lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 222222 11111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222222 1111 111
lowQualScore : 555 3 3 88 4 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 77777 6 55 777 777777 555 88888888888888888888 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 000000000 2 2 6 7777 3 555 1 55555 66 1 33 444444 1 3 6
lowQualScore : ... . . .. . ..................................................................... ..... . .. ... ...... ... .................... ............................................................................................................ ......... . . . .... . ... . ..... .. . .. ...... . . .
lowQualScore : 777 3 6 66 3 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111 0 22 999 111111 000 99999999999999999999 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 444444444 9 2 8 1111 3 666 5 22222 88 4 99 000000 4 8 6
consensus : GCCAAAA--ATGTAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----A-----G-----N---------A--G---GG---G-G--------T--G------AACTA-----TAAATTCGC-AACAA---AAA---AT-CAT---TGAA----T------A------TGATCCAGATATTTAACATCATTTTATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGGAAAA---A-----T-CG-GGGGAGCATG--C-C-CC---GG-ACC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
Reference ( gi|6 ) : GCCAAAT--ATGCAATAAAAA-T--CGGATCCC---------T----A-----C-----C---------A--G---AG---G-G--------T--G------AACTA-----TAAATCCGC-TACAA---AAA---AG-CAT---TGAA----T------A------TCATCCAGATATTTAACATCATTTTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGAAAA---A-----T-CG-GGAGAGCATG--A-C-CC---GG-ACC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTACCTATACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
gi|18 : GCCAAAA--ATGTAATAAAA--T--CAGACTCC---------T----ATGTGCC-----C---------A--GGT-AGTGAG-G--------T--A------AACTT-----TAAATTCGC-AACAA---AAA---AA-CAT---TGAATAATT------A------TGATCCTGATA
gi|9 : CTAAAA--ATGC--CAAAAA-TG-CGGGT-----------------A---------------------A--G---AG---G-A--------T-------------A-----TAAATTCG--TACCA---GAA---ATTCAT---TGAA----A------A------TGATTCAGATATTTAACATAATTTTATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGAAAAATAAA-----T-CG-GGGGACCATG--TTC-CC---GG-ACG-----CT--C-T--ACAA------T-TGTGCCTACATACCGTTTTCAACCAAGCTACGCCCC
gi|8 : aCCAAAA--ATGTAATAAAAA-A--CGGACTCC---------T----A-----TGGGGGT---------AGTG---GG---G-G--------T--A------ATCTA-----TAAATTCTC-AACAA---AAA---AT-CAT---TGAATAGTT------A------TGATCCAGATATTTCACATAATTTTATC
gi|17 : CCAAAT--CTGCAATAAAAA-T--CGGACCCCGTGGAAGGGT----A-----G-----G---------AT-G---GG---G-G--------T--GGGGTTAAACTA-----TAAATTCGC-AGCAA---AAA----T-CAT---TGGA----T------A------TGATTCAGATATTTAACATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacatcaaagcctagctaaaaaaaaaaaaacattcggggagcatgcccccccggacccctacaaatgtgcttacacatcgttttcagccaagctacgcccct
gi|14 : CCAAAA--ATGCAATAAAGA-T--CGGATCTC---------TTGGGG-----CG----T---------A--G---AG---G-GGTGGGTGAT--A------AACTA-----TAAATTTGCACACAA---AAA---AG--------GAA----T------A------TGATCGAGATAAATAACAT
gi|4 : agtcgtatacatacatgtagctaactgcatgatcaattattcatgggcgtaagctttagtcacgtgcatacattttttcttgagaaatcgaacagatttaaataCAAAA--ATGTAATAAATA-T--TGGACCCC---------A----A-----G-----TGAGGT----A--G---GG---GTG--------T--A------AACTA-----TAAGTTTGC-TACAA---CAA---AT-TAT---TGAA----TAATAACA------TGATCCAAATGTTTCGCATCATTTTATa
gi|5 : CAAAA--ATGTAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----A-----G-----A---------A--GGGTAG---G-G--------T--GTA----AATTA-----TAAATTCAC-AATAA---AAA----T-CAT---TAAA----T------AAGTATATTTTCCGGATATTTCACATCATTTTATCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactgaaaaaaaatcgagggagcatgcccctggacccctcctacaactgtgcctacacatcgttttcagacaagctacatccct
gi|2 : CAAATGCATGCAA----AA-T--CGGAACCA---------T----A---------------------G--G---TG---G-G--------TTGG------AGGTAGTCAATAAATTGGC-AACAA---AAT---TT-CAT---TGAA----T------A------TGATACAGGCATTTAACAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaaactcggagaagcatgcctccggaccatcctccctgcaactgtgcctacacatcgttttcagccaagctacgcccctg
gi|7 : atgttgaaaaaaatatgatagtcagagacgtagcttcccgtacgcactgtagtcacgtacctacccttttttctgagaaatcgaaaaatataaaaatacaaaaAAAC--ATG--ATAAAAA-TATCGGACCCC---------T----A-----G-----G---------G--G---GG---G-GGGGGGGGAT--G------AACTA-----TAAATTCGC-AACAA---AAA---AATCAT---TGAA----T------A------TTATCCAGATATTTAACATCATTTTATCgtggttatgaaacagtgagttcaaggttaatattacggataaccaggcccctaaaatataagaaatatacgccagaacgcacctacgacagtgtagctgaccgccccctcctcccctacaactgtgccaatataccgttttcagccaagctacgctcc
gi|3 : gaaAAAA--ATGTAATAAAAACT--CATACCCC---------T----A-----G-----GGGGGGGGGGA--G---GG---G-G--------T--GTA----AACTA-----CAAATTCGC-AACAACAAAAA---AT-CAT---TGAA----T------A------TGATCTAGGTATTTAACATCATTTTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagctgcaatattttttcgattgagcatgatccggaccctctacaactgtgcctacacatcgttttcagctaagcaacgcct
gi|20 : ca--ATGTAATAAAAA-T--CGGACCCC---------TTG--A-----T-----G---------G--G---AA---G-T--------T--GTTGGA-AATTA-----TAAATTCG----CAAT--AAA---AGCCAT---TG-G----T------A------TGTTCCAGATATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgaaacacaatttcgtggaagcaagactcgacccccctacaactgtgcctacataacgttttcagccaagctacgcccct
gi|12 : aa--G---GG---A-G--------T--A------AACTA-----TAAATTAGC-AACAA---AAA------CATAAATAAA----T------A------T------GATATCTAACATCATTTAATC
gi|10 : agg-G--------T--A------AACTA-----TAAATTCAC-AACAA---AAAGAAAT-CAT---TGAA----T------A------TGATCCAGATATTTAACATCATTTTATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgaaaaaagtttgtggtgaacatggccggaccccctacaactgtgcttacacatagttttcagccaagctacgc
gi|13 : cccttaagtggaaA-----TAAATTCGC-AACAA---AAA---AT-CAT---AGTA----T------A------TAATCCAGATATTTAACAGCATTTTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaattatagtttaaaaattcaggggagcatgacccggaccccctaccactgtgcctacacattgttttcagctaagctacacctct
gi|12 : agtcGAAAA---AAGT--T-TGTGGTGAACATG--G-C-C----GG-ACC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCTTACACATAGTTTTCAGCCAAGCTACGCatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacaatcggactccctacaactgtgcctgcaaatcgttttaagtaaagctatgctcc
gi|21 : agggggagtaaactataaattagcaacaaaaacataaataaatatgatatctaacatcatttaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatGAAAA---AATATTT-CA-GGGGAGCATA--A-C-CTT--GG-ATT-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATAGTTTTCAGCCATGCTATGC
gi|10 : AAAA---A-----TTCA-GGGGAGCATG--A-C-CC---GG-ACC-----CC--C-T--ACCA------C-TGTGCCTACACATTGTTTTCAGCTAAGCTACACCTC
gi|4 : cccttaagtggaagtaaactataaattcacaacaaaaagaaatcattgaatatgatccagatatttaacatcattttatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaattatagtttAAAA---A-----T-CG-AGGGAGCATG--C-C-CCT--GG-ACC-----CCTCC-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGACAAGCTACATCCCt
gi|5 : caaaaatgtaataaatattggaccccaagtgaggtaggggtgtaaactataagtttgctacaacaaattattgaataataacatgatccaaatgtttcgcatcattttattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactgaaaAAAA---C-----T-CG-GAGAAGCATG--C-CTCC---GG-ACCATCCTCC--C-T--GCAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCt
gi|8 : caaaaatgtaataaaaatcggacccctagaagggtagggtgtaaattataaattcacaataaaaatcattaaataagtatattttccggatatttcacatcattttatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttAAAA---ACAT--T-CG-GG-GAGCATG--C-C-CCCCCGG-ACC-----CC----T--ACAA------A-TGTGCTTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCtg
gi|36 : ccaaaaatgtaataaaaaacggactcctatgggggtagtgggggtaatctataaattctcaacaaaaaatcattgaatagttatgatccagatatttcacataattttatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacatcaaagcctagctaaaaaaaaAAAA---T-----T-CG-GGGGAGCCTG--C-C-CCA--GG-ACC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACAt
gi|23 : atA---A-----T-AG-GTGGAGCATG--C-C-CCC--GG-ACC-----CC--C-A--ACAA------C-TGTACTTTCACATCGTTTTCAGCCAAACTACGCCCC
gi|11 : ---A-----T-CA-GAGGAGCATG--C-C-CCC--GG-ACC-----CC--C-T--TCAA------C-TGTGCCTTCACATCATTTTCATCAGAGCTACACCCCt
gi|24 : tgcaaaaaatgcattaaaatctgacccctatgcttcttcattttttccatttttttaagtgaacaaaccataaaactacatttatttggttatgaaacagtgaattcaaggttcatatttaggataatcaggccactaaaaataaataatatacgtcaaaacacatctacatttttt---A-----T-CG-GTGGAGCATG--T-C-CCCG-GA-ACT-----CC--C-T--ACAG------C-TGTGCAAACACACAGCTTTCAGCCAAGTTACGCCCC
gi|3 : -----T-CG-TGGAAGCAAG--A-C-TC---GA-CCC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACATAACGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCt
gi|27 : caaaaaatgtaataaaaactcatacccctagggggggggggagggggtgtaaactacaaattcgcaacaacaaaaaatcattgaatatgatctaggtatttaacatcattttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgaaacacaatt-----T-CG-GGGGATCATG--C-T-CC---TATACC-----TC--CAT--ATAA------C-TGGCCCTACACATCGTTTTTAGCCAAGCTAAGACCCt
gi|26 : -CG-AGGGAGCATG--C-C-CCT--GG-ACC-----CCTCC-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGACAAGCTACATCCC
gi|16 : -GGAGGGCATGTTC-C-CC---GG-ACC-----CC--T-T--ACAA------C-TGTGCCTACAAATTGAGTTCAGCCAAGCTACACC
gi|34 : aaatatacgccaaaacgcatcaacggcagtctagctgattttttcttac-GGGGAGCATG--C-C-CC---GG-A----------------------------TGTGCCTACACATCGTTT-CAGCCAAGCTACGCCCCt
gi|31 : aaa-GGGGAGC-CG------CC---GG-ATC-----CC--C-ACAACAA------C-TGTACCTACACATCTTTTTAAGTCAAACTACGCCCCt
gi|15 : -GGA-AGCATG--C-CTCC---AG-GCC-----CT--T-T--ACAA------AATGTGCCTACACATCGTTTTCAGTCAATCGACGCt
gi|29 : attgcatttactatcaacaattttggttataaaatggtgaatattaaggataaccaggccaaccaacgcaactacgacagtaaagctgacattttgagcGGGGGCATA--T-C-CCT--GG-ACC-----CC--C-TTAACAA------C-TGTGCTTACACATAGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
gi|7 : GAGCATG--A-T-CC---GG-ACC-----CT--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCTAAGCAACGCCt
gi|32 : gaaaaacatgataaaaatatcggacccctagggggggggggggggatgaactataaattcgcaacaaaaaaatcattgaatattatccagatatttaacatcattttatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagctgcaatattttttcgattGAACATG--C-C-CC---GA-ACC-----CCA-C-T--ACAA------C-TGTGCCTGCACATCGTTTTCAACCAAGCTACGCCCCt
gi|30 : gGAGCATG--C-T-CT---GG-ACC-----CCT-C-T--ACAA------C-TGTGCCTACCCATCATTTTTAGCCAAGCAACGCCCC
gi|28 : agAGCATG--GTC-CC---GG-ACT-----CC--C-T--ATAA------C-TGTGCCTACACA--GTTTTTAGCCAAACTACGCCCCt
gi|25 : aatatggta-C-CC---GG-AGCA----CC--C-T--ACAA------C-TGTACCTTCACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCC
gi|1 : ttggtggtgggcaagccC---AG-ATC-----CC--C-T--ACAATAACCAC-TGTACCTACACATCCTTTTCAGCCAAGCTACGCac
gi|13 : ttttggtagaaaattattacttgatcagaggcgtagcttcctacaggtactgtaggcacgtgtctccacttctttctgagaaatcataaaattaaaaatgcaaaaaaaaaatcaatcaaaattggacctctagggaagatagggggtatactataacggtgactataaacattgtatcacctattgtctgaaactagttctagtaggcacttgaaaccacgagaagaaaactacttcatttttcctttataaaaatcaacatttattaccaattttattgataataagaccctagaaaacataagagatatagccaaaacacaccaacgacttcagC---GG-ACT-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTGCAAATCGTTTTAAGTAAAGCTATGCTCCacttagttat
gi|2 : agtcataaattcgcaacaaaaaatcatagtatataatccagatatttaacagcattttaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacaatC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCAATATACCGTTTTCAGCCAAGCTACGCTCC
gi|37 : atgttgaaaaaaatatgatagtcagagacgtagcttcccgtacgcactgtagtcacgtacctacccttttttctgagaaatcgaaaaatataaaaatacaaaacaaatgcatgcaaaatcggaaccataggtgggttggaggtagtcaataaattggcaacaaaatttcattgaatatgatacaggcatttaacagtggttatgaaacagtgagttcaaggttaatattacggataaccaggcccctaaaatataagaaatatacgccagaacgcacctacgacagtgtagctgaccgccccctcctC--C-A--ACAA------C-TGTGCCTA--CATCGTTTTCAGCCAAGTTAATCCCC
gi|38 : AA------C-TGTGCCTACACATCGTATTCAGTCAAGCTACACCCCt
gi|22 : gaACCTACATATCGTTTTCATCCAAGTTACAACCCt
gi|39 : taaaaaataagggggtgggggggacggtgcatgctcccggCTACATATCGTTTTCATCCAAGTTACAACCCt
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATGCAACAAAATGCTTTAATAAAATCTGACCTCATTTTCCCTTTTATTGAAGAGAACAAACTTAAAACATTACATTTTTATGGTTATA
Unaligned ( gi|33 ): ATTTTATCAATTTAGAGCTATTTGGTGAACAGTGAATTCAAGATTAATAATTAGGA
Unaligned ( gi|35 ): TACTATACACATTCTATGCACGTATATTCATTCTTTTTCTGAGAATTCGAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111 111
lowQualScore : 3 77 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 5555 2 777 11111111111 2 66666 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 444444444 1 3333 66 3 3 222 1 1 44444 66 1 33 333333 1
lowQualScore : . .. ................................................................. . .... . ... ........... . ..... .......................................................................................................... ......... . .... .. . . ... . . ..... .. . .. ...... .
