lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 44 66666666666666666666 222222222222222222222 2222222222222222222222 4444444444444444444444444444 111111111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111111 2222222222 11111111111111111111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 333333333333 1111 1111 11111 5555555555 111 3333333333333333333 22 111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 6 3 77 5 88888888888888888888 44 222222222222222222222 2 2 2 1 4444 4444 3333333333333333333333 99999999 6666666666666666666666666666 1 2 444444444444444 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 444444 55555555555 222 3333333333333 1 1 1 3 7777777777 333 44 66666 1 1 22 1 555 1 33333333333333333333333333 4444 22 2 555 2 1 77777777 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 00 9999 333333333333 55 7777 5 2222 66666 5 0000000000 1 0 0 000 3333333333333333333 00 222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : . . .. . .................... .. ..................... . . . . .... .... ...................... ........ ............................ . . ............... ..................................................................... ...... ........... ... ............. . . . . .......... ... .. ..... . . .. . ... . .......................... .... .. . ... . . ........ . ...................................................................................................................................................................................................................................................................................... . .. .... ............ .. .... . .... ..... . .......... . . . ... ................... .. ... .....................................................
lowQualScore : 0 3 00 3 99999999999999999999 22 222222222222222222222 7 4 4 8 7777 7777 0000000000000000000000 88888888 5555555555555555555555555555 8 0 444444444444444 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 888888 88888888888 999 8888888888888 6 6 6 3 6666666666 000 11 11111 8 8 55 8 777 9 77777777777777777777777777 2222 88 0 555 0 9 22222222 2 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 55 3333 777777777777 22 9999 7 1111 11111 7 9999999999 7 7 3 000 6666666666666666666 88 444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333
consensus : NNNNTTATT-TTTG--GGCGCGTGTTTCATTCAAAGT-TG-T--T-GTTT--TTTTN----------------C---T-TT-TA-TAAATAC----AATTTCAGTG----GCATA---T----T-------TATA--AATT--A-GATATCAGGAGA--T--CA--AT--C-T-NTT----AG-TGGTA-AATAA-A----A-A---TGTTTT-----A--T------TTTT---------G-AAAATC-TGTCGAG-T--AAAAC-------A--AATTATTTTA------CA------GC---A---AAA-----AC-TG---A-T-T-TTA-A-TNGT--GG-AAA---AT--C-----AA-T-GC--A-A---AT-TTAGN---G-TTG-------------C---C----A--A-A---A-CAGCA--------AACA-------TT------T-------------T----T-----------G------C--------------------T--TCT-G--------ATAGGCGTAAAATATT--GT-G-NT---AA---AACTTT-CAGCA-T----T--T-------CTTAA---TAT--A----A-A----TT-GGC-ATTT-GACA---CA-TATTAAATCAA-GT-TTTAACATACA--------A-A-AATTTT---TA-----------TATTATTTC----ATAA--TATTCAACNGAATTTGA--AAA----AT-AT-TAAATATTT----TATTT-AC----CAC-T---A-AAN---C-----GACTGTTCAACTG---AT--A--TATGAT-TG-TAT-GTTTTC-CTCCAA--AAANTGTGTTTACAAAANTCAAAAAATC-TTG-T-CTGAAATANANTTGCGCCTCAAAACAAT
Reference ( gi|4 ) : ATAGTTACT-TTTGCTGGCACATGTTTTATTTTAAGT-TGTT--T-GTTT--TTTTT----------------C---T-TT-TA-TAAATAC----AATTTCAGTG----GCATA---T----T-------TATG--AATT--A-AATATCAG--GA--T--CA--ATAGC-T-ATT----AG-TGGTA-AACAA-A----A-A---TGTTTT-----G--T------CTGT---------A-AAAATA-TGTTGTG-T--AAAAC-------A-TAATTATTTTA------CA------GC---A---AAA-----AC-TA---A-T-T-TTA-A-TAGT--GG-AAA---AT--C-----AA-T-GC--A-A---AT-TTAGA---G-TTG-------------C---C----A--A-A---A-CAGCA--------AATA-------TT------T-------------T----T-----------G------C--------------------T--TCT-G--------ATAGGTGTAAAATATT--CT-G-CT---AA---AACTTT-CAGCA-T----T--T-------CTTAA---TGT--A--C-A-AG---TT-GGC-ATTTAGACA---AA-TATTAAATCAA-GT-TTTAACATACAC-------ACA-AGTTTT---TA-----------TATTATTTC----ATTG--TATTCAATTGAATTTGA--AAA----AT-AT-TAAATATTT----TATTT-AC----CAC-T---A-AAT---T-----GATTGTTCAACTG---AT--A--TATGAT-T--TAT-GTTTTT-CTCCAA--AAAC--TCTTCACAACATTCAAACAACCTTTG-T-CTGAAACAAAG----GCC-C-AAACAATGAAATGGAAGATAACTATAATCTTATAAT
gi|21 : TTATTGTTTG-TGGCACATGTCT-GCGCCAAATGTGTT--TTGTTGAATTTTT----------------A---T-TT---------AC----AGACTCAATG----GCATG---T----T-------TATT--AATA--A-GATATCAGAAGA--C--CA--AT--C-T-TTTTGA-AA-TGGTA-AAT-T-A----A-A---TGTTTC-----T--T------ATTT---------G-AAAATA-TGCCAAG-T--AAAAC-------A--AA-TA--TTA------CA------GC---A---TAA-----AT-TT---A-T-T-T
gi|6 : T-TTTG--GGGTCGTGTTTCATTCCAAGA-C----------T--TTTTG----------------C---T-TT-T--TAAATAC----GATTTC---G----GGAGA---T---------------------------------G--GA--T--C-------C-T-TTC----AG-TGGTA-AATAA-A----A-----TGTATT---------------------------------ATA-T-TTG------AGAGT-------C-TA------TCA-------A------GC---A---AAA-----A---A---A-G-T-GTA-A-TTGT--GG-AAA---AT--C-----AC-T-GC--T-A---AT-ATACT---G-TTG-------------G---T----A--A-A---A-CAGCA--------AACA-------TT------TGGATAGT------T----T-----------G------CAATGATAAA-----------T--CCC-G--------ATTTGAGTAAAATA----CTAG-AT---AA---AACTTT-TACTA-T----T--T-------CTTGA---TAT--A--------------GGC-ATTTTGGCA---CA-TATTAAATAAA-AT-TTTAGCAT
gi|8 : aagtttttggtattttgaatgtttagacggagcacgacaataaatatttttcaagactatgacagattgT-TTTG--GGCGCAAGTTTCAGTCAAAG----------GTAT--TTTGG----------------C---T-TTATG-CAATTGC----AGTTTCAGTG----GCAAA---T----A-------TATC--AACT--G-GATATCAG--AA------A--ATCAC-T-ATTTTTCAG-AGGTA-AATAA-A----A-AACTTGTTTT-----A--C------TTTT---------G-AAAATC-TGTAATG-T--AAAAT------------CTATTTTA------CA------GT---A---AAC-----AT-TT---A-T-T-TTA-A-ACGG--AG-AAA---ATAAC-----AA-A-AA--A-A---AT-TCAcagtttctgaagaagaaacaatatttcttacattttcctccatcaaaatattacattgaaacttccacgaaaaatcacctttttgcgagacaaattcaactgattttgacaaatgaatta
gi|17 : gtGGTGCATGTTTCAGTCAAAGT-T---------TA--TTTGG----------------C---T-TT-TA-TAAATAA----AATTTCTTTG----GCACAAATT----T-------TA-----ATT--A-GATATTAG--GAGAT--CA--ATA---T-TTT----AACTGGTT-AATAA-A----T-A---TGTTTT-----A---------CTTT---------C-GAAATCCTGTAGAG-T--GAAAC-------A---A--ATTTTA------CA------GC---A---AAA-----GC-TA---ATT-T-TTG-A-TGG---AG-AAA---AT--C-----AA-T-GCAAA-A---AT-TTAGC---A-TTG-------------C---C----A--A-A---A-CAGCA--------A-------------------------------------------------G------C--------------------A--TCTAG--------ATATAT-TACAATATTAACT-G-TT---AA---tccatcaaagttttgcattaaaatttcctaaccaaatcttttattgtgatatatattttttttattaaataatattcaaatgaatttgaccaaaacagaacttttatataccactaaaaaagactgttcaactgatattcttgttttcctccaaatagagtgtttacaaaatcaaaaattgttctcaactaaaattgcacccaaaacaatatctagtaattttaattatttt
gi|9 : ttatttggGACGCGTGTTTCATTCAAAGT-TG------ATTT--CTATTGGAAAAAGGGGTGTAGC---T-TT-TA-TAGATAC----AAATTCAGTG----GCATG---T----T-------TATA--TATT--T-AATATGAGGCGA--T--CA--ATCGG-T-TTT----AA-TGATA-AAT-T-A----A-A---TATTTT-----A--G------CTGT---------G-AAAATC-TGTCATG-T--TAAAC-------G--A---ATTTTG------CA------GT---A---AAA-----AA-T----G-T-T-TTA-A-GTGT--GG--AA---AT--C-----AG-T-GC--ACAGACAG-CAAGA---G-TTG-------------C---C----A--A-A---A-CATTA--------GATA----------------------------------------------------------------------------------------------GTGT----TA----------T---AA---ATCCTT-CAGCA-T----T--T---------------TGT--A----A-AA---TA-GGC-ATTT-GACA---CA-T-----ATCAA-GT-CTTAACAT----------------TTTCT---TATT---------TATT-TTTC----ATAA--TGTTC--CTATATATCA--AAACTGTGT-AT-TAAA-ATTTGAGATATTT-AA----AAA-A---A-AAT---TCACAGGATT-------TG---AA--A--TATGAT-T--TAT-taggtg
gi|1 : gCGCATGTTTCATCAAAA---------T-ATTT--TTTTG----------------C---T-TT-TA-TGACTAC----AATTTCAGTG----GTATA---A-------------ATG--AGTG--G-A---------GA--T--CA--AT--C-T-ATTTT--AG-TTGTA-AATAA-A----A-A---TGTTT------G--T------C----------------AA---------G-T--AAAAC-------A--AATT--TTTA------CA------GC---A---AAACTG--AC-TT---T-T-T-TTA-A----------AAA---AC--CG----AA-T-GC--A-A---AT-TTAGT---G-TTG-------------C---C----A--A-A---T-CATCG--------AACATTCAGATTT------T-------------T----T-----------GCAATAAC--------------------T--TCT-G--------ATAGGCATTAAATA------------------------------A-T----T--T-------CTTAA---TAT--A--------------GGC-A-ACAGACA---CA-TAATAAATCCT-GT-TTTAATATATAtatatttt
gi|10 : tttgtagttattgtttggagcacatcatttcaacagtcttcatttttataaattacagaacctattggatgggc-TGTTGAT-GTTT--TTCCA----------------C---T-TT-TA-TGAATAC----AATTT----G----GTATA-----------------ATA--AATA--A-ATTATTAT------T--TG--ATTAT-T-ATC----AG-GAG------AA-A----A-A---TCTTTTTAGTGG--T------TAAT---------A-AATATA-TTTTACT-TTCAAAAC-------C-TTATCA------------A------GC---A---AAT-----CC-TG---A-T-T-TTCTA-TGG---GG-AAA---AG--C-----AA-T-GC--A-C---AT----GA---G-GTG-------------CTACC----A--A-A---A-TAGCA--------AACA-------TT------TAAATATGT-----T----TCCATA------A------C--------------------T--TCA-G--------GCAGGT-TAAAATATT--GT-G-TGGGAAA---AAAAAT-CCGCA-T----T----------CTTAT---TAT--A--------------GGT-ATTT-GACA---AA-CATTAAATCCA-GT-TTTAACATAttctaaaaaaaaaaaaaatttcaaaattttcaaccatcaaaattttacattaaaatttgctaaccgaaatcatcattctgtgatatttcaataagcattcagctgattttgtcaaaagaagtatttttatttattatcgaaagactgctcaattaatacaagatatcctacatacagctgtatgtttgtcttccataaattatgttcgcaacatgaaaaacaattgct
gi|22 : tgtttgaggtgcaagtttgaactaaaT--T-TTTT--TTTGT----------------C---T-TT-TAATAAATAC----AATTTTAGTG----GCATA---T----T-------------AACT--A-GTTATAAGGAGA--T--CA--AAAGT-T-TTG----AG-TGAT----CAATA----A-A---TGTTTT-----A--C------TTGTCAGGTCCTCA-AAA----------G-T--AAAAC-------A-T-TTTATTTTA------TAATTTTTGC---ATCGAAA-----AC-TT---A-T-T-ATA----AAT--GG-AAAAACAT--C-----AA-TGGC--A-A---atttccgattttttttgtgcaagttcttcatccatcactcatttgcattcaattctcctactaaaatcatccgct
gi|2 : TTT--TTTTG----------------G---TATT-GA-TTAATAA----AATGTCAGTG----GCATA---T----T-------TATT--AATT--A-GATATCAGGAGA--T--CA--AT----T-ATTTTA-AG-TGGTT-AACAA-A----ATA---TGTTTA-----A--T------TTTT---------G-AAAATC-TTTTCAA-T--ACAAC-------A-AAGTTGTTTT
gi|7 : cttggggcgcatgtttaagtaaataaaagaT--TTTTA----------------C---T-TT-TA-TCAATAC----AATTTCAATG----GCATA---TATAAT-------TATAT-AAAT--ATGATATCAGAAGA--C--CA--ATCGTGT-TTT----TG-TGGTA-ATT----------A---TGTTTT-----G--T------TTTT---------G-AACATT-TGTTAAG-T--AAAAC-------G-----TATTTTA------CA------TC---A---AAA-----AC-TG---A-T-TGTCA-A-TGGG--GG-TAA---AT--T-----AA-T-GC--A-A---AT-TTAGT---G-TTG-------------C---C----C--A-AT--A-CAGC---------AATA-------TTTAGA--T-------------T----T-----------G------T--------------------T--CCT----------ATAAGCGTAAACTATT--GT-A-AT---AA---AACGTT-CAGCA-T----T--T-------CTTTA---TAT--A--G-ACAG---CT-G---AT----ACA---CATTATTAAATAAA-GTGTTTTACATAAATTTCTAAAATA-AATTTTACCTATCAAACATTTTTGTTATTTCGAGAAT----TACTCAACGGAATTTAA--AAA----A-----TAAATATTT----TATCTAAC----AAC-T---A-AACCGAC-----GACTGTTTAACTATGTAT--A--CATAAT-TG-TGC-ATTTTTCCTTCAA--AActttccttgccaaaactgcaaacatttagatcttttacactatttttcttataagcataaactattgttataaaatattatttcttagtataggcagttgacacaatattaaatcaagctataaaataaatttttaaacagttttctttaaaacggtcatccatcgaaattttgcattgaaaaaaatacacccaccaaaatcaccaccgactaaaatcatcttttttacaatatttcaataattattcaatggattttgaaaaattaaatatttgtatttatatgacacttaaaacaactgtttaactgatctataacataatatggtcttgttccataaactgtgtttgcaaagtaaagaaaaaataggctgaaatacacgcctcaaaca
gi|12 : --TTTGC----------------C---T-TT-TG-TTAATACTGTAAACATCAGTG----GCATA---T----TACATGTATATA--AATT--A-GCTATCAGAAGG--T--CA--GTCTC-C-TTT----AG-T-TTA-AACAA-AATTTA-A---TTCTTT-----G--TAGTGACTTTT---------G-AAAGGC-TGTCAAG-T--AAAA--------A-CAA--ATTTTA------CA-------C---A---AAA-----AC-TG---A-T-T-----A-T------C-AAA---AT--T-----GA-T-GC--A-A---AA-CGGGG---G--------------------------A--A-A---A-AAGCA--------AACA-------TT------T-------------T----G-----------A------CATATTCCAATATCTTCTGAGT--TCT-G--------ACAGATGTAAAATTTT--GT-G-TT---AT---CATTTA-CA-CA-G----TA-T-------CTTGA-----T--A--C-A---------GGC-ATTT-GAC-----A-CATCAAATTAA-GT-TTTAACATAtttgt
gi|31 : ctattgtttggggagcaagcc--TTTTT----------------T---T-TT-TA-CGACTAT----AATTTCAGCG----GCATA---T----A-------TATC--AA-T--A-TATATCAGGAGA--T--CA--AT-CC-TGATT----AG-Tatggtatatattttt
gi|30 : ttagccgtatgtttcagtcaaag--TTTTT----------------T---T-TT-TA-CGACTAT----AATTTCAGCG----GCATA---T----A-------TATC--AA-T--A-TATATCAGGAGA--T--CA--AT-CC-TGATT----AG-Tcaataaaa
gi|3 : tttagccgtatgtttcagtcaaagTTTT----------------CAACT-TT-TA-TCTATTC----AATTTCAGCA----GTATA---T----G-------TATA--AATT--A-AATATCAGGAGA--T--CATTTTTTT-T-TTT----AA-TGGTA-AAT----------A---TGTTCT-----ACTT------TTGT------------AAATA-TGCAAAG-T--AAAAC-------A--AA-TA--TTA------CA------TG---A---AAA-----AC-TGATTA-T-T-TTA-A-TGAG--GG-TAA---AT--C-----AA-T-GC--A-T---AT-TTAGT---G-TTA-----------------C----ATTA-A---A-CAACA--------AACA-------TT------TATATA--------T----TTTACAATA---A------C--------------------T--GCT-GATACAA--ATAGGGGTAAAATGT----T-G-TT---AA---------------------C--T-------CTTAA---TATTGG--C---AT---TT-GAC-ATATACACATGTAG-TAGTAAAACAA-GT-TTTAACAT-CAG-------AAATAGTTTcaataaaa
gi|11 : tactgtttgagttacatgttacactaaaaggc----------------C---T-CT-AA-TAAAAAC----AATCTCAGTGCTGTGTATA---TAA--T-------TATATTAATT--A-TATATCAA--GA--GAGCA--ATCGT-T-TTC----AG-TTGCA-AATAA-A----A-A---TGTTT------A--T------TTTT---------G-AAAAT----TT-TG-T--CAAG-------------------TA------CA------CCCCAA---AAA-----AA-TA---A-T-T-TTA-A-TTGT--TG-AAA---AT--C-----AA-T-AC--A-A---CT-TTG---------------------------------------------------------ATA-------TA------T-------------T----T-----------A------CC-------------------T--TCT-G--------ACAGGTGTAAAATATT--GC-G-AT---AA---AACTTT-CAGCA-T----T--TGATACATTTTAA---CAT-----C-A-AGATTTT-GCT-AT---GA-A---AA-TAGCCAACCAAAGT------CATGTA-----------------T---TA-----------TGATATTTC----A----------AAAAGTATTT-----------AT-AT-GAACTATT------ATTT-AC----CAC-T---ACAAA---A-----GACTGTTCAACTG---AT--A--CATccaaatgttcacccaacaatcttttggaatgaaatttgcacacaaaaatcgtttttttgttatatttgaaaaaagtctttagctaaattagaaaaatgatgtttttttatttaccactgagaaagacttcatctgatacttagattgtagttttcctccaaaaatgttcaaaaattcacaatcatcccaaccagtaagcat
gi|16 : tatccaaaccattttttggttgcctgattcagccaaaggtaaaataT-TA-TAAATAC----ATTTTTAATG----ACATA---G----A-------TATA--AATA--G-GATATCAG---A--T--CA--AT----C-ATTTA--AG-CGGTA-A-C--------------TATTTT-----C--C------TTTT---------C-AA----------TG-------AT-------A-TAATTA----A------CA------TC---G---AAA-----AT-TA---A-T-T-TTA-A-ATGC--GG-TAT---AT--A-----AA-T-AA--A-C---AC-TTTGT---A-TTG-------------C---C----A--ACG---A-TAAGA--------AACA--------T------T-------------T----T-----------G------A--------------------TAATCT-GTATATATAACAGGCGTAAAATAGT--GT-G-AT---AC---TATTTT-CAGCG-TAAAGTGAT-------ATTGG---TAT--A------------T-GAC-ATTT-GACG---TA-TATTTGATCAA-A--TTTAATATAttgtttt
gi|5 : -TG-TAAATAC----AATTTTAGTG----GCATA---T----T-------TATG--AATTGGA-AATAT------A--T------ATTGT----TT----AT-TGATA-AATAA-A----G-A---TGTTTC-----G--C------TTTT---------G-CAAATC-CGTTCAA-T--AAAA--------A-----CATTTTA------CA------AT---A---AGT-----A--TG---A-T-T-TCA-ATTAGC-----AAA---AT--C-----AA-T-GC--A-A---AT-TCATG---G-TTA-------------C---C----A--A-A---AGCAGCA--------AACA-------TT------T-------------TAGA-TATTTTCCAATAG------C--------------------T--TCT-G--------ATAGGCGTAAAATATT--TT-G-CT---AA---CA-TTT-TAGAA-T----T--T-------CCAAA---TGT--A--------------GGC-ATTaatttct
gi|20 : ATAT----AATTTTCGTG----GCATA---T----A-------TACA--AAT----------CAG--GAGAT--TA--ATAAA-T-CTC----AG-CGGTATAAAAA-A----A-A---T--TTT-----A--C------TTTT---------A-GAAATT-GGTTGAG-T--AAAAC-------AATAAC-A----A------CA------A----A---AAA-----AC-TA---A-T-T-TCA-A-TA-T--GC-AAT---GT--C-----AA-T-GC--A-A---TC-TTTTA---T-TTG-------------C---T----A--A-A---A-CATCA--------AGCA-------CT------T-------------ctgttttgttttttaaagtttaaacttaacaaaactttaaaaaacaaaacagaacattttggcaactcgcaaattgaaattctgcattaaagttttggctattaaaaacaccattttgtgatatttccactcaaagtgattgttcagttgattcctttatctatgttttcactccataaattgtttttataaccccccaaaattctttatgcagaaaacattgaacaatagtgaaatacaa
gi|18 : ATA--AATC--T-AGTA-CAA--GA--T--GA--TTATC-T-CTTT---AG-TGATA-A-----------------GTTCT-----A--G------ATTT---------A-AAAATC-T-TTGTAAT--CAAAC-------A-AAATT----TA------TA------GC---A---AAA-----AC-TG---A-CAT-TGA-A-TGG---GT-AAA---AT--C-----AA-T-GC--A-A---CT-TTAG-------TG-------------C---CGGCAA--A-A---A-AAGCA--------AACA-------TTAAGATAT-------------C----T-----------GCAGTCAC--------------------T--TCT-G--------ACAGGCTAAAAATAAT--GT-T-AT---AA---AACTTT-CAGCA-T----C--T-------ggatagattgca
gi|27 : tttcacattgtaacaaacattgtcaagcaac-T-GTT----AG-TGATC-AATAA-A----A-----TGTTTT-----AC-T------TTTT---------G-AAAATC-TGTTACG-T--AAAAC-------A--A---ATTTTA------CA------GC---A---ACA-----TT-TT---A-T-T-TTA-A-CTGG--GC-AAA---AT--C-----gaaatatgaagatgt
gi|32 : tcagaaaattattttTT----AG-TGGTC-AATAA-A----A-A---TGTTTC-----A--C------TTTT---------A-AAAGTC-TGTCAAG-T--AAAACAGGTGAAA-CAA--ATTTAA------CA------G----A---AAA-----ACATG---A-T-C-TTA-ttaaaatgatcagcattggca
gi|24 : tgtctatt-TGGTA-AATAA-T----A-----TGTTTT--------T------CTAG---------AGAAAATA-TGCCAAG-T--AAAAC-------A-T-----TTTTC------TC------GT---A---ATA-----TA-TG---A-T-T-TTA-A-TGG----G-GAA---AT--C-----AA-T-GC--A-T---AT-TTAGT---G-CTG-------------C---C----A--A-A---T-CAGCA--------AACA-------TT------TAAATATTTTGTAAT----T-----------A------C--------------------T--TCT-G--------ATAGGTG--AAATGTT--AT-G-AT---AA---AATATT-CA
gi|15 : G-T--AAAAC-------G---ATTGTT--A------CA------GT---A---AAA-----CT-TT---A-T-T-TTA-A---GTTGGG-AAA---AT--A-----AA-T-GC--A-AAT-AT-TTAGA---T-ATT-------------T---T----G--A-A---A-TAACA-----------------------------------------------------------------------------------------TCT-T--------ATAGGCGTA----ATT------------------AGTT---AGCG-T----TC-T-------TTTAA---TA--------A-A-------GGC-ATTT-GATA---CA-CATCAAATCAA-GT-TTTAAAATGC
gi|2 : tagatatcaaAATTATTTTAAGTGGTTA------AC---A---AAA--------TA---T-G-T-TTA-A-TTTT--TG-AAA---AT--CTTTTCAA-T-AC--A-A-------CAAA---G-TTGTTTTCTTTCCTTGC---C----A--A-A---A-CTGCA--------AACA-------TT------TAGATCTT------T----T-----------A------CACTATTT-------------T--TCT-T--------ATAAGCATAAACTATT--GT-T-AT---AA---AATATT-----A-T----T--T-------CTTAG---TAT--A--------------GGC-AGTT-GACAC--AA-TATTAAATCAA-GC-TATAAAAT-------------A-AATTTT---TA-----------ttttattgaaaacgactctcagaattttcatcatcaaaattggcaaacaattactggttgttttatttttaaaaaaatcatgaatttaataaaaaaaaaatgaagtatttttatttaccaataaaaagggtttactt
gi|14 : cttggggcgcatgtttaagtaaataaaagatttttttggtattgattaataaaatgtcagtggcatatttattaattagatatcaggagatcATTTTA------CA------GT---A---AAA-----AC-TGT--A-T-T-TGA-A-C--T--GG-TAA---ATT-C-----AA-T-GC--A-A---ATATTAT----G-TTG-------------T---T----A--T-G---A-CAACACACATCTAAATA-------TT------T-------------TGCAGT-----------AA-----C--------------------T--TCT-G--------ATAGATGTAAAATATT--GG-G-AT---AA---AGCTaacagttttctttaaaacggtcatccatcgaaattttgcattgaaaaaaatacacccaccaaaatcaccaccgactaaaatcatcttttttacaatatttcaataattattcaatggattttgaaaaattaaatatttgtatttatatgacacttaaaacaactgtttaactgatctataacataatatggtcttgttccataaactgtgtttgcaaagtaaagaaaaaataggctgaaatacacgcctcaaaca
gi|33 : ggttattgcatcaacaattttaacatcatgtcaaattactcactattgttcagggcacatgtttcaaccaaagtttttctgttttgtttttttctaagagagagagagagatgagtacattttttgagtgttaaatcttacttttgataaaagtcgaataaggacaATTTTA------CA------AC---A---AAT------C-TG---A-T-T-TTA-A--AAT--AACAAA---AT--T-----GA-T-GC--A-A---AT-T--AATTTG-TTT-------------C---C----A--A-A---A-CAGCA--------GACG-------TT------attatgtacacataattatgtttttatata
gi|29 : aaacACTTTA------CT------GC---A---AAACCAAAAC-TT---A-T-T-TTG-A--AAT--GA-CAA---AC--C-----AAAT-GC--A-A---AA-TTAAT---G-TTG-------------C---C----A--A-ACGTA-CA-C---------AACA-------TT------T-------------cata
gi|25 : aataca-T-T-TTACA-TGG---GA-AAA---AT--C-----AA-T-GC--A-G---AT-TCAGT---GTTTG-------------C---C----T--A-A---A--ATCA--------AATA-------TT------CAGA----------T----A-----------A------C--------------------T--TCT-G----------AATTGTATAATTTT--GT-G--T---AATTTAACAAT-CTGCA-T----T--T-------ATTAA-----T--A--T-A-GG---TT------TTT-TACA---CA-TATCAAATCAT-GT-TTTAATAagatatatttcaattacatgatatgc
gi|23 : ac--------------------T--TCC-A--------ATAGACGTGAAATATA--AG-G-TT---AA---AGCTTC-CAGCA-T----T--T-------CTTAA---AAT--AAGC-A------TT-CGCTGCTTA-------------TAAATAAG-AT-TTTAGCATACAC-------ATA-TATTTC---Tataattt
gi|13 : tgttggcaagtacagtacatttttagatgttttttaattaat--------ATTGGTGTAAAATATT--TT-GACT---------ATTTTCCAGAATT----T--T-------TTTAAAACTGT--A--TAA-AG---TTAGGC-ATTCAggaaaaaggtgttttttttaatgttcatcca
gi|8 : caaacattcagatattttgcaataacttccacaaggcacaaaatattttgattaatcattcagcatataagTTTT---TT-----------TATTA---A----ATAA--TATTCAAATGAATTTGACCAAA----AC-A---GAAC-TTT----TATAT-AC----CAC-T---A-AAA---AA----GACTGTTCAACTG---AT--A--T----T-C--T-T-GTTTTC-CTCCAAATAGAG--TGTTTACAAAA-TCAAA-AA---TTGTT-CTCAACTAAAATTGCACC-CAAAACAATattttacattgaaatttacccatacgaatcatatttttgtggtatttccataagtatacaactgatattaaagtatttttatttactgctgaaaatgagtgctcagttgatacataatctgtttactttgtgaattgttttcaaattaaataaaaattgtctgagtcaatcaccctgaacaataag
gi|2 : gtttttgggcgcaagtttcagtcaaaggtattttggctttatgcaattgcagtttcagtggcaaatatatcaactggatatcagaaaatcactatttttcagaggtaaataaaaaacttgttttacttttgaaaatctgtaatgtaaaatctattttacagtaaacatttattttaaacggagaaaataacaaaaaaaattcatccatcaaagttttgcattaaaatttcctaaccaaatcttttattgtgatatatatTTTT---TA-----------CAATATTTC----AATAATTATTCAATGGATTTTGA--AAA-------AT-TAAATATTTG---TATTT-ATATGACACTT---A-AAA---C-----AACTGTTTAACTG---AT--C--TATAACATAATATGGTCTTG-TTCCAT--AAACTGTGTTTGCAA-AGTAAAGAAAAAATAG-G-CTGAAATACAC----GCCTC-AAACAatctagtaattttaattatttt
gi|3 : cttggggcgcatgtttaagtaaataaaagatttttttggtattgattaataaaatgtcagtggcatatttattaattagatatcaggagatcaattattttaagtggttaacaaaatatgtttaatttttgaaaatcttttcaatacaacaaagttgttttctttccttgccaaaactgcaaacatttagatcttttacactatttttcttataagcataaactattgttataaaatattatttcttagtataggcagttgacacaatattaaatcaagctataaaataaatttttaaacagttttctttaaaacggtcatccatcgaaattttgcattgaaaaaaatacacccaccaaaatcaccaccgactaaaatcatctG--TCTTTAGCTAAATTAGA--AAA----ATGATGT---TTTTT----TATTT-AC----CAC-TGAGA-AA----------GAC--TTCATCTG---AT--ACTTA-GAT-TG-TA--GTTTTC-CTCCAA--AAA---TGTTCA-AAAATTC--ACAATC
gi|5 : tactgtttgagttacatgttacactaaaaggcttttcaacttttatctattcaatttcagcagtatatgtataaattaaatatcaggagatcatttttttttttaatggtaaatatgttctacttttgtaaatatgcaaagtaaaacaaatattacatgaaaaactgattattttaatgagggtaaatcaatgcatatttagtgttacattaaacaacaaacatttatatattttacaataactgctgatacaaataggggtaaaatgttgttaactcttaatattggcatttgacatatacacatgtagtagtaaaacaagttttaacatcagaaatagtttccaaatgttcacccaacaatcttttggaatgaaatttgcacacaaaaatcgtttttttgttatatttgaaaaaa----TATTT--C----CAC-TC--A-AAG---T-----GATTGTTCAGTTG---ATTCC--T-TTAT-C--TAT-GTTTTCACTCCAT--AAATTGTTTTTATAACCCCCCAAAATTCTTTA-TGCAGAAAatcccaaccagtaagcat
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TCAAAAATCTCGTACATCTAGATATTGCATATCAATCGGCCAACCAAAAATGAAAATCATCCTATTGTGATACTTCAAACCTCAACTGACTTTGTAAAATGAAGTCTTTTTATTTACTTCAGAAAAAGACAATTGAAATATAGTTTATATCAATAAATTGTGTTCACAATGCCAGGAAA
Unaligned ( gi|26 ): CATTTGATACAAACATAGTTTTTATATGAAAAATGAAGTGAACTTTCTTACCAAAAAATCATATTTTGTGATGTTTAAAAAAGTATTTACCATTTAAAGAGACTGTTAAACTGATGCAATTTTTAACAA
Unaligned ( gi|28 ): GGCACATATCAAATAAAGTTTAGAAATAAGTATACTAAAAATAGTGTTTTTTCCCCAATATTCATCAATCAAAGTTTTGTGCTGATATTTCGCACAAAAATCATCCTTTTTGCGA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 666666666666666666666666666666 111111111111 11111111111111111 11111111111111111 1111111111 33333333333333 11111 111111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 444444 11111111111111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 1111111 3333333333333333333333333 1111111111 1 222222 4444444444444444444444444444444 22222 22222 1 4444 11
lowQualScore : 3 33 99 5 4 33333 2 111111111111111111111111111111 2 2 2 3 4444 0 4444 333 333333333333 44 555 00000000000000000 1 22 6666 88888888888888888 1 1 222 1 0 3333333333 7777777777 777777777777 333 22 111 777 1 1 22222222222222 0 444444 8888888888 222 55555555 1 1 1 444 3 66666 22 222 22 88888 1 1 22 222 444 000000000000 333 3 22 1 555 1 3 5555555 5555555 555555 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 22 77777777 555 666666 333 555 333 6666666 3 88888888 0 2 666 2 777777 4 11111111111111111111 33 2 2 2 33 666666 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 88 55 7 77 777 3 55555 1 3 1111111 5555555555555555555555555 2222222222 3 7777 4 3 3 000000 55 666 4444444444444444444444444444444 4 4 5 4 99 4 2 44444 5 33333 0 1 3333 99
lowQualScore : . .. .. . . ..... . .............................. . . . . .... . .... ... ............ .. ... ................. . .. .... ................. . . ... . . .......... .......... ............ ... .. ... ... . . .............. . ...... .......... ... ........ . . . ... . ..... .. ... .. ..... . . .. ... ... ............ ... . .. . ... . . ....... ....... ...... ......................................................... .. .. ........ ... ...... ... ... ... ....... . ........ . . ... . ...... . .................... .. . . . .. ...... . .............................................................. .. .. . .. ... . ..... . . ....... ......................... .......... . .... . . . ...... .. ... ............................... . . . . .. . . ..... . ..... . . .... ..
