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lowQualScore                  :          7 2 0   6           6 5555      7   55555  33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333              5   
lowQualScore                  :          . . .   .           . ....      .   .....  ...............................................................................................              .   
lowQualScore                  :          5 5 0   1           4 6666      3   66666  99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999              5   
consensus                     : TACTCTCCCGA-A-GCATCGGTTGAATAGTT---CGATTCTCTTC-----CA-T----------------T----TN-----------AA-----------CG-----------TA-----------GA------------GGN---AATCGTCCGCTGACATGG
Reference ( gi|13 )           : TACTCTCCC-A-A-GCACCGGTTGAATAGGT---TGATTCTTTTC-----CA-T----------------T----TC-----------AA-----------CG-----------TA-----------GA------------AGA---AATCGTCCGCTGACATGG
gi|12                         : TACTCTCCT-A-AAGCATCAGTTGGATAGTT---TGTTTCTCTCC-----CAAT----------------C----TA-----------AA-----------CG-----------CG-----------GA------------GGT---AATCGTCCACCGACA
gi|6                          : TACTCTCCAGA-A-GCATCGACTCAATCGTT---CGATTCTCTTC-----TA-A----------------A----TA-----------AA-----------CG-----------TA-----------GA------------GGT---AATCGTCCGCTGGCgga
gi|5                          : TACTCTCCAGA-A-GCATCGACTCAATCGTT---CGATTCTCTTC-----TA-A----------------A----TA-----------AA-----------CG-----------TA-----------GA------------GGT---AATCGTCCGCTGGCcagaaagc
gi|11                         :  ACCCTCCCGA-A-CCATCTGTTGAACATTT---TGATTCTCTTC-----CA-T----------------T----TC-----------AT-----------TG-----------TA-----------GA------------GGT---AATCGTCCGCTGACcagaaagc
gi|2                          :  ACCCTTCC-G-ACGCAGCGGTTGAGGAGTT---CGATTGTCTTC-----CA-TATCAACCTCGGATGATT----TA-----------AA-----------CG-----------GA-----------GA------------GGA---AATCGTCCGCTGAtacggag
gi|16                         :  ACTCTCCCGA-A-GCATCCGTTAATTAGTT---CGGTTCTCTT-------A------------------------------------AA-----------CG-----------AA-----------GA------------GTT---AATCGTCTGCTGGCtt
gi|17                         :   CTCTCCC-A-A-A----GGTTGAATAGTT---CGATTCTCTTC-----CA-TGTAAA-----------C----TA-----------AA-----------CT-----------TA-----------GG------------GGA---ACTTGTGTGCTGAtaggga
gi|3                          :   CTCTCACGA-A-GCATCGGTTGAATAATT---CGATC----TC-----CA-T----------------T----TC-----------AAGGTGATGTAAACG-----------TA------------A------------AGATGTAATCGTCAGCTGAC
gi|20                         :   CTCTCCCGA-A-GCACCGGTTGAATAG------------------------T----------------T----TT-----------AA-----------CG-----------TA-----------CA------------GAC---AAACGTCAGCTGACtaggaa
gi|19                         :   CTCTCCCGA-A-GTGTCGGTTGATTAG-------------TTC------------------------------TG-----------AA-----------CG-----------TA-----------GA------------GAG---AATCGTCTGCTtagggag
gi|9                          :    TCTCCC-GGA-GCATCGGTTGAATAGTT---TGATTCTCTTC-----TA-T----------------TTATATA-----------AA-----------CA-----------TG-----------GG------------GGT---AATGGTCCACTGACtttaactagggagc
gi|1                          :    TTTCCT-A-AAGCATTGGTTGAATATTT---CTTTTCTCTTC-----TA-T----------------T----TCATGATGATTTAAA-----------CG-----------TA-----------GA------------GAC---AATTGTCTGCTAAC-TGGtgtgga
gi|4                          : tttaCTCCC-A-AAGTTTCATTTGAATAGTT---TGATTTTCTTC-----CA-T----------------T----TC-----------AA-----------CG-----------TA-----------GATTTAAACATAGTGGA---AATCATCTGTTGACg
gi|10                         :          -A-A-GGGTCGGTTGAATAGTT---CGATTCTCTTC-----CA-T----------------T----TC-----------AA-----------CGATTTGAGCATATA-----------GA------------GAA---AACCGTCcaggg
