lowQualScore : 1111111111 1
lowQualScore : 4 9 6 0000000000 1 22 999999999 6 1 5555 1 1 3333 1 33 2 2 0 22 1 6666 555555 1 1 2 0 3
lowQualScore : . . . .......... . .. ......... . . .... . . .... . .. . . . .. . .... ...... . . . . .
lowQualScore : 0 5 0 8888888888 7 33 666666666 7 0 5555 5 5 6666 5 44 5 9 3 33 7 1111 000000 7 7 0 5 2
consensus : TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-A-TTATTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAA-T-AAATNAAATA
Reference ( gi|5 ) : TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGGTAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-A-TTATTGTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAA-T-AAATAAAATA
gi|11 : TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-A-TTATTGTATGTTAATGTGTTTGATATTTCTTTGTAT--TTATGACA-TTTG----TA------T-TA-TCACAAATAAA-T-AAATA
gi|12 : gTAACAAGATA-AAATGTTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTCAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-A-TTATTGTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATT----TA------T-TA-TCACAAATAAA-A-AAA
gi|6 : TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTTTGT-A-TTATTGTATGTTAATGTGTTTAATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TTACAAATAAA-TCAAATCAAAaa
gi|9 : TAACAAGATA-ACATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACAAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TACTTCTGT-A-TTATTGTATGTTAATGTGTTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCAAAAAAAAA-T-AAATTAAA
gi|18 : TAACAAGAAATAAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-A-TTATTTTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TC
gi|19 : gTAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-A-TGAGTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TC
gi|8 : TAACAAGATA-AAATATTGA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--G---------TCATTTTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-A--TATTGTATGTTAAGGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCATCAATAAA-T-AAATCAAA
gi|10 : gTAACAATATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---AAAATAGTTTAATATATTATTTAA-TATACAAG-TTAT---TGCTACTGT-A-TTATTGTATGTAAATGTGCTTGAGGTA------TAT--TTATGACA-TGTA----TA------T-TA-TCACAAATAAA-T-AAATAAAA
gi|1 : TAACAAGATA-AAATATTGA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--AATTGTTTTATTATATTAAATTGT---TAACTGGTTTAATATATTATTTAA-AATACGTG-TTAA---TGCTTCCGT-A-ATATTGTGTGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TAATGACA-TATA----TA------T-TA-CCACAAATAAA-TCAAATCAAATAataaa
gi|28 : TAACAAGATA-AAATATTCA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATACTAGATAAT---CAACTAGTTTCATATGTTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-A-TTATTGTATGTTAAT
gi|3 : TAACAAGATA-AAATATCAAATATGTGACAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAAATAGTTAACAACTAGTTTAATATATTACTTAA-AAAATATG-TTAA---TGTTTCTGT-A-ATAGGGTGTCTTAATGTGCTTGATGTATATTT-TAT--CTATGACA-TATA----TATATATGT-TA-TCACAAATAAA-
gi|17 : gTAAAAAGATA-AAATATTAAATCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATT--------------TAGTTTAAGATGTTACTTAA-AATACATG-TTAA---TGCTTCTGT-A-ATATTGTATGTAAAAGTGTTTGATAAACCTAT-TAT--TTATGACA-AAAA----TA------T-TATTCACAAATAAA-TCAAATaca
gi|21 : TAACATGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATAATTTGA-AATACGTG-CTAT---TGCTTCTGT-A-Tc
gi|20 : TAACAGAATA-AACAATTAAATCTGTGGTAGCTGACAT----------AGT--AAAT------TT---TTAATTAAT---AAACTAAATTAATAT-TTATT-AC-AATACATG-GTCA---TACTTCTGT-ATTTATTGTATGCT--TGT------TGTATTTTTATATAATTATG----TATA--------------TA-TCACAAATAAA-T-acaagtgatatgccatttattgttgtattgacatcaaataaaacta
