lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111 11111 2222222222222222222222222 1111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 11111 22222222222 1111111111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 1 22 1 1 11 111111 6666666 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 3333333333333333333333333333 1111 1111 111111 2222
lowQualScore : 6 6 3 6 6 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22 5 00000000000 11111 0 8888888888888888888888888 0000000 3 0 3 3 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 55555555 3 6666 4 55555 6 3 88888888888 7777777777777 6666 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 2 88 99 3 2 4 55 444 6 1 5 1 1 66666 33 555555 6666666 2 8 2 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 33 5 3 2 000 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 6 33 5555 66666 4 6666666666666666666666666666 99999999 0 333 777777 2 1 3333 8888 555 44 555555 3 9999999 6 0 3 7777 3 1 5 4
lowQualScore : . . . . . . .............................................................................................. .. . ........... ..... . ......................... ....... . . . . ................................................................ . ........ . .... . ..... . . ........... ............. .... .............................................................................. . . .. .. . . . .. ... . . . . . ..... .. ...... ....... . . . ......................................................................................................... . .. . . . ... ........................................................ .. . .. .... ..... . ............................ ........ . ... ...... . . .... .... ... .. ...... . ....... . . . .... . . . .
lowQualScore : 0 0 5 7 7 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44 0 55555555555 11111 9 5555555555555555555555555 8888888 3 5 3 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 66666666 1 5555 5 99999 0 3 88888888888 2222222222222 1111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 7 11 11 6 4 7 11 111 7 9 5 7 8 88888 99 111111 2222222 9 4 7 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 99 2 6 1 222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 77 1 77 7777 77777 8 4444444444444444444444444444 77777777 1 999 777777 7 0 6666 1111 444 22 888888 1 2222222 8 1 3 7777 0 5 6 3
consensus : AAGGACAAGGTTCACGAAC-C-CCACAAA--TGAC-----A--TTG-CACTG--TAT--AATNCAATAAAATTA-AAC-----T---ATTTT--------TTN-GCAAA--ATT-------TGATGTTTTTT-ATT--TAA----ATTA-----TACTTTA-TTCTTT-T-AAAA-A-TNT--A-AAT-------T-TTG-TTT-TTCAA--TN-------T--T-A---C---------TTTATNC-----A----A-T-A----AA---TATCATCAA------A-GTGTACAT----GTACAGC-GAAAATATGCA-AT----------TTTCC---TA--------CATT----T--------T-----AN------G------------T---A---A-A-------TA----T--A----T----------CATGGTTTT-AACAGT-GAAGGCACTCTTGCCA-C-AAGACA---ATATTTACACATATTACTCAGAGTG---T-ACCAGACAATGATCAGAATAAA---T--AT---C---GTGTG-GCAAGAAT-GCCTTC---A-T--TATNA-A-AA------T----AT-AAT-T-AAATGC-CAAA---A--A-A--------------------GGAC--AA---AATT--GGG----GANAA-T--GAGCATTTTCCTTAATTTTAACCGTCTTTGGAGTCATTCTAT-A--ATAGAA--A-A----A----A----AACATA---AAATT--ANAAAA--TAA--AATATA--CA----TATTT-----TAAAAGAA--------------T-AA--T------TATA--------TTT--GA------TAC-AAATACACCAAGCTTTGCTG-AAAAA---TAAGT--ATTTA-A---AAGAAATGCA-TTT----T--ACAGGGCCGATA-TTG--GGGCTTCGTGAACCTGGTC
Reference ( gi|1 ) : AAGGACGAGATTCCCGAAC-C-CCATAAACATGAT-----AAATTG-TAATG--CAG--AATGCAATAAAA--A-AAA-----T---ATTTT--------TTG-GCAGA--ATT-------TGATATTTTTT-ATT--TAA----ATTA-----TACTTTG-TTCTTT-T-AAAA-A-TAT--A-AAT-------T-TTG-TTT-TTCAA--TG-------T--T-A---C---------TTTATAC-----A----A-T-A----AA---TACCATTGA------A-GTGTACAT----GTACAAC-GAACATACGCA-AT----------GTTCC---CA--------CATT----T--------T-----AT------G------------T---A---A-A-------TA----G--A----T----------CATGGTTTT-AACAGT-AAAGGTTCTCTTTCTA-C-AGTACA---ATATTCAAACGTATTACTGAGAGTG---T-ACCAGACAATGCTCAGAATAAA---C--ATG--C---GTGTG-GTAAGAAT-GCCTTC---T-T--TATGA-A-AA------T----ATCAAT-T-AAATGC-CAAA---A--A-A--------------------GGAC--AC---ATTT--TGG----GATAA-T--GAGCATTTTCTTTAATTTTAACCGTCTTTGAAATCATTCTAC----ATAGAA--A-A----A----A----AACATA---AAACT--ATCAAA--TAA--AGTATA--CA----TATTT-----TAATAGAA--------------T-AA--T------TATA--------TTT--AA------TAC-AAATACACCGAACTTTGCTG-AACAA---TAAGT--ATTTG-A---AAGAAATGCA-TTT----T--ACAAGGCCGATA-TAC--GGACTTTGTAAATCTGGTCT
gi|11 : AAGGACAAGGTTCACGAACAC-CCA---------------AAATTGGCCCTG--TAT--AATGCAGCAGAATTA-AACCTTTTT---TTTTT--------TTG-GCAAA--GTT-------TAATGTTTTTTTATTCTTAA----A--A-----TATTTTA-TTGTTT-T-AAAA-ACTGT--A-AAT-------A-TTG-TTT-TTTAA--TT-------T--T-A---CAA-------TTTTCGCTT---A----A-TAA----AA---TATCATTTA------A-CTGTACAT----TTACAAT------TTTTCT-AT----------ATTTG---AAGT------CATT----T--------T-----AG------G------------T---T---A-A-------AA----T--A----T----------CGTGGTTTT-AACAGC-GAAGGCACTCTTGCCA-T-AAAGAA---ATATT-AAGCATATTACTTAGTGTG---T-ACCAGA
gi|8 : AAGGACAAAGTTCACAAAC-C-CCACAAA-ATG------------G-CCCTG--TAT--AATTTCATAAAATCA-AAC-----CCTAATTTT--------TCT-GAAAA--ATT-------TGG-GTTTTTT-ATT--
gi|15 : AAAGGCAAGGTTCTCGAAC-C-CCCCAAA----AT-----A----G-CCCTG---AA--AATTTTATAAAA------------T---AC-------------------A--ATC-------T--TATTTTTT-ATT--TTA----ATTA-----TA------------------A-A-TTT--G-AAT-------T-TTG-TCT-TTCAT--TT-------T--T-A---CACTGATCGCTTTATAC-----A----G-C-A----A----TACCATCAA------A-GTATGCAT----GTACAGC--------TGCATTT----------TTTTC---TA--------CATTACAGTAAGCCA--T-----ATAAG---G------------T---A---A-A-------TA----A--A----T----------CATTTTTTT-AACAGT-TAATGCAATCTAACTA-C-ACGACA---ATATTTATGCATATTACTGGGAATG---T-ATTAGAgtactttattcttttaaatacaatatcatctatacatgtacagcaaaaatgtgcaattttcctacaatttaagccataatataacgtgctttagcagtgaaggtactcttgttacaagaaagtatttacacatattcctcagagtgtaccagacaatgatcagaataaatatctttgtgtagcaagagtgcaatcataaccaaaaaacttttgtatttcaaaaaaggacaaaattgggagaaaataaaactgcttgcaaagatcgggagcat
gi|12 : AGGACAAGGTTCATGAAC-C-CCATAAA--TGGC-----C--TTG-TA-T--------AATGCAATAAAATTA-AAA-----C---ATTTT--------T---GCAAA--CTT-------TAATGTTTTTT-TTT--TAATTTTATTA-----TACTTTA-GTCTTT-T-AAAA-C-TAT--T-AATATATGTTT-TTG-CTT-TTCAA--TT-------T--TCA---T---------TTCTTTCGCTT-A----A-T-AC---AA---TATCATTAA------A-GTGTACAT----GTGCAGC-GAAAATATGCA-ATTCCCCCCCCCCCCCC---CC--------CATT----T--------T-----AA------GC-----------T---ATTTA-T-------TA----T--A----T----------AATGGTTTT-AACAGT-AAAGATACACTTGCCA-C-At
gi|10 : AGGACAAGGTTCACGATC-CTCCACCAAAAGGA--------------AATGGCCAGGAAATTCAATAC--------------T---ATTTTATCCTGTTTTT-GCAAA--TTT-------TTATGATTTTT-ATT--TAG-----TTA-----TACTTT------------AAA-A-TATTTA-AAT-------T-TTG-TTT-TT-AA--TT-------T--T-A---C---------GCTATTC-----ACCTTA-TTAC---AA---TATCATTGATCATCAATGTATACAT----GCACAGC-CAAATTATGCA-AT----------GTTCC---TA--------CATT----T--------TTAGCTATTTTTAGG------------T---A---A-A-------CA----T--A----T----------CATG-TTTT-AACAGT-GAAGGCACTCTTGCTACC-AG-ACA---A---CTACACATGTTACTCAGAGAG---T-ACCAGAttgt
gi|2 : TTCACAAAC-C-CCCAAAAC-TGACTCTGAAAATT--CAA----CAT--AATG------AA--A-GCC-----T---GTTTT--------TTATGCAAA--AGT-------TTATGTTTGTT-ATT--TGA----AATA-----TACTTTC-TTCTTT-TTAAAA-A-TAT--C-AAT-------T-TTG-TTT-TTCAA---G-------T--T-AACAC---------TTTTTAC-----T------T-A----AACCATATCATCAA------A-ATATATGT----GGACAGC-TAAAA-ATGCA-TT----------TTTTC---TA--------CATT----TAAAGCCATT-----CT------G------------TTCCG---A-A-------TG----T--A----C----------CAATGTTTT-ACCAGTTAAA------TTTTCCA-C-ACGACA---ATATTTACACATTTTATTGAG-GTG---T-ACCAGATATTGACCAGAACAAATTTC--GT---T---GTGCG-CCAAGAAT-GCGTTT---A-T--CATCA-A-AA------A----ACTATT-T-ATATGC--AAATGTA--T-A--------------------GGACTAAA---AGTG--AGG----GATA--T---AGCATTTTCCTTAATGCTATCC-TCTTTGGAGTCTTTTTA------TAAAT--ATA----A----A----AACATA---CAATT--AAAAGA--TAA--AATATA--CA----TATTT-----TAAAAGGA--------------TGAA--G------AATA--------TCT--GA------AAC-AAACACACTAAGCTTTCCTG-A--------------------A---AAAAAATGCA-TTT----T--ACAGGGCTGATT-TTG--GGGCTTCGTGA
gi|3 : gacagcg-TACTG--TAT--GATGCAATAACA--ATAAACCT--T---ATTTT--------TTT-GCAAAAAATTAAGGGGGGGAGATT-----------------ATTA-----TATTTTA-CAGTTT-T-A--------------------------TG-TTT-TT------G------------G---C---------TTTATAC-----A----A-T-A-----------TCATTAA------A-GTATACAT----GTACATC-GAAAATATGCA-AT----------TTTAC---TA--------CATT----T--------TGAACCATTTTAG-G------------T---A---A-G-------TA----A--A----T----------CTAGAATTT-AACAGT-GAAGGCGCTTTTGCAA-C-AAGGCA---ATATTTACATACATTACCCAGAGTG---C-ACCAGACAATTATCAGAATAAA---T--AT---CTTTATGTG-GCAAAAAT-GCCATC---A-A--AATAA-A-AAAAAAACT----AT---T-T-CAAAGC-C-AA---A--A-A--------------------GAAT--ACAAAATTG--TTG----GAAAA-T--GAGCATTTTC-TTAATTTCAACCGCCTTTGAGGTTATTCTATGA--ATAGAA--A-A----ACATGA----AACTTA---AA--T--AAAAAA--TAA--AGTGTA--CA----TGGTT-----TAA-AAAA--------------T-TA--TACTTAGTATA--------TTTTGAA------TAC-AAACACACATAGCTTTGCTGAAAAAA---TAAGT--ATTT------ATGAAATGCA--TT----T--ACAGGG--AATA-TTG--GGATTTCGGGGACCTGt
gi|23 : aaattcatagatccgccaaTG--TAG--AATTCAACAAAATTA-AAC-----CCC-ATTTT--------TTC-TCGAA--AGG-------TGATGGTTTTT-ATT--TTG----TTTAATTCTTTTTTTG-TTCTTT-T-AAA----CGT--A-AAT-------T-TTG-TTT-TTCAACTTGACGTTTTT--C-G---C---------TTAATAC-----A----A-T-A----AA---Tt
gi|8 : ccccaatggcccAA----ATCA-----AACCCTAATTTTTC-T-GAAA-A---------AT-------T-TGGGTTT-TTTAT--TG-------T----A---C---------TTTATTCTTTTAA----A-T-AC---AA---TATCATC-----------TATACAT----GTACAGC-AAAAATGTGCA-AT----------TTTCC---TA--------CAAT----T--------T-----AA------G------------CC--AT--A-A-------TA----T--A----A----------CGTG-CTTT-AGCAGT-GAAGGTACTCTTGTTA-C-AAGAAA---GTATTTACACATATTCCTCAGAGTG---T-ACCAGACAATGATCAGAATAAA---T--AT---CTTTGTGTA-GCAAGAGT-GCAATC---A-T--AACCA-A-AA-----------AACTTT-T-GTATTT-CAAA---A--A-A--------------------GGAC--AA---A-AT--TGG----GAGAA-caatgtgtgcaat
gi|7 : aaggacaaagttcacaaaccccacaaaatggccctgtataatttcataA----ACTA-----TACTTTT-TTCTTT------------------AT-------T-C---TTT-TATAA--TG-------TAAA-A---T---------TTTATAT-----A----A-A-A----AA---TATAATCAA------A-GTG-ACAT----ATACAGCAAAAAATATGAT-AT----------TTTCC---TA--------CATT----T-----------------------------------T---A---A-ACCTTTTTTA----GCCA----T----------CA-ACTTTTAAACAGT-GAAAGAACTCTTGCTA-C-----CA---ATATaataaaactgcttgcaaagatcgggagcat
gi|5 : TTA-TTATTTAT-AAAA-A-CTT--A-AAT-------T-TAA-TTT-TT-AA--TT-------T--C-G---T---------TTAATAC-----A----A-T-A-----------TCATCAA------A-GTGTACAC----GGATAAC-CAAAATATGCA-AT----------TCTCC---TA--------CATT----T--------T-----AA------GCTTTTTTTTAGAT---A---A-A-------TATAATG--AATTAT----------CATGTTTCT-AACAGT-GAAGGTATTCTTGCTA-CCAG-ATA---ATATTTACACATATT------------------------T-CTCAGAATAAA---T--AT---CTTTGTGTA-GCAAGACC-GTCTTC---A-T--TATTG-G-GA------T----AACTAT-TTAAATGC-CAAC---A--ATA--------------------AGAC--AA---AAAT--GGG----GAAAA-T--GGGCATTTTCCTTAATTTTAACCGTCTTCGGGTTCAAGCTGT-------GAACTG-A----A----A----ATCATA---A---C--ATAACA--TAA--AATATA--CA----TATTT-----CAAAAGAA--------------TAAA--G------TATA--------TTT--AACCCTATTAC-AAATACACCAATCTTTGCTG-AAAAAAACTAAGT--ATTTA-A---AAGAAATGTA-TTA----A--ACAGGCCCTGTA-TTG--AGGTGTCGTAAACCTGGctttgtgtaacaagaatgccttcatatacaaaaagctatttaaatagaaaaaaaaaggacaaaaatatgcattttctttaaatttttccctctttggtgttattctatgaatagaaaaacatagttaaaaaactaaaatatatattttttaaaaagataaagtgatacagacccacccagctttgctgaaaaataaatatttaaaagaaatgcatttaacataaacagggctgatattggggcttcgtgaaccag
gi|4 : TT-T-AAAATA-TTT--ACAAT-------T-TTA-CAT-TT------G-------T--C-A---C---------TTTAT--------------T-C----CA---CACCATTTA------A-GTGTACAT----GTATTGC-GAACATAgcc
gi|13 : tgaacatttggagaatactagaataggagtgtacatcaatgacagataaaagatgggactgAAA-A-TAA--A-AGT-------TATCG-TGCATTCAT--TT-------T--T-A---CCT-------TTTTTTCGCTT-A----A-T-AC---AA---TATCATTTA------A-GTGTACATTTAAGTGTAGC-AAAAGTTTGCA-CT----------TTTCC---TA--------CATT----TAAGC----C-----AT------T------------T---A---ATG-------TA----A--A---------------CATGGTTTT-AACAGT-GAAAGCGCTCTTGTCA-CAAGAAC----ATATTTGCACGTATTACTCAGAGTG---T-ACTAGACACTGATCAAAATAAA---T--AT---CTTTGTATG-ACAAGAAT-GCGTTC---A-T--TAT---A-GA------T----A-AAAT-T-ACATtatcctgactttaacagtgaaggctctcttgccacaaaaaaacatttaaactcactactcatggacaatgttcagattagatataattgtgtggcaagaatgtcttcacaataaaaaactgtaaatgcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagaataggacaaaatgggggaaatgagaattttccttaatcctattgtctttggagtcattctattaatataacagaaaaacatgaaattaaaaaaaatatacaattttaagagaataaattatgttaaatacaaatacaccaatctttgctgataagtatttaaaagagccattatttgagctttgtggaccttagtcct
gi|6 : cTT-TTCAA--TT-------T--T-A---C---------GTTTTTC-----G----ATT-AATTCAA---TACCATT-----------T-----T----GTACAGT-GATAATATGCA-AC----------TTTCC---TA--------CA---------------T-----A-------A------------A---A---A-A-------TA----T--A----T----------CATGGTTTT-AACAGT-GAAGGCACTTTTGCCA-C-AAGAAA---ACATTAACATATATTATTCTGAGTA---TCACTAGACAATGATCAGAATAAG---T--ATAATT---GTGTG-GCAAGAAT-G-------------TATGA----------------ACTAAT-T-AAATGTGTAAA---AC-A-A--------------------GGAT--GA---AATT--GGG----GGAAA-T--AAGCATTTTCCTTAATTTTGACTGTCTTTGGAGTCATTCTGT-------GAATGA-A----A----T----AACATA---AAATT--AAAACA--TAA--CATGTA--CA----TATTT-----TAAAAGAA--------------A-AA--A------AAAA--------TTT--AT------TACAAAATACACCATGCTTTACTG-ATAAA---TAAGT--GTTTATAAACAAGAAATGCA-TTT----T--GCAGGGCCAATA-CCCAGGGGCTTCATGAACCTGttgtattttaaagcca
gi|26 : ---TAGCATCAA------A-GTGTACAT----GTACAGC-AAAAATATGCA-AT-----------TTCCATACATTTTTAGCCATT----T--------T-----AG------G------------T---A---A-A-------TA----T--G----T----------CATGTTTGG-AACTGT-TAAGGCACTCTTGCTA-----TACAAACATATTtattgt
gi|18 : attg--------CATT----T--------T-----AG------G------------T---A---A-A-------TA----T--A----T----------CATGGTTTT-AATAGT-GAAGACACTCTTGCTA-C-AAAGCA---ATAGTTACACATATTACTGA-AATG---C-ACTATACAATTATCAGAATAAA---T--ATATTT---GTGTA-GCAAGAAT-GCCTTC---T-T------A-A-AA------TCAACACTATT-T-AAATGC-CAAA---A--T-T--------------------AGAC--AA---AATTAGTGGAAATGATTA-T--GAGCATTTTTCTCAATT
gi|25 : ttttaagc--------CATT----T--------T-----AT------G------------T---T---A-G-------TA----T--A----TTAAAACATAACATATTTAT-AACAGT-GAGGGCGCTCTTGCTA-C-A----A---GTATGTACACATATTACTCCGAGTG---T-ACCAGA-ACTGATCAGAATAAA---TAGATT--T---GCGTG-GCAGTAAT-GACATC---A-T--AATAA-A-AA------C----A
gi|4 : -A-------TA----T--A----T----------CCTGACTTT-AACAGT-GAAGGCTCTCTTGCCA-C-AAAAAA---ACATTTAAACTCACTACTCA---TG---------GACAATGTTCAGATTAGA---T--ATAATT---GTGTG-GCAAGAAT-GTCTTC---A-C--AATAA-A-AA--------------ACTGT-AAATGC-AAAA---A--A-AAAAAAAAAAAAAAAAGAATAGGAC--AA---AATG--GGG----GA-AA-T--GAGAATTTTCCTTAATCCTA-TTGTCTTTGGAGTCATTCTATTAATATAACA--G-A----A----A----AACATG---AAATT--A--AAA---AA--AATATA--CA-----ATTT-----TAAGAGAA--------------T-AAA-T------TATG--------TTA--AA------TAC-AAATACACCAATCTTTGCTG-----A---TAAGT--ATTTA-A---AAGA
gi|9 : tgaacatttggagaatactagaataggagtgtacatcaatgacagataaaagatgggactgtttaaaatatttacaattttacatttgtcactttattccacaccatttaagtgtacatgtattgcgaacCTCTTGCAA-C-AAGGCA---ATATTTACACATAGTACTTAGAGTG---T-ACCAAACAATTATCAGAATAAA---T--ATC--T---TTGTGCG---GCAT-GCCTTC-----------------------------AT-AAC-T-AA-TGC-CTGA---A--ATA--------------------GGAC--AA---AGTT--GGG----GGTAAAT--GAGCATTTTCTT-AAGTTTAGCAATCTTTGGAGTTATTCTATGA--ATAGAA--A-A----A----A----AT--TA---GAA--------------------ATA--CA----TATTT-----TAAAAGAA--------------T-TA--G------TATC--------TTC--AA------TAT-GA-TGCACATAGTTTCGCTG-AAAAA---TAAGTTTATTTA-A---ACAATATGCA-TTT----C--ACAGGGCCAATA-Tgccattatttgagctttgtggaccttagtcct
gi|29 : -C-AG-ACA---ATATTCACACATATTACT--CAGTG---G-ACCAGAtggtgtttcgtgaacatgt
gi|14 : tacCA---ATATACACACATATTACTCAG--TG---T-ACCAGACAATTTTCAAAATAAA---T--AC--------------CAAGAAT-GTCTTAAAGT-T--TCTAATC-AA------T----AT---T-T-AAATGC-CAAA---T--ATA--------------------GGAC--AA---A---------------AA-T--A---------CTCAATTTTACCCA-CTTTGGAGTTATTCT-CTGA-ATAGAA--A-A----A----ATAACAACATA---AAAA---ATCAAAAATAA--AATATA--CATAATTATTA-----TAATATGA--------------T-AAACTA-----CATA--------TGT--GA------TGC-AAACACACCAA
gi|27 : AGAGTGAACC-ACCAGACAATGATCAGAATAAA---T--AT---CTTTGTGTG-GCAAAAATGGCTTTC---TGT--TAAGA-A-AA------tgtattttacagggctgatatttaggcttcgttaattt
gi|17 : t---GTGTG-GCAAGAAT-GCTTT----T-A--TATAA-C-AA------T----AT-----T-ATATGCACAAA---A--A-ATA------------------GGAC--AA---AATT--AGC----AAACA-T--AAGCAATTTCTTAAATTTTAAACGTCTTTGGAGTTATTCT-CTGA-ATAGAA--A-ATCTTA----A----AA---A---AAA-T--AT-AAA--T--------TA--CA----TATTTAGAAATAATAAAA--------------T-A------------TA--------TGT--GA------TGT-AAATACAC----------------------AAGC--ATTTA-A---AAGAAATGCA-TTT----T--ACAGGGCCGATA-TTC--GGGCTTTGTGAACCTaac
gi|7 : acaattttt---GTGTA-ACAAGAAT-GCCTTC---A-TA-TACAA-A-AAGC----T----AT---T-T-AAATAG-AAAA---A--A-AAA------------------GGAC--AA---A---------------AA-T--ATGCATTTTCTTTAAATTTTTCCCTCTTTGGTGTTATTCTATGA--ATAGAA--A-A----A-----------CATAGTTAAA-------AAAC-TAA--AATATA--TA----TTTTT-----TAAAAAGA--------------T-AA------------A--------GT---GA------TAC-AGACCCACCCAGCTTTGCTG-AAAAA---TAAAT--ATTTA-A---AAGAAATGCA-TTTAACATAAACAGGGCTGATA-TTG--GGGCTTCGTGAACt
gi|16 : aactatacttttttctttattcttttataatgtaaaattttatataaaaaatataatcaaagtgacatatacagcaaaaaatatgatattttcctacattttaaaccttttttagccatcaacttttaaacagtgaaagaactcttgctaccaatatctttAT-GCTTTC---T-TATTACTA-ACAA------T----AT--AT-T-AAAAGT-AAAA---A--A-AATA-----------------GGAA--ACCGAAT-----GG----GGAAA-T--GAGCATTTTCCACAATTTTGACAGTATTTGGTGTCATTTTA------TGAAA--G-G----A----G----AATATA---AAATTT-AGAAGA--AAA--AAAATA--CA----TAATT-----TAAAAGAT--------------A-AA--T------TATAATAAATTCTTT--AA------TAT-AAATAAACCAAGCTTTGGTA-TAAAA---TAAGT--ATTT------AAAAATTGCGCTTT----T--TCATGGTCGATATTGG--GGAC-TCGTGAACCTag
gi|22 : AAT-TCAAATGC-CAAA---AAAA-A--------------------GGAC--ACAAAA------GG----GGGAA-TCGGAGCATTTCCCTTAATTTT-ACCCTCTTTGGAGTCATTCTAT-------GAA--A-A----G----A---------A---AAATT----------TAA--AATA-----A----TAT-------------AG--------------T-AA------------A--------TTT--GA------TAC-AAACACACCAATCTTTGCTG-Atg
gi|19 : tcataataaaaaaagcacttcaAA-C--GAGCTTGTTCCTTACTTTTACCCTTCTTTGGGGCCATTCTAT-----TAATA--G-A----A----A----AACATG---AAATTTGAAGAAA--AAA--AAAATA--CA----TACA-------AAAATAA--------------T-AAA-T------TATA--------TTT--CA------TAC-AAATACACTAAGCTTTGCTG-AAAGA---TAAGT--ATTTT-A---AAGAAATGTA-TTT----T--ACAGGGCCATTG-TAG--GGGCTTTGTGAACCAAGTC
gi|20 : aAA-T--GAACTTTTTTCTTAATCTCAACTGTCTTTGGAGTCATTCTATGA--ATAGAA--A-A----A-----------CATA---AAAGA--AAAAAAA-GAA--AATATA--CA----TATTT-----TAAAAGAA--------------TGAA--T------TATA--------TGT--GA------TAC-AAA-A-ATCAATCTTTGCTG-CAAAA---TGTTT--TTTTA-A---ATGAAATGTA-TTT----T--ACAGGACCATTA-Tc
gi|21 : A--G-A----A----A----AACATA---AAA----ATTAAA--AAAATAATATT--CA----GATTT-----AAAAAAAAACAAAAAAACATTTT-AA--T------TGTA--------T------------TAC-AAATAGACAAAGCTTTATTG-AAACA---TCAGT--ATTTA-A---AAGAAATGCA-AAT----T--GCAGGGCCtggtccttt
gi|24 : acgaat----A----A----AAAATG---AAATT--AAAAAT--TAA--AATATATTCA----TATCT-----TAAAAGAA--------------T-AAA-G------TATA--------TTT--AA------TAC-AAAAACACCAACCTTTGCTG-AAAAA---TAAGT--ATTTA-A---AAGAAAAGCA-TTT----TTAAAAGGGCCATTA-TTG--GGGCTTTGTGAACCTGGTCtttttggggggcatcttgaaccgggtcgt
gi|14 : tAATGTA-TTT----T--ACAGGGCTGATA-TTT--AGGCTTCGTTAATTT
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): AATATCAAAGGTCATGGTTCACGAACCCCTAAAAATGGCCCTATACAA
Unaligned ( gi|30 ): AGGGCCATTATTTGGGCTTCGTGAACCTGGTC
Alignments
lowQualScore : 11111 4444444444444444 333333333333 1111111 111111111111111111 1111111 22222222222222222222222222222 444444444444444444444444444444 1111 1111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3333333333333 1111111111111111111111111111111111 333333333333333333333333333 11111111 222222222222222222222222222 1111111111 22222222222222222222222
lowQualScore : 5 55555 7777777777777777 0 9 1 3 666666666666 777 999 66 4444444 4 999999999999999999 11 1 999999999999 3 0000000 3 2 4 66666666666666666666666666666 1 111111111111111111111111111111 2 1111 5 2 2 2222222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 2 1 2 333 55555 1 0 3333333333333 444 2 2 6666666666666666666666666666666666 888 555 666666666666666666666666666 555 2 2 55 2 2 2 00000000 33 0 2 1 2 333333333333333333333333333 4444444444 4444 2 33 1 33 55555555555555555555555 99999999 2 444 777777 2 2 3 22 444 33 22 444 0 2 7777777 55 777
lowQualScore : . ..... ................ . . . . ............ ... ... .. ....... . .................. .. . ............ . ....... . . . ............................. . .............................. . .... . . . .......... ................................................................................................................... . . . . ... ..... . . ............. ... . . .................................. ... ... ........................... ... . . .. . . . ........ .. . . . . ........................... .......... .... . .. . .. ....................... ........ . ... ...... . . . .. ... .. .. ... . . ....... .. ...