gi|7                          :        cg-A-A-GTCTCAGTTGAATAGTT---TGATTCTCTTT-----CA-T----------------T----CG-----------AA-----------TG-----------TGCTCTAAATATCAA------------GGA---AATTGTCCACTTACgttactaggga
gi|18                         :        ca-A-A-GCATTTGTTAAATACGTGTGTAGTTTCATTCAACGTCA-T----------------G----TA-----------AA-----------CG-----------TA-----------GA------------TGT---TATCGTCCGCTGtagga
gi|14                         :                    GATTGAATAGTT---TGATTTTTTTC-----CA-T----------------T----TC-----------AA-----------CA-----------TG-----------GA------------
gi|8                          :                     tTTGAATAGTT---GGATTCTCTTC-----CA-T----------------T----AC-----------AA-----------CGATTTGAGCATATA-----------GA------------GGA---AACCGTCtttaaacgtagaggtaatagtccccatactgggg
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AAAGTATTTGCTTGAATACATGTTCAATTAAGATGTTTTGTGAATACATGCATAGAATACTAGTAGCAAACC
Unaligned ( gi|21 ): GTTTTGTATTGTACATGCCACATAAAACAACGGATT






Alignments
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lowQualScore                  :                                   2     2      55   5555555555555555555555  8888888888 1    00000000000  00000000000  000000000000 22 1              7   
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consensus                     :         TACTCTCCCGAAGCATCGGTTGAATA-GTTCG-ATTCTC--TTC-----C----------------AT-----T----TAAACG-----------TA-----------GA------------G--GNAATCGTCCGCTGACATGG
Reference ( family-762 )      :         TACTCTCCCGAAGCATCGGTTGAATA-GTTCG-ATTCTC--TTC-----C----------------AT-----T----TNAACG-----------TA-----------GA------------G--GNAATCGTCCGCTGACATGG
gi|1                          :            TTTCCTAAAGCATTGGTTGAATA-TTTCT-TTTCTC--TTC-----TATTTCATGATG-----AT-----T----TAAACG-----------TA-----------GA------------G--ACAATTGTCTGCTAAC-TGG
gi|10                         :             tttaCGAAGGGTCGGTTGAATA-GTTCG-ATTCTC--TTC-----C----------------AT-----T----TCAACGATTTGAGCATATA-----------GA------------G--AAAACCGTCg
gi|11                         :          ACCCTCCCGAACCATCTGTTGAACA-TTTTG-ATTCTC--TTC-----C----------------AT-----T----TCATTG-----------TA-----------GA------------G--GTAATCGTCCGCTGACgttactaggga
gi|12                         :         TACTCTCCTAAAGCATCAGTTGGATA-GTTTG-TTTCTC--TCC-----CA---------------AT-----C----TAAACG-----------CG-----------GA------------G--GTAATCGTCCACCGACAtacggag
gi|13                         :         TACTCTCCC-AAGCACCGGTTGAATA-GGTTG-ATTCTT--TTC-----C----------------AT-----T----TCAACG-----------TA-----------GA------------A--GAAATCGTCCGCTGACATGGgga
gi|14                         :                          GATTGAATA-GTTTG-ATTTTT--TTC-----CATTTCAACATGG----AT-----T----TAAACG-----------TA-----------GA------------G--GTAATAGTCC
gi|16                         :         tACTCTCCCGAAGCATCCGTTAATTA-GTTCG-GTTCTC----------------------------------T----TAAACG-----------AA-----------GA------------G--TTAATCGTCTGCTGGCccatactgggg
gi|17                         :           CTCTCCCAAAG-----GTTGAATA-GTTCG-ATTCTC--TTC-----C----------------ATGTAAAC----TAAACT-----------TA-----------GG------------G--GAACTTGTGTGCTGAtaggga
gi|18                         :                   AAGCATTTGTTAAATACGTGTGTAGTTTCA-TTCAACGTC----------------AT-----G----TAAACG-----------TA-----------GA------------T--GTTATCGTCCGCTG
gi|19                         :           CTCTCCCGAAGTGTCGGTTGATTA-GTTC-----------------------------------------------TGAACG-----------TA-----------GA------------G--AGAATCGTCTGCT
gi|2                          :          ACCCTTCCGACGCAGCGGTTGAGGA-GTTCG-ATTGTC--TTC-----CATATCAACCTCGGATGAT-----T----TAAACG-----------GA-----------GA------------G--GAAATCGTCCGCTGAtttaactagggagc