lowQualScore : 6 99 66 7 4 99999 9 111111111111111111111111111111 4 1 1 4 2222 7 0000 333 555555555555 33 666 33333333333333333 7 44 1111 33333333333333333 7 6 888 6 8 4444444444 6666666666 666666666666 000 44 888 111 7 7 66666666666666 3 666666 1111111111 777 44444444 5 5 5 111 1 66666 22 888 22 44444 6 6 22 888 444 000000000000 888 5 44 8 000 8 5 9999999 9999999 222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99 99 66666666 888 111111 777 666 555 6666666 4 00000000 1 2 999 2 000000 7 66666666666666666666 22 2 2 2 11 444444 2 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 00 3 44 333 6 55555 0 6 8888888 2222222222222222222222222 3333333333 3 7777 5 6 6 555555 00 444 3333333333333333333333333333333 4 4 0 0 22 3 3 77777 7 88888 0 0 0000 00
consensus : NNNNTTATT-TTT--G--GGC-GCATGTTTCA-N---TCAAA-GTT----GTTTTTTTG---------------CT-TT-TA-TAAATAC----AATTTCAGTG----GCATA---T----T-------TA--TA--AAT-TA------GAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--C---T--T-TT----A-G-T---GGTA-AATAAA----A-A---TGT----------TTT------A-CT--TTT---GA--AAA-TCTGTC--AAGT-AAA-ACA-AA-TT------ATTTTA------CA------GC--A---AAA-----AC-TG-A-T-T---TTA-A-TNGTGG-AAA---AT--C-----AA-T-GC--A---A---A---------T--TTA-GTGTT-GCCA--A-A---A-CAGCAAACA-------T-------T------T-------------T---T-----------G------C--------------------T--TC--TG--------A---TA------GGCG---TAAAATATTGTGAT---AA---AACTTTCAGCAT----T--TCTT-AA---T-AT-A----GGCATTT-GACAC--A---TAT-----------T--AA-ATCAAG-T-TT--T------AAC-AT-A--C--------A-----A--A--A--AT---TT-TTA---------------T-----GTTA--T--TTC-A-TAA---T-ATTC--A--ACTGA-ATTTG--A--AAA----A----T-AT-TAAA-----TATTT----T-----ATTT-AC----CACT-A-A-A---AN-GACTG--TTCAACTG---ATA--CATG--AT--------------T--GT--AT-GTTT-TC-CTCCANAAATTGTGTTCGCAAA--A-TCAAA-AAATN-TTG-TCTGAAATAAAG---CGCCCCAAAACAAT
Reference ( family-576 ) : NNNNTTATT-TTT--G--GGC-GCGTGTTTCA-T---TCAAA-GTTGTT-GTTTTTTTN---------------CT-TT-TA-TAAATAC----AATTTCAGTG----GCATA---T----T-------TA--TA--AAT-TA------GAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--C---T--N-TT----A-G-T---GGTA-AATAAA----A-A---TGT----------TTT------A-TT--TTT---GA--AAA-TCTGTC--GAGT-AAA-ACA-AA-TT------ATTTTA------CA------GC--A---AAA-----AC-TG-A-T-T---TTA-A-TNGTGG-AAA---AT--C-----AA-T-GC--A---A---A---------T--TTA-GNGTT-GCCA--A-A---A-CAGCAAACA-------T-------T------T-------------T---T-----------G------C--------------------T--TC--TG--------A---TA------GGCG---TAAAATATTGTGNT---AA---AACTTTCAGCAT----T--TCTT-AA---T-AT-AAATTGGCATTT-GACAC--A---TAT-----------T--AA-ATCAAG-T-TT--T------AAC-AT-A--C--------A-----A--A--A--AT---TT-TTA---------------T-----ATTA--T--TTC-A-TAA---T-ATTC--A--ACNGA-ATTTG--A--AAA----A----T-AT-TAAA-----TATTT----T-----ATTT-AC----CACT-A-A-A---NC-GACTG--TTCAACTG---ATA--TATG--AT--------------T--GT--AT-GTTT-TC-CTCCAAAAANTGTGTTTACAAA--ANTCAAA-AAATC-TTG-TCTGAAATANANTTGCGCCTCAAAACAAT
gi|1 : T--G--GGCCGCATGTTTCA-T----CAAA-AT-----ATTTTTTTG---------------CT-TT-TA-TGACTAC----AATTTCAGTG----G--------------------TA--TA--AAT-GA------G-------T--GGA-GATC--A----AT--C---T--A-TTTT--A-G-T---TGTA-AATAAA----A-A---TGT----------TT------------------------------GTC--AAGT-AAA-ACA-AA-TT--------TTTA------CA------GC--A---AAA------C-TG-A-C-T---TT----TTTTAA-AAA---AC--CG----AA-T-GC--A---A---A---------T--TTA-GTGTT-GCCA--A-A---T-CATCGAACATTCAGATT-------T------T-------------T---T-----------GCAATAAC--------------------T--TC--TG--------A---TA------GGCA---TTAAATA-------------------------AT----T--TCTT-AA---T-AT-A----GGCAACA-GACAC--A---TAA-----------T--AA-ATCCTG-T-TT--T------AAT-AT-A--TATTCTAAAA-----A--A--A--A---------A---------------A-----AAAA--T--TTC-A-AAA---T-TTTC--A--ACC---ATC----A--AAATTTTA----C-AT-TAAA------ATTT----
gi|1 : tttgtagttattgtttggagcacatcatttcaacagtcttcatttttataaattacagaacctattgga---AA---AAATTTCAAAAT----T--T-TC-AA---CCATCAAA-----ATTT-TACA---------T-----------T--AA-A----A-T-TTGCT------AAC-------C--------G-----A--A--ATCATCA-TT-CTG---------------T-----GATA--T--TTC-AATAAG--C-ATTC--A--GCTGA-TTTTGTCA--AAA----G----------AAG-----TATTT----TT----ATTT-AT----TATC-G-A-A---A--GACTG--CTCAATTA---ATA--CAAG--ATATCCTACATACAGCT--GT--AT-GTTTGTC-TTCCATAAATTATGTTCGCAAC--A-TGAAA-AAgctaaccgaaatcatcattctgtgatatttcaataagcattcagctgattttgtcaaaagaagtatttttatttattatcgaaagactgctcaattaatacaagatatcctacatacagctgtatgtttgtcttccataaattatgttcgcaacatgaaaaacaattgct
gi|10 : tttgtagttattgtttggagcacatcatttcaacagtcttcatttttataaattacagaacctattggatgggccgcatgtttcatcaaaatatttttttgcttttatgactacaatttcagtggtataaatgagtggagatcaatctattttagttgtaaataaaaatgtttgtcaagtaaaacaaatttttacagcaaaactgactttttttaaaaaaccgaatgcaaatttagtgttgccaaatcatcgaacattcagattttttgcaataacttctgataggcattaaataatttcttaatataggcaacagacacataataaatcctgttttaatatatattctaaaaaaaaa-TTT--GA-GGT-GCAAGTTTGA-A---CTAAATGTTGAT-GTTTTTCCA---------------CT-TT-TA-TGAATAC----AATTT----G----GTATA---A----T-------AAA-TA--AAT-TATTATTTGATTATTATCAGGA-GAAA--A----AT--C---T--T-TTT---A-G-T---GGTT-AATAAA----T-A---TAT----------TTT------A-CT--TTC---AA--AAC-CTTATC--AAG-------CA-AA-TC-------------------------------------------C-TG-A-T-T---TTCTA-TGG-GG-AAA---AG--C-----AA-T-GC--A---C---A---------T--GAG-GTGCT-ACCA--A-A---A-TAGCAAACA-------T-------T------TAAA----------TA--T-----------G------T--------------------T--TCCATA--------ACTTCA------GGCAGGTTAAAATATTGTGTGGGAAA---AAAAATCCGCA-----T--TCTT-AT---T-AT-A----GGTATTT-GACAA--A---CAT-----------T--AA-ATCCAG-T-TT--T------AAC-AT-A--caattgct
gi|11 : tgTT-TTT--G--GTT-GCCTGATTCA-G---CCAAA-GGTAAA-AT------A---------------CT-CT-AA-TAAAAAC----AATCTCAGTGCTGTGTATA---TAA--T-------TA--TATTAAT-TA------TAT----ATCAAGA-GAGC--A----AT--CGT-T--T-TC----A-G-T---TGCA-AATAAA----A-A---TG-----------TTT------A-TT--TTT---GA--AAATTTTGTC--AAGT-ACA-CC------------------C------CA----------A---AAA-----AA-TA-A-T-T---TTA-A-TTGTTG-AAA---AT--C-----AA-T-AC--A---A---C---------T--TT---------------------------GATA-------T-------A------T-------------T---T-----------AC-----C--------------------T--TC--TG--------A---CA------GGTG---TAAAATATTGCGAT---AA---AACTTTCA--------------------------------GCATTT-GATAC--A---TTT-----------T--AACATCAAGAT-TT--TGCTATGAAA-AT-AGCC--------A-----ACCA--A--AG---TC-ATG---------------T-----ATT----------A-TGA---T-ATTTCAA--AAAGT-ATTT-------------A----T-AT-GAAC-----TA--T----T-----ATTT-AC----CACT-ACA-A---AA-GACTG--TTCAACTG---ATA--CAT----T--------------T--GT--atttccgattttttttgtgcaagttcttcatccatcactcatttgcattcaattctcctactaaaatcatccgct
gi|12 : tatccaaaccatTTTGC---------------CT-TT-TG-TTAATACTGTAAACATCAGTG----GCATA---T----TACATGTATA--TA--AAT-TA------GCT----ATCAGAA-GGTC--A----GT--C---TCCT-TT----A-G-T----TTA-AACAAAATTTA-A---TTC----------TTTGTAGTGA-CT--TTT---GA--AAG-GCTGTC--AAGTAAAA-ACA-A----------ATTTTA------CA-------C--A---AAA-----AC-TG-A-T-T-------A-TC-----AAA---AT--T-----GA-T-GC--A---A---A---------A--CGG-GGG------A--A-A---A-AAGCAAACA-------T-------T------T-------------T---G-----------A------CATATTCCAATATCTTCTGAGT--TC--TG--------A---CA------GATG---TAAAATTTTGTGTT---AT---CATTTACA-CAG----TA-TCTT-GA---T-AC-A----GGCATTT-GACAC-------AT-----------C--AA-ATTAAG-T-TT--T------AAC-AT-A--ttt
gi|13 : ctattgtttggggagcaagccATTT-TACACCAA---TAT-----------TTTAC-ATTGAA-A-TT--T------ACCCAT-A--C--------G-----A--ATCAT-AT---TT-TTG---------------T-----GGTA--T--TTCCA-TAAG--T-ATAC--A--ACTGATATT-------AAA----G----T-AT-T-----------TT----T-----ATTT-AC----TGCTGA-A-A---AT-GAGTG--CTCAGTTG---ATA--CATA--AT--------------C-------T-G-TT-TA-CTTTGTGAATTGT-TTT-CAAA----TTAAATAAAAA-TTG-TCTGAatggtatatattttt
gi|14 : caaacattcagatattttgcaataacttccacaaggcacaaaatattttgattaatcattcagcatataagtgaatgcctaactttatacagttttaaaaaaattctggaaaatagtcaaaatTATT-GTTCAG--GGC-ACATGTTTCA-A---CCAAA-GTT-------TTTCTG----------------T-TT-TG-T------------TTT-----------------T----T-------TC--TA--AG---A------GAG----AGAGAGA-GATG--AGTACAT--T---T--T-TTG---A-G-T---GTTA-AAT--------------------------CTT------A-CT--TTT---GATAAAA----GTC--GAAT-AAGGACA-A-----------TTTTA------CA------GT--A---AAA-----AC-TGTA-T-T---TGA-A-CTG-GT-AAA---TT--C-----AA-T-GC--A---A---A---------TA-TTA--TGTT-GTTA--T-G---A-CAACACACA-------TCTAAATAT------T-------------T---T-----------GCAGTAAC--------------------T--TC--TG--------A---TA------GATG---TAAAATATTGGGAT---AA---AGCTgtcaatcaccctgaacaataag
gi|15 : ggttattgcatcaacaattttaacatcatgtcaaattactcacTATC--AAGT-AAA-ACG-A--TT------GTT--A------CA------GT--A---AAA-----CT-TT-A-T-T---TTA-AGTTG-GG-AAA---AT--A-----AA-T-GC--A---A---A---------TATTTA-GATAT-TTTG--A-A---A-TA----ACA-------T-------C------T-------------T------------------------------------------------------------A---TA------GGCG---TAA---------TT---AG--------TTAGCGT----TC-TTTT-AA---T-A---AA--GGCATTT-GATAC--A---CAT-----------C--AA-ATCAAG-T-TT--T------AAA-AT-G--C----------------------------TT-TTA---------------TTGAAAACGAC-T--CTC-A-GAA---T-TTTC--ATCATCAA-AATTG--G--CAA----ACAATT-AC-TGGT-----TGTTT----T-----ATTT-attatgtacacataattatgtttttatata
gi|16 : tagaT-TA-TAAATAC----ATTTTTAATG----ACATA---G----A-------TA--TA--AAT-AG------GAT----ATCAG----ATC--A----AT--C---A--T-TT----AAG-C---GGTA-ACTA--------------T----------TTT------C-CT--TTT---CA--A-----TG-------------ATATAA-TT------A----A------CA------TC--G---AAA-----AT-TA-A-T-T---TTA-A-ATGCGG-TAT---AT--A-----AA-T-AA--A---C---A---------C--TTT-GTATT-GCCA--ACG---A-TAAGAAACA-------T-------T------T-------------T---------------G------A--------------------TAATC--TGTATATATAA---CA------GGCG---TAAAATAGTGTGAT---AC---TATTTTCAGCGTAAAGTGATATT-GG---T-AT-A---TGACATTT-GACGT--A---TAT-----------T--TG-ATCAAA---TT--T------AAT-AT----------------------A--A--AT---TT-CTttaaaaaaatcatgaatttaataaaaaaaaaatgaagtatttttatttaccaataaaaagggtttactt
gi|17 : TTATT-TG---G--GGT-GCATGTTTCA-G---TCAAA-GTT------TATTTGG---------------CT-TT-TA-TAAATAA----AATTTCTTTG----GCACAAATT----T-------T-------AAT-TA------GAT----ATTAGGA-GATC--A----AT--A---T--T-TT----A-ACT---GGTT-AATAAA----T-A---TGT----------TTT------A-CT--TTC---GA--AAT-CCTGTA--GAGT-GAA-ACA-A----------ATTTTA------CA------GC--A---AAA-----GC-TA-ATT-T---TTG-A-TGG-AG-AAA---AT--C-----AA-T-GCAAA---A---A---------T--TTA-GCATT-GCCA--A-A---A-CAGCAAGCA-------T-------C------T-------------
gi|18 : A--TA--AATCTA------G-T----A-CAAGATGATT--A-----T--C---T--C-TTT---A-G-T---GATA-A----------------GT----------TCT------A-GA--TTT---AA--AAA-TCTTTG--TAAT-CAA-ACA-AA---------ATTT-A------TA------GC--A---AAA-----AC-TG-A-CAT---TGA-A-TGG-GT-AAA---AT--C-----AA-T-GC--A---A---C---------T--TTA-GTGCCGGCAA--A-A---A-AAGCAAACA-------T-------TAAGATAT-------------C---T-----------GCAGTCAC--------------------T--TC--TG--------A---CA------GGCT---AAAAATAATGTTAT---AA---AACTTTCAGCA--------TCTGAAA---T-AT-GAAagatatattacaatattaactgttaataggtg
gi|2 : tttcacattgtaacaaacattgtcaagcaac-TTG--G--GGC-GCATGTTTAAGTAAATAAAA-G------ATTTTTTTG---------------GTATT-GA-TTAATAA----AATGTCAGTG----GCATA---T----T-------TA--TT--AAT-TA------GAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--TA--T--T-TTA---A-G-T---GGTT-AACAAA----ATA---TGT----------TTA------A-TT--TTT---GA--AAA-TCTTTT--CAAT-ACA-ACA-AAGTT------GTTTTgatgt
gi|2 : c----GCATG---T----T-------TAAGTA--AAT-------------------AAAA-GAT---------T--T---T--T-TT----G-G-TATTGATT-AATAAA----A-----TGTCAGTGGCATATTT------A-TTAATTA---GA--------TATC--AGG---AG-ATC-AA-TT------ATTTTAAGTGGTTA------AC--A---AAA-----TA-TG-----T---TTA-A-TTTTTG-AAA---AT--CTTTTCAA-T-AC--A---ACAAAGTTGTTTTCT--TT---CCTT-GCCA--A-A---A-CTGCAAACA-------T-------T------TAGATCTT------T---T-----------A------CACTATTT-------------T--TC--TT--------A---TA------AGCA---TAAACTATTGTTAT---AA---AATATT----AT----T--TCTT-AG---T-AT-A----GGCAGTT-GACAC--AA--TAT-----------T--AA-ATCAAG-C-TA--T------AAA-AT----------------------A--A--AT---TT-TTA---------------ctttccttgccaaaactgcaaacatttagatcttttacactatttttcttataagcataaactattgttataaaatattatttcttagtataggcagttgacacaatattaaatcaagctataaaataaatttttaaacagttttctttaaaacggtcatccatcgaaattttgcattgaaaaaaatacacccaccaaaatcaccaccgactaaaatcatcttttttacaatatttcaataattattcaatggattttgaaaaattaaatatttgtatttatatgacacttaaaacaactgtttaactgatctataacataatatggtcttgttccataaactgtgtttgcaaagtaaagaaaaaataggctgaaatacacgcctcaaaca
gi|2 : cttggggcT---TT-TTA---------------C-----AATA--T--TTC-AATAA---TTATTC--A--ATGGA-TTTTG--A--AAA----A----T----TAAA-----TATTTG---T-----ATTT-ATATGACACTTA-A-A---AC-AACTG--TTTAACTG---ATC--TATAACAT--------------A--AT--ATGGTCT-TG-TTCCATAAACTGTGTTTGCAAAGTAAAGAAA-AAATA---G-GCTGAAATACA----CGCCTCAAAaacagttttctttaaaacggtcatccatcgaaattttgcattgaaaaaaatacacccaccaaaatcaccaccgactaaaatcatcttttttacaatatttcaataattattcaatggattttgaaaaattaaatatttgtatttatatgacacttaaaacaactgtttaactgatctataacataatatggtcttgttccataaactgtgtttgcaaagtaaagaaaaaataggctgaaatacacgcctcaaaca
gi|20 : cttggggcgcatgtttaagtaaataaaagatttttttggtattgattaataaaatgtcagtggcatatttattaattagatatcaggagatcaattattttaagtggttaacaaaatatgtttaatttttgaaaatcttttcaatacaacaaagttgttttctttccttgccaaaactgcaaacatttagatcttttacactatttttcttataagcataaactattgttataaaatattatttcttagtataggcagttgacacaatattaaatcaagctataaaataaatttttaaacagttttctttaaaacggtcatccatcgaaattttgcattgaaaaaaatacacccaccaaaatcaccaccgactaaaatcatctATAT----AATTTTCGTG----GCATA---T----A-------TA--CA--AAT------------------CAGGA-GATT--A----AT--AAA-T--C-TC----A-G-C---GGTATAAAAAA----A-A---T------------TTT------A-CT--TTT---AG--AAA-TTGGTT--GAGT-AAA-ACA-A---T------A----A------CA------ACAAA---AAA-----AC-TA-A-T-T---TCA-A-TA-TGC-AAT---GT--C-----AA-T-GC--A---A---T---------C--TTT-TATTT-GCTA--A-A---A-CATCAAGCA-------C-------T------T-------------ca
gi|21 : TTATTGTTT--GT-GGC-ACATGTCTGC-G---CCAAA---TGT--GTTTTGTTGAA-------------TT-TT-TA-TT--TAC----AGACTCAATG----GCATG---T----T-------TA--TT--AAT-AA------GAT----ATCAGAA-GACC--A----AT--C---T--T-TTTGA-A-A-T---GGTA-AAT-TA----A-A---TGT----------TTC------T-TA--TTT---GA--AAA-TATGCC--AAGT-AAA-ACA-AA--T------A--TTA------CA------GC--A---TAA-----AT-TT-A-T-T---Tggatagattgca
gi|22 : TT-TTTTTTTGT---------------CT-TT-TAATAAATAC----AATTTTAGTG----GCATA---T----T---------------AAC-TA------GTT----ATAAGGA-GATCAAA----AG--T---T--T-TG----A-G-T---GATC-AAT--A----A-A---TGT----------TTT------A-CT--TGT----C--AGG-TCC-TCAAAAGT-AAA-ACA-TT-TT------ATTTTA------TAATTTTTGC--ATCGAAA-----AC-TT-A-T-T---ATA-A---ATGG-AAAAACAT--C-----AA-TGGC--A---A---
gi|23 : --------------------T--TC--CA--------A---TA------GACG---TGAAATATAAGGTT---AA---AGCTTCCAGCAT----T--TCTT-AA---A-AT-AA----GCATTC-GCTGC--T---TA------------T--AA-ATAAGA-T-TT--T------AGC-AT-A--C--------A-----C--A--T--AT---AT-TT
gi|24 : tgttggcaagtacagtacatttttagatgttttttaattaat-T---GGTA-AATAAT----A-----TGT----------TTT------------TCTAGAGA--AAA-TATGCC--AAGT-AAA-ACA----TT------TTTCT-------C-------GT--A---ATA-----TA-TG-A-T-T---TTA-A-TGG--G-GAA---AT--C-----AA-T-GC--A---T---A---------T--TTA-GTGCT-GCCA--A-A---T-CAGCAAACA-------T-------T------TAAATATTTTGTAAT---T-----------A------C--------------------T--TC--TG--------A---TA------GGTG-----AAATGTTATGAT---AA---AATATTCActggaaaaaggtgttttttttaatgttcatcca
gi|25 : -T-T---TTACA-TGG-GA-AAA---AT--C-----AA-T-GC--A---G---A---------T--TCA-GTGTTTGCCT--A-A---A--ATCAAATA-------T-------T------CAGA----------T---A-----------A------C--------------------T--TC--TG--------AA--T---------TG---TATAATTTTGTG-T---AATTTAACAATCTGCAT----T--TATT-AA---T-AT-AGGTT----TTT-TACAC--A---TAT-----------C--AA-ATCATG-T-TT--T------AAT-A
gi|26 : ac----T-----ATTT-AC----CATTTA-A-A---GA-GACTG--TTAAACTG---ATataattt
gi|27 : catttgatacaaacatagtttttatatgaaaaatgaagtgaactttcttaccaaaaaatcatattttgtgatgtttaaaaaagTCAGAA-AATT--A----TT--T---T--TGTT----A-G-T---GATC-AATAAA----A-----TGT----------TTT------ACTT--TTT---GA--AAA-TCTGTT--ACGT-AAA-ACA-A----------ATTTTA------CA------GC--A---ACA-----TT-TT-A-T-T---TTA-A-CTGGGC-AAA---AT--C--------T-TA--A---A---A---------TGATCA-GCATT-GGCA--gcaatttttaacaa
gi|29 : ------ACTTTA------CT------GC--A---AAACCAAAAC-TT-A-T-T---TTG-A--AATGA-CAA---AC--C-----AAAT-GC--A---A---A---------A--TTA-ATGTT-GCCA--A-ACGTA-CA-C-AACA-------T-------T------T-------------
gi|3 : aataca-TTT--G--AGTTACATGTTACA-C---TAAAA-G------GCTTTTCAA---------------CT-TT-TA-TCTATTC----AATTTCAGCA----GTATA---T----G-------TA--TA--AAT-TA------AAT----ATCAGGA-GATC--A----TT--T---T--T-TTTTTTA-A-T---GGTA-AATA------------TGT----------TCT------A-CT--TTT---GT--AAA-TATGCA--AAGT-AAA-ACA-AA-T-------ATT--A------CA------TG--A---AAA-----AC-TG-A-T-TATTTTA-A-TGAGGG-TAA---AT--C-----AA-T-GC--A---T---A---------T--TTA-GTGTT-AC-ATTA-A---A-CAACAAACA-------T-------T------TATATATT------T---T-----------A------CAATAAC--------------T--GC--TG--------A---TACAAATAGGGG---TAAAATGTTGT--T---AA-------------------C--TCTT-AA---T-AT-----TGGCATTT-GACAT--A---TACACATGTAGTAGT--AA-AACAAG-T-TT--T------AAC-AT----C--------A-----G--A--A--AT---agatatatttcaattacatgatatgc
gi|3 : tactgA-ATGAAA-T-TT----------GC-AC-A--C--------A-----A--A--A--ATCGTTT-TTT---------------T-----GTTA--TATTTG-A-AAAAAGT-CTTT--A--GCTAA-ATTAG--A--AAA----A----TGATGT--------TTTTT----T-----ATTT-AC----CACT-G-AGA---AA-GACT----TCATCTG---ATACTTA-G--AT--------------T--GT--A--GTTT-TC-CTCCAAAAA---TGTTCA-AAA--ATTCACA-Aagtttccaaatgttcacccaacaatcttttggaatgaaatttgcacacaaaaatcgtttttttgttatatttgaaaaaagtctttagctaaattagaaaaatgatgtttttttatttaccactgagaaagacttcatctgatacttagattgtagttttcctccaaaaatgttcaaaaattcacaatcatcccaaccagtaagcat
gi|30 : tactgtttgagttacatgttacactaaaaggcttttcaacttttatctattcaatttcagcagtatatgtataaattaaatatcaggagatcatttttttttttaatggtaaatatgttctacttttgtaaatatgcaaagtaaaacaaatattacatgaaaaactgattattttaatgagggtaaatcaatgcatatttagtgttacattaaacaacaaacatttatatattttacaataactgctgatacaaataggggtaaaatgttgttaactcttaatattggcatttgacatatacacatgtagtagtaaaacaagttttaacatcagaaatagtttccaaatgttcacccaacaatcttttgg-TTT--A--GCC-GTATGTTTCA-G---TCAAA-GTT--------TTTT-----------------T-TT-TA-CGACTAT----AATTTCAGCG----GCATA---T----A-------TA--TC--AA--TA------TAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--C------C-TG----A-T-T---AGTC-AATAAA----A-tcatcccaaccagtaagcat
gi|31 : TT--A--GCC-GTATGTTTCA-G---TCAAA-GTT--------TTTT-----------------T-TT-TA-CGACTAT----AATTTCAGCG----GCATA---T----A-------TA--TC--AA--TA------TAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--C------C-TG----A-T-T---AGTC-AATAAA----A-
gi|32 : ---T--T-TT----A-G-T---GGTC-AATAAA----A-A---TGT----------TTC------A-CT--TTT---AA--AAG-TCTGTC--AAGT-AAA-ACA-GG-TGAAACAAATTTAA------CA------G---A---AAA-----ACATG-A-T-C---TTA-
gi|33 : tgtcta------ATTTTA------CA------AC--A---AAT------C-TG-A-T-T---TTA-A--AATAACAAA---AT--T-----GA-T-GC--A---A---A---------T--TAATTTGTT-TCCA--A-A---A-CAGCAGACG-------T-------T------
gi|4 : aaacTTACT-TTT--GCTGGC-ACATGTTTTA-T---TTTAA-GTTGTTTGTTTTTTTT---------------CT-TT-TA-TAAATAC----AATTTCAGTG----GCATA---T----T-------TA--TG--AAT-TA------AAT----ATCAGGA---TC--A----ATAGC---T--A-TT----A-G-T---GGTA-AACAAA----A-A---TGT----------TTT------G-TC--TGT---AA--AAA-TATGTT--GTGT-AAA-ACATAA-TT------ATTTTA------CA------GC--A---AAA-----AC-TA-A-T-T---TTA-A-TAGTGG-AAA---AT--C-----AA-T-GC--A---A---A---------T--TTA-GAGTT-GCCA--A-A---A-CAGCAAATA-------T-------T------T-------------T---T-----------G------C--------------------T--TC--TG--------A---TA------GGTG---TAAAATATTCTGCT---AA---AACTTTCAGCAT----T--TCTT-AATG-T-AC-AAGTTGGCATTTAGACAA--A---TAT-----------T--AA-ATCAAG-T-TT--T------AAC-AT-A--C--------AC----AC-A--A--GT---TT-TTA---------------T-----ATTA--T--TTC-A-TTG---T-ATTC--A--ATTGA-ATTTG--A--AAA----A----T-AT-TAAA-----TATTT----T-----ATTT-AC----CACT-A-A-A---TT-GATTG--TTCAACTG---ATA--TATG--AT--------------T---T--AT-GTTT-TT-CTCCAAAAAC--TCTTCACAAC--ATTCAAA-CAACCTTTG-TCTGAAACAAAG----GCCC--AAACAATcata
gi|5 : atag-TG-TAAATAC----AATTTTAGTG----GCATA---T----T-------TA--TG--AAT-TG------GAA----AT----A-TAT--------AT--T---G--T-TT----A-T-T---GATA-AATAAA----G-A---TGT----------TTC------G-CT--TTT---GC--AAA-TCCGTT--CAAT-AAA-A-A-----C------ATTTTA------CA------AT--A---AGT-----A--TG-A-T-T---TCA-A-TTA-GC-AAA---AT--C-----AA-T-GC--A---A---A---------T--TCA-TGGTT-ACCA--A-A---AGCAGCAAACA-------T-------T------T-------------TAGATATTTTCCAATAG------C--------------------T--TC--TG--------A---TA------GGCG---TAAAATATTTTGCT---AA---CA-TTTTAGAAT----T--TCCA-AA---T-GT-A----GGCATTgaaatggaagataactataatcttataat
gi|5 : ----T-AT-TAAAAACACCATTT----TGTGATATTT--C----CACTCA-A-A---GT-GATTG--TTCAGTTG---ATT--CCT----T--------------T--ATCTAT-GTTT-TCACTCCATAAATTGTTTTTATAAC--CCCCCAA-AATTC-TTctgttttgttttttaaagtttaaacttaacaaaactttaaaaaacaaaacagaacattttggcaactcgcaaattgaaattctgcattaaagttttggctattaaaaacaccattttgtgatatttccactcaaagtgattgttcagttgattcctttatctatgttttcactccataaattgtttttataaccccccaaaattctttatgcagaaaacattgaacaatagtgaaatacaa
gi|6 : tgtaaatacaattttagtggcatatttatgaattggaaatatatattgtttattgataaataaagatgtttcgcttttgcaaatccgttcaataaaaacattttacaataagtatgatttcaattagcaaaatcaatgcaaattcatggttaccaaaagcagcaaacattttagatattttccaatagcttctgataggcgtaaaatattttgctaacattttagaatttccaaatgtaggcattctgttttgttttttaaagtttaaacttaacaaaactttaaaaaacaaaacagaacattttggcaactcgcaaattgaaattctgcattaaagttttggcT-TTT--G--GGG-TCGTGTTTCA-T---TCCAA-GAC-------TTTTTG---------------CT-TT-T--TAAATAC----GATTT-----------------------------------------------------------CGGGA-GATG--G----AT--C---C--T-TTC---A-G-T---GGTA-AATAAA----A-----TGT----------ATT------A-TA--TTT---GA--GAG-TCTATC--AAGC-AAA-A-------------------------------------------AA-----AG-TG----------TA-A-TTGTGG-AAA---AT--C-----AC-T-GC--T---A---A---------T--ATA-CTGTT-GGTA--A-A---A-CAGCAAACA-------T-------T------TGGATAGT------T---T-----------G------CAATGATAAA-----------T--CC--CG--------A---TT------TGAG---TAAAATACTA-GAT---AA---AACTTTTACTAT----T--TCTT-GA---T-AT-A----GGCATTTTGGCAC--A---TAT-----------T--AA-ATAAAA-T-TT--T------AGC-AT-tatgcagaaaacattgaacaatagtgaaatacaa
gi|7 : aagtttttggtattttgaatgtttagacggagcacgacaataaatatttttcaagactatgacagattgTTTTTA---------------CT-TT-TA-TCAATAC----AATTTCAATG----GCATA---TATAAT-------TA--TAT-AAA-TAT-----GAT----ATCAGAA-GACC--A----AT--CGTGT--T-TT----T-G-T---GGTA-ATTA------------TGT----------TTT------G-TT--TTT---GA--ACA-TTTGTT--AAGT-AAA-ACG-----T------ATTTTA------CA------TC--A---AAA-----AC-TG-A-T-TG--TCA-A-TGGGGG-TAA---AT--T-----AA-T-GC--A---A---A---------T--TTA-GTGTT-GCCC--A-AT--A-CAGCAA-TA-------T-------T------TAGAT---------T---T-----------G------T--------------------T--CC--T---------A---TA------AGCG---TAAACTATTGTAAT---AA---AACGTTCAGCAT----T--TCTT-TA---T-AT-A----GACAGCT-GATAC--ACATTAT-----------T--AA-ATAAAG-TGTT--T------TAC-AT-A--A--------ATTTCTA--A--A--ATAAATT-TTACCTATCAAACATTTTT-----GTTA--T--TTCGA-GAAT--T-ACTC--A--ACGGA-ATTTA--A--AAA----A---------TAAA-----TATTT----T-----ATCTAAC----AACT-A-A-ACCGAC-GACTG--TTTAACTATGTATA--CATA--AT--------------T--GTGCAT--TTT-TC-CTTCAAAATTTGTcagtttctgaagaagaaacaatatttcttacattttcctccatcaaaatattacattgaaacttccacgaaaaatcacctttttgcgagacaaattcaactgattttgacaaatgaatta
gi|8 : TT-TTT--G--GGC-GCAAGTTTCA-G---TCAAA-G------GTATTTTGG---------------CT-TTATG-CAATTGC----AGTTTCAGTG----GCAAA---T----A-------TA--TC--AAC-TG------GAT----ATCAGAA-AATC--ACT--AT--T---T--T-TC----A-G-A---GGTA-AATAAA----A-AACTTGT----------TTT------A-CT--TTT---GA--AAA-TCTGTA--ATGT-AAA-AT-----CT------ATTTTA------CA------GT--A---AAC-----AT-TT-A-T-T---TTA-A-ACGGAG-AAA---ATAAC-----AA-A-AA--A---A---A---------T--TCA-
gi|8 : g--A---AAA-----AC-TT-G-T-T---TTA-C-TTTTG--AAA---AT--CTGT--AA-T-GT--A---A---AA--------T--CTA-TT-TT-------------A-CAGTAAACA-------T-------T------T-------------A---T---------------------------------------T--T-----------------TA------AACG---GAGAAAATAACAAA---AA---AAATT----CAT----C--CATC-AAAGTT-TT-GCATTAAAATTT---CCT--A----AC-----------C--AA-ATC----T-TT--T------ATT-GTGA--T--------A-----T--A--T--AT---TT-TT----------------T------TTA--T--TAA-A-TAA---T-ATTC--A--AATGA-ATTTG--ACCAAA----A----C-A---GAA-----C-TTT----T-----ATAT-AC----CACT-A-A-A---AAAGACTG--TTCAACTG---ATA--T---------------------T--CT---T-GTTT-TC-CTCCAAATAGAGTGTTTACAAA--A-TCAAA-AA----TTGTTCTCAACTAAAATTGCACC-CAAAACAATtccatcaaagttttgcattaaaatttcctaaccaaatcttttattgtgatatatattttttttattaaataatattcaaatgaatttgaccaaaacagaacttttatataccactaaaaaagactgttcaactgatattcttgttttcctccaaatagagtgtttacaaaatcaaaaattgttctcaactaaaattgcacccaaaacaatatctagtaattttaattatttt
gi|9 : gtttttgggcgcaagtttcagtcaaaggtattttggctttatgcaattgcagtttcagtggcaaatatatcaactggatatcagaaaatcactatttttcagaggtaaata--G--GAC-GCGTGTTTCA-T---TCAAA-GTTGAT--TTCTATTGGAAAAAGGGGTGTAGCT-TT-TA-TAGATAC----AAATTCAGTG----GCATG---T----T-------TA--TA--TAT-TT------AAT----ATGAGGC-GATC--A----AT--CGG-T--T-TT----A-A-T---GATA-AATTAA----A-----TAT----------TTT------A-GC--TGT---GA--AAA-TCTGTC--ATGT-TAA-ACG-AA-TT---------TTG------CA------GT--A---AAA-----AA-TG---T-T---TTA-A-GTGTGG-AAA----T--C-----AG-T-GC--ACAGAC--A---------G--CAA-GAGTT-GCCA--A-A---A-CA-------------------------------------------T---T-----------A-----------------------------------G--------A---TA------G--------------TGTTAT---AA---ATCCTTCAGCAT----T--TTGT-A---------AAATAGGCATTT-GACAC--A---T-------------------ATCAAG-T-CT--T------AAC-AT-----------------------------T---TTCTTA---------------T------TTATTT--TTC-A-TAA---T-GTTC------CTAT-ATATC--A--AAACTGTG----T-AT-TAAA------ATTTGAGAT-----ATTT-AA----AAAA-A-A-A---TT-CACAGGATT----TG---AAA--TATG--AT--------------TTATT--AT-ATTT-Tatctagtaattttaattatttt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TCAAAAATCTCGTACATCTAGATATTGCATATCAATCGGCCAACCAAAAATGAAAATCATCCTATTGTGATACTTCAAACCTCAACTGACTTTGTAAAATGAAGTCTTTTTATTTACTTCAGAAAAAGACAATTGAAATATAGTTTATATCAATAAATTGTGTTCACAATGCCAGGAAA
Unaligned ( gi|28 ): GGCACATATCAAATAAAGTTTAGAAATAAGTATACTAAAAATAGTGTTTTTTCCCCAATATTCATCAATCAAAGTTTTGTGCTGATATTTCGCACAAAAATCATCCTTTTTGCGA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444444 111111111111 11111111111111111 111111111 1111 1111111111 333333333333333 11111 111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111111111111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 1111111 44444444444444444444444444444 11111 111111111 11 444444444444444444444444 1 11111 222 1 11
lowQualScore : 3 33 99 5 3 6666 2 0000000000000000000000000000000000000000 2 2 2 3 4444 0 4444 333 333333333333 44 555 00000000000000000 1 22 6666 222222222 66 3333 1 1 222 1 0 3333333333 7777777777 555555 44 1 22 111 1 22 1 1 333333333333333 0 444444 8888888888 222 55555555 1 1 1 444 3 66666 22 222 22 88888 1 1 22 444 1 44 1 55555 000000000 22 1 555 1 3 5555555 5555555 555555 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 22 77777777 2 333 666666 333 999999999 333 777777777 33 4444 77 0 2 999999 888888 2 555555555555555555555555 33 2 55555 2 2 22 666666 2 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44 9 44 555555 44 44 555 3 2222222 77777777777777777777777777777 77777 3 3 888888888 3 555 4 1 3 7777 555 88888 00 000000000000000000000000 4 44 1 44 6 666 5 1 00000 3 0 999 0 55
lowQualScore : . .. .. . . .... . ........................................ . . . . .... . .... ... ............ .. ... ................. . .. .... ......... .. .... . . ... . . .......... .......... ...... .. . .. ... . .. . . ............... . ...... .......... ... ........ . . . ... . ..... .. ... .. ..... . . .. ... . .. . ..... ......... .. . ... . . ....... ....... ...... ......................................................... .. .. ........ . ... ...... ... ......... ... ......... .. .... .. . . ...... ...... . ........................ .. . ..... . . .. ...... . ........................................................................ .. . .. ...... .. .. ... . ....... ............................. ..... . . ......... . ... . . . .... ... ..... .. ........................ . .. . .. . ... . . ..... . . ... . ..
