lowQualScore                  :                 11111                                                                   22222222222222222222                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         1111111111111111111111111111111                                                        11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                              
lowQualScore                  :        222      00000    1    4    1  1     55      1                         1  22     44444444444444444444     1          1    22     1  1              22    33          4444        1    1                3333         22      222   222          1             222222           11         22                            22222         11              777777777777777       1  1      111     7777777777777777777777777777777777777777   1                    111            222222              55555555555                   11111               11      22222    1111111            222    11               1       1       1                1        444444                               1                7777777777777777777777777777777        22   1                                 1        44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444    333           11                         1111                 11                111       
lowQualScore                  :        111 6    11111    5 6  0    5  7     55   6  7                 6       5  11     66666666666666666666 6   5 6   6    5    33 6   5  5      6       33    22       6  2222        5    5         6   6  6666  6      11      777   333          7 6     6 6   333333    6      22     6 6 11      6    6         3      55555     2   88  4   4   2 4 333333333333333       0  7      111     6666666666666666666666666666666666666666   2     9              000      6     888888           0  22222222222        6     6    11111               88  6   44444    9999999   7  9  7  111  0 44    7      4 7 3       7       5    7 7       1 2     6  222222       1        7              7 1              0000000000000000000000000000000        77   5 2 4                     6       5        00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000    666      3    22    55                   2222  888    33 1    33  555   5 777   000 0     
lowQualScore                  :        ... .    .....    . .  .    .  .     ..   .  .                 .       .  ..     .................... .   . .   .    .    .. .   .  .      .       ..    ..       .  ....        .    .         .   .  ....  .      ..      ...   ...          . .     . .   ......    .      ..     . . ..      .    .         .      .....     .   ..  .   .   . . ...............       .  .      ...     ........................................   .     .              ...      .     ......           .  ...........        .     .    .....               ..  .   .....    .......   .  .  .  ...  . ..    .      . . .       .       .    . .       . .     .  ......       .        .              . .              ...............................        ..   . . .                     .       .        .......................................................................    ...      .    ..    ..                   ....  ...    .. .    ..  ...   . ...   ... .     
lowQualScore                  :        000 0    00000    0 0  0    0  0     00   0  0                 0       0  00     00000000000000000000 0   0 0   0    0    00 0   0  0      0       00    00       0  0000        0    0         0   0  0000  0      00      000   000          0 0     0 0   000000    0      00     0 0 00      0    0         0      00000     5   00  0   0   5 0 555555555555555       5  0      000     3333333333333333333333333333333333333333   0     0              000      7     777777           7  77777777777        7     0    00000               33  0   00000    3333333   3  7  0  777  7 33    3      0 3 3       3       0    0 3       0 0     0  333333       0        7              0 0              0000000000000000000000000000000        55   0 5 0                     0       0        00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000    000      0    22    00                   3333  222    66 4    99  000   7 000   777 2     
consensus                     : NNTGAATTTCCCATAT---A-AGGACCTATTATTGACTTCATTATAATACAATATGTAATTCATGTTTTGATAATTTTGGAGTGCAAATAAGTTGTACACACAAGCCGTAATACTCCTGCAGGAAGGTACAAGAAGGGGGTTTGTTCATCTATAACCATACAACCAGCAGCAGATGCTGTTAAACAATCCTGATAATGTGTTAAATTACCTCAGTAACCCCCATAGATTTAGTCATTGATAAAAACTGGCCAGTAAATGACCAGCATGTTATCTTGACCTACATATCTGCAGAATTCAAATGTTTCATTCACGGAGAAGACANGCTTCGTGTTNATNGTGNTTCGTNTTGGAGNTATTTNTCNCTTTTGANGAATATGCTAGTTTTGA------T----ATTTTGAAAAAAA-T-ATAATAA-TTA--ATAGTAATGACATAATTTAGTGTTAANGAATATGTAGCAA-ACACATTCTAGAAAGAATGC----A----TTTTAATAATAGATGTTTCAAAATTGGAAGTTCATGGTG--AGTGTTTANTTTGAT-TGCCTTTTTATACAGCTGCTATGAATGTTTAAGAATTANTAT-AATACATGTTTATATTCTTCCATTCAATTTCTGACCATCAGA-----GTAGCTACATTATTATNAGAATATGCAACCTTTGACAAAAATATAACTTGATGATCGNAAAAATGTNACNTGATGATCGCAACATACTATGACCNCNGAACACCAGCAGGGGCCAACCTATTTTTCAAAGAAATGAATATTTAATGAAACATGTATAATTAAACGTTNACAAAGTGAAACATGCATCCTATATGATA-ATATAA--GTTCCCTAATGGTNCTAGNTCCTG--GCTTCTGTTTCACCAACATAT--TT---AAGTA-TATACTTAAA---TAC-T--NAAATA-ACGGAAA
Reference ( gi|1 )            : TCTGAATGTGCTATATTCCATAGGAACCAT-ATTGCCTACATTA--ATATAAAATGTAATTCATGTTTTGGTAATTTTTGAAGGCAAAAGCGTT-T------------TGATAATTCTGTAGGACGGTATTAAAAGCGGCTTTGTTTATCTATATTCATAATACCAGCAACATCCACTGTTAAAGAATCATGATAATGTATTAGATGAAATCGGTAACCTACATAGACCGAGTAAATGATAAAAACAGACCAGTGAGTGAATAACCTGTTGTCTTGATTTACATGTTTAGAGAATTTAAATATTTCATTTAAAGAGAA-AC-TGCTTTGTGTTCATAATGTTTCCTTT-----ATAT--AT-ATTTTTAACGATTATGCTTGTTTTGA------T----ATTTGGGGAAAAA-T-ATGAGAACGTG--ATAGTAATGGCATAATTTAGTGTTAAGGAATATGTAGCAATATATATTCTAGAAAGGATCC----A----TTTTAATACTAGATATTTCAAAAGTGGAAGTTCATGGTG--AGCGTTCGATATGAT-TATATGTTTATATAGATGCCGTGGATTTTTAAGAATTAATAT-AATACATATTTATATGCTTCAATTCAATTTTTGACCATTAGG-----GTAGCTATATTATTATAAGAATATGCAACCTATAACAAAAATATAACT---------CA-----GTCACCT--------CAACATAT--TGAACCCTGAACACCAGCAGGGGCCAACCCATTTTTCCAAGAAATGAATATTTAGTGCAACATGTATAA-TAAAGTTTTACAAAATGAAAAATATATTGTGTTTGTTAGATGTAATAGTTCATGAATGGTTCTAGCTCCTG--GCTTCTGTTTCACCAACATAT--TT---AAGTA-TATACTTTAA---TAC-T--AAAATA-ACAGAAA
gi|2                          :   TGAATTTCCCATAT---A-AGGACCTATTATTGACTTCATTATAATACAATATGTAATTCATGTTTTGATAATTTTGGAGTGCAAATAAGTTGTACACACAAGCCGTAATACTCCTGCAGGAAGGTACAAGAAGGGGGTTTGTTCATCTATAACCATACAACCAGCAGCAGATGCTGTTAAACAATCCTGATAATGTGTTAAATTACCTCAGTAACCCCCATAGATTTAGTCATTGATAAAAACTGGCCAGTAAATGACCAGCATGTTATCTTGACCTACATATCTGCAGAATTCAAATGTTTCATTCAAGGAGAA-AC-AGCTTTGTGTTCATTATGATTCCTAT-----TTAT--TT-TCTTTTGAAGAATATGCCAATTTTAATGAATGT----ATTTGGAAGAAAA-TGATAATAAGTTA--ATAGTAATAACATAATTTAGTGTTAAAGAATATGTAGCA----ACATTCTAGAAAGAATGCAGGGA----TTTTAATAATAGATGTTTCAAAAGTGGAAGTTCATGGTGTCTGTGTTTATCTTGAT-TGCCTTTTTATACAGCTGCTATGAATGTTTAAGAATTACTAT-AATACATGTTTATATTCTTGCATTCAATTTCTGACCATCAGA-----GCAGCTACATTATTATTAGAATATGCAACCTTTGACAAAAATATAACT---------AA-----GTTACAT--------CAACATATTATGACCCCAGAACACTAGTAGGGACCAACCTATTTTTCAAAAAAATGAATATTTAATGAAACATGTATAATTAAACGTTAACAAA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tgTACAGAGAAGACATGTTTCCTAT-AATAGTATTTTGTTTTGGAGATATTTATCATTTTTAATGAATAAATTAG----GA------A----AATTTACAAAAAA-T-TTGAT----TA--ATTATAATGATATAATTAAATGTTAATGAATAT--AGAAAGACATATTCTGAAAAAGATAC----A----TAAAAATACTTAATGTTTT----TTGAAAGTTTATGGTA--AGTGTTTAATTTTATATACATCTTT-TAAAAATA--ATTGA-TATCAATTATGAACATCAATACAT-TTTATATTCTTCAA---AATGATT-ATCATCAGC-----GTAGCAATAATATTATCAGAAAATGCAACCTTTAACAAAAATAT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aattcgaatcttttattcaagggttctgtatacTGCTTGTTTTGA------TGAGTATTTTGAAAGAAAGT-ATAAGAATTTACCATA--AATGTCATTATTTAGTGTT--GCATTATGTAGCAATAT----TCTAGAAAGAAGGC----AGGGTTTTTAATAATAGATGTTTCAAAATTGGAAGTTCATGGTG--AGTGTTTACTATGAT-TGTCTTTTTATACAGCTGCTATGAATGTTTA-GAATTAGT-T-AATACATGTTTATATTCTTCCATTCAATTTCTAACTATCAGATCAGAGTAGCTACATTATTATAAGAATATGCATCCTTTGACAAAAATGTAACTTGATGATCGCAAAAATGTAACTTGATGATCGCAATATAC--TGACCACTGAACACCAACAGGGGCCAATCTATTTTTCAAAGAAATG---------------------AA-TA----TTTA----GTGAAACATGCATCCTATATGATA-ATATAA--GTTCCCTAATGGTTTTAGCTACTGTCACTTATGTTTCACTAACATAT--TT---AAGTATTATACTTAAA---T---T--AGAAAA-
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TGGTGCTGGGACCCG--GCTTCGGTTTCACAAACATAT--TT---AAGTA-TAT--TCTA-----AC-T--TAAATT-AAAGAAaaaactacatttttaatccagatttaagactgcctgaagaaaatctgcatttcggttcattgacatttatgaaacagtagttatataacca
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              taatgTAGGTCCTG--GTTTCCGCTTCACCAACATAG--TT---AAGTA-TATAC
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tTAGC-CCTG--GCTTCTGTTTCACCAACATAA--TA---TAGCA-TACACT-----------T--AAAATACATAGA
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    taaatgTG--GCTTCTATTTTGCCAACATAT--TT---AAGTA-TAT
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TG--GCTTCTGTTTCACCAACAT-T--TT-------------CTTTAGATTTAC-T--AAAATA-
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           G--GCTTCTGTTTCACCAATATTTTCTT---AAG-A-TTTATTTAAA---TAC-T--TAAA-A-ACGTAAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gattaaagaaaatttaagaaaccggtcaatactcaG--GCTCCTGTTTCACCAACTTTT--TT---AAGTT-TA-ACATAAA---TAC-T--TAAA-A-AC
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tgaaagtaatcagtccaaattaagttaaG--GCTTCTGTTTAACCAACAT-T--TTCTCAAGT--TTTACTGAAA---TAC-T--
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            --GCTTCTGTTTTACCAACATTTTCTT---AAGTA-T-TATTTAAA---TAC-T--TAA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            --GTTTCTGTATCACCAATATTTTCTT---AAGTT-TTTACTTAAA---TACAT--AAAt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CTACTGTTTCACCAACATAT--TC---AAATA-TATACTTAAA---TTC-TTAAAAATt
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ataatccatattttaattaCTCTTGTTTCACCAACATAT--CT----AGTA-TATACTTAAA---TAC-ctaaatataagtgatcgtgactgaattggctctaggaaaatacattttcgtttcactgtcatttatgaaagatataaagtaaccatttaaacgttaagtgtttgagtatttaagtaaaactgctgatgaatcagagcc
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CTTCTGTTTCACCAATAT-T--TTCTGAAGT--TTTACTTAAA---TAC-T--
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aaTCTGTTTCACCAACATAT--TT---AAGTA-TATACTGAAA---TACAT--AAAA
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TCTGTTTTACCAACAT-T--TT---AAGTA-TATACTGAAA---TAT-T--TAAAacttaaatcaaagaag
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTTTCACCAACATAT--TC---AAGTA-TATACT
14 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TTTCACGAACATATTTTAGTGTATACTCAAATATTTAAACACTTCAAATCAAACCGTCAAAAGAATCCATTTTTGCATGCGTTTAGACTTGCTCTAGAAAAGCTGCATTTGGCTGCATTTACCTTTCTGAAAGAATACCAAGGTATCCAGTCAACATTAAATCAAGATTTTTTTTAAAGTATATTTAAAAGTAAATCTTACGAACAAGTTGGTGAAACAGGAG
Unaligned ( gi|7 ): ATGAGTTATGACTGGTTCAAGAAGAACTGCATTTGGTTACATTGACATTGGTTAAAGAATGTTAAAGTAACCAATCAAAACTATATAAAGTTTTTATATACTTTTTTGTTAATCTTAGGTAGAAAATACTGGTGAAACAGAG
Unaligned ( gi|13 ): TTTGGTGTCATTGACATTGATTAAACAATATTAACATAACCAATCAAATTAAAGTTTTT
Unaligned ( gi|14 ): AATTTTTTAAGTATTTAAATAAAAAAAATCAGAAAATATTGGTGAAACAGTAGCC
Unaligned ( gi|15 ): GTTTTAAGTATTTAAGAAAAATTTAAGAAAATGATGGTGAAACAGAAGCG
Unaligned ( gi|16 ): TTTTAAGTATTTCAGTAAAACTTAAGACAGTGTTGATGAAACAAGAGCC
Unaligned ( gi|17 ): CTTTTAAATATTCAAGTAAAACTCAAGAAAATGTTTGTGAAAAAGAAGC
Unaligned ( gi|19 ): TTTATGTATTTAAGTAAAACTTAAGAAAAAATTTGTGATACAGAAGCCA
Unaligned ( gi|20 ): TTTAAGTATCTAAGTTAAACATGAGAAAGTATTGGCGGAACAGAAGCCA
Unaligned ( gi|21 ): TTTTAAGAATTTAAGTAAAAATTAAGAAAATACTGGTGAAATGGAAGCC
Unaligned ( gi|22 ): TTTAAATATTTAAGTAAAACTAAGAAAATATTTGTTAAACAGAAGCCA
Unaligned ( gi|24 ): TTTTTAAGTATTTGAGTAAAACTTAAGAAAATGTAGATACAGAAGC
Unaligned ( gi|27 ): TTTTTAAGTATTTAAGTAAAACTAAAGAAAGTAGTGAAACAGAC
Unaligned ( gi|32 ): TTAAGTAAAACTAAAGAAAATATTGGTGAGACAGAAGC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                1111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                    
lowQualScore                  :                 44444         1             11                                                55555555555555                                                                                                                                                                                                           999999999999999999     22222                         4444444444444444                        44444444444             1111      22222222                                       3333                  333333333           111                            11               1         111                                 1                            11             222222                                                4444444444444444444444444444444       222                                                                   333333333  1                             2     22                                               1111                                      22222        
lowQualScore                  :        3 2      66666    2    5    3  4     88      4                         2   3     555   11111111111111     2          3     4     2  2              4     66          55          2    2                3 55          2        3   2 4          4             2    3                       2           3         555555555555555555     55555    0    88  11  1   6 1 9999999999999999    0 1         4 3     77777777777    3 0      4444 7 3  44444444   6     1              3 1      2     9999 2              0 333333333 3         777        3   3               33        1 4    0   2 0   777      0          8    9    55555 0       6            2 3     33  6 0        555555                1                               3333333333333333333333333333333       333     1 1                                    7         4    7       111111111  4           2       2   4  4  0     77     333      1    77    33                  1 1111 44 888    55 2 3333  22  1       1   55555    2   
lowQualScore                  :        . .      .....    .    .    .  .     ..      .                         .   .     ...   ..............     .          .     .     .  .              .     ..          ..          .    .                . ..          .        .   . .          .             .    .                       .           .         ..................     .....    .    ..  ..  .   . . ................    . .         . .     ...........    . .      .... . .  ........   .     .              . .      .     .... .              . ......... .         ...        .   .               ..        . .    .   . .   ...      .          .    .    ..... .       .            . .     ..  . .        ......                .                               ...............................       ...     . .                                    .         .    .       .........  .           .       .   .  .  .     ..     ...      .    ..    ..                  . .... .. ...    .. . ....  ..  .       .   .....    .   
