lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 444444444 1111 111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333333333333333333333333333 555555555555555555 1111111111
lowQualScore : 6 000000000 2 555 1 5555 3 666 666666666 6 2 0 555 2 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 7 55 2 3 33 444444444444444444444444444 8888 55 999999999999999999 55555 2 0 5 8888888888 4 888 8888
lowQualScore : . ......... . ... . .... . ... ......... . . . ... . ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . .. . . .. ........................... .... .. .................. ..... . . . .......... . ... ....
lowQualScore : 7 000000000 7 000 9 2222 8 777 777777777 0 8 1 666 5 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 1 00 1 6 99 777777777777777777777777777 5555 55 999999999999999999 66666 5 6 2 4444444444 2 777 2222
consensus : NNTAATTTATGTA-TGTA---TNA---GGCCAG-A----AAA-AAT---A---C-----CTGTGTTTAGGGTTACCCGACCGACCCTAAAATTG--AGTCCCGACCC-AAC----TTG--TTTGTT-------T-TTTT--TT---T-----ATTTT-----AA-AAATGTAAAA-GTA------CGAAA--AA---CTGCG-GAACGAATCT---GCTTAA-----TG---CGTC--------AAG-AAAATTATATTTGTATCGTTCTTTATTGAT------TTA--C-------TA-ATCATAAT-AATT--TTTTTATAGAACAGA-AAA--A-----AA---CAA---GTNNGNNNCGNNNTNCTTAAAAAGNNTTTTTATANTTTGTCATTNNTANNNCGTTNATNTTAGAA-AAAAAAT--TAGAA-AAGAAAAAA-T-----G-CCT-----ACCT-----A--CCT----ACCC--TA------T-TN-------TTT-----TCGGTCGAGTAACCCTAAACACAG--G---T---ATT-TTT---T----CTGGCCT
Reference ( gi|1 ) : CGTACTTTATGTG-TACA---TAA---GGCCAG-A----AAA-AAT---A---C-----CTGTGTTCAGGGTTACCCGACCGACCCTAAAATTG--AATCCCGACTCCAAT-GGGTTG--TTTGTT-------T-TTTT--TT---C-----ATTTT-AGAAAA-AAATGCAAAA-GTA------CGAAA--AA---CTGTG-GAACGAATCT---GCTTAA-----TG---CG----------AAG-AAAACTATATTTGTATGGTTCTTTATTGAT------TTA--TAGTTAGTTACGTTATAGT-AATT--TTTTTATAAAACAGA-AAA--A-----AA---CAA---GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAA-AAGAAAT--TAGGA-AAGAAAAAA-T-----G-CCT-----CTTT-----A--CCT----ACCC--TA------T-TG-------CTT-----TCGGTCAGGTAATCCTAAACACAG--G---T---ATT-TTT---T----CTGGCCT
gi|11 : TAATCTATGTT-AACAATGTTA---GGCCAG-ACAAAAAA-AAT---A---T-----ATAT-TTTAGAGTTACCCGACCGACCCTTAAATTG---GTCCCAA
gi|7 : TAATTTATATACTGTA---TTA---GGCCAGGA----AAA-AAA---A---CAACAACTATGTTTG----CACCTAACTGACT-TAAAAATGTTAGTCCCAACCCCAAC----------CT-TT-------T-TTTT--TG---C-----ATCTT-GAAAAACAAATTGAAGC-TTATTTTTTCTTAA--TA---C---G-GAACCAATGT---G-TCAA---------------------------AATTTATATTTGTAATGTTCTTTATTGAT------TTA--C---------CATCATAGT---TT--TTTTTGTAGAAAAGATAAAC-A-----AATNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAA-AAAGAAT--TAGAA-AAGAAAAAaatgtaaaagtatggaaaactgcaaaatgaatctgcttaatgtgtcaagaaaactttatgtgtattgttctttattgatttaatatcaaaattattttttatagatcagaaaaa
gi|19 : ACTTTGTGT-----A---TAA---GGCCAG-ACAA-AAA-AAC---A---A-----CTGT-TTTAGGGTTACACGACCGACCCTAAAAT
gi|3 : catataacatgATGTA-TGTA---TGATTTGGCCAG-AC---AAA-AAT---A---T-----CAGTGTTTAGGGTTACCGGACCAATTCCAACAAAG--AATCCAGACCCCAAC-A--TT---TTTGTT-------CATTTTGATT----------TTTT-----------TGTAAAATGTA------TGAAA--AA---CTGTG-ATCTTTATCT---GCCTAA-----TGTTTC-----------AAG-AAAATTATATTTGTATTGTTCTTTATTGAT------TGA--C-------TA--TCATAAT-AAGT--CCTTTATAGAACAGA-AAA--A-----
gi|6 : catatac---TAA---GAC--A-A----AAA-AAT---A---C-----CTGTGTTTAAGGTTACCAGACCGGCCCTAAA-TT----------------------TTA--TTTAAT-------T-TTTT--TT-----------------------AATGTTAAA-GTT------CGAAA--A----TTGCA-GAACGAATCTCATGCTTAA-----TGT--CA----------CAG----------TTTCTATTGTTCTTTTCTGAT------TTA--T-------TA--TCATAATTAAAT--ATTTTAAAGAACAGA-AAA--A----------CAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGAA-AA-ACAT--TAGGA-AAGAAAAAA-TT----G-CCT-----ACCT-----A--CAT----ACCC--TT------T-TT-------ATT--------GTCGAGTAACCCTAAACACAG--GTATT---ATT-TTT---T----CTGCCCcagactaaatcaatttgcctatagtagtttttactattttcttaaaattagaagaaaaaaaaattgactaccctatattctgggtcaagttaccctaaacacagacgtttttttcaagcc
gi|13 : g---TAA---GGCCAG-A----TAA-AA----A---C-----CTGTGTTTGGTGTTACCCGACCGACTCTAAATGTG--AGTTCCCATCCTAAC-AGTTTGGTTTTGT
gi|10 : tacatgctatcatgttaatat---TGA---GGCCAG-A----AAA-AAACAAA---C-----CTGTGTTTAGGGTTAaactgagtataaacaaacgatatgcatactactgtatttaatcaatgtaccatctatgtcaacatttggtgttgttc
gi|4 : gtattnnnnnnnnnnatgctttggatttctgcttaatatgtcaaggaatttatatttgtattgtttcattattagtttttttatagaacagaaaaacaagtttaaatcaattttgctgataacagttcattaatatgacctacctaccttccttagctctttgtttcgttaaaA---GGCCAG-ACA--AAA-AAT---T---C-----CTGTGGTTAGGGTTACTCGACCGACCCTAATGTTA--AAT----------------TAG--TTTGTT-------T-TTTT-----------------------AA-AAAGGTAAAA-ATA------TCAAC--AA---TAGTGTAAAGGAATCT---ATTTTA-----TG---TC----------AAG-AAAATTATTTTTGTATTGTTCTTTATTGGT------TT---------CCTATGTT----T-AA-----------AGAATAGA-AAAGCA-----AA---TTA---TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAA-AAAAAAT--TAGAA-AAGAAGAAATT-----G-CC---------T-----A--CCT----ACCC--TATTTTTTT-TGTTATTATTTT-----TTGCTCAAGTAACCCTAAACACAG--GT--T---GTT-TTT---T----TTGGCCc
gi|20 : tA---GGCAAG-A----AAA-AAT---AATGT-----CTGTGTTTAGGGTTAGTTGACCAA
gi|4 : attttt---GGCCAA-A----AAA-AAC---AA--C-----CTGTGTTTAGGGTTACTTGAGCAA----AAAAT
gi|6 : taggccagacaaaaaattcctgtggttagggttactcgaccgaccctaatgttaaattagtttgtttttttaaaaaggtaaaaatatcaacaatagtgtaaaggaatctattttatgtcaagaaaattatttttgtattgttctttattggtttcctatgtttaaagaatagaaaagcaaattatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaaaaaaaattagaaaagaagaaattgcctacctaccctattttttttgttatt---GGGCAG-A----AAA-AAT---AATAC-----CTGTGTTTAGGGTTACTCGAC
gi|2 : gtaagacaaaaaaatacctgtgtttaaggttaccagaccggccctaaattttatttaattttttttaatgttaaagttcgaaaattgcagaacgaatctcatgcttaatgtcacagtttctattgttcttttctgatttattatcataattaaatattttaaagaacagaaaaacaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgagaaaaacattaggaaagaaaaaattgcctacctacataccctttttatt---GGCCAG-ACAA-AAATAAT---A---T-----CTGTGTTTAAGATTACCTGACCAACCATAAAATCG--AGTCCTGACC---AT-TTGTTG--TT-GTT-------T-TTTT--T------------------AAAT-AAAT----AA-ATA--------AAATTAATTTCTGTA-GAACGAATCT---GCTTAAATTAATG---GGTAAAAAATAAAAT-AAAAATACATTGGTTTAGTTCCTTATTGAT------TTA--C------TC---TCATAAT-TAGT--TTTTAATAGAACTGA-AAA--ACCAAAAA---CAA---GTGAAAATCAATTTGCTTAAAAAGTGTTTTATTATTTTGACATTCTCATTTTCTCCATG---GAATAATAAAT--TA-GA-AATAAAAAC-T-----G-CCT-----ACCT-----A--CCT----ACCCAACA------T-T---------TT-----TTTATCAATAAACCCT-AACAACG--GTTTT---ATT-TTT---T----CTAGC
gi|16 : ---GGCCAG-A----AAA-AAT---A---C-----CTGTGTTTAGGGTTTCTTGAC
gi|12 : aaagaattagaaaagaaaaatttgcctacctacctgtgaaccctgtttcttcttttttt---GACCAG-A----AAA-AAA---A---AA----TTGTGTTTAAGGTTA----------CCTAATATT---AGTCTTGACCCAAAC-AGGTT---TTTACTATCTCAAT-TTTT--TT---T-----ATT-------AA-ATGTGCAAAA-G----------------A---CTGCC-GTACGAATCT---G--TA-----------------------AAA-ACGATTATA-TTGTATCA-----TATTGAC------TTACTTA--TAATCA---TCTAAT-AATT--TTTTCGTGAAATAGA-AAA--A-----
gi|18 : GCCAG-A----AAA-AAT---ATA-C-----ATGTGTTTAGGGTTACTTGGCCAAta
gi|17 : gaaaagagaaaaattgcttgcataccttcctactctatatttttCCAG-A----AAAAAAT---A---C-----CCATGTTTACGGTTACTTGGCAGA
gi|5 : aaaaaataatagaaaagaggatattgccttttttagtaacctaccctaattAA-A----AAA-AATCAAA---C-----CTGTGTTTAGGGTTACCTGACCGACCCTTAAAAGG--ACTCGCGACT---AT---------TTTATTA------T-TATG--AT---T-----ATTT------------TGTATAA-GTA------TAAAA--AG---CTATG-AAAAGAGTC------------------------------------AAAAATATATTT-----GTTCCATATTGATTAACTATCA--TAATTAGTT---------T-AA---------ATAGAATAGA-AAAACA-----AG---NNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGAA-AAAAAAC--C-----CAGAAAAAT-T-----G-CCT-----ATCT-----A--CCT----ATCC--TA------T-T---------TT-----T------AGTAACCCTAAACACAGATG---T---GTG-TTT---T----CTt
gi|5 : catattacccccaatgattttattaacagatAG-A----AAA-CAC---A---CAT---CTGTGTTTAGGGTTAC
gi|3 : catattacccccaatgattttattaacagataaaaaaaatcaaacctgtgtttagggttacctgaccgacccttaaaaggactcgcgactattttattattatgattattttgtataagtataaaaagctatgaaaagagtcaaaaatatatttgttccatattgattaactatcataattagtttaaatagaatagaaaaacaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagaaaaaaaacccagaaaaattgcctatctacctatcctattttta-A----AAA-AAC---G---T-----CTGTGTTTAGGGTAACTTGACCCA----------G--AAT----------ATAGGGTAG--TCAATT-------T-TTTT--TT---CTTCTAATTTTAAGAAAA-TAGTA-AAAA-CTA------C
gi|8 : catatacatgtatgtatgatttggccagacaaaaatatcagtgtttagggttaccggaccaattccaacaaagaatccagaccccaacatttttgttcattttgatttttttgtaaaatgtatgaaaaactgtgatctttatctgcctaatgtttcaagaaaattatatttgtattgttctttattgattgactatcataataagtcctttatagaacagaaaaacagactaaatcaatttgcctata-A----AAA-AAT---A---C-------ATGTTTACAGTTACCAGACTAACACTAAAATTA--AGT----------------TTT--TTTGTT-------T-ATTT--ATATAT-----ATTTT-T---------TACATAA--TA-------------AA---CTGCA-GAACAAATCT---GCTTAA-----TG---GGTC--------AAG-AAAATTAGAACTGCATTGTTTTTTATTGAC------TTA--C------------TATCAT-AATTAGTTTTTATAGAACAGA-AAA--A-----AA---CAA---GTTTGTTGAGCAGTCCTTGAAAAGAATTTTTAAGGTTTTTACAATCTGACCTGATGATTTCATAA-AAGAAAT--tcaagcc
gi|15 : aac-A----AAA-AGT---A---C-----CAGT--TTAGTGTTACCCGACCAACCCACAAATTG--AAT
gi|11 : cagacA-AAATGTAAAA-GTA------TGGAA--AA---CTGCA-AAATGAATCT---GCTTAA-----TG---TGTC--------AAG-AAAACTTTATGTGTATTGTTCTTTATTGAT------TTA-----------ATATCAAAAT-TA-T--TTTTTATAGATCAGA-AAA--A-----ttaaatgtaaaagtatgaaaaactgcggaacgaatctgttcaatg
gi|9 : taatctatgttaacaatgttaggccagacaaaaaaaatatatattttagagttacccgaccgacccttaaattggtccc-AAATGTTAAA-CTA------TGACA--AA---CTGCG-GAACAAATAT---GCTTAA-----TG---TGTC--------AAGAAAAATTGTATTTGTATCGTTTTGTATTGAT------TCA-----------ATATCATAAT-CATT--TTTATATGGAACAG---AA--A-----AG---CAA---G-------------TTAAAATCAAGTTTCTTATAATAGGTCATTAGTACAGCATTAAAATTAGAA-AAAAAAA--TAGAA-AATAAAAAA-TTGCTGG-CTT-----TTCT-----A--CC
gi|15 : -AAATGTAAAA-GTA------TGAAA--AA---CTGCG-GAACGAATCT---GTTCAA-----TG---
gi|10 : cagacaaaaagtaccagtttagtgttacccgaccaacccacaaattgaatttTCT---GCTTAA-----TA---TGTC--------AAG-GAATTTATATTTGT----------ATTG-T------TT-------------CATTAT--T-AGTT--TTTTTATAGAACAG---AA--A-----AA---CAA---G
gi|12 : gtattnnnnnnnnnnatgctttggattAA-AAAAAAT--TGAGA-TAGTAAAAA---------CCT-----GTTT-----GGGTCA----AGAC--TA------A-TA-------TT------------AGGTAACCTTAAACACAAT-T---T---TTT-TTT---T----CTGGTCtttaaatcaattttgctgataacagttcattaatatgacctacctaccttccttagctctttgtttcgttaaataaccctaaacacaggtttgtttttttctggcctcac
gi|16 : A-AAGAA-T--TAGAA-AAGAAAAAT-TT----G-CCT-----ACCT-----A--CCTGTGAACCC--TG------T-TT-------CTTCTTTTTTTGTCAAGAAACCCTAAACACAG--G---T---ATT-TTT---T----CTGGCCattaaatgtgcaaaagactgccgtacgaatctgtaaaaacgattatattgtatcatattgacttacttataatcatctaataattttttcgtgaaatagaaaaata
gi|17 : -AAAAAATAATAGAA-AAGAGGATA-TT----G-CCT-----TTTTTAGTAA--CCT----ACCC--TA-----------------ATT-----TCTGCCAAGTAACCGTAAACATGG--G---T---ATTTTTT---T----CTGG
gi|3 : AAAT--TAGAAGAAAAAAAAA-T------------------T-----G--ACT----ACCC--TA------T--A-------TTC-----TGGGTCAAGTTACCCTAAACACAG--A---C---GTT-TTT---T----t
gi|18 : catatacatgtatgtatgatttggccagacaaaaatatcagtgtttagggttaccggaccaattccaacaaagaatccagaccccaacatttttgttcattttgatttttttgtaaaatgtatgaaaaactgtgatctttatctgcctaatgtttcaagaaaattatatttgtattgttctttattgattgactatcataataagtcctttatagaacagaaaaacagactaaatcaatttgcctatagtagtttttactattttcttaA-GAGAAAAAT-T-----G-CTTGCATACCTT--------CCT----ACTC--TA------TATT-------TTT-----TTGGCCAAGTAACCCTAAACACAT--GTA-T---ATT-TTT---T----CTGGCtcaagcc
gi|10 : gaaaAATA-T-----GACCT-----ACCT-----A--CCT----TCCT--TAGCTCT-T-TG--------TT-----TCG-TTAAATAACCCTAAACACAG--G---TTTGTTT-TTT---T----CTGGCCT
gi|20 : gtattnnnnnnnnnnatgctttggatttctgcttaatatgtcaaggaatttatatttgtattgtttcattattagtttttttatagaacagaaaaacaagtttaaatcaattttgctgataacagttcattTT-----TTGGTCAACTAACCCTAAACACAG--ACATT---ATT-TTT---T----CTTGCCTcac
gi|4 : attt-----TCGGTCGAGTAACCCTAACCACAG--G---A---ATT-TTTTG-T----CTGGCCT
gi|2 : t-----TTGGTCAGGTAATCTTAAACACAG--A---T---ATTATTTTTGT----CTGGCCccctaatgttaaattagtttgtttttttaaaaaggtaaaaatatcaacaatagtgtaaaggaatctattttatgtcaagaaaattatttttgtattgttctttattggtttcctatgtttaaagaatagaaaagcaaattatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaaaaaaaattagaaaagaagaaattgcctacctaccctattttttttgttattattttttgctcaagtaaccctaaacacaggttgttttttttggcc
gi|3 : -----TTGGTCCGGTAACCCTAAACACTG--A---T---ATT-TTTG--T----CTGGCCccataaaatcgagtcctgaccatttgttgttgttttttttaaataaataaataaaattaatttctgtagaacgaatctgcttaaattaatgggtaaaaaataaaataaaaatacattggtttagttccttattgatttactctcataattagtttttaatagaactgaaaaaccaaaaacaagtgaaaatcaatttgcttaaaaagtgttttattattttgacattctcattttctccatggaataataaattagaaataaaaactgcctacctacctacccaacatttttttatcaataaaccctaacaacggttttattttttctagc
gi|5 : catatacatgtatgtatgattt-----TCGGTCAGGTAACCCTAAACACAG--G---TTTGATT-TTT---T----TTttccaacaaagaatccagaccccaacatttttgttcattttgatttttttgtaaaatgtatgaaaaactgtgatctttatctgcctaatgtttcaagaaaattatatttgtattgttctttattgattgactatcataataagtcctttatagaacagaaaaacagactaaatcaatttgcctatagtagtttttactattttcttaaaattagaagaaaaaaaaattgactaccctatattctgggtcaagttaccctaaacacagacgtttttttcaagcc
gi|11 : catattacccccaatgattttattaacagat-----TCGGTCGGGTAACTCTAAA-ATAT--A---T---ATT-TTT---TTTGTCTGGCCTcccttaaaaggactcgcgactattttattattatgattattttgtataagtataaaaagctatgaaaagagtcaaaaatatatttgttccatattgattaactatcataattagtttaaatagaatagaaaaacaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagaaaaaaaacccagaaaaattgcctatctacctatcctatttttagtaaccctaaacacagatgtgtgttttct
gi|13 : taatctatgttaacaatgtt-----TCGGTCGGGTAACACCAAACACAG--G---T----TT-TTA---T----CTGGCCTcccttaaattggtcccaaaatgtaaaagtatggaaaactgcaaaatgaatctgcttaatgtgtcaagaaaactttatgtgtattgttctttattgatttaatatcaaaattattttttatagatcagaaaaa
gi|19 : tacatgctatcatgttaatatta-----TCGGTCGTGTAACCCTAAA-ACAG--T---T---GTT-TTT---TTGT-CTGGCCTctctaaatgtgagttcccatcctaacagtttggttttgtaactgagtataaacaaacgatatgcatactactgtatttaatcaatgtaccatctatgtcaacatttggtgttgttc
gi|6 : catataacatgactttgtgtataCGGTCTGGTAACCTTAAACACAG--G---T---ATT-TTT---T----ccctaaaat
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TGAATGTTTTGTTTATAACCTGTTTATCTATGTTTAGTACTTAAAATTATCTCAACATCGTATGATTCTATATGTATTGTACTTATAAATGAACACACAGCTATTATGATAAATTTTCAATTGCCACACTAACTCTCAAAATAATTGACAAATGAATGTATAAATAAGGCAATTTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222 2222 11111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222222222222 1 44444444444444 1111 11111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111 1111111111111 3333333333333333 222
lowQualScore : 8888888 7 1 777 3 4444 3 555 00000 1 7 1 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 33 7 2222222222222 555 3 8888888888 1 3 999 88888 5 00000000000000 44 4444 88888888 3 0 777 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 3 55 0 3 8888888888 0 99999 7777 55 5555555555555 1111111111111111 5 55 777 666 3
lowQualScore : ....... . . ... . .... . ... ..... . . . . ...................................................................... . .. . ............. ... . .......... . . ... ..... . .............. .. .... ........ . . ... .......................................................................... . . .. . . .......... . ..... .... .. ............. ................ . .. ... ... .
lowQualScore : 5555555 3 0 888 1 6666 1 444 88888 5 2 4 7 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 66 7 9999999999999 888 3 3333333333 2 3 222 33333 6 22222222222222 66 6666 00000000 3 8 000 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 6 6 00 4 6 7777777777 5 11111 7777 55 3333333333333 4444444444444444 4 00 777 444 6
consensus : NNTAATTTATGT-----A-TGTATNA---GGCCAG-AC---AAA-AAT---AC-----CTGTGTTTAGGGTTACCCGACCGACCCTAAAATTG--AGTCCCGA-C-CC--AA-C---TTGTT--TGTT----------TTTTTT--T---TATTTT------AAATGTAAAA-GTACGAAA-------------AA---CTGCG-GAACGAATCT---GC-----TTAATGTGTCA-AG---AAAAT-----TATATTTGTATTGTTCTTTATTGATTTAC-------T---A-ATCAT--AAT-NANTTTTTTATAGAACAGA-A-----AA-AAA---CAAGT----NTAAATCGATTTGCTTAAAA--AGNNTTTTTA-TAGTTTGT-CATTACTANNNCGTTNATNT----TA-GAA-AAAAA-AT--TAGAA-AAGAAAAAA------T-G-CCTACCT-----ACCT----ACCC--TA----T-TT-----TTTTCG------------G-TCAAGTAACCCTAAACACAG--GT--T---ATT-TTTTCTGGCCT
Reference ( family-484 ) : NNTAATTTATGT-----A-TGTATNA---GGCCAG-A----AAA-AAT---AC-----CTGTGTTTAGGGTTACCCGACCGACCCTAAAATTG--AGTCCCGA-C-CC--AA-C---TTGTT--TGTT----------TTTTTT--T---TATTTTA----AAAATGTAAAA-GTACGAAA-------------AA---CTGCG-GAACGAATCT---GC-----TTAATGCGTCA-AG---AAAAT-----TATATTTGTATCGTTCTTTATTGATTTAC-------T---A-ATCAT--AAT-AATTTTTTTATAGAACAGA-A-----AA-AAA---CAAGT----NNGNNNCGNNNTNCTTAAAA--AGNNTTTTTA-TANTTTGT-CATTNNTANNNCGTTNATNT----TA-GAA-AAAAA-AT--TAGAA-AAGAAAAAA------T-G-CCTACCT-----ACCT----ACCC--TA----T-TN-----TTTTCG------------G-TCGAGTAACCCTAAACACAG--G---T---ATT-TTTTCTGGCCT
gi|1 : TACTTTATGT-----G-TACATAA---GGCCAG-A----AAA-AAT---AC-----CTGTGTTCAGGGTTACCCGACCGACCCTAAAATTG--AATCCCGA-CTCC--AA-TGGGTTGTT--TGTT----------TTTTTT--T---CATTTTAGAAAAAAATGCAAAA-GTACGAAA-------------AA---CTGTG-GAACGAATCT---GC-----TTAATGCG--A-AG---AAAAC-----TATATTTGTATGGTTCTTTATTGATTTATAGTTAGTT---ACGTTAT--AGT-AATTTTTTTATAAAACAGA-A-----AA-AAA---CAAGN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NA-GAA-AAGAA-AT--TAGGA-AAGAAAAAA------T-G-CCTCTTT-----ACCT----ACCC--TA----T-TG-----CTTTCG------------G-TCAGGTAATCCTAAACACAG--G---T---ATT-TTTTCTGGCCT
gi|10 : cgTCT---GC-----TTAATATGTCA-AG---GAATT-----TATATTTGTATTGTT--TCATT-----------------------AT----T-AGTTTTTTTATAGAACAG--------AA-AAA---CAAGT----
gi|10 : gtattnnnnnnnnnnatgctttggattAATA------T-GACCTACCT-----ACCT----TCCT--TAGCTCT-TT-----GTTTCG--------------TTAAATAACCCTAAACACAG--G---TTTGTTT-TTTTCTGGCCTttaaatcaattttgctgataacagttcattaatatgacctacctaccttccttagctctttgtttcgttaaataaccctaaacacaggtttgtttttttctggcctcac
gi|11 : gtattnnnnnnnnnnatgctttggatttctgcttaatatgtcaaggaatttatatttgtattgtttcattattagtttttttatagaacagaaaaacaagtttaaatcaattttgctgataacagttcattTAATCTATGTTAACAA-TGT--TA---GGCCAG-ACAAAAAA-AAT---AT-----ATAT-TTTAGAGTTACC----CGAC-----------------CGA-C-CCTTAA-A---TTG-----GTC----------CC---------------------AAAATGTAAAA-GTATGGAA-------------AA---CTGCA-AAATGAATCT---GC-----TTAATGTGTCA-AG---AAAAC-----TTTATGTGTATTGTTCTTTATTGATTTAA-------T-----ATCAA--AAT-TA-TTTTTTATAGATCAGA-A-----AA-Acac
gi|12 : ---GACCAG-A----AAA-AAA---AAA----TTGTGTTTAAGGTTACC----------TAATATT---AGTCTTGA-C-CC--AAAC---AGGTT--T-TTACTATCTCAATTTTTT--T---TATT--------AAATGTG-------CAAAA-------------GA---CTGCC-GTACGAATCT---G-------TAA--------AA---ACGAT-----TATATT-GTATCAT-----ATTGACTTAC-------TTATA-ATCATCTAAT-AATTTTTTCGTGAAATAGA-A-----AA-A
gi|13 : TCATGTTA---A-TAT-TAA---GGCCAG-A----TAA-AA----AC-----CTGTGTTTGGTGTTACCCGACCGACTCTAAATGTG--AGTTCCCATC-CT--AA-C----AGTT--TGGT----------TTTta
gi|15 : tacatgcta-A----AAA-AGT---AC-----CAGT--TTAGTGTTACCCGACCAACCCACAAATTG--AATgtaactgagtataaacaaacgatatgcatactactgtatttaatcaatgtaccatctatgtcaacatttggtgttgttc
gi|15 : cagacATTT-------AAATGTAAAA-GTATGAAA-------------AA---CTGCG-GAACGAATCT---GT-----TCAATGttaaatgtaaaagtatgaaaaactgcggaacgaatctgttcaatg
gi|16 : cagacaaaaagtaccagtttagtgttacccgaccaacccacaaattga-AAAGA-AT--TAGAA-AAGAAAAAT------TTG-CCTACCT-----ACCTGTGAACCC--TG----T-TTCTTCTTTTTTT------------G-TCAAGAAACCCTAAACACAG--G---T---ATT-TTTTCTGGCC
gi|17 : -AAAAA-ATAATAGAA-AAGAGGATA------TTG-CCTTTTTTAGTAACCT----ACCC--TA----A-T--------TTCT------------G-CCAAGTAACCGTAAACATGG--G---T---ATTTTTTTCTGG
gi|18 : GAA-AAGAGAAAAATTGCTT-G-CATACCT-----TCCT----ACTC--TA----TATT-----TTTTTG------------G-CCAAGTAACCCTAAACACAT--GTA-T---ATT-TTTTCTGGCt
gi|19 : T-----G-TGTATAA---GGCCAG-ACAA-AAA-AAC---AA-----CTGT-TTTAGGGTTACACGACCGACCCTAAAAT
gi|2 : catataacatgactt---GGCCAG-ACAA-AAATAAT---AT-----CTGTGTTTAAGATTACCTGACCAACCATAAAATCG--AGTCCTGA-C-C----A-T---TTGTTGTTGTT----------TTTTTT------------------AAATAAATAA-ATA--AAATT-----------AATTTCTGTA-GAACGAATCT---GCTTAAATTAATGGGTAA-AAAATAAAATAAAAATACATTGGTTTAGTTCCTTATTGATTTAC-------T-----CTCAT--AAT-TAGTTTTTAATAGAACTGA-AAAACCAA-AAA---CAAGT----GAAAATCAATTTGCTTAAAA--AGTGTTTTAT-TATTTTGA-CATTCTCATTTTCTCCATG--------GAATAATAA-AT--TAG-A-AATAAAAAC------T-G-CCTACCT-----ACCT----ACCCAACA----T-TT-----TTTT--------------A-TCAATAAACCCT-AACAACG--GTTTT---ATT-TTTTCTAGC
gi|20 : -TT-----TTTTTG------------G-TCAACTAACCCTAAACACAG--ACATT---ATT-TTTTCTTGCCT
gi|3 : aATGT-----A-TGTATGATTTGGCCAG-AC---AAA-AAT---AT-----CAGTGTTTAGGGTTACCGGACCAATTCCAACAAAG--AATCCAGA-C-CCC-AA-C---ATTTT--TGTT----------CATTTTGAT---T-TTTT---------TGTAAAATGTATGAAA-------------AA---CTGTG-ATCTTTATCT---GC-----CTAATGTTTCA-AG---AAAAT-----TATATTTGTATTGTTCTTTATTGATTGAC-------T-----ATCAT--AAT-AAGTCCTTTATAGAACAG--------AA-AAA---C-AGA----CTAAATCAATTTGCCTA-------------TAGTAGTTT-----TTACTATTT------TCT----T--------AAA-AT--TAGAAGAAAAAAAAA------T---------T-----GACT----ACCC--TA------TA-----TTCTGG------------G-TCAAGTTACCCTAAACACAG--A---C---GTT-TTTT
gi|4 : catatacA---GGCCAG-ACA--AAA-AAT---TC-----CTGTGGTTAGGGTTACTCGACCGACCCTAATGTTA-----------------AA-T---TAGTT--TGTT----------T-------------TTTTA----AAAAGGTAAAA-ATATCAAC-------------AA---TAGTGTAAAGGAATCT---AT-----TTTAT--GTCA-AG---AAAAT-----TATTTTTGTATTGTTCTTTATTGGTTTCC-------T---A----------------TGTTTAAAGAATAG--------AA-AAG---CAAATTATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NA-GAA-AAAAA-AT--TAGAA-AAGAAGAAA------T-----TGCCT-----ACCT----ACCC--TA----T-TT-----TTTTTGTTATTATTTTTTGCTCAAGTAACCCTAAACACAG--GT--T---GTT-TTTTTTGGCCtcaagcc
gi|5 : tAA-A----AAA-AATCAAAC-----CTGTGTTTAGGGTTACCTGACCGACCCTTAAAAGG--ACTCGCGA-C-------------TATT--TTAT----------TATTATGAT---TATTTT----------GTATAA-GTATAAAA-------------AG---CTATG-AAAAGA---------------------GTCA-AA---AA--------TATATTTGT-----TCCATATTGATTAAC-------T---A--TCAT--AAT-TAGTTTAA-ATAGAATAGA-A-----AA-A-----CAAGN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA-GAA-AAAAA-AC--C-----CAGAAAAAT------T-G-CCTATCT-----ACCT----ATCC--TA----T-TT-----TT---------------------AGTAACCCTAAACACAGATG---T---GTG-TTTTCT
gi|6 : catattacccccaatgattttattaacagat-A----AAA-AAT---AC-----CTGTGTTTAAGGTTACCAGACCGGCCCTAAA-TT-------------------------TTATT--TAAT----------TTTTTT--T----------------AATGTTAAA-GTTCGAAA-------------A----TTGCA-GAACGAATCTCATGC-----TTAATG--TCACAG-----------------TTTCTATTGTTCTTTTCTGATTTAT-------T---A--TCAT--AATTAAATATTTTAAAGAACAGA-A-----AA-A-----CAAAT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNTGAG-AAAAACAT--TAGGA-AAGAAAAAA------TTG-CCTACCT-----ACAT----ACCC--T-----T-TT-----TATT--------------G-TCGAGTAACCCTAAACACAG--GTATT---ATT-TTTTCTGCCC
gi|7 : gtaagacaTAATTTATAT-----ACTGTATTA---GGCCAGGA----AAA-AAA---ACAACAACTATGTTTG----CACCTAACTGACT-TAAAAATGTTAGTCCCAA-C-CCC-AA-C---CT-------TT----------TTTTTT--G---CATCTTG----AAAA---ACAA-AT-TGAAGCTTATTTTTTCTTAA----TACG-GAAC-----------------CAATGTGTCA-A-----AATT-----TATATTTGTAATGTTCTTTATTGATTTAC-------C-----ATCAT--AGT---TTTTTTTGTAGAAAAGATA-----AACAAATNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NA-GAA-AAAGA-AT--TAGAA-AAGAAAAA
gi|8 : -A----AAA-AAT---AC-------ATGTTTACAGTTACCAGACTAACACTAAAATTA--AGT-------------------TTTTT--TGTT----------TATTTA--TATATATTTT---------T-TACA---TA--ATA-------------AA---CTGCA-GAACAAATCT---GC-----TTAATGGGTCA-AG---AAAAT-----TAGAACTGCATTGTTTTTTATTGACTTAC-------T---A--TCAT--AAT-TAGTTTT-TATAGAACAGA-A-----AA-AAA---CAAGT----TTGTTGAGCAGTCCTTGAAA--AGAATTTTTA-AGGTTTTTACAAT-CTGACCTGATGATTT----CA-TAA-AAGAA-AT--
gi|9 : aacAAATGTTAAA-CTATGACA-------------AA---CTGCG-GAACAAATAT---GC-----TTAATGTGTCA-AGA--AAAAT-----TGTATTTGTATCGTTTTGTATTGATTCAA-------T-----ATCAT--AAT-CATTTTTATATGGAACAG--------AA-AAG---CAAG-------------------TTAAAATCAAGTTTCTTA-TAATAGGT-CATTAGTACAGCATTAAAAT----TA-GAA-AAAAA-AA--TAGAA-AATAAAAAAT-----T-G-CTGGCTT-----TTCT----ACC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TGAATGTTTTGTTTATAACCTGTTTATCTATGTTTAGTACTTAAAATTATCTCAACATCGTATGATTCTATATGTATTGTACTTATAAATGAACACACAGCTATTATGATAAATTTTCAATTGCCACACTAACTCTCAAAATAATTGACAAATGAATGTATAAATAAGGCAATTTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222 22222222222222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222222222 44444444444 11111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 11111111 1111111111 111111 3333333333333333 22222222222
lowQualScore : 8888888 7 1 777 0 99999999999999999 1 3 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 44 3 88 2222222222222 555 3 8888888888 0 3 999 88888 00000000000 44 555 3 3 11111111 3 77777 888888 0 66666666 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 0000000 3 44 22222222 3 999999 8888888888 0 99999 7777 55 000000 99999 3333333333333333 33333333333
lowQualScore : ....... . . ... . ................. . . . ........................................................................ . .. . .. ............. ... . .......... . . ... ..... ........... .. ... . . ........ . ..... ...... . ........ ............................................................ . ....... . .. ........ . ...... .......... . ..... .... .. ...... ..... ................ ...........
lowQualScore : 5555555 3 0 888 5 77777777777777777 5 3 5 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 66 3 22 9999999999999 888 3 3333333333 2 3 222 33333 22222222222 66 888 3 3 99999999 3 55555 111111 8 00000000 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 8888888 3 66 11111111 3 666666 7777777777 5 11111 7777 55 666666 11111 6666666666666666 55555555555
consensus : NNTAATTTATGT-----A-TGTATNA---GGCCAGACAAAAA---T---A---C-----CTGTGTTTAGGGTTACCCGACCGACCCTAAAATTG--AGTCCCGA-C-CC--AAC---TTGTT--TGTT----------TTTTT---T--TTATTTTA------AATGTAAA--A-GTACGAAA-------------AA---CTGCG-GAACGAATCT---GC-----TTAATGTGTCA-AG---AAAAT-----TATATTTGTATTGTTCTTTATTGATTTAC-------TA-ATCA--TAATTAGTT-T-TTTATAGAACAGA-A-----AA-AAA---CAAGTNTA---AATCAA-TT--T--GCTTAA------AAAGAATTT----TNA-TAGTTTNT-CATTACTANTTTNTTNATNT----TA-GAA-AAA-------AA-AT--TA--------GAA-AAGAA------AAAA------T-G-CCTACCT-----ACCT----ACCC--TA----T-TT-----TTTTCG------------G-TCAAGTAACCCTAAACACAG--G--T-T--ATTTTTTCTGGCCT
Reference ( family-484 ) : NNTAATTTATGT-----A-TGTATNA---GGCCAGACAAAAA---T---A---C-----CTGTGTTTAGGGTTACCCGACCGACCCTAAAATTG--AGTCCCGA-C-CC--AAC---TTGTT--TGTT----------TTTTT---T--TTATTTTA------AATGTAAA--A-GTACGAAA-------------AA---CTGCG-GAACGAATCT---GC-----TTAATGTGTCA-AG---AAAAT-----TATATTTGTATTGTTCTTTATTGATTTAC-------TA-ATCA--TAATNANTT-T-TTTATAGAACAGA-A-----AA-AAA---CAAGTNTA---AATCGA-TT--T--GCTTAA------AAAGNNTTT----TTA-TAGTTTGT-CATTACTANNNCGTTNATNT----TA-GAA-AAA-------AA-AT--TA--------GAA-AAGAA------AAAA------T-G-CCTACCT-----ACCT----ACCC--TA----T-TT-----TTTTCG------------G-TCAAGTAACCCTAAACACAG--G--T-T--ATTTTTTCTGGCCT
gi|1 : TACTTTATGT-----G-TACATAA---GGCCAGA-AAAAA---T---A---C-----CTGTGTTCAGGGTTACCCGACCGACCCTAAAATTG--AATCCCGA-CTCC--AATGGGTTGTT--TGTT----------TTTTT---T--TCATTTTAGAAAAAAATGCAAA--A-GTACGAAA-------------AA---CTGTG-GAACGAATCT---GC-----TTAATGCG--A-AG---AAAAC-----TATATTTGTATGGTTCTTTATTGATTTATAGTTAGTTACGTTA--TAGTAATTT-T-TTTATAAAACAGA-A-----AA-AAA---CAAGNNNN---NNNNNN-NN--N--NNNNNN------NNNNNNNNN----NNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NA-GAA-AAG-------AA-AT--TA--------GGA-AAGAA------AAAA------T-G-CCTCTTT-----ACCT----ACCC--TA----T-TG-----CTTTCG------------G-TCAGGTAATCCTAAACACAG--G----T--ATTTTTTCTGGCCT
gi|10 : cgGA-TT--TCTGCTTAATATGTCAAGGAATTTATATTTG-TATTGTTT-CATTATTAGTTTTTTTATAGAA--CA-GAA-AAACAAGTTTAA-AT--CAATTTTGCTGAT-AACAGTTCATTAATA------T-GACCTACCT-----ACCT----TCCT--TAGCTCT-TT-----GTTTCG--------------TTAAATAACCCTAAACACAG--G--T-TTGTTTTTTTCTGGCCT
gi|10 : gtattnnnnnnnnnnatgctttgTCT---GC-----TTAATATGTCA-AG---GAATT-----TATATTTGTATTGTT-------------------------TCA--TTATTAGTT-TTTTTATAGAACAG--------AA-AAA---CAAGTTTA---AATCAATTT--T--GCTcac
gi|11 : gtattnnnnnnnnnnatgctttggattTAATCTATGTTAACAA-TGT--TA---GGCCAGACAAAAAAAAT---A---T-----ATAT-TTTAGAGTTAC----CCGAC-----------------CGA-C-CCTTAAA---TTG-----GTC----------CC-----------A----A------AATGTAAA--A-GTATGGAA-------------AA---CTGCA-AAATGAATCT---GC-----TTAATGTGTCA-AG---AAAAC-----TTTATGTGTATTGTTCTTTATTGATTTAA-------T--ATCA--AAATTA-TT-T-TTTATAGATCAGA-A-----AA-Agataacagttcattaatatgacctacctaccttccttagctctttgtttcgttaaataaccctaaacacaggtttgtttttttctggcctcac
gi|12 : ---GACCAGAAAAAAA---A---A---A-----TTGTGTTTAAGGTTA----------CCTAATATT---AGTCTTGA-C-CCA-AAC---AGGTT--T-TTACTATCTCAATTTTT---T--TTA--TTA------AAT---------GTGCAAAA-------------GA---CTGCC-GTACGAATCT---G-------TA-------A-AA---ACGAT-----TATA-TTGTATCA-----TATTGACTTACTTA----TA-ATCATCTAATAATTT-T-TTCGTGAAATAGA-A-----AA-A
gi|13 : TCATGTTA---A-TAT-TAA---GGCCAGATAAAAA-----------C-----CTGTGTTTGGTGTTACCCGACCGACTCTAAATGTG--AGTTCCCATC-CT--AAC----AGTT--TGGT----------TTTta
gi|15 : tacatgctaCAGACAAAAAG--T---A---C-----CAGT--TTAGTGTTACCC----GACC----AA--------CCCA-----C--AAA---TTG-------------------------------AATTTA------AATGTAAA--A-GTATGAAA-------------AA---CTGCG-GAACGAATCT---GT-----TCAATGgtaactgagtataaacaaacgatatgcatactactgtatttaatcaatgtaccatctatgtcaacatttggtgttgttc
gi|16 : -AAA-------GA-AT--TA--------GAA-AAGAA------AAAT------TTG-CCTACCT-----ACCTGTGAACCC--TG----T-TTCTTCTTTTTTT------------G-TCAAGAAACCCTAAACACAG--G----T--ATTTTTTCTGGCC
gi|17 : -AAA-------AA-ATAATA--------GAA-AAGAG------GATA------TTG-CCTTTTTTAGTAACCT----ACCC--TA----A-TT-----TCT---------------G-CCAAGTAACCGTAAACATGG--G--T-A--TTTTTTTCTGG
gi|18 : --------GAA-AAGAG------AAAAATTGCTT-G-CATACCT-----TCCT----ACTC--TA----TATT-----TTTTTG------------G-CCAAGTAACCCTAAACACAT--G--TAT--ATTTTTTCTGGCt
gi|19 : T-----G-TGTATAA---GGCCAGACAAAAA---A---A---CAA---CTGT-TTTAGGGTTACACGACCGACCCTAAAAT
gi|2 : catataacatgactt---GGCCAGACAAAAA---T---AATAT-----CTGTGTTTAAGATTACCTGACCAACCATAAAATCG--AGTCCTGA-C-C----AT---TTGTTGTTGTT----------TT------------TTTTA------AATAAATA--A-ATA--AAATT-----------AATTTCTGTA-GAACGAATCT---GCTTAAATTAATGGGTAA-AAAATAAAATAAAAATACATTGGTTTAGTTCCTTATTGATTTAC-------T--CTCA--TAATTAGTT-T-TTAATAGAACTGA-AAAACCAA-AAA---CAAGTGAA---AATCAA-TT--T--GCTTAA------AAAGTGTTT----TAT-TATTTTGA-CATTCTCATTTTCTCCATG--------GAATAAT-------AA-AT--TA--------G-A-AATAA------AAAC------T-G-CCTACCT-----ACCT----ACCCAACA----T-TT-----TTTT--------------A-TCAATAAACCCT-AACAACG--GTTT-T--ATTTTTTCTAGC
gi|20 : -TT-----TTTTTG------------G-TCAACTAACCCTAAACACAGACA--T-T--ATTTTTTCTTGCCT
gi|3 : aATGT-----A-TGTATGATTTGGCCAGACAAAAA---T---A---T-----CAGTGTTTAGGGTTACCGGACCAATTCCAACAAAG--AATCCAGACC-CC--AAC---ATTTT--TGTT----------CATTT---TGATT-TTTT---------TGTAAA--ATGTATGAAA-------------AA---CTGTG-ATCTTTATCT---GC-----CTAATGTTTCA-AG---AAAAT-----TATATTTGTATTGTTCTTTATTGATTGAC-------T--ATCA--TAATAAGTC-C-TTTATAGAACAG--------AA-AAA---C-AGACTA---AATCAA-TT--T--GCCTA---------------------TAGTAGTTT-----TTACTATTT------TCT----T--------A-------AA-AT--TA--------GAAGAAAAA------AAAA------T---------T-----GACT----ACCC--TA------TA-----TTCTGG------------G-TCAAGTTACCCTAAACACAGACG--T-----TTTTTTCAAGCC
gi|4 : catatacA---GGCCAGACAAAAAA--T---T---C-----CTGTGGTTAGGGTTACTCGACCGACCCTAATGTTA-----------------AAT---TAGTT--TG-------------TTTT---T--TTA---AA------AAGGTAAA--A-ATATCAAC-------------AA---TAGTGTAAAGGAATCT---AT-----TT--TATGTCA-AG---AAAAT-----TATTTTTGTATTGTTCTTTATTGGTTTCC-------TA---------------T-G-TTTAAAGAATAGA-A-----AA-GCA----AATTATANNNNNNNNN-NN--N--NNNNNN------NNNNNNNNN----NNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NA-GAA-AAA-------AA-AT--TA--------GAA-AAGAA------GAAA------T-----TGCCT-----ACCT----ACCC--TA----T-TT-----TTTTTGTTATTATTTTTTGCTCAAGTAACCCTAAACACAG--G--T-T--GTTTTTTTTGGCC
gi|5 : tAAAAA---TCAAA---C-----CTGTGTTTAGGGTTACCTGACCGACCCTTAAAAGG--ACTCGCGA-C------------TATT--TTAT----------TATTA---TGATTATTTT----------GTATA--A-GTATAAAA-------------AG---CTATG-AAAAGA---------------------GTCA-AA---AA--------TATATTTGT-----TCCATATTGATTAAC-------TA--TCA--TAATTAGTT-T-AA-ATAGAATAGA-A-----AA-A-----CAAGNNNN---NNNNNN-NN--N--NNNNNN------NNNNNNNNN----NNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA-GAA-AAA-------AA-AC--C-------------CAGAA------AAAT------T-G-CCTATCT-----ACCT----ATCC--TA----T-TT-----TT---------------------AGTAACCCTAAACACAG--A--TGT--GTGTTTTCT
gi|6 : catattacccccaatgattttattaacagataaaAGACAAAAAAA-T---A---C-----CTGTGTTTAAGGTTACCAGACCGGCCCTAAA-TT------------------------TTATT--TAAT----------TTTTT---T--T-------------AATGTTAA--A-GTTCGAAA-------------A----TTGCA-GAACGAATCTCATGC-----TTAATGT--CACAG-----------------TTTCTATTGTTCTTTTCTGATTTAT-------TA--TCA--TAATTAAATAT-TTTAAAGAACAGA-A-----AA-A-----CAAATNNN---NNNNNN-NN--N--NNNNNN------NNNNNNNNN----NNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNTGAG-AAA-------AACAT--TA--------GGA-AAGAA------AAAA------TTG-CCTACCT-----ACAT----ACCC--T-----T-TT-----TATT--------------G-TCGAGTAACCCTAAACACAG--GTAT-T--ATTTTTTCTGCCC
gi|7 : gtaTAATTTATAT-----ACTGTATTA---GGCCAGGAAAAAA---A---A---CAACAACTATGTTTG----CACCTAACTGACT-TAAAAATGTTAGTCCCAA-C-CCC-AAC---CT-------TT----------TTTTT---T--GCATCTTG------AA---AAACAA-AT-TGAAGCTTATTTTTTCTTAA----TACG-GAAC-----------------CAATGTGTCA-A-----AATT-----TATATTTGTAATGTTCTTTATTGATTTAC-------C--ATCA--TAGT--TTT-T-TTTGTAGAAAAGATA-----AACAAATNNNNNNNNNN---NNNNNN-NN--N--NNNNNN------NNNNNNNNN----NNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NA-GAA-AAA-------GA-AT--TA--------GAA-AAGAA------AAA
gi|8 : AAAAA---T---A---C-------ATGTTTACAGTTACCAGACTAACACTAAAATTA--AGT------------------TTTTT--TGTT----------TATTTATAT--ATATTTTT------TACATAA------T-----A-------------AA---CTGCA-GAACAAATCT---GC-----TTAATGGGTCA-AG---AAAAT-----TAGAACTGCATTGTTTTTTATTGACTTAC-------T--ATCA--TAATTAG-T-T-TTTATAGAACAGA-A-----AA-AAA---CAAGTTT-----GTTGA-GCAGT--CCTTGA------AAAGAATTT----TTA-AGGTTTTTACAAT-CTGACCTGATGATTT----CA-TAA-AAG-------AA-AT--
gi|9 : aacaA------AATGTTAA--A-CTATGACA-------------AA---CTGCG-GAACAAATAT---GC-----TTAATGTGTCA-AGA--AAAAT-----TGTATTTGTATCGTTTTGTATTGATTCAA-------T--ATCA--TAATCATTT-T-TATATGGAACAG--------AA-AAG---CAAGTTAA---AATCAA-GT--T--TCTTA--------------------TAA-TAG---GT-CATTAGTACAGCATTAAAAT----TA-GAA-AAA-------AA-AA--TA--------GAA-AATAA------AAAAT-----T-G-CTGGCTT-----TTCT----ACC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TGAATGTTTTGTTTATAACCTGTTTATCTATGTTTAGTACTTAAAATTATCTCAACATCGTATGATTCTATATGTATTGTACTTATAAATGAACACACAGCTATTATGATAAATTTTCAATTGCCACACTAACTCTCAAAATAATTGACAAATGAATGTATAAATAAGGCAATTTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222 22222222222222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222222222 44444444444 11111 111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111 11111111 1111111111 111111 3333333333333333 22222222222
lowQualScore : 8888888 7 1 777 0 99999999999999999 1 3 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 44 3 88 2222222222222 555 3 8888888888 0 3 999 88888 00000000000 44 0 5 3 3 3 88888 3 44444 11 222 3 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 0000000 3 44 22222222 3 999999 8888888888 0 99999 7777 55 000000 99999 3333333333333333 33333333333
lowQualScore : ....... . . ... . ................. . . . ........................................................................ . .. . .. ............. ... . .......... . . ... ..... ........... .. . . . . . ..... . ..... .. ... . ........................................................... . ....... . .. ........ . ...... .......... . ..... .... .. ...... ..... ................ ...........
lowQualScore : 5555555 3 0 888 5 77777777777777777 5 3 5 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 66 3 22 9999999999999 888 3 3333333333 2 3 222 33333 22222222222 66 8 9 3 3 3 33333 3 88888 22 555 6 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 8888888 3 66 11111111 3 666666 7777777777 5 11111 7777 55 666666 11111 6666666666666666 55555555555
consensus : NNTAATTTATGT-----A-TGTATNA---GGCCAGACAAAAA---T---A---C-----CTGTGTTTAGGGTTACCCGACCGACCCTAAAATTG--AGTCCCGA-C-CC--AAC---TTGTT--TGTT----------TTTTT---T--TTATTTTA------AATGTAAA--A-GTACGAAA-------------AA---CTGCG-GAACGAATCT---GC-----TTAATGTGTCA-AG---AAAAT-----TATATTTGTATTGTTCTTTATTGATTTAC-------TA-ATCA--TAATTAGTT-TTTT-ATAGAACAGA-A-----AA-AAA---CAAGTNTA---AATCAA-TTTGCTTAA------AAAGAATTT----TNGTAGTTTNT-CATTACTANTTTNTTNATNT----CA-GAA-AAA-------AA-AT--TA--------GAA-AAGAA------AAAA------T-G-CCTACCT-----ACCT----ACCC--TA----T-TT-----TTTTCG------------G-TCAAGTAACCCTAAACACAG--G--T-T--ATTTTTTCTGGCCT
Reference ( family-484 ) : NNTAATTTATGT-----A-TGTATNA---GGCCAGACAAAAA---T---A---C-----CTGTGTTTAGGGTTACCCGACCGACCCTAAAATTG--AGTCCCGA-C-CC--AAC---TTGTT--TGTT----------TTTTT---T--TTATTTTA------AATGTAAA--A-GTACGAAA-------------AA---CTGCG-GAACGAATCT---GC-----TTAATGTGTCA-AG---AAAAT-----TATATTTGTATTGTTCTTTATTGATTTAC-------TA-ATCA--TAATTAGTT-TTTT-ATAGAACAGA-A-----AA-AAA---CAAGTNTA---AATCAA-TTTGCTTAA------AAAGAATTT----TNATAGTTTNT-CATTACTANTTTNTTNATNT----TA-GAA-AAA-------AA-AT--TA--------GAA-AAGAA------AAAA------T-G-CCTACCT-----ACCT----ACCC--TA----T-TT-----TTTTCG------------G-TCAAGTAACCCTAAACACAG--G--T-T--ATTTTTTCTGGCCT
gi|1 : TACTTTATGT-----G-TACATAA---GGCCAGA-AAAAA---T---A---C-----CTGTGTTCAGGGTTACCCGACCGACCCTAAAATTG--AATCCCGA-CTCC--AATGGGTTGTT--TGTT----------TTTTT---T--TCATTTTAGAAAAAAATGCAAA--A-GTACGAAA-------------AA---CTGTG-GAACGAATCT---GC-----TTAATGCG--A-AG---AAAAC-----TATATTTGTATGGTTCTTTATTGATTTATAGTTAGTTACGTTA--TAGTAATTT-TTTT-ATAAAACAGA-A-----AA-AAA---CAAGNNNN---NNNNNN-NNNNNNNNN------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NA-GAA-AAG-------AA-AT--TA--------GGA-AAGAA------AAAA------T-G-CCTCTTT-----ACCT----ACCC--TA----T-TG-----CTTTCG------------G-TCAGGTAATCCTAAACACAG--G----T--ATTTTTTCTGGCCT
gi|10 : cgTCT---GC-----TTAATATGTCA-AG---GAATT-----TATATTTGTATTGTT-------------------------TCA--TTATTAGTT-TTTTTATAGAACAGA-A-----AA-A-----CAAGTTTA---AATCAATTTTGCT
gi|10 : gtattnnnnnnnnnnatgctttggatt-TCTGCTTAATATGTCAAGGAATTTATATTTGTATTGTTT-CATTATTAGTTTTTTTATAGAA--CA-GAA-AAACAAGTTTAA-AT--CAATTTTGCTGAT-AACAGTTCATTAATA------T-GACCTACCT-----ACCT----TCCT--TAGCTCT-TT-----GTTTCG--------------TTAAATAACCCTAAACACAG--G--T-TTGTTTTTTTCTGGCCTgataacagttcattaatatgacctacctaccttccttagctctttgtttcgttaaataaccctaaacacaggtttgtttttttctggcctcac
gi|11 : gtattnnnnnnnnnnatgctttggattTAATCTATGTTAACAA-TGT--TA---GGCCAGACAAAAAAAAT---A---T-----ATAT-TTTAGAGTTAC----CCGAC-----------------CGA-C-CCTTAAA---TTG-----GTC----------CC-----------A----A------AATGTAAA--A-GTATGGAA-------------AA---CTGCA-AAATGAATCT---GC-----TTAATGTGTCA-AG---AAAAC-----TTTATGTGTATTGTTCTTTATTGATTTAA-------T--ATCA--AAATTA-TT-TTTT-ATAGATCAGA-A-----AA-Acac
gi|12 : ---GACCAGAAAAAAA---A---A---A-----TTGTGTTTAAGGTTA----------CCTAATATT---AGTCTTGA-C-CCA-AAC---AGGTT--T-TTACTATCTCAATTTTT---T--TTA--TTA------AAT---------GTGCAAAA-------------GA---CTGCC-GTACGAATCT---G-------TA-------A-AA---ACGAT-----TATA-TTGTATCA-----TATTGACTTACTTA----TA-ATCATCTAATAATTT-TTTC-GTGAAATAGA-A-----AA-A
gi|13 : TCATGTTA---A-TAT-TAA---GGCCAGATAAAAA-----------C-----CTGTGTTTGGTGTTACCCGACCGACTCTAAATGTG--AGTTCCCATC-CT--AAC----AGTT--TGGT----------TTTta
gi|15 : tacatgctaCAGACAAAAAG--T---A---C-----CAGT--TTAGTGTTACCC----GACC----AA--------CCCA-----C--AAA---TTG-------------------------------AATTTA------AATGTAAA--A-GTATGAAA-------------AA---CTGCG-GAACGAATCT---GT-----TCAATGgtaactgagtataaacaaacgatatgcatactactgtatttaatcaatgtaccatctatgtcaacatttggtgttgttc
gi|16 : -AAA-------GA-AT--TA--------GAA-AAGAA------AAAT------TTG-CCTACCT-----ACCTGTGAACCC--TG----T-TTCTTCTTTTTTT------------G-TCAAGAAACCCTAAACACAG--G----T--ATTTTTTCTGGCC
gi|17 : -AAA-------AA-ATAATA--------GAA-AAGAG------GATA------TTG-CCTTTTTTAGTAACCT----ACCC--TA----A-TT-----TCT---------------G-CCAAGTAACCGTAAACATGG--G--T-A--TTTTTTTCTGG
gi|18 : --------GAA-AAGAG------AAAAATTGCTT-G-CATACCT-----TCCT----ACTC--TA----TATT-----TTTTTG------------G-CCAAGTAACCCTAAACACAT--G--TAT--ATTTTTTCTGGCt
gi|19 : T-----G-TGTATAA---GGCCAGACAAAAA---A---A---CAA---CTGT-TTTAGGGTTACACGACCGACCCTAAAAT
gi|2 : catataacatgactt---GGCCAGACAAAAA---T---AATAT-----CTGTGTTTAAGATTACCTGACCAACCATAAAATCG--AGTCCTGA-C-C----AT---TTGTTGTTGTT----------TT------------TTTTA------AATAAATA--A-ATA--AAATT-----------AATTTCTGTA-GAACGAATCT---GCTTAAATTAATGGGTAA-AAAATAAAATAAAAATACATTGGTTTAGTTCCTTATTGATTTAC-------T--CTCA--TAATTAGTT-TTTA-ATAGAACTGA-AAAACCAA-AAA---CAAGTGAA---AATCAA-TTTGCTTAA------AAAGTGTTT----TATTATTTTGA-CATTCTCATTTTCTCCATG--------GAATAAT-------AA-AT--TA--------G-A-AATAA------AAAC------T-G-CCTACCT-----ACCT----ACCCAACA----T-TT-----TTTT--------------A-TCAATAAACCCT-AACAACG--GTTT-T--ATTTTTTCTAGC
gi|20 : -TT-----TTTTTG------------G-TCAACTAACCCTAAACACAGACA--T-T--ATTTTTTCTTGCCT
gi|3 : aATGT-----A-TGTATGATTTGGCCAGACAAAAA---T---A---T-----CAGTGTTTAGGGTTACCGGACCAATTCCAACAAAG--AATCCAGACC-CC--AAC---ATTTT--TGTT----------CATTT---TGATT-TTTT---------TGTAAA--ATGTATGAAA-------------AA---CTGTG-ATCTTTATCT---GC-----CTAATGTTTCA-AG---AAAAT-----TATATTTGTATTGTTCTTTATTGATTGAC-------T--ATCA--TAATAAGTC-CTTT-ATAGAACAG--------AA-AAA---C-AGACTA---AATCAA-TTTGCCTA--------------------TAGTAGTTT-----TTACTATTTTCTT------------------A-------AA-AT--TA--------GAAGAAAAA------AAAA------T---------T-----GACT----ACCC--TA------TA-----TTCTGG------------G-TCAAGTTACCCTAAACACAGACG--T-----TTTTTTCAAGCC
gi|4 : catatacA---GGCCAGACAAAAAA--T---T---C-----CTGTGGTTAGGGTTACTCGACCGACCCTAATGTTA-----------------AAT---TAGTT--TG-------------TTTT---T--TTA---AA------AAGGTAAA--A-ATATCAAC-------------AA---TAGTGTAAAGGAATCT---AT-----TT--TATGTCA-AG---AAAAT-----TATTTTTGTATTGTTCTTTATTGGTTTCC-------TA---------------T-GTTT-AAAGAATAGA-A-----AA-GCA----AATTATANNNNNNNNN-NNNNNNNNN------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NA-GAA-AAA-------AA-AT--TA--------GAA-AAGAA------GAAA------T-----TGCCT-----ACCT----ACCC--TA----T-TT-----TTTTTGTTATTATTTTTTGCTCAAGTAACCCTAAACACAG--G--T-T--GTTTTTTTTGGCC
gi|5 : tAAAAA---TCAAA---C-----CTGTGTTTAGGGTTACCTGACCGACCCTTAAAAGG--ACTCGCGA-C------------TATT--TTAT----------TATTA---TGATTATTTT----------GTATA--A-GTATAAAA-------------AG---CTATG-AAAAGA---------------------GTCA-AA---AA--------TATATTTGT-----TCCATATTGATTAAC-------TA--TCA--TAATTAGTT-TAA--ATAGAATAGA-A-----AA-A-----CAAGNNNN---NNNNNN-NNNNNNNNN------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA-GAA-AAA-------AA-AC--C-------------CAGAA------AAAT------T-G-CCTATCT-----ACCT----ATCC--TA----T-TT-----TT---------------------AGTAACCCTAAACACAG--A--TGT--GTGTTTTCT
gi|6 : catattacccccaatgattttattaacagataaaAGACAAAAAAA-T---A---C-----CTGTGTTTAAGGTTACCAGACCGGCCCTAAA-TT------------------------TTATT--TAAT----------TTTTT---T--T-------------AATGTTAA--A-GTTCGAAA-------------A----TTGCA-GAACGAATCTCATGC-----TTAATGT--CACAG-----------------TTTCTATTGTTCTTTTCTGATTTAT-------TA--TCA--TAATTAAATATTTT-AAAGAACAGA-A-----AA-A-----CAAATNNN---NNNNNN-NNNNNNNNN------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNTGAG-AAA-------AACAT--TA--------GGA-AAGAA------AAAA------TTG-CCTACCT-----ACAT----ACCC--T-----T-TT-----TATT--------------G-TCGAGTAACCCTAAACACAG--GTAT-T--ATTTTTTCTGCCC
gi|7 : gtaTAATTTATAT-----ACTGTATTA---GGCCAGGAAAAAA---A---A---CAACAACTATGTTTG----CACCTAACTGACT-TAAAAATGTTAGTCCCAA-C-CCC-AAC---CT-------TT----------TTTTT---T--GCATCTTG------AA---AAACAA-AT-TGAAGCTTATTTTTTCTTAA----TACG-GAAC-----------------CAATGTGTCA-A-----AATT-----TATATTTGTAATGTTCTTTATTGATTTAC-------C--ATCA--TAGTT--TT-TTTT-GTAGAAAAGATA-----AACAAATNNNNNNNNNN---NNNNNN-NNNNNNNNN------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NA-GAA-AAA-------GA-AT--TA--------GAA-AAGAA------AAA
gi|8 : AAAAA---T---A---C-------ATGTTTACAGTTACCAGACTAACACTAAAATTA--AGT------------------TTTTT--TGTT----------TATTTATAT--ATATTTTT------TACATAA------T-----A-------------AA---CTGCA-GAACAAATCT---GC-----TTAATGGGTCA-AG---AAAAT-----TAGAACTGCATTGTTTTTTATTGACTTAC-------T--ATCA--TAATTAG-T-TTTT-ATAGAACAGA-A-----AA-AAA---CAAGTTTGTT-GAGCAG-TC--CTTGA------AAAGAATTT----TTAAGGTTTTTACAAT-CTGACCTGATGATTT----CA-TAA-AAG-------AA-AT--
gi|9 : aacaA------AATGTTAA--A-CTATGACA-------------AA---CTGCG-GAACAAATAT---GC-----TTAATGTGTCA-AGA--AAAAT-----TGTATTTGTATCGTTTTGTATTGATTCAA-------T--ATCA--TAATCATTT-TTAT-ATGGAACAG--------AA-AAG---CAAGTTAA---AATCAA-GTTTCTTA--------------------TAATAG---GT-CATTAGTACAGCATTAAAAT----TA-GAA-AAA-------AA-AA--TA--------GAA-AATAA------AAAAT-----T-G-CTGGCTT-----TTCT----ACC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TGAATGTTTTGTTTATAACCTGTTTATCTATGTTTAGTACTTAAAATTATCTCAACATCGTATGATTCTATATGTATTGTACTTATAAATGAACACACAGCTATTATGATAAATTTTCAATTGCCACACTAACTCTCAAAATAATTGACAAATGAATGTATAAATAAGGCAATTTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222 22222222222222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222222222 44444444444 11111 111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111 11111111 1111111111 111111 3333333333333333 22222222222
lowQualScore : 8888888 7 1 777 0 99999999999999999 1 3 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 44 3 88 2222222222222 555 3 8888888888 0 3 999 88888 00000000000 44 0 5 3 3 3 88888 3 44444 11 222 3 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 0000000 3 44 22222222 3 999999 8888888888 0 99999 7777 55 000000 99999 3333333333333333 33333333333
lowQualScore : ....... . . ... . ................. . . . ........................................................................ . .. . .. ............. ... . .......... . . ... ..... ........... .. . . . . . ..... . ..... .. ... . ............................................................. . ....... . .. ........ . ...... .......... . ..... .... .. ...... ..... ................ ...........
lowQualScore : 5555555 3 0 888 5 77777777777777777 5 3 5 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 66 3 22 9999999999999 888 3 3333333333 2 3 222 33333 22222222222 66 8 9 3 3 3 33333 3 88888 22 555 6 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 8888888 3 66 11111111 3 666666 7777777777 5 11111 7777 55 666666 11111 6666666666666666 55555555555
consensus : NNTAATTTATGT-----A-TGTATNA---GGCCAGACAAAAA---T---A---C-----CTGTGTTTAGGGTTACCCGACCGACCCTAAAATTG--AGTCCCGA-C-CC--AAC---TTGTT--TGTT----------TTTTT---T--TTATTTTA------AATGTAAA--A-GTACGAAA-------------AA---CTGCG-GAACGAATCT---GC-----TTAATGTGTCA-AG---AAAAT-----TATATTTGTATTGTTCTTTATTGATTTAC-------TA-ATCA--TAATTAGTT-TTTT-ATAGAACAGA-A-----AA-AAA---CAAGTNTA---AATCAA-TTTGCTTAA------AAAGAATTT----TNGTAGTTTNT-CATTACTANTTTNTTNATNT--C----A-GAA-AAA-------AA-AT--TA--------GAA-AAGAA------AAAA------T-G-CCTACCT-----ACCT----ACCC--TA----T-TT-----TTTTCG------------G-TCAAGTAACCCTAAACACAG--G--T-T--ATTTTTTCTGGCCT
Reference ( family-484 ) : NNTAATTTATGT-----A-TGTATNA---GGCCAGACAAAAA---T---A---C-----CTGTGTTTAGGGTTACCCGACCGACCCTAAAATTG--AGTCCCGA-C-CC--AAC---TTGTT--TGTT----------TTTTT---T--TTATTTTA------AATGTAAA--A-GTACGAAA-------------AA---CTGCG-GAACGAATCT---GC-----TTAATGTGTCA-AG---AAAAT-----TATATTTGTATTGTTCTTTATTGATTTAC-------TA-ATCA--TAATTAGTT-TTTT-ATAGAACAGA-A-----AA-AAA---CAAGTNTA---AATCAA-TTTGCTTAA------AAAGAATTT----TNGTAGTTTNT-CATTACTANTTTNTTNATNT--C----A-GAA-AAA-------AA-AT--TA--------GAA-AAGAA------AAAA------T-G-CCTACCT-----ACCT----ACCC--TA----T-TT-----TTTTCG------------G-TCAAGTAACCCTAAACACAG--G--T-T--ATTTTTTCTGGCCT
gi|1 : TACTTTATGT-----G-TACATAA---GGCCAGA-AAAAA---T---A---C-----CTGTGTTCAGGGTTACCCGACCGACCCTAAAATTG--AATCCCGA-CTCC--AATGGGTTGTT--TGTT----------TTTTT---T--TCATTTTAGAAAAAAATGCAAA--A-GTACGAAA-------------AA---CTGTG-GAACGAATCT---GC-----TTAATGCG--A-AG---AAAAC-----TATATTTGTATGGTTCTTTATTGATTTATAGTTAGTTACGTTA--TAGTAATTT-TTTT-ATAAAACAGA-A-----AA-AAA---CAAGNNNN---NNNNNN-NNNNNNNNN------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N----A-GAA-AAG-------AA-AT--TA--------GGA-AAGAA------AAAA------T-G-CCTCTTT-----ACCT----ACCC--TA----T-TG-----CTTTCG------------G-TCAGGTAATCCTAAACACAG--G----T--ATTTTTTCTGGCCT
gi|10 : cgTCT---GC-----TTAATATGTCA-AG---GAATT-----TATATTTGTATTGTT-------------------------TCA--TTATTAGTT-TTTTTATAGAACAGA-A-----AA-A-----CAAGTTTA---AATCAATTTTGCT
gi|10 : gtattnnnnnnnnnnatgctttggatt-TCTGCTTAATATGTCAAGGAATTTATATTTGTATTGTTT-CATTATTAGTTTTTTTATAGAAC----A-GAA-AAACAAGTTTAA-AT--CAATTTTGCTGAT-AACAGTTCATTAATA------T-GACCTACCT-----ACCT----TCCT--TAGCTCT-TT-----GTTTCG--------------TTAAATAACCCTAAACACAG--G--T-TTGTTTTTTTCTGGCCTgataacagttcattaatatgacctacctaccttccttagctctttgtttcgttaaataaccctaaacacaggtttgtttttttctggcctcac
gi|11 : gtattnnnnnnnnnnatgctttggattTAATCTATGTTAACAA-TGT--TA---GGCCAGACAAAAAAAAT---A---T-----ATAT-TTTAGAGTTAC----CCGAC-----------------CGA-C-CCTTAAA---TTG-----GTC----------CC-----------A----A------AATGTAAA--A-GTATGGAA-------------AA---CTGCA-AAATGAATCT---GC-----TTAATGTGTCA-AG---AAAAC-----TTTATGTGTATTGTTCTTTATTGATTTAA-------T--ATCA--AAATTA-TT-TTTT-ATAGATCAGA-A-----AA-Acac
gi|12 : ---GACCAGAAAAAAA---A---A---A-----TTGTGTTTAAGGTTA----------CCTAATATT---AGTCTTGA-C-CCA-AAC---AGGTT--T-TTACTATCTCAATTTTT---T--TTA--TTA------AAT---------GTGCAAAA-------------GA---CTGCC-GTACGAATCT---G-------TA-------A-AA---ACGAT-----TATA-TTGTATCA-----TATTGACTTACTTA----TA-ATCATCTAATAATTT-TTTC-GTGAAATAGA-A-----AA-A
gi|13 : TCATGTTA---A-TAT-TAA---GGCCAGATAAAAA-----------C-----CTGTGTTTGGTGTTACCCGACCGACTCTAAATGTG--AGTTCCCATC-CT--AAC----AGTT--TGGT----------TTTta
gi|15 : tacatgctaCAGACAAAAAG--T---A---C-----CAGT--TTAGTGTTACCC----GACC----AA--------CCCA-----C--AAA---TTG-------------------------------AATTTA------AATGTAAA--A-GTATGAAA-------------AA---CTGCG-GAACGAATCT---GT-----TCAATGgtaactgagtataaacaaacgatatgcatactactgtatttaatcaatgtaccatctatgtcaacatttggtgttgttc
gi|16 : -AAA-------GA-AT--TA--------GAA-AAGAA------AAAT------TTG-CCTACCT-----ACCTGTGAACCC--TG----T-TTCTTCTTTTTTT------------G-TCAAGAAACCCTAAACACAG--G----T--ATTTTTTCTGGCC
gi|17 : -AAA-------AA-ATAATA--------GAA-AAGAG------GATA------TTG-CCTTTTTTAGTAACCT----ACCC--TA----A-TT-----TCT---------------G-CCAAGTAACCGTAAACATGG--G--T-A--TTTTTTTCTGG
gi|18 : --------GAA-AAGAG------AAAAATTGCTT-G-CATACCT-----TCCT----ACTC--TA----TATT-----TTTTTG------------G-CCAAGTAACCCTAAACACAT--G--TAT--ATTTTTTCTGGCt
gi|19 : T-----G-TGTATAA---GGCCAGACAAAAA---A---A---CAA---CTGT-TTTAGGGTTACACGACCGACCCTAAAAT
gi|2 : catataacatgactt---GGCCAGACAAAAA---T---AATAT-----CTGTGTTTAAGATTACCTGACCAACCATAAAATCG--AGTCCTGA-C-C----AT---TTGTTGTTGTT----------TT------------TTTTA------AATAAATA--A-ATA--AAATT-----------AATTTCTGTA-GAACGAATCT---GCTTAAATTAATGGGTAA-AAAATAAAATAAAAATACATTGGTTTAGTTCCTTATTGATTTAC-------T--CTCA--TAATTAGTT-TTTA-ATAGAACTGA-AAAACCAA-AAA---CAAGTGAA---AATCAA-TTTGCTTAA------AAAGTGTTT----TATTATTTTGA-CATTCTCATTTTCTCCATG----------GAATAAT-------AA-AT--TA--------G-A-AATAA------AAAC------T-G-CCTACCT-----ACCT----ACCCAACA----T-TT-----TTTT--------------A-TCAATAAACCCT-AACAACG--GTTT-T--ATTTTTTCTAGC
gi|20 : -TT-----TTTTTG------------G-TCAACTAACCCTAAACACAGACA--T-T--ATTTTTTCTTGCCT
gi|3 : aATGT-----A-TGTATGATTTGGCCAGACAAAAA---T---A---T-----CAGTGTTTAGGGTTACCGGACCAATTCCAACAAAG--AATCCAGACC-CC--AAC---ATTTT--TGTT----------CATTT---TGATT-TTTT---------TGTAAA--ATGTATGAAA-------------AA---CTGTG-ATCTTTATCT---GC-----CTAATGTTTCA-AG---AAAAT-----TATATTTGTATTGTTCTTTATTGATTGAC-------T--ATCA--TAATAAGTC-CTTT-ATAGAACAG--------AA-AAA---C-AGACTA---AATCAA-TTTGCCTA--------------------TAGTAGTTT-----TTACTATTTTCTT--------------------A-------AA-AT--TA--------GAAGAAAAA------AAAA------T---------T-----GACT----ACCC--TA------TA-----TTCTGG------------G-TCAAGTTACCCTAAACACAGACG--T-----TTTTTTCAAGCC
gi|4 : catatacA---GGCCAGACAAAAAA--T---T---C-----CTGTGGTTAGGGTTACTCGACCGACCCTAATGTTA-----------------AAT---TAGTT--TG-------------TTTT---T--TTA---AA------AAGGTAAA--A-ATATCAAC-------------AA---TAGTGTAAAGGAATCT---AT-----TT--TATGTCA-AG---AAAAT-----TATTTTTGTATTGTTCTTTATTGGTTTCC-------TA---------------T-GTTT-AAAGAATAGA-A-----AA-GCA----AATTATANNNNNNNNN-NNNNNNNNN------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N----A-GAA-AAA-------AA-AT--TA--------GAA-AAGAA------GAAA------T-----TGCCT-----ACCT----ACCC--TA----T-TT-----TTTTTGTTATTATTTTTTGCTCAAGTAACCCTAAACACAG--G--T-T--GTTTTTTTTGGCC
gi|5 : tAAAAA---TCAAA---C-----CTGTGTTTAGGGTTACCTGACCGACCCTTAAAAGG--ACTCGCGA-C------------TATT--TTAT----------TATTA---TGATTATTTT----------GTATA--A-GTATAAAA-------------AG---CTATG-AAAAGA---------------------GTCA-AA---AA--------TATATTTGT-----TCCATATTGATTAAC-------TA--TCA--TAATTAGTT-TAA--ATAGAATAGA-A-----AA-A-----CAAGNNNN---NNNNNN-NNNNNNNNN------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNATA-GAA-AAA-------AA-AC--C-------------CAGAA------AAAT------T-G-CCTATCT-----ACCT----ATCC--TA----T-TT-----TT---------------------AGTAACCCTAAACACAG--A--TGT--GTGTTTTCT
gi|6 : catattacccccaatgattttattaacagataaaAGACAAAAAAA-T---A---C-----CTGTGTTTAAGGTTACCAGACCGGCCCTAAA-TT------------------------TTATT--TAAT----------TTTTT---T--T-------------AATGTTAA--A-GTTCGAAA-------------A----TTGCA-GAACGAATCTCATGC-----TTAATGT--CACAG-----------------TTTCTATTGTTCTTTTCTGATTTAT-------TA--TCA--TAATTAAATATTTT-AAAGAACAGA-A-----AA-A-----CAAATNNN---NNNNNN-NNNNNNNNN------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N----NTGAG-AAA-------AACAT--TA--------GGA-AAGAA------AAAA------TTG-CCTACCT-----ACAT----ACCC--T-----T-TT-----TATT--------------G-TCGAGTAACCCTAAACACAG--GTAT-T--ATTTTTTCTGCCC
gi|7 : gtaTAATTTATAT-----ACTGTATTA---GGCCAGGAAAAAA---A---A---CAACAACTATGTTTG----CACCTAACTGACT-TAAAAATGTTAGTCCCAA-C-CCC-AAC---CT-------TT----------TTTTT---T--GCATCTTG------AA---AAACAA-AT-TGAAGCTTATTTTTTCTTAA----TACG-GAAC-----------------CAATGTGTCA-A-----AATT-----TATATTTGTAATGTTCTTTATTGATTTAC-------C--ATCA--TAGTT--TT-TTTT-GTAGAAAAGATA-----AACAAATNNNNNNNNNN---NNNNNN-NNNNNNNNN------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N----A-GAA-AAA-------GA-AT--TA--------GAA-AAGAA------AAA
gi|8 : AAAAA---T---A---C-------ATGTTTACAGTTACCAGACTAACACTAAAATTA--AGT------------------TTTTT--TGTT----------TATTTATAT--ATATTTTT------TACATAA------T-----A-------------AA---CTGCA-GAACAAATCT---GC-----TTAATGGGTCA-AG---AAAAT-----TAGAACTGCATTGTTTTTTATTGACTTAC-------T--ATCA--TAATTAG-T-TTTT-ATAGAACAGA-A-----AA-AAA---CAAGTTTGTT-GAGCAG-TC--CTTGA------AAAGAATTT----TTAAGGTTTTTACAAT-CTGACCTGATGATTT--C----A-TAA-AAG-------AA-AT--
gi|9 : aacaA------AATGTTAA--A-CTATGACA-------------AA---CTGCG-GAACAAATAT---GC-----TTAATGTGTCA-AGA--AAAAT-----TGTATTTGTATCGTTTTGTATTGATTCAA-------T--ATCA--TAATCATTT-TTAT-ATGGAACAG--------AA-AAG---CAAGTTAA---AATCAA-GTTTCTTA--------------------TAATAG---GT-CATTAGTACAGCATTAAAAT--T----A-GAA-AAA-------AA-AA--TA--------GAA-AATAA------AAAAT-----T-G-CTGGCTT-----TTCT----ACC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TGAATGTTTTGTTTATAACCTGTTTATCTATGTTTAGTACTTAAAATTATCTCAACATCGTATGATTCTATATGTATTGTACTTATAAATGAACACACAGCTATTATGATAAATTTTCAATTGCCACACTAACTCTCAAAATAATTGACAAATGAATGTATAAATAAGGCAATTTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222 22222222222222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222222222 44444444444 11111 111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111 11111111 1111111111 111111 3333333333333333 22222222222
lowQualScore : 8888888 7 1 777 0 99999999999999999 1 3 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 44 3 88 2222222222222 555 3 8888888888 0 3 999 88888 00000000000 44 0 5 3 3 3 88888 3 44444 11 222 3 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 0000000 3 44 22222222 3 999999 8888888888 0 99999 7777 55 000000 99999 3333333333333333 33333333333
lowQualScore : ....... . . ... . ................. . . . ........................................................................ . .. . .. ............. ... . .......... . . ... ..... ........... .. . . . . . ..... . ..... .. ... . ............................................................. . ....... . .. ........ . ...... .......... . ..... .... .. ...... ..... ................ ...........
lowQualScore : 5555555 3 0 888 5 77777777777777777 5 3 5 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 66 3 22 9999999999999 888 3 3333333333 2 3 222 33333 22222222222 66 8 9 3 3 3 33333 3 88888 22 555 6 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 8888888 3 66 11111111 3 666666 7777777777 5 11111 7777 55 666666 11111 6666666666666666 55555555555
consensus : NNTAATTTATGT-----A-TGTATNA---GGCCAGACAAAAA---T---A---C-----CTGTGTTTAGGGTTACCCGACCGACCCTAAAATTG--AGTCCCGA-C-CC--AAC---TTGTT--TGTT----------TTTTT---T--TTATTTTA------AATGTAAA--A-GTACGAAA-------------AA---CTGCG-GAACGAATCT---GC-----TTAATGTGTCA-AG---AAAAT-----TATATTTGTATTGTTCTTTATTGATTTAC-------TA-ATCA--TAATTAGTT-TTTT-ATAGAACAGA-A-----AA-AAA---CAAGTNTA---AATCAA-TTTGCTTAA------AAAGAATTT----TNGTAGTTTNT-CATTACTANTTTNTTNATNT--C----A-GAA-AAA-------AA-AT--TA--------GAA-AAGAA------AAAA------T-G-CCTACCT-----ACCT----ACCC--TA----T-TT-----TTTTCG------------G-TCAAGTAACCCTAAACACAG--G--T-T--ATTTTTTCTGGCCT
Reference ( family-484 ) : NNTAATTTATGT-----A-TGTATNA---GGCCAGACAAAAA---T---A---C-----CTGTGTTTAGGGTTACCCGACCGACCCTAAAATTG--AGTCCCGA-C-CC--AAC---TTGTT--TGTT----------TTTTT---T--TTATTTTA------AATGTAAA--A-GTACGAAA-------------AA---CTGCG-GAACGAATCT---GC-----TTAATGTGTCA-AG---AAAAT-----TATATTTGTATTGTTCTTTATTGATTTAC-------TA-ATCA--TAATTAGTT-TTTT-ATAGAACAGA-A-----AA-AAA---CAAGTNTA---AATCAA-TTTGCTTAA------AAAGAATTT----TNGTAGTTTNT-CATTACTANTTTNTTNATNT--C----A-GAA-AAA-------AA-AT--TA--------GAA-AAGAA------AAAA------T-G-CCTACCT-----ACCT----ACCC--TA----T-TT-----TTTTCG------------G-TCAAGTAACCCTAAACACAG--G--T-T--ATTTTTTCTGGCCT
gi|1 : TACTTTATGT-----G-TACATAA---GGCCAGA-AAAAA---T---A---C-----CTGTGTTCAGGGTTACCCGACCGACCCTAAAATTG--AATCCCGA-CTCC--AATGGGTTGTT--TGTT----------TTTTT---T--TCATTTTAGAAAAAAATGCAAA--A-GTACGAAA-------------AA---CTGTG-GAACGAATCT---GC-----TTAATGCG--A-AG---AAAAC-----TATATTTGTATGGTTCTTTATTGATTTATAGTTAGTTACGTTA--TAGTAATTT-TTTT-ATAAAACAGA-A-----AA-AAA---CAAGNNNN---NNNNNN-NNNNNNNNN------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N----A-GAA-AAG-------AA-AT--TA--------GGA-AAGAA------AAAA------T-G-CCTCTTT-----ACCT----ACCC--TA----T-TG-----CTTTCG------------G-TCAGGTAATCCTAAACACAG--G----T--ATTTTTTCTGGCCT
gi|10 : cgTCT---GC-----TTAATATGTCA-AG---GAATT-----TATATTTGTATTGTT-------------------------TCA--TTATTAGTT-TTTTTATAGAACAGA-A-----AA-A-----CAAGTTTA---AATCAATTTTGCT
gi|10 : gtattnnnnnnnnnnatgctttggatt-TCTGCTTAATATGTCAAGGAATTTATATTTGTATTGTTT-CATTATTAGTTTTTTTATAGAAC----A-GAA-AAACAAGTTTAA-AT--CAATTTTGCTGAT-AACAGTTCATTAATA------T-GACCTACCT-----ACCT----TCCT--TAGCTCT-TT-----GTTTCG--------------TTAAATAACCCTAAACACAG--G--T-TTGTTTTTTTCTGGCCTgataacagttcattaatatgacctacctaccttccttagctctttgtttcgttaaataaccctaaacacaggtttgtttttttctggcctcac
gi|11 : gtattnnnnnnnnnnatgctttggattTAATCTATGTTAACAA-TGT--TA---GGCCAGACAAAAAAAAT---A---T-----ATAT-TTTAGAGTTAC----CCGAC-----------------CGA-C-CCTTAAA---TTG-----GTC----------CC-----------A----A------AATGTAAA--A-GTATGGAA-------------AA---CTGCA-AAATGAATCT---GC-----TTAATGTGTCA-AG---AAAAC-----TTTATGTGTATTGTTCTTTATTGATTTAA-------T--ATCA--AAATTA-TT-TTTT-ATAGATCAGA-A-----AA-Acac
gi|12 : ---GACCAGAAAAAAA---A---A---A-----TTGTGTTTAAGGTTA----------CCTAATATT---AGTCTTGA-C-CCA-AAC---AGGTT--T-TTACTATCTCAATTTTT---T--TTA--TTA------AAT---------GTGCAAAA-------------GA---CTGCC-GTACGAATCT---G-------TA-------A-AA---ACGAT-----TATA-TTGTATCA-----TATTGACTTACTTA----TA-ATCATCTAATAATTT-TTTC-GTGAAATAGA-A-----AA-A
gi|13 : TCATGTTA---A-TAT-TAA---GGCCAGATAAAAA-----------C-----CTGTGTTTGGTGTTACCCGACCGACTCTAAATGTG--AGTTCCCATC-CT--AAC----AGTT--TGGT----------TTTta
gi|15 : tacatgctaCAGACAAAAAG--T---A---C-----CAGT--TTAGTGTTACCC----GACC----AA--------CCCA-----C--AAA---TTG-------------------------------AATTTA------AATGTAAA--A-GTATGAAA-------------AA---CTGCG-GAACGAATCT---GT-----TCAATGgtaactgagtataaacaaacgatatgcatactactgtatttaatcaatgtaccatctatgtcaacatttggtgttgttc
gi|16 : -AAA-------GA-AT--TA--------GAA-AAGAA------AAAT------TTG-CCTACCT-----ACCTGTGAACCC--TG----T-TTCTTCTTTTTTT------------G-TCAAGAAACCCTAAACACAG--G----T--ATTTTTTCTGGCC
gi|17 : -AAA-------AA-ATAATA--------GAA-AAGAG------GATA------TTG-CCTTTTTTAGTAACCT----ACCC--TA----A-TT-----TCT---------------G-CCAAGTAACCGTAAACATGG--G--T-A--TTTTTTTCTGG
gi|18 : --------GAA-AAGAG------AAAAATTGCTT-G-CATACCT-----TCCT----ACTC--TA----TATT-----TTTTTG------------G-CCAAGTAACCCTAAACACAT--G--TAT--ATTTTTTCTGGCt
gi|19 : T-----G-TGTATAA---GGCCAGACAAAAA---A---A---CAA---CTGT-TTTAGGGTTACACGACCGACCCTAAAAT
gi|2 : catataacatgactt---GGCCAGACAAAAA---T---AATAT-----CTGTGTTTAAGATTACCTGACCAACCATAAAATCG--AGTCCTGA-C-C----AT---TTGTTGTTGTT----------TT------------TTTTA------AATAAATA--A-ATA--AAATT-----------AATTTCTGTA-GAACGAATCT---GCTTAAATTAATGGGTAA-AAAATAAAATAAAAATACATTGGTTTAGTTCCTTATTGATTTAC-------T--CTCA--TAATTAGTT-TTTA-ATAGAACTGA-AAAACCAA-AAA---CAAGTGAA---AATCAA-TTTGCTTAA------AAAGTGTTT----TATTATTTTGA-CATTCTCATTTTCTCCATG----------GAATAAT-------AA-AT--TA--------G-A-AATAA------AAAC------T-G-CCTACCT-----ACCT----ACCCAACA----T-TT-----TTTT--------------A-TCAATAAACCCT-AACAACG--GTTT-T--ATTTTTTCTAGC
gi|20 : -TT-----TTTTTG------------G-TCAACTAACCCTAAACACAGACA--T-T--ATTTTTTCTTGCCT
gi|3 : aATGT-----A-TGTATGATTTGGCCAGACAAAAA---T---A---T-----CAGTGTTTAGGGTTACCGGACCAATTCCAACAAAG--AATCCAGACC-CC--AAC---ATTTT--TGTT----------CATTT---TGATT-TTTT---------TGTAAA--ATGTATGAAA-------------AA---CTGTG-ATCTTTATCT---GC-----CTAATGTTTCA-AG---AAAAT-----TATATTTGTATTGTTCTTTATTGATTGAC-------T--ATCA--TAATAAGTC-CTTT-ATAGAACAG--------AA-AAA---C-AGACTA---AATCAA-TTTGCCTA--------------------TAGTAGTTT-----TTACTATTTTCTT--------------------A-------AA-AT--TA--------GAAGAAAAA------AAAA------T---------T-----GACT----ACCC--TA------TA-----TTCTGG------------G-TCAAGTTACCCTAAACACAGACG--T-----TTTTTTCAAGCC
gi|4 : catatacA---GGCCAGACAAAAAA--T---T---C-----CTGTGGTTAGGGTTACTCGACCGACCCTAATGTTA-----------------AAT---TAGTT--TG-------------TTTT---T--TTA---AA------AAGGTAAA--A-ATATCAAC-------------AA---TAGTGTAAAGGAATCT---AT-----TT--TATGTCA-AG---AAAAT-----TATTTTTGTATTGTTCTTTATTGGTTTCC-------TA---------------T-GTTT-AAAGAATAGA-A-----AA-GCA----AATTATANNNNNNNNN-NNNNNNNNN------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N----A-GAA-AAA-------AA-AT--TA--------GAA-AAGAA------GAAA------T-----TGCCT-----ACCT----ACCC--TA----T-TT-----TTTTTGTTATTATTTTTTGCTCAAGTAACCCTAAACACAG--G--T-T--GTTTTTTTTGGCC
gi|5 : tAAAAA---TCAAA---C-----CTGTGTTTAGGGTTACCTGACCGACCCTTAAAAGG--ACTCGCGA-C------------TATT--TTAT----------TATTA---TGATTATTTT----------GTATA--A-GTATAAAA-------------AG---CTATG-AAAAGA---------------------GTCA-AA---AA--------TATATTTGT-----TCCATATTGATTAAC-------TA--TCA--TAATTAGTT-TAA--ATAGAATAGA-A-----AA-A-----CAAGNNNN---NNNNNN-NNNNNNNNN------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNATA-GAA-AAA-------AA-AC--C-------------CAGAA------AAAT------T-G-CCTATCT-----ACCT----ATCC--TA----T-TT-----TT---------------------AGTAACCCTAAACACAG--A--TGT--GTGTTTTCT
gi|6 : catattacccccaatgattttattaacagataaaAGACAAAAAAA-T---A---C-----CTGTGTTTAAGGTTACCAGACCGGCCCTAAA-TT------------------------TTATT--TAAT----------TTTTT---T--T-------------AATGTTAA--A-GTTCGAAA-------------A----TTGCA-GAACGAATCTCATGC-----TTAATGT--CACAG-----------------TTTCTATTGTTCTTTTCTGATTTAT-------TA--TCA--TAATTAAATATTTT-AAAGAACAGA-A-----AA-A-----CAAATNNN---NNNNNN-NNNNNNNNN------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N----NTGAG-AAA-------AACAT--TA--------GGA-AAGAA------AAAA------TTG-CCTACCT-----ACAT----ACCC--T-----T-TT-----TATT--------------G-TCGAGTAACCCTAAACACAG--GTAT-T--ATTTTTTCTGCCC
gi|7 : gtaTAATTTATAT-----ACTGTATTA---GGCCAGGAAAAAA---A---A---CAACAACTATGTTTG----CACCTAACTGACT-TAAAAATGTTAGTCCCAA-C-CCC-AAC---CT-------TT----------TTTTT---T--GCATCTTG------AA---AAACAA-AT-TGAAGCTTATTTTTTCTTAA----TACG-GAAC-----------------CAATGTGTCA-A-----AATT-----TATATTTGTAATGTTCTTTATTGATTTAC-------C--ATCA--TAGTT--TT-TTTT-GTAGAAAAGATA-----AACAAATNNNNNNNNNN---NNNNNN-NNNNNNNNN------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N----A-GAA-AAA-------GA-AT--TA--------GAA-AAGAA------AAA
gi|8 : AAAAA---T---A---C-------ATGTTTACAGTTACCAGACTAACACTAAAATTA--AGT------------------TTTTT--TGTT----------TATTTATAT--ATATTTTT------TACATAA------T-----A-------------AA---CTGCA-GAACAAATCT---GC-----TTAATGGGTCA-AG---AAAAT-----TAGAACTGCATTGTTTTTTATTGACTTAC-------T--ATCA--TAATTAG-T-TTTT-ATAGAACAGA-A-----AA-AAA---CAAGTTTGTT-GAGCAG-TC--CTTGA------AAAGAATTT----TTAAGGTTTTTACAAT-CTGACCTGATGATTT--C----A-TAA-AAG-------AA-AT--
gi|9 : aacaA------AATGTTAA--A-CTATGACA-------------AA---CTGCG-GAACAAATAT---GC-----TTAATGTGTCA-AGA--AAAAT-----TGTATTTGTATCGTTTTGTATTGATTCAA-------T--ATCA--TAATCATTT-TTAT-ATGGAACAG--------AA-AAG---CAAGTTAA---AATCAA-GTTTCTTA--------------------TAATAG---GT-CATTAGTACAGCATTAAAAT--T----A-GAA-AAA-------AA-AA--TA--------GAA-AATAA------AAAAT-----T-G-CTGGCTT-----TTCT----ACC
blockSeqs : TAACAA A T TTT AACAACAA G C C TTAGTCTTGACCCAAACAGGTTTTTACTATCTCAATTTTTTTTATTA CA T AT CTTATTTTTTCTT TTT T GCTTAAA C AAT AAAAA TTATAA TC G A T T AAACC C AATNN TT NNN T ATATGTCAAGGAATTTATATTTGTATTGTTTCATTATTAGTTTTTTTATAGAACA T CAAGTTT C AA ATTTTGCT G TTCATT ATTGCTTG TAGTA GTGA AA GCTCT CTTCT TGTTATTATTTTTTGC GTTTGT
blockSeqs : TAA A A . AAATAT G C C AAGAATCCAGACCCCAACATTTTTGTTCATTTTGATTTTTT . . GC TT . . CATGC . A . TA . T . . . . . AA GA TT . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA . . . . . . . TGA . . . TA . TTG GTTTTA
blockSeqs : AC A A . TAATAT G C C ATGTTAGTCCCAACCCCAACCTTTTTTTTTGCATCTTG . . AT . . . GC . . . TC . G . . . . . AA CT . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT . . . . . . . TTG . . . T . TGG ACATTA
blockSeqs : G . G . TCAAAC G T A AGGACTCGCGACTATTTTATTATTATGATTATTTT . . AT . . . GC . . . TA . G . . . . . CA AT . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA . . . . . . . TTG . . . A . TGG GTATTA
blockSeqs : A . T . AACAA G G C TCGAGTCCTGACCATTTGTTGTTGTTTTTTTTA . . AT . . . GT . . . TA . G . . . . . AA NN . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA . . . . . . . TTG . . . T . GGG GTATA
blockSeqs : . AATAC G C C TTAAGTTTTTTTGTTTATTTATATATATTTTT . . AT . . . GC . . . TA . A . . . . . AG NN . . AAAAGAATTTTTAAGGTTTTTACAATCTGACCTGATGATTTCA . . . . . . . TTG . . . T . CG ATGTG
blockSeqs : . GTAC G T C TTAAATTAGTTTGTTTTTTTAAA . . TC . . . AT . . . TA . G . . . . . . NN . . AAAAGTGTTTTATTATTTTGACATTCTCATTTTCTCCATG . . . . . . . TG . . . T . G GTAT
blockSeqs : . ATTC G A C CGACCCTTAAATTGGTCCCAA . . AT . . . GC . . . CA . T . . . . . . TT . . TAATAGGTCATTAGTACAGCATTAAAATTA . . . . . . . TG . . . T . A ACGT
blockSeqs : AAA G T C TTTTATTTAATTTTTTTT . . A . . . GC . . . TA . . . . . . . . TA . . TAGTAGTTTTTACTATTTTCTT . . . . . . . T . . . . . G GTTG
blockSeqs : TAT . A . CCCACAAATTGAATTTA . . T . . . G . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . GTA
blockSeqs : TAC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . .
blockSeqCons : AATAC************ TA********* TTG******* GTATTG*****
originalCons : NNTAATTTATGT-----A-TGTATNA---GGCCAGACAAAAA---T---A---C-----CTGTGTTTAGGGTTACCCGACCGACCCTAAAATTG--AGTCCCGA-C-CC--AAC---TTGTT--TGTT----------TTTTT---T--TTATTTTA------AATGTAAA--A-GTACGAAA-------------AA---CTGCG-GAACGAATCT---GC-----TTAATGTGTCA-AG---AAAAT-----TATATTTGTATTGTTCTTTATTGATTTAC-------TA-ATCA--TAATTAGTT-TTTT-ATAGAACAGA-A-----AA-AAA---CAAGTNTA---AATCAA-TTTGCTTAA------AAAGAATTT----TNGTAGTTTNT-CATTACTANTTTNTTNATNT--C----A-GAA-AAA-------AA-AT--TA--------GAA-AAGAA------AAAA------T-G-CCTACCT-----ACCT----ACCC--TA----T-TT-----TTTTCG------------G-TCAAGTAACCCTAAACACAG--G--T-T--ATTTTTTCTGGCCT
finalCons : NNTAATTTATGT-----A-TGTATNA---GGCCAGACAAAAAAATAC------------CTGTGTTTAGGGTTACCCGACCGACCCTAAAATTG--AGTCCCGA-C-CC--AAC---TTGTT--TGTT----------TTTTT---T--TTATTTTA------AATGTAAA--A-GTACGAAA-------------AA---CTGCG-GAACGAATCT---GC-----TTAATGTGTCA-AG---AAAAT-----TATATTTGTATTGTTCTTTATTGATTTACTA---------TCA--TAATTAGTT-TTTT-ATAGAACAGA-A-----AA-AAA---CAAGTNTA---AATCAA-TTTGCTTAA------AAAGAATTT----TNGTAGTTTNT-CATTACTANTTTNTTNATNT--C----A-GAA-AAA-------AA-AT--TA--------GAA-AAGAA------AAAATTG-------CCTACCT-----ACCT----ACCC--TA----T-TT-----TTTTCG------------G-TCAAGTAACCCTAAACACAGGTATTG-----TTTTTTCTGGCCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TGAATGTTTTGTTTATAACCTGTTTATCTATGTTTAGTACTTAAAATTATCTCAACATCGTATGATTCTATATGTATTGTACTTATAAATGAACACACAGCTATTATGATAAATTTTCAATTGCCACACTAACTCTCAAAATAATTGACAAATGAATGTATAAATAAGGCAATTTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222 1111111111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222222222222 111111111111 11111111111 11111111 111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111 111111111 1111111 111111111111111111111111 111 22222
lowQualScore : 8888888 7 1 777 1 4444444444444 1 3 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 44 3 88 2222222222222 555 3 555 0 77777 0 3 222222222222 555 11111111111 44 0 99 3 3 11111111 3 77777 11 222 3 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 3 3 3 44 77 0000000 3 333333333 3 3 7777 0000000 7777 999999999999999999999999 333 44444
lowQualScore : ....... . . ... . ............. . . . ...................................................................... . .. . .. ............. ... . ... . ..... . . ............ ... ........... .. . .. . . ........ . ..... .. ... . ............................................................. . . . . .. .. ....... . ......... . . .... ....... .... ........................ ... .....
lowQualScore : 5555555 3 0 888 0 5555555555555 5 3 5 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 66 3 22 9999999999999 888 3 444 2 77777 2 3 777777777777 888 77777777777 66 8 22 3 3 99999999 3 55555 22 555 6 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 3 3 3 66 99 8888888 3 333333333 6 6 7777 6666666 7777 555555555555555555555555 666 44444
consensus : NNTAATTTATGT-----A-TGTATNA---GGCCAGACAAAAA-AA-T---A-C--CTGTGTTTAGGGTTACCCGACCGACCCTAAAATTG--AGTCCCGA-C-CC--AAC---TTGTTTGTT----------TTTTT---T--TTATTTT------AAATGTAAA--A-GTACGAAA-------------AA---CTGCG-GAACGAATCT---GCTTAA-----TGTGTCA-AGAA---AA-T-----TATATTTGTATTGTTCTTTATTGATTTA---CT----A------TCA--TAATTAGTT-TTTT-ATAGAACAGA-A-----AA-AAA---CAAGTNTA---AATCAA-TTTGCTTAA------AAAGAATTT----TNGTAGTTTNT-CATTACTANTTTNTTNATNT--C----A-GAA-AAA-AA-A-T--TAGAA--AA-------GA-AAA---------AAT-TG-CCT----ACCT-----A-CCT----ACC-------C--TA----T-T-----TTTTTCGGTCAAGTAACCCTAAACACAGGTATTG-TTTTTTCTGGCCT
Reference ( family-484 ) : NNTAATTTATGT-----A-TGTATNA---GGCCAGACAAAAA-AA-T---A-C--CTGTGTTTAGGGTTACCCGACCGACCCTAAAATTG--AGTCCCGA-C-CC--AAC---TTGTTTGTT----------TTTTT---T--TTATTTT------AAATGTAAA--A-GTACGAAA-------------AA---CTGCG-GAACGAATCT---GCTTAA-----TGTGTCA-AGAA---AA-T-----TATATTTGTATTGTTCTTTATTGATTTA---CT----A------TCA--TAATTAGTT-TTTT-ATAGAACAGA-A-----AA-AAA---CAAGTNTA---AATCAA-TTTGCTTAA------AAAGAATTT----TNGTAGTTTNT-CATTACTANTTTNTTNATNT--C----A-GAA-AAA-AA-A-T--TAGAA--AA-------GA-AAA---------AAT-TG-CCT----ACCT-----A-CCT----ACC-------C--TA----T-T-----TTTTTCGGTCAAGTAACCCTAAACACAGGTATTG-TTTTTTCTGGCCT
gi|1 : TACTTTATGT-----G-TACATAA---GGCCAGA---AAA-AA-T---A-C--CTGTGTTCAGGGTTACCCGACCGACCCTAAAATTG--AATCCCGA-CTCC--AATGGGTTGTTTGTT----------TTTTT---T--TCATTTTAGAAAAAAATGCAAA--A-GTACGAAA-------------AA---CTGTG-GAACGAATCT---GCTTAA-----TGCG--A-AGAA---AA-C-----TATATTTGTATGGTTCTTTATTGATTTATAGTT----AGTTACGTTA--TAGTAATTT-TTTT-ATAAAACAGA-A-----AA-AAA---CAAGNNNN---NNNNNN-NNNNNNNNN------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N----A-GAA-AAG-AA-A-T--TAGGA--AA-------GA-AAA---------AA--TG-CCT----CTTT-----A-CCT----ACC-------C--TA----T-T-----GCTTTCGGTCAGGTAATCCTAAACACAGGTA----TTTTTTCTGGCCT
gi|10 : cgTCT---GCTTAA-----TATGTCA-AGGA---AT-T-----TATATTTGTATTGTT-----------------------------TCA--TTATTAGTT-TTTTTATAGAACAGA-A-----AA-A-----CAAGTTTA---AATCAATTTTGCT
gi|10 : gtattnnnnnnnnnnatgctttggatt-TCTGCTTAATATGTCAAGGAATTTATATTTGTATTGTTT-CATTATTAGTTTTTTTATAGAAC----A-GAA-AAACAA-G-T--TTAAATCAATTTTGCTGA-TAACAGTTCATTAATATGACCT----ACCT-----A-CCT----TCC-------T--TAGCTCT-T-----TGTTTCG-TTAAATAACCCTAAACACAGGT-TTGTTTTTTTCTGGCCTgataacagttcattaatatgacctacctaccttccttagctctttgtttcgttaaataaccctaaacacaggtttgtttttttctggcctcac
gi|11 : gtattnnnnnnnnnnatgctttggattTAATCTATGTTAACAA-TGT--TA---GGCCAGACAAAAA-AAAT---A-T--ATAT-TTTAGAGTTAC----CCGAC-----------------CGA-C-CCTTAAA---TTG---GTC----------CC-----------A----------AAATGTAAA--A-GTATGGAA-------------AA---CTGCA-AAATGAATCT---GCTTAA-----TGTGTCA-AGAA---AA-C-----TTTATGTGTATTGTTCTTTATTGATTTA---AT----A------TCA--AAATTA-TT-TTTT-ATAGATCAGA-A-----AA-Acac
gi|12 : ---GACCAGAAAAAAA-AA-----A-T---TGTGTTTAAGGTTA----------CCTAATATT---AGTCTTGA-C-CCA-AAC---AGGTTT-TTACTATCTCAATTTTT---T--TTA--TT------AAAT---------GTGCAAAA-------------GA---CTGCC-GTACGAATCT---G--TA------------A-AAAC---GA-T-----TATA-TTGTATCA-----TATTGACTTA---CTTATAA------TCATCTAATAATTT-TTTC-GTGAAATAGA-A-----AA-A
gi|13 : TCATGTTA---A-TAT-TAA---GGCCAGATAAAAA----------C--CTGTGTTTGGTGTTACCCGACCGACTCTAAATGTG--AGTTCCCATC-CT--AAC----AGTTTGGT----------TTTta
gi|15 : tacatgctaCAGACAAAAA-G--T---A-C--CAGT--TTAGTGTTACCC----GACC----AA--------CCCA-----C--AAA---TTG-----------------------------AATTT------AAATGTAAA--A-GTATGAAA-------------AA---CTGCG-GAACGAATCT---GTTCAA-----TGgtaactgagtataaacaaacgatatgcatactactgtatttaatcaatgtaccatctatgtcaacatttggtgttgttc
gi|16 : -AAA-GA-A-T--TAGAA--AA-------GA-AAA---------ATT-TG-CCT----ACCT-----A-CCTGTGAACC-------C--TG----T-TTCTTCTTTTTTTGTCAAGAAACCCTAAACACAGGTA----TTTTTTCTGGCC
gi|17 : -AAA-AA-A-TAATAGAA--AA-------GA-GGA---------TAT-TG-CCT----TTTTTAGTAA-CCT----ACC-------C--TA----A-T-----TTCT---GCCAAGTAACCGTAAACATGGGTAT---TTTTTTCTGG
gi|18 : GAA--AA-------GAGAAA---------AAT-TG-CTTGCATACCT-----T-CCT----ACT-------C--TA----TAT-----TTTTTTGGCCAAGTAACCCTAAACACATGTA-TA-TTTTTTCTGGCt
gi|19 : T-----G-TGTATAA---GGCCAGACAAAAA-AA-C---A-A--CTGT-TTTAGGGTTACACGACCGACCCTAAAAT
gi|2 : catataacatgactt---GGCCAGACAAAAATAA-T---A-T--CTGTGTTTAAGATTACCTGACCAACCATAAAATCG--AGTCCTGA-C-C----AT---TTGTT-GTT----------GTTTT---T--TT----T------AAATAAATA--A-ATA--AAATT-----------AATTTCTGTA-GAACGAATCT---GCTTAAATTAATGGGTAA-AAAATAAAA-TAAAAATACATTGGTTTAGTTCCTTATTGATTTA---CT----C------TCA--TAATTAGTT-TTTA-ATAGAACTGA-AAAACCAA-AAA---CAAGTGAA---AATCAA-TTTGCTTAA------AAAGTGTTT----TATTATTTTGA-CATTCTCATTTTCTCCATG----------GAATAAT-AA-A-T--TAGAA--A---------T-AAA---------AAC-TG-CCT----ACCT-----A-CCT----ACC-------CAACA----T-T-----TTTTT--ATCAATAAACCCT-AACAACGGTTTTA-TTTTTTCTAGC
gi|20 : -T-----TTTTTTGGTCAACTAACCCTAAACACAGACATTA-TTTTTTCTTGCCT
gi|3 : aATGT-----A-TGTATGATTTGGCCAGACAAAAA----T---A-T--CAGTGTTTAGGGTTACCGGACCAATTCCAACAAAG--AATCCAGA-C-CCC-AAC---ATTTTTGTT----------CATTT---TGATT-TTTT---------TGTAAA--ATGTATGAAA-------------AA---CTGTG-ATCTTTATCT---GCCTAA-----TGTTTCA-AGAA---AA-T-----TATATTTGTATTGTTCTTTATTGATTGA---CT----A------TCA--TAATAAGTC-CTTT-ATAGAACAG--------AA-AAA---C-AGACTA---AATCAA-TTTGCCTA--------------------TAGTAGTTT-----TTACTATTTTCTT--------------------A-AA-A-T--TAGAAG-AA-------AA-AAA---------AAT-TG-ACT----AC---------CCT----A------------TA-------------TTCTGGGTCAAGTTACCCTAAACACAGACGT---TTTTTTCAAGCC
gi|4 : catatacA---GGCCAGACAAAAA-AT-T-----C--CTGTGGTTAGGGTTACTCGACCGACCCTAATGTTA-----------------AAT---TAGTTTG-------------TTTT---T--TTA---A------AAAGGTAAA--A-ATATCAAC-------------AA---TAGTGTAAAGGAATCT---ATTT-------TATGTCA-AGAA---AA-T-----TATTTTTGTATTGTTCTTTATTGGTTTC---CT----A------T----------G----TTT-AAAGAATAGA-A-----AA-GCA----AATTATANNNNNNNNN-NNNNNNNNN------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N----A-GAA-AAA-AA-A-T--TAGAA--AA-------GA-AGA---------AAT-TG-CCT----ACCT-----ACCCT----ATTTTTTTTGT--TA----T-TA----TTTTTTGCTCAAGTAACCCTAAACACAGG--TTG-TTTTTTTTGGCC
gi|5 : tCAGATAAAAA-AAATCAAA-C--CTGTGTTTAGGGTTACCTGACCGACCCTTAAAAGG--ACTCGCGA-C------------TATTTTAT----------TATTA---TGATTATTTT----------GTATA--A-GTATAAAA-------------AG---CTATG-AAAAGA---------------------GTCA-AAAA------------TATATTTGT-----TCCATATTGATTAA---CT----A------TCA--TAATTAG-T-TTAA-ATAGAATAG--------AA-AAA---CAAGNNNN---NNNNNN-NNNNNNNNN------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNATA-GAA-AAA-AA-ACC--CAG----------------AAA---------AAT-TG-CCT----ATCT-----A-CCT----ATC-------C--TA----T-T-----TTT--------AGTAACCCTAAACACAGATG-TG-TGTTTTCT
gi|6 : catattacccccaatgattttattaaAGACAAAAA-AA-T---A-C--CTGTGTTTAAGGTTACCAGACCGGCCCTAAA-TT------------------------TTATTTAAT----------TTTTT---T--T-------------AATGTTAA--A-GTTCGAAA-------------A----TTGCA-GAACGAATCTCATGCTTAA-----TGT--CACAG------------------TTTCTATTGTTCTTTTCTGATTTA---TT----A------TCA--TAATTAAATATTTT-AAAGAACAGA-A-----AA-A-----CAAATNNN---NNNNNN-NNNNNNNNN------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N----NTGAG-AAA-AACA-T--TAGGA--AA-------GA-AAA---------AAT-TG-CCT----ACCT-----A-CAT----ACC-------C--T-----T-T-----TTATT--GTCGAGTAACCCTAAACACAGGTATTA-TTTTTTCTGCCC
gi|7 : gtaTAATTTATAT-----ACTGTATTA---GGCCAGGAAAAAA-AA-C---AACAACTATGTTTG----CACCTAACTGACT-TAAAAATGTTAGTCCCAA-C-CCC-AAC---CT-----TT----------TTTTT---T--GCATCTT------GAA---AAACAA-AT-TGAAGCTTATTTTTTCTTAA----TACG-GAAC------------CAA-----TGTGTCA-A--A---AT-T-----TATATTTGTAATGTTCTTTATTGATTTA---CC----A------TCA--TAGTT--TT-TTTT-GTAGAAAAGATA-----AACAAATNNNNNNNNNN---NNNNNN-NNNNNNNNN------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N----A-GAA-AAA-GA-A-T--TAGAA--AA-------GA-AAA---------A
gi|8 : AAAA-AA-T---A-C----ATGTTTACAGTTACCAGACTAACACTAAAATTA--AGT------------------TTTTTTGTT----------TATTTATAT--ATATTTT------TTACATAA------T-----A-------------AA---CTGCA-GAACAAATCT---GCTTAA-----TGGGTCA-AGAA---AA-T-----TAGAACTGCATTGTTTTTTATTGACTTA---CT----A------TCA--TAATTAG-T-TTTT-ATAGAACAGA-A-----AA-AAA---CAAGTTTGTT-GAGCAG-TC--CTTGA------AAAGAATTT----TTAAGGTTTTTACAAT-CTGACCTGATGATTT--C----A-TAA-AAG-AA-A-T--
gi|9 : aac------AAATGTTAA--A-CTATGACA-------------AA---CTGCG-GAACAAATAT---GCTTAA-----TGTGTCA-AGAA---AAAT-----TGTATTTGTATCGTTTTGTATTGATTCA---AT----A------TCA--TAATCATTT-TTAT-ATGGAACAG--------AA-AAG---CAAGTTAA---AATCAA-GTTTCTTA--------------------TAATAG---GT-CATTAGTACAGCATTAAAAT--T----A-GAA-AAA-AA-A-A--TAGAA--AA-------TA-AAA---------AAT-TG-CTG----GCTT-----T-TCT----ACC-------
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TGAATGTTTTGTTTATAACCTGTTTATCTATGTTTAGTACTTAAAATTATCTCAACATCGTATGATTCTATATGTATTGTACTTATAAATGAACACACAGCTATTATGATAAATTTTCAATTGCCACACTAACTCTCAAAATAATTGACAAATGAATGTATAAATAAGGCAATTTTT