lowQualScore : 1111 2222 1111111111111 333333333333333 11 444444444444444444444444444444444 1 1111111111 1111 11111 3333 1111111 444444444 1111111 111111 1 666666666 111111 111111 555555555555555555555555555555555555555 33333333333333333333333333333 22222 22222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222222222222222222 11 1 1111 1 1 11111111 4444444444444444 222222 1 1 33333333333333333333333333333333333333333333 1 11 1 3333 1
lowQualScore : 2 8 4444 6 4444 888 9 5 0 1 0 1 5 8888888888888 7 000000000000000 6 33 6 1 3 9 55 4 777 666666666666666666666666666666666 5 4 777777 0 3 3333333333 0000 0 55555 3 4444 2 8 0 5555555 666 8 2 1 5 55 000000000 6666666 5 77 666666 77 3 1 2 7 111111111 777777 8 4 5 444444 888888888888888888888888888888888888888 5 66666666666666666666666666666 7 77777 3 1 66666666 55 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 5555555555555555555 44 77 3 55 2222 1 0 44444444 5 4 8888888888888888 555 5 2 4 5 888888 5 1 5 3 4 99999999999999999999999999999999999999999999 5 8 44 7 7 7 3333 2 5 3 6
lowQualScore : . . .... . .... ... . . . . . . . ............. . ............... . .. . . . . .. . ... ................................. . . ...... . . .......... .... . ..... . .... . . . ....... ... . . . . .. ......... ....... . .. ...... .. . . . . ......... ...... . . . ...... ....................................... . ............................. . ..... . . ........ .. .............................................................. . ................... .. .. . .. .... . . ........ . . ................ ... . . . . ...... . . . . . ............................................ . . .. . . . .... . . . .
lowQualScore : 5 0 6666 6 4444 888 6 2 8 0 6 0 0 0000000000000 8 111111111111111 7 77 7 7 4 0 55 0 000 777777777777777777777777777777777 2 0 555555 9 9 3333333333 8888 9 88888 1 9999 5 8 5 2222222 444 0 0 4 0 55 000000000 2222222 9 99 444444 77 9 7 1 9 666666666 444444 1 5 0 888888 333333333333333333333333333333333333333 8 99999999999999999999999999999 5 33333 1 9 66666666 00 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 8888888888888888888 66 22 6 00 9999 4 4 55555555 6 0 0000000000000000 555 2 7 4 0 222222 4 4 0 5 0 88888888888888888888888888888888888888888888 0 3 77 7 3 0 5555 5 0 0 0
consensus : GTNAAGTCTTTATTGGTCGTACACAATT-CTTA--GACT-ACGAAGNTNAACGAAACGGATCCCTGAATTATAATAAGAATATATGGTAAGANTTCCGGCAATCCAGTGTTATGT------------ATGTGACC-GA-GG-TTGTTTGTATTGAAATTAA--CAAC-A---CGATCTT-T-AGTGG-------G----TTT-A---GGGTTTTATGCAGTTT-CT---C--CAATGTA----TA-GTTCTATTGACACTAAACAA--CAAGAACCTGTAACGATACAGTAA--CGATACATAATTTACAAAACATGAAAACAA--ACNATT---ATGACAAAACATCAAGC-AT-TTCACGCGAT---------ATACA-------TNT--CACACAA------TACAAATACGGTTCCAAATAAGATAA-A--TGAAAATA--CAAGTAATTCCTTACCAGGCTGA-T----C-AG---CA---A-GTAGCGAA---ACTAACAAAT-A-T-CA-CAAATNTTCGCAGA-------TT-GTCT-AGNT----------AACTATTTTGGTGGT--GTCTGTTCGAC---A---ATTAGA--A------------------A-TTG-------T-----T-------------------------AATTTACC-------------------CA--TCATGCAA-TAAAATCGCT--CACTCAA--TCACTCACTCAT--------TCGCT-C--------TC------TG--CANTACATACATGTAT-AT-ATA----CGGATACACTAACATCACAACACAAACAATTGAAACGGAC-TA--TAGAATTNTTTACGC--A--TGCCA--GA----G----TGTAACCAGGAGGCTCGCANCTATAAATTCAAAATACNCAATGGCGGCCAATA
Reference ( gi|2 ) : GTGAAGTCTTTATTGGTCGTACACAATT-CTAA--GTCTCATGAAGGTGAGCGAAACAGATCCCTGAATTATAATAAGAATGTGTGATATGATTTCCAGCAATCCAGTGTTATAT------------ATTTGACC-GA-GG-TTGTTTATATTGAAATTAA--CAAC-A---CGATCTT-T-AGTAA-------A----TTT-A---GGATTTTATTCAGTTT-CT---C--CAATGTA----TA-GTTCTATTGACACTAAACAA--CAAGAACCTGTAACGATACAGTAACACAATACATACTTTACAGAACATGAAAACAA--ACTAGT---ATGACAAAGCATTAAGC-AT-TTCACGCGAT---------ATACA-------TAT--CACACAA------TGTAAATACAATTTCAAATAACAAAACA--T-AAAATA--CTGGTAATTCATTACCAGGCTGA-T----C-AG---CA---A-GTAATGAA---ACTAATGAATGACTACA-CAAATATTCGCAGA-------TT-CTCT-AGTT----------AACTATTTCGGTGGT--ATCTGTTCGAC---A---ATTAGA--A------------------T-TTG-------T-----T-------------------------AATTCACC-------------------CA--TCATGCAA-AAAATTCGCT--CACTCAA--TCACTCTCTAAT--------TAGCT-C--------TC------TG--CATTATATACATGTAT-AT-AT-----CGGCTACACTAACATCACAACAAAAACAATTGAAACAGAA-TA--TAGAATTATTAATAT--A--TGTCA--GA----G----TGTAAGCAGGTGGCTATCATCTATATATTT--ACTACCCAATGGTTACCAACA
gi|3 : GTCAAGTCTTTATTGGTCGTACACTATT-CTTA--GACTGATGAAGTCGAACGAAACGGATCCCTGAATTATAATAAGAATATATGGTAAGAATTCCGGCAATCCAGTGTTATATGTATGTATATATATGTGACCAGT-GG-ATGTTTGTATTGATTTTAA--CAAC-A---CGATCTT-T-AGTGG-------G----TTT-A---GGGTTTTATGCAGTTT-TC---C--CAAAATA----TA-GTTATATTGATACTAAACAA--CAAGAACATGTAACGATACAGTAATGCAATA-ATAAGTTACAGAACATGAACACAA--ACCACT---ATGACAAAGCATTAAGT-AG-TTCATGCGAT---------ATACA-------TAT--AACACAA------TATAAATACAGTTCTTAATAAGAAAAAAAAT-AGAATA--CTTGTAATTCATTTCCAGGCTGA-T----C-AG---CA---A-GTAGTGAA---ACTAACGAATCAATACA-CAAATCTTCGCAGA-------TT-GTCT-AGTT----------AACTAGTTTGGTGGT--ATCAGTTCGAC---T---ATCAGAAGA------------------TATTG-------T-----TAGTCTGGCGGGAATTAAAAATTGTTAATTCACC-------------------CA--TCATGCAA-TACAATCGCT--TACTCAA--TCACTCTCTAAT--------TAGCT-C--------TC------TG--CATTACATACATGT
gi|19 : taaTGAAGTCTTCATTGGTCGTACACAATA-CTTA--GACTAACTAAGGTGAACTAAACTGATCCCTG----------AGAA--TATGGTAAGATTTCCGGCAATCAAGTGTTATAT------------ATGTGA
gi|10 : AAGTCTTTATTGGTCTGACACAATT-CTGAATGTCT----------AGCGACACGGATCCCTAAAATATAATGATAATATGTGGTAAGATTTCCCGTAATTCAGTTATATGT------------ATGTGACC-GGTGG-TTGTTTGTAATGAAAT------AAC-A---CAAGC------GTG-----------------A---GGATGTTATGCAATTT-TTTTGC--CAATATG----TA-GTTCTAATGA---TAG-------AATAAACTGTAACAAAACAATTATACAATACATACTTTACAAAACATGAAAAGAA--ACTATTATCATGACAAAGCAT
gi|1 : tAGTCTTTATTGGTCGTACTCAATT-CTTA--GACTCAGGAAGTTTA-CGAAACGGATCCCTGAATTCTAAAATGAATATATGGTAAAAATTCCGGCAATCAAGTGTTATAT------------ATATGACA-GA-GGGTTGTTTGTATTGAAATTAA--CAAC-A---TGATCTT-T-AGCGT-------G----TTT-A---GGGATTTATGTAGTTT-CT---C--CAATGTA------------AT-----CTAAACAA--GAACAA---GTAACGATAGAGTAATACAATACATACATTACAGAACA-------AA--A-TATT---ATGACCAAACATTAAGC-AT-TTCTCGCGAT---------ATACC-------TAT--CACACAA------TATAAATGCAGTTCCCAATAACATAA-A--TCAAAATA--CAAGTAATTTATTA----------T----C-AG---------------------GCTGAT---------CAGCAAGTATTCGCAGA-------TT-GTCT-AGTA----------AACTATGTTGGTGTT--TTCTG--CGGC---AGGAATTAGA--A------------------A-TTG-------T-----A-------------------------AATTCACC-------------------CA--TCATACAA-TACAATCGCT--CACTCAA--TCACTCTCTTAT--------TAGCT-C--------TC------TG--CATTACATACATGTAT-AT-AT-----CGGCTACACTAACATCACAACACAAACATTTG---------T---T----TTATTTAAAT--A--CGCCA--GAGTGCG----TGTAACCAGGTGGCTATCATCTATAAATAC--AATATACAATGGCTAc
gi|9 : catcgtattgttttgtttggaaaattgtcacggaactcattaagtaagtctacgaaaataagtTCTTTTTTGATCTTACACAATTTCTAG--ATTT-ATCAAGGTTAACGAAGTAGATCGCTGAATTATGATAA----------T-TG--TTCCGGCACTCCAGTTGTATAT------------ATGTGACC-GG-GG-TTGTTTGTATTAAAAT-AATTCAAC-AGAGTGATCTT-G-AATGGTTGGGTGA----TAT-A---G--TTTTATGCAGCTT-AT---C--AAATGTT----TA-GCTTTATTGATA-TAAA--A--CAAGAACCTGTAACAATACAGTAATACAATACATAAT-----GAAAATGAAAACGA--ACTTTT---ATGACAAAgaacagtaattcctagtcacat
gi|17 : tttaatgaaacataagtaggtaTCCGATGTT-TGT------------AT--GACC-GATGG-TCGTT-GTGGTAAGTTTAA--CAAC-A---CGATC
gi|4 : tcatctacgacatcattTGT------------ATGTGGCC-GA-TA-GTGGTTATA-----ATCAA--GAACTA---AGATCGG-T-GAGAG-------G----TTT-ATATGGGTTTAATGCAGTT--CT-----------TA----TACG--CTGTCTACACTATA-AA--CAAAAACCTGCAACGACACAGTA---CGATACATAATT-ACAAGACATGAAAATAACGATTACT---TT--CAAA-CA-------AT-TTCACGCGATACATAATTCACACA-------TTT--CACATAA------TACAAATACGGTTTTAAATGAGA----A--TGAAAATA--CAAATAATTTCTTA-CAGGCTGA-TTTAGT-AG---CATTCA-GTAAgtgtgagggtttttatggtttatggtttatgaagtctccatatggtagtatcaaatataatacagaacaa
gi|20 : TGTTTATATTGGAATTAA--CAAC-T---CGATCTT-T-ACTGA-------G----T--------------------TTT-CT---C--CAATGTA----TA--TTCTATTGATACGGAACAgtaggatatttttatatcataaactctgtgaagattttctatatgttctttatcgttcaactgtcaaaagaaaatgcctagatggttagtttgtagggaattgttaatttatccatcatgcaataaactctctcatttatcattcactcattcgctcagttatttagtgcaatacatacttgtatacaaacagatacaatgacatcttaacacaaacaaatgaaacggactataaatcttttttacaattgccagagtacttgtgacttaaaatacctcatgtggccaaaagcaagccctggtcacatg
gi|15 : ATTGGAATTAA--CAAC-A---CGGTCTT-T-ACTGA-------G----TTG-A---TGGTCATATGCAGTTT-CT---C--CAATATT----TA--TTCTATTGATACTGAACA---C--GAACCTGTAACGATACA--------ATACATACTTTACAGAACATCAAAACAA--ACTATT---TTGACAAAGCATTAATC-AT-TTCAAGCGAT---------ATACA-------Tcg
gi|7 : AAAT-AA--CAAC-A---TGATCAT----GTGA-------GGGGTTTT-A---G-ATTTTATGCAGTAT-CT---C--CA-TATA----TG-GT---ATTG-CTTTGTATAATACAAGA--------CAAGACAATA---CAATAAGTA-TTCACAAAACATCAAAATAA---CGATT---ACAACAAAACATCAAGC-AA-TTCACACAAT---------ATACA-------TTT--CACACAA------TACAAAAACTGTTCC---TAACAAGA----T-AAAGTAATTTATTAATTCCTTACCAGGCTGA-T----A-AG---CA---A-GGAGTGAACTAAATAACAAAT--CTTCA-CAGATTTTCTAAGAGTTGTTGTTGCTTT-AGCTGTCAGAAGAAAAGTGCCTAGATGGTTAGTTTGGT-GAG---A---ATTAGA--A------------------A-TGG-------T-----T-------------------------AATTTACC-------------------CA--TCATGCAA-CAAAATCGCT--CACTC-A--TCACTCACTAATTTGTTCAATAACT-A--------TG------CG--CAATACATACATGTAT-AT-ATA----CTGATATACTAACATCACAACACAAACAA-TGATACAGAT-TA--TAGAATTATT--TG---A--TGTCA--GA----C----TGtt
gi|8 : tcaatgtgaccaatggtcactggagtAA--CAAC-A---CGATCGTGTGAGTGG-------G----TTTTA---AGGTTTAATGCAGTTTATT---C--CGAT--A----CG-GTTCTAC--------AA-AA--CAAGGGCCTGTACCGGTACA----------------TTTACTGAACAAGATAGCAA--ACGTTT---ATGACAAAACATCAAGC-AT-TTCACGCCAT---------ATACA-------TTT--CACACAA------TACGAAAACAGTTCC-TATAAGATAAT---T-GAAATG--CAAATAATTCCTTTCCAGGCTGA-T----C-AG---CA---A-GTAG---------TAGTAAACGAT---------TATTCGCAGA-------AT-GTTT-AAAT----------AACTATTTTGGTGTT--GTCTGTTCGAC---C---GTCAGA--AAAGTGTCGAGATGGTTAGT-TTGGCTGGAAT-----TAGA----------------------AATTAATG-------------------CAAATCATGCAACACAATT-GCA--CACTCAA----------------------TAGCTAC--------TT------T---CATTATATACATATAC-AT-GTGTAAGCTGATACACTcttgtaaac
gi|18 : acaactg----TTT-A---AAGTTTTATACATTTT-CT---CTCCGTTGCAGAACTA-CTCCCATAGGAACGAAA--A---AAGACCCTGTAACGATACATT---ACAATA-ATCATTTTCAAA-----AAAACAA--A
gi|6 : cgatcgtgagaggagtACACTATA-AA--CAAAAACCTGCA-TGACACAGTAA---GATACATAAATTACAAGACATGAAAGC-A--ATGATT---ACAACAAA-CTTCAAACAAT-TTCATGTGATACATAAATCACACA-------TTT--CACATAA------TACAAATACGGTTTTAAATGAGA----A--TGAAAATA--CAAATAATTTCTTATCAGGCTAA-T----TAAG---TA---A-GTAGCGAA---ACAAAgccctgatcccatatacat
gi|16 : tcttACTATAAAA--CAAGAACCTGTAAAGATACAGTA---TGATACATAATTTACAAGACATGAAAAACA--ACGATT---ATGACAAAACATCAAacattttttatattagaaaatctgtgaagtgaagatattctataattatgtccttatcgctcaactgtcagaagaaaattgcctagatagttagtttggcgagaactggaaattgttaatttatccatcatgcaatatttacccatcatgcaataaaatcgctcactcatcactcactcattcgctcaattactttgtgcaaaacatacatgtatacaaacagatacagtgacatcgcaacacaaaaaattgaaatggactatagatctttttacacatgccagtgtacttgtgaccaggagactcgcaactaaaatttaaaatacctaatgtggccaatag
gi|5 : tgaccgatggtcatcagatcaataactacagatcggtgaggggtttagggtttaatgcagtattaCAAT-CAAAAACTTGTAACGACACAGTA---TGATACATACATAATAAGACATGAAAACAA---CGATC---ATGACAAAACTTCAATC-AAATTCACGCGAT---------CCACAATTCATTTATTTCACACAAAACAAATACAAATACAATTCCAAATTAGATAA-A--TGAAAATA--CAAGTAATTCCTTACCAGGCTGATT----T-AG---TA---A-GTAACGAA---a
gi|14 : gtttagatggtttctgatagtttatCCAGGCTGA-T----C-ACTTTCA---CTGT--TCAA---ATCAGCAAATAA----A-CAAATCTCCGCAGA-------TT-GTCTAAAAA----------AACTTTTTTGTTG-----TCTGTTCGAC---T---GGTAGA--A------------------caagaagtttatatattagaaaatctgtgaagattttctatacgttgcttatggttcaactgtcagaagaaaagtgcctagatggttattttggtgggaattggaaatggttaatttacccatcatgcaacaaaatcgctaactcatcactcactcatttgctcaattacttcgtgcaatatatacatgtatataaacagatacactaacatcacaacacaaacaattgaaaccgactataaatctttttacacatgccagagtacttgtaaccaggagtctcgcaaattaaattaaaatacctgatatggccaaaagcaagtcctggtcac
gi|5 : CT-AGAT----------GGTTATTTTGGTGG-----------GA--------ATTGGA--A------------------A-TGG-------T-----T-------------------------AATTTACC-------------------CA--TCATGCAA-CAAAATCGCT--AACTCA---TCACTCACTCAT--------TTGCT-CAATTACT-TCG-----TG--CAATATATACATGTAT-AT-AAA----CAGATACACTAACATCACAACACAAACAATTGAAACCGAC-TA--TAAATCTTTTTACAC--A--TGCCA--GA----GTACTTGTAACCAGGgaaaagggccgatatgattagtttggcgggaataagaaattgttacttcacccatcgtgcaataaaatcgctcactaaatcactcac
gi|14 : gtttagatggtttctgatagtttatcaatcaaaaacttgtaacgacacagtatgatacatacataataagacatgaaaacaacgatcatgacaaaacttcaatcaaattcacgcgatccacaattcatttatttcacacaaaacaaatacaaatacaattccaaattagataaatgaaaatacaagtaattccttaccaggctgatttagtaagtaacgaacaagaagtttatatattagaaaatctgtgaagattttctatacgttgcttatggttcaactgtcagaagaaaagtgcGTTTGGCGGGA---ATAAGA--A------------------A-TTG-------T-----T-------------------------ACTTCACC-------------------CA--TCGTGCAA-TAAAATCGCT--CACTAAA--TCACTCagtctcgcaaattaaattaaaatacctgatatggccaaaagcaagtcctggtcac
gi|12 : ccaggctgatcactttcactgttcaaatcagcaaataaacaaatctccgcagattgtctaaaaaaacttttttgttgtctgttcgactggtagaagaaaagggccgatatgattaGTTTGGCGGGA---ATTGGA--A------------------A-TTG-------T-----T-------------------------AATTTACCCCATCATGCAATATTTACTCA--TCATGCAA-TAAAATCGCT--CACGC-A--TTGCTCACTCAT--------TCGCT-CAA------TCAATTCGTG--CAAAACATACATGTGT-ac
gi|6 : atattagaaaatctgtgaagtgatgattttttatttgtccttatcgttcaactgtcagaagaaatgtgcctagatggttaCGAG---A---ACTGGA--A------------------A-TTG-------T-----T-------------------------AATTTATC-------------------CA--TCATGCAA-
gi|11 : tcttacactataaacaaaaacctgcatgacacagtaagatacataaattacaagacatgaaagcaatgattacaacaaacttcaaacaatttcatgtgatacataaatcacacatttcacataatacaaatacggttttaaatgagaatgaaaatacaaataatttcttatcaggctaattaagtaagtagcgaaacaaaacattttttatattagaaaatctgtgaagtgaagatattctataattatgtccttatcgctcaactgtcagaagaaaattgcctagatagttagtttggTGGA--A------------------T-TTG-------TGATTAT-------------------------GAATTACT-------------------CA--TCTTGTAA-CAAAATAGCCAACACTCAAAACTACTCGCTCAC--------TCGCC-C--------TC------TATACAATACATACATGtatttacccatcatgcaataaaatcgctcactcatcactcactcattcgctcaattactttgtgcaaaacatacatgtatacaaacagatacagtgacatcgcaacacaaaaaattgaaatggactatagatctttttacacatgccagtgtacttgtgaccaggagactcgcaactaaaatttaaaatacctaatgtggccaatag
gi|4 : aaaaaattgcttacaaggttgaaaaattagtagagactctcaaagcaataggacaaccatttcgaattatttaagtataaattgtaatcgtcctgtttgacagtttgactgacggaggaaaagagtcgaaatggtaagtttggGA--A------------------T-T-G-------T-----T-------------------------AATTTATC-------------------CA--TCATGCAA-TAAACTCTCT--CATTT-A--TCATTCACTCAT--------TCGCT-CAG------TTATTTAGTG--CAATACATACTTGTAT-ACAAA-----CAGATACAATGACATCTTAACACAAACAAATGAAACGGAC-TA--TA-AATCTTTTTTAC--AATTGCCA--GA----G----T
gi|6 : tgtatgtggccgatagtggttataatcaagaactaagatcggtgagaggtttatatgggtttaatgcagttcttatacgctgtctacactataaacaaaaacctgcaacgacacagtacgatacataattacaagacatgaaaataacgattactttcaaacaatttcacgcgatacataattcacacatttcacataatacaaatacggttttaaatgagaatgaaaatacaaataatttcttacaggctgatttagtagcattcagtaagtaggatatttttatatcataaactctgtgaagattttctatatgttctttatcgttcaactgtcaaaagaaaatgcctagatggttagtttgtaggATTTACC-------------------CA--TCATGCAA-TAAAATCGCT--CACTCA---TCACTCACTCAT--------TCGCT-CAATTACTTTG------TG--CAAAACATACATGTAT-AC-AAA----CAGATACAGTGACATCGCAACACAAAAAATTGAAATGGAC-TA--TAGATCTTTTTACAC--A--TGCCA--GT----GTACTTGTGACCAGGAGACTCGCAACTA-AAATTTAAAATACCTAAT-GTGGCCAATacttgtgacttaaaatacctcatgtggccaaaagcaagccctggtcacatg
gi|13 : tcttacactataaacaaaaacctgcatgacacagtaagatacataaattacaagacatgaaagcaatgattacaacaaacttcaaacaatttcatgtgatacataaatcacacatttcacataatacaaatacggttttaaatgagaatgaaaatacaaataatttcttatcaggctaattaagtaagtagcgaaacaaaacattttttatattagaaaatctgtgaagtgaagatattctataattatgtccttatcgctcaactgtcagaagaaaattgcctagatagttagtttggcgagaactggaaattgttaatttatccatcatgcaatC-------------------CA--TCATGAAA-CGAAATCGTT--CCCTCAAA-TCACACACTCAT--------TCACT-C--------TC------T----ATT---TACGTGCATTAC-AT-----CTGGTAAACTAACATCAC--CACAAACAATTGAAACATAAGTATCTATAA--GTTAATGTGCA--TGTTAATGC----A----TGTAACCAGGAGGCTCACAGATATAAATTg
gi|5 : --------TC------TG--T-TTATATACATGTAT-AT-AT-----TGaatgggaaggtaagccttggtcacac
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CAGGTAGCTCGCAACTATAAATTAAAATACCTAATGTGGCCAAAAGTAAGCC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333 1 222222222222 2 111111 111111111 1111111 111111111111111 3333333 33333333333333333333 111111 11111 22222222222 66666666666666666666666666666666 1111111 1111111111 2222222222222222222 333333333333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111 6666666666666666 111111 11111 11 111 333333333 222 2
lowQualScore : 1 3 4444 6 1 1 2 2 1 3 222222222222 4 6 5 3 2 44 3 555 555555 555555555 3 555 0000000 888888 3 555 44 33 99999999999 888888888888888 3 55 3333333 1 2 4 1 555 0 0 888 77777777777777777777 1 444444 3 6 9 5 55 0 22222 55555555555 4 777 4 66666666666666666666666666666666 5 5 2 4 1111111 3 2 7777777777 0 4444444444444444444 777777777777 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 555 3 7777 44 3 0000 2 3 1111111111111111 55 1 999999 2 3 1 4 44444 5 33 1 1 222 77 222222222 4 1 1 222 1 0 2
lowQualScore : . . .... . . . . . . . ............ . . . . . .. . ... ...... ......... . ... ....... ...... . ... .. .. ........... ............... . .. ....... . . . . ... . . ... .................... . ...... . . . . .. . ..... ........... . ... . ................................ . . . . ....... . . .......... . ................... ............ ................................................................ ... . .... .. . .... . . ................ .. . ...... . . . . ..... . .. . . ... .. ......... . . . ... . . .
