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lowQualScore                  :       0                777777777777      1     7   3  7   0000    3         7  7777777777777777777777777777777  4  7   7  7   9999999 44     99    66  666        00     99     3   7         444444     7   999999999999999          0    6  7     000      7 00           1111111111111111111111111    88       0  0 22 4      8888888888 2           88888888 2 8   5  0 111    8888888888888888888      00 44     5     22222222222222222 0       2       0000      0   2   0     00    5 222222222222222        88888     2222   0 5  0 7     55           55 5        0  3  0          33   0000          7         000         7     55          55       0       0 000    0 0                     00            0000000000000         
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Reference ( gi|1 )            : ACATATTCAGATAGTCAATTGAG-T--GA---A--GTGAGAATGATCTTTGGTAGCAT--T-AATAAGATAAACAG-TA----TT-A-ACAT--TTATTACACT-CATGTAA-CAGTAA-GAACAGT------TG-TTCTT--TTTTA-AA-ATCCTTTTTGA-CAGTA--AATTGATAG-TTTTATTAA------CAATGGTTTCTTATTTCAGTTATTTGTATTCAGACGATTGATCAATTT---AAAAAC-ACCTGGTTTATTAAAA----------GA----------ATGTAGACTTTCCT-TA-ATCGGTATAGA--AACAAAGGACATACCAGAATA----AACGGATTTTCTTCATCTGTATCTTCTTA------GCT----ACATAATGAG-CATTTTCTCTG--AGTTCT--T--T---C-AATATTCATATGTCTTCCCGTTTCA-ATGAATA-GTTTATGAGATGATAATCTTATTTTTT-CAATAATATTTCTATATT----TGA-TTTTGTCTAACAAAGTTAGATAATAAGATCTTTCAAAGGTTACTTTTATTTCGC--TATGTTGATACAATGAAGAACATAATGTAATACTTGCACGCCATT--GTGTAACATA--TATGTCTCTCAGACGAT---TTAATATTGGTATAAAACTATTTATATTAACTGATTCTGGAT---ACCAGATCTTATCTCGTGA
gi|13                         : ACATATACAGAAAGTCAATTGAG-TTGGT---ACGGTGAGAGTGATCATTGTTAGCAT--G-AATAAGATAAATAACTA----TA-A-AGAC--T-----CCTT-CA---AA-CATTTA-GAGCAGC------TGTTTCTA--TTTT
gi|5                          :    TATACAGATGGTCAACTGAG-TC-GGTATA--GTGAGAGTGATCATTGTCAGCAT--A-AATAAGGTAAACCG-TA----CA-A-ATAA--TTATAAGACTTCTTCAAA-CATTAA-GAATAGCAGCTGCTG-TTCTTATTTTTA-AT-A-CTTCTTTG--CATTA--AACTGCTAG-TTTTATTAA------CAATATTTTC---------TTATTTGTATTCAGAAGATTAATAAA-TT---ATAAAC-ACTTGGTTTATT---G----------GA----------ATGTAGGTTTACCT-TA-A-AGGTGTAAA--
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gi|7                          :           ATAGTCAATTGAG-T--TT---ATCGTGAGAGTGATCATTGTTAGCATGATGAATAGGATAAAAAA-TACAAGTT-A-ACAAA-TCATTAAATT-CTTCAAA-CTTTAA-GAGCAGA------TG-TTCTA--ATTTT-AA-ATCCTTTTTGA-CAGTA--AATTGCTAG-CTTTATTAA------CAATG------TATTT---TTATATGTATTCAGAAGATTAATCAATTT---AAAAAC-ACTTGGaaatagttaaaact
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gi|8                          :                                     tGAGAGTGATCATTGTTAGCAT--G-AATAGGATAAACAG-TA----T--A-AAATAATTATTAAACT-CCTTCAAACATTAA-GAGCAGC------TG-TTCTTA-TTTTA-AA---CCATTTTAAGCAGTA--AATAGCTAG-TTTCAT-AA------CAATTGTTT---AT--CAGTT----GTATTCAGAAGATTAATCAGTTT---AAAAAT-AATTGGTTTATTAAGA----------a
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                          A----------ATGTAGGCTTTCCA-TATATCATTACAAA--AA----GAACATACCAAAATA----AAATGATATTCATCCTATGTATgtggtattttg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TATATCGTCTAA------GAT----ACACAGTTAG-TATTTCCTCTG--ACTTAT--T--T---C-AATATTCATATGTCT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TATCGGTTTT------GTT----ACAAAGTACA-CATTTCCTTTC--ATTTCT--A--A---C-TATGTTCCTGTGACGTCCGGTTTCT-ATGTACA-AACTATGAGATGAAAATGTTATTATGG-CAATAATGTGTC----TT----TGA-CTCTATTCAACagaatatacatgcatgcaactttattataagcatttgcggtataaactgtatacatctatacaaact