gi|20                         :           CTCTCCCGAAGCACCGGTTGAATA-G---------------------------------------T-----T----TTAACG-----------TA-----------CA------------G--ACAAACGTCAGCTGACtt
gi|3                          :           CTCTCACGAAGCATCGGTTGAATA-ATTCG-A-TCTCCATTT-----CAAGGTG----------AT-----G----TAAACG-----------TA-----------AA------------GATGTAATCGTCAGCTGACtagggag
gi|4                          :             CTCCCAAAGTTTCATTTGAATA-GTTTG-ATTTTC--TTC-----C----------------AT-----T----TCAACG-----------TA-----------GATTTAAACATAGTG--GAAATCATCTGTTGACtaggaa
gi|5                          :         TACTCTCCAGAAGCATCGACTCAATC-GTTCG-ATTCTC--TTC-----T----------------AA-----A----TAAACG-----------TA-----------GA------------G--GTAATCGTCCGCTGGCcaggg
gi|6                          :         TACTCTCCAGAAGCATCGACTCAATC-GTTCG-ATTCTC--TTC-----T----------------AA-----A----TAAACG-----------TA-----------GA------------G--GTAATCGTCCGCTGGCcagaaagc
gi|7                          :                 CAAAGTCTCAGTTGAATA-GTTTG-ATTCTC--TTT-----C----------------AT-----T----CGAATG-----------TGCTCTAAATATCAA------------G--GAAATTGTCCACTTACcagaaagc
gi|8                          :                            TTGAATA-GTTGG-ATTCTC--TTC-----C----------------AT-----T----ACAACGATTTGAGCATATA-----------GA------------G--GAAACCGTCtagga
gi|9                          : ccacactttcaTCTCCCGGAGCATCGGTTGAATA-GTTTG-ATTCTC--TTC-----T----------------AT-----TTATATAAACA-----------TG-----------GG------------G--GTAATGGTCCACTGACgttactagggaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AAAGTATTTGCTTGAATACATGTTCAATTAAGATGTTTTGTGAATACATGCATAGAATACTAGTAGCAAACC
Unaligned ( gi|21 ): GTTTTGTATTGTACATGCCACATAAAACAACGGATT






Alignments
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consensus                     :         TACTCTCCCGAAGCATCGGTTGAATA-GTTCG-ATTCTC--TTC-----C----------------AT-----T-----------T------------AAACG-----------TAGA------------G--GNAATCGTCCGCTGACATGG
Reference ( family-762 )      :         TACTCTCCCGAAGCATCGGTTGAATA-GTTCG-ATTCTC--TTC-----C----------------AT-----T-----------T------------AAACG-----------TAGA------------G--GNAATCGTCCGCTGACATGG
gi|1                          :            TTTCCTAAAGCATTGGTTGAATA-TTTCT-TTTCTC--TTC-----TATTTCATGATG-----AT-----T-----------T------------AAACG-----------TAGA------------G--ACAATTGTCTGCTAAC-TGG
gi|10                         :             tttaCGAAGGGTCGGTTGAATA-GTTCG-ATTCTC--TTC-----C----------------AT-----T-----------T------------CAACGATTTGAGCATATAGA------------G--AAAACCGTCg
gi|11                         :          ACCCTCCCGAACCATCTGTTGAACA-TTTTG-ATTCTC--TTC-----C----------------AT-----T-----------T------------CATTG-----------TAGA------------G--GTAATCGTCCGCTGACgttactaggga
gi|12                         :         TACTCTCCTAAAGCATCAGTTGGATA-GTTTG-TTTCTC--TCC-----CA---------------AT-----C-----------T------------AAACG-----------CGGA------------G--GTAATCGTCCACCGACAtacggag
gi|13                         :         TACTCTCCC-AAGCACCGGTTGAATA-GGTTG-ATTCTT--TTC-----C----------------AT-----T-----------T------------CAACG-----------TAGA------------A--GAAATCGTCCGCTGACATGGgga
gi|14                         :                          GATTGAATA-GTTTG-ATTTTT--TTC-----C----------------AT-----T-----------TCAACATGGATTTAAACG-----------TAGA------------G--GTAATAGTCC
gi|16                         :         tACTCTCCCGAAGCATCCGTTAATTA-GTTCG-GTTCTC----------------------------------T-----------T------------AAACG-----------AAGA------------G--TTAATCGTCTGCTGGCccatactgggg
gi|17                         :           CTCTCCCAAAG-----GTTGAATA-GTTCG-ATTCTC--TTC-----C----------------ATGTAAAC-----------T------------AAACT-----------TAGG------------G--GAACTTGTGTGCTGAtaggga
