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lowQualScore                  :                                   33333  333333 1 5  1111    555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555   9 3 7     5  7   7  777   66666  3333333333333 7      0  1          4 0000000000000    888       0 5    77        3333333 0     0 00000  0  0  0     
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Reference ( gi|1 )            :                  TAAAGCGGCATAACCAG-----TATCT---TCTGCC----CTTTT--GT------------AT-------C-G--GTA-AA-----T-A-------------CA-----A-----TAT--TTATAA---------T-A--AAGTGT-GTC-TATCTGGA-TCA-TA---TCT----GGTA------------C-AAAATATCG-TTGTTTATCGTCGATAAA----A--TGTATTTAAACTCGATATTATTCCTGATATT----TT-GGCCTGATCAATATAATAATGTTAATGGTGTAGTATATATATATATGATCT
gi|5                          :                  TAAAGCAGAATAACCAG-----TA-CT---T-TGCT-----TTCT--GTCAA---------AT-------C-A--ATA-AAATACCT-G-------------CT-----G-----TAC--TTGTAA---------T-A-----T-T-GAC-TATCTGGA-TCA-TA---CAT----AGTG------------C-AAAATACAA-TTGTTTATCG-CAAAAAAAAACA--TATATTTAAACTCGCTCTAATCGCTCATATT----T
gi|13                         :               attTAAAGCGACACAACCAG-----T--TT---TATGTC----TTTTC--AA------------AT-------A------A-AA-----A-A-------------AA-----A-----AAT--GTATAA---------TTG--GAATAT-TTAGTATCTGGA-TCA-TT---TCC----TGTG------------C-AAAATACCG-TTGTTTATCGTga
gi|8                          :                ttTAAAGCGGCATGAGGAG-----TATTG---TCTACT----TTTTTTAAT------------ATTTTTATTC-A--ATA-AA-----T-A--------------ATTTGTA-----TGT--TTGTAA---------C-ATTAAGCGT-GAA-T-TGTGG---C--TA---TCT----GATG------------T-AAAATACCG-TTGTTTATTGTCAA-AAA----aaaaaaa
gi|3                          :                 tTAAATCGGCATAACCAGCAACGTATCC---TTTGCATATGNNNNN--NN------------NN-------N-N--NNN-NN-----N-N-------------NN-----N-----NNN--NNNNNN---------N-N--NNNNNN-NNN-NNNNNNNN-TCA-AAAAATAT----GGTG------------C-AAAATATCG-TTGTGTATCGTTTAAAAAC---A--TATATTAAAACTCGCTGTTATT
gi|20                         :                 tTAAAACGTCATAACCAG-----TAAGT---TCTACC----CTTTT--AA------------TT-------C-A--ATA-AA-----T-A-------------taaatattgctatcaaaat
gi|6                          :                 tTAAAGTGGCATAAGCAG-----TATTC---TCTACC----CTTTT--AT------------NN-------N-N--NNN-NN-----N-N-------------NN-----N-----NNN--NNNNNN---------N-N--NNNNNN-NNN-NNNNNNNN-NNN-NN---NNN----NNNNNNNNNNNNNNNGC-AAAATATTG-CTGTTTATCTTCAA
gi|9                          :                  tAAAGCGGCATAAGCAG-----TAAGT---TCTACC----CTTTT--A-------------AC-------T-A--ATA-AA-----T-A-------------AA-----ACGGTTTAA--TTGTAATATTTAGTCT-A--AAATGTAGTC--ATCTTAA-TCA-TA---TCT----TGTG------------C-ATAATACCG-TTGTTTATCGTCAAaga
gi|12                         :                 taAAATCAGCATAACCAG-----TATTTATGTC-GTC----CTTTC--AT------------AT-------C-A--ATA-AA----------------------G-----A-----TATGGTT-TAA---------T-------TGT--TG-TATT--AA-GCACTA---ATT-----GTG------------C-AAAATACCA-TTGTTTATTGTCAAa
gi|11                         :           atgcgttaAACGCGGCATGGCCAG-----TAAGT---TATATC----ATTT----T------------AG-------C-GCAATA-CACAT--T-G-------------CA-----A-----TAT--CTAGCC---------T-A--AATTGT-GAC-TGTCTTGACTCT-TT---TC-----AGTG------------C-AAAATACCG-TCGTGTATTATCAAaca
gi|15                         :                   AAAGTGGCATAACCTG-----TACGT---TTTATA----CTTTT--GA------------TT-------C-A--ATA-AA-----T-A-------------aaga
gi|2                          : tgcatgttattaatctttaAAGCGACATAGCCAG-----TAAGT---TATATC----CTTTG--GTGCTTTAAAAAAAAT-------CTG--GTATAA-----TTG-------------TC-----A-----TCT--TTAGCA---------T-A--AATTGC-GAC-CATCTGGA-TTA-TA---GCT----TGTG------------C-GGAATACCC-T---------------------A--TGTA----AACTCGCTGTTATCGCTGATATTCAAATTAGACCTGACC-CTGGAACAACGTCAATGGactggtataattgtaacaattaccataaactgcaac
gi|10                         :                         GCATAACCAG-----TAAGT---TCT-CC----CTTTT--AA------------TT-------C-A--ATA-AT-----T-AAGTGGACTAGTTGTA-----A-----TAT--TTAGCA---------T-A--ACTTTT-GAC-AATCTTGA-TTA-GG---CTT----GGTA------------C-AAAATACC
gi|7                          :                                                                                        taaataTA-AT-----T-A-------------CA-----A-----TAT--TAAACA---------T-A--AATGGT-GAC-TACCTATT-TCA-TA---TCT----TGTG------------C-AAAATATctccatcgtaaaa
gi|17                         :                                                  cacgtttaaagcaacataacccctaatttataccatttatataatctatatacaataaaaaagaaggctgta-----A-----TAA--TTGCAA---------T-A--AATTGT-GTC-TATCCTGA-TCA-TA---TCT----GTTG------------C-GAATTACCGTTTTTTTATTGTCAAAAAC----A--TGT
gi|18                         :                                                                                                                                               A---------T-A--AATTGC-GAC-CCTCTGGA-TCA-TG---TTTACTTGGTG------------C-AAAATACCA-TTGTTTATTGTCAAAAAAC---A--TG
gi|4                          :                                                                                                                                                              aatTGT-GAC-TATCTCGA-TCA-AA---TCT----GGTG------------CAAAAATACCT-TTGCTTATCG----TAAA----ATGTGTATTTAAACTTGCTATTATACCAGATATT----
gi|19                         :                                                                                          tattaatgtgagataaccagtaagtttccccatataattcaaggaaacaatggctctattgtaatatatggcatatgt-TATCTGGA-TCA-TG---TTT----AATG------------C-AAAATACCG-TTGTTTATCGTCAAg
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTTAAAGCAGGATGGCCCGTATATATGTTCTGTGAAATCAATAAAACACTGGACGTAAAATTGCAATAGTGGCTATCCTGATCATGTTTATCGTCAAAACACAA
Unaligned ( gi|16 ): TGTGACATAACCAGTAAGTTATATCATTTCATAATAATAAAACCAATTGTGTAACCTTTAGTATAAGTTGTGGACCATATAATTATA






Alignments
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lowQualScore                  :                            .. ... .. .      ...........................................................................................................  .....   .....................           .  .   .  ...   .....   . .         .          .       .....     . .         .    ..        ....  .         ..  .              
lowQualScore                  :                            99 444 66 4      55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555  44444   111111111111111111111           5  4   4  111   33333   4 4         7          7       33333     8 0         4    88        2222  5         55  5              
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Reference ( family-696 )      :         TAAAGCGGCATAACCAGTANNT---T-CTACCCTTT--------T--AT------------A--T----------CAATAAA-----------------TA-------------CA-----A-----T--------A----T-TTGNA--ATA---------AAT---------TGTGACTATCTGGA-TCA-TA---TCT----GGTG-C-AAAATACCG-TTGTTTATCG-TCAAAAAA----ATGTATTTAAACTCGCTGTTATCGCTGATATT----TTAGACCTGACC-CTGGAACAACGTCAATGG
gi|1                          :         TAAAGCGGCATAACCAGTATCT---T-CTGCCCTTT--------T--GT------------A--T----------CGGTAAA-----------------TA-------------CA-----A-----T--------A----T-TTATA--ATA---------AAG---------TGTGTCTATCTGGA-TCA-TA---TCT----GGTA-C-AAAATATCG-TTGTTTATCG-TCGATAAA----ATGTATTTAAACTCGATATTATTCCTGATATT----TT-GGCCTGATCAATATAATAATGTTAATGG
gi|10                         :                GCATAACCAGTAAGT---T-CT-CCCTTT--------T--AA------------T--T----------CAATAAT-----------------TAAGTGGACTAGTTGTA-----A-----T--------A----T-TTAGC--ATA---------ACT---------TTTGACAATCTTGA-TTA-GG---CTT----GGTA-C-AAAATACC----CTCCATCG-TAAAAtgtagtatatatatatatgatct
gi|11                         :    taaataAACGCGGCATGGCCAGTAAGT---T-ATATCATTT--------T--AG------------C--G----------CAATACA-----------------CATTG----------CA-----A-----T--------A----T-CTAGC--CTA---------AAT---------TGTGACTGTCTTGACTCT-TT---TC-----AGTG-C-AAAATACCG-TCGTGTATTA-TCAAAAGA----
gi|12                         :          AAATCAGCATAACCAGTATTTATGT-C-GTCCTTT--------C--AT------------A--T----------CAATAAA-----------------GA-------------TA-----T-----G--------G----T-TT-----------------AAT---------TGT---TGTATTAA-GCACTA---ATT----G-TG-C-AAAATACCA-TTGTTTATTG-TCAAA
gi|13                         : atgcgttaTAAAGCGACACAACCAGT--TT---T-ATGTCTTTT--------C--AA------------A--T----------AAAAAAA-----------------AA-------------AATGT--A-----T--------A----A-TTGGA--ATA-----------T---------T-T-AGTATCTGGA-TCA-TT---TCC----TGTG-C-AAAATACCG-TTGTTTATCG-TAAAAAAA----ca
gi|14                         :       ttTAAAGCAGGATGGCCCGTATAT-----ATGTTCTGT--------G--AA------------A--T----------CAATAAA------------------A-------------CA-----C-----TGGACGTAAA----A-TTGCA--ATA----------------------GTGGCTATCCTGA-TCA-TG---TTT----ATCGTC-AAAACAC
gi|15                         :        ttAAAGTGGCATAACCTGTACGT---T-TTATACTTT--------TG-AT---------------T----------CAATAAA-----------------TA--------------ACTGGTA-----T--------A----A-TTGTA--ACA---------Aaa
gi|17                         :                                                                                                          tgcatgttattaatcttta-----A-----T--------A----A-TTGCA--ATA---------AAT---------TGTGTCTATCCTGA-TCA-TA---TCT----GTTG-C-GAATTACCGTTTTTTTATTG-TCAAAAAC----ATGTttaccataaactgcaac
gi|18                         :                                                                                                                                                             --ATA---------AAT---------TGCGACCCTCTGGA-TCA-TG---TTTACTTGGTG-C-AAAATACCA-TTGTTTATTG-TCAAAAAAC---ATG
gi|19                         :                                                                                                                                                                                          aatTATCTGGA-TCA-TG---TTT----AATG-C-AAAATACCG-TTGTTTATCG-TCAAAGAA----
gi|2                          :         agAAGCGACATAGCCAGTAAGT---T-ATATCCTTT--------G--GT------------GCTT----------TAAAAAAAATCTGG----------TA-------------TA-----A-----TTGTC----A----T-CTTTAGCATA---------AAT---------TGCGACCATCTGGA-TTA-TA---GCT----TGTG-C-GGAATACCC-T----------------------ATGTA----AACTCGCTGTTATCGCTGATATTCAAATTAGACCTGACC-CTGGAACAACGTCAATGGca
gi|20                         :         TAAAACGTCATAACCAGTAAGT---T-CTACCCTTT--------T--AA------------T--T----------CAATAAA-----------------TA-------------
gi|3                          :        tTAAATCGGCATAACCAGCAACG---T---ATCCTTTG-------C--AT------------A--TGNNNNNNNNNNNNNNNN-----------------NN-------------NN-----N-----N--------N----N-NNNNN--NNN---------NNN---------NNNNNNNNNNNNNN-TCA-AAAAATAT----GGTG-C-AAAATATCG-TTGTGTATCGTTTAAAAAC----ATATATTAAAACTCGCTGTTAT
gi|4                          :        tTAATGTGAGATAACCAGTAAGT---T--TCCCCATA--------T--AA------------T--T----------CAAGGAA------------------A-------------CA-----A-----T--------GGCTCTATTGTA--ATA---------TATGGCATATGTTGTGACTATCTCGA-TCA-AA---TCT----GGTG-CAAAAATACCT-TTGCTTATCG-T--AAAAT----GTGTATTTAAACTTGCTATTATACCAGATATT----ttaaatattgctatcaaaat
gi|5                          :      tatTAAAGCAGAATAACCAGTACTT---TGCT-TTCTGT--------C--AA------------A--T----------CAATAAAATACC------------TG-------------CT-----G-----T--------A----C-TTGTA--ATA---------------------T-TGACTATCTGGA-TCA-TA---CAT----AGTG-C-AAAATACAA-TTGTTTATCG--CAAAAAAAAACATATATTTAAACTCGCTCTAATCGCTCATATT----Tg
gi|6                          :      attTAAAGTGGCATAAGCAGTATTC---T-CTACCCTTT--------T--ATNNNNNNNNNNNNN--N----------NNNNNNN-----------------NN-------------NN-----N-----N--------N----N-NNNNN--NNN---------NNN---------NNNNNNNNNNNNNN-NNN-NN---NNN----NNNG-C-AAAATATTG-CTGTTTATCT-TCAAAGAga
gi|7                          :        tTAAAGCAACATAACCCCTAATT---T-ATACCATTTATATAATCT--AT------------A--TA---------CAATAAAAAAGAAGGCTGTATAATTA-------------CA-----A-----T--------A----T-TAAAC--ATA---------AAT---------GGTGACTACCTATT-TCA-TA---TCT----TGTG-C-AAAATA
gi|8                          :   cacgttTAAAGCGGCATGAGGAGTATTG---T-CTACTTTTT--------TTAAT------------A--TTTTTATT---CAATAAA-----------------TA--------------ATTTGTA-----T--------G----T-TTGTA--ACATT-------AAG---------CGTGAAT-TGTGG---C--TA---TCT----GATG-T-AAAATACCG-TTGTTTATTG-TCAAAAAt
gi|9                          :         tAAAGCGGCATAAGCAGTAAGT---T-CTACCCTTT--------T--A-------------A--C----------TAATAAA-----------------TA-------------AA-----ACGGTTT--------A----A-TTGTA--ATATTTAGTCTAAAA---------TGTAGTCATCTTAA-TCA-TA---TCT----TGTG-C-ATAATACCG-TTGTTTATCG-TCAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TGTGACATAACCAGTAAGTTATATCATTTCATAATAATAAAACCAATTGTGTAACCTTTAGTATAAGTTGTGGACCATATAATTATA






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gi|1                          :                TAAAGCGGCATAACCAGTATCT---T-CTGCCCTTT--------T--G------------TAT----------CGGTAAA-----------------TA-------------CA-----A-----T----A----T-TTATA---------AT--A---------AAG---------TGT-GTCTATCTGGA-TCA-TA---TCT----GGTA-C-AAAATATCG-TTGTTTATCG-TCGATAAA----ATGTATTTAAACTCGATATTATTCCTGATATT----TT-GGCCTGATCAATATAATAATGTTAATGG
gi|10                         :                       GCATAACCAGTAAGT---T-CT-CCCTTT--------T--A------------ATT----------CAATAAT-----------------TAAGTGGACTAGTTGTA-----A-----T----A----T-TTAGC---------AT--A---------ACT---------TTT-GACAATCTTGA-TTA-GG---CTT----GGTA-C-AAAATACC----CTCCATCG-TAAAAtgtagtatatatatatatgatct
gi|11                         :           taaataAACGCGGCATGGCCAGTAAGT---T-ATATCATTT--------T--A------------GCG----------CAATACA-----------------CATTG----------CA-----A-----T----A----T-CTAGC---------CT--A---------AAT---------TGT-GACTGTCTTGACTCT-TT---TC-----AGTG-C-AAAATACCG-TCGTGTATTA-TCAAAAGA----
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gi|14                         :              ttTAAAGCAGGATGGCCCGTATAT-----ATGTTCTGT--------G--A------------AAT----------CAATAAA------------------A-------------CA-----C-----T----G----G-ACGTA---------AA--ATTGC-----AAT---------AGT-GGCTATCCTGA-TCA-TG---TTT----ATCGTC-AAAACAC
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gi|4                          :               tTAATGTGAGATAACCAGTAAGT---T--TCCCCATA--------T--A------------ATT----------CAAGGAA------------------A-------------CA-----A-----T----GGCTCTATTGTA---------AT--A---------TATGGCATATGTTGT-GACTATCTCGA-TCA-AA---TCT----GGTG-CAAAAATACCT-TTGCTTATCG-T--AAAAT----GTGTATTTAAACTTGCTATTATACCAGATATT----ttaaatattgctatcaaaat
gi|5                          :             tatTAAAGCAGAATAACCAGTACTT---TGCT-TTCTGT--------C--A------------AAT----------CAATAAAATACC------------TG-------------CT-----G-----T----A----C-TTGTA---------AT--A---------------------T-T-GACTATCTGGA-TCA-TA---CAT----AGTG-C-AAAATACAA-TTGTTTATCG--CAAAAAAAAACATATATTTAAACTCGCTCTAATCGCTCATATT----Tg
gi|6                          :             attTAAAGTGGCATAAGCAGTATTC---T-CTACCCTTT--------T--ATNNNNNNNNNNNNNN----------NNNNNNN-----------------NN-------------NN-----N-----N----N----N-NNNNN---------NN--N---------NNN---------NNN-NNNNNNNNNNN-NNN-NN---NNN----NNNG-C-AAAATATTG-CTGTTTATCT-TCAAAGAga
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gi|19                         :                                                                                                                                                                                                     aatTATCTGGA-TCA-TG---TTT----AATG-C-AAAATACCG-TTGTTTATCG-TCAAAGAA----
gi|2                          :                agAAGCGACATAGCCAGTAAGT---T-ATATCCTTTGG------T--G------------CTT----------TAAAAAAAATCTGG----------TA-------------TA-----A-----TTGTCA----T-CTTTAGC-------AT--A---------AAT---------TGC-GACCATCTGGA-TTA-TA---GCT----TGTG-C-GGAATACCC-T----------------------ATGTA----AACTCGCTGTTATCGCTGATATTCAAATTAGACCTGACC-CTGGAACAACGTCAATGGca
gi|20                         :                TAAAACGTCATAACCAGTAAGT---T-CTACCCTTT--------T--A------------ATT----------CAATAAA-----------------TA-------------
gi|3                          :               tTAAATCGGCATAACCAGCAACG---T---ATCCTTTG-------C--A------------TATGNNNNNNNNNNNNNNNN-----------------NN-------------NN-----N-----N----N----N-NNNNN---------NN--N---------NNN---------NNN-NNNNNNNNNNN-TCA-AAAAATAT----GGTG-C-AAAATATCG-TTGTGTATCGTTTAAAAAC----ATATATTAAAACTCGCTGTTAT
gi|4                          :               tTAATGTGAGATAACCAGTAAGT---T--TCCCCATA--------T--A------------ATT----------CAAGGAA------------------A-------------CA-----A-----T----GGCTCTATTGTA---------AT--A---------TATGGCATATGTTGT-GACTATCTCGA-TCA-AA---TCT----GGTG-CAAAAATACCT-TTGCTTATCG-T--AAAAT----GTGTATTTAAACTTGCTATTATACCAGATATT----ttaaatattgctatcaaaat
gi|5                          :             tatTAAAGCAGAATAACCAGTACTT---TGCT-TTCTGT--------C--A------------AAT----------CAATAAAATACC------------TG-------------CT-----G-----T----A----C-TTGTA---------AT--A---------------------T-T-GACTATCTGGA-TCA-TA---CAT----AGTG-C-AAAATACAA-TTGTTTATCG--CAAAAAAAAACATATATTTAAACTCGCTCTAATCGCTCATATT----Tg
gi|6                          :             attTAAAGTGGCATAAGCAGTATTC---T-CTACCCTTT--------T--ATNNNNNNNNNNNNNN----------NNNNNNN-----------------NN-------------NN-----N-----N----N----N-NNNNN---------NN--N---------NNN---------NNN-NNNNNNNNNNN-NNN-NN---NNN----NNNG-C-AAAATATTG-CTGTTTATCT-TCAAAGAga
gi|7                          :               tTAAAGCAACATAACCCCTAATT---T-ATACCATTTATATAATCT--A------------TATA---------CAATAAAAAAGAAGGCTGTATAATTA-------------CA-----A-----T----A----T-TAAAC---------AT--A---------AAT---------GGT-GACTACCTATT-TCA-TA---TCT----TGTG-C-AAAATA
gi|8                          :          cacgttTAAAGCGGCATGAGGAGTATTG---T-CTACTTTTT--------TTAA------------TATTTTTATT---CAATAAA-----------------TA--------------ATTTGTA-----T----G----T-TTGTA---------AC--ATT-------AAG---------CGT-GAAT-TGTGG---C--TA---TCT----GATG-T-AAAATACCG-TTGTTTATTG-TCAAAAAt
gi|9                          :                tAAAGCGGCATAAGCAGTAAGT---T-CTACCCTTT--------T--A-------------AC----------TAATAAA-----------------TA-------------AA-----ACGGTTT----A----A-TTGTA---------AT--ATTTAGTCTAAAA---------TGT-AGTCATCTTAA-TCA-TA---TCT----TGTG-C-ATAATACCG-TTGTTTATCG-TCAAA


blockSeqs                     :                                   AG ATG GC A      TATNNNNNNNNNNNNNN                           AAAGAAGGCTGTATAATTACAATATTAAACATA                                                       GGCATATGT   G        T  C   C  AAA   ACTTG   T A         T          T       AAAAC       A         G    CG        CAAA  A         C   G
blockSeqs                     :                                   AG .   C  G      GCATATGNNNNNNNNN                            TAAAACGGTTTAATTGTAATATTTAGTCTA                                                          .           .        T  .   .  .     G       . .         .          .       AC          T         G    AC        .                    
blockSeqs                     :                                   TT .   A  G      ATATAATCTATATA                              TAAGTGGACTAGTTGTAATATTTAGCATA                                                           .           .        T  .   .  .     A       . .         .          .       A           T         A    CG        .                    
blockSeqs                     :                                   TA .   C  G      TTAATATTTTTATT                              AATCTGGTATAATTGTCATCTTTAGCATA                                                           .           .        G  .   .  .     G       . .         .          .       A           .         C                                   
blockSeqs                     :                                   CG .   A  A      GGTGCTT                                     ACCAATTGTGTAACCTTTAGTATA                                                                .           .        T  .   .  .     T       . .         .          .       C                                                         
blockSeqs                     :                                   AG .   A  A      TAATT                                       TAATTTGTATGTTTGTAACATT                                                                  .           .        A  .   .  .     A       . .         .          .       A                                                         
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blockSeqs                     :                                   TT .   C  A      TAATT                                       AAAATGTATAATTGG                                                                         .           .        N  .   .  .     T       . .         .          .                                                                 
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finalCons                     :                TAAAGCGGCATAACCAGTANNT---T-CTACCCTTT--------T--A------------NAT----------CAATAAA-----------------TA-------------CA-----A-----T----A----T-TTGTA---------AT--A---------AAT---------TGT-GACTATCTNGA-TCA-TA---TCT----GGTG-C-AAAATACCG-TTGTTTATCG-TCAAAAAA----ATGTATTTAAACTCGCTGTTATCGCTGATATT----TTAGGCCTGACCANTGNAACAACGTCAATGG





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lowQualScore                  :                                   88 111 00 7      5555555555555555555555555555555555555       2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222   444444444   4        0  2   2  999   33333   4 4         7          7       33333     8 0         4    88        2222  5         55  0              
consensus                     :                TAAAGCGGCATAACCAGTANNT---T-CTACCCTTT--------T--A------------NAT----------CAATAAA-----------------TA-------------CA-----A-----T----A----T-TTGTA---------AT--A---------AAT---------TGT-GACTATCTNGA-TCA-TA---TCT----GGTG-C-AAAATACCG-TTGTTTATCG-TCAAAAAA----ATGTATTTAAACTCGCTGTTATCGCTGATATT----TTAGGCCTGACCANTGNAACAACGTCAATGG
Reference ( family-696 )      :                TAAAGCGGCATAACCAGTANNT---T-CTACCCTTT--------T--A------------NAT----------CAATAAA-----------------TA-------------CA-----A-----T----A----T-TTGTA---------AT--A---------AAT---------TGT-GACTATCTNGA-TCA-TA---TCT----GGTG-C-AAAATACCG-TTGTTTATCG-TCAAAAAA----ATGTATTTAAACTCGCTGTTATCGCTGATATT----TTAGGCCTGACCANTGNAACAACGTCAATGG
gi|1                          :                TAAAGCGGCATAACCAGTATCT---T-CTGCCCTTT--------T--G------------TAT----------CGGTAAA-----------------TA-------------CA-----A-----T----A----T-TTATA---------AT--A---------AAG---------TGT-GTCTATCTGGA-TCA-TA---TCT----GGTA-C-AAAATATCG-TTGTTTATCG-TCGATAAA----ATGTATTTAAACTCGATATTATTCCTGATATT----TT-GGCCTGATCAATATAATAATGTTAATGG
gi|10                         :                       GCATAACCAGTAAGT---T-CT-CCCTTT--------T--A------------ATT----------CAATAAT-----------------TAAGTGGACTAGTTGTA-----A-----T----A----T-TTAGC---------AT--A---------ACT---------TTT-GACAATCTTGA-TTA-GG---CTT----GGTA-C-AAAATACC----CTCCATCG-TAAAAtgtagtatatatatatatgatct
gi|11                         :           taaataAACGCGGCATGGCCAGTAAGT---T-ATATCATTT--------T--A------------GCG----------CAATACA-----------------CATTG----------CA-----A-----T----A----T-CTAGC---------CT--A---------AAT---------TGT-GACTGTCTTGACTCT-TT---TC-----AGTG-C-AAAATACCG-TCGTGTATTA-TCAAAAGA----
gi|12                         :                 AAATCAGCATAACCAGTATTTATGT-C-GTCCTTT--------C--A------------TAT----------CAATAAA-----------------GA-------------TA-----T-----G----G----T-TT--------------------------AAT---------TGT----TGTATTAA-GCACTA---ATT----G-TG-C-AAAATACCA-TTGTTTATTG-TCAAA
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gi|14                         :              ttTAAAGCAGGATGGCCCGTATAT-----ATGTTCTGT--------G--A------------AAT----------CAATAAA------------------A-------------CA-----C-----T----G----G-ACGTA---------AA--ATTGC-----AAT---------AGT-GGCTATCCTGA-TCA-TG---TTT----ATCGTC-AAAACAC
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