lowQualScore                  :        0 5      00000    5    5    0  0     55      0                         5   0     555   00000000000000     5          0     0     5  5              0     55          55          5    5                0 00          5        0   5 0          0             5    0                       5           7         777777777777777777     77777    7    33  77  0   7 0 3333333333333333    7 0         0 2     55555555555    0 8      2222 0 0  22222222   5     2              2 0      5     0000 0              2 555555555 2         555        2   0               88        0 0    0   5 8   555      2          8    8    00000 0       5            5 2     88  5 2        888888                0                               3333333333333333333333333333333       333     0 0                                    3         0    3       000000000  0           5       5   0  0  0     55     555      0    00    44                  7 5555 66 888    77 7 5555  44  8       0   11111    5   
consensus                     : NNTGAATNTNCCATATTCCATAGGANCCATTATTGNCTNCATTATAATACAANATGTAATTCATGTTTTGGTAATTTTNGAGNGCAAANGNGTTGTACACACAAGCCGTGATANTCCTGCAGGANGGTACNAGAAGNGGNTTTGTTCATCTATANCCATANNACCAGCAGCANNCGCTGTTAAANAATCNTGATAATGTGTTAGATNANNTCGGTAACCCNCATAGACCGAGTNANTGATAAAAACNGGCCAGTGAGTGANCAGCNTGTTGTCTTGACCTACATGTCTGNAGAATTCGAATNTTTCATTCA----------------AAGAGAA-ACATGCTTCGTGTTCATAATGTTTCCTTTT----ATATTTAT--CTTTTAACGAATATGCTNGTTTTGA------T----ATTTNGAAAAAAA-T-ATAANAA-T-T-A--ATAGTAATGACATAATTTAGTGTTAAGGAATATGTAGCAA-ACATATTCTAGAAAGGATGC----A----TTTTAATAATA---GATGTTTCAAAANTGGAAGTTCATGGTG--AGTGTTTANTNTGAT-TGCNTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTTAAGAATTANTAT-AATACATGTTTATATTCTTCNATTCAAT--TTCTGACCATCAGA-----GTAGCTACATTATTATNAGAATATGCAACCTTTGACAAAAATATAACTCG--------AA----GTNACNT--------CAACATATT-TGACCCCTGAACACCAGCAGGGGCCAACCTATTTTTCAAAGAAATGAATATTTAGTGAAACATGTATAA-TAAA--TT-ACAAAGTGAAANATGCATCGTGTNTGNTAGATGTAATAGTTCNCGAATGGTTCTAGCTCCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TAT--T--T---AAGTA-TAT----AC--TT-AAATACTTAAA----TAACGNAAA
Reference ( family-1032 )     : NNTGAATTTCCCATAT---A-AGGACCTATTATTGACTTCATTATAATACAATATGTAATTCATGTTTTGATAATTTTGGAGTGCAAATAAGTTGTACACACAAGCCGTAATACTCCTGCAGGAAGGTACAAGAAGGGGGTTTGTTCATCTATAACCATACAACCAGCAGCAGATGCTGTTAAACAATCCTGATAATGTGTTAAATTACCTCAGTAACCCCCATAGATTTAGTCATTGATAAAAACTGGCCAGTAAATGACCAGCATGTTATCTTGACCTACATATCTGCAGAATTCAAATGTTTCATTCA----------------CGGAGAAGACANGCTTCGTGTTNATNGTGNTTCGTNTTGGAGNTATTTNTCNCTTTTGANGAATATGCTAGTTTTGA------T----ATTTTGAAAAAAA-T-ATAATAA-T-T-A--ATAGTAATGACATAATTTAGTGTTAANGAATATGTAGCAA-ACACATTCTAGAAAGAATGC----A----TTTTAATAATA---GATGTTTCAAAATTGGAAGTTCATGGTG--AGTGTTTANTTTGAT-TGCCTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTTAAGAATTANTAT-AATACATGTTTATATTCTTCCATTCAAT--TTCTGACCATCAGA-----GTAGCTACATTATTATNAGAATATGCAACCTTTGACAAAAATATAACTTGATGATCGNAAAAATGTNACNTGATGATCGCAACATACTATGACCNCNGAACACCAGCAGGGGCCAACCTATTTTTCAAAGAAATGAATATTTAATGAAACATGTATAATTAAACGTTNACAAAGTGAAACATGCATCCTATATGATA-ATATA--AGTTCCCTAATGGTNCTAGNTCCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TAT--T--T---AAGTA-TAT----AC--TT-AAATACTNAAA----TAACGGAAA
gi|1                          :   TGAATGTGCTATATTCCATAGGAACCAT-ATTGCCTACATTA--ATATAAAATGTAATTCATGTTTTGGTAATTTTTGAAGGCAAAAGCGTT-T------------TGATAATTCTGTAGGACGGTATTAAAAGCGGCTTTGTTTATCTATATTCATAATACCAGCAACATCCACTGTTAAAGAATCATGATAATGTATTAGATGAAATCGGTAACCTACATAGACCGAGTAAATGATAAAAACAGACCAGTGAGTGAATAACCTGTTGTCTTGATTTACATGTTTAGAGAATTTAAATATTTCATTTA----------------AAGAGAA-AC-TGCTTTGTGTTCATAATGTTTCCTTT-----ATATATAT---TTTTAACGATTATGCTTGTTTTGA------T----ATTTGGGGAAAAA-T-ATGAGAA-CGT-G--ATAGTAATGGCATAATTTAGTGTTAAGGAATATGTAGCAATATATATTCTAGAAAGGATCC----A----TTTTAATACTA---GATATTTCAAAAGTGGAAGTTCATGGTG--AGCGTTCGATATGAT-TATATGTTT---ATATAGATGCCGTGGATTTTTAAGAATTAATAT-AATACATATTTATATGCTTCAATTCAAT--TTTTGACCATTAGG-----GTAGCTATATTATTATAAGAATATGCAACCTATAACAAAAATATAACTCA--------------GTCACCT--------CAACATAT--TGAACCCTGAACACCAGCAGGGGCCAACCCATTTTTCCAAGAAATGAATATTTAGTGCAACATGTATAA-TAAAGTTTTACAAAATGAAAAATATATTGTGTTTGTTAGATGTAATAGTTCATGAATGGTTCTAGCTCCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TAT--T--T---AAGTA-TAT----AC--TT-TAATACTAAAA----TAACAGAAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tcTGGTGCTGGGACCCG--GCTTCGGTTTCACAAACA-TAT--T--T---AAGTA-TATTCTAAC--TT-AAAT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        taatgTAGC-CCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TAA--T--A---TAGCA-TAC----AC--TTAAAATACtaaagaa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     taaatgTCTGTTTCACCAACA-TAT--T--T---AAGTA-TAT----AC--TG-AAATACATAAA-----AACataga
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      --GCTTCTGTTTCACCATCA-TTTTCT--T---AAAT--TTT----TC--TT-AAATACTTAAA----ttaaatcaaagaag
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gtG--GCTCTTGTTTCATCAACACTGTC-T--T---AAGT--TTT----AC--TG-AAATACTTAAA----g
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     t--GTTTCTGTATCACCAATA-TTT--TCTT---AAGTT-TTT----AC--TT-AAATACATAAA----
gi|2                          :   TGAATTTCCCATAT---A-AGGACCTATTATTGACTTCATTATAATACAATATGTAATTCATGTTTTGATAATTTTGGAGTGCAAATAAGTTGTACACACAAGCCGTAATACTCCTGCAGGAAGGTACAAGAAGGGGGTTTGTTCATCTATAACCATACAACCAGCAGCAGATGCTGTTAAACAATCCTGATAATGTGTTAAATTACCTCAGTAACCCCCATAGATTTAGTCATTGATAAAAACTGGCCAGTAAATGACCAGCATGTTATCTTGACCTACATATCTGCAGAATTCAAATGTTTCATTCA----------------AGGAGAA-ACA-GCTTTGTGTTCATTATGATTCCTATT-----TATTT---TCTTTTGAAGAATATGCCAATTTTAATGAATGT----ATTTGGAAGAAAA-TGATAATAAGT-T-A--ATAGTAATAACATAATTTAGTGTTAAAGAATATGTAGCA----ACATTCTAGAAAGAATGCAGGGA----TTTTAATAATA---GATGTTTCAAAAGTGGAAGTTCATGGTGTCTGTGTTTATCTTGAT-TGCCTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTTAAGAATTACTAT-AATACATGTTTATATTCTTGCATTCAAT--TTCTGACCATCAGA-----GCAGCTACATTATTATTAGAATATGCAACCTTTGACAAAAATATAACT----------AA----GTTACAT--------CAACATATTATGACCCCAGAACACTAGTAGGGACCAACCTATTTTTCAAAAAAATGAATATTTAATGAAACATGTATAATTAAACGTTAACAAAt
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tgTG--GCTTCTGTTCCGCCAATA-C-T--T--TCTCATGTT-TA-----AC--TT-AGATACTTAAA----
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      --GCTTCTGTTTTACCAACA-TTTTCT--T---AAGTA-T-T----AT--TT-AAATACTTAA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     G--GCTTCTGTTTAACCAACA-T-T--T--TCTCAAGT--TTT----AC--TG-AAATACTt
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CTTCTGTTTCACCAATA-T-T--T--TCTGAAGT--TTT----AC--TT-AAATACT
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aaTAGGTCCTG--GTTTCCGCTTCACCAACA-TAG--T--T---AAGTA-TAT----AC--
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TTTTCT--T---TAG-A-TTT----AC--TA-AAATA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGCTTGTTTTGA------TGAGTATTTTGAAAGAAAGT-ATAAGAA-T-TTACCATA--AATGTCATTATTTAGTGTT--GCATTATGTAGCAA----TATTCTAGAAAGAAGGC----AGGGTTTTTAATAATA---GATGTTTCAAAATTGGAAGTTCATGGTG--AGTGTTTACTATGAT-TGTCTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTTA-GAATTAGT-T-AATACATGTTTATATTCTTCCATTCAAT--TTCTAACTATCAGATCAGAGTAGCTACATTATTATAAGAATATGCATCCTTTGACAAAAATGTAACTTGATGATCGCAAAAATGTAACTTGATGATCGCAATATACT--GACCACTGAACACCAACAGGGGCCAATCTATTTTTCAAAGAAA-----------TGAA-----TAT---------TT-----AGTGAAACATGCATCCTATATGATA-ATATA--AGTTCCCTAATGGTTTTAGCTACTGTCACTTATGTTTCACTAACA-TAT--T--T---AAGTATTAT----AC--TT-AAAT
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TCTGTTTTACCAACA-T-T--T--T---AAGTA-TAT----AC--TG-AAATATTTAAA----tagaaaaaaaaactacatttttaatccagatttaagactgcctgaagaaaatctgcatttcggttcattgacatttatgaaacagtagttatataacca
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CTCTTGTTTCACCAACA-TAT--C--T----AGTA-TAT----AC--TT-AAATAC
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TG--GCTTCTATTTTGCCAACA-TAT--T--T---AAGTA-TAT----
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GTTTCACCAACA-TAT--T--C---AAGTA-TAT----AC--TG-AAAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AATTCGAATCTTTTATTCAAGGGTTCTGTATACTACAGAGAAGACATGTTTCCTAT-AATAGTATTTTGTTTTGGAGATATTTATCATTTTTAATGAATAAATTAG----GA------A----AATTTACAAAAAA-T--T--TGA-T-T-A--ATTATAATGATATAATTAAATGTTAATGAATAT--AGAAAGACATATTCTGAAAAAGATAC----A----T---AAAAATACTTAATGTTTT----TTGAAAGTTTATGGTA--AGTGTTTAATTTTATATACATCTTTTAAAAATAATTGATATCAAT---TATGAAC----ATCAATACAT-TTTATATTCTTCAA---AATGATT---ATCATCAGC-----GTAGCAATAATATTATCAGAAAATGCAACCTTTAACAAAAATAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TTTCACGAACA-TAT--T--T---TAGTG-TAT----AC--TC-AAATATTTAAA----CA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CTCCTGTTTCACCAACT-TGT--TCGT---AAG-A-TTT----ACTTTT-AAATActtcaaatcaaaccgtcaaaagaatccatttttgcatgcgtttagacttgctctagaaaagctgcatttggctgcatttacctttctgaaagaataccaaggtatccagtcaacattaaatcaagattttttttaaagtatatttaaaagtaaatcttacgaacaagttggtgaaacaggag
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tttcacgaacatattttagtgtatactcaaatatttaaacacttcaaatcaaaccgtcaaaagaatccatttttgcatgcgtttagacttgctctagaaaagctgcatttggctgcatttacctttctgaaagaataccaaggtatccagtcaacattaaatcaagattttttttaaagtaCTACTGTTTCACCAACA-TAT--T--C---AAATA-TAT----AC--TT-AAATTCTTAAA----
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ataatccatattttaattaG--GCT-CTGATTCATCAGCA--GT--T--T-----------T----AC--TT-AAATACTCAAACACTTAACGaatctaaatataagtgatcgtgactgaattggctctaggaaaatacattttcgtttcactgtcatttatgaaagatataaagtaaccatttaaacgttaagtgtttgagtatttaagtaaaactgctgatgaatcagagcc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ataatccatattttaattactactgtttcaccaacatattcaaatatatacttaaattcttaaaaatctaaatataagtgatcgtgactgaattggctctaggaaaatacattttcgtttcactgtcatttatgaaagatataaagtaaccatttaaaG--GCTTCTGTTTCACCAATA-TTTTCT--T---AAG-A-TTT----AT--TT-AAATACTTAAA-----AACGTAAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gattaaagaaaatttaagaaaccggtcaatactcaG--GCTCCTGTTTCACCAACT-TTT--T--T---AAGTT-TA-----AC--AT-AAATACTTAAA-----AAC
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): ATGAGTTATGACTGGTTCAAGAAGAACTGCATTTGGTTACATTGACATTGGTTAAAGAATGTTAAAGTAACCAATCAAAACTATATAAAGTTTTTATATACTTTTTTGTTAATCTTAGGTAGAAAATACTGGTGAAACAGAG
Unaligned ( gi|13 ): TTTGGTGTCATTGACATTGATTAAACAATATTAACATAACCAATCAAATTAAAGTTTTT
Unaligned ( gi|14 ): AATTTTTTAAGTATTTAAATAAAAAAAATCAGAAAATATTGGTGAAACAGTAGCC
Unaligned ( gi|17 ): CTTTTAAATATTCAAGTAAAACTCAAGAAAATGTTTGTGAAAAAGAAGC
Unaligned ( gi|19 ): TTTATGTATTTAAGTAAAACTTAAGAAAAAATTTGTGATACAGAAGCCA
Unaligned ( gi|21 ): TTTTAAGAATTTAAGTAAAAATTAAGAAAATACTGGTGAAATGGAAGCC
Unaligned ( gi|22 ): TTTAAATATTTAAGTAAAACTAAGAAAATATTTGTTAAACAGAAGCCA
Unaligned ( gi|24 ): TTTTTAAGTATTTGAGTAAAACTTAAGAAAATGTAGATACAGAAGC
Unaligned ( gi|27 ): TTTTTAAGTATTTAAGTAAAACTAAAGAAAGTAGTGAAACAGAC
Unaligned ( gi|32 ): TTAAGTAAAACTAAAGAAAATATTGGTGAGACAGAAGC






Alignments
lowQualScore                  :                 22222         1             11                                                55555555555555                                                                                                                                                                                                            8888888888888888      1  11                         444444       222                        44444444444             111    22222222222                                       3333                  333333333           111                            11               1         111                                 1                            11        22222                                                      9999999999999999999999999999999       333                                                                     88888888888888888888888                 1     11                                               1111                                    22222        
lowQualScore                  :        1 1      77777    1    5    1  1     88      1                         1   1     1 1   11111111111111     1          1     1     1  1              1     22          22          1    1                1 22          1        2   1 1          1             1    1                       1       0   1          8888888888888888      3  44    0    7               333333     7 555      3         1 3     77777777777    1 0      111    99999999999   6     1              3 0      2     9999                0 333333333 3         777        3   1               33        1 1    0   1 0   777      0          8   3     55555 0       6            1 3     33  6 0   55555     0                1                               7777777777777777777777777777777       333                                                             7       99999999999999999999999       2   1  1  5     88     1 2            6    33                  1 1111 44 888    66 3 3333    1           33333   44   
lowQualScore                  :        . .      .....    .    .    .  .     ..      .                         .   .     . .   ..............     .          .     .     .  .              .     ..          ..          .    .                . ..          .        .   . .          .             .    .                       .       .   .          ................      .  ..    .    .               ......     . ...      .         . .     ...........    . .      ...    ...........   .     .              . .      .     ....                . ......... .         ...        .   .               ..        . .    .   . .   ...      .          .   .     ..... .       .            . .     ..  . .   .....     .                .                               ...............................       ...                                                             .       .......................       .   .  .  .     ..     . .            .    ..                  . .... .. ...    .. . ....    .           .....   ..   
