lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 2222 99999 1 3333333 1 1 22222222222 4444444444444444444444444444444444444 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11
lowQualScore : 555 4 9999 11111 6 3 9999999 1 44 5 222 1 222 1 5555555 1 44444444444 5 9 2 6666666666666666666666666666666666666 0 0 88 1 2 7 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 22
lowQualScore : ... . .... ..... . . ....... . .. . ... . ... . ....... . ........... . . . ..................................... . . .. . . . ............................................................................................................................................................................................................................................... . ..
lowQualScore : 000 0 0000 00000 0 3 3333333 4 88 0 999 6 888 6 2222222 6 77777777777 0 5 9 6666666666666666666666666666666666666 1 4 66 9 5 5 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 11
consensus : ATGACAAAGNCGTTGTANTNGATCAAAACAAA----TTGATG-ACAAA-----GNCCTGN-ATTCACAAAACA---T-CTCA---ACT-TGAG-------TA-TGCACTCNA-GC--T-GAAATTT-TAAAACTGC-T-T--ATA-T---AGAAAACTCAT--N--A---ATAA-TATTTGCATTT-AAAATGTT-CT-AA------A-----CA-AAG--C-TT-T-T--AT-T-AT-A-N--CAACN-TA---ATAATT-G--AC-AGTGATA------TT-----G-A-A---------A----T---------AT---------T------A--T-----TGTTAAT---T---GA------AA--------ATGA-A----AT-AT---T--TGAG-C-TCGAGTGCATA----CT------C-A-ACTCAAGT-TGAGA-TGTTTTGTGAATACA
Reference ( gi|4 ) : ATGACAAAGACATTGTATTTA--CAAAACAAAGCTTCTAATG-ACAAA-----GACCAGA-ATTCACCAAACA---T-CTCA---ACT-TGAG-------TA-TGCACTCTA-AC--T-AGAATTT-TAGAACTGC-T-T--ATA-T---AGAAAATTCAT--T--A---ATGG-TATTTGCATTC-AAAGTGTT-CT-AATTTC--A-----CA-AAA--C-TT-T-C--AT-T-CT-A-A--CAACC-TA---ATCATT-T--AC-AGTGATA------TT-----G-A-A---------A----T---------AT---------T------A--T-----TGTCAAT---T---GA------AA--------ATGA-A----AT-AT---T--TGAG-T-TCAAGTGTATA----CT------C-A-ACTCAAGG-TGAGA-TGTTTTGCAAATACATA
gi|15 : ATGACAAAGTC-TTGTATTTG--CAAAACA
gi|1 : tacatatgccctttaataaattgattgacagtgttgacagcccattgaaactgttaagtaattatttttttaattaaaaatgaaatataaacttgaccgcatactcaagttgagaaAAAATGTTGTAATGAATCAAAATAAA----TTGGTGTACAAG-----CCCCATATAT--ACAAAACAACTT-CTCA---ACT-TCAA-------CA-TACATTCAA-GC--T-AAAATTT-AAAAACAGA-T-TC-ATACT---AGAAA--TCTT--TTGA---AGGG-TGTTCACATTT-AAA-TGTT-CT-AA------A-----GATGAATCC-TG-T-C--GG-T-ATCA-A--CAACG-TG---ATAA-T-T--AA-AGTGATA------AT-----A-A-A------------------------GT---------T------A--C-----TCTT------------------AA--------ATG-------AT-AG---C--TGAA-C-ATGAATGCAT-----------------ACTCAAGT-TGAGA-TGGTTTGTTAATACAaaaatcctcccaactttttaggttaaatctcagacccaggctcaagatt
gi|31 : ataattATG-ACAAATGAGAGACCTGT-ACTCACAAAACA---T-CGAA---ACT-TAAG-------TA-TCCACTCAA-GC--T-GAAATTT-TAAAACTAT-T-TCAATACT---GGAAAAgtgtctgagaataagtccatcaatgtttagcttaactgcaca
gi|15 : agATG-ACAAA-----GTCTTGT-ATTTGCAAAACA---TTCTCA---ACT-TGAG-------TA-TGC
gi|37 : tacatatgccctttaataaattgattgacagtgttgacagcccattgaaactgttaagtaattatttttttaattaaaaatgaaatataaacttgaccCCCGA-ATTCACAAAACA---T-CTCA---ACT-TGAG-------TA-TTCATTCaaaatcctcccaactttttaggttaaatctcagacccaggctcaagatt
gi|20 : aatatgagcctCCTGG-ATTCACAAAACA---T-CTCA---ACT-AGAA-------TA-TGCACTC
gi|30 : tgcatttaaaatattctgtagacaaaactgatgtttaccgaggtgataactgaccatattattgcaattgtccagaaatattgttaaatgagaatgacaatagagcGA-ATTCACAAAACA---T-CTCA---ACT-TGAG-------TA-TTCACT
gi|3 : acaacaatgttgaatttgttcaggaaaatgaggtgaattgaaaatgaaatttgaatatc-ATTCATAAAACA---T-TTCAGCAACT-TGAG-------TA-TGCACTCAA-GC--T-
gi|1 : ctgtgttcatgaaatatctcaacttcaatatgcactcaaattttcaaactgtattcatgatgtctgttctgaactgacctaacttcagtgtttacagcgtttgatgttagaaaacttatggatcatgatgaacagtgatagtgtaaatgttcagaaaattaacaattattgaaaacaatatatg-ATTAACAAACCA---T-CTCA---ACT-TGAG-------TA-TGCATTCacagaagctggacataaactcatcgagatttaagtctgataatcagattcagactcaa
gi|18 : ataattaaaatgttgtaatgaatcaaaataaattggtgtacaagccccatatatacaaaacaacttctcaacttcaacatacattcaagctaaaatttaaaaacagattcatactagaaatcttttgaagggtgttcacatttaaatgttctaaagatgaatcctgtcggtatcaacaacgtgataattaaagtgataataaagttactcttaaatgatagctgaacat-ATTCATAAAACA---T-CTCA---AGT-AGAG-------CA-TGCACTTGATAC--C-A-AATTT-TAacagtgtctgagaataagtccatcaatgtttagcttaactgcaca
gi|14 : gtactgaaaatggtttaacggaatacagttcaaatatatatcaacagtttaattgacaatagataaaccattcagaattaacaattttaattgaaaa-ATTCACAAAACA---T-CTCA---ACT-TAAG-------TA-TGgca
gi|29 : taatcttaacttgagcactgcacacaagctgacaattacaagtgtttaactagaaaacttatgaatacatgcaatgatctaaggaccaatataatatatatcaaacataattattgacagtgatactgagtctgtcctgaaaaactaattgaaaaagacattt-ATTCACAAAGCA---T-CTTA---ATT-AGAG-------TA-TGCACTCAA-AC--T-TAAATTat
gi|12 : attaacgtaatttaaaaatc-ATTCATAGAACA---T-CTCA---ACC-TGAG-------AA-GGCACTCCA-AT--C-TCAATTT-Tatggagctagaagtaataacaacattgatgatt
gi|34 : taagatggaagttaaaaactggttcgatagaaaacactatgtatactatttgcagttaaattgctctaaatacaaagtgtattaatatcatcagaataagagatggtgatactgaaactatgaaaattaatactttgattgaaattg-ATTAACAAAATA---T-CCCA---ACT-TGAG-------TA-TGCACacagtac
gi|23 : -ATTAACAAAACA---T-CTCG---ACT-TAAA-------TA-AGAACTTGA-GC--T-TAAATTT-Tacaatacctgcagatgataacagtgttcatattttattacaca
gi|38 : ttgaaactgttctgaaggcaaagctaacatgtgtcaatgtaatattgaaactgttcagaaattatgttgcttatttagaatg-ATTCAT-GAATA---T-CTCA---ACT-TCAG-------TA-TGTACTC
gi|3 : tcctggccccatTTCATGAAATA---T-CTCA---ACT-TCAA-------TA-TGCACTC----------AAATTT-TCAAACTGT-------------------ATTCAT-----------GA-TGTCTG--TTCTGAACTGAC-CT-AACTTC--AGTGTTTA-CAG--CGTT-T-G--AT-G-TT-AGA--AAACT-TATGGATCATGATGAAC-AGTGATA------GT-----GTA-A---------A----T---------GT---------TCAGAAAA--T-----TAACAAT---TATTGA------AA--------AC---A----AT-AT---A--TGAG-C-TTGAGTGCATA----CT------C-A-AGTT--GC-TGAAA-TGTTTTATGAATACA
gi|24 : ctgtgTTCAAAAACCA---T-CTCA---ACT-TGAATCATTTTTA-TGCACTCCA-GC----GGAATTTATAAAAAAAT-T-T--TAA-T---AGAAA----AT--T--A---ATGACTA-CTGAATT---AAATGTT-CC-A----CAAA-----CA-AAA--C-TT-gaagctggacataaactcatcgagatttaagtctgataatcagattcagactcaa
gi|2 : TCACAAAACA---T-TTCA---ACT-CGAG-------TA-TGCACTTTA-A-------GGT-----GAACCACAT-T--ATA-------AACTTTAAG--T--A---ACAG-T-TT---ATCT-AGGATGCT-CT-AA------A-----GA-CAA--T-TT-T-T--AT-GAAT-A-T--CAACA-TA---ATGGTT-G--AA-ACTGATA------CT-----G-A-A---------ACTCTT---------ATA--------T------A--TGATAGTGTTAAT---T---AA------AA--------ATGA-A----CT--T---TAATGAG-T-GCA--TATATAAGATCTTGAATGC-ATATTCAAGT-TCAGA-CGATTTGTGAACAaacgtgtatcaacat
gi|27 : cACAAAATA---T-CCCA---ACT-TGAG-------TA-TGCACTATA-GA--TAAAAATAT-TAACACTGC-T-T---TA-TTCCAAAACATTCG------A---AAAA-TATTTGCCTTT-GAAATATT-GT-AA--TG--A-----CA-AAG--T-TT-gagacatgttgaactgacaatgtcacagaaacgaattcttcccatgtgtggggaatccgtgcgaatta
gi|13 : taCAAACA---T-CTCA---ACT-TGAT-------TC-AGCACTTCA-GC--T--GAATTTGTACAACTGC-T-T--AAG-C---ATAAAACTTAT--G--A---ATAC-TCTTTGCGTTT-GAAATGTC-CT-GAAGAC--A-----TA---------T-T-T--ACGT-AT-A-G--CAACT-TA---ATACTT-G--AC-AGTGGTA------TT-----G-A-ACCTGTTCCGA----A---------AT---------T------A--TGC---TGCTAAT---T---GA------AA--------ATG-------CT-AT---T--TGAA-C-TTGAGTGGATA----CT------C-atgc
gi|7 : AAAAA---G-CTCA---ACT-TAAG-------TA-TG-AATTTA-GC--T-GAAATTT-TAAAACCAC-T-C---CA-T---AGCCAACTTAA--G--A---ATGA-TATTTGTATTT-AAAATATTGTT-AAT-----A-----CA-GAG--T-TTATGC--ATAT-C-------CAGAT-TA---A-AAAT-T--AC-AGAGATACCAAACTTATTCAG-A-A---------A----T---------AA---------T------A--A-----TTTTGAT---T---GA------AA--------ACGA-A-------AT---T--TGAG-C-TTAAGAGCATA----CT------C-
gi|8 : gcaAAACA---T-CTCG---ACTCTGA----------------TCTC-ACGTT-AAAATTG-TATAACTGC-TCT--ATA-----AGAAGACTTAT--G--G---TTAA-TATTTACATTT-AAAACGTT-CT-AA------A-----GA-AAAGGC-TT-G-TGGAT--------A--CGATTGTA---ATCATT-A--ACAAGTGATA------TT-----G-A-A---------AC---T---------AT-------------------T-----TG--AAT---A---GA------AATAATAAGTATCA-A----ATAATAAAT--TGGA-T-CTGAGTGCTTA----CT------C-A-AC-----------A-TGTTTAGTGAATACggattaaactgttttatgaat
gi|25 : AAACA---T-CTCA---ATT-TGAA-------TA-TACACTTAA-GG--T-GAAATTT-TAAAACTGT-TCC--ATC-T----GAAAAATAATA-T--A---AT---TA--TACAGTT-AAAATGTA-CTGAA---G--A-----CA-AAG-----T-T-T--AC-T-AG-A-T--CAACA-TA---ATAATT-tagac
gi|14 : A---T-CTTA---ACT-TGAG-------CACTGCACACAA-GC--TGACAATT---ACAAGTGT-T-T--AAC-T---AGAAAACTTAT--G--A---ATA--------CATGC-AA--TGAT-CT-AAGG----A-----CC-AA-----TA-T-A--ATAT-AT-A-T--CAAACATA---ATTATT-G--AC-AGTGATA------CT-----G-A-G-----------------------------------T---------C-----TGTC--C---T---GA------AA--------A----A----CT-AA---T--TGAA-----AAAGACAT-----TT------C-ATACTTAAGT-TGAGA-TGTTTTGTGAATA
gi|9 : ta-CTCA---ACT-TGGG-------TA-TGCACTCAA-GC--T-AAACTTT-TA-AACTAC-T-T--AC-------------TCATGAT--A---A-----ATTCG--TTT-AAA-TGTT-CTGAAG-----A-----CA-AAT--C-TT-T----AT-G-T-------CGACT-TA---ATAACT-G--AT-AATGATA------TT-----G-ACA---------C----T---------GT---------TC-----A--T-----AAACAATACAT---GAAAAATTAA--------ATGA-AACTGAT-AT---T--TCAG-C-TCAAGACCAT---------------A-AC-CAAGT-AGATA-TATTTTGTGAATATAt
gi|12 : ttaa--T-GGAAGTT-AAAAACTGG-T-T--CGA-T---AGAAAA--CAC--T--ATGTATAC-TATTTGCAGTT-AAATTGCT-CT-AAAT----A-----CA-AAG-----T-G-T--AT-TAAT-A-T--CATCA-GA---ATAAGA-G--AT-GGTGATA------CT-----G-A-A---------AC---T---------ATGAAAATTAAT------A--C-----T-TTGAT---T---GA------AA--------TTGA-A----A--A----T--TGAGAT-TGGAGTGC-------CT------T----CTCAGGT-TGAGA-TGTTCTATGAATACAgc
gi|28 : taagaAACTGC-T-T--CTT-T---AGAAAACGTAT--G--A---ATAA-TATTTGCATTT-AAAATGTT-CTGAA---G--A-----CA-AAA--C-TT-G-T--G--T-AT-A-T--CAACG-TA---ATAACT-G--AC-AGTGTTA------TT-----G-A-A---------gtac
gi|36 : tcaTA-T---AAAACCTGCAT--G--A---ATAA-TATTTACATTT-AAAATGTT-CT-Act
