lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 111 111 1 22222222222 1111 11 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 1111 1111 44444444444444444 11 1 8888888888888888888 1 22 111
lowQualScore : 0 22 0000 000 333 88 2 6 3 4 11111111111 66 0000 22 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3333333 6 7777 6666 44444444444444444 77 2 1 1111111111111111111 4 6 0 4 77 66 3 999
lowQualScore : . .. .... ... ... .. . . . . ........... .. .... .. ...................................................................................................................... ....... . .... .... ................. .. . . ................... . . . . .. .. . ...
lowQualScore : 8 11 4444 000 000 88 2 0 9 4 11111111111 11 6666 77 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4444444 0 0000 0000 77777777777777777 33 0 0 3333333333333333333 0 0 5 0 55 55 0 555
consensus : TTACGTTAGATCAAACAA-CGTTGG---TATCAAAGG-GAAATGTGTACATGGTGCACGTGACTGAC-GACGG-----------TA--GA----GCGGTTT-C--NT-T-ACCTATTCTCA-CACGTGA-CG---GTCGGC-GA-TTCAGATTAG-CT-AATACAATTTTAATG------TA---CATG--TA--A-------TA-G----A-TGG---AAACTGCTTCAAA----TGACTGATTGATAGCT----------AGAACNATTTAAANTCAGTTGCTTACACAACGCGTTTNA--TTGA----T-GGCCCGTTTCCGTTGGNTAACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGCNGCGTAAACATNCGANACTNTAACTTGATACGCAT
Reference ( gi|1 ) : TTATGTTAGATCAAACAA-CACTGG---TATCAAATA-GAAATGTATACATGGTACACGTGGCAGAT-GACAG-----------TA--GA----GCAGTTT-CA-AT-T-ACCTATTCTTA-AATGTGTTTG---GTTGGCAGA-TTCAGATTAG-TT-AATACAATTAAAATG------TA---CATG--CA--A-------CA-G----ACTGG---AAGCTGTTCCAGA----TGACTGATCAGCAGCT----------AGAACAGTTTAATATCAGTTGCTTACACAATACACATGA--TGGA----TAGGCCTGTCTCCATTGGCTAACTAATACAGGACTTTGTCATGTATGAACCACCGAAACAAAATATAAGAGATATGTTTTTGGATGCTGC--AAACATTGAAAACTTTTACTTGATATGCAT
gi|3 : TTACATTAGATCAAACAA-AGTTGA---TATCAAAGG-GAAATGTGTATATGGTGCATGCCACTGAT-GACAG-----------TA--GA----GCA-CTT-C-------ACCAGTTCTCA-CATGTGATTG---ATAG--ATA-TTCAGATTAG-CT-GACATAATTTTTATGCACCGCTA---CATG--TA--ATATACACCA-GAGTCATTGA---AAACTGACTCAAA----TTACTG
gi|2 : ttagtgatatgagtttttaagttacaagattatgagtgagcaatatgtccaggctgccaaacagaaaccaaggatatgaacatttactcaagcagatggactcacttttactctgccatggataacaatttggaacatctccacaTCATG--AGATAAAA-AA-CAATAGCATTATCACAAG-GAGATG-GTACATGGTGCATGAGACAGAC-GACAG-----------TA--GA----GTTGTTT----GT-T-A--TTTTCGCACAA-------G---ATTGGCTGA-TTTACACTG----------AACTCAAATA------TATGCCTTGGTCA--T-------CA-A-------GA---AA--TGCTTCAAA----TGACTGATTGATAGCT----------AGAAC
gi|10 : acatctttcataattatttTATGTTAGATCAAACAG-TGTTGG---TAACATATATGTAA-GTGTACATGATGCACGAGACCGAT-GATGG-----------TA--GA----GCAGTT-------------TACTTTTA-CA------TG---ATTGG--GATTTCAGATTAG-ttcgatgtttagacacatgggtgagttttatttaagagattatcataaccaatgatgatatgaggagtttttgatacgtatctgttacagataagataagatacagcgtaaacattcaacactctaacttgatatgtatggcata
gi|7 : agatcaaacaatgttggtatcataTACATTAGATC-AACAATCA-TGA---CACCAAAGA-GAAATATACACATGTTACACATGACTGAC-GACGG-----------TA--GA----Ggccatgatgattat
gi|16 : tttaataaaatttgtttttattattaaacaagacttgagtttcagcatatggtatacaggttacaatagaagtgaatcactcagaacaagtgttttcttgcattacagctggattatctcttctcACGTTATAT--AATAA-TGTTGA---TATTAAAGA-GAAATGTTCACATGGTGTGTGTGATTGAC-GACAG-----------AA--G
gi|14 : ttagaatctcaactcaTAGATCAAACAA-GACTGG---TATGAAAGG-AAAATGTGTACATGGTGCATGTGACTTAT-GACAGTAGTCTAATTCTA--GA----GCTGTTTACC-GT-T-ACCTTTTCTTA-
gi|5 : CAATCAA-AGTCGA---TATAAAATG-GAAATGTGTGCATGGCGCACGTAACTGATCTCCAG-----------TACTGATTATGC--TTT-TACATGT-ACTTATTCTCT-CACG----CG---ATTGGCCGA-TCCAAATAAATTT-AATAC-------ATG------TA---CATA--AATGA-------TA-G----GATAGATAAAACTGCTGAAAATGGCTGACTGATTGATAGTTTGCACATTTCAGAGCCATTTGCCCTCAATTGCCCTCATAATACATTTAAT-TTCA----T-GGCCTGTTAACGTTCGATAACtaagc
gi|15 : ttaatgttttattactag-GAAATG-GTACTCGGTACACGTTACTGAC-AACGG-----------TA--GA----GCGGTTTGCA-TT-T-ACCTGTTATCA-CACGCGAGTG---GTC----GA-TTTGAATTAG-AT-AA
gi|8 : gGTGACTAAC-GAAAG-----------TA--TA----GCGATTT-CC-TT-TTAATTATTCTTA-AACGTGATTGCCTGTTTAC-GA-TTTA---T-G-CA-AATATA-TTATAA-G------TC---GATG--TA--A-------T---------TTT---AAACAACTTCAAA----TGACTAATTGACAGCT----------ATA-TGATTTAAAGTCAGTTGCTTACACAACG-GTTTGA--CTGA----TTGACCGGTTTCCATTGcta
gi|4 : CCTATTCTT-----GTACACA---GTCGGCTGT-TTTAGATTAA-CTGAAT-CAATTTTAATG------CA---CATG--TA--A-------TATG----ACAGG---AAACTACCTCAAA----GGACAGTTTGGTGGCC----------AGAACTTTTCAAAATCAGTTATTTACA-AGCACA-ATTAAGTTGACCATTATGCCCGTTTCCATTGGTTAATTA
gi|2 : GATACAGCGTAAACATTCAACACTCTAACTTGATATGTATtttagcgatcataatgtggagcttggtttttgtgatgtgtgaaacaaatggatgctgttcttttttaataatcaatttaagaaaaagttgcaaacataggaaactataacttgatacgc
gi|4 : acatctttcataattattttcatgagataaaaaacaatagcattatcacaaggagatggtacatggtgcatgagacagacgacagtagagttgtttgttattttcgcacaagattggctgatttacactgaactcaaatatatgccttggtcatcaagaaatgcttcaaatgactgattgatagctagaacttcgatgtttagacacatgggtgagttttatttaagagattatcataaccaatgatgatatgaggagtttttgatacgtatctgttacagataagataaGTTGC--AAACATAGGAAACTATAACTTGATACGCggcata
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TTCTCACAAGTAAATGAAACATGGTTTCTGTGACTGACACTTATAGTGTTGACTGCTTTTACTTATTGTCACACTTGATTAGCCTGTTCATGTGTTTACATGGACTGGCTGAACTATTCTGAATGCCAATGTAATATACGACTTATTCATTCAAAATGCTTCAAGTGACTGACTTACAGCTAGAACTTTGTTGTTTTACTTGAAGTCTTGCTTCCAACAATTATCA
Unaligned ( gi|9 ): GAACATGGGCATGGGGCACATTACAGGCGACGGTAAAACTGTTATCTGTTCTGATACGCAATAGCTCGATTAAAAATAGATGCATTGATAAATATGTAATATAAACTTTGGTAATTGAAAATGCTTTAAATAAATTATTGACATCTAGAATCTTGACATTTGGACA
Unaligned ( gi|11 ): GAATGTGCATTAAATATATGCCTTGGTCATTTAAGATTGCTTCAAATAGTTGATTGGCTGCTGTAACTGCGATTTGTTGACAAAAGCCCAGTTTCTTTTGACTTACCAATAAGTCATGATG
Unaligned ( gi|12 ): TAAAAGGTTGCAGTGTCTCCCCATTACATTAGATTAATTTGATACCATTTTAAAGTAAAAGTACAATTTGCATGTGACGGACGATAGTAGAGCTGTTTGCTTTTCTCTCACAAGCAATTG
Unaligned ( gi|13 ): TTAACTATGTCTTGTATAACATGTTAGGCAACTATCACTTTGTATATTAGATCACCTCAAAGCCGTTAACAGAGGAACATGGTATATGGCGAATGTGAATGGTGACAGTA
Unaligned ( gi|17 ): ATATGCTGTGGGCATTGAAATATGCTTCAAATGACAGCTAGAACTTCG
Unaligned ( gi|18 ): GCAAAGTAGTTTGCTTATCTCTATTCTAACTTTTGACTCACCGATTCT
Unaligned ( gi|19 ): CAATATCTACGAGAAATGTATACTTGGGTGAACGTGAC
Alignments
lowQualScore : 111111 11111111111 333333333333333333333 5555555555555555555555555 2222222 111111 999999999999999999999999999999999999999999 1111 2222222222 333333333333 11 33333333333333333333333 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11
lowQualScore : 4 111111 4 6666 3 3 5 2 2 2 33333333333 33 7777 999999999999999999999 2 3333333333333333333333333 4 4 777 4 1 8 77 2222222 444444 66 66 000000000000000000000000000000000000000000 888 2 0000 5555555555 0 888888888888 00 44 6 1 44444444444444444444444 6 4 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 00 888 1 1 0
lowQualScore : . ...... . .... . . . . . . ........... .. .... ..................... . ......................... . . ... . . . .. ....... ...... .. .. .......................................... ... . .... .......... . ............ .. .. . . ....................... . . . ......................................................... . .. ... . . .
