lowQualScore                  :                                        1111111111                                                                                                                                                                      1          
lowQualScore                  :            4         9         6       0000000000 1 22 999999999         6  1 5555                       1        1   3333         1 33                 2     2       0   22        1    6666  555555 1  1           2 0    3     
lowQualScore                  :            .         .         .       .......... . .. .........         .  . ....                       .        .   ....         . ..                 .     .       .   ..        .    ....  ...... .  .           . .    .     
lowQualScore                  :            0         5         0       8888888888 7 33 666666666         7  0 5555                       5        5   6666         5 44                 5     9       3   33        7    1111  000000 7  7           0 5    2     
consensus                     :  TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-A-TTATTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAA-T-AAATNAAATA
Reference ( gi|5 )            :  TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGGTAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-A-TTATTGTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAA-T-AAATAAAATA
gi|11                         :  TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-A-TTATTGTATGTTAATGTGTTTGATATTTCTTTGTAT--TTATGACA-TTTG----TA------T-TA-TCACAAATAAA-T-AAATA
gi|12                         : gTAACAAGATA-AAATGTTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTCAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-A-TTATTGTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATT----TA------T-TA-TCACAAATAAA-A-AAA
gi|6                          :  TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTTTGT-A-TTATTGTATGTTAATGTGTTTAATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TTACAAATAAA-TCAAATCAAAaa
gi|9                          :  TAACAAGATA-ACATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACAAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TACTTCTGT-A-TTATTGTATGTTAATGTGTTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCAAAAAAAAA-T-AAATTAAA
gi|18                         :  TAACAAGAAATAAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-A-TTATTTTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TC
gi|19                         : gTAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-A-TGAGTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TC
gi|8                          :  TAACAAGATA-AAATATTGA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--G---------TCATTTTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-A--TATTGTATGTTAAGGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCATCAATAAA-T-AAATCAAA
gi|10                         : gTAACAATATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---AAAATAGTTTAATATATTATTTAA-TATACAAG-TTAT---TGCTACTGT-A-TTATTGTATGTAAATGTGCTTGAGGTA------TAT--TTATGACA-TGTA----TA------T-TA-TCACAAATAAA-T-AAATAAAA
gi|1                          :  TAACAAGATA-AAATATTGA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--AATTGTTTTATTATATTAAATTGT---TAACTGGTTTAATATATTATTTAA-AATACGTG-TTAA---TGCTTCCGT-A-ATATTGTGTGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TAATGACA-TATA----TA------T-TA-CCACAAATAAA-TCAAATCAAATAataaa
gi|28                         :  TAACAAGATA-AAATATTCA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATACTAGATAAT---CAACTAGTTTCATATGTTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-A-TTATTGTATGTTAAT
gi|3                          :  TAACAAGATA-AAATATCAAATATGTGACAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAAATAGTTAACAACTAGTTTAATATATTACTTAA-AAAATATG-TTAA---TGTTTCTGT-A-ATAGGGTGTCTTAATGTGCTTGATGTATATTT-TAT--CTATGACA-TATA----TATATATGT-TA-TCACAAATAAA-
gi|17                         : gTAAAAAGATA-AAATATTAAATCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATT--------------TAGTTTAAGATGTTACTTAA-AATACATG-TTAA---TGCTTCTGT-A-ATATTGTATGTAAAAGTGTTTGATAAACCTAT-TAT--TTATGACA-AAAA----TA------T-TATTCACAAATAAA-TCAAATaca
gi|21                         :  TAACATGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATAATTTGA-AATACGTG-CTAT---TGCTTCTGT-A-Tc
gi|20                         :  TAACAGAATA-AACAATTAAATCTGTGGTAGCTGACAT----------AGT--AAAT------TT---TTAATTAAT---AAACTAAATTAATAT-TTATT-AC-AATACATG-GTCA---TACTTCTGT-ATTTATTGTATGCT--TGT------TGTATTTTTATATAATTATG----TATA--------------TA-TCACAAATAAA-T-acaagtgatatgccatttattgttgtattgacatcaaataaaacta
