lowQualScore                  :                                                                                       11111111111111111111111                                                                                                                            111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                              11111111111111111111111                                                                                                                                                                                                2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222                                                                                                                                                                                                    11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                          666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666                    
lowQualScore                  :            222                                 1   1111    222222222222222     1      33333333333333333333333                                      66666666666666666666666666666666666666666666666            11             2222        222222222222222222222222222222222222222222222     1111     1111                        1111     111111             1     1                                                        1                 111111    1                            77777777777777777777777            333333       33333    22          11      555555              1            11         999999999999999999              111     11    11             11                 22       22   0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000                  777777777              22      5555555             6666666666666666   111      1        22                                                               33                       55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555   11    11            4              1111     2222222   111      11       11      2222222    333333333    22          33333333          2           4   1     22222   1    3333333333      1       333         5555555555               1    33333              1        111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111      4      4      
lowQualScore                  :         8  555 1     6            1            1   2222    666666666666666     5      22222222222222222222222  3  3      7    99  1   6  1         44444444444444444444444444444444444444444444444   0        33  99         0000   8    666666666666666666666666666666666666666666666   5 6666     0000         5  7 6 6     1 4444  3  999999             0  3  5     6  3  1         1    9      66       99 1 5  8     6       3     0   666666    1      2                  9  77777777777777777777777            888888       33333    33      7   88 7    555555   6       3  2            11         333333333333333333    4     4   777     44    88         55  44      3  1       66 4     22   3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333     66     555   333333333  4      6  6 33    6 8888888         6 6 9999999999999999   888      5   6    11                                                               44                   6   00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000   88    88  3     4   0  3      3    9999 3   2222222   222      99       88      4444444    777777777 3  11 4 2  4   99999999 4    4   0           0   7     66666   5    1111111111      0       333  66  3  8888888888 4 3       3   0    00000   6 6    6   7        555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555      0      0    6 
lowQualScore                  :         .  ... .     .            .            .   ....    ...............     .      .......................  .  .      .    ..  .   .  .         ...............................................   .        ..  ..         ....   .    .............................................   . ....     ....         .  . . .     . ....  .  ......             .  .  .     .  .  .         .    .      ..       .. . .  .     .       .     .   ......    .      .                  .  .......................            ......       .....    ..      .   .. .    ......   .       .  .            ..         ..................    .     .   ...     ..    ..         ..  ..      .  .       .. .     ..   ......................................................................     ..     ...   .........  .      .  . ..    . .......         . . ................   ...      .   .    ..                                                               ..                   .   .................................................................................................................   ..    ..  .     .   .  .      .    .... .   .......   ...      ..       ..      .......    ......... .  .. . .  .   ........ .    .   .           .   .     .....   .    ..........      .       ...  ..  .  .......... . .       .   .    .....   . .    .   .        ..............................................................................................................................................................................      .      .    . 
lowQualScore                  :         0  444 4     7            6            9   1111    999999999999999     0      88888888888888888888888  3  5      3    22  0   7  0         11111111111111111111111111111111111111111111111   7        33  22         0000   0    888888888888888888888888888888888888888888888   0 0000     6666         7  9 4 7     0 2222  3  222222             5  2  0     7  7  4         1    2      99       88 4 0  8     6       1     7   333333    4      3                  3  88888888888888888888888            333333       33333    77      0   33 7    333333   0       7  0            33         333333333333333333    0     0   000     55    00         77  33      7  0       00 0     55   5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555     55     000   555555555  0      0  0 00    0 0000000         0 0 0000000000000000   000      0   0    00                                                               00                   0   55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555   00    00  0     0   0  0      0    5555 0   5555555   000      00       00      0000000    555555555 0  00 0 5  0   00000000 0    0   0           0   3     88888   0    5555555555      5       000  00  0  5555555555 0 0       0   5    55555   0 0    0   0        000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000      0      0    0 
consensus                     :    AAGCA-CTTG-ATTATATTATATTATAAACAAATATGCAGATTGGAGT----TTCA---GGCTT-------TGTTCGACTATANATA-----TACA--TATT-TA-GTNTATAAAGATAATAA--AACTAT-GGCAAAATTTAT-ACTAT-T--AT---ACTT-AAC---------ATACAAGTC------GTGCAATATGAGTTTG--TAGGTAAAATCTATAT-CCATNT-G-----TT---CATGT--C-CG------ATTGGC-G------AAC-A-AC-TTAAA----GAAACATGT-TACANT-CTAAACA----TANTA------TATTTGCTTGGTTAAATTTTACAACCAANTGACATTTGTTTCAGCAGTTCATA--TTATTCATTACG-CANATTGTTGTACAAAATACTGGTTCTAA---GGTC-AAAAGCTTTATGTATAAACATTCCTAGA--T-TTTA----ACATT------TTTTTATAACCC------GTACTTT-----ATCATTATTAAACAGT--TNTACG--TNTNTTTGCATATTCGGTCTTTTCCAGTAATAGCTTGGAATATAACATAT-CAC---CC-TTATNTAAATNACANNNTGACANNAAATNAAATCCATCCNCTAG-AATATTNCACATACTACAATNCCCCTNTATTACAC--GTGCACTTACAGGTTTGNCCTATCNACNGTTTTCAATAGATATGTGCTGTGAGATTNGATTCTTAATTTNNTAAAANCNACACAAGATTTATTNAAATTTAATGTGACTAAGTTTAATTTAAACATAAAATTTCGAAATATATATATA-AAACACAGCTCTCCTAAAATCATTGAGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAATAAATCGACATTTCCAACATTTTGAAAAAGTAAAAGTCATGCACCATAAAAACTAAGTTTACAGAACAAGT--TTTAATATTG--AACACACATTTTTTTATTAACGGTTATTTTCNANNTCGTTTNGCAACATTTAGCCGACNCTGTTTAGTGCACTTTNTCCCANTTGTCTNTGATAGNTTTGCCNNANATTTCGNAANGCTNNNGAATCTCNGGTTTTGANAATGCGNTCCACCCAGTGTCTNCATAANCANAANCNCTNTGCGTACTTTTCNTTACNCCCAAACAGGCGCTTACAAAATTGTAAATGAATTGTTTTTATNTTGTTTCTCCTNTATCAAAACCCCNNACNTCNCTACTCNAATNANTAAGGGTNGGCNCTATGAAAGCTCATTGAATAAATATAATCTAT--TATAACCGGATT--------ATCAGTGAACTTATATAAGTACTTATTT---ATTGTAGTTTTGA--GTGCCTTACCACAAG----TGTATTCTGTGTTTCAGAATACTC-------AACTGTAGAAACAATGCCTAAATAAACCTATATAAATTTTCTATTCGCTC--AGTATTTTGA-TAAAATAAGAGAT
Reference ( gi|1 )            :    AAGCA-CT-G-ATTATATGATATTATAAACAAATATGCAGATTGTAGT----TTCA---GAATT-------TGTTCCACTATACATAAAAAGTACA--TATT-CAAGTTTATAAAGATAATAA--AACTAT-GGTAAAATTTAT-TTTAT-T--AT---ACTT-AAC---------ATACAAGTC------GTGCAATATGAGACTG--TAGGTAAAACCTTTAT-CCATCC-G-----TT---CATGT--C-CG------ACTGGCTGT-----AAC-A-AT-TTAAA----GAAACATGT-TATAAT-CTAAATA----TAATA------TATTTGCTTGGTTGAATTTGACAACCAAGTGGCATTTGTTTCAGCATTTCATA--TTATTCATTACG-CACATTGTAGTACAAAATACTGGTTCTTA---GGTC-AAAAGCTTTATGTATAAACATTCCTCGA--T-TTTAA--AACATTCCTCGATTTTTATAACCC------GTACTTT-----ATCATAATTAAAAAGT--TATACA-TTTTTTTTACATATTCGGTCTTTTCCAGTAATAACTTGGAATAGAATATATTCATAAGTCATTATATAAATTACACTCTAACATGAAATGAAATTCATCCTTTAA-AATATTGCATATACTACAGTTTCTCTG-ATTA-ACCGGTGTACTTACAGGTTTAGCTAATCTACCGGTTTCAAT-GACAAGT-CTGTGAGATGAGACACTAAATTTAGTAAAACTAATACGGAATTTCTTTAAATTTGATATATCTAAATATGGCAGAAACATAAAGTCT-GATATGTA-ATTTATAAATGTAGCTCTACTAGAATCGGTGAGTCTGCTAGACCAATTTTGTACAATTTGATCTTAAATTCATTGCACAAAAATAAATCGACTATTCCAACATTTTGAAAAAGCAAA--TCGT----CATAAAATCCTAGATTACAGAGCATGTCATTCAATAATGCTAACA---ATTCTT--ATTG-TGGTTATTTTCAATATCGTTTTTTATCATCAAATTAACAAT-TTTAGTGTACTTTTTCTCATTTG-CTTTGATAAATTTGGCAAAAATTGTATGACATTAAAGAATCTCAGGTTTTGCAAATGCACT-TACTCAGT-TATCCACGAACAATATCGTTTTGTTTGCTTTTCTTTACTCCC-AATAAGCGCTT-CAAGATTGTAAATAAATGGTTTCTATATTG--TCTCCTGTATTAAAACGCCAAACTTCAC-ACGCC--TAATTAAGGATTGGCACTAT--AGACTTGTCGAATGAATTTAATCTATACTGT-TCAGAATTTGCTAAGCACCAA-GAA--TATCCAAGTGCATGTTTTACGTTATAGTTTCAATTGTGC--TATGAAAAGTGTTTGTACTTTGCATTT---AATATTCTCTTTTAAGATGTAG-------GCACAAAT-AATTTGTTTGTGTTTTACGTTTGTTTTAAGC-TTTTGAGTAAAAT-AGAGGT
gi|5                          :    AAGCA-CT-G-AATATATTACACTATAAACATATATGCAGATTTGAGT----TTCAGGTGGCTT-------TGTTCGACTATATAT--AACGTACA---ATC----GTGCA-----AT-ATGA--ATTTGTAGGTAAAATTTAT-
gi|4                          :   aAAGCAATT-A-ATTTTATTATGTTATAAACACATATGCAGATTGAAAT----TTCG---GGCTT-------TGTTCGGCTATAACTA-----TACATGTATTATATGTATATGAAGAT-------AACTAC-AACAAGAGTTAA-ACTAT-A--AT---ACTT-AG-----------------------------AATATGACTTTG--TAGGTAAAATCCATAT-Cacccagttgttcatgtccgatatcgaaacatatataaaaaaatcaaacaatagaacatatacattaaaatatagatttcattcttaagttcatatatccatgtagttgatcttgccactggaaacatgttaaagaaacacgttacattataaacataataattatatatttgcttggttacattttacaaccaactgacatttgtttcagcatttcatattattcattacacacattgttgtatataatactggttctaaggtcaaaggcttgatgtgaaaaataaatcgacatttccaacattttga
gi|11                         : ataAAGCA-CTTG-AA-ATATTATATTACAAACTCATATGCAGATCGGAGT----TTCA---GGCTT-------TGTTCGACTATA-----------------TT-TAAGTGTATGAAGATAGTAA--AACTTT-GACCAAATTTAT-AGTAT-T--AG---ACTG-AAC---------ATACAAATC------GTGCAATAagtttgatatatacatcgaaatttatatttcattaacaagttcatatatccatatagttgatcttgtctataaatgtaataagaccaactttacgaaacatgttctattttaaacagtcatactatatttgcttgcttaaattttacaaaaaagttgcatttgttttagcagtttataaattattcattaggcacattaatgtacaaaccactggttctaaggtcaggagttttaagtataaacatttctatatgttttaatcgacatt
gi|16                         :  taAAGCA-TTTA-ATTATATGATATTATAAACAAATATGCAGATTGGAAT----TTCA---GGTTT-------TGaagtttgatatgccgcaccaattttgtatatatat
gi|13                         :  cataGCA-CT-TCATTCTATGACATTATAAACAAATATGCAGATTGGAGT----TTCA---GGCTT-------TGTTCAACTATAGATAA-------A--TAT------TTGATAAAGATAACAATCAA-TAT-GGTAAAATTTATAATTAT-T--ATAAGATTT-AAC---------ATACAAGAC------ATGCAATATGTGTTTGCTTATGTAAAaataatttagagctgttgtgtaatattgtgccttatgatgatacaataaacatttgagttatattgcagattgtggacctttg
gi|7                          :                 TATATTGTATTACAAACAAATATGCAGATTGGAGT----TTCA---GGCTT-------TGTTCAAATATACATACTC-GTATA--AA---CAAGTTTGTAAAGATAATAA--AACTAT-GACAAAATTTAT----AT-T--A-------------------------AAA--------GTGCAATATGAGTCTG--TAGGT-AAATCTATAT-ACATTT-G-----AT---CATGT--T-CGGT----ATCG----------AAC-A-ATATCAAACAATGGAACATATACATAAcaca
gi|3                          :                       tagTTATAAAAAAATATA-AAATTATGGTACAATTTA---TA-TTACAAGACTATTCAACTATAGCTA-----TACA--TTTT-T---TTTAAAAAGATAATAA--AACTAT-GGCAAAATTTAT-ATTATATGAAT---AATTCAACTATAGCTATATACTATTTTATAAAGTG-AATA--AAACTA--T-GGCATAA--TTTATGCCATAG-GAAATATTATACATGT--CACGCAATAAGTTGGCTGTCACAAAACCA-AC-CAAAA----GAAACATTT-TACATT-CTGAACA----TGTTT------TATTTGTTTTGTTTGATTTTACATCCAACTAACACTTGTTTTAGTTGTTCATA--TTATACA-------AGACTGTA---CAAA------GTTC--A---CGTTTAAAAACCGTTTGTATAAACGTTTCTAGA--T--------------------TTTTTATTACCC------GTCCTTT-----ATCA--GTTAAACATT--TTTGCAAGTTGCTTTGTATATTTTAT-TTTCCCCGTTATAGCTTGGAATATAAC---TTCAC---CCATTATATGAATAACATTCTGACAAAAAATT-AATCCATCCTTTAG-GCTATTACACAaaaatctagttttcatc
gi|5                          :                                                                                                                                               TTTGT-TCGAC-T--AT---ATAT-AAC---------GTACAA-TC------GTGCAATATGAATTTG--TAGGTAAAATTTATAC-CCAGTT-G-----TT---CATGT--C-CG------A-TATC-GA-----AAC-ATAT-ATAAA----AAAA
gi|10                         :                                                                                                             aaagcactgaatatattacactataaacatatatgcagatttgagtttcaggtggcTT-AAC---------TTACACGTC------GTCCAATATGAGTTCA--TAGATAAAAtcaaacaatagaacatatacattaaaatatagatttcattcttaagttcatatatccatgtagttgatcttgccactggaaacatgttaaagaaacacgttacattataaacataataattatatatttgcttggttacattttacaaccaactgacatttgtttcagcatttcatattattcattacacacattgttgtatataatactggttctaaggtcaaaggcttgatgtgaaaaataaatcgacatttccaacattttga
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                               atacaaatattgcaaggaaTAT-CCATGTAG-----TT---GATCTTGC-C-------ACTGGA--------AAC-A-TG-TTAAA----GAAACACGT-TACATT-ATAAACA----TAATAATTATATATTTGCTTGGTTACATTTTACAACCAACTGACATTTGTTTCAGCATTTCATA--TTATTCATTACA-CACATTGTTGTATATAATACTGGTTCTAA---GGTC-AAAGGCTTGATGTG-AAAAATAAATCGA--CATTTCC--AACATTgaaatatatacatcaatatctagatttcattaattagttcatattcccatgtagttgatcttaccactgattacaacaaaaccaacatagaaaaacattttccattataaacattagatataatatatgt
gi|9                          :                                                                  aaagcactgaatatattacactataaacatatatgcagatttgagtttcaggtggctttgttcgactatatataacgtacaatcgtgcaatatgaatttgtaggtaaaatttatacccagttgttcatgtccgatatcgaaacatatataaaaaaatcaaacaatagaacatatacattaaaatatagatttcattcttaagttcata-----AAC-A-----TAAA----GAAACATTT-GACAGT-CTAGACA----GGCTA------TATTTGTAAGGTTTAATTTTACTTCCAAGTGACATTTGTTTTAGTAATTCTTG--TTATTAATTAAGAGAAATTCT-GTAAAAAATACTA---TTTAAACGATCTTAAAGC-TTATGTATGAACATTCCTTGA--TATTTttga
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                   ataagtttatattcccaagacaC-A-AC-TTAAA----GAAACGTGT-TAGAGT-CTAAATA----TAATA------TATTTGCTTGGT--AA------AAC---ATGACATTTATTTCAGCAGTGCAAA--CTATTCAAAATG-CACATTGTTGTACAACATACTGTTTATAA---GGTC-AAAAGCTTTATGTATAAACATTCCTAGA--T------------------GATTTTTATAACCC------ATACTTT-----ATCATTATCAAAAAGT--TCTACA--AATGTTTGCATATTCGGTCTTGTCAAGTAATAACTTGGAATAAAACATAAACAT---TCCTTATGGAAAtttta
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                      aacC-A-AG-TTAAA----GAAACATGT-TG-AATACTAAATA----TAATA------TATTTACTTGGTTAAAGTTTACAACAACATGACATCTGTTTCTGCAGTTCATA--TTATTCAGGACG-CAGATTGCTGTACAAAATACTGGTTCTAA---TGTC-GAAAGCTTTAgcaccggtatcatttcgatgatactgatttaaaaatatgtattatatt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                    cagacC-A-AC-TTTAC----GAAACATGT-TCTATT-TTAAACAGTCATACTA------TATTTGCTTGCTTAAATTTTACAAAAAAGTTGCATTTGTTTTAGCAGTTTATAAATTATTCATTAGG-CACATTAATGTACAAACCACTGGTTCTAA---GGTC-AGGAGTTTTAAGTATAAACATTTCTATATGT-TTTAATCGACATT
gi|18                         :                                                                                                                        ataaagcaattaattttattatgttataaacacatatgcagattgaaatttcgggctttgttcggctataactatacatgtattatatgtatatgaagataactacaacaagagttaaactataatacttagaatatgactttgtaggtaaaatccatatcagtttgatatatacatcgaaatttatatttcattaacaagttcatatatccatatagttgatcttgtctataaatgtaataagacGGCATTTGTTTTAGTTGTTCATA--TTATTAATTGCG-CAAATTGTTGTACAAAATAC
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TTTGTTTAAGTATTTCATA--GTATACAT-ACG-CA-ATTGCTGTACAAACTACTGGTTCCAG---GGCC-AAAAATCTTATGTATAAACATTCCTAGA------TA----------------TTTTATAACCCGTAGGTGTACATTATCAAATCATTATTAAACAGTTCTATACG--TGTTTTTGCATGTTCAGTTTTTTCCAGTAAT--------ATATCGTATAT-----AG-----ATCTAGATTACAAAGTAACATTAAATGAAATTCATCCCCTAG-AATCTTGCATATACTAC--TTTCTCTG-ATT---------CACT----GGTTTAGCCTATCAACCGTTTTCAATAGA-------TGTGAGA--AAATTCTTAATTTAGTAAAAATAATA---------TTTAAATT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TCCACTAACAATATTTAACATATTACAATACCCCTTTATTACAC--GTGTACTTACAGGTTTGTC----CCATAG-----AAT-G-TATGTGCTGTGAAATTTG---C--AATTTTCTAAAACCTACACAAGATTTATTAAAATTTAATGTGACTAAGTTTAATTTAAACATAAAATTTCGAAATATATATATA-AAACACAGCTCTCCTAAAATCATTGAGTCaaaagcaagaagacaaagtccattttaaaagttttatgctgaacataatttatgtacgggagttatgcaaatattgctgaaaatgtttctttatatgcagtttaaatacatgactctaaaaaactcatgaaaaagtaaaagtcatgcaccataaaaactaagtttacagaacaagttttaatattgaacacacatttttttattaacggttattttcaaattcatttggcaacatttagcgaactctgtttagtgtacttttttccaattgtctgtgataactttacccgaaatttcagaaaattaatgaatctctggttttgacaatacagtccaccaatgtctccataaccaaaaactctatgcgtacttttcattactcccaacaggcgtttgcaaaagtgtaattgttttattgtttctcctttattaaacccaacgtttcattccaattattaaggattggccctatgaaagctcattaaataaatataatttattataaccggattatcagtgaacttatataagtacttatttattgtagttttgagtgccttaccacaagtgtattctgtgtttcagaatactcaactgtagaaacaatgcctaaataaacctatataaattttctattcgctcagtattttgataaaataagagatttctagttaccaaccttctgaaaataattattttagtttctagtgtaataacactaaatttccatcttttacaataaaat
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AAAAATAAATCGACATTTCCAACATTTTGA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aaagcactgaatatattacactataaacatatatgcagatttgagtttcaggtggctttgttcgactatatataacgtacaatcgtgcaatatgaatttgtaggtaaaatttatacccagttgttcatgtccgatatcgaaacatatataaaaaaatcaaacaatagaacatatacattaaaatatagatttcattcttaagttcatatatccatgtagttgatcttgccactggaaacatgttaaagaaacacgttacattataaacataataattatatatttgcttggttacattttacaaccaactgacatttgtttcagcatttcatattattcattacacacattgttgtatataatactggttctaaggtcaaaggcttgatgtgTGAAAAAGTAAAAGTCATGCACCATAAAAACTAAGTTTACAGAACAAGT--TTTAATATTG--AACACACATTTTTTTATTAACGGTTATTTTCAAATTCATTTGGCAACATTTAGCGAACTCTGTTTAGTGTACTTTTTTCCAATTGTCTGTGATAACTTTACCCGAAATTTCAGAAAATTAATGAATCTCTGGTTTTGACAATACAGTCCAC-CAATGTCTCCATAACCAAAAACTCTATGCGTACTTTTCATTACTCCC-AACAGGCGTTTGCAAAAGTGT-----AATTGTTT---TATTGTTTCTCCTTTATTAAA---CCCAACGTTTC-ATTCCAATTATTAAGGATTGGCCCTATGAAAGCTCATTAAATAAATATAATTTAT--TATAACCGGATT--------ATCAGTGAACTTATATAAGTACTTATTT---ATTGTAGTTTTGA--GTGCCTTACCACAAG----TGTATTCTGTGTTTCAGAATACTC-------AACTGTAGAAACAATGCCTAAATAAACCTATATAAATTTTCTATTCGCTC--AGTATTTTGA-TAAAATAAGAGA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tttgtttaagtatttcatagtatacatacgcaattgctgtacaaactactggttccagggccaaaaatcttatgtataaacattcctagatattttataacccgtaggtgtacattatcaaatcattattaaacagttctatacgtgtttttgcatgttcagttttttccagtaatatatcgtatatagatctagattacaaagtaacattaaatgaaattcatcccctagaatcttgcatatactactttctctgattcactggtttagcctatcaaccgttttcaatagatgtgagaaaattcttaatttagtaaaaataatatttaaattaaaagcaagaagacaaagtccattttaaaagttttatgctgaacataatttatgtacgggagttatgcaaatattgctgaaaatgtttctttatatgcagtttaaatacatgactctaaaaaactcaTTCTATAT-GTTTT---------AATCGACA---TTT--TGCA--TTGTCTCATTTGTCTTTAATAGATTTGCCATACATTTTGTAATGCTTTAGAATCT-AAATTTTGAAAATGCGTT-TACCCAGT-TCTATAT-AACATAATCGTTTTGTGTA-----CTTTACACCCAAATAAGCGCTTATAAAATTGTAttctagttaccaaccttctgaaaataattattttagtttctagtgtaataacactaaatttccatcttttacaataaaat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CTTACAA-ATTTTAAATGAATTGTTTTTATTTTA--TCTCCTATATCAAAACCTCACACTTCATTAC-CA--TAAGTAAGGGTGAACGTTAT--AAGCTTATTGAATAAATATAATCTAT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TATTCCATTTATAAGTTTATATTACCATGTAGTTGATCTTGTCACTGAGTGCAACGAGTCTTACTTACAACTTTAC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              111111                           5555555555555555555555                                     4444444444444444444444444444       222222222    111111    111111    111111       1111   11       11111       555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555             1111                      1111111111111                                                                                                                                       888888888888888888888            222222       22222                11     2222                                                66666666666666                                            1                 11       22   333333                       1111111       444444444        3333333333                222222                   33333                            1        1     2                             4444444444444444444444444444444444444444444              33                       11    2222                           22          22    333333        1                                       3333                                                                                     22       2         1                                                        111                22              111           4444444                     33                          33            44444444                            2222            22    11         4444              222       6666666        3333333        1                          22   1      2      1      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                7        1            0           66  888     444444  888  5        0      55  4444444444444444444444 3  1        0  77      5            2222222222222222222222222222   5   000000000    444444  0 222222    444444  3    0000   11  5    44444    1  555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555   5 888     0000           0 5        9999999999999               0  1      5 0  3                 0      66       66 0 4  5   00        1            66    5      0      5               666666666666666666666            888888       55555    66      2   33 1   1111 1 1           0  6            77         3   3 22222222222222    1     1   333 0   22    88   0     1    0      1          11 11 0  44   888888   0   7        11  4  6666666       999999999        1111111111     22     222 111111       1           33333        4  4                5  4     5  4  0            2         3      3333333333333333333333333333333333333333333              44                       88    3333       4  4  4          4  77       4  77    000000        5            1 22      33  4      5555  0000   7   0 6   1  0  1   7  1     11      22 1    222  222 333      77        1     11 44   6   3   1     4  1  1 11 1  0     99999    1   7 88 0      7    3      000         7  1   22      1   0   222  22  1  1 1111111  1 1     0 1   1    00     0                    11 4 7        88888888    88   6                  8888            77    88   2 2   2222              000       5555555  2     3333333  2     5       4  4     2         77   5      0      5      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                .        .            .           ..  ...     ......  ...  .        .      ..  ...................... .  .        .  ..      .            ............................   .   .........    ......  . ......    ......  .    ....   ..  .    .....    .  .............................................................................................   . ...     ....           . .        .............               .  .      . .  .                 .      ..       .. . .  .   ..        .            ..    .      .      .               .....................            ......       .....    ..      .   .. .   .... . .           .  .            ..         .   . ..............    .     .   ... .   ..    ..   .     .    .      .          .. .. .  ..   ......   .   .        ..  .  .......       .........        ..........     ..     ... ......       .           .....        .  .                .  .     .  .  .            .         .      ...........................................              ..                       ..    ....       .  .  .          .  ..       .  ..    ......        .            . ..      ..  .      ....  ....   .   . .   .  .  .   .  .     ..      .. .    ...  ... ...      ..        .     .. ..   .   .   .     .  .  . .. .  .     .....    .   . .. .      .    .      ...         .  .   ..      .   .   ...  ..  .  . .......  . .     . .   .    ..     .                    .. . .        ........    ..   .                  ....            ..    ..   . .   ....              ...       .......  .     .......  .     .       .  .     .         ..   .      .      .      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                3        3            2           99  888     444444  888  0        4      99  6666666666666666666666 0  7        1  99      7            6666666666666666666666666666   0   000000000    444444  2 888888    444444  2    6666   99  7    33333    4  111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111   0 888     6666           2 9        3333333333333               6  4      4 7  0                 1      11       77 1 4  3   77        8            99    0      9      7               333333333333333333333            888888       00000    88      5   88 0   8888 0 0           2  5            55         5   2 22222222222222    0     0   000 7   00    33   7     0    0      0          33 77 7  77   000000   7   3        77  7  0000000       333333333        7777777777     00     777 000000       0           33333        7  7                0  0     5  0  0            5         0      0000000000000000000000000000000000000000000              00                       00    0000       0  0  0          0  55       0  55    000000        5            0 00      55  0      7777  0000   3   7 7   0  7  0   3  0     77      00 0    333  333 000      77        0     77 00   7   3   0     0  0  0 77 0  7     33333    0   3 00 7      0    2      000         3  0   77      0   7   333  00  0  0 7777777  0 0     7 0   0    33     7                    77 7 3        33333333    00   7                  0000            55    00   5 5   5555              555       0000000  5     0000000  5     5       0  0     5         55   5      0      5      
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AAGCACTTGATTATATTATATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CA---GG-CTTTGTTCGACTATANATA-----TACATAT---TNA---GTNTATAAAGATAATAA--AACTAT-GGCAAAATTTAT-AT-----TAT-T--------AT---A-CTT-AAC---------ATAC------AAGTC-GT--GCAA------TATGAGT----CTG--TA-GGTA-----AAATCTA-----------TA--TC-------------CATA-----TGTT---CATGT--C-CG------AT--------TGGCT-------------G-AAC-AAC-TTAAA----GAAACATGTTACATTCTAAACA----TA------ATATATTTGCTTGGTTAAATTTTACAACCAAGTGACATTTGTTTCAGCAGTTCATA--TTATTCATTACG-CANATTGCTGTACAAAATACTGGTTCTAA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-ATAAACATTCCTAGA--TTT-T--AA-ATT------TTTTTATAACCC------GTACTTT-----ATCATTATTAAANAGT--TNTAC--G-TNTTTTTGCATATTCGGTCTTTTCCAGTAATAACTTGGAATANAACAT-A-TCAT---TCC-TTATATAAATTACANTCTAACATNAAATGAAATTCATCCTCTAG-AATATTGCACATACTACAGTTTCTCTG-ATTA-AC--GTGTACTTACAGGTTTAGCCNATC-ACCG-TTTCAATGGACA-GT-CTGTGAGAT-AGAC-CTNAATTTAGTAAAACTAACACGGGATTTATTTAAATTTAATGC-----GACTAAGTNTANTTTAAACATAAAGTCTCGANATGTATATNTATAAACGCAGCTCTNCTAGAATCGNTGAGTCTGCTAGACCAATTTTGTACAATTTGATCTTAAATTCATTGCACAAAAATAAATCGACTATTCCAACATTTTGAAAAAGCAAAAGTCGTGCACCATAAAANCCNAGNTTACAGAGCANGTCATTCAATANTGCTAACACACATTTTCTTATTAGCGGTTATTTTCAANNTCGTTTNNCANCATTTAATNAACA-T-TTTAGTGTACTTTTTCTCATTTGTCTTTGATAAATTTGCCANAAATTTTATAACGTTAAAGAATCTCAGGTTTTGAAAATGCGNT-TACCCAGT-TCTCCATAA-CAAAATCGTTTTGCGTACTTTTC-TTACTCCCAAATAAGCGCTTACAAAATTGTAAATGAATTGTTTTTATATTGT-TCTCCTNTATTAAAAC-CCAAACTTCAC-ACNCC-ATAATTAAGGATTGGCGCTAT--AAGCTTATCGAATAAATATAATCTATG-TNTAACCGGATT--------ATCAATGAACTTATATAAGTACTTATTT---NTTGTAGTTTCGATTGTGCCTTACGANAAGTGTTTGTACTCTGCGTTTCAGAATACTCTCTTTTAAGNTGTAGAAACAATGCNCAAATAAACCTGTNTGNGTTTTNCGTTCGCTCTAAGCATTTTGAGTAAAATAAGAGGT
Reference ( family-614 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AAGCACTTGATTATATTATATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CA---GG-CTTTGTTCGACTATANATA-----TACATAT---TTA---GTNTATAAAGATAATAA--AACTAT-GGCAAAATTTAT-AC-----TAT-T--------AT---A-CTT-AAC---------ATAC------AAGTC-GT--GCAA------TATGAGT----TTG--TA-GGTA-----AAATCTA-----------TA--TC-------------CATN-----TGTT---CATGT--C-CG------AT--------TGGC--------------G-AAC-AAC-TTAAA----GAAACATGTTACANTCTAAACA----TA------NTATATTTGCTTGGTTAAATTTTACAACCAANTGACATTTGTTTCAGCAGTTCATA--TTATTCATTACG-CANATTGTTGTACAAAATACTGGTTCTAA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-ATAAACATTCCTAGA--TTT-T--AACATT------TTTTTATAACCC------GTACTTT-----ATCATTATTAAACAGT--TNTAC--G-TNTNTTTGCATATTCGGTCTTTTCCAGTAATAGCTTGGAATATAACAT-A-TCA----CCC-TTATNTAAATNACANNNTGACANNAAATNAAATCCATCCNCTAG-AATATTNCACATACTACAATNCCCCTNTATTACAC--GTGCACTTACAGGTTTGNCCTATCNACNGTTTTCAATAGATATGTGCTGTGAGATTNGATTCTTAATTTNNTAAAANCNACACAAGATTTATTNAAATTTAATGT-----GACTAAGTTTAATTTAAACATAAAATTTCGAAATATATATATA-AAACACAGCTCTCCTAAAATCATTGAGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAATAAATCGACATTTCCAACATTTTGAAAAAGTAAAAGTCATGCACCATAAAAACTAAGTTTACAGAACAAGT--TTTAATATTG--AACACACATTTTTTTATTAACGGTTATTTTCNANNTCGTTTNGCAACATTTAGCCGACNCTGTTTAGTGCACTTTNTCCCANTTGTCTNTGATAGNTTTGCCNNANATTTCGNAANGCTNNNGAATCTCNGGTTTTGANAATGCGNTCCACCCAGTGTCTNCATAANCANAANCNCTNTGCGTACTTTTCNTTACNCCCAAACAGGCGCTTACAAAATTGTAAATGAATTGTTTTTATNTTGTTTCTCCTNTATCAAAACCCCNNACNTCNCTACTCNAATNANTAAGGGTNGGCNCTATGAAAGCTCATTGAATAAATATAATCTAT--TATAACCGGATT--------ATCAGTGAACTTATATAAGTACTTATTT---ATTGTAGTTTTGA--GTGCCTTACCACAAG----TGTATTCTGTGTTTCAGAATACTC-------AACTGTAGAAACAATGCCTAAATAAACCTATATAAATTTTCTATTCGCTC--AGTATTTTGA-TAAAATAAGAGAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AAGCACT-GATTATATGATATTATAAACAAATATGCAGATT--GT---AGTTT------CA---GA-ATTTGTTCCACTATACATAAAAAGTACATAT---TCAA--GTTTATAAAGATAATAA--AACTAT-GGTAAAATTTAT-TT-----TAT-T--------AT---A-CTT-AAC---------ATAC------AAGTC-GT--GCAA------TATGAGA----CTG--TA-GGTA-----AAACCTT-----------TA--TC-------------CATC-----CGTT---CATGT--C-CG------AC--------TGGCT-------------GTAAC-AAT-TTAAA----GAAACATGTTATAATCTAAATA----TA------ATATATTTGCTTGGTTGAATTTGACAACCAAGTGGCATTTGTTTCAGCATTTCATA--TTATTCATTACG-CACATTGTAGTACAAAATACTGGTTCTTA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-ATAAACATTCCTCGA--TTT-TAAAACATTCCTCGATTTTTATAACCC------GTACTTT-----ATCATAATTAAAAAGT--TATAC--ATTTTTTTTACATATTCGGTCTTTTCCAGTAATAACTTGGAATAGAATAT-ATTCATAAGTCA-TTATATAAATTACACTCTAACATGAAATGAAATTCATCCTTTAA-AATATTGCATATACTACAGTTTCTCTG-ATTA-ACCGGTGTACTTACAGGTTTAGCTAATCTACCGGTTTCAAT-GACAAGT-CTGTGAGATGAGACACTAAATTTAGTAAAACTAATACGGAATTTCTTTAAATTTGATAT-----ATCTAAATATGGCAGAAACATAAAGTCT-GATATGTA-ATTTATAAATGTAGCTCTACTAGAATCGGTGAGTCTGCTAGACCAATTTTGTACAATTTGATCTTAAATTCATTGCACAAAAATAAATCGACTATTCCAACATTTTGAAAAAGCAAA--TCGT----CATAAAATCCTAGATTACAGAGCATGTCATTCAATAATGCTAACA-A----TTCTTATT-GTGGTTATTTTCAATATCGTTTTTTATCATCAAATTAACAAT-TTTAGTGTACTTTTTCTCATTTG-CTTTGATAAATTTGGCAAAAATTGTATGACATTAAAGAATCTCAGGTTTTGCAAATGCACT-TACTCAGT-TATCCACGAACAATATCGTTTTGTTTGCTTTTCTTTACTCCC-AATAAGCGCTT-CAAGATTGTAAATAAATGGTTTCTATATTG--TCTCCTGTATTAAAACGCCAAACTTCAC-ACGCC--TAATTAAGGATTGGCACTAT--AGACTTGTCGAATGAATTTAATCTATACTGT-TCAGAATTTGCTAAGCACCAA-GAA--TATCCAAGTGCATGTTTTACGTTATAGTTTCAATTGTGC--TATGAAAAGTGTTTGTACTTTGCATTT---AATATTCTCTTTTAAGATGTAG-------GCACAAAT-AATTTGTTTGTGTTTTACGTTTGTTTTAAGC-TTTTGAGTAAAAT-AGAGGT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TT-AAC---------TTAC------ACGTC-GT--CCAA------TATGAGT----TCA--TA-GATA-----AAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      atacaaatattgcaaggaaAAGCACTTGAA-ATATTATATTACAAACTCATATGCAGATC--GG---AGTTT------CA---GG-CTTTGTTCGACTATAT--------------T---TAA---GTGTATGAAGATAGTAA--AACTTT-GACCAAATTTAT-AG-----TAT-T--------AG---A-CTG-AAC---------ATAC------AAATC-GT--GCAA------TA-AAGT----TTG--gaaatatatacatcaatatctagatttcattaattagttcatattcccatgtagttgatcttaccactgattacaacaaaaccaacatagaaaaacattttccattataaacattagatataatatatgt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       taTTTAATCGACA---TTT--TGCA--TTGTCTCATTTGTCTTTAATAGATTTGCCATACATTTTGTAATGCTTTAGAATCT-AAATTTTGAAAATGCGTT-TACCCAGT-TCTATATAA-CATAATCGTTTTGTGTACT-----TTACACCCAAATAAGCGCTTATAAAATTGTAatatgccgcaccaattttgtatatatat
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttctatatgtGCACTTCATTCTATGACATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CA---GG-CTTTGTTCAACTATAGATA------A-ATAT---TTG-------ATAAAGATAACAATCAA-TAT-GGTAAAATTTATAAT-----TAT-T--------ATAAGA-TTT-AAC---------ATAC------AAGAC-AT--GCAA------TATGTGT----TTGCTTA-TGTA-----AA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CTTACAAA-TTTTAAATGAATTGTTTTTATTTTAT--CTCCTATATCAAAACCTCACACTTCATTACC---ATAAGTAAGGGTGAACGTTAT--AAGCTTATTGAATAAATATAATCTATG-TTTAACCAGTAT--------ATCAATAGACTTATATAAGTATTTATTC---TTTGTAcaca
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   t--------------G-ACC-AAG-TTAAA----GAAACATGTTGAATACTAAATA----TA------ATATATTTACTTGGTTAAAGTTTACAACAACATGACATCTGTTTCTGCAGTTCATA--TTATTCAGGACG-CAGATTGCTGTACAAAATACTGGTTCTAA--TGTC-GAAAGCTTTAaata
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       caAAGCATTTAATTATATGATATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AATTT------CA---GG-TTTTG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    cataGGCATTTGTTTTAGTTGTTCATA--TTATTAATTGCG-CAAATTGTTGTACAAAATACaataatttagagctgttgtgtaatattgtgccttatgatgatacaataaacatttgagttatattgcagattgtggacctttg
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTTGTTTAAGTATTTCATA--GTATACAT-ACG-CA-ATTGCTGTACAAACTACTGGTTCCAG--GGCC-AAAAATCTTATGT-ATAAACATTCCTAGA------T--A------------TTTTATAACCCGTAGGTGTACATTATCAAATCATTATTAAACAGTTCTATAC--G-TGTTTTTGCATGTTCAGTTTTTTCCAGTAAT--------ATATCGTAT-A-TAG----------ATCTAGATTACAAAGTAACATTAAATGAAATTCATCCCCTAG-AATCTTGCATATACTAC--TTTCTCTG-ATT---------CACT----GGTTTAGCCTATCAACCGTTTTCAATAGA-------TGTGAGA--AAATTCTTAATTTAGTAAAAATAA---------TATTTAAATTAAAAGCAAGAAGACAAAGTCCATTTTAAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TGAAAAAGTAAAAGTCATGCACCATAAAAACTAAGTTTACAGAACAAGT--TTTAATATTG--AACACACATTTTTTTATTAACGGTTATTTTCAAATTCATTTGGCAACATTTAGCGAACTCTGTTTAGTGTACTTTTTTCCAATTGTCTGTGATAACTTTACCCGAAATTTCAGAAAATTAATGAATCTCTGGTTTTGACAATACAGTCCACC-AATGTCTCCATAACCAAAAACTCTATGCGTACTTTTCATTACTCCCAA-CAGGCGTTTGCAAAAGTGTAA-----TTGTTTT---ATTGTTTCTCCTTTATTAAA---CCCAACGTTTC-ATTCCAATTATTAAGGATTGGCCCTATGAAAGCTCATTAAATAAATATAATTTAT--TATAACCGGATT--------ATCAGTGAACTTATATAAGTACTTATTT---ATTGTAGTTTTGA--GTGCCTTACCACAAG----TGTATTCTGTGTTTCAGAATACTC-------AACTGTAGAAACAATGCCTAAATAAACCTATATAAATTTTCTATTCGCTC--AGTATTTTGA-TAAAATAAGAGATagttttatgctgaacataatttatgtacgggagttatgcaaatattgctgaaaatgtttctttatatgcagtttaaatacatgactctaaaaaactcatgaaaaagtaaaagtcatgcaccataaaaactaagtttacagaacaagttttaatattgaacacacatttttttattaacggttattttcaaattcatttggcaacatttagcgaactctgtttagtgtacttttttccaattgtctgtgataactttacccgaaatttcagaaaattaatgaatctctggttttgacaatacagtccaccaatgtctccataaccaaaaactctatgcgtacttttcattactcccaacaggcgtttgcaaaagtgtaattgttttattgtttctcctttattaaacccaacgtttcattccaattattaaggattggccctatgaaagctcattaaataaatataatttattataaccggattatcagtgaacttatataagtacttatttattgtagttttgagtgccttaccacaagtgtattctgtgtttcagaatactcaactgtagaaacaatgcctaaataaacctatataaattttctattcgctcagtattttgataaaataagagatttctagttaccaaccttctgaaaataattattttagtttctagtgtaataacactaaatttccatcttttacaataaaat
gi|3                          : tttgtttaagtatttcatagtatacatacgcaattgctgtacaaactactggttccagggccaaaaatcttatgtataaacattcctagatattttataacccgtaggtgtacattatcaaatcattattaaacagttctatacgtgtttttgcatgttcagttttttccagtaatatatcgtatatagatctagattacaaagtaacattaaatgaaattcatcccctagaatcttgcatatactactttctctgattcactggtttagcctatcaaccgttttcaatagatgtgagaaaattcttaatttagtaaaaataatatttaaattaaaagcaagaagacaaagtccattttaaaagttttatgctgaacataatttatgtacgggagttatgcaaatattgctgaaaatgtttctttatatgcagtttaaatacatgactctaaaaaactcaTTATAAAAAAATATA-AAATTATGGTACAATTTATATTACA---AGACT--ATTCAACTATAGCTA-----TACATTT---TT-----TTTAAAAAGATAATAA--AACTAT-GGCAAAATTTAT-AT-----TATATGA------AT---A-ATTCAACTATAGCTATATAC------TATTT--T--ATAA------AGTGAATAAAACTA--T--GGCA-----TAATTTA-----------TG---C-------------CATAGGAAATATTATACATGT--CACGCAATAAGT--------TGGCTGTCACA-------A-AACCAAC-CAAAA----GAAACATTTTACATTCTGAACA----TG------TTTTATTTGTTTTGTTTGATTTTACATCCAACTAACACTTGTTTTAGTTGTTCATA--TTATACA-------AGA---CTGTACAAA------GTTC-AC--GTTT-AAAAACCGTTTGT-ATAAACGTTTCTAGA--------------T------TTTTTATTACCC------GTCCTTT-----ATCA--GTTAAACATT--TTTGCAAG-TTGCTTTGTATATTTTAT-TTTCCCCGTTATAGCTTGGAATATAAC-T---TCA----CCCATTATATGAATAACATTCTGACAAAAAATT-AATCCATCCTTTAG-GCTATTACACAttctagttaccaaccttctgaaaataattattttagtttctagtgtaataacactaaatttccatcttttacaataaaat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AAGCAATTAATTTTATTATGTTATAAACACATATGCAGATT--GA---AATTT------CG---GG-CTTTGTTCGGCTATAACTA-----TACATGTA--TTATATGTATATGAAGATAA-------CTAC-AACAAGAGTTAA-AC-----TAT-A--------AT---A-CTT-AGA---------ATAT------GACTTTGTAGGTAAAATCCATATCAGT----TTGA-TA-TATACATCGAAATTTA-----------TA--TTTCATTAACAAGTTCATA-----TATC---CATATAGT-TG------ATCT------TGTCTATAAATGTAATAAG-ACC-AAC-TTTAC----GAAACATGTTCTATTTTAAACAGTCATA------CTATATTTGCTTGCTTAAATTTTACAAAAAAGTTGCATTTGTTTTAGCAGTTTATAAATTATTCATTAGG-CACATTAATGTACAAACCACTGGTTCTAA--GGTC-AGGAGTTTTAAGT-ATAAACATTTCTATATGTTT-T--AA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ataAAGCACT-GAATATATTACACTATAAACATATATGCAGATT--TG---AGTTT------CAGGTGG-CTTTGTTCGACTATATATAACG--TACA-AT---C-----GTGCA-----AT-ATGA--ATTTGTAGGTAAAATTTAT-ACCCAGTTGT-TCATGTCCGAT---ATCGA-AAC---------ATATATAAAAAAATC-AA--ACAA------TA-GAAC----ATA--TACATTA-----AAATATAGATTTCATTCTTAAGTT-------------CATA-----TATC---CATGTAGT-TG------ATCTTGCCACTGG---------------A-AAC-ATG-TTAAA----GAAACACGTTACATTATAAACA----TAATAATTATATATTTGCTTGGTTACATTTTACAACCAACTGACATTTGTTTCAGCATTTCATA--TTATTCATTACA-CACATTGTTGTATATAATACTGGTTCTAA--GGTC-AAAGGCTTGATGTGAAAAATAAATCGACA--TTTCC--AACATT------TTtcgacatt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aC-AAC-TTAAA----GAAACGTGTTAGAGTCTAAATA----TA------ATATATTTGCTTGGT-AAA----ACA------TGACATTTATTTCAGCAGTGCAAA--CTATTCAAAATG-CACATTGTTGTACAACATACTGTTTATAA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-ATAAACATTCCTAGA------T--GA----------TTTTTATAACCC------ATACTTT-----ATCATTATCAAAAAGT--TCTAC--A-AATGTTTGCATATTCGGTCTTGTCAAGTAATAACTTGGAATAAAACATAA-ACAT---TCC-TTATGGAAAGCACga
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aacTATATTGTATTACAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CA---GG-CTTTGTTCAAATATACATA-----CTCGTATAAACAA---GTTTGTAAAGATAATAA--AACTAT-GACAAAATTTAT-A---------------------------TT-AA--------------------AAGT------GCAA------TATGAGT----CTG--TA-GGT------AAATCTA-----------TA--TA-------------CATT-----TGAT---CATGT--T-CG------G---------TATC--------------G-AAC-AATATCAAACAATGGAACATA-TACA---TAAAcggtatcatttcgatgatactgatttaaaaatatgtattatatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tagTCCACTAACAATATTTAACATATTACAATACCCCTTTATTACAC--GTGTACTTACAGGTTTGTCCCAT----AG-----AATG--TATGTGCTGTGAAATTTG-----CAATTTTCTAAAACCTACACAAGATTTATTAAAATTTAATGT-----GACTAAGTTTAATTTAAACATAAAATTTCGAAATATATATATA-AAACACAGCTCTCCTAAAATCATTGAGTCaaatctagttttcatc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GTT---TATATTCC-CA------A----------GAC--------------A-AAC-A----TAAA----GAAACATTTGACAGTCTAGACA----GG------CTATATTTGTAAGGTTTAATTTTACTTCCAAGTGACATTTGTTTTAGTAATTCTTG--TTATTAATTAAGAGAAATT-CTGTAAAAAATACTA--TTTAAACGATCTTAAAGC-TTATGT-ATGAACATTCCTTGA--T---------ATT------TTTTTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TATTCCATTTATAAGTTTATATTACCATGTAGTTGATCTTGTCACTGAGTGCAACGAGTCTTACTTACAACTTTAC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
lowQualScore                  :                                                                         111111    111     111111               55555555555555555555555                                       1111111    444444444444444444444444444444444    111111              111111       111111111       1111111111111     222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222             1111                      1111111111111                                                                                                                       11111    1111            77777777777777777777               222222        3333333              2222222                                                4444444444444                                            1                 11        1   333333                        777777777777777777777777         444444444                222222                  333333                            33333        2           11                           2222222   2          222222             2     33333333333333333   222           11    2222                           11          11    333333        1                                       333333                                                                                             1       1   1                  33333                                111                222               111        11111  22                    11                         222              44444444                            2222            11    11         2222              222       3333333        3333333        1                          11   1      1      1      
lowQualScore                  :                           7        1            0           66  888     444444    333     444444     5     66  00000000000000000000000 2  0      66     66      5            4444444    222222222222222222222222222222222    444444  22 55 66    444444  3    222222222  5    6666666666666  3  000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000   5  55     0000           0 0        9999999999999               0  1      5 0  3                 0      66       66 0 4  5   0         1            66    5      0      44444    2222          5 22222222222222222222  0            888888        1111111      1    1  5555555 1 0           0  6             7         1   3 2222222222222    0         1        1     7         1    0      0          11        3   666666       7            1   333333333333333333333333         111111111                000000                  444444        1  1     7        0 55555  1  0  3  1  7     77      1   0     1          7777777   0          999999    4   3  4 0     77777777777777777   111           88    3333       1  1  1          1  88       1  88    000000        5              22      22  1        1   555555   7     6             7                 1           44           6               11         3       3   3            0     00000        7 7         7    3      000         7      888     1       7 666        11111  00               3    88        0                333 6 1  7       88888888     7   6                  4444            88    88   2 1   4444              000       3333333  1     3333333  1     5       1  1     1         88   5      5      5      
lowQualScore                  :                           .        .            .           ..  ...     ......    ...     ......     .     ..  ....................... .  .      ..     ..      .            .......    .................................    ......  .. .. ..    ......  .    .........  .    .............  .  ................................................................................................   .  ..     ....           . .        .............               .  .      . .  .                 .      ..       .. . .  .   .         .            ..    .      .      .....    ....          . ....................  .            ......        .......      .    .  ....... . .           .  .             .         .   . .............    .         .        .     .         .    .      .          ..        .   ......       .            .   ........................         .........                ......                  ......        .  .     .        . .....  .  .  .  .  .     ..      .   .     .          .......   .          ......    .   .  . .     .................   ...           ..    ....       .  .  .          .  ..       .  ..    ......        .              ..      ..  .        .   ......   .     .             .                 .           ..           .               ..         .       .   .            .     .....        . .         .    .      ...         .      ...     .       . ...        .....  ..               .    ..        .                ... . .  .       ........     .   .                  ....            ..    ..   . .   ....              ...       .......  .     .......  .     .       .  .     .         ..   .      .      .      
