lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 11 5555555555555 111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 11111 2222
lowQualScore : 5 2 2 77 3 0 0 11 5555555555555 9 1 1 666 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 3 555 3 9999999999 5555 2 444 9999999999 33 444 1 77 2 99 33 555555 2 4 3 0 4 22 3 22 1 3 999 44 2 4 33 777 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 2 1111 11111 2 8888
lowQualScore : . . . .. . . . .. ............. . . . ... . ............................................................................................... . . ... . .......... .... . ... .......... .. ... . .. . .. .. ...... . . . . . .. . .. . . ... .. . . .. ... ..................................................... .. . .... ..... . ....
lowQualScore : 5 2 5 22 2 5 8 00 0000000000000 6 4 4 888 5 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 3 444 1 6666666666 7777 7 777 5555555555 22 111 8 11 4 00 22 333333 5 1 3 5 3 55 8 66 9 8 000 88 0 1 22 333 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 33 7 2222 11111 3 3333
consensus : NTGTTAACCGCTCCAGCGGGTAACAGTCGTTATAAAATGACGCC-------------ATAGTATCTAAACTATCACACGTTTATAAAGA--TCTG-TCTTTGAACAT-----TGATGA-TG--TAT-AGTN-CGAAANAAAT------ATA-----ATTNT---C---AATATAA--C--ATTATAGCAGT-AAA---T-ATTT--T-GT-TCNGTA----TAA-T---AA---------AAT--AAA---TATTACAT-TCTG-TTG--AG----GGTGACAGTAATATTGTCAAC--CTTCG--G-AA-A-A-TAC--TG-TCAACC--T---CG--AT--TCG-G--T-TGGCTGAACA-GTAA-----CA------CC-TC-----AGGTT-GACAATATTACTGTCACCC--TCAACAGAATG-----TTATA-CA-TTTACT
Reference ( gi|4 ) : CTGTTAACCGATCTAGCGGGTAACAGTTGTTATGAAATGACGCC-------------ATGGTATCTAAACTATCCTACGTTTATAAAGA--TCTG-TCTTTGAACAT-----TGATGA-TG--CAT-AGTG-CGAAATAAAT------ATA-----ACTGT---C---AACGTAAGTC--ACTATGGCAAT-AAA---T-ATTT--T-GT-TCCGTA----TAA-T---AA---------AAT--AAA---TATTGCAT-TCTG-CTG--AG----GATAACGGTCATATTGCCAAC--CTTCG--G-AA-A-A-TAC--TG-TCAACC--T---CG-CAT--TCG-G--T-TGGCTGAGCA-GTAA----ACA------CC-TC-----AGGTT-AACAATATTACTGTCACTC--TAAACAGAATG-----TTATA-CAGTTTACT
gi|22 : TGTTAACTGCTCCAGTGGGTAACA-TTATT-TAAAGTG
gi|7 : atgtgtaaGCTAACCACCCCAGCTGGTAACAGTCTTTATAAAATTATGCCTATCCAGCGGATTACAGTATTTTAACTGTAACACATTTATGAA-------------TAGACAT-------ATGA-----CATTATTA-TGAT-TATAT------ATA-----ATTATATTT---AATATAAG---------AGCAGT-CAG---T-TTTT--T-GT-TTAATG----TAA-T---AA---------GAT--AAA---TATGATAT-TCTA-TTG--AT----AGTAACAGTGATATTGTCAAA--CTTC------A-A-G-T-C--TT-TC--CC--T---CA--------G-G--T-TGAC--AGTA-GT----------------------------------------ACTGTCACCC--TCAACACAATG-----TAATA----TTTATTtcattgtgacttcagtttataaataatgtgacatttagagcagtta
gi|3 : TTAACCGTTCTAGCGGGTAACAGTTGTTATGAAATGACGCC-------------ATGGTATCTAAACTATCCTACGTTTATAAAGA--TCTG-TCTTTGAACAT-----TGATGA-TG--CAT-AGTG-CGAAATAAAT------ATA-----ACTGT---C---AACGTACCAC--ACTATGGCAAT-AAA---T-ATTT--T-GT-TCCGTA----TAA-T---AA---------AAT---AA---TATTGCAT-TCTG-CTG--AG----GATAACGGTCATATTGCCAAC--CTTCG--A-AA-A-A-TAC--TG-TCAATC--T---CG-CAT--TCG-G--T-TGGCTGAGCA-GTAA----ACA------CC-TC-----AGGTT-AACAATATTACTGTCACTC--TAAACAGAATG-----TTATA-CAGTTTACTtact
gi|5 : TTAACCACTCCAGCGGGTAACAGT-GTTAT-AACTG---CC-------------AT---ACATAAA-TAT---AAATATATAT-GA--TTTT-TCC---AATAT-----AGA--A------AT-AGCC-CATAAAAAAT------ATA--------------------GTA--------TATA--AAT-AAA---T-ATTT--T-AT-TCAGCA----TGA-TGTGAA---------TGT--AAA---TGTTACAT-TCTG--------------TCACAATAATACTGTCAAC--CTCCG--G-AA-A-G-AAC-------AATC--TT--CG--AT--TTT-G--TCTCGCTTAATA-GTAA----TTT------GC-TT-----TGGTT-GCCAATATTGCTGTTACTT--TCAGCATAATG-----TTATA----TTTAagcaatgtgtttttatataaaaatgtttgtt
gi|2 : aC-------------ACAGTATTTAAACCATCACACGTTCATAAAAAAATCTGATTTTTCAGTATAGAAATGAT-A-TGATTAT-AATCTCTAAACAAATTTTAAAATA------CTTT---A---AAATTA--TCCTATTATAGCAGT-AAA---T-ATTT--T-AC-T----A----TAA-T---AA---------AAT--GGA---TAATGCAT-TCTG-ATG--AG----AGTAACAGTAACAATGTCAGT--CTGAG--G-AA-A-T-TAC--TA-TTAA----T---CG----------------AGATGAACATGT--------A------TC-CCGGCGAAGTTT-GACAATTTTAATGTCACAC--TCGAAAGAGTG------TA-A-CA-TTTACTtataattatgatgtaatgt
gi|11 : caataagttagtttttgggtaactttgataaTAGTATCTTAGCTATCATATGTTTTTAAA------TA-TATCTGATAAG-----GAATGG-TA--TAT-GGTT-TAAAAGAAATTTG---ATATTTATATTTC---C---TATATAG-------CATAACAGT-TAA---C-ATTT--T-GT-TGCGT-----TA--T---AA---------AAT--AA------TTTCATATCTG-TCG--AG----GGTGATAATGATATTGCCAAC--CTTTG--G-AA-A-A-TAT--TG-Taaacgcttgaacgattaaaagtaccgtgacgtcattttataaaaagaatgtaacatgctaaggcagtta
gi|13 : GTTT-TAAAGA--TAT-----TTACACATAT---TGATTAGTC--TTT-GATT-CAAAATTAAT------ATAT----ATTAT---TCATAATATAAG-C--ATTA-AGCAGT-TTC---T-ATTC--A-AT-TCGGAA----TAA-T---AA-----------T--AGA---TATAATAT-TCTG-TTG--AG----CGTCACAGTTATATTGTCAACTTCTTCT--G-AA-A-A-TAC--TG-CCAA
gi|1 : --ATTATAGCAGT-AAA---T-ATT-----GCATCAGTC----AAACT---AA---------AACTAAAA---TGTTAAAT-TATG-TTGGCAG----GA---CAGTAATACAATCCAC--CTTCG--G-AACA-A-CAT--TG-TCAG----T---CGACATCGTC-----T-TGGTTAA-CA-GTAG-----CA------CCCTC-----AGGTT-GACAATATCACTGTCACCC--GCAACATAATG-----TAATA-TACTTAAC
gi|12 : aatatagaaaaagtgcaaactaaattaaactttacatgtttttattaatatactatCTATAGCAGTTAAAGACC-ATTTCTT-GA-TACATA----TAA-T---TA---------ACT--AAC---TGTTACAT-TTTA-TTG--CG----GGTGACAGTGGTAT-GTCTAC--ATTCG--G-AGCA-A-TAT--TA-TCAACC--T---CG-AAA--TGA-A--T-TTAACAATCA-TTGG----ACAACAATTCC-CC-----AGAGT-GACAAAATCATTATCACCC--TTAGTAAAACG-----gcctttaaaaacaaatgtttttgaatattaaatgttcgctatcatttttatcagttaatatatgtttaccgcaataatttgttgtgtgtcttaaagtgatgaaattgttggaataaaattaaaaaagaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgtttttcaaggcgttaagta
gi|15 : ATAACAAA-AAA---T-ATAG--T-GC-TCGGTA----TAA-T---AA---------GAC--AAC---TATTAAAT-TCTG-TTG--TG----GATGATATTAATATTATCAAC--ATTCG--G-GA-ACA-TAC--TG-TTAACC--T---CGACAT--T
