgtacattcatcaaagggttgattttgttgatacttcacatgtaacttccataatgattacagtccatgtttacttgaaaatattaagattttgttataaatctacttcaggattaccgttatagtaagtggaaactttttattt
gi|5                          :                atttacGGCATGCTTAATGCAAGTGTTGTGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTATGGAAGATTTACC---A------CATA---GT--GGACGTCCGCGCGTCACGAC---TCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-ACACCCA----C-----ATATGCA--ATCG-TTTC-CA----C---ACTG---CC------A---C---TG---CT------------GC---TAACACCCCTGGTA-CAC-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---AAACTGTACGCAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTACGTT-GGCTGTGTTATGACGCGACGTCATTGCGTAAATC-TGTTAATTGGACACGTACGTACCATCGCTTAGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCGAAGTGATGGCATGATTCGAGTATA---C---CGTAGAAGAAA
gi|6                          :         TGAACGTGCCATTGGCATGCTTAATGCTGATATTGCAAC-AAATGAGATTGCTAG---AGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTATGGAAGATTTACC---A------TGTA---GT--GGACGTCCGCGTGTCACGAT---GCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AC-CATGA-ACACCCA----C-----TCA-GCA--ATCG-TTTC-CA----A------------------A---C---TG---C---------------------CACTGCTGCTAACAC-CT-----CTG-GTACATATAAC-----AACCG-----AAT-ATCTG-GCCAAGCTG-----TAC--GCA-ATTGTC--TGCGCGAGGGTGTGTTATGATGCAACATCACTGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCATGTACACACCATCCCTGGGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCAATAAGTCGTGCTTTTCCATTCATCAAAGTGATGGAAGGGTTTGAGTAAA---C---CGCAGAAGAAAT
gi|7                          :                                                 atttacaGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACATG-ACGTATGGCAGATTTTCC---A------CGTA---GC--GGACGTCAGCGCGTCACGAC---GCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-ACACCAA----C-----CTATGCA--ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CCCTATCCA---C---TG---CT------------GC---TAACACCCCTGGTA-CAC-ATAACAACCA-A-ATATCTGATC---AAACTGTACGCAATCGTCTGCGCGTGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTGCGTT-GGCTGTGTTATGACGCGACGATACCGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCACGTACACACCATCGCTGGGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCCAAGTGATGGCAGGGTTCGAGTATA---G---CATAGAAGAAAT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AAGTGATGGCAGGGTTGGAGTATA---C---CATAGAAGAAATGAACGTTATGCTGAC-TGC-TGTTTACTTGA-----AC-AA-GATCGCTTTGGGTTTGGAGGTTCGGTCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGCGCATGGTTA--TCGCA-CATCT--CTCGCCGTGATTGATGGGAATTTGAATGAT------------------------CAAT-GCTACCAAGATGAGATTCTTGCAA--GGCACGTCA-TCCCAC-TGTTT---CAAA---ATAATGCCAATATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGCCACAAGCC--ATACAGCTAGAGATAC-T-GTGAAT--TTCCTCAGGACGAATAACATTGC---ATTTATTGATGACTGGCCCACC-A-AAAGCCCAGATCTGAATCCC--ATCGAACACATGTGGGAT-A-ATTTGGACAAGCATGTTAGATGTTGCCCTATTCCACCATCAA-AC-CTCAATGAAtcgt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TATATCGC---CGTCGGGGA---GAAAGATATGCAGACATG--TGCGTCATCGA-----AAGAA-AATCGATTCGA---TGGCGGCTCCGTGATTGTCTAGGCCGGTAT----CTCTC-T--TTA--TACCAATACCTTCCTGGTTATGATTGATGGGAATCTAAATGCCAACCGGTACCAAGCGGAAGTCTTACAACCGGTACCAA-ACGGAAGTCTTACAACCGGGAC--CAATTCCATATGTGCAGGCAAACAGATAA-------ATAATT----TT--CAAACAGGATAAAGCC-C--GCCTTATACGGCCAGAACTACAC-GTCAAA--TGTTGCAGGTC-ACCAACATC-CGAAAGTTA-----GACTGGCCAGCTTG-CCGGCCC-GATCTCAATCCG--ATCGAACACGTATGGAACGATATT--AACCATTGGATTAGc





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                        1111111111                                                                                    111111                    11111111                             2222222222222                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      22222                                                  1111     1      11        11111                              777777777777777777777777                             11         1      1     111    111                       11                                                                         22222                  1   111                    11                  1                      33333                 1  1         
lowQualScore                  :                                                5               777    777                                 777                       4     0            1111111111    555  44                    555     44  44      44  44    44  3     3       7777 000000  2   44    44   3  11111111    555  999999 555 555  555 9999999999999  66666    2       3   3  2  1    444          666                           0    55    0                   4                    2                                                           5     5                                       0                        8888888                 1         88  8     0     00000  8  8    77     88    0     3                    7777     0      11     8  11111  1                           777777777777777777777777 0  8        6      8        33  1  2   0      0     777    777    3     1      3     11   8            6 11   99    0       1   666  1   99      0    5         22222     44  5        0   555       0      66    11         4        0 8   6    1 33        33333  1              3  3         
lowQualScore                  :                                                .               ...    ...                                 ...                       .     .            ..........    ...  ..                    ...     ..  ..      ..  ..    ..  .     .       .... ......  .   ..    ..   .  ........    ...  ...... ... ...  ... .............  .....    .       .   .  .  .    ...          ...                           .    ..    .                   .                    .                                                           .     .                                       .                        .......                 .         ..  .     .     .....  .  .    ..     ..    .     .                    ....     .      ..     .  .....  .                           ........................ .  .        .      .        ..  .  .   .      .     ...    ...    .     .      .     ..   .            . ..   ..    .       .   ...  .   ..      .    .         .....     ..  .        .   ...       .      ..    ..         .        . .   .    . ..        .....  .              .  .         