lowQualScore                  :        0 0      00000    0    5    0  0     55      0                         0   0     0 0   00000000000000     0          0     0     0  0              0     00          00          0    0                0 00          0        5   0 0          0             0    0                       0       7   0          3333333333333333      3  77    7    3               000000     3 000      7         0 2     55555555555    0 8      000    00000000000   5     2              2 2      5     0000                2 555555555 2         555        2   0               88        0 0    0   0 8   555      2          8   2     00000 0       5            0 2     88  5 2   00000     8                0                               0000000000000000000000000000000       000                                                             3       77777777777777777777777       5   0  0  0     55     0 5            0    22                  7 9999 66 888    88 7 5555    8           22222   22   
consensus                     : NNTGAATNTNCCATATTCCATAGGANCCATTATTGNCTNCATTATAATACAANATGTAATTCATGTTTTGGTAATTTTNGAGNGCAAANGNGTTGTACACACAAGCCGTGATANTCCTGCAGGANGGTACNAGAAGNGGNTTTGTTCATCTATANCCATANNACCAGCAGCANNCGCTGTTAAANAATCNTGATAATGTGTTAGATNANNTCGGTAACCCNCATAGACCGAGTNANTGATAAAAACNGGCCAGTGAGTGANCAGCNTGTTGTCTTGACCTACATGTCTGNAGAATTCGAATNTTTCATTCAA----------------AGAGAA-ACATGCTTCGTGTTCATAATGTTTCCTTTT----ATATTTATC--TTTTAACGAATATGCTNGTTTTGA------T----ATTTNGAAAAAAA-T-ATGAGAA-T-T-A--ATAGTAATGACATAATTTAGTGTTAAGGAATATGTAGCAA-ACATATTCTAGAAAGGATGC----A----TTTTAATAATA---GATGTTTCAAAANTGGAAGTTCATGGTG--AGTGTTTANTNTGAT-TGCNTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTTAAGAATTANTAT-AATACATGTTTATATTCTTCNATTCAAT--TTCTGACC-----ATCAGAGTAGCTACATTATTATNAGAATATGCAACCTTTGACAAAAATATAACTC-A--A----------GTNACNT--------CAACATA-T-TGACCCCTGAACACCAGCAGGGGCCAACCTATTTTTCAAAGAAATGAATATTTAGTGAAACATGTATAA-TAAA---TT-ACAAAATGAAAAATGCATCGTGTNTGNTAGATGTAATAGTTCNCGAATGGTTCTAGCTCCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TAT--T--T---AAGTA-TAT----ACTT-AAATACTTAAA-----AACGTAAA
Reference ( family-1032 )     : NNTGAATNTNCCATATTCCATAGGANCCATTATTGNCTNCATTATAATACAANATGTAATTCATGTTTTGGTAATTTTNGAGNGCAAANGNGTTGTACACACAAGCCGTGATANTCCTGCAGGANGGTACNAGAAGNGGNTTTGTTCATCTATANCCATANNACCAGCAGCANNCGCTGTTAAANAATCNTGATAATGTGTTAGATNANNTCGGTAACCCNCATAGACCGAGTNANTGATAAAAACNGGCCAGTGAGTGANCAGCNTGTTGTCTTGACCTACATGTCTGNAGAATTCGAATNTTTCATTCAA----------------AGAGAA-ACATGCTTCGTGTTCATAATGTTTCCTTTT----ATATTTATC--TTTTAACGAATATGCTNGTTTTGA------T----ATTTNGAAAAAAA-T-ATAANAA-T-T-A--ATAGTAATGACATAATTTAGTGTTAAGGAATATGTAGCAA-ACATATTCTAGAAAGGATGC----A----TTTTAATAATA---GATGTTTCAAAANTGGAAGTTCATGGTG--AGTGTTTANTNTGAT-TGCNTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTTAAGAATTANTAT-AATACATGTTTATATTCTTCNATTCAAT--TTCTGACC-----ATCAGAGTAGCTACATTATTATNAGAATATGCAACCTTTGACAAAAATATAACTCGA--A----------GTNACNT--------CAACATATT-TGACCCCTGAACACCAGCAGGGGCCAACCTATTTTTCAAAGAAATGAATATTTAGTGAAACATGTATAA-TAAA---TT-ACAAAGTGAAANATGCATCGTGTNTGNTAGATGTAATAGTTCNCGAATGGTTCTAGCTCCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TAT--T--T---AAGTA-TAT----ACTT-AAATACTTAAA----TAACGNAAA
gi|1                          :   TGAATGTGCTATATTCCATAGGAACCAT-ATTGCCTACATTA--ATATAAAATGTAATTCATGTTTTGGTAATTTTTGAAGGCAAAAGCGTT-T------------TGATAATTCTGTAGGACGGTATTAAAAGCGGCTTTGTTTATCTATATTCATAATACCAGCAACATCCACTGTTAAAGAATCATGATAATGTATTAGATGAAATCGGTAACCTACATAGACCGAGTAAATGATAAAAACAGACCAGTGAGTGAATAACCTGTTGTCTTGATTTACATGTTTAGAGAATTTAAATATTTCATTTAA----------------AGAGAA-AC-TGCTTTGTGTTCATAATGTTTCCTTT-----ATATATAT---TTTTAACGATTATGCTTGTTTTGA------T----ATTTGGGGAAAAA-T-ATGAGAA-CGT-G--ATAGTAATGGCATAATTTAGTGTTAAGGAATATGTAGCAATATATATTCTAGAAAGGATCC----A----TTTTAATACTA---GATATTTCAAAAGTGGAAGTTCATGGTG--AGCGTTCGATATGAT-TATATGTTT---ATATAGATGCCGTGGATTTTTAAGAATTAATAT-AATACATATTTATATGCTTCAATTCAAT--TTTTGACC-----ATTAGGGTAGCTATATTATTATAAGAATATGCAACCTATAACAAAAATATAACTC----A----------GTCACCT--------CAACATA-T-TGAACCCTGAACACCAGCAGGGGCCAACCCATTTTTCCAAGAAATGAATATTTAGTGCAACATGTATAA-TAAAGTTTT-ACAAAATGAAAAATATATTGTGTTTGTTAGATGTAATAGTTCATGAATGGTTCTAGCTCCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TAT--T--T---AAGTA-TAT----ACTT-TAATACTAAAA----TAACAGAAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tcTGGTGCTGGGACCCG--GCTTCGGTTTCACAAACA-TAT--T--T---AAGTA-TATTCTAACTT-AAA---TTAAA----GAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         taatgTAGC-CCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TAA--T--A---TAGCA-TAC----ACTTAAAATACATAGA----
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      taaatgTCTGTTTCACCAACA-TAT--T--T---AAGTA-TAT----ACTG-AAATACATAAA-----AACTTAAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --GCTTCTGTTTCACCATCA-TTTTCT--T---AAAT--TTT----TCTT-AAATACTTAAA----tcaaagaag
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gtG--GCTCTTGTTTCATCAACACTGTC-T--T---AAGT--TTT----ACTG-AAATACTTAAA----g
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      t--GTTTCTGTATCACCAATA-TTT--TCTT---AAGTT-TTT----ACTT-AAATACATAAA----
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TG--GCTTCTGTATCACAAATT-TTT--TCTT---AAGTT-T-T----ACTT-AAATACATAAA----t
gi|2                          :   TGAATTTCCCATAT---A-AGGACCTATTATTGACTTCATTATAATACAATATGTAATTCATGTTTTGATAATTTTGGAGTGCAAATAAGTTGTACACACAAGCCGTAATACTCCTGCAGGAAGGTACAAGAAGGGGGTTTGTTCATCTATAACCATACAACCAGCAGCAGATGCTGTTAAACAATCCTGATAATGTGTTAAATTACCTCAGTAACCCCCATAGATTTAGTCATTGATAAAAACTGGCCAGTAAATGACCAGCATGTTATCTTGACCTACATATCTGCAGAATTCAAATGTTTCATTCAA----------------GGAGAA-ACA-GCTTTGTGTTCATTATGATTCCTATT-----TATTT-TC--TTTTGAAGAATATGCCAATTTTAATGAATGT----ATTTGGAAGAAAA-TGATAATAAGT-T-A--ATAGTAATAACATAATTTAGTGTTAAAGAATATGTAGCA----ACATTCTAGAAAGAATGCAGGGA----TTTTAATAATA---GATGTTTCAAAAGTGGAAGTTCATGGTGTCTGTGTTTATCTTGAT-TGCCTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTTAAGAATTACTAT-AATACATGTTTATATTCTTGCATTCAAT--TTCTGACC-----ATCAGAGCAGCTACATTATTATTAGAATATGCAACCTTTGACAAAAATATAACT--A--A----------GTTACAT--------CAACATATTATGACCCCAGAACACTAGTAGGGACCAACCTATTTTTCAAAAAAATGAATATTTAATGAAACATGTATAATTAAACG-TTAACAAA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tgTG--GCTTCTGTTCCGCCAATA-C-T--T--TCTCATGTT-TA-----ACTT-AGATACTTAAA----
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --GCTTCTGTTTTACCAACA-TTTTCT--T---AAGTA-T-T----ATTT-AAATACTTAA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      G--GCTTCTGTTTAACCAACA-T-T--T--TCTCAAGT--TTT----ACTG-AAATACTt
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTTCTGTTTCACCAATA-T-T--T--TCTGAAGT--TTT----ACTT-AAATACTT
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aTAGGTCCTG--GTTTCCGCTTCACCAACA-TAG--T--T---AAGTA-TAT----AC
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TTTTCT--T---TAG-A-TTT----ACTA-AAATA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGCTTGTTTTGA------TGAGTATTTTGAAAGAAAGT-ATAAGAA-T-TTACCATA--AATGTCATTATTTAGTGTT--GCATTATGTAGCAA----TATTCTAGAAAGAAGGC----AGGGTTTTTAATAATA---GATGTTTCAAAATTGGAAGTTCATGGTG--AGTGTTTACTATGAT-TGTCTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTT-AGAATTAGT-T-AATACATGTTTATATTCTTCCATTCAAT--TTCTAACTATCAGATCAGAGTAGCTACATTATTATAAGAATATGCATCCTTTGACAAAAATGTAACTTGATGATCGCAAAAATGTAACTTGATGATCGCAATATA-C-TGACCACTGAACACCAACAGGGGCCAATCTATTTTTCAAAGAAATGAATATTTAGTGAAAC-------------------------------ATGCATCCTATATGATA-ATATA--AGTTCCCTAATGGTTTTAGCTACTGTCACTTATGTTTCACTAACA-TAT--T--T---AAGTATTAT----ACTT-AAAT
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TCTGTTTTACCAACA-T-T--T--T---AAGTA-TAT----ACTG-AAATATTTAAA----tagaaaaaaaaactacatttttaatccagatttaagactgcctgaagaaaatctgcatttcggttcattgacatttatgaaacagtagttatataacca
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTCTTGTTTCACCAACA-TAT--C--T----AGTA-TAT----ACTT-AAATAC
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TG--GCTTCTATTTTGCCAACA-TAT--T--T---AAGTA-TAT----
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GTTTCACCAACA-TAT--T--C---AAGTA-TAT----ACTG-AAAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AATTCGAATCTTTTATTCAAGGGTTCTGTATACTACAGAGAAGACATGTTTCCTAT-AATAGTATTTTGTTTTGGAGATATTTATCATTTTTAATGAATAAATTAG----GA------A----AATTTACAAAAAA-T-TTGA----T-T-A--ATTATAATGATATAATTAAATGTTAATGAATAT--AGAAAGACATATTCTGAAAAAGATAC----A----T---AAAAATACTTAATGTTTT----TTGAAAGTTTATGGTA--AGTGTTTAATTTTATATACATCTTTTAAAAATAATTGATATCAAT---TATGAAC----ATCAATACAT-TTTATATTCTTCAA---AATGATT---ATC-----ATCAGCGTAGCAATAATATTATCAGAAAATGCAACCTTTAACAAAAATAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TTTCACGAACA-TAT--T--T---TAGTG-TAT----ACTC-AAATATTTAAA----CA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTACTGTTTCACCAACA-TAT--T--C---AAATA-TAT----ACTT-AAATTCTTAAA----cttcaaatcaaaccgtcaaaagaatccatttttgcatgcgtttagacttgctctagaaaagctgcatttggctgcatttacctttctgaaagaataccaaggtatccagtcaacattaaatcaagattttttttaaagtatatttaaaagtaaatcttacgaacaagttggtgaaacaggag
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ataatccatattttaattaG--GCT-CTGATTCATCAGCA--GT--T--T-----------T----ACTT-AAATACTCAAACACTTAACGaatctaaatataagtgatcgtgactgaattggctctaggaaaatacattttcgtttcactgtcatttatgaaagatataaagtaaccatttaaacgttaagtgtttgagtatttaagtaaaactgctgatgaatcagagcc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ataatccatattttaattactactgtttcaccaacatattcaaatatatacttaaattcttaaaaatctaaatataagtgatcgtgactgaattggctctaggaaaatacattttcgtttcactgtcatttatgaaagatataaagtaaccatttaaaG--GCTTCTGTTTCACCAATA-TTTTCT--T---AAG-A-TTT----ATTT-AAATACTTAAA-----AACGTAAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gattaaagaaaatttaagaaaccggtcaatactcaG--GCTCCTGTTTCACCAACT-TTT--T--T---AAGTT-TA-----ACAT-AAATACTTAAA-----AACTTAA
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): ATGAGTTATGACTGGTTCAAGAAGAACTGCATTTGGTTACATTGACATTGGTTAAAGAATGTTAAAGTAACCAATCAAAACTATATAAAGTTTTTATATACTTTTTTGTTAATCTTAGGTAGAAAATACTGGTGAAACAGAG
Unaligned ( gi|13 ): TTTGGTGTCATTGACATTGATTAAACAATATTAACATAACCAATCAAATTAAAGTTTTT
Unaligned ( gi|14 ): AATTTTTTAAGTATTTAAATAAAAAAAATCAGAAAATATTGGTGAAACAGTAGCC
Unaligned ( gi|17 ): CTTTTAAATATTCAAGTAAAACTCAAGAAAATGTTTGTGAAAAAGAAGC
Unaligned ( gi|21 ): TTTTAAGAATTTAAGTAAAAATTAAGAAAATACTGGTGAAATGGAAGCC
Unaligned ( gi|22 ): TTTAAATATTTAAGTAAAACTAAGAAAATATTTGTTAAACAGAAGCCA
Unaligned ( gi|24 ): TTTTTAAGTATTTGAGTAAAACTTAAGAAAATGTAGATACAGAAGC
Unaligned ( gi|27 ): TTTTTAAGTATTTAAGTAAAACTAAAGAAAGTAGTGAAACAGAC
Unaligned ( gi|32 ): TTAAGTAAAACTAAAGAAAATATTGGTGAGACAGAAGC






Alignments
lowQualScore                  :                 22222         1             11                                                55555555555555                                                                                                                                                                                                            8888888888888888      1  11                         444444       222                        44444444444             111    22222222222                                       3333                  333333333           111                            11               1         111                                 1                            11        22222                                                      9999999999999999999999999999999        11                                                                     77777777777777777777777                 1     11                                               11111111111111111                                           
lowQualScore                  :        1 1      77777    1    5    1  1     88      1                         1   1     1 1   11111111111111     1          1     1     1  1              1     22          22          1    1                1 22          1        2   1 1          1             1    1                       1       0   1          8888888888888888      3  44    0    7               333333     7 555      3         1 3     77777777777    1 0      111    77777777777   6     1              3 0      2     9999                0 333333333 3         777        3   1               33        1 1    0   1 0   777      0          8   3     55555 0       6            1 3     33  6 0   55555     0                1                               0000000000000000000000000000000        88                                                             7       77777777777777777777777       2   1  1  5     88     1 2            6    22                  1 66666666666666666    77 7 3333  22  1     222      2   9    
lowQualScore                  :        . .      .....    .    .    .  .     ..      .                         .   .     . .   ..............     .          .     .     .  .              .     ..          ..          .    .                . ..          .        .   . .          .             .    .                       .       .   .          ................      .  ..    .    .               ......     . ...      .         . .     ...........    . .      ...    ...........   .     .              . .      .     ....                . ......... .         ...        .   .               ..        . .    .   . .   ...      .          .   .     ..... .       .            . .     ..  . .   .....     .                .                               ...............................        ..                                                             .       .......................       .   .  .  .     ..     . .            .    ..                  . .................    .. . ....  ..  .     ...      .   .    
lowQualScore                  :        0 0      00000    0    5    0  0     55      0                         0   0     0 0   00000000000000     0          0     0     0  0              0     00          00          0    0                0 00          0        5   0 0          0             0    0                       0       7   0          3333333333333333      3  77    7    3               000000     3 000      7         0 2     55555555555    0 8      000    00000000000   5     2              2 2      5     0000                2 555555555 2         555        2   0               88        0 0    0   0 8   555      2          8   2     00000 0       5            0 2     88  5 2   00000     8                0                               0000000000000000000000000000000        33                                                             3       22222222222222222222222       5   0  0  0     55     0 5            0    88                  4 00000000000000000    33 2 0000  00  5     888      0   3    
consensus                     : NNTGAATNTNCCATATTCCATAGGANCCATTATTGNCTNCATTATAATACAANATGTAATTCATGTTTTGGTAATTTTNGAGNGCAAANGNGTTGTACACACAAGCCGTGATANTCCTGCAGGANGGTACNAGAAGNGGNTTTGTTCATCTATANCCATANNACCAGCAGCANNCGCTGTTAAANAATCNTGATAATGTGTTAGATNANNTCGGTAACCCNCATAGACCGAGTNANTGATAAAAACNGGCCAGTGAGTGANCAGCNTGTTGTCTTGACCTACATGTCTGNAGAATTCGAATNTTTCATTCAA----------------AGAGAA-ACATGCTTCGTGTTCATAATGTTTCCTTTT----ATATTTATC--TTTTAACGAATATGCTNGTTTTGA------T----ATTTNGAAAAAAA-T-ATGAGAA-T-T-A--ATAGTAATGACATAATTTAGTGTTAAGGAATATGTAGCAA-ACATATTCTAGAAAGGATGC----A----TTTTAATAATA---GATGTTTCAAAANTGGAAGTTCATGGTG--AGTGTTTANTNTGAT-TGCNTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTTAAGAATTANTAT-AATACATGTTTATATTCTTCNATTCAAT--TTCTGACC-----ATCAGAGTAGCTACATTATTATNAGAATATGCAACCTTTGACAAAAATATAACT---------CAA----GTNACNT--------CAACATAT--TGACCCCTGAACACCAGCAGGGGCCAACCTATTTTTCAAAGAAATGAATATTTAGTGAAACATGTATAA-TAAA---TT-ACAAAATGAAAAATGCATCGTGTNTGNTAGATGTAATAGTTCNCGAATGGTTCTAGCTCCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-T------NT--T--T---AAGTA-TAT----AC--TT-AAATA---CTTAAA-AACNTAAA
Reference ( family-1032 )     : NNTGAATNTNCCATATTCCATAGGANCCATTATTGNCTNCATTATAATACAANATGTAATTCATGTTTTGGTAATTTTNGAGNGCAAANGNGTTGTACACACAAGCCGTGATANTCCTGCAGGANGGTACNAGAAGNGGNTTTGTTCATCTATANCCATANNACCAGCAGCANNCGCTGTTAAANAATCNTGATAATGTGTTAGATNANNTCGGTAACCCNCATAGACCGAGTNANTGATAAAAACNGGCCAGTGAGTGANCAGCNTGTTGTCTTGACCTACATGTCTGNAGAATTCGAATNTTTCATTCAA----------------AGAGAA-ACATGCTTCGTGTTCATAATGTTTCCTTTT----ATATTTATC--TTTTAACGAATATGCTNGTTTTGA------T----ATTTNGAAAAAAA-T-ATGAGAA-T-T-A--ATAGTAATGACATAATTTAGTGTTAAGGAATATGTAGCAA-ACATATTCTAGAAAGGATGC----A----TTTTAATAATA---GATGTTTCAAAANTGGAAGTTCATGGTG--AGTGTTTANTNTGAT-TGCNTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTTAAGAATTANTAT-AATACATGTTTATATTCTTCNATTCAAT--TTCTGACC-----ATCAGAGTAGCTACATTATTATNAGAATATGCAACCTTTGACAAAAATATAACT---------CAA----GTNACNT--------CAACATAT--TGACCCCTGAACACCAGCAGGGGCCAACCTATTTTTCAAAGAAATGAATATTTAGTGAAACATGTATAA-TAAA---TT-ACAAAATGAAAAATGCATCGTGTNTGNTAGATGTAATAGTTCNCGAATGGTTCTAGCTCCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-T------AT--T--T---AAGTA-TAT----AC--TT-AAATA---CTTAAA-AACGTAAA
gi|1                          :   TGAATGTGCTATATTCCATAGGAACCAT-ATTGCCTACATTA--ATATAAAATGTAATTCATGTTTTGGTAATTTTTGAAGGCAAAAGCGTT-T------------TGATAATTCTGTAGGACGGTATTAAAAGCGGCTTTGTTTATCTATATTCATAATACCAGCAACATCCACTGTTAAAGAATCATGATAATGTATTAGATGAAATCGGTAACCTACATAGACCGAGTAAATGATAAAAACAGACCAGTGAGTGAATAACCTGTTGTCTTGATTTACATGTTTAGAGAATTTAAATATTTCATTTAA----------------AGAGAA-AC-TGCTTTGTGTTCATAATGTTTCCTTT-----ATATATAT---TTTTAACGATTATGCTTGTTTTGA------T----ATTTGGGGAAAAA-T-ATGAGAA-CGT-G--ATAGTAATGGCATAATTTAGTGTTAAGGAATATGTAGCAATATATATTCTAGAAAGGATCC----A----TTTTAATACTA---GATATTTCAAAAGTGGAAGTTCATGGTG--AGCGTTCGATATGAT-TATATGTTT---ATATAGATGCCGTGGATTTTTAAGAATTAATAT-AATACATATTTATATGCTTCAATTCAAT--TTTTGACC-----ATTAGGGTAGCTATATTATTATAAGAATATGCAACCTATAACAAAAATATAACT---------C-A----GTCACCT--------CAACATAT--TGAACCCTGAACACCAGCAGGGGCCAACCCATTTTTCCAAGAAATGAATATTTAGTGCAACATGTATAA-TAAAGTTTT-ACAAAATGAAAAATATATTGTGTTTGTTAGATGTAATAGTTCATGAATGGTTCTAGCTCCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-T------AT--T--T---AAGTA-TAT----AC--TT-TAATA---CTAAAATAACAGAAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tcTGGTGCTGGGACCCG--GCTTCGGTTTCACAAACA-T------AT--T--T---AAGTA-TATTCTAAC--TT-AAA------TTAAA-GA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         taatgTAGC-CCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-T------AA--T--A---TAGCA-TAC----AC--TTAAAATA---CATAGA-a
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      taaatgTCTGTTTCACCAACA-T------AT--T--T---AAGTA-TAT----AC--TG-AAATA---CATAAA-AACTTAAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      G--GCTACTGTTTCACCAATA-TTTTCTGAT--T--T------TT-TTT----AT--TT-AAATA---CTTAAA-AAtcaaagaag
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aat--GCTTCTGTTTCACCATCA-T------TTTCT--T---AAAT--TTT----TC--TT-AAATA---CTTAAA-A