lowQualScore : 0 22222 4444444444444444 9 9 0 4 000000000000 888 333 11 4444444 7 444444444444444444 66 4 888888888888 1 0000000 1 9 8 22222222222222222222222222222 0 000000000000000000000000000000 7 1111 3 9 9 5555555555 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 5 4 2 000 00000 5 7 7777777777777 777 5 4 7777777777777777777777777777777777 666 000 999999999999999999999999999 000 9 9 99 9 9 9 88888888 44 5 0 2 9 999999999999999999999999999 6666666666 9999 5 44 2 44 33333333333333333333333 11111111 5 666 222222 5 9 5 77 777 77 99 777 9 5 2222222 44 444
consensus : AAGGACAAGGTTCACGAACC-CC-AC--AAA--TGA-A--TNG-CCCTGTATAATTCAATAAAATTAAA--C-----T---ATT---TTTTN-GCAAA--ATT-------TGATGTTTTTT-A-----TT--TAA----ATTATACTTTATTCTTT-T-AAAA-A-TNTA-AAT-------T-TTGTTT-TTCAA---------TTT--C-A--C---------TTTATNC----A-------ATA-A----A---T--ATCATCAAAGTGTAC-AT----GTACAGCGAAAA-TATGCA-ATT----------TTCCTA----------CA-----------TT-------------TT----------AGG------------T-----------A---AA-------TA--TA--------T----------CATGGTTTT-AACAGTGAAGGCACTCTTGCTACA-AGACAATATTTACACATATTACTCAGAGTG---T-ACCAGACAATGATCAGAATAAAT---A---T-CTTTGT---GTGGCAAGAAT-GCCTTC--A--TTATNAA--AATA--T-AAT-T-A----AATGC-C-AAA---A--A--------------------A---GGA---C-A-AAATTG-G-G-GA-AA-----AT--GAGCATTTTCCTTAATTTTAACCGTCTTTGGAGTCATTCTA-TGAA-TAGA--A--AAA----A----AACATAAAA--T-T---AAAAAA-TA-AAATATA--CATATTTTAAAAGA--A--------------T-A---A-NTATA--------TT-T--GA------TAC-AAATACACCAAGCTTTGCTG-AAAAA---TAAG--TATTTA-A---AAGAAATGCA-TTT----T--ACAGGGCCGATATT---GGGGCTTCGTGAACCTGGTC
Reference ( family-95 ) : AAGGACAAGGTTCACGAACC-CC-AC--AAA--TGACA--TTG-CACTGTATAATNCAATAAAATTAAA--C-----T---ATT---TTTTN-GCAAA--ATT-------TGATGTTTTTT-A-----TT--TAA----ATTATACTTTATTCTTT-T-AAAA-A-TNTA-AAT-------T-TTGTTT-TTCAA---------TNT--T-A--C---------TTTATNC----A-------ATA-A----A---T--ATCATCAAAGTGTAC-AT----GTACAGCGAAAA-TATGCA-ATT----------TTCCTA----------CA-----------TT-------------TT----------ANG------------T-----------A---AA-------TA--TA--------T----------CATGGTTTT-AACAGTGAAGGCACTCTTGCCACA-AGACAATATTTACACATATTACTCAGAGTG---T-ACCAGACAATGATCAGAATAAAT---A---T-C---GT---GTGGCAAGAAT-GCCTTC--A--TTATNAA--AATA--T-AAT-T-A----AATGC-C-AAA---A--A--------------------A---GGA---C-A-AAATTG-G-G-GA-NA-----AT--GAGCATTTTCCTTAATTTTAACCGTCTTTGGAGTCATTCTA-T-AA-TAGA--A--AAA----A----AACATAAAA--T-T---ANAAAA-TA-AAATATA--CATATTTTAAAAGA--A--------------T-A---A-TTATA--------TT-T--GA------TAC-AAATACACCAAGCTTTGCTG-AAAAA---TAAG--TATTTA-A---AAGAAATGCA-TTT----T--ACAGGGCCGATATT---GGGGCTTCGTGAACCTGGTC
gi|1 : AAGGACGAGATTCCCGAACC-CC-AT--AAACATGATAAATTG-TAATGCAGAATGCAATAAAA--AAA--A-----T---ATT---TTTTG-GCAGA--ATT-------TGATATTTTTT-A-----TT--TAA----ATTATACTTTGTTCTTT-T-AAAA-A-TATA-AAT-------T-TTGTTT-TTCAA---------TGT--T-A--C---------TTTATAC----A-------ATA-A----A---T--ACCATTGAAGTGTAC-AT----GTACAACGAACA-TACGCA-ATG----------TTCCCA----------CA-----------TT-------------TT----------ATG------------T-----------A---AA-------TA--GA--------T----------CATGGTTTT-AACAGTAAAGGTTCTCTTTCTACA-GTACAATATTCAAACGTATTACTGAGAGTG---T-ACCAGACAATGCTCAGAATAAAC---A---TGC---GT---GTGGTAAGAAT-GCCTTC--T--TTATGAA--AATA--TCAAT-T-A----AATGC-C-AAA---A--A--------------------A---GGA---C-A-CATTTT-G-G-GA-TA-----AT--GAGCATTTTCTTTAATTTTAACCGTCTTTGAAATCATTCTA-C--A-TAGA--A--AAA----A----AACATAAAA--C-T---ATCAAA-TA-AAGTATA--CATATTTTAATAGA--A--------------T-A---A-TTATA--------TT-T--AA------TAC-AAATACACCGAACTTTGCTG-AACAA---TAAG--TATTTG-A---AAGAAATGCA-TTT----T--ACAAGGCCGATATA---CGGACTTTGTAAATCTGGTC
gi|10 : AGGACAAGGTTCACGATCCTCC-ACCAAAA--GGAAA--TGG-C-CAGGA-AATTCAATACTATT-----T-----T---ATCCTGTTTTT-GCAAA--TTT-------TTATGATTTTT-A-----TT--TAG-----TTATACTTTA---------AAAT-A-TTTA-AAT-------T-TTGTTT-TT-AA---------TTT--T-A--C---------GCTATTC----ACCTTATTACA-ATATCA---TTGATCATCAATGTATAC-AT----GCACAGCCAAAT-TATGCA-ATG----------TTCCTA----------CATTTTTAGCTATTT-------------TT----------AGG------------T-----------A---AA-------CA--TA--------T----------CAT-GTTTT-AACAGTGAAGGCACTCTTGCTACC-AGACAA---CTACACATGTTACTCAGAGAG---T-ACCAGAt
gi|11 : AAGGACAAGGTTCACGAACA-CC--C--AAA------A--TTGGCCCTGTATAATGCAGCAGAATTAAA--CCTTTTT---TTT---TTTTG-GCAAA--GTT-------TAATGTTTTTTTA-----TTCTTAA----A--ATATTTTATTGTTT-T-AAAA-ACTGTA-AAT-------A-TTGTTT-TTTAA---------TTT--T-A--CAATT-----TTCGCTT----A-------ATA-A----AA--T--ATCATTTAACTGTAC-AT----TTACA---------------ATT----------TTTCTATATTTGAAGTCA-----------TT-------------TT----------AGG------------T-----------T---AA-------AA--TA--------T----------CGTGGTTTT-AACAGCGAAGGCACTCTTGCCATA-AAGAAATA-TTAAGCATATTACTTAGTGTG---T-ACCAGA
gi|12 : AGGACAAGGTTCATGAACC-CC-AT--AAA--TG-------G-CCTTGTATAATGCAATAAAATTAAA--A-----C---ATT---TTT---GCAAA--CTT-------TAATGTTTTTT-T-----TT--TAATTTTATTATACTTTAGTCTTT-T-AAAA-C-TATT-AATATATGTTT-TTGCTT-TTCAA---------TTT--TCA--T---------TTCTTTCGCTTA-------ATACA----A---T--ATCATTAAAGTGTAC-AT----GTGCAGCGAAAA-TATGCA-ATTCCCCCCCCCCCCCCCC----------CA-----------TT-------------TT----------AAGC-----------T-----------ATTTAT-------TA--TA--------T----------AATGGTTTT-AACAGTAAAGATACACTTGCCACA-
gi|13 : AAA-A-TAAA-AGT-------TATCGTGCATTCAT---------TTT--T-A--CCT-------TTTTTTCGCTTA-------ATACA----A---T--ATCATTTAAGTGTAC-ATTTAAGTGTAGCAAAAG-TTTGCA-CTT----------TTCCTA----------CA-----------TT-------------T-----------AAGCCAT--------T-----------T---AA-------TG--TA--------AA---------CATGGTTTT-AACAGTGAAAGCGCTCTTGTCACA-AGAACATATTTGCACGTATTACTCAGAGTG---T-ACTAGACACTGATCAAAATAAAT---A---T-CTTTGT---ATGACAAGAAT-GCGTTC--A--TTAT--A--GATA--A-AAT-T-A----CATttgt
gi|14 : cCAATATACACACATATTACTCAG--TG---T-ACCAGACAATTTTCAAAATAAAT---A---C-C-------------AAGAAT-GTCTTA--AAGTTTCTAATCAATA--T---T-T-A----AATGC-C-AAA---T--AT-------------------A---GGA---C-A-AAA---------A-TA-------------------CTCAATTTTACCCA-CTTTGGAGTTATTCTC-TGAA-TAGA--A--AAA----ATAACAACATAAAAAAT-C---A-AAAA-TA-AAATATA--CATAATT------------------------------A-TTATA--------ATAT--GA------TA--AACTACAT--A--TGTGATG-CAAAC----------------A---CACCAATGTA-TTT----T--ACAGGGCTGATATT---TAGGCTTCGTTAAttgtattttaaagcca
gi|15 : AAAGGCAAGGTTCTCGAACC-CC-CC--AAA------A--TAG-CCCTGAA-AATTTTATAAAAT---A--C-------------------------A--ATC-------T--TATTTTTT-A-----TT--TTA----ATTATA-----------------A-A-TTTG-AAT-------T-TTGTCT-TTCAT---------TTT--T-A--CACTGATCGCTTTATAC----A-------GCA-A--------T--ACCATCAAAGTATGC-AT----GTACAGC--------TGCATTTT----------TTTCTA----------CA-----------TTACAGTAAGCCATATA----------AGG------------T-----------A---AA-------TA--AA--------T----------CATTTTTTT-AACAGTTAATGCAATCTAACTACA-CGACAATATTTATGCATATTACTGGGAATG---T-ATTAGAttt
gi|16 : AT-GCTTTCTTA--TTACTAAC-AATA--T-A-T-T-A----AAAGT-A-AAA---A--A--------------------AATAGGAAACC-G-AA--TG-G-G-GA--A-----AT--GAGCATTTTCCACAATTTTGACAGTATTTGGTGTCATTTTA-T-GA----A--A--GGA----G----AATATAAAAT-T-T---AGAAGA-AA-AAAAATA--CATAATTTAAAAGA--T--------------A-A---A-TTATAATAAATTCTT-T--AA------TAT-AAATAAACCAAGCTTTGGTA-TAAAA---TAAG--TATTTA-A---A--AATTGCGCTTT----T--TCATGGTCGATATT---GGGGACTCGTGAACCTt
gi|17 : ---T-T---GT---GTGGCAAGAAT-GCTTTT--A--T-ATAAC--AATA--T-TAT---------ATGCAC-AAA---A--A--------------------ATA-GGA---C-A-AAATTA-G-C-AA-AC-----AT--AAGCAATTTCTTAAATTTTAAACGTCTTTGGAGTTATTCTC-TGAA-TAG-------AA----A----ATCTTAAAA----------AAAA-TATAAAT-TA--CATATTTAGAAATA--A--------------TAA---A-ATATA--------TG-T--GA------TGT-AAATACAC----------------------AAG--CATTTA-A---AAGAAATGCA-TTT----T--ACAGGGCCGATATT---CGGGCTTTGTGAACCTtg
gi|18 : acaattt----------CA-----------TT-------------TT----------AGG------------T-----------A---AA-------TA--TA--------T----------CATGGTTTT-AATAGTGAAGACACTCTTGCTACA-AAGCAATAGTTACACATATTACTGA-AATG---C-ACTATACAATTATCAGAATAAAT---ATATT-T---GT---GTAGCAAGAAT-GCCTTC-----TTA-AAATCAACAC-T-ATT-T-A----AATGC-C-AAA---A--T--------------------T---AGA---C-A-AAATTA-GTG-GA-AATGATTAT--GAGCATTTTTCTCAATTt
gi|19 : ttttaagcA-----AC--GAGCTTGTTCCTTACTTTTACCCTTCTTTGGGGCCATTCTA-TTAA-TAGA--A--AAA-----------CATGAAA--T-TTGAAGAAAA-AA-AAA-ATA--CATACA--AAAATA--A--------------T-A---AATTATA--------TT-T--CA------TAC-AAATACACTAAGCTTTGCTG-AAAGA---TAAG--TATTTT-A---AAGAAATGTA-TTT----T--ACAGGGCCATTGTA---GGGGCTTTGTGAACCAAGTC
gi|2 : aGACAGCGTTCACAAACC-CC--C--AAAACTGACT--CTG-AA------AATTCAACATAATGAAAGCC-----T---GTT---TTTTATGCAAA--AGT-------TTATGTTTGTT-A-----TT--TGA----AATATACTTTCTTCTTT-TTAAAA-A-TATC-AAT-------T-TTGTTT-TTCAA---------GTTAAC-A--C---------TTTTTAC----T--------TA-A----ACCAT--ATCATCAAAATATAT-GT----GGACAGCTAAAA--ATGCA-TTT----------TTTCTA----------CA-----------TT-------------TA----------AAG------------CCATTCTGTTCCG---AA-------TG--TA--------C----------CAATGTTTT-ACCAGTTAAA----TTTT-CCACA-CGACAATATTTACACATTTTATTGAG-GTG---T-ACCAGATATTGACCAGAACAAAT---T---T-C---GTTGTGCGCCAAGAAT-GCGTTT--A--TCATCAA--AAAAC-T-ATT-T-A----TATGC---AAATGTA--T--------------------A---GGA---CTA-AAAGTG-A-G-GG-AT-----AT---AGCATTTTCCTTAATGCTATCC-TCTTTGGAGTCTTTTTA-T-AAATATA--A--AAA-----------CATACAA--T-T---AAAAGA-TA-AAATATA--CATATTTTAAAAGG--A--------------TGA---A-GAATA--------TC-T--GA------AAC-AAACACACTAAGCTTTCCTG-AAAAA-----------------------AAATGCA-TTT----T--ACAGGGCTGATTTT---GGGGCTTCGTGAc
gi|20 : A-----AT--GAACTTTTTTCTTAATCTCAACTGTCTTTGGAGTCATTCTA-TGAA-TAG-------AA----A----AACATAAAA--GAA---AAAAAA-GA-AAATATA--CATATTTTAAAAGA--A--------------TGA---A-TTATA--------TG-T--GA------TAC-AAA-A-ATCAATCTTTGCTG-CAAAA---TGTT--TTTTTA-A---ATGAAATGTA-TTT----T--ACAGGACCATTATT---GGt
gi|21 : -AA-TAGA--A--AAA-----------CATAAAAA-T-T---AAAAAA--A-TAATATT--CAGATTTAAAAAAA--AACAAAAAAACATTTT-A---A-TTGTA--------TT-------------AC-AAATAGACAAAGCTTTATTG-AAACA---TCAG--TATTTA-A---AAGAAATGCA-AAT----T--GCAGGGCC--TTTTTGGGGGGCATCTTGAACCGGGTCtccttt
gi|22 : acg-AAT-TCA----AATGC-C-AAA---AAAA--------------------A---GGA---C-ACAAA--A-G-G-GG-GA-----ATCGGAGCATTTCCCTTAATTTT-ACCCTCTTTGGAGTCATTCTA-T------GA--A--AAG----A---------AAAA--T-T----------TA-AAATA-----ATAT--------A--G--------------T-A---A-----A--------TT-T--GA------TAC-AAACACACCAATCTTTGCTG-Agt
gi|23 : tcataataaaaaaagcacttcaA--TGG-CCCTGTAGAATTCAACAAAATTAAACCC-----C---ATT---TTTTC-TCGAA--AGG-------TGATGGTTTTT-ATTTTGTT--TAA----TTCTTTTTTTGTTCTTT-T---AA-A-CGTA-AAT-------T-TTGTTT-TTCAACTTGACGTTTTT--C-G--C---------TTAATAC----A-------ATA-A--------------ATCAATGTGTGC-A
gi|24 : ccccaA----A----AAAATGAAA--T-T---AAAAAT-TA-AAATATATTCATATCTTAAAAGA--A--------------T-A---AAGTATA--------TT-T--AA------TAC-AAAAACACCAACCTTTGCTG-AAAAA---TAAG--TATTTA-A---AAGAAAAGCA-TTT----TTAAAAGGGCCATTATT---GGGGCTTTGTGAACCTGGTCat
gi|25 : t----------CA-----------TT-------------TT----------ATG------------T-----------T---AG-------TA--TA--------TTAAAACATAACATATTTAT-AACAGTGAGGGCGCTCTTGCTACA-AG----TATGTACACATATTACTCCGAGTG---T-ACCAGA-ACTGATCAGAATAAAT---AGATT-T---GC---GTGGCAGTAAT-GACATC--A--TAATAAA--AACA--
gi|26 : ---T--AGCATCAAAGTGTAC-AT----GTACAGCAAAAA-TATGCA-ATT----------TCCATACATTTTTAGCCA-----------TT-------------TT----------AGG------------T-----------A---AA-------TA--TG--------T----------CATGTTTGG-AACTGTTAAGGCACTCTTGCTATACAAAC-ATATT
gi|27 : attgAGAGTGAACC-ACCAGACAATGATCAGAATAAAT---A---T-CTTTGT---GTGGCAAAAATGGCTTTCT-G--TTAAGAA--AA
gi|28 : tAAGGTCATGGTTCACGAACC-CCTAA--AAA--TGGCaac
gi|28 : aatatca-TTG----T--ATAGGGCCATTTTT---AGGGGTTCGTGAACCcctatacaa
gi|29 : aatatcaaaggtcatACC-AGACAATATTCACACATATTACTC--AGTG---G-ACCAGA
gi|3 : tACTGTATGATGCAATAACAATAAA--CCT---T---ATT---TTTTT-GCAAAAAATTAAGGGGGGGAGATT----------------------ATTATATTTTACAGTTT-T-A------------------------TGTTT-TTGG--------------------C---------TTTATAC----A-------ATA--------------TCATTAAAGTATAC-AT----GTACATCGAAAA-TATGCA-ATT----------TTACTA----------CA-----------TT-------------TTGAACCATTTTAGG------------T-----------A---AG-------TA--AA--------T----------CTAGAATTT-AACAGTGAAGGCGCTTTTGCAACA-AGGCAATATTTACATACATTACCCAGAGTG---C-ACCAGACAATTATCAGAATAAAT---A---T-CTTTAT---GTGGCAAAAAT-GCCATC--A--AAATAAA--AAAA--A-AAC-T-ATTTCAAAGC-C-AAA---A--AG-------------------A---ATA---C-A-AAATTGTT-G-GA-AA-----AT--GAGCATTTT-CTTAATTTCAACCGCCTTTGAGGTTATTCTA-TGAA-TAGA--A--AAACATGA----AACTTAAA-----T---AAAAAA-TA-AAGTGTA--CATGGTTTAAAAAATTA--------------T-ACTTA-GTATA--------TT-TTGAA------TAC-AAACACACATAGCTTTGCTGAAAAAA---TAAG--TATTT------ATGAAATGCA--TT----T--ACAGGG--AATATT---GGGATTTCGGGGACCTG
gi|30 : aaattcatagatccgccaatAGGGCCATTATT---TGGGCTTCGTGAACCTGGTCt
gi|4 : TT-T-AAAATA-TTTACAAT-------T-TTACAT-TT-------------GT--C-A--C---------TTTATTC----C-------ACA--------------CCATTTAAGTGTAC-AT----GTATTGCGAACA-TATA-----------------TCCT-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GACTTT-AACAGTGAAGGCTCTCTTGCCACA-AAAAAACATTTAAACTCACTACTCA---TG---------GACAATGTTCAGATTAGATATAA---T-T---GT---GTGGCAAGAAT-GTCTTC--A--CAATAAA--AA------ACTGT-A----AATGC-A-AAA---A--AAAAAAAAAAAAAAAAAGAATA---GGA---C-A-AAATGG-G-G-GA--A-----AT--GAGAATTTTCCTTAATCCT-ATTGTCTTTGGAGTCATTCTATT-AA-TATAACA--GAA----A----AACATGAAA--T-T---AAAA----A-AAATATA--CA-ATTTTAAGAGA--A--------------TAA---A-TTATG--------TT-A--AA------TAC-AAATACACCAATCTTTGCTG-----A---TAAG--TATTTA-A---AAGA----------------------GCCATTATT---TGAGCTTTGTGGACCT
gi|5 : tgaacatttggagaatactagaataggagtgtacatcaatgacagataaaagatgggactgTTATTATTTAT-AAAA-A-CTTA-AAT-------T-TAATTT-TT-AA---------TTT--C-G--T---------TTAATAC----A-------ATA--------------TCATCAAAGTGTAC-AC----GGATAACCAAAA-TATGCA-ATT----------CTCCTA----------CA-----------TT-------------TT----------AAGCTTTTTTTTAGAT-----------A---AA-------TA--TAATGAATTAT----------CATGTTTCT-AACAGTGAAGGTATTCTTGCTACC-AGATAATATTTACACATATT--TC-----------------------TCAGAATAAAT---A---T-CTTTGT---GTAGCAAGACC-GTCTTC--A--TTATTGG--GATAACT-ATT-T-A----AATGC-C-AAC---A--AT-------------------A---AGA---C-A-AAAATG-G-G-GA-AA-----AT--GGGCATTTTCCTTAATTTTAACCGTCTTCGGGTTCAAGCTG-T------GA--ACTGAA----A----ATCATAACA--T-------AACA-TA-AAATATA--CATATTTCAAAAGA--A--------------TAA---A-GTATA--------TT-T--AACCCTATTAC-AAATACACCAATCTTTGCTG-AAAAAAACTAAG--TATTTA-A---AAGAAATGTA-TTA----A--ACAGGCCCTGTATT---GAGGTGTCGTAAACCTGGtagtcct
gi|6 : TT-TTCAA---------TTT--T-A--C---------GTTTTTC----G-------ATT-A----A---T------TCAA----TACCATTTT-GTACAGTGATAA-TATGCA-ACT----------TTCCTA----------CA-----------T--------------------------AAA------------------------A---AA-------TA--TA--------T----------CATGGTTTT-AACAGTGAAGGCACTTTTGCCACA-AGAAAACATTAACATATATTATTCTGAGTA---TCACTAGACAATGATCAGAATAAGTATAA---T-T---GT---GTGGCAAGAAT-G-----------TATGAA-----C--T-AAT-T-A----AATGTGT-AAA---AC-A--------------------A---GGA---T-G-AAATTG-G-G-GG-AA-----AT--AAGCATTTTCCTTAATTTTGACTGTCTTTGGAGTCATTCTG-TGAA-T-----G--AAA----T----AACATAAAA--T-T---AAAACA-TA-ACATGTA--CATATTTTAAAAGA--A--------------A-A---A-AAAAA--------TT-T--AT------TACAAAATACACCATGCTTTACTG-ATAAA---TAAG--TGTTTATAAACAAGAAATGCA-TTT----T--GCAGGGCCAATACCCA-GGGGCTTCATGAACCTGgcc
gi|7 : A----ACTATACTTTTTTCTTT----------------AT-------T-CT--TT-TATAA---------TGT--A-AAAT---------TTTATAT----A-------AAA-A----A---T--ATAATCAAAGTG-AC-AT----ATACAGCAAAAAATATGAT-ATT----------TTCCTA----------CA-----------TT-------------T--------------------------T-----------A---AACCTTTTTTAGCCA--------T----------CA-ACTTTTAAACAGTGAAAGAACTCTTGCTAC-----CAATATCT-------TT-------GTG---T-A----ACA------AGAATGCCT-------T-C---AT---AT-ACAAAAA--GC----------TATTTA--AATA--G-AA----A------------AAA---A--A--------------------A---GGA---C-A-AA-------------A-----AT--ATGCATTTTCTTTAAATTTTTCCCTCTTTGGTGTTATTCTA-TGAA-TAG-------AA----A----AACAT--AG--T-T---AAAAAACTA-AAATATA--TATTTTTTAAAAAG--A--------------T-A---A---A-----------G-T--GA------TAC-AGACCCACCCAGCTTTGCTG-AAAAA---TAAA--TATTTA-A---AAGAAATGCA-TTTAACATAAACAGGGCTGATATT---GGGGCTTCGTGAACCtattgt
gi|8 : AAGGACAAAGTTCACAAACC-CC-AC--AAA------A--TGG-CCCTGTATAATTTCATAAAATCAAA--C-----CCTAATT---TTTCT-GAAAA--ATT-------TGG-GTTTTTT------------------ATTGTACTTTATTCTTT-T-AAA------TA----------------------CAA---------TAT--C-A------------TCTATAC----A---------------------------------TGTA-----------CAGCAAAAA-TGTGCA-ATT----------TTCCTA----------CA-----------AT-------------TT----------AAGC-----------C-----------AT--AA-------TA--TA--------A----------CGT-GCTTT-AGCAGTGAAGGTACTCTTGTTACA-AGAAAGTATTTACACATATTCCTCAGAGTG---T-ACCAGACAATGATCAGAATAAAT---A---T-CTTTGT---GTAGCAAGAGT-GCAATC--A--TAACCAA--AAAA--C-TTT-T-G----TATTT-C-AAA---A--A--------------------A---GGA---C-A-AAATTG-G-GAGA-AA-----AT--AAag
gi|9 : CTCTTGCAACA-AGGCAATATTTACACATAGTACTTAGAGTG---T-ACCAAACAATTATCAGAATAAAT---A---T-CTTTGT---GCGGC----AT-GCCTTC-----------------A--T-AAC-T------AATGC-CTGAA---A--T--------------------A---GGA---C-A-AAGTTG-G-G-GGTAA-----AT--GAGCATTTT-CTTAAGTTTAGCAATCTTTGGAGTTATTCTA-TGAA-TAGA--A--A----------------AAAA--T-T---AGAA----------ATA--CATATTTTAAAAGA--A--------------T-T---A-GTATC--------TT-C--AA------TAT--GATGCACATAGTTTCGCTG-AAAAA---TAAGTTTATTTA-A---ACAATATGCA-TTT----C--ACAGGGCCAATATT---GGTGTTTCGTGAACATGaactgcttgcaaagatcgggagcat
Alignments
lowQualScore : 1111 44444444 1 333333333333 1111111 222222222222222222 1111111 3333333333333333333333333 33333333333 1111 1111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111111111111111111 33333333333333333333333333 111111 22222222222 111 1111111
lowQualScore : 5 5 5555 00000000 2 0 2 1 3 666666666666 777 999 66 4444444 4 111111111111111111 1 1 3 3 1 88888 3 0000000 0 4444444444444444444444444 6666 33 6666 66666666666 2 1111 5 2 2 2222222222 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8888888 33 9999999999 1 2 2 0 1 55555 333 2 7777777777777777777777777 2 2 5555 888 555 55555555555555555555555555 2 2 000000 2 2 2 66666 0 2 1 6666 22222222222 888888 4444 2 33 1 33 666 444 7777 99999999 2 444 5555555 2 2 3 22 444 33 22 444 0 2 8888888 44 777
lowQualScore : . . .... ........ . . . . . ............ ... ... .. ....... . .................. . . . . . ..... . ....... . ......................... .... .. .... ........... . .... . . . .......... ....................................................................... ....... .. .......... . . . . . ..... ... . ......................... . . .... ... ... .......................... . . ...... . . . ..... . . . .... ........... ...... .... . .. . .. ... ... .... ........ . ... ....... . . . .. ... .. .. ... . . ....... .. ...