gi|17 : TTTGCTTTT-AAAATGTT-CT-GA------A-----GACAAA--C-TT-T-G-----T-GT-A-AATCAATG-TA---CTCATT-G--AC-AGTGATG------TT-----G-A-A---------AC---T---------GC---------TCAGTA-A--T-----TGCTAAT---T---GA------AA--------ATGA-A-------AT---T--GGAA-A-TTGAATACATG----CT------CTG-AC---AGGTTGAGA-CATTTTGTGAATAcagacaa
gi|20 : tTGCATTT-AAAATATT-CT-G--TAG--A-----CA-AAA--C-TG------ATGT-TT-A-C--CGAGG-TG---ATAACT-G--AC-CATATTA------TT-----G-C-A---------A----TTGTCCAGA-AA---------T------A--T-----TGTTAAA---T---GA------GA--------ATGACA----AT-A--------GAG----CGAGTGCATA----TT------C-----T--AGT-TGAGA-TGTTTTGTGAATCCAtgag
gi|23 : GTAATA------TT-----G-A-A---------A----CTGTTCAGAAAT---------T------ATGT-----TGCTTAT---T---TA------GA--------ATGA-A----A--AT---T--TAAG-C-TCAAGTTCTTA----TT------T-A-AGTC------GAGA-TGTTTTGTTAATgg
gi|15 : ttgaaactgttctgaaggcaaagctaacatgtgtcaat-A-A---------T----T---------AT---------T---------T-----TTTTAAT---T---AA------AA--------ATGA-A----AT-AT-------AAA-C-TTGACCGCATA----CT------C-A-A-----GT-TGAGAATGTTTTGCAAATACA
gi|18 : tacatatgccctttaataaattgattgacagtgttgacagcccattgaaactgttaagt------A--T-----T-TTAAT---T---GA------AA--------ATAA-A----AT------T--TG-G-TATCAAGTGCATG----CT------C-T-ACT------TGAGA-TGTTTTATGAATGCAagactttgtcataaaatcctcccaactttttaggttaaatctcagacccaggctcaagatt
gi|30 : gtactgaaaatggtttaacggaatacagttcaaatatatatcaacagtttaattgacaatagataaaccattcagaattaacaGTGAAT---T---GA------AA--------ATGA-A----AT------T--TGAA-TATCA-GTGAATA----CT------C-A-A-----GT-TGAGA-TGTTTTGTGAAT
gi|37 : acaacaatgttgaatttgttcaggaaaatgag-ACTCAAGT-TGAGA-TGTTTTGTGAATtc
gi|34 : aatatgagcctgaatgaat-ACTCAAGT-TGGGA-TATTTTGTTAATACAtcggg
12 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TTTAGTAAATGTATTATATCTGTTAGGAAAAATACTGTACAATCGTTTTATTATATAAAGATAATGTTGAACCGTAAATTTCACAGAGACGAATTCTTCACACCTGTGAGAAACTCATGCGAATTTTGTTACAAATACGTATAGCGGCCACATTTTTTAAGCAGTATTGACAAACCGTATAACAAATATATACATGAATGACTAAAATATCTCAAAAGTTCAATTATGGACGAGATCGTACCAGTATGAACACAGTTATAGCCC
Unaligned ( gi|6 ): GATTGAATGTTTATGATCTTAACGGAGCAGTAAATATTTCAATCAGGCGCATGGTCGTGTTATATGTAATAGGGTATGTTGGACTGTAAATTTCACAGAAACGAATTCTTTACAGCTGTGAGGAATTTATGCGAATCCTTCAGATTTTATCATGCAACTGTATATTAAACGTATGCAATGTATAAATTTAGTTACATAGAACTACAATGTTTTTGTTAATTCGTTAATTATGTCTTAACGAGAGCGT
Unaligned ( gi|10 ): CGGATAAAGGATTCGTATATATGTCCAAAAGATATCTGCCAAGTTAAATTACGGGCCAGTATGATCAGAGTCATGGTCCTTGATTTAGCATAAATACAATATTCTACCTTGTAAGCATTCTACAGAATAATCAATTATTGACCAATTTAAATCATATTTCGAATGTAAATGTTTATAAAATGCAGGAAAAGTTTGATTTTCGGTTA
Unaligned ( gi|11 ): CTCAATCTTTATTACCCTACAACATTTGTATATTATACATGAGTGACTAAAAGATCTCGGCCAAGTTCAAGTATTGGCAAAATCGTACCAGTATGACCAGAGGTATAGCTCATATTCCACTATAATAGAGTCAATTATTGATATTTCTGGGTCATATTTAGATATAATTTGAATGCTTTTGAAATATTAGTTTGATATTTAGTCA
Unaligned ( gi|16 ): AATATCTTAACTTATCTCCACTTCAGTGAGTATGCTGTTATGGCAGCCCTTTAGAAAACTTAAGAGTAATTTTCGCTTTCACAATGTTTTACAGACAAAGCACAACTGACAGTGATATCGAAACTGTTCCTGAATAATATAATTAGAAATCTAATCGAAAATGAAGTTTTAGTTTGAGTA
Unaligned ( gi|19 ): GATTGAATGTTTATGATCTTAACGGAGCAGTAAATATTTCAATCAGGCGCATGGTCGTGTTATATGTAATAGGGTATGTTGGACTGTAAATTTCACAGAAACGAATTCTTTACAGCTGTGAGGAATTTATGCGAATCCTTCAGATTT
Unaligned ( gi|21 ): TGAATATTATTTTCATTTTTTTAAACGATCTTAAAGCAAAGTTCATGCATACATCAACAGTAAATAATGAACCTGCTTAGAAATTATATGCTTAACTGAAAATGAGATTTGGGCTTGAATACATTAGCACTAGCTGAGCATTT
Unaligned ( gi|22 ): AAAGTTTTGAACAATATTTGCATACAAAATGTCCTACTGCCTTATTGCCTTATGTGTATCAGCGTATTGCTTGAGCGAAATATGAGTAATGAAACTGTTTAGAAATTGAATATGGAAGTTGAACTTTAATGCATACTCAAG
Unaligned ( gi|26 ): GGCTTGAAGACAAAGCTAATGTCTTATCAACAGTGGTATCGAAACTGATTATATACATGTAATGTTAAGTGAGAAAGTAATCTGAACTTGAATACATTCTCTAGTTGAGATATTTTATG
Unaligned ( gi|32 ): AATGTTCTAAAGAAAAATATCATACACATCAATTAAATAATTGACAGTGATATTGGAAATGTTTGGAAATAATAACGTTAATCAAA
Unaligned ( gi|33 ): ACATAAATTCATCAATATTTAGTCAGATATTCAGACTCGGACTCAAATTGTCAAAAATTTCATATTCAAATAATATATATT
Unaligned ( gi|35 ): GCAAAGCTATATTGATCCGTAAATTTCACAGAAACGAATTCTACACACCTGTGAGGAACTCG
Alignments
lowQualScore : 2222 2222 1 111111 2222222222222 555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222222222222222222222 333333333333
lowQualScore : 1 1 5555 8888 0 0 777777 1 0 1 333 2 2 6666666 2 3 2 1 2 2 2 33 333 22 2222222222222 666 3 3 4444 1 22 666666666666666666666666666666666666666666666666 3 1 22 1 4 555555 1 1 333 000000000000000 1 99999 1 44 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4444 333 555555 66666666 1 8888888888888888888888 22 1 555 888888888888 2
lowQualScore : . . .... .... . . ...... . . . ... . . ....... . . . . . . . .. ... .. ............. ... . . .... . .. ................................................ . . .. . . ...... . . ... ............... . ..... . .. .................................................................................... .... ... ...... ........ . ...................... .. . ... ............ .
lowQualScore : 0 0 5555 3333 2 0 555555 0 6 0 999 1 1 8888888 1 3 2 5 2 2 2 11 333 88 4444444444444 111 2 6 0000 7 44 555555555555555555555555555555555555555555555555 8 9 99 9 7 888888 9 9 333 777777777777777 9 33333 9 55 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0000 333 555555 99999999 9 8888888888888888888888 66 9 111 000000000000 4
consensus : ATGACAAAGACGTTGTANTNAATCAAAACAAA----TTGATG-ACAAA-----GCCCCGTATTCACAAAACA---T-CTCAACT-TGAGT-------A-TGCACTCNA-GCT-GA-A-AT--T-T-TAAAACTGC-T-T--ATA-T---AGAAAACT-C-ATGAATAATATTTGCATTTA---AAATGTT-C--T--A--A-----------A--CA--AA--GC-TT------T--TAT---TA-T-A-TCAA-CGTA------ATAATTGAC-AGT-GA---T--------A------T-T-----G-A--A---------A--------------T--------AT---------T------A----------T----------T----G-----TT----AAT---TGA------AA--------ATGA-A-------------AT-----ATTTGAG--C-TCG-AGTGCATACTC-AACTCAAGTTGAG-ATGTTTTGTGAATACA
Reference ( family-483 ) : ATGACAAAGNCGTTGTANTNGATCAAAACAAA----TTGATG-ACAAA-----GNCCTGNATTCACAAAACA---T-CTCAACT-TGAGT-------A-TGCACTCNA-GCT-GA-A-AT--T-T-TAAAACTGC-T-T--ATA-T---AGAAAACT-C-ATNAATAATATTTGCATTTA---AAATGTT-C--T--A--A-----------A--CA--AA--GC-TT------T--TAT---TA-T-A-NCAA-CNTA------ATAATTGAC-AGT-GA---T--------A------T-T-----G-A--A---------A--------------T--------AT---------T------A----------T----------T----G-----TT----AAT---TGA------AA--------ATGA-A-------------AT-----ATTTGAG--C-TCG-AGTGCATACTC-AACTCAAGTTGAG-ATGTTTTGTGAATACA
gi|1 : AAAATGTTGTAATGAATCAAAATAAA----TTGGTGTACAA------GCCCCATATATACAAAACAACTT-CTCAACT-TCAAC-------A-TACATTCAA-GCT-AA-A-AT--T-T-AAAAACAGA-T-TC-ATACT---AGAAATCT-T-TTGAAGGGTGTTCACATTT----AAATGTT-C--T--A--A-----------A--GATGAA--TC-CTG-----T--CGG---TA-TCA-ACAA-CGTG------ATAATTAA--AGT-GA---T--------A------A-T-----A-A--A---------------------------------GT---------T------A----------C----------T----C-----TT-------------------AA--------ATG----------------AT-----AGCTGAA--C-ATG-AATGCAT------ACTCAAGTTGAG-ATGGTTTGTTAATACA
gi|12 : ataattA-GAT-GG-A-AG--T-T-AAAAACTGG-T-T--CGA-T---AGAAAACA-CTATGTATACTATTTGCAGTTA---AATTGCT-C--T--A--A-----------ATACA--AA--G---T------G--TAT---TAAT-A-TCAT-CAGA------ATAAGAGAT-GGT-GA---T--------A------C-T-----G-A--A---------AC-------------T--------ATGAAAATTAAT------A----------C----------T----------TT----GAT---TGA------AA--------TTGA-A-------------A------ATT-GAG--A-TTGGAGTGC---CTT---CTCAGGTTGAG-ATGTTCTATGAATACAgtgtctgagaataagtccatcaatgtttagcttaactgcaca
gi|13 : taAAACA---T-CTCAACT-TGATT-------C-AGCACTTCA-GCT-GA-A-TT--T-G-TACAACTGC-T-T--AAG-C---ATAAAACT-T-ATGAATACTCTTTGCGTTTG---AAATGTC-C--TGAA--G-----------A--CA--TA------T------T--TACG--TA-T-A-GCAA-CTTA------ATACTTGAC-AGT-GG---T--------A------T-T-----G-A--ACCTGTTCCGA--------------A--------AT---------T------A----------TGC--------T----G-----CT----AAT---TGA------AA--------ATG----------------CT-----ATTTGAA--C-TTG-AGTGGATACTC-gtac
gi|14 : cA---T-CTTAACT-TGAGC-------ACTGCACACAA-GCT-GACA-AT--T----ACAAGTGT-T-T--AAC-T---AGAAAACT-T-ATGAATA-CAT--GCA---------ATGAT-C--T--A--AGG---------A--CC--AA-----TA------T--AATA--TA-T-A-TCAAACATA------ATTATTGAC-AGT-GA---T--------A------C-T-----G----A---------G--------------T--------CTG--------T------C----------C----------T----GAAAAACT----AAT---TGA------AA--------A--A-G-------------AC-----ATTT---------------CAT------ACTTAAGTTGAG-ATGTTTTGTGAATA
gi|15 : taTGATTGAC-AGT-GT---TGACAGCCCA------T-T-----G-A--A---------AC-------------T--------GT---------T------AAGTAATTATTT----------T----T-----TT----AAT---TAA------AA--------ATGA-A-------------AT-----A--TAAA--C-TTG-ACCGCAT------ACTCAAGTTGAGAATGTTTTGCAAATACAt
gi|15 : tacatatgccctttaataaat----TTTATG-ACAAA-----GTCTTGTATTTGCAAAACA---TTCTCAACT-TGAGT-------A-TGCGGTCAA-GTT-TA-T-AT--T-T-CAagactttgtcataaaatcctcccaactttttaggttaaatctcagacccaggctcaagatt
gi|16 : tacatatgccctttaataaattgattgacagtgttgacagcccattgaaactgttaagtaattatttttttaattaaaaaAATA---T-CTTAACT-TA--T-------C-TCCACTTCA-G-T-GA-GTATGCTGT-TATGGCAGC-C-C--TT--T---AGAAAACT-T-AAGAGTAATTTTCGCTTTCA---CAATGTT-T--T--ACAG-----------A--CA--AA--GC-------------------------ACAA-C--------------TGAC-AGT-GA---T--------A------T-C-----G-A--A---------ACTGTTCCTGAATAAT--------AT---------A------A----------T----------T----AGAAATCT----AAT---CGA------AA--------ATGA-A-------------GT------TTT-AG--T-TTG-AGTatcctcccaactttttaggttaaatctcagacccaggctcaagatt
gi|17 : TTTGCTTTTA---AAATGTT-C--T--G--A-----------AGACA--AA-----CT------T--TGTG--TA-A-A-TCAA-TGTA------CTCATTGAC-AGT-GA---T--------G------T-T-----G-A--A---------AC-------------T--------GC---------TCAGTA-A----------T----------T----G-----CT----AAT---TGA------AA--------ATGA-A--------------------ATTGGAA--A-TTG-AATACATGCTCTGA--CAGGTTGAG-ACATTTTGTGAATAa
