lowQualScore : 2222 11111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222 111 2222222222 111111
lowQualScore : 0 3 1 2 33 66 1 2222 222 11 33333 1 777 1 666666 1 2 888 55555555 11 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 1 2 1111 2 000 222 1 1 1 33333 222 3333333333 1 2 22 0 333333 0
lowQualScore : . . . . .. .. . .... ... .. ..... . ... . ...... . . ... ........ .. ....................................................................................................... .. . . .... . ... ... . . . ..... ... .......... . . .. . ...... .
lowQualScore : 7 6 0 4 22 55 8 6666 555 88 33333 3 777 3 111111 2 5 888 77777777 77 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 66 1 3 5555 4 000 222 2 3 3 22222 333 0000000000 8 0 88 7 888888 7
consensus : ACCAGGGCC-CGAG-G--TTATAAAAC-TC-T-TC-GAGT---TCA--T-----ACT-CA-A-CTGAG-TTCG----G-C-T--NAAA--CC----AA--CCA-A--TG-GA-AG-----C--ATTG--C----TTTC--A------TTG---TT---A-C-A-T--GA--------A--------TT---TT-----GA------T--TGGTT-G-ATT-TN-AG-CC-GA---A-CTCAGT-TG-AG-----TATG---AACTC----AAAG--GTTT-TA-TAA--CCTCGGGACCAGGCNCTATACATT
Reference ( gi|2 ) : ACCAGGGCC-CGAG-G--TTATAAAAC-TC-T-CC-GAGT---TCA--T-----ACT-CA-G-CTGAG-TTCA----G-C-T--AAAA--CA----AA--CCA-G--TG-GA-AG-----C--ATTG--C----TTTC--A------TTG---TT---A-C-A-T--GA--------A--------TT---CT-----GA------T--TGGTT-G-ATT-CT-AG-CA-AA---A-CTCAGT-TG-AG-----TATG---AACTC----TAAG--GTTT-TA-TAA--CCTCGGGACCAGGCCCCATACATT
gi|5 : ACCTGGTCC-CGAG-G--TTATAAAA-------------------------------------CTGAG-TTTG----G-C-T--CAAC--CAC---AA--TCA-A------------------ATTT--CATA-TTAC--A------ATA---AT---G-C-A-T--GG--------C--------TT---CC------A------T--TGGTT-A-GTT-TT-AG-CT-AA---A-CTCAGT-TT-AG-----CACG---A--------------GTTC-TA-TAA--TATGAGGAC---GCCCTGTAC
gi|10 : aactatctataACCAGGCTG-CAAG-A--TTATAAAAC-TT-T-T--AAGT---TCA--T-----ATT-CA-A-ATGAG-TT------G-C-T--TAAAT-CA----A----CA-GAATG-GA-TG-----T--CTAA--A----TTTT--A------TT----TT---A-G-A-T--GA--------A--------TT---TT-----GA------A--TGAAT-G-AAT-TA-AA-CT-AA---A-CTTTGT-CA-AG-----TAAG---AACTC----AAAG--ctgtca
gi|1 : gCCAAAGTC-TGAG-G--TTATAAAAC-TA-T-T--GAGT---TCA--T-----AGT-CA-G-CTGAG-TTCT----G-C-T--CCAA--TC----AA--CCA-A--TT-AA-AA-----C---TTA---------------------TG---TT---A-CAA-TGGGA--------AAGTCAGTTTT---CC-----G-------T--TGGTT-G-AAT-TG-AG-GT-GA---A-CTCAGT-AA-AG-----TATA---AACTC----CAGA--GTTaa
gi|3 : cagaacactttggtcagaacagaatatCCAAGACG-CGAG-GAATTATAATAC--C-T-GT-GAGT---TCA--T-----GTT-CG-A-CAGAA-TTTA----C-CCT--CAAA--TT----GA--CCA-A--AT-GA-AG----------TC--CGAAATTTC--A------TTG---AA---A-T-A-TT-GA--------A--------CT----T-----GA------T--TGGTT-G-ATT-TC-AG-CA-GA---A-CTCAGT-CT-GG-----TATG---CAATC----AGAG--TTTT-TA-AAA--CTCTGGGGTCA--CGACACACATTatttcatcatgagtcataatttat
gi|9 : CCAGGTCA-C-AG-G--TCATAAAAC-TCATACT-GATT---TAG--T-----ACT-CT-G-CTAAA-TTTG----G-C-TC-AAAA--C-----AA--CCA-------AA-A---------------------TTC--A-------TA---TT---A-CTA-T--AA--------AAGATAGCCTT---CC-------------T--TAGGT-G-GGT-GT-AG-TG-AA---A-CACATT-TG-TG-----TATG---AACTA----AAAG--ATTT-
gi|7 : GGGTC-AGAG-G--CTTTAAA-C-TC-T-T---GGT---TCG--T-----TCT-C-----TGAG-TTTG----T-C-T--TCAT--CA----AA---------TG-GA-AG-----C--ATTGA-T----TTTC--A------TTG---CA---A-C-G-T--GG--------A--------TT---TA-----GA------T--CGGTT-G-GTT-T---G-AA-AAGGGA-CACAGT-TT-AG-----TA-G---TTTTT----T-----TTTT-CA-TAA--CCTCAAGACCat
gi|3 : atcGACC-CCAGAG--TTTTAAAAA--C-T-CT-GATT---GCA--T-----AC--CA-GACTGAG-TTCT----G-C-T--GAAA--TC----AA--CCA-A--T--CA-AG--------------------TTC--A------ATA---TT---T-CAA-T--GA--------AAT------TT---CG-----GACTTCATT--TGGTC-A-ATT-TG-AG-GGTAA---A-TTCTGT-CG-AA-----CATG---AACTC----ACAG--GTAT-TA-TAATTCCTCG
gi|19 : ccaagacgGTC-CGAG-G--ATGTAA--C-GC-T-CT-GAGT---TTC--T-----GCT-CA-A-CTGAG-TTCAT---G-T-T--TAAT--CA----AA--CCA-A--TG-GT-AG-----C--ATTG--C----T-----A------TTA---TTCAAA-C-A-T--GA--------A--------TT---TT-----CA------T--acgacacacatt
gi|16 : GCCTCAAG-G--TTATAGAAC-TC-T-T--GTGT---CTG--T-----ACT-CA-A-CTGAG-TTCA----G-C----GCAA--TT----AA--CCA-A--TG-GA-AG--------ACTGA-C----TTTA--A------T
gi|17 : ccaatgtcagtatagaccttGCC-CTAG-G--TTATAAAAT-GC----C-AAAT----CAACT-----GCT-CG-A-CTGAT-TTAA----T-C-C--CAAGTTCA----A---CCA-A--TG-GG-AG-----C--TTTG--C----TTTC--A------TTG----------C-A-T------------A--------TT---TTATTAGGA------T--TGTTT-A-ATctaccctg
gi|21 : CC-TGAG-G--TGATAAAAC-TC-T--T-GAGTTAATCA--T-----ACA-CT-A-CTCAA-TTTG----G-C-T--TAAA--TC----AA--CCA-
gi|6 : aatgttacatgaattttgctGAG-G--TTATAAAAC-TC-T-CA-GAGT---TCA--T-----ACT-CA-A-CAGAG-TTCAAATTG-A-C--AAAT--CA----AAGTTCATG--TC-AATAA-----C--A--G--CCAG-TTTC--ACATAGGTTGACATT---A-T-A-T--GA--------A--------TTCAACT-----GA------A--TAATT-T-ATT-C--AC-CC-GA---G-ATCAGT-TA-AA-----TGTG---a
gi|12 : ccgggcatacaAG-A--TTACAAAAC-TT-T-TT-GAGT---TCA--T-----ACT-CA-A-TTGAG-TTCA----G-C-T--AAAAC-CA----AA----------G-GA-----------ACTGGAC----TTTA--A------TCA---TT---A-C-A-TA-AA--------A--------TT---TT-----GA------T--TGGTT-G-CTG-CT--G-CA------------------AG-----TGTG---AAATC-----AAG--ATTT-AATTAA--GCTTGG
gi|4 : AG-T--TTATAAAAC-TC-T-T--GTGA---TCA--A-----ACT-CA-A-CTGAG-TTGG----G-T-T--CAAA--TC----AA--CCA-A--TC-AA-A---------AT---------CTAC--G------TTA---GT---A-T-A-T--AAGCC-----A--------GT---CTTC---CA------T--TGGTT-G-GTT-TT-AA-Cac
gi|18 : aAG-A--TCATAAAACATT-T-TC-GA-----TCT--T-----ACT-AA-A-TTGAG-TTCA----G-C-T--AAAA--CC----AA--CCA-A--TA-TA-AG-----CCTATT--------TTTT--A------TGG--------------T--GA--------A--------TT---T-------------------GTT-A-ATT-TG-AG-CC-AA---A-CTCAgcagagttttatagtcttgtggaccaaaacattggtggcttccaatggctaaattg
gi|13 : ggG-G--TTATACATC-TC-T--T-GAGT---TTG--T-----ACT-TA-A-CTGAG-TCCA----G-G-T--AATA--TC----AA--CAA-A--TG-TA-AG-----C--------------------------------TT---G-C-A-T--GA--------A--------TT---TT-----GA------T--TGGTT-G-ATT--T-AGACA-AA---A-CTCAGT-AG-AG-----TATT---ATCTTGCAACAAG--GTTCACA-TAA--C
gi|20 : G-G--TCACAGAAC--A-T-TT-GAGT---TCA--TAGTATACT-CA-A-CTGCG-TTCT----G-C-TG-AAAA--TA----AA--CCA-A--TC-AA-AG-----g