gi|15 : TAACAAAATATAAATTTAAA-TATGCGATTGTTGATAC----------A-TTAA---------TTGT-TTGAATAGT---CAACCAAATTATTATTTTAT--AACAATACATG-GCAA---TGCTTCTGT-ATTTATTTTATGTTAATGTGCTCGTTGT-TTTTCATAT--TTA-GTCAGTATGAC--TA------T-TG-TTACAAc
gi|14 : tgAACAAGATA-AAATACTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTTGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAA---TGCTTCTGT-A-TTATTGTATGTAAATATGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATATAATTA------T-TA-TCACAAAT-AA-T-AA
gi|2 : AACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAACTGATATATATATATATA-T--A---------TTATATTATATAGT---TAACAAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGC-A-TTATTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TAATGACA-TATA----TA------C-TA-CTACTCATAAA-T-AAA
gi|7 : cAACAAGATA-AGATATCAAATATGTGATAGCTGATGC----------A-T--A---------TTATATTAAATAGT---TAACCAGTTTATTATATTACT-GA-AATACATG-ATAA---TGCTTCTGT-A-ATATTGTATCTTAATGTCGTTGATGTATCTTTGTAT--TTAAGAC---ATA----TG------C-TA-TCACAAATAAA-TCAAATCAAATA
gi|27 : ACAAGATA-AAATATTAAATCTG-------TGATA------------------------------ACT-GATAAT-----A-TA---TAATATAATATT--A-ACTA-------------------GT------TTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATGAATT-AGTTAAAATa
gi|13 : CAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATACCTGATAT----------A-T--A---------TGATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACAGG-TTAT---TGCTTCTGT-A-TTATTAAATGTAAATGTGTTTAATGTATCTTTCTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAA-T-AAATA
gi|23 : tAGTATAAA-TCTGTGATAGCTGATATGTAT------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAA---TGCTTCTGT-A-TTGTTGTTTGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-T
gi|4 : aaccTATATAAT-T----------A-T--A---------CTATATTAAATAGA---TAACTAGTTTAATATATTATATAA-A-TACATG-TTAA---TGCTTCTGT-A-ATATTGTATGTTAAAGTGGTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAA-TCAAATCAAA
gi|22 : actgacatgaacataagttttgcaataagttATAT----------A-T--A---------TTATATTAGACAGT---TAACTAGTTTGATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-G-TTAATGTATGTTTATGTGCTTGATGTATTTTTAAAT--ACATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAA-T-AAATAAAA
gi|24 : taa----------A-T--A---------TAATATCAAATAGT---TAACTAGTTTAATATTTCATTTAC-AATACATGATTGTGAATGCTTCTGTAA-TTATTTTATGTTCATGTGGTTGATGTATCTTT-TAT--TTATGACA-TATA----TA------TAAA-TCACAAATAAA-T-AAAa
gi|25 : TATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-A-GTATTGTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAA--AAA-T-AAAa
gi|29 : TAGATTATTTA------CATG-TTAT----GCTTCTGT-A-CTATTGTATGTTAATGTGCTTTATGTATCTCTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAA-T-AATTAAAAagttga
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TAACAAAAAAACACCGAATTACACTCGGTTATTAGGTGACCGGTAACAAGATACAAATATAAATTATTAATTAGCTAATAAATATTGATTATAACATATGCTTCTGTATTTATTTTATGTTAATGTGCCTTTTGGTTTTAATATGTAGACCATAAACATCTA
Unaligned ( gi|26 ): ACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTCTCCTAACTGATGAGTCCTAGGAACACTGTATGGGTTTTTTTTTTTAAATAGGACGAAACACACTTAACACCATATTTAAATTATCTTAATA
Unaligned ( gi|30 ): CATTATTTGGGTCATTACTGGTAATAATGGTAATAAGTTGAACAGATTTTTTTCACAAACTTCATACAAAATTTAAATTGTGACTTAAAAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111 111111111 1
lowQualScore : 3 9 2 0000000000 1 22 000000000 4444 1 1 3333 1 1 3 22 1 5555 444444 1 1 0 1
lowQualScore : . . . .......... . .. ......... .... . . .... . . . .. . .... ...... . . . .