lowQualScore : 2 444444 9 2222 1 3 1 9 9 1 66666666666 99 1111 888888888888888888888 3 2222222222222222222222222 0 0 888 0 9 9 11 2222222 444444 99 99 000000000000000000000000000000000000000000 888 5 6666 0000000000 1 555555555555 88 22 7 0 99999999999999999999999 4 6 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 77 333 0 0 7
consensus : TTACGTTAGATCAA----A-CAACGTTGG---TATCA-A-AGGGAAATGTGTACAT-GGTGCACGTGACTGA-CGACGG-----------TA--GA----GCN------GTTT--C-NT-T--ACCTATTCTCACACGCG-AC------GGTCG-G----C-GA-TT-CA--GATT-AGCT-AATACAATTNT-AATG------TACAT--G--TAAT-------A-----------G-A-----T-GG-----------A---AACTGCTTCAAATG----ACTGATTGACAGCT----------AGAAC----------NATTCGAAGTCAGTTGCTTAC-ACAACACATTTGA-TTGA----T-G-GCCCGTTTCCATTGGNTAACTANCACAGNNNNTNGTNATGTGNGGANCNCCGGANNCGNATNTGNNANANATGNNNTNGGATGCNGCGCAAACATTGAAAACTNTAACTTGATACGCAT
Reference ( family-55 ) : TTACGTTAGATCAA----A-CAACGTTGG---TATCA-A-AGGGAAATGTGTACAT-GGTGCACGTGACTGA-CGACGG-----------TA--GA----GCG------GTTT--C-NT-T--ACCTATTCTCACACGTG-AC------GGTCG-G----C-GA-TT-CA--GATT-AGCT-AATACAATTTT-AATG------TACAT--G--TAAT-------A-----------G-A-----T-GG-----------A---AACTGCTTCAAATG----ACTGATTGATAGCT----------AGAAC----------NATTTAAANTCAGTTGCTTAC-ACAACGCGTTTNA-TTGA----T-G-GCCCGTTTCCGTTGGNTAACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGCNGCGTAAACATNCGANACTNTAACTTGATACGCAT
gi|1 : TTATGTTAGATCAA----A-CAACACTGG---TATCA-A-ATAGAAATGTATACAT-GGTACACGTGGCAGA-TGACAG-----------TA--GA----GCA------GTTT--CAAT-T--ACCTATTCTTAAATGTGTTT------GGTTG-G----CAGA-TT-CA--GATT-AGTT-AATACAATTAA-AATG------TACAT--G--CAAC-------A-----------G-AC----T-GG-----------A---AGCTGTTCCAGATG----ACTGATCAGCAGCT----------AGAAC----------AGTTTAATATCAGTTGCTTAC-ACAATACACATGA-TGGA----TAG-GCCTGTCTCCATTGGCTAACTAATACAGGACTTTGTCATGTATGAACCACCGAAACAAAATATAAGAGATATGTTTTTGGATGCTGC--AAACATTGAAAACTTTTACTTGATATGCAT
gi|10 : AGATCAA----A-CAATGTTGG---TATCA-
gi|10 : TATGTTAGATCAA----A-CAGTGTTGG---TAACATATATGTAA--GTGTACAT-GATGCACGAGACCGA-TGATGG-----------TA--GA----GCA------GTT--------------TACTTTTACA--TG-A---------TTG-G------GATTT-CA--GATT-AGtatatgttagatcaaacagtgttggtaacatatatgtaagtgtacatgatgcacgagaccgatgatggtagagcagtttacttttacatgattgggatttcagattaggccatgatgattat
gi|12 : agatcaaacaatgttggtatcataTTACATTAGATTAATTTGA-TACCATT-------TTA-A-AGTAAAA---GTACAA-TTTGCATGTGACGGA-CGATAG-----------TA--GA----GCT------GTTTG-C-TT-T--TC----TCTCACAgccatgatgattat
gi|13 : taaaaggttgcagtgtctccccaTATATTAGATCAC----CTCAAAGCCGT---TAACA-G-AGGAACATG-GTATAT-GGCGAATGTGAATGG-TGACAG-----------TA--agcaattg
gi|14 : ttaactatgtcttgtataacatgttaggcaactatcactttgTAGATCAA----A-CAAGACTGG---TATGA-A-AGGAAAATGTGTACAT-GGTGCATGTGACTTA-TGACAGTAGTCTAATTCTA--GA----GCT------GTTTACC-GT-T--ACCTTTTCTTATA
gi|15 : GGAAATG-GTACTC-GGTACACGTTACTGA-CAACGG-----------TA--GA----GCG------GTTTG-CATT-T--ACCTGTTATCACACGCG-A--------GTGG-T----C-GA-TT-TG--AATT-AGAT-AAagc
gi|16 : ACGTTATAT--A----A-TAATGTTGA---TATTA-A-AGAGAAATGTTCACAT-GGTGTGTGTGATTGA-CGACAG-----------AA--Gcta
gi|19 : ttagaatctcaactca---TATCT-A-CGAGAAATGTATACTTGGGTGAACGTGAC
gi|2 : caaAGATAAA----A--AACAATAGCATTATCA-C-AAGGAGATG-GTACAT-GGTGCATGAGACAGA-CGACAG-----------TA--GA----GTT------GTTT----GT-------TATTTTCGCAC----AA------GATTG-G----CTGA-TT-TA--CACTGAACT-CA---AAT-----ATA------TGCCTTGG--TCAT-------C-----------A-A--------G-----------A---AA-TGCTTCAAATG----ACTGATTGATAGCT----------AGAAC------------TTCGA-------TGTTTAG-ACA--------CA-TGGG----T-G-A---GTTTTATTTAAGAGATTATCATAACCAATGATGATATGAGGAGTTTTTGATACGTATCTGTTACAGATAAGATAAGATACAGCGTAAACATTCAACACTCTAACTTGATATGTAT
gi|3 : acatctttcataattattttcatgTTACATTAGATCAA----A-CAAAGTTGA---TATCA-A-AGGGAAATGTGTATAT-GGTGCATGCCACTGA-TGACAG-----------TA--GA----GCA------------C-TT-C--ACCAGTTCTCACATGTG-AT------TGATA-G----A-TA-TT-CA--GATT-AGCT-GACATAATTTT-TATGCACCGCTACAT--G--TAATATACACCA-----------G-AGTCATT-GA-----------A---AACTGACTCAAATT----ACTGggcata
gi|4 : ttagtgatatgagtttttaagttacaagattatgagtgagcaatatgtccaggctgccaaacagaaaccaaggatatgaacatttactcaagcagatggactcacttttactctgccatggataacaatttggaacatctccacaCCTATTCTTGTAC----AC------AGTCG-G----CTGT-TT-TA--GATT-AACTGAAT-CAATTTT-AATG------CACAT--G--TAAT-------AT----------G-A-----CAGG-----------A---AACTACCTCAAAGG----ACAGTTTGGTGGCC----------AGAAC----------TTTTCAAAATCAGTTATTTAC-A-AGCACAATTAAGTTGACCATT-ATGCCCGTTTCCATTGGTTAATTA
gi|4 : GCAAACATAGGAAACTATAACTTGATACGCtttagcgatcataatgtggagcttggtttttgtgatgtgtgaaacaaatggatgctgttcttttttaataatcaatttaagaaaaagttgcaaacataggaaactataacttgatacgc
gi|5 : cctattcttgtacacagtcggctgttttagattaactgaatcaattttaatgcacatgtaatatgacaggaaactacctcaaaggacagtttggtggccagaacttttcaaaatcagttatttacaagcacaattaagttgaccattatgcccgtttccattggttaattatttagcgatcataatgtggagcttggtttttgtgatgtgtgaaacaaatggatgctgttcttttttaataatcaatttaagaaaaagttTTAC--TAG--CAA----T-CAAAGTCGA---TATAA-A-ATGGAAATGTGTGCAT-GGCGCACGTAACTGATCTCCAG-----------TACTGATTATGCT------TTTA--C-ATGT--ACTTATTCTCTCACG----C------GATTG-G----CCGA-TC-CA--AATA-AATTTAATACA--------TG------TACAT--AAATGAT-------A-----------GGA-----T-AG-----------ATAAAACTGCTGAAAATGGCTGACTGATTGATAGTTTGCACATTTCAGAGC----------CATTTGCCCTCAATTGCCCTC-ATAATACATTTAATTTCA----T-G-GCCTGTTAACGTTCGATAAC