gi|9 : cattgcaacatcaaATAAA---TC-T-TT-TAGT---TCA--T-----ACA-CA-A-ATGTG-TTTC----A-C-T--ACAC--CC----AC--CTA-A--GG-AA-GG-----CT-AT----C----TTTT--A------TAG---TA---A-T-A-T--GA--------A--------TT------------------T--TGGTT-G-TTT-TG-AG-CC-AA---A-TTTAGC-AG-AG-----TACT---AAATCAG--TATGA-GTTT-TA-TGA--CCT-GTGACCTGGgc
gi|23 : ATAAA---TC-T-TT-GAGT---TCA--T-----GTT-TA-A-ATGAGACTC-------T-T--CGAA--TC----AA--CCA-A--TG-GA-AG-----C--ATTG--C----TTTC--A------T
gi|11 : TAAAACACC-T-CTTGAGT---TCA--G-----TCT-CA-C-CGGGA-CTGA----G-C-TTAAAAATTCA----AA----A-A--TG-GA-AGTCTGAC--GTTT--C----TTTT---------TTC---AT---A-C-ACT--AACC------A--------TT---TG-----GA------T--CGGTT-G-GCT-TT-AG-CT-GA---A-TTCAGT-TGTAA-----TATG---AA--T----TAAG--ATT
gi|14 : AAAC-AA-T-TC-GAGT---TCA--T-----ACT-CATC-CCGAG-TTCC----A-C-T--TAAA--TC----AA--CCA-A--TC-TA-AA-----C---------------CC--A-------TG---TT---A-CAA-T--GAAAGAAAGGA--------TT---CT------A------T--TGGTT-GAAGT-GA-AG-AT-AA---A-CACAGT-TG-AA-----CATG---AA
gi|1 : gggatgtAAC-TC-T-G--GAGT---TTA--T-----ACT-TT-A-CTGAG-TTCA----C-C-T--CAAT--TC----AA--CCA-A--CG-GA-AA--------ACTGA-C----TTTCCCA------TTG---TA---A-C-A-T--AA--------G--------TT---TT-----AA------T--TGGTT-G-ATT-GG-AG-CA-GA---A-CTCAGC-TG-AC-----TATG---AACTC----AATA--GTTT-TA-TAA--CCTCAGt
gi|8 : cagaacactttggtcagaacagaatatccaaagt-CC-AGGT---TTA--T-----AA---A-A-CTGA--TTCA----G-T-T--GAAA---A----AA--CAA--------A-AG-----T--CTGG--C----TTTT--A------ACA---AT---AAC-A-T--GA--------G--------TT---GT-----GA------T--TGGGT---ATT-CCGAG-CC-GA---A-GTCAGT-TG-AT-----AATG---AACCC----T-AG--ATTT-TA-CAA--CCTatttcatcatgagtcataatttat
gi|5 : cagtttagatgggaagaggtctgttc-GAAC---TCG--T-----GCT-AA-A-CTGAG-TTTA----G-C-T--AAAA--CT----AA--CCA-A--TG-GA-AG-----C--CATG--C----ATT---A------TTG---TA---A-T-A-T--GA--------A--------AT---TT-----GA------TTGTGGTT-G--------AG-CC-AA---A-CTCA-----------------------------------GTTT-TA-TAA--CCTCGGGACCAGG
gi|15 : aactatctataaAGT---TTA--C-----ACT-CA-A-CAGAA-ATTT----G-C-T--CGAA--CC----AA--CCA-A--TC-AA-AATC---C--AT-G--C----TGTA--A------T-G--------A-A-A----GA--------AAGGC----CT---CT------A------T--TGGTT-G-AAA-TT-AGGCC-AA---A-TTCTGT-TG-AG-----TATG---Atataatatgaggacgccctgtacctgtca
gi|11 : cAAT---TCA--T-----ATTACA-A-CTGAA-TTCA----G-C-T--AAAG--CC----AA--CC
gi|14 : taaaacacctcttgagttcagtctcaccgggactgagcttaaaaattcaaaaatggaagtctgacgtttcttttttcatacactaaccatttggatcT---TCA--T-----GTT-CA-A-CTGTG-TTTA----T-C-T--T-----CACTTCAA--CCA-A--TA-GA-AT-----C--CTTT--C----TTTC--A------TTG---TA---A-C-A-T--GG--------G--------TT---TA-----GA------T--TGGTT-G-ATT-TA-AG-TG-GA---A-CTCGGGATG-AG-----TATG---AACTC----GAAaagatt
gi|15 : gggatgtaaacaa---TCA--T-----ACT-CA-A-CAGAA-TTTG----G-CCT--AATT--TC----AA--CCA-A--TA-GA-GG-----C--CTTT--C----TTTC--A------TTA---CA---G-C-A-T--GG--------A--------TT---TT-----GA------T--TGGTT-G-GTT-CG-AG-CA-AA---T-TTCTGT-TG-AG-----TGTA---AACTt
gi|13 : cA--T-----ACT-CT-A-CTGAG-TTTT----GTC-T--AAAT--CA----A---CCA-A--TC-AA-A---------ATT---C----ATGC--A------AGC---TT---A-C-A-T-----------------------------------------T--TG-TT-G-ATA-TT-AC-CT-GG---A-CTCAGT-TA-AG-----TACA---AACTC----AAGA--GATG-TA-TAA--CC
gi|6 : gttatgtgaaccttgttgcaagata--T-----ATT-CA-G-TTGAA-TTCA----T-A-T--AATG--TC----AA--CCT-A--TGTGA-AA-----C---TGG--C----TGTT--A------TTG--------A-C-A-T--GA--------A--------CT---TT-----GA------T--TTGTC-A-ATT-T--------GA---A-CTCTGT-TG-AG-----TATG---AACTC----TGAGA-GTTT-TA-TAA--CCTCg
gi|22 : ccgggcataca-CTCAG-TTTA----T-C-TT-AAAA--C-----AA--CCG-A--TG-GG-AG-----------G--C----TGAC--AGTTT--TTG---TT---A-T-A-T--GA--------G--------TT---TT-----AA------T--TGGCC-G-ATatttattcacccgagatcagttaaatgtg
gi|4 : ----G-T-T--AAAA--CC----AA--CCA-A--TG-GA-AG-----A--CTGG--C----TTAT--A------TAC---TA---A-C-G-T--AG--------A--------TT---TT-----GA------T--TGGTT-G-ATT-TG-AA-CC-CA---A-CTCAGT-TG-AG-----TTTG---ATCAC----AAGA--GTTT-TA-TAA--ACTt
gi|20 : aC--A------TTG---CA---A-C-A-T--CA--------A--------CT---TT-----GA------T--TGGTT-T-ATT-TTCAG-CA-GA---A-CGCAGT-TG-AGTATACTATG---AACTC----AAAT--GTTC-TG-TGA--CCgcagagttttatagtcttgtggaccaaaacattggtggcttccaatggctaaattg
gi|21 : TG---TT---A-C-A-T--GA--------A--------TT---TT-----GC------T--TGGTT-G-ATT-TA-AG-CC-AA---A-TTGAGT-AG-TG-----TATGATTAACTC----AAGA--GTTT-TA-TCA--CCTCAGGAgc
gi|10 : aa---A-C-A-T--CC--------A--------TT---CT-----G-------------TT-G-ATT-TA-AG-CA-A------CTCATT-TG-AA-----TATG---AACTT----AAAA--GTTT-TA-TAA--TCTTG
gi|19 : gaccaggctgA------T--TGGTTTG-ATT-A--AA-CATGA---A-CTCAGT-TG-AG-----CAGA---AACTC-----AGA--GCGT-TA-CAT--CCTCGGctaaattttattttagatgaattttgaatgaatgaattaaactaaactttgtcaagtaagaactcaaagaa
gi|18 : gtA------T--TGGTT-G-GTT-TT-AG-CT-GA---A-CTCAAT-TT-AG-----TAAG---A--TC----GAAAATGTTT-TA-TGA--TCTggtagcattgctattattcaaacatgaattttcat
gi|16 : ggtgagtttggctcaaattaacaaattcaccataaaaaataggcttatA------T--TGGTT-A-ATTGC---G-CT-GA---A-CTCAGT-TG-AG-----TACA---GACAC----AAGA--GTTC-TA-TAA--CCTTGAGGCAAGG-TCTATAC
gi|23 : ccaatgtcaA------T--TGGTT-G-ATT-C---G-AA-GA---GTCTCATT-TA-AA-----CATG---AACTC----AAAG--ATTT-ggaagactgactttaatctaccctg
gi|25 : at------T--TGGTT-GGATT----------AA---A-CTCAGT-TG-AG-----CACA---AGCTC----ggaagcattgctttcat
gi|12 : tctTT-G-GTT-TT-AG-CT-GA---A-CTCAAT-TG-AG-----TATG---AACTCA---AAAA--GTTT-TG-TAA--TCTcggt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): ATTGTTGGACAAATAGTTGATCCTAAATTCAACAAACAGAAGCTTAGCTTTCATTGCAATAT
Unaligned ( gi|26 ): ACGGAACACATGGTTAATATCAACTGTACAATCAAGATGA
Alignments
lowQualScore : 11 1111 1111111 22222222222222 11111111 1111111111 1111111 1 2222
lowQualScore : 5 55 3 777 88 22 1 0000 1 4444 2222222 66666666 1 1 55555555555555 4444 444 555555 66666666 1 1 3 22 333 555555 2 7777 4 2 2 55555 333 33 2222222222 3 0000000 3 0 0000
lowQualScore : . .. . ... .. .. . .... . .... ....... ........ . . .............. .... ... ...... ........ . . . .. ... ...... . .... . . . ..... ... .. .......... . ....... . . ....