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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             GACATTTTTATTTTTTGCAGTAATATTTCTATATT----TGA-TGTTATATAACA--GTTAGATAATATTAACTTTCACAAGTTACCTTTATTTCGC--TCTACAAATACAATTACGAACATAATGCCCTACTTGCACAC
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|17 ): ATATAACCAAATCTCGTAAAAACCCGCATTTTTGTATAATGTCACGTAGCCTAGACGACCAA






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consensus                     :  ACATATACAGATA----GTCAATTGAGTTGGTATAGTGAGAGTGATCATTGTTAGCATGA---ATAGGATAAACAG-TA----TNA-ANNAATTATTAAACTCCT-TCAAA-CA----TTAAG---AGCA---GCTGTTCTTATTTTAAA-ATCCTTTTTGG-CAGTA--AATTGCTAG-TTTTATTAA------CAATGGTTTCT---TT-----ATTTGTATTCAGAAGATTAATCAATTT---AAAAAC-ACTTGGTTTATTAAGANA----------ATGTAGGCTTTCCT-TA-ATCGGTATAGAA-A---A-GGACATACCAGAATAAAATGATATTCATCCTCTATATCGTCTAAGNTACATAATGAGCATTTCCTCTGACTTNTTTC-AATATTCCTATGTCTNCCCGTTTCAATGAATAGTTTATGAGATGA-AAT-TTA---TT-T----CAATAATATTTCTATATTTGATNTTATCTAACAAAGTTAGATAATAAGANCTTTCAAAAGTNACCTTTATTTCGC--TATATAAATACAATGAAGAACATAATGCCNTACTTGCACGCCATT--GTGTAACATA--TACGTCTATCAGACGGTT-GTTAAAACTGGTATAAAACTATTTATATTGACT--GATTCTGGATATAACCAN-----ATCTCGCGA
Reference ( family-105 )      :  ACATATACAGATA----GTCAATTGAGTCGNTATAGTGAGAGTGATCATTGTTAGCATGA---ATAGGATAAACAG-TA----TNA-ANAAATTATTAAACTCCT-C--AA-CA----TTAAG---AGCA---GCTGTTCTTATTTTAAA-ATCCTTTTTGA-CAGTA--AATTGCTAG-TTTTATTAA------CAATGGTTTCT-ATTT-----ATTTGTATTCAGAAGATTAATCAATTT---AAAAAC-ACTTGGTTTATTAAGANA----------ATGTAGGCTTTCCT-TATATCGGTATAGAA-A-----GNACATACCAGAATAAAATGATNTTCATCCTCTATATCGTCTAAGNTACATAATGAGCATTTCCTCTGACTTCTTTC-AATATTCCTATGTCTNCCCGTTTCAATGAATAGTTTATGAGATGANAAT-TTA---TT-T----CAATAATATTTCTATATTTGATNTTATNTAACAAAGTTGGATAATANNANCTTTCAAAAGTAACCTTTATTTCGC--TATATAAATACAATGAAAAACATAATGCCCTACTTGCACGCCACTTAGTGTAACACAACTACGTCTATCAGACGGTTTGTTAAAACTGGTATAAAACTATTTATATTGGCT--GATTCTGGATATAACCAA-----ATCTCGTGA
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gi|12                         :                                                                                                                                                 TTTTAAATAGTTTTTTTG--CAGTA--AATTACTAGGTTTTATTAA------CAATGGTTTCG----T-----ATTTGTATTCAGAAGATCAATCAATTTTAAAAAAAA-AATTGGTTTATGAAGagaatatacatgcatgcaactttattataagcatttgcggtataaactgtatacatctatacaaact
gi|13                         :  ACATATACAGAAA----GTCAATTGAGTTGGTACGGTGAGAGTGATCATTGTTAGCATGA---ATAAGATAAATAACTA----TAA-AGA----------CTCCT-TCAAA-CA----TTTAG---AGCA---GCTGTTTCTATTTTtggtattttg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TATACTGACTTTAATTCTGGATATAAACAT-----ATCTCGCG
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ATTTCCTCTGACTTTTTTCTGACATTTCTATGTTTGCTCGTTTCAATAAATAGTTTATGAGA
gi|2                          :          AGATA----GTCAATTCAGCTGGTATAGTGAGAGTTGTCATTGT-AGCATGA---ATTTGATAAACAG-TA----TTG-AATAATTATCAAACTCC--C--AA-CAAAAATGAAG---AG---------TTCTCATTTTAAA--TCCTTTTTGG-CAGTATAAATTGCTAG-TTTTATTAA------CAATGGTTTCT----T-----ATTTGTATTCAGAAGATTCATCAATTT---AAAAAC-ACTTAGATTATTAAGAAAGTATTTTGGAATGTAGGCTTTCCTGTA-GTTGATATAGAG-A-----GATAATACCAGAATAAAATGATTTTTATCCTCTATATA----AAGTTACATAATGAACGTTTCCTCTAACTT---TC-AATATTCCTCTATCTAACTGTTTCAATGAATAGTTTA--AGATGA-------------------CAATAACATTTTTATATCTAATATTATCTTACAAAGTTGGATAATAAGACTTTTCAAAAGTAACCTTTATTTCGCAATATATAAAAACAATGAAAAACAAAATGCCCTACTTGCACACCACTTAATGTAACACAACTACATCTA---AA----TAGTTAAAACT
gi|3                          :  ACATAAACAGAAA----GTCAAAAGATTTGATATAGTGAGAG-------------------------GATAAACAG-TA----TCATATAAAT-ATTAATTTCA-----AA-CA----TTTAC---AGCA---GCTCTTCTTAGTTTACA-A-CCTTTTTTA-TAGTT--TATTGCTAG-TTTCGTTAA------CAATAGTTTC----TT-----GTTTGCATTCAAAAAAATAATACATTT---AAACAC-ACGAGGTCTATTATGATATTATTTTTATATGTATGCCTTCCT-TGTATTAATAAAGAATAGTCATGCATGTACCAGAATGACATAATAGTCATCTTCATTATCGTCT
