lowQualScore : 1 11111 11111111111111 1 1 111 222222 1111111111 111111111 1 2222222222222222222222222 111 22 11 1 11111111111 11 2222222222222222222
lowQualScore : 3 666 2 2 5 5555 88888 7 5555 888888 2 44444444444444 2 2 2 6 55 1 2 2 4 2 1 2 9 222 2 000000 2 33 2 1 2 5 7 9 2 7 2 9999999999 66666 5555 666 2 2 33 0 1 000000000 777777 4 5 888888 888888 2 2 2 33 5555 2 77 333 33 7777777777777777777777777 2 2 666666 2 666 0 2 2 00 11 2 666666 33 33 1 33333333333 33 33 8 44 5555 7 5555 2 33 444 4 0000000000000000000 444 1 3 4
lowQualScore : . ... . . . .... ..... . .... ...... . .............. . . . . .. . . . . . . . . ... . ...... . .. . . . . . . . . . .......... ..... .... ... . . .. . . ......... ...... . . ...... ...... . . . .. .... . .. ... .. ......................... . . ...... . ... . . . .. .. . ...... .. .. . ........... .. .. . .. .... . .... . .. ... . ................... ... . . .
lowQualScore : 1 666 5 5 0 6666 00000 5 3333 333333 5 77777777777777 5 5 1 2 11 5 4 4 7 5 0 6 1 999 4 000000 4 22 4 6 5 0 5 4 2 8 5 3333333333 22222 3333 999 5 5 44 6 7 777777777 777777 9 9 222222 222222 9 9 9 99 7777 5 55 999 11 3333333333333333333333333 2 2 444444 2 777 3 2 2 88 99 2 444444 22 22 9 22222222222 44 77 4 99 7777 3 7777 7 77 555 1 7777777777777777777 777 1 9 7
consensus : GCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGACTTAAA-A-TTA-C-CAAA-TCA--A-AAC-AC-A-TT----TCTGG--T---CTT-T--------------TT-CTT-AATTAATTATCCGTAAATTCTC-AAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTTT--NTCTCCCTC-CGTGTA-----TT-A--C-ATTGTTATGACAGGAAC-CAA-TTTT-TTAATGATTT-TTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGC---------GCGGCCTT------GACATTGTTCATAACCACCACAATTTATAATTTACAGTTGATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CAACA----TTAA-TTAAA-GTTTATTAT---TAGCACAGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGA-TTT-GAG------GTAT-TGTGTTG---AAAAAGACACCTTTTG-CA-AT-TTTT--AA-TCA------CATCAACAT--T--AGTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTG--TTGATTATTANCTTTTT----TNTC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATG-------------------AATA---TAATTGCAAGTTCTGATTTTC
Reference ( gi|8 ) : GCTTTGGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGACTTAAA-A-TTA-C-CAAA-TCA--A-AAC-AC-A-TT----TCTGG--T---CTT-T--------------TT-CTT-AATTATTTATCAGTAAATTCTT-AAT-TACAACTGA-TTAATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAATGTTTT--ATCTCCCTC-CGTGTA-----AT-A--C-ATTGTTATAACAGGAAC-CAA-TTTT-TTAATGACTT-TTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGC---------ACGGCCTT------GACATTGTTCATAATCACCACAGTTTATAATTTACAGTTTATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CAACA----TTAA-TTAAA-ATTTATTAT---TAGCACAGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGA-TTT-GAG------GTAT-TGTGTTG---AGAAAGACACCTTTTG-CA-A--TTTT--AA-TCA------CATCAACAT--T--AGTTCAAGTGTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTG--TTGATTGTTAATTTTTT----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATG-------------------AATA---TAATTGCAAATTCTTATTTTCC
gi|5 : GCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGACTTAAA-A-TTA-C-CAAAATCA--A-AAA-AC-A-TT-----CTGG--T---CTT-T--------------TTTCTA-AATTAATTATCAATAAATTCTC-AAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTAT--ATCTCCCTC-CGTGTA-----TT-A--C-ATTGTTATAACAGGTAC-CAA-TTTT-TTAATGATTT-TTTTTACA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATCTGC---------GCGGCCTT------GACATTGTTCATAATCACCACAATTTATAATTTACAGTTAATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CAACA----TAAA-TTAAA-GTTTATTAT---TAGCACAATCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGA-TTT-CAG------GTAT-CGTGTTG---AGAAAGACACCTTTTG-CA-AT-TTTT--AA-TCA------CATCAATAT--T--AGTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--CATATTCAACAAAGTG--TTAATTATTACTTTTTT----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATG-------------------AATA---TA--TGCAAGTTCTTATTTT
gi|3 : atcatgaatataaatgGCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGACTTAAA-A-TTA-C-CAAA-TCA--A-AAT-AC-A-TT----TCTGG--T---CTT-T--------------TT-CTT-AATTAATTATCAGTAA-TTCTT-AAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTTT--ATCTCCCTC-CGTGTA-----TT-A--C-ATTGTTATAACAGGAAC-CAA-TTTTTTTAATGATTT-TTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGG---------GCGGCCTT------GACATTGTACATAATCACCACAATTTATAATTTACAGCTAATACA------CA------C-G-CATGA-TATAACAC--CAACA----TTAA-TTAAA-GTTTATTAT---TAGCACATTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGA-TTT-GAG------GTAT-TGTGTTG---AGAAAGACACCTTTTG-CA-A--TTTTC-AA-TCA------CATCAACAT--T--AGTTCAAGTCTAAT-----TC---CAAT--TTTATTCAGAAAAGTG--TTGATT----ATTTTTT----TATC----AAT-AAC--A-CCTAGTATTAATAT--AATATCCTAATATA-------------------AATA---TAATTGCAAGTTCTTATTTTC
gi|2 : tgaatatatatatgatatatataaacgGCATTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGACTTAAACA-TTA-C-CAAA-CCA--A-AA--AC-AATT----TCTGG--A---CTT-T--------------TT-CTT-AATTAATTATCCGTAAATTCTC-AAT-TACAACTGA-TTGATTCATCATCATTTCTGTTTTAATGCAGTTCAAGTGTTTT--CTCTCCTTC-CGTGTATT---AT-AATT-ATTGTTATGACAGGAA--TAA-TTTTATTGATTA-TT-TTT---CC-----CTT-----T----T---T-ATTTGT-TTTTT--TAAATGC---------ATAGCCTT------GACATTGTTCATAGCCACACCAATTTATAATTTACAGATGATACA------CA------T-G-TATGA-TAAAACAC--CAACA----TTAA-TTAAA-GTTTATTATTTATAGCACAGTCTCTAT--CA-------C-------ACA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGA-TTT-GAG------GTAT-TGTGTTGAAAAGAAAGACGCCTTTTG-CA-ATTTTTT--AA-TCA------CATCAACAT--T--AATTCAAGTCTAAT-----TC---TTAA--TATATTCAACCAAGTT--TTGAGTATT-ACTTTTT----TCTC----AAT-AAC--ATACCAATATTAATAT--AAAATCCCAGTATG-------------------AATA---TAATTGCAAGTTCTGATTTTC
gi|1 : tatatattatatataagGCTTTTGTCAAATGAAAGCTATTGAAAATGACTTAAA-A-TTA-C-CAAA-TCA--C-AGC-A--A-TT----TCTGT--T---CTT-T--------------TT-CTT-AATTAATTATCCGTAAATTCTC-GAT-TAAAACTGA-TTTATTCATCTTGATTTCCGTTTTAATTAAGTTGAAGTGCCTT--CTCTCCCTC-CGTGTA-----TT-A--C-ATTGTTATGACAGGAAC-CAA--TTT-TTATTGATTT-TTT---TAC----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--TATATGC---------ACGGCCAT------GACATTGTTCATAACTACCACAATTTATAATTTGCA-TTGATACACAATGTCA------T-G-TATGA-TAAAACAT--CAACA----TTAA-CTAAA-GTTTATTAT---TTGCACAGTCTCTGT--CA-------C-------ACA-------ACTTTGTATCCAAAGTATGA-TTT-GAG------GGAT-TCAGTTGA--AAAAAGACACTTTTTG-CA-AG-TTTT--AA-TCA------CATCAACAT--T--AGTTCAAGTCTAAT-----TT---CTAA--TATATTCAACACAGTG--TTGATTATTACTTTTTC----TTT------AT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATT-------------------AATA---TAAT
gi|12 : gaacatatatatataagGCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGACTTAAA-A-TTA-C-CAAA-TCA--A-AAA-AC-A-TT----TCTGG--T---CTT-T--------------TT-CTT-AATTATTTATCAGTAAATTCTT-AAT-TACAGCTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTTT--ATCTCCCTC-CGTGTA-----TT-A--C-ATTGTTATAACAGGAAC-CAATTTTT-TTAATGTTTT-TTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATAGGC---------ATGGCC------------TTGTTTATAATCACCACAATTTATAATTTACAATTAATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CAACA----TTAA-TTAAA-GTTTAATAT---TAGAACAGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGA-TTT-GAG------GTAT-CGAGTTG---AGAAAGACACCTTTTG-CA-A--TTTTC-AA-TCA------CATatccaagtattaaaataatgcaagttctgatt
gi|4 : gaatatatatatatatataaacaGCTTTTGTCAAATTGAAGCTTTTGAAACTGACTTAAA-AATTA-C-CAAA-TCA--A-AA--AC-AATT----TTCGG--A---CTT-T--------------TT-CTT-AATAAATTATTCGTAAATTCTC-ATT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGGTTTCTGTTTGAATGAATTTGAAGTGTTTC---TTTCCCTC-CGTGTG-----TA-A--C-ATTGTTAAGACAGAAAC-CAA-TTTT-T-ATTGATTT-TGT----A-----TTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GAAATGC---------ACGGCCTT------GACATTGTTCGTAACTACCACAATTTATAGTTGACAGTTGATTCA------CA------T-G-TATGA-TAAAACCA--AAACATTTTTTAATTTAAA-GTTTATTAT---TAGCACAGTCTTTAA--CA-------C-------ACC-------ACATTGTATCCAAGGTATGA-TTA-AAG------GTAT-TGTGTT----AGAAAAA-A-CTTTTG-CA-AT-TTTT--AA-TCA------CATAACCAT--T--AGTTCATGTCTCAT-----TC---CTAA--TACA---AACAAAGTG--TTGAATATTACTTCTTT----TCTC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AACATCCAAGTATG-------------------ACTA---TTATTGCAAGTTCTGATTTT
gi|13 : atgaatatatataggatataagGTTTTTGTCGAATGAAAGCTTTTGAAAGTGACTTAAA-A-TGA-C-CAAA-TCA--A-AAC-A--A-TT----TCTGG--T---ATT-T--------------TT-CTT-AATTAATTATCTGTAAATTCTC-AAT-AACAACTAA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGTG-TGTTTT--CTCTCCCTC-TGTGTG-----TA-A--C-ATTTTTATCAAAGGAAC-CAA-TTTT-T-ATTGATTT-TTT---T------CTT-----T----T---T-GTTTTG-TTTTTTTGATATGC---------ACGGCTTT------GACATTGTTCATAACCACAACAATTTATAATTTACAGTTAATACA------CA------T-G-TATGA-TAAAACAC--TAACA----TTAC-TTAAA-GTTTATTAT---TAGCACA-------------------------------------ACTTTGTATCCAAGGTATGA-TTT-GAGATACTAGTAT-TGTGTTGA--AAAAAGAAACATTTTG-CA-AT-TTTT--AA-TCA------CATAAACAT--T--AG
gi|15 : atgaatatatatataaaGCTTTTGCCAAATGAAAGCTTTTAAAAGTGACTTAAA-A-TTA-C-TAAA-TCA--A-AA--AC-AATT----TCTGG--T---CTT-T--------------TT-CTT-TATTAATCATCCGTAAATTCTA-AATGT----TTGAATTTATTCATCATGCTTTCTGCTTTGATGAAGTTGAAGTGTTTT--ATCTCTCTC-AGTGTA-----TA-A--C-ACTGTCATGACAGGAAC-CAA-TTTT-T-ATTGATTT-TTT---TAAC---TTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGC---------ACGGCCTT------GACATTGTTCATAACCACCACAATCTATGATTTATAGTGGATGCA------CA------T-G-CATCA-TAAAACAA--CAACA----TTAA-TTAAA-
gi|18 : atgaatatatatataagGCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGACATA------------AAA-TTA--------------------CTG---------------------------------AATAAATTAACCGTAAATTCTC-AAT-AACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTAATTTAATGAAGTTGTG-TGTTTT---TCTCCCTC-CGTGTACCGGTATTA--C-ATTGTTATGACAGGAAC-CAA-TTTT-T--ATTATTT-TTT---TA-----CTT-----T----T---T-GTTTTG-TTTTT--GATATGC---------ACGGCCTT------GACATTGTg
gi|14 : atcatgaatatatatataagGCTTTTGATAAATGAAGGCGTTTGAAAGTGAC------A-TTAAC-TAAA-TCA--ATAAC-A--A-TT----TCTTG--A---CTT-T--------------TT-CCTCAATTTAGTATCCCTAAATTCCC-ATT-TACAACTTA-TTTATCCAGCATGATTTCTGTTTTAA------TCAAATGTTTT---TCTCTCTC-CTTGTA-----TT-A--C-ACTGCTACGACAGGAAT-AAA---TT-TTAATGCGTT-TTT---TC-----CTT-----T----TAAATAATTTTG-TTTTT--CATc
gi|24 : atatatataagGTTTTGA-CAAATGAACTCTTTTAAAAG--------------A-CACAAA-TCA--A---CGAT-A-TT----C------------T-T--------------CT-CTT-AATTATTT-TTATT---TTCTT-----TACTACTGA-TTTATTCATCAT-ATTTCTGTTTTAATAAAG------TGTTTT--CTCTCCCTCATGTATA-----AC-A--C-taatcttattatcagcacagtctctaccacatcatttttctactttgtatccaagttatggtttgaagaattgtgatgaaaaagccacattttgcaagttttactcacatcaacagtagttatggtttaatacaaattttgatatgttgcatgtataaaattact
gi|6 : atactatatggTTTTATCAAATGAAAGCGTTTGAAAATGACTTAAA-A-TTA-C-CAAA-TCC--T-AAC-A--A-TT----TCTGT--T---CTT-A--------------TT-CTT-AATTAATTATCCGTAAATTCTTTAAT-TTAAACTGA-TTTATTTATCATGA-------------GAAGTTGAAGTGTTTT--CTCTCCCTC-CATGTA-----TT-G--C-CTTGTTATAACACGAAC-CAA-TTTT-T-ATTGATTT-TTT---CA------TT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTA--GATATGC---------ACAGCCTT------GACATTGTTCATAACTACCACAATTTATAATTTACA-TTGATACA------CAATGTCAT-G-TATGA-TAAAACAC--CAACA----TTAA-TTA-----------------GCACAGTCTTTAT--CA-------C-------ACA-------ACATTGTATCCAAGGTATGA-TTT-GAG------GTAT-TGTGTTGAA-AAAAAGACACCTTTTG-CA-AT-TTTT--AA-TCA------CATCAACATAATTAAGTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAATAAAGTGTTTTGATTATT-ACTTTTT----TCTC----AAT-AAA--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATG-------------------AATA---TTATTGCAAGTTCTGATTTTg
gi|7 : ccatgaacatatatatataaggctTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGACTTAAA-A-TTA-C-CAAA-TCA--A-AAA-AA-A-T------CTGG--T---CTT-T--------------TT-CTT-AATTAATTATCAGTAAATTCTT-TAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTGAATGAAGTTGAAGTGTTTT--ATCTCCCTC-AGTGTA-----TT-A--T-ATTGTTATAACAGGAAC-CAA-TTTT-TTAATGATTT-GTT---TA-----CTT-----T----T---A-ATGTTG-TTTTT--GATAGGC---------GTGGCCTT------GACATTGTTCATAATCACCACAATTTATAATTTACAATTAATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACGC--CAACA----TTAA-TTAAA-GTTTATTAT---AAGCACAGCCTCTAT--CA-------T-------TCA-------ACTTTTTATCCAAGGTATGA-TTT-GAG------GTAT-TGTGTTG---AGAAAGACACCTTTTG-AAGA--TTTT--AA-TGATAATCTCATCAACAT--T--AGTTCAAGTCTAAA-----AC---CTAA--TATATTCAACAAAGTG--TTGA-TAATAACTTTTT----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATG-------------------AATA---CCATTGCAAGTTCTTATTTT