gi|2 : cgaatttaaaatgattaacagtattattacactatttcCAAT-AAG---TTAGTT--T--T-TGGGTAACTTTGA-T---AA---------AGT--AAA---TGTTACAC-TCTT-TCG--AG----TGTGACATTAAAATTGTCAAA--CTTCGCCG-GG-A---TACA-TG-TTCATC--T---CG--AT--T--------------AATA-GTAA----TTT------CC-TC-----AGACT-GACATTGTTACTGTTACTC--TCATCAGAATGCA---TTATC-CATTTTATT
gi|3 : AAC-AAA---C-ATTT--T------TATA----TAA-A---AACACATTGCTAGT--AAACTGTATAACAT-TCTG-TTT--AG----AGTGACAGTAATATTGTTAAC--CTGAG--G-TG-T-T-TAC--TGCTCAGCCAAC---CG-AAT--GCG-A-----GATTGA-CA-GTA------TT------TT-TCGA---AGGTT-GGCAATATGACCGTTATCC--TCAGCAGAATG-----CAATATTATTTTATTatagtaaaatatttactgctataataggataattttaaagtattttaaaatttgtttagagattataatcatatcatttctatactgaaaaatcagatttttttatgaacgtgtgatggtttaaatactgtgaaacgcttgaacgattaaaagtaccgtgacgtcattttataaaaagaatgtaacatgctaaggcagtta
gi|10 : ttaaccgttctagcgggtaacagttgttatgaaatgacgccatggtatctaaactatcctacgtttataaagatctgtctttgaacattgatgatgcatagtgcgaaataaatataactgtcaacgtaccacactatggcaataaatattttgttccgtatAT-AAA---T-ATTT--TCG---CGGTA----TAA------A---------AAT--AAA---------GT-TCAG-TTA--AAAAGCGATAACAATAGTAATGCAAGT--TTTGG--A-AA-A-A-TACAATG-TCAGTC--T---TGACCT--TGA-G--T-TGGTTT-GCA-ATTA----TTC------CC-GC-----AAATT-ACCAGTATTACTGCCACCCT-TAAACAGAATGCATTTTTATA-CAATACACT
gi|10 : A---T-ATTT--A-GT----GTA----TTG-T---AT---------AA---AAA---T---GCAT-TCTGTTTA--AG----GGTGGCAGTAATACTGGTAAT--TTGCG--G-GA-A-T-AAT--TG-CAAACC--aaatatc
gi|14 : ataaatattttcgcggtataaaaataaagttcagttaaaaagcgataacaatagtaatgcaagttttggaaaaatacaatgtcagtcttgaccttgagtt--T-AT-TACTTA----TAA-T---G------------T--AAA---TTTAACAT-TCTG-TTG--GC----GGTAA---TCA---TGTCAAC--CTT-G--T-AA-A-A-Tc
gi|5 : tacggtactactgccaacctttgggaaaatactatcaaactcgacttcgtctcggccaacattcA----TAA-T---TA---------TAT--AAA---TATAACAT-TATG-CTG--AA----AGTAACAGCAATATTGGCAAC--CAAAG--C-AA-A-T-TAC--TA-TTAAttaacaagccgaccattcagcaga
gi|7 : attaaccactccagcgggtaacagtgttataactgccatacataaatataaatatatatgatttttccaatatagaaatagcccataaaaaatatagtatataaataaatattttattcagcatgatgtgaatgtaaatgttacattctgtcacaataatactgtcaacctccggaaagaacaatcttcgattttgtctcgcA---------AAT--AAA---TATTACAT-TGTG-TTG--AG----GGTGACAGT----------AC------------------TAC--TG-TCAACC--T-------------------------GAG---GGAA----AGA------CT-TG-----AAGTTTGACAATATCACTGTTACTA--TCAATAGAATA-----TCATA----TTTAgatgtaatgt
gi|26 : gctaaccaccccagctggtaacagtctttataaaattatgcctatccagcggattacagtattttaactgtaacacatttatgaatagacatatgacattattatgattatatataattatatttaatataagagcagtcagttttttgtttaatgtaataagaA---------AAT--AAA---TATAACAT-TATG-TTG--AT----GATGACAGAAATAGTGTTAAT--CTact
gi|23 : tccccTGACAGTGATATTGTCAAA--CTTTG--A-AA-A-AATAC--CG-TCAAAG--T---TG--AC--TCT-GTCT-TGGCAGA-CA-GTAA----TCA------GC-CC-----AGGTT-GACAATA
gi|14 : ACGGTACTACTGCCAAC--CTTTG--GGAA-A-A-TAC--TA-TCAAAC--T---CG-ACT--TCGTC--T-CGGCC-AACA-TTCATTTTACA----------------AGGTT-GACATGATTACCGCC--------AACAGAATG-----TTA----AATTTAC
gi|18 : tGGTAATAATGTCAAC--ATTTG--A-AA-A-AATAC--TG-TCAAAC--T---CA-ACT--TTG-T--C-TCGGTTAACA-GT-------CA------TT-T-------GGTT-AATAATACTACTGCCA-TCAGTAAA-AGAATG-----GTA----AATTTAattataagtaatattaacaagccgaccattcagcaga
gi|25 : gagATATTGTCAAC--ATTAA--G-AA-A-T-TAC--TG-TCAACC--
gi|20 : ttcgtttcATTGTCAAC--CTTGA--G-GA-A-T-TGC--TG-TTAACC--GAGACG-AAG--TCG-A----TG--TGAATA-GT------ATG------TT-TTGG---AGGTT-GAATATATTACTGTCACtcatgtcgcgctcaa
gi|26 : aag------CC-CC-----AGATT-AACACTATTTCTGTCATCA--TCAACATAATG-----TTATA----TTTATTgcttttgtcaccttcg
gi|13 : t-----AAGTT-GACAATATAACTGTGACGC--TCAACAGAATA-----TTATA-t
9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ACCAAATCATTCACCTAACAAAACTTTACGTAACAGCTTTAAAAATGCAAGTTTTGAATCTTGAAAATATATTTAAACCAAGATCTGCTATCATTTATATCCTCATATATGTATATGTTGACCACCACTGATTTTATAAATTTGTGTTTAAAAGTGATGAAATTGTTGGAAATAAATTGAAAAACAAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTTTTTAAAGGCATTAGCCA
Unaligned ( gi|8 ): CGCCTTTAAAAACGCAAGTTTTTAAATATTGAATACATATATGCTACCATATACATGTATGTAACAAAATCAAATAATTTGTTAAATTTGTGTTTTAAAGTGTCTGACAGATGAAATTGTTGGAATGAAATTGAAAAACAAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTGTTTTTAAAGGTGTCA
Unaligned ( gi|9 ): TCACGTGTCTGGCTGGTAAGATAACGTTGATTAATAAACATAACCAATGGCATTAAAAACGCAAATATTACATGTATATTTTTCCCAGATCTGCTAACATTATGTTACAAAACCAATGAATTTGTTAAACTTGTGTTTTAAAGTGACGACATTATTGGAATGAAATTTAAAAACAAGATAAGAACATTTTGT
Unaligned ( gi|16 ): ACAAAATCAACTAAGTGGTTAATGTGTATTTTAAAGTGATGAAAGTGTTAGAATAAAATTAAATTGAAAAATAAGGTAAGAAAGTCTTGGTATCTGTTTTGATACAACACCAACACTTGCGTTTTCTAA
Unaligned ( gi|17 ): GTGATGAAATTGTTGGAATAAAATTGAAAAACAAGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGTTTGAAATGGCCTTAAGTA
Unaligned ( gi|19 ): ATATAGAAATGACGTATAATGACATTTAATGTTAAAGGTTTTGTTATAGTATAGGTATATTAAATAATTAAACAGTTTAATCATATTTATAATTGTTATTGAATGTT
Unaligned ( gi|21 ): ATACATCATTTTCTATTTTGGAAAACCGGAACTATTTATAAACGTGTGACATTGTAGATACGATTACTAGTTTGATCGGTTAACAGTGCAATGTCGTTATTT
Unaligned ( gi|24 ): GACAGAATGTTACATTTATATAATGTAATATTACCAAGCCAACCATAGCCCAGCAGA
Unaligned ( gi|27 ): TGAGAAAGATACTGCCAAGCTCGACTTTGTATCAGTTAACAGTCACT
Alignments
lowQualScore : 3333333333333 3333333333333333333333333333333 111 222222222222222222222222222222222222222222222 44444444444444444444444444444 22222222222222222 11111111
lowQualScore : 2 77 99 8 1111111111111 66 2 5 0 4444444444444444444444444444444 66 000 0 66 11 888 888888888888888888888888888888888888888888888 3 666 55 3 55 22 3 666 0 55 3 6666 1 33 5 2 5 2 2 33 5 3 11111111111111111111111111111 3 77777777777777777 3 0 55555555 8888 44 8
lowQualScore : . .. .. . ............. .. . . . ............................... .. ... . .. .. ... ............................................. . ... .. . .. .. . ... . .. . .... . .. . . . . . .. . . ............................. . ................. . . ........ .... .. .