lowQualScore : 8 1 1 4444444444 6 22 444444444 9999 5 5 1111 5 8 0 11 5 8888 888888 7 7 0 0
consensus : TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATNAAATA
Reference ( family-10336 ) : TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATNAAATA
gi|1 : TAACAAGATA-AAATATTGA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--AATTGTTTTATTATATTAAATTGT---TAACTGGTTTAATATATTATTTAA-AATACGTG-TTAA---TGCTTCCGT-AAT-ATTGTGTGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TAATGACA-TATA----TA------T-TA-CCACAAATAAATCAAATCAAATA
gi|10 : TAACAATATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---AAAATAGTTTAATATATTATTTAA-TATACAAG-TTAT---TGCTACTGT-ATT-ATTGTATGTAAATGTGCTTGAGGTA------TAT--TTATGACA-TGTA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAAAA
gi|11 : TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATATTTCTTTGTAT--TTATGACA-TTTG----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAataaa
gi|12 : gTAACAAGATA-AAATGTTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTCAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATT----TA------T-TA-TCACAAATAAAA-AAA
gi|13 : CAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATACCTGATAT----------A-T--A---------TGATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACAGG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTAAATGTAAATGTGTTTAATGTATCTTTCTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAaa
gi|14 : tAACAAGATA-AAATACTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTTGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAA---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTAAATATGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATATAATTA------T-TA-TCACAAAT-AAT-AA
gi|15 : TAACAAAATATAAATTTAAA-TATGCGATTGTTGATAC----------A-TTAA---------TTGT-TTGAATAGT---CAACCAAATTATTATTTTAT--AACAATACATG-GCAA---TGCTTCTGT-ATTTATTTTATGTTAATGTGCTCGTTGT-TTTTCATAT--TTA-GTCAGTATGAC--TA------T-TG-TTACAA
gi|17 : tgTAAAAAGATA-AAATATTAAATCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATT--------------TAGTTTAAGATGTTACTTAA-AATACATG-TTAA---TGCTTCTGT-AAT-ATTGTATGTAAAAGTGTTTGATAAACCTAT-TAT--TTATGACA-AAAA----TA------T-TATTCACAAATAAATCAAAT
gi|18 : TAACAAGAAATAAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTTTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCc
gi|19 : gTAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATG-AGTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TC
gi|2 : AACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAACTGATATATATATATATA-T--A---------TTATATTATATAGT---TAACAAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGC-ATT-ATTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TAATGACA-TATA----TA------C-TA-CTACTCATAAAT-AAA
gi|20 : cTAACAGAATA-AACAATTAAATCTGTGGTAGCTGACAT----------AGT--AAATTT----TTA-ATTA-ATA------AACTAAATTAATAT-TTATT-AC-AATACATG-GTCA---TACTTCTGT-ATTTATTGTA--------TGCTTGTTGTATTTTTATATAATTATG----TATA--------------TA-TCACAAATAAAT-
gi|21 : TAACATGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATAATTTGA-AATACGTG-CTAT---TGCTTCTGT-A-----TACAAG-TGATATGCC--ATTTATTGTTGTAT-----TGACA-Tc
gi|22 : ATAT----------A-T--A---------TTATATTAGACAGT---TAACTAGTTTGATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-GTT-AATGTATGTTTATGTGCTTGATGTATTTTTAAAT--ACATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAAAAcaaataaaacta
gi|23 : taaAGTATAAA-TCTGTGATAGCTGATATGTAT------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAA---TGCTTCTGT-ATT-GTTGTTTGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-Ta
gi|24 : aacc----------A-T--A---------TAATATCAAATAGT---TAACTAGTTTAATATTTCATTTAC-AATACATGATTGTGAATGCTTCTGTAATT-ATTTTATGTTCATGTGGTTGATGTATCTTT-TAT--TTATGACA-TATA----TA------TAAA-TCACAAATAAAT-AAA
gi|25 : TATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-AGT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAA--AAAT-AAAa
gi|27 : ACAAGATA-AAATATTAAATCTG-------TGATA------------------------------ACT-GATAAT-----A-TA---TAATATAATATT--A-ACTA-------------------GT------TTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATGAAT-TAGTTAAAagttga
gi|28 : TAACAAGATA-AAATATTCA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATACTAGATAAT---CAACTAGTTTCATATGTTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATat
gi|29 : TAGATTATTTA------CATG-TTAT----GCTTCTGT-ACT-ATTGTATGTTAATGTGCTTTATGTATCTCTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AATTAAAA
gi|3 : ttTAACAAGATA-AAATATCAAATATGTGACAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAAATAGTTAACAACTAGTTTAATATATTACTTAA-AAAATATG-TTAA---TGTTTCTGT-AAT-AGGGTGTCTTAATGTGCTTGATGTATATTT-TAT--CTATGACA-TATA----TATATATGT-TA-TCACAAATAAA
gi|4 : gT----------A-T--A---------CTATATTAAATAGA---TAACTAGTTTAATATATTATATAA-A-TACATG-TTAA---TGCTTCTGT-AAT-ATTGTATGTTAAAGTGGTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAATCAAATCAAAaca
gi|5 : actgacatgaacataagttttgcaataagtttatataatTAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGGTAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAAAATA
gi|6 : TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTTTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTAATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TTACAAATAAATCAAATCAAA
gi|7 : AACAAGATA-AGATATCAAATATGTGATAGCTGATGC----------A-T--A---------TTATATTAAATAGT---TAACCAGTTTATTATATTACT-GA-AATACATG-ATAA---TGCTTCTGT-AAT-ATTGTATCTTAATGTCGTTGATGTATCTTTGTAT--TTAAGAC---ATA----TG------C-TA-TCACAAATAAATCAAATCAAATA
gi|8 : TAACAAGATA-AAATATTGA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--G---------TCATTTTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-A-T-ATTGTATGTTAAGGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCATCAATAAAT-AAATCAAAa
gi|9 : gTAACAAGATA-ACATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACAAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TACTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCAAAAAAAAAT-AAATTAAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TAACAAAAAAACACCGAATTACACTCGGTTATTAGGTGACCGGTAACAAGATACAAATATAAATTATTAATTAGCTAATAAATATTGATTATAACATATGCTTCTGTATTTATTTTATGTTAATGTGCCTTTTGGTTTTAATATGTAGACCATAAACATCTA
Unaligned ( gi|26 ): ACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTCTCCTAACTGATGAGTCCTAGGAACACTGTATGGGTTTTTTTTTTTAAATAGGACGAAACACACTTAACACCATATTTAAATTATCTTAATA
Unaligned ( gi|30 ): CATTATTTGGGTCATTACTGGTAATAATGGTAATAAGTTGAACAGATTTTTTTCACAAACTTCATACAAAATTTAAATTGTGACTTAAAAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111 111111111 1
lowQualScore : 3 9 2 0000000000 1 22 000000000 4444 1 1 3333 1 1 3 22 1 5555 444444 1 1 0 1
lowQualScore : . . . .......... . .. ......... .... . . .... . . . .. . .... ...... . . . .
