lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 11 11 22222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 0 6 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 3 33 7 11 2 1 22 1 1 222 1 5 66 44 444444 88888888888888 22 99999999999999 1 4 33 22 222 444444 33 11 00000 777 5 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2
lowQualScore : . . ..................................................................... . . .. . .. . . .. . . ... . . .. .. ...... .............. .. .............. . . .. .. ... ...... .. .. ..... ... . .................................................................................................................................................................................................................................................................................... .
lowQualScore : 8 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 1 66 8 44 1 9 33 6 6 888 6 9 77 11 444444 77777777777777 00 22222222222222 4 3 44 00 555 111111 55 55 88888 999 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5
consensus : TATACTTAACGCCTTTAAAAACG-----------CATAAATATTGTATCAAATCTAGATAACGATAAACTTAAACAAAATGTTCNNNNTTTTGTTTTTCAATTTTATTCCAA-CAATTTCATCA-CTT-TAAA-ACAC--AAAT-T-T---AA-CAAATTAA-TTG-CGGT------CG--------------A--C------A-------T-A-TA--T--GAA---CC------GAT--AA-AAA----TGATAGCAGA-T-CTG-G--G-N---T----A--A---A---A-AT-----A-----TAT-------T-----C-------T-------C---A---A-A---ACTT-------GCG--TTTTTNAN-G--GC-GTTAA-G--NAT--ATNTGGCCA----ACAGGTAATACGGTTAAGTATT-A-ACGTTNACACGACGCAGCCGCC--ACTAGCNTGACATGCACGATCANTATATTATAGGNANANTTGNAATTTCAACTAT--TAAGGANTGCNTAGTACANACTTTCAGAANAAATGA
Reference ( gi|1 ) : TATATTTAACGCCTTTAAACACG-----------CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTGTTTTTCAATTTTATTTCAA-CAATTCCACCA-ATT-TAAA-ACAC--AAAT-T-T---AA-CAAATCAA-CTG-AGGT------CG--------------A--C------A-------T-A-TA--T--GAA---CC------GAT--AC-AAT----TGATAGCAGA-C-CTG-G--G-T---T----A--A---A---C-AT-----A-----TAT-------T-----C-------T-------C---A---A-A---ACTT-------GCG--TTATTTAT-G--GT-GTTAA-G--AAT--ATGTGACCA----ACAGG--ATACG---AAGTATTCATACATTTACAGGACGCAGCGGCCAGAGAAGCATGA---ACACAATCAATATAT----GGAAAAGTTGAAATT---ATTACAATGAGGAATACAT-GTATAAAT------AAGAAATGA
gi|3 : TATACTTAATGCCTTTAAAAACA-----------C
gi|15 : TAGACTTAACGCCTTTAGAAACGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATATCTTGTTTTTCAAGTT-ATACCAA-CAATTCCGTCA-TCT-TTAA-ACAT--AAAT-G-A---AA-CAAAATAA-TTG-CGGT------CG--------------A--C------T-------T-A-TA--T--GAA---CC------GAT--GA-AAA----TGATAGCAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgacctggattttcaattttattccaaaatccatcacttcaaaacacaattttaacaacttaattgcaggtgacatacatgaactgataacaataataacagacttgggataaaaacatattcaacattacaaaaacatgcgcttttaaaggcattaagtatatcttaattttataaaactttttttttatcaatttcctttttagttagaatc
gi|14 : ATACCTAACGACTTTAAA-A-G-----------CATAAATATTGTATCAAATCTAGATAACGATAAACTTAAACAAAATGTTCTTGCCTT-GCTTTTCACCTTTATCCCAA-CAATGCCGACA-CTT-TAAA-ACAC--ATAA-T-T---AA-CAAATCAA-TTG-CGGT------TG--------------A--C------A-------T-A-CG--T--GAA---CA------GAT--GA-AAA----TAAAAGCAGA-T-CGG-A--G-A---T----A--A---A-----AT-----A-----TA
gi|6 : ACACTTACTGCCTTTAAA-ACG-----------CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT--CAACTGT-TTTCAAACAATTTCATCA-CTT-AAAA-ACAT--ATAT-T-T---AA-CAAATTAA-TTG-TGGC------CA--------------A--C------ATAACAGTT-A-TG--T--GAA---CC------GAT--AA-AAA----TTATAGCAGA-T-CTG-G--A----------A--A---A---A-ATAAA--A-----TAA-------T-----CAGGT---T-------C---A---ATA---ACTT-------GGGTTTTCTTTATAA--GC-ATCAATG--AAT--Aac
gi|2 : acaatacTTTTGTCTTT-AATTTTATTCTTA-CAATTGTATCA-CTT-TAAA-ACAA--AAAT-A-T---AA-GAAATCAA-TTT-AGGT------CA--------------A--C------A-------T-A-TA--T--AAA---CC------GAT--AA-AAA----CGATAGCAGA-T-CTGAG--A-T---G----A--A---A---A-AT-----G-----TATACATTA-T-----T-------C-------C---A---ACA---ACTT-------GGG--ATTTTAAA-G--GC-GTTGA-G--TAT--ATTT---CA----ACA------------AAGTAT--A-----TTACAGAAGGT----GCC--ACTAGTTTGATATATATGATTAATATATTATAGGTATACTT-AAATTTCAATT----TAAGGACTGCTTAATATAAAT------AACAA
gi|4 : tacttgacgtatttttaaacgcaagtatgggttttgtaaaaatctagatatgattgataaatcaaggcaaactgtattgTTTTGTTTTTCAATCTTATTCCAA-CAA------CA-A--------------AAGT-T-T---CA-CAAATTA--TTA-CGGT------CG--------------A--A------A-------TTA-TA--T--GAA---TC------GTTGAAC-A------TGACAGCAGA-T-CTG-G--G-A---T----A--A---A---A-ATG----A-----TAT-------TTAATAT-------T-------T---A---A-AAATATTTTA-----ACG--TTTTTAAC-G--AC-GTTAA-G--CAT--AT
gi|12 : atacataacgccttaagaaatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccTTGTTTTTCTATTTTATTCCAA-CAATTTCATGA-CTC---AA-ACAC--AAAT-T-T---AA-TAAAT-----------T------CG--------------G--C------A-------T-A-TA--TATGAA---TC------GAT--AA-AAA----TGATAGCAGA-T-CTG-G--G-A---T----A--A---AG--A-AT-----A-----TAT-------TAGATAT-------T-------CA--A---A-A---ACTT-------GTG---TATTTAtacatagagaaaatgactttaaagtagtaattgttgtgtcgtttctatgactttttattcaatttta
gi|7 : ataacacctttaaaaatgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccTTGTTTTTCAATTTTATTCCAA-TACTTTCATAA-CTT-TAAA-GTAC--AAGT-T-T---AG-CAAATTAA-TTG-CGGT------CG--------------A--C------A-------T-A-TA--T--G-A---CA------GAT--AA-AA-----TGATAGAAGA-T-TTT-G--T-A---T----G--A---A---A-AT-----A-----TATCAATATAT-----A-------T-------C---A---A-A---ACT
gi|13 : ttatctcaaatatactttaaaaacgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccTTGTTTTT-AATTTTATACCAA-CAATTTCATCA-CTT-TGAACACAC--AAAT-T-T---AA-CAAATTAA-TTG-CGAT------CG--------------A--C------A-------T-ATTA--T--GAT---CCGAAAGAGAT--AC-ATG----TAATGGTAGA-T-CTG-atccttgttaaagcctttcactatatgttat
gi|9 : acttaacgattttaaaaacgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaacTTATTTTTCAATTTTATTCCAA-GAGTTTCATCA-ATTCTAAA-A-----AAAT-----------------A-TTG-CGAT------CG--------------A--T------A-------T-A-TA--T--GAA---CC------ATT--GG-AAA----TGATAGCAGA-T-TCG-G--G-A---T----ACCA---A---T--T-----A-----TAT---------------------T-------C---A---A----------------------TATTCAT-G--A-----AA-G--AA---ATGTGcgatca
gi|3 : tatattgaccgcctttaaaaaaatcactagcatgggcattgtatcatatctagatacattatgttacattaattgaaaaccaaggccaacatttcttaccTTTTCAATTTTATTCCAA--AAT-CCATCA-CTT-CAAA-ACAC--AATT-T-T---AA-CAACTTAA-TTGCAGGT-------G--------------A--C------A-------T-A-CA--T--GAA---CT------GATA-AC-AA-----TAATAACAGA-C-TTG-G--G-A---T----A--A---A---A-AC-----A-----TAT-------T-----CAACA---T-------TACAA---A-A---ACAT-------GCG--CTTTTAAA-G--GC-ATTAA-G--TAT--ATttcataaagacgttcggt
gi|19 : tatacttaatgcctttaaaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgacctggaTTTTCAATTTTATTCCTA-CAATTCCATCG-CTT-TGAA---AC--AAAT-G-T---AA-CAAATTTA-TTG-CGAT------CT--------------G--C------A-------T-A-TA--T--GAATCTCC------AAT--AA-AActtaattttataaaactttttttttatcaatttcctttttagttagaatc
gi|25 : aatatacttaaagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattccTTCAATTTAATTCTAA-CATTTTCATCC-CTT-TAAA-TCAT--AAAT-T-TTAAAA-AAAAT-AA-TTG-CGGC------CG--------------A--C------ATACTTC-T-A-TA--T--GAA---CC------Gcacacttaagg
gi|23 : ATTTTTTTTAAA-CAA----AAAA-A----AAA-AGAT--CACT-T-C---AA-TAAATCAT-TTG-TGGT------CG--------------A--C------A-------T-AATA--T--GTA---CC------GAT--TG-AAA----TGATAGCAGA-T-CTGTG--A-T---TA---A--A---A---G-AT-----A-----TAT-------caaaaaatgatctacgataaaaa
gi|21 : tgatttttggtATCTCATTA-CTT-TAAA-ACAA--AAAA-AAT---AA-CAAATTAA-TTA-ATTT------TG--------------AAAC------A-------T-A-TA--T--GAA---TC------GAT--G--AATGTAATAACAGTAGA-T-CTG-GAAA-T---A----A--A---A---A-ATTA---A-----TAT-------T-----C---------------A---A---A-A---GTTT-------GCG--TT-TTTAatat
gi|5 : tTTTTATCATATT-TAAA-GCAC--AAAT-T-T---AA-CAAATTAA-TTG-CGGT------CG--------------A--C------A-------C-C-TA--T--TAA---CC------GAT--AA-AAA----TGATAGCAGC-T-ATT-G--G-A---T----A--A---AAAGT-ATATTCAA-----TAT-------T-----C-------C-------C---A---A-A---------------CG--TTTTTAAA-G--GC-ATTAT-G--TAT--ATTTGATAACGTTACAGGTAATACGGTTAAATATTaagacgatcagtatagttaccgtgtaaaatata
gi|22 : aaatatacacttaacagagttaaaaacgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttattcccttgttttTT-TAAA-GTA---AAATGT-T---AAATATATTAG-TTG-TGGT------CG--------------A--C------A-------T-A-CA--T--AAA---CC------GGT--AA-AAT----T-ATAGCAGC-T-CTG-G--GAT---A----A--A---A---C-AT-----ATTCACTAT-------T-----C-------T-----------A---A-A---ACTT-------GCG--TC-TTTA--GATGT-GTTAA-GTAAAT--ATagttgtt
gi|16 : TT-TAAA-ACAC--AAAA-T-T---AA-CAAATTAA-TTG-CAGC------CA--------------A--CA-----A-------T-A-TA--T--GAA---CT------GAT--AT-GAA----TGATAATAGA-T-CTG-G--G-G---GGA--A--A---A---A-AT-----A-----TAA-------T-----TAAATG--T-------T---AAATA-A---ACAT-------GCA--TTTTTAAA-G--GT-GTCAA-G--GAT--Ata