lowQualScore : 7 00 5 333 77 66 9 3333 8 2222 2222222 66666666 8 8 33333333333333 0000 444 222222 11111111 9 9 8 66 333 222222 0 5555 4 2 2 66666 999 22 4444444444 1 0000000 1 0 0000
consensus : ACCAGGGCC-CGAGG--TTATAAAAC---TCTT-GAGTTCG--TACTCAACTGAG-TTCA-GC-T---NAAA---C--CAA--------CC-AATG-GAAG-----C--NTTG--C----TTTC--A------TTG---TN---A-CA-T-GA--ATT---TT-----GATTGGTTGA-TTT---GAGCCGAACTCAGT-TG-AG-----TATG---AACT--CA--A---AG-GTTT-T-------A-TAACCTCGGGACCA-GGC-CCATACATT
Reference ( family-1127 ) : ACCAGGGCC-CGAGG--TTATAAAAC---TCTTCGAGTTCA--TACTCAACTGAG-TTCG-GC-T---NAAA---C--CAA--------CC-AATG-GAAG-----C--ATTG--C----TTTC--A------TTG---TT---A-CA-T-GA--ATT---TT-----GATTGGTTGA-TTT---NAGCCGAACTCAGT-TG-AG-----TATG---AACT--CA--A---AG-GTTT-T-------A-TAACCTCGGGACCA-GGCNCTATACATT
gi|1 : AAC---TCTG-GAGTTTA--TACTTTACTGAG-TTCA-CC-T---CAAT---T--CAA--------CC-AACG-GAAA--------ACTGA-C----TTTCCCA------TTG---TA---A-CA-T-AA--GTT---TT-----AATTGGTTGA-TTG---GAGCAGAACTCAGC-TG-AC-----TATG---AACT--CA--A---TA-GTTT-T-------A-TAACCTCAG
gi|10 : cagaacactttggtcagaacagaatatccaaagtACCAGGCTG-CAAGA--TTATAAAAC---TTTT-AAGTTCA--TATTCAAATGAG-TT---GC-T---TAAA---T--CAA--------CAGAATG-GATG-----T--CTAA--A----TTTT--A------TT----TT---A-GA-T-GA--ATT---TT-----GAATGAATGA-ATT---AAACTAAACTTTGT-CA-AG-----TAAG---AACT--CA--A---AG-atttcatcatgagtcataatttat
gi|11 : gTAAAACACCTCTT-GAGTTCA--GTCTCACCGGGA-CTGA-GC-T---TAAAAATT--CAA--------A--AATG-GAAGTCTGAC--GTTT--C----TTTT---------TTC---AT---A-CACT-AACCATT---TG-----GATCGGTTGG-CTT---TAGCTGAATTCAGT-TGTAA-----TATG---AATT------A---AG-ATTaa
gi|12 : AGA--TTACAAAAC---TTTTTGAGTTCA--TACTCAATTGAG-TTCA-GC-T---AAAA---C--CAA-----------------AGG-----A--ACTGGAC----TTTA--A------TCA---TT---A-CA-TAAA--ATT---TT-----GATTGGTTGC-T-------GCTG----CA------AG-----TGTG---AAAT--C---A---AG-ATTT-A-------ATTAAGCTTGG
gi|13 : GG--TTATACATC---TCTT-GAGTTTG--TACTTAACTGAG-TCCA-GG-T---AATA---T--CAA--------CA-AATG-TAAG-----C--------------------------------TT---G-CA-T-GA--ATT---TT-----GATTGGTTGA-TTT---AGACAAAACTCAGT-AG-AG-----TATT---ATCTTGCAACA---AG-GTTCAC-------A-TAACac
gi|14 : TTCA--TGTTCAACTGTG-TTTA-TC-T---TCA----CTTCAA--------CC-AATA-GAAT-----C--CTTT--C----TTTC--A------TTG---TA---A-CA-T-GG--GTT---TA-----GATTGGTTGA-TTT---AAGTGGAACTCGGGATG-AG-----TATG---AACT--CG--A---Ag
gi|15 : gggatgtaaacaaTCA--TACTCAACAGAA-TTTG-GC-C---TAAT---TT-CAA--------CC-AATA-GAGG-----C--CTTT--C----TTTC--A------TTA---CA---G-CA-T-GG--ATT---TT-----GATTGGTTGG-TTC---GAGCAAATTTCTGT-TG-AG-----TGTA---AACT--t
gi|16 : cGCCTCAAGG--TTATAGAAC---TCTT-GTGTCTG--TACTCAACTGAG-TTCA-GC-----GCAA---T--TAA--------CC-AATG-GAAG--------ACTGA-C----TTTA--A------T
gi|17 : ccaatgtcagtatagaccttGCC-CTAGG--TTATAAAAT---GC--CAAAT-CAACTGCTCGACTGAT-TTAA-TC-C---CAAG---TT-CAA--------CC-AATG-GGAG-----C--TTTG--C----TTTC--A------TTG----------CA-T-----ATT---TTATTAGGATTGTTTAA-Tctaccctg
gi|18 : AGA--TCATAAAACA--TTTTCGA--TCT--TACTAAATTGAG-TTCA-GC-T---AAAA---C--CAA--------CC-AATA-TAAG-----CCTATT--------TTTT--A------TGG-------------T-GA--ATT---T-----------GTTAA-TTT---GAGCCAAACTCA
gi|19 : ggGTC-CGAGG--ATGTAACGC---TCT--GAGTTTC--TGCTCAACTGAG-TTCATGT-T---TAAT---C--AAA--------CC-AATG-GTAG-----C--ATTG--C----T-----A------TTA---TTCAAA-CA-T-GA--ATT---TT-----CAT
gi|2 : ACCAGGGCC-CGAGG--TTATAAAAC---TCTCCGAGTTCA--TACTCAGCTGAG-TTCA-GC-T---AAAA---C--AAA--------CC-AGTG-GAAG-----C--ATTG--C----TTTC--A------TTG---TT---A-CA-T-GA--ATT---CT-----GATTGGTTGA-TTC---TAGCAAAACTCAGT-TG-AG-----TATG---AACT--CT--A---AG-GTTT-T-------A-TAACCTCGGGACCA-GGCCCCATACATT
gi|20 : C--A------TTG---CA---A-CA-T-CA--ACT---TT-----GATTGGTTTATTTT---CAGCAGAACGCAGT-TG-AGTATACTATG---AACT--CA--A---AT-GTTC-T-------G-TGACC
gi|21 : TG---TT---A-CA-T-GA--ATT---TT-----GCTTGGTTGA-TTT---AAGCCAAATTGAGT-AG-TG-----TATGATTAACT--CA--A---GA-GTTT-T-------A-TCACCTCAGGAgc
gi|23 : aaATAAA-----TCTTTGAGTTCA--TGTTTAAATGAGACTC---T-T---CGAA---T--CAA--------CC-AATG-GAAG-----C--ATTG--C----TTTC--A------T
gi|25 : GAGCTTG--TGCTCAACTGAG-T-------T---TAAT---C--CAA--------CC-AACG-G
gi|3 : tctCCAAGACG-CGAGGAATTATAATAC----CTGTGAGTTCA--TGTTCGACAGAA-TTTA-CCCT---CAAA---T--TGA--------CC-AAAT-GAAG----------TC--CGAAATTTC--A------TTG---AA---A-TA-TTGA--ACT---T------GATTGGTTGA-TTT---CAGCAGAACTCAGT-CT-GG-----TATG---CAAT--CA--G---AG-TTTT-T-------A-AAACTCTGGGGTCACGACAC---ACATTt
gi|4 : -GT-T---AAAA---C--CAA--------CC-AATG-GAAG-----A--CTGG--C----TTAT--A------TAC---TA---A-CG-T-AG--ATT---TT-----GATTGGTTGA-TTT---GAACCCAACTCAGT-TG-AG-----TTTG---ATCA--CA--A---GA-GTTT-T-------A-TAAACT
gi|5 : aGAACTCG--TGCTAAACTGAG-TTTA-GC-T---AAAA---C--TAA--------CC-AATG-GAAG-----C--CATG--C----ATT---A------TTG---TA---A-TA-T-GA--AAT---TT-----GATTG--TGG--TT---GAGCCAAACTCA-------------------------------------GTTT-T-------A-TAACCTCGGGACCA-GG--TTATAGATgcagagttttatagtcttgtggaccaaaacattggtggcttccaatggctaaattg
gi|6 : aact--TATTCAGTTGAA-TTCA-TA-T---AATG---T--CAA--------CC-TATGTGAAA-----C---TGG--C----TGTT--A------TTG--------A-CA-T-GA--ACT---TT-----GATTTGTCAA-TTT--------GAACTCTGT-TG-AG-----TATG---AACT--CT--G---AGAGTTT-T-------A-TAACCTCtataatatgaggacgccctgtacctgtca
gi|6 : ccgggcatacaGAGG--TTATAAAAC---TCTCAGAGTTCA--TACTCAACAGAG-TTCA-AA-TTGACAAA---T--CAAAGTTCATGTC-AATA-ACAG-----C----CA--G----TTTC--ACATAGGTTGACATT---A-TA-T-GA--ATTCAACT-----GAATAATTTA--TT---CACCCGAGATCAGT-TA-AA-----TGTG---atttattcacccgagatcagttaaatgtg
gi|7 : ccgggcatacaGGGTC-AGAGG--CTTTAAA-C---TCTT--GGTTCG--TTCTC---TGAG-TTTG-TC-T---T---------CAT--------CA-AATG-GAAG-----C--ATTGA-T----TTTC--A------TTG---CA---A-CG-T-GG--ATT---TA-----GATCGGTTGG-TTTGAAAAG--GGACACAGT-TT-AG-----TA----------------------GTTT-TTTTTTTCA-TAACCTCAAGACC
gi|8 : atcGTTTA--TAA--AACTGA--TTCA-GT-T---GAAA-------AA--------AC-AA----AAG-----T--CTGG--C----TTTT--A------ACA---AT---AACA-T-GA--GTT---GT-----GATTGGGTAT-TCC---GAGCCGAAGTCAGT-TG-AT-----AATG---AACC--C---T---AG-ATTT-T-------A-CAACCT
gi|9 : cagtttagatgggaagaggtctgttcccagATAAA-----TCTTTTAGTTCA--TACACAAATGTG-TTTC-AC-T---ACAC---C--CAC--------CT-AAGG-AAGG-----CT-AT----C----TTTT--A------TAG---TA---A-TA-T-GA--ATT------------TTGGTTGT-TTT---GAGCCAAATTTAGC-AG-AG-----TACT---AAAT--CA--GTATGA-GTTT-T-------A-TGACCT-GTGACCT-GG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATCGGCCAATTAAAACTCATATAACAAAAACTGTCAGCCTCCCATCGGTTGTTTTAAGATAAACTGAGT
Unaligned ( gi|24 ): ATTGTTGGACAAATAGTTGATCCTAAATTCAACAAACAGAAGCTTAGCTTTCATTGCAATAT
Unaligned ( gi|26 ): ACGGAACACATGGTTAATATCAACTGTACAATCAAGATGA
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111 11111111 1111111111 1111111 222
lowQualScore : 00000 44 777 77 6666 1 1 22 1 4444 3333333 66666666 1 1 1 88888 1 222 555555 55555555 1 3 22 333 44444 2 6666 4 2 2 55555 333 33 2222222222 3 0000000 3 777
lowQualScore : ..... .. ... .. .... . . .. . .... ....... ........ . . . ..... . ... ...... ........ . . .. ... ..... . .... . . . ..... ... .. .......... . ....... . ...