lowQualScore : 1 33 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 5555 7 333 77777777777 7 77777 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222222222 6 3333 77 1 1 555 4 4 88888 33 3 77 777777 3
consensus : GCCAAAAATGCAATAAAAA-T--CGGACCCC---------TA---------GG---------A-G--G---G-----G-G--------TG------AACTATAAATTCGCA-AC---AAAA-A---ATCATTGAA----T------ATG-A-----TCCAGATATTTAACATCATTTTATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTATAGTCGTGAAAAA---A-----TCGGGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
Reference ( family-734 ) : GCCAAAAATGTAATAAAAA-T--CGGACCCC---------TA---------GN---------A-G--G---G-----G-G--------TG------AACTATAAATTCGCA-AC---AAAA-A---ATCATTGAA----T------ATG-A-----TCCAGATATTTAACATCATTTTATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGGAAAA---A-----TCGGGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
gi|1 : AAAAAT-CAATCAAAA-T--TGGACCTC---------TA---------GGGAAGAT---A-G--G---G-----G-G--------TA------TACTATAA
gi|1 : ttttggtagaaaattattacttgatcagaggcgtagcttcctacaggtactgtaggcacgtgtctccacttctttctgagaaatcataaaattaaaaatgcaaaaaC---AG-A-TC-----CC--C-T--ACAATAACCAC-TGTACCTACACATCCTTTTCAGCCAAGCTACGCcggtgactataaacattgtatcacctattgtctgaaactagttctagtaggcacttgaaaccacgagaagaaaactacttcatttttcctttataaaaatcaacatttattaccaattttattgataataagaccctagaaaacataagagatatagccaaaacacaccaacgacttcagcagatcccctacaataaccactgtacctacacatccttttcagccaagctacgcacttagttat
gi|10 : ttttggtagaaaattattacttgatcagaggcgtagcttcctacaggtactgtaggcacgtgtctccacttctttctgagaaatcataaaattaaaaatgcaaaaaaaaaatcaatcaaaattggacctctagggaagatagggggtatactataacggtgactataaacattgtatcacctattgtctgaaactagttctagtaggcacttgaaaccacgagaagaaaactacttcatttttcctttataaaaatcaacatttattaccaattttattgataataagaccctagaaaacataagagatatagccaaaacacaccaacgacttcagCCCT---------TA---------AG---------T-G--G---A-----A-G--------TA------AACTATAAATTCACA-AC---AAAA-AGAAATCATTGAA----T------ATG-A-----TCCAGATATTTAACATCATTTTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTATAGT--TTAAAAA---T-----TCAGGG-GA----GCATG--A-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACCA------C-TGTGCCTACACATTGTTTTCAGCTAAGCTACACCTCacttagttat
gi|11 : ---A-----TCAGAG-GA----GCATG--C-C-CCC--GG-A-CC-----CC--C-T--TCAA------C-TGTGCCTTCACATCATTTTCATCAGAGCTACACCCCt
gi|12 : tgcaaaaaatgcattaaaatctgacccctatgcttcttcattttttccatttttttaagtgaacaaaccataaaactacatttatttggttatgaaacagtgaattcaaggttcatatttaggataatcaggccactaaaaataaataatatacgtcaaaacacatctacatttttt-G--G---G-----A-G--------TA------AACTATAAATTAGCA-AC---AAAA-AC--ATAAATAAA----T------AT------------GATATCTAACATCATTTAATC
gi|12 : aggATGAAAAA---AGT---TTGTGGTGA----ACATG--G-C-C----GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCTTACACATAGTTTTCAGCCAAGCTACGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgaaaaaagtttgtggtgaacatggccggaccccctacaactgtgcttacacatagttttcagccaagctacgc
gi|13 : agggggagtaaactataaattagcaacaaaaacataaataaatatgatatctaacatcatttaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATAAATTCGCA-AC---AAAA-A---ATCATAGTA----T------ATA-A-----TCCAGATATTTAACAGCATTTTA
gi|13 : agtcC---GG-A-CT-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTGCAAATCGTTTTAAGTAAAGCTATGCTCCatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacaatcggactccctacaactgtgcctgcaaatcgttttaagtaaagctatgctcc
gi|14 : agtcataaattcgcaacaaaaaatcatagtatataatccagatatttaacagcattttaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacaatCCAAAAATGCAATAAAGA-T--CGGATCTCTTGGGGCG-TA---------GA---------G-G--GGT-G-----G-G--------TGATA---AACTATAAATTTGCACAC---AAAA-A---A----GGAA----T------ATG-A-----TCGAGATAAATAACAT
gi|15 : agtcgtatacatacatgtagctaactgcatgatcaattattcatgggcgtaagctttagtcacgtgcatacattttttcttgagaaatcgaacagatttaaataGG-AA----GCATG--C-CTCC---AG-G-CC-----CT--T-T--ACAA------AATGTGCCTACACATCGTTTTCAGTCAATCGACGCa
gi|16 : attgcatttactatcaacaattttggttataaaatggtgaatattaaggataaccaggccaaccaacgcaactacgacagtaaagctgacattttgagcCGGAG-G-----GCATGTTC-C-CC---GG-A-CC-----CC--T-T--ACAA------C-TGTGCCTACAAATTGAGTTCAGCCAAGCTACACC
gi|17 : aaatatacgccaaaacgcatcaacggcagtctagctgattttttcttaCCAAATCTGCAATAAAAA-T--CGGACCCCGTGGAAGGGTA---------GG---------ATG--G---G-----G-G--------TGGGGTTAAACTATAAATTCGCA-GC----AAA-A---ATCATTGGA----T------ATG-A-----TTCAGATATTTAACATCt
gi|18 : GCCAAAAATGTAATAAAA--T--CAGACTCC---------TATGTGCCCAGGT---------A-GT-G---A-----G-G--------TA------AACTTTAAATTCGCA-AC---AAAA-A---AACATTGAATAATT------ATG-A-----TCCTGATA
gi|2 : AAATGCATGCAAAA-T--CGGAACCA---------TA---------GG---------T-G--G---GTTGGAG-G--------TA------GTCAATAAATTGGCA-AC---AAAA-T---TTCATTGAA----T------ATG-A-----TACAGGCATTTAACA
gi|2 : atgttgaaaaaaatatgatagtcagagacgtagcttcccgtacgcactgtagtcacgtacctacccttttttctgagaaatcgaaaaatataaaaatacaaaacC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCAATATACCGTTTTCAGCCAAGCTACGCTCCgtggttatgaaacagtgagttcaaggttaatattacggataaccaggcccctaaaatataagaaatatacgccagaacgcacctacgacagtgtagctgaccgccccctcctcccctacaactgtgccaatataccgttttcagccaagctacgctcc
gi|20 : atgttgaaaaaaatatgatagtcagagacgtagcttcccgtacgcactgtagtcacgtacctacccttttttctgagaaatcgaaaaatataaaaatacaaaacaaatgcatgcaaaatcggaaccataggtgggttggaggtagtcaataaattggcaacaaaatttcattgaatatgatacaggcatttaacagtggttatgaaacagtgagttcaaggttaatattacggataaccaggcccctaaaatataagaaatatacgccagaacgcacctacgacagtgtagctgaccgccccctcctAAATGTAATAAAAA-T--CGGACCCC---------TT---------GA---------T-G--G---GAA---G-T--------TGTTGGA-AATTATAAATTCGCA-AT----AAA-A---GCCATTG-G----T------ATG-T-----TCCAGATAT
gi|21 : GAAAA---AATATTTCAGGG-GA----GCATAA-C-C-TT---GG-A-TT-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATAGTTTTCAGCCATGCTATGC
gi|22 : GGGG-GACGGTGCATG--CTC-CC---GG-A-CC--------------------------------TACATATCGTTTTCATCCAAGTTACAACCC
gi|23 : taaaaaataagggggtggA---A-----TAGGTG-GA----GCATG--C-C-CCC--GG-A-CC-----CC--C-A--ACAA------C-TGTACTTTCACATCGTTTTCAGCCAAACTACGCCCCt
gi|24 : ---A-----TCGGTG-GA----GCATGT-C-C-CC---GG-AACT-----CC--C-T--ACAG------C-TGTGCAAACACACAGCTTTCAGCCAAGTTACGCCCCt
gi|25 : GGT-GG----GCAAG--C-C-CCC--GG-A-GCA----CC--C-T--ACAA------C-TGTACCTTCACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCt
gi|26 : ttggtCGAGG-GA----GCATG--C-C-CCT--GG-A-CC-----CCTCC-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGACAAGCTACATCCCac
gi|27 : -----TCGGGG-GA----TCATG--C-T-CC---TATA-CC-----TC--CAT--ATAA------C-TGGCCCTACACATCGTTTTTAGCCAAGCTAAGACCC
gi|28 : A----GCATGG-T-C-CC---GG-A-CT-----CC--C-T--ATAA------C-TGTGCCTACACA--GTTTTTAGCCAAACTACGCCCC
gi|29 : aatatggtaGG-GG----GCATA--T-C-CCT--GG-A-CC-----CC--C-TTAACAA------C-TGTGCTTACACATAGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
gi|3 : AAAAATGTAATAAAAACT--CATACCCC---------TA---------GGGGGGGGGGGA-G--G---G-----G-G--------TGTA----AACTACAAATTCGCA-ACAACAAAA-A---ATCATTGAA----T------ATG-A-----TCTAGGTATTTAACATCATTTTAt
gi|3 : ca-----TCGTGG-AA----GCAAG--A-C-TC---GA-C-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACATAACGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgaaacacaatttcgtggaagcaagactcgacccccctacaactgtgcctacataacgttttcagccaagctacgcccct
gi|30 : caaaaaatgtaataaaaactcatacccctagggggggggggagggggtgtaaactacaaattcgcaacaacaaaaaatcattgaatatgatctaggtatttaacatcattttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgaaacacaattG-GA----GCATG--C-T-CT---GG-A-CC-----CCT-C-T--ACAA------C-TGTGCCTACCCATCATTTTTAGCCAAGCAACGCCCCt
gi|31 : aGGG-GA----GC-----C-G-CC---GG-A-TC-----CC--C-ACAACAA------C-TGTACCTACACATCTTTTTAAGTCAAACTACGCCCCt
gi|32 : G-GA----ACATG--C-C-CC---GA-A-CC-----CCA-C-T--ACAA------C-TGTGCCTGCACATCGTTTTCAACCAAGCTACGCCCCt
gi|34 : GGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-----------------------------TGTGCCTACACATCGTTT-CAGCCAAGCTACGCCCC
gi|36 : aaaAAAA---T-----TCGGGG-GA----GCCTG--C-C-CCA--GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACAt
gi|37 : atC--C-A--ACAA------C-TGTGCCTACA--TCGTTTTCAGCCAAGTTAATCCCC
gi|38 : AA------C-TGTGCCTACACATCGTATTCAGTCAAGCTACACCCCt
gi|39 : gaCTACATATCGTTTTCATCCAAGTTACAACCCt
gi|4 : CAAAAATGTAATAAATA-T--TGGACCCC---------AA---------GTGAGGT----A-G--G---G-----GTG--------TA------AACTATAAGTTTGCT-AC---AACA-A---ATTATTGAA----TAATAACATG-A-----TCCAAATGTTTCGCATCATTTTATtggttgt
gi|4 : AAAA---A-----TCGAGG-GA----GCATG--C-C-CCT--GG-A-CC-----CCTCC-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGACAAGCTACATCCCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactgaaaaaaaatcgagggagcatgcccctggacccctcctacaactgtgcctacacatcgttttcagacaagctacatccct
gi|5 : caaaaatgtaataaatattggaccccaagtgaggtaggggtgtaaactataagtttgctacaacaaattattgaataataacatgatccaaatgtttcgcatcattttattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactgaaaCAAAAATGTAATAAAAA-T--CGGACCCC---------TA---------GA---------A-G--GGTAG-----G-G--------TGTA----AATTATAAATTCACA-AT----AAA-A---ATCATTAAA----T------AAGTATATTTTCCGGATATTTCACATCATTTTATCt
gi|5 : AAAA---C-----TCGGAG-AA----GCATG--C-CTCC---GG-A-CCATCCTCC--C-T--GCAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaaactcggagaagcatgcctccggaccatcctccctgcaactgtgcctacacatcgttttcagccaagctacgcccctg
gi|6 : caaaaatgtaataaaaatcggacccctagaagggtagggtgtaaattataaattcacaataaaaatcattaaataagtatattttccggatatttcacatcattttatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttGCCAAATATGCAATAAAAA-T--CGGATCCC---------TA---------CC---------A-G--A---G-----G-G--------TG------AACTATAAATCCGCT-AC---AAAA-A---AGCATTGAA----T------ATC-A-----TCCAGATATTTAACATCATTTTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGAAAA---A-----TCGGGA-GA----GCATG--A-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTACCTATACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCtg
gi|7 : AAAAACATGATAAAAA-TATCGGACCCC---------TA---------GG---------G-G--G---G-----G-GGGGGGGGATG------AACTATAAATTCGCA-AC---AAAAAA---ATCATTGAA----T------ATT-A-----TCCAGATATTTAACATCATTTTATC
gi|7 : g-GA----GCATG--A-T-CC---GG-A-CC-----CT--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCTAAGCAACGCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagctgcaatattttttcgattgagcatgatccggaccctctacaactgtgcctacacatcgttttcagctaagcaacgcct
gi|8 : gaaaaacatgataaaaatatcggacccctagggggggggggggggatgaactataaattcgcaacaaaaaaatcattgaatattatccagatatttaacatcattttatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagctgcaatattttttcgattCCAAAAATGTAATAAAAA-A--CGGACTCC---------TATGGGG----GT---------A-GTGG---G-----G-G--------TA------ATCTATAAATTCTCA-AC---AAAA-A---ATCATTGAATAGTT------ATG-A-----TCCAGATATTTCACATAATTTTATCt
gi|8 : AAAC---A-----TTCGGG-GA----GCATG--C-C-CCCCCGG-A-CC-----CC----T--ACAA------A-TGTGCTTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacatcaaagcctagctaaaaaaaaaaaaacattcggggagcatgcccccccggacccctacaaatgtgcttacacatcgttttcagccaagctacgcccct
gi|9 : ccaaaaatgtaataaaaaacggactcctatgggggtagtgggggtaatctataaattctcaacaaaaaatcattgaatagttatgatccagatatttcacataattttatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacatcaaagcctagctaaaaaaaaaaCTAAAAATGC--CAAAAA-TG-CGGG-------------TA---------AG---------A-G--G---A---------------------------TATAAATTCGTA-CC---AGAA-A---TTCATTGAA----A------ATG-A-----TTCAGATATTTAACATAATTTTATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGAAAAATAAA-----TCGGGG-GA----CCATG--TTC-CC---GG-A-CG-----CT--C-T--ACAA------T-TGTGCCTACATACCGTTTTCAACCAAGCTACGCCCCt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATGCAACAAAATGCTTTAATAAAATCTGACCTCATTTTCCCTTTTATTGAAGAGAACAAACTTAAAACATTACATTTTTATGGTTATA
Unaligned ( gi|33 ): ATTTTATCAATTTAGAGCTATTTGGTGAACAGTGAATTCAAGATTAATAATTAGGA
Unaligned ( gi|35 ): TACTATACACATTCTATGCACGTATATTCATTCTTTTTCTGAGAATTCGAA
Alignments
lowQualScore : 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 111
lowQualScore : 3 77 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 444 2 777 11111111111 2 66666 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 4 3 666666 8888 1 3333 66 3 3 222 1 1 44444 66 1 33 333333 1
lowQualScore : . .. ............................................................................ . ... . ... ........... . ..... .............................................................................................. .. . . ...... .... . .... .. . . ... . . ..... .. . .. ...... .
lowQualScore : 1 33 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 777 7 333 77777777777 7 77777 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88 0 6 222222 8888 6 3333 77 1 1 555 4 4 88888 33 3 77 777777 3
consensus : GCCAAAAATGCAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------A--------G-G---------A----G-G---G-----GG--------TG------AACTATAAATTCGCA-ACAA---AA-A---ATCATTGAA----T------ATG-A-----TCCAGATATTTAACATCATTTTATCATTTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTATAGTNGTGAAA-A-A---A--T----CGGGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
Reference ( family-734 ) : GCCAAAAATGCAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------A--------G-G---------A----G-G---G-----GG--------TG------AACTATAAATTCGCA-ACAA---AA-A---ATCATTGAA----T------ATG-A-----TCCAGATATTTAACATCATTTTATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTATAGTCGTGAAA-A-A---A--T----CGGGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
gi|1 : AAAAAT-CAATCAAAA-T--TGGACCTC---------T----------A--------G-GGAAGAT---A----G-G---G-----GG--------TA------TACTATAA
gi|1 : ttttggtagaaaattattacttgatcagaggcgtagcttcctacaggtactgtaggcacgtgtctccacttctttctgagaaatcataaaattaaaaatgcaaaaaC---AG-A-TC-----CC--C-T--ACAATAACCAC-TGTACCTACACATCCTTTTCAGCCAAGCTACGCcggtgactataaacattgtatcacctattgtctgaaactagttctagtaggcacttgaaaccacgagaagaaaactacttcatttttcctttataaaaatcaacatttattaccaattttattgataataagaccctagaaaacataagagatatagccaaaacacaccaacgacttcagcagatcccctacaataaccactgtacctacacatccttttcagccaagctacgcacttagttat
gi|10 : ttttggtagaaaattattacttgatcagaggcgtagcttcctacaggtactgtaggcacgtgtctccacttctttctgagaaatcataaaattaaaaatgcaaaaaaaaaatcaatcaaaattggacctctagggaagatagggggtatactataacggtgactataaacattgtatcacctattgtctgaaactagttctagtaggcacttgaaaccacgagaagaaaactacttcatttttcctttataaaaatcaacatttattaccaattttattgataataagaccctagaaaacataagagatatagccaaaacacaccaacgacttcagCCCT---------T----------A--------A-G---------T----G-G---A-----AG--------TA------AACTATAAATTCACA-ACAA---AA-AGAAATCATTGAA----T------ATG-A-----TCCAGATATTTAACATCATTTTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTATAGT--TTAAA-A-A---T--T----CAGGG-GA----GCATG--A-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACCA------C-TGTGCCTACACATTGTTTTCAGCTAAGCTACACCTCacttagttat
gi|11 : ---A--T----CAGAG-GA----GCATG--C-C-CCC--GG-A-CC-----CC--C-T--TCAA------C-TGTGCCTTCACATCATTTTCATCAGAGCTACACCCCt
gi|12 : tgcaaaaaatgcattaaaatctgacccctatgcttcttcattttttccatttttttaagtgaacaaaccataaaactacatttatttggttatgaaacagtgaattcaaggttcatatttaggataatcaggccactaaaaataaataatatacgtcaaaacacatctacatttttt-G---------G----G-G---G-----AG--------TA------AACTATAAATTAGCA-ACAA---AA-AC--ATAAATAAA----T------AT------------GATATCTAACATCATTTAATC
gi|12 : aTGAAA-A-A---AGTT----TGTGGTGA----ACATG--G-C-C----GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCTTACACATAGTTTTCAGCCAAGCTACGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgaaaaaagtttgtggtgaacatggccggaccccctacaactgtgcttacacatagttttcagccaagctacgc
gi|13 : agggggagtaaactataaattagcaacaaaaacataaataaatatgatatctaacatcatttaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaATAAATTCGCA-ACAA---AA-A---ATCATAGTA----T------ATA-A-----TCCAGATATTTAACAGCATTTTA
gi|13 : agtcC---GG-A-CT-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTGCAAATCGTTTTAAGTAAAGCTATGCTCCatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacaatcggactccctacaactgtgcctgcaaatcgttttaagtaaagctatgctcc
gi|14 : agtcataaattcgcaacaaaaaatcatagtatataatccagatatttaacagcattttaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacaatCCAAAAATGCAATAAAGA-T--CGGATCTC---------TTGGGGCGTAGA--------G-G---------G----G-T---G-----GG--------TGATA---AACTATAAATTTGCACACAA---AA-A---A----GGAA----T------ATG-A-----TCGAGATAAATAACAT
gi|15 : agtcgtatacatacatgtagctaactgcatgatcaattattcatgggcgtaagctttagtcacgtgcatacattttttcttgagaaatcgaacagatttaaataGG-AA----GCATG--C-CTCC---AG-G-CC-----CT--T-T--ACAA------AATGTGCCTACACATCGTTTTCAGTCAATCGACGCa
gi|16 : attgcatttactatcaacaattttggttataaaatggtgaatattaaggataaccaggccaaccaacgcaactacgacagtaaagctgacattttgagc----CGGAG-G-----GCATGTTC-C-CC---GG-A-CC-----CC--T-T--ACAA------C-TGTGCCTACAAATTGAGTTCAGCCAAGCTACACC
gi|17 : aaatatacgccaaaacgcatcaacggcagtctagctgattttttcttaCCAAATCTGCAATAAAAA-T--CGGACCCCGTGGAAGGGT----------A--------G-G---------AT---G-G---G-----GG--------TGGGGTTAAACTATAAATTCGCA-GCAA---AA-----ATCATTGGA----T------ATG-A-----TTCAGATATTTAACATCt
gi|18 : GCCAAAAATGTAATAAAA--T--CAGACTCC---------T----------ATGTGCCCAG-GT--------A----GTG---A-----GG--------TA------AACTTTAAATTCGCA-ACAA---AA-A---AACATTGAATAATT------ATG-A-----TCCTGATA
gi|2 : AAATGCATGCAAAA-T--CGGAACCA---------T----------A--------G-G---------T----G-G---GTTGGAGG--------TA------GTCAATAAATTGGCA-ACAA---AA-T---TTCATTGAA----T------ATG-A-----TACAGGCATTTAACA
gi|2 : atgttgaaaaaaatatgatagtcagagacgtagcttcccgtacgcactgtagtcacgtacctacccttttttctgagaaatcgaaaaatataaaaatacaaaacC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCAATATACCGTTTTCAGCCAAGCTACGCTCCgtggttatgaaacagtgagttcaaggttaatattacggataaccaggcccctaaaatataagaaatatacgccagaacgcacctacgacagtgtagctgaccgccccctcctcccctacaactgtgccaatataccgttttcagccaagctacgctcc
gi|20 : atgttgaaaaaaatatgatagtcagagacgtagcttcccgtacgcactgtagtcacgtacctacccttttttctgagaaatcgaaaaatataaaaatacaaaacaaatgcatgcaaaatcggaaccataggtgggttggaggtagtcaataaattggcaacaaaatttcattgaatatgatacaggcatttaacagtggttatgaaacagtgagttcaaggttaatattacggataaccaggcccctaaaatataagaaatatacgccagaacgcacctacgacagtgtagctgaccgccccctcctAAATGTAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------T--------G-A---------T----G-G---GAA---GT--------TGTTGGA-AATTATAAATTCGCA-AT-A---AA-A---GCCATTG-G----T------ATG-T-----TCCAGATAT
gi|21 : GAAA-A-A---A--TATTTCAGGG-GA----GCATAA-C-C-TT---GG-A-TT-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATAGTTTTCAGCCATGCTATGC
gi|22 : GGGG-GACGGTGCATG--CTC-CC---GG-A-CC--------------------------------TACATATCGTTTTCATCCAAGTTACAACCC
gi|23 : taaaaaataagggggtgg-A---A--T----AGGTG-GA----GCATG--C-C-CCC--GG-A-CC-----CC--C-A--ACAA------C-TGTACTTTCACATCGTTTTCAGCCAAACTACGCCCCt
gi|24 : ---A--T----CGGTG-GA----GCATGT-C-C-CC---GG-AACT-----CC--C-T--ACAG------C-TGTGCAAACACACAGCTTTCAGCCAAGTTACGCCCCt
gi|25 : GGT-GG----GCAAG--C-C-CCC--GG-A-GCA----CC--C-T--ACAA------C-TGTACCTTCACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCt
gi|26 : ttggt----CGAGG-GA----GCATG--C-C-CCT--GG-A-CC-----CCTCC-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGACAAGCTACATCCCac
gi|27 : --T----CGGGG-GA----TCATG--C-T-CC---TATA-CC-----TC--CAT--ATAA------C-TGGCCCTACACATCGTTTTTAGCCAAGCTAAGACCC
gi|28 : A----GCATGG-T-C-CC---GG-A-CT-----CC--C-T--ATAA------C-TGTGCCTACACA--GTTTTTAGCCAAACTACGCCCC
gi|29 : aatatggtaGG-GG----GCATA--T-C-CCT--GG-A-CC-----CC--C-TTAACAA------C-TGTGCTTACACATAGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
gi|3 : AAAAATGTAATAAAAACT--CATACCCC---------T----------A--------G-GGGGGGGGGGA----G-G---G-----GG--------TGTA----AACTACAAATTCGCA-ACAACAAAA-A---ATCATTGAA----T------ATG-A-----TCTAGGTATTTAACA--------TCATTTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAACACA---A--TTT--CGTGG-AA----GCAAG--A-C-TC---GA-C-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACATAACGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCt
gi|30 : caG-GA----GCATG--C-T-CT---GG-A-CC-----CCT-C-T--ACAA------C-TGTGCCTACCCATCATTTTTAGCCAAGCAACGCCCCt
gi|31 : aGGG-GA----GC-----C-G-CC---GG-A-TC-----CC--C-ACAACAA------C-TGTACCTACACATCTTTTTAAGTCAAACTACGCCCCt
gi|32 : G-GA----ACATG--C-C-CC---GA-A-CC-----CCA-C-T--ACAA------C-TGTGCCTGCACATCGTTTTCAACCAAGCTACGCCCCt
gi|34 : GGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-----------------------------TGTGCCTACACATCGTTT-CAGCCAAGCTACGCCCC
gi|36 : aaaAA-A-A---T--T----CGGGG-GA----GCCTG--C-C-CCA--GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACAt
gi|37 : atC--C-A--ACAA------C-TGTGCCTACA--TCGTTTTCAGCCAAGTTAATCCCC
gi|38 : AA------C-TGTGCCTACACATCGTATTCAGTCAAGCTACACCCCt
gi|39 : gaCTACATATCGTTTTCATCCAAGTTACAACCCt
gi|4 : CAAAAATGTAATAAATA-T--TGGACCCC---------A----------A--------GTG---------A----G-GTAGG-----GG--------TGTA----AACTATAAGTTTGCT-ACAA---CA-A---ATTATTGAA----TAATAACATG-A-----TCCAAATGTTTCGCATCATTTTATtggttgt
gi|4 : AAA-A-A---A--T----CGAGG-GA----GCATG--C-C-CCT--GG-A-CC-----CCTCC-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGACAAGCTACATCCCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactgaaaaaaaatcgagggagcatgcccctggacccctcctacaactgtgcctacacatcgttttcagacaagctacatccct
gi|5 : caaaaatgtaataaatattggaccccaagtgaggtaggggtgtaaactataagtttgctacaacaaattattgaataataacatgatccaaatgtttcgcatcattttattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactgaaCAAAAATGTAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------A--------G-A---------A----G-GGTAG-----GG--------TGTA----AATTATAAATTCACA-AT-A---AA-A---ATCATTAAA----T------AAGTATATTTTCCGGATATTTCACATCATTTTATCt
gi|5 : AA-A-A---C--T----CGGAG-AA----GCATG--C-CTCC---GG-A-CCATCCTCC--C-T--GCAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaaactcggagaagcatgcctccggaccatcctccctgcaactgtgcctacacatcgttttcagccaagctacgcccctg
gi|6 : caaaaatgtaataaaaatcggacccctagaagggtagggtgtaaattataaattcacaataaaaatcattaaataagtatattttccggatatttcacatcattttatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttGCCAAATATGCAATAAAAA-T--CGGATCCC---------T----------A--------C-C---------A----G-A---G-----GG--------TG------AACTATAAATCCGCT-ACAA---AA-A---AGCATTGAA----T------ATC-A-----TCCAGATATTTAACATCATTTTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGAA-A-A---A--T----CGGGA-GA----GCATG--A-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTACCTATACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCtg
gi|7 : AAAAACATGATAAAAA-TATCGGACCCC---------T----------A--------G-G---------G----G-G---G-----GGGGGGGGGATG------AACTATAAATTCGCA-ACAA---AAAA---ATCATTGAA----T------ATT-A-----TCCAGATATTTAACATCATTTTATC
gi|7 : g-GA----GCATG--A-T-CC---GG-A-CC-----CT--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCTAAGCAACGCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagctgcaatattttttcgattgagcatgatccggaccctctacaactgtgcctacacatcgttttcagctaagcaacgcct
gi|8 : gaaaaacatgataaaaatatcggacccctagggggggggggggggatgaactataaattcgcaacaaaaaaatcattgaatattatccagatatttaacatcattttatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagctgcaatattttttcgattCCAAAAATGTAATAAAAA-A--CGGACTCC---------T----------ATGG-----G-G---------GTAGTG-G---G-----GG--------TA------ATCTATAAATTCTCA-ACAA---AA-A---ATCATTGAATAGTT------ATG-A-----TCCAGATATTTCACATAATTTTATCt
gi|8 : AAA-A-C---A--T----TCGGG-GA----GCATG--C-C-CCCCCGG-A-CC-----CC----T--ACAA------A-TGTGCTTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacatcaaagcctagctaaaaaaaaaaaaacattcggggagcatgcccccccggacccctacaaatgtgcttacacatcgttttcagccaagctacgcccct
gi|9 : ccaaaaatgtaataaaaaacggactcctatgggggtagtgggggtaatctataaattctcaacaaaaaatcattgaatagttatgatccagatatttcacataattttatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacatcaaagcctagctaaaaaaaaaCTAAAAATGC--CAAAAA-TG-CGGG-------------T----------A--------A-G---------A----G-G---A--------------------------TATAAATTCGTA-CCAG---AA-A---TTCATTGAA----A------ATG-A-----TTCAGATATTTAACATAATTTTATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGAAA-A-ATAAA--T----CGGGG-GA----CCATG--TTC-CC---GG-A-CG-----CT--C-T--ACAA------T-TGTGCCTACATACCGTTTTCAACCAAGCTACGCCCCt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATGCAACAAAATGCTTTAATAAAATCTGACCTCATTTTCCCTTTTATTGAAGAGAACAAACTTAAAACATTACATTTTTATGGTTATA
Unaligned ( gi|33 ): ATTTTATCAATTTAGAGCTATTTGGTGAACAGTGAATTCAAGATTAATAATTAGGA
Unaligned ( gi|35 ): TACTATACACATTCTATGCACGTATATTCATTCTTTTTCTGAGAATTCGAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111
lowQualScore : 3 77 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 444 2 777 1111 777777 2 66666 0 555 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 3 666666 8888 1 3333 66 3 3 222 1 1 44444 66 1 33 333333 1
lowQualScore : . .. ............................................................................ . ... . ... .... ...... . ..... . ... ..................................................................................................... . . ...... .... . .... .. . . ... . . ..... .. . .. ...... .
