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Reference ( gi|1 )            :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ACATTTTGATATTTG-AGACGCCACATGCTGAGTAACAGTGAATCTTTAGGGC-ATCATAATATATTGTAATTATCTACT----TT-------AT---CT-GACTTTTAAACGTCTGCAGA-CATATTTAAGGAGAACTGCACTACACAAACGTTATTGGTA-A-AT-GTATCACTTGGATTTATTTCATAAGGCTGGGTACAAGGTATGACTAAATAAA---TATAGCAA----AAAATAATAATCACATTGGC-A-GTTGTT-GTTTAA--AAAAAGTACAGTATGTGCAT--TGTA-TACAAGCCT-GTGTTCAGGAATA-ACGTT-AAAAA-TCACATAGGGACATGCTTTTTGTAAA----TCA---------------T--------TTTGGTCAAAAAATTTATGTTATTC---TATTTG--TTGGTGAAAATATAGACCAGTCTCCCTCAGATGTGGA-AATGGCTCCACTTCCTCTTCAGTCTACGCTTATGT--CAATGGTTATG-----G-AAGTATCTGCGGCGCATTCATGATATCATAGTCCAACACATGTGTGT--------ATC------TGGGC---GGGCGGATAGGTCGTGATTTG-GGG--------GAGAGAATAGTCATGTTCAATTTAAAGGGACGCGGTATA-TATTAGC----------ACCATTTTTTTTA-TCAATTTAAACCAT-CTTGCTATATATTTTTTTTTTTGGATG-CCTGTGCTTAATTTACTGTTCGTCCTGAAT-----------CCACT---------------ATTG--------------------------TGAC---CT---GTGGTTTTATG--AA--GA-----GATAC-T-ACCTATCAGCAACATT-----TATTTTAATTCAATACAA-A-AGCTTCATGT-TT-TCTGTGTTGCTTACTTTACAAA-------CTTTATTTTC--------AATGAC-CA-ATT-----CA--A---TAACTTA----GCTTCACATAATGCCGAATGATGGCCGATATTGTACGCAACTTTTAAAGGGAGCAGTAGTTGGTTTTG--TTGAGGGATAAAAAGACGGCTCCGCTTAACGTCATAATGTTAAAATTAGATA-AATTAAGACGCTAGGTGGCTCTGTAGGTTATG------ATGTGTAGAATTAC-------AA-AAATAACCATCG---G----GAA-------------------------CACATTTAA---CA--TTTT---CTTT-GAAAAA-AACAATAATACTATAATTT-GTAATATGCAATTAACACAAATTGACATAAGTAAAAGCAAGCAGTTAGCATTTAAGTAAATGTAATTTGTA----ATTAACGCACA----TAGAACTTGCCACTTGAGTGAATGTAAATTGGCGATAAATAAATTATTCCTA-TTCTTAGTTCTA--AATGTCATATGCCTGATTCTAAATACTTGATTTTATCATTTGTATACAATTTGTATACTGTTTATTTCTTAGTTCTTAATGATAAATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       G--AA--GA-----CA-AT-T-CCCTATCAGCAATACTAGTACTGTTTTAATTCAATACAACC-AG-TCCACG---T-GCCACGTTGCTTA------AAAAGAAATGTTTTATTTTA--------AA-AACTCAGATTTATGACA--A---TAAGCCAAGTCGTTTCATATAATGCCGAATGGTg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tgctgtatttcagagtattttgtccgctcttgatccactaacacttattctgttatcgttctatactgtgacacactgtggtatcgggagtgcccactcgcagtacaTGCTTACTTGACAA--------CCTTATTTTC--------ATTGAC-AA-AGT-----CA--A---TAAGTCA----GTTTTACATAAAACCGTATGATAGCCGATAATGTAAACTAGTTTGAAAGGGAGCAGTAGTTGGTTTTG--TTGAGGAATGAAATGAGGGCACCGCTTGACGTCATAATGTTGAAATTGGACA-TATTAAGACGCTA-------------GTTATG------ATATACAGAATTAC-------AA-AAATAACCATCG---GTTACAAACTAAAAAGACAGCTTTTTT------CACATTAAA---CA--TTTT---CTTTCG--AAA-AACAATATTACTAatgcctttaatgagcaagttt
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tcACATAATGTCGAATGCTGGGCGATAATGTATTTA-CTTTTGAAGAGAGCAGTAACTGGT------------------------GC--CGCTTGACGTCATAATGTTGAAACTAGAAAGAACTAATGCGGTAGGTGGCTCTGTAGGTTATG------ATATATAGAATTACTATTGGTAACAAACTACAAT-G---A----TAGCCTTTTT------------------CACATCAAA---CA---TTT---CTTT-G-TATA-AACAATATTACTATAATTT-TCTATATGCAATTTACAAAAAT--AAAT--GTAAAAGCAAAAGGTTAGCATTTGAGTGAATG
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ACTTTTGAAGGGAG---TAGTTGGGTTTCCTTTGAGACATAAAAAGACGATGCCGCTTGATGGCACAATGTTGAAATAAAAAA-AAT-AAGACACTAGGTGGCTCTGTAGGTTATG------CTATATAGAATTGC-------AG-AAATTACTTTCG---G----
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GGGAGCAGTAGTTGATTTTG--TTGAGGAATAAAAAGACGGCGCCCCTTGACGCCATAATGTTGAAATTAGACA-GATTAAGACGCTGAGTGGCTCTGTAAGTTATG------ATATATAGAAATAC-------AG-AAATAACCATCGCTAG----CAAGCTAAAAAGATAGCCTTTTC-----CACATTATA---CA--TTTT---CTTT-G-GAAA-AACAATAATAtacaaactaagaagatagcttttttcacaaacatttccccccgtacattaataccagcagatgt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GTGGCCCTGAAGGTCATG------ATGAATAGTATTAC-------AG-AAGTTATAATTG---A----TAA-------------------------TACACTAAAATACAGCCTTT---TTTC-GCATTA-AACATT----------TTTAGCATTATGCATTTTATCCAAATTGATATA--TAGAAGCAA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         cgcttgacgtcataatttgaTAAGTCAATGCAATTTGTAGTGTATTCACATAAAAAGTTAGAAGTTGCCGCTTGAGTTAATGTAAATtaacatggtatttgaaattggattt
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TTAAGAGTCAGATTAATATAACATAGACATTTCTCAGGTAATTACTGCTGAATATTTCTGACTTAGTAATAATAATGCAACATGTAGGGGCCTACCTAAGGCAAGCGGTTGATGATTAGCATCTTTTAAAAATTCTGAGTGGTGGATTGTACTTATTTTGTTTTCATCAATGGAATCATCATTGACCTTTTTCTGTTTTAAACATCTAATTCTATGTTCTGTATTTCATTACACATCTTCAAACAGAAAGGGAAAGCACATAATCATTTTGTTTTGGGGGTGGGTGGTAAGAGAAATAAATTCAATTATTTTATACTACCTACATCTGCCATCCCATATGTCTCTAAGAGCTGATGATATTGTT
Unaligned ( gi|17 ): CTGAGACAAAAGATTGATGAATAGCATCTTTTAAAAAAATGACCAGTACATATTTTGTTTCCAACAAATGAATTATCATTGATCTTTATTCTGTTAAAACATTTAATTCTGTGT
Unaligned ( gi|18 ): TAAGTCGTGATTTTTTGGAGAGACTATACAATTGCAAGGGGTGTTCTTATGTTTCTTGGTTGTTCCTAGGGTCGGGTTTTCAGTCAATTTAACTATACTTGCTATAGTTTTA
Unaligned ( gi|19 ): GGATGCATGACGGTTTTAGCGCCGGATTTCCTGTCAGTTTAGCTTTAATTGTTAATTTTCAGTGGGTGAGTCCCCTGCTGAATCCGT






Alignments
