lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 5555555555555 2222 1 2222222222222 11 1 11 22 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3333333333 1 1111111111111111111 1 222222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 33333333333333333 11 22222 11111
lowQualScore : 5555555555555 1 2 5555 1 7777 8 0 99 0 5555555555555 66 3 0 33 00 8 33 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 8 9 2222222222 2 1 4 0 3 3 44 5555555555555555555 2 33 2 8 4 33 99999 2 333333333 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222222 44 9999999 66666666666666666 00 0 44444 22222
lowQualScore : ............. . . .... . .... . . .. . ............. .. . . .. .. . .. ...................................................................................................................................................................................................... . . .......... . . . . . . .. ................... . .. . . . .. ..... . ......... ..................................................... ........ .. ....... ................. .. . ..... .....
lowQualScore : 3333333333333 0 5 2222 2 8888 8 0 55 8 5555555555555 88 2 5 88 00 2 99 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 8 5555555555 5 8 4 7 1 1 22 5555555555555555555 9 99 9 2 0 11 33333 1 333333333 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222222 11 3333333 44444444444444444 99 8 66666 99999
consensus : GAACTTGGCCAATAN--CTACTT--CCCGGTTGTTTGAACCTAAAGTCGNTCATT-AAANCAAC---TTGT-GA-T-AAAAAGAAGGCATTGTAATG--TTGAGGTTGATACTNTT-AC-ATATCAATACAT-TNATA-GT--AA-GT-AGAGTGCACTGANACCTATTATA-ACATAGT-TGCTACC---TTACA---------CC-G-T---------TNCATACAATTA-AA-AATAAA-------CCTATATA-------GCCTA-------TTTTTA---T--AA----TTTACATT--AA-----ATA-AAATAATTGAAAATTGACCC-G-----GTTATTAGAAGCAGTTAATNAATA-AAATTGTC-A-T--T----A----A----G----TGA-T--T-TTCATATTGGCC--CA-G--TTA-TTGGTCCTCGGACAGTCATATTGGC---CCGC--GG-T----NT--NNG-ACCTTG--GG-C----AAT------TAT----GACNATCCNTGGACC-------AATAA---CT-----NGG-NCAATATGAAATCAC----TT-----AATAACG
Reference ( gi|1 ) : GAACTTGGCCAAT-T--CTACTTATTCTGGTTGTTTGAACCTAAAGTAGCTCCTT-AAGTCAAC---CTAT-AA-T-AAAATGAAGACATTGTTATG--TTGAAGCTGACACTTTTGAAGATAGCGAT-CAT-TCATA-GT--AATGTGAAAGTGCACTGAAACCTATTATATATATAGTTTGCTACC---TTACA---------CCCAGT---------TGCATACATTTA-AA-AATAAA-------CGTATATA-------GCCTA-------TTGGTA---T--AG----CTTACAC---AA-----ATA-AAATAATTTAAAATTGACCA-G-----GTTATTAGAAGCAGTTAATAAATA-AAATTGTC-A-T--T----A----A----G----TGA-T--T-TTCATATTGACC--CT-G--TTA-TTGGTCTTCGGACAATCATATTTGC---CCGC--GG-T----GT--TCG-ACCTTG--GG-C----AAT------TAT----GATAATCCTTGGACC-------AATTA---CT-----TTG-CCAATATGGAATCA-----TT-----AATAACG
gi|2 : GAACTTGGTCAATATGACTACTT--CCTG-TTGATTGAACCTATAG--GCTTCTTTAAATCAAC---TTGT-GA-TTAAAAAGAAAACA--GTTATG--TTGA-GATG-TACTC---------------CAT-TGATG-GT--A-------------TTGATACCTATTATAAATAT--TCTATGA-------ATA--------------T---------TCCATCAAATCA-AA-AATAGAAAACCTACTTATCTG-------TCCTA-------TTT-TA---T--TG----TTTAAACTTCAAT----ATATAAGCCACTTGAAAATGAGCATG-----GTTATAATAAGCAGTTAATTAATA-ACATTGTA-A-T--G----A----C----G----TCA-T--T-TT-ATCTTGGCC--CT-G--TTA-TTGGTCCTAGTAAAGTCTTATT------------GA-C----GC--ATG-ACTTTA--GG-C----AA-------TAT----GACTATCACTGGACC-------AATAAAAGAT----------CAATATGAAATCAC----TT-----GAT
gi|5 : aaaaacaaggtcagtatgcactgGAACTTGGCCAAT-A--TGACCGCTTCCAGTTATTTGAACATAAAATCGATCATT-AAAACACC---TTGT-AATT-AAAAC-ATGGCATTGTAATA--TTCAGGTTGAtatattatgaa
gi|12 : atatgtaaatgacctctctgcacactgctttacactttattaattttatacaaaatggtcttgtcacataatcaagggaaaaaaaggatgtcatatatagccaacccagtcaatacgatccaaacttggcccatacaaaaaaaaaaagaagccaatatgaactg--CTACTT---CCGGTTGTTTG------AAGTTGTTCATT-AAAGCAGC---TCGT-GA-T-AAAAAGAAAGCATTGTAATGTCTTG--GTTGATATTATTGACGA
gi|6 : actgagctaaaacgaGGTTATTTAAAGCTAGAGT----CATT-TAATCAATTAACTGTTGA-T-AAAAAGAAGACTTTGTAATG--TTGAGGTTGACACTGTTCATCATATCAATACATATTTTA-----AATGT-AGAATGCACTGACACCTATTATA-----AGC---CTACCTTATTACA---------TTAATT---------TTCATA---TTA-AATAATgttatatatattttagatgt
gi|3 : atgaactaagccaatacgacaag-TCATATGTGAAAAGTTAAAGTACACTGAAACCAA--ATATACATAGTATGCTGCT---TTACATGTCTACAACCCGGTGCTATATCTCGTACACAATTA-AA-AATAAA-------CCTA-ATAAAAATCTGTCTA-------CT--T----T--AT----TTTATACT--AACATTTATA-AAATAATTAAAAACTGACCC-T-----GTTATTAGAAGCAGTTAATCAATA-AAATTGTC-A-T--T----A----A----C----TAAGT--TATTCATAGTGGCC--AA-G--TTA-TTAGTCCTTGG---------TTTGTAGATAGC--CA-T----AT--TGG-ACCTTG--GC-C----AATGGCCAATAT----GGCAATCCCTAAACC-------AATAC---CT-----GGG-CCACTATGAATTCA-----CT-----tgaaaattgacatggttattaga
gi|11 : TACAATTATAA-AAT------------TATCCA-------GCCTAAGTTTATTTCAT----T--AA----CTTATGT---AA-----ATG-AAACAGTTGAAACTTGAGCC-C-----GTTATTAGAAGCAGTTAATAAcaactaataaaacaacagctttaatgatcattttgaataa
gi|4 : tacgctacctATAAA-------C---CATA-------ATCTA-------TTTTTA---TTTAATTCTCTTACAT---AA-----ATA-AAATAATTGAAAATTGACCA-ATGCATGTTATTAGAAGTAATTAATGAATT-AAATTGTCAA-TTAT----A----A----G----TGA-T--T-TT-ATATTGGTC--CA-A--TGA-CTG------------TGATATTGGC------C--AA-T----GTCGTAG-ACTGCG--GC-C----CAA------TAT----TGTTGTCCATAGACC-------AATAA---CT-----AGA-GCAATATTAAATCACCTGCTT-----GATAACccaactcaagtttcaattat
gi|6 : TATA-A-------GCCTACC-----TTATTACATT--AA----TTTTCAT---A-------TT-AAATAATTGAAAATTGACAT-G-----GTTATTAGAattataatagcaataagtttcatgaatttatactaaataaaatttatacttattaaattgtttaatta
gi|3 : atgaactaagccaatacgacaagggttatttaaagctagagtcatttaatcaattaactgttgataaaaagaagactttgtaatgttgaggttgacactgttcatcatatcaatacatattttaaatgtagaatgcactgacacctatATTCAAAAT-------G-----ATCATTA-AAGCTGTTGTT---------TTATT-AGT--T----G----A----G----TGA-A--T-T-CATAGTGGCC--CA-G--GTA-TTGGTTTAGGGATTGCCATATTGGC---CATT--GG-CCAAGGT--CCA-ATAT----GG-C----TAT------C-T-----ACAAACCAAGGACT-------AATAA---CT-----TGG-CCACTAT-GAATAACTTAGTT-----AATGAC
gi|7 : tcatatgtgaaaagttaaagtacactgaaaccaaatatacatagtatgctgctttacatgtctacaacccggtgctatatctcgtacacaattaaaaataaacctaataaaaatctgtctactttattttatactaacatttataaaataattaaaaactgaccctgttattagaagcagttaatcaataaaattAATTAATA-AAATTGAC-A-T--TT---A----ATAT-G----TGA-T--T-T-CATATTAGCC--CA-G--TTA-TTGGTCCTCAGATAGTCATATTGAC---CTGT--GA-C----CC--ATG-ACCTTGCAGG-T----CAG------TAT----AAAAATCTTTGGACC-------AATAG---CT-----GGG-TCAATAT--AAT-A-----TT-----aa
gi|8 : gtttaAATTAATA-AAAATGTT-A-T--T----A----ATATAG----TGA-T--T-T-CATATTGGTC--CT---------TGGTC-------AGTCGTATTGAT---CCGT--AA-T-----T--TGGCACCATA--TG-CTGATAAC------CAT----AACAAGACTTGGACC-------AATCA---CT-----CGG-TCAGTA--GAA--A-----AT-----AATAAC
gi|16 : taAACAAGTATAAATAACT-A-T--T----A----A----C----TAA-T--T-T-CATATTGGCC--CA-G--TTA-TTAGTTCTCGAAAAGTCGTATCTGC---Catta
gi|4 : ATA-A---TGTT-A-T--C----A----A----GCAGGTGA-T--T-T-AATATTG-CT--CTAG--TTA-TTGGTCTATGGACAACAATATTGGG---CCGC--AG-T----CT--ACG-ACATTG--GC-C----AA-------TAT----CACAGTCATTGGACCAATATAAAATCA---CTTATAATTG-ACAAT-TTAATTCA-----TT-----AATTACgcag
gi|15 : ataaaccataatctatttttatttaattctcttacataaataaaataattgaaaattgaccaatgcatgttattagaa-AAACTGTC-A-T--T----ATTTAA----A----TTA-T--T-T-CATACTGACC--AA-G--TTA-ATGGTCCTTGGACATTCATATCGGC---Caatagcaataagtttcatgaatttatactaaataaaatttatacttattaaattgtttaatta
gi|9 : AATCGTC-A-T--TGATTA----A----A----TGA-T--T-T-CATATTGACCAATT-ACATTAATTGGTCC-CGGACACTCATATTTGC---CTGC--AACT----AT----A-ACTTTG--GG-T----CAT------TAT----GTAAATCCTTGGACT-------AATAA---CA-----TGG-GCAATATTACATCAC----TT-----AATaatctttgaataaataacagagccaatatgaaatcacttaataa
gi|15 : TT-A-T--T----A----A----G----TGA-T--T-T-CATATTGGCT--CT-G--TTA-TT--TATT----CAA--AGATTGGC----------------------CG-A------------------------TAT----GAATGTCCAAGGACC-------ATTAA---CT-----TGG-TCAGTATGAAATAA-----TTTA---AATAATG
gi|2 : aaactgt-A-T--C----A----A----G----TGA-T--T-T-CATATTGATC--TT----TTA-TTGGTCCAGTGATAGTCATA-TTGC---C
gi|9 : aaaaacaaggtcagtatgcactggaacttggtcaatatgactacttcctgttgattgaacctataggcttctttaaatcaacttgtgattaaaaagaaaacagttatgttgagatgtactccattgatggtattgatacctattataaatattctatgaatattccatcaaatcaaaaatagaaaacctacttatctgtcctattttattgtttaaacttcaatatataagccacttgaaaatgagcatggttataataagcagttaattaataacattgtaatgacgtcattttatcttggccctgttattggtcctagtaaagtcttattgacgcatgacttta-A-T--T----A----A----G----TGA-T--G-T-AATATTGCCC--AT-G--TTA-TTAGTCCAAGGATTTACATAATGAC---CCAA--AG-T----TA--TAG----TTGCAGG-C----AAA------TAT----GAGTGTCCG-GGACC-------AATTA---ATGTAA-TTGGTCAATATGAAATCA-----TTTAATCAATGACGtatattatgaa
gi|14 : aat----TGA-TGAT-TTCGTGTTGACC--CA-G--TTA-TTTGTCCTCCGGCCGCCATATTGGC---TCAT--GG-C----G--------CTTTG--GG-T----TAA------TAT----AATAATTCTAGGACC-------AGTGG---CT-----GGG-GCAATGTAAAAT
gi|7 : aTTATATTGACC--CA-G--CTA-TTGGTCCAAAGATTTTTATACTGAC---CTGCAAGG-T----CA--TGG-GTCACA--GGTC----AAT-------AT----GACTATCTGAGGACC-------AATAA---CT-----GGG-CTAATATGAAATCA-----a
gi|19 : gtttaaattaataaaattgacatttaatatgTCATATTGACT--CA-G--TTA-TTGGTCCTCAGACAGTCACATTtatta
gi|18 : TCACATTGTCC--CA-G--TTA-TTGGTCCTCAGAAAGTCACATTg
gi|20 : TCACATTGGCC--CA-G--TTA-TTGGTCCTCAG----TCATATTgtc
gi|13 : --TTA-TTGGTCCTCAGACAGTAACATTGGT---CTGC--AG-T----CT--AAG-GCCTTT--GG-T------T------GAT----GACCATCCTTGGACC-------GATAA---AT-----GGG-TCAATATAAAACTA-----CT-----ga
gi|15 : aaCCTTG--GA-C----ATT------CATATCGGCCAATCTTTGAATA-------AATAA---CA-----GAG-CCAATATGAAATCAC----TT-----AATAAtattacagttaggttttgat
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TAAAGTGAAACTGAGCTAAAACGACTACTTTCGGTTATTTGAAGTTGTTCATTAAAGCAGCTCGTGATAAAAAGAAGGCATTGTAATGTCTTGGTTGATATTGTTGACGAGTTATATATATTTTAGATGT
Unaligned ( gi|17 ): AAACTTGACCATTATCAAGGAACAACAGACCAACATGAACAAAAACATGACCAGACTACTTCCAGTTATTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333 22222 11111 666666666666 111 44444444 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222222 2222222222222 111111111 44444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 1 6666 77777 77777 22 1 6 2 11 555555555555 5 555 11111111 0 0 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 1 5 4 66 5555555555555 4 55 4 6 77777 222222222 00000000000000000000000000000000000000000 1 2 33 2 1 9999 5
lowQualScore : . .... ..... ..... .. . . . .. ............ . ... ........ . . . ....................................................................................................................................... ....... . . . .. ............. . .. . . ..... ......... ......................................... . . .. . . .... .
lowQualScore : 0 7777 33333 22222 00 0 7 5 88 444444444444 6 222 55555555 2 2 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3333333 0 0 4 11 2222222222222 0 55 0 1 77777 222222222 44444444444444444444444444444444444444444 0 4 33 4 4 4444 7
consensus : GAACTTGGCCAATATGACTACTT--CC-GGTTGTTTGAACCTA-AGTCGTTCATTAAANCAACTCGTGAT-AAAAAGAAGGCATTGTAATGTCGAGGTTGATACTNTTG-A-CGNGTCATATACATTTATAGTAA--GT-AAAGTGCACTGANACCTATTATA-ACATAGT-T-GCTACCTTACA----------CC--GTTGC----------ATACAATTA-AAAAT---AAACCTA--TA--TA-------GCCTATTTTTAT------AGTT----TA-----CATTAA-----ATAAAATAATTGAAAATTGACC----CG-GTTATTAGAAGCAGTTAATNAATA-AAATTGTC-AT--T----A----A---GTGA-T--T-TTCATATTGGCC-----CAGTTATTGGTCCTCG-------GACAGTCATATTGGCC-----CGCGGTCTACGACCTTG--GGC----AAT------TATGACAATCCTTGGACCAATAACTGGGNCAATATGAAATCA----CTTAA-TAACG
Reference ( family-720 ) : GAACTTGGCCAATAN--CTACTT--CCCGGTTGTTTGAACCTAAAGTCGNTCATTAAANCAACTTGTGAT-AAAAAGAAGGCATTGTAATGTTGAGGTTGATACTNTT--A-CATATCA-ATACATTNATAGTAA--GT-AGAGTGCACTGANACCTATTATA-ACATAGT-T-GCTACCTTACA----------CC--GTTNC----------ATACAATTA-AAAAT---AAACCTA--TA--TA-------GCCTATTTTTAT------AATT----TA-----CATTAA-----ATAAAATAATTGAAAATTGACC----CG-GTTATTAGAAGCAGTTAATNAATA-AAATTGTC-AT--T----A----A---GTGA-T--T-TTCATATTGGCC-----CAGTTATTGGTCCTCG-------GACAGTCATATTGGCC-----CGCGGTNTNNGACCTTG--GGC----AAT------TATGACNATCCNTGGACCAATAACTNGGNCAATATGAAATCA----CTTAA-TAACG
gi|1 : GAACTTGGCCAAT-T--CTACTTATTCTGGTTGTTTGAACCTAAAGTAGCTCCTTAAGTCAACCTATAAT-AAAATGAAGACATTGTTATGTTGAAGCTGACACTTTTGAA-GATAGCG-AT-CATTCATAGTAAT-GTGAAAGTGCACTGAAACCTATTATATATATAGT-TTGCTACCTTACA----------CCCAGTTGC----------ATACATTTA-AAAAT---AAACGTA--TA--TA-------GCCTATTGGTAT------AGCT----TA-----CAC-AA-----ATAAAATAATTTAAAATTGACC----AG-GTTATTAGAAGCAGTTAATAAATA-AAATTGTC-AT--T----A----A---GTGA-T--T-TTCATATTGACC-----CTGTTATTGGTCTTCG-------GACAATCATATTTGCC-----CGCGGTGTTCGACCTTG--GGC----AAT------TATGATAATCCTTGGACCAATTACTTTGCCAATATGGAATCA-----TTAA-TAACG
gi|10 : AACTGAGCTAAAACGACTACTT--TC-GGTTATTTGAA------GTTGTTCATTAAAGCAGCTCGTGAT-AAAAAGAAGGCATTGTAATGTCTTGGTTGATATTGTTG-A-CGAGTTATATATATTT-TAG
gi|11 : taaagtgaTACAATTATAAAAT--------TA--TC--CA-------GCCTAAGTTTATTTCATTAACT----TA-----TGT-AA-----ATGAAACAGTTGAAACTTGAGC----CC-GTTATTAGAAGCAGTTAATAAatgt
gi|12 : tacgctacctAACGA--CTACTT--CC-GGTTGTTTGAA------GTTGTTCATTAAAGCAGCTCGTGAT-AAAAAGAAAGCATTGTAATGTCTTGGTTGATATTATTG-A-CGAGTTATATATATTT-TAGccaactcaagtttcaattat
gi|13 : actgagctaaAATTATTGGTCCTCA-------GACAGTAACATTGGTC-----TGCAGTCTAAGGCCTTT--GGT------T------GATGACCATCCTTGGACCGATAAATGGGTCAATATAAAACTA----CTatgt
gi|14 : TGA-TGAT-TTCGTGTTGACC-----CAGTTATTTGTCCTCC-------GGCCGCCATATTGGCT-----CATGGCG-----CTTTG--GGT----TAA------TATAATAATTCTAGGACCAGTGGCTGGGGCAATGTAAAATatattacagttaggttttgat
gi|15 : a-AAACTGTC-AT--T----ATTTAA---ATTA-T--T-T-CATACTGACC-----AAGTTAATGGTCCTTG-------GACATTCATATCGGC--------CAATCT------TTG--AAT----AA--------ATAACA------GAGCCAA------------TATGAAATCA----CTTAA-TAAa
gi|16 : AACAAGTATAAATAACT-AT--T----A----A---CTAA-T--T-T-CATATTGGCC-----CAGTTATTAGTTCTCG-------AAAAGTCGTATCTGCC-----
gi|18 : TCACATTGTCC-----CAGTTATTGGTCCTCA-------GAAAGTCACATTGgcag
gi|19 : TCATATTGACT-----CAGTTATTGGTCCTCA-------GACAGTCACATTGtc
gi|2 : GAACTTGGTCAATATGACTACTT--CCTG-TTGATTGAACCTATAGGC-TTCTTTAAATCAACTTGTGATTAAAAAGAAAACA--GTTATGTTGAGAT--GTACTC-----------------CATTGATGGTA--------------TTGATACCTATTATA-A-ATA-T-T--CTA---TG-A----------AT--ATTCC----------ATCAAATCA-AAAATAGAAAACCTACTTATCTG-------TCCTA-TTTTAT------TGTT----TAAACTTCAATAT-----ATAAGCCACTTGAAAATGAGCA----TG-GTTATAATAAGCAGTTAATTAATA-ACATTGTA-AT--G----A----C---GTCA-T--T-TT-ATCTTGGCC-----CTGTTATTGGTCCTAG-------TAAAGTCTTATTGA-------CGC-----ATGACTTTA--GGC----AA-------TATGACTATCACTGGACCAATAAA-AGATCAATATGAAATCA----CTTGA-
gi|20 : aaaaacaaggtcagtatgcactgTCACATTGGCC-----CAGTTATTGGTCCT-----------CAGTCATATTGtatattatgaa
gi|3 : AA--GTTAAAGTACACTGAAACCAAATATA--CATAGTAT-GCTGCTTTACATGTCTACAACCC--GGTGCTATATCTCGTACACAATTA-AAAAT---AAACCTA---A--TAAAAATCTGTCTACTTT-AT--------TT----TA-----TACTAACATTTATAAAATAATTAAAAACTGACC----CT-GTTATTAGAAGCAGTTAATCAATA-AAATTGTC-AT--T----A----A---CTAAGT--TATTCATAGTGGCC-----AAGTTATTAGTCCTTGGTTTGTAGATAGCCATATTG------------------GACCTTG--GCC----AATGGCCAATATGGCAATCCCTAAACCAATACCTGGGCCACTATGAATTCA----CTCAACTAAa
gi|4 : tcatatgtgaaAT---AAACC-----A--TA-------ATCTATTTTTATTT----AATTCTCTTA-----CAT-AA-----ATAAAATAATTGAAAATTGACCAATGCATGTTATTAGAAGTAATTAATGAATT-AAATTGTCAATTAT----A----A---GTGA-T--T-TT-ATATTGGTC-----CAAT-------------------GACTGTGATATTGGCCAATGTCGTAGACTGCGGCC-------C----AA-------TATTGTTGTCCATAGACCAATAACTAGAGCAATATTAAATCACCTGCTTGA-TAACtaaaacaacagctttaatgatcattttgaataa
gi|5 : GAACTTGGCCAATATGACCGCTT--CC-AGTTATTTGAACATAAAATCGATCATTAAAACACCTTGTAAT-TAAAACATGGCATTGTAATATTCAGGTTGAattataatagcaataagtttcatgaatttatactaaataaaatttatacttattaaattgtttaatta
gi|6 : atatgtaaatgacctctctgcacactgctttacactttattaattttatacaaaatggtcttgtcacataatcaagggaaaaaaaggatgtcatatatagccaacccagtcaatacgatccaaacttggcccatacaaaaaaaaaaagaagccaatatgaactgGAACTAAGCCAATA---CGAC----AAGGGTTATTTAAAGCTAGAGTCATTTAATCAATTAACTGTTGAT-AAAAAGAAGACTTTGTAATGTTGAGGTTGACACTGTTC-ATCATATCA-ATACAT--ATTTTAAATGT-AGAATGCACTGACACCTATTATA-----AGC----CTACCTTA-----------------TTAC---------------ATTA-----------------------------------ATTTTCAT----------------------ATTAA----------ATAATTGAAAATTGACA----TG-GTTATTAGA
gi|7 : atAATTAATA-AAATTGAC-AT--TT---A----ATATGTGA-T--T-T-CATATTAGCC-----CAGTTATTGGTCCTCA-------GATAGTCATATTGACC-----TGTGACCCATGACCTTGCAGGT----CAG------TATAAAAATCTTTGGACCAATAGCTGGGTCAATATAATATTA----
gi|8 : gtttaAATTAATA-AAAATGTT-AT--T----AATATA---GTGA----T-TTCATATTGGTC-----C-----TTGGT--------------CAGTCGTATTGATC-----CGTAATTTGGCACCATA--TGCTGATAAC------CATAACAAGACTTGGACCAATCACTCGGTCAGTAGAAAA---------TAA-TAAC
gi|9 : taAATCGTC-AT--TGATTA----A---ATGA-T--T-T-CATATTGACCAATTACATTAATTGGTCC-CG-------GACACTCATATTTGCC-----TGCAA-CTATAACTTTG--GGT----CAT------TATGTAAATCCTTGGACTAATAACATGGGCAATATTACATCA----CTTAA-atta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AAACTTGACCATTATCAAGGAACAACAGACCAACATGAACAAAAACATGACCAGACTACTTCCAGTTATTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333 33333333333333 1 33333 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222222 2222222222222 111111111 3333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 3 1 0000000 6 1 1 2 6 33 11 22222222222222 8 5 66666 0 0 0 1 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 1 5 4 66 5555555555555 4 55 4 6 77777 222222222 1111111111111111111111111111111111 4 4 1 9999 5
lowQualScore : . . ....... . . . . . .. .. .............. . . ..... . . . . ....................................................................................................................................... ....... . . . .. ............. . .. . . ..... ......... .................................. . . . .... .
lowQualScore : 3 0 3333333 7 0 0 2 7 22 88 66666666666666 0 8 55555 8 2 2 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3333333 0 0 4 11 2222222222222 0 55 0 1 77777 222222222 0000000000000000000000000000000000 0 9 4 4444 7
consensus : GAACTNGGCCAATACGACTACTTCCGGTTGTTTGAACCTA-A-G-TCGTTCATTAAANCAACTCGTGAT-AAAAAGAAGGCATTGTAATGTCGAGGTTGATACTNTTGA-CGA--GTTATATACAT-TTATAGTAATGT-AAAGTGCACTGANACCTATTATA-ACATAGT-T-GCTACCTTACA----------CC--GTTGC----------ATACAATTA-AAAATA---AACCTA--TAT--A-------GCCTATTTTTAT------AGTT----TA-----CATTAA-----ATAAAATAATTGAAAATTGACC----CG-GTTATTAGAAGCAGTTAATNAATA-AAATTGTC-AT--T----A----A---GTGA-T--T-TTCATATTGGCC-----CAGTTATTGGTCCTCG-------GACAGTCATATTGGCC-----CGCGGTCTACGACCTTG--GGC----AA-TATGACAATCCTTGGACCAATAAC-TGGGCCAATATGAAATCA----CTTAA-TAACG
Reference ( family-720 ) : GAACTTGGCCAATATGACTACTTCCGGTTGTTTGAACCTA-A-G-TCGTTCATTAAANCAACTCGTGAT-AAAAAGAAGGCATTGTAATGTCGAGGTTGATACTNTTGA-CGN--GTCATATACAT-TTATAGTAA-GT-AAAGTGCACTGANACCTATTATA-ACATAGT-T-GCTACCTTACA----------CC--GTTGC----------ATACAATTA-AAAATA---AACCTA--TAT--A-------GCCTATTTTTAT------AGTT----TA-----CATTAA-----ATAAAATAATTGAAAATTGACC----CG-GTTATTAGAAGCAGTTAATNAATA-AAATTGTC-AT--T----A----A---GTGA-T--T-TTCATATTGGCC-----CAGTTATTGGTCCTCG-------GACAGTCATATTGGCC-----CGCGGTCTACGACCTTG--GGC----AATTATGACAATCCTTGGACCAATAAC-TGGGNCAATATGAAATCA----CTTAA-TAACG
gi|1 : GAACTTGGCCAATTCTACTTATTCTGGTTGTTTGAACCTA-AAG-TAGCTCCTTAAGTCAACCTATAAT-AAAATGAAGACATTGTTATGTTGAAGCTGACACTTTTGA-AGATAGCGAT---CAT-TCATAGTAATGTGAAAGTGCACTGAAACCTATTATATATATAGT-TTGCTACCTTACA----------CCCAGTTGC----------ATACATTTA-AAAATA---AACGTA--TAT--A-------GCCTATTGGTAT------AGCT----TA-----CAC-AA-----ATAAAATAATTTAAAATTGACC----AG-GTTATTAGAAGCAGTTAATAAATA-AAATTGTC-AT--T----A----A---GTGA-T--T-TTCATATTGACC-----CTGTTATTGGTCTTCG-------GACAATCATATTTGCC-----CGCGGTGTTCGACCTTG--GGC----AATTATGATAATCCTTGGACCAATTAC-TTTGCCAATATGGAATCA-----TTAA-TAACG
gi|10 : AACTGAGCTAAAACGACTACTTTCGGTTATTTGAA-------G-TTGTTCATTAAAGCAGCTCGTGAT-AAAAAGAAGGCATTGTAATGTCTTGGTTGATATTGTTGA-CGA--GTTATATATAT-TT-TAG
gi|11 : taaagtgaTACAATTATAAAAT--------TA--TCC--A-------GCCTAAGTTTATTTCATTAACT----TA-----TGT-AA-----ATGAAACAGTTGAAACTTGAGC----CC-GTTATTAGAAGCAGTTAATAAatgt
gi|12 : tacgctacctACTGAGCTAAAACGACTACTTCCGGTTGTTTGAA-------G-TTGTTCATTAAAGCAGCTCGTGAT-AAAAAGAAAGCATTGTAATGTCTTGGTTGATATTATTGA-CGA--GTTATATATAT-TT-TAGccaactcaagtttcaattat
gi|13 : AATTATTGGTCCTCA-------GACAGTAACATTGGTC-----TGCAGTCTAAGGCCTTT--GGT------TGATGACCATCCTTGGACCGATAAA-TGGGTCAATATAAAACTA----CTatgt
gi|14 : TGA-TGAT-TTCGTGTTGACC-----CAGTTATTTGTCCTCC-------GGCCGCCATATTGGCT-----CATGG----CG-CTTTG--GGT----TAATATAATAATTCTAGGACCAGTGGC-TGGGGCAATGTAAAATatattacagttaggttttgat
gi|15 : a-AAACTGTC-AT--T----ATTTAA---ATTA-T--T-T-CATACTGACC-----AAGTTAATGGTCCTTG-------GACATTCATATCGGC--------CAATCT------TTG--AAT----AA--ATAACA-------------------GAGCCAATATGAAATCA----CTTAA-TAAa
gi|16 : AACAAGTATAAATAACT-AT--T----A----A---CTAA-T--T-T-CATATTGGCC-----CAGTTATTAGTTCTCG-------AAAAGTCGTATCTGCC-----
gi|18 : TCACATTGTCC-----CAGTTATTGGTCCTCA-------GAAAGTCACATTGgcag
gi|19 : TCATATTGACT-----CAGTTATTGGTCCTCA-------GACAGTCACATTGtc
gi|2 : GAACTTGGTCAATATGACTACTTCCTGTTGATTGAACCTATA-G-GC-TTCTTTAAATCAACTTGTGATTAAAAAGAAAACA--GTTATGTTGAGAT--GTACTC------------------CAT-TGATGGTA-------------TTGATACCTATTATA-A-ATA-T-T--CTA---TGAA----------T---ATTCC----------ATCAAATCA-AAAATAGAAAACCTACTTATCTG-------TCCTATTTT-AT------TGTT----TAAACTTCAATAT-----ATAAGCCACTTGAAAATGAGCA----TG-GTTATAATAAGCAGTTAATTAATA-ACATTGTA-AT--G----A----C---GTCA-T--T-TT-ATCTTGGCC-----CTGTTATTGGTCCTAG-------TAAAGTCTTATTGA-------CGC-----ATGACTTTA--GGC----AA-TATGACTATCACTGGACCAATAAA--AGATCAATATGAAATCA----CTTGA-
gi|20 : aaaaacaaggtcagtatgcactgTCACATTGGCC-----CAGTTATTGGTCCT-----------CAGTCATATTGtatattatgaa
gi|3 : AA-GTTAAAGTACACTGAAACCAAATATA--CATAGTAT-GCTGCTTTACATGTCTACAACCC--GGTGCTATATCTCGTACACAATTA-AAAATA---AACCTA---AT--AAAAATCTGTCTACTTT-AT--------TT----TA-----TACTAACATTTATAAAATAATTAAAAACTGACC----CT-GTTATTAGAAGCAGTTAATCAATA-AAATTGTC-AT--T----A----A---CTAAGT--TATTCATAGTGGCC-----AAGTTATTAGTCCTTGGTTTGTAGATAGCCATATTGGAC-----CTTGGCCAA------TG--GCC----AA-TATGGCAATCCCTAAACCAATACC-TGGGCCACTATGAATTCA----CTCAACTAAa
gi|4 : tcatatgtgaaATA---AACC-----AT--A-------ATCTATTTTTATTT----AATTCTCTTA-----CAT-AA-----ATAAAATAATTGAAAATTGACCAATGCATGTTATTAGAAGTAATTAATGAATT-AAATTGTCAATTAT----A----A---GTGA-T--T-TT-ATATTGGTC-----CAAT-------------------GACTGTGATATTGGCCAATGTCGTAGACTGCGGCC-------C----AA-TATTGTTGTCCATAGACCAATAAC-TAGAGCAATATTAAATCACCTGCTTGA-TAACtaaaacaacagctttaatgatcattttgaataa
gi|5 : GAACTTGGCCAATATGACCGCTTCCAGTTATTTGAACATA-A-AATCGATCATTAAAACACCTTGTAAT-TAAAACATGGCATTGTAATATTCAGGTTGAattataatagcaataagtttcatgaatttatactaaataaaatttatacttattaaattgtttaatta
gi|6 : atatgtaaatgacctctctgcacactgctttacactttattaattttatacaaaatggtcttgtcacataatcaagggaaaaaaaggatgtcatatatagccaacccagtcaatacgatccaaacttggcccatacaaaaaaaaaaagaagccaatatgaactgGAACTAAGCCAATACGACAAG----GGTTATTTAAAGCTAGA-G-TCATTTAATCAATTAACTGTTGAT-AAAAAGAAGACTTTGTAATGTTGAGGTTGACACTGTTCATCAT--ATCA-ATACATATTTTA--AATGT-AGAATGCACTGACACCTATTATA-----AGC----CTACCTTA-----------------TTAC---------------ATTA-A----------------------------------TTTTCAT----------------------ATTAA----------ATAATTGAAAATTGACA----TG-GTTATTAGA
gi|7 : atAATTAATA-AAATTGAC-AT--TT---A----ATATGTGA-T--T-T-CATATTAGCC-----CAGTTATTGGTCCTCA-------GATAGTCATATTGACC-----TGTGACCCATGACCTTGCAGGT----CAGTATAAAAATCTTTGGACCAATAGC-TGGGTCAATATAATATTA----
gi|8 : gtttaAATTAATA-AAAATGTT-AT--T----AATATA---GTGA----T-TTCATATTGGTC-----C-----TTGGT--------------CAGTCGTATTGATC-----CGTAATTTGGCACCATA--TGCTGATAACCATAACAAGACTTGGACCAATCAC-TCGGTCAGTAGAAAA---------TAA-TAAC
gi|9 : taAATCGTC-AT--TGATTA----A---ATGA-T--T-T-CATATTGACCAATTACATTAATTGGTCC-CG-------GACACTCATATTTGCC-----TGCAA-CTATAACTTTG--GGT----CATTATGTAAATCCTTGGACTAATAACATGGG-CAATATTACATCA----CTTAA-atta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AAACTTGACCATTATCAAGGAACAACAGACCAACATGAACAAAAACATGACCAGACTACTTCCAGTTATTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333 222222222222 1111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222222 2222222222222 111111111 33333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 1 0000000 6 1 1 2 6 33 11 3 999999999999 8 7777777 6 0 0 0 1 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 1 5 4 66 5555555555555 4 55 4 6 77777 222222222 22222222222222222222222222222222222 4 33 4 6 1 9999 5
lowQualScore : . ....... . . . . . .. .. . ............ . ....... . . . . . ....................................................................................................................................... ....... . . . .. ............. . .. . . ..... ......... ................................... . .. . . . .... .
lowQualScore : 0 3333333 7 0 0 2 7 22 88 2 666666666666 0 6666666 7 8 2 2 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3333333 0 0 4 11 2222222222222 0 55 0 1 77777 222222222 66666666666666666666666666666666666 0 33 0 4 4 4444 7
consensus : GAACTNGGCCAATACGACTACTTCCGGTTGTTTGAACCTA-A-G-TCGTTCATTAAANCAACTCGTGAT-AAAAAGAAGGCATTGTAATGTCGAGGTTGATACTNTTGACGA--GTTAT--ATACAT-TTATAGTAATGT-AAAGTGCACTGANACCTATTATA-ACATAGT-T-GCTACCTTACA----------CC--GTTGC----------ATACAATTA-AAAATA---AACCTA--TAT--A-------GCCTATTTTTAT------AGTT----TA-----CATTAA-----ATAAAATAATTGAAAATTGACC----CG-GTTATTAGAAGCAGTTAATNAATA-AAATTGTC-AT--T----A----A---GTGA-T--T-TTCATATTGGCC-----CAGTTATTGGTCCTCG-------GACAGTCATATTGGCC-----CGCGGTCTACGACCTTG--GG-C----AA-T-ATGACAATCCTTGGACCAATAAC-TGGGCCAATATGAAATCA----CTTAA-TAACG
Reference ( family-720 ) : GAACTNGGCCAATACGACTACTTCCGGTTGTTTGAACCTA-A-G-TCGTTCATTAAANCAACTCGTGAT-AAAAAGAAGGCATTGTAATGTCGAGGTTGATACTNTTGACGA--GTTAT--ATACAT-TTATAGTAATGT-AAAGTGCACTGANACCTATTATA-ACATAGT-T-GCTACCTTACA----------CC--GTTGC----------ATACAATTA-AAAATA---AACCTA--TAT--A-------GCCTATTTTTAT------AGTT----TA-----CATTAA-----ATAAAATAATTGAAAATTGACC----CG-GTTATTAGAAGCAGTTAATNAATA-AAATTGTC-AT--T----A----A---GTGA-T--T-TTCATATTGGCC-----CAGTTATTGGTCCTCG-------GACAGTCATATTGGCC-----CGCGGTCTACGACCTTG--GG-C----AA-T-ATGACAATCCTTGGACCAATAAC-TGGGCCAATATGAAATCA----CTTAA-TAACG
gi|1 : GAACTTGGCCAATTCTACTTATTCTGGTTGTTTGAACCTA-AAG-TAGCTCCTTAAGTCAACCTATAAT-AAAATGAAGACATTGTTATGTTGAAGCTGACACTTTTGAAGATAGCGAT-----CAT-TCATAGTAATGTGAAAGTGCACTGAAACCTATTATATATATAGT-TTGCTACCTTACA----------CCCAGTTGC----------ATACATTTA-AAAATA---AACGTA--TAT--A-------GCCTATTGGTAT------AGCT----TA-----CAC-AA-----ATAAAATAATTTAAAATTGACC----AG-GTTATTAGAAGCAGTTAATAAATA-AAATTGTC-AT--T----A----A---GTGA-T--T-TTCATATTGACC-----CTGTTATTGGTCTTCG-------GACAATCATATTTGCC-----CGCGGTGTTCGACCTTG--GG-C----AATT-ATGATAATCCTTGGACCAATTAC-TTTGCCAATATGGAATCA-----TTAA-TAACG
gi|10 : AACTGAGCTAAAACGACTACTTTCGGTTATTTGAA-------G-TTGTTCATTAAAGCAGCTCGTGAT-AAAAAGAAGGCATTGTAATGTCTTGGTTGATATTGTTGACGA--GTTAT--ATATAT-TT-TAG--ATGT-
gi|11 : taaagtgaTACAATTATAAAAT--------TA--TCC--A-------GCCTAAGTTTATTTCATTAACT----TA-----TGT-AA-----ATGAAACAGTTGAAACTTGAGC----CC-GTTATTAGAAGCAGTTAATAA
gi|12 : tacgctacctACTGAGCTAAAACGACTACTTCCGGTTGTTTGAA-------G-TTGTTCATTAAAGCAGCTCGTGAT-AAAAAGAAAGCATTGTAATGTCTTGGTTGATATTATTGACGA--GTTAT--ATATAT-TT-TAG--ATGT-ccaactcaagtttcaattat
gi|13 : AATTATTGGTCCTCA-------GACAGTAACATTGGTC-----TGCAGTCTAAGGCCTTT--GG-T-------TGATGACCATCCTTGGACCGATAAA-TGGGTCAATATAAAACTA----CT
gi|14 : TGA-TGAT-TTCGTGTTGACC-----CAGTTATTTGTCCTCC-------GGCCGCCATATTGGCT-----CATGG----CG-CTTTG--GGTT----AA-T-ATAATAATTCTAGGACCAGTGGC-TGGGGCAATGTAAAATatattacagttaggttttgat
gi|15 : a-AAACTGTC-AT--T----ATTTAA---ATTA-T--T-T-CATACTGACC-----AAGTTAATGGTCCTTG-------GACATTCATATCGGC--------CAATCT------TTG----------AA-T-A----------------AATAAC-AGAGCCAATATGAAATCA----CTTAA-TAAa
gi|16 : AACAAGTATAAATAACT-AT--T----A----A---CTAA-T--T-T-CATATTGGCC-----CAGTTATTAGTTCTCG-------AAAAGTCGTATCTGCC-----
gi|18 : TCACATTGTCC-----CAGTTATTGGTCCTCA-------GAAAGTCACATTGgcag
gi|19 : TCATATTGACT-----CAGTTATTGGTCCTCA-------GACAGTCACATTGtc
gi|2 : GAACTTGGTCAATATGACTACTTCCTGTTGATTGAACCTATA-G-GC-TTCTTTAAATCAACTTGTGATTAAAAAGAAAACA--GTTATGTTGAGAT--GTACTC-------------------CAT-TGATGGTA-------------TTGATACCTATTATA-A-ATA-T-T--CTA---TGAA----------T---ATTCC----------ATCAAATCA-AAAATAGAAAACCTACTTATCTG-------TCCTATTTT-AT------TGTT----TAAACTTCAATAT-----ATAAGCCACTTGAAAATGAGCA----TG-GTTATAATAAGCAGTTAATTAATA-ACATTGTA-AT--G----A----C---GTCA-T--T-TT-ATCTTGGCC-----CTGTTATTGGTCCTAG-------TAAAGTCTTATTGA-------CGC-----ATGACTTTA--GG-C----AA-T-ATGACTATCACTGGACCAATAAA--AGATCAATATGAAATCA----CTTGA-
gi|20 : aaaaacaaggtcagtatgcactgTCACATTGGCC-----CAGTTATTGGTCCT-----------CAGTCATATTGtatattatgaa
gi|3 : T-AAAGTACACTGAAACCAAATATA--CATAGTAT-GCTGCTTTACATGTCTACAACCC--GGTGCTATATCTCGTACACAATTA-AAAATA---AACCTA---AT--AAAAATCTGTCTACTTT-AT--------TT----TA-----TACTAACATTTATAAAATAATTAAAAACTGACC----CT-GTTATTAGAAGCAGTTAATCAATA-AAATTGTC-AT--T----A----A---CTAAGT--TATTCATAGTGGCC-----AAGTTATTAGTCCTTGGTTTGTAGATAGCCATATTGGAC-----CTTGGCCAA------TG--GC-C----AA-T-ATGGCAATCCCTAAACCAATACC-TGGGCCACTATGAATTCA----CTCAACTAAa
gi|4 : tcatatgtgaaaagtATA---AACC-----AT--A-------ATCTATTTTTATTT----AATTCTCTTA-----CAT-AA-----ATAAAATAATTGAAAATTGACCAATGCATGTTATTAGAAGTAATTAATGAATT-AAATTGTCAATTAT----A----A---GTGA-T--T-TT-ATATTGGTC-----CAAT-------------------GACTGTGATATTGGCCAATGTCGTAGACTGCGGCC--------C----AA-T-ATTGTTGTCCATAGACCAATAAC-TAGAGCAATATTAAATCACCTGCTTGA-TAACtaaaacaacagctttaatgatcattttgaataa
gi|5 : GAACTTGGCCAATATGACCGCTTCCAGTTATTTGAACATA-A-AATCGATCATTAAAACACCTTGTAAT-TAAAACATGGCATTGTAATATTCAGGTTGAattataatagcaataagtttcatgaatttatactaaataaaatttatacttattaaattgtttaatta
gi|6 : atatgtaaatgacctctctgcacactgctttacactttattaattttatacaaaatggtcttgtcacataatcaagggaaaaaaaggatgtcatatatagccaacccagtcaatacgatccaaacttggcccatacaaaaaaaaaaagaagccaatatgaactgGAACTAAGCCAATACGACAAG----GGTTATTTAAAGCTAGA-G-TCATTTAATCAATTAACTGTTGAT-AAAAAGAAGACTTTGTAATGTTGAGGTTGACACTGTTCATCA----TATCAATACATATTTTA--AATGT-AGAATGCACTGACACCTATTATA-----AGC----CTACCTTA-----------------TTAC---------------ATTA-A----------------------------------TTTTCAT----------------------ATTAA----------ATAATTGAAAATTGACA----TG-GTTATTAGA
gi|7 : atAATTAATA-AAATTGAC-AT--TT---A----ATATGTGA-T--T-T-CATATTAGCC-----CAGTTATTGGTCCTCA-------GATAGTCATATTGACC-----TGTGACCCATGACCTTGCAGGTC----AG-T-ATAAAAATCTTTGGACCAATAGC-TGGGTCAATATAATATTA----
gi|8 : gtttaAATTAATA-AAAATGTT-AT--T----AATATA---GTGA----T-TTCATATTGGTC-----C-----TTGGT--------------CAGTCGTATTGATC-----CGTAATTTGGCACCATA--TG-CTGATAACC-ATAACAAGACTTGGACCAATCAC-TCGGTCAGTAGAAAA---------TAA-TAAC
gi|9 : taAATCGTC-AT--TGATTA----A---ATGA-T--T-T-CATATTGACCAATTACATTAATTGGTCC-CG-------GACACTCATATTTGCC-----TGCAA-CTATAACTTTG--GGTC----AT-T-ATGTAAATCCTTGGACTAATAACATGGG-CAATATTACATCA----CTTAA-atta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AAACTTGACCATTATCAAGGAACAACAGACCAACATGAACAAAAACATGACCAGACTACTTCCAGTTATTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333 222222222222 1111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222222 2222222222222 111111111 33333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 1 0000000 6 1 1 2 6 33 11 3 999999999999 8 7777777 6 0 0 0 1 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 1 5 4 66 5555555555555 4 55 4 6 77777 222222222 22222222222222222222222222222222222 4 33 4 6 1 9999 5
lowQualScore : . ....... . . . . . .. .. . ............ . ....... . . . . . ....................................................................................................................................... ....... . . . .. ............. . .. . . ..... ......... ................................... . .. . . . .... .
lowQualScore : 0 3333333 7 0 0 2 7 22 88 2 666666666666 0 6666666 7 8 2 2 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3333333 0 0 4 11 2222222222222 0 55 0 1 77777 222222222 66666666666666666666666666666666666 0 33 0 4 4 4444 7
consensus : GAACTNGGCCAATACGACTACTTCCGGTTGTTTGAACCTA-A-G-TCGTTCATTAAANCAACTCGTGAT-AAAAAGAAGGCATTGTAATGTCGAGGTTGATACTNTTGACGA--GTTAT--ATACAT-TTATAGTAATGT-AAAGTGCACTGANACCTATTATA-ACATAGT-T-GCTACCTTACA----------CC--GTTGC----------ATACAATTA-AAAATA---AACCTA--TAT--A-------GCCTATTTTTAT------AGTT----TA-----CATTAA-----ATAAAATAATTGAAAATTGACC----CG-GTTATTAGAAGCAGTTAATNAATA-AAATTGTC-AT--T----A----A---GTGA-T--T-TTCATATTGGCC-----CAGTTATTGGTCCTCG-------GACAGTCATATTGGCC-----CGCGGTCTACGACCTTG--GG-C----AA-T-ATGACAATCCTTGGACCAATAAC-TGGGCCAATATGAAATCA----CTTAA-TAACG
Reference ( family-720 ) : GAACTNGGCCAATACGACTACTTCCGGTTGTTTGAACCTA-A-G-TCGTTCATTAAANCAACTCGTGAT-AAAAAGAAGGCATTGTAATGTCGAGGTTGATACTNTTGACGA--GTTAT--ATACAT-TTATAGTAATGT-AAAGTGCACTGANACCTATTATA-ACATAGT-T-GCTACCTTACA----------CC--GTTGC----------ATACAATTA-AAAATA---AACCTA--TAT--A-------GCCTATTTTTAT------AGTT----TA-----CATTAA-----ATAAAATAATTGAAAATTGACC----CG-GTTATTAGAAGCAGTTAATNAATA-AAATTGTC-AT--T----A----A---GTGA-T--T-TTCATATTGGCC-----CAGTTATTGGTCCTCG-------GACAGTCATATTGGCC-----CGCGGTCTACGACCTTG--GG-C----AA-T-ATGACAATCCTTGGACCAATAAC-TGGGCCAATATGAAATCA----CTTAA-TAACG
gi|1 : GAACTTGGCCAATTCTACTTATTCTGGTTGTTTGAACCTA-AAG-TAGCTCCTTAAGTCAACCTATAAT-AAAATGAAGACATTGTTATGTTGAAGCTGACACTTTTGAAGATAGCGAT-----CAT-TCATAGTAATGTGAAAGTGCACTGAAACCTATTATATATATAGT-TTGCTACCTTACA----------CCCAGTTGC----------ATACATTTA-AAAATA---AACGTA--TAT--A-------GCCTATTGGTAT------AGCT----TA-----CAC-AA-----ATAAAATAATTTAAAATTGACC----AG-GTTATTAGAAGCAGTTAATAAATA-AAATTGTC-AT--T----A----A---GTGA-T--T-TTCATATTGACC-----CTGTTATTGGTCTTCG-------GACAATCATATTTGCC-----CGCGGTGTTCGACCTTG--GG-C----AATT-ATGATAATCCTTGGACCAATTAC-TTTGCCAATATGGAATCA-----TTAA-TAACG
gi|10 : AACTGAGCTAAAACGACTACTTTCGGTTATTTGAA-------G-TTGTTCATTAAAGCAGCTCGTGAT-AAAAAGAAGGCATTGTAATGTCTTGGTTGATATTGTTGACGA--GTTAT--ATATAT-TT-TAG--ATGT-
gi|11 : taaagtgaTACAATTATAAAAT--------TA--TCC--A-------GCCTAAGTTTATTTCATTAACT----TA-----TGT-AA-----ATGAAACAGTTGAAACTTGAGC----CC-GTTATTAGAAGCAGTTAATAA
gi|12 : tacgctacctACTGAGCTAAAACGACTACTTCCGGTTGTTTGAA-------G-TTGTTCATTAAAGCAGCTCGTGAT-AAAAAGAAAGCATTGTAATGTCTTGGTTGATATTATTGACGA--GTTAT--ATATAT-TT-TAG--ATGT-ccaactcaagtttcaattat
gi|13 : AATTATTGGTCCTCA-------GACAGTAACATTGGTC-----TGCAGTCTAAGGCCTTT--GG-T-------TGATGACCATCCTTGGACCGATAAA-TGGGTCAATATAAAACTA----CT
gi|14 : TGA-TGAT-TTCGTGTTGACC-----CAGTTATTTGTCCTCC-------GGCCGCCATATTGGCT-----CATGG----CG-CTTTG--GGTT----AA-T-ATAATAATTCTAGGACCAGTGGC-TGGGGCAATGTAAAATatattacagttaggttttgat
gi|15 : a-AAACTGTC-AT--T----ATTTAA---ATTA-T--T-T-CATACTGACC-----AAGTTAATGGTCCTTG-------GACATTCATATCGGC--------CAATCT------TTG----------AA-T-A----------------AATAAC-AGAGCCAATATGAAATCA----CTTAA-TAAa
gi|16 : AACAAGTATAAATAACT-AT--T----A----A---CTAA-T--T-T-CATATTGGCC-----CAGTTATTAGTTCTCG-------AAAAGTCGTATCTGCC-----
gi|18 : TCACATTGTCC-----CAGTTATTGGTCCTCA-------GAAAGTCACATTGgcag
gi|19 : TCATATTGACT-----CAGTTATTGGTCCTCA-------GACAGTCACATTGtc
gi|2 : GAACTTGGTCAATATGACTACTTCCTGTTGATTGAACCTATA-G-GC-TTCTTTAAATCAACTTGTGATTAAAAAGAAAACA--GTTATGTTGAGAT--GTACTC-------------------CAT-TGATGGTA-------------TTGATACCTATTATA-A-ATA-T-T--CTA---TGAA----------T---ATTCC----------ATCAAATCA-AAAATAGAAAACCTACTTATCTG-------TCCTATTTT-AT------TGTT----TAAACTTCAATAT-----ATAAGCCACTTGAAAATGAGCA----TG-GTTATAATAAGCAGTTAATTAATA-ACATTGTA-AT--G----A----C---GTCA-T--T-TT-ATCTTGGCC-----CTGTTATTGGTCCTAG-------TAAAGTCTTATTGA-------CGC-----ATGACTTTA--GG-C----AA-T-ATGACTATCACTGGACCAATAAA--AGATCAATATGAAATCA----CTTGA-
gi|20 : aaaaacaaggtcagtatgcactgTCACATTGGCC-----CAGTTATTGGTCCT-----------CAGTCATATTGtatattatgaa
gi|3 : T-AAAGTACACTGAAACCAAATATA--CATAGTAT-GCTGCTTTACATGTCTACAACCC--GGTGCTATATCTCGTACACAATTA-AAAATA---AACCTA---AT--AAAAATCTGTCTACTTT-AT--------TT----TA-----TACTAACATTTATAAAATAATTAAAAACTGACC----CT-GTTATTAGAAGCAGTTAATCAATA-AAATTGTC-AT--T----A----A---CTAAGT--TATTCATAGTGGCC-----AAGTTATTAGTCCTTGGTTTGTAGATAGCCATATTGGAC-----CTTGGCCAA------TG--GC-C----AA-T-ATGGCAATCCCTAAACCAATACC-TGGGCCACTATGAATTCA----CTCAACTAAa
gi|4 : tcatatgtgaaaagtATA---AACC-----AT--A-------ATCTATTTTTATTT----AATTCTCTTA-----CAT-AA-----ATAAAATAATTGAAAATTGACCAATGCATGTTATTAGAAGTAATTAATGAATT-AAATTGTCAATTAT----A----A---GTGA-T--T-TT-ATATTGGTC-----CAAT-------------------GACTGTGATATTGGCCAATGTCGTAGACTGCGGCC--------C----AA-T-ATTGTTGTCCATAGACCAATAAC-TAGAGCAATATTAAATCACCTGCTTGA-TAACtaaaacaacagctttaatgatcattttgaataa
gi|5 : GAACTTGGCCAATATGACCGCTTCCAGTTATTTGAACATA-A-AATCGATCATTAAAACACCTTGTAAT-TAAAACATGGCATTGTAATATTCAGGTTGAattataatagcaataagtttcatgaatttatactaaataaaatttatacttattaaattgtttaatta
gi|6 : atatgtaaatgacctctctgcacactgctttacactttattaattttatacaaaatggtcttgtcacataatcaagggaaaaaaaggatgtcatatatagccaacccagtcaatacgatccaaacttggcccatacaaaaaaaaaaagaagccaatatgaactgGAACTAAGCCAATACGACAAG----GGTTATTTAAAGCTAGA-G-TCATTTAATCAATTAACTGTTGAT-AAAAAGAAGACTTTGTAATGTTGAGGTTGACACTGTTCATCA----TATCAATACATATTTTA--AATGT-AGAATGCACTGACACCTATTATA-----AGC----CTACCTTA-----------------TTAC---------------ATTA-A----------------------------------TTTTCAT----------------------ATTAA----------ATAATTGAAAATTGACA----TG-GTTATTAGA
gi|7 : atAATTAATA-AAATTGAC-AT--TT---A----ATATGTGA-T--T-T-CATATTAGCC-----CAGTTATTGGTCCTCA-------GATAGTCATATTGACC-----TGTGACCCATGACCTTGCAGGTC----AG-T-ATAAAAATCTTTGGACCAATAGC-TGGGTCAATATAATATTA----
gi|8 : gtttaAATTAATA-AAAATGTT-AT--T----AATATA---GTGA----T-TTCATATTGGTC-----C-----TTGGT--------------CAGTCGTATTGATC-----CGTAATTTGGCACCATA--TG-CTGATAACC-ATAACAAGACTTGGACCAATCAC-TCGGTCAGTAGAAAA---------TAA-TAAC
gi|9 : taAATCGTC-AT--TGATTA----A---ATGA-T--T-T-CATATTGACCAATTACATTAATTGGTCC-CG-------GACACTCATATTTGCC-----TGCAA-CTATAACTTTG--GGTC----AT-T-ATGTAAATCCTTGGACTAATAACATGGG-CAATATTACATCA----CTTAA-atta
blockSeqs : G CCTATA A G G C T CT GT C GTTATATA A ATGGTA . T CATAGTATGCTGCTTTACATGTCTACAACCCGGTGCTATATCTCGTACACAATTAAAAATAAACCTAATAAAAATCTGTCTACTTTATTTTATACTAACATTT AATGCAT A T A TA ATTTAA G GA A T AATTA TGGTTTGTA CGTAATTTGGCACCATATGCTGATAAC G CC A T A CCTG C
blockSeqs : G GCTAGA . G G C . CT AT C GTTATATA . TTAAA . A AATATTCTATGAATATTCCATCAAATCAAAAATAGAAAACCTACTTATCTGTCCTATTTTATTGTTTAAACTTCAATAT CC A . . . TAATAT . . . T . CA TGTGACCCATGACCTTGCAGGTCAG . TA . G A . .
blockSeqs : T CATAA . G T T . TG GT T TATCAATA . TAGA . C AGCCTACCTTATTACATTAATTTTCATATTAA TG T . . . AATATA . . . T . CC AATGTCGTAGACTGCGGCCCAA . CT . C G . .
blockSeqs : T . . A A T . TC C . . . TAGA . CT C . . . GATTAA . . . T . TG TGCAACTATAACTTTGGGTCAT . CA . T G . .
blockSeqs : A . . . T G . TG . TG G . . . AA . . . T . CG TGCAGTCTAAGGCCTTTGGT . TT . C G . .
blockSeqs : T . . . AC . . . T . CA CATGGCGCTTTGGGTTAA . AA . G T . .
blockSeqs : T . . . AA . . . T . CA CGCATGACTTTAGGCAA . CA . T A .
blockSeqs : . . AA . . . T . AG CTTGGCCAATGGCCAA . AA . T A .
blockSeqs : . . . . . CA CAATCTTTGAA . . . . T
blockSeqs : . . CG
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : TAA**** GTTATATA**** TAGA*** AA*********** CGCATGGCCTTGGGCAA******************
originalCons : GAACTNGGCCAATACGACTACTTCCGGTTGTTTGAACCTA-A-G-TCGTTCATTAAANCAACTCGTGAT-AAAAAGAAGGCATTGTAATGTCGAGGTTGATACTNTTGACGA--GTTAT--ATACAT-TTATAGTAATGT-AAAGTGCACTGANACCTATTATA-ACATAGT-T-GCTACCTTACA----------CC--GTTGC----------ATACAATTA-AAAATA---AACCTA--TAT--A-------GCCTATTTTTAT------AGTT----TA-----CATTAA-----ATAAAATAATTGAAAATTGACC----CG-GTTATTAGAAGCAGTTAATNAATA-AAATTGTC-AT--T----A----A---GTGA-T--T-TTCATATTGGCC-----CAGTTATTGGTCCTCG-------GACAGTCATATTGGCC-----CGCGGTCTACGACCTTG--GG-C----AA-T-ATGACAATCCTTGGACCAATAAC-TGGGCCAATATGAAATCA----CTTAA-TAACG
finalCons : GAACTNGGCCAATACGACTACTTCCGGTTGTTTGAATAA----G-TCGTTCATTAAANCAACTCGTGAT-AAAAAGAAGGCATTGTAATGTCGAGGTTGATACTNTTGACGAGTTATATA----CAT-TTTAGA---TGT-AAAGTGCACTGANACCTATTATA-ACATAGT-T-GCTACCTTACA----------CC--GTTGC----------ATACAATTA-AAAATA---AACCTA--TAT--A-------GCCTATTTTTAT------AGTT----TA-----CATTAA-----ATAAAATAATTGAAAATTGACC----CG-GTTATTAGAAGCAGTTAATNAATA-AAATTGTC-AT--TAA-----------GTGA-T--T-TTCATATTGGCC-----CAGTTATTGGTCCTCG-------GACAGTCATATTGGCCCGCATGGCCTTGGGCAA------------------T-ATGACAATCCTTGGACCAATAAC-TGGGCCAATATGAAATCA----CTTAA-TAACG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AAACTTGACCATTATCAAGGAACAACAGACCAACATGAACAAAAACATGACCAGACTACTTCCAGTTATTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 6666666666 333333333333333 11 11 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222222 2222222222222 111111111 6666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 1 6666666666 1 1 2 6 33 11 3 777777777777777 11 11 6 0 0 1 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 1 5 4 66 5555555555555 4 55 4 6 77777 222222222 2 2 6666666666666666666666666666666666666666666 4 2 4 6 1 9999 5
lowQualScore : . .......... . . . . .. .. . ............... .. .. . . . . ....................................................................................................................................... ....... . . . .. ............. . .. . . ..... ......... . . ........................................... . . . . . .... .
lowQualScore : 0 3333333333 0 0 2 7 22 88 2 000000000000000 88 00 7 8 2 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3333333 0 0 4 11 2222222222222 0 55 0 1 77777 222222222 9 0 7777777777777777777777777777777777777777777 0 3 0 4 4 4444 7
consensus : GAACTNGGCCAATACGACTACTTCCGGTTGTTTGAA--C---A---AGTCGTTCATTAAANCAACTCGTGAT-AAAAAGAAGGCATTGTAATGTCGAGGTTGATACTNTTGACGA--GTTAT--ATAC--ATTT-TAG--ATGT-AAAGTGCACTGANACCTATTATA-ACATAGT-T-GCTACCTTACA----------CC--GTTGC----------ATACAATTA-AAAATA---AACCTA--TAT--A-------GCCTATTTTTAT------AGTT----TA-----CATTAA-----ATAAAATAATTGAAAATTGACC--CG---GTTATTAGAAGCAGTTAATNAATA-AAATTGTC-AT--T----A----A---GTGA-T--T-TTCATATTGGCC-----CAGTTATTGGTCCTCG-------GACAGTCATAT-TGGCC--CG-----CA-----T--G--GC-C-T---TG--GG--CAA-T-ATGACAATCCTTGGACCAATAAC-TGGGCCAATATGAAATCA----CTTAA-TAACG
Reference ( family-720 ) : GAACTNGGCCAATACGACTACTTCCGGTTGTTTGAA--T---A---AGTCGTTCATTAAANCAACTCGTGAT-AAAAAGAAGGCATTGTAATGTCGAGGTTGATACTNTTGACGA--GTTAT--ATAC--ATTT-TAG--ATGT-AAAGTGCACTGANACCTATTATA-ACATAGT-T-GCTACCTTACA----------CC--GTTGC----------ATACAATTA-AAAATA---AACCTA--TAT--A-------GCCTATTTTTAT------AGTT----TA-----CATTAA-----ATAAAATAATTGAAAATTGACC--CG---GTTATTAGAAGCAGTTAATNAATA-AAATTGTC-AT--T----A----A---GTGA-T--T-TTCATATTGGCC-----CAGTTATTGGTCCTCG-------GACAGTCATAT-TGGCC--CG-----CA-----T--G--GC-C-T---TG--GG--CAA-T-ATGACAATCCTTGGACCAATAAC-TGGGCCAATATGAAATCA----CTTAA-TAACG
gi|1 : GAACTTGGCCAATTCTACTTATTCTGGTTGTTTGAA--CCTAA---AGTAGCTCCTTAAGTCAACCTATAAT-AAAATGAAGACATTGTTATGTTGAAGCTGACACTTTTGAAGATAGCGAT-----C--ATTCATAGTAATGTGAAAGTGCACTGAAACCTATTATATATATAGT-TTGCTACCTTACA----------CCCAGTTGC----------ATACATTTA-AAAATA---AACGTA--TAT--A-------GCCTATTGGTAT------AGCT----TA-----CAC-AA-----ATAAAATAATTTAAAATTGACC--AG---GTTATTAGAAGCAGTTAATAAATA-AAATTGTC-AT--T----A----A---GTGA-T--T-TTCATATTGACC-----CTGTTATTGGTCTTCG-------GACAATCATAT-TTGCC--CG-----CGGTGTTC--G--AC-C-T---TG--GG--CAATT-ATGATAATCCTTGGACCAATTAC-TTTGCCAATATGGAATCA-----TTAA-TAACG
gi|10 : AACTGAGCTAAAACGACTACTTTCGGTTATTTGAA-----------GTTGTTCATTAAAGCAGCTCGTGAT-AAAAAGAAGGCATTGTAATGTCTTGGTTGATATTGTTGACGA--GTTAT--ATAT--ATTT-TAG--ATGT-
gi|11 : taaagtgaTACAATTATAAAAT--------TA--TCC--A-------GCCTAAGTTTATTTCATTAACT----TA-----TGT-AA-----ATGAAACAGTTGAAACTTGAGC--CC---GTTATTAGAAGCAGTTAATAA
gi|12 : tacgctacctACTGAGCTAAAACGACTACTTCCGGTTGTTTGAA-----------GTTGTTCATTAAAGCAGCTCGTGAT-AAAAAGAAAGCATTGTAATGTCTTGGTTGATATTATTGACGA--GTTAT--ATAT--ATTT-TAG--ATGT-ccaactcaagtttcaattat
gi|13 : AATTATTGGTCCTCA-------GACAGTAACAT-TGGTC--TG-----CAGTC--TAAG--GC-C-T---TT--GG--T---TGATGACCATCCTTGGACCGATAAA-TGGGTCAATATAAAACTA----CT
gi|14 : TGA-TGAT-TTCGTGTTGACC-----CAGTTATTTGTCCTCC-------GGCCGCCATAT-TGGCT---------CA-----T--GGCGC-T-T---TG--GGT-TAA-T-ATAATAATTCTAGGACCAGTGGC-TGGGGCAATGTAAAATatattacagttaggttttgat
gi|15 : a-AAACTGTC-AT--T----ATTTAA---ATTA-T--T-T-CATACTGACC-----AAGTTAATGGTCCTTG-------GACATTCATAT-CGGCC--------------------------------------------------AATCTTTGAATAAATAAC-AGAGCCAATATGAAATCA----CTTAA-TAAa
gi|16 : AACAAGTATAAATAACT-AT--T----A----A---CTAA-T--T-T-CATATTGGCC-----CAGTTATTAGTTCTCG-------AAAAGTCGTATCTG--C--CG-----CA-----
gi|18 : TCACATTGTCC-----CAGTTATTGGTCCTCA-------GAAAGTCACAT-TGg
gi|19 : TCATATTGACT-----CAGTTATTGGTCCTCA-------GACAGTCACAT-TGtc
gi|2 : GAACTTGGTCAATATGACTACTTCCTGTTGATTGAACCT---AT--AGGC-TTCTTTAAATCAACTTGTGATTAAAAAGAAAACA--GTTATGTTGAGAT--GTACTC-------------------C--ATT----G--ATG-------GTATTGATACCTATTATA-A-ATA-T-T--CTA---TGAA----------T---ATTCC----------ATCAAATCA-AAAATAGAAAACCTACTTATCTG-------TCCTATTTT-AT------TGTT----TAAACTTCAATAT-----ATAAGCCACTTGAAAATGAGCA--TG---GTTATAATAAGCAGTTAATTAATA-ACATTGTA-AT--G----A----C---GTCA-T--T-TT-ATCTTGGCC-----CTGTTATTGGTCCTAG-------TAAAGTCTTAT-TGA----CG-----CA-----T--G--AC-T-T---TA--GG--CAA-T-ATGACTATCACTGGACCAATAAA--AGATCAATATGAAATCA----CTTGA-
gi|20 : aaaaacaaggtcagtatgcactgTCACATTGGCC-----CAGTTATTGGTCCT-----------CAGTCATAT-TGtatattatgaa
gi|3 : T-AAAGTACACTGAAACCAAATATA--CATAGTAT-GCTGCTTTACATGTCTACAACCC--GGTGCTATATCTCGTACACAATTA-AAAATA---AACCTA---AT--AAAAATCTGTCTACTTT-AT--------TT----TA-----TACTAACATTTATAAAATAATTAAAAACTGACC--CT---GTTATTAGAAGCAGTTAATCAATA-AAATTGTC-AT--T----A----A---CTAAGT--TATTCATAGTGGCC-----AAGTTATTAGTCCTTGGTTTGTAGATAGCCATAT-TGGAC--CT------------T--G--GC-CAA---TG--GC--CAA-T-ATGGCAATCCCTAAACCAATACC-TGGGCCACTATGAATTCA----CTCAACTAAa
gi|4 : tcatatgtgaaaagtATA---AACC-----AT--A-------ATCTATTTTTATTT----AATTCTCTTA-----CAT-AA-----ATAAAATAATTGAAAATTGACCAATGCATGTTATTAGAAGTAATTAATGAATT-AAATTGTCAATTAT----A----A---GTGA-T--T-TT-ATATTGGTC-----CAAT-------------------GACTGTGATAT-TGGCCAATGT----CG-----T--A--GA-C-T---GC--GGCCCAA-T-ATTGTTGTCCATAGACCAATAAC-TAGAGCAATATTAAATCACCTGCTTGA-TAACtaaaacaacagctttaatgatcattttgaataa
gi|5 : GAACTTGGCCAATATGACCGCTTCCAGTTATTTGAA--C---ATAAAATCGATCATTAAAACACCTTGTAAT-TAAAACATGGCATTGTAATATTCAGGTTGAattataatagcaataagtttcatgaatttatactaaataaaatttatacttattaaattgtttaatta
gi|6 : atatgtaaatgacctctctgcacactgctttacactttattaattttatacaaaatggtcttgtcacataatcaagggaaaaaaaggatgtcatatatagccaacccagtcaatacgatccaaacttggcccatacaaaaaaaaaaagaagccaatatgaactgGAACTAAGCCAATACGACAAG----GGTTATTTAAAGCT---AG--AGTCATTTAATCAATTAACTGTTGAT-AAAAAGAAGACTTTGTAATGTTGAGGTTGACACTGTTCATCA----TATCAATACATATTT-TAA--ATGT-AGAATGCACTGACACCTATTATA-----AGC----CTACCTTA-----------------TTAC---------------ATTA-A----------------------------------TTTTCAT----------------------ATTAA----------ATAATTGAAAATTGACA--TG---GTTATTAGA
gi|7 : atAATTAATA-AAATTGAC-AT--TT---A----ATATGTGA-T--T-T-CATATTAGCC-----CAGTTATTGGTCCTCA-------GATAGTCATAT-TGACC--TGTGACCCA-----T--G--AC-C-T---TGCAGGT-CAG-T-ATAAAAATCTTTGGACCAATAGC-TGGGTCAATATAATATTA----
gi|8 : gtttaAATTAATA-AAAATGTT-AT--T----AATATA---GTGA----T-TTCATATTGGTC-----C-----TTGGT--------------CAGTCGTAT-TGATC--CG-----TAATT--T--G--GCAC-CATATGCTGA--TAACC-ATAACAAGACTTGGACCAATCAC-TCGGTCAGTAGAAAA---------TAA-TAAC
gi|9 : taAATCGTC-AT--TGATTA----A---ATGA-T--T-T-CATATTGACCAATTACATTAATTGGTCC-CG-------GACACTCATAT-TTGCC--TG-----CAACTA-T--A--AC-T-T---TG--GGT-CAT-T-ATGTAAATCCTTGGACTAATAACATGGG-CAATATTACATCA----CTTAA-atta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AAACTTGACCATTATCAAGGAACAACAGACCAACATGAACAAAAACATGACCAGACTACTTCCAGTTATTT