lowQualScore : 1 22 111111111 4444 222222222222 11 1 444444 4444444444444444444 1
lowQualScore : 5 33 0 6 1 1 7 7 333333333 6666 4 5 444444444444 88 7 99 7 3 999999 0 8888888888888888888 5
lowQualScore : . .. . . . . . . ......... .... . . ............ .. . .. . . ...... . ................... .
lowQualScore : 0 00 7 7 1 1 0 9 000000000 4444 0 5 333333333333 44 9 44 8 2 000000 2 2222222222222222222 0
consensus : NNNNNNGATACTTTATTATATTACGTAGATACTTTATTACATTATGTCGATACTTCATTACATTNTGTCGANAC-T-TTATT-ATTATATTNTGTNG--AN---TG---TTTATTATATTATGTAGATACTTCA-TTACATTATGTCGAAACTTCAT---TATTATATCTTGTCGAAGGNTTA-TTAT---TATTATGTGCATTCTTTATTATATCATGTAGAA
Reference ( gi|1 ) : TATATAGATACGTTACAACATTATGTCGATACTTTATTACATTATGTCGATACTTCATTACATTTTGTAGATAC-T-TTCTTTATAATATTATGTAG--AC---TG---TTTATTGCATTATGTAGATACGTCC-TTATATTGTGTAGAAACTTCATA-TTATTATATCTTGTCGAAAGATTA-TTAT---TATTATGTGCATTCTTTATTATATTATGTCGAA
gi|6 : GATACTTCATTACATTATGTCGAAACTTTATTATATCTTGTCGAAGGTTTATTATATTATGTGCA------TTCTTCATTATAT
gi|4 : TTATTATATTACGTAGATACGTTATTACATTTGGTCGATACTTCATTACATTTTGTAGATACATATACTTTATTATATTATGTAG--AA---TG---
gi|13 : tgctttgtTTATTATATTCTGTAGATATTTCATTACATTATGTCGAAACTTCATT
gi|6 : GATACTTCATTACATTATGTCGAAACTTTATTATATCTTGTCGAAGG-T-TTATT----ATATTATGTGC--AT---TC---TTCATTATAT
gi|16 : GATACTTTATTTCATTATGTCGATTCTTCA
gi|4 : taTTTATTATATTACGTAGATACGTTATTACATTTGGTCGATAC-T-TCATT----ACATTTTGTAG--ATACATATACTTTATTATATTATGTAGA
gi|17 : tgctttgTTTATTATATTATGTAGATACTTGATTACatg
gi|5 : taTCATTATATTGTGTAGATACTTCATTACATTATGTCG-TAA-----CTTTATTATATCTTGTCG--AA---GG---TTTATTATATTATGTGCATTCTTCA-TTATATT
gi|13 : TTATTATATTCTGTAGATATTTCATTACATTATGTCGAAAC-T-T
gi|6 : GATACTTCATTACATTATGTCGAAAC-T-TTATT----ATATCTTGTCG--AA---GG---TTTATTATATTATGTGCATTCTTCA-TTATATcatt
gi|5 : TCATTATATTGTGTAGATAC-T-TCATT----ACATTATGTCGTAAC--------TTTATTATATCTTGTCGA-AGGTTTATTATATTATGTGCATTCTTCATT-ATATT
gi|2 : C---TG---TTTGTTGCATTATGCAGATAC
gi|4 : atgtgctttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---TG---TTTATTATATTACGTAGATACGTTA-TTACATTTGGTCGATACTTC------ATTACATTTTGT----AGA--------------TACAT--ATACTTTATTATATTATGTAGAA
gi|5 : tgcttTCATTATATTGTGTAGATACTTCA-TTACATTATGTCGTAACTT------TATTATATCTTGTCGAAGGTTTA-TTA----TATTATGTGCATTCTTCATTATATTtg
gi|13 : TTATTATATTCTGTAGATATTTCA-TTACATTATGTCGAAACTTCAT