lowQualScore                  :                                                0               888    888                                 888                       4     4            1111111111    888  66                    888     66  66      66  66    66  3     3       1111 111111  9   66    55   3  22222222    888  666666 888 888  888 6666666666666  88888    3       3   3  1  2    555          444                           7    55    8                   4                    2                                                           7     7                                       4                        3333333                 0         88  0     6     00000  0  0    22     88    6     2                    0000     6      00     0  44444  4                           000000000000000000000000 8  0        4      8        88  0  5   0      0     555    555    2     4      2     00   0            0 44   22    7       0   888  0   22      7    2         00000     88  7        0   666       8      66    00         6        0 0   0    0 00        33333  0              3  3         
consensus                     :        GTGAACGTGCCATTGGCATGCTTAATGCTGGTATTGCGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTACGGAAGATTTACC---A------CGTA---GT--GGACGTCCGCGCGTCACGAC---GCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-ACACCCA----C-----CTACGCA--ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TG---CC------------GC---TAACACCCCTGGTA-CAC-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---AAACTGTACGCAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTACGTT-GGCTGTGTTATGACGCGACGTCACCGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCACGTACACACCATCGCTGGGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCGAAGTGATGGCAGGGTTCGAGTATA---C---CGTAGAAGAAATGAACGTTATGCCGAC-TGC-TGCGTACTTGA-----AC-AA-GATCGTTTTGGGNGTGGAGGTTCCGTCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGCGCATGGTTA--TCGCA-CACCT--CTCGTCGTGATCGATGGGAATTTGAATGCC------------------------CAAC-GCTACCAAGATGAGANTCTTGCAA--GGNACGTCA-TCCCAC-TGTTT---CAAA---ATAATGCCAACATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGCCACAAGCC--ATACGGCTAGAGNTAC-T-GTNAAT--TTTCTCGGGACGAATAACATTGC---ATTTATTGATGACTGGCCCGCC-G-ACAGCCCAGATCTGAATCCC--ATCGAACACGTGTGGGACGA-ATTTGGACNANCGTGTTAGA-----CCNTATTCCAACATCAA-AC-GTCAATGAA
Reference ( family-1276 )     :        GTGAACGTGCCATTGGCATGCTTAATGCTGGTATTGCGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTACGGAAGATTTACC---A------CGTA---GT--GGACGTCCGCGCGTCACGAC---GCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-ACACCCA----C-----CTACGCA--ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TG---CC------------GC---TAACACCCCTGGTA-CAC-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---AAACTGTACGCAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTACGTT-GGCTGTGTTATGACGCGACGTCACCGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCACGTACACACCATCGCTGGGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCGAAGTGATGGCAGGGTTCGAGTATA---C---CGTAGAAGAAATGAACGTTATGCCGAC-TGC-TGCGTACTTGA-----AC-AA-GATCGTTTTGGGNGTGGAGGTTCCGTCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGCGCATGGTTA--TCGCA-CACCT--CTCGTCGTGATCGATGGGAATTTGAATGCC------------------------CAAC-GCTACCAAGATGAGANTCTTGCAA--GGNACGTCA-TCCCAC-TGTTT---CAAA---ATAATGCCAACATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGCCACAAGCC--ATACGGCTAGAGNTAC-T-GTNAAT--TTTCTCGGGACGAATAACATTGC---ATTTATTGATGACTGGCCCGCC-G-ACAGCCCAGATCTGAATCCC--ATCGAACACGTGTGGGACGA-ATTTGGACNANCGTGTTAGA-----CCNTATTCCAACATCAA-AC-GTCAATGAA
gi|1                          :        GTGAACGTGCCATTTGCATGCTTAATGCTGGTATTGTGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCATGCTTTTTGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTACGGAAGATTAAAC---A------CGTT---GA--TAATGTCCGCGTGTCCTGAC---ACATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-ACACCCA----C-----CTATGCA--ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TG---CT------------GC---TTACACCCTTGGTA-CAC-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---AAACTGTACGCAATCATCTGCACGAGGATGGT--CTACTTGGACAGTGTCCTTACATT-GGATGTGTTATGACACGACGTCACCTTGTAAATCATGTTAATTGGGCACGTACACACCATCGCCGGGTAAGGTAACAATG-GAATA-GCATTCTCTTCTCCAACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCAAAGTGATGGCAGGGTTCGAGTATA---C---CGTAGAAGAAATGAACGTTATGTCGAC-TGC-TGTGTACTTGA-----AC-AA-GATCATTTTGGGGGTGGAGGTTCTGTCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGCACATGGTTA--TCACA-CATCT--CTTGTTGTGATTGGTGGGAATTTGAATGCC------------------------CAAC-ACTACTGAGATGAGATTCTTGCAA--GGAACGTCA-TCCCAC-TGTTT---TAAA---ATAATGCCAATATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGTCACAAGCC--ATACAGCTAGAGATAC-T-GTGAAT--TTTCTCAGGACGAATAACATTGC---ATTTATTGATGACTGGCCCGCC-A-AAAGCCCAGATCTGAATCAC--ATCAAACACATGTTGGAT-A-ATTTGGACAAGTGTGTTAGA-----CCTTATTCCAACATCAA-AT-GTCAATGAA
gi|10                         :         TGAACATGCCATTCACATGCTTAATGCTGGTATTGCGAT-GAATGAGGTTGCTTG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCTATGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ATGTATGGAAGATTTACC---T------CGTA---GT--GGATGTCTGCACGTCACGAC---GCATG--GG--CAAGAC--CA--CTAT--AT-CATGA-ACACCCA----C-----CTACGCA--ATTG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TG---CT------------GC----AATACCCCTGGTA-CAT-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---AAACTGTACACAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACCTGGACGTCGTCGTTATGTA-GGCTGTGTTATGACGCGACGTCACCGTGTAAATCGTGTTAATTGGGAACGTACA