gi|4                          :                              tagcacaaTGTGAGTGATCACTGTTATCAAGA---ACAGGATAAACAG-TA----TTA-CATAATTATTAGACTCCT-TCAAA-CA----TTAAG---AGCA---TCTGTTCTTTTTTTTAA-ATCATTTTTCG-CAGTA--AATTGTTAG-TTTTATTAAGTTAAACAATGGTTTCT----T-----ATTTGTATTCAAAAGACTTAGAAATTT---AAAAACTAATTGGTTTATTAAGATA------------GTA----TT--T-TAAATCGGTATAGAA-A-----GGACATACCAGAATAAAATGATATTCATCCTCTATATCGTCTAAGGTACATAATGACCATTTCCTTTGACTTGTTtatgtcatgctctgaatataaagtccttatttctggtatttctgatgatgggcaatgttcacgtcttgtttcagatggttacatttaatatataaatattataatatatattgtcctgagttttg
gi|5                          :     TATACAGATG----GTCAACTGAGTCGGTATAGTGAGAGTGATCATTGTCAGCATAA---ATAAGGTAAACCG-TA----CAA-AT-AATTATAAGACTTCT-TCAAA-CA----TTAAGAATAGCAGCTGCTGTTCTTATTTT-TA-ATACTTCTTTG-CATTA--AACTGCTAG-TTTTATTAA------CAATATTTTC----TT-----ATTTGTATTCAGAAGATTAATAAA-TT---ATAAAC-ACTTGGTTTATT---GGA----------ATGTAGGTTTACCT-TAAA--GGTGTAAAa
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gi|7                          : cACATATATAAATATATAGTCAATTGAGT--TTATCGTGAGAGTGATCATTGTTAGCATGATGAATAGGATAAAAAA-TACAAGTTA-ACAAATCATTAAATTCTT-C--AAACT----TTAAG---AGCA---GATGTTCTAATTTTAAA--TCCTTTTTGA-CAGTA--AATTGCTAG-CTTTATTAA------CAATG---TAT-TTTT-----ATATGTATTCAGAAGATTAATCAATTT---AAAAAC-ACTTGGaaaccagcgttttgtataatatcgcgtacgctagacgaccagttgatgatacgattatcattatcaatttcttttc
gi|8                          :                                      aGAGAGTGATCATTGTTAGCATGA---ATAGGATAAACAG-TA----TAA-AATAATTATTAAACTCCT-TCAAA-CA----TTAAG---AGCA---GCTGTTCTTATTTTAAA---CCATTTTAAGCAGTA--AATAGCTAG-TTTCA-TAA------CAATTGTT--T-A-TC-----AGTTGTATTCAGAAGATTAATCAGTTT---AAAAAT-AATTGGTTTATTAAGA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ATATCGGTTTTGTTACAAAGTACACATTTCCTTTCATTTCTAAC-TATGTTCCTGTGACGTCCGGTTTCTATGTACAAACTATGAGATGAAAATGTTA---TTATGG--CAATAATGTGTC----TTTGACTCTATTCAACt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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consensus                     :  ACATATACAGATA----GTCAATTGAGTTGGTATAGTGAGAGTGATCATTGTTAGCATGA---ATAGGATAAACAG-TA----TTAAATAATTATTAAACTCCTT-CAAACATTAAG---AGCA---GCTGTTCTTATTTTAAA-ATCC-TTTTTGGCAGTA--AATTGCTAG-TTTTATT------AACAATGGTTTCTT--------TATTTGTATTCAGAAGATTAATCAATTT---AAAAAC-ACTTGGTTTATTAAGA----------GA----------ATGTAGGCTTTCCT-TA-ATCGGTATAGAAA---AG----G-AC-ATACCAGAATAAAATGATATTCATCCTCTATATCGTCTAAGNTACATAATGAGCATTTCCTCTGACTTNTTTC-AATATTCCTATGTCTNCCCGTTTCAATGAATAGTTTATGAGATG-A-AAT-TTATT-TTTT-CAATAATATTTCTATATTTGATNTTATCTAACAAAGTTAGATAATAAGANCTTTCAAAAGTNACCTTTATTTCGC--TATATAAATACAATGAAGAACATAATGCCNTACTTGCACGCCATT--GTGTAACATA--TACGTCTATCAGACGA-T-GTTAAAACTGGTATAAAACTATTTATATTGACT--GATTCTGGATATAACCANATCTCGCGA
Reference ( family-105 )      :  ACATATACAGATA----GTCAATTGAGTTGGTATAGTGAGAGTGATCATTGTTAGCATGA---ATAGGATAAACAG-TA----TNAANNAATTATTAAACTCCTT-CAAACATTAAG---AGCA---GCTGTTCTTATTTTAAA-ATCC-TTTTTGGCAGTA--AATTGCTAG-TTTTATT------AACAATGGTTTCTT--------TATTTGTATTCAGAAGATTAATCAATTT---AAAAAC-ACTTGGTTTATTAAGA----------NA----------ATGTAGGCTTTCCT-TA-ATCGGTATAGAAA---AG----G-AC-ATACCAGAATAAAATGATATTCATCCTCTATATCGTCTAAGNTACATAATGAGCATTTCCTCTGACTTNTTTC-AATATTCCTATGTCTNCCCGTTTCAATGAATAGTTTATGAGATG-A-AAT-TTATT-T----CAATAATATTTCTATATTTGATNTTATCTAACAAAGTTAGATAATAAGANCTTTCAAAAGTNACCTTTATTTCGC--TATATAAATACAATGAAGAACATAATGCCNTACTTGCACGCCATT--GTGTAACATA--TACGTCTATCAGACGG-TTGTTAAAACTGGTATAAAACTATTTATATTGACT--GATTCTGGATATAACCANATCTCGCGA