lowQualScore : 0 5 7777 7 0 0 5 3 0 3 888888888888 4 7 8 2 4 66 3 444 777777 111111111 1 444 0000000 888888 1 444 22 88 33333333333 555555555555555 1 22 2222222 5 1 2 0 888 9 1 333 00000000000000000000 0 444444 1 6 5 0 88 4 55555 66666666666 4 888 4 88888888888888888888888888888888 0 0 8 4 8888888 6 4 5555555555 4 3333333333333333333 555555555555 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 888 3 1111 66 3 3333 0 6 2222222222222222 00 0 555555 2 1 7 0 33333 3 11 0 7 000 99 333333333 0 0 0 888 0 0 8
consensus : GTGAAGTCTTTATTGGTCGTACACAATTCTTAGACTCA-TGAA-GNCGAACGAAACGGATCCCTGAATTATAATAAGAATATGTGGTAAGATTTCCGGCAATCCAGTGTTATAT------------ATGTGACC-GATGGTCGTTTGTATTGAAATTAA--CAAC-A---CGATC-TT-T-AGTG---GG----TTT-A---GG-------GT------TTTATGCAGTTT-CT---C--CA-ATGTA----TA-GTTCTA--TTG-ACACTAAA-AA-CAAGAACCTGTAACGATACAG-TA--A--CGATACATAATTTACAAAACATGAAAACAAACGATT---ACGACAAAACATCAAGCA-T-TTCACGCGATATA---------CA---------TTTCACACAA------TACAAATACGGTTCCAAATAAGATAA-ATGAAAATACAA-----GTAATTCCTTACCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAGCGA---AACTAACGA------AT--A-T--CA-CAAA-TCTTCGCAGA-TTG-------TCT-AGNT----------AACTATTTTGGTGGT--GTCTGTTCGAC---AATTAGAA------------ATTGTTAAT-------------------------T-------------------T------------------ACCC---ATCATGCAA-TA----AAATCGCT--C-ACTCAA--TCACTCACTCATTCGCT-CAA------TC------TG--CANTACATACATGTATATAT----ACGGATACACTAACATCACAACACAAACAATTGAAACGGA-----CTATAGA-NTTNTTTACACATGCCA--GA----G----TGTAACCAGGNGGCTCGCANCTATAAATTTAAAATACCTAATGGTGGCCAACA
Reference ( family-1189 ) : GTNAAGTCTTTATTGGTCGTACACAATTCTTAGACT-A-CGAA-GNTNAACGAAACGGATCCCTGAATTATAATAAGAATATATGGTAAGANTTCCGGCAATCCAGTGTTATGT------------ATGTGACC-GA-GGTTGTTTGTATTGAAATTAA--CAAC-A---CGATC-TT-T-AGTG---GG----TTT-A---GG-------GT------TTTATGCAGTTT-CT---C--CA-ATGTA----TA-GTTCTA--TTG-ACACTAAACAA-CAAGAACCTGTAACGATACAG-TA--A--CGATACATAATTTACAAAACATGAAAACAAACNATT---ATGACAAAACATCAAGCA-T-TTCACGCGATATA---------CA---------TNTCACACAA------TACAAATACGGTTCCAAATAAGATAA-ATGAAAATACAA-----GTAATTCCTTACCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAGCGA---AACTAACAA------AT--A-T--CA-CAAA-TNTTCGCAGA-TTG-------TCT-AGNT----------AACTATTTTGGTGGT--GTCTGTTCGAC---AATTAGAA------------ATTGTTAAT-------------------------T-------------------T------------------ACCC---ATCATGCAA-TA----AAATCGCT--C-ACTCAA--TCACTCACTCATTCGCT-C--------TC------TG--CANTACATACATGTATATAT----ACGGATACACTAACATCACAACACAAACAATTGAAACGGA-----CTATAGA-ATTNTTTACGCATGCCA--GA----G----TGTAACCAGGAGGCTCGCANCTATAAATTCAAAATACNCAATGGCGGCCAATA
gi|1 : AGTCTTTATTGGTCGTACTCAATTCTTAGACTCA-GGAA-GTTT-ACGAAACGGATCCCTGAATTCTAAAATGAATATATGGTAAAAATTCCGGCAATCAAGTGTTATAT------------ATATGACA-GAGGGTTGTTTGTATTGAAATTAA--CAAC-A---TGATC-TT-T-AGCG---TG----TTT-A---GG-------GA------TTTATGTAGTTT-CT---C--CA-ATGTA-----A---TCTA---------------AA-CAAGAACAAGTAACGATAGAG-TAATA--CAATACATACATTACAGAACA--AAA------TATT---ATGACCAAACATTAAGCA-T-TTCTCGCGATATA---------CC---------TATCACACAA------TATAAATGCAGTTCCCAATAACATAA-ATCAAAATACAA-----GTAATTTATTATCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTA-----------------------------------------TTCGCAGA-TTG-------TCT-AGTA----------AACTATGTTGGTGTT--TTCTG--CGGCAGGAATTAGAA------------ATTGTAAAT-------------------------T-------------------C------------------ACCC---ATCATACAA-TA----CAATCGCT--C-ACTCAA--TCACTCTCTTATTAGCT-C--------TC------TG--CATTACATACATGTATATAT-----CGGCTACACTAACATCACAACACAAACATTTG------------TT-------TTATTTAAATACGCCA--GAGTGCG----TGTAACCAGGTGGCTATCATCTATAAAT--ACAATATACAATGGC
gi|10 : catcgtattgttttgtttggaaaattgtcacggaactcattaagtaagtctacgaaaataagtAAGTCTTTATTGGTCTGACACAATTCT----------GAATGTCTAGCGACACGGATCCCTAAAATATAATGATAATATGTGGTAAGATTTCCCGTAATTCAGTTATATGT------------ATGTGACC-GGTGGTTGTTTGTAATGAAAT------AAC-A---CAAGC-------GTG-------------A---GG-------AT------GTTATGCAATTT-TTTTGC--CA-ATATG----TA-GTTCTA--ATG-A---TAG------AATAAACTGTAACAAAACAATTAT-A--CAATACATACTTTACAAAACATGAAAAGAAACTATTATCATGACAAAGCATCtagaacagtaattcctagtcacat
gi|11 : t---AATTTGTG------------ATTATGAAT-------------------------T--------------------------------------ACTC---ATCTTGTAA-CA----AAATAGCCAAC-ACTCAAAACTACTCGCTCACTCGCC-C--------TC------TATACAATACATACATG
gi|12 : aaaaaattgcttacaaggttgaaaaattagtagagactctcaaagcaataggacaaccatttcgaattatttaagtataaattgtaatcgtcctgtttgacagtttgactgacggaggaaaagagtcgaaatggtaagtttggtggTG-------CCT-AGAT----------GGTTAGTTTGGCGG-----------GA-----ATTGGAA------------ATTGTTAAT-------------------------TTACCCCATCATGCAATATTT------------------ACTC---ATCATGCAA-TA----AAATCGCT--C-ACGC-A--TTGCTCACTCATTCGCT-CAA------TCAATTCGTG--CAAAACATACATGTGT
gi|13 : atattagaaaatctgtgaagtgatgattttttatttgtccttatcgttcaactgtcagaagaaatgCC---ATCATGAAA-CG----AAATCGTT--C-CCTCAAA-TCACACACTCATTCACT-C--------TC------TA--T-TTACGTGCAT---TACAT----CTGG-TAAACTAACATCAC--CACAAACAATTGAAACATAAGTATCTATA-A-GTTAAT-GTGCATGTTAATGC----A----TGTAACCAGGAGGCTCACAGATATAAATT
gi|14 : CCAGGCTGA-----------TC-ACTTTCACTGT--TCA---AATCAGCAA------AT--A----AA-CAAA-TCTCCGCAGA-TTG-------TCTAAAAA----------AACT-TTTT--TGTT--GTCTGTTCGAC---TGGTAGAA------------aatgggaaggtaagccttggtcacac
gi|14 : GTTTGGCGGGAATAAGAA------------ATTGTTACT-------------------------T-------------------C------------------ACCC---ATCGTGCAA-TA----AAATCGCT--C-ACTAAA--TCACTCACgaaaagggccgatatgattagtttggcgggaataagaaattgttacttcacccatcgtgcaataaaatcgctcactaaatcactcac
gi|15 : ccaggctgatcactttcactgttcaaatcagcaaataaacaaatctccgcagattgtctaaaaaaacttttttgttgtctgttcgactggtagaagaaaagggccgatatgattaATTGGAATTAA--CAAC-A---CGGTC-TT-T-ACTG---AG----TTG-A---TG-------GT------CATATGCAGTTT-CT---C--CA-ATATT----TA--TTCTA--TTG-ATACTGAACA--C--GAACCTGTAACGATACA-----------ATACATACTTTACAGAACATCAAAACAAACTATT---TTGACAAAGCATTAATCA-T-TTCAAGCGATATA---------CA---------TTT
gi|16 : TGACC-GATGGTCATCAG-ATCAA---TAA--CTAC-A----GATC-GG-T-GAGG---GG----TTT-A---GG-------GT------TTAATGCAGT-------------------------------A--TTA-ACTATAAA--A-CAAGAACCTGTAAAGATACAG-TA-----TGATACATAATTTACAAGACATGAAAAACAACGATT---ATGACAAAACATCAA
gi|17 : TCCGATGTT-TGT------------ATG--ACC-GATGGTCGTT-GTGGTAAGTTTAA--CAAC-A---CGATC-GT----GTG---AGGGTTTTT-A---TG-------GTTTATGGTTTATGAAG--T-CT---C--CATATG-G----TA-GTa
gi|18 : tcatctacgacatcatt---CGATC-GT-G-AGAG---GAGT--TTT-A---AA-------GT------TTTATACATTTT-CT---CTCCG-TTGCAGAACTA-CTCCCA--TAG-GAACGAAA--A--AAGACCCTGTAACGATACAT-T---A--CAATA-ATCATTTTCAAA-----AAAACAAAatcaaatataatacagaacaa
gi|19 : TGAAGTCTTCATTGGTCGTACACAATACTTAGACT-AACTAA-GGTGAACTAAACTGATCCCTGA----------GAATAT--GGTAAGATTTCCGGCAATCAAGTGTTATAT------------ATGTGAgccctgatcccatatacat
gi|2 : GTGAAGTCTTTATTGGTCGTACACAATTCTAAGTCTCA-TGAA-GGTGAGCGAAACAGATCCCTGAATTATAATAAGAATGTGTGATATGATTTCCAGCAATCCAGTGTTATAT------------ATTTGACC-GA-GGTTGTTTATATTGAAATTAA--CAAC-A---CGATC-TT-T-AGTA---AA----TTT-A---GG-------AT------TTTATTCAGTTT-CT---C--CA-ATGTA----TA-GTTCTA--TTG-ACACTAAACAA-CAAGAACCTGTAACGATACAG-TAACA--CAATACATACTTTACAGAACATGAAAACAAACTAGT---ATGACAAAGCATTAAGCA-T-TTCACGCGATATA---------CA---------TATCACACAA------TGTAAATACAATTTCAAATAACAAAACAT-AAAATACTG-----GTAATTCATTACCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAATGA---AACTAATGA------ATG-A-CTACA-CAAA-TATTCGCAGA-TTC-------TCT-AGTT----------AACTATTTCGGTGGT--ATCTGTTCGAC---AATTAGAA------------TTTGTTAAT-------------------------T-------------------C------------------ACCC---ATCATGCAA-AA----AATTCGCT--C-ACTCAA--TCACTCTCTAATTAGCT-C--------TC------TG--CATTATATACATGTATATAT-----CGGCTACACTAACATCACAACAAAAACAATTGAAACAGA-----ATATAGA-ATTATTAATATATGTCA--GA----G----TGTAAGCAGGTGGCTATCATCTATATATTT--ACTACCCAATGGTTACCAACA
gi|20 : TGTTTATATTGGAATTAA--CAAC-T---CGATC-TT-T-ACTG---AG----T---------------------------------TTT-CT---C--CA-ATGTA----TA--TTCTA--TTG-ATACGGAACA
gi|21 : CAGGTAGCTCGCAACTATAAATT-AAAATACCTAAT-GTGGCCAAcg
gi|3 : GTCAAGTCTTTATTGGTCGTACACTATTCTTAGACTGA-TGAA-GTCGAACGAAACGGATCCCTGAATTATAATAAGAATATATGGTAAGAATTCCGGCAATCCAGTGTTATATGTATGTATATATATGTGACCAGT-GGATGTTTGTATTGATTTTAA--CAAC-A---CGATC-TT-T-AGTG---GG----TTT-A---GG-------GT------TTTATGCAGTTT-TC---C--CA-AAATA----TA-GTTATA--TTG-ATACTAAACAA-CAAGAACATGTAACGATACAG-TA--ATGCAATA-ATAAGTTACAGAACATGAACACAAACCACT---ATGACAAAGCATTAAGTA-G-TTCATGCGATATA---------CA---------TATAACACAA------TATAAATACAGTTCTTAATAAGA-AA-A--AAAATAGAATACTTGTAATTCATTTCCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAGTGA---AACTAACGA------ATCAA-TA-CA-CAAA-TCTTCGCAGA-TTG-------TCT-AGTT----------AACTAGTTTGGTGGT--ATCAGTTCGAC---TATCAGAAGAT---------ATTGTTAGTCTGGCGGGAATTAAAAATTGTTAATT-------------------C------------------ACCC---ATCATGCAA-TA----CAATCGCT--T-ACTCAA--TCACTCTCTAATTAGCT-C--------TC------TG--CATTACATACATGTaagtaagcc
gi|4 : taaTGT------------ATGTGGCC-GATAGTGGTT---AT---AATCAA--GAACTA---AGATC------GGTGAGAGG----TTT-ATATGG-------GT------TTAATGCAGTT--CT------------TA----TACG--CTG--TCT-ACACTATA-AA-CAAAAACCTGCAACGACACAG-TA-----CGATACATAATT-ACAAGACATGAAAATAA-CGATT---ACTTTCAAACA------A-T-TTCACGCGATACATAATTCACACA---------TTTCACATAA------TACAAATACGGTTTTAAATGAG---A-ATGAAAATACAA-----ATAATTTCTTA-CAGGCTGATTTAGTAGCATTC-AG---TAA-GTAG-GA---TATT--TTT------AT--A-T--CA-TAAACTCTGTGAAGA-TTT-------TCT-A--T----------A--TGTTCT--T--T--ATC-GTTCAAC---TGTCAAAAGAAAATGCCTAGATGGTTAGT-------------------------T-------------------TGTAGGGAATTGTTAATTTATCC---ATCATGCAA-TA----AACTCTCT--C-ATTT-A--TCATTCACTCATTCGCT-CAG------TTATTTAGTG--CAATACATACTTGTATACAA----ACAGATACAATGACATCTTAACACAAACAAATGAAACGGA-----CTATAAATCTTTTTTACAATTGCCA--GA----G----T
gi|5 : CAATCAAAAACTTGTAACGACACAG-TA-----TGATACATACATAATAAGACATGAAAACAA-CGATC---ATGACAAAACTTCAATCA-AATTCACGCGATCCA---------CAATTCATTTATTTCACACAAAACAAATACAAATACAATTCCAAATTAGATAA-ATGAAAATACAA-----GTAATTCCTTACCAGGCTGAT----------TT-AG---TAA-GTAACGA---A--CAAGAAGTTTATAT--A-T--TAGAAAA-TCTGTGAAGA-TTT-------TCT-Aacttgtgacttaaaatacctcatgtggccaaaagcaagccctggtcacatg
gi|5 : gtttagatggtttctgatagtttatTG-------CCT-AGAT----------GGTTATTTTGGTGG-----------GA-----ATTGGAA------------ATGGTTAAT-------------------------T-------------------T------------------ACCC---ATCATGCAA-CA----AAATCGCT--A-ACTCA---TCACTCACTCATTTGCT-CAATTACT-TCG-----TG--CAATATATACATGTATATAA----ACAGATACACTAACATCACAACACAAACAATTGAAACCGA-----CTATAAA-TCTTTTTACACATGCCA--GA----GTACTTGTAACCAGGAGTCTCGCAAAT-TAAATT-AAAATACCTGAT-ATGGCCAAtacgttgcttatggttcaactgtcagaagaaaagtgcctagatggttattttggtgggaattggaaatggttaatttacccatcatgcaacaaaatcgctaactcatcactcactcatttgctcaattacttcgtgcaatatatacatgtatataaacagatacactaacatcacaacacaaacaattgaaaccgactataaatctttttacacatgccagagtacttgtaaccaggagtctcgcaaattaaattaaaatacctgatatggccaaaagcaagtcctggtcac
gi|6 : gtttagatggtttctgatagtttatcaatcaaaaacttgtaacgacacagtatgatacatacataataagacatgaaaacaacgatcatgacaaaacttcaatcaaattcacgcgatccacaattcatttatttcacacaaaacaaatacaaatacaattccaaattagataaatgaaaatacaagtaattccttaccaggctgatttagtaagtaacgaacaagaagtttatatattagaaaatctgtgaagattttctatacgttgcttatggttcaactgtcagaagaaaag-ACACTATA-AA-CAAAAACCTGCA-TGACACAG-TA--A---GATACATAAATTACAAGACATGAAAGCAA-TGATT---ACAACAAA-CTTCAAACAAT-TTCATGTGATACATAAATCACACA---------TTTCACATAA------TACAAATACGGTTTTAAATGAGA----ATGAAAATACAA-----ATAATTTCTTATCAGGCTAA-----------TTAAG---TAA-GTAGCGA---AACAAAaagcaagtcctggtcac
gi|6 : tcttAAA-TTG-------CCT-AGAT----------AGTTAGTTTGG-------------CGAG---AACTGGAA------------ATTGTTAAT-------------------------T-------------------TATCCATCATGCAATATTTACCC---ATCATGCAA-TA----AAATCGCT--C-ACTCA---TCACTCACTCATTCGCT-CAATTACTTTG------TG--CAAAACATACATGTATACAA----ACAGATACAGTGACATCGCAACACAAAAAATTGAAATGGA-----CTATAGA-TCTTTTTACACATGCCA--GT----GTACTTGTGACCAGGAGACTCGCAACTA-AAATTTAAAATACCTAAT-GTGGCCAATAacattttttatattagaaaatctgtgaagtgaagatattctataattatgtccttatcgctcaactgtcagaagaaaattgcctagatagttagtttggcgagaactggaaattgttaatttatccatcatgcaatatttacccatcatgcaataaaatcgctcactcatcactcactcattcgctcaattactttgtgcaaaacatacatgtatacaaacagatacagtgacatcgcaacacaaaaaattgaaatggactatagatctttttacacatgccagtgtacttgtgaccaggagactcgcaactaaaatttaaaatacctaatgtggccaatag
gi|7 : tcttacactataaacaaaaacctgcatgacacagtaagatacataaattacaagacatgaaagcaatgattacaacaaacttcaaacaatttcatgtgatacataaatcacacatttcacataatacaaatacggttttaaatgagaatgaaaatacaaataatttcttatcaggctaattaagtaagtagcgaaacaaaacattttttatattagaaaatctgtgaagtgaagatattctataattatgtccttatcgctcaactgtcagaaga------------ATGTGACC-AATGGTCACTGG-AGTAAA--TAA--CAAC-A---TGATCATG-T-GAGG---GG----TTT-T---AG-------AT------TTTATGCAGTAT-CT---C--C--ATATA----TG-GTATTGCTTTGTATAATACAAGA-CAAG--------ACAATACAA-TA--A----GT-----ATTCACAAAACATCAAAAT-AACGATT---ACAACAAAACATCAAGCA-A-TTCACACAATATA---------CA---------TTTCACACAA------TACAAAAACTGTTCCTAACAAGATAA-AGTAATTTAT--------TAATTCCTTACCAGGCTGA-----------TA-AG---CAA-GGAGTGAACTAAATAACAA------AT--CTT--CA-CAGA-TTTTCTAAGAGTTGTTGTTGCTTT-AGCTGTCAGAAGAAAAGTGCCTAGATGGTTAGTTTGGT-GAG---AATTAGAA------------ATGGTTAAT-------------------------T-------------------T------------------ACCC---ATCATGCAA-CA----AAATCGCT--C-ACTC-A--TCACTCACTAATTTGTT-CAATAACTATG------CG--CAATACATACATGTATATAT----ACTGATATACTAACATCACAACACAAACAA-TGATACAGA-----TTATAGA-ATTATTTG---ATGTCA--GA----C----TGg
gi|8 : tcaAA--CAAC-A---CGATC-GTGTGAGTG---GG----TTTTA---AG-------GT------TTAATGCAGTTTATT---C--CG-AT--A----CG-GTTCTA--C---------AA-AA-CAAGGGCCTGTACCGGTACA-------------------TTTACTGAACAAGATAGCAAACGTTT---ATGACAAAACATCAAGCA-T-TTCACGCCATATA---------CA---------TTTCACACAA------TACGAAAACAGTTCC-TATAAGATAA-TTG-AAATGCAA-----ATAATTCCTTTCCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAG---------TAGTAA----------------A-CGAT-TATTCGCAGA-ATG-------TTT-AAAT----------AACTATTTTGGTGTT--GTCTGTTCGAC---CGTCAGAAAAGTGTCGAG--ATGGTTAGT-------------------------T-------------------T------------------GGCTGGAATTA-GAAATTAATGCAAATCATG--CAACACAA--TTGCACACTCAATAGCTAC--------TT------T---CATTATATACATATACATGTGTAAGCTGATACACTcttgtaaac