gi|18                         :                   AAGCATTTGTTAAATACGTGTGTAGTTTCA-TTCAACGTC----------------AT-----G-----------T------------AAACG-----------TAGA------------T--GTTATCGTCCGCTG
gi|19                         :           CTCTCCCGAAGTGTCGGTTGATTA-GTTC------------------------------------------------------T------------GAACG-----------TAGA------------G--AGAATCGTCTGCT
gi|2                          :          ACCCTTCCGACGCAGCGGTTGAGGA-GTTCG-ATTGTC--TTC-----CATATCAACCTCGGATGAT-----T-----------T------------AAACG-----------GAGA------------G--GAAATCGTCCGCTGAtttaactagggagc
gi|20                         :           CTCTCCCGAAGCACCGGTTGAATA-GTT----TT---------------------------------------------------------------AACG-----------TACA------------G--ACAAACGTCAGCTGACtt
gi|3                          :           CTCTCACGAAGCATCGGTTGAATA-ATTCG-A-TCTCCATTT-----CAAGGTG----------AT-----G-----------T------------AAACG-----------TAAA------------GATGTAATCGTCAGCTGACtagggag
gi|4                          :             CTCCCAAAGTTTCATTTGAATA-GTTTG-ATTTTC--TTC-----C----------------AT-----T-----------T------------CAACG-----------TAGATTTAAACATAGTG--GAAATCATCTGTTGACtaggaa
gi|5                          :         TACTCTCCAGAAGCATCGACTCAATC-GTTCG-ATTCTC--TTC-----T----------------AA-----A-----------T------------AAACG-----------TAGA------------G--GTAATCGTCCGCTGGCcaggg
gi|6                          :         TACTCTCCAGAAGCATCGACTCAATC-GTTCG-ATTCTC--TTC-----T----------------AA-----A-----------T------------AAACG-----------TAGA------------G--GTAATCGTCCGCTGGCcagaaagc
gi|7                          :                 CAAAGTCTCAGTTGAATA-GTTTG-ATTCTC--TTT-----C----------------AT-----TCGAATGTGCTCT------------AAATA-----------TCAA------------G--GAAATTGTCCACTTACcagaaagc
gi|8                          :                            TTGAATA-GTTGG-ATTCTC--TTC-----C----------------AT-----T-----------A------------CAACGATTTGAGCATATAGA------------G--GAAACCGTCtagga
gi|9                          : ccacactttcaTCTCCCGGAGCATCGGTTGAATA-GTTTG-ATTCTC--TTC-----T----------------AT-----TTATA-------T------------AAACA-----------TGGG------------G--GTAATGGTCCACTGACgttactagggaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AAAGTATTTGCTTGAATACATGTTCAATTAAGATGTTTTGTGAATACATGCATAGAATACTAGTAGCAAACC
Unaligned ( gi|21 ): GTTTTGTATTGTACATGCCACATAAAACAACGGATT






Alignments
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lowQualScore                  :                                   1   7 1      00   555555555555555555555555555555555555555555555555555555     00000000000    888888888888 99 0              3   
consensus                     :         TACTCTCCCGAAGCATCGGTTGAATA-GTTCG-ATTCTC--TTC-----C----------------AT-----T-----------T------------AAACG-----------TAGA------------G--GNAATCGTCCGCTGACATGG
Reference ( family-762 )      :         TACTCTCCCGAAGCATCGGTTGAATA-GTTCG-ATTCTC--TTC-----C----------------AT-----T-----------T------------AAACG-----------TAGA------------G--GNAATCGTCCGCTGACATGG
gi|1                          :            TTTCCTAAAGCATTGGTTGAATA-TTTCT-TTTCTC--TTC-----TATTTCATGATG-----AT-----T-----------T------------AAACG-----------TAGA------------G--ACAATTGTCTGCTAAC-TGG
gi|10                         :             tttaCGAAGGGTCGGTTGAATA-GTTCG-ATTCTC--TTC-----C----------------AT-----T-----------T------------CAACGATTTGAGCATATAGA------------G--AAAACCGTCg
gi|11                         :          ACCCTCCCGAACCATCTGTTGAACA-TTTTG-ATTCTC--TTC-----C----------------AT-----T-----------T------------CATTG-----------TAGA------------G--GTAATCGTCCGCTGACgttactaggga
gi|12                         :         TACTCTCCTAAAGCATCAGTTGGATA-GTTTG-TTTCTC--TCC-----CA---------------AT-----C-----------T------------AAACG-----------CGGA------------G--GTAATCGTCCACCGACAtacggag