gi|1                          :  ACATATTCAGATA----GTCAATTGAGT-GA---AGTGAGAATGATCTTTGGTAGCATTA---ATAAGATAAACAG-TA----TTAAC-ATTTATTACACTCATG-TAA-CAGTAAG---AACA---GTTGTTCTT-TTTTAAA-ATCC-TTTTTGACAGTA--AATTGATAG-TTTTATT------AACAATGGTTTCTTATTTCAGTTATTTGTATTCAGACGATTGATCAATTT---AAAAAC-ACCTGGTTTATTAAAA----------GA----------ATGTAGACTTTCCT-TA-ATCGGTATAGAAACAAAG----G-AC-ATACCAGAATAAACGGATTTTCTTCATCTGTATCTTCTTAGCTACATAATGAGCATTTTCTCTGAGTTCTTTC-AATATTCATATGTCTTCCCGTTTCAATGAATAGTTTATGAGATG-ATAATCTTATT-TTTT-CAATAATATTTCTATATTTGATTTTGTCTAACAAAGTTAGATAATAAGATCTTTCAAAGGTTACTTTTATTTCGC--TATGTTGATACAATGAAGAACATAATGTAATACTTGCACGCCATT--GTGTAACATA--TATGTCTCTCAGACGA-T--TTAATATTGGTATAAAACTATTTATATTAACT--GATTCTGGAT---ACCAGATCT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       T-TTATT-TTTTGCAGTAATATTTCTATATTTGATGTTATATAACA--GTTAGATAATATTAACTTTCACAAGTTACCTTTATTTCGC--TCTACAAATACAATTACGAACATAATGCCCTACTTGCACACtatctcgtga
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gacattTATATCGTCTAAGATACACAGTTAGTATTTCCTCTGACTTATTTC-AATATTCATATGTCT
gi|12                         :                                                                                                                                           TTTTAAATAGTT-TTTTTG-CAGTA--AATTACTAGGTTTTATT------AACAATGGTTTCGT---------ATTTGTATTCAGAAGATCAATCAATTTTAAAAAAAA-AATTGGTTTATGAAGagaatatacatgcatgcaactttattataagcatttgcggtataaactgtatacatctatacaaact
gi|13                         :  ACATATACAGAAA----GTCAATTGAGTTGGTACGGTGAGAGTGATCATTGTTAGCATGA---ATAAGATAAATAACTA----TAAAG----------ACTCCTT-CAAACATTTAG---AGCA---GCTGTTTCTATTTTtggtattttg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TATACTGACTTTAATTCTGGATATAAACATATCTCGCG
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                    A----------ATGTAGGCTTTCCA-TATATCATTACA-AAA---AG----A-AC-ATACCAAAATAAAATGATATTCATCCTATGTATgaaacatgtgttttgtaaaatattacgcacact
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATTTCCTCTGACTTTTTTCTGACATTTCTATGTTTGCTCGTTTCAATAAATAGTTTATGAGA
gi|2                          :          AGATA----GTCAATTCAGCTGGTATAGTGAGAGTTGTCATTGT-AGCATGA---ATTTGATAAACAG-TA----TTGAATAATTATCAAACTCCCAACAAAAATGAAG---AG---------TTCTCATTTTAAA--TCC-TTTTTGGCAGTATAAATTGCTAG-TTTTATT------AACAATGGTTTCTT---------ATTTGTATTCAGAAGATTCATCAATTT---AAAAAC-ACTTAGATTATTAAGAAAGTATTTTGGA----------ATGTAGGCTTTCCTGTA-GTTGATATAGAGA---------G-ATAATACCAGAATAAAATGATTTTTATCCTCTATATA----AAGTTACATAATGAACGTTTCCTCTAAC---TTTC-AATATTCCTCTATCTAACTGTTTCAATGAATAGTTTA--AGATG-A----------------CAATAACATTTTTATATCTAATATTATCTTACAAAGTTGGATAATAAGACTTTTCAAAAGTAACCTTTATTTCGCAATATATAAAAACAATGAAAAACAAAATGCCCTACTTGCACACCACTTAATGTAACACAACTACATCTA------AA-TAGTTAAAACT
gi|3                          :  ACATAAACAGAAA----GTCAAAAGATTTGATATAGTGAGAG-------------------------GATAAACAG-TA----TCATATAAATATTAA----TTT-CAAACATTTAC---AGCA---GCTCTTCTTAGTTTACA-A-CC-TTTTTTATAGTT--TATTGCTAG-TTTCGTT------AACAATAGTTTC-T--------TGTTTGCATTCAAAAAAATAATACATTT---AAACAC-ACGAGGTCTATTATGA----------TATTATTTTTATATGTATGCCTTCCT-TGTATTAATAAAGAAT---AGTCATGCAT-GTACCAGAATGACATAATAGTCATCTTCATTATCGTCT
gi|4                          :                              tagcacaaTGTGAGTGATCACTGTTATCAAGA---ACAGGATAAACAG-TA----TTACATAATTATTAGACTCCTT-CAAACATTAAG---AGCA---TCTGTTCTTTTTTTTAA-ATCA-TTTTTCGCAGTA--AATTGTTAG-TTTTATTAAGTTAAACAATGGTTTC-T--------TATTTGTATTCAAAAGACTTAGAAATTT---AAAAACTAATTGGTTTATTAAGA----------TA------------GTA---TTT--T-AA-ATCGGTATAG-AA---AG----G-AC-ATACCAGAATAAAATGATATTCATCCTCTATATCGTCTAAGGTACATAATGACCATTTCCTTTGACTTGTTtatgtcatgctctgaatataaagtccttatttctggtatttctgatgatgggcaatgttcacgtcttgtttcagatggttacatttaatatataaatattataatatatattgtcctgagttttg