gi|18 : tGTACTGA---AAATGGT-T--T--A--ACGGA-------A--TA--CA--GT-TC------A--AATA--TA-T-A-TCAA-CAGT------TTAATTGAC-AATAGA---T--------AAACCA-T-TCA---G-A--A---------T--------------T--------AA---------C------A----------A----------T----T-----TT----AAT---TGA------AA--------ATAA-A-------------AT-------TTGGT--A-TCA-AGTGCATGCTC-TACT-----TGAG-ATGTTTTATGAATGCAtgag
gi|2 : TCACAAAACA---T-TTCAACT-CGAGT-------A-TGCACTTTAAGGT-GA-A--------------CCACAT-T--ATA---------AACT-T--TAAGTAACAGTT-TATCTA---GGATGCT-C--T--A--A-----------A--GA--CA--AT-TT------T--TAT---GAAT-A-TCAA-CATA------ATGGTTGAA-ACT-GA---T--------A------C-T-----G-A--A---------ACTCT----------T--------ATA--------T------A----------TGATAG-----T----G-----TT----AAT---TAA------AA--------ATGA-ACTTTAATGAGTGCAT-----ATATAAGATC-TTG-AATGCATATTC-AA-----GTTCAG-ACGATTTGTGAACA
gi|20 : cTGCATTTA---AAATATT-C--TGTA--G-----------A--CA--AA--AC-TG------A--TGT---T--T-A-CCGA-GGTG------ATAACTGAC-CAT-AT---T--------A------T-T-----G-C--A---------A--------------TTGTCCAGAAA---------T------A----------T----------T----G-----TT----AAA---TGA------GA--------ATGACA-------------AT-----A---GAG--C---G-AGTGCATATTC----T--AGTTGAG-ATGTTTTGTGAATCCAgagacatgttgaactgacaatgtcacagaaacgaattcttcccatgtgtggggaatccgtgcgaatta
gi|21 : TGAATATTATTTTCATTTTTTTAAACGAT-C--TTAA--A-----------G--CA--AA--G---T------T--CATGCATA-C-A-TCAA-C--A------GTAA---AT-AAT-GAACCT--------G------C-T-----T-A--G---------A--------------A--------AT---------T------A----------TA---------T----GC----TT----AAC---TGA------AA--------ATGA-G--------------------ATTTGGG--C-TTG-AATACATgg
gi|22 : TGAACAATATTTGCATACA---AAATGTC-C--T--A--CT----------G--C--------C-TTATTGCCT--TATG--TG-T-A-TCAG-CGTA------TTGCTTGA---GC-GA---A--------A------TAT-----G-AGTA---------A--------------T--------GA---------A------A----------C----------T----G-----TTTAGAAAT---TGA------AT--------ATGG-A-------------AG-------TTGAA--C-TTT-AATGCATACTC-AAtagcactagctgagcattt
gi|23 : aaagtttTTGA---AACTGTT-C--T--G--A-----------AGGCA--AA--GC-TA------A--CAT----G-T-G-TCAA-TGTA------ATA-TTGAA-ACT-G--------------------T-T-----C-A--G---------A--------------A--------AT---------T------A----------TGT--------T----G-----CT----TAT---TTA------GA--------ATGA-A-------------A------ATTTAAG--C-TCA-AGTTCTTATTT-AA-----GTCGAG-ATGTTTTGTTAATg
gi|24 : TTCAAAAACCA---T-CTCAACT-TGAATCATTTTTA-TGCACTCCA-GC--GG-A-AT--T-TATAAAAAAAT-T-T--TAA-T---AGAAAATT-A-ATGACTA----CTGAATT-----AAATGTT-CCAC--A--A-----------A--CA--AA--AC-TT------A--ACG---TG-T-A-TCAA-CAT
gi|25 : AAACA---T-CTCAATT-TGAAT-------A-TACACTTAA-GGT-GA-A-AT--T-T-TAAAACTGT-TCC--ATC-T----GAAAAAT-A-AT--ATAAT-TATACAGTTA---AAATGTA-C--TGAA--G-----------A--CA--AA--G---T------T--TAC---TA-G-A-TCAA-CATA------ATAATT
gi|26 : ATCAAC-AGT-GG---T--------A------T-C-----G-A--A---------A--------------CTG------AT---------T------A----------TATACATGTAAT----G-----TT----AAG---TGA------GA--------AAGT-A-------------AT-------CTGAA--C-TTG-AATACATTCTC----T--AGTTGAG-ATATTTTATG
gi|27 : ggcttgaagacaaagctaatgtcttACAAAATA---T-CCCAACT-TGAGT-------A-TGCACTATA-GATAAA-A-AT--A-T-TAACACTGC-T-T---TA-TTCCAAAACATT-C---GAAAAATATTTGCCTTTG---AAATATT-G--T--A--ATG---------A--CA--AA--G---T------T--TAT---
gi|28 : taAAACTGC-T-T--CTT-T---AGAAAACG-T-ATGAATAATATTTGCATTTA---AAATGTT-C--TGAA--G-----------A--CA--AA--AC-TT------G--TG----TA-T-A-TCAA-CGTA------ATAACTGAC-AGT-GT---T--------A------T-T-----G-A--A---------gc
gi|29 : tc--------AT---------T------A----------A----------C----G-----TA----ATT---TAA------AA--------ATCA-A---------------------TTTAAG--T-TTG-AGTGCATACT----CT--AATTAAG-ATGCTTTGTGAATAct
gi|29 : A-----GCTCCATATTCACAAAGCA---T-CTTAATT-AGAGT-------A-TGCACTCAA-ACT-TA-A-AT--T-tggagctagaagtaataacaacattgatgatt
gi|3 : attaacgtaatttaaaaatcCTGTGTTCATGAAATA---T-CTCAACT-TCAAT-------A-TGCACTC--------A-A-AT--T-T-TCAAACTG--------TA-T----------T-C-ATGA----TGTCTGT-TCTG---AACTGAC-C--T--A--ACTTCAGTGTTTA--CA------GCGTT------TGATGT---TA-G-A-A-AA-CTTATGGATCATGATGAAC-AGT-GA---T--------A------G-T-----GTA--A---------A--------------T--------GT---------TCAGAAAA----------T----------TAACAA-----TT-----AT---TGA------AA--------AC---A-------------AT-----ATATGAG--C-TTG-AGTGCATACTC-AAGTT--GCTGAA-ATGTTTTATGAATACAagaagtaataacaacattgatgatt
gi|30 : ----G-----TG----AAT---TGA------AA--------ATGA-A-------------AT-------TTGAA--TATC--AGTGAATACTC------AAGTTGAG-ATGTTTTGTGAATgaagctggacataaactcatcgagatttaagtctgataatcagattcagactcaa
gi|31 : acaacaatgttgaatttgttcaggaaaatgagGATG-ACAAATGAGAGACCTGTACTCACAAAACA---T-CGAAACT-TAAGT-------A-TCCACTCAA-GCT-GA-A-AT--T-T-TAAAACTAT-T-TCAATACT---GGAAAAtc
gi|32 : aAATGTT-C--T--A--A-----------A--GA--AA--AA-TA------T--CATA--CA-C-A-TCAA-TTAA------ATAATTGAC-AGT-GA---T--------A------T-TG----G-A--A---------A--------------T--------GT---------T------
gi|34 : TGTATTAACAAAATA---T-CCCAACT-TGAGT-------A-TGCACtggaaataataacgttaatcaaa
gi|36 : TA-T---A-AAACCTGC-ATGAATAATATTTACATTTA---AAATGTT-C--TACA--G-----------A--CA--Aatacctgcagatgataacagtgttcatattttattacaca
gi|37 : CCCGAATTCACAAAACA---T-CTCAACT-TGAGT-------A-TTCATTCAG-GCT-CA-T-AT--T-
gi|38 : -----GCCCCATATTCATGAA-TA---T-CTCAACT-TCAGT-------A-TGTACTC
gi|4 : tcctgATGACAAAGACATTGTATTTA--CAAAACAAAGCTTCTAATG-ACAAA-----GACCAGAATTCACCAAACA---T-CTCAACT-TGAGT-------A-TGCACTCTA-ACT-AG-A-AT--T-T-TAGAACTGC-T-T--ATA-T---AGAAAATT-C-ATTAATGGTATTTGCATTCA---AAGTGTT-C--T--A--ATTTC-------A--CA--AA--AC-TT------T--CAT---TC-T-A-ACAA-CCTA------ATCATTTAC-AGT-GA---T--------A------T-T-----G-A--A---------A--------------T--------AT---------T------A----------T----------T----G-----TC----AAT---TGA------AA--------ATGA-A-------------AT-----ATTTGAG--T-TCA-AGTGTATACTC-AACTCAAGGTGAG-ATGTTTTGCAAATACA
gi|7 : CAAAAAA---G-CTCAACT-TAAGT-------A-TGAATT-TA-GCT-GA-A-AT--T-T-TAAAACCAC-T-C---CA-T---AGCCAACT-T-AAGAATGATATTTGTATTTA---AAATATTGT--T--A--AT----------A--CA--GA--G---T------T--TATG--CA-T-ATCCAG-ATTA------AAAATT-AC-AGA-GA---T--------ACCAAACT-TATTCAG-A--A---------A--------------T--------AA---------T------A----------A----------T----T-----TT----GAT---TGA------AA--------ACGA-A--------------------ATTTGAG--C-TTA-AGAGCAT------ACTCGGATTAAA-CTGTTTTATGAATta
gi|8 : gAAACA---T-CTCGACTCTGA-----------T---CTCAC-GTT-AA-A-AT--T-G-TATAACTGC-TCT--ATA-----AGAAGACT-T-ATGGTTAATATTTACATTTA---AAACGTT-C--T--A--A-----------A--GA--AAAGGC-TT------G--TG----GA-T-A-CGAT-TGTA------ATCATTAACAAGT-GA---T--------A------T-T-----G-A--A---------AC-------------T--------AT---------------------------T----------T----G-----------AAT---AGA------AATAATAAGTATCA-A-------------ATAATAAATTGGAT--C-T-G-AGTGCTTACTC-AAC-----------ATGTTTAGTGAATAC
gi|9 : -CTCAACT-TGGGT-------A-TGCACTCAA-GCT-AA-A-CT--T-T-T-AAACTAC-T-T---------------ACT-C-ATG-ATAA-ATT--CGTTT----AAATGTT-C--TGAA--G-----------A--CA--AA--TC-T------------T---TA-T-G-TCGA-CTTA------ATAACTGAT-AAT-GA---T--------A------T-T-----G-AC-A---------C--------------T--------GT---------TC-----A----------T----------A----A-----AC----AATACATGAAAAATTAA--------ATGA-AACTG---------AT-----ATTTCAG--C-TCA-AGACCAT-----AAC-CAAGTAGAT-ATATTTTGTGAATATAtagac
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TTTAGTAAATGTATTATATCTGTTAGGAAAAATACTGTACAATCGTTTTATTATATAAAGATAATGTTGAACCGTAAATTTCACAGAGACGAATTCTTCACACCTGTGAGAAACTCATGCGAATTTTGTTACAAATACGTATAGCGGCCACATTTTTTAAGCAGTATTGACAAACCGTATAACAAATATATACATGAATGACTAAAATATCTCAAAAGTTCAATTATGGACGAGATCGTACCAGTATGAACACAGTTATAGCCC
Unaligned ( gi|6 ): GATTGAATGTTTATGATCTTAACGGAGCAGTAAATATTTCAATCAGGCGCATGGTCGTGTTATATGTAATAGGGTATGTTGGACTGTAAATTTCACAGAAACGAATTCTTTACAGCTGTGAGGAATTTATGCGAATCCTTCAGATTTTATCATGCAACTGTATATTAAACGTATGCAATGTATAAATTTAGTTACATAGAACTACAATGTTTTTGTTAATTCGTTAATTATGTCTTAACGAGAGCGT
Unaligned ( gi|10 ): CGGATAAAGGATTCGTATATATGTCCAAAAGATATCTGCCAAGTTAAATTACGGGCCAGTATGATCAGAGTCATGGTCCTTGATTTAGCATAAATACAATATTCTACCTTGTAAGCATTCTACAGAATAATCAATTATTGACCAATTTAAATCATATTTCGAATGTAAATGTTTATAAAATGCAGGAAAAGTTTGATTTTCGGTTA
Unaligned ( gi|11 ): CTCAATCTTTATTACCCTACAACATTTGTATATTATACATGAGTGACTAAAAGATCTCGGCCAAGTTCAAGTATTGGCAAAATCGTACCAGTATGACCAGAGGTATAGCTCATATTCCACTATAATAGAGTCAATTATTGATATTTCTGGGTCATATTTAGATATAATTTGAATGCTTTTGAAATATTAGTTTGATATTTAGTCA
Unaligned ( gi|19 ): GATTGAATGTTTATGATCTTAACGGAGCAGTAAATATTTCAATCAGGCGCATGGTCGTGTTATATGTAATAGGGTATGTTGGACTGTAAATTTCACAGAAACGAATTCTTTACAGCTGTGAGGAATTTATGCGAATCCTTCAGATTT
Unaligned ( gi|33 ): ACATAAATTCATCAATATTTAGTCAGATATTCAGACTCGGACTCAAATTGTCAAAAATTTCATATTCAAATAATATATATT
Unaligned ( gi|35 ): GCAAAGCTATATTGATCCGTAAATTTCACAGAAACGAATTCTACACACCTGTGAGGAACTCG
Alignments
lowQualScore : 11 222222 33333333333 11111 2222222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222222222222222222222 333333333333
lowQualScore : 1 1 44 777777 44444444444 0 44444 555 2 6666666 2 3 2 1 2 2 2 33 333 22 2222222222222 666 3 4444 1 22 9999999999999999999999999999999999999999999999 1 3333 1 8888 555555 1 0 1 1 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444 333 555555 66666666 1 8888888888888888888888 22 1 555 777777777777 2
lowQualScore : . . .. ...... ........... . ..... ... . ....... . . . . . . . .. ... .. ............. ... . .... . .. .............................................. . .... . .... ...... . . . . . .............................................................................................................. .... ... ...... ........ . ...................... .. . ... ............ .