gi|9 : aCAAATGGAAGCTTTTGAAAGTGACTTAAA-------C-CAAT-TCA--ATAAC-A--A-TT----TCTGGATT---ATT-T--------------TT-CTC-CATTAATTATCCGTAAATTATC-ATA-TAGAACTGA-TTTGTCCATCATGATTTCTG-TTTAATGAA------ATGTTT-----CTCACTC-CGTGTA-----TT-A--C-ACTGTTATGACATGAAC-CAA-TTTT-T-AATGAATT-TTT---C------CTT-----A----AA--T-ATTTTG-TATT---GAAACGC---------ACAGTCTA------GACATTGTTCTTAACTACCACAATCTGTTATTTACAGTTGGTACA------CA------T-GATGTGA-AAAAGCAA--CAACA----TTAA-TTAAA-GTTAATTAA---TAGAACAGTCTCTAT--TG-------CA------TCATTTTCT-ACTT--TATCCAAGTTATAATTTT-AAG------GTAT-TGTGTTGAA-AAAAAAACACCGTTTG-CA-AT-TTTT--AA-TCA------CATCAACAT--T--AGTTTAAGTTTAAT-----GC------A--CGTATTTAACAAAGTG--TTGATTATT-ACTTTTT----TCTT----AAT-AAC--ATTCCAGTATGAATAT--AATAACCTAGTATG-------------------GATA---T-ATAAGAAAGCCTTATTT
gi|21 : tgaCACATGAAGGCGTTTGAAAGTGACC-------TCA-T-CAAATTCA--A-CAA-AG-A-CT----TTTGG--A---ATTAC--------------AT-CTC-ATTTATTC-TCAGTA---------------AGCTG------TTCATCAC-ATT--TACTTT--T-AAG-TGCATTGTTTTCAATT---------TGTA-----TT-A--T-ACTGTTATGTCATTGAT-CAACTTTT-TTAAAG-CTTATTTA--TA-----TTTCTGGCT----T---T-GTTTCG-TTATT--GGAA--C---------GCGACCTT------GACATTGTTAATgcaaggtctgatttt
gi|10 : AAATGCGAGCTATTGAAATGGATTTCAA-------C-CAAA-TCAGTA-AAC-ATTA-TTGGACTTTGG--TAAACTT-TACTATTGGACTTCATT-TTC-AATAAATTATCTGTAAATTCTC-ATT-TTCAACTGA-TTTATTCATCATGATATCTGTTTTAATAAAGT-G----GTTTT--TTTTCCATT-CGATTA-----TT-A--C-ATTCTTATTA--------------TT-TTA---------TC---CA-----TTT-----TCAAAT---T-ATTTTGATTTGT--AA-A-GC---------GAGCCCTT------GACATTGTTCTTTACCACCACAAGTTAGCATTAACAGTTGATGCA------CA------TTG-TATAA-TAGAATAA--AAACA----TTAC-T--AC-GGTTATCAT---CAGCCCAGTTACTAT--T----------------------------------TCCA-----TG----T-GAG------GCACGTGTGTTA---AAAAGGACACATTTAG-CA-G--TTTTT-AA-TCA------AATCAGCTT--T--AGTTCATATGTAAT-------------------ATTCAACAAAATG--TTAATTATTTTTTTTTT----TTTCTAAAAACAAAC--ACCCCGGTATGGATATCAAAGA---AAGTCT---------------------------TAATTGCAAGTTCTGATTTTta
gi|11 : CTC-ATT-TAAAACTGA-TTAATTCATCAATATCTCTGTTTCAG-GAA-----AATGCATT--ATCTCCTTT--GTGGA-----AT-A--CTGTTATTGTATTGCTAATGCAA-TTGTATTAACCACAT-ATT---CAAGAAGTTT-----T----T---T-CTTCTG-TGT-----ATATGTTTATGAACAACGGCTATCAATCAGA-ATTGGTCATTAT-------GTGTGTAAT-----G---ATACA------CA------T-T-T-TGAATAAAACATTTCA--------TAA-TCACATATTAAACAA---TAATACAGTCACAAT--T--------T-------TCT-------ACTTTTTGTGGAAATTATCA-TTT-AAG------TTAT-AGT-TT----ATAAA-ACACTTTTTG-CA-T--TTTTGTAA-TCA------CATTAACTT--T--AGT----------T-----TC---ATAA--AAT----AAC----------GATTGTTATTGTATT----TCTC----TAT-AAA--ATCCAAGCATAAATAT--------TAAATA-A-------------------AACA---TTTTTGCAGGTTCTGATTTTC
gi|16 : ATCACCACAATTTATACTTTACAGTTAATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CAACA----TTAA-TTAAA-GTTTATTAT---TAGCATAATCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGA-TTT-GAG------GAAT-TGTGTTGA--AAAAAGACACCTTTTG-CA-AT-TTTT--AA-TCA------CATCAACAT--T--AGTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTG--TTGATAACT-ACTTTTT----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATGT--AATATCCAAGTATG-------------------AATA---TAATTGCAAGTTCTTATTTTCtttcactaaaagtgacaaaaaggtctatcacactcacattttgtttttga
gi|14 : CA----TTAA-TC------TTATTAT---CAGCACAGTCTCTAC--CA-------CA------TCATTTTTCTACTTTGTATCCAAGTTATGG-TTT-GAA------GAAT-TGTGATG---AAAAAGCCACATTTTG-CA-AG-TTTT--AC-TCA------CATCAACAG--T--AGTTATGGTTTAATACAAATT---TTGA--TATGTT
gi|19 : atatatataaggcttttgataaatgaaggcgtttgaaagtgacattaactaaatcaataacaatttcttgactttttcctcaatttagtatccctaaattcccatttacaacttatttatccagcatgatttctgttttaatcaaatgtttttctctctccttgtattacactgctacgacaggaataaattttaatgcgttttttccttttaaataattttgttttt-TTAAT-GTTTATTAT---AAGCACTGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGA-TTT-GAG------GCAT-TGTGTTG---AGAAAGACACATTTTG-CC-A--TTTTC-AA-TCA------CATTAACAT--T--AGATCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTG--TTGATTATTACTCATTT----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAAAAT--AATATCCAAGTATG-------------------AATA---TAATTGCAAGTTCTTATTTTgcatgtataaaattact
gi|20 : AA-GCTTATTAT---TAGCGCAGTCTCTAT--CA-------CATAATATTCT-------ACATTGTACCCAAGTTACGA-TTTCAAG------AAAT-TGTGTTG---AAAGAGACACATTTTATCT-T--TTTT--AA-TCA------CATCACCAT--T--AGTT------TAAT-----AC------A--TGTATTCAACAAAGTG--TTGATTATTCTGTGTTC----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATGAATAT----TA---AAGAATG-------------------CCT----CAATTGAAAATTCTGATTTTC
gi|22 : A-ATTTATCAT---TTACATGTTATATATAGCA-------CA------TCATTTTT--ACTTTGTAACCAAGTTATGC-TTT-AAG------GTAT-TGTGTTG---AAAAAGAGACCTTTTG-CA-A--CTTT--AAGTCA------CATCAA-------------AATTGTAAT-------------------------CAAAGTG--TTGAATTTTAACTTTTT----C-TC----AAT-AGC--ATCCCAGTATAAATAT----TA-------ATG-------------------GAAACCTTAATAGCAAGTTCTGATTTT
gi|17 : gTATTAT---TATCACAGGCTTTAT--CAGATAATTT-------TCT-------ACTTTGTATCTAGGTTATGA-TTT-GAG------GTAT-TGTGTTG---AACAAGACGCCGTTTG-CA-T--TTTT--AA-TCA------CATCACTAT--T--AGTTCTAGATTAAT-----ACACGTTCATCTACATTCAACACAGTG--TTAGTTCTTTCTTTTTTTTTCTCTC----AAT-AACATATCCTAGTATTAATAT--AACATCCAAGTATGAATATAATATTTCAGTATAAATA---TAATTGCAAGTTCTGATTTTC
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ACCAATTCAACAAATGAATTTGGACGTTATCTCCTCCAATTATCAATAAATGCTTATTTTGCATCTGAGTTATTAATCATGTTTTGAATTTAGCAATTTATGTTATATATCCATTTTATTGTAATGACAACCAACCGATTTTCTAAGCAATTGGATTTGTTTGTTTTTATG
Alignments
lowQualScore : 22222 11111111111111 1111111111 2222222222222222222222222 11 3333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 2 777 0 2 2 2 4444 33333 5555 777777 33333333333333 2 2 22 2 0 2 2 1 0 0 0 6 666666 888888888 4444 2 55 7 5 1 2 2 6666666666 55555 5555 666 2 2 33 1 1 2 66666 777777 777777 2 2 2 33 66666 5555 2 333 22 3333333333333333333333333 4 666666 2 4 333 55 22 2 2 77777 333 2 0 99999999999 33 33 11 66666 1 5555 2 33 333 3 444 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 2
lowQualScore : . ... . . . . .... ..... .... ...... .............. . . .. . . . . . . . . . ...... ......... .... . .. . . . . . .......... ..... .... ... . . .. . . . ..... ...... ...... . . . .. ..... .... . ... .. ......................... . ...... . . ... .. .. . . ..... ... . . ........... .. .. .. ..... . .... . .. ... . ... .................................................... .
lowQualScore : 4 111 4 4 4 4 8888 44444 0000 222222 88888888888888 4 4 55 2 4 2 2 8 5 5 5 1 444444 999999999 7777 4 88 1 4 5 4 4 7777777777 99999 0000 555 4 4 22 1 6 5 77777 777777 777777 7 7 7 77 77777 3333 4 777 99 8888888888888888888888888 2 111111 1 2 777 00 99 1 1 44444 999 2 2 22222222222 22 44 88 22222 0 3333 5 44 666 3 444 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 5
consensus : GCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-CA--ATT----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-CGTAAATTCTC-AAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTTTNTCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TGACAGGAACCAA-TTTT-TTAATG-ATT-TTTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGCGCGGCCTTGA-CATTGTTCATAACCACCACAATTTATAATT-----TACAGTTGATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTAT---TAGCACAGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AA---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--GATTATTACCTTTTT-----TNTC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTTC
Reference ( family-1144 ) : GCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-CAC-ATT----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-CGTAAATTCTC-AAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTTTNTCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TGACAGGAACCAA-TTTT-TTAATG-ATT-TTTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGCGCGGCCTTGA-CATTGTTCATAACCACCACAATTTATAATT-----TACAGTTGATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTAT---TAGCACAGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AA---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--GATTATTANCTTTTT-----TNTC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTTC
gi|1 : GCTTTTGTCAAATGAAAGCTATTGAAAATGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--C-AG-CA--ATT----TCTGT--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-CGTAAATTCTC-GAT-TAAAACTGA-TTTATTCATCTTGATTTCCGTTTTAATTAAGTTGAAGTGCCTTCTCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TGACAGGAACCAA--TTT-TTATTG-ATT-TTTT---TAC----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--TATATGCACGGCCATGA-CATTGTTCATAACTACCACAATTTATAATT-----TGCA-TTGATACACAATGTCA------T-G-TATGA-TAAAACAT--CA-----ACA----TTAA-CTAAAGTTTATTAT---TTGCACAGTCTCTGT--CA-------C-------ACA-------ACTTTGTATCCAAAGTATGATTT-GAG------GGAT-TCAGTTGAAA---AAA--GA--CACTTTTTGCA-A-GTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TT---CTAA--TATATTCAACACAGTGTT--GATTATTACTTTTTC-----TTT------AT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATTAATA---T-------------------A------------ATATCCAAGTATTAAAATAAT-GCAAGTTCTGATT
gi|10 : gaacatatatatataagAAATGCGAGCTATTGAAATGGAT-TTCAA------C-CAAA-T-CAGTA-AA-CATTATTGGACTTTGG--TAAACTTTACTATTGGACTTCATT-TTC-AATAAATTATC-TGTAAATTCTC-ATT-TTCAACTGA-TTTATTCATCATGATATCTGTTTTAATAAAGT----G-GTTTTTTTTCCATTCGA------T---------TATTA----CATTCTTA-TTA-------------TT-TTA----------TC---CA-----TTT-----TCAAAT---T-ATTTTGATTTGT--AA-A-GCGAGCCCTTGA-CATTGTTCTTTACCACCACAAGTTAGCATT-----AACAGTTGATGCA------CA------TTG-TATAA-TAGAATAA--AA-----ACA----TTAC-T--ACGGTTATCAT---CAGCCCAGTTACTAT--T----------------------------------TCCA-----TG---T-GAG------GCACGTGTGTTA-AA---AAG--GA--CACATTTAGCA-G-TTTT-----TAATCAAATCAGCTT---TA-GTTCATATGTA-------------------ATATTCAACAAAATGTT--AATTATTTTTTTTTT-----TTTCTAAAAACAAAC--ACCCCGGTATGGATATCAAAGA---AAGTCT--------T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTT
gi|11 : CTC-ATT-TAAAACTGA-TTAATTCATCAATATCTCTGTTTCAG-GAA-----AATGCATTATCTCCTTT-GT------GGAATACTGTTATTG----TATTGCTAATG--------CAA-TTGTATTAACC-ACA-TATT---CAAGAAGTTT-----T----T---T-CTTCTG-TGT-----ATATGTTTA----TGAACAACGGCTAT--CAATCAGAATTGGTCATTATGTGTGTAAT-GATACA------CA------T-T-T-TGAATAAAACATTTCATAATCACA----T--A-TTAAA------CAA---TAATACAGTCACAAT--T--------T-------TCT-------ACTTTTTGTGGAAATTATCATTT-AAG------TTAT-AGT-TTA-TA---AAA------CACTTTTTGCA-T-TTTTG----TAATCACATTAACTT---TA-GT----------T-----TC---ATAA--AAT----AAC----------GATTGTTATTGTATT-----TCTC----TAT-AAA--ATCCAAGCATAAATAT--------TAAATA-AAACA---T-------------------T------------TT------------------T-GCAGGTTCTGATTTTC
gi|12 : GCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-AAC-ATT----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTATTTATC-AGTAAATTCTT-AAT-TACAGCTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTTTATCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TAACAGGAACCAATTTTT-TTAATG-TTT-TTTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATAGGCATGGCC-------TTGTTTATAATCACCACAATTTATAATT-----TACAATTAATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTAATAT---TAGAACAGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-CGAGTTG-AG---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----CAATCACATtttcactaaaagtgacaaaaaggtctatcacactcacattttgtttttga
gi|13 : gaatatatatatatatataaacaGTTTTTGTCGAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TGAC-CAAA-T-CA--A-AA-CA--ATT----TCTGG--T---ATTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-TGTAAATTCTC-AAT-AACAACTAA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGT-GTGTTTTCTCTCCCTCTGT------G---------TGTAA----CATTTTTA-TCAAAGGAACCAA-TTTT-T-ATTG-ATT-TTTT---T------CTT-----T----T---T-GTTTTG-TTTTTTTGATATGCACGGCTTTGA-CATTGTTCATAACCACAACAATTTATAATT-----TACAGTTAATACA------CA------T-G-TATGA-TAAAACAC--TA-----ACA----TTAC-TTAAAGTTTATTAT---TAGCACA-------------------------------------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAGATACTAGTAT-TGTGTTG-AA---AAAA-GA--AACATTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATAAACAT---TA-G
gi|14 : atgaatatatatataaaGCTTTTGATAAATGAAGGCGTTTGAAAGTGACATTAA-------C-TAAA-T-CA--ATAA-CA--ATT----TCTTG--A---CTTT--------------TT-CCTCAATTTAGTATC-CCTAAATTCCC-ATT-TACAACTTA-TTTATCCAGCATGATTTCTGTTTTAA------TCAAATGTTTT-TCTCTCTCCTT------G---------TATTA----CACTGCTA-CGACAGGAATAAA---TT-TTAATGCGTT-TTTT---C------CTT-----T----TAAATAATTTTG-TTTTT--CAT
gi|14 : atatatataagCA----TTAA-TC-----TTATTAT---CAGCACAGTCTCTAC--CA-------CA------TCATTTTTCTACTTTGTATCCAAGTTATGGTTT-GAA------GAAT-TGTGATG-AA---AAA--GC--CACATTTTGCA-A-GTTT-----TACTCACATCAACAG---TA-GTTATGGTTTAATACAAATT---TTGA--TATGTTtaatcttattatcagcacagtctctaccacatcatttttctactttgtatccaagttatggtttgaagaattgtgatgaaaaagccacattttgcaagttttactcacatcaacagtagttatggtttaatacaaattttgatatgttgcatgtataaaattact