gi|15                         :  TAACAAAATATAAATTTAAA-TATGCGATTGTTGATAC----------A-TTAA---------TTGT-TTGAATAGT---CAACCAAATTATTATTTTAT--AACAATACATG-GCAA---TGCTTCTGT-ATTTATTTTATGTTAATGTGCTCGTTGT-TTTTCATAT--TTA-GTCAGTATGAC--TA------T-TG-TTACAAc
gi|14                         : tgAACAAGATA-AAATACTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTTGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAA---TGCTTCTGT-A-TTATTGTATGTAAATATGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATATAATTA------T-TA-TCACAAAT-AA-T-AA
gi|2                          :   AACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAACTGATATATATATATATA-T--A---------TTATATTATATAGT---TAACAAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGC-A-TTATTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TAATGACA-TATA----TA------C-TA-CTACTCATAAA-T-AAA
gi|7                          :  cAACAAGATA-AGATATCAAATATGTGATAGCTGATGC----------A-T--A---------TTATATTAAATAGT---TAACCAGTTTATTATATTACT-GA-AATACATG-ATAA---TGCTTCTGT-A-ATATTGTATCTTAATGTCGTTGATGTATCTTTGTAT--TTAAGAC---ATA----TG------C-TA-TCACAAATAAA-TCAAATCAAATA
gi|27                         :    ACAAGATA-AAATATTAAATCTG-------TGATA------------------------------ACT-GATAAT-----A-TA---TAATATAATATT--A-ACTA-------------------GT------TTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATGAATT-AGTTAAAATa
gi|13                         :     CAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATACCTGATAT----------A-T--A---------TGATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACAGG-TTAT---TGCTTCTGT-A-TTATTAAATGTAAATGTGTTTAATGTATCTTTCTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAA-T-AAATA
gi|23                         :             tAGTATAAA-TCTGTGATAGCTGATATGTAT------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAA---TGCTTCTGT-A-TTGTTGTTTGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-T
gi|4                          :                          aaccTATATAAT-T----------A-T--A---------CTATATTAAATAGA---TAACTAGTTTAATATATTATATAA-A-TACATG-TTAA---TGCTTCTGT-A-ATATTGTATGTTAAAGTGGTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAA-TCAAATCAAA
gi|22                         :     actgacatgaacataagttttgcaataagttATAT----------A-T--A---------TTATATTAGACAGT---TAACTAGTTTGATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-G-TTAATGTATGTTTATGTGCTTGATGTATTTTTAAAT--ACATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAA-T-AAATAAAA
gi|24                         :                                     taa----------A-T--A---------TAATATCAAATAGT---TAACTAGTTTAATATTTCATTTAC-AATACATGATTGTGAATGCTTCTGTAA-TTATTTTATGTTCATGTGGTTGATGTATCTTT-TAT--TTATGACA-TATA----TA------TAAA-TCACAAATAAA-T-AAAa
gi|25                         :                                                                  TATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-A-GTATTGTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAA--AAA-T-AAAa
gi|29                         :                                                                                              TAGATTATTTA------CATG-TTAT----GCTTCTGT-A-CTATTGTATGTTAATGTGCTTTATGTATCTCTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAA-T-AATTAAAAagttga
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TAACAAAAAAACACCGAATTACACTCGGTTATTAGGTGACCGGTAACAAGATACAAATATAAATTATTAATTAGCTAATAAATATTGATTATAACATATGCTTCTGTATTTATTTTATGTTAATGTGCCTTTTGGTTTTAATATGTAGACCATAAACATCTA
Unaligned ( gi|26 ): ACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTCTCCTAACTGATGAGTCCTAGGAACACTGTATGGGTTTTTTTTTTTAAATAGGACGAAACACACTTAACACCATATTTAAATTATCTTAATA
Unaligned ( gi|30 ): CATTATTTGGGTCATTACTGGTAATAATGGTAATAAGTTGAACAGATTTTTTTCACAAACTTCATACAAAATTTAAATTGTGACTTAAAAT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                              1111111111      111111111                                                                                                                                                      1          
lowQualScore                  :                                                  3         9         2       0000000000 1 22 000000000              4444                       1        1   3333         1 1 3                                  22        1    5555  444444 1  1            0    1     
lowQualScore                  :                                                  .         .         .       .......... . .. .........              ....                       .        .   ....         . . .                                  ..        .    ....  ...... .  .            .    .     