gi|5                          :     TATACAGATG----GTCAACTGAGTCGGTATAGTGAGAGTGATCATTGTCAGCATAA---ATAAGGTAAACCG-TA-----CAAATAATTATAAGACTTCTT-CAAACATTAAGAATAGCAGCTGCTGTTCTTATTTT-TA-ATAC-TTCTTTGCATTA--AACTGCTAG-TTTTATT------AACAATATTTTC-T--------TATTTGTATTCAGAAGATTAATAAA-TT---ATAAAC-ACTTGGTTTATT---G----------GA----------ATGTAGGTTTACCT-TA-A-AGGTGTAAAa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CTTTCAAAAGTAACCTTCATTTCGC--TATATAAATACAATGAAAAACATGATGCCATACTTGTACGCCATT--GTGTAATATA--TATGTCTATCAGACGGTTTGTTAAAACTGGTATAAAACTATTTATATTGGCT--GATTCTGGATATAACCAAATCTCGTGA
gi|7                          : cACATATATAAATATATAGTCAATTGAGTT--TATCGTGAGAGTGATCATTGTTAGCATGATGAATAGGATAAAAAA-TACAAGTTAACAAATCATTAAATTC-TT-CAAACTTTAAG---AGCA---GATGTTCTAATTTTAAA--TCC-TTTTTGACAGTA--AATTGCTAG-CTTTATT------AACAATG-TATTTT--------TATATGTATTCAGAAGATTAATCAATTT---AAAAAC-ACTTGGaaaccagcgttttgtataatatcgcgtacgctagacgaccagttgatgatacgattatcattatcaatttcttttc
gi|8                          :                                      aGAGAGTGATCATTGTTAGCATGA---ATAGGATAAACAG-TA----TAAAATAATTATTAAACTCCTT-CAAACATTAAG---AGCA---GCTGTTCTTATTTTAAA---CCATTTTAAGCAGTA--AATAGCTAG-TTTCA-T------AACAATTGTTTA-T--------CAGTTGTATTCAGAAGATTAATCAGTTT---AAAAAT-AATTGGTTTATTAAGA----------
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATATCGGTTTTGTTACAAAGTACACATTTCCTTTCATTTCTAAC-TATGTTCCTGTGACGTCCGGTTTCTATGTACAAACTATGAGATGAA-AATGTTATTATGG--CAATAATGTGTC----TTTGACTCTATTCAACt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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consensus                     :  ACATATACAGATA----GTCAATTGAGTTGGTATAGTGAGAGTGATCATTGTTAGCATGA---ATAGGATAAACAGTA----TTAA-ATAATTATTAA-ACTCCTT-CAAACATTAAG---AGCA---GCTGTTCTTATTTTAAA-ATCC-TTTTTGGCAGTA--AATTGCTAG-TTTTATT------AACAATGGTTTCTT--------TATTTGTATTCAGAAGATTAATCAATTT---AAAAAC-ACTTGGTTTATTAAGA----------GA----------ATGTAGGCTTTCCT-TA-ATCGGTATAGAAA---AG----G-AC-ATACCAGAATAAAATGATATTCATCCTCTATATCGTCTAAGNTACATAATGAGCATTTCCTCTGACTTNTTTC-AATATTCCTATGTCTNCCCGTTTCAATGAATAGTTTATGAGATG-A-AAT-TTATTTTTT-CAATAATATTTCTATATTTGATNTTATCTAACAAAGTTAGATAATAAGANCTTTCAAAAGTNACCTTTATTTCGC--TATATAAATACAATGAAGAACATAATGCCNTACTTGCACGCCATT--GTGTAACATA--TACGTCTATCAGACGA--T-GTTAAAACTGGTATAAAACTATTTATATTGACT--GATTCTGGATATAACCANATCTCGCGA
Reference ( family-105 )      :  ACATATACAGATA----GTCAATTGAGTTGGTATAGTGAGAGTGATCATTGTTAGCATGA---ATAGGATAAACAGTA----TTAA-ATAATTATTAA-ACTCCTT-CAAACATTAAG---AGCA---GCTGTTCTTATTTTAAA-ATCC-TTTTTGGCAGTA--AATTGCTAG-TTTTATT------AACAATGGTTTCTT--------TATTTGTATTCAGAAGATTAATCAATTT---AAAAAC-ACTTGGTTTATTAAGA----------GA----------ATGTAGGCTTTCCT-TA-ATCGGTATAGAAA---AG----G-AC-ATACCAGAATAAAATGATATTCATCCTCTATATCGTCTAAGNTACATAATGAGCATTTCCTCTGACTTNTTTC-AATATTCCTATGTCTNCCCGTTTCAATGAATAGTTTATGAGATG-A-AAT-TTATTTTTT-CAATAATATTTCTATATTTGATNTTATCTAACAAAGTTAGATAATAAGANCTTTCAAAAGTNACCTTTATTTCGC--TATATAAATACAATGAAGAACATAATGCCNTACTTGCACGCCATT--GTGTAACATA--TACGTCTATCAGACGA--T-GTTAAAACTGGTATAAAACTATTTATATTGACT--GATTCTGGATATAACCANATCTCGCGA
gi|1                          :  ACATATTCAGATA----GTCAATTGAGT-GA---AGTGAGAATGATCTTTGGTAGCATTA---ATAAGATAAACAGTA----TTAACAT--TTATTAC-ACTCATG-TAA-CAGTAAG---AACA---GTTGTTCTT-TTTTAAA-ATCC-TTTTTGACAGTA--AATTGATAG-TTTTATT------AACAATGGTTTCTTATTTCAGTTATTTGTATTCAGACGATTGATCAATTT---AAAAAC-ACCTGGTTTATTAAAA----------GA----------ATGTAGACTTTCCT-TA-ATCGGTATAGAAACAAAG----G-AC-ATACCAGAATAAACGGATTTTCTTCATCTGTATCTTCTTAGCTACATAATGAGCATTTTCTCTGAGTTCTTTC-AATATTCATATGTCTTCCCGTTTCAATGAATAGTTTATGAGATG-ATAATCTTATTTTTT-CAATAATATTTCTATATTTGATTTTGTCTAACAAAGTTAGATAATAAGATCTTTCAAAGGTTACTTTTATTTCGC--TATGTTGATACAATGAAGAACATAATGTAATACTTGCACGCCATT--GTGTAACATA--TATGTCTCTCAGACGA--T--TTAATATTGGTATAAAACTATTTATATTAACT--GATTCTGGAT---ACCAGATCT