lowQualScore : 00000 66 888 99 8888 8 2 99 7 0000 3333333 33333333 7 7 8 22222 8 777 000000 66666666 8 6 66 333 88888 0 3333 4 2 2 66666 999 22 4444444444 1 0000000 1 555
consensus : ACCAGGGC---C-CGAGG--TTATAAAAC---TCTT-GAGTTC-G--TACTCAACTGAG-TTCA-GC-T---NAAA---C--CAA--------C-CAATG-GAAG-CCTNG-C-TTTC--A------TTG---TA---ACA-T-GA--ATT---TT-----GATTGGTTGA-TTTG---AGCCGAACTCAGT-TG-AG-----TATG---AACT--CA--A---AG-GTTT-T-------A-TAACCTCGGGACCAGG-CNCACACATT
Reference ( family-1127 ) : ACCAGGGC---C-CGAGG--TTATAAAAC---TCTT-GAGTTC-G--TACTCAACTGAG-TTCA-GC-T---NAAA---C--CAA--------C-CAATG-GAAG-CNTTG-C-TTTC--A------TTG---TN---ACA-T-GA--ATT---TT-----GATTGGTTGA-TTTG---AGCCGAACTCAGT-TG-AG-----TATG---AACT--CA--A---AG-GTTT-T-------A-TAACCTCGGGACCAGG-CCCATACATT
gi|1 : AAC---TCTG-GAGTTT-A--TACTTTACTGAG-TTCA-CC-T---CAAT---T--CAA--------C-CAACG-GAAA-ACTGA-C-TTTCCCA------TTG---TA---ACA-T-AA--GTT---TT-----AATTGGTTGA-TTGG---AGCAGAACTCAGC-TG-AC-----TATG---AACT--CA--A---TA-GTTT-T-------A-TAACCTCAG
gi|10 : cagaacactttggtcagaacagaatatccaaagtACCAGGCT---G-CAAGA--TTATAAAAC---TTTT-AAGTTC-A--TATTCAAATGAG-TT---GC-T---TAAA---T--CAA--------CAGAATG-GATG-TCTAA-A-TTTT--A------TT----TT---AGA-T-GA--ATT---TT-----GAATGAATGA-ATTA---AACTAAACTTTGT-CA-AG-----TAAG---AACT--CA--A---AG-atttcatcatgagtcataatttat
gi|11 : gTAAAACACCTCTT-GAGTTCAG--T-CTCACCGGGA-CTGA-GC-T---TAAAAATT--CAA--------A--AATG-GAAG-TCTGA-CGTTTC--T------TTT---TTCATACACT-AACCATT---TG-----GATCGGTTGG-CTTT---AGCTGAATTCAGT-TGTAA-----TATG---AATT------A---AG-ATTaa
gi|12 : AGA--TTACAAAAC---TTTTTGAGTTC-A--TACTCAATTGAG-TTCA-GC-T---AAAA---C--CAA-----------A--G-GAA--CTGGA-C-TTTA--A------TCA---TT---ACA-TAAA--ATT---TT-----GATTGGTTGC-T-------GCTG----CA------AG-----TGTG---AAAT--C---A---AG-ATTT-A-------ATTAAGCTTGG
gi|13 : GG--TTATACATC---TCTT-GAGTTT-G--TACTTAACTGAG-TCCA-GG-T---AATA---T--CAA--------C-AAATG-TAAG-C-TTG----------------------------CA-T-GA--ATT---TT-----GATTGGTTGA-TTTA---GACAAAACTCAGT-AG-AG-----TATT---ATCTTGCAACA---AG-GTTCAC-------A-TAACac
gi|14 : TTC-A--TGTTCAACTGTG-TTTA-TC-T---TCA----CTTCAA--------C-CAATA-GAAT-CCTTT-C-TTTC--A------TTG---TA---ACA-T-GG--GTT---TA-----GATTGGTTGA-TTTA---AGTGGAACTCGGGATG-AG-----TATG---AACT--CG--A---Ag
gi|15 : gggatgtaaacaaTC-A--TACTCAACAGAA-TTTG-GC-C---TAAT---TT-CAA--------C-CAATA-GAGG-CCTTT-C-TTTC--A------TTA---CA---GCA-T-GG--ATT---TT-----GATTGGTTGG-TTCG---AGCAAATTTCTGT-TG-AG-----TGTA---AACT--t
gi|16 : cGC---CTCAAGG--TTATAGAAC---TCTT-GTGTCT-G--TACTCAACTGAG-TTCA-GC-----GCAA---T--TAA--------C-CAATG-GAAG-ACTGA-C-TTTA--A------T
gi|17 : ccaatgtcagtatagaccttGC---C-CTAGG--TTATAAAAT---GCCA-AA--TC-AACTGCTCGACTGAT-TTAA-TC-C---CAAG---TT-CAA--------C-CAATG-GGAG-CTTTG-C-TTTC--A------TTG---------CA-T-----ATT---TTATTAGGATTGTTTAA-Tctaccctg
gi|18 : AGA--TCATAAAACAT-TTTC-GA--TC-T--TACTAAATTGAG-TTCA-GC-T---AAAA---C--CAA--------C-CAATA-TAAG-CCTAT-T-TTTT--A------TGG------------T-GA--ATT---T-----------GTTAA-TTTG---AGCCAAACTCA
gi|19 : ggGT---C-CGAGG--ATGTAACGC---TCT--GAGTTT-C--TGCTCAACTGAG-TTCATGT-T---TAAT---C--AAA--------C-CAATG-GTAG-CATTG-C-TATT--A------TTC---AA---ACA-T-GA--ATT---TT-----CAT
gi|2 : ACCAGGGC---C-CGAGG--TTATAAAAC---TCTCCGAGTTC-A--TACTCAGCTGAG-TTCA-GC-T---AAAA---C--AAA--------C-CAGTG-GAAG-CATTG-C-TTTC--A------TTG---TT---ACA-T-GA--ATT---CT-----GATTGGTTGA-TTCT---AGCAAAACTCAGT-TG-AG-----TATG---AACT--CT--A---AG-GTTT-T-------A-TAACCTCGGGACCAGGCCCCATACATT
gi|20 : C--A------TTG---CA---ACA-T-CA--ACT---TT-----GATTGGTTTATTTTC---AGCAGAACGCAGT-TG-AGTATACTATG---AACT--CA--A---AT-GTTC-T-------G-TGACC
gi|21 : TG---TT---ACA-T-GA--ATT---TT-----GCTTGGTTGA-TTTA---AGCCAAATTGAGT-AG-TG-----TATGATTAACT--CA--A---GA-GTTT-T-------A-TCACCTCAGGAgc
gi|23 : aaATAAATC---T-TT-GAGTTC-A--TGTTTAAATGAGACTC---T-T---CGAA---T--CAA--------C-CAATG-GAAG-CATTG-C-TTTC--A------T
gi|24 : AG-TTGA-TC-C---TAAA---TT-CAA--------C-AAACA-GAAG-CTTAG-C-TTTC--A------TTG---CA---ATA-T-
gi|25 : attgttggacaaatT-GAGCTT-G--TGCTCAACTGAG-T-------T---TAAT---C--CAA--------C-CAACG-G
gi|3 : tcCCAAGAC---G-CGAGGAATTATAATAC---CTGT-GAGTTC-A--TGTTCGACAGAA-TTTA-CCCT---CAAA---T--TGA--------C-CAAAT-GAAGTCCGAA-A-TTTC--A------TTG---AA---ATA-TTGA--ACT---T------GATTGGTTGA-TTTC---AGCAGAACTCAGT-CT-GG-----TATG---CAAT--CA--G---AG-TTTT-T-------A-AAACTCTGGGGTCACG--ACACACATTt
gi|4 : -GT-T---AAAA---C--CAA--------C-CAATG-GAAG-ACTGG-C-TTAT--A------TAC---TA---ACG-T-AG--ATT---TT-----GATTGGTTGA-TTTG---AACCCAACTCAGT-TG-AG-----TTTG---ATCA--CA--A---GA-GTTT-T-------A-TAAACT
gi|5 : aCAGGGCGTCC-TCATA--TTATAGAAC---TC----------G--TGCTAAACTGAG-TTTA-GC-T---AAAA---C--TAA--------C-CAATG-GAAG-CCATG-C-ATT---A------TTG---TA---ATA-T-GA--AAT---TT-----GATTG--TGG--TTG---AGCCAAACTCA-------------------------------------GTTT-T-------A-TAACCTCGGGACCAGG-gcagagttttatagtcttgtggaccaaaacattggtggcttccaatggctaaattg
gi|6 : aactatctataa--TATTCAGTTGAA-TTCA-TA-T---AATG---T--CAA--------C-CTATGTGAAA-C-TGG-C-TGTT--A------TTG--------ACA-T-GA--ACT---TT-----GATTTGTCAA-TTTG---A-----ACTCTGT-TG-AG-----TATG---AACT--CT--G---AGAGTTT-T-------A-TAACCTCtacctgtca
gi|6 : ccgggcatacaGAGG--TTATAAAAC---TCTCAGAGTTC-A--TACTCAACAGAG-TTCA-AA-TTGACAAA---T--CAAAGTTCATGT-CAATA-ACAG-CC--A-G-TTTC--ACATAGGTTGACATT---ATA-T-GA--ATTCAACT-----GAATAATTTA-TTC----ACCCGAGATCAGT-TA-AA-----TGTG---atttattcacccgagatcagttaaatgtg
gi|7 : ccgggcatacaGGGT---C-AGAGG--CTTTAAA-C---TCTT-G-GTTC-G--TTCTC---TGAG-TTTG-TC-T---T---------CAT--------C-AAATG-GAAG-CATTGAT-TTTC--A------TTG---CA---ACG-T-GG--ATT---TA-----GATCGGTTGG-TTTGAAAAG--GGACACAGT-TT-AG-----TA----------------------GTTT-TTTTTTTCA-TAACCTCAAGACC
gi|8 : atcAACTGA--TTCA-GT-T---GAAA-------AA--------A-CAA----AAG-TCTGG-C-TTTT--A------ACAA--TA---ACA-T-GA--GTT---GT-----GATTGGGTAT-TCCG---AGCCGAAGTCAGT-TG-AT-----AATG---AACC--C---T---AG-ATTT-T-------A-CAACCT
gi|9 : cagtttagatgggaagaggtctgttcccaggtttataaATAAATC---TTTT--AGTTC-A--TACACAAATGTG-TTTC-AC-T---ACAC---C--CAC--------C-TAA-G-GAAG-GCTAT-C-TTTT--A------TAG---TA---ATA-T-GA--ATT---TT-----G----GTTGT-TTTG---AGCCAAATTTAGC-AG-AG-----TACT---AAAT--CA--GTATGA-GTTT-T-------A-TGACCT-GTGACCTGG-
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATCGGCCAATTAAAACTCATATAACAAAAACTGTCAGCCTCCCATCGGTTGTTTTAAGATAAACTGAGT
Unaligned ( gi|26 ): ACGGAACACATGGTTAATATCAACTGTACAATCAAGATGA
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111 11111111 1111111111 1111111 222
lowQualScore : 00000 44 777 77 6666 1 1 22 1 4444 3333333 66666666 1 1 1 0 444 1 222 555555 44444444 1 3 22 333 555555 2 6666 4 2 2 55555 333 33 2222222222 3 0000000 3 666
lowQualScore : ..... .. ... .. .... . . .. . .... ....... ........ . . . . ... . ... ...... ........ . . .. ... ...... . .... . . . ..... ... .. .......... . ....... . ...