gi|9 : acaactgTCTTTTTTGATCTTACACAATTTCTAGATTTA-TCAA-GGTTAACGAAGTAGATCGCTGAATTATGATAA-----T-TG-------TTCCGGCACTCCAGTTGTATAT------------ATGTGACC-GG-GGTTGTTTGTATTAAAA-TAATTCAAC-AGAGTGATC-TT-G-AATG---G------TT-G---GGTGATATAGT------TTTATGCAGCTT-AT---C--AA-ATGTT----TA-GCTTTA--TTG-ATA-TAA--AA-CAAGAACCTGTAACAATACAG-TAATA--CAATACATAAT----GAAA-ATGAAAACGAACTTTT---ATGACAAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222222 111111 111111111 1111111 111111111111111111 111111 333333333 33333333333333333333 111111 11111 22222222222 66666666666666666666666666666666 111 5555555555555555555555555555555555555555 333333333333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 555555555555 222222 11111 333333333 2
lowQualScore : 3 5 1 6 444 4 2 7 1 3 999999999999 4 1 0 3 2 1 44 3 555 555555 555555555 3 555 0000000 888888 3 555 44 444444444444444444 33 777777 5 55 333333333 1 5 7 2 555 2 0 0 888 77777777777777777777 444444 3 6 99 5 55 0 22222 55555555555 4 777 4 88888888888888888888888888888888 5 000 2 777 1 4 3333333333333333333333333333333333333333 777777777777 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 555 3 7777 44 3 00000 2 333333333333 7777 1 222222 5 1 4 44444 5 66 1 5 1 77 222222222 3 1 22 8 3
lowQualScore : . . . . ... . . . . . ............ . . . . . . .. . ... ...... ......... . ... ....... ...... . ... .. .................. .. ...... . .. ......... . . . . ... . . . ... .................... ...... . . .. . .. . ..... ........... . ... . ................................ . ... . ... . . ........................................ ............ ................................................................ ... . .... .. . ..... . ............ .... . ...... . . . ..... . .. . . . .. ......... . . .. . .
lowQualScore : 5 2 5 7 222 2 5 8 0 7 333333333333 6 7 9 2 4 3 66 3 444 777777 111111111 1 444 0000000 888888 1 444 22 666666666666666666 88 777777 7 22 222222222 5 8 9 5 888 0 9 1 333 00000000000000000000 444444 1 6 66 0 88 4 55555 66666666666 4 888 4 11111111111111111111111111111111 0 000 4 444 6 0 3333333333333333333333333333333333333333 555555555555 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 888 3 1111 66 3 33333 0 999999999999 7777 0 555555 4 7 0 33333 3 77 0 3 7 99 333333333 0 0 99 4 3
consensus : GTGAAGTCTTTATTGGTCGTACACAATTCTTAGACTNATGAA-GNCGAACGAAACGGATCCCTGAATTATAATAAGAATATGTGGTAAGATTTCCGGCAATCCAGTGT------------TATATATGTGACCGATGGTCGTTTGTATTGAAATTAA--CAAC-A---CGATC-TT-T-AGTG---GG----TTT-A---GG-------GT------TTTATGCAGTTT-CT---C--CA---ATG-TA----TA-GTTCTAT-TGATACTA-AA-AACAAGAACCTGTAACGATACAG-TA--A--CG--ATACATAATTTACAAAACATGAAAACAAACGATT---ACGACAAAACATCAAGCA-T-TTCACGCGATATA---------CA---------TTTCACACAA------TACAAATACGGTTCCAAATAAGATAA-ATGAAAATACAA-----GTAATTCCTTACCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAGTGAAACTAACGA-------AT--AT--CA-CAAA-TCTTCGCAGATTGTCT---AGNTA--GCTATTTTGG-TG-----------GTGTCT---------GTTCG---AC---AATTAGAA------------ATTGTTAAT-------------------------T-------------------T------------------ACCC---ATCATGCAA-TA----AAATCGCT--C-ACTC-AA--TCACTCACTCATTCGCTCAAT--C-----GT----GCANTACATACATGTATATAN----ACNGATACACTAACATCACAACACAAACAATTGAAACGGA-----CTATAGA-NTTNTTTACACATGCCA--GA----G----TGTAACCAGGNGGCTCGCAACTATAAATTTAAAATACCTAAT-GTGGCCAACA
Reference ( family-1189 ) : GTGAAGTCTTTATTGGTCGTACACAATTCTTAGACTCATGAA-GNCGAACGAAACGGATCCCTGAATTATAATAAGAATATGTGGTAAGATTTCCGGCAATCCAGTGT------------TATATATGTGACCGATGGTCGTTTGTATTGAAATTAA--CAAC-A---CGATC-TT-T-AGTG---GG----TTT-A---GG-------GT------TTTATGCAGTTT-CT---C--CA---ATG-TA----TA-GTTCTAT-TGACACTA-AA-AACAAGAACCTGTAACGATACAG-TA--A--CG--ATACATAATTTACAAAACATGAAAACAAACGATT---ACGACAAAACATCAAGCA-T-TTCACGCGATATA---------CA---------TTTCACACAA------TACAAATACGGTTCCAAATAAGATAA-ATGAAAATACAA-----GTAATTCCTTACCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAGCGAAACTAACGA-------AT--AT--CA-CAAA-TCTTCGCAGATTGTCT---AGNTA--ACTATTTTGG-TG-----------GTGTCT---------GTTCG---AC---AATTAGAA------------ATTGTTAAT-------------------------T-------------------T------------------ACCC---ATCATGCAA-TA----AAATCGCT--C-ACTC-AA--TCACTCACTCATTCGCTCAAT--C------T----GCANTACATACATGTATATAT----ACGGATACACTAACATCACAACACAAACAATTGAAACGGA-----CTATAGA-NTTNTTTACACATGCCA--GA----G----TGTAACCAGGNGGCTCGCANCTATAAATTTAAAATACCTAATGGTGGCCAACA
gi|1 : AGTCTTTATTGGTCGTACTCAATTCTTAGACTCAGGAA-GTTTA-CGAAACGGATCCCTGAATTCTAAAATGAATATATGGTAAAAATTCCGGCAATCAAGTGT------------TATATATATGACAGAGGGTTGTTTGTATTGAAATTAA--CAAC-A---TGATC-TT-T-AGCG---TG----TTT-A---GG-------GA------TTTATGTAGTTT-CT---C--CA---ATG-TA-----A---TCT-------------A-AACAAGAACAAGTAACGATAGAG-TAATA--CA--ATACATACATTACAGAAC---AAAAT-----ATT---ATGACCAAACATTAAGCA-T-TTCTCGCGATATA---------CC---------TATCACACAA------TATAAATGCAGTTCCCAATAACATAA-ATCAAAATACAA-----GTAATTTATTATCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTA--------------------------------------TTCGCAGATTGTCT---AGTAA--ACTATGTTGG-TG-----------TTTTCT---------G--CG---GCAGGAATTAGAA------------ATTGTAAAT-------------------------T-------------------C------------------ACCC---ATCATACAA-TA----CAATCGCT--C-ACTC-AA--TCACTCTCTTATTAGCTC--T--C------T----GCATTACATACATGTATATAT-----CGGCTACACTAACATCACAACACAAACATTTG-------------T------TTTATTTAAATACGCCA--GAGTGCG----TGTAACCAGGTGGCTATCATCTATAAATACAATATAC--AATG
gi|10 : catcgtattgttttgtttggaaaattgtcacggaactcattaagtaagtctacgaaaataagtAAGTCTTTATTGGTCTGACACAATTCT---------GAATGTCTAGCGACACGGATCCCTAAAATATAATGATAATATGTGGTAAGATTTCCCGTAATTCAGTTA------------TATGTATGTGACCGGTGGTTGTTTGTAATGAAAT------AAC-A---CAAGC-------GTG-------------A---GG-------AT------GTTATGCAATTT-TTTTGC--CA---ATA-TG----TA-GTTCTAA-TGAT-----AG-AATAAA---CTGTAACAAAACAATTAT-A--CA--ATACATACTTTACAAAACATGAAAAGAAACTATTATCATGACAAAGCATCctagaacagtaattcctagtcacat
gi|11 : t---AATTTGTG------------ATTATGAAT-------------------------T--------------------------------------ACTC---ATCTTGTAA-CA----AAATAGCCAAC-ACTC-AAAACTACTCGCTCACTCGCCCTCT--A------T----ACAATACATACATG
gi|12 : aaaaaattgcttacaaggttgaaaaattagtagagactctcaaagcaataggacaaccatttcgaattatttaagtataaattgtaatcgtcctgtttgacagtttgactgacggaggaaaagagtcgaaatggtaagtttggtggTGCCT---AGATG--GTTAGTTTGG-CG-----------G------------------G---A-----ATTGGAA------------ATTGTTAAT-------------------------TTACCCCATCATGCAATATTT------------------ACTC---ATCATGCAA-TA----AAATCGCT--C-ACGC--A--TTGCTCACTCATTCGCTCAAT--CAATTCGT----GCAAAACATACATGTGT
gi|13 : atattagaaaatctgtgaagtgatgattttttatttgtccttatcgttcaactgtcagaagaaatgCC---ATCATGAAA-CG----AAATCGTT--C-CCTCAAA--TCACACACTCATTCACTC--T--C------T----AT-TTACGTGCAT-TACAT-------CTGGTAAACTAACATCAC--CACAAACAATTGAAACATAAGTATCTATA-A-GTTA-ATGTGCATGTTAATGC----A----TGTAACCAGGAGGCTCACAGATATAAATT
gi|14 : CCAGGCTGA-----------TC-ACTTTCACTGT--TCAAATCAGCAA-------AT--A---AA-CAAA-TCTCCGCAGATTGTCTA--AAAAA--ACT-TTTT---TG-----------TTGTCT---------GTTCG---AC---TGGTAGAA------------aatgggaaggtaagccttggtcacac
gi|14 : ---------GTTTG---GCGGGAATAAGAA------------ATTGTTACT-------------------------T-------------------C------------------ACCC---ATCGTGCAA-TA----AAATCGCT--C-ACTA-AA--TCACTCACgaaaagggccgatatgattagtttggcgggaataagaaattgttacttcacccatcgtgcaataaaatcgctcactaaatcactcac
gi|15 : ccaggctgatcactttcactgttcaaatcagcaaataaacaaatctccgcagattgtctaaaaaaacttttttgttgtctgttcgactggtagaagaaaagggccgatatgattaATTGGAATTAA--CAAC-A---CGGTC-TT-T-ACTG---AG----TTG-A---TG-------GT------CATATGCAGTTT-CT---C--CA---ATA-TT----TA--TTCTAT-TGATACTG-AA-CAC--GAACCTGTAACGATACA-------------ATACATACTTTACAGAACATCAAAACAAACTATT---TTGACAAAGCATTAATCA-T-TTCAAGCGATATA---------CA---------TTT
gi|16 : TGACCGATGGTCATCAG-ATCAA---TAA--CTAC-A----GATC-GG-T-GAGG---GG----TTT-A---GG-------GT------TTAATGCAGT----------------------------------AT-TAAC--TATAA-AACAAGAACCTGTAAAGATACAG-TA-----TG--ATACATAATTTACAAGACATGAAAAACAACGATT---ATGACAAAACATCAA
gi|17 : TCCGATGT------------T---TGTATGACCGATGGTCG-TTGTGGTAAGTTTAA--CAAC-A---CGATC-GT----GTG---AGGGTTTTT-A---TG-------GTTTATGGTTTATGAAG--T-CT---C--CAT--ATG--G----TA-GTa
gi|18 : tcatctacgacatcatt---CGATC-GT-G-AGAG---GAGT--TTT-A---AA-------GT------TTTATACATTTT-CT---CTCCG---TTG-CAGAACTA-CTCCCAT-AGGAACGA-AA-AA--AGACCCTGTAACGATACAT-T---A--CA--ATA-ATCATTTTCAAA-----AAAACAAAatcaaatataatacagaacaa
gi|19 : TGAAGTCTTCATTGGTCGTACACAATACTTAGACTAACTAA-GGTGAACTAAACTGATCCCTG----------AGAATA--TGGTAAGATTTCCGGCAATCAAGTGT------------TATATATGTGAgccctgatcccatatacat
gi|2 : GTGAAGTCTTTATTGGTCGTACACAATTCTAAGTCTCATGAA-GGTGAGCGAAACAGATCCCTGAATTATAATAAGAATGTGTGATATGATTTCCAGCAATCCAGTGT------------TATATATTTGACCGA-GGTTGTTTATATTGAAATTAA--CAAC-A---CGATC-TT-T-AGTA---AA----TTT-A---GG-------AT------TTTATTCAGTTT-CT---C--CA---ATG-TA----TA-GTTCTAT-TGACACTA-AACAACAAGAACCTGTAACGATACAG-TA--A--CACAATACATACTTTACAGAACATGAAAACAAACTAGT---ATGACAAAGCATTAAGCA-T-TTCACGCGATATA---------CA---------TATCACACAA------TGTAAATACAATTTCAAATAACAAAACAT-AAAATACTG-----GTAATTCATTACCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAATGAAACTAATGA-------ATG-ACTACA-CAAA-TATTCGCAGATTCTCT---AGTTA--ACTATTTCGG-TG-----------GTATCT---------GTTCG---AC---AATTAGAA------------TTTGTTAAT-------------------------T-------------------C------------------ACCC---ATCATGCAA-AA----AATTCGCT--C-ACTC-AA--TCACTCTCTAATTAGCTC--T--C------T----GCATTATATACATGTATATAT-----CGGCTACACTAACATCACAACAAAAACAATTGAAACAGA-----ATATAGA-ATTATTAATATATGTCA--GA----G----TGTAAGCAGGTGGCTATCATCTATATATTT--ACTACCCAATGGTTACCAACA
gi|20 : GTTTATATTGGAATTAA--CAAC-T---CGATC-TT-T-ACTG---AG----T---------------------------------TTT-CT---C--CA---ATG-TA----TA--TTCTAT-TGATACGG-AA-CAC
gi|21 : tCAGGTAGCTCGCAACTATAAA-TTAAAATACCTAAT-GTGGCCAAg
gi|3 : GTCAAGTCTTTATTGGTCGTACACTATTCTTAGACTGATGAA-GTCGAACGAAACGGATCCCTGAATTATAATAAGAATATATGGTAAGAATTCCGGCAATCCAGTGTTATATGTATGTATATATATGTGACCAGTGGATGTTTGTATTGATTTTAA--CAAC-A---CGATC-TT-T-AGTG---GG----TTT-A---GG-------GT------TTTATGCAGTTT-TC---C--CA---AAA-TA----TA-GTTATAT-TGATACTA-AACAACAAGAACATGTAACGATACAG-TA--ATGCA--ATA-ATAAGTTACAGAACATGAACACAAACCACT---ATGACAAAGCATTAAGTA-G-TTCATGCGATATA---------CA---------TATAACACAA------TATAAATACAGTTCTTAATAAGA-AA-A--AAAATAGAATACTTGTAATTCATTTCCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAGTGAAACTAACGA-------ATCAATA-CA-CAAA-TCTTCGCAGATTGTCT---AGTTA--ACTAGTTTGG-TG-----------GTATCA---------GTTCG---AC---TATCAGAAGAT---------ATTGTTAGTCTGGCGGGAATTAAAAATTGTTAATT-------------------C------------------ACCC---ATCATGCAA-TA----CAATCGCT--T-ACTC-AA--TCACTCTCTAATTAGCTC--T--C------T----GCATTACATACATGTaagtaagcc
gi|4 : taaTGTATGTGGCCGATAGTGGTT---AT---AATCAA--GAACTA---AGATC------GGTGAGAGG----TTT-ATATGG-------GT------TTAATGCAGTT--CT---------------TA----TACG--CTGT-CTACACTA-TA-AACAAAAACCTGCAACGACACAG-TA-----CG--ATACATAATT-ACAAGACATGAAAATAA-CGATT---ACTTTCAAACA------A-T-TTCACGCGATACATAATTCACACA---------TTTCACATAA------TACAAATACGGTTTTAAATGAG---A-ATGAAAATACAA-----ATAATTTCTTA-CAGGCTGATTTAGTAGCATTC-AG---TAA-GTAG-GATATT--TTT-------AT--AT--CA-TAAACTCTGTGAAGATTTTCT---A--TA----TGTTCT---T-------------TATC----------GTTCA---AC---TGTCAAAAGAAAATGCCTAGATGGTTAGT-------------------------T-------------------TGTAGGGAATTGTTAATTTATCC---ATCATGCAA-TA----AACTCTCT--C-ATTT--A--TCATTCACTCATTCGCTCAGT--TATTTAGT----GCAATACATACTTGTATACAA----ACAGATACAATGACATCTTAACACAAACAAATGAAACGGA-----CTATAAATCTTTTTTACAATTGCCA--GA----G----T-----------ACTTGTGAC-------TTAAAATACCTCAT-GTGGCCAA
gi|5 : A-ATCAAAAACTTGTAACGACACAG-TA-----TG--ATACATACATAATAAGACATGAAAACAA-CGATC---ATGACAAAACTTCAATCA-AATTCACGCGATCCA---------CAATTCATTTATTTCACACAAAACAAATACAAATACAATTCCAAATTAGATAA-ATGAAAATACAA-----GTAATTCCTTACCAGGCTGAT----------TT-AG---TAA-GTAACGAA--CAA-GAAGTTTATAT--AT--TAGAAAA-TCTGTGAAGATTTTCT---Aaagcaagccctggtcacatg
gi|5 : gtttagatggtttctgatagtttatcTGCCT---AGATG--GTTATTTTGG-TG-----------G------------------G---A-----ATTGGAA------------ATGGTTAAT-------------------------T-------------------T------------------ACCC---ATCATGCAA-CA----AAATCGCT--A-ACTC-A---TCACTCACTCATTTGCTCAAT--TACTTCGT----GCAATATATACATGTATATAA----ACAGATACACTAACATCACAACACAAACAATTGAAACCGA-----CTATAAA-TCTTTTTACACATGCCA--GA----GTACTTGTAACCAGGAGTCTCGCAAAT-TAAA-TTAAAATACCTGAT-ATGGCCAAtacgttgcttatggttcaactgtcagaagaaaagtgcctagatggttattttggtgggaattggaaatggttaatttacccatcatgcaacaaaatcgctaactcatcactcactcatttgctcaattacttcgtgcaatatatacatgtatataaacagatacactaacatcacaacacaaacaattgaaaccgactataaatctttttacacatgccagagtacttgtaaccaggagtctcgcaaattaaattaaaatacctgatatggccaaaagcaagtcctggtcac
gi|6 : gtttagatggtttctgatagtttatcaatcaaaaacttgtaacgacacagtatgatacatacataataagacatgaaaacaacgatcatgacaaaacttcaatcaaattcacgcgatccacaattcatttatttcacacaaaacaaatacaaatacaattccaaattagataaatgaaaatacaagtaattccttaccaggctgatttagtaagtaacgaacaagaagtttatatattagaaaatctgtgaagattttctatacgttgcttatggttcaactgtcagaagaaaagACACTA-TA-AACAAAAACCTGCA-TGACACAG-TA--A---G--ATACATAAATTACAAGACATGAAAGCAA-TGATT---ACAACAAA-CTTCAAACAAT-TTCATGTGATACATAAATCACACA---------TTTCACATAA------TACAAATACGGTTTTAAATGAG---A-ATGAAAATACAA-----ATAATTTCTTATCAGGCTAA-----------TTAAG---TAA-GTAGCGAAACAAAaagcaagtcctggtcac
gi|6 : tcttAAATTGCCT---AGATA--GTTAGTTTGG--------------------------------CG---AG---AACTGGAA------------ATTGTTAAT-------------------------T-------------------TATCCATCATGCAATATTTACCC---ATCATGCAA-TA----AAATCGCT--C-ACTC-A---TCACTCACTCATTCGCTCAAT--TACTTTGT----GCAAAACATACATGTATACAA----ACAGATACAGTGACATCGCAACACAAAAAATTGAAATGGA-----CTATAGA-TCTTTTTACACATGCCA--GT----GTACTTGTGACCAGGAGACTCGCAACTA-AAATTTAAAATACCTAAT-GTGGCCAATAacattttttatattagaaaatctgtgaagtgaagatattctataattatgtccttatcgctcaactgtcagaagaaaattgcctagatagttagtttggcgagaactggaaattgttaatttatccatcatgcaatatttacccatcatgcaataaaatcgctcactcatcactcactcattcgctcaattactttgtgcaaaacatacatgtatacaaacagatacagtgacatcgcaacacaaaaaattgaaatggactatagatctttttacacatgccagtgtacttgtgaccaggagactcgcaactaaaatttaaaatacctaatgtggccaatag