gi|13                         :         TACTCTCCC-AAGCACCGGTTGAATA-GGTTG-ATTCTT--TTC-----C----------------AT-----T-----------T------------CAACG-----------TAGA------------A--GAAATCGTCCGCTGACATGGgga
gi|14                         :                          GATTGAATA-GTTTG-ATTTTT--TTC-----C----------------AT-----T-----------TCAACATGGATTTAAACG-----------TAGA------------G--GTAATAGTCC
gi|16                         :         tACTCTCCCGAAGCATCCGTTAATTA-GTTCG-GTTCTC----------------------------------T-----------T------------AAACG-----------AAGA------------G--TTAATCGTCTGCTGGCccatactgggg
gi|17                         :           CTCTCCCAAAG-----GTTGAATA-GTTCG-ATTCTC--TTC-----C----------------ATGTAAAC-----------T------------AAACT-----------TAGG------------G--GAACTTGTGTGCTGAtaggga
gi|18                         :                   AAGCATTTGTTAAATACGTGTGTAGTTTCA-TTCAACGTC----------------AT-----G-----------T------------AAACG-----------TAGA------------T--GTTATCGTCCGCTG
gi|19                         :           CTCTCCCGAAGTGTCGGTTGATTA-GTTC------------------------------------------------------T------------GAACG-----------TAGA------------G--AGAATCGTCTGCT
gi|2                          :          ACCCTTCCGACGCAGCGGTTGAGGA-GTTCG-ATTGTC--TTC-----CATATCAACCTCGGATGAT-----T-----------T------------AAACG-----------GAGA------------G--GAAATCGTCCGCTGAtttaactagggagc
gi|20                         :           CTCTCCCGAAGCACCGGTTGAATA-GTT----TT---------------------------------------------------------------AACG-----------TACA------------G--ACAAACGTCAGCTGACtt
gi|3                          :           CTCTCACGAAGCATCGGTTGAATA-ATTCG-A-TCTCCATTT-----CAAGGTG----------AT-----G-----------T------------AAACG-----------TAAA------------GATGTAATCGTCAGCTGACtagggag
gi|4                          :             CTCCCAAAGTTTCATTTGAATA-GTTTG-ATTTTC--TTC-----C----------------AT-----T-----------T------------CAACG-----------TAGATTTAAACATAGTG--GAAATCATCTGTTGACtaggaa
gi|5                          :         TACTCTCCAGAAGCATCGACTCAATC-GTTCG-ATTCTC--TTC-----T----------------AA-----A-----------T------------AAACG-----------TAGA------------G--GTAATCGTCCGCTGGCcaggg
gi|6                          :         TACTCTCCAGAAGCATCGACTCAATC-GTTCG-ATTCTC--TTC-----T----------------AA-----A-----------T------------AAACG-----------TAGA------------G--GTAATCGTCCGCTGGCcagaaagc
gi|7                          :                 CAAAGTCTCAGTTGAATA-GTTTG-ATTCTC--TTT-----C----------------AT-----TCGAATGTGCTCT------------AAATA-----------TCAA------------G--GAAATTGTCCACTTACcagaaagc
gi|8                          :                            TTGAATA-GTTGG-ATTCTC--TTC-----C----------------AT-----T-----------A------------CAACGATTTGAGCATATAGA------------G--GAAACCGTCtagga
gi|9                          : ccacactttcaTCTCCCGGAGCATCGGTTGAATA-GTTTG-ATTCTC--TTC-----T----------------AT-----TTATA-------T------------AAACA-----------TGGG------------G--GTAATGGTCCACTGACgttactagggaa


blockSeqs                     :                                   C     T      CA   CATATCAACCTCGGATGATTT                                      ATTTGAGCATA    TTTAAACATAGT AT A              A
blockSeqs                     :                                   .     .      A    CATTTCAACATGGATTT                                          ATTTGAGCATA    .            .  T              A
blockSeqs                     :                                   .     .      .    CATTCGAATGTGCTCT                                           .              .            .  T               
blockSeqs                     :                                   .     .      .    CAAGGTGATGT                                                .              .            .  A               
