lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 44444444444444 1 2222222 333333333333 11 1 222 1 1111 333333333 11 11 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 22 44444 22 1 1 2222 1 1 4 1 1 1 22 22 1 777
lowQualScore : 6 3 9 5 7 1 44444 77 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22 0 11111111111111 5 0 4 2 0000000 3 000000000000 77 5 77 444 0 7 4444 333333333 99 2 99 6 3 9 5 0 6 3 5 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 6 22 3 4 6 0 33333 88 5 6 3 3 8888 7 5 0 6 1 6 2 5 11 33 5 000
lowQualScore : . . . . . . ..... .. ....................................................................... .. . .............. . . . . ....... . ............ .. . .. ... . . .... ......... .. . .. . . . . . . . . ................................................................. .... . .. . . . . ..... .. . . . . .... . . . . . . . . .. .. . ...
lowQualScore : 0 2 2 7 3 9 33333 99 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 1 44444444444444 0 0 4 0 6666666 0 333333333333 33 0 99 111 4 9 0000 999999999 00 5 33 7 5 2 0 9 0 0 7 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444 7 55 2 7 0 7 33333 33 0 0 7 3 0000 0 0 0 0 5 0 5 0 00 00 0 000
consensus : TAGTTTAAANATATTTTATTACTTATGTTAC-AGATAATTAACATC-----ACA--TGATAATACATATTTANATACGNNTTAAATAACANNNACAANTNNATNCGACGNANTTTTNAANNNACNTNNNNNNCCATATCATCAATAT----------CGA-TAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATAACA-TTCATAATATAGGTTATAATTTTAAATGAATANTANA---------AACTTG-AAAAGAAGAA--ACACACAGAAATGTNAANAAAA-A--TGAAGG-------GGGAAAATCCCCGCTTGATAAACTTACCCTGTTGCCCA-TCTCAATAGAAACC-ATACAATCGCCCCACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGCGT-AACATACT------T-------AA-TTAACTAATAAG--TTGA-----AAAC-G--TT---G-------TGTGT---TTTTAATATA-TTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCGATTGAGGTATTCGGAACGCC----GTACAGCAATTTTCTTGTACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTNGTAAAAA-GT-CGCGCCTTTCATTCCT-AAAGCGGTTACACNTGAAAATAAAATGTTCTGCATNTTCAAGTTCATTAGCATCAACACAAATCGGATTATCCCT---TAGAT
Reference ( gi|2 ) : TAATTTAAACATATTGTATTACTTATGTTAC-AGGTAATTAACATC-----ACA--TGATAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATCGCCAATAT----------CGT-TAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATGACA-TTCATAATATGAATTATAATTTTAAATGAATACTGTA---------AACTTT-AAAATAAGAA--ACATAGAGAAATGTTAACAAAA-A--TGAAGA-------AGGAAAGTCCCCGCTTGATAAACTTACCCTGTTGCCCA-ACTCAATAGAAACC-ATACAATCGCCCGACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGTCACGCGT-AACACAAT------T-------AAGTTAACTAATAAG--TC-------AAAC-G--TT---G-------TGTGT---TTTTAATATA-TTTT--GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCAATTGAGGTATCTGGAGTGCC----CTACAGCAATTTTGATGTACTTAATTGGTGAAATTCATGAATATTGGTAAAAA-GTAAAAGCCATTAATTCCTAAAAACGGCTACACTTGAAAATAAAATGTTATGCATCTTCAAATTCATTACCACAAACACAAAATGGATTATACCTATATAGAT
gi|16 : TAGTTTAAAGTTACTTTATTACTTATGTTTC-AGATAACTAGCATC-----ACA--TGATAATACATATTTAGATATGATTGAACTACAAGTTATAACAACATTTGTTGCAGTTCTCTCC--------------ATATCGTCAATAT---------------AT-ATTATGTATACCGGAATGACATGTAATAACA-TTCATAACA
gi|28 : TAGTTTAAATATATTTTATTACTTATGTTAC-AGATATTTAACATC-----ACA--TGATAag
gi|10 : TTTAAACATATT-TATAACTTATGT-ACTAGTTAATTAACATT-----ACA--TTGTAATc
gi|4 : TTTGAAGATATCTTAAAACTTATGTTAC-AGATAATTAATATCACATAACAATTCATATTTATATATAACAAATGGATTGAACCACAACGTCAAGTTATGACAAGGAATTTTAGAAGATACTTCCTCGGTTATA---ACAATATTAAAGTTTCCCGTATAT-ATTACGTAAACCAGAATGAAATGTAATGTCA-CTCATAATATAGGT--CAATTTTAAAAGAATAATAGA---------AACTTGAAAAAGAAAGA--ACACTCAGAAATGTCAAGAAAATT--TGGAGA-------AAAAAAacatatgtatttataacataggcaaatggattgaactccataccatcaatttatatcgaaatgaaatgtaattacatccataatataggttaattttaaattaatacttgaaacttgaaaagaaaaaacacacagaaatgttaaagaaatgaagggaaaaattcacgcttaataaacttagcctgt
gi|17 : gAACATATTTCAATACTAATGCTAC-AGATACTTAACATT-----ACA--TGATAAT---------ACATATTTATATATAACATACACAAATGGATCGAACTTCAAGTTAAAACAACATAAAACTCCATATCATCAATAT----------CAA-TAC-ATTATGTATACCAGACTGAAATGTAATAACC-TTCATAAaaatccttggaaatgtgaacaaagacgggtaaaaccaccgcttgataatcttgtcctgcaatgtcccagtttttcaaatcaaagttacgacaaccgtgggtaacaaacttttctaacaagttaccgaagtcgatttgaaattgttgtatgttttaatataattttgaaat
gi|5 : tcATATTTTATTACTTATGTTAC-AGATATTTAACATC-----ACA--TGATAATACATATTTATATACAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATCATCATCAT----------CAA-TAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATAACA-TTCATAATATAAGTTATAATTTTAAATGAAAACTACAGAAAATTTTAACTTG-AAAAGAAGAA--ACACACAGAAAT-TTGAAAAAA-A--TGAAGG-------GGGAAA-TACCCGCTTGATAAACTTACCCTGTTGCCGA-TCATAACAAAAACCAAAACAATCGCCCCACATACTGTTC-TATTACAAATTTCGACAGCCACGAGT-AACATACT------T----------TTA--TAATAAG--T
gi|7 : TACTTATGTTAC-AGATAATTAACATC-----CCA--TGATAATACACATTTAAATATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--ATATCATCAA-AT----------TGA-TAT-ATTATGTATAC---------ATGTAG------------------GTTATAATTTTTAATGAATACTATA---------AACTTG-AAAAGAAGAA--ACACAAAGAAATGTGAACAAAA-A--TGAAG--------GGGAAAATCCCCGCTTGATAAACTTACC----TGGCCA-TCTCAATAGAAACC-ATATAATTGCCCCATATATTATTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGAGT-AATA------------------AACTTTACTACTAAG--TCGATTTGAAAA------T---G-------TGTG----TTTTAATAaact
gi|3 : ATATCATCAGTAT----------CAA-TAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTTATAACA-TTTATAA-AAAAGGTG-AATTCTAAAAGAACAATATA---------AACTTG-GGA--AAGAAGTACATA---CAATAC--ACAAAA-AGGTGAAGACATGGAGGGGAAAA-CCGCGCCTGATTTCCATGCCGTGTTGCCCATAGTTATTCAAACCC-A-ATTACCGCCC-ATATATTGTTCAAATCA-AAGTACTGACAGCGACGTGTAAACACACTTTTTAAT-------AAATTAATCGATATG---A-------AAAC-T--TT---G-------TG------TTTTAA-AAA-T-------AGTTCTTGAAAAATA-------------CGATTGAGACATTTGAAACACCGTATGTACAGCAAATCCCGTATACCAAAAGGTTGATATTTATGAGAATTTGTGAAAATGT-CGCGCCTTTCATTCCT-AAAGCGGTTATATCTGAAAATAAAATGTTCTGCATCTTCAAGTTCATTAGCATCAACACAAATCGGATTATCCCT---TAGAT
gi|10 : caaaggaattaaactgcaagttataacaactttagttgcagttctctccATAC----------CAT-CA--ATT---TATATCGAAATGAAATGTAATTACA-TCCATAATATAGGTTA--ATTTTAAATTAATACTTGA---------AACTTG-AAAAGAAAAA--ACACACAGAAATGTTAA-AGAA-A--TGAAG--------GGAAAAATTCACGCTTAATAAACTTAGCCTGT
gi|11 : tttaaacatatttataacttatgtactagttaattaacattacattgtaatacatatgtatttataacataggcaaatggattgaactcc-TATCATTATGTATACCGGAATGAAATATTATAACA-TTCATAATATGGGTTATAATTTTAAATGAATATGACA---------AACTTT-AAAAGAGGAA--ACACACAAAAATGTGAACAAAA-AG-TGAAGG-------GGGAATATCCCCGTTTGATAGACTTACCCTGTTGCCAA-TCTCGATAGAAACC-ATACA
gi|6 : taCGGAATGAAATGTAAT-ACAATTCATAATGTAGGTGA--ATTTTAAATGAATAATA-A---------GACTTG-AAAAGAAGAA--ACA-------ATGTGGGGAAAA-A--CGAAGG-------GGGAAA-CCCCCGCTTAATAATCCTACCCTGTTGGCCA-TCTCAATTAAAACC-CTACAATCGGCCCATATATTGTTCAAATTA-AAATTttgtatatgctcagtatctttaaaagttatcatatcaa
gi|19 : GTTGCCCA-TCTCAATAGAAACC-ATACGATCGCCCCACATACTGTTCAATTTA-AAATTTCGGCAGCCACGCGT-AACATACT------T----------T--ACTAATAAG--TT-------AGTC-GATTT---GAAAA---CGTGT---TTTTAATATA-TTTT--atatatcaattttaatatgtttttgaaattcttaaaaaaataattgattatgatcttttgaggtatttggaatgccgtacagcaatttttttgtacttaatgggtgaaattcatgagtattagtaaatagttgaaacctttcattcctaaaacggttacacatgaaaataaaatgttttgcatattcaaaa
gi|20 : CCCCACATACTGTTCAATTTA-AA-TTTTGACTGCCCTGCAT-AACATACT------T-----------TA-CTAATAAG--TT-------TGTC-GATTT---GAAAATATTGTGT---TTTTAATACA-TTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTt
gi|9 : TATTGTTCAAATTT-AAATTTCGACAGCCACGCGT-AACACACT------T----------TT--CTAATAAGATTTGA-----AAAC-G--TTAACG-------TGTGT---TTTTAATATA-TTTTTTGAAATAATTGAAAAATAAATTGATTATGATCAAGTGAGGTAATCGGAGTGCC----GTGTAGCAATTTTCTTGCACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTGGTAAAAA-ATA
gi|4 : ccTTCAAATCA-AAGTTACGACAACCGTGGGT-AACAAACT------TTTCTAACAAGTTACCGAA---G--TCGATTTG-AAATTG--TT---G-------TATGT---TTT-AATATAATTTT--GAAATtgaaactcaacataagatttatacatgcatattaaaccttt
gi|6 : gtttgaagatatcttaaaacttatgttacagataattaatatcacataacaattcatatttatatataacaaatggattgaaccacaacgtcaagttatgacaaggaattttagaagatacttcctcggttataacaatattaaagtttcccgtatatattacgtaaaccagaatgaaatgtaatgtcactcataatataggtcaattttaaaagaataatagaaacttgaaaaagaaagaacactcagaaatgtcaagaaaatttggagaaaaaaaaaatccttggaaatgtgaacaaagacgggtaaaaccaccgcttgataatcttgtcctgcaatgtcccagtttAAA--TT-------AAA--A--TT---A-------TATATCAATTTTAATATG-TTTTT-GAAATTCTTAAAAAAATAATTGATTATGATCTTTTGAGGTATTTGGAATGCC----GTACAGCAATTTTTTTGTACTTAATGGGTGAAATTCATGAGTATTAGTAAATA-GTTGAAACCTTTCATTCCT-AAAACGGTTACACATGAAAATAAAATGTTTTGCATATTCAAA
14 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): ACTACGTACATGTATATGGTTTTCAACAAAAAATAATAAAAATAATCGTGTGTCACTTTTATATTTATACATATATTATATCATAATTACTACAATGCACATGCAGCTTAACTATGTTTATGTTTAGTTTAAACATATATTATAACGTCTGTCACATATATCGACAGATACAAATGAATATCACACGGTAACACATATATAATATATGCAAATGGATTGAACTACATGTTTAATAGCATAGGTACAGTTCTCTCCAATACGGTTGCGTAAATATATATGTTCACCGGATCGAAAAAAAACACAACTAAAAATTAATTTTAGACACCAAAAATACAGAGAAACATTCACGAAAAAAATATCAACAAATGAGAAAACAAAACAAAAAATACACATTTTACCGATACCGTGTCCCCATAGAATTAATCTGCATCACCACCTACAAACTACATCAGCGGCAGCAATAACTAAACAAATTTTAAGACATTAATCAGTTTGGTAACTATTTGTCTGTTTAACATATTTCCGAAAATGTTGAAATATAAGTAGATTGTTGAGATCTGCACTGCCGTTAATAATTTACAGATACCTGAAGGATGGAATTCACGAGTATTTGTAAATTATTTCCGTTTTTCGATTATGAAACGGT
Unaligned ( gi|8 ): GTTTAAACATATTTTTATTACGTTACAAATATCAACATAAACAAATGCACATAAAATGATAACAAATATATGGATTAAAAGTTATTACAACATTAGCTACAGTTCTCTCCAATGCAGTTGTGTGAATGTATATGTTTACCGGGTTGAAAAATAGCTTTAAAAGGCAAGTACAAAAAGAGAGAAAAGCAATATCGAAAGAAAAAACAAATGAAAGGGAAACAACAAACAAAACATTCCACACAATTAGATAAATAAAAACGCAATGCCGCCCAGTCCCCATAGAATCCTCCCTATATCACCACATCTAC
Unaligned ( gi|12 ): CCTTGGTTAAAGATCTCTCTAAAGCGTCCATATAAACGCATAATGTATATTGAATTAACATGTAATAGCATTCATAAAAGCGTAGGTGAATTTAAAATGAAAAATGGAAAAAACGGGAAAGAATAACCAATGAAATATATATACGAGCGTGTATACTAGTATATAAAAGAGGTAAAATCGCTAGGGAACCATGCCCTGTCGCCCGT
Unaligned ( gi|13 ): AGTGCGGCTGTATGAATGTATATGTTTACCGGGTTGAAAAAAAAATGAAAAGAGAACTTAGTACAAAAAGACAAAAACATATTGAAAGAAAGAAAAAACAATAAGAGAGAAACCAAACAACAAAAATAATACCATGCCGCCCAGTCCCCATAGAATCCTCACTCCTCACCACATACACTGTTCACGCTACAACAGTGACAGC
Unaligned ( gi|14 ): TAGTAATTATTTATTACGTATGCTATTATATATATATTTCGAAATATACAAATAAAGATAATGCGATAACAAATGTATAACACACGCAAATGGATTTTACTATATACATTAGTTACAGCGGCTGTATCAATGTTTATGTTAACCGGATCAAAATAAACACTTAACTGAATTTAAGTACAAAAAAAGAG
Unaligned ( gi|15 ): GCAGTAACTGTGATCTGATCTAAACAAATATCAAGCGTGTGTATTCGAATAATACTTTTACAGGCATATACAAACGATATCACATGATAACGAATGTATTAGCTACAAGCTGTTACAATATTAGTTGCAGTTGTCTGCAGTGCGGCGATATAAATATGCATGTATACCGGATCGAAACAAAA
Unaligned ( gi|18 ): ATTACTAGATTATAACAACATAAGCTACAGTTCTCTCGAATGTGGCTGTATTAATGCATGTTTATTGGAAATATAACATATGCAAATTAAACAAAAATATAATTAAGTACAAAAAGAAAAAGAAACAA
Unaligned ( gi|21 ): TATATATATTAGTCTTTGACATATATTATATACAAATGAACATCACATGACGACAAAAATATAACATTTAAGTTATACAAATGGATTGATCACCAAATTTATAACAGCATTACTATCACTA
Unaligned ( gi|22 ): ATATTACATATAGTATATCGACATATACCAATTATTGATCATGTTTTAATTATGTTTGATTAAATTTAGACACATTTCATTACGTATATTATATAAATCGACAAATACAAATGA
Unaligned ( gi|23 ): ATATACTAGATGAATACAATCAATATCACATGATAACAAATGTATAACATGAAAATGGATTGAAGTTCATGTTATAAC
Unaligned ( gi|24 ): ATATAGGTGAATGTTAAAGAATAATAGAAACTTGATAAAGAAGAAACAAACAGAAATGTGAAAAAATGAAGG
Unaligned ( gi|25 ): TTTAAACGTATTTTATTACGTATATTACATATCGACATATACAAATGAACATAAAATGATAACAAATATAT
Unaligned ( gi|26 ): GTATATCATATTTTGTATTTTCATTTTCATGTATAATAAACTGCCCGACATTCCATTGTGATTT
Unaligned ( gi|27 ): ATTATAACATCGTAACTGTGCAATAAACACAATTGCAAACGCTATTAAATATCAATATG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 333333333333333 2222 111111111 11111111111111 111 11 11 7777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 22222 222222222222 1 333
lowQualScore : 1 4 9999999999 777 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 66 0 888888888888888 3 555 0000 1 1 666 4 333333333 666 44444444444444 3 444 000 44 1 8 44 44 88888 3 5 3 5 1 1 0 33 0 777 11 0 22 0 4 1 2 4 8 3 0000000000000000000000000000000000000000000000 6666666 55 1 5 0 5 2 9999999 3 2 44 00000 6 1 1 777777777777 0 2 1 3 1 2 2 4 2 555
lowQualScore : . . .......... ... . .......................................................................... .. . ............... . ... .... . . ... . ......... ... .............. . ... ... .. . . .. .. ..... . . . . . . . .. . ... .. . .. . . . . . . . .............................................. ....... .. . . . . . ....... . . .. ..... . . . ............ . . . . . . . . . ...