lowQualScore                  :                                                  8         1         1       4444444444 6 22 444444444              9999                       5        5   1111         5 8 0                                  11        5    8888  888888 7  7            0    0     
consensus                     :                                        TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATNAAATA
Reference ( family-10336 )    :                                        TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATNAAATA
gi|1                          :                                        TAACAAGATA-AAATATTGA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--AATTGTTTTATTATATTAAATTGT---TAACTGGTTTAATATATTATTTAA-AATACGTG-TTAA---TGCTTCCGT-AAT-ATTGTGTGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TAATGACA-TATA----TA------T-TA-CCACAAATAAATCAAATCAAATA
gi|10                         :                                        TAACAATATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---AAAATAGTTTAATATATTATTTAA-TATACAAG-TTAT---TGCTACTGT-ATT-ATTGTATGTAAATGTGCTTGAGGTA------TAT--TTATGACA-TGTA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAAAA
gi|11                         :                                        TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATATTTCTTTGTAT--TTATGACA-TTTG----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAataaa
gi|12                         :                                       gTAACAAGATA-AAATGTTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTCAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATT----TA------T-TA-TCACAAATAAAA-AAA
gi|13                         :                                           CAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATACCTGATAT----------A-T--A---------TGATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACAGG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTAAATGTAAATGTGTTTAATGTATCTTTCTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAaa
gi|14                         :                                        tAACAAGATA-AAATACTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTTGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAA---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTAAATATGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATATAATTA------T-TA-TCACAAAT-AAT-AA
gi|15                         :                                        TAACAAAATATAAATTTAAA-TATGCGATTGTTGATAC----------A-TTAA---------TTGT-TTGAATAGT---CAACCAAATTATTATTTTAT--AACAATACATG-GCAA---TGCTTCTGT-ATTTATTTTATGTTAATGTGCTCGTTGT-TTTTCATAT--TTA-GTCAGTATGAC--TA------T-TG-TTACAA
gi|17                         :                                      tgTAAAAAGATA-AAATATTAAATCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATT--------------TAGTTTAAGATGTTACTTAA-AATACATG-TTAA---TGCTTCTGT-AAT-ATTGTATGTAAAAGTGTTTGATAAACCTAT-TAT--TTATGACA-AAAA----TA------T-TATTCACAAATAAATCAAAT
gi|18                         :                                        TAACAAGAAATAAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTTTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCc
gi|19                         :                                       gTAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATG-AGTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TC
gi|2                          :                                         AACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAACTGATATATATATATATA-T--A---------TTATATTATATAGT---TAACAAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGC-ATT-ATTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TAATGACA-TATA----TA------C-TA-CTACTCATAAAT-AAA
gi|20                         :                                       cTAACAGAATA-AACAATTAAATCTGTGGTAGCTGACAT----------AGT--AAATTT----TTA-ATTA-ATA------AACTAAATTAATAT-TTATT-AC-AATACATG-GTCA---TACTTCTGT-ATTTATTGTA--------TGCTTGTTGTATTTTTATATAATTATG----TATA--------------TA-TCACAAATAAAT-
gi|21                         :                                        TAACATGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATAATTTGA-AATACGTG-CTAT---TGCTTCTGT-A-----TACAAG-TGATATGCC--ATTTATTGTTGTAT-----TGACA-Tc
gi|22                         :                                                                          ATAT----------A-T--A---------TTATATTAGACAGT---TAACTAGTTTGATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-GTT-AATGTATGTTTATGTGCTTGATGTATTTTTAAAT--ACATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAAAAcaaataaaacta
gi|23                         :                                                 taaAGTATAAA-TCTGTGATAGCTGATATGTAT------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAA---TGCTTCTGT-ATT-GTTGTTTGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-Ta