gi|11                         :            tacaGTCGTCGGCATGCTGGAGGCTGGGGTTCCGACTGAA-GAAGTTGC-AGCACGATTTCGGTCGTCAGT----GCAG-GCGATAAGGAGCCTCCAAAGGCGAT-TTGTGTAG--ATCGG-AAGTACCGCGGACTCACC---A------CGGA---GT--GGCAGACCGCGTGTCACGAC---TC--G--GGCCCAATGC--CG--CTAT--AT-CTTGG-ACCAGCA----C-----CTTCGAG--ATCGATTTCTCACCGCA---ACAG---CT------ACATC---CG---CC------------GT---T-ACACTC--GGTA-CCC-ACAACGCCCA-G-GTTTCCACCC---CGGCTGTGCG
gi|12                         :                                                                                                                           aatttactggatagaACGGAAGATTTACC---A------CGTA---TT--GGACGTCCGCGCGTCACGAC---GCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AC-CATGA-ACACCCA----C-----CTACGCA--ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TA---CC------------AC---TGCCACTGCTGCTA--AC-AC--C--CCG-A-ATATCTGACC---AAATTGTACGCAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTACGTT-GGCTGTGTTATGACGCAATGTCACTGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCATGTACACACCATCGCTGGGTAAGGC
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CACACTAACGACGG--AATGCAATGATGTGGAGACGCGTTATTTTCTCGGATGAAAAGAGATTCACGCTACAGAAAACAGACGGCCGAGTTCGAGTGTA---CTAACGTCGTGG---TGAACGGTATACCAAC--GCTTGCGTCGTTGAAGCTGAC-AACTACC--------CGTCGCGGTTCGGTTATGGTATGGGGAGCAATCAACTACGC-TGGTAAACTTG-A-CA------TTGTCGTGGTCAACGATAACATGAACGTT------------------------CAGC-GATACCAAAATGACA-TCTTG
gi|14                         :                                                                                                                                               gGATCTACCGAGA------CGTACTCGT--GGACGT------GTCACCACTCGGCA-----G--CACGACAACG--CTTT--CTGCCTGAGACATCTAAGGACTAGAACTACTCA--AGCG----------------ACTG---CA------A---C---TG---CG------------GC---TGTTACGATAGGTA-GCC-ATAACCGCCC-G-ATCGGCGATC---AGACTGTCCGGAATAGGTTGAGTGAACATGGTATCCGCT--GTCGTCGTCCTTACGTT-AGACCTGTTCCGACTCAACGACATCG
gi|15                         :                                                                                                                           caacaagtgggtcatACGGAAGGGTTGCC---GACCGACCGCG---ATCGGGACGTCCGTGCGTAACGAC---G--TGACGT--CAAGAC--AGGGCTATTCGT-CATG-----CCCA----C-----CTGCATA--ATCG----C-CA----CGTTACTG---CC------A---C---TGAAACC------------GCTATTAATAC----GGTA-TGCAATCATAACCGCC-ACAT-TCACCCAAAAACTGTAAGGAACCGATTGCGCGAGGTTGGT--CTtaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CAACATCACCTTATTTTCCAG-CATGATAATGCCTGACGCC--ATGTAGTCAGACTT---T-GTCAATACTTTCTCGTAAACCATAACATT-T---ACCCAC--ACGATTGGCC-GCC-GTACAGTCCAGATTTG--TCCCCAATTGAACATCTGTGGGACGA-ACTTG
gi|17                         :                                                                                                                           AAGCAGAAGGTATTTA---AAGACCTGCC---G------TGTA---GT--GGATATCATGGTGTCACAAC---TCGCG--TC--TAAGAC--TA--CTTT--AA-CAGAA-ATACCTA----C-------ATGCAGGATCA-GTCT-CA----G---ACAGCAACC------A---CAAGTG---TT------------GC---TTATACACCTGGGG-CCC-ATacag
gi|18                         :       tGTGAACGTGCCATTGGCATGCTAAATGCTGGTATTGCGAC-GAATGAAGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---At
gi|2                          : agtttacGTGAACGTGCCATTGGCATGCTTAATGCTGGTATTATGAC-AAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTTGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACTTACGGAAGATTTACC---A------CGTA---GT--GGACATCTGCGCGTCACAAC---GCATG--GG--CAAGAC--TG--CTAT--AT-CATAA-ACACCCA----C-----CTATGCA--ATTG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TG---CCACTGCT------GC---TAATAACCCTGGTT-CAC-CTAACAACTG-A-ATATCTGAAT---AAACTGTACGCAATTGTCTGCGCAAGGGTGGT--CTATTTGGACGTCTTCCTTACGTT-GGCTGTGTTATGACGCGATG---CCATGTAAATCGTGTTAATTGGGCACATACACACCATCGCTGTGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCTGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATAGAAGTGATGGCAGGGTTTGTGTATA---C---CGTAGAAGAAATTAACATTATGCCGAC-TGC-TGTGTACTTGA-----AC-GA-GATCGTTTTGGGGGTGGAGGTTCCATCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGTGCATGGTTA--TCGCA-CACTT--GTCATCGTGATCGATAAGAATTTGAATGCC------------------------C-AC-ACTACCAAAATGAGAATCTTGCAA--GGCATGTCA-TCCCAC-TGTTT---TAAA---ATAATGCCAACATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGCCACAAGCC--TTACAGCTAGAGATAC-T-GTGAAT--TTTCTCAGGACAAATCACATTGC---ATTTATTGATGAC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ttacC--ATACGGCTAACGTTAC-TCGTCA-T--TTTCTTGCGCAGAACAACGTTA----ATCTGTTGA--ACTGGCCAGCC-A-ACAGTCCAGACTCGTCTCCC--ATTGAACATAATTGGAACGA-ATTAGGACCATTGTGTTCGA-----AAAAATGGCAACATCAACACAGTCAA
gi|4                          :     gttGTGAACGTGCCATTGGCATGCTTATGGCTGGTATTGCGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAACCGTGCTATTCGAAACCTC---ATGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTACGGAAGATTTACC---A------CGTA---GT--GGACGTCCACGCGTCACGAC---ACATG--GG--TAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-AAACACA----C--------------ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TG---CCACTGTCACTGCTGC---TACCATCCCTGGTA-CAC-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---GAACTGTATGCAATCGTCCGCGTG---------------TAGACGTCGTCCTTACGTT-GGCTGTATTATGACTCGACGTCACCGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCGCGCACACACCATCCCTGGGTAAGGCAACACTG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCGAAGTGATAGCAGGGTTCAAGTATA---C---CATATAAGAAAcctagctgcagctcttcagcgtgagtggaatacattggcaccagcttacatcagaccttacgttaggagtatgagacgaagaatgcgtgcatgcattaattagaatggaggactcatcaggtcctaatgtacagtctttgataatcaagtttgaaggtgaactgtggctattctgtgatacgtcgatgactgtgacttttctgtgatatgttgatgactgaattttcctcgttttgtgatttttacttttgaacacatgttgattaaatgtgaattgtacattcatcaaagggttgattttgttgatacttcacatgtaacttccataatgattacagtccatgtttacttgaaaatattaagattttgttataaatctacttcaggattaccgttatagtaagtggaaactttttattt