lowQualScore : 0 4 4444444444 888 4 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 8 000000000000000 6 888 5555 5 0 444 5 333333333 888 44444444444444 3 888 444 66 0 7 66 66 33333 3 2 6 7 6 0 1 00 9 888 77 2 22 9 0 3 4 1 0 3 2222222222222222222222222222222222222222222222 3333333 77 0 1 4 0 5 2222222 2 8 66 88888 2 4 0 999999999999 0 0 0 7 0 5 5 0 5 000
consensus : TAGTTTAAACATATTTTATTACTTATGTTAC-A----------GATA---ATTAACATCACATGATAATACATATTTATAT-------A-G-ATTAAATAACATANGCAAATGGATTTGAC--GAANTT----TT-NAANANACATANNNNTCCA--TATCGTCAATAT----------CG---ATAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATAACATTCATAATA---TAGGTTATAATTTTAAATGAATANT---ANA---------AACTTG-A-AAAGAA--------G-----A-AACA--CAC---AGA--AATGTGAACA--A--A-----AA-TGAAGGGGG-AAAATCCCCGCTTGATAAACTTACCCTGTTGCCCATCTCAATAGAA---ACC-ATACAATCGCC--CCACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGCGTAA-CANACTT---AA-TTAACTAA--T-----AAG---------T-T---------GAAAACGTT---GTGTGTTTTTAATATATTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCGATTGAGGTATTTGGAGTGCCGTA----CAGCAATTTTCNTGTACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTNGTAAA--AA-GT-CG-CGCCTTTCATTCCT-AAAACGGTTACACNTGAAAATAAAATGTTNTGCATCTTCAAGTTCATTANCACNAACACAAANCGGATTATNCCTATATAGAT
Reference ( family-1019 ) : TAGTTTAAANATATTTTATTACTTATGTTAC-A----------GATA---ATTAACATCACATGATAATACATATTTANAT-------ACGNNTTAAATAACANNNACAANTNNATNCGAC--GNANTT----TT-NAANNNACNTNNNNNNCCA--TATCATCAATAT----------CG---ATAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATAACATTCATAATA---TAGGTTATAATTTTAAATGAATANT---ANA---------AACTTG-A-AAAGAA--------G-----A-AACA--CAC---AGA--AATGTNAANA--A--A-----AA-TGAAGGGGG-AAAATCCCCGCTTGATAAACTTACCCTGTTGCCCATCTCAATAGAA---ACC-ATACAATCGCC--CCACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGCGTAA-CATACTT---AA-TTAACTAA--T-----AAG---------T-T---------GAAAACGTT---GTGTGTTTTTAATATATTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCGATTGAGGTATTCGGAACGCCGTA----CAGCAATTTTCTTGTACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTNGTAAA--AA-GT-CG-CGCCTTTCATTCCT-AAAGCGGTTACACNTGAAAATAAAATGTTCTGCATNTTCAAGTTCATTAGCATCAACACAAATCGGATTATCCCT---TAGAT
gi|1 : TAGTTTAAACATATATTATAACGTCTGTCAC-ATATATCGACAGATACAAATGAATATCACACGGTAACACATAT----------------------ATAATATATGCAAATGGATTGAAC--TACATG----TT-TAATAG-CATAGGTA--CAGTTCTCTCCAATACGGTTG-----CGTAAATAT-AT-ATGTTCACCGGATCGAAA---AAAAACA--CA-ACTA---AAAATTA--ATTTTAGAC----ACC---AAA---------AAT------ACAGA---------G-----A-AACATTCACGAAAAA--AATATCAACA--A--ATGAGAAA-ACAAAACAA-AAAATACACATTTTACCGA--TACCGTGTC-CCCAT------AGAATTAATC--TGCA-TCACCACCTACAAACT----ACATCA-G-----CGGCAGCAATAACTAAACAAATTTT--AA-GACATTAA--T-----CAG---------T-TT--------GGTAACTAT---TTGTCTGTTTAACATATTTCC-GAAAATGTTGAAATATAAGTAGATTGT-------TGAG--ATCTGCACTGCCGT-----TAATAATTTACAGATACCTGAAGGATGGAATTCACGAGTATTTGTAAATTAT-TT-C--CGTTTTTCGATTAT-GAAACGGT
gi|10 : actacgtacatgtatatggttttcaacaaaaaataataaaaataatcgtgtgtcacttttatatttatacatatattatatcataattactacaatgcacatgcagcttaactatgtttatgttTTTAAACATATTT-ATAACTTATGT-ACTA----------GTTA---ATTAACATTACATTGTAATACATATGTAT--------------TTA--TAACATAGGCAAATGGATT------GAACT------------------------CCA--TACCATCAAT--------------------------T-TATATCGAAATGAAATGTAATTACATCCATAATA---TAGGTTA--ATTTTAAATTAATACT---TGA---------AACTTG-A-AAAGAA--------A-----A-AACA--CAC---AGA--AATGTTAA-A--G--A-----AA-TGAA-GGGA-AAAATTCACGCTTAATAAACTTAGCCTGT
gi|11 : ---ATATCATTATGTATACCGGAATGAAATATTATAACATTCATAATA---TGGGTTATAATTTTAAATGAATATG---ACA---------AACTTT-A-AAAGAG--------G-----A-AACA--CAC---AAA--AATGTGAACA--A--A-----AAGTGAAGGGGG-AATATCCCCGTTTGATAGACTTACCCTGTTGCCAATCTCGATAGAA---ACC-ATACA
gi|12 : tCGTCCATAT----------AA---ACGC-ATAATGTATATTGAATTAACATGTAATAGCATTCATAAAAGCGTAGGT--GAATTTAAAATGAAAAATGGAAAA---------AAC-GG-G-AAAGAATAACCAATG-----A-AATA--TAT---ATACGAGCGTGTATACTAGTA-----TA-TAAAAGAGGTAAAAT---CGCTAGGGAACCATGCCCTGTCGCCCGTttgtatatgctcagtatctttaaaagttatcatatcaa
gi|16 : ccttggttaaagatctctctaaagTAGTTTAAAGTTACTTTATTACTTATGTTTC-A----------GATA---ACTAGCATCACATGATAATACATATTTAGAT-------ATGATTGAACTACAAGTTATAACAACATTTGTT--GCAGTT----CT---------------CTCCA--TATCGTCAAT-----------------ATAT-ATTATGTATACCGGAATGACATGTAATAACATTCATAACA---
gi|17 : AACATATTTCAATACTAATGCTAC-A----------GATA---CTTAACATTACATGATAATACATATTTATAT-------A---------TAACATACACAAATGGAT----C--GAACTTCAAGTT-AAAACAACATAAAACTCCA--TATCATCAATAT----------CA---ATAC-ATTATGTATACCAGACTGAAATGTAATAACCTTCATAAag
gi|19 : tcGTTGCCCATCTCAATAGAA---ACC-ATACGATCGCC--CCACATACTGTTCAATTTA-AAATTTCGGCAGCCACGCGTAA-CATACTT------T--ACTAA--T-----AAGTTAGTCGATT-T---------GAAAAC--------GTGTTTTTAATATATTTTT-
gi|2 : TAATTTAAACATATTGTATTACTTATGTTAC-A----------GGTA---ATTAACATCACATGATAATNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNN----NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNA--TATCGCCAATAT----------CG---TTAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATGACATTCATAATA---TGAATTATAATTTTAAATGAATACT---GTA---------AACTTT-A-AAATAA--------G-----A-AACA--TAG---AGA--AATGTTAACA--A--A-----AA-TGAAGAAGG-AAAGTCCCCGCTTGATAAACTTACCCTGTTGCCCAACTCAATAGAA---ACC-ATACAATCGCC--CGACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGTCACGCGTAA-CACAATT---AAGTTAACTAA--T-----AAG---------T-C-----------AAACGTT---GTGTGTTTTTAATATA-TTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCAATTGAGGTATCTGGAGTGCCCTA----CAGCAATTTTGATGTACTTAATTGGTGAAATTCATGAATATTGGTAAA--AA-GTAAA-AGCCATTAATTCCTAAAAACGGCTACACTTGAAAATAAAATGTTATGCATCTTCAAATTCATTACCACAAACACAAAATGGATTATACCTATATAGAT
gi|20 : CC--CCACATACTGTTCAATTTA-AA-TTTTGACTGCCCTGCATAA-CATACTT-------TA-CTAA--T-----AAG---------T-TTGTCGATTTGAAAATATT---GTG--TTTTTAATACATTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATT
gi|24 : ATA---TAGGTGA--ATGTTAAA-GAATAAT---AGA---------AACTTG-ATAAAGAA--------G-----A-AACA--AAC---AGA--AATGTGA--A--A--A-----AA-TGAAGG
gi|28 : TAGTTTAAATATATTTTATTACTTATGTTAC-A----------GATA---TTTAACATCACATGATA
gi|3 : CCA--TATCATCAGTAT----------CA---ATAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTTATAACATTTATAAAA---AAGGTGA--ATTCTAAAAGAACAAT---ATA---------AACTTG-GGAAAGAA--------GTACATACAATA--CAC---AAA--AAGGTGAAGA--C--A--------TGGAGGGGA-AAA--CCGCGCCTGATTTCCATGCCGTGTTGCCCATAGTTATTCAA---ACC----CAATTACCGCCCATATATTGTTCAAATCA-AAGTACTGACAGCGACGTGTAAACACACTTTTTAA-TAAATTAA--T-----CGA---------TAT---------GAAAACTTT---GTGT---TTTAAAA-AT-------AGTTCTTGAAAAATA-------------CGATTGAGACATTTGAAACACCGTATGTACAGCAAATCCCGTATACCAAAAGGTTGATATTTATGAGAATTTGTGAA--AATGT-CG-CGCCTTTCATTCCT-AAAGCGGTTATATCTGAAAATAAAATGTTCTGCATCTTCAAGTTCATTAGCATCAACACAAATCGGATTATCCCT---TAGATc
gi|4 : caaaggaattaaactgcaagttataacaactttagttgcagttctctGTTTGAAGATATCTTAAAACTTATGTTAC-A----------GATA---ATTAATATCACATAACAATTCATATTTATATATAACAAATGGATTGAACCACAACGTCAAGT---TATGACAAGGAATT----TTAGAAGATACTTCCTCGGTTA--TA--A-CAATATTAAAGTTTCCCGT--ATAT-ATTACGTAAACCAGAATGAAATGTAATGTCACTCATAATA---TAGGT--CAATTTTAAAAGAATAAT---AGA---------AACTTGAA-AAAGAA--------A-----G-AACA--CTC---AGA--AATGTCAAGA--A--A-----AT-T---TGGAG-AAAA
gi|4 : A---------AATTTG-G-AGAAAA--------A-----A-AAAA--TCCTT-GGA--AATGTGAACA--A--A-----GA-CG----GGT-AAAACCACCGCTTGATAATCTTGTCCTG----------------------------CAAT-GTC--CCA---GTTTTTCAAATCA-AAGTTACGACAACCGTGGGTAA-CAAACTT---TT-CTAACAAG--TTACCGAAGTCGAT----T-T---------GAAATTGTT---GTATG-TTTTAATATAATTTT-GAAATaaaaaatccttggaaatgtgaacaaagacgggtaaaaccaccgcttgataatcttgtcctgcaatgtcccagtttttcaaatcaaagttacgacaaccgtgggtaacaaacttttctaacaagttaccgaagtcgatttgaaattgttgtatgttttaatataattttgaaat
gi|5 : gtttgaagatatcttaaaacttatgttacagataattaatatcacataacaattcatatttatatataacaaatggattgaaccacaacgtcaagttatgacaaggaattttagaagatacttcctcggttataacaatattaaagtttcccgtatatattacgtaaaccagaatgaaatgtaatgtcactcataatataggtcaattttaaaagaataatagaaacttgaaaaagaaagaacactcagaaatgtcaagaATATTTTATTACTTATGTTAC-A----------GATA---TTTAACATCACATGATAATACATATTTATAT-------ACAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNN----NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNA--TATCATCATCAT----------CA---ATAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATAACATTCATAATA---TAAGTTATAATTTTAAATGAAAACT---ACAGAAAATTTTAACTTG-A-AAAGAA--------G-----A-AACA--CAC---AGA--AATTTGAA-A--A--A-----AA-TGAAGGGGG-AAA-TACCCGCTTGATAAACTTACCCTGTTGCCGATCATAACAAAA---ACCAAAACAATCGCC--CCACATACTGTTC-TATTACAAATTTCGACAGCCACGAGTAA-CATACTT------TTA--TAA--T-----AAG---------T-
gi|6 : CGGAATGAAATGTAATACAATTCATAATG---TAGGTGA--ATTTTAAATGAATAAT---A-A---------GACTTG-A-AAAGAA--------G-----A-AACA--------------ATGTGGGGA--A--A-----AA-CGAAGGGGG-AAA-CCCCCGCTTAATAATCCTACCCTGTTGGCCATCTCAATTAAA---ACC-CTACAATCGGC--CCATATATTGTTCAAATTA-AAATT----------------A-TATA-TC---AA-TT--TTAA--T-----A--------------------------------------TGTTTTTGA-A-ATTCTT-AA--------AAAAAT-AATTGATTATGATCTTTTGAGGTATTTGGAATGCCGTA----CAGCAATTTTTTTGTACTTAATGGGTGAAATTCATGAGTATTAGTAAA--TA-GT-TGAAACCTTTCATTCCT-AAAACGGTTACACATGAAAATAAAATGTTTTGCATATTCAAaact
gi|7 : TACTTATGTTAC-A----------GATA---ATTAACATCCCATGATAATACACATTTAAAT-------A--TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNN----NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNA--TATCATCAA-AT----------TG---ATAT-ATTATGTATAC--------------------------ATG---TAGGTTATAATTTTTAATGAATACT---ATA---------AACTTG-A-AAAGAA--------G-----A-AACA--CAA---AGA--AATGTGAACA--A--A-----AA-TGAA-GGGG-AAAATCCCCGCTTGATAAACTTACC----TGGCCATCTCAATAGAA---ACC-ATATAATTGCC--CCATATATTATTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGAGTAA-TAAACTT---TA-CT-ACTAAGTC-----GAT---------T-T---------GAAAA---T---GTGTG-TTTTAATAaa
gi|9 : TATTGTTCAAATTT-AAATTTCGACAGCCACGCGTAA-CACACTT------TT--CTAA--T-----AAGAT-------T-T---------GAAAACGTTAACGTGTGTTTTTAATATATTTTTTGAAATAATTGAAAAATAAATTGATTATGATCAAGTGAGGTAATCGGAGTGCCGTG----TAGCAATTTTCTTGCACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTGGTAAA--AA-AT-
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GTTTAAACATATTTTTATTACGTTACAAATATCAACATAAACAAATGCACATAAAATGATAACAAATATATGGATTAAAAGTTATTACAACATTAGCTACAGTTCTCTCCAATGCAGTTGTGTGAATGTATATGTTTACCGGGTTGAAAAATAGCTTTAAAAGGCAAGTACAAAAAGAGAGAAAAGCAATATCGAAAGAAAAAACAAATGAAAGGGAAACAACAAACAAAACATTCCACACAATTAGATAAATAAAAACGCAATGCCGCCCAGTCCCCATAGAATCCTCCCTATATCACCACATCTAC
Unaligned ( gi|13 ): AGTGCGGCTGTATGAATGTATATGTTTACCGGGTTGAAAAAAAAATGAAAAGAGAACTTAGTACAAAAAGACAAAAACATATTGAAAGAAAGAAAAAACAATAAGAGAGAAACCAAACAACAAAAATAATACCATGCCGCCCAGTCCCCATAGAATCCTCACTCCTCACCACATACACTGTTCACGCTACAACAGTGACAGC
Unaligned ( gi|14 ): TAGTAATTATTTATTACGTATGCTATTATATATATATTTCGAAATATACAAATAAAGATAATGCGATAACAAATGTATAACACACGCAAATGGATTTTACTATATACATTAGTTACAGCGGCTGTATCAATGTTTATGTTAACCGGATCAAAATAAACACTTAACTGAATTTAAGTACAAAAAAAGAG
Unaligned ( gi|15 ): GCAGTAACTGTGATCTGATCTAAACAAATATCAAGCGTGTGTATTCGAATAATACTTTTACAGGCATATACAAACGATATCACATGATAACGAATGTATTAGCTACAAGCTGTTACAATATTAGTTGCAGTTGTCTGCAGTGCGGCGATATAAATATGCATGTATACCGGATCGAAACAAAA
Unaligned ( gi|18 ): ATTACTAGATTATAACAACATAAGCTACAGTTCTCTCGAATGTGGCTGTATTAATGCATGTTTATTGGAAATATAACATATGCAAATTAAACAAAAATATAATTAAGTACAAAAAGAAAAAGAAACAA
Unaligned ( gi|21 ): TATATATATTAGTCTTTGACATATATTATATACAAATGAACATCACATGACGACAAAAATATAACATTTAAGTTATACAAATGGATTGATCACCAAATTTATAACAGCATTACTATCACTA
Unaligned ( gi|22 ): ATATTACATATAGTATATCGACATATACCAATTATTGATCATGTTTTAATTATGTTTGATTAAATTTAGACACATTTCATTACGTATATTATATAAATCGACAAATACAAATGA
Unaligned ( gi|23 ): ATATACTAGATGAATACAATCAATATCACATGATAACAAATGTATAACATGAAAATGGATTGAAGTTCATGTTATAAC
Unaligned ( gi|25 ): TTTAAACGTATTTTATTACGTATATTACATATCGACATATACAAATGAACATAAAATGATAACAAATATAT
Unaligned ( gi|26 ): GTATATCATATTTTGTATTTTCATTTTCATGTATAATAAACTGCCCGACATTCCATTGTGATTT
Unaligned ( gi|27 ): ATTATAACATCGTAACTGTGCAATAAACACAATTGCAAACGCTATTAAATATCAATATG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111 11111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333333333333333 222 111111111 11111111 111 11 66666666666666666666666666666666666666666666 1111111 111 1111 222222222222 1 222
lowQualScore : 4 7777777777 99999999999 777 1 22 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55 55 5 0 888888888888888 3 555 000 1 1 666 4 333333333 3 333 22222222 3 88888 444 000 44 88 44 44 88888 3 5 3 1 1 1 0 33 0 777 11 0 66 66 0 4 1 2 4 4 4 1 777 33333333333333333333333333333333333333333333 3333333 000 3 0 5 0 2 9999999 3 1 7777 3 1 1 1 777777777777 0 1 1 1 1 1 1 111
lowQualScore : . .......... ........... ... . .. ........................................................................... .. .. . . ............... . ... ... . . ... . ......... . ... ........ . ..... ... ... .. .. .. .. ..... . . . . . . . .. . ... .. . .. .. . . . . . . . . ... ............................................ ....... ... . . . . . ....... . . .... . . . . ............ . . . . . . . ...
lowQualScore : 0 5555555555 00000000000 000 4 99 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 55 55 5 8 000000000000000 6 888 888 5 0 444 5 333333333 3 444 11111111 3 33333 888 444 66 44 66 66 33333 3 2 6 3 6 0 1 00 9 888 77 2 11 11 9 0 3 4 1 0 0 0 000 22222222222222222222222222222222222222222222 7777777 222 6 4 0 1 5 2222222 2 4 0000 8 0 4 0 999999999999 0 0 0 0 0 0 0 555
consensus : TAGTTTAAACATATTTTATTACTTATGTTAC-A----------GAT-----------A---ATTAACATCACATGATAATACATATTTATATA---------GATTGAATAACA---TA-CG-CAAATGGATTTGAC---GAANTT----TTNAANANACATANNNCTCC--A--TATCGTCAATAT----------CG---ATAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATAACATTCATAATA---TAGGTTATAATTTTAAATGAATANT---ANA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAC---AGA--AATGTGAACA--A--A-----AA-TGAAGGGGG-AAAATCCCCGCTTGATAAACTTACCCTGTTGCCCATCTCAATAGAA---ACC-ATACAATCGC--C--CCACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGCGT-AA-CANAC---TT-AA-TTAACTAA--T-----AAG---------T-T---------GAAAACGTT---GTGTGTTTTTAATATATTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCGATTGAGGTATTTGGAGTGCC----GTACAGCAATTTTCNTGTACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTNGTAAA--AA-GT-CG-CGCCTTTCATTCCT-AAAACGGTTACACNTGAAAATAAAATGTTNTGCATCTTCAAGTTCATTANCACNAACACAAANCGGATTATNCCTATATAGAT
Reference ( family-1019 ) : TAGTTTAAACATATTTTATTACTTATGTTAC-A----------GAT-----------A---ATTAACATCACATGATAATACATATTTATATA---------GATTAAATAACA---TA-NG-CAAATGGATTTGAC---GAANTT----TTNAANANACATANNNNTCC--A--TATCGTCAATAT----------CG---ATAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATAACATTCATAATA---TAGGTTATAATTTTAAATGAATANT---ANA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAC---AGA--AATGTGAACA--A--A-----AA-TGAAGGGGG-AAAATCCCCGCTTGATAAACTTACCCTGTTGCCCATCTCAATAGAA---ACC-ATACAATCGC--C--CCACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGCGT-AA-CANAC---TT-AA-TTAACTAA--T-----AAG---------T-T---------GAAAACGTT---GTGTGTTTTTAATATATTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCGATTGAGGTATTTGGAGTGCC----GTACAGCAATTTTCNTGTACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTNGTAAA--AA-GT-CG-CGCCTTTCATTCCT-AAAACGGTTACACNTGAAAATAAAATGTTNTGCATCTTCAAGTTCATTANCACNAACACAAANCGGATTATNCCTATATAGAT
gi|1 : TAGTTTAAACATATATTATAACGTCTGTCAC-ATATATCGACAGAT-----------ACAAATGAATATCACACGGTAACACATAT----------------------ATAATA---TA-TG-CAAATGGATTGAAC---TACATG----TTTAATAG-CATAGGTA--C--AGTTCTCTCCAATACGGTTG-----CGTAAATAT-AT-ATGTTCACCGGATCGAAA---AAAAACA--CA-ACTA---AAAATTA--ATTTTAGAC----ACC---AAA---------AAT-------ACAGA---------G-A-----AACATTCACGAAAAA--AATATCAACA--A--ATGAGAAA-ACAAAACAA-AAAATACACATTTTACCGA--TACCGTGTC-CCCAT------AGAATTAATC--TGCA-TCAC--CACCTACAAACT----ACATCA-G-----CGGCAGCAATAACT-AAACAAAT---TTTAA-GACATTAA--T-----CAG---------T-TT--------GGTAACTAT---TTGTCTGTTTAACATATTTCC-GAAAATGTTGAAATATAAGTAGATTGT-------TGAG--ATCTGCACTGCC----GT-TAATAATTTACAGATACCTGAAGGATGGAATTCACGAGTATTTGTAAATTAT-TT-C--CGTTTTTCGATTAT-GAAACGGT
gi|10 : actacgtacatgtatatggttttcaacaaaaaataataaaaataatcgtgtgtcacttttatatttatacatatattatatcataattactacaatgcacatgcagcttaactatgtttatgttTTTAAACATATTT-ATAACTTATGT-ACTA----------GTT-----------A---ATTAACATTACATTGTAATACATATGTAT--------------TTA--TAACA---TA-GG-CAAATGGATT-------GAACT-----------------------CC--A--TACCATCAAT--------------------------T-TATATCGAAATGAAATGTAATTACATCCATAATA---TAGGTTA--ATTTTAAATTAATACT---TGA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------A-A-----AACA--CAC---AGA--AATGTTAA-A--G--A-----AA-TGAA-GGGA-AAAATTCACGCTTAATAAACTTAGCCTGT
gi|11 : ---ATATCATTATGTATACCGGAATGAAATATTATAACATTCATAATA---TGGGTTATAATTTTAAATGAATATG---ACA---------AACTT-T-A-AAAGAG--------G-A-----AACA--CAC---AAA--AATGTGAACA--A--A-----AAGTGAAGGGGG-AATATCCCCGTTTGATAGACTTACCCTGTTGCCAATCTCGATAGAA---ACC-ATACA
gi|12 : tATCTCTCT--A--AAGCGTCCATAT----------AA---ACGC-ATAATGTATATTGAATTAACATGTAATAGCATTCATAAAAGCGTAGGT--GAATTTAAAATGAAAAATGGAAAA---------AAC-G-G-G-AAAGAATAACCAATG-A-----AATA--TAT---ATACGAGCGTGTATACTAGTA-----TA-TAAAAGAGGTAAAAT---CGCTAGGGAACCATGCCCTGTCGCCCGTttgtatatgctcagtatctttaaaagttatcatatcaa
gi|16 : ccttggttaaagTAGTTTAAAGTTACTTTATTACTTATGTTTC-A----------GAT-----------A---ACTAGCATCACATGATAATACATATTTAGATAT--------GATTGAACTACAAGTTATAA-CAA---CATTTGTT---GCAGTT----CT--------------CTCC--A--TATCGTCAAT-----------------ATAT-ATTATGTATACCGGAATGACATGTAATAACATTCATAACA---
gi|17 : AACATATTTCAATACTAATGCTAC-A----------GAT-----------A---CTTAACATTACATGATAATACATATTTATATA----------------TAACA---TA-CA-CAAATGGAT----C---GAACTTCAAGTTAAAACAACATAAAACTCC--A--TATCATCAATAT----------CA---ATAC-ATTATGTATACCAGACTGAAATGTAATAACCTTCATAAag
gi|19 : tcGTTGCCCATCTCAATAGAA---ACC-ATACGATCGC--C--CCACATACTGTTCAATTTA-AAATTTCGGCAGCCACGCGT-AA-CATAC---TT----T--ACTAA--T-----AAGTTAGTCGATT-T---------GAAAAC--------GTGTTTTTAATATATTTTT-
gi|2 : TAATTTAAACATATTGTATTACTTATGTTAC-A----------GGT-----------A---ATTAACATCACATGATAATNNNNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNN---NN-NN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--TATCGCCAATAT----------CG---TTAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATGACATTCATAATA---TGAATTATAATTTTAAATGAATACT---GTA---------AACTT-T-A-AAATAA--------G-A-----AACA--TAG---AGA--AATGTTAACA--A--A-----AA-TGAAGAAGG-AAAGTCCCCGCTTGATAAACTTACCCTGTTGCCCAACTCAATAGAA---ACC-ATACAATCGC--C--CGACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGTCACGCGT-AA-CACAA---TT-AAGTTAACTAA--T-----AAG---------T-C-----------AAACGTT---GTGTGTTTTTAATATA-TTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCAATTGAGGTATCTGGAGTGCC----CTACAGCAATTTTGATGTACTTAATTGGTGAAATTCATGAATATTGGTAAA--AA-GTAAA-AGCCATTAATTCCTAAAAACGGCTACACTTGAAAATAAAATGTTATGCATCTTCAAATTCATTACCACAAACACAAAATGGATTATACCTATATAGAT
gi|20 : C--C--CCACATACTGTTCAATTTA-AA-TTTTGACTGCCCTGCAT-AA-CATAC---TT-----TA-CTAA--T-----AAG---------T-TTGTCGATTTGAAAATATT---GTG--TTTTTAATACATTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATT
gi|24 : ATA---TAGGTGA--ATGTTAAA-GAATAAT---AGA---------AACTT-G-ATAAAGAA--------G-A-----AACA--AAC---AGA--AATGTGA--A--A--A-----AA-TGAAGG
gi|25 : TTTAAACGTATTTTATTACGTATATTAC-A----------TATCGACATATACAA---ATGAACATAAAATGATAACAAATAT
gi|28 : TAGTTTAAATATATTTTATTACTTATGTTAC-A----------GAT-----------A---TTTAACATCACATGATAat
gi|3 : TCC--A--TATCATCAGTAT----------CA---ATAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTTATAACATTTATAAAA---AAGGT--GAATTCTAAAAGAACAAT---ATA---------AACTTGG-G-AAAGAA--------GTACATACAATA--CAC---AAA--AAGGTGA--A--G--A-----CA-TGGAGGGGA-AAA--CCGCGCCTGATTTCCATGCCGTGTTGCCCATAGTTATTCAA---ACC----CAATTACCGC--CCATATATTGTTCAAATCA-AAGTACTGACAGCGACGTGTAAA-CACACTTTTT-AA-TAAATTAA--T-----CGA---------TAT---------GAAAACTTT---GTG---TTTTAA-AAAT-------AGTTCTTGAAAAATA-------------CGATTGAGACATTTGAAACACCGTATGTACAGCAAATCCCGTATACCAAAAGGTTGATATTTATGAGAATTTGTGAA--AATGT-CG-CGCCTTTCATTCCT-AAAGCGGTTATATCTGAAAATAAAATGTTCTGCATCTTCAAGTTCATTAGCATCAACACAAATCGGATTATCCCT---TAGATc
gi|4 : caaaggaattaaactgcaagttataacaactttagttgcagttctcGTTTGAAGATATCTTAAAACTTATGTTAC-A----------GAT-----------A---ATTAATATCACATAACAATTCATATTTATATATAACAAATGGATTGAACCACA----A-CGTCAAGT---TATGACAAGGAATTT----TAGAAGATACTTCCTCGGTT--A--TAAC---AATATTAAAGTTTCCCGT--ATAT-ATTACGTAAACCAGAATGAAATGTAATGTCACTCATAATA---TAGGT--CAATTTTAAAAGAATAAT---AGA---------AACTT-GAA-AAAGAA--------A-G-----AACA--CTC---AGA--AATGTCAAGA--A--A-----AT-T---TGGAG-AAAA
gi|4 : A---------AATTT-G-G-AGAAAA--------A-A-----AAAA--TCCTT-GGA--AATGTGAACA--A--A-----GA-CG----GGT-AAAACCACCGCTTGATAATCTTGTCCTG----------------------------CAAT-GT--C--CCA---GTTTTTCAAATCA-AAGTTACGACAACCGTGGGT-AA-CAAAC---TT-TT-CTAACAAG--TTACCGAAGTCGAT----T-T---------GAAATTGTT---GTATG-TTTTAATATAATTTT-GAAATaaaaaatccttggaaatgtgaacaaagacgggtaaaaccaccgcttgataatcttgtcctgcaatgtcccagtttttcaaatcaaagttacgacaaccgtgggtaacaaacttttctaacaagttaccgaagtcgatttgaaattgttgtatgttttaatataattttgaaat
gi|5 : gtttgaagatatcttaaaacttatgttacagataattaatatcacataacaattcatatttatatataacaaatggattgaaccacaacgtcaagttatgacaaggaattttagaagatacttcctcggttataacaatattaaagtttcccgtatatattacgtaaaccagaatgaaatgtaatgtcactcataatataggtcaattttaaaagaataatagaaacttgaaaaagaaagaacactcagaaatgtcaagaATATTTTATTACTTATGTTAC-A----------GAT-----------A---TTTAACATCACATGATAATACATATTTATATACA-------AANNNNNNNNNN---NN-NN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--A--TATCATCATCAT----------CA---ATAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATAACATTCATAATA---TAAGTTATAATTTTAAATGAAAACT---ACAGAAAATTTTAACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAC---AGA--AATTTGAA-A--A--A-----AA-TGAAGGGGG--AAATACCCGCTTGATAAACTTACCCTGTTGCCGATCATAACAAAA---ACCAAAACAATCGC--C--CCACATACTGTTC-TATTACAAATTTCGACAGCCACGAGT-AA-CATAC---TT----TTA--TAA--T-----AAG---------T-
gi|6 : CGGAATGAAATGTAATACAATTCATAATG---TAGGTGA--ATTTTAAATGAATAAT---A-A---------GACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--------------ATGTGGGGA--A--A-----AA-CGAAGGGGG-AAA-CCCCCGCTTAATAATCCTACCCTGTTGGCCATCTCAATTAAA---ACC-CTACAATCGG--C--CCATATATTGTTCAAATTA-AAATT-----------------A-TATA----TC-AA-TT--TTAA--T-----A-------------------------------T---GT---TTTTGAA---ATTCTT-AAA--------AAAAT-AATTGATTATGATCTTTTGAGGTATTTGGAATGCC----GTACAGCAATTTTTTTGTACTTAATGGGTGAAATTCATGAGTATTAGTAAA--TA-GT-TGAAACCTTTCATTCCT-AAAACGGTTACACATGAAAATAAAATGTTTTGCATATTCAAaact
gi|7 : TACTTATGTTAC-A----------GAT-----------A---ATTAACATCCCATGATAATACACATTTAAATA---------TANNNNNNNNNN---NN-NN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--A--TATCATCAA-AT----------TG---ATAT-ATTATGTATAC--------------------------ATG---TAGGTTATAATTTTTAATGAATACT---ATA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAA---AGA--AATGTGAACA--A--A-----AA-TGAA-GGGG-AAAATCCCCGCTTGATAAACTTACC----TGGCCATCTCAATAGAA---ACC-ATATAATTGC--C--CCATATATTATTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGAGT-AA-TAAAC---TT-TA-CT-ACTAAGTC-----GAT---------T-T---------GAAAA---T---GTGTG-TTTTAATAaa
gi|9 : TATTGTTCAAATTT-AAATTTCGACAGCCACGCGT-AA-CACAC---TT----TT--CTAA--T-----AAGAT-------T-T---------GAAAACGTTAACGTGTGTTTTTAATATATTTTTTGAAATAATTGAAAAATAAATTGATTATGATCAAGTGAGGTAATCGGAGTGCC----GTGTAGCAATTTTCTTGCACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTGGTAAA--AA-AT-
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GTTTAAACATATTTTTATTACGTTACAAATATCAACATAAACAAATGCACATAAAATGATAACAAATATATGGATTAAAAGTTATTACAACATTAGCTACAGTTCTCTCCAATGCAGTTGTGTGAATGTATATGTTTACCGGGTTGAAAAATAGCTTTAAAAGGCAAGTACAAAAAGAGAGAAAAGCAATATCGAAAGAAAAAACAAATGAAAGGGAAACAACAAACAAAACATTCCACACAATTAGATAAATAAAAACGCAATGCCGCCCAGTCCCCATAGAATCCTCCCTATATCACCACATCTAC
Unaligned ( gi|13 ): AGTGCGGCTGTATGAATGTATATGTTTACCGGGTTGAAAAAAAAATGAAAAGAGAACTTAGTACAAAAAGACAAAAACATATTGAAAGAAAGAAAAAACAATAAGAGAGAAACCAAACAACAAAAATAATACCATGCCGCCCAGTCCCCATAGAATCCTCACTCCTCACCACATACACTGTTCACGCTACAACAGTGACAGC
Unaligned ( gi|14 ): TAGTAATTATTTATTACGTATGCTATTATATATATATTTCGAAATATACAAATAAAGATAATGCGATAACAAATGTATAACACACGCAAATGGATTTTACTATATACATTAGTTACAGCGGCTGTATCAATGTTTATGTTAACCGGATCAAAATAAACACTTAACTGAATTTAAGTACAAAAAAAGAG
Unaligned ( gi|15 ): GCAGTAACTGTGATCTGATCTAAACAAATATCAAGCGTGTGTATTCGAATAATACTTTTACAGGCATATACAAACGATATCACATGATAACGAATGTATTAGCTACAAGCTGTTACAATATTAGTTGCAGTTGTCTGCAGTGCGGCGATATAAATATGCATGTATACCGGATCGAAACAAAA
Unaligned ( gi|18 ): ATTACTAGATTATAACAACATAAGCTACAGTTCTCTCGAATGTGGCTGTATTAATGCATGTTTATTGGAAATATAACATATGCAAATTAAACAAAAATATAATTAAGTACAAAAAGAAAAAGAAACAA
Unaligned ( gi|21 ): TATATATATTAGTCTTTGACATATATTATATACAAATGAACATCACATGACGACAAAAATATAACATTTAAGTTATACAAATGGATTGATCACCAAATTTATAACAGCATTACTATCACTA
Unaligned ( gi|22 ): ATATTACATATAGTATATCGACATATACCAATTATTGATCATGTTTTAATTATGTTTGATTAAATTTAGACACATTTCATTACGTATATTATATAAATCGACAAATACAAATGA
Unaligned ( gi|23 ): ATATACTAGATGAATACAATCAATATCACATGATAACAAATGTATAACATGAAAATGGATTGAAGTTCATGTTATAAC
Unaligned ( gi|26 ): GTATATCATATTTTGTATTTTCATTTTCATGTATAATAAACTGCCCGACATTCCATTGTGATTT
Unaligned ( gi|27 ): ATTATAACATCGTAACTGTGCAATAAACACAATTGCAAACGCTATTAAATATCAATATG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111 111111111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 333333333333333 222 111111111 11111111 111 11 66666666666666666666666666666666666666666666 1111111 111 1111 222222222222 1 222
lowQualScore : 666 3 5555555555 888888888888888 7777 3 666 4 2 33 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 55 3 11 444444444444444 3 0 555 000 1 1 666 4 333333333 3 333 22222222 3 88888 444 000 44 88 44 44 88888 3 5 3 1 1 1 0 33 0 777 11 0 66 66 0 4 1 2 4 4 4 1 777 33333333333333333333333333333333333333333333 3333333 000 3 0 5 0 2 9999999 3 1 7777 3 1 1 1 777777777777 0 1 1 1 1 1 1 111
lowQualScore : ... . .......... ............... .... . ... . . .. ..................................................................... .. .. . .. ............... . . ... ... . . ... . ......... . ... ........ . ..... ... ... .. .. .. .. ..... . . . . . . . .. . ... .. . .. .. . . . . . . . . ... ............................................ ....... ... . . . . . ....... . . .... . . . . ............ . . . . . . . ...