gi|6 : GATACTTCA-TTACATTATGTCGAAACTT------TATTATATCTTGTCGAAGGTTTA-TTA----TATTATGTGCATTCTTCATTATATt
gi|10 : GGAACGCCATAGCTGTCTTATGTTGTCCA----TT--TTATATGTATTATGTGCATTCTTTATTATATCATGT
gi|8 : ATTAATTAT----ATTATGTGCATTCTTTATTATATCCTGTgcattca
gi|11 : ggaacgccatagctgtcttatgtggtctatTTA-T-ATG--TATTATGTGCATTCTTTATTATGTCATGTgcattcatca
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): AAGCCGGAGCTGTCTTCTGTGCTTCATTTTAGTACATTTTCATTGATATTATGTGCTTTCTTCATTATATTATGTAGACTTATATTTGAATGCTGTGCATACTTCATTAAACG
Unaligned ( gi|7 ): GGAACGCCATATCTGTGTTATGTGGTCTATTTTATATGTAGTATGTGCATTATTTATTATATCATGTGTATTCATCA
Unaligned ( gi|9 ): GGAACGCCATAGCTGTCTTATGTGGTCCATTTTTTATATATTATGTGCATTCCTTATTATAGCATGTGCATTTAT
Unaligned ( gi|12 ): TGGAACGCCATAGCTGTCTTATGTCGTCCATTTTATATGTATTTTGCA
Unaligned ( gi|14 ): TCATTACAAACCCTTAACATCTATACTACTACAGCATTATGTTG
Unaligned ( gi|15 ): ATGTCAAATCATGTGGATTTTTCATTATAATGAGTAGAGT
Alignments
lowQualScore : 1 3333333333 222222 11 111111
lowQualScore : 3 4 1 5 1 8888888888 4 1 1 1 0 555555 3 1 1 88 222222 3
lowQualScore : . . . . . .......... . . . . . ...... . . . .. ...... .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 5555555555 0 0 0 0 8 888888 2 0 9 11 888888 0
consensus : NNNNNNGATACGTTACNACATTACGTAGATACTTTATTACATTATGTCGATACTTCATTACATTTTGTAGATACATNTNCTTTTATNATATTATGTAGANTGTTTATTATATTATGTAGATACTTCATTACATTATGTCGAAACTTCAT--TATTATATCTTGTCGAAGGTTTATTAT-TAT------TATGTGCATTCTTTATTATATCATGTNGAA
Reference ( family-11479 ) : NNNNNNGATACTTTATTATATTACGTAGATACTTTATTACATTATGTCGATACTTCATTACATTNTGTCGANAC-TTTA--TT-ATTATATTNTGTNGANTGTTTATTATATTATGTAGATACTTCATTACATTATGTCGAAACTTCAT--TATTATATCTTGTCGAAGGNTTATTAT-TAT------TATGTGCATTCTTTATTATATCATGTAGAA
gi|1 : GATACGTTACAACATTATGTCGATACTTTATTACATTATGTCGATACTTCATTACATTTTGTAGATAC-TTTC--TTTATAATATTATGTAGACTGTTTATTGCATTATGTAGATACGTCCTTATATTGTGTAGAAACTTCATATTATTATATCTTGTCGAAAGATTATTAT-TAT------TATGTGCATTCTTTATTATATTATGTCGAA
gi|10 : tatataTATGTTGTCCA--TTTTAT-ATGTAT------TATGTGCATTCTTTATTATATCATGT
gi|11 : ggaacgccatagctgtctTTAT-ATGTAT------TATGTGCATTCTTTATTATGTCATGTgcattca
gi|13 : ggaacgccatagctgttTTATTATATTCTGTAGATATTTCATTACATTATGTCGAAACTTCAT--Tgcattcat
gi|16 : TAGATACTTTATTTCATTATGTCGATTCTTCA
gi|17 : TATTTATTATATTATGTAGATACTTGATTAC
gi|3 : TCATTGA-TAT------TATGTGCTTTCTTCATTATATTATGTAGA