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Reference ( family-1023 )     :                                                                                                                                                                                    ACATTTTGATATTTN-AGACGCCAAATGCTGAATTCNAGTGAACCTTTAGGA--A-TTATAACATATTGTAGTTATNTACT-TTTTTGTATATCC-GACTTTTAAACGTTTGCAGACCTATTTAAGGAGAACTGCACTACACAAACGATATTGG--TANAT-ATATCACGTGGATTTATTTTATAAGGC-TNG-TACAAGG-ATGNCTAAATAAA---TATAG---TAA-AAAACAATAATCACAGTGGC-C-NTCGTT--GTT--AAAAA----AGTAC-A-TATGTACAATACGTA-TAGGCCTGGGTTCAGGAAT-CACGTT-AAAAAT-CACACA-GG-ACGTGC-TTTT-GTAA--A----TC----ACC--------GT---TTTGGTAAAATAATTTATGTTNTTC---TTTTTG--TTCGTGAAAATTNAGGCCAGTCTCCCTCAGAGCTGGA-AANGGCTCCACCTCCTCTAC---CTACGCTTATGTAGCAATGGTTATGTA------AGCATNTGCGGCGCATTCATGATATCATAGTTCAGCACGTGTGTGT--------ATCTGGGC---GGGCGGATAAG------TCGTGATTTG-GG--------GGAGAGAATA--CAT-ATTCAAT-TGAAAGGGGCGTGC-TATGTAT------------T-AGC----------ACCAAATTT-TCGATCAGTT-TAA-CTGTACTTGCTATATGTTTTTTT----GGA-GGCCGGCGCCGAATGTTCTNTTCGNCCTGAATCCGC--------------------------TATTG--------------------------TGAC---CT---GTGGTTTTATG----G--A---GAGANA-CT-ACCTATCAGCAACATT-----TATTTTAATTCAATACAAAAGGTTCATGTGTTTCTGTGTTGCTTACTTTACAAA-------CTTTATTTTCGTTGA-----CAA------ATT-----CA--A---TAAGTCA----GTTTCACATAATGCCGAATGATG-GCCGATAATGTACGCNACTTTTAAAGGGAGCAGTAGTTGGTTTTG--TTGAGGAATAAAAAGACGGCGCCGCTTGACGTCATAATGTTGAAATTAGACA-AATTAAGACGCTAGGTGGCTCTGTAGGTTATGATATA------TAGAATTAC---AGAAATAACCATCGGNAANNNANNAAAA---AG---G-----CNTTTTTCACATTAAAC--ATTTTCTTTG-NAAAAAC---AATAATACTATAATTTGCAATATGCAATTAACACAAATTGACATATGTAAAAGCA--AACAGTTAGCATTT--AAGTGAATGCAATTTGTAGTGTATTNACGCANAAAGTTAGAAGTTGCCGCTTGAGTNAATGTAAATTGGCGATAAATAAAGTATTCCTATTTCTTAATTCTACCAATGTCAAATGCCTGTTTCTAAATACTTGA--TTATCATTTCTATACAATGTGTATACTGTTTATTTCTTAGTTCTAATTAATAAATTAT
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tgctgtatttcagagtattttgtccgctcttgatccactaacacttattctgttatcgttctatactgtgacacactgtggtatcgggagtgcccactcgcagtacagaagacaattcACTTTTGAAGGGAG---TAGTTGGGTTTCCTTTGAGACATAAAAAGACGATGCCGCTTGATGGCACAATGTTGAAATAAAAAA-AAT-AAGACACTAGGTGGCTCTGTAGGTTATGCTATA------TAGAATTGC---AGAAATTACTTTCGGT-ACAAACTAAGA---AGATAG-----CTTTTTTCAC---AAAC--ATTTCCagcaagttt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GGGAGCAGTAGTTGATTTTG--TTGAGGAATAAAAAGACGGCGCCCCTTGACGCCATAATGTTGAAATTAGACA-GATTAAGACGCTGAGTGGCTCTGTAAGTTATGATATA------TAGAAATAC---AGAAATAACCATCGCTAGCAAGCTAAAA---AGATAG-----CCTTTTCCACATTATAC--ATTTTCTTTG-GAAAAAC---AATAATAccccgtacattaataccagcagatgt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CGCTTGACGTCATAAT-TTGA------------------------GTGGCCCTGAAGGTCATGATGAA------TAGTATTAC---AGAAGTTATAATTGATAATACACTAAAATACAG---C-----CTTTTTTCGCATTAAAC--ATTTT------------------TAGCATTA------------TGCATTTTATCCAAATTG--ATATATAGAAGCAATAACA--TGGTATTTGAAATTGGAT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TAAG------TCGTGATTTT-TT--------GGAGAGACTA--TA-----CAAT-TGCAAGGGGTGTTCTTATGTTTCTTGGTTGTTCCT-AGG----------GTCGGGTTT-TCAGTCAATT-TAA-CTATACTTGCTATA-GTTTTtt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GTTT------------T-AGC----------GCCGGATTT-CCTGTCAGTT-TAG-CTTTAATTGTTAa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ggatgcatgacgGGATAATTGCTCCACTTCCTA-AC---CTGCGCTTATGT--CAATAGTTATGTT------AGCATCTGCGGCGCATTCATGATATTATAGTTCATCAAGTGTGAGT--------ATCTGGGGTGGGGGTGGATAAG------TCGTGATTTGTGG--------GGAGAGAATAGTCAT-ATTTAATATAAAAGGGG-GTGG-TATGTTC------------T-AGC----------ACCAAATTT-TTAATCAATTCTAA-CTGT-CTTGCTACATGTATATTT----TGA-GGCCGGTGCCAAATTTTCTGTTC--TCTGAATCCGC--------------------------TATTG--------------------------TGAC---CA---GTGGTTTTATG----G--A---GAGATA-CT-ACCTATCATCAACATT-----TATTTTAATTCAATACAAAAGGTTCATGTGTTTCTGTGATGCTTACTTTACAAA-------CTTTATTTTCGTTGA-----CCA------ATT-----CA--A---TAAGTTA----GTTTCACATAATACTGAATGATG-GCCGATATTGTACGCAACTTTTAAAGGGAGCAGTAGTTGGTTTTG--TTAAGGAATAAAAAGACGGCGCCGCTTGACGTC-T-ATGTTGAAATTAGACA-AATTAAGACGCTTGGTTGCTCTGTAGGTTATGATATA------CAGAATTACAAAAAAAAAAAACATCGGGAAAAAACTAAAA---AGATAG-----CCTTTTTCACATTAAACTTTTTTTCTTTT-GAAAAACAATAATAATACTATAATTTTCAA-ATGCAATTAACACAAATTGACATAAGTAAAAGC---AACAATTAGCATTT--AAGTGAATGTAATTTGTA----ATTAACGCACA----TAGAAGTTGCCACTTGAGTGAATGTAAATTGGCGATAAATAAAGTATTCCTATTTCTTAATTCTACCAATGTCAAATGCCTGTTTCTAAATACTTGA--TTATCATTTCTATACAATGTGTATACTGTTTATTTCTTAGTTCTAATTAATAAATTATattttcagtgggtgagtcccctgctgaatccgt
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gcT--AAGTCAATGCAATTTGTAGTGTATTCACATAAAAAGTTAGAAGTTGCCGCTTGAGTTAATGTAAATtcatgccaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                       TTTTGGTATTTGGAGACGCCAAATGCTGAATTTAAGTGAACCTTTAGGATTA-TTATAATA-ATT----TTGTATATT-TT------------GACGTTTAAACGTTTGCAGATCAATTTAAGGAGAACTGCTCTGCACAAACGATATTGG--TACAT--CATCAC-------------ATAA----------------ATG----AATAAA---CATAG---TAA-AAAA-AATAATCACAGTGGC-C-TTCGTT--GTT--AAAAA-----GTACCG-TCTGTACAATACGTA-TAGACCTAGTTTCAG-AATACATATT-AAAAATTCACCC------CAT-T-TTTT-GTAACCA----TA----AG---------GTGGATTAGGTAAAATAATTTGTGAAAGTC---ATTTT---TTCGTGAACATTAAGGCCATTTTCCTTCTGAGCTGAA-AAAGATCATATCTCGTCT-C---CTACGCTTATGTAGCAATGGTTATGTG------AGCATCTGCGGCGCATTCATGACATTATAGTTCAGCACGTGTGTTT--------GTCGGGGG---GGGGGGGGGGGGGGGGGTGGGGTTTTT-GG--------GGGGGGAATA--TAT-A--AAAT-TTAAAGGAGCATGT-TATGTTT------------TTAGCTGGTACTTGAGCCAAATTT-TCAGTCAGTT-TAG-CTGTAATTGCTAT---CTTT---------A-AGCGGG-------TGTTCTGTTCACCCTGAATCCGC--------------------------TATTG--------------------------AGACGTTCTAGAGTCGTTCTATATTACG--ACCTGTAGTT-TT-ACCTATCAGCAATATT-----TGTTTTAATTCAATACAAACAACTCATGTGTATCTGTTTTACTTACTTTACAAA-------ATTTATTTTTATTAA-----AAAAGTGAGATT-----TATGAAATTAAGTCA----GTTTCACATAATGCCGAATGATG-ACTGAGAATGTACGCTACATTTTAAGATAGCAGTAGTTAGTTTTG--TTGATGAATAAAATGTCGGCGCCACTTGA