lowQualScore : 1 33 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 777 7 333 3333 777777 7 77777 9 444 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 6 222222 8888 6 3333 77 1 1 555 4 4 88888 33 3 77 777777 3
consensus : GCCAAAAATGCAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------A--------G-G---------A----G-G---G-----GG--------TG------AACTATAAATTCGCA-ACAA---AA-A---ATCATTGAA----TA------TG-A-----TCCAGATATTTAACATCATTTTATCATTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTATAGCTGTGAAA-A-A---A--T----CGGGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
Reference ( family-734 ) : GCCAAAAATGCAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------A--------G-G---------A----G-G---G-----GG--------TG------AACTATAAATTCGCA-ACAA---AA-A---ATCATTGAA----TA------TG-A-----TCCAGATATTTAACATCATTTTATCATTTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTATAGTNGTGAAA-A-A---A--T----CGGGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
gi|1 : AAAAAT-CAATCAAAA-T--TGGACCTC---------T----------A--------G-GGAAGAT---A----G-G---G-----GG--------TA------TACTATAA
gi|1 : ttttggtagaaaattattacttgatcagaggcgtagcttcctacaggtactgtaggcacgtgtctccacttctttctgagaaatcataaaattaaaaatgcaaaaaC---AG-A-TC-----CC--C-T--ACAATAACCAC-TGTACCTACACATCCTTTTCAGCCAAGCTACGCcggtgactataaacattgtatcacctattgtctgaaactagttctagtaggcacttgaaaccacgagaagaaaactacttcatttttcctttataaaaatcaacatttattaccaattttattgataataagaccctagaaaacataagagatatagccaaaacacaccaacgacttcagcagatcccctacaataaccactgtacctacacatccttttcagccaagctacgcacttagttat
gi|10 : ttttggtagaaaattattacttgatcagaggcgtagcttcctacaggtactgtaggcacgtgtctccacttctttctgagaaatcataaaattaaaaatgcaaaaaaaaaatcaatcaaaattggacctctagggaagatagggggtatactataacggtgactataaacattgtatcacctattgtctgaaactagttctagtaggcacttgaaaccacgagaagaaaactacttcatttttcctttataaaaatcaacatttattaccaattttattgataataagaccctagaaaacataagagatatagccaaaacacaccaacgacttcagCCCT---------T----------A--------A-G---------T----G-G---A-----AG--------TA------AACTATAAATTCACA-ACAA---AA-AGAAATCATTGAA----TA------TG-A-----TCCAGATATTTAACATCATTTTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTATAGT--TTAAA-A-A---T--T----CAGGG-GA----GCATG--A-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACCA------C-TGTGCCTACACATTGTTTTCAGCTAAGCTACACCTCacttagttat
gi|11 : ---A--T----CAGAG-GA----GCATG--C-C-CCC--GG-A-CC-----CC--C-T--TCAA------C-TGTGCCTTCACATCATTTTCATCAGAGCTACACCCCt
gi|12 : tgcaaaaaatgcattaaaatctgacccctatgcttcttcattttttccatttttttaagtgaacaaaccataaaactacatttatttggttatgaaacagtgaattcaaggttcatatttaggataatcaggccactaaaaataaataatatacgtcaaaacacatctacatttttt-G---------G----G-G---G-----AG--------TA------AACTATAAATTAGCA-ACAA---AA-AC--ATAAATAAA----TA------T------------GATATCTAACATCATTTAATC
gi|12 : aTGAAA-A-A---AGTT----TGTGGTGA----ACATG--G-C-C----GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCTTACACATAGTTTTCAGCCAAGCTACGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgaaaaaagtttgtggtgaacatggccggaccccctacaactgtgcttacacatagttttcagccaagctacgc
gi|13 : agggggagtaaactataaattagcaacaaaaacataaataaatatgatatctaacatcatttaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaATAAATTCGCA-ACAA---AA-A---ATCATAGTA----TA------TA-A-----TCCAGATATTTAACAGCATTTTA
gi|13 : agtcC---GG-A-CT-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTGCAAATCGTTTTAAGTAAAGCTATGCTCCatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacaatcggactccctacaactgtgcctgcaaatcgttttaagtaaagctatgctcc
gi|14 : agtcataaattcgcaacaaaaaatcatagtatataatccagatatttaacagcattttaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacaatCCAAAAATGCAATAAAGA-T--CGGATCTC---------TTGGGGCGTAGA--------G-G---------G----G-T---G-----GG--------TGATA---AACTATAAATTTGCACACAA---AA-A---A----GGAA----TA------TG-A-----TCGAGATAAATAACAT
gi|15 : agtcgtatacatacatgtagctaactgcatgatcaattattcatgggcgtaagctttagtcacgtgcatacattttttcttgagaaatcgaacagatttaaataGG-AA----GCATG--C-CTCC---AG-G-CC-----CT--T-T--ACAA------AATGTGCCTACACATCGTTTTCAGTCAATCGACGCa
gi|16 : attgcatttactatcaacaattttggttataaaatggtgaatattaaggataaccaggccaaccaacgcaactacgacagtaaagctgacattttgagc----CGGAG-G-----GCATGTTC-C-CC---GG-A-CC-----CC--T-T--ACAA------C-TGTGCCTACAAATTGAGTTCAGCCAAGCTACACC
gi|17 : aaatatacgccaaaacgcatcaacggcagtctagctgattttttcttaCCAAATCTGCAATAAAAA-T--CGGACCCCGTGGAAGGGT----------A--------G-G---------AT---G-G---G-----GG--------TGGGGTTAAACTATAAATTCGCA-GCAA---AA-----ATCATTGGA----TA------TG-A-----TTCAGATATTTAACATCt
gi|18 : GCCAAAAATGTAATAAAA--T--CAGACTCC---------T----------ATGTGCCCAG-GT--------A----GTG---A-----GG--------TA------AACTTTAAATTCGCA-ACAA---AA-A---AACATTGAATAATTA------TG-A-----TCCTGATA
gi|2 : AAATGCATGCAAAA-T--CGGAACCA---------T----------A--------G-G---------T----G-G---GTTGGAGG--------TA------GTCAATAAATTGGCA-ACAA---AA-T---TTCATTGAA----TA------TG-A-----TACAGGCATTTAACA
gi|2 : atgttgaaaaaaatatgatagtcagagacgtagcttcccgtacgcactgtagtcacgtacctacccttttttctgagaaatcgaaaaatataaaaatacaaaacC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCAATATACCGTTTTCAGCCAAGCTACGCTCCgtggttatgaaacagtgagttcaaggttaatattacggataaccaggcccctaaaatataagaaatatacgccagaacgcacctacgacagtgtagctgaccgccccctcctcccctacaactgtgccaatataccgttttcagccaagctacgctcc
gi|20 : atgttgaaaaaaatatgatagtcagagacgtagcttcccgtacgcactgtagtcacgtacctacccttttttctgagaaatcgaaaaatataaaaatacaaaacaaatgcatgcaaaatcggaaccataggtgggttggaggtagtcaataaattggcaacaaaatttcattgaatatgatacaggcatttaacagtggttatgaaacagtgagttcaaggttaatattacggataaccaggcccctaaaatataagaaatatacgccagaacgcacctacgacagtgtagctgaccgccccctcctAAATGTAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------T--------G-A---------T----G-G---GAA---GT--------TGTTGGA-AATTATAAATTCGCA-AT-A---AA-A---GCCATTG-G----TA------TG-T-----TCCAGATAT
gi|21 : GAAA-A-A---A--TATTTCAGGG-GA----GCATAA-C-C-TT---GG-A-TT-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATAGTTTTCAGCCATGCTATGC
gi|22 : GGGG-GACGGTGCATG--CTC-CC---GG-A-CC--------------------------------TACATATCGTTTTCATCCAAGTTACAACCC
gi|23 : taaaaaataagggggtgg-A---A--T----AGGTG-GA----GCATG--C-C-CCC--GG-A-CC-----CC--C-A--ACAA------C-TGTACTTTCACATCGTTTTCAGCCAAACTACGCCCCt
gi|24 : ---A--T----CGGTG-GA----GCATGT-C-C-CC---GG-AACT-----CC--C-T--ACAG------C-TGTGCAAACACACAGCTTTCAGCCAAGTTACGCCCCt
gi|25 : GGT-GG----GCAAG--C-C-CCC--GG-A-GCA----CC--C-T--ACAA------C-TGTACCTTCACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCt
gi|26 : ttggt----CGAGG-GA----GCATG--C-C-CCT--GG-A-CC-----CCTCC-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGACAAGCTACATCCCac
gi|27 : --T----CGGGG-GA----TCATG--C-T-CC---TATA-CC-----TC--CAT--ATAA------C-TGGCCCTACACATCGTTTTTAGCCAAGCTAAGACCC
gi|28 : A----GCATGG-T-C-CC---GG-A-CT-----CC--C-T--ATAA------C-TGTGCCTACACA--GTTTTTAGCCAAACTACGCCCC
gi|29 : aatatggtaGG-GG----GCATA--T-C-CCT--GG-A-CC-----CC--C-TTAACAA------C-TGTGCTTACACATAGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
gi|3 : AAAAATGTAATAAAAACT--CATACCCC---------T----------A--------G-GGGGGGGGGGA----G-G---G-----GG--------TGTA----AACTACAAATTCGCA-ACAACAAAA-A---ATCATTGAA----TA------TG-A-----TCTAGGTATTTAACATCATTT--------TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAACACA---A--TTT--CGTGG-AA----GCAAG--A-C-TC---GA-C-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACATAACGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCt
gi|30 : caG-GA----GCATG--C-T-CT---GG-A-CC-----CCT-C-T--ACAA------C-TGTGCCTACCCATCATTTTTAGCCAAGCAACGCCCCt
gi|31 : aGGG-GA----GC-----C-G-CC---GG-A-TC-----CC--C-ACAACAA------C-TGTACCTACACATCTTTTTAAGTCAAACTACGCCCCt
gi|32 : G-GA----ACATG--C-C-CC---GA-A-CC-----CCA-C-T--ACAA------C-TGTGCCTGCACATCGTTTTCAACCAAGCTACGCCCCt
gi|34 : GGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-----------------------------TGTGCCTACACATCGTTT-CAGCCAAGCTACGCCCC
gi|36 : aaaAA-A-A---T--T----CGGGG-GA----GCCTG--C-C-CCA--GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACAt
gi|37 : atC--C-A--ACAA------C-TGTGCCTACA--TCGTTTTCAGCCAAGTTAATCCCC
gi|38 : AA------C-TGTGCCTACACATCGTATTCAGTCAAGCTACACCCCt
gi|39 : gaCTACATATCGTTTTCATCCAAGTTACAACCCt
gi|4 : CAAAAATGTAATAAATA-T--TGGACCCC---------A----------A--------GTG---------A----G-GTAGG-----GG--------TGTA----AACTATAAGTTTGCT-ACAA---CA-A---ATTATTGAA----TAATAACATG-A-----TCCAAATGTTTCGCAT--------CATTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----ACTGAAAAA-A-A---A--T----CGAGG-GA----GCATG--C-C-CCT--GG-A-CC-----CCTCC-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGACAAGCTACATCCCtggttgt
gi|5 : CAAAAATGTAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------A--------G-A---------A----G-GGTAG-----GG--------TGTA----AATTATAAATTCACA-AT-A---AA-A---ATCATTAAA----TA------AGTATATTTTCCGGATATTTCACATCATTTTATCt
gi|5 : AA-A-A---C--T----CGGAG-AA----GCATG--C-CTCC---GG-A-CCATCCTCC--C-T--GCAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaaactcggagaagcatgcctccggaccatcctccctgcaactgtgcctacacatcgttttcagccaagctacgcccctg
gi|6 : caaaaatgtaataaaaatcggacccctagaagggtagggtgtaaattataaattcacaataaaaatcattaaataagtatattttccggatatttcacatcattttatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttGCCAAATATGCAATAAAAA-T--CGGATCCC---------T----------A--------C-C---------A----G-A---G-----GG--------TG------AACTATAAATCCGCT-ACAA---AA-A---AGCATTGAA----TA------TC-A-----TCCAGATATTTAACATCATTTTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGAA-A-A---A--T----CGGGA-GA----GCATG--A-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTACCTATACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCtg
gi|7 : AAAAACATGATAAAAA-TATCGGACCCC---------T----------A--------G-G---------G----G-G---G-----GGGGGGGGGATG------AACTATAAATTCGCA-ACAA---AAAA---ATCATTGAA----TA------TT-A-----TCCAGATATTTAACATCATTTTATC
gi|7 : g-GA----GCATG--A-T-CC---GG-A-CC-----CT--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCTAAGCAACGCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagctgcaatattttttcgattgagcatgatccggaccctctacaactgtgcctacacatcgttttcagctaagcaacgcct
gi|8 : gaaaaacatgataaaaatatcggacccctagggggggggggggggatgaactataaattcgcaacaaaaaaatcattgaatattatccagatatttaacatcattttatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagctgcaatattttttcgattCCAAAAATGTAATAAAAA-A--CGGACTCC---------T----------ATGG-----G-G---------GTAGTG-G---G-----GG--------TA------ATCTATAAATTCTCA-ACAA---AA-A---ATCATTGAATAGTTA------TG-A-----TCCAGATATTTCACATAATTTTATCt
gi|8 : AAA-A-C---A--T----TCGGG-GA----GCATG--C-C-CCCCCGG-A-CC-----CC----T--ACAA------A-TGTGCTTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacatcaaagcctagctaaaaaaaaaaaaacattcggggagcatgcccccccggacccctacaaatgtgcttacacatcgttttcagccaagctacgcccct
gi|9 : ccaaaaatgtaataaaaaacggactcctatgggggtagtgggggtaatctataaattctcaacaaaaaatcattgaatagttatgatccagatatttcacataattttatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacatcaaagcctagctaaaaaaaaaCTAAAAATGC--CAAAAA-TG-CGGG-------------T----------A--------A-G---------A----G-G---A--------------------------TATAAATTCGTA-CCAG---AA-A---TTCATTGAA----AA------TG-A-----TTCAGATATTTAACATAATTTTATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGAAA-A-ATAAA--T----CGGGG-GA----CCATG--TTC-CC---GG-A-CG-----CT--C-T--ACAA------T-TGTGCCTACATACCGTTTTCAACCAAGCTACGCCCCt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATGCAACAAAATGCTTTAATAAAATCTGACCTCATTTTCCCTTTTATTGAAGAGAACAAACTTAAAACATTACATTTTTATGGTTATA
Unaligned ( gi|33 ): ATTTTATCAATTTAGAGCTATTTGGTGAACAGTGAATTCAAGATTAATAATTAGGA
Unaligned ( gi|35 ): TACTATACACATTCTATGCACGTATATTCATTCTTTTTCTGAGAATTCGAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111
lowQualScore : 3 77 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 444 2 777 1111 777777 2 66666 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 3 666666 8888 1 3333 66 3 3 222 1 1 44444 66 1 33 333333 1
lowQualScore : . .. ............................................................................ . ... . ... .... ...... . ..... . ........................................................................................................... . . ...... .... . .... .. . . ... . . ..... .. . .. ...... .