lowQualScore : 00000 66 888 99 8888 8 2 99 7 0000 3333333 33333333 7 7 8 5 666 8 777 000000 44444444 8 6 66 333 222222 0 3333 4 2 2 66666 999 22 4444444444 1 0000000 1 000
consensus : ACCAGGGC---C-CGAGG--TTATAAAAC---TCTT-GAGTTC-G--TACTCAACTGAG-TTCA-GC-T---NAAA---C--CAA--------C-CAATG-GAAG-CCTNG-C-TTTC--A------TTG---T--A-ACA-T-GA--ATT---TT-----GATTGGTTGA-TTTG---AGCCGAACTCAGT-TG-AG-----TATG---AACT--CA--A---AG-GTTT-T-------A-TAACCTCGGGACCAGG-CNCACACATT
Reference ( family-1127 ) : ACCAGGGC---C-CGAGG--TTATAAAAC---TCTT-GAGTTC-G--TACTCAACTGAG-TTCA-GC-T---NAAA---C--CAA--------C-CAATG-GAAG-CCTNG-C-TTTC--A------TTG---T--A-ACA-T-GA--ATT---TT-----GATTGGTTGA-TTTG---AGCCGAACTCAGT-TG-AG-----TATG---AACT--CA--A---AG-GTTT-T-------A-TAACCTCGGGACCAGG-CNCACACATT
gi|1 : AAC---TCTG-GAGTTT-A--TACTTTACTGAG-TTCA-CC-T---CAAT---T--CAA--------C-CAACG-GAAA-ACTGA-C-TTTCCCA------TTG---T--A-ACA-T-AA--GTT---TT-----AATTGGTTGA-TTGG---AGCAGAACTCAGC-TG-AC-----TATG---AACT--CA--A---TA-GTTT-T-------A-TAACCTCAG
gi|10 : cagaacactttggtcagaacagaatatccaaagtACCAGGCT---G-CAAGA--TTATAAAAC---TTTT-AAGTTC-A--TATTCAAATGAG-TT---GC-T---TAAA---T--CAA--------CAGAATG-GATG-TCTAA-A-TTTT--A------TTT---T--A-G-A-T-GA--ATT---TT-----GAATGAATGA-ATTA---AACTAAACTTTGT-CA-AG-----TAAG---AACT--CA--A---AG-atttcatcatgagtcataatttat
gi|11 : gTAAAACACCTCTT-GAGTTCAG--T-CTCACCGGGA-CTGA-GC-T---TAAAAATT--CAA--------A--AATG-GAAG-TCTGA-CGTTTC--T------TTT---TTCATACACT-AACCATT---TG-----GATCGGTTGG-CTTT---AGCTGAATTCAGT-TGTAA-----TATG---AATT------A---AG-ATTaa
gi|12 : AGA--TTACAAAAC---TTTTTGAGTTC-A--TACTCAATTGAG-TTCA-GC-T---AAAA---C--CAA-----------A--G-GAA---CTGGAC-TTTA--A------TCA---T--T-ACA-TAAA--ATT---TT-----GATTGGTTGC-T-------GCTG----CA------AG-----TGTG---AAAT--C---A---AG-ATTT-A-------ATTAAGCTTGG
gi|13 : GG--TTATACATC---TCTT-GAGTTT-G--TACTTAACTGAG-TCCA-GG-T---AATA---T--CAA--------C-AAATG-TAAG-C--------------------TTG---------CA-T-GA--ATT---TT-----GATTGGTTGA-TTTA---GACAAAACTCAGT-AG-AG-----TATT---ATCTTGCAACA---AG-GTTCAC-------A-TAACac
gi|14 : TTC-A--TGTTCAACTGTG-TTTA-TC-T---TCA----CTTCAA--------C-CAATA-GAAT-CCTTT-C-TTTC--A------TTG---T--A-ACA-T-GG--GTT---TA-----GATTGGTTGA-TTTA---AGTGGAACTCGGGATG-AG-----TATG---AACT--CG--A---Ag
gi|15 : gggatgtaaacaaTC-A--TACTCAACAGAA-TTTG-GC-C---TAAT---TT-CAA--------C-CAATA-GAGG-CCTTT-C-TTTC--A------TTA---C--A-GCA-T-GG--ATT---TT-----GATTGGTTGG-TTCG---AGCAAATTTCTGT-TG-AG-----TGTA---AACT--t
gi|16 : cGC---CTCAAGG--TTATAGAAC---TCTT-GTGTCT-G--TACTCAACTGAG-TTCA-GC-----GCAA---T--TAA--------C-CAATG-GAAG-ACTGA-C-TTTA--A------T
gi|17 : ccaatgtcagtatagaccttGC---C-CTAGG--TTATAAAAT---GCCA-AA--TC-AACTGCTCGACTGAT-TTAA-TC-C---CAAG---TT-CAA--------C-CAATG-GGAG-CTTTG-C-TTTC--A------TTG---------CA-T-----ATT---TTATTAGGATTGTTTAA-Tctaccctg
gi|18 : AGA--TCATAAAACAT-TTTC-GA--TC-T--TACTAAATTGAG-TTCA-GC-T---AAAA---C--CAA--------C-CAATA-TAAG-CCTAT-T-TTTT--A------TGG------------T-GA--ATT---T-----------GTTAA-TTTG---AGCCAAACTCA
gi|19 : ggGT---C-CGAGG--ATGTAACGC---TCT--GAGTTT-C--TGCTCAACTGAG-TTCATGT-T---TAAT---C--AAA--------C-CAATG-GTAG-CATTG-C-TATT--A------TTC---A--A-ACA-T-GA--ATT---TT-----CAT
gi|2 : ACCAGGGC---C-CGAGG--TTATAAAAC---TCTCCGAGTTC-A--TACTCAGCTGAG-TTCA-GC-T---AAAA---C--AAA--------C-CAGTG-GAAG-CATTG-C-TTTC--A------TTG---T--T-ACA-T-GA--ATT---CT-----GATTGGTTGA-TTCT---AGCAAAACTCAGT-TG-AG-----TATG---AACT--CT--A---AG-GTTT-T-------A-TAACCTCGGGACCAGGCCCCATACATT
gi|20 : C--A------TTG---C--A-ACA-T-CA--ACT---TT-----GATTGGTTTATTTTC---AGCAGAACGCAGT-TG-AGTATACTATG---AACT--CA--A---AT-GTTC-T-------G-TGACC
gi|21 : TG---T--T-ACA-T-GA--ATT---TT-----GCTTGGTTGA-TTTA---AGCCAAATTGAGT-AG-TG-----TATGATTAACT--CA--A---GA-GTTT-T-------A-TCACCTCAGGAgc
gi|23 : aaATAAATC---T-TT-GAGTTC-A--TGTTTAAATGAGACTC---T-T---CGAA---T--CAA--------C-CAATG-GAAG-CATTG-C-TTTC--A------T
gi|24 : AG-TTGA-TC-C---TAAA---TT-CAA--------C-AAACA-GAAG-CTTAG-C-TTTC--A------TTG---C--A-ATA-T-
gi|25 : attgttggacaaatT-GAGCTT-G--TGCTCAACTGAG-T-------T---TAAT---C--CAA--------C-CAACG-G
gi|3 : tcCCAAGAC---G-CGAGGAATTATAATAC---CTGT-GAGTTC-A--TGTTCGACAGAA-TTTA-CCCT---CAAA---T--TGA--------C-CAAAT-GAAGTCCGAA-A-TTTC--A------TTG---A--A-ATA-TTGA--ACT---T------GATTGGTTGA-TTTC---AGCAGAACTCAGT-CT-GG-----TATG---CAAT--CA--G---AG-TTTT-T-------A-AAACTCTGGGGTCACG--ACACACATTt
gi|4 : -GT-T---AAAA---C--CAA--------C-CAATG-GAAG-ACTGG-C-TTAT--A------TAC---T--A-ACG-T-AG--ATT---TT-----GATTGGTTGA-TTTG---AACCCAACTCAGT-TG-AG-----TTTG---ATCA--CA--A---GA-GTTT-T-------A-TAAACT
gi|5 : aCAGGGCGTCC-TCATA--TTATAGAAC---TC----------G--TGCTAAACTGAG-TTTA-GC-T---AAAA---C--TAA--------C-CAATG-GAAG-CCATG-C-ATT---A------TTG---T--A-ATA-T-GA--AAT---TT-----GATTG--TGG--TTG---AGCCAAACTCA-------------------------------------GTTT-T-------A-TAACCTCGGGACCAGG-gcagagttttatagtcttgtggaccaaaacattggtggcttccaatggctaaattg
gi|6 : aactatctataa--TATTCAGTTGAA-TTCA-TA-T---AATG---T--CAA--------C-CTATGTGAAA-C-TGG-C-TGTT--A------TTG--------ACA-T-GA--ACT---TT-----GATTTGTCAA-TTTG---A-----ACTCTGT-TG-AG-----TATG---AACT--CT--G---AGAGTTT-T-------A-TAACCTCtacctgtca
gi|6 : ccgggcatacaGAGG--TTATAAAAC---TCTCAGAGTTC-A--TACTCAACAGAG-TTCA-AA-TTGACAAA---T--CAAAGTTCATGT-CAATA-ACAG-CC-AG---TTTC--ACATAGGTTGACAT--T-ATA-T-GA--ATTCAACT-----GAATAATTTA-TTC----ACCCGAGATCAGT-TA-AA-----TGTG---atttattcacccgagatcagttaaatgtg