lowQualScore                  :                           3        3            2           99  888     444444    888     444444     0     00  00000000000000000000000 8  4      99     99      7            7777777    777777777777777777777777777777777    444444  66 22 99    444444  2    555555555  7    4444444444444  7  999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999   0  22     6666           2 2        9999999999999               6  4      4 7  0                 1      11       77 1 4  3   1         8            99    0      9      33333    1111          7 66666666666666666666  8            888888        8888888      0    0  5555555 0 8           2  5             0         0   2 0000000000000    8         0        0     3         2    0      2          00        3   333333       3            0   777777777777777777777777         333333333                333333                  000000        0  0     3        7 00000  0  7  7  0  3     00      0   7     0          5555555   0          555555    0   0  0 0     00000000000000000   555           00    0000       0  0  0          0  00       0  00    000000        5              00      00  0        0   000000   3     7             3                 0           33           7               77         3       3   3            7     33333        3 3         0    2      000         3      000     0       3 777        77777  77               7    33        7                333 7 0  3       33333333     3   7                  3333            55    00   5 0   0000              555       0000000  0     0000000  0     5       0  0     0         55   5      0      5      
consensus                     :                    AAGCACTTGATTATATTATATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCGA-CTATANATA-----TACATAT---TNA---G-TTTATGAAGAT--AATAA--AACTAT-GGCAAAATTTAT-A-----TTAT-T--------AT---A-CTT-AAC---------ATAC------AAGTC-GT--GCAA------TATGAGT----CTG--TA-GGTA-----AA------ATNTA-----------TA--TC-------------CATA-----TATT---CATGTAGT-CG------A--T--TG--GCT-------------G------AAC-AAC-TTAAA----GAAACATGTTACATTCTAAACA----TA------ATATATTTGCTTGGTTAAATTTTACAACCAAGTGACATTTGTTTCAGCAGTTCATA--TTATTCATTACG-CANATTGCTGTACAAAATACTGGTTCTAA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----ACATTCCTAG-A--TTTTGA---ATT------TTTTTATAACCCGTA------CTTTATCA-----TTATTAAANAGTTCTA--C--G-TNTTTTTGCATATTCGGTCTTTTCCAGTAATAACTTGGAATANAACAT-A-TCAT---TCATTATATAAATTACANTCTAACATNAAATGAAATTCATCCTCTAG-AATATTGCACATACTACAGTTTCTCTG-ATTA-AC--GTGTACTTACAGGTTTAGCCNATC-G-CC-GTTT-CAATGGAC--GT-CTGTGAGAT-ANNC-CT-AATTTAGTAAAACTAACACGGGATTTATTTAAATTTAATGC-----GACTAAGTNTANTTTAAACATAAAGTTT----CGAAATATA-ATTTATAAACGN-AGCTCTNCTAAAATCGNTGAGTCTGCTAGACCAATTTATGTGCAGTTTGATCTTAAATNCATNGCNCTAAAAATAAATCGACTATTCCAACATTTTGAAAAAGCAAAAGTCGTGCACCATAAAANCCNAGNTTACAGAGCANGTCATTCAATANTGCTAACACACATTTTCTTATTAGCGGTTATTTTCAANNTCGTTTNNCANCATTTAATNAAC-AT---TTTAGTGTACTTTTTCTCATTTGTCTTTGATAAATTTGCCANAAATTTTATAACGTTAAAGAATCTCAGGTTTTGAAAATGCGNTTACCCAGT-TCTCCAT-AAC-AAAATCGTTTTGCGTACTTTTC-TTACTCCCAAATAAGCGCTTACAAAATTGTAAATGAATTGTTTTTATATTGTT-CTCCTNTATTAAAAC-C-CAAACTTCACATNCCA-TAATTAAGGATTGGCGCTAT--AAGCTTATCGAATAAATATAATCTA---TGTTTAACCGGATT--------ATCAATGAACTTATATAAGTACTTATTT---NTTGTAGTTTCGATTGTGCCTTACGANAAGTGTTTGTACTCTGCGTTTCAGAATACTCTCTTTTAAGNTGTAGAAACAATGCNCAAATAAACCTGTNTGNGTTTTNCGTTCGCTCTAAGCATTTTGAGTAAAATAAGAGGT
Reference ( family-614 )      :                    AAGCACTTGATTATATTATATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCGA-CTATANATA-----TACATAT---TNA---G-TNTATAAAGAT--AATAA--AACTAT-GGCAAAATTTAT-A-----TTAT-T--------AT---A-CTT-AAC---------ATAC------AAGTC-GT--GCAA------TATGAGT----CTG--TA-GGTA-----AA------ATCTA-----------TA--TC-------------CATA-----TGTT---CATGT--C-CG------A--T--TG--GCT-------------G------AAC-AAC-TTAAA----GAAACATGTTACATTCTAAACA----TA------ATATATTTGCTTGGTTAAATTTTACAACCAAGTGACATTTGTTTCAGCAGTTCATA--TTATTCATTACG-CANATTGCTGTACAAAATACTGGTTCTAA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----ACATTCCTAG-A--TTTTAA---ATT------TTTTTATAACCCGTA------CTTTATCA-----TTATTAAANAGTTNTA--C--G-TNTTTTTGCATATTCGGTCTTTTCCAGTAATAACTTGGAATANAACAT-A-TCAT---TCCTTATATAAATTACANTCTAACATNAAATGAAATTCATCCTCTAG-AATATTGCACATACTACAGTTTCTCTG-ATTA-AC--GTGTACTTACAGGTTTAGCCNATC-A-CC-GTTT-CAATGGAC-AGT-CTGTGAGAT-AGAC-CTNAATTTAGTAAAACTAACACGGGATTTATTTAAATTTAATGC-----GACTAAGTNTANTTTAAACATAAAGTCT----CGANATGTATATNTATAAACGC-AGCTCTNCTAGAATCGNTGAGTCTGCTAGACCAATTT-TGTACAATTTGATCTTAAATTCATTGCAC-AAAAATAAATCGACTATTCCAACATTTTGAAAAAGCAAAAGTCGTGCACCATAAAANCCNAGNTTACAGAGCANGTCATTCAATANTGCTAACACACATTTTCTTATTAGCGGTTATTTTCAANNTCGTTTNNCANCATTTAATNAAC-AT---TTTAGTGTACTTTTTCTCATTTGTCTTTGATAAATTTGCCANAAATTTTATAACGTTAAAGAATCTCAGGTTTTGAAAATGCGNTTACCCAGT-TCTCCAT-AAC-AAAATCGTTTTGCGTACTTTTC-TTACTCCCAAATAAGCGCTTACAAAATTGTAAATGAATTGTTTTTATATTGTT-CTCCTNTATTAAAAC-C-CAAACTTCACACNCCA-TAATTAAGGATTGGCGCTAT--AAGCTTATCGAATAAATATAATCTA---TGTNTAACCGGATT--------ATCAATGAACTTATATAAGTACTTATTT---NTTGTAGTTTCGATTGTGCCTTACGANAAGTGTTTGTACTCTGCGTTTCAGAATACTCTCTTTTAAGNTGTAGAAACAATGCNCAAATAAACCTGTNTGNGTTTTNCGTTCGCTCTAAGCATTTTGAGTAAAATAAGAGGT
gi|1                          :                    AAGCACT-GATTATATGATATTATAAACAAATATGCAGATT--GT---AGTTT------CAGA---ATTTG------TTCCA-CTATACATAAAAAGTACATAT---TCAA--G-TTTATAAAGAT--AATAA--AACTAT-GGTAAAATTTAT-T-----TTAT-T--------AT---A-CTT-AAC---------ATAC------AAGTC-GT--GCAA------TATGAGA----CTG--TA-GGTA-----AA------ACCTT-----------TA--TC-------------CATC-----CGTT---CATGT--C-CG------A--C--TG--GCT-------------GT-----AAC-AAT-TTAAA----GAAACATGTTATAATCTAAATA----TA------ATATATTTGCTTGGTTGAATTTGACAACCAAGTGGCATTTGTTTCAGCATTTCATA--TTATTCATTACG-CACATTGTAGTACAAAATACTGGTTCTTA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----ACATTCCTCG-A--TTTTAAAACATTCCTCGATTTTTATAACCCGTA------CTTTATCA-----TAATTAAAAAGTTATA--C--ATTTTTTTTACATATTCGGTCTTTTCCAGTAATAACTTGGAATAGAATAT-ATTCATAAGTCATTATATAAATTACACTCTAACATGAAATGAAATTCATCCTTTAA-AATATTGCATATACTACAGTTTCTCTG-ATTA-ACCGGTGTACTTACAGGTTTAGCTAATCTA-CCGGTTT-CAAT-GACAAGT-CTGTGAGATGAGACACTAAATTTAGTAAAACTAATACGGAATTTCTTTAAATTTGATAT-----ATCTAAATATGGCAGAAACATAAAGTCT-----GATATGTA-ATTTATAAATGT-AGCTCTACTAGAATCGGTGAGTCTGCTAGACCAATTT-TGTACAATTTGATCTTAAATTCATTGCAC-AAAAATAAATCGACTATTCCAACATTTTGAAAAAGCAAA--TCGT----CATAAAATCCTAGATTACAGAGCATGTCATTCAATAATGCTAACA-A----TTCTTATT-GTGGTTATTTTCAATATCGTTTTTTATCATCAAATTAACAAT---TTTAGTGTACTTTTTCTCATTTG-CTTTGATAAATTTGGCAAAAATTGTATGACATTAAAGAATCTCAGGTTTTGCAAATGCACTTACTCAGT-TATCCACGAAC-AATATCGTTTTGTTTGCTTTTCTTTACTCCC-AATAAGCGCTT-CAAGATTGTAAATAAATGGTTTCTATATTG-T-CTCCTGTATTAAAACGC-CAAACTTCACACGCC--TAATTAAGGATTGGCACTAT--AGACTTGTCGAATGAATTTAATCTATACTGTTCA---GAATTTGCTAAGCACCAA-GAA--TATCCAAGTGCATGTTTTACGTTATAGTTTCAATTGTGC--TATGAAAAGTGTTTGTACTTTGCATTT---AATATTCTCTTTTAAGATGTAG-------GCACAAAT-AATTTGTTTGTGTTTTACGTTTGTTTTAAGC-TTTTGAGTAAAAT-AGAGGT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                           TT-AAC---------TTAC------ACGTC-GT--CCAA------TATGAGT----TCA--TA-GATA-----AAAGAAATATATA-----------CA--TC-------------AATA-----T
gi|11                         : atacaaatattgcaaggaaAAGCACTTGAA-ATATTATATTACAAACTCATATGCAGATC--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCGA-CTATAT--------------T---TAA---G-TGTATGAAGAT--AGTAA--AACTTT-GACCAAATTTAT-A-----GTAT-T--------AG---A-CTG-AAC---------ATAC------AAATC-GT--GCAA------TA-AAGT----TTG--ctagatttcattaattagttcatattcccatgtagttgatcttaccactgattacaacaaaaccaacatagaaaaacattttccattataaacattagatataatatatgt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    taTTTAATCGAC-AT---TTT---GCA--TTGTCTCATTTGTCTTTAATAGATTTGCCATACATTTTGTAATGCTTTAGAATCT-AAATTTTGAAAATGCGTTTACCCAGT-TCTATAT-AAC-ATAATCGTTTTGTGTACT-----TTACACCCAAATAAGCGCTTATAAAATTGTAatatgccgcaccaattttgtatatatat
gi|13                         :            ttctatatgtGCACTTCATTCTATGACATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCAA-CTATAGATA------A-ATAT---TTG--------ATAAAGAT--AACAATCAA-TAT-GGTAAAATTTATAA-----TTAT-T--------ATAAGA-TTT-AAC---------ATAC------AAGAC-AT--GCAA------TATGTGT----TTGCTTA-TGTA-----AA------
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        CTTACAAA-TTTTAAATGAATTGTTTTTATTTTAT--CTCCTATATCAAAAC-CTCACACTTCAT-TACCA-TAAGTAAGGGTGAACGTTAT--AAGCTTATTGAATAAATATAATCTA---TGTTTAACCAGTAT--------ATCAATAGACTTATATAAGTATTTATTC---TTTGTAcaca
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            t-------------G------ACC-AAG-TTAAA----GAAACATGTTGAATACTAAATA----TA------ATATATTTACTTGGTTAAAGTTTACAACAACATGACATCTGTTTCTGCAGTTCATA--TTATTCAGGACG-CAGATTGCTGTACAAAATACTGGTTCTAA--TGTC-GAAAGCTTTAaata
gi|16                         :                  caAAGCATTTAATTATATGATATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AATTT------CAGG---TTTTGAATAATTTAGAGCTGT-TGTG-----TA-ATAT---TGT---GCCTTATGATGATACAATAA--A
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 cataGGCATTTGTTTTAGTTGTTCATA--TTATTAATTGCG-CAAATTGTTGTACAAAATACcatttgagttatattgcagattgtggacctttg
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TTTGTTTAAGTATTTCATA--GTATACAT-ACG-CA-ATTGCTGTACAAACTACTGGTTCCAG--GGCC-AAAAATCTTATGT-----ATAA----ACATTCCTAG-A--T--------ATT------TT---ATAACCCGTAGGTGTACATTATCAAATCATTATTAAACAGTTCTATAC--G-TGTTTTTGCATGTTCAGTTTTTTCCAGTAATA--------TATCGTAT-A-TAG---------ATCTAGATTACAAAGTAACATTAAATGAAATTCATCCCCTAG-AATCTTGCATATACTAC--TTTCTCTG-ATT---------CACT----GGTTTAGCCTATC-AACC-GTTTTCAATAGA-------TGTGAGAA-AATT-CTTAATTTAGTAAAAATAA---------TATTTAAATTAAAAGCAAGAAGACAAAGTCCATTTTAA-----AAGTTTTATGCTGAACATA-ATTTATGTACGGGAGTTATGCAAATATTGCTGAAAATGTT---TC--TTTATATGCAGTTT------AAATACATGACTCTAAAAA-------ACT-------CAT---GAAAAAGTAAAAGTCATGCACCATAAAAACTAAGTTTACAGAACAAGT--TTTAATATTG--AACACACATTTTTTTATTAACGGTTATTTTCAAATTCATTTGGCAACATTTAGCGAAC--TCTGTTTAGTGTACTTTTTTCCAATTGTCTGTGATAACTTTACCCGAAATTTCAGAAAATTAATGAATCTCTGGTTTTGACAATACAGTCCACCAATGTCTCCAT-AACCAAAAACTCTATGCGTACTTTTCATTACTCCCAA-CAGGCGTTTGCAAAAGTGTAA-----TTGTTTT---ATTGTTTCTCCTTTATTAAA-C-C-CAACGTTT-CATTCCAATTATTAAGGATTGGCCCTATGAAAGCTCATTAAATAAATATAATTTA---T-TATAACCGGATT--------ATCAGTGAACTTATATAAGTACTTATTT---ATTGTAGTTTTGA--GTGCCTTACCACAAG----TGTATTCTGTGTTTCAGAATACTC-------AACTGTAGAAACAATGCCTAAATAAACCTATATAAATTTTCTATTCGCTC--AGTATTTTGA-TAAAATAAGAGAT
gi|3                          :                                        TTATAAAAAAATATA-AAATTATGGTACAATTTATATTACAAGA--CT--A------TTCAA-CTATAGCTA-----TACATTT---TT------TTTAAAAAGAT--AATAA--AACTAT-GGCAAAATTTAT-A-----TTATATGA------AT---A-ATTCAACTATAGCTATATAC------TATTT--T--ATAA------AGTGAATAAAACTA--T--GGCA-----TA------ATTTA-----------TG---C-------------CATAGGAAATATTATACATGT--CACGCAATAAG--T--TG--GCT-------------GTCACAAAACCAAC-CAAAA----GAAACATTTTACATTCTGAACA----TG------TTTTATTTGTTTTGTTTGATTTTACATCCAACTAACACTTGTTTTAGTTGTTCATA--TTATACA-------AGA---CTGTACAAA------GTTC-AC--GTTT-AAAAACCGTTTGT-----ATAA----ACGTTTCTAG-A-------------T------TTTTTATTACCCGTC------CTTTATCA-------GTTAAACATTTTTG--CAAG-TTGCTTTGTATATTTTAT-TTTCCCCGTTATAGCTTGGAATATAAC-T---TCAC---CCATTATATGAATAACATTCTGACAAAAAATT-AATCCATCCTTTAG-GCTATTACACAttctagttaccaaccttctgaaaataattattttagtttctagtgtaataacactaaatttccatcttttacaataaaat
gi|4                          :                    AAGCAATTAATTTTATTATGTTATAAACACATATGCAGATT--GA---AATTT------CGGG---CTTTG------TTCGG-CTATAACTA-----TACATGTA--TTATATG-TATATGAAGAT--AA-------CTAC-AACAAGAGTTAA-A-----CTAT-A--------AT---A-CTT-AGA---------ATAT------GACTTTGTAGGTAAAATCCATATCAGT----TTGA-TA-TATACATCGAA------ATTTA-----------TA--TTTCATTAACAAGTTCATA-----TATC---CATATAGT-TG------A--TCTTG--TCTATAAATGTAATAAG------ACC-AAC-TTTAC----GAAACATGTTCTATTTTAAACAGTCATA------CTATATTTGCTTGCTTAAATTTTACAAAAAAGTTGCATTTGTTTTAGCAGTTTATAAATTATTCATTAGG-CACATTAATGTACAAACCACTGGTTCTAA--GGTC-AGGAGTTTTAAGT-----ATAA----ACATTTCTAT-ATGTTTTAA---
gi|5                          :                 ataAAGCACT-GAATATATTACACTATAAACATATATGCAGATT--TG---AGTTT------CAGGTGGCTTTG------TTCGA-CTATATATAACG--TACA-AT---C-----G-TGCA-----AT--A-TGA--ATTTGTAGGTAAAATTTAT-ACCCAGTTGT-TCATGTCCGAT---ATCGA-AAC---------ATATATAAAAAAATC-AA--ACAA------TA-GAAC----ATA--TACATTA-----AA------ATATAGATTTCATTCTTAAGTT-------------CATA-----TATC---CATGTAGT-TG------ATCT--TGCCACT-------------GGA----AAC-ATG-TTAAA----GAAACACGTTACATTATAAACA----TAATAATTATATATTTGCTTGGTTACATTTTACAACCAACTGACATTTGTTTCAGCATTTCATA--TTATTCATTACA-CACATTGTTGTATATAATACTGGTTCTAA--GGTC-AAAGGCTTGATGTGAAAAATAAATCGACATTTCCAACA--TTTTGA---tcgacatt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aC-AAC-TTAAA----GAAACGTGTTAGAGTCTAAATA----TA------ATATATTTGCTTGGT-AAA----ACA------TGACATTTATTTCAGCAGTGCAAA--CTATTCAAAATG-CACATTGTTGTACAACATACTGTTTATAA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----ACATTCCTAG-A-----TGA------------TTTTTATAACCCATA------CTTTATCA-----TTATCAAAAAGTTCTA--C--A-AATGTTTGCATATTCGGTCTTGTCAAGTAATAACTTGGAATAAAACATAA-ACAT---TCCTTATGGAAA
gi|7                          :                            aacTATATTGTATTACAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCAA-ATATACATA-----CTCGTATAAACAA---G-TTTGTAAAGAT--AATAA--AACTAT-GACAAAATTTAT-A-----TTA--------------------------------------------AAA---GT--GCAA------TATGAGT----CTG--TA-GGT------AA------ATCTA-----------TA--TA-------------CATT-----TGAT---CATGT--T-CG------G--T------ATC-------------G------AAC-AATATCAAACAATGGAACATA-TACATgcaccggtatcatttcgatgatactgatttaaaaatatgtattatatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tagTCCACTAACAATATTTAACATATTACAATACCCCTTTATTACAC--GTGTACTTACAGGTTTGTCCCATA-G----------AATGTAT--GTGCTGTGAAAT-TTGC----AATTTTCTAAAACCTACACAAGATTTATTAAAATTTAATGT-----GACTAAGTTTAATTTAAACATAAAATTT----CGAAATATATATATA-AAACAC-AGCTCTCCTAAAATCATTGAGTCaaaaaatctagttttcatc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -AAC-ATAAA----GAAACATTTGACAGTCTAGACA----GG------CTATATTTGTAAGGTTTAATTTTACTTCCAAGTGACATTTGTTTTAGTAATTCTTG--TTATTAATTAAGAGAAATT-CTGTAAAAAATACTA--TTTAAACGATCTTAAAGC-TTATGT-----ATGA----ACATTCCTTG-A--T--------ATT------TTTTTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TATTCCATTTATAAGTTTATATTACCATGTAGTTGATCTTGTCACTGAGTGCAACGAGTCTTACTTACAACTTTAC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 
lowQualScore                  :                                                                         111111    111     111111               55555555555555555555555                                       1111111    444444444444444444444444444444444     111111111111111    111111       111111111     222222222222222     77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777                                     1111     111111                                                                                                                     11111    1111             666666666666666666               222222        3333333              2222222                                             222222    1111   1                                           1                 11        1   333333                        666666666666666666666666         555555555                222222                  333333                            33333              1     11                           2222222   1          222222             1     33333333333333333   222           11    2222                           11          11    333333        1                                       333333                                                                                             1       1   1                  33333                                111                222               111        111    22                    11                         222              44444444                            2222            11    11         2222              222       3333333        3333333        1                          11   1      1      1      
lowQualScore                  :                           7        1            0           66  888     444444    333     444444     5     66  33333333333333333333333           66     66      5            4444444    222222222222222222222222222222222     444444444444444    444444  3    222222222  0  000000000000000  1  55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4   4     9999       0              0000  0  444444             0  1      5 0  3                 0      66       66 0 4  5   0         1            66    5      0      44444    2222          5  999999999999999999  0            888888        1111111      1    0  5555555 1 0           0  6             7         4  333333    8888   0   0         1        1     7         1    0      0          11        3   666666       7            1   888888888888888888888888         666666666                000000                  444444        1  1      6         55555       7      3     44      1         1          7777777   5          999999    1   1  1 5     77777777777777777   111           88    3333       1  1  1          1  88       1  88    000000        5              22      22  1        1   555555   7     6             7                 1           44           6               11         3       3   3            0     00000        7 7         7    3      000         7      888     1       7 666        000 1  00               3    88        0                333 6    7       88888888     7   6                  4444            88    88   2 1   4444              000       3333333  1     3333333  1     5       1  1     1         88   5      5      5      
lowQualScore                  :                           .        .            .           ..  ...     ......    ...     ......     .     ..  .......................           ..     ..      .            .......    .................................     ...............    ......  .    .........  .  ...............  .  .................................................................................................................... .   .     ....       .              ....  .  ......             .  .      . .  .                 .      ..       .. . .  .   .         .            ..    .      .      .....    ....          .  ..................  .            ......        .......      .    .  ....... . .           .  .             .         .  ......    ....   .   .         .        .     .         .    .      .          ..        .   ......       .            .   ........................         .........                ......                  ......        .  .      .         .....       .      .     ..      .         .          .......   .          ......    .   .  . .     .................   ...           ..    ....       .  .  .          .  ..       .  ..    ......        .              ..      ..  .        .   ......   .     .             .                 .           ..           .               ..         .       .   .            .     .....        . .         .    .      ...         .      ...     .       . ...        ... .  ..               .    ..        .                ... .    .       ........     .   .                  ....            ..    ..   . .   ....              ...       .......  .     .......  .     .       .  .     .         ..   .      .      .      
lowQualScore                  :                           3        3            2           99  888     444444    888     444444     0     00  55555555555555555555555           99     99      7            7777777    777777777777777777777777777777777     555555555555555    444444  2    555555555  7  111111111111111  0  88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4   4     4444       1              6666  2  444444             6  4      4 7  0                 1      11       77 1 4  3   1         8            99    0      9      33333    1111          7  444444444444444444  8            888888        8888888      0    2  5555555 0 8           2  5             0         5  888888    8888   0   8         0        0     3         2    0      2          00        3   333333       3            0   000000000000000000000000         000000000                333333                  000000        0  0      7         00000       3      3     33      0         0          5555555   5          555555    0   0  0 5     00000000000000000   555           00    0000       0  0  0          0  00       0  00    000000        5              00      00  0        0   000000   3     7             3                 0           33           7               77         3       3   3            7     33333        3 3         0    2      000         3      000     0       3 777        000 0  77               7    33        7                333 7    3       33333333     3   7                  3333            55    00   5 0   0000              555       0000000  0     0000000  0     5       0  0     0         55   5      0      5      
consensus                     :                    AAGCACTTGATTATATTATATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCGA-CTATANATA-----TACATAT---TNA---G-TTTATGAAGAT--AATAA--AACTAT-GGCAAAATTTAT-A-----TTAT-T--------AT---A-CTT-AAC---------ATACA------AGTC-GT--GCAA------TATGAGT----CTG--TAGGT-A-----AA------ATNTA-----------TA--TC-------------CAT----------A-----TATT---CATGT-----AGTCGATCT------TG--ACT-------------G------AA------C-AAC-TTAAA----GAAACATGTTACATTCTAAACA----TAATA------TATTTGCTTGGTTAAATTTTACAACCAAGTGACATTTGTTTCAGCAGTTCATA--TTATTCATTACG-CANATTGCTGTACAAAATACTGGTTCTAA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----ACATTCCTAG-AT-TTT-A---ATT------TTTTTATAACCCGTA------CTTTATCA-----TTATTAAANAGTTCTA--C--G-TNTTTTTGCATATTCGGTCTTTTCCAGTAATAACTTGGAATANAACAT-A-TCAT---TCAT-TATATAAATTACANTCTAACATNAAATGAAATTCATCCTCTAG-AATATTGCACATACTACAGTTTCTCTG-ATTA-AC--GTGTACTTACAGGTTTAGCCNATC-G-CC-GTTT-CAATGGAC--GT-CTGTGAGAT-ANNC-CT-AATTTAGTAAAACTAACACGGGATTTATTTAAATTTAATGC-----GACTAAGTNTANTTTAAACATAAAGTTT----CGAAATATAATTTAT-AAACGN-AGCTCTNCTAAAATCGNTGAGTCTGCTAGACCAATTTATGTGCAGTTTGATCTTAAATNCATNGCNCTAAAAATAAATCGACTATTCCAACATTTTGAAAAAGCAAAAGTCGTGCACCATAAAANCCNAGNTTACAGAGCANGTCATTCAATANTGCTAACACACATTTTCTTATTAGCGGTTATTTTCAANNTCGTTTNNCANCATTTAATNAAC-AT---TTTAGTGTACTTTTTCTCATTTGTCTTTGATAAATTTGCCANAAATTTTATAACGTTAAAGAATCTCAGGTTTTGAAAATGCGNTTACCCAGT-TCTCCAT-AAC-AAAATCGTTTTGCGTACTTTTC-TTACTCCCAAATAAGCGCTTACAAAATTGTAAATGAATTGTTTTTATATTGTT-CTCCTNTATTAAAAC-C-CAAACTTCACATNCCA-TAATTAAGGATTGGCGCTAT--AAGCTTATCGAATAAATATAATCTA---TGTTTAACCGGATT--------ATCAATGAACTTATATAAGTACTTATTT---NTTGTAGTTTCGATTGTGCCTTACGANAAGTGTTTGTACTCTGCGTTTCAGAATACTCTCTTTTAAGNTGTAGAAACAATGCNCAAATAAACCTGTNTGNGTTTTNCGTTCGCTCTAAGCATTTTGAGTAAAATAAGAGGT
Reference ( family-614 )      :                    AAGCACTTGATTATATTATATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCGA-CTATANATA-----TACATAT---TNA---G-TTTATGAAGAT--AATAA--AACTAT-GGCAAAATTTAT-A-----TTAT-T--------AT---A-CTT-AAC---------ATACA------AGTC-GT--GCAA------TATGAGT----CTG--TAGGT-A-----AA------ATNTA-----------TA--TC-------------CAT----------A-----TATT---CATGT-----AGTCGAT--------TG--GCT-------------G------AA------C-AAC-TTAAA----GAAACATGTTACATTCTAAACA----TAATA------TATTTGCTTGGTTAAATTTTACAACCAAGTGACATTTGTTTCAGCAGTTCATA--TTATTCATTACG-CANATTGCTGTACAAAATACTGGTTCTAA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----ACATTCCTAG-AT-TTTGA---ATT------TTTTTATAACCCGTA------CTTTATCA-----TTATTAAANAGTTCTA--C--G-TNTTTTTGCATATTCGGTCTTTTCCAGTAATAACTTGGAATANAACAT-A-TCAT---TCAT-TATATAAATTACANTCTAACATNAAATGAAATTCATCCTCTAG-AATATTGCACATACTACAGTTTCTCTG-ATTA-AC--GTGTACTTACAGGTTTAGCCNATC-G-CC-GTTT-CAATGGAC--GT-CTGTGAGAT-ANNC-CT-AATTTAGTAAAACTAACACGGGATTTATTTAAATTTAATGC-----GACTAAGTNTANTTTAAACATAAAGTTT----CGAAATATAATTTAT-AAACGN-AGCTCTNCTAAAATCGNTGAGTCTGCTAGACCAATTTATGTGCAGTTTGATCTTAAATNCATNGCNCTAAAAATAAATCGACTATTCCAACATTTTGAAAAAGCAAAAGTCGTGCACCATAAAANCCNAGNTTACAGAGCANGTCATTCAATANTGCTAACACACATTTTCTTATTAGCGGTTATTTTCAANNTCGTTTNNCANCATTTAATNAAC-AT---TTTAGTGTACTTTTTCTCATTTGTCTTTGATAAATTTGCCANAAATTTTATAACGTTAAAGAATCTCAGGTTTTGAAAATGCGNTTACCCAGT-TCTCCAT-AAC-AAAATCGTTTTGCGTACTTTTC-TTACTCCCAAATAAGCGCTTACAAAATTGTAAATGAATTGTTTTTATATTGTT-CTCCTNTATTAAAAC-C-CAAACTTCACATNCCA-TAATTAAGGATTGGCGCTAT--AAGCTTATCGAATAAATATAATCTA---TGTTTAACCGGATT--------ATCAATGAACTTATATAAGTACTTATTT---NTTGTAGTTTCGATTGTGCCTTACGANAAGTGTTTGTACTCTGCGTTTCAGAATACTCTCTTTTAAGNTGTAGAAACAATGCNCAAATAAACCTGTNTGNGTTTTNCGTTCGCTCTAAGCATTTTGAGTAAAATAAGAGGT
gi|1                          :                    AAGCACT-GATTATATGATATTATAAACAAATATGCAGATT--GT---AGTTT------CAGA---ATTTG------TTCCA-CTATACATAAAAAGTACATAT---TCAA--G-TTTATAAAGAT--AATAA--AACTAT-GGTAAAATTTAT-T-----TTAT-T--------AT---A-CTT-AAC---------ATACA------AGTC-GT--GCAA------TATGAGA----CTG--TAGGT-A-----AA------ACCTT-----------TA--TC-------------CAT----------C-----CGTT---CATGT-------CCGAC--------TG--GCT-------------GT-----AA------C-AAT-TTAAA----GAAACATGTTATAATCTAAATA----TAATA------TATTTGCTTGGTTGAATTTGACAACCAAGTGGCATTTGTTTCAGCATTTCATA--TTATTCATTACG-CACATTGTAGTACAAAATACTGGTTCTTA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----ACATTCCTCG-AT-TTTAAAACATTCCTCGATTTTTATAACCCGTA------CTTTATCA-----TAATTAAAAAGTTATA--C--ATTTTTTTTACATATTCGGTCTTTTCCAGTAATAACTTGGAATAGAATAT-ATTCATAAGTCAT-TATATAAATTACACTCTAACATGAAATGAAATTCATCCTTTAA-AATATTGCATATACTACAGTTTCTCTG-ATTA-ACCGGTGTACTTACAGGTTTAGCTAATCTA-CCGGTTT-CAAT-GACAAGT-CTGTGAGATGAGACACTAAATTTAGTAAAACTAATACGGAATTTCTTTAAATTTGATAT-----ATCTAAATATGGCAGAAACATAAAGTCT-----GATATGTAATTTAT-AAATGT-AGCTCTACTAGAATCGGTGAGTCTGCTAGACCAATTT-TGTACAATTTGATCTTAAATTCATTGCAC-AAAAATAAATCGACTATTCCAACATTTTGAAAAAGCAAA--TCGT----CATAAAATCCTAGATTACAGAGCATGTCATTCAATAATGCTAACA-A----TTCTTATT-GTGGTTATTTTCAATATCGTTTTTTATCATCAAATTAACAAT---TTTAGTGTACTTTTTCTCATTTG-CTTTGATAAATTTGGCAAAAATTGTATGACATTAAAGAATCTCAGGTTTTGCAAATGCACTTACTCAGT-TATCCACGAAC-AATATCGTTTTGTTTGCTTTTCTTTACTCCC-AATAAGCGCTT-CAAGATTGTAAATAAATGGTTTCTATATTG-T-CTCCTGTATTAAAACGC-CAAACTTCACACGCC--TAATTAAGGATTGGCACTAT--AGACTTGTCGAATGAATTTAATCTATACTGTTCA---GAATTTGCTAAGCACCAA-GAA--TATCCAAGTGCATGTTTTACGTTATAGTTTCAATTGTGC--TATGAAAAGTGTTTGTACTTTGCATTT---AATATTCTCTTTTAAGATGTAG-------GCACAAAT-AATTTGTTTGTGTTTTACGTTTGTTTTAAGC-TTTTGAGTAAAAT-AGAGGT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                           TT-AAC---------TTACA------CGTC-GT--CCAA------TATGAGT----TCA--TAGAT-A-----AAAGAAATATATA-----------CA--TCAATATCTAGATTTCATTAATTAGTTCA-----TATTCC-CATGT-----AGTTGATCTTACCACTG--ATT-------------AC-----AACAAAACC-AAC-ATAGA----AAAACATTTTCCATTATAAACA----TTAGA------TAT