lowQualScore : 5 33 22 0 4444444444444 99 2 4 4 8888888888888888888888888888888 99 555 4 00 44 888 000000000000000000000000000000000000000000000 6 444 00 6 55 88 6 444 5 00 6 5555 8 44 0 5 0 5 5 44 9 1 77777777777777777777777777777 3 55555555555555555 3 5 44444444 5555 11 0
consensus : NTGTTAACCGCTCCAGCGGGTAACAGTCGTT--ATAAAATGAC-GCC-------------ACGGTA--TCTAAACTATCACACGTTTATAAAGA--TCT-G-TCTTTGAACAT-----TG---AT--GA-TGTATAGTN-CGAAATAAAT---AT---A-----AT--TATC---AA--TAT-A--A--CATTAT-----AGCAGT-AAA---TATTT--T-GT-TCNGTATAA-T---AAAAT--AAATATTACAT-TCTGTTGAG----GGTGACAGTAATATTGTCAAC--CTTCG-G-AA-A-A-TAC--TGTCAACCT-CG-A--T-TCG-G--T-TGGC------T-GAACA-GT-AA-CNC--C-T-C---AGGTTGACAATATTACTGTCACCCTC-AACAGAATG-----T--TA----TACA-TTTACT
Reference ( family-480 ) : NTGTTAACCGCTCCAGCGGGTAACAGTCGTT--ATAAAATGAC-GCC-------------ATAGTA--TCTAAACTATCACACGTTTATAAAGA--TCT-G-TCTTTGAACAT-----TG---AT--GA-TGTATAGTN-CGAAANAAAT---AT---A-----AT--TNTC---AA--TAT-A--A--CATTAT-----AGCAGT-AAA---TATTT--T-GT-TCNGTATAA-T---AAAAT--AAATATTACAT-TCTGTTGAG----GGTGACAGTAATATTGTCAAC--CTTCG-G-AA-A-A-TAC--TGTCAACCT-CG-A--T-TCG-G--T-TGGC------T-GAACA-GT-AA-CAC--C-T-C---AGGTTGACAATATTACTGTCACCCTC-AACAGAATG-----T--TA----TACA-TTTACT
gi|1 : T--TATT---AA--TAT-ACTA--TATTAT-----AGCAGT-AAA---TATT-----GCATCAGTCAAACT---AAAACTAAAATGTTAAAT-TATGTTGGC----AG-GACAGTAATACAATCCAC--CTTCG-G-AACA-A-CAT--TGTCAG--T-CG-A--CATCG-TC-T-TGGT------T--AACA-GT-AG-CAC--CCT-C---AGGTTGACAATATCACTGTCACCCGC-AACATAATG-----T--AA----TATA-CTTA
gi|10 : aatatagaaaaagtgcaaactaaattaaactttacatgtttT-AAA---TATTT--TCG---CGGTATAA------AAAT--AAA------GT-TCAGTTAAAAAGCGATAACAATAGTAATG-CAAG--TTTTG-G-AA-A-AATACAATGTCAGTCT-TG-ACCT-TGA-G--T-TGGT------TTG--CA-AT-TA-TTC--C-CGC---AAATTACCAGTATTACTGCCACCCTTAAACAGAATGCATTTT--TA----TACA-acgcctttaaaaacaaatgtttttgaatattaaatgttcgctatcatttttatcagttaatatatgtttaccgcaataatttgttgtgtgtcttaaagtgatgaaattgttggaataaaattaaaaaagaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgtttttcaaggcgttaagta
gi|11 : aTAGTA--TCTTAGCTATCATATGTTTTTAAA------T-A-TATCTGATAAG-----GA---AT--GG-TATATGGTT-TAAAAGAAATTTGAT---ATTTATAT--TTCC---TA--TAT-A--G--CAT--------AACAGT-TAA---CATTT--T-GT-TGCGT-TA--T---AAAAT--AA---TTTCATATCTGTCGAG----GGTGATAATGATATTGCCAAC--CTTTG-G-AA-A-A-TAT--TGTatacactaaatatc
gi|12 : TAT-----AGCAGTTAAAGACCATTTCTT-GA-TACATATAA-T---TAACT--AACTGTTACAT-TTTATTGCG----GGTGACAGTGGTA-TGTCTAC--ATTCG-G-AGCA-A-TAT--TATCAACCT-CG-A--A-ATG-AATT-TAACAATCATT-GGACA-AC-AA-TTC--C-C-C---AGAGTGACAAAATCATTATCACCCTT-AGTAAAACG-----
gi|13 : cGTTT-TAAAGA--TAT------TTACACATAT---TG---AT--TAGTCTTTGATT-CAAAATTAAT---AT---AT----AT--TATTCATAA--TAT-A--AG-CATTA------AGCAGT-TTC---TATTC--A-AT-TCGGAATAA-T---AA--T--AGATATAATAT-TCTGTTGAG----CGTCACAGTTATATTGTCAACTTCTTCT-G-AA-A-A-TAC--TGCCAA
gi|14 : ACGGTACTACTGCCAAC--CTTTG-GGAA-A-A-TAC--TATCAAACT-CG-AC-T-TCGTC--T-CGGC------C--AACA-TT----CAT--T-T-TACAAGGTTGACATGATTACCG------CC-AACAGAATG-----T--TAAATTTACA-TT
gi|15 : t-CGAATTTAAA---AT---G-----AT--TAAC---AG--TATTATTA--CACTATTTCATAACAAA-AAA---TATAG--T-GC-TCGGTATAA-T---AAGAC--AACTATTAAAT-TCTGTTGTG----GATGATATTAATATTATCAAC--ATTCG-G-GA-ACA-TAC--TGTTAACCT-CG-A--ataagtaatattaacaagccgaccattcagcaga
gi|18 : GTAATAATGTCAAC--ATTTGAA-AA-A-A-TAC--TGTCAAACT-CA-A--C-TTT-GTCT-CGGT------T--AACA-GT----CAT--T-T------GGTTAATAATACTACTGCCATCAGT-AAAAGAATG---------G----TAAA-TTTAcatt
gi|2 : gaggC-------------ACAGTA--TTTAAACCATCACACGTTCATAAAAAAATCT-GATTTTTCAGTATAGAAATG---ATATGA-T-TATAATCTCTAAACAAAT---TTTAAA-----ATACTTTA---AAATTAT-C--C--TATTAT-----AGCAGT-AAA---TATTT--T-AC-T----ATAA-T---AAAAT--GGATAATGCAT-TCTGATGAG----AGTAACAGTAACAATGTCAGT--CTGAG-G-AA-A-T-TAC--TATTAA--T-CG-A---------------GA------T-GAACATGT-AT-CCCGGC-G-A---AGTTTGACAATTTTAATGTCACACTC-GAAAGAGTG--------TA-----ACA-TTTACT
gi|2 : caataagttagtttttgggtaactttgataaTAACTGCCTTAGCATGTTACATTCTTTTTATAAAATGAC-GTC-------------ACGGTACTTTTAATCGTTCAAGCGTTTaaacgcttgaacgattaaaagtaccgtgacgtcattttataaaaagaatgtaacatgctaaggcagtta
gi|20 : caataagttagtttttgggtaactttgataaagtaaatgttacactctttcgagtgtgacattaaaattgtcaaacttcgccgggatacatgttcatctcgattaatagtaatttcctcagactgacattgttactgttactctcatcagaatgcattatccattttattatagtaaaatatttactgctataataggataattttaaagtattttaaaatttgtttagagattataatcatatcatttctatactgaaaaatcagatttttttatgaacgtgtgatggtttaaatactgtgAA----GGTGACAGTAATATATTCAAC--CTCCA-A-AA-C-A-TAC--TATTCACAT-CG-AC-T-TCG-T--C-TCGG------T-TAACA-GC-AA-TTC--C-T-CA--AGGTTGACAATGCTTTTGTCACCTTC-
gi|21 : -------------ATCGTA--TCTACAATGTCACACGTTTATAAATAGTTCCGG-TTTTCCAAAAT-----AGAAAAT--GA-TGTATg
gi|22 : TGTTAACTGCTCCAGTGGGTAACA-TTATT---TAAAGTGtactagtttgatcggttaacagtgcaatgtcgttattt
gi|23 : atgtgtaaTGACAGTGATATTGTCAAA--CTTTGAA-AA-A-A-TAC--CGTCAAAGT-TG-A--C-TCT-GTCT-TGGC------A-G-ACA-GT-AATCAG--C-C-C---AGGTTGACAATAtcattgtgacttcagtttataaataatgtgacatttagagcagtta
gi|25 : TTGAG----CGCGACATGAATATTGTCAAC--ATTAA-G-AA-A-T-TAC--TGTCAACC
gi|26 : ttcgtttcC--C-C-C---AGATTAACACTATTTCTGTCATCATC-AACATAATG-----T--TA----T--A-TTTATT
gi|3 : tTTAACCGTTCTAGCGGGTAACAGTTGTT--ATGAAATGAC-GCC-------------ATGGTA--TCTAAACTATCCTACGTTTATAAAGA--TCT-G-TCTTTGAACAT-----TG---AT--GA-TGCATAGTG-CGAAATAAAT---AT---A-----AC--TGTC---AA--CGT-ACCA--CACTAT-----GGCAAT-AAA---TATTT--T-GT-TCCGTATAA-T---AAAAT---AATATTGCAT-TCTGCTGAG----GATAACGGTCATATTGCCAAC--CTTCG-A-AA-A-A-TAC--TGTCAATCT-CGCA--T-TCG-G--T-TGGC------T-GAGCA-GTAAA-CAC--C-T-C---AGGTTAACAATATTACTGTCACTCTA-AACAGAATG-----T--TA----TACAGTTTACTt
gi|4 : TGTTAACCGATCTAGCGGGTAACAGTTGTT--ATGAAATGAC-GCC-------------ATGGTA--TCTAAACTATCCTACGTTTATAAAGA--TCT-G-TCTTTGAACAT-----TG---AT--GA-TGCATAGTG-CGAAATAAAT---AT---A-----AC--TGTC---AA--CGT-A--AGTCACTAT-----GGCAAT-AAA---TATTT--T-GT-TCCGTATAA-T---AAAAT--AAATATTGCAT-TCTGCTGAG----GATAACGGTCATATTGCCAAC--CTTCG-G-AA-A-A-TAC--TGTCAACCT-CGCA--T-TCG-G--T-TGGC------T-GAGCA-GTAAA-CAC--C-T-C---AGGTTAACAATATTACTGTCACTCTA-AACAGAATG-----T--TA----TACAGTTTACTagcaatgtgtttttatataaaaatgtttgtt
gi|5 : cTTAACCACTCCAGCGGGTAACAGT-GTT--ATAA-----CTGCC-------------ATA-CA--T--AAA-TATAA-ATATATAT---GA--TTT-T-TCC---AATAT-----AG---A----A----ATAGCC-CATAAAAAAT---AT---A-----GT----------A--TAT-A--A-----------------AT-AAA---TATTT--T-AT-TCAGCATGA-TGTGAATGT--AAATGTTACAT-TCTGTC-----------ACAATAATACTGTCAAC--CTCCG-G-AA-A-G-AAC------AATCTTCG-A--T-TTT-G--TCTCGC------T-TAATA-GT-AA-TTTG-C-T-T---TGGTTGCCAATATTGCTGTTACTTTC-AGCATAATG-----T--TA----T--A-TTTA
gi|7 : aGCTAACCACCCCAGCTGGTAACAGTCTTT--ATAAAATTAT-GCCTATCCAGCGGATTACAGTA--TTTTAACTGTAACACATTTATGAA--------------TAGACAT----------AT--GA-CAT-TATTA-TGAT-TATAT---AT---A-----AT--TAT-----A--TTT-A--A--TATAAG-----AGCAGT-CAG---TTTTT--T-GT-TTAATGTAA-T---AAGAT--AAATATGATAT-TCTATTGAT----AGTAACAGTGATATTGTCAAA--CTTC-----A-A-G-T-C--TTTC--CCT-CA--------G-G--T-TG------------ACA-GT-AG---------------------------TACTGTCACCCTC-AACACAATG-----TAATA----TTTA-TTTACTtataattatgatgtaatgt
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ACCAAATCATTCACCTAACAAAACTTTACGTAACAGCTTTAAAAATGCAAGTTTTGAATCTTGAAAATATATTTAAACCAAGATCTGCTATCATTTATATCCTCATATATGTATATGTTGACCACCACTGATTTTATAAATTTGTGTTTAAAAGTGATGAAATTGTTGGAAATAAATTGAAAAACAAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTTTTTAAAGGCATTAGCCA
Unaligned ( gi|8 ): CGCCTTTAAAAACGCAAGTTTTTAAATATTGAATACATATATGCTACCATATACATGTATGTAACAAAATCAAATAATTTGTTAAATTTGTGTTTTAAAGTGTCTGACAGATGAAATTGTTGGAATGAAATTGAAAAACAAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTGTTTTTAAAGGTGTCA
Unaligned ( gi|9 ): TCACGTGTCTGGCTGGTAAGATAACGTTGATTAATAAACATAACCAATGGCATTAAAAACGCAAATATTACATGTATATTTTTCCCAGATCTGCTAACATTATGTTACAAAACCAATGAATTTGTTAAACTTGTGTTTTAAAGTGACGACATTATTGGAATGAAATTTAAAAACAAGATAAGAACATTTTGT
Unaligned ( gi|16 ): ACAAAATCAACTAAGTGGTTAATGTGTATTTTAAAGTGATGAAAGTGTTAGAATAAAATTAAATTGAAAAATAAGGTAAGAAAGTCTTGGTATCTGTTTTGATACAACACCAACACTTGCGTTTTCTAA
Unaligned ( gi|17 ): GTGATGAAATTGTTGGAATAAAATTGAAAAACAAGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGTTTGAAATGGCCTTAAGTA
Unaligned ( gi|19 ): ATATAGAAATGACGTATAATGACATTTAATGTTAAAGGTTTTGTTATAGTATAGGTATATTAAATAATTAAACAGTTTAATCATATTTATAATTGTTATTGAATGTT
Unaligned ( gi|24 ): GACAGAATGTTACATTTATATAATGTAATATTACCAAGCCAACCATAGCCCAGCAGA
Unaligned ( gi|27 ): TGAGAAAGATACTGCCAAGCTCGACTTTGTATCAGTTAACAGTCACT
Alignments
lowQualScore : 3333333333333 3333333333333333333333333333333 111 33333333333333333333333333333333333333 44444444444444444444444444444 222222222222222 11111111
lowQualScore : 2 77 99 8 6666666666666 3 66 5 0 4444444444444444444444444444444 66 000 0 66 0 888 66 5 22222222222222222222222222222222222222 3 666 55 3 55 22 3 666 0 55 3 6666 1 33 5 2 5 2 2 33 5 3 11111111111111111111111111111 3 111111111111111 3 0 55555555 8888 44 8
lowQualScore : . .. .. . ............. . .. . . ............................... .. ... . .. . ... .. . ...................................... . ... .. . .. .. . ... . .. . .... . .. . . . . . .. . . ............................. . ............... . . ........ .... .. .