lowQualScore : 0 0 33 666666 00000000000 8 33333 888 0 5555555 0 3 2 5 2 2 2 11 333 88 4444444444444 111 6 0000 7 44 1111111111111111111111111111111111111111111111 8 9999 8 4444 555555 8 4 9 9 9 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0000 333 555555 99999999 9 8888888888888888888888 66 9 111 555555555555 4
consensus : ATGACAAAGACGTTGTANTTAA-CAAAACAAA----TTGATG-A---------CAAA-----GCCCCGTATTCACAAAACA---TCTCAACT-TGAGT-------A-TGCACTCNA-GCT-GA-A-AT--T-T-TAAAACTGC-T-T--ATA-T---AGAAAACT-C-ATGAATAATATTTGCATTTA---AAATGTT-C--T--AA----A--CA--AA--GCTT------TTA------T---T-A-T-ATCA----A-C-G--TA------A-TAATTGAC-AGT-GA-T--------A------T-T-----G-A--------------A---------A----T--------AT---------T------A----------T-----T----G-----TT----AAT---TGA------AA--------ATGA-A-------------AT-----ATTTGAG--C-TCG-AGTGCATACTC-AACTCAAGTTGAG-ATGTTTTGTGAATACA
Reference ( family-483 ) : ATGACAAAGACGTTGTANTNAATCAAAACAAA----TTGATG-A---------CAAA-----GCCCCGTATTCACAAAACA---TCTCAACT-TGAGT-------A-TGCACTCNA-GCT-GA-A-AT--T-T-TAAAACTGC-T-T--ATA-T---AGAAAACT-C-ATGAATAATATTTGCATTTA---AAATGTT-C--T--AA----A--CA--AA--GCTT------TTA------T---T-A-T-ATCA----A-C-G--TA------A-TAATTGAC-AGT-GA-T--------A------T-T-----G-A--------------A---------A----T--------AT---------T------A----------T-----T----G-----TT----AAT---TGA------AA--------ATGA-A-------------AT-----ATTTGAG--C-TCG-AGTGCATACTC-AACTCAAGTTGAG-ATGTTTTGTGAATACA
gi|1 : AAAATGTTGTAATGAATCAAAATAAA----TTGGTGTA---------C-AA-----GCCCCATATATACAAAACAACTTCTCAACT-TCAAC-------A-TACATTCAA-GCT-AA-A-AT--T-T-AAAAACAGA-T-TC-ATACT---AGAAATCT-T-TTGAAGGGTGTTCACATTT----AAATGTT-C--T--AA----A--GATGAA--TCCTG-----TCG------G---T-A-TCAACA----A-C-G--TG------A-TAATTAA--AGT-GA-T--------A------A-T-----A-A--------------A-----------------------GT---------T------A----------C-----T----C-----TT-------------------AA--------ATG----------------AT-----AGCTGAA--C-ATG-AATGCAT------ACTCAAGTTGAG-ATGGTTTGTTAATACA
gi|1 : ataattTGCAGTTAAGCTAAACA------TTGATG-GACTTATTCTCAGA------CACTGTATTAACAAACCA---TCTCAACT-TGAGT-------A-TGCATTCgtgtctgagaataagtccatcaatgtttagcttaactgcaca
gi|12 : ataattaaaatgttgtaatgaatcaaaataaattggtgtacaagccccatatatacaaaacaacttctcaacttcaacatacattcaagctaaaatttaaaaacagattcatactagaaatcttttgaagggtgttcacatttaaatgttctaaagatgaatcctgtcggtatcaacaacgtgataattaaagtgataataaagttactcttaaatgatagctgaacatA-GAT-GG-A-AG--T-T-AAAAACTGG-T-T--CGA-T---AGAAAACA-CTATGTATACTATTTGCAGTTA---AATTGCT-C--T--AA----ATACA--AA--G--T------GTA------T---T-AAT-ATCA----T-C-A--GA------A-TAAGAGAT-GGT-GA-T--------A------C-T-----G-A--------------A---------AC---T--------ATGAAAATTAAT------A----------C-----T----------TT----GAT---TGA------AA--------TTGA-A-------------A------ATT-GAG--A-TTGGAGTGC---CTT---CTCAGGTTGAG-ATGTTCTATGAATACAca
gi|13 : taAAACA---TCTCAACT-TGATT-------C-AGCACTTCA-GCT-GA-A-TT--T-G-TACAACTGC-T-T--AAG-C---ATAAAACT-T-ATGAATACTCTTTGCGTTTG---AAATGTC-C--TGAAG----A--CA--TA-----T------TTA------CG--T-A-T-AGCA----A-C-T--TA------A-TACTTGAC-AGT-GG-T--------A------T-T-----G-A--------------ACCTGTTCCGA----A--------AT---------T------A----------TGC---T----G-----CT----AAT---TGA------AA--------ATG----------------CT-----ATTTGAA--C-TTG-AGTGGATACTC-gtac
gi|14 : cA---TCTTAACT-TGAGC-------ACTGCACACAA-GCT-GACA-AT--T----ACAAGTGT-T-T--AAC-T---AGAAAACT-T-ATGAATA-CAT--GCA---------ATGAT-C--T--AAGG--A--CC--AA----TA------TAA------TA--T-A-T-ATCA----AAC-A--TA------A-TTATTGAC-AGT-GA-T--------A------C-T-----G----------------A---------G----T--------CTG--------T------C----------C-----T----GAAAAACT----AAT---TGA------AA--------A--A-G-------------AC-----ATTT---------------CAT------ACTTAAGTTGAG-ATGTTTTGTGAATA
gi|15 : ta-TGATTGAC-AGT-GT-TGACAGCCCA------T-T-----G-A--------------A---------AC---T--------GT---------T------AAGTAATTATTT-----T----T-----TT----AAT---TAA------AA--------ATGA-A-------------AT-----A--TAAA--C-TTG-ACCGCAT------ACTCAAGTTGAGAATGTTTTGCAAATACAt
gi|15 : tacatatgccctttaataaat----TTTATG-A---------CAAA-----GTCTTGTATTTGCAAAACAT--TCTCAACT-TGAGT-------A-TGCGGTCAA-GTT-TA-T-AT--T-T-CAagactttgtcataaaatcctcccaactttttaggttaaatctcagacccaggctcaagatt
gi|16 : tacatatgccctttaataaattgattgacagtgttgacagcccattgaaactgttaagtaattatttttttaattaaaaaAATA---TCTTAACT-TA--T-------C-TCCACTTCA-G-T-GA-GTATGCTGT-TATGGCAGC-C-C--TT--T---AGAAAACT-T-AAGAGTAATTTTCGCTTTCA---CAATGTT-T--TACAG----A--CA--AA--GC--------------------------------------------------A-CAACTGAC-AGT-GA-T--------A------T-C-----G-AAACTGTTCCTGAATA---------A----T--------AT---------A------A----------T-----T----AGAAATCT----AAT---CGA------AA--------ATGA-A-------------GT------TTT-AG--T-TTG-AGTatcctcccaactttttaggttaaatctcagacccaggctcaagatt
gi|17 : TTTGCTTTTA---AAATGTT-C--T--GA----AGACA--AA----CT------TTG------TG--T-A-A-ATCA----A-T-G--TA------C-TCATTGAC-AGT-GA-T--------G------T-T-----G-A--------------A---------AC---T--------GC---------TCAGTA-A----------T-----T----G-----CT----AAT---TGA------AA--------ATGA-A--------------------ATTGGAA--A-TTG-AATACATGCTCTGA--CAGGTTGAG-ACATTTTGTGAATAa
gi|18 : tGTACTGA---AAATGGT-T--T--AACGGAA--TA--CA--GTTC------AAA------TA--T-A-T-ATCA----A-CAG--TT--------TAATTGAC-AATAGA-T--------AAACCA-T-TCA---G-A--------------A---------T----T--------AA---------C------A----------A-----T----T-----TT----AAT---TGA------AA--------ATAA-A-------------AT-------TTGGT--A-TCA-AGTGCATGCTC-TACT-----TGAG-ATGTTTTATGAATGCAtgag
gi|2 : TCACAAAACA---TTTCAACT-CGAGT-------A-TGCACTTTAAGGT-GA-A--------------CCACAT-T--ATA---------AACT-T--TAAGTAACAGTT-TATCTA---GGATGCT-C--T--AA----A--GA--CA--ATTT------TTA------T---G-AAT-ATCA----A-C-A--TA------A-TGGTTGAA-ACT-GA-T--------A------C-T-----G-A--------------A---------ACTCTT--------ATA--------T------A----------TGATAGT----G-----TT----AAT---TAA------AA--------ATGA-ACTTTAATGAGTGCAT-----ATATAAGATC-TTG-AATGCATATTC-AA-----GTTCAG-ACGATTTGTGAACA
gi|20 : cTGCATTTA---AAATATT-C--TGTAG----A--CA--AA--ACTG------ATG------T---T---T-ACCG----A-G-G--TG------A-TAACTGAC-CAT-AT-T--------A------T-T-----G-C--------------A---------A----TTGTCCAGAAA---------T------A----------T-----T----G-----TT----AAA---TGA------GA--------ATGACA-------------AT-----A---GAG--C---G-AGTGCATATTC----T--AGTTGAG-ATGTTTTGTGAATCCAgagacatgttgaactgacaatgtcacagaaacgaattcttcccatgtgtggggaatccgtgcgaatta
gi|21 : TGAATATTATTTTCATTTTTTTAAACGAT-C--TTAAA----G--CA--AA--G--T------TCA------TGCAT-A-C-ATCA----A-CAG--TA------AATAATGAAC-C-T-GC-T---------------T-A-----G-A--------------A---------A----T-------------------T------A----------TA----T----GC----TT----AAC---TGA------AA--------ATGA-G--------------------ATTTGGG--C-TTG-AATACATgg
gi|22 : TGAACAATATTTGCATACA---AAATGTC-C--T--ACT---G--C--------CTTATTGCCTTA------TG--T-G-T-ATCA----G-C-G--TA------T-TGCTTGA---GC-GA-A--------A------TAT-----G-AGT------------A---------A----T--------GA---------A------A----------C-----T----G-----TTTAGAAAT---TGA------AT--------ATGG-A-------------AG-------TTGAA--C-TTT-AATGCATACTC-AAtagcactagctgagcattt
gi|23 : aaagtttTTGA---AACTGTT-C--T--GA----AGGCA--AA--GCTA------ACA------T-----G-T-GTCA----A-T-G--TA------A-TA-TTGAA-ACT-G------------------T-T-----C-A--------------G---------A----A--------AT---------T------A----------TGT---T----G-----CT----TAT---TTA------GA--------ATGA-A-------------A------ATTTAAG--C-TCA-AGTTCTTATTT-AA-----GTCGAG-ATGTTTTGTTAATg
gi|24 : TTCAAAAACCA---TCTCAACT-TGAATCATTTTTA-TGCACTCCA-GC--GG-A-AT--T-TATAAAAAAAT-T-T--TAA-T---AGAAAATT-A-ATGACTA----CTGAATT-----AAATGTT-CCAC--AA----A--CA--AA--ACTT------AAC------G---T-G-T-ATCA----A-C-A--T
gi|25 : AAACA---TCTCAATT-TGAAT-------A-TACACTTAA-GGT-GA-A-AT--T-T-TAAAACTGT-TCC--ATC-T----GAAAAAT-A-AT--ATAAT-TATACAGTTA---AAATGTA-C--TGAAG----A--CA--AA--G--T------TTA------C---T-A-G-ATCA----A-C-A--TA------A-TAATT
gi|26 : --AG----A--CA--AA--GCTA------ATG------T---C-T-T-ATCA----A-CAG--TG------G-T-ATCGAA-ACT-GATT--------A------T---------A--------------T---------A----C--------ATG--------T------A----------A-----T----G-----TT----AAG---TGA------GA--------AAGT-A--------------------ATCTGAA--C-TTG-AATACAT--T----CTCTAGTTGAG-ATATTTTATG
gi|27 : ggcttgaACAAAATA---TCCCAACT-TGAGT-------A-TGCACTATA-GATAAA-A-AT--A-T-TAACACTGC-T-T---TA-TTCCAAAACATT-C---GAAAAATATTTGCCTTTG---AAATATT-G--T--AATG--A--CA--AA--G--T------TTA------T---
gi|28 : taAAACTGC-T-T--CTT-T---AGAAAACG-T-ATGAATAATATTTGCATTTA---AAATGTT-C--TGAAG----A--CA--AA--ACTT------GTG----------T-A-T-ATCA----A-C-G--TA------A-TAACTGAC-AGT-GT-T--------A------T-T-----G-A--------------A---------gc
gi|29 : tc--------AT---------T------A----------A-----C----G-----TA----ATT---TAA------AA--------ATCA-A---------------------TTTAAG--T-TTG-AGTGCATACT----CT--AATTAAG-ATGCTTTGTGAATAct
gi|29 : A-----GCTCCATATTCACAAAGCA---TCTTAATT-AGAGT-------A-TGCACTCAA-ACT-TA-A-AT--T-tggagctagaagtaataacaacattgatgatt
gi|3 : attaacgtaatttaaaaatcCTGTGTTCATGAAATA---TCTCAACT-TCAAT-------A-TGCACTC--------A-A-AT--T-T-TCAAACTG--------TA-T----------T-C-ATGA----TGTCTGT-TCTG---AACTGAC-C--T--AA----C--TT--CA--GTGT------TTACAGCGTT---TGA-T-GTTAGAAAA-C-T--TATGGATCA-TGATGAAC-AGT-GA-T--------A------G-T-----GTA--------------A---------A----T--------GT---------TCAGAAAA----------T-----TAACAA-----TT-----AT---TGA------AA--------AC---A-------------AT-----ATATGAG--C-TTG-AGTGCATACTC-AAGTT--GCTGAA-ATGTTTTATGAATACAagaagtaataacaacattgatgatt