lowQualScore : 444 6 9999999999 333333333333333 7777 6 444 0 9 22 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 00 00 6 44 333333333333333 3 7 888 888 5 0 444 5 333333333 3 444 11111111 3 33333 888 444 66 44 66 66 33333 3 2 6 3 6 0 1 00 9 888 77 2 11 11 9 0 3 4 1 0 0 0 000 22222222222222222222222222222222222222222222 7777777 222 6 4 0 1 5 2222222 2 4 0000 8 0 4 0 999999999999 0 0 0 0 0 0 0 555
consensus : TAGTTTAAACATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---ATT----AACAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTATATA---------GATTGAATAACATACG-CAAATGGATNTNAC---GAANTT----TNNAANATACATATNNCTCC--A--T-ATCGTCAATAT----------CG---ATAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATAACATTCATAATA---TAGGTTATAATTTTAAATGAATANT---ANA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAC---AGA--AATGTGAACA--A--A-----AA-TGAAGGGGG-AAAATCCCCGCTTGATAAACTTACCCTGTTGCCCATCTCAATAGAA---ACC-ATACAATCGC--C--CCACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGCGT-AA-CANAC---TT-AA-TTAACTAA--T-----AAG---------T-T---------GAAAACGTT---GTGTGTTTTTAATATATTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCGATTGAGGTATTTGGAGTGCC----GTACAGCAATTTTCNTGTACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTNGTAAA--AA-GT-CG-CGCCTTTCATTCCT-AAAACGGTTACACNTGAAAATAAAATGTTNTGCATCTTCAAGTTCATTANCACNAACACAAANCGGATTATNCCTATATAGAT
Reference ( family-1019 ) : TAGTTTAAACATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---ATT----AACAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTATATA---------GATTGAATAACATACG-CAAATGGATTTGAC---GAANTT----TTNAANANACATANNNCTCC--A--T-ATCGTCAATAT----------CG---ATAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATAACATTCATAATA---TAGGTTATAATTTTAAATGAATANT---ANA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAC---AGA--AATGTGAACA--A--A-----AA-TGAAGGGGG-AAAATCCCCGCTTGATAAACTTACCCTGTTGCCCATCTCAATAGAA---ACC-ATACAATCGC--C--CCACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGCGT-AA-CANAC---TT-AA-TTAACTAA--T-----AAG---------T-T---------GAAAACGTT---GTGTGTTTTTAATATATTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCGATTGAGGTATTTGGAGTGCC----GTACAGCAATTTTCNTGTACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTNGTAAA--AA-GT-CG-CGCCTTTCATTCCT-AAAACGGTTACACNTGAAAATAAAATGTTNTGCATCTTCAAGTTCATTANCACNAACACAAANCGGATTATNCCTATATAGAT
gi|1 : TAGTTTAAACATATATTATAACGTCTG---TCAC-ATATATCGACAGAT-----------ACAAATG----AATAT-CACAC---GGTAACAC-ATAT----------------------ATAATATATG-CAAATGGATTGAAC---TACATG----TTTAATAG-CATAGG--TAC--AGTT-CTCTCCAATACGGTTG-----CGTAAATAT-AT-ATGTTCACCGGATCGAAA---AAAAACA--CA-ACTA---AAAATTA--ATTTTAGAC----ACC---AAA---------AAT-------ACAGA---------G-A-----AACATTCACGAAAAA--AATATCAACA--A--ATGAGAAA-ACAAAACAA-AAAATACACATTTTACCGA--TACCGTGTC-CCCAT------AGAATTAATC--TGCA-TCAC--CACCTACAAACT----ACATCA-G-----CGGCAGCAATAACT-AAACAAAT---TTTAA-GACATTAA--T-----CAG---------T-TT--------GGTAACTAT---TTGTCTGTTTAACATATTTCC-GAAAATGTTGAAATATAAGTAGATTGT-------TGAG--ATCTGCACTGCC----GT-TAATAATTTACAGATACCTGAAGGATGGAATTCACGAGTATTTGTAAATTAT-TT-C--CGTTTTTCGATTAT-GAAACGGT
gi|10 : actacgtacatgtatatggttttcaacaaaaaataataaaaataatcgtgtgtcacttttatatttatacatatattatatcataattactacaatgcacatgcagcttaactatgtttatgttTTTAAACATATTT-ATAACTTATG---T-ACTA----------GTT-----------A---ATT----AACAT-TACAT---TGTAATAC-ATATGTAT--------------TT--ATAACATAGG-CAAATGGATT-------GAA-----------------------CTCC--A--T-ACCATCAAT--------------------------T-TATATCGAAATGAAATGTAATTACATCCATAATA---TAGGTTA--ATTTTAAATTAATACT---TGA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------A-A-----AACA--CAC---AGA--AATGTTAA-A--G--A-----AA-TGAA-GGGA-AAAATTCACGCTTAATAAACTTAGCCTGT
gi|11 : ---ATATCATTATGTATACCGGAATGAAATATTATAACATTCATAATA---TGGGTTATAATTTTAAATGAATATG---ACA---------AACTT-T-A-AAAGAG--------G-A-----AACA--CAC---AAA--AATGTGAACA--A--A-----AAGTGAAGGGGG-AATATCCCCGTTTGATAGACTTACCCTGTTGCCAATCTCGATAGAA---ACC-ATACA
gi|12 : tATCTCTCT--A--A-AGCGTCCATAT----------AA---ACGC-ATAATGTATATTGAATTAACATGTAATAGCATTCATAAAAGCGTAGGT--GAATTTAAAATGAAAAATGGAAAA---------AAC-G-G-G-AAAGAATAACCAATG-A-----AATA--TAT---ATACGAGCGTGTATACTAGTA-----TA-TAAAAGAGGTAAAAT---CGCTAGGGAACCATGCCCTGTCGCCCGTttgtatatgctcagtatctttaaaagttatcatatcaa
gi|14 : ccttggttaaagTTTATTACGTATGCTATTAT-A----------TAT-----------AT--ATTTCGAAATATACAAATAAAGATAATGCGATA-----ACA---------AAT-GTATAACACACG-CAAATGGATTTTAC-------T---------ATATACAT-TAGTT----A--C-AGCGGCTGTAT----------CA---ATGT--TTATGTTAACCGGATCAAAAT
gi|16 : tagtaattaTAGTTTAAAGTTACTTTATTACTTATG---TTTC-A----------GAT-----------A---ACT----AGCAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTAGATAT--------GATTGAAC----TA---CAAGT---TATAAC---AACATT----TGT----TGCAGTTCTCTCC--A--T-ATCGTCAAT-----------------ATAT-ATTATGTATACCGGAATGACATGTAATAACATTCATAACA---aaacacttaactgaatttaagtacaaaaaaagag
gi|17 : AACATATTTCAATACTAATG---CTAC-A----------GAT-----------A---CTT----AACAT-TACAT---GATAATAC-ATATTTATATA----------------TAACATACA-CAAATGGAT----C---GAACTTCAAGTTAAAACAACATAAAACTCC--A--T-ATCATCAATAT----------CA---ATAC-ATTATGTATACCAGACTGAAATGTAATAACCTTCATAAag
gi|19 : tcGTTGCCCATCTCAATAGAA---ACC-ATACGATCGC--C--CCACATACTGTTCAATTTA-AAATTTCGGCAGCCACGCGT-AA-CATAC---TT----T--ACTAA--T-----AAGTTAGTCGATT-T---------GAAAAC--------GTGTTTTTAATATATTTTT-
gi|2 : TAATTTAAACATATTGTATTACTTATG---TTAC-A----------GGT-----------A---ATT----AACAT-CACAT---GATAATNN-NNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--T-ATCGCCAATAT----------CG---TTAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATGACATTCATAATA---TGAATTATAATTTTAAATGAATACT---GTA---------AACTT-T-A-AAATAA--------G-A-----AACA--TAG---AGA--AATGTTAACA--A--A-----AA-TGAAGAAGG-AAAGTCCCCGCTTGATAAACTTACCCTGTTGCCCAACTCAATAGAA---ACC-ATACAATCGC--C--CGACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGTCACGCGT-AA-CACAA---TT-AAGTTAACTAA--T-----AAG---------T-C-----------AAACGTT---GTGTGTTTTTAATATA-TTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCAATTGAGGTATCTGGAGTGCC----CTACAGCAATTTTGATGTACTTAATTGGTGAAATTCATGAATATTGGTAAA--AA-GTAAA-AGCCATTAATTCCTAAAAACGGCTACACTTGAAAATAAAATGTTATGCATCTTCAAATTCATTACCACAAACACAAAATGGATTATACCTATATAGAT
gi|20 : C--C--CCACATACTGTTCAATTTA-AA-TTTTGACTGCCCTGCAT-AA-CATAC---TT-----TA-CTAA--T-----AAG---------T-TTGTCGATTTGAAAATATT---GTG--TTTTTAATACATTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATT
gi|24 : ATA---TAGGTGA--ATGTTAAA-GAATAAT---AGA---------AACTT-G-ATAAAGAA--------G-A-----AACA--AAC---AGA--AATGTGA--A--A--A-----AA-TGAAGG
gi|25 : TTTAAACGTATTTTATTACGTATA---TTAC-A----------TATCGACATATACAA---ATG----AACAT-AAAAT---GATAACAA-ATAT
gi|28 : TAGTTTAAATATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---TTT----AACAT-CACAT---GATAat
gi|3 : CTCC--A--T-ATCATCAGTAT----------CA---ATAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTTATAACATTTATAAAA---AAGGT--GAATTCTAAAAGAACAAT---ATA---------AACTTGG-G-AAAGAA--------GTACATACAATA--CAC---AAA--AAGGTGA--A--G--A-----CA-TGGAGGGGA-AAA--CCGCGCCTGATTTCCATGCCGTGTTGCCCATAGTTATTCAA---ACC----CAATTACCGC--CCATATATTGTTCAAATCA-AAGTACTGACAGCGACGTGTAAA-CACACTTTTT-AA-TAAATTAA--T-----CGA---------TAT---------GAAAACTTT---GTG---TTTTAA-AAAT-------AGTTCTTGAAAAATA-------------CGATTGAGACATTTGAAACACCGTATGTACAGCAAATCCCGTATACCAAAAGGTTGATATTTATGAGAATTTGTGAA--AATGT-CG-CGCCTTTCATTCCT-AAAGCGGTTATATCTGAAAATAAAATGTTCTGCATCTTCAAGTTCATTAGCATCAACACAAATCGGATTATCCCT---TAGATc
gi|4 : caaaggaattaaactgcaagttataacaactttagttgcagttctGTTTGAAGATATCTTAAAACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---ATT----AATAT-CACAT---AACAATTC-ATATTTATATATAACAAATGGATTGAACCACA-ACGTCAAGT---TATGACAAGGAATTT----TAGAAGATAC---TTCCTCG--G--TTATAA-CAATATTAAAGTTTCCCGT--ATAT-ATTACGTAAACCAGAATGAAATGTAATGTCACTCATAATA---TAGGT--CAATTTTAAAAGAATAAT---AGA---------AACTT-GAA-AAAGAA--------A-G-----AACA--CTC---AGA--AATGTCAAGA--A--A-----AT-T---TGGAG-AAAA
gi|4 : A---------AATTT-G-G-AGAAAA--------A-A-----AAAA--TCCTT-GGA--AATGTGAACA--A--A-----GA-CG----GGT-AAAACCACCGCTTGATAATCTTGTCCTG----------------------------CAAT-GT--C--CCA---GTTTTTCAAATCA-AAGTTACGACAACCGTGGGT-AA-CAAAC---TT-TT-CTAACAAG--TTACCGAAGTCGAT----T-T---------GAAATTGTT---GTATG-TTTTAATATAATTTT-GAAATaaaaaatccttggaaatgtgaacaaagacgggtaaaaccaccgcttgataatcttgtcctgcaatgtcccagtttttcaaatcaaagttacgacaaccgtgggtaacaaacttttctaacaagttaccgaagtcgatttgaaattgttgtatgttttaatataattttgaaat
gi|5 : gtttgaagatatcttaaaacttatgttacagataattaatatcacataacaattcatatttatatataacaaatggattgaaccacaacgtcaagttatgacaaggaattttagaagatacttcctcggttataacaatattaaagtttcccgtatatattacgtaaaccagaatgaaatgtaatgtcactcataatataggtcaattttaaaagaataatagaaacttgaaaaagaaagaacactcagaaatgtcaagaATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---TTT----AACAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTATATACA-------AANNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--A--T-ATCATCATCAT----------CA---ATAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATAACATTCATAATA---TAAGTTATAATTTTAAATGAAAACT---ACAGAAAATTTTAACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAC---AGA--AATTTGAA-A--A--A-----AA-TGAAGGGGG--AAATACCCGCTTGATAAACTTACCCTGTTGCCGATCATAACAAAA---ACCAAAACAATCGC--C--CCACATACTGTTC-TATTACAAATTTCGACAGCCACGAGT-AA-CATAC---TT----TTA--TAA--T-----AAG---------T-
gi|6 : CGGAATGAAATGTAATACAATTCATAATG---TAGGTGA--ATTTTAAATGAATAAT---A-A---------GACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--------------ATGTGGGGA--A--A-----AA-CGAAGGGGG-AAA-CCCCCGCTTAATAATCCTACCCTGTTGGCCATCTCAATTAAA---ACC-CTACAATCGG--C--CCATATATTGTTCAAATTA-AAATT-----------------A-TATA----TC-AA-TT--TTAA--T-----A-------------------------------T---GT---TTTTGAA---ATTCTT-AAA--------AAAAT-AATTGATTATGATCTTTTGAGGTATTTGGAATGCC----GTACAGCAATTTTTTTGTACTTAATGGGTGAAATTCATGAGTATTAGTAAA--TA-GT-TGAAACCTTTCATTCCT-AAAACGGTTACACATGAAAATAAAATGTTTTGCATATTCAAaact
gi|7 : TACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---ATT----AACAT-CCCAT---GATAATAC-ACATTTAAATA---------TANNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--A--T-ATCATCAA-AT----------TG---ATAT-ATTATGTATAC--------------------------ATG---TAGGTTATAATTTTTAATGAATACT---ATA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAA---AGA--AATGTGAACA--A--A-----AA-TGAA-GGGG-AAAATCCCCGCTTGATAAACTTACC----TGGCCATCTCAATAGAA---ACC-ATATAATTGC--C--CCATATATTATTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGAGT-AA-TAAAC---TT-TA-CT-ACTAAGTC-----GAT---------T-T---------GAAAA---T---GTGTG-TTTTAATAaa
gi|9 : TATTGTTCAAATTT-AAATTTCGACAGCCACGCGT-AA-CACAC---TT----TT--CTAA--T-----AAGAT-------T-T---------GAAAACGTTAACGTGTGTTTTTAATATATTTTTTGAAATAATTGAAAAATAAATTGATTATGATCAAGTGAGGTAATCGGAGTGCC----GTGTAGCAATTTTCTTGCACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTGGTAAA--AA-AT-
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GTTTAAACATATTTTTATTACGTTACAAATATCAACATAAACAAATGCACATAAAATGATAACAAATATATGGATTAAAAGTTATTACAACATTAGCTACAGTTCTCTCCAATGCAGTTGTGTGAATGTATATGTTTACCGGGTTGAAAAATAGCTTTAAAAGGCAAGTACAAAAAGAGAGAAAAGCAATATCGAAAGAAAAAACAAATGAAAGGGAAACAACAAACAAAACATTCCACACAATTAGATAAATAAAAACGCAATGCCGCCCAGTCCCCATAGAATCCTCCCTATATCACCACATCTAC
Unaligned ( gi|13 ): AGTGCGGCTGTATGAATGTATATGTTTACCGGGTTGAAAAAAAAATGAAAAGAGAACTTAGTACAAAAAGACAAAAACATATTGAAAGAAAGAAAAAACAATAAGAGAGAAACCAAACAACAAAAATAATACCATGCCGCCCAGTCCCCATAGAATCCTCACTCCTCACCACATACACTGTTCACGCTACAACAGTGACAGC
Unaligned ( gi|15 ): GCAGTAACTGTGATCTGATCTAAACAAATATCAAGCGTGTGTATTCGAATAATACTTTTACAGGCATATACAAACGATATCACATGATAACGAATGTATTAGCTACAAGCTGTTACAATATTAGTTGCAGTTGTCTGCAGTGCGGCGATATAAATATGCATGTATACCGGATCGAAACAAAA
Unaligned ( gi|18 ): ATTACTAGATTATAACAACATAAGCTACAGTTCTCTCGAATGTGGCTGTATTAATGCATGTTTATTGGAAATATAACATATGCAAATTAAACAAAAATATAATTAAGTACAAAAAGAAAAAGAAACAA
Unaligned ( gi|21 ): TATATATATTAGTCTTTGACATATATTATATACAAATGAACATCACATGACGACAAAAATATAACATTTAAGTTATACAAATGGATTGATCACCAAATTTATAACAGCATTACTATCACTA
Unaligned ( gi|22 ): ATATTACATATAGTATATCGACATATACCAATTATTGATCATGTTTTAATTATGTTTGATTAAATTTAGACACATTTCATTACGTATATTATATAAATCGACAAATACAAATGA
Unaligned ( gi|23 ): ATATACTAGATGAATACAATCAATATCACATGATAACAAATGTATAACATGAAAATGGATTGAAGTTCATGTTATAAC
Unaligned ( gi|26 ): GTATATCATATTTTGTATTTTCATTTTCATGTATAATAAACTGCCCGACATTCCATTGTGATTT
Unaligned ( gi|27 ): ATTATAACATCGTAACTGTGCAATAAACACAATTGCAAACGCTATTAAATATCAATATG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111 222222222222222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222222222 111 111111111 11111111 11111111 11 66666666666666666666666666666666666666666666 1111111 111 1111 222222222222 1 222
lowQualScore : 1 555 3 4444444444 000000000000000 7777 3 555 3 4 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 77 3 3 33 0 2222222222222 3 1 555 888 2 0 1 555 4 222222222 0 44444 11111111 3 77777 00000000 44 6 44 77 77777 3 7 3 2 0 1 55 3 0 1 7777 55 3 222 777 11 0 66 66 0 4 1 2 4 4 4 1 777 33333333333333333333333333333333333333333333 3333333 000 3 0 5 0 2 9999999 3 1 7777 3 1 1 1 777777777777 0 1 1 1 1 1 1 111
lowQualScore : . ... . .......... ............... .... . ... . . . ............................................................................... .. . . .. . ............. . . ... ... . . . ... . ......... . ..... ........ . ..... ........ .. . .. .. ..... . . . . . . .. . . . .... .. . ... ... .. . .. .. . . . . . . . . ... ............................................ ....... ... . . . . . ....... . . .... . . . . ............ . . . . . . . ...