lowQualScore : 0 0 4444 44444444 6 1 0 7 4 000000000000 888 333 11 4444444 7 000000000000000000 2 4 3 3 2 66666 3 0000000 8 4444444444444444444444444 1111 99 1111 66666666666 7 1111 3 9 9 5555555555 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 44 9999999999 4 5 2 6 1 88888 000 5 8888888888888888888888888 7 7 7777 666 000 99999999999999999999999999 9 9 777777 9 9 7 22222 5 0 2 1111 77777777777 777777 9999 5 44 2 44 999 444 3333 11111111 5 666 3333333 5 9 5 77 777 77 99 777 9 7 3333333 22 888
consensus : AAGGACAAGGTTCACGAAC-C-CCAC--AAA-----T-AATGGCCCTGTATAATTCAATAAAATTAAA--C-----T---ATT---TTTTN-GCAAAA--TT-------TGATGTTTTTT-A-----TT--TAA----ATTATACTTTATTCTTT-T-AAAA-A-TNTA-AAT-------TTTGTTTTTCAA---------TT-T---------CAC----TTTATA-C----AATA-AA---T--ATCATCAAAGTGTAC-AT----GTACAGCGAAAA-TATGCA-ATT----------TTCCTA----------CA-----------TT-------------TTAGG------------T-----------A---AA-------TA--TA--------T-CATGGTTTT-AACAGTGAAGGCACTCTTGCTACA-AGACAATATTTACACATATTACTCAGAGTG---T-ACCAGACAATGATCAGAATAAATAT-CTTTGTGTGGCAAGAAT-GCCTTC--A--T-TATNAA--AANA--T-ANT-T-A----AATGC-C-AAA---A--A--------------------A--GGAC-A-AAATTG---G-G-GA-AA-----ATGAGCATTTTCCTTAATTTTAACCGTCTTTGGAGTCATTCTATGAATAGA--AAAA----A----AACATAAAA-T-T--AAAAAA-TA-AAATATA--CATATTTTAAAAGA--AT---A---AN-T-ATA--------TT-T--GA-------TAC-AAATACACCAAGCTTTGCTG-AAAAA---TAAG--TATTTA-A---AAGAAATGCA-TTT----T--ACAGGGCCGATATT---GGGGCTTCGTGAACCTGGTC
Reference ( family-95 ) : AAGGACAAGGTTCACGAAC-C-CCAC--AAA-----TGAATNGCCCTGTATAATTCAATAAAATTAAA--C-----T---ATT---TTTTN-GCAAAA--TT-------TGATGTTTTTT-A-----TT--TAA----ATTATACTTTATTCTTT-T-AAAA-A-TNTA-AAT-------TTTGTTTTTCAA---------TT-T---------CAC----TTTATN-C----AATA-AA---T--ATCATCAAAGTGTAC-AT----GTACAGCGAAAA-TATGCA-ATT----------TTCCTA----------CA-----------TT-------------TTAGG------------T-----------A---AA-------TA--TA--------T-CATGGTTTT-AACAGTGAAGGCACTCTTGCTACA-AGACAATATTTACACATATTACTCAGAGTG---T-ACCAGACAATGATCAGAATAAATAT-CTTTGTGTGGCAAGAAT-GCCTTC--A--T-TATNAA--AATA--T-AAT-T-A----AATGC-C-AAA---A--A--------------------A--GGAC-A-AAATTG---G-G-GA-AA-----ATGAGCATTTTCCTTAATTTTAACCGTCTTTGGAGTCATTCTATGAATAGA--AAAA----A----AACATAAAA-T-T--AAAAAA-TA-AAATATA--CATATTTTAAAAGA--AT---A---AN-T-ATA--------TT-T--GA-------TAC-AAATACACCAAGCTTTGCTG-AAAAA---TAAG--TATTTA-A---AAGAAATGCA-TTT----T--ACAGGGCCGATATT---GGGGCTTCGTGAACCTGGTC
gi|1 : AAGGACGAGATTCCCGAAC-C-CCAT--AAACATGATAAATTGTAATGCAGAATGCAATAAAA--AAA--A-----T---ATT---TTTTG-GCAGAA--TT-------TGATATTTTTT-A-----TT--TAA----ATTATACTTTGTTCTTT-T-AAAA-A-TATA-AAT-------TTTGTTTTTCAA---------TG-T---------TAC----TTTATA-C----AATA-AA---T--ACCATTGAAGTGTAC-AT----GTACAACGAACA-TACGCA-ATG----------TTCCCA----------CA-----------TT-------------TTATG------------T-----------A---AA-------TA--GA--------T-CATGGTTTT-AACAGTAAAGGTTCTCTTTCTACA-GTACAATATTCAAACGTATTACTGAGAGTG---T-ACCAGACAATGCTCAGAATAAACATGC---GTGTGGTAAGAAT-GCCTTC--T--T-TATGAA--AATA--TCAAT-T-A----AATGC-C-AAA---A--A--------------------A--GGAC-A-CATTTT---G-G-GA-TA-----ATGAGCATTTTCTTTAATTTTAACCGTCTTTGAAATCATTCTAC--ATAGA--AAAA----A----AACATAAAA-C-T--ATCAAA-TA-AAGTATA--CATATTTTAATAGA--AT---A---AT-T-ATA--------TT-T--AA-------TAC-AAATACACCGAACTTTGCTG-AACAA---TAAG--TATTTG-A---AAGAAATGCA-TTT----T--ACAAGGCCGATATA---CGGACTTTGTAAATCTGGTC
gi|10 : AGGACAAGGTTCACGATC-CTCCACCAAAA-----GGAAATGGCCAGGA-AATTCAATACTATT-----T-----T---ATCCTGTTTTT-GCAAAT--TT-------TTATGATTTTT-A-----TT--TAG-----TTATACTTTA---------AAAT-A-TTTA-AAT-------TTTGTTTTT-AA---------TT-TTACGCTATTCAC----CTTATTAC----AATATCA---TTGATCATCAATGTATAC-AT----GCACAGCCAAAT-TATGCA-ATG----------TTCCTA----------CATTTTTAGCTATTT-------------TTAGG------------T-----------A---AA-------CA--TA--------T-CAT-GTTTT-AACAGTGAAGGCACTCTTGCTACC-AGACAA---CTACACATGTTACTCAGAGAG---T-ACCAGAt
gi|11 : AAGGACAAGGTTCACGAACAC-CCA---AAA-----T---TGGCCCTGTATAATGCAGCAGAATTAAA--CCTTTTT---TTT---TTTTG-GCAAAG--TT-------TAATGTTTTTTTA-----TTCTTAA----A--ATATTTTATTGTTT-T-AAAA-ACTGTA-AAT-------ATTGTTTTTTAA---------TT-T---------TACAATTTTCGCT-T----AATA-AAA--T--ATCATTTAACTGTAC-AT----TTACA---------------ATT----------TTTCTATATTTGAAGTCA-----------TT-------------TTAGG------------T-----------T---AA-------AA--TA--------T-CGTGGTTTT-AACAGCGAAGGCACTCTTGCCATA-AAGAAATA-TTAAGCATATTACTTAGTGTG---T-ACCAGA
gi|12 : AGGACAAGGTTCATGAAC-C-CCAT--AAA-----TG----GCCTTGTATAATGCAATAAAATTAAA--A-----C---ATT---TTT---GCAAAC--TT-------TAATGTTTTTT-T-----TT--TAATTTTATTATACTTTAGTCTTT-T-AAAA-C-TATT-AATATATGTTTTTGCTTTTCAA---------TT-TT--------CAT----TTCTTT-CGCTTAATACAA---T--ATCATTAAAGTGTAC-AT----GTGCAGCGAAAA-TATGCA-ATTCCCCCCCCCCCCCCCC----------CA-----------TT-------------TTAAGC-----------T-----------ATTTAT-------TA--TA--------T-AATGGTTTT-AACAGTAAAGATACACTTGCCACA-
gi|13 : T-------TTTACCTTTT-----------TT-T---------CGC----TTAATA-C----AATA----------TCATTTAAGTGTAC-ATTTAAGTGTAGCAAAAG-TTTGCA-CTT----------TTCCTA----------CA-----------TT-------------TAAGC------------C-----------ATTTAA-------TG--TA--------AACATGGTTTT-AACAGTGAAAGCGCTCTTGTCACA-AGAACATATTTGCACGTATTACTCAGAGTG---T-ACTAGACACTGATCAAAATAAATAT-CTTTGTATGACAAGAAT-GCGTTC--A--T-TAT--A--GATA--A-AAT-T-A----CATttgt
gi|14 : caaaataaaagttatcgtgcattcatCAATATACACACATATTACTCAG--TG---T-ACCAGACAATTTTCAAAATAAATAC-C----------AAGAAT-GTCTTA--AAGT-TTCTAATCAATA--T---T-T-A----AATGC-C-AAA---T--AT-------------------A--GGAC-A-AAA--------------------ATA---------CTCAATTTTACCCA-CTTTGGAGTTATTCTCTGAATAGA--AAAA----ATAACAACATAAAA-AAT--CAAAAA-TA-AAATATA--CATAATT------------------AT-T-ATA--------ATAT--GA-------TA--AACTACAT--A--TGTGATG-CAAAC----------------A---CACCAATGTA-TTT----T--ACAGGGCTGATATT---TAGGCTTCGTTAAttgtattttaaagcca
gi|15 : AAAGGCAAGGTTCTCGAAC-C-CCCC--AAA--------ATAGCCCTGAA-AATTTTATAAAAT---A--C-------------------------AA--TC-------T--TATTTTTT-A-----TT--TTA----ATTATA-----------------A-A-TTTG-AAT-------TTTGTCTTTCAT---------TT-TTACACTGATCGC----TTTATA-C----AGCA-A----T--ACCATCAAAGTATGC-AT----GTACAGC--------TGCATTTT----------TTTCTA----------CA-----------TTACAGTAAGCCATATAAGG------------T-----------A---AA-------TA--AA--------T-CATTTTTTT-AACAGTTAATGCAATCTAACTACA-CGACAATATTTATGCATATTACTGGGAATG---T-ATTAGAttt
gi|16 : AT-GCTTTCTTA--T-TACTAAC-AATA--T-A-T-T-A----AAAGT-A-AAA---A--A--------------------A--ATAG-G-AAACCGAATG-G-GG-AA-----ATGAGCATTTTCCACAATTTTGACAGTATTTGGTGTCATTTTATGA----A--AGGA----G----AATATAAAATT-T--AGAAGA-AA-AAAAATA--CATAATTTAAAAGA--TA---A---AT-T-ATAATAAATTCTT-T--AA-------TAT-AAATAAACCAAGCTTTGGTA-TAAAA---TAAG--TATTTA-A---A--AATTGCGCTTT----T--TCATGGTCGATATT---GGGGACTCGTGAACCTt
gi|17 : AT-TTTTGTGTGGCAAGAAT-GCTTTT--A--T--ATAAC--AATA--T-TAT---------ATGCAC-AAA---A--A--------------------ATAGGAC-A-AAATTA---G-C-AA-AC-----ATAAGCAATTTCTTAAATTTTAAACGTCTTTGGAGTTATTCTCTGAATAG-----AA----A----ATCTTAA--------AAAAAA-TATAAAT-TA--CATATTTAGAAATA--ATA--A---AA-T-ATA--------TG-T--GA-------TGT-AAATACAC----------------------AAG--CATTTA-A---AAGAAATGCA-TTT----T--ACAGGGCCGATATT---CGGGCTTTGTGAACCTtg
gi|18 : aca----------CA-----------TT-------------TTAGG------------T-----------A---AA-------TA--TA--------T-CATGGTTTT-AATAGTGAAGACACTCTTGCTACA-AAGCAATAGTTACACATATTACTGA-AATG---C-ACTATACAATTATCAGAATAAATAT-ATTTGTGTAGCAAGAAT-GCCTTC-----T-TA-AAATCAACAC-T-ATT-T-A----AATGC-C-AAA---A--T--------------------T--AGAC-A-AAATTA---GTG-GA-AATGATTATGAGCATTTTTCTCAATTt
gi|19 : ttttaagc-AA-----ACGAGCTTGTTCCTTACTTTTACCCTTCTTTGGGGCCATTCTATTAATAGA--AAAA-----------CATGAAA-T-TTGAAGAAA-AA-AAAAATA--CATACA--AAAATA--AT---A---AA-TTATA--------TT-T--CA-------TAC-AAATACACTAAGCTTTGCTG-AAAGA---TAAG--TATTTT-A---AAGAAATGTA-TTT----T--ACAGGGCCATTGTA---GGGGCTTTGTGAACCAAGTC
gi|2 : GACAGCGTTCACAAAC-C-CC-C--AAA-------ACTGACTCTGAA-AATTCAACATAATGAAAGCC-----T---GTT---TTTTATGCAAAA--GT-------TTATGTTTGTT-A-----TT--TGA----AATATACTTTCTTCTTT-TTAAAA-A-TATC-AAT-------TTTGTTTTTCAA---------GT-TAA-------CAC----TTTTTA-C----T-TA-AACCAT--ATCATCAAAATATAT-GT----GGACAGCTAAAA--ATGCA-TTT----------TTTCTA----------CA-----------TT-------------TAAAG------------CCATTCTGTTCCG---AA-------TG--TA--------C-CAATGTTTT-ACCAGTTAAA----TTTT-CCACA-CGACAATATTTACACATTTTATTGAG-GTG---T-ACCAGATATTGACCAGAACAAATTT-CGTTGTGCGCCAAGAAT-GCGTTT--A--T-CATCAA--AAAAC-T-ATT-T-A----TATGC---AAATGTA--T--------------------A--GGACTA-AAAGTG---A-G-GG-AT-----AT-AGCATTTTCCTTAATGCTATCC-TCTTTGGAGTCTTTTTATAAATATA--AAAA-----------CATACAA-T-T--AAAAGA-TA-AAATATA--CATATTTTAAAAGG--ATG--A---AG-A-ATA--------TC-T--GA-------AAC-AAACACACTAAGCTTTCCTG-AAAAA-----------------------AAATGCA-TTT----T--ACAGGGCTGATTTT---GGGGCTTCGTGAc
gi|20 : A-----ATGAACTTTTTTCTTAATCTCAACTGTCTTTGGAGTCATTCTATGAATAG-----AA----A----AACATAAAA-GAA--AAAAAA-GA-AAATATA--CATATTTTAAAAGA--ATG--A---AT-T-ATA--------TG-T--GA-------TAC-AAA-A-ATCAATCTTTGCTG-CAAAA---TGTT--TTTTTA-A---ATGAAATGTA-TTT----T--ACAGGACCATTATT---GGt
gi|21 : ACGAATAGA--AAAA-----------CATAAAAAT-T--AAAAAA--A-TAATATT--CAGATTTAAAAAAA--AACAAA---AA-A-ACA--------TT-T--TAATTGTATTAC-AAATAGACAAAGCTTTATTG-AAACA---TCAG--TATTTA-A---AAGAAATGCA-AAT----T--GCAGGGCC--TTTTTGGGGGGCATCTTGAACCGGGTCtccttt
gi|22 : -AAT-TCA----AATGC-C-AAA---AAAA--------------------A--GGAC-ACAAAAGG---G-G-GA-AT-----CGGAGCATTTCCCTTAATTTT-ACCCTCTTTGGAGTCATTCTATGAAAAGA--------------------AAAA-T-T---------TA-AAATA-----ATAT--------A--GT---A---A------A--------TT-T--GA-------TAC-AAACACACCAATCTTTGCTG-Agt
gi|23 : tcataataaaaaaagcacttcaAATGGCCCTGTAGAATTCAACAAAATTAAACCC-----C---ATT---TTTTC-TCGAAA--GG-------TGATGGTTTTT-ATTTTGTT--TAA----TTCTTTTTTTGTTCTTT-T---AA-A-CGTA-AAT-------TTTGTTTTTCAACTTGACGTTTT-T---------CGC----TTAATA-C----AATA-A----------ATCAATGTGTGC-A
gi|24 : ccccA----A----AAAATGAAA-T-T--AAAAAT-TA-AAATATATTCATATCTTAAAAGA--AT---A---AAGT-ATA--------TT-T--AA-------TAC-AAAAACACCAACCTTTGCTG-AAAAA---TAAG--TATTTA-A---AAGAAAAGCA-TTT----TTAAAAGGGCCATTATT---GGGGCTTTGTGAACCTGGTCat
gi|25 : t-----------A---AA-------CA--TA--------A-CATATTTAT-AACAGTGAGGGCGCTCTTGCTACA-AG----TATGTACACATATTACTCCGAGTG---T-ACCAGA-ACTGATCAGAATAAATAG-ATTTGCGTGGCAGTAAT-GACATC--A--T-AATAAA--AACA--
gi|26 : cattttatgttagtatatta---T--AGCATCAAAGTGTAC-AT----GTACAGCAAAAA-TATGCA-ATT----------TCCATACATTTTTAGCCA-----------TT-------------TTAGG------------T-----------A---AA-------TA--TG--------T-CATGTTTGG-AACTGTTAAGGCACTCTTGCTATACAAAC-ATATT
gi|27 : attgAGAGTGAACC-ACCAGACAATGATCAGAATAAATAT-CTTTGTGTGGCAAAAATGGCTTTCT-G--T-TAAGAA--AA
gi|28 : tAAGGTCATGGTTCACGAAC-C-CC-T--AAA-------AATGGCCCTATACAAaac
gi|29 : aatatcaTACC-AGACAATATTCACACATATTACTC--AGTG---G-ACCAGA
gi|3 : CTGTATGATGCAATAACAATAAA--CCT---T---ATT---TTTTT-GCAAAAAATTAAGGGGGGGAGATT----------------------ATTATATTTTACAGTTT-T-A-----------------------TGTTTTTGG-------------------------C----TTTATA-C----AATA----------TCATTAAAGTATAC-AT----GTACATCGAAAA-TATGCA-ATT----------TTACTA----------CA-----------TTTTGAACCATT---TTAGG------------T-----------A---AG-------TA--AA--------T-CTAGAATTT-AACAGTGAAGGCGCTTTTGCAACA-AGGCAATATTTACATACATTACCCAGAGTG---C-ACCAGACAATTATCAGAATAAATAT-CTTTATGTGGCAAAAAT-GCCATC--A--A-AATAAA--AAAA--A-AAC-T-ATTTCAAAGC-C-AAA---A--AG-------------------A--ATAC-A-AAATTGT--T-G-GA-AA-----ATGAGCATTTT-CTTAATTTCAACCGCCTTTGAGGTTATTCTATGAATAGA--AAAACATGA----AACTTAAA----T--AAAAAA-TA-AAGTGTA--CATGGTTTAAAAAATTAT---ACTTAG-T-ATA--------TT-TTGAA-------TAC-AAACACACATAGCTTTGCTGAAAAAA---TAAG--TATTT------ATGAAATGCA--TT----T--ACAGGG--AATATT---GGGATTTCGGGGACCTG
gi|30 : aaattcatagatccgccaataAGGGCCATTATT---TGGGCTTCGTGAACCTGGTCt
gi|4 : TT-T-AAAATA-TTTACAAT-------TTTA-----CAT---------TTGT---------CAC----TTTATT-C----CACA----------CCATTTAAGTGTAC-AT----GTATTGCGAACA-TATA-----------------TCCT----------------------------------------------------------------------------------------------------GACTTT-AACAGTGAAGGCTCTCTTGCCACA-AAAAAACATTTAAACTCACTACTCA---TG---------GACAATGTTCAGATTAGATAT-AATTGTGTGGCAAGAAT-GTCTTC--A--C-AATAAA--AA------ACTGT-A----AATGC-A-AAA---A--AAAAAAAAAAAAAAAAAGAATA--GGAC-A-AAA-TG---G-G-GG-AA-----ATGAGAATTTTCCTTAATCCT-ATTGTCTTTGGAGTCATTCTATTAATATAACAGAA----A----AACATGAAA-T-T--AAAA----A-AAATATA--CA-ATTTTAAGAGA--ATA--A---AT-T-ATG--------TT-A--AA-------TAC-AAATACACCAATCTTTGCTG-----A---TAAG--TATTTA-A---AAGA----------------------GCCATTATT---TGAGCTTTGTGGACCT
gi|5 : tgaacatttggagaatactagaataggagtgtacatcaatgacagataaaagatgggactgTTATTATTTAT-AAAA-A-CTTA-AAT-------TTAATTTTT-AA---------TT-T---------CGT----TTAATA-C----AATA----------TCATCAAAGTGTAC-AC----GGATAACCAAAA-TATGCA-ATT----------CTCCTA----------CA-----------TT-------------TTAAGCTTTTTTTTAGAT-----------A---AA-------TA--TAATGAATTAT-CATGTTTCT-AACAGTGAAGGTATTCTTGCTACC-AGATAATATTTACACATATT--TC-----------------------TCAGAATAAATAT-CTTTGTGTAGCAAGACC-GTCTTC--A--T-TATTGG--GATAACT-ATT-T-A----AATGC-C-AAC---A--AT-------------------A--AGAC-A-AAAATG---G-G-GA-AA-----ATGGGCATTTTCCTTAATTTTAACCGTCTTCGGGTTCAAGCTGTGAACTG-----AA----A----ATCATAACA-T------AACA-TA-AAATATA--CATATTTCAAAAGA--ATA--A---AG-T-ATA--------TT-T--AACCCTAT-TAC-AAATACACCAATCTTTGCTG-AAAAAAACTAAG--TATTTA-A---AAGAAATGTA-TTA----A--ACAGGCCCTGTATT---GAGGTGTCGTAAACCTGGtagtcct
gi|6 : TTTTCAA---------TT-T---------TAC----GTTTTT-C----GATT-AA---T------TCAA----TACCATTTT-GTACAGTGATAA-TATGCA-ACT----------TTCCTA----------CA-----------T----------------AAA------------------------A---AA-------TA--TA--------T-CATGGTTTT-AACAGTGAAGGCACTTTTGCCACA-AGAAAACATTAACATATATTATTCTGAGTA---TCACTAGACAATGATCAGAATAAGTAT-AATTGTGTGGCAAGAAT-G------------TATGAA--C-----T-AAT-T-A----AATGTGT-AAA---AC-A--------------------A--GGAT-G-AAATTG---G-G-GG-AA-----ATAAGCATTTTCCTTAATTTTGACTGTCTTTGGAGTCATTCTGTGAAT-----GAAA----T----AACATAAAA-T-T--AAAACA-TA-ACATGTA--CATATTTTAAAAGA--AA---A---AA-A-AAA--------TT-T--AT-------TACAAAATACACCATGCTTTACTG-ATAAA---TAAG--TGTTTATAAACAAGAAATGCA-TTT----T--GCAGGGCCAATACCCA-GGGGCTTCATGAACCTGgcc
gi|7 : CTTTATTCTTT-T-ATAA---TGTA-AA-------------------------------------------AT----TTTATA-T----AAAA-AA---T--ATAATCAAAGTG-AC-AT----ATACAGCAAAAAATATGAT-ATT----------TTCCTA----------CA-----------TT-------------T----------------T-----------A---AACCTTTTTTAGCCA--------T-CA-ACTTTTAAACAGTGAAAGAACTCTTGCTAC-----CAATATCTtattgt
gi|7 : aactatacttttttAATAT-CTTTGTGTAACAAGAAT-GCCTTC--A--TATACAAA--AAGC--T-ATT-T-A----AATAG-A-AAA---A--A--------------------AAAGGAC-A-AAA--------------------ATATGCATTTTCTTTAAATTTTTCCCTCTTTGGTGTTATTCTATGAATAGA--AAAA-----------CATAG---T-T--AAAAAACTA-AAATATA--TATTTTTTAAAAAG--AT---A---AA-G---------------T--GA-------TAC-AGACCCACCCAGCTTTGCTG-AAAAA---TAAA--TATTTA-A---AAGAAATGCA-TTTAACATAAACAGGGCTGATATT---GGGGCTTCGTGAACCttgtgtaacaagaatgccttcatatacaaaaagctatttaaatagaaaaaaaaaggacaaaaatatgcattttctttaaatttttccctctttggtgttattctatgaatagaaaaacatagttaaaaaactaaaatatatattttttaaaaagataaagtgatacagacccacccagctttgctgaaaaataaatatttaaaagaaatgcatttaacataaacagggctgatattggggcttcgtgaaccag
gi|8 : aactatacttttttctttattcttttataatgtaaaattttatataaaaaatataatcaaagtgacatatacagcaaaaaatatgatattttcctacattttaaaccttttttagccatcaacttttaaacagtgaaagaactcttgctaccAAGGACAAAGTTCACAAAC-C-CCAC--AA--------AATGGCCCTGTATAATTTCATAAAATCAAA--C-----CCTAATT---TTTCT-GAAAAA--TT-------TGG-GTTTTTT------------------ATTGTACTTTATTCTTT-T-AAA------TA--------------------CAA---------TA-T---------CA-----TCTATA-C----A----------------------TGTA-----------CAGCAAAAA-TGTGCA-ATT----------TTCCTA----------CA-----------AT-------------TTAAGC-----------C-----------AT--AA-------TA--TA--------A-CGT-GCTTT-AGCAGTGAAGGTACTCTTGTTACA-AGAAAGTATTTACACATATTCCTCAGAGTG---T-ACCAGACAATGATCAGAATAAATAT-CTTTGTGTAGCAAGAGT-GCAATC--A--T-AACCAA--AAAA--C-TTT-T-G----TATTT-C-AAA---A--A--------------------A--GGAC-A-AAATTG---G-GAGA-AA-----ATAAag