gi|15 : atatatataaggcttttgataaatgaaggcgtttgaaagtgacattaactaaatcaataacaatttcttgactttttcctcaatttagtatccctaaattcccatttacaacttatttatccagcatgatttctgttttaatcaaatgtttttctctctccttgtattacactgctacgacaggaataaattttaatgcgttttttccttttaaataattttgtttttGCTTTTGCCAAATGAAAGCTTTTAAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-TAAA-T-CA--A-AAACA--ATT----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-TATTAATCATC-CGTAAATTCTA-AATGT----TTGAATTTATTCATCATGCTTTCTGCTTTGATGAAGTTGAAGTGTTTTATCTCTCTCAGT------G---------TATAA----CACTGTCA-TGACAGGAACCAA-TTTT-T-ATTG-ATT-TTTT---TAAC---TTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGCACGGCCTTGA-CATTGTTCATAACCACCACAATCTATGATT-----TATAGTGGATGCA------CA------T-G-CATCA-TAAAACAA--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGgcatgtataaaattact
gi|16 : atgaatatatatataagATCACCACAATTTATACTT-----TACAGTTAATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTAT---TAGCATAATCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GAAT-TGTGTTGAAA---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--GATAACTA-CTTTTT-----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATGT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTTATTTTC
gi|17 : GTGTATTAT---TATCACAGGCTTTAT--CAGATAATTT-------TCT-------ACTTTGTATCTAGGTTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AA---CAA--GA--CGCCGTTTGC--A-TTTT-----TAATCACATCACTAT---TA-GTTCTAGATTAAT-----ACACGTTCATCTACATTCAACACAGTGTT--AGTTCTT-TCTTTTTTTTTCTCTC----AAT-AACATATCCTAGTATTAATAT--AACATCCAAGTATGAATA---TAATATTTCAGTATAAATATA------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTTC
gi|18 : acGCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-ATA-----------AAA-T-TA-------------------CTG--------------------------------AATAAATTAAC-CGTAAATTCTC-AAT-AACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTAATTTAATGAAGTTG-TGTGTTTT-TCTCCCTCCGTGTACCGG---------TATTA----CATTGTTA-TGACAGGAACCAA-TTTT-T--ATT-ATT-TTTT---TA-----CTT-----T----T---T-GTTTTG-TTTTT--GATATGCACGGCCTTGA-CATTGT
gi|19 : atcatgaatatatatataag-TTAATGTTTATTAT---AAGCACTGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GCAT-TGTGTTG-AG---AAA--GA--CACATTTTGCC-A-TTTT-----CAATCACATTAACAT---TA-GATCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--GATTATTACTCATTT-----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAAAAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTTATTTTc
gi|2 : GCATTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAACA-TTAC-CAAA-C-CA--A-AAACA--ATT----TCTGG--A---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-CGTAAATTCTC-AAT-TACAACTGA-TTGATTCATCATCATTTCTGTTTTAATGCAGTTCAAGTGTTTTCTCTCCTTCCGT------G---------TATTATAATTATTGTTA-TGACAGGAA-TAA-TTTTATTGATT-ATT-TTTC---C------CTT-----T----T---T-ATTTGT-TTTTT--TAAATGCATAGCCTTGA-CATTGTTCATAGCCACACCAATTTATAATT-----TACAGATGATACA------CA------T-G-TATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTATTTATAGCACAGTCTCTAT--CA-------C-------ACA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AAAAGAAA--GA--CGCCTTTTGCA-ATTTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-ATTCAAGTCTAAT-----TC---TTAA--TATATTCAACCAAGTTTT--GAGTATTA-CTTTTT-----TCTC----AAT-AAC--ATACCAATATTAATAT--AAAATCCCAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTTC
gi|20 : tatatattatatataagAAGCTTATTAT---TAGCGCAGTCTCTAT--CA-------CATAATATTCT-------ACATTGTACCCAAGTTACGATTTCAAG------AAAT-TGTGTTG-AA---AGA--GA--CACATTTTATC-T-TTTT-----TAATCACATCACCAT---TA-GTT------TAAT-----AC------A--TGTATTCAACAAAGTGTT--GATTATTCTGTGTTC-----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATGAATAT----TA---AAGAATGCCT----C-------------------A------------AT------------------T-GAAAATTCTGATTTTC
gi|21 : CACATGAAGGCGTTTGAAAGTGAC-CT-------CAT-CAAA-TTCA--A-CA-AAG-ACT----TTTGG-------------------------------AATTA--CATCTCATTTATTCTC-AGT--A-AGCTG------TTCATCAC-ATTT--ACTTT--T-AAGT-GCATTGTTTTCAATT------T------G---------TATTA----TACTGTTA-TGTCATTGATCAACTTTT-TTAAAG-CTTATTTA---TA-----TTTCTGGCT----T---T-GTTTCG-TTATT--GGAA--CGCGACCTTGA-CATTGTTAAT
gi|22 : AATTTATCAT---TTACATGTTATATATAGCA-------CA------TCATTTTT--ACTTTGTAACCAAGTTATGCTTT-AAG------GTAT-TGTGTTG-AA---AAA--GA--GACCTTTTGCA-A-CTTT-----AAGTCACATCAAAAT---TG----------TAAT-------------------------CAAAGTGTT--GAATTTTAAC-TTTT-----TCTC----AAT-AGC--ATCCCAGTATAAATAT----TA-------ATGGAAACCTT-------------------A------------AT------------------A-GCAAGTTCTGATTTTta
gi|24 : gTTTTGACAAATGAACTCTTTTAAAAG---------------ACACAAA-T-CA--A-----------------CGA--T---ATTC--------------TT-CTC---TTAATTATT-TTTATTTTCT----T-TACTACTGA-TTTATTCATCAT-ATTTCTGTTTTAA------TAAAGTGTTTTCTCTCCCT-CAT------G---------TATAA----CA
gi|3 : atactatatgggGCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-TAC-ATT----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-AGTAA-TTCTT-AAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTTTATCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TAACAGGAACCAA-TTTTTTTAATG-ATT-TTTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGGGCGGCCTTGA-CATTGTACATAATCACCACAATTTATAATT-----TACAGCTAATACA------CA------C-G-CATGA-TATAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTAT---TAGCACATTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AG---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----CAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TC---CAAT--TTTATTCAGAAAAGTGTT--GATTAT----TTTTT-----TATC----AAT-AAC--A-CCTAGTATTAATAT--AATATCCTAATATAAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTTATTTTCcg
gi|4 : tgaatatatatatgatatatataaacgGCTTTTGTCAAATTGAAGCTTTTGAAACTGAC-TTAAA-AATTAC-CAAA-T-CA--A-AA--ACAATT----TTCGG--A---CTTT--------------TT-CTT-AATAAATTATT-CGTAAATTCTC-ATT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGGTTTCTGTTTGAATGAATTTGAAGTG-TTTCTTTCCCTCCGT------G---------TGTAA----CATTGTTA-AGACAGAAACCAA--TTT-TTATTG-ATT-TTGT----A-----TTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GAAATGCACGGCCTTGA-CATTGTTCGTAACTACCACAATTTATAGTT-----GACAGTTGATTCA------CA------T-G-TATGA-TAAAACCA--AA-----ACATTTTTTAATTTAAAGTTTATTAT---TAGCACAGTCTTTAA--CA-------C-------ACC-------ACATTGTATCCAAGGTATGATTA-AAG------GTAT-TGTGTTA-GA---AAA--AA-----CTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATAACCAT---TA-GTTCATGTCTCAT-----TC---CTAA--TACA---AACAAAGTGTT--GAATATTACTTCTTT-----TCTC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AACATCCAAGTATGACTA---T-------------------T------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTT
gi|5 : atgaatatatataggatataagGCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAAAT-CA--A-AA-AAC-ATT-----CTGG--T---CTTT--------------TTTCTA-AATTAATTATC-AATAAATTCTC-AAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTATATCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TAACAGGTACCAA-TTTT-TTAATG-ATT-TTTTTTACA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATCTGCGCGGCCTTGA-CATTGTTCATAATCACCACAATTTATAATT-----TACAGTTAATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TAAA-TTAAAGTTTATTAT---TAGCACAATCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-CAG------GTAT-CGTGTTG-AG---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAATAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--CATATTCAACAAAGTGTT--AATTATTACTTTTTT-----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A--------------------------------T-GCAAGTTCTTATTTT
gi|6 : atcatgaatataaatgTTTTATCAAATGAAAGCGTTTGAAAATGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CC--T-AA-CA--ATT----TCTGT--T---CTTA--------------TT-CTT-AATTAATTATC-CGTAAATTCTTTAAT-TTAAACTGA-TTTATTTATCATGA-------------GAAGTTGAAGTGTTTTCTCTCCCTCCAT------G---------TATTG----CCTTGTTA-TAACACGAACCAA-TTTT-T-ATTG-ATT-TTTT---CA------TT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTA--GATATGCACAGCCTTGA-CATTGTTCATAACTACCACAATTTATAATT-----TACA-TTGATACA------CAATGTCAT-G-TATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTA----------------GCACAGTCTTTAT--CA-------C-------ACA-------ACATTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AA---AAAAAGA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAACATAATTAAGTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAATAAAGTGTTTTGATTATTA-CTTTTT-----TCTC----AAT-AAA--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------T------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTT
gi|7 : ccatgaacatatatatataaggctTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-AAA-AT------CTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-AGTAAATTCTT-TAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTGAATGAAGTTGAAGTGTTTTATCTCCCTCAGT------G---------TATTA----TATTGTTA-TAACAGGAACCAA-TTTT-TTAATG-ATT-TGTT---TA-----CTT-----T----T---A-ATGTTG-TTTTT--GATAGGCGTGGCCTTGA-CATTGTTCATAATCACCACAATTTATAATT-----TACAATTAATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACGC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTAT---AAGCACAGCCTCTAT--CA-------T-------TCA-------ACTTTTTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AG---AAA--GA--CACCTTTTGAAGA-TTTTAATGATAATCTCATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAA-----AC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--GA-TAATAACTTTTT-----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---C-------------------C------------AT------------------T-GCAAGTTCTTATTTT
gi|8 : aGCTTTGGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-CAC-ATT----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTATTTATC-AGTAAATTCTT-AAT-TACAACTGA-TTAATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAATGTTTTATCTCCCTCCGT------G---------TAATA----CATTGTTA-TAACAGGAACCAA-TTTT-TTAATG-ACT-TTTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGCACGGCCTTGA-CATTGTTCATAATCACCACAGTTTATAATT-----TACAGTTTATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAATTTATTAT---TAGCACAGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AG---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A--TTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTGTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--GATTGTTAATTTTTT-----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAATTCTTATTTTC
gi|9 : TGACAAATGGAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA------C-CAAT-T-CA--ATAA-CA--ATT----TCTGGATT---ATTT--------------TT-CTC-CATTAATTATC-CGTAAATTATC-ATA-TAGAACTGA-TTTGTCCATCATGATTTCTG-TTTAATGAAAT------GTTT---CTCACTCCGT------G---------TATTA----CACTGTTA-TGACATGAACCAA-TTTT-T-AATG-AAT-TTTT---C------CTT-----A----AA--T-ATTTTG-TATT---GAAACGCACAGTCTAGA-CATTGTTCTTAACTACCACAATCTGTTATT-----TACAGTTGGTACA------CA------T-GATGTGA-AAAAGCAA--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTAATTAA---TAGAACAGTCTCTAT--TG-------CA------TCATTTTCT-ACTTT--ATCCAAGTTATAATTTTAAG------GTAT-TGTGTTG-AA---AAA--AAAACACCGTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTTAAGTTTAAT-----GC------A--CGTATTTAACAAAGTGTT--GATTATTA-CTTTTT-----TCTT----AAT-AAC--ATTCCAGTATGAATAT--AATAACCTAGTATGGATA---T-------------------ATAAGAAAGCCTTAT------------------TTGCAAGGTCTGATTTTc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ACCAATTCAACAAATGAATTTGGACGTTATCTCCTCCAATTATCAATAAATGCTTATTTTGCATCTGAGTTATTAATCATGTTTTGAATTTAGCAATTTATGTTATATATCCATTTTATTGTAATGACAACCAACCGATTTTCTAAGCAATTGGATTTGTTTGTTTTTATG
Alignments
lowQualScore : 11 11111111111111 1111111111 2222222222222222222222222 11 3333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 2 888 0 2 2 2 33 7 7 00 2 5555 888888 33333333333333 2 2 33 2 0 2 2 1 0 0 0 6 666666 888888888 4444 2 33 7 77 1 2 2 6666666666 55555 5555 666 2 2 33 1 1 2 66666 777777 777777 2 2 2 33 66666 5555 2 333 22 3333333333333333333333333 4 666666 2 4 333 55 22 2 2 77777 333 2 0 99999999999 33 33 22 5555 1 5555 2 33 333 3 444 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 2
lowQualScore : . ... . . . . .. . . .. . .... ...... .............. . . .. . . . . . . . . . ...... ......... .... . .. . .. . . . .......... ..... .... ... . . .. . . . ..... ...... ...... . . . .. ..... .... . ... .. ......................... . ...... . . ... .. .. . . ..... ... . . ........... .. .. .. .... . .... . .. ... . ... .................................................... .