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gG--GCTCTTGTTTCATCAACACT------GTC-T--T---AAGT--TTT----AC--TG-AAATA---CTTAAA-Ag
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --GTTTCTGTATCACCAATA-T------TT--TCTT---AAGTT-TTT----AC--TT-AAATA---CATAAA-
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TG--GCTTCTGTATCACAAATT-T------TT--TCTT---AAGTT-T-T----AC--TT-AAATA---CATAAA-t
gi|2                          :   TGAATTTCCCATAT---A-AGGACCTATTATTGACTTCATTATAATACAATATGTAATTCATGTTTTGATAATTTTGGAGTGCAAATAAGTTGTACACACAAGCCGTAATACTCCTGCAGGAAGGTACAAGAAGGGGGTTTGTTCATCTATAACCATACAACCAGCAGCAGATGCTGTTAAACAATCCTGATAATGTGTTAAATTACCTCAGTAACCCCCATAGATTTAGTCATTGATAAAAACTGGCCAGTAAATGACCAGCATGTTATCTTGACCTACATATCTGCAGAATTCAAATGTTTCATTCAA----------------GGAGAA-ACA-GCTTTGTGTTCATTATGATTCCTATT-----TATTT-TC--TTTTGAAGAATATGCCAATTTTAATGAATGT----ATTTGGAAGAAAA-TGATAATAAGT-T-A--ATAGTAATAACATAATTTAGTGTTAAAGAATATGTAGCA----ACATTCTAGAAAGAATGCAGGGA----TTTTAATAATA---GATGTTTCAAAAGTGGAAGTTCATGGTGTCTGTGTTTATCTTGAT-TGCCTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTTAAGAATTACTAT-AATACATGTTTATATTCTTGCATTCAAT--TTCTGACC-----ATCAGAGCAGCTACATTATTATTAGAATATGCAACCTTTGACAAAAATATAACT----------AA----GTTACAT--------CAACATATTATGACCCCAGAACACTAGTAGGGACCAACCTATTTTTCAAAAAAATGAATATTTAATGAAACATGTATAATTAAACG-TTAACAAA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tgTG--GCTTCTGTTCCGCCAATA-C-------T--T--TCTCATGTT-TA-----AC--TT-AGATA---CTTAAA-
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      G--GCTTCCATTTCACCAGTA-T------TT--TCTT---AATTT-T-T----AC--TT-AAATT---CTTAAA-A
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --GCTTCTGTTTTACCAACA-T------TTTCT--T---AAGTA-T-T----AT--TT-AAATA---CTTAA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --GCTTCTGT---ATCTACA-T------TT--TCTT---AAGTT-T-T----AC--TC-AAATA---CTTAAA-AAt
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      G--GCTTCTGTTTAACCAACA-T-------T--T--TCTCAAGT--TTT----AC--TG-AAATA---CT
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTTCTGTTTCACCAATA-T-------T--T--TCTGAAGT--TTT----AC--TT-AAATA---CTT
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aTAGGTCCTG--GTTTCCGCTTCACCAACA-T------AG--T--T---AAGTA-TAT----AC--
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-T------TTTCT--T---TAG-A-TTT----AC--TA-AAATA---
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGCTTGTTTTGA------TGAGTATTTTGAAAGAAAGT-ATAAGAA-T-TTACCATA--AATGTCATTATTTAGTGTT--GCATTATGTAGCAA----TATTCTAGAAAGAAGGC----AGGGTTTTTAATAATA---GATGTTTCAAAATTGGAAGTTCATGGTG--AGTGTTTACTATGAT-TGTCTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTT-AGAATTAGT-T-AATACATGTTTATATTCTTCCATTCAAT--TTCTAACTATCAGATCAGAGTAGCTACATTATTATAAGAATATGCATCCTTTGACAAAAATGTAACTTGATGATCGCAAAAATGTAACTTGATGATCGCAATATAC--TGACCACTGAACACCAACAGGGGCCAATCTATTTTTCAAAGAAATGAATATTTAGTGAAAC-------------------------------ATGCATCCTATATGATA-ATATA--AGTTCCCTAATGGTTTTAGCTACTGTCACTTATGTTTCACTAACA-T------AT--T--T---AAGTATTAT----AC--TT-AAA------TTAGA-AA
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TCTGTTTTACCAACA-T-------T--T--T---AAGTA-TAT----AC--TG-AAATA---TTTAAA-aaaaaactacatttttaatccagatttaagactgcctgaagaaaatctgcatttcggttcattgacatttatgaaacagtagttatataacca
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTCTTGTTTCACCAACA-T------AT--C--T----AGTA-TAT----AC--TT-AAATA---C
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TG--GCTTCTATTTTGCCAACA-T------AT--T--T---AAGTA-TAT----
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GTTTCACCAACA-T------AT--T--C---AAGTA-TAT----AC--TG-AAAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AATTCGAATCTTTTATTCAAGGGTTCTGTATACTACAGAGAAGACATGTTTCCTAT-AATAGTATTTTGTTTTGGAGATATTTATCATTTTTAATGAATAAATTAG----GA------A----AATTTACAAAAAA-T-TTGA----T-T-A--ATTATAATGATATAATTAAATGTTAATGAATAT--AGAAAGACATATTCTGAAAAAGATAC----A----T---AAAAATACTTAATGTTTT----TTGAAAGTTTATGGTA--AGTGTTTAATTTTATATACATCTTTTAAAAATAATTGATATCAAT---TATGAAC----ATCAATACAT-TTTATATTCTTCAA---AATGATT---ATC-----ATCAGCGTAGCAATAATATTATCAGAAAATGCAACCTTTAACAAAAATAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TTTCACGAACA-T------AT--T--T---TAGTG-TAT----AC--TC-AAATA---TTTAAA-CAC
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTCCTGTTTCACCAACT-T------GT--TCGT---AAG-A-TTT----ACTTTT-AAATATACTTTAAA-AAttcaaatcaaaccgtcaaaagaatccatttttgcatgcgtttagacttgctctagaaaagctgcatttggctgcatttacctttctgaaagaataccaaggtatccagtcaacattaaatcaagattttttttaaagtatatttaaaagtaaatcttacgaacaagttggtgaaacaggag
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tttcacgaacatattttagtgtatactcaaatatttaaacacttcaaatcaaaccgtcaaaagaatccatttttgcatgcgtttagacttgctctagaaaagctgcatttggctgcatttacctttctgaaagaataccaaggtatccagtcaacattaaatcaagatttCTACTGTTTCACCAACA-T------AT--T--C---AAATA-TAT----AC--TT-AAATT---CTTAAA-AATCTAAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ataatccatattttaattaG--GCT-CTGATTCATCAGCA--------GT--T--T-----------T----AC--TT-AAATA---CTCAAA-CACTTAAtataagtgatcgtgactgaattggctctaggaaaatacattttcgtttcactgtcatttatgaaagatataaagtaaccatttaaacgttaagtgtttgagtatttaagtaaaactgctgatgaatcagagcc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ataatccatattttaattactactgtttcaccaacatattcaaatatatacttaaattcttaaaaatctaaatataagtgatcgtgactgaattggctctaggaaaatacattttcgtttcactgtcatttatgaaagatataaagtaaccatttaaacgG--GCTTCTGTTTCACCAATA-T------TT--TCTT---AAG-A-TTT----AT--TT-AAATA---CTTAAA-AACGTAAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gattaaagaaaatttaagaaaccggtcaatactcaG--GCTCCTGTTTCACCAACT-T------TT--T--T---AAGTT-TA-----AC--AT-AAATA---CTTAAA-AACTTAA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): ATGAGTTATGACTGGTTCAAGAAGAACTGCATTTGGTTACATTGACATTGGTTAAAGAATGTTAAAGTAACCAATCAAAACTATATAAAGTTTTTATATACTTTTTTGTTAATCTTAGGTAGAAAATACTGGTGAAACAGAG
Unaligned ( gi|13 ): TTTGGTGTCATTGACATTGATTAAACAATATTAACATAACCAATCAAATTAAAGTTTTT
Unaligned ( gi|17 ): CTTTTAAATATTCAAGTAAAACTCAAGAAAATGTTTGTGAAAAAGAAGC
Unaligned ( gi|22 ): TTTAAATATTTAAGTAAAACTAAGAAAATATTTGTTAAACAGAAGCCA
Unaligned ( gi|27 ): TTTTTAAGTATTTAAGTAAAACTAAAGAAAGTAGTGAAACAGAC
Unaligned ( gi|32 ): TTAAGTAAAACTAAAGAAAATATTGGTGAGACAGAAGC






Alignments
lowQualScore                  :                 22222         1             11                                                55555555555555                                                                                                                                                                                                            8888888888888888      1  11                         444444       222                        44444444444             111    22222222222                                       3333                  333333333           111                            11               1         111                                 1                            11        22222                                                      9999999999999999999999999999999        11                                                                     77777777777777777777777                 1     11                                                  11111         11                                     
lowQualScore                  :        1 1      77777    1    5    1  1     88      1                         1   1     1 1   11111111111111     1          1     1     1  1              1     22          22          1    1                1 22          1        2   1 1          1             1    1                       1       0   1          8888888888888888      3  44    0    7               333333     7 555      3         1 3     77777777777    1 0      111    77777777777   6     1              3 0      2     9999                0 333333333 3         777        3   1               33        1 1    0   1 0   777      0          8   3     55555 0       6            1 3     33  6 0   55555     0                1                               0000000000000000000000000000000        88                                                             7       77777777777777777777777       2   1  1  5     88     1 2            6    22                  33 2 55555 11  11  11 8 2222  11  1     222      1   1    
lowQualScore                  :        . .      .....    .    .    .  .     ..      .                         .   .     . .   ..............     .          .     .     .  .              .     ..          ..          .    .                . ..          .        .   . .          .             .    .                       .       .   .          ................      .  ..    .    .               ......     . ...      .         . .     ...........    . .      ...    ...........   .     .              . .      .     ....                . ......... .         ...        .   .               ..        . .    .   . .   ...      .          .   .     ..... .       .            . .     ..  . .   .....     .                .                               ...............................        ..                                                             .       .......................       .   .  .  .     ..     . .            .    ..                  .. . ..... ..  ..  .. . ....  ..  .     ...      .   .    
lowQualScore                  :        0 0      00000    0    5    0  0     55      0                         0   0     0 0   00000000000000     0          0     0     0  0              0     00          00          0    0                0 00          0        5   0 0          0             0    0                       0       7   0          3333333333333333      3  77    7    3               000000     3 000      7         0 2     55555555555    0 8      000    00000000000   5     2              2 2      5     0000                2 555555555 2         555        2   0               88        0 0    0   0 8   555      2          8   2     00000 0       5            0 2     88  5 2   00000     8                0                               0000000000000000000000000000000        33                                                             3       22222222222222222222222       5   0  0  0     55     0 5            0    55                  22 3 77777 88  88  44 0 8888  99  4     666      8   0    
consensus                     : NNTGAATNTNCCATATTCCATAGGANCCATTATTGNCTNCATTATAATACAANATGTAATTCATGTTTTGGTAATTTTNGAGNGCAAANGNGTTGTACACACAAGCCGTGATANTCCTGCAGGANGGTACNAGAAGNGGNTTTGTTCATCTATANCCATANNACCAGCAGCANNCGCTGTTAAANAATCNTGATAATGTGTTAGATNANNTCGGTAACCCNCATAGACCGAGTNANTGATAAAAACNGGCCAGTGAGTGANCAGCNTGTTGTCTTGACCTACATGTCTGNAGAATTCGAATNTTTCATTCAA----------------AGAGAA-ACATGCTTCGTGTTCATAATGTTTCCTTTT----ATATTTATC--TTTTAACGAATATGCTNGTTTTGA------T----ATTTNGAAAAAAA-T-ATGAGAA-T-T-A--ATAGTAATGACATAATTTAGTGTTAAGGAATATGTAGCAA-ACATATTCTAGAAAGGATGC----A----TTTTAATAATA---GATGTTTCAAAANTGGAAGTTCATGGTG--AGTGTTTANTNTGAT-TGCNTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTTAAGAATTANTAT-AATACATGTTTATATTCTTCNATTCAAT--TTCTGACC-----ATCAGAGTAGCTACATTATTATNAGAATATGCAACCTTTGACAAAAATATAACT---------CAA----GTNACNT--------CAACATAT--TGACCCCTGAACACCAGCAGGGGCCAACCTATTTTTCAAAGAAATGAATATTTAGTGAAACATGTATAA-TAAA---TT-ACAAAATGAAAAATGCATCGTGTNTGNTAGATGTAATAGTTCNCGAATGGTTCTAGCTCCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA--TNT--T--T--AA--GTA-TNT----AC--TT-AAATA---CTTAAA-AACNTAAA
Reference ( family-1032 )     : NNTGAATNTNCCATATTCCATAGGANCCATTATTGNCTNCATTATAATACAANATGTAATTCATGTTTTGGTAATTTTNGAGNGCAAANGNGTTGTACACACAAGCCGTGATANTCCTGCAGGANGGTACNAGAAGNGGNTTTGTTCATCTATANCCATANNACCAGCAGCANNCGCTGTTAAANAATCNTGATAATGTGTTAGATNANNTCGGTAACCCNCATAGACCGAGTNANTGATAAAAACNGGCCAGTGAGTGANCAGCNTGTTGTCTTGACCTACATGTCTGNAGAATTCGAATNTTTCATTCAA----------------AGAGAA-ACATGCTTCGTGTTCATAATGTTTCCTTTT----ATATTTATC--TTTTAACGAATATGCTNGTTTTGA------T----ATTTNGAAAAAAA-T-ATGAGAA-T-T-A--ATAGTAATGACATAATTTAGTGTTAAGGAATATGTAGCAA-ACATATTCTAGAAAGGATGC----A----TTTTAATAATA---GATGTTTCAAAANTGGAAGTTCATGGTG--AGTGTTTANTNTGAT-TGCNTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTTAAGAATTANTAT-AATACATGTTTATATTCTTCNATTCAAT--TTCTGACC-----ATCAGAGTAGCTACATTATTATNAGAATATGCAACCTTTGACAAAAATATAACT---------CAA----GTNACNT--------CAACATAT--TGACCCCTGAACACCAGCAGGGGCCAACCTATTTTTCAAAGAAATGAATATTTAGTGAAACATGTATAA-TAAA---TT-ACAAAATGAAAAATGCATCGTGTNTGNTAGATGTAATAGTTCNCGAATGGTTCTAGCTCCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA--TNT--T--T--AA--GTA-TAT----AC--TT-AAATA---CTTAAA-AACNTAAA
gi|1                          :   TGAATGTGCTATATTCCATAGGAACCAT-ATTGCCTACATTA--ATATAAAATGTAATTCATGTTTTGGTAATTTTTGAAGGCAAAAGCGTT-T------------TGATAATTCTGTAGGACGGTATTAAAAGCGGCTTTGTTTATCTATATTCATAATACCAGCAACATCCACTGTTAAAGAATCATGATAATGTATTAGATGAAATCGGTAACCTACATAGACCGAGTAAATGATAAAAACAGACCAGTGAGTGAATAACCTGTTGTCTTGATTTACATGTTTAGAGAATTTAAATATTTCATTTAA----------------AGAGAA-AC-TGCTTTGTGTTCATAATGTTTCCTTT-----ATATATAT---TTTTAACGATTATGCTTGTTTTGA------T----ATTTGGGGAAAAA-T-ATGAGAA-CGT-G--ATAGTAATGGCATAATTTAGTGTTAAGGAATATGTAGCAATATATATTCTAGAAAGGATCC----A----TTTTAATACTA---GATATTTCAAAAGTGGAAGTTCATGGTG--AGCGTTCGATATGAT-TATATGTTT---ATATAGATGCCGTGGATTTTTAAGAATTAATAT-AATACATATTTATATGCTTCAATTCAAT--TTTTGACC-----ATTAGGGTAGCTATATTATTATAAGAATATGCAACCTATAACAAAAATATAACT---------C-A----GTCACCT--------CAACATAT--TGAACCCTGAACACCAGCAGGGGCCAACCCATTTTTCCAAGAAATGAATATTTAGTGCAACATGTATAA-TAAAGTTTT-ACAAAATGAAAAATATATTGTGTTTGTTAGATGTAATAGTTCATGAATGGTTCTAGCTCCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA--TAT--T--T--AA--GTA-TAT----AC--TT-TAATA---CTAAAATAACAGAAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tcTGGTGCTGGGACCCG--GCTTCGGTTTCACAAACA--TAT--T--T--AA--GTA-TATTCTAAC--TT-AAA------TTAAA-GA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         taatgTAGC-CCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA--TAA--T--A--TA--GCA-TAC----AC--TTAAAATA---CATAGA-a
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      taaatgTCTGTTTCACCAACA--TAT--T--T--AA--GTA-TAT----AC--TG-AAATA---CATAAA-AACTTAAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      G--GCTACTGTTTCACCAATA--TTT--TC-T--GATTTTT-TTT----AT--TT-AAATA---CTTAAA-AAtcaaagaag
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aat--GCTTCTGTTTCACCATCA--TTTTCT--T--AA--AT--TTT----TC--TT-AAATA---CTTAAA-A
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gG--GCTCTTGTTTCATCAACAC-TGTC-T--T--AA--GT--TTT----AC--TG-AAATA---CTTAAA-Ag
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --GCTTCTTTTTCACAAACA--TTTTCT--T--GA--GT--TTT----AC--TT-GAATA---TTTAAA-A
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      c--GTTTCTGTATCACCAATA--TTT--TCTT--AA--GTT-TTT----AC--TT-AAATA---CATAAA-
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TG--GCTTCTGTATCACAAATT--TTTTCT--T--AA--GT--TTT----AC--TT-AAATA---CATAAA-t
gi|2                          :   TGAATTTCCCATAT---A-AGGACCTATTATTGACTTCATTATAATACAATATGTAATTCATGTTTTGATAATTTTGGAGTGCAAATAAGTTGTACACACAAGCCGTAATACTCCTGCAGGAAGGTACAAGAAGGGGGTTTGTTCATCTATAACCATACAACCAGCAGCAGATGCTGTTAAACAATCCTGATAATGTGTTAAATTACCTCAGTAACCCCCATAGATTTAGTCATTGATAAAAACTGGCCAGTAAATGACCAGCATGTTATCTTGACCTACATATCTGCAGAATTCAAATGTTTCATTCAA----------------GGAGAA-ACA-GCTTTGTGTTCATTATGATTCCTATT-----TATTT-TC--TTTTGAAGAATATGCCAATTTTAATGAATGT----ATTTGGAAGAAAA-TGATAATAAGT-T-A--ATAGTAATAACATAATTTAGTGTTAAAGAATATGTAGCA----ACATTCTAGAAAGAATGCAGGGA----TTTTAATAATA---GATGTTTCAAAAGTGGAAGTTCATGGTGTCTGTGTTTATCTTGAT-TGCCTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTTAAGAATTACTAT-AATACATGTTTATATTCTTGCATTCAAT--TTCTGACC-----ATCAGAGCAGCTACATTATTATTAGAATATGCAACCTTTGACAAAAATATAACT----------AA----GTTACAT--------CAACATATTATGACCCCAGAACACTAGTAGGGACCAACCTATTTTTCAAAAAAATGAATATTTAATGAAACATGTATAATTAAACG-TTAACAAA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tgTG--GCTTCTGTTCCGCCAATACTTTC--T--C--AT--GTT-TA-----AC--TT-AGATA---CTTAAA-
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      G--GCTTCCATTTCACCAGTA--TTTTCT--T--AA--TT--TTT----AC--TT-AAATT---CTTAAA-A
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TG--GCTTCTGTTTAACAAATA--TTT--TC-T--TA--GT--TTT----AC--TT-AAATA---TTTAAA-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --GCTTCTGTTTTACCAACA--TTTTCT--T--AA--GTA-T-T----AT--TT-AAATA---CTTAA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --GCTTCTGT---ATCTACA--TTT--TCTT--AA--GTT-T-T----AC--TC-AAATA---CTTAAA-AAt
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      G--GCTTCTGTTTAACCAACA--TTTTCT--C--AA--GT--TTT----AC--TG-AAATA---CT
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTTCTGTTTCACCAATA--TTT--T--CTGAA--GT--TTT----AC--TT-AAATA---CTT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aTCTGTTTCACTACTT--TCT--T--T--A---GTT-T-T----AC--TT-AAATA---CTTAAA-AA
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TAGGTCCTG--GTTTCCGCTTCACCAACA--TAG--T--T--AA--GTA-TAT----AC--c
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tTG--GCTTCTGTTTCACCAACA--TTTTCT--T--TA--G-A-TTT----AC--TA-AAATA---
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGCTTGTTTTGA------TGAGTATTTTGAAAGAAAGT-ATAAGAA-T-TTACCATA--AATGTCATTATTTAGTGTT--GCATTATGTAGCAA----TATTCTAGAAAGAAGGC----AGGGTTTTTAATAATA---GATGTTTCAAAATTGGAAGTTCATGGTG--AGTGTTTACTATGAT-TGTCTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTT-AGAATTAGT-T-AATACATGTTTATATTCTTCCATTCAAT--TTCTAACTATCAGATCAGAGTAGCTACATTATTATAAGAATATGCATCCTTTGACAAAAATGTAACTTGATGATCGCAAAAATGTAACTTGATGATCGCAATATAC--TGACCACTGAACACCAACAGGGGCCAATCTATTTTTCAAAGAAATGAATATTTAGTGAAAC-------------------------------ATGCATCCTATATGATA-ATATA--AGTTCCCTAATGGTTTTAGCTACTGTCACTTATGTTTCACTAACA--TAT--T--T--AA--GTATTAT----AC--TT-AAA------TTAGA-AA
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TCTGTTTTACCAACA--T-T--T--T--AA--GTA-TAT----AC--TG-AAATA---TTTAAA-aaaaaactacatttttaatccagatttaagactgcctgaagaaaatctgcatttcggttcattgacatttatgaaacagtagttatataacca
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTCTTGTTTCACCAACA--TAT--C--T--A---GTA-TAT----AC--TT-AAATA---C
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TG--GCTTCTATTTTGCCAACA--TAT--T--T--AA--GTA-TAT----
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GTTTCACCAACA--TAT--T--C--AA--GTA-TAT----AC--TG-AAAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AATTCGAATCTTTTATTCAAGGGTTCTGTATACTACAGAGAAGACATGTTTCCTAT-AATAGTATTTTGTTTTGGAGATATTTATCATTTTTAATGAATAAATTAG----GA------A----AATTTACAAAAAA-T-TTGA----T-T-A--ATTATAATGATATAATTAAATGTTAATGAATAT--AGAAAGACATATTCTGAAAAAGATAC----A----T---AAAAATACTTAATGTTTT----TTGAAAGTTTATGGTA--AGTGTTTAATTTTATATACATCTTTTAAAAATAATTGATATCAAT---TATGAAC----ATCAATACAT-TTTATATTCTTCAA---AATGATT---ATC-----ATCAGCGTAGCAATAATATTATCAGAAAATGCAACCTTTAACAAAAATAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTCCTGTTTCACCAACT--TGT--TCGT--AA--G-A-TTT----ACTTTT-AAATATACTTTAAA-AA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tttcacgaacatattttagtgtatactcaaatatttaaacacttcaaatcaaaccgtcaaaagaatccatttttgcatgcgtttagacttgctctagaaaagctgcatttggctgcatttacctttctgaaagaataccaaggtatccagtcaacattaaatcaagatttCTACTGTTTCACCAACA--TAT--T--C--AA--ATA-TAT----AC--TT-AAATT---CTTAAA-AATCTAAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ataatccatattttaattaG--GCT-CTGATTCATCAGCA---GT--T--T------------T----AC--TT-AAATA---CTCAAA-CACTTAAtataagtgatcgtgactgaattggctctaggaaaatacattttcgtttcactgtcatttatgaaagatataaagtaaccatttaaacgttaagtgtttgagtatttaagtaaaactgctgatgaatcagagcc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ataatccatattttaattactactgtttcaccaacatattcaaatatatacttaaattcttaaaaatctaaatataagtgatcgtgactgaattggctctaggaaaatacattttcgtttcactgtcatttatgaaagatataaagtaaccatttaaacgG--GCTTCTGTTTCACCAATA--TTT--TCTT--AA--G-A-TTT----AT--TT-AAATA---CTTAAA-AACGTAAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gattaaagaaaatttaagaaaccggtcaatactcaG--GCTCCTGTTTCACCAACT--TTT--T--T--AA--GTT-TA-----AC--AT-AAATA---CTTAAA-AACTTAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): ATGAGTTATGACTGGTTCAAGAAGAACTGCATTTGGTTACATTGACATTGGTTAAAGAATGTTAAAGTAACCAATCAAAACTATATAAAGTTTTTATATACTTTTTTGTTAATCTTAGGTAGAAAATACTGGTGAAACAGAG
Unaligned ( gi|13 ): TTTGGTGTCATTGACATTGATTAAACAATATTAACATAACCAATCAAATTAAAGTTTTT
Unaligned ( gi|32 ): TTAAGTAAAACTAAAGAAAATATTGGTGAGACAGAAGC






Alignments
lowQualScore                  :                 22222         1             11                                                55555555555555                                                                                                                                                                                                            8888888888888888      1  11                         444444       222                        44444444444             111    22222222222                                       3333                  333333333           111                            11               1         111                                 1                            11        22222                                                      9999999999999999999999999999999        11                                                                     77777777777777777777777                 1     11                                                 11111         11                                     
lowQualScore                  :        1 1      77777    1    5    1  1     88      1                         1   1     1 1   11111111111111     1          1     1     1  1              1     22          22          1    1                1 22          1        2   1 1          1             1    1                       1       0   1          8888888888888888      3  44    0    7               333333     7 555      3         1 3     77777777777    1 0      111    77777777777   6     1              3 0      2     9999                0 333333333 3         777        3   1               33        1 1    0   1 0   777      0          8   3     55555 0       6            1 3     33  6 0   55555     0                1                               0000000000000000000000000000000        88                                                             7       77777777777777777777777       2   1  1  5     88     1 2            6    22                  1 2 77777 11  11  55 2 4444  11  1     222      1   1    
lowQualScore                  :        . .      .....    .    .    .  .     ..      .                         .   .     . .   ..............     .          .     .     .  .              .     ..          ..          .    .                . ..          .        .   . .          .             .    .                       .       .   .          ................      .  ..    .    .               ......     . ...      .         . .     ...........    . .      ...    ...........   .     .              . .      .     ....                . ......... .         ...        .   .               ..        . .    .   . .   ...      .          .   .     ..... .       .            . .     ..  . .   .....     .                .                               ...............................        ..                                                             .       .......................       .   .  .  .     ..     . .            .    ..                  . . ..... ..  ..  .. . ....  ..  .     ...      .   .    
lowQualScore                  :        0 0      00000    0    5    0  0     55      0                         0   0     0 0   00000000000000     0          0     0     0  0              0     00          00          0    0                0 00          0        5   0 0          0             0    0                       0       7   0          3333333333333333      3  77    7    3               000000     3 000      7         0 2     55555555555    0 8      000    00000000000   5     2              2 2      5     0000                2 555555555 2         555        2   0               88        0 0    0   0 8   555      2          8   2     00000 0       5            0 2     88  5 2   00000     8                0                               0000000000000000000000000000000        33                                                             3       22222222222222222222222       5   0  0  0     55     0 5            0    44                  3 7 44444 88  88  00 3 0000  88  4     666      8   0    
consensus                     : NNTGAATNTNCCATATTCCATAGGANCCATTATTGNCTNCATTATAATACAANATGTAATTCATGTTTTGGTAATTTTNGAGNGCAAANGNGTTGTACACACAAGCCGTGATANTCCTGCAGGANGGTACNAGAAGNGGNTTTGTTCATCTATANCCATANNACCAGCAGCANNCGCTGTTAAANAATCNTGATAATGTGTTAGATNANNTCGGTAACCCNCATAGACCGAGTNANTGATAAAAACNGGCCAGTGAGTGANCAGCNTGTTGTCTTGACCTACATGTCTGNAGAATTCGAATNTTTCATTCAA----------------AGAGAA-ACATGCTTCGTGTTCATAATGTTTCCTTTT----ATATTTATC--TTTTAACGAATATGCTNGTTTTGA------T----ATTTNGAAAAAAA-T-ATGAGAA-T-T-A--ATAGTAATGACATAATTTAGTGTTAAGGAATATGTAGCAA-ACATATTCTAGAAAGGATGC----A----TTTTAATAATA---GATGTTTCAAAANTGGAAGTTCATGGTG--AGTGTTTANTNTGAT-TGCNTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTTAAGAATTANTAT-AATACATGTTTATATTCTTCNATTCAAT--TTCTGACC-----ATCAGAGTAGCTACATTATTATNAGAATATGCAACCTTTGACAAAAATATAACT---------CAA----GTNACNT--------CAACATAT--TGACCCCTGAACACCAGCAGGGGCCAACCTATTTTTCAAAGAAATGAATATTTAGTGAAACATGTATAA-TAAA---TT-ACAAAATGAAAAATGCATCGTGTNTGNTAGATGTAATAGTTCNCGAATGGTTCTAGCTCCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TNT--T--T--AA--GTA-TTT----AC--TT-AAATA---CTTAAA-AACNTAAA
Reference ( family-1032 )     : NNTGAATNTNCCATATTCCATAGGANCCATTATTGNCTNCATTATAATACAANATGTAATTCATGTTTTGGTAATTTTNGAGNGCAAANGNGTTGTACACACAAGCCGTGATANTCCTGCAGGANGGTACNAGAAGNGGNTTTGTTCATCTATANCCATANNACCAGCAGCANNCGCTGTTAAANAATCNTGATAATGTGTTAGATNANNTCGGTAACCCNCATAGACCGAGTNANTGATAAAAACNGGCCAGTGAGTGANCAGCNTGTTGTCTTGACCTACATGTCTGNAGAATTCGAATNTTTCATTCAA----------------AGAGAA-ACATGCTTCGTGTTCATAATGTTTCCTTTT----ATATTTATC--TTTTAACGAATATGCTNGTTTTGA------T----ATTTNGAAAAAAA-T-ATGAGAA-T-T-A--ATAGTAATGACATAATTTAGTGTTAAGGAATATGTAGCAA-ACATATTCTAGAAAGGATGC----A----TTTTAATAATA---GATGTTTCAAAANTGGAAGTTCATGGTG--AGTGTTTANTNTGAT-TGCNTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTTAAGAATTANTAT-AATACATGTTTATATTCTTCNATTCAAT--TTCTGACC-----ATCAGAGTAGCTACATTATTATNAGAATATGCAACCTTTGACAAAAATATAACT---------CAA----GTNACNT--------CAACATAT--TGACCCCTGAACACCAGCAGGGGCCAACCTATTTTTCAAAGAAATGAATATTTAGTGAAACATGTATAA-TAAA---TT-ACAAAATGAAAAATGCATCGTGTNTGNTAGATGTAATAGTTCNCGAATGGTTCTAGCTCCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TNT--T--T--AA--GTA-TNT----AC--TT-AAATA---CTTAAA-AACNTAAA
gi|1                          :   TGAATGTGCTATATTCCATAGGAACCAT-ATTGCCTACATTA--ATATAAAATGTAATTCATGTTTTGGTAATTTTTGAAGGCAAAAGCGTT-T------------TGATAATTCTGTAGGACGGTATTAAAAGCGGCTTTGTTTATCTATATTCATAATACCAGCAACATCCACTGTTAAAGAATCATGATAATGTATTAGATGAAATCGGTAACCTACATAGACCGAGTAAATGATAAAAACAGACCAGTGAGTGAATAACCTGTTGTCTTGATTTACATGTTTAGAGAATTTAAATATTTCATTTAA----------------AGAGAA-AC-TGCTTTGTGTTCATAATGTTTCCTTT-----ATATATAT---TTTTAACGATTATGCTTGTTTTGA------T----ATTTGGGGAAAAA-T-ATGAGAA-CGT-G--ATAGTAATGGCATAATTTAGTGTTAAGGAATATGTAGCAATATATATTCTAGAAAGGATCC----A----TTTTAATACTA---GATATTTCAAAAGTGGAAGTTCATGGTG--AGCGTTCGATATGAT-TATATGTTT---ATATAGATGCCGTGGATTTTTAAGAATTAATAT-AATACATATTTATATGCTTCAATTCAAT--TTTTGACC-----ATTAGGGTAGCTATATTATTATAAGAATATGCAACCTATAACAAAAATATAACT---------C-A----GTCACCT--------CAACATAT--TGAACCCTGAACACCAGCAGGGGCCAACCCATTTTTCCAAGAAATGAATATTTAGTGCAACATGTATAA-TAAAGTTTT-ACAAAATGAAAAATATATTGTGTTTGTTAGATGTAATAGTTCATGAATGGTTCTAGCTCCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TAT--T--T--AA--GTA-TAT----AC--TT-TAATA---CTAAAATAACAGAAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tcTGGTGCTGGGACCCG--GCTTCGGTTTCACAAACA-TAT--T--T--AA--GTA-TATTCTAAC--TT-AAA------TTAAA-GA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         taatgTAGC-CCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TAA--T--A--TA--GCA-TAC----AC--TTAAAATA---CATAGA-a
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      taaatgTCTGTTTCACCAACA-TAT--T--T--AA--GTA-TAT----AC--TG-AAATA---CATAAA-AACTTAAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      G--GCTACTGTTTCACCAATA-TTT--TC-T--GATTTTT-TTT----AT--TT-AAATA---CTTAAA-AAtcaaagaag
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aat--GCTTCTGTTTCACCATCA-TTTTCT--T--AA--AT--TTT----TC--TT-AAATA---CTTAAA-A
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gG--GCTCTTGTTTCATCAACACTGTC-T--T--AA--GT--TTT----AC--TG-AAATA---CTTAAA-Ag
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --GCTTCTTTTTCACAAACA-TTTTCT--T--GA--GT--TTT----AC--TT-GAATA---TTTAAA-A
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      c--GTTTCTGTATCACCAATA-TTT--TCTT--AA--GTT-TTT----AC--TT-AAATA---CATAAA-
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TG--GCTTCTGTATCACAAATT-TTTTCT--T--AA--GT--TTT----AC--TT-AAATA---CATAAA-t
gi|2                          :   TGAATTTCCCATAT---A-AGGACCTATTATTGACTTCATTATAATACAATATGTAATTCATGTTTTGATAATTTTGGAGTGCAAATAAGTTGTACACACAAGCCGTAATACTCCTGCAGGAAGGTACAAGAAGGGGGTTTGTTCATCTATAACCATACAACCAGCAGCAGATGCTGTTAAACAATCCTGATAATGTGTTAAATTACCTCAGTAACCCCCATAGATTTAGTCATTGATAAAAACTGGCCAGTAAATGACCAGCATGTTATCTTGACCTACATATCTGCAGAATTCAAATGTTTCATTCAA----------------GGAGAA-ACA-GCTTTGTGTTCATTATGATTCCTATT-----TATTT-TC--TTTTGAAGAATATGCCAATTTTAATGAATGT----ATTTGGAAGAAAA-TGATAATAAGT-T-A--ATAGTAATAACATAATTTAGTGTTAAAGAATATGTAGCA----ACATTCTAGAAAGAATGCAGGGA----TTTTAATAATA---GATGTTTCAAAAGTGGAAGTTCATGGTGTCTGTGTTTATCTTGAT-TGCCTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTTAAGAATTACTAT-AATACATGTTTATATTCTTGCATTCAAT--TTCTGACC-----ATCAGAGCAGCTACATTATTATTAGAATATGCAACCTTTGACAAAAATATAACT----------AA----GTTACAT--------CAACATATTATGACCCCAGAACACTAGTAGGGACCAACCTATTTTTCAAAAAAATGAATATTTAATGAAACATGTATAATTAAACG-TTAACAAA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tgTG--GCTTCTGTTCCGCCAATA-CTT--T--C--TC--ATG-TTTA---AC--TT-AGATA---CTTAAA-
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      G--GCTTCCATTTCACCAGTA-TTTTCT--T--AA--TT--TTT----AC--TT-AAATT---CTTAAA-A
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TG--GCTTCTGTTTAACAAATA-TTT--TC-T--TA--GT--TTT----AC--TT-AAATA---TTTAAA-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --GCTTCTGTTTTACCAACA-TTTTCT--T--AA--GTA-T-T----AT--TT-AAATA---CTTAA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --GCTTCTGT---ATCTACA-TTT--TCTT--AA--GT--TTT----AC--TC-AAATA---CTTAAA-AAt
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      G--GCTTCTGTTTAACCAACA-TTTTCT--C--AA--GT--TTT----AC--TG-AAATA---CT
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTTCTGTTTCACCAATA-TTT--T--CTGAA--GT--TTT----AC--TT-AAATA---CTT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aTCTGTTTCACTACTT-TCT--T--T--A---GT--TTT----AC--TT-AAATA---CTTAAA-AA
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TAGGTCCTG--GTTTCCGCTTCACCAACA-TAG--T--T--AA--GTA-TAT----AC--c
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TTTTCT--T--TA--G-A-TTT----AC--TA-AAATA---
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGCTTGTTTTGA------TGAGTATTTTGAAAGAAAGT-ATAAGAA-T-TTACCATA--AATGTCATTATTTAGTGTT--GCATTATGTAGCAA----TATTCTAGAAAGAAGGC----AGGGTTTTTAATAATA---GATGTTTCAAAATTGGAAGTTCATGGTG--AGTGTTTACTATGAT-TGTCTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTT-AGAATTAGT-T-AATACATGTTTATATTCTTCCATTCAAT--TTCTAACTATCAGATCAGAGTAGCTACATTATTATAAGAATATGCATCCTTTGACAAAAATGTAACTTGATGATCGCAAAAATGTAACTTGATGATCGCAATATAC--TGACCACTGAACACCAACAGGGGCCAATCTATTTTTCAAAGAAATGAATATTTAGTGAAAC-------------------------------ATGCATCCTATATGATA-ATATA--AGTTCCCTAATGGTTTTAGCTACTGTCACTTATGTTTCACTAACA-TAT--T--T--AA--GTATTAT----AC--TT-AAA------TTAGA-AA
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TCTGTTTTACCAACA-T-T--T--T--AA--GTA-TAT----AC--TG-AAATA---TTTAAA-aaaaaactacatttttaatccagatttaagactgcctgaagaaaatctgcatttcggttcattgacatttatgaaacagtagttatataacca
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTCTTGTTTCACCAACA-TAT--C--T---A--GTA-TAT----AC--TT-AAATA---C
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --GCTTCTGTCTCACCAATA-TTTTCT--T--TA--GT--TTT----AC--TT-AA
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TG--GCTTCTATTTTGCCAACA-TAT--T--T--AA--GTA-TAT----
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GTTTCACCAACA-TAT--T--C--AA--GTA-TAT----AC--TG-AAAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AATTCGAATCTTTTATTCAAGGGTTCTGTATACTACAGAGAAGACATGTTTCCTAT-AATAGTATTTTGTTTTGGAGATATTTATCATTTTTAATGAATAAATTAG----GA------A----AATTTACAAAAAA-T-TTGA----T-T-A--ATTATAATGATATAATTAAATGTTAATGAATAT--AGAAAGACATATTCTGAAAAAGATAC----A----T---AAAAATACTTAATGTTTT----TTGAAAGTTTATGGTA--AGTGTTTAATTTTATATACATCTTTTAAAAATAATTGATATCAAT---TATGAAC----ATCAATACAT-TTTATATTCTTCAA---AATGATT---ATC-----ATCAGCGTAGCAATAATATTATCAGAAAATGCAACCTTTAACAAAAATAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTCCTGTTTCACCAACT-TGT--TCGT--AA--G-A-TTT----ACTTTT-AAATATACTTTAAA-AA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tttcacgaacatattttagtgtatactcaaatatttaaacacttcaaatcaaaccgtcaaaagaatccatttttgcatgcgtttagacttgctctagaaaagctgcatttggctgcatttacctttctgaaagaataccaaggtatccagtcaacattaaatcaagatttCTACTGTTTCACCAACA-TAT--T--C--AA--ATA-TAT----AC--TT-AAATT---CTTAAA-AATCTAAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ataatccatattttaattaG--GCT-CTGATTCATCAGCA----------------GT--TTT----AC--TT-AAATA---CTCAAA-CACTTAAtataagtgatcgtgactgaattggctctaggaaaatacattttcgtttcactgtcatttatgaaagatataaagtaaccatttaaacgttaagtgtttgagtatttaagtaaaactgctgatgaatcagagcc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ataatccatattttaattactactgtttcaccaacatattcaaatatatacttaaattcttaaaaatctaaatataagtgatcgtgactgaattggctctaggaaaatacattttcgtttcactgtcatttatgaaagatataaagtaaccatttaaacgG--GCTTCTGTTTCACCAATA-TTT--TCTT--AA--G-A-TTT----AT--TT-AAATA---CTTAAA-AACGTAAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gattaaagaaaatttaagaaaccggtcaatactcaG--GCTCCTGTTTCACCAACT-TTT--T--T--AA--GT--TTA----AC--AT-AAATA---CTTAAA-AACTTAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): ATGAGTTATGACTGGTTCAAGAAGAACTGCATTTGGTTACATTGACATTGGTTAAAGAATGTTAAAGTAACCAATCAAAACTATATAAAGTTTTTATATACTTTTTTGTTAATCTTAGGTAGAAAATACTGGTGAAACAGAG
Unaligned ( gi|13 ): TTTGGTGTCATTGACATTGATTAAACAATATTAACATAACCAATCAAATTAAAGTTTTT






Alignments
lowQualScore                  :                 22222         1             11                                                55555555555555                                                                                                                                                                                                            8888888888888888      1  11                         444444       222                        44444444444             111    22222222222                                       3333                  333333333           111                            11               1         111                                 1                            11        22222                                                      9999999999999999999999999999999        11                                                                     77777777777777777777777                 1     11                                                 11111         1                                      
lowQualScore                  :        1 1      77777    1    5    1  1     88      1                         1   1     1 1   11111111111111     1          1     1     1  1              1     22          22          1    1                1 22          1        2   1 1          1             1    1                       1       0   1          8888888888888888      3  44    0    7               333333     7 555      3         1 3     77777777777    1 0      111    77777777777   6     1              3 0      2     9999                0 333333333 3         777        3   1               33        1 1    0   1 0   777      0          8   3     55555 0       6            1 3     33  6 0   55555     0                1                               0000000000000000000000000000000        88                                                             7       77777777777777777777777       2   1  1  5     88     1 2            6    22                  1 2 77777 11  11  3 1 1 333  11  1     222      1   1    
lowQualScore                  :        . .      .....    .    .    .  .     ..      .                         .   .     . .   ..............     .          .     .     .  .              .     ..          ..          .    .                . ..          .        .   . .          .             .    .                       .       .   .          ................      .  ..    .    .               ......     . ...      .         . .     ...........    . .      ...    ...........   .     .              . .      .     ....                . ......... .         ...        .   .               ..        . .    .   . .   ...      .          .   .     ..... .       .            . .     ..  . .   .....     .                .                               ...............................        ..                                                             .       .......................       .   .  .  .     ..     . .            .    ..                  . . ..... ..  ..  . . . ...  ..  .     ...      .   .    