gi|9 : CTCTTGCAACA-AGGCAATATTTACACATAGTACTTAGAGTG---T-ACCAAACAATTATCAGAATAAATAT-CTTTGTGCGGC----AT-GCCTTC------------------A--T-AAC-T------AATGC-CTGAA---A--T--------------------A--GGAC-A-AAGTTG---G-G-GGTAA-----ATGAGCATTTT-CTTAAGTTTAGCAATCTTTGGAGTTATTCTATGAATAGA--AA----------------AAAA-T-T--AGAA----------ATA--CATATTTTAAAAGA--AT---T---AG-T-ATC--------TT-C--AA-------TAT--GATGCACATAGTTTCGCTG-AAAAA---TAAGTTTATTTA-A---ACAATATGCA-TTT----C--ACAGGGCCAATATT---GGTGTTTCGTGAACATGaactgcttgcaaagatcgggagcat
Alignments
lowQualScore : 1111 4444444444 1 333333333333 1111111 222222222222222222 1111111 3333333333333333333333333 1111 33333333333 1111 1111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222222222222222 3333333333333333333333333 111111 22222222222 111 1111111
lowQualScore : 5 5 5555 6666666666 2 2 1 3 666666666666 777 999 66 4444444 4 111111111111111111 1 1 3 3 1 88888 3 0000000 0 4444444444444444444444444 33 2 0000 0 00000000000 2 1111 5 2 3 3333333333 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8888888 33 99999999 2 1 2 2 0 1 55555 333 2 99999999 22 44444444444444444 55 555 6666666666666666666666666 2 2 000000 2 2 2 66666 2 1 6666 22222222222 888888 0 55 2 33 1 33 444 444 9999 99999999 2 444 5555555 2 2 3 22 444 33 22 444 0 2 8888888 44 777
lowQualScore : . . .... .......... . . . . ............ ... ... .. ....... . .................. . . . . . ..... . ....... . ......................... .. . .... . ........... . .... . . . .......... ....................................................................... ....... .. ........ . . . . . . ..... ... . ........ .. ................. .. ... ......................... . . ...... . . . ..... . . .... ........... ...... . .. . .. . .. ... ... .... ........ . ... ....... . . . .. ... .. .. ... . . ....... .. ...
lowQualScore : 0 0 4444 5555555555 6 0 7 4 000000000000 888 333 11 4444444 7 000000000000000000 2 4 3 3 2 66666 3 0000000 8 4444444444444444444444444 99 9 0000 8 99999999999 7 1111 3 9 1 5555555555 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 44 11111111 5 4 5 2 6 1 88888 000 5 00000000 22 99999999999999999 88 000 9999999999999999999999999 9 9 777777 9 9 7 22222 7 2 1111 77777777777 777777 4 99 5 44 2 44 444 444 8888 11111111 5 666 3333333 5 9 5 77 777 77 99 777 9 7 3333333 22 888
consensus : AAGGACAAGGTTCACGAAC-C-CCAC--AAA---A------ATGGCCCTGTATAATTCAATAAAATTAAA--C-----T---ATT---TTTTN-GCAAAA--TT-------TGATGTTTTTT-A-----TT--TAA----ATTATACTTTATTCTTT-T-AAAA-A-TNTA-AAT-------TTTGTTTTTCAA---------TT-T---------CAC--TTTAT-AC----AATA-AA---T--ATCATCAAAGTGTAC-AT----GTACAGCGAAAA-TATGCA-ATT----------TTCCTA----------CA-----------TT-------------TTAGG------------T-----------A---AA-------TA--TA--------T-CATGGTTTT-AACAGTGAAGGCACTCTTGCTACA-AGACAATATTTACACATATTACTCAGAGTG---T-ACCAGACAATGATCAGAATAAATAT-CTTTGTGTGGCAAGAAT-GCCTTC--A--T-TATNAA--AANA-----T---ATTTAAATGC-CAAA---A--A-A--------------------GGAC-A-AAATTG---G-G-GA-AA-----ATGAGCATTTTCCTTAATTTTAACCGTCTTTGGAGTCATTCTATGAATAGAA--AAA----A----AACATAAAA-T-T--AAAAAA-TA-AAATATA--CATATTTTAAAAGA--AT---A---AN-T-ATA--------TT-T--GA-------TAC-AAATACACCAAGCTTTGCTG-AAAAA---TAAG--TATTTA-A---AAGAAATGCA-TTT----T--ACAGGGCCGATATT---GGGGCTTCGTGAACCTGGTC
Reference ( family-95 ) : AAGGACAAGGTTCACGAAC-C-CCAC--AAAT--A------ATGGCCCTGTATAATTCAATAAAATTAAA--C-----T---ATT---TTTTN-GCAAAA--TT-------TGATGTTTTTT-A-----TT--TAA----ATTATACTTTATTCTTT-T-AAAA-A-TNTA-AAT-------TTTGTTTTTCAA---------TT-T---------CAC--TTTAT-AC----AATA-AA---T--ATCATCAAAGTGTAC-AT----GTACAGCGAAAA-TATGCA-ATT----------TTCCTA----------CA-----------TT-------------TTAGG------------T-----------A---AA-------TA--TA--------T-CATGGTTTT-AACAGTGAAGGCACTCTTGCTACA-AGACAATATTTACACATATTACTCAGAGTG---T-ACCAGACAATGATCAGAATAAATAT-CTTTGTGTGGCAAGAAT-GCCTTC--A--T-TATNAA--AANA-----T---ANTTAAATGC-CAAA---A--A-A--------------------GGAC-A-AAATTG---G-G-GA-AA-----ATGAGCATTTTCCTTAATTTTAACCGTCTTTGGAGTCATTCTATGAATAGAA--AAA----A----AACATAAAA-T-T--AAAAAA-TA-AAATATA--CATATTTTAAAAGA--AT---A---AN-T-ATA--------TT-T--GA-------TAC-AAATACACCAAGCTTTGCTG-AAAAA---TAAG--TATTTA-A---AAGAAATGCA-TTT----T--ACAGGGCCGATATT---GGGGCTTCGTGAACCTGGTC
gi|1 : AAGGACGAGATTCCCGAAC-C-CCAT--AAAC--ATGATAAATTGTAATGCAGAATGCAATAAAA--AAA--A-----T---ATT---TTTTG-GCAGAA--TT-------TGATATTTTTT-A-----TT--TAA----ATTATACTTTGTTCTTT-T-AAAA-A-TATA-AAT-------TTTGTTTTTCAA---------TG-T---------TAC--TTTAT-AC----AATA-AA---T--ACCATTGAAGTGTAC-AT----GTACAACGAACA-TACGCA-ATG----------TTCCCA----------CA-----------TT-------------TTATG------------T-----------A---AA-------TA--GA--------T-CATGGTTTT-AACAGTAAAGGTTCTCTTTCTACA-GTACAATATTCAAACGTATTACTGAGAGTG---T-ACCAGACAATGCTCAGAATAAACATGC---GTGTGGTAAGAAT-GCCTTC--T--T-TATGAA--AATA-----TC--AATTAAATGC-CAAA---A--A-A--------------------GGAC-A-CATTTT---G-G-GA-TA-----ATGAGCATTTTCTTTAATTTTAACCGTCTTTGAAATCATTCTAC--ATAGAA--AAA----A----AACATAAAA-C-T--ATCAAA-TA-AAGTATA--CATATTTTAATAGA--AT---A---AT-T-ATA--------TT-T--AA-------TAC-AAATACACCGAACTTTGCTG-AACAA---TAAG--TATTTG-A---AAGAAATGCA-TTT----T--ACAAGGCCGATATA---CGGACTTTGTAAATCTGGTC
gi|10 : AGGACAAGGTTCACGATC-CTCCACCAAAAGGAA------ATGGCCAGG-A-AATTCAATACTATT-----T-----T---ATCCTGTTTTT-GCAAAT--TT-------TTATGATTTTT-A-----TT--TAG-----TTATACTTTA---------AAAT-A-TTTA-AAT-------TTTGTTTTT-AA---------TT-TTACGCTATTCAC--CTTATTAC----AATATCA---TTGATCATCAATGTATAC-AT----GCACAGCCAAAT-TATGCA-ATG----------TTCCTA----------CATTTTTAGCTATTT-------------TTAGG------------T-----------A---AA-------CA--TA--------T-CAT-GTTTT-AACAGTGAAGGCACTCTTGCTACC-AGACAA---CTACACATGTTACTCAGAGAG---T-ACCAGAt
gi|11 : AAGGACAAGGTTCACGAACAC-CCA---AAAT----------TGGCCCTGTATAATGCAGCAGAATTAAA--CCTTTTT---TTT---TTTTG-GCAAAG--TT-------TAATGTTTTTTTA-----TTCTTAA----A--ATATTTTATTGTTT-T-AAAA-ACTGTA-AAT-------ATTGTTTTTTAA---------TT-T---------TACAATTTTC-GCTT--AATA-AAA--T--ATCATTTAACTGTAC-AT----TTACA---------------ATT----------TTTCTATATTTGAAGTCA-----------TT-------------TTAGG------------T-----------T---AA-------AA--TA--------T-CGTGGTTTT-AACAGCGAAGGCACTCTTGCCATA-AAGAAATA-TTAAGCATATTACTTAGTGTG---T-ACCAGA
gi|12 : AGGACAAGGTTCATGAAC-C-CCAT--AAAT-----------GGCCTTGTATAATGCAATAAAATTAAA--A-----C---ATT---TTT---GCAAAC--TT-------TAATGTTTTTT-T-----TT--TAATTTTATTATACTTTAGTCTTT-T-AAAA-C-TATT-AATATATGTTTTTGCTTTTCAA---------TT-TT--------CAT--TTCTT-TCGCTTAATACAA---T--ATCATTAAAGTGTAC-AT----GTGCAGCGAAAA-TATGCA-ATTCCCCCCCCCCCCCCCC----------CA-----------TT-------------TTAAGC-----------T-----------ATTTAT-------TA--TA--------T-AATGGTTTT-AACAGTAAAGATACACTTGCCACA-
gi|13 : T-------TTTACCTTTT-----------TT-T---------CGC--TTAAT-AC----AATA----------TCATTTAAGTGTAC-ATTTAAGTGTAGCAAAAG-TTTGCA-CTT----------TTCCTA----------CA-----------TT-------------TAAGC------------C-----------ATTTAA-------TG--TA--------AACATGGTTTT-AACAGTGAAAGCGCTCTTGTCACA-AGAACATATTTGCACGTATTACTCAGAGTG---T-ACTAGACACTGATCAAAATAAATAT-CTTTGTATGACAAGAAT-GCGTTC--A--T-TATAGAT-AAAA-----T---ttgt
gi|14 : caaaataaaagttatcgtgcattcatCAATATACACACATATTACTCAG--TG---T-ACCAGACAATTTTCAAAATAAATAC-C----------AAGAAT-GTCTTA--AAGT-TTCTAA--TCAA-----T---ATTTAAATGC-CAAA---T--ATA--------------------GGAC-A-AAA--------------------ATA---------CTCAATTTTACCCA-CTTTGGAGTTATTCTCTGAATAGAA--AAA----ATAACAACATAAAA-AAT--CAAAAA-TA-AAATATA--CATAATT------------------AT-T-ATA--------ATAT--GA-------TA--AACTACAT--A--TGTGATG-CAAAC----------------A---CACCAATGTA-TTT----T--ACAGGGCTGATATT---TAGGCTTCGTTAAtacatttgtattttaaagcca
gi|15 : AAAGGCAAGGTTCTCGAAC-C-CCCC--AAA----------ATAGCCCTGAA-AATTTTATAAAAT---A--C-------------------------AA--TC-------T--TATTTTTT-A-----TT--TTA----ATTATA-----------------A-A-TTTG-AAT-------TTTGTCTTTCAT---------TT-TTACACTGATCGC--TTTAT-AC----AGCA-A----T--ACCATCAAAGTATGC-AT----GTACAGC--------TGCATTTT----------TTTCTA----------CA-----------TTACAGTAAGCCATATAAGG------------T-----------A---AA-------TA--AA--------T-CATTTTTTT-AACAGTTAATGCAATCTAACTACA-CGACAATATTTATGCATATTACTGGGAATG---T-ATTAGAttt
gi|16 : AT-GCTTTCTTA--T-TACTAAC-AATA-----T---A-TTAAAAGT-AAAA---A--A-A--------------------ATAG-G-AAACCGAATG-G-GG-AA-----ATGAGCATTTTCCACAATTTTGACAGTATTTGGTGTCATTTTATGA----AA--GGA----G----AATATAAAATT-T--AGAAGA-AA-AAAAATA--CATAATTTAAAAGA--TA---A---AT-T-ATAATAAATTCTT-T--AA-------TAT-AAATAAACCAAGCTTTGGTA-TAAAA---TAAG--TATTTA-A---A--AATTGCGCTTT----T--TCATGGTCGATATT---GGGGACTCGTGAACCTt
gi|17 : AT-TTTTGTGTGGCAAGAAT-GCTTTT--A--T--ATAAC--AATA-----T------TATATGCACAAA---A--A-ATA------------------GGAC-A-AAATTA---G-C-AA-AC-----ATAAGCAATTTCTTAAATTTTAAACGTCTTTGGAGTTATTCTCTGAATAG-----AA----A----ATCTTAA--------AAAAAA-TATAAAT-TA--CATATTTAGAAATA--ATA--A---AA-T-ATA--------TG-T--GA-------TGT-AAATACAC----------------------AAG--CATTTA-A---AAGAAATGCA-TTT----T--ACAGGGCCGATATT---CGGGCTTTGTGAACCTtg
gi|18 : aca----------CA-----------TT-------------TTAGG------------T-----------A---AA-------TA--TA--------T-CATGGTTTT-AATAGTGAAGACACTCTTGCTACA-AAGCAATAGTTACACATATTACTGA-AATG---C-ACTATACAATTATCAGAATAAATAT-ATTTGTGTAGCAAGAAT-GCCTTC-----T-TA-AAATCAACAC----T---ATTTAAATGC-CAAA---A--T-T--------------------AGAC-A-AAATTA---GTG-GA-AATGATTATGAGCATTTTTCTCAATTt
gi|19 : ttttaagc-AA-----ACGAGCTTGTTCCTTACTTTTACCCTTCTTTGGGGCCATTCTATTAATAGAA--AAA-----------CATGAAA-T-TTGAAGAAA-AA-AAAAATA--CATACA--AAAATA--AT---A---AA-TTATA--------TT-T--CA-------TAC-AAATACACTAAGCTTTGCTG-AAAGA---TAAG--TATTTT-A---AAGAAATGTA-TTT----T--ACAGGGCCATTGTA---GGGGCTTTGTGAACCAAGTC
gi|2 : GACAGCGTTCACAAAC-C-CC-C--AAA---A------CTGACTCTGAA-AATTCAACATAATGAAAGCC-----T---GTT---TTTTATGCAAAA--GT-------TTATGTTTGTT-A-----TT--TGA----AATATACTTTCTTCTTT-TTAAAA-A-TATC-AAT-------TTTGTTTTTCAA---------GT-TAA-------CAC--TTTTT-AC----T-TA-AACCAT--ATCATCAAAATATAT-GT----GGACAGCTAAAA--ATGCA-TTT----------TTTCTA----------CA-----------TT-------------TAAAG------------CCATTCTGTTCCG---AA-------TG--TA--------C-CAATGTTTT-ACCAGTTAAA----TTTT-CCACA-CGACAATATTTACACATTTTATTGAG-GTG---T-ACCAGATATTGACCAGAACAAATTT-CGTTGTGCGCCAAGAAT-GCGTTT--A--T-CATCAA--AAAAC----T---ATTTATATGC--AAATGTA--T-A--------------------GGACTA-AAAGTG---A-G-GG-AT-----AT-AGCATTTTCCTTAATGCTATCC-TCTTTGGAGTCTTTTTATAAATATAA--AAA-----------CATACAA-T-T--AAAAGA-TA-AAATATA--CATATTTTAAAAGG--ATG--A---AG-A-ATA--------TC-T--GA-------AAC-AAACACACTAAGCTTTCCTG-AAAAA-----------------------AAATGCA-TTT----T--ACAGGGCTGATTTT---GGGGCTTCGTGAc
gi|20 : A-----ATGAACTTTTTTCTTAATCTCAACTGTCTTTGGAGTCATTCTATGAATAG-----AA----A----AACATAAAA-GAA--AAAAAA-GA-AAATATA--CATATTTTAAAAGA--ATG--A---AT-T-ATA--------TG-T--GA-------TAC-AAA-A-ATCAATCTTTGCTG-CAAAA---TGTT--TTTTTA-A---ATGAAATGTA-TTT----T--ACAGGACCATTATT---GGt
gi|21 : ACGAATAGAA--AAA-----------CATAAAAAT-T--AAAAAA--A-TAATATT--CAGATTTAAAAAAA--AACAAA---AA-A-ACA--------TT-T--TAATTGTATTAC-AAATAGACAAAGCTTTATTG-AAACA---TCAG--TATTTA-A---AAGAAATGCA-AAT----T--GCAGGGCC--TTTTTGGGGGGCATCTTGAACCGGGTCtccttt
gi|22 : TC--A--T-AATAAA--AAAAGCACTTCAAATTCAAATGC-CAAA---AAAA-A--------------------GGAC-ACAAAAGG---G-G-GA-AT-----CGGAGCATTTCCCTTAATTTT-ACCCTCTTTGGAGTCATTCTATGAAAAGA--------------------AAAA-T-T---------TA-AAATA-----ATAT--------A--GT---A---A------A--------TT-T--GA-------TAC-AAACACACCAATCTTTGCTG-Agt
gi|23 : --A------ATGGCCCTGTAGAATTCAACAAAATTAAACCC-----C---ATT---TTTTC-TCGAAA--GG-------TGATGGTTTTT-ATTTTGTT--TAA----TTCTTTTTTTGTTCTTT-T---AA-A-CGTA-AAT-------TTTGTTTTTCAACTTGACGTTTT-T---------CGC--TTAAT-AC----AATA-A----------ATCAATGTGTGC-A
gi|24 : ccccA----A----AAAATGAAA-T-T--AAAAAT-TA-AAATATATTCATATCTTAAAAGA--AT---A---AAGT-ATA--------TT-T--AA-------TAC-AAAAACACCAACCTTTGCTG-AAAAA---TAAG--TATTTA-A---AAGAAAAGCA-TTT----TTAAAAGGGCCATTATT---GGGGCTTTGTGAACCTGGTCat
gi|25 : t-----------A---AA-------CA--TA--------A-CATATTTAT-AACAGTGAGGGCGCTCTTGCTACA-AG----TATGTACACATATTACTCCGAGTG---T-ACCAGA-ACTGATCAGAATAAATAG-ATTTGCGTGGCAGTAAT-GACATC--A--T-AATAAA--AACA-----
gi|26 : cattttatgttagtatatta---T--AGCATCAAAGTGTAC-AT----GTACAGCAAAAA-TATGCA-ATT----------TCCATACATTTTTAGCCA-----------TT-------------TTAGG------------T-----------A---AA-------TA--TG--------T-CATGTTTGG-AACTGTTAAGGCACTCTTGCTATACAAAC-ATATT
gi|27 : attgAGAGTGAACC-ACCAGACAATGATCAGAATAAATAT-CTTTGTGTGGCAAAAATGGCTTTCT-G--T-TAAGAA--AAAA-----
gi|28 : tAAGGTCATGGTTCACGAAC-C-CC-T--AAA---A------ATGGCCCTATACAAc
gi|29 : aatatcaTACC-AGACAATATTCACACATATTACTC--AGTG---G-ACCAGA
gi|3 : CTGTATGATGCAATAACAATAAA--CCT---T---ATT---TTTTT-GCAAAAAATTAAGGGGGGGAGATT----------------------ATTATATTTTACAGTTT-T-A-----------------------TGTTTTTGG-------------------------C--TTTAT-AC----AATA----------TCATTAAAGTATAC-AT----GTACATCGAAAA-TATGCA-ATT----------TTACTA----------CA-----------TTTTGAACCATT---TTAGG------------T-----------A---AG-------TA--AA--------T-CTAGAATTT-AACAGTGAAGGCGCTTTTGCAACA-AGGCAATATTTACATACATTACCCAGAGTG---C-ACCAGACAATTATCAGAATAAATAT-CTTTATGTGGCAAAAAT-GCCATC--A--A-AATAAA--AAAAAAAC-T---ATTTCAAAGC-CAAA---A--AGA--------------------ATAC-A-AAATTGT--T-G-GA-AA-----ATGAGCATTTT-CTTAATTTCAACCGCCTTTGAGGTTATTCTATGAATAGAA--AAACATGA----AACTTAAA----T--AAAAAA-TA-AAGTGTA--CATGGTTTAAAAAATTAT---ACTTAG-T-ATA--------TT-TTGAA-------TAC-AAACACACATAGCTTTGCTGAAAAAA---TAAG--TATTT------ATGAAATGCA--TT----T--ACAGGG--AATATT---GGGATTTCGGGGACCTG
gi|30 : aaattcatagatccgccaataAGGGCCATTATT---TGGGCTTCGTGAACCTGGTCt
gi|4 : TT-T-AAAATA-TTTACAAT-------TTTA-----CAT---------TTGT---------CAC--TTTAT---------TC-CA---C--ACCATTTAAGTGTAC-AT----GTATTGCGAACA-TAT
gi|4 : tgaacatttggagaatactagaataggagtgtacatcaatgacagataaaagatgggactgA-------TA--TA--------T-CCTGACTTT-AACAGTGAAGGCTCTCTTGCCACA-AAAAAACATTTAAACTCACTACTCA---TG---------GACAATGTTCAGATTAGATAT-AATTGTGTGGCAAGAAT-GTCTTC--A--C-AATAAA--AAAC-----T---G--TAAATGC-AAAA---A--A-AAAAAAAAAAAAAAAAGAATAGGAC-A-AAAT-G---G-G-GG-AA-----ATGAGAATTTTCCTTAATCCTA-TTGTCTTTGGAGTCATTCTATTAATATAACAGAA----A----AACATGAAA-T-T--AAAAAA-----AATATA--CA-ATTTTAAGAGA--AT---A---AA-TTATG--------TT-A--AA-------TAC-AAATACACCAATCTTTGCTG-----A---TAAG--TATTTA-A---AAGA----------------------GCCATTATT---TGAGCTTTGTGGACCTatcctgactttaacagtgaaggctctcttgccacaaaaaaacatttaaactcactactcatggacaatgttcagattagatataattgtgtggcaagaatgtcttcacaataaaaaactgtaaatgcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagaataggacaaaatgggggaaatgagaattttccttaatcctattgtctttggagtcattctattaatataacagaaaaacatgaaattaaaaaaaatatacaattttaagagaataaattatgttaaatacaaatacaccaatctttgctgataagtatttaaaagagccattatttgagctttgtggaccttagtcct
gi|5 : tgaacatttggagaatactagaataggagtgtacatcaatgacagataaaagatgggactgtttaaaatatttacaattttacatttgtcactttattccacaccatttaagtgtacatgtattgcgaacTTATTATTTAT-AAAA-A-CTTA-AAT-------TTAATTTTT-AA---------TT-T---------CGT--TTAAT-AC----AATA----------TCATCAAAGTGTAC-AC----GGATAACCAAAA-TATGCA-ATT----------CTCCTA----------CA-----------TT-------------TTAAGCTTTTTTTTAGAT-----------A---AA-------TA--TAATGAATTAT-CATGTTTCT-AACAGTGAAGGTATTCTTGCTACC-AGATAATATTTACACATATT--TC-----------------------TCAGAATAAATAT-CTTTGTGTAGCAAGACC-GTCTTC--A--T-TATTGG--GATAAC---T---ATTTAAATGC-CAAC---A--ATA--------------------AGAC-A-AAAATG---G-G-GA-AA-----ATGGGCATTTTCCTTAATTTTAACCGTCTTCGGGTTCAAGCTGTGAACTG-----AA----A----ATCATAACA-T------AACA-TA-AAATATA--CATATTTCAAAAGA--ATA--A---AG-T-ATA--------TT-T--AACCCTAT-TAC-AAATACACCAATCTTTGCTG-AAAAAAACTAAG--TATTTA-A---AAGAAATGTA-TTA----A--ACAGGCCCTGTATT---GAGGTGTCGTAAACCTGGtagtcct