gi|4                          :                                                 gttaaaacatttaattctgtgttggtggggtgtgttgtataagaatgaaattaaggactttatactctctacatccgtcacgtcatatgtctctaagagctgtgtatatgtttactaggaggtggtatggatCATTTTTATATTTT-AGACGCAAATTGCTGAATTCAAGTGAACCTTTAGGA-------TAACATATTGTAATTATGTACT-TTTTTGTATATTCTGCCTTTTAAACGTTTGCAACCCTTTTTAAGGAGAACTGCACTACACAAACGATATTGGTATATAT-ATATCAATTGGATTTATTTTACAAGGT-TGGCTACAAGACAGGCATAAATACA---TATAG---C---AAAACAATAATCACAGTGACTC-ATCGTT--GTT--AAAAA----AGTAC-ATTATGTACAATATGTA-TAGGTCTGGGTTCAGGAAT-CACGTTCAAAAAT-CACACA-GGAACGTGCAATTT-GTAA--ACTGTTC----ACCTTAAGATTGT---TTTGGTAAAATGATTTATGTTTTTC---CTT
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Reference ( family-1023 )     :                                                                                                                                                                                         ACATTTTGATATTTG-AGACGCCAAATGCTGAATTCCAGTGAACCTTTAGGA--A-TTATAACATATTGTAGTTATNTACTTTTTTGTATATCCTGACTTTTAAACGTTTGCAGACCTATTTAAGGAGAACTGCACTACACAAACGATATTGG--TANAT-ATATCACNTGGATTTATTTTATAAGGCT-GG-TACAAGG-A-TGCCTAAATAAATAT---AG---TAA-AAAACAATAATCACAGTGGC-C-NTCGTT--GTT--AAAAA----AGTAC-A-TATGTACANTATGTATAG-GCCTGGGTTCAGGAAT-CACGTT-AAAAAT-CACACAGGGACATGC-TTTT-GTAAA----TCA----CCTTAAGATTGTTTTGGTAAAATAATTTATGTTATTC---TTTTTGTT--CGTGAAAATTNAGGCCAGTCTCCCTCAGAGCTGGA-AATGGCTCCACTTCCTCTCC----TACGCTTATGTAGCAATGGTTATGTA------AGCATCTGCGGCGCATTCATGATATCATAGTTCAACACGTGTGTGT--------ATCTGGGC---GGGCGGATAAG------TCGTGATTTG-GG--------GGAGAGAATA--TAT-ATTCAAT-TGAAAGGGGCGTGNT-ATGTNT------------T-AGC----------GCCGAATTT-TCAGTCAGTT-TAA-CTGTACTTGCTATATGTTTTTTT----GGA-GGCCTGCGCCGAATGTTCTGTTCGTCCTGAAT-----------CCGCT---------------ATTG--------------------------TGAC---CT---GTGGTTTTATG----G--A---GAGATA-CT-ACCTATCAGCAACATT-----TATTTTAATTCAATACAAAAGGTTCATGTGTTTCTGTGTTGCTTACTTTACAAA-------CTTTATTTTCGTTGA-----CAA------ATT-----CA--A---TAAGCCA----GTTTCACATAATGCCGAATGATG-GCCGATAATGTACGCNACTTTTAAAGGGAGCAGTAGTTGGTTTTG--TTGAGGAATAAAAAGACGGCGCCGCTTGACGTCATAATGTTGAAATTAGACA-AATTAAGACGCTAGGTGGCTCTGTAGGTTATGATATA------TAGAATTAC---AGAAATAACCATCGGTAACAAACTAAAAAGATAGC--TTTTTTCACATTAAAC--ATTTTCTTTG-GAAAAAC---AATAATACTATAATTTGCAATATGCAATTAACACAAATTGACATATGTAAAAGCA--AACAGTTAGCATTT--AAGTGAATGTAATTTGTA----ATTAACGCACA----TAGAAGTTGCCGCTTGAGTGAATGTAAATTGGCGATAAATAAANTATTCCTATTTCTTAGTTCTACCAATGTCANATGCCTGNTTCTAAATACTTGATTTTATCATTTNTATACAATNTGTATACTGTTTATTTCTTAGTTCTNANTGATAAATTAT
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tcCCTATCAGCAATACTAGTACTGTTTTAATTCAATACAACCAGTCCACGTG---CCACGTTGCTTA------AAAAGAAATGTTTTATT----TTAAAAACTCAG------ATTTATGACA--A---TAAGCCAAGTCGTTTCATATAATGCCGAATGGTATGCCTTTAATG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tgctgtatttcagagtattttgtccgctcttgatccactaacacttattctgttatcgttctatactgtgacacactgtggtatcgggagtgcccactcgcagtacagaagacaattcACTTTTGAAGGGAG---TAGTTGGGTTTCCTTTGAGACATAAAAAGACGATGCCGCTTGATGGCACAATGTTGAAATAAAAAA-AAT-AAGACACTAGGTGGCTCTGTAGGTTATGCTATA------TAGAATTGC---AGAAATTACTTTCGGT-ACAAACTAAGAAGATAGC--TTTTTTCAC---AAAC--ATTTCCagcaagttt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GGGAGCAGTAGTTGATTTTG--TTGAGGAATAAAAAGACGGCGCCCCTTGACGCCATAATGTTGAAATTAGACA-GATTAAGACGCTGAGTGGCTCTGTAAGTTATGATATA------TAGAAATAC---AGAAATAACCATCGCTAGCAAGCTAAAAAGATAGC--CTTTTCCACATTATAC--ATTTTCTTTG-GAAAAAC---AATAATAccccgtacattaataccagcagatgt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 CGCTTGACGTCATAAT-TTGA------------------------GTGGCCCTGAAGGTCATGATGAA------TAGTATTAC---AGAAGTTATAATTGATAATACACTAAAA-TACAGCC-TTTTTTCGCATTAAAC--ATTTT------------------TAGCATTA------------TGCATTTTATCCAAATTG--ATATATAGAAGCAATAACA--TGGTATTTGAAATTGGAT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TAAG------TCGTGATTTT-TT--------GGAGAGACTA--TA-----CAAT-TGCAAGGGGTGTTCTTATGTTTCTTGGTTGTTCCT-AGG----------GTCGGGTTT-TCAGTCAATT-TAA-CTATACTTGCTATA-GTTTTtt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          GTTT------------T-AGC----------GCCGGATTT-CCTGTCAGTT-TAG-CTTTAATTGTTAa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ggatgcatgacgGGATAATTGCTCCACTTCCTAACC----TGCGCTTATGT--CAATAGTTATGTT------AGCATCTGCGGCGCATTCATGATATTATAGTTCATCAAGTGTGAGT--------ATCTGGGGTGGGGGTGGATAAG------TCGTGATTTGTGG--------GGAGAGAATAGTCAT-ATTTAATATAAAAGGGG-GTGGT-ATGTTC------------T-AGC----------ACCAAATTT-TTAATCAATTCTAA-CTGT-CTTGCTACATGTATATTT----TGA-GGCCGGTGCCAAATTTTCTGTTC--TCTGAAT-----------CCGCT---------------ATTG--------------------------TGAC---CA---GTGGTTTTATG----G--A---GAGATA-CT-ACCTATCATCAACATT-----TATTTTAATTCAATACAAAAGGTTCATGTGTTTCTGTGATGCTTACTTTACAAA-------CTTTATTTTCGTTGA-----CCA------ATT-----CA--A---TAAGTTA----GTTTCACATAATACTGAATGATG-GCCGATATTGTACGCAACTTTTAAAGGGAGCAGTAGTTGGTTTTG--TTAAGGAATAAAAAGACGGCGCCGCTTGACGTC-T-ATGTTGAAATTAGACA-AATTAAGACGCTTGGTTGCTCTGTAGGTTATGATATA------CAGAATTACAAAAAAAAAAAACATCGGGAAAAAACTAAAAAGATAGC--CTTTTTCACATTAAACTTTTTTTCTTTT-GAAAAACAATAATAATACTATAATTTTCAA-ATGCAATTAACACAAATTGACATAAGTAAAAGC---AACAATTAGCATTT--AAGTGAATGTAATTTGTA----ATTAACGCACA----TAGAAGTTGCCACTTGAGTGAATGTAAATTGGCGATAAATAAAGTATTCCTATTTCTTAATTCTACCAATGTCAAATGCCTGTTTCTAAATACTTGA--TTATCATTTCTATACAATGTGTATACTGTTTATTTCTTAGTTCTAATTAATAAATTATattttcagtgggtgagtcccctgctgaatccgt