gi|29 : TT-TGAA-ACAC--AAAT-T-T---AA-CACATTTA-TTG-CGGT------CG--------------A--T------A-------T-A-TA--T--TAA---CC------GAT--AG-AAA----TTACAGCAGA-aagacatctagcttaaaagttgtttttttatatctcttttctgaaagcataaaatc
gi|28 : gcttcatctc-TAAA-ACAC--ATAT-T-T---AA-CAAATTTA-TTG-CGGT------CA--------------A--T------A-------T-A-TG--T--GAA---CG------GAC--AC-AAA----TGTTAGCAGA-T-CTG-G--G-A---C----A--A---A---A-AC-----A-----CGT-------T-----T-------T-------T---A---A-A---tatatta
gi|17 : AAA-AAAC--AAAT-T-T---TA-CAAATTAA-TTG-TGGT------CG--------------A--T------A-------T-A-TA--T--GAA---CG------GA---ACAAAA----TGATAGCAGA-T-CTG-A--T-A---TAAAAA--A---A---G-AT-----A-----TAT-------T-----CAA-----TATAAAAAA---A---A-A---ACGT-------GCG--TTTTTAAA-G--GC-GGTAA-G--TAT--A
gi|20 : -ACACCAAGAC-T-G---AA-CAAATTAA-TTG-CGGT------CG--------------A--CATAA--A-------T-A-TA--T--AAA---TC------GGT--AG-AAA----TGATATCAAA-T-CTG-G--G-TATCT----A--ATGTA---T-ATA----A-----TAT-------T-----C---------------A---A---A-A---ACGT-------GCA--TTTTTAAA-G--GC-ATTAA-A--AGTAAATATTGCCA----ACgataaagaaatttaagataatgagttatgctgttgttcgctatattactcgtatt
gi|30 : acCAC--AAAT-T-A---AA-CAAATCAA-TTG-CGTT------TG--------------A--C------A-------T-ATTATTT--GAA---CC------GAT--AA-AA-----CGATGGCAGA-T-CAG-G--G-T---T----A--A---A---A-AT-----A-----AAT-------T-----C-------tgatgagaaatcctgtcgcaatattggttgtaattgtt
gi|10 : --AAAT-T-T---AT-CAAATTAA-TTG-CGGTAAACAGCG--------------A--TTTTGTAA-------C-A-CA--T--GAA---CT------GAT--AC-AAA----TTATGGCAGA-T-CTGAG--A-T---A----A--A---A---A-AT-----A-----TAT-------T-----CAATAT--T-------C---A---A-A---A
gi|24 : gaaatatacataacgactttaaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgttttt--AAAT-G-T---AG-AAAATTAAGCTG----T------TG--------------A--T------A-------T-A-CAA-T--AAA---CC------GAT--AA-ACA----TGATATCAGA-T-CTG-G--T-A---TAG--A--A---G---T-ATATCGAA-----TAT-------T-----C-------A-------A---A---A-A---ACTT-------GCG--TTactcatttaaagtcacttaatatatccattatatcaatgtgtt
gi|18 : caAAT-T-T---AA-CAAATTAA-TTG-CTGT------TGTCAGCAATTTTATAA--C------A-------T-A-TA--T--GAA---CT------G-T--GA-AAA----TGATAGCAGA-T-CTG-A--G-ttaaagacgttcagta
gi|8 : aaatagatatacttagtgactttacaaacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttgtttttttttcCAA-C-G-ATTT------TG--------------A--A------A-------C-A-TA--T--GAA---TC------AAT--AA-AAA----GGGTAGCAGA-TATTG-G--A-T---C----A--A---A-----AT-----A-----CAT-------T-----CACTATATT-------CA--A---A-A---ACAT-------GTG--TT-TTTAC-A--GTCATTAA-G--TAT--Aat
gi|27 : tatacttaacaactttaaatatgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcttgaatcttacaaatacctgcgattgga--------------A--T------A-------T-A-TA--T--GAA---CC------GAT--AA-AAA----TGATAGCATATC-TTG-A--A-T---A----A--A---A---CTAT-----AATCATTAT-------T-----C-----------------------A-A---ACTTTTTAAAGGCG--TTAACTAT-gatcatactgtgtgttttttacagatgaca
gi|31 : ------A-------T-A-TA--T--GAA---CT------GAT--TA-AAA----TGATAGCAGA-T-CTG-G--A-A---T----A--A---A-----AT-----A-----Taccttggtagac
gi|26 : aaataattttgtattACGTTAACACGACACAGCCACC-------CATAACA-GCACAATCATTATAT----GGAAAAGTTGTAATT---ACTAT--T-----ATACAT-GTACATACTTTCAGAAGAAATGAtactattcaat
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): AAAATATATACTTAATGTACACCTTTAAAATCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATGTTTTTCAATTAATCAAATTAAATGCAATCAACAAAAATTTTGAACCAATGAAAGTGCTGGCAGATCTGAGATCAAAAATATACTCAATATTAAAAAAAACTTTTTAAAGTTGTCAAGTATACAT
Alignments
lowQualScore : 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 6666666666666666666666666666666666666666 222222222 555555555555 222222 1 11 44444 2222 4444 4444444444 2 222222
lowQualScore : 77777 44 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 2 2 1 22 1 1 22 3 444444 88888888888888 11 888888 9999999 4 33 222 222 1 222 444444 1 1 5555 88 222 1 6666 3 4444444 44444 5555555555555555555555555555555555555555 4 333 3 7777 33 1 33 33 2 1 1 111111111 000000000000 7 333333 1 5 00 3 00000 1 7777 0 1 4444 1 1 1 77 9999999999 88888 0 1 3 0 1 999999 1
lowQualScore : ..... .. ................................................................................................. . . . . .. . . .. . ...... .............. .. ...... ....... . .. ... ... . ... ...... . . .... .. ... . .... . ....... ..... ........................................ . ... . .... .. . .. .. . . . ......... ............ . ...... . . .. . ..... . .... . . .... . . . .. .......... ..... . . . . . ...... .
