lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222222222 22222 1111111 1 33333 2222222222222 11 1111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 11111111111111111 33333333333333333 999999999999999999999999999 111 11 11 222222 1111111 6666666666666666666 1111
lowQualScore : 6 6 6 5 6 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 77 4444444444 8888 55555 8888888 6 1 11111 3 3 3 2222222222222 44 5 5 2 1111 99999999 444 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222222 1 88888 333 33 33333333333333333 00000000000000000 5 4 2 88888888888 7 666666666666666666666666666 1 444 444 4 444 88 9999 44 2 000000 2 2 6666 3333333 3 0 3 9 6 1111111111111111111 7777 8
lowQualScore : . . . . . .................................................................................................................. .. .......... .... ..... ....... . . ..... . . . ............. .. . . . .... ........ ... . .......................................................................... ...... . ..... ... .. ................. ................. . . . ........... . ........................... . ... ... . ... .. .... .. . ...... . . .... ....... . . . . . ................... .... .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99 4444444444 5555 33333 4444444 2 6 22222 9 6 3 7777777777777 11 5 7 9 2222 11111111 444 7 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 2 66666 999 11 55555555555555555 88888888888888888 6 0 9 99999999999 2 222222222222222222222222222 6 333 111 4 111 99 8888 44 5 000000 9 9 1111 7777777 1 4 3 0 3 2222222222222222222 4444 3
consensus : GTCGTAGTGGTTGTTTCATTTGAATACTACATATTTTGTTGATTGTAAATTAATGTCTGTGTG--TATT--ACAGAATGANAATACCGTGTT--CTAATAGNCTAAACT-AATCTGGAAAGGTAG-AGAAAAA--T--AAGCACGAGCCTTGGC--GAGTGCTTA-A--T-TTTTTT----CGAGCCGA---ACCTGA----TAAATTTTAGACTATCAGGCACTAACATGGTATTC-TAT-TT-----A------TCATGTC-ATTATTTGCGT-GTT-TNATTTATT--------T---TTAT-TTA-A------NA------------A---------CAA--C------TG-A-----T-T-T----------A----GTCCAG-----CAAACAAACGCATG-----TGT---GT--A----C------------ATCTGCG------GTA----AATGCGCCTGAAAA-TAGTTCCAAATTTG-A--------TTGATGAAATTAAAACAAAACA-----AA------T------TG----TAGTTTTT--ATG--GAAACT---GTTCGACTC---NGTT-ATAA-TTATT-AG--TTTA-T----ATTTAN------T-GACATA-ATTAACAGTTNA----TTAACGGT-AAAAC-TGTGTTTAAACGTNGGTTTAACA
Reference ( gi|1 ) : GTTGTGGTGGCTGTGTCATTTGAGTACTACATATTTT-TTA--TGT---TTAATATTTGTGTGCATATTCAACATAA-AAGAATACTGTGTTGCCTAATAGGCTAAACTAAATC-GGTGAGGTAGGAGGAAAA--T--AACCACGATCTTTGGC--GAGTGATTA-A--TATTTTTT----CGAGCCAA---TTCTGA----CAGATCTAAGACTATCAGGTCCTTATATGGTATTC-TAT-TA-----A------TCATGTC-TTTACTTGCGT-GTT-TGATCTATT--------T---TTAT-TT---------TA------------A---------CGT--C------TG-A-----T-T-T----------A----GTCCAA-----CAAACAAACGCATG-----TGT---GT--A----C------------ATCCGCG------ATA----AATGCGCTTGAAAA-TAGTTCCAAATTTG-A--------TTGATGAAATTAAAATAAAACA-----AA----ATTG---AACG----TAGTTTTT--ATA--GAAGCT---GTATGACTC---TGTG-ATAA-TTATC-A---TTTA-T----ATTTAA------T-GACATA-ATTAACATTTCA----TTCTCGAT-ATAACTTGTGTTTAAAAGCAGGTTTATCA
gi|24 : GTCGTAGTGGTTGTTTCATTTGAATACTACATATTTTGTTGATTGTAAATTAATGTCTGTGTG--TATT--ACAGAATAACAA--------TGCCTAATAAACGAAA-TAA
gi|3 : A-GAGAATACCGTGTT----AAT--GTTAGAT--AATC--------TA-----AAAA--T--AATCAGG-----TGAATAGAGTG-CTA-A--TCGTTTT------GAGCCGA---ACCTAA----TAAATATTAAACAATCAGGCGCTAACATTGTATTC-CAT-TT-----A------TCATATT-ATTATAAGCCA-GTTGTAAT-TATG--------T---TTAT-TTAAAAAAG--CA------------A---------CAA--C------AG-AG----T-T-T----------T----GTCC---------------CGCATG-----TGT---TT--A----C------------ATCTGCG------GTT----AATGCATATGAAAA-AAGTTCCAAATCTG-A--------ATGATGAAATAAAAACAAAACA------------------AATG----TAGTTTCT--ATG--GAAACT---GTTAGACTC---AGTT-ATAA-TGATT-AG--TTTA-T----ATTTAT------C-AACACA-ATTAAAAGTTAA----TAAATGGT-CCAACATGTGTTTAAACGTTGGTTCA
gi|4 : tatATTGTGT---CTGATAGTCTTATCTTTATCTGGAAAGGTAG-AGACAAA--TGTAGGTACGAG--TAGGC--GATTG-TTA-AATTATTTTTTTTTTCGAGCCAAACTTTATGAATTTTAGATCCA-GACTGTCAGGCACTAACATGGTATTC-TGT-GT-----A------TCATGTC-ATTATCTCCGT-GCT-GGATCACTT--------T---TTAT-AG---------AA------------AC--------CGTTAC------TGAA-----T-T-T----------A----GACCAG-----CATACCAACac
gi|15 : GTAG-AGAAAAAACT--AAGCACGATTAT------AAAAAATTATA--TCTTTGTT----CGAGCCGA---GCATGA----TACATTTTAGGCTATCAGGCATTAACATGGCATTC-TAT-CG-----A------TCATGTC-ACTATTTCAGT-GTT-TTATTTATT--------T---TTAT-TTAGA------AA------------A---------AAC--C------CG-A-----T-T-T----------A----GTCCAGTATTTTAAACACTCGCATGTATCATGT---GT--ATGTTC------------ATATGCG------GTA----AATGCACTTGTAAagttccaatttttattgatgaacttacaaaaacatatagtgtttaggaagatgtttgactctgttacaattatcatttatttattaacataattaacagttgattaacggtaaaaacgtgtttaaacgctaaattatcacaat
gi|21 : GAGCCTTGGC--GAGTTGTAA-A--T-TGTTTT----CAAGATGA---ACCTGA----TACATTTTTAACTACCA----------TGGTATTC-TAT-TA-----AATTTTATCATGTC-ATTATTTGCGT-GTT-TTAGTTATT--------T---TT
gi|2 : cttCCTTAGC--AAGTGCTTG-A---ATTTTTT----CAAACTGA---ATCTGA----TTAATTTTAGGCTATCTTGCACTAACATGGTTTTC-TATATACATGTA------TTAT-TC-ATTATTTGTGT-GTT-T----TATT--------TGTGTTAT-TTAAAAAAAAGCA------------A---------CAA--C------TG-A-----T-TAT----------A----ATCCAA-----CAAACAAACATGTG-----TGTAGCGT--A----T------------GTTTGCA------TTA----AAAACACCTGACAG-CAGTTTTGGATTTA-A--------TTGATGAAATTAAAACTACAC------TA----ATT------------TAGTCTTT--CTG--GAAACA---GTTTGACTC---AGCT-ATAA-TTATT-AG--TTTA-TATCAATTTCA------TAGACATA-A
gi|8 : tagataaataaattaagctcagaGGC--CAGTGCTT-----CTTTTTCT----TGAGCCAA---ACATGT----TAAAATTTAGACTGTTGGGCACTAACGTCGTATTC-TAT-TT-----A------TCATTTA-TTTATTTGCAT-GTT-----CTATT--------T---TTAT-TA---------AA------------A---------CAA--A------TT-A-----T-T-TT---------A----GTCCAA-----CAAACAAACTCATG-----TGC---GT--A----C------------ATC-------------------TGCGGTTGA----------------TG------------GATGAAATTAAAACAAAACA------------------AATG----TAGTTTTC--ATG--GAAGCA---GTTTGACTC---AGTT-ATAA-atctataataatttatcagtgattgaaagatgtataaacatgggtttaacac
gi|7 : tatcagtactagataacttaccaggtgagtaaactaaC--GAGTTCTTG-A--T-TTGTTT----CGGGCCAA---ACCTGG----TCAATTTTAGTTTATCAGGCACAAACATGGTATTC-TGT-TT-----T------TCATGTT-TTTGTTTTCGT-GTT-TAATGTA--------------------------------------------A---------C--------------------T-T-T----------A----GTCCAA-----CAAACACACTAGAG-----TGT---AT--A----C------------ATTTTAA------GTATGTTAATGCGCATAAAAA-TAGTT---GATTTACA--------TTG-----------------CA-----AA-------------TG----CAGTTTTTTTATG--GAAGCT---GTTCGAATT---TGTT-ATAA-TTATC-A---TTTA-T----ATTTAT------T-GACATA-ATAAACAGTTTA----TCAACGGT-CAAAC-GGTGTTTAAACGAGGGTTTAaagtttatgtgaaccccttcataa
gi|27 : GTGCTTA-A--TTTTCTTT----CAAGGCAA---ACCTGA----CAAATTTCATACTATCAGGTGATAATAAGGCATT
gi|6 : TA-A--T-TATTTT----CGAGCCAA---ACCTGT----TCAATGTTAGGCTATCAGGCACTGATATATT-TTC-GAT-TT-----A------AAATGTC-ATTATTAGCGT-GTT-TTATTTGTT--------T-----AT-TA---------AA------------AAAAAGAAACCAC--T------TG-AATGCGT-T-T----------T----GTCCCG-----CAAGCAAATGCATGAC---TGT---GTTTA----C------------GTCTGCG------GTA----AATGCACCTGAAAA-TAATT-CAAAGCTC-A--------TTGATGAAATTAAAACAAAACA------------------CATG----CAGTTTTT--TTAACAAAACT---GTTAGACTT---TATT-ATAA-TTATA-AG--CTTA-T----ATTTAA------A-AAAATT-ATCAGCAaaattt
gi|16 : caaggtacgtgcTTTTT----CGAACCGA---AAATGA----AAAGTTTAAGATCATCATGCATTAACATT-TATTTGTAT-TC-----A------TCACGGAATTT--TTGCGT-ATG-TTATTTATT--------T---TTAT-TTACAAAAG--GA------------A---------CGA--C------TG-T-----T-T-T----------TTTTTGTCCAA-----CAAACAAATGCGCA-----TGT---GC--A----T------------ATCTGCgtcgaaaaatttagaattt
gi|9 : ataaagaatagcatgttagtgtctgacagtcatgtaaggtacagattaaaaataatctggcgccATGGCATTT-GAT-TT-----A------TCATGTC-ATTACTTGCAT-GTT-TCATTTAGT--------T---TTAT-TTACAAAAG--CA------------A---------CAA--C------TA-AT----T-T-T----------A----GTCCAT-----CAAACAAACGCATT-----TGT---GT--A----C------------ATCAAGGGTACTAATA----AAGGCACCTGAAAA-TTCTTCCAAATTTG-A--------TTGATGAAATTAAAACAGAACT-----AA----
gi|10 : atcacacactagcGTATTC-TAT-TT-----A------TCATGTC-ATTATTTATGTTGTT-TTATTTATT--------T---TT---TT---------TACTAAAAAAAGAAA---------CAA--G------TG-A-----T-T-TT---------A----GTCCAG-----CAAACAAATGTATA-----TAT---GT--A----C------------ATCTGTA------GCA----GAAGTGCCTGAAAG-TAGTTAAAAATTTT-A--------TTGATGAAATTA-----------------------TG---AACA----TG--TTTT--GTA--AAA--T---GTTCAACAC---ATTT-ATGA-TTATA-AG--TTCA-T----ATTT-A------T-G----A-ATTAACtgtatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatttatgagtttgaataatacata
gi|18 : T-TT-----A------TTATGTC-ATTATTTG--T-GTT-TGTTTTATTAATATACAT---TTACATT---------TATAAAAGCA----A---------CA---C------TG-A-----T-T-T----------AA---GTACAC-----CGCGCAGATACATG-----TGT---GT--A----C------------ATC-------------------TTCATCTGAAAT-TA----------TG----------TTGTTAAAATTAGAACAAAACA-----AATGTTGTTG---GGC-----T--TTTTT--GT----AAACT---GTTCGACTCATTTATG-ATTA-TTAtgaaataataatagcttattaatggtgggaaaagagttcaaatgctgatttaataca
gi|11 : cTC-ATTATTTGTATTGTT-TTATTTAGT--------T---TTAT-CTAAAAAAG--CA------------A---------CAT--C------TG-A-----T-T-TTAGTAACGCGG----GTACAA-----CAAACAAATGCATG-----TAT---GT--T----C------------ATC-------------------TGTGCCTGAAAA-TATTTCAAAATTTT-A--------TTGATGAAAT----ACAAAAC------------ATTGTGAAATGTTTTTTGTTTTT--TTG--TAAACT---GTTCGACTC---TGTT-ATAA-TTATT-AG--TTCA-T----ATTT-A------T-GAATTA-TTTAACAT
gi|12 : GCAT-GTT-TGGTATATT--------G---TTA--------------A------------A---------CAT--CAATTACCG-A-----TGT-T----------A----GTGTAG-----CAAACACACTCGTG-----TGT---AT--A----C------------TTCTATG------GTA----AATGCGCCTAAAAG-TAATTCCAATTTTG-G--------TT--T----CCAAAACAAAACG-----TA-------------------TAGTTTTT--ATG--GAAGCT---GTTTAACTC---TGTT-ATAA-TTATC-A---TTTA-T----ATCTAT------T-GACATA-ATTCACAGTTTA----TCAACGAT-A-AAAATATGTTTGAGCGTGGGTTTAACAaatttatagttattcaacaatgaaaaaagttctaaaacatgggtttaacgca
gi|22 : TTTATT--------T---TTAC-TT---------TA------------AAAAGCAA--CAA--C------TG-A-----T-T-TT---------A----GTCCAG-----CAAACAAACGCATG-----TGT---GT--A----CATATATACGTATATCTTTG------ACA----AATGAACCAGAAAA-TAGTTCCAcaa
gi|5 : --------T---TTAT-TT----------A------------G---------TTT--C------T--A-----T-T-T----------A-------CAAAAG--CAATCAAATGCATG-----TAT---GA--AGATTT------------ATCTGGG------GAA----AAGCCACCTGAAAAATA-TTCCACATTCG-A--------TTGATG-----AAAGTAAAACA-----AA----AATG-----TG----TAGTTTTT--ATG--AAAACT---GTTCGATTC---GGTG-ATGA-CTAT-----------T----AATTAC------T-GACATA-GTTAACAtaa
gi|17 : tttgtagagaatggaatgttaatgtctgattatctaaactatatcaggttcgactcgaaataaaattaagaacgagtcctttttcgatccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcatgaA------------A---------CAA--C------TG-A-----T-T-TT---------G----GCCCAG-----CAAACA----CATG-----TGT---GT--A----C------------ATCTGTC------ATA----AATGTGCCTGAAAAACAGTTCCAAATTGT-A--------TTGATGAAATTAAAACAAA-----------------------TG----CAGTTTAT--ATT--GAAATT---GTCCAAGTC---AGTTCATAAATTATT-A---TT-A-T----A---AA------T-TA-ATATATTAGTTTATCAGAGGTTC------ATAA--TGTGTATAAGTGTAGGTTTAACAgtgtatcaaccgt
gi|14 : agc------TG-AG----T-T-T----------A----GTCCAG-----TAAACACACGCATG-----TGA---GC--A----C------------ATCTATA------ATA----AATGCGCCTGAAAA-TTGTTCCAAATTTG-ATTCCAAATTTGATGAAATTGAAACAAAACA-----AA-------------------TATATTCG--ATAT-GGACCTATGGTTCGACAC---GGTT-ACAA-TTATTGA---TTTA-T----ATTTAT------T-GA
gi|25 : agcaacaat-A-----T-T-T----------A----GCCAAG-----CAATCAAAGGTATA-----TGT---AT--A----C------------ACACAAG------GAA----AATGTGCCTGAAAA-TA-TTCCAAATTAT-A--------TTGATGAAATaaagtttatcaacggtcattttaccgtttgcacatgggtttaacaca
gi|13 : aagcaacaaaagaATG-----CAT---GT--A----C------------ACTC---------ATA------TGCGTCTGAAAA-TAGTTCCACATTTT-A--------TAGATGAAATTAAAACAAAACATTGTCAA----ATGG---TTCG----T--TTTTT--TTG--TTAACT---GTTAGACTC---AGTT-ATGA-TTATT-A---GTCAGT----ATTTA
gi|23 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcataaatttaagtacatcaG------GTA----AACGCGCCTGAAAA-GTGTTCCAAATTTG-A--------TTAATGAAATTAAAACAAAACA-----CA--------------G----TGGTTTT--------GA--CT---GTATGtcagtatatagccgtcatttaaagattttcaataattaaaaaaaaaa
gi|19 : ctgTGTGCCTGAAA--CAGTTCCAAAATAT-A--------TTGATGAAACT-AAAT----CA-----AA------TG----ATG----TTGTTTGT--GT----AAACT---GTTCGATTC---AGTT-ATAA-TTTTT-AGTTTTTA-T----CTATAAACGTATT-GGCAAA-ATAAACAGTTtcgatactcaagatgtgtatta
gi|4 : acAA-CAGTTCCAATTTTT-A--------TTGATGAACTTACAA--AAACA-----TA-------------------TAGTGTTT--A-G--GAAGAT---GTTTGACTC---TGTT-ACAA-TTATC-A---TT---T----ATTTAT------T-AACATA-ATTAACAGTTGA----TTAACGGTAAAAAC--GTGTTTAAACGCTAAATTATCAtttttaaccgggaaaaaaatgttatatcgcgagttgagcacaac
gi|20 : attgtgtctgatagtcttatctttatctggaaaggtagagacaaatgtaggtacgagtaggcgattgttaaattattttttttttcgagccaaactttatgaattttagatccagactgtcaggcactaacatggtattctgtgtatcatgtcattatctccgtgctggatcactttttatagaaaccgttactgaatttagaccagcatacc-TAGTTCCAAATTTG-A--------TTAATGAAATTAAAACAAAACA------------TT------TG----CAGTTTTT--ATG--AATGCT---GTTCGACTC---TGTT-ATAA-ATATC-A---TTTA-T----ATTTAT------T-GTCTTA-ATAAACAGTTTA----TTAACGGT-AAAAC-TGTTTTTAAAcaat
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TTTAATGACATCTTAGATTATTGACATCATTAACAGTTTATCAACGGTCAAAAAAGTTTAAACGTGGGGTTAACAC
Unaligned ( gi|28 ): AGATATAGAGAATACCAAGTTAGTGTCTGATAGT
Alignments
lowQualScore : 1 11 222 22 22 11 22222 1 2222222222222 111 11111 2222 11111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111111111 111111111111 333333333333333333333333333333 1 111111111111111111111111111 111 222
lowQualScore : 3 5 88 111 77 77 2 66 1 6 77777 0 1 1111111111111 6 111 99 66666 2 3 8888 66 2 22222222222 3 6 3 888888 0 2 777777 888888 88 1 33 66666 2 2 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 2 555555555555 55555 0 22 55555 333 22 8888 000000000000 3 7777 4444 2 1 2 33 77777777 2 777777777777777777777777777777 2 333 333 444 1 2 2 0 66666 222222222222222222222222222 2 444 2 1 0 2 666 111 3 1
lowQualScore : . . .. ... .. .. . .. . . ..... . . ............. . ... .. ..... . . .... .. . ........... . . . ...... . . ...... ...... .. . .. ..... . . ....................................................... . . ............ ..... . .. ..... ... .. .... ............ . .... .... . . . .. ........ . .............................. . ... ... ... . . . . ..... ........................... . ... . . . . ... ... . .