lowQualScore : 4 666 4 4 4 4 22 1 1 33 4 0000 666666 88888888888888 4 4 11 2 5 2 2 8 5 5 5 1 444444 999999999 7777 4 44 1 88 5 4 4 7777777777 99999 0000 555 4 4 22 1 6 5 77777 777777 777777 7 7 7 77 77777 3333 4 777 99 8888888888888888888888888 2 111111 1 2 777 00 99 1 1 44444 999 2 2 22222222222 22 44 99 3333 0 3333 5 44 666 3 444 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 5
consensus : GCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-CA--AT-T----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-CGTAAATTCTC-AAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTTTNTCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TGACAGGAACCAA-TTTT-TT-AATG-ATT-TTTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGCGCGGCCTTGA-CATTGTTCATAACCACCACAATTTATAATT-----TACAGTTGATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTAT---TAGCACAGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AA---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--GATTATTACTTTTTT----TNTC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTTC
Reference ( family-1144 ) : GCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-CA--AT-T----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-CGTAAATTCTC-AAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTTTNTCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TGACAGGAACCAA-TTTT-TT-AATG-ATT-TTTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGCGCGGCCTTGA-CATTGTTCATAACCACCACAATTTATAATT-----TACAGTTGATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTAT---TAGCACAGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AA---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--GATTATTACCTTTTT----TNTC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTTC
gi|1 : GCTTTTGTCAAATGAAAGCTATTGAAAATGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--C-AG-CA--AT-T----TCTGT--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-CGTAAATTCTC-GAT-TAAAACTGA-TTTATTCATCTTGATTTCCGTTTTAATTAAGTTGAAGTGCCTTCTCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TGACAGGAACCAA--TTT-TT-ATTG-ATT-TTTT---TAC----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--TATATGCACGGCCATGA-CATTGTTCATAACTACCACAATTTATAATT-----TGCA-TTGATACACAATGTCA------T-G-TATGA-TAAAACAT--CA-----ACA----TTAA-CTAAAGTTTATTAT---TTGCACAGTCTCTGT--CA-------C-------ACA-------ACTTTGTATCCAAAGTATGATTT-GAG------GGAT-TCAGTTGAAA---AAA--GA--CACTTTTTGCA-A-GTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TT---CTAA--TATATTCAACACAGTGTT--GATTATTACTTTTTC----TTT------AT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATTAATA---T-------------------A------------ATATCCAAGTATTAAAATAAT-GCAAGTTCTGATT
gi|10 : gaacatatatatataagAAATGCGAGCTATTGAAATGGAT-TTCAA------C-CAAA-T-CAGTA-AA-CATTAT-TGGACTTTGG--TAAACTTTACTATTGGACTTCATT-TTC-AATAAATTATC-TGTAAATTCTC-ATT-TTCAACTGA-TTTATTCATCATGATATCTGTTTTAATAAAGT----G-GTTTTTTTTCCATTCGA------T---------TATTA----CATTCTTA-TTA-------------TT-TT-A----------TC---CA-----TTT-----TCAAAT---T-ATTTTGATTTGT--AA-A-GCGAGCCCTTGA-CATTGTTCTTTACCACCACAAGTTAGCATT-----AACAGTTGATGCA------CA------TTG-TATAA-TAGAATAA--AA-----ACA----TTAC-T--ACGGTTATCAT---CAGCCCAGTTACTAT--T----------------------------------TCCA-----TG---T-GAG------GCACGTGTGTTA-AA---AAG--GA--CACATTTAGCA-G-TTTT-----TAATCAAATCAGCTT---TA-GTTCATATGTA-------------------ATATTCAACAAAATGTT--AATTATTTTTTTTTT----TTTCTAAAAACAAAC--ACCCCGGTATGGATATCAAAGA---AAGTCT--------T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTT
gi|11 : CTC-ATT-TAAAACTGA-TTAATTCATCAATATCTCTGTTTCAG-GAA-----AATGCATTATCTCCTTT-GT------GGAATACTGTTATTG----TATTGCTAATG--------CAA-TTGTATT-AACC-ACA-TATT---CAAGAAGTTT-----T----T---T-CTTCTG-TGT-----ATATGTTTA----TGAACAACGGCTAT--CAATCAGAATTGGTCATTATGTGTGTAAT-GATACA------CA------T-T-T-TGAATAAAACATTTCATAATCACA----T--A-TTAAA------CAA---TAATACAGTCACAAT--T--------T-------TCT-------ACTTTTTGTGGAAATTATCATTT-AAG------TTAT-AGT-TTA-TA---AAA------CACTTTTTGCA-T-TTTTG----TAATCACATTAACTT---TA-GT----------T-----TC---ATAA--AAT----AAC----------GATTGTTATTGTATT----TCTC----TAT-AAA--ATCCAAGCATAAATAT--------TAAATA-AAACA---T-------------------T------------TT------------------T-GCAGGTTCTGATTTTC
gi|12 : GCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-AAC-AT-T----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTATTTATC-AGTAAATTCTT-AAT-TACAGCTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTTTATCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TAACAGGAACCAA-TTTT-TTTAATG-TTT-TTTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATAGGCATGGCCTTG-------TTTATAATCACCACAATTTATAATT-----TACAATTAATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTAATAT---TAGAACAGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-CGAGTTG-AG---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----CAATCACATtttcactaaaagtgacaaaaaggtctatcacactcacattttgtttttga
gi|13 : gaatatatatatatatataaacaGTTTTTGTCGAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TGAC-CAAA-T-CA--A-AA-CA--AT-T----TCTGG--T---ATTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-TGTAAATTCTC-AAT-AACAACTAA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGT-GTGTTTTCTCTCCCTCTGT------G---------TGTAA----CATTTTTA-TCAAAGGAACCAA-TTTT-T--ATTG-ATT-TTTT---T------CTT-----T----T---T-GTTTTG-TTTTTTTGATATGCACGGCTTTGA-CATTGTTCATAACCACAACAATTTATAATT-----TACAGTTAATACA------CA------T-G-TATGA-TAAAACAC--TA-----ACA----TTAC-TTAAAGTTTATTAT---TAGCACA-------------------------------------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAGATACTAGTAT-TGTGTTG-AA---AAAA-GA--AACATTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATAAACAT---TA-G
gi|14 : atgaatatatatataaaGCTTTTGATAAATGAAGGCGTTTGAAAGTGACATTAA-------C-TAAA-T-CA--ATAA-CA--AT-T----TCTTG--A---CTTT--------------TT-CCTCAATTTAGTATC-CCTAAATTCCC-ATT-TACAACTTA-TTTATCCAGCATGATTTCTGTTTTAA------TCAAATGTTTT-TCTCTCTCCTT------G---------TATTA----CACTGCTA-CGACAGGAATAAA---TT-TT-AATGCGTT-TTTT---C------CTT-----T----TAAATAATTTTG-TTTTT--CAT
gi|14 : atatatataagCA----TTAA-TC-----TTATTAT---CAGCACAGTCTCTAC--CA-------CA------TCATTTTTCTACTTTGTATCCAAGTTATGGTTT-GAA------GAAT-TGTGATG-AA---AAA--GC--CACATTTTGCA-A-GTTT-----TACTCACATCAACAG---TA-GTTATGGTTTAATACAAATT---TTGA--TATGTTtaatcttattatcagcacagtctctaccacatcatttttctactttgtatccaagttatggtttgaagaattgtgatgaaaaagccacattttgcaagttttactcacatcaacagtagttatggtttaatacaaattttgatatgttgcatgtataaaattact
gi|15 : atatatataaggcttttgataaatgaaggcgtttgaaagtgacattaactaaatcaataacaatttcttgactttttcctcaatttagtatccctaaattcccatttacaacttatttatccagcatgatttctgttttaatcaaatgtttttctctctccttgtattacactgctacgacaggaataaattttaatgcgttttttccttttaaataattttgtttttGCTTTTGCCAAATGAAAGCTTTTAAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-TAAA-T-CA--A-AAACA--AT-T----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-TATTAATCATC-CGTAAATTCTA-AATGT----TTGAATTTATTCATCATGCTTTCTGCTTTGATGAAGTTGAAGTGTTTTATCTCTCTCAGT------G---------TATAA----CACTGTCA-TGACAGGAACCAA-TTTT-T--ATTG-ATT-TTTT---TAAC---TTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGCACGGCCTTGA-CATTGTTCATAACCACCACAATCTATGATT-----TATAGTGGATGCA------CA------T-G-CATCA-TAAAACAA--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGgcatgtataaaattact
gi|16 : atgaatatatatataagATCACCACAATTTATACTT-----TACAGTTAATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTAT---TAGCATAATCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GAAT-TGTGTTGAAA---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--GATAACTA-CTTTTT----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATGT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTTATTTTC
gi|17 : GTGTATTAT---TATCACAGGCTTTAT--CAGATAATTT-------TCT-------ACTTTGTATCTAGGTTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AA---CAA--GA--CGCCGTTTGC--A-TTTT-----TAATCACATCACTAT---TA-GTTCTAGATTAAT-----ACACGTTCATCTACATTCAACACAGTGTT--AGTTCTTTCTTTTTTTTTCTCTC----AAT-AACATATCCTAGTATTAATAT--AACATCCAAGTATGAATA---TAATATTTCAGTATAAATATA------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTTC
gi|18 : acGCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-ATAAA----------------------------AT-T----ACTG--------------------------------AATAAATTAAC-CGTAAATTCTC-AAT-AACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTAATTTAATGAAGTTG-TGTGTTTT-TCTCCCTCCGTGTACCGG---------TATTA----CATTGTTA-TGACAGGAACCAA-TTTT-T---ATT-ATT-TTTT---TA-----CTT-----T----T---T-GTTTTG-TTTTT--GATATGCACGGCCTTGA-CATTGT
gi|19 : atcatgaatatatatataag-TTAATGTTTATTAT---AAGCACTGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GCAT-TGTGTTG-AG---AAA--GA--CACATTTTGCC-A-TTTT-----CAATCACATTAACAT---TA-GATCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--GATTATTACTCATTT----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAAAAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTTATTTTc
gi|2 : GCATTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAACA-TTAC-CAAA-C-CA--A-AAACA--AT-T----TCTGG--A---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-CGTAAATTCTC-AAT-TACAACTGA-TTGATTCATCATCATTTCTGTTTTAATGCAGTTCAAGTGTTTTCTCTCCTTCCGT------G---------TATTATAATTATTGTTA-TGACAGGAA-TAA-TTTTATT-GATT-ATT-TTTC---C------CTT-----T----T---T-ATTTGT-TTTTT--TAAATGCATAGCCTTGA-CATTGTTCATAGCCACACCAATTTATAATT-----TACAGATGATACA------CA------T-G-TATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTATTTATAGCACAGTCTCTAT--CA-------C-------ACA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AAAAGAAA--GA--CGCCTTTTGCA-ATTTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-ATTCAAGTCTAAT-----TC---TTAA--TATATTCAACCAAGTTTT--GAGTATTA-CTTTTT----TCTC----AAT-AAC--ATACCAATATTAATAT--AAAATCCCAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTTC
gi|20 : tatatattatatataagAAGCTTATTAT---TAGCGCAGTCTCTAT--CA-------CATAATATTCT-------ACATTGTACCCAAGTTACGATTTCAAG------AAAT-TGTGTTG-AA---AGA--GA--CACATTTTATC-T-TTTT-----TAATCACATCACCAT---TA-GTT------TAAT-----AC------A--TGTATTCAACAAAGTGTT--GATTATTCTGTGTTC----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATGAATAT----TA---AAGAATGCCT----C-------------------A------------AT------------------T-GAAAATTCTGATTTTC
gi|21 : CACATGAAGGCGTTTGAAAGTGAC-CT-------CAT-CAAA-TTCA--ACAA-AG--AC-T----TTTGG-------------------------------AATTA--CATCTCATTTATTCTC-AGT--A-AGCTG------TTCATCAC-ATTT--ACTTT--T-AAGT-GCATTGTTTTCAATT------T------G---------TATTA----TACTGTTA-TGTCATTGATCAACTTTT-TT-AAAG-CTTATTTA---TA-----TTTCTGGCT----T---T-GTTTCG-TTATT--GGAA--CGCGACCTTGA-CATTGTTAAT
gi|22 : AATTTATCAT---TTACATGTTATATATAGCA-------CA------TCATTTTT--ACTTTGTAACCAAGTTATGCTTT-AAG------GTAT-TGTGTTG-AA---AAA--GA--GACCTTTTGCA-A-CTTT-----AAGTCACATCAAAAT---TG----------TAAT-------------------------CAAAGTGTT--GAATTTTAAC-TTTT----TCTC----AAT-AGC--ATCCCAGTATAAATAT----TA-------ATGGAAACCTT-------------------A------------AT------------------A-GCAAGTTCTGATTTTta
gi|24 : gTTTTGACAAATGAACTCTTTTAAAAG---------------ACACAAA-T-C-----AA-CG--ATAT----TC-----------TT--------------CT-CTT-AATTATTTTT-------ATTTTC--TT-TACTACTGA-TTTATTCATCAT-ATTTCTGTTTTAA------TAAAGTGTTTTCTCTCCCT-CAT------G---------TATAA----CA
gi|3 : atactatatgggGCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-TAC-AT-T----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-AGTAA-TTCTT-AAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTTTATCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TAACAGGAACCAA-TTTTTTT-AATG-ATT-TTTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGGGCGGCCTTGA-CATTGTACATAATCACCACAATTTATAATT-----TACAGCTAATACA------CA------C-G-CATGA-TATAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTAT---TAGCACATTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AG---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----CAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TC---CAAT--TTTATTCAGAAAAGTGTT--GATTAT----TTTTT----TATC----AAT-AAC--A-CCTAGTATTAATAT--AATATCCTAATATAAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTTATTTTCcg
gi|4 : tgaatatatatatgatatatataaacgGCTTTTGTCAAATTGAAGCTTTTGAAACTGAC-TTAAA-AATTAC-CAAA-T-CA--A-AAACA--AT-T----TTCGG--A---CTTT--------------TT-CTT-AATAAATTATT-CGTAAATTCTC-ATT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGGTTTCTGTTTGAATGAATTTGAAGTG-TTTCTTTCCCTCCGT------G---------TGTAA----CATTGTTA-AGACAGAAACCAA--TTT-TT-ATTG-ATT-TTGT----A-----TTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GAAATGCACGGCCTTGA-CATTGTTCGTAACTACCACAATTTATAGTT-----GACAGTTGATTCA------CA------T-G-TATGA-TAAAACCA--AA-----ACATTTTTTAATTTAAAGTTTATTAT---TAGCACAGTCTTTAA--CA-------C-------ACC-------ACATTGTATCCAAGGTATGATTA-AAG------GTAT-TGTGTTA-GA---AAA--AA-----CTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATAACCAT---TA-GTTCATGTCTCAT-----TC---CTAA--TACA---AACAAAGTGTT--GAATATTACTTCTTT----TCTC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AACATCCAAGTATGACTA---T-------------------T------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTT
gi|5 : atgaatatatataggatataagGCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAAAT-CA--A-AA-AA--CA-T----TCTGG--T---CTTT--------------TTTCTA-AATTAATTATC-AATAAATTCTC-AAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTATATCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TAACAGGTACCAA-TTTT-TT-AATG-ATT-TTTTTTACA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATCTGCGCGGCCTTGA-CATTGTTCATAATCACCACAATTTATAATT-----TACAGTTAATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TAAA-TTAAAGTTTATTAT---TAGCACAATCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-CAG------GTAT-CGTGTTG-AG---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAATAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--CATATTCAACAAAGTGTT--AATTATTACTTTTTT----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A--------------------------------T-GCAAGTTCTTATTTT
gi|6 : atcatgaatataaatgTTTTATCAAATGAAAGCGTTTGAAAATGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CC--T-AA-CA--AT-T----TCTGT--T---CTTA--------------TT-CTT-AATTAATTATC-CGTAAATTCTTTAAT-TTAAACTGA-TTTATTTATCATGA-------------GAAGTTGAAGTGTTTTCTCTCCCTCCAT------G---------TATTG----CCTTGTTA-TAACACGAACCAA-TTTT-T--ATTG-ATT-TTTT---CA------TT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTA--GATATGCACAGCCTTGA-CATTGTTCATAACTACCACAATTTATAATT-----TACA-TTGATACA------CAATGTCAT-G-TATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTA----------------GCACAGTCTTTAT--CA-------C-------ACA-------ACATTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AA---AAAAAGA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAACATAATTAAGTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAATAAAGTGTTTTGATTATTAC-TTTTT----TCTC----AAT-AAA--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------T------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTT
gi|7 : ccatgaacatatatatataaggctTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-AA--AA-T-----CTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-AGTAAATTCTT-TAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTGAATGAAGTTGAAGTGTTTTATCTCCCTCAGT------G---------TATTA----TATTGTTA-TAACAGGAACCAA-TTTT-TT-AATG-ATT-TGTT---TA-----CTT-----T----T---A-ATGTTG-TTTTT--GATAGGCGTGGCCTTGA-CATTGTTCATAATCACCACAATTTATAATT-----TACAATTAATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACGC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTAT---AAGCACAGCCTCTAT--CA-------T-------TCA-------ACTTTTTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AG---AAA--GA--CACCTTTTGAAGA-TTTTAATGATAATCTCATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAA-----AC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--GA-TAATAACTTTTT----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---C-------------------C------------AT------------------T-GCAAGTTCTTATTTT
gi|8 : aGCTTTGGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-CAC-AT-T----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTATTTATC-AGTAAATTCTT-AAT-TACAACTGA-TTAATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAATGTTTTATCTCCCTCCGT------G---------TAATA----CATTGTTA-TAACAGGAACCAA-TTTT-TT-AATG-ACT-TTTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGCACGGCCTTGA-CATTGTTCATAATCACCACAGTTTATAATT-----TACAGTTTATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAATTTATTAT---TAGCACAGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AG---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A--TTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTGTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--GATTGTTAATTTTTT----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAATTCTTATTTTC
gi|9 : TGACAAATGGAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA------C-CAAT-T-CA--ATAA-CA--AT-T----TCTGGATT---ATTT--------------TT-CTC-CATTAATTATC-CGTAAATTATC-ATA-TAGAACTGA-TTTGTCCATCATGATTTCTG-TTTAATGAAAT------GTTT---CTCACTCCGT------G---------TATTA----CACTGTTA-TGACATGAACCAA-TTTT-T--AATG-AAT-TTTT---C------CTT-----A----AA--T-ATTTTG-TATT---GAAACGCACAGTCTAGA-CATTGTTCTTAACTACCACAATCTGTTATT-----TACAGTTGGTACA------CA------T-GATGTGA-AAAAGCAA--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTAATTAA---TAGAACAGTCTCTAT--TG-------CA------TCATTTTCT-ACTTT--ATCCAAGTTATAATTTTAAG------GTAT-TGTGTTG-AA---AAA--AAAACACCGTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTTAAGTTTAAT-----GC------A--CGTATTTAACAAAGTGTT--GATTATTAC-TTTTT----TCTT----AAT-AAC--ATTCCAGTATGAATAT--AATAACCTAGTATGGATA---T-------------------ATAAGAAAGCCTTAT------------------TTGCAAGGTCTGATTTTc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ACCAATTCAACAAATGAATTTGGACGTTATCTCCTCCAATTATCAATAAATGCTTATTTTGCATCTGAGTTATTAATCATGTTTTGAATTTAGCAATTTATGTTATATATCCATTTTATTGTAATGACAACCAACCGATTTTCTAAGCAATTGGATTTGTTTGTTTTTATG
Alignments
lowQualScore : 11 11111111111111 1111111111 2222222222222222222222222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 2 888 0 2 2 2 33 7 7 00 2 5555 888888 33333333333333 2 2 33 2 0 2 2 1 0 0 0 6 666666 888888888 4444 2 33 7 77 1 2 2 6666666666 55555 5555 666 2 2 33 1 1 2 66666 777777 777777 2 2 2 33 66666 5555 2 333 22 3333333333333333333333333 4 666666 2 4 333 55 22 2 2 77777 333 2 0 99999999999 33 33 2 55 5555 1 5555 2 33 333 3 444 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 2
lowQualScore : . ... . . . . .. . . .. . .... ...... .............. . . .. . . . . . . . . . ...... ......... .... . .. . .. . . . .......... ..... .... ... . . .. . . . ..... ...... ...... . . . .. ..... .... . ... .. ......................... . ...... . . ... .. .. . . ..... ... . . ........... .. .. . .. .... . .... . .. ... . ... .................................................... .