lowQualScore : 6 99 66 7 8 1111 9 7777777777777777777777777777777777777777 4 1 1 4 2222 7 0000 333 555555555555 33 666 33333333333333333 7 44 1111 888888888 22 1111 7 6 888 6 8 4444444444 6666666666 000000 88 7 44 888 7 33 7 7 333333333333333 3 666666 1111111111 777 44444444 5 5 5 111 1 66666 22 888 22 44444 7 7 33 666 7 11 8 88888 444444444 55 8 000 8 5 9999999 9999999 222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99 99 66666666 1 777 111111 777 888888888 555 111111111 55 7777 55 2 4 111111 666666 2 111111111111111111111111 11 1 33333 1 1 99 111111 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 2 77 777777 22 22 888 3 7777777 22222222222222222222222222222 33333 1 1 666666666 1 444 0 2 3 1111 888 33333 88 333333333333333333333333 0 66 0 44 3 333 7 4 55555 2 8 222 0 88
consensus : NNNNTTATT-TTT--G--GGC-GCATGTTTCAGTCAA----A-GTTG---T----TT----TT-TTG---------------C-T-TT-TA-TAAATAC----AATTTCAGTG----GCATA---T----T-------TA--TA--AAT-TA------GAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--C---T--T--TT----A-G-T---GGTA-AATAAA----A-A---TGT----------TTT------ACT--TTT-GA--AAA-TCTG-TC--AAGT-AAA-ACA-AA-TT------ATTTTA------CA------GC--A---AAA-----AC-TG-A-T-T---TTA-A-TNGTGG-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AA---A-T--TTAG-T----GTT--------GCCA--A-A---A-CAGCAAACA-------T-------T------T-------------T---T-----------G------C--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGCG---TAAAATATTGTG------ATAA---AACTT------TCAGCAT----T--TCTTAAT-ATA------GGCA------TTT-GACAC--A---TA----T-----------T--AA-ATC-----AAG-T-TT--T------AAC-AT-A--CA-----A--A--A------AT---TT-TT----------A---------------TGTTA-------T--TTC-A-TAA---T-ATTC--A--A---CTGA-ATTTG--A--AAA----A-------T-AT-TAAA-----TA-TTT-----T-ATTT-AC----CACT-A-AA---AAGACTGTTCA-A----CTG---AT-----ACAT-GAT--------------T--G--T--ATGTTT-TC-CTCCANAAATTGTGTTCGCAAAA-TCAA-A-AAANATTGTCTGAAATAAAN-CGC-CCCAAAACAAT
Reference ( family-576 ) : NNNNTTATT-TTT--G--GGC-GCATGTTTCANTCAA----A-GTTG---T----TT----TT-TTG---------------C-T-TT-TA-TAAATAC----AATTTCAGTG----GCATA---T----T-------TA--TA--AAT-TA------GAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--C---T--T--TT----A-G-T---GGTA-AATAAA----A-A---TGT----------TTT------ACT--TTT-GA--AAA-TCTG-TC--AAGT-AAA-ACA-AA-TT------ATTTTA------CA------GC--A---AAA-----AC-TG-A-T-T---TTA-A-TNGTGG-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AA---A-T--TTAG-T----GTT--------GCCA--A-A---A-CAGCAAACA-------T-------T------T-------------T---T-----------G------C--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGCG---TAAAATATTGTG------ATAA---AACTT------TCAGCAT----T--TCTTAAT-ATA------GGCA------TTT-GACAC--A---TA----T-----------T--AA-ATC-----AAG-T-TT--T------AAC-AT-A--CA-----A--A--A------AT---TT-TT----------A---------------TGTTA-------T--TTC-A-TAA---T-ATTC--A--A---CTGA-ATTTG--A--AAA----A-------T-AT-TAAA-----TA-TTT-----T-ATTT-AC----CACT-A-AA---ANGACTGTTCA-A----CTG---AT-----ACAT-GAT--------------T--G--T--ATGTTT-TC-CTCCANAAATTGTGTTCGCAAAA-TCAA-A-AAATNTTGTCTGAAATAAAG-CGC-CCCAAAACAAT
gi|1 : T--G--GGCCGCATGTTTCA-TCAA----A-AT-A---T----TT----TT-TTG---------------C-T-TT-TA-TGACTAC----AATTTCAGTG----G--------------------TA--TA--AAT-GA------G-------T--GGA-GATC--A----AT--C---TATT--TT----A-G-T---TGTA-AATAAA----A-A---TGT----------TT---------------------------G-TC--AAGT-AAA-ACA-AA-TT--------TTTA------CA------GC--A---AAA------C-TG-A-C-T---TT----TTTTAA-AAA---AC--CG----AA-T-GC--AA---A-T--TTAG-T----GTT--------GCCA--A-A---T-CATCGAACATTCAGATT-------T------T-------------T---T-----------GCAATAAC--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGCA---TTAAATA----------------------------------AT----T--TCTTAAT-ATA------GGCA------ACA-GACAC--A---TA----A-----------T--AA-ATC-----CTG-T-TT--T------AAT-AT-A--TA-----
gi|1 : tttgtagttattgtttggagcacatcatttcaacagtcttcatttttataaattacagaacctattggaAA---AAATT------TCAAAAT----T--T-TCAACCATC------AAAA------TTT-TACA-------------T-----------T--AA-A---------A-T-TTGCT------AAC-------CG-----A--A--ATC----ATCA-TT-CT----------G---------------TGATA-------T--TTCAA-TAAG--C-ATTC--A--G---CTGA-TTTTGTCA--AAA----G-------------AAG-----TATTTT-----T-ATTT-AT----TATC-G-AA---A-GACTGCTCA-A----TTA---AT-----ACAA-GATATCCTACATACAGCT--G--T--ATGTTTGTC-TTCCATAAATTATGTTCGCAACA-TGAA-A-AAttctaaaaaaaaaaaaaatttcaaaattttcaaccatcaaaattttacattaaaatttgctaaccgaaatcatcattctgtgatatttcaataagcattcagctgattttgtcaaaagaagtatttttatttattatcgaaagactgctcaattaatacaagatatcctacatacagctgtatgtttgtcttccataaattatgttcgcaacatgaaaaacaattgct
gi|10 : tttgtagttattgtttggagcacatcatttcaacagtcttcatttttataaattacagaacctattggatgggccgcatgtttcatcaaaatatttttttgcttttatgactacaatttcagtggtataaatgagtggagatcaatctattttagttgtaaataaaaatgtttgtcaagtaaaacaaatttttacagcaaaactgactttttttaaaaaaccgaatgcaaatttagtgttgccaaatcatcgaacattcagattttttgcaataacttctgataggcattaaataatttcttaatataggcaacagacacataataaatcctgttttaatatatattctaaaaaaaaa-TTT--GA-GGT-GCAAGTTTGAACTAA----ATGTTGATGT----TT----TT-CCA---------------C-T-TT-TA-TGAATAC----AATTT----G----GTATA---A----T-------AAA-TA--AAT-TATTATTTGATTATTATCAGGA-GAAA--A----AT--C---T--T--TTT---A-G-T---GGTT-AATAAA----T-A---TAT----------TTT------ACT--TTC-AA--AAC-CTTA-TC--AAG-------CA-AA-TC-------------------------------------------C-TG-A-T-T---TTCTA-TGG-GG-AAA---AG--C-----AA-T-GC--AC---A-T--GAGG-T----GCT--------ACCA--A-A---A-TAGCAAACA-------T-------T------TAAA----------TA--T-----------G------T--------------------T--TCCATA--------A-CTTCA------GGCAGGTTAAAATATTGTGTGGGAAAAAA---AA---------TCCGCAT----T---CTTATT-ATA------GGTA------TTT-GACAA--A---CA----T-----------T--AA-ATC-----CAG-T-TT--T------AAC-AT-A--caattgct
gi|11 : tgTT-TTT--G--GTT-GCCTGATTCAGCCAA----A-G--G---TAAAAT----------A---------------C-T-CT-AA-TAAAAAC----AATCTCAGTGCTGTGTATA---TAA--T-------TA--TATTAAT-TA------TAT----ATCAAGA-GAGC--A----AT--CGT-T--T--TC----A-G-T---TGCA-AATAAA----A-A---TG-----------TTT------ATT--TTT-GA--AAATTTTG-TC--AAGT-ACA-CC------------------C------CA----------A---AAA-----AA-TA-A-T-T---TTA-A-TTGTTG-AAA---AT--C-----AA-T-AC--AA---C-T--TTGA-T-----------------------------------ATA-------T-------T------T-------------A---C------------------C--------------------T--TC--TG--------A-C---A------GGTG---TAAAATATTGCG------ATAA---AACTT------TCA-----------------------------GCA------TTT-GATAC--A---TT----T-----------T--AACATC-----AAGAT-TT--TGCTATGAAA-AT-AGCCA-----ACCA--A------A-----G-TC----------A---------------TG-TA-------T--T---A-TGA---T-ATTTCAA--A---AAGT-ATTT-------------A-------T-AT-GAAC-----TA---T-----T-ATTT-AC----CACT-ACAA---AAGACTGTTCA-A----CTG---AT-----ACAT---T--------------T--G--T--atttccgattttttttgtgcaagttcttcatccatcactcatttgcattcaattctcctactaaaatcatccgct
gi|12 : tatccaaaccatT-TTG---------------CCT-TT-TG-TTAATACTGTAAACATCAGTG----GCATA---T----TACATGTATA--TA--AAT-TA------GCT----ATCAGAA-GGTC--A----GT--C---TCCT--TT----A-G-T----TTA-AACAAAATTTA-A---TTC----------TTTGTAGTGACT--TTT-GA--AAG-GCTG-TC--AAGTAAAA-ACA-A----------ATTTTA------CA-------C--A---AAA-----AC-TG-A-T-T-------A-TC-----AAA---AT--T-----GA-T-GC--AA---A-A--CGGG-G----G-------------A--A-A---A-AAGCAAACA-------T-------T------T-------------T---G-----------A------CATATTCCAATATCTTCTGAGT--TC--TG--------A-C---A------GATG---TAAAATTTTGTG------TTAT---CATTT------ACA-CAG----TA-TCTTGAT-ACA------GGCA------TTT-GACAC-------A----T-----------C--AA-ATT-----AAG-T-TT--T------AAC-AT-A--ttt
gi|13 : ctattgtttggggagcaagccA------TTT-TACACCAA---TA----T-----------TTTAC-ATT-----GAA-A-TT--T------ACCCAT-A--CG-----A--ATCAT-----AT---TT-TT----------G---------------TGGTA-------T--TTCCA-TAAG--T-ATAC--A--A---CTGATATT-------AAA----G-------T-AT-T------------TT-----T-ATTT-AC----TGCTGA-AA---ATGAGTGCTCA-G----TTG---AT-----ACAT-AAT--------------C---------TG-TT-TA-CTTTGTGAATTGTTTTC---AAA-TTAA-ATAAAAATTGTCTG-AGTCAAT-CAC-CCT-GAACAATatggtatatattttt
gi|14 : caaacattcagatattttgcaataacttccacaaggcacaaaatattttgattaatcattcagcatataagtgaatgcctaactttatacagttttaaaaaaattctggaaaatagtcaaaatTATT-GTTCAG--GGC-ACATGTTTCAACCAA----A-GTT----------T----TT-CTG-----------------T-TT-TG-T------------TTT-----------------T----T-------TC--TA--AG---A------GAG----AGAGAGA-GATG--AGTACAT--T---T--T--TTG---A-G-T---GTTA-AAT--------------------------CTT------ACT--TTT-GATAAAA----G-TC--GAAT-AAGGACA-A-----------TTTTA------CA------GT--A---AAA-----AC-TGTA-T-T---TGA-A-CTG-GT-AAA---TT--C-----AA-T-GC--AA---A-TA-TTA--T----GTT--------GTTA--T-G---A-CAACACACA-------TCTAAATAT------T-------------T---T-----------GCAGTAAC--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GATG---TAAAATATTGGG------ATAA---AGCTaag
gi|15 : ggttattgcatcaacaattttaacatcatgtcaaattactcacTA-TC--AAGT-AAA-ACG-A--TT------GTT--A------CA------GT--A---AAA-----CT-TT-A-T-T---TTA-AGTTG-GG-AAA---AT--A-----AA-T-GC--AA---A-TATTTAGAT----ATT---------TTG--A-A---A-TA----ACA-------T-------C------T-------------T------------------------------------------------------------A-T---A------GGCG---TAA----TT-----------------AGTT--------AGCGT----TC-TTTTAAT-AAA------GGCA------TTT-GATAC--A---CA----T-----------C--AA-ATC-----AAG-T-TT--T------AAA-AT-G--C------------------------TT-TT----------A---------------T-TGAAAACGACT--CTC-A-GAA---T-TTTC--ATCA---TCAA-AATTG--G--CAA----ACAAT---T-AC-TGGT-----TG-TTT-----T-ATTT---------TT-A-AA---AAAAattatgtacacataattatgtttttatata
gi|16 : tagaT-TA-TAAATAC----ATTTTTAATG----ACATA---G----A-------TA--TA--AAT-AG------GAT----ATCAG----ATC--A----AT--C---A--T--TT----AAG-C---GGTA-ACTA--------------T----------TTT------CCT--TTT---------------C--AA-T-GAT-ATA-A--TT------A----A------CA------TC--G---AAA-----AT-TA-A-T-T---TTA-A-ATGCGG-TAT---AT--A-----AA-T-AA--AC---A-C--TTTG-T----ATT--------GCCA--ACG---A-TAAGAAACA-------T-------T------T-------------T---------------G------A--------------------TAATC--TGTATATATAA-C---A------GGCG---TAAAATAGTGTG------ATAC---TATTT------TCAGCGTAAAGTGATATTGGT-ATAT-----GACA------TTT-GACGT--A---TA----T-----------T--TG-ATC-----AAA---TT--T------AAT-AT--------------A--A------AT---TT-CT----------tcatgaatttaataaaaaaaaaatgaagtatttttatttaccaataaaaagggtttactt
gi|17 : TTATT-TG---G--GGT-GCATGTTTCAGTCAA----A-GTT---------TA----TT-TGG---------------C-T-TT-TA-TAAATAA----AATTTCTTTG----GCACAAATT----T-------T-------AAT-TA------GAT----ATTAGGA-GATC--A----AT--A---T--T--TT----A-ACT---GGTT-AATAAA----T-A---TGT----------TTT------ACT--TTC-GA--AAT-CCTG-TA--GAGT-GAA-ACA-A----------ATTTTA------CA------GC--A---AAA-----GC-TA-ATT-T---TTG-A-TGG-AG-AAA---AT--C-----AA-T-GCAAAA---A-T--TTAG-C----ATT--------GCCA--A-A---A-CAGCAAGCA-------T-------C------T-------------
gi|18 : A--TA--AATCTA------G-T----A-CAAGATGATT--A-----T--C---TC-T--TT----A-G-T---GATA-A----------------GT----------TCT------AGA--TTT-AA--AAA-TCTT-TG--TAAT-CAA-ACA-AA---------ATTT-A------TA------GC--A---AAA-----AC-TG-A-CAT---TGA-A-TGG-GT-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AA---C-T--TTAG-T----GCCG-------GCAA--A-A---A-AAGCAAACA-------T-------TAAGATAT-------------C---T-----------GCAGTCAC--------------------T--TC--TG--------A-C---A------GGCT---AAAAATAATGTT------ATAA---AACTT------TCAGCAT----C--Tagatatattacaatattaactgttaataggtg
gi|19 : tttcacattgtaacaaacattgtcaagcaac-TT----------G---------------TGATA-------C--TTC-A--AA---C--CTC--A--A---CTGA-CTTTG--T--AAA----A-------T-G---AAG-----TC-TTT-----TTATTT-ACTT--CAG--A-AA---AAGAC-----A-A----TTG---AA-----ATAT-AGT--------------T-----T--ATAT--------CAATAAATTGTGTTCACAATG-CCAG-G-AAAgaaatatgaagatgt
gi|2 : tcaaaaatctcgtacatctagatattgcatatcaatcggccaaccaaaaatgaaaatcatccta-TTG--G--GGC-GCATGTTTAAGTAAATAAAA-G--A---T----TT----TT-TTG---------------G-TATT-GA-TTAATAA----AATGTCAGTG----GCATA---T----T-------TA--TT--AAT-TA------GAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--TA--T--T--TTA---A-G-T---GGTT-AACAAA----ATA---TGT----------TTA------ATT--TTT-GA--AAA-TCTT-TT--CAAT-ACA-ACA-AAGTT------GTTTT
gi|2 : c----GCATG---T----T-------TAAGTA--AAT-------------------AAAA-GAT---------T--T---T--T--TT----G-G-TATTGATT-AATAAA----A-----TGTCAGTGGCATATTT------ATTAATTA-GA--------TA-TC--AGG---AG-ATC-AA-TT------ATTTTAAGTGGTTA------AC--A---AAA-----TA-TG-----T---TTA-A-TTTTTG-AAA---AT--CTTTTCAA-T-AC--AACAAA-G--TT-G-T----TTTCTTTCCTTGCCA--A-A---A-CTGCAAACA-------T-------T------TAGATCTT------T---T-----------A------CACTATTT-------------T--TC--TT--------A-T---A------AGCA---TAAACTATTGTT------ATAA---AATAT------T----AT----T--TCTTAGT-ATA------GGCA------GTT-GACACA-A---TA----T-----------T--AA-ATC-----AAG-C-TA--T------AAA-AT--------------A--A------AT---TT-TT----------A---------------ctttccttgccaaaactgcaaacatttagatcttttacactatttttcttataagcataaactattgttataaaatattatttcttagtataggcagttgacacaatattaaatcaagctataaaataaatttttaaacagttttctttaaaacggtcatccatcgaaattttgcattgaaaaaaatacacccaccaaaatcaccaccgactaaaatcatcttttttacaatatttcaataattattcaatggattttgaaaaattaaatatttgtatttatatgacacttaaaacaactgtttaactgatctataacataatatggtcttgttccataaactgtgtttgcaaagtaaagaaaaaataggctgaaatacacgcctcaaaca
gi|2 : cttggggcT---TT-TT----------A---------------CAATA-------T--TTC-AATAA---TTATTC--A--A---TGGA-TTTTG--A--AAA----A-------T----TAAA-----TA-TTTG----T-ATTT-ATATGACACTTA-AA---ACAACTGTTTA-A----CTG---ATCTATAACAT-AATA-------------T--G-------GTCT-TG-TTCCATAAACTGTGTTTGCAAAG-TAAAGA-AAAAATAGGCTGAAATACA--CGC-CTCAAAaacagttttctttaaaacggtcatccatcgaaattttgcattgaaaaaaatacacccaccaaaatcaccaccgactaaaatcatcttttttacaatatttcaataattattcaatggattttgaaaaattaaatatttgtatttatatgacacttaaaacaactgtttaactgatctataacataatatggtcttgttccataaactgtgtttgcaaagtaaagaaaaaataggctgaaatacacgcctcaaaca
gi|20 : cttggggcgcatgtttaagtaaataaaagatttttttggtattgattaataaaatgtcagtggcatatttattaattagatatcaggagatcaattattttaagtggttaacaaaatatgtttaatttttgaaaatcttttcaatacaacaaagttgttttctttccttgccaaaactgcaaacatttagatcttttacactatttttcttataagcataaactattgttataaaatattatttcttagtataggcagttgacacaatattaaatcaagctataaaataaatttttaaacagttttctttaaaacggtcatccatcgaaattttgcattgaaaaaaatacacccaccaaaatcaccaccgactaaaatcatctATAT----AATTTTCGTG----GCATA---T----A-------TA--CA--AAT------------------CAGGA-GATT--A----AT--AAA-T--C--TC----A-G-C---GGTATAAAAAA----A-A---T------------TTT------ACT--TTT-AG--AAA-TTGG-TT--GAGT-AAA-ACA-A---T------A----A------CA------ACAAA---AAA-----AC-TA-A-T-T---TCA-A-TA-TGC-AAT---GT--C-----AA-T-GC--AAT--C-T--TTTA-T-----TT--------GCTA--A-A---A-CATCAAGCA-------C-------T------T-------------ca
gi|21 : TTATTGTTT--GT-GGC-ACATGTCTGCGCCAA----A-TGTG---T----TT----TG-TTGAA-------------T-T-TT-TA-TT--TAC----AGACTCAATG----GCATG---T----T-------TA--TT--AAT-AA------GAT----ATCAGAA-GACC--A----AT--C---T--T--TTTGA-A-A-T---GGTA-AAT-TA----A-A---TGT----------TT--------CTTATTT-GA--AAA-TATG-CC--AAGT-AAA-ACA-AA--T------A--TTA------CA------GC--A---TAA-----AT-TT-A-T-T---Tggatagattgca
gi|22 : ---T----TT----TT-TTGT--------------C-T-TT-TAATAAATAC----AATTTTAGTG----GCATA---T----T---------------AAC-TA------GTT----ATAAGGA-GATCAAA----AG--T---T--T--TG----A-G-T---GATC-AAT--A----A-A---TGT----------TTT------ACT--TGT--C--AGG-TCC--TCAAAAGT-AAA-ACA-TT-TT------ATTTTA------TAATTTTTGC--ATCGAAA-----AC-TT-A-T-T---ATA-A---ATGG-AAAAACAT--C-----AA-TGGC--AA---
gi|23 : tt--------------------T--TC--CA--------A-T---A------GACG---TGAAATATAAGG------TTAA---AGCTT------CCAGCAT----T--TCTTAAA-ATA------AGCA------TTC-GCTGC--T---TA----------------T--AA-ATA-----AGA-T-TT--T------AGC-AT-A--CA-----C--A--T------AT---AT-TTCTGGAAAAAGG---------------TGTT--------T--TTT-T-TAA---T-GTTC--A--
gi|24 : tgttggcaagtacagtacatttttagatgttttttaattaat-T---GGTA-AATAAT----A-----TGT----------TTT------TCT--AGA-GA--AAA-TATG-CC--AAGT-AAA-ACA----TT------TTTCT-------C-------GT--A---ATA-----TA-TG-A-T-T---TTA-A-TGG--G-GAA---AT--C-----AA-T-GC--AT---A-T--TTAG-T----GCT--------GCCA--A-A---T-CAGCAAACA-------T-------T------TAAATATTTTGTAAT---T-----------A------C--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGTG-----AAATGTTATG------ATAA---AATAT------TCAtcca
gi|25 : -T-T---TTACA-TGG-GA-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AG---A-T--TCAG-T----GTTT-------GCCT--A-A---A--ATCAAATA-------T-------T------CAGA----------T---A-----------A------C--------------------T--TC--TG--------AAT------------TG---TATAATTTTGTG-------TAATTTAACAA------TCTGCAT----T--TATTAAT-ATA------GGTT------TTT-TACAC--A---TA----T-----------C--AA-ATC-----ATG-T-TT--T------AAT-A
gi|26 : ac-----T-ATTT-AC----CATTTA-AA---GAGACTGTTAA-A----CTG---AT-----GCAataattt
gi|27 : catttgatacaaacatagtttttatatgaaaaatgaagtgaactttcttaccaaaaaatcatattttgtgatgtttaaaaaagTCAGAA-AATT--A----TT--T---T--TG-TT----A-G-T---GATC-AATAAA----A-----TGT----------TTT------ACT--TTTTGA--AAA-TCTG-TT--ACGT-AAA-ACA-A----------ATTTTA------CA------GC--A---ACA-----TT-TT-A-T-T---TTA-A-CTGGGC-AAA---AT--C-----atttttaacaa
gi|29 : ------ACTTTA------CT------GC--A---AAACCAAAAC-TT-A-T-T---TTG-A--AATGA-CAA---AC--C-----AAAT-GC--AA---A-A--TTAA-T----GTT--------GCCA--A-ACGTA-CA-C-AACA-------T-------T------T-------------ttaaaatgatcagcattggca
gi|3 : aataca-TTT--G--AGTTACATGTTACACTAAA----A-G--G---C----TT----TT-CAA---------------C-T-TT-TA-TCTATTC----AATTTCAGCA----GTATA---T----G-------TA--TA--AAT-TA------AAT----ATCAGGA-GATC--A----TT--T---T--T--TTTTTTA-A-T---GGTA-AATA------------TGT----------TCT------ACT--TTT-GT--AAA-TATG-CA--AAGT-AAA-ACA-AA-T-------ATT--A------CA------TG--A---AAA-----AC-TG-A-T-TATTTTA-A-TGAGGG-TAA---AT--C-----AA-T-GC--AT---A-T--TTAG-T----GTT--------AC-ATTA-A---A-CAACAAACA-------T-------T------TATATATT------T---T-----------A------CAATAAC--------------T--GC--TG--------A-T---ACAAATAGGGG---TAAAATGTTGT--------TAA-------------------------C--TCTTAAT-ATT------GGCA------TTT-GACAT--A---TA----CACATGTAGTAGT--AA-AAC-----AAG-T-TT--T------AAC-AT----CA-----G--A--A------ATAG-TT-TCCAA-------A---------------TGTTagatatatttcaattacatgatatgc
gi|3 : tactgA-ATG-----AAA-T-TT----------GC-AC-A--CA-----A--A--A------ATCGTTT-TT----------T---------------TGTTA-------TATTTG-A-AAAAAGT-CTTT--A--G---CTAA-ATTAG--A--AAA----A-------TGATGT--------TT-TTT-----T-ATTT-AC----CACTGA-GA---AAGAC--TTCA-T----CTG---AT-----ACTTAGAT--------------T--G--T--A-GTTT-TC-CTCCAAAAA---TGTTCAAAAAT-TCAC-A-Acacccaacaatcttttggaatgaaatttgcacacaaaaatcgtttttttgttatatttgaaaaaagtctttagctaaattagaaaaatgatgtttttttatttaccactgagaaagacttcatctgatacttagattgtagttttcctccaaaaatgttcaaaaattcacaatcatcccaaccagtaagcat
gi|30 : tactgtttgagttacatgttacactaaaaggcttttcaacttttatctattcaatttcagcagtatatgtataaattaaatatcaggagatcatttttttttttaatggtaaatatgttctacttttgtaaatatgcaaagtaaaacaaatattacatgaaaaactgattattttaatgagggtaaatcaatgcatatttagtgttacattaaacaacaaacatttatatattttacaataactgctgatacaaataggggtaaaatgttgttaactcttaatattggcatttgacatatacacatgtagtagtaaaacaagttttaacatcagaaatagtttccaaatgttcacccaacaatcttttgg-TTT--A--GCC-GTATGTTTCAGTCAA----A-GTT----T----TT----T----------------------T-TT-TA-CGACTAT----AATTTCAGCG----GCATA---T----A-------TA--TC--AA--TA------TAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--C---C--TGATT----A--------GTC-AATAAA----A-tcatcccaaccagtaagcat
gi|31 : TT--A--GCC-GTATGTTTCAGTCAA----A-GTT----T----TT----T----------------------T-TT-TA-CGACTAT----AATTTCAGCG----GCATA---T----A-------TA--TC--AA--TA------TAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--C---C--TGATT----A--------GTC-AATAAA----A-
gi|32 : ---T--T--TT----A-G-T---GGTC-AATAAA----A-A---TGT----------TTC------ACT--TTT-AA--AAG-TCTG-TC--AAGT-AAA-ACA-GG-TGAAACAAATTTAA------CA------G---A---AAA-----ACATG-A-T-C---TTA-
gi|33 : tgtcta------ATTTTA------CA------AC--A---AAT------C-TG-A-T-T---TTA-A--AATAACAAA---AT--T-----GA-T-GC--AA---A-T--TAAT-TT---GTT--------TCCA--A-A---A-CAGCAGACG-------T-------T------
gi|4 : aaacTTACT-TTT--GCTGGC-ACATGTTTTATTTTA----A-GTTG---T----TTGTTTTT-TTT---------------C-T-TT-TA-TAAATAC----AATTTCAGTG----GCATA---T----T-------TA--TG--AAT-TA------AAT----ATCAGGA---TC--A----ATAGC---T--A--TT----A-G-T---GGTA-AACAAA----A-A---TGT----------TTT------GTC--TGT-AA--AAA-TATG-TT--GTGT-AAA-ACATAA-TT------ATTTTA------CA------GC--A---AAA-----AC-TA-A-T-T---TTA-A-TAGTGG-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AA---A-T--TTAG-A----GTT--------GCCA--A-A---A-CAGCAAATA-------T-------T------T-------------T---T-----------G------C--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGTG---TAAAATATTCTG------CTAA---AACTT------TCAGCAT----T--TCTTAAT-GTACAAGTTGGCA------TTTAGACAA--A---TA----T-----------T--AA-ATC-----AAG-T-TT--T------AAC-AT-A--CAC----AC-A--A------GT---TT-TT----------A---------------TATTA-------T--TTC-A-TTG---T-ATTC--A--A---TTGA-ATTTG--A--AAA----A-------T-AT-TAAA-----TA-TTT-----T-ATTT-AC----CACT-A-AA---TTGATTGTTCA-A----CTG---AT-----ATAT-GAT--------------T-----T--ATGTTT-TT-CTCCAAAAAC--TCTTCACAACATTCAA-ACAACCTTTGTCTGAAACAAAG--GC-CC--AAACAATcata
gi|5 : atag-TG-TAAATAC----AATTTTAGTG----GCATA---T----T-------TA--TG--AAT-TG------GAA----AT----A-TAT--------AT--T---G--T--TT----A-T-T---GATA-AATAAA----G-A---TGT----------TTC------GCT--TTT-GC--AAA-TCCGTTC--AATA-AAA-AC-------------ATTTTA------CA------AT--A---AGT-----A--TG-A-T-T---TCA-A-TTA-GC-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AA---A-T--TCAT-G----GTT--------ACCA--A-A---AGCAGCAAACA-------T-------T------T-------------TAGATATTTTCCAATAG------C--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGCG---TAAAATATTTTG------CTAA---CA-TT------TTAGAAT----T--TCCAAAT-GTA------GGCATTCTGTTTT-GTTTT--T---TAAAGTT-----------T--AA-ACTTAACAAAA-C-TT--T------AAA-AA-A--CA-----A--A--ACAGAACAT---TT-----------------------------TGGCA-------A--CTC-G-CAA-----ATTG--A--AATTCTGC-ATT-------AAA----GTTTTGGCT-AT-TAAAAACACCA-TTTTGTGAT-ATTT--C----CACTCA-AA---GTGATTGTTCA-G----TTG---AT-----TCCT---T--------------T--ATCT--ATGTTT-TCACTCCATAAATTGTTTTgaaatggaagataactataatcttataat
gi|6 : T-TTT--G--GGG-TCGTGTTTCATTCCA----A-GAC----------T----TT-TTG---------------C-T-TT-T--TAAATAC----GATTT-----------------------------------------------------------CGGGA-GATG--G----AT--C---C--T--TTC---A-G-T---GGTA-AATAAA----A-----TGT----------ATT------ATA--TTT-GA--GAG-TCTA-TC--AAGC-AAA-A-------------------------------------------AA-----AG-TG----------TA-A-TTGTGG-AAA---AT--C-----AC-T-GC--TA---A-T--ATAC-T----GTT--------GGTA--A-A---A-CAGCAAACA-------T-------T------TGGATAGT------T---T-----------G------CAATGATAAA-----------T--CC--CG--------A-T---T------TGAG---TAAAATACTA-G------ATAA---AACTT------TTACTAT----T--TCTTGAT-ATA------GGCAT-----TTT-GGCAC--A---TA----T-----------T--AA-ATA-----AAA-T-TT--T------AGC-AT-tataaccccccaaaattctttatgcagaaaacattgaacaatagtgaaatacaa
gi|7 : aagtttttggtattttgaatgtttagacggagcacgacaataaatatttttcaagactatgacagattgT----TT-TTA---------------C-T-TT-TA-TCAATAC----AATTTCAATG----GCATA---TATAAT-------TA--TAT-AAA-TAT-----GAT----ATCAGAA-GACC--A----AT--CGTGT--T--TT----T-G-T---GGTA-ATTA------------TGT----------TTT------GTT--TTT-GA--ACA-TTTG-TT--AAGT-AAA-ACG-----T------ATTTTA------CA------TC--A---AAA-----AC-TG-A-T-TG--TCA-A-TGGGGG-TAA---AT--T-----AA-T-GC--AA---A-T--TTAG-T----GTT--------GCCC--A-AT--A-CAGCAA-TA-------T-------T------TAGAT---------T---T-----------G------T--------------------T--CC--T---------A-T---A------AGCG---TAAACTATTGTA------ATAA---AACGT------TCAGCAT----T--TCTTTAT-ATA------GACA------GCT-GATAC--ACATTA----T-----------T--AA-ATA-----AAG-TGTT--T------TAC-AT-A--AATTTCTA--A--A------ATAAATT-TT----------ACCTATCAAACATTTTTGTTA-------T--TTCGA-GAAT--T-ACTC--A--A---CGGA-ATTTA--A--AAA----A------------TAAA-----TA-TTT-----T-ATCTAAC----AACT-A-AACCGACGACTGTTTA-A----CTATGTAT-----ACAT-AAT--------------T--G--TGCAT-TTT-TC-CTTCAAAATTTGTcagtttctgaagaagaaacaatatttcttacattttcctccatcaaaatattacattgaaacttccacgaaaaatcacctttttgcgagacaaattcaactgattttgacaaatgaatta
gi|8 : TT-TTT--G--GGC-GCAAGTTTCAGTCAA----A-G--G---T----AT----TT-TGG---------------C-T-TTATG-CAATTGC----AGTTTCAGTG----GCAAA---T----A-------TA--TC--AAC-TG------GAT----ATCAGAA-AATC--ACT--AT--T---T--T--TC----A-G-A---GGTA-AATAAA----A-AACTTGT----------TTT------ACT--TTT-GA--AAA-TCTG-TA--ATGT-AAA-AT-----CT------ATTTTA------CA------GT--A---AAC-----AT-TT-A-T-T---TTA-A-ACGGAG-AAA---ATAAC-----AA-A-AA--AA---A-T--TCA
gi|8 : g--A---AAA-----AC-TT-G-T-T---TTA-C-TTTTG--AAA---AT--CTGT--AA-T-GT--AA---AAT--CTAT-T-----TT--------------------A-CAGTAAACA-------T-------T------T-------------A---T---------------------------------------T--T---------------T---A------AACG---GAGAAAATAACA------AAAA---AAATTCATCCATCAAAGT----T--TTGCATT-AAA---------A------TTT---CCT--A----A----C-----------C--AA-ATC---------T-TT--T------ATT-GTGA--TA-----T--A--T------AT---TT-TT--------------------------T-TTA-------T--TAA-A-TAA---T-ATTC--A--A---ATGA-ATTTG--ACCAAA----A-------C-A---GAA-----C--TTT-----T-ATAT-AC----CACTAA-AA---AAGACTGTTCA-A----CTG---AT-----------AT--------------T--C--T---TGTTT-TC-CTCCAAATAGAGTGTTTACAAAA-TCAA-A-AATTGT--TCTCAACTAAAATTGCACCCAAAACAATtccatcaaagttttgcattaaaatttcctaaccaaatcttttattgtgatatatattttttttattaaataatattcaaatgaatttgaccaaaacagaacttttatataccactaaaaaagactgttcaactgatattcttgttttcctccaaatagagtgtttacaaaatcaaaaattgttctcaactaaaattgcacccaaaacaatatctagtaattttaattatttt
gi|9 : gtttttgggcgcaagtttcagtcaaaggtattttggctttatgcaattgcagtttcagtggcaaatatatcaactggatatcagaaaatcactatttttcagaggtaaata--G--GAC-GCGTGTTTCATTCAA----A-GTTGA--T----TT----CTATTGGAAAAAGGGGTGTAGC-T-TT-TA-TAGATAC----AAATTCAGTG----GCATG---T----T-------TA--TA--TAT-TT------AAT----ATGAGGC-GATC--A----AT--CGG-T--T--TT----A-A-T---GATA-AATTAA----A-----TAT----------TTT------AGC--TGT-GA--AAA-TCTG-TC--ATGT-TAA-ACG-AA-TT---------TTG------CA------GT--A---AAA-----AA-TG---T-T---TTA-A-GTGTGG-AAA----T--C-----AG-T-GC--AC---A-G--ACAG-CAAGAGTT--------GCCA--A-A---A-CA-------------------------------------------T---T-----------A-----------------------------------G--------A-T---A------G--------------TGTT------ATAA---ATCCT------TCAGCAT----T--TTGTAAA-ATA------GGCA------TTT-GACAC--A---T-----------------------ATC-----AAG-T-CT--T------AAC-AT-------------------------T---TTCTT----------A---------------T-TTATT-----T--TTC-A-TAA---T-GTTC---------CTAT-ATATC--A--AAACTGTG-------T-AT-TAAA------A-TTTGAGA-T-ATTT-A----------A-AA---AAAA--ATTCACAGGATTTG---AA-----ATAT-GAT--------------TTAT--T--ATATTT-Tatctagtaattttaattatttt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): GGCACATATCAAATAAAGTTTAGAAATAAGTATACTAAAAATAGTGTTTTTTCCCCAATATTCATCAATCAAAGTTTTGTGCTGATATTTCGCACAAAAATCATCCTTTTTGCGA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444444 111111111111 11111111111111111 111111111 1111 1111111111 333333333333333 11111 111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111111111111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 1111111 4444444444444444444444444444 11111 111111111 11 444444444444444444444444 1111111111 11111111 1 11 1 11
lowQualScore : 3 33 99 5 3 6666 2 0000000000000000000000000000000000000000 2 2 2 3 4444 0 4444 333 333333333333 44 555 00000000000000000 1 22 6666 222222222 66 3333 1 1 222 1 0 3333333333 7777777777 555555 44 1 22 111 1 22 1 1 333333333333333 0 444444 8888888888 222 55555555 1 1 1 444 3 66666 22 222 22 88888 1 1 22 444 1 44 1 55555 000000000 22 1 555 1 3 5555555 5555555 555555 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 22 77777777 2 333 666666 333 999999999 333 777777777 33 4444 77 0 2 999999 888888 2 555555555555555555555555 33 2 55555 2 2 22 666666 2 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44 8888 555555 44 44 555 3 2222222 3333333333333333333333333333 77777 6 3 333333333 3 555 6 1 3 7777 555 88888 00 000000000000000000000000 6666 1 44 9999999999 0 5 88888888 5 5 3 6 6 3 0 0 77 0 55
lowQualScore : . .. .. . . .... . ........................................ . . . . .... . .... ... ............ .. ... ................. . .. .... ......... .. .... . . ... . . .......... .......... ...... .. . .. ... . .. . . ............... . ...... .......... ... ........ . . . ... . ..... .. ... .. ..... . . .. ... . .. . ..... ......... .. . ... . . ....... ....... ...... ......................................................... .. .. ........ . ... ...... ... ......... ... ......... .. .... .. . . ...... ...... . ........................ .. . ..... . . .. ...... . ........................................................................ .. .... ...... .. .. ... . ....... ............................ ..... . . ......... . ... . . . .... ... ..... .. ........................ .... . .. .......... . . ........ . . . . . . . . .. . ..