gi|11                         : atacaaatattgcaaggaaAAGCACTTGAA-ATATTATATTACAAACTCATATGCAGATC--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCGA-CTATAT--------------T---TAA---G-TGTATGAAGAT--AGTAA--AACTTT-GACCAAATTTAT-A-----GTAT-T--------AG---A-CTG-AAC---------ATACA------AATC-GT--GCAA------TA-AAGT----TTG--aatatatgt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      taTTTAATCGAC-AT---TTT---GCA--TTGTCTCATTTGTCTTTAATAGATTTGCCATACATTTTGTAATGCTTTAGAATCT-AAATTTTGAAAATGCGTTTACCCAGT-TCTATAT-AAC-ATAATCGTTTTGTGTACT-----TTACACCCAAATAAGCGCTTATAAAATTGTAatatgccgcaccaattttgtatatatat
gi|13                         :            ttctatatgtGCACTTCATTCTATGACATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCAA-CTATAGATA------A-ATAT-----------TTGATAAAGAT--AACAATCAA-TAT-GGTAAAATTTATAA-----TTAT-T--------ATAAGA-TTT-AAC---------ATACA------AGAC-AT--GCAA------TATGTGT----TTGCTTATGT-A-----AA------
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTTACAAA-TTTTAAATGAATTGTTTTTATTTTAT--CTCCTATATCAAAAC-CTCACACTTCAT-TACCA-TAAGTAAGGGTGAACGTTAT--AAGCTTATTGAATAAATATAATCTA---TGTTTAACCAGTAT--------ATCAATAGACTTATATAAGTATTTATTC---TTTGTAcaca
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        t-------------G------AC------C-AAG-TTAAA----GAAACATGTTGAATACTAAATA----TAATA------TATTTACTTGGTTAAAGTTTACAACAACATGACATCTGTTTCTGCAGTTCATA--TTATTCAGGACG-CAGATTGCTGTACAAAATACTGGTTCTAA--TGTC-GAAAGCTTTAaata
gi|16                         :                  caAAGCATTTAATTATATGATATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AATTT------CAGG---TTTTGAATAATTTAGAGCTGT-TGTG-----TA-ATAT---TGT---GCCTTATGATGATACAATAA--A
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   cataGGCATTTGTTTTAGTTGTTCATA--TTATTAATTGCG-CAAATTGTTGTACAAAATACcatttgagttatattgcagattgtggacctttg
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTGTTTAAGTATTTCATA--GTATACAT-ACG-CA-ATTGCTGTACAAACTACTGGTTCCAG--GGCC-AAAAATCTTATGT-----ATAA----ACATTCCTAG-AT---------ATT------TT---ATAACCCGTAGGTGTACATTATCAAATCATTATTAAACAGTTCTATAC--G-TGTTTTTGCATGTTCAGTTTTTTCCAGTAATA---------------T-A-TCGT---ATATAGATCTAGATTACAAAGTAACATTAAATGAAATTCATCCCCTAG-AATCTTGCATATACTAC--TTTCTCTG-ATT---------CACT----GGTTTAGCCTATC-AACC-GTTTTCAATAGA-------TGTGAGAA-AATT-CTTAATTTAGTAAAAATAA---------TATTTAAATTAAAAGCAAGAAGACAAAGTCCATTTTAAA-----AGTTTTATGCTGAACATAATTTAT-GTACGGGAGTTATGCAAATATTGCTGAAAATGTT---TC--TTTATATGCAGTTT------AAATACATGACTCTAAAAA-------ACT-------CAT---GAAAAAGTAAAAGTCATGCACCATAAAAACTAAGTTTACAGAACAAGT--TTTAATATTG--AACACACATTTTTTTATTAACGGTTATTTTCAAATTCATTTGGCAACATTTAGCGAAC--TCTGTTTAGTGTACTTTTTTCCAATTGTCTGTGATAACTTTACCCGAAATTTCAGAAAATTAATGAATCTCTGGTTTTGACAATACAGTCCACCAATGTCTCCAT-AACCAAAAACTCTATGCGTACTTTTCATTACTCCCAA-CAGGCGTTTGCAAAAGTGTAA-----TTGTTTT---ATTGTTTCTCCTTTATTAAA-C-C-CAACGTTT-CATTCCAATTATTAAGGATTGGCCCTATGAAAGCTCATTAAATAAATATAATTTA---T-TATAACCGGATT--------ATCAGTGAACTTATATAAGTACTTATTT---ATTGTAGTTTTGA--GTGCCTTACCACAAG----TGTATTCTGTGTTTCAGAATACTC-------AACTGTAGAAACAATGCCTAAATAAACCTATATAAATTTTCTATTCGCTC--AGTATTTTGA-TAAAATAAGAGAT
gi|3                          :                                        TTATAAAAAAATATA-AAATTATGGTACAATTTATATTACAAGA--CT--A------TTCAA-CTATAGCTA-----TACATTT---TT------TTTAAAAAGAT--AATAA--AACTAT-GGCAAAATTTAT-A-----TTATATGA------AT---A-ATTCAACTATAGCTATATACT------ATTT--T--ATAA------AGTGAATAAAACTA--T-GGC-A-----TA------ATTTA-----------TG---C-------------CAT----------AGGAAATATTATACATGTCACGCAATAAGT--------TG--GCT-------------GTCACAAAA------CCAAC-CAAAA----GAAACATTTTACATTCTGAACA----TGTTT------TATTTGTTTTGTTTGATTTTACATCCAACTAACACTTGTTTTAGTTGTTCATA--TTATACA-------AGA---CTGTACAAA------GTTC-AC--GTTT-AAAAACCGTTTGT-----ATAA----ACGTTTCTAG-A------------T------TTTTTATTACCCGTC------CTTTATCA-------GTTAAACATTTTTG--CAAG-TTGCTTTGTATATTTTAT-TTTCCCCGTTATAGCTTGGAATATAAC-T---TCAC---CCAT-TATATGAATAACATTCTGACAAAAAATT-AATCCATCCTTTAG-GCTATTACACAttctagttaccaaccttctgaaaataattattttagtttctagtgtaataacactaaatttccatcttttacaataaaat
gi|4                          :                    AAGCAATTAATTTTATTATGTTATAAACACATATGCAGATT--GA---AATTT------CGGG---CTTTG------TTCGG-CTATAACTA-----TACATGTA--TTATATG-TATATGAAGAT--AA-------CTAC-AACAAGAGTTAA-A-----CTAT-A--------AT---A-CTT-AGA---------ATATG------ACTTTGTAGGTAAAATCCATATCAGT----TTGA-TATAT-ACATCGAA------ATTTA-----------TA--TTTCATTAACAAGTTCAT----------A-----TATC---CATAT-----AGTTGATCT------TG--TCTATAAATGTAATAAG------AC------C-AAC-TTTAC----GAAACATGTTCTATTTTAAACAGTCATACTA------TATTTGCTTGCTTAAATTTTACAAAAAAGTTGCATTTGTTTTAGCAGTTTATAAATTATTCATTAGG-CACATTAATGTACAAACCACTGGTTCTAA--GGTC-AGGAGTTTTAAGT-----ATAA----ACATTTCTAT-ATGTTTTA---AT
gi|5                          :                 ataAAGCACT-GAATATATTACACTATAAACATATATGCAGATT--TG---AGTTT------CAGGTGGCTTTG------TTCGA-CTATATATA------ACGTAC----AA------TCGTGCA-AT--A-TGA--ATTTGTAGGTAAAATTTAT-ACCCAGTTGT-TCATGTCCGAT---ATCGA-AAC---------ATATATAAAAAAATC-AA--ACAA------TA-GAAC----ATA--TACATTA-----AA------ATATAGATTTCATTCTTAAGTT-------------CAT----------A-----TATC---CATGT-----AGTTGATCT------TGCCACT-------------GGA----AA------C-ATG-TTAAA----GAAACACGTTACATTATAAACA----TAATAATTATATATTTGCTTGGTTACATTTTACAACCAACTGACATTTGTTTCAGCATTTCATA--TTATTCATTACA-CACATTGTTGTATATAATACTGGTTCTAA--GGTC-AAAGGCTTGATGTGAAAAATAAATCGACATTTCCAACAT-TTTGA---cgacatt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              a------C-AAC-TTAAA----GAAACGTGTTAGAGTCTAAATA----TAATA------TATTTGCTTGGT-AAA----ACA------TGACATTTATTTCAGCAGTGCAAA--CTATTCAAAATG-CACATTGTTGTACAACATACTGTTTATAA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----ACATTCCTAG-AT----GA------------TTTTTATAACCCATA------CTTTATCA-----TTATCAAAAAGTTCTA--C--A-AATGTTTGCATATTCGGTCTTGTCAAGTAATAACTTGGAATAAAACATAA-ACAT---TCCT-TATGGAAA
gi|7                          :                            aacTATATTGTATTACAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCAA-ATATACATA-----CTCGTATAAACAA---G-TTTGTAAAGAT--AATAA--AACTAT-GACAAAATTTAT-A-----TTA--------------------------------------A------AA---GT--GCAA------TATGAGT----CTG--TAGGT-------AA------ATCTA-----------TA--TA-------------CAT----------T-----TGAT---CATGT-------TCGGT------------ATC-------------G------AA------C-AATATCAAACAATGGAACATA-TACATgcaccggtatcatttcgatgatactgatttaaaaatatgtattatatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tagTCCACTAACAATATTTAACATATTACAATACCCCTTTATTACAC--GTGTACTTACAGGTTTGTCCCATA-G----------AATGTAT--GTGCTGTGAAAT-TTGC----AATTTTCTAAAACCTACACAAGATTTATTAAAATTTAATGT-----GACTAAGTTTAATTTAAACATAAAATTT----CGAAATAT-ATATATAAAACAC-AGCTCTCCTAAAATCATTGAGTCaaaaaatctagttttcatc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -AAC-ATAAA----GAAACATTTGACAGTCTAGACA----GGCTA------TATTTGTAAGGTTTAATTTTACTTCCAAGTGACATTTGTTTTAGTAATTCTTG--TTATTAATTAAGAGAAATT-CTGTAAAAAATACTA--TTTAAACGATCTTAAAGC-TTATGT-----ATGA----ACATTCCTTG-AT---------ATT------TTTTTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TATTCCATTTATAAGTTTATATTACCATGTAGTTGATCTTGTCACTGAGTGCAACGAGTCTTACTTACAACTTTAC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
lowQualScore                  :                                                                         111111    111     111111               55555555555555555555555                                       1111111    444444444444444444444444444444444     111111111111111    111111       111111111     1111111   111111    3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333                                     1111     111111                                                                                                                     11111    1111            66666666666666666666               222222        3333333              2222222                                             222222    1111   1                                           1                 11        1   333333                        666666666666666666666666         555555555                222222                  333333                            33333              1     11                           2222222   1          222222             1     33333333333333333   222           11    2222                           11          11    333333        1                                       333333                                                                                             1       1   1                  33333                                111                222               111        111    22                    11                         222              44444444                            2222            11    11         2222              222       3333333        3333333        1                          11   1      1      1      
lowQualScore                  :                           7        1            0           66  888     444444    333     444444     5     66  33333333333333333333333           66     66      5            4444444    222222222222222222222222222222222     444444444444444    444444  3    222222222  0  8888888   999999 1  1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4   4     9999       0              0000  0  444444             0  1      5 0  3                 0      66       66 0 4  5   0         1            66    5      0      44444    2222          5 44444444444444444444  0            888888        1111111      1    0  5555555 1 0           0  6             7         4  333333    8888   0   0         1        1     7         1    0      0          11        3   666666       7            1   888888888888888888888888         666666666                000000                  444444        1  1      6         55555       7      3     44      1         1          7777777   5          999999    1   1  1 5     77777777777777777   111           88    3333       1  1  1          1  88       1  88    000000        5              22      22  1        1   555555   7     6             7                 1           44           6               11         3       3   3            0     00000        7 7         7    3      000         7      888     1       7 666        000 1  00               3    88        0                333 6    7       88888888     7   6                  4444            88    88   2 1   4444              000       3333333  1     3333333  1     5       1  1     1         88   5      5      5      
lowQualScore                  :                           .        .            .           ..  ...     ......    ...     ......     .     ..  .......................           ..     ..      .            .......    .................................     ...............    ......  .    .........  .  .......   ...... .  ................................................................................................................... .   .     ....       .              ....  .  ......             .  .      . .  .                 .      ..       .. . .  .   .         .            ..    .      .      .....    ....          . ....................  .            ......        .......      .    .  ....... . .           .  .             .         .  ......    ....   .   .         .        .     .         .    .      .          ..        .   ......       .            .   ........................         .........                ......                  ......        .  .      .         .....       .      .     ..      .         .          .......   .          ......    .   .  . .     .................   ...           ..    ....       .  .  .          .  ..       .  ..    ......        .              ..      ..  .        .   ......   .     .             .                 .           ..           .               ..         .       .   .            .     .....        . .         .    .      ...         .      ...     .       . ...        ... .  ..               .    ..        .                ... .    .       ........     .   .                  ....            ..    ..   . .   ....              ...       .......  .     .......  .     .       .  .     .         ..   .      .      .      
lowQualScore                  :                           3        3            2           99  888     444444    888     444444     0     00  55555555555555555555555           99     99      7            7777777    777777777777777777777777777777777     555555555555555    444444  2    555555555  7  0000000   222222 0  4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0   0     4444       1              6666  2  444444             6  4      4 7  0                 1      11       77 1 4  3   1         8            99    0      9      33333    1111          7 88888888888888888888  8            888888        8888888      0    2  5555555 0 8           2  5             0         5  888888    8888   0   8         0        0     3         2    0      2          00        3   333333       3            0   000000000000000000000000         000000000                333333                  000000        0  0      7         00000       3      3     33      0         0          5555555   5          555555    0   0  0 5     00000000000000000   555           00    0000       0  0  0          0  00       0  00    000000        5              00      00  0        0   000000   3     7             3                 0           33           7               77         3       3   3            7     33333        3 3         0    2      000         3      000     0       3 777        000 0  77               7    33        7                333 7    3       33333333     3   7                  3333            55    00   5 0   0000              555       0000000  0     0000000  0     5       0  0     0         55   5      0      5      
consensus                     :                    AAGCACTTGATTATATTATATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCGA-CTATANATA-----TACATAT---TNA---G-TTTATGAAGAT--AATAA--AACTAT-GGCAAAATTTAT-A-----TTAT-T--------AT---A-CTT-AAC---------ATACA------AGTC-GT--GCAA------TATGAGT----CTG--TAGGT-A-----AAA------TNTA-----------TA--TC-------------CAT----------A-----TATT---C--ATGT-AGTCGATC--TTG-CGCT-------------G------A--A---------C-AAC-TTAAA----GAAACATGTTACATTCTAAACA----TAATA------TATTTGCTTGGTTAAATTTTACAACCAAGTGACATTTGTTTCAGCAGTTCATA--TTATTCATTACG-CANATTGCTGTACAAAATACTGGTTCTAA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----ACATTCCTAG-A--TTTTG----ATT------TTTTTATAACCCGTA------CTTTATCA-----TTATTAAANAGTTCTA--C--G-TNTTTTTGCATATTCGGTCTTTTCCAGTAATAACTTGGAATANAACAT-A-TCAT---TCAT-TATATAAATTACANTCTAACATNAAATGAAATTCATCCTCTAG-AATATTGCACATACTACAGTTTCTCTG-ATTA-AC--GTGTACTTACAGGTTTAGCCNATC-G-CC-GTTT-CAATGGAC--GT-CTGTGAGAT-ANNC-CT-AATTTAGTAAAACTAACACGGGATTTATTTAAATTTAATGC-----GACTAAGTNTANTTTAAACATAAAGTTT----CGAAATATAATTTAT-AAACGN-AGCTCTNCTAAAATCGNTGAGTCTGCTAGACCAATTTATGTGCAGTTTGATCTTAAATNCATNGCNCTAAAAATAAATCGACTATTCCAACATTTTGAAAAAGCAAAAGTCGTGCACCATAAAANCCNAGNTTACAGAGCANGTCATTCAATANTGCTAACACACATTTTCTTATTAGCGGTTATTTTCAANNTCGTTTNNCANCATTTAATNAAC-AT---TTTAGTGTACTTTTTCTCATTTGTCTTTGATAAATTTGCCANAAATTTTATAACGTTAAAGAATCTCAGGTTTTGAAAATGCGNTTACCCAGT-TCTCCAT-AAC-AAAATCGTTTTGCGTACTTTTC-TTACTCCCAAATAAGCGCTTACAAAATTGTAAATGAATTGTTTTTATATTGTT-CTCCTNTATTAAAAC-C-CAAACTTCACATNCCA-TAATTAAGGATTGGCGCTAT--AAGCTTATCGAATAAATATAATCTA---TGTTTAACCGGATT--------ATCAATGAACTTATATAAGTACTTATTT---NTTGTAGTTTCGATTGTGCCTTACGANAAGTGTTTGTACTCTGCGTTTCAGAATACTCTCTTTTAAGNTGTAGAAACAATGCNCAAATAAACCTGTNTGNGTTTTNCGTTCGCTCTAAGCATTTTGAGTAAAATAAGAGGT
Reference ( family-614 )      :                    AAGCACTTGATTATATTATATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCGA-CTATANATA-----TACATAT---TNA---G-TTTATGAAGAT--AATAA--AACTAT-GGCAAAATTTAT-A-----TTAT-T--------AT---A-CTT-AAC---------ATACA------AGTC-GT--GCAA------TATGAGT----CTG--TAGGT-A-----AAA------TNTA-----------TA--TC-------------CAT----------A-----TATT---C--ATGT-AGTCGATC--TTG--ACT-------------G------A--A---------C-AAC-TTAAA----GAAACATGTTACATTCTAAACA----TAATA------TATTTGCTTGGTTAAATTTTACAACCAAGTGACATTTGTTTCAGCAGTTCATA--TTATTCATTACG-CANATTGCTGTACAAAATACTGGTTCTAA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----ACATTCCTAG-A--TTTTA----ATT------TTTTTATAACCCGTA------CTTTATCA-----TTATTAAANAGTTCTA--C--G-TNTTTTTGCATATTCGGTCTTTTCCAGTAATAACTTGGAATANAACAT-A-TCAT---TCAT-TATATAAATTACANTCTAACATNAAATGAAATTCATCCTCTAG-AATATTGCACATACTACAGTTTCTCTG-ATTA-AC--GTGTACTTACAGGTTTAGCCNATC-G-CC-GTTT-CAATGGAC--GT-CTGTGAGAT-ANNC-CT-AATTTAGTAAAACTAACACGGGATTTATTTAAATTTAATGC-----GACTAAGTNTANTTTAAACATAAAGTTT----CGAAATATAATTTAT-AAACGN-AGCTCTNCTAAAATCGNTGAGTCTGCTAGACCAATTTATGTGCAGTTTGATCTTAAATNCATNGCNCTAAAAATAAATCGACTATTCCAACATTTTGAAAAAGCAAAAGTCGTGCACCATAAAANCCNAGNTTACAGAGCANGTCATTCAATANTGCTAACACACATTTTCTTATTAGCGGTTATTTTCAANNTCGTTTNNCANCATTTAATNAAC-AT---TTTAGTGTACTTTTTCTCATTTGTCTTTGATAAATTTGCCANAAATTTTATAACGTTAAAGAATCTCAGGTTTTGAAAATGCGNTTACCCAGT-TCTCCAT-AAC-AAAATCGTTTTGCGTACTTTTC-TTACTCCCAAATAAGCGCTTACAAAATTGTAAATGAATTGTTTTTATATTGTT-CTCCTNTATTAAAAC-C-CAAACTTCACATNCCA-TAATTAAGGATTGGCGCTAT--AAGCTTATCGAATAAATATAATCTA---TGTTTAACCGGATT--------ATCAATGAACTTATATAAGTACTTATTT---NTTGTAGTTTCGATTGTGCCTTACGANAAGTGTTTGTACTCTGCGTTTCAGAATACTCTCTTTTAAGNTGTAGAAACAATGCNCAAATAAACCTGTNTGNGTTTTNCGTTCGCTCTAAGCATTTTGAGTAAAATAAGAGGT
gi|1                          :                    AAGCACT-GATTATATGATATTATAAACAAATATGCAGATT--GT---AGTTT------CAGA---ATTTG------TTCCA-CTATACATAAAAAGTACATAT---TCAA--G-TTTATAAAGAT--AATAA--AACTAT-GGTAAAATTTAT-T-----TTAT-T--------AT---A-CTT-AAC---------ATACA------AGTC-GT--GCAA------TATGAGA----CTG--TAGGT-A-----AAA------CCTT-----------TA--TC-------------CAT----------C-----CGTT---C--ATGT---CCGAC----TG--GCT-------------GT-----A--A---------C-AAT-TTAAA----GAAACATGTTATAATCTAAATA----TAATA------TATTTGCTTGGTTGAATTTGACAACCAAGTGGCATTTGTTTCAGCATTTCATA--TTATTCATTACG-CACATTGTAGTACAAAATACTGGTTCTTA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----ACATTCCTCG-A--TTTTAAAACATTCCTCGATTTTTATAACCCGTA------CTTTATCA-----TAATTAAAAAGTTATA--C--ATTTTTTTTACATATTCGGTCTTTTCCAGTAATAACTTGGAATAGAATAT-ATTCATAAGTCAT-TATATAAATTACACTCTAACATGAAATGAAATTCATCCTTTAA-AATATTGCATATACTACAGTTTCTCTG-ATTA-ACCGGTGTACTTACAGGTTTAGCTAATCTA-CCGGTTT-CAAT-GACAAGT-CTGTGAGATGAGACACTAAATTTAGTAAAACTAATACGGAATTTCTTTAAATTTGATAT-----ATCTAAATATGGCAGAAACATAAAGTCT-----GATATGTAATTTAT-AAATGT-AGCTCTACTAGAATCGGTGAGTCTGCTAGACCAATTT-TGTACAATTTGATCTTAAATTCATTGCAC-AAAAATAAATCGACTATTCCAACATTTTGAAAAAGCAAA--TCGT----CATAAAATCCTAGATTACAGAGCATGTCATTCAATAATGCTAACA-A----TTCTTATT-GTGGTTATTTTCAATATCGTTTTTTATCATCAAATTAACAAT---TTTAGTGTACTTTTTCTCATTTG-CTTTGATAAATTTGGCAAAAATTGTATGACATTAAAGAATCTCAGGTTTTGCAAATGCACTTACTCAGT-TATCCACGAAC-AATATCGTTTTGTTTGCTTTTCTTTACTCCC-AATAAGCGCTT-CAAGATTGTAAATAAATGGTTTCTATATTG-T-CTCCTGTATTAAAACGC-CAAACTTCACACGCC--TAATTAAGGATTGGCACTAT--AGACTTGTCGAATGAATTTAATCTATACTGTTCA---GAATTTGCTAAGCACCAA-GAA--TATCCAAGTGCATGTTTTACGTTATAGTTTCAATTGTGC--TATGAAAAGTGTTTGTACTTTGCATTT---AATATTCTCTTTTAAGATGTAG-------GCACAAAT-AATTTGTTTGTGTTTTACGTTTGTTTTAAGC-TTTTGAGTAAAAT-AGAGGT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                           TT-AAC---------TTACA------CGTC-GT--CCAA------TATGAGT----TCA--TAGAT-A-----AAAGAAATATATA-----------CA--TCAATATCTAGATTTCATTAATTAGTTCA-----TATT---CCCATGT-AGTTGATC--TTACCACT-------------G------ATTACAACAAAACC-AAC-ATAGA----AAAACATTTTCCATTATAAACA----TTAGA------TAT
gi|11                         : atacaaatattgcaaggaaAAGCACTTGAA-ATATTATATTACAAACTCATATGCAGATC--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCGA-CTATAT--------------T---TAA---G-TGTATGAAGAT--AGTAA--AACTTT-GACCAAATTTAT-A-----GTAT-T--------AG---A-CTG-AAC---------ATACA------AATC-GT--GCAA------TA-AAGT----TTG--aatatatgt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      taTTTAATCGAC-AT---TTT---GCA--TTGTCTCATTTGTCTTTAATAGATTTGCCATACATTTTGTAATGCTTTAGAATCT-AAATTTTGAAAATGCGTTTACCCAGT-TCTATAT-AAC-ATAATCGTTTTGTGTACT-----TTACACCCAAATAAGCGCTTATAAAATTGTAatatgccgcaccaattttgtatatatat
gi|13                         :            ttctatatgtGCACTTCATTCTATGACATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCAA-CTATAGATA------A-ATAT-----------TTGATAAAGAT--AACAATCAA-TAT-GGTAAAATTTATAA-----TTAT-T--------ATAAGA-TTT-AAC---------ATACA------AGAC-AT--GCAA------TATGTGT----TTGCTTATGT-A-----AA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTTACAAA-TTTTAAATGAATTGTTTTTATTTTAT--CTCCTATATCAAAAC-CTCACACTTCAT-TACCA-TAAGTAAGGGTGAACGTTAT--AAGCTTATTGAATAAATATAATCTA---TGTTTAACCAGTAT--------ATCAATAGACTTATATAAGTATTTATTC---TTTGTAcaca
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  t-------------G------A--C---------C-AAG-TTAAA----GAAACATGTTGAATACTAAATA----TAATA------TATTTACTTGGTTAAAGTTTACAACAACATGACATCTGTTTCTGCAGTTCATA--TTATTCAGGACG-CAGATTGCTGTACAAAATACTGGTTCTAA--TGTC-GAAAGCTTTAaata
gi|16                         :                  caAAGCATTTAATTATATGATATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AATTT------CAGG---TTTTGAATAATTTAGAGCTGT-TGTG-----TA-ATAT---TGT---GCCTTATGATGATACAATAA--A
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cataT----------A-----TATTAC-C--ATGT-AGTTGATC--TTGTCACT-------------G------AGTG---------C-AAC-catttgagttatattgcagattgtggacctttg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tattccatttataagttGGCATTTGTTTTAGTTGTTCATA--TTATTAATTGCG-CAAATTGTTGTACAAAATACgagtcttacttacaactttac
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTTGTTTAAGTATTTCATA--GTATACAT-ACG-CA-ATTGCTGTACAAACTACTGGTTCCAG--GGCC-AAAAATCTTATGT-----ATAA----ACATTCCTAG-A--T--------ATT------TT---ATAACCCGTAGGTGTACATTATCAAATCATTATTAAACAGTTCTATAC--G-TGTTTTTGCATGTTCAGTTTTTTCCAGTAATA---------------T-A-TCGT---ATATAGATCTAGATTACAAAGTAACATTAAATGAAATTCATCCCCTAG-AATCTTGCATATACTAC--TTTCTCTG-ATT---------CACT----GGTTTAGCCTATC-AACC-GTTTTCAATAGA-------TGTGAGAA-AATT-CTTAATTTAGTAAAAATAA---------TATTTAAATTAAAAGCAAGAAGACAAAGTCCATTTTAAA-----AGTTTTATGCTGAACATAATTTAT-GTACGGGAGTTATGCAAATATTGCTGAAAATGTT---TC--TTTATATGCAGTTT------AAATACATGACTCTAAAAA-------ACT-------CAT---GAAAAAGTAAAAGTCATGCACCATAAAAACTAAGTTTACAGAACAAGT--TTTAATATTG--AACACACATTTTTTTATTAACGGTTATTTTCAAATTCATTTGGCAACATTTAGCGAAC--TCTGTTTAGTGTACTTTTTTCCAATTGTCTGTGATAACTTTACCCGAAATTTCAGAAAATTAATGAATCTCTGGTTTTGACAATACAGTCCACCAATGTCTCCAT-AACCAAAAACTCTATGCGTACTTTTCATTACTCCCAA-CAGGCGTTTGCAAAAGTGTAA-----TTGTTTT---ATTGTTTCTCCTTTATTAAA-C-C-CAACGTTT-CATTCCAATTATTAAGGATTGGCCCTATGAAAGCTCATTAAATAAATATAATTTA---T-TATAACCGGATT--------ATCAGTGAACTTATATAAGTACTTATTT---ATTGTAGTTTTGA--GTGCCTTACCACAAG----TGTATTCTGTGTTTCAGAATACTC-------AACTGTAGAAACAATGCCTAAATAAACCTATATAAATTTTCTATTCGCTC--AGTATTTTGA-TAAAATAAGAGAT
gi|3                          :                                        TTATAAAAAAATATA-AAATTATGGTACAATTTATATTACAAGA--CT--A------TTCAA-CTATAGCTA-----TACATTT---TT------TTTAAAAAGAT--AATAA--AACTAT-GGCAAAATTTAT-A-----TTATATGA------AT---A-ATTCAACTATAGCTATATACT------ATTT--T--ATAA------AGTGAATAAAACTA--T-GGC-A-----TAA------TTTA-----------TG---C-------------CAT----------AGGAAATATTATAC--ATGTCACGCAATAAGTTG--GCT-------------GTCACAAA--A---------CCAAC-CAAAA----GAAACATTTTACATTCTGAACA----TGTTT------TATTTGTTTTGTTTGATTTTACATCCAACTAACACTTGTTTTAGTTGTTCATA--TTATACA-------AGA---CTGTACAAA------GTTC-AC--GTTT-AAAAACCGTTTGT-----ATAA----ACGTTTCTAG-A-------------T------TTTTTATTACCCGTC------CTTTATCA-------GTTAAACATTTTTG--CAAG-TTGCTTTGTATATTTTAT-TTTCCCCGTTATAGCTTGGAATATAAC-T---TCAC---CCAT-TATATGAATAACATTCTGACAAAAAATT-AATCCATCCTTTAG-GCTATTACACAttctagttaccaaccttctgaaaataattattttagtttctagtgtaataacactaaatttccatcttttacaataaaat
gi|4                          :                    AAGCAATTAATTTTATTATGTTATAAACACATATGCAGATT--GA---AATTT------CGGG---CTTTG------TTCGG-CTATAACTA-----TACATGTA--TTATATG-TATATGAAGAT--AA-------CTAC-AACAAGAGTTAA-A-----CTAT-A--------AT---A-CTT-AGA---------ATATG------ACTTTGTAGGTAAAATCCATATCAGT----TTGA-TATAT-ACATCGAAA------TTTA-----------TA--TTTCATTAACAAGTTCAT----------A-----TATC---C--ATAT-AGTTGATC--TTG--TCTATAAATGTAATAAG------A--C---------C-AAC-TTTAC----GAAACATGTTCTATTTTAAACAGTCATACTA------TATTTGCTTGCTTAAATTTTACAAAAAAGTTGCATTTGTTTTAGCAGTTTATAAATTATTCATTAGG-CACATTAATGTACAAACCACTGGTTCTAA--GGTC-AGGAGTTTTAAGT-----ATAA----ACATTTCTAT-ATGTTTTA----AT
gi|5                          :                 ataAAGCACT-GAATATATTACACTATAAACATATATGCAGATT--TG---AGTTT------CAGGTGGCTTTG------TTCGA-CTATATATA------ACGTAC----AA------TCGTGCA-AT--A-TGA--ATTTGTAGGTAAAATTTAT-ACCCAGTTGT-TCATGTCCGAT---ATCGA-AAC---------ATATATAAAAAAATC-AA--ACAA------TA-GAAC----ATA--TACATTA-----AAA------TATAGATTTCATTCTTAAGTT-------------CAT----------A-----TATC---C--ATGT-AGTTGATC--TTGCCACT-------------GGA----A--A---------C-ATG-TTAAA----GAAACACGTTACATTATAAACA----TAATAATTATATATTTGCTTGGTTACATTTTACAACCAACTGACATTTGTTTCAGCATTTCATA--TTATTCATTACA-CACATTGTTGTATATAATACTGGTTCTAA--GGTC-AAAGGCTTGATGTGAAAAATAAATCGACATTTCCAACA--TTTTG----Acgacatt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          a---------C-AAC-TTAAA----GAAACGTGTTAGAGTCTAAATA----TAATA------TATTTGCTTGGT-AAA----ACA------TGACATTTATTTCAGCAGTGCAAA--CTATTCAAAATG-CACATTGTTGTACAACATACTGTTTATAA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----ACATTCCTAG-A-----TG----A--------TTTTTATAACCCATA------CTTTATCA-----TTATCAAAAAGTTCTA--C--A-AATGTTTGCATATTCGGTCTTGTCAAGTAATAACTTGGAATAAAACATAA-ACAT---TCCT-TATGGAAA