gi|5                          :                atttacGGCATGCTTAATGCAAGTGTTGTGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTATGGAAGATTTACC---A------CATA---GT--GGACGTCCGCGCGTCACGAC---TCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-ACACCCA----C-----ATATGCA--ATCG-TTTC-CA----C---ACTG---CC------A---C---TG---CT------------GC---TAACACCCCTGGTA-CAC-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---AAACTGTACGCAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTACGTT-GGCTGTGTTATGACGCGACGTCATTGCGTAAATC-TGTTAATTGGACACGTACGTACCATCGCTTAGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCGAAGTGATGGCATGATTCGAGTATA---C---CGTAGAAGAAA
gi|6                          :         TGAACGTGCCATTGGCATGCTTAATGCTGATATTGCAAC-AAATGAGATTGCTAG---AGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTATGGAAGATTTACC---A------TGTA---GT--GGACGTCCGCGTGTCACGAT---GCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AC-CATGA-ACACCCA----C-----TCA-GCA--ATCG-TTTC-CA----A------------------A---C---TG---C---------------------CACTGCTGCTAACAC-CT-----CTG-GTACATATAAC-----AACCG-----AAT-ATCTG-GCCAAGCTG-----TAC--GCA-ATTGTC--TGCGCGAGGGTGTGTTATGATGCAACATCACTGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCATGTACACACCATCCCTGGGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCAATAAGTCGTGCTTTTCCATTCATCAAAGTGATGGAAGGGTTTGAGTAAA---C---CGCAGAAGAAAT
gi|7                          :                                                 atttacaGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACATG-ACGTATGGCAGATTTTCC---A------CGTA---GC--GGACGTCAGCGCGTCACGAC---GCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-ACACCAA----C-----CTATGCA--ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CCCTATCCA---C---TG---CT------------GC---TAACACCCCTGGTA-CAC-ATAACAACCA-A-ATATCTGATC---AAACTGTACGCAATCGTCTGCGCGTGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTGCGTT-GGCTGTGTTATGACGCGACGATACCGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCACGTACACACCATCGCTGGGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCCAAGTGATGGCAGGGTTCGAGTATA---G---CATAGAAGAAAT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AAGTGATGGCAGGGTTGGAGTATA---C---CATAGAAGAAATGAACGTTATGCTGAC-TGC-TGTTTACTTGA-----AC-AA-GATCGCTTTGGGTTTGGAGGTTCGGTCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGCGCATGGTTA--TCGCA-CATCT--CTCGCCGTGATTGATGGGAATTTGAATGAT------------------------CAAT-GCTACCAAGATGAGATTCTTGCAA--GGCACGTCA-TCCCAC-TGTTT---CAAA---ATAATGCCAATATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGCCACAAGCC--ATACAGCTAGAGATAC-T-GTGAAT--TTCCTCAGGACGAATAACATTGC---ATTTATTGATGACTGGCCCACC-A-AAAGCCCAGATCTGAATCCC--ATCGAACACATGTGGGAT-A-ATTTGGACAAGCATGTTAGATGTTGCCCTATTCCACCATCAA-AC-CTCAATGAAtcgt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TATATCGC---CGTCGGGGA---GAAAGATATGCAGACATG--TGCGTCATCGA-----AAGAA-AATCGATTCGA---TGGCGGCTCCGTGATTGTCTAGGCCGGTAT----CTCTC-T--TTA--TACCAATACCTTCCTGGTTATGATTGATGGGAATCTAAATGCCAACCGGTACCAAGCGGAAGTCTTACAACCGGTACCAA-ACGGAAGTCTTACAACCGGGAC--CAATTCCATATGTGCAGGCAAACAGATAA-------ATAATT----TT--CAAACAGGATAAAGCC-C--GCCTTATACGGCCAGAACTACAC-GTCAAA--TGTTGCAGGTC-ACCAACATC-CGAAAGTTA-----GACTGGCCAGCTTG-CCGGCCC-GATCTCAATCCG--ATCGAACACGTATGGAACGATATT--AACCATTGGATTAGc


blockSeqs                     :                                                T               CAC    TCG                                 CAA                       T                  GACCGAC       CTC  CG                    TCG     AC  CC      AA  GG    TC  G     G       AGGA TAGAAC  C   GG    AT   T  CCGCA       CAA  CTATCC CAT AAG  AAA CACTGTCACTGCT  TATTA    C       A   A  A  A    CC           CAA                                AT                        A                    T                                                           T     C                                                                CTAA                    G         AT  T           AGCTG  G  C    GT     GG          G                    CAAC     A      AC     A  CCTTC  T                           AACCGGTACCAAGCGGAAGTCTTA    C        A      A        CC  C  G   A      A     AGG    CAG    T     C      T     TC   A            T AC   TT            T   TC   C   AC           C         CGAA      TT  C        A   GT               TC    CA         C        G T   T    C TT        TGTTG  A              C  A
blockSeqs                     :                                                .               .      .                                   .                         .                  GAGA          .    .                     .       .   .       .   .     .   .     .       .    C       C   .     T    .  CGTT        .    .      .   .    .   CACTGCT        TG       T       .   .  A  G    GT           .                                  .                         .                    T                                                           .     .                                                                TCGC                    T         T   .           .      .  .    GC     GT          C                    .        A      .      .  CTT    C                           .                           .        A      T        .   C  G   .      .     .      .      T     C      C     .    .            A AA   .             A   AC   G   .            A         GC        TT  T        C   TG               AA    .          A        G .   A    A GC        .      C              .  .