gi|7 : ccgggcatacaGGGT---C-AGAGG--CTTTAAA-C---TCTT-G-GTTC-G--TTCTC---TGAG-TTTG-TC-T---T---------CAT--------C-AAATG-GAAG-CATTGAT-TTTC--A------TTG---C--A-ACG-T-GG--ATT---TA-----GATCGGTTGG-TTTGAAAAG--GGACACAGT-TT-AG-----TA----------------------GTTT-TTTTTTTCA-TAACCTCAAGACC
gi|8 : atcAACTGA--TTCA-GT-T---GAAA-------AA--------A-CAA----AAG-TCTGG-C-TTTT--A------ACAA--T--A-ACA-T-GA--GTT---GT-----GATTGGGTAT-TCCG---AGCCGAAGTCAGT-TG-AT-----AATG---AACC--C---T---AG-ATTT-T-------A-CAACCT
gi|9 : cagtttagatgggaagaggtctgttcccaggtttataaATAAATC---TTTT--AGTTC-A--TACACAAATGTG-TTTC-AC-T---ACAC---C--CAC--------C-TAA-G-GAAG-GCTAT-C-TTTT--A------TAG---T--A-ATA-T-GA--ATT------------TTGGTTGT-TTTG---AGCCAAATTTAGC-AG-AG-----TACT---AAAT--CA--GTATGA-GTTT-T-------A-TGACCT-GTGACCTGG-
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATCGGCCAATTAAAACTCATATAACAAAAACTGTCAGCCTCCCATCGGTTGTTTTAAGATAAACTGAGT
Unaligned ( gi|26 ): ACGGAACACATGGTTAATATCAACTGTACAATCAAGATGA
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111 11111111 1111111111 1111111 222
lowQualScore : 00000 44 777 77 6666 1 1 22 1 4444 3333333 66666666 1 1 1 0 444 1 222 555555 44444444 1 3 22 333 555555 2 6666 4 2 2 55555 333 33 2222222222 3 0000000 3 666
lowQualScore : ..... .. ... .. .... . . .. . .... ....... ........ . . . . ... . ... ...... ........ . . .. ... ...... . .... . . . ..... ... .. .......... . ....... . ...
lowQualScore : 00000 66 888 99 8888 8 2 99 7 0000 3333333 33333333 7 7 8 5 666 8 777 000000 44444444 8 6 66 333 222222 0 3333 4 2 2 66666 999 22 4444444444 1 0000000 1 000
consensus : ACCAGGGC---C-CGAGG--TTATAAAAC---TCTT-GAGTTC-G--TACTCAACTGAG-TTCA-GC-T---NAAA---C--CAA--------C-CAATG-GAAG-CCTNG-C-TTTC--A------TTG---T--A-ACA-T-GA--ATT---TT-----GATTGGTTGA-TTTG---AGCCGAACTCAGT-TG-AG-----TATG---AACT--CA--A---AG-GTTT-T-------A-TAACCTCGGGACCAGG-CNCACACATT
Reference ( family-1127 ) : ACCAGGGC---C-CGAGG--TTATAAAAC---TCTT-GAGTTC-G--TACTCAACTGAG-TTCA-GC-T---NAAA---C--CAA--------C-CAATG-GAAG-CCTNG-C-TTTC--A------TTG---T--A-ACA-T-GA--ATT---TT-----GATTGGTTGA-TTTG---AGCCGAACTCAGT-TG-AG-----TATG---AACT--CA--A---AG-GTTT-T-------A-TAACCTCGGGACCAGG-CNCACACATT
gi|1 : AAC---TCTG-GAGTTT-A--TACTTTACTGAG-TTCA-CC-T---CAAT---T--CAA--------C-CAACG-GAAA-ACTGA-C-TTTCCCA------TTG---T--A-ACA-T-AA--GTT---TT-----AATTGGTTGA-TTGG---AGCAGAACTCAGC-TG-AC-----TATG---AACT--CA--A---TA-GTTT-T-------A-TAACCTCAG
gi|10 : cagaacactttggtcagaacagaatatccaaagtACCAGGCT---G-CAAGA--TTATAAAAC---TTTT-AAGTTC-A--TATTCAAATGAG-TT---GC-T---TAAA---T--CAA--------CAGAATG-GATG-TCTAA-A-TTTT--A------TTT---T--A-G-A-T-GA--ATT---TT-----GAATGAATGA-ATTA---AACTAAACTTTGT-CA-AG-----TAAG---AACT--CA--A---AG-atttcatcatgagtcataatttat
gi|11 : gTAAAACACCTCTT-GAGTTCAG--T-CTCACCGGGA-CTGA-GC-T---TAAAAATT--CAA--------A--AATG-GAAG-TCTGA-CGTTTC--T------TTT---TTCATACACT-AACCATT---TG-----GATCGGTTGG-CTTT---AGCTGAATTCAGT-TGTAA-----TATG---AATT------A---AG-ATTaa
gi|12 : AGA--TTACAAAAC---TTTTTGAGTTC-A--TACTCAATTGAG-TTCA-GC-T---AAAA---C--CAA-----------A--G-GAA---CTGGAC-TTTA--A------TCA---T--T-ACA-TAAA--ATT---TT-----GATTGGTTGC-T-------GCTG----CA------AG-----TGTG---AAAT--C---A---AG-ATTT-A-------ATTAAGCTTGG
gi|13 : GG--TTATACATC---TCTT-GAGTTT-G--TACTTAACTGAG-TCCA-GG-T---AATA---T--CAA--------C-AAATG-TAAG-C--------------------TTG---------CA-T-GA--ATT---TT-----GATTGGTTGA-TTTA---GACAAAACTCAGT-AG-AG-----TATT---ATCTTGCAACA---AG-GTTCAC-------A-TAACac
gi|14 : TTC-A--TGTTCAACTGTG-TTTA-TC-T---TCA----CTTCAA--------C-CAATA-GAAT-CCTTT-C-TTTC--A------TTG---T--A-ACA-T-GG--GTT---TA-----GATTGGTTGA-TTTA---AGTGGAACTCGGGATG-AG-----TATG---AACT--CG--A---Ag
gi|15 : gggatgtaaacaaTC-A--TACTCAACAGAA-TTTG-GC-C---TAAT---TT-CAA--------C-CAATA-GAGG-CCTTT-C-TTTC--A------TTA---C--A-GCA-T-GG--ATT---TT-----GATTGGTTGG-TTCG---AGCAAATTTCTGT-TG-AG-----TGTA---AACT--t
gi|16 : cGC---CTCAAGG--TTATAGAAC---TCTT-GTGTCT-G--TACTCAACTGAG-TTCA-GC-----GCAA---T--TAA--------C-CAATG-GAAG-ACTGA-C-TTTA--A------T
gi|17 : ccaatgtcagtatagaccttGC---C-CTAGG--TTATAAAAT---GCCA-AA--TC-AACTGCTCGACTGAT-TTAA-TC-C---CAAG---TT-CAA--------C-CAATG-GGAG-CTTTG-C-TTTC--A------TTG---------CA-T-----ATT---TTATTAGGATTGTTTAA-Tctaccctg
gi|18 : AGA--TCATAAAACAT-TTTC-GA--TC-T--TACTAAATTGAG-TTCA-GC-T---AAAA---C--CAA--------C-CAATA-TAAG-CCTAT-T-TTTT--A------TGG------------T-GA--ATT---T-----------GTTAA-TTTG---AGCCAAACTCA
gi|19 : ggGT---C-CGAGG--ATGTAACGC---TCT--GAGTTT-C--TGCTCAACTGAG-TTCATGT-T---TAAT---C--AAA--------C-CAATG-GTAG-CATTG-C-TATT--A------TTC---A--A-ACA-T-GA--ATT---TT-----CAT
gi|2 : ACCAGGGC---C-CGAGG--TTATAAAAC---TCTCCGAGTTC-A--TACTCAGCTGAG-TTCA-GC-T---AAAA---C--AAA--------C-CAGTG-GAAG-CATTG-C-TTTC--A------TTG---T--T-ACA-T-GA--ATT---CT-----GATTGGTTGA-TTCT---AGCAAAACTCAGT-TG-AG-----TATG---AACT--CT--A---AG-GTTT-T-------A-TAACCTCGGGACCAGGCCCCATACATT
gi|20 : C--A------TTG---C--A-ACA-T-CA--ACT---TT-----GATTGGTTTATTTTC---AGCAGAACGCAGT-TG-AGTATACTATG---AACT--CA--A---AT-GTTC-T-------G-TGACC
gi|21 : TG---T--T-ACA-T-GA--ATT---TT-----GCTTGGTTGA-TTTA---AGCCAAATTGAGT-AG-TG-----TATGATTAACT--CA--A---GA-GTTT-T-------A-TCACCTCAGGAgc
gi|23 : aaATAAATC---T-TT-GAGTTC-A--TGTTTAAATGAGACTC---T-T---CGAA---T--CAA--------C-CAATG-GAAG-CATTG-C-TTTC--A------T
gi|24 : AG-TTGA-TC-C---TAAA---TT-CAA--------C-AAACA-GAAG-CTTAG-C-TTTC--A------TTG---C--A-ATA-T-