gi|6 : TTTTCAA---------TT-T---------TAC--GTTTT-TC----GATT-AA---T------TCAA----TACCATTTT-GTACAGTGATAA-TATGCA-ACT----------TTCCTA----------CA-----------T----------------AAA------------------------A---AA-------TA--TA--------T-CATGGTTTT-AACAGTGAAGGCACTTTTGCCACA-AGAAAACATTAACATATATTATTCTGAGTA---TCACTAGACAATGATCAGAATAAGTAT-AATTGTGTGGCAAGAAT-G------------TATGAA--C--------T---AATTAAATGTGTAAA---AC-A-A--------------------GGAT-G-AAATTG---G-G-GG-AA-----ATAAGCATTTTCCTTAATTTTGACTGTCTTTGGAGTCATTCTGTGAAT---G--AAA----T----AACATAAAA-T-T--AAAACA-TA-ACATGTA--CATATTTTAAAAGA--AA---A---AA-A-AAA--------TT-T--AT-------TACAAAATACACCATGCTTTACTG-ATAAA---TAAG--TGTTTATAAACAAGAAATGCA-TTT----T--GCAGGGCCAATACCCA-GGGGCTTCATGAACCTGgcc
gi|7 : CTTTATTCTTT-T-ATAA---TGTA-AA-------------------------------------------AT--TTTAT-AT----AAAA-AA---T--ATAATCAAAGTG-AC-AT----ATACAGCAAAAAATATGAT-ATT----------TTCCTA----------CA-----------TT-------------T----------------T-----------A---AACCTTTTTTAGCCA--------T-CA-ACTTTTAAACAGTGAAAGAACTCTTGCTAC-----CAATATCTtattgt
gi|7 : aactatacttttttAATAT-CTTTGTGTAACAAGAAT-GCCTTC--A--TATACAAA--AAGC-----T---ATTTAAATAG-AAAA---A--A-AAA------------------GGAC-A-AAA--------------------ATATGCATTTTCTTTAAATTTTTCCCTCTTTGGTGTTATTCTATGAATAGAA--AAA-----------CATAG---T-T--AAAAAACTA-AAATATA--TATTTTTTAAAAAG--AT---A---AA-G---------------T--GA-------TAC-AGACCCACCCAGCTTTGCTG-AAAAA---TAAA--TATTTA-A---AAGAAATGCA-TTTAACATAAACAGGGCTGATATT---GGGGCTTCGTGAACCttgtgtaacaagaatgccttcatatacaaaaagctatttaaatagaaaaaaaaaggacaaaaatatgcattttctttaaatttttccctctttggtgttattctatgaatagaaaaacatagttaaaaaactaaaatatatattttttaaaaagataaagtgatacagacccacccagctttgctgaaaaataaatatttaaaagaaatgcatttaacataaacagggctgatattggggcttcgtgaaccag
gi|8 : aactatacttttttctttattcttttataatgtaaaattttatataaaaaatataatcaaagtgacatatacagcaaaaaatatgatattttcctacattttaaaccttttttagccatcaacttttaaacagtgaaagaactcttgctaccAAGGACAAAGTTCACAAAC-C-CCAC--AAA----------ATGGCCCTGTATAATTTCATAAAATCAAA--C-----CCTAATT---TTTCT-GAAAAA--TT-------TGG-GTTTTTT------------------ATTGTACTTTATTCTTT-T-AAA------TA--------------------CAA---------TA-T---------CA---TCTAT-AC----A----------------------TGT-----------ACAGCAAAAA-TGTGCA-ATT----------TTCCTA----------CA-----------AT-------------TTAAGC-----------C-----------AT--AA-------TA--TA--------A-CGT-GCTTT-AGCAGTGAAGGTACTCTTGTTACA-AGAAAGTATTTACACATATTCCTCAGAGTG---T-ACCAGACAATGATCAGAATAAATAT-CTTTGTGTAGCAAGAGT-GCAATC--A--T-AACCAA--AAAA-----C---TTTTGTATTT-CAAA---A--A-A--------------------GGAC-A-AAATTG---G-GAGA-AA-----ATAAag
gi|9 : CTCTTGCAACA-AGGCAATATTTACACATAGTACTTAGAGTG---T-ACCAAACAATTATCAGAATAAATAT-CTTTGTGCGGCA----T-GCCTTC--A--T----------------------AACTAA-TGC-CTGA---A--ATA--------------------GGAC-A-AAGTTG---G-G-GGTAA-----ATGAGCATTTTC-TTAAGTTTAGCAATCTTTGGAGTTATTCTATGAATAGAA--A----------------AAAA-T-T--AGAA----------ATA--CATATTTTAAAAGA--AT---T---AG-T-ATC--------TT-C--AA-------TAT--GATGCACATAGTTTCGCTG-AAAAA---TAAGTTTATTTA-A---ACAATATGCA-TTT----C--ACAGGGCCAATATT---GGTGTTTCGTGAACATGaactgcttgcaaagatcgggagcat
Alignments
lowQualScore : 11111 1 1111111 1 333333333333 1111111 222222222222222222 1111111 3333333333333333333333333 1111 33333333333 1111 1111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222222222 3333333333333333333333333 111111 22222222222 111 1111111
lowQualScore : 5 77777 66 0 4444444 2 2 1 3 666666666666 777 999 66 4444444 4 111111111111111111 1 1 3 3 1 88888 3 0000000 0 4444444444444444444444444 33 2 0000 0 00000000000 2 1111 5 2 3 3333333333 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8888888 33 99999999 2 1 2 2 0 1 55555 333 2 99999999999999 55 333333333333 55 555 6666666666666666666666666 2 2 000000 2 2 2 66666 2 1 6666 22222222222 888888 0 55 2 33 1 33 444 444 9999 99999999 2 444 5555555 2 2 3 22 444 33 22 444 0 2 8888888 44 777
lowQualScore : . ..... .. . ....... . . . . ............ ... ... .. ....... . .................. . . . . . ..... . ....... . ......................... .. . .... . ........... . .... . . . .......... ....................................................................... ....... .. ........ . . . . . . ..... ... . .............. .. ............ .. ... ......................... . . ...... . . . ..... . . .... ........... ...... . .. . .. . .. ... ... .... ........ . ... ....... . . . .. ... .. .. ... . . ....... .. ...
lowQualScore : 0 11111 99 1 4444444 6 0 7 4 000000000000 888 333 11 4444444 7 000000000000000000 2 4 3 3 2 66666 3 0000000 8 4444444444444444444444444 99 9 0000 8 99999999999 7 1111 3 9 1 5555555555 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 44 11111111 5 4 5 2 6 1 88888 000 5 22222222222222 66 111111111111 88 000 9999999999999999999999999 9 9 777777 9 9 7 22222 7 2 1111 77777777777 777777 4 99 5 44 2 44 444 444 8888 11111111 5 666 3333333 5 9 5 77 777 77 99 777 9 7 3333333 22 888
consensus : AAGGACAAGGTTCACGAACC-CCAC---AA--AAATG-------GCCCTGTATAATTCAATAAAATTAAA--C-----T---ATT---TTTTN-GCAAAA--TT-------TGATGTTTTTT-A-----TT--TAA----ATTATACTTTATTCTTT-T-AAAA-A-TNTA-AAT-------TTTGTTTTTCAA---------TT-T---------CAC--TTTAT-AC----AATA-AA---T--ATCATCAAAGTGTAC-AT----GTACAGCGAAAA-TATGCA-ATT----------TTCCTA----------CA-----------TT-------------TTAGG------------T-----------A---AA-------TA--TA--------T-CATGGTTTT-AACAGTGAAGGCACTCTTGCTACA-AGACAATATTTACACATATTACTCAGAGTG---T-ACCAGACAATGATCAGAATAAATAT-CTTTGTGTGGCAAGAAT-GCCTTC--A--T-TAT---NAA--AA-NA-----T---ATTTAAATGC-CAAA---A--A-A--------------------GGAC-A-AAATTG---G-G-GA-AA-----ATGAGCATTTTCCTTAATTTTAACCGTCTTTGGAGTCATTCTATGAATAGAA--AAA----A----AACATAAAA-T-T--AAAAAA-TA-AAATATA--CATATTTTAAAAGA--AT---A---AN-T-ATA--------TT-T--GA-------TAC-AAATACACCAAGCTTTGCTG-AAAAA---TAAG--TATTTA-A---AAGAAATGCA-TTT----T--ACAGGGCCGATATT---GGGGCTTCGTGAACCTGGTC
Reference ( family-95 ) : AAGGACAAGGTTCACGAACC-CCAC---AA--AAATG-------GCCCTGTATAATTCAATAAAATTAAA--C-----T---ATT---TTTTN-GCAAAA--TT-------TGATGTTTTTT-A-----TT--TAA----ATTATACTTTATTCTTT-T-AAAA-A-TNTA-AAT-------TTTGTTTTTCAA---------TT-T---------CAC--TTTAT-AC----AATA-AA---T--ATCATCAAAGTGTAC-AT----GTACAGCGAAAA-TATGCA-ATT----------TTCCTA----------CA-----------TT-------------TTAGG------------T-----------A---AA-------TA--TA--------T-CATGGTTTT-AACAGTGAAGGCACTCTTGCTACA-AGACAATATTTACACATATTACTCAGAGTG---T-ACCAGACAATGATCAGAATAAATAT-CTTTGTGTGGCAAGAAT-GCCTTC--A--T-TAT---NAA--AA-NA-----T---ATTTAAATGC-CAAA---A--A-A--------------------GGAC-A-AAATTG---G-G-GA-AA-----ATGAGCATTTTCCTTAATTTTAACCGTCTTTGGAGTCATTCTATGAATAGAA--AAA----A----AACATAAAA-T-T--AAAAAA-TA-AAATATA--CATATTTTAAAAGA--AT---A---AN-T-ATA--------TT-T--GA-------TAC-AAATACACCAAGCTTTGCTG-AAAAA---TAAG--TATTTA-A---AAGAAATGCA-TTT----T--ACAGGGCCGATATT---GGGGCTTCGTGAACCTGGTC
gi|1 : AAGGACGAGATTCCCGAACC-CCAT---AA--ACATGATAAATTGTAATGCAGAATGCAATAAAA--AAA--A-----T---ATT---TTTTG-GCAGAA--TT-------TGATATTTTTT-A-----TT--TAA----ATTATACTTTGTTCTTT-T-AAAA-A-TATA-AAT-------TTTGTTTTTCAA---------TG-T---------TAC--TTTAT-AC----AATA-AA---T--ACCATTGAAGTGTAC-AT----GTACAACGAACA-TACGCA-ATG----------TTCCCA----------CA-----------TT-------------TTATG------------T-----------A---AA-------TA--GA--------T-CATGGTTTT-AACAGTAAAGGTTCTCTTTCTACA-GTACAATATTCAAACGTATTACTGAGAGTG---T-ACCAGACAATGCTCAGAATAAACATGC---GTGTGGTAAGAAT-GCCTTC--T--T-TAT---GAA--AA-TA-----TC--AATTAAATGC-CAAA---A--A-A--------------------GGAC-A-CATTTT---G-G-GA-TA-----ATGAGCATTTTCTTTAATTTTAACCGTCTTTGAAATCATTCTAC--ATAGAA--AAA----A----AACATAAAA-C-T--ATCAAA-TA-AAGTATA--CATATTTTAATAGA--AT---A---AT-T-ATA--------TT-T--AA-------TAC-AAATACACCGAACTTTGCTG-AACAA---TAAG--TATTTG-A---AAGAAATGCA-TTT----T--ACAAGGCCGATATA---CGGACTTTGTAAATCTGGTC
gi|10 : AGGACAAGGTTCACGATCCTCCACCAAAAGGAAATG-------GCCAGG-A-AATTCAATACTATT-----T-----T---ATCCTGTTTTT-GCAAAT--TT-------TTATGATTTTT-A-----TT--TAG-----TTATACTTTA---------AAAT-A-TTTA-AAT-------TTTGTTTTT-AA---------TT-TTACGCTATTCAC--CTTATTAC----AATATCA---TTGATCATCAATGTATAC-AT----GCACAGCCAAAT-TATGCA-ATG----------TTCCTA----------CATTTTTAGCTATTT-------------TTAGG------------T-----------A---AA-------CA--TA--------T-CAT-GTTTT-AACAGTGAAGGCACTCTTGCTACC-AGACAA---CTACACATGTTACTCAGAGAG---T-ACCAGAt
gi|11 : AAGGACAAGGTTCACGAACA-CC-C---AA--AATTG-------GCCCTGTATAATGCAGCAGAATTAAA--CCTTTTT---TTT---TTTTG-GCAAAG--TT-------TAATGTTTTTTTA-----TTCTTAA----A--ATATTTTATTGTTT-T-AAAA-ACTGTA-AAT-------ATTGTTTTTTAA---------TT-T---------TACAATTTTC-GCTT--AATA-AAA--T--ATCATTTAACTGTAC-AT----TTACA---------------ATT----------TTTCTATATTTGAAGTCA-----------TT-------------TTAGG------------T-----------T---AA-------AA--TA--------T-CGTGGTTTT-AACAGCGAAGGCACTCTTGCCATA-AAGAAATA-TTAAGCATATTACTTAGTGTG---T-ACCAGA
gi|12 : AGGACAAGGTTCATGAACC-CCAT---AA--A--TG-------GCCTTGTATAATGCAATAAAATTAAA--A-----C---ATT---TTT---GCAAAC--TT-------TAATGTTTTTT-T-----TT--TAATTTTATTATACTTTAGTCTTT-T-AAAA-C-TATT-AATATATGTTTTTGCTTTTCAA---------TT-TT--------CAT--TTCTT-TCGCTTAATACAA---T--ATCATTAAAGTGTAC-AT----GTGCAGCGAAAA-TATGCA-ATTCCCCCCCCCCCCCCCC----------CA-----------TT-------------TTAAGC-----------T-----------ATTTAT-------TA--TA--------T-AATGGTTTT-AACAGTAAAGATACACTTGCCACA-
gi|13 : T-------TTTACCTTTT-----------TT-T---------CGC--TTAAT-AC----AATA----------TCATTTAAGTGTAC-ATTTAAGTGTAGCAAAAG-TTTGCA-CTT----------TTCCTA----------CA-----------TT-------------TAAGC------------C-----------ATTTAA-------TG--TA--------AACATGGTTTT-AACAGTGAAAGCGCTCTTGTCACA-AGAACATATTTGCACGTATTACTCAGAGTG---T-ACTAGACACTGATCAAAATAAATAT-CTTTGTATGACAAGAAT-GCGTTC--A--T-TATAGATAA--AATTA-----C---ATTTttgt
gi|14 : caaaataaaagttatcgtgcattcatCAATATACACACATATTACTCAG--TG---T-ACCAGACAATTTTCAAAATAAATAC-C----------AAGAAT-GTCTTA--AAGT-TTC---TAA--TC-AA-----T---ATTTAAATGC-CAAA---T--ATA--------------------GGAC-A-AAA--------------------ATA---------CTCAATTTTACCCA-CTTTGGAGTTATTCTCTGAATAGAA--AAA----ATAACAACATAAAA-AAT--CAAAAA-TA-AAATATA--CATAATT------------------AT-T-ATA--------ATAT--GA-------TA--AACTACAT--A--TGTGATG-CAAAC----------------A---CACCAATGTA-TTT----T--ACAGGGCTGATATT---TAGGCTTCGTTAAgtattttaaagcca
gi|15 : AAAGGCAAGGTTCTCGAACC-CCCC---AA--AA-TA-------GCCCTGAA-AATTTTATAAAAT---A--C-------------------------AA--TC-------T--TATTTTTT-A-----TT--TTA----ATTATA-----------------A-A-TTTG-AAT-------TTTGTCTTTCAT---------TT-TTACACTGATCGC--TTTAT-AC----AGCA-A----T--ACCATCAAAGTATGC-AT----GTACAGC--------TGCATTTT----------TTTCTA----------CA-----------TTACAGTAAGCCATATAAGG------------T-----------A---AA-------TA--AA--------T-CATTTTTTT-AACAGTTAATGCAATCTAACTACA-CGACAATATTTATGCATATTACTGGGAATG---T-ATTAGAttt
gi|16 : AT-GCTTTCTTA--T-TAC---TAAC-AA-TA-----T---ATTAAAA-GT-AAAA---A--A-A--------------------ATAG-G-AAACCGAATG-G-GG-AA-----ATGAGCATTTTCCACAATTTTGACAGTATTTGGTGTCATTTTATGA----AA--GGA----G----AATATAAAATT-T--AGAAGA-AA-AAAAATA--CATAATTTAAAAGA--TA---A---AT-T-ATAATAAATTCTT-T--AA-------TAT-AAATAAACCAAGCTTTGGTA-TAAAA---TAAG--TATTTA-A---A--AATTGCGCTTT----T--TCATGGTCGATATT---GGGGACTCGTGAACCTt
gi|17 : AT-TTTTGTGTGGCAAGAAT-GCTTTT--A--T--AT---AAC--AA-TA-----T------TATATGCACAAA---A--A-ATA------------------GGAC-A-AAATTA---G-C-AA-AC-----ATAAGCAATTTCTTAAATTTTAAACGTCTTTGGAGTTATTCTCTGAATAG-----AA----A----ATCTTAA--------AAAAAA-TATAAAT-TA--CATATTTAGAAATA--ATA--A---AA-T-ATA--------TG-T--GA-------TGT-AAATACAC----------------------AAG--CATTTA-A---AAGAAATGCA-TTT----T--ACAGGGCCGATATT---CGGGCTTTGTGAACCTtg
gi|18 : aca----------CA-----------TT-------------TTAGG------------T-----------A---AA-------TA--TA--------T-CATGGTTTT-AATAGTGAAGACACTCTTGCTACA-AAGCAATAGTTACACATATTACTGA-AATG---C-ACTATACAATTATCAGAATAAATAT-ATTTGTGTAGCAAGAAT-GCCTTC-----T-TA----AAATCAA-CAC----T---ATTTAAATGC-CAAA---A--T-T--------------------AGAC-A-AAATTA---GTG-GA-AATGATTATGAGCATTTTTCTCAATTt
gi|19 : ttttaagc-AA-----ACGAGCTTGTTCCTTACTTTTACCCTTCTTTGGGGCCATTCTATTAATAGAA--AAA-----------CATGAAA-T-TTGAAGAAA-AA-AAAAATA--CATACA--AAAATA--AT---A---AA-TTATA--------TT-T--CA-------TAC-AAATACACTAAGCTTTGCTG-AAAGA---TAAG--TATTTT-A---AAGAAATGTA-TTT----T--ACAGGGCCATTGTA---GGGGCTTTGTGAACCAAGTC
gi|2 : GACAGCGTTCACAAACC-CC-C---AA--AACTG-------ACTCTGAA-AATTCAACATAATGAAAGCC-----T---GTT---TTTTATGCAAAA--GT-------TTATGTTTGTT-A-----TT--TGA----AATATACTTTCTTCTTT-TTAAAA-A-TATC-AAT-------TTTGTTTTTCAA---------GT-TAA-------CAC--TTTTT-AC----T-TA-AACCAT--ATCATCAAAATATAT-GT----GGACAGCTAAAA--ATGCA-TTT----------TTTCTA----------CA-----------TT-------------TAAAG------------CCATTCTGTTCCG---AA-------TG--TA--------C-CAATGTTTT-ACCAGTTAAA----TTTT-CCACA-CGACAATATTTACACATTTTATTGAG-GTG---T-ACCAGATATTGACCAGAACAAATTT-CGTTGTGCGCCAAGAAT-GCGTTT--A--T-CAT---CAA--AA-AAC----T---ATTTATATGC--AAATGTA--T-A--------------------GGACTA-AAAGTG---A-G-GG-AT-----AT-AGCATTTTCCTTAATGCTATCC-TCTTTGGAGTCTTTTTATAAATATAA--AAA-----------CATACAA-T-T--AAAAGA-TA-AAATATA--CATATTTTAAAAGG--ATG--A---AG-A-ATA--------TC-T--GA-------AAC-AAACACACTAAGCTTTCCTG-AAAAA-----------------------AAATGCA-TTT----T--ACAGGGCTGATTTT---GGGGCTTCGTGAc
gi|20 : A-----ATGAACTTTTTTCTTAATCTCAACTGTCTTTGGAGTCATTCTATGAATAG-----AA----A----AACATAAAA-GAA--AAAAAA-GA-AAATATA--CATATTTTAAAAGA--ATG--A---AT-T-ATA--------TG-T--GA-------TAC-AAA-A-ATCAATCTTTGCTG-CAAAA---TGTT--TTTTTA-A---ATGAAATGTA-TTT----T--ACAGGACCATTATT---GGt
gi|21 : ACGAATAGAA--AAA-----------CATAAAAAT-T--AAAAAA--A-TAATATT--CAGATTTAAAAAAA--AACAAA---AA-A-ACA--------TT-T--TAATTGTATTAC-AAATAGACAAAGCTTTATTG-AAACA---TCAG--TATTTA-A---AAGAAATGCA-AAT----T--GCAGGGCC--TTTTTGGGGGGCATCTTGAACCGGGTCtccttt
gi|22 : TC--A--T-AAT---AAA--AA-AAGCACTTCAAATTCAAATGC-CAAA---AAAA-A--------------------GGAC-ACAAAAGG---G-G-GA-AT-----CGGAGCATTTCCCTTAATTTT-ACCCTCTTTGGAGTCATTCTATGAAAAGA--------------------AAAA-T-T---------TA-AAATA-----ATAT--------A--GT---A---A------A--------TT-T--GA-------TAC-AAACACACCAATCTTTGCTG-Agt
gi|23 : AATG-------GCCCTGTAGAATTCAACAAAATTAAACCC-----C---ATT---TTTTC-TCGAAA--GG-------TGATGGTTTTT-ATTTTGTT--TAA----TTCTTTTTTTGTTCTTT-T---AA-A-CGTA-AAT-------TTTGTTTTTCAACTTGACGTTTT-T---------CGC--TTAAT-AC----AATA-A----------ATCAATGTGTGC-A
gi|24 : ccccA----A----AAAATGAAA-T-T--AAAAAT-TA-AAATATATTCATATCTTAAAAGA--AT---A---AAGT-ATA--------TT-T--AA-------TAC-AAAAACACCAACCTTTGCTG-AAAAA---TAAG--TATTTA-A---AAGAAAAGCA-TTT----TTAAAAGGGCCATTATT---GGGGCTTTGTGAACCTGGTCat
gi|25 : t-----------A---AA-------CA--TA--------A-CATATTTAT-AACAGTGAGGGCGCTCTTGCTACA-AG----TATGTACACATATTACTCCGAGTG---T-ACCAGA-ACTGATCAGAATAAATAG-ATTTGCGTGGCAGTAAT-GACATC--A--T-AAT---AAA--AA-CA-----
gi|26 : cattttatgttagtatatta---T--AGCATCAAAGTGTAC-AT----GTACAGCAAAAA-TATGCA-ATT----------TCCATACATTTTTAGCCA-----------TT-------------TTAGG------------T-----------A---AA-------TA--TG--------T-CATGTTTGG-AACTGTTAAGGCACTCTTGCTATACAAAC-ATATT
gi|27 : attgAGAGTGAACC-ACCAGACAATGATCAGAATAAATAT-CTTTGTGTGGCAAAAATGGCTTTCT-G--T-TAA---GAA--AA-AA-----
gi|28 : tAAGGTCATGGTTCACGAACC-CC-T---AA--AAATG-------GCCCTATACAAc
gi|29 : aatatcaTACC-AGACAATATTCACACATATTACTC--AGTG---G-ACCAGA