lowQualScore : 1 33 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 777 7 333 3333 777777 7 77777 9 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 6 222222 8888 6 3333 77 1 1 555 4 4 88888 33 3 77 777777 3
consensus : GCCAAAAATGCAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------A--------G-G---------A----G-G---G-----GG--------TG------AACTATAAATTCGCA-ACAA---AA-A---ATCATTGAA----TA------TG-A-----TCCAGATATTTAACATCATTTTATCA--TTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTATAGCTGTGAAA-A-A---A--T----CGGGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
Reference ( family-734 ) : GCCAAAAATGCAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------A--------G-G---------A----G-G---G-----GG--------TG------AACTATAAATTCGCA-ACAA---AA-A---ATCATTGAA----TA------TG-A-----TCCAGATATTTAACATCATTTTATCATTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTATAGCTGTGAAA-A-A---A--T----CGGGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
gi|1 : AAAAAT-CAATCAAAA-T--TGGACCTC---------T----------A--------G-GGAAGAT---A----G-G---G-----GG--------TA------TACTATAA
gi|1 : ttttggtagaaaattattacttgatcagaggcgtagcttcctacaggtactgtaggcacgtgtctccacttctttctgagaaatcataaaattaaaaatgcaaaaaC---AG-A-TC-----CC--C-T--ACAATAACCAC-TGTACCTACACATCCTTTTCAGCCAAGCTACGCcggtgactataaacattgtatcacctattgtctgaaactagttctagtaggcacttgaaaccacgagaagaaaactacttcatttttcctttataaaaatcaacatttattaccaattttattgataataagaccctagaaaacataagagatatagccaaaacacaccaacgacttcagcagatcccctacaataaccactgtacctacacatccttttcagccaagctacgcacttagttat
gi|10 : ttttggtagaaaattattacttgatcagaggcgtagcttcctacaggtactgtaggcacgtgtctccacttctttctgagaaatcataaaattaaaaatgcaaaaaaaaaatcaatcaaaattggacctctagggaagatagggggtatactataacggtgactataaacattgtatcacctattgtctgaaactagttctagtaggcacttgaaaccacgagaagaaaactacttcatttttcctttataaaaatcaacatttattaccaattttattgataataagaccctagaaaacataagagatatagccaaaacacaccaacgacttcagCCCT---------T----------A--------A-G---------T----G-G---A-----AG--------TA------AACTATAAATTCACA-ACAA---AA-AGAAATCATTGAA----TA------TG-A-----TCCAGATATTTAACATCATTTTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTATAGTT-T-AAA-A-A---T--T----CAGGG-GA----GCATG--A-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACCA------C-TGTGCCTACACATTGTTTTCAGCTAAGCTACACCTCacttagttat
gi|11 : ---A--T----CAGAG-GA----GCATG--C-C-CCC--GG-A-CC-----CC--C-T--TCAA------C-TGTGCCTTCACATCATTTTCATCAGAGCTACACCCCt
gi|12 : tgcaaaaaatgcattaaaatctgacccctatgcttcttcattttttccatttttttaagtgaacaaaccataaaactacatttatttggttatgaaacagtgaattcaaggttcatatttaggataatcaggccactaaaaataaataatatacgtcaaaacacatctacatttttt-G---------G----G-G---G-----AG--------TA------AACTATAAATTAGCA-ACAA---AA-AC--ATAAATAAA----TA------T------------GATATCTAACATCATTTAATC
gi|12 : aTGAAA-A-A---AGTT----TGTGGTGA----ACATG--G-C-C----GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCTTACACATAGTTTTCAGCCAAGCTACGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgaaaaaagtttgtggtgaacatggccggaccccctacaactgtgcttacacatagttttcagccaagctacgc
gi|13 : agggggagtaaactataaattagcaacaaaaacataaataaatatgatatctaacatcatttaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaATAAATTCGCA-ACAA---AA-A---ATCATAGTA----TA------TA-A-----TCCAGATATTTAACAGCATTTTA
gi|13 : agtcC---GG-A-CT-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTGCAAATCGTTTTAAGTAAAGCTATGCTCCatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacaatcggactccctacaactgtgcctgcaaatcgttttaagtaaagctatgctcc
gi|14 : agtcataaattcgcaacaaaaaatcatagtatataatccagatatttaacagcattttaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacaatCCAAAAATGCAATAAAGA-T--CGGATCTC---------TTGGGGCGTAGA--------G-G---------G----G-T---G-----GG--------TGATA---AACTATAAATTTGCACACAA---AA-A---A----GGAA----TA------TG-A-----TCGAGATAAATAACAT
gi|15 : agtcgtatacatacatgtagctaactgcatgatcaattattcatgggcgtaagctttagtcacgtgcatacattttttcttgagaaatcgaacagatttaaataGG-AA----GCATG--C-CTCC---AG-G-CC-----CT--T-T--ACAA------AATGTGCCTACACATCGTTTTCAGTCAATCGACGCa
gi|16 : attgcatttactatcaacaattttggttataaaatggtgaatattaaggataaccaggccaaccaacgcaactacgacagtaaagctgacattttgagc----CGGAG-G-----GCATGTTC-C-CC---GG-A-CC-----CC--T-T--ACAA------C-TGTGCCTACAAATTGAGTTCAGCCAAGCTACACC
gi|17 : aaatatacgccaaaacgcatcaacggcagtctagctgattttttcttaCCAAATCTGCAATAAAAA-T--CGGACCCCGTGGAAGGGT----------A--------G-G---------AT---G-G---G-----GG--------TGGGGTTAAACTATAAATTCGCA-GCAA---AA-----ATCATTGGA----TA------TG-A-----TTCAGATATTTAACATCt
gi|18 : GCCAAAAATGTAATAAAA--T--CAGACTCC---------T----------ATGTGCCCAG-GT--------A----GTG---A-----GG--------TA------AACTTTAAATTCGCA-ACAA---AA-A---AACATTGAATAATTA------TG-A-----TCCTGATA
gi|2 : AAATGCATGCAAAA-T--CGGAACCA---------T----------A--------G-G---------T----G-G---GTTGGAGG--------TA------GTCAATAAATTGGCA-ACAA---AA-T---TTCATTGAA----TA------TG-A-----TACAGGCATTTAACA
gi|2 : atgttgaaaaaaatatgatagtcagagacgtagcttcccgtacgcactgtagtcacgtacctacccttttttctgagaaatcgaaaaatataaaaatacaaaacC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCAATATACCGTTTTCAGCCAAGCTACGCTCCgtggttatgaaacagtgagttcaaggttaatattacggataaccaggcccctaaaatataagaaatatacgccagaacgcacctacgacagtgtagctgaccgccccctcctcccctacaactgtgccaatataccgttttcagccaagctacgctcc
gi|20 : atgttgaaaaaaatatgatagtcagagacgtagcttcccgtacgcactgtagtcacgtacctacccttttttctgagaaatcgaaaaatataaaaatacaaaacaaatgcatgcaaaatcggaaccataggtgggttggaggtagtcaataaattggcaacaaaatttcattgaatatgatacaggcatttaacagtggttatgaaacagtgagttcaaggttaatattacggataaccaggcccctaaaatataagaaatatacgccagaacgcacctacgacagtgtagctgaccgccccctcctAAATGTAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------T--------G-A---------T----G-G---GAA---GT--------TGTTGGA-AATTATAAATTCGCA-AT-A---AA-A---GCCATTG-G----TA------TG-T-----TCCAGATAT
gi|21 : GAAA-A-A---A--TATTTCAGGG-GA----GCATAA-C-C-TT---GG-A-TT-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATAGTTTTCAGCCATGCTATGC
gi|22 : GGGG-GACGGTGCATG--CTC-CC---GG-A-CC--------------------------------TACATATCGTTTTCATCCAAGTTACAACCC
gi|23 : taaaaaataagggggtgg-A---A--T----AGGTG-GA----GCATG--C-C-CCC--GG-A-CC-----CC--C-A--ACAA------C-TGTACTTTCACATCGTTTTCAGCCAAACTACGCCCCt
gi|24 : ---A--T----CGGTG-GA----GCATGT-C-C-CC---GG-AACT-----CC--C-T--ACAG------C-TGTGCAAACACACAGCTTTCAGCCAAGTTACGCCCCt
gi|25 : GGT-GG----GCAAG--C-C-CCC--GG-A-GCA----CC--C-T--ACAA------C-TGTACCTTCACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCt
gi|26 : ttggt----CGAGG-GA----GCATG--C-C-CCT--GG-A-CC-----CCTCC-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGACAAGCTACATCCCac
gi|27 : --T----CGGGG-GA----TCATG--C-T-CC---TATA-CC-----TC--CAT--ATAA------C-TGGCCCTACACATCGTTTTTAGCCAAGCTAAGACCC
gi|28 : A----GCATGG-T-C-CC---GG-A-CT-----CC--C-T--ATAA------C-TGTGCCTACACA--GTTTTTAGCCAAACTACGCCCC
gi|29 : aatatggtaGG-GG----GCATA--T-C-CCT--GG-A-CC-----CC--C-TTAACAA------C-TGTGCTTACACATAGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
gi|3 : AAAAATGTAATAAAAACT--CATACCCC---------T----------A--------G-GGGGGGGGGGA----G-G---G-----GG--------TGTA----AACTACAAATTCGCA-ACAACAAAA-A---ATCATTGAA----TA------TG-A-----TCTAGGTATTTAACATCATTT--------TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAACACA---A--TTT--CGTGG-AA----GCAAG--A-C-TC---GA-C-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACATAACGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCt
gi|30 : caG-GA----GCATG--C-T-CT---GG-A-CC-----CCT-C-T--ACAA------C-TGTGCCTACCCATCATTTTTAGCCAAGCAACGCCCCt
gi|31 : aGGG-GA----GC-----C-G-CC---GG-A-TC-----CC--C-ACAACAA------C-TGTACCTACACATCTTTTTAAGTCAAACTACGCCCCt
gi|32 : G-GA----ACATG--C-C-CC---GA-A-CC-----CCA-C-T--ACAA------C-TGTGCCTGCACATCGTTTTCAACCAAGCTACGCCCCt
gi|34 : GGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-----------------------------TGTGCCTACACATCGTTT-CAGCCAAGCTACGCCCC
gi|36 : aaaAA-A-A---T--T----CGGGG-GA----GCCTG--C-C-CCA--GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACAt
gi|37 : atC--C-A--ACAA------C-TGTGCCTACA--TCGTTTTCAGCCAAGTTAATCCCC
gi|38 : AA------C-TGTGCCTACACATCGTATTCAGTCAAGCTACACCCCt
gi|39 : gaCTACATATCGTTTTCATCCAAGTTACAACCCt
gi|4 : CAAAAATGTAATAAATA-T--TGGACCCC---------A----------A--------GTG---------A----G-GTAGG-----GG--------TGTA----AACTATAAGTTTGCT-ACAA---CA-A---ATTATTGAA----TAATAACATG-A-----TCCAAATGTTTCGCATCATT--------TTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----ACTGAAAAA-A-A---A--T----CGAGG-GA----GCATG--C-C-CCT--GG-A-CC-----CCTCC-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGACAAGCTACATCCCtggttgt
gi|5 : CAAAAATGTAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------A--------G-A---------A----G-GGTAG-----GG--------TGTA----AATTATAAATTCACA-AT-A---AA-A---ATCATTAAA----TA------AGTATATTTTCCGGATATTTCACATCATTTTATCt
gi|5 : AA-A-A---C--T----CGGAG-AA----GCATG--C-CTCC---GG-A-CCATCCTCC--C-T--GCAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaaactcggagaagcatgcctccggaccatcctccctgcaactgtgcctacacatcgttttcagccaagctacgcccctg
gi|6 : caaaaatgtaataaaaatcggacccctagaagggtagggtgtaaattataaattcacaataaaaatcattaaataagtatattttccggatatttcacatcattttatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttGCCAAATATGCAATAAAAA-T--CGGATCCC---------T----------A--------C-C---------A----G-A---G-----GG--------TG------AACTATAAATCCGCT-ACAA---AA-A---AGCATTGAA----TA------TC-A-----TCCAGATATTTAACATCATTTTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGAA-A-A---A--T----CGGGA-GA----GCATG--A-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTACCTATACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCtg
gi|7 : AAAAACATGATAAAAA-TATCGGACCCC---------T----------A--------G-G---------G----G-G---G-----GGGGGGGGGATG------AACTATAAATTCGCA-ACAA---AAAA---ATCATTGAA----TA------TT-A-----TCCAGATATTTAACATCATTTTATC
gi|7 : g-GA----GCATG--A-T-CC---GG-A-CC-----CT--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCTAAGCAACGCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagctgcaatattttttcgattgagcatgatccggaccctctacaactgtgcctacacatcgttttcagctaagcaacgcct
gi|8 : gaaaaacatgataaaaatatcggacccctagggggggggggggggatgaactataaattcgcaacaaaaaaatcattgaatattatccagatatttaacatcattttatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagctgcaatattttttcgattCCAAAAATGTAATAAAAA-A--CGGACTCC---------T----------ATGG-----G-G---------GTAGTG-G---G-----GG--------TA------ATCTATAAATTCTCA-ACAA---AA-A---ATCATTGAATAGTTA------TG-A-----TCCAGATATTTCACATAATTTTATCt
gi|8 : AAA-A-C---A--T----TCGGG-GA----GCATG--C-C-CCCCCGG-A-CC-----CC----T--ACAA------A-TGTGCTTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacatcaaagcctagctaaaaaaaaaaaaacattcggggagcatgcccccccggacccctacaaatgtgcttacacatcgttttcagccaagctacgcccct
gi|9 : ccaaaaatgtaataaaaaacggactcctatgggggtagtgggggtaatctataaattctcaacaaaaaatcattgaatagttatgatccagatatttcacataattttatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacatcaaagcctagctaaaaaaaaaCTAAAAATGC--CAAAAA-TG-CGGG-------------T----------A--------A-G---------A----G-G---A--------------------------TATAAATTCGTA-CCAG---AA-A---TTCATTGAA----AA------TG-A-----TTCAGATATTTAACATAATTTTATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGAAA-A-ATAAA--T----CGGGG-GA----CCATG--TTC-CC---GG-A-CG-----CT--C-T--ACAA------T-TGTGCCTACATACCGTTTTCAACCAAGCTACGCCCCt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATGCAACAAAATGCTTTAATAAAATCTGACCTCATTTTCCCTTTTATTGAAGAGAACAAACTTAAAACATTACATTTTTATGGTTATA
Unaligned ( gi|33 ): ATTTTATCAATTTAGAGCTATTTGGTGAACAGTGAATTCAAGATTAATAATTAGGA
Unaligned ( gi|35 ): TACTATACACATTCTATGCACGTATATTCATTCTTTTTCTGAGAATTCGAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 111
lowQualScore : 3 77 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 444 777777 1111 777777 444 444 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 3 555555 44444 1 3333 66 3 3 222 1 1 44444 66 1 33 333333 1
lowQualScore : . .. ............................................................................ . ... ...... .... ...... ... ... . ............................................................................................................... . . ...... ..... . .... .. . . ... . . ..... .. . .. ...... .
lowQualScore : 1 33 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 777 999999 3333 777777 777 777 7 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 6 3 111111 11111 6 3333 77 1 1 555 4 4 88888 33 3 77 777777 3
consensus : GCCAAAAATGCAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------A--------G-G---------A----G-G---G-----GG--------TG------AACTATAAATTCGCA-AC---AAAAA---A-TCATTGAA----TA------TG---AT---CCAGATATTTAACATCATTTTATCATTATTATCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CAATTATAGCTG--T--GAAA-A-A---A--T-----CGGGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
Reference ( family-734 ) : GCCAAAAATGCAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------A--------G-G---------A----G-G---G-----GG--------TG------AACTATAAATTCGCA-AC---AAAAA---A-TCATTGAA----TA------TG---AT---CCAGATATTTAACATCATTTTATCATTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CAATTATAGCTG--T--GAAA-A-A---A--T-----CGGGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
gi|1 : AAAAAT-CAATCAAAA-T--TGGACCTC---------T----------A--------G-GGAAGAT---A----G-G---G-----GG--------TA------TACTATAA
gi|1 : ttttggtagaaaattattacttgatcagaggcgtagcttcctacaggtactgtaggcacgtgtctccacttctttctgagaaatcataaaattaaaaatgcaaaaaC---AG-A-TC-----CC--C-T--ACAATAACCAC-TGTACCTACACATCCTTTTCAGCCAAGCTACGCcggtgactataaacattgtatcacctattgtctgaaactagttctagtaggcacttgaaaccacgagaagaaaactacttcatttttcctttataaaaatcaacatttattaccaattttattgataataagaccctagaaaacataagagatatagccaaaacacaccaacgacttcagcagatcccctacaataaccactgtacctacacatccttttcagccaagctacgcacttagttat
gi|10 : ttttggtagaaaattattacttgatcagaggcgtagcttcctacaggtactgtaggcacgtgtctccacttctttctgagaaatcataaaattaaaaatgcaaaaaaaaaatcaatcaaaattggacctctagggaagatagggggtatactataacggtgactataaacattgtatcacctattgtctgaaactagttctagtaggcacttgaaaccacgagaagaaaactacttcatttttcctttataaaaatcaacatttattaccaattttattgataataagaccctagaaaacataagagatatagccaaaacacaccaacgacttcagCCCT---------T----------A--------A-G---------T----G-G---A-----AG--------TA------AACTATAAATTCACA-AC---AAAAAGAAA-TCATTGAA----TA------TG---AT---CCAGATATTTAACATCATTTTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTATAGTT---T---AAA-A-A---T--T-----CAGGG-GA----GCATG--A-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACCA------C-TGTGCCTACACATTGTTTTCAGCTAAGCTACACCTCacttagttat
gi|11 : ---A--T-----CAGAG-GA----GCATG--C-C-CCC--GG-A-CC-----CC--C-T--TCAA------C-TGTGCCTTCACATCATTTTCATCAGAGCTACACCCCt
gi|12 : tgcaaaaaatgcattaaaatctgacccctatgcttcttcattttttccatttttttaagtgaacaaaccataaaactacatttatttggttatgaaacagtgaattcaaggttcatatttaggataatcaggccactaaaaataaataatatacgtcaaaacacatctacatttttt-G---------G----G-G---G-----AG--------TA------AACTATAAATTAGCA-AC---AA-AA---A--CA-TAAA----T-------------------AAATAT--GATATC----TAACATCATTTAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNA-----T--GAAA-A-A---AGTT-----TGTGGTGA----ACATG--G-C-C----GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCTTACACATAGTTTTCAGCCAAGCTACGC
gi|13 : aATAAATTCGCA-AC---AAAAA---A-TCATAGTA----TA------TA---AT---CCAGATATTTAACAGCATTTTA
gi|13 : agtcC---GG-A-CT-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTGCAAATCGTTTTAAGTAAAGCTATGCTCCatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacaatcggactccctacaactgtgcctgcaaatcgttttaagtaaagctatgctcc
gi|14 : agtcataaattcgcaacaaaaaatcatagtatataatccagatatttaacagcattttaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacaatCCAAAAATGCAATAAAGA-T--CGGATCTC---------TTGGGGCGTAGA--------G-G---------G----G-T---G-----GG--------TGATA---AACTATAAATTTGCACAC---AAAAA---A-----GGAA----TA------TG---AT---CGAGATAAATAACAT
gi|15 : agtcgtatacatacatgtagctaactgcatgatcaattattcatgggcgtaagctttagtcacgtgcatacattttttcttgagaaatcgaacagatttaaataGG-AA----GCATG--C-CTCC---AG-G-CC-----CT--T-T--ACAA------AATGTGCCTACACATCGTTTTCAGTCAATCGACGCa
gi|16 : attgcatttactatcaacaattttggttataaaatggtgaatattaaggataaccaggccaaccaacgcaactacgacagtaaagctgacattttgagc-----CGGAG-G-----GCATGTTC-C-CC---GG-A-CC-----CC--T-T--ACAA------C-TGTGCCTACAAATTGAGTTCAGCCAAGCTACACC
gi|17 : aaatatacgccaaaacgcatcaacggcagtctagctgattttttcttaCCAAATCTGCAATAAAAA-T--CGGACCCCGTGGAAGGGT----------A--------G-G---------AT---G-G---G-----GG--------TGGGGTTAAACTATAAATTCGCA-GC---AAAA----A-TCATTGGA----TA------TG---AT---TCAGATATTTAACATCt
gi|18 : GCCAAAAATGTAATAAAA--T--CAGACTCC---------T----------ATGTGCCCAG-GT--------A----GTG---A-----GG--------TA------AACTTTAAATTCGCA-AC---AAAAA---A-ACATTGAATAATTA------TG---AT---CCTGATA
gi|2 : AAATGCATGCAAAA-T--CGGAACCA---------T----------A--------G-G---------T----G-G---GTTGGAGG--------TA------GTCAATAAATTGGCA-AC---AAAAT---T-TCATTGAA----TA------TG---AT---ACAGGCATTTAACA
gi|2 : atgttgaaaaaaatatgatagtcagagacgtagcttcccgtacgcactgtagtcacgtacctacccttttttctgagaaatcgaaaaatataaaaatacaaaacC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCAATATACCGTTTTCAGCCAAGCTACGCTCCgtggttatgaaacagtgagttcaaggttaatattacggataaccaggcccctaaaatataagaaatatacgccagaacgcacctacgacagtgtagctgaccgccccctcctcccctacaactgtgccaatataccgttttcagccaagctacgctcc
gi|20 : atgttgaaaaaaatatgatagtcagagacgtagcttcccgtacgcactgtagtcacgtacctacccttttttctgagaaatcgaaaaatataaaaatacaaaacaaatgcatgcaaaatcggaaccataggtgggttggaggtagtcaataaattggcaacaaaatttcattgaatatgatacaggcatttaacagtggttatgaaacagtgagttcaaggttaatattacggataaccaggcccctaaaatataagaaatatacgccagaacgcacctacgacagtgtagctgaccgccccctcctAAATGTAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------T--------G-A---------T----G-G---GAA---GT--------TGTTGGA-AATTATAAATTCGCA-AT----AAAA---G-CCATTG-G----TA------TG---TT---CCAGATAT