lowQualScore                  :        0 0      00000    0    5    0  0     55      0                         0   0     0 0   00000000000000     0          0     0     0  0              0     00          00          0    0                0 00          0        5   0 0          0             0    0                       0       7   0          3333333333333333      3  77    7    3               000000     3 000      7         0 2     55555555555    0 8      000    00000000000   5     2              2 2      5     0000                2 555555555 2         555        2   0               88        0 0    0   0 8   555      2          8   2     00000 0       5            0 2     88  5 2   00000     8                0                               0000000000000000000000000000000        33                                                             3       22222222222222222222222       5   0  0  0     55     0 5            0    44                  3 7 44444 88  88  7 3 3 777  88  4     666      8   0    
consensus                     : NNTGAATNTNCCATATTCCATAGGANCCATTATTGNCTNCATTATAATACAANATGTAATTCATGTTTTGGTAATTTTNGAGNGCAAANGNGTTGTACACACAAGCCGTGATANTCCTGCAGGANGGTACNAGAAGNGGNTTTGTTCATCTATANCCATANNACCAGCAGCANNCGCTGTTAAANAATCNTGATAATGTGTTAGATNANNTCGGTAACCCNCATAGACCGAGTNANTGATAAAAACNGGCCAGTGAGTGANCAGCNTGTTGTCTTGACCTACATGTCTGNAGAATTCGAATNTTTCATTCAA----------------AGAGAA-ACATGCTTCGTGTTCATAATGTTTCCTTTT----ATATTTATC--TTTTAACGAATATGCTNGTTTTGA------T----ATTTNGAAAAAAA-T-ATGAGAA-T-T-A--ATAGTAATGACATAATTTAGTGTTAAGGAATATGTAGCAA-ACATATTCTAGAAAGGATGC----A----TTTTAATAATA---GATGTTTCAAAANTGGAAGTTCATGGTG--AGTGTTTANTNTGAT-TGCNTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTTAAGAATTANTAT-AATACATGTTTATATTCTTCNATTCAAT--TTCTGACC-----ATCAGAGTAGCTACATTATTATNAGAATATGCAACCTTTGACAAAAATATAACT---------CAA----GTNACNT--------CAACATAT--TGACCCCTGAACACCAGCAGGGGCCAACCTATTTTTCAAAGAAATGAATATTTAGTGAAACATGTATAA-TAAA---TT-ACAAAATGAAAAATGCATCGTGTNTGNTAGATGTAATAGTTCNCGAATGGTTCTAGCTCCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TNT--T--T--AA--GTAT-T-T---AC--TT-AAATA---CTTAAA-AACNTAAA
Reference ( family-1032 )     : NNTGAATNTNCCATATTCCATAGGANCCATTATTGNCTNCATTATAATACAANATGTAATTCATGTTTTGGTAATTTTNGAGNGCAAANGNGTTGTACACACAAGCCGTGATANTCCTGCAGGANGGTACNAGAAGNGGNTTTGTTCATCTATANCCATANNACCAGCAGCANNCGCTGTTAAANAATCNTGATAATGTGTTAGATNANNTCGGTAACCCNCATAGACCGAGTNANTGATAAAAACNGGCCAGTGAGTGANCAGCNTGTTGTCTTGACCTACATGTCTGNAGAATTCGAATNTTTCATTCAA----------------AGAGAA-ACATGCTTCGTGTTCATAATGTTTCCTTTT----ATATTTATC--TTTTAACGAATATGCTNGTTTTGA------T----ATTTNGAAAAAAA-T-ATGAGAA-T-T-A--ATAGTAATGACATAATTTAGTGTTAAGGAATATGTAGCAA-ACATATTCTAGAAAGGATGC----A----TTTTAATAATA---GATGTTTCAAAANTGGAAGTTCATGGTG--AGTGTTTANTNTGAT-TGCNTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTTAAGAATTANTAT-AATACATGTTTATATTCTTCNATTCAAT--TTCTGACC-----ATCAGAGTAGCTACATTATTATNAGAATATGCAACCTTTGACAAAAATATAACT---------CAA----GTNACNT--------CAACATAT--TGACCCCTGAACACCAGCAGGGGCCAACCTATTTTTCAAAGAAATGAATATTTAGTGAAACATGTATAA-TAAA---TT-ACAAAATGAAAAATGCATCGTGTNTGNTAGATGTAATAGTTCNCGAATGGTTCTAGCTCCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TNT--T--T--AA--GTAT-T-T---AC--TT-AAATA---CTTAAA-AACNTAAA
gi|1                          :   TGAATGTGCTATATTCCATAGGAACCAT-ATTGCCTACATTA--ATATAAAATGTAATTCATGTTTTGGTAATTTTTGAAGGCAAAAGCGTT-T------------TGATAATTCTGTAGGACGGTATTAAAAGCGGCTTTGTTTATCTATATTCATAATACCAGCAACATCCACTGTTAAAGAATCATGATAATGTATTAGATGAAATCGGTAACCTACATAGACCGAGTAAATGATAAAAACAGACCAGTGAGTGAATAACCTGTTGTCTTGATTTACATGTTTAGAGAATTTAAATATTTCATTTAA----------------AGAGAA-AC-TGCTTTGTGTTCATAATGTTTCCTTT-----ATATATAT---TTTTAACGATTATGCTTGTTTTGA------T----ATTTGGGGAAAAA-T-ATGAGAA-CGT-G--ATAGTAATGGCATAATTTAGTGTTAAGGAATATGTAGCAATATATATTCTAGAAAGGATCC----A----TTTTAATACTA---GATATTTCAAAAGTGGAAGTTCATGGTG--AGCGTTCGATATGAT-TATATGTTT---ATATAGATGCCGTGGATTTTTAAGAATTAATAT-AATACATATTTATATGCTTCAATTCAAT--TTTTGACC-----ATTAGGGTAGCTATATTATTATAAGAATATGCAACCTATAACAAAAATATAACT---------C-A----GTCACCT--------CAACATAT--TGAACCCTGAACACCAGCAGGGGCCAACCCATTTTTCCAAGAAATGAATATTTAGTGCAACATGTATAA-TAAAGTTTT-ACAAAATGAAAAATATATTGTGTTTGTTAGATGTAATAGTTCATGAATGGTTCTAGCTCCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TAT--T--T--AA--GTAT-A-T---AC--TT-TAATA---CTAAAATAACAGAAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tcTGGTGCTGGGACCCG--GCTTCGGTTTCACAAACA-TAT--T--T--AA--GTATAT-TCTAAC--TT-AAA------TTAAA-GA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         taatgTAGC-CCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TAA--T--A--TA--GCAT-A-C---AC--TTAAAATA---CATAGA-a
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      taaatgTCTGTTTCACCAACA-TAT--T--T--AA--GTAT-A-T---AC--TG-AAATA---CATAAA-AACTTAAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      G--GCTACTGTTTCACCAATA-TTT--TC-T--GATTTTTT-T-T---AT--TT-AAATA---CTTAAA-AAtcaaagaag
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aat--GCTTCTGTTTCACCATCA-TTTTCT--T--AA--AT-T-T-T---TC--TT-AAATA---CTTAAA-A
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gG--GCTCTTGTTTCATCAACACTGTC-T--T--AA--GT-T-T-T---AC--TG-AAATA---CTTAAA-Ag
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --GCTTCTTTTTCACAAACA-TTTTCT--T--GA--GT-T-T-T---AC--TT-GAATA---TTTAAA-A
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      c--GTTTCTGTATCACCAATA-TTT--TCTT--AA--GTTT-T-T---AC--TT-AAATA---CATAAA-
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TG--GCTTCTGTATCACAAATT-TTT--TCTT--AA--GT-T-T-T---AC--TT-AAATA---CATAAA-t
gi|2                          :   TGAATTTCCCATAT---A-AGGACCTATTATTGACTTCATTATAATACAATATGTAATTCATGTTTTGATAATTTTGGAGTGCAAATAAGTTGTACACACAAGCCGTAATACTCCTGCAGGAAGGTACAAGAAGGGGGTTTGTTCATCTATAACCATACAACCAGCAGCAGATGCTGTTAAACAATCCTGATAATGTGTTAAATTACCTCAGTAACCCCCATAGATTTAGTCATTGATAAAAACTGGCCAGTAAATGACCAGCATGTTATCTTGACCTACATATCTGCAGAATTCAAATGTTTCATTCAA----------------GGAGAA-ACA-GCTTTGTGTTCATTATGATTCCTATT-----TATTT-TC--TTTTGAAGAATATGCCAATTTTAATGAATGT----ATTTGGAAGAAAA-TGATAATAAGT-T-A--ATAGTAATAACATAATTTAGTGTTAAAGAATATGTAGCA----ACATTCTAGAAAGAATGCAGGGA----TTTTAATAATA---GATGTTTCAAAAGTGGAAGTTCATGGTGTCTGTGTTTATCTTGAT-TGCCTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTTAAGAATTACTAT-AATACATGTTTATATTCTTGCATTCAAT--TTCTGACC-----ATCAGAGCAGCTACATTATTATTAGAATATGCAACCTTTGACAAAAATATAACT----------AA----GTTACAT--------CAACATATTATGACCCCAGAACACTAGTAGGGACCAACCTATTTTTCAAAAAAATGAATATTTAATGAAACATGTATAATTAAACG-TTAACAAA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tgTG--GCTTCTGTTCCGCCAATA-CTT--T--C--TC--ATGT-T-TA--AC--TT-AGATA---CTTAAA-
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      G--GCTTCCATTTCACCAGTA-TTT--TCTT--AA--TT-T-T-T---AC--TT-AAATT---CTTAAA-A
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TG--GCTTCTGTTTAACAAATA-TTT--TC-T--TA--GT-T-T-T---AC--TT-AAATA---TTTAAA-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --GCTTCTGTTTTACCAACA-TTTTCT--T--AA--GTA--T-T---AT--TT-AAATA---CTTAA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --GCTTCTGT---ATCTACA-TTT--TCTT--AA--GT-T-T-T---AC--TC-AAATA---CTTAAA-AAt
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      G--GCTTCTGTTTAACCAACA-TTTTCT--C--AA--GT-T-T-T---AC--TG-AAATA---CT
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTTCTGTTTCACCAATA-TTT--T--CTGAA--GT-T-T-T---AC--TT-AAATA---CTT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aTCTGTTTCACTACTT-TCT--T--T--A---GT-T-T-T---AC--TT-AAATA---CTTAAA-AA
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TAGGTCCTG--GTTTCCGCTTCACCAACA-TAG--T--T--AA--GTAT-A-T---AC--c
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TTTTCT--T--TA--G-AT-T-T---AC--TA-AAATA---
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGCTTGTTTTGA------TGAGTATTTTGAAAGAAAGT-ATAAGAA-T-TTACCATA--AATGTCATTATTTAGTGTT--GCATTATGTAGCAA----TATTCTAGAAAGAAGGC----AGGGTTTTTAATAATA---GATGTTTCAAAATTGGAAGTTCATGGTG--AGTGTTTACTATGAT-TGTCTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTT-AGAATTAGT-T-AATACATGTTTATATTCTTCCATTCAAT--TTCTAACTATCAGATCAGAGTAGCTACATTATTATAAGAATATGCATCCTTTGACAAAAATGTAACTTGATGATCGCAAAAATGTAACTTGATGATCGCAATATAC--TGACCACTGAACACCAACAGGGGCCAATCTATTTTTCAAAGAAATGAATATTTAGTGAAAC-------------------------------ATGCATCCTATATGATA-ATATA--AGTTCCCTAATGGTTTTAGCTACTGTCACTTATGTTTCACTAACA-TAT--T--T--AA--GTAT-TAT---AC--TT-AAA------TTAGA-AA
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TCTGTTTTACCAACA-T-T--T--T--AA--GTAT-A-T---AC--TG-AAATA---TTTAAA-aaaaaactacatttttaatccagatttaagactgcctgaagaaaatctgcatttcggttcattgacatttatgaaacagtagttatataacca
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTCTTGTTTCACCAACA-TAT--C--T---A--GTAT-A-T---AC--TT-AAATA---C
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --GCTTCTGTCTCACCAATA-TTTTCT--T--TA--GT-T-T-T---AC--TT-AA
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TG--GCTTCTATTTTGCCAACA-TAT--T--T--AA--GTAT-
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GTTTCACCAACA-TAT--T--C--AA--GTAT-A-T---AC--TG-AAATat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AATTCGAATCTTTTATTCAAGGGTTCTGTATACTACAGAGAAGACATGTTTCCTAT-AATAGTATTTTGTTTTGGAGATATTTATCATTTTTAATGAATAAATTAG----GA------A----AATTTACAAAAAA-T-TTGA----T-T-A--ATTATAATGATATAATTAAATGTTAATGAATAT--AGAAAGACATATTCTGAAAAAGATAC----A----T---AAAAATACTTAATGTTTT----TTGAAAGTTTATGGTA--AGTGTTTAATTTTATATACATCTTTTAAAAATAATTGATATCAAT---TATGAAC----ATCAATACAT-TTTATATTCTTCAA---AATGATT---ATC-----ATCAGCGTAGCAATAATATTATCAGAAAATGCAACCTTTAACAAAAATAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTCCTGTTTCACCAACT-TGT--TCGT--AA--G-AT-T-T---ACTTTT-AAATATACTTTAAA-AA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tttcacgaacatattttagtgtatactcaaatatttaaacacttcaaatcaaaccgtcaaaagaatccatttttgcatgcgtttagacttgctctagaaaagctgcatttggctgcatttacctttctgaaagaataccaaggtatccagtcaacattaaatcaagatttCTACTGTTTCACCAACA-TAT--T--C--AA--ATAT-A-T---AC--TT-AAATT---CTTAAA-AATCTAAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ataatccatattttaattaG--GCT-CTGATTCATCAGCA----------------GT-T-T-T---AC--TT-AAATA---CTCAAA-CACTTAAtataagtgatcgtgactgaattggctctaggaaaatacattttcgtttcactgtcatttatgaaagatataaagtaaccatttaaacgttaagtgtttgagtatttaagtaaaactgctgatgaatcagagcc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ataatccatattttaattactactgtttcaccaacatattcaaatatatacttaaattcttaaaaatctaaatataagtgatcgtgactgaattggctctaggaaaatacattttcgtttcactgtcatttatgaaagatataaagtaaccatttaaacgG--GCTTCTGTTTCACCAATA-TTT--TCTT--AA--G-AT-T-T---AT--TT-AAATA---CTTAAA-AACGTAAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gattaaagaaaatttaagaaaccggtcaatactcaG--GCTCCTGTTTCACCAACT-TTT--T--T--AA--GT-T-T-A---AC--AT-AAATA---CTTAAA-AACTTAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): ATGAGTTATGACTGGTTCAAGAAGAACTGCATTTGGTTACATTGACATTGGTTAAAGAATGTTAAAGTAACCAATCAAAACTATATAAAGTTTTTATATACTTTTTTGTTAATCTTAGGTAGAAAATACTGGTGAAACAGAG
Unaligned ( gi|13 ): TTTGGTGTCATTGACATTGATTAAACAATATTAACATAACCAATCAAATTAAAGTTTTT






Alignments
lowQualScore                  :                 22222         1             11                                                55555555555555                                                                                                                                                                                                            8888888888888888      1  11                         444444       222                        44444444444             111    22222222222                                       3333                  333333333           111                            11               1         111                                 1                            11        22222                                                      9999999999999999999999999999999        11                                                                     77777777777777777777777                 1     11                                                 11111         1                                      
lowQualScore                  :        1 1      77777    1    5    1  1     88      1                         1   1     1 1   11111111111111     1          1     1     1  1              1     22          22          1    1                1 22          1        2   1 1          1             1    1                       1       0   1          8888888888888888      3  44    0    7               333333     7 555      3         1 3     77777777777    1 0      111    77777777777   6     1              3 0      2     9999                0 333333333 3         777        3   1               33        1 1    0   1 0   777      0          8   3     55555 0       6            1 3     33  6 0   55555     0                1                               0000000000000000000000000000000        88                                                             7       77777777777777777777777       2   1  1  5     88     1 2            6    22                  1 2 77777 11  11  3 1 1 333  11  1     222      1   1    
lowQualScore                  :        . .      .....    .    .    .  .     ..      .                         .   .     . .   ..............     .          .     .     .  .              .     ..          ..          .    .                . ..          .        .   . .          .             .    .                       .       .   .          ................      .  ..    .    .               ......     . ...      .         . .     ...........    . .      ...    ...........   .     .              . .      .     ....                . ......... .         ...        .   .               ..        . .    .   . .   ...      .          .   .     ..... .       .            . .     ..  . .   .....     .                .                               ...............................        ..                                                             .       .......................       .   .  .  .     ..     . .            .    ..                  . . ..... ..  ..  . . . ...  ..  .     ...      .   .    