gi|7 : tcttacactataaacaaaaacctgcatgacacagtaagatacataaattacaagacatgaaagcaatgattacaacaaacttcaaacaatttcatgtgatacataaatcacacatttcacataatacaaatacggttttaaatgagaatgaaaatacaaataatttcttatcaggctaattaagtaagtagcgaaacaaaacattttttatattagaaaatctgtgaagtgaagatattctataattatgtccttatcgctcaactgtcagaagaATGTGACCAATGGTCACTGG-AGTAAA--TAA--CAAC-A---TGATCATG-T-GAGG---GG----TTT-T---AG-------AT------TTTATGCAGTAT-CT---C--CATATATGGTA----TT-GCTTTGTATAATAC---AA-GACAAGA--------CAATACAA-TA--A----------GTA-TTCACAAAACATCAAAATAA-CGATT---ACAACAAAACATCAAGCA-A-TTCACACAATATA---------CA---------TTTCACACAA------TACAAAAACTGTTCCTAACAAGATAA-AGTAATTTAT--------TAATTCCTTACCAGGCTGA-----------TA-AG---CAA-GGAGTG-AACTA---A-------AT--A----A-CAAA-TCTTCACAGATTTTCTAAGAGTTGTTGTTGCTTTAGCTGTCAGAAGAAAAGTGCCTAGATGGTTAGTTTGGTGAG---AATTAGAA------------ATGGTTAAT-------------------------T-------------------T------------------ACCC---ATCATGCAA-CA----AAATCGCT--C-ACTC--A--TCACTCACTAATTTGTTCAATAAC------TATGCGCAATACATACATGTATATAT----ACTGATATACTAACATCACAACACAAACAA-TGATACAGA-----TTATAGA-ATTATTTG---ATGTCA--GA----C----TGg
gi|8 : tcaAA--CAAC-A---CGATC-GTGTGAGTG---GG----TTTTA---AG-------GT------TTAATGCAGTTTATT---C--CG---AT---A----CG-GTTCTAC----------AA-AACAAGGGCCTGTACCGGTACA---------------------TTTACTGAACAAGATAGCAAACGTTT---ATGACAAAACATCAAGCA-T-TTCACGCCATATA---------CA---------TTTCACACAA------TACGAAAACAGTTCC-TATAAGATAA-TTG-AAATGCAA-----ATAATTCCTTTCCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAGT--AGTAAACGA-------TT--A-------------TTCGCAGAATGTTT---AAATA--ACTATTTTGG-TG-----------TTGTCT---------GTTCG---AC---CGTCAGAAAAGTGTCGAG--ATGGTTAGT-------------------------T-------------------T------------------GGCTGGAATTA-GAAATTAATGCAAATCATG--CAACAC-AA--TTGCACACTCAATAGCT--AC--T------T----TCATTATATACATATACATGTGTAAGCTGATACACTcttgtaaac
gi|9 : acaactgTCTTTTTTGATCTTACACAATTTCTAGATTTATCAA-GGTTAACGAAGTAGATCGCTGAATTATGATAA-----T-TG-------TTCCGGCACTCCAGTTG------------TATATATGTGACCGG-GGTTGTTTGTATTAAAAT-AATTCAAC-AGAGTGATC-TT-G-AATG---G------TT-G---GGTGATATAGT------TTTATGCAGCTT-AT---C--AA---ATG-TT----TA-GCTTTAT-TGATAT---AA-AACAAGAACCTGTAACAATACAG-TAATA--CA--ATACATAAT----GAAA-ATGAAAACGAACTTTT---ATGACAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222222 111111 111111111 1111111 2222222222222222222222222222222222222 333333333 33333333333333333333 111111 11111 22222222222 66666666666666666666666666666666 111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 66666666666666666666 111 11111 333333333
lowQualScore : 3 3 1 6 444 4 2 7 1 3 999999999999 4 1 0 3 2 1 44 3 555 555555 555555555 3 555 0000000 888888 3 555 44 0000000000000000000000000000000000000 5 55 333333333 1 5 7 2 555 2 0 0 888 77777777777777777777 444444 3 6 99 5 55 0 22222 55555555555 4 777 4 33333333333333333333333333333333 5 111 33 99 22 7 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 44 44 111 3 2 99999999999999999999 2 111 1 1 4 44444 5 66 1 1 5 1 77 222222222 3 0 22 1 1 6
lowQualScore : . . . . ... . . . . . ............ . . . . . . .. . ... ...... ......... . ... ....... ...... . ... .. ..................................... . .. ......... . . . . ... . . . ... .................... ...... . . .. . .. . ..... ........... . ... . ................................ . ... .. .. .. . ............................................................................................................................................................................................... .. .. ... . . .................... . ... . . . ..... . .. . . . . .. ......... . . .. . . .
lowQualScore : 5 3 5 7 222 2 5 8 0 7 333333333333 6 7 9 2 4 3 66 3 444 777777 111111111 1 444 0000000 888888 1 444 22 8888888888888888888888888888888888888 3 22 222222222 5 8 9 5 888 0 9 1 333 00000000000000000000 444444 1 6 66 0 88 4 55555 66666666666 4 888 4 33333333333333333333333333333333 0 000 11 55 55 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 66 66 999 3 8 66666666666666666666 3 111 0 7 0 33333 3 77 0 7 3 7 99 333333333 0 6 99 4 7 7
consensus : GTGAAGTCTTTATTGGTCGTACACAATTCTTAGACTNATGAA-GNCGAACGAAACGGATCCCTGAATTATAATAAGAATATGTGGTAAGATTTCCGGCAATCCAGTGT------------TATATATGTGACCGATGGTCGTTTGTATTGAAATTAA--CAAC-A---CGATC-TT-T-AGTG---GG----TTT-A---GG-------GT------TTTATGCAGTTT-CT---C--CA---ATG-TA----TA-GT-TC---TAT-TGATACTA-AA-AACAAGAACCTGTAACGATACAG-TA--A--CG--ATACATAATTTACAAAACATGAAAACAAACGATT---ACGACAAAACATCAAGCA-T-TTCACGCGATATA---------CA---------TTTCACACAA------TACAAATACGGTTCCAAATAAGATAA-ATGAAAATACAA-----GTAATTCCTTACCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAGTGAAACTAACGA-------AT--AT--CA-CAAA-TCTTCGCAGATTGTCT---AGNTA--GCTATTT-TGG-T---G-----------NTGTC----------T-----G-TT-------CGAC---GATTA--------G--------AA----------ATTG-------TTAAT-------------------------T-------------------T------------------ACC------------------CA--TCATGCAACAAAATCGCT--CACTC--AA-TCACTCACTCATTCGCTCAA-----T-----C-----GTGCAATACATACATGTATATANA-CNGATACACTAACATCACAACACAAACAATTGAAACGGA-----CTATAGA-NTTNTTTACACATGCCA--GA----G----TGTAACCAGGNGGCTCGCAACTATAAATTTAAAATACCTAAT-GTGGCCAACA
Reference ( family-1189 ) : GTGAAGTCTTTATTGGTCGTACACAATTCTTAGACTNATGAA-GNCGAACGAAACGGATCCCTGAATTATAATAAGAATATGTGGTAAGATTTCCGGCAATCCAGTGT------------TATATATGTGACCGATGGTCGTTTGTATTGAAATTAA--CAAC-A---CGATC-TT-T-AGTG---GG----TTT-A---GG-------GT------TTTATGCAGTTT-CT---C--CA---ATG-TA----TA-GT-TC---TAT-TGATACTA-AA-AACAAGAACCTGTAACGATACAG-TA--A--CG--ATACATAATTTACAAAACATGAAAACAAACGATT---ACGACAAAACATCAAGCA-T-TTCACGCGATATA---------CA---------TTTCACACAA------TACAAATACGGTTCCAAATAAGATAA-ATGAAAATACAA-----GTAATTCCTTACCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAGTGAAACTAACGA-------AT--AT--CA-CAAA-TCTTCGCAGATTGTCT---AGNTA--GCTATTT-TGG-T---G-----------GTGTC----------T-----G-TT-------CGAC---AATTA--------G--------AA----------ATTG-------TTAAT-------------------------T-------------------T------------------ACC------------------CA--TCATGCAATAAAATCGCT--CACTC--AA-TCACTCACTCATTCGCTCAA-----T-----C-----GTGCANTACATACATGTATATANA-CNGATACACTAACATCACAACACAAACAATTGAAACGGA-----CTATAGA-NTTNTTTACACATGCCA--GA----G----TGTAACCAGGNGGCTCGCAACTATAAATTTAAAATACCTAAT-GTGGCCAACA
gi|1 : AGTCTTTATTGGTCGTACTCAATTCTTAGACTCAGGAA-GTTTA-CGAAACGGATCCCTGAATTCTAAAATGAATATATGGTAAAAATTCCGGCAATCAAGTGT------------TATATATATGACAGAGGGTTGTTTGTATTGAAATTAA--CAAC-A---TGATC-TT-T-AGCG---TG----TTT-A---GG-------GA------TTTATGTAGTTT-CT---C--CA---ATG-TA-----A----TC---T-------------A-AACAAGAACAAGTAACGATAGAG-TAATA--CA--ATACATACATTACAGAAC---AAAAT-----ATT---ATGACCAAACATTAAGCA-T-TTCTCGCGATATA---------CC---------TATCACACAA------TATAAATGCAGTTCCCAATAACATAA-ATCAAAATACAA-----GTAATTTATTATCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTA--------------------------------------TTCGCAGATTGTCT---AGTAA--ACTATGT-TGG-T---G-----------TTTTC----------T-----G----------CGGCAGGAATTA--------G--------AA----------ATTG-------TAAAT-------------------------T-------------------C------------------ACC------------------CA--TCATACAATACAATCGCT--CACTC--AA-TCACTCTCTTATTAGCTC-------T-----C------TGCATTACATACATGTATATAT--CGGCTACACTAACATCACAACACAAACATTTG-------------T------TTTATTTAAATACGCCA--GAGTGCG----TGTAACCAGGTGGCTATCATCTATAAATACAATATAC--AAT-
gi|10 : catcgtattgttttgtttggaaaattgtcacggaactcattaagtaagtctacgaaaataagtAAGTCTTTATTGGTCTGACACAATTCT---------GAATGTCTAGCGACACGGATCCCTAAAATATAATGATAATATGTGGTAAGATTTCCCGTAATTCAGTTA------------TATGTATGTGACCGGTGGTTGTTTGTAATGAAAT------AAC-A---CAAGC-------GTG-------------A---GG-------AT------GTTATGCAATTT-TTTTGC--CA---ATA-TG----TA-GT-TC---TAA-TGAT-----AG-AATAAA---CTGTAACAAAACAATTAT-A--CA--ATACATACTTTACAAAACATGAAAAGAAACTATTATCATGACAAAGCATCgctagaacagtaattcctagtcacat
gi|11 : tTT-TGG-T---G-----------G--------------------------------------AATTT--------G--------TG----------ATTA-------TGAA--------------------------T-------------------T------------------ACT------------------CA--TCTTGTAACAAAATAGCCAACACTCAAAA-CTACTCGCTCACTCGCCC-------T-----CT----ATACAATACATACATG
gi|12 : aaaaaattgcttacaaggttgaaaaattagtagagactctcaaagcaataggacaaccatttcgaattatttaagtataaattgtaatcgtcctgtttgacagtttgactgacggaggaaaagagtcgaaatggtaagTGCCT---AGATG--GTTAGTT-TGG-C---G-----------G--------------------------------GA-----ATTG--------G--------AA----------ATTG-------TTAAT-------------------------TTACCCCATCATGCAATATTT------------------ACT------------------CA--TCATGCAATAAAATCGCT--CACGC---A-TTGCTCACTCATTCGCTCAATCAATT-----C-----GTGCAAAACATACATGTGT
gi|13 : atattagaaaatctgtgaagtgatgattttttatttgtccttatcgttcaactgtcagaagaaatgC------------------CA--TCATGAAACGAAATCGTT--CCCTC--AAATCACACACTCATTCACTC-------T-----C-----------TATTTACGTGCAT-TACATCTGGTAAACTAACATCAC--CACAAACAATTGAAACATAAGTATCTATA-A-GTTAAT-GTGCATGTTAATGC----A----TGTAACCAGGAGGCTCACAGATATAAATT
gi|14 : CCAGGCTGA-----------TC-ACTTTCACTGT--TCAAATCAGCAA-------AT--A---AA-CAAA-TCTCCGCAGATTGTCTA--AAAAA--ACT-TTT-T---T---G-----------TTGTC----------T-----G-TT-------CGAC---TGGTA--------G--------AA----------aatgggaaggtaagccttggtcacac
gi|14 : -----G-TT-------TGGCGGGAATAA--------G--------AA----------ATTG-------TTACT-------------------------T-------------------C------------------ACC------------------CA--TCGTGCAATAAAATCGCT--CACTA--AA-TCACTCACgaaaagggccgatatgattagtttggcgggaataagaaattgttacttcacccatcgtgcaataaaatcgctcactaaatcactcac
gi|15 : ccaggctgatcactttcactgttcaaatcagcaaataaacaaatctccgcagattgtctaaaaaaacttttttgttgtctgttcgactggtagaagaaaagggccgatatgattaATTGGAATTAA--CAAC-A---CGGTC-TT-T-ACTG---AG----TTG-A---TG-------GT------CATATGCAGTTT-CT---C--CA---ATA-TT----TA--T-TC---TAT-TGATACTG-AA-CAC--GAACCTGTAACGATACA-------------ATACATACTTTACAGAACATCAAAACAAACTATT---TTGACAAAGCATTAATCA-T-TTCAAGCGATATA---------CA---------TTT
gi|16 : TGACCGATGGTCATCAG-ATCAA---TAA--CTAC-A----GATC-GG-T-GAGG---GG----TTT-A---GG-------GT------TTAATGCAGT--------------------------------------AT-TAA--CTATAA-AACAAGAACCTGTAAAGATACAG-TA-----TG--ATACATAATTTACAAGACATGAAAAACAACGATT---ATGACAAAACATCAA
gi|17 : TCCGATGT------------T---TGTATGACCGATGGTCG-TTGTGGTAAGTTTAA--CAAC-A---CGATC-GT----GTG---AGGGTTTTT-A---TG-------GTTTATGGTTTATGAAG--T-CT---C--CAT--ATG--G----TA-GTATCAAATA--TAATAC---AG-AACAAa
gi|18 : tcatctacgacatcatt---CGATC-GT-G-AGAG---GAGT--TTT-A---AA-------GT------TTTATACATTTT-CT---CTCCG---TTG-CAGAACTA-CT-CC---CAT-AGGAACGA-AA-AA--AGACCCTGTAACGATACAT-T---A--CA--ATA-ATCATTTTCAAA-----AAAACAAA
gi|19 : TGAAGTCTTCATTGGTCGTACACAATACTTAGACTAACTAA-GGTGAACTAAACTGATCCCTG----------AGAATA--TGGTAAGATTTCCGGCAATCAAGTGT------------TATATATGTGAgccctgatcccatatacat
gi|2 : GTGAAGTCTTTATTGGTCGTACACAATTCTAAGTCTCATGAA-GGTGAGCGAAACAGATCCCTGAATTATAATAAGAATGTGTGATATGATTTCCAGCAATCCAGTGT------------TATATATTTGACCGA-GGTTGTTTATATTGAAATTAA--CAAC-A---CGATC-TT-T-AGTA---AA----TTT-A---GG-------AT------TTTATTCAGTTT-CT---C--CA---ATG-TA----TA-GT-TC---TAT-TGACACTA-AACAACAAGAACCTGTAACGATACAG-TA--A--CACAATACATACTTTACAGAACATGAAAACAAACTAGT---ATGACAAAGCATTAAGCA-T-TTCACGCGATATA---------CA---------TATCACACAA------TGTAAATACAATTTCAAATAACAAAACAT-AAAATACTG-----GTAATTCATTACCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAATGAAACTAATGA-------ATG-ACTACA-CAAA-TATTCGCAGATTCTCT---AGTTA--ACTATTT-CGG-T---G-----------GTATC----------T-----G-TT-------CGAC---AATTA--------G--------AA----------TTTG-------TTAAT-------------------------T-------------------C------------------ACC------------------CA--TCATGCAAAAAATTCGCT--CACTC--AA-TCACTCTCTAATTAGCTC-------T-----C------TGCATTATATACATGTATATAT--CGGCTACACTAACATCACAACAAAAACAATTGAAACAGA-----ATATAGA-ATTATTAATATATGTCA--GA----G----TGTAAGCAGGTGGCTATCATCTATATATTT--ACTACCCAATGGTTACCAACA
gi|20 : GTTTATATTGGAATTAA--CAAC-T---CGATC-TT-T-ACTG---AG----T---------------------------------TTT-CT---C--CA---ATG-TA----TA--T-TC---TAT-TGATACGG-AA-CAC
gi|21 : tCAGGTAGCTCGCAACTATAAATT-AAAATACCTAAT-GTGGCCAAg
gi|3 : GTCAAGTCTTTATTGGTCGTACACTATTCTTAGACTGATGAA-GTCGAACGAAACGGATCCCTGAATTATAATAAGAATATATGGTAAGAATTCCGGCAATCCAGTGTTATATGTATGTATATATATGTGACCAGTGGATGTTTGTATTGATTTTAA--CAAC-A---CGATC-TT-T-AGTG---GG----TTT-A---GG-------GT------TTTATGCAGTTT-TC---C--CA---AAA-TA----TA-GT-TA---TAT-TGATACTA-AACAACAAGAACATGTAACGATACAG-TA--ATGCA--ATA-ATAAGTTACAGAACATGAACACAAACCACT---ATGACAAAGCATTAAGTA-G-TTCATGCGATATA---------CA---------TATAACACAA------TATAAATACAGTTCTTAATAAGA-AA-A--AAAATAGAATACTTGTAATTCATTTCCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAGTGAAACTAACGA-------ATCAATA-CA-CAAA-TCTTCGCAGATTGTCT---AGTTA--ACTAGTT-TGG-T---G-----------GTATC----------A-----G-TT-------CGAC---TATCA--------G--------AAGAT-------ATTG-------TTAGTCTGGCGGGAATTAAAAATTGTTAATT-------------------C------------------ACC------------------CA--TCATGCAATACAATCGCT--TACTC--AA-TCACTCTCTAATTAGCTC-------T-----C------TGCATTACATACATGTaagtaagcc
gi|4 : taaTGTATGTGGCCGATAGTGGTT---AT---AATCAA--GAACTA---AGATC------GGTGAGAGG----TTT-ATATGG-------GT------TTAATGCAGTT--CT---------------TA----TACG---C---TGT-CTACACTA-TA-AACAAAAACCTGCAACGACACAG-TA-----CG--ATACATAATT-ACAAGACATGAAAATAA-CGATT---ACTTTCAAACA------A-T-TTCACGCGATACATAATTCACACA---------TTTCACATAA------TACAAATACGGTTTTAAATGAG---A-ATGAAAATACAA-----ATAATTTCTTA-CAGGCTGATTTAGTAGCATTC-AG---TAA-GTAG-GATATT--TTT-------AT--AT--CA-TAAACTCTGTGAAGATTTTCT---ATAT---GTTCTTTATCG-TTCAA-----------CTGTCAAAAGAAAA-T-----GCCT-------AGAT---GGTTA--------GTTTGTAGGGA----------ATTG-------TTAAT-------------------------T-------------------T------------------ATC------------------CA--TCATGCAATAAACTCTCT--CATTT---A-TCATTCACTCATTCGCTCAG-----T-----TATTTAGTGCAATACATACTTGTATACAAA-CAGATACAATGACATCTTAACACAAACAAATGAAACGGA-----CTATAAATCTTTTTTACAATTGCCA--GA----G----T-----------ACTTGTGAC-------TTAAAATACCTCAT-GTGGCCAA