lowQualScore : 3 888 3 6666666666 111111111111111 1111 3 888 6 1 3 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 99 3 3 88 4 9999999999999 1 9 444 111 7 6 0 888 2 333333333 5 44444 22222222 1 77777 22222222 22 6 22 33 77777 1 8 3 6 5 4 00 6 1 5 7777 00 6 888 000 22 2 11 11 9 0 3 4 1 0 0 0 000 22222222222222222222222222222222222222222222 7777777 222 6 4 0 1 5 2222222 2 4 0000 8 0 4 0 999999999999 0 0 0 0 0 0 0 555
consensus : TAGTTTAAACATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---ATT----AACAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTATATA---------AATTG-ATAACATACG-CAAATGGATNTAAC---GAANT--T-----TANAANA-------TACAGTTCTCTCC--A-T-ATCGTCA-ATAT----------CG-ATAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATAACATTCATAATA---TAGGTTATAATTTTAAATGAATANT---ANA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAC---AGA--AATGTGAACA--A--A-----AA-TGAAGGGGG-AAAATCCCCGC--TT-GATAAACTT----ACCC--TGTCGCCCA-TCTCAATAGAA---ACC-ATACAATCGC--C--CCACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGCGT-AA-CANAC---TT-AA-TTAACTAA--T-----AAG---------T-T---------GAAAACGTT---GTGTGTTTTTAATATATTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCGATTGAGGTATTTGGAGTGCC----GTACAGCAATTTTCNTGTACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTNGTAAA--AA-GT-CG-CGCCTTTCATTCCT-AAAACGGTTACACNTGAAAATAAAATGTTNTGCATCTTCAAGTTCATTANCACNAACACAAANCGGATTATNCCTATATAGAT
Reference ( family-1019 ) : TAGTTTAAACATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---ATT----AACAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTATATA---------GATTGAATAACATACG-CAAATGGATNTNAC---GAANT--T-----TNNAANA-------TACATATNNCTCC--A-T-ATCGTCA-ATAT----------CG-ATAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATAACATTCATAATA---TAGGTTATAATTTTAAATGAATANT---ANA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAC---AGA--AATGTGAACA--A--A-----AA-TGAAGGGGG-AAAATCCCCGC--TT-GATAAACTT----ACCC--TGTTGCCCA-TCTCAATAGAA---ACC-ATACAATCGC--C--CCACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGCGT-AA-CANAC---TT-AA-TTAACTAA--T-----AAG---------T-T---------GAAAACGTT---GTGTGTTTTTAATATATTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCGATTGAGGTATTTGGAGTGCC----GTACAGCAATTTTCNTGTACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTNGTAAA--AA-GT-CG-CGCCTTTCATTCCT-AAAACGGTTACACNTGAAAATAAAATGTTNTGCATCTTCAAGTTCATTANCACNAACACAAANCGGATTATNCCTATATAGAT
gi|1 : TAGTTTAAACATATATTATAACGTCTG---TCAC-ATATATCGACAGAT-----------ACAAATG----AATAT-CACAC---GGTAACAC-ATAT----------------------ATAATATATG-CAAATGGATTGAAC---TACAT--G-----TTTAATAGCATAGGTACAGTTCTCTCC--AAT-ACGGTTGCGTA------------A-ATAT-AT-ATGTTCACCGGATCGAAA---AAAAACA--CA-ACTA---AAAATTA--ATTTTAGAC----ACC---AAA---------AAT-------ACAGA---------G-A-----AACATTCACGAAAAA--AATATCAACA--A--ATGAGAAA-ACAAAACAA-AAAATACACAT--TT-TACCGA--T----ACCG--TGTC-CCCA-T------AGAATTAATC--TGCA-TCAC--CACCTACAAACT----ACATCA-G-----CGGCAGCAATAACT-AAACAAAT---TTTAA-GACATTAA--T-----CAG---------T-TT--------GGTAACTAT---TTGTCTGTTTAACATATTTCC-GAAAATGTTGAAATATAAGTAGATTGT-------TGAG--ATCTGCACTGCC----GT-TAATAATTTACAGATACCTGAAGGATGGAATTCACGAGTATTTGTAAATTAT-TT-C--CGTTTTTCGATTAT-GAAACGGT
gi|10 : actacgtacatgtatatggttttcaacaaaaaataataaaaataatcgtgtgtcacttttatatttatacatatattatatcataattactacaatgcacatgcagcttaactatgtttatgttTTTAAACATATTT-ATAACTTATG---T-ACTA----------GTT-----------A---ATT----AACAT-TACAT---TGTAATAC-ATATGTAT--------------TT--ATAACATAGG-CAAATGGATT-------GAA---------------------------------CTCC--A-T-ACCATCA-AT------------------------T-TATATCGAAATGAAATGTAATTACATCCATAATA---TAGGTTA--ATTTTAAATTAATACT---TGA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------A-A-----AACA--CAC---AGA--AATGTTAA-A--G--A-----AA-TGAA-GGGA-AAAATTCACGC--TT-AATAAACTT----AGCC--TGT
gi|11 : -ATATCATTATGTATACCGGAATGAAATATTATAACATTCATAATA---TGGGTTATAATTTTAAATGAATATG---ACA---------AACTT-T-A-AAAGAG--------G-A-----AACA--CAC---AAA--AATGTGAACA--A--A-----AAGTGAAGGGGG-AATATCCCCGT--TT-GATAGACTT----ACCC--TGTTGCCAA-TCTCGATAGAA---ACC-ATACA
gi|12 : tATCTCTCT--A-A-AGCGTCC-ATAT----------AA-ACGC-ATAATGTATATTGAATTAACATGTAATAGCATTCATAAAAGCGTAGGT--GAATTTAAAATGAAAAATGGAAAA---------AAC-G-G-G-AAAGAATAACCAATG-A-----AATA--TAT---ATACGAGCGTGTATACTAGTA-----TA-TAAAAGAGGTAAAAT---CGC--TA-GGGAACCAT----GCCC--TGTCGCCCG-Tttgtatatgctcagtatctttaaaagttatcatatcaa
gi|14 : ccttggttaaagTTTATTACGTATGCTATTAT-A----------TAT-----------AT--ATTTCGAAATATACAAATAAAGATAATGCGATA-----ACA---------AAT-GTATAACACACG-CAAATGGATTTTAC-------T------------ATA-------TACAT-TAGTT----A-C-AGCGGCT-GTAT----------CA-ATGT--TTATGTTAACCGGATCAAAAT
gi|16 : tagtaattaTAGTTTAAAGTTACTTTATTACTTATG---TTTC-A----------GAT-----------A---ACT----AGCAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTAGATAT--------GATTGAAC----TA---CAAGT---TATAAC---AACAT--T-----TGT-----------TGCAGTTCTCTCC--A-T-ATCGTCA-AT---------------ATAT-ATTATGTATACCGGAATGACATGTAATAACATTCATAACA---aaacacttaactgaatttaagtacaaaaaaagag
gi|17 : AACATATTTCAATACTAATG---CTAC-A----------GAT-----------A---CTT----AACAT-TACAT---GATAATAC-ATATTTATATA----------------TAACATACA-CAAATGGAT----C---GAACT--TCAAGTTAAAACA--------ACATAAAACTCC--A-T-ATCATCA-ATAT----------CA-ATAC-ATTATGTATACCAGACTGAAATGTAATAACCTTCATAAag
gi|19 : tcGTTGCCCA-TCTCAATAGAA---ACC-ATACGATCGC--C--CCACATACTGTTCAATTTA-AAATTTCGGCAGCCACGCGT-AA-CATAC---TT----T--ACTAA--T-----AAGTTAGTCGATT-T---------GAAAAC--------GTGTTTTTAATATATTTTT-
gi|2 : TAATTTAAACATATTGTATTACTTATG---TTAC-A----------GGT-----------A---ATT----AACAT-CACAT---GATAATNN-NNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNNN--N-----NNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNA-T-ATCGCCA-ATAT----------CG-TTAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATGACATTCATAATA---TGAATTATAATTTTAAATGAATACT---GTA---------AACTT-T-A-AAATAA--------G-A-----AACA--TAG---AGA--AATGTTAACA--A--A-----AA-TGAAGAAGG-AAAGTCCCCGC--TT-GATAAACTT----ACCC--TGTTGCCCA-ACTCAATAGAA---ACC-ATACAATCGC--C--CGACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGTCACGCGT-AA-CACAA---TT-AAGTTAACTAA--T-----AAG---------T-C-----------AAACGTT---GTGTGTTTTTAATATA-TTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCAATTGAGGTATCTGGAGTGCC----CTACAGCAATTTTGATGTACTTAATTGGTGAAATTCATGAATATTGGTAAA--AA-GTAAA-AGCCATTAATTCCTAAAAACGGCTACACTTGAAAATAAAATGTTATGCATCTTCAAATTCATTACCACAAACACAAAATGGATTATACCTATATAGAT
gi|20 : C--C--CCACATACTGTTCAATTTA-AA-TTTTGACTGCCCTGCAT-AA-CATAC---TT-----TA-CTAA--T-----AAG---------T-TTGTCGATTTGAAAATATT---GTG--TTTTTAATACATTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATT
gi|24 : ATA---TAGGTGA--ATGTTAAA-GAATAAT---AGA---------AACTT-G-ATAAAGAA--------G-A-----AACA--AAC---AGA--AATGTGA--A--A--A-----AA-TGAAGG
gi|25 : TTTAAACGTATTTTATTACGTATA---TTAC-A----------TATCGACATATACAA---ATG----AACAT-AAAAT---GATAACAA-ATAT
gi|28 : TAGTTTAAATATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---TTT----AACAT-CACAT---GATAat
gi|3 : G-CAAGT---TATAAC----AACT--T-----T---AGT-------TGCAGTTCTCTCC--A-T-ATCATCA-GTAT----------CA-ATAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTTATAACATTTATAAAA---AAGGT--GAATTCTAAAAGAACAAT---ATA---------AACTTGG-G-AAAGAA--------GTACATACAATA--CAC---AAA--AAGGTGA--A--G--A-----CA-TGGAGGGGA-AAA--CCGCGC--CT-GATTTCCAT----GCCG--TGTTGCCCA-TAGTTATTCAA---ACC----CAATTACCGC--CCATATATTGTTCAAATCA-AAGTACTGACAGCGACGTGTAAA-CACACTTTTT-AA-TAAATTAA--T-----CGA---------TAT---------GAAAACTTT---GTG---TTTTAA-AAAT-------AGTTCTTGAAAAATA-------------CGATTGAGACATTTGAAACACCGTATGTACAGCAAATCCCGTATACCAAAAGGTTGATATTTATGAGAATTTGTGAA--AATGT-CG-CGCCTTTCATTCCT-AAAGCGGTTATATCTGAAAATAAAATGTTCTGCATCTTCAAGTTCATTAGCATCAACACAAATCGGATTATCCCT---TAGATc
gi|4 : caaaggaattaaactGTTTGAAGATATCTTAAAACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---ATT----AATAT-CACAT---AACAATTC-ATATTTATATATAACAAATGGATTGAACCACA-ACGTCAAGT---TATGACAAGGAATT--T-----TAGAAGA-------TAC---TTCCTCG--G-TTATAA-CA-ATATTAAAGTTTCCCGTATAT-ATTACGTAAACCAGAATGAAATGTAATGTCACTCATAATA---TAGGT--CAATTTTAAAAGAATAAT---AGA---------AACTT-GAA-AAAGAA--------A-G-----AACA--CTC---AGA--AATGTCAAGA--A--A-----AT-T---TGGAG-AAAA
gi|4 : A---------AATTT-G-G-AGAAAA--------A-A-----AAAA--TCCTT-GGA--AATGTGAACA--A--A-----GA-CG----GGT-AAAACCACCGC--TT-GATAATCTT----GTCC--TG-----------------------------CAAT-GT--C--CCA---GTTTTTCAAATCA-AAGTTACGACAACCGTGGGT-AA-CAAAC---TT-TT-CTAACAAG--TTACCGAAGTCGAT----T-T---------GAAATTGTT---GTATG-TTTTAATATAATTTT-GAAATaaaaaatccttggaaatgtgaacaaagacgggtaaaaccaccgcttgataatcttgtcctgcaatgtcccagtttttcaaatcaaagttacgacaaccgtgggtaacaaacttttctaacaagttaccgaagtcgatttgaaattgttgtatgttttaatataattttgaaat
gi|5 : gtttgaagatatcttaaaacttatgttacagataattaatatcacataacaattcatatttatatataacaaatggattgaaccacaacgtcaagttatgacaaggaattttagaagatacttcctcggttataacaatattaaagtttcccgtatatattacgtaaaccagaatgaaatgtaatgtcactcataatataggtcaattttaaaagaataatagaaacttgaaaaagaaagaacactcagaaatgtcaagaATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---TTT----AACAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTATATACA-------AANNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNNN--N-----NNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNN--A-T-ATCATCA-TCAT----------CA-ATAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATAACATTCATAATA---TAAGTTATAATTTTAAATGAAAACT---ACAGAAAATTTTAACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAC---AGA--AATTTGAA-A--A--A-----AA-TGAAGGGGG--AAATACCCGC--TT-GATAAACTT----ACCC--TGTTGCCGA-TCATAACAAAA---ACCAAAACAATCGC--C--CCACATACTGTTC-TATTACAAATTTCGACAGCCACGAGT-AA-CATAC---TT----TTA--TAA--T-----AAG---------T-
gi|6 : CGGAATGAAATGTAATACAATTCATAATG---TAGGTGA--ATTTTAAATGAATAAT---A-A---------GACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--------------ATGTGGGGA--A--A-----AA-CGAAGGGGG-AAA-CCCCCGC--TT-AATAATCCT----ACCC--TGTTGGCCA-TCTCAATTAAA---ACC-CTACAATCGG--C--CCATATATTGTTCAAATTA-AAATT-----------------A-TATA----TC-AA-TT--TTAA--T-----A-------------------------------T---GT---TTTTGAA---ATTCTT-AAA--------AAAAT-AATTGATTATGATCTTTTGAGGTATTTGGAATGCC----GTACAGCAATTTTTTTGTACTTAATGGGTGAAATTCATGAGTATTAGTAAA--TA-GT-TGAAACCTTTCATTCCT-AAAACGGTTACACATGAAAATAAAATGTTTTGCATATTCAAaact
gi|7 : TACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---ATT----AACAT-CCCAT---GATAATAC-ACATTTAAATA---------TANNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNNN--N-----NNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNN--A-T-ATCATCA-A-AT----------TG-ATAT-ATTATGTATAC--------------------------ATG---TAGGTTATAATTTTTAATGAATACT---ATA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAA---AGA--AATGTGAACA--A--A-----AA-TGAA-GGGG-AAAATCCCCGC--TT-GATAAACTT----ACC------TGGCCA-TCTCAATAGAA---ACC-ATATAATTGC--C--CCATATATTATTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGAGT-AA-TAAAC---TT-TA-CT-ACTAAGTC-----GAT---------T-T---------GAAAA---T---GTGTG-TTTTAATAaa
gi|8 : GTTTAAACATATTT--TTA-TTACG---TTAC-A----------AAT---------------ATC----AAC------------ATAA-AC-AAATGCACATA---------AAATG-ATAACAAA---TATATGGAT-TAA-----AAGTTAT-----TACAACATTAGC--TACAGTTCTCTCCA-A-T-GCAGTT--GTGT----------GA-ATGT-A-TATGTTTACCGGGTTGAAA---AATAGC-TTTAAAAGG---CAAG-TACAA----AAAGAGAGAAA---AGC---------AATAT-C-G-AAAGAA--------A-A-----AACA--AAT----GA--AAGGGAAACA--AC-A-----AA-CAAA------ACATTCCACACAATTAGATAAA--TAAAAACGCAATGCCGCCCAGTCCCCATAGAA---TCC-
gi|9 : TATTGTTCAAATTT-AAATTTCGACAGCCACGCGT-AA-CACAC---TT----TT--CTAA--T-----AAGAT-------T-T---------GAAAACGTTAACGTGTGTTTTTAATATATTTTTTGAAATAATTGAAAAATAAATTGATTATGATCAAGTGAGGTAATCGGAGTGCC----GTGTAGCAATTTTCTTGCACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTGGTAAA--AA-AT-tccctatatcaccacatctac
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AGTGCGGCTGTATGAATGTATATGTTTACCGGGTTGAAAAAAAAATGAAAAGAGAACTTAGTACAAAAAGACAAAAACATATTGAAAGAAAGAAAAAACAATAAGAGAGAAACCAAACAACAAAAATAATACCATGCCGCCCAGTCCCCATAGAATCCTCACTCCTCACCACATACACTGTTCACGCTACAACAGTGACAGC
Unaligned ( gi|15 ): GCAGTAACTGTGATCTGATCTAAACAAATATCAAGCGTGTGTATTCGAATAATACTTTTACAGGCATATACAAACGATATCACATGATAACGAATGTATTAGCTACAAGCTGTTACAATATTAGTTGCAGTTGTCTGCAGTGCGGCGATATAAATATGCATGTATACCGGATCGAAACAAAA
Unaligned ( gi|18 ): ATTACTAGATTATAACAACATAAGCTACAGTTCTCTCGAATGTGGCTGTATTAATGCATGTTTATTGGAAATATAACATATGCAAATTAAACAAAAATATAATTAAGTACAAAAAGAAAAAGAAACAA
Unaligned ( gi|21 ): TATATATATTAGTCTTTGACATATATTATATACAAATGAACATCACATGACGACAAAAATATAACATTTAAGTTATACAAATGGATTGATCACCAAATTTATAACAGCATTACTATCACTA
Unaligned ( gi|22 ): ATATTACATATAGTATATCGACATATACCAATTATTGATCATGTTTTAATTATGTTTGATTAAATTTAGACACATTTCATTACGTATATTATATAAATCGACAAATACAAATGA
Unaligned ( gi|23 ): ATATACTAGATGAATACAATCAATATCACATGATAACAAATGTATAACATGAAAATGGATTGAAGTTCATGTTATAAC
Unaligned ( gi|26 ): GTATATCATATTTTGTATTTTCATTTTCATGTATAATAAACTGCCCGACATTCCATTGTGATTT
Unaligned ( gi|27 ): ATTATAACATCGTAACTGTGCAATAAACACAATTGCAAACGCTATTAAATATCAATATG
Alignments
lowQualScore : 1111111111 222222222222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222222222222 111 111111111 11111111 11111111 11 66666666666666666666666666666666666666666666 1111111 111 1111 222222222222 1 222
lowQualScore : 1 555 3 4444444444 000000000000000 7777 3 555 3 4 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 44 888 3 3 44 2222222222222 2 1 2 555 888 2 0 1 555 4 222222222 0 44444 11111111 3 77777 00000000 44 6 44 77 77777 3 7 3 2 0 1 55 3 0 1 7777 55 2 3 222 777 11 0 66 66 0 4 1 2 4 4 4 1 777 33333333333333333333333333333333333333333333 3333333 000 3 0 5 0 2 9999999 3 1 7777 3 1 1 1 777777777777 0 1 1 1 1 1 1 111
lowQualScore : . ... . .......... ............... .... . ... . . . ..................................................................................... . .. ... . . .. ............. . . . ... ... . . . ... . ......... . ..... ........ . ..... ........ .. . .. .. ..... . . . . . . .. . . . .... .. . . ... ... .. . .. .. . . . . . . . . ... ............................................ ....... ... . . . . . ....... . . .... . . . . ............ . . . . . . . ...