lowQualScore                  :        0 0      00000    0    5    0  0     55      0                         0   0     0 0   00000000000000     0          0     0     0  0              0     00          00          0    0                0 00          0        5   0 0          0             0    0                       0       7   0          3333333333333333      3  77    7    3               000000     3 000      7         0 2     55555555555    0 8      000    00000000000   5     2              2 2      5     0000                2 555555555 2         555        2   0               88        0 0    0   0 8   555      2          8   2     00000 0       5            0 2     88  5 2   00000     8                0                               0000000000000000000000000000000        33                                                             3       22222222222222222222222       5   0  0  0     55     0 5            0    44                  3 7 44444 88  88  7 3 3 777  88  4     666      8   0    
consensus                     : NNTGAATNTNCCATATTCCATAGGANCCATTATTGNCTNCATTATAATACAANATGTAATTCATGTTTTGGTAATTTTNGAGNGCAAANGNGTTGTACACACAAGCCGTGATANTCCTGCAGGANGGTACNAGAAGNGGNTTTGTTCATCTATANCCATANNACCAGCAGCANNCGCTGTTAAANAATCNTGATAATGTGTTAGATNANNTCGGTAACCCNCATAGACCGAGTNANTGATAAAAACNGGCCAGTGAGTGANCAGCNTGTTGTCTTGACCTACATGTCTGNAGAATTCGAATNTTTCATTCAA----------------AGAGAA-ACATGCTTCGTGTTCATAATGTTTCCTTTT----ATATTTATC--TTTTAACGAATATGCTNGTTTTGA------T----ATTTNGAAAAAAA-T-ATGAGAA-T-T-A--ATAGTAATGACATAATTTAGTGTTAAGGAATATGTAGCAA-ACATATTCTAGAAAGGATGC----A----TTTTAATAATA---GATGTTTCAAAANTGGAAGTTCATGGTG--AGTGTTTANTNTGAT-TGCNTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTTAAGAATTANTAT-AATACATGTTTATATTCTTCNATTCAAT--TTCTGACC-----ATCAGAGTAGCTACATTATTATNAGAATATGCAACCTTTGACAAAAATATAACT---------CAA----GTNACNT--------CAACATAT--TGACCCCTGAACACCAGCAGGGGCCAACCTATTTTTCAAAGAAATGAATATTTAGTGAAACATGTATAA-TAAA---TT-ACAAAATGAAAAATGCATCGTGTNTGNTAGATGTAATAGTTCNCGAATGGTTCTAGCTCCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TNT--T--T--AA--GTAT-T-T---AC--TT-AAATA---CTTAAA-AACNTAAA
Reference ( family-1032 )     : NNTGAATNTNCCATATTCCATAGGANCCATTATTGNCTNCATTATAATACAANATGTAATTCATGTTTTGGTAATTTTNGAGNGCAAANGNGTTGTACACACAAGCCGTGATANTCCTGCAGGANGGTACNAGAAGNGGNTTTGTTCATCTATANCCATANNACCAGCAGCANNCGCTGTTAAANAATCNTGATAATGTGTTAGATNANNTCGGTAACCCNCATAGACCGAGTNANTGATAAAAACNGGCCAGTGAGTGANCAGCNTGTTGTCTTGACCTACATGTCTGNAGAATTCGAATNTTTCATTCAA----------------AGAGAA-ACATGCTTCGTGTTCATAATGTTTCCTTTT----ATATTTATC--TTTTAACGAATATGCTNGTTTTGA------T----ATTTNGAAAAAAA-T-ATGAGAA-T-T-A--ATAGTAATGACATAATTTAGTGTTAAGGAATATGTAGCAA-ACATATTCTAGAAAGGATGC----A----TTTTAATAATA---GATGTTTCAAAANTGGAAGTTCATGGTG--AGTGTTTANTNTGAT-TGCNTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTTAAGAATTANTAT-AATACATGTTTATATTCTTCNATTCAAT--TTCTGACC-----ATCAGAGTAGCTACATTATTATNAGAATATGCAACCTTTGACAAAAATATAACT---------CAA----GTNACNT--------CAACATAT--TGACCCCTGAACACCAGCAGGGGCCAACCTATTTTTCAAAGAAATGAATATTTAGTGAAACATGTATAA-TAAA---TT-ACAAAATGAAAAATGCATCGTGTNTGNTAGATGTAATAGTTCNCGAATGGTTCTAGCTCCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TNT--T--T--AA--GTAT-T-T---AC--TT-AAATA---CTTAAA-AACNTAAA
gi|1                          :   TGAATGTGCTATATTCCATAGGAACCAT-ATTGCCTACATTA--ATATAAAATGTAATTCATGTTTTGGTAATTTTTGAAGGCAAAAGCGTT-T------------TGATAATTCTGTAGGACGGTATTAAAAGCGGCTTTGTTTATCTATATTCATAATACCAGCAACATCCACTGTTAAAGAATCATGATAATGTATTAGATGAAATCGGTAACCTACATAGACCGAGTAAATGATAAAAACAGACCAGTGAGTGAATAACCTGTTGTCTTGATTTACATGTTTAGAGAATTTAAATATTTCATTTAA----------------AGAGAA-AC-TGCTTTGTGTTCATAATGTTTCCTTT-----ATATATAT---TTTTAACGATTATGCTTGTTTTGA------T----ATTTGGGGAAAAA-T-ATGAGAA-CGT-G--ATAGTAATGGCATAATTTAGTGTTAAGGAATATGTAGCAATATATATTCTAGAAAGGATCC----A----TTTTAATACTA---GATATTTCAAAAGTGGAAGTTCATGGTG--AGCGTTCGATATGAT-TATATGTTT---ATATAGATGCCGTGGATTTTTAAGAATTAATAT-AATACATATTTATATGCTTCAATTCAAT--TTTTGACC-----ATTAGGGTAGCTATATTATTATAAGAATATGCAACCTATAACAAAAATATAACT---------C-A----GTCACCT--------CAACATAT--TGAACCCTGAACACCAGCAGGGGCCAACCCATTTTTCCAAGAAATGAATATTTAGTGCAACATGTATAA-TAAAGTTTT-ACAAAATGAAAAATATATTGTGTTTGTTAGATGTAATAGTTCATGAATGGTTCTAGCTCCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TAT--T--T--AA--GTAT-A-T---AC--TT-TAATA---CTAAAATAACAGAAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tcTGGTGCTGGGACCCG--GCTTCGGTTTCACAAACA-TAT--T--T--AA--GTATAT-TCTAAC--TT-AAA------TTAAA-GA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         taatgTAGC-CCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TAA--T--A--TA--GCAT-A-C---AC--TTAAAATA---CATAGA-a
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      taaatgTCTGTTTCACCAACA-TAT--T--T--AA--GTAT-A-T---AC--TG-AAATA---CATAAA-AACTTAAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      G--GCTACTGTTTCACCAATA-TTT--TC-T--GATTTTTT-T-T---AT--TT-AAATA---CTTAAA-AAtcaaagaag
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aat--GCTTCTGTTTCACCATCA-TTTTCT--T--AA--AT-T-T-T---TC--TT-AAATA---CTTAAA-A
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gG--GCTCTTGTTTCATCAACACTGTC-T--T--AA--GT-T-T-T---AC--TG-AAATA---CTTAAA-Ag
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --GCTTCTTTTTCACAAACA-TTTTCT--T--GA--GT-T-T-T---AC--TT-GAATA---TTTAAA-A
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      c--GTTTCTGTATCACCAATA-TTT--TCTT--AA--GTTT-T-T---AC--TT-AAATA---CATAAA-
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TG--GCTTCTGTATCACAAATT-TTT--TCTT--AA--GT-T-T-T---AC--TT-AAATA---CATAAA-t
gi|2                          :   TGAATTTCCCATAT---A-AGGACCTATTATTGACTTCATTATAATACAATATGTAATTCATGTTTTGATAATTTTGGAGTGCAAATAAGTTGTACACACAAGCCGTAATACTCCTGCAGGAAGGTACAAGAAGGGGGTTTGTTCATCTATAACCATACAACCAGCAGCAGATGCTGTTAAACAATCCTGATAATGTGTTAAATTACCTCAGTAACCCCCATAGATTTAGTCATTGATAAAAACTGGCCAGTAAATGACCAGCATGTTATCTTGACCTACATATCTGCAGAATTCAAATGTTTCATTCAA----------------GGAGAA-ACA-GCTTTGTGTTCATTATGATTCCTATT-----TATTT-TC--TTTTGAAGAATATGCCAATTTTAATGAATGT----ATTTGGAAGAAAA-TGATAATAAGT-T-A--ATAGTAATAACATAATTTAGTGTTAAAGAATATGTAGCA----ACATTCTAGAAAGAATGCAGGGA----TTTTAATAATA---GATGTTTCAAAAGTGGAAGTTCATGGTGTCTGTGTTTATCTTGAT-TGCCTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTTAAGAATTACTAT-AATACATGTTTATATTCTTGCATTCAAT--TTCTGACC-----ATCAGAGCAGCTACATTATTATTAGAATATGCAACCTTTGACAAAAATATAACT----------AA----GTTACAT--------CAACATATTATGACCCCAGAACACTAGTAGGGACCAACCTATTTTTCAAAAAAATGAATATTTAATGAAACATGTATAATTAAACG-TTAACAAA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tgTG--GCTTCTGTTCCGCCAATA-CTT--T--C--TC--ATGT-T-TA--AC--TT-AGATA---CTTAAA-
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      G--GCTTCCATTTCACCAGTA-TTT--TCTT--AA--TT-T-T-T---AC--TT-AAATT---CTTAAA-A
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TG--GCTTCTGTTTAACAAATA-TTT--TC-T--TA--GT-T-T-T---AC--TT-AAATA---TTTAAA-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --GCTTCTGTTTTACCAACA-TTTTCT--T--AA--GTA--T-T---AT--TT-AAATA---CTTAA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --GCTTCTGT---ATCTACA-TTT--TCTT--AA--GT-T-T-T---AC--TC-AAATA---CTTAAA-AAt
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      G--GCTTCTGTTTAACCAACA-TTTTCT--C--AA--GT-T-T-T---AC--TG-AAATA---CT
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTTCTGTTTCACCAATA-TTT--T--CTGAA--GT-T-T-T---AC--TT-AAATA---CTT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aTCTGTTTCACTACTT-TCT--T--T--A---GT-T-T-T---AC--TT-AAATA---CTTAAA-AA
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TAGGTCCTG--GTTTCCGCTTCACCAACA-TAG--T--T--AA--GTAT-A-T---AC--c
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TTTTCT--T--TA--G-AT-T-T---AC--TA-AAATA---
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGCTTGTTTTGA------TGAGTATTTTGAAAGAAAGT-ATAAGAA-T-TTACCATA--AATGTCATTATTTAGTGTT--GCATTATGTAGCAA----TATTCTAGAAAGAAGGC----AGGGTTTTTAATAATA---GATGTTTCAAAATTGGAAGTTCATGGTG--AGTGTTTACTATGAT-TGTCTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTT-AGAATTAGT-T-AATACATGTTTATATTCTTCCATTCAAT--TTCTAACTATCAGATCAGAGTAGCTACATTATTATAAGAATATGCATCCTTTGACAAAAATGTAACTTGATGATCGCAAAAATGTAACTTGATGATCGCAATATAC--TGACCACTGAACACCAACAGGGGCCAATCTATTTTTCAAAGAAATGAATATTTAGTGAAAC-------------------------------ATGCATCCTATATGATA-ATATA--AGTTCCCTAATGGTTTTAGCTACTGTCACTTATGTTTCACTAACA-TAT--T--T--AA--GTAT-TAT---AC--TT-AAA------TTAGA-AA
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TCTGTTTTACCAACA-T-T--T--T--AA--GTAT-A-T---AC--TG-AAATA---TTTAAA-aaaaaactacatttttaatccagatttaagactgcctgaagaaaatctgcatttcggttcattgacatttatgaaacagtagttatataacca
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTCTTGTTTCACCAACA-TAT--C--T---A--GTAT-A-T---AC--TT-AAATA---C
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --GCTTCTGTCTCACCAATA-TTTTCT--T--TA--GT-T-T-T---AC--TT-AA
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TG--GCTTCTATTTTGCCAACA-TAT--T--T--AA--GTAT-
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GTTTCACCAACA-TAT--T--C--AA--GTAT-A-T---AC--TG-AAATat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AATTCGAATCTTTTATTCAAGGGTTCTGTATACTACAGAGAAGACATGTTTCCTAT-AATAGTATTTTGTTTTGGAGATATTTATCATTTTTAATGAATAAATTAG----GA------A----AATTTACAAAAAA-T-TTGA----T-T-A--ATTATAATGATATAATTAAATGTTAATGAATAT--AGAAAGACATATTCTGAAAAAGATAC----A----T---AAAAATACTTAATGTTTT----TTGAAAGTTTATGGTA--AGTGTTTAATTTTATATACATCTTTTAAAAATAATTGATATCAAT---TATGAAC----ATCAATACAT-TTTATATTCTTCAA---AATGATT---ATC-----ATCAGCGTAGCAATAATATTATCAGAAAATGCAACCTTTAACAAAAATAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTCCTGTTTCACCAACT-TGT--TCGT--AA--G-AT-T-T---ACTTTT-AAATATACTTTAAA-AA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tttcacgaacatattttagtgtatactcaaatatttaaacacttcaaatcaaaccgtcaaaagaatccatttttgcatgcgtttagacttgctctagaaaagctgcatttggctgcatttacctttctgaaagaataccaaggtatccagtcaacattaaatcaagatttCTACTGTTTCACCAACA-TAT--T--C--AA--ATAT-A-T---AC--TT-AAATT---CTTAAA-AATCTAAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ataatccatattttaattaG--GCT-CTGATTCATCAGCA----------------GT-T-T-T---AC--TT-AAATA---CTCAAA-CACTTAAtataagtgatcgtgactgaattggctctaggaaaatacattttcgtttcactgtcatttatgaaagatataaagtaaccatttaaacgttaagtgtttgagtatttaagtaaaactgctgatgaatcagagcc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ataatccatattttaattactactgtttcaccaacatattcaaatatatacttaaattcttaaaaatctaaatataagtgatcgtgactgaattggctctaggaaaatacattttcgtttcactgtcatttatgaaagatataaagtaaccatttaaacgG--GCTTCTGTTTCACCAATA-TTT--TCTT--AA--G-AT-T-T---AT--TT-AAATA---CTTAAA-AACGTAAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gattaaagaaaatttaagaaaccggtcaatactcaG--GCTCCTGTTTCACCAACT-TTT--T--T--AA--GT-T-T-A---AC--AT-AAATA---CTTAAA-AACTTAA


blockSeqs                     :        T C      A        C    T    A  T     TA      T                         G   T     T A   GTACACACAAGCCG     C          A     A     G  G              A     CA          GA          C    C                T CC          C        T   C T          T             C    A                       C           G          GGGTTCTGTATACTAC      G  AT         T               TGGAGA     A CAT      A         A T     TGAATGT        G        TG     GAATTTACC     G     A              A        G     AGAC                  AGGGA     T         CTT        A   G               TC        T T    A   C     TAA                 G   A     TACTA C       G            C T     GA  C     ATCAG                      T                               TGATGATCGCAAAAATGTAACTTGATGATCG        TA                                                             A       .                             C   A  A  .     .      C T            A    TC                  C A TCT   TG  TT  A A A CTA  TT  A     TAC      .   T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              C          .                     .  A          .               T          . C        T         T T     TGAGT          T        GT     TAAGTTA       A     T              A        G     A                     AGGGT     T         .          A   T               .         C A    .   C     .                   G   A     TAGT  .       G            C T     .   C     .                          A                               AAGTTACAT                              .                                                              .                                                                           T    .                   . A TCT   .   .   A . . A    .   .     .        .   C
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             A .     A              T        T      TTA           .     A              .        .     .                     A         .         .          .   T               .         A T    .   A     .                   .   .     A     .       .            A .     .   .     .                          C                                                                                                                                                                                                                 T    .                   . A TCT   .   .   A . . .    .   .     .        .   T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .    .                   . T TCT   .   .   T . . .    .   .     .        .   G
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .                   . T TCT   .   .   T . . .    .   .     .        .   T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .                   . G TCT   .   .   G . . .    .   .     .        .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .                   . T TCT   .   .   A . . .    .   .     .        .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .                   . T TCT   .   .   A . . .    .   .     .        .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .                   . T TCT   .   .   A . . .    .   .     .        .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .                   . T TCT   .   .   A . . .    .   .     .        .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .                   . T TCG   .   .   A . . .    .   .     .        .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .                   . T TCT   .   .   A . . .    .   .     .        .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .                   . T TC    .   .   A . . .    .   .     .        .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .                   . T CT    .   .   A . . .    .   .     .        .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .                   . T TC    .   .   A . . .    .   .     .        .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .                   . T T     .   .   A . . .    .   .     .        .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .                   . C T     .   .   A . . .    .   .     .        .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .                   . A T     .   .   . . . .    .   .     .        .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .                   . T T     .   .   . . . .    .   .     .        .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .                   . A T     .   .   . . . .    .   .     .        .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .                   . A T     .   .   . . . .    .   .     .        .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .                   . T T     .   .   . . . .    .   .     .             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           . A T     .   .   . . . .    .   .     .             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           . A T     .   .   . . . .    .   .     .             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           . G C     .   .   . . . .    .   .     .             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           . A T     .   .   . . . .    .   .     .             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           . T T     .   .   . . . .    .   .                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           . T T     .   .   . . . .    .   .                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           . . T     .   .   . . . .    .                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           . . .     .   .   . .                                