blockSeqs                     :                                                .               .      .                                   .                         .                  T             .    .                     .       .   .       .   .     .   .     .       .    C       C   .     T    .  A           .    .      .   .    .   T              TG       T       .   .  A  C    A            .                                  .                         .                    A                                                           .     .                                                                C                       T         T   .           .      .  .    GA     C           G                    .        .      .      .  TCT    C                           .                           .        G      G        .   G  .   .      .     .      .      .     T      C     .    .            A AA   .             T   T    C   .            G         GC        TT  T        A   A                AA    .          A        G .   T    C TT                                  
blockSeqs                     :                                                .               .      .                                   .                         .                  A             .    .                     .       .   .       .   .     .   .     .       .    C       C   .     G    .  A           .    .      .   .    .   C              TT       G       .   .  C  A    G            .                                  .                         .                    T                                                           .     .                                                                C                       A         .   .           .      .  .    .      .           C                    .        .      .      .  .      G                           .                           .        .      .                                                    .      .     .    .            . .    .             A   T    G   .            G         T         C   .        .   A                .     .          G        . .   .                                          
blockSeqs                     :                                                .               .      .                                   .                         .                  A             .    .                     .       .   .       .   .     .   .     .       .    C       C   .     T    .  G           .    .      .   .    .   C              TA       A       .   .  A  A    A            .                                  .                         .                    T                                                           .     .                                                                C                                                                                                                                                                                                                                                                                                            .             C   T    C   .            .         A         .   .                                                                                                        
blockSeqs                     :                                                .               .      .                                   .                         .                  G             .    .                     .       .   .       .   .     .   .     .       .    C       T   .     T    .  A           .    .      .   .    .   G              TA       C       .   .  A  A    G            .                                  .                         .                    T                                                           .     .                                                                C                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     
blockSeqs                     :                                                .               .      .                                   .                         .                  A             .    .                     .       .   .       .   .     .   .     .       .    A       T   .     T    .  A           .    .      .   .    .   C              TA       C       .   .  A  A    A            .                                  .                         .                    A                                                                                                                                  G                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     
blockSeqs                     :                                                                .      .                                   .                         .                  A             .    .                     .       .   .       .   .     .   .     .       .    T       T   .     T    .  C           .    .      .   .    .   T              TA       C       .   .  A  A    A            .                                  .                         .                    .                                                                                                                                  C                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                        A             .    .                     .       .   .       .   .     .   .     .       .    C       T   .     T    .  A           .    .      .   .    .   T              A        T       .   .  .  .    A            .                                  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                        A             .    .                     .       .   .       .   .     .   .     .       .    .       .   .     .    .  A           .    .      .   .    .   T              T        C       .   .  .  .    A            .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                        A             .    .                     .       .   .       .   .     .   .     .       .    .       .   .     .    .  .           .    .      .   .    .   .              .        .       .   .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GC***                      G**
originalCons                  :        GTGAACGTGCCATTGGCATGCTTAATGCTGGTATTGCGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTACGGAAGATTTACC---A------CGTA---GT--GGACGTCCGCGCGTCACGAC---GCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-ACACCCA----C-----CTACGCA--ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TG---CC------------GC---TAACACCCCTGGTA-CAC-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---AAACTGTACGCAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTACGTT-GGCTGTGTTATGACGCGACGTCACCGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCACGTACACACCATCGCTGGGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCGAAGTGATGGCAGGGTTCGAGTATA---C---CGTAGAAGAAATGAACGTTATGCCGAC-TGC-TGCGTACTTGA-----AC-AA-GATCGTTTTGGGNGTGGAGGTTCCGTCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGCGCATGGTTA--TCGCA-CACCT--CTCGTCGTGATCGATGGGAATTTGAATGCC------------------------CAAC-GCTACCAAGATGAGANTCTTGCAA--GGNACGTCA-TCCCAC-TGTTT---CAAA---ATAATGCCAACATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGCCACAAGCC--ATACGGCTAGAGNTAC-T-GTNAAT--TTTCTCGGGACGAATAACATTGC---ATTTATTGATGACTGGCCCGCC-G-ACAGCCCAGATCTGAATCCC--ATCGAACACGTGTGGGACGA-ATTTGGACNANCGTGTTAGA-----CCNTATTCCAACATCAA-AC-GTCAATGAA
finalCons                     :        GTGAACGTGCCATTGGCATGCTTAATGCTGGTATTGCGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTACGGAAGATTTACC---A------CGTA---GT--GGACGTCCGCGCGTCACGAC---GCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-ACACCCA----C-----CTACGCA--ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TG---CC------------GC---TAACACCCCTGGTA-CAC-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---AAACTGTACGCAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTACGTT-GGCTGTGTTATGACGCGACGTCACCGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCACGTACACACCATCGCTGGGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCGAAGTGATGGCAGGGTTCGAGTATA---C---CGTAGAAGAAATGAACGTTATGCCGAC-TGC-TGCGTACTTGA-----AC-AA-GATCGTTTTGGGNGTGGAGGTTCCGTCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGCGCATGGTTA--TCGCA-CACCT--CTCGTCGTGATCGATGGGAATTTGAATGCC------------------------CAAC-GCTACCAAGATGAGANTCTTGCAA--GGNACGTCA-TCCCAC-TGTTT---CAAA---ATAATGCCAACATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGCCACAAGCC--ATACGGCTAGAGNTAC-T-GTNAAT--TTTCTCGGGACGAATAACATTGC---ATTTATTGATGACTGGCCCGCCG--ACAGCCCAGATCTGAATCCC--ATCGAACACGTGTGGGACGA-ATTTGGACNANCGTGTTAGA-----CCNTATTCCAACATCAA-AC-GTCAATGAA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                        1111111111                                                                                    111111                    11111111                             2222222222222                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      22222                                                  1111     1      11        11111                              777777777777777777777777                             11         1      1     111    111                       11                                                                         22222                  1   111                    11                  1                      33333                 1  1         
lowQualScore                  :                                                5               777    777                                 777                       4     0            1111111111    555  44                    555     44  44      44  44    44  3     3       7777 000000  2   44    44   3  11111111    555  999999 555 555  555 9999999999999  66666    2       3   3  2  1    444          666                           0    55    0                   4                    2                                                           5     5                                       0                        8888888                 1         88  8     0     00000  8  8    77     88    0     3                    7777     0      11     8  11111  1                           777777777777777777777777 0  8        6      8        33  1  2   0      0     777    777    3     1      3     11   8            6 11   99    0       1   666  1   99      0    5         22222     44  5        0   555       0      66    11         4        0 8   6    1 33        33333  1              3  3         
lowQualScore                  :                                                .               ...    ...                                 ...                       .     .            ..........    ...  ..                    ...     ..  ..      ..  ..    ..  .     .       .... ......  .   ..    ..   .  ........    ...  ...... ... ...  ... .............  .....    .       .   .  .  .    ...          ...                           .    ..    .                   .                    .                                                           .     .                                       .                        .......                 .         ..  .     .     .....  .  .    ..     ..    .     .                    ....     .      ..     .  .....  .                           ........................ .  .        .      .        ..  .  .   .      .     ...    ...    .     .      .     ..   .            . ..   ..    .       .   ...  .   ..      .    .         .....     ..  .        .   ...       .      ..    ..         .        . .   .    . ..        .....  .              .  .         