gi|24                         :                                                                          aacc----------A-T--A---------TAATATCAAATAGT---TAACTAGTTTAATATTTCATTTAC-AATACATGATTGTGAATGCTTCTGTAATT-ATTTTATGTTCATGTGGTTGATGTATCTTT-TAT--TTATGACA-TATA----TA------TAAA-TCACAAATAAAT-AAA
gi|25                         :                                                                                                        TATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-AGT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAA--AAAT-AAAa
gi|27                         :                                          ACAAGATA-AAATATTAAATCTG-------TGATA------------------------------ACT-GATAAT-----A-TA---TAATATAATATT--A-ACTA-------------------GT------TTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATGAAT-TAGTTAAAagttga
gi|28                         :                                        TAACAAGATA-AAATATTCA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATACTAGATAAT---CAACTAGTTTCATATGTTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATat
gi|29                         :                                                                                                                                    TAGATTATTTA------CATG-TTAT----GCTTCTGT-ACT-ATTGTATGTTAATGTGCTTTATGTATCTCTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AATTAAAA
gi|3                          :                                      ttTAACAAGATA-AAATATCAAATATGTGACAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAAATAGTTAACAACTAGTTTAATATATTACTTAA-AAAATATG-TTAA---TGTTTCTGT-AAT-AGGGTGTCTTAATGTGCTTGATGTATATTT-TAT--CTATGACA-TATA----TATATATGT-TA-TCACAAATAAA
gi|4                          :                                                                            gT----------A-T--A---------CTATATTAAATAGA---TAACTAGTTTAATATATTATATAA-A-TACATG-TTAA---TGCTTCTGT-AAT-ATTGTATGTTAAAGTGGTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAATCAAATCAAAaca
gi|5                          : actgacatgaacataagttttgcaataagtttatataatTAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGGTAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAAAATA
gi|6                          :                                        TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTTTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTAATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TTACAAATAAATCAAATCAAA
gi|7                          :                                         AACAAGATA-AGATATCAAATATGTGATAGCTGATGC----------A-T--A---------TTATATTAAATAGT---TAACCAGTTTATTATATTACT-GA-AATACATG-ATAA---TGCTTCTGT-AAT-ATTGTATCTTAATGTCGTTGATGTATCTTTGTAT--TTAAGAC---ATA----TG------C-TA-TCACAAATAAATCAAATCAAATA
gi|8                          :                                        TAACAAGATA-AAATATTGA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--G---------TCATTTTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-A-T-ATTGTATGTTAAGGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCATCAATAAAT-AAATCAAAa
gi|9                          :                                       gTAACAAGATA-ACATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACAAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TACTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCAAAAAAAAAT-AAATTAAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TAACAAAAAAACACCGAATTACACTCGGTTATTAGGTGACCGGTAACAAGATACAAATATAAATTATTAATTAGCTAATAAATATTGATTATAACATATGCTTCTGTATTTATTTTATGTTAATGTGCCTTTTGGTTTTAATATGTAGACCATAAACATCTA
Unaligned ( gi|26 ): ACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTCTCCTAACTGATGAGTCCTAGGAACACTGTATGGGTTTTTTTTTTTAAATAGGACGAAACACACTTAACACCATATTTAAATTATCTTAATA
Unaligned ( gi|30 ): CATTATTTGGGTCATTACTGGTAATAATGGTAATAAGTTGAACAGATTTTTTTCACAAACTTCATACAAAATTTAAATTGTGACTTAAAAT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                              1111111111      111111111                                                                                                                                                      1          
lowQualScore                  :                                                  3         9         2       0000000000 1 22 000000000              4444                       1        1   3333         1 1 3                                  22        1    5555  444444 1  1            0    1     
lowQualScore                  :                                                  .         .         .       .......... . .. .........              ....                       .        .   ....         . . .                                  ..        .    ....  ...... .  .            .    .     
lowQualScore                  :                                                  8         1         1       4444444444 6 22 444444444              9999                       5        5   1111         5 8 0                                  11        5    8888  888888 7  7            0    0     
consensus                     :                                        TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATNAAATA
Reference ( family-10336 )    :                                        TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATNAAATA
gi|1                          :                                        TAACAAGATA-AAATATTGA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--AATTGTTTTATTATATTAAATTGT---TAACTGGTTTAATATATTATTTAA-AATACGTG-TTAA---TGCTTCCGT-AAT-ATTGTGTGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TAATGACA-TATA----TA------T-TA-CCACAAATAAATCAAATCAAATA
gi|10                         :                                        TAACAATATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---AAAATAGTTTAATATATTATTTAA-TATACAAG-TTAT---TGCTACTGT-ATT-ATTGTATGTAAATGTGCTTGAGGTA------TAT--TTATGACA-TGTA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAAAA
gi|11                         :                                        TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATATTTCTTTGTAT--TTATGACA-TTTG----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAataaa
gi|12                         :                                       gTAACAAGATA-AAATGTTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTCAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATT----TA------T-TA-TCACAAATAAAA-AAA
gi|13                         :                                           CAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATACCTGATAT----------A-T--A---------TGATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACAGG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTAAATGTAAATGTGTTTAATGTATCTTTCTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAaa
gi|14                         :                                        tAACAAGATA-AAATACTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTTGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAA---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTAAATATGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATATAATTA------T-TA-TCACAAAT-AAT-AA
gi|15                         :                                        TAACAAAATATAAATTTAAA-TATGCGATTGTTGATAC----------A-TTAA---------TTGT-TTGAATAGT---CAACCAAATTATTATTTTAT--AACAATACATG-GCAA---TGCTTCTGT-ATTTATTTTATGTTAATGTGCTCGTTGT-TTTTCATAT--TTA-GTCAGTATGAC--TA------T-TG-TTACAA
gi|17                         :                                      tgTAAAAAGATA-AAATATTAAATCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATT--------------TAGTTTAAGATGTTACTTAA-AATACATG-TTAA---TGCTTCTGT-AAT-ATTGTATGTAAAAGTGTTTGATAAACCTAT-TAT--TTATGACA-AAAA----TA------T-TATTCACAAATAAATCAAAT
gi|18                         :                                        TAACAAGAAATAAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTTTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCc
gi|19                         :                                       gTAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATG-AGTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TC
gi|2                          :                                         AACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAACTGATATATATATATATA-T--A---------TTATATTATATAGT---TAACAAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGC-ATT-ATTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TAATGACA-TATA----TA------C-TA-CTACTCATAAAT-AAA
gi|20                         :                                       cTAACAGAATA-AACAATTAAATCTGTGGTAGCTGACAT----------AGT--AAATTT----TTA-ATTA-ATA------AACTAAATTAATAT-TTATT-AC-AATACATG-GTCA---TACTTCTGT-ATTTATTGTA--------TGCTTGTTGTATTTTTATATAATTATG----TATA--------------TA-TCACAAATAAAT-
gi|21                         :                                        TAACATGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATAATTTGA-AATACGTG-CTAT---TGCTTCTGT-A-----TACAAG-TGATATGCC--ATTTATTGTTGTAT-----TGACA-Tc
gi|22                         :                                                                          ATAT----------A-T--A---------TTATATTAGACAGT---TAACTAGTTTGATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-GTT-AATGTATGTTTATGTGCTTGATGTATTTTTAAAT--ACATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAAAAcaaataaaacta
gi|23                         :                                                 taaAGTATAAA-TCTGTGATAGCTGATATGTAT------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAA---TGCTTCTGT-ATT-GTTGTTTGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-Ta
gi|24                         :                                                                          aacc----------A-T--A---------TAATATCAAATAGT---TAACTAGTTTAATATTTCATTTAC-AATACATGATTGTGAATGCTTCTGTAATT-ATTTTATGTTCATGTGGTTGATGTATCTTT-TAT--TTATGACA-TATA----TA------TAAA-TCACAAATAAAT-AAA
gi|25                         :                                                                                                        TATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-AGT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAA--AAAT-AAAa
gi|27                         :                                          ACAAGATA-AAATATTAAATCTG-------TGATA------------------------------ACT-GATAAT-----A-TA---TAATATAATATT--A-ACTA-------------------GT------TTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATGAAT-TAGTTAAAagttga
gi|28                         :                                        TAACAAGATA-AAATATTCA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATACTAGATAAT---CAACTAGTTTCATATGTTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATat
gi|29                         :                                                                                                                                    TAGATTATTTA------CATG-TTAT----GCTTCTGT-ACT-ATTGTATGTTAATGTGCTTTATGTATCTCTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AATTAAAA
gi|3                          :                                      ttTAACAAGATA-AAATATCAAATATGTGACAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAAATAGTTAACAACTAGTTTAATATATTACTTAA-AAAATATG-TTAA---TGTTTCTGT-AAT-AGGGTGTCTTAATGTGCTTGATGTATATTT-TAT--CTATGACA-TATA----TATATATGT-TA-TCACAAATAAA
gi|4                          :                                                                            gT----------A-T--A---------CTATATTAAATAGA---TAACTAGTTTAATATATTATATAA-A-TACATG-TTAA---TGCTTCTGT-AAT-ATTGTATGTTAAAGTGGTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAATCAAATCAAAaca
gi|5                          : actgacatgaacataagttttgcaataagtttatataatTAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGGTAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAAAATA
gi|6                          :                                        TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTTTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTAATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TTACAAATAAATCAAATCAAA
gi|7                          :                                         AACAAGATA-AGATATCAAATATGTGATAGCTGATGC----------A-T--A---------TTATATTAAATAGT---TAACCAGTTTATTATATTACT-GA-AATACATG-ATAA---TGCTTCTGT-AAT-ATTGTATCTTAATGTCGTTGATGTATCTTTGTAT--TTAAGAC---ATA----TG------C-TA-TCACAAATAAATCAAATCAAATA