lowQualScore : 3 888 3 6666666666 111111111111111 1111 3 888 6 1 2 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 9 88 555 1 1 00 8888888888888 9 6 9 444 111 7 6 0 888 2 333333333 5 44444 22222222 1 77777 22222222 22 6 22 33 77777 1 8 3 6 5 4 00 6 1 5 7777 00 5 6 888 000 22 2 11 11 9 0 3 4 1 0 0 0 000 22222222222222222222222222222222222222222222 7777777 222 6 4 0 1 5 2222222 2 4 0000 8 0 4 0 999999999999 0 0 0 0 0 0 0 555
consensus : TAGTTTAAACATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---ATT----AACAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTATATA-----AATTGAT--AAC-ACA-CG-CAAATGGATNTA------AC---G--AANT--TTANA--ATA-------T-----AC---AGTTCTCTCC---A-T-ATCGTCA-ATAT----------CA-ATAT-ATTATGTATACCGGANTGAAATGTAATAACATTCATAATA---TAGGTTATAATTTTAAATGAATANT---ANA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAC---AGA--AATGTGAACA--A--A-----AA-TGAAGGGGG-AAAATCCCCGC--TT-GATAAACTT----ACCC--TGTCGCCCA-TCTCAATAGAA---ACC-ATACAATCGC--C--CCACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGCGT-AA-CANAC---TT-AA-TTAACTAA--T-----AAG---------T-T---------GAAAACGTT---GTGTGTTTTTAATATATTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCGATTGAGGTATTTGGAGTGCC----GTACAGCAATTTTCNTGTACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTNGTAAA--AA-GT-CG-CGCCTTTCATTCCT-AAAACGGTTACACNTGAAAATAAAATGTTNTGCATCTTCAAGTTCATTANCACNAACACAAANCGGATTATNCCTATATAGAT
Reference ( family-1019 ) : TAGTTTAAACATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---ATT----AACAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTATATA-----AATTGAT--AAC-ATA-CG-CAAATGGATNTA------AC---G--AANT--TTANA--ANA-------T-----AC---AGTTCTCTCC---A-T-ATCGTCA-ATAT----------CG-ATAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATAACATTCATAATA---TAGGTTATAATTTTAAATGAATANT---ANA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAC---AGA--AATGTGAACA--A--A-----AA-TGAAGGGGG-AAAATCCCCGC--TT-GATAAACTT----ACCC--TGTCGCCCA-TCTCAATAGAA---ACC-ATACAATCGC--C--CCACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGCGT-AA-CANAC---TT-AA-TTAACTAA--T-----AAG---------T-T---------GAAAACGTT---GTGTGTTTTTAATATATTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCGATTGAGGTATTTGGAGTGCC----GTACAGCAATTTTCNTGTACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTNGTAAA--AA-GT-CG-CGCCTTTCATTCCT-AAAACGGTTACACNTGAAAATAAAATGTTNTGCATCTTCAAGTTCATTANCACNAACACAAANCGGATTATNCCTATATAGAT
gi|1 : TAGTTTAAACATATATTATAACGTCTG---TCAC-ATATATCGACAGAT-----------ACAAATG----AATAT-CACAC---GGTAACAC-ATAT-----------------AT--AAT-ATA-TG-CAAATGGATTGA------AC---T--ACAT--GTTTA--ATAGCATAGGT-----AC---AGTTCTCTCC---AAT-ACGGTTGCGTA------------A-ATAT-AT-ATGTTCACCGGATCGAAA---AAAAACA--CA-ACTA---AAAATTA--ATTTTAGAC----ACC---AAA---------AAT-------ACAGA---------G-A-----AACATTCACGAAAAA--AATATCAACA--A--ATGAGAAA-ACAAAACAA-AAAATACACAT--TT-TACCGA--T----ACCG--TGTC-CCCA-T------AGAATTAATC--TGCA-TCAC--CACCTACAAACT----ACATCA-G-----CGGCAGCAATAACT-AAACAAAT---TTTAA-GACATTAA--T-----CAG---------T-TT--------GGTAACTAT---TTGTCTGTTTAACATATTTCC-GAAAATGTTGAAATATAAGTAGATTGT-------TGAG--ATCTGCACTGCC----GT-TAATAATTTACAGATACCTGAAGGATGGAATTCACGAGTATTTGTAAATTAT-TT-C--CGTTTTTCGATTAT-GAAACGGT
gi|10 : actacgtacatgtatatggttttcaacaaaaaataataaaaataatcgtgtgtcacttttatatttatacatatattatatcataattactacaatgcacatgcagcttaactatgtttatgttTTTAAACATATTT-ATAACTTATG---T-ACTA----------GTT-----------A---ATT----AACAT-TACAT---TGTAATAC-ATATGTAT----------TT-AT--AAC-ATA-GG-CAAATGGATT-------------G--AA--------------------------------------CTCC---A-T-ACCATCA-AT------------------------T-TATATCGAAATGAAATGTAATTACATCCATAATA---TAGGTTA--ATTTTAAATTAATACT---TGA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------A-A-----AACA--CAC---AGA--AATGTTAA-A--G--A-----AA-TGAA-GGGA-AAAATTCACGC--TT-AATAAACTT----AGCC--TGT
gi|11 : -ATATCATTATGTATACCGGAATGAAATATTATAACATTCATAATA---TGGGTTATAATTTTAAATGAATATG---ACA---------AACTT-T-A-AAAGAG--------G-A-----AACA--CAC---AAA--AATGTGAACA--A--A-----AAGTGAAGGGGG-AATATCCCCGT--TT-GATAGACTT----ACCC--TGTTGCCAA-TCTCGATAGAA---ACC-ATACA
gi|12 : t-------T-----AA---AGATCTCTCT---A-A-AGCGTCC-ATAT----------AA-ACGC-ATAATGTATATTGAATTAACATGTAATAGCATTCATAAAAGCGTAGGT--GAATTTAAAATGAAAAATGGAAAA---------AAC-G-G-G-AAAGAATAACCAATG-A-----AATA--TAT---ATACGAGCGTGTATACTAGTA-----TA-TAAAAGAGGTAAAAT---CGC--TA-GGGAACCAT----GCCC--TGTCGCCCG-Tttgtatatgctcagtatctttaaaagttatcatatcaa
gi|14 : ccttggtTTTATTACGTATGCTATTAT-A----------TAT-----------AT--ATTTCGAAATATACAAATAAAGATAATGCGATA-----ACA-----AATGTAT--AAC-ACA-CG-CAAATGGAT--------------------T--TTACT--ATA-------T-----ACATTAGTT---------A-C-AGCGGCT-GTAT----------CA-ATGT--TTATGTTAACCGGATCAAAAT
gi|15 : tagtaattaTATACA-----AAC-GAT--ATC-ACA-TG-ATAACGAATGTATTAGCTAC---A--AGCTG-TTACA--ATA-------TTAGTTGC---AGTTGTCTGC---A-G-TGCGGCG-ATAT----------AA-ATAT-GC-ATGTATACCGGATCGAAAaaacacttaactgaatttaagtacaaaaaaagag
gi|16 : gcagtaactgtgatctgatctaaacaaatatcaagcgtgtgtattcgaataatacttttacaggcaTAGTTTAAAGTTACTTTATTACTTATG---TTTC-A----------GAT-----------A---ACT----AGCAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTAGATAT----GATTG----AAC--TA----CAAGT---TATA------AC---A--ACAT--TTGT-------------T-----GC---AGTTCTCTCC---A-T-ATCGTCA-AT---------------ATAT-ATTATGTATACCGGAATGACATGTAATAACATTCATAACA---caaaa
gi|17 : AACATATTTCAATACTAATG---CTAC-A----------GAT-----------A---CTT----AACAT-TACAT---GATAATAC-ATATTTATATA-----------T--AAC-ATA-CA-CAAATGGATCGA------AC---TTCAAGT--TAAAACAACA-------T-----AA---AA----CTCC---A-T-ATCATCA-ATAT----------CA-ATAC-ATTATGTATACCAGACTGAAATGTAATAACCTTCATAAag
gi|19 : tcGTTGCCCA-TCTCAATAGAA---ACC-ATACGATCGC--C--CCACATACTGTTCAATTTA-AAATTTCGGCAGCCACGCGT-AA-CATAC---TT----T--ACTAA--T-----AAGTTAGTCGATT-T---------GAAAAC--------GTGTTTTTAATATATTTTT-
gi|2 : TAATTTAAACATATTGTATTACTTATG---TTAC-A----------GGT-----------A---ATT----AACAT-CACAT---GATAATNN-NNNNNNNNNNN-----NNNNNNN--NNN-NNN-NN-NNNNNNNNNNNN------NN---N--NNNN--NNNNN--NNN-------N-----NN---NNNNNNNNNNNNNA-T-ATCGCCA-ATAT----------CG-TTAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATGACATTCATAATA---TGAATTATAATTTTAAATGAATACT---GTA---------AACTT-T-A-AAATAA--------G-A-----AACA--TAG---AGA--AATGTTAACA--A--A-----AA-TGAAGAAGG-AAAGTCCCCGC--TT-GATAAACTT----ACCC--TGTTGCCCA-ACTCAATAGAA---ACC-ATACAATCGC--C--CGACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGTCACGCGT-AA-CACAA---TT-AAGTTAACTAA--T-----AAG---------T-C-----------AAACGTT---GTGTGTTTTTAATATA-TTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCAATTGAGGTATCTGGAGTGCC----CTACAGCAATTTTGATGTACTTAATTGGTGAAATTCATGAATATTGGTAAA--AA-GTAAA-AGCCATTAATTCCTAAAAACGGCTACACTTGAAAATAAAATGTTATGCATCTTCAAATTCATTACCACAAACACAAAATGGATTATACCTATATAGAT
gi|20 : C--C--CCACATACTGTTCAATTTA-AA-TTTTGACTGCCCTGCAT-AA-CATAC---TT-----TA-CTAA--T-----AAG---------T-TTGTCGATTTGAAAATATT---GTG--TTTTTAATACATTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATT
gi|24 : ATA---TAGGTGA--ATGTTAAA-GAATAAT---AGA---------AACTT-G-ATAAAGAA--------G-A-----AACA--AAC---AGA--AATGTGA--A--A--A-----AA-TGAAGG
gi|25 : TTTAAACGTATTTTATTACGTATA---TTAC-A----------TATCGACATATACAA---ATG----AACAT-AAAAT---GATAACAA-ATAT
gi|28 : TAGTTTAAATATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---TTT----AACAT-CACAT---GATAat
gi|3 : G-CAAGT---TATA------AC------AACT--TTAGT------------T-----GC---AGTTCTCTCC---A-T-ATCATCA-GTAT----------CA-ATAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTTATAACATTTATAAAA---AAGGT--GAATTCTAAAAGAACAAT---ATA---------AACTTGG-G-AAAGAA--------GTACATACAATA--CAC---AAA--AAGGTGA--A--G--A-----CA-TGGAGGGGA-AAA--CCGCGC--CT-GATTTCCAT----GCCG--TGTTGCCCA-TAGTTATTCAA---ACC----CAATTACCGC--CCATATATTGTTCAAATCA-AAGTACTGACAGCGACGTGTAAA-CACACTTTTT-AA-TAAATTAA--T-----CGA---------TAT---------GAAAACTTT---GTG---TTTTAA-AAAT-------AGTTCTTGAAAAATA-------------CGATTGAGACATTTGAAACACCGTATGTACAGCAAATCCCGTATACCAAAAGGTTGATATTTATGAGAATTTGTGAA--AATGT-CG-CGCCTTTCATTCCT-AAAGCGGTTATATCTGAAAATAAAATGTTCTGCATCTTCAAGTTCATTAGCATCAACACAAATCGGATTATCCCT---TAGATc
gi|4 : caaaggaattaaactGTTTGAAGATATCTTAAAACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---ATT----AATAT-CACAT---AACAATTC-ATATTTATATATAACAAATGGATTGAACCACAACGTCAAGT---TATG------ACAAGG--AATT--TTAGA--AGA-------T-----AC-----TTC-CTCG---G-TTATAA-CA-ATATTAAAGTTTCCCGTATAT-ATTACGTAAACCAGAATGAAATGTAATGTCACTCATAATA---TAGGT--CAATTTTAAAAGAATAAT---AGA---------AACTT-GAA-AAAGAA--------A-G-----AACA--CTC---AGA--AATGTCAAGA--A--A-----AT-T---TGGAG-AAAA
gi|4 : A---------AATTT-G-G-AGAAAA--------A-A-----AAAA--TCCTT-GGA--AATGTGAACA--A--A-----GA-CG----GGT-AAAACCACCGC--TT-GATAATCTT----GTCC--TG-----------------------------CAAT-GT--C--CCA---GTTTTTCAAATCA-AAGTTACGACAACCGTGGGT-AA-CAAAC---TT-TT-CTAACAAG--TTACCGAAGTCGAT----T-T---------GAAATTGTT---GTATG-TTTTAATATAATTTT-GAAATaaaaaatccttggaaatgtgaacaaagacgggtaaaaccaccgcttgataatcttgtcctgcaatgtcccagtttttcaaatcaaagttacgacaaccgtgggtaacaaacttttctaacaagttaccgaagtcgatttgaaattgttgtatgttttaatataattttgaaat
gi|5 : gtttgaagatatcttaaaacttatgttacagataattaatatcacataacaattcatatttatatataacaaatggattgaaccacaacgtcaagttatgacaaggaattttagaagatacttcctcggttataacaatattaaagtttcccgtatatattacgtaaaccagaatgaaatgtaatgtcactcataatataggtcaattttaaaagaataatagaaacttgaaaaagaaagaacactcagaaatgtcaagaATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---TTT----AACAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTATATACAA--ANNNNNN--NNN-NNN-NN-NNNNNNNNNNNN------NN---N--NNNN--NNNNN--NNN-------N-----NN---NNNNNNNNNN---A-T-ATCATCA-TCAT----------CA-ATAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATAACATTCATAATA---TAAGTTATAATTTTAAATGAAAACT---ACAGAAAATTTTAACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAC---AGA--AATTTGAA-A--A--A-----AA-TGAAGGGGG--AAATACCCGC--TT-GATAAACTT----ACCC--TGTTGCCGA-TCATAACAAAA---ACCAAAACAATCGC--C--CCACATACTGTTC-TATTACAAATTTCGACAGCCACGAGT-AA-CATAC---TT----TTA--TAA--T-----AAG---------T-
gi|6 : CGGAATGAAATGTAATACAATTCATAATG---TAGGTGA--ATTTTAAATGAATAAT---A-A---------GACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--------------ATGTGGGGA--A--A-----AA-CGAAGGGGG-AAA-CCCCCGC--TT-AATAATCCT----ACCC--TGTTGGCCA-TCTCAATTAAA---ACC-CTACAATCGG--C--CCATATATTGTTCAAATTA-AAATT-----------------A-TATA----TC-AA-TT--TTAA--T-----A-------------------------------T---GT---TTTTGAA---ATTCTT-AAA--------AAAAT-AATTGATTATGATCTTTTGAGGTATTTGGAATGCC----GTACAGCAATTTTTTTGTACTTAATGGGTGAAATTCATGAGTATTAGTAAA--TA-GT-TGAAACCTTTCATTCCT-AAAACGGTTACACATGAAAATAAAATGTTTTGCATATTCAAaact
gi|7 : TACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---ATT----AACAT-CCCAT---GATAATAC-ACATTTAAATAT----ANNNNNN--NNN-NNN-NN-NNNNNNNNNNNN------NN---N--NNNN--NNNNN--NNN-------N-----NN---NNNNNNNNNN---A-T-ATCATCA-A-AT----------TG-ATAT-ATTATGTATAC--------------------------ATG---TAGGTTATAATTTTTAATGAATACT---ATA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAA---AGA--AATGTGAACA--A--A-----AA-TGAA-GGGG-AAAATCCCCGC--TT-GATAAACTT----ACC------TGGCCA-TCTCAATAGAA---ACC-ATATAATTGC--C--CCATATATTATTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGAGT-AA-TAAAC---TT-TA-CT-ACTAAGTC-----GAT---------T-T---------GAAAA---T---GTGTG-TTTTAATAaa
gi|8 : GTTTAAACATATTT--TTA-TTACG---TTAC-A----------AAT---------------ATC----AAC------------ATAA-AC-AAATGCACATA-----AAATGAT--AAC-AAA----TATATGGAT-TA------A-------AAGTTATTACA--ACATTAGC--T-----AC---AGTTCTCTCCA--A-T-GCAGTT--GTGT----------GA-ATGT-A-TATGTTTACCGGGTTGAAA---AATAGC-TTTAAAAGG---CAAG-TACAA----AAAGAGAGAAA---AGC---------AATAT-C-G-AAAGAA--------A-A-----AACA--AAT----GA--AAGGGAAACA--AC-A-----AA-CAAA------ACATTCCACACAATTAGATAAA--TAAAAACGCAATGCCGCCCAGTCCCCATAGAA---TCC-
gi|9 : TATTGTTCAAATTT-AAATTTCGACAGCCACGCGT-AA-CACAC---TT----TT--CTAA--T-----AAGAT-------T-T---------GAAAACGTTAACGTGTGTTTTTAATATATTTTTTGAAATAATTGAAAAATAAATTGATTATGATCAAGTGAGGTAATCGGAGTGCC----GTGTAGCAATTTTCTTGCACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTGGTAAA--AA-AT-tccctatatcaccacatctac
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AGTGCGGCTGTATGAATGTATATGTTTACCGGGTTGAAAAAAAAATGAAAAGAGAACTTAGTACAAAAAGACAAAAACATATTGAAAGAAAGAAAAAACAATAAGAGAGAAACCAAACAACAAAAATAATACCATGCCGCCCAGTCCCCATAGAATCCTCACTCCTCACCACATACACTGTTCACGCTACAACAGTGACAGC
Unaligned ( gi|18 ): ATTACTAGATTATAACAACATAAGCTACAGTTCTCTCGAATGTGGCTGTATTAATGCATGTTTATTGGAAATATAACATATGCAAATTAAACAAAAATATAATTAAGTACAAAAAGAAAAAGAAACAA
Unaligned ( gi|21 ): TATATATATTAGTCTTTGACATATATTATATACAAATGAACATCACATGACGACAAAAATATAACATTTAAGTTATACAAATGGATTGATCACCAAATTTATAACAGCATTACTATCACTA
Unaligned ( gi|22 ): ATATTACATATAGTATATCGACATATACCAATTATTGATCATGTTTTAATTATGTTTGATTAAATTTAGACACATTTCATTACGTATATTATATAAATCGACAAATACAAATGA
Unaligned ( gi|23 ): ATATACTAGATGAATACAATCAATATCACATGATAACAAATGTATAACATGAAAATGGATTGAAGTTCATGTTATAAC
Unaligned ( gi|26 ): GTATATCATATTTTGTATTTTCATTTTCATGTATAATAAACTGCCCGACATTCCATTGTGATTT
Unaligned ( gi|27 ): ATTATAACATCGTAACTGTGCAATAAACACAATTGCAAACGCTATTAAATATCAATATG
Alignments
lowQualScore : 1111111111 222222222222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111111 111 111111111 11111111 11111111 11 66666666666666666666666666666666666666666666 1111111 111 1111 222222222222 1 222
lowQualScore : 1 555 3 4444444444 000000000000000 7777 3 555 3 4 2 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 44 888 6 44 4444444444444 2 1 1 555 888 2 0 1 555 4 222222222 0 44444 11111111 3 77777 00000000 44 6 44 77 77777 3 7 3 2 0 1 55 3 0 1 7777 55 2 3 222 777 11 0 66 66 0 4 1 2 4 4 4 1 777 33333333333333333333333333333333333333333333 3333333 000 3 0 5 0 2 9999999 3 1 7777 3 1 1 1 777777777777 0 1 1 1 1 1 1 111
lowQualScore : . ... . .......... ............... .... . ... . . . ....................................................................................... . .. ... . .. ............. . . . ... ... . . . ... . ......... . ..... ........ . ..... ........ .. . .. .. ..... . . . . . . .. . . . .... .. . . ... ... .. . .. .. . . . . . . . . ... ............................................ ....... ... . . . . . ....... . . .... . . . . ............ . . . . . . . ...
lowQualScore : 3 888 3 6666666666 111111111111111 1111 3 888 6 1 2 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 9 88 555 2 00 6666666666666 9 6 9 444 111 7 6 0 888 2 333333333 5 44444 22222222 1 77777 22222222 22 6 22 33 77777 1 8 3 6 5 4 00 6 1 5 7777 00 5 6 888 000 22 2 11 11 9 0 3 4 1 0 0 0 000 22222222222222222222222222222222222222222222 7777777 222 6 4 0 1 5 2222222 2 4 0000 8 0 4 0 999999999999 0 0 0 0 0 0 0 555
consensus : TAGTTTAAACATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---ATT----AACAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTATAT-----A---AATTGAT--AA-CAC-ACG-CAAATGGATNTA------AC---GAANT--T--TACAATA-------T-----AC---AGTTCTCTCC---A-TATCGTCA-ATATCA-----------ATAT-ATTATGTATACCGGANTGAAATGTAATAACATTCATAATA---TAGGTTATAATTTTAAATGAATANT---ANA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAC---AGA--AATGTGAACA--A--A-----AA-TGAAGGGGG-AAAATCCCCGC--TT-GATAAACTT----ACCC--TGTCGCCCA-TCTCAATAGAA---ACC-ATACAATCGC--C--CCACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGCGT-AA-CANAC---TT-AA-TTAACTAA--T-----AAG---------T-T---------GAAAACGTT---GTGTGTTTTTAATATATTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCGATTGAGGTATTTGGAGTGCC----GTACAGCAATTTTCNTGTACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTNGTAAA--AA-GT-CG-CGCCTTTCATTCCT-AAAACGGTTACACNTGAAAATAAAATGTTNTGCATCTTCAAGTTCATTANCACNAACACAAANCGGATTATNCCTATATAGAT
Reference ( family-1019 ) : TAGTTTAAACATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---ATT----AACAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTATAT-----A---AATTGAT--AA-CAC-ACG-CAAATGGATNTA------AC---GAANT--T--TANAATA-------T-----AC---AGTTCTCTCC---A-TATCGTCA-ATATCA-----------ATAT-ATTATGTATACCGGANTGAAATGTAATAACATTCATAATA---TAGGTTATAATTTTAAATGAATANT---ANA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAC---AGA--AATGTGAACA--A--A-----AA-TGAAGGGGG-AAAATCCCCGC--TT-GATAAACTT----ACCC--TGTCGCCCA-TCTCAATAGAA---ACC-ATACAATCGC--C--CCACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGCGT-AA-CANAC---TT-AA-TTAACTAA--T-----AAG---------T-T---------GAAAACGTT---GTGTGTTTTTAATATATTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCGATTGAGGTATTTGGAGTGCC----GTACAGCAATTTTCNTGTACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTNGTAAA--AA-GT-CG-CGCCTTTCATTCCT-AAAACGGTTACACNTGAAAATAAAATGTTNTGCATCTTCAAGTTCATTANCACNAACACAAANCGGATTATNCCTATATAGAT
gi|1 : TAGTTTAAACATATATTATAACGTCTG---TCAC-ATATATCGACAGAT-----------ACAAATG----AATAT-CACAC---GGTAACAC-ATAT--------------------AT--AA-TAT-ATG-CAAATGGATTGA------AC---TACAT--G--TTTAATAGCATAGGT-----AC---AGTTCTCTCC---AATACGGTTGCGTA--A-----------ATAT-AT-ATGTTCACCGGATCGAAA---AAAAACA--CA-ACTA---AAAATTA--ATTTTAGAC----ACC---AAA---------AAT-------ACAGA---------G-A-----AACATTCACGAAAAA--AATATCAACA--A--ATGAGAAA-ACAAAACAA-AAAATACACAT--TT-TACCGA--T----ACCG--TGTC-CCCA-T------AGAATTAATC--TGCA-TCAC--CACCTACAAACT----ACATCA-G-----CGGCAGCAATAACT-AAACAAAT---TTTAA-GACATTAA--T-----CAG---------T-TT--------GGTAACTAT---TTGTCTGTTTAACATATTTCC-GAAAATGTTGAAATATAAGTAGATTGT-------TGAG--ATCTGCACTGCC----GT-TAATAATTTACAGATACCTGAAGGATGGAATTCACGAGTATTTGTAAATTAT-TT-C--CGTTTTTCGATTAT-GAAACGGT
gi|10 : actacgtacatgtatatggttttcaacaaaaaataataaaaataatcgtgtgtcacttttatatttatacatatattatatcataattactacaatgcacatgcagcttaactatgtttatgttTTTAAACATATTT-ATAACTTATG---T-ACTA----------GTT-----------A---ATT----AACAT-TACAT---TGTAATAC-ATATGTAT-------------TT-AT--AA-CAT-AGG-CAAATGGATT-------------GAA--------------------------------------CTCC---A-TACCATCA-AT------------------------T-TATATCGAAATGAAATGTAATTACATCCATAATA---TAGGTTA--ATTTTAAATTAATACT---TGA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------A-A-----AACA--CAC---AGA--AATGTTAA-A--G--A-----AA-TGAA-GGGA-AAAATTCACGC--TT-AATAAACTT----AGCC--TGT
gi|11 : -----------ATATCATTATGTATACCGGAATGAAATATTATAACATTCATAATA---TGGGTTATAATTTTAAATGAATATG---ACA---------AACTT-T-A-AAAGAG--------G-A-----AACA--CAC---AAA--AATGTGAACA--A--A-----AAGTGAAGGGGG-AATATCCCCGT--TT-GATAGACTT----ACCC--TGTTGCCAA-TCTCGATAGAA---ACC-ATACA
gi|12 : t-------T-----AA---AGATCTCTCT---A-AAGCGTCC-ATATAA-----------ACGC-ATAATGTATATTGAATTAACATGTAATAGCATTCATAAAAGCGTAGGT--GAATTTAAAATGAAAAATGGAAAA---------AAC-G-G-G-AAAGAATAACCAATG-A-----AATA--TAT---ATACGAGCGTGTATACTAGTA-----TA-TAAAAGAGGTAAAAT---CGC--TA-GGGAACCAT----GCCC--TGTCGCCCG-Tttgtatatgctcagtatctttaaaagttatcatatcaa
gi|14 : ccttggtTTTATTACGTATGCTATTAT-A----------TAT-----------AT--ATTTCGAAATATACAAATAAAGATAATGCGATA-----AC-----A---AATGTAT--AA-CAC-ACG-CAAATGGAT------------------T--T--TACTATA-------T-----ACATTAGTT---------A-CAGCGGCT-GTATCA-----------ATGT--TTATGTTAACCGGATCAAAAT
gi|15 : tagtaattaTATAC-----A---AAC-GAT--AT-CAC-ATG-ATAACGAATGTATTAGCTAC---AAGCTG-T--TACAATA-------TTAGTTGC---AGTTGTCTGC---A-GTGCGGCG-ATATAA-----------ATAT-GC-ATGTATACCGGATCGAAAaaacacttaactgaatttaagtacaaaaaaagag
gi|16 : gcagtaactgtgatctgatctaaacaaatatcaagcgtgtgtattcgaataatacttttacaggcaTAGTTTAAAGTTACTTTATTACTTATG---TTTC-A----------GAT-----------A---ACT----AGCAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTAGAT-----AT--GATTG----AA-C----TA-CAAGT---TATA------AC---AACAT--T--TGT-----------T-----GC---AGTTCTCTCC---A-TATCGTCA-AT---------------ATAT-ATTATGTATACCGGAATGACATGTAATAACATTCATAACA---caaaa
gi|17 : AACATATTTCAATACTAATG---CTAC-A----------GAT-----------A---CTT----AACAT-TACAT---GATAATAC-ATATTTATAT--------------AT--AA-CAT-ACA-CAAATGGATCGA------ACTT-CAAGT--TAAAACAACA-------T-----AA---AA----CTCC---A-TATCATCA-ATATCA-----------ATAC-ATTATGTATACCAGACTGAAATGTAATAACCTTCATAAag
gi|19 : tcGTTGCCCA-TCTCAATAGAA---ACC-ATACGATCGC--C--CCACATACTGTTCAATTTA-AAATTTCGGCAGCCACGCGT-AA-CATAC---TT----T--ACTAA--T-----AAGTTAGTCGATT-T---------GAAAAC--------GTGTTTTTAATATATTTTT-
gi|2 : TAATTTAAACATATTGTATTACTTATG---TTAC-A----------GGT-----------A---ATT----AACAT-CACAT---GATAATNN-NNNNNNNNNN-----N---NNNNNNN--NN-NNN-NNN-NNNNNNNNNNNN------NN---NNNNN--N--NNNNNNN-------N-----NN---NNNNNNNNNNNNNA-TATCGCCA-ATATCG-----------TTAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATGACATTCATAATA---TGAATTATAATTTTAAATGAATACT---GTA---------AACTT-T-A-AAATAA--------G-A-----AACA--TAG---AGA--AATGTTAACA--A--A-----AA-TGAAGAAGG-AAAGTCCCCGC--TT-GATAAACTT----ACCC--TGTTGCCCA-ACTCAATAGAA---ACC-ATACAATCGC--C--CGACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGTCACGCGT-AA-CACAA---TT-AAGTTAACTAA--T-----AAG---------T-C-----------AAACGTT---GTGTGTTTTTAATATA-TTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCAATTGAGGTATCTGGAGTGCC----CTACAGCAATTTTGATGTACTTAATTGGTGAAATTCATGAATATTGGTAAA--AA-GTAAA-AGCCATTAATTCCTAAAAACGGCTACACTTGAAAATAAAATGTTATGCATCTTCAAATTCATTACCACAAACACAAAATGGATTATACCTATATAGAT
gi|20 : C--C--CCACATACTGTTCAATTTA-AA-TTTTGACTGCCCTGCAT-AA-CATAC---TT-----TA-CTAA--T-----AAG---------T-TTGTCGATTTGAAAATATT---GTG--TTTTTAATACATTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATT
gi|24 : ATA---TAGGTGA--ATGTTAAA-GAATAAT---AGA---------AACTT-G-ATAAAGAA--------G-A-----AACA--AAC---AGA--AATGTGA--A--A--A-----AA-TGAAGG