gi|5 : A----TA-GT-T----TAT-CAAT----------CAAAAACTTGTAACGACACAG-TA-----TG--ATACATACATAATAAGACATGAAAACAA-CGATC---ATGACAAAACTTCAATCA-AATTCACGCGATCCA---------CAATTCATTTATTTCACACAAAACAAATACAAATACAATTCCAAATTAGATAA-ATGAAAATACAA-----GTAATTCCTTACCAGGCTGAT----------TT-AG---TAA-GTAACGAA--CAA-GAAGTTTATAT--AT--TAGAAAA-TCTGTGAAGATTTTCT---A--TAC-GTTGCTTATGG-TTCAA-----------CTGTCAGAAGAAAAGT-----GCCT-------AGAT---GGTTATTTTGGTGG--------GA----------ATTGGAAATGGTTAAT-------------------------T-------------------T------------------ACC------------------CA--TCATGCAACAAAATCGCT--AACTC---A-TCACTCACTCATTTGCTCAATTACTT-----C-----GTGCAATATATACATGTATATAAA-CAGATACACTAACATCACAACACAAACAATTGAAACCGA-----CTATAAA-TCTTTTTACACATGCCA--GA----GTACTTGTAACCAGGAGTCTCGCAAAT-TAAA-TTAAAATACCTGAT-ATGGCCAAaagcaagccctggtcacatg
gi|6 : gtttagatggtttctgACACTA-TA-AACAAAAACCTGCA-TGACACAG-TA--A---G--ATACATAAATTACAAGACATGAAAGCAA-TGATT---ACAACAAA-CTTCAAACAAT-TTCATGTGATACATAAATCACACA---------TTTCACATAA------TACAAATACGGTTTTAAATGAG---A-ATGAAAATACAA-----ATAATTTCTTATCAGGCTAA-----------TTAAG---TAA-GTAGCGAAACAAAaagcaagtcctggtcac
gi|6 : tcttAAATTGCCT---AGATA--GTTAGTT-TGG-------------------------------------------------CGAG---AACTG--------G--------AA----------ATTG-------TTAAT-------------------------T-------------------TATCCATCATGCAATATTTACC------------------CA--TCATGCAATAAAATCGCT--CACTC--A--TCACTCACTCATTCGCTCAA-----T-----TACTTTGTGCAAAACATACATGTATACAAA-CAGATACAGTGACATCGCAACACAAAAAATTGAAATGGA-----CTATAGA-TCTTTTTACACATGCCA--GT----GTACTTGTGACCAGGAGACTCGCAACTA-AAATTTAAAATACCTAAT-GTGGCCAATAacattttttatattagaaaatctgtgaagtgaagatattctataattatgtccttatcgctcaactgtcagaagaaaattgcctagatagttagtttggcgagaactggaaattgttaatttatccatcatgcaatatttacccatcatgcaataaaatcgctcactcatcactcactcattcgctcaattactttgtgcaaaacatacatgtatacaaacagatacagtgacatcgcaacacaaaaaattgaaatggactatagatctttttacacatgccagtgtacttgtgaccaggagactcgcaactaaaatttaaaatacctaatgtggccaatag
gi|7 : tcttacactataaacaaaaacctgcatgacacagtaagatacataaattacaagacatgaaagcaatgattacaacaaacttcaaacaatttcatgtgatacataaatcacacatttcacataatacaaatacggttttaaatgagaatgaaaatacaaataatttcttatcaggctaattaagtaagtagcgaaacaaaacattttttatattagaaaatctgtgaagtgaagatattctataattatgtccttatcgctcaactgtcagaagaATGTGACCAATGGTCACTGG-AGTAAA--TAA--CAAC-A---TGATCATG-T-GAGG---GG----TTT-T---AG-------AT------TTTATGCAGTAT-CT---C--CATATATGGTA----TT-GC-TT---TGTATAATAC---AA-GACAAGA--------CAATACAA-TA--A----------GTA-TTCACAAAACATCAAAATAA-CGATT---ACAACAAAACATCAAGCA-A-TTCACACAATATA---------CA---------TTTCACACAA------TACAAAAACTGTTCCTAACAAGATAA-AGTAATTTAT--------TAATTCCTTACCAGGCTGA-----------TA-AG---CAA-GGAGTG-AACTA---A-------AT--A----A-CAAA-TCTTCACAGATTTTCTAAGAGTTGTTGTTGCTT-TAGCT---GTCAGAAGAAAAGTGCC----------TAGATGG-TTAGTTTGGTGAG---AATTA--------G--------AA----------ATGG-------TTAAT-------------------------T-------------------T------------------ACC------------------CA--TCATGCAACAAAATCGCT--CACTC---A-TCACTCACTAATTTGTTCAA-----TAACTAT-----GCGCAATACATACATGTATATATA-CTGATATACTAACATCACAACACAAACAA-TGATACAGA-----TTATAGA-ATTATTTG---ATGTCA--GA----C----TGg
gi|8 : tcaAA--CAAC-A---CGATC-GTGTGAGTG---GG----TTTTA---AG-------GT------TTAATGCAGTTTATT---C--CG---AT---A----CG-GT-TC---TAC----------AA-AACAAGGGCCTGTACCGGTACA---------------------TTTACTGAACAAGATAGCAAACGTTT---ATGACAAAACATCAAGCA-T-TTCACGCCATATA---------CA---------TTTCACACAA------TACGAAAACAGTTCC-TATAAGATAA-TTG-AAATGCAA-----ATAATTCCTTTCCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAGT--AGTAAACGA-------TT--A-------------TTCGCAGAATGTTT---AAATA--ACTATTT-TGG-T---G-----------TTGTC----------T-----G-TT-------CGAC---CGTCA--------G--------AAAAGTGTCGAGATGG-------TTAGT-------------------------T-------------------T------------------GGCTGGAATTAGAAATTAATGCAAATCATGCAACACAATTGCA--CACTC--AA-TAGCT-ACT--TTCATT--A-----T----------------ATACATATACATGTGTAAG-CTGATACACTcttgtaaac
gi|9 : acaactgTCTTTTTTGATCTTACACAATTTCTAGATTTATCAA-GGTTAACGAAGTAGATCGCTGAATTATGATAA-----T-TG-------TTCCGGCACTCCAGTTG------------TATATATGTGACCGG-GGTTGTTTGTATTAAAAT-AATTCAAC-AGAGTGATC-TT-G-AATG---G------TT-G---GGTGATATAGT------TTTATGCAGCTT-AT---C--AA---ATG-TT----TA-GC-TT---TAT-TGATAT---AA-AACAAGAACCTGTAACAATACAG-TAATA--CA--ATACATAAT----GAAA-ATGAAAACGAACTTTT---ATGACAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222222 111111 111111111 1111111 2222222222222222222222222222222222222 333333333 33333333333333333333 111111 11111 22222222222 66666666666666666666666666666666 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111 66666666666666666666 111 11111 333333333
lowQualScore : 3 3 1 6 444 4 2 7 1 3 999999999999 4 1 0 3 2 1 44 3 555 555555 555555555 3 555 0000000 888888 3 555 44 0000000000000000000000000000000000000 5 55 333333333 1 5 7 2 555 2 0 0 888 77777777777777777777 444444 3 6 99 5 55 0 22222 55555555555 4 777 4 33333333333333333333333333333333 5 4 77777 1 3 7 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 44 0 44 111 3 2 99999999999999999999 0 111 1 1 4 44444 5 66 1 1 5 1 77 222222222 3 0 22 1 1 6
lowQualScore : . . . . ... . . . . . ............ . . . . . . .. . ... ...... ......... . ... ....... ...... . ... .. ..................................... . .. ......... . . . . ... . . . ... .................... ...... . . .. . .. . ..... ........... . ... . ................................ . . ..... . . . ................................................................................................................................................................................. .. . .. ... . . .................... . ... . . . ..... . .. . . . . .. ......... . . .. . . .
lowQualScore : 5 3 5 7 222 2 5 8 0 7 333333333333 6 7 9 2 4 3 66 3 444 777777 111111111 1 444 0000000 888888 1 444 22 8888888888888888888888888888888888888 3 22 222222222 5 8 9 5 888 0 9 1 333 00000000000000000000 444444 1 6 66 0 88 4 55555 66666666666 4 888 4 33333333333333333333333333333333 0 0 22222 3 6 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66 1 66 999 3 8 66666666666666666666 3 111 0 7 0 33333 3 77 0 7 3 7 99 333333333 0 6 99 4 7 7
consensus : GTGAAGTCTTTATTGGTCGTACACAATTCTTAGACTNATGAA-GNCGAACGAAACGGATCCCTGAATTATAATAAGAATATGTGGTAAGATTTCCGGCAATCCAGTGT------------TATATATGTGACCGATGGTCGTTTGTATTGAAATTAA--CAAC-A---CGATC-TT-T-AGTG---GG----TTT-A---GG-------GT------TTTATGCAGTTT-CT---C--CA---ATG-TA----TA-GT-TC---TAT-TGATACTA-AA-AACAAGAACCTGTAACGATACAG-TA--A--CG--ATACATAATTTACAAAACATGAAAACAAACGATT---ACGACAAAACATCAAGCA-T-TTCACGCGATATA---------CA---------TTTCACACAA------TACAAATACGGTTCCAAATAAGATAA-ATGAAAATACAA-----GTAATTCCTTACCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAGTGAAACTAACGA-------AT--AT--CA-CAAA-TCTTCGCAGATTGTCT-AGATA-GCTATT-T-TGGT---GNTGTC----------T-------------G-TTCGAC---G---A---TTA--------GAA----------ATT-------GTTAAT-------------------------T-------------------T------------------ACC------------------CA--TCATGCAACAAAATCGCT--CACTC--AA-TCACTCACTCATTCGCTCAA-----T-----C-----GTGCAATACATACATGTATATANA-CNGATACACTAACATCACAACACAAACAATTGAAACGGA-----CTATAGA-NTTNTTTACACATGCCA--GA----G----TGTAACCAGGNGGCTCGCAACTATAAATTTAAAATACCTAAT-GTGGCCAACA
Reference ( family-1189 ) : GTGAAGTCTTTATTGGTCGTACACAATTCTTAGACTNATGAA-GNCGAACGAAACGGATCCCTGAATTATAATAAGAATATGTGGTAAGATTTCCGGCAATCCAGTGT------------TATATATGTGACCGATGGTCGTTTGTATTGAAATTAA--CAAC-A---CGATC-TT-T-AGTG---GG----TTT-A---GG-------GT------TTTATGCAGTTT-CT---C--CA---ATG-TA----TA-GT-TC---TAT-TGATACTA-AA-AACAAGAACCTGTAACGATACAG-TA--A--CG--ATACATAATTTACAAAACATGAAAACAAACGATT---ACGACAAAACATCAAGCA-T-TTCACGCGATATA---------CA---------TTTCACACAA------TACAAATACGGTTCCAAATAAGATAA-ATGAAAATACAA-----GTAATTCCTTACCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAGTGAAACTAACGA-------AT--AT--CA-CAAA-TCTTCGCAGATTGTCT-AGNTA-GCTATT-T-TGGT---GNTGTC----------T-------------G-TTCGAC---G---A---TTA--------GAA----------ATT-------GTTAAT-------------------------T-------------------T------------------ACC------------------CA--TCATGCAACAAAATCGCT--CACTC--AA-TCACTCACTCATTCGCTCAA-----T-----C-----GTGCAATACATACATGTATATANA-CNGATACACTAACATCACAACACAAACAATTGAAACGGA-----CTATAGA-NTTNTTTACACATGCCA--GA----G----TGTAACCAGGNGGCTCGCAACTATAAATTTAAAATACCTAAT-GTGGCCAACA
gi|1 : AGTCTTTATTGGTCGTACTCAATTCTTAGACTCAGGAA-GTTTA-CGAAACGGATCCCTGAATTCTAAAATGAATATATGGTAAAAATTCCGGCAATCAAGTGT------------TATATATATGACAGAGGGTTGTTTGTATTGAAATTAA--CAAC-A---TGATC-TT-T-AGCG---TG----TTT-A---GG-------GA------TTTATGTAGTTT-CT---C--CA---ATG-TA-----A----TC---T-------------A-AACAAGAACAAGTAACGATAGAG-TAATA--CA--ATACATACATTACAGAAC---AAAAT-----ATT---ATGACCAAACATTAAGCA-T-TTCTCGCGATATA---------CC---------TATCACACAA------TATAAATGCAGTTCCCAATAACATAA-ATCAAAATACAA-----GTAATTTATTATCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTA--------------------------------------TTCGCAGATTGTCT-AGTAA-ACTATG-T-TGGT---GTTTTC----------T-------------G---CGGCAGGA---A---TTA--------GAA----------ATT-------GTAAAT-------------------------T-------------------C------------------ACC------------------CA--TCATACAATACAATCGCT--CACTC--AA-TCACTCTCTTATTAGCTC-------T-----C------TGCATTACATACATGTATATAT--CGGCTACACTAACATCACAACACAAACATTTG-------------T------TTTATTTAAATACGCCA--GAGTGCG----TGTAACCAGGTGGCTATCATCTATAAATACAATATAC--AAT-
gi|10 : catcgtattgttttgtttggaaaattgtcacggaactcattaagtaagtctacgaaaataagtAAGTCTTTATTGGTCTGACACAATTCT---------GAATGTCTAGCGACACGGATCCCTAAAATATAATGATAATATGTGGTAAGATTTCCCGTAATTCAGTTA------------TATGTATGTGACCGGTGGTTGTTTGTAATGAAAT------AAC-A---CAAGC-------GTG-------------A---GG-------AT------GTTATGCAATTT-TTTTGC--CA---ATA-TG----TA-GT-TC---TAA-TGAT-----AG-AATAAA---CTGTAACAAAACAATTAT-A--CA--ATACATACTTTACAAAACATGAAAAGAAACTATTATCATGACAAAGCATCgctagaacagtaattcctagtcacat
gi|11 : tT-T-TGGT---GGAATT----------T-------------G-T--------G---A---TTAT-------GAA---------------------------------------------------T-------------------T------------------ACT------------------CA--TCTTGTAACAAAATAGCCAACACTCAAAA-CTACTCGCTCACTCGCCC-------T-----CT----ATACAATACATACATG
gi|12 : aaaaaattgcttacaaggttgaaaaattagtagagactctcaaagcaataggacaaccatttcgaattatttaagtataaattgtaatcgtcctgtttgacagtttgactgacggaggaaaagagtcgaaatggtaagTGCCT-AGATG-GTTAGT-T-TGGC---GG---------------------------------GA--------A---TTG--------GAA----------ATT-------GTTAAT-------------------------TTACCCCATCATGCAATATTT------------------ACT------------------CA--TCATGCAATAAAATCGCT--CACGC---A-TTGCTCACTCATTCGCTCAATCAATT-----C-----GTGCAAAACATACATGTGT
gi|13 : atattagaaaatctgtgaagtgatgattttttatttgtccttatcgttcaactgtcagaagaaatgC------------------CA--TCATGAAACGAAATCGTT--CCCTC--AAATCACACACTCATTCACTC-------T-----C-----------TATTTACGTGCAT-TACATCTGGTAAACTAACATCAC--CACAAACAATTGAAACATAAGTATCTATA-A-GTTAAT-GTGCATGTTAATGC----A----TGTAACCAGGAGGCTCACAGATATAAATT
gi|14 : CCAGGCTGA-----------TC-ACTTTCACTGT--TCAAATCAGCAA-------AT--A---AA-CAAA-TCTCCGCAGATTGTCTAAAAAA-ACT-TT-T-T--T---GTTGTC----------T-------------G-TTCGAC---T---G---GTA--------GAA----------aatgggaaggtaagccttggtcacac
gi|14 : -------------G-TTTGGC---GGGAA---TAA--------GAA----------ATT-------GTTACT-------------------------T-------------------C------------------ACC------------------CA--TCGTGCAATAAAATCGCT--CACTA--AA-TCACTCACgaaaagggccgatatgattagtttggcgggaataagaaattgttacttcacccatcgtgcaataaaatcgctcactaaatcactcac
gi|15 : ccaggctgatcactttcactgttcaaatcagcaaataaacaaatctccgcagattgtctaaaaaaacttttttgttgtctgttcgactggtagaagaaaagggccgatatgattaATTGGAATTAA--CAAC-A---CGGTC-TT-T-ACTG---AG----TTG-A---TG-------GT------CATATGCAGTTT-CT---C--CA---ATA-TT----TA--T-TC---TAT-TGATACTG-AA-CAC--GAACCTGTAACGATACA-------------ATACATACTTTACAGAACATCAAAACAAACTATT---TTGACAAAGCATTAATCA-T-TTCAAGCGATATA---------CA---------TTT
gi|16 : TGACCGATGGTCATCAG-ATCAA---TAA--CTAC-A----GATC-GG-T-GAGG---GG----TTT-A---GG-------GT------TTAATGCAGT--------------------------------------AT-TAA--CTATAA-AACAAGAACCTGTAAAGATACAG-TA-----TG--ATACATAATTTACAAGACATGAAAAACAACGATT---ATGACAAAACATCAA
gi|17 : TCCGATGT------------T---TGTATGACCGATGGTCG-TTGTGGTAAGTTTAA--CAAC-A---CGATC-GT----GTG---AGGGTTTTT-A---TG-------GTTTATGGTTTATGAAG--T-CT---C--CAT--ATG--G----TA-GTATCAAATA--TAATAC---AG-AACAAa
gi|18 : tcatctacgacatcatt---CGATC-GT-G-AGAG---GAGT--TTT-A---AA-------GT------TTTATACATTTT-CT---CTCCG---TTG-CAGAACTA-CT-CC---CAT-AGGAACGA-AA-AA--AGACCCTGTAACGATACAT-T---A--CA--ATA-ATCATTTTCAAA-----AAAACAAA
gi|19 : TGAAGTCTTCATTGGTCGTACACAATACTTAGACTAACTAA-GGTGAACTAAACTGATCCCTG----------AGAATA--TGGTAAGATTTCCGGCAATCAAGTGT------------TATATATGTGAgccctgatcccatatacat
gi|2 : GTGAAGTCTTTATTGGTCGTACACAATTCTAAGTCTCATGAA-GGTGAGCGAAACAGATCCCTGAATTATAATAAGAATGTGTGATATGATTTCCAGCAATCCAGTGT------------TATATATTTGACCGA-GGTTGTTTATATTGAAATTAA--CAAC-A---CGATC-TT-T-AGTA---AA----TTT-A---GG-------AT------TTTATTCAGTTT-CT---C--CA---ATG-TA----TA-GT-TC---TAT-TGACACTA-AACAACAAGAACCTGTAACGATACAG-TA--A--CACAATACATACTTTACAGAACATGAAAACAAACTAGT---ATGACAAAGCATTAAGCA-T-TTCACGCGATATA---------CA---------TATCACACAA------TGTAAATACAATTTCAAATAACAAAACAT-AAAATACTG-----GTAATTCATTACCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAATGAAACTAATGA-------ATG-ACTACA-CAAA-TATTCGCAGATTCTCT-AGTTA-ACTATT-T-CGGT---GGTATC----------T-------------G-TTCGAC---A---A---TTA--------GAA----------TTT-------GTTAAT-------------------------T-------------------C------------------ACC------------------CA--TCATGCAAAAAATTCGCT--CACTC--AA-TCACTCTCTAATTAGCTC-------T-----C------TGCATTATATACATGTATATAT--CGGCTACACTAACATCACAACAAAAACAATTGAAACAGA-----ATATAGA-ATTATTAATATATGTCA--GA----G----TGTAAGCAGGTGGCTATCATCTATATATTT--ACTACCCAATGGTTACCAACA
gi|20 : GTTTATATTGGAATTAA--CAAC-T---CGATC-TT-T-ACTG---AG----T---------------------------------TTT-CT---C--CA---ATG-TA----TA--T-TC---TAT-TGATACGG-AA-CAC
gi|21 : tCAGGTAGCTCGCAACTATAAATT-AAAATACCTAAT-GTGGCCAAg