gi|25 : attgttggacaaatT-GAGCTT-G--TGCTCAACTGAG-T-------T---TAAT---C--CAA--------C-CAACG-G
gi|3 : tcCCAAGAC---G-CGAGGAATTATAATAC---CTGT-GAGTTC-A--TGTTCGACAGAA-TTTA-CCCT---CAAA---T--TGA--------C-CAAAT-GAAGTCCGAA-A-TTTC--A------TTG---A--A-ATA-TTGA--ACT---T------GATTGGTTGA-TTTC---AGCAGAACTCAGT-CT-GG-----TATG---CAAT--CA--G---AG-TTTT-T-------A-AAACTCTGGGGTCACG--ACACACATTt
gi|4 : -GT-T---AAAA---C--CAA--------C-CAATG-GAAG-ACTGG-C-TTAT--A------TAC---T--A-ACG-T-AG--ATT---TT-----GATTGGTTGA-TTTG---AACCCAACTCAGT-TG-AG-----TTTG---ATCA--CA--A---GA-GTTT-T-------A-TAAACT
gi|5 : aCAGGGCGTCC-TCATA--TTATAGAAC---TC----------G--TGCTAAACTGAG-TTTA-GC-T---AAAA---C--TAA--------C-CAATG-GAAG-CCATG-C-ATT---A------TTG---T--A-ATA-T-GA--AAT---TT-----GATTG--TGG--TTG---AGCCAAACTCA-------------------------------------GTTT-T-------A-TAACCTCGGGACCAGG-gcagagttttatagtcttgtggaccaaaacattggtggcttccaatggctaaattg
gi|6 : aactatctataa--TATTCAGTTGAA-TTCA-TA-T---AATG---T--CAA--------C-CTATGTGAAA-C-TGG-C-TGTT--A------TTG--------ACA-T-GA--ACT---TT-----GATTTGTCAA-TTTG---A-----ACTCTGT-TG-AG-----TATG---AACT--CT--G---AGAGTTT-T-------A-TAACCTCtacctgtca
gi|6 : ccgggcatacaGAGG--TTATAAAAC---TCTCAGAGTTC-A--TACTCAACAGAG-TTCA-AA-TTGACAAA---T--CAAAGTTCATGT-CAATA-ACAG-CC-AG---TTTC--ACATAGGTTGACAT--T-ATA-T-GA--ATTCAACT-----GAATAATTTA-TTC----ACCCGAGATCAGT-TA-AA-----TGTG---atttattcacccgagatcagttaaatgtg
gi|7 : ccgggcatacaGGGT---C-AGAGG--CTTTAAA-C---TCTT-G-GTTC-G--TTCTC---TGAG-TTTG-TC-T---T---------CAT--------C-AAATG-GAAG-CATTGAT-TTTC--A------TTG---C--A-ACG-T-GG--ATT---TA-----GATCGGTTGG-TTTGAAAAG--GGACACAGT-TT-AG-----TA----------------------GTTT-TTTTTTTCA-TAACCTCAAGACC
gi|8 : atcAACTGA--TTCA-GT-T---GAAA-------AA--------A-CAA----AAG-TCTGG-C-TTTT--A------ACAA--T--A-ACA-T-GA--GTT---GT-----GATTGGGTAT-TCCG---AGCCGAAGTCAGT-TG-AT-----AATG---AACC--C---T---AG-ATTT-T-------A-CAACCT
gi|9 : cagtttagatgggaagaggtctgttcccaggtttataaATAAATC---TTTT--AGTTC-A--TACACAAATGTG-TTTC-AC-T---ACAC---C--CAC--------C-TAA-G-GAAG-GCTAT-C-TTTT--A------TAG---T--A-ATA-T-GA--ATT------------TTGGTTGT-TTTG---AGCCAAATTTAGC-AG-AG-----TACT---AAAT--CA--GTATGA-GTTT-T-------A-TGACCT-GTGACCTGG-
blockSeqs : GTCC AA ACC TT AAC A G TG C TGAC AAATT AGTTCATG A T T GGA G T CATAGG TTCAT C A CC CAA TATTAG T GAAA T A T TATAC ATT TG AGTATGA A TTTTTTC T A
blockSeqs : CT . AT CC AG . C G . T CTT . . . . TGA . C . ACATT . T . . T . A T . . . . . AACAAG . . .
blockSeqs : C . . CA A . C G . T TTT . . . . AA . A . ATA . . . . G . T T . . . . . TGAGA . . .
blockSeqs : C . . T A . T G . A GTT . . . . GA . C . TA . . . . T . A A . . . . . AAAG . . .
blockSeqs : C . . T G . T G . A ATT . . . . TT . C . TT . . . . T . A G . . . . . TAAG . . .
blockSeqs : G . . T A . C T . T AT . . . . TT . A . TA . . . . A . G A . . . . . AAAT . . .
blockSeqs : C . . T A . A G . T AC . . . . GA . C . CA . . . . T . G C . . . . . AAGA . . .
blockSeqs : . . A G . C G . G AT . . . . TG . T . AA . . . . T . T A . . . . . AGAG . . .
blockSeqs : . . C T . C T . C AT . . . . AT . T . TT . . . . T . C A . . . . . AAGA . . .
blockSeqs : . . T C . C G . A AC . . . . TG . C . CA . . . . T . A C . . . . . AAG . . .
blockSeqs : . . T A . C G . T TC . . . . TG . C . TT . . . . T . C A . . . . . AAG . . .
blockSeqs : . T A . G T . A AC . . . . TG . C . CA . . . . T . G C . . . . . TAG . . .
blockSeqs : . T G . T C . C AT . . . . AG . C . AA . . . . T . G C . . . . . .
blockSeqs : . T A . T G . T TC . . . . AA . C . TA . . . . T . G C . . . . . .
blockSeqs : . . G . C G . T AT . . . . GG . T . TA . . . . T . G C . . . . .
blockSeqs : . A . C T . C AC . . . . TG . T . CA . . . . A . G C . . . . .
blockSeqs : G . T A . A AC . . . . GG . C . TA . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : A . C T . A GT . . . . AG . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T G . A AT . . . . GG . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . T CC . . . . AT . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . .
blockSeqCons : C**
originalCons : ACCAGGGC---C-CGAGG--TTATAAAAC---TCTT-GAGTTC-G--TACTCAACTGAG-TTCA-GC-T---NAAA---C--CAA--------C-CAATG-GAAG-CCTNG-C-TTTC--A------TTG---T--A-ACA-T-GA--ATT---TT-----GATTGGTTGA-TTTG---AGCCGAACTCAGT-TG-AG-----TATG---AACT--CA--A---AG-GTTT-T-------A-TAACCTCGGGACCAGG-CNCACACATT
finalCons : ACCAGGGC---C-CGAGG--TTATAAAAC---TCTT-GAGTTC-G--TACTCAACTGAG-TTCA-GC-T---NAAA---C--CAA--------C-CAATG-GAAG-CCTNG-C-TTTC--A------TTG---T--A-ACA-T-GA--ATT---TT-----GATTGGTTGA-TTTG---AGCCGAACTCAGT-TG-AG-----TATG---AACT--CA--A---AG-GTTT-T-------A-TAACCTCGGGACCAGG-CNCACACATT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATCGGCCAATTAAAACTCATATAACAAAAACTGTCAGCCTCCCATCGGTTGTTTTAAGATAAACTGAGT
Unaligned ( gi|26 ): ACGGAACACATGGTTAATATCAACTGTACAATCAAGATGA
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111 11111111 1111111111 1111111 222
lowQualScore : 00000 44 777 77 6666 1 1 22 1 4444 3333333 66666666 1 1 1 0 444 1 222 555555 44444444 1 3 22 333 555555 2 6666 4 2 2 55555 333 33 2222222222 3 0000000 3 666
lowQualScore : ..... .. ... .. .... . . .. . .... ....... ........ . . . . ... . ... ...... ........ . . .. ... ...... . .... . . . ..... ... .. .......... . ....... . ...