gi|25 : TTTAAACGTATTTTATTACGTATA---TTAC-A----------TATCGACATATACAA---ATG----AACAT-AAAAT---GATAACAA-ATAT
gi|28 : TAGTTTAAATATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---TTT----AACAT-CACAT---GATAat
gi|3 : G-CAAGT---TATA------AC----AACT--T--TAG--T--------T-----GC---AGTTCTCTCC---A-TATCATCA-GTATCA-----------ATAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTTATAACATTTATAAAA---AAGGT--GAATTCTAAAAGAACAAT---ATA---------AACTTGG-G-AAAGAA--------GTACATACAATA--CAC---AAA--AAGGTGA--A--G--A-----CA-TGGAGGGGA-AAA--CCGCGC--CT-GATTTCCAT----GCCG--TGTTGCCCA-TAGTTATTCAA---ACC----CAATTACCGC--CCATATATTGTTCAAATCA-AAGTACTGACAGCGACGTGTAAA-CACACTTTTT-AA-TAAATTAA--T-----CGA---------TAT---------GAAAACTTT---GTG---TTTTAA-AAAT-------AGTTCTTGAAAAATA-------------CGATTGAGACATTTGAAACACCGTATGTACAGCAAATCCCGTATACCAAAAGGTTGATATTTATGAGAATTTGTGAA--AATGT-CG-CGCCTTTCATTCCT-AAAGCGGTTATATCTGAAAATAAAATGTTCTGCATCTTCAAGTTCATTAGCATCAACACAAATCGGATTATCCCT---TAGATc
gi|4 : caaaggaattaaactGTTTGAAGATATCTTAAAACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---ATT----AATAT-CACAT---AACAATTC-ATATTTATATATAACA---AATGGATTGAACCACAACGTCAAGT---TATG------ACAAGGAATT--T--TAGAAGA-------T-----AC-----TTC-CTCG---GTTATAA-CA-ATATTAAAGTTTCCCGTATAT-ATTACGTAAACCAGAATGAAATGTAATGTCACTCATAATA---TAGGT--CAATTTTAAAAGAATAAT---AGA---------AACTT-GAA-AAAGAA--------A-G-----AACA--CTC---AGA--AATGTCAAGA--A--A-----AT-T---TGGAG-AAAA
gi|4 : A---------AATTT-G-G-AGAAAA--------A-A-----AAAA--TCCTT-GGA--AATGTGAACA--A--A-----GA-CG----GGT-AAAACCACCGC--TT-GATAATCTT----GTCC--TG-----------------------------CAAT-GT--C--CCA---GTTTTTCAAATCA-AAGTTACGACAACCGTGGGT-AA-CAAAC---TT-TT-CTAACAAG--TTACCGAAGTCGAT----T-T---------GAAATTGTT---GTATG-TTTTAATATAATTTT-GAAATaaaaaatccttggaaatgtgaacaaagacgggtaaaaccaccgcttgataatcttgtcctgcaatgtcccagtttttcaaatcaaagttacgacaaccgtgggtaacaaacttttctaacaagttaccgaagtcgatttgaaattgttgtatgttttaatataattttgaaat
gi|5 : gtttgaagatatcttaaaacttatgttacagataattaatatcacataacaattcatatttatatataacaaatggattgaaccacaacgtcaagttatgacaaggaattttagaagatacttcctcggttataacaatattaaagtttcccgtatatattacgtaaaccagaatgaaatgtaatgtcactcataatataggtcaattttaaaagaataatagaaacttgaaaaagaaagaacactcagaaatgtcaagaATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---TTT----AACAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTATAT-----ACAAANNNNNN--NN-NNN-NNN-NNNNNNNNNNNN------NN---NNNNN--N--NNNNNNN-------N-----NN---NNNNNNNNNN---A-TATCATCA-TCATCA-----------ATAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATAACATTCATAATA---TAAGTTATAATTTTAAATGAAAACT---ACAGAAAATTTTAACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAC---AGA--AATTTGAA-A--A--A-----AA-TGAAGGGGG--AAATACCCGC--TT-GATAAACTT----ACCC--TGTTGCCGA-TCATAACAAAA---ACCAAAACAATCGC--C--CCACATACTGTTC-TATTACAAATTTCGACAGCCACGAGT-AA-CATAC---TT----TTA--TAA--T-----AAG---------T-
gi|6 : CGGAATGAAATGTAATACAATTCATAATG---TAGGTGA--ATTTTAAATGAATAAT---A-A---------GACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--------------ATGTGGGGA--A--A-----AA-CGAAGGGGG-AAA-CCCCCGC--TT-AATAATCCT----ACCC--TGTTGGCCA-TCTCAATTAAA---ACC-CTACAATCGG--C--CCATATATTGTTCAAATTA-AAATT-----------------A-TATA----TC-AA-TT--TTAA--T-----A-------------------------------T---GT---TTTTGAA---ATTCTT-AAA--------AAAAT-AATTGATTATGATCTTTTGAGGTATTTGGAATGCC----GTACAGCAATTTTTTTGTACTTAATGGGTGAAATTCATGAGTATTAGTAAA--TA-GT-TGAAACCTTTCATTCCT-AAAACGGTTACACATGAAAATAAAATGTTTTGCATATTCAAaact
gi|7 : TACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---ATT----AACAT-CCCAT---GATAATAC-ACATTTAAAT-----AT--ANNNNNN--NN-NNN-NNN-NNNNNNNNNNNN------NN---NNNNN--N--NNNNNNN-------N-----NN---NNNNNNNNNN---A-TATCATCA-A-ATTG-----------ATAT-ATTATGTATAC--------------------------ATG---TAGGTTATAATTTTTAATGAATACT---ATA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAA---AGA--AATGTGAACA--A--A-----AA-TGAA-GGGG-AAAATCCCCGC--TT-GATAAACTT----ACC------TGGCCA-TCTCAATAGAA---ACC-ATATAATTGC--C--CCATATATTATTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGAGT-AA-TAAAC---TT-TA-CT-ACTAAGTC-----GAT---------T-T---------GAAAA---T---GTGTG-TTTTAATAaa
gi|8 : GTTTAAACATATTT--TTA-TTACG---TTAC-A----------AAT---------------ATC----AAC------------ATAA-AC-AAATGCACAT-----A---AAATGAT--AA-CAA-A---TATATGGAT-TA------A-----AAGTTAT--TACAACATTAGC--T-----AC---AGTTCTCTCCA--A-TGCAGTT--GTGTGA-----------ATGT-A-TATGTTTACCGGGTTGAAA---AATAGC-TTTAAAAGG---CAAG-TACAA----AAAGAGAGAAA---AGC---------AATAT-C-G-AAAGAA--------A-A-----AACA--AAT----GA--AAGGGAAACA--AC-A-----AA-CAAA------ACATTCCACACAATTAGATAAA--TAAAAACGCAATGCCGCCCAGTCCCCATAGAA---TCC-
gi|9 : TATTGTTCAAATTT-AAATTTCGACAGCCACGCGT-AA-CACAC---TT----TT--CTAA--T-----AAGAT-------T-T---------GAAAACGTTAACGTGTGTTTTTAATATATTTTTTGAAATAATTGAAAAATAAATTGATTATGATCAAGTGAGGTAATCGGAGTGCC----GTGTAGCAATTTTCTTGCACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTGGTAAA--AA-AT-tccctatatcaccacatctac
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AGTGCGGCTGTATGAATGTATATGTTTACCGGGTTGAAAAAAAAATGAAAAGAGAACTTAGTACAAAAAGACAAAAACATATTGAAAGAAAGAAAAAACAATAAGAGAGAAACCAAACAACAAAAATAATACCATGCCGCCCAGTCCCCATAGAATCCTCACTCCTCACCACATACACTGTTCACGCTACAACAGTGACAGC
Unaligned ( gi|18 ): ATTACTAGATTATAACAACATAAGCTACAGTTCTCTCGAATGTGGCTGTATTAATGCATGTTTATTGGAAATATAACATATGCAAATTAAACAAAAATATAATTAAGTACAAAAAGAAAAAGAAACAA
Unaligned ( gi|21 ): TATATATATTAGTCTTTGACATATATTATATACAAATGAACATCACATGACGACAAAAATATAACATTTAAGTTATACAAATGGATTGATCACCAAATTTATAACAGCATTACTATCACTA
Unaligned ( gi|22 ): ATATTACATATAGTATATCGACATATACCAATTATTGATCATGTTTTAATTATGTTTGATTAAATTTAGACACATTTCATTACGTATATTATATAAATCGACAAATACAAATGA
Unaligned ( gi|23 ): ATATACTAGATGAATACAATCAATATCACATGATAACAAATGTATAACATGAAAATGGATTGAAGTTCATGTTATAAC
Unaligned ( gi|26 ): GTATATCATATTTTGTATTTTCATTTTCATGTATAATAAACTGCCCGACATTCCATTGTGATTT
Unaligned ( gi|27 ): ATTATAACATCGTAACTGTGCAATAAACACAATTGCAAACGCTATTAAATATCAATATG
Alignments
lowQualScore : 1111111111 222222222222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111111 111 111111111 11111111 11111111 11 66666666666666666666666666666666666666666666 1111111 111 1111 222222222222 1 222
lowQualScore : 1 555 3 4444444444 000000000000000 7777 3 555 3 4 2 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 44 888 6 44 4444444444444 2 1 1 555 888 2 0 1 555 4 222222222 0 44444 11111111 3 77777 00000000 44 6 44 77 77777 3 7 3 2 0 1 55 3 0 1 7777 55 2 3 222 777 11 0 66 66 0 4 1 2 4 4 4 1 777 33333333333333333333333333333333333333333333 3333333 000 3 0 5 0 2 9999999 3 1 7777 3 1 1 1 777777777777 0 1 1 1 1 1 1 111
lowQualScore : . ... . .......... ............... .... . ... . . . ......................................................................................... . .. ... . .. ............. . . . ... ... . . . ... . ......... . ..... ........ . ..... ........ .. . .. .. ..... . . . . . . .. . . . .... .. . . ... ... .. . .. .. . . . . . . . . ... ............................................ ....... ... . . . . . ....... . . .... . . . . ............ . . . . . . . ...
lowQualScore : 3 888 3 6666666666 111111111111111 1111 3 888 6 1 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 9 88 555 2 00 6666666666666 9 6 9 444 111 7 6 0 888 2 333333333 5 44444 22222222 1 77777 22222222 22 6 22 33 77777 1 8 3 6 5 4 00 6 1 5 7777 00 5 6 888 000 22 2 11 11 9 0 3 4 1 0 0 0 000 22222222222222222222222222222222222222222222 7777777 222 6 4 0 1 5 2222222 2 4 0000 8 0 4 0 999999999999 0 0 0 0 0 0 0 555
consensus : TAGTTTAAACATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---ATT----AACAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTATAT-----A---AATTGAT--AA-CAC-ACG-CAAATGGATNTA------AC---G--AANT--TTA--CAATA-------T-----AC---AGTTCTCTCC---A-TATCGTCA-ATATCA-----------ATAT-ATTATGTATACCGGANTGAAATGTAATAACATTCATAATA---TAGGTTATAATTTTAAATGAATANT---ANA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAC---AGA--AATGTGAACA--A--A-----AA-TGAAGGGGG-AAAATCCCCGC--TT-GATAAACTT----ACCC--TGTCGCCCA-TCTCAATAGAA---ACC-ATACAATCGC--C--CCACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGCGT-AA-CANAC---TT-AA-TTAACTAA--T-----AAG---------T-T---------GAAAACGTT---GTGTGTTTTTAATATATTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCGATTGAGGTATTTGGAGTGCC----GTACAGCAATTTTCNTGTACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTNGTAAA--AA-GT-CG-CGCCTTTCATTCCT-AAAACGGTTACACNTGAAAATAAAATGTTNTGCATCTTCAAGTTCATTANCACNAACACAAANCGGATTATNCCTATATAGAT
Reference ( family-1019 ) : TAGTTTAAACATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---ATT----AACAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTATAT-----A---AATTGAT--AA-CAC-ACG-CAAATGGATNTA------AC---G--AANT--TTA--CAATA-------T-----AC---AGTTCTCTCC---A-TATCGTCA-ATATCA-----------ATAT-ATTATGTATACCGGANTGAAATGTAATAACATTCATAATA---TAGGTTATAATTTTAAATGAATANT---ANA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAC---AGA--AATGTGAACA--A--A-----AA-TGAAGGGGG-AAAATCCCCGC--TT-GATAAACTT----ACCC--TGTCGCCCA-TCTCAATAGAA---ACC-ATACAATCGC--C--CCACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGCGT-AA-CANAC---TT-AA-TTAACTAA--T-----AAG---------T-T---------GAAAACGTT---GTGTGTTTTTAATATATTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCGATTGAGGTATTTGGAGTGCC----GTACAGCAATTTTCNTGTACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTNGTAAA--AA-GT-CG-CGCCTTTCATTCCT-AAAACGGTTACACNTGAAAATAAAATGTTNTGCATCTTCAAGTTCATTANCACNAACACAAANCGGATTATNCCTATATAGAT
gi|1 : TAGTTTAAACATATATTATAACGTCTG---TCAC-ATATATCGACAGAT-----------ACAAATG----AATAT-CACAC---GGTAACAC-ATAT--------------------AT--AA-TAT-ATG-CAAATGGATTGA------AC---T--ACAT--GTT--TAATAGCATAGGT-----AC---AGTTCTCTCC---AATACGGTTGCGTA--A-----------ATAT-AT-ATGTTCACCGGATCGAAA---AAAAACA--CA-ACTA---AAAATTA--ATTTTAGAC----ACC---AAA---------AAT-------ACAGA---------G-A-----AACATTCACGAAAAA--AATATCAACA--A--ATGAGAAA-ACAAAACAA-AAAATACACAT--TT-TACCGA--T----ACCG--TGTC-CCCA-T------AGAATTAATC--TGCA-TCAC--CACCTACAAACT----ACATCA-G-----CGGCAGCAATAACT-AAACAAAT---TTTAA-GACATTAA--T-----CAG---------T-TT--------GGTAACTAT---TTGTCTGTTTAACATATTTCC-GAAAATGTTGAAATATAAGTAGATTGT-------TGAG--ATCTGCACTGCC----GT-TAATAATTTACAGATACCTGAAGGATGGAATTCACGAGTATTTGTAAATTAT-TT-C--CGTTTTTCGATTAT-GAAACGGT
gi|10 : actacgtacatgtatatggttttcaacaaaaaataataaaaataatcgtgtgtcacttttatatttatacatatattatatcataattactacaatgcacatgcagcttaactatgtttatgttTTTAAACATATTT-ATAACTTATG---T-ACTA----------GTT-----------A---ATT----AACAT-TACAT---TGTAATAC-ATATGTAT-------------TT-AT--AA-CAT-AGG-CAAATGGATT-------------G--AA--------------------------------------CTCC---A-TACCATCA-AT------------------------T-TATATCGAAATGAAATGTAATTACATCCATAATA---TAGGTTA--ATTTTAAATTAATACT---TGA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------A-A-----AACA--CAC---AGA--AATGTTAA-A--G--A-----AA-TGAA-GGGA-AAAATTCACGC--TT-AATAAACTT----AGCC--TGT
gi|11 : -----------ATATCATTATGTATACCGGAATGAAATATTATAACATTCATAATA---TGGGTTATAATTTTAAATGAATATG---ACA---------AACTT-T-A-AAAGAG--------G-A-----AACA--CAC---AAA--AATGTGAACA--A--A-----AAGTGAAGGGGG-AATATCCCCGT--TT-GATAGACTT----ACCC--TGTTGCCAA-TCTCGATAGAA---ACC-ATACA
gi|12 : t-------T-----AA---AGATCTCTCT---A-AAGCGTCC-ATATAA-----------ACGC-ATAATGTATATTGAATTAACATGTAATAGCATTCATAAAAGCGTAGGT--GAATTTAAAATGAAAAATGGAAAA---------AAC-G-G-G-AAAGAATAACCAATG-A-----AATA--TAT---ATACGAGCGTGTATACTAGTA-----TA-TAAAAGAGGTAAAAT---CGC--TA-GGGAACCAT----GCCC--TGTCGCCCG-Tttgtatatgctcagtatctttaaaagttatcatatcaa
gi|14 : ccttggtTTTATTACGTATGCTATTAT-A----------TAT-----------AT--ATTTCGAAATATACAAATAAAGATAATGCGATA-----AC-----A---AATGTAT--AA-CAC-ACG-CAAATGGAT--------------------T--TTA--CTATA-------T-----ACATTAGTT---------A-CAGCGGCT-GTATCA-----------ATGT--TTATGTTAACCGGATCAAAAT
gi|15 : tagtaattaTATAC-----A---AAC-GAT--AT-CAC-ATG-ATAACGAATGTATTAGCTAC---A--AGCTG-TTA--CAATA-------TTAGTTGC---AGTTGTCTGC---A-GTGCGGCG-ATATAA-----------ATAT-GC-ATGTATACCGGATCGAAAaaacacttaactgaatttaagtacaaaaaaagag
gi|16 : gcagtaactgtgatctgatctaaacaaatatcaagcgtgtgtattcgaataatacttttacaggcaTAGTTTAAAGTTACTTTATTACTTATG---TTTC-A----------GAT-----------A---ACT----AGCAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTAGAT-----AT--GATTG----AA-C----TA-CAAGT---TATA------AC---A--ACAT--TTG--T-----------T-----GC---AGTTCTCTCC---A-TATCGTCA-AT---------------ATAT-ATTATGTATACCGGAATGACATGTAATAACATTCATAACA---caaaa
gi|17 : AACATATTTCAATACTAATG---CTAC-A----------GAT-----------A---CTT----AACAT-TACAT---GATAATAC-ATATTTATAT-----A---------T--AA-CAT-ACA-CAAATGGATCGA------AC---TTCAAGT--TAAAACAACA-------T-----AA---AA----CTCC---A-TATCATCA-ATATCA-----------ATAC-ATTATGTATACCAGACTGAAATGTAATAACCTTCATAAag
gi|19 : tcGTTGCCCA-TCTCAATAGAA---ACC-ATACGATCGC--C--CCACATACTGTTCAATTTA-AAATTTCGGCAGCCACGCGT-AA-CATAC---TT----T--ACTAA--T-----AAGTTAGTCGATT-T---------GAAAAC--------GTGTTTTTAATATATTTTT-
gi|2 : TAATTTAAACATATTGTATTACTTATG---TTAC-A----------GGT-----------A---ATT----AACAT-CACAT---GATAATNN-NNNNNNNNNN-----N---NNNNNNN--NN-NNN-NNN-NNNNNNNNNNNN------NN---N--NNNN--NNN--NNNNN-------N-----NN---NNNNNNNNNNNNNA-TATCGCCA-ATATCG-----------TTAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATGACATTCATAATA---TGAATTATAATTTTAAATGAATACT---GTA---------AACTT-T-A-AAATAA--------G-A-----AACA--TAG---AGA--AATGTTAACA--A--A-----AA-TGAAGAAGG-AAAGTCCCCGC--TT-GATAAACTT----ACCC--TGTTGCCCA-ACTCAATAGAA---ACC-ATACAATCGC--C--CGACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGTCACGCGT-AA-CACAA---TT-AAGTTAACTAA--T-----AAG---------T-C-----------AAACGTT---GTGTGTTTTTAATATA-TTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCAATTGAGGTATCTGGAGTGCC----CTACAGCAATTTTGATGTACTTAATTGGTGAAATTCATGAATATTGGTAAA--AA-GTAAA-AGCCATTAATTCCTAAAAACGGCTACACTTGAAAATAAAATGTTATGCATCTTCAAATTCATTACCACAAACACAAAATGGATTATACCTATATAGAT
gi|20 : C--C--CCACATACTGTTCAATTTA-AA-TTTTGACTGCCCTGCAT-AA-CATAC---TT-----TA-CTAA--T-----AAG---------T-TTGTCGATTTGAAAATATT---GTG--TTTTTAATACATTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATT
gi|24 : ATA---TAGGTGA--ATGTTAAA-GAATAAT---AGA---------AACTT-G-ATAAAGAA--------G-A-----AACA--AAC---AGA--AATGTGA--A--A--A-----AA-TGAAGG
gi|25 : TTTAAACGTATTTTATTACGTATA---TTAC-A----------TATCGACATATACAA---ATG----AACAT-AAAAT---GATAACAA-ATAT
gi|28 : TAGTTTAAATATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---TTT----AACAT-CACAT---GATAat
gi|3 : G-CAAGT---TATA------AC------AACT--TTA----GT--------T-----GC---AGTTCTCTCC---A-TATCATCA-GTATCA-----------ATAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTTATAACATTTATAAAA---AAGGT--GAATTCTAAAAGAACAAT---ATA---------AACTTGG-G-AAAGAA--------GTACATACAATA--CAC---AAA--AAGGTGA--A--G--A-----CA-TGGAGGGGA-AAA--CCGCGC--CT-GATTTCCAT----GCCG--TGTTGCCCA-TAGTTATTCAA---ACC----CAATTACCGC--CCATATATTGTTCAAATCA-AAGTACTGACAGCGACGTGTAAA-CACACTTTTT-AA-TAAATTAA--T-----CGA---------TAT---------GAAAACTTT---GTG---TTTTAA-AAAT-------AGTTCTTGAAAAATA-------------CGATTGAGACATTTGAAACACCGTATGTACAGCAAATCCCGTATACCAAAAGGTTGATATTTATGAGAATTTGTGAA--AATGT-CG-CGCCTTTCATTCCT-AAAGCGGTTATATCTGAAAATAAAATGTTCTGCATCTTCAAGTTCATTAGCATCAACACAAATCGGATTATCCCT---TAGATc
gi|4 : caaaggaattaaactGTTTGAAGATATCTTAAAACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---ATT----AATAT-CACAT---AACAATTC-ATATTTATATATAACA---AATGGATTGAACCACAACGTCAAGT---TATG------ACAAGG--AATT--TTA--GAAGA-------T-----AC-----TTC-CTCG---GTTATAA-CA-ATATTAAAGTTTCCCGTATAT-ATTACGTAAACCAGAATGAAATGTAATGTCACTCATAATA---TAGGT--CAATTTTAAAAGAATAAT---AGA---------AACTT-GAA-AAAGAA--------A-G-----AACA--CTC---AGA--AATGTCAAGA--A--A-----AT-T---TGGAG-AAAA
gi|4 : A---------AATTT-G-G-AGAAAA--------A-A-----AAAA--TCCTT-GGA--AATGTGAACA--A--A-----GA-CG----GGT-AAAACCACCGC--TT-GATAATCTT----GTCC--TG-----------------------------CAAT-GT--C--CCA---GTTTTTCAAATCA-AAGTTACGACAACCGTGGGT-AA-CAAAC---TT-TT-CTAACAAG--TTACCGAAGTCGAT----T-T---------GAAATTGTT---GTATG-TTTTAATATAATTTT-GAAATaaaaaatccttggaaatgtgaacaaagacgggtaaaaccaccgcttgataatcttgtcctgcaatgtcccagtttttcaaatcaaagttacgacaaccgtgggtaacaaacttttctaacaagttaccgaagtcgatttgaaattgttgtatgttttaatataattttgaaat
gi|5 : gtttgaagatatcttaaaacttatgttacagataattaatatcacataacaattcatatttatatataacaaatggattgaaccacaacgtcaagttatgacaaggaattttagaagatacttcctcggttataacaatattaaagtttcccgtatatattacgtaaaccagaatgaaatgtaatgtcactcataatataggtcaattttaaaagaataatagaaacttgaaaaagaaagaacactcagaaatgtcaagaATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---TTT----AACAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTATAT-----ACAAANNNNNN--NN-NNN-NNN-NNNNNNNNNNNN------NN---N--NNNN--NNN--NNNNN-------N-----NN---NNNNNNNNNN---A-TATCATCA-TCATCA-----------ATAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATAACATTCATAATA---TAAGTTATAATTTTAAATGAAAACT---ACAGAAAATTTTAACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAC---AGA--AATTTGAA-A--A--A-----AA-TGAAGGGGG--AAATACCCGC--TT-GATAAACTT----ACCC--TGTTGCCGA-TCATAACAAAA---ACCAAAACAATCGC--C--CCACATACTGTTC-TATTACAAATTTCGACAGCCACGAGT-AA-CATAC---TT----TTA--TAA--T-----AAG---------T-
gi|6 : CGGAATGAAATGTAATACAATTCATAATG---TAGGTGA--ATTTTAAATGAATAAT---A-A---------GACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--------------ATGTGGGGA--A--A-----AA-CGAAGGGGG-AAA-CCCCCGC--TT-AATAATCCT----ACCC--TGTTGGCCA-TCTCAATTAAA---ACC-CTACAATCGG--C--CCATATATTGTTCAAATTA-AAATT-----------------A-TATA----TC-AA-TT--TTAA--T-----A-------------------------------T---GT---TTTTGAA---ATTCTT-AAA--------AAAAT-AATTGATTATGATCTTTTGAGGTATTTGGAATGCC----GTACAGCAATTTTTTTGTACTTAATGGGTGAAATTCATGAGTATTAGTAAA--TA-GT-TGAAACCTTTCATTCCT-AAAACGGTTACACATGAAAATAAAATGTTTTGCATATTCAAaact
gi|7 : TACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---ATT----AACAT-CCCAT---GATAATAC-ACATTTAAAT-----AT--ANNNNNN--NN-NNN-NNN-NNNNNNNNNNNN------NN---N--NNNN--NNN--NNNNN-------N-----NN---NNNNNNNNNN---A-TATCATCA-A-ATTG-----------ATAT-ATTATGTATAC--------------------------ATG---TAGGTTATAATTTTTAATGAATACT---ATA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAA---AGA--AATGTGAACA--A--A-----AA-TGAA-GGGG-AAAATCCCCGC--TT-GATAAACTT----ACC------TGGCCA-TCTCAATAGAA---ACC-ATATAATTGC--C--CCATATATTATTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGAGT-AA-TAAAC---TT-TA-CT-ACTAAGTC-----GAT---------T-T---------GAAAA---T---GTGTG-TTTTAATAaa
gi|8 : GTTTAAACATATTT--TTA-TTACG---TTAC-A----------AAT---------------ATC----AAC------------ATAA-AC-AAATGCACAT-----A---AAATGAT--AA-CAA-A---TATATGGAT-TA------A-------AAGTTATTA--CAACATTAGC--T-----AC---AGTTCTCTCCA--A-TGCAGTT--GTGTGA-----------ATGT-A-TATGTTTACCGGGTTGAAA---AATAGC-TTTAAAAGG---CAAG-TACAA----AAAGAGAGAAA---AGC---------AATAT-C-G-AAAGAA--------A-A-----AACA--AAT----GA--AAGGGAAACA--AC-A-----AA-CAAA------ACATTCCACACAATTAGATAAA--TAAAAACGCAATGCCGCCCAGTCCCCATAGAA---TCC-
gi|9 : TATTGTTCAAATTT-AAATTTCGACAGCCACGCGT-AA-CACAC---TT----TT--CTAA--T-----AAGAT-------T-T---------GAAAACGTTAACGTGTGTTTTTAATATATTTTTTGAAATAATTGAAAAATAAATTGATTATGATCAAGTGAGGTAATCGGAGTGCC----GTGTAGCAATTTTCTTGCACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTGGTAAA--AA-AT-tccctatatcaccacatctac
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AGTGCGGCTGTATGAATGTATATGTTTACCGGGTTGAAAAAAAAATGAAAAGAGAACTTAGTACAAAAAGACAAAAACATATTGAAAGAAAGAAAAAACAATAAGAGAGAAACCAAACAACAAAAATAATACCATGCCGCCCAGTCCCCATAGAATCCTCACTCCTCACCACATACACTGTTCACGCTACAACAGTGACAGC
Unaligned ( gi|18 ): ATTACTAGATTATAACAACATAAGCTACAGTTCTCTCGAATGTGGCTGTATTAATGCATGTTTATTGGAAATATAACATATGCAAATTAAACAAAAATATAATTAAGTACAAAAAGAAAAAGAAACAA
Unaligned ( gi|21 ): TATATATATTAGTCTTTGACATATATTATATACAAATGAACATCACATGACGACAAAAATATAACATTTAAGTTATACAAATGGATTGATCACCAAATTTATAACAGCATTACTATCACTA
Unaligned ( gi|22 ): ATATTACATATAGTATATCGACATATACCAATTATTGATCATGTTTTAATTATGTTTGATTAAATTTAGACACATTTCATTACGTATATTATATAAATCGACAAATACAAATGA
Unaligned ( gi|23 ): ATATACTAGATGAATACAATCAATATCACATGATAACAAATGTATAACATGAAAATGGATTGAAGTTCATGTTATAAC
Unaligned ( gi|26 ): GTATATCATATTTTGTATTTTCATTTTCATGTATAATAAACTGCCCGACATTCCATTGTGATTT
Unaligned ( gi|27 ): ATTATAACATCGTAACTGTGCAATAAACACAATTGCAAACGCTATTAAATATCAATATG
Alignments
lowQualScore : 1111111111 222222222222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111111 111 111111111 11111111 11111111 11 66666666666666666666666666666666666666666666 1111111 111 1111 222222222222 1 222
lowQualScore : 1 555 3 4444444444 000000000000000 7777 3 555 3 4 2 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 44 888 6 44 4444444444444 2 1 1 555 888 2 0 1 555 4 222222222 0 44444 11111111 3 77777 00000000 44 6 44 77 77777 3 7 3 2 0 1 55 3 0 1 7777 55 2 3 222 777 11 0 66 66 0 4 1 2 4 4 4 1 777 33333333333333333333333333333333333333333333 3333333 000 3 0 5 0 2 9999999 3 1 7777 3 1 1 1 777777777777 0 1 1 1 1 1 1 111
lowQualScore : . ... . .......... ............... .... . ... . . . ......................................................................................... . .. ... . .. ............. . . . ... ... . . . ... . ......... . ..... ........ . ..... ........ .. . .. .. ..... . . . . . . .. . . . .... .. . . ... ... .. . .. .. . . . . . . . . ... ............................................ ....... ... . . . . . ....... . . .... . . . . ............ . . . . . . . ...