lowQualScore : 6 99 66 7 0 1111 9 7777777777777777777777777777777777777777 4 1 1 4 2222 7 0000 333 555555555555 33 666 33333333333333333 7 44 1111 888888888 22 1111 7 6 888 6 8 4444444444 6666666666 000000 88 7 44 888 7 33 7 7 333333333333333 3 666666 1111111111 777 44444444 5 5 5 111 1 66666 22 888 22 44444 7 7 33 666 7 11 8 88888 444444444 55 8 000 8 5 9999999 9999999 222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99 99 66666666 1 777 111111 777 888888888 555 111111111 55 7777 55 2 4 111111 666666 2 111111111111111111111111 11 1 33333 1 1 99 111111 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 1111 777777 22 22 888 3 7777777 8888888888888888888888888888 33333 2 1 999999999 1 444 2 2 3 1111 888 33333 88 333333333333333333333333 9999 0 44 5555555555 2 0 11111111 0 0 3 7 7 2 8 0 22 0 88
consensus : NNNNTTATT-TTT--G--GGC-GCATGTTTCAGTCAA----A-GTTG---T----TT----TT-TTG---------------C-T-TT-TA-TAAATAC----AATTTCAGTG----GCATA---T----T-------TA--TA--AAT-TA------GAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--C---T--T--TT----A-G-T---GGTA-AATAAA----A-A---TGT----------TTT------ACT--TTT-GA--AAA-TCTG-TC--AAGT-AAA-ACA-AA-TT------ATTTTA------CA------GC--A---AAA-----AC-TG-A-T-T---TTA-A-TNGTGG-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AA---A-T--TTAG-T----GTT--------GCCA--A-A---A-CAGCAAACA-------T-------T------T-------------T---T-----------G------C--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGCG---TAAAATATTGTG------ATAA---AACTT------TCAGCAT----T--TCTTAAT-ATA------GGCA------TTT-GACAC--A---TA----T-----------T--AA-ATC-----AAG-T-TT--T------AAC-AT-A--CA-----A--A--A------AT---TT-TT----------A---------------TGTTA-------T--TTC-A-TAA---T-ATTC--A--A---CTGA-ATTTG--A--AAA----A-------T-AT-TAAA-----TATTT-----T-ATTT-AC----CACT-A-AA---AA-GACTGTTCA-A----CTG---AT-----ACAT-GAT--------------T--G--T--ATGTTT-TC-CTCCANAAATTGTGTT--------CGCAAAA-T--------CAA-A-AAAAA-TTG-TCTGAAAT-AAATCGC-CCCAAAACAAT
Reference ( family-576 ) : NNNNTTATT-TTT--G--GGC-GCATGTTTCAGTCAA----A-GTTG---T----TT----TT-TTG---------------C-T-TT-TA-TAAATAC----AATTTCAGTG----GCATA---T----T-------TA--TA--AAT-TA------GAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--C---T--T--TT----A-G-T---GGTA-AATAAA----A-A---TGT----------TTT------ACT--TTT-GA--AAA-TCTG-TC--AAGT-AAA-ACA-AA-TT------ATTTTA------CA------GC--A---AAA-----AC-TG-A-T-T---TTA-A-TNGTGG-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AA---A-T--TTAG-T----GTT--------GCCA--A-A---A-CAGCAAACA-------T-------T------T-------------T---T-----------G------C--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGCG---TAAAATATTGTG------ATAA---AACTT------TCAGCAT----T--TCTTAAT-ATA------GGCA------TTT-GACAC--A---TA----T-----------T--AA-ATC-----AAG-T-TT--T------AAC-AT-A--CA-----A--A--A------AT---TT-TT----------A---------------TGTTA-------T--TTC-A-TAA---T-ATTC--A--A---CTGA-ATTTG--A--AAA----A-------T-AT-TAAA-----TATTT-----T-ATTT-AC----CACT-A-AA---AA-GACTGTTCA-A----CTG---AT-----ACAT-GAT--------------T--G--T--ATGTTT-TC-CTCCANAAATTGTGTT--------CGCAAAA-T--------CAA-A-AAANA-TTG-TCTGAAAT-AAANCGC-CCCAAAACAAT
gi|1 : T--G--GGCCGCATGTTTCA-TCAA----A-AT-A---T----TT----TT-TTG---------------C-T-TT-TA-TGACTAC----AATTTCAGTG----G--------------------TA--TA--AAT-GA------G-------T--GGA-GATC--A----AT--C---TATT--TT----A-G-T---TGTA-AATAAA----A-A---TGT----------TT---------------------------G-TC--AAGT-AAA-ACA-AA-TT--------TTTA------CA------GC--A---AAA------C-TG-A-C-T---TT----TTTTAA-AAA---AC--CG----AA-T-GC--AA---A-T--TTAG-T----GTT--------GCCA--A-A---T-CATCGAACATTCAGATT-------T------T-------------T---T-----------GCAATAAC--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGCA---TTAAATA----------------------------------AT----T--TCTTAAT-ATA------GGCA------ACA-GACAC--A---TA----A-----------T--AA-ATC-----CTG-T-TT--T------AAT-AT-A--TA-----
gi|1 : tttgtagttattgtttggagcacatcatttcaacagtcttcatttttataaattacagaacctattggaAA---AAATT------TCAAAAT----T--T-TCAACCATC------AAAA------TTT-TACA-------------T-----------T--AA-A---------A-T-TTGCT------AAC-------CG-----A--A--ATC----ATCA-TT-CT----------G---------------TGATA-------T--TTC-AATAAG--C-ATTC--A--G---CTGA-TTTTGTCA--AAA----G-------------AAG-----TATTT-----TTATTT-AT----TA-T-C-GA---AA-GACTGCTCA-A----TTA---AT-----ACAA-GATATCCTACATACAGCT--G--T--ATGTTTGTC-TTCCATAAATTATGTT--------CGCAACA-T--------GAA-A-AACAA-TTG-ttctaaaaaaaaaaaaaatttcaaaattttcaaccatcaaaattttacattaaaatttgctaaccgaaatcatcattctgtgatatttcaataagcattcagctgattttgtcaaaagaagtatttttatttattatcgaaagactgctcaattaatacaagatatcctacatacagctgtatgtttgtcttccataaattatgttcgcaacatgaaaaacaattgct
gi|10 : tttgtagttattgtttggagcacatcatttcaacagtcttcatttttataaattacagaacctattggatgggccgcatgtttcatcaaaatatttttttgcttttatgactacaatttcagtggtataaatgagtggagatcaatctattttagttgtaaataaaaatgtttgtcaagtaaaacaaatttttacagcaaaactgactttttttaaaaaaccgaatgcaaatttagtgttgccaaatcatcgaacattcagattttttgcaataacttctgataggcattaaataatttcttaatataggcaacagacacataataaatcctgttttaatatatattctaaaaaaaaa-TTT--GA-GGT-GCAAGTTTGAACTAA----ATGTTGATGT----TT----TT-CCA---------------C-T-TT-TA-TGAATAC----AATTT----G----GTATA---A----T-------AAA-TA--AAT-TATTATTTGATTATTATCAGGA-GAAA--A----AT--C---T--T--TTT---A-G-T---GGTT-AATAAA----T-A---TAT----------TTT------ACT--TTC-AA--AAC-CTTA-TC--AAG-------CA-AA-TC-------------------------------------------C-TG-A-T-T---TTCTA-TGG-GG-AAA---AG--C-----AA-T-GC--AC---A-T--GAGG-T----GCT--------ACCA--A-A---A-TAGCAAACA-------T-------T------TAAA----------TA--T-----------G------T--------------------T--TCCATA--------A-CTTCA------GGCAGGTTAAAATATTGTGTGGGAAAAAA---AA---------TCCGCAT----T---CTTATT-ATA------GGTA------TTT-GACAA--A---CA----T-----------T--AA-ATC-----CAG-T-TT--T------AAC-AT-A--ct
gi|11 : tgTT-TTT--G--GTT-GCCTGATTCAGCCAA----A-G--G---TAAAAT----------A---------------C-T-CT-AA-TAAAAAC----AATCTCAGTGCTGTGTATA---TAA--T-------TA--TATTAAT-TA------TAT----ATCAAGA-GAGC--A----AT--CGT-T--T--TC----A-G-T---TGCA-AATAAA----A-A---TG-----------TTT------ATT--TTT-GA--AAATTTTG-TC--AAGT-ACA-CC------------------C------CA----------A---AAA-----AA-TA-A-T-T---TTA-A-TTGTTG-AAA---AT--C-----AA-T-AC--AA---C-T--TTGA-T-----------------------------------ATA-------T-------T------T-------------A---C------------------C--------------------T--TC--TG--------A-C---A------GGTG---TAAAATATTGCG------ATAA---AACTT------TCA-----------------------------GCA------TTT-GATAC--A---TT----T-----------T--AACATC-----AAGAT-TT--TGCTATGAAA-AT-AGCCA-----ACCA--A------A-----G-TC----------A---------------TG-TA-------T--T---A-TGA---T-ATTTCAA--A---AAGT-ATTT-------------A-------T-AT-GAAC-----TA--T-----T-ATTT-AC----CACT-ACAA---AA-GACTGTTCA-A----CTG---AT-----ACAT---T--------------T--G--T--atttccgattttttttgtgcaagttcttcatccatcactcatttgcattcaattctcctactaaaatcatccgct
gi|12 : tatccaaaccatT-TTG---------------CCT-TT-TG-TTAATACTGTAAACATCAGTG----GCATA---T----TACATGTATA--TA--AAT-TA------GCT----ATCAGAA-GGTC--A----GT--C---TCCT--TT----A-G-T----TTA-AACAAAATTTA-A---TTC----------TTTGTAGTGACT--TTT-GA--AAG-GCTG-TC--AAGTAAAA-ACA-A----------ATTTTA------CA-------C--A---AAA-----AC-TG-A-T-T-------A-TC-----AAA---AT--T-----GA-T-GC--AA---A-A--CGGG-G----G-------------A--A-A---A-AAGCAAACA-------T-------T------T-------------T---G-----------A------CATATTCCAATATCTTCTGAGT--TC--TG--------A-C---A------GATG---TAAAATTTTGTG------TTAT---CATTT------ACA-CAG----TA-TCTTGAT-ACA------GGCA------TTT-GACAC-------A----T-----------C--AA-ATT-----AAG-T-TT--T------AAC-AT-A--ttt
gi|13 : ctattgtttggggagcaagccA------TTT-TACACCAA---TA----T-----------TTTAC-ATT-----GAA-A-TT--T------ACCCAT-A--CG-----A--ATCAT-----AT---TT-TT----------G---------------TGGTA-------T--TTCCA-TAAG--T-ATAC--A--A---CTGATATT-------AAA----G-------T-AT-T-----------TT-----T-ATTT-AC----TGCT-G-AA---AATGAGTGCTCA-G----TTG---AT-----ACAT-AAT--------------C---------TGTTT--A-CTTTGTGAATTGTTTT--------C---AAA-T--------TAA-ATAAAAA-TTG-TCTG-AGT-CAATCAC-CCT-GAACAATatggtatatattttt
gi|14 : caaacattcagatattttgcaataacttccacaaggcacaaaatattttgattaatcattcagcatataagtgaatgcctaactttatacagttttaaaaaaattctggaaaatagtcaaaatTATT-GTTCAG--GGC-ACATGTTTCAACCAA----A-GTT----------T----TT-CTG-----------------T-TT-TG-T------------TTT-----------------T----T-------TC--TA--AG---A------GAG----AGAGAGA-GATG--AGTACAT--T---T--T--TTG---A-G-T---GTTA-AAT--------------------------CTT------ACT--TTT-GATAAAA----G-TC--GAAT-AAGGACA-A-----------TTTTA------CA------GT--A---AAA-----AC-TGTA-T-T---TGA-A-CTG-GT-AAA---TT--C-----AA-T-GC--AA---A-TA-TTA--T----GTT--------GTTA--T-G---A-CAACACACA-------TCTAAATAT------T-------------T---T-----------GCAGTAAC--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GATG---TAAAATATTGGG------ATAA---AGCTaag
gi|15 : ggttattgcatcaacaattttaacatcatgtcaaattactcacTA-TC--AAGT-AAA-ACG-A--TT------GTT--A------CA------GT--A---AAA-----CT-TT-A-T-T---TTA-AGTTG-GG-AAA---AT--A-----AA-T-GC--AA---A-TATTTAGAT----ATT---------TTG--A-A---A-TA----ACA-------T-------C------T-------------T------------------------------------------------------------A-T---A------GGCG---TAA----TT-----------------AGTT--------AGCGT----TC-TTTTAAT-AAA------GGCA------TTT-GATAC--A---CA----T-----------C--AA-ATC-----AAG-T-TT--T------AAA-AT-G--C------------------------TT-TT----------A---------------T-TGAAAACGACT--CTC-A-GAA---T-TTTC--ATCA---TCAA-AATTG--G--CAA----ACAAT---T-AC-TGGT-----TGTTT-----T-ATTT---------TT-A-AA---AA-AAattatgtacacataattatgtttttatata
gi|16 : tagaT-TA-TAAATAC----ATTTTTAATG----ACATA---G----A-------TA--TA--AAT-AG------GAT----ATCAG----ATC--A----AT--C---A--T--TT----AAG-C---GGTA-ACTA--------------T----------TTT------CCT--TTT---------------C--AA-T-GAT-ATA-A--TT------A----A------CA------TC--G---AAA-----AT-TA-A-T-T---TTA-A-ATGCGG-TAT---AT--A-----AA-T-AA--AC---A-C--TTTG-T----ATT--------GCCA--ACG---A-TAAGAAACA-------T-------T------T-------------T---------------G------A--------------------TAATC--TGTATATATAA-C---A------GGCG---TAAAATAGTGTG------ATAC---TATTT------TCAGCGTAAAGTGATATTGGT-ATAT-----GACA------TTT-GACGT--A---TA----T-----------T--TG-ATC-----AAA---TT--T------AAT-AT--------------A--A------AT---TT-CT----------tcatgaatttaataaaaaaaaaatgaagtatttttatttaccaataaaaagggtttactt
gi|17 : TTATT-TG---G--GGT-GCATGTTTCAGTCAA----A-GTT---------TA----TT-TGG---------------C-T-TT-TA-TAAATAA----AATTTCTTTG----GCACAAATT----T-------T-------AAT-TA------GAT----ATTAGGA-GATC--A----AT--A---T--T--TT----A-ACT---GGTT-AATAAA----T-A---TGT----------TTT------ACT--TTC-GA--AAT-CCTG-TA--GAGT-GAA-ACA-A----------ATTTTA------CA------GC--A---AAA-----GC-TA-ATT-T---TTG-A-TGG-AG-AAA---AT--C-----AA-T-GCAAAA---A-T--TTAG-C----ATT--------GCCA--A-A---A-CAGCAAGCA-------T-------C------T-------------
gi|18 : A--TA--AATCTA------G-T----A-CAAGATGATT--A-----T--C---TC-T--TT----A-G-T---GATA-A----------------GT----------TCT------AGA--TTT-AA--AAA-TCTT-TG--TAAT-CAA-ACA-AA---------ATTT-A------TA------GC--A---AAA-----AC-TG-A-CAT---TGA-A-TGG-GT-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AA---C-T--TTAG-T----GCCG-------GCAA--A-A---A-AAGCAAACA-------T-------TAAGATAT-------------C---T-----------GCAGTCAC--------------------T--TC--TG--------A-C---A------GGCT---AAAAATAATGTT------ATAA---AACTT------TCAGCAT----C--Tagatatattacaatattaactgttaataggtg
gi|19 : tttcacattgtaacaaacattgtcaagcaac-TT----------G---------------TGATA-------C--TTC-A--AA---C--CTC--A--A---CTGA-CTTTG--T--AAA----A-------T-G---AAG-----TCTTT-----TTATTT-ACTT--CAG--A-AA---AA-GAC-----A-A----TTG---AA-----ATAT-AGT--------------T-----T--ATAT--------CAATAAATTGTGTT--------CACAATG-C--------CAG-G-AAAgaaatatgaagatgt
gi|2 : tcaaaaatctcgtacatctagatattgcatatcaatcggccaaccaaaaatgaaaatcatccta-TTG--G--GGC-GCATGTTTAAGTAAATAAAA-G--A---T----TT----TT-TTG---------------G-TATT-GA-TTAATAA----AATGTCAGTG----GCATA---T----T-------TA--TT--AAT-TA------GAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--TA--T--T--TTA---A-G-T---GGTT-AACAAA----ATA---TGT----------TTA------ATT--TTT-GA--AAA-TCTT-TT--CAAT-ACA-ACA-AAGTT------GTTTT
gi|2 : c----GCATG---T----T-------TAAGTA--AAT-------------------AAAA-GAT---------T--T---T--T--TT----G-G-TATTGATT-AATAAA----A-----TGTCAGTGGCATATTT------ATTAATTA-GA--------TA-TC--AGG---AG-ATC-AA-TT------ATTTTAAGTGGTTA------AC--A---AAA-----TA-TG-----T---TTA-A-TTTTTG-AAA---AT--CTTTTCAA-T-AC--AACAAA-G--TT-G-T----TTTCTTTCCTTGCCA--A-A---A-CTGCAAACA-------T-------T------TAGATCTT------T---T-----------A------CACTATTT-------------T--TC--TT--------A-T---A------AGCA---TAAACTATTGTT------ATAA---AATAT------T----AT----T--TCTTAGT-ATA------GGCA------GTT-GACACA-A---TA----T-----------T--AA-ATC-----AAG-C-TA--T------AAA-AT--------------A--A------AT---TT-TT----------A---------------ctttccttgccaaaactgcaaacatttagatcttttacactatttttcttataagcataaactattgttataaaatattatttcttagtataggcagttgacacaatattaaatcaagctataaaataaatttttaaacagttttctttaaaacggtcatccatcgaaattttgcattgaaaaaaatacacccaccaaaatcaccaccgactaaaatcatcttttttacaatatttcaataattattcaatggattttgaaaaattaaatatttgtatttatatgacacttaaaacaactgtttaactgatctataacataatatggtcttgttccataaactgtgtttgcaaagtaaagaaaaaataggctgaaatacacgcctcaaaca
gi|2 : cttggggcT---TT-TT----------A---------------CAATA-------T--TTC-AATAA---TTATTC--A--A---TGGA-TTTTG--A--AAA----A-------T----TAAA-----TATTTG----T-ATTT-ATATGACACTTA-AA---AC-AACTGTTTA-A----CTG---ATCTATAACAT-AATA-------------T--G-------GTCT-TG-TTCCATAAACTGTGTT--------TGCAAAG-T--------AAAGA-AAAAA-TAG-GCTGAAAT-ACA-CGC-CTCAAAaacagttttctttaaaacggtcatccatcgaaattttgcattgaaaaaaatacacccaccaaaatcaccaccgactaaaatcatcttttttacaatatttcaataattattcaatggattttgaaaaattaaatatttgtatttatatgacacttaaaacaactgtttaactgatctataacataatatggtcttgttccataaactgtgtttgcaaagtaaagaaaaaataggctgaaatacacgcctcaaaca
gi|20 : cttggggcgcatgtttaagtaaataaaagatttttttggtattgattaataaaatgtcagtggcatatttattaattagatatcaggagatcaattattttaagtggttaacaaaatatgtttaatttttgaaaatcttttcaatacaacaaagttgttttctttccttgccaaaactgcaaacatttagatcttttacactatttttcttataagcataaactattgttataaaatattatttcttagtataggcagttgacacaatattaaatcaagctataaaataaatttttaaacagttttctttaaaacggtcatccatcgaaattttgcattgaaaaaaatacacccaccaaaatcaccaccgactaaaatcatctATAT----AATTTTCGTG----GCATA---T----A-------TA--CA--AAT------------------CAGGA-GATT--A----AT--AAA-T--C--TC----A-G-C---GGTATAAAAAA----A-A---T------------TTT------ACT--TTT-AG--AAA-TTGG-TT--GAGT-AAA-ACA-A---T------A----A------CA------ACAAA---AAA-----AC-TA-A-T-T---TCA-A-TA-TGC-AAT---GT--C-----AA-T-GC--AAT--C-T--TTTA-T-----TT--------GCTA--A-A---A-CATCAAGCA-------C-------T------T-------------ca
gi|21 : TTATTGTTT--GT-GGC-ACATGTCTGCGCCAA----A-TGTG---T----TT----TG-TTGAA-------------T-T-TT-TA-TT--TAC----AGACTCAATG----GCATG---T----T-------TA--TT--AAT-AA------GAT----ATCAGAA-GACC--A----AT--C---T--T--TTTGA-A-A-T---GGTA-AAT-TA----A-A---TGT----------TT--------CTTATTT-GA--AAA-TATG-CC--AAGT-AAA-ACA-AA--T------A--TTA------CA------GC--A---TAA-----AT-TT-A-T-T---Tggatagattgca
gi|22 : ---T----TT----TT-TTGT--------------C-T-TT-TAATAAATAC----AATTTTAGTG----GCATA---T----T---------------AAC-TA------GTT----ATAAGGA-GATCAAA----AG--T---T--T--TG----A-G-T---GATC-AAT--A----A-A---TGT----------TTT------ACT--TGT--C--AGG-TCC--TCAAAAGT-AAA-ACA-TT-TT------ATTTTA------TAATTTTTGC--ATCGAAA-----AC-TT-A-T-T---ATA-A---ATGG-AAAAACAT--C-----AA-TGGC--AA---
gi|23 : tt--------------------T--TC--CA--------A-T---A------GACG---TGAAATATAAGG------TTAA---AGCTT------CCAGCAT----T--TCTTAAA-ATA------AGCA------TTC-GCTGC--T---TA----------------T--AA-ATA-----AGA-T-TT--T------AGC-AT-A--CA-----C--A--T------AT---AT-TTCTGGAAAAAGG---------------TGTT--------T--TTT-T-TAA---T-GTTC--A--
gi|24 : tgttggcaagtacagtacatttttagatgttttttaattaat-T---GGTA-AATAAT----A-----TGT----------TTT------TCT--AGA-GA--AAA-TATG-CC--AAGT-AAA-ACA----TT------TTTCT-------C-------GT--A---ATA-----TA-TG-A-T-T---TTA-A-TGG--G-GAA---AT--C-----AA-T-GC--AT---A-T--TTAG-T----GCT--------GCCA--A-A---T-CAGCAAACA-------T-------T------TAAATATTTTGTAAT---T-----------A------C--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGTG-----AAATGTTATG------ATAA---AATAT------TCAtcca
gi|25 : -T-T---TTACA-TGG-GA-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AG---A-T--TCAG-T----GTTT-------GCCT--A-A---A--ATCAAATA-------T-------T------CAGA----------T---A-----------A------C--------------------T--TC--TG--------AAT------------TG---TATAATTTTGTG-------TAATTTAACAA------TCTGCAT----T--TATTAAT-ATA------GGTT------TTT-TACAC--A---TA----T-----------C--AA-ATC-----ATG-T-TT--T------AAT-A
gi|26 : ac-----T-ATTT-AC----CATTTA-AA---GA-GACTGTTAA-A----CTG---AT-----GCAataattt
gi|27 : catttgatacaaacatagtttttatatgaaaaatgaagtgaactttcttaccaaaaaatcatattttgtgatgtttaaaaaagTCAGAA-AATT--A----TT--T---T--TG-TT----A-G-T---GATC-AATAAA----A-----TGT----------TTT------ACT--TTTTGA--AAA-TCTG-TT--ACGT-AAA-ACA-A----------ATTTTA------CA------GC--A---ACA-----TT-TT-A-T-T---TTA-A-CTGGGC-AAA---AT--C-----atttttaacaa
gi|29 : ------ACTTTA------CT------GC--A---AAACCAAAAC-TT-A-T-T---TTG-A--AATGA-CAA---AC--C-----AAAT-GC--AA---A-A--TTAA-T----GTT--------GCCA--A-ACGTA-CA-C-AACA-------T-------T------T-------------ttaaaatgatcagcattggca
gi|3 : aataca-TTT--G--AGTTACATGTTACACTAAA----A-G--G---C----TT----TT-CAA---------------C-T-TT-TA-TCTATTC----AATTTCAGCA----GTATA---T----G-------TA--TA--AAT-TA------AAT----ATCAGGA-GATC--A----TT--T---T--T--TTTTTTA-A-T---GGTA-AATA------------TGT----------TCT------ACT--TTT-GT--AAA-TATG-CA--AAGT-AAA-ACA-AA-T-------ATT--A------CA------TG--A---AAA-----AC-TG-A-T-TATTTTA-A-TGAGGG-TAA---AT--C-----AA-T-GC--AT---A-T--TTAG-T----GTT--------AC-ATTA-A---A-CAACAAACA-------T-------T------TATATATT------T---T-----------A------CAATAAC--------------T--GC--TG--------A-T---ACAAATAGGGG---TAAAATGTTGT--------TAA-------------------------C--TCTTAAT-ATT------GGCA------TTT-GACAT--A---TA----CACATGTAGTAGT--AA-AAC-----AAG-T-TT--T------AAC-AT----CA-----G--A--A------ATAG-TT-TCCAA-------A---------------TGTTagatatatttcaattacatgatatgc
gi|3 : tactgA-ATG-----AAA-T-TT----------GC-AC-A--CA-----A--A--A------ATCGTTT-TT----------T---------------TGTTA-------TATTTG-A-AAAAAGT-CTTT--A--G---CTAA-ATTAG--A--AAA----A-------TGATGT--------TTTTT-----T-ATTT-AC----CACTGA-GA---AA-GAC--TTCA-T----CTG---AT-----ACTTAGAT--------------T--G--T--A-GTTT-TC-CTCCAAAAA---TGTT--------CAAAAAT-T--------CAC-A-Acacccaacaatcttttggaatgaaatttgcacacaaaaatcgtttttttgttatatttgaaaaaagtctttagctaaattagaaaaatgatgtttttttatttaccactgagaaagacttcatctgatacttagattgtagttttcctccaaaaatgttcaaaaattcacaatcatcccaaccagtaagcat
gi|30 : tactgtttgagttacatgttacactaaaaggcttttcaacttttatctattcaatttcagcagtatatgtataaattaaatatcaggagatcatttttttttttaatggtaaatatgttctacttttgtaaatatgcaaagtaaaacaaatattacatgaaaaactgattattttaatgagggtaaatcaatgcatatttagtgttacattaaacaacaaacatttatatattttacaataactgctgatacaaataggggtaaaatgttgttaactcttaatattggcatttgacatatacacatgtagtagtaaaacaagttttaacatcagaaatagtttccaaatgttcacccaacaatcttttgg-TTT--A--GCC-GTATGTTTCAGTCAA----A-GTT----T----TT----T----------------------T-TT-TA-CGACTAT----AATTTCAGCG----GCATA---T----A-------TA--TC--AA--TA------TAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--C---C--TGATT----A--------GTC-AATAAA----A-tcatcccaaccagtaagcat
gi|31 : TT--A--GCC-GTATGTTTCAGTCAA----A-GTT----T----TT----T----------------------T-TT-TA-CGACTAT----AATTTCAGCG----GCATA---T----A-------TA--TC--AA--TA------TAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--C---C--TGATT----A--------GTC-AATAAA----A-
gi|32 : ---T--T--TT----A-G-T---GGTC-AATAAA----A-A---TGT----------TTC------ACT--TTT-AA--AAG-TCTG-TC--AAGT-AAA-ACA-GG-TGAAACAAATTTAA------CA------G---A---AAA-----ACATG-A-T-C---TTA-
gi|33 : tgtcta------ATTTTA------CA------AC--A---AAT------C-TG-A-T-T---TTA-A--AATAACAAA---AT--T-----GA-T-GC--AA---A-T--TAAT-TT---GTT--------TCCA--A-A---A-CAGCAGACG-------T-------T------
gi|4 : aaacTTACT-TTT--GCTGGC-ACATGTTTTATTTTA----A-GTTG---T----TTGTTTTT-TTT---------------C-T-TT-TA-TAAATAC----AATTTCAGTG----GCATA---T----T-------TA--TG--AAT-TA------AAT----ATCAGGA---TC--A----ATAGC---T--A--TT----A-G-T---GGTA-AACAAA----A-A---TGT----------TTT------GTC--TGT-AA--AAA-TATG-TT--GTGT-AAA-ACATAA-TT------ATTTTA------CA------GC--A---AAA-----AC-TA-A-T-T---TTA-A-TAGTGG-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AA---A-T--TTAG-A----GTT--------GCCA--A-A---A-CAGCAAATA-------T-------T------T-------------T---T-----------G------C--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGTG---TAAAATATTCTG------CTAA---AACTT------TCAGCAT----T--TCTTAAT-GTACAAGTTGGCA------TTTAGACAA--A---TA----T-----------T--AA-ATC-----AAG-T-TT--T------AAC-AT-A--CAC----AC-A--A------GT---TT-TT----------A---------------TATTA-------T--TTC-A-TTG---T-ATTC--A--A---TTGA-ATTTG--A--AAA----A-------T-AT-TAAA-----TATTT-----T-ATTT-AC----CACT-A-AA---TT-GATTGTTCA-A----CTG---AT-----ATAT-GAT--------------T-----T--ATGTTT-TT-CTCCAAAAAC--TCTT--------CACAACATT--------CAA-A-CAACCTTTG-TCTGAAAC-AAAG-GC-CC--AAACAATcata
gi|5 : atag-TG-TAAATAC----AATTTTAGTG----GCATA---T----T-------TA--TG--AAT-TG------GAA----AT----A-TAT--------AT--T---G--T--TT----A-T-T---GATA-AATAAA----G-A---TGT----------TTC------GCT--TTT-GC--AAA-TCCGTTC--AATA-AAA-AC-------------ATTTTA------CA------AT--A---AGT-----A--TG-A-T-T---TCA-A-TTA-GC-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AA---A-T--TCAT-G----GTT--------ACCA--A-A---AGCAGCAAACA-------T-------T------T-------------TAGATATTTTCCAATAG------C--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGCG---TAAAATATTTTG------CTAA---CA-TT------TTAGAAT----T--TCCAAAT-GTA------GGCATTCTGTTTT-GTTTT--T---TAAAGTT-----------T--AA-ACTTAACAAAA-C-TT--T------AAA-AA-A--CA-----A--A--ACAGAACAT---TT-----------------------------TGGCA-------A--CTC-G-CAA-----ATTG--A--AATTCTGC-ATT-------AAA----GTTTTGGCT-AT-TAAAAACACCATTTTGTGAT-ATTT--C----CACT-C-AA---AGTGATTGTTCA-G----TTG---AT-----TCCT---T--------------T--ATCT--ATGTTT-TCACTCCATAAATTGTTTTTATAACCCCCCAAAA-TTCTTTATGCAG-A-AAACA-TTG-gaaatggaagataactataatcttataat
gi|6 : T-TTT--G--GGG-TCGTGTTTCATTCCA----A-GAC----------T----TT-TTG---------------C-T-TT-T--TAAATAC----GATTT-----------------------------------------------------------CGGGA-GATG--G----AT--C---C--T--TTC---A-G-T---GGTA-AATAAA----A-----TGT----------ATT------ATA--TTT-GA--GAG-TCTA-TC--AAGC-AAA-A-------------------------------------------AA-----AG-TG----------TA-A-TTGTGG-AAA---AT--C-----AC-T-GC--TA---A-T--ATAC-T----GTT--------GGTA--A-A---A-CAGCAAACA-------T-------T------TGGATAGT------T---T-----------G------CAATGATAAA-----------T--CC--CG--------A-T---T------TGAG---TAAAATACTA-G------ATAA---AACTT------TTACTAT----T--TCTTGAT-ATA------GGCAT-----TTT-GGCAC--A---TA----T-----------T--AA-ATA-----AAA-T-TT--T------AGC-AT-aacaatagtgaaatacaa
gi|7 : aagtttttggtattttgaatgtttagacggagcacgacaataaatatttttcaagactatgacagattgT----TT-TTA---------------C-T-TT-TA-TCAATAC----AATTTCAATG----GCATA---TATAAT-------TA--TAT-AAA-TAT-----GAT----ATCAGAA-GACC--A----AT--CGTGT--T--TT----T-G-T---GGTA-ATTA------------TGT----------TTT------GTT--TTT-GA--ACA-TTTG-TT--AAGT-AAA-ACG-----T------ATTTTA------CA------TC--A---AAA-----AC-TG-A-T-TG--TCA-A-TGGGGG-TAA---AT--T-----AA-T-GC--AA---A-T--TTAG-T----GTT--------GCCC--A-AT--A-CAGCAA-TA-------T-------T------TAGAT---------T---T-----------G------T--------------------T--CC--T---------A-T---A------AGCG---TAAACTATTGTA------ATAA---AACGT------TCAGCAT----T--TCTTTAT-ATA------GACA------GCT-GATAC--ACATTA----T-----------T--AA-ATA-----AAG-TGTT--T------TAC-AT-A--AATTTCTA--A--A------ATAAATT-TT----------ACCTATCAAACATTTTTGTTA-------T--TTCGA-GAAT--T-ACTC--A--A---CGGA-ATTTA--A--AAA----A------------TAAA-----TATTT-----T-ATCTAAC----AACT-A-AACCGAC-GACTGTTTA-A----CTATGTAT-----ACAT-AAT--------------T--G--TGCAT-TTT-TC-CTTCAAAATTTGTcagtttctgaagaagaaacaatatttcttacattttcctccatcaaaatattacattgaaacttccacgaaaaatcacctttttgcgagacaaattcaactgattttgacaaatgaatta