lowQualScore : 5 33 22 0 7777777777777 7 99 4 4 8888888888888888888888888888888 99 555 4 00 4 888 99 0 88888888888888888888888888888888888888 6 444 00 6 55 88 6 444 5 00 6 5555 8 44 0 5 0 5 5 44 9 1 77777777777777777777777777777 3 777777777777777 3 5 44444444 5555 11 0
consensus : NTGTTAACCGCTCCAGCGGGTAACAGTCGTT--ATAAAATGAC-GCC-------------ACGGTA--TCTAAACTATCACACGTTTATAAAGA--TCT-G-TCTTTGAACAT-----TG---AT--GA-TGTATAGTN-CGAAATAAAT---AT--A-ATTA--T-----C---AA---TAT-A--A--CATTAT-----AGCAGT-AAA---TATTT--T-GT-TCNGTATAA-T---AAAAT--AAATATTACAT-TCTGTTGAG----GGTGACAGTAATATTGTCAAC--CTTCG-G-AA-A-A-TAC--TGTCAACCT-CG-A--T-TCG-G--T-TGGC------T-GAACA-GT-AA-CNC--C-T-C-AGGTTGACAATATTACTGTCACCCTC-AACAGAATG-----T--TA----TACA-TTTACT
Reference ( family-480 ) : NTGTTAACCGCTCCAGCGGGTAACAGTCGTT--ATAAAATGAC-GCC-------------ACGGTA--TCTAAACTATCACACGTTTATAAAGA--TCT-G-TCTTTGAACAT-----TG---AT--GA-TGTATAGTN-CGAAATAAAT---AT--A-ATTA--T-----C---AA---TAT-A--A--CATTAT-----AGCAGT-AAA---TATTT--T-GT-TCNGTATAA-T---AAAAT--AAATATTACAT-TCTGTTGAG----GGTGACAGTAATATTGTCAAC--CTTCG-G-AA-A-A-TAC--TGTCAACCT-CG-A--T-TCG-G--T-TGGC------T-GAACA-GT-AA-CNC--C-T-C-AGGTTGACAATATTACTGTCACCCTC-AACAGAATG-----T--TA----TACA-TTTACT
gi|1 : TTA--T-----T---AA---TAT-ACTA--TATTAT-----AGCAGT-AAA---TATT-----GCATCAGTCAAACT---AAAACTAAAATGTTAAAT-TATGTTGGC----AG-GACAGTAATACAATCCAC--CTTCG-G-AACA-A-CAT--TGTCAG--T-CG-A--CATCG-TC-T-TGGT------T--AACA-GT-AG-CAC--CCT-C-AGGTTGACAATATCACTGTCACCCGC-AACATAATG-----T--AA----TATA-CTTA
gi|10 : aatatagaaaaagtgcaaactaaattaaactttacatgtttT-AAA---TATTT--TCG---CGGTATAA------AAAT--AAA------GT-TCAGTTAAAAAGCGATAACAATAGTAATG-CAAG--TTTTG-G-AA-A-AATACAATGTCAGTCT-TG-ACCT-TGA-G--T-TGGT------TTG--CA-AT-TA-TTC--C-CGC-AAATTACCAGTATTACTGCCACCCTTAAACAGAATGCATTTT--TA----TACA-acgcctttaaaaacaaatgtttttgaatattaaatgttcgctatcatttttatcagttaatatatgtttaccgcaataatttgttgtgtgtcttaaagtgatgaaattgttggaataaaattaaaaaagaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgtttttcaaggcgttaagta
gi|11 : aGTA--TCTTAGCTATCATATGTTTTTAAA------T-A-TATCTGATAAG-----GA---AT--GG-TATATGGTT-TAAAAGAAATTTGAT--A-TTTA--TATTTCC---TA---TAT-A--G--CAT--------AACAGT-TAA---CATTT--T-GT-TGCGT-TA--T---AAAAT--AA---TTTCATATCTGTCGAG----GGTGATAATGATATTGCCAAC--CTTTG-G-AA-A-A-TAT--TGTatacactaaatatc
gi|12 : taTAT-----AGCAGTTAAAGACCATTTCTT-GA-TACATATAA-T---TAACT--AACTGTTACAT-TTTATTGCG----GGTGACAGTGGTA-TGTCTAC--ATTCG-G-AGCA-A-TAT--TATCAACCT-CG-A--A-ATG-AATT-TAACAATCATT-GGACA-AC-AA-TTC--C-C-C-AGAGTGACAAAATCATTATCACCCTT-AGTAAAACG-----
gi|13 : cGTTT-TAAAGA--TAT------TTACACATAT---TG---AT--TAGTCTTTGATT-CAAAATTAAT---AT--ATATTA--T-----TCATAA---TAT-A--AG-CATTA------AGCAGT-TTC---TATTC--A-AT-TCGGAATAA-T---AA--T--AGATATAATAT-TCTGTTGAG----CGTCACAGTTATATTGTCAACTTCTTCT-G-AA-A-A-TAC--TGCCAA
gi|14 : ACGGTACTACTGCCAAC--CTTTG-GGAA-A-A-TAC--TATCAAACT-CG-AC-T-TCGTC--T-CGGC------C--AACA-TT-CA-TTT--T-A-CAAGGTTGACATGATTACCG------CC-AACAGAATG-----T--TAAATTTACA-TT
gi|15 : t-CGAATTTAAA---AT--G-ATTA--A-----C---AG---TATTATTA--CACTATTTCATAACAAA-AAA---TATAG--T-GC-TCGGTATAA-T---AAGAC--AACTATTAAAT-TCTGTTGTG----GATGATATTAATATTATCAAC--ATTCG-G-GA-ACA-TAC--TGTTAACCT-CG-A--ataagtaatattaacaagccgaccattcagcaga
gi|18 : GTAATAATGTCAAC--ATTTGAA-AA-A-A-TAC--TGTCAAACT-CA-A--C-TTT-GTCT-CGGT------T--AACA-GT----CAT--T-T----GGTTAATAATACTACTGCCATCAGT-AAAAGAATG---------G----TAAA-TTTAcatt
gi|2 : gaggC-------------ACAGTA--TTTAAACCATCACACGTTCATAAAAAAATCT-GATTTTTCAGTATAGAAATG---ATATGA-T-TATAATCTCTAAACAAAT---TTTAA-AATACTT-----T---AAAATTAT-C--C--TATTAT-----AGCAGT-AAA---TATTT--T-AC-T----ATAA-T---AAAAT--GGATAATGCAT-TCTGATGAG----AGTAACAGTAACAATGTCAGT--CTGAG-G-AA-A-T-TAC--TATTAA--T-CG-A---------------GA------T-GAACATGT-AT-CCCGGC-G-A-AGTTTGACAATTTTAATGTCACACTC-GAAAGAGTG--------TA-----ACA-TTTACT
gi|2 : caataagttagtttttgggtaactttgataaTAACTGCCTTAGCATGTTACATTCTTTTTATAAAATGAC-GTC-------------ACGGTACTTTTAATCGTTCAAGCGTTTaaacgcttgaacgattaaaagtaccgtgacgtcattttataaaaagaatgtaacatgctaaggcagtta
gi|20 : caataagttagtttttgggtaactttgataaagtaaatgttacactctttcgagtgtgacattaaaattgtcaaacttcgccgggatacatgttcatctcgattaatagtaatttcctcagactgacattgttactgttactctcatcagaatgcattatccattttattatagtaaaatatttactgctataataggataattttaaagtattttaaaatttgtttagagattataatcatatcatttctatactgaaaaatcagatttttttatgaacgtgtgatggtttaaatactgtgAA----GGTGACAGTAATATATTCAAC--CTCCA-A-AA-C-A-TAC--TATTCACAT-CG-AC-T-TCG-T--C-TCGG------T-TAACA-GC-AA-TTC--C-T-CAAGGTTGACAATGCTTTTGTCACCTTC-