lowQualScore : 0 0 55 555 55 55 5 22 0 5 22222 6 0 7777777777777 7 777 22 00000 5 5 1111 11 5 11111111111 3 7 3 888888 1 7 777777 222222 44 9 22 11111 4 5 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 666666666666 33333 7 99 33333 777 99 9999 222222222222 5 4444 2222 0 9 2 66 22222222 1 888888888888888888888888888888 1 555 444 111 0 4 4 8 22222 888888888888888888888888888 5 444 5 0 7 7 888 333 3 0
consensus : GTCGTGGTGGCTGTNTCATTTGAGTACTACATATTTTGTTGATTGTAAATTAATGTCTGTGTGCATATTCAACANAATAAGAATACCGTGTT--CTAATAGNCTAAACTA-ATCTGGTAAGGTAG-AGA---AA--AA--T--AANCACGA-C-TTGGC--GAGTGCTTA-A-------T-TTT-T-TTCGAGCCGAACCTGATAAATTTTAGA------CTATCAGGCACTAACATGGTATTC-TA------TTTATCATG------TCATTATTTGCGT--GTTTTATT--TA-T---TTT-TA-TT--T-----A--G-------AAA-------CA---A---C---T-G----A-----T-T-T----------A-GTCCAGCA-----AACAAACGCATG--T-----GT---GT--A----CAT------------CTGCGGTA----AAT----GCGCCTG-AAAA-TAGTTCCAAATTTG-A--------TTGATGAAATTA-AAACAAAA------C-A------AAT---T----GT--AGTT-TTT--ATG--GAAACT---GTTCGACTCNGTT-AT-AATTATTAGTTTATA-----TT--------T--------A--------TTGACAT-AAT---TAACAG-TTTATCAA-CGGT---AAAAN-TG-TGTTTAAACGTGGGTTTAACA
Reference ( family-732 ) : GTCGTAGTGGTTGTTTCATTTGAATACTACATATTTTGTTGATTGTAAATTAATGTCTGTGTG--TATT--ACAGAATGANAATACCGTGTT--CTAATAGNCTAAACTA-ATCTGGAAAGGTAG-AGA---AA--AA--T--AAGCACGAGCCTTGGC--GAGTGCTTA-A-------T-TTT-T-TTCGAGCCGAACCTGATAAATTTTAGA------CTATCAGGCACTAACATGGTATTC-TA------TTTATCATG------TCATTATTTGCGT--GTTTNATT--TA-T---TTT-TA-TT--T-----A--A-------NAA-------CA---A---C---T-G----A-----T-T-T----------A-GTCCAGCA-----AACAAACGCATG--T-----GT---GT--A----CAT------------CTGCGGTA----AAT----GCGCCTG-AAAA-TAGTTCCAAATTTG-A--------TTGATGAAATTA-AAACAAAA------C-A------AAT---T----GT--AGTT-TTT--ATG--GAAACT---GTTCGACTCNGTT-AT-AATTATTAGTTTATA-----TT--------T--------A--------NTGACAT-AAT---TAACAG-TTNATTAA-CGGT---AAAAC-TG-TGTTTAAACGTNGGTTTAACA
gi|1 : GTTGTGGTGGCTGTGTCATTTGAGTACTACATATTTT-TTA--TGT---TTAATATTTGTGTGCATATTCAACATAA-AAGAATACTGTGTTGCCTAATAGGCTAAACTA-AATCGGTGAGGTAGGAGG---AA--AA--T--AACCACGATCTTTGGC--GAGTGATTA-A-------TATTT-T-TTCGAGCCAATTCTGACAGATCTAAGA------CTATCAGGTCCTTATATGGTATTC-TA------TTAATCATG------TCTTTACTTGCGT--GTTTGATC--TA-T---TTT-TA-TT--T----------------TAA-------CG---T---C---T-G----A-----T-T-T----------A-GTCCAACA-----AACAAACGCATG--T-----GT---GT--A----CAT------------CCGCGATA----AAT----GCGCTTG-AAAA-TAGTTCCAAATTTG-A--------TTGATGAAATTA-AAATAAAA------CAA------AAT---TGAACGT--AGTT-TTT--ATA--GAAGCT---GTATGACTCTGTG-AT-AATTATCA-TTTATA-----TT--------T--------A--------ATGACAT-AAT---TAACAT-TTCATTCT-CGAT---ATAACTTG-TGTTTAAAAGCAGGTTTATCA
gi|10 : GTATTC-TA------TTTATCATG------TCATTATTTATGTT-GTTTTATT--TA-T---TTT-TT-TTACT-----A--A-------AAAAAGAAA-CA---A---G---T-G----A-----T-T-TT---------A-GTCCAGCA-----AACAAATGTATA--T-----AT---GT--A----CAT------------CTGTAGCA----GAA----GTGCCTG-AAAG-TAGTTAAAAATTTT-A--------TTGATGAAATTATGAACA------------------------T----G------T-TTT--GT----AAAAT---GTTCAACACATTT-AT-GATTATAAGTTCATA-----TT--------TATGAATTAA--------CTGAAAT-AA----TAATAG-CTTATTAA-TGGTGGGAAAA---G-AGTTCAAATGCTGATTTAATA
gi|11 : ------TCATTATTTGTATT-GTTTTATT--TA-G---TTT-TA-TC--T-----A--A-------AAAAG-----CA---A---CATCT-G----A-----T-T-TTAGTAACGCGG-GTACAACA-----AACAAATGCATG--T-----AT---GT--T----CAT------------CTGTG-----------------CCTG-AAAA-TATTTCAAAATTTT-A--------TTGATGAAAT-----ACAAAA------C-ATTGTGAAATGTTT----TT--TGTT-TTT--TTG--TAAACT---GTTCGACTCTGTT-AT-AATTATTAGTTCATA-----TT--------T--------ATGAATTATTTAACAT-AAT---TTATAG-TTATTCAA-CAATG--AAAAA-AG-TTCTAAAACATGGGTTTAACca
gi|12 : GCAT--GTTTGGTA--TA-T---TGT-TA-----------A--A-------CAT-------CA---ATTAC---C-G----A-----TGT-T----------A-GTGTAGCA-----AACACACTCGTG--T-----GT---AT--A----CTT------------CTATGGTA----AAT----GCGCCTA-AAAG-TAATTCCAATTTTG-G--------TT--T----CCA-AAACAAAA------C-G------------T----AT--AGTT-TTT--ATG--GAAGCT---GTTTAACTCTGTT-AT-AATTATCA-TTTATA-----TC--------T--------A--------TTGACAT-AAT---TCACAG-TTTATCAA-CGAT---AAAAA-TA-TGTTTGAGCGTGGGTTTAACAgca
gi|13 : ATG--C-----AT---GT--A----CA-------------CT----CA----TAT----GCGTCTG-AAAA-TAGTTCCACATTTT-A--------TAGATGAAATTA-AAACAAAACATTGTC-A------AAT---G----GTTCGTTT-TTT--TTG--TTAACT---GTTAGACTCAGTT-AT-GATTATTAGTCAGTA-----TT--------T--------A--------TCAGTAT-A-----TAGCCG-TCATTTAA-caa
gi|14 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcataaatttaagtacatca-----A--G-------CAA-------CA---A---T---T-G----AG----T-T-T----------A-GTCCAGTA-----AACACACGCATG--T-----GA---GC--A----CAT------------CTATAATA----AAT----GCGCCTG-AAAA-TTGTTCCAAATTTG-ATTCCAAATTTGATGAAATTG-AAACAAAA------C-A------AA----T----AT--ATTC-GAT--ATG--G-ACCTATGGTTCGACACGGTT-AC-AATTATTGATTTATA-----TT--------T--------A--------TTGA----AA--------AG-TTTATCAA-CGGT---CATTT-TACCGTTTGCACATGGGTTTAACAagattttcaataattaaaaaaaaaa
gi|15 : GTAG-AGA---AA--AAACT--AAGCACGA---TTA-T--AAAAAATTATA-------T-CTT-TGTTCGAGCCGAGCATGATACATTTTAGG------CTATCAGGCATTAACATGGCATTC-TA------TCGATCATG------TCACTATTTCAGT--GTTTTATT--TA-T---TTT-TA-TT--T-----A--G-------AAA-------AA---A---C---CCG----A-----T-T-T----------A-GTCCAGTATTTTAAACACTCGCATG--TATCATGT---GT--ATGTTCAT------------ATGCGGTA----AAT----GCACTTG-TAAca
gi|16 : AGAATAGCATGTT----AGT-GTCTGA--CA-GTCATGTAAGGTAC-AGATTAAA--AA--T--AATC--------TGGC--G-----------------C-CTT-T-TTCGAACCGAAAATGAAAAGTTTAAGA------TCATCATGCATTAACAT-TTATTTGTA------TTCATCACG------GAATT-TTTGCGT--ATGTTATT--TA-T---TTT-TA-TT--TACAAAA--G-------GAA-------CG---A---C---T-GTTTTT-----T-T-T----------T-GTCCAACA-----AACAAATGCGCA--T-----GT---GC--A----TAT------------CTGC
gi|17 : ataa-----A--G-------CAA-------CA---A---C---T-G----A-----T-T-TT---------G-GCCCAGCA-----AACA----CATG--T-----GT---GT--A----CAT------------CTGTCATA----AAT----GTGCCTGAAAAA-CAGTTCCAAATTGT-A--------TTGATGAAATTA-AAACAAA----------------------T----GC--AGTT-TAT--ATT--GAAATT---GTCCAAGTCAGTTCATAAATTATTA--TTATA---------------A--------A--------TTAATAT--AT---T---AG-TTTATCAG-AGGTTC-ATAA--TG-TGTATAAGTGTAGGTTTAACA
gi|18 : ------TTTATTATG------TCATTATTTGTGTTTGTTTTATTAATA-TACATTTACA-TT--T-----ATAA-------AAG-------CA---A---CAC-T-G----A-----T-T-T----------AAGTACACCG-----CGCAGATACATG--T-----GT---GT--A----CAT------------CTTC---------AT--------CTG-AAAT-TA----------TG----------TTGTTAAAATTA-GAACAAAA------C-A------AATGT-T----GTTGGGCT-TTT--TTG--TAAACT---GTTCGACTCATTT-AT-GATTATTA
gi|19 : cT----GTGCCTG-AAA--CAGTTCCAAAATAT-A--------TTGATGAAACTA-AATCAAA----------------------T----GA--TGTTGTTT--GTG--TAAACT---GTTCGATTCAGTT-AT-AATTTTTAGTTTTTA-----TCTATAAACGT--------A--------TTGGCAA-AAT---AAACAGTTTTTTTAACCGGG---AAAA
gi|2 : acTAG-ATA---AATAAA--TT-AAGCTCAGACCTTAGC--AAGTGCTTG-A-------A-TTT-T-TTCAAACTGAATCTGATTAATTTTAGG------CTATCTTGCACTAACATGGTTTTC-TA------TATA-CATGTATTATTCATTATTTGTGT--GTTTTATT--TG-----TGT-TA-TT--T-----A--AAAAAAAGCAA-------CA---A---C---T-G----A-----T-TAT----------A-ATCCAACA-----AACAAACATGTG--T-----GTAGCGT--A----TGT------------TTGCATTA----AAA----ACACCTG-ACAG-CAGTTTTGGATTTA-A--------TTGATGAAATTA-AAACTACA------C-T------AAT---T-----T--AGTC-TTT--CTG--GAAACA---GTTTGACTCAGCT-AT-AATTATTAGTTTATATCAATTT--------C--------A--------TAGACATAAATCTATAATAA-TTTATCAG-TGAT---TGAAA-GA-TGTATAAACATGGGTTTAACAaaatgttatatcgcgagttgagcacaac
gi|20 : -TAGTTCCAAATTTG-A--------TTAATGAAATTA-AAACAAAA------C-A------T-T---T----GC--AGTT-TTT--ATG--AATGCT---GTTCGACTCTGTT-AT-AAATATCA-TTTATA-----TT--------T--------A--------TTGTCTT-AAT---AAACAG-TTTATTAA-CGGT---AAAAC-TG-TTTTTAAACGc
gi|21 : GAGCCTTGGC--GAGTTGTAA-A-------T-TGT-T-TTCAAGATGAACCTGATACATTTT----------TA------ACTACCATGGTATTC-TATTAAATTTTATCATG------TCATTATTTGCGT--GTTTTAGT--TA-T---TTT-T
gi|22 : cttTT--TA-T---TTT-TACTT--T-----A--A-------AAAGCAA---CA---A---C---T-G----A-----T-T-TT---------A-GTCCAGCA-----AACAAACGCATG--T-----GT---GT--A----CATATATACGTATATCTTTGACA----AAT----GAACCAG-AAAA-TAGTTCCA
gi|23 : ------------CTG-GGTA----AAC----GCGCCTG-AAAA-GTGTTCCAAATTTG-A--------TTAATGAAATTA-AAACAAAA------C-A------CA---------GT--GGTT-TTtaa
gi|24 : GTCGTAGTGGTTGTTTCATTTGAATACTACATATTTTGTTGATTGTAAATTAATGTCTGTGTG--TATT--ACAGAATAACAATGC--------CTAATAAACGAAA-TA-Agactgtatgtcgatactcaagatgtgtatta
gi|25 : -----A--G-------CAA-------CA---A---A---A-G----AA----T-T-T----------A-GCCAAGCA-----ATCAAAGGTATA--T-----GT---AT--A----CAC------------ACAAGGAA----AAT----GTGCCTG-AAAA-TA-TTCCAAATTAT-A--------TTGATGAAAT
gi|26 : aT--------T--------A--------TTGACAT-CAT---TAACAG-TTTATCAA-CGGTCAAAAAA------GTTTAAACGTGGGGTTAACA
gi|27 : tttaatgacatcttagaGTGCTTA-A-------T-TTTCT-TTCAAGGCAAACCTGACAAATTTCATA------CTATCAGGTGATAATAAGGCATTA-AA------TTTc
gi|28 : A------CTATCAGACACTAACTTGGTATTC-TC------TATATC
gi|3 : aGAGAATACCGTGTT----AAT--GTTAGA-TA-ATCT-------------A---AA--AA--T--AATCAGG-----TGAATAGAGTGCT-A-A-------T-CGT-T-TT-GAGCCGAACCTAATAAATATTAAA------CAATCAGGCGCTAACATTGTATTC-CA------TTTATCATA------TTATTATAAGCCA--GTTGTAAT--TA-T---GTT-TA-TT--T-----A--A-------AAAAGCAA--CA---A---C---A-G----AG----T-T-T----------T-GTCC---------------CGCATG--T-----GT---TT--A----CAT------------CTGCGGTT----AAT----GCATATG-AAAA-AAGTTCCAAATCTG-A--------ATGATGAAATAA-AAACAAAA------C-A------AAT--------GT--AGTT-TCT--ATG--GAAACT---GTTAGACTCAGTT-AT-AATGATTAGTTTATA-----TT--------T--------A--------TCAACAC-AAT---TAAAAG-TTAATAAA-TGGT---CCAACATG-TGTTTAAACGTTGGTTCAAC
gi|4 : tataGTGT---CTGATAGTCTTATCTTTATCTGGAAAGGTAG-AGA---CA--AA--TGTAGGTACGAG--TAGGC--GATTG-TTA-AATTATTTT-TTT-T-TTCGAGCCAAACTTTATGAATTTTAGATCCAGACTGTCAGGCACTAACATGGTATTC-TG------TGTATCATG------TCATTATCTCCGT--GCTGGATC--AC-T---TTT-TA-----T-----A--G-------AAA-------CCGTTA---C---T-GA---A-----T-T-T----------A-GACCAGCA-----TACCAAC