lowQualScore : 8 1 1 4444444444 6 22 444444444 9999 5 5 1111 5 8 0 11 5 8888 888888 7 7 0 0
consensus : TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATNAAATA
Reference ( family-10336 ) : TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATNAAATA
gi|1 : TAACAAGATA-AAATATTGA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--AATTGTTTTATTATATTAAATTGT---TAACTGGTTTAATATATTATTTAA-AATACGTG-TTAA---TGCTTCCGT-AAT-ATTGTGTGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TAATGACA-TATA----TA------T-TA-CCACAAATAAATCAAATCAAATA
gi|10 : TAACAATATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---AAAATAGTTTAATATATTATTTAA-TATACAAG-TTAT---TGCTACTGT-ATT-ATTGTATGTAAATGTGCTTGAGGTA------TAT--TTATGACA-TGTA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAAAA
gi|11 : TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATATTTCTTTGTAT--TTATGACA-TTTG----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAataaa
gi|12 : gTAACAAGATA-AAATGTTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTCAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATT----TA------T-TA-TCACAAATAAAA-AAA
gi|13 : CAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATACCTGATAT----------A-T--A---------TGATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACAGG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTAAATGTAAATGTGTTTAATGTATCTTTCTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAaa
gi|14 : tAACAAGATA-AAATACTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTTGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAA---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTAAATATGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATATAATTA------T-TA-TCACAAAT-AAT-AA
gi|15 : TAACAAAATATAAATTTAAA-TATGCGATTGTTGATAC----------A-TTAA---------TTGT-TTGAATAGT---CAACCAAATTATTATTTTAT--AACAATACATG-GCAA---TGCTTCTGT-ATTTATTTTATGTTAATGTGCTCGTTGT-TTTTCATAT--TTA-GTCAGTATGAC--TA------T-TG-TTACAA
gi|17 : tgTAAAAAGATA-AAATATTAAATCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATT--------------TAGTTTAAGATGTTACTTAA-AATACATG-TTAA---TGCTTCTGT-AAT-ATTGTATGTAAAAGTGTTTGATAAACCTAT-TAT--TTATGACA-AAAA----TA------T-TATTCACAAATAAATCAAAT
gi|18 : TAACAAGAAATAAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTTTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCc
gi|19 : gTAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATG-AGTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TC
gi|2 : AACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAACTGATATATATATATATA-T--A---------TTATATTATATAGT---TAACAAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGC-ATT-ATTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TAATGACA-TATA----TA------C-TA-CTACTCATAAAT-AAA
gi|20 : cTAACAGAATA-AACAATTAAATCTGTGGTAGCTGACAT----------AGT--AAATTT----TTA-ATTA-ATA------AACTAAATTAATAT-TTATT-AC-AATACATG-GTCA---TACTTCTGT-ATTTATTGTA--------TGCTTGTTGTATTTTTATATAATTATG----TATA--------------TA-TCACAAATAAAT-
gi|21 : TAACATGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATAATTTGA-AATACGTG-CTAT---TGCTTCTGT-A-----TACAAG-TGATATGCC--ATTTATTGTTGTAT-----TGACA-Tc
gi|22 : ATAT----------A-T--A---------TTATATTAGACAGT---TAACTAGTTTGATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-GTT-AATGTATGTTTATGTGCTTGATGTATTTTTAAAT--ACATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAAAAcaaataaaacta
gi|23 : taaAGTATAAA-TCTGTGATAGCTGATATGTAT------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAA---TGCTTCTGT-ATT-GTTGTTTGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-Ta
gi|24 : aacc----------A-T--A---------TAATATCAAATAGT---TAACTAGTTTAATATTTCATTTAC-AATACATGATTGTGAATGCTTCTGTAATT-ATTTTATGTTCATGTGGTTGATGTATCTTT-TAT--TTATGACA-TATA----TA------TAAA-TCACAAATAAAT-AAA
gi|25 : TATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-AGT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAA--AAAT-AAAa
gi|27 : ACAAGATA-AAATATTAAATCTG-------TGATA------------------------------ACT-GATAAT-----A-TA---TAATATAATATT--A-ACTA-------------------GT------TTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATGAAT-TAGTTAAAagttga