lowQualScore : 3 888 3 6666666666 111111111111111 1111 3 888 6 1 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 9 88 555 2 00 6666666666666 9 6 9 444 111 7 6 0 888 2 333333333 5 44444 22222222 1 77777 22222222 22 6 22 33 77777 1 8 3 6 5 4 00 6 1 5 7777 00 5 6 888 000 22 2 11 11 9 0 3 4 1 0 0 0 000 22222222222222222222222222222222222222222222 7777777 222 6 4 0 1 5 2222222 2 4 0000 8 0 4 0 999999999999 0 0 0 0 0 0 0 555
consensus : TAGTTTAAACATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---ATT----AACAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTATAT-----A---AATTGAT--AA-CAC-ACG-CAAATGGATNTA------AC---G--AANT--TTA--CAATA-------T-----AC---AGTTCTCTCC---A-TATCGTCA-ATATCA-----------ATAT-ATTATGTATACCGGANTGAAATGTAATAACATTCATAATA---TAGGTTATAATTTTAAATGAATANT---ANA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAC---AGA--AATGTGAACA--A--A-----AA-TGAAGGGGG-AAAATCCCCGC--TT-GATAAACTT----ACCC--TGTCGCCCA-TCTCAATAGAA---ACC-ATACAATCGC--C--CCACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGCGT-AA-CANAC---TT-AA-TTAACTAA--T-----AAG---------T-T---------GAAAACGTT---GTGTGTTTTTAATATATTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCGATTGAGGTATTTGGAGTGCC----GTACAGCAATTTTCNTGTACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTNGTAAA--AA-GT-CG-CGCCTTTCATTCCT-AAAACGGTTACACNTGAAAATAAAATGTTNTGCATCTTCAAGTTCATTANCACNAACACAAANCGGATTATNCCTATATAGAT
Reference ( family-1019 ) : TAGTTTAAACATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---ATT----AACAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTATAT-----A---AATTGAT--AA-CAC-ACG-CAAATGGATNTA------AC---G--AANT--TTA--CAATA-------T-----AC---AGTTCTCTCC---A-TATCGTCA-ATATCA-----------ATAT-ATTATGTATACCGGANTGAAATGTAATAACATTCATAATA---TAGGTTATAATTTTAAATGAATANT---ANA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAC---AGA--AATGTGAACA--A--A-----AA-TGAAGGGGG-AAAATCCCCGC--TT-GATAAACTT----ACCC--TGTCGCCCA-TCTCAATAGAA---ACC-ATACAATCGC--C--CCACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGCGT-AA-CANAC---TT-AA-TTAACTAA--T-----AAG---------T-T---------GAAAACGTT---GTGTGTTTTTAATATATTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCGATTGAGGTATTTGGAGTGCC----GTACAGCAATTTTCNTGTACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTNGTAAA--AA-GT-CG-CGCCTTTCATTCCT-AAAACGGTTACACNTGAAAATAAAATGTTNTGCATCTTCAAGTTCATTANCACNAACACAAANCGGATTATNCCTATATAGAT
gi|1 : TAGTTTAAACATATATTATAACGTCTG---TCAC-ATATATCGACAGAT-----------ACAAATG----AATAT-CACAC---GGTAACAC-ATAT--------------------AT--AA-TAT-ATG-CAAATGGATTGA------AC---T--ACAT--GTT--TAATAGCATAGGT-----AC---AGTTCTCTCC---AATACGGTTGCGTA--A-----------ATAT-AT-ATGTTCACCGGATCGAAA---AAAAACA--CA-ACTA---AAAATTA--ATTTTAGAC----ACC---AAA---------AAT-------ACAGA---------G-A-----AACATTCACGAAAAA--AATATCAACA--A--ATGAGAAA-ACAAAACAA-AAAATACACAT--TT-TACCGA--T----ACCG--TGTC-CCCA-T------AGAATTAATC--TGCA-TCAC--CACCTACAAACT----ACATCA-G-----CGGCAGCAATAACT-AAACAAAT---TTTAA-GACATTAA--T-----CAG---------T-TT--------GGTAACTAT---TTGTCTGTTTAACATATTTCC-GAAAATGTTGAAATATAAGTAGATTGT-------TGAG--ATCTGCACTGCC----GT-TAATAATTTACAGATACCTGAAGGATGGAATTCACGAGTATTTGTAAATTAT-TT-C--CGTTTTTCGATTAT-GAAACGGT
gi|10 : actacgtacatgtatatggttttcaacaaaaaataataaaaataatcgtgtgtcacttttatatttatacatatattatatcataattactacaatgcacatgcagcttaactatgtttatgttTTTAAACATATTT-ATAACTTATG---T-ACTA----------GTT-----------A---ATT----AACAT-TACAT---TGTAATAC-ATATGTAT-------------TT-AT--AA-CAT-AGG-CAAATGGATT-------------G--AA--------------------------------------CTCC---A-TACCATCA-AT------------------------T-TATATCGAAATGAAATGTAATTACATCCATAATA---TAGGTTA--ATTTTAAATTAATACT---TGA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------A-A-----AACA--CAC---AGA--AATGTTAA-A--G--A-----AA-TGAA-GGGA-AAAATTCACGC--TT-AATAAACTT----AGCC--TGT
gi|11 : -----------ATATCATTATGTATACCGGAATGAAATATTATAACATTCATAATA---TGGGTTATAATTTTAAATGAATATG---ACA---------AACTT-T-A-AAAGAG--------G-A-----AACA--CAC---AAA--AATGTGAACA--A--A-----AAGTGAAGGGGG-AATATCCCCGT--TT-GATAGACTT----ACCC--TGTTGCCAA-TCTCGATAGAA---ACC-ATACA
gi|12 : t-------T-----AA---AGATCTCTCT---A-AAGCGTCC-ATATAA-----------ACGC-ATAATGTATATTGAATTAACATGTAATAGCATTCATAAAAGCGTAGGT--GAATTTAAAATGAAAAATGGAAAA---------AAC-G-G-G-AAAGAATAACCAATG-A-----AATA--TAT---ATACGAGCGTGTATACTAGTA-----TA-TAAAAGAGGTAAAAT---CGC--TA-GGGAACCAT----GCCC--TGTCGCCCG-Tttgtatatgctcagtatctttaaaagttatcatatcaa
gi|14 : ccttggtTTTATTACGTATGCTATTAT-A----------TAT-----------AT--ATTTCGAAATATACAAATAAAGATAATGCGATA-----AC-----A---AATGTAT--AA-CAC-ACG-CAAATGGAT--------------------T--TTA--CTATA-------T-----ACATTAGTT---------A-CAGCGGCT-GTATCA-----------ATGT--TTATGTTAACCGGATCAAAAT
gi|15 : tagtaattaTATAC-----A---AAC-GAT--AT-CAC-ATG-ATAACGAATGTATTAGCTAC---A--AGCTG-TTA--CAATA-------TTAGTTGC---AGTTGTCTGC---A-GTGCGGCG-ATATAA-----------ATAT-GC-ATGTATACCGGATCGAAAaaacacttaactgaatttaagtacaaaaaaagag
gi|16 : gcagtaactgtgatctgatctaaacaaatatcaagcgtgtgtattcgaataatacttttacaggcaTAGTTTAAAGTTACTTTATTACTTATG---TTTC-A----------GAT-----------A---ACT----AGCAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTAGAT-----AT--GATTG----AA-C----TA-CAAGT---TATA------AC---A--ACAT--TTG--T-----------T-----GC---AGTTCTCTCC---A-TATCGTCA-AT---------------ATAT-ATTATGTATACCGGAATGACATGTAATAACATTCATAACA---caaaa
gi|17 : AACATATTTCAATACTAATG---CTAC-A----------GAT-----------A---CTT----AACAT-TACAT---GATAATAC-ATATTTATAT-----A---------T--AA-CAT-ACA-CAAATGGATCGA------AC---TTCAAGT--TAAAACAACA-------T-----AA---AA----CTCC---A-TATCATCA-ATATCA-----------ATAC-ATTATGTATACCAGACTGAAATGTAATAACCTTCATAAag
gi|19 : tcGTTGCCCA-TCTCAATAGAA---ACC-ATACGATCGC--C--CCACATACTGTTCAATTTA-AAATTTCGGCAGCCACGCGT-AA-CATAC---TT----T--ACTAA--T-----AAGTTAGTCGATT-T---------GAAAAC--------GTGTTTTTAATATATTTTT-
gi|2 : TAATTTAAACATATTGTATTACTTATG---TTAC-A----------GGT-----------A---ATT----AACAT-CACAT---GATAATNN-NNNNNNNNNN-----N---NNNNNNN--NN-NNN-NNN-NNNNNNNNNNNN------NN---N--NNNN--NNN--NNNNN-------N-----NN---NNNNNNNNNNNNNA-TATCGCCA-ATATCG-----------TTAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATGACATTCATAATA---TGAATTATAATTTTAAATGAATACT---GTA---------AACTT-T-A-AAATAA--------G-A-----AACA--TAG---AGA--AATGTTAACA--A--A-----AA-TGAAGAAGG-AAAGTCCCCGC--TT-GATAAACTT----ACCC--TGTTGCCCA-ACTCAATAGAA---ACC-ATACAATCGC--C--CGACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGTCACGCGT-AA-CACAA---TT-AAGTTAACTAA--T-----AAG---------T-C-----------AAACGTT---GTGTGTTTTTAATATA-TTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCAATTGAGGTATCTGGAGTGCC----CTACAGCAATTTTGATGTACTTAATTGGTGAAATTCATGAATATTGGTAAA--AA-GTAAA-AGCCATTAATTCCTAAAAACGGCTACACTTGAAAATAAAATGTTATGCATCTTCAAATTCATTACCACAAACACAAAATGGATTATACCTATATAGAT
gi|20 : C--C--CCACATACTGTTCAATTTA-AA-TTTTGACTGCCCTGCAT-AA-CATAC---TT-----TA-CTAA--T-----AAG---------T-TTGTCGATTTGAAAATATT---GTG--TTTTTAATACATTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATT
gi|24 : ATA---TAGGTGA--ATGTTAAA-GAATAAT---AGA---------AACTT-G-ATAAAGAA--------G-A-----AACA--AAC---AGA--AATGTGA--A--A--A-----AA-TGAAGG
gi|25 : TTTAAACGTATTTTATTACGTATA---TTAC-A----------TATCGACATATACAA---ATG----AACAT-AAAAT---GATAACAA-ATAT
gi|28 : TAGTTTAAATATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---TTT----AACAT-CACAT---GATAat
gi|3 : G-CAAGT---TATA------AC------AACT--TTA----GT--------T-----GC---AGTTCTCTCC---A-TATCATCA-GTATCA-----------ATAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTTATAACATTTATAAAA---AAGGT--GAATTCTAAAAGAACAAT---ATA---------AACTTGG-G-AAAGAA--------GTACATACAATA--CAC---AAA--AAGGTGA--A--G--A-----CA-TGGAGGGGA-AAA--CCGCGC--CT-GATTTCCAT----GCCG--TGTTGCCCA-TAGTTATTCAA---ACC----CAATTACCGC--CCATATATTGTTCAAATCA-AAGTACTGACAGCGACGTGTAAA-CACACTTTTT-AA-TAAATTAA--T-----CGA---------TAT---------GAAAACTTT---GTG---TTTTAA-AAAT-------AGTTCTTGAAAAATA-------------CGATTGAGACATTTGAAACACCGTATGTACAGCAAATCCCGTATACCAAAAGGTTGATATTTATGAGAATTTGTGAA--AATGT-CG-CGCCTTTCATTCCT-AAAGCGGTTATATCTGAAAATAAAATGTTCTGCATCTTCAAGTTCATTAGCATCAACACAAATCGGATTATCCCT---TAGATc
gi|4 : caaaggaattaaactGTTTGAAGATATCTTAAAACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---ATT----AATAT-CACAT---AACAATTC-ATATTTATATATAACA---AATGGATTGAACCACAACGTCAAGT---TATG------ACAAGG--AATT--TTA--GAAGA-------T-----AC-----TTC-CTCG---GTTATAA-CA-ATATTAAAGTTTCCCGTATAT-ATTACGTAAACCAGAATGAAATGTAATGTCACTCATAATA---TAGGT--CAATTTTAAAAGAATAAT---AGA---------AACTT-GAA-AAAGAA--------A-G-----AACA--CTC---AGA--AATGTCAAGA--A--A-----AT-T---TGGAG-AAAA
gi|4 : A---------AATTT-G-G-AGAAAA--------A-A-----AAAA--TCCTT-GGA--AATGTGAACA--A--A-----GA-CG----GGT-AAAACCACCGC--TT-GATAATCTT----GTCC--TG-----------------------------CAAT-GT--C--CCA---GTTTTTCAAATCA-AAGTTACGACAACCGTGGGT-AA-CAAAC---TT-TT-CTAACAAG--TTACCGAAGTCGAT----T-T---------GAAATTGTT---GTATG-TTTTAATATAATTTT-GAAATaaaaaatccttggaaatgtgaacaaagacgggtaaaaccaccgcttgataatcttgtcctgcaatgtcccagtttttcaaatcaaagttacgacaaccgtgggtaacaaacttttctaacaagttaccgaagtcgatttgaaattgttgtatgttttaatataattttgaaat
gi|5 : gtttgaagatatcttaaaacttatgttacagataattaatatcacataacaattcatatttatatataacaaatggattgaaccacaacgtcaagttatgacaaggaattttagaagatacttcctcggttataacaatattaaagtttcccgtatatattacgtaaaccagaatgaaatgtaatgtcactcataatataggtcaattttaaaagaataatagaaacttgaaaaagaaagaacactcagaaatgtcaagaATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---TTT----AACAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTATAT-----ACAAANNNNNN--NN-NNN-NNN-NNNNNNNNNNNN------NN---N--NNNN--NNN--NNNNN-------N-----NN---NNNNNNNNNN---A-TATCATCA-TCATCA-----------ATAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATAACATTCATAATA---TAAGTTATAATTTTAAATGAAAACT---ACAGAAAATTTTAACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAC---AGA--AATTTGAA-A--A--A-----AA-TGAAGGGGG--AAATACCCGC--TT-GATAAACTT----ACCC--TGTTGCCGA-TCATAACAAAA---ACCAAAACAATCGC--C--CCACATACTGTTC-TATTACAAATTTCGACAGCCACGAGT-AA-CATAC---TT----TTA--TAA--T-----AAG---------T-
gi|6 : CGGAATGAAATGTAATACAATTCATAATG---TAGGTGA--ATTTTAAATGAATAAT---A-A---------GACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--------------ATGTGGGGA--A--A-----AA-CGAAGGGGG-AAA-CCCCCGC--TT-AATAATCCT----ACCC--TGTTGGCCA-TCTCAATTAAA---ACC-CTACAATCGG--C--CCATATATTGTTCAAATTA-AAATT-----------------A-TATA----TC-AA-TT--TTAA--T-----A-------------------------------T---GT---TTTTGAA---ATTCTT-AAA--------AAAAT-AATTGATTATGATCTTTTGAGGTATTTGGAATGCC----GTACAGCAATTTTTTTGTACTTAATGGGTGAAATTCATGAGTATTAGTAAA--TA-GT-TGAAACCTTTCATTCCT-AAAACGGTTACACATGAAAATAAAATGTTTTGCATATTCAAaact
gi|7 : TACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---ATT----AACAT-CCCAT---GATAATAC-ACATTTAAAT-----AT--ANNNNNN--NN-NNN-NNN-NNNNNNNNNNNN------NN---N--NNNN--NNN--NNNNN-------N-----NN---NNNNNNNNNN---A-TATCATCA-A-ATTG-----------ATAT-ATTATGTATAC--------------------------ATG---TAGGTTATAATTTTTAATGAATACT---ATA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAA---AGA--AATGTGAACA--A--A-----AA-TGAA-GGGG-AAAATCCCCGC--TT-GATAAACTT----ACC------TGGCCA-TCTCAATAGAA---ACC-ATATAATTGC--C--CCATATATTATTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGAGT-AA-TAAAC---TT-TA-CT-ACTAAGTC-----GAT---------T-T---------GAAAA---T---GTGTG-TTTTAATAaa
gi|8 : GTTTAAACATATTT--TTA-TTACG---TTAC-A----------AAT---------------ATC----AAC------------ATAA-AC-AAATGCACAT-----A---AAATGAT--AA-CAA-A---TATATGGAT-TA------A-------AAGTTATTA--CAACATTAGC--T-----AC---AGTTCTCTCCA--A-TGCAGTT--GTGTGA-----------ATGT-A-TATGTTTACCGGGTTGAAA---AATAGC-TTTAAAAGG---CAAG-TACAA----AAAGAGAGAAA---AGC---------AATAT-C-G-AAAGAA--------A-A-----AACA--AAT----GA--AAGGGAAACA--AC-A-----AA-CAAA------ACATTCCACACAATTAGATAAA--TAAAAACGCAATGCCGCCCAGTCCCCATAGAA---TCC-
gi|9 : TATTGTTCAAATTT-AAATTTCGACAGCCACGCGT-AA-CACAC---TT----TT--CTAA--T-----AAGAT-------T-T---------GAAAACGTTAACGTGTGTTTTTAATATATTTTTTGAAATAATTGAAAAATAAATTGATTATGATCAAGTGAGGTAATCGGAGTGCC----GTGTAGCAATTTTCTTGCACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTGGTAAA--AA-AT-tccctatatcaccacatctac
blockSeqs : T CTA T . CGACATATACAA TCGA A AAA G G T AAACGATATCACATGATAACGAATGTATTAGCTACAAGCTGTTACAATATTAGTTGC CT NNN T A TAAAGTTTCCCGT C T A GCG TAT T C GGA G GAAAATTTT GAT TAACCAAT T CATAC TCCTT CG C CT GT . G G T A A AA A T AAAA AA T G TCG . AA CG . C A T C A . T TTT TTCTAACAAGTTACCGAAGTCGATTT CGTTAAC TGT T T C GATCAAT G G GTAT A A T G AAGTAAAA A C C G C T C .
blockSeqs : T . . . AT . . . . T T ATAACAAATGGATTGAACCACAACGTCAAGTTATGACAAGGAATTTTAGAAGATAC GT A . C AA . A A . TAT T T . C . GGG . . . CAC . T . C . . A . A C . . T . . C . TCA . A . . . A T C . . C . TACTAATAAGTTAGTCGATTT CGTT TGT T . C GATCTTT A A . A G A T AATGTCGC . A T
blockSeqs : C . . . A . . . . T G ACAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN CT . . T CA . T T . TAT T A . A . GAA . . . CAC . C . . . . G . A C . . A . . T . TCA . A . . . G T C . . T . TACTAATAAGTTTGTCGATTT TATT TGT T . C GATCAAG G A . A T T A TAGTTGAA .
blockSeqs : T . . . A . . . . N T AAAATGATAACAAATATATGGATTAAAAGTTATTACAACATTAGCTAC NN . . G AA . T T . TAT T C . T . GA . . . TAT . G . . . . G . G G . . T . . T . GTT . A . . . G C T . . C . AAGTTAACTAATAAGTC CTTT TG T . A CGAT G G . G T T G
blockSeqs : T . . . A . . . . T N ATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN CT . . A CA . T T . TAC A A . G . TA . . . TAG . C . . . . G . A C . . A . . T . ATA . C . . . A A G . . A . AATAAATTAATCGATAT TGTT TG T . .
blockSeqs : T . . . A . . . . T T NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NN . . A CG . T A . TA A A . T . GG . . . AAC . G . . . . T . A C . . T . . T . TCA . A . . . A T A . . T . TACTACTAAGTCGATTT C T T .
blockSeqs : T . . . A . . . . T T ATAACATACACAAATGGATCGAACTTCAAGTTAAAACAACATAA NN . . A CA . T C . GA T A . G . TA . . . CAC . C . . . . G . A C . . T . . T . TCA . . . . . A T A . . T . TTCTAATAAGATTT T T . .