blockSeqs                     :                                   .     .      .    CATGTAAACT                                                 .              .            .  T               
blockSeqs                     :                                   .     .      .    AACGTCATGT                                                 .              .            .  T               
blockSeqs                     :                                   .     .      .    TATTTATAT                                                  .              .            .  A               
blockSeqs                     :                                   .     .      .    CAATCT                                                     .              .            .  T               
blockSeqs                     :                                   .     .      .    CATTT                                                      .              .            .  G               
blockSeqs                     :                                   .     .      .    CATTT                                                      .              .            .  A               
blockSeqs                     :                                   .     .      .    CATTT                                                      .              .            .  C               
blockSeqs                     :                                   .     .      .    CATTT                                                      .              .            .  T               
blockSeqs                     :                                   .     .      .    TAAAT                                                      .              .            .  A               
blockSeqs                     :                                   .     .      .    TAAAT                                                      .              .            .  T               
blockSeqs                     :                                   .     .      .    CATTA                                                      .              .            .  T               
blockSeqs                     :                                   .     .      .    TT                                                         .              .            .  A               
blockSeqs                     :                                   .     .      .    T                                                          .              .            .  A               
blockSeqs                     :                                   .     .      .    .                                                          .              .            .  T               


blockSeqCons                  :         
originalCons                  :         TACTCTCCCGAAGCATCGGTTGAATA-GTTCG-ATTCTC--TTC-----C----------------AT-----T-----------T------------AAACG-----------TAGA------------G--GNAATCGTCCGCTGACATGG
finalCons                     :         TACTCTCCCGAAGCATCGGTTGAATA-GTTCG-ATTCTC--TTC-----C----------------AT-----T-----------T------------AAACG-----------TAGA------------G--GNAATCGTCCGCTGACATGG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AAAGTATTTGCTTGAATACATGTTCAATTAAGATGTTTTGTGAATACATGCATAGAATACTAGTAGCAAACC
Unaligned ( gi|21 ): GTTTTGTATTGTACATGCCACATAAAACAACGGATT






Alignments
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lowQualScore                  :                                   2   0 2      55   111111111111111111111111111111111111111111111111111111     00000000000    000000000000 22 1              7   
lowQualScore                  :                                   .   . .      ..   ......................................................     ...........    ............ .. .              .   