gi|3 : CTGTATGATGCAATAACAATAAA--CCT---T---ATT---TTTTT-GCAAAAAATTAAGGGGGGGAGATT----------------------ATTATATTTTACAGTTT-T-A-----------------------TGTTTTTGG-------------------------C--TTTAT-AC----AATA----------TCATTAAAGTATAC-AT----GTACATCGAAAA-TATGCA-ATT----------TTACTA----------CA-----------TTTTGAACCATT---TTAGG------------T-----------A---AG-------TA--AA--------T-CTAGAATTT-AACAGTGAAGGCGCTTTTGCAACA-AGGCAATATTTACATACATTACCCAGAGTG---C-ACCAGACAATTATCAGAATAAATAT-CTTTATGTGGCAAAAAT-GCCATC--A--A-AAT---AAA--AA-AAAAAC-T---ATTTCAAAGC-CAAA---A--AGA--------------------ATAC-A-AAATTGT--T-G-GA-AA-----ATGAGCATTTT-CTTAATTTCAACCGCCTTTGAGGTTATTCTATGAATAGAA--AAACATGA----AACTTAAA----T--AAAAAA-TA-AAGTGTA--CATGGTTTAAAAAATTAT---ACTTAG-T-ATA--------TT-TTGAA-------TAC-AAACACACATAGCTTTGCTGAAAAAA---TAAG--TATTT------ATGAAATGCA--TT----T--ACAGGG--AATATT---GGGATTTCGGGGACCTG
gi|30 : aaattcatagatccgccaataAGGGCCATTATT---TGGGCTTCGTGAACCTGGTCt
gi|4 : TT-T-AAAATA-TTTACAAT-------TTTA-----CAT---------TTGT---------CAC--TTTAT---------TC-CA---C--ACCATTTAAGTGTAC-AT----GTATTGCGAACA-TAT
gi|4 : tgaacatttggagaatactagaataggagtgtacatcaatgacagataaaagatgggactgA-------TA--TA--------T-CCTGACTTT-AACAGTGAAGGCTCTCTTGCCACA-AAAAAACATTTAAACTCACTACTCA---TG---------GACAATGTTCAGATTAGATAT-AATTGTGTGGCAAGAAT-GTCTTC--A--C-AAT---AAA--AA-AC-----T---GT--AAATGC-AAAA---A--A-AAAAAAAAAAAAAAAAGAATAGGAC-A-AAAT-G---G-G-GG-AA-----ATGAGAATTTTCCTTAATCCTA-TTGTCTTTGGAGTCATTCTATTAATATAACAGAA----A----AACATGAAA-T-T--AAAAAA-----AATATA--CA-ATTTTAAGAGA--AT---A---AA-TTATG--------TT-A--AA-------TAC-AAATACACCAATCTTTGCTG-----A---TAAG--TATTTA-A---AAGA----------------------GCCATTATT---TGAGCTTTGTGGACCTatcctgactttaacagtgaaggctctcttgccacaaaaaaacatttaaactcactactcatggacaatgttcagattagatataattgtgtggcaagaatgtcttcacaataaaaaactgtaaatgcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagaataggacaaaatgggggaaatgagaattttccttaatcctattgtctttggagtcattctattaatataacagaaaaacatgaaattaaaaaaaatatacaattttaagagaataaattatgttaaatacaaatacaccaatctttgctgataagtatttaaaagagccattatttgagctttgtggaccttagtcct
gi|5 : tgaacatttggagaatactagaataggagtgtacatcaatgacagataaaagatgggactgtttaaaatatttacaattttacatttgtcactttattccacaccatttaagtgtacatgtattgcgaacTTATTATTTAT-AAAA-A-CTTA-AAT-------TTAATTTTT-AA---------TT-T---------CGT--TTAAT-AC----AATA----------TCATCAAAGTGTAC-AC----GGATAACCAAAA-TATGCA-ATT----------CTCCTA----------CA-----------TT-------------TTAAGCTTTTTTTTAGAT-----------A---AA-------TA--TAATGAATTAT-CATGTTTCT-AACAGTGAAGGTATTCTTGCTACC-AGATAATATTTACACATATT--TC-----------------------TCAGAATAAATAT-CTTTGTGTAGCAAGACC-GTCTTC--A--T-TAT---TGG--GA-TAAC---T---ATTTAAATGC-CAAC---A--ATA--------------------AGAC-A-AAAATG---G-G-GA-AA-----ATGGGCATTTTCCTTAATTTTAACCGTCTTCGGGTTCAAGCTGTGAACTG-----AA----A----ATCATAACA-T------AACA-TA-AAATATA--CATATTTCAAAAGA--ATA--A---AG-T-ATA--------TT-T--AACCCTAT-TAC-AAATACACCAATCTTTGCTG-AAAAAAACTAAG--TATTTA-A---AAGAAATGTA-TTA----A--ACAGGCCCTGTATT---GAGGTGTCGTAAACCTGGtagtcct
gi|6 : TTTTCAA---------TT-T---------TAC--GTTTT-TC----GATT-AA---T------TCAA----TACCATTTT-GTACAGTGATAA-TATGCA-ACT----------TTCCTA----------CA-----------T----------------AAA------------------------A---AA-------TA--TA--------T-CATGGTTTT-AACAGTGAAGGCACTTTTGCCACA-AGAAAACATTAACATATATTATTCTGAGTA---TCACTAGACAATGATCAGAATAAGTAT-AATTGTGTGGCAAGAAT-G------------TAT---GAA--C---------T---AATTAAATGTGTAAA---AC-A-A--------------------GGAT-G-AAATTG---G-G-GG-AA-----ATAAGCATTTTCCTTAATTTTGACTGTCTTTGGAGTCATTCTGTGAAT---G--AAA----T----AACATAAAA-T-T--AAAACA-TA-ACATGTA--CATATTTTAAAAGA--AA---A---AA-A-AAA--------TT-T--AT-------TACAAAATACACCATGCTTTACTG-ATAAA---TAAG--TGTTTATAAACAAGAAATGCA-TTT----T--GCAGGGCCAATACCCA-GGGGCTTCATGAACCTGgcc
gi|7 : CTTTATTCTTT-T-ATAA---TGTA-AA-------------------------------------------AT--TTTAT-AT----AAAA-AA---T--ATAATCAAAGTG-AC-AT----ATACAGCAAAAAATATGAT-ATT----------TTCCTA----------CA-----------TT-------------T----------------T-----------A---AACCTTTTTTAGCCA--------T-CA-ACTTTTAAACAGTGAAAGAACTCTTGCTAC-----CAATATCTtattgt
gi|7 : aactatacttttttAATAT-CTTTGTGTAACAAGAAT-GCCTTC--A--TATAC---AAA--AA-GC-----T---ATTTAAATAG-AAAA---A--A-AAA------------------GGAC-A-AAA--------------------ATATGCATTTTCTTTAAATTTTTCCCTCTTTGGTGTTATTCTATGAATAGAA--AAA-----------CATAG---T-T--AAAAAACTA-AAATATA--TATTTTTTAAAAAG--AT---A---AA-G---------------T--GA-------TAC-AGACCCACCCAGCTTTGCTG-AAAAA---TAAA--TATTTA-A---AAGAAATGCA-TTTAACATAAACAGGGCTGATATT---GGGGCTTCGTGAACCttgtgtaacaagaatgccttcatatacaaaaagctatttaaatagaaaaaaaaaggacaaaaatatgcattttctttaaatttttccctctttggtgttattctatgaatagaaaaacatagttaaaaaactaaaatatatattttttaaaaagataaagtgatacagacccacccagctttgctgaaaaataaatatttaaaagaaatgcatttaacataaacagggctgatattggggcttcgtgaaccag
gi|8 : aactatacttttttctttattcttttataatgtaaaattttatataaaaaatataatcaaagtgacatatacagcaaaaaatatgatattttcctacattttaaaccttttttagccatcaacttttaaacagtgaaagaactcttgctaccAAGGACAAAGTTCACAAACC-CCAC---AA--AA-TG-------GCCCTGTATAATTTCATAAAATCAAA--C-----CCTAATT---TTTCT-GAAAAA--TT-------TGG-GTTTTTT------------------ATTGTACTTTATTCTTT-T-AAA------TA--------------------CAA---------TA-T---------CA---TCTAT-AC----A----------------------TGT-----------ACAGCAAAAA-TGTGCA-ATT----------TTCCTA----------CA-----------AT-------------TTAAGC-----------C-----------AT--AA-------TA--TA--------A-CGT-GCTTT-AGCAGTGAAGGTACTCTTGTTACA-AGAAAGTATTTACACATATTCCTCAGAGTG---T-ACCAGACAATGATCAGAATAAATAT-CTTTGTGTAGCAAGAGT-GCAATC--A--T-AAC---CAA--AA-AA-----C---TTTTGTATTT-CAAA---A--A-A--------------------GGAC-A-AAATTG---G-GAGA-AA-----ATAAag
gi|9 : CTCTTGCAACA-AGGCAATATTTACACATAGTACTTAGAGTG---T-ACCAAACAATTATCAGAATAAATAT-CTTTGTGCGGCA----T-GCCTTC--A--T------------AA-C-------------TAA-TGC-CTGA---A--ATA--------------------GGAC-A-AAGTTG---G-G-GGTAA-----ATGAGCATTTTC-TTAAGTTTAGCAATCTTTGGAGTTATTCTATGAATAGAA--A----------------AAAA-T-T--AGAA----------ATA--CATATTTTAAAAGA--AT---T---AG-T-ATC--------TT-C--AA-------TAT--GATGCACATAGTTTCGCTG-AAAAA---TAAGTTTATTTA-A---ACAATATGCA-TTT----C--ACAGGGCCAATATT---GGTGTTTCGTGAACATGaactgcttgcaaagatcgggagcat
Alignments
lowQualScore : 11111 1 1111111 1 333333333333 1111111 222222222222222222 1111111 3333333333333333333333333 1111 33333333333 1111 1111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222222222 3333333333333333333333333 111111 22222222222 111 1111111
lowQualScore : 5 77777 66 0 4444444 2 2 1 3 666666666666 777 999 66 4444444 4 111111111111111111 1 1 3 3 1 88888 3 0000000 0 4444444444444444444444444 33 2 0000 0 00000000000 2 1111 5 2 3 3333333333 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8888888 33 99999999 2 1 2 2 0 1 55555 333 2 99999999999999 55 333333333333 55 555 6666666666666666666666666 2 2 000000 2 2 2 66666 2 1 6666 22222222222 888888 0 55 2 33 1 33 444 444 9999 99999999 2 444 5555555 2 2 3 22 444 33 22 444 0 2 8888888 44 777
lowQualScore : . ..... .. . ....... . . . . ............ ... ... .. ....... . .................. . . . . . ..... . ....... . ......................... .. . .... . ........... . .... . . . .......... ....................................................................... ....... .. ........ . . . . . . ..... ... . .............. .. ............ .. ... ......................... . . ...... . . . ..... . . .... ........... ...... . .. . .. . .. ... ... .... ........ . ... ....... . . . .. ... .. .. ... . . ....... .. ...
lowQualScore : 0 11111 99 1 4444444 6 0 7 4 000000000000 888 333 11 4444444 7 000000000000000000 2 4 3 3 2 66666 3 0000000 8 4444444444444444444444444 99 9 0000 8 99999999999 7 1111 3 9 1 5555555555 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 44 11111111 5 4 5 2 6 1 88888 000 5 22222222222222 66 111111111111 88 000 9999999999999999999999999 9 9 777777 9 9 7 22222 7 2 1111 77777777777 777777 4 99 5 44 2 44 444 444 8888 11111111 5 666 3333333 5 9 5 77 777 77 99 777 9 7 3333333 22 888
consensus : AAGGACAAGGTTCACGAACC-CCAC---AA--AAATG-------GCCCTGTATAATTCAATAAAATTAAA--C-----T---ATT---TTTTN-GCAAAA--TT-------TGATGTTTTTT-A-----TT--TAA----ATTATACTTTATTCTTT-T-AAAA-A-TNTA-AAT-------TTTGTTTTTCAA---------TT-T---------CAC--TTTAT-AC----AATA-AA---T--ATCATCAAAGTGTAC-AT----GTACAGCGAAAA-TATGCA-ATT----------TTCCTA----------CA-----------TT-------------TTAGG------------T-----------A---AA-------TA--TA--------T-CATGGTTTT-AACAGTGAAGGCACTCTTGCTACA-AGACAATATTTACACATATTACTCAGAGTG---T-ACCAGACAATGATCAGAATAAATAT-CTTTGTGTGGCAAGAAT-GCCTTC--A--T-TAT---NAA--AA-NA-----T---ATTTAAATGC-CAAA---A--A-A--------------------GGAC-A-AAATTG---G-G-GA-AA-----ATGAGCATTTTCCTTAATTTTAACCGTCTTTGGAGTCATTCTATGAATAGAA--AAA----A----AACATAAAA-T-T--AAAAAA-TA-AAATATA--CATATTTTAAAAGA--AT---A---AN-T-ATA--------TT-T--GA-------TAC-AAATACACCAAGCTTTGCTG-AAAAA---TAAG--TATTTA-A---AAGAAATGCA-TTT----T--ACAGGGCCGATATT---GGGGCTTCGTGAACCTGGTC
Reference ( family-95 ) : AAGGACAAGGTTCACGAACC-CCAC---AA--AAATG-------GCCCTGTATAATTCAATAAAATTAAA--C-----T---ATT---TTTTN-GCAAAA--TT-------TGATGTTTTTT-A-----TT--TAA----ATTATACTTTATTCTTT-T-AAAA-A-TNTA-AAT-------TTTGTTTTTCAA---------TT-T---------CAC--TTTAT-AC----AATA-AA---T--ATCATCAAAGTGTAC-AT----GTACAGCGAAAA-TATGCA-ATT----------TTCCTA----------CA-----------TT-------------TTAGG------------T-----------A---AA-------TA--TA--------T-CATGGTTTT-AACAGTGAAGGCACTCTTGCTACA-AGACAATATTTACACATATTACTCAGAGTG---T-ACCAGACAATGATCAGAATAAATAT-CTTTGTGTGGCAAGAAT-GCCTTC--A--T-TAT---NAA--AA-NA-----T---ATTTAAATGC-CAAA---A--A-A--------------------GGAC-A-AAATTG---G-G-GA-AA-----ATGAGCATTTTCCTTAATTTTAACCGTCTTTGGAGTCATTCTATGAATAGAA--AAA----A----AACATAAAA-T-T--AAAAAA-TA-AAATATA--CATATTTTAAAAGA--AT---A---AN-T-ATA--------TT-T--GA-------TAC-AAATACACCAAGCTTTGCTG-AAAAA---TAAG--TATTTA-A---AAGAAATGCA-TTT----T--ACAGGGCCGATATT---GGGGCTTCGTGAACCTGGTC
gi|1 : AAGGACGAGATTCCCGAACC-CCAT---AA--ACATGATAAATTGTAATGCAGAATGCAATAAAA--AAA--A-----T---ATT---TTTTG-GCAGAA--TT-------TGATATTTTTT-A-----TT--TAA----ATTATACTTTGTTCTTT-T-AAAA-A-TATA-AAT-------TTTGTTTTTCAA---------TG-T---------TAC--TTTAT-AC----AATA-AA---T--ACCATTGAAGTGTAC-AT----GTACAACGAACA-TACGCA-ATG----------TTCCCA----------CA-----------TT-------------TTATG------------T-----------A---AA-------TA--GA--------T-CATGGTTTT-AACAGTAAAGGTTCTCTTTCTACA-GTACAATATTCAAACGTATTACTGAGAGTG---T-ACCAGACAATGCTCAGAATAAACATGC---GTGTGGTAAGAAT-GCCTTC--T--T-TAT---GAA--AA-TA-----TC--AATTAAATGC-CAAA---A--A-A--------------------GGAC-A-CATTTT---G-G-GA-TA-----ATGAGCATTTTCTTTAATTTTAACCGTCTTTGAAATCATTCTAC--ATAGAA--AAA----A----AACATAAAA-C-T--ATCAAA-TA-AAGTATA--CATATTTTAATAGA--AT---A---AT-T-ATA--------TT-T--AA-------TAC-AAATACACCGAACTTTGCTG-AACAA---TAAG--TATTTG-A---AAGAAATGCA-TTT----T--ACAAGGCCGATATA---CGGACTTTGTAAATCTGGTC
gi|10 : AGGACAAGGTTCACGATCCTCCACCAAAAGGAAATG-------GCCAGG-A-AATTCAATACTATT-----T-----T---ATCCTGTTTTT-GCAAAT--TT-------TTATGATTTTT-A-----TT--TAG-----TTATACTTTA---------AAAT-A-TTTA-AAT-------TTTGTTTTT-AA---------TT-TTACGCTATTCAC--CTTATTAC----AATATCA---TTGATCATCAATGTATAC-AT----GCACAGCCAAAT-TATGCA-ATG----------TTCCTA----------CATTTTTAGCTATTT-------------TTAGG------------T-----------A---AA-------CA--TA--------T-CAT-GTTTT-AACAGTGAAGGCACTCTTGCTACC-AGACAA---CTACACATGTTACTCAGAGAG---T-ACCAGAt
gi|11 : AAGGACAAGGTTCACGAACA-CC-C---AA--AATTG-------GCCCTGTATAATGCAGCAGAATTAAA--CCTTTTT---TTT---TTTTG-GCAAAG--TT-------TAATGTTTTTTTA-----TTCTTAA----A--ATATTTTATTGTTT-T-AAAA-ACTGTA-AAT-------ATTGTTTTTTAA---------TT-T---------TACAATTTTC-GCTT--AATA-AAA--T--ATCATTTAACTGTAC-AT----TTACA---------------ATT----------TTTCTATATTTGAAGTCA-----------TT-------------TTAGG------------T-----------T---AA-------AA--TA--------T-CGTGGTTTT-AACAGCGAAGGCACTCTTGCCATA-AAGAAATA-TTAAGCATATTACTTAGTGTG---T-ACCAGA
gi|12 : AGGACAAGGTTCATGAACC-CCAT---AA--A--TG-------GCCTTGTATAATGCAATAAAATTAAA--A-----C---ATT---TTT---GCAAAC--TT-------TAATGTTTTTT-T-----TT--TAATTTTATTATACTTTAGTCTTT-T-AAAA-C-TATT-AATATATGTTTTTGCTTTTCAA---------TT-TT--------CAT--TTCTT-TCGCTTAATACAA---T--ATCATTAAAGTGTAC-AT----GTGCAGCGAAAA-TATGCA-ATTCCCCCCCCCCCCCCCC----------CA-----------TT-------------TTAAGC-----------T-----------ATTTAT-------TA--TA--------T-AATGGTTTT-AACAGTAAAGATACACTTGCCACA-
gi|13 : T-------TTTACCTTTT-----------TT-T---------CGC--TTAAT-AC----AATA----------TCATTTAAGTGTAC-ATTTAAGTGTAGCAAAAG-TTTGCA-CTT----------TTCCTA----------CA-----------TT-------------TAAGC------------C-----------ATTTAA-------TG--TA--------AACATGGTTTT-AACAGTGAAAGCGCTCTTGTCACA-AGAACATATTTGCACGTATTACTCAGAGTG---T-ACTAGACACTGATCAAAATAAATAT-CTTTGTATGACAAGAAT-GCGTTC--A--T-TATAGATAA--AATTA-----C---ATTTttgt
gi|14 : caaaataaaagttatcgtgcattcatCAATATACACACATATTACTCAG--TG---T-ACCAGACAATTTTCAAAATAAATAC-C----------AAGAAT-GTCTTA--AAGT-TTC---TAA--TC-AA-----T---ATTTAAATGC-CAAA---T--ATA--------------------GGAC-A-AAA--------------------ATA---------CTCAATTTTACCCA-CTTTGGAGTTATTCTCTGAATAGAA--AAA----ATAACAACATAAAA-AAT--CAAAAA-TA-AAATATA--CATAATT------------------AT-T-ATA--------ATAT--GA-------TA--AACTACAT--A--TGTGATG-CAAAC----------------A---CACCAATGTA-TTT----T--ACAGGGCTGATATT---TAGGCTTCGTTAAgtattttaaagcca
gi|15 : AAAGGCAAGGTTCTCGAACC-CCCC---AA--AA-TA-------GCCCTGAA-AATTTTATAAAAT---A--C-------------------------AA--TC-------T--TATTTTTT-A-----TT--TTA----ATTATA-----------------A-A-TTTG-AAT-------TTTGTCTTTCAT---------TT-TTACACTGATCGC--TTTAT-AC----AGCA-A----T--ACCATCAAAGTATGC-AT----GTACAGC--------TGCATTTT----------TTTCTA----------CA-----------TTACAGTAAGCCATATAAGG------------T-----------A---AA-------TA--AA--------T-CATTTTTTT-AACAGTTAATGCAATCTAACTACA-CGACAATATTTATGCATATTACTGGGAATG---T-ATTAGAttt
gi|16 : AT-GCTTTCTTA--T-TAC---TAAC-AA-TA-----T---ATTAAAA-GT-AAAA---A--A-A--------------------ATAG-G-AAACCGAATG-G-GG-AA-----ATGAGCATTTTCCACAATTTTGACAGTATTTGGTGTCATTTTATGA----AA--GGA----G----AATATAAAATT-T--AGAAGA-AA-AAAAATA--CATAATTTAAAAGA--TA---A---AT-T-ATAATAAATTCTT-T--AA-------TAT-AAATAAACCAAGCTTTGGTA-TAAAA---TAAG--TATTTA-A---A--AATTGCGCTTT----T--TCATGGTCGATATT---GGGGACTCGTGAACCTt
gi|17 : AT-TTTTGTGTGGCAAGAAT-GCTTTT--A--T--AT---AAC--AA-TA-----T------TATATGCACAAA---A--A-ATA------------------GGAC-A-AAATTA---G-C-AA-AC-----ATAAGCAATTTCTTAAATTTTAAACGTCTTTGGAGTTATTCTCTGAATAG-----AA----A----ATCTTAA--------AAAAAA-TATAAAT-TA--CATATTTAGAAATA--ATA--A---AA-T-ATA--------TG-T--GA-------TGT-AAATACAC----------------------AAG--CATTTA-A---AAGAAATGCA-TTT----T--ACAGGGCCGATATT---CGGGCTTTGTGAACCTtg
gi|18 : aca----------CA-----------TT-------------TTAGG------------T-----------A---AA-------TA--TA--------T-CATGGTTTT-AATAGTGAAGACACTCTTGCTACA-AAGCAATAGTTACACATATTACTGA-AATG---C-ACTATACAATTATCAGAATAAATAT-ATTTGTGTAGCAAGAAT-GCCTTC-----T-TA----AAATCAA-CAC----T---ATTTAAATGC-CAAA---A--T-T--------------------AGAC-A-AAATTA---GTG-GA-AATGATTATGAGCATTTTTCTCAATTt
gi|19 : ttttaagc-AA-----ACGAGCTTGTTCCTTACTTTTACCCTTCTTTGGGGCCATTCTATTAATAGAA--AAA-----------CATGAAA-T-TTGAAGAAA-AA-AAAAATA--CATACA--AAAATA--AT---A---AA-TTATA--------TT-T--CA-------TAC-AAATACACTAAGCTTTGCTG-AAAGA---TAAG--TATTTT-A---AAGAAATGTA-TTT----T--ACAGGGCCATTGTA---GGGGCTTTGTGAACCAAGTC