gi|7                          :                            aacTATATTGTATTACAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCAA-ATATACATA-----CTCGTATAAACAA---G-TTTGTAAAGAT--AATAA--AACTAT-GACAAAATTTAT-A-----TTA--------------------------------------A------AA---GT--GCAA------TATGAGT----CTG--TAGGT-------AAA------TCTA-----------TA--TA-------------CAT----------T-----TGAT---C--ATGT---TCGGT--------ATC-------------G------A--A---------C-AATATCAAACAATGGAACATA-TACATgcaccggtatcatttcgatgatactgatttaaaaatatgtattatatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tagTCCACTAACAATATTTAACATATTACAATACCCCTTTATTACAC--GTGTACTTACAGGTTTGTCCCATA-G----------AATGTAT--GTGCTGTGAAAT-TTGC----AATTTTCTAAAACCTACACAAGATTTATTAAAATTTAATGT-----GACTAAGTTTAATTTAAACATAAAATTT----CGAAATAT-ATATATAAAACAC-AGCTCTCCTAAAATCATTGAGTCaaaaaatctagttttcatc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -AAC-ATAAA----GAAACATTTGACAGTCTAGACA----GGCTA------TATTTGTAAGGTTTAATTTTACTTCCAAGTGACATTTGTTTTAGTAATTCTTG--TTATTAATTAAGAGAAATT-CTGTAAAAAATACTA--TTTAAACGATCTTAAAGC-TTATGT-----ATGA----ACATTCCTTG-A--T--------ATT------TTTTTA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
lowQualScore                  :                                                                         111111    111     111111               55555555555555555555555                                       1111111    444444444444444444444444444444444     111111111111111    111111       111111111     1111111   111111    44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444                                     1111     111111                                                                                                                     11111    1111            55555555555555555555  11           222222        3333333              2222222                                             222222    1111   1                                           1                 11        1   333333                        666666666666666666666666         555555555                222222                  333333                            33333              1     11                           2222222   1          222222             1     33333333333333333   222           11    2222                           11          11    333333        1                                       333333                                                                                             1       1  1                   33333        2                                  1       222               111        111    22                    11                         222              44444444                            2222            11    11         2222              222       3333333        3333333        1                          11   1      1      1      
lowQualScore                  :                           7        1            0           66  888     444444    333     444444     5     66  33333333333333333333333           66     66      5            4444444    222222222222222222222222222222222     444444444444444    444444  3    222222222  0  8888888   999999 1  11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4   4     9999       0              0000  0  444444             0  1      5 0  3                 0      66       66 0 4  5   0         1            66    5      0      44444    2222          5 11111111111111111111  11           888888        1111111      1    0  5555555 1 0           0  6             7         4  333333    8888   0   0         1        1     7         1    0      0          11        3   666666       7            1   888888888888888888888888         666666666                000000                  444444        1  1      6         55555       7      3     44      1         1          7777777   5          999999    1   1  1 5     77777777777777777   111           88    3333       1  1  1          1  88       1  88    000000        5              22      22  1        1   555555   7     6             7                 1           44           6               11         3       3  3             0     00000        3           7    3    33333        2       888     1    7    666        000 1  00               3    88        0                333 6    7       88888888     7   6                  4444            88    88   2 1   4444              000       3333333  1     3333333  1     5       1  1     1         88   5      5      5      
lowQualScore                  :                           .        .            .           ..  ...     ......    ...     ......     .     ..  .......................           ..     ..      .            .......    .................................     ...............    ......  .    .........  .  .......   ...... .  .................................................................................................................... .   .     ....       .              ....  .  ......             .  .      . .  .                 .      ..       .. . .  .   .         .            ..    .      .      .....    ....          . ....................  ..           ......        .......      .    .  ....... . .           .  .             .         .  ......    ....   .   .         .        .     .         .    .      .          ..        .   ......       .            .   ........................         .........                ......                  ......        .  .      .         .....       .      .     ..      .         .          .......   .          ......    .   .  . .     .................   ...           ..    ....       .  .  .          .  ..       .  ..    ......        .              ..      ..  .        .   ......   .     .             .                 .           ..           .               ..         .       .  .             .     .....        .           .    .    .....        .       ...     .    .    ...        ... .  ..               .    ..        .                ... .    .       ........     .   .                  ....            ..    ..   . .   ....              ...       .......  .     .......  .     .       .  .     .         ..   .      .      .      
lowQualScore                  :                           3        3            2           99  888     444444    888     444444     0     00  55555555555555555555555           99     99      7            7777777    777777777777777777777777777777777     555555555555555    444444  2    555555555  7  0000000   222222 0  66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0   0     4444       1              6666  2  444444             6  4      4 7  0                 1      11       77 1 4  3   1         8            99    0      9      33333    1111          7 66666666666666666666  22           888888        8888888      0    2  5555555 0 8           2  5             0         5  888888    8888   0   8         0        0     3         2    0      2          00        3   333333       3            0   000000000000000000000000         000000000                333333                  000000        0  0      7         00000       3      3     33      0         0          5555555   5          555555    0   0  0 5     00000000000000000   555           00    0000       0  0  0          0  00       0  00    000000        5              00      00  0        0   000000   3     7             3                 0           33           7               77         3       3  3             7     33333        7           0    2    99999        3       000     0    3    777        000 0  77               7    33        7                333 7    3       33333333     3   7                  3333            55    00   5 0   0000              555       0000000  0     0000000  0     5       0  0     0         55   5      0      5      
consensus                     :                    AAGCACTTGATTATATTATATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCGA-CTATANATA-----TACATAT---TNA---G-TTTATGAAGAT--AATAA--AACTAT-GGCAAAATTTAT-A-----TTAT-T--------AT---A-CTT-AAC---------ATACA------AGTC-GT--GCAA------TATGAGT----CTG--TAGGT-A-----AAA------TNTA-----------TA--TC-------------CAT----------A-----TATT---C--ATGT-AGTCGATC--TTG-C-GCT-------------G------A--A---------C-AAC-TTAAA----GAAACATGTTACATTCTAAACA----TAATA------TATTTGCTTGGTTAAATTTTACAACCAAGTGACATTTGTTTCAGCAGTTCATA--TTATTCATTACG-CANATTGCTGTACAAAATACTGGTTCTAA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----ACATTCCTAG-A--TTTTG----ATT------TTTTTATAACCCGTA------CTTTATCA-----TTATTAAANAGTTCTA--C--G-TNTTTTTGCATATTCGGTCTTTTCCAGTAATAACTTGGAATANAACAT-A-TCAT---TCAT-TATATAAATTACANTCTAACATNAAATGAAATTCATCCTCTAG-AATATTGCACATACTACAGTTTCTCTG-ATTA-AC--GTGTACTTACAGGTTTAGCCNATC-G-CC-GTTT-CAATGGAC--GT-CTGTGAGAT-ANNC-CT-AATTTAGTAAAACTAACACGGGATTTATTTAAATTTAATGC-----GACTAAGTNTANTTTAAACATAAAGTTT----CGAAATATAATTTAT-AAACGN-AGCTCTNCTAAAATCGNTGAGTCTGCTAGACCAATTTATGTGCAGTTTGATCTTAAATNCATNGCNCTAAAAATAAATCGACTATTCCAACATTTTGAAAAAGCAAAAGTCGTGCACCATAAAANCCNAGNTTACAGAGCANGTCATTCAATANTGCTAACACACATTTTCTTATTAGCGGTTATTTTCAANNTCGTTTNNCANCATTTAATNAAC-AT---TTTAGTGTACTTTTTCTCATTTGTCTTTGATAAATTTGCCANAAATTTTATAACGTTAAAGAATCTCAGGTTTTGAAAATGCGNTTACCCAGT-TCTCCAT-AA-CAAAATCGTTTTGCGTACTTTTC-TTACTCCC-AATAAGCGCTTACAAAATTGTAAATGAATTGTTTCTATATTG-TTCTCCTNTATTAAAAC-C-CAAACTTCACATNCC-ATAATTAAGGATTGGCGCTAT--AAGCTTATCGAATAAATATAATCTA---TGTTTAACCGGATT--------ATCAATGAACTTATATAAGTACTTATTT---NTTGTAGTTTCGATTGTGCCTTACGANAAGTGTTTGTACTCTGCGTTTCAGAATACTCTCTTTTAAGNTGTAGAAACAATGCNCAAATAAACCTGTNTGNGTTTTNCGTTCGCTCTAAGCATTTTGAGTAAAATAAGAGGT
Reference ( family-614 )      :                    AAGCACTTGATTATATTATATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCGA-CTATANATA-----TACATAT---TNA---G-TTTATGAAGAT--AATAA--AACTAT-GGCAAAATTTAT-A-----TTAT-T--------AT---A-CTT-AAC---------ATACA------AGTC-GT--GCAA------TATGAGT----CTG--TAGGT-A-----AAA------TNTA-----------TA--TC-------------CAT----------A-----TATT---C--ATGT-AGTCGATC--TTG-C-GCT-------------G------A--A---------C-AAC-TTAAA----GAAACATGTTACATTCTAAACA----TAATA------TATTTGCTTGGTTAAATTTTACAACCAAGTGACATTTGTTTCAGCAGTTCATA--TTATTCATTACG-CANATTGCTGTACAAAATACTGGTTCTAA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----ACATTCCTAG-A--TTTTG----ATT------TTTTTATAACCCGTA------CTTTATCA-----TTATTAAANAGTTCTA--C--G-TNTTTTTGCATATTCGGTCTTTTCCAGTAATAACTTGGAATANAACAT-A-TCAT---TCAT-TATATAAATTACANTCTAACATNAAATGAAATTCATCCTCTAG-AATATTGCACATACTACAGTTTCTCTG-ATTA-AC--GTGTACTTACAGGTTTAGCCNATC-G-CC-GTTT-CAATGGAC--GT-CTGTGAGAT-ANNC-CT-AATTTAGTAAAACTAACACGGGATTTATTTAAATTTAATGC-----GACTAAGTNTANTTTAAACATAAAGTTT----CGAAATATAATTTAT-AAACGN-AGCTCTNCTAAAATCGNTGAGTCTGCTAGACCAATTTATGTGCAGTTTGATCTTAAATNCATNGCNCTAAAAATAAATCGACTATTCCAACATTTTGAAAAAGCAAAAGTCGTGCACCATAAAANCCNAGNTTACAGAGCANGTCATTCAATANTGCTAACACACATTTTCTTATTAGCGGTTATTTTCAANNTCGTTTNNCANCATTTAATNAAC-AT---TTTAGTGTACTTTTTCTCATTTGTCTTTGATAAATTTGCCANAAATTTTATAACGTTAAAGAATCTCAGGTTTTGAAAATGCGNTTACCCAGT-TCTCCAT-AA-CAAAATCGTTTTGCGTACTTTTC-TTACTCCCAAATAAGCGCTTACAAAATTGTAAATGAATTGTTTTTATATTG-TTCTCCTNTATTAAAAC-C-CAAACTTCACATNCC-ATAATTAAGGATTGGCGCTAT--AAGCTTATCGAATAAATATAATCTA---TGTTTAACCGGATT--------ATCAATGAACTTATATAAGTACTTATTT---NTTGTAGTTTCGATTGTGCCTTACGANAAGTGTTTGTACTCTGCGTTTCAGAATACTCTCTTTTAAGNTGTAGAAACAATGCNCAAATAAACCTGTNTGNGTTTTNCGTTCGCTCTAAGCATTTTGAGTAAAATAAGAGGT
gi|1                          :                    AAGCACT-GATTATATGATATTATAAACAAATATGCAGATT--GT---AGTTT------CAGA---ATTTG------TTCCA-CTATACATAAAAAGTACATAT---TCAA--G-TTTATAAAGAT--AATAA--AACTAT-GGTAAAATTTAT-T-----TTAT-T--------AT---A-CTT-AAC---------ATACA------AGTC-GT--GCAA------TATGAGA----CTG--TAGGT-A-----AAA------CCTT-----------TA--TC-------------CAT----------C-----CGTT---C--ATGT---CCGAC----TG---GCT-------------GT-----A--A---------C-AAT-TTAAA----GAAACATGTTATAATCTAAATA----TAATA------TATTTGCTTGGTTGAATTTGACAACCAAGTGGCATTTGTTTCAGCATTTCATA--TTATTCATTACG-CACATTGTAGTACAAAATACTGGTTCTTA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----ACATTCCTCG-A--TTTTAAAACATTCCTCGATTTTTATAACCCGTA------CTTTATCA-----TAATTAAAAAGTTATA--C--ATTTTTTTTACATATTCGGTCTTTTCCAGTAATAACTTGGAATAGAATAT-ATTCATAAGTCAT-TATATAAATTACACTCTAACATGAAATGAAATTCATCCTTTAA-AATATTGCATATACTACAGTTTCTCTG-ATTA-ACCGGTGTACTTACAGGTTTAGCTAATCTA-CCGGTTT-CAAT-GACAAGT-CTGTGAGATGAGACACTAAATTTAGTAAAACTAATACGGAATTTCTTTAAATTTGATAT-----ATCTAAATATGGCAGAAACATAAAGTCT-----GATATGTAATTTAT-AAATGT-AGCTCTACTAGAATCGGTGAGTCTGCTAGACCAATTT-TGTACAATTTGATCTTAAATTCATTGCAC-AAAAATAAATCGACTATTCCAACATTTTGAAAAAGCAAA--TCGT----CATAAAATCCTAGATTACAGAGCATGTCATTCAATAATGCTAACA-A----TTCTTATT-GTGGTTATTTTCAATATCGTTTTTTATCATCAAATTAACAAT---TTTAGTGTACTTTTTCTCATTTG-CTTTGATAAATTTGGCAAAAATTGTATGACATTAAAGAATCTCAGGTTTTGCAAATGCACTTACTCAGT-TATCCACGAA-CAATATCGTTTTGTTTGCTTTTCTTTACTCCC-AATAAGCGCTT-CAAGATTGTAAATAAATGGTTTCTATATTG--TCTCCTGTATTAAAACGC-CAAACTTCACACGCC--TAATTAAGGATTGGCACTAT--AGACTTGTCGAATGAATTTAATCTATACTGTTCA---GAATTTGCTAAGCACCAA-GAA--TATCCAAGTGCATGTTTTACGTTATAGTTTCAATTGTGC--TATGAAAAGTGTTTGTACTTTGCATTT---AATATTCTCTTTTAAGATGTAG-------GCACAAAT-AATTTGTTTGTGTTTTACGTTTGTTTTAAGC-TTTTGAGTAAAAT-AGAGGT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                           TT-AAC---------TTACA------CGTC-GT--CCAA------TATGAGT----TCA--TAGAT-A-----AAAGAAATATATA-----------CA--TCAATATCTAGATTTCATTAATTAGTTCA-----TATT---CCCATGT-AGTTGATC--TTACC-ACT-------------G------ATTACAACAAAACC-AAC-ATAGA----AAAACATTTTCCATTATAAACA----TTAGA------TAT
gi|11                         : atacaaatattgcaaggaaAAGCACTTGAA-ATATTATATTACAAACTCATATGCAGATC--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCGA-CTATAT--------------T---TAA---G-TGTATGAAGAT--AGTAA--AACTTT-GACCAAATTTAT-A-----GTAT-T--------AG---A-CTG-AAC---------ATACA------AATC-GT--GCAA------TA-AAGT----TTG--aatatatgt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       taTTTAATCGAC-AT---TTT---GCA--TTGTCTCATTTGTCTTTAATAGATTTGCCATACATTTTGTAATGCTTTAGAATCT-AAATTTTGAAAATGCGTTTACCCAGT-TCTATAT-AA-CATAATCGTTTTGTGTACT-----TTACACCCAAATAAGCGCTTATAAAATTGTAatatgccgcaccaattttgtatatatat
gi|13                         :            ttctatatgtGCACTTCATTCTATGACATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCAA-CTATAGATA------A-ATAT-----------TTGATAAAGAT--AACAATCAA-TAT-GGTAAAATTTATAA-----TTAT-T--------ATAAGA-TTT-AAC---------ATACA------AGAC-AT--GCAA------TATGTGT----TTGCTTATGT-A-----AA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CTTACAAA-TTTTAAATGAATTGTTTTTATTTTA-T-CTCCTATATCAAAAC-CTCACACTTCAT-TACC-ATAAGTAAGGGTGAACGTTAT--AAGCTTATTGAATAAATATAATCTA---TGTTTAACCAGTAT--------ATCAATAGACTTATATAAGTATTTATTC---TTTGTAcaca
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   t-------------G------A--C---------C-AAG-TTAAA----GAAACATGTTGAATACTAAATA----TAATA------TATTTACTTGGTTAAAGTTTACAACAACATGACATCTGTTTCTGCAGTTCATA--TTATTCAGGACG-CAGATTGCTGTACAAAATACTGGTTCTAA--TGTC-GAAAGCTTTAaata
gi|16                         :                  caAAGCATTTAATTATATGATATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AATTT------CAGG---TTTTGAATAATTTAGAGCTGT-TGTG-----TA-ATAT---TGT---GCCTTATGATGATACAATAA--A
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cataT----------A-----TATTAC-C--ATGT-AGTTGATC--TTGTC-ACT-------------G------AGTG---------C-AAC-catttgagttatattgcagattgtggacctttg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tattccatttataagttGGCATTTGTTTTAGTTGTTCATA--TTATTAATTGCG-CAAATTGTTGTACAAAATACgagtcttacttacaactttac
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTGTTTAAGTATTTCATA--GTATACAT-ACG-CA-ATTGCTGTACAAACTACTGGTTCCAG--GGCC-AAAAATCTTATGT-----ATAA----ACATTCCTAG-A--T--------ATT------TT---ATAACCCGTAGGTGTACATTATCAAATCATTATTAAACAGTTCTATAC--G-TGTTTTTGCATGTTCAGTTTTTTCCAGTAATA---------------T-A-TCGT---ATATAGATCTAGATTACAAAGTAACATTAAATGAAATTCATCCCCTAG-AATCTTGCATATACTAC--TTTCTCTG-ATT---------CACT----GGTTTAGCCTATC-AACC-GTTTTCAATAGA-------TGTGAGAA-AATT-CTTAATTTAGTAAAAATAA---------TATTTAAATTAAAAGCAAGAAGACAAAGTCCATTTTAAA-----AGTTTTATGCTGAACATAATTTAT-GTACGGGAGTTATGCAAATATTGCTGAAAATGTT---TC--TTTATATGCAGTTT------AAATACATGACTCTAAAAA-------ACT-------CAT---GAAAAAGTAAAAGTCATGCACCATAAAAACTAAGTTTACAGAACAAGT--TTTAATATTG--AACACACATTTTTTTATTAACGGTTATTTTCAAATTCATTTGGCAACATTTAGCGAAC--TCTGTTTAGTGTACTTTTTTCCAATTGTCTGTGATAACTTTACCCGAAATTTCAGAAAATTAATGAATCTCTGGTTTTGACAATACAGTCCACCAATGTCTCCAT-AACCAAAAACTCTATGCGTACTTTTCATTACTCCC-AACAGGCGTTTGCAAAAGTGT-----AATTGTTT---TATTGTTTCTCCTTTATT-AAAC-C-CAACGTTT-CATTCCAATTATTAAGGATTGGCCCTATGAAAGCTCATTAAATAAATATAATTTA---T-TATAACCGGATT--------ATCAGTGAACTTATATAAGTACTTATTT---ATTGTAGTTTTGA--GTGCCTTACCACAAG----TGTATTCTGTGTTTCAGAATACTC-------AACTGTAGAAACAATGCCTAAATAAACCTATATAAATTTTCTATTCGCTC--AGTATTTTGA-TAAAATAAGAGAT
gi|3                          :                                        TTATAAAAAAATATA-AAATTATGGTACAATTTATATTACAAGA--CT--A------TTCAA-CTATAGCTA-----TACATTT---TT------TTTAAAAAGAT--AATAA--AACTAT-GGCAAAATTTAT-A-----TTATATGA------AT---A-ATTCAACTATAGCTATATACT------ATTT--T--ATAA------AGTGAATAAAACTA--T-GGC-A-----TAA------TTTA-----------TG---C-------------CAT----------AGGAAATATTATAC--ATGTCACGCAATAAGTTG---GCT-------------GTCACAAA--A---------CCAAC-CAAAA----GAAACATTTTACATTCTGAACA----TGTTT------TATTTGTTTTGTTTGATTTTACATCCAACTAACACTTGTTTTAGTTGTTCATA--TTATACA-------AGA---CTGTACAAA------GTTC-AC--GTTT-AAAAACCGTTTGT-----ATAA----ACGTTTCTAG-A-------------T------TTTTTATTACCCGTC------CTTTATCA-------GTTAAACATTTTTG--CAAG-TTGCTTTGTATATTTTAT-TTTCCCCGTTATAGCTTGGAATATAAC-T---TCAC---CCAT-TATATGAATAACATTCTGACAAAAAATT-AATCCATCCTTTAG-GCTATTACACAttctagttaccaaccttctgaaaataattattttagtttctagtgtaataacactaaatttccatcttttacaataaaat
gi|4                          :                    AAGCAATTAATTTTATTATGTTATAAACACATATGCAGATT--GA---AATTT------CGGG---CTTTG------TTCGG-CTATAACTA-----TACATGTA--TTATATG-TATATGAAGAT--AA-------CTAC-AACAAGAGTTAA-A-----CTAT-A--------AT---A-CTT-AGA---------ATATG------ACTTTGTAGGTAAAATCCATATCAGT----TTGA-TATAT-ACATCGAAA------TTTA-----------TA--TTTCATTAACAAGTTCAT----------A-----TATC---C--ATAT-AGTTGATC--TTG-T--CTATAAATGTAATAAG------A--C---------C-AAC-TTTAC----GAAACATGTTCTATTTTAAACAGTCATACTA------TATTTGCTTGCTTAAATTTTACAAAAAAGTTGCATTTGTTTTAGCAGTTTATAAATTATTCATTAGG-CACATTAATGTACAAACCACTGGTTCTAA--GGTC-AGGAGTTTTAAGT-----ATAA----ACATTTCTAT-ATGTTTTA----AT
gi|5                          :                 ataAAGCACT-GAATATATTACACTATAAACATATATGCAGATT--TG---AGTTT------CAGGTGGCTTTG------TTCGA-CTATATATA------ACGTAC----AA------TCGTGCA-AT--A-TGA--ATTTGTAGGTAAAATTTAT-ACCCAGTTGT-TCATGTCCGAT---ATCGA-AAC---------ATATATAAAAAAATC-AA--ACAA------TA-GAAC----ATA--TACATTA-----AAA------TATAGATTTCATTCTTAAGTT-------------CAT----------A-----TATC---C--ATGT-AGTTGATC--TTG-CCACT-------------GGA----A--A---------C-ATG-TTAAA----GAAACACGTTACATTATAAACA----TAATAATTATATATTTGCTTGGTTACATTTTACAACCAACTGACATTTGTTTCAGCATTTCATA--TTATTCATTACA-CACATTGTTGTATATAATACTGGTTCTAA--GGTC-AAAGGCTTGATGTGAAAAATAAATCGACATTTCCAACA--TTTTG----Acgacatt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           a---------C-AAC-TTAAA----GAAACGTGTTAGAGTCTAAATA----TAATA------TATTTGCTTGGT-AAA----ACA------TGACATTTATTTCAGCAGTGCAAA--CTATTCAAAATG-CACATTGTTGTACAACATACTGTTTATAA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----ACATTCCTAG-A--T---G----ATT------TT--TATAACCCATA------CTTTATCA-----TTATCAAAAAGTTCTA--C--A-AATGTTTGCATATTCGGTCTTGTCAAGTAATAACTTGGAATAAAACATAA-ACAT---TCCT-TATGGAAA
gi|7                          :                            aacTATATTGTATTACAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCAA-ATATACATA-----CTCGTATAAACAA---G-TTTGTAAAGAT--AATAA--AACTAT-GACAAAATTTAT-A-----TTA--------------------------------------A------AA---GT--GCAA------TATGAGT----CTG--TAGGT-------AAA------TCTA-----------TA--TA-------------CAT----------T-----TGAT---C--ATGT---TCGGTA--T-------C-------------G------A--A---------C-AATATCAAACAATGGAACATA-TACATgcaccggtatcatttcgatgatactgatttaaaaatatgtattatatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tagTCCACTAACAATATTTAACATATTACAATACCCCTTTATTACAC--GTGTACTTACAGGTTTGTCCCATA-G----------AATGTAT--GTGCTGTGAAAT-TTGC----AATTTTCTAAAACCTACACAAGATTTATTAAAATTTAATGT-----GACTAAGTTTAATTTAAACATAAAATTT----CGAAATAT-ATATATAAAACAC-AGCTCTCCTAAAATCATTGAGTCaaaaaatctagttttcatc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -AAC-ATAAA----GAAACATTTGACAGTCTAGACA----GGCTA------TATTTGTAAGGTTTAATTTTACTTCCAAGTGACATTTGTTTTAGTAATTCTTG--TTATTAATTAAGAGAAATT-CTGTAAAAAATACTA--TTTAAACGATCTTAAAGC-TTATGT-----ATGA----ACATTCCTTG-A--T--------ATT------TTTTTA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
lowQualScore                  :                                                                         111111    111     111111               55555555555555555555555                                       1111111    444444444444444444444444444444444     111111111111111    111111       111111111     1111111   111111    44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444                                     1111     111111                                                                                                                     11111    1111            66666666666666666666               222222        3333333              2222222                                             222222    1111   1                                           1                 11        1   333333                        666666666666666666666666         555555555                222222                  333333                            33333              1     11                           2222222   1          222222             1     33333333333333333   222           11    2222                           11          11    333333        1                                       333333                                                                                             1       1   1                  33333        1                       111        1       222               111        111    22                    11                         222              44444444                            2222            11    11         2222              222       3333333        3333333        1                          11   1      1      1      
lowQualScore                  :                           7        1            0           66  888     444444    333     444444     5     66  33333333333333333333333           66     66      5            4444444    222222222222222222222222222222222     444444444444444    444444  3    222222222  0  8888888   999999 1  11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4   4     9999       0              0000  0  444444             0  1      5 0  3                 0      66       66 0 4  5   0         1            66    5      0      44444    2222          5 44444444444444444444  0            888888        1111111      1    0  5555555 1 0           0  6             7         4  333333    8888   0   0         1        1     7         1    0      0          11        3   666666       7            1   888888888888888888888888         666666666                000000                  444444        1  1      6         55555       7      3     44      1         1          7777777   5          999999    1   1  1 5     77777777777777777   111           88    3333       1  1  1          1  88       1  88    000000        5              22      22  1        1   555555   7     6             7                 1           44           6               11         3       3   3            0     00000        3           7    3      000        2       888     1       7 666        000 1  00               3    88        0                333 6    7       88888888     7   6                  4444            88    88   2 1   4444              000       3333333  1     3333333  1     5       1  1     1         88   5      5      5      
lowQualScore                  :                           .        .            .           ..  ...     ......    ...     ......     .     ..  .......................           ..     ..      .            .......    .................................     ...............    ......  .    .........  .  .......   ...... .  .................................................................................................................... .   .     ....       .              ....  .  ......             .  .      . .  .                 .      ..       .. . .  .   .         .            ..    .      .      .....    ....          . ....................  .            ......        .......      .    .  ....... . .           .  .             .         .  ......    ....   .   .         .        .     .         .    .      .          ..        .   ......       .            .   ........................         .........                ......                  ......        .  .      .         .....       .      .     ..      .         .          .......   .          ......    .   .  . .     .................   ...           ..    ....       .  .  .          .  ..       .  ..    ......        .              ..      ..  .        .   ......   .     .             .                 .           ..           .               ..         .       .   .            .     .....        .           .    .      ...        .       ...     .       . ...        ... .  ..               .    ..        .                ... .    .       ........     .   .                  ....            ..    ..   . .   ....              ...       .......  .     .......  .     .       .  .     .         ..   .      .      .      