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       gcT--AAGTCAATGCAATTTGTAGTGTATTCACATAAAAAGTTAGAAGTTGCCGCTTGAGTTAATGTAAATtcatgccaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                            TTTTGGTATTTGGAGACGCCAAATGCTGAATTTAAGTGAACCTTTAGGATTA-TTATAATA--------------A---TTTTGTATATTTTGACGTTTAAACGTTTGCAGATCAATTTAAGGAGAACTGCTCTGCACAAACGATATTGG--TACAT--CATCAC-------------ATAA----------------A-TG----AATAAACAT---AG---TAA-AAAA-AATAATCACAGTGGC-C-TTCGTT--GTT--AAAAA-----GTACCG-TCTGTACAATACGTATAG-ACCTAGTTTCAG-AATACATATT-AAAAATTCACCC-----CAT-T-TTTT-GTAA------------CCATAAGGTGGATTAGGTAAAATAATTTGTGAAAGTC---ATTTT-TT--CGTGAACATTAAGGCCATTTTCCTTCTGAGCTGAA-AAAGATCATATCTCGTCTCC----TACGCTTATGTAGCAATGGTTATGTG------AGCATCTGCGGCGCATTCATGACATTATAGTTCAGCACGTGTGTTT--------GTCGGGGG---GGGGGGGGGGGGGGGGGTGGGGTTTTT-GG--------GGGGGGAATA--TAT-A--AAAT-TTAAAGGAGCATGTT-ATGTTT------------TTAGCTGGTACTTGAGCCAAATTT-TCAGTCAGTT-TAG-CTGTAATTGCTAT---CTTT--------AA-G--------CGGGTGTTCTGTTCACCCTGAAT-----------CCGCT---------------ATTG--------------------------AGACGTTCTAGAGTCGTTCTATATTACG--ACCTGTAGTT-TT-ACCTATCAGCAATATT-----TGTTTTAATTCAATACAAACAACTCATGTGTATCTGTTTTACTTACTTTACAAA-------ATTTATTTTTATTAA-----AAAAGTGAGATT-----TATGAAATTAAGTCA----GTTTCACATAATGCCGAATGATG-ACTGAGAATGTACGCTACATTTTAAGATAGCAGTAGTTAGTTTTG--TTGATGAATAAAATGTCGGCGCCACTTGA
gi|4                          :                                                      gttaaaacatttaattctgtgttggtggggtgtgttgtataagaatgaaattaaggactttatactctctacatccgtcacgtcatatgtctctaagagctgtgtatatgtttactaggaggtggtatggatCATTTTTATATTTT-AGACGCAAATTGCTGAATTCAAGTGAACCTTTAGGA-------TAACATATTGTAATTATGTACTTTTTTGTATATTCTGCCTTTTAAACGTTTGCAACCCTTTTTAAGGAGAACTGCACTACACAAACGATATTGGTATATAT-ATATCAATTGGATTTATTTTACAAGGTT-GGCTACAAGACA-GGCATAAATACATAT---AG---C---AAAACAATAATCACAGTGACTC-ATCGTT--GTT--AAAAA----AGTAC-ATTATGTACAATATGTATAG-GTCTGGGTTCAGGAAT-CACGTTCAAAAAT-CACACAGGAACGTGCAATTT-GTAAACTGTTCA----CCTTAAGATTGTTTTGGTAAAATGATTTATGTTTTTC---CTT
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                         ACATTTCGATATTTG-AGACACCAAATGCAGACTTTCAGTGAACCTTTAGGA--AATTATAG-----TGTTGTTATTTACTTTTTTGTATATTTTGACTTTTAAACATTTGAAGGCCTATTTAAGGAGAACTGCACGACACAAACA---------TAAATCATATCACGTTGATTTATTTTATAAGGCTTGG-TACAAGG-AATGCCTAAATAAATATTATAGATATAGTAAAACAATAATCACAGTGGTAT-CTCGTT--GTT--AAAAA----CGTAC-A-TATACACATAATGTATTTCGCCTGGATTCAGGAAT-CACGT--ATAATT-CATACATGGACATGC-TTTT-ATAAA----TTATTAACCTTAAGATTGTTTTGGTAAAATAAATTATGTTATTCATTTTTTTGTTTTCGTGAAAATTGATGCCAGTCTCCCCAAGAGCTGTA-AAGGGTT--GCCTCCTCTCC----TATGCTTATGTAGCAATAATTATGTA------AGCATATGCGGTGCATTCATGATATCATAGTTCAATACGTGTGTGT--------ATATAGGC---GGGCGGATAAG------TCGTGATTTT-GG--------GTGCAGAATA--TACAATTCAAT-TGAAA
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Reference ( family-1023 )     :                                                                                                                                                                                         ACATTTTGATATTTG-AGACGCCAAATGCTGAATTCCAGTGAACCTTTAGGA--A-TTATAACATATTGTAGTTATTTACTTTTTTGTATATTCTGACTTTTAAACGTTTGCAGACCTATTTAAGGAGAACTGCACTACACAAACGATATTGG--TANAT-ATATCACNTGGATTTATTTTATAAGGCT-GG-TACAAGG-A-TGCCTAAATAAATAT---AG---TAA-AAAACAATAATCACAGTGGC-C-NTCGTT--GTT--AAAAA----AGTAC-A-TATGTACANTATGTATAG-GCCTGGGTTCAGGAAT-CACGTT-AAAAAT-CACACAGGGACATGC-TTTT-GTAAA----TCA----CCTTAAGATTGTTTTGGTAAAATAATTTATGTTATTC---TTTTTGTT--CGTGAAAATTNAGGCCAGTCTCCCTCAGAGCTGGA-AATGGCTCCACTTCCTCTCC----TACGCTTATGTAGCAATGGTTATGTA------AGCATCTGCGGCGCATTCATGATATCATAGTTCAACACGTGTGTGT--------ATCTGGGC---GGGCGGATAAG------TCGTGATTTG-GG--------GGAGAGAATA--TAT-ATTCAAT-TGAAAGGGGCGTGNT-ATGTNT------------T-AGC----------GCCGAATTT-TCAGTCAGTT-TAA-CTGTACTTGCTATATGTTTTTTT----GGA-GGCCTGCGCCGAATGTTCTGTTCGTCCTGAAT-----------CCGCT---------------ATTG--------------------------TGAC---CT---GTGGTTTTATG----G--A---GAGATA-CT-ACCTATCAGCAACATT-----TATTTTAATTCAATACAAAAGGTTCATGTGTTTCTGTGTTGCTTACTTTACAAA-------CTTTATTTTCGTTGA-----CAA------ATT-----CA--A---TAAGCCA----GTTTCACATAATGCCGAATGATG-GCCGATAATGTACGCNACTTTTAAAGGGAGCAGTAGTTGGTTTTG--TTGAGGAATAAAAAGACGGCGCCGCTTGACGTCATAATGTTGAAATTAGACA-AATTAAGACGCTAGGTGGCTCTGTAGGTTATGATATA------TAGAATTAC---AGAAATAACCATCGGTAACAAACTAAAAAGATAGC--TTTTTTCACATTAAAC--ATTTTCTTTG-GAAAAAC---AATAATACTATAATTTGCAATATGCAATTAACACAAATTGACATATGTAAAAGCA--AACAGTTAGCATTT--AAGTGAATGTAATTTGTA----ATTAACGCACA----TAGAAGTTGCCGCTTGAGTGAATGTAAATTGGCGATAAATAAANTATTCCTATTTCTTAGTTCTACCAATGTCANATGCCTGNTTCTAAATACTTGATTTTATCATTTNTATACAATNTGTATACTGTTTATTTCTTAGTTCTNANTGATAAATTAT