gi|3 : GTCAAGTCTTTATTGGTCGTACACTATTCTTAGACTGATGAA-GTCGAACGAAACGGATCCCTGAATTATAATAAGAATATATGGTAAGAATTCCGGCAATCCAGTGTTATATGTATGTATATATATGTGACCAGTGGATGTTTGTATTGATTTTAA--CAAC-A---CGATC-TT-T-AGTG---GG----TTT-A---GG-------GT------TTTATGCAGTTT-TC---C--CA---AAA-TA----TA-GT-TA---TAT-TGATACTA-AACAACAAGAACATGTAACGATACAG-TA--ATGCA--ATA-ATAAGTTACAGAACATGAACACAAACCACT---ATGACAAAGCATTAAGTA-G-TTCATGCGATATA---------CA---------TATAACACAA------TATAAATACAGTTCTTAATAAGA-AA-A--AAAATAGAATACTTGTAATTCATTTCCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAGTGAAACTAACGA-------ATCAATA-CA-CAAA-TCTTCGCAGATTGTCT-AGTTA-ACTAGT-T-TGGT---GGTATC----------A-------------G-TTCGAC---T---A---TCA--------GAAGAT-------ATT-------GTTAGTCTGGCGGGAATTAAAAATTGTTAATT-------------------C------------------ACC------------------CA--TCATGCAATACAATCGCT--TACTC--AA-TCACTCTCTAATTAGCTC-------T-----C------TGCATTACATACATGTaagtaagcc
gi|4 : taaTGTATGTGGCCGATAGTGGTT---AT---AATCAA--GAACTA---AGATC------GGTGAGAGG----TTT-ATATGG-------GT------TTAATGCAGTT--CT---------------TA----TACG---C---TGT-CTACACTA-TA-AACAAAAACCTGCAACGACACAG-TA-----CG--ATACATAATT-ACAAGACATGAAAATAA-CGATT---ACTTTCAAACA------A-T-TTCACGCGATACATAATTCACACA---------TTTCACATAA------TACAAATACGGTTTTAAATGAG---A-ATGAAAATACAA-----ATAATTTCTTA-CAGGCTGATTTAGTAGCATTC-AG---TAA-GTAG-GATATT--TTT-------AT--AT--CA-TAAACTCTGTGAAGATTTTCT-ATAT--GTTCTT-TATCGTTCAACTGTCAAAAGAAAA-T-------------GCCTAGAT---G---G---TTAGTTTGTAGGGA----------ATT-------GTTAAT-------------------------T-------------------T------------------ATC------------------CA--TCATGCAATAAACTCTCT--CATTT---A-TCATTCACTCATTCGCTCAG-----T-----TATTTAGTGCAATACATACTTGTATACAAA-CAGATACAATGACATCTTAACACAAACAAATGAAACGGA-----CTATAAATCTTTTTTACAATTGCCA--GA----G----T-----------ACTTGTGAC-------TTAAAATACCTCAT-GTGGCCAA
gi|5 : A----TA-GT-T----TAT-CAAT----------CAAAAACTTGTAACGACACAG-TA-----TG--ATACATACATAATAAGACATGAAAACAA-CGATC---ATGACAAAACTTCAATCA-AATTCACGCGATCCA---------CAATTCATTTATTTCACACAAAACAAATACAAATACAATTCCAAATTAGATAA-ATGAAAATACAA-----GTAATTCCTTACCAGGCTGAT----------TT-AG---TAA-GTAACGAA--CAA-GAAGTTTATAT--AT--TAGAAAA-TCTGTGAAGATTTTCT-A--TACGTTGCT-TATGGTTCAACTGTCAGAAGAAAAGT-------------GCCTAGAT---G---G---TTATTTTGGTGGGA----------ATTGGAAATGGTTAAT-------------------------T-------------------T------------------ACC------------------CA--TCATGCAACAAAATCGCT--AACTC---A-TCACTCACTCATTTGCTCAATTACTT-----C-----GTGCAATATATACATGTATATAAA-CAGATACACTAACATCACAACACAAACAATTGAAACCGA-----CTATAAA-TCTTTTTACACATGCCA--GA----GTACTTGTAACCAGGAGTCTCGCAAAT-TAAA-TTAAAATACCTGAT-ATGGCCAAaagcaagccctggtcacatg
gi|6 : gtttagatggtttctgACACTA-TA-AACAAAAACCTGCA-TGACACAG-TA--A---G--ATACATAAATTACAAGACATGAAAGCAA-TGATT---ACAACAAA-CTTCAAACAAT-TTCATGTGATACATAAATCACACA---------TTTCACATAA------TACAAATACGGTTTTAAATGAG---A-ATGAAAATACAA-----ATAATTTCTTATCAGGCTAA-----------TTAAG---TAA-GTAGCGAAACAAAaagcaagtcctggtcac
gi|6 : tcttAAATTGCCT-AGATA-GTTAGT-T-TGG--------------------------------------CGAG---A---A---CTG--------GAA----------ATT-------GTTAAT-------------------------T-------------------TATCCATCATGCAATATTTACC------------------CA--TCATGCAATAAAATCGCT--CACTC--A--TCACTCACTCATTCGCTCAA-----T-----TACTTTGTGCAAAACATACATGTATACAAA-CAGATACAGTGACATCGCAACACAAAAAATTGAAATGGA-----CTATAGA-TCTTTTTACACATGCCA--GT----GTACTTGTGACCAGGAGACTCGCAACTA-AAATTTAAAATACCTAAT-GTGGCCAATAacattttttatattagaaaatctgtgaagtgaagatattctataattatgtccttatcgctcaactgtcagaagaaaattgcctagatagttagtttggcgagaactggaaattgttaatttatccatcatgcaatatttacccatcatgcaataaaatcgctcactcatcactcactcattcgctcaattactttgtgcaaaacatacatgtatacaaacagatacagtgacatcgcaacacaaaaaattgaaatggactatagatctttttacacatgccagtgtacttgtgaccaggagactcgcaactaaaatttaaaatacctaatgtggccaatag
gi|7 : tcttacactataaacaaaaacctgcatgacacagtaagatacataaattacaagacatgaaagcaatgattacaacaaacttcaaacaatttcatgtgatacataaatcacacatttcacataatacaaatacggttttaaatgagaatgaaaatacaaataatttcttatcaggctaattaagtaagtagcgaaacaaaacattttttatattagaaaatctgtgaagtgaagatattctataattatgtccttatcgctcaactgtcagaagaATGTGACCAATGGTCACTGG-AGTAAA--TAA--CAAC-A---TGATCATG-T-GAGG---GG----TTT-T---AG-------AT------TTTATGCAGTAT-CT---C--CATATATGGTA----TT-GC-TT---TGTATAATAC---AA-GACAAGA--------CAATACAA-TA--A----------GTA-TTCACAAAACATCAAAATAA-CGATT---ACAACAAAACATCAAGCA-A-TTCACACAATATA---------CA---------TTTCACACAA------TACAAAAACTGTTCCTAACAAGATAA-AGTAATTTAT--------TAATTCCTTACCAGGCTGA-----------TA-AG---CAA-GGAGTG-AACTA---A-------AT--A----A-CAAA-TCTTCACAGATTTTCT-AAG-A-GTTGTTGT-TGCTTTAGCTGTCAGAAGAAAAGTGCCTAGATGGTTAG-TTTGGT---G---AGAATTA--------GAA----------ATG-------GTTAAT-------------------------T-------------------T------------------ACC------------------CA--TCATGCAACAAAATCGCT--CACTC---A-TCACTCACTAATTTGTTCAA-----TAACTAT-----GCGCAATACATACATGTATATATA-CTGATATACTAACATCACAACACAAACAA-TGATACAGA-----TTATAGA-ATTATTTG---ATGTCA--GA----C----TGg
gi|8 : tcaAA--CAAC-A---CGATC-GTGTGAGTG---GG----TTTTA---AG-------GT------TTAATGCAGTTTATT---C--CG---AT---A----CG-GT-TC---TAC----------AA-AACAAGGGCCTGTACCGGTACA---------------------TTTACTGAACAAGATAGCAAACGTTT---ATGACAAAACATCAAGCA-T-TTCACGCCATATA---------CA---------TTTCACACAA------TACGAAAACAGTTCC-TATAAGATAA-TTG-AAATGCAA-----ATAATTCCTTTCCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAGT--AGTAAACGA-------TT--A-------------TTCGCAGAATGTTT-AAATA-ACTATT-T-TGGT---GTTGTC----------T-------------G-TTCGAC---C---G---TCA--------GAAAAGTGTCGAGATG-------GTTAGT-------------------------T-------------------T------------------GGCTGGAATTAGAAATTAATGCAAATCATGCAACACAATTGCA--CACTC--AA-TAGCT-ACT--TTCATT--A-----T----------------ATACATATACATGTGTAAG-CTGATACACTcttgtaaac
gi|9 : acaactgTCTTTTTTGATCTTACACAATTTCTAGATTTATCAA-GGTTAACGAAGTAGATCGCTGAATTATGATAA-----T-TG-------TTCCGGCACTCCAGTTG------------TATATATGTGACCGG-GGTTGTTTGTATTAAAAT-AATTCAAC-AGAGTGATC-TT-G-AATG---G------TT-G---GGTGATATAGT------TTTATGCAGCTT-AT---C--AA---ATG-TT----TA-GC-TT---TAT-TGATAT---AA-AACAAGAACCTGTAACAATACAG-TAATA--CA--ATACATAAT----GAAA-ATGAAAACGAACTTTT---ATGACAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222222 111111 111111111 1111111 2222222222222222222222222222222222222 333333333 33333333333333333333 111111 11111 22222222222 66666666666666666666666666666666 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111 66666666666666666666 111 11111 333333333
lowQualScore : 3 3 1 6 444 4 2 7 1 3 999999999999 4 1 0 3 2 1 44 3 555 555555 555555555 3 555 0000000 888888 3 555 44 0000000000000000000000000000000000000 5 55 333333333 1 5 7 2 555 2 0 0 888 77777777777777777777 444444 3 6 99 5 55 0 22222 55555555555 4 777 4 33333333333333333333333333333333 5 3 3 3 11 3 7 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 44 0 44 111 3 2 99999999999999999999 0 111 1 1 4 44444 5 66 1 1 5 1 77 222222222 3 0 22 1 1 6
lowQualScore : . . . . ... . . . . . ............ . . . . . . .. . ... ...... ......... . ... ....... ...... . ... .. ..................................... . .. ......... . . . . ... . . . ... .................... ...... . . .. . .. . ..... ........... . ... . ................................ . . . . .. . . ................................................................................................................................................................................. .. . .. ... . . .................... . ... . . . ..... . .. . . . . .. ......... . . .. . . .
lowQualScore : 5 3 5 7 222 2 5 8 0 7 333333333333 6 7 9 2 4 3 66 3 444 777777 111111111 1 444 0000000 888888 1 444 22 8888888888888888888888888888888888888 3 22 222222222 5 8 9 5 888 0 9 1 333 00000000000000000000 444444 1 6 66 0 88 4 55555 66666666666 4 888 4 33333333333333333333333333333333 0 6 5 6 55 6 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66 1 66 999 3 8 66666666666666666666 3 111 0 7 0 33333 3 77 0 7 3 7 99 333333333 0 6 99 4 7 7
consensus : GTGAAGTCTTTATTGGTCGTACACAATTCTTAGACTNATGAA-GNCGAACGAAACGGATCCCTGAATTATAATAAGAATATGTGGTAAGATTTCCGGCAATCCAGTGT------------TATATATGTGACCGATGGTCGTTTGTATTGAAATTAA--CAAC-A---CGATC-TT-T-AGTG---GG----TTT-A---GG-------GT------TTTATGCAGTTT-CT---C--CA---ATG-TA----TA-GT-TC---TAT-TGATACTA-AA-AACAAGAACCTGTAACGATACAG-TA--A--CG--ATACATAATTTACAAAACATGAAAACAAACGATT---ACGACAAAACATCAAGCA-T-TTCACGCGATATA---------CA---------TTTCACACAA------TACAAATACGGTTCCAAATAAGATAA-ATGAAAATACAA-----GTAATTCCTTACCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAGTGAAACTAACGA-------AT--AT--CA-CAAA-TCTTCGCAGATTGTCT-AGATA-GCTATT-T-TGGT---GNTGTC----------T-------------G-TTCGAC---G---A---TTA--------GAA----------ATT-------GTTAAT-------------------------T-------------------T------------------ACC------------------CA--TCATGCAACAAAATCGCT--CACTC--AA-TCACTCACTCATTCGCTCAA-----T-----C-----GTGCAATACATACATGTATATANA-CNGATACACTAACATCACAACACAAACAATTGAAACGGA-----CTATAGA-NTTNTTTACACATGCCA--GA----G----TGTAACCAGGNGGCTCGCAACTATAAATTTAAAATACCTAAT-GTGGCCAACA
Reference ( family-1189 ) : GTGAAGTCTTTATTGGTCGTACACAATTCTTAGACTNATGAA-GNCGAACGAAACGGATCCCTGAATTATAATAAGAATATGTGGTAAGATTTCCGGCAATCCAGTGT------------TATATATGTGACCGATGGTCGTTTGTATTGAAATTAA--CAAC-A---CGATC-TT-T-AGTG---GG----TTT-A---GG-------GT------TTTATGCAGTTT-CT---C--CA---ATG-TA----TA-GT-TC---TAT-TGATACTA-AA-AACAAGAACCTGTAACGATACAG-TA--A--CG--ATACATAATTTACAAAACATGAAAACAAACGATT---ACGACAAAACATCAAGCA-T-TTCACGCGATATA---------CA---------TTTCACACAA------TACAAATACGGTTCCAAATAAGATAA-ATGAAAATACAA-----GTAATTCCTTACCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAGTGAAACTAACGA-------AT--AT--CA-CAAA-TCTTCGCAGATTGTCT-AGATA-GCTATT-T-TGGT---GNTGTC----------T-------------G-TTCGAC---G---A---TTA--------GAA----------ATT-------GTTAAT-------------------------T-------------------T------------------ACC------------------CA--TCATGCAACAAAATCGCT--CACTC--AA-TCACTCACTCATTCGCTCAA-----T-----C-----GTGCAATACATACATGTATATANA-CNGATACACTAACATCACAACACAAACAATTGAAACGGA-----CTATAGA-NTTNTTTACACATGCCA--GA----G----TGTAACCAGGNGGCTCGCAACTATAAATTTAAAATACCTAAT-GTGGCCAACA
gi|1 : AGTCTTTATTGGTCGTACTCAATTCTTAGACTCAGGAA-GTTTA-CGAAACGGATCCCTGAATTCTAAAATGAATATATGGTAAAAATTCCGGCAATCAAGTGT------------TATATATATGACAGAGGGTTGTTTGTATTGAAATTAA--CAAC-A---TGATC-TT-T-AGCG---TG----TTT-A---GG-------GA------TTTATGTAGTTT-CT---C--CA---ATG-TA-----A----TC---T-------------A-AACAAGAACAAGTAACGATAGAG-TAATA--CA--ATACATACATTACAGAAC---AAAAT-----ATT---ATGACCAAACATTAAGCA-T-TTCTCGCGATATA---------CC---------TATCACACAA------TATAAATGCAGTTCCCAATAACATAA-ATCAAAATACAA-----GTAATTTATTATCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTA--------------------------------------TTCGCAGATTGTCT-AGTAA-ACTATG-T-TGGT---GTTTTC----------T-------------G---CGGCAGGA---A---TTA--------GAA----------ATT-------GTAAAT-------------------------T-------------------C------------------ACC------------------CA--TCATACAATACAATCGCT--CACTC--AA-TCACTCTCTTATTAGCTC-------T-----C------TGCATTACATACATGTATATAT--CGGCTACACTAACATCACAACACAAACATTTG-------------T------TTTATTTAAATACGCCA--GAGTGCG----TGTAACCAGGTGGCTATCATCTATAAATACAATATAC--AAT-
gi|10 : catcgtattgttttgtttggaaaattgtcacggaactcattaagtaagtctacgaaaataagtAAGTCTTTATTGGTCTGACACAATTCT---------GAATGTCTAGCGACACGGATCCCTAAAATATAATGATAATATGTGGTAAGATTTCCCGTAATTCAGTTA------------TATGTATGTGACCGGTGGTTGTTTGTAATGAAAT------AAC-A---CAAGC-------GTG-------------A---GG-------AT------GTTATGCAATTT-TTTTGC--CA---ATA-TG----TA-GT-TC---TAA-TGAT-----AG-AATAAA---CTGTAACAAAACAATTAT-A--CA--ATACATACTTTACAAAACATGAAAAGAAACTATTATCATGACAAAGCATCgctagaacagtaattcctagtcacat
gi|11 : tGTCG-AAATG-GTAAGT-T-TGGT---GGAATT----------T-------------G-T--------G---A---TTAT-------GAA---------------------------------------------------T-------------------T------------------ACT------------------CA--TCTTGTAACAAAATAGCCAACACTCAAAA-CTACTCGCTCACTCGCCC-------T-----CT----ATACAATACATACATG
gi|12 : aaaaaattgcttacaaggttgaaaaattagtagagactctcaaagcaataggacaaccatttcgaattatttaagtataaattgtaatcgtcctgtttgacagtttgactgacggaggaaaagaTGCCT-AGATG-GTTAGT-T-TGGC---GG---------------------------------GA--------A---TTG--------GAA----------ATT-------GTTAAT-------------------------TTACCCCATCATGCAATATTT------------------ACT------------------CA--TCATGCAATAAAATCGCT--CACGC---A-TTGCTCACTCATTCGCTCAATCAATT-----C-----GTGCAAAACATACATGTGT
gi|13 : atattagaaaatctgtgaagtgatgattttttatttgtccttatcgttcaactgtcagaagaaatgC------------------CA--TCATGAAACGAAATCGTT--CCCTC--AAATCACACACTCATTCACTC-------T-----C-----------TATTTACGTGCAT-TACATCTGGTAAACTAACATCAC--CACAAACAATTGAAACATAAGTATCTATA-A-GTTAAT-GTGCATGTTAATGC----A----TGTAACCAGGAGGCTCACAGATATAAATT
gi|14 : CCAGGCTGA-----------TC-ACTTTCACTGT--TCAAATCAGCAA-------AT--A---AA-CAAA-TCTCCGCAGATTGTCTAAAAAA-ACT-TT-T-T--T---GTTGTC----------T-------------G-TTCGAC---T---G---GTA--------GAA----------aatgggaaggtaagccttggtcacac
gi|14 : -------------G-TTTGGC---GGGAA---TAA--------GAA----------ATT-------GTTACT-------------------------T-------------------C------------------ACC------------------CA--TCGTGCAATAAAATCGCT--CACTA--AA-TCACTCACgaaaagggccgatatgattagtttggcgggaataagaaattgttacttcacccatcgtgcaataaaatcgctcactaaatcactcac
gi|15 : ccaggctgatcactttcactgttcaaatcagcaaataaacaaatctccgcagattgtctaaaaaaacttttttgttgtctgttcgactggtagaagaaaagggccgatatgattaATTGGAATTAA--CAAC-A---CGGTC-TT-T-ACTG---AG----TTG-A---TG-------GT------CATATGCAGTTT-CT---C--CA---ATA-TT----TA--T-TC---TAT-TGATACTG-AA-CAC--GAACCTGTAACGATACA-------------ATACATACTTTACAGAACATCAAAACAAACTATT---TTGACAAAGCATTAATCA-T-TTCAAGCGATATA---------CA---------TTT
gi|16 : TGACCGATGGTCATCAG-ATCAA---TAA--CTAC-A----GATC-GG-T-GAGG---GG----TTT-A---GG-------GT------TTAATGCAGT--------------------------------------AT-TAA--CTATAA-AACAAGAACCTGTAAAGATACAG-TA-----TG--ATACATAATTTACAAGACATGAAAAACAACGATT---ATGACAAAACATCAA
gi|17 : TCCGATGT------------T---TGTATGACCGATGGTCG-TTGTGGTAAGTTTAA--CAAC-A---CGATC-GT----GTG---AGGGTTTTT-A---TG-------GTTTATGGTTTATGAAG--T-CT---C--CAT--ATG--G----TA-GTATCAAATA--TAATAC---AG-AACAAa
gi|18 : tcatctacgacatcatt---CGATC-GT-G-AGAG---GAGT--TTT-A---AA-------GT------TTTATACATTTT-CT---CTCCG---TTG-CAGAACTA-CT-CC---CAT-AGGAACGA-AA-AA--AGACCCTGTAACGATACAT-T---A--CA--ATA-ATCATTTTCAAA-----AAAACAAA