gi|4 : attAA-CAGTTCCAATTTTT-A--------TTGATGAACTTA-CAA--AAA------C-A------------T----AT--AGTG-TTT--A-G--GAAGAT---GTTTGACTCTGTT-AC-AATTATCA--TT-TA-----TT--------T--------A--------TTAACAT-AAT---TAACAG-TTGATTAA-CGGT---AAAAA-CG-TGTTTAAACGagttccaatttttattgatgaacttacaaaaacatatagtgtttaggaagatgtttgactctgttacaattatcatttatttattaacataattaacagttgattaacggtaaaaacgtgtttaaacgctaaattatcacaat
gi|5 : attgtgtctgatagtcttatctttatctggaaaggtagagacaaatgtaggtacgagtaggcgattgttaaattattttttttttcgagccaaactttatgaattttagatccagactgtcaggcactaacatggtattctgtgtatcatgtcattatctccgtgctggatcactttttatagaaaccgttactgaatttagaccagcataccGTTCTTA-A-------T-TTTAT-TTCGAGTCGAACCTGATATAGTTTAGA------TAATCAGACATTAACATTCCATTC-Tctaaattatcacaat
gi|5 : tttgtagGCAT--GATTTATT--TAGT---TTC-TA-TT--T-----A--C-------AAA------------------------------------------------------AGCA-----ATCAAATGCATG--T-----AT---GA--AGATTTAT------------CTGGGGAA----AAG----CCACCTG-AAAAATA-TTCCACATTCG-A--------TTGATGAAAGTA-AAACAAAA----------------ATG--T----GT--AGTT-TTT--ATG--AAAACT---GTTCGATTCGGTG-AT-GACTATTAA------------T--------T--------A--------CTGACAT-AGT---TAACAG-TGTATCAA-CCGT---gagtcctttttcgatccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcatgatttatttagtttctatttacaaaagcaatcaaatgcatgtatgaagatttatctggggaaaagccacctgaaaaatattccacattcgattgatgaaagtaaaacaaaaatgtgtagtttttatgaaaactgttcgattcggtgatgactattaattactgacatagttaacagtgtatcaaccgt
gi|6 : tttgtagagaatggaatgttaatgtctgattatctaaactatatcaggttcgactcgaaataaaattaagaacgagtcctttttcgatccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTGCT-A-A-------T-TAT-T-TTCGAGCCAAACCTGTTCAATGTTAGG------CTATCAGGCACTGATATATT-TTC-GA------TTTAAAATG------TCATTATTAGCGT--GTTTTATT--TG-T---TT---A-TT--A-----A--A-------AAAAAGAAACCA---C---T---T-G----AATGCGT-T-T----------T-GTCCCGCA-----AGCAAATGCATGACT-----GT---GTTTA----CGT------------CTGCGGTA----AAT----GCACCTG-AAAA-TAATT-CAAAGCTC-A--------TTGATGAAATTA-AAACAAAA------C-A------CA----T----GC--AGTT-TTT--TTAACAAAACT---GTTAGACTTTATT-AT-AATTATAAGCTTATA-----TT--------T--------A--------AAAAAAT-TAT---CAGCAG-TCGA
gi|7 : caaggtacC--GAGTTCTTG-A-------T-TTG-T-TTCGGGCCAAACCTGGTCAATTTTAGT------TTATCAGGCACAAACATGGTATTC-TG------TTTTTCATG------TTTTTGTTTTCGT--GTTTAATG--TA------------------------------------------------A---C---T--------------T-T----------A-GTCCAACA-----AACACACTAGAG--T-----GT---AT--A----CAT------------TTTAAGTATGTTAAT----GCGCATA-AAAA-TAGTT---GATTTACA--------TTG------------------------C-A------AAT--------GC--AGTT-TTTTTATG--GAAGCT---GTTCGAATTTGTT-AT-AATTATCA-TTTATA-----TT--------T--------A--------TTGACAT-AAT---AAACAG-TTTATCAA-CGGT---CAAAC-GG-TGTTTAAACGAGGGTTTAaaaatttagaattt
gi|8 : GGC--CAGTGCTTC---------T-TTT-T-CTTGAGCCAAACATGTTAAAATTTAGA------CTGTTGGGCACTAACGTCGTATTC-TA------TTTATCATT------TATTTATTTGCAT--GT----TC--TA-T---TTT-TA-TT-----------A-------AAA-------CA---A---A---T-T----AT----T-T-T----------A-GTCCAACA-----AACAAACTCATG--T-----GC---GT--A----CAT------------CTGCGGTT----GAT----G-------------------------G-A--------T----GAAATTA-AAACAAAA------C-A------AA----T----GT--AGTT-TTC--ATG--GAAGCA---GTTTGACTCAGTT-AT-AA--A--AGTTTATG-----T
gi|9 : tatcagtactagataacttaccaggtgagtaaactaaATCACACACTAGCATGGCATTT-GA------TTTATCATG------TCATTACTTGCAT--GTTTCATT--TA-G---TTT-TA-TT--TACAAAA--G-------CAA-------CA---A---C---T-A----AT----T-T-T----------A-GTCCATCA-----AACAAACGCATT--T-----GT---GT--A----CAT------------CAAGGGTACT--AATAAAGGCACCTG-AAAA-TTCTTCCAAATTTG-A--------TTGATGAAATTA-AAACAGAA------C-T------AA----T----GT--ATTT-gaaccccttcataa
Alignments
lowQualScore : 1 11 222 11 11 1 22222 1 22 11111 111 11111 2222222222 11111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111 111111111111 33333333333333333333333333333333 1 11111111111111111 11111
lowQualScore : 1 5 88 111 88 88 1 7 0 6 77777 0 1 11 8 00000 6 111 99 66666 1 8888888888 66 55 22222222222 3 6 3 888888 0 2 777777 888888 33 5 33 66666 2 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 2 7777777777 55555 0 22 55555 333 22 8888 000000000000 3 7777 4444 2 1 2 33 77777777 2 77777777777777777777777777777777 2 333 333 444 1 2 2 0 66666 99999999 44444444444444444 2 444 2 2 2 88888 99 3
lowQualScore : . . .. ... .. .. . . . . ..... . . .. . ..... . ... .. ..... . .......... .. .. ........... . . . ...... . . ...... ...... .. . .. ..... . . ........................................................ . . .......... ..... . .. ..... ... .. .... ............ . .... .... . . . .. ........ . ................................ . ... ... ... . . . . ..... ........ ................. . ... . . . ..... .. .
lowQualScore : 0 0 55 555 00 00 0 3 0 5 22222 6 0 00 0 55555 7 777 22 00000 0 3333333333 11 00 11111111111 3 7 3 888888 1 7 777777 222222 44 0 22 11111 4 5 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 1 6666666666 33333 7 99 33333 777 99 9999 222222222222 5 4444 2222 0 9 2 66 22222222 1 88888888888888888888888888888888 1 555 444 111 0 4 4 8 22222 11111111 88888888888888888 5 777 7 9 9 11111 55 1
consensus : GTCGTGGTGGCTGTNTCATTTGAGTACTACATATTTTGTTGATTGTAAATTAATGTCTGTGTGCATATTCAACANAATA-AGAATACCGTGTT--CTAATAGNCTAAACTA-ATCTGGTAAGGTAG-AGA---AA--AA--T--AANCAC-GAC--T-TGGC--GAGTGCTTA-A-------T-TTT-T-TTCGAGCCGAACCTGATAAATTTTAGA------CTATCAGGCACTAACATGGTATTC-TATT------TATCATG------TCATTATTTGCG--T-GTTTTATT--TA-T---TTT-TA-TTT-----A---------GA-------AA----CA------AC---T-G----A-----T-T-T----------AGTCCAGCA-----AACAAACGCATG--T-----GT---GT--A----CAT------------CTGCGGTA----AAT----GCGCCTG-AAAA-TAGTTCCAAATTTG-A--------TTGATGAAATTA-AAACAAAA------C-A------AA--T---T----GT--AGTT-TTT--ATG--GAAACT---GTTCGACTCNGTT-AT-AATTATTAGTTTATA-----TT--------TA--------T--------TGACAT-AAT---TAACAG-TTTATCAA-CGG-T---A-AAAATG-TGTTTAAACGCGGGTTTAACA
Reference ( family-732 ) : GTCGTGGTGGCTGTNTCATTTGAGTACTACATATTTTGTTGATTGTAAATTAATGTCTGTGTGCATATTCAACANAATA-AGAATACCGTGTT--CTAATAGNCTAAACTA-ATCTGGTAAGGTAG-AGA---AA--AA--T--AANCAC-GAC--T-TGGC--GAGTGCTTA-A-------T-TTT-T-TTCGAGCCGAACCTGATAAATTTTAGA------CTATCAGGCACTAACATGGTATTC-TATT------TATCATG------TCATTATTTGCG--T-GTTTTATT--TA-T---TTT-TA-TTT-----A---------GA-------AA----CA------AC---T-G----A-----T-T-T----------AGTCCAGCA-----AACAAACGCATG--T-----GT---GT--A----CAT------------CTGCGGTA----AAT----GCGCCTG-AAAA-TAGTTCCAAATTTG-A--------TTGATGAAATTA-AAACAAAA------C-A------AA--T---T----GT--AGTT-TTT--ATG--GAAACT---GTTCGACTCNGTT-AT-AATTATTAGTTTATA-----TT--------TA--------T--------TGACAT-AAT---TAACAG-TTTATCAA-CGG-T---A-AAANTG-TGTTTAAACGTGGGTTTAACA
gi|1 : GTTGTGGTGGCTGTGTCATTTGAGTACTACATATTTT-TTA--TGT---TTAATATTTGTGTGCATATTCAACATAA-A-AGAATACTGTGTTGCCTAATAGGCTAAACTA-AATCGGTGAGGTAGGAGG---AA--AA--T--AACCAC-GATCTT-TGGC--GAGTGATTA-A-------TATTT-T-TTCGAGCCAATTCTGACAGATCTAAGA------CTATCAGGTCCTTATATGGTATTC-TATT------AATCATG------TCTTTACTTGCG--T-GTTTGATC--TA-T---TTT-TA-TTT-----T------------------AA----CG------TC---T-G----A-----T-T-T----------AGTCCAACA-----AACAAACGCATG--T-----GT---GT--A----CAT------------CCGCGATA----AAT----GCGCTTG-AAAA-TAGTTCCAAATTTG-A--------TTGATGAAATTA-AAATAAAA------CAA------AA--T---TGAACGT--AGTT-TTT--ATA--GAAGCT---GTATGACTCTGTG-AT-AATTATCA-TTTATA-----TT--------TA--------A--------TGACAT-AAT---TAACAT-TTCATTCT-CGA-T---ATAACTTG-TGTTTAAAAGCAGGTTTATCA
gi|10 : GTATTC-TATT------TATCATG------TCATTATTTATG--TTGTTTTATT--TA-T---TTT-T--TTT-----ACTAAAAAAAGA-------AA----CA------AG---T-G----A-----T-T-TT---------AGTCCAGCA-----AACAAATGTATA--T-----AT---GT--A----CAT------------CTGTAGCA----GAA----GTGCCTG-AAAG-TAGTTAAAAATTTT-A--------TTGATGAAATTATGAACA--------------------------T----G------T-TTT--GT----AAAAT---GTTCAACACATTT-AT-GATTATAAGTTCATA-----TT--------TA--------TGAATTAACTGAAAT-AA----TAATAG-CTTATTAA-TGG-TGGGA-AAA--G-AGTTCAAATGCTGATTTAATA
gi|11 : ------TCATTATTTGTA--TTGTTTTATT--TA-G---TTT-TA-TCT-----A---------AA-------AAAG--CA------ACATCT-G----A-----T-T-TTAGTAACGCGGGTACAACA-----AACAAATGCATG--T-----AT---GT--T----CAT------------CTGTG-----------------CCTG-AAAA-TATTTCAAAATTTT-A--------TTGATGAAAT-----ACAAAA------C-ATTGTGAAA--TGTTT----TT--TGTT-TTT--TTG--TAAACT---GTTCGACTCTGTT-AT-AATTATTAGTTCATA-----TT--------TATGAATTATT--------TAACAT-AAT---TTATAG-TTATTCAA-CAA-TG--A-AAAAAG-TTCTAAAACATGGGTTTAACca
gi|12 : GCA--T-GTTTGGTA--TA-T---TGT-TA----------------------------AA----CATCAATTAC---C-G----A-----TGT-T----------AGTGTAGCA-----AACACACTCGTG--T-----GT---AT--A----CTT------------CTATGGTA----AAT----GCGCCTA-AAAG-TAATTCCAATTTTG-G--------TT--T----CCA-AAACAAAA------C-G--------------T----AT--AGTT-TTT--ATG--GAAGCT---GTTTAACTCTGTT-AT-AATTATCA-TTTATA-----TC--------TA--------T--------TGACAT-AAT---TCACAG-TTTATCAA-CGA-T---A-AAAATA-TGTTTGAGCGTGGGTTTAACAgca
gi|13 : ATG--C-----AT---GT--A----CA-------------CT----CA----TAT----GCGTCTG-AAAA-TAGTTCCACATTTT-A--------TAGATGAAATTA-AAACAAAACATTGTC-A------AA--T---G----GTTCGTTT-TTT--TTG--TTAACT---GTTAGACTCAGTT-AT-GATTATTAGTCAGTA-----TT--------TA--------T--------CAGTAT-Acaa
gi|14 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcataaatttaagtacatca-----A---------GC-------AA----CA------AT---T-G----AG----T-T-T----------AGTCCAGTA-----AACACACGCATG--T-----GA---GC--A----CAT------------CTATAATA----AAT----GCGCCTG-AAAA-TTGTTCCAAATTTG-ATTCCAAATTTGATGAAATTG-AAACAAAA------C-A------AA------T----AT--ATTC-GAT--ATG--G-ACCTATGGTTCGACACGGTT-AC-AATTATTGATTTATA-----TT--------TA--------T--------TGA----AA--------AG-TTTATCAA-CGG-T---C-ATTTTACCGTTTGCACATGGGTTTAACAtagccgtcatttaaagattttcaataattaaaaaaaaaa