lowQualScore : 00000 66 888 99 8888 8 2 99 7 0000 3333333 33333333 7 7 8 5 666 8 777 000000 44444444 8 6 66 333 222222 0 3333 4 2 2 66666 999 22 4444444444 1 0000000 1 000
consensus : ACCAGGGC---C-CGAGG--TTATAAAAC---TCTT-GAGTTC-G--TACTCAACTGAG-TTCA-GC-T---NAAA---C--CAA--------C-CAATG-GAAG-CCTNG-C-TTTC--A------TTG---T--A-ACA-T-GA--ATT---TT-----GATTGGTTGA-TTTG---AGCCGAACTCAGT-TG-AG-----TATG---AACT--CA--A---AG-GTTT-T-------A-TAACCTCGGGACCAGG-CNCACACATT
Reference ( family-1127 ) : ACCAGGGC---C-CGAGG--TTATAAAAC---TCTT-GAGTTC-G--TACTCAACTGAG-TTCA-GC-T---NAAA---C--CAA--------C-CAATG-GAAG-CCTNG-C-TTTC--A------TTG---T--A-ACA-T-GA--ATT---TT-----GATTGGTTGA-TTTG---AGCCGAACTCAGT-TG-AG-----TATG---AACT--CA--A---AG-GTTT-T-------A-TAACCTCGGGACCAGG-CNCACACATT
gi|1 : AAC---TCTG-GAGTTT-A--TACTTTACTGAG-TTCA-CC-T---CAAT---T--CAA--------C-CAACG-GAAA-ACTGA-C-TTTCCCA------TTG---T--A-ACA-T-AA--GTT---TT-----AATTGGTTGA-TTGG---AGCAGAACTCAGC-TG-AC-----TATG---AACT--CA--A---TA-GTTT-T-------A-TAACCTCAG
gi|10 : cagaacactttggtcagaacagaatatccaaagtACCAGGCT---G-CAAGA--TTATAAAAC---TTTT-AAGTTC-A--TATTCAAATGAG-TT---GC-T---TAAA---T--CAA--------CAGAATG-GATG-TCTAA-A-TTTT--A------TTT---T--A-G-A-T-GA--ATT---TT-----GAATGAATGA-ATTA---AACTAAACTTTGT-CA-AG-----TAAG---AACT--CA--A---AG-atttcatcatgagtcataatttat
gi|11 : gTAAAACACCTCTT-GAGTTCAG--T-CTCACCGGGA-CTGA-GC-T---TAAAAATT--CAA--------A--AATG-GAAG-TCTGA-CGTTTC--T------TTT---TTCATACACT-AACCATT---TG-----GATCGGTTGG-CTTT---AGCTGAATTCAGT-TGTAA-----TATG---AATT------A---AG-ATTaa
gi|12 : AGA--TTACAAAAC---TTTTTGAGTTC-A--TACTCAATTGAG-TTCA-GC-T---AAAA---C--CAA-----------A--G-GAA---CTGGAC-TTTA--A------TCA---T--T-ACA-TAAA--ATT---TT-----GATTGGTTGC-T-------GCTG----CA------AG-----TGTG---AAAT--C---A---AG-ATTT-A-------ATTAAGCTTGG
gi|13 : GG--TTATACATC---TCTT-GAGTTT-G--TACTTAACTGAG-TCCA-GG-T---AATA---T--CAA--------C-AAATG-TAAG-C--------------------TTG---------CA-T-GA--ATT---TT-----GATTGGTTGA-TTTA---GACAAAACTCAGT-AG-AG-----TATT---ATCTTGCAACA---AG-GTTCAC-------A-TAACac
gi|14 : TTC-A--TGTTCAACTGTG-TTTA-TC-T---TCA----CTTCAA--------C-CAATA-GAAT-CCTTT-C-TTTC--A------TTG---T--A-ACA-T-GG--GTT---TA-----GATTGGTTGA-TTTA---AGTGGAACTCGGGATG-AG-----TATG---AACT--CG--A---Ag
gi|15 : gggatgtaaacaaTC-A--TACTCAACAGAA-TTTG-GC-C---TAAT---TT-CAA--------C-CAATA-GAGG-CCTTT-C-TTTC--A------TTA---C--A-GCA-T-GG--ATT---TT-----GATTGGTTGG-TTCG---AGCAAATTTCTGT-TG-AG-----TGTA---AACT--t
gi|16 : cGC---CTCAAGG--TTATAGAAC---TCTT-GTGTCT-G--TACTCAACTGAG-TTCA-GC-----GCAA---T--TAA--------C-CAATG-GAAG-ACTGA-C-TTTA--A------T
gi|17 : ccaatgtcagtatagaccttGC---C-CTAGG--TTATAAAAT---GCCA-AA--TC-AACTGCTCGACTGAT-TTAA-TC-C---CAAG---TT-CAA--------C-CAATG-GGAG-CTTTG-C-TTTC--A------TTG---------CA-T-----ATT---TTATTAGGATTGTTTAA-Tctaccctg
gi|18 : AGA--TCATAAAACAT-TTTC-GA--TC-T--TACTAAATTGAG-TTCA-GC-T---AAAA---C--CAA--------C-CAATA-TAAG-CCTAT-T-TTTT--A------TGG------------T-GA--ATT---T-----------GTTAA-TTTG---AGCCAAACTCA
gi|19 : ggGT---C-CGAGG--ATGTAACGC---TCT--GAGTTT-C--TGCTCAACTGAG-TTCATGT-T---TAAT---C--AAA--------C-CAATG-GTAG-CATTG-C-TATT--A------TTC---A--A-ACA-T-GA--ATT---TT-----CAT
gi|2 : ACCAGGGC---C-CGAGG--TTATAAAAC---TCTCCGAGTTC-A--TACTCAGCTGAG-TTCA-GC-T---AAAA---C--AAA--------C-CAGTG-GAAG-CATTG-C-TTTC--A------TTG---T--T-ACA-T-GA--ATT---CT-----GATTGGTTGA-TTCT---AGCAAAACTCAGT-TG-AG-----TATG---AACT--CT--A---AG-GTTT-T-------A-TAACCTCGGGACCAGGCCCCATACATT
gi|20 : C--A------TTG---C--A-ACA-T-CA--ACT---TT-----GATTGGTTTATTTTC---AGCAGAACGCAGT-TG-AGTATACTATG---AACT--CA--A---AT-GTTC-T-------G-TGACC
gi|21 : TG---T--T-ACA-T-GA--ATT---TT-----GCTTGGTTGA-TTTA---AGCCAAATTGAGT-AG-TG-----TATGATTAACT--CA--A---GA-GTTT-T-------A-TCACCTCAGGAgc
gi|23 : aaATAAATC---T-TT-GAGTTC-A--TGTTTAAATGAGACTC---T-T---CGAA---T--CAA--------C-CAATG-GAAG-CATTG-C-TTTC--A------T
gi|24 : AG-TTGA-TC-C---TAAA---TT-CAA--------C-AAACA-GAAG-CTTAG-C-TTTC--A------TTG---C--A-ATA-T-
gi|25 : attgttggacaaatT-GAGCTT-G--TGCTCAACTGAG-T-------T---TAAT---C--CAA--------C-CAACG-G
gi|3 : tcCCAAGAC---G-CGAGGAATTATAATAC---CTGT-GAGTTC-A--TGTTCGACAGAA-TTTA-CCCT---CAAA---T--TGA--------C-CAAAT-GAAGTCCGAA-A-TTTC--A------TTG---A--A-ATA-TTGA--ACT---T------GATTGGTTGA-TTTC---AGCAGAACTCAGT-CT-GG-----TATG---CAAT--CA--G---AG-TTTT-T-------A-AAACTCTGGGGTCACG--ACACACATTt
gi|4 : -GT-T---AAAA---C--CAA--------C-CAATG-GAAG-ACTGG-C-TTAT--A------TAC---T--A-ACG-T-AG--ATT---TT-----GATTGGTTGA-TTTG---AACCCAACTCAGT-TG-AG-----TTTG---ATCA--CA--A---GA-GTTT-T-------A-TAAACT
gi|5 : aCAGGGCGTCC-TCATA--TTATAGAAC---TC----------G--TGCTAAACTGAG-TTTA-GC-T---AAAA---C--TAA--------C-CAATG-GAAG-CCATG-C-ATT---A------TTG---T--A-ATA-T-GA--AAT---TT-----GATTG--TGG--TTG---AGCCAAACTCA-------------------------------------GTTT-T-------A-TAACCTCGGGACCAGG-gcagagttttatagtcttgtggaccaaaacattggtggcttccaatggctaaattg
gi|6 : aactatctataa--TATTCAGTTGAA-TTCA-TA-T---AATG---T--CAA--------C-CTATGTGAAA-C-TGG-C-TGTT--A------TTG--------ACA-T-GA--ACT---TT-----GATTTGTCAA-TTTG---A-----ACTCTGT-TG-AG-----TATG---AACT--CT--G---AGAGTTT-T-------A-TAACCTCtacctgtca
gi|6 : ccgggcatacaGAGG--TTATAAAAC---TCTCAGAGTTC-A--TACTCAACAGAG-TTCA-AA-TTGACAAA---T--CAAAGTTCATGT-CAATA-ACAG-CC-AG---TTTC--ACATAGGTTGACAT--T-ATA-T-GA--ATTCAACT-----GAATAATTTA-TTC----ACCCGAGATCAGT-TA-AA-----TGTG---atttattcacccgagatcagttaaatgtg
gi|7 : ccgggcatacaGGGT---C-AGAGG--CTTTAAA-C---TCTT-G-GTTC-G--TTCTC---TGAG-TTTG-TC-T---T---------CAT--------C-AAATG-GAAG-CATTGAT-TTTC--A------TTG---C--A-ACG-T-GG--ATT---TA-----GATCGGTTGG-TTTGAAAAG--GGACACAGT-TT-AG-----TA----------------------GTTT-TTTTTTTCA-TAACCTCAAGACC
gi|8 : atcAACTGA--TTCA-GT-T---GAAA-------AA--------A-CAA----AAG-TCTGG-C-TTTT--A------ACAA--T--A-ACA-T-GA--GTT---GT-----GATTGGGTAT-TCCG---AGCCGAAGTCAGT-TG-AT-----AATG---AACC--C---T---AG-ATTT-T-------A-CAACCT
gi|9 : cagtttagatgggaagaggtctgttcccaggtttataaATAAATC---TTTT--AGTTC-A--TACACAAATGTG-TTTC-AC-T---ACAC---C--CAC--------C-TAA-G-GAAG-GCTAT-C-TTTT--A------TAG---T--A-ATA-T-GA--ATT------------TTGGTTGT-TTTG---AGCCAAATTTAGC-AG-AG-----TACT---AAAT--CA--GTATGA-GTTT-T-------A-TGACCT-GTGACCTGG-
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATCGGCCAATTAAAACTCATATAACAAAAACTGTCAGCCTCCCATCGGTTGTTTTAAGATAAACTGAGT
Unaligned ( gi|26 ): ACGGAACACATGGTTAATATCAACTGTACAATCAAGATGA