gi|2 : GACAGCGTTCACAAACC-CC-C---AA--AACTG-------ACTCTGAA-AATTCAACATAATGAAAGCC-----T---GTT---TTTTATGCAAAA--GT-------TTATGTTTGTT-A-----TT--TGA----AATATACTTTCTTCTTT-TTAAAA-A-TATC-AAT-------TTTGTTTTTCAA---------GT-TAA-------CAC--TTTTT-AC----T-TA-AACCAT--ATCATCAAAATATAT-GT----GGACAGCTAAAA--ATGCA-TTT----------TTTCTA----------CA-----------TT-------------TAAAG------------CCATTCTGTTCCG---AA-------TG--TA--------C-CAATGTTTT-ACCAGTTAAA----TTTT-CCACA-CGACAATATTTACACATTTTATTGAG-GTG---T-ACCAGATATTGACCAGAACAAATTT-CGTTGTGCGCCAAGAAT-GCGTTT--A--T-CAT---CAA--AA-AAC----T---ATTTATATGC--AAATGTA--T-A--------------------GGACTA-AAAGTG---A-G-GG-AT-----AT-AGCATTTTCCTTAATGCTATCC-TCTTTGGAGTCTTTTTATAAATATAA--AAA-----------CATACAA-T-T--AAAAGA-TA-AAATATA--CATATTTTAAAAGG--ATG--A---AG-A-ATA--------TC-T--GA-------AAC-AAACACACTAAGCTTTCCTG-AAAAA-----------------------AAATGCA-TTT----T--ACAGGGCTGATTTT---GGGGCTTCGTGAc
gi|20 : A-----ATGAACTTTTTTCTTAATCTCAACTGTCTTTGGAGTCATTCTATGAATAG-----AA----A----AACATAAAA-GAA--AAAAAA-GA-AAATATA--CATATTTTAAAAGA--ATG--A---AT-T-ATA--------TG-T--GA-------TAC-AAA-A-ATCAATCTTTGCTG-CAAAA---TGTT--TTTTTA-A---ATGAAATGTA-TTT----T--ACAGGACCATTATT---GGt
gi|21 : ACGAATAGAA--AAA-----------CATAAAAAT-T--AAAAAA--A-TAATATT--CAGATTTAAAAAAA--AACAAA---AA-A-ACA--------TT-T--TAATTGTATTAC-AAATAGACAAAGCTTTATTG-AAACA---TCAG--TATTTA-A---AAGAAATGCA-AAT----T--GCAGGGCC--TTTTTGGGGGGCATCTTGAACCGGGTCtccttt
gi|22 : TC--A--T-AAT---AAA--AA-AAGCACTTCAAATTCAAATGC-CAAA---AAAA-A--------------------GGAC-ACAAAAGG---G-G-GA-AT-----CGGAGCATTTCCCTTAATTTT-ACCCTCTTTGGAGTCATTCTATGAAAAGA--------------------AAAA-T-T---------TA-AAATA-----ATAT--------A--GT---A---A------A--------TT-T--GA-------TAC-AAACACACCAATCTTTGCTG-Agt
gi|23 : AATG-------GCCCTGTAGAATTCAACAAAATTAAACCC-----C---ATT---TTTTC-TCGAAA--GG-------TGATGGTTTTT-ATTTTGTT--TAA----TTCTTTTTTTGTTCTTT-T---AA-A-CGTA-AAT-------TTTGTTTTTCAACTTGACGTTTT-T---------CGC--TTAAT-AC----AATA-A----------ATCAATGTGTGC-A
gi|24 : ccccA----A----AAAATGAAA-T-T--AAAAAT-TA-AAATATATTCATATCTTAAAAGA--AT---A---AAGT-ATA--------TT-T--AA-------TAC-AAAAACACCAACCTTTGCTG-AAAAA---TAAG--TATTTA-A---AAGAAAAGCA-TTT----TTAAAAGGGCCATTATT---GGGGCTTTGTGAACCTGGTCat
gi|25 : t-----------A---AA-------CA--TA--------A-CATATTTAT-AACAGTGAGGGCGCTCTTGCTACA-AG----TATGTACACATATTACTCCGAGTG---T-ACCAGA-ACTGATCAGAATAAATAG-ATTTGCGTGGCAGTAAT-GACATC--A--T-AAT---AAA--AA-CA-----
gi|26 : cattttatgttagtatatta---T--AGCATCAAAGTGTAC-AT----GTACAGCAAAAA-TATGCA-ATT----------TCCATACATTTTTAGCCA-----------TT-------------TTAGG------------T-----------A---AA-------TA--TG--------T-CATGTTTGG-AACTGTTAAGGCACTCTTGCTATACAAAC-ATATT
gi|27 : attgAGAGTGAACC-ACCAGACAATGATCAGAATAAATAT-CTTTGTGTGGCAAAAATGGCTTTCT-G--T-TAA---GAA--AA-AA-----
gi|28 : tAAGGTCATGGTTCACGAACC-CC-T---AA--AAATG-------GCCCTATACAAc
gi|29 : aatatcaTACC-AGACAATATTCACACATATTACTC--AGTG---G-ACCAGA
gi|3 : CTGTATGATGCAATAACAATAAA--CCT---T---ATT---TTTTT-GCAAAAAATTAAGGGGGGGAGATT----------------------ATTATATTTTACAGTTT-T-A-----------------------TGTTTTTGG-------------------------C--TTTAT-AC----AATA----------TCATTAAAGTATAC-AT----GTACATCGAAAA-TATGCA-ATT----------TTACTA----------CA-----------TTTTGAACCATT---TTAGG------------T-----------A---AG-------TA--AA--------T-CTAGAATTT-AACAGTGAAGGCGCTTTTGCAACA-AGGCAATATTTACATACATTACCCAGAGTG---C-ACCAGACAATTATCAGAATAAATAT-CTTTATGTGGCAAAAAT-GCCATC--A--A-AAT---AAA--AA-AAAAAC-T---ATTTCAAAGC-CAAA---A--AGA--------------------ATAC-A-AAATTGT--T-G-GA-AA-----ATGAGCATTTT-CTTAATTTCAACCGCCTTTGAGGTTATTCTATGAATAGAA--AAACATGA----AACTTAAA----T--AAAAAA-TA-AAGTGTA--CATGGTTTAAAAAATTAT---ACTTAG-T-ATA--------TT-TTGAA-------TAC-AAACACACATAGCTTTGCTGAAAAAA---TAAG--TATTT------ATGAAATGCA--TT----T--ACAGGG--AATATT---GGGATTTCGGGGACCTG
gi|30 : aaattcatagatccgccaataAGGGCCATTATT---TGGGCTTCGTGAACCTGGTCt
gi|4 : TT-T-AAAATA-TTTACAAT-------TTTA-----CAT---------TTGT---------CAC--TTTAT---------TC-CA---C--ACCATTTAAGTGTAC-AT----GTATTGCGAACA-TAT
gi|4 : tgaacatttggagaatactagaataggagtgtacatcaatgacagataaaagatgggactgA-------TA--TA--------T-CCTGACTTT-AACAGTGAAGGCTCTCTTGCCACA-AAAAAACATTTAAACTCACTACTCA---TG---------GACAATGTTCAGATTAGATAT-AATTGTGTGGCAAGAAT-GTCTTC--A--C-AAT---AAA--AA-AC-----T---GT--AAATGC-AAAA---A--A-AAAAAAAAAAAAAAAAGAATAGGAC-A-AAAT-G---G-G-GG-AA-----ATGAGAATTTTCCTTAATCCTA-TTGTCTTTGGAGTCATTCTATTAATATAACAGAA----A----AACATGAAA-T-T--AAAAAA-----AATATA--CA-ATTTTAAGAGA--AT---A---AA-TTATG--------TT-A--AA-------TAC-AAATACACCAATCTTTGCTG-----A---TAAG--TATTTA-A---AAGA----------------------GCCATTATT---TGAGCTTTGTGGACCTatcctgactttaacagtgaaggctctcttgccacaaaaaaacatttaaactcactactcatggacaatgttcagattagatataattgtgtggcaagaatgtcttcacaataaaaaactgtaaatgcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagaataggacaaaatgggggaaatgagaattttccttaatcctattgtctttggagtcattctattaatataacagaaaaacatgaaattaaaaaaaatatacaattttaagagaataaattatgttaaatacaaatacaccaatctttgctgataagtatttaaaagagccattatttgagctttgtggaccttagtcct
gi|5 : tgaacatttggagaatactagaataggagtgtacatcaatgacagataaaagatgggactgtttaaaatatttacaattttacatttgtcactttattccacaccatttaagtgtacatgtattgcgaacTTATTATTTAT-AAAA-A-CTTA-AAT-------TTAATTTTT-AA---------TT-T---------CGT--TTAAT-AC----AATA----------TCATCAAAGTGTAC-AC----GGATAACCAAAA-TATGCA-ATT----------CTCCTA----------CA-----------TT-------------TTAAGCTTTTTTTTAGAT-----------A---AA-------TA--TAATGAATTAT-CATGTTTCT-AACAGTGAAGGTATTCTTGCTACC-AGATAATATTTACACATATT--TC-----------------------TCAGAATAAATAT-CTTTGTGTAGCAAGACC-GTCTTC--A--T-TAT---TGG--GA-TAAC---T---ATTTAAATGC-CAAC---A--ATA--------------------AGAC-A-AAAATG---G-G-GA-AA-----ATGGGCATTTTCCTTAATTTTAACCGTCTTCGGGTTCAAGCTGTGAACTG-----AA----A----ATCATAACA-T------AACA-TA-AAATATA--CATATTTCAAAAGA--ATA--A---AG-T-ATA--------TT-T--AACCCTAT-TAC-AAATACACCAATCTTTGCTG-AAAAAAACTAAG--TATTTA-A---AAGAAATGTA-TTA----A--ACAGGCCCTGTATT---GAGGTGTCGTAAACCTGGtagtcct
gi|6 : TTTTCAA---------TT-T---------TAC--GTTTT-TC----GATT-AA---T------TCAA----TACCATTTT-GTACAGTGATAA-TATGCA-ACT----------TTCCTA----------CA-----------T----------------AAA------------------------A---AA-------TA--TA--------T-CATGGTTTT-AACAGTGAAGGCACTTTTGCCACA-AGAAAACATTAACATATATTATTCTGAGTA---TCACTAGACAATGATCAGAATAAGTAT-AATTGTGTGGCAAGAAT-G------------TAT---GAA--C---------T---AATTAAATGTGTAAA---AC-A-A--------------------GGAT-G-AAATTG---G-G-GG-AA-----ATAAGCATTTTCCTTAATTTTGACTGTCTTTGGAGTCATTCTGTGAAT---G--AAA----T----AACATAAAA-T-T--AAAACA-TA-ACATGTA--CATATTTTAAAAGA--AA---A---AA-A-AAA--------TT-T--AT-------TACAAAATACACCATGCTTTACTG-ATAAA---TAAG--TGTTTATAAACAAGAAATGCA-TTT----T--GCAGGGCCAATACCCA-GGGGCTTCATGAACCTGgcc
gi|7 : CTTTATTCTTT-T-ATAA---TGTA-AA-------------------------------------------AT--TTTAT-AT----AAAA-AA---T--ATAATCAAAGTG-AC-AT----ATACAGCAAAAAATATGAT-ATT----------TTCCTA----------CA-----------TT-------------T----------------T-----------A---AACCTTTTTTAGCCA--------T-CA-ACTTTTAAACAGTGAAAGAACTCTTGCTAC-----CAATATCTtattgt
gi|7 : aactatacttttttAATAT-CTTTGTGTAACAAGAAT-GCCTTC--A--TATAC---AAA--AA-GC-----T---ATTTAAATAG-AAAA---A--A-AAA------------------GGAC-A-AAA--------------------ATATGCATTTTCTTTAAATTTTTCCCTCTTTGGTGTTATTCTATGAATAGAA--AAA-----------CATAG---T-T--AAAAAACTA-AAATATA--TATTTTTTAAAAAG--AT---A---AA-G---------------T--GA-------TAC-AGACCCACCCAGCTTTGCTG-AAAAA---TAAA--TATTTA-A---AAGAAATGCA-TTTAACATAAACAGGGCTGATATT---GGGGCTTCGTGAACCttgtgtaacaagaatgccttcatatacaaaaagctatttaaatagaaaaaaaaaggacaaaaatatgcattttctttaaatttttccctctttggtgttattctatgaatagaaaaacatagttaaaaaactaaaatatatattttttaaaaagataaagtgatacagacccacccagctttgctgaaaaataaatatttaaaagaaatgcatttaacataaacagggctgatattggggcttcgtgaaccag
gi|8 : aactatacttttttctttattcttttataatgtaaaattttatataaaaaatataatcaaagtgacatatacagcaaaaaatatgatattttcctacattttaaaccttttttagccatcaacttttaaacagtgaaagaactcttgctaccAAGGACAAAGTTCACAAACC-CCAC---AA--AA-TG-------GCCCTGTATAATTTCATAAAATCAAA--C-----CCTAATT---TTTCT-GAAAAA--TT-------TGG-GTTTTTT------------------ATTGTACTTTATTCTTT-T-AAA------TA--------------------CAA---------TA-T---------CA---TCTAT-AC----A----------------------TGT-----------ACAGCAAAAA-TGTGCA-ATT----------TTCCTA----------CA-----------AT-------------TTAAGC-----------C-----------AT--AA-------TA--TA--------A-CGT-GCTTT-AGCAGTGAAGGTACTCTTGTTACA-AGAAAGTATTTACACATATTCCTCAGAGTG---T-ACCAGACAATGATCAGAATAAATAT-CTTTGTGTAGCAAGAGT-GCAATC--A--T-AAC---CAA--AA-AA-----C---TTTTGTATTT-CAAA---A--A-A--------------------GGAC-A-AAATTG---G-GAGA-AA-----ATAAag
gi|9 : CTCTTGCAACA-AGGCAATATTTACACATAGTACTTAGAGTG---T-ACCAAACAATTATCAGAATAAATAT-CTTTGTGCGGCA----T-GCCTTC--A--T------------AA-C-------------TAA-TGC-CTGA---A--ATA--------------------GGAC-A-AAGTTG---G-G-GGTAA-----ATGAGCATTTTC-TTAAGTTTAGCAATCTTTGGAGTTATTCTATGAATAGAA--A----------------AAAA-T-T--AGAA----------ATA--CATATTTTAAAAGA--AT---T---AG-T-ATC--------TT-C--AA-------TAT--GATGCACATAGTTTCGCTG-AAAAA---TAAGTTTATTTA-A---ACAATATGCA-TTT----C--ACAGGGCCAATATT---GGTGTTTCGTGAACATGaactgcttgcaaagatcgggagcat
blockSeqs : T ACCAA GG A . T T T T CCTTTTT CTG TAT AA AAGGGGG T ATTTTGTTTAA T G A T A ACTG C ATATGTT CATTTTTACACTGAT AA T GCTT TCATTGAT C TTAA C A T CCCCCCCCCC CATTACAGTAAGCCATATAAGGTA CCTTTTT GC ATGAATTA A G A C A AACC CT G ATTATAGAT TC AAGCACTTCAA AC TGT AAAAAAAAAAAAAAAAAGAATA T C CCGAAT T A T TGATT C A AACA ATAACAA TTTG CT T TT T TT CAA CTT ATT ATAAATTC A TGA ATTGTAT A C G AA AAC TT AT AAC C AACATAA GA TGG
blockSeqs : . AT . T . T T G T CCCTA . TT . . A TTTTAATTTT G C . . A TATT . . CAACTTGACGTTTTT . . TT AACCATAT . TTT G . . . CATTTTAAGCTTTTTTTTAGATA . . . . G . . T TC TT . AAGTTTCT C AAAAACT GT . AATA . . TTGT . . . . A G AA CATGAAA AAT T . . A . A . AGT . . G CCCTAT . T G C . . A . . TTA GA CA
blockSeqs : . CC . C . A G G T GCCT . TG . . A TATTCTTAA T C . . A ATT . . AATTTTACGCTATT . . . AAATAT . . A . . . CATTTTTAGCTATTTTTAGGTA . . . . G . . A T AT . TTATTACT . TAACT C . AAAA . . TTA . . . . A G AA GAA TTT A . . T . G . ATT . . A . . T G T . . A . . T GA .
blockSeqs : . AC . A . A C T G CCCC . TC . . T ATTTAG T C . . A CTA . . CAAGTTAA . . . CAATAT . . T . . . CATTTAAAGCCATTCTGTTCCG . . . . T . . A T CG . TGTTAAG . TTAC A . AAAA . . TTA . . . . C T AA AAT GAA T . . T . G . TT . . G . . C T A . . T . . T AT .
blockSeqs : . C . A . T T T T CCTT . TT . . G ATTTTA C G . . A ATT . . CAATTTT . . . CACAC . . A . . . TATTTGAAGTCATTTTAGGTT . . . . G . . A T AT . ATATACA . CACT C . ATA . . GTG . . . . T G AA AAA ATT A . . A . A . TT . . C . . A G A . . A . . T GA .
blockSeqs : . C . . . T T T T TT . CT . . G ATTTGA T A . . A ATA . . CATTTGT . . . AATAT . . G . . . CATTTTTAGCCATTTTAGGTA . . . . T . . A T CT . ATCATC . AACT C . AGA . . AGG . . . . A C AA AAA TT T . . T . . . AT . . G . . C T C . . A . . T AT .
blockSeqs : . T . . . T . G C AC . . . . G . T C . . T ACG . . TAATTT . . . ATAC . . G . . . CATTTTGAACCATTTTAGGTA . . . . A . . A T CT . ATAATA . AAT C . ATA . . ATG . . . . A G AA AAA TT G . . T . . . GA . . G . . C C A . . A . . T AT .
blockSeqs : . . T . T . C . . . . . . T C . . A ACT . . CAATTT . . . AAT . . C . . . CATTTTAAGCTATTT . . . . G . . A C AA . ATAATA . TAT A . CAA . . TTG . . . . A G AA AAT TT T . . T . . . TT . . T . . A G A . . A . . T AA .
blockSeqs : . . . . . . . TG . . CAATAT . . . T . . G . . . CATTTAAGCCATTT . . . . G . . A T CT . AAAATA . TAT C . ATA . . TTG . . . . A G AA TAA TT T . . C . . . AA . . G . . C T A . . A . . T AT .
blockSeqs : . . . . . . . . AATTT . . . A . . A . . . CAATTTAAGCCAT . . . . G . . A T AA . ACAATA . ACT A . AA . . TTG . . . . A G A . TT T . . T . . . GT . . A . . C T A . . A . . T AT .
blockSeqs : . . . . . . TTTT . . . T . . A . . . CATTTTAGGTA . . . . G . . A G CT . ATTATT . GCT C . TT . . TG . . . . T C G . TT T . . T . . . GT . . A . . C G A . . A . . A TG .
blockSeqs : . GG . . . T . . . . . . CATAAAA . . . . G . . A C CT . ATAACC . AAC C . TA . . . . . . . G A . . TT T . . T . . . AA . . A . . C G A . . . . . T AA .
blockSeqs : . . . . . . . . . CATTTTA . . . . A . . . T CT . ATATA . T . . AA . . . . . . . . . . . T . . . . . . . AG . . A . . A G A . . . . . C GA .
blockSeqs : . . . . . . . . . T C . TTAA . C . . . . T . . . . . . . GT . . G . . . . . . . . . . . AA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TATG . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . AT .
blockSeqs : .
blockSeqCons : C**** ******* CCCT******** AATAT****** AACT******** ATA**********************
originalCons : AAGGACAAGGTTCACGAACC-CCAC---AA--AAATG-------GCCCTGTATAATTCAATAAAATTAAA--C-----T---ATT---TTTTN-GCAAAA--TT-------TGATGTTTTTT-A-----TT--TAA----ATTATACTTTATTCTTT-T-AAAA-A-TNTA-AAT-------TTTGTTTTTCAA---------TT-T---------CAC--TTTAT-AC----AATA-AA---T--ATCATCAAAGTGTAC-AT----GTACAGCGAAAA-TATGCA-ATT----------TTCCTA----------CA-----------TT-------------TTAGG------------T-----------A---AA-------TA--TA--------T-CATGGTTTT-AACAGTGAAGGCACTCTTGCTACA-AGACAATATTTACACATATTACTCAGAGTG---T-ACCAGACAATGATCAGAATAAATAT-CTTTGTGTGGCAAGAAT-GCCTTC--A--T-TAT---NAA--AA-NA-----T---ATTTAAATGC-CAAA---A--A-A--------------------GGAC-A-AAATTG---G-G-GA-AA-----ATGAGCATTTTCCTTAATTTTAACCGTCTTTGGAGTCATTCTATGAATAGAA--AAA----A----AACATAAAA-T-T--AAAAAA-TA-AAATATA--CATATTTTAAAAGA--AT---A---AN-T-ATA--------TT-T--GA-------TAC-AAATACACCAAGCTTTGCTG-AAAAA---TAAG--TATTTA-A---AAGAAATGCA-TTT----T--ACAGGGCCGATATT---GGGGCTTCGTGAACCTGGTC
finalCons : AAGGACAAGGTTCACGAACC-CCC----AA--AAATG-------GCCCTGTATAATTCAATAAAATTAAACCCT--------ATT---TTTTN-GCAAAA--TT-------TGATGTTTTTT-A-----TT--TAA----ATTATACTTTATTCTTT-T-AAAA-A-TNTA-AAT-------TTTGTTTTTCAA---------TT-T---------CAC--TTTAT-AC----AATAAATAT------CATCAAAGTGTAC-AT----GTACAGCGAAAA-TATGCA-ATT----------TTCCTA----------CA-----------TT-------------TTAGG------------T-----------A---AA-------TA--TA--------T-CATGGTTTT-AACAGTGAAGGCACTCTTGCTACA-AGACAATATTTACACATATTACTCAGAGTG---T-ACCAGACAATGATCAGAATAAATAT-CTTTGTGTGGCAAGAAT-GCCTTC--A--T-TAT---NAA--AAAACT--------ATTTAAATGC-CAAA---AATA----------------------GGAC-A-AAATTG---G-G-GA-AA-----ATGAGCATTTTCCTTAATTTTAACCGTCTTTGGAGTCATTCTATGAATAGAA--AAA----A----AACATAAAA-T-T--AAAAAA-TA-AAATATA--CATATTTTAAAAGA--AT---A---AN-T-ATA--------TT-T--GA-------TAC-AAATACACCAAGCTTTGCTG-AAAAA---TAAG--TATTTA-A---AAGAAATGCA-TTT----T--ACAGGGCCGATATT---GGGGCTTCGTGAACCTGGTC
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111111 1 22222 1111111 222222222222222222 1111111 3333333333333333333333333 1111 33333333333 1111 1111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111111 11111111111111 222222222222222222222222 111111111111111111 111 1111111
lowQualScore : 7777777777 4444444 2 2 1 3 88888 44444 66 4444444 4 111111111111111111 1 1 3 3 1 88888 3 0000000 0 4444444444444444444444444 33 2 0000 0 00000000000 2 1111 5 2 3 3333333333 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8888888 33 99999999 2 1 2 2 0 1 55555 333 2 333333333333 55 2 444 44444444444444 2 2 2 777777777777777777777777 2 555 555 2 8888 2 2 2 66666 33 0 4 3 999999999999999999 888888 0 55 2 33 1 33 444 444 9999 99999999 2 444 5555555 2 2 3 22 444 33 22 444 0 2 8888888 44 777
lowQualScore : .......... ....... . . . . ..... ..... .. ....... . .................. . . . . . ..... . ....... . ......................... .. . .... . ........... . .... . . . .......... ....................................................................... ....... .. ........ . . . . . . ..... ... . ............ .. . ... .............. . . . ........................ . ... ... . .... . . . ..... .. . . . .................. ...... . .. . .. . .. ... ... .... ........ . ... ....... . . . .. ... .. .. ... . . ....... .. ...