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : NNTGAATNTNCCATATTCCATAGGANCCATTATTGNCTNCATTATAATACAANATGTAATTCATGTTTTGGTAATTTTNGAGNGCAAANGNGTTGTACACACAAGCCGTGATANTCCTGCAGGANGGTACNAGAAGNGGNTTTGTTCATCTATANCCATANNACCAGCAGCANNCGCTGTTAAANAATCNTGATAATGTGTTAGATNANNTCGGTAACCCNCATAGACCGAGTNANTGATAAAAACNGGCCAGTGAGTGANCAGCNTGTTGTCTTGACCTACATGTCTGNAGAATTCGAATNTTTCATTCAA----------------AGAGAA-ACATGCTTCGTGTTCATAATGTTTCCTTTT----ATATTTATC--TTTTAACGAATATGCTNGTTTTGA------T----ATTTNGAAAAAAA-T-ATGAGAA-T-T-A--ATAGTAATGACATAATTTAGTGTTAAGGAATATGTAGCAA-ACATATTCTAGAAAGGATGC----A----TTTTAATAATA---GATGTTTCAAAANTGGAAGTTCATGGTG--AGTGTTTANTNTGAT-TGCNTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTTAAGAATTANTAT-AATACATGTTTATATTCTTCNATTCAAT--TTCTGACC-----ATCAGAGTAGCTACATTATTATNAGAATATGCAACCTTTGACAAAAATATAACT---------CAA----GTNACNT--------CAACATAT--TGACCCCTGAACACCAGCAGGGGCCAACCTATTTTTCAAAGAAATGAATATTTAGTGAAACATGTATAA-TAAA---TT-ACAAAATGAAAAATGCATCGTGTNTGNTAGATGTAATAGTTCNCGAATGGTTCTAGCTCCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TNT--T--T--AA--GTAT-T-T---AC--TT-AAATA---CTTAAA-AACNTAAA
finalCons                     : NNTGAATNTNCCATATTCCATAGGANCCATTATTGNCTNCATTATAATACAANATGTAATTCATGTTTTGGTAATTTTNGAGNGCAAANGNGTTGTACACACAAGCCGTGATANTCCTGCAGGANGGTACNAGAAGNGGNTTTGTTCATCTATANCCATANNACCAGCAGCANNCGCTGTTAAANAATCNTGATAATGTGTTAGATNANNTCGGTAACCCNCATAGACCGAGTNANTGATAAAAACNGGCCAGTGAGTGANCAGCNTGTTGTCTTGACCTACATGTCTGNAGAATTCGAATNTTTCATTCAA----------------AGAGAA-ACATGCTTCGTGTTCATAATGTTTCCTTTT----ATATTTATC--TTTTAACGAATATGCTNGTTTTGA------T----ATTTNGAAAAAAA-T-ATGAGAA-T-T-A--ATAGTAATGACATAATTTAGTGTTAAGGAATATGTAGCAA-ACATATTCTAGAAAGGATGC----A----TTTTAATAATA---GATGTTTCAAAANTGGAAGTTCATGGTG--AGTGTTTANTNTGAT-TGCNTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTTAAGAATTANTAT-AATACATGTTTATATTCTTCNATTCAAT--TTCTGACC-----ATCAGAGTAGCTACATTATTATNAGAATATGCAACCTTTGACAAAAATATAACT---------CAA----GTNACNT--------CAACATAT--TGACCCCTGAACACCAGCAGGGGCCAACCTATTTTTCAAAGAAATGAATATTTAGTGAAACATGTATAA-TAAA---TT-ACAAAATGAAAAATGCATCGTGTNTGNTAGATGTAATAGTTCNCGAATGGTTCTAGCTCCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TNT--T--T--AA--GTAT-T-T---AC--TT-AAATA---CTTAAA-AACNTAAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): ATGAGTTATGACTGGTTCAAGAAGAACTGCATTTGGTTACATTGACATTGGTTAAAGAATGTTAAAGTAACCAATCAAAACTATATAAAGTTTTTATATACTTTTTTGTTAATCTTAGGTAGAAAATACTGGTGAAACAGAG
Unaligned ( gi|13 ): TTTGGTGTCATTGACATTGATTAAACAATATTAACATAACCAATCAAATTAAAGTTTTT






Alignments
lowQualScore                  :                 22222         1             11                                                55555555555555                                                                                                                                                                                                            8888888888888888      1  11                         444444       222                        44444444444             111    22222222222                                       3333                  333333333           111                            11               1         111                                 1                            11        22222                                                      9999999999999999999999999999999        11                                                                     77777777777777777777777                 1     11                                                 11111         1                                      
lowQualScore                  :        1 1      77777    1    5    1  1     88      1                         1   1     1 1   11111111111111     1          1     1     1  1              1     22          22          1    1                1 22          1        2   1 1          1             1    1                       1       0   1          8888888888888888      3  44    0    7               333333     7 555      3         1 3     77777777777    1 0      111    77777777777   6     1              3 0      2     9999                0 333333333 3         777        3   1               33        1 1    0   1 0   777      0          8   3     55555 0       6            1 3     33  6 0   55555     0                1                               0000000000000000000000000000000        88                                                             7       77777777777777777777777       2   1  1  5     88     1 2            6    22                  1 2 77777 11  11  3 1 1 333  11  1     222      1   1    
lowQualScore                  :        . .      .....    .    .    .  .     ..      .                         .   .     . .   ..............     .          .     .     .  .              .     ..          ..          .    .                . ..          .        .   . .          .             .    .                       .       .   .          ................      .  ..    .    .               ......     . ...      .         . .     ...........    . .      ...    ...........   .     .              . .      .     ....                . ......... .         ...        .   .               ..        . .    .   . .   ...      .          .   .     ..... .       .            . .     ..  . .   .....     .                .                               ...............................        ..                                                             .       .......................       .   .  .  .     ..     . .            .    ..                  . . ..... ..  ..  . . . ...  ..  .     ...      .   .    
lowQualScore                  :        0 0      00000    0    5    0  0     55      0                         0   0     0 0   00000000000000     0          0     0     0  0              0     00          00          0    0                0 00          0        5   0 0          0             0    0                       0       7   0          3333333333333333      3  77    7    3               000000     3 000      7         0 2     55555555555    0 8      000    00000000000   5     2              2 2      5     0000                2 555555555 2         555        2   0               88        0 0    0   0 8   555      2          8   2     00000 0       5            0 2     88  5 2   00000     8                0                               0000000000000000000000000000000        33                                                             3       22222222222222222222222       5   0  0  0     55     0 5            0    44                  3 7 44444 88  88  7 3 3 777  88  4     666      8   0    
consensus                     : NNTGAATNTNCCATATTCCATAGGANCCATTATTGNCTNCATTATAATACAANATGTAATTCATGTTTTGGTAATTTTNGAGNGCAAANGNGTTGTACACACAAGCCGTGATANTCCTGCAGGANGGTACNAGAAGNGGNTTTGTTCATCTATANCCATANNACCAGCAGCANNCGCTGTTAAANAATCNTGATAATGTGTTAGATNANNTCGGTAACCCNCATAGACCGAGTNANTGATAAAAACNGGCCAGTGAGTGANCAGCNTGTTGTCTTGACCTACATGTCTGNAGAATTCGAATNTTTCATTCAA----------------AGAGAA-ACATGCTTCGTGTTCATAATGTTTCCTTTT----ATATTTATC--TTTTAACGAATATGCTNGTTTTGA------T----ATTTNGAAAAAAA-T-ATGAGAA-T-T-A--ATAGTAATGACATAATTTAGTGTTAAGGAATATGTAGCAA-ACATATTCTAGAAAGGATGC----A----TTTTAATAATA---GATGTTTCAAAANTGGAAGTTCATGGTG--AGTGTTTANTNTGAT-TGCNTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTTAAGAATTANTAT-AATACATGTTTATATTCTTCNATTCAAT--TTCTGACC-----ATCAGAGTAGCTACATTATTATNAGAATATGCAACCTTTGACAAAAATATAACT---------CAA----GTNACNT--------CAACATAT--TGACCCCTGAACACCAGCAGGGGCCAACCTATTTTTCAAAGAAATGAATATTTAGTGAAACATGTATAA-TAAA---TT-ACAAAATGAAAAATGCATCGTGTNTGNTAGATGTAATAGTTCNCGAATGGTTCTAGCTCCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TNT--T--T--AA--GTAT-T-T---AC--TT-AAATA---CTTAAA-AACNTAAA
Reference ( family-1032 )     : NNTGAATNTNCCATATTCCATAGGANCCATTATTGNCTNCATTATAATACAANATGTAATTCATGTTTTGGTAATTTTNGAGNGCAAANGNGTTGTACACACAAGCCGTGATANTCCTGCAGGANGGTACNAGAAGNGGNTTTGTTCATCTATANCCATANNACCAGCAGCANNCGCTGTTAAANAATCNTGATAATGTGTTAGATNANNTCGGTAACCCNCATAGACCGAGTNANTGATAAAAACNGGCCAGTGAGTGANCAGCNTGTTGTCTTGACCTACATGTCTGNAGAATTCGAATNTTTCATTCAA----------------AGAGAA-ACATGCTTCGTGTTCATAATGTTTCCTTTT----ATATTTATC--TTTTAACGAATATGCTNGTTTTGA------T----ATTTNGAAAAAAA-T-ATGAGAA-T-T-A--ATAGTAATGACATAATTTAGTGTTAAGGAATATGTAGCAA-ACATATTCTAGAAAGGATGC----A----TTTTAATAATA---GATGTTTCAAAANTGGAAGTTCATGGTG--AGTGTTTANTNTGAT-TGCNTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTTAAGAATTANTAT-AATACATGTTTATATTCTTCNATTCAAT--TTCTGACC-----ATCAGAGTAGCTACATTATTATNAGAATATGCAACCTTTGACAAAAATATAACT---------CAA----GTNACNT--------CAACATAT--TGACCCCTGAACACCAGCAGGGGCCAACCTATTTTTCAAAGAAATGAATATTTAGTGAAACATGTATAA-TAAA---TT-ACAAAATGAAAAATGCATCGTGTNTGNTAGATGTAATAGTTCNCGAATGGTTCTAGCTCCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TNT--T--T--AA--GTAT-T-T---AC--TT-AAATA---CTTAAA-AACNTAAA
gi|1                          :   TGAATGTGCTATATTCCATAGGAACCAT-ATTGCCTACATTA--ATATAAAATGTAATTCATGTTTTGGTAATTTTTGAAGGCAAAAGCGTT-T------------TGATAATTCTGTAGGACGGTATTAAAAGCGGCTTTGTTTATCTATATTCATAATACCAGCAACATCCACTGTTAAAGAATCATGATAATGTATTAGATGAAATCGGTAACCTACATAGACCGAGTAAATGATAAAAACAGACCAGTGAGTGAATAACCTGTTGTCTTGATTTACATGTTTAGAGAATTTAAATATTTCATTTAA----------------AGAGAA-AC-TGCTTTGTGTTCATAATGTTTCCTTT-----ATATATAT---TTTTAACGATTATGCTTGTTTTGA------T----ATTTGGGGAAAAA-T-ATGAGAA-CGT-G--ATAGTAATGGCATAATTTAGTGTTAAGGAATATGTAGCAATATATATTCTAGAAAGGATCC----A----TTTTAATACTA---GATATTTCAAAAGTGGAAGTTCATGGTG--AGCGTTCGATATGAT-TATATGTTT---ATATAGATGCCGTGGATTTTTAAGAATTAATAT-AATACATATTTATATGCTTCAATTCAAT--TTTTGACC-----ATTAGGGTAGCTATATTATTATAAGAATATGCAACCTATAACAAAAATATAACT---------C-A----GTCACCT--------CAACATAT--TGAACCCTGAACACCAGCAGGGGCCAACCCATTTTTCCAAGAAATGAATATTTAGTGCAACATGTATAA-TAAAGTTTT-ACAAAATGAAAAATATATTGTGTTTGTTAGATGTAATAGTTCATGAATGGTTCTAGCTCCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TAT--T--T--AA--GTAT-A-T---AC--TT-TAATA---CTAAAATAACAGAAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tcTGGTGCTGGGACCCG--GCTTCGGTTTCACAAACA-TAT--T--T--AA--GTATAT-TCTAAC--TT-AAA------TTAAA-GA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         taatgTAGC-CCTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TAA--T--A--TA--GCAT-A-C---AC--TTAAAATA---CATAGA-a
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      taaatgTCTGTTTCACCAACA-TAT--T--T--AA--GTAT-A-T---AC--TG-AAATA---CATAAA-AACTTAAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      G--GCTACTGTTTCACCAATA-TTT--TC-T--GATTTTTT-T-T---AT--TT-AAATA---CTTAAA-AAtcaaagaag
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aat--GCTTCTGTTTCACCATCA-TTTTCT--T--AA--AT-T-T-T---TC--TT-AAATA---CTTAAA-A
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gG--GCTCTTGTTTCATCAACACTGTC-T--T--AA--GT-T-T-T---AC--TG-AAATA---CTTAAA-Ag
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --GCTTCTTTTTCACAAACA-TTTTCT--T--GA--GT-T-T-T---AC--TT-GAATA---TTTAAA-A
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      c--GTTTCTGTATCACCAATA-TTT--TCTT--AA--GTTT-T-T---AC--TT-AAATA---CATAAA-
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TG--GCTTCTGTATCACAAATT-TTT--TCTT--AA--GT-T-T-T---AC--TT-AAATA---CATAAA-t
gi|2                          :   TGAATTTCCCATAT---A-AGGACCTATTATTGACTTCATTATAATACAATATGTAATTCATGTTTTGATAATTTTGGAGTGCAAATAAGTTGTACACACAAGCCGTAATACTCCTGCAGGAAGGTACAAGAAGGGGGTTTGTTCATCTATAACCATACAACCAGCAGCAGATGCTGTTAAACAATCCTGATAATGTGTTAAATTACCTCAGTAACCCCCATAGATTTAGTCATTGATAAAAACTGGCCAGTAAATGACCAGCATGTTATCTTGACCTACATATCTGCAGAATTCAAATGTTTCATTCAA----------------GGAGAA-ACA-GCTTTGTGTTCATTATGATTCCTATT-----TATTT-TC--TTTTGAAGAATATGCCAATTTTAATGAATGT----ATTTGGAAGAAAA-TGATAATAAGT-T-A--ATAGTAATAACATAATTTAGTGTTAAAGAATATGTAGCA----ACATTCTAGAAAGAATGCAGGGA----TTTTAATAATA---GATGTTTCAAAAGTGGAAGTTCATGGTGTCTGTGTTTATCTTGAT-TGCCTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTTAAGAATTACTAT-AATACATGTTTATATTCTTGCATTCAAT--TTCTGACC-----ATCAGAGCAGCTACATTATTATTAGAATATGCAACCTTTGACAAAAATATAACT----------AA----GTTACAT--------CAACATATTATGACCCCAGAACACTAGTAGGGACCAACCTATTTTTCAAAAAAATGAATATTTAATGAAACATGTATAATTAAACG-TTAACAAA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tgTG--GCTTCTGTTCCGCCAATA-CTT--T--C--TC--ATGT-T-TA--AC--TT-AGATA---CTTAAA-
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      G--GCTTCCATTTCACCAGTA-TTT--TCTT--AA--TT-T-T-T---AC--TT-AAATT---CTTAAA-A
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TG--GCTTCTGTTTAACAAATA-TTT--TC-T--TA--GT-T-T-T---AC--TT-AAATA---TTTAAA-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --GCTTCTGTTTTACCAACA-TTTTCT--T--AA--GTA--T-T---AT--TT-AAATA---CTTAA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --GCTTCTGT---ATCTACA-TTT--TCTT--AA--GT-T-T-T---AC--TC-AAATA---CTTAAA-AAt
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      G--GCTTCTGTTTAACCAACA-TTTTCT--C--AA--GT-T-T-T---AC--TG-AAATA---CT
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTTCTGTTTCACCAATA-TTT--T--CTGAA--GT-T-T-T---AC--TT-AAATA---CTT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aTCTGTTTCACTACTT-TCT--T--T--A---GT-T-T-T---AC--TT-AAATA---CTTAAA-AA
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TAGGTCCTG--GTTTCCGCTTCACCAACA-TAG--T--T--AA--GTAT-A-T---AC--c
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tTG--GCTTCTGTTTCACCAACA-TTTTCT--T--TA--G-AT-T-T---AC--TA-AAATA---
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGCTTGTTTTGA------TGAGTATTTTGAAAGAAAGT-ATAAGAA-T-TTACCATA--AATGTCATTATTTAGTGTT--GCATTATGTAGCAA----TATTCTAGAAAGAAGGC----AGGGTTTTTAATAATA---GATGTTTCAAAATTGGAAGTTCATGGTG--AGTGTTTACTATGAT-TGTCTTTTT---ATACAGCTGCTATGAATGTTT-AGAATTAGT-T-AATACATGTTTATATTCTTCCATTCAAT--TTCTAACTATCAGATCAGAGTAGCTACATTATTATAAGAATATGCATCCTTTGACAAAAATGTAACTTGATGATCGCAAAAATGTAACTTGATGATCGCAATATAC--TGACCACTGAACACCAACAGGGGCCAATCTATTTTTCAAAGAAATGAATATTTAGTGAAAC-------------------------------ATGCATCCTATATGATA-ATATA--AGTTCCCTAATGGTTTTAGCTACTGTCACTTATGTTTCACTAACA-TAT--T--T--AA--GTAT-TAT---AC--TT-AAA------TTAGA-AA
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TCTGTTTTACCAACA-T-T--T--T--AA--GTAT-A-T---AC--TG-AAATA---TTTAAA-aaaaaactacatttttaatccagatttaagactgcctgaagaaaatctgcatttcggttcattgacatttatgaaacagtagttatataacca
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTCTTGTTTCACCAACA-TAT--C--T---A--GTAT-A-T---AC--TT-AAATA---C
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --GCTTCTGTCTCACCAATA-TTTTCT--T--TA--GT-T-T-T---AC--TT-AA
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TG--GCTTCTATTTTGCCAACA-TAT--T--T--AA--GTAT-
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GTTTCACCAACA-TAT--T--C--AA--GTAT-A-T---AC--TG-AAATat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AATTCGAATCTTTTATTCAAGGGTTCTGTATACTACAGAGAAGACATGTTTCCTAT-AATAGTATTTTGTTTTGGAGATATTTATCATTTTTAATGAATAAATTAG----GA------A----AATTTACAAAAAA-T-TTGA----T-T-A--ATTATAATGATATAATTAAATGTTAATGAATAT--AGAAAGACATATTCTGAAAAAGATAC----A----T---AAAAATACTTAATGTTTT----TTGAAAGTTTATGGTA--AGTGTTTAATTTTATATACATCTTTTAAAAATAATTGATATCAAT---TATGAAC----ATCAATACAT-TTTATATTCTTCAA---AATGATT---ATC-----ATCAGCGTAGCAATAATATTATCAGAAAATGCAACCTTTAACAAAAATAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTCCTGTTTCACCAACT-TGT--TCGT--AA--G-AT-T-T---ACTTTT-AAATATACTTTAAA-AA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tttcacgaacatattttagtgtatactcaaatatttaaacacttcaaatcaaaccgtcaaaagaatccatttttgcatgcgtttagacttgctctagaaaagctgcatttggctgcatttacctttctgaaagaataccaaggtatccagtcaacattaaatcaagatttCTACTGTTTCACCAACA-TAT--T--C--AA--ATAT-A-T---AC--TT-AAATT---CTTAAA-AATCTAAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ataatccatattttaattaG--GCT-CTGATTCATCAGCA----------------GT-T-T-T---AC--TT-AAATA---CTCAAA-CACTTAAtataagtgatcgtgactgaattggctctaggaaaatacattttcgtttcactgtcatttatgaaagatataaagtaaccatttaaacgttaagtgtttgagtatttaagtaaaactgctgatgaatcagagcc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ataatccatattttaattactactgtttcaccaacatattcaaatatatacttaaattcttaaaaatctaaatataagtgatcgtgactgaattggctctaggaaaatacattttcgtttcactgtcatttatgaaagatataaagtaaccatttaaacgG--GCTTCTGTTTCACCAATA-TTT--TCTT--AA--G-AT-T-T---AT--TT-AAATA---CTTAAA-AACGTAAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gattaaagaaaatttaagaaaccggtcaatactcaG--GCTCCTGTTTCACCAACT-TTT--T--T--AA--GT-T-T-A---AC--AT-AAATA---CTTAAA-AACTTAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): ATGAGTTATGACTGGTTCAAGAAGAACTGCATTTGGTTACATTGACATTGGTTAAAGAATGTTAAAGTAACCAATCAAAACTATATAAAGTTTTTATATACTTTTTTGTTAATCTTAGGTAGAAAATACTGGTGAAACAGAG
Unaligned ( gi|13 ): TTTGGTGTCATTGACATTGATTAAACAATATTAACATAACCAATCAAATTAAAGTTTTT