gi|8 : TT-TTT--G--GGC-GCAAGTTTCAGTCAA----A-G--G---T----AT----TT-TGG---------------C-T-TTATG-CAATTGC----AGTTTCAGTG----GCAAA---T----A-------TA--TC--AAC-TG------GAT----ATCAGAA-AATC--ACT--AT--T---T--T--TC----A-G-A---GGTA-AATAAA----A-AACTTGT----------TTT------ACT--TTT-GA--AAA-TCTG-TA--ATGT-AAA-AT-----CT------ATTTTA------CA------GT--A---AAC-----AT-TT-A-T-T---TTA-A-ACGGAG-AAA---ATAAC-----AA-A-AA--AA---A-T--TCA
gi|8 : g--A---AAA-----AC-TT-G-T-T---TTA-C-TTTTG--AAA---AT--CTGT--AA-T-GT--AA---AAT--CTAT-T-----TT--------------------A-CAGTAAACA-------T-------T------T-------------A---T---------------------------------------T--T---------------T---A------AACG---GAGAAAATAACA------AAAA---AAATTCATCCATCAAAGT----T--TTGCATT-AAA---------A------TTT---CCT--A----A----C-----------C--AA-ATC---------T-TT--T------ATT-GTGA--TA-----T--A--T------AT---TT-TT--------------------------T-TTA-------T--TAA-A-TAA---T-ATTC--A--A---ATGA-ATTTG--ACCAAA----A-------C-A---GAA-----C-TTT-----T-ATAT-AC----CACTAA-AA---AA-GACTGTTCA-A----CTG---AT-----------AT--------------T--C--T---TGTTT-TC-CTCCAAATAGAGTGTT--------TACAAAA-T--------CAA-A-A---A-TTGTTCTCAACTAAAATTGCACCCAAAACAATtccatcaaagttttgcattaaaatttcctaaccaaatcttttattgtgatatatattttttttattaaataatattcaaatgaatttgaccaaaacagaacttttatataccactaaaaaagactgttcaactgatattcttgttttcctccaaatagagtgtttacaaaatcaaaaattgttctcaactaaaattgcacccaaaacaatatctagtaattttaattatttt
gi|9 : gtttttgggcgcaagtttcagtcaaaggtattttggctttatgcaattgcagtttcagtggcaaatatatcaactggatatcagaaaatcactatttttcagaggtaaata--G--GAC-GCGTGTTTCATTCAA----A-GTTGA--T----TT----CTATTGGAAAAAGGGGTGTAGC-T-TT-TA-TAGATAC----AAATTCAGTG----GCATG---T----T-------TA--TA--TAT-TT------AAT----ATGAGGC-GATC--A----AT--CGG-T--T--TT----A-A-T---GATA-AATTAA----A-----TAT----------TTT------AGC--TGT-GA--AAA-TCTG-TC--ATGT-TAA-ACG-AA-TT---------TTG------CA------GT--A---AAA-----AA-TG---T-T---TTA-A-GTGTGG-AAA----T--C-----AG-T-GC--AC---A-G--ACAG-CAAGAGTT--------GCCA--A-A---A-CA-------------------------------------------T---T-----------A-----------------------------------G--------A-T---A------G--------------TGTT------ATAA---ATCCT------TCAGCAT----T--TTGTAAA-ATA------GGCA------TTT-GACAC--A---T-----------------------ATC-----AAG-T-CT--T------AAC-AT-------------------------T---TTCTT----------A---------------T-TTATT-----T--TTC-A-TAA---T-GTTC---------CTAT-ATATC--A--AAACTGTG-------T-AT-TAAA------ATTTGAGA-T-ATTT-A----------A-AA---AA-AA--ATTCACAGGATTTG---AA-----ATAT-GAT--------------TTAT--T--ATATTT-Tatctagtaattttaattatttt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): GGCACATATCAAATAAAGTTTAGAAATAAGTATACTAAAAATAGTGTTTTTTCCCCAATATTCATCAATCAAAGTTTTGTGCTGATATTTCGCACAAAAATCATCCTTTTTGCGA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444444 111111111111 11111111111111111 111111111 1111 1111111111 333333333333333 11111 111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111111111111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 1111111 4444444444444444444444444444 11111 111111111 11 444444444444444444444444 1111111111 22222222222222 1 11 1 11
lowQualScore : 3 33 99 5 3 6666 2 0000000000000000000000000000000000000000 2 2 2 3 4444 0 4444 333 333333333333 44 555 00000000000000000 1 22 6666 222222222 66 3333 1 1 222 1 0 3333333333 7777777777 555555 44 1 22 111 1 22 1 1 333333333333333 0 444444 8888888888 222 55555555 1 1 1 444 3 66666 22 222 22 88888 1 1 22 444 1 44 1 55555 000000000 22 1 555 1 3 5555555 5555555 555555 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 22 77777777 2 333 666666 333 999999999 333 777777777 33 4444 77 0 2 999999 888888 2 555555555555555555555555 33 2 55555 2 2 22 666666 2 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44 8888 555555 44 44 555 3 2222222 3333333333333333333333333333 77777 6 3 333333333 3 555 6 1 3 7777 555 88888 00 000000000000000000000000 6666 1 44 9999999999 0 55555555555555 99 6 3 0 0 55 0 55
lowQualScore : . .. .. . . .... . ........................................ . . . . .... . .... ... ............ .. ... ................. . .. .... ......... .. .... . . ... . . .......... .......... ...... .. . .. ... . .. . . ............... . ...... .......... ... ........ . . . ... . ..... .. ... .. ..... . . .. ... . .. . ..... ......... .. . ... . . ....... ....... ...... ......................................................... .. .. ........ . ... ...... ... ......... ... ......... .. .... .. . . ...... ...... . ........................ .. . ..... . . .. ...... . ........................................................................ .. .... ...... .. .. ... . ....... ............................ ..... . . ......... . ... . . . .... ... ..... .. ........................ .... . .. .......... . .............. .. . . . . .. . ..
lowQualScore : 6 99 66 7 0 1111 9 7777777777777777777777777777777777777777 4 1 1 4 2222 7 0000 333 555555555555 33 666 33333333333333333 7 44 1111 888888888 22 1111 7 6 888 6 8 4444444444 6666666666 000000 88 7 44 888 7 33 7 7 333333333333333 3 666666 1111111111 777 44444444 5 5 5 111 1 66666 22 888 22 44444 7 7 33 666 7 11 8 88888 444444444 55 8 000 8 5 9999999 9999999 222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99 99 66666666 1 777 111111 777 888888888 555 111111111 55 7777 55 2 4 111111 666666 2 111111111111111111111111 11 1 33333 1 1 99 111111 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 1111 777777 22 22 888 3 7777777 8888888888888888888888888888 33333 2 1 999999999 1 444 2 2 3 1111 888 33333 88 333333333333333333333333 9999 0 44 5555555555 2 11111111111111 22 7 2 8 0 88 0 88
consensus : NNNNTTATT-TTT--G--GGC-GCATGTTTCAGTCAA----A-GTTG---T----TT----TT-TTG---------------C-T-TT-TA-TAAATAC----AATTTCAGTG----GCATA---T----T-------TA--TA--AAT-TA------GAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--C---T--T--TT----A-G-T---GGTA-AATAAA----A-A---TGT----------TTT------ACT--TTT-GA--AAA-TCTG-TC--AAGT-AAA-ACA-AA-TT------ATTTTA------CA------GC--A---AAA-----AC-TG-A-T-T---TTA-A-TNGTGG-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AA---A-T--TTAG-T----GTT--------GCCA--A-A---A-CAGCAAACA-------T-------T------T-------------T---T-----------G------C--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGCG---TAAAATATTGTG------ATAA---AACTT------TCAGCAT----T--TCTTAAT-ATA------GGCA------TTT-GACAC--A---TA----T-----------T--AA-ATC-----AAG-T-TT--T------AAC-AT-A--CA-----A--A--A------AT---TT-TT----------A---------------TGTTA-------T--TTC-A-TAA---T-ATTC--A--A---CTGA-ATTTG--A--AAA----A-------T-AT-TAAA-----TATTT-----T-ATTT-AC----CACT-A-AA---AA-GACTGTTCA-A----CTG---AT-----ACAT-GAT--------------T--G--T--ATGTTT-TC-CTCCANAAATTGTGTT--------CGCAAAAT--------CAA-A-AAAAA--TTG-TCTGAAAT-AAATCGC-CCCAAAACAAT
Reference ( family-576 ) : NNNNTTATT-TTT--G--GGC-GCATGTTTCAGTCAA----A-GTTG---T----TT----TT-TTG---------------C-T-TT-TA-TAAATAC----AATTTCAGTG----GCATA---T----T-------TA--TA--AAT-TA------GAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--C---T--T--TT----A-G-T---GGTA-AATAAA----A-A---TGT----------TTT------ACT--TTT-GA--AAA-TCTG-TC--AAGT-AAA-ACA-AA-TT------ATTTTA------CA------GC--A---AAA-----AC-TG-A-T-T---TTA-A-TNGTGG-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AA---A-T--TTAG-T----GTT--------GCCA--A-A---A-CAGCAAACA-------T-------T------T-------------T---T-----------G------C--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGCG---TAAAATATTGTG------ATAA---AACTT------TCAGCAT----T--TCTTAAT-ATA------GGCA------TTT-GACAC--A---TA----T-----------T--AA-ATC-----AAG-T-TT--T------AAC-AT-A--CA-----A--A--A------AT---TT-TT----------A---------------TGTTA-------T--TTC-A-TAA---T-ATTC--A--A---CTGA-ATTTG--A--AAA----A-------T-AT-TAAA-----TATTT-----T-ATTT-AC----CACT-A-AA---AA-GACTGTTCA-A----CTG---AT-----ACAT-GAT--------------T--G--T--ATGTTT-TC-CTCCANAAATTGTGTT--------CGCAAAAT--------CAA-A-AAAAA--TTG-TCTGAAAT-AAATCGC-CCCAAAACAAT
gi|1 : T--G--GGCCGCATGTTTCA-TCAA----A-AT-A---T----TT----TT-TTG---------------C-T-TT-TA-TGACTAC----AATTTCAGTG----G--------------------TA--TA--AAT-GA------G-------T--GGA-GATC--A----AT--C---TATT--TT----A-G-T---TGTA-AATAAA----A-A---TGT----------TT---------------------------G-TC--AAGT-AAA-ACA-AA-TT--------TTTA------CA------GC--A---AAA------C-TG-A-C-T---TT----TTTTAA-AAA---AC--CG----AA-T-GC--AA---A-T--TTAG-T----GTT--------GCCA--A-A---T-CATCGAACATTCAGATT-------T------T-------------T---T-----------GCAATAAC--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGCA---TTAAATA----------------------------------AT----T--TCTTAAT-ATA------GGCA------ACA-GACAC--A---TA----A-----------T--AA-ATC-----CTG-T-TT--T------AAT-AT-A--TA-----
gi|1 : tttgtagttattgtttggagcacatcatttcaacagtcttcatttttataaattacagaacctattggaAA---AAATT------TCAAAAT----T--T-TCAACCATC------AAAA------TTT-TACA-------------T-----------T--AA-A---------A-T-TTGCT------AAC-------CG-----A--A--ATC----ATCA-TT-CT----------G---------------TGATA-------T--TTC-AATAAG--C-ATTC--A--G---CTGA-TTTTGTCA--AAA----G-------------AAG-----TATTT-----TTATTT-AT----TA-T-C-GA---AA-GACTGCTCA-A----TTA---AT-----ACAA-GATATCCTACATACAGCT--G--T--ATGTTTGTC-TTCCATAAATTATGTT--------CGCAACAT--------GAA-A-AACAA--TTG-ttctaaaaaaaaaaaaaatttcaaaattttcaaccatcaaaattttacattaaaatttgctaaccgaaatcatcattctgtgatatttcaataagcattcagctgattttgtcaaaagaagtatttttatttattatcgaaagactgctcaattaatacaagatatcctacatacagctgtatgtttgtcttccataaattatgttcgcaacatgaaaaacaattgct
gi|10 : tttgtagttattgtttggagcacatcatttcaacagtcttcatttttataaattacagaacctattggatgggccgcatgtttcatcaaaatatttttttgcttttatgactacaatttcagtggtataaatgagtggagatcaatctattttagttgtaaataaaaatgtttgtcaagtaaaacaaatttttacagcaaaactgactttttttaaaaaaccgaatgcaaatttagtgttgccaaatcatcgaacattcagattttttgcaataacttctgataggcattaaataatttcttaatataggcaacagacacataataaatcctgttttaatatatattctaaaaaaaaa-TTT--GA-GGT-GCAAGTTTGAACTAA----ATGTTGATGT----TT----TT-CCA---------------C-T-TT-TA-TGAATAC----AATTT----G----GTATA---A----T-------AAA-TA--AAT-TATTATTTGATTATTATCAGGA-GAAA--A----AT--C---T--T--TTT---A-G-T---GGTT-AATAAA----T-A---TAT----------TTT------ACT--TTC-AA--AAC-CTTA-TC--AAG-------CA-AA-TC-------------------------------------------C-TG-A-T-T---TTCTA-TGG-GG-AAA---AG--C-----AA-T-GC--AC---A-T--GAGG-T----GCT--------ACCA--A-A---A-TAGCAAACA-------T-------T------TAAA----------TA--T-----------G------T--------------------T--TCCATA--------A-CTTCA------GGCAGGTTAAAATATTGTGTGGGAAAAAA---AA---------TCCGCAT----T---CTTATT-ATA------GGTA------TTT-GACAA--A---CA----T-----------T--AA-ATC-----CAG-T-TT--T------AAC-AT-A--ct
gi|11 : tgTT-TTT--G--GTT-GCCTGATTCAGCCAA----A-G--G---TAAAAT----------A---------------C-T-CT-AA-TAAAAAC----AATCTCAGTGCTGTGTATA---TAA--T-------TA--TATTAAT-TA------TAT----ATCAAGA-GAGC--A----AT--CGT-T--T--TC----A-G-T---TGCA-AATAAA----A-A---TG-----------TTT------ATT--TTT-GA--AAATTTTG-TC--AAGT-ACA-CC------------------C------CA----------A---AAA-----AA-TA-A-T-T---TTA-A-TTGTTG-AAA---AT--C-----AA-T-AC--AA---C-T--TTGA-T-----------------------------------ATA-------T-------T------T-------------A---C------------------C--------------------T--TC--TG--------A-C---A------GGTG---TAAAATATTGCG------ATAA---AACTT------TCA-----------------------------GCA------TTT-GATAC--A---TT----T-----------T--AACATC-----AAGAT-TT--TGCTATGAAA-AT-AGCCA-----ACCA--A------A-----G-TC----------A---------------TG-TA-------T--T---A-TGA---T-ATTTCAA--A---AAGT-ATTT-------------A-------T-AT-GAAC-----TA--T-----T-ATTT-AC----CACT-ACAA---AA-GACTGTTCA-A----CTG---AT-----ACAT---T--------------T--G--T--atttccgattttttttgtgcaagttcttcatccatcactcatttgcattcaattctcctactaaaatcatccgct
gi|12 : tatccaaaccatT-TTG---------------CCT-TT-TG-TTAATACTGTAAACATCAGTG----GCATA---T----TACATGTATA--TA--AAT-TA------GCT----ATCAGAA-GGTC--A----GT--C---TCCT--TT----A-G-T----TTA-AACAAAATTTA-A---TTC----------TTTGTAGTGACT--TTT-GA--AAG-GCTG-TC--AAGTAAAA-ACA-A----------ATTTTA------CA-------C--A---AAA-----AC-TG-A-T-T-------A-TC-----AAA---AT--T-----GA-T-GC--AA---A-A--CGGG-G----G-------------A--A-A---A-AAGCAAACA-------T-------T------T-------------T---G-----------A------CATATTCCAATATCTTCTGAGT--TC--TG--------A-C---A------GATG---TAAAATTTTGTG------TTAT---CATTT------ACA-CAG----TA-TCTTGAT-ACA------GGCA------TTT-GACAC-------A----T-----------C--AA-ATT-----AAG-T-TT--T------AAC-AT-A--ttt
gi|13 : ctattgtttggggagcaagccA------TTT-TACACCAA---TA----T-----------TTTAC-ATT-----GAA-A-TT--T------ACCCAT-A--CG-----A--ATCAT-----AT---TT-TT----------G---------------TGGTA-------T--TTCCA-TAAG--T-ATAC--A--A---CTGATATT-------AAA----G-------T-AT-T-----------TT-----T-ATTT-AC----TGCT-G-AA---AATGAGTGCTCA-G----TTG---AT-----ACAT-AAT--------------C---------TGTTT--A-CTTTGTGAATTGTTTT--------C---AAAT--------TAA-ATAAAAA--TTG-TCTG-AGT-CAATCAC-CCT-GAACAATatggtatatattttt
gi|14 : caaacattcagatattttgcaataacttccacaaggcacaaaatattttgattaatcattcagcatataagtgaatgcctaactttatacagttttaaaaaaattctggaaaatagtcaaaatTATT-GTTCAG--GGC-ACATGTTTCAACCAA----A-GTT----------T----TT-CTG-----------------T-TT-TG-T------------TTT-----------------T----T-------TC--TA--AG---A------GAG----AGAGAGA-GATG--AGTACAT--T---T--T--TTG---A-G-T---GTTA-AAT--------------------------CTT------ACT--TTT-GATAAAA----G-TC--GAAT-AAGGACA-A-----------TTTTA------CA------GT--A---AAA-----AC-TGTA-T-T---TGA-A-CTG-GT-AAA---TT--C-----AA-T-GC--AA---A-TA-TTA--T----GTT--------GTTA--T-G---A-CAACACACA-------TCTAAATAT------T-------------T---T-----------GCAGTAAC--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GATG---TAAAATATTGGG------ATAA---AGCTaag
gi|15 : ggttattgcatcaacaattttaacatcatgtcaaattactcacTA-TC--AAGT-AAA-ACG-A--TT------GTT--A------CA------GT--A---AAA-----CT-TT-A-T-T---TTA-AGTTG-GG-AAA---AT--A-----AA-T-GC--AA---A-TATTTAGAT----ATT---------TTG--A-A---A-TA----ACA-------T-------C------T-------------T------------------------------------------------------------A-T---A------GGCG---TAA----TT-----------------AGTT--------AGCGT----TC-TTTTAAT-AAA------GGCA------TTT-GATAC--A---CA----T-----------C--AA-ATC-----AAG-T-TT--T------AAA-AT-G--C------------------------TT-TT----------A---------------T-TGAAAACGACT--CTC-A-GAA---T-TTTC--ATCA---TCAA-AATTG--G--CAA----ACAAT---T-AC-TGGT-----TGTTT-----T-ATTT---------TT-A-AA---AA-AAattatgtacacataattatgtttttatata
gi|16 : tagaT-TA-TAAATAC----ATTTTTAATG----ACATA---G----A-------TA--TA--AAT-AG------GAT----ATCAG----ATC--A----AT--C---A--T--TT----AAG-C---GGTA-ACTA--------------T----------TTT------CCT--TTT---------------C--AA-T-GAT-ATA-A--TT------A----A------CA------TC--G---AAA-----AT-TA-A-T-T---TTA-A-ATGCGG-TAT---AT--A-----AA-T-AA--AC---A-C--TTTG-T----ATT--------GCCA--ACG---A-TAAGAAACA-------T-------T------T-------------T---------------G------A--------------------TAATC--TGTATATATAA-C---A------GGCG---TAAAATAGTGTG------ATAC---TATTT------TCAGCGTAAAGTGATATTGGT-ATAT-----GACA------TTT-GACGT--A---TA----T-----------T--TG-ATC-----AAA---TT--T------AAT-AT--------------A--A------AT---TT-CT----------tcatgaatttaataaaaaaaaaatgaagtatttttatttaccaataaaaagggtttactt
gi|17 : TTATT-TG---G--GGT-GCATGTTTCAGTCAA----A-GTT---------TA----TT-TGG---------------C-T-TT-TA-TAAATAA----AATTTCTTTG----GCACAAATT----T-------T-------AAT-TA------GAT----ATTAGGA-GATC--A----AT--A---T--T--TT----A-ACT---GGTT-AATAAA----T-A---TGT----------TTT------ACT--TTC-GA--AAT-CCTG-TA--GAGT-GAA-ACA-A----------ATTTTA------CA------GC--A---AAA-----GC-TA-ATT-T---TTG-A-TGG-AG-AAA---AT--C-----AA-T-GCAAAA---A-T--TTAG-C----ATT--------GCCA--A-A---A-CAGCAAGCA-------T-------C------T-------------
gi|18 : A--TA--AATCTA------G-T----A-CAAGATGATT--A-----T--C---TC-T--TT----A-G-T---GATA-A----------------GT----------TCT------AGA--TTT-AA--AAA-TCTT-TG--TAAT-CAA-ACA-AA---------ATTT-A------TA------GC--A---AAA-----AC-TG-A-CAT---TGA-A-TGG-GT-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AA---C-T--TTAG-T----GCCG-------GCAA--A-A---A-AAGCAAACA-------T-------TAAGATAT-------------C---T-----------GCAGTCAC--------------------T--TC--TG--------A-C---A------GGCT---AAAAATAATGTT------ATAA---AACTT------TCAGCAT----C--Tagatatattacaatattaactgttaataggtg
gi|19 : tttcacattgtaacaaacattgtcaagcaac-TT----------G---------------TGATA-------C--TTC-A--AA---C--CTC--A--A---CTGA-CTTTG--T--AAA----A-------T-G---AAG-----TCTTT-----TTATTT-ACTT--CAG--A-AA---AA-GAC-----A-A----TTG---AA-----ATAT-AGT--------------T-----T--ATAT--------CAATAAATTGTGTT--------CACAATGC--------CAG-G-AAAgaaatatgaagatgt
gi|2 : tcaaaaatctcgtacatctagatattgcatatcaatcggccaaccaaaaatgaaaatcatccta-TTG--G--GGC-GCATGTTTAAGTAAATAAAA-G--A---T----TT----TT-TTG---------------G-TATT-GA-TTAATAA----AATGTCAGTG----GCATA---T----T-------TA--TT--AAT-TA------GAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--TA--T--T--TTA---A-G-T---GGTT-AACAAA----ATA---TGT----------TTA------ATT--TTT-GA--AAA-TCTT-TT--CAAT-ACA-ACA-AAGTT------GTTTT
gi|2 : c----GCATG---T----T-------TAAGTA--AAT-------------------AAAA-GAT---------T--T---T--T--TT----G-G-TATTGATT-AATAAA----A-----TGTCAGTGGCATATTT------ATTAATTA-GA--------TA-TC--AGG---AG-ATC-AA-TT------ATTTTAAGTGGTTA------AC--A---AAA-----TA-TG-----T---TTA-A-TTTTTG-AAA---AT--CTTTTCAA-T-AC--AACAAA-G--TT-G-T----TTTCTTTCCTTGCCA--A-A---A-CTGCAAACA-------T-------T------TAGATCTT------T---T-----------A------CACTATTT-------------T--TC--TT--------A-T---A------AGCA---TAAACTATTGTT------ATAA---AATAT------T----AT----T--TCTTAGT-ATA------GGCA------GTT-GACACA-A---TA----T-----------T--AA-ATC-----AAG-C-TA--T------AAA-AT--------------A--A------AT---TT-TT----------A---------------ctttccttgccaaaactgcaaacatttagatcttttacactatttttcttataagcataaactattgttataaaatattatttcttagtataggcagttgacacaatattaaatcaagctataaaataaatttttaaacagttttctttaaaacggtcatccatcgaaattttgcattgaaaaaaatacacccaccaaaatcaccaccgactaaaatcatcttttttacaatatttcaataattattcaatggattttgaaaaattaaatatttgtatttatatgacacttaaaacaactgtttaactgatctataacataatatggtcttgttccataaactgtgtttgcaaagtaaagaaaaaataggctgaaatacacgcctcaaaca
gi|2 : cttggggcT---TT-TT----------A---------------CAATA-------T--TTC-AATAA---TTATTC--A--A---TGGA-TTTTG--A--AAA----A-------T----TAAA-----TATTTG----T-ATTT-ATATGACACTTA-AA---AC-AACTGTTTA-A----CTG---ATCTATAACAT-AATA-------------T--G-------GTCT-TG-TTCCATAAACTGTGTT--------TGCAAAGT--------AAAGA-AAAAA--TAG-GCTGAAAT-ACA-CGC-CTCAAAaacagttttctttaaaacggtcatccatcgaaattttgcattgaaaaaaatacacccaccaaaatcaccaccgactaaaatcatcttttttacaatatttcaataattattcaatggattttgaaaaattaaatatttgtatttatatgacacttaaaacaactgtttaactgatctataacataatatggtcttgttccataaactgtgtttgcaaagtaaagaaaaaataggctgaaatacacgcctcaaaca
gi|20 : cttggggcgcatgtttaagtaaataaaagatttttttggtattgattaataaaatgtcagtggcatatttattaattagatatcaggagatcaattattttaagtggttaacaaaatatgtttaatttttgaaaatcttttcaatacaacaaagttgttttctttccttgccaaaactgcaaacatttagatcttttacactatttttcttataagcataaactattgttataaaatattatttcttagtataggcagttgacacaatattaaatcaagctataaaataaatttttaaacagttttctttaaaacggtcatccatcgaaattttgcattgaaaaaaatacacccaccaaaatcaccaccgactaaaatcatctATAT----AATTTTCGTG----GCATA---T----A-------TA--CA--AAT------------------CAGGA-GATT--A----AT--AAA-T--C--TC----A-G-C---GGTATAAAAAA----A-A---T------------TTT------ACT--TTT-AG--AAA-TTGG-TT--GAGT-AAA-ACA-A---T------A----A------CA------ACAAA---AAA-----AC-TA-A-T-T---TCA-A-TA-TGC-AAT---GT--C-----AA-T-GC--AAT--C-T--TTTA-T-----TT--------GCTA--A-A---A-CATCAAGCA-------C-------T------T-------------ca
gi|21 : TTATTGTTT--GT-GGC-ACATGTCTGCGCCAA----A-TGTG---T----TT----TG-TTGAA-------------T-T-TT-TA-TT--TAC----AGACTCAATG----GCATG---T----T-------TA--TT--AAT-AA------GAT----ATCAGAA-GACC--A----AT--C---T--T--TTTGA-A-A-T---GGTA-AAT-TA----A-A---TGT----------TT--------CTTATTT-GA--AAA-TATG-CC--AAGT-AAA-ACA-AA--T------A--TTA------CA------GC--A---TAA-----AT-TT-A-T-T---Tggatagattgca
gi|22 : ---T----TT----TT-TTGT--------------C-T-TT-TAATAAATAC----AATTTTAGTG----GCATA---T----T---------------AAC-TA------GTT----ATAAGGA-GATCAAA----AG--T---T--T--TG----A-G-T---GATC-AAT--A----A-A---TGT----------TTT------ACT--TGT--C--AGG-TCC--TCAAAAGT-AAA-ACA-TT-TT------ATTTTA------TAATTTTTGC--ATCGAAA-----AC-TT-A-T-T---ATA-A---ATGG-AAAAACAT--C-----AA-TGGC--AA---
gi|23 : tt--------------------T--TC--CA--------A-T---A------GACG---TGAAATATAAGG------TTAA---AGCTT------CCAGCAT----T--TCTTAAA-ATA------AGCA------TTC-GCTGC--T---TA----------------T--AA-ATA-----AGA-T-TT--T------AGC-AT-A--CA-----C--A--T------AT---AT-TTCTGGAAAAAGG---------------TGTT--------T--TTT-T-TAA---T-GTTC--A--
gi|24 : tgttggcaagtacagtacatttttagatgttttttaattaat-T---GGTA-AATAAT----A-----TGT----------TTT------TCT--AGA-GA--AAA-TATG-CC--AAGT-AAA-ACA----TT------TTTCT-------C-------GT--A---ATA-----TA-TG-A-T-T---TTA-A-TGG--G-GAA---AT--C-----AA-T-GC--AT---A-T--TTAG-T----GCT--------GCCA--A-A---T-CAGCAAACA-------T-------T------TAAATATTTTGTAAT---T-----------A------C--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGTG-----AAATGTTATG------ATAA---AATAT------TCAtcca
gi|25 : -T-T---TTACA-TGG-GA-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AG---A-T--TCAG-T----GTTT-------GCCT--A-A---A--ATCAAATA-------T-------T------CAGA----------T---A-----------A------C--------------------T--TC--TG--------AAT------------TG---TATAATTTTGTG-------TAATTTAACAA------TCTGCAT----T--TATTAAT-ATA------GGTT------TTT-TACAC--A---TA----T-----------C--AA-ATC-----ATG-T-TT--T------AAT-A
gi|26 : ac-----T-ATTT-AC----CATTTA-AA---GA-GACTGTTAA-A----CTG---AT-----GCAataattt
gi|27 : catttgatacaaacatagtttttatatgaaaaatgaagtgaactttcttaccaaaaaatcatattttgtgatgtttaaaaaagTCAGAA-AATT--A----TT--T---T--TG-TT----A-G-T---GATC-AATAAA----A-----TGT----------TTT------ACT--TTTTGA--AAA-TCTG-TT--ACGT-AAA-ACA-A----------ATTTTA------CA------GC--A---ACA-----TT-TT-A-T-T---TTA-A-CTGGGC-AAA---AT--C-----atttttaacaa
gi|29 : ------ACTTTA------CT------GC--A---AAACCAAAAC-TT-A-T-T---TTG-A--AATGA-CAA---AC--C-----AAAT-GC--AA---A-A--TTAA-T----GTT--------GCCA--A-ACGTA-CA-C-AACA-------T-------T------T-------------ttaaaatgatcagcattggca
gi|3 : aataca-TTT--G--AGTTACATGTTACACTAAA----A-G--G---C----TT----TT-CAA---------------C-T-TT-TA-TCTATTC----AATTTCAGCA----GTATA---T----G-------TA--TA--AAT-TA------AAT----ATCAGGA-GATC--A----TT--T---T--T--TTTTTTA-A-T---GGTA-AATA------------TGT----------TCT------ACT--TTT-GT--AAA-TATG-CA--AAGT-AAA-ACA-AA-T-------ATT--A------CA------TG--A---AAA-----AC-TG-A-T-TATTTTA-A-TGAGGG-TAA---AT--C-----AA-T-GC--AT---A-T--TTAG-T----GTT--------AC-ATTA-A---A-CAACAAACA-------T-------T------TATATATT------T---T-----------A------CAATAAC--------------T--GC--TG--------A-T---ACAAATAGGGG---TAAAATGTTGT--------TAA-------------------------C--TCTTAAT-ATT------GGCA------TTT-GACAT--A---TA----CACATGTAGTAGT--AA-AAC-----AAG-T-TT--T------AAC-AT----CA-----G--A--A------ATAG-TT-TCCAA-------A---------------TGTTagatatatttcaattacatgatatgc
gi|3 : tactgA-ATG-----AAA-T-TT----------GC-AC-A--CA-----A--A--A------ATCGTTT-TT----------T---------------TGTTA-------TATTTG-A-AAAAAGT-CTTT--A--G---CTAA-ATTAG--A--AAA----A-------TGATGT--------TTTTT-----T-ATTT-AC----CACTGA-GA---AA-GAC--TTCA-T----CTG---AT-----ACTTAGAT--------------T--G--T--A-GTTT-TC-CTCCAAAAA---TGTT--------CAAAAATT--------CAC-A-Acacccaacaatcttttggaatgaaatttgcacacaaaaatcgtttttttgttatatttgaaaaaagtctttagctaaattagaaaaatgatgtttttttatttaccactgagaaagacttcatctgatacttagattgtagttttcctccaaaaatgttcaaaaattcacaatcatcccaaccagtaagcat
gi|30 : tactgtttgagttacatgttacactaaaaggcttttcaacttttatctattcaatttcagcagtatatgtataaattaaatatcaggagatcatttttttttttaatggtaaatatgttctacttttgtaaatatgcaaagtaaaacaaatattacatgaaaaactgattattttaatgagggtaaatcaatgcatatttagtgttacattaaacaacaaacatttatatattttacaataactgctgatacaaataggggtaaaatgttgttaactcttaatattggcatttgacatatacacatgtagtagtaaaacaagttttaacatcagaaatagtttccaaatgttcacccaacaatcttttgg-TTT--A--GCC-GTATGTTTCAGTCAA----A-GTT----T----TT----T----------------------T-TT-TA-CGACTAT----AATTTCAGCG----GCATA---T----A-------TA--TC--AA--TA------TAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--C---C--TGATT----A--------GTC-AATAAA----A-tcatcccaaccagtaagcat