gi|30 : ----G-----TG----AAT---TGA------AA--------ATGA-A-------------AT-------TTGAA--TATC--AGTGAATACTC------AAGTTGAG-ATGTTTTGTGAATgaagctggacataaactcatcgagatttaagtctgataatcagattcagactcaa
gi|31 : acaacaatgttgaatttgttcaggaaaatgagGATG-A---------CAAATGAGAGACCTGTACTCACAAAACA---TCGAAACT-TAAGT-------A-TCCACTCAA-GCT-GA-A-AT--T-T-TAAAACTAT-T-TCAATACT---GGAAAAtc
gi|32 : aAATGTT-C--T--AA----A--GA--AA--AATA------TCA------TA--C-A-C-ATCA----A-T-T--AA------A-TAATTGAC-AGT-GA-T--------A------T-TG----G-A--------------A---------A----T--------GT---------T------
gi|34 : GTATTAACAAAATA---TCCCAACT-TGAGT-------A-TGCACtggaaataataacgttaatcaaa
gi|36 : TA-T---A-AAACCTGC-ATGAATAATATTTACATTTA---AAATGTT-C--TACAG----A--CA--Aaatacctgcagatgataacagtgttcatattttattacaca
gi|37 : CCCGAATTCACAAAACA---TCTCAACT-TGAGT-------A-TTCATTCAG-GCT-CA-T-AT--T-
gi|38 : -----GCCCCATATTCATGAA-TA---TCTCAACT-TCAGT-------A-TGTACTC
gi|4 : tcctgATGACAAAGACATTGTATTTA--CAAAACAAAGCTTCTAATG-A---------CAAA-----GACCAGAATTCACCAAACA---TCTCAACT-TGAGT-------A-TGCACTCTA-ACT-AG-A-AT--T-T-TAGAACTGC-T-T--ATA-T---AGAAAATT-C-ATTAATGGTATTTGCATTCA---AAGTGTT-C--T--AATTTCA--CA--AA--ACTT------TCA------T---T-C-T-AACA----A-C-C--TA------A-TCATTTAC-AGT-GA-T--------A------T-T-----G-A--------------A---------A----T--------AT---------T------A----------T-----T----G-----TC----AAT---TGA------AA--------ATGA-A-------------AT-----ATTTGAG--T-TCA-AGTGTATACTC-AACTCAAGGTGAG-ATGTTTTGCAAATACA
gi|7 : CAAAAAA---GCTCAACT-TAAGT-------A-TGAATT-TA-GCT-GA-A-AT--T-T-TAAAACCAC-T-C---CA-T---AGCCAACT-T-AAGAATGATATTTGTATTTA---AAATATTGT--T--AAT---A--CA--GA--G--T------TTA------TG--C-A-T-ATCC----A---GATTA------A-AAATT-AC-AGA-GA-T--------ACCAAACT-TATTCAG-A--------------A---------A----T--------AA---------T------A----------A-----T----T-----TT----GAT---TGA------AA--------ACGA-A--------------------ATTTGAG--C-TTA-AGAGCAT------ACTCGGATTAAA-CTGTTTTATGAATta
gi|8 : gAAACA---TCTCGACTCTGA-----------T---CTCAC-GTT-AA-A-AT--T-G-TATAACTGC-TCT--ATA-----AGAAGACT-T-ATGGTTAATATTTACATTTA---AAACGTT-C--T--AA----A--GA--AAAGGCTT------GTG----------G-A-T-ACGA----T-T-G--TA------A-TCATTAACAAGT-GA-T--------A------T-T-----G-A--------------A---------AC---T--------AT---------------------------T-----T----G-----------AAT---AGA------AATAATAAGTATCA-A-------------ATAATAAATTGGAT--C-T-G-AGTGCTTACTC-AAC-----------ATGTTTAGTGAATAC
gi|9 : CTCAACT-TGGGT-------A-TGCACTCAA-GCT-AA-A-CT--T-T-T-AAACTAC-T-T---------------ACT-C-ATG-ATAA-ATT--CGTTT----AAATGTT-C--TGAAG----A--CA--AA--TCT----------------T---T-A-T-GTCG----A-C-T--TA------A-TAACTGAT-AAT-GA-T--------A------T-T-----G-AC-------------A---------C----T--------GT---------TC-----A----------T-----A----A-----AC----AATACATGAAAAATTAA--------ATGA-AACTG---------AT-----ATTTCAG--C-TCA-AGACCAT-----AAC-CAAGTAGAT-ATATTTTGTGAATATAtagac
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TTTAGTAAATGTATTATATCTGTTAGGAAAAATACTGTACAATCGTTTTATTATATAAAGATAATGTTGAACCGTAAATTTCACAGAGACGAATTCTTCACACCTGTGAGAAACTCATGCGAATTTTGTTACAAATACGTATAGCGGCCACATTTTTTAAGCAGTATTGACAAACCGTATAACAAATATATACATGAATGACTAAAATATCTCAAAAGTTCAATTATGGACGAGATCGTACCAGTATGAACACAGTTATAGCCC
Unaligned ( gi|6 ): GATTGAATGTTTATGATCTTAACGGAGCAGTAAATATTTCAATCAGGCGCATGGTCGTGTTATATGTAATAGGGTATGTTGGACTGTAAATTTCACAGAAACGAATTCTTTACAGCTGTGAGGAATTTATGCGAATCCTTCAGATTTTATCATGCAACTGTATATTAAACGTATGCAATGTATAAATTTAGTTACATAGAACTACAATGTTTTTGTTAATTCGTTAATTATGTCTTAACGAGAGCGT
Unaligned ( gi|10 ): CGGATAAAGGATTCGTATATATGTCCAAAAGATATCTGCCAAGTTAAATTACGGGCCAGTATGATCAGAGTCATGGTCCTTGATTTAGCATAAATACAATATTCTACCTTGTAAGCATTCTACAGAATAATCAATTATTGACCAATTTAAATCATATTTCGAATGTAAATGTTTATAAAATGCAGGAAAAGTTTGATTTTCGGTTA
Unaligned ( gi|11 ): CTCAATCTTTATTACCCTACAACATTTGTATATTATACATGAGTGACTAAAAGATCTCGGCCAAGTTCAAGTATTGGCAAAATCGTACCAGTATGACCAGAGGTATAGCTCATATTCCACTATAATAGAGTCAATTATTGATATTTCTGGGTCATATTTAGATATAATTTGAATGCTTTTGAAATATTAGTTTGATATTTAGTCA
Unaligned ( gi|19 ): GATTGAATGTTTATGATCTTAACGGAGCAGTAAATATTTCAATCAGGCGCATGGTCGTGTTATATGTAATAGGGTATGTTGGACTGTAAATTTCACAGAAACGAATTCTTTACAGCTGTGAGGAATTTATGCGAATCCTTCAGATTT
Unaligned ( gi|33 ): ACATAAATTCATCAATATTTAGTCAGATATTCAGACTCGGACTCAAATTGTCAAAAATTTCATATTCAAATAATATATATT
Unaligned ( gi|35 ): GCAAAGCTATATTGATCCGTAAATTTCACAGAAACGAATTCTACACACCTGTGAGGAACTCG
Alignments
lowQualScore : 33 222222 33333333333 11111 2222222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222222222222222222222 333333333333
lowQualScore : 1 44 777777 44444444444 44444 555 2 6666666 2 3 2 1 2 2 2 33 333 22 2222222222222 666 3 4444 1 22 9999999999999999999999999999999999999999999999 1 3333 1 8888 555555 1 0 1 1 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444 333 555555 66666666 1 8888888888888888888888 22 1 555 777777777777 2
lowQualScore : . .. ...... ........... ..... ... . ....... . . . . . . . .. ... .. ............. ... . .... . .. .............................................. . .... . .... ...... . . . . . .............................................................................................................. .... ... ...... ........ . ...................... .. . ... ............ .
lowQualScore : 0 00 666666 00000000000 33333 888 0 5555555 0 3 2 5 2 2 2 11 333 88 4444444444444 111 6 0000 7 44 1111111111111111111111111111111111111111111111 8 9999 8 4444 555555 8 4 9 9 9 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0000 333 555555 99999999 9 8888888888888888888888 66 9 111 555555555555 4
consensus : ATGACAAAGACGTTGTANTTAA-CAAAACAAA----TTGATG-A---------CAAA-----GCCCCGTATTCACAAAACA---TCTCAACT-TGAGT-------A-TGCACTCNA-GCT-GA-A-AT--T-T-TAAAACTGC-T-T--ATA-T---AGAAAACT-C-ATGAATAATATTTGCATTTA---AAATGTT-C--T--AA----A--CA--AA--GCTT------TTA------T---T-A-T-ATCA----A-C-G--TA------A-TAATTGAC-AGT-GA-T--------A------T-T-----G-A--------------A---------A----T--------AT---------T------A----------T-----T----G-----TT----AAT---TGA------AA--------ATGA-A-------------AT-----ATTTGAG--C-TCG-AGTGCATACTC-AACTCAAGTTGAG-ATGTTTTGTGAATACA
Reference ( family-483 ) : ATGACAAAGACGTTGTANTTAA-CAAAACAAA----TTGATG-A---------CAAA-----GCCCCGTATTCACAAAACA---TCTCAACT-TGAGT-------A-TGCACTCNA-GCT-GA-A-AT--T-T-TAAAACTGC-T-T--ATA-T---AGAAAACT-C-ATGAATAATATTTGCATTTA---AAATGTT-C--T--AA----A--CA--AA--GCTT------TTA------T---T-A-T-ATCA----A-C-G--TA------A-TAATTGAC-AGT-GA-T--------A------T-T-----G-A--------------A---------A----T--------AT---------T------A----------T-----T----G-----TT----AAT---TGA------AA--------ATGA-A-------------AT-----ATTTGAG--C-TCG-AGTGCATACTC-AACTCAAGTTGAG-ATGTTTTGTGAATACA
gi|1 : AAAATGTTGTAATGAATCAAAATAAA----TTGGTGTA---------CAA------GCCCCATATATACAAAACAACTTCTCAACT-TCAAC-------A-TACATTCAA-GCT-AA-A-AT--T-T-AAAAACAGA-T-TC-ATACT---AGAAATCT-T-TTGAAGGGTGTTCACATTT----AAATGTT-C--T--AA----A--GATGAA--TCCTG-----TCG------G---T-A-TCAACA----A-C-G--TG------A-TAATTAA--AGT-GA-T--------A------A-T-----A-A--------------A-----------------------GT---------T------A----------C-----T----C-----TT-------------------AA--------ATG----------------AT-----AGCTGAA--C-ATG-AATGCAT------ACTCAAGTTGAG-ATGGTTTGTTAATACA
gi|1 : ataattTGCAGTTAAGCTAAACA------TTGATG-GACTTATTCTCAGA------CACTGTATTAACAAACCA---TCTCAACT-TGAGT-------A-TGCATTCgtgtctgagaataagtccatcaatgtttagcttaactgcaca
gi|12 : ataattaaaatgttgtaatgaatcaaaataaattggtgtacaagccccatatatacaaaacaacttctcaacttcaacatacattcaagctaaaatttaaaaacagattcatactagaaatcttttgaagggtgttcacatttaaatgttctaaagatgaatcctgtcggtatcaacaacgtgataattaaagtgataataaagttactcttaaatgatagctgaacatA-GAT-GG-A-AG--T-T-AAAAACTGG-T-T--CGA-T---AGAAAACA-CTATGTATACTATTTGCAGTTA---AATTGCT-C--T--AA----ATACA--AA--G--T------GTA------T---T-AAT-ATCA----T-C-A--GA------A-TAAGAGAT-GGT-GA-T--------A------C-T-----G-A--------------A---------AC---T--------ATGAAAATTAAT------A----------C-----T----------TT----GAT---TGA------AA--------TTGA-A-------------A------ATT-GAG--A-TTGGAGTGC---CTT---CTCAGGTTGAG-ATGTTCTATGAATACAca
gi|13 : taAAACA---TCTCAACT-TGATT-------C-AGCACTTCA-GCT-GA-A-TT--T-G-TACAACTGC-T-T--AAG-C---ATAAAACT-T-ATGAATACTCTTTGCGTTTG---AAATGTC-C--TGAAG----A--CA--TA-----T------TTA------CG--T-A-T-AGCA----A-C-T--TA------A-TACTTGAC-AGT-GG-T--------A------T-T-----G-A--------------ACCTGTTCCGA----A--------AT---------T------A----------TGC---T----G-----CT----AAT---TGA------AA--------ATG----------------CT-----ATTTGAA--C-TTG-AGTGGATACTC-gtac
gi|14 : cA---TCTTAACT-TGAGC-------ACTGCACACAA-GCT-GACA-AT--T----ACAAGTGT-T-T--AAC-T---AGAAAACT-T-ATGAATA-CAT--GCA---------ATGAT-C--T--AAGG--A--CC--AA----TA------TAA------TA--T-A-T-ATCA----AAC-A--TA------A-TTATTGAC-AGT-GA-T--------A------C-T-----G----------------A---------G----T--------CTG--------T------C----------C-----T----GAAAAACT----AAT---TGA------AA--------A--A-G-------------AC-----ATTT---------------CAT------ACTTAAGTTGAG-ATGTTTTGTGAATA
gi|15 : ta-TGATTGAC-AGT-GT-TGACAGCCCA------T-T-----G-A--------------A---------AC---T--------GT---------T------AAGTAATTATTT-----T----T-----TT----AAT---TAA------AA--------ATGA-A-------------AT-----A--TAAA--C-TTG-ACCGCAT------ACTCAAGTTGAGAATGTTTTGCAAATACAt