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tcCCTATCAGCAATACTAGTACTGTTTTAATTCAATACAACCAGTCCACGTG---CCACGTTGCTTA------AAAAGAAATGTTTTATT----TTAAAAACTCAG------ATTTATGACA--A---TAAGCCAAGTCGTTTCATATAATGCCGAATGGTATGCCTTTAATG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tgctgtatttcagagtattttgtccgctcttgatccactaacacttattctgttatcgttctatactgtgacacactgtggtatcgggagtgcccactcgcagtacagaagacaattcACTTTTGAAGGGAG---TAGTTGGGTTTCCTTTGAGACATAAAAAGACGATGCCGCTTGATGGCACAATGTTGAAATAAAAAA-AAT-AAGACACTAGGTGGCTCTGTAGGTTATGCTATA------TAGAATTGC---AGAAATTACTTTCGGT-ACAAACTAAGAAGATAGC--TTTTTTCAC---AAAC--ATTTCCagcaagttt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GGGAGCAGTAGTTGATTTTG--TTGAGGAATAAAAAGACGGCGCCCCTTGACGCCATAATGTTGAAATTAGACA-GATTAAGACGCTGAGTGGCTCTGTAAGTTATGATATA------TAGAAATAC---AGAAATAACCATCGCTAGCAAGCTAAAAAGATAGC--CTTTTCCACATTATAC--ATTTTCTTTG-GAAAAAC---AATAATAccccgtacattaataccagcagatgt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 CGCTTGACGTCATAAT-TTGA------------------------GTGGCCCTGAAGGTCATGATGAA------TAGTATTAC---AGAAGTTATAATTGATAATACACTAAAA-TACAGCC-TTTTTTCGCATTAAAC--ATTTT------------------TAGCATTA------------TGCATTTTATCCAAATTG--ATATATAGAAGCAATAACA--TGGTATTTGAAATTGGAT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TAAG------TCGTGATTTT-TT--------GGAGAGACTA--TA-----CAAT-TGCAAGGGGTGTTCTTATGTTTCTTGGTTGTTCCT-AGG----------GTCGGGTTT-TCAGTCAATT-TAA-CTATACTTGCTATA-GTTTTtt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          GTTT------------T-AGC----------GCCGGATTT-CCTGTCAGTT-TAG-CTTTAATTGTTAa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ggatgcatgacgGGATAATTGCTCCACTTCCTAACC----TGCGCTTATGT--CAATAGTTATGTT------AGCATCTGCGGCGCATTCATGATATTATAGTTCATCAAGTGTGAGT--------ATCTGGGGTGGGGGTGGATAAG------TCGTGATTTGTGG--------GGAGAGAATAGTCAT-ATTTAATATAAAAGGGG-GTGGT-ATGTTC------------T-AGC----------ACCAAATTT-TTAATCAATTCTAA-CTGT-CTTGCTACATGTATATTT----TGA-GGCCGGTGCCAAATTTTCTGTTC--TCTGAAT-----------CCGCT---------------ATTG--------------------------TGAC---CA---GTGGTTTTATG----G--A---GAGATA-CT-ACCTATCATCAACATT-----TATTTTAATTCAATACAAAAGGTTCATGTGTTTCTGTGATGCTTACTTTACAAA-------CTTTATTTTCGTTGA-----CCA------ATT-----CA--A---TAAGTTA----GTTTCACATAATACTGAATGATG-GCCGATATTGTACGCAACTTTTAAAGGGAGCAGTAGTTGGTTTTG--TTAAGGAATAAAAAGACGGCGCCGCTTGACGTC-T-ATGTTGAAATTAGACA-AATTAAGACGCTTGGTTGCTCTGTAGGTTATGATATA------CAGAATTACAAAAAAAAAAAACATCGGGAAAAAACTAAAAAGATAGC--CTTTTTCACATTAAACTTTTTTTCTTTT-GAAAAACAATAATAATACTATAATTTTCAA-ATGCAATTAACACAAATTGACATAAGTAAAAGC---AACAATTAGCATTT--AAGTGAATGTAATTTGTA----ATTAACGCACA----TAGAAGTTGCCACTTGAGTGAATGTAAATTGGCGATAAATAAAGTATTCCTATTTCTTAATTCTACCAATGTCAAATGCCTGTTTCTAAATACTTGA--TTATCATTTCTATACAATGTGTATACTGTTTATTTCTTAGTTCTAATTAATAAATTATattttcagtgggtgagtcccctgctgaatccgt
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       gcT--AAGTCAATGCAATTTGTAGTGTATTCACATAAAAAGTTAGAAGTTGCCGCTTGAGTTAATGTAAATtcatgccaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                            TTTTGGTATTTGGAGACGCCAAATGCTGAATTTAAGTGAACCTTTAGGATTA-TTATAATA--------------A---TTTTGTATATTTTGACGTTTAAACGTTTGCAGATCAATTTAAGGAGAACTGCTCTGCACAAACGATATTGG--TACAT--CATCAC-------------ATAA----------------A-TG----AATAAACAT---AG---TAA-AAAA-AATAATCACAGTGGC-C-TTCGTT--GTT--AAAAA-----GTACCG-TCTGTACAATACGTATAG-ACCTAGTTTCAG-AATACATATT-AAAAATTCACCC-----CAT-T-TTTT-GTAA------------CCATAAGGTGGATTAGGTAAAATAATTTGTGAAAGTC---ATTTT-TT--CGTGAACATTAAGGCCATTTTCCTTCTGAGCTGAA-AAAGATCATATCTCGTCTCC----TACGCTTATGTAGCAATGGTTATGTG------AGCATCTGCGGCGCATTCATGACATTATAGTTCAGCACGTGTGTTT--------GTCGGGGG---GGGGGGGGGGGGGGGGGTGGGGTTTTT-GG--------GGGGGGAATA--TAT-A--AAAT-TTAAAGGAGCATGTT-ATGTTT------------TTAGCTGGTACTTGAGCCAAATTT-TCAGTCAGTT-TAG-CTGTAATTGCTAT---CTTT--------AA-G--------CGGGTGTTCTGTTCACCCTGAAT-----------CCGCT---------------ATTG--------------------------AGACGTTCTAGAGTCGTTCTATATTACG--ACCTGTAGTT-TT-ACCTATCAGCAATATT-----TGTTTTAATTCAATACAAACAACTCATGTGTATCTGTTTTACTTACTTTACAAA-------ATTTATTTTTATTAA-----AAAAGTGAGATT-----TATGAAATTAAGTCA----GTTTCACATAATGCCGAATGATG-ACTGAGAATGTACGCTACATTTTAAGATAGCAGTAGTTAGTTTTG--TTGATGAATAAAATGTCGGCGCCACTTGA
gi|4                          :                                                      gttaaaacatttaattctgtgttggtggggtgtgttgtataagaatgaaattaaggactttatactctctacatccgtcacgtcatatgtctctaagagctgtgtatatgtttactaggaggtggtatggatCATTTTTATATTTT-AGACGCAAATTGCTGAATTCAAGTGAACCTTTAGGA-------TAACATATTGTAATTATGTACTTTTTTGTATATTCTGCCTTTTAAACGTTTGCAACCCTTTTTAAGGAGAACTGCACTACACAAACGATATTGGTATATAT-ATATCAATTGGATTTATTTTACAAGGTT-GGCTACAAGACA-GGCATAAATACATAT---AG---C---AAAACAATAATCACAGTGACTC-ATCGTT--GTT--AAAAA----AGTAC-ATTATGTACAATATGTATAG-GTCTGGGTTCAGGAAT-CACGTTCAAAAAT-CACACAGGAACGTGCAATTT-GTAAACTGTTCA----CCTTAAGATTGTTTTGGTAAAATGATTTATGTTTTTC---CTT