gi|21 : --GAAA-A-A---A--TATTT-CAGGG-GA----GCATAA-C-C-TT---GG-A-TT-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATAGTTTTCAGCCATGCTATGC
gi|22 : GGGG-GACGGTGCATG--CTC-CC---GG-A-CC--------------------------------TACATATCGTTTTCATCCAAGTTACAACCC
gi|23 : taaaaaataagggggtgg-A---A--T-----AGGTG-GA----GCATG--C-C-CCC--GG-A-CC-----CC--C-A--ACAA------C-TGTACTTTCACATCGTTTTCAGCCAAACTACGCCCCt
gi|24 : ---A--T-----CGGTG-GA----GCATGT-C-C-CC---GG-AACT-----CC--C-T--ACAG------C-TGTGCAAACACACAGCTTTCAGCCAAGTTACGCCCCt
gi|25 : GGT-GG----GCAAG--C-C-CCC--GG-A-GCA----CC--C-T--ACAA------C-TGTACCTTCACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCt
gi|26 : ttggt-----CGAGG-GA----GCATG--C-C-CCT--GG-A-CC-----CCTCC-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGACAAGCTACATCCCac
gi|27 : --T-----CGGGG-GA----TCATG--C-T-CC---TATA-CC-----TC--CAT--ATAA------C-TGGCCCTACACATCGTTTTTAGCCAAGCTAAGACCC
gi|28 : A----GCATGG-T-C-CC---GG-A-CT-----CC--C-T--ATAA------C-TGTGCCTACACA--GTTTTTAGCCAAACTACGCCCC
gi|29 : aatatggtaGG-GG----GCATA--T-C-CCT--GG-A-CC-----CC--C-TTAACAA------C-TGTGCTTACACATAGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
gi|3 : AAAAATGTAATAAAAACT--CATACCCC---------T----------A--------G-GGGGGGGGGGA----G-G---G-----GG--------TGTA----AACTACAAATTCGCA-ACAACAAAAA---A-TCATTGAA----TA------TG---AT---CTAGGTATTTAACATCATTTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNT----------GAAACACA---A--TTT---CGTGG-AA----GCAAG--A-C-TC---GA-C-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACATAACGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCt
gi|30 : caG-GA----GCATG--C-T-CT---GG-A-CC-----CCT-C-T--ACAA------C-TGTGCCTACCCATCATTTTTAGCCAAGCAACGCCCCt
gi|31 : aGGG-GA----GC-----C-G-CC---GG-A-TC-----CC--C-ACAACAA------C-TGTACCTACACATCTTTTTAAGTCAAACTACGCCCCt
gi|32 : G-GA----ACATG--C-C-CC---GA-A-CC-----CCA-C-T--ACAA------C-TGTGCCTGCACATCGTTTTCAACCAAGCTACGCCCCt
gi|34 : GGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-----------------------------TGTGCCTACACATCGTTT-CAGCCAAGCTACGCCCC
gi|36 : aaaAA-A-A---T--T-----CGGGG-GA----GCCTG--C-C-CCA--GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACAt
gi|37 : atC--C-A--ACAA------C-TGTGCCTACA--TCGTTTTCAGCCAAGTTAATCCCC
gi|38 : AA------C-TGTGCCTACACATCGTATTCAGTCAAGCTACACCCCt
gi|39 : gaCTACATATCGTTTTCATCCAAGTTACAACCCt
gi|4 : CAAAAATGTAATAAATA-T--TGGACCCC---------A----------A--------GTG---------A----G-GTAGG-----GG--------TGTA----AACTATAAGTTTGCT-AC---AACAA---A-TTATTGAA----TAATAACATG---AT---CCAAATGTTTCGCATCATTTT------ATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNT----ACTG--A--AAAA-A-A---A--T-----CGAGG-GA----GCATG--C-C-CCT--GG-A-CC-----CCTCC-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGACAAGCTACATCCCtggttgt
gi|5 : CAAAAATGTAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------A--------G-A---------A----G-G---GTAG--GG--------TGTA----AATTATAAATTCACA-AT---AAAAA-----TCATTAAA----TA------AGTATATTTTCCGGATATTTCAC--------ATCATT-TTATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNT---T----AA-A-A---C--T-----CGGAG-AA----GCATG--C-CTCC---GG-A-CCATCCTCC--C-T--GCAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCt
gi|6 : GCCAAATATGCAATAAAAA-T--CGGATCCC---------T----------A--------C-C---------A----G-A---G-----GG--------TG------AACTATAAATCCGCT-AC---AAAAA---A-GCATTGAA----TA------TC---AT---CCAGATATTTAACATCATTTTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN--NGGGGAA-A-A---A--T-----CGGGA-GA----GCATG--A-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTACCTATACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCtg
gi|7 : AAAAACATGATAAAAA-TATCGGACCCC---------T----------A--------G-G---------G----G-G---G-----GGGGGGGGGATG------AACTATAAATTCGCA-AC---AAAAA---AATCATTGAA----TA------TT---AT---CCAGATATTTAACA--------TCATT-TTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNAGCTG--C-----A-A-T---A--TTTTTTCGATT-GA----GCATG--A-T-CC---GG-A-CC-----CT--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCTAAGCAACGCC
gi|8 : gCCAAAAATGTAATAAAAA-A--CGGACTCC---------T----------ATGG-----G-G---------GTAGTG-G---G-----GG--------TA------ATCTATAAATTCTCA-AC---AAAAA---A-TCATTGAATAGTTA------TG---AT---CCAGATATTTCACATAATTTTATCt
gi|8 : AAA-A-C---A--T-----TCGGG-GA----GCATG--C-C-CCCCCGG-A-CC-----CC----T--ACAA------A-TGTGCTTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacatcaaagcctagctaaaaaaaaaaaaacattcggggagcatgcccccccggacccctacaaatgtgcttacacatcgttttcagccaagctacgcccct
gi|9 : ccaaaaatgtaataaaaaacggactcctatgggggtagtgggggtaatctataaattctcaacaaaaaatcattgaatagttatgatccagatatttcacataattttatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacatcaaagcctagctaaaaaaaaaCTAAAAATGC--CAAAAA-TG-CGGG-------------T----------A--------A-G---------A----G-G---A--------------------------TATAAATTCGTA-CC---AGAAA---T-TCATTGAA----AA------TG---AT---TCAGATATTTAACATAATTTTATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNAT--GAAA-A-ATAAA--T-----CGGGG-GA----CCATG--TTC-CC---GG-A-CG-----CT--C-T--ACAA------T-TGTGCCTACATACCGTTTTCAACCAAGCTACGCCCCt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATGCAACAAAATGCTTTAATAAAATCTGACCTCATTTTCCCTTTTATTGAAGAGAACAAACTTAAAACATTACATTTTTATGGTTATA
Unaligned ( gi|33 ): ATTTTATCAATTTAGAGCTATTTGGTGAACAGTGAATTCAAGATTAATAATTAGGA
Unaligned ( gi|35 ): TACTATACACATTCTATGCACGTATATTCATTCTTTTTCTGAGAATTCGAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 111
lowQualScore : 3 77 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 444 88888 1111 777777 444 444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 3 555555 44444 1 3333 66 3 3 222 1 1 44444 66 1 33 333333 1
lowQualScore : . .. ............................................................................ . ... ..... .... ...... ... ... ..................................................................................................................... . . ...... ..... . .... .. . . ... . . ..... .. . .. ...... .
lowQualScore : 1 33 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 777 77777 3333 777777 777 777 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 3 111111 11111 6 3333 77 1 1 555 4 4 88888 33 3 77 777777 3
consensus : GCCAAAAATGCAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------A--------G-G---------A----G-G---G-----GG--------TG------AACTATAAATTCGCA-AC---AAAAA---A-TCATTGAA----TA------TG---AT---CCAGATATTTAACATCATTTTATCA---TTATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CAATTATAGCTG--T--GAAA-A-A---A--T-----CGGGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
Reference ( family-734 ) : GCCAAAAATGCAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------A--------G-G---------A----G-G---G-----GG--------TG------AACTATAAATTCGCA-AC---AAAAA---A-TCATTGAA----TA------TG---AT---CCAGATATTTAACATCATTTTATCATTATTATCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CAATTATAGCTG--T--GAAA-A-A---A--T-----CGGGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
gi|1 : AAAAAT-CAATCAAAA-T--TGGACCTC---------T----------A--------G-GGAAGAT---A----G-G---G-----GG--------TA------TACTATAA
gi|1 : ttttggtagaaaattattacttgatcagaggcgtagcttcctacaggtactgtaggcacgtgtctccacttctttctgagaaatcataaaattaaaaatgcaaaaaC---AG-A-TC-----CC--C-T--ACAATAACCAC-TGTACCTACACATCCTTTTCAGCCAAGCTACGCcggtgactataaacattgtatcacctattgtctgaaactagttctagtaggcacttgaaaccacgagaagaaaactacttcatttttcctttataaaaatcaacatttattaccaattttattgataataagaccctagaaaacataagagatatagccaaaacacaccaacgacttcagcagatcccctacaataaccactgtacctacacatccttttcagccaagctacgcacttagttat
gi|10 : ttttggtagaaaattattacttgatcagaggcgtagcttcctacaggtactgtaggcacgtgtctccacttctttctgagaaatcataaaattaaaaatgcaaaaaaaaaatcaatcaaaattggacctctagggaagatagggggtatactataacggtgactataaacattgtatcacctattgtctgaaactagttctagtaggcacttgaaaccacgagaagaaaactacttcatttttcctttataaaaatcaacatttattaccaattttattgataataagaccctagaaaacataagagatatagccaaaacacaccaacgacttcagCCCT---------T----------A--------A-G---------T----G-G---A-----AG--------TA------AACTATAAATTCACA-AC---AAAAAGAAA-TCATTGAA----TA------TG---AT---CCAGATATTTAACATCATTTTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTATAGTT---T---AAA-A-A---T--T-----CAGGG-GA----GCATG--A-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACCA------C-TGTGCCTACACATTGTTTTCAGCTAAGCTACACCTCacttagttat
gi|11 : ---A--T-----CAGAG-GA----GCATG--C-C-CCC--GG-A-CC-----CC--C-T--TCAA------C-TGTGCCTTCACATCATTTTCATCAGAGCTACACCCCt
gi|12 : tgcaaaaaatgcattaaaatctgacccctatgcttcttcattttttccatttttttaagtgaacaaaccataaaactacatttatttggttatgaaacagtgaattcaaggttcatatttaggataatcaggccactaaaaataaataatatacgtcaaaacacatctacatttttt-G---------G----G-G---G-----AG--------TA------AACTATAAATTAGCA-AC---AAAAAC--A-TAAATAAA----TA------T------------GATATCTAACATCATTTAATC
gi|12 : a--T--GAAA-A-A---AGTT-----TGTGGTGA----ACATG--G-C-C----GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCTTACACATAGTTTTCAGCCAAGCTACGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgaaaaaagtttgtggtgaacatggccggaccccctacaactgtgcttacacatagttttcagccaagctacgc
gi|13 : agggggagtaaactataaattagcaacaaaaacataaataaatatgatatctaacatcatttaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaATAAATTCGCA-AC---AAAAA---A-TCATAGTA----TA------TA---AT---CCAGATATTTAACAGCATTTTA
gi|13 : agtcC---GG-A-CT-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTGCAAATCGTTTTAAGTAAAGCTATGCTCCatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacaatcggactccctacaactgtgcctgcaaatcgttttaagtaaagctatgctcc
gi|14 : agtcataaattcgcaacaaaaaatcatagtatataatccagatatttaacagcattttaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacaatCCAAAAATGCAATAAAGA-T--CGGATCTC---------TTGGGGCGTAGA--------G-G---------G----G-T---G-----GG--------TGATA---AACTATAAATTTGCACAC---AAAAA---A-----GGAA----TA------TG---AT---CGAGATAAATAACAT
gi|15 : agtcgtatacatacatgtagctaactgcatgatcaattattcatgggcgtaagctttagtcacgtgcatacattttttcttgagaaatcgaacagatttaaataGG-AA----GCATG--C-CTCC---AG-G-CC-----CT--T-T--ACAA------AATGTGCCTACACATCGTTTTCAGTCAATCGACGCa
gi|16 : attgcatttactatcaacaattttggttataaaatggtgaatattaaggataaccaggccaaccaacgcaactacgacagtaaagctgacattttgagc-----CGGAG-G-----GCATGTTC-C-CC---GG-A-CC-----CC--T-T--ACAA------C-TGTGCCTACAAATTGAGTTCAGCCAAGCTACACC
gi|17 : aaatatacgccaaaacgcatcaacggcagtctagctgattttttcttaCCAAATCTGCAATAAAAA-T--CGGACCCCGTGGAAGGGT----------A--------G-G---------AT---G-G---G-----GG--------TGGGGTTAAACTATAAATTCGCA-GC---AAAA----A-TCATTGGA----TA------TG---AT---TCAGATATTTAACATCt
gi|18 : GCCAAAAATGTAATAAAA--T--CAGACTCC---------T----------ATGTGCCCAG-GT--------A----GTG---A-----GG--------TA------AACTTTAAATTCGCA-AC---AAAAA---A-ACATTGAATAATTA------TG---AT---CCTGATA
gi|2 : AAATGCATGCAAAA-T--CGGAACCA---------T----------A--------G-G---------T----G-G---GTTGGAGG--------TA------GTCAATAAATTGGCA-AC---AAAAT---T-TCATTGAA----TA------TG---AT---ACAGGCATTTAACA
gi|2 : atgttgaaaaaaatatgatagtcagagacgtagcttcccgtacgcactgtagtcacgtacctacccttttttctgagaaatcgaaaaatataaaaatacaaaacC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCAATATACCGTTTTCAGCCAAGCTACGCTCCgtggttatgaaacagtgagttcaaggttaatattacggataaccaggcccctaaaatataagaaatatacgccagaacgcacctacgacagtgtagctgaccgccccctcctcccctacaactgtgccaatataccgttttcagccaagctacgctcc
gi|20 : atgttgaaaaaaatatgatagtcagagacgtagcttcccgtacgcactgtagtcacgtacctacccttttttctgagaaatcgaaaaatataaaaatacaaaacaaatgcatgcaaaatcggaaccataggtgggttggaggtagtcaataaattggcaacaaaatttcattgaatatgatacaggcatttaacagtggttatgaaacagtgagttcaaggttaatattacggataaccaggcccctaaaatataagaaatatacgccagaacgcacctacgacagtgtagctgaccgccccctcctAAATGTAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------T--------G-A---------T----G-G---GAA---GT--------TGTTGGA-AATTATAAATTCGCA-AT----AAAA---G-CCATTG-G----TA------TG---TT---CCAGATAT
gi|21 : --GAAA-A-A---A--TATTT-CAGGG-GA----GCATAA-C-C-TT---GG-A-TT-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATAGTTTTCAGCCATGCTATGC
gi|22 : GGGG-GACGGTGCATG--CTC-CC---GG-A-CC--------------------------------TACATATCGTTTTCATCCAAGTTACAACCC
gi|23 : taaaaaataagggggtgg-A---A--T-----AGGTG-GA----GCATG--C-C-CCC--GG-A-CC-----CC--C-A--ACAA------C-TGTACTTTCACATCGTTTTCAGCCAAACTACGCCCCt
gi|24 : ---A--T-----CGGTG-GA----GCATGT-C-C-CC---GG-AACT-----CC--C-T--ACAG------C-TGTGCAAACACACAGCTTTCAGCCAAGTTACGCCCCt
gi|25 : GGT-GG----GCAAG--C-C-CCC--GG-A-GCA----CC--C-T--ACAA------C-TGTACCTTCACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCt
gi|26 : ttggt-----CGAGG-GA----GCATG--C-C-CCT--GG-A-CC-----CCTCC-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGACAAGCTACATCCCac
gi|27 : --T-----CGGGG-GA----TCATG--C-T-CC---TATA-CC-----TC--CAT--ATAA------C-TGGCCCTACACATCGTTTTTAGCCAAGCTAAGACCC
gi|28 : A----GCATGG-T-C-CC---GG-A-CT-----CC--C-T--ATAA------C-TGTGCCTACACA--GTTTTTAGCCAAACTACGCCCC
gi|29 : aatatggtaGG-GG----GCATA--T-C-CCT--GG-A-CC-----CC--C-TTAACAA------C-TGTGCTTACACATAGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
gi|3 : AAAAATGTAATAAAAACT--CATACCCC---------T----------A--------G-GGGGGGGGGGA----G-G---G-----GG--------TGTA----AACTACAAATTCGCA-ACAACAAAAA---A-TCATTGAA----TA------TG---AT---CTAGGTATTTAACATCATTTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNT----------GAAACACA---A--TTT---CGTGG-AA----GCAAG--A-C-TC---GA-C-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACATAACGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCt
gi|30 : caG-GA----GCATG--C-T-CT---GG-A-CC-----CCT-C-T--ACAA------C-TGTGCCTACCCATCATTTTTAGCCAAGCAACGCCCCt
gi|31 : aGGG-GA----GC-----C-G-CC---GG-A-TC-----CC--C-ACAACAA------C-TGTACCTACACATCTTTTTAAGTCAAACTACGCCCCt
gi|32 : G-GA----ACATG--C-C-CC---GA-A-CC-----CCA-C-T--ACAA------C-TGTGCCTGCACATCGTTTTCAACCAAGCTACGCCCCt
gi|34 : GGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-----------------------------TGTGCCTACACATCGTTT-CAGCCAAGCTACGCCCC
gi|36 : aaaAA-A-A---T--T-----CGGGG-GA----GCCTG--C-C-CCA--GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACAt
gi|37 : atC--C-A--ACAA------C-TGTGCCTACA--TCGTTTTCAGCCAAGTTAATCCCC
gi|38 : AA------C-TGTGCCTACACATCGTATTCAGTCAAGCTACACCCCt
gi|39 : gaCTACATATCGTTTTCATCCAAGTTACAACCCt
gi|4 : CAAAAATGTAATAAATA-T--TGGACCCC---------A----------A--------GTG---------A----G-GTAGG-----GG--------TGTA----AACTATAAGTTTGCT-AC---AACAA---A-TTATTGAA----TAATAACATG---AT---CCAAATGTTTCGCATCATTTT---------ATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNTA-CTG--A--AAAA-A-A---A--T-----CGAGG-GA----GCATG--C-C-CCT--GG-A-CC-----CCTCC-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGACAAGCTACATCCCtggttgt
gi|5 : CAAAAATGTAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------A--------G-A---------A----G-G---GTAG--GG--------TGTA----AATTATAAATTCACA-AT---AAAAA-----TCATTAAA----TA------AGTATATTTTCCGGATATTTCACATCATTT---------TATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNT---T----AA-A-A---C--T-----CGGAG-AA----GCATG--C-CTCC---GG-A-CCATCCTCC--C-T--GCAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCt
gi|6 : GCCAAATATGCAATAAAAA-T--CGGATCCC---------T----------A--------C-C---------A----G-A---G-----GG--------TG------AACTATAAATCCGCT-AC---AAAAA---A-GCATTGAA----TA------TC---AT---CCAGATATTTAACATCATTTTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN--NGGGGAA-A-A---A--T-----CGGGA-GA----GCATG--A-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTACCTATACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCtg
gi|7 : AAAAACATGATAAAAA-TATCGGACCCC---------T----------A--------G-G---------G----G-G---G-----GGGGGGGGGATG------AACTATAAATTCGCA-AC---AAAAA---AATCATTGAA----TA------TT---AT---CCAGATATTTAACATCATT---------TTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNAGCTG--C-----A-A-T---A--TTTTTTCGATT-GA----GCATG--A-T-CC---GG-A-CC-----CT--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCTAAGCAACGCC
gi|8 : gCCAAAAATGTAATAAAAA-A--CGGACTCC---------T----------ATGG-----G-G---------GTAGTG-G---G-----GG--------TA------ATCTATAAATTCTCA-AC---AAAAA---A-TCATTGAATAGTTA------TG---AT---CCAGATATTTCACATAATTTTATCt
gi|8 : AAA-A-C---A--T-----TCGGG-GA----GCATG--C-C-CCCCCGG-A-CC-----CC----T--ACAA------A-TGTGCTTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacatcaaagcctagctaaaaaaaaaaaaacattcggggagcatgcccccccggacccctacaaatgtgcttacacatcgttttcagccaagctacgcccct
gi|9 : ccaaaaatgtaataaaaaacggactcctatgggggtagtgggggtaatctataaattctcaacaaaaaatcattgaatagttatgatccagatatttcacataattttatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacatcaaagcctagctaaaaaaaaaCTAAAAATGC--CAAAAA-TG-CGGG-------------T----------A--------A-G---------A----G-G---A--------------------------TATAAATTCGTA-CC---AGAAA---T-TCATTGAA----AA------TG---AT---TCAGATATTTAACATAATTTTATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNAT--GAAA-A-ATAAA--T-----CGGGG-GA----CCATG--TTC-CC---GG-A-CG-----CT--C-T--ACAA------T-TGTGCCTACATACCGTTTTCAACCAAGCTACGCCCCt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATGCAACAAAATGCTTTAATAAAATCTGACCTCATTTTCCCTTTTATTGAAGAGAACAAACTTAAAACATTACATTTTTATGGTTATA
Unaligned ( gi|33 ): ATTTTATCAATTTAGAGCTATTTGGTGAACAGTGAATTCAAGATTAATAATTAGGA
Unaligned ( gi|35 ): TACTATACACATTCTATGCACGTATATTCATTCTTTTTCTGAGAATTCGAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 111
lowQualScore : 3 77 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 444 88888 1111 777777 444 444 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 888888 00000 1 3333 66 3 3 222 1 1 44444 66 1 33 333333 1
lowQualScore : . .. ............................................................................ . ... ..... .... ...... ... ... .......................................................................................................................... . . ...... ..... . .... .. . . ... . . ..... .. . .. ...... .
lowQualScore : 1 33 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 777 77777 3333 777777 777 777 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 3 888888 99999 6 3333 77 1 1 555 4 4 88888 33 3 77 777777 3
consensus : GCCAAAAATGCAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------A--------G-G---------A----G-G---G-----GG--------TG------AACTATAAATTCGCA-AC---AAAAA---A-TCATTGAA----TA------TG---AT---CCAGATATTTAACATCATTTTATCATTATCTAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----CAATTATAGCTG-----T-----GAAA-A-A---A--T-----CGGGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
Reference ( family-734 ) : GCCAAAAATGCAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------A--------G-G---------A----G-G---G-----GG--------TG------AACTATAAATTCGCA-AC---AAAAA---A-TCATTGAA----TA------TG---AT---CCAGATATTTAACATCATTTTATCATTATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----CAATTATAGCTG-----T-----GAAA-A-A---A--T-----CGGGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
gi|1 : AAAAAT-CAATCAAAA-T--TGGACCTC---------T----------A--------G-GGAAGAT---A----G-G---G-----GG--------TA------TACTATAA
gi|1 : ttttggtagaaaattattacttgatcagaggcgtagcttcctacaggtactgtaggcacgtgtctccacttctttctgagaaatcataaaattaaaaatgcaaaaaC---AG-A-TC-----CC--C-T--ACAATAACCAC-TGTACCTACACATCCTTTTCAGCCAAGCTACGCcggtgactataaacattgtatcacctattgtctgaaactagttctagtaggcacttgaaaccacgagaagaaaactacttcatttttcctttataaaaatcaacatttattaccaattttattgataataagaccctagaaaacataagagatatagccaaaacacaccaacgacttcagcagatcccctacaataaccactgtacctacacatccttttcagccaagctacgcacttagttat
gi|10 : ttttggtagaaaattattacttgatcagaggcgtagcttcctacaggtactgtaggcacgtgtctccacttctttctgagaaatcataaaattaaaaatgcaaaaaaaaaatcaatcaaaattggacctctagggaagatagggggtatactataacggtgactataaacattgtatcacctattgtctgaaactagttctagtaggcacttgaaaccacgagaagaaaactacttcatttttcctttataaaaatcaacatttattaccaattttattgataataagaccctagaaaacataagagatatagccaaaacacaccaacgacttcagCCCT---------T----------A--------A-G---------T----G-G---A-----AG--------TA------AACTATAAATTCACA-AC---AAAAAGAAA-TCATTGAA----TA------TG---AT---CCAGATATTTAACATCATTTTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTATAGTT------T------AAA-A-A---T--T-----CAGGG-GA----GCATG--A-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACCA------C-TGTGCCTACACATTGTTTTCAGCTAAGCTACACCTCacttagttat
gi|11 : ---A--T-----CAGAG-GA----GCATG--C-C-CCC--GG-A-CC-----CC--C-T--TCAA------C-TGTGCCTTCACATCATTTTCATCAGAGCTACACCCCt
gi|12 : tgcaaaaaatgcattaaaatctgacccctatgcttcttcattttttccatttttttaagtgaacaaaccataaaactacatttatttggttatgaaacagtgaattcaaggttcatatttaggataatcaggccactaaaaataaataatatacgtcaaaacacatctacatttttt-G---------G----G-G---G-----AG--------TA------AACTATAAATTAGCA-AC---AAAAAC--A-TAAATAAA----TA------TG---AT---------ATCTAACAT--------CATT---TAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNA-----T-----GAAA-A-A---AGTT-----TGTGGTGA----ACATG--G-C-C----GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCTTACACATAGTTTTCAGCCAAGCTACGC
gi|13 : aATAAATTCGCA-AC---AAAAA---A-TCATAGTA----TA------TA---AT---CCAGATATTTAACAGCATTTTA
gi|13 : agtcC---GG-A-CT-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTGCAAATCGTTTTAAGTAAAGCTATGCTCCatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacaatcggactccctacaactgtgcctgcaaatcgttttaagtaaagctatgctcc
gi|14 : agtcataaattcgcaacaaaaaatcatagtatataatccagatatttaacagcattttaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacaatCCAAAAATGCAATAAAGA-T--CGGATCTC---------TTGGGGCGTAGA--------G-G---------G----G-T---G-----GG--------TGATA---AACTATAAATTTGCACAC---AAAAA---A-----GGAA----TA------TG---AT---CGAGATAAATAACAT
gi|15 : agtcgtatacatacatgtagctaactgcatgatcaattattcatgggcgtaagctttagtcacgtgcatacattttttcttgagaaatcgaacagatttaaataGG-AA----GCATG--C-CTCC---AG-G-CC-----CT--T-T--ACAA------AATGTGCCTACACATCGTTTTCAGTCAATCGACGCa
gi|16 : attgcatttactatcaacaattttggttataaaatggtgaatattaaggataaccaggccaaccaacgcaactacgacagtaaagctgacattttgagc-----CGGAG-G-----GCATGTTC-C-CC---GG-A-CC-----CC--T-T--ACAA------C-TGTGCCTACAAATTGAGTTCAGCCAAGCTACACC
gi|17 : aaatatacgccaaaacgcatcaacggcagtctagctgattttttcttaCCAAATCTGCAATAAAAA-T--CGGACCCCGTGGAAGGGT----------A--------G-G---------AT---G-G---G-----GG--------TGGGGTTAAACTATAAATTCGCA-GC---AAAA----A-TCATTGGA----TA------TG---AT---TCAGATATTTAACATCt
gi|18 : GCCAAAAATGTAATAAAA--T--CAGACTCC---------T----------ATGTGCCCAG-GT--------A----GTG---A-----GG--------TA------AACTTTAAATTCGCA-AC---AAAAA---A-ACATTGAATAATTA------TG---AT---CCTGATA
gi|2 : AAATGCATGCAAAA-T--CGGAACCA---------T----------A--------G-G---------T----G-G---GTTGGAGG--------TA------GTCAATAAATTGGCA-AC---AAAAT---T-TCATTGAA----TA------TG---AT---ACAGGCATTTAACA
gi|2 : atgttgaaaaaaatatgatagtcagagacgtagcttcccgtacgcactgtagtcacgtacctacccttttttctgagaaatcgaaaaatataaaaatacaaaacC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCAATATACCGTTTTCAGCCAAGCTACGCTCCgtggttatgaaacagtgagttcaaggttaatattacggataaccaggcccctaaaatataagaaatatacgccagaacgcacctacgacagtgtagctgaccgccccctcctcccctacaactgtgccaatataccgttttcagccaagctacgctcc
gi|20 : atgttgaaaaaaatatgatagtcagagacgtagcttcccgtacgcactgtagtcacgtacctacccttttttctgagaaatcgaaaaatataaaaatacaaaacaaatgcatgcaaaatcggaaccataggtgggttggaggtagtcaataaattggcaacaaaatttcattgaatatgatacaggcatttaacagtggttatgaaacagtgagttcaaggttaatattacggataaccaggcccctaaaatataagaaatatacgccagaacgcacctacgacagtgtagctgaccgccccctcctAAATGTAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------T--------G-A---------T----G-G---GAA---GT--------TGTTGGA-AATTATAAATTCGCA-AT----AAAA---G-CCATTG-G----TA------TG---TT---CCAGATAT
gi|21 : -----GAAA-A-A---A--TATTT-CAGGG-GA----GCATAA-C-C-TT---GG-A-TT-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATAGTTTTCAGCCATGCTATGC
gi|22 : GGGG-GACGGTGCATG--CTC-CC---GG-A-CC--------------------------------TACATATCGTTTTCATCCAAGTTACAACCC
gi|23 : taaaaaataagggggtgg-A---A--T-----AGGTG-GA----GCATG--C-C-CCC--GG-A-CC-----CC--C-A--ACAA------C-TGTACTTTCACATCGTTTTCAGCCAAACTACGCCCCt
gi|24 : ---A--T-----CGGTG-GA----GCATGT-C-C-CC---GG-AACT-----CC--C-T--ACAG------C-TGTGCAAACACACAGCTTTCAGCCAAGTTACGCCCCt
gi|25 : GGT-GG----GCAAG--C-C-CCC--GG-A-GCA----CC--C-T--ACAA------C-TGTACCTTCACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCt
gi|26 : ttggt-----CGAGG-GA----GCATG--C-C-CCT--GG-A-CC-----CCTCC-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGACAAGCTACATCCCac
gi|27 : --T-----CGGGG-GA----TCATG--C-T-CC---TATA-CC-----TC--CAT--ATAA------C-TGGCCCTACACATCGTTTTTAGCCAAGCTAAGACCC
gi|28 : A----GCATGG-T-C-CC---GG-A-CT-----CC--C-T--ATAA------C-TGTGCCTACACA--GTTTTTAGCCAAACTACGCCCC
gi|29 : aatatggtaGG-GG----GCATA--T-C-CCT--GG-A-CC-----CC--C-TTAACAA------C-TGTGCTTACACATAGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
gi|3 : AAAAATGTAATAAAAACT--CATACCCC---------T----------A--------G-GGGGGGGGGGA----G-G---G-----GG--------TGTA----AACTACAAATTCGCA-ACAACAAAAA---A-TCATTGAA----TA------TG---AT---CTAGGTATTTAACATCATTTT---ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNN-----T-----GAAACACA---ATTT-----CGTGG-AA----GCAAG--A-C-TC---GA-C-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACATAACGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCt
gi|30 : caG-GA----GCATG--C-T-CT---GG-A-CC-----CCT-C-T--ACAA------C-TGTGCCTACCCATCATTTTTAGCCAAGCAACGCCCCt
gi|31 : aGGG-GA----GC-----C-G-CC---GG-A-TC-----CC--C-ACAACAA------C-TGTACCTACACATCTTTTTAAGTCAAACTACGCCCCt
gi|32 : G-GA----ACATG--C-C-CC---GA-A-CC-----CCA-C-T--ACAA------C-TGTGCCTGCACATCGTTTTCAACCAAGCTACGCCCCt
gi|34 : GGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-----------------------------TGTGCCTACACATCGTTT-CAGCCAAGCTACGCCCC
gi|36 : aaaAA-A-A---T--T-----CGGGG-GA----GCCTG--C-C-CCA--GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACAt
gi|37 : atC--C-A--ACAA------C-TGTGCCTACA--TCGTTTTCAGCCAAGTTAATCCCC
gi|38 : AA------C-TGTGCCTACACATCGTATTCAGTCAAGCTACACCCCt
gi|39 : gaCTACATATCGTTTTCATCCAAGTTACAACCCt
gi|4 : CAAAAATGTAATAAATA-T--TGGACCCC---------A----------A--------GTG---------A----G-GTAGG-----GG--------TGTA----AACTATAAGTTTGCT-AC---AACAA---A-TTATTGAA----TAATAACATG---AT---CCAAATGTTTCGCATCATTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----TA-------CTG-----A-----AAAA-A-A---A--T-----CGAGG-GA----GCATG--C-C-CCT--GG-A-CC-----CCTCC-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGACAAGCTACATCCCtggttgt
gi|5 : CAAAAATGTAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------A--------G-A---------A----G-G---GTAG--GG--------TGTA----AATTATAAATTCACA-AT---AAAAA-----TCATTAAA----TA------AGTATATTTTCCGGATATTTCACATCATTTT------ATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNT------T-------AA-A-A---C--T-----CGGAG-AA----GCATG--C-CTCC---GG-A-CCATCCTCC--C-T--GCAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCt
gi|6 : GCCAAATATGCAATAAAAA-T--CGGATCCC---------T----------A--------C-C---------A----G-A---G-----GG--------TG------AACTATAAATCCGCT-AC---AAAAA---A-GCATTGAA----TA------TC---AT---CCAGATATTTAACATCATTTTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNN-----NNNNGGGGAA-A-A---A--T-----CGGGA-GA----GCATG--A-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTACCTATACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCtg
gi|7 : AAAAACATGATAAAAA-TATCGGACCCC---------T----------A--------G-G---------G----G-G---G-----GGGGGGGGGATG------AACTATAAATTCGCA-AC---AAAAA---AATCATTGAA----TA------TT---AT---CCAGATATTTAACATCATTTT------ATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNAGCTG-----C--------A-A-T---A--TTTTTTCGATT-GA----GCATG--A-T-CC---GG-A-CC-----CT--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCTAAGCAACGCC
gi|8 : gCCAAAAATGTAATAAAAA-A--CGGACTCC---------T----------ATGG-----G-G---------GTAGTG-G---G-----GG--------TA------ATCTATAAATTCTCA-AC---AAAAA---A-TCATTGAATAGTTA------TG---AT---CCAGATATTTCACATAATTTTATCt
gi|8 : AAA-A-C---A--T-----TCGGG-GA----GCATG--C-C-CCCCCGG-A-CC-----CC----T--ACAA------A-TGTGCTTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacatcaaagcctagctaaaaaaaaaaaaacattcggggagcatgcccccccggacccctacaaatgtgcttacacatcgttttcagccaagctacgcccct
gi|9 : ccaaaaatgtaataaaaaacggactcctatgggggtagtgggggtaatctataaattctcaacaaaaaatcattgaatagttatgatccagatatttcacataattttatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacatcaaagcctagctaaaaaaaaaCTAAAAATGC--CAAAAA-TG-CGGG-------------T----------A--------A-G---------A----G-G---A--------------------------TATAAATTCGTA-CC---AGAAA---T-TCATTGAA----AA------TG---AT---TCAGATATTTAACATAATTTTATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNAT-----GAAA-A-ATAAA--T-----CGGGG-GA----CCATG--TTC-CC---GG-A-CG-----CT--C-T--ACAA------T-TGTGCCTACATACCGTTTTCAACCAAGCTACGCCCCt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATGCAACAAAATGCTTTAATAAAATCTGACCTCATTTTCCCTTTTATTGAAGAGAACAAACTTAAAACATTACATTTTTATGGTTATA
Unaligned ( gi|33 ): ATTTTATCAATTTAGAGCTATTTGGTGAACAGTGAATTCAAGATTAATAATTAGGA
Unaligned ( gi|35 ): TACTATACACATTCTATGCACGTATATTCATTCTTTTTCTGAGAATTCGAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 111
lowQualScore : 3 77 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 444 88888 1111 777777 444 444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 3 888888 00000 1 3333 66 3 3 222 1 1 44444 66 1 33 333333 1
lowQualScore : . .. ............................................................................ . ... ..... .... ...... ... ... .......................................................................................................................... . . ...... ..... . .... .. . . ... . . ..... .. . .. ...... .