blockSeqs : T . . . A . . . . G A AAATGTATAACACACGCAAATGGATTTTACTATATACATT CT . . A CA . T A . GA T C . C . GG . . . CTC . C . . . . G . A C . . C . . T . CCC . . . . . A T C . . A . AATTTTAATA T . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . C ATGATTGAACTACAAGTTATAACAACATTTGTTGC C . . A TG . T A . G T A . T . GA . . . CAC . . . . . . . . T A . . T . . C . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . A . . . . . TTATAACATAGGCAAATGGATTGAA . . . A GA . T A . G G C . G . GA . . . CAA . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . T A . C . A . . . GA . . . AAT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . CG . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T
blockSeqs : .
blockSeqCons : ********** A************** A* CA*********** TAN GA*** CAC***** ***** TCA *** A* ** TACTAATAAGTTAGTCGATTT*********************** GATCAAT
originalCons : TAGTTTAAACATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---ATT----AACAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTATAT-----A---AATTGAT--AA-CAC-ACG-CAAATGGATNTA------AC---G--AANT--TTA--CAATA-------T-----AC---AGTTCTCTCC---A-TATCGTCA-ATATCA-----------ATAT-ATTATGTATACCGGANTGAAATGTAATAACATTCATAATA---TAGGTTATAATTTTAAATGAATANT---ANA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAC---AGA--AATGTGAACA--A--A-----AA-TGAAGGGGG-AAAATCCCCGC--TT-GATAAACTT----ACCC--TGTCGCCCA-TCTCAATAGAA---ACC-ATACAATCGC--C--CCACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGCGT-AA-CANAC---TT-AA-TTAACTAA--T-----AAG---------T-T---------GAAAACGTT---GTGTGTTTTTAATATATTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCGATTGAGGTATTTGGAGTGCC----GTACAGCAATTTTCNTGTACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTNGTAAA--AA-GT-CG-CGCCTTTCATTCCT-AAAACGGTTACACNTGAAAATAAAATGTTNTGCATCTTCAAGTTCATTANCACNAACACAAANCGGATTATNCCTATATAGAT
finalCons : TAGTTTAAACATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GATA--------------ATT----AACAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTATAT-----A---AATTGAT--AA-CAC-ACG-CAAATGGATNTA------AC---G--AANT--TTA--CAATA-------T-----AC---AGTTCTCTCC---A-TATCGTCA-ATATCA-----------ATAT-ATTATGTATACCGGANTGAAATGTAATAACATTCATAATA---TAGGTTANAATTTTAAATGAATANT---ANA---------AACTTGA---AAAGAA--------G-A-----AACACAC-----AGA--AATGTGAACA--A--A-----AA-TGAAGGGGG-AAAATCCCCGC--TT-GATAAACTT----ACCC--TGTCGCCCA-TCTCAATAGAA---ACCA-TACAATCGC--C--CCACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGCGT-AA-CANAC---TTTACTAATAAGTTAGTCGATTT-----------------------GAAAACGTT---GTGTGTTTTTAATATATTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCAATTGAGGTATTTGGAGTGCC----GTACAGCAATTTTCNTGTACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTNGTAAA--AA-GT-CG-CGCCTTTCATTCCT-AAAACGGTTACACNTGAAAATAAAATGTTNTGCATCTTCAAGTTCATTANCACNAACACAAANCGGATTATNCCTATATAGAT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AGTGCGGCTGTATGAATGTATATGTTTACCGGGTTGAAAAAAAAATGAAAAGAGAACTTAGTACAAAAAGACAAAAACATATTGAAAGAAAGAAAAAACAATAAGAGAGAAACCAAACAACAAAAATAATACCATGCCGCCCAGTCCCCATAGAATCCTCACTCCTCACCACATACACTGTTCACGCTACAACAGTGACAGC
Unaligned ( gi|18 ): ATTACTAGATTATAACAACATAAGCTACAGTTCTCTCGAATGTGGCTGTATTAATGCATGTTTATTGGAAATATAACATATGCAAATTAAACAAAAATATAATTAAGTACAAAAAGAAAAAGAAACAA
Unaligned ( gi|21 ): TATATATATTAGTCTTTGACATATATTATATACAAATGAACATCACATGACGACAAAAATATAACATTTAAGTTATACAAATGGATTGATCACCAAATTTATAACAGCATTACTATCACTA
Unaligned ( gi|22 ): ATATTACATATAGTATATCGACATATACCAATTATTGATCATGTTTTAATTATGTTTGATTAAATTTAGACACATTTCATTACGTATATTATATAAATCGACAAATACAAATGA
Unaligned ( gi|23 ): ATATACTAGATGAATACAATCAATATCACATGATAACAAATGTATAACATGAAAATGGATTGAAGTTCATGTTATAAC
Unaligned ( gi|26 ): GTATATCATATTTTGTATTTTCATTTTCATGTATAATAAACTGCCCGACATTCCATTGTGATTT
Unaligned ( gi|27 ): ATTATAACATCGTAACTGTGCAATAAACACAATTGCAAACGCTATTAAATATCAATATG
Alignments
lowQualScore : 1111111111 222222222222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111 111 111111111 11111111 11 1111 2222222 22222222 1111 222222222222 1 222
lowQualScore : 1 555 3 4444444444 000000000000000 7777 3 555 3 4 2 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 44 888 3 3 44 4 33333333333 2 1 1 555 999 2 0 1 555 4 333333333 1 55555 22222222 3 88888 555 555 44 88 44 77 88888 3 3 44 3 1 1 55 3 0 1 7777 55 33 3 2 1 777 11 0 66 66 0 4 1 2 4 4 4 1 777 5555 0 0000000 0 22222222 4 3 33 5 333 1 2 6666666 3 1 7777 3 1 1 1 777777777777 0 1 1 1 1 1 1 111
lowQualScore : . ... . .......... ............... .... . ... . . . ..................................................................................... . .. ... . . .. . ........... . . . ... ... . . . ... . ......... . ..... ........ . ..... ... ... .. .. .. .. ..... . . .. . . . .. . . . .... .. .. . . . ... .. . .. .. . . . . . . . . ... .... . ....... . ........ . . .. . ... . . ....... . . .... . . . . ............ . . . . . . . ...
lowQualScore : 3 888 3 6666666666 111111111111111 1111 3 888 6 1 2 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 9 88 555 1 1 00 0 66666666666 9 6 9 444 999 7 6 0 888 2 333333333 3 11111 11111111 3 33333 666 888 66 44 66 99 33333 3 1 88 6 6 4 00 6 1 5 7777 00 77 6 3 1 000 22 1 11 11 9 0 3 4 1 0 0 0 000 7777 9 4444444 1 99999999 6 6 55 0 555 7 5 8888888 2 4 0000 8 0 4 0 999999999999 0 0 0 0 0 0 0 555
consensus : TAGTTTAAACATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---ATT----AACAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTATATA-----AATTGAT--AAC-ACA-CG-CAAATGGATNTA------AC---G--AANT--TTA--CAATA-------T-----AC---AGTTCTCTCC---A-T-ATCGTCA-ATATCAA-----------TAT-ATTATGTATACCGGANTGAAATGTAATAACATTCATAATA---TAGGTTANAATTTTAAATGAATANT---ANA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAC---AGA--AATGTGAACA--A--A-----AA-TGAAGGGGG-AAAATCCCCGC--TT-GATAAACTT----ACCC--TGTCGCCCA-TCTCAATAGAA---ACC-ATACAATCGC--C--CCACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGCGT-AA-CANACTT---T--ACTAATAAGTT-----AGTCGATTTGAAAACGTT---GTGTGTTTTTAATATATTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCGATTGAGGTATTTGGAGTGCC----GTACAGCAATTTTCNTGTACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTNGTAAA--AA-GT-CG-CGCCTTTCATTCCT-AAAACGGTTACACNTGAAAATAAAATGTTNTGCATCTTCAAGTTCATTANCACNAACACAAANCGGATTATNCCTATATAGAT
Reference ( family-1019 ) : TAGTTTAAACATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---ATT----AACAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTATATA-----AATTGAT--AAC-ACA-CG-CAAATGGATNTA------AC---G--AANT--TTA--CAATA-------T-----AC---AGTTCTCTCC---A-T-ATCGTCA-ATATCAA-----------TAT-ATTATGTATACCGGANTGAAATGTAATAACATTCATAATA---TAGGTTANAATTTTAAATGAATANT---ANA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAC---AGA--AATGTGAACA--A--A-----AA-TGAAGGGGG-AAAATCCCCGC--TT-GATAAACTT----ACCC--TGTCGCCCA-TCTCAATAGAA---ACC-ATACAATCGC--C--CCACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGCGT-AA-CANACTT---T--ACTAATAAGTT-----AGTCGATTTGAAAACGTT---GTGTGTTTTTAATATATTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCAATTGAGGTATTTGGAGTGCC----GTACAGCAATTTTCNTGTACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTNGTAAA--AA-GT-CG-CGCCTTTCATTCCT-AAAACGGTTACACNTGAAAATAAAATGTTNTGCATCTTCAAGTTCATTANCACNAACACAAANCGGATTATNCCTATATAGAT
gi|1 : TAGTTTAAACATATATTATAACGTCTG---TCAC-ATATATCGACAGAT-----------ACAAATG----AATAT-CACAC---GGTAACAC-ATAT-----------------AT--AAT-ATA-TG-CAAATGGATTGA------AC---T--ACAT--GTT--TAATAGCATAGGT-----AC---AGTTCTCTCC---AAT-ACGGTTGCGTA--AA-----------TAT-AT-ATGTTCACCGGATCGAAA---AAAAACA--CA-ACTA---AAAATTA--ATTTTAGAC----ACC---AAA---------AAT-------ACAGA---------G-A-----AACATTCACGAAAAA--AATATCAACA--A--ATGAGAAA-ACAAAACAA-AAAATACACAT--TT-TACCGA--T----ACCG--TGTC-CCCA-T------AGAATTAATC--TGCA-TCAC--CACCTACAAACT----ACATCA-G-----CGGCAGCAATAACT-AAACAAATTT---T--A---AGACATT-----AATCAGTTTGGTAACTAT---TTGTCTGTTTAACATATTTCC-GAAAATGTTGAAATATAAGTAGATTGT-------TGAG--ATCTGCACTGCC----GT-TAATAATTTACAGATACCTGAAGGATGGAATTCACGAGTATTTGTAAATTAT-TT-C--CGTTTTTCGATTAT-GAAACGGT
gi|10 : actacgtacatgtatatggttttcaacaaaaaataataaaaataatcgtgtgtcacttttatatttatacatatattatatcataattactacaatgcacatgcagcttaactatgtttatgttTTTAAACATATTT-ATAACTTATG---T-ACTA----------GTT-----------A---ATT----AACAT-TACAT---TGTAATAC-ATATGTAT----------TT-AT--AAC-ATA-GG-CAAATGGATT-------------G--AA--------------------------------------CTCC---A-T-ACCATCA-AT------------------------T-TATATCGAAATGAAATGTAATTACATCCATAATA---TAGGTTA--ATTTTAAATTAATACT---TGA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------A-A-----AACA--CAC---AGA--AATGTTAA-A--G--A-----AA-TGAA-GGGA-AAAATTCACGC--TT-AATAAACTT----AGCC--TGT
gi|11 : A-----------TATCATTATGTATACCGGAATGAAATATTATAACATTCATAATA---TGGGTTATAATTTTAAATGAATATG---ACA---------AACTT-T-A-AAAGAG--------G-A-----AACA--CAC---AAA--AATGTGAACA--A--A-----AAGTGAAGGGGG-AATATCCCCGT--TT-GATAGACTT----ACCC--TGTTGCCAA-TCTCGATAGAA---ACC-ATACA
gi|12 : t-------T-----AA---AGATCTCTCT---A-A-AGCGTCC-ATATAAA-----------CGC-ATAATGTATATTGAATTAACATGTAATAGCATTCATAAAAGCGTAGGT--GAATTTAAAATGAAAAATGGAAAA---------AAC-G-G-G-AAAGAATAACCAATG-A-----AATA--TAT---ATACGAGCGTGTATACTAGTA-----TA-TAAAAGAGGTAAAAT---CGC--TA-GGGAACCAT----GCCC--TGTCGCCCG-Tttgtatatgctcagtatctttaaaagttatcatatcaa
gi|14 : ccttggtTTTATTACGTATGCTATTAT-A----------TAT-----------AT--ATTTCGAAATATACAAATAAAGATAATGCGATA-----ACA-----AATGTAT--AAC-ACA-CG-CAAATGGAT--------------------T--TTA--CTATA-------T-----ACATTAGTT---------A-C-AGCGGCT-GTATCAA-----------TGT--TTATGTTAACCGGATCAAAAT
gi|15 : tagtaattaTATACA-----AAC-GAT--ATC-ACA-TG-ATAACGAATGTATTAGCTAC---A--AGCTG-TTA--CAATA-------TTAGTTGC---AGTTGTCTGC---A-G-TGCGGCG-ATATAAA-----------TAT-GC-ATGTATACCGGATCGAAAaaacacttaactgaatttaagtacaaaaaaagag
gi|16 : gcagtaactgtgatctgatctaaacaaatatcaagcgtgtgtattcgaataatacttttacaggcaTAGTTTAAAGTTACTTTATTACTTATG---TTTC-A----------GAT-----------A---ACT----AGCAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTAGATAT----GATTG----AAC-----TA-CAAGT---TATA------AC---A--ACAT--TTG--T-----------T-----GC---AGTTCTCTCC---A-T-ATCGTCA-AT----A-----------TAT-ATTATGTATACCGGAATGACATGTAATAACATTCATAACA---caaaa
gi|17 : AACATATTTCAATACTAATG---CTAC-A----------GAT-----------A---CTT----AACAT-TACAT---GATAATAC-ATATTTATATA-----------T--AAC-ATA-CA-CAAATGGATCGA------AC---TTCAAGT--TAAAACAACA-------T-----AA---AA----CTCC---A-T-ATCATCA-ATATCAA-----------TAC-ATTATGTATACCAGACTGAAATGTAATAACCTTCATAAag
gi|19 : tcGTTGCCCA-TCTCAATAGAA---ACC-ATACGATCGC--C--CCACATACTGTTCAATTTA-AAATTTCGGCAGCCACGCGT-AA-CATACTT---T--ACTAATAAGTT-----AGTCGATTTGAAAAC--------GTGTTTTTAATATATTTTT-
gi|2 : TAATTTAAACATATTGTATTACTTATG---TTAC-A----------GGT-----------A---ATT----AACAT-CACAT---GATAATNN-NNNNNNNNNNN-----NNNNNNN--NNN-NNN-NN-NNNNNNNNNNNN------NN---N--NNNN--NNN--NNNNN-------N-----NN---NNNNNNNNNNNNNA-T-ATCGCCA-ATATCGT-----------TAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATGACATTCATAATA---TGAATTATAATTTTAAATGAATACT---GTA---------AACTT-T-A-AAATAA--------G-A-----AACA--TAG---AGA--AATGTTAACA--A--A-----AA-TGAAGAAGG-AAAGTCCCCGC--TT-GATAAACTT----ACCC--TGTTGCCCA-ACTCAATAGAA---ACC-ATACAATCGC--C--CGACATACTGTTCAAATTA-AAATTTCGACAGTCACGCGT-AA-CACAATTAAGTTAACTAATAAGTC----------------AAACGTT---GTGTGTTTTTAATATA-TTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATTATGATCAATTGAGGTATCTGGAGTGCC----CTACAGCAATTTTGATGTACTTAATTGGTGAAATTCATGAATATTGGTAAA--AA-GTAAA-AGCCATTAATTCCTAAAAACGGCTACACTTGAAAATAAAATGTTATGCATCTTCAAATTCATTACCACAAACACAAAATGGATTATACCTATATAGAT
gi|20 : C--C--CCACATACTGTTCAATTTA-AA-TTTTGACTGCCCTGCAT-AA-CATACTT---T--ACTAATAAGTT-----TGTCGATTTGAAAATAT-----TGTGTTTTTAATACATTTTT-GAAATTCTTGAAAAATAAATTGATT
gi|24 : ATA---TAGGT--GAATGTTAAA-GAATAAT---AGA---------AACTT-G-ATAAAGAA--------G-A-----AACA--AAC---AGA--AATGTGA--A--A--A-----AA-TGAAGG
gi|25 : TTTAAACGTATTTTATTACGTATA---TTAC-A----------TATCGACATATACAA---ATG----AACAT-AAAAT---GATAACAA-ATAT
gi|28 : TAGTTTAAATATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---TTT----AACAT-CACAT---GATAat
gi|3 : G-CAAGT---TATA------AC------AACT--TTA----GT--------T-----GC---AGTTCTCTCC---A-T-ATCATCA-GTATCAA-----------TAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTTATAACATTTATAAAA---AAGGT--GAATTCTAAAAGAACAAT---ATA---------AACTTGG-G-AAAGAA--------GTACATACAATA--CAC---AAA--AAGGTGA--A--G--A-----CA-TGGAGGGGA-AAA--CCGCGC--CT-GATTTCCAT----GCCG--TGTTGCCCA-TAGTTATTCAA---ACC----CAATTACCGC--CCATATATTGTTCAAATCA-AAGTACTGACAGCGACGTGTAAA-CACACTT---T---TTAATAAATT-----AATCGATATGAAAACTTT---GTG---TTTTAA-AAAT-------AGTTCTTGAAAAATA-------------CGATTGAGACATTTGAAACACCGTATGTACAGCAAATCCCGTATACCAAAAGGTTGATATTTATGAGAATTTGTGAA--AATGT-CG-CGCCTTTCATTCCT-AAAGCGGTTATATCTGAAAATAAAATGTTCTGCATCTTCAAGTTCATTAGCATCAACACAAATCGGATTATCCCT---TAGATc
gi|4 : caaaggaattaaactGTTTGAAGATATCTTAAAACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---ATT----AATAT-CACAT---AACAATTC-ATATTTATATATAACAAATGGATTGAACCACAACGTCAAGT---TATG------ACAAGG--AATT--TTA--GAAGA-------T-----AC-----TTC-CTCG---G-TTATAA-CA-ATATTAAAGTTTCCCGTATAT-ATTACGTAAACCAGAATGAAATGTAATGTCACTCATAATA---TAGGT--CAATTTTAAAAGAATAAT---AGA---------AACTT-GAA-AAAGAA--------A-G-----AACA--CTC---AGA--AATGTCAAGA--A--A-----AT-T---TGGAG-AAAA
gi|4 : CCGC--TT-GATAATCTT----GTCC--TG-----------CAAT-------------------GT--C--CCA---GTTTTTCAAATCA-AAGTTACGACAACCGTGGGT-AA-CAAACTT---T--TCTAACAAGTTACCGAAGTCGATTTGAAATTGTT---GTATG-TTTTAATATAATTTT-GAAATaaaaaatccttggaaatgtgaacaaagacgggtaaaaccaccgcttgataatcttgtcctgcaatgtcccagtttttcaaatcaaagttacgacaaccgtgggtaacaaacttttctaacaagttaccgaagtcgatttgaaattgttgtatgttttaatataattttgaaat
gi|5 : gtttgaagatatcttaaaacttatgttacagataattaatatcacataacaattcatatttatatataacaaatggattgaaccacaacgtcaagttatgacaaggaattttagaagatacttcctcggttataacaatattaaagtttcccgtatatattacgtaaaccagaatgaaatgtaatgtcactcataatataggtcaattttaaaagaataatagaaacttgaaaaagaaagaacactcagaaatgtcaagaaaatttggagaaaaaaaaaatccttggaaatgtgaacaaagacgggtaaaaccaATATTTTATTACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---TTT----AACAT-CACAT---GATAATAC-ATATTTATATACAA--ANNNNNN--NNN-NNN-NN-NNNNNNNNNNNN------NN---N--NNNN--NNN--NNNNN-------N-----NN---NNNNNNNNNN---A-T-ATCATCA-TCATCAA-----------TAT-ATTATGTATACCGGAATGAAATGTAATAACATTCATAATA---TAAGTTATAATTTTAAATGAAAACT---ACAGAAAATTTTAACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAC---AGA--AATTTGAA-A--A--A-----AA-TGAAGGGGG--AAATACCCGC--TT-GATAAACTT----ACCC--TGTTGCCGA-TCATAACAAAA---ACCAAAACAATCGC--C--CCACATACTGTTC-TATTACAAATTTCGACAGCCACGAGT-AA-CATACTT---T--TATAATAAGT
gi|6 : CGGAATGAAATGTAATACAATTCATAATG---TAGGT--GAATTTTAAATGAATAAT---A-A---------GACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--------------ATGTGGGGA--A--A-----AA-CGAAGGGGG-AAA-CCCCCGC--TT-AATAATCCT----ACCC--TGTTGGCCA-TCTCAATTAAA---ACC-CTACAATCGG--C--CCATATATTGTTCAAATTA-AAATT---ATA--------T-AT-CAA--TT---T----TAATATGTT-----------TTTGAAA-------------TTCTTAA-----------AAA------AATAATTGATT----ATGATCTTTTGAGGTATTTGGAATGCC----GTACAGCAATTTTTTTGTACTTAATGGGTGAAATTCATGAGTATTAGTAAA--TA-GT-TGAAACCTTTCATTCCT-AAAACGGTTACACATGAAAATAAAATGTTTTGCATATTCAAaact
gi|7 : TACTTATG---TTAC-A----------GAT-----------A---ATT----AACAT-CCCAT---GATAATAC-ACATTTAAATAT----ANNNNNN--NNN-NNN-NN-NNNNNNNNNNNN------NN---N--NNNN--NNN--NNNNN-------N-----NN---NNNNNNNNNN---A-T-ATCATCA-A-ATTGA-----------TAT-ATTATGTATAC--------------------------ATG---TAGGTTATAATTTTTAATGAATACT---ATA---------AACTT-G-A-AAAGAA--------G-A-----AACA--CAA---AGA--AATGTGAACA--A--A-----AA-TGAAGGGG--AAAATCCCCGC--TT-GATAAACTT----ACCT--GG----CCA-TCTCAATAGAA---ACC-ATATAATTGC--C--CCATATATTATTCAAATTA-AAATTTCGACAGCCACGAGT-AA-TAAACTT---T--ACTACTA---------AGTCGATTTGAAAA---T---GTGTG-TTTTAATAaa
gi|8 : GTTTAAACATATTT--TTA-TTACG---TTAC-A----------AAT---------------ATC----AAC------------ATAA-AC-AAATGCACATA-----AAATGAT--AAC-AAA----TATATGGAT-TA------A-------AAGTTATTA--CAACATTAGC--T-----AC---AGTTCTCTCCA--A-T-GCAGTT--GTGTGAA-----------TGT-A-TATGTTTACCGGGTTGAAA---AATAGC-TTTAAAAGG---CAAG-TACAA----AAAGAGAGAAA---AGC---------AATAT-C-G-AAAGAA--------A-A-----AACA--AAT----GA--AAGGGAAACA--AC-A-----AA-CAAA------ACATTCCACACAATTAGATAAA--TAAAAACGCAATGCCGCCCAGTCCCCATAGAA---TCC-
gi|9 : TATTGTTCAAATTT-AAATTTCGACAGCCACGCGT-AA-CACACTT---T--TCTAATAAG------------ATTTGAAAACGTTAACGTGTGTTTTTAATATATTTTTTGAAATAATTGAAAAATAAATTGATTATGATCAAGTGAGGTAATCGGAGTGCC----GTGTAGCAATTTTCTTGCACTTAATGGGTGAAATTCACGAGTATTGGTAAA--AA-AT-tccctatatcaccacatctac
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AGTGCGGCTGTATGAATGTATATGTTTACCGGGTTGAAAAAAAAATGAAAAGAGAACTTAGTACAAAAAGACAAAAACATATTGAAAGAAAGAAAAAACAATAAGAGAGAAACCAAACAACAAAAATAATACCATGCCGCCCAGTCCCCATAGAATCCTCACTCCTCACCACATACACTGTTCACGCTACAACAGTGACAGC
Unaligned ( gi|18 ): ATTACTAGATTATAACAACATAAGCTACAGTTCTCTCGAATGTGGCTGTATTAATGCATGTTTATTGGAAATATAACATATGCAAATTAAACAAAAATATAATTAAGTACAAAAAGAAAAAGAAACAA
Unaligned ( gi|21 ): TATATATATTAGTCTTTGACATATATTATATACAAATGAACATCACATGACGACAAAAATATAACATTTAAGTTATACAAATGGATTGATCACCAAATTTATAACAGCATTACTATCACTA
Unaligned ( gi|22 ): ATATTACATATAGTATATCGACATATACCAATTATTGATCATGTTTTAATTATGTTTGATTAAATTTAGACACATTTCATTACGTATATTATATAAATCGACAAATACAAATGA
Unaligned ( gi|23 ): ATATACTAGATGAATACAATCAATATCACATGATAACAAATGTATAACATGAAAATGGATTGAAGTTCATGTTATAAC
Unaligned ( gi|26 ): GTATATCATATTTTGTATTTTCATTTTCATGTATAATAAACTGCCCGACATTCCATTGTGATTT
Unaligned ( gi|27 ): ATTATAACATCGTAACTGTGCAATAAACACAATTGCAAACGCTATTAAATATCAATATG