lowQualScore : 4 666 4 4 4 4 22 1 1 33 4 0000 666666 88888888888888 4 4 11 2 5 2 2 8 5 5 5 1 444444 999999999 7777 4 44 1 88 5 4 4 7777777777 99999 0000 555 4 4 22 1 6 5 77777 777777 777777 7 7 7 77 77777 3333 4 777 99 8888888888888888888888888 2 111111 1 2 777 00 99 1 1 44444 999 2 2 22222222222 22 44 5 88 3333 0 3333 5 44 666 3 444 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 5
consensus : GCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-CA--AT-T----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-CGTAAATTCTC-AAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTTTNTCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TGACAGGAACCAA-TTTT-TT-AATG-ATT-TTTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGCGCGGCCTTGA-CATTGTTCATAACCACCACAATTTATAATT-----TACAGTTGATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTAT---TAGCACAGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AA---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--G-ATTATTACT-TTTTT----TNTC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTTC
Reference ( family-1144 ) : GCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-CA--AT-T----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-CGTAAATTCTC-AAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTTTNTCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TGACAGGAACCAA-TTTT-TT-AATG-ATT-TTTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGCGCGGCCTTGA-CATTGTTCATAACCACCACAATTTATAATT-----TACAGTTGATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTAT---TAGCACAGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AA---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--G-ATTATTACT-TTTTT----TNTC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTTC
gi|1 : GCTTTTGTCAAATGAAAGCTATTGAAAATGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--C-AG-CA--AT-T----TCTGT--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-CGTAAATTCTC-GAT-TAAAACTGA-TTTATTCATCTTGATTTCCGTTTTAATTAAGTTGAAGTGCCTTCTCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TGACAGGAACCAA--TTT-TT-ATTG-ATT-TTTT---TAC----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--TATATGCACGGCCATGA-CATTGTTCATAACTACCACAATTTATAATT-----TGCA-TTGATACACAATGTCA------T-G-TATGA-TAAAACAT--CA-----ACA----TTAA-CTAAAGTTTATTAT---TTGCACAGTCTCTGT--CA-------C-------ACA-------ACTTTGTATCCAAAGTATGATTT-GAG------GGAT-TCAGTTGAAA---AAA--GA--CACTTTTTGCA-A-GTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TT---CTAA--TATATTCAACACAGTGTT--G-ATTATTACT-TTTTC----TTT------AT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATTAATA---T-------------------A------------ATATCCAAGTATTAAAATAAT-GCAAGTTCTGATT
gi|10 : gaacatatatatataagAAATGCGAGCTATTGAAATGGAT-TTCAA------C-CAAA-T-CAGTA-AA-CATTAT-TGGACTTTGG--TAAACTTTACTATTGGACTTCATT-TTC-AATAAATTATC-TGTAAATTCTC-ATT-TTCAACTGA-TTTATTCATCATGATATCTGTTTTAATAAAGT----G-GTTTTTTTTCCATTCGA------T---------TATTA----CATTCTTA-TTA-------------TT-TT-A----------TC---CA-----TTT-----TCAAAT---T-ATTTTGATTTGT--AA-A-GCGAGCCCTTGA-CATTGTTCTTTACCACCACAAGTTAGCATT-----AACAGTTGATGCA------CA------TTG-TATAA-TAGAATAA--AA-----ACA----TTAC-T--ACGGTTATCAT---CAGCCCAGTTACTAT--T----------------------------------TCCA-----TG---T-GAG------GCACGTGTGTTA-AA---AAG--GA--CACATTTAGCA-G-TTTT-----TAATCAAATCAGCTT---TA-GTTCATATGTA-------------------ATATTCAACAAAATGTT--A-ATTATTTTT-TTTTT----TTTCTAAAAACAAAC--ACCCCGGTATGGATATCAAAGA---AAGTCT--------T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTT
gi|11 : CTC-ATT-TAAAACTGA-TTAATTCATCAATATCTCTGTTTCAG-GAA-----AATGCATTATCTCCTTT-GT------GGAATACTGTTATTG----TATTGCTAATG--------CAA-TTGTATT-AACC-ACA-TATT---CAAGAAGTTT-----T----T---T-CTTCTG-TGT-----ATATGTTTA----TGAACAACGGCTAT--CAATCAGAATTGGTCATTATGTGTGTAAT-GATACA------CA------T-T-T-TGAATAAAACATTTCATAATCACA----T--A-TTAAA------CAA---TAATACAGTCACAAT--T--------T-------TCT-------ACTTTTTGTGGAAATTATCATTT-AAG------TTAT-AGT-TTA-TA---AAA------CACTTTTTGCA-T-TTTTG----TAATCACATTAACTT---TA-GT----------T-----TC---ATAA--AAT----AAC----------G-ATTGTTATT-GTATT----TCTC----TAT-AAA--ATCCAAGCATAAATAT--------TAAATA-AAACA---T-------------------T------------TT------------------T-GCAGGTTCTGATTTTC
gi|12 : GCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-AAC-AT-T----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTATTTATC-AGTAAATTCTT-AAT-TACAGCTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTTTATCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TAACAGGAACCAA-TTTT-TTTAATG-TTT-TTTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATAGGCATGGCCTTG-------TTTATAATCACCACAATTTATAATT-----TACAATTAATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTAATAT---TAGAACAGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-CGAGTTG-AG---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----CAATCACATtttcactaaaagtgacaaaaaggtctatcacactcacattttgtttttga
gi|13 : gaatatatatatatatataaacaGTTTTTGTCGAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TGAC-CAAA-T-CA--A-AA-CA--AT-T----TCTGG--T---ATTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-TGTAAATTCTC-AAT-AACAACTAA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGT-GTGTTTTCTCTCCCTCTGT------G---------TGTAA----CATTTTTA-TCAAAGGAACCAA-TTTT-T--ATTG-ATT-TTTT---T------CTT-----T----T---T-GTTTTG-TTTTTTTGATATGCACGGCTTTGA-CATTGTTCATAACCACAACAATTTATAATT-----TACAGTTAATACA------CA------T-G-TATGA-TAAAACAC--TA-----ACA----TTAC-TTAAAGTTTATTAT---TAGCACA-------------------------------------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAGATACTAGTAT-TGTGTTG-AA---AAAA-GA--AACATTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATAAACAT---TA-G
gi|14 : atgaatatatatataaaGCTTTTGATAAATGAAGGCGTTTGAAAGTGACATTAA-------C-TAAA-T-CA--ATAA-CA--AT-T----TCTTG--A---CTTT--------------TT-CCTCAATTTAGTATC-CCTAAATTCCC-ATT-TACAACTTA-TTTATCCAGCATGATTTCTGTTTTAA------TCAAATGTTTT-TCTCTCTCCTT------G---------TATTA----CACTGCTA-CGACAGGAATAAA---TT-TT-AATGCGTT-TTTT---C------CTT-----T----TAAATAATTTTG-TTTTT--CAT
gi|14 : atatatataagCA----TTAA-TC-----TTATTAT---CAGCACAGTCTCTAC--CA-------CA------TCATTTTTCTACTTTGTATCCAAGTTATGGTTT-GAA------GAAT-TGTGATG-AA---AAA--GC--CACATTTTGCA-A-GTTT-----TACTCACATCAACAG---TA-GTTATGGTTTAATACAAATT---TTGA--TATGTTtaatcttattatcagcacagtctctaccacatcatttttctactttgtatccaagttatggtttgaagaattgtgatgaaaaagccacattttgcaagttttactcacatcaacagtagttatggtttaatacaaattttgatatgttgcatgtataaaattact
gi|15 : atatatataaggcttttgataaatgaaggcgtttgaaagtgacattaactaaatcaataacaatttcttgactttttcctcaatttagtatccctaaattcccatttacaacttatttatccagcatgatttctgttttaatcaaatgtttttctctctccttgtattacactgctacgacaggaataaattttaatgcgttttttccttttaaataattttgtttttGCTTTTGCCAAATGAAAGCTTTTAAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-TAAA-T-CA--A-AAACA--AT-T----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-TATTAATCATC-CGTAAATTCTA-AATGT----TTGAATTTATTCATCATGCTTTCTGCTTTGATGAAGTTGAAGTGTTTTATCTCTCTCAGT------G---------TATAA----CACTGTCA-TGACAGGAACCAA-TTTT-T--ATTG-ATT-TTTT---TAAC---TTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGCACGGCCTTGA-CATTGTTCATAACCACCACAATCTATGATT-----TATAGTGGATGCA------CA------T-G-CATCA-TAAAACAA--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGgcatgtataaaattact
gi|16 : atgaatatatatataagATCACCACAATTTATACTT-----TACAGTTAATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTAT---TAGCATAATCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GAAT-TGTGTTGAAA---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--G-ATAACTAC--TTTTT----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATGT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTTATTTTC
gi|17 : GTGTATTAT---TATCACAGGCTTTAT--CAGATAATTT-------TCT-------ACTTTGTATCTAGGTTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AA---CAA--GA--CGCCGTTTGC--A-TTTT-----TAATCACATCACTAT---TA-GTTCTAGATTAAT-----ACACGTTCATCTACATTCAACACAGTGTT--A-GTTCTTTCT-TTTTTTTTCTCTC----AAT-AACATATCCTAGTATTAATAT--AACATCCAAGTATGAATA---TAATATTTCAGTATAAATATA------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTTC
gi|18 : acGCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-ATAAA----------------------------AT-T----ACTG--------------------------------AATAAATTAAC-CGTAAATTCTC-AAT-AACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTAATTTAATGAAGTTG-TGTGTTTT-TCTCCCTCCGTGTACCGG---------TATTA----CATTGTTA-TGACAGGAACCAA-TTTT-T---ATT-ATT-TTTT---TA-----CTT-----T----T---T-GTTTTG-TTTTT--GATATGCACGGCCTTGA-CATTGT
gi|19 : atcatgaatatatatataag-TTAATGTTTATTAT---AAGCACTGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GCAT-TGTGTTG-AG---AAA--GA--CACATTTTGCC-A-TTTT-----CAATCACATTAACAT---TA-GATCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--G-ATTATTACT-CATTT----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAAAAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTTATTTTc
gi|2 : GCATTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAACA-TTAC-CAAA-C-CA--A-AAACA--AT-T----TCTGG--A---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-CGTAAATTCTC-AAT-TACAACTGA-TTGATTCATCATCATTTCTGTTTTAATGCAGTTCAAGTGTTTTCTCTCCTTCCGT------G---------TATTATAATTATTGTTA-TGACAGGAA-TAA-TTTTATT-GATT-ATT-TTTC---C------CTT-----T----T---T-ATTTGT-TTTTT--TAAATGCATAGCCTTGA-CATTGTTCATAGCCACACCAATTTATAATT-----TACAGATGATACA------CA------T-G-TATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTATTTATAGCACAGTCTCTAT--CA-------C-------ACA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AAAAGAAA--GA--CGCCTTTTGCA-ATTTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-ATTCAAGTCTAAT-----TC---TTAA--TATATTCAACCAAGTTTT--G-AGTATTAC--TTTTT----TCTC----AAT-AAC--ATACCAATATTAATAT--AAAATCCCAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTTC
gi|20 : tatatattatatataagAAGCTTATTAT---TAGCGCAGTCTCTAT--CA-------CATAATATTCT-------ACATTGTACCCAAGTTACGATTTCAAG------AAAT-TGTGTTG-AA---AGA--GA--CACATTTTATC-T-TTTT-----TAATCACATCACCAT---TA-GTT------TAAT-----AC------A--TGTATTCAACAAAGTGTT--G-ATTATT-CTGTGTTC----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATGAATAT----TA---AAGAATGCCT----C-------------------A------------AT------------------T-GAAAATTCTGATTTTC
gi|21 : CACATGAAGGCGTTTGAAAGTGAC-CT-------CAT-CAAA-TTCA--ACAA-AG--AC-T----TTTGG-------------------------------AATTA--CATCTCATTTATTCTC-AGT--A-AGCTG------TTCATCAC-ATTT--ACTTT--T-AAGT-GCATTGTTTTCAATT------T------G---------TATTA----TACTGTTA-TGTCATTGATCAACTTTT-TT-AAAG-CTTATTTA---TA-----TTTCTGGCT----T---T-GTTTCG-TTATT--GGAA--CGCGACCTTGA-CATTGTTAAT
gi|22 : AATTTATCAT---TTACATGTTATATATAGCA-------CA------TCATTTTT--ACTTTGTAACCAAGTTATGCTTT-AAG------GTAT-TGTGTTG-AA---AAA--GA--GACCTTTTGCA-A-CTTT-----AAGTCACATCAAAAT---TG----------TAAT-------------------------CAAAGTGTT--GAATTTTAAC---TTTT----TCTC----AAT-AGC--ATCCCAGTATAAATAT----TA-------ATGGAAACCTT-------------------A------------AT------------------A-GCAAGTTCTGATTTTta
gi|24 : gTTTTGACAAATGAACTCTTTTAAAAG---------------ACACAAA-T-C-----AA-CG--ATAT----TC-----------TT--------------CT-CTT-AATTATTTTT-------ATTTTC--TT-TACTACTGA-TTTATTCATCAT-ATTTCTGTTTTAA------TAAAGTGTTTTCTCTCCCT-CAT------G---------TATAA----CA
gi|3 : atactatatgggGCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-TAC-AT-T----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-AGTAA-TTCTT-AAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTTTATCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TAACAGGAACCAA-TTTTTTT-AATG-ATT-TTTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGGGCGGCCTTGA-CATTGTACATAATCACCACAATTTATAATT-----TACAGCTAATACA------CA------C-G-CATGA-TATAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTAT---TAGCACATTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AG---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----CAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TC---CAAT--TTTATTCAGAAAAGTGTT--G-ATTA----T-TTTTT----TATC----AAT-AAC--A-CCTAGTATTAATAT--AATATCCTAATATAAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTTATTTTCcg
gi|4 : tgaatatatatatgatatatataaacgGCTTTTGTCAAATTGAAGCTTTTGAAACTGAC-TTAAA-AATTAC-CAAA-T-CA--A-AAACA--AT-T----TTCGG--A---CTTT--------------TT-CTT-AATAAATTATT-CGTAAATTCTC-ATT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGGTTTCTGTTTGAATGAATTTGAAGTG-TTTCTTTCCCTCCGT------G---------TGTAA----CATTGTTA-AGACAGAAACCAA--TTT-TT-ATTG-ATT-TTGT----A-----TTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GAAATGCACGGCCTTGA-CATTGTTCGTAACTACCACAATTTATAGTT-----GACAGTTGATTCA------CA------T-G-TATGA-TAAAACCA--AA-----ACATTTTTTAATTTAAAGTTTATTAT---TAGCACAGTCTTTAA--CA-------C-------ACC-------ACATTGTATCCAAGGTATGATTA-AAG------GTAT-TGTGTTA-GA---AAA--AA-----CTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATAACCAT---TA-GTTCATGTCTCAT-----TC---CTAA--TACA---AACAAAGTGTT--G-AATATTACT-TCTTT----TCTC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AACATCCAAGTATGACTA---T-------------------T------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTT
gi|5 : atgaatatatataggatataagGCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAAAT-CA--A-AA-AA--CA-T----TCTGG--T---CTTT--------------TTTCTA-AATTAATTATC-AATAAATTCTC-AAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTATATCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TAACAGGTACCAA-TTTT-TT-AATG-ATT-TTTTTTACA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATCTGCGCGGCCTTGA-CATTGTTCATAATCACCACAATTTATAATT-----TACAGTTAATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TAAA-TTAAAGTTTATTAT---TAGCACAATCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-CAG------GTAT-CGTGTTG-AG---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAATAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--CATATTCAACAAAGTGTT--A-ATTATTACT-TTTTT----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A--------------------------------T-GCAAGTTCTTATTTT
gi|6 : atcatgaatataaatgTTTTATCAAATGAAAGCGTTTGAAAATGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CC--T-AA-CA--AT-T----TCTGT--T---CTTA--------------TT-CTT-AATTAATTATC-CGTAAATTCTTTAAT-TTAAACTGA-TTTATTTATCATGA-------------GAAGTTGAAGTGTTTTCTCTCCCTCCAT------G---------TATTG----CCTTGTTA-TAACACGAACCAA-TTTT-T--ATTG-ATT-TTTT---CA------TT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTA--GATATGCACAGCCTTGA-CATTGTTCATAACTACCACAATTTATAATT-----TACA-TTGATACA------CAATGTCAT-G-TATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTA----------------GCACAGTCTTTAT--CA-------C-------ACA-------ACATTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AA---AAAAAGA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAACATAATTAAGTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAATAAAGTGTTTTG-ATTATTACT-TTTTT-----CTC----AAT-AAA--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------T------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTT
gi|7 : ccatgaacatatatatataaggctTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-AA--AA-T-----CTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-AGTAAATTCTT-TAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTGAATGAAGTTGAAGTGTTTTATCTCCCTCAGT------G---------TATTA----TATTGTTA-TAACAGGAACCAA-TTTT-TT-AATG-ATT-TGTT---TA-----CTT-----T----T---A-ATGTTG-TTTTT--GATAGGCGTGGCCTTGA-CATTGTTCATAATCACCACAATTTATAATT-----TACAATTAATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACGC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTAT---AAGCACAGCCTCTAT--CA-------T-------TCA-------ACTTTTTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AG---AAA--GA--CACCTTTTGAAGA-TTTTAATGATAATCTCATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAA-----AC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--G-ATAATAAC--TTTTT----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---C-------------------C------------AT------------------T-GCAAGTTCTTATTTT
gi|8 : aGCTTTGGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-CAC-AT-T----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTATTTATC-AGTAAATTCTT-AAT-TACAACTGA-TTAATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAATGTTTTATCTCCCTCCGT------G---------TAATA----CATTGTTA-TAACAGGAACCAA-TTTT-TT-AATG-ACT-TTTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGCACGGCCTTGA-CATTGTTCATAATCACCACAGTTTATAATT-----TACAGTTTATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAATTTATTAT---TAGCACAGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AG---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A--TTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTGTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--G-ATTGTTAAT-TTTTT----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAATTCTTATTTTC
gi|9 : TGACAAATGGAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA------C-CAAT-T-CA--ATAA-CA--AT-T----TCTGGATT---ATTT--------------TT-CTC-CATTAATTATC-CGTAAATTATC-ATA-TAGAACTGA-TTTGTCCATCATGATTTCTG-TTTAATGAAAT------GTTT---CTCACTCCGT------G---------TATTA----CACTGTTA-TGACATGAACCAA-TTTT-T--AATG-AAT-TTTT---C------CTT-----A----AA--T-ATTTTG-TATT---GAAACGCACAGTCTAGA-CATTGTTCTTAACTACCACAATCTGTTATT-----TACAGTTGGTACA------CA------T-GATGTGA-AAAAGCAA--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTAATTAA---TAGAACAGTCTCTAT--TG-------CA------TCATTTTCT-ACTTT--ATCCAAGTTATAATTTTAAG------GTAT-TGTGTTG-AA---AAA--AAAACACCGTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTTAAGTTTAAT-----GC------A--CGTATTTAACAAAGTGTT--G-ATTATTACT-TTTTT----CTT-----AAT-AAC--ATTCCAGTATGAATAT--AATAACCTAGTATGGATA---T-------------------ATAAGAAAGCCTTAT------------------TTGCAAGGTCTGATTTTc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ACCAATTCAACAAATGAATTTGGACGTTATCTCCTCCAATTATCAATAAATGCTTATTTTGCATCTGAGTTATTAATCATGTTTTGAATTTAGCAATTTATGTTATATATCCATTTTATTGTAATGACAACCAACCGATTTTCTAAGCAATTGGATTTGTTTGTTTTTATG
Alignments
lowQualScore : 11 11111111111111 1111111111 2222222222222222222222222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 2 888 0 2 2 2 33 7 7 00 2 5555 888888 33333333333333 2 2 33 2 0 2 2 1 0 0 0 6 666666 888888888 4444 2 33 7 77 1 2 2 6666666666 55555 5555 666 2 2 33 1 1 2 66666 777777 777777 2 2 2 33 66666 5555 2 333 22 3333333333333333333333333 4 666666 2 4 333 55 22 2 2 77777 333 2 0 99999999999 33 33 2 55 5555 1 5555 2 33 333 3 444 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 2
lowQualScore : . ... . . . . .. . . .. . .... ...... .............. . . .. . . . . . . . . . ...... ......... .... . .. . .. . . . .......... ..... .... ... . . .. . . . ..... ...... ...... . . . .. ..... .... . ... .. ......................... . ...... . . ... .. .. . . ..... ... . . ........... .. .. . .. .... . .... . .. ... . ... .................................................... .