lowQualScore                  :                           3        3            2           99  888     444444    888     444444     0     00  55555555555555555555555           99     99      7            7777777    777777777777777777777777777777777     555555555555555    444444  2    555555555  7  0000000   222222 0  66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0   0     4444       1              6666  2  444444             6  4      4 7  0                 1      11       77 1 4  3   1         8            99    0      9      33333    1111          7 55555555555555555555  8            888888        8888888      0    2  5555555 0 8           2  5             0         5  888888    8888   0   8         0        0     3         2    0      2          00        3   333333       3            0   000000000000000000000000         000000000                333333                  000000        0  0      7         00000       3      3     33      0         0          5555555   5          555555    0   0  0 5     00000000000000000   555           00    0000       0  0  0          0  00       0  00    000000        5              00      00  0        0   000000   3     7             3                 0           33           7               77         3       3   3            7     33333        3           0    2      000        0       000     0       3 777        000 0  77               7    33        7                333 7    3       33333333     3   7                  3333            55    00   5 0   0000              555       0000000  0     0000000  0     5       0  0     0         55   5      0      5      
consensus                     :                    AAGCACTTGATTATATTATATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCGA-CTATANATA-----TACATAT---TNA---G-TTTATGAAGAT--AATAA--AACTAT-GGCAAAATTTAT-A-----TTAT-T--------AT---A-CTT-AAC---------ATACA------AGTC-GT--GCAA------TATGAGT----CTG--TAGGT-A-----AAA------TNTA-----------TA--TC-------------CAT----------A-----TATT---C--ATGT-AGTCGATC--TTG-C-GCT-------------G------A--A---------C-AAC-TTAAA----GAAACATGTTACATTCTAAACA----TAATA------TATTTGCTTGGTTAAATTTTACAACCAAGTGACATTTGTTTCAGCAGTTCATA--TTATTCATTACG-CANATTGCTGTACAAAATACTGGTTCTAA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----ACATTCCTAG-A--TTTTG----ATT------TTTTTATAACCCGTA------CTTTATCA-----TTATTAAANAGTTCTA--C--G-TNTTTTTGCATATTCGGTCTTTTCCAGTAATAACTTGGAATANAACAT-A-TCAT---TCAT-TATATAAATTACANTCTAACATNAAATGAAATTCATCCTCTAG-AATATTGCACATACTACAGTTTCTCTG-ATTA-AC--GTGTACTTACAGGTTTAGCCNATC-G-CC-GTTT-CAATGGAC--GT-CTGTGAGAT-ANNC-CT-AATTTAGTAAAACTAACACGGGATTTATTTAAATTTAATGC-----GACTAAGTNTANTTTAAACATAAAGTTT----CGAAATATAATTTAT-AAACGN-AGCTCTNCTAAAATCGNTGAGTCTGCTAGACCAATTTATGTGCAGTTTGATCTTAAATNCATNGCNCTAAAAATAAATCGACTATTCCAACATTTTGAAAAAGCAAAAGTCGTGCACCATAAAANCCNAGNTTACAGAGCANGTCATTCAATANTGCTAACACACATTTTCTTATTAGCGGTTATTTTCAANNTCGTTTNNCANCATTTAATNAAC-AT---TTTAGTGTACTTTTTCTCATTTGTCTTTGATAAATTTGCCANAAATTTTATAACGTTAAAGAATCTCAGGTTTTGAAAATGCGNTTACCCAGT-TCTCCAT-AAC-AAAATCGTTTTGCGTACTTTTC-TTACTCCC-AATAAGCGCTTACAAAATTGTAAATGAATTGTTTCTATATTGTT-CTCCTNTATTAAAAC-C-CAAACTTCACATNCCA-TAATTAAGGATTGGCGCTAT--AAGCTTATCGAATAAATATAATCTA---TGTTTAACCGGATT--------ATCAATGAACTTATATAAGTACTTATTT---NTTGTAGTTTCGATTGTGCCTTACGANAAGTGTTTGTACTCTGCGTTTCAGAATACTCTCTTTTAAGNTGTAGAAACAATGCNCAAATAAACCTGTNTGNGTTTTNCGTTCGCTCTAAGCATTTTGAGTAAAATAAGAGGT
Reference ( family-614 )      :                    AAGCACTTGATTATATTATATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCGA-CTATANATA-----TACATAT---TNA---G-TTTATGAAGAT--AATAA--AACTAT-GGCAAAATTTAT-A-----TTAT-T--------AT---A-CTT-AAC---------ATACA------AGTC-GT--GCAA------TATGAGT----CTG--TAGGT-A-----AAA------TNTA-----------TA--TC-------------CAT----------A-----TATT---C--ATGT-AGTCGATC--TTG-C-GCT-------------G------A--A---------C-AAC-TTAAA----GAAACATGTTACATTCTAAACA----TAATA------TATTTGCTTGGTTAAATTTTACAACCAAGTGACATTTGTTTCAGCAGTTCATA--TTATTCATTACG-CANATTGCTGTACAAAATACTGGTTCTAA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----ACATTCCTAG-A--TTTTG----ATT------TTTTTATAACCCGTA------CTTTATCA-----TTATTAAANAGTTCTA--C--G-TNTTTTTGCATATTCGGTCTTTTCCAGTAATAACTTGGAATANAACAT-A-TCAT---TCAT-TATATAAATTACANTCTAACATNAAATGAAATTCATCCTCTAG-AATATTGCACATACTACAGTTTCTCTG-ATTA-AC--GTGTACTTACAGGTTTAGCCNATC-G-CC-GTTT-CAATGGAC--GT-CTGTGAGAT-ANNC-CT-AATTTAGTAAAACTAACACGGGATTTATTTAAATTTAATGC-----GACTAAGTNTANTTTAAACATAAAGTTT----CGAAATATAATTTAT-AAACGN-AGCTCTNCTAAAATCGNTGAGTCTGCTAGACCAATTTATGTGCAGTTTGATCTTAAATNCATNGCNCTAAAAATAAATCGACTATTCCAACATTTTGAAAAAGCAAAAGTCGTGCACCATAAAANCCNAGNTTACAGAGCANGTCATTCAATANTGCTAACACACATTTTCTTATTAGCGGTTATTTTCAANNTCGTTTNNCANCATTTAATNAAC-AT---TTTAGTGTACTTTTTCTCATTTGTCTTTGATAAATTTGCCANAAATTTTATAACGTTAAAGAATCTCAGGTTTTGAAAATGCGNTTACCCAGT-TCTCCAT-AAC-AAAATCGTTTTGCGTACTTTTC-TTACTCCC-AATAAGCGCTTACAAAATTGTAAATGAATTGTTTCTATATTGTT-CTCCTNTATTAAAAC-C-CAAACTTCACATNCCA-TAATTAAGGATTGGCGCTAT--AAGCTTATCGAATAAATATAATCTA---TGTTTAACCGGATT--------ATCAATGAACTTATATAAGTACTTATTT---NTTGTAGTTTCGATTGTGCCTTACGANAAGTGTTTGTACTCTGCGTTTCAGAATACTCTCTTTTAAGNTGTAGAAACAATGCNCAAATAAACCTGTNTGNGTTTTNCGTTCGCTCTAAGCATTTTGAGTAAAATAAGAGGT
gi|1                          :                    AAGCACT-GATTATATGATATTATAAACAAATATGCAGATT--GT---AGTTT------CAGA---ATTTG------TTCCA-CTATACATAAAAAGTACATAT---TCAA--G-TTTATAAAGAT--AATAA--AACTAT-GGTAAAATTTAT-T-----TTAT-T--------AT---A-CTT-AAC---------ATACA------AGTC-GT--GCAA------TATGAGA----CTG--TAGGT-A-----AAA------CCTT-----------TA--TC-------------CAT----------C-----CGTT---C--ATGT---CCGAC----TG---GCT-------------GT-----A--A---------C-AAT-TTAAA----GAAACATGTTATAATCTAAATA----TAATA------TATTTGCTTGGTTGAATTTGACAACCAAGTGGCATTTGTTTCAGCATTTCATA--TTATTCATTACG-CACATTGTAGTACAAAATACTGGTTCTTA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----ACATTCCTCG-A--TTTTAAAACATTCCTCGATTTTTATAACCCGTA------CTTTATCA-----TAATTAAAAAGTTATA--C--ATTTTTTTTACATATTCGGTCTTTTCCAGTAATAACTTGGAATAGAATAT-ATTCATAAGTCAT-TATATAAATTACACTCTAACATGAAATGAAATTCATCCTTTAA-AATATTGCATATACTACAGTTTCTCTG-ATTA-ACCGGTGTACTTACAGGTTTAGCTAATCTA-CCGGTTT-CAAT-GACAAGT-CTGTGAGATGAGACACTAAATTTAGTAAAACTAATACGGAATTTCTTTAAATTTGATAT-----ATCTAAATATGGCAGAAACATAAAGTCT-----GATATGTAATTTAT-AAATGT-AGCTCTACTAGAATCGGTGAGTCTGCTAGACCAATTT-TGTACAATTTGATCTTAAATTCATTGCAC-AAAAATAAATCGACTATTCCAACATTTTGAAAAAGCAAA--TCGT----CATAAAATCCTAGATTACAGAGCATGTCATTCAATAATGCTAACA-A----TTCTTATT-GTGGTTATTTTCAATATCGTTTTTTATCATCAAATTAACAAT---TTTAGTGTACTTTTTCTCATTTG-CTTTGATAAATTTGGCAAAAATTGTATGACATTAAAGAATCTCAGGTTTTGCAAATGCACTTACTCAGT-TATCCACGAAC-AATATCGTTTTGTTTGCTTTTCTTTACTCCC-AATAAGCGCTT-CAAGATTGTAAATAAATGGTTTCTATATTG-T-CTCCTGTATTAAAACGC-CAAACTTCACACGCC--TAATTAAGGATTGGCACTAT--AGACTTGTCGAATGAATTTAATCTATACTGTTCA---GAATTTGCTAAGCACCAA-GAA--TATCCAAGTGCATGTTTTACGTTATAGTTTCAATTGTGC--TATGAAAAGTGTTTGTACTTTGCATTT---AATATTCTCTTTTAAGATGTAG-------GCACAAAT-AATTTGTTTGTGTTTTACGTTTGTTTTAAGC-TTTTGAGTAAAAT-AGAGGT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                           TT-AAC---------TTACA------CGTC-GT--CCAA------TATGAGT----TCA--TAGAT-A-----AAAGAAATATATA-----------CA--TCAATATCTAGATTTCATTAATTAGTTCA-----TATT---CCCATGT-AGTTGATC--TTACC-ACT-------------G------ATTACAACAAAACC-AAC-ATAGA----AAAACATTTTCCATTATAAACA----TTAGA------TAT
gi|11                         : atacaaatattgcaaggaaAAGCACTTGAA-ATATTATATTACAAACTCATATGCAGATC--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCGA-CTATAT--------------T---TAA---G-TGTATGAAGAT--AGTAA--AACTTT-GACCAAATTTAT-A-----GTAT-T--------AG---A-CTG-AAC---------ATACA------AATC-GT--GCAA------TA-AAGT----TTG--aatatatgt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       taTTTAATCGAC-AT---TTT---GCA--TTGTCTCATTTGTCTTTAATAGATTTGCCATACATTTTGTAATGCTTTAGAATCT-AAATTTTGAAAATGCGTTTACCCAGT-TCTATAT-AAC-ATAATCGTTTTGTGTACT-----TTACACCCAAATAAGCGCTTATAAAATTGTAatatgccgcaccaattttgtatatatat
gi|13                         :            ttctatatgtGCACTTCATTCTATGACATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCAA-CTATAGATA------A-ATAT-----------TTGATAAAGAT--AACAATCAA-TAT-GGTAAAATTTATAA-----TTAT-T--------ATAAGA-TTT-AAC---------ATACA------AGAC-AT--GCAA------TATGTGT----TTGCTTATGT-A-----AA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CTTACAAA-TTTTAAATGAATTGTTTTTATTTTAT--CTCCTATATCAAAAC-CTCACACTTCAT-TACCA-TAAGTAAGGGTGAACGTTAT--AAGCTTATTGAATAAATATAATCTA---TGTTTAACCAGTAT--------ATCAATAGACTTATATAAGTATTTATTC---TTTGTAcaca
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   t-------------G------A--C---------C-AAG-TTAAA----GAAACATGTTGAATACTAAATA----TAATA------TATTTACTTGGTTAAAGTTTACAACAACATGACATCTGTTTCTGCAGTTCATA--TTATTCAGGACG-CAGATTGCTGTACAAAATACTGGTTCTAA--TGTC-GAAAGCTTTAaata
gi|16                         :                  caAAGCATTTAATTATATGATATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AATTT------CAGG---TTTTGAATAATTTAGAGCTGT-TGTG-----TA-ATAT---TGT---GCCTTATGATGATACAATAA--A
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cataT----------A-----TATTAC-C--ATGT-AGTTGATC--TTGTC-ACT-------------G------AGTG---------C-AAC-catttgagttatattgcagattgtggacctttg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tattccatttataagttGGCATTTGTTTTAGTTGTTCATA--TTATTAATTGCG-CAAATTGTTGTACAAAATACgagtcttacttacaactttac
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTGTTTAAGTATTTCATA--GTATACAT-ACG-CA-ATTGCTGTACAAACTACTGGTTCCAG--GGCC-AAAAATCTTATGT-----ATAA----ACATTCCTAG-A--T--------ATT------TT---ATAACCCGTAGGTGTACATTATCAAATCATTATTAAACAGTTCTATAC--G-TGTTTTTGCATGTTCAGTTTTTTCCAGTAATA---------------T-A-TCGT---ATATAGATCTAGATTACAAAGTAACATTAAATGAAATTCATCCCCTAG-AATCTTGCATATACTAC--TTTCTCTG-ATT---------CACT----GGTTTAGCCTATC-AACC-GTTTTCAATAGA-------TGTGAGAA-AATT-CTTAATTTAGTAAAAATAA---------TATTTAAATTAAAAGCAAGAAGACAAAGTCCATTTTAAA-----AGTTTTATGCTGAACATAATTTAT-GTACGGGAGTTATGCAAATATTGCTGAAAATGTT---TC--TTTATATGCAGTTT------AAATACATGACTCTAAAAA-------ACT-------CAT---GAAAAAGTAAAAGTCATGCACCATAAAAACTAAGTTTACAGAACAAGT--TTTAATATTG--AACACACATTTTTTTATTAACGGTTATTTTCAAATTCATTTGGCAACATTTAGCGAAC--TCTGTTTAGTGTACTTTTTTCCAATTGTCTGTGATAACTTTACCCGAAATTTCAGAAAATTAATGAATCTCTGGTTTTGACAATACAGTCCACCAATGTCTCCAT-AACCAAAAACTCTATGCGTACTTTTCATTACTCCC-AACAGGCGTTTGCAAAAGTGTAA-----TTGTTT---TATTGTTTCTCCTTTATTAAA-C-C-CAACGTTT-CATTCCAATTATTAAGGATTGGCCCTATGAAAGCTCATTAAATAAATATAATTTA---T-TATAACCGGATT--------ATCAGTGAACTTATATAAGTACTTATTT---ATTGTAGTTTTGA--GTGCCTTACCACAAG----TGTATTCTGTGTTTCAGAATACTC-------AACTGTAGAAACAATGCCTAAATAAACCTATATAAATTTTCTATTCGCTC--AGTATTTTGA-TAAAATAAGAGAT
gi|3                          :                                        TTATAAAAAAATATA-AAATTATGGTACAATTTATATTACAAGA--CT--A------TTCAA-CTATAGCTA-----TACATTT---TT------TTTAAAAAGAT--AATAA--AACTAT-GGCAAAATTTAT-A-----TTATATGA------AT---A-ATTCAACTATAGCTATATACT------ATTT--T--ATAA------AGTGAATAAAACTA--T-GGC-A-----TAA------TTTA-----------TG---C-------------CAT----------AGGAAATATTATAC--ATGTCACGCAATAAGTTG---GCT-------------GTCACAAA--A---------CCAAC-CAAAA----GAAACATTTTACATTCTGAACA----TGTTT------TATTTGTTTTGTTTGATTTTACATCCAACTAACACTTGTTTTAGTTGTTCATA--TTATACA-------AGA---CTGTACAAA------GTTC-AC--GTTT-AAAAACCGTTTGT-----ATAA----ACGTTTCTAG-A-------------T------TTTTTATTACCCGTC------CTTTATCA-------GTTAAACATTTTTG--CAAG-TTGCTTTGTATATTTTAT-TTTCCCCGTTATAGCTTGGAATATAAC-T---TCAC---CCAT-TATATGAATAACATTCTGACAAAAAATT-AATCCATCCTTTAG-GCTATTACACAttctagttaccaaccttctgaaaataattattttagtttctagtgtaataacactaaatttccatcttttacaataaaat
gi|4                          :                    AAGCAATTAATTTTATTATGTTATAAACACATATGCAGATT--GA---AATTT------CGGG---CTTTG------TTCGG-CTATAACTA-----TACATGTA--TTATATG-TATATGAAGAT--AA-------CTAC-AACAAGAGTTAA-A-----CTAT-A--------AT---A-CTT-AGA---------ATATG------ACTTTGTAGGTAAAATCCATATCAGT----TTGA-TATAT-ACATCGAAA------TTTA-----------TA--TTTCATTAACAAGTTCAT----------A-----TATC---C--ATAT-AGTTGATC--TTG-T--CTATAAATGTAATAAG------A--C---------C-AAC-TTTAC----GAAACATGTTCTATTTTAAACAGTCATACTA------TATTTGCTTGCTTAAATTTTACAAAAAAGTTGCATTTGTTTTAGCAGTTTATAAATTATTCATTAGG-CACATTAATGTACAAACCACTGGTTCTAA--GGTC-AGGAGTTTTAAGT-----ATAA----ACATTTCTAT-ATGTTTTA----AT
gi|5                          :                 ataAAGCACT-GAATATATTACACTATAAACATATATGCAGATT--TG---AGTTT------CAGGTGGCTTTG------TTCGA-CTATATATA------ACGTAC----AA------TCGTGCA-AT--A-TGA--ATTTGTAGGTAAAATTTAT-ACCCAGTTGT-TCATGTCCGAT---ATCGA-AAC---------ATATATAAAAAAATC-AA--ACAA------TA-GAAC----ATA--TACATTA-----AAA------TATAGATTTCATTCTTAAGTT-------------CAT----------A-----TATC---C--ATGT-AGTTGATC--TTG-CCACT-------------GGA----A--A---------C-ATG-TTAAA----GAAACACGTTACATTATAAACA----TAATAATTATATATTTGCTTGGTTACATTTTACAACCAACTGACATTTGTTTCAGCATTTCATA--TTATTCATTACA-CACATTGTTGTATATAATACTGGTTCTAA--GGTC-AAAGGCTTGATGTGAAAAATAAATCGACATTTCCAACA--TTTTG----Acgacatt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           a---------C-AAC-TTAAA----GAAACGTGTTAGAGTCTAAATA----TAATA------TATTTGCTTGGT-AAA----ACA------TGACATTTATTTCAGCAGTGCAAA--CTATTCAAAATG-CACATTGTTGTACAACATACTGTTTATAA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----ACATTCCTAG-A-----TG----A--------TTTTTATAACCCATA------CTTTATCA-----TTATCAAAAAGTTCTA--C--A-AATGTTTGCATATTCGGTCTTGTCAAGTAATAACTTGGAATAAAACATAA-ACAT---TCCT-TATGGAAA
gi|7                          :                            aacTATATTGTATTACAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCAA-ATATACATA-----CTCGTATAAACAA---G-TTTGTAAAGAT--AATAA--AACTAT-GACAAAATTTAT-A-----TTA--------------------------------------A------AA---GT--GCAA------TATGAGT----CTG--TAGGT-------AAA------TCTA-----------TA--TA-------------CAT----------T-----TGAT---C--ATGT---TCGGTA--T-------C-------------G------A--A---------C-AATATCAAACAATGGAACATA-TACATgcaccggtatcatttcgatgatactgatttaaaaatatgtattatatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tagTCCACTAACAATATTTAACATATTACAATACCCCTTTATTACAC--GTGTACTTACAGGTTTGTCCCATA-G----------AATGTAT--GTGCTGTGAAAT-TTGC----AATTTTCTAAAACCTACACAAGATTTATTAAAATTTAATGT-----GACTAAGTTTAATTTAAACATAAAATTT----CGAAATAT-ATATATAAAACAC-AGCTCTCCTAAAATCATTGAGTCaaaaaatctagttttcatc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -AAC-ATAAA----GAAACATTTGACAGTCTAGACA----GGCTA------TATTTGTAAGGTTTAATTTTACTTCCAAGTGACATTTGTTTTAGTAATTCTTG--TTATTAATTAAGAGAAATT-CTGTAAAAAATACTA--TTTAAACGATCTTAAAGC-TTATGT-----ATGA----ACATTCCTTG-A--T--------ATT------TTTTTA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
lowQualScore                  :                                                                         111111    111     111111               55555555555555555555555                                       1111111    444444444444444444444444444444444     111111111111111    111111       111111111     1111111   111111    44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444                                     1111     111111                                                                                                                     11111    1111            66666666666666666666               222222        3333333              2222222                                             222222    1111   1                                           1                 11        1   333333                        666666666666666666666666         555555555                222222                  333333                            33333              1     11                           2222222   1          222222             1     33333333333333333   222           11    2222                           11          11    333333        1                                       333333                                                                                             1       1   1                  33333        1                       111        1       222               111        111    22                    11                         222              44444444                            2222            11    11         2222              222       3333333        3333333        1                          11   1      1      1      
lowQualScore                  :                           7        1            0           66  888     444444    333     444444     5     66  33333333333333333333333           66     66      5            4444444    222222222222222222222222222222222     444444444444444    444444  3    222222222  0  8888888   999999 1  11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4   4     9999       0              0000  0  444444             0  1      5 0  3                 0      66       66 0 4  5   0         1            66    5      0      44444    2222          5 44444444444444444444  0            888888        1111111      1    0  5555555 1 0           0  6             7         4  333333    8888   0   0         1        1     7         1    0      0          11        3   666666       7            1   888888888888888888888888         666666666                000000                  444444        1  1      6         55555       7      3     44      1         1          7777777   5          999999    1   1  1 5     77777777777777777   111           88    3333       1  1  1          1  88       1  88    000000        5              22      22  1        1   555555   7     6             7                 1           44           6               11         3       3   3            0     00000        3           7    3      000        2       888     1       7 666        000 1  00               3    88        0                333 6    7       88888888     7   6                  4444            88    88   2 1   4444              000       3333333  1     3333333  1     5       1  1     1         88   5      5      5      
lowQualScore                  :                           .        .            .           ..  ...     ......    ...     ......     .     ..  .......................           ..     ..      .            .......    .................................     ...............    ......  .    .........  .  .......   ...... .  .................................................................................................................... .   .     ....       .              ....  .  ......             .  .      . .  .                 .      ..       .. . .  .   .         .            ..    .      .      .....    ....          . ....................  .            ......        .......      .    .  ....... . .           .  .             .         .  ......    ....   .   .         .        .     .         .    .      .          ..        .   ......       .            .   ........................         .........                ......                  ......        .  .      .         .....       .      .     ..      .         .          .......   .          ......    .   .  . .     .................   ...           ..    ....       .  .  .          .  ..       .  ..    ......        .              ..      ..  .        .   ......   .     .             .                 .           ..           .               ..         .       .   .            .     .....        .           .    .      ...        .       ...     .       . ...        ... .  ..               .    ..        .                ... .    .       ........     .   .                  ....            ..    ..   . .   ....              ...       .......  .     .......  .     .       .  .     .         ..   .      .      .      