lowQualScore                  :                                                0               888    888                                 888                       4     4            1111111111    888  66                    888     66  66      66  66    66  3     3       1111 111111  9   66    55   3  22222222    888  666666 888 888  888 6666666666666  88888    3       3   3  1  2    555          444                           7    55    8                   4                    2                                                           7     7                                       4                        3333333                 0         88  0     6     00000  0  0    22     88    6     2                    0000     6      00     0  44444  4                           000000000000000000000000 8  0        4      8        88  0  5   0      0     555    555    2     4      2     00   0            0 44   22    7       0   888  0   22      7    2         00000     88  7        0   666       8      66    00         6        0 0   0    0 00        33333  0              3  3         
consensus                     :        GTGAACGTGCCATTGGCATGCTTAATGCTGGTATTGCGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTACGGAAGATTTACC---A------CGTA---GT--GGACGTCCGCGCGTCACGAC---GCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-ACACCCA----C-----CTACGCA--ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TG---CC------------GC---TAACACCCCTGGTA-CAC-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---AAACTGTACGCAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTACGTT-GGCTGTGTTATGACGCGACGTCACCGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCACGTACACACCATCGCTGGGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCGAAGTGATGGCAGGGTTCGAGTATA---C---CGTAGAAGAAATGAACGTTATGCCGAC-TGC-TGCGTACTTGA-----AC-AA-GATCGTTTTGGGNGTGGAGGTTCCGTCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGCGCATGGTTA--TCGCA-CACCT--CTCGTCGTGATCGATGGGAATTTGAATGCC------------------------CAAC-GCTACCAAGATGAGANTCTTGCAA--GGNACGTCA-TCCCAC-TGTTT---CAAA---ATAATGCCAACATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGCCACAAGCC--ATACGGCTAGAGNTAC-T-GTNAAT--TTTCTCGGGACGAATAACATTGC---ATTTATTGATGACTGGCCCGCC-G-ACAGCCCAGATCTGAATCCC--ATCGAACACGTGTGGGACGA-ATTTGGACNANCGTGTTAGA-----CCNTATTCCAACATCAA-AC-GTCAATGAA
Reference ( family-1276 )     :        GTGAACGTGCCATTGGCATGCTTAATGCTGGTATTGCGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTACGGAAGATTTACC---A------CGTA---GT--GGACGTCCGCGCGTCACGAC---GCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-ACACCCA----C-----CTACGCA--ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TG---CC------------GC---TAACACCCCTGGTA-CAC-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---AAACTGTACGCAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTACGTT-GGCTGTGTTATGACGCGACGTCACCGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCACGTACACACCATCGCTGGGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCGAAGTGATGGCAGGGTTCGAGTATA---C---CGTAGAAGAAATGAACGTTATGCCGAC-TGC-TGCGTACTTGA-----AC-AA-GATCGTTTTGGGNGTGGAGGTTCCGTCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGCGCATGGTTA--TCGCA-CACCT--CTCGTCGTGATCGATGGGAATTTGAATGCC------------------------CAAC-GCTACCAAGATGAGANTCTTGCAA--GGNACGTCA-TCCCAC-TGTTT---CAAA---ATAATGCCAACATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGCCACAAGCC--ATACGGCTAGAGNTAC-T-GTNAAT--TTTCTCGGGACGAATAACATTGC---ATTTATTGATGACTGGCCCGCC-G-ACAGCCCAGATCTGAATCCC--ATCGAACACGTGTGGGACGA-ATTTGGACNANCGTGTTAGA-----CCNTATTCCAACATCAA-AC-GTCAATGAA
gi|1                          :        GTGAACGTGCCATTTGCATGCTTAATGCTGGTATTGTGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCATGCTTTTTGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTACGGAAGATTAAAC---A------CGTT---GA--TAATGTCCGCGTGTCCTGAC---ACATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-ACACCCA----C-----CTATGCA--ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TG---CT------------GC---TTACACCCTTGGTA-CAC-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---AAACTGTACGCAATCATCTGCACGAGGATGGT--CTACTTGGACAGTGTCCTTACATT-GGATGTGTTATGACACGACGTCACCTTGTAAATCATGTTAATTGGGCACGTACACACCATCGCCGGGTAAGGTAACAATG-GAATA-GCATTCTCTTCTCCAACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCAAAGTGATGGCAGGGTTCGAGTATA---C---CGTAGAAGAAATGAACGTTATGTCGAC-TGC-TGTGTACTTGA-----AC-AA-GATCATTTTGGGGGTGGAGGTTCTGTCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGCACATGGTTA--TCACA-CATCT--CTTGTTGTGATTGGTGGGAATTTGAATGCC------------------------CAAC-ACTACTGAGATGAGATTCTTGCAA--GGAACGTCA-TCCCAC-TGTTT---TAAA---ATAATGCCAATATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGTCACAAGCC--ATACAGCTAGAGATAC-T-GTGAAT--TTTCTCAGGACGAATAACATTGC---ATTTATTGATGACTGGCCCGCC-A-AAAGCCCAGATCTGAATCAC--ATCAAACACATGTTGGAT-A-ATTTGGACAAGTGTGTTAGA-----CCTTATTCCAACATCAA-AT-GTCAATGAA