lowQualScore : 1111111111 4444444 6 0 7 4 33333 11111 11 4444444 7 000000000000000000 2 4 3 3 2 66666 3 0000000 8 4444444444444444444444444 99 9 0000 8 99999999999 7 1111 3 9 1 5555555555 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 44 11111111 5 4 5 2 6 1 88888 000 5 555555555555 66 4 444 99999999999999 7 7 7 444444444444444444444444 9 000 000 9 7777 9 9 7 22222 44 5 4 0 555555555555555555 777777 4 99 5 44 2 44 444 444 8888 11111111 5 666 3333333 5 9 5 77 777 77 99 777 9 7 3333333 22 888
consensus : AAGGACAAGGTTCACGAACCCC-CA-------AAAATG-------GCCCTGTATAATTCAATAAAATTAAACCCT-ATTTTTT----GCAAAA--TT-------TGATGTTTTTT-A-----TT--TAA----ATTATACTTTATTCTTT-T-AAAA-A-TNTA-AAT-------TTTGTTTTTCAA---------TT-T---------CAC--TTTAT-AC----AATA-AA---T--ATCATCAAAGTGTAC-AT----GTACAGCGAAAA-TATGCA-ATT----------TTCCTA----------CA-----------TT-------------TTAGG------------T-----------A---AA-------TA--TA--------T-CATGGTTTT-AACAGTGAAGGCACTCTTGCTACA-AGACAATATTTACACATATTACTCAGAGTG---T-ACCAGACAATGATCAGAATAAATAT-CTTTGTGTGGCAAGAAT-GCCTTC---A--T-TATNAA--AA-AA---CT----A---------TTTAAA-T-GC-CAAAA---A-------------------TA-GG---A---C-AAAATTG-G-G-GA-AA-----AT--GAGCATTTTCCTTAATTTTAACCGTCTTTGGAGTCATTCTATGAATAGAA--AAA----A----AACATAAAA-T-T--AAAAAA-TA-AAATATA--CATATTTTAAAAGA--AT---A---AN-T-ATA--------TT-T--GA-------TAC-AAATACACCAAGCTTTGCTG-AAAAA---TAAG--TATTTA-A---AAGAAATGCA-TTT----T--ACAGGGCCGATATT---GGGGCTTCGTGAACCTGGTC
Reference ( family-95 ) : AAGGACAAGGTTCACGAACCCC-CA-------AAAATG-------GCCCTGTATAATTCAATAAAATTAAACCCT-ATTTTTTN---GCAAAA--TT-------TGATGTTTTTT-A-----TT--TAA----ATTATACTTTATTCTTT-T-AAAA-A-TNTA-AAT-------TTTGTTTTTCAA---------TT-T---------CAC--TTTAT-AC----AATA-AA---T--ATCATCAAAGTGTAC-AT----GTACAGCGAAAA-TATGCA-ATT----------TTCCTA----------CA-----------TT-------------TTAGG------------T-----------A---AA-------TA--TA--------T-CATGGTTTT-AACAGTGAAGGCACTCTTGCTACA-AGACAATATTTACACATATTACTCAGAGTG---T-ACCAGACAATGATCAGAATAAATAT-CTTTGTGTGGCAAGAAT-GCCTTC---A--T-TATNAA--AA-AA---CT----A---------TTTAAA-T-GC-CAAAA---A-------------------TA-GG---A---C-AAAATTG-G-G-GA-AA-----AT--GAGCATTTTCCTTAATTTTAACCGTCTTTGGAGTCATTCTATGAATAGAA--AAA----A----AACATAAAA-T-T--AAAAAA-TA-AAATATA--CATATTTTAAAAGA--AT---A---AN-T-ATA--------TT-T--GA-------TAC-AAATACACCAAGCTTTGCTG-AAAAA---TAAG--TATTTA-A---AAGAAATGCA-TTT----T--ACAGGGCCGATATT---GGGGCTTCGTGAACCTGGTC
gi|1 : AAGGACGAGATTCCCGAACCCCATA-------AACATGATAAATTGTAATGCAGAATGCAATAAAA--AAAA--T-ATTTTTTG---GCAGAA--TT-------TGATATTTTTT-A-----TT--TAA----ATTATACTTTGTTCTTT-T-AAAA-A-TATA-AAT-------TTTGTTTTTCAA---------TG-T---------TAC--TTTAT-AC----AATA-AA---T--ACCATTGAAGTGTAC-AT----GTACAACGAACA-TACGCA-ATG----------TTCCCA----------CA-----------TT-------------TTATG------------T-----------A---AA-------TA--GA--------T-CATGGTTTT-AACAGTAAAGGTTCTCTTTCTACA-GTACAATATTCAAACGTATTACTGAGAGTG---T-ACCAGACAATGCTCAGAATAAACATGC---GTGTGGTAAGAAT-GCCTTC---T--T-TATGAA--AA-TA---TC----A---------ATTAAA-T-GC-CAAAA---A--------------------A-GG---A---C-ACATTTT-G-G-GA-TA-----AT--GAGCATTTTCTTTAATTTTAACCGTCTTTGAAATCATTCTAC--ATAGAA--AAA----A----AACATAAAA-C-T--ATCAAA-TA-AAGTATA--CATATTTTAATAGA--AT---A---AT-T-ATA--------TT-T--AA-------TAC-AAATACACCGAACTTTGCTG-AACAA---TAAG--TATTTG-A---AAGAAATGCA-TTT----T--ACAAGGCCGATATA---CGGACTTTGTAAATCTGGTC
gi|10 : AGGACAAGGTTCACGATCCTC-CACCAAAAGGAAATG-------GCCAGG-A-AATTCAATACTATTTTATCCT-GTTTTT-----GCAAAT--TT-------TTATGATTTTT-A-----TT--TAG-----TTATACTTTA---------AAAT-A-TTTA-AAT-------TTTGTTTTT-AA---------TT-TTACGCTATTCAC--CTTATTAC----AATATCA---TTGATCATCAATGTATAC-AT----GCACAGCCAAAT-TATGCA-ATG----------TTCCTA----------CATTTTTAGCTATTT-------------TTAGG------------T-----------A---AA-------CA--TA--------T-CAT-GTTTT-AACAGTGAAGGCACTCTTGCTACC-AGACAA---CTACACATGTTACTCAGAGAG---T-ACCAGAt
gi|11 : AAGGACAAGGTTCACGAACACC-CA-------AAATTG-------GCCCTGTATAATGCAGCAGAATTAAACCTT-TTTTTTTTTTGGCAAAG--TT-------TAATGTTTTTTTA-----TTCTTAA----A--ATATTTTATTGTTT-T-AAAA-ACTGTA-AAT-------ATTGTTTTTTAA---------TT-T---------TACAATTTTC-GCTT--AATA-AAA--T--ATCATTTAACTGTAC-AT----TTACA---------------ATT----------TTTCTATATTTGAAGTCA-----------TT-------------TTAGG------------T-----------T---AA-------AA--TA--------T-CGTGGTTTT-AACAGCGAAGGCACTCTTGCCATA-AAGAAATA-TTAAGCATATTACTTAGTGTG---T-ACCAGA
gi|12 : AGGACAAGGTTCATGAACCCC--A-------TAAATG-------GCCTTGTATAATGCAATAAAATTAAAAC---ATTTTT-----GCAAAC--TT-------TAATGTTTTTT-T-----TT--TAATTTTATTATACTTTAGTCTTT-T-AAAA-C-TATT-AATATATGTTTTTGCTTTTCAA---------TT-TT--------CAT--TTCTT-TCGCTTAATACAA---T--ATCATTAAAGTGTAC-AT----GTGCAGCGAAAA-TATGCA-ATTCCCCCCCCCCCCCCCC----------CA-----------TT-------------TTAAGC-----------T-----------ATTTAT-------TA--TA--------T-AATGGTTTT-AACAGTAAAGATACACTTGCCACA-
gi|13 : T-------TTTACCTTTT-----------TT-T---------CGC--TTAAT-AC----AATA----------TCATTTAAGTGTAC-ATTTAAGTGTAGCAAAAG-TTTGCA-CTT----------TTCCTA----------CA-----------TT-------------TAAGC------------C-----------ATTTAA-------TG--TA--------AACATGGTTTT-AACAGTGAAAGCGCTCTTGTCACA-AGAACATATTTGCACGTATTACTCAGAGTG---T-ACTAGACACTGATCAAAATAAATAT-CTTTGTATGACAAGAAT-GCGTTC---A--T-TATAGAT-AA-AA---TT----ACATTTGTATTTTAAA---GC-CAttgt
gi|14 : caaaataaaagttatcgtgcattcatCAATATACACACATATTACTCAG--TG---T-ACCAGACAATTTTCAAAATAAATAC-C----------AAGAAT-GTCTTA---AAGT-TTCTAA--TC-AA----T----A---------TTTAAA-T-GC-CAAAT---A-------------------TA-GG---A---C-AAAA------------------AT--A---------CTCAATTTTACCCA-CTTTGGAGTTATTCTCTGAATAGAA--AAA----ATAACAACATAAAA-AAT--CAAAAA-TA-AAATATA--CATAATT------------------AT-T-ATA--------ATAT--GA-------TA--AACTACAT--A--TGTGATG-CAAAC----------------A---CACCAATGTA-TTT----T--ACAGGGCTGATATT---TAGGCTTCGTTAA
gi|15 : AAAGGCAAGGTTCTCGAACCCC-CC-------AAAATA-------GCCCTGAA-AATTTTATAAAAT---AC-------------------AA--TC-------T--TATTTTTT-A-----TT--TTA----ATTATA-----------------A-A-TTTG-AAT-------TTTGTCTTTCAT---------TT-TTACACTGATCGC--TTTAT-AC----AGCA-A----T--ACCATCAAAGTATGC-AT----GTACAGC--------TGCATTTT----------TTTCTA----------CA-----------TTACAGTAAGCCATATAAGG------------T-----------A---AA-------TA--AA--------T-CATTTTTTT-AACAGTTAATGCAATCTAACTACA-CGACAATATTTATGCATATTACTGGGAATG---T-ATTAGAttt
gi|16 : AT-GCTTTCTT-A--T-TACTAA--CA-AT---AT----A---------TTAAAAGT-AA-AAAAA---A-------------------TA-GG---AAACC-GAA--TG-G-G-GA-AA------T--GAGCATTTTCCACAATTTTGACAGTATTTGGTGTCATTTTATGA----AA--GGA----G----AATATAAAATT-T--AGAAGA-AA-AAAAATA--CATAATTTAAAAGA--TA---A---AT-T-ATAATAAATTCTT-T--AA-------TAT-AAATAAACCAAGCTTTGGTA-TAAAA---TAAG--TATTTA-A---A--AATTGCGCTTT----T--TCATGGTCGATATT---GGGGACTCGTGAACCTt
gi|17 : AT-TTTTGTGTGGCAAGAAT-GCTTTT---A--T--ATAAC--AA-TA---TT----A---------T----A-T-GCACAAAAA--A-------------------TA-GG---A---C-AAAATTA-G-C-AA-AC-----AT--AAGCAATTTCTTAAATTTTAAACGTCTTTGGAGTTATTCTCTGAATAG-----AA----A----ATCTTAA--------AAAAAA-TATAAAT-TA--CATATTTAGAAATA--ATA--A---AA-T-ATA--------TG-T--GA-------TGT-AAATACAC----------------------AAG--CATTTA-A---AAGAAATGCA-TTT----T--ACAGGGCCGATATT---CGGGCTTTGTGAACCTtg
gi|18 : aca----------CA-----------TT-------------TTAGG------------T-----------A---AA-------TA--TA--------T-CATGGTTTT-AATAGTGAAGACACTCTTGCTACA-AAGCAATAGTTACACATATTACTGA-AATG---C-ACTATACAATTATCAGAATAAATAT-ATTTGTGTAGCAAGAAT-GCCTTC------T-TA-AAATCAA-CA---CT----A---------TTTAAA-T-GC-CAAAA---T-------------------TA--G---A---C-AAAATTA-GTG-GA-AATGATTAT--GAGCATTTTTCTCAATTt
gi|19 : ttttaagc-AA-----AC--GAGCTTGTTCCTTACTTTTACCCTTCTTTGGGGCCATTCTATTAATAGAA--AAA-----------CATGAAA-T-TTGAAGAAA-AA-AAAAATA--CATACA--AAAATA--AT---A---AA-TTATA--------TT-T--CA-------TAC-AAATACACTAAGCTTTGCTG-AAAGA---TAAG--TATTTT-A---AAGAAATGTA-TTT----T--ACAGGGCCATTGTA---GGGGCTTTGTGAACCAAGTC
gi|2 : GACAGCGTTCACAAACCCC-CA-------AAACTG-------ACTCTGAA-AATTCAACATAATGAAAGCCT-GTTTTTTAT--GCAAAA--GT-------TTATGTTTGTT-A-----TT--TGA----AATATACTTTCTTCTTT-TTAAAA-A-TATC-AAT-------TTTGTTTTTCAA---------GT-TAA-------CAC--TTTTT-AC----T-TA-AACCAT--ATCATCAAAATATAT-GT----GGACAGCTAAAA--ATGCA-TTT----------TTTCTA----------CA-----------TT-------------TAAAG------------CCATTCTGTTCCG---AA-------TG--TA--------C-CAATGTTTT-ACCAGTTAAA----TTTT-CCACA-CGACAATATTTACACATTTTATTGAG-GTG---T-ACCAGATATTGACCAGAACAAATTT-CGTTGTGCGCCAAGAAT-GCGTTT---A--T-CATCAA--AA-AA---CT----A---------TTTATA-T-GC---AAATGTA-------------------TA-GG---A---CTAAAAGTG-A-G-GG-AT-----AT---AGCATTTTCCTTAATGCTATCC-TCTTTGGAGTCTTTTTATAAATAT-----AA----A----AACATACAA-T-T--AAAAGA-TA-AAATATA--CATATTTTAAAAGG--ATG--A---AG-A-ATA--------TC-T--GA-------AAC-AAACACACTAAGCTTTCCTG-AAAAA-----------------------AAATGCA-TTT----T--ACAGGGCTGATTTT---GGGGCTTCGTGAc
gi|20 : A-----AT--GAACTTTTTTCTTAATCTCAACTGTCTTTGGAGTCATTCTATGAATAG-----AA----A----AACATAAAA-GAA--AAAAAA-GA-AAATATA--CATATTTTAAAAGA--ATG--A---AT-T-ATA--------TG-T--GA-------TAC-AAA-A-ATCAATCTTTGCTG-CAAAA---TGTT--TTTTTA-A---ATGAAATGTA-TTT----T--ACAGGACCATTATT---GGt
gi|21 : ACGAATAGAA--AAA-----------CATAAAAAT-T--AAAAAA--A-TAATATT--CAGATTTAAAAAAA--AACAAA---AA-A-ACA--------TT-T--TAATTGTATTAC-AAATAGACAAAGCTTTATTG-AAACA---TCAG--TATTTA-A---AAGAAATGCA-AAT----T--GCAGGGCC--TTTTTGGGGGGCATCTTGAACCGGGTCtccttt
gi|22 : TC---A--T-AATAAA--AA-AAGCACTTCAAA---------TTCAAA-T-GC-CAAAA---A-------------------AA-AGGACA---C-AAAA----G-G-GG-GA-----ATCGGAGCATTTCCCTTAATTTTACCC-TCTTTGGAGTCATTCTATGAAAAGA--------------------AAAA-T-T---------TA-AAATA-----ATAT--------A--GT---A---A------A--------TT-T--GA-------TAC-AAACACACCAATCTTTGCTG-Agt
gi|23 : CCC-CA-------A---TG-------GCCCTGTAGAATTCAACAAAATTAAACCCC-ATTTTTTC---TCGAAA--GG-------TGATGGTTTTT-ATTTTGTT--TAA----TTCTTTTTTTGTTCTTT-T---AA-A-CGTA-AAT-------TTTGTTTTTCAACTTGACGTTTT-T---------CGC--TTAAT-AC----AATA-A----------ATCAATGTGTGC-A
gi|24 : A----A----AAAATGAAA-T-T--AAAAAT-TA-AAATATATTCATATCTTAAAAGA--AT---A---AAGT-ATA--------TT-T--AA-------TAC-AAAAACACCAACCTTTGCTG-AAAAA---TAAG--TATTTA-A---AAGAAAAGCA-TTT----TTAAAAGGGCCATTATT---GGGGCTTTGTGAACCTGGTCat
gi|25 : t-----------A---AA-------CA--TA--------A-CATATTTAT-AACAGTGAGGGCGCTCTTGCTACA-AG----TATGTACACATATTACTCCGAGTG---T-ACCAGA-ACTGATCAGAATAAATAG-ATTTGCGTGGCAGTAAT-GACATC---A--T-AATAAA--AA-
gi|26 : cattttatgttagtatatta---T--AGCATCAAAGTGTAC-AT----GTACAGCAAAAA-TATGCA-ATT----------TCCATACATTTTTAGCCA-----------TT-------------TTAGG------------T-----------A---AA-------TA--TG--------T-CATGTTTGG-AACTGTTAAGGCACTCTTGCTATACAAAC-ATATTca
gi|27 : attgAGAGTGAACC-ACCAGACAATGATCAGAATAAATAT-CTTTGTGTGGCAAAAATGGCTTTCT--G--T-TAAGAA--AA-AA---C
gi|28 : tAAGGTCATGGTTCACGAACCCC-TA-------AAAATG-------GCCCTATACAA
gi|29 : aatatcaTACC-AGACAATATTCACACATATTACTC--AGTG---G-ACCAGA
gi|3 : CTGTATGATGCAATAACAATAAACCTT-ATTTTTTT---GCAAAAAATTAAGGGGGGGAGATT----------------------ATTATATTTTACAGTTT-T-A-----------------------TGTTTTTGG-------------------------C--TTTAT-AC----AATA----------TCATTAAAGTATAC-AT----GTACATCGAAAA-TATGCA-ATT----------TTACTA----------CA-----------TTTTGAACCATT---TTAGG------------T-----------A---AG-------TA--AA--------T-CTAGAATTT-AACAGTGAAGGCGCTTTTGCAACA-AGGCAATATTTACATACATTACCCAGAGTG---C-ACCAGACAATTATCAGAATAAATAT-CTTTATGTGGCAAAAAT-GCCATCAAAA--T-AAAAAA--AA-AA---CT----A---------TTTCAA-A-GC-CAAAA---A-------------------GA-AT---A---C-AAAATTGTT-G-GA-AA-----AT--GAGCATTTT-CTTAATTTCAACCGCCTTTGAGGTTATTCTATGAATAGAA--AAACATGA----AACTTAAA----T--AAAAAA-TA-AAGTGTA--CATGGTTTAAAAAATTAT---ACTTAG-T-ATA--------TT-TTGAA-------TAC-AAACACACATAGCTTTGCTGAAAAAA---TAAG--TATTT------ATGAAATGCA--TT----T--ACAGGG--AATATT---GGGATTTCGGGGACCTG
gi|30 : aaattcatagatccgccaataAGGGCCATTATT---TGGGCTTCGTGAACCTGGTCt
gi|4 : TT-T-AAAATA-TTTACAAT-------TTTA-----CAT---------TTGT---------CAC--TTTAT---------TC-CA---C--ACCATTTAAGTGTAC-AT----GTATTGCGAACA-TAT
gi|4 : tgaacatttggagaatactagaataggagtgtacatcaatgacagataaaagatgggactgA-------TA--TA--------T-CCTGACTTT-AACAGTGAAGGCTCTCTTGCCACA-AAAAAACATTTAAACTCACTACTCA---TG---------GACAATGTTCAGATTAGATAT-AATTGTGTGGCAAGAAT-GTCTTC---A--C-AAT-AA--AA-AA---CT----G---------T--AAA-T-GC-AAAAA---AAAAAAAAAAAAAAAAAGAATA-GG---A---C-AAAAT-G-G-G-GG-AA-----AT--GAGAATTTTCCTTAATCCTA-TTGTCTTTGGAGTCATTCTATTAATATAACAGAA----A----AACATGAAA-T-T--AAAAAA-----AATATA--CA-ATTTTAAGAGA--AT---A---AA-TTATG--------TT-A--AA-------TAC-AAATACACCAATCTTTGCTG-----A---TAAG--TATTTA-A---AAGA----------------------GCCATTATT---TGAGCTTTGTGGACCTatcctgactttaacagtgaaggctctcttgccacaaaaaaacatttaaactcactactcatggacaatgttcagattagatataattgtgtggcaagaatgtcttcacaataaaaaactgtaaatgcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagaataggacaaaatgggggaaatgagaattttccttaatcctattgtctttggagtcattctattaatataacagaaaaacatgaaattaaaaaaaatatacaattttaagagaataaattatgttaaatacaaatacaccaatctttgctgataagtatttaaaagagccattatttgagctttgtggaccttagtcct
gi|5 : tgaacatttggagaatactagaataggagtgtacatcaatgacagataaaagatgggactgtttaaaatatttacaattttacatttgtcactttattccacaccatttaagtgtacatgtattgcgaacTTATTATTTAT-AAAA-A-CTTA-AAT-------TTAATTTTT-AA---------TT-T---------CGT--TTAAT-AC----AATA----------TCATCAAAGTGTAC-AC----GGATAACCAAAA-TATGCA-ATT----------CTCCTA----------CA-----------TT-------------TTAAGCTTTTTTTTAGAT-----------A---AA-------TA--TAATGAATTAT-CATGTTTCT-AACAGTGAAGGTATTCTTGCTACC-AGATAATATTTACACATATT--TC-----------------------TCAGAATAAATAT-CTTTGTGTAGCAAGACC-GTCTTC---A--T-TATTGG--GATAA---CT----A---------TTTAAA-T-GC-CAACA---A-------------------TA-AG---A---C-AAAAATG-G-G-GA-AA-----AT--GGGCATTTTCCTTAATTTTAACCGTCTTCGGGTTCAAGCTGTGAACTG-----AA----A----ATCATAACA-T------AACA-TA-AAATATA--CATATTTCAAAAGA--ATA--A---AG-T-ATA--------TT-T--AACCCTAT-TAC-AAATACACCAATCTTTGCTG-AAAAAAACTAAG--TATTTA-A---AAGAAATGTA-TTA----A--ACAGGCCCTGTATT---GAGGTGTCGTAAACCTGGtagtcct
gi|6 : TTTTCAA---------TT-T---------TAC--GTTTT-TC----GATT-AA---T------TCAA----TACCATTTT-GTACAGTGATAA-TATGCA-ACT----------TTCCTA----------CA-----------T----------------AAA------------------------A---AA-------TA--TA--------T-CATGGTTTT-AACAGTGAAGGCACTTTTGCCACA-AGAAAACATTAACATATATTATTCTGAGTA---TCACTAGACAATGATCAGAATAAGTAT-AATTGTGTGGCAAGAAT-G-------------TATGAA----------CT----A---------ATTAAA-T-GT-GTAAA---A-------------------CAAGG---A---T-GAAATTG-G-G-GG-AA-----AT--AAGCATTTTCCTTAATTTTGACTGTCTTTGGAGTCATTCTGTGAAT---G--AAA----T----AACATAAAA-T-T--AAAACA-TA-ACATGTA--CATATTTTAAAAGA--AA---A---AA-A-AAA--------TT-T--AT-------TACAAAATACACCATGCTTTACTG-ATAAA---TAAG--TGTTTATAAACAAGAAATGCA-TTT----T--GCAGGGCCAATACCCA-GGGGCTTCATGAACCTGgcc
gi|7 : CTTTATTCTTT-T-ATAA---TGTA-AA-------------------------------------------AT--TTTAT-AT----AAAA-AA---T--ATAATCAAAGTG-AC-AT----ATACAGCAAAAAATATGAT-ATT----------TTCCTA----------CA-----------TT-------------T----------------T-----------A---AACCTTTTTTAGCCA--------T-CA-ACTTTTAAACAGTGAAAGAACTCTTGCTAC-----CAATATCTtattgt
gi|7 : aactatacttttttAATAT-CTTTGTGTAACAAGAAT-GCCTTC---A--TATA-CAA--AA-AG---CT----A---------TTTAAA-TAGA-AAAAA---A-------------------AA-GG---A---C-AAAA------------------AT--ATGCATTTTCTTTAAATTTTTCCCTCTTTGGTGTTATTCTATGAATAGAA--AAA-----------CATAG---T-T--AAAAAACTA-AAATATA--TATTTTTTAAAAAG--AT---A---AA-G---------------T--GA-------TAC-AGACCCACCCAGCTTTGCTG-AAAAA---TAAA--TATTTA-A---AAGAAATGCA-TTTAACATAAACAGGGCTGATATT---GGGGCTTCGTGAACCttgtgtaacaagaatgccttcatatacaaaaagctatttaaatagaaaaaaaaaggacaaaaatatgcattttctttaaatttttccctctttggtgttattctatgaatagaaaaacatagttaaaaaactaaaatatatattttttaaaaagataaagtgatacagacccacccagctttgctgaaaaataaatatttaaaagaaatgcatttaacataaacagggctgatattggggcttcgtgaaccag
gi|8 : aactatacttttttctttattcttttataatgtaaaattttatataaaaaatataatcaaagtgacatatacagcaaaaaatatgatattttcctacattttaaaccttttttagccatcaacttttaaacagtgaaagaactcttgctaccAAGGACAAAGTTCACAAACCCC-AC-------AAAATG-------GCCCTGTATAATTTCATAAAATCAAACCCTAATTTTTCT---GAAAAA--TT-------TGG-GTTTTTT------------------ATTGTACTTTATTCTTT-T-AAA------TA--------------------CAA---------TA-T---------CA---TCTAT-AC----A----------------------TGT-----------ACAGCAAAAA-TGTGCA-ATT----------TTCCTA----------CA-----------AT-------------TTAAGC-----------C-----------AT--AA-------TA--TA--------A-CGT-GCTTT-AGCAGTGAAGGTACTCTTGTTACA-AGAAAGTATTTACACATATTCCTCAGAGTG---T-ACCAGACAATGATCAGAATAAATAT-CTTTGTGTAGCAAGAGT-GCAATC---A--T-AACCAA--AA-AA---CT--------------TTTGTA-T-TT-CAAAA---A--------------------A-GG---A---C-AAAATTG-G-GAGA-AA-----AT--AAag
gi|9 : CTCTTGCAACA-AGGCAATATTTACACATAGTACTTAGAGTG---T-ACCAAACAATTATCAGAATAAATAT-CTTTGTGCGGC----AT-GCCTTC---A--T------------AA---CT------------------AA-T-GC-CTGAA---A-------------------TA-GG---A---C-AAAGTTG-G-G-GGTAA-----AT--GAGCATTTT-CTTAAGTTTAGCAATCTTTGGAGTTATTCTATGAATAGAA--A----------------AAAA-T-T--AGAA----------ATA--CATATTTTAAAAGA--AT---T---AG-T-ATC--------TT-C--AA-------TAT--GATGCACATAGTTTCGCTG-AAAAA---TAAGTTTATTTA-A---ACAATATGCA-TTT----C--ACAGGGCCAATATT---GGTGTTTCGTGAACATGaactgcttgcaaagatcgggagcat