gi|8                          :                                        TAACAAGATA-AAATATTGA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--G---------TCATTTTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-A-T-ATTGTATGTTAAGGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCATCAATAAAT-AAATCAAAa
gi|9                          :                                       gTAACAAGATA-ACATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACAAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TACTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCAAAAAAAAAT-AAATTAAA


blockSeqs                     :                                                  T         A         G       ATATATATAT G TA AATTT                  TAAC                       C        A   TGAA         A T T                                  AA        G    TAAT  TATATG A  T            C    A
blockSeqs                     :                                                  T         A         T       GTAT       . .  .                      A                          .        .   T            . T T                                  .         .    AC    .      .  .            C    A
blockSeqs                     :                                                  .         A         T       .          . .  .                      C                          .        .   T            . T .                                  .         .    .     .      .  .            C    A
blockSeqs                     :                                                  .         A         C       .          . .  .                      C                          .        .   T            . T .                                  .         .    .     .      .  .            C    A
blockSeqs                     :                                                  .         A         G       .          . .  .                      T                          .        .   T            . T .                                  .         .    .     .      .  .            .    T
blockSeqs                     :                                                  .         .         G       .          . .  .                      T                          .        .   A            . T .                                  .         .    .     .      .  .            .    A
blockSeqs                     :                                                  .         .         G       .          . .  .                      C                          .        .   A            . A .                                  .         .    .     .      .  .            .    C
blockSeqs                     :                                                  .         .         T       .          . .  .                      C                          .        .   A            . T .                                  .         .    .     .      .  .            .    A
blockSeqs                     :                                                  .         .         T       .          . .  .                      C                          .        .   T            . T .                                  .         .    .     .      .  .            .    C
blockSeqs                     :                                                  .         .         A       .          . .  .                      T                          .        .   T            . T .                                  .         .    .     .      .  .            .    C
blockSeqs                     :                                                  .         .         G       .          . .  .                      T                          .        .   T            . T .                                  .         .    .     .      .  .            .    C
blockSeqs                     :                                                  .         .         G       .          . .  .                      T                          .        .   A            . T .                                  .         .    .     .      .  .            .    T
blockSeqs                     :                                                  .         .         G       .          . .  .                      T                          .        .   T            . T .                                  .         .    .     .      .  .            .     
blockSeqs                     :                                                  .         .         T       .          . .  .                      T                          .        .   T            . T .                                  .         .    .     .      .  .            .     
blockSeqs                     :                                                  .         .         G       .          . .  .                      C                          .        .   A            . G .                                  .         .    .     .      .  .            .     
blockSeqs                     :                                                  .         .         T       .          . .  .                      C                          .        .   T            . T .                                  .         .    .     .      .  .            .     
blockSeqs                     :                                                  .         .         T       .          . .  .                      T                          .        .   T            . C .                                  .         .    .     .      .  .            .     
blockSeqs                     :                                                  .         .         G       .          . .  .                      C                          .        .   T            . A .                                  .         .    .     .      .  .            .     
blockSeqs                     :                                                  .         .         G       .          . .  .                      T                          .        .   A            . A .                                  .         .    .     .      .  .            .     
blockSeqs                     :                                                  .         .         T       .          . .  .                      T                          .        .   A            . T .                                  .         .    .     .      .  .                  
blockSeqs                     :                                                            .         .       .          . .  .                      T                          .        .   T            . T .                                  .         .    .     .      .  .                  
blockSeqs                     :                                                                              .          . .  .                      C                          .        .   T            . A .                                  .         .    .     .      .  .                  
blockSeqs                     :                                                                              .          . .  .                      .                          .        .   A            . T .                                  .         .    .     .      .  .                  