gi|5                          : catattatacaaatgataacattacacaaatattttgctgaggtttggggagacagttttaacataacaatctttgtttatgttacgcttcattctttttcacgaaaacaaaaatcactgacgaagttatacatggtcaatttaaaaagaacaagcatttgtgtttaaaactatcagtatgtaaataaaatatgtttaagagtcagattgatttaatataagcatgtctttagtactaaattccgaatatttccgatctagtgcctgtaacatgtatccaagacaggagaatctttttaaaattctgaaatgtggcttgtacacattttgtttccaaaaactgaatcatcattgactattttgtttcaaacaataattctattaattctgtatttcagtataaactttaaaacggaaaggcattgaacatatgccttgaaatattttaaaattattttgttttgtggatgagtggcataaattaactattttatatttcctacatccgtcacgccatgttatctcagagttgtcaatatcgttactgggagggtggtttggagTATTTTGGTAAAATAATTTATGTTTTTC---TTTTTGTT--TGTGAAAATTTAGGTCAGTCTCCCTCACAGCTGGA-AATGGCTCCACTTCCTCTCA----TACGTTTATG--ACAATGTTTATGTACATGTAAACATATGCGGCGCATTCATGATAGCATAGTTCAACCCGTGTGTGTGTGTGTGTATCTGGGC---GGGCAGGTAAG------TCCTGATTTG-GA--------G-AGAGAATA--T-----TCAAT-TGAAAAAGGCGTGTT-ATGTAT------------T-AGT----------ACCAAATTT-TCGATCAGTT-TAA-CTATACTTGCTATAT----TTTA----GGG-GTCTTTTGCCGAATGTTCTTTTCGTCCTGAATCCGCTATTGAGCTGCTCTATAGTCGTTCTATATTG--------------------------TGAC---CT---GAGGTTTTATG----G--A---GAGAGA-CTTGCCTATCAGCTACATT-----TATTTTAATTCGATACAAAAGGTTCATGTGTTTCTGTGATGCTTACATTACAA--------CTTTATTTTTGTTGA-----CAA------AGT-----CA--A---TAAGCTA----GTTTCTAATAATGCCGAATGATG-GCTTATATTGTACGCAACTTTTAAAGGAAGTAGTAGTCGGTTTTG--TTAAGGAATAAAAAGACGGCACCGCTTGAAGTCATAATGAAGAAATTAGACA-AATTCAGACGGTAGGTGGCTCTGTAGGTTATGATATA------TATAATTAC---AGACACAACCTTCGGGAACAAACTTAAAAGGGGGCATTTTTTTCACATTTAAC--ATTTTCTTTG-TAAAAGC---AATAATACTATCATTTGCAATATGCAATTAACACAAACTGACATATGCAAAAACA--AGCAGTTAACATTT--AAGTGAAaataaaacgtgaag
gi|6                          :                                                                                                                                                                                         ACATTTCGATATTTG-AGACACCAAATGCAGACTTTCAGTGAACCTTTAGGA--AATTATAG-----TGTTGTTATTTACTTTTTTGTATATTTTGACTTTTAAACATTTGAAGGCCTATTTAAGGAGAACTGCACGACACAAACA---------TAAATCATATCACGTTGATTTATTTTATAAGGCTTGG-TACAAGG-AATGCCTAAATAAATATTATAGATATAGTAAAACAATAATCACAGTGGTAT-CTCGTT--GTT--AAAAA----CGTAC-A-TATACACATAATGTATTTCGCCTGGATTCAGGAAT-CACGT--ATAATT-CATACATGGACATGC-TTTT-ATAAA----TTATTAACCTTAAGATTGTTTTGGTAAAATAAATTATGTTATTCATTTTTTTGTTTTCGTGAAAATTGATGCCAGTCTCCCCAAGAGCTGTA-AAGGGTT--GCCTCCTCTCC----TATGCTTATGTAGCAATAATTATGTA------AGCATATGCGGTGCATTCATGATATCATAGTTCAATACGTGTGTGT--------ATATAGGC---GGGCGGATAAG------TCGTGATTTT-GG--------GTGCAGAATA--TACAATTCAAT-TGAAA
gi|7                          :                                                                                                                                                          ctgtctagatgtcattgtatgcaatgactagttgTTTTGATATTAT-AGACGTCAAATGCTGCATTCCAATGCATATATAAGA-------TAACATATTGCAGATATTTACTGTTTT-TATATTCCGACTCTTTTACGTTTACAGATCTATTTAAACAAAATTACACCACAAAAACAATACGGG--TACAA-ATATCACATGGATTCATTCT---AGAC---------AGG-A----CCAAAGAAAGAT---AT---TAA-AAACT--CAATTACAGTGCT-CGTTCATTTAGTT--AAAAAGCGGAATAC-A-Ttttccgcgctaataccagcc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tgacatatattgtattctgttcagaacaaaactttaacattttgcatatttaaacaaaacagcgaaaaacgaatacatatttgttcttcccatattcttaaatatttatccaatccaaaacaatgactacttattcaccctacccgtcgcgccatatgtcggcatcgttattggaagggtatgtggcATTCATGATATCATAGTTCAGCCCGTGTGTGT--------ATTTGGCT---TGGTGGATAAG------TCCTGATTAG-GGGAGGTGTTGGAGAGA------AT-ATTCAAT-TGAAAGAGGCGTGCT-TTGTAT------------C-AGC--------------AATTTACCAGTCAGTT-TAA-TTGTACTTGCTATA-----TTTT----AAAGGGCTTGCACGGAATGTTCTTTTCGACCTGAAT-----------CCGGT---------------ATTGAGCCGCTCTATAGTCGTTCTATATTGTGAC---CT---GTGGTTTTATG----GATA---GAGAGACCT-ACCTATCAGCAACATT-----TATTTTAATTCAATACAAAAGGTTGATGTGTTTCTGTGTTGCTTACTTTAC-AA-------CTTTATTTTCATTGA-----CAA------Atcagcaatctgaatt


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Reference ( family-1023 )     :                                                                                                                                                                                           ACATTTTGATATTTG-AGACGCCAAATGCTGAATTCCAGTGAACCTTTAGG--AT--TAAC-ATATTGTAGTTATTTACTTTTTTGTATATTCTGACTTTTAAACGTTTGCAGACCTATTTAAGGAGAACTGCACTACACAAACGATATTGG--TANAT-ATATCACNTGGATTTATTTTATAAGGCT-GG-TACAAGG-A-TGCCTAAATAAATAT---AG---TAA-AAAACAATAATCACAGTGGCNNNTCGTT--GTT--AAAAA----AGTAC-A-TATGTACANTATGTATAG-GCCTGGGTTCAGGAAT-CACGTT-AAAAAT-CACACAGGGACATGC-TTTT-GTAAA----TCA----CCTTAAGATTGTTTTGGTAAAATAATTTATGTTATTC---TTTTTGTT--CGTGAAAATTNAGGCCAGTCTCCCTCAGAGCTGGA-AATGGCTCCACTTCCTCTCC----TACGCTTATGTAGCAATGGTTATGTA------AGCATCTGCGGCGCATTCATGATATCATAGTTCAACACGTGTGTGT--------ATCTGGGC---GGGCGGATAAG------TCGTGATTTG-GG--------GGAGAGAATA--TATA--T-C-AAT-TGAAAGGGGCGTGNT-ATGTNT------------T-AGC----------GCCGAATTT-TCAGTCAGTT-TAA-CTGTACTTGCTA------TAT---------TTTG-A--GG--CCTGCGCCGAATGTTCTGTTCGTCCTGAAT-----------CCGCT---------------ATTG--------------------------TGAC---CT---GTGGTTTTATG----G--A---GAGATA-CT-ACCTATCAGCAACATT-----TATTTTAATTCAATACAAAAGGTTCATGTGTTTCTGTGTTGCTTACTTTACAAA-------CTTTATTTTCGTTGA-----CAA------ATT-----CA--A---TAAGCCA----GTTTCACATAATGCCGAATGATG-GCCGATAATGTACGCNACTTTTAAAGGGAGCAGTAGTTGGTTTTG--TTGAGGAATAAAAAGACGGCGCCGCTTGACGTCATAATGTTGAAATTAGACA-AATTAAGACGCTAGGTGGCTCTGTAGGTTATGATATA------TAGAATTAC---AGAAATAACCATCGGTAACAAACTAAAAAGATAGC--TTTTTTCACATTAAAC--ATTTTCTTTG-GAAAAAC---AATAATACTATAATTTGCAATATGCAATTAACACAAATTGACATATGTAAAAGCA--AACAGTTAGCATTT--AAGTGAATGTAATTTGTA----ATTAACGCACA----TAGAAGTTGCCGCTTGAGTGAATGTAAATTGGCGATAAATAAANTATTCCTATTTCTTAGTTCTACCAATGTCANATGCCTGNTTCTAAATACTTGATTTTATCATTTNTATACAATNTGTATACTGTTTATTTCTTAGTTCTNANTGATAAATTAT