gi|15 : tacatatgccctttaataaat----TTTATG-A---------CAAA-----GTCTTGTATTTGCAAAACAT--TCTCAACT-TGAGT-------A-TGCGGTCAA-GTT-TA-T-AT--T-T-CAagactttgtcataaaatcctcccaactttttaggttaaatctcagacccaggctcaagatt
gi|16 : tacatatgccctttaataaattgattgacagtgttgacagcccattgaaactgttaagtaattatttttttaattaaaaaAATA---TCTTAACT-TA--T-------C-TCCACTTCA-G-T-GA-GTATGCTGT-TATGGCAGC-C-C--TT--T---AGAAAACT-T-AAGAGTAATTTTCGCTTTCA---CAATGTT-T--TACAG----A--CA--AA--GC--------------------------------------------------A-CAACTGAC-AGT-GA-T--------A------T-C-----G-AAACTGTTCCTGAATA---------A----T--------AT---------A------A----------T-----T----AGAAATCT----AAT---CGA------AA--------ATGA-A-------------GT------TTT-AG--T-TTG-AGTatcctcccaactttttaggttaaatctcagacccaggctcaagatt
gi|17 : TTTGCTTTTA---AAATGTT-C--T--GA----AGACA--AA----CT------TTG------TG--T-A-A-ATCA----A-T-G--TA------C-TCATTGAC-AGT-GA-T--------G------T-T-----G-A--------------A---------AC---T--------GC---------TCAGTA-A----------T-----T----G-----CT----AAT---TGA------AA--------ATGA-A--------------------ATTGGAA--A-TTG-AATACATGCTCTGA--CAGGTTGAG-ACATTTTGTGAATAa
gi|18 : tGTACTGA---AAATGGT-T--T--AACGGAA--TA--CA--GTTC------AAA------TA--T-A-T-ATCA----A-CAG--TT--------TAATTGAC-AATAGA-T--------AAACCA-T-TCA---G-A--------------A---------T----T--------AA---------C------A----------A-----T----T-----TT----AAT---TGA------AA--------ATAA-A-------------AT-------TTGGT--A-TCA-AGTGCATGCTC-TACT-----TGAG-ATGTTTTATGAATGCAtgag
gi|2 : TCACAAAACA---TTTCAACT-CGAGT-------A-TGCACTTTAAGGT-GA-A--------------CCACAT-T--ATA---------AACT-T--TAAGTAACAGTT-TATCTA---GGATGCT-C--T--AA----A--GA--CA--ATTT------TTA------T---G-AAT-ATCA----A-C-A--TA------A-TGGTTGAA-ACT-GA-T--------A------C-T-----G-A--------------A---------ACTCTT--------ATA--------T------A----------TGATAGT----G-----TT----AAT---TAA------AA--------ATGA-ACTTTAATGAGTGCAT-----ATATAAGATC-TTG-AATGCATATTC-AA-----GTTCAG-ACGATTTGTGAACA
gi|20 : cTGCATTTA---AAATATT-C--TGTAG----A--CA--AA--ACTG------ATG------T---T---T-ACCG----A-G-G--TG------A-TAACTGAC-CAT-AT-T--------A------T-T-----G-C--------------A---------A----TTGTCCAGAAA---------T------A----------T-----T----G-----TT----AAA---TGA------GA--------ATGACA-------------AT-----A---GAG--C---G-AGTGCATATTC----T--AGTTGAG-ATGTTTTGTGAATCCAgagacatgttgaactgacaatgtcacagaaacgaattcttcccatgtgtggggaatccgtgcgaatta
gi|21 : TGAATATTATTTTCATTTTTTTAAACGAT-C--TTAAA----G--CA--AA--G--T------TCA------TGCAT-A-C-ATCA----A-CAG--TA------AATAATGAAC-C-T-GC-T---------------T-A-----G-A--------------A---------A----T-------------------T------A----------TA----T----GC----TT----AAC---TGA------AA--------ATGA-G--------------------ATTTGGG--C-TTG-AATACATgg
gi|22 : TGAACAATATTTGCATACA---AAATGTC-C--T--ACT---G--C--------CTTATTGCCTTA------TG--T-G-T-ATCA----G-C-G--TA------T-TGCTTGA---GC-GA-A--------A------TAT-----G-AGT------------A---------A----T--------GA---------A------A----------C-----T----G-----TTTAGAAAT---TGA------AT--------ATGG-A-------------AG-------TTGAA--C-TTT-AATGCATACTC-AAtagcactagctgagcattt
gi|23 : aaagtttTTGA---AACTGTT-C--T--GA----AGGCA--AA--GCTA------ACA------T-----G-T-GTCA----A-T-G--TA------A-TA-TTGAA-ACT-G------------------T-T-----C-A--------------G---------A----A--------AT---------T------A----------TGT---T----G-----CT----TAT---TTA------GA--------ATGA-A-------------A------ATTTAAG--C-TCA-AGTTCTTATTT-AA-----GTCGAG-ATGTTTTGTTAATg
gi|24 : TTCAAAAACCA---TCTCAACT-TGAATCATTTTTA-TGCACTCCA-GC--GG-A-AT--T-TATAAAAAAAT-T-T--TAA-T---AGAAAATT-A-ATGACTA----CTGAATT-----AAATGTT-CCAC--AA----A--CA--AA--ACTT------AAC------G---T-G-T-ATCA----A-C-A--T
gi|25 : AAACA---TCTCAATT-TGAAT-------A-TACACTTAA-GGT-GA-A-AT--T-T-TAAAACTGT-TCC--ATC-T----GAAAAAT-A-AT--ATAAT-TATACAGTTA---AAATGTA-C--TGAAG----A--CA--AA--G--T------TTA------C---T-A-G-ATCA----A-C-A--TA------A-TAATT
gi|26 : --AG----A--CA--AA--GCTA------ATG------T---C-T-T-ATCA----A-CAG--TG------G-T-ATCGAA-ACT-GATT--------A------T---------A--------------T---------A----C--------ATG--------T------A----------A-----T----G-----TT----AAG---TGA------GA--------AAGT-A--------------------ATCTGAA--C-TTG-AATACAT--T----CTCTAGTTGAG-ATATTTTATG
gi|27 : ggcttgaACAAAATA---TCCCAACT-TGAGT-------A-TGCACTATA-GATAAA-A-AT--A-T-TAACACTGC-T-T---TA-TTCCAAAACATT-C---GAAAAATATTTGCCTTTG---AAATATT-G--T--AATG--A--CA--AA--G--T------TTA------T---
gi|28 : taAAACTGC-T-T--CTT-T---AGAAAACG-T-ATGAATAATATTTGCATTTA---AAATGTT-C--TGAAG----A--CA--AA--ACTT------GTG----------T-A-T-ATCA----A-C-G--TA------A-TAACTGAC-AGT-GT-T--------A------T-T-----G-A--------------A---------gc
gi|29 : tc--------AT---------T------A----------A-----C----G-----TA----ATT---TAA------AA--------ATCA-A---------------------TTTAAG--T-TTG-AGTGCATACT----CT--AATTAAG-ATGCTTTGTGAATAct
gi|29 : A-----GCTCCATATTCACAAAGCA---TCTTAATT-AGAGT-------A-TGCACTCAA-ACT-TA-A-AT--T-tggagctagaagtaataacaacattgatgatt
gi|3 : attaacgtaatttaaaaatcCTGTGTTCATGAAATA---TCTCAACT-TCAAT-------A-TGCACTC--------A-A-AT--T-T-TCAAACTG--------TA-T----------T-C-ATGA----TGTCTGT-TCTG---AACTGAC-C--T--AA----C--TT--CA--GTGT------TTACAGCGTT---TGA-T-GTTAGAAAA-C-T--TATGGATCA-TGATGAAC-AGT-GA-T--------A------G-T-----GTA--------------A---------A----T--------GT---------TCAGAAAA----------T-----TAACAA-----TT-----AT---TGA------AA--------AC---A-------------AT-----ATATGAG--C-TTG-AGTGCATACTC-AAGTT--GCTGAA-ATGTTTTATGAATACAagaagtaataacaacattgatgatt
gi|30 : ----G-----TG----AAT---TGA------AA--------ATGA-A-------------AT-------TTGAA--TATC--AGTGAATACTC------AAGTTGAG-ATGTTTTGTGAATgaagctggacataaactcatcgagatttaagtctgataatcagattcagactcaa
gi|31 : acaacaatgttgaatttgttcaggaaaatgagGATG-A---------CAAATGAGAGACCTGTACTCACAAAACA---TCGAAACT-TAAGT-------A-TCCACTCAA-GCT-GA-A-AT--T-T-TAAAACTAT-T-TCAATACT---GGAAAAtc
gi|32 : aAATGTT-C--T--AA----A--GA--AA--AATA------TCA------TA--C-A-C-ATCA----A-T-T--AA------A-TAATTGAC-AGT-GA-T--------A------T-TG----G-A--------------A---------A----T--------GT---------T------
gi|34 : GTATTAACAAAATA---TCCCAACT-TGAGT-------A-TGCACtggaaataataacgttaatcaaa
gi|36 : TA-T---A-AAACCTGC-ATGAATAATATTTACATTTA---AAATGTT-C--TACAG----A--CA--Aaatacctgcagatgataacagtgttcatattttattacaca
gi|37 : CCCGAATTCACAAAACA---TCTCAACT-TGAGT-------A-TTCATTCAG-GCT-CA-T-AT--T-
gi|38 : -----GCCCCATATTCATGAA-TA---TCTCAACT-TCAGT-------A-TGTACTC
gi|4 : tcctgATGACAAAGACATTGTATTTA--CAAAACAAAGCTTCTAATG-A---------CAAA-----GACCAGAATTCACCAAACA---TCTCAACT-TGAGT-------A-TGCACTCTA-ACT-AG-A-AT--T-T-TAGAACTGC-T-T--ATA-T---AGAAAATT-C-ATTAATGGTATTTGCATTCA---AAGTGTT-C--T--AATTTCA--CA--AA--ACTT------TCA------T---T-C-T-AACA----A-C-C--TA------A-TCATTTAC-AGT-GA-T--------A------T-T-----G-A--------------A---------A----T--------AT---------T------A----------T-----T----G-----TC----AAT---TGA------AA--------ATGA-A-------------AT-----ATTTGAG--T-TCA-AGTGTATACTC-AACTCAAGGTGAG-ATGTTTTGCAAATACA
gi|7 : CAAAAAA---GCTCAACT-TAAGT-------A-TGAATT-TA-GCT-GA-A-AT--T-T-TAAAACCAC-T-C---CA-T---AGCCAACT-T-AAGAATGATATTTGTATTTA---AAATATTGT--T--AAT---A--CA--GA--G--T------TTA------TG--C-A-T-ATCC----A---GATTA------A-AAATT-AC-AGA-GA-T--------ACCAAACT-TATTCAG-A--------------A---------A----T--------AA---------T------A----------A-----T----T-----TT----GAT---TGA------AA--------ACGA-A--------------------ATTTGAG--C-TTA-AGAGCAT------ACTCGGATTAAA-CTGTTTTATGAATta
gi|8 : gAAACA---TCTCGACTCTGA-----------T---CTCAC-GTT-AA-A-AT--T-G-TATAACTGC-TCT--ATA-----AGAAGACT-T-ATGGTTAATATTTACATTTA---AAACGTT-C--T--AA----A--GA--AAAGGCTT------GTG----------G-A-T-ACGA----T-T-G--TA------A-TCATTAACAAGT-GA-T--------A------T-T-----G-A--------------A---------AC---T--------AT---------------------------T-----T----G-----------AAT---AGA------AATAATAAGTATCA-A-------------ATAATAAATTGGAT--C-T-G-AGTGCTTACTC-AAC-----------ATGTTTAGTGAATAC
gi|9 : CTCAACT-TGGGT-------A-TGCACTCAA-GCT-AA-A-CT--T-T-T-AAACTAC-T-T---------------ACT-C-ATG-ATAA-ATT--CGTTT----AAATGTT-C--TGAAG----A--CA--AA--TCT----------------T---T-A-T-GTCG----A-C-T--TA------A-TAACTGAT-AAT-GA-T--------A------T-T-----G-AC-------------A---------C----T--------GT---------TC-----A----------T-----A----A-----AC----AATACATGAAAAATTAA--------ATGA-AACTG---------AT-----ATTTCAG--C-TCA-AGACCAT-----AAC-CAAGTAGAT-ATATTTTGTGAATATAtagac
blockSeqs : G AG AAGCTT GACTTATTCT TGAGA T C CATTTTT C C A A A C T GC GT CA TCAATACTG CT C TTTT G CA AACTTCAGTGTTTACAGCGTTTGA . GAAA A GAT TGGATC A A A T GACAGCCCATTGAAACTGTTAAGTAATTATTTTT TAGA ACA AAAATT TAATAAGT C CTTTAATGAGTGCATAT AT A TGG ACTCAACTCAA A
blockSeqs : T . . A . . . . . A . C . . . . TA G TTATTCCA GC C A . . AACGGAATACAGTTCAAATATA . . . AG . . . . . ATCGAAACTGTTCCTGAATAATATAATTAGAAAT . . . . . ATAATAAAT . . TG GCTCTGACAG .
blockSeqs : A . . . . . A . C . . . . T C TCGATA T A G . . ACTGCCTTATTGCCTTATGTG . . . AG . . . . . ATTGAACCTGTTCCGAAATTATGCTG . . . . . ACTGATAT . . TG ACTCAAGTT .
blockSeqs : A . . . . . C . T . . . . G T TAAGCA T A A . . AATTTCACAAAACTTTCATTC . . . AG . . . . . AGTGTAAATGTTCAGAAAATTAACAA . . . . . CTAT . . TG CTTCTCAG .
blockSeqs : . . . . . T . G . . . . T C TAACTA T T A . . TAAAGCAAAGTTCATGCATA . . . A . . . . . ACCAAACTTATTCAGAAATAATAATT . . . . . ACAT . . TG GCTCTACT .