lowQualScore : 4 666 4 4 4 4 22 1 1 33 4 0000 666666 88888888888888 4 4 11 2 5 2 2 8 5 5 5 1 444444 999999999 7777 4 44 1 88 5 4 4 7777777777 99999 0000 555 4 4 22 1 6 5 77777 777777 777777 7 7 7 77 77777 3333 4 777 99 8888888888888888888888888 2 111111 1 2 777 00 99 1 1 44444 999 2 2 22222222222 22 44 5 88 3333 0 3333 5 44 666 3 444 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 5
consensus : GCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-CA--AT-T----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-CGTAAATTCTC-AAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTTTNTCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TGACAGGAACCAA-TTTT-TT-AATG-ATT-TTTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGCGCGGCCTTGA-CATTGTTCATAACCACCACAATTTATAATT-----TACAGTTGATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTAT---TAGCACAGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AA---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--G-ATTATTACT-TTTTT----TNTC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTTC
Reference ( family-1144 ) : GCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-CA--AT-T----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-CGTAAATTCTC-AAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTTTNTCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TGACAGGAACCAA-TTTT-TT-AATG-ATT-TTTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGCGCGGCCTTGA-CATTGTTCATAACCACCACAATTTATAATT-----TACAGTTGATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTAT---TAGCACAGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AA---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--G-ATTATTACT-TTTTT----TNTC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTTC
gi|1 : GCTTTTGTCAAATGAAAGCTATTGAAAATGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--C-AG-CA--AT-T----TCTGT--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-CGTAAATTCTC-GAT-TAAAACTGA-TTTATTCATCTTGATTTCCGTTTTAATTAAGTTGAAGTGCCTTCTCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TGACAGGAACCAA--TTT-TT-ATTG-ATT-TTTT---TAC----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--TATATGCACGGCCATGA-CATTGTTCATAACTACCACAATTTATAATT-----TGCA-TTGATACACAATGTCA------T-G-TATGA-TAAAACAT--CA-----ACA----TTAA-CTAAAGTTTATTAT---TTGCACAGTCTCTGT--CA-------C-------ACA-------ACTTTGTATCCAAAGTATGATTT-GAG------GGAT-TCAGTTGAAA---AAA--GA--CACTTTTTGCA-A-GTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TT---CTAA--TATATTCAACACAGTGTT--G-ATTATTACT-TTTTC----TTT------AT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATTAATA---T-------------------A------------ATATCCAAGTATTAAAATAAT-GCAAGTTCTGATT
gi|10 : gaacatatatatataagAAATGCGAGCTATTGAAATGGAT-TTCAA------C-CAAA-T-CAGTA-AA-CATTAT-TGGACTTTGG--TAAACTTTACTATTGGACTTCATT-TTC-AATAAATTATC-TGTAAATTCTC-ATT-TTCAACTGA-TTTATTCATCATGATATCTGTTTTAATAAAGT----G-GTTTTTTTTCCATTCGA------T---------TATTA----CATTCTTA-TTA-------------TT-TT-A----------TC---CA-----TTT-----TCAAAT---T-ATTTTGATTTGT--AA-A-GCGAGCCCTTGA-CATTGTTCTTTACCACCACAAGTTAGCATT-----AACAGTTGATGCA------CA------TTG-TATAA-TAGAATAA--AA-----ACA----TTAC-T--ACGGTTATCAT---CAGCCCAGTTACTAT--T----------------------------------TCCA-----TG---T-GAG------GCACGTGTGTTA-AA---AAG--GA--CACATTTAGCA-G-TTTT-----TAATCAAATCAGCTT---TA-GTTCATATGTA-------------------ATATTCAACAAAATGTT--A-ATTATTTTT-TTTTT----TTTCTAAAAACAAAC--ACCCCGGTATGGATATCAAAGA---AAGTCT--------T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTT
gi|11 : CTC-ATT-TAAAACTGA-TTAATTCATCAATATCTCTGTTTCAG-GAA-----AATGCATTATCTCCTTT-GT------GGAATACTGTTATTG----TATTGCTAATG--------CAA-TTGTATT-AACC-ACA-TATT---CAAGAAGTTT-----T----T---T-CTTCTG-TGT-----ATATGTTTA----TGAACAACGGCTAT--CAATCAGAATTGGTCATTATGTGTGTAAT-GATACA------CA------T-T-T-TGAATAAAACATTTCATAATCACA----T--A-TTAAA------CAA---TAATACAGTCACAAT--T--------T-------TCT-------ACTTTTTGTGGAAATTATCATTT-AAG------TTAT-AGT-TTA-TA---AAA------CACTTTTTGCA-T-TTTTG----TAATCACATTAACTT---TA-GT----------T-----TC---ATAA--AAT----AAC----------G-ATTGTTATT-GTATT----TCTC----TAT-AAA--ATCCAAGCATAAATAT--------TAAATA-AAACA---T-------------------T------------TT------------------T-GCAGGTTCTGATTTTC
gi|12 : GCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-AAC-AT-T----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTATTTATC-AGTAAATTCTT-AAT-TACAGCTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTTTATCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TAACAGGAACCAA-TTTT-TTTAATG-TTT-TTTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATAGGCATGGCCTTG-------TTTATAATCACCACAATTTATAATT-----TACAATTAATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTAATAT---TAGAACAGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-CGAGTTG-AG---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----CAATCACATtttcactaaaagtgacaaaaaggtctatcacactcacattttgtttttga
gi|13 : gaatatatatatatatataaacaGTTTTTGTCGAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TGAC-CAAA-T-CA--A-AA-CA--AT-T----TCTGG--T---ATTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-TGTAAATTCTC-AAT-AACAACTAA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGT-GTGTTTTCTCTCCCTCTGT------G---------TGTAA----CATTTTTA-TCAAAGGAACCAA-TTTT-T--ATTG-ATT-TTTT---T------CTT-----T----T---T-GTTTTG-TTTTTTTGATATGCACGGCTTTGA-CATTGTTCATAACCACAACAATTTATAATT-----TACAGTTAATACA------CA------T-G-TATGA-TAAAACAC--TA-----ACA----TTAC-TTAAAGTTTATTAT---TAGCACA-------------------------------------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAGATACTAGTAT-TGTGTTG-AA---AAAA-GA--AACATTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATAAACAT---TA-G
gi|14 : atgaatatatatataaaGCTTTTGATAAATGAAGGCGTTTGAAAGTGACATTAA-------C-TAAA-T-CA--ATAA-CA--AT-T----TCTTG--A---CTTT--------------TT-CCTCAATTTAGTATC-CCTAAATTCCC-ATT-TACAACTTA-TTTATCCAGCATGATTTCTGTTTTAA------TCAAATGTTTT-TCTCTCTCCTT------G---------TATTA----CACTGCTA-CGACAGGAATAAA---TT-TT-AATGCGTT-TTTT---C------CTT-----T----TAAATAATTTTG-TTTTT--CAT
gi|14 : atatatataagCA----TTAA-TC-----TTATTAT---CAGCACAGTCTCTAC--CA-------CA------TCATTTTTCTACTTTGTATCCAAGTTATGGTTT-GAA------GAAT-TGTGATG-AA---AAA--GC--CACATTTTGCA-A-GTTT-----TACTCACATCAACAG---TA-GTTATGGTTTAATACAAATT---TTGA--TATGTTtaatcttattatcagcacagtctctaccacatcatttttctactttgtatccaagttatggtttgaagaattgtgatgaaaaagccacattttgcaagttttactcacatcaacagtagttatggtttaatacaaattttgatatgttgcatgtataaaattact
gi|15 : atatatataaggcttttgataaatgaaggcgtttgaaagtgacattaactaaatcaataacaatttcttgactttttcctcaatttagtatccctaaattcccatttacaacttatttatccagcatgatttctgttttaatcaaatgtttttctctctccttgtattacactgctacgacaggaataaattttaatgcgttttttccttttaaataattttgtttttGCTTTTGCCAAATGAAAGCTTTTAAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-TAAA-T-CA--A-AAACA--AT-T----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-TATTAATCATC-CGTAAATTCTA-AATGT----TTGAATTTATTCATCATGCTTTCTGCTTTGATGAAGTTGAAGTGTTTTATCTCTCTCAGT------G---------TATAA----CACTGTCA-TGACAGGAACCAA-TTTT-T--ATTG-ATT-TTTT---TAAC---TTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGCACGGCCTTGA-CATTGTTCATAACCACCACAATCTATGATT-----TATAGTGGATGCA------CA------T-G-CATCA-TAAAACAA--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGgcatgtataaaattact
gi|16 : atgaatatatatataagATCACCACAATTTATACTT-----TACAGTTAATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTAT---TAGCATAATCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GAAT-TGTGTTGAAA---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--G-ATAACTAC--TTTTT----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATGT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTTATTTTC
gi|17 : GTGTATTAT---TATCACAGGCTTTAT--CAGATAATTT-------TCT-------ACTTTGTATCTAGGTTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AA---CAA--GA--CGCCGTTTGC--A-TTTT-----TAATCACATCACTAT---TA-GTTCTAGATTAAT-----ACACGTTCATCTACATTCAACACAGTGTT--A-GTTCTTTCT-TTTTTTTTCTCTC----AAT-AACATATCCTAGTATTAATAT--AACATCCAAGTATGAATA---TAATATTTCAGTATAAATATA------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTTC
gi|18 : acGCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-ATAAA----------------------------AT-T----ACTG--------------------------------AATAAATTAAC-CGTAAATTCTC-AAT-AACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTAATTTAATGAAGTTG-TGTGTTTT-TCTCCCTCCGTGTACCGG---------TATTA----CATTGTTA-TGACAGGAACCAA-TTTT-T---ATT-ATT-TTTT---TA-----CTT-----T----T---T-GTTTTG-TTTTT--GATATGCACGGCCTTGA-CATTGT
gi|19 : atcatgaatatatatataag-TTAATGTTTATTAT---AAGCACTGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GCAT-TGTGTTG-AG---AAA--GA--CACATTTTGCC-A-TTTT-----CAATCACATTAACAT---TA-GATCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--G-ATTATTACT-CATTT----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAAAAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTTATTTTc
gi|2 : GCATTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAACA-TTAC-CAAA-C-CA--A-AAACA--AT-T----TCTGG--A---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-CGTAAATTCTC-AAT-TACAACTGA-TTGATTCATCATCATTTCTGTTTTAATGCAGTTCAAGTGTTTTCTCTCCTTCCGT------G---------TATTATAATTATTGTTA-TGACAGGAA-TAA-TTTTATT-GATT-ATT-TTTC---C------CTT-----T----T---T-ATTTGT-TTTTT--TAAATGCATAGCCTTGA-CATTGTTCATAGCCACACCAATTTATAATT-----TACAGATGATACA------CA------T-G-TATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTATTTATAGCACAGTCTCTAT--CA-------C-------ACA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AAAAGAAA--GA--CGCCTTTTGCA-ATTTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-ATTCAAGTCTAAT-----TC---TTAA--TATATTCAACCAAGTTTT--G-AGTATTAC--TTTTT----TCTC----AAT-AAC--ATACCAATATTAATAT--AAAATCCCAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTTC
gi|20 : tatatattatatataagAAGCTTATTAT---TAGCGCAGTCTCTAT--CA-------CATAATATTCT-------ACATTGTACCCAAGTTACGATTTCAAG------AAAT-TGTGTTG-AA---AGA--GA--CACATTTTATC-T-TTTT-----TAATCACATCACCAT---TA-GTT------TAAT-----AC------A--TGTATTCAACAAAGTGTT--G-ATTATT-CTGTGTTC----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATGAATAT----TA---AAGAATGCCT----C-------------------A------------AT------------------T-GAAAATTCTGATTTTC
gi|21 : CACATGAAGGCGTTTGAAAGTGAC-CT-------CAT-CAAA-TTCA--ACAA-AG--AC-T----TTTGG-------------------------------AATTA--CATCTCATTTATTCTC-AGT--A-AGCTG------TTCATCAC-ATTT--ACTTT--T-AAGT-GCATTGTTTTCAATT------T------G---------TATTA----TACTGTTA-TGTCATTGATCAACTTTT-TT-AAAG-CTTATTTA---TA-----TTTCTGGCT----T---T-GTTTCG-TTATT--GGAA--CGCGACCTTGA-CATTGTTAAT
gi|22 : AATTTATCAT---TTACATGTTATATATAGCA-------CA------TCATTTTT--ACTTTGTAACCAAGTTATGCTTT-AAG------GTAT-TGTGTTG-AA---AAA--GA--GACCTTTTGCA-A-CTTT-----AAGTCACATCAAAAT---TG----------TAAT-------------------------CAAAGTGTT--GAATTTTAAC---TTTT----TCTC----AAT-AGC--ATCCCAGTATAAATAT----TA-------ATGGAAACCTT-------------------A------------AT------------------A-GCAAGTTCTGATTTTta
gi|24 : gTTTTGACAAATGAACTCTTTTAAAAG---------------ACACAAA-T-C-----AA-CG--ATAT----TC-----------TT--------------CT-CTT-AATTATTTTT-------ATTTTC--TT-TACTACTGA-TTTATTCATCAT-ATTTCTGTTTTAA------TAAAGTGTTTTCTCTCCCT-CAT------G---------TATAA----CA
gi|3 : atactatatgggGCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-TAC-AT-T----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-AGTAA-TTCTT-AAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTTTATCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TAACAGGAACCAA-TTTTTTT-AATG-ATT-TTTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGGGCGGCCTTGA-CATTGTACATAATCACCACAATTTATAATT-----TACAGCTAATACA------CA------C-G-CATGA-TATAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTAT---TAGCACATTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AG---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----CAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TC---CAAT--TTTATTCAGAAAAGTGTT--G-ATTA----T-TTTTT----TATC----AAT-AAC--A-CCTAGTATTAATAT--AATATCCTAATATAAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTTATTTTCcg
gi|4 : tgaatatatatatgatatatataaacgGCTTTTGTCAAATTGAAGCTTTTGAAACTGAC-TTAAA-AATTAC-CAAA-T-CA--A-AAACA--AT-T----TTCGG--A---CTTT--------------TT-CTT-AATAAATTATT-CGTAAATTCTC-ATT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGGTTTCTGTTTGAATGAATTTGAAGTG-TTTCTTTCCCTCCGT------G---------TGTAA----CATTGTTA-AGACAGAAACCAA--TTT-TT-ATTG-ATT-TTGT----A-----TTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GAAATGCACGGCCTTGA-CATTGTTCGTAACTACCACAATTTATAGTT-----GACAGTTGATTCA------CA------T-G-TATGA-TAAAACCA--AA-----ACATTTTTTAATTTAAAGTTTATTAT---TAGCACAGTCTTTAA--CA-------C-------ACC-------ACATTGTATCCAAGGTATGATTA-AAG------GTAT-TGTGTTA-GA---AAA--AA-----CTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATAACCAT---TA-GTTCATGTCTCAT-----TC---CTAA--TACA---AACAAAGTGTT--G-AATATTACT-TCTTT----TCTC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AACATCCAAGTATGACTA---T-------------------T------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTT
gi|5 : atgaatatatataggatataagGCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAAAT-CA--A-AA-AA--CA-T----TCTGG--T---CTTT--------------TTTCTA-AATTAATTATC-AATAAATTCTC-AAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTATATCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TAACAGGTACCAA-TTTT-TT-AATG-ATT-TTTTTTACA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATCTGCGCGGCCTTGA-CATTGTTCATAATCACCACAATTTATAATT-----TACAGTTAATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TAAA-TTAAAGTTTATTAT---TAGCACAATCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-CAG------GTAT-CGTGTTG-AG---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAATAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--CATATTCAACAAAGTGTT--A-ATTATTACT-TTTTT----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A--------------------------------T-GCAAGTTCTTATTTT
gi|6 : atcatgaatataaatgTTTTATCAAATGAAAGCGTTTGAAAATGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CC--T-AA-CA--AT-T----TCTGT--T---CTTA--------------TT-CTT-AATTAATTATC-CGTAAATTCTTTAAT-TTAAACTGA-TTTATTTATCATGA-------------GAAGTTGAAGTGTTTTCTCTCCCTCCAT------G---------TATTG----CCTTGTTA-TAACACGAACCAA-TTTT-T--ATTG-ATT-TTTT---CA------TT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTA--GATATGCACAGCCTTGA-CATTGTTCATAACTACCACAATTTATAATT-----TACA-TTGATACA------CAATGTCAT-G-TATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTA----------------GCACAGTCTTTAT--CA-------C-------ACA-------ACATTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AA---AAAAAGA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAACATAATTAAGTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAATAAAGTGTTTTG-ATTATTACT-TTTTT-----CTC----AAT-AAA--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------T------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTT
gi|7 : ccatgaacatatatatataaggctTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-AA--AA-T-----CTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-AGTAAATTCTT-TAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTGAATGAAGTTGAAGTGTTTTATCTCCCTCAGT------G---------TATTA----TATTGTTA-TAACAGGAACCAA-TTTT-TT-AATG-ATT-TGTT---TA-----CTT-----T----T---A-ATGTTG-TTTTT--GATAGGCGTGGCCTTGA-CATTGTTCATAATCACCACAATTTATAATT-----TACAATTAATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACGC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTAT---AAGCACAGCCTCTAT--CA-------T-------TCA-------ACTTTTTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AG---AAA--GA--CACCTTTTGAAGA-TTTTAATGATAATCTCATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAA-----AC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--G-ATAATAAC--TTTTT----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---C-------------------C------------AT------------------T-GCAAGTTCTTATTTT
gi|8 : aGCTTTGGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-CAC-AT-T----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTATTTATC-AGTAAATTCTT-AAT-TACAACTGA-TTAATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAATGTTTTATCTCCCTCCGT------G---------TAATA----CATTGTTA-TAACAGGAACCAA-TTTT-TT-AATG-ACT-TTTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGCACGGCCTTGA-CATTGTTCATAATCACCACAGTTTATAATT-----TACAGTTTATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAATTTATTAT---TAGCACAGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AG---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A--TTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTGTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--G-ATTGTTAAT-TTTTT----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAATTCTTATTTTC
gi|9 : TGACAAATGGAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA------C-CAAT-T-CA--ATAA-CA--AT-T----TCTGGATT---ATTT--------------TT-CTC-CATTAATTATC-CGTAAATTATC-ATA-TAGAACTGA-TTTGTCCATCATGATTTCTG-TTTAATGAAAT------GTTT---CTCACTCCGT------G---------TATTA----CACTGTTA-TGACATGAACCAA-TTTT-T--AATG-AAT-TTTT---C------CTT-----A----AA--T-ATTTTG-TATT---GAAACGCACAGTCTAGA-CATTGTTCTTAACTACCACAATCTGTTATT-----TACAGTTGGTACA------CA------T-GATGTGA-AAAAGCAA--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTAATTAA---TAGAACAGTCTCTAT--TG-------CA------TCATTTTCT-ACTTT--ATCCAAGTTATAATTTTAAG------GTAT-TGTGTTG-AA---AAA--AAAACACCGTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTTAAGTTTAAT-----GC------A--CGTATTTAACAAAGTGTT--G-ATTATTACT-TTTTT----CTT-----AAT-AAC--ATTCCAGTATGAATAT--AATAACCTAGTATGGATA---T-------------------ATAAGAAAGCCTTAT------------------TTGCAAGGTCTGATTTTc
blockSeqs : A CA A A T GT T A TT A GGAC TAAA ACTATTGGACTTCA T C TC T G A T T GTACCG GAATACTGT TAAT A CT A TT A C A CAAGAAG CTGGC CAAA AAA A A TT T G A ATGTG . ATGTCA T A A TT TAATC TTTT T TTA AG CATCATTTTTCT C ATACTA G A AAG AA AA G T AATGA AAT A ACAAATTT TC TT A TG TTTC T TAAA A AT CAA T CCT AATATTTCAGTATAAATATAAT T
blockSeqs : . AA . . . . C A C . . ATT . . . T . . . T A . . . . T A T A . . TTACA . . A . . . G T . . . . . . . . . . . . . GATAATTTTCT T . . . . A . . . G . . ACACGT . . . T . C . . . A T . ATAAGAAAGCCTTAT .
blockSeqs : . A . . . . T A C . . T . . . A . . . C A . . . . T T T T . . TAAC . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . CATAATATTCT . . . . . . . . . . . . TCA . . . T . A . . . A T . AAT .
blockSeqs : . A . . . . . . C . . T . . . T . . . C C . . . . T . T A . . CA . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . CATCATTTTCT . . . . . . . . . . . . TCC . . . T . C . . . A T . TTT .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . A . . . C . . . T A . . . . T . T T . . CA . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . CATCATTTTT . . . . . . . . . . . . TCC . . . T . A . . . A T . AAT .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . T . . . C . . . C C . . . . T . T A . . TA . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . TTCT . . . . . . . . . . . . TCT . . . T . C . . . A T . AAT .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . A . . . C . . . A C . . . . T . T A . . TA . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . CTCA . . . . . . . . . . . . TCC . . . T . A . . . A T . AAT .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . T . . . C . . . T C . . . . T . T A . . CA . . . . . . T G . . . . . . . . . . . . . CTCA . . . . . . . . . . . . TCC . . . T . C . . . A T . AAT .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . A . . . A . . . C A . . . . T . T A . . CA . . . . . . T G . . . . . . . . . . . . . CTCA . . . . . . . . . . . . TCC . . . T . A . . . A T . AAT .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . T . . . C . . . T C . . . . T . T T . . TA . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . CACA . . . . . . . . . . . . TCC . . . T . C . . . A T . AAT .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . A . . . C A . . . . T . T A . . CA . . . . . . G G . . . . . . . . . . . . . CTCA . . . . . . . . . . . . ACC . . . T . A . . . A A . TAT .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . C . . . T C . . . . T . . T . . T . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . CACC . . . . . . . . . . . . TCC . . . . . C . . . A . . TAT .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . A . . . C A . . . . T . . A . . C . . . . . . C G . . . . . . . . . . . . . CTCA . . . . . . . . . . . . AC . . . . . A . . . . . . CAT .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . C A . . . . . . . A . . C . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . CACA . . . . . . . . . . . . GC . . . . . A . . . . . . AAT .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . . . C . . . . . . . . A . . A . . . . . . . A . . . . . TTCA . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . CTCA . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : T* CA******** ******
originalCons : GCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-CA--AT-T----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-CGTAAATTCTC-AAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTTTNTCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TGACAGGAACCAA-TTTT-TT-AATG-ATT-TTTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGCGCGGCCTTGA-CATTGTTCATAACCACCACAATTTATAATT-----TACAGTTGATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTAT---TAGCACAGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AA---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--G-ATTATTACT-TTTTT----TNTC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTTC
finalCons : GCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-CA--AT-T----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-CGTAAATTCTC-AAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTTTNTCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TGACAGGAACCAAT-TTT-TT-AATG-ATT-TTTTCA--------CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGCGCGGCCTTGA-CATTGTTCATAACCACCACAATTTATAATT-----TACAGTTGATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTAT---TAGCACAGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AA---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--G-ATTATTACT-TTTTT----TNTC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTTC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ACCAATTCAACAAATGAATTTGGACGTTATCTCCTCCAATTATCAATAAATGCTTATTTTGCATCTGAGTTATTAATCATGTTTTGAATTTAGCAATTTATGTTATATATCCATTTTATTGTAATGACAACCAACCGATTTTCTAAGCAATTGGATTTGTTTGTTTTTATG
Alignments
lowQualScore : 11 11111111111111 1111111111 2222222222222222222222222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 2 888 0 2 2 2 33 7 7 00 2 5555 888888 33333333333333 2 2 33 2 0 2 2 1 0 0 0 6 666666 888888888 4444 2 33 7 77 1 2 2 6666666666 55555 5555 666 2 2 33 1 1 2 66666 777777 777777 2 2 2 33 66666 5555 2 333 22 3333333333333333333333333 4 666666 2 4 333 55 22 2 2 77777 333 2 0 99999999999 33 33 2 55 5555 1 5555 2 33 333 3 444 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 2
lowQualScore : . ... . . . . .. . . .. . .... ...... .............. . . .. . . . . . . . . . ...... ......... .... . .. . .. . . . .......... ..... .... ... . . .. . . . ..... ...... ...... . . . .. ..... .... . ... .. ......................... . ...... . . ... .. .. . . ..... ... . . ........... .. .. . .. .... . .... . .. ... . ... .................................................... .