gi|19 : TGAAGTCTTCATTGGTCGTACACAATACTTAGACTAACTAA-GGTGAACTAAACTGATCCCTG----------AGAATA--TGGTAAGATTTCCGGCAATCAAGTGT------------TATATATGTGAgccctgatcccatatacat
gi|2 : GTGAAGTCTTTATTGGTCGTACACAATTCTAAGTCTCATGAA-GGTGAGCGAAACAGATCCCTGAATTATAATAAGAATGTGTGATATGATTTCCAGCAATCCAGTGT------------TATATATTTGACCGA-GGTTGTTTATATTGAAATTAA--CAAC-A---CGATC-TT-T-AGTA---AA----TTT-A---GG-------AT------TTTATTCAGTTT-CT---C--CA---ATG-TA----TA-GT-TC---TAT-TGACACTA-AACAACAAGAACCTGTAACGATACAG-TA--A--CACAATACATACTTTACAGAACATGAAAACAAACTAGT---ATGACAAAGCATTAAGCA-T-TTCACGCGATATA---------CA---------TATCACACAA------TGTAAATACAATTTCAAATAACAAAACAT-AAAATACTG-----GTAATTCATTACCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAATGAAACTAATGA-------ATG-ACTACA-CAAA-TATTCGCAGATTCTCT-AGTTA-ACTATT-T-CGGT---GGTATC----------T-------------G-TTCGAC---A---A---TTA--------GAA----------TTT-------GTTAAT-------------------------T-------------------C------------------ACC------------------CA--TCATGCAAAAAATTCGCT--CACTC--AA-TCACTCTCTAATTAGCTC-------T-----C------TGCATTATATACATGTATATAT--CGGCTACACTAACATCACAACAAAAACAATTGAAACAGA-----ATATAGA-ATTATTAATATATGTCA--GA----G----TGTAAGCAGGTGGCTATCATCTATATATTT--ACTACCCAATGGTTACCAACA
gi|20 : GTTTATATTGGAATTAA--CAAC-T---CGATC-TT-T-ACTG---AG----T---------------------------------TTT-CT---C--CA---ATG-TA----TA--T-TC---TAT-TGATACGG-AA-CAC
gi|21 : tCAGGTAGCTCGCAACTATAAATT-AAAATACCTAAT-GTGGCCAAg
gi|3 : GTCAAGTCTTTATTGGTCGTACACTATTCTTAGACTGATGAA-GTCGAACGAAACGGATCCCTGAATTATAATAAGAATATATGGTAAGAATTCCGGCAATCCAGTGTTATATGTATGTATATATATGTGACCAGTGGATGTTTGTATTGATTTTAA--CAAC-A---CGATC-TT-T-AGTG---GG----TTT-A---GG-------GT------TTTATGCAGTTT-TC---C--CA---AAA-TA----TA-GT-TA---TAT-TGATACTA-AACAACAAGAACATGTAACGATACAG-TA--ATGCA--ATA-ATAAGTTACAGAACATGAACACAAACCACT---ATGACAAAGCATTAAGTA-G-TTCATGCGATATA---------CA---------TATAACACAA------TATAAATACAGTTCTTAATAAGA-AA-A--AAAATAGAATACTTGTAATTCATTTCCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAGTGAAACTAACGA-------ATCAATA-CA-CAAA-TCTTCGCAGATTGTCT-AGTTA-ACTAGT-T-TGGT---GGTATC----------A-------------G-TTCGAC---T---A---TCA--------GAAGAT-------ATT-------GTTAGTCTGGCGGGAATTAAAAATTGTTAATT-------------------C------------------ACC------------------CA--TCATGCAATACAATCGCT--TACTC--AA-TCACTCTCTAATTAGCTC-------T-----C------TGCATTACATACATGTaagtaagcc
gi|4 : taaTGTATGTGGCCGATAGTGGTT---AT---AATCAA--GAACTA---AGATC------GGTGAGAGG----TTT-ATATGG-------GT------TTAATGCAGTT--CT---------------TA----TACG---C---TGT-CTACACTA-TA-AACAAAAACCTGCAACGACACAG-TA-----CG--ATACATAATT-ACAAGACATGAAAATAA-CGATT---ACTTTCAAACA------A-T-TTCACGCGATACATAATTCACACA---------TTTCACATAA------TACAAATACGGTTTTAAATGAG---A-ATGAAAATACAA-----ATAATTTCTTA-CAGGCTGATTTAGTAGCATTC-AG---TAA-GTAG-GATATT--TTT-------AT--AT--CA-TAAACTCTGTGAAGATTTTCT-ATAT--GTTCTT-TATCGTTCAACTGTCAAAAGAAAA-T-------------GCCTAGAT---G---G---TTAGTTTGTAGGGA----------ATT-------GTTAAT-------------------------T-------------------T------------------ATC------------------CA--TCATGCAATAAACTCTCT--CATTT---A-TCATTCACTCATTCGCTCAG-----T-----TATTTAGTGCAATACATACTTGTATACAAA-CAGATACAATGACATCTTAACACAAACAAATGAAACGGA-----CTATAAATCTTTTTTACAATTGCCA--GA----G----T-----------ACTTGTGAC-------TTAAAATACCTCAT-GTGGCCAA
gi|5 : A----TA-GT-T----TAT-CAAT----------CAAAAACTTGTAACGACACAG-TA-----TG--ATACATACATAATAAGACATGAAAACAA-CGATC---ATGACAAAACTTCAATCA-AATTCACGCGATCCA---------CAATTCATTTATTTCACACAAAACAAATACAAATACAATTCCAAATTAGATAA-ATGAAAATACAA-----GTAATTCCTTACCAGGCTGAT----------TT-AG---TAA-GTAACGAA--CAA-GAAGTTTATAT--AT--TAGAAAA-TCTGTGAAGATTTTCT---ATACGTTGCT-TATGGTTCAACTGTCAGAAGAAAAGT-------------GCCTAGAT---G---G---TTATTTTGGTGGGA----------ATTGGAAATGGTTAAT-------------------------T-------------------T------------------ACC------------------CA--TCATGCAACAAAATCGCT--AACTC---A-TCACTCACTCATTTGCTCAATTACTT-----C-----GTGCAATATATACATGTATATAAA-CAGATACACTAACATCACAACACAAACAATTGAAACCGA-----CTATAAA-TCTTTTTACACATGCCA--GA----GTACTTGTAACCAGGAGTCTCGCAAAT-TAAA-TTAAAATACCTGAT-ATGGCCAAaagcaagccctggtcacatg
gi|6 : gtttagatggtttctgACACTA-TA-AACAAAAACCTGCA-TGACACAG-TA--A---G--ATACATAAATTACAAGACATGAAAGCAA-TGATT---ACAACAAA-CTTCAAACAAT-TTCATGTGATACATAAATCACACA---------TTTCACATAA------TACAAATACGGTTTTAAATGAG---A-ATGAAAATACAA-----ATAATTTCTTATCAGGCTAA-----------TTAAG---TAA-GTAGCGAAACAAAaagcaagtcctggtcac
gi|6 : tcttAAATTGCCT-AGATA-GTTAGT-T-TGG--------------------------------------CGAG---A---A---CTG--------GAA----------ATT-------GTTAAT-------------------------T-------------------TATCCATCATGCAATATTTACC------------------CA--TCATGCAATAAAATCGCT--CACTC--A--TCACTCACTCATTCGCTCAA-----T-----TACTTTGTGCAAAACATACATGTATACAAA-CAGATACAGTGACATCGCAACACAAAAAATTGAAATGGA-----CTATAGA-TCTTTTTACACATGCCA--GT----GTACTTGTGACCAGGAGACTCGCAACTA-AAATTTAAAATACCTAAT-GTGGCCAATAacattttttatattagaaaatctgtgaagtgaagatattctataattatgtccttatcgctcaactgtcagaagaaaattgcctagatagttagtttggcgagaactggaaattgttaatttatccatcatgcaatatttacccatcatgcaataaaatcgctcactcatcactcactcattcgctcaattactttgtgcaaaacatacatgtatacaaacagatacagtgacatcgcaacacaaaaaattgaaatggactatagatctttttacacatgccagtgtacttgtgaccaggagactcgcaactaaaatttaaaatacctaatgtggccaatag
gi|7 : tcttacactataaacaaaaacctgcatgacacagtaagatacataaattacaagacatgaaagcaatgattacaacaaacttcaaacaatttcatgtgatacataaatcacacatttcacataatacaaatacggttttaaatgagaatgaaaatacaaataatttcttatcaggctaattaagtaagtagcgaaacaaaacattttttatattagaaaatctgtgaagtgaagatattctataattatgtccttatcgctcaactgtcagaagaATGTGACCAATGGTCACTGG-AGTAAA--TAA--CAAC-A---TGATCATG-T-GAGG---GG----TTT-T---AG-------AT------TTTATGCAGTAT-CT---C--CATATATGGTA----TT-GC-TT---TGTATAATAC---AA-GACAAGA--------CAATACAA-TA--A----------GTA-TTCACAAAACATCAAAATAA-CGATT---ACAACAAAACATCAAGCA-A-TTCACACAATATA---------CA---------TTTCACACAA------TACAAAAACTGTTCCTAACAAGATAA-AGTAATTTAT--------TAATTCCTTACCAGGCTGA-----------TA-AG---CAA-GGAGTG-AACTA---A-------AT--A----A-CAAA-TCTTCACAGATTTTCT-A-AGA-GTTGTTGT-TGCTTTAGCTGTCAGAAGAAAAGTGCCTAGATGGTTAG-TTTGGT---G---AGAATTA--------GAA----------ATG-------GTTAAT-------------------------T-------------------T------------------ACC------------------CA--TCATGCAACAAAATCGCT--CACTC---A-TCACTCACTAATTTGTTCAA-----TAACTAT-----GCGCAATACATACATGTATATATA-CTGATATACTAACATCACAACACAAACAA-TGATACAGA-----TTATAGA-ATTATTTG---ATGTCA--GA----C----TGg
gi|8 : tcaAA--CAAC-A---CGATC-GTGTGAGTG---GG----TTTTA---AG-------GT------TTAATGCAGTTTATT---C--CG---AT---A----CG-GT-TC---TAC----------AA-AACAAGGGCCTGTACCGGTACA---------------------TTTACTGAACAAGATAGCAAACGTTT---ATGACAAAACATCAAGCA-T-TTCACGCCATATA---------CA---------TTTCACACAA------TACGAAAACAGTTCC-TATAAGATAA-TTG-AAATGCAA-----ATAATTCCTTTCCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAGT--AGTAAACGA-------TT--A-------------TTCGCAGAATGTTT-AAATA-ACTATT-T-TGGT---GTTGTC----------T-------------G-TTCGAC---C---G---TCA--------GAAAAGTGTCGAGATG-------GTTAGT-------------------------T-------------------T------------------GGCTGGAATTAGAAATTAATGCAAATCATGCAACACAATTGCA--CACTC--AA-TAGCT-ACT--TTCATT--A-----T----------------ATACATATACATGTGTAAG-CTGATACACTcttgtaaac
gi|9 : acaactgTCTTTTTTGATCTTACACAATTTCTAGATTTATCAA-GGTTAACGAAGTAGATCGCTGAATTATGATAA-----T-TG-------TTCCGGCACTCCAGTTG------------TATATATGTGACCGG-GGTTGTTTGTATTAAAAT-AATTCAAC-AGAGTGATC-TT-G-AATG---G------TT-G---GGTGATATAGT------TTTATGCAGCTT-AT---C--AA---ATG-TT----TA-GC-TT---TAT-TGATAT---AA-AACAAGAACCTGTAACAATACAG-TAATA--CA--ATACATAAT----GAAA-ATGAAAACGAACTTTT---ATGACAAA
blockSeqs : T A C T TCT G T G G T TATATGTATGTA T T T A T TT T GAG GTGTG AGGGTT T TAT TGATATA TTATGG A TTG TC TTGCAGAACTACTCCCATAGGAACGA C AT ACACA C C A T ATC T AA TAATTCACACA AACAAA A A AA C TG TACTT TTTAGTAGCAT A TTT T ACGAACAAGAAGTTTATATATTAGA C A A C AG G A TCAACTGTCAGAAGAAAAGTGCCTAGATGGTTATTTTGGTGGGAATTGGAAATGGTTAATTTACC AA AA AAA A C AATCAATTCG CAT T T A AGTAT G TC A A T C AT GTACT A AT T T G
blockSeqs : A C T . GTG A G G G T . T C T A T . . . ATGT AGAGG . . . . . . . TATATGGTATTGCTTTGTATAATAC C G ATGCA C C A T . T AT CAATTCATTTA . A T AT . TG . T . . . ATGAAACTAATGAATGACTACAC . . G . AG . A TTAGCTGTCAGAAGAAAAGTGCCTAGATGGTTAGTTTGGTGAGAATTAGAAATGGTTAATTTACC . . A . C AGTTATTTAG AA G T A . A G A T T T . GTACT T AT T T .
blockSeqs : T G T . GTG G G A A T . T C T T T . . . TTT GAGT . . . . . . . TATGGTAGTATCAAATATAATAC . T ATACA C A A G . T T TAAATCACACA . G A AT . TG . . . . . GTGAAACTAACGAATCAATACAC . . A . AT . . GGTATCAGTTCGACTATCAGAAGATATTGTTAGTCTGGCGGGAATTAAAAATTGTTAATTCACC . . A . C AATTACTTCG AA A A G . A A T T C A . A T AT T T .
blockSeqs : T T T . TCG A G . G A . T T T A T . . . GGT AG . . . . . . . ATGTATAGTTCTATTGACACTA . G TACA C A A T . T T CA . A A AT . GT . . . . . TCAAATCAGCAAATAAAC . . G . AG . . GTTGTCTGTTCGACCGTCAGAAAAGTGTCGAGATGGTTAGTTTGGCTGGAATTAGAAATTAATG . . A . A AATTACTTTG AA A T C . G T T T C C . G A T T T .
blockSeqs : . . . . GTT A . . . . . T T T A T . . . GTG GG . . . . . . . AAATATAGTTATATTGATACTA . G ACA C C A C . T G CA . G A A . TG . . . . . GGATATTTTTATATCAT . . G . CT . . TCAACTGTCAAAAGAAAATGCCTAGATGGTTAGTTTGTAGGGAATTGTTAATTTATC . . A . A AATAACTATG TA A T G . G T T T C C . G A A . . .
blockSeqs : . T G T T T . . . TTT AA . . . . . . . ATATTTATTCTATTGATACTG . G TG C A A G . C T CA . T T . . T . . . . . GTGAACTAAATAAC . . T . GC . . GGGAATTGGAAATTGTTAATTTACCCCATCATGCAATATTTACT . . A . C TCTA AG T . A . . A A . . . . C . . .
blockSeqs : . C . A C . . . TTT AG . . . . . . . ATGTATATTCTATTGATACGG . G CG C A A G . T A CA . A . . . . . . . . . GTAGTAAACGATTA . . G . AG . . CGAGAACTGGAAATTGTTAATTTATCCATCATGCAATATTTACC . . A . C TC T T
blockSeqs : . T . A T . . . TTT GG . . . . . . . ATGTTTAGCTTTATTGATAT . G TG C C A G . C T CA . . . . . A . GT . . GGTATCTGTTCGACAATTAGAATTTGTTAATTCACC . . . . C TC
blockSeqs : . . . . . . TTG GG . . . . . . . ATATGTAGTTCTAATGAT . A AG . A . G . C . . . AT . . GGAATTTGTGATTATGAATTACT . . . . A TC
blockSeqs : . . . . . GT GG . . . . . . . TATACGCTGTCTACACTA . G A . A . G . T . . . T . . . . . . . AT
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . ATACGGTTCTAC . . . . . . T . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . ATTAACTAT . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ATGTATAGTTCTATTGATAC***************** CG******* GTGAAACTAACGAATTAATACAC********* ATATTG************** AA* G********
originalCons : GTGAAGTCTTTATTGGTCGTACACAATTCTTAGACTNATGAA-GNCGAACGAAACGGATCCCTGAATTATAATAAGAATATGTGGTAAGATTTCCGGCAATCCAGTGT------------TATATATGTGACCGATGGTCGTTTGTATTGAAATTAA--CAAC-A---CGATC-TT-T-AGTG---GG----TTT-A---GG-------GT------TTTATGCAGTTT-CT---C--CA---ATG-TA----TA-GT-TC---TAT-TGATACTA-AA-AACAAGAACCTGTAACGATACAG-TA--A--CG--ATACATAATTTACAAAACATGAAAACAAACGATT---ACGACAAAACATCAAGCA-T-TTCACGCGATATA---------CA---------TTTCACACAA------TACAAATACGGTTCCAAATAAGATAA-ATGAAAATACAA-----GTAATTCCTTACCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAGTGAAACTAACGA-------AT--AT--CA-CAAA-TCTTCGCAGATTGTCT-AGATA-GCTATT-T-TGGT---GNTGTC----------T-------------G-TTCGAC---G---A---TTA--------GAA----------ATT-------GTTAAT-------------------------T-------------------T------------------ACC------------------CA--TCATGCAACAAAATCGCT--CACTC--AA-TCACTCACTCATTCGCTCAA-----T-----C-----GTGCAATACATACATGTATATANA-CNGATACACTAACATCACAACACAAACAATTGAAACGGA-----CTATAGA-NTTNTTTACACATGCCA--GA----G----TGTAACCAGGNGGCTCGCAACTATAAATTTAAAATACCTAAT-GTGGCCAACA
finalCons : GTGAAGTCTTTATTGGTCGTACACAATTCTTAGACTNATGAA-GNCGAACGAAACGGATCCCTGAATTATAATAAGAATATGTGGTAAGATTTCCGGCAATCCAGTGT------------TATATATGTGACCGATGGTCGTTTGTATTGAAATTAA--CAAC-A---CGATC-TT-T-AGTG---GG----TTT-A---GG-------GT------TTTATGCAGTTT-CT---C--CAATGTATAGTTCTATTGATAC-----------------AA-AACAAGAACCTGTAACGATACAG-TACG-------ATACATAATTTACAAAACATGAAAACAAACGATT---ACGACAAAACATCAAGCA-T-TTCACGCGATATA---------CA---------TTTCACACAA------TACAAATACGGTTCCAAATAAGATAA-ATGAAAATACAA-----GTAATTCCTTACCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAGTGAAACTAACGAATTAATACAC---------AAA-TCTTCGCAGATTGTCT-AGATA-GCTATT-T-TGGT---GNTGTC----------T-------------G-TTCGAC---G---A---TTA--------GAA----------ATT-------GTTAAT-------------------------T-------------------T------------------ACC------------------CA--TCATGCAACAAAATCGCT--CACTC--AA-TCACTCACTCATTCGCTCATATTG--------------TGCAATACATACATGTATATAAA-CNGATACACTAACATCACAACACAAACAATTGAAACGGA-----CTATAGA-NTTNTTTACACATGCCA--GAG--------TGTAACCAGGNGGCTCGCAACTATAAATTTAAAATACCTAAT-GTGGCCAACA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222222 111111 111111111 1111111 111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111 111111111 11111111111111111111 111111 11111 22222222222 44444444444444444444444444444 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111 66666666666666666666 11111 333333333
lowQualScore : 3 3 1 6 444 4 2 7 1 3 999999999999 4 1 0 3 2 1 44 3 555 555555 555555555 3 555 0000000 888888 3 555 44 888888888888888888888888888888888888888888888 99999999999999 1 88 1 4 2 555 2 0 0 888 777777777 99999999999999999999 444444 3 6 99 5 55 0 22222 55555555555 4 777 4 44444444444444444444444444444 5 2 1 3 3 3 11 3 7 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 44 0 44 111 3 2 99999999999999999999 0 9 2 1 1 4 44444 5 66 1 1 5 1 77 222222222 3 0 22 1 1 6
lowQualScore : . . . . ... . . . . . ............ . . . . . . .. . ... ...... ......... . ... ....... ...... . ... .. ............................................. .............. . .. . . . ... . . . ... ......... .................... ...... . . .. . .. . ..... ........... . ... . ............................. . . . . . . .. . . ................................................................................................................................................................................. .. . .. ... . . .................... . . . . . . ..... . .. . . . . .. ......... . . .. . . .