blockSeqs : . . . . . C . C . . . . T T TTAATA T A A . . AAATACAAAGTGTATTAA . . . T . . . . . ACTGAAACTCTTATATATGATAGTG . . . . . ATAT . . CA ACTCAAC .
blockSeqs : . . . . A . G . . . . T T CCATCT A A A . . AAGGACCAATATAATATA . . . A . . . . . ACTGAAACTATGAAAATTAATACT . . . . . ATAT . . TG ACTTAA .
blockSeqs : . . . . T . A . . . . T C TCTTTA A A A . . GAAGACAAACTTTGTGTA . . . G . . . . . ATTGCAATTGTCCAGAAATATTG . . . . . AAT . . TG ACTCAA .
blockSeqs : . . . . A . C . . . . T C TATATA C A A . . AAAGACAATTTTTATGAA . . . A . . . . . AAACCATTCAGAATTAACAATT . . . . . ATA . . TT ATTCAA .
blockSeqs : . . . . A . C . . . . T T CTATAA T A A . . GTAGACAAAACTGATGTT . . . G . . . . . GTTGAAACTGCTCAGTAATTG . . . . . GTT . . CA ATTCTA .
blockSeqs : . . . . A . C . . . . T C CTTTA C G A . . GAAGGCAAAGCTAACATG . . . G . . . . . ACTGAGTCTGTCCTGAAAAA . . . . . ATA . . TG ATTTAA .
blockSeqs : . . . . T . C . . . . G C CCATA C A G . . GAAGACAAAACTTGTGTA . . . G . . . . . ATATGAGTAATGAAACTG . . . . . AAT . . TG TCTCTA .
blockSeqs : . . . . T . C . . . . T C TATA T A A . . AAAGAAAAATATCATACA . . . A . . . . . ATTGACACTGTTCATAA . . . . . AT . . TG ACTCTA .
blockSeqs : . . . . A . T . . . . . C TAT T A G . . AAAGAAAAGGCTTGTGGA . . . A . . . . . TTCAGAAATTATGTTG . . . . . AT . . CA ACTCAA .
blockSeqs : . . . . A . C . . . . . . T C . A . . GAAGACATATTTACGTA . . . G . . . . . ATTGAAATATTATTG . . . . . AT . . TA ACTCGG .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . AAACAAAACTTAACGTG . . . T . . . . . TAGAAATTATATGC . . . . . AG . . CA AACCAA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . GAAGACAAAGTTTACTA . . . T . . . . . ATATACATGTAATG . . . . . AT . . G
blockSeqs : . . . . A . . AGACAAAGCTAATGTCT . . . C . . . . . ATTGAAACTATTTG . . . . . AT . . C
blockSeqs : . . . . . . AATACAGAGTTTATGCA . . . G . . . . . . . . . . AT . . G
blockSeqs : . . . GAAGACAAATCTTTA . . . T . . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . ACAGACAAAGC . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : A********** *** TNANTA******* A*** GAAGACAAAGCTTACGTA**************************** ATAT******************
originalCons : ATGACAAAGACGTTGTANTTAA-CAAAACAAA----TTGATG-A---------CAAA-----GCCCCGTATTCACAAAACA---TCTCAACT-TGAGT-------A-TGCACTCNA-GCT-GA-A-AT--T-T-TAAAACTGC-T-T--ATA-T---AGAAAACT-C-ATGAATAATATTTGCATTTA---AAATGTT-C--T--AA----A--CA--AA--GCTT------TTA------T---T-A-T-ATCA----A-C-G--TA------A-TAATTGAC-AGT-GA-T--------A------T-T-----G-A--------------A---------A----T--------AT---------T------A----------T-----T----G-----TT----AAT---TGA------AA--------ATGA-A-------------AT-----ATTTGAG--C-TCG-AGTGCATACTC-AACTCAAGTTGAG-ATGTTTTGTGAATACA
finalCons : ATGACAAAGACGTTGTANTTAA-CAAAACAAA----TTGATGA----------CAAA-----GCCCCGTATTCACAAAACA---TCTCAACT-TGAGT-------A-TGCACTCNA-GCT-GA-A-AT--T-T-TAAAACTGC-TTNANTA-------GAAAACT-C-ATGAATAATATTTGCATTTA---AAATGTT-C--TGAAGACAAAGCTTACGTA----------------------------T-ATCA----A-C-G--TA------A-TAATTGAC-AGT-GA-T--------A------T-T-----G-A--------------A---------A----T--------AT---------T------A----------T-----T----G-----TT----AAT---TGA------AA--------ATGA-AATAT------------------TTGAG--C-TCG-AGTGCATACTC-AACTCAAGTTGAG-ATGTTTTGTGAATACA
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TTTAGTAAATGTATTATATCTGTTAGGAAAAATACTGTACAATCGTTTTATTATATAAAGATAATGTTGAACCGTAAATTTCACAGAGACGAATTCTTCACACCTGTGAGAAACTCATGCGAATTTTGTTACAAATACGTATAGCGGCCACATTTTTTAAGCAGTATTGACAAACCGTATAACAAATATATACATGAATGACTAAAATATCTCAAAAGTTCAATTATGGACGAGATCGTACCAGTATGAACACAGTTATAGCCC
Unaligned ( gi|6 ): GATTGAATGTTTATGATCTTAACGGAGCAGTAAATATTTCAATCAGGCGCATGGTCGTGTTATATGTAATAGGGTATGTTGGACTGTAAATTTCACAGAAACGAATTCTTTACAGCTGTGAGGAATTTATGCGAATCCTTCAGATTTTATCATGCAACTGTATATTAAACGTATGCAATGTATAAATTTAGTTACATAGAACTACAATGTTTTTGTTAATTCGTTAATTATGTCTTAACGAGAGCGT
Unaligned ( gi|10 ): CGGATAAAGGATTCGTATATATGTCCAAAAGATATCTGCCAAGTTAAATTACGGGCCAGTATGATCAGAGTCATGGTCCTTGATTTAGCATAAATACAATATTCTACCTTGTAAGCATTCTACAGAATAATCAATTATTGACCAATTTAAATCATATTTCGAATGTAAATGTTTATAAAATGCAGGAAAAGTTTGATTTTCGGTTA
Unaligned ( gi|11 ): CTCAATCTTTATTACCCTACAACATTTGTATATTATACATGAGTGACTAAAAGATCTCGGCCAAGTTCAAGTATTGGCAAAATCGTACCAGTATGACCAGAGGTATAGCTCATATTCCACTATAATAGAGTCAATTATTGATATTTCTGGGTCATATTTAGATATAATTTGAATGCTTTTGAAATATTAGTTTGATATTTAGTCA
Unaligned ( gi|19 ): GATTGAATGTTTATGATCTTAACGGAGCAGTAAATATTTCAATCAGGCGCATGGTCGTGTTATATGTAATAGGGTATGTTGGACTGTAAATTTCACAGAAACGAATTCTTTACAGCTGTGAGGAATTTATGCGAATCCTTCAGATTT
Unaligned ( gi|33 ): ACATAAATTCATCAATATTTAGTCAGATATTCAGACTCGGACTCAAATTGTCAAAAATTTCATATTCAAATAATATATATT
Unaligned ( gi|35 ): GCAAAGCTATATTGATCCGTAAATTTCACAGAAACGAATTCTACACACCTGTGAGGAACTCG
Alignments
lowQualScore : 33 222222 33333333333 11111 111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222222222222222222222 33333333333
lowQualScore : 1 44 777777 44444444444 44444 555 2 6666666 2 888888 2 0 2 2 6666 55 4 2 0 2 2 9999999999 33 333333 666666 2 0 3333 2 777 44444 1 88888 1 3 22 1 8888 1 0 1 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4444 333 555555 77777777 2 9999999999999999999999 6666 3 55555555555 2
lowQualScore : . .. ...... ........... ..... ... . ....... . ...... . . . . .... .. . . . . . .......... .. ...... ...... . . .... . ... ..... . ..... . . .. . .... . . . . .......................................................................................................... .... ... ...... ........ . ...................... .... . ........... .
lowQualScore : 0 00 666666 00000000000 33333 888 0 5555555 0 444444 1 9 1 1 6666 88 2 2 9 1 1 1111111111 44 222222 444444 2 1 4444 2 555 77777 7 11111 8 6 55 8 0000 8 4 9 9 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222 555 888888 22222222 0 6666666666666666666666 2222 8 44444444444 5
consensus : ATGACAAAGACGTTGTANTTAA-CAAAACAAA----TTGATG-A---------CAAA-----GCCCCGTATTCACAAAACA---TCTCAACT-TGAGT-------A-TGCACTC-----NA-GCTGA-A----AT--T-T-TAAAACT-GC-TT--CANTA---GAAAAC--T---C-ATGAA------TAATATTTGCATTTA---AAATGTTCTGAAG---ACAAA--GC-TT-A--T--GT-AT-A--TCAA-C-G--TAA-TAATTGAC-AGT-GAT--------A------T-T-----G-A--------------A---------A----T--------AT---------T------A----------T-----TG-----TT----AAT---TGA------AA--------ATGA-A-------------AT-----ATTTGAG--C-TCGAGTGCATACTC--ACTCAAGTTGAG-ATGTTTTGTGAATACA
Reference ( family-483 ) : ATGACAAAGACGTTGTANTTAA-CAAAACAAA----TTGATG-A---------CAAA-----GCCCCGTATTCACAAAACA---TCTCAACT-TGAGT-------A-TGCACTC-----NA-GCTGA-A----AT--T-T-TAAAACT-GC-TT--NANTA---GAAAAC--T---C-ATGAA------TAATATTTGCATTTA---AAATGTTCTGAAG---ACAAA--GC-TT-A--C--GT-AT-A--TCAA-C-G--TAA-TAATTGAC-AGT-GAT--------A------T-T-----G-A--------------A---------A----T--------AT---------T------A----------T-----TG-----TT----AAT---TGA------AA--------ATGA-A-------------AT-----ATTTGAG--C-TCGAGTGCATACTC-AACTCAAGTTGAG-ATGTTTTGTGAATACA
gi|1 : AAAATGTTGTAATGAATCAAAATAAA----TTGGTGTA---------CAA------GCCCCATATATACAAAACAACTTCTCAACT-TCAAC-------A-TACATTC-----AA-GCTAA-A----AT--T-T-AAAAACA-GA-TTCATACTA---GAAATC--T---T-TTGAA------GGGTGTTCACATTT----AAATGTTCTAAAG---ATGAA--TC-CT-G--TCGGT-ATCA--ACAA-C-G--TGA-TAATTAA--AGT-GAT--------A------A-T-----A-A--------------A-----------------------GT---------T------A----------C-----TC-----TT-------------------AA--------ATG----------------AT-----AGCTGAA--C-ATGAATGCAT------ACTCAAGTTGAG-ATGGTTTGTTAATACA
gi|1 : ataattTGCAGTTAAGCTAAACA------TTGATG-GACTTATTCTCAGA------CACTGTATTAACAAACCA---TCTCAACT-TGAGT-------A-TGCATTCATGTTCA-GCT--------ATCAT-T-TAAGAGTAAC-TT--TATTA---gtgtctgagaataagtccatcaatgtttagcttaactgcaca
gi|12 : ataattaaaatgttgtaatgaatcaaaataaattggtgtacaagccccatatatacaaaacaacttctcaacttcaacatacattcaagctaaaatttaaaaacagattcatactagaaatcttttgaagggtgttcacatttaaatgttctaaagatgaatcctgtcggtatcaacaacgtgataattaaagtgaA-GATGG-A----AG--T-T-AAAAACT-GG-TT--CGATA---GAAAAC--A---CTATGTA------TACTATTTGCAGTTA---AATTGCTCTAAAT---ACAAA--GT-GT-A--T--TA-AT-A--TCAT-C-A--GAA-TAAGAGAT-GGT-GAT--------A------C-T-----G-A--------------A---------AC---T--------ATGAAAATTAAT------A----------C-----T------TT----GAT---TGA------AA--------TTGA-A-------------A------A-TTGAGA-T-TGGAGTGC---CTT---CTCAGGTTGAG-ATGTTCTATGAATACAca
gi|13 : taAAACA---TCTCAACT-TGATT-------C-AGCACTT-----CA-GCTGA-A----TT--T-G-TACAACT-GC-TT--AAGCA---TAAAAC--T---T-ATGAA------TACTCTTTGCGTTTG---AAATGTCCTGAAG---ACATA---T-TT-A--C--GT-AT-A--GCAA-C-T--TAA-TACTTGAC-AGT-GGT--------A------T-T-----G-A--------------ACCTGTTCCGA----A--------AT---------T------A----------TGC---TG-----CT----AAT---TGA------AA--------ATG----------------CT-----ATTTGAA--C-TTGAGTGGATACTC-gtac
gi|14 : cA---TCTTAACT-TGAGC-------ACTGCACAC-----AA-GCTGACA----AT--T----ACAAGT-GT-TT--AACTA---GAAAAC--T---T-ATGAA------TA-CAT--GCA---------ATGATCTAAGG---ACCAA--TA-TA-A--T--AT-AT-A--TCAAAC-A--TAA-TTATTGAC-AGT-GAT--------A------C-T-----G----------------A---------G----T--------CTG--------T------C----------C-----TGAAAAACT----AAT---TGA------AA--------A--A-G-------------AC-----ATTT--------------CAT------ACTTAAGTTGAG-ATGTTTTGTGAATA
gi|15 : ta-TGATTGAC-AGT-GTTGACAGCCCA------T-T-----G-A--------------A---------AC---T--------GT---------T------AAGTAATTATTT-----TT-----TT----AAT---TAA------AA--------ATGA-A-------------AT-----A--TAAA--C-TTGACCGCAT------ACTCAAGTTGAGAATGTTTTGCAAATACAt
gi|15 : tacatatgccctttaataaat----TTTATG-A---------CAAA-----GTCTTGTATTTGCAAAACAT--TCTCAACT-TGAGT-------A-TGCGGTC-----AA-GTTTA-T----AT--T-T-CA----T-TT-TT--AATTA---AAAAAagactttgtcataaaatcctcccaactttttaggttaaatctcagacccaggctcaagatt
gi|16 : tacatatgccctttaataaattgattgacagtgttgacagcccattgaaactgttaagtaattatAATA---TCTTAACT-TA--T-------C-TCCACTT-----CA-G-TGA-GT---ATGCTGT-TATGGCA-GC-CC--T-TTA---GAAAAC--T---T-AAGAG------TAATTTTCGCTTTCA---CAATGTTTTACAG---ACAAA--GC-------------------------------A-CAACTGAC-AGT-GAT--------A------T-C-----G-AAACTGTTCCTGAATA---------A----T--------AT---------A------A----------T-----TAGAAATCT----AAT---CGA------AA--------ATGA-A-------------GT------TTT-AG--T-TTGAGTatcctcccaactttttaggttaaatctcagacccaggctcaagatt
gi|17 : TTTGCTTTTA---AAATGTTCTGAAG---ACAAA--CT-TT-G--T--GT-AA-A--TCAA-T-G--TAC-TCATTGAC-AGT-GAT--------G------T-T-----G-A--------------A---------AC---T--------GC---------TCAGTA-A----------T-----TG-----CT----AAT---TGA------AA--------ATGA-A--------------------ATTGGAA--A-TTGAATACATGCTCTGA--CAGGTTGAG-ACATTTTGTGAATAa
gi|18 : tGTACTGA---AAATGGTTTAACGGA-ATACA--GT-TC-AAAT--AT-AT-A--TCAA-CAG--TT--TAATTGAC-AATAGAT--------AAACCA-T-TCA---G-A--------------A---------T----T--------AA---------C------A----------A-----TT-----TT----AAT---TGA------AA--------ATAA-A-------------AT-------TTGGT--A-TCAAGTGCATGCTC-TACT-----TGAG-ATGTTTTATGAATGCAtgag
gi|2 : TCACAAAACA---TTTCAACT-CGAGT-------A-TGCACTT-----TAAGGTGA-A-----------------CC-AC-AT--TAT-------AAAC--T---T--TAAG------TAACAGTT-TATCTA---GGATGCTCTAAAG---ACAAT--TT-TT-A--T--GA-AT-A--TCAA-C-A--TAA-TGGTTGAA-ACT-GAT--------A------C-T-----G-A--------------A---------ACTCTT--------ATA--------T------A----------TGATAGTG-----TT----AAT---TAA------AA--------ATGA-ACTTTAATGAGTGCAT-----ATATAAGATC-TTGAATGCATATTC-AA-----GTTCAG-ACGATTTGTGAACA
gi|20 : cTGCATTTA---AAATATTCTGTAG---ACAAA--AC-TG-A--T--GT-TT-A--CCGA-G-G--TGA-TAACTGAC-CAT-ATT--------A------T-T-----G-C--------------A---------A----TTGTCCAGAAA---------T------A----------T-----TG-----TT----AAA---TGA------GA--------ATGACA-------------AT-----A---GAG-----CGAGTGCATATT----CT--AGTTGAG-ATGTTTTGTGAATCCAgagacatgttgaactgacaatgtcacagaaacgaattcttcccatgtgtggggaatccgtgcgaatta
gi|21 : TGAA------TATTATTTTCATTTTTTTAAACGATCTTAAA---GCAAA--GT-TC-A--T--GC-AT-ACATCAA-CAG--TAAATAATGAAC-C-T-GCT---------------T-A-----G-A--------------A---------A----T-------------------T------A----------TA----TGC----TT----AAC---TGA------AA--------ATGA-G--------------------ATTTGGG--C-TTGAATACATgg
gi|22 : TGAA------CAATATTTGCATACA---AAATGTCCTACTG---CCTTATTGCCTT-A--T--GT-GT-A--TCAG-C-G--TAT-TGCTTGA---GC-GAA--------A------TAT-----G-AGT------------A---------A----T--------GA---------A------A----------C-----TG-----TTTAGAAAT---TGA------AT--------ATGG-A-------------AG-------TTGAA--C-TTTAATGCATACTC-AAtagcactagctgagcattt
gi|23 : aaagtttTTGA---AACTGTTCTGAAG---GCAAA--GC-TA-A--C--AT-GT-G--TCAA-T-G--TAA-T-ATTGAA-ACT-G-----------------T-T-----C-A--------------G---------A----A--------AT---------T------ATG--------T-----TG-----CT----TAT---TTA------GA--------ATGA-A-------------A------ATTTAAG--C-TCAAGTTCTT------ATTTAAGTCGAG-ATGTTTTGTTAATg
gi|24 : TTCAAAAACCA---TCTCAACT-TGAATCATTTTTA-TGCACTC-----CA-GC-GG-A----AT--T-TATAAAAAA-AT-TT--TAATA---GAAAAT--T---A-ATGAC------TA----CTGAATT-----AAATGTTCCACAA---ACAAA--AC-TTAA--C--GT-GT-A--TCAA-C-A--T
gi|25 : AAACA---TCTCAATT-TGAAT-------A-TACACTT-----AA-GGTGA-A----AT--T-T-TAAAACT-GT-TC--CATCT---GAAAAA--T---A-AT--A------TAAT-TATACAGTTA---AAATGTACTGAAG---ACAAA--GT-TT-A--C---T-AG-A--TCAA-C-A--TAA-TAATT
gi|26 : TGAAG---ACAAA--GC-TA-A--T--GT-CTTA--TCAA-CAG--TGG-TA-TCGAA-ACT-GATT-------A------T---------A--------------T---------A----C--------ATG--------T------A----------A-----TG-----TT----AAG---TGA------GA--------AAGT-A-------------AT-------CTGAA--C-TTGAATACATTCTC----T--AGTTGAG-ATATTTTATG
gi|27 : ggctACAAAATA---TCCCAACT-TGAGT-------A-TGCACTA-----TA-GATAA-A----AA--TAT-TAACACT-GC-TT--TATTC---CAAAACATT---C---GAA------AAATATTTGCCTTTG---AAATATTGTAATG---ACAAA--GT-TT-A--T--G
gi|28 : taAAACT-GC-TT--CTTTA---GAAAAC--G---T-ATGAA------TAATATTTGCATTTA---AAATGTTCTGAAG---ACAAA--AC-TT-G--T--GT-AT-A--TCAA-C-G--TAA-TAACTGAC-AGT-GTT--------A------T-T-----G-A--------------A---------c
gi|29 : tcA-----GCTCCATATTCACAAAGCA---TCTTAATT-AGAGT-------A-TGCACTC-----AA-ACTTA-AATTGAT--T-T-TTAAATT-AC-GT--TAATct
gi|3 : CTGTGTTCATGAAATA---TCTCAACT-TCAAT-------A-TGCACTC------------A-A----AT--T-T-TCAAACT-GTATT--CAT-----GATGTC--TGTTC--TGAACTGACCTAACTTCAGTGTTTA---CAGCGTT-TGATGTT-AGAAA--AC-TT-A--T--GG-AT---------C-A--TGA-TGA---AC-AGT-GAT--------A------G-T-----GTA--------------A---------A----T--------GT---------TCAGAAAA----------T-----TAACAA-TT----A-T---TGA------AA--------AC---A-------------AT-----ATATGAG--C-TTGAGTGCATACTC-AAGTT--GCTGAA-ATGTTTTATGAATACAagaagtaataacaacattgatgatt
gi|30 : G-----TG----AAT---TGA------AA--------ATGA-A-------------AT-------TTGAA--TATC-AGTGAATACTC------AAGTTGAG-ATGTTTTGTGAATgaagctggacataaactcatcgagatttaagtctgataatcagattcagactcaa
gi|31 : acaacaatgttgaatttgttcaggaaaatgagGATG-A---------CAAATGAGAGACCTGTACTCACAAAACA---TCGAAACT-TAAGT-------A-TCCACTC-----AA-GCTGA-A----AT--T-T-TAAAACT-AT-TT--CAATACTGGAAAAtc
gi|32 : aAATGTTCTAAAG---AAAAA--TA-TC-A--T--AC-AC-A--TCAA-T-T--AAA-TAATTGAC-AGT-GAT--------A------T-TG----G-A--------------A---------A----T--------GT---------T------
gi|34 : GTATTAACAAAATA---TCCCAACT-TGAGT-------A-TGCACtggaaataataacgttaatcaaa
gi|36 : TA---TAAAAC--CTG-C-ATGAA------TAATATTTACATTTA---AAATGTTCTACAG---ACAAaatacctgcagatgataacagtgttcatattttattacaca
gi|37 : CCCGAATTCACAAAACA---TCTCAACT-TGAGT-------A-TTCATTC-----AG-GCTCA-T----AT--T-
gi|38 : -----GCCCCATATTCATGAA-TA---TCTCAACT-TCAGT-------A-TGTACTC-----
gi|4 : tcctgATGACAAAGACATTGTATTTA--CAAAACAAAGCTTCTAATG-A---------CAAA-----GACCAGAATTCACCAAACA---TCTCAACT-TGAGT-------A-TGCACTC-----TA-ACTAG-A----AT--T-T-TAGAACT-GC-TT--ATATA---GAAAAT--T---C-ATTAA------TGGTATTTGCATTCA---AAGTGTTCT-AATTTCACAAA--AC-TT-T--C--ATTCT-A--ACAA-C-C--TAA-TCATTTAC-AGT-GAT--------A------T-T-----G-A--------------A---------A----T--------AT---------T------A----------T-----TG-----TC----AAT---TGA------AA--------ATGA-A-------------AT-----ATTTGAG--T-TCAAGTGTATACTC-AACTCAAGGTGAG-ATGTTTTGCAAATACA
gi|7 : CAAAAAA---GCTCAACT-TAAGT-------A-TGAATT------TA-GCTGA-A----AT--T-T-TAAAACC-AC-TC--CA-TA---GCCAAC--T---T-AAGAA------TGATATTTGTATTTA---AAATATTGTTAAT---ACAGA--GT-TT-A--T--GC-AT-A--TCCA---GATTAA-AAATT-AC-AGA-GAT--------ACCAAACT-TATTCAG-A--------------A---------A----T--------AA---------T------A----------A-----TT-----TT----GAT---TGA------AA--------ACGA-A--------------------ATTTGAG--C-TTAAGAGCAT------ACTCGGATTAAA-CTGTTTTATGAATta
gi|8 : gAAACA---TCTCGACTCTGA-----------T---CTC-----AC-GTTAA-A----AT--T-G-TATAACT-GC-TC--TATAA---GAAGAC--T---T-ATGGT------TAATATTTACATTTA---AAACGTTCTAAAG---AAAAG--GC-TT-G--T--GG-AT-A--CGAT-T-G--TAA-TCATTAACAAGT-GAT--------A------T-T-----G-A--------------A---------AC---T--------AT---------------------------T-----TG-----------AAT---AGA------AATAATAAGTATCA-A-------------ATAATAAATTGGAT--C-T-GAGTGCTTACTC-AAC-----------ATGTTTAGTGAATAC
gi|9 : CTCAACT-TGGGT-------A-TGCACTC-----AA-GCTAA-A----CT--T-T-T-AAACT-AC-TT--------------AC--T---C-ATG-A------TAA-ATT--CGTTT----AAATGTTCTGAAG---ACAAA--TC-TT--------T-AT-G--TCGA-C-T--TAA-TAACTGAT-AAT-GAT--------A------T-T-----G-AC-------------A---------C----T--------GT---------TC-----A----------T-----AA-----AC----AATACATGAAAAATTAA--------ATGA-AACTG---------AT-----ATTTCAG--C-TCAAGACCAT-----AAC-CAAGTAGAT-ATATTTTGTGAATATAtagac
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TTTAGTAAATGTATTATATCTGTTAGGAAAAATACTGTACAATCGTTTTATTATATAAAGATAATGTTGAACCGTAAATTTCACAGAGACGAATTCTTCACACCTGTGAGAAACTCATGCGAATTTTGTTACAAATACGTATAGCGGCCACATTTTTTAAGCAGTATTGACAAACCGTATAACAAATATATACATGAATGACTAAAATATCTCAAAAGTTCAATTATGGACGAGATCGTACCAGTATGAACACAGTTATAGCCC
Unaligned ( gi|6 ): GATTGAATGTTTATGATCTTAACGGAGCAGTAAATATTTCAATCAGGCGCATGGTCGTGTTATATGTAATAGGGTATGTTGGACTGTAAATTTCACAGAAACGAATTCTTTACAGCTGTGAGGAATTTATGCGAATCCTTCAGATTTTATCATGCAACTGTATATTAAACGTATGCAATGTATAAATTTAGTTACATAGAACTACAATGTTTTTGTTAATTCGTTAATTATGTCTTAACGAGAGCGT
Unaligned ( gi|10 ): CGGATAAAGGATTCGTATATATGTCCAAAAGATATCTGCCAAGTTAAATTACGGGCCAGTATGATCAGAGTCATGGTCCTTGATTTAGCATAAATACAATATTCTACCTTGTAAGCATTCTACAGAATAATCAATTATTGACCAATTTAAATCATATTTCGAATGTAAATGTTTATAAAATGCAGGAAAAGTTTGATTTTCGGTTA
Unaligned ( gi|11 ): CTCAATCTTTATTACCCTACAACATTTGTATATTATACATGAGTGACTAAAAGATCTCGGCCAAGTTCAAGTATTGGCAAAATCGTACCAGTATGACCAGAGGTATAGCTCATATTCCACTATAATAGAGTCAATTATTGATATTTCTGGGTCATATTTAGATATAATTTGAATGCTTTTGAAATATTAGTTTGATATTTAGTCA
Unaligned ( gi|19 ): GATTGAATGTTTATGATCTTAACGGAGCAGTAAATATTTCAATCAGGCGCATGGTCGTGTTATATGTAATAGGGTATGTTGGACTGTAAATTTCACAGAAACGAATTCTTTACAGCTGTGAGGAATTTATGCGAATCCTTCAGATTT
Unaligned ( gi|33 ): ACATAAATTCATCAATATTTAGTCAGATATTCAGACTCGGACTCAAATTGTCAAAAATTTCATATTCAAATAATATATATT
Unaligned ( gi|35 ): GCAAAGCTATATTGATCCGTAAATTTCACAGAAACGAATTCTACACACCTGTGAGGAACTCG