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Reference ( family-105 )      :  ACATATACAGATA----GTCAATTGAGTTGGTATAGTGAGAGTGATCATTGTTAGCATGA---ATAGGATAAACAGTA----TTAA-ATAATTATTAA-ACTCCTT-CAAACATTAAG---AGCA---GCTGTTCTTATTTTAAA-ATCC-TTTTTGGCAGTA--AATTGCTAG-TTTTATT------AACAATGGTTTCTT--------TATTTGTATTCAGAAGATTAATCAATTT---AAAAAC-ACTTGGTTTATTAAGA----------GA----------ATGTAGGCTTTCCT-TA-ATCGGTATAGAAA---AG----G-AC-ATACCAGAATAAAATGATATTCATCCTCTATATCGTCTAAGNTACATAATGAGCATTTCCTCTGACTTNTTTC-AATATTCCTATGTCTNCCCGTTTCAATGAATAGTTTATGAGATG-A-AAT-TTATTTTTT-CAATAATATTTCTATATTTGATNTTATCTAACAAAGTTAGATAATAAGANCTTTCAAAAGTNACCTTTATTTCGC--TATATAAATACAATGAAGAACATAATGCCNTACTTGCACGCCATT--GTGTAACATA--TACGTCTATCAGACGA--T-GTTAAAACTGGTATAAAACTATTTATATTGACT--GATTCTGGATATAACCANATCTCGCGA
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gi|12                         :                                                                                                                                            TTTTAAATAGTT-TTTTTG-CAGTA--AATTACTAGGTTTTATT------AACAATGGTTTCGT---------ATTTGTATTCAGAAGATCAATCAATTTTAAAAAAAA-AATTGGTTTATGAAGagaatatacatgcatgcaactttattataagcatttgcggtataaactgtatacatctatacaaact
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                     A----------ATGTAGGCTTTCCA-TATATCATTACA-AAA---AG----A-AC-ATACCAAAATAAAATGATATTCATCCTATGTATgaaacatgtgttttgtaaaatattacgcacact
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ATTTCCTCTGACTTTTTTCTGACATTTCTATGTTTGCTCGTTTCAATAAATAGTTTATGAGA
gi|2                          :          AGATA----GTCAATTCAGCTGGTATAGTGAGAGTTGTCATTGT-AGCATGA---ATTTGATAAACAGTA----TTGA-ATAATTATCAA-ACTCCCAACAAAAATGAAG---AG---------TTCTCATTTTAAA--TCC-TTTTTGGCAGTATAAATTGCTAG-TTTTATT------AACAATGGTTTCTT---------ATTTGTATTCAGAAGATTCATCAATTT---AAAAAC-ACTTAGATTATTAAGAAAGTATTTTGGA----------ATGTAGGCTTTCCTGTA-GTTGATATAGAGA---------G-ATAATACCAGAATAAAATGATTTTTATCCTCTATATA----AAGTTACATAATGAACGTTTCCTCTAAC---TTTC-AATATTCCTCTATCTAACTGTTTCAATGAATAGTTTA--AGATG-A---------------CAATAACATTTTTATATCTAATATTATCTTACAAAGTTGGATAATAAGACTTTTCAAAAGTAACCTTTATTTCGCAATATATAAAAACAATGAAAAACAAAATGCCCTACTTGCACACCACTTAATGTAACACAACTACATCTA------AA--TAGTTAAAACT
gi|3                          :  ACATAAACAGAAA----GTCAAAAGATTTGATATAGTGAGAG-------------------------GATAAACAGTA----TCAT-ATAAATATTAA-----TTT-CAAACATTTAC---AGCA---GCTCTTCTTAGTTTACA-A-CC-TTTTTTATAGTT--TATTGCTAG-TTTCGTT------AACAATAGTTTC-T--------TGTTTGCATTCAAAAAAATAATACATTT---AAACAC-ACGAGGTCTATTATGA----------TATTATTTTTATATGTATGCCTTCCT-TGTATTAATAAAGAAT---AGTCATGCAT-GTACCAGAATGACATAATAGTCATCTTCATTATCGTCT
gi|4                          :                              tagcacaaTGTGAGTGATCACTGTTATCAAGA---ACAGGATAAACAGTA----TTAC-ATAATTATTAG-ACTCCTT-CAAACATTAAG---AGCA---TCTGTTCTTTTTTTTAA-ATCA-TTTTTCGCAGTA--AATTGTTAG-TTTTATTAAGTTAAACAATGGTTTC-T--------TATTTGTATTCAAAAGACTTAGAAATTT---AAAAACTAATTGGTTTATTAAGA----------TA------------GTA---TTT--T-AA-ATCGGTATAG-AA---AG----G-AC-ATACCAGAATAAAATGATATTCATCCTCTATATCGTCTAAGGTACATAATGACCATTTCCTTTGACTTGTTtatgtcatgctctgaatataaagtccttatttctggtatttctgatgatgggcaatgttcacgtcttgtttcagatggttacatttaatatataaatattataatatatattgtcctgagttttg