gi|4 : aagccggagctgtcttctgtgcttcattttagtacatttTTTATTATATTACGTAGATACGTTATTACATTTGGTCGATACTTCATTACATTTTGTAGATACATATACTTT-ATTATATTATGTAGAATGcttatatttgaatgctgtgcatacttcattaaacg
gi|5 : tgctttgTCATTATATTGTGTAGATACTTCATTACATTATGTCGTAACT---T--TATTATATCTTGTCGAAGGTTTATTA--TAT------TATGTGCATTCTTCATTATAT
gi|6 : GATACTTCATTACATTATGTCGAAACT---T--TATTATATCTTGTCGAAGGTTTATTA--TAT------TATGTGCATTCTTCATTATATt
gi|7 : GGTCTATT-T-TATATGTAGTATGTGCATTATTTATTATATCATGT
gi|8 : ggaacgccatatctgtgttatgtATTAT--AT------TATGTGCATTCTTTATTATATCCTGTgtattcatca
gi|9 : ggaacgccatagctgtcttatgtggtctatattaTTTTTATATAT------TATGTGCATTCCTTATTATAGCATGTgcattcatca
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): ATGTGCTTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGTTTGTTGCATTATGCAGATAC
Unaligned ( gi|12 ): TGGAACGCCATAGCTGTCTTATGTCGTCCATTTTATATGTATTTTGCA
Unaligned ( gi|14 ): TCATTACAAACCCTTAACATCTATACTACTACAGCATTATGTTG
Unaligned ( gi|15 ): ATGTCAAATCATGTGGATTTTTCATTATAATGAGTAGAGT
Alignments
lowQualScore : 33333 1 22222222222222 111 33333 11 111111
lowQualScore : 1 1 33333 3 77777777777777 1 1 6 444 1 0 44444 3 1 88 222222 1
lowQualScore : . . ..... . .............. . . . ... . . ..... . . .. ...... .
lowQualScore : 0 2 33333 3 77777777777777 0 0 5 000 8 8 88888 2 9 11 888888 0
consensus : NNNNNNGATACGTTACNACATTACGTAGATACTTTATTACATTATGTCGATACTTCATT-----ACATTTT-GTAGATAC-ATNTNC-TTT---ATTATATTATGTAGACTGTTTATT---ATATTGTGTAGATACTTCATTACATTATGTCGAAACTTC--ATTATTATATCTTGTCGAAGGTTTATTAT-TAT------TATGTGCATTCTTTATTATATCATGTNGAA
Reference ( family-11479 ) : NNNNNNGATACGTTACNACATTACGTAGATACTTTATTACATTATGTCGATACTTCATT-----ACATTTT-GTAGATAC-ATNTNCTTTT---ATNATATTATGTAGANTGTTTATT---ATATTATGTAGATACTTCATTACATTATGTCGAAACTTC--ATTATTATATCTTGTCGAAGGTTTATTAT-TAT------TATGTGCATTCTTTATTATATCATGTNGAA
gi|1 : GATACGTTACAACATTATGTCGATACTTTATTACATTATGTCGATACTTCATT-----ACATTTT-GTAGATAC---TTTC-TTT---ATAATATTATGTAGACTGTTTATT---GCATTATGTAGATACGTCCTTATATTGTGTAGAAACTTCATATTATTATATCTTGTCGAAAGATTATTAT-TAT------TATGTGCATTCTTTATTATATTATGTCGAA
gi|10 : tatataTATGTTGTCCA--TTTTAT-ATGTAT------TATGTGCATTCTTTATTATATCATGT
gi|11 : ggaacgccatagctgtctTTTAT-ATGTAT------TATGTGCATTCTTTATTATGTCATGTgcattca
gi|13 : ggaacgccatagctgtTTATT---ATATTCTGTAGATATTTCATTACATTATGTCGAAACTTC--ATTgcattcat
gi|16 : TAGATACTTTATTTCATTATGTCGATTCTTCA
gi|17 : TATTTATT---ATATTATGTAGATACTTGATTAC