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGCTTACTTGACAA--------CCTTATTTTCATTGA-----CAA------AGT-----CA--A---TAAGTCA----GTTTTACATAAAACCGTATGATA-GCCGATAATGTAAACTAGTTTGAAAGGGAGCAGTAGTTGGTTTTG--TTGAGGAATGAAATGAGGGCACCGCTTGACGTCATAATGTTGAAATTGGACA-TATTAAGACGCTA-------------GTTATGATATA------CAGAATTAC---AAAAATAACCATCGGTTACAAACTAAAAAGACAGC--TTTTTTCACATTAAAC--ATTTTCTTTC-GAAAAAC---AATATTACTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tcCCTATCAGCAATACTAGTACTGTTTTAATTCAATACAACCAGTCCACGTG---CCACGTTGCTTA------AAAAGAAATGTTTTATT----TTAAAAACTCAG------ATTTATGACA--A---TAAGCCAAGTCGTTTCATATAATGCCGAATGGTATGCCTTTAATG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tgctgtatttcagagtattttgtccgctcttgatccactaacacttattctgttatcgttctatactgtgacacactgtggtatcgggagtgcccactcgcagtacagaagacaattcACTTTTGAAGGGAG---TAGTTGGGTTTCCTTTGAGACATAAAAAGACGATGCCGCTTGATGGCACAATGTTGAAATAAAAAA-AAT-AAGACACTAGGTGGCTCTGTAGGTTATGCTATA------TAGAATTGC---AGAAATTACTTTCGGT-ACAAACTAAGAAGATAGC--TTTTTTCAC---AAAC--ATTTCCagcaagttt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GGGAGCAGTAGTTGATTTTG--TTGAGGAATAAAAAGACGGCGCCCCTTGACGCCATAATGTTGAAATTAGACA-GATTAAGACGCTGAGTGGCTCTGTAAGTTATGATATA------TAGAAATAC---AGAAATAACCATCGCTAGCAAGCTAAAAAGATAGC--CTTTTCCACATTATAC--ATTTTCTTTG-GAAAAAC---AATAATAccccgtacattaataccagcagatgt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CGCTTGACGTCATAAT-TTGA------------------------GTGGCCCTGAAGGTCATGATGAA------TAGTATTAC---AGAAGTTATAATTGATAATACACTAAAA-TACAGCC-TTTTTTCGCATTAAAC--ATTTT------------------TAGCATTA------------TGCATTTTATCCAAATTG--ATATATAGAAGCAATAACA--TGGTATTTGAAATTGGAT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TAAG------TCGTGATTTT-TT--------GGAGAGACTA--TA------C-AAT-TGCAAGGGGTGTTCTTATGTTTCTTGGTTGTTCCT-AGG----------GTCGGGTTT-TCAGTCAATT-TAA-CTATACTTGCTA------TAG---------TTTtt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GTTT------------T-AGC----------GCCGGATTT-CCTGTCAGTT-TAG-CTTTAATTGTTA-------AT---------TTTC-A--G-----TG-GGTGAGTCCCCTG------CTGAAT-----------CCGta
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ggatgcatgacgGGATAATTGCTCCACTTCCTAACC----TGCGCTTATGT--CAATAGTTATGTT------AGCATCTGCGGCGCATTCATGATATTATAGTTCATCAAGTGTGAGT--------ATCTGGGGTGGGGGTGGATAAG------TCGTGATTTGTGG--------GGAGAGAATAGTCATA--T-TTAATATAAAAGGGG-GTGGT-ATGTTC------------T-AGC----------ACCAAATTT-TTAATCAATTCTAA-CTGT-CTTGCTACATGTATAT---------TTTG-A--GG--CCGGTGCCAAATTTTCTGTTC--TCTGAAT-----------CCGCT---------------ATTG--------------------------TGAC---CA---GTGGTTTTATG----G--A---GAGATA-CT-ACCTATCATCAACATT-----TATTTTAATTCAATACAAAAGGTTCATGTGTTTCTGTGATGCTTACTTTACAAA-------CTTTATTTTCGTTGA-----CCA------ATT-----CA--A---TAAGTTA----GTTTCACATAATACTGAATGATG-GCCGATATTGTACGCAACTTTTAAAGGGAGCAGTAGTTGGTTTTG--TTAAGGAATAAAAAGACGGCGCCGCTTGACGTC-T-ATGTTGAAATTAGACA-AATTAAGACGCTTGGTTGCTCTGTAGGTTATGATATA------CAGAATTACAAAAAAAAAAAACATCGGGAAAAAACTAAAAAGATAGC--CTTTTTCACATTAAACTTTTTTTCTTTT-GAAAAACAATAATAATACTATAATTTTCAA-ATGCAATTAACACAAATTGACATAAGTAAAAGC---AACAATTAGCATTT--AAGTGAATGTAATTTGTA----ATTAACGCACA----TAGAAGTTGCCACTTGAGTGAATGTAAATTGGCGATAAATAAAGTATTCCTATTTCTTAATTCTACCAATGTCAAATGCCTGTTTCTAAATACTTGA--TTATCATTTCTATACAATGTGTATACTGTTTATTTCTTAGTTCTAATTAATAAATTATt
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gcT--AAGTCAATGCAATTTGTAGTGTATTCACATAAAAAGTTAGAAGTTGCCGCTTGAGTTAATGTAAATtcatgccaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                              TTTTGGTATTTGGAGACGCCAAATGCTGAATTTAAGTGAACCTTTAGG--AT--TA------TTATAATAATTT-------TGTATATTTTGACGTTTAAACGTTTGCAGATCAATTTAAGGAGAACTGCTCTGCACAAACGATATTGG--TACAT--CATCAC-------------ATAA----------------A-TG----AATAAACAT---AG---TAA-AAAA-AATAATCACAGTGGCCT-TCGTT--GTT--AAAAA-----GTACCG-TCTGTACAATACGTATAG-ACCTAGTTTCAG-AATACATATT-AAAAATTCACCC-----CAT-T-TTTT-GTAA------------CCATAAGGTGGATTAGGTAAAATAATTTGTGAAAGTC---ATTTT-TT--CGTGAACATTAAGGCCATTTTCCTTCTGAGCTGAA-AAAGATCATATCTCGTCTCC----TACGCTTATGTAGCAATGGTTATGTG------AGCATCTGCGGCGCATTCATGACATTATAGTTCAGCACGTGTGTTT--------GTCGGGGG---GGGGGGGGGGGGGGGGGTGGGGTTTTT-GG--------GGGGGGAATA--TATA----A-AAT-TTAAAGGAGCATGTT-ATGTTT------------TTAGCTGGTACTTGAGCCAAATTT-TCAGTCAGTT-TAG-CTGTAATTGCTA------T-C---------TTTA-A--G----------CGGGTGTTCTGTTCACCCTGAAT-----------CCGCT---------------ATTG--------------------------AGACGTTCTAGAGTCGTTCTATATTACG--ACCTGTAGTT-TT-ACCTATCAGCAATATT-----TGTTTTAATTCAATACAAACAACTCATGTGTATCTGTTTTACTTACTTTACAAA-------ATTTATTTTTATTAA-----AAAAGTGAGATT-----TATGAAATTAAGTCA----GTTTCACATAATGCCGAATGATG-ACTGAGAATGTACGCTACATTTTAAGATAGCAGTAGTTAGTTTTG--TTGATGAATAAAATGTCGGCGCCACTTGA