gi|5                          :     TATACAGATG----GTCAACTGAGTCGGTATAGTGAGAGTGATCATTGTCAGCATAA---ATAAGGTAAACCGTA-----CAA-ATAATTATAAG-ACTTCTT-CAAACATTAAGAATAGCAGCTGCTGTTCTTATTTT-TA-ATAC-TTCTTTGCATTA--AACTGCTAG-TTTTATT------AACAATATTTTC-T--------TATTTGTATTCAGAAGATTAATAAA-TT---ATAAAC-ACTTGGTTTATT---G----------GA----------ATGTAGGTTTACCT-TA-A-AGGTGTAAAa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CTTTCAAAAGTAACCTTCATTTCGC--TATATAAATACAATGAAAAACATGATGCCATACTTGTACGCCATT--GTGTAATATA--TATGTCTATCAGACGGTTT-GTTAAAACTGGTATAAAACTATTTATATTGGCT--GATTCTGGATATAACCAAATCTCGTGA
gi|7                          : cACATATATAAATATATAGTCAATTGAGTT--TATCGTGAGAGTGATCATTGTTAGCATGATGAATAGGATAAAAAATACAAGTTAA-CAAATCATTAA-ATTC-TT-CAAACTTTAAG---AGCA---GATGTTCTAATTTTAAA--TCC-TTTTTGACAGTA--AATTGCTAG-CTTTATT------AACAATG-TATTTT--------TATATGTATTCAGAAGATTAATCAATTT---AAAAAC-ACTTGGaaaccagcgttttgtataatatcgcgtacgctagacgaccagttgatgatacgattatcattatcaatttcttttc
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ATATCGGTTTTGTTACAAAGTACACATTTCCTTTCATTTCTAAC-TATGTTCCTGTGACGTCCGGTTTCTATGTACAAACTATGAGATGAA-AATGTTATTATGG-CAATAATGTGTC----TTTGACTCTATTCAACt


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lowQualScore                  :               2222           7                       0       888   2           6666 2  0           0    4  0            888       888   0            0      5      99         0       444444                  000000000                       888      0                4444444444444444444444     5        7  3         0   00000000000  0                  4               5   4  0          4               3    0               0  2                  2      55555555555555555            2         0    2     3               0           0             88                             0               33          33  7     3       33333                                33          3      0         
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Reference ( family-105 )      :  ACATATACAGATA----GTCAATTGAGTTGGTATAGTGAGAGTGATCATTGTTAGCATGA---ATAGGATAAACAGTA----TTAA-ATAATTATTAA-ACTCCTT-CAAACATTAAGA---GCAGCTG---TTC-TTATTTTAAATC-CTTTTTGGCAGTA--AATTGCTAG-TTTTATT------AACAATGGTTTCTTATTT---------GTATTCAGAAGATTAATCAATTT---AAAAAC-ACTTGGTTTATTAAGA---T-------A----------ATGTAGGCTTTCCT-TA-ATCGGTATAGAAA---AG----G-AC-ATACCAGAATAAAATGATATTCATCCTCTATATCGTCTAAGNTACATAATGAGCATTTCCTCTGACTTNTTTC-AATATTCCTATGTCTNCCCGTTTCAATGAATAGTTTATGAGATG-A-AAT-TTATTTTTT-CAATAATATTTCTATATTTGATNTTATCTAACAAAGTTAGATAATAAGANCTTTCAAAAGTNACCTTTATTTCGC--TATATAAATACAATGAAGAACATAATGCCNTACTTGCACGCCATT--GTGTAACATA--TACGTCTATCAGACGA--T-GTTAAAACTGGTATAAAACTATTTATATTGACT--GATTCTGGATATAACCANATCTCGCGA
gi|1                          :  ACATATTCAGATA----GTCAATTGAGT-GA---AGTGAGAATGATCTTTGGTAGCATTA---ATAAGATAAACAGTA----TTAACAT--TTATTAC-ACTCATG-TAA-CAGTAAGA---ACAGTTG---TTC-TTTTTTAAAATC-CTTTTTGACAGTA--AATTGATAG-TTTTATT------AACAATGGTTTCTTATTTCAGTTATTTGTATTCAGACGATTGATCAATTT---AAAAAC-ACCTGGTTTATTAAAA---G-------A----------ATGTAGACTTTCCT-TA-ATCGGTATAGAAACAAAG----G-AC-ATACCAGAATAAACGGATTTTCTTCATCTGTATCTTCTTAGCTACATAATGAGCATTTTCTCTGAGTTCTTTC-AATATTCATATGTCTTCCCGTTTCAATGAATAGTTTATGAGATG-ATAATCTTATTTTTT-CAATAATATTTCTATATTTGATTTTGTCTAACAAAGTTAGATAATAAGATCTTTCAAAGGTTACTTTTATTTCGC--TATGTTGATACAATGAAGAACATAATGTAATACTTGCACGCCATT--GTGTAACATA--TATGTCTCTCAGACGA--T--TTAATATTGGTATAAAACTATTTATATTAACT--GATTCTGGAT---ACCAGATCT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       T-TTATTTTTTGCAGTAATATTTCTATATTTGATGTTATATAACA--GTTAGATAATATTAACTTTCACAAGTTACCTTTATTTCGC--TCTACAAATACAATTACGAACATAATGCCCTACTTGCACACtatctcgtga