gi|10                         :         TGAACATGCCATTCACATGCTTAATGCTGGTATTGCGAT-GAATGAGGTTGCTTG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCTATGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ATGTATGGAAGATTTACC---T------CGTA---GT--GGATGTCTGCACGTCACGAC---GCATG--GG--CAAGAC--CA--CTAT--AT-CATGA-ACACCCA----C-----CTACGCA--ATTG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TG---CT------------GC----AATACCCCTGGTA-CAT-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---AAACTGTACACAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACCTGGACGTCGTCGTTATGTA-GGCTGTGTTATGACGCGACGTCACCGTGTAAATCGTGTTAATTGGGAACGTACA
gi|11                         :            tacaGTCGTCGGCATGCTGGAGGCTGGGGTTCCGACTGAA-GAAGTTGC-AGCACGATTTCGGTCGTCAGT----GCAG-GCGATAAGGAGCCTCCAAAGGCGAT-TTGTGTAG--ATCGG-AAGTACCGCGGACTCACC---A------CGGA---GT--GGCAGACCGCGTGTCACGAC---TC--G--GGCCCAATGC--CG--CTAT--AT-CTTGG-ACCAGCA----C-----CTTCGAG--ATCGATTTCTCACCGCA---ACAG---CT------ACATC---CG---CC------------GT---T-ACACTC--GGTA-CCC-ACAACGCCCA-G-GTTTCCACCC---CGGCTGTGCG
gi|12                         :                                                                                                                           aatttactggatagaACGGAAGATTTACC---A------CGTA---TT--GGACGTCCGCGCGTCACGAC---GCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AC-CATGA-ACACCCA----C-----CTACGCA--ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TA---CC------------AC---TGCCACTGCTGCTA--AC-AC--C--CCG-A-ATATCTGACC---AAATTGTACGCAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTACGTT-GGCTGTGTTATGACGCAATGTCACTGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCATGTACACACCATCGCTGGGTAAGGC
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CACACTAACGACGG--AATGCAATGATGTGGAGACGCGTTATTTTCTCGGATGAAAAGAGATTCACGCTACAGAAAACAGACGGCCGAGTTCGAGTGTA---CTAACGTCGTGG---TGAACGGTATACCAAC--GCTTGCGTCGTTGAAGCTGAC-AACTACC--------CGTCGCGGTTCGGTTATGGTATGGGGAGCAATCAACTACGC-TGGTAAACTTG-A-CA------TTGTCGTGGTCAACGATAACATGAACGTT------------------------CAGC-GATACCAAAATGACA-TCTTG
gi|14                         :                                                                                                                                               gGATCTACCGAGA------CGTACTCGT--GGACGT------GTCACCACTCGGCA-----G--CACGACAACG--CTTT--CTGCCTGAGACATCTAAGGACTAGAACTACTCA--AGCG----------------ACTG---CA------A---C---TG---CG------------GC---TGTTACGATAGGTA-GCC-ATAACCGCCC-G-ATCGGCGATC---AGACTGTCCGGAATAGGTTGAGTGAACATGGTATCCGCT--GTCGTCGTCCTTACGTT-AGACCTGTTCCGACTCAACGACATCG
gi|15                         :                                                                                                                           caacaagtgggtcatACGGAAGGGTTGCC---GACCGACCGCG---ATCGGGACGTCCGTGCGTAACGAC---G--TGACGT--CAAGAC--AGGGCTATTCGT-CATG-----CCCA----C-----CTGCATA--ATCG----C-CA----CGTTACTG---CC------A---C---TGAAACC------------GCTATTAATAC----GGTA-TGCAATCATAACCGCC-ACAT-TCACCCAAAAACTGTAAGGAACCGATTGCGCGAGGTTGGT--CTtaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CAACATCACCTTATTTTCCAG-CATGATAATGCCTGACGCC--ATGTAGTCAGACTT---T-GTCAATACTTTCTCGTAAACCATAACATT-T---ACCCAC--ACGATTGGCC-GCC-GTACAGTCCAGATTTG--TCCCCAATTGAACATCTGTGGGACGA-ACTTG
gi|17                         :                                                                                                                           AAGCAGAAGGTATTTA---AAGACCTGCC---G------TGTA---GT--GGATATCATGGTGTCACAAC---TCGCG--TC--TAAGAC--TA--CTTT--AA-CAGAA-ATACCTA----C-------ATGCAGGATCA-GTCT-CA----G---ACAGCAACC------A---CAAGTG---TT------------GC---TTATACACCTGGGG-CCC-ATacag
gi|18                         :       tGTGAACGTGCCATTGGCATGCTAAATGCTGGTATTGCGAC-GAATGAAGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---At
gi|2                          : agtttacGTGAACGTGCCATTGGCATGCTTAATGCTGGTATTATGAC-AAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTTGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACTTACGGAAGATTTACC---A------CGTA---GT--GGACATCTGCGCGTCACAAC---GCATG--GG--CAAGAC--TG--CTAT--AT-CATAA-ACACCCA----C-----CTATGCA--ATTG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TG---CCACTGCT------GC---TAATAACCCTGGTT-CAC-CTAACAACTG-A-ATATCTGAAT---AAACTGTACGCAATTGTCTGCGCAAGGGTGGT--CTATTTGGACGTCTTCCTTACGTT-GGCTGTGTTATGACGCGATG---CCATGTAAATCGTGTTAATTGGGCACATACACACCATCGCTGTGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCTGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATAGAAGTGATGGCAGGGTTTGTGTATA---C---CGTAGAAGAAATTAACATTATGCCGAC-TGC-TGTGTACTTGA-----AC-GA-GATCGTTTTGGGGGTGGAGGTTCCATCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGTGCATGGTTA--TCGCA-CACTT--GTCATCGTGATCGATAAGAATTTGAATGCC------------------------C-AC-ACTACCAAAATGAGAATCTTGCAA--GGCATGTCA-TCCCAC-TGTTT---TAAA---ATAATGCCAACATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGCCACAAGCC--TTACAGCTAGAGATAC-T-GTGAAT--TTTCTCAGGACAAATCACATTGC---ATTTATTGATGAC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ttacC--ATACGGCTAACGTTAC-TCGTCA-T--TTTCTTGCGCAGAACAACGTTA----ATCTGTTGA--ACTGGCCAGCC-A-ACAGTCCAGACTCGTCTCCC--ATTGAACATAATTGGAACGA-ATTAGGACCATTGTGTTCGA-----AAAAATGGCAACATCAACACAGTCAA