gi|4                          :                                                        gttaaaacatttaattctgtgttggtggggtgtgttgtataagaatgaaattaaggactttatactctctacatccgtcacgtcatatgtctctaagagctgtgtatatgtttactaggaggtggtatggatCATTTTTATATTTT-AGACGCAAATTGCTGAATTCAAGTGAACCTTTAGG--AT---AAC-ATATTGTAATTATGTACTTTTTTGTATATTCTGCCTTTTAAACGTTTGCAACCCTTTTTAAGGAGAACTGCACTACACAAACGATATTGGTATATAT-ATATCAATTGGATTTATTTTACAAGGTT-GGCTACAAGACA-GGCATAAATACATAT---AG---C---AAAACAATAATCACAGTGACTCATCGTT--GTT--AAAAA----AGTAC-ATTATGTACAATATGTATAG-GTCTGGGTTCAGGAAT-CACGTTCAAAAAT-CACACAGGAACGTGCAATTT-GTAAACTGTTCA----CCTTAAGATTGTTTTGGTAAAATGATTTATGTTTTTC---CTT
gi|5                          : catattatacaaatgataacattacacaaatattttgctgaggtttggggagacagttttaacataacaatctttgtttatgttacgcttcattctttttcacgaaaacaaaaatcactgacgaagttatacatggtcaatttaaaaagaacaagcatttgtgtttaaaactatcagtatgtaaataaaatatgtttaagagtcagattgatttaatataagcatgtctttagtactaaattccgaatatttccgatctagtgcctgtaacatgtatccaagacaggagaatctttttaaaattctgaaatgtggcttgtacacattttgtttccaaaaactgaatcatcattgactattttgtttcaaacaataattctattaattctgtatttcagtataaactttaaaacggaaaggcattgaacatatgccttgaaatattttaaaattattttgttttgtggatgagtggcataaattaactattttatatttcctacatccgtcacgccatgttatctcagagttgtcaatatcgttactgggagggtggtttggagTATTTTGGTAAAATAATTTATGTTTTTC---TTTTTGTT--TGTGAAAATTTAGGTCAGTCTCCCTCACAGCTGGA-AATGGCTCCACTTCCTCTCA----TACGTTTATG--ACAATGTTTATGTACATGTAAACATATGCGGCGCATTCATGATAGCATAGTTCAACCCGTGTGTGTGTGTGTGTATCTGGGC---GGGCAGGTAAG------TCCTGATTTG-GA--------G-AGAGAATA--T-----T-C-AAT-TGAAAAAGGCGTGTT-ATGTAT------------T-AGT----------ACCAAATTT-TCGATCAGTT-TAA-CTATACTTGCTA------TAT---------TTTA-G--GGGTCTTTTGCCGAATGTTCTTTTCGTCCTGAATCCGCTATTGAGCTGCTCTATAGTCGTTCTATATTG--------------------------TGAC---CT---GAGGTTTTATG----G--A---GAGAGA-CTTGCCTATCAGCTACATT-----TATTTTAATTCGATACAAAAGGTTCATGTGTTTCTGTGATGCTTACATTACAA--------CTTTATTTTTGTTGA-----CAA------AGT-----CA--A---TAAGCTA----GTTTCTAATAATGCCGAATGATG-GCTTATATTGTACGCAACTTTTAAAGGAAGTAGTAGTCGGTTTTG--TTAAGGAATAAAAAGACGGCACCGCTTGAAGTCATAATGAAGAAATTAGACA-AATTCAGACGGTAGGTGGCTCTGTAGGTTATGATATA------TATAATTAC---AGACACAACCTTCGGGAACAAACTTAAAAGGGGGCATTTTTTTCACATTTAAC--ATTTTCTTTG-TAAAAGC---AATAATACTATCATTTGCAATATGCAATTAACACAAACTGACATATGCAAAAACA--AGCAGTTAACATTT--AAGTGAAaataaaacgtgaag
gi|6                          :                                                                                                                                                                                           ACATTTCGATATTTG-AGACACCAAATGCAGACTTTCAGTGAACCTTTAGG--A----AATTATAGTGTTGTTATTTACTTTTTTGTATATTTTGACTTTTAAACATTTGAAGGCCTATTTAAGGAGAACTGCACGACACAAACA---------TAAATCATATCACGTTGATTTATTTTATAAGGCTTGG-TACAAGG-AATGCCTAAATAAATATTATAGATATAGTAAAACAATAATCACAGTGGTATCTCGTT--GTT--AAAAA----CGTAC-A-TATACACATAATGTATTTCGCCTGGATTCAGGAAT-CACGT--ATAATT-CATACATGGACATGC-TTTT-ATAAA----TTATTAACCTTAAGATTGTTTTGGTAAAATAAATTATGTTATTCATTTTTTTGTTTTCGTGAAAATTGATGCCAGTCTCCCCAAGAGCTGTA-AAGGGTT--GCCTCCTCTCC----TATGCTTATGTAGCAATAATTATGTA------AGCATATGCGGTGCATTCATGATATCATAGTTCAATACGTGTGTGT--------ATATAGGC---GGGCGGATAAG------TCGTGATTTT-GG--------GTGCAGAATA--TACAATT-C-AAT-TGAAA
gi|7                          :                                                                                                                                                            ctgtctagatgtcattgtatgcaatgactagttgTTTTGATATTAT-AGACGTCAAATGCTGCATTCCAATGCATATATAAG--AT---AAC-ATATTGCAGATATTTACTGTTTT-TATATTCCGACTCTTTTACGTTTACAGATCTATTTAAACAAAATTACACCACAAAAACAATACGGG--TACAA-ATATCACATGGATTCATTCT---AGAC---------AGG-A----CCAAAGAAAGAT---AT---TAA-AAACT--CAATTACAGTGCTCGTTCATTTAGTT--AAAAAGCGGAATAC-A-Ttttccgcgctaataccagcc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tgacatatattgtattctgttcagaacaaaactttaacattttgcatatttaaacaaaacagcgaaaaacgaatacatatttgttcttcccatattcttaaatatttatccaatccaaaacaatgactacttattcaccctacccgtcgcgccatatgtcggcatcgttattggaagggtatgtggcATTCATGATATCATAGTTCAGCCCGTGTGTGT--------ATTTGGCT---TGGTGGATAAG------TCCTGATTAG-GGGAGGTGTTGGAGAGAATA--T-----T-C-AAT-TGAAAGAGGCGTGCT-TTGTAT------------C-AGC--------------AATTTACCAGTCAGTT-TAA-TTGTACTTGCTA------TAT---------TTTA-AAGGG--CTTGCACGGAATGTTCTTTTCGACCTGAAT-----------CCGGT---------------ATTGAGCCGCTCTATAGTCGTTCTATATTGTGAC---CT---GTGGTTTTATG----GATA---GAGAGACCT-ACCTATCAGCAACATT-----TATTTTAATTCAATACAAAAGGTTGATGTGTTTCTGTGTTGCTTACTTTAC-AA-------CTTTATTTTCATTGA-----CAA------Atcagcaatctgaatt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TTAAGAGTCAGATTAATATAACATAGACATTTCTCAGGTAATTACTGCTGAATATTTCTGACTTAGTAATAATAATGCAACATGTAGGGGCCTACCTAAGGCAAGCGGTTGATGATTAGCATCTTTTAAAAATTCTGAGTGGTGGATTGTACTTATTTTGTTTTCATCAATGGAATCATCATTGACCTTTTTCTGTTTTAAACATCTAATTCTATGTTCTGTATTTCATTACACATCTTCAAACAGAAAGGGAAAGCACATAATCATTTTGTTTTGGGGGTGGGTGGTAAGAGAAATAAATTCAATTATTTTATACTACCTACATCTGCCATCCCATATGTCTCTAAGAGCTGATGATATTGTT
Unaligned ( gi|17 ): CTGAGACAAAAGATTGATGAATAGCATCTTTTAAAAAAATGACCAGTACATATTTTGTTTCCAACAAATGAATTATCATTGATCTTTATTCTGTTAAAACATTTAATTCTGTGT