lowQualScore : 77777 22 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 3 1 8 22 5 5 00 0 111111 11111111111111 99 000000 5555555 0 22 333 333 9 333 000000 5 5 0000 00 888 6 6666 2 0000000 22222 3333333333333333333333333333333333333333 0 555 5 8888 11 0 44 22 5 0 0 888888888 000000000000 3 777777 0 0 33 7 00000 0 0000 7 0 7777 0 0 0 77 7777777777 77777 7 0 7 7 0 555555 0
consensus : TATACTTAACGCCTTTAAAAA-----C--G-----------CA----TGGGTNTTGTATCANATCTAGATA----A-CGNTA----AATTNAAA--CAA----AACGTTCNTTNTT-----------TTGTTTTTCAATTTTATTCCAACAATTTCATCACTT-TAAA-ACAC--AAAT-T-T--AA-CAAATTAATTGCGGT------CG--------------A--C------A-------TA-TA--T---GAA---CCGATAAA---AA------TGATAGCAGATCTG-G-G---AT--AA---A-A----A-T-------A-----TAT-------T-----CA------T-------C---A------A-A---ACTT----GCGTTT--TTAA-AGGCGTT--AA-GTATATNTGACCA----ACAGG--ATACG---AAGTATT-A-ACGTTTACA-GACGCAGCCGCC--A--AGCATGACA-ACACGATCAATATAT----GGAAAAGTTGAAATT---ATTAT--TAAGGA-TACAT-GTATAAACTTTCAGAAGAAATGA
Reference ( family-472 ) : TATACTTAACGCCTTTAAAAA-----C--G-----------CA----TAAATATTGTATCAAATCTAGATA----A-CGATA----AACTTAAA--CAA----AATGTTCNNNNTT-----------TTGTTTTTCAATTTTATTCCAACAATTTCATCACTT-TAAA-ACAC--AAAT-T-T--AA-CAAATTAATTGCGGT------CG--------------A--C------A-------TA-TA--T---GAA---CCGATAAA---AA------TGATAGCAGATCTG-G-G---NT--AA---A-A----A-T-------A-----TAT-------T-----C-------T-------C---A------A-A---ACTT----GCGTTT--TTNA-NGGCGTT--AA-GNATATNTGGCCA----ACAGGTAATACGGTTAAGTATT-A-ACGTTNACACGACGCAGCCGCC--ACTAGCNTGACATGCACGATCANTATATTATAGGNANANTTGNAATTTCAACTAT--TAAGGANTGCNTAGTACANACTTTCAGAANAAATGA
gi|1 : TATATTTAACGCCTTTAAACA-----C--G-----------CN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----N-NNNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNNNNTT-----------TTGTTTTTCAATTTTATTTCAACAATTCCACCAATT-TAAA-ACAC--AAAT-T-T--AA-CAAATCAACTGAGGT------CG--------------A--C------A-------TA-TA--T---GAA---CCGATACA---AT------TGATAGCAGACCTG-G-G---TT--AA---A-C----A-T-------A-----TAT-------T-----C-------T-------C---A------A-A---ACTT----GCGTTA--TTTA-TGGTGTT--AA-GAATATGTGACCA----ACAGG--ATACG---AAGTATTCATACATTTACAGGACGCAGCGGCCAGAGAAGCATGA---ACACAATCAATATAT----GGAAAAGTTGAAATT---ATTACAATGAGGAATACAT-GTATAAAT------AAGAAATGA
gi|10 : TATACATAACGACTTTAAAAA-----C--
gi|10 : gaaa--AAAT-T-T--AT-CAAATTAATTGCGGTAAACAGCG--------------A--TTTTGTAA-------CA-CA--T---GAA---CTGATACA---AA------TTATGGCAGATCTG-A-G---ATA-AA---A-A----A-T-------A-----TAT-------T-----CAATAT--T-------C---A------A-A---Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgtttttaaatttatcaaattaattgcggtaaacagcgattttgtaacacatgaactgatacaaattatggcagatctgagataaaaaatatattcaatattcaaaaactcatttaaagtcacttaatatatccattatatcaatgtgtt
gi|11 : gaaatatacataacgactttaaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgttttt-T-T--AATCAAATTAAATGCAAT------CA--------------A--C------A-------AA-AA--TTTTGAA---CCAATGAA---AG------TGCTGGCAGATCTG-A-G---ATC-AA---A-A----A-T-------A-----TAC-------T-----CAATA---T-------T---A------A-A---AAAA----AC-TTT--TTAA-AGTTGTC--AA-GTATACATactcatttaaagtcacttaatatatccattatatcaatgtgtt
gi|12 : aaaatatatacttaatgtacacctttaaaatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatgtttttcaaTAACACCTTTAAAAA-----T--G-----------CN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----N-NNNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTGTTTTTCTATTTTATTCCAACAATTTCATGACTC---AA-ACAC--AAAT-T-T--AA-TAAATT-----CGGC----------------------A--T------A-------TA-TA--T---GAA---TCGATAAA---AA------TGATAGCAGATCTG-G-G---AT--AA---AGA----A-T-------A-----TAT-------TAGATAT-------T-------CA--A------A-A---ACTT----GTGTAT--TT
gi|13 : aACTTAACGATTTTAAAAA-----C--G-----------CN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----N-NNNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAACTTGTTTTT-AATTTTATACCAACAATTTCATCACTT-TGAACACAC--AAAT-T-T--AA-CAAATTAATTGCGAT------CG--------------A--C------A-------TATTA--T---GAT---CCGAAAGA---GATACATGTAATGGTAGATCTG-C-G---AT--a