gi|15 : GTAG-AGA---AA--AAACT--AAGCAC-GAT--TATAAA--AAAT---TATA-------T-CTT-TGTTCGAGCCGAGCATGATACATTTTAGG------CTATCAGGCATTAACATGGCATTC-TATC------GATCATG------TCACTATTTCAG--T-GTTTTATT--TA-T---TTT-TA-TTT-----A---------GA-------AA----AA------AC---CCG----A-----T-T-T----------AGTCCAGTATTTTAAACACTCGCATG--TATCATGT---GT--ATGTTCAT------------ATGCGGTA----AAT----GCACTTG-TAAca
gi|16 : A-AGAATAGCATGTT----AGT-GTCTGA--CA-GTCATGTAAGGTAC-AGATTAAA--AA--T--AATC----------TGGC--G-----------------C-CTT-T-TTCGAACCGAAAATGAAAAGTTTAAGA------TCATCATGCATTAACAT-TTATTTGTATT------CATCACG------GAATT-TTTGCG--T-ATGTTATT--TA-T---TTT-TA-TTTACAAAA---------GG-------AA----CG------AC---T-GTTTTT-----T-T-T----------TGTCCAACA-----AACAAATGCGCA--T-----GT---GC--A----TAT------------CTGC
gi|17 : ata-----A---------GC-------AA----CA------AC---T-G----A-----T-T-TT---------GGCCCAGCA-----AACA----CATG--T-----GT---GT--A----CAT------------CTGTCATA----AAT----GTGCCTGAAAAA-CAGTTCCAAATTGT-A--------TTGATGAAATTA-AAACAAA------------------------T----GC--AGTT-TAT--ATT--GAAATT---GTCCAAGTCAGTTCATAAATTATTA--TTATA---------------AA--------T--------TAATAT--AT---T---AG-TTTATCAG-AGGTT---C-ATAATG-TGTATAAGTGTAGGTTTAACA
gi|18 : TT------TATTATG------TCATTATTTGTGTTT-GTTTTATTAATA-TACATTTACA-TTT-----A---------TA-------AAAG--CAAC----AC---T-G----A-----T-T-TA---------AGTACACCG-----CGCAGATACATG--T-----GT---GT--A----CAT------------CTTC---------AT--------CTG-AAAT-TA----------TG----------TTGTTAAAATTA-GAACAAAA------C-A------AATGT---T----GTTGGGCT-TTT--TTG--TAAACT---GTTCGACTCATTT-AT-GATTATTA
gi|19 : cT----GTGCCTG-AAA--CAGTTCCAAAATAT-A--------TTGATGAAACTA-AATCAAA------------------------T----GA--TGTTGTTT--GTG--TAAACT---GTTCGATTCAGTT-AT-AATTTTTAGTTTTTA-----TCTATAAACGTA--------T--------TGGCAA-AAT---AAACAGTTTTTTTAACCGG-G---A-AAAAAA-TGTTATATCGCGAGTTGAGCA
gi|2 : acTAG-ATA---AATAAA--TT-AAGCTCAGACC-T-TAGC--AAGTGCTTG-A-------A-TTT-T-TTCAAACTGAATCTGATTAATTTTAGG------CTATCTTGCACTAACATGGTTTTC-TATA------TA-CATGTATTATTCATTATTTGTG--T-GTTTTATT--TG-----TGT-TA-TTT-----A---------AAAAAAAGCAA----CA------AC---T-G----A-----T-TAT----------AATCCAACA-----AACAAACATGTG--T-----GTAGCGT--A----TGT------------TTGCATTA----AAA----ACACCTG-ACAG-CAGTTTTGGATTTA-A--------TTGATGAAATTA-AAACTACA------C-T------AA--T---T-----T--AGTC-TTT--CTG--GAAACA---GTTTGACTCAGCT-AT-AATTATTAGTTTATATCAATTT--------CA--------T--------AGACATAAATCTATAATAA-TTTATCAG-TGA-T---T-GAAAGA-TGTATAAACATGGGTTTAACAcaac
gi|20 : -TAGTTCCAAATTTG-A--------TTAATGAAATTA-AAACAAAA------C-A------T---T---T----GC--AGTT-TTT--ATG--AATGCT---GTTCGACTCTGTT-AT-AAATATCA-TTTATA-----TT--------TA--------T--------TGTCTT-AAT---AAACAG-TTTATTAA-CGG-T---A-AAACTG-TTTTTAAACGc
gi|21 : C--T-TGGC--GAGTTGTAA-A-------T-TGT-T-TTCAAGATGAACCTGATACATTTT----------TA------ACTACCATGGTATTC-TATTAAATTTTATCATG------TCATTATTTGCG--T-GTTTTAGT--TA-T---TTT-T
gi|22 : cttgagcTT--TA-T---TTT-TACTTT-----A---------AA-------AAGCAACA------AC---T-G----A-----T-T-TT---------AGTCCAGCA-----AACAAACGCATG--T-----GT---GT--A----CATATATACGTATATCTTTGACA----AAT----GAACCAG-AAAA-TAGTTCCA
gi|23 : ------------CTG-GGTA----AAC----GCGCCTG-AAAA-GTGTTCCAAATTTG-A--------TTAATGAAATTA-AAACAAAA------C-A------CA-----------GT--GGTT-TTtaa
gi|24 : GTCGTAGTGGTTGTTTCATTTGAATACTACATATTTTGTTGATTGTAAATTAATGTCTGTGTG--TATT--ACAGAATA-ACAATGC--------CTAATAAACGAAA-TA-Agactgtatgtcgatactcaagatgtgtatta
gi|25 : -----A---------GC-------AA----CA------AA---A-G----AA----T-T-T----------AGCCAAGCA-----ATCAAAGGTATA--T-----GT---AT--A----CAC------------ACAAGGAA----AAT----GTGCCTG-AAAA-TA-TTCCAAATTAT-A--------TTGATGAAAT
gi|26 : aT--------TA--------T--------TGACAT-CAT---TAACAG-TTTATCAA-CGG-TCA-A-AAAA----GTTTAAACGTGGGGTTAACA
gi|27 : tttaatgacatcttagaGTGCTTA-A-------T-TTTCT-TTCAAGGCAAACCTGACAAATTTCATA------CTATCAGGTGATAATAAGGCATTA-AATT------Tc
gi|28 : A------CTATCAGACACTAACTTGGTATTC-TCTA------TATC
gi|3 : aATAGAGAATACCGTGTT----AAT--GTTAGA-TA-ATCT-------------A---AA--AA--T--AATCAG-G------TGAATAGAGTGCT-A-A-------T-CGT-T-TT-GAGCCGAACCTAATAAATATTAAA------CAATCAGGCGCTAACATTGTATTC-CATT------TATCATA------TTATTATAAGCC--A-GTTGTAAT--TA-T---GTT-TA-TTT-----A---------AAAAAGC--AA----CA------AC---A-G----AG----T-T-T----------TGTCC---------------CGCATG--T-----GT---TT--A----CAT------------CTGCGGTT----AAT----GCATATG-AAAA-AAGTTCCAAATCTG-A--------ATGATGAAATAA-AAACAAAA------C-A------AA------T----GT--AGTT-TCT--ATG--GAAACT---GTTAGACTCAGTT-AT-AATGATTAGTTTATA-----TT--------TA--------T--------CAACAC-AAT---TAAAAG-TTAATAAA-TGG-TC--C-AACATG-TGTTTAAACGTTGGTTCAAC
gi|4 : tGTGT---CTGATAGTCTTATCTTTATCTGGAAAGGTAG-AGA---CA--AA--TGTAGGTAC-GAG--T-AGGC--GATTG-TTA-AATTATTTT-TTT-T-TTCGAGCCAAACTTTATGAATTTTAGATCCAGACTGTCAGGCACTAACATGGTATTC-TGTG------TATCATG------TCATTATCTCCG--T-GCTGGATC--AC-T---TTT-TA---T-----A---------GA-------AA----CCGTT---AC---T-GA---A-----T-T-T----------AGACCAGCA-----TACCAAC
gi|4 : attAA-CAGTTCCAATTTTT-A--------TTGATGAACTTA-CAA--AAA------C-A--------------T----AT--AGTG-TTT--A-G--GAAGAT---GTTTGACTCTGTT-AC-AATTATCA--TT-TA-----TT--------TA--------T--------TAACAT-AAT---TAACAG-TTGATTAA-CGG-T---A-AAAACG-TGTTTAAACGagttccaatttttattgatgaacttacaaaaacatatagtgtttaggaagatgtttgactctgttacaattatcatttatttattaacataattaacagttgattaacggtaaaaacgtgtttaaacgctaaattatcacaat
gi|5 : attgtgtctgatagtcttatctttatctggaaaggtagagacaaatgtaggtacgagtaggcgattgttaaattattttttttttcgagccaaactttatgaattttagatccagactgtcaggcactaacatggtattctgtgtatcatgtcattatctccgtgctggatcactttttatagaaaccgttactgaatttagaccagcataccGTTCTTA-A-------T-TTTAT-TTCGAGTCGAACCTGATATAGTTTAGA------TAATCAGACATTAACATTCCATTC-Tctaaattatcacaat
gi|5 : tttgtagGCA--T-GATTTATT--TAGT---TTC-TA-TTT-----A---------CA-------AA--------------------------------------------------AGCA-----ATCAAATGCATG--T-----AT---GA--AGATTTAT------------CTGGGGAA----AAG----CCACCTG-AAAAATA-TTCCACATTCG-A--------TTGATGAAAGTA-AAACAAAA----------------A--TG--T----GT--AGTT-TTT--ATG--AAAACT---GTTCGATTCGGTG-AT-GACTATTAA------------T--------TA--------C--------TGACAT-AGT---TAACAG-TGTATCAA-CCG-T---gagtcctttttcgatccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcatgatttatttagtttctatttacaaaagcaatcaaatgcatgtatgaagatttatctggggaaaagccacctgaaaaatattccacattcgattgatgaaagtaaaacaaaaatgtgtagtttttatgaaaactgttcgattcggtgatgactattaattactgacatagttaacagtgtatcaaccgt
gi|6 : tttgtagagaatggaatgttaatgtctgattatctaaactatatcaggttcgactcgaaataaaattaagaacgagtcctttttcgatccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTGCT-A-A-------T-TAT-T-TTCGAGCCAAACCTGTTCAATGTTAGG------CTATCAGGCACTGATATATT-TTC-GATT------TAAAATG------TCATTATTAGCG--T-GTTTTATT--TG-T---TT---A-TTA-----AAAAAAA---GA-------AA----CC------AC---TTG----AATGCGT-T-T----------TGTCCCGCA-----AGCAAATGCATGACT-----GT---GTTTA----CGT------------CTGCGGTA----AAT----GCACCTG-AAAA-TAATT-CAAAGCTC-A--------TTGATGAAATTA-AAACAAAA------C-A------CA------T----GC--AGTT-TTT--TTAACAAAACT---GTTAGACTTTATT-AT-AATTATAAGCTTATA-----TT--------TA-------------------AAAA-AAT---TATCAG-
gi|7 : caaggtacC--GAGTTCTTG-A-------T-TTG-T-TTCGGGCCAAACCTGGTCAATTTTAGT------TTATCAGGCACAAACATGGTATTC-TGTT------TTTCATG------TTTTTGTTTTCG--T-GTTTAATG--TA-----------------------------------------------------AC---T--------------T-T----------AGTCCAACA-----AACACACTAGAG--T-----GT---AT--A----CAT------------TTTAAGTATGTTAAT----GCGCATA-AAAA-TAGTT---GATTTACA--------TTG------------------------C-A------AA--T--------GC--AGTT-TTTTTATG--GAAGCT---GTTCGAATTTGTT-AT-AATTATCA-TTTATA-----TT--------TA--------T--------TGACAT-AAT---AAACAG-TTTATCAA-CGG-T---C-AAACGG-TGTTTAAACGAGGGTTTAcagtcgaaaaatttagaattt
gi|8 : GGC--CAGTGCTTC---------T-TTT-T-CTTGAGCCAAACATGTTAAAATTTAGA------CTGTTGGGCACTAACGTCGTATTC-TATT------TATCATT------TATTTATTTGCA--T-GT----TC--TA-T---TTT-TA-TT----------------AA-------AA----CA------AA---T-T----AT----T-T-T----------AGTCCAACA-----AACAAACTCATG--T-----GC---GT--A----CAT------------CTGCGGTT----GAT----G-------------------------G-A--------T----GAAATTA-AAACAAAA------C-A------AA------T----GT--AGTT-TTC--ATG--GAAGCA---GTTTGACTCAGTT-AT-AA--A--AGTTTATG-----T
gi|9 : tatcagtactagataacttaccaggtgagtaaactaaATCACACACTAGCATGGCATTT-GATT------TATCATG------TCATTACTTGCA--T-GTTTCATT--TA-G---TTT-TA-TTTACAAAA---------GC-------AA----CA------AC---T-A----AT----T-T-T----------AGTCCATCA-----AACAAACGCATT--T-----GT---GT--A----CAT------------CAAGGGTACT--AATAAAGGCACCTG-AAAA-TTCTTCCAAATTTG-A--------TTGATGAAATTA-AAACAGAA------C-T------AA------T----GT--ATTT-gaaccccttcataa
Alignments
lowQualScore : 1 11 222 11 11 1 22222 1 22 11111 111 11111 2222222222 11111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111 111111111111 33333333333333333333333333333333 1 11111111111111111 2222
lowQualScore : 1 5 88 111 88 88 1 7 0 6 77777 0 1 11 8 00000 6 111 99 66666 1 8888888888 66 55 22222222222 3 6 3 888888 0 2 777777 888888 33 5 33 66666 2 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 2 7777777777 55555 0 22 55555 333 22 8888 000000000000 3 7777 4444 2 1 2 33 77777777 2 77777777777777777777777777777777 2 333 333 444 1 2 2 0 66666 99999999 44444444444444444 2 5555 2 2 2 1111 6 6666 1
lowQualScore : . . .. ... .. .. . . . . ..... . . .. . ..... . ... .. ..... . .......... .. .. ........... . . . ...... . . ...... ...... .. . .. ..... . . ........................................................ . . .......... ..... . .. ..... ... .. .... ............ . .... .... . . . .. ........ . ................................ . ... ... ... . . . . ..... ........ ................. . .... . . . .... . .... .
lowQualScore : 0 0 55 555 00 00 0 3 0 5 22222 6 0 00 0 55555 7 777 22 00000 0 3333333333 11 00 11111111111 3 7 3 888888 1 7 777777 222222 44 0 22 11111 4 5 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 1 6666666666 33333 7 99 33333 777 99 9999 222222222222 5 4444 2222 0 9 2 66 22222222 1 88888888888888888888888888888888 1 555 444 111 0 4 4 8 22222 11111111 88888888888888888 5 5555 7 7 7 8888 2 5555 4
consensus : GTCGTGGTGGCTGTNTCATTTGAGTACTACATATTTTGTTGATTGTAAATTAATGTCTGTGTGCATATTCAACANAATA-AGAATACCGTGTT--CTAATAGNCTAAACTA-ATCTGGTAAGGTAG-AGA---AA--AA--T--AANCAC-GAC--T-TGGC--GAGTGCTTA-A-------T-TTT-T-TTCGAGCCGAACCTGATAAATTTTAGA------CTATCAGGCACTAACATGGTATTC-TATT------TATCATG------TCATTATTTGCG--T-GTTTTATT--TA-T---TTT-TA-TTT-----A---------GA-------AA----CA------AC---T-G----A-----T-T-T----------AGTCCAGCA-----AACAAACGCATG--T-----GT---GT--A----CAT------------CTGCGGTA----AAT----GCGCCTG-AAAA-TAGTTCCAAATTTG-A--------TTGATGAAATTA-AAACAAAA------C-A------AA--T---T----GT--AGTT-TTT--ATG--GAAACT---GTTCGACTCNGTT-AT-AATTATTAGTTTATA-----TT--------TA--------T--------TGACAT-AAT---TAACAG-TTTATCAA-CGG-T--A-AAAATGT----GTTTAAACGCGGGTTTAACA
Reference ( family-732 ) : GTCGTGGTGGCTGTNTCATTTGAGTACTACATATTTTGTTGATTGTAAATTAATGTCTGTGTGCATATTCAACANAATA-AGAATACCGTGTT--CTAATAGNCTAAACTA-ATCTGGTAAGGTAG-AGA---AA--AA--T--AANCAC-GAC--T-TGGC--GAGTGCTTA-A-------T-TTT-T-TTCGAGCCGAACCTGATAAATTTTAGA------CTATCAGGCACTAACATGGTATTC-TATT------TATCATG------TCATTATTTGCG--T-GTTTTATT--TA-T---TTT-TA-TTT-----A---------GA-------AA----CA------AC---T-G----A-----T-T-T----------AGTCCAGCA-----AACAAACGCATG--T-----GT---GT--A----CAT------------CTGCGGTA----AAT----GCGCCTG-AAAA-TAGTTCCAAATTTG-A--------TTGATGAAATTA-AAACAAAA------C-A------AA--T---T----GT--AGTT-TTT--ATG--GAAACT---GTTCGACTCNGTT-AT-AATTATTAGTTTATA-----TT--------TA--------T--------TGACAT-AAT---TAACAG-TTTATCAA-CGG-T--A-AAAATGT----GTTTAAACGCGGGTTTAACA
gi|1 : GTTGTGGTGGCTGTGTCATTTGAGTACTACATATTTT-TTA--TGT---TTAATATTTGTGTGCATATTCAACATAA-A-AGAATACTGTGTTGCCTAATAGGCTAAACTA-AATCGGTGAGGTAGGAGG---AA--AA--T--AACCAC-GATCTT-TGGC--GAGTGATTA-A-------TATTT-T-TTCGAGCCAATTCTGACAGATCTAAGA------CTATCAGGTCCTTATATGGTATTC-TATT------AATCATG------TCTTTACTTGCG--T-GTTTGATC--TA-T---TTT-TA-TTT-----T------------------AA----CG------TC---T-G----A-----T-T-T----------AGTCCAACA-----AACAAACGCATG--T-----GT---GT--A----CAT------------CCGCGATA----AAT----GCGCTTG-AAAA-TAGTTCCAAATTTG-A--------TTGATGAAATTA-AAATAAAA------CAA------AA--T---TGAACGT--AGTT-TTT--ATA--GAAGCT---GTATGACTCTGTG-AT-AATTATCA-TTTATA-----TT--------TA--------A--------TGACAT-AAT---TAACAT-TTCATTCT-CGA-T--ATAACTTGT----GTTTAAAAGCAGGTTTATCA
gi|10 : GTATTC-TATT------TATCATG------TCATTATTTATG--TTGTTTTATT--TA-T---TTT-T--TTT-----ACTAAAAAAAGA-------AA----CA------AG---T-G----A-----T-T-TT---------AGTCCAGCA-----AACAAATGTATA--T-----AT---GT--A----CAT------------CTGTAGCA----GAA----GTGCCTG-AAAG-TAGTTAAAAATTTT-A--------TTGATGAAATTATGAACA--------------------------T----G------T-TTT--GT----AAAAT---GTTCAACACATTT-AT-GATTATAAGTTCATA-----TT--------TA--------TGAATTAACTGAAAT-AA----TAATAG-CTTATTAA-TGG-TGGG-AAAA-GA----GTTCAAATGCTGATTTAATA
gi|11 : ------TCATTATTTGTA--TTGTTTTATT--TA-G---TTT-TA-TCT-----A---------AA-------AAAG--CA------ACATCT-G----A-----T-T-TTAGTAACGCGGGTACAACA-----AACAAATGCATG--T-----AT---GT--T----CAT------------CTGTG-----------------CCTG-AAAA-TATTTCAAAATTTT-A--------TTGATGAAAT-----ACAAAA------C-ATTGTGAAA--TGTTT----TT--TGTT-TTT--TTG--TAAACT---GTTCGACTCTGTT-AT-AATTATTAGTTCATA-----TT--------TATGAATTATT--------TAACAT-AAT---TTATAG-TTATTCAA-CAA-TG-A-AAAAAGT----TCTAAAACATGGGTTTAACca
gi|12 : GCA--T-GTTTGGTA--TA-T---TGT-TA----------------------------AA----CATCAATTAC---C-G----A-----TGT-T----------AGTGTAGCA-----AACACACTCGTG--T-----GT---AT--A----CTT------------CTATGGTA----AAT----GCGCCTA-AAAG-TAATTCCAATTTTG-G--------TT--T----CCA-AAACAAAA------C-G--------------T----AT--AGTT-TTT--ATG--GAAGCT---GTTTAACTCTGTT-AT-AATTATCA-TTTATA-----TC--------TA--------T--------TGACAT-AAT---TCACAG-TTTATCAA-CGA-T--A-AAAATAT----GTTTGAGCGTGGGTTTAACAgca
gi|13 : ATG--C-----AT---GT--A----CA-------------CT----CA----TAT----GCGTCTG-AAAA-TAGTTCCACATTTT-A--------TAGATGAAATTA-AAACAAAACATTGTC-A------AA--T---G----GTTCGTTT-TTT--TTG--TTAACT---GTTAGACTCAGTT-AT-GATTATTAGTCAGTA-----TT--------TA--------T--------CAGTAT-Acaa
gi|14 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcataaatttaagtacatca-----A---------GC-------AA----CA------AT---T-G----AG----T-T-T----------AGTCCAGTA-----AACACACGCATG--T-----GA---GC--A----CAT------------CTATAATA----AAT----GCGCCTG-AAAA-TTGTTCCAAATTTG-ATTCCAAATTTGATGAAATTG-AAACAAAA------C-A------AA------T----AT--ATTC-GAT--ATG--G-ACCTATGGTTCGACACGGTT-AC-AATTATTGATTTATA-----TT--------TA--------T--------TGA----AA--------AG-TTTATCAA-CGG-T------CATTTTACCGTTTGCACATGGGTTTAACAtagccgtcatttaaagattttcaataattaaaaaaaaaa
gi|15 : GTAG-AGA---AA--AAACT--AAGCAC-GAT--TATAAA--AAAT---TATA-------T-CTT-TGTTCGAGCCGAGCATGATACATTTTAGG------CTATCAGGCATTAACATGGCATTC-TATC------GATCATG------TCACTATTTCAG--T-GTTTTATT--TA-T---TTT-TA-TTT-----A---------GA-------AA----AA------AC---CCG----A-----T-T-T----------AGTCCAGTATTTTAAACACTCGCATG--TATCATGT---GT--ATGTTCAT------------ATGCGGTA----AAT----GCACTTG-TAAca
gi|16 : A-AGAATAGCATGTT----AGT-GTCTGA--CA-GTCATGTAAGGTAC-AGATTAAA--AA--T--AATC----------TGGC--G-----------------C-CTT-T-TTCGAACCGAAAATGAAAAGTTTAAGA------TCATCATGCATTAACAT-TTATTTGTATT------CATCACG------GAATT-TTTGCG--T-ATGTTATT--TA-T---TTT-TA-TTTACAAAA---------GG-------AA----CG------AC---T-GTTTTT-----T-T-T----------TGTCCAACA-----AACAAATGCGCA--T-----GT---GC--A----TAT------------CTGC
gi|17 : ata-----A---------GC-------AA----CA------AC---T-G----A-----T-T-TT---------GGCCCAGCA-----AACA----CATG--T-----GT---GT--A----CAT------------CTGTCATA----AAT----GTGCCTGAAAAA-CAGTTCCAAATTGT-A--------TTGATGAAATTA-AAACAAA------------------------T----GC--AGTT-TAT--ATT--GAAATT---GTCCAAGTCAGTTCATAAATTATTA--TTATA---------------AA--------T--------TAATAT--AT---T---AG-TTTATCAG-AGGTT--C-ATAATGT----GTATAAGTGTAGGTTTAACA
gi|18 : TT------TATTATG------TCATTATTTGTGTTT-GTTTTATTAATA-TACATTTACA-TTT-----A---------TA-------AAAG--CAAC----AC---T-G----A-----T-T-TA---------AGTACACCG-----CGCAGATACATG--T-----GT---GT--A----CAT------------CTTC---------AT--------CTG-AAAT-TA----------TG----------TTGTTAAAATTA-GAACAAAA------C-A------AATGT---T----GTTGGGCT-TTT--TTG--TAAACT---GTTCGACTCATTT-AT-GATTATTA
gi|19 : cT----GTGCCTG-AAA--CAGTTCCAAAATAT-A--------TTGATGAAACTA-AATCAAA------------------------T----GA--TGTTGTTT--GTG--TAAACT---GTTCGATTCAGTT-AT-AATTTTTAGTTTTTA-----TCTATAAACGTA--------T--------TGGCAA-AAT---AAACAGTTTTTTTAACCGG-G--A-AAAAAAT----GTTATATCGCGAGTTGAGCA
gi|2 : acTAG-ATA---AATAAA--TT-AAGCTCAGACC-T-TAGC--AAGTGCTTG-A-------A-TTT-T-TTCAAACTGAATCTGATTAATTTTAGG------CTATCTTGCACTAACATGGTTTTC-TATA------TA-CATGTATTATTCATTATTTGTG--T-GTTTTATT--TG-----TGT-TA-TTT-----A---------AAAAAAAGCAA----CA------AC---T-G----A-----T-TAT----------AATCCAACA-----AACAAACATGTG--T-----GTAGCGT--A----TGT------------TTGCATTA----AAA----ACACCTG-ACAG-CAGTTTTGGATTTA-A--------TTGATGAAATTA-AAACTACA------C-T------AA--T---T-----T--AGTC-TTT--CTG--GAAACA---GTTTGACTCAGCT-AT-AATTATTAGTTTATATCAATTT--------CA--------T--------AGACATAAATCTATAATAA-TTTATCAG-TGA-T--T-GAAAGAT----GTATAAACATGGGTTTAACAcaac
gi|20 : -TAGTTCCAAATTTG-A--------TTAATGAAATTA-AAACAAAA------C-A------T---T---T----GC--AGTT-TTT--ATG--AATGCT---GTTCGACTCTGTT-AT-AAATATCA-TTTATA-----TT--------TA--------T--------TGTCTT-AAT---AAACAG-TTTATTAA-CGG-T--A-AAACTGT----TTTTAAACGc
gi|21 : C--T-TGGC--GAGTTGTAA-A-------T-TGT-T-TTCAAGATGAACCTGATACATTTT----------TA------ACTACCATGGTATTC-TATTAAATTTTATCATG------TCATTATTTGCG--T-GTTTTAGT--TA-T---TTT-T
gi|22 : cttgagcTT--TA-T---TTT-TACTTT-----A---------AA-------AAGCAACA------AC---T-G----A-----T-T-TT---------AGTCCAGCA-----AACAAACGCATG--T-----GT---GT--A----CATATATACGTATATCTTTGACA----AAT----GAACCAG-AAAA-TAGTTCCA
gi|23 : ------------CTG-GGTA----AAC----GCGCCTG-AAAA-GTGTTCCAAATTTG-A--------TTAATGAAATTA-AAACAAAA------C-A------CA-----------GT--GGTT-TTtaa
gi|24 : GTCGTAGTGGTTGTTTCATTTGAATACTACATATTTTGTTGATTGTAAATTAATGTCTGTGTG--TATT--ACAGAATA-ACAATGC--------CTAATAAACGAAA-TA-Agactgtatgtcgatactcaagatgtgtatta
gi|25 : -----A---------GC-------AA----CA------AA---A-G----AA----T-T-T----------AGCCAAGCA-----ATCAAAGGTATA--T-----GT---AT--A----CAC------------ACAAGGAA----AAT----GTGCCTG-AAAA-TA-TTCCAAATTAT-A--------TTGATGAAAT
gi|26 : aT--------TA--------T--------TGACAT-CAT---TAACAG-TTTATCAA-CGG-TCAA-AAAA-------GTTTAAACGTGGGGTTAACA
gi|27 : tttaatgacatcttagaGTGCTTA-A-------T-TTTCT-TTCAAGGCAAACCTGACAAATTTCATA------CTATCAGGTGATAATAAGGCATTA-AATT------Tc
gi|28 : A------CTATCAGACACTAACTTGGTATTC-TCTA------TATC
gi|3 : aATAGAGAATACCGTGTT----AAT--GTTAGA-TA-ATCT-------------A---AA--AA--T--AATCAG-G------TGAATAGAGTGCT-A-A-------T-CGT-T-TT-GAGCCGAACCTAATAAATATTAAA------CAATCAGGCGCTAACATTGTATTC-CATT------TATCATA------TTATTATAAGCC--A-GTTGTAAT--TA-T---GTT-TA-TTT-----A---------AAAAAGC--AA----CA------AC---A-G----AG----T-T-T----------TGTCC---------------CGCATG--T-----GT---TT--A----CAT------------CTGCGGTT----AAT----GCATATG-AAAA-AAGTTCCAAATCTG-A--------ATGATGAAATAA-AAACAAAA------C-A------AA------T----GT--AGTT-TCT--ATG--GAAACT---GTTAGACTCAGTT-AT-AATGATTAGTTTATA-----TT--------TA--------T--------CAACAC-AAT---TAAAAG-TTAATAAA-TGG-TC-C-AACATGT----GTTTAAACGTTGGTTCAAC
gi|4 : tGTGT---CTGATAGTCTTATCTTTATCTGGAAAGGTAG-AGA---CA--AA--TGTAGGTAC-GAG--T-AGGC--GATTG-TTA-AATTATTTT-TTT-T-TTCGAGCCAAACTTTATGAATTTTAGATCCAGACTGTCAGGCACTAACATGGTATTC-TGTG------TATCATG------TCATTATCTCCG--T-GCTGGATC--AC-T---TTT-TA---T-----A---------GA-------AA----CCGTT---AC---T-GA---A-----T-T-T----------AGACCAGCA-----TACCAAC
gi|4 : attAA-CAGTTCCAATTTTT-A--------TTGATGAACTTA-CAA--AAA------C-A--------------T----AT--AGTG-TTT--A-G--GAAGAT---GTTTGACTCTGTT-AC-AATTATCA--TT-TA-----TT--------TA--------T--------TAACAT-AAT---TAACAG-TTGATTAA-CGG-T--A-AAAACGT----GTTTAAACGCagttccaatttttattgatgaacttacaaaaacatatagtgtttaggaagatgtttgactctgttacaattatcatttatttattaacataattaacagttgattaacggtaaaaacgtgtttaaacgctaaattatcacaat
gi|5 : attgtgtctgatagtcttatctttatctggaaaggtagagacaaatgtaggtacgagtaggcgattgttaaattattttttttttcgagccaaactttatgaattttagatccagactgtcaggcactaacatggtattctgtgtatcatgtcattatctccgtgctggatcactttttatagaaaccgttactgaatttagaccagcataccGTTCTTA-A-------T-TTTAT-TTCGAGTCGAACCTGATATAGTTTAGA------TAATCAGACATTAACATTCCATTC-Ttaaattatcacaat
gi|5 : tttgtagGCA--T-GATTTATT--TAGT---TTC-TA-TTT-----A---------CA-------AA--------------------------------------------------AGCA-----ATCAAATGCATG--T-----AT---GA--AGATTTAT------------CTGGGGAA----AAG----CCACCTG-AAAAATA-TTCCACATTCG-A--------TTGATGAAAGTA-AAACAAAA----------------A--TG--T----GT--AGTT-TTT--ATG--AAAACT---GTTCGATTCGGTG-AT-GACTATTAA------------T--------TA--------C--------TGACAT-AGT---TAACAG-TGTATCAA-CCG-T--gagtcctttttcgatccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcatgatttatttagtttctatttacaaaagcaatcaaatgcatgtatgaagatttatctggggaaaagccacctgaaaaatattccacattcgattgatgaaagtaaaacaaaaatgtgtagtttttatgaaaactgttcgattcggtgatgactattaattactgacatagttaacagtgtatcaaccgt
gi|6 : tttgtagagaatggaatgttaatgtctgattatctaaactatatcaggttcgactcgaaataaaattaagaacgagtcctttttcgatccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTGCT-A-A-------T-TAT-T-TTCGAGCCAAACCTGTTCAATGTTAGG------CTATCAGGCACTGATATATT-TTC-GATT------TAAAATG------TCATTATTAGCG--T-GTTTTATT--TG-T---TT---A-TTA-----AAAAAAA---GA-------AA----CC------AC---TTG----AATGCGT-T-T----------TGTCCCGCA-----AGCAAATGCATGACT-----GT---GTTTA----CGT------------CTGCGGTA----AAT----GCACCTG-AAAA-TAATT-CAAAGCTC-A--------TTGATGAAATTA-AAACAAAA------C-A------CA------T----GC--AGTT-TTT--TTAACAAAACT---GTTAGACTTTATT-AT-AATTATAAGCTTATA-----TT--------TA------------------------AA-----AAAA---TTATCAG-CAG-TCGA-AAAAT
gi|7 : caaggtacC--GAGTTCTTG-A-------T-TTG-T-TTCGGGCCAAACCTGGTCAATTTTAGT------TTATCAGGCACAAACATGGTATTC-TGTT------TTTCATG------TTTTTGTTTTCG--T-GTTTAATG--TA-----------------------------------------------------AC---T--------------T-T----------AGTCCAACA-----AACACACTAGAG--T-----GT---AT--A----CAT------------TTTAAGTATGTTAAT----GCGCATA-AAAA-TAGTT---GATTTACA--------TTG------------------------C-A------AA--T--------GC--AGTT-TTTTTATG--GAAGCT---GTTCGAATTTGTT-AT-AATTATCA-TTTATA-----TT--------TA--------T--------TGACAT-AAT---AAACAG-TTTATCAA-CGG-T--C-AAACGGT----GTTTAAACGAGGGTTTAttagaattt
gi|8 : GGC--CAGTGCTTC---------T-TTT-T-CTTGAGCCAAACATGTTAAAATTTAGA------CTGTTGGGCACTAACGTCGTATTC-TATT------TATCATT------TATTTATTTGCA--T-GT----TC--TA-T---TTT-TA-TT----------------AA-------AA----CA------AA---T-T----AT----T-T-T----------AGTCCAACA-----AACAAACTCATG--T-----GC---GT--A----CAT------------CTGCGGTT----GAT----G-------------------------G-A--------T----GAAATTA-AAACAAAA------C-A------AA------T----GT--AGTT-TTC--ATG--GAAGCA---GTTTGACTCAGTT-AT-AA--A--AGTTTATG-----T
gi|9 : tatcagtactagataacttaccaggtgagtaaactaaATCACACACTAGCATGGCATTT-GATT------TATCATG------TCATTACTTGCA--T-GTTTCATT--TA-G---TTT-TA-TTTACAAAA---------GC-------AA----CA------AC---T-A----AT----T-T-T----------AGTCCATCA-----AACAAACGCATT--T-----GT---GT--A----CAT------------CAAGGGTACT--AATAAAGGCACCTG-AAAA-TTCTTCCAAATTTG-A--------TTGATGAAATTA-AAACAGAA------C-T------AA------T----GT--ATTT-gaaccccttcataa
Alignments
lowQualScore : 1 11 222 11 11 1 22222 1 22 11111 111 11111 2222222222 11111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111 111111111111 33333333333333333333333333333333 1 11111111111111111 2222
lowQualScore : 1 5 88 111 88 88 1 7 0 6 77777 0 1 11 8 00000 6 111 99 66666 1 8888888888 66 55 22222222222 3 6 3 888888 0 2 777777 888888 33 5 33 66666 2 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 2 7777777777 55555 0 22 55555 333 22 8888 000000000000 3 7777 4444 2 1 2 33 77777777 2 77777777777777777777777777777777 2 333 333 444 1 2 2 0 66666 99999999 44444444444444444 2 5555 2 2 2 1111 6 6666 1
lowQualScore : . . .. ... .. .. . . . . ..... . . .. . ..... . ... .. ..... . .......... .. .. ........... . . . ...... . . ...... ...... .. . .. ..... . . ........................................................ . . .......... ..... . .. ..... ... .. .... ............ . .... .... . . . .. ........ . ................................ . ... ... ... . . . . ..... ........ ................. . .... . . . .... . .... .
lowQualScore : 0 0 55 555 00 00 0 3 0 5 22222 6 0 00 0 55555 7 777 22 00000 0 3333333333 11 00 11111111111 3 7 3 888888 1 7 777777 222222 44 0 22 11111 4 5 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 1 6666666666 33333 7 99 33333 777 99 9999 222222222222 5 4444 2222 0 9 2 66 22222222 1 88888888888888888888888888888888 1 555 444 111 0 4 4 8 22222 11111111 88888888888888888 5 5555 7 7 7 8888 2 5555 4
consensus : GTCGTGGTGGCTGTNTCATTTGAGTACTACATATTTTGTTGATTGTAAATTAATGTCTGTGTGCATATTCAACANAATA-AGAATACCGTGTT--CTAATAGNCTAAACTA-ATCTGGTAAGGTAG-AGA---AA--AA--T--AANCAC-GAC--T-TGGC--GAGTGCTTA-A-------T-TTT-T-TTCGAGCCGAACCTGATAAATTTTAGA------CTATCAGGCACTAACATGGTATTC-TATT------TATCATG------TCATTATTTGCG--T-GTTTTATT--TA-T---TTT-TA-TTT-----A---------GA-------AA----CA------AC---T-G----A-----T-T-T----------AGTCCAGCA-----AACAAACGCATG--T-----GT---GT--A----CAT------------CTGCGGTA----AAT----GCGCCTG-AAAA-TAGTTCCAAATTTG-A--------TTGATGAAATTA-AAACAAAA------C-A------AA--T---T----GT--AGTT-TTT--ATG--GAAACT---GTTCGACTCNGTT-AT-AATTATTAGTTTATA-----TT--------TA--------T--------TGACAT-AAT---TAACAG-TTTATCAA-CGG-T--A-AAAATGT----GTTTAAACGCGGGTTTAACA
Reference ( family-732 ) : GTCGTGGTGGCTGTNTCATTTGAGTACTACATATTTTGTTGATTGTAAATTAATGTCTGTGTGCATATTCAACANAATA-AGAATACCGTGTT--CTAATAGNCTAAACTA-ATCTGGTAAGGTAG-AGA---AA--AA--T--AANCAC-GAC--T-TGGC--GAGTGCTTA-A-------T-TTT-T-TTCGAGCCGAACCTGATAAATTTTAGA------CTATCAGGCACTAACATGGTATTC-TATT------TATCATG------TCATTATTTGCG--T-GTTTTATT--TA-T---TTT-TA-TTT-----A---------GA-------AA----CA------AC---T-G----A-----T-T-T----------AGTCCAGCA-----AACAAACGCATG--T-----GT---GT--A----CAT------------CTGCGGTA----AAT----GCGCCTG-AAAA-TAGTTCCAAATTTG-A--------TTGATGAAATTA-AAACAAAA------C-A------AA--T---T----GT--AGTT-TTT--ATG--GAAACT---GTTCGACTCNGTT-AT-AATTATTAGTTTATA-----TT--------TA--------T--------TGACAT-AAT---TAACAG-TTTATCAA-CGG-T--A-AAAATGT----GTTTAAACGCGGGTTTAACA
gi|1 : GTTGTGGTGGCTGTGTCATTTGAGTACTACATATTTT-TTA--TGT---TTAATATTTGTGTGCATATTCAACATAA-A-AGAATACTGTGTTGCCTAATAGGCTAAACTA-AATCGGTGAGGTAGGAGG---AA--AA--T--AACCAC-GATCTT-TGGC--GAGTGATTA-A-------TATTT-T-TTCGAGCCAATTCTGACAGATCTAAGA------CTATCAGGTCCTTATATGGTATTC-TATT------AATCATG------TCTTTACTTGCG--T-GTTTGATC--TA-T---TTT-TA-TTT-----T------------------AA----CG------TC---T-G----A-----T-T-T----------AGTCCAACA-----AACAAACGCATG--T-----GT---GT--A----CAT------------CCGCGATA----AAT----GCGCTTG-AAAA-TAGTTCCAAATTTG-A--------TTGATGAAATTA-AAATAAAA------CAA------AA--T---TGAACGT--AGTT-TTT--ATA--GAAGCT---GTATGACTCTGTG-AT-AATTATCA-TTTATA-----TT--------TA--------A--------TGACAT-AAT---TAACAT-TTCATTCT-CGA-T--ATAACTTGT----GTTTAAAAGCAGGTTTATCA
gi|10 : GTATTC-TATT------TATCATG------TCATTATTTATG--TTGTTTTATT--TA-T---TTT-T--TTT-----ACTAAAAAAAGA-------AA----CA------AG---T-G----A-----T-T-TT---------AGTCCAGCA-----AACAAATGTATA--T-----AT---GT--A----CAT------------CTGTAGCA----GAA----GTGCCTG-AAAG-TAGTTAAAAATTTT-A--------TTGATGAAATTATGAACA--------------------------T----G------T-TTT--GT----AAAAT---GTTCAACACATTT-AT-GATTATAAGTTCATA-----TT--------TA--------TGAATTAACTGAAAT-AA----TAATAG-CTTATTAA-TGG-TGGG-AAAA-GA----GTTCAAATGCTGATTTAATA
gi|11 : ------TCATTATTTGTA--TTGTTTTATT--TA-G---TTT-TA-TCT-----A---------AA-------AAAG--CA------ACATCT-G----A-----T-T-TTAGTAACGCGGGTACAACA-----AACAAATGCATG--T-----AT---GT--T----CAT------------CTGTG-----------------CCTG-AAAA-TATTTCAAAATTTT-A--------TTGATGAAAT-----ACAAAA------C-ATTGTGAAA--TGTTT----TT--TGTT-TTT--TTG--TAAACT---GTTCGACTCTGTT-AT-AATTATTAGTTCATA-----TT--------TATGAATTATT--------TAACAT-AAT---TTATAG-TTATTCAA-CAA-TG-A-AAAAAGT----TCTAAAACATGGGTTTAACca
gi|12 : GCA--T-GTTTGGTA--TA-T---TGT-TA----------------------------AA----CATCAATTAC---C-G----A-----TGT-T----------AGTGTAGCA-----AACACACTCGTG--T-----GT---AT--A----CTT------------CTATGGTA----AAT----GCGCCTA-AAAG-TAATTCCAATTTTG-G--------TT--T----CCA-AAACAAAA------C-G--------------T----AT--AGTT-TTT--ATG--GAAGCT---GTTTAACTCTGTT-AT-AATTATCA-TTTATA-----TC--------TA--------T--------TGACAT-AAT---TCACAG-TTTATCAA-CGA-T--A-AAAATAT----GTTTGAGCGTGGGTTTAACAgca
gi|13 : ATG--C-----AT---GT--A----CA-------------CT----CA----TAT----GCGTCTG-AAAA-TAGTTCCACATTTT-A--------TAGATGAAATTA-AAACAAAACATTGTC-A------AA--T---G----GTTCGTTT-TTT--TTG--TTAACT---GTTAGACTCAGTT-AT-GATTATTAGTCAGTA-----TT--------TA--------T--------CAGTAT-Acaa
gi|14 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcataaatttaagtacatca-----A---------GC-------AA----CA------AT---T-G----AG----T-T-T----------AGTCCAGTA-----AACACACGCATG--T-----GA---GC--A----CAT------------CTATAATA----AAT----GCGCCTG-AAAA-TTGTTCCAAATTTG-ATTCCAAATTTGATGAAATTG-AAACAAAA------C-A------AA------T----AT--ATTC-GAT--ATG--G-ACCTATGGTTCGACACGGTT-AC-AATTATTGATTTATA-----TT--------TA--------T--------TGA----AA--------AG-TTTATCAA-CGG-T------CATTTTACCGTTTGCACATGGGTTTAACAtagccgtcatttaaagattttcaataattaaaaaaaaaa
gi|15 : GTAG-AGA---AA--AAACT--AAGCAC-GAT--TATAAA--AAAT---TATA-------T-CTT-TGTTCGAGCCGAGCATGATACATTTTAGG------CTATCAGGCATTAACATGGCATTC-TATC------GATCATG------TCACTATTTCAG--T-GTTTTATT--TA-T---TTT-TA-TTT-----A---------GA-------AA----AA------AC---CCG----A-----T-T-T----------AGTCCAGTATTTTAAACACTCGCATG--TATCATGT---GT--ATGTTCAT------------ATGCGGTA----AAT----GCACTTG-TAAca
gi|16 : A-AGAATAGCATGTT----AGT-GTCTGA--CA-GTCATGTAAGGTAC-AGATTAAA--AA--T--AATC----------TGGC--G-----------------C-CTT-T-TTCGAACCGAAAATGAAAAGTTTAAGA------TCATCATGCATTAACAT-TTATTTGTATT------CATCACG------GAATT-TTTGCG--T-ATGTTATT--TA-T---TTT-TA-TTTACAAAA---------GG-------AA----CG------AC---T-GTTTTT-----T-T-T----------TGTCCAACA-----AACAAATGCGCA--T-----GT---GC--A----TAT------------CTGC
gi|17 : ata-----A---------GC-------AA----CA------AC---T-G----A-----T-T-TT---------GGCCCAGCA-----AACA----CATG--T-----GT---GT--A----CAT------------CTGTCATA----AAT----GTGCCTGAAAAA-CAGTTCCAAATTGT-A--------TTGATGAAATTA-AAACAAA------------------------T----GC--AGTT-TAT--ATT--GAAATT---GTCCAAGTCAGTTCATAAATTATTA--TTATA---------------AA--------T--------TAATAT--AT---T---AG-TTTATCAG-AGGTT--C-ATAATGT----GTATAAGTGTAGGTTTAACA
gi|18 : TT------TATTATG------TCATTATTTGTGTTT-GTTTTATTAATA-TACATTTACA-TTT-----A---------TA-------AAAG--CAAC----AC---T-G----A-----T-T-TA---------AGTACACCG-----CGCAGATACATG--T-----GT---GT--A----CAT------------CTTC---------AT--------CTG-AAAT-TA----------TG----------TTGTTAAAATTA-GAACAAAA------C-A------AATGT---T----GTTGGGCT-TTT--TTG--TAAACT---GTTCGACTCATTT-AT-GATTATTA
gi|19 : cT----GTGCCTG-AAA--CAGTTCCAAAATAT-A--------TTGATGAAACTA-AATCAAA------------------------T----GA--TGTTGTTT--GTG--TAAACT---GTTCGATTCAGTT-AT-AATTTTTAGTTTTTA-----TCTATAAACGTA--------T--------TGGCAA-AAT---AAACAGTTTTTTTAACCGG-G--A-AAAAAAT----GTTATATCGCGAGTTGAGCA
gi|2 : acTAG-ATA---AATAAA--TT-AAGCTCAGACC-T-TAGC--AAGTGCTTG-A-------A-TTT-T-TTCAAACTGAATCTGATTAATTTTAGG------CTATCTTGCACTAACATGGTTTTC-TATA------TA-CATGTATTATTCATTATTTGTG--T-GTTTTATT--TG-----TGT-TA-TTT-----A---------AAAAAAAGCAA----CA------AC---T-G----A-----T-TAT----------AATCCAACA-----AACAAACATGTG--T-----GTAGCGT--A----TGT------------TTGCATTA----AAA----ACACCTG-ACAG-CAGTTTTGGATTTA-A--------TTGATGAAATTA-AAACTACA------C-T------AA--T---T-----T--AGTC-TTT--CTG--GAAACA---GTTTGACTCAGCT-AT-AATTATTAGTTTATATCAATTT--------CA--------T--------AGACATAAATCTATAATAA-TTTATCAG-TGA-T--T-GAAAGAT----GTATAAACATGGGTTTAACAcaac
gi|20 : -TAGTTCCAAATTTG-A--------TTAATGAAATTA-AAACAAAA------C-A------T---T---T----GC--AGTT-TTT--ATG--AATGCT---GTTCGACTCTGTT-AT-AAATATCA-TTTATA-----TT--------TA--------T--------TGTCTT-AAT---AAACAG-TTTATTAA-CGG-T--A-AAACTGT----TTTTAAACGc
gi|21 : C--T-TGGC--GAGTTGTAA-A-------T-TGT-T-TTCAAGATGAACCTGATACATTTT----------TA------ACTACCATGGTATTC-TATTAAATTTTATCATG------TCATTATTTGCG--T-GTTTTAGT--TA-T---TTT-T
gi|22 : cttgagcTT--TA-T---TTT-TACTTT-----A---------AA-------AAGCAACA------AC---T-G----A-----T-T-TT---------AGTCCAGCA-----AACAAACGCATG--T-----GT---GT--A----CATATATACGTATATCTTTGACA----AAT----GAACCAG-AAAA-TAGTTCCA
gi|23 : ------------CTG-GGTA----AAC----GCGCCTG-AAAA-GTGTTCCAAATTTG-A--------TTAATGAAATTA-AAACAAAA------C-A------CA-----------GT--GGTT-TTtaa
gi|24 : GTCGTAGTGGTTGTTTCATTTGAATACTACATATTTTGTTGATTGTAAATTAATGTCTGTGTG--TATT--ACAGAATA-ACAATGC--------CTAATAAACGAAA-TA-Agactgtatgtcgatactcaagatgtgtatta
gi|25 : -----A---------GC-------AA----CA------AA---A-G----AA----T-T-T----------AGCCAAGCA-----ATCAAAGGTATA--T-----GT---AT--A----CAC------------ACAAGGAA----AAT----GTGCCTG-AAAA-TA-TTCCAAATTAT-A--------TTGATGAAAT
gi|26 : aT--------TA--------T--------TGACAT-CAT---TAACAG-TTTATCAA-CGG-TCAA-AAAA-------GTTTAAACGTGGGGTTAACA
gi|27 : tttaatgacatcttagaGTGCTTA-A-------T-TTTCT-TTCAAGGCAAACCTGACAAATTTCATA------CTATCAGGTGATAATAAGGCATTA-AATT------Tc
gi|28 : A------CTATCAGACACTAACTTGGTATTC-TCTA------TATC
gi|3 : aATAGAGAATACCGTGTT----AAT--GTTAGA-TA-ATCT-------------A---AA--AA--T--AATCAG-G------TGAATAGAGTGCT-A-A-------T-CGT-T-TT-GAGCCGAACCTAATAAATATTAAA------CAATCAGGCGCTAACATTGTATTC-CATT------TATCATA------TTATTATAAGCC--A-GTTGTAAT--TA-T---GTT-TA-TTT-----A---------AAAAAGC--AA----CA------AC---A-G----AG----T-T-T----------TGTCC---------------CGCATG--T-----GT---TT--A----CAT------------CTGCGGTT----AAT----GCATATG-AAAA-AAGTTCCAAATCTG-A--------ATGATGAAATAA-AAACAAAA------C-A------AA------T----GT--AGTT-TCT--ATG--GAAACT---GTTAGACTCAGTT-AT-AATGATTAGTTTATA-----TT--------TA--------T--------CAACAC-AAT---TAAAAG-TTAATAAA-TGG-TC-C-AACATGT----GTTTAAACGTTGGTTCAAC
gi|4 : tGTGT---CTGATAGTCTTATCTTTATCTGGAAAGGTAG-AGA---CA--AA--TGTAGGTAC-GAG--T-AGGC--GATTG-TTA-AATTATTTT-TTT-T-TTCGAGCCAAACTTTATGAATTTTAGATCCAGACTGTCAGGCACTAACATGGTATTC-TGTG------TATCATG------TCATTATCTCCG--T-GCTGGATC--AC-T---TTT-TA---T-----A---------GA-------AA----CCGTT---AC---T-GA---A-----T-T-T----------AGACCAGCA-----TACCAAC
gi|4 : attAA-CAGTTCCAATTTTT-A--------TTGATGAACTTA-CAA--AAA------C-A--------------T----AT--AGTG-TTT--A-G--GAAGAT---GTTTGACTCTGTT-AC-AATTATCA--TT-TA-----TT--------TA--------T--------TAACAT-AAT---TAACAG-TTGATTAA-CGG-T--A-AAAACGT----GTTTAAACGCagttccaatttttattgatgaacttacaaaaacatatagtgtttaggaagatgtttgactctgttacaattatcatttatttattaacataattaacagttgattaacggtaaaaacgtgtttaaacgctaaattatcacaat
gi|5 : attgtgtctgatagtcttatctttatctggaaaggtagagacaaatgtaggtacgagtaggcgattgttaaattattttttttttcgagccaaactttatgaattttagatccagactgtcaggcactaacatggtattctgtgtatcatgtcattatctccgtgctggatcactttttatagaaaccgttactgaatttagaccagcataccGTTCTTA-A-------T-TTTAT-TTCGAGTCGAACCTGATATAGTTTAGA------TAATCAGACATTAACATTCCATTC-Ttaaattatcacaat
gi|5 : tttgtagGCA--T-GATTTATT--TAGT---TTC-TA-TTT-----A---------CA-------AA--------------------------------------------------AGCA-----ATCAAATGCATG--T-----AT---GA--AGATTTAT------------CTGGGGAA----AAG----CCACCTG-AAAAATA-TTCCACATTCG-A--------TTGATGAAAGTA-AAACAAAA----------------A--TG--T----GT--AGTT-TTT--ATG--AAAACT---GTTCGATTCGGTG-AT-GACTATTAA------------T--------TA--------C--------TGACAT-AGT---TAACAG-TGTATCAA-CCG-T--gagtcctttttcgatccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcatgatttatttagtttctatttacaaaagcaatcaaatgcatgtatgaagatttatctggggaaaagccacctgaaaaatattccacattcgattgatgaaagtaaaacaaaaatgtgtagtttttatgaaaactgttcgattcggtgatgactattaattactgacatagttaacagtgtatcaaccgt
gi|6 : tttgtagagaatggaatgttaatgtctgattatctaaactatatcaggttcgactcgaaataaaattaagaacgagtcctttttcgatccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTGCT-A-A-------T-TAT-T-TTCGAGCCAAACCTGTTCAATGTTAGG------CTATCAGGCACTGATATATT-TTC-GATT------TAAAATG------TCATTATTAGCG--T-GTTTTATT--TG-T---TT---A-TTA-----AAAAAAA---GA-------AA----CC------AC---TTG----AATGCGT-T-T----------TGTCCCGCA-----AGCAAATGCATGACT-----GT---GTTTA----CGT------------CTGCGGTA----AAT----GCACCTG-AAAA-TAATT-CAAAGCTC-A--------TTGATGAAATTA-AAACAAAA------C-A------CA------T----GC--AGTT-TTT--TTAACAAAACT---GTTAGACTTTATT-AT-AATTATAAGCTTATA-----TT--------TA------------------------AA-----AAAA---TTATCAG-CAG-TCGA-AAAAT
gi|7 : caaggtacC--GAGTTCTTG-A-------T-TTG-T-TTCGGGCCAAACCTGGTCAATTTTAGT------TTATCAGGCACAAACATGGTATTC-TGTT------TTTCATG------TTTTTGTTTTCG--T-GTTTAATG--TA-----------------------------------------------------AC---T--------------T-T----------AGTCCAACA-----AACACACTAGAG--T-----GT---AT--A----CAT------------TTTAAGTATGTTAAT----GCGCATA-AAAA-TAGTT---GATTTACA--------TTG------------------------C-A------AA--T--------GC--AGTT-TTTTTATG--GAAGCT---GTTCGAATTTGTT-AT-AATTATCA-TTTATA-----TT--------TA--------T--------TGACAT-AAT---AAACAG-TTTATCAA-CGG-T--C-AAACGGT----GTTTAAACGAGGGTTTAttagaattt
gi|8 : GGC--CAGTGCTTC---------T-TTT-T-CTTGAGCCAAACATGTTAAAATTTAGA------CTGTTGGGCACTAACGTCGTATTC-TATT------TATCATT------TATTTATTTGCA--T-GT----TC--TA-T---TTT-TA-TT----------------AA-------AA----CA------AA---T-T----AT----T-T-T----------AGTCCAACA-----AACAAACTCATG--T-----GC---GT--A----CAT------------CTGCGGTT----GAT----G-------------------------G-A--------T----GAAATTA-AAACAAAA------C-A------AA------T----GT--AGTT-TTC--ATG--GAAGCA---GTTTGACTCAGTT-AT-AA--A--AGTTTATG-----T
gi|9 : tatcagtactagataacttaccaggtgagtaaactaaATCACACACTAGCATGGCATTT-GATT------TATCATG------TCATTACTTGCA--T-GTTTCATT--TA-G---TTT-TA-TTTACAAAA---------GC-------AA----CA------AC---T-A----AT----T-T-T----------AGTCCATCA-----AACAAACGCATT--T-----GT---GT--A----CAT------------CAAGGGTACT--AATAAAGGCACCTG-AAAA-TTCTTCCAAATTTG-A--------TTGATGAAATTA-AAACAGAA------C-T------AA------T----GT--ATTT-gaaccccttcataa
blockSeqs : T G AT AAA . . G T G C CT A T TC T ATGTA . TTA TA ACT G TCAGACCT TA GC TAAATTATTT . C G TCCAGA G AAATTT TATTAT TT T AA TACA A C AAAAAAAGAAACCACTTGAATGCG G A TAGTAACGCG TTTTA AC ATCAT AGC TT TGTT ATATACGTATAT T TGTT AAAG A A G AC TTCCAAAT T CATTGTGAAATGTTTTT G TTA ACA ATG A C A G TCAAT TATAAACG TGAATTAAC A TCTA T C T GGG A TACC C
blockSeqs : T . C CT A A A . TGGAA . . . TGT T ACGATTA . TG TATA . A . . . . . . T . GT . . ACTAAAAAAAGAAACAAGTGA . . T . . . . . GATT . T CT . . . T T . . CATTGTCAAATGGTTC . G T . T . . G . . TGAATTATT . T . . . CAA T . T
blockSeqs : . . T . G A . T . . . TT G ACGAGT . GC TGA . . . . . . . . . . T . . ACAAAAGGAACGACTGTTTTT . . T . . . . . . . T . . . . A T . . CAAATGTTGTTG . T G . T . . G . . T . T . . . CGA T . T
blockSeqs : T . T . . . . . T T AGG . GC AAA . . . . . . . . . . G . . AAAAAAAAGCAACAACTGA . . A . . . . . . . T . . . . G G . . CAAATAT . A T . A . . A . . T . T . . . GA T . T
blockSeqs : . . . T G . . TC TAA . . . . . . . . . . T . . AAAAAAGCAACAACAGAG . . T . . . . . . . C . . . . G T . . CTAATTT . T G . G . . G . . T . T . . . CC A . T
blockSeqs : . GC TAA . . . . . . . . . . T . . ACAAAAGCAACAACTAAT . . . . . . . . . . C . . . . G G . . CATTTGC . A G . A . . G . . T . T . . . A G . C
blockSeqs : . TC TGA . . . . . . . . . . T . . AAAAAAGCAACATCTGA . . . . . . . . . . T . . . . G T . . CAAATGT . A T . A . . G . . T . T . . . C T . T
blockSeqs : . GC AA . . . . . . . . . . T . . ATAAAAGCAACACTGA . . . . . . . . . . C . . . . G G . . CACATGC . T T . A . . A . . T . T . . . A T . T
blockSeqs : G AA . . . . . . . . . . T . . AAAAAGCAACAACTGA . . . . . . . . . . C . . . . G T . . CAAATGC . G G . A . . G . . T . T . . . T C . T
blockSeqs : . TC . . . . . . . . . . T . . AGAAACCGTTACTGAA . . . . . . . . . . T . . . . G A . . CAAATGT . C A . T . . G . . T . T . . . A T . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . AACATCAATTACCGA . . . . . . . . . . A . . . . G G . . CTAATGT . A G . A . . . . . T . T . . . A G . A
blockSeqs : . . . . . . . T . . AGCAACAATTGAG . . . . . . . . . . C . . . . G G . . CACAGT . A G . T . . . . . T . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . T . . AGAAAAAACCCGA . . . . . . . . . . G . . . . G T . . ATGTGT . A A . G . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . AGCAACAAAAGAA . . . . . . . . . . C . . . . A G . . CGTAT . A G . T . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AGCAACAACTGA . . . . . . . . . . A . . . . G T . . CATAT . T G . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . AAAACAAATTAT . . . . . . . . . . C . . . . C G . . TGC . A . . A . .
blockSeqs : ACAAA . . . . . . . . . . G . . . . . C . . TGA .
blockSeqs : ACT . . . . . . . . . . . . . . . . G . . TG .
blockSeqs : . . . . . . G .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : T**** ** TT*** ACGAT***** CAAATGT************************* A***
originalCons : GTCGTGGTGGCTGTNTCATTTGAGTACTACATATTTTGTTGATTGTAAATTAATGTCTGTGTGCATATTCAACANAATA-AGAATACCGTGTT--CTAATAGNCTAAACTA-ATCTGGTAAGGTAG-AGA---AA--AA--T--AANCAC-GAC--T-TGGC--GAGTGCTTA-A-------T-TTT-T-TTCGAGCCGAACCTGATAAATTTTAGA------CTATCAGGCACTAACATGGTATTC-TATT------TATCATG------TCATTATTTGCG--T-GTTTTATT--TA-T---TTT-TA-TTT-----A---------GA-------AA----CA------AC---T-G----A-----T-T-T----------AGTCCAGCA-----AACAAACGCATG--T-----GT---GT--A----CAT------------CTGCGGTA----AAT----GCGCCTG-AAAA-TAGTTCCAAATTTG-A--------TTGATGAAATTA-AAACAAAA------C-A------AA--T---T----GT--AGTT-TTT--ATG--GAAACT---GTTCGACTCNGTT-AT-AATTATTAGTTTATA-----TT--------TA--------T--------TGACAT-AAT---TAACAG-TTTATCAA-CGG-T--A-AAAATGT----GTTTAAACGCGGGTTTAACA
finalCons : GTCGTGGTGGCTGTNTCATTTGAGTACTACATATTTTGTTGATTGTAAATTAATGTCTGTGTGCATATTCAACANAATA-AGAATACCGTGTT----AATAGNCTAA--TA-ATCTGGTAAGGTAG-AGA---AA--AATT---AANCACGAT-----TGGC--GAGTGCTTA-A-------T-TTT-T-TTCGAGCCGAACCTGATAAATTTTAGA------CTATCAGGCACTAACATGGTATTC-TATT------TATCATG------TCATTATTTGCG--T-GTTTTATT--TA-T---TTT-TA-TTT-----A---------GA-------AA----CA------AC---T-G----A-----T-T-T----------AGTCCAGCA-----AACAAACGCATG--T-----GT---GT--A----CAT------------CTGCGGTA----AAT----GCGCCTG-AAAA-TAGTTCCAAATTTG-A--------TTGATGAAATTA-AAACAAAACAAATGT-------------------------AGTT-TTT--ATG--GAAACT---GTTCGACTCNGTT-AT-AATTATTAGTTTATA-----TT--------TA--------T--------TGACAT-AAT---TAACAG-TTTATCAA-CGG-TA---AAAATGT----GTTTAAACGCGGGTTTAACA
Alignments
lowQualScore : 1 11 222 11 11 1 1111 1 22222222222 11111 1111 2222222222222 11111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111 111111111111 1111111 1 11111111111111111 2222
lowQualScore : 1 5 88 111 88 88 1 7 0 3 8 7777 0 1 11111111111 00000 6 99 99 8888 1 4444444444444 5 2 22222222222 3 6 3 888888 0 2 777777 888888 33 5 33 66666 2 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 2 7777777777 55555 0 88888 333 22 8888 000000000000 3 7777 4444 2 1 2 33 77777777 2 666666 5555555 22 4444 2 55555 333 333 444 1 2 2 0 66666 99999999 44444444444444444 2 5555 2 2 2 1111 6 6666 1
lowQualScore : . . .. ... .. .. . . . . . .... . . ........... ..... . .. .. .... . ............. . . ........... . . . ...... . . ...... ...... .. . .. ..... . . ........................................................... . . .......... ..... . ..... ... .. .... ............ . .... .... . . . .. ........ . ...... ....... .. .... . ..... ... ... ... . . . . ..... ........ ................. . .... . . . .... . .... .
lowQualScore : 0 0 55 555 00 00 0 3 0 2 0 0000 6 0 00000000000 55555 7 22 22 5555 0 8888888888888 0 5 11111111111 3 7 3 888888 1 7 777777 222222 44 0 22 11111 4 5 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 6666666666 33333 7 22222 777 99 9999 222222222222 5 4444 2222 0 9 2 66 22222222 1 111111 6666666 99 5555 1 33333 555 444 111 0 4 4 8 22222 11111111 88888888888888888 5 5555 7 7 7 8888 2 5555 4
consensus : GTCGTGGTGGCTGTNTCATTTGAGTACTACATATTTTGTTGATTGTAAATTAATGTCTGTGTGCATATTCAACANAATA-AGAATACCGTGT-T----AATAGNCT-A-A--TA---ATCTGGTAAGGTAG-AGA--AA--AA-T-TAANCA--C-GA--T---T-GGCGAGTGCTTA-A-------T-TTT-T-TTCGAGCCGAACCTGATAAATTTTAGA------CTATCAGGCACTAACATGGTATTC-TATT------TATCATGT------CATTATTTGCG--T-GTTTTATT--TA-T---TTT-TA-TT------T-----A---------GAAA-------CA------A-C---TG----A-----T-T-T----------AGTCCAG-----CAAACAAACGCATG-----TGT---G--TA----CAT------------CTGCGGTA----AAT----GCGCCTG-AAAA-TAGTTCCAAATTTG-A--------TTGATGAAATTA-AAACAAAA------CA------AATG--TA----G-T-----TTTT--ATG--GAAACT---GTTCGACTCNGTT-AT-AATTATTAGTTTATA-----TT--------TA--------T--------TGACAT-AAT---TAACAG-TTTATCAA-CGG-T--A-AAAATGT----GTTTAAACGCGGGTTTAACA
Reference ( family-732 ) : GTCGTGGTGGCTGTNTCATTTGAGTACTACATATTTTGTTGATTGTAAATTAATGTCTGTGTGCATATTCAACANAATA-AGAATACCGTGT-T----AATAGNCT-A-A--TA---ATCTGGTAAGGTAG-AGA--AA--AA-T-TAANCA--C-GA--T---T-GGCGAGTGCTTA-A-------T-TTT-T-TTCGAGCCGAACCTGATAAATTTTAGA------CTATCAGGCACTAACATGGTATTC-TATT------TATCATGT------CATTATTTGCG--T-GTTTTATT--TA-T---TTT-TA-TT------T-----A---------GAAA-------CA------A-C---TG----A-----T-T-T----------AGTCCAG-----CAAACAAACGCATG-----TGT---G--TA----CAT------------CTGCGGTA----AAT----GCGCCTG-AAAA-TAGTTCCAAATTTG-A--------TTGATGAAATTA-AAACAAAA------CA------AATG--TA----G-T-----TTTT--ATG--GAAACT---GTTCGACTCNGTT-AT-AATTATTAGTTTATA-----TT--------TA--------T--------TGACAT-AAT---TAACAG-TTTATCAA-CGG-T--A-AAAATGT----GTTTAAACGCGGGTTTAACA
gi|1 : GTTGTGGTGGCTGTGTCATTTGAGTACTACATATTTT-TTA--TGT---TTAATATTTGTGTGCATATTCAACATAA-A-AGAATACTGTGT-TGCCTAATAGGCT-A-AACTA---AATCGGTGAGGTAGGAGG--AA--AA-T--AACCA--C-GA--TCTTT-GGCGAGTGATTA-A-------TATTT-T-TTCGAGCCAATTCTGACAGATCTAAGA------CTATCAGGTCCTTATATGGTATTC-TATT------AATCATGT------CTTTACTTGCG--T-GTTTGATC--TA-T---TTT-TA-TT------T-----T-----------AA-------CG------T-C---TG----A-----T-T-T----------AGTCCAA-----CAAACAAACGCATG-----TGT---G--TA----CAT------------CCGCGATA----AAT----GCGCTTG-AAAA-TAGTTCCAAATTTG-A--------TTGATGAAATTA-AAATAAAA------CAAAATTGAACG--TA----G-T-----TTTT--ATA--GAAGCT---GTATGACTCTGTG-AT-AATTATCA-TTTATA-----TT--------TA--------A--------TGACAT-AAT---TAACAT-TTCATTCT-CGA-T--ATAACTTGT----GTTTAAAAGCAGGTTTATCA
gi|10 : GTATTC-TATT------TATCATGT------CATTATTTATG--TTGTTTTATT--TA-T---TTT-T--TT------T-----ACTAAAAAAAGAAA-------CA------A-G---TG----A-----T-T-TT---------AGTCCAG-----CAAACAAATGTATA-----TAT---G--TA----CAT------------CTGTAGCA----GAA----GTGCCTG-AAAG-TAGTTAAAAATTTT-A--------TTGATGAAATTATGAAC-------------------ATG----------------TTTT--GT----AAAAT---GTTCAACACATTT-AT-GATTATAAGTTCATA-----TT--------TA--------TGAATTAACTGAAAT-AA----TAATAG-CTTATTAA-TGG-TGGG-AAAA-GA----GTTCAAATGCTGATTTAATA
gi|11 : T------CATTATTTGTA--TTGTTTTATT--TA-G---TTT-TA-TC------T-----A---------AAAAAG-----CA------A-CATCTG----A-----T-T-TTAGTAACGCGGGTACAA-----CAAACAAATGCATG-----TAT---G--TT----CAT------------CTGTG-----------------CCTG-AAAA-TATTTCAAAATTTT-A--------TTGATGAAAT-----ACAAAA------CATTGTGAAATG--TTTTTTG-T-----TTTT--TTG--TAAACT---GTTCGACTCTGTT-AT-AATTATTAGTTCATA-----TT--------TATGAATTATT--------TAACAT-AAT---TTATAG-TTATTCAA-CAA-TG-A-AAAAAGT----TCTAAAACATGGGTTTAACca
gi|12 : GCA--T-GTTTGGTA--TA-T---TGT-TA---------------------------AA-------CATCAATTA-C---CG----A-----TGT-T----------AGTGTAG-----CAAACACACTCGTG-----TGT---A--TA----CTT------------CTATGGTA----AAT----GCGCCTA-AAAG-TAATTCCAATTTTG-G--------TT--T----CCA-AAACAAAA------CG--------TA--TA----G-T-----TTTT--ATG--GAAGCT---GTTTAACTCTGTT-AT-AATTATCA-TTTATA-----TC--------TA--------T--------TGACAT-AAT---TCACAG-TTTATCAA-CGA-T--A-AAAATAT----GTTTGAGCGTGGGTTTAACAgca
gi|13 : ATG-----CAT---G--TA----CA-------------CT----CA----TAT----GCGTCTG-AAAA-TAGTTCCACATTTT-A--------TAGATGAAATTA-AAACAAAACATTGTCA------AATGGTTC----GTT-----TTTT--TTG--TTAACT---GTTAGACTCAGTT-AT-GATTATTAGTCAGTA-----TT--------TA--------T--------CAGTAT-Acaa
gi|14 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcataaatttaagtacatca-----A---------GCAA-------CA------A-T---TG----AG----T-T-T----------AGTCCAG-----TAAACACACGCATG-----TGA---G--CA----CAT------------CTATAATA----AAT----GCGCCTG-AAAA-TTGTTCCAAATTTG-ATTCCAAATTTGATGAAATTG-AAACAAAA------CA------AATA--TA----T-T-----CGAT--ATG--G-ACCTATGGTTCGACACGGTT-AC-AATTATTGATTTATA-----TT--------TA--------T--------TGA----AA--------AG-TTTATCAA-CGG-T------CATTTTACCGTTTGCACATGGGTTTAACAtagccgtcatttaaagattttcaataattaaaaaaaaaa
gi|15 : GTAG-AGA--AA--AAAC-TAAGCA--C-GA--T---T-A-TAAAAAATTATA-------T-CTT-TGTTCGAGCCGAGCATGATACATTTTAGG------CTATCAGGCATTAACATGGCATTC-TATC------GATCATGT------CACTATTTCAG--T-GTTTTATT--TA-T---TTT-TA-TT------T-----A---------GAAA-------AA------ACC---CG----A-----T-T-T----------AGTCCAGTATTTTAAACACTCGCATGTATCATGT---G--TATGTTCAT------------ATGCGGTA----AAT----GCACTTG-TAAca
gi|16 : A-AGAATAGCATGT-T----AGT-GTCT-G-A--CA---GTCATGTAAGGTAC-AGATTAA--AA-A-TAATC-------------T-GGCG-----------------C-CTT-T-TTCGAACCGAAAATGAAAAGTTTAAGA------TCATCATGCATTAACAT-TTATTTGTATT------CATCACGG------AATT-TTTGCG--T-ATGTTATT--TA-T---TTT-TA-TT------TACAAAA---------GGAA-------CG------A-C---TGTTTTT-----T-T-T----------TGTCCAA-----CAAACAAATGCGCA-----TGT---G--CA----TAT------------CTGC
gi|17 : ata-----A---------GCAA-------CA------A-C---TG----A-----T-T-TT---------GGCCCAG-----CAAACA----CATG-----TGT---G--TA----CAT------------CTGTCATA----AAT----GTGCCTGAAAAA-CAGTTCCAAATTGT-A--------TTGATGAAATT------AAAA------CA------AATG--CA----G-T-----TTAT--ATT--GAAATT---GTCCAAGTCAGTTCATAAATTATTA--TTATA---------------AA--------T--------TAATAT--AT---T---AG-TTTATCAG-AGGTT--C-ATAATGT----GTATAAGTGTAGGTTTAACA
gi|18 : TT------TATTATGT------CATTATTTGTGTTT-GTTTTATTAATA-TACATTTACA-TT------T-----A---------TAAAAG-----CAAC----A-C---TG----A-----T-T-TA---------AGTACAC-----CGCGCAGATACATG-----TGT---G--TA----CAT------------CTTC---------AT--------CTG-AAAT-TA----------TG----------TTGTTAAAATTA-GAACAAAA------CA------AATG--TT----G-TTGGGCTTTT--TTG--TAAACT---GTTCGACTCATTT-AT-GATTATTA
gi|19 : cT----GTGCCTG-AAA--CAGTTCCAAAATAT-A--------TTGATGAAACTA-AATCAAAT--------------GATG--T-------T-----GTTT--GTG--TAAACT---GTTCGATTCAGTT-AT-AATTTTTAGTTTTTA-----TCTATAAACGTA--------T--------TGGCAA-AAT---AAACAGTTTTTTTAACCGG-G--A-AAAAAAT----GTTATATCGCGAGTTGAGCA
gi|2 : acTAG-ATA--AATAAA-T-TAAGCT--CAGACCT---T-AGCAAGTGCTTG-A-------A-TTT-T-TTCAAACTGAATCTGATTAATTTTAGG------CTATCTTGCACTAACATGGTTTTC-TATA------TA-CATGTATTATTCATTATTTGTG--T-GTTTTATT--TG-T---GTT--A-TT------T-----A---------AAAAAAAGCAACA------A-C---TG----A-----T-TAT----------AATCCAA-----CAAACAAACATGTG-----TGTAGCG--TA----TGT------------TTGCATTA----AAA----ACACCTG-ACAG-CAGTTTTGGATTTA-A--------TTGATGAAATTA-AAACTACA------CT------AATT--TA----G-T-----CTTT--CTG--GAAACA---GTTTGACTCAGCT-AT-AATTATTAGTTTATATCAATTT--------CA--------T--------AGACATAAATCTATAATAA-TTTATCAG-TGA-T--T-GAAAGAT----GTATAAACATGGGTTTAACAcaac
gi|20 : -TAGTTCCAAATTTG-A--------TTAATGAAATTA-AAACAAAA------CA------TTTG--CA----G-T-----TTTT--ATG--AATGCT---GTTCGACTCTGTT-AT-AAATATCA-TTTATA-----TT--------TA--------T--------TGTCTT-AAT---AAACAG-TTTATTAA-CGG-T--A-AAACTGT----TTTTAAACGc
gi|21 : --T---T-GGCGAGTTGTAA-A-------T-TGT-T-TTCAAGATGAACCTGATACATTTT----------TA------ACTACCATGGTATTC-TATTAAATTTTATCATGT------CATTATTTGCG--T-GTTTTAGT--TA-T---TTT-T
gi|22 : cttgagccTT--TA-T---TTT-TACTT------T-----A---------AAAAGCAA---CA------A-C---TG----A-----T-T-TT---------AGTCCAG-----CAAACAAACGCATG-----TGT---G--TA----CATATATACGTATATCTTTGACA----AAT----GAACCAG-AAAA-TAGTTCCA
gi|23 : ------------CTG-GGTA----AAC----GCGCCTG-AAAA-GTGTTCCAAATTTG-A--------TTAATGAAATTA-AAACAAAA------CA------CA-G--TG----G-T-----TTTtaa
gi|24 : GTCGTAGTGGTTGTTTCATTTGAATACTACATATTTTGTTGATTGTAAATTAATGTCTGTGTG--TATT--ACAGAATA-ACAATGCC-----T----AATAAACGAA-A--TA---Agactgtatgtcgatactcaagatgtgtatta
gi|25 : -----A---------GCAA-------CA------A-A---AG----AA----T-T-T----------AGCCAAG-----CAATCAAAGGTATA-----TGT---A--TA----CAC------------ACAAGGAA----AAT----GTGCCTG-AAAA-TA-TTCCAAATTAT-A--------TTGATGAAAT
gi|26 : aT--------TA--------T--------TGACAT-CAT---TAACAG-TTTATCAA-CGG-TCAA-AAAA-------GTTTAAACGTGGGGTTAACA
gi|27 : tttaatgacatcttagaGTGCTTA-A-------T-TTTCT-TTCAAGGCAAACCTGACAAATTTCATA------CTATCAGGTGATAATAAGGCATTA-AATT------Tc
gi|28 : A------CTATCAGACACTAACTTGGTATTC-TCTA------TATC
gi|3 : aATAGAGAATACCGTGT-T----AAT--GTT-AGA--TA---ATCT-------------A--AA--AA-T--AATCAGGT-GA--A---T-AG--AGTGCT-A-A-------T-CGT-T-TT-GAGCCGAACCTAATAAATATTAAA------CAATCAGGCGCTAACATTGTATTC-CATT------TATCATAT------TATTATAAGCC--A-GTTGTAAT--TA-T---GTT-TA-TT------T-----A---------AAAAAGCAA--CA------A-C---AG----AG----T-T-T----------TGTCC---------------CGCATG-----TGT---T--TA----CAT------------CTGCGGTT----AAT----GCATATG-AAAA-AAGTTCCAAATCTG-A--------ATGATGAAATAA-AAACAAAA------CA------AATG--TA----G-T-----TTCT--ATG--GAAACT---GTTAGACTCAGTT-AT-AATGATTAGTTTATA-----TT--------TA--------T--------CAACAC-AAT---TAAAAG-TTAATAAA-TGG-TC-C-AACATGT----GTTTAAACGTTGGTTCAAC
gi|4 : tGTGTCT----GATAGTCT-T-A--TCTTTATCTGGAAAGGTAG-AGA--CA--AA-TGTAGGTA--C-GA--G---TAGGCGATTG-TTA-AATTATTTT-TTT-T-TTCGAGCCAAACTTTATGAATTTTAGATCCAGACTGTCAGGCACTAACATGGTATTC-TGTG------TATCATGT------CATTATCTCCG--T-GCTGGATC--AC-T---TTT-TA---------T-----A---------GAAA-------CCGTT---A-C---TGA---A-----T-T-T----------AGACCAG-----CATACCAAC
gi|4 : attAA-CAGTTCCAATTTTT-A--------TTGATGAACTTA-CAA--AAA------CA--------TA--TA----G-T-----GTTT--A-G--GAAGAT---GTTTGACTCTGTT-AC-AATTATCA--TT-TA-----TT--------TA--------T--------TAACAT-AAT---TAACAG-TTGATTAA-CGG-T--A-AAAACGT----GTTTAAACGCagttccaatttttattgatgaacttacaaaaacatatagtgtttaggaagatgtttgactctgttacaattatcatttatttattaacataattaacagttgattaacggtaaaaacgtgtttaaacgctaaattatcacaat
gi|5 : attgtgtctgatagtcttatctttatctggaaaggtagagacaaatgtaggtacgagtaggcgattgttaaattattttttttttcgagccaaactttatgaattttagatccagactgtcaggcactaacatggtattctgtgtatcatgtcattatctccgtgctggatcactttttatagaaaccgttactgaatttagaccagcataccGTTCTTA-A-------T-TTTAT-TTCGAGTCGAACCTGATATAGTTTAGA------TAATCAGACATTAACATTCCATTC-Ttaaattatcacaat
gi|5 : tttgtagGCA--T-GATTTATT--TAGT---TTC-TA-TT------T-----A---------CAAA-----------------------------------------------------AG-----CAATCAAATGCATG-----TAT---G--AAGATTTAT------------CTGGGGAA----AAG----CCACCTG-AAAAATA-TTCCACATTCG-A--------TTGATGAAAGTA-AAACAAAA-------A------TGTG--TA----G-T-----TTTT--ATG--AAAACT---GTTCGATTCGGTG-AT-GACTATTAA------------T--------TA--------C--------TGACAT-AGT---TAACAG-TGTATCAA-CCG-T--gagtcctttttcgatccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcatgatttatttagtttctatttacaaaagcaatcaaatgcatgtatgaagatttatctggggaaaagccacctgaaaaatattccacattcgattgatgaaagtaaaacaaaaatgtgtagtttttatgaaaactgttcgattcggtgatgactattaattactgacatagttaacagtgtatcaaccgt
gi|6 : tttgtagagaatggaatgttaatgtctgattatctaaactatatcaggttcgactcgaaataaaattaagaacgagtcctttttcgatccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTGCT-A-A-------T-TAT-T-TTCGAGCCAAACCTGTTCAATGTTAGG------CTATCAGGCACTGATATATT-TTC-GATT------TAAAATGT------CATTATTAGCG--T-GTTTTATT--TG------TT-TA-TTAAAAAAA-----A---------GAAA-------CC------A-CT--TG----AATGCGT-T-T----------TGTCCCG-----CAAGCAAATGCATGAC---TGT---GTTTA----CGT------------CTGCGGTA----AAT----GCACCTG-AAAA-TAATT-CAAAGCTC-A--------TTGATGAAATTA-AAACAAAA------CA------CATG--CA----G-T-----TTTT--TTAACAAAACT---GTTAGACTTTATT-AT-AATTATAAGCTTATA-----TT--------TA------------------------AA-----AAAA---TTATCAG-CAG-TCGA-AAAAT
gi|7 : caaggtacCGAGTTCTTG-A-------T-TTG-T-TTCGGGCCAAACCTGGTCAATTTTAGT------TTATCAGGCACAAACATGGTATTC-TGTT------TTTCATGT------TTTTGTTTTCG--T-GTTTAATG--TA-------------------------------------------------------A-C---T-------------T-T----------AGTCCAA-----CAAACACACTAGAG-----TGT---A--TA----CAT------------TTTAAGTATGTTAAT----GCGCATA-AAAA-TAGTT---GATTTACA--------TTG------------------------CA------AATG--CA----G-T-----TTTTTTATG--GAAGCT---GTTCGAATTTGTT-AT-AATTATCA-TTTATA-----TT--------TA--------T--------TGACAT-AAT---AAACAG-TTTATCAA-CGG-T--C-AAACGGT----GTTTAAACGAGGGTTTAttagaattt
gi|8 : -GGCCAGTGCTTC---------T-TTT-T-CTTGAGCCAAACATGTTAAAATTTAGA------CTGTTGGGCACTAACGTCGTATTC-TATT------TATCATTT------ATTTATTTGCA--T-GT----TC--TA-T---TTT-TA-TT----------------------AAAA-------CA------A-A---TT----AT----T-T-T----------AGTCCAA-----CAAACAAACTCATG-----TGC---G--TA----CAT------------CTGCGGTT----GAT----G-------------------------G-A--------T----GAAATTA-AAACAAAA------CA------AATG--TA----G-T-----TTTC--ATG--GAAGCA---GTTTGACTCAGTT-AT-AA--A--AGTTTATG-----T
gi|9 : tatcagtactagataacttaccaggtgagtaaactaaATCACACACTAGCATGGCATTT-GATT------TATCATGT------CATTACTTGCA--T-GTTTCATT--TA-G---TTT-TA-TT------TACAAAA---------GCAA-------CA------A-C---TA----AT----T-T-T----------AGTCCAT-----CAAACAAACGCATT-----TGT---G--TA----CAT------------CAAGGGTACT--AATAAAGGCACCTG-AAAA-TTCTTCCAAATTTG-A--------TTGATGAAATTA-AAACAGAA------CT------AATG--TA----T-T-----Tgaaccccttcataa