gi|4                          :     gttGTGAACGTGCCATTGGCATGCTTATGGCTGGTATTGCGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAACCGTGCTATTCGAAACCTC---ATGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTACGGAAGATTTACC---A------CGTA---GT--GGACGTCCACGCGTCACGAC---ACATG--GG--TAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-AAACACA----C--------------ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CC------A---C---TG---CCACTGTCACTGCTGC---TACCATCCCTGGTA-CAC-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---GAACTGTATGCAATCGTCCGCGTG---------------TAGACGTCGTCCTTACGTT-GGCTGTATTATGACTCGACGTCACCGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCGCGCACACACCATCCCTGGGTAAGGCAACACTG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCGAAGTGATAGCAGGGTTCAAGTATA---C---CATATAAGAAAcctagctgcagctcttcagcgtgagtggaatacattggcaccagcttacatcagaccttacgttaggagtatgagacgaagaatgcgtgcatgcattaattagaatggaggactcatcaggtcctaatgtacagtctttgataatcaagtttgaaggtgaactgtggctattctgtgatacgtcgatgactgtgacttttctgtgatatgttgatgactgaattttcctcgttttgtgatttttacttttgaacacatgttgattaaatgtgaattgtacattcatcaaagggttgattttgttgatacttcacatgtaacttccataatgattacagtccatgtttacttgaaaatattaagattttgttataaatctacttcaggattaccgttatagtaagtggaaactttttattt
gi|5                          :                atttacGGCATGCTTAATGCAAGTGTTGTGAC-GAATGAGGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTATGGAAGATTTACC---A------CATA---GT--GGACGTCCGCGCGTCACGAC---TCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-ACACCCA----C-----ATATGCA--ATCG-TTTC-CA----C---ACTG---CC------A---C---TG---CT------------GC---TAACACCCCTGGTA-CAC-ATAACAACCG-A-ATATCTGACC---AAACTGTACGCAATCGTCTGCGCGAGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTACGTT-GGCTGTGTTATGACGCGACGTCATTGCGTAAATC-TGTTAATTGGACACGTACGTACCATCGCTTAGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCGAAGTGATGGCATGATTCGAGTATA---C---CGTAGAAGAAA
gi|6                          :         TGAACGTGCCATTGGCATGCTTAATGCTGATATTGCAAC-AAATGAGATTGCTAG---AGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACAGG-ACGTATGGAAGATTTACC---A------TGTA---GT--GGACGTCCGCGTGTCACGAT---GCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AC-CATGA-ACACCCA----C-----TCA-GCA--ATCG-TTTC-CA----A------------------A---C---TG---C---------------------CACTGCTGCTAACAC-CT-----CTG-GTACATATAAC-----AACCG-----AAT-ATCTG-GCCAAGCTG-----TAC--GCA-ATTGTC--TGCGCGAGGGTGTGTTATGATGCAACATCACTGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCATGTACACACCATCCCTGGGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCAATAAGTCGTGCTTTTCCATTCATCAAAGTGATGGAAGGGTTTGAGTAAA---C---CGCAGAAGAAAT
gi|7                          :                                                 atttacaGTTGCTAG---GGTT---GTTGGCAGTTCTAGCCGTGCTATTCGAAACCTT---AGGCAACGTTTTCAAGCAACATG-ACGTATGGCAGATTTTCC---A------CGTA---GC--GGACGTCAGCGCGTCACGAC---GCATG--GG--CAAGAC--CG--CTAT--AT-CATGA-ACACCAA----C-----CTATGCA--ATCG-TTTC-CA----A---ACTG---CCCTATCCA---C---TG---CT------------GC---TAACACCCCTGGTA-CAC-ATAACAACCA-A-ATATCTGATC---AAACTGTACGCAATCGTCTGCGCGTGGGTGGT--CTACTTGGACGTCGTCCTTGCGTT-GGCTGTGTTATGACGCGACGATACCGCGTAAATCGTGTTAATTGGGCACGTACACACCATCGCTGGGTAAGGCAACAATG-GAATA-GCGTTCTCTTCTCCGACGAGTCGAGATTTTCCATTCATCCAAGTGATGGCAGGGTTCGAGTATA---G---CATAGAAGAAAT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AAGTGATGGCAGGGTTGGAGTATA---C---CATAGAAGAAATGAACGTTATGCTGAC-TGC-TGTTTACTTGA-----AC-AA-GATCGCTTTGGGTTTGGAGGTTCGGTCATGGTCTGGGCAGGCAT----TGCGCATGGTTA--TCGCA-CATCT--CTCGCCGTGATTGATGGGAATTTGAATGAT------------------------CAAT-GCTACCAAGATGAGATTCTTGCAA--GGCACGTCA-TCCCAC-TGTTT---CAAA---ATAATGCCAATATCACTCTGTTT--CAA-CAGGATAATGCCACAAGCC--ATACAGCTAGAGATAC-T-GTGAAT--TTCCTCAGGACGAATAACATTGC---ATTTATTGATGACTGGCCCACC-A-AAAGCCCAGATCTGAATCCC--ATCGAACACATGTGGGAT-A-ATTTGGACAAGCATGTTAGATGTTGCCCTATTCCACCATCAA-AC-CTCAATGAAtcgt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TATATCGC---CGTCGGGGA---GAAAGATATGCAGACATG--TGCGTCATCGA-----AAGAA-AATCGATTCGA---TGGCGGCTCCGTGATTGTCTAGGCCGGTAT----CTCTC-T--TTA--TACCAATACCTTCCTGGTTATGATTGATGGGAATCTAAATGCCAACCGGTACCAAGCGGAAGTCTTACAACCGGTACCAA-ACGGAAGTCTTACAACCGGGAC--CAATTCCATATGTGCAGGCAAACAGATAA-------ATAATT----TT--CAAACAGGATAAAGCC-C--GCCTTATACGGCCAGAACTACAC-GTCAAA--TGTTGCAGGTC-ACCAACATC-CGAAAGTTA-----GACTGGCCAGCTTG-CCGGCCC-GATCTCAATCCG--ATCGAACACGTATGGAACGATATT--AACCATTGGATTAGc