blockSeqs                     :                                                                              .          . .  .                      .                          .        .   T            . . .                                  .         .                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                     .                          .        .   T            . . .                                  .         .                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                .        .   .            . . .                                                                                    


blockSeqCons                  :                                                                                              *********
originalCons                  :                                        TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATNAAATA
finalCons                     :                                        TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATNAAATA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TAACAAAAAAACACCGAATTACACTCGGTTATTAGGTGACCGGTAACAAGATACAAATATAAATTATTAATTAGCTAATAAATATTGATTATAACATATGCTTCTGTATTTATTTTATGTTAATGTGCCTTTTGGTTTTAATATGTAGACCATAAACATCTA
Unaligned ( gi|26 ): ACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTCTCCTAACTGATGAGTCCTAGGAACACTGTATGGGTTTTTTTTTTTAAATAGGACGAAACACACTTAACACCATATTTAAATTATCTTAATA
Unaligned ( gi|30 ): CATTATTTGGGTCATTACTGGTAATAATGGTAATAAGTTGAACAGATTTTTTTCACAAACTTCATACAAAATTTAAATTGTGACTTAAAAT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                              1111111111      111111111                                                                                                                                                      1          
lowQualScore                  :                                                  3         9         2       0000000000 1 22 000000000              4444                       1        1   3333         1 1 3                                  22        1    5555  444444 1  1            0    1     
lowQualScore                  :                                                  .         .         .       .......... . .. .........              ....                       .        .   ....         . . .                                  ..        .    ....  ...... .  .            .    .     
lowQualScore                  :                                                  8         1         1       4444444444 6 22 444444444              9999                       5        5   1111         5 8 0                                  11        5    8888  888888 7  7            0    0     
consensus                     :                                        TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATNAAATA
Reference ( family-10336 )    :                                        TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATNAAATA
gi|1                          :                                        TAACAAGATA-AAATATTGA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--AATTGTTTTATTATATTAAATTGT---TAACTGGTTTAATATATTATTTAA-AATACGTG-TTAA---TGCTTCCGT-AAT-ATTGTGTGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TAATGACA-TATA----TA------T-TA-CCACAAATAAATCAAATCAAATA
gi|10                         :                                        TAACAATATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---AAAATAGTTTAATATATTATTTAA-TATACAAG-TTAT---TGCTACTGT-ATT-ATTGTATGTAAATGTGCTTGAGGTA------TAT--TTATGACA-TGTA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAAAA
gi|11                         :                                        TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATATTTCTTTGTAT--TTATGACA-TTTG----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAataaa
gi|12                         :                                       gTAACAAGATA-AAATGTTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTCAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATT----TA------T-TA-TCACAAATAAAA-AAA
gi|13                         :                                           CAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATACCTGATAT----------A-T--A---------TGATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACAGG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTAAATGTAAATGTGTTTAATGTATCTTTCTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAaa
gi|14                         :                                        tAACAAGATA-AAATACTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTTGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAA---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTAAATATGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATATAATTA------T-TA-TCACAAAT-AAT-AA
gi|15                         :                                        TAACAAAATATAAATTTAAA-TATGCGATTGTTGATAC----------A-TTAA---------TTGT-TTGAATAGT---CAACCAAATTATTATTTTAT--AACAATACATG-GCAA---TGCTTCTGT-ATTTATTTTATGTTAATGTGCTCGTTGT-TTTTCATAT--TTA-GTCAGTATGAC--TA------T-TG-TTACAA
gi|17                         :                                      tgTAAAAAGATA-AAATATTAAATCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATT--------------TAGTTTAAGATGTTACTTAA-AATACATG-TTAA---TGCTTCTGT-AAT-ATTGTATGTAAAAGTGTTTGATAAACCTAT-TAT--TTATGACA-AAAA----TA------T-TATTCACAAATAAATCAAAT
gi|18                         :                                        TAACAAGAAATAAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTTTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCc
gi|19                         :                                       gTAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATG-AGTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TC
gi|2                          :                                         AACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAACTGATATATATATATATA-T--A---------TTATATTATATAGT---TAACAAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGC-ATT-ATTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TAATGACA-TATA----TA------C-TA-CTACTCATAAAT-AAA
gi|20                         :                                       cTAACAGAATA-AACAATTAAATCTGTGGTAGCTGACAT----------AGT--AAATTT----TTA-ATTA-ATA------AACTAAATTAATAT-TTATT-AC-AATACATG-GTCA---TACTTCTGT-ATTTATTGTA--------TGCTTGTTGTATTTTTATATAATTATG----TATA--------------TA-TCACAAATAAAT-
gi|21                         :                                        TAACATGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATAATTTGA-AATACGTG-CTAT---TGCTTCTGT-A-----TACAAG-TGATATGCC--ATTTATTGTTGTAT-----TGACA-Tc
gi|22                         :                                                                          ATAT----------A-T--A---------TTATATTAGACAGT---TAACTAGTTTGATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-GTT-AATGTATGTTTATGTGCTTGATGTATTTTTAAAT--ACATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAAAAcaaataaaacta
gi|23                         :                                                 taaAGTATAAA-TCTGTGATAGCTGATATGTAT------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAA---TGCTTCTGT-ATT-GTTGTTTGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-Ta
gi|24                         :                                                                          aacc----------A-T--A---------TAATATCAAATAGT---TAACTAGTTTAATATTTCATTTAC-AATACATGATTGTGAATGCTTCTGTAATT-ATTTTATGTTCATGTGGTTGATGTATCTTT-TAT--TTATGACA-TATA----TA------TAAA-TCACAAATAAAT-AAA
gi|25                         :                                                                                                        TATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-AGT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAA--AAAT-AAAa
gi|27                         :                                          ACAAGATA-AAATATTAAATCTG-------TGATA------------------------------ACT-GATAAT-----A-TA---TAATATAATATT--A-ACTA-------------------GT------TTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATGAAT-TAGTTAAAagttga
gi|28                         :                                        TAACAAGATA-AAATATTCA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATACTAGATAAT---CAACTAGTTTCATATGTTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATat
gi|29                         :                                                                                                                                    TAGATTATTTA------CATG-TTAT----GCTTCTGT-ACT-ATTGTATGTTAATGTGCTTTATGTATCTCTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AATTAAAA
gi|3                          :                                      ttTAACAAGATA-AAATATCAAATATGTGACAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAAATAGTTAACAACTAGTTTAATATATTACTTAA-AAAATATG-TTAA---TGTTTCTGT-AAT-AGGGTGTCTTAATGTGCTTGATGTATATTT-TAT--CTATGACA-TATA----TATATATGT-TA-TCACAAATAAA
gi|4                          :                                                                            gT----------A-T--A---------CTATATTAAATAGA---TAACTAGTTTAATATATTATATAA-A-TACATG-TTAA---TGCTTCTGT-AAT-ATTGTATGTTAAAGTGGTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAATCAAATCAAAaca
gi|5                          : actgacatgaacataagttttgcaataagtttatataatTAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGGTAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAAAATA
gi|6                          :                                        TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTTTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTAATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TTACAAATAAATCAAATCAAA
gi|7                          :                                         AACAAGATA-AGATATCAAATATGTGATAGCTGATGC----------A-T--A---------TTATATTAAATAGT---TAACCAGTTTATTATATTACT-GA-AATACATG-ATAA---TGCTTCTGT-AAT-ATTGTATCTTAATGTCGTTGATGTATCTTTGTAT--TTAAGAC---ATA----TG------C-TA-TCACAAATAAATCAAATCAAATA
gi|8                          :                                        TAACAAGATA-AAATATTGA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--G---------TCATTTTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-A-T-ATTGTATGTTAAGGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCATCAATAAAT-AAATCAAAa
gi|9                          :                                       gTAACAAGATA-ACATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACAAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TACTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCAAAAAAAAAT-AAATTAAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TAACAAAAAAACACCGAATTACACTCGGTTATTAGGTGACCGGTAACAAGATACAAATATAAATTATTAATTAGCTAATAAATATTGATTATAACATATGCTTCTGTATTTATTTTATGTTAATGTGCCTTTTGGTTTTAATATGTAGACCATAAACATCTA
Unaligned ( gi|26 ): ACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTCTCCTAACTGATGAGTCCTAGGAACACTGTATGGGTTTTTTTTTTTAAATAGGACGAAACACACTTAACACCATATTTAAATTATCTTAATA
Unaligned ( gi|30 ): CATTATTTGGGTCATTACTGGTAATAATGGTAATAAGTTGAACAGATTTTTTTCACAAACTTCATACAAAATTTAAATTGTGACTTAAAAT