lowQualScore : 5 3 5 7 222 2 5 8 0 7 333333333333 6 7 9 2 4 3 66 3 444 777777 111111111 1 444 0000000 888888 1 444 22 888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111111 5 55 5 2 5 888 0 9 1 333 888888888 22222222222222222222 444444 1 6 66 0 88 4 55555 66666666666 4 888 4 88888888888888888888888888888 0 5 9 6 5 6 55 6 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66 1 66 999 3 8 99999999999999999999 3 4 4 0 7 0 33333 3 77 0 7 3 7 99 333333333 0 6 99 4 7 7
consensus : GTGAAGTCTTTATTGGTCGTACACAATTCTTAGACTNATGAA-GNCGAACGAAACGGATCCCTGAATTATAATAAGAATATGTGGTAAGATTTCCGGCAATCCAGTGT------------TATATATGTGACCGATGGTCGTTTGTATTGAAATTAA--CAAC-A---CGATC-TT-T-AGTG---GG----TTT-A---GG-------GT------TTTATGCAGTTT-CT---C--CA---ATG-TA----TA-GT-TC---TAT-TGA-TAC--A----A--AACAAGAACCTGTAACGATACA---G---TA---CGATACATAATTTACAAAACATGAAAACAAACGATT---ACGACAAAACATCAAGCA-T-TTCACGCGAT---------ATA---------CA---------TTTCACACAA------TACAAATACGGTTCCAAATAAGATAA-ATGAAAATACAA-----GTAATTCCTTACCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAGTGAAACTAACGAATTAATA-CAC----AAA-TCTTCGCAGATTGTCT-AGATA-GCTATT-T-TGGT---GNTGTC----------T-------------G-TTCGAC---G---A---TTA--------GAA----------ATT-------GTTAAT-------------------------T-------------------T------------------ACC------------------CA--TCATGCAACAAAATCGCT--CACTC--AA-TCACTCACTCATTCGCTC-A--T--A--T-----T--GTGCAATACATACATGTATATAAACNGATACACTAACATCACAACACAAACAATTGAAACGGA-----CTATAGA-NTTNTTTACACATGCCA--GA----G----TGTAACCAGGNGGCTCGCAACTATAAATTTAAAATACCTAAT-GTGGCCAACA
Reference ( family-1189 ) : GTGAAGTCTTTATTGGTCGTACACAATTCTTAGACTNATGAA-GNCGAACGAAACGGATCCCTGAATTATAATAAGAATATGTGGTAAGATTTCCGGCAATCCAGTGT------------TATATATGTGACCGATGGTCGTTTGTATTGAAATTAA--CAAC-A---CGATC-TT-T-AGTG---GG----TTT-A---GG-------GT------TTTATGCAGTTT-CT---C--CA---ATG-TA----TA-GT-TC---TAT-TGA-TAC--A----A--AACAAGAACCTGTAACGATACA---G---TA---CGATACATAATTTACAAAACATGAAAACAAACGATT---ACGACAAAACATCAAGCA-T-TTCACGCGAT---------ATA---------CA---------TTTCACACAA------TACAAATACGGTTCCAAATAAGATAA-ATGAAAATACAA-----GTAATTCCTTACCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAGTGAAACTAACGAATTAATA-CAC----AAA-TCTTCGCAGATTGTCT-AGATA-GCTATT-T-TGGT---GNTGTC----------T-------------G-TTCGAC---G---A---TTA--------GAA----------ATT-------GTTAAT-------------------------T-------------------T------------------ACC------------------CA--TCATGCAACAAAATCGCT--CACTC--AA-TCACTCACTCATTCGCTC-A--T--A--T-----T--GTGCAATACATACATGTATATAAACNGATACACTAACATCACAACACAAACAATTGAAACGGA-----CTATAGA-NTTNTTTACACATGCCA--GA----G----TGTAACCAGGNGGCTCGCAACTATAAATTTAAAATACCTAAT-GTGGCCAACA
gi|1 : AGTCTTTATTGGTCGTACTCAATTCTTAGACTCAGGAA-GTTTA-CGAAACGGATCCCTGAATTCTAAAATGAATATATGGTAAAAATTCCGGCAATCAAGTGT------------TATATATATGACAGAGGGTTGTTTGTATTGAAATTAA--CAAC-A---TGATC-TT-T-AGCG---TG----TTT-A---GG-------GA------TTTATGTAGTTT-CT---C--CA---ATG-TA-----A----TC---T-----------------A--AACAAGAACAAGTAACGATAGA---GTAATA---CAATACATACATTACAGAAC---AAAAT-----ATT---ATGACCAAACATTAAGCA-T-TTCTCGCGAT---------ATA---------CC---------TATCACACAA------TATAAATGCAGTTCCCAATAACATAA-ATCAAAATACAA-----GTAATTTATTATCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GT--------------ATT-----CGC----AGA-T----------TGTCT-AGTAA-ACTATG-T-TGGT---GTTTTC----------T-------------G---CGGCAGGA---A---TTA--------GAA----------ATT-------GTAAAT-------------------------T-------------------C------------------ACC------------------CA--TCATACAATACAATCGCT--CACTC--AA-TCACTCTCTTATTAGCTC----------------T--CTGCATTACATACATGTATAT-ATCGGCTACACTAACATCACAACACAAACATTTG-------------T------TTTATTTAAATACGCCA--GAGTGCG----TGTAACCAGGTGGCTATCATCTATAAATACAATATAC--AAT-
gi|10 : catcgtattgttttgtttggaaaattgtcacggaactcattaagtaagtctacgaaaataagtAAGTCTTTATTGGTCTGACACAATTCT---------GAATGTCTAGCGACACGGATCCCTAAAATATAATGATAATATGTGGTAAGATTTCCCGTAATTCAGTTA------------TATGTATGTGACCGGTGGTTGTTTGTAATGAAAT------AAC-A---CAAGC-------GTG-------------A---GG-------AT------GTTATGCAATTT-TTTTGC--CA---ATA-TG----TA-GT-TC---TAA-TGA-T----A----G--AATAAA---CTGTAACAAAACAATTA---TA---CAATACATACTTTACAAAACATGAAAAGAAACTATTATCATGACAAAGCATCgctagaacagtaattcctagtcacat
gi|11 : tGTCG-AAATG-GTAAGT-T-TGGT---GGAATT----------T-------------G-T--------G---A---TTAT-------GAA---------------------------------------------------T-------------------T------------------ACT------------------CA--TCTTGTAACAAAATAGCCAACACTCAAAA-CTACTCGCTCACTCGCCC----T-----C-----T--ATACAATACATACATG
gi|12 : aaaaaattgcttacaaggttgaaaaattagtagagactctcaaagcaataggacaaccatttcgaattatttaagtataaattgtaatcgtcctgtttgacagtttgactgacggaggaaaagaTGCCT-AGATG-GTTAGT-T-TGGC---GG---------------------------------GA--------A---TTG--------GAA----------ATT-------GTTAAT-------------------------TTACCCCATCATGCAATATTT------------------ACT------------------CA--TCATGCAATAAAATCGCT--CACGC---A-TTGCTCACTCATTCGCTCAA--TCAA--T-----TC-GTGCAAAACATACATGTGT
gi|13 : atattagaaaatctgtgaagtgatgattttttatttgtccttatcgttcaactgtcagaagaaatgC------------------CA--TCATGAAACGAAATCGTT--CCCTC--AAATCACACACTCATTCACTCTC--T--A--T-----T--------TACGTGCAT-TACAT---CTGGTAAACTAACATCAC--CACAAACAATTGAAACATAAGTATCTATA-A-GTTAAT-GTGCATGTTAATGC----A----TGTAACCAGGAGGCTCACAGATATAAATT
gi|14 : CCAGGCTGA-----------TC-ACTTTCACTGT--TCAAATCAGCAAAT-AA----AC----AAA-TCTCCGCAGATTGTCTAAAAAA-ACT-TT-T-T--T---GTTGTC----------T-------------G-TTCGAC---T---G---GTA--------GAA----------aatgggaaggtaagccttggtcacac
gi|14 : -------------G-TTTGGC---GGGAA---TAA--------GAA----------ATT-------GTTACT-------------------------T-------------------C------------------ACC------------------CA--TCGTGCAATAAAATCGCT--CACTA--AA-TCACTCACgaaaagggccgatatgattagtttggcgggaataagaaattgttacttcacccatcgtgcaataaaatcgctcactaaatcactcac
gi|15 : ccaggctgatcactttcactgttcaaatcagcaaataaacaaatctccgcagattgtctaaaaaaacttttttgttgtctgttcgactggtagaagaaaagggccgatatgattaATTGGAATTAA--CAAC-A---CGGTC-TT-T-ACTG---AG----TTG-A---TG-------GT------CATATGCAGTTT-CT---C--CA---ATA-TT----TA--T-TC---TAT-TGA-TAC--T----G--AACACGAACCTGTAACGATACA--------------ATACATACTTTACAGAACATCAAAACAAACTATT---TTGACAAAGCATTAATCA-T-TTCAAGCGAT---------ATA---------CA---------TTT
gi|16 : TGACCGATGGTCATCAG-ATCAA---TAA--CTAC-A----GATC-GG-T-GAGG---GG----TTT-A---GG-------GT------TTAATGCAGT--------------------------------------AT-TAACTAT--A----A--AACAAGAACCTGTAAAGATACA---G---TA---TGATACATAATTTACAAGACATGAAAAACAACGATT---ATGACAAAACATCAA
gi|17 : TCCGATGT------------T---TGTATGACCGATGGTCG-TTGTGGTAAGTTTAA--CAAC-A---CGATC-GT----GTG---AGGGTTTTT-A---TG-------GTTTATGGTTTATGAAG--T-CT---C--CAT--ATG--G----TA-GTATCAAATA--TAA-TAC--A----G--AACAAa
gi|18 : tcatctacgacatcatt---CGATC-GT-G-AGAG---GAGT--TTT-A---AA-------GT------TTTATACATTTT-CT---CTCCG---TTG-CAGAACTA-CT-CC---CAT-AGG-AAC--G----A--AAAAAGACCCTGTAACGATACA---T---TA---CAATA-ATCATTTTCAAA-----AAAACAAA
gi|19 : TGAAGTCTTCATTGGTCGTACACAATACTTAGACTAACTAA-GGTGAACTAAACTGATCCCTG----------AGAATA--TGGTAAGATTTCCGGCAATCAAGTGT------------TATATATGTGAgccctgatcccatatacat
gi|2 : GTGAAGTCTTTATTGGTCGTACACAATTCTAAGTCTCATGAA-GGTGAGCGAAACAGATCCCTGAATTATAATAAGAATGTGTGATATGATTTCCAGCAATCCAGTGT------------TATATATTTGACCGA-GGTTGTTTATATTGAAATTAA--CAAC-A---CGATC-TT-T-AGTA---AA----TTT-A---GG-------AT------TTTATTCAGTTT-CT---C--CA---ATG-TA----TA-GT-TC---TAT-TGA-CACTAA----AC-AACAAGAACCTGTAACGATACA---G---TAACACAATACATACTTTACAGAACATGAAAACAAACTAGT---ATGACAAAGCATTAAGCA-T-TTCACGCGAT---------ATA---------CA---------TATCACACAA------TGTAAATACAATTTCAAATAACAAAACAT-AAAATACTG-----GTAATTCATTACCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAATGAAACTAATGAATGACTA-CAC----AAA-TATTCGCAGATTCTCT-AGTTA-ACTATT-T-CGGT---GGTATC----------T-------------G-TTCGAC---A---A---TTA--------GAA----------TTT-------GTTAAT-------------------------T-------------------C------------------ACC------------------CA--TCATGCAAAAAATTCGCT--CACTC--AA-TCACTCTCTAATTAGCTC----------------T--CTGCATTATATACATGTATAT-ATCGGCTACACTAACATCACAACAAAAACAATTGAAACAGA-----ATATAGA-ATTATTAATATATGTCA--GA----G----TGTAAGCAGGTGGCTATCATCTATATATTT--ACTACCCAATGGTTACCAACA
gi|20 : GTTTATATTGGAATTAA--CAAC-T---CGATC-TT-T-ACTG---AG----T---------------------------------TTT-CT---C--CA---ATG-TA----TA--T-TC---TAT-TGA-TAC--G----G--AACA
gi|21 : tCAGGTAGCTCGCAACTATAAATT-AAAATACCTAAT-GTGGCCAAcg
gi|3 : GTCAAGTCTTTATTGGTCGTACACTATTCTTAGACTGATGAA-GTCGAACGAAACGGATCCCTGAATTATAATAAGAATATATGGTAAGAATTCCGGCAATCCAGTGTTATATGTATGTATATATATGTGACCAGTGGATGTTTGTATTGATTTTAA--CAAC-A---CGATC-TT-T-AGTG---GG----TTT-A---GG-------GT------TTTATGCAGTTT-TC---C--CA---AAA-TA----TA-GT-TA---TAT-TGA-TACT-A----AACAACAAGAACATGTAACGATACA---G---TAATGCAATA-ATAAGTTACAGAACATGAACACAAACCACT---ATGACAAAGCATTAAGTA-G-TTCATGCGAT---------ATA---------CA---------TATAACACAA------TATAAATACAGTTCTTAATAAGA-AA-A--AAAATAGAATACTTGTAATTCATTTCCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAGTGAAACTAACGAATCAATA-CAC----AAA-TCTTCGCAGATTGTCT-AGTTA-ACTAGT-T-TGGT---GGTATC----------A-------------G-TTCGAC---T---A---TCA--------GAAGAT-------ATT-------GTTAGTCTGGCGGGAATTAAAAATTGTTAATT-------------------C------------------ACC------------------CA--TCATGCAATACAATCGCT--TACTC--AA-TCACTCTCTAATTAGCTC----------------T--CTGCATTACATACATGTaagtaagcc
gi|4 : taaTGTATGTGGCCGATAGTGGTT---AT---AATCAA--GAACTA---AGATC------GGTGAGAGG----TTT-ATATGG-------GT------TTAATGCAGTT--CT---------------TA----TACG---C---TGT-C---TAC--ACTATA--AACAAAAACCTGCAACGACACA---G---TA---CGATACATAA-TTACAAGACATGAAAAT-AACGATT---ACTTTCAAACA------A-T-TTCACGCGATACATAATTCACA---------CA---------TTTCACATAA------TACAAATACGGTTTTAAATGAG---A-ATGAAAATACAA-----ATAATTTCTTA-CAGGCTGATTTAGTAGCATTC-AG---TAA-GTAG-GATATT------TTTATATCAT----AAACTCTGTGAAGATTTTCT-ATAT--GTTCTT-TATCGTTCAACTGTCAAAAGAAAA-T-------------GCCTAGAT---G---G---TTAGTTTGTAGGGA----------ATT-------GTTAAT-------------------------T-------------------T------------------ATC------------------CA--TCATGCAATAAACTCTCT--CATTT---A-TCATTCACTCATTCGCTC-AGTT--A--T-----TTAGTGCAATACATACTTGTATACAAACAGATACAATGACATCTTAACACAAACAAATGAAACGGA-----CTATAAATCTTTTTTACAATTGCCA--GA----G----T-----------ACTTGTGAC-------TTAAAATACCTCAT-GTGGCCAA
gi|5 : A----TA-GT-T----TAT-CAA-T--------------CAAAAACTTGTAACGACACA---G---TA---TGATACATACATAATAAGACATGAAAACAA-CGATC---ATGACAAAACTTCAATCA-AATTCACGCGAT---------CCA---------CAATTCATTTATTTCACACAAAACAAATACAAATACAATTCCAAATTAGATAA-ATGAAAATACAA-----GTAATTCCTTACCAGGCTGAT----------TT-AG---TAA-GTAACGAA--CAAGAAGTTTATA-TATTAGAAAA-TCTGTGAAGATTTTCT---ATACGTTGCT-TATGGTTCAACTGTCAGAAGAAAAGT-------------GCCTAGAT---G---G---TTATTTTGGTGGGA----------ATTGGAAATGGTTAAT-------------------------T-------------------T------------------ACC------------------CA--TCATGCAACAAAATCGCT--AACTC---A-TCACTCACTCATTTGCTC-AATT--ACTT-----C--GTGCAATATATACATGTATATAAACAGATACACTAACATCACAACACAAACAATTGAAACCGA-----CTATAAA-TCTTTTTACACATGCCA--GA----GTACTTGTAACCAGGAGTCTCGCAAAT-TAAA-TTAAAATACCTGAT-ATGGCCAAaagcaagccctggtcacatg
gi|6 : gtttagatggtttctg----A--AACAAAAACCTGCA-TGACACA---G---TA---AGATACATAAATTACAAGACATGAAAGCAA-TGATT---ACAACAAA-CTTCAAACAAT-TTCATGTGAT---------ACATAAATCACACA---------TTTCACATAA------TACAAATACGGTTTTAAATGAG---A-ATGAAAATACAA-----ATAATTTCTTATCAGGCTAA-----------TTAAG---TAA-GTAGCGAAACAAAaagcaagtcctggtcac
gi|6 : tcttacactatAAATTGCCT-AGATA-GTTAGT-T-TGG--------------------------------------CGAG---A---A---CTG--------GAA----------ATT-------GTTAAT-------------------------T-------------------TATCCATCATGCAATATTTACC------------------CA--TCATGCAATAAAATCGCT--CACTC--A--TCACTCACTCATTCGCTC-AATT--ACTT-----T--GTGCAAAACATACATGTATACAAACAGATACAGTGACATCGCAACACAAAAAATTGAAATGGA-----CTATAGA-TCTTTTTACACATGCCA--GT----GTACTTGTGACCAGGAGACTCGCAACTA-AAATTTAAAATACCTAAT-GTGGCCAATAacattttttatattagaaaatctgtgaagtgaagatattctataattatgtccttatcgctcaactgtcagaagaaaattgcctagatagttagtttggcgagaactggaaattgttaatttatccatcatgcaatatttacccatcatgcaataaaatcgctcactcatcactcactcattcgctcaattactttgtgcaaaacatacatgtatacaaacagatacagtgacatcgcaacacaaaaaattgaaatggactatagatctttttacacatgccagtgtacttgtgaccaggagactcgcaactaaaatttaaaatacctaatgtggccaatag
gi|7 : tcttacactataaacaaaaacctgcatgacacagtaagatacataaattacaagacatgaaagcaatgattacaacaaacttcaaacaatttcatgtgatacataaatcacacatttcacataatacaaatacggttttaaatgagaatgaaaatacaaataatttcttatcaggctaattaagtaagtagcgaaacaaaacattttttatattagaaaatctgtgaagtgaagatattctataattatgtccttatcgctcaactgtcagaagaATGTGACCAATGGTCACTGG-AGTAAA--TAA--CAAC-A---TGATCATG-T-GAGG---GG----TTT-T---AG-------AT------TTTATGCAGTAT-CT---C--CATATATGGTA----TT-GC-TT---TGTATAA-TAC--A----A--GACAAGA-------------CA---A---TA---CAATAAGTA-TTCACAAAACATCAAAATAA-CGATT---ACAACAAAACATCAAGCA-A-TTCACACAAT---------ATA---------CA---------TTTCACACAA------TACAAAAACTGTTCCTAACAAGATAA-AGTAATTTAT--------TAATTCCTTACCAGGCTGA-----------TA-AG---CAA-GGAGTG-AACTA-------AATA--AC----AAA-TCTTCACAGATTTTCT-A-AGA-GTTGTTGT-TGCTTTAGCTGTCAGAAGAAAAGTGCCTAGATGGTTAG-TTTGGT---G---AGAATTA--------GAA----------ATG-------GTTAAT-------------------------T-------------------T------------------ACC------------------CA--TCATGCAACAAAATCGCT--CACTC---A-TCACTCACTAATTTGTTC-A-----A--TAACTAT--GCGCAATACATACATGTATATATACTGATATACTAACATCACAACACAAACAA-TGATACAGA-----TTATAGA-ATTATTTG---ATGTCA--GA----C----TGg
gi|8 : tcaAA--CAAC-A---CGATC-GTGTGAGTG---GG----TTTTA---AG-------GT------TTAATGCAGTTTATT---C--CG---AT---A----CG-GT-TC---TA--------C--A----A--AACAAGGGCCTGTACCGGTACA----------------------TTTACTGAACAAGATAGCAAACGTTT---ATGACAAAACATCAAGCA-T-TTCACGCCAT---------ATA---------CA---------TTTCACACAA------TACGAAAACAGTTCC-TATAAGATAA-TTG-AAATGCAA-----ATAATTCCTTTCCAGGCTGA-----------TC-AG---CAA-GTAGT--AGTAAACG-ATTA-----------------TTCGCAGAATGTTT-AAATA-ACTATT-T-TGGT---GTTGTC----------T-------------G-TTCGAC---C---G---TCA--------GAAAAGTGTCGAGATG-------GTTAGT-------------------------T-------------------T------------------GGCTGGAATTAGAAATTAATGCAAATCATGCAACACAATTGCA--CACTC--AA-TAGCT-ACT--TTC-----------A--T-----T--AT---ATACATATACATGTGTAAGCTGATACACTcttgtaaac
gi|9 : acaactgTCTTTTTTGATCTTACACAATTTCTAGATTTATCAA-GGTTAACGAAGTAGATCGCTGAATTATGATAA-----T-TG-------TTCCGGCACTCCAGTTG------------TATATATGTGACCGG-GGTTGTTTGTATTAAAAT-AATTCAAC-AGAGTGATC-TT-G-AATG---G------TT-G---GGTGATATAGT------TTTATGCAGCTT-AT---C--AA---ATG-TT----TA-GC-TT---TAT-TGA-TAT--A----A--AACAAGAACCTGTAACAATACA---GTAATA---CAATACATAAT----GAAA-ATGAAAACGAACTTTT---ATGACAAA