gi|3 : TGCTTCATTTTAGTACATTTTCATTGATATTATGTGCTTTCTTCATTATATTATGTAGACT-TATATTTGAATGCTGTGC--ATACTTCATTA
gi|3 : aagccggagctgtcttctgTTCATTGA-TAT------TATGTGCTTTCTTCATTATATTATGTAGAaacg
gi|4 : aagccggagctgtcttctgtgcttcattttagtacattTTATTATATTACGTAGATACGTTATTACATTTGGTCGATACTTCATT-----ACATTTT-GTAGATAC-ATATAC-TTT---ATTATATTATGTAGAATGcttatatttgaatgctgtgcatacttcattaaacg
gi|5 : tgctttgtTCATT---ATATTGTGTAGATACTTCATTACATTATGTCGTAACT-----TTATTATATCTTGTCGAAGGTTTATTA--TAT------TATGTGCATTCTTCATTATAT
gi|6 : GATACTTCATTACATTATGTCGAAACT-----TTATTATATCTTGTCGAAGGTTTATTA--TAT------TATGTGCATTCTTCATTATATt
gi|7 : GGTCTATT-T-TATATGTAGTATGTGCATTATTTATTATATCATGT
gi|8 : ggaacgccatatctgtgttatgtTTAATTAT--AT------TATGTGCATTCTTTATTATATCCTGTgtattcatca
gi|9 : ggaacgccatagctgtcttatgtggtctataTTTTTTATATAT------TATGTGCATTCCTTATTATAGCATGTgcattcatca
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): ATGTGCTTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGTTTGTTGCATTATGCAGATAC
Unaligned ( gi|12 ): TGGAACGCCATAGCTGTCTTATGTCGTCCATTTTATATGTATTTTGCA
Unaligned ( gi|14 ): TCATTACAAACCCTTAACATCTATACTACTACAGCATTATGTTG
Unaligned ( gi|15 ): ATGTCAAATCATGTGGATTTTTCATTATAATGAGTAGAGT
Alignments
lowQualScore : 33333 1 22 2222 111 33333 1111 111111
lowQualScore : 1 1 33333 3 00 1 1 8888 6 444 1 0 44444 3 8888 444444 1
lowQualScore : . . ..... . .. . . .... . ... . . ..... . .... ...... .
lowQualScore : 0 2 33333 3 77 0 0 3333 5 000 4 8 88888 2 6666 444444 0
consensus : NNNNNNGATACGTTACNACATTACGTAGATACTTTATTACATTATGTCGATACTTCATT-----ACATTTT-GTAGATAC-ATNTNCTTT----ATTATATTATGTAGACTGTTTATT---ATATTGTGTAGATACTTCATTACATTATGTCGAAACTTC--ATTATTATATCTTGTCGAAGGTTTATTAT-TAT------TATGTGCATTCTTTATTATATCATGTCGAA
Reference ( family-11479 ) : NNNNNNGATACGTTACNACATTACGTAGATACTTTATTACATTATGTCGATACTTCATT-----ACATTTT-GTAGATAC-ATNTNCTTT----ATTATATTATGTAGACTGTTTATT---ATATTGTGTAGATACTTCATTACATTATGTCGAAACTTC--ATTATTATATCTTGTCGAAGGTTTATTAT-TAT------TATGTGCATTCTTTATTATATCATGTNGAA
gi|1 : GATACGTTACAACATTATGTCGATACTTTATTACATTATGTCGATACTTCATT-----ACATTTT-GTAGATAC---TTTCTTT----ATAATATTATGTAGACTGTTTATT---GCATTATGTAGATACGTCCTTATATTGTGTAGAAACTTCATATTATTATATCTTGTCGAAAGATTATTAT-TAT------TATGTGCATTCTTTATTATATTATGTCGAA
gi|10 : tatataTATGTTGTCCA--TTTTAT-ATGTAT------TATGTGCATTCTTTATTATATCATGT