lowQualScore                  :                           3        3            2           99  888     444444    888     444444     0     00  55555555555555555555555           99     99      7            7777777    777777777777777777777777777777777     555555555555555    444444  2    555555555  7  0000000   222222 0  66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0   0     4444       1              6666  2  444444             6  4      4 7  0                 1      11       77 1 4  3   1         8            99    0      9      33333    1111          7 55555555555555555555  8            888888        8888888      0    2  5555555 0 8           2  5             0         5  888888    8888   0   8         0        0     3         2    0      2          00        3   333333       3            0   000000000000000000000000         000000000                333333                  000000        0  0      7         00000       3      3     33      0         0          5555555   5          555555    0   0  0 5     00000000000000000   555           00    0000       0  0  0          0  00       0  00    000000        5              00      00  0        0   000000   3     7             3                 0           33           7               77         3       3   3            7     33333        3           0    2      000        0       000     0       3 777        000 0  77               7    33        7                333 7    3       33333333     3   7                  3333            55    00   5 0   0000              555       0000000  0     0000000  0     5       0  0     0         55   5      0      5      
consensus                     :                    AAGCACTTGATTATATTATATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCGA-CTATANATA-----TACATAT---TNA---G-TTTATGAAGAT--AATAA--AACTAT-GGCAAAATTTAT-A-----TTAT-T--------AT---A-CTT-AAC---------ATACA------AGTC-GT--GCAA------TATGAGT----CTG--TAGGT-A-----AAA------TNTA-----------TA--TC-------------CAT----------A-----TATT---C--ATGT-AGTCGATC--TTG-C-GCT-------------G------A--A---------C-AAC-TTAAA----GAAACATGTTACATTCTAAACA----TAATA------TATTTGCTTGGTTAAATTTTACAACCAAGTGACATTTGTTTCAGCAGTTCATA--TTATTCATTACG-CANATTGCTGTACAAAATACTGGTTCTAA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----ACATTCCTAG-A--TTTTG----ATT------TTTTTATAACCCGTA------CTTTATCA-----TTATTAAANAGTTCTA--C--G-TNTTTTTGCATATTCGGTCTTTTCCAGTAATAACTTGGAATANAACAT-A-TCAT---TCAT-TATATAAATTACANTCTAACATNAAATGAAATTCATCCTCTAG-AATATTGCACATACTACAGTTTCTCTG-ATTA-AC--GTGTACTTACAGGTTTAGCCNATC-G-CC-GTTT-CAATGGAC--GT-CTGTGAGAT-ANNC-CT-AATTTAGTAAAACTAACACGGGATTTATTTAAATTTAATGC-----GACTAAGTNTANTTTAAACATAAAGTTT----CGAAATATAATTTAT-AAACGN-AGCTCTNCTAAAATCGNTGAGTCTGCTAGACCAATTTATGTGCAGTTTGATCTTAAATNCATNGCNCTAAAAATAAATCGACTATTCCAACATTTTGAAAAAGCAAAAGTCGTGCACCATAAAANCCNAGNTTACAGAGCANGTCATTCAATANTGCTAACACACATTTTCTTATTAGCGGTTATTTTCAANNTCGTTTNNCANCATTTAATNAAC-AT---TTTAGTGTACTTTTTCTCATTTGTCTTTGATAAATTTGCCANAAATTTTATAACGTTAAAGAATCTCAGGTTTTGAAAATGCGNTTACCCAGT-TCTCCAT-AAC-AAAATCGTTTTGCGTACTTTTC-TTACTCCC-AATAAGCGCTTACAAAATTGTAAATGAATTGTTTCTATATTGTT-CTCCTNTATTAAAAC-C-CAAACTTCACATNCCA-TAATTAAGGATTGGCGCTAT--AAGCTTATCGAATAAATATAATCTA---TGTTTAACCGGATT--------ATCAATGAACTTATATAAGTACTTATTT---NTTGTAGTTTCGATTGTGCCTTACGANAAGTGTTTGTACTCTGCGTTTCAGAATACTCTCTTTTAAGNTGTAGAAACAATGCNCAAATAAACCTGTNTGNGTTTTNCGTTCGCTCTAAGCATTTTGAGTAAAATAAGAGGT
Reference ( family-614 )      :                    AAGCACTTGATTATATTATATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCGA-CTATANATA-----TACATAT---TNA---G-TTTATGAAGAT--AATAA--AACTAT-GGCAAAATTTAT-A-----TTAT-T--------AT---A-CTT-AAC---------ATACA------AGTC-GT--GCAA------TATGAGT----CTG--TAGGT-A-----AAA------TNTA-----------TA--TC-------------CAT----------A-----TATT---C--ATGT-AGTCGATC--TTG-C-GCT-------------G------A--A---------C-AAC-TTAAA----GAAACATGTTACATTCTAAACA----TAATA------TATTTGCTTGGTTAAATTTTACAACCAAGTGACATTTGTTTCAGCAGTTCATA--TTATTCATTACG-CANATTGCTGTACAAAATACTGGTTCTAA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----ACATTCCTAG-A--TTTTG----ATT------TTTTTATAACCCGTA------CTTTATCA-----TTATTAAANAGTTCTA--C--G-TNTTTTTGCATATTCGGTCTTTTCCAGTAATAACTTGGAATANAACAT-A-TCAT---TCAT-TATATAAATTACANTCTAACATNAAATGAAATTCATCCTCTAG-AATATTGCACATACTACAGTTTCTCTG-ATTA-AC--GTGTACTTACAGGTTTAGCCNATC-G-CC-GTTT-CAATGGAC--GT-CTGTGAGAT-ANNC-CT-AATTTAGTAAAACTAACACGGGATTTATTTAAATTTAATGC-----GACTAAGTNTANTTTAAACATAAAGTTT----CGAAATATAATTTAT-AAACGN-AGCTCTNCTAAAATCGNTGAGTCTGCTAGACCAATTTATGTGCAGTTTGATCTTAAATNCATNGCNCTAAAAATAAATCGACTATTCCAACATTTTGAAAAAGCAAAAGTCGTGCACCATAAAANCCNAGNTTACAGAGCANGTCATTCAATANTGCTAACACACATTTTCTTATTAGCGGTTATTTTCAANNTCGTTTNNCANCATTTAATNAAC-AT---TTTAGTGTACTTTTTCTCATTTGTCTTTGATAAATTTGCCANAAATTTTATAACGTTAAAGAATCTCAGGTTTTGAAAATGCGNTTACCCAGT-TCTCCAT-AAC-AAAATCGTTTTGCGTACTTTTC-TTACTCCC-AATAAGCGCTTACAAAATTGTAAATGAATTGTTTCTATATTGTT-CTCCTNTATTAAAAC-C-CAAACTTCACATNCCA-TAATTAAGGATTGGCGCTAT--AAGCTTATCGAATAAATATAATCTA---TGTTTAACCGGATT--------ATCAATGAACTTATATAAGTACTTATTT---NTTGTAGTTTCGATTGTGCCTTACGANAAGTGTTTGTACTCTGCGTTTCAGAATACTCTCTTTTAAGNTGTAGAAACAATGCNCAAATAAACCTGTNTGNGTTTTNCGTTCGCTCTAAGCATTTTGAGTAAAATAAGAGGT
gi|1                          :                    AAGCACT-GATTATATGATATTATAAACAAATATGCAGATT--GT---AGTTT------CAGA---ATTTG------TTCCA-CTATACATAAAAAGTACATAT---TCAA--G-TTTATAAAGAT--AATAA--AACTAT-GGTAAAATTTAT-T-----TTAT-T--------AT---A-CTT-AAC---------ATACA------AGTC-GT--GCAA------TATGAGA----CTG--TAGGT-A-----AAA------CCTT-----------TA--TC-------------CAT----------C-----CGTT---C--ATGT---CCGAC----TG---GCT-------------GT-----A--A---------C-AAT-TTAAA----GAAACATGTTATAATCTAAATA----TAATA------TATTTGCTTGGTTGAATTTGACAACCAAGTGGCATTTGTTTCAGCATTTCATA--TTATTCATTACG-CACATTGTAGTACAAAATACTGGTTCTTA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----ACATTCCTCG-A--TTTTAAAACATTCCTCGATTTTTATAACCCGTA------CTTTATCA-----TAATTAAAAAGTTATA--C--ATTTTTTTTACATATTCGGTCTTTTCCAGTAATAACTTGGAATAGAATAT-ATTCATAAGTCAT-TATATAAATTACACTCTAACATGAAATGAAATTCATCCTTTAA-AATATTGCATATACTACAGTTTCTCTG-ATTA-ACCGGTGTACTTACAGGTTTAGCTAATCTA-CCGGTTT-CAAT-GACAAGT-CTGTGAGATGAGACACTAAATTTAGTAAAACTAATACGGAATTTCTTTAAATTTGATAT-----ATCTAAATATGGCAGAAACATAAAGTCT-----GATATGTAATTTAT-AAATGT-AGCTCTACTAGAATCGGTGAGTCTGCTAGACCAATTT-TGTACAATTTGATCTTAAATTCATTGCAC-AAAAATAAATCGACTATTCCAACATTTTGAAAAAGCAAA--TCGT----CATAAAATCCTAGATTACAGAGCATGTCATTCAATAATGCTAACA-A----TTCTTATT-GTGGTTATTTTCAATATCGTTTTTTATCATCAAATTAACAAT---TTTAGTGTACTTTTTCTCATTTG-CTTTGATAAATTTGGCAAAAATTGTATGACATTAAAGAATCTCAGGTTTTGCAAATGCACTTACTCAGT-TATCCACGAAC-AATATCGTTTTGTTTGCTTTTCTTTACTCCC-AATAAGCGCTT-CAAGATTGTAAATAAATGGTTTCTATATTG-T-CTCCTGTATTAAAACGC-CAAACTTCACACGCC--TAATTAAGGATTGGCACTAT--AGACTTGTCGAATGAATTTAATCTATACTGTTCA---GAATTTGCTAAGCACCAA-GAA--TATCCAAGTGCATGTTTTACGTTATAGTTTCAATTGTGC--TATGAAAAGTGTTTGTACTTTGCATTT---AATATTCTCTTTTAAGATGTAG-------GCACAAAT-AATTTGTTTGTGTTTTACGTTTGTTTTAAGC-TTTTGAGTAAAAT-AGAGGT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                           TT-AAC---------TTACA------CGTC-GT--CCAA------TATGAGT----TCA--TAGAT-A-----AAAGAAATATATA-----------CA--TCAATATCTAGATTTCATTAATTAGTTCA-----TATT---CCCATGT-AGTTGATC--TTACC-ACT-------------G------ATTACAACAAAACC-AAC-ATAGA----AAAACATTTTCCATTATAAACA----TTAGA------TAT
gi|11                         : atacaaatattgcaaggaaAAGCACTTGAA-ATATTATATTACAAACTCATATGCAGATC--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCGA-CTATAT--------------T---TAA---G-TGTATGAAGAT--AGTAA--AACTTT-GACCAAATTTAT-A-----GTAT-T--------AG---A-CTG-AAC---------ATACA------AATC-GT--GCAA------TA-AAGT----TTG--aatatatgt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       taTTTAATCGAC-AT---TTT---GCA--TTGTCTCATTTGTCTTTAATAGATTTGCCATACATTTTGTAATGCTTTAGAATCT-AAATTTTGAAAATGCGTTTACCCAGT-TCTATAT-AAC-ATAATCGTTTTGTGTACT-----TTACACCCAAATAAGCGCTTATAAAATTGTAatatgccgcaccaattttgtatatatat
gi|13                         :            ttctatatgtGCACTTCATTCTATGACATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCAA-CTATAGATA------A-ATAT-----------TTGATAAAGAT--AACAATCAA-TAT-GGTAAAATTTATAA-----TTAT-T--------ATAAGA-TTT-AAC---------ATACA------AGAC-AT--GCAA------TATGTGT----TTGCTTATGT-A-----AA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CTTACAAA-TTTTAAATGAATTGTTTTTATTTTAT--CTCCTATATCAAAAC-CTCACACTTCAT-TACCA-TAAGTAAGGGTGAACGTTAT--AAGCTTATTGAATAAATATAATCTA---TGTTTAACCAGTAT--------ATCAATAGACTTATATAAGTATTTATTC---TTTGTAcaca
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   t-------------G------A--C---------C-AAG-TTAAA----GAAACATGTTGAATACTAAATA----TAATA------TATTTACTTGGTTAAAGTTTACAACAACATGACATCTGTTTCTGCAGTTCATA--TTATTCAGGACG-CAGATTGCTGTACAAAATACTGGTTCTAA--TGTC-GAAAGCTTTAaata
gi|16                         :                  caAAGCATTTAATTATATGATATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AATTT------CAGG---TTTTGAATAATTTAGAGCTGT-TGTG-----TA-ATAT---TGT---GCCTTATGATGATACAATAA--A
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cataT----------A-----TATTAC-C--ATGT-AGTTGATC--TTGTC-ACT-------------G------AGTG---------C-AAC-catttgagttatattgcagattgtggacctttg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tattccatttataagttGGCATTTGTTTTAGTTGTTCATA--TTATTAATTGCG-CAAATTGTTGTACAAAATACgagtcttacttacaactttac
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTGTTTAAGTATTTCATA--GTATACAT-ACG-CA-ATTGCTGTACAAACTACTGGTTCCAG--GGCC-AAAAATCTTATGT-----ATAA----ACATTCCTAG-A--T--------ATT------TT---ATAACCCGTAGGTGTACATTATCAAATCATTATTAAACAGTTCTATAC--G-TGTTTTTGCATGTTCAGTTTTTTCCAGTAATA---------------T-A-TCGT---ATATAGATCTAGATTACAAAGTAACATTAAATGAAATTCATCCCCTAG-AATCTTGCATATACTAC--TTTCTCTG-ATT---------CACT----GGTTTAGCCTATC-AACC-GTTTTCAATAGA-------TGTGAGAA-AATT-CTTAATTTAGTAAAAATAA---------TATTTAAATTAAAAGCAAGAAGACAAAGTCCATTTTAAA-----AGTTTTATGCTGAACATAATTTAT-GTACGGGAGTTATGCAAATATTGCTGAAAATGTT---TC--TTTATATGCAGTTT------AAATACATGACTCTAAAAA-------ACT-------CAT---GAAAAAGTAAAAGTCATGCACCATAAAAACTAAGTTTACAGAACAAGT--TTTAATATTG--AACACACATTTTTTTATTAACGGTTATTTTCAAATTCATTTGGCAACATTTAGCGAAC--TCTGTTTAGTGTACTTTTTTCCAATTGTCTGTGATAACTTTACCCGAAATTTCAGAAAATTAATGAATCTCTGGTTTTGACAATACAGTCCACCAATGTCTCCAT-AACCAAAAACTCTATGCGTACTTTTCATTACTCCC-AACAGGCGTTTGCAAAAGTGTAA-----TTGTTT---TATTGTTTCTCCTTTATTAAA-C-C-CAACGTTT-CATTCCAATTATTAAGGATTGGCCCTATGAAAGCTCATTAAATAAATATAATTTA---T-TATAACCGGATT--------ATCAGTGAACTTATATAAGTACTTATTT---ATTGTAGTTTTGA--GTGCCTTACCACAAG----TGTATTCTGTGTTTCAGAATACTC-------AACTGTAGAAACAATGCCTAAATAAACCTATATAAATTTTCTATTCGCTC--AGTATTTTGA-TAAAATAAGAGAT
gi|3                          :                                        TTATAAAAAAATATA-AAATTATGGTACAATTTATATTACAAGA--CT--A------TTCAA-CTATAGCTA-----TACATTT---TT------TTTAAAAAGAT--AATAA--AACTAT-GGCAAAATTTAT-A-----TTATATGA------AT---A-ATTCAACTATAGCTATATACT------ATTT--T--ATAA------AGTGAATAAAACTA--T-GGC-A-----TAA------TTTA-----------TG---C-------------CAT----------AGGAAATATTATAC--ATGTCACGCAATAAGTTG---GCT-------------GTCACAAA--A---------CCAAC-CAAAA----GAAACATTTTACATTCTGAACA----TGTTT------TATTTGTTTTGTTTGATTTTACATCCAACTAACACTTGTTTTAGTTGTTCATA--TTATACA-------AGA---CTGTACAAA------GTTC-AC--GTTT-AAAAACCGTTTGT-----ATAA----ACGTTTCTAG-A-------------T------TTTTTATTACCCGTC------CTTTATCA-------GTTAAACATTTTTG--CAAG-TTGCTTTGTATATTTTAT-TTTCCCCGTTATAGCTTGGAATATAAC-T---TCAC---CCAT-TATATGAATAACATTCTGACAAAAAATT-AATCCATCCTTTAG-GCTATTACACAttctagttaccaaccttctgaaaataattattttagtttctagtgtaataacactaaatttccatcttttacaataaaat
gi|4                          :                    AAGCAATTAATTTTATTATGTTATAAACACATATGCAGATT--GA---AATTT------CGGG---CTTTG------TTCGG-CTATAACTA-----TACATGTA--TTATATG-TATATGAAGAT--AA-------CTAC-AACAAGAGTTAA-A-----CTAT-A--------AT---A-CTT-AGA---------ATATG------ACTTTGTAGGTAAAATCCATATCAGT----TTGA-TATAT-ACATCGAAA------TTTA-----------TA--TTTCATTAACAAGTTCAT----------A-----TATC---C--ATAT-AGTTGATC--TTG-T--CTATAAATGTAATAAG------A--C---------C-AAC-TTTAC----GAAACATGTTCTATTTTAAACAGTCATACTA------TATTTGCTTGCTTAAATTTTACAAAAAAGTTGCATTTGTTTTAGCAGTTTATAAATTATTCATTAGG-CACATTAATGTACAAACCACTGGTTCTAA--GGTC-AGGAGTTTTAAGT-----ATAA----ACATTTCTAT-ATGTTTTA----AT
gi|5                          :                 ataAAGCACT-GAATATATTACACTATAAACATATATGCAGATT--TG---AGTTT------CAGGTGGCTTTG------TTCGA-CTATATATA------ACGTAC----AA------TCGTGCA-AT--A-TGA--ATTTGTAGGTAAAATTTAT-ACCCAGTTGT-TCATGTCCGAT---ATCGA-AAC---------ATATATAAAAAAATC-AA--ACAA------TA-GAAC----ATA--TACATTA-----AAA------TATAGATTTCATTCTTAAGTT-------------CAT----------A-----TATC---C--ATGT-AGTTGATC--TTG-CCACT-------------GGA----A--A---------C-ATG-TTAAA----GAAACACGTTACATTATAAACA----TAATAATTATATATTTGCTTGGTTACATTTTACAACCAACTGACATTTGTTTCAGCATTTCATA--TTATTCATTACA-CACATTGTTGTATATAATACTGGTTCTAA--GGTC-AAAGGCTTGATGTGAAAAATAAATCGACATTTCCAACA--TTTTG----Acgacatt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           a---------C-AAC-TTAAA----GAAACGTGTTAGAGTCTAAATA----TAATA------TATTTGCTTGGT-AAA----ACA------TGACATTTATTTCAGCAGTGCAAA--CTATTCAAAATG-CACATTGTTGTACAACATACTGTTTATAA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----ACATTCCTAG-A-----TG----A--------TTTTTATAACCCATA------CTTTATCA-----TTATCAAAAAGTTCTA--C--A-AATGTTTGCATATTCGGTCTTGTCAAGTAATAACTTGGAATAAAACATAA-ACAT---TCCT-TATGGAAA
gi|7                          :                            aacTATATTGTATTACAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCAA-ATATACATA-----CTCGTATAAACAA---G-TTTGTAAAGAT--AATAA--AACTAT-GACAAAATTTAT-A-----TTA--------------------------------------A------AA---GT--GCAA------TATGAGT----CTG--TAGGT-------AAA------TCTA-----------TA--TA-------------CAT----------T-----TGAT---C--ATGT---TCGGTA--T-------C-------------G------A--A---------C-AATATCAAACAATGGAACATA-TACATgcaccggtatcatttcgatgatactgatttaaaaatatgtattatatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tagTCCACTAACAATATTTAACATATTACAATACCCCTTTATTACAC--GTGTACTTACAGGTTTGTCCCATA-G----------AATGTAT--GTGCTGTGAAAT-TTGC----AATTTTCTAAAACCTACACAAGATTTATTAAAATTTAATGT-----GACTAAGTTTAATTTAAACATAAAATTT----CGAAATAT-ATATATAAAACAC-AGCTCTCCTAAAATCATTGAGTCaaaaaatctagttttcatc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -AAC-ATAAA----GAAACATTTGACAGTCTAGACA----GGCTA------TATTTGTAAGGTTTAATTTTACTTCCAAGTGACATTTGTTTTAGTAATTCTTG--TTATTAATTAAGAGAAATT-CTGTAAAAAATACTA--TTTAAACGATCTTAAAGC-TTATGT-----ATGA----ACATTCCTTG-A--T--------ATT------TTTTTA


blockSeqs                     :                           T        T                        AT  TAC     ATATTA    TGG     AATAAT     G     GA  TACATGTATTATATG                   AC     TC      A            ACCCAG     ATGAATAATTCAACTATAGCTAT               TAAAAAAATCAA       AATCCA  T    AAAACTA       ACATCG    GAAATA A  CATCAATATCTAGATTTCATTAATTAGTTCATATTCCCATGTAGTTGATCTTACCACTGATTACAACAAAAC                                             C   A     CAAT                      GTCA     ATTATA                G      A    A                        AA       GG   A  G             A            AC    T             GAAAA    ATCG          C TATT                               GGTGTA        AATCATT      C       TACG    G                T             G         T  CATAA     A      A             A        T     A         C    C                 AA        T   ACAC         T            T   AACCGTTTTCAATAGA                 AATTCTT                  CACAAG                  CAAGAA        C  T      C         TATGC       A      A     GG      G         C          TC        A          .         A   G  T T     ACT                 .             AG    GCAC       A  A  T          A  .        T  .     CACATT        A              AT      GG  A        C   TCTG     A     C             T                 T           TG           C               GT         G       .   C                  TTTCA        A           A    A      ATG        T       TTT     A       A CT         AT  A  AA               G    GA                         .   G    A       .            T   C                  T               .     CT   C C   .                 CAG       .        C     AAACAAT  C     A       A  A     C         .    A      .      A
blockSeqs                     :                           T        G                        .   .       .         A       .          .     TG  CTCGTATAAACAAG                    .      .       .            AA         TCATGTCCGATATCGAAAC                   ACTTTGTAG          .       T    TTGCT         TA        .      T  TATTTCATTAACAAGTTCATATATCCATATAGTTGATCTTGTCTATAAATGTAATAAGAC                                                         .   .     .                         .        .                     T      T    C                        .        TT   .  A             A            .     .             .        .             . TATT                               .             TT           C       CAAG    T                C             A         A  TA        C      .             T        A     .         T    .                 .         .   .            .            C   GAATGTATGTG                      TTGC                     .                       T             T  A      .         C           .      .     C       C         T                                                                                                                                                                                                   G   AT       .     .             T                 G           AA           .               AG         .       .   .                  .            .           A    A      .          .       T       T       . C          CA  T  A                C    .                          .   .    A       .            T   C                  A                                                                                                                                         
blockSeqs                     :                           T        G                        .   .       .         .       .          .     GC  TAATATTGTGC                       .      .       .            A          TATAAGATTTAAC                         CGTCGT             .       T    TTGA          A         .      T  GATTTCATTCTTAAGTTCATATATCCATGTAGTTGATCTTGCCACTGGAAA                                                                  .   .     .                         .        .                     T      A    G                        .        TT   .  G             C            .     .             .        .             . TGA                                .             .            A       CA      A                .             .         .  CT        T      .                                      A    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               G    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
blockSeqs                     :                           T        T                        .   .       .         .       .          .     AC  TACATTTTT                         .      .       .            A          TAGACTGAAC                            AATCGT             .       T    TCA           A         .      A  TGCCATAGGAAATATTATACATGTCACGCAATAAGTTGGCTGTCACAAAA                                                                   .   .     .                         .        .                     T      A    C                        .        TT   .  C             C            .     .             .        .             . T                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         
blockSeqs                     :                           .        T                        .   .       .         .       .          .     TA  ACGTACAA                          .      .       .            A          AATACTTAGA                            AGACAT             .       T    TTG           A         .      C  TATACATTTGATCATGTTCGGTATCGAA                                                                                         .   .     .                         .        .                     T      T    G                        .        AA   .  C             A            .     .             .        .             .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           
blockSeqs                     :                                    T                        .   .       .         .       .          .     CA  TTAAG                             .      .       .            A          .                                     ATTTT              .       .    ATA           .                                                                                                                                        .   .     .                         .        .                     .      .    .                        .        TT   .  C             A            .     .             .        .             .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           
blockSeqs                     :                                                             .   .       .         .       .          .     T   AATAT                             .      .                                                                     AAGT               .       .    CTG                                                                                                                                                    .   .     .                         .        .                                                          .        T    .  A             A            .     .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .   .     .                                                                                             .        .    .  .             .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .   .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      


blockSeqCons                  :                                                                                                                TATATAATAN*************                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TGT*****************
originalCons                  :                    AAGCACTTGATTATATTATATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCGA-CTATANATA-----TACATAT---TNA---G-TTTATGAAGAT--AATAA--AACTAT-GGCAAAATTTAT-A-----TTAT-T--------AT---A-CTT-AAC---------ATACA------AGTC-GT--GCAA------TATGAGT----CTG--TAGGT-A-----AAA------TNTA-----------TA--TC-------------CAT----------A-----TATT---C--ATGT-AGTCGATC--TTG-C-GCT-------------G------A--A---------C-AAC-TTAAA----GAAACATGTTACATTCTAAACA----TAATA------TATTTGCTTGGTTAAATTTTACAACCAAGTGACATTTGTTTCAGCAGTTCATA--TTATTCATTACG-CANATTGCTGTACAAAATACTGGTTCTAA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----ACATTCCTAG-A--TTTTG----ATT------TTTTTATAACCCGTA------CTTTATCA-----TTATTAAANAGTTCTA--C--G-TNTTTTTGCATATTCGGTCTTTTCCAGTAATAACTTGGAATANAACAT-A-TCAT---TCAT-TATATAAATTACANTCTAACATNAAATGAAATTCATCCTCTAG-AATATTGCACATACTACAGTTTCTCTG-ATTA-AC--GTGTACTTACAGGTTTAGCCNATC-G-CC-GTTT-CAATGGAC--GT-CTGTGAGAT-ANNC-CT-AATTTAGTAAAACTAACACGGGATTTATTTAAATTTAATGC-----GACTAAGTNTANTTTAAACATAAAGTTT----CGAAATATAATTTAT-AAACGN-AGCTCTNCTAAAATCGNTGAGTCTGCTAGACCAATTTATGTGCAGTTTGATCTTAAATNCATNGCNCTAAAAATAAATCGACTATTCCAACATTTTGAAAAAGCAAAAGTCGTGCACCATAAAANCCNAGNTTACAGAGCANGTCATTCAATANTGCTAACACACATTTTCTTATTAGCGGTTATTTTCAANNTCGTTTNNCANCATTTAATNAAC-AT---TTTAGTGTACTTTTTCTCATTTGTCTTTGATAAATTTGCCANAAATTTTATAACGTTAAAGAATCTCAGGTTTTGAAAATGCGNTTACCCAGT-TCTCCAT-AAC-AAAATCGTTTTGCGTACTTTTC-TTACTCCC-AATAAGCGCTTACAAAATTGTAAATGAATTGTTTCTATATTGTT-CTCCTNTATTAAAAC-C-CAAACTTCACATNCCA-TAATTAAGGATTGGCGCTAT--AAGCTTATCGAATAAATATAATCTA---TGTTTAACCGGATT--------ATCAATGAACTTATATAAGTACTTATTT---NTTGTAGTTTCGATTGTGCCTTACGANAAGTGTTTGTACTCTGCGTTTCAGAATACTCTCTTTTAAGNTGTAGAAACAATGCNCAAATAAACCTGTNTGNGTTTTNCGTTCGCTCTAAGCATTTTGAGTAAAATAAGAGGT
finalCons                     :                    AAGCACTTGATTATATTATATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCGA-CTATANATATATATAATAN-------------TTTATGAAGAT--AATAA--AACTAT-GGCAAAATTTAT-A-----TTAT-T--------AT---A-CTT-AAC---------ATACA------AGTC-GT--GCAA------TATGAGT----CTG--TAGGT-A-----AAA------TNTA-----------TA--TC-------------CAT----------A-----TATT---C--ATGT-AGTCGATC--TTG-C-GCT-------------G------A--A---------C-AAC-TTAAA----GAAACATGTTACATTCTAAACA----TAATA------TATTTGCTTGGTTAAATTTTACAACCAAGTGACATTTGTTTCAGCAGTTCATA--TTATTCATTACG-CANATTGCTGTACAAAATACTGGTTCTAA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----ACATTCCTAG-ATGT-----------------TTTTTATAACCCGTA------CTTTATCA-----TTATTAAANAGTTCTA--C--G-TNTTTTTGCATATTCGGTCTTTTCCAGTAATAACTTGGAATANAACAT-A-TCAT---TCAT-TATATAAATTACANTCTAACATNAAATGAAATTCATCCTCTAG-AATATTGCACATACTACAGTTTCTCTG-ATTA-AC--GTGTACTTACAGGTTTAGCCNATC-G-CC-GTTT-CAATGGAC--GT-CTGTGAGAT-ANNC-CT-AATTTAGTAAAACTAACACGGGATTTATTTAAATTTAATGC-----GACTAAGTNTANTTTAAACATAAAGTTT----CGAAATATAATTTAT-AAACGN-AGCTCTNCTAAAATCGNTGAGTCTGCTAGACCAATTTATGTGCAGTTTGATCTTAAATNCATNGCNCTAAAAATAAATCGACTATTCCAACATTTTGAAAAAGCAAAAGTCGTGCACCATAAAANCCNAGNTTACAGAGCANGTCATTCAATANTGCTAACACACATTTTCTTATTAGCGGTTATTTTCAANNTCGTTTNNCANCATTTAATNAAC-AT---TTTAGTGTACTTTTTCTCATTTGTCTTTGATAAATTTGCCANAAATTTTATAACGTTAAAGAATCTCAGGTTTTGAAAATGCGNTTACCCAGT-TCTCCAT-AAC-AAAATCGTTTTGCGTACTTTTC-TTACTCCC-AATAAGCGCTTACAAAATTGTAAATGAATTGTTTCTATATTGTT-CTCCTNTATTAAAAC-C-CAAACTTCACATNCCA-TAATTAAGGATTGGCGCTAT--AAGCTTATCGAATAAATATAATCTA---TGTTTAACCGGATT--------ATCAATGAACTTATATAAGTACTTATTT---NTTGTAGTTTCGATTGTGCCTTACGANAAGTGTTTGTACTCTGCGTTTCAGAATACTCTCTTTTAAGNTGTAGAAACAATGCNCAAATAAACCTGTNTGNGTTTTNCGTTCGCTCTAAGCATTTTGAGTAAAATAAGAGGT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
lowQualScore                  :                                                                         111111    111     111111               666666666666666666666666666666                                     1111111    444444444444444444444444444444444     111111111111111    111111       111111111     222222222222222     444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444                                     1111     111111                                                                                                                     11111    1111  444444444444444444                           222222        3333333              11111        1                                      2222222   1111   1                                           1                 11        1   333333                        666666666666666666666666         555555555                222222                  333333                            33333              1     11                           2222222   1          222222             1     33333333333333333   222           11    2222                           11          11    333333        1                                       333333                                                                                             1       1  1                   33333        1                                  1       222               111        111    22                    11                         222              44444444                            2222            11    11         2222              222       3333333        3333333        1                          11   1      1      1      
lowQualScore                  :                           7        1            0           66  888     444444    333     444444     5     66  777777777777777777777777777777  11     66     66      5            4444444    222222222222222222222222222222222     444444444444444    444444  3    222222222  0  000000000000000  1  111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4   4     9999       0              0000  0  444444             0  1      5 0  3                 0      66       66 0 4  5   0         1            66    5      0      44444    2222  222222222222222222       0 77    0           888888        1111111      1    0  77777  1 0   0        0  6             7         4  1111111   8888   0   0         1        1     7         1    0      0          11        3   666666       7            1   888888888888888888888888         666666666                000000                  444444        1  1      6         55555       7      3     44      1         1          7777777   5          999999    1   1  1 5     77777777777777777   111           88    3333       1  1  1          1  88       1  88    000000        5              22      22  1        1   555555   7     6             7                 1           44           6               11         3       3  3             0     00000        3           7    3    33333        2       888     1    7    666        000 1  00               3    88        0                333 6    7       88888888     7   6                  4444            88    88   2 1   4444              000       3333333  1     3333333  1     5       1  1     1         88   5      5      5      
lowQualScore                  :                           .        .            .           ..  ...     ......    ...     ......     .     ..  ..............................  ..     ..     ..      .            .......    .................................     ...............    ......  .    .........  .  ...............  .  .................................................................................................................. .   .     ....       .              ....  .  ......             .  .      . .  .                 .      ..       .. . .  .   .         .            ..    .      .      .....    ....  ..................       . ..    .           ......        .......      .    .  .....  . .   .        .  .             .         .  .......   ....   .   .         .        .     .         .    .      .          ..        .   ......       .            .   ........................         .........                ......                  ......        .  .      .         .....       .      .     ..      .         .          .......   .          ......    .   .  . .     .................   ...           ..    ....       .  .  .          .  ..       .  ..    ......        .              ..      ..  .        .   ......   .     .             .                 .           ..           .               ..         .       .  .             .     .....        .           .    .    .....        .       ...     .    .    ...        ... .  ..               .    ..        .                ... .    .       ........     .   .                  ....            ..    ..   . .   ....              ...       .......  .     .......  .     .       .  .     .         ..   .      .      .      