gi|21 : GTA--TCTACAATGTCACACGTTTATAAATAGTTCCGG-TTTTCCAAAAT-----AGAAAAT--GA-TGTATg
gi|22 : TGTTAACTGCTCCAGTGGGTAACA-TTATT---TAAAGTGgattactagtttgatcggttaacagtgcaatgtcgttattt
gi|23 : atgtgtaaTGACAGTGATATTGTCAAA--CTTTGAA-AA-A-A-TAC--CGTCAAAGT-TG-A--C-TCT-GTCT-TGGC------A-G-ACA-GT-AATCAG--C-C-C-AGGTTGACAATAtcattgtgacttcagtttataaataatgtgacatttagagcagtta
gi|25 : TTGAG----CGCGACATGAATATTGTCAAC--ATTAA-G-AA-A-T-TAC--TGTCAACC
gi|26 : ttcgtttcC--C-C-C-AGATTAACACTATTTCTGTCATCATC-AACATAATG-----T--TA----T--A-TTTATT
gi|3 : tTTAACCGTTCTAGCGGGTAACAGTTGTT--ATGAAATGAC-GCC-------------ATGGTA--TCTAAACTATCCTACGTTTATAAAGA--TCT-G-TCTTTGAACAT-----TG---AT--GA-TGCATAGTG-CGAAATAAAT---AT--A-ACTG--T-----C---AA---CGT-ACCA--CACTAT-----GGCAAT-AAA---TATTT--T-GT-TCCGTATAA-T---AAAAT---AATATTGCAT-TCTGCTGAG----GATAACGGTCATATTGCCAAC--CTTCG-A-AA-A-A-TAC--TGTCAATCT-CGCA--T-TCG-G--T-TGGC------T-GAGCA-GTAAA-CAC--C-T-C-AGGTTAACAATATTACTGTCACTCTA-AACAGAATG-----T--TA----TACAGTTTACTt
gi|4 : TGTTAACCGATCTAGCGGGTAACAGTTGTT--ATGAAATGAC-GCC-------------ATGGTA--TCTAAACTATCCTACGTTTATAAAGA--TCT-G-TCTTTGAACAT-----TG---AT--GA-TGCATAGTG-CGAAATAAAT---AT--A-ACTG--T-----C---AA---CGT-A--AGTCACTAT-----GGCAAT-AAA---TATTT--T-GT-TCCGTATAA-T---AAAAT--AAATATTGCAT-TCTGCTGAG----GATAACGGTCATATTGCCAAC--CTTCG-G-AA-A-A-TAC--TGTCAACCT-CGCA--T-TCG-G--T-TGGC------T-GAGCA-GTAAA-CAC--C-T-C-AGGTTAACAATATTACTGTCACTCTA-AACAGAATG-----T--TA----TACAGTTTACTagcaatgtgtttttatataaaaatgtttgtt
gi|5 : cTTAACCACTCCAGCGGGTAACAGT-GTT--ATAA-----CTGCC-------------A---TA--CATAAA-TATAA-ATATATAT---GA--TTT-T-TCC---AATAT-----AG---A----A----ATAGCC-CATAAAAAAT---AT--A-GT---------------A---TAT-A--A-----------------AT-AAA---TATTT--T-AT-TCAGCATGA-TGTGAATGT--AAATGTTACAT-TCTGTC-----------ACAATAATACTGTCAAC--CTCCG-G-AA-A-G-AAC------AATCTTCG-A--T-TTT-G--TCTCGC------T-TAATA-GT-AA-TTTG-C-T-T-TGGTTGCCAATATTGCTGTTACTTTC-AGCATAATG-----T--TA----T--A-TTTA
gi|7 : aGCTAACCACCCCAGCTGGTAACAGTCTTT--ATAAAATTAT-GCCTATCCAGCGGATTACAGTA--TTTTAACTGTAACACATTTATGAA--------------TAGACAT----------AT--GA-CAT-TATTA-TGAT-TATAT---AT--A-ATTA--T----------A---TTT-A--A--TATAAG-----AGCAGT-CAG---TTTTT--T-GT-TTAATGTAA-T---AAGAT--AAATATGATAT-TCTATTGAT----AGTAACAGTGATATTGTCAAA--CTTC-----A-A-G-T-C--TTTC--CCT-CA--------G-G--T-TG------------ACA-GT-AG-------------------------TACTGTCACCCTC-AACACAATG-----TAATA----TTTA-TTTACTtataattatgatgtaatgt
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ACCAAATCATTCACCTAACAAAACTTTACGTAACAGCTTTAAAAATGCAAGTTTTGAATCTTGAAAATATATTTAAACCAAGATCTGCTATCATTTATATCCTCATATATGTATATGTTGACCACCACTGATTTTATAAATTTGTGTTTAAAAGTGATGAAATTGTTGGAAATAAATTGAAAAACAAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTTTTTAAAGGCATTAGCCA
Unaligned ( gi|8 ): CGCCTTTAAAAACGCAAGTTTTTAAATATTGAATACATATATGCTACCATATACATGTATGTAACAAAATCAAATAATTTGTTAAATTTGTGTTTTAAAGTGTCTGACAGATGAAATTGTTGGAATGAAATTGAAAAACAAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTGTTTTTAAAGGTGTCA
Unaligned ( gi|9 ): TCACGTGTCTGGCTGGTAAGATAACGTTGATTAATAAACATAACCAATGGCATTAAAAACGCAAATATTACATGTATATTTTTCCCAGATCTGCTAACATTATGTTACAAAACCAATGAATTTGTTAAACTTGTGTTTTAAAGTGACGACATTATTGGAATGAAATTTAAAAACAAGATAAGAACATTTTGT
Unaligned ( gi|16 ): ACAAAATCAACTAAGTGGTTAATGTGTATTTTAAAGTGATGAAAGTGTTAGAATAAAATTAAATTGAAAAATAAGGTAAGAAAGTCTTGGTATCTGTTTTGATACAACACCAACACTTGCGTTTTCTAA
Unaligned ( gi|17 ): GTGATGAAATTGTTGGAATAAAATTGAAAAACAAGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGTTTGAAATGGCCTTAAGTA
Unaligned ( gi|19 ): ATATAGAAATGACGTATAATGACATTTAATGTTAAAGGTTTTGTTATAGTATAGGTATATTAAATAATTAAACAGTTTAATCATATTTATAATTGTTATTGAATGTT
Unaligned ( gi|24 ): GACAGAATGTTACATTTATATAATGTAATATTACCAAGCCAACCATAGCCCAGCAGA
Unaligned ( gi|27 ): TGAGAAAGATACTGCCAAGCTCGACTTTGTATCAGTTAACAGTCACT
Alignments
lowQualScore : 3333333333333 3333333333333333333333333333333 111 33333333333333333333333333333333333333 44444444444444444444444444444 222222222222222 11111111
lowQualScore : 2 77 99 8 6666666666666 3 66 5 0 4444444444444444444444444444444 66 000 0 66 0 888 66 5 22222222222222222222222222222222222222 3 666 55 3 55 22 3 666 0 55 3 6666 1 33 5 2 5 2 2 33 5 3 11111111111111111111111111111 3 111111111111111 3 0 55555555 8888 44 8
lowQualScore : . .. .. . ............. . .. . . ............................... .. ... . .. . ... .. . ...................................... . ... .. . .. .. . ... . .. . .... . .. . . . . . .. . . ............................. . ............... . . ........ .... .. .