lowQualScore : 1 33 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 777 77777 3333 777777 777 777 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 3 888888 99999 6 3333 77 1 1 555 4 4 88888 33 3 77 777777 3
consensus : GCCAAAAATGCAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------A--------G-G---------A----G-G---G-----GG--------TG------AACTATAAATTCGCA-AC---AAAAA---A-TCATTGAA----TA------TG---AT---CCAGATATTTAACATCATTTTATCA--ATCTAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----CAATTATAGCTG-----T-----GAAA-A-A---A--T-----CGGGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
Reference ( family-734 ) : GCCAAAAATGCAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------A--------G-G---------A----G-G---G-----GG--------TG------AACTATAAATTCGCA-AC---AAAAA---A-TCATTGAA----TA------TG---AT---CCAGATATTTAACATCATTTTATCATTATCTAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----CAATTATAGCTG-----T-----GAAA-A-A---A--T-----CGGGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
gi|1 : AAAAAT-CAATCAAAA-T--TGGACCTC---------T----------A--------G-GGAAGAT---A----G-G---G-----GG--------TA------TACTATAA
gi|1 : ttttggtagaaaattattacttgatcagaggcgtagcttcctacaggtactgtaggcacgtgtctccacttctttctgagaaatcataaaattaaaaatgcaaaaaC---AG-A-TC-----CC--C-T--ACAATAACCAC-TGTACCTACACATCCTTTTCAGCCAAGCTACGCcggtgactataaacattgtatcacctattgtctgaaactagttctagtaggcacttgaaaccacgagaagaaaactacttcatttttcctttataaaaatcaacatttattaccaattttattgataataagaccctagaaaacataagagatatagccaaaacacaccaacgacttcagcagatcccctacaataaccactgtacctacacatccttttcagccaagctacgcacttagttat
gi|10 : ttttggtagaaaattattacttgatcagaggcgtagcttcctacaggtactgtaggcacgtgtctccacttctttctgagaaatcataaaattaaaaatgcaaaaaaaaaatcaatcaaaattggacctctagggaagatagggggtatactataacggtgactataaacattgtatcacctattgtctgaaactagttctagtaggcacttgaaaccacgagaagaaaactacttcatttttcctttataaaaatcaacatttattaccaattttattgataataagaccctagaaaacataagagatatagccaaaacacaccaacgacttcagCCCT---------T----------A--------A-G---------T----G-G---A-----AG--------TA------AACTATAAATTCACA-AC---AAAAAGAAA-TCATTGAA----TA------TG---AT---CCAGATATTTAACATCATTTTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTATAGTT------T------AAA-A-A---T--T-----CAGGG-GA----GCATG--A-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACCA------C-TGTGCCTACACATTGTTTTCAGCTAAGCTACACCTCacttagttat
gi|11 : ---A--T-----CAGAG-GA----GCATG--C-C-CCC--GG-A-CC-----CC--C-T--TCAA------C-TGTGCCTTCACATCATTTTCATCAGAGCTACACCCCt
gi|12 : tgcaaaaaatgcattaaaatctgacccctatgcttcttcattttttccatttttttaagtgaacaaaccataaaactacatttatttggttatgaaacagtgaattcaaggttcatatttaggataatcaggccactaaaaataaataatatacgtcaaaacacatctacatttttt-G---------G----G-G---G-----AG--------TA------AACTATAAATTAGCA-AC---AAAAAC--A-TAAATAAA----TA------TG---AT---------ATCTAACATCATTT-----------AATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNA-----T-----GAAA-A-A---AGTT-----TGTGGTGA----ACATG--G-C-C----GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCTTACACATAGTTTTCAGCCAAGCTACGC
gi|13 : aATAAATTCGCA-AC---AAAAA---A-TCATAGTA----TA------TA---AT---CCAGATATTTAACAGCATTTTA
gi|13 : agtcC---GG-A-CT-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTGCAAATCGTTTTAAGTAAAGCTATGCTCCatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacaatcggactccctacaactgtgcctgcaaatcgttttaagtaaagctatgctcc
gi|14 : agtcataaattcgcaacaaaaaatcatagtatataatccagatatttaacagcattttaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacaatCCAAAAATGCAATAAAGA-T--CGGATCTC---------TTGGGGCGTAGA--------G-G---------G----G-T---G-----GG--------TGATA---AACTATAAATTTGCACAC---AAAAA---A-----GGAA----TA------TG---AT---CGAGATAAATAACAT
gi|15 : agtcgtatacatacatgtagctaactgcatgatcaattattcatgggcgtaagctttagtcacgtgcatacattttttcttgagaaatcgaacagatttaaataGG-AA----GCATG--C-CTCC---AG-G-CC-----CT--T-T--ACAA------AATGTGCCTACACATCGTTTTCAGTCAATCGACGCa
gi|16 : attgcatttactatcaacaattttggttataaaatggtgaatattaaggataaccaggccaaccaacgcaactacgacagtaaagctgacattttgagc-----CGGAG-G-----GCATGTTC-C-CC---GG-A-CC-----CC--T-T--ACAA------C-TGTGCCTACAAATTGAGTTCAGCCAAGCTACACC
gi|17 : aaatatacgccaaaacgcatcaacggcagtctagctgattttttcttaCCAAATCTGCAATAAAAA-T--CGGACCCCGTGGAAGGGT----------A--------G-G---------AT---G-G---G-----GG--------TGGGGTTAAACTATAAATTCGCA-GC---AAAA----A-TCATTGGA----TA------TG---AT---TCAGATATTTAACATCt
gi|18 : GCCAAAAATGTAATAAAA--T--CAGACTCC---------T----------ATGTGCCCAG-GT--------A----GTG---A-----GG--------TA------AACTTTAAATTCGCA-AC---AAAAA---A-ACATTGAATAATTA------TG---AT---CCTGATA
gi|2 : AAATGCATGCAAAA-T--CGGAACCA---------T----------A--------G-G---------T----G-G---GTTGGAGG--------TA------GTCAATAAATTGGCA-AC---AAAAT---T-TCATTGAA----TA------TG---AT---ACAGGCATTTAACA
gi|2 : atgttgaaaaaaatatgatagtcagagacgtagcttcccgtacgcactgtagtcacgtacctacccttttttctgagaaatcgaaaaatataaaaatacaaaacC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCAATATACCGTTTTCAGCCAAGCTACGCTCCgtggttatgaaacagtgagttcaaggttaatattacggataaccaggcccctaaaatataagaaatatacgccagaacgcacctacgacagtgtagctgaccgccccctcctcccctacaactgtgccaatataccgttttcagccaagctacgctcc
gi|20 : atgttgaaaaaaatatgatagtcagagacgtagcttcccgtacgcactgtagtcacgtacctacccttttttctgagaaatcgaaaaatataaaaatacaaaacaaatgcatgcaaaatcggaaccataggtgggttggaggtagtcaataaattggcaacaaaatttcattgaatatgatacaggcatttaacagtggttatgaaacagtgagttcaaggttaatattacggataaccaggcccctaaaatataagaaatatacgccagaacgcacctacgacagtgtagctgaccgccccctcctAAATGTAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------T--------G-A---------T----G-G---GAA---GT--------TGTTGGA-AATTATAAATTCGCA-AT----AAAA---G-CCATTG-G----TA------TG---TT---CCAGATAT
gi|21 : -----GAAA-A-A---A--TATTT-CAGGG-GA----GCATAA-C-C-TT---GG-A-TT-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATAGTTTTCAGCCATGCTATGC
gi|22 : GGGG-GACGGTGCATG--CTC-CC---GG-A-CC--------------------------------TACATATCGTTTTCATCCAAGTTACAACCC
gi|23 : taaaaaataagggggtgg-A---A--T-----AGGTG-GA----GCATG--C-C-CCC--GG-A-CC-----CC--C-A--ACAA------C-TGTACTTTCACATCGTTTTCAGCCAAACTACGCCCCt
gi|24 : ---A--T-----CGGTG-GA----GCATGT-C-C-CC---GG-AACT-----CC--C-T--ACAG------C-TGTGCAAACACACAGCTTTCAGCCAAGTTACGCCCCt
gi|25 : GGT-GG----GCAAG--C-C-CCC--GG-A-GCA----CC--C-T--ACAA------C-TGTACCTTCACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCt
gi|26 : ttggt-----CGAGG-GA----GCATG--C-C-CCT--GG-A-CC-----CCTCC-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGACAAGCTACATCCCac
gi|27 : --T-----CGGGG-GA----TCATG--C-T-CC---TATA-CC-----TC--CAT--ATAA------C-TGGCCCTACACATCGTTTTTAGCCAAGCTAAGACCC
gi|28 : A----GCATGG-T-C-CC---GG-A-CT-----CC--C-T--ATAA------C-TGTGCCTACACA--GTTTTTAGCCAAACTACGCCCC
gi|29 : aatatggtaGG-GG----GCATA--T-C-CCT--GG-A-CC-----CC--C-TTAACAA------C-TGTGCTTACACATAGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
gi|3 : AAAAATGTAATAAAAACT--CATACCCC---------T----------A--------G-GGGGGGGGGGA----G-G---G-----GG--------TGTA----AACTACAAATTCGCA-ACAACAAAAA---A-TCATTGAA----TA------TG---AT---CTAGGTATTTAACATCATTTT---ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNN-----T-----GAAACACA---ATTT-----CGTGG-AA----GCAAG--A-C-TC---GA-C-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACATAACGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCt
gi|30 : caG-GA----GCATG--C-T-CT---GG-A-CC-----CCT-C-T--ACAA------C-TGTGCCTACCCATCATTTTTAGCCAAGCAACGCCCCt
gi|31 : aGGG-GA----GC-----C-G-CC---GG-A-TC-----CC--C-ACAACAA------C-TGTACCTACACATCTTTTTAAGTCAAACTACGCCCCt
gi|32 : G-GA----ACATG--C-C-CC---GA-A-CC-----CCA-C-T--ACAA------C-TGTGCCTGCACATCGTTTTCAACCAAGCTACGCCCCt
gi|34 : GGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-----------------------------TGTGCCTACACATCGTTT-CAGCCAAGCTACGCCCC
gi|36 : aaaAA-A-A---T--T-----CGGGG-GA----GCCTG--C-C-CCA--GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACAt
gi|37 : atC--C-A--ACAA------C-TGTGCCTACA--TCGTTTTCAGCCAAGTTAATCCCC
gi|38 : AA------C-TGTGCCTACACATCGTATTCAGTCAAGCTACACCCCt
gi|39 : gaCTACATATCGTTTTCATCCAAGTTACAACCCt
gi|4 : CAAAAATGTAATAAATA-T--TGGACCCC---------A----------A--------GTG---------A----G-GTAGG-----GG--------TGTA----AACTATAAGTTTGCT-AC---AACAA---A-TTATTGAA----TAATAACATG---AT---CCAAATGTTTCGCATCATTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----TA-------CTG-----A-----AAAA-A-A---A--T-----CGAGG-GA----GCATG--C-C-CCT--GG-A-CC-----CCTCC-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGACAAGCTACATCCCtggttgt
gi|5 : CAAAAATGTAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------A--------G-A---------A----G-G---GTAG--GG--------TGTA----AATTATAAATTCACA-AT---AAAAA-----TCATTAAA----TA------AGTATATTTTCCGGATATTTCACATCATTTT------ATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNT------T-------AA-A-A---C--T-----CGGAG-AA----GCATG--C-CTCC---GG-A-CCATCCTCC--C-T--GCAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCt
gi|6 : GCCAAATATGCAATAAAAA-T--CGGATCCC---------T----------A--------C-C---------A----G-A---G-----GG--------TG------AACTATAAATCCGCT-AC---AAAAA---A-GCATTGAA----TA------TC---AT---CCAGATATTTAACATCATTTTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNN-----NNNNGGGGAA-A-A---A--T-----CGGGA-GA----GCATG--A-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTACCTATACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCtg
gi|7 : AAAAACATGATAAAAA-TATCGGACCCC---------T----------A--------G-G---------G----G-G---G-----GGGGGGGGGATG------AACTATAAATTCGCA-AC---AAAAA---AATCATTGAA----TA------TT---AT---CCAGATATTTAACATCATTTT------ATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNAGCTG-----C--------A-A-T---A--TTTTTTCGATT-GA----GCATG--A-T-CC---GG-A-CC-----CT--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCTAAGCAACGCC
gi|8 : gCCAAAAATGTAATAAAAA-A--CGGACTCC---------T----------ATGG-----G-G---------GTAGTG-G---G-----GG--------TA------ATCTATAAATTCTCA-AC---AAAAA---A-TCATTGAATAGTTA------TG---AT---CCAGATATTTCACATAATTTTATCt
gi|8 : AAA-A-C---A--T-----TCGGG-GA----GCATG--C-C-CCCCCGG-A-CC-----CC----T--ACAA------A-TGTGCTTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacatcaaagcctagctaaaaaaaaaaaaacattcggggagcatgcccccccggacccctacaaatgtgcttacacatcgttttcagccaagctacgcccct
gi|9 : ccaaaaatgtaataaaaaacggactcctatgggggtagtgggggtaatctataaattctcaacaaaaaatcattgaatagttatgatccagatatttcacataattttatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacatcaaagcctagctaaaaaaaaaCTAAAAATGC--CAAAAA-TG-CGGG-------------T----------A--------A-G---------A----G-G---A--------------------------TATAAATTCGTA-CC---AGAAA---T-TCATTGAA----AA------TG---AT---TCAGATATTTAACATAATTTTATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNAT-----GAAA-A-ATAAA--T-----CGGGG-GA----CCATG--TTC-CC---GG-A-CG-----CT--C-T--ACAA------T-TGTGCCTACATACCGTTTTCAACCAAGCTACGCCCCt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATGCAACAAAATGCTTTAATAAAATCTGACCTCATTTTCCCTTTTATTGAAGAGAACAAACTTAAAACATTACATTTTTATGGTTATA
Unaligned ( gi|33 ): ATTTTATCAATTTAGAGCTATTTGGTGAACAGTGAATTCAAGATTAATAATTAGGA
Unaligned ( gi|35 ): TACTATACACATTCTATGCACGTATATTCATTCTTTTTCTGAGAATTCGAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 111
lowQualScore : 3 77 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 444 88888 1111 777777 444 444 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 3 888888 00000 1 3333 66 3 3 222 1 1 44444 66 1 33 333333 1
lowQualScore : . .. ............................................................................ . ... ..... .... ...... ... ... ............................................................................................................... . . ...... ..... . .... .. . . ... . . ..... .. . .. ...... .
lowQualScore : 1 33 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 777 77777 3333 777777 777 777 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 3 888888 99999 6 3333 77 1 1 555 4 4 88888 33 3 77 777777 3
consensus : GCCAAAAATGCAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------A--------G-G---------A----G-G---G-----GG--------TG------AACTATAAATTCGCA-AC---AAAAA---A-TCATTGAA----TA------TG---AT---CCAGATATTTAACATCATTTTATCA-TCTAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------CAATTATAGCTGTGAAA-A-A---A--T-----CGGGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
Reference ( family-734 ) : GCCAAAAATGCAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------A--------G-G---------A----G-G---G-----GG--------TG------AACTATAAATTCGCA-AC---AAAAA---A-TCATTGAA----TA------TG---AT---CCAGATATTTAACATCATTTTATCAATCTAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------CAATTATAGCTGTGAAA-A-A---A--T-----CGGGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
gi|1 : AAAAAT-CAATCAAAA-T--TGGACCTC---------T----------A--------G-GGAAGAT---A----G-G---G-----GG--------TA------TACTATAA
gi|1 : ttttggtagaaaattattacttgatcagaggcgtagcttcctacaggtactgtaggcacgtgtctccacttctttctgagaaatcataaaattaaaaatgcaaaaaC---AG-A-TC-----CC--C-T--ACAATAACCAC-TGTACCTACACATCCTTTTCAGCCAAGCTACGCcggtgactataaacattgtatcacctattgtctgaaactagttctagtaggcacttgaaaccacgagaagaaaactacttcatttttcctttataaaaatcaacatttattaccaattttattgataataagaccctagaaaacataagagatatagccaaaacacaccaacgacttcagcagatcccctacaataaccactgtacctacacatccttttcagccaagctacgcacttagttat
gi|10 : ttttggtagaaaattattacttgatcagaggcgtagcttcctacaggtactgtaggcacgtgtctccacttctttctgagaaatcataaaattaaaaatgcaaaaaaaaaatcaatcaaaattggacctctagggaagatagggggtatactataacggtgactataaacattgtatcacctattgtctgaaactagttctagtaggcacttgaaaccacgagaagaaaactacttcatttttcctttataaaaatcaacatttattaccaattttattgataataagaccctagaaaacataagagatatagccaaaacacaccaacgacttcagCCCT---------T----------A--------A-G---------T----G-G---A-----AG--------TA------AACTATAAATTCACA-AC---AAAAAGAAA-TCATTGAA----TA------TG---AT---CCAGATATTTAACATCATTTTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTATAGTT-T-AAA-A-A---T--T-----CAGGG-GA----GCATG--A-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACCA------C-TGTGCCTACACATTGTTTTCAGCTAAGCTACACCTCacttagttat
gi|11 : ---A--T-----CAGAG-GA----GCATG--C-C-CCC--GG-A-CC-----CC--C-T--TCAA------C-TGTGCCTTCACATCATTTTCATCAGAGCTACACCCCt
gi|12 : tgcaaaaaatgcattaaaatctgacccctatgcttcttcattttttccatttttttaagtgaacaaaccataaaactacatttatttggttatgaaacagtgaattcaaggttcatatttaggataatcaggccactaaaaataaataatatacgtcaaaacacatctacatttttt-G---------G----G-G---G-----AG--------TA------AACTATAAATTAGCA-AC---AAAAAC--A-TAAATAAA----TA------TG---AT---------ATCTAACATCATTT---------AATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNNATGAAA-A-A---AGTT-----TGTGGTGA----ACATG--G-C-C----GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCTTACACATAGTTTTCAGCCAAGCTACGC
gi|13 : aATAAATTCGCA-AC---AAAAA---A-TCATAGTA----TA------TA---AT---CCAGATATTTAACAGCATTTTA
gi|13 : agtcC---GG-A-CT-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTGCAAATCGTTTTAAGTAAAGCTATGCTCCatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacaatcggactccctacaactgtgcctgcaaatcgttttaagtaaagctatgctcc
gi|14 : agtcataaattcgcaacaaaaaatcatagtatataatccagatatttaacagcattttaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacaatCCAAAAATGCAATAAAGA-T--CGGATCTC---------TTGGGGCGTAGA--------G-G---------G----G-T---G-----GG--------TGATA---AACTATAAATTTGCACAC---AAAAA---A-----GGAA----TA------TG---AT---CGAGATAAATAACAT
gi|15 : agtcgtatacatacatgtagctaactgcatgatcaattattcatgggcgtaagctttagtcacgtgcatacattttttcttgagaaatcgaacagatttaaataGG-AA----GCATG--C-CTCC---AG-G-CC-----CT--T-T--ACAA------AATGTGCCTACACATCGTTTTCAGTCAATCGACGCa
gi|16 : attgcatttactatcaacaattttggttataaaatggtgaatattaaggataaccaggccaaccaacgcaactacgacagtaaagctgacattttgagc-----CGGAG-G-----GCATGTTC-C-CC---GG-A-CC-----CC--T-T--ACAA------C-TGTGCCTACAAATTGAGTTCAGCCAAGCTACACC
gi|17 : aaatatacgccaaaacgcatcaacggcagtctagctgattttttcttaCCAAATCTGCAATAAAAA-T--CGGACCCCGTGGAAGGGT----------A--------G-G---------AT---G-G---G-----GG--------TGGGGTTAAACTATAAATTCGCA-GC---AAAA----A-TCATTGGA----TA------TG---AT---TCAGATATTTAACATCt
gi|18 : GCCAAAAATGTAATAAAA--T--CAGACTCC---------T----------ATGTGCCCAG-GT--------A----GTG---A-----GG--------TA------AACTTTAAATTCGCA-AC---AAAAA---A-ACATTGAATAATTA------TG---AT---CCTGATA
gi|2 : AAATGCATGCAAAA-T--CGGAACCA---------T----------A--------G-G---------T----G-G---GTTGGAGG--------TA------GTCAATAAATTGGCA-AC---AAAAT---T-TCATTGAA----TA------TG---AT---ACAGGCATTTAACA
gi|2 : atgttgaaaaaaatatgatagtcagagacgtagcttcccgtacgcactgtagtcacgtacctacccttttttctgagaaatcgaaaaatataaaaatacaaaacC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCAATATACCGTTTTCAGCCAAGCTACGCTCCgtggttatgaaacagtgagttcaaggttaatattacggataaccaggcccctaaaatataagaaatatacgccagaacgcacctacgacagtgtagctgaccgccccctcctcccctacaactgtgccaatataccgttttcagccaagctacgctcc
gi|20 : atgttgaaaaaaatatgatagtcagagacgtagcttcccgtacgcactgtagtcacgtacctacccttttttctgagaaatcgaaaaatataaaaatacaaaacaaatgcatgcaaaatcggaaccataggtgggttggaggtagtcaataaattggcaacaaaatttcattgaatatgatacaggcatttaacagtggttatgaaacagtgagttcaaggttaatattacggataaccaggcccctaaaatataagaaatatacgccagaacgcacctacgacagtgtagctgaccgccccctcctAAATGTAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------T--------G-A---------T----G-G---GAA---GT--------TGTTGGA-AATTATAAATTCGCA-AT----AAAA---G-CCATTG-G----TA------TG---TT---CCAGATAT
gi|21 : GAAA-A-A---A--TATTT-CAGGG-GA----GCATAA-C-C-TT---GG-A-TT-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATAGTTTTCAGCCATGCTATGC
gi|22 : GGGG-GACGGTGCATG--CTC-CC---GG-A-CC--------------------------------TACATATCGTTTTCATCCAAGTTACAACCC
gi|23 : taaaaaataagggggtgg-A---A--T-----AGGTG-GA----GCATG--C-C-CCC--GG-A-CC-----CC--C-A--ACAA------C-TGTACTTTCACATCGTTTTCAGCCAAACTACGCCCCt
gi|24 : ---A--T-----CGGTG-GA----GCATGT-C-C-CC---GG-AACT-----CC--C-T--ACAG------C-TGTGCAAACACACAGCTTTCAGCCAAGTTACGCCCCt
gi|25 : GGT-GG----GCAAG--C-C-CCC--GG-A-GCA----CC--C-T--ACAA------C-TGTACCTTCACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCt
gi|26 : ttggt-----CGAGG-GA----GCATG--C-C-CCT--GG-A-CC-----CCTCC-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGACAAGCTACATCCCac
gi|27 : --T-----CGGGG-GA----TCATG--C-T-CC---TATA-CC-----TC--CAT--ATAA------C-TGGCCCTACACATCGTTTTTAGCCAAGCTAAGACCC
gi|28 : A----GCATGG-T-C-CC---GG-A-CT-----CC--C-T--ATAA------C-TGTGCCTACACA--GTTTTTAGCCAAACTACGCCCC
gi|29 : aatatggtaGG-GG----GCATA--T-C-CCT--GG-A-CC-----CC--C-TTAACAA------C-TGTGCTTACACATAGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
gi|3 : AAAAATGTAATAAAAACT--CATACCCC---------T----------A--------G-GGGGGGGGGGA----G-G---G-----GG--------TGTA----AACTACAAATTCGCA-ACAACAAAAA---A-TCATTGAA----TA------TG---AT---CTAGGTATTTAACATCATTTTA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNTGAAACACA---ATTT-----CGTGG-AA----GCAAG--A-C-TC---GA-C-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACATAACGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCt
gi|30 : caG-GA----GCATG--C-T-CT---GG-A-CC-----CCT-C-T--ACAA------C-TGTGCCTACCCATCATTTTTAGCCAAGCAACGCCCCt
gi|31 : aGGG-GA----GC-----C-G-CC---GG-A-TC-----CC--C-ACAACAA------C-TGTACCTACACATCTTTTTAAGTCAAACTACGCCCCt
gi|32 : G-GA----ACATG--C-C-CC---GA-A-CC-----CCA-C-T--ACAA------C-TGTGCCTGCACATCGTTTTCAACCAAGCTACGCCCCt
gi|34 : GGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-----------------------------TGTGCCTACACATCGTTT-CAGCCAAGCTACGCCCC
gi|36 : aaaAA-A-A---T--T-----CGGGG-GA----GCCTG--C-C-CCA--GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACAt
gi|37 : atC--C-A--ACAA------C-TGTGCCTACA--TCGTTTTCAGCCAAGTTAATCCCC
gi|38 : AA------C-TGTGCCTACACATCGTATTCAGTCAAGCTACACCCCt
gi|39 : gaCTACATATCGTTTTCATCCAAGTTACAACCCt
gi|4 : CAAAAATGTAATAAATA-T--TGGACCCC---------A----------A--------GTG---------A----G-GTAGG-----GG--------TGTA----AACTATAAGTTTGCT-AC---AACAA---A-TTATTGAA----TAATAACATG---AT---CCAAATGTTTCGCATCATTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NN----TA-CTGAAAAA-A-A---A--T-----CGAGG-GA----GCATG--C-C-CCT--GG-A-CC-----CCTCC-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGACAAGCTACATCCCtggttgt
gi|5 : CAAAAATGTAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------A--------G-A---------A----G-G---GTAG--GG--------TGTA----AATTATAAATTCACA-AT---AAAAA-----TCATTAAA----TA------AGTATATTTTCCGGATATTTCACATCATTTTA----TCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNT-T--AA-A-A---C--T-----CGGAG-AA----GCATG--C-CTCC---GG-A-CCATCCTCC--C-T--GCAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCt
gi|6 : GCCAAATATGCAATAAAAA-T--CGGATCCC---------T----------A--------C-C---------A----G-A---G-----GG--------TG------AACTATAAATCCGCT-AC---AAAAA---A-GCATTGAA----TA------TC---AT---CCAGATATTTAACATCATTTTATCtg
gi|6 : GGAA-A-A---A--T-----CGGGA-GA----GCATG--A-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTACCTATACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggaaaaatcgggagagcatgacccggaccccctacaactgtacctatacatcgttttcagccaagctacgcccc
gi|7 : gccaaatatgcaataaaaatcggatccctaccagagggtgaactataaatccgctacaaaaaagcattgaatatcatccagatatttaacatcattttatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggAAAAACATGATAAAAA-TATCGGACCCC---------T----------A--------G-G---------G----G-G---G-----GGGGGGGGGATG------AACTATAAATTCGCA-AC---AAAAA---AATCATTGAA----TA------TT---AT---CCAGATATTTAACATCATTTTA----TCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNAGCTGC---A-A-T---A--TTTTTTCGATT-GA----GCATG--A-T-CC---GG-A-CC-----CT--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCTAAGCAACGCC
gi|8 : gCCAAAAATGTAATAAAAA-A--CGGACTCC---------T----------ATGG-----G-G---------GTAGTG-G---G-----GG--------TA------ATCTATAAATTCTCA-AC---AAAAA---A-TCATTGAATAGTTA------TG---AT---CCAGATATTTCACATAATTTTATCt
gi|8 : AAA-A-C---A--T-----TCGGG-GA----GCATG--C-C-CCCCCGG-A-CC-----CC----T--ACAA------A-TGTGCTTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacatcaaagcctagctaaaaaaaaaaaaacattcggggagcatgcccccccggacccctacaaatgtgcttacacatcgttttcagccaagctacgcccct
gi|9 : ccaaaaatgtaataaaaaacggactcctatgggggtagtgggggtaatctataaattctcaacaaaaaatcattgaatagttatgatccagatatttcacataattttatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacatcaaagcctagctaaaaaaaaaCTAAAAATGC--CAAAAA-TG-CGGG-------------T----------A--------A-G---------A----G-G---A--------------------------TATAAATTCGTA-CC---AGAAA---T-TCATTGAA----AA------TG---AT---TCAGATATTTAACATAATTTTATCAt
gi|9 : aTGAAA-A-ATAAA--T-----CGGGG-GA----CCATG--TTC-CC---GG-A-CG-----CT--C-T--ACAA------T-TGTGCCTACATACCGTTTTCAACCAAGCTACGCCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgaaaaataaatcgggggaccatgttcccggacgctctacaattgtgcctacataccgttttcaaccaagctacgcccc
blockSeqs : C AT GTGGAAGGGTAGGATGGGGGTGGGGTTA C AAC CA TAAT ATAACA TAT TTT NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTG C C TAAA TTTTT T CGGT TT T T CCC T A ATCCT TC A TA . A
blockSeqs : . G TTGGGGCGTAGAGGGGTGGGTGATA . . AA TAGT . . . TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACTGAA . . AGT ATTT . . A T T C . . A TC . CA . .
blockSeqs : . . TAGGGGGGGGGGGAGGGGGTGTA . . A . . . . TCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCTGC . . ATT . . . T . . C . . . T . . . .
blockSeqs : . . TATGTGCCCAGGTAGTGAGGTA . . A . . . . TCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT . . A . . . G . . C . . . A . . . .
blockSeqs : . . TAGGGGGGGGGGGGGGGATG . . A . . . . AATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATG . . A . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . TTGATGGGAAGTTGTTGGA . . A . . . . . . A . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . TATGGGGGTAGTGGGGGTA . . T . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . AAGTGAGGTAGGGGTGTA . . G . . . . . . T . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . TAGGTGGGTTGGAGGTA . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . TAGAAGGGTAGGGTGTA . . A . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . TAAGTGGAAGTA . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . TACCAGAGGGTG . . A . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TAAGAGGA . . T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : A**** ******
originalCons : GCCAAAAATGCAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------A--------G-G---------A----G-G---G-----GG--------TG------AACTATAAATTCGCA-AC---AAAAA---A-TCATTGAA----TA------TG---AT---CCAGATATTTAACATCATTTTATCA-TCTAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------CAATTATAGCTGTGAAA-A-A---A--T-----CGGGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
finalCons : GCCAAAAATGCAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------A--------G-G---------A----G-G---G-----GG--------TG------AACTATAAATTCGCA-AC---AAAAAA----TCATTGAA----TA------TG---AT---CCAGATATTTAACATCATTTTATCA-TCTAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------CAATTATAGCTGTGAAA-A-A---A--T-----CGGGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATGCAACAAAATGCTTTAATAAAATCTGACCTCATTTTCCCTTTTATTGAAGAGAACAAACTTAAAACATTACATTTTTATGGTTATA
Unaligned ( gi|33 ): ATTTTATCAATTTAGAGCTATTTGGTGAACAGTGAATTCAAGATTAATAATTAGGA
Unaligned ( gi|35 ): TACTATACACATTCTATGCACGTATATTCATTCTTTTTCTGAGAATTCGAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 11111111111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 111
lowQualScore : 3 77 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 444 777 2 1111 777777 2 66666 33333333333333333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 3 888888 00000 1 3333 66 3 3 222 1 1 44444 66 1 33 333333 1
lowQualScore : . .. ............................................................................ . ... ... . .... ...... . ..... ................. ................................................................................................................ . . ...... ..... . .... .. . . ... . . ..... .. . .. ...... .
lowQualScore : 1 33 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 777 333 7 3333 777777 7 77777 33333333333333333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 3 888888 99999 6 3333 77 1 1 555 4 4 88888 33 3 77 777777 3
consensus : GCCAAAAATGCAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------A--------G-G---------A----G-G---G-----GG--------TG------AACTATAAATTCGCA-AC---AAAAA---A-TCATTGAA----TA------TG-A-----TCCAGATATTTAAC--------A--------TCATTTTATCATCTAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------CAATTATAGCTGTGAAA-A-A---A--T-----CGGGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
Reference ( family-734 ) : GCCAAAAATGCAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------A--------G-G---------A----G-G---G-----GG--------TG------AACTATAAATTCGCA-AC---AAAAA---A-TCATTGAA----TA------TG-A-----TCCAGATATTTAAC--------A--------TCATTTTATCATCTAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------CAATTATAGCTGTGAAA-A-A---A--T-----CGGGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
gi|1 : AAAAAT-CAATCAAAA-T--TGGACCTC---------T----------A--------G-GGAAGAT---A----G-G---G-----GG--------TA------TACTATAA
gi|1 : ttttggtagaaaattattacttgatcagaggcgtagcttcctacaggtactgtaggcacgtgtctccacttctttctgagaaatcataaaattaaaaatgcaaaaaC---AG-A-TC-----CC--C-T--ACAATAACCAC-TGTACCTACACATCCTTTTCAGCCAAGCTACGCcggtgactataaacattgtatcacctattgtctgaaactagttctagtaggcacttgaaaccacgagaagaaaactacttcatttttcctttataaaaatcaacatttattaccaattttattgataataagaccctagaaaacataagagatatagccaaaacacaccaacgacttcagcagatcccctacaataaccactgtacctacacatccttttcagccaagctacgcacttagttat
gi|10 : ttttggtagaaaattattacttgatcagaggcgtagcttcctacaggtactgtaggcacgtgtctccacttctttctgagaaatcataaaattaaaaatgcaaaaaaaaaatcaatcaaaattggacctctagggaagatagggggtatactataacggtgactataaacattgtatcacctattgtctgaaactagttctagtaggcacttgaaaccacgagaagaaaactacttcatttttcctttataaaaatcaacatttattaccaattttattgataataagaccctagaaaacataagagatatagccaaaacacaccaacgacttcagCCCT---------T----------A--------A-G---------T----G-G---A-----AG--------TA------AACTATAAATTCACA-AC---AAAAAGAAA-TCATTGAA----TA------TG-A-----TCCAGATATTTAAC--------A--------TCATTTTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTATAGTT-T-AAA-A-A---T--T-----CAGGG-GA----GCATG--A-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACCA------C-TGTGCCTACACATTGTTTTCAGCTAAGCTACACCTCacttagttat
gi|11 : ---A--T-----CAGAG-GA----GCATG--C-C-CCC--GG-A-CC-----CC--C-T--TCAA------C-TGTGCCTTCACATCATTTTCATCAGAGCTACACCCCt
gi|12 : tgcaaaaaatgcattaaaatctgacccctatgcttcttcattttttccatttttttaagtgaacaaaccataaaactacatttatttggttatgaaacagtgaattcaaggttcatatttaggataatcaggccactaaaaataaataatatacgtcaaaacacatctacatttttt-G---------G----G-G---G-----AG--------TA------AACTATAAATTAGCA-AC---AAAAAC--A-TAAATAAA----TA------TG-A-----T------ATCTAAC--------A--------TCATTT--------AATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNNATGAAA-A-A---AGTT-----TGTGGTGA----ACATG--G-C-C----GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCTTACACATAGTTTTCAGCCAAGCTACGC
gi|13 : aATAAATTCGCA-AC---AAAAA---A-TCATAGTA----TA------TA-A-----TCCAGATATTTAAC--------A--------GCATTTTA
gi|13 : agtcC---GG-A-CT-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTGCAAATCGTTTTAAGTAAAGCTATGCTCCatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacaatcggactccctacaactgtgcctgcaaatcgttttaagtaaagctatgctcc
gi|14 : agtcataaattcgcaacaaaaaatcatagtatataatccagatatttaacagcattttaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacaatCCAAAAATGCAATAAAGA-T--CGGATCTC---------TTGGGGCGTAGA--------G-G---------G----G-T---G-----GG--------TGATA---AACTATAAATTTGCACAC---AAAAA---A-----GGAA----TA------TG-A-----TCGAGATAAATAAC--------A--------T
gi|15 : agtcgtatacatacatgtagctaactgcatgatcaattattcatgggcgtaagctttagtcacgtgcatacattttttcttgagaaatcgaacagatttaaataGG-AA----GCATG--C-CTCC---AG-G-CC-----CT--T-T--ACAA------AATGTGCCTACACATCGTTTTCAGTCAATCGACGCa
gi|16 : attgcatttactatcaacaattttggttataaaatggtgaatattaaggataaccaggccaaccaacgcaactacgacagtaaagctgacattttgagc-----CGGAG-G-----GCATGTTC-C-CC---GG-A-CC-----CC--T-T--ACAA------C-TGTGCCTACAAATTGAGTTCAGCCAAGCTACACC
gi|17 : aaatatacgccaaaacgcatcaacggcagtctagctgattttttcttaCCAAATCTGCAATAAAAA-T--CGGACCCCGTGGAAGGGT----------A--------G-G---------AT---G-G---G-----GG--------TGGGGTTAAACTATAAATTCGCA-GC---AAAA----A-TCATTGGA----TA------TG-A-----TTCAGATATTTAAC--------A--------TCt
gi|18 : GCCAAAAATGTAATAAAA--T--CAGACTCC---------T----------ATGTGCCCAG-GT--------A----GTG---A-----GG--------TA------AACTTTAAATTCGCA-AC---AAAAA---A-ACATTGAATAATTA------TG-A-----TCCTGATA
gi|2 : AAATGCATGCAAAA-T--CGGAACCA---------T----------A--------G-G---------T----G-G---GTTGGAGG--------TA------GTCAATAAATTGGCA-AC---AAAAT---T-TCATTGAA----TA------TG-A-----TACAGGCATTTAAC--------A--------
gi|2 : atgttgaaaaaaatatgatagtcagagacgtagcttcccgtacgcactgtagtcacgtacctacccttttttctgagaaatcgaaaaatataaaaatacaaaacC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCAATATACCGTTTTCAGCCAAGCTACGCTCCgtggttatgaaacagtgagttcaaggttaatattacggataaccaggcccctaaaatataagaaatatacgccagaacgcacctacgacagtgtagctgaccgccccctcctcccctacaactgtgccaatataccgttttcagccaagctacgctcc
gi|20 : atgttgaaaaaaatatgatagtcagagacgtagcttcccgtacgcactgtagtcacgtacctacccttttttctgagaaatcgaaaaatataaaaatacaaaacaaatgcatgcaaaatcggaaccataggtgggttggaggtagtcaataaattggcaacaaaatttcattgaatatgatacaggcatttaacagtggttatgaaacagtgagttcaaggttaatattacggataaccaggcccctaaaatataagaaatatacgccagaacgcacctacgacagtgtagctgaccgccccctcctAAATGTAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------T--------G-A---------T----G-G---GAA---GT--------TGTTGGA-AATTATAAATTCGCA-AT----AAAA---G-CCATTG-G----TA------TG-T-----TCCAGATAT
gi|21 : GAAA-A-A---A--TATTT-CAGGG-GA----GCATAA-C-C-TT---GG-A-TT-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATAGTTTTCAGCCATGCTATGC
gi|22 : GGGG-GACGGTGCATG--CTC-CC---GG-A-CC--------------------------------TACATATCGTTTTCATCCAAGTTACAACCC
gi|23 : taaaaaataagggggtgg-A---A--T-----AGGTG-GA----GCATG--C-C-CCC--GG-A-CC-----CC--C-A--ACAA------C-TGTACTTTCACATCGTTTTCAGCCAAACTACGCCCCt
gi|24 : ---A--T-----CGGTG-GA----GCATGT-C-C-CC---GG-AACT-----CC--C-T--ACAG------C-TGTGCAAACACACAGCTTTCAGCCAAGTTACGCCCCt
gi|25 : GGT-GG----GCAAG--C-C-CCC--GG-A-GCA----CC--C-T--ACAA------C-TGTACCTTCACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCt
gi|26 : ttggt-----CGAGG-GA----GCATG--C-C-CCT--GG-A-CC-----CCTCC-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGACAAGCTACATCCCac
gi|27 : --T-----CGGGG-GA----TCATG--C-T-CC---TATA-CC-----TC--CAT--ATAA------C-TGGCCCTACACATCGTTTTTAGCCAAGCTAAGACCC
gi|28 : A----GCATGG-T-C-CC---GG-A-CT-----CC--C-T--ATAA------C-TGTGCCTACACA--GTTTTTAGCCAAACTACGCCCC
gi|29 : aatatggtaGG-GG----GCATA--T-C-CCT--GG-A-CC-----CC--C-TTAACAA------C-TGTGCTTACACATAGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCC
gi|3 : AAAAATGTAATAAAAACT--CATACCCC---------T----------A--------G-GGGGGGGGGGA----G-G---G-----GG--------TGTA----AACTACAAATTCGCA-ACAACAAAAA---A-TCATTGAA----TA------TG-A-----TCTAGGTATTTAAC--------A--------TCATTTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNNNTGAAACACA---ATTT-----CGTGG-AA----GCAAG--A-C-TC---GA-C-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACATAACGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCt
gi|30 : caG-GA----GCATG--C-T-CT---GG-A-CC-----CCT-C-T--ACAA------C-TGTGCCTACCCATCATTTTTAGCCAAGCAACGCCCCt
gi|31 : aGGG-GA----GC-----C-G-CC---GG-A-TC-----CC--C-ACAACAA------C-TGTACCTACACATCTTTTTAAGTCAAACTACGCCCCt
gi|32 : G-GA----ACATG--C-C-CC---GA-A-CC-----CCA-C-T--ACAA------C-TGTGCCTGCACATCGTTTTCAACCAAGCTACGCCCCt
gi|34 : GGG-GA----GCATG--C-C-CC---GG-A-----------------------------TGTGCCTACACATCGTTT-CAGCCAAGCTACGCCCC
gi|36 : aaaAA-A-A---T--T-----CGGGG-GA----GCCTG--C-C-CCA--GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACAt
gi|37 : atC--C-A--ACAA------C-TGTGCCTACA--TCGTTTTCAGCCAAGTTAATCCCC
gi|38 : AA------C-TGTGCCTACACATCGTATTCAGTCAAGCTACACCCCt
gi|39 : gaCTACATATCGTTTTCATCCAAGTTACAACCCt
gi|4 : CAAAAATGTAATAAATA-T--TGGACCCC---------A----------A--------GTG---------A----G-GTAGG-----GG--------TGTA----AACTATAAGTTTGCT-AC---AACAA---A-TTATTGAA----TAATAACATG-A-----TCCAAATGTTTCGC--------A--------TCATTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNT----ACTGAAAAA-A-A---A--T-----CGAGG-GA----GCATG--C-C-CCT--GG-A-CC-----CCTCC-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGACAAGCTACATCCCtggttgt
gi|5 : CAAAAATGTAATAAAAA-T--CGGACCCC---------T----------A--------G-A---------A----G-GGTAG-----GG--------TGTA----AATTATAAATTCACA-AT----AAAA---A-TCATTAAA----TA------AGTATATTTTCCGGATATTTCAC--------A--------TCATTTT---ATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNT-TAAA----A---C--T-----CGGAG-AA----GCATG--C-CTCC---GG-A-CCATCCTCC--C-T--GCAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCt
gi|6 : GCCAAATATGCAATAAAAA-T--CGGATCCC---------T----------A--------C-C---------A----G-A---G-----GG--------TG------AACTATAAATCCGCT-AC---AAAAA---A-GCATTGAA----TA------TC-A-----TCCAGATATTTAACATCATTTTA--------TCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNNGGGGAA-A-A---A--T-----CGGGA-GA----GCATG--A-C-CC---GG-A-CC-----CC--C-T--ACAA------C-TGTACCTATACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCtg
gi|7 : AAAAACATGATAAAAA-TATCGGACCCC---------T----------A--------G-G---------G----G-G---G-----GGGGGGGGGATG------AACTATAAATTCGCA-AC---AAAAA---AATCATTGAA----TA------TT-A-----TCCAGATATTTAAC--------A--------TCATTTTA---TCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNNNAGCTGC---A-A-T---A--TTTTTTCGATT-GA----GCATG--A-T-CC---GG-A-CC-----CT--C-T--ACAA------C-TGTGCCTACACATCGTTTTCAGCTAAGCAACGCC
gi|8 : gCCAAAAATGTAATAAAAA-A--CGGACTCC---------T----------ATGG-----G-G---------GTAGTG-G---G-----GG--------TA------ATCTATAAATTCTCA-AC---AAAAA---A-TCATTGAATAGTTA------TG-A-----TCCAGATATTTCAC--------A--------TAATTTTATCt
gi|8 : AAA-A-C---A--T-----TCGGG-GA----GCATG--C-C-CCCCCGG-A-CC-----CC----T--ACAA------A-TGTGCTTACACATCGTTTTCAGCCAAGCTACGCCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacatcaaagcctagctaaaaaaaaaaaaacattcggggagcatgcccccccggacccctacaaatgtgcttacacatcgttttcagccaagctacgcccct
gi|9 : ccaaaaatgtaataaaaaacggactcctatgggggtagtgggggtaatctataaattctcaacaaaaaatcattgaatagttatgatccagatatttcacataattttatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacatcaaagcctagctaaaaaaaaaCTAAAAATGC--CAAAAA-TG-CGGG-------------T----------A--------A-G---------A----G-G---A--------------------------TATAAATTCGTA-CC---AGAAA---T-TCATTGAA----AA------TG-A-----TTCAGATATTTAAC--------ATAATTTTATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNNATGAAA-A-ATAAA--T-----CGGGG-GA----CCATG--TTC-CC---GG-A-CG-----CT--C-T--ACAA------T-TGTGCCTACATACCGTTTTCAACCAAGCTACGCCCCt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATGCAACAAAATGCTTTAATAAAATCTGACCTCATTTTCCCTTTTATTGAAGAGAACAAACTTAAAACATTACATTTTTATGGTTATA
Unaligned ( gi|33 ): ATTTTATCAATTTAGAGCTATTTGGTGAACAGTGAATTCAAGATTAATAATTAGGA
Unaligned ( gi|35 ): TACTATACACATTCTATGCACGTATATTCATTCTTTTTCTGAGAATTCGAA