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gi|12                         :                                                                                                                                             TTTTAAATAGTTTTTTTGCAGTA--AATTACTAGGTTTTATT------AACAATGGTTTCGTATTT---------GTATTCAGAAGATCAATCAATTTTAAAAAAAA-AATTGGTTTATGAAGagaatatacatgcatgcaactttattataagcatttgcggtataaactgtatacatctatacaaact
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATTTCCTCTGACTTTTTTCTGACATTTCTATGTTTGCTCGTTTCAATAAATAGTTTATGAGA
gi|2                          :          AGATA----GTCAATTCAGCTGGTATAGTGAGAGTTGTCATTGT-AGCATGA---ATTTGATAAACAGTA----TTGA-ATAATTATCAA-ACTCCCAACAAAAATGAAGA---G---------TTC-TCATTTTAAATC-CTTTTTGGCAGTATAAATTGCTAG-TTTTATT------AACAATGGTTTCTTATTT---------GTATTCAGAAGATTCATCAATTT---AAAAAC-ACTTAGATTATTAAGAAAGTATTTTGGA----------ATGTAGGCTTTCCTGTA-GTTGATATAGAGA---------G-ATAATACCAGAATAAAATGATTTTTATCCTCTATATA----AAGTTACATAATGAACGTTTCCTCTAAC---TTTC-AATATTCCTCTATCTAACTGTTTCAATGAATAGTTTA--AGATG-A---------------CAATAACATTTTTATATCTAATATTATCTTACAAAGTTGGATAATAAGACTTTTCAAAAGTAACCTTTATTTCGCAATATATAAAAACAATGAAAAACAAAATGCCCTACTTGCACACCACTTAATGTAACACAACTACATCTA------AA--TAGTTAAAACT
gi|3                          :  ACATAAACAGAAA----GTCAAAAGATTTGATATAGTGAGAG-------------------------GATAAACAGTA----TCAT-ATAAATATTAA-----TTT-CAAACATTTACA---GCAGCTC---TTC-TTAGTTTACAAC-CTTTTTTATAGTT--TATTGCTAG-TTTCGTT------AACAATAGTTTCTTGTTT---------GCATTCAAAAAAATAATACATTT---AAACAC-ACGAGGTCTATTATGA---T-------ATTATTTTTATATGTATGCCTTCCT-TGTATTAATAAAGAAT---AGTCATGCAT-GTACCAGAATGACATAATAGTCATCTTCATTATCGTCT
gi|4                          :                              tagcacaaTGTGAGTGATCACTGTTATCAAGA---ACAGGATAAACAGTA----TTAC-ATAATTATTAG-ACTCCTT-CAAACATTAAGA---GCATCTG---TTCTTTTTTTTAAATC-ATTTTTCGCAGTA--AATTGTTAG-TTTTATTAAGTTAAACAATGGTTTCTTATTT---------GTATTCAAAAGACTTAGAAATTT---AAAAACTAATTGGTTTATTAAGA---T-------A------------GTA---TTT--T-AA-ATCGGTATAG-AA---AG----G-AC-ATACCAGAATAAAATGATATTCATCCTCTATATCGTCTAAGGTACATAATGACCATTTCCTTTGACTTGTTtatgtcatgctctgaatataaagtccttatttctggtatttctgatgatgggcaatgttcacgtcttgtttcagatggttacatttaatatataaatattataatatatattgtcctgagttttg
gi|5                          :     TATACAGATG----GTCAACTGAGTCGGTATAGTGAGAGTGATCATTGTCAGCATAA---ATAAGGTAAACCGTA----C-AA-ATAATTATAAG-ACTTCTT-CAAACATTAAGAATAGCAGCTGCTGTTC-TTATTTTTAATA-CTTCTTTGCATTA--AACTGCTAG-TTTTATT------AACAATATTTTCTTATTT---------GTATTCAGAAGATTAATAAA-TT---ATAAAC-ACTTGGTTTATTGG-------------A----------ATGTAGGTTTACCT-TA-A-AGGTGTAAAa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CTTTCAAAAGTAACCTTCATTTCGC--TATATAAATACAATGAAAAACATGATGCCATACTTGTACGCCATT--GTGTAATATA--TATGTCTATCAGACGGTTT-GTTAAAACTGGTATAAAACTATTTATATTGGCT--GATTCTGGATATAACCAAATCTCGTGA
gi|7                          : cACATATATAAATATATAGTCAATTGAGTT--TATCGTGAGAGTGATCATTGTTAGCATGATGAATAGGATAAAAAATACAAGTTAA-CAAATCATTAA-ATTC-TT-CAAACTTTAAGA---GCAGATG---TTC-TAATTTTAAATC-CTTTTTGACAGTA--AATTGCTAG-CTTTATT------AACAATGTATTTTTATAT---------GTATTCAGAAGATTAATCAATTT---AAAAAC-ACTTGGaaaccagcgttttgtataatatcgcgtacgctagacgaccagttgatgatacgattatcattatcaatttcttttc
gi|8                          :                                      aGAGAGTGATCATTGTTAGCATGA---ATAGGATAAACAGTA----TAAA-ATAATTATTAA-ACTCCTT-CAAACATTAAGA---GCAGCTG---TTC-TTATTTTAAACC-ATTTTAAGCAGTA--AATAGCTAG-TTTCA-T------AACAATTGTTTATCAGTT---------GTATTCAGAAGATTAATCAGTTT---AAAAAT-AATTGGTTTATTAAGA---T-------
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATATCGGTTTTGTTACAAAGTACACATTTCCTTTCATTTCTAAC-TATGTTCCTGTGACGTCCGGTTTCTATGTACAAACTATGAGATGAA-AATGTTATTATGG-CAATAATGTGTC----TTTGACTCTATTCAAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATATAACCAAATCTCGTAAAAACCCGCATTTTTGTATAATGTCACGTAGCCTAGACGACCAA