lowQualScore : 4 666 4 4 4 4 22 1 1 33 4 0000 666666 88888888888888 4 4 11 2 5 2 2 8 5 5 5 1 444444 999999999 7777 4 44 1 88 5 4 4 7777777777 99999 0000 555 4 4 22 1 6 5 77777 777777 777777 7 7 7 77 77777 3333 4 777 99 8888888888888888888888888 2 111111 1 2 777 00 99 1 1 44444 999 2 2 22222222222 22 44 5 88 3333 0 3333 5 44 666 3 444 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 5
consensus : GCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-CA--AT-T----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-CGTAAATTCTC-AAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTTTNTCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TGACAGGAACCAA-TTTT-TT-AATG-ATT-TTTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGCGCGGCCTTGA-CATTGTTCATAACCACCACAATTTATAATT-----TACAGTTGATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTAT---TAGCACAGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AA---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--G-ATTATTACT-TTTTT----TNTC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTTC
Reference ( family-1144 ) : GCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-CA--AT-T----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-CGTAAATTCTC-AAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTTTNTCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TGACAGGAACCAA-TTTT-TT-AATG-ATT-TTTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGCGCGGCCTTGA-CATTGTTCATAACCACCACAATTTATAATT-----TACAGTTGATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTAT---TAGCACAGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AA---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--G-ATTATTACT-TTTTT----TNTC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTTC
gi|1 : GCTTTTGTCAAATGAAAGCTATTGAAAATGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--C-AG-CA--AT-T----TCTGT--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-CGTAAATTCTC-GAT-TAAAACTGA-TTTATTCATCTTGATTTCCGTTTTAATTAAGTTGAAGTGCCTTCTCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TGACAGGAACCAA--TTT-TT-ATTG-ATT-TTTT---TAC----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--TATATGCACGGCCATGA-CATTGTTCATAACTACCACAATTTATAATT-----TGCA-TTGATACACAATGTCA------T-G-TATGA-TAAAACAT--CA-----ACA----TTAA-CTAAAGTTTATTAT---TTGCACAGTCTCTGT--CA-------C-------ACA-------ACTTTGTATCCAAAGTATGATTT-GAG------GGAT-TCAGTTGAAA---AAA--GA--CACTTTTTGCA-A-GTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TT---CTAA--TATATTCAACACAGTGTT--G-ATTATTACT-TTTTC----TTT------AT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATTAATA---T-------------------A------------ATATCCAAGTATTAAAATAAT-GCAAGTTCTGATT
gi|10 : gaacatatatatataagAAATGCGAGCTATTGAAATGGAT-TTCAA------C-CAAA-T-CAGTA-AA-CATTAT-TGGACTTTGG--TAAACTTTACTATTGGACTTCATT-TTC-AATAAATTATC-TGTAAATTCTC-ATT-TTCAACTGA-TTTATTCATCATGATATCTGTTTTAATAAAGT----G-GTTTTTTTTCCATTCGA------T---------TATTA----CATTCTTA-TTA-------------TT-TT-A----------TC---CA-----TTT-----TCAAAT---T-ATTTTGATTTGT--AA-A-GCGAGCCCTTGA-CATTGTTCTTTACCACCACAAGTTAGCATT-----AACAGTTGATGCA------CA------TTG-TATAA-TAGAATAA--AA-----ACA----TTAC-T--ACGGTTATCAT---CAGCCCAGTTACTAT--T----------------------------------TCCA-----TG---T-GAG------GCACGTGTGTTA-AA---AAG--GA--CACATTTAGCA-G-TTTT-----TAATCAAATCAGCTT---TA-GTTCATATGTA-------------------ATATTCAACAAAATGTT--A-ATTATTTTT-TTTTT----TTTCTAAAAACAAAC--ACCCCGGTATGGATATCAAAGA---AAGTCT--------T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTT
gi|11 : CTC-ATT-TAAAACTGA-TTAATTCATCAATATCTCTGTTTCAG-GAA-----AATGCATTATCTCCTTT-GT------GGAATACTGTTATTG----TATTGCTAATG--------CAA-TTGTATT-AACC-ACA-TATT---CAAGAAGTTT-----T----T---T-CTTCTG-TGT-----ATATGTTTA----TGAACAACGGCTAT--CAATCAGAATTGGTCATTATGTGTGTAAT-GATACA------CA------T-T-T-TGAATAAAACATTTCATAATCACA----T--A-TTAAA------CAA---TAATACAGTCACAAT--T--------T-------TCT-------ACTTTTTGTGGAAATTATCATTT-AAG------TTAT-AGT-TTA-TA---AAA------CACTTTTTGCA-T-TTTTG----TAATCACATTAACTT---TA-GT----------T-----TC---ATAA--AAT----AAC----------G-ATTGTTATT-GTATT----TCTC----TAT-AAA--ATCCAAGCATAAATAT--------TAAATA-AAACA---T-------------------T------------TT------------------T-GCAGGTTCTGATTTTC
gi|12 : GCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-AAC-AT-T----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTATTTATC-AGTAAATTCTT-AAT-TACAGCTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTTTATCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TAACAGGAACCAA-TTTT-TTTAATG-TTT-TTTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATAGGCATGGCCTTG-------TTTATAATCACCACAATTTATAATT-----TACAATTAATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTAATAT---TAGAACAGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-CGAGTTG-AG---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----CAATCACATtttcactaaaagtgacaaaaaggtctatcacactcacattttgtttttga
gi|13 : gaatatatatatatatataaacaGTTTTTGTCGAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TGAC-CAAA-T-CA--A-AA-CA--AT-T----TCTGG--T---ATTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-TGTAAATTCTC-AAT-AACAACTAA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGT-GTGTTTTCTCTCCCTCTGT------G---------TGTAA----CATTTTTA-TCAAAGGAACCAA-TTTT-T--ATTG-ATT-TTTT---T------CTT-----T----T---T-GTTTTG-TTTTTTTGATATGCACGGCTTTGA-CATTGTTCATAACCACAACAATTTATAATT-----TACAGTTAATACA------CA------T-G-TATGA-TAAAACAC--TA-----ACA----TTAC-TTAAAGTTTATTAT---TAGCACA-------------------------------------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAGATACTAGTAT-TGTGTTG-AA---AAAA-GA--AACATTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATAAACAT---TA-G
gi|14 : atgaatatatatataaaGCTTTTGATAAATGAAGGCGTTTGAAAGTGACATTAA-------C-TAAA-T-CA--ATAA-CA--AT-T----TCTTG--A---CTTT--------------TT-CCTCAATTTAGTATC-CCTAAATTCCC-ATT-TACAACTTA-TTTATCCAGCATGATTTCTGTTTTAA------TCAAATGTTTT-TCTCTCTCCTT------G---------TATTA----CACTGCTA-CGACAGGAATAAA---TT-TT-AATGCGTT-TTTT---C------CTT-----T----TAAATAATTTTG-TTTTT--CAT
gi|14 : atatatataagCA----TTAA-TC-----TTATTAT---CAGCACAGTCTCTAC--CA-------CA------TCATTTTTCTACTTTGTATCCAAGTTATGGTTT-GAA------GAAT-TGTGATG-AA---AAA--GC--CACATTTTGCA-A-GTTT-----TACTCACATCAACAG---TA-GTTATGGTTTAATACAAATT---TTGA--TATGTTtaatcttattatcagcacagtctctaccacatcatttttctactttgtatccaagttatggtttgaagaattgtgatgaaaaagccacattttgcaagttttactcacatcaacagtagttatggtttaatacaaattttgatatgttgcatgtataaaattact
gi|15 : atatatataaggcttttgataaatgaaggcgtttgaaagtgacattaactaaatcaataacaatttcttgactttttcctcaatttagtatccctaaattcccatttacaacttatttatccagcatgatttctgttttaatcaaatgtttttctctctccttgtattacactgctacgacaggaataaattttaatgcgttttttccttttaaataattttgtttttGCTTTTGCCAAATGAAAGCTTTTAAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-TAAA-T-CA--A-AAACA--AT-T----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-TATTAATCATC-CGTAAATTCTA-AATGT----TTGAATTTATTCATCATGCTTTCTGCTTTGATGAAGTTGAAGTGTTTTATCTCTCTCAGT------G---------TATAA----CACTGTCA-TGACAGGAACCAA-TTTT-T--ATTG-ATT-TTTT---TAAC---TTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGCACGGCCTTGA-CATTGTTCATAACCACCACAATCTATGATT-----TATAGTGGATGCA------CA------T-G-CATCA-TAAAACAA--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGgcatgtataaaattact
gi|16 : atgaatatatatataagATCACCACAATTTATACTT-----TACAGTTAATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTAT---TAGCATAATCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GAAT-TGTGTTGAAA---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--G-ATAACTAC--TTTTT----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATGT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTTATTTTC
gi|17 : GTGTATTAT---TATCACAGGCTTTAT--CAGATAATTT-------TCT-------ACTTTGTATCTAGGTTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AA---CAA--GA--CGCCGTTTGC--A-TTTT-----TAATCACATCACTAT---TA-GTTCTAGATTAAT-----ACACGTTCATCTACATTCAACACAGTGTT--A-GTTCTTTCT-TTTTTTTTCTCTC----AAT-AACATATCCTAGTATTAATAT--AACATCCAAGTATGAATA---TAATATTTCAGTATAAATATA------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTTC
gi|18 : acGCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-ATAAA----------------------------AT-T----ACTG--------------------------------AATAAATTAAC-CGTAAATTCTC-AAT-AACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTAATTTAATGAAGTTG-TGTGTTTT-TCTCCCTCCGTGTACCGG---------TATTA----CATTGTTA-TGACAGGAACCAA-TTTT-T---ATT-ATT-TTTT---TA-----CTT-----T----T---T-GTTTTG-TTTTT--GATATGCACGGCCTTGA-CATTGT
gi|19 : atcatgaatatatatataag-TTAATGTTTATTAT---AAGCACTGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GCAT-TGTGTTG-AG---AAA--GA--CACATTTTGCC-A-TTTT-----CAATCACATTAACAT---TA-GATCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--G-ATTATTACT-CATTT----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAAAAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTTATTTTc
gi|2 : GCATTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAACA-TTAC-CAAA-C-CA--A-AAACA--AT-T----TCTGG--A---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-CGTAAATTCTC-AAT-TACAACTGA-TTGATTCATCATCATTTCTGTTTTAATGCAGTTCAAGTGTTTTCTCTCCTTCCGT------G---------TATTATAATTATTGTTA-TGACAGGAA-TAA-TTTTATT-GATT-ATT-TTTC---C------CTT-----T----T---T-ATTTGT-TTTTT--TAAATGCATAGCCTTGA-CATTGTTCATAGCCACACCAATTTATAATT-----TACAGATGATACA------CA------T-G-TATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTATTTATAGCACAGTCTCTAT--CA-------C-------ACA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AAAAGAAA--GA--CGCCTTTTGCA-ATTTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-ATTCAAGTCTAAT-----TC---TTAA--TATATTCAACCAAGTTTT--G-AGTATTAC--TTTTT----TCTC----AAT-AAC--ATACCAATATTAATAT--AAAATCCCAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTTC
gi|20 : tatatattatatataagAAGCTTATTAT---TAGCGCAGTCTCTAT--CA-------CATAATATTCT-------ACATTGTACCCAAGTTACGATTTCAAG------AAAT-TGTGTTG-AA---AGA--GA--CACATTTTATC-T-TTTT-----TAATCACATCACCAT---TA-GTT------TAAT-----AC------A--TGTATTCAACAAAGTGTT--G-ATTATT-CTGTGTTC----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATGAATAT----TA---AAGAATGCCT----C-------------------A------------AT------------------T-GAAAATTCTGATTTTC
gi|21 : CACATGAAGGCGTTTGAAAGTGAC-CT-------CAT-CAAA-TTCA--ACAA-AG--AC-T----TTTGG-------------------------------AATTA--CATCTCATTTATTCTC-AGT--A-AGCTG------TTCATCAC-ATTT--ACTTT--T-AAGT-GCATTGTTTTCAATT------T------G---------TATTA----TACTGTTA-TGTCATTGATCAACTTTT-TT-AAAG-CTTATTTA---TA-----TTTCTGGCT----T---T-GTTTCG-TTATT--GGAA--CGCGACCTTGA-CATTGTTAAT
gi|22 : AATTTATCAT---TTACATGTTATATATAGCA-------CA------TCATTTTT--ACTTTGTAACCAAGTTATGCTTT-AAG------GTAT-TGTGTTG-AA---AAA--GA--GACCTTTTGCA-A-CTTT-----AAGTCACATCAAAAT---TG----------TAAT-------------------------CAAAGTGTT--GAATTTTAAC---TTTT----TCTC----AAT-AGC--ATCCCAGTATAAATAT----TA-------ATGGAAACCTT-------------------A------------AT------------------A-GCAAGTTCTGATTTTta
gi|24 : gTTTTGACAAATGAACTCTTTTAAAAG---------------ACACAAA-T-C-----AA-CG--ATAT----TC-----------TT--------------CT-CTT-AATTATTTTT-------ATTTTC--TT-TACTACTGA-TTTATTCATCAT-ATTTCTGTTTTAA------TAAAGTGTTTTCTCTCCCT-CAT------G---------TATAA----CA
gi|3 : atactatatgggGCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-TAC-AT-T----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-AGTAA-TTCTT-AAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTTTATCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TAACAGGAACCAA-TTTTTTT-AATG-ATT-TTTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGGGCGGCCTTGA-CATTGTACATAATCACCACAATTTATAATT-----TACAGCTAATACA------CA------C-G-CATGA-TATAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTAT---TAGCACATTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AG---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----CAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TC---CAAT--TTTATTCAGAAAAGTGTT--G-ATTA----T-TTTTT----TATC----AAT-AAC--A-CCTAGTATTAATAT--AATATCCTAATATAAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAGTTCTTATTTTCcg
gi|4 : tgaatatatatatgatatatataaacgGCTTTTGTCAAATTGAAGCTTTTGAAACTGAC-TTAAA-AATTAC-CAAA-T-CA--A-AAACA--AT-T----TTCGG--A---CTTT--------------TT-CTT-AATAAATTATT-CGTAAATTCTC-ATT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGGTTTCTGTTTGAATGAATTTGAAGTG-TTTCTTTCCCTCCGT------G---------TGTAA----CATTGTTA-AGACAGAAACCAA--TTT-TT-ATTG-ATT-TTGT----A-----TTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GAAATGCACGGCCTTGA-CATTGTTCGTAACTACCACAATTTATAGTT-----GACAGTTGATTCA------CA------T-G-TATGA-TAAAACCA--AA-----ACATTTTTTAATTTAAAGTTTATTAT---TAGCACAGTCTTTAA--CA-------C-------ACC-------ACATTGTATCCAAGGTATGATTA-AAG------GTAT-TGTGTTA-GA---AAA--AA-----CTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATAACCAT---TA-GTTCATGTCTCAT-----TC---CTAA--TACA---AACAAAGTGTT--G-AATATTACT-TCTTT----TCTC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AACATCCAAGTATGACTA---T-------------------T------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTT
gi|5 : atgaatatatataggatataagGCTTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAAAT-CA--A-AA-AA--CA-T----TCTGG--T---CTTT--------------TTTCTA-AATTAATTATC-AATAAATTCTC-AAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAGTGTTATATCTCCCTCCGT------G---------TATTA----CATTGTTA-TAACAGGTACCAA-TTTT-TT-AATG-ATT-TTTTTTACA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATCTGCGCGGCCTTGA-CATTGTTCATAATCACCACAATTTATAATT-----TACAGTTAATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TAAA-TTAAAGTTTATTAT---TAGCACAATCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-CAG------GTAT-CGTGTTG-AG---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAATAT---TA-GTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--CATATTCAACAAAGTGTT--A-ATTATTACT-TTTTT----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A--------------------------------T-GCAAGTTCTTATTTT
gi|6 : atcatgaatataaatgTTTTATCAAATGAAAGCGTTTGAAAATGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CC--T-AA-CA--AT-T----TCTGT--T---CTTA--------------TT-CTT-AATTAATTATC-CGTAAATTCTTTAAT-TTAAACTGA-TTTATTTATCATGA-------------GAAGTTGAAGTGTTTTCTCTCCCTCCAT------G---------TATTG----CCTTGTTA-TAACACGAACCAA-TTTT-T--ATTG-ATT-TTTT---CA------TT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTA--GATATGCACAGCCTTGA-CATTGTTCATAACTACCACAATTTATAATT-----TACA-TTGATACA------CAATGTCAT-G-TATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTA----------------GCACAGTCTTTAT--CA-------C-------ACA-------ACATTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AA---AAAAAGA--CACCTTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAACATAATTAAGTTCAAGTCTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAATAAAGTGTTTTG-ATTATTACT-TTTTT-----CTC----AAT-AAA--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------T------------AT------------------T-GCAAGTTCTGATTTT
gi|7 : ccatgaacatatatatataaggctTTTGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-AA--AA-T-----CTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTAATTATC-AGTAAATTCTT-TAT-TACAACTGA-TTTATTCATCATGATTTCTGCTTGAATGAAGTTGAAGTGTTTTATCTCCCTCAGT------G---------TATTA----TATTGTTA-TAACAGGAACCAA-TTTT-TT-AATG-ATT-TGTT---TA-----CTT-----T----T---A-ATGTTG-TTTTT--GATAGGCGTGGCCTTGA-CATTGTTCATAATCACCACAATTTATAATT-----TACAATTAATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACGC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTTATTAT---AAGCACAGCCTCTAT--CA-------T-------TCA-------ACTTTTTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AG---AAA--GA--CACCTTTTGAAGA-TTTTAATGATAATCTCATCAACAT---TA-GTTCAAGTCTAAA-----AC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--G-ATAATAAC--TTTTT----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---C-------------------C------------AT------------------T-GCAAGTTCTTATTTT
gi|8 : aGCTTTGGTCAAATGAAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA-A-TTAC-CAAA-T-CA--A-AA-CAC-AT-T----TCTGG--T---CTTT--------------TT-CTT-AATTATTTATC-AGTAAATTCTT-AAT-TACAACTGA-TTAATTCATCATGATTTCTGCTTTAATGAAGTTGAAATGTTTTATCTCCCTCCGT------G---------TAATA----CATTGTTA-TAACAGGAACCAA-TTTT-TT-AATG-ACT-TTTT---CA-----CTT-----T----T---T-ATTTTG-TTTTT--GATATGCACGGCCTTGA-CATTGTTCATAATCACCACAGTTTATAATT-----TACAGTTTATACA------CA------T-G-CATGA-TAAAACAC--CA-----ACA----TTAA-TTAAAATTTATTAT---TAGCACAGTCTCTAT--CA-------C-------TCA-------ACTTTGTATCCAAGGTATGATTT-GAG------GTAT-TGTGTTG-AG---AAA--GA--CACCTTTTGCA-A--TTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTCAAGTGTAAT-----TC---CTAA--TATATTCAACAAAGTGTT--G-ATTGTTAAT-TTTTT----TATC----AAT-AAC--ATCCCAGTATTAATAT--AATATCCAAGTATGAATA---T-------------------A------------AT------------------T-GCAAATTCTTATTTTC
gi|9 : TGACAAATGGAAGCTTTTGAAAGTGAC-TTAAA------C-CAAT-T-CA--ATAA-CA--AT-T----TCTGGATT---ATTT--------------TT-CTC-CATTAATTATC-CGTAAATTATC-ATA-TAGAACTGA-TTTGTCCATCATGATTTCTG-TTTAATGAAAT------GTTT---CTCACTCCGT------G---------TATTA----CACTGTTA-TGACATGAACCAA-TTTT-T--AATG-AAT-TTTT---C------CTT-----A----AA--T-ATTTTG-TATT---GAAACGCACAGTCTAGA-CATTGTTCTTAACTACCACAATCTGTTATT-----TACAGTTGGTACA------CA------T-GATGTGA-AAAAGCAA--CA-----ACA----TTAA-TTAAAGTTAATTAA---TAGAACAGTCTCTAT--TG-------CA------TCATTTTCT-ACTTT--ATCCAAGTTATAATTTTAAG------GTAT-TGTGTTG-AA---AAA--AAAACACCGTTTGCA-A-TTTT-----TAATCACATCAACAT---TA-GTTTAAGTTTAAT-----GC------A--CGTATTTAACAAAGTGTT--G-ATTATTACT-TTTTT----CTT-----AAT-AAC--ATTCCAGTATGAATAT--AATAACCTAGTATGGATA---T-------------------ATAAGAAAGCCTTAT------------------TTGCAAGGTCTGATTTTc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ACCAATTCAACAAATGAATTTGGACGTTATCTCCTCCAATTATCAATAAATGCTTATTTTGCATCTGAGTTATTAATCATGTTTTGAATTTAGCAATTTATGTTATATATCCATTTTATTGTAATGACAACCAACCGATTTTCTAAGCAATTGGATTTGTTTGTTTTTATG