gi|31 : TT--A--GCC-GTATGTTTCAGTCAA----A-GTT----T----TT----T----------------------T-TT-TA-CGACTAT----AATTTCAGCG----GCATA---T----A-------TA--TC--AA--TA------TAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--C---C--TGATT----A--------GTC-AATAAA----A-
gi|32 : ---T--T--TT----A-G-T---GGTC-AATAAA----A-A---TGT----------TTC------ACT--TTT-AA--AAG-TCTG-TC--AAGT-AAA-ACA-GG-TGAAACAAATTTAA------CA------G---A---AAA-----ACATG-A-T-C---TTA-
gi|33 : tgtcta------ATTTTA------CA------AC--A---AAT------C-TG-A-T-T---TTA-A--AATAACAAA---AT--T-----GA-T-GC--AA---A-T--TAAT-TT---GTT--------TCCA--A-A---A-CAGCAGACG-------T-------T------
gi|4 : aaacTTACT-TTT--GCTGGC-ACATGTTTTATTTTA----A-GTTG---T----TTGTTTTT-TTT---------------C-T-TT-TA-TAAATAC----AATTTCAGTG----GCATA---T----T-------TA--TG--AAT-TA------AAT----ATCAGGA---TC--A----ATAGC---T--A--TT----A-G-T---GGTA-AACAAA----A-A---TGT----------TTT------GTC--TGT-AA--AAA-TATG-TT--GTGT-AAA-ACATAA-TT------ATTTTA------CA------GC--A---AAA-----AC-TA-A-T-T---TTA-A-TAGTGG-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AA---A-T--TTAG-A----GTT--------GCCA--A-A---A-CAGCAAATA-------T-------T------T-------------T---T-----------G------C--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGTG---TAAAATATTCTG------CTAA---AACTT------TCAGCAT----T--TCTTAAT-GTACAAGTTGGCA------TTTAGACAA--A---TA----T-----------T--AA-ATC-----AAG-T-TT--T------AAC-AT-A--CAC----AC-A--A------GT---TT-TT----------A---------------TATTA-------T--TTC-A-TTG---T-ATTC--A--A---TTGA-ATTTG--A--AAA----A-------T-AT-TAAA-----TATTT-----T-ATTT-AC----CACT-A-AA---TT-GATTGTTCA-A----CTG---AT-----ATAT-GAT--------------T-----T--ATGTTT-TT-CTCCAAAAAC--TCTT--------CACAACAT--------TCA-A-ACAACCTTTG-TCTGAAAC-AAA-GGC-CC--AAACAATcata
gi|5 : atag-TG-TAAATAC----AATTTTAGTG----GCATA---T----T-------TA--TG--AAT-TG------GAA----AT----A-TAT--------AT--T---G--T--TT----A-T-T---GATA-AATAAA----G-A---TGT----------TTC------GCT--TTT-GC--AAA-TCCGTTC--AATA-AAA-AC-------------ATTTTA------CA------AT--A---AGT-----A--TG-A-T-T---TCA-A-TTA-GC-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AA---A-T--TCAT-G----GTT--------ACCA--A-A---AGCAGCAAACA-------T-------T------T-------------TAGATATTTTCCAATAG------C--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGCG---TAAAATATTTTG------CTAA---CA-TT------TTAGAAT----T--TCCAAAT-GTA------GGCATTCTGTTTT-GTTTT--T---TAAAGTT-----------T--AA-ACTTAACAAAA-C-TT--T------AAA-AA-A--CA-----A--A--ACAGAACAT---TT-----------------------------TGGCA-------A--CTC-G-CAA-----ATTG--A--AATTCTGC-ATT-------AAA----GTTTTGGCT-AT-TAAAAACACCATTTTGTGAT-ATTT--C----CACT-C-AA---AGTGATTGTTCA-G----TTG---AT-----TCCT---T--------------T--ATCT--ATGTTT-TCACTCCATAAATTGTTTTTATAACCCCCCAAAATTCTTTATGCAG-A-AAACA--TTG-gaaatggaagataactataatcttataat
gi|6 : T-TTT--G--GGG-TCGTGTTTCATTCCA----A-GAC----------T----TT-TTG---------------C-T-TT-T--TAAATAC----GATTT-----------------------------------------------------------CGGGA-GATG--G----AT--C---C--T--TTC---A-G-T---GGTA-AATAAA----A-----TGT----------ATT------ATA--TTT-GA--GAG-TCTA-TC--AAGC-AAA-A-------------------------------------------AA-----AG-TG----------TA-A-TTGTGG-AAA---AT--C-----AC-T-GC--TA---A-T--ATAC-T----GTT--------GGTA--A-A---A-CAGCAAACA-------T-------T------TGGATAGT------T---T-----------G------CAATGATAAA-----------T--CC--CG--------A-T---T------TGAG---TAAAATACTA-G------ATAA---AACTT------TTACTAT----T--TCTTGAT-ATA------GGCAT-----TTT-GGCAC--A---TA----T-----------T--AA-ATA-----AAA-T-TT--T------AGC-AT-aacaatagtgaaatacaa
gi|7 : aagtttttggtattttgaatgtttagacggagcacgacaataaatatttttcaagactatgacagattgT----TT-TTA---------------C-T-TT-TA-TCAATAC----AATTTCAATG----GCATA---TATAAT-------TA--TAT-AAA-TAT-----GAT----ATCAGAA-GACC--A----AT--CGTGT--T--TT----T-G-T---GGTA-ATTA------------TGT----------TTT------GTT--TTT-GA--ACA-TTTG-TT--AAGT-AAA-ACG-----T------ATTTTA------CA------TC--A---AAA-----AC-TG-A-T-TG--TCA-A-TGGGGG-TAA---AT--T-----AA-T-GC--AA---A-T--TTAG-T----GTT--------GCCC--A-AT--A-CAGCAA-TA-------T-------T------TAGAT---------T---T-----------G------T--------------------T--CC--T---------A-T---A------AGCG---TAAACTATTGTA------ATAA---AACGT------TCAGCAT----T--TCTTTAT-ATA------GACA------GCT-GATAC--ACATTA----T-----------T--AA-ATA-----AAG-TGTT--T------TAC-AT-A--AATTTCTA--A--A------ATAAATT-TT----------ACCTATCAAACATTTTTGTTA-------T--TTCGA-GAAT--T-ACTC--A--A---CGGA-ATTTA--A--AAA----A------------TAAA-----TATTT-----T-ATCTAAC----AACT-A-AACCGAC-GACTGTTTA-A----CTATGTAT-----ACAT-AAT--------------T--G--TGCAT-TTT-TC-CTTCAAAATTTGTcagtttctgaagaagaaacaatatttcttacattttcctccatcaaaatattacattgaaacttccacgaaaaatcacctttttgcgagacaaattcaactgattttgacaaatgaatta
gi|8 : TT-TTT--G--GGC-GCAAGTTTCAGTCAA----A-G--G---T----AT----TT-TGG---------------C-T-TTATG-CAATTGC----AGTTTCAGTG----GCAAA---T----A-------TA--TC--AAC-TG------GAT----ATCAGAA-AATC--ACT--AT--T---T--T--TC----A-G-A---GGTA-AATAAA----A-AACTTGT----------TTT------ACT--TTT-GA--AAA-TCTG-TA--ATGT-AAA-AT-----CT------ATTTTA------CA------GT--A---AAC-----AT-TT-A-T-T---TTA-A-ACGGAG-AAA---ATAAC-----AA-A-AA--AA---A-T--TCA
gi|8 : g--A---AAA-----AC-TT-G-T-T---TTA-C-TTTTG--AAA---AT--CTGT--AA-T-GT--AA---AAT--CTAT-T-----TT--------------------A-CAGTAAACA-------T-------T------T-------------A---T---------------------------------------T--T---------------T---A------AACG---GAGAAAATAACA------AAAA---AAATTCATCCATCAAAGT----T--TTGCATT-AAA---------A------TTT---CCT--A----A----C-----------C--AA-ATC---------T-TT--T------ATT-GTGA--TA-----T--A--T------AT---TT-TT--------------------------T-TTA-------T--TAA-A-TAA---T-ATTC--A--A---ATGA-ATTTG--ACCAAA----A-------C-A---GAA-----C-TTT-----T-ATAT-AC----CACTAA-AA---AA-GACTGTTCA-A----CTG---AT-----------AT--------------T--C--T---TGTTT-TC-CTCCAAATAGAGTGTT--------TACAAAAT--------C-----AAAAA--TTGTTCTCAACTAAAATTGCACCCAAAACAATtccatcaaagttttgcattaaaatttcctaaccaaatcttttattgtgatatatattttttttattaaataatattcaaatgaatttgaccaaaacagaacttttatataccactaaaaaagactgttcaactgatattcttgttttcctccaaatagagtgtttacaaaatcaaaaattgttctcaactaaaattgcacccaaaacaatatctagtaattttaattatttt
gi|9 : gtttttgggcgcaagtttcagtcaaaggtattttggctttatgcaattgcagtttcagtggcaaatatatcaactggatatcagaaaatcactatttttcagaggtaaata--G--GAC-GCGTGTTTCATTCAA----A-GTTGA--T----TT----CTATTGGAAAAAGGGGTGTAGC-T-TT-TA-TAGATAC----AAATTCAGTG----GCATG---T----T-------TA--TA--TAT-TT------AAT----ATGAGGC-GATC--A----AT--CGG-T--T--TT----A-A-T---GATA-AATTAA----A-----TAT----------TTT------AGC--TGT-GA--AAA-TCTG-TC--ATGT-TAA-ACG-AA-TT---------TTG------CA------GT--A---AAA-----AA-TG---T-T---TTA-A-GTGTGG-AAA----T--C-----AG-T-GC--AC---A-G--ACAG-CAAGAGTT--------GCCA--A-A---A-CA-------------------------------------------T---T-----------A-----------------------------------G--------A-T---A------G--------------TGTT------ATAA---ATCCT------TCAGCAT----T--TTGTAAA-ATA------GGCA------TTT-GACAC--A---T-----------------------ATC-----AAG-T-CT--T------AAC-AT-------------------------T---TTCTT----------A---------------T-TTATT-----T--TTC-A-TAA---T-GTTC---------CTAT-ATATC--A--AAACTGTG-------T-AT-TAAA------ATTTGAGA-T-ATTT-A----------A-AA---AA-AA--ATTCACAGGATTTG---AA-----ATAT-GAT--------------TTAT--T--ATATTT-Tatctagtaattttaattatttt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): GGCACATATCAAATAAAGTTTAGAAATAAGTATACTAAAAATAGTGTTTTTTCCCCAATATTCATCAATCAAAGTTTTGTGCTGATATTTCGCACAAAAATCATCCTTTTTGCGA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444444 111111111111 11111111111111111 111111111 1111 1111111111 333333333333333 11111 111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111111111111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 1111111 4444444444444444444444444444 11111 111111111 11 444444444444444444444444 1111111111 22222222222222 1 11 1 11
lowQualScore : 3 33 99 5 3 6666 2 0000000000000000000000000000000000000000 2 2 2 3 4444 0 4444 333 333333333333 44 555 00000000000000000 1 22 6666 222222222 66 3333 1 1 222 1 0 3333333333 7777777777 555555 44 1 22 111 1 22 1 1 333333333333333 0 444444 8888888888 222 55555555 1 1 1 444 3 66666 22 222 22 88888 1 1 22 444 1 44 1 55555 000000000 22 1 555 1 3 5555555 5555555 555555 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 22 77777777 2 333 666666 333 999999999 333 777777777 33 4444 77 0 2 999999 888888 2 555555555555555555555555 33 2 55555 2 2 22 666666 2 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44 8888 555555 44 44 555 3 2222222 3333333333333333333333333333 77777 6 3 333333333 3 555 6 1 3 7777 555 88888 00 000000000000000000000000 6666 1 44 9999999999 0 55555555555555 99 6 3 0 0 55 0 55
lowQualScore : . .. .. . . .... . ........................................ . . . . .... . .... ... ............ .. ... ................. . .. .... ......... .. .... . . ... . . .......... .......... ...... .. . .. ... . .. . . ............... . ...... .......... ... ........ . . . ... . ..... .. ... .. ..... . . .. ... . .. . ..... ......... .. . ... . . ....... ....... ...... ......................................................... .. .. ........ . ... ...... ... ......... ... ......... .. .... .. . . ...... ...... . ........................ .. . ..... . . .. ...... . ........................................................................ .. .... ...... .. .. ... . ....... ............................ ..... . . ......... . ... . . . .... ... ..... .. ........................ .... . .. .......... . .............. .. . . . . .. . ..
lowQualScore : 6 99 66 7 0 1111 9 7777777777777777777777777777777777777777 4 1 1 4 2222 7 0000 333 555555555555 33 666 33333333333333333 7 44 1111 888888888 22 1111 7 6 888 6 8 4444444444 6666666666 000000 88 7 44 888 7 33 7 7 333333333333333 3 666666 1111111111 777 44444444 5 5 5 111 1 66666 22 888 22 44444 7 7 33 666 7 11 8 88888 444444444 55 8 000 8 5 9999999 9999999 222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99 99 66666666 1 777 111111 777 888888888 555 111111111 55 7777 55 2 4 111111 666666 2 111111111111111111111111 11 1 33333 1 1 99 111111 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 1111 777777 22 22 888 3 7777777 8888888888888888888888888888 33333 2 1 999999999 1 444 2 2 3 1111 888 33333 88 333333333333333333333333 9999 0 44 5555555555 2 11111111111111 22 7 2 8 0 88 0 88
consensus : NNNNTTATT-TTT--G--GGC-GCATGTTTCAGTCAA----A-GTTG---T----TT----TT-TTG---------------C-T-TT-TA-TAAATAC----AATTTCAGTG----GCATA---T----T-------TA--TA--AAT-TA------GAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--C---T--T--TT----A-G-T---GGTA-AATAAA----A-A---TGT----------TTT------ACT--TTT-GA--AAA-TCTG-TC--AAGT-AAA-ACA-AA-TT------ATTTTA------CA------GC--A---AAA-----AC-TG-A-T-T---TTA-A-TNGTGG-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AA---A-T--TTAG-T----GTT--------GCCA--A-A---A-CAGCAAACA-------T-------T------T-------------T---T-----------G------C--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGCG---TAAAATATTGTG------ATAA---AACTT------TCAGCAT----T--TCTTAAT-ATA------GGCA------TTT-GACAC--A---TA----T-----------T--AA-ATC-----AAG-T-TT--T------AAC-AT-A--CA-----A--A--A------AT---TT-TT----------A---------------TGTTA-------T--TTC-A-TAA---T-ATTC--A--A---CTGA-ATTTG--A--AAA----A-------T-AT-TAAA-----TATTT-----T-ATTT-AC----CACT-A-AA---AA-GACTGTTCA-A----CTG---AT-----ACAT-GAT--------------T--G--T--ATGTTT-TC-CTCCANAAATTGTGTT--------CGCAAAAT--------CAA-A-AAAAA--TTG-TCTGAAAT-AAATCGC-CCCAAAACAAT
Reference ( family-576 ) : NNNNTTATT-TTT--G--GGC-GCATGTTTCAGTCAA----A-GTTG---T----TT----TT-TTG---------------C-T-TT-TA-TAAATAC----AATTTCAGTG----GCATA---T----T-------TA--TA--AAT-TA------GAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--C---T--T--TT----A-G-T---GGTA-AATAAA----A-A---TGT----------TTT------ACT--TTT-GA--AAA-TCTG-TC--AAGT-AAA-ACA-AA-TT------ATTTTA------CA------GC--A---AAA-----AC-TG-A-T-T---TTA-A-TNGTGG-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AA---A-T--TTAG-T----GTT--------GCCA--A-A---A-CAGCAAACA-------T-------T------T-------------T---T-----------G------C--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGCG---TAAAATATTGTG------ATAA---AACTT------TCAGCAT----T--TCTTAAT-ATA------GGCA------TTT-GACAC--A---TA----T-----------T--AA-ATC-----AAG-T-TT--T------AAC-AT-A--CA-----A--A--A------AT---TT-TT----------A---------------TGTTA-------T--TTC-A-TAA---T-ATTC--A--A---CTGA-ATTTG--A--AAA----A-------T-AT-TAAA-----TATTT-----T-ATTT-AC----CACT-A-AA---AA-GACTGTTCA-A----CTG---AT-----ACAT-GAT--------------T--G--T--ATGTTT-TC-CTCCANAAATTGTGTT--------CGCAAAAT--------CAA-A-AAAAA--TTG-TCTGAAAT-AAATCGC-CCCAAAACAAT
gi|1 : T--G--GGCCGCATGTTTCA-TCAA----A-AT-A---T----TT----TT-TTG---------------C-T-TT-TA-TGACTAC----AATTTCAGTG----G--------------------TA--TA--AAT-GA------G-------T--GGA-GATC--A----AT--C---TATT--TT----A-G-T---TGTA-AATAAA----A-A---TGT----------TT---------------------------G-TC--AAGT-AAA-ACA-AA-TT--------TTTA------CA------GC--A---AAA------C-TG-A-C-T---TT----TTTTAA-AAA---AC--CG----AA-T-GC--AA---A-T--TTAG-T----GTT--------GCCA--A-A---T-CATCGAACATTCAGATT-------T------T-------------T---T-----------GCAATAAC--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGCA---TTAAATA----------------------------------AT----T--TCTTAAT-ATA------GGCA------ACA-GACAC--A---TA----A-----------T--AA-ATC-----CTG-T-TT--T------AAT-AT-A--TA-----
gi|1 : tttgtagttattgtttggagcacatcatttcaacagtcttcatttttataaattacagaacctattggaAA---AAATT------TCAAAAT----T--T-TCAACCATC------AAAA------TTT-TACA-------------T-----------T--AA-A---------A-T-TTGCT------AAC-------CG-----A--A--ATC----ATCA-TT-CT----------G---------------TGATA-------T--TTC-AATAAG--C-ATTC--A--G---CTGA-TTTTGTCA--AAA----G-------------AAG-----TATTT-----TTATTT-AT----TA-T-C-GA---AA-GACTGCTCA-A----TTA---AT-----ACAA-GATATCCTACATACAGCT--G--T--ATGTTTGTC-TTCCATAAATTATGTT--------CGCAACAT--------GAA-A-AACAA--TTG-ttctaaaaaaaaaaaaaatttcaaaattttcaaccatcaaaattttacattaaaatttgctaaccgaaatcatcattctgtgatatttcaataagcattcagctgattttgtcaaaagaagtatttttatttattatcgaaagactgctcaattaatacaagatatcctacatacagctgtatgtttgtcttccataaattatgttcgcaacatgaaaaacaattgct
gi|10 : tttgtagttattgtttggagcacatcatttcaacagtcttcatttttataaattacagaacctattggatgggccgcatgtttcatcaaaatatttttttgcttttatgactacaatttcagtggtataaatgagtggagatcaatctattttagttgtaaataaaaatgtttgtcaagtaaaacaaatttttacagcaaaactgactttttttaaaaaaccgaatgcaaatttagtgttgccaaatcatcgaacattcagattttttgcaataacttctgataggcattaaataatttcttaatataggcaacagacacataataaatcctgttttaatatatattctaaaaaaaaa-TTT--GA-GGT-GCAAGTTTGAACTAA----ATGTTGATGT----TT----TT-CCA---------------C-T-TT-TA-TGAATAC----AATTT----G----GTATA---A----T-------AAA-TA--AAT-TATTATTTGATTATTATCAGGA-GAAA--A----AT--C---T--T--TTT---A-G-T---GGTT-AATAAA----T-A---TAT----------TTT------ACT--TTC-AA--AAC-CTTA-TC--AAG-------CA-AA-TC-------------------------------------------C-TG-A-T-T---TTCTA-TGG-GG-AAA---AG--C-----AA-T-GC--AC---A-T--GAGG-T----GCT--------ACCA--A-A---A-TAGCAAACA-------T-------T------TAAA----------TA--T-----------G------T--------------------T--TCCATA--------A-CTTCA------GGCAGGTTAAAATATTGTGTGGGAAAAAA---AA---------TCCGCAT----T---CTTATT-ATA------GGTA------TTT-GACAA--A---CA----T-----------T--AA-ATC-----CAG-T-TT--T------AAC-AT-A--ct
gi|11 : tgTT-TTT--G--GTT-GCCTGATTCAGCCAA----A-G--G---TAAAAT----------A---------------C-T-CT-AA-TAAAAAC----AATCTCAGTGCTGTGTATA---TAA--T-------TA--TATTAAT-TA------TAT----ATCAAGA-GAGC--A----AT--CGT-T--T--TC----A-G-T---TGCA-AATAAA----A-A---TG-----------TTT------ATT--TTT-GA--AAATTTTG-TC--AAGT-ACA-CC------------------C------CA----------A---AAA-----AA-TA-A-T-T---TTA-A-TTGTTG-AAA---AT--C-----AA-T-AC--AA---C-T--TTGA-T-----------------------------------ATA-------T-------T------T-------------A---C------------------C--------------------T--TC--TG--------A-C---A------GGTG---TAAAATATTGCG------ATAA---AACTT------TCA-----------------------------GCA------TTT-GATAC--A---TT----T-----------T--AACATC-----AAGAT-TT--TGCTATGAAA-AT-AGCCA-----ACCA--A------A-----G-TC----------A---------------TG-TA-------T--T---A-TGA---T-ATTTCAA--A---AAGT-ATTT-------------A-------T-AT-GAAC-----TA--T-----T-ATTT-AC----CACT-ACAA---AA-GACTGTTCA-A----CTG---AT-----ACAT---T--------------T--G--T--atttccgattttttttgtgcaagttcttcatccatcactcatttgcattcaattctcctactaaaatcatccgct
gi|12 : tatccaaaccatT-TTG---------------CCT-TT-TG-TTAATACTGTAAACATCAGTG----GCATA---T----TACATGTATA--TA--AAT-TA------GCT----ATCAGAA-GGTC--A----GT--C---TCCT--TT----A-G-T----TTA-AACAAAATTTA-A---TTC----------TTTGTAGTGACT--TTT-GA--AAG-GCTG-TC--AAGTAAAA-ACA-A----------ATTTTA------CA-------C--A---AAA-----AC-TG-A-T-T-------A-TC-----AAA---AT--T-----GA-T-GC--AA---A-A--CGGG-G----G-------------A--A-A---A-AAGCAAACA-------T-------T------T-------------T---G-----------A------CATATTCCAATATCTTCTGAGT--TC--TG--------A-C---A------GATG---TAAAATTTTGTG------TTAT---CATTT------ACA-CAG----TA-TCTTGAT-ACA------GGCA------TTT-GACAC-------A----T-----------C--AA-ATT-----AAG-T-TT--T------AAC-AT-A--ttt
gi|13 : ctattgtttggggagcaagccA------TTT-TACACCAA---TA----T-----------TTTAC-ATT-----GAA-A-TT--T------ACCCAT-A--CG-----A--ATCAT-----AT---TT-TT----------G---------------TGGTA-------T--TTCCA-TAAG--T-ATAC--A--A---CTGATATT-------AAA----G-------T-AT-T-----------TT-----T-ATTT-AC----TGCT-G-AA---AATGAGTGCTCA-G----TTG---AT-----ACAT-AAT--------------C---------TGTTT--A-CTTTGTGAATTGTTTT--------C---AAAT--------TAA-ATAAAAA--TTG-TCTG-AGT-CAATCAC-CCT-GAACAATatggtatatattttt
gi|14 : caaacattcagatattttgcaataacttccacaaggcacaaaatattttgattaatcattcagcatataagtgaatgcctaactttatacagttttaaaaaaattctggaaaatagtcaaaatTATT-GTTCAG--GGC-ACATGTTTCAACCAA----A-GTT----------T----TT-CTG-----------------T-TT-TG-T------------TTT-----------------T----T-------TC--TA--AG---A------GAG----AGAGAGA-GATG--AGTACAT--T---T--T--TTG---A-G-T---GTTA-AAT--------------------------CTT------ACT--TTT-GATAAAA----G-TC--GAAT-AAGGACA-A-----------TTTTA------CA------GT--A---AAA-----AC-TGTA-T-T---TGA-A-CTG-GT-AAA---TT--C-----AA-T-GC--AA---A-TA-TTA--T----GTT--------GTTA--T-G---A-CAACACACA-------TCTAAATAT------T-------------T---T-----------GCAGTAAC--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GATG---TAAAATATTGGG------ATAA---AGCTaag
gi|15 : ggttattgcatcaacaattttaacatcatgtcaaattactcacTA-TC--AAGT-AAA-ACG-A--TT------GTT--A------CA------GT--A---AAA-----CT-TT-A-T-T---TTA-AGTTG-GG-AAA---AT--A-----AA-T-GC--AA---A-TATTTAGAT----ATT---------TTG--A-A---A-TA----ACA-------T-------C------T-------------T------------------------------------------------------------A-T---A------GGCG---TAA----TT-----------------AGTT--------AGCGT----TC-TTTTAAT-AAA------GGCA------TTT-GATAC--A---CA----T-----------C--AA-ATC-----AAG-T-TT--T------AAA-AT-G--C------------------------TT-TT----------A---------------T-TGAAAACGACT--CTC-A-GAA---T-TTTC--ATCA---TCAA-AATTG--G--CAA----ACAAT---T-AC-TGGT-----TGTTT-----T-ATTT---------TT-A-AA---AA-AAattatgtacacataattatgtttttatata
gi|16 : tagaT-TA-TAAATAC----ATTTTTAATG----ACATA---G----A-------TA--TA--AAT-AG------GAT----ATCAG----ATC--A----AT--C---A--T--TT----AAG-C---GGTA-ACTA--------------T----------TTT------CCT--TTT---------------C--AA-T-GAT-ATA-A--TT------A----A------CA------TC--G---AAA-----AT-TA-A-T-T---TTA-A-ATGCGG-TAT---AT--A-----AA-T-AA--AC---A-C--TTTG-T----ATT--------GCCA--ACG---A-TAAGAAACA-------T-------T------T-------------T---------------G------A--------------------TAATC--TGTATATATAA-C---A------GGCG---TAAAATAGTGTG------ATAC---TATTT------TCAGCGTAAAGTGATATTGGT-ATAT-----GACA------TTT-GACGT--A---TA----T-----------T--TG-ATC-----AAA---TT--T------AAT-AT--------------A--A------AT---TT-CT----------tcatgaatttaataaaaaaaaaatgaagtatttttatttaccaataaaaagggtttactt
gi|17 : TTATT-TG---G--GGT-GCATGTTTCAGTCAA----A-GTT---------TA----TT-TGG---------------C-T-TT-TA-TAAATAA----AATTTCTTTG----GCACAAATT----T-------T-------AAT-TA------GAT----ATTAGGA-GATC--A----AT--A---T--T--TT----A-ACT---GGTT-AATAAA----T-A---TGT----------TTT------ACT--TTC-GA--AAT-CCTG-TA--GAGT-GAA-ACA-A----------ATTTTA------CA------GC--A---AAA-----GC-TA-ATT-T---TTG-A-TGG-AG-AAA---AT--C-----AA-T-GCAAAA---A-T--TTAG-C----ATT--------GCCA--A-A---A-CAGCAAGCA-------T-------C------T-------------
gi|18 : A--TA--AATCTA------G-T----A-CAAGATGATT--A-----T--C---TC-T--TT----A-G-T---GATA-A----------------GT----------TCT------AGA--TTT-AA--AAA-TCTT-TG--TAAT-CAA-ACA-AA---------ATTT-A------TA------GC--A---AAA-----AC-TG-A-CAT---TGA-A-TGG-GT-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AA---C-T--TTAG-T----GCCG-------GCAA--A-A---A-AAGCAAACA-------T-------TAAGATAT-------------C---T-----------GCAGTCAC--------------------T--TC--TG--------A-C---A------GGCT---AAAAATAATGTT------ATAA---AACTT------TCAGCAT----C--Tagatatattacaatattaactgttaataggtg
gi|19 : tttcacattgtaacaaacattgtcaagcaac-TT----------G---------------TGATA-------C--TTC-A--AA---C--CTC--A--A---CTGA-CTTTG--T--AAA----A-------T-G---AAG-----TCTTT-----TTATTT-ACTT--CAG--A-AA---AA-GAC-----A-A----TTG---AA-----ATAT-AGT--------------T-----T--ATAT--------CAATAAATTGTGTT--------CACAATGC--------CAG-G-AAAgaaatatgaagatgt
gi|2 : tcaaaaatctcgtacatctagatattgcatatcaatcggccaaccaaaaatgaaaatcatccta-TTG--G--GGC-GCATGTTTAAGTAAATAAAA-G--A---T----TT----TT-TTG---------------G-TATT-GA-TTAATAA----AATGTCAGTG----GCATA---T----T-------TA--TT--AAT-TA------GAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--TA--T--T--TTA---A-G-T---GGTT-AACAAA----ATA---TGT----------TTA------ATT--TTT-GA--AAA-TCTT-TT--CAAT-ACA-ACA-AAGTT------GTTTT
gi|2 : c----GCATG---T----T-------TAAGTA--AAT-------------------AAAA-GAT---------T--T---T--T--TT----G-G-TATTGATT-AATAAA----A-----TGTCAGTGGCATATTT------ATTAATTA-GA--------TA-TC--AGG---AG-ATC-AA-TT------ATTTTAAGTGGTTA------AC--A---AAA-----TA-TG-----T---TTA-A-TTTTTG-AAA---AT--CTTTTCAA-T-AC--AACAAA-G--TT-G-T----TTTCTTTCCTTGCCA--A-A---A-CTGCAAACA-------T-------T------TAGATCTT------T---T-----------A------CACTATTT-------------T--TC--TT--------A-T---A------AGCA---TAAACTATTGTT------ATAA---AATAT------T----AT----T--TCTTAGT-ATA------GGCA------GTT-GACACA-A---TA----T-----------T--AA-ATC-----AAG-C-TA--T------AAA-AT--------------A--A------AT---TT-TT----------A---------------ctttccttgccaaaactgcaaacatttagatcttttacactatttttcttataagcataaactattgttataaaatattatttcttagtataggcagttgacacaatattaaatcaagctataaaataaatttttaaacagttttctttaaaacggtcatccatcgaaattttgcattgaaaaaaatacacccaccaaaatcaccaccgactaaaatcatcttttttacaatatttcaataattattcaatggattttgaaaaattaaatatttgtatttatatgacacttaaaacaactgtttaactgatctataacataatatggtcttgttccataaactgtgtttgcaaagtaaagaaaaaataggctgaaatacacgcctcaaaca
gi|2 : cttggggcT---TT-TT----------A---------------CAATA-------T--TTC-AATAA---TTATTC--A--A---TGGA-TTTTG--A--AAA----A-------T----TAAA-----TATTTG----T-ATTT-ATATGACACTTA-AA---AC-AACTGTTTA-A----CTG---ATCTATAACAT-AATA-------------T--G-------GTCT-TG-TTCCATAAACTGTGTT--------TGCAAAGT--------AAAGA-AAAAA--TAG-GCTGAAAT-ACA-CGC-CTCAAAaacagttttctttaaaacggtcatccatcgaaattttgcattgaaaaaaatacacccaccaaaatcaccaccgactaaaatcatcttttttacaatatttcaataattattcaatggattttgaaaaattaaatatttgtatttatatgacacttaaaacaactgtttaactgatctataacataatatggtcttgttccataaactgtgtttgcaaagtaaagaaaaaataggctgaaatacacgcctcaaaca