gi|6 : ttaatgttttaTCA-C-AAGTAAATGAA-ACAT-GGTTTCTGTGACTGA-C-ACT------------TA--TA----GTGTTGACTGCTT-----T-T--ACTTATTGTCACACTTG-ATTAGCCTGTTCATG----T-GT-TTACATGGACT-GGCT-GA-ACTATTCTGAATG------CCAAT--G--TAAT-------A-----------T-A-----C-GACTTATTCATTCA---AAATGCTTCAAGTG----ACTGACTTACAGCT----------AGAACTTTGTTGTTTTACTTGAAGTC--TTGCTTCCAACAA
gi|7 : ttcTACATTAGATCAA------CAATCATGA---CACCA-A-AGAGAAATATACACAT-GTTACACATGACTGA-CGACGG-----------TA--GA----Gttatca
gi|8 : tttaataaaatttgtttttattattaaacaagacttgagtttcagcatatggtatacaggttacaatagaagtgaatcactcagaacaagtgttttcttgcattacagctggattatctcttctcGTGACTAA-CGAAAG-----------TA--TA----GCG------ATTT--C-CT-TTTAATTATTCTTAAACGTG-AT------TGCCT-GTTTAC-GA-TT-TA-----T--GCA-AATATA-TTAT-AA-G------TCGAT--G--TAAT---------------------------T-TT-----------A---AACAACTTCAAATG----ACTAATTGACAGCT----------ATA-T----------GATTTAAAGTCAGTTGCTTAC-ACAACG-GTTTGA-CTGAT---T-G-ACCGGTTTCCATTG
gi|9 : AACATGGGCAT-GGGGCACATTACAGG-CGACGG-----------TA--AA----ACT------G--------T-T--ATCTGTTCTGATACGCA-AT------AGCT-------C-GA-TT-AA--AAAT-AG----ATGCA---TT-GATA------AATAT--G--TAAT-------ATAAACTTTGGTA-A-----T-TG-----------A---AAATGCTTTAAATA----AATTATTGACATCT----------AGAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GAATGTGCATTAAATATATGCCTTGGTCATTTAAGATTGCTTCAAATAGTTGATTGGCTGCTGTAACTGCGATTTGTTGACAAAAGCCCAGTTTCTTTTGACTTACCAATAAGTCATGATG
Unaligned ( gi|17 ): ATATGCTGTGGGCATTGAAATATGCTTCAAATGACAGCTAGAACTTCG
Unaligned ( gi|18 ): GCAAAGTAGTTTGCTTATCTCTATTCTAACTTTTGACTCACCGATTCT
Alignments
lowQualScore : 111111 11111111111 33333333333 55555555555555555555 11111 11111111111 6666666666666666666666666666666 1111111111 333333333333 11 1111 1 44444444 999999999999999999999999 3333333333333333 2222
lowQualScore : 4 111111 4 6666 3 3 5 2 2 2 33333333333 33 7777 7777 1 33333333333 2 0 1 3 22222222222222222222 4 4 777 4 44444 55 222 555 1 66666666666 2 5 66 5 66 3333333333333333333333333333333 77 8888 9999999999 777777777777 11 44 0000 6 3 6 00000000 6 1 000000000000000000000000 4444 1 1 1 0 1 1111111111111111 1 555 1 1 3333 11 0 4444 1 0
lowQualScore : . ...... . .... . . . . . . ........... .. .... .... . ........... . . . . .................... . . ... . ..... .. ... ... . ........... . . .. . .. ............................... .. .... .......... ............ .. .. .... . . . ........ . . ........................ .... . . . . . ................ . ... . . .... .. . .... . .
lowQualScore : 2 444444 9 2222 1 3 1 9 9 1 66666666666 99 1111 1111 0 22222222222 3 9 6 6 99999999999999999999 0 0 888 0 00000 99 444 555 0 00000000000 5 0 99 0 99 1111111111111111111111111111111 22 5555 4444444444 777777777777 22 22 2222 7 5 0 00000000 4 0 777777777777777777777777 0000 0 0 0 7 0 3333333333333333 0 777 0 0 7777 77 7 7777 0 7
consensus : TTACGTTAGATCAA----A-CAACGTTGG---TATCA-A-AGGGAAATGTGTACAT-GGTGCACGTGACTGA-CGACGG-----------TA--GA----G----CNGTTT--C-NT-T--ACCTATTCTCACACGCG-AT------GGTCG-G----C-GA-TT-CA--GATT-AG-----CT-AATACAAT-TNT-AATG------TANA-T--G-TA--AT-------A-GA-----T-GG-----------AAAC-TGCTTCAAA----TGACTGATTGACAGCT----------AGAAC----------NATTCGAAGTCAGTTGCTTACACAACACATTTGA-TTGA----T-G-GCCCGTTTCCATTGGNTAACTAT--------CATA-----------GGNNTTTGTGATGTGTGAANCAN-CGGATNC-GTA--TNTNTNANANATAATTTAAGATACAGC-GCAAACATTGAAAACTNTAACTTGATACGCAT
Reference ( family-55 ) : TTACGTTAGATCAA----A-CAACGTTGG---TATCA-A-AGGGAAATGTGTACAT-GGTGCACGTGACTGA-CGACGG-----------TA--GA----G----CNGTTT--C-NT-T--ACCTATTCTCACACGCG-AC------GGTCG-G----C-GA-TT-CA--GATT-AG-----CT-AATACAAT-TNT-AATG------TACA-T--G-TA--AT-------A-GA-----T-GG-----------AAAC-TGCTTCAAA----TGACTGATTGACAGCT----------AGAAC----------NATTCGAAGTCAGTTGCTTACACAACACATTTGA-TTGA----T-G-GCCCGTTTCCATTGGNTAACTAN--------CACA-----------GNNNNTNGTNATGTGNGGANCNC-CGGANNC-GNA--TNTGNNANANATGNNNTNGGATGCNGC-GCAAACATTGAAAACTNTAACTTGATACGCAT
gi|1 : TTATGTTAGATCAA----A-CAACACTGG---TATCA-A-ATAGAAATGTATACAT-GGTACACGTGGCAGA-TGACAG-----------TA--GA----G----CAGTTT--CAAT-T--ACCTATTCTTAAATGTGTTT------GGTTG-G----CAGA-TT-CA--GATT-AG-----TT-AATACAAT-TAA-AATG------TACA-T--G-CA--AC-------A-GAC----T-GG-----------AAGC-TGTTCCAGA----TGACTGATCAGCAGCT----------AGAAC----------AGTTTAATATCAGTTGCTTACACAATACACATGA-TGGA----TAG-GCCTGTCTCCATTGGCTAACTAA--------TACA-----------GGACTTTGTCATGTATGAACCAC-CGAAACA-AAA--TATAAGAGATATGTTTTTGGATGCT---GCAAACATTGAAAACTTTTACTTGATATGCAT
gi|10 : AGATCAA----A-CAATGTTGG---TATCA-
gi|10 : TATGTTAGATCAA----A-CAGTGTTGG---TAACATATATGTAA--GTGTACAT-GATGCACGAGACCGA-TGATGG-----------TA--GA----G----CAGTT--------------TACTTTTAC------AT------GATTG-G------GATTT-CA--GATT-AG-----tatatgttagatcaaacagtgttggtaacatatatgtaagtgtacatgatgcacgagaccgatgatggtagagcagtttacttttacatgattgggatttcagattaggccatgatgattat
gi|11 : agatcaaacaatgttggtatcata-----------AGAT-TGCTTCAAA----TAGTTGATTGGCTGCT----------GTAAC----------gccatgatgattat
gi|12 : gaatgtgcattaaatatatgccttggtcatttaTTACATTAGATTAATTTGA-TACCATT-------TTA-A-AGTAAAA---GTACAA-TTTGCATGTGACGGA-CGATAG-----------TA--GA----G----CTGTTTG-C-TT-T--TC----TCTCACAAGCA-Atgcgatttgttgacaaaagcccagtttcttttgacttaccaataagtcatgatg
gi|13 : taaaaggttgcagtgtctccccaTATATTAGATCAC----CTCAAAGCCGT---TAACA-G-AGGAACATG-GTATAT-GGCGAATGTGAATGG-TGACAG-----------TA--ttg
gi|14 : ttaactatgtcttgtataacatgttaggcaactatcactttgTAGATCAA----A-CAAGACTGG---TATGA-A-AGGAAAATGTGTACAT-GGTGCATGTGACTTA-TGACAGTAGTCTAATTCTA--GA----G----CTGTTTACC-GT-T--ACCTTTTCTTATAAGC
gi|15 : GGAAATG-GTACTC-GGTACACGTTACTGA-CAACGG-----------TA--GA----G----CGGTTTG-CATT-T--ACCTGTTATCACACGCG-A--------GTGG-T----C-GA-TT-TG--AATT-AG-----AT-AA
gi|16 : ACGTTATAT--A----A-TAATGTTGA---TATTA-A-AGAGAAATGTTCACAT-GGTGTGTGTGATTGA-CGACAG-----------AA--Gcta
gi|17 : ttagaatctcaactcaA-----T-TG-----------AAATATGCTTCAAA----TGAC--------AGCT----------AGAAC------------TTCG
gi|19 : atatgctgtgggc---TATCT-A-CGAGAAATGTATACTTGGGTGAACGTGAC
gi|2 : caaAGATAAA----A--AACAATAGCATTATCA-C-AAGGAGATG-GTACAT-GGTGCATGAGACAGA-CGACAG-----------TA--GA----G----TTGTTT----GT-T--A----TTTTCGCACAAG-A---------TTG-G----CTGA-TT-TA--CACTGAA-----CT-----CAAA-TAT-A---------TGCC-TTGG-TC--AT-------C-AA--------G-----------AAA--TGCTTCAAA----TGACTGATTGATAGCT----------AGAAC------------TTCGA-------TGTTTA---GACACAT--GG-GTGA------------GTTTTATTTAAGAGATTAT--------CATA-----------ACCAATGATGATATGAGGAGTTT-TTGATAC-GTA--TCTGTTACAGATAAGATAAGATACAGC-GTAAACATTCAACACTCTAACTTGATATGTAT
gi|3 : acatctttcataattattttcatgTTACATTAGATCAA----A-CAAAGTTGA---TATCA-A-AGGGAAATGTGTATAT-GGTGCATGCCACTGA-TGACAG-----------TA--GA----G----CA------C-TT-C--ACCAGTTCTCACATGTG-AT------TGATA-G----A-TA-TT-CA--GATT-AG-----CT-GACATAAT-TTT-TATGCACCGCTACA-T--G-TA--ATATACACCA-GAGTCATT-GA-----------AAAC-TGACTCAAA----TTACTGggcata
gi|4 : ttagtgatatgagtttttaagttacaagattatgagtgagcaatatgtccaggctgccaaacagaaaccaaggatatgaacatttactcaagcagatggactcacttttactctgccatggataacaatttggaacatctccacaCCTATTCTTGTAC----AC------AGTCG-G----CTGT-TT-TA--GATT-AA-----CTGAAT-CAAT-TTT-AATG------CACA-T--G-TA--AT-------ATGA-----CAGG-----------AAAC-TACCTCAAA----GGACAGTTTGGTGGCC----------AGAAC----------TTTTCAAAATCAGTTATTTACA-AGCACAATTAAGTTGACCATT-ATGCCCGTTTCCATTGGTTAATTATTTAGCGATCATAATGTGGAGCTTGGTTTTTGTGATGTGTGAAACAAATGGATGCTGTTCTTTTTTAATAATCAATTTAAGAAAAAGTTGCAAACATAGGAAACTATAACTTGATACGC
gi|5 : TTAC--TAG--CAA----T-CAAAGTCGA---TATAA-A-ATGGAAATGTGTGCAT-GGCGCACGTAACTGATCTCCAG-----------TACTGATTATG----CTTTTA--C-ATGT--ACTTATTCTCTCACGCG-A---------TTG-GC---C-GA-TC-CA--AATA-AAT----TT-AATACA---TGT--ACA------TAAA-T--GATAGGAT-------A-GA-----T--A-----------AAAC-TGCTGAAAATGGCTGACTGATTGATAGTTTGCACATTTCAGAGC----------CATTTGCCCTCAATTGCCCTCATAATACATTTAATTTCA----T-G-GCCTGTTAACGTTCGATAAC
gi|6 : ttaatgttttaTCA-C-AAGTAAATGAA-ACAT-GGTTTCTGTGACTGA-CACTTA-----------TA--GT----GTTGACTGCTT-----T-T--ACTTATTGTCACACTTG-ATTAGCCTGTTCATG----T-GT-TTACATGGACT-GG-----CT-GA-ACTAT-TCTGAATG------CCAA-T--G-TA--AT-------A-TA-----C-GACTTATTCATTCAAAA-TGCTTCAAG----TGACTGACTTACAGCT----------AGAACTTTGTTGTTTTACTTGAAGTC--TTGCTT-C-CAACA-ATT
gi|7 : ttcTACATTAGATCAA------CAATCATGA---CACCA-A-AGAGAAATATACACAT-GTTACACATGACTGA-CGACGG-----------TA--GA----G----atca
gi|8 : tttaataaaatttgtttttattattaaacaagacttgagtttcagcatatggtatacaggttacaatagaagtgaatcactcagaacaagtgttttcttgcattacagctggattatctcttctcGTGACTAA-CGAAAG-----------TA--TA----G----CGATTT--C-CT-TTTAATTATTCTTAAACGTG-AT------TGCCT-GTTTAC-GA-TT-TA-----T--G-----CA-AATATA-T-TAT-AA-G------TCGA-T--G-TA--AT----------------T-TT-----------AAAC-AACTTCAAA----TGACTAATTGACAGCT----------ATA-T----------GATTTAAAGTCAGTTGCTTACACAACG-GTTTGA-CTGAT---T-G-ACCGGTTTCCATTG
gi|9 : AACATGGGCAT-GGGGCACATTACAGG-CGACGG-----------TA--AA----A----CTGTT-----------ATCTGTTCTGATACGCA-AT------AGCT-------C-GA-TT-AA--AAAT-AGATGCATT-GATA-AATATGT-AATA------TAAACT--T-TG--GT-------A--A-----T-TG-----------AAAA-TGCTTTAAA----TAAATTATTGACATCT----------AGAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GCAAAGTAGTTTGCTTATCTCTATTCTAACTTTTGACTCACCGATTCT
Alignments
lowQualScore : 111111 11111111111 333333333333 444444444444444444444 11111 11 111111 6666666666666666666666666666666 1111111111 333333333333 11 1111 1 44444444 7777777777777777777777777 1111 22222 1111
lowQualScore : 4 111111 4 6666 3 3 5 2 2 2 33333333333 33 7777 7777 1 777777777777 2 666666666666666666666 4 4 777 4 44444 55 222 555 1 11 444444 1 5 5 66 3333333333333333333333333333333 77 8888 9999999999 777777777777 11 44 0000 6 6 6 00000000 6 1 5555555555555555555555555 22 1 4444 1 66666 1 111 1 1 9999 1 0
lowQualScore : . ...... . .... . . . . . . ........... .. .... .... . ............ . ..................... . . ... . ..... .. ... ... . .. ...... . . . .. ............................... .. .... .......... ............ .. .. .... . . . ........ . . ......................... .. . .... . ..... . ... . . .... . .
lowQualScore : 2 444444 9 2222 1 3 1 9 9 1 66666666666 99 1111 1111 0 666666666666 3 555555555555555555555 0 0 888 0 00000 99 444 555 0 55 444444 0 0 0 99 1111111111111111111111111111111 22 5555 4444444444 777777777777 22 22 2222 7 0 0 00000000 4 0 7777777777777777777777777 00 0 7777 0 77777 0 777 0 0 7777 0 7
consensus : TTACGTTAGATCAA----A-CAACGTTGG---TATCA-A-AGGGAAATGTGTACAT-GGTGCACGTGACTGA-CGACGG-----------TA--GA----G----CNGTTT--C-N-T-T--ACCTATTCTCACACGCGA-T------GGTCG-G----C-GA-TT-CA--GATT-AG-----CT-AATACAAT-TNT-AATG------TANA-TG-TA--AT-------A-GA-----T-GG-----------AAAC-TGCTTCAAA----TGACTGATTGACAGCT----------AGAAC----------NATTCGAAGTCAGTTGCTTACACAACACATTTGA-TTGA----T-G-GCCCGTTTCCATTGGNTAACT--------ATCATA-----------GGNNTTTGTGATGTGTGAANC-ANCGGATNC-GT--ATNTNTNANANATAATTTAAGATACAG-CGCAAACATTGAAAACTNTAACTTGATACGCAT
Reference ( family-55 ) : TTACGTTAGATCAA----A-CAACGTTGG---TATCA-A-AGGGAAATGTGTACAT-GGTGCACGTGACTGA-CGACGG-----------TA--GA----G----CNGTTT--C-N-T-T--ACCTATTCTCACACGCGA-T------GGTCG-G----C-GA-TT-CA--GATT-AG-----CT-AATACAAT-TNT-AATG------TANA-TG-TA--AT-------A-GA-----T-GG-----------AAAC-TGCTTCAAA----TGACTGATTGACAGCT----------AGAAC----------NATTCGAAGTCAGTTGCTTACACAACACATTTGA-TTGA----T-G-GCCCGTTTCCATTGGNTAACT--------ATCATA-----------GGNNTTTGTGATGTGTGAANC-ANCGGATNC-GT--ATNTNTNANANATAATTTAAGATACAG-CGCAAACATTGAAAACTNTAACTTGATACGCAT
gi|1 : TTATGTTAGATCAA----A-CAACACTGG---TATCA-A-ATAGAAATGTATACAT-GGTACACGTGGCAGA-TGACAG-----------TA--GA----G----CAGTTT--C-AAT-T--ACCTATTCTTAAATGTGT-TT-----GGTTG-G----CAGA-TT-CA--GATT-AG-----TT-AATACAAT-TAA-AATG------TACA-TG-CA--AC-------A-GAC----T-GG-----------AAGC-TGTTCCAGA----TGACTGATCAGCAGCT----------AGAAC----------AGTTTAATATCAGTTGCTTACACAATACACATGA-TGGA----TAG-GCCTGTCTCCATTGGCTAACT--------AATACA-----------GGACTTTGTCATGTATGAACC-ACCGAAACA-AA--ATATAAGAGATATGTTTTTGGATGC---TGCAAACATTGAAAACTTTTACTTGATATGCAT
gi|10 : AGATCAA----A-CAATGTTGG---TATCA-
gi|10 : TATGTTAGATCAA----A-CAGTGTTGG---TAACATATATGTAA--GTGTACAT-GATGCACGAGACCGA-TGATGG-----------TA--GA----G----CAGTT---------------TACTTTTAC-----A-T------GATTG-G------GATTT-CA--GATT-AG-----tatatgttagatcaaacagtgttggtaacatatatgtaagtgtacatgatgcacgagaccgatgatggtagagcagtttacttttacatgattgggatttcagattaggccatgatgattat
gi|11 : agatcaaacaatgttggtatcata-----------AGAT-TGCTTCAAA----TAGTTGATTGGCTGCT----------GTAAC----------gccatgatgattat
gi|12 : gaatgtgcattaaatatatgccttggtcatttaTTACATTAGATTAATTTGA-TACCATT-------TTA-A-AGTAAAA---GTACAA-TTTGCATGTGACGGA-CGATAG-----------TA--GA----G----CTGTTTG-C-T-T-T--TC----TCTCACAAGCAA-T------tgcgatttgttgacaaaagcccagtttcttttgacttaccaataagtcatgatg
gi|13 : taaaaggttgcagtgtctccccaTATATTAGATCAC----CTCAAAGCCGT---TAACA-G-AGGAACATG-GTATAT-GGCGAATGTGAATGG-TGACAG-----------TA--tg
gi|14 : ttaactatgtcttgtataacatgttaggcaactatcactttgTAGATCAA----A-CAAGACTGG---TATGA-A-AGGAAAATGTGTACAT-GGTGCATGTGACTTA-TGACAGTAGTCTAATTCTA--GA----G----CTGTTTACC-G-T-T--ACCTTTTCTTATAAGC
gi|15 : GGAAATG-GTACTC-GGTACACGTTACTGA-CAACGG-----------TA--GA----G----CGGTTTG-CAT-T-T--ACCTGTTATCACACGCGAGT------GGT--------C-GA-TT-TG--AATT-AG-----AT-AA
gi|16 : ACGTTATAT--A----A-TAATGTTGA---TATTA-A-AGAGAAATGTTCACAT-GGTGTGTGTGATTGA-CGACAG-----------AA--Gcta
gi|17 : ttagaatctcaactcaA-----T-TG-----------AAATATGCTTCAAA----TGAC--------AGCT----------AGAAC------------TTCG
gi|19 : atatgctgtgggc---TATCT-A-CGAGAAATGTATACTTGGGTGAACGTGAC
gi|2 : caaAGATAAA----A--AACAATAGCATTATCA-C-AAGGAGATG-GTACAT-GGTGCATGAGACAGA-CGACAG-----------TA--GA----G----TTGTTT----G-T-------TATTTTCGCACAAGA----------TTG-G----CTGA-TT-TA--CACTGAA-----CT-----CAAA-TAT--ATG------CCTT-GG-TC--AT-------C-AA--------G-----------AAA--TGCTTCAAA----TGACTGATTGATAGCT----------AGAAC------------TTCGA-------TGTTTA---GACACA--TGG-GTGA------------GTTTTATTTAAGAGATT--------ATCATA-----------ACCAATGATGATATGAGGAGT-TTTTGATAC-GT--ATCTGTTACAGATAAGATAAGATACAG-CGTAAACATTCAACACTCTAACTTGATATGTAT
gi|3 : acatctttcataattattttcatgTTACATTAGATCAA----A-CAAAGTTGA---TATCA-A-AGGGAAATGTGTATAT-GGTGCATGCCACTGA-TGACAG-----------TA--GA----G----CA------C-T-T-C--ACCAGTTCTCACATGTGA-T------TGATA-G----A-TA-TT-CA--GATT-AG-----CT-GACATAAT-TTT-TATGCACCGCTACA-TG-TA--ATATACACCA-GAGTCATT-GA-----------AAAC-TGACTCAAA----TTACTGggcata
gi|4 : ttagtgatatgagtttttaagttacaagattatgagtgagcaatatgtccaggctgccaaacagaaaccaaggatatgaacatttactcaagcagatggactcacttttactctgccatggataacaatttggaacatctccacaCCTATTCTTGTACAC----------AGTCG-G----CTGT-TT-TA--GATT-AA-----CTGAAT-CAAT-TTT-AATG------CACA-TG-TA--AT-------ATGA-----CAGG-----------AAAC-TACCTCAAA----GGACAGTTTGGTGGCC----------AGAAC----------TTTTCAAAATCAGTTATTTACA-AGCACAATTAAGTTGACCATT-ATGCCCGTTTCCATTGGTTAATTATTTAGCGATCATAATGTGGAGCTTGGTTTTTGTGATGTGTGAAACAAATGGATGCTGTTCTTTTTTAATAATCAATTTAAGAAAAAGTTGCAAACATAGGAAACTATAACTTGATACGC
gi|5 : TTAC--TAG--CAA----T-CAAAGTCGA---TATAA-A-ATGGAAATGTGTGCAT-GGCGCACGTAACTGATCTCCAG-----------TACTGATTATG----CTTTTA--C-A-TGT--ACTTATTCTCTCACGCGA-T------TG--G-C----C-GA-TC-CA--AATA-AAT----TT-AATACA---TGT--ACA------TAAA-TGATAGGAT-------A-GA-----T--A-----------AAAC-TGCTGAAAATGGCTGACTGATTGATAGTTTGCACATTTCAGAGC----------CATTTGCCCTCAATTGCCCTCATAATACATTTAATTTCA----T-G-GCCTGTTAACGTTCGATAAC
gi|6 : ttaatgttttaTCA-C-AAGTAAATGAA-ACAT-GGTTTCTGTGACTGA-CACTTA-----------TA--GT----GTTGACTGCTT------T-T--ACTTATTGTCACACTTGA-TTAGCCTGTTCATG----T-GT-TTACATGGACT-GG-----CT-GA-ACTAT-TCTGAATG------CCAA-TG-TA--AT-------A-TA-----C-GACTTATTCATTCAAAA-TGCTTCAAG----TGACTGACTTACAGCT----------AGAACTTTGTTGTTTTACTTGAAGTC--TTGCTT-C-CAACA-ATT
gi|7 : ttcTACATTAGATCAA------CAATCATGA---CACCA-A-AGAGAAATATACACAT-GTTACACATGACTGA-CGACGG-----------TA--GA----G----atca
gi|8 : tttaataaaatttgtttttattattaaacaagacttgagtttcagcatatggtatacaggttacaatagaagtgaatcactcagaacaagtgttttcttgcattacagctggattatctcttctcGTGACTAA-CGAAAG-----------TA--TA----G----CGATTT--C-C-T-TTTAATTATTCTTAAACGTGA-T------TGCCT-GTTTAC-GA-TT-TA-----T--G-----CA-AATATA-T-TAT-AA-G------TCGA-TG-TA--AT----------------T-TT-----------AAAC-AACTTCAAA----TGACTAATTGACAGCT----------ATA-T----------GATTTAAAGTCAGTTGCTTACACAACG-GTTTGA-CTGAT---T-G-ACCGGTTTCCATTG
gi|9 : AACATGGGCAT-GGGGCACATTACAGG-CGACGG-----------TA--AA----A----CTGTT------------ATCTGTTCTGATACGCAA-T------AGCT-------C-GA-TT-AA--AAAT-AGATGCATT-GATA-AATATGT-AATA------TAAACTT-TG--GT-------A--A-----T-TG-----------AAAA-TGCTTTAAA----TAAATTATTGACATCT----------AGAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GCAAAGTAGTTTGCTTATCTCTATTCTAACTTTTGACTCACCGATTCT
Alignments
lowQualScore : 111111 11111111111 333333333333 444444444444444444444 11111 11 111111 6666666666666666666666666666666 1111111111 333333333333 11 1111 1 44444444 7777777777777777777777777 1111 22222 1111
lowQualScore : 4 111111 4 6666 3 3 5 2 2 2 33333333333 33 7777 7777 1 777777777777 2 666666666666666666666 4 4 777 4 44444 55 222 555 1 11 444444 1 5 5 66 3333333333333333333333333333333 77 8888 9999999999 777777777777 11 44 0000 6 6 6 00000000 6 1 5555555555555555555555555 22 1 4444 1 66666 1 111 1 1 9999 1 0
lowQualScore : . ...... . .... . . . . . . ........... .. .... .... . ............ . ..................... . . ... . ..... .. ... ... . .. ...... . . . .. ............................... .. .... .......... ............ .. .. .... . . . ........ . . ......................... .. . .... . ..... . ... . . .... . .
lowQualScore : 2 444444 9 2222 1 3 1 9 9 1 66666666666 99 1111 1111 0 666666666666 3 555555555555555555555 0 0 888 0 00000 99 444 555 0 55 444444 0 0 0 99 1111111111111111111111111111111 22 5555 4444444444 777777777777 22 22 2222 7 0 0 00000000 4 0 7777777777777777777777777 00 0 7777 0 77777 0 777 0 0 7777 0 7
consensus : TTACGTTAGATCAA----A-CAACGTTGG---TATCA-A-AGGGAAATGTGTACAT-GGTGCACGTGACTGA-CGACGG-----------TA--GA----G----CNGTTT--C-N-T-T--ACCTATTCTCACACGCGA-T------GGTCG-G----C-GA-TT-CA--GATT-AG-----CT-AATACAAT-TNT-AATG------TANA-TG-TA--AT-------A-GA-----T-GG-----------AAAC-TGCTTCAAA----TGACTGATTGACAGCT----------AGAAC----------NATTCGAAGTCAGTTGCTTACACAACACATTTGA-TTGA----T-G-GCCCGTTTCCATTGGNTAACT--------ATCATA-----------GGNNTTTGTGATGTGTGAANC-ANCGGATNC-GT--ATNTNTNANANATAATTTAAGATACAG-CGCAAACATTGAAAACTNTAACTTGATACGCAT
Reference ( family-55 ) : TTACGTTAGATCAA----A-CAACGTTGG---TATCA-A-AGGGAAATGTGTACAT-GGTGCACGTGACTGA-CGACGG-----------TA--GA----G----CNGTTT--C-N-T-T--ACCTATTCTCACACGCGA-T------GGTCG-G----C-GA-TT-CA--GATT-AG-----CT-AATACAAT-TNT-AATG------TANA-TG-TA--AT-------A-GA-----T-GG-----------AAAC-TGCTTCAAA----TGACTGATTGACAGCT----------AGAAC----------NATTCGAAGTCAGTTGCTTACACAACACATTTGA-TTGA----T-G-GCCCGTTTCCATTGGNTAACT--------ATCATA-----------GGNNTTTGTGATGTGTGAANC-ANCGGATNC-GT--ATNTNTNANANATAATTTAAGATACAG-CGCAAACATTGAAAACTNTAACTTGATACGCAT
gi|1 : TTATGTTAGATCAA----A-CAACACTGG---TATCA-A-ATAGAAATGTATACAT-GGTACACGTGGCAGA-TGACAG-----------TA--GA----G----CAGTTT--C-AAT-T--ACCTATTCTTAAATGTGT-TT-----GGTTG-G----CAGA-TT-CA--GATT-AG-----TT-AATACAAT-TAA-AATG------TACA-TG-CA--AC-------A-GAC----T-GG-----------AAGC-TGTTCCAGA----TGACTGATCAGCAGCT----------AGAAC----------AGTTTAATATCAGTTGCTTACACAATACACATGA-TGGA----TAG-GCCTGTCTCCATTGGCTAACT--------AATACA-----------GGACTTTGTCATGTATGAACC-ACCGAAACA-AA--ATATAAGAGATATGTTTTTGGATGC---TGCAAACATTGAAAACTTTTACTTGATATGCAT
gi|10 : AGATCAA----A-CAATGTTGG---TATCA-
gi|10 : TATGTTAGATCAA----A-CAGTGTTGG---TAACATATATGTAA--GTGTACAT-GATGCACGAGACCGA-TGATGG-----------TA--GA----G----CAGTT---------------TACTTTTAC-----A-T------GATTG-G------GATTT-CA--GATT-AG-----tatatgttagatcaaacagtgttggtaacatatatgtaagtgtacatgatgcacgagaccgatgatggtagagcagtttacttttacatgattgggatttcagattaggccatgatgattat
gi|11 : agatcaaacaatgttggtatcata-----------AGAT-TGCTTCAAA----TAGTTGATTGGCTGCT----------GTAAC----------gccatgatgattat
gi|12 : gaatgtgcattaaatatatgccttggtcatttaTTACATTAGATTAATTTGA-TACCATT-------TTA-A-AGTAAAA---GTACAA-TTTGCATGTGACGGA-CGATAG-----------TA--GA----G----CTGTTTG-C-T-T-T--TC----TCTCACAAGCAA-T------tgcgatttgttgacaaaagcccagtttcttttgacttaccaataagtcatgatg
gi|13 : taaaaggttgcagtgtctccccaTATATTAGATCAC----CTCAAAGCCGT---TAACA-G-AGGAACATG-GTATAT-GGCGAATGTGAATGG-TGACAG-----------TA--tg
gi|14 : ttaactatgtcttgtataacatgttaggcaactatcactttgTAGATCAA----A-CAAGACTGG---TATGA-A-AGGAAAATGTGTACAT-GGTGCATGTGACTTA-TGACAGTAGTCTAATTCTA--GA----G----CTGTTTACC-G-T-T--ACCTTTTCTTATAAGC
gi|15 : GGAAATG-GTACTC-GGTACACGTTACTGA-CAACGG-----------TA--GA----G----CGGTTTG-CAT-T-T--ACCTGTTATCACACGCGAGT------GGT--------C-GA-TT-TG--AATT-AG-----AT-AA
gi|16 : ACGTTATAT--A----A-TAATGTTGA---TATTA-A-AGAGAAATGTTCACAT-GGTGTGTGTGATTGA-CGACAG-----------AA--Gcta
gi|17 : ttagaatctcaactcaA-----T-TG-----------AAATATGCTTCAAA----TGAC--------AGCT----------AGAAC------------TTCG
gi|19 : atatgctgtgggc---TATCT-A-CGAGAAATGTATACTTGGGTGAACGTGAC
gi|2 : caaAGATAAA----A--AACAATAGCATTATCA-C-AAGGAGATG-GTACAT-GGTGCATGAGACAGA-CGACAG-----------TA--GA----G----TTGTTT----G-T-------TATTTTCGCACAAGA----------TTG-G----CTGA-TT-TA--CACTGAA-----CT-----CAAA-TAT--ATG------CCTT-GG-TC--AT-------C-AA--------G-----------AAA--TGCTTCAAA----TGACTGATTGATAGCT----------AGAAC------------TTCGA-------TGTTTA---GACACA--TGG-GTGA------------GTTTTATTTAAGAGATT--------ATCATA-----------ACCAATGATGATATGAGGAGT-TTTTGATAC-GT--ATCTGTTACAGATAAGATAAGATACAG-CGTAAACATTCAACACTCTAACTTGATATGTAT
gi|3 : acatctttcataattattttcatgTTACATTAGATCAA----A-CAAAGTTGA---TATCA-A-AGGGAAATGTGTATAT-GGTGCATGCCACTGA-TGACAG-----------TA--GA----G----CA------C-T-T-C--ACCAGTTCTCACATGTGA-T------TGATA-G----A-TA-TT-CA--GATT-AG-----CT-GACATAAT-TTT-TATGCACCGCTACA-TG-TA--ATATACACCA-GAGTCATT-GA-----------AAAC-TGACTCAAA----TTACTGggcata
gi|4 : ttagtgatatgagtttttaagttacaagattatgagtgagcaatatgtccaggctgccaaacagaaaccaaggatatgaacatttactcaagcagatggactcacttttactctgccatggataacaatttggaacatctccacaCCTATTCTTGTACAC----------AGTCG-G----CTGT-TT-TA--GATT-AA-----CTGAAT-CAAT-TTT-AATG------CACA-TG-TA--AT-------ATGA-----CAGG-----------AAAC-TACCTCAAA----GGACAGTTTGGTGGCC----------AGAAC----------TTTTCAAAATCAGTTATTTACA-AGCACAATTAAGTTGACCATT-ATGCCCGTTTCCATTGGTTAATTATTTAGCGATCATAATGTGGAGCTTGGTTTTTGTGATGTGTGAAACAAATGGATGCTGTTCTTTTTTAATAATCAATTTAAGAAAAAGTTGCAAACATAGGAAACTATAACTTGATACGC
gi|5 : TTAC--TAG--CAA----T-CAAAGTCGA---TATAA-A-ATGGAAATGTGTGCAT-GGCGCACGTAACTGATCTCCAG-----------TACTGATTATG----CTTTTA--C-A-TGT--ACTTATTCTCTCACGCGA-T------TG--G-C----C-GA-TC-CA--AATA-AAT----TT-AATACA---TGT--ACA------TAAA-TGATAGGAT-------A-GA-----T--A-----------AAAC-TGCTGAAAATGGCTGACTGATTGATAGTTTGCACATTTCAGAGC----------CATTTGCCCTCAATTGCCCTCATAATACATTTAATTTCA----T-G-GCCTGTTAACGTTCGATAAC
gi|6 : ttaatgttttaTCA-C-AAGTAAATGAA-ACAT-GGTTTCTGTGACTGA-CACTTA-----------TA--GT----GTTGACTGCTT------T-T--ACTTATTGTCACACTTGA-TTAGCCTGTTCATG----T-GT-TTACATGGACT-GG-----CT-GA-ACTAT-TCTGAATG------CCAA-TG-TA--AT-------A-TA-----C-GACTTATTCATTCAAAA-TGCTTCAAG----TGACTGACTTACAGCT----------AGAACTTTGTTGTTTTACTTGAAGTC--TTGCTT-C-CAACA-ATT
gi|7 : ttcTACATTAGATCAA------CAATCATGA---CACCA-A-AGAGAAATATACACAT-GTTACACATGACTGA-CGACGG-----------TA--GA----G----atca
gi|8 : tttaataaaatttgtttttattattaaacaagacttgagtttcagcatatggtatacaggttacaatagaagtgaatcactcagaacaagtgttttcttgcattacagctggattatctcttctcGTGACTAA-CGAAAG-----------TA--TA----G----CGATTT--C-C-T-TTTAATTATTCTTAAACGTGA-T------TGCCT-GTTTAC-GA-TT-TA-----T--G-----CA-AATATA-T-TAT-AA-G------TCGA-TG-TA--AT----------------T-TT-----------AAAC-AACTTCAAA----TGACTAATTGACAGCT----------ATA-T----------GATTTAAAGTCAGTTGCTTACACAACG-GTTTGA-CTGAT---T-G-ACCGGTTTCCATTG
gi|9 : AACATGGGCAT-GGGGCACATTACAGG-CGACGG-----------TA--AA----A----CTGTT------------ATCTGTTCTGATACGCAA-T------AGCT-------C-GA-TT-AA--AAAT-AGATGCATT-GATA-AATATGT-AATA------TAAACTT-TG--GT-------A--A-----T-TG-----------AAAA-TGCTTTAAA----TAAATTATTGACATCT----------AGAA
blockSeqs : G TTTGA T GCAT T T T G T G TAGTCTAATTC CT TTAT TTGA A TACCGTT C TTAGCCTGTTCATGT T A TGG G ATGCA GA CAT ATA A GA CACCGC T C A GG ATACACCAGAGTCATTGA TA TGGC TGCACATTTC TTTGTTGTTTTA AA AG TCAT C A G CCATTAT C G ATTTAGCGATCATAATGTGGAGCTT CA G AAAT A TGTTC C GTT C G AGTT C
blockSeqs : A CT T G . . T . . A . . . . T TGCATTT C TTGCCTGTTTAC . . G . T A TAC AA T T . C . . . ATACGACTTATTCATTC T . . TT CC AA ACAC C T T TTG T T ATCATA TT A TTT G GT T TTA T A AGC A
blockSeqs : A A C G . . T . . A . . . . T TCCTTTT C TTGATAGA . . A . . G TAT AT T A . C . . . ATGACAGG C . . CA AG AG ACA C T . TG G A
blockSeqs : G A A T . . T . . A . . . . G TGCTTT C AGTCGGCT . . C . . A TC AT G A . A . . . AGATA C . . GA AG . CC . T . . .
blockSeqs : A A G G . . T . . G . . . . T ACATGT T TGATTGG . . G . . G AC AT C A . A . . . AATTG C . . . . . A . .
blockSeqs : A A T A . . T . . A . . . . A CTTC T GTGGTC . . G . . A TA T A . . G . . . CAAG A . . .
blockSeqs : . A C A . . A . . A . . . . T TGT T TTGGCT . . A . . G C . G . . A . . . TTT C . .
blockSeqs : A A A . . T . . A . . . . T TTT C TTGGCC . . A . . . A . .
blockSeqs : T A A . . T . . A . . . . G . . TAGCTC . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . T . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . A . .
blockSeqs : . . . G . .
blockSeqCons : TGCTT******* TTGGCC*************** TAC ATAATTG************************
originalCons : TTACGTTAGATCAA----A-CAACGTTGG---TATCA-A-AGGGAAATGTGTACAT-GGTGCACGTGACTGA-CGACGG-----------TA--GA----G----CNGTTT--C-N-T-T--ACCTATTCTCACACGCGA-T------GGTCG-G----C-GA-TT-CA--GATT-AG-----CT-AATACAAT-TNT-AATG------TANA-TG-TA--AT-------A-GA-----T-GG-----------AAAC-TGCTTCAAA----TGACTGATTGACAGCT----------AGAAC----------NATTCGAAGTCAGTTGCTTACACAACACATTTGA-TTGA----T-G-GCCCGTTTCCATTGGNTAACT--------ATCATA-----------GGNNTTTGTGATGTGTGAANC-ANCGGATNC-GT--ATNTNTNANANATAATTTAAGATACAG-CGCAAACATTGAAAACTNTAACTTGATACGCAT
finalCons : TTACGTTAGATCAA----A-CAACGTTGG---TATCA-A-AGGGAAATGTGTACAT-GGTGCACGTGACTGA-CGACGG-----------TA--GA----G----CNGTTTGCTT-------ACCTATTCTCACACGCGATTGGCC---------------GA-TT-CA--GATT-AG-----CT-AATACAAT-TNT-AATG------TANA-TG-TA--ATATAATTG------------------------AAAC-TGCTTCAAA----TGACTGATTGACAGCT----------AGAAC----------NATTCGAAGTCAGTTGCTTACACAACACATTTGA-TTGA----T-G-GCCCGTTTCCATTGGNTAACT--------ATCATA-----------GGNNTTTGTGATGTGTGAANC-ANCGGATNC-GT--ATNTNTNANANATAATTTAAGATACAG-CGCAAACATTGAAAACTNTAACTTGATACGCAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GCAAAGTAGTTTGCTTATCTCTATTCTAACTTTTGACTCACCGATTCT
Alignments
lowQualScore : 111111 11111111111 222222222 222222222222 11111111111111 55555555555555555555555555 1111111111 333333333333 11 1111 1 44444444 88888888888888888888888 1111 22222 1111
lowQualScore : 4 111111 4 6666 3 3 5 2 2 2 33333333333 33 7777 11 999999999 0 0 7777 2 7777 000000000000 8 4 99999 44 6 1 77777777777777 5 3 88888888888888888888888888 77 8888 9999999999 777777777777 11 44 0000 6 6 6 00000000 6 1 55555555555555555555555 22 1 4444 1 66666 1 111 1 1 9999 1 0
lowQualScore : . ...... . .... . . . . . . ........... .. .... .. ......... . . .... . .... ............ . . ..... .. . . .............. . . .......................... .. .... .......... ............ .. .. .... . . . ........ . . ....................... .. . .... . ..... . ... . . .... . .
lowQualScore : 2 444444 9 2222 1 3 1 9 9 1 66666666666 99 1111 55 222222222 9 2 7777 3 2222 555555555555 0 0 33333 00 5 0 88888888888888 0 2 88888888888888888888888888 22 5555 4444444444 777777777777 22 22 2222 7 0 0 00000000 4 0 00000000000000000000000 00 0 7777 0 77777 0 777 0 0 7777 0 7
consensus : TTACGTTAGATCAA----A-CAACGTTGG---TATCA-A-AGGGAAATGTGTACAT-GGTGCACGTGACTGA-CGACGG-----------TA--GA----GCNGTTTGC--T-T--ACCTATTCTCACACGCG----ATTGGCCG--A-TTCA------------GATT-A-G-CT-AATACAATTNT-AATG------CANATG-TAATATA----------A----------T-TG-AAAC-TGCTTCAAA----TGACTGATTGACAGCT----------AGAAC----------NATTCGAAGTCAGTTGCTTACACAACACATTTGA-TTGA----T-G-GCCCGTTTCCATTGGNTAACTAT--------CATA-----------GGNNTTTGTGATGTGTGAANC-ANCGGATNC-GT--ATNTNTNANANATAATTTAAGATACAG-CGCAAACATTGAAAACTNTAACTTGATACGCAT
Reference ( family-55 ) : TTACGTTAGATCAA----A-CAACGTTGG---TATCA-A-AGGGAAATGTGTACAT-GGTGCACGTGACTGA-CGACGG-----------TA--GA----GCNGTTTGC--T-T--ACCTATTCTCACACGCG----ATTGGCCG--A-TTCA------------GATT-A-G-CT-AATACAATTNT-AATG------TANATG-TAATATA----------A----------T-TG-AAAC-TGCTTCAAA----TGACTGATTGACAGCT----------AGAAC----------NATTCGAAGTCAGTTGCTTACACAACACATTTGA-TTGA----T-G-GCCCGTTTCCATTGGNTAACTAT--------CATA-----------GGNNTTTGTGATGTGTGAANC-ANCGGATNC-GT--ATNTNTNANANATAATTTAAGATACAG-CGCAAACATTGAAAACTNTAACTTGATACGCAT
gi|1 : TTATGTTAGATCAA----A-CAACACTGG---TATCA-A-ATAGAAATGTATACAT-GGTACACGTGGCAGA-TGACAG-----------TA--GA----GCAGTTT-CAAT-T--ACCTATTCTTAAATGTGTTTGGTTGGCAG--A-TTCA------------GATT-A-G-TT-AATACAATTAA-AATG------TACATG-CAACAGA----------C----------T-GG-AAGC-TGTTCCAGA----TGACTGATCAGCAGCT----------AGAAC----------AGTTTAATATCAGTTGCTTACACAATACACATGA-TGGA----TAG-GCCTGTCTCCATTGGCTAACTAA--------TACA-----------GGACTTTGTCATGTATGAACC-ACCGAAACA-AA--ATATAAGAGATATGTTTTTGGATGC---TGCAAACATTGAAAACTTTTACTTGATATGCAT
gi|10 : AGATCAA----A-CAATGTTGG---TATCA-
gi|10 : TATGTTAGATCAA----A-CAGTGTTGG---TAACATATATGTAA--GTGTACAT-GATGCACGAGACCGA-TGATGG-----------TA--GA----GCAGTTTAC--T-T-------TT-----ACATG----ATTGG--G--ATTTCA------------GATT-A-G-tatatgttagatcaaacagtgttggtaacatatatgtaagtgtacatgatgcacgagaccgatgatggtagagcagtttacttttacatgattgggatttcagattaggccatgatgattat
gi|11 : agatcaaacaatgttggtatcata----------T-TA-AGAT-TGCTTCAAA----TAGTTGATTGGCTGCT----------GTAAC----------gccatgatgattat
gi|12 : gaatgtgcattaaatatatgccttggtcatTTACATTAGATTAATTTGA-TACCATT-------TTA-A-AGTAAAA---GTACAA-TTTGCATGTGACGGA-CGATAG-----------TA--GA----GCTGTTTGC--T-T--TTC---TCTCACAAGCA----ATTGtgcgatttgttgacaaaagcccagtttcttttgacttaccaataagtcatgatg
gi|13 : taaaaggttgcagtgtctccccaTATATTAGATCAC----CTCAAAGCCGT---TAACA-G-AGGAACATG-GTATAT-GGCGAATGTGAATGG-TGACAG-----------TA--
gi|14 : ttaactatgtcttgtataacatgttaggcaactatcactttgTAGATCAA----A-CAAGACTGG---TATGA-A-AGGAAAATGTGTACAT-GGTGCATGTGACTTA-TGACAGTAGTCTAATTCTA--GA----GCTGTTTACCGT-T--ACCTTTTCTTATAAGC
gi|15 : GGAAATG-GTACTC-GGTACACGTTACTGA-CAACGG-----------TA--GA----GCGGTTTGCATT-T--ACCTGTTATCACACGCG----AGTGGTCG--A-TTTG------------AATT-A-G-AT-AA
gi|16 : ACGTTATAT--A----A-TAATGTTGA---TATTA-A-AGAGAAATGTTCACAT-GGTGTGTGTGATTGA-CGACAG-----------AA--Gcta
gi|17 : ttagaatctcaactca----------A----------T-TG-AAATATGCTTCAAA----TGAC--------AGCT----------AGAAC------------TTCG
gi|19 : atatgctgtgggc---TATCT-A-CGAGAAATGTATACTTGGGTGAACGTGAC
gi|2 : caaAGATAAA----A--AACAATAGCATTATCA-C-AAGGAGATG-GTACAT-GGTGCATGAGACAGA-CGACAG-----------TA--GA----GTTGTTTG----------TTATTTTCGCACAAG----ATTGGCTG--A-TTTA------------CACTGA-A-CT-----CAAATAT--ATG------CCTTGG-TCAT-CA----------A-------------G-AAA--TGCTTCAAA----TGACTGATTGATAGCT----------AGAAC------------TTCGA-------TGTTTA---GACACA--TGG-GTGA------------GTTTTATTTAAGAGATTAT--------CATA-----------ACCAATGATGATATGAGGAGT-TTTTGATAC-GT--ATCTGTTACAGATAAGATAAGATACAG-CGTAAACATTCAACACTCTAACTTGATATGTAT
gi|3 : acatctttcataattattttcatgTTACATTAGATCAA----A-CAAAGTTGA---TATCA-A-AGGGAAATGTGTATAT-GGTGCATGCCACTGA-TGACAG-----------TA--GA----GCA-----C--T-TC-ACCAGTTCTCACATGTG----ATTGATAGATA-TTCA------------GATT-A-G-CT-GACATAATTTT-TATGCACCGCTACATG-TAATATACACCAGAGTCA----------T-TGAAAAC-TGACTCAAA----TTACTGggcata
gi|4 : ttagtgatatgagtttttaagttacaagattatgagtgagcaatatgtccaggctgccaaacagaaaccaaggatatgaacatttactcaagcagatggactcacttttactctgccatggataacaatttggaacatctccacaCCTATTCTTGTACACA----GTCGGCTG--T-TTTA------------GATT-A-A-CTGAAT-CAATTTT-AATG------CACATG-TAATATG----------A----------CAGG-AAAC-TACCTCAAA----GGACAGTTTGGTGGCC----------AGAAC----------TTTTCAAAATCAGTTATTTACA-AGCACAATTAAGTTGACCATT-ATGCCCGTTTCCATTGGTTAATTATTTAGCGATCATAATGTGGAGCTTGGTTTTTGTGATGTGTGAAACAAATGGATGCTGTTCTTTTTTAATAATCAATTTAAGAAAAAGTTGCAAACATAGGAAACTATAACTTGATACGC
gi|5 : TTAC--TAG--CAA----T-CAAAGTCGA---TATAA-A-ATGGAAATGTGTGCAT-GGCGCACGTAACTGATCTCCAG-----------TACTGATTATGCT-TTTACA-TGT--ACTTATTCTCTCACGCG----ATTGGCCG--A-TCCA------------AATA-A-ATTT-AATACA--TGT--ACA------TAAATGATAGGATA----------G----------A-TA-AAAC-TGCTGAAAATGGCTGACTGATTGATAGTTTGCACATTTCAGAGC----------CATTTGCCCTCAATTGCCCTCATAATACATTTAATTTCA----T-G-GCCTGTTAACGTTCGATAAC
gi|6 : ttaatgttttaTCA-C-AAGTAAATGAA-ACAT-GGTTTCTGTGACTGA-CACTTA-----------TA--GT----GTTGACTGC--T-TTTACTTATTGTCACACTTG----ATTAGCCT--G-TTCATGTGTTTACATGGACT-G-G-CT-GA-ACTATTCTGAATG------CCAATG-TAATATACGACTTATTCA----------T-TC-AAAA-TGCTTCAAG----TGACTGACTTACAGCT----------AGAACTTTGTTGTTTTACTTGAAGTC--TTGCTT-C-CAACA-ATT
gi|7 : ttcTACATTAGATCAA------CAATCATGA---CACCA-A-AGAGAAATATACACAT-GTTACACATGACTGA-CGACGG-----------TA--GA----Gatca
gi|8 : tttaataaaatttgtttttattattaaacaagacttgagtttcagcatatggtatacaggttacaatagaagtgaatcactcagaacaagtgttttcttgcattacagctggattatctcttctcGTGACTAA-CGAAAG-----------TA--TA----GCGATTTCC--T-TTTAATTATTCTTAAACGTG----ATTGCCTG--T-TTAC------------GATTTATG-CA-AATATA-TTAT-AA-G------TCGATG-TAAT------------------------T-TT-AAAC-AACTTCAAA----TGACTAATTGACAGCT----------ATA-T----------GATTTAAAGTCAGTTGCTTACACAACG-GTTTGA-CTGAT---T-G-ACCGGTTTCCATTG
gi|9 : AACATGGGCAT-GGGGCACATTACAGG-CGACGG-----------TA--AA----ACTGTT----------ATCTGTTCTGATACGCA----ATAGCTCG--A-TTAA------------AAAT-A-G-----ATGCATTGAT-AA---------ATATG-TAATATA----------AACTTTGGTAAT-TG-AAAA-TGCTTTAAA----TAAATTATTGACATCT----------AGAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GCAAAGTAGTTTGCTTATCTCTATTCTAACTTTTGACTCACCGATTCT