lowQualScore : 5 33 22 0 7777777777777 7 99 4 4 8888888888888888888888888888888 99 555 4 00 4 888 99 0 88888888888888888888888888888888888888 6 444 00 6 55 88 6 444 5 00 6 5555 8 44 0 5 0 5 5 44 9 1 77777777777777777777777777777 3 777777777777777 3 5 44444444 5555 11 0
consensus : NTGTTAACCGCTCCAGCGGGTAACAGTCGTT--ATAAAATGAC-GCC-------------ACGGTA--TCTAAACTATCACACGTTTATAAAGA--TCT-G-TCTTTGAACAT-----TG---AT--GA-TGTATAGTN-CGAAATAAAT---AT--A-ATTA--T-----C---AA---TAT-A--A--CATTAT-----AGCAGT-AAA---TATTT--T-GT-TCNGTATAA-T---AAAAT--AAATATTACAT-TCTGTTGAG----GGTGACAGTAATATTGTCAAC--CTTCG-G-AA-A-A-TAC--TGTCAACCT-CG-A--T-TCG-G--T-TGGC------T-GAACA-GT-AA-CNC--C-T-C-AGGTTGACAATATTACTGTCACCCTC-AACAGAATG-----T--TA----TACA-TTTACT
Reference ( family-480 ) : NTGTTAACCGCTCCAGCGGGTAACAGTCGTT--ATAAAATGAC-GCC-------------ACGGTA--TCTAAACTATCACACGTTTATAAAGA--TCT-G-TCTTTGAACAT-----TG---AT--GA-TGTATAGTN-CGAAATAAAT---AT--A-ATTA--T-----C---AA---TAT-A--A--CATTAT-----AGCAGT-AAA---TATTT--T-GT-TCNGTATAA-T---AAAAT--AAATATTACAT-TCTGTTGAG----GGTGACAGTAATATTGTCAAC--CTTCG-G-AA-A-A-TAC--TGTCAACCT-CG-A--T-TCG-G--T-TGGC------T-GAACA-GT-AA-CNC--C-T-C-AGGTTGACAATATTACTGTCACCCTC-AACAGAATG-----T--TA----TACA-TTTACT
gi|1 : TTA--T-----T---AA---TAT-ACTA--TATTAT-----AGCAGT-AAA---TATT-----GCATCAGTCAAACT---AAAACTAAAATGTTAAAT-TATGTTGGC----AG-GACAGTAATACAATCCAC--CTTCG-G-AACA-A-CAT--TGTCAG--T-CG-A--CATCG-TC-T-TGGT------T--AACA-GT-AG-CAC--CCT-C-AGGTTGACAATATCACTGTCACCCGC-AACATAATG-----T--AA----TATA-CTTA
gi|10 : aatatagaaaaagtgcaaactaaattaaactttacatgtttT-AAA---TATTT--TCG---CGGTATAA------AAAT--AAA------GT-TCAGTTAAAAAGCGATAACAATAGTAATG-CAAG--TTTTG-G-AA-A-AATACAATGTCAGTCT-TG-ACCT-TGA-G--T-TGGT------TTG--CA-AT-TA-TTC--C-CGC-AAATTACCAGTATTACTGCCACCCTTAAACAGAATGCATTTT--TA----TACA-acgcctttaaaaacaaatgtttttgaatattaaatgttcgctatcatttttatcagttaatatatgtttaccgcaataatttgttgtgtgtcttaaagtgatgaaattgttggaataaaattaaaaaagaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgtttttcaaggcgttaagta
gi|11 : aGTA--TCTTAGCTATCATATGTTTTTAAA------T-A-TATCTGATAAG-----GA---AT--GG-TATATGGTT-TAAAAGAAATTTGAT--A-TTTA--TATTTCC---TA---TAT-A--G--CAT--------AACAGT-TAA---CATTT--T-GT-TGCGT-TA--T---AAAAT--AA---TTTCATATCTGTCGAG----GGTGATAATGATATTGCCAAC--CTTTG-G-AA-A-A-TAT--TGTatacactaaatatc
gi|12 : taTAT-----AGCAGTTAAAGACCATTTCTT-GA-TACATATAA-T---TAACT--AACTGTTACAT-TTTATTGCG----GGTGACAGTGGTA-TGTCTAC--ATTCG-G-AGCA-A-TAT--TATCAACCT-CG-A--A-ATG-AATT-TAACAATCATT-GGACA-AC-AA-TTC--C-C-C-AGAGTGACAAAATCATTATCACCCTT-AGTAAAACG-----
gi|13 : cGTTT-TAAAGA--TAT------TTACACATAT---TG---AT--TAGTCTTTGATT-CAAAATTAAT---AT--ATATTA--T-----TCATAA---TAT-A--AG-CATTA------AGCAGT-TTC---TATTC--A-AT-TCGGAATAA-T---AA--T--AGATATAATAT-TCTGTTGAG----CGTCACAGTTATATTGTCAACTTCTTCT-G-AA-A-A-TAC--TGCCAA
gi|14 : ACGGTACTACTGCCAAC--CTTTG-GGAA-A-A-TAC--TATCAAACT-CG-AC-T-TCGTC--T-CGGC------C--AACA-TT-CA-TTT--T-A-CAAGGTTGACATGATTACCG------CC-AACAGAATG-----T--TAAATTTACA-TT
gi|15 : t-CGAATTTAAA---AT--G-ATTA--A-----C---AG---TATTATTA--CACTATTTCATAACAAA-AAA---TATAG--T-GC-TCGGTATAA-T---AAGAC--AACTATTAAAT-TCTGTTGTG----GATGATATTAATATTATCAAC--ATTCG-G-GA-ACA-TAC--TGTTAACCT-CG-A--ataagtaatattaacaagccgaccattcagcaga
gi|18 : GTAATAATGTCAAC--ATTTGAA-AA-A-A-TAC--TGTCAAACT-CA-A--C-TTT-GTCT-CGGT------T--AACA-GT----CAT--T-T----GGTTAATAATACTACTGCCATCAGT-AAAAGAATG---------G----TAAA-TTTAcatt
gi|2 : gaggC-------------ACAGTA--TTTAAACCATCACACGTTCATAAAAAAATCT-GATTTTTCAGTATAGAAATG---ATATGA-T-TATAATCTCTAAACAAAT---TTTAA-AATACTT-----T---AAAATTAT-C--C--TATTAT-----AGCAGT-AAA---TATTT--T-AC-T----ATAA-T---AAAAT--GGATAATGCAT-TCTGATGAG----AGTAACAGTAACAATGTCAGT--CTGAG-G-AA-A-T-TAC--TATTAA--T-CG-A---------------GA------T-GAACATGT-AT-CCCGGC-G-A-AGTTTGACAATTTTAATGTCACACTC-GAAAGAGTG--------TA-----ACA-TTTACT
gi|2 : caataagttagtttttgggtaactttgataaTAACTGCCTTAGCATGTTACATTCTTTTTATAAAATGAC-GTC-------------ACGGTACTTTTAATCGTTCAAGCGTTTaaacgcttgaacgattaaaagtaccgtgacgtcattttataaaaagaatgtaacatgctaaggcagtta
gi|20 : caataagttagtttttgggtaactttgataaagtaaatgttacactctttcgagtgtgacattaaaattgtcaaacttcgccgggatacatgttcatctcgattaatagtaatttcctcagactgacattgttactgttactctcatcagaatgcattatccattttattatagtaaaatatttactgctataataggataattttaaagtattttaaaatttgtttagagattataatcatatcatttctatactgaaaaatcagatttttttatgaacgtgtgatggtttaaatactgtgAA----GGTGACAGTAATATATTCAAC--CTCCA-A-AA-C-A-TAC--TATTCACAT-CG-AC-T-TCG-T--C-TCGG------T-TAACA-GC-AA-TTC--C-T-CAAGGTTGACAATGCTTTTGTCACCTTC-
gi|21 : GTA--TCTACAATGTCACACGTTTATAAATAGTTCCGG-TTTTCCAAAAT-----AGAAAAT--GA-TGTATg
gi|22 : TGTTAACTGCTCCAGTGGGTAACA-TTATT---TAAAGTGgattactagtttgatcggttaacagtgcaatgtcgttattt
gi|23 : atgtgtaaTGACAGTGATATTGTCAAA--CTTTGAA-AA-A-A-TAC--CGTCAAAGT-TG-A--C-TCT-GTCT-TGGC------A-G-ACA-GT-AATCAG--C-C-C-AGGTTGACAATAtcattgtgacttcagtttataaataatgtgacatttagagcagtta
gi|25 : TTGAG----CGCGACATGAATATTGTCAAC--ATTAA-G-AA-A-T-TAC--TGTCAACC
gi|26 : ttcgtttcC--C-C-C-AGATTAACACTATTTCTGTCATCATC-AACATAATG-----T--TA----T--A-TTTATT
gi|3 : tTTAACCGTTCTAGCGGGTAACAGTTGTT--ATGAAATGAC-GCC-------------ATGGTA--TCTAAACTATCCTACGTTTATAAAGA--TCT-G-TCTTTGAACAT-----TG---AT--GA-TGCATAGTG-CGAAATAAAT---AT--A-ACTG--T-----C---AA---CGT-ACCA--CACTAT-----GGCAAT-AAA---TATTT--T-GT-TCCGTATAA-T---AAAAT---AATATTGCAT-TCTGCTGAG----GATAACGGTCATATTGCCAAC--CTTCG-A-AA-A-A-TAC--TGTCAATCT-CGCA--T-TCG-G--T-TGGC------T-GAGCA-GTAAA-CAC--C-T-C-AGGTTAACAATATTACTGTCACTCTA-AACAGAATG-----T--TA----TACAGTTTACTt
gi|4 : TGTTAACCGATCTAGCGGGTAACAGTTGTT--ATGAAATGAC-GCC-------------ATGGTA--TCTAAACTATCCTACGTTTATAAAGA--TCT-G-TCTTTGAACAT-----TG---AT--GA-TGCATAGTG-CGAAATAAAT---AT--A-ACTG--T-----C---AA---CGT-A--AGTCACTAT-----GGCAAT-AAA---TATTT--T-GT-TCCGTATAA-T---AAAAT--AAATATTGCAT-TCTGCTGAG----GATAACGGTCATATTGCCAAC--CTTCG-G-AA-A-A-TAC--TGTCAACCT-CGCA--T-TCG-G--T-TGGC------T-GAGCA-GTAAA-CAC--C-T-C-AGGTTAACAATATTACTGTCACTCTA-AACAGAATG-----T--TA----TACAGTTTACTagcaatgtgtttttatataaaaatgtttgtt
gi|5 : cTTAACCACTCCAGCGGGTAACAGT-GTT--ATAA-----CTGCC-------------A---TA--CATAAA-TATAA-ATATATAT---GA--TTT-T-TCC---AATAT-----AG---A----A----ATAGCC-CATAAAAAAT---AT--A-GT---------------A---TAT-A--A-----------------AT-AAA---TATTT--T-AT-TCAGCATGA-TGTGAATGT--AAATGTTACAT-TCTGTC-----------ACAATAATACTGTCAAC--CTCCG-G-AA-A-G-AAC------AATCTTCG-A--T-TTT-G--TCTCGC------T-TAATA-GT-AA-TTTG-C-T-T-TGGTTGCCAATATTGCTGTTACTTTC-AGCATAATG-----T--TA----T--A-TTTA
gi|7 : aGCTAACCACCCCAGCTGGTAACAGTCTTT--ATAAAATTAT-GCCTATCCAGCGGATTACAGTA--TTTTAACTGTAACACATTTATGAA--------------TAGACAT----------AT--GA-CAT-TATTA-TGAT-TATAT---AT--A-ATTA--T----------A---TTT-A--A--TATAAG-----AGCAGT-CAG---TTTTT--T-GT-TTAATGTAA-T---AAGAT--AAATATGATAT-TCTATTGAT----AGTAACAGTGATATTGTCAAA--CTTC-----A-A-G-T-C--TTTC--CCT-CA--------G-G--T-TG------------ACA-GT-AG-------------------------TACTGTCACCCTC-AACACAATG-----TAATA----TTTA-TTTACTtataattatgatgtaatgt
blockSeqs : G TA . T TATCCAGCGGATT C CT C AAAATCTGATTTTTCAGTATAGAAATG AT GTC CT . TA T ACAGTATTATTACACTATTTCAT T GAC CT C T CG . GTG . A AAGC A TT A G C C A AA T T AAATGAATTTAACAATCATTGG T ATCCCGGCGA A CATTTT AATT AC G
blockSeqs : G TG . . . T . A TAGTTCCGGTTTTCCAAAATAGAAA . TG T . . . CTTTAAAATTATCCTATTAT . . . . A GC . . . . . T . A . . . . . C . ACCTTGAGTTGGTTTG . TATTCCCGC . TAA . AC G
blockSeqs : G TG . . . T . C GATCTGTCTTTGAACATTG . TG G . . . TTCATAATATAAGCATTA . . . . T AC . . . . . T . . . . . . . A . ACTTCGTCTCGGCCA . CATTTTACA . T . AA .
blockSeqs : G CT . . . C . T GATCTGTCTTTGAACATTG . TG G . . . TATTTCCTATATAGCAT . . . . C CG . . . . . C . . . . . . . C . ACTTTGTCTCGGTTA . AATTCCTCA . T . AC .