gi|20 : cttggggcgcatgtttaagtaaataaaagatttttttggtattgattaataaaatgtcagtggcatatttattaattagatatcaggagatcaattattttaagtggttaacaaaatatgtttaatttttgaaaatcttttcaatacaacaaagttgttttctttccttgccaaaactgcaaacatttagatcttttacactatttttcttataagcataaactattgttataaaatattatttcttagtataggcagttgacacaatattaaatcaagctataaaataaatttttaaacagttttctttaaaacggtcatccatcgaaattttgcattgaaaaaaatacacccaccaaaatcaccaccgactaaaatcatctATAT----AATTTTCGTG----GCATA---T----A-------TA--CA--AAT------------------CAGGA-GATT--A----AT--AAA-T--C--TC----A-G-C---GGTATAAAAAA----A-A---T------------TTT------ACT--TTT-AG--AAA-TTGG-TT--GAGT-AAA-ACA-A---T------A----A------CA------ACAAA---AAA-----AC-TA-A-T-T---TCA-A-TA-TGC-AAT---GT--C-----AA-T-GC--AAT--C-T--TTTA-T-----TT--------GCTA--A-A---A-CATCAAGCA-------C-------T------T-------------ca
gi|21 : TTATTGTTT--GT-GGC-ACATGTCTGCGCCAA----A-TGTG---T----TT----TG-TTGAA-------------T-T-TT-TA-TT--TAC----AGACTCAATG----GCATG---T----T-------TA--TT--AAT-AA------GAT----ATCAGAA-GACC--A----AT--C---T--T--TTTGA-A-A-T---GGTA-AAT-TA----A-A---TGT----------TT--------CTTATTT-GA--AAA-TATG-CC--AAGT-AAA-ACA-AA--T------A--TTA------CA------GC--A---TAA-----AT-TT-A-T-T---Tggatagattgca
gi|22 : ---T----TT----TT-TTGT--------------C-T-TT-TAATAAATAC----AATTTTAGTG----GCATA---T----T---------------AAC-TA------GTT----ATAAGGA-GATCAAA----AG--T---T--T--TG----A-G-T---GATC-AAT--A----A-A---TGT----------TTT------ACT--TGT--C--AGG-TCC--TCAAAAGT-AAA-ACA-TT-TT------ATTTTA------TAATTTTTGC--ATCGAAA-----AC-TT-A-T-T---ATA-A---ATGG-AAAAACAT--C-----AA-TGGC--AA---
gi|23 : tt--------------------T--TC--CA--------A-T---A------GACG---TGAAATATAAGG------TTAA---AGCTT------CCAGCAT----T--TCTTAAA-ATA------AGCA------TTC-GCTGC--T---TA----------------T--AA-ATA-----AGA-T-TT--T------AGC-AT-A--CA-----C--A--T------AT---AT-TTCTGGAAAAAGG---------------TGTT--------T--TTT-T-TAA---T-GTTC--A--
gi|24 : tgttggcaagtacagtacatttttagatgttttttaattaat-T---GGTA-AATAAT----A-----TGT----------TTT------TCT--AGA-GA--AAA-TATG-CC--AAGT-AAA-ACA----TT------TTTCT-------C-------GT--A---ATA-----TA-TG-A-T-T---TTA-A-TGG--G-GAA---AT--C-----AA-T-GC--AT---A-T--TTAG-T----GCT--------GCCA--A-A---T-CAGCAAACA-------T-------T------TAAATATTTTGTAAT---T-----------A------C--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGTG-----AAATGTTATG------ATAA---AATAT------TCAtcca
gi|25 : -T-T---TTACA-TGG-GA-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AG---A-T--TCAG-T----GTTT-------GCCT--A-A---A--ATCAAATA-------T-------T------CAGA----------T---A-----------A------C--------------------T--TC--TG--------AAT------------TG---TATAATTTTGTG-------TAATTTAACAA------TCTGCAT----T--TATTAAT-ATA------GGTT------TTT-TACAC--A---TA----T-----------C--AA-ATC-----ATG-T-TT--T------AAT-A
gi|26 : ac-----T-ATTT-AC----CATTTA-AA---GA-GACTGTTAA-A----CTG---AT-----GCAataattt
gi|27 : catttgatacaaacatagtttttatatgaaaaatgaagtgaactttcttaccaaaaaatcatattttgtgatgtttaaaaaagTCAGAA-AATT--A----TT--T---T--TG-TT----A-G-T---GATC-AATAAA----A-----TGT----------TTT------ACT--TTTTGA--AAA-TCTG-TT--ACGT-AAA-ACA-A----------ATTTTA------CA------GC--A---ACA-----TT-TT-A-T-T---TTA-A-CTGGGC-AAA---AT--C-----atttttaacaa
gi|29 : ------ACTTTA------CT------GC--A---AAACCAAAAC-TT-A-T-T---TTG-A--AATGA-CAA---AC--C-----AAAT-GC--AA---A-A--TTAA-T----GTT--------GCCA--A-ACGTA-CA-C-AACA-------T-------T------T-------------ttaaaatgatcagcattggca
gi|3 : aataca-TTT--G--AGTTACATGTTACACTAAA----A-G--G---C----TT----TT-CAA---------------C-T-TT-TA-TCTATTC----AATTTCAGCA----GTATA---T----G-------TA--TA--AAT-TA------AAT----ATCAGGA-GATC--A----TT--T---T--T--TTTTTTA-A-T---GGTA-AATA------------TGT----------TCT------ACT--TTT-GT--AAA-TATG-CA--AAGT-AAA-ACA-AA-T-------ATT--A------CA------TG--A---AAA-----AC-TG-A-T-TATTTTA-A-TGAGGG-TAA---AT--C-----AA-T-GC--AT---A-T--TTAG-T----GTT--------AC-ATTA-A---A-CAACAAACA-------T-------T------TATATATT------T---T-----------A------CAATAAC--------------T--GC--TG--------A-T---ACAAATAGGGG---TAAAATGTTGT--------TAA-------------------------C--TCTTAAT-ATT------GGCA------TTT-GACAT--A---TA----CACATGTAGTAGT--AA-AAC-----AAG-T-TT--T------AAC-AT----CA-----G--A--A------ATAG-TT-TCCAA-------A---------------TGTTagatatatttcaattacatgatatgc
gi|3 : tactgA-ATG-----AAA-T-TT----------GC-AC-A--CA-----A--A--A------ATCGTTT-TT----------T---------------TGTTA-------TATTTG-A-AAAAAGT-CTTT--A--G---CTAA-ATTAG--A--AAA----A-------TGATGT--------TTTTT-----T-ATTT-AC----CACTGA-GA---AA-GAC--TTCA-T----CTG---AT-----ACTTAGAT--------------T--G--T--A-GTTT-TC-CTCCAAAAA---TGTT--------CAAAAATT--------CAC-A-Acacccaacaatcttttggaatgaaatttgcacacaaaaatcgtttttttgttatatttgaaaaaagtctttagctaaattagaaaaatgatgtttttttatttaccactgagaaagacttcatctgatacttagattgtagttttcctccaaaaatgttcaaaaattcacaatcatcccaaccagtaagcat
gi|30 : tactgtttgagttacatgttacactaaaaggcttttcaacttttatctattcaatttcagcagtatatgtataaattaaatatcaggagatcatttttttttttaatggtaaatatgttctacttttgtaaatatgcaaagtaaaacaaatattacatgaaaaactgattattttaatgagggtaaatcaatgcatatttagtgttacattaaacaacaaacatttatatattttacaataactgctgatacaaataggggtaaaatgttgttaactcttaatattggcatttgacatatacacatgtagtagtaaaacaagttttaacatcagaaatagtttccaaatgttcacccaacaatcttttgg-TTT--A--GCC-GTATGTTTCAGTCAA----A-GTT----T----TT----T----------------------T-TT-TA-CGACTAT----AATTTCAGCG----GCATA---T----A-------TA--TC--AA--TA------TAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--C---C--TGATT----A--------GTC-AATAAA----A-tcatcccaaccagtaagcat
gi|31 : TT--A--GCC-GTATGTTTCAGTCAA----A-GTT----T----TT----T----------------------T-TT-TA-CGACTAT----AATTTCAGCG----GCATA---T----A-------TA--TC--AA--TA------TAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--C---C--TGATT----A--------GTC-AATAAA----A-
gi|32 : ---T--T--TT----A-G-T---GGTC-AATAAA----A-A---TGT----------TTC------ACT--TTT-AA--AAG-TCTG-TC--AAGT-AAA-ACA-GG-TGAAACAAATTTAA------CA------G---A---AAA-----ACATG-A-T-C---TTA-
gi|33 : tgtcta------ATTTTA------CA------AC--A---AAT------C-TG-A-T-T---TTA-A--AATAACAAA---AT--T-----GA-T-GC--AA---A-T--TAAT-TT---GTT--------TCCA--A-A---A-CAGCAGACG-------T-------T------
gi|4 : aaacTTACT-TTT--GCTGGC-ACATGTTTTATTTTA----A-GTTG---T----TTGTTTTT-TTT---------------C-T-TT-TA-TAAATAC----AATTTCAGTG----GCATA---T----T-------TA--TG--AAT-TA------AAT----ATCAGGA---TC--A----ATAGC---T--A--TT----A-G-T---GGTA-AACAAA----A-A---TGT----------TTT------GTC--TGT-AA--AAA-TATG-TT--GTGT-AAA-ACATAA-TT------ATTTTA------CA------GC--A---AAA-----AC-TA-A-T-T---TTA-A-TAGTGG-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AA---A-T--TTAG-A----GTT--------GCCA--A-A---A-CAGCAAATA-------T-------T------T-------------T---T-----------G------C--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGTG---TAAAATATTCTG------CTAA---AACTT------TCAGCAT----T--TCTTAAT-GTACAAGTTGGCA------TTTAGACAA--A---TA----T-----------T--AA-ATC-----AAG-T-TT--T------AAC-AT-A--CAC----AC-A--A------GT---TT-TT----------A---------------TATTA-------T--TTC-A-TTG---T-ATTC--A--A---TTGA-ATTTG--A--AAA----A-------T-AT-TAAA-----TATTT-----T-ATTT-AC----CACT-A-AA---TT-GATTGTTCA-A----CTG---AT-----ATAT-GAT--------------T-----T--ATGTTT-TT-CTCCAAAAAC--TCTT--------CACAACAT--------TCA-A-ACAACCTTTG-TCTGAAAC-AAA-GGC-CC--AAACAATcata
gi|5 : atag-TG-TAAATAC----AATTTTAGTG----GCATA---T----T-------TA--TG--AAT-TG------GAA----AT----A-TAT--------AT--T---G--T--TT----A-T-T---GATA-AATAAA----G-A---TGT----------TTC------GCT--TTT-GC--AAA-TCCGTTC--AATA-AAA-AC-------------ATTTTA------CA------AT--A---AGT-----A--TG-A-T-T---TCA-A-TTA-GC-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AA---A-T--TCAT-G----GTT--------ACCA--A-A---AGCAGCAAACA-------T-------T------T-------------TAGATATTTTCCAATAG------C--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGCG---TAAAATATTTTG------CTAA---CA-TT------TTAGAAT----T--TCCAAAT-GTA------GGCATTCTGTTTT-GTTTT--T---TAAAGTT-----------T--AA-ACTTAACAAAA-C-TT--T------AAA-AA-A--CA-----A--A--ACAGAACAT---TT-----------------------------TGGCA-------A--CTC-G-CAA-----ATTG--A--AATTCTGC-ATT-------AAA----GTTTTGGCT-AT-TAAAAACACCATTTTGTGAT-ATTT--C----CACT-C-AA---AGTGATTGTTCA-G----TTG---AT-----TCCT---T--------------T--ATCT--ATGTTT-TCACTCCATAAATTGTTTTTATAACCCCCCAAAATTCTTTATGCAG-A-AAACA--TTG-gaaatggaagataactataatcttataat
gi|6 : T-TTT--G--GGG-TCGTGTTTCATTCCA----A-GAC----------T----TT-TTG---------------C-T-TT-T--TAAATAC----GATTT-----------------------------------------------------------CGGGA-GATG--G----AT--C---C--T--TTC---A-G-T---GGTA-AATAAA----A-----TGT----------ATT------ATA--TTT-GA--GAG-TCTA-TC--AAGC-AAA-A-------------------------------------------AA-----AG-TG----------TA-A-TTGTGG-AAA---AT--C-----AC-T-GC--TA---A-T--ATAC-T----GTT--------GGTA--A-A---A-CAGCAAACA-------T-------T------TGGATAGT------T---T-----------G------CAATGATAAA-----------T--CC--CG--------A-T---T------TGAG---TAAAATACTA-G------ATAA---AACTT------TTACTAT----T--TCTTGAT-ATA------GGCAT-----TTT-GGCAC--A---TA----T-----------T--AA-ATA-----AAA-T-TT--T------AGC-AT-aacaatagtgaaatacaa
gi|7 : aagtttttggtattttgaatgtttagacggagcacgacaataaatatttttcaagactatgacagattgT----TT-TTA---------------C-T-TT-TA-TCAATAC----AATTTCAATG----GCATA---TATAAT-------TA--TAT-AAA-TAT-----GAT----ATCAGAA-GACC--A----AT--CGTGT--T--TT----T-G-T---GGTA-ATTA------------TGT----------TTT------GTT--TTT-GA--ACA-TTTG-TT--AAGT-AAA-ACG-----T------ATTTTA------CA------TC--A---AAA-----AC-TG-A-T-TG--TCA-A-TGGGGG-TAA---AT--T-----AA-T-GC--AA---A-T--TTAG-T----GTT--------GCCC--A-AT--A-CAGCAA-TA-------T-------T------TAGAT---------T---T-----------G------T--------------------T--CC--T---------A-T---A------AGCG---TAAACTATTGTA------ATAA---AACGT------TCAGCAT----T--TCTTTAT-ATA------GACA------GCT-GATAC--ACATTA----T-----------T--AA-ATA-----AAG-TGTT--T------TAC-AT-A--AATTTCTA--A--A------ATAAATT-TT----------ACCTATCAAACATTTTTGTTA-------T--TTCGA-GAAT--T-ACTC--A--A---CGGA-ATTTA--A--AAA----A------------TAAA-----TATTT-----T-ATCTAAC----AACT-A-AACCGAC-GACTGTTTA-A----CTATGTAT-----ACAT-AAT--------------T--G--TGCAT-TTT-TC-CTTCAAAATTTGTcagtttctgaagaagaaacaatatttcttacattttcctccatcaaaatattacattgaaacttccacgaaaaatcacctttttgcgagacaaattcaactgattttgacaaatgaatta
gi|8 : TT-TTT--G--GGC-GCAAGTTTCAGTCAA----A-G--G---T----AT----TT-TGG---------------C-T-TTATG-CAATTGC----AGTTTCAGTG----GCAAA---T----A-------TA--TC--AAC-TG------GAT----ATCAGAA-AATC--ACT--AT--T---T--T--TC----A-G-A---GGTA-AATAAA----A-AACTTGT----------TTT------ACT--TTT-GA--AAA-TCTG-TA--ATGT-AAA-AT-----CT------ATTTTA------CA------GT--A---AAC-----AT-TT-A-T-T---TTA-A-ACGGAG-AAA---ATAAC-----AA-A-AA--AA---A-T--TCA
gi|8 : g--A---AAA-----AC-TT-G-T-T---TTA-C-TTTTG--AAA---AT--CTGT--AA-T-GT--AA---AAT--CTAT-T-----TT--------------------A-CAGTAAACA-------T-------T------T-------------A---T---------------------------------------T--T---------------T---A------AACG---GAGAAAATAACA------AAAA---AAATTCATCCATCAAAGT----T--TTGCATT-AAA---------A------TTT---CCT--A----A----C-----------C--AA-ATC---------T-TT--T------ATT-GTGA--TA-----T--A--T------AT---TT-TT--------------------------T-TTA-------T--TAA-A-TAA---T-ATTC--A--A---ATGA-ATTTG--ACCAAA----A-------C-A---GAA-----C-TTT-----T-ATAT-AC----CACTAA-AA---AA-GACTGTTCA-A----CTG---AT-----------AT--------------T--C--T---TGTTT-TC-CTCCAAATAGAGTGTT--------TACAAAAT--------C-----AAAAA--TTGTTCTCAACTAAAATTGCACCCAAAACAATtccatcaaagttttgcattaaaatttcctaaccaaatcttttattgtgatatatattttttttattaaataatattcaaatgaatttgaccaaaacagaacttttatataccactaaaaaagactgttcaactgatattcttgttttcctccaaatagagtgtttacaaaatcaaaaattgttctcaactaaaattgcacccaaaacaatatctagtaattttaattatttt
gi|9 : gtttttgggcgcaagtttcagtcaaaggtattttggctttatgcaattgcagtttcagtggcaaatatatcaactggatatcagaaaatcactatttttcagaggtaaata--G--GAC-GCGTGTTTCATTCAA----A-GTTGA--T----TT----CTATTGGAAAAAGGGGTGTAGC-T-TT-TA-TAGATAC----AAATTCAGTG----GCATG---T----T-------TA--TA--TAT-TT------AAT----ATGAGGC-GATC--A----AT--CGG-T--T--TT----A-A-T---GATA-AATTAA----A-----TAT----------TTT------AGC--TGT-GA--AAA-TCTG-TC--ATGT-TAA-ACG-AA-TT---------TTG------CA------GT--A---AAA-----AA-TG---T-T---TTA-A-GTGTGG-AAA----T--C-----AG-T-GC--AC---A-G--ACAG-CAAGAGTT--------GCCA--A-A---A-CA-------------------------------------------T---T-----------A-----------------------------------G--------A-T---A------G--------------TGTT------ATAA---ATCCT------TCAGCAT----T--TTGTAAA-ATA------GGCA------TTT-GACAC--A---T-----------------------ATC-----AAG-T-CT--T------AAC-AT-------------------------T---TTCTT----------A---------------T-TTATT-----T--TTC-A-TAA---T-GTTC---------CTAT-ATATC--A--AAACTGTG-------T-AT-TAAA------ATTTGAGA-T-ATTT-A----------A-AA---AA-AA--ATTCACAGGATTTG---AA-----ATAT-GAT--------------TTAT--T--ATATTT-Tatctagtaattttaattatttt
blockSeqs : G CA CT T A TAAA T TTGATTTCTATTGGAAAAAGGGGTGTAGC A A A G TGTA CTGT AAT TACATGTA AG ATT TTATTATTTGATTATT T AA GTAC CGTGT GA TTTT A C ATT T ATTTAA CAGTGGCATA GTAGTG AA T TA TTT T AA A G AGGTGAAACAAAT AGTGGT ATTTTTGC TCG CCAAAAC T T A ATT T TTGT AC AAC AA TTTTC A G AA CAA A AT A AAGAG CTTTCCTTG TT C CGT G G . CTAAATA AAGATA TGACATATTCCAATATCTTCTGAG AA CA TATATATA A TTC CAAATA GGT TGTGGGAAA TTT ATTCATCCA AA AAAG GA C CAAGTT TTCTGT A ATACACATGTAGTAG TT C TAACA A G GC GCTATG C AAATTTCTAAAATAAATTTTACCTATCAAACATTTTTGTTA AT CAT AAGTC CA TC ATT T TGACC GTTTTGGCTATTAAAAACACCA TGTGA T A ATGACACTT C CCG T T C GGAT TGT CTATA AG TATCTA TCA T TT TATAACCCCC TCTTTATGCAGA CT T A A TT A CA
blockSeqs : . . A . G . . TTGTTTGTTTTTTTTC . . . A . . . ATAAT A AT ATATGAT . . CT CGTT GA TGA . . . . AAACT . . TA . . CT . . . . AAAGTTGT . ACAA . ACA . . . G C GTTG G . . TGT . . . T . A . TG GG . . T . G . . . GGATAGTTTGCAATGATAAA . . . . . . . CGA . ATT GC . A . T T . TTAAAGTT . . . . . . . . ACACATATATTTCTGGAAAAAGGTGTT . AAT GTA . . . . TGG ACAATTACTGGTTG GAGA . . TTCAG . . T T . . . . A TGTGCA TG T TT CA TAAAT . . A . C . CA
blockSeqs : . . T . A . . TTGATGTTTTTCCAC . . . T . . . AAT . A TTATAT . . . CTCC G T . . . . ATA . . . . . GC . . . . ATAATTAT . GT . AA . . . . . ATGC G . . . . . . . . . . G TG . . . . A . . . AGATCTTTTACACTATTT . . . . . . . TGT . CTT GC . C . . . . ACATTAT . . . . . . . . ACGAATCATATTTTTGTGGTA . GAG TTA . . . . TGT CTGTGTATTAAAA G . . CATTT . . . T . . . . A TTATTA TC T CT TG AAAGA . . A . G . .
blockSeqs : . . . . G . . GTGTTTTGTTGAAT . . . A . . . T . A TTAGCT . . . AAAT . G . . . . TA . . . . . CC . . . . CAATTAT . GT . AC . . . . . TTTT T . . . . . . . . . . G A . . . . A . . . TAGATATTTTCCAATAGC . . . . . . . GGA . TTT GC . . . . . . CAATAT . . . . . . . . ACAAAAATCGTTTTTTTGTTA . AT TTA . . . . TGA ATATGAACTA . . . CACTG . . . T . . . . A TGTA TT A TT CA CAGG . .
blockSeqs : . . . . G . . TTTATTTGGC . . . A . . . T . A TAGGAT . . . AGCT . A . . . . AA . . . . . TC . . . . ATTTTAT . TC . AC . . . . . CTGG G . . . . . . . . . . G G . . . . G . . . AAATATTTTGTAATTAC . . . . . . . TGA . GTT GC . . . . . . AATAT . . . . . . . . ACAAAACAGAACATTTTGGCA . AG TA . . . . AGA ATATTAAATA . . . CACTA . . . T . . . . G TTA TC A TT CA CACA . .
blockSeqs : . . . . G . . ATTTTTTTGG . . . T . . . A . A TTAGAT . . . CGGT . C . . . . TA . . . . . TC . . . . GATTGT . GC . CT . . . . . TGAG G . . . . . . . . . . A G . . . . G . . . ATATATTTTACAATAAC . . . . . . . TTA . TTT GC . . . . . . ACAT . . . . . . . . ACACACAAGTTTTTATATTA . TT TT . . . . TGA ATGATGTTT . . . CACT . . . T . . . . A ATG TC T GA TA TCAA
blockSeqs : . . . . C . . GCTTTTCAAC . . . T . . . T . A TCTAGT . . . CTC . . . . . . AA . . . . . TT . . . . AAATAT . GC . AT . . . . . TAGT G . . . . . . . . . . A G . . . . G . . . TTGCAGTAAC . . . . . . . TTA . CTT GC . . . . . . ATTT . . . . . . . . AGCCAACCAAAGTCATGTA . AA TG . . . . TAA ATGAAGTC . . . TGCT . . . T . . . . G TTA A A C C C
blockSeqs : . . . . G . . GTATTTTGGC . . . A . . . T . T TTAGAT . . . TAT . . . . . . AA . . . . . TA . . . . AAATC . AC . GC . . . . . TTGT T . . . . . . . . . . A G . . . . T . . . CTGCAGTCAC . . . . . . . GGT . TAT GC . . . . . . ACAT . . . . . . . . GCTTTTATTGAAAACGAC . AT TA . . . . TCA ATTAAATA . . . CACT . . . T . . . . . TCT . A .
blockSeqs : . . . . G . . GTAAAATAC . . . C . . . T . A TAAGAT . . . CT . . . . . . AA . . . . . TC . . . . AATTA . GC . AC . . . . . TGGG G . . . . . . . . . . G G . . . . G . . . AAATATGT . . . . . . . TGA . CTT GA . . . . . . ATAT . . . . . . . . GATATATATTTTTTTTA . GC TA . . . . T ATAAATA . . . CACT . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . T . . ACTTTTTGC . . . G . . . A . A CTAGTT . . . TT . . . . . . AA . . . . . TA . . . . AAAAT . GT . TA . . . . . ACGG C . . . . . . . . . . T G . . . . T . . . AGATTTGT . . . . . . . TGC . TAT CT . . . . . . ATAT . . . . . . . . TTTCTTATTTATT . AT TG . . . . . ACAGAAC . . . AACT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . TTTTTCTG . . . G . . . T . T TTAAAT . . . CA . . . . . . AA . . . . . TC . . . . AAATA . GC . AC . . . . . TTTT G . . . . . . . . . . G A . . . . A . . . AGATAAC . . . . . . . TGC . CAA GC . . . . . . ATAT . . . . . . . . . AT C . . . . . GTATT . . . TT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . TTTTTT . . . A . . . T . A TTAAAT . . . AT . . . . . . GA . . . . . TA . . . . ATTTT . GC . AT . . . . . GTGT G . . . . . . . . . . G T . . . . G . . . TTGC . . . . . . . TAA . CTT AA . . . . . . ATAT . . . . . . . . . A A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . TTTTTT . . . A . . . G . C TTGGAA . . . TT . . . . . . A . . . . . TC . . . . GAATT . TG . AC . . . . . TGG A . . . . . . . . . . G G . . . . G . . . ACC . . . . . . . CAA . CTT GC . . . . . . TTA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . A . C CTGGAT . . . CT . . . . . . A . . . . . TA . . . . AAAT . AC . TA . . . . . CTG C . . . . . . . . . . G A . . . . G . . . TGA . . . . . . . TTA . CGT C . . . . . . AAC . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . A . G TTTAAT . . . TT . . . . . . A . . . . . TC . . . . AAAT . GC . TT . . . . . TGG A . . . . . . . . . . G G . . . . G . . . TTA . . . . . . . TG . CCT . . . . . . . AT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . T . G TATAT . . . TT . . . . . . A . . . . . TC . . . . AATA . AT . AC . . . . . TGG G . . . . . . . . . . G G . . . . G . . . AT . . . . . . . GA . TT . . . . . . . AT . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . T . C TATAT . . . TT . . . . . . A . . . . . TT . . . . AAAT . TC . AC . . . . . TAT G . . . . . . . . . . G G . . . . G . . . T . . . . . . . T . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . A AGAG . . . CC . . . . . . . . . . . . TC . . . . GTAT . GT . AG . . . . . TGG C . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . T . . . CC . . . . . . . . . . . . TC . . . . CTAT . GT . AC . . . . . TGG G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . TG . . . . . . . . . . . . . . . . . AAT . C . AT . . . . . AAT G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . CC . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . G . AC . . . . . AAT G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . TTA G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . TC . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . AT . . . .
blockSeqs : . A . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : GTTTTTTTGC****************************** T*********** TTAGAT*********** CT******* TC* AC****** ***** ******* TGA****** CTT****** GC AT** TA**** TGA**** ATATTAAATA****************** CACT***** TTA********************* TC**
originalCons : NNNNTTATT-TTT--G--GGC-GCATGTTTCAGTCAA----A-GTTG---T----TT----TT-TTG---------------C-T-TT-TA-TAAATAC----AATTTCAGTG----GCATA---T----T-------TA--TA--AAT-TA------GAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--C---T--T--TT----A-G-T---GGTA-AATAAA----A-A---TGT----------TTT------ACT--TTT-GA--AAA-TCTG-TC--AAGT-AAA-ACA-AA-TT------ATTTTA------CA------GC--A---AAA-----AC-TG-A-T-T---TTA-A-TNGTGG-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AA---A-T--TTAG-T----GTT--------GCCA--A-A---A-CAGCAAACA-------T-------T------T-------------T---T-----------G------C--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGCG---TAAAATATTGTG------ATAA---AACTT------TCAGCAT----T--TCTTAAT-ATA------GGCA------TTT-GACAC--A---TA----T-----------T--AA-ATC-----AAG-T-TT--T------AAC-AT-A--CA-----A--A--A------AT---TT-TT----------A---------------TGTTA-------T--TTC-A-TAA---T-ATTC--A--A---CTGA-ATTTG--A--AAA----A-------T-AT-TAAA-----TATTT-----T-ATTT-AC----CACT-A-AA---AA-GACTGTTCA-A----CTG---AT-----ACAT-GAT--------------T--G--T--ATGTTT-TC-CTCCANAAATTGTGTT--------CGCAAAAT--------CAA-A-AAAAA--TTG-TCTGAAAT-AAATCGC-CCCAAAACAAT
finalCons : NNNNTTATT-TTT--G--GGC-GCATGTTTCAGTCAA----A-GGTTTTTTTGC------------------------------T-TT-TA-TAAATAC----AATTTCAGTG----GCATA---TT-----------TA--TA--AATTAGAT-----------ATCAGGA-GATC--A----ATCT-------T--TT----A-G-T---GGTA-AATAAA----A-A---TGT----------TTT------ACT--TTT-GA--AAATC-TG-TC--AAGT-AAA-ACA-AA-TT------ATTTTA------CA------GC--A---AAAAC------TG-A-T-T---TTA-A-TNGTGG-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AA---A-T--TTAG-T----GTT--------GCCA--A-A---A-CAGCAAACA-------T-------T------T-------------T---T-----------G------C--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGCG---TAAAATATTGTGA------TAA---AACTT------TCAGCAT----T--TCTTAAT-ATA------GGCA------TTT-GACAC--A---TA----T-----------T--AA-ATC-----AAG-T-TT--T------AAC-AT-A--CA-----A--A--A------AT---TT-TT----------A---------------TGTTA-------T--TTCAT--AATA----TTC--A--A---CTGA-ATTTGA----AAAATATTAAATA------------------TTT-----T-ATTT-ACCACT-----A-AA---AA-GACTGTTCA-A----CTG---AT-----ACAT-GATTTA---------------------TGTTTTC--CTCCANAAATTGTGTT--------CGCAAAAT--------CAA-A-AAAAA--TTG-TCTGAAAT-AAATCGC-CCCAAAACAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): GGCACATATCAAATAAAGTTTAGAAATAAGTATACTAAAAATAGTGTTTTTTCCCCAATATTCATCAATCAAAGTTTTGTGCTGATATTTCGCACAAAAATCATCCTTTTTGCGA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222 111111111111 11111111111111111 111111111 1111 1111111111 333333333333333 11111 111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111111111111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 1111111 4444444444444444444444444444 11111 1111 22222222222222 1111111111 22222222222222 1 11 1 11
lowQualScore : 3 33 99 5 3 6666 2 6666666666666666666666666666666666666666666 2 2 2 3 4444 0 4444 333 333333333333 44 555 00000000000000000 1 22 6666 222222222 66 3333 1 1 222 1 0 3333333333 7777777777 555555 44 1 22 111 1 22 1 1 333333333333333 0 444444 8888888888 222 55555555 1 1 1 444 3 66666 22 222 22 88888 1 1 22 444 1 44 222 44444 000000000 22 1 555 1 3 5555555 5555555 555555 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 22 77777777 2 333 666666 333 999999999 333 777777777 33 4444 77 0 2 999999 888888 2 555555555555555555555555 33 2 55555 2 2 22 666666 2 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44 8888 555555 44 44 555 3 2222222 3333333333333333333333333333 77777 6 3 0000 0 666 3 555 9 3 7777 555 3 88888 66 3 55555555555555 99999 0 4 44 1 44 9999999999 0 55555555555555 99 6 3 0 0 55 0 55
lowQualScore : . .. .. . . .... . ........................................... . . . . .... . .... ... ............ .. ... ................. . .. .... ......... .. .... . . ... . . .......... .......... ...... .. . .. ... . .. . . ............... . ...... .......... ... ........ . . . ... . ..... .. ... .. ..... . . .. ... . .. ... ..... ......... .. . ... . . ....... ....... ...... ......................................................... .. .. ........ . ... ...... ... ......... ... ......... .. .... .. . . ...... ...... . ........................ .. . ..... . . .. ...... . ........................................................................ .. .... ...... .. .. ... . ....... ............................ ..... . . .... . ... . ... . . .... ... . ..... .. . .............. ..... . . .. . .. .......... . .............. .. . . . . .. . ..