gi|11 : ggaacgccatagctgtctTTTAT-ATGTAT------TATGTGCATTCTTTATTATGTCATGTgcattca
gi|13 : ggaacgccatagctgtTTATT---ATATTCTGTAGATATTTCATTACATTATGTCGAAACTTC--ATTgcattcat
gi|16 : TAGATACTTTATTTCATTATGTCGATTCTTCA
gi|17 : TATTTATT---ATATTATGTAGATACTTGATTAC
gi|3 : TGCTTCATTTTAGTACATTTTCATTGATATTATGTGCTTTCTTCATTATATTATGTAGACT-TATATTTGAATGCTGTGC--ATACTTCATTA
gi|4 : aagccggagctgtcttctgTTATTATATTACGTAGATACGTTATTACATTTGGTCGATACTTCATT-----ACATTTT-GTAGATAC-ATATACTTT----ATTATATTATGTAGAATGaacg
gi|5 : tgctttgtTCATT---ATATTGTGTAGATACTTCATTACATTATGTCGTAACT-----TTATTATATCTTGTCGAAGGTTTATTA--TAT------TATGTGCATTCTTCATTATAT
gi|6 : GATACTTCATTACATTATGTCGAAACT-----TTATTATATCTTGTCGAAGGTTTATTA--TAT------TATGTGCATTCTTCATTATATt
gi|7 : GGTCTATT-T-TATATGTAGTATGTGCATTATTTATTATATCATGT
gi|8 : ggaacgccatatctgtgttatgtTTAATTAT--AT------TATGTGCATTCTTTATTATATCCTGTgtattcatca
gi|9 : ggaacgccatagctgtcttatgtggtctataTTTTTTATATAT------TATGTGCATTCCTTATTATAGCATGTgcattcatca
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): ATGTGCTTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGTTTGTTGCATTATGCAGATAC
Unaligned ( gi|12 ): TGGAACGCCATAGCTGTCTTATGTCGTCCATTTTATATGTATTTTGCA
Unaligned ( gi|14 ): TCATTACAAACCCTTAACATCTATACTACTACAGCATTATGTTG
Unaligned ( gi|15 ): ATGTCAAATCATGTGGATTTTTCATTATAATGAGTAGAGT
Alignments
lowQualScore : 33333 1 22 2222 111 33333 1111 111111
lowQualScore : 1 1 33333 3 00 1 1 8888 6 444 1 0 44444 3 8888 444444
lowQualScore : . . ..... . .. . . .... . ... . . ..... . .... ......
lowQualScore : 0 2 33333 3 77 0 0 3333 5 000 4 8 88888 2 6666 444444
consensus : NNNNNNGATACGTTACNACATTACGTAGATACTTTATTACATTATGTCGATACTTCATT-----ACATTTT-GTAGATAC-ATNTNCTTT----ATTATATTATGTAGACTGTTTATT---ATATTGTGTAGATACTTCATTACATTATGTCGAAACTTC--ATTATTATATCTTGTCGAAGGTTTATTAT-TAT------TATGTGCATTCTTTATTATATCATGTCGAA
Reference ( family-11479 ) : NNNNNNGATACGTTACNACATTACGTAGATACTTTATTACATTATGTCGATACTTCATT-----ACATTTT-GTAGATAC-ATNTNCTTT----ATTATATTATGTAGACTGTTTATT---ATATTGTGTAGATACTTCATTACATTATGTCGAAACTTC--ATTATTATATCTTGTCGAAGGTTTATTAT-TAT------TATGTGCATTCTTTATTATATCATGTCGAA
gi|1 : GATACGTTACAACATTATGTCGATACTTTATTACATTATGTCGATACTTCATT-----ACATTTT-GTAGATAC---TTTCTTT----ATAATATTATGTAGACTGTTTATT---GCATTATGTAGATACGTCCTTATATTGTGTAGAAACTTCATATTATTATATCTTGTCGAAAGATTATTAT-TAT------TATGTGCATTCTTTATTATATTATGTCGAA
gi|10 : tatataTATGTTGTCCA--TTTTAT-ATGTAT------TATGTGCATTCTTTATTATATCATGT
gi|11 : ggaacgccatagctgtctTTTAT-ATGTAT------TATGTGCATTCTTTATTATGTCATGTgcattca
gi|13 : ggaacgccatagctgtTTATT---ATATTCTGTAGATATTTCATTACATTATGTCGAAACTTC--ATTgcattcat
gi|16 : TAGATACTTTATTTCATTATGTCGATTCTTCA
gi|17 : TATTTATT---ATATTATGTAGATACTTGATTAC
gi|3 : TGCTTCATTTTAGTACATTTTCATTGATATTATGTGCTTTCTTCATTATATTATGTAGACT-TATATTTGAATGCTGTGC--ATACTTCATTA
gi|4 : aagccggagctgtcttctgTTATTATATTACGTAGATACGTTATTACATTTGGTCGATACTTCATT-----ACATTTT-GTAGATAC-ATATACTTT----ATTATATTATGTAGAATGaacg
gi|5 : tgctttgtTCATT---ATATTGTGTAGATACTTCATTACATTATGTCGTAACT-----TTATTATATCTTGTCGAAGGTTTATTA--TAT------TATGTGCATTCTTCATTATAT
gi|6 : GATACTTCATTACATTATGTCGAAACT-----TTATTATATCTTGTCGAAGGTTTATTA--TAT------TATGTGCATTCTTCATTATATt
gi|7 : GGTCTATT-T-TATATGTAGTATGTGCATTATTTATTATATCATGT
gi|8 : ggaacgccatatctgtgttatgtTTAATTAT--AT------TATGTGCATTCTTTATTATATCCTGTgtattcatca
gi|9 : ggaacgccatagctgtcttatgtggtctataTTTTTTATATAT------TATGTGCATTCCTTATTATAGCATGTgcattcatca
blockSeqs : T T TTAGT C TA G G CTTC A TGA C TCA A TATA ATGTAG
blockSeqs : G . . A A A . G . A . A ATG .
blockSeqs : A . . G . . ATG .
blockSeqs : . G TAT .
blockSeqs : TA .
blockSeqs : TA .
blockSeqs : TT .
blockSeqCons :
originalCons : NNNNNNGATACGTTACNACATTACGTAGATACTTTATTACATTATGTCGATACTTCATT-----ACATTTT-GTAGATAC-ATNTNCTTT----ATTATATTATGTAGACTGTTTATT---ATATTGTGTAGATACTTCATTACATTATGTCGAAACTTC--ATTATTATATCTTGTCGAAGGTTTATTAT-TAT------TATGTGCATTCTTTATTATATCATGTCGAA
finalCons : NNNNNNGATACGTTACNACATTACGTAGATACTTTATTACATTATGTCGATACTTCATT-----ACATTTT-GTAGATAC-ATNTNCTTT----ATTATATTATGTAGACTGTTTATT---ATATTGTGTAGATACTTCATTACATTATGTCGAAACTTC--ATTATTATATCTTGTCGAAGGTTTATTAT-TAT------TATGTGCATTCTTTATTATATCATGTCGAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): ATGTGCTTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGTTTGTTGCATTATGCAGATAC
Unaligned ( gi|12 ): TGGAACGCCATAGCTGTCTTATGTCGTCCATTTTATATGTATTTTGCA
Unaligned ( gi|14 ): TCATTACAAACCCTTAACATCTATACTACTACAGCATTATGTTG
Unaligned ( gi|15 ): ATGTCAAATCATGTGGATTTTTCATTATAATGAGTAGAGT
Alignments
lowQualScore : 33333 1 22 2222 111 33333 1111 111111
lowQualScore : 1 1 33333 3 00 1 1 8888 6 444 1 0 44444 3 8888 444444
lowQualScore : . . ..... . .. . . .... . ... . . ..... . .... ......
lowQualScore : 0 2 33333 3 77 0 0 3333 5 000 4 8 88888 2 6666 444444
consensus : NNNNNNGATACGTTACNACATTACGTAGATACTTTATTACATTATGTCGATACTTCATT-----ACATTTT-GTAGATAC-ATNTNCTTT----ATTATATTATGTAGACTGTTTATT---ATATTGTGTAGATACTTCATTACATTATGTCGAAACTTC--ATTATTATATCTTGTCGAAGGTTTATTAT-TAT------TATGTGCATTCTTTATTATATCATGTCGAA
Reference ( family-11479 ) : NNNNNNGATACGTTACNACATTACGTAGATACTTTATTACATTATGTCGATACTTCATT-----ACATTTT-GTAGATAC-ATNTNCTTT----ATTATATTATGTAGACTGTTTATT---ATATTGTGTAGATACTTCATTACATTATGTCGAAACTTC--ATTATTATATCTTGTCGAAGGTTTATTAT-TAT------TATGTGCATTCTTTATTATATCATGTCGAA
gi|1 : GATACGTTACAACATTATGTCGATACTTTATTACATTATGTCGATACTTCATT-----ACATTTT-GTAGATAC---TTTCTTT----ATAATATTATGTAGACTGTTTATT---GCATTATGTAGATACGTCCTTATATTGTGTAGAAACTTCATATTATTATATCTTGTCGAAAGATTATTAT-TAT------TATGTGCATTCTTTATTATATTATGTCGAA
gi|10 : tatataTATGTTGTCCA--TTTTAT-ATGTAT------TATGTGCATTCTTTATTATATCATGT
gi|11 : ggaacgccatagctgtctTTTAT-ATGTAT------TATGTGCATTCTTTATTATGTCATGTgcattca
gi|13 : ggaacgccatagctgtTTATT---ATATTCTGTAGATATTTCATTACATTATGTCGAAACTTC--ATTgcattcat
gi|16 : TAGATACTTTATTTCATTATGTCGATTCTTCA
gi|17 : TATTTATT---ATATTATGTAGATACTTGATTAC
gi|3 : TGCTTCATTTTAGTACATTTTCATTGATATTATGTGCTTTCTTCATTATATTATGTAGACT-TATATTTGAATGCTGTGC--ATACTTCATTA
gi|4 : aagccggagctgtcttctgTTATTATATTACGTAGATACGTTATTACATTTGGTCGATACTTCATT-----ACATTTT-GTAGATAC-ATATACTTT----ATTATATTATGTAGAATGaacg
gi|5 : tgctttgtTCATT---ATATTGTGTAGATACTTCATTACATTATGTCGTAACT-----TTATTATATCTTGTCGAAGGTTTATTA--TAT------TATGTGCATTCTTCATTATAT
gi|6 : GATACTTCATTACATTATGTCGAAACT-----TTATTATATCTTGTCGAAGGTTTATTA--TAT------TATGTGCATTCTTCATTATATt
gi|7 : GGTCTATT-T-TATATGTAGTATGTGCATTATTTATTATATCATGT
gi|8 : ggaacgccatatctgtgttatgtTTAATTAT--AT------TATGTGCATTCTTTATTATATCCTGTgtattcatca
gi|9 : ggaacgccatagctgtcttatgtggtctataTTTTTTATATAT------TATGTGCATTCCTTATTATAGCATGTgcattcatca
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): ATGTGCTTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGTTTGTTGCATTATGCAGATAC
Unaligned ( gi|12 ): TGGAACGCCATAGCTGTCTTATGTCGTCCATTTTATATGTATTTTGCA
Unaligned ( gi|14 ): TCATTACAAACCCTTAACATCTATACTACTACAGCATTATGTTG
Unaligned ( gi|15 ): ATGTCAAATCATGTGGATTTTTCATTATAATGAGTAGAGT