lowQualScore                  :                                   1   7 1      00   555555555555555555555555555555555555555555555555555555     00000000000    888888888888 99 0              3   
consensus                     :         TACTCTCCCGAAGCATCGGTTGAATA-GTTCG-ATTCTC--TTC-----C----------------AT-----T-----------T------------AAACG-----------TAGA------------G--GNAATCGTCCGCTGACATGG
Reference ( family-762 )      :         TACTCTCCCGAAGCATCGGTTGAATA-GTTCG-ATTCTC--TTC-----C----------------AT-----T-----------T------------AAACG-----------TAGA------------G--GNAATCGTCCGCTGACATGG
gi|1                          :            TTTCCTAAAGCATTGGTTGAATA-TTTCT-TTTCTC--TTC-----TATTTCATGATG-----AT-----T-----------T------------AAACG-----------TAGA------------G--ACAATTGTCTGCTAAC-TGG
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gi|12                         :         TACTCTCCTAAAGCATCAGTTGGATA-GTTTG-TTTCTC--TCC-----CA---------------AT-----C-----------T------------AAACG-----------CGGA------------G--GTAATCGTCCACCGACAtacggag
gi|13                         :         TACTCTCCC-AAGCACCGGTTGAATA-GGTTG-ATTCTT--TTC-----C----------------AT-----T-----------T------------CAACG-----------TAGA------------A--GAAATCGTCCGCTGACATGGgga
gi|14                         :                          GATTGAATA-GTTTG-ATTTTT--TTC-----C----------------AT-----T-----------TCAACATGGATTTAAACG-----------TAGA------------G--GTAATAGTCC
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gi|17                         :           CTCTCCCAAAG-----GTTGAATA-GTTCG-ATTCTC--TTC-----C----------------ATGTAAAC-----------T------------AAACT-----------TAGG------------G--GAACTTGTGTGCTGAtaggga
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gi|19                         :           CTCTCCCGAAGTGTCGGTTGATTA-GTTC------------------------------------------------------T------------GAACG-----------TAGA------------G--AGAATCGTCTGCT
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gi|3                          :           CTCTCACGAAGCATCGGTTGAATA-ATTCG-A-TCTCCATTT-----CAAGGTG----------AT-----G-----------T------------AAACG-----------TAAA------------GATGTAATCGTCAGCTGACtagggag
gi|4                          :             CTCCCAAAGTTTCATTTGAATA-GTTTG-ATTTTC--TTC-----C----------------AT-----T-----------T------------CAACG-----------TAGATTTAAACATAGTG--GAAATCATCTGTTGACtaggaa
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AAAGTATTTGCTTGAATACATGTTCAATTAAGATGTTTTGTGAATACATGCATAGAATACTAGTAGCAAACC
Unaligned ( gi|21 ): GTTTTGTATTGTACATGCCACATAAAACAACGGATT