gi|28 : TAACAAGATA-AAATATTCA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATACTAGATAAT---CAACTAGTTTCATATGTTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATat
gi|29 : TAGATTATTTA------CATG-TTAT----GCTTCTGT-ACT-ATTGTATGTTAATGTGCTTTATGTATCTCTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AATTAAAA
gi|3 : ttTAACAAGATA-AAATATCAAATATGTGACAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAAATAGTTAACAACTAGTTTAATATATTACTTAA-AAAATATG-TTAA---TGTTTCTGT-AAT-AGGGTGTCTTAATGTGCTTGATGTATATTT-TAT--CTATGACA-TATA----TATATATGT-TA-TCACAAATAAA
gi|4 : gT----------A-T--A---------CTATATTAAATAGA---TAACTAGTTTAATATATTATATAA-A-TACATG-TTAA---TGCTTCTGT-AAT-ATTGTATGTTAAAGTGGTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAATCAAATCAAAaca
gi|5 : actgacatgaacataagttttgcaataagtttatataatTAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGGTAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAAAATA
gi|6 : TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTTTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTAATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TTACAAATAAATCAAATCAAA
gi|7 : AACAAGATA-AGATATCAAATATGTGATAGCTGATGC----------A-T--A---------TTATATTAAATAGT---TAACCAGTTTATTATATTACT-GA-AATACATG-ATAA---TGCTTCTGT-AAT-ATTGTATCTTAATGTCGTTGATGTATCTTTGTAT--TTAAGAC---ATA----TG------C-TA-TCACAAATAAATCAAATCAAATA
gi|8 : TAACAAGATA-AAATATTGA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--G---------TCATTTTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-A-T-ATTGTATGTTAAGGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCATCAATAAAT-AAATCAAAa
gi|9 : gTAACAAGATA-ACATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACAAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TACTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCAAAAAAAAAT-AAATTAAA
blockSeqs : T A G ATATATATAT G TA AATTT TAAC C A TGAA A T T AA G TAAT TATATG A T C A
blockSeqs : T A T GTAT . . . A . . T . T T . . AC . . . C A
blockSeqs : . A T . . . . C . . T . T . . . . . . . C A
blockSeqs : . A C . . . . C . . T . T . . . . . . . C A
blockSeqs : . A G . . . . T . . T . T . . . . . . . . T
blockSeqs : . . G . . . . T . . A . T . . . . . . . . A
blockSeqs : . . G . . . . C . . A . A . . . . . . . . C
blockSeqs : . . T . . . . C . . A . T . . . . . . . . A
blockSeqs : . . T . . . . C . . T . T . . . . . . . . C
blockSeqs : . . A . . . . T . . T . T . . . . . . . . C
blockSeqs : . . G . . . . T . . T . T . . . . . . . . C
blockSeqs : . . G . . . . T . . A . T . . . . . . . . T
blockSeqs : . . G . . . . T . . T . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . T . . T . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . . C . . A . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . C . . T . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . T . . T . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . . C . . T . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . . T . . A . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . T . . A . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . T . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . T . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : *********
originalCons : TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATNAAATA
finalCons : TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATNAAATA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TAACAAAAAAACACCGAATTACACTCGGTTATTAGGTGACCGGTAACAAGATACAAATATAAATTATTAATTAGCTAATAAATATTGATTATAACATATGCTTCTGTATTTATTTTATGTTAATGTGCCTTTTGGTTTTAATATGTAGACCATAAACATCTA
Unaligned ( gi|26 ): ACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTCTCCTAACTGATGAGTCCTAGGAACACTGTATGGGTTTTTTTTTTTAAATAGGACGAAACACACTTAACACCATATTTAAATTATCTTAATA
Unaligned ( gi|30 ): CATTATTTGGGTCATTACTGGTAATAATGGTAATAAGTTGAACAGATTTTTTTCACAAACTTCATACAAAATTTAAATTGTGACTTAAAAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111 111111111 1
lowQualScore : 3 9 2 0000000000 1 22 000000000 4444 1 1 3333 1 1 3 22 1 5555 444444 1 1 0 1
lowQualScore : . . . .......... . .. ......... .... . . .... . . . .. . .... ...... . . . .