blockSeqs : . G . . . . T GATATTTACACATATTG . CA C . . . TCAACGTACCACACTAT . . . . C CG . . . . . T . . . . . . . A . ACTTCGTCTCGGTTA . AATCAGCCC . T . AC .
blockSeqs : . C GATTTTTCCAATATAG . T A . . . TCAACGTAAGTCACTAT . . . . T CC . . . . . A . . . . . . . C . ACTCTGTCTTGGCAG . AAACACCTC . T . AC .
blockSeqs : . . TAGACAT . . . . . TATTTAATATAAG . . . . T CC . . . . . A . . . . . . . A . CATTCGGTTGGCTGA . AAACACCTC . T . TT .
blockSeqs : ATATAA . . . . T CA . . . . . T . . . . . . . C . CATTCGGTTGGCTGA . AATTTGCTT . . . . .
blockSeqs : . . . . T TA . . . . . T . . . . . . . T . ATTTTGTCTCGCTTA . AATTCCCC . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . . C . AGATGA . CATTT .
blockSeqs : . T . . . . . . . T . GGTTG . AG .
blockSeqs : . T . . . . . . . C .
blockSeqs : C . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons : ** GATCTGTCTTTNAACATTG************ *** T* **
originalCons : NTGTTAACCGCTCCAGCGGGTAACAGTCGTT--ATAAAATGAC-GCC-------------ACGGTA--TCTAAACTATCACACGTTTATAAAGA--TCT-G-TCTTTGAACAT-----TG---AT--GA-TGTATAGTN-CGAAATAAAT---AT--A-ATTA--T-----C---AA---TAT-A--A--CATTAT-----AGCAGT-AAA---TATTT--T-GT-TCNGTATAA-T---AAAAT--AAATATTACAT-TCTGTTGAG----GGTGACAGTAATATTGTCAAC--CTTCG-G-AA-A-A-TAC--TGTCAACCT-CG-A--T-TCG-G--T-TGGC------T-GAACA-GT-AA-CNC--C-T-C-AGGTTGACAATATTACTGTCACCCTC-AACAGAATG-----T--TA----TACA-TTTACT
finalCons : NTGTTAACCGCTCCAGCGGGTAACAGTCGTT--ATAAAATGAC-GCC-------------ACGGTA--TCTAAACTATCACACGTTTATAAAGATCTGTCTTTNAACATTG------------AT--GA-TGTATAGTN-CGAAATAAAT---AT--A-ATTA--T-----C---AA---TAT-A--A--CATTAT-----AGCAGT-AAA---TATTT--T-GT-TCNGTATAA-T---AAAAT--AAATATTACAT-TCTGTTGAG----GGTGACAGTAATATTGTCAAC--CTTCG-G-AA-A-A-TAC--TGTCAACCT-CG-A--T-TCG-G--T-TGGC------T-GAACA-GT-AA-CNC--C-T-C-AGGTTGACAATATTACTGTCACCCTC-AACAGAATG-----T--TA----TACA-TTTACT
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ACCAAATCATTCACCTAACAAAACTTTACGTAACAGCTTTAAAAATGCAAGTTTTGAATCTTGAAAATATATTTAAACCAAGATCTGCTATCATTTATATCCTCATATATGTATATGTTGACCACCACTGATTTTATAAATTTGTGTTTAAAAGTGATGAAATTGTTGGAAATAAATTGAAAAACAAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTTTTTAAAGGCATTAGCCA
Unaligned ( gi|8 ): CGCCTTTAAAAACGCAAGTTTTTAAATATTGAATACATATATGCTACCATATACATGTATGTAACAAAATCAAATAATTTGTTAAATTTGTGTTTTAAAGTGTCTGACAGATGAAATTGTTGGAATGAAATTGAAAAACAAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTGTTTTTAAAGGTGTCA
Unaligned ( gi|9 ): TCACGTGTCTGGCTGGTAAGATAACGTTGATTAATAAACATAACCAATGGCATTAAAAACGCAAATATTACATGTATATTTTTCCCAGATCTGCTAACATTATGTTACAAAACCAATGAATTTGTTAAACTTGTGTTTTAAAGTGACGACATTATTGGAATGAAATTTAAAAACAAGATAAGAACATTTTGT
Unaligned ( gi|16 ): ACAAAATCAACTAAGTGGTTAATGTGTATTTTAAAGTGATGAAAGTGTTAGAATAAAATTAAATTGAAAAATAAGGTAAGAAAGTCTTGGTATCTGTTTTGATACAACACCAACACTTGCGTTTTCTAA
Unaligned ( gi|17 ): GTGATGAAATTGTTGGAATAAAATTGAAAAACAAGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGTTTGAAATGGCCTTAAGTA
Unaligned ( gi|19 ): ATATAGAAATGACGTATAATGACATTTAATGTTAAAGGTTTTGTTATAGTATAGGTATATTAAATAATTAAACAGTTTAATCATATTTATAATTGTTATTGAATGTT
Unaligned ( gi|24 ): GACAGAATGTTACATTTATATAATGTAATATTACCAAGCCAACCATAGCCCAGCAGA
Unaligned ( gi|27 ): TGAGAAAGATACTGCCAAGCTCGACTTTGTATCAGTTAACAGTCACT
Alignments
lowQualScore : 3333333333333 3333333333333333333333333333333 111 33333333333333333333333333333333333333 44444444444444444444444444444 222222222222222 11111111
lowQualScore : 2 77 99 8 6666666666666 3 66 5 0 4 4444444444444444444444444444444 66 000 0 66 0 888 66 5 22222222222222222222222222222222222222 3 666 55 3 55 22 3 666 0 55 3 6666 1 33 5 2 5 2 2 33 5 3 11111111111111111111111111111 3 111111111111111 3 0 55555555 8888 44 8
lowQualScore : . .. .. . ............. . .. . . . ............................... .. ... . .. . ... .. . ...................................... . ... .. . .. .. . ... . .. . .... . .. . . . . . .. . . ............................. . ............... . . ........ .... .. .
lowQualScore : 5 33 22 0 7777777777777 7 99 4 4 5 2222222222222222222222222222222 99 555 4 00 4 888 99 0 88888888888888888888888888888888888888 6 444 00 6 55 88 6 444 5 00 6 5555 8 44 0 5 0 5 5 44 9 1 77777777777777777777777777777 3 777777777777777 3 5 44444444 5555 11 0
consensus : NTGTTAACCGCTCCAGCGGGTAACAGTCGTT--ATAAAATGAC-GCC-------------ACGGTA--TCTAAACTATCACACGTTTATAAAGA--TCT-G-TCTT-TNA-ACAT-----TG---AT--GA-TGTATAGTN-CGAAATAAAT---AT--A-ATTA--T-----C---AA---TAT-A--A--CATTAT-----AGCAGT-AAA---TATTT--T-GT-TCNGTATAA-T---AAAAT--AAATATTACAT-TCTGTTGAG----GGTGACAGTAATATTGTCAAC--CTTCG-G-AA-A-A-TAC--TGTCAACCT-CG-A--T-TCG-G--T-TGGC------T-GAACA-GT-AA-CNC--C-T-C-AGGTTGACAATATTACTGTCACCCTC-AACAGAATG-----T--TA----TACA-TTTACT
Reference ( family-480 ) : NTGTTAACCGCTCCAGCGGGTAACAGTCGTT--ATAAAATGAC-GCC-------------ACGGTA--TCTAAACTATCACACGTTTATAAAGA--TCT-G-TCTT-TNA-ACAT-----TG---AT--GA-TGTATAGTN-CGAAATAAAT---AT--A-ATTA--T-----C---AA---TAT-A--A--CATTAT-----AGCAGT-AAA---TATTT--T-GT-TCNGTATAA-T---AAAAT--AAATATTACAT-TCTGTTGAG----GGTGACAGTAATATTGTCAAC--CTTCG-G-AA-A-A-TAC--TGTCAACCT-CG-A--T-TCG-G--T-TGGC------T-GAACA-GT-AA-CNC--C-T-C-AGGTTGACAATATTACTGTCACCCTC-AACAGAATG-----T--TA----TACA-TTTACT
gi|1 : TTA--T-----T---AA---TAT-ACTA--TATTAT-----AGCAGT-AAA---TATT-----GCATCAGTCAAACT---AAAACTAAAATGTTAAAT-TATGTTGGC----AG-GACAGTAATACAATCCAC--CTTCG-G-AACA-A-CAT--TGTCAG--T-CG-A--CATCG-TC-T-TGGT------T--AACA-GT-AG-CAC--CCT-C-AGGTTGACAATATCACTGTCACCCGC-AACATAATG-----T--AA----TATA-CTTA
gi|10 : aatatagaaaaagtgcaaactaaattaaactttacatgtttT-AAA---TATTT--TCG---CGGTATAA------AAAT--AAA------GT-TCAGTTAAAAAGCGATAACAATAGTAATG-CAAG--TTTTG-G-AA-A-AATACAATGTCAGTCT-TG-ACCT-TGA-G--T-TGGT------TTG--CA-AT-TA-TTC--C-CGC-AAATTACCAGTATTACTGCCACCCTTAAACAGAATGCATTTT--TA----TACA-acgcctttaaaaacaaatgtttttgaatattaaatgttcgctatcatttttatcagttaatatatgtttaccgcaataatttgttgtgtgtcttaaagtgatgaaattgttggaataaaattaaaaaagaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgtttttcaaggcgttaagta
gi|11 : aGTA--TCTTAGCTATCATATGTTTTTAAATA--T---A-TCTGATAA-GGA-----------AT--GG-TATATGGTT-TAAAAGAAATTTGAT--A-TTTA--TATTTCC---TA---TAT-A--G--CAT--------AACAGT-TAA---CATTT--T-GT-TGCGT-TA--T---AAAAT--AA---TTTCATATCTGTCGAG----GGTGATAATGATATTGCCAAC--CTTTG-G-AA-A-A-TAT--TGTatacactaaatatc
gi|12 : taTAT-----AGCAGTTAAAGACCATTTCTT-GA-TACATATAA-T---TAACT--AACTGTTACAT-TTTATTGCG----GGTGACAGTGGTA-TGTCTAC--ATTCG-G-AGCA-A-TAT--TATCAACCT-CG-A--A-ATG-AATT-TAACAATCATT-GGACA-AC-AA-TTC--C-C-C-AGAGTGACAAAATCATTATCACCCTT-AGTAAAACG-----
gi|13 : cGTTT-TAAAGA--TAT-----TT-ACACATAT-----TG---AT--TAGTCTTTGATT-CAAAATTAAT---AT--ATATTA--T-----TCATAA---TAT-A--AG-CATTA------AGCAGT-TTC---TATTC--A-AT-TCGGAATAA-T---AA--T--AGATATAATAT-TCTGTTGAG----CGTCACAGTTATATTGTCAACTTCTTCT-G-AA-A-A-TAC--TGCCAA
gi|14 : ACGGTACTACTGCCAAC--CTTTG-GGAA-A-A-TAC--TATCAAACT-CG-AC-T-TCGTC--T-CGGC------C--AACA-TT-CA-TTT--T-A-CAAGGTTGACATGATTACCG------CC-AACAGAATG-----T--TAAATTTACA-TT
gi|15 : t-CGAATTTAAA---AT--G-ATTA--A-----C---AG---TATTATTA--CACTATTTCATAACAAA-AAA---TATAG--T-GC-TCGGTATAA-T---AAGAC--AACTATTAAAT-TCTGTTGTG----GATGATATTAATATTATCAAC--ATTCG-G-GA-ACA-TAC--TGTTAACCT-CG-A--ataagtaatattaacaagccgaccattcagcaga
gi|18 : GTAATAATGTCAAC--ATTTGAA-AA-A-A-TAC--TGTCAAACT-CA-A--C-TTT-GTCT-CGGT------T--AACA-GT----CAT--T-T----GGTTAATAATACTACTGCCATCAGT-AAAAGAATG---------G----TAAA-TTTAcatt
gi|2 : gaggC-------------ACAGTA--TTTAAACCATCACACGTTCATAAAAAAATCT-GATTTT-TCA-GTATAGAAATG---ATATGA-T-TATAATCTCTAAACAAAT---TTTAA-AATACTT-----T---AAAATTAT-C--C--TATTAT-----AGCAGT-AAA---TATTT--T-AC-T----ATAA-T---AAAAT--GGATAATGCAT-TCTGATGAG----AGTAACAGTAACAATGTCAGT--CTGAG-G-AA-A-T-TAC--TATTAA--T-CG-A---------------GA------T-GAACATGT-AT-CCCGGC-G-A-AGTTTGACAATTTTAATGTCACACTC-GAAAGAGTG--------TA-----ACA-TTTACT
gi|2 : caataagttagtttttgggtaactttgataaTAACTGCCTTAGCATGTTACATTCTTTTTATAAAATGAC-GTC-------------ACGGTACTTTTAATCGTTCAAGCGTTTaaacgcttgaacgattaaaagtaccgtgacgtcattttataaaaagaatgtaacatgctaaggcagtta
gi|20 : caataagttagtttttgggtaactttgataaagtaaatgttacactctttcgagtgtgacattaaaattgtcaaacttcgccgggatacatgttcatctcgattaatagtaatttcctcagactgacattgttactgttactctcatcagaatgcattatccattttattatagtaaaatatttactgctataataggataattttaaagtattttaaaatttgtttagagattataatcatatcatttctatactgaaaaatcagatttttttatgaacgtgtgatggtttaaatactgtgAA----GGTGACAGTAATATATTCAAC--CTCCA-A-AA-C-A-TAC--TATTCACAT-CG-AC-T-TCG-T--C-TCGG------T-TAACA-GC-AA-TTC--C-T-CAAGGTTGACAATGCTTTTGTCACCTTC-
gi|21 : GTA--TCTACAATGTCACACGTTTATAAATAGTTCCGG-TTTT-CCA-AAAT-----AGAAAAT--GA-TGTATg
gi|22 : TGTTAACTGCTCCAGTGGGTAACA-TTATT---TAAAGTGgattactagtttgatcggttaacagtgcaatgtcgttattt
gi|23 : atgtgtaaTGACAGTGATATTGTCAAA--CTTTGAA-AA-A-A-TAC--CGTCAAAGT-TG-A--C-TCT-GTCT-TGGC------A-G-ACA-GT-AATCAG--C-C-C-AGGTTGACAATAtcattgtgacttcagtttataaataatgtgacatttagagcagtta
gi|25 : TTGAG----CGCGACATGAATATTGTCAAC--ATTAA-G-AA-A-T-TAC--TGTCAACC
gi|26 : ttcgtttcC--C-C-C-AGATTAACACTATTTCTGTCATCATC-AACATAATG-----T--TA----T--A-TTTATT
gi|3 : tTTAACCGTTCTAGCGGGTAACAGTTGTT--ATGAAATGAC-GCC-------------ATGGTA--TCTAAACTATCCTACGTTTATAAAGA--TCT-G-TCTT-TGA-ACAT-----TG---AT--GA-TGCATAGTG-CGAAATAAAT---AT--A-ACTG--T-----C---AA---CGT-ACCA--CACTAT-----GGCAAT-AAA---TATTT--T-GT-TCCGTATAA-T---AAAAT---AATATTGCAT-TCTGCTGAG----GATAACGGTCATATTGCCAAC--CTTCG-A-AA-A-A-TAC--TGTCAATCT-CGCA--T-TCG-G--T-TGGC------T-GAGCA-GTAAA-CAC--C-T-C-AGGTTAACAATATTACTGTCACTCTA-AACAGAATG-----T--TA----TACAGTTTACTt
gi|4 : TGTTAACCGATCTAGCGGGTAACAGTTGTT--ATGAAATGAC-GCC-------------ATGGTA--TCTAAACTATCCTACGTTTATAAAGA--TCT-G-TCTT-TGA-ACAT-----TG---AT--GA-TGCATAGTG-CGAAATAAAT---AT--A-ACTG--T-----C---AA---CGT-A--AGTCACTAT-----GGCAAT-AAA---TATTT--T-GT-TCCGTATAA-T---AAAAT--AAATATTGCAT-TCTGCTGAG----GATAACGGTCATATTGCCAAC--CTTCG-G-AA-A-A-TAC--TGTCAACCT-CGCA--T-TCG-G--T-TGGC------T-GAGCA-GTAAA-CAC--C-T-C-AGGTTAACAATATTACTGTCACTCTA-AACAGAATG-----T--TA----TACAGTTTACTagcaatgtgtttttatataaaaatgtttgtt
gi|5 : cTTAACCACTCCAGCGGGTAACAGT-GTT--ATAA-----CTGCC-------------A---TA--CATAAA-TATAA-ATATATAT---GA--TTT-----TT-CCA-ATAT-----AG---A----A----ATAGCC-CATAAAAAAT---AT--A-GT---------------A---TAT-A--A-----------------AT-AAA---TATTT--T-AT-TCAGCATGA-TGTGAATGT--AAATGTTACAT-TCTGTC-----------ACAATAATACTGTCAAC--CTCCG-G-AA-A-G-AAC------AATCTTCG-A--T-TTT-G--TCTCGC------T-TAATA-GT-AA-TTTG-C-T-T-TGGTTGCCAATATTGCTGTTACTTTC-AGCATAATG-----T--TA----T--A-TTTA
gi|7 : aGCTAACCACCCCAGCTGGTAACAGTCTTT--ATAAAATTAT-GCCTATCCAGCGGATTACAGTA--TTTTAACTGTAACACATTTATGAA---------------TAG-ACAT----------AT--GA-CAT-TATTA-TGAT-TATAT---AT--A-ATTA--T----------A---TTT-A--A--TATAAG-----AGCAGT-CAG---TTTTT--T-GT-TTAATGTAA-T---AAGAT--AAATATGATAT-TCTATTGAT----AGTAACAGTGATATTGTCAAA--CTTC-----A-A-G-T-C--TTTC--CCT-CA--------G-G--T-TG------------ACA-GT-AG-------------------------TACTGTCACCCTC-AACACAATG-----TAATA----TTTA-TTTACTtataattatgatgtaatgt
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ACCAAATCATTCACCTAACAAAACTTTACGTAACAGCTTTAAAAATGCAAGTTTTGAATCTTGAAAATATATTTAAACCAAGATCTGCTATCATTTATATCCTCATATATGTATATGTTGACCACCACTGATTTTATAAATTTGTGTTTAAAAGTGATGAAATTGTTGGAAATAAATTGAAAAACAAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTTTTTAAAGGCATTAGCCA
Unaligned ( gi|8 ): CGCCTTTAAAAACGCAAGTTTTTAAATATTGAATACATATATGCTACCATATACATGTATGTAACAAAATCAAATAATTTGTTAAATTTGTGTTTTAAAGTGTCTGACAGATGAAATTGTTGGAATGAAATTGAAAAACAAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTGTTTTTAAAGGTGTCA
Unaligned ( gi|9 ): TCACGTGTCTGGCTGGTAAGATAACGTTGATTAATAAACATAACCAATGGCATTAAAAACGCAAATATTACATGTATATTTTTCCCAGATCTGCTAACATTATGTTACAAAACCAATGAATTTGTTAAACTTGTGTTTTAAAGTGACGACATTATTGGAATGAAATTTAAAAACAAGATAAGAACATTTTGT
Unaligned ( gi|16 ): ACAAAATCAACTAAGTGGTTAATGTGTATTTTAAAGTGATGAAAGTGTTAGAATAAAATTAAATTGAAAAATAAGGTAAGAAAGTCTTGGTATCTGTTTTGATACAACACCAACACTTGCGTTTTCTAA
Unaligned ( gi|17 ): GTGATGAAATTGTTGGAATAAAATTGAAAAACAAGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGTTTGAAATGGCCTTAAGTA
Unaligned ( gi|19 ): ATATAGAAATGACGTATAATGACATTTAATGTTAAAGGTTTTGTTATAGTATAGGTATATTAAATAATTAAACAGTTTAATCATATTTATAATTGTTATTGAATGTT
Unaligned ( gi|24 ): GACAGAATGTTACATTTATATAATGTAATATTACCAAGCCAACCATAGCCCAGCAGA
Unaligned ( gi|27 ): TGAGAAAGATACTGCCAAGCTCGACTTTGTATCAGTTAACAGTCACT