lowQualScore : 6 99 66 7 0 1111 9 6666666666666666666666666666666666666666666 4 1 1 4 2222 7 0000 333 555555555555 33 666 33333333333333333 7 44 1111 888888888 22 1111 7 6 888 6 8 4444444444 6666666666 000000 88 7 44 888 7 33 7 7 333333333333333 3 666666 1111111111 777 44444444 5 5 5 111 1 66666 22 888 22 44444 7 7 33 666 7 11 666 00000 444444444 55 8 000 8 5 9999999 9999999 222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99 99 66666666 1 777 111111 777 888888888 555 111111111 55 7777 55 2 4 111111 666666 2 111111111111111111111111 11 1 33333 1 1 99 111111 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 1111 777777 22 22 888 3 7777777 8888888888888888888888888888 33333 2 1 8888 2 222 1 444 2 3 1111 888 3 33333 00 6 00000000000000 11111 8 4 66 0 44 5555555555 2 11111111111111 22 7 2 8 0 88 0 88
consensus : NNNNTTATT-TTT--G--GGC-GCATGTTTCAGTCAA----A-G------GT----T----TTT-TT--G---------------C-T-TT-TA-TAAATAC----AATTTCAGTG----GCATA---T----T-------TA--TA--AAT-TA------GAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--C---T--T--TT----A-G-T---GGTA-AATAAA----A-A---TGT----------TTT------ACT--TTT-GA--AAA-TCTG-TC--AAGT-AAA-ACA-AA-TT------ATTTTA------CA------GC--A---AAA-----AC-TG-A-T-T---TTA-A-TNGTGG-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AA---A-T--TTA-G-T----GTT--------GCCA--A-A---A-CAGCAAACA-------T-------T------T-------------T---T-----------G------C--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGCG---TAAAATATTGTG------ATAA---AACTT------TCAGCAT----T--TCTTAAT-ATA------GGCA------TTT-GACAC--A---TA----T-----------T--AA-ATC-----AAG-T-TT--T------AAC-AT-A--CA-----A--A--A------AT---TT-TT----------A---------------TGTTA-------T--TTC-A-TAA---T-ATTC--A--A---CTGA-ATTTG--A--AAA----A-------T-AT-TAAA-----TATTT-----T-ATTT-AC----CACT-A-A-A---AA-GACTGTTCA-A----CTG---A-T-----ACAT-GAT-T--------------TAT-G---TTT-TC-CTCCANAAATTGTGTT--------CGCAAAAT--------CAA-A-AAAAA--TTG-TCTGAAAT-AAATCGC-CCCAAAACAAT
Reference ( family-576 ) : NNNNTTATT-TTT--G--GGC-GCATGTTTCAGTCAA----A-G------GT----T----TTT-TT--G---------------C-T-TT-TA-TAAATAC----AATTTCAGTG----GCATA---T----T-------TA--TA--AAT-TA------GAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--C---T--T--TT----A-G-T---GGTA-AATAAA----A-A---TGT----------TTT------ACT--TTT-GA--AAA-TCTG-TC--AAGT-AAA-ACA-AA-TT------ATTTTA------CA------GC--A---AAA-----AC-TG-A-T-T---TTA-A-TNGTGG-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AA---A-T--TTA-G-T----GTT--------GCCA--A-A---A-CAGCAAACA-------T-------T------T-------------T---T-----------G------C--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGCG---TAAAATATTGTG------ATAA---AACTT------TCAGCAT----T--TCTTAAT-ATA------GGCA------TTT-GACAC--A---TA----T-----------T--AA-ATC-----AAG-T-TT--T------AAC-AT-A--CA-----A--A--A------AT---TT-TT----------A---------------TGTTA-------T--TTC-A-TAA---T-ATTC--A--A---CTGA-ATTTG--A--AAA----A-------T-AT-TAAA-----TATTT-----T-ATTT-AC----CACT-A-A-A---AA-GACTGTTCA-A----CTG---A-T-----ACAT-GAT-T--------------TAT-G---TTT-TC-CTCCANAAATTGTGTT--------CGCAAAAT--------CAA-A-AAAAA--TTG-TCTGAAAT-AAATCGC-CCCAAAACAAT
gi|1 : T--G--GGCCGCATGTTTCA-TCAA----A-AT-----AT----T----TTT-TT--G---------------C-T-TT-TA-TGACTAC----AATTTCAGTG----G--------------------TA--TA--AAT-GA------G-------T--GGA-GATC--A----AT--C---TATT--TT----A-G-T---TGTA-AATAAA----A-A---TGT----------TT---------------------------G-TC--AAGT-AAA-ACA-AA-TT--------TTTA------CA------GC--A---AAA------C-TG-A-C-T---TT----TTTTAA-AAA---AC--CG----AA-T-GC--AA---A-T--TTA-G-T----GTT--------GCCA--A-A---T-CATCGAACATTCAGATT-------T------T-------------T---T-----------GCAATAAC--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGCA---TTAAATA----------------------------------AT----T--TCTTAAT-ATA------GGCA------ACA-GACAC--A---TA----A-----------T--AA-ATC-----CTG-T-TT--T------AAT-AT-A--TA-----
gi|1 : tttgtagttattgtttggagcacatcatttcaacagtcttcatttttataaattacagaacctattggaAA---AAATT------TCAAAAT----T--T-TCAACCATC------AAAA------TTT-TACA-------------T-----------T--AA-A---------A-T-TTGCT------AAC-------CG-----A--A--ATC----ATCA-TT-CT----------G---------------TGATA-------T--TTC-AATAAG--C-ATTC--A--G---CTGA-TTTTGTCA--AAA----G-------------AAG-----TATTT-----TTATTT-AT----TA-T-C-G-A---AA-GACTGCTCA-A----TTA---A-T-----ACAA-GATATCCTACATACAGCTGTAT-G---TTTGTC-TTCCATAAATTATGTT--------CGCAACAT--------GAA-A-AACAA--TTG-ttctaaaaaaaaaaaaaatttcaaaattttcaaccatcaaaattttacattaaaatttgctaaccgaaatcatcattctgtgatatttcaataagcattcagctgattttgtcaaaagaagtatttttatttattatcgaaagactgctcaattaatacaagatatcctacatacagctgtatgtttgtcttccataaattatgttcgcaacatgaaaaacaattgct
gi|10 : tttgtagttattgtttggagcacatcatttcaacagtcttcatttttataaattacagaacctattggatgggccgcatgtttcatcaaaatatttttttgcttttatgactacaatttcagtggtataaatgagtggagatcaatctattttagttgtaaataaaaatgtttgtcaagtaaaacaaatttttacagcaaaactgactttttttaaaaaaccgaatgcaaatttagtgttgccaaatcatcgaacattcagattttttgcaataacttctgataggcattaaataatttcttaatataggcaacagacacataataaatcctgttttaatatatattctaaaaaaaaa-TTT--GA-GGT-GCAAGTTTGAACTAA----A-T------GT----TGATGTTT-TTCCA---------------C-T-TT-TA-TGAATAC----AATTT----G----GTATA---A----T-------AAA-TA--AAT-TATTATTTGATTATTATCAGGA-GAAA--A----AT--C---T--T--TTT---A-G-T---GGTT-AATAAA----T-A---TAT----------TTT------ACT--TTC-AA--AAC-CTTA-TC--AAG-------CA-AA-TC-------------------------------------------C-TG-A-T-T---TTCTA-TGG-GG-AAA---AG--C-----AA-T-GC--AC---A-T--GAG-G-T----GCT--------ACCA--A-A---A-TAGCAAACA-------T-------T------TAAA----------TA--T-----------G------T--------------------T--TCCATA--------A-CTTCA------GGCAGGTTAAAATATTGTGTGGGAAAAAA---AA---------TCCGCAT----T---CTTATT-ATA------GGTA------TTT-GACAA--A---CA----T-----------T--AA-ATC-----CAG-T-TT--T------AAC-AT-A--ct
gi|11 : tgTT-TTT--G--GTT-GCCTGATTCAGCCAA----A-G------GTAAAAT------------A---------------C-T-CT-AA-TAAAAAC----AATCTCAGTGCTGTGTATA---TAA--T-------TA--TATTAAT-TA------TAT----ATCAAGA-GAGC--A----AT--CGT-T--T--TC----A-G-T---TGCA-AATAAA----A-A---TG-----------TTT------ATT--TTT-GA--AAATTTTG-TC--AAGT-ACA-CC------------------C------CA----------A---AAA-----AA-TA-A-T-T---TTA-A-TTGTTG-AAA---AT--C-----AA-T-AC--AA---C-T--TTG-A-T-----------------------------------ATA-------T-------T------T-------------A---C------------------C--------------------T--TC--TG--------A-C---A------GGTG---TAAAATATTGCG------ATAA---AACTT------TCA-----------------------------GCA------TTT-GATAC--A---TT----T-----------T--AACATC-----AAGAT-TT--TGCTATGAAA-AT-AGCCA-----ACCA--A------A-----G-TC----------A---------------TG-TA-------T--T---A-TGA---T-ATTTCAA--A---AAGT-ATTT-------------A-------T-AT-GAAC-----TA--T-----T-ATTT-AC----CACT-ACA-A---AA-GACTGTTCA-A----CTG---A-T-----ACAT-atttccgattttttttgtgcaagttcttcatccatcactcatttgcattcaattctcctactaaaatcatccgct
gi|12 : tatccaaaccatT-TT--G---------------CCT-TT-TG-TTAATACTGTAAACATCAGTG----GCATA---T----TACATGTATA--TA--AAT-TA------GCT----ATCAGAA-GGTC--A----GT--C---TCCT--TT----A-G-T----TTA-AACAAAATTTA-A---TTC----------TTTGTAGTGACT--TTT-GA--AAG-GCTG-TC--AAGTAAAA-ACA-A----------ATTTTA------CA-------C--A---AAA-----AC-TG-A-T-T-------A-TC-----AAA---AT--T-----GA-T-GC--AA---A-A--CGG-G-G----G-------------A--A-A---A-AAGCAAACA-------T-------T------T-------------T---G-----------A------CATATTCCAATATCTTCTGAGT--TC--TG--------A-C---A------GATG---TAAAATTTTGTG------TTAT---CATTT------ACA-CAG----TA-TCTTGAT-ACA------GGCA------TTT-GACAC-------A----T-----------C--AA-ATT-----AAG-T-TT--T------AAC-AT-A--ttgtttt
gi|13 : ctattgtttggggagcaagccA------TTT-TACACCAA---TA----T-----------TTTAC-ATT-----GAA-A-TT--T------ACCCAT-A--CG-----A--ATCAT-----AT---TT-TT----------G---------------TGGTA-------T--TTCCA-TAAG--T-ATAC--A--A---CTGATATT-------AAA----G-------T-AT-T-----------TT-----T-ATTT-AC----TGCT-G-A-A---AATGAGTGCTCA-G----TTG---A-T-----ACAT-AAT-C--------------TGT-------T-TA-CTTTGTGAATTGTTTT--------C---AAAT--------TAA-ATAAAAA--TTG-TCTG-AGT-CAATCAC-CCT-GAACAATatggtatatattttt
gi|14 : caaacattcagatattttgcaataacttccacaaggcacaaaatattttgattaatcattcagcatataagtgaatgcctaactttatacagttttaaaaaaattctggaaaatagtcaaaatTATT-GTTCAG--GGC-ACATGTTTCAACCAA----A-G-------T----T----TTT-CT--G-----------------T-TT-TG-T------------TTT-----------------T----T-------TC--TA--AG---A------GAG----AGAGAGA-GATG--AGTACAT--T---T--T--TTG---A-G-T---GTTA-AAT--------------------------CTT------ACT--TTT-GATAAAA----G-TC--GAAT-AAGGACA-A-----------TTTTA------CA------GT--A---AAA-----AC-TGTA-T-T---TGA-A-CTG-GT-AAA---TT--C-----AA-T-GC--AA---A-TA-TTA---T----GTT--------GTTA--T-G---A-CAACACACA-------TCTAAATAT------T-------------T---T-----------GCAGTAAC--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GATG---TAAAATATTGGG------ATAA---AGCTaag
gi|15 : ggttattgcatcaacaattttaacatcatgtcaaattactcacTA-TC--AAGT-AAA-ACG-A--TT------GTT--A------CA------GT--A---AAA-----CT-TT-A-T-T---TTA-AGTTG-GG-AAA---AT--A-----AA-T-GC--AA---A-TATTTA-GAT----ATT---------TTG--A-A---A-TA----ACA-------T-------C------T-------------T------------------------------------------------------------A-T---A------GGCG---TAA----TT-----------------AGTT--------AGCGT----TC-TTTTAAT-AAA------GGCA------TTT-GATAC--A---CA----T-----------C--AA-ATC-----AAG-T-TT--T------AAA-AT-G--C------------------------TT-TT----------A---------------T-TGAAAACGACT--CTC-A-GAA---T-TTTC--ATCA---TCAA-AATTG--G--CAA----ACAAT---T-AC-TGGT-----TGTTT-----T-ATTT---------TT-A-A-A---AA-AAattatgtacacataattatgtttttatata
gi|16 : tagaT-TA-TAAATAC----ATTTTTAATG----ACATA---G----A-------TA--TA--AAT-AG------GAT----ATCAG----ATC--A----AT--C---A--T--TT----AAG-C---GGTA-ACTA--------------T----------TTT------CCT--TTT---------------C--AA-T-GAT-ATA-A--TT------A----A------CA------TC--G---AAA-----AT-TA-A-T-T---TTA-A-ATGCGG-TAT---AT--A-----AA-T-AA--AC---A-C--TTT-G-T----ATT--------GCCA--ACG---A-TAAGAAACA-------T-------T------T-------------T---------------G------A--------------------TAATC--TGTATATATAA-C---A------GGCG---TAAAATAGTGTG------ATAC---TATTT------TCAGCGTAAAGTGATATTGGT-ATAT-----GACA------TTT-GACGT--A---TA----T-----------T--TG-ATC-----AAA---TT--T------AAT-AT--------------A--A------AT---TT-CT----------tcatgaatttaataaaaaaaaaatgaagtatttttatttaccaataaaaagggtttactt
gi|17 : TTATT-TG---G--GGT-GCATGTTTCAGTCAA----A-G------TT----T----ATT-TG--G---------------C-T-TT-TA-TAAATAA----AATTTCTTTG----GCACAAATT----T-------T-------AAT-TA------GAT----ATTAGGA-GATC--A----AT--A---T--T--TT----A-ACT---GGTT-AATAAA----T-A---TGT----------TTT------ACT--TTC-GA--AAT-CCTG-TA--GAGT-GAA-ACA-A----------ATTTTA------CA------GC--A---AAA-----GC-TA-ATT-T---TTG-A-TGG-AG-AAA---AT--C-----AA-T-GCAAAA---A-T--TTA-G-C----ATT--------GCCA--A-A---A-CAGCAAGCA-------T-------C------T-------------
gi|18 : A--TA--AATCTA------G-T----A-CAAGATGATT--A-----T--C---TC-T--TT----A-G-T---GATA-A----------------GT----------TCT------AGA--TTT-AA--AAA-TCTT-TG--TAAT-CAA-ACA-AA---------ATTT-A------TA------GC--A---AAA-----AC-TG-A-CAT---TGA-A-TGG-GT-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AA---C-T--TTA-G-T----GCCG-------GCAA--A-A---A-AAGCAAACA-------T-------TAAGATAT-------------C---T-----------GCAGTCAC--------------------T--TC--TG--------A-C---A------GGCT---AAAAATAATGTT------ATAA---AACTT------TCAGCAT----C--Tagatatattacaatattaactgttaataggtg
gi|19 : tttcacattgtaacaaacattgtcaagcaac-TT----------G---------------TGATA-------C--TTC-A--AA---C--CTC--A--A---CTGA-CTTTG--T--AAA----A-------T-G---AAG-----TCTTT-----TTATTT-ACTT--CAG--A-A-A---AA-GAC-----A-A----TTG---A-A-----ATAT-AGT-T--------------TAT-A---T--------CAATAAATTGTGTT--------CACAATGC--------CAG-G-AAAgaaatatgaagatgt
gi|2 : tcaaaaatctcgtacatctagatattgcatatcaatcggccaaccaaaaatgaaaatcatccta-TTG--G--GGC-GCATGTTTAAGTAAATAAAA-G------AT----T----TTT-TT--G---------------G-TATT-GA-TTAATAA----AATGTCAGTG----GCATA---T----T-------TA--TT--AAT-TA------GAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--TA--T--T--TTA---A-G-T---GGTT-AACAAA----ATA---TGT----------TTA------ATT--TTT-GA--AAA-TCTT-TT--CAAT-ACA-ACA-AAGTT------GTTTT
gi|2 : c----GCATG---T----T-------TAAGTA--AAT-------------------AAAA-GAT---------T--T---T--T--TT----G-G-TATTGATT-AATAAA----A-----TGTCAGTGGCATATTT------ATTAATTA-GA--------TA-TC--AGG---AG-ATC-AA-TT------ATTTTAAGTGGTTA------AC--A---AAA-----TA-TG-----T---TTA-A-TTTTTG-AAA---AT--CTTTTCAA-T-AC--AACAAA-G--TT--G-T----TTTCTTTCCTTGCCA--A-A---A-CTGCAAACA-------T-------T------TAGATCTT------T---T-----------A------CACTATTT-------------T--TC--TT--------A-T---A------AGCA---TAAACTATTGTT------ATAA---AATAT------T----AT----T--TCTTAGT-ATA------GGCA------GTT-GACACA-A---TA----T-----------T--AA-ATC-----AAG-C-TA--T------AAA-AT--------------A--A------AT---TT-TT----------A---------------ctttccttgccaaaactgcaaacatttagatcttttacactatttttcttataagcataaactattgttataaaatattatttcttagtataggcagttgacacaatattaaatcaagctataaaataaatttttaaacagttttctttaaaacggtcatccatcgaaattttgcattgaaaaaaatacacccaccaaaatcaccaccgactaaaatcatcttttttacaatatttcaataattattcaatggattttgaaaaattaaatatttgtatttatatgacacttaaaacaactgtttaactgatctataacataatatggtcttgttccataaactgtgtttgcaaagtaaagaaaaaataggctgaaatacacgcctcaaaca
gi|2 : cttggggcT---TT-TT----------A---------------CAATA-------T--TTC-AATAA---TTATTC--A--A---TGGA-TTTTG--A--AAA----A-------T----TAAA-----TATTTG----T-ATTT-ATATGACACTTA-A-A---AC-AACTGTTTA-A----CTG---A-TCTATAACAT-AA-----------------TATGG---TCT-TG-TTCCATAAACTGTGTT--------TGCAAAGT--------AAAGA-AAAAA--TAG-GCTGAAAT-ACA-CGC-CTCAAAaacagttttctttaaaacggtcatccatcgaaattttgcattgaaaaaaatacacccaccaaaatcaccaccgactaaaatcatcttttttacaatatttcaataattattcaatggattttgaaaaattaaatatttgtatttatatgacacttaaaacaactgtttaactgatctataacataatatggtcttgttccataaactgtgtttgcaaagtaaagaaaaaataggctgaaatacacgcctcaaaca
gi|20 : cttggggcgcatgtttaagtaaataaaagatttttttggtattgattaataaaatgtcagtggcatatttattaattagatatcaggagatcaattattttaagtggttaacaaaatatgtttaatttttgaaaatcttttcaatacaacaaagttgttttctttccttgccaaaactgcaaacatttagatcttttacactatttttcttataagcataaactattgttataaaatattatttcttagtataggcagttgacacaatattaaatcaagctataaaataaatttttaaacagttttctttaaaacggtcatccatcgaaattttgcattgaaaaaaatacacccaccaaaatcaccaccgactaaaatcatctATAT----AATTTTCGTG----GCATA---T----A-------TA--CA--AAT------------------CAGGA-GATT--A----AT--AAA-T--C--TC----A-G-C---GGTATAAAAAA----A-A---T------------TTT------ACT--TTT-AG--AAA-TTGG-TT--GAGT-AAA-ACA-A---T------A----A------CA------ACAAA---AAA-----AC-TA-A-T-T---TCA-A-TA-TGC-AAT---GT--C-----AA-T-GC--AAT--C-T--TTT-A-T-----TT--------GCTA--A-A---A-CATCAAGCA-------C-------T------T-------------ca
gi|21 : TTATTGTTT--GT-GGC-ACATGTCTGCGCCAA----ATGT-----GT----T----TTG-TT--GAA-------------T-T-TT-TA-TT--TAC----AGACTCAATG----GCATG---T----T-------TA--TT--AAT-AA------GAT----ATCAGAA-GACC--A----AT--C---T--T--TTTGA-A-A-T---GGTA-AAT-TA----A-A---TGT----------TT--------CTTATTT-GA--AAA-TATG-CC--AAGT-AAA-ACA-AA--T------A--TTA------CA------GC--A---TAA-----AT-TT-A-T-T---Tggatagattgca
gi|22 : T----T----TTT-TT--GT--------------C-T-TT-TAATAAATAC----AATTTTAGTG----GCATA---T----T---------------AAC-TA------GTT----ATAAGGA-GATCAAA----AG--T---T--T--TG----A-G-T---GATC-AAT--A----A-A---TGT----------TTT------ACT--TGT--C--AGG-TCC--TCAAAAGT-AAA-ACA-TT-TT------ATTTTA------TAATTTTTGC--ATCGAAA-----AC-TT-A-T-T---ATA-A---ATGG-AAAAACAT--C-----AA-TGGC--AA---
gi|23 : tt--------------------T--TC--CA--------A-T---A------GACG---TGAAATATAAGG------TTAA---AGCTT------CCAGCAT----T--TCTTAAA-ATA------AGCA------TTC-GCTGC--T---TA----------------T--AA-ATA-----AGA-T-TT--T------AGC-AT-A--CA-----C--A--T------AT---AT-TTCTGGAAAAAGG---------------TGTT--------T--TTT-T-TAA---T-GTTC--A--
gi|24 : tgttggcaagtacagtacatttttagatgttttttaattaat-T---GGTA-AATAAT----A-----TGT----------TTT------TCT--AGA-GA--AAA-TATG-CC--AAGT-AAA-ACA----TT------TTTCT-------C-------GT--A---ATA-----TA-TG-A-T-T---TTA-A-TGG--G-GAA---AT--C-----AA-T-GC--AT---A-T--TTA-G-T----GCT--------GCCA--A-A---T-CAGCAAACA-------T-------T------TAAATATTTTGTAAT---T-----------A------C--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGTG-----AAATGTTATG------ATAA---AATAT------TCAtcca
gi|25 : -T-T---TTACA-TGG-GA-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AG---A-T--TCA-G-T----GTTT-------GCCT--A-A---A--ATCAAATA-------T-------T------CAGA----------T---A-----------A------C--------------------T--TC--TG--------AAT------------TG---TATAATTTTGTG-------TAATTTAACAA------TCTGCAT----T--TATTAAT-ATA------GGTT------TTT-TACAC--A---TA----T-----------C--AA-ATC-----ATG-T-TT--T------AAT-A
gi|26 : ac-----T-ATTT-AC----CATTTA-A-A---GA-GACTGTTAA-A----CTG---A-T-----GCA---AT-T--------------Tataattt
gi|27 : catttgatacaaacatagtttttatatgaaaaatgaagtgaactttcttaccaaaaaatcatattttgtgatgtttaaaaaagTCAGAA-AATT--A----TT--T---T--TG-TT----A-G-T---GATC-AATAAA----A-----TGT----------TTT------ACT--TTTTGA--AAA-TCTG-TT--ACGT-AAA-ACA-A----------ATTTTA------CA------GC--A---ACA-----TT-TT-A-T-T---TTA-A-CTGGGC-AAA---AT--C-----ttaacaa
gi|29 : ------ACTTTA------CT------GC--A---AAACCAAAAC-TT-A-T-T---TTG-A--AATGA-CAA---AC--C-----AAAT-GC--AA---A-A--TTA-A-T----GTT--------GCCA--A-ACGTA-CA-C-AACA-------T-------T------T-------------ttaaaatgatcagcattggca
gi|3 : aataca-TTT--G--AGTTACATGTTACACTAAA----A-G------GC----T----TTT-CA--A---------------C-T-TT-TA-TCTATTC----AATTTCAGCA----GTATA---T----G-------TA--TA--AAT-TA------AAT----ATCAGGA-GATC--A----TT--T---T--T--TTTTTTA-A-T---GGTA-AATA------------TGT----------TCT------ACT--TTT-GT--AAA-TATG-CA--AAGT-AAA-ACA-AA-T-------ATT--A------CA------TG--A---AAA-----AC-TG-A-T-TATTTTA-A-TGAGGG-TAA---AT--C-----AA-T-GC--AT---A-T--TTA-G-T----GTT--------AC-ATTA-A---A-CAACAAACA-------T-------T------TATATATT------T---T-----------A------CAATAAC--------------T--GC--TG--------A-T---ACAAATAGGGG---TAAAATGTTGT--------TAA-------------------------C--TCTTAAT-ATT------GGCA------TTT-GACAT--A---TA----CACATGTAGTAGT--AA-AAC-----AAG-T-TT--T------AAC-AT----CA-----G--A--A------ATAG-TT-TCCAA-------A---------------TGTTagatatatttcaattacatgatatgc
gi|3 : tactgA-ATG-----AAA-T-TT----------GC-AC-A--CA-----A--A--A------ATCGTTT-TT----------T---------------TGTTA-------TATTTG-A-AAAAAGT-CTTT--A--G---CTAA-ATTAG--A--AAA----A-------TGATGT--------TTTTT-----T-ATTT-AC----CACT-G-AGA---AA-GACT--TCA-T----CTG---A-T-----ACTTAGAT-TG-------------TA--G---TTT-TC-CTCCAAAAA---TGTT--------CAAAAATT--------CAC-A-Acacccaacaatcttttggaatgaaatttgcacacaaaaatcgtttttttgttatatttgaaaaaagtctttagctaaattagaaaaatgatgtttttttatttaccactgagaaagacttcatctgatacttagattgtagttttcctccaaaaatgttcaaaaattcacaatcatcccaaccagtaagcat
gi|30 : tactgtttgagttacatgttacactaaaaggcttttcaacttttatctattcaatttcagcagtatatgtataaattaaatatcaggagatcatttttttttttaatggtaaatatgttctacttttgtaaatatgcaaagtaaaacaaatattacatgaaaaactgattattttaatgagggtaaatcaatgcatatttagtgttacattaaacaacaaacatttatatattttacaataactgctgatacaaataggggtaaaatgttgttaactcttaatattggcatttgacatatacacatgtagtagtaaaacaagttttaacatcagaaatagtttccaaatgttcacccaacaatcttttgg-TTT--A--GCC-GTATGTTTCAGTCAA----A--------GT----T----TTT-T---------------------T-TT-TA-CGACTAT----AATTTCAGCG----GCATA---T----A-------TA--TC--AA--TA------TAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--C---C--TGATT----A--------GTC-AATAAA----A-tcatcccaaccagtaagcat
gi|31 : TT--A--GCC-GTATGTTTCAGTCAA----A-G------------T----TTT-TT--------------------T-TT-TA-CGACTAT----AATTTCAGCG----GCATA---T----A-------TA--TC--AA--TA------TAT----ATCAGGA-GATC--A----AT--C---C--TGATT----A--------GTC-AATAAA----A-
gi|32 : ---T--T--TT----A-G-T---GGTC-AATAAA----A-A---TGT----------TTC------ACT--TTT-AA--AAG-TCTG-TC--AAGT-AAA-ACA-GG-TGAAACAAATTTAA------CA------G---A---AAA-----ACATG-A-T-C---TTA-
gi|33 : tgtcta------ATTTTA------CA------AC--A---AAT------C-TG-A-T-T---TTA-A--AATAACAAA---AT--T-----GA-T-GC--AA---A-T--TAATT-T----GTT--------TCCA--A-A---A-CAGCAGACG-------T-------T------
gi|4 : aaacTTACT-TTT--GCTGGC-ACATGTTTTATTTTA----A-GTTGTTTGT----T----TTT-TT--T---------------C-T-TT-TA-TAAATAC----AATTTCAGTG----GCATA---T----T-------TA--TG--AAT-TA------AAT----ATCAGGA---TC--A----ATAGC---T--A--TT----A-G-T---GGTA-AACAAA----A-A---TGT----------TTT------GTC--TGT-AA--AAA-TATG-TT--GTGT-AAA-ACATAA-TT------ATTTTA------CA------GC--A---AAA-----AC-TA-A-T-T---TTA-A-TAGTGG-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AA---A-T--TTA-G-A----GTT--------GCCA--A-A---A-CAGCAAATA-------T-------T------T-------------T---T-----------G------C--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGTG---TAAAATATTCTG------CTAA---AACTT------TCAGCAT----T--TCTTAAT-GTACAAGTTGGCA------TTTAGACAA--A---TA----T-----------T--AA-ATC-----AAG-T-TT--T------AAC-AT-A--CAC----AC-A--A------GT---TT-TT----------A---------------TATTA-------T--TTC-A-TTG---T-ATTC--A--A---TTGA-ATTTG--A--AAA----A-------T-AT-TAAA-----TATTT-----T-ATTT-AC----CACT-A-A-A---TT-GATTGTTCA-A----CTG---A-T-----ATAT-GAT-T--------------TAT-G---TTT-TT-CTCCAAAAAC--TCTT--------CACAACAT--------TCA-A-ACAACCTTTG-TCTGAAAC-AAA-GGC-CC--AAACAATcata
gi|5 : atag-TG-TAAATAC----AATTTTAGTG----GCATA---T----T-------TA--TG--AAT-TG------GAA----AT----A-TAT--------AT--T---G--T--TT----A-T-T---GATA-AATAAA----G-A---TGT----------TTC------GCT--TTT-GC--AAA-TCCGTTC--AATA-AAA-AC-------------ATTTTA------CA------AT--A---AGT-----A--TG-A-T-T---TCA-A-TTA-GC-AAA---AT--C-----AA-T-GC--AA---A-T--TCA-T-G----GTT--------ACCA--A-A---AGCAGCAAACA-------T-------T------T-------------TAGATATTTTCCAATAG------C--------------------T--TC--TG--------A-T---A------GGCG---TAAAATATTTTG------CTAA---CA-TT------TTAGAAT----T--TCCAAAT-GTA------GGCATTCTGTTTT-GTTTT--T---TAAAGTT-----------T--AA-ACTTAACAAAA-C-TT--T------AAA-AA-A--CA-----A--A--ACAGAACAT---TT-----------------------------TGGCA-------A--CTC-G-CAA-----ATTG--A--AATTCTGC-ATT-------AAA----GTTTTGGCT-AT-TAAAAACACCATTTTGTGAT-ATTT--C----CACT-C-A-A---AGTGATTGTTCA-G----TTG---ATT-----CCTT-TAT-C--------------TAT-G---TTT-TCACTCCATAAATTGTTTTTATAACCCCCCAAAATTCTTTATGCAG-A-AAACA--TTG-gaaatggaagataactataatcttataat
gi|6 : T-TTT--G--GGG-TCGTGTTTCATTCCA----A-G------AC----T----TTT-T---G---------------C-T-TT-T--TAAATAC----GATTT-----------------------------------------------------------CGGGA-GATG--G----AT--C---C--T--TTC---A-G-T---GGTA-AATAAA----A-----TGT----------ATT------ATA--TTT-GA--GAG-TCTA-TC--AAGC-AAA-A-------------------------------------------AA-----AG-TG----------TA-A-TTGTGG-AAA---AT--C-----AC-T-GC--TA---A-T--ATA-C-T----GTT--------GGTA--A-A---A-CAGCAAACA-------T-------T------TGGATAGT------T---T-----------G------CAATGATAAA-----------T--CC--CG--------A-T---T------TGAG---TAAAATACTA-G------ATAA---AACTT------TTACTAT----T--TCTTGAT-ATA------GGCAT-----TTT-GGCAC--A---TA----T-----------T--AA-ATA-----AAA-T-TT--T------AGC-AT-aacaatagtgaaatacaa
gi|7 : aagtttttggtattttgaatgtttagacggagcacgacaataaatatttttcaagactatgacagattg----TTT-TT--A---------------C-T-TT-TA-TCAATAC----AATTTCAATG----GCATA---TATAAT-------TA--TAT-AAA-TAT-----GAT----ATCAGAA-GACC--A----AT--CGTGT--T--TT----T-G-T---GGTA-ATTA------------TGT----------TTT------GTT--TTT-GA--ACA-TTTG-TT--AAGT-AAA-ACG-----T------ATTTTA------CA------TC--A---AAA-----AC-TG-A-T-TG--TCA-A-TGGGGG-TAA---AT--T-----AA-T-GC--AA---A-T--TTA-G-T----GTT--------GCCC--A-AT--A-CAGCAA-TA-------T-------T------TAGAT---------T---T-----------G------T--------------------T--CC--T---------A-T---A------AGCG---TAAACTATTGTA------ATAA---AACGT------TCAGCAT----T--TCTTTAT-ATA------GACA------GCT-GATAC--ACATTA----T-----------T--AA-ATA-----AAG-TGTT--T------TAC-AT-A--AATTTCTA--A--A------ATAAATT-TT----------ACCTATCAAACATTTTTGTTA-------T--TTCGA-GAAT--T-ACTC--A--A---CGGA-ATTTA--A--AAA----A------------TAAA-----TATTT-----T-ATCTAAC----AACT-A-A-ACCGAC-GACTGTTTA-A----CTATGTA-T-----ACAT-AA--T--------------TGT-GCATTTT-TC-CTTCAAAATTTGTcagtttctgaagaagaaacaatatttcttacattttcctccatcaaaatattacattgaaacttccacgaaaaatcacctttttgcgagacaaattcaactgattttgacaaatgaatta
gi|8 : TT-TTT--G--GGC-GCAAGTTTCAGTCAA----A-G------GT----A----TTT-TG--G---------------C-T-TTATG-CAATTGC----AGTTTCAGTG----GCAAA---T----A-------TA--TC--AAC-TG------GAT----ATCAGAA-AATC--ACT--AT--T---T--T--TC----A-G-A---GGTA-AATAAA----A-AACTTGT----------TTT------ACT--TTT-GA--AAA-TCTG-TA--ATGT-AAA-AT-----CT------ATTTTA------CA------GT--A---AAC-----AT-TT-A-T-T---TTA-A-ACGGAG-AAA---ATAAC-----AA-A-AA--AA---A-T--TCA-
gi|8 : g--A---AAA-----AC-TT-G-T-T---TTA-C-TTTTG--AAA---AT--CTGT--AA-T-GT--AA---AAT--CTA-T-T-----TT--------------------A-CAGTAAACA-------T-------T------T-------------A---T---------------------------------------T--T---------------T---A------AACG---GAGAAAATAACA------AAAA---AAATTCATCCATCAAAGT----T--TTGCATT-AAA---------A------TTT---CCT--A----A----C-----------C--AA-ATC---------T-TT--T------ATT-GTGA--TA-----T--A--T------AT---TT-TT--------------------------T-TTA-------T--TAA-A-TAA---T-ATTC--A--A---ATGA-ATTTG--ACCAAA----A-------C-A---GAA-----C-TTT-----T-ATAT-AC----CACT-A-A-A---AAAGACTGTTCA-A----CTG---A-T-----A------T-T--------------CTT-G---TTT-TC-CTCCAAATAGAGTGTT--------TACAAAAT--------C-----AAAAA--TTGTTCTCAACTAAAATTGCACCCAAAACAATtccatcaaagttttgcattaaaatttcctaaccaaatcttttattgtgatatatattttttttattaaataatattcaaatgaatttgaccaaaacagaacttttatataccactaaaaaagactgttcaactgatattcttgttttcctccaaatagagtgtttacaaaatcaaaaattgttctcaactaaaattgcacccaaaacaatatctagtaattttaattatttt
gi|9 : gtttttgggcgcaagtttcagtcaaaggtattttggctttatgcaattgcagtttcagtggcaaatatatcaactggatatcagaaaatcactatttttcagaggtaaata--G--GAC-GCGTGTTTCATTCAA----A-GTTG---AT----T----TCTATT--GGAAAAAGGGGTGTAGC-T-TT-TA-TAGATAC----AAATTCAGTG----GCATG---T----T-------TA--TA--TAT-TT------AAT----ATGAGGC-GATC--A----AT--CGG-T--T--TT----A-A-T---GATA-AATTAA----A-----TAT----------TTT------AGC--TGT-GA--AAA-TCTG-TC--ATGT-TAA-ACG-AA-TT---------TTG------CA------GT--A---AAA-----AA-TG---T-T---TTA-A-GTGTGG-AAA----T--C-----AG-T-GC--AC---A-G--ACA-G-CAAGAGTT--------GCCA--A-A---A-CA-------------------------------------------T---T-----------A-----------------------------------G--------A-T---A------G--------------TGTT------ATAA---ATCCT------TCAGCAT----T--TTGTAAA-ATA------GGCA------TTT-GACAC--A---T-----------------------ATC-----AAG-T-CT--T------AAC-AT-------------------------T---TTCTT----------A---------------T-TTATT-----T--TTC-A-TAA---T-GTTC---------CTAT-ATATC--A--AAACTGTG-------T-AT-TAAA------ATTTGAGA-T-ATTT-A----------A-A-A---AA-AA--ATTCACAGGATTTG---A-A-----ATAT-GAT-T--------------TAT-atctagtaattttaattatttt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): GGCACATATCAAATAAAGTTTAGAAATAAGTATACTAAAAATAGTGTTTTTTCCCCAATATTCATCAATCAAAGTTTTGTGCTGATATTTCGCACAAAAATCATCCTTTTTGCGA