lowQualScore : 8 1 1 4444444444 6 22 444444444 9999 5 5 1111 5 8 0 11 5 8888 888888 7 7 0 0
consensus : TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATNAAATA
Reference ( family-10336 ) : TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATNAAATA
gi|1 : TAACAAGATA-AAATATTGA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--AATTGTTTTATTATATTAAATTGT---TAACTGGTTTAATATATTATTTAA-AATACGTG-TTAA---TGCTTCCGT-AAT-ATTGTGTGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TAATGACA-TATA----TA------T-TA-CCACAAATAAATCAAATCAAATA
gi|10 : TAACAATATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---AAAATAGTTTAATATATTATTTAA-TATACAAG-TTAT---TGCTACTGT-ATT-ATTGTATGTAAATGTGCTTGAGGTA------TAT--TTATGACA-TGTA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAAAA
gi|11 : TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATATTTCTTTGTAT--TTATGACA-TTTG----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAataaa
gi|12 : gTAACAAGATA-AAATGTTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTCAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATT----TA------T-TA-TCACAAATAAAA-AAA
gi|13 : CAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATACCTGATAT----------A-T--A---------TGATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACAGG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTAAATGTAAATGTGTTTAATGTATCTTTCTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAaa
gi|14 : tAACAAGATA-AAATACTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTTGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAA---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTAAATATGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATATAATTA------T-TA-TCACAAAT-AAT-AA
gi|15 : TAACAAAATATAAATTTAAA-TATGCGATTGTTGATAC----------A-TTAA---------TTGT-TTGAATAGT---CAACCAAATTATTATTTTAT--AACAATACATG-GCAA---TGCTTCTGT-ATTTATTTTATGTTAATGTGCTCGTTGT-TTTTCATAT--TTA-GTCAGTATGAC--TA------T-TG-TTACAA
gi|17 : tgTAAAAAGATA-AAATATTAAATCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATT--------------TAGTTTAAGATGTTACTTAA-AATACATG-TTAA---TGCTTCTGT-AAT-ATTGTATGTAAAAGTGTTTGATAAACCTAT-TAT--TTATGACA-AAAA----TA------T-TATTCACAAATAAATCAAAT
gi|18 : TAACAAGAAATAAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTTTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCc
gi|19 : gTAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATG-AGTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TC
gi|2 : AACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAACTGATATATATATATATA-T--A---------TTATATTATATAGT---TAACAAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGC-ATT-ATTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TAATGACA-TATA----TA------C-TA-CTACTCATAAAT-AAA
gi|20 : cTAACAGAATA-AACAATTAAATCTGTGGTAGCTGACAT----------AGT--AAATTT----TTA-ATTA-ATA------AACTAAATTAATAT-TTATT-AC-AATACATG-GTCA---TACTTCTGT-ATTTATTGTA--------TGCTTGTTGTATTTTTATATAATTATG----TATA--------------TA-TCACAAATAAAT-
gi|21 : TAACATGATA-AAATATTAA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATAATTTGA-AATACGTG-CTAT---TGCTTCTGT-A-----TACAAG-TGATATGCC--ATTTATTGTTGTAT-----TGACA-Tc
gi|22 : ATAT----------A-T--A---------TTATATTAGACAGT---TAACTAGTTTGATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-GTT-AATGTATGTTTATGTGCTTGATGTATTTTTAAAT--ACATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAAAAcaaataaaacta
gi|23 : taaAGTATAAA-TCTGTGATAGCTGATATGTAT------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAA---TGCTTCTGT-ATT-GTTGTTTGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-Ta
gi|24 : aacc----------A-T--A---------TAATATCAAATAGT---TAACTAGTTTAATATTTCATTTAC-AATACATGATTGTGAATGCTTCTGTAATT-ATTTTATGTTCATGTGGTTGATGTATCTTT-TAT--TTATGACA-TATA----TA------TAAA-TCACAAATAAAT-AAA
gi|25 : TATATTAGATAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-AGT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAA--AAAT-AAAa
gi|27 : ACAAGATA-AAATATTAAATCTG-------TGATA------------------------------ACT-GATAAT-----A-TA---TAATATAATATT--A-ACTA-------------------GT------TTGTATGTTAATGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATGAAT-TAGTTAAAagttga
gi|28 : TAACAAGATA-AAATATTCA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATACTAGATAAT---CAACTAGTTTCATATGTTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATat
gi|29 : TAGATTATTTA------CATG-TTAT----GCTTCTGT-ACT-ATTGTATGTTAATGTGCTTTATGTATCTCTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AATTAAAA
gi|3 : ttTAACAAGATA-AAATATCAAATATGTGACAGCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAAATAGTTAACAACTAGTTTAATATATTACTTAA-AAAATATG-TTAA---TGTTTCTGT-AAT-AGGGTGTCTTAATGTGCTTGATGTATATTT-TAT--CTATGACA-TATA----TATATATGT-TA-TCACAAATAAA
gi|4 : gT----------A-T--A---------CTATATTAAATAGA---TAACTAGTTTAATATATTATATAA-A-TACATG-TTAA---TGCTTCTGT-AAT-ATTGTATGTTAAAGTGGTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAATCAAATCAAAaca
gi|5 : actgacatgaacataagttttgcaataagtttatataatTAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGGTAAT---CAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATATATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCACAAATAAAT-AAATAAAATA
gi|6 : TAACAAGATA-AAATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTTTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTAATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TTACAAATAAATCAAATCAAA
gi|7 : AACAAGATA-AGATATCAAATATGTGATAGCTGATGC----------A-T--A---------TTATATTAAATAGT---TAACCAGTTTATTATATTACT-GA-AATACATG-ATAA---TGCTTCTGT-AAT-ATTGTATCTTAATGTCGTTGATGTATCTTTGTAT--TTAAGAC---ATA----TG------C-TA-TCACAAATAAATCAAATCAAATA
gi|8 : TAACAAGATA-AAATATTGA-TCTGTGATAGCTGATAT----------A-T--G---------TCATTTTAGATAGT---TAACTAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TGCTTCTGT-A-T-ATTGTATGTTAAGGTGCTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCATCAATAAAT-AAATCAAAa
gi|9 : gTAACAAGATA-ACATATTAA-TCTGTGATATCTGATAT----------A-T--A---------TTATATTAGATAAT---CAACAAGTTTAATATATTATTTAA-AATACATG-TTAT---TACTTCTGT-ATT-ATTGTATGTTAATGTGTTTGATGTATCTTTGTAT--TTATGACA-TATA----TA------T-TA-TCAAAAAAAAAT-AAATTAAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TAACAAAAAAACACCGAATTACACTCGGTTATTAGGTGACCGGTAACAAGATACAAATATAAATTATTAATTAGCTAATAAATATTGATTATAACATATGCTTCTGTATTTATTTTATGTTAATGTGCCTTTTGGTTTTAATATGTAGACCATAAACATCTA
Unaligned ( gi|26 ): ACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTCTCCTAACTGATGAGTCCTAGGAACACTGTATGGGTTTTTTTTTTTAAATAGGACGAAACACACTTAACACCATATTTAAATTATCTTAATA
Unaligned ( gi|30 ): CATTATTTGGGTCATTACTGGTAATAATGGTAATAAGTTGAACAGATTTTTTTCACAAACTTCATACAAAATTTAAATTGTGACTTAAAAT