lowQualScore                  :                           3        3            2           99  888     444444    888     444444     0     00  666666666666666666666666666666  55     99     99      7            7777777    777777777777777777777777777777777     555555555555555    444444  2    555555555  7  111111111111111  0  666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0   0     4444       1              6666  2  444444             6  4      4 7  0                 1      11       77 1 4  3   1         8            99    0      9      33333    1111  111111111111111111       7 77    8           888888        8888888      0    2  55555  0 8   0        2  5             0         5  2222222   8888   0   8         0        0     3         2    0      2          00        3   333333       3            0   000000000000000000000000         000000000                333333                  000000        0  0      7         00000       3      3     33      0         0          5555555   5          555555    0   0  0 5     00000000000000000   555           00    0000       0  0  0          0  00       0  00    000000        5              00      00  0        0   000000   3     7             3                 0           33           7               77         3       3  3             7     33333        3           0    2    99999        0       000     0    3    777        000 0  77               7    33        7                333 7    3       33333333     3   7                  3333            55    00   5 0   0000              555       0000000  0     0000000  0     5       0  0     0         55   5      0      5      
consensus                     :                    AAGCACTTGATTATATTATATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCGA-CTATANATA-----TA----TATAAT--AN-T-----T-TATGAAGAT--AATAA--AACTAT-GGCAAAATTTAT-A-----TTAT-T--------AT---A-CTT-AAC---------ATACA------AGTC-GT--GCAA------TATGAGT----CTG--TAGGT-A-----AA------ATNTA-----------TA--TC-------------CAT----------A-----TATT---CATGT-AGTCGATC--TTG-C-GCT-------------G------A--A---------C-AAC-TTAAA----GAAACATGTTACATTCTAAACA----TAATA------TATTTGCTTGGTTAAATTTTACAACCAAGTGACATTTGTTTCAGCAGTTCATA--TTATTCATTACG-CANATTGCTGTACAAAATACTGGTTCTAA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----AC------------------ATTCCTAGATATTTTTTATAACCCGTA------CTTTATCA-----TTATTAAANAGTTCTA--C--GTNTTTTT-GCATATTCGGTCTTTTCCAGTAATAACTTGGAATANAACAT-AT-CAT---TCAT-TATATAAATTACANTCTAACATNAAATGAAATTCATCCTCTAG-AATATTGCACATACTACAGTTTCTCTG-ATTA-AC--GTGTACTTACAGGTTTAGCCNATC-G-CC-GTTT-CAATGGAC--GT-CTGTGAGAT-ANNC-CT-AATTTAGTAAAACTAACACGGGATTTATTTAAATTTAATGC-----GACTAAGTNTANTTTAAACATAAAGTTT----CGAAATATAATTTAT-AAACGN-AGCTCTNCTAAAATCGNTGAGTCTGCTAGACCAATTTATGTGCAGTTTGATCTTAAATNCATNGCNCTAAAAATAAATCGACTATTCCAACATTTTGAAAAAGCAAAAGTCGTGCACCATAAAANCCNAGNTTACAGAGCANGTCATTCAATANTGCTAACACACATTTTCTTATTAGCGGTTATTTTCAANNTCGTTTNNCANCATTTAATNAAC-AT---TTTAGTGTACTTTTTCTCATTTGTCTTTGATAAATTTGCCANAAATTTTATAACGTTAAAGAATCTCAGGTTTTGAAAATGCGNTTACCCAGT-TCTCCAT-AA-CAAAATCGTTTTGCGTACTTTTC-TTACTCCC-AATAAGCGCTTACAAAATTGTAAATGAATTGTTTCTATATTG-TTCTCCTNTATTAAAAC-C-CAAACTTCACATNCC-ATAATTAAGGATTGGCGCTAT--AAGCTTATCGAATAAATATAATCTA---TGTTTAACCGGATT--------ATCAATGAACTTATATAAGTACTTATTT---NTTGTAGTTTCGATTGTGCCTTACGANAAGTGTTTGTACTCTGCGTTTCAGAATACTCTCTTTTAAGNTGTAGAAACAATGCNCAAATAAACCTGTNTGNGTTTTNCGTTCGCTCTAAGCATTTTGAGTAAAATAAGAGGT
Reference ( family-614 )      :                    AAGCACTTGATTATATTATATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCGA-CTATANATA-----TA----TATAAT--AN-T-----T-TATGAAGAT--AATAA--AACTAT-GGCAAAATTTAT-A-----TTAT-T--------AT---A-CTT-AAC---------ATACA------AGTC-GT--GCAA------TATGAGT----CTG--TAGGT-A-----AA------ATNTA-----------TA--TC-------------CAT----------A-----TATT---CATGT-AGTCGATC--TTG-C-GCT-------------G------A--A---------C-AAC-TTAAA----GAAACATGTTACATTCTAAACA----TAATA------TATTTGCTTGGTTAAATTTTACAACCAAGTGACATTTGTTTCAGCAGTTCATA--TTATTCATTACG-CANATTGCTGTACAAAATACTGGTTCTAA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----AC------------------ATTCCTAGATGTTTTTTATAACCCGTA------CTTTATCA-----TTATTAAANAGTTCTA--C--GTNTTTTT-GCATATTCGGTCTTTTCCAGTAATAACTTGGAATANAACAT-AT-CAT---TCAT-TATATAAATTACANTCTAACATNAAATGAAATTCATCCTCTAG-AATATTGCACATACTACAGTTTCTCTG-ATTA-AC--GTGTACTTACAGGTTTAGCCNATC-G-CC-GTTT-CAATGGAC--GT-CTGTGAGAT-ANNC-CT-AATTTAGTAAAACTAACACGGGATTTATTTAAATTTAATGC-----GACTAAGTNTANTTTAAACATAAAGTTT----CGAAATATAATTTAT-AAACGN-AGCTCTNCTAAAATCGNTGAGTCTGCTAGACCAATTTATGTGCAGTTTGATCTTAAATNCATNGCNCTAAAAATAAATCGACTATTCCAACATTTTGAAAAAGCAAAAGTCGTGCACCATAAAANCCNAGNTTACAGAGCANGTCATTCAATANTGCTAACACACATTTTCTTATTAGCGGTTATTTTCAANNTCGTTTNNCANCATTTAATNAAC-AT---TTTAGTGTACTTTTTCTCATTTGTCTTTGATAAATTTGCCANAAATTTTATAACGTTAAAGAATCTCAGGTTTTGAAAATGCGNTTACCCAGT-TCTCCAT-AA-CAAAATCGTTTTGCGTACTTTTC-TTACTCCC-AATAAGCGCTTACAAAATTGTAAATGAATTGTTTCTATATTG-TTCTCCTNTATTAAAAC-C-CAAACTTCACATNCC-ATAATTAAGGATTGGCGCTAT--AAGCTTATCGAATAAATATAATCTA---TGTTTAACCGGATT--------ATCAATGAACTTATATAAGTACTTATTT---NTTGTAGTTTCGATTGTGCCTTACGANAAGTGTTTGTACTCTGCGTTTCAGAATACTCTCTTTTAAGNTGTAGAAACAATGCNCAAATAAACCTGTNTGNGTTTTNCGTTCGCTCTAAGCATTTTGAGTAAAATAAGAGGT
gi|1                          :                    AAGCACT-GATTATATGATATTATAAACAAATATGCAGATT--GT---AGTTT------CAGA---ATTTG------TTCCA-CTATACATAAAAAGTA----CATATTCAAG-T-----T-TATAAAGAT--AATAA--AACTAT-GGTAAAATTTAT-T-----TTAT-T--------AT---A-CTT-AAC---------ATACA------AGTC-GT--GCAA------TATGAGA----CTG--TAGGT-A-----AA------ACCTT-----------TA--TC-------------CAT----------C-----CGTT---CATGT---CCGAC----TG---GCT-------------GT-----A--A---------C-AAT-TTAAA----GAAACATGTTATAATCTAAATA----TAATA------TATTTGCTTGGTTGAATTTGACAACCAAGTGGCATTTGTTTCAGCATTTCATA--TTATTCATTACG-CACATTGTAGTACAAAATACTGGTTCTTA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----ACATTCCTCGATTTTAAAACATTCCTCGAT---TTTTATAACCCGTA------CTTTATCA-----TAATTAAAAAGTTATA--C--ATTTTTTTTACATATTCGGTCTTTTCCAGTAATAACTTGGAATAGAATAT-ATTCATAAGTCAT-TATATAAATTACACTCTAACATGAAATGAAATTCATCCTTTAA-AATATTGCATATACTACAGTTTCTCTG-ATTA-ACCGGTGTACTTACAGGTTTAGCTAATCTA-CCGGTTT-CAAT-GACAAGT-CTGTGAGATGAGACACTAAATTTAGTAAAACTAATACGGAATTTCTTTAAATTTGATAT-----ATCTAAATATGGCAGAAACATAAAGTCT-----GATATGTAATTTAT-AAATGT-AGCTCTACTAGAATCGGTGAGTCTGCTAGACCAATTT-TGTACAATTTGATCTTAAATTCATTGCAC-AAAAATAAATCGACTATTCCAACATTTTGAAAAAGCAAA--TCGT----CATAAAATCCTAGATTACAGAGCATGTCATTCAATAATGCTAACA-A----TTCTTATT-GTGGTTATTTTCAATATCGTTTTTTATCATCAAATTAACAAT---TTTAGTGTACTTTTTCTCATTTG-CTTTGATAAATTTGGCAAAAATTGTATGACATTAAAGAATCTCAGGTTTTGCAAATGCACTTACTCAGT-TATCCACGAA-CAATATCGTTTTGTTTGCTTTTCTTTACTCCC-AATAAGCGCTT-CAAGATTGTAAATAAATGGTTTCTATATTG--TCTCCTGTATTAAAACGC-CAAACTTCACACGCC--TAATTAAGGATTGGCACTAT--AGACTTGTCGAATGAATTTAATCTATACTGTTCA---GAATTTGCTAAGCACCAA-GAA--TATCCAAGTGCATGTTTTACGTTATAGTTTCAATTGTGC--TATGAAAAGTGTTTGTACTTTGCATTT---AATATTCTCTTTTAAGATGTAG-------GCACAAAT-AATTTGTTTGTGTTTTACGTTTGTTTTAAGC-TTTTGAGTAAAAT-AGAGGT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                TT-AAC---------TTACA------CGTC-GT--CCAA------TATGAGT----TCA--TAGAT-A-----AAAGAAATATATA-----------CA--TCAATATCTAGATTTCATTAATTAGTTCA-----TATTCC-CATGT-AGTTGATC--TTACC-ACT-------------G------ATTACAACAAAACC-AAC-ATAGA----AAAACATTTTCCATTATAAACA----TTAGA------TAT
gi|11                         : atacaaatattgcaaggaaAAGCACTTGAA-ATATTATATTACAAACTCATATGCAGATC--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCGA-CTATATTTA-------------------AG-T-----G-TATGAAGAT--AGTAA--AACTTT-GACCAAATTTAT-A-----GTAT-T--------AG---A-CTG-AAC---------ATACA------AATC-GT--GCAA------TA-AAGT----TTG--aatatatgt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          taTTTAATCGAC-AT---TTT---GCA--TTGTCTCATTTGTCTTTAATAGATTTGCCATACATTTTGTAATGCTTTAGAATCT-AAATTTTGAAAATGCGTTTACCCAGT-TCTATAT-AA-CATAATCGTTTTGTGTACT-----TTACACCCAAATAAGCGCTTATAAAATTGTAatatgccgcaccaattttgtatatatat
gi|13                         :            ttctatatgtGCACTTCATTCTATGACATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCAA-CTATAGATA--------------AAT--AT-T-----T-GATAAAGAT--AACAATCAA-TAT-GGTAAAATTTATAA-----TTAT-T--------ATAAGA-TTT-AAC---------ATACA------AGAC-AT--GCAA------TATGTGT----TTGCTTATGT-A-----AA------
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CTTACAAA-TTTTAAATGAATTGTTTTTATTTTA-T-CTCCTATATCAAAAC-CTCACACTTCAT-TACC-ATAAGTAAGGGTGAACGTTAT--AAGCTTATTGAATAAATATAATCTA---TGTTTAACCAGTAT--------ATCAATAGACTTATATAAGTATTTATTC---TTTGTAcaca
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      t-------------G------A--C---------C-AAG-TTAAA----GAAACATGTTGAATACTAAATA----TAATA------TATTTACTTGGTTAAAGTTTACAACAACATGACATCTGTTTCTGCAGTTCATA--TTATTCAGGACG-CAGATTGCTGTACAAAATACTGGTTCTAA--TGTC-GAAAGCTTTAaata
gi|16                         :                  caAAGCATTTAATTATATGATATTATAAACAAATATGCAGATT--GG---AATTT------CAGG---TTTTGAATAATTTAGAGCTGT----------TG----TGTAAT--AT-TGTGCCT-TATGATGATACAATAA--A
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cataT----------A-----TATTAC-CATGT-AGTTGATC--TTGTC-ACT-------------G------AGTG---------C-AAC-catttgagttatattgcagattgtggacctttg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tattccatttataagttGGCATTTGTTTTAGTTGTTCATA--TTATTAATTGCG-CAAATTGTTGTACAAAATACgagtcttacttacaactttac
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TTTGTTTAAGTATTTCATA--GTATACAT-ACG-CA-ATTGCTGTACAAACTACTGGTTCCAG--GGCC-AAAAATCTTATGT-----ATAA----AC------------------ATTCCTAGATATTTT--ATAACCCGTAGGTGTACATTATCAAATCATTATTAAACAGTTCTATAC--GTGTTTTT-GCATGTTCAGTTTTTTCCAGTAATA---------------T-AT-CGT---ATATAGATCTAGATTACAAAGTAACATTAAATGAAATTCATCCCCTAG-AATCTTGCATATACTAC--TTTCTCTG-ATT---------CACT----GGTTTAGCCTATC-AACC-GTTTTCAATAGA-------TGTGAGAA-AATT-CTTAATTTAGTAAAAATAA---------TATTTAAATTAAAAGCAAGAAGACAAAGTCCATTTTAAA-----AGTTTTATGCTGAACATAATTTAT-GTACGGGAGTTATGCAAATATTGCTGAAAATGTT---TC--TTTATATGCAGTTT------AAATACATGACTCTAAAAA-------ACT-------CAT---GAAAAAGTAAAAGTCATGCACCATAAAAACTAAGTTTACAGAACAAGT--TTTAATATTG--AACACACATTTTTTTATTAACGGTTATTTTCAAATTCATTTGGCAACATTTAGCGAAC--TCTGTTTAGTGTACTTTTTTCCAATTGTCTGTGATAACTTTACCCGAAATTTCAGAAAATTAATGAATCTCTGGTTTTGACAATACAGTCCACCAATGTCTCCAT-AACCAAAAACTCTATGCGTACTTTTCATTACTCCC-AACAGGCGTTTGCAAAAGTGT-----AATTGTTT---TATTGTTTCTCCTTTATT-AAAC-C-CAACGTTT-CATTCCAATTATTAAGGATTGGCCCTATGAAAGCTCATTAAATAAATATAATTTA---T-TATAACCGGATT--------ATCAGTGAACTTATATAAGTACTTATTT---ATTGTAGTTTTGA--GTGCCTTACCACAAG----TGTATTCTGTGTTTCAGAATACTC-------AACTGTAGAAACAATGCCTAAATAAACCTATATAAATTTTCTATTCGCTC--AGTATTTTGA-TAAAATAAGAGAT
gi|3                          :                                        TTATAAAAAAATATA-AAATTATGGTACAATTTATATTACAAGA--CT--A------TTCAA-CTATAGCTA-----TA----CATTTT---T-T-----T-TAAAAAGAT--AATAA--AACTAT-GGCAAAATTTAT-A-----TTATATGA------AT---A-ATTCAACTATAGCTATATACT------ATTT--T--ATAA------AGTGAATAAAACTA--T-GGC-A-----TA------ATTTA-----------TG---C-------------CAT----------AGGAAATATTATACATGTCACGCAATAAGTTG---GCT-------------GTCACAAA--A---------CCAAC-CAAAA----GAAACATTTTACATTCTGAACA----TGTTT------TATTTGTTTTGTTTGATTTTACATCCAACTAACACTTGTTTTAGTTGTTCATA--TTATACA-------AGA---CTGTACAAA------GTTC-AC--GTTT-AAAAACCGTTTGT-----ATAA----AC------------------GTTTCTAGA--TTTTTTATTACCCGTC------CTTTATCA-------GTTAAACATTTTTG--CAAGTTGCTTT-GTATATTTTAT-TTTCCCCGTTATAGCTTGGAATATAAC-T--T-CAC---CCAT-TATATGAATAACATTCTGACAAAAAATT-AATCCATCCTTTAG-GCTATTACACAttctagttaccaaccttctgaaaataattattttagtttctagtgtaataacactaaatttccatcttttacaataaaat
gi|4                          :                    AAGCAATTAATTTTATTATGTTATAAACACATATGCAGATT--GA---AATTT------CGGG---CTTTG------TTCGG-CTATAACTA-----TACATGTATTAT--AT-G-----TATATGAAGAT--AA-------CTAC-AACAAGAGTTAA-A-----CTAT-A--------AT---A-CTT-AGA---------ATATG------ACTTTGTAGGTAAAATCCATATCAGT----TTGA-TATAT-ACATCGAA------ATTTA-----------TA--TTTCATTAACAAGTTCAT----------A-----TATC---CATAT-AGTTGATC--TTG-T--CTATAAATGTAATAAG------A--C---------C-AAC-TTTAC----GAAACATGTTCTATTTTAAACAGTCATACTA------TATTTGCTTGCTTAAATTTTACAAAAAAGTTGCATTTGTTTTAGCAGTTTATAAATTATTCATTAGG-CACATTAATGTACAAACCACTGGTTCTAA--GGTC-AGGAGTTTTAAGT-----ATAA----AC------------------ATTTCTATATGTTTT
gi|5                          :                 ataAAGCACT-GAATATATTACACTATAAACATATATGCAGATT--TG---AGTTT------CAGGTGGCTTTG------TTCGA-CTATATATAA----CG----TACAAT--CG-T-----G-CA-----AT--A-TGA--ATTTGTAGGTAAAATTTAT-ACCCAGTTGT-TCATGTCCGAT---ATCGA-AAC---------ATATATAAAAAAATC-AA--ACAA------TA-GAAC----ATA--TACATTA-----AA------ATATAGATTTCATTCTTAAGTT-------------CAT----------A-----TATC---CATGT-AGTTGATC--TTG-CCACT-------------GGA----A--A---------C-ATG-TTAAA----GAAACACGTTACATTATAAACA----TAATAATTATATATTTGCTTGGTTACATTTTACAACCAACTGACATTTGTTTCAGCATTTCATA--TTATTCATTACA-CACATTGTTGTATATAATACTGGTTCTAA--GGTC-AAAGGCTTGATGTGAAAAATAAATCGAC------------------ATTTCCA-ACATTTTaatcgacatt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              a---------C-AAC-TTAAA----GAAACGTGTTAGAGTCTAAATA----TAATA------TATTTGCTTGGT-AAA----ACA------TGACATTTATTTCAGCAGTGCAAA--CTATTCAAAATG-CACATTGTTGTACAACATACTGTTTATAA--GGTC-AAAAGCTTTATGT-----ATAA----AC------------------ATTCCTAGATGATTTTTATAACCCATA------CTTTATCA-----TTATCAAAAAGTTCTA--C--AAATGTTT-GCATATTCGGTCTTGTCAAGTAATAACTTGGAATAAAACATAAA-CAT---TCCT-TATGGAAAga
gi|7                          :                            aacTATATTGTATTACAAACAAATATGCAGATT--GG---AGTTT------CAGG---CTTTG------TTCAA-ATATACATACTCG-TA----TA-AAC--AAGT-----T-TGTAAAGAT--AATAA--AACTAT-GACAAAATTTAT-A-----TTA--------------------------------------A------AA---GT--GCAA------TATGAGT----CTG--TAGGT-------AA------ATCTA-----------TA--TA-------------CAT----------T-----TGAT---CATGT---TCGGTA--T-------C-------------G------A--A---------C-AATATCAAACAATGGAACATA-TACATgcaccggtatcatttcgatgatactgatttaaaaatatgtattatatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tagTCCACTAACAATATTTAACATATTACAATACCCCTTTATTACAC--GTGTACTTACAGGTTTGTCCCATA-G----------AATGTAT--GTGCTGTGAAAT-TTGC----AATTTTCTAAAACCTACACAAGATTTATTAAAATTTAATGT-----GACTAAGTTTAATTTAAACATAAAATTT----CGAAATAT-ATATATAAAACAC-AGCTCTCCTAAAATCATTGAGTCaaaaaatctagttttcatc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -AAC-ATAAA----GAAACATTTGACAGTCTAGACA----GGCTA------TATTTGTAAGGTTTAATTTTACTTCCAAGTGACATTTGTTTTAGTAATTCTTG--TTATTAATTAAGAGAAATT-CTGTAAAAAATACTA--TTTAAACGATCTTAAAGC-TTATGT-----ATGA----AC------------------ATTCCTTGATATTTTTT