gi|14 : ATACCTAACGACTTTAAAA---------G-----------CA----TAAATATTGTATCAAATCTAGATA----A-CGATA----AACTTAAA--CAA----AATGTTCTTGCCT-----------T-GCTTTTCACCTTTATCCCAACAATGCCGACACTT-TAAA-ACAC--ATAA-T-T--AA-CAAATCAATTGCGGT------TG--------------A--C------A-------TA-CG--T---GAA---CAGATGAA---AA------TAAAAGCAGATCGG-A-G---AT---A---A-A----A-T-------A-----TAca
gi|15 : TAGACTTAACGCCTTTAGAAA-----C--GTNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----N-NNNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNCAATATC-----------TTGTTTTTCAAGTT-ATACCAACAATTCCGTCATCT-TTAA-ACAT--AAAT-G-A--AA-CAAAATAATTGCGGT------CG--------------A--C------T-------TA-TA--T---GAA---CCGATGAA---AA------TGATAGCAGac
gi|16 : TT-TAAA-ACAC--AAAA-T-T--AA-CAAATTAATTGCAGC------CA--------------A--CA-----A-------TA-TA--T---GAA---CTGATATG---AA------TGATAATAGATCTG-G-G---GGGAAA---A-A----A-T-------A-----TAA-------T-----TAAATG--T-------T---AAAT---A-A---ACAT----GCATTT--TTAA-AGGTGTC--AA-GGATA
gi|17 : AAA-AAAC--AAAT-T-T--TA-CAAATTAATTGTGGT------CG--------------A--T------A-------TA-TA--T---GAA---CGGAACAA---AA------TGATAGCAGATCTG-A-T---AT--AA---A-AAAAGA-T-------A-----TAT-------T-----CAA-----TATAAAAAA---A------A-A---ACGT----GCGTTT--TTAA-AGGCGGT--AA-GTATAaagacatctagcttaaaagttgtttttttatatctcttttctgaaagcataaaatc
gi|18 : AAT-T-T--AA-CAAATTAATTGCTGT------TGTCAGCAATTTTATAA--C------A-------TA-TA--T---GAA---CTG-TGAA---AA------TGATAGCAGATCTG-A-G---AT--gataaagaaatttaagataatgagttatgctgttgttcgctatattactcgtatt
gi|19 : aaatagatatacttagtgactttacaaacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttgtttttttttcTTTTCAATTTTATTCCTACAATTCCATCGCTT-TGAA---AC--AAAT-G-T--AA-CAAATTTATTGCGAT------CT--------------G--C------A-------TA-TA--T---GAATCTCCAATAAA---A
gi|2 : aatatacttaaagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattccTACTTGACGTATTTTTAAA-----C--G-----------CAAGTATGGGTTTTGTA-AAAATCTAGATATG--ATTGATA----AATCAAGG--CAA----ACTGT--ATTGTT-----------TTGTCTTT-AATTTTATTCTTACAATTGTATCACTT-TAAA-ACAA--AAAT-A-T--AA-GAAATCAATTTAGGT------CA--------------A--C------A-------TA-TA--T---AAA---CCGATAAA---AA------CGATAGCAGATCTG-A-G---ATG-AA---A-A----A-T-------G-----TATACATTA-T-----T-------C-------C---A------ACA---ACTT----GGGATT--TTAA-AGGCGTT--GA-GTATATTT---CA----ACA------------AAGTA-T-A-----TTACA-GA---AGGTGCC--ACTAGTTTGATATATATGATTAATATATTATAGGTATACTT-AAATTTCAAT--T--TAAGGACTGCTTAATATAAAcacacttaagg
gi|20 : -ACACCAAGAC-T-G--AA-CAAATTAATTGCGGT------CG--------------A--CATAA--A-------TA-TA--T---AAA---TCGGTAGA---AA------TGATATCAAATCTG-G-GTATCT--AATGTA-T----A-TA------A-----TAT-------T-----C---------------A---A------A-A---ACGT----GCATTT--TTAA-AGGCATTAAAA-GTAAATATTGCCA----ACtaacaa
gi|21 : acATCTCATTACTT-TAAA-ACAA--AAAA-AAT--AA-CAAATTAATTAATTT------TG--------------AAAC------A-------TA-TA--T---GAA---TCGATGAATGTAA------TAACAGTAGATCTG-GAA---ATA-AA---A-A----A-TTA-----A-----TAT-------T-----C---------------A---A------A-A---GTTT----GCGTTT--TTAA-AGACGAT--CA-GTATAtgatgagaaatcctgtcgcaatattggttgtaattgtt
gi|22 : tTT-TAAA-GTA---AAATGT-T--AAATATATTAGTTGTGGT------CG--------------A--C------A-------TA-CA--T---AAA---CCGGT-AA---AA------TTATAGCAGCTCTG-G-G---AT--AA---A-AC---A-T-------ATTCACTAT-------T-----C-------T-----------A------A-A---ACTT----GCGTCT--TTAG-ATGTGTT--AA-GTAAATATgttaccgtgtaaaatata
gi|23 : AAA-AGAT--CACT-T-C--AA-TAAATCATTTGTGGT------CG--------------A--C------A-------TAATA--T---GTA---CCGATTGA---AA------TGATAGCAGATCTGTG-A---TT--AA---A-AG---A-T-------A-----TAT-------ta
gi|24 : tgatttttggtattttttttaaacaaaaaaa--AAAT-G-T--AG-AAAATTAA--GCTGT------TG--------------A--T------A-------TA-CAA-T---AAA---CCGATAAA---CA------TGATATCAGATCTG-G-T---AT--AG---A-A----G-TATATCGAA-----TAT-------T-----C-------A-------A---A------A-A---ACTT----GCG-TT--TTAA-AGACGTT--CA-GTAatat
gi|25 : caTTCAATTTAATTCTAACATTTTCATCCCTT-TAAA-TCAT--AAAT-T-TTAAA-AAAAATAATTGCGGC------CG--------------A--C------ATACTTC-TA-TA--T---GAA---CCGCAAAA---AA------T-------GATCTA-C-G---AT--AA---A-A----A-
gi|26 : -ACGTTAACACGACACAGCCACC-------CATAACA-GCACAATCATTATAT----GGAAAAGTTGTAATT---ACTAT--TA-----TACAT-GTACATACTTTCAGAAGAAATGA
gi|27 : --------------A--T------A-------TA-TA--T---GAA---CCGATAAA---AA------TGATAGCATATCTT-G-A---AT--AA---A-A----C-T-------A-----TAA-------T-----CA------T-------T---ATTC---A-A---AC---------TTT--TTAA-AGGCGTT--AA-CTATACCTca
gi|28 : -TAAA-ACAC--ATAT-T-T--AA-CAAATTTATTGCGGT------CA--------------A--T------A-------TA-TG--T---GAA---CGGACACA---AA------TGTTAGCAGATCTG-G-G---AC--AA---A-A----A-C-------A-----CGT-------T-----T-------T-------T---A------A-A---tggtagac
gi|29 : TTCATCTCTT-TGAA-ACAC--AAAT-T-T--AA-CACATTTATTGCGGT------CG--------------A--T------A-------TA-TA--T---TAA---CCGATAGA---AA------TTACAGCAGAT
gi|3 : gcTATACTTAATGCCTTTAAAAA-----C--A-----------Catatta
gi|3 : TTTTCAATTTTATTCCAA-AATC-CATCACTT-CAAA-ACAC--AATT-T-T--AA-CAACTTAATTGCAGG------TG--------------A--C------A-------TA-CA--T---GAA---CTGATAAC---AA------TAATAACAGACTTG-G-G---AT--AA---A-A----A-C-------A-----TAT-------T-----CAACA---T-------TACAA------A-A---ACAT----GCGCTT--TTAA-AGGCATT--AA-GTATATCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgacctggattttcaattttattccaaaatccatcacttcaaaacacaattttaacaacttaattgcaggtgacatacatgaactgataacaataataacagacttgggataaaaacatattcaacattacaaaaacatgcgcttttaaaggcattaagtatatcttaattttataaaactttttttttatcaatttcctttttagttagaatc
gi|30 : tatacttaatgcctttaaaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgacctggaCAC--AAAT-T-A--AA-CAAATCAATTGCGTT------TG--------------A--C------A-------TATTATTT---GAA---CCGAT-AA---AA------CGATGGCAGATCAG-G-G---TT--AA---A-A----A-T-------A-----AAT-------T-----C-------taattttataaaactttttttttatcaatttcctttttagttagaatc
gi|31 : ------A-------TA-TA--T---GAA---CTGATTAA---AA------TGATAGCAGATCTG-G-A---AT---A---A-A----A-T-------A-----T
gi|4 : aaataattttgtattATACATAACGCCTTAAGAAA-----T--GANNNN------NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----N-NNNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNNCCTT-----------TTGTTTTTCAATCTTATTCCAAC-----------------A-ACAA--AAGT-T-T--CA-CAAATT-ATTACGGT------CG--------------A--A------AT------TA-TA--T---GAA---TCGTTGAA---CA------TGACAGCAGATCTG-G-G---AT--AA---A-A----A-TG------A-----TAT-------TTAATAT-------T-------T---A------A-AAATATTTTA--ACGTTT--TTAA-CGACGTT--AA-GCATATtactattcaat
gi|5 : TACACTTAACAGAGTTAAAAA-----C--G-----------CN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----N-NNNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNTTTATTCCC--------TTGTTTTT----TTTAT-----------CAT-A-TT-TAAA-GCAC--AAAT-T-T--AA-CAAATTAATTGCGGT------CG--------------A--C------A-------CC-TA--T---TAA---CCGATAAA---AA------TGATAGCAGCTATT-G-G---AT--AA---A-A----AGT-------A-----TAT---------------------T-------C---A------A-T---ATTCCCAAACGTTT--TTAA-AGGCATT--AT-GTATATTTGATAACGTTACAGGTAATACGGTTAAATATT-A-tacatagagaaaatgactttaaagtagtaattgttgtgtcgtttctatgactttttattcaatttta
gi|6 : aaataACACTTACTGCCTTTAAAA------C--G-----------CN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----N-NNNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNNNNNN-----------NNNNNT--CAACTGTTTTCAAACAATTTCATCACTT-AAAA-ACAT--ATAT-T-T--AA-CAAATTAATTGTGGC------CA--------------A--C------ATAACAGTTA-TG--T---GAA---CCGATAAA---AA------TTATAGCAGATCTG-G-A-------AA---A-A----A-TAAA----A-----TAA-------T-----CAGGT---T-------C---A------ATA---ACTT----GGGTTTTCTTTATAAGCATC--AATGAATAgttgtt
gi|7 : acaatacCTTTAAAAA-----C--G-----------CN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----N-NNNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNCC-----TTGTTTTTCAATTTTATTCCAATACTTTCATAACTT-TAAA-GTAC--AAGT-T-T--AG-CAAATTAATTGCGGT------CG--------------A--C------A-------TA-TA--T---G-A---CAGAT-AA---AA------TGATAGAAGATTTT-G-T---AT--GA---A-A----A-T-------A-----TATCAATATAT-----A-------T-------C---A------A-A---ACTA----TCCTTG--TTAA-AGCCTTT--CA-CTATATGT
gi|8 : ttatctcaaatataT------TG--------------A--A------A-------CA-TA--T---GAA---TCAATAAA---AA------GGGTAGCAGATATT-G-G---AT--CA---A-A----A-T-------A-----CAT-------T-----CACTATATT-------CA--A------A-A---ACAT----GTGTTT--TTAC-AGTCATT--AA-GTATAtat
gi|9 : tatacttaacaactttaaatatgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcttgaatcttacaaatacctgcgattggacaacgattTATATTGACCGCCTTTAAAAAAATCACTAG-----------CA----TGGGCATTGTATCATATCTAGATACATTA-TGTTACATTAATTGAAAACCAAGGCCAACATTTCTTACC-----------TTATTTTTCAATTTTATTCCAAGAGTTTCATCAATTCTAAA-A-----AAAT----------------ATTGCGAT------CG--------------A--T------A-------TA-TA--T---GAA---CCATTGGA---AA------TGATAGCAGATTCG-G-G---AT--AC---C-A----ATT-------A-----TAT-------T-----CAATAT--T-------C---ATGAAAGA-A---A--T----GTGTTC--ATAA-AGACGTT--gatcatactgtgtgttttttacagatgaca
Alignments
lowQualScore : 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 666666666666666666666 2222 444444444444 222222 2 11 5555555 1111 2222 4444444444444 1 222222
lowQualScore : 77777 44 88888 7777 1 33 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 2 2 1 22 1 1 22 3 444444 88888888888888 11 888888 9999999 4 33 222 222 1 222 444444 1 33 88 222 3 3333 33 99999999 5555 888888 333 666666666666666666666 777 4 555 4 22 333 33 1 999 1111 000000000000 7 333333 6 00 3 4444444 5555 0 8888 6 7 9999999999999 3 999999
lowQualScore : ..... .. ..... .... . .. . ................................................................... . . . . .. . . .. . ...... .............. .. ...... ....... . .. ... ... . ... ...... . .. .. ... . .... .. ........ .... ...... ... ..................... ... . ... . .. ... .. . ... .... ............ . ...... . .. . ....... .... . .... . . ............. . ......
lowQualScore : 77777 22 33333 7777 0 00 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 3 1 8 22 5 5 00 0 111111 11111111111111 99 000000 5555555 0 22 333 333 9 333 000000 5 55 55 888 2 4444 88 44444444 2222 444444 333 000000000000000000000 444 2 888 2 99 777 11 0 888 2222 333333333333 3 777777 7 33 7 0000000 3333 7 3333 7 3 3333333333333 3 555555
consensus : TATACTTAACGCCTTTAAAAA-----C--G-----CA----TGGGTNTTGTATCANATCTAGATA----AC-GNTA----AATTNAAA--CAA----AACGTTCNT-----------TATC-----------TTGTTTTTCAATTTTATTCCAACAATTTCATCACTT-TAAA-ACAC--AAAT-T-T--AA-CAAATTAATTGCGGT------CG--------------A--C------A-------TA-TA--T---GAA---CCGATAAA---AA------TGATAGCAGATCTGGG-A--T--AA---A-A----A--T--------A----TATT------C---A------T-----C--------A---A-A---ACTT--GCGTT---TTTAAAGGCGTT--AAGTATATNTGACCA----ACAGG--ATACG---AAGTATT-A-ACGTTTACA-GACGCAGCCGCC----A--AGCATGACA-ACACGATCAATATAT----GGAAAAGTTGAAATTATTA--T--TGAGG-A-TACAT-GTATAAACTTTCAGAAGAAATGA
Reference ( family-472 ) : TATACTTAACGCCTTTAAAAA-----C--G-----CA----TGGGTNTTGTATCANATCTAGATA----AC-GNTA----AATTNAAA--CAA----AACGTTCNT-----------TNTT-----------TTGTTTTTCAATTTTATTCCAACAATTTCATCACTT-TAAA-ACAC--AAAT-T-T--AA-CAAATTAATTGCGGT------CG--------------A--C------A-------TA-TA--T---GAA---CCGATAAA---AA------TGATAGCAGATCTGGG-A--T--AA---A-A----A--T--------A----TATT------C---A------T-----C--------A---A-A---ACTT--GCGTT---TTTAAAGGCGTT--AAGTATATNTGACCA----ACAGG--ATACG---AAGTATT-A-ACGTTTACA-GACGCAGCCGCC----A--AGCATGACA-ACACGATCAATATAT----GGAAAAGTTGAAATTATTA--T--TAAGG-A-TACAT-GTATAAACTTTCAGAAGAAATGA
gi|1 : TATATTTAACGCCTTTAAACA-----C--G-----CN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNN-----------NNTT-----------TTGTTTTTCAATTTTATTTCAACAATTCCACCAATT-TAAA-ACAC--AAAT-T-T--AA-CAAATCAACTGAGGT------CG--------------A--C------A-------TA-TA--T---GAA---CCGATACA---AT------TGATAGCAGACCTGGG-T--T--AA---A-C----A--T--------A----TATT------C----------T-----C--------A---A-A---ACTT--GCGTT---ATTTATGGTGTT--AAGAATATGTGACCA----ACAGG--ATACG---AAGTATTCATACATTTACAGGACGCAGCGGCCAGAGA--AGCATG--A-ACACAATCAATATAT----GGAAAAGTTGAAATTATTA--CAATGAGGAA-TACAT-GTATAAAT------AAGAAATGA
gi|10 : TATACATAACGACTTTAAAAA-----C--
gi|10 : gaaa--AAAT-T-T--AT-CAAATTAATTGCGGTAAACAGCG--------------A--TTTTGTAA-------CA-CA--T---GAA---CTGATACA---AA------TTATGGCAGATCTGAG-A--TA-AA---A-A----A--T--------A----TATT------C---AATAT--T-----CA-------A---A-A---ACTC--A-------TTTAAAGTCACT--TAATATATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgtttttaaatttatcaaattaattgcggtaaacagcgattttgtaacacatgaactgatacaaattatggcagatctgagataaaaaatatattcaatattcaaaaactcatttaaagtcacttaatatatccattatatcaatgtgtt
gi|11 : gaaatatacataacgactttaaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgttttt-T-T--AATCAAATTAAATGCAAT------CA--------------A--C------A-------AA-AA--TTTTGAA---CCAATGAA---AG------TGCTGGCAGATCTGAG-A--TC-AA---A-A----A--T--------A----TACT------CAATA------T-----T--------A---A-A---AAAA--AC-TT---TTTAAAGTTGTC--AAGTATACATccattatatcaatgtgtt
gi|12 : aaaatatatacttaatgtacacctttaaaatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatgtttttcaaTAACACCTTTAAAAA-----T--G-----CN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNN-----------NNNNNNNNNNNNNCCTTGTTTTTCTATTTTATTCCAACAATTTCATGACTC---AA-ACAC--AAAT-T-T--AA-TAAATT-----CGGC----------------------A--T------A-------TA-TA--T---GAA---TCGATAAA---AA------TGATAGCAGATCTGGG-A--T--AA---AGA----A--T--------A----TATTAGA---T---A------T-----TCA------A---A-A---ACTT--GTGTA---TTTA
gi|13 : aACTTAACGATTTTAAAAA-----C--G-----CN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNN-----------NNNNNNNNNNAAAACTTGTTTTT-AATTTTATACCAACAATTTCATCACTT-TGAACACAC--AAAT-T-T--AA-CAAATTAATTGCGAT------CG--------------A--C------A-------TATTA--T---GAT---CCGAAAGA---GATACATGTAATGGTAGATCTGCG-A--T--
gi|14 : ATACCTAACGACTTTAAAA---------G-----CA----TAAATATTGTATCAAATCTAGATA----AC-GATA----AACTTAAA--CAA----AATGTTC-T-----------TGCC-----------TTGCTTTTCACCTTTATCCCAACAATGCCGACACTT-TAAA-ACAC--ATAA-T-T--AA-CAAATCAATTGCGGT------TG--------------A--C------A-------TA-CG--T---GAA---CAGATGAA---AA------TAAAAGCAGATCGGAG-A--T---A---A-A----A--T--------A----TAca
gi|15 : TAGACTTAACGCCTTTAGAAA-----C--G-----TN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNCAATATC-----------TTGTTTTTCAAGTT-ATACCAACAATTCCGTCATCT-TTAA-ACAT--AAAT-G-A--AA-CAAAATAATTGCGGT------CG--------------A--C------T-------TA-TA--T---GAA---CCGATGAA---AA------TGATAGCAGac
gi|16 : TT-TAAA-ACAC--AAAA-T-T--AA-CAAATTAATTGCAGC------CA--------------A--CA-----A-------TA-TA--T---GAA---CTGATATG---AA------TGATAATAGATCTGGG-G--GGAAA---A-A----A--T--------A----TAAT------T---AAATG--T-----T--------AAATA-A---ACAT--GCATT---TTTAAAGGTGTC--AAGGATA
gi|17 : AAA-AAAC--AAAT-T-T--TA-CAAATTAATTGTGGT------CG--------------A--T------A-------TA-TA--T---GAA---CGGAACAA---AA------TGATAGCAGATCTGAT-A--T--AA---A-AAAAGA--T--------A----TATT------C---A------A-----TATAAAAAAA---A-A---ACGT--GCGTT---TTTAAAGGCGGT--AAGTATAaagacatctagcttaaaagttgtttttttatatctcttttctgaaagcataaaatc
gi|18 : AAT-T-T--AA-CAAATTAATTGCTGT------TGTCAGCAATTTTATAA--C------A-------TA-TA--T---GAA---CTG-TGAA---AA------TGATAGCAGATCTGAG-A--T--gataaagaaatttaagataatgagttatgctgttgttcgctatattactcgtatt
gi|19 : aaatagatatacttagtgactttacaaacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttgtttttttttcTTTTCAATTTTATTCCTACAATTCCATCGCTT-TGAA---AC--AAAT-G-T--AA-CAAATTTATTGCGAT------CT--------------G--C------A-------TA-TA--T---GAATCTCCAATAAA---A
gi|2 : aatatacttaaagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattccTACTTGACGTATTTTTAAA-----C--G-----CAAGTATGGGTTTTGTA-AAAATCTAGATATG--ATTGATA----AATCAAGG--CAA----ACTGT--AT-----------TGTT-----------TTGTCTTT-AATTTTATTCTTACAATTGTATCACTT-TAAA-ACAA--AAAT-A-T--AA-GAAATCAATTTAGGT------CA--------------A--C------A-------TA-TA--T---AAA---CCGATAAA---AA------CGATAGCAGATCTGAG-A--TG-AA---A-A----A--T--------G----TATA------C---A------TTATTCC--------A---ACA---ACTT--GGGAT---TTTAAAGGCGTT--GAGTATATTT---CA----ACA------------AAGTA-T-A-----TTACA-GA---AGGTGCC----ACTAGTTTGATATATATGATTAATATATTATAGGTATACTT-AAATT-TCAATT--TAAGG-ACTGCTTAATATAAAcacacttaagg
gi|20 : -ACACCAAGAC-T-G--AA-CAAATTAATTGCGGT------CG--------------A--CATAA--A-------TA-TA--T---AAA---TCGGTAGA---AA------TGATATCAAATCTGGGTATCT--AATGTA-T----A--TA-------A----TATT------C---A---------------------A---A-A---ACGT--GCATT---TTTAAAGGCATTAAAAGTAAATATTGCCA----ACtaacaa
gi|21 : acATCTCATTACTT-TAAA-ACAA--AAAA-AAT--AA-CAAATTAATTAATTT------TG--------------AAAC------A-------TA-TA--T---GAA---TCGATGAATGTAA------TAACAGTAGATCTGGA-AA-T--AA---A-A----AATT--------AA---TATT------C---A---------------------A---A-A---GTTT--GCGTT---TTTAAAGACGAT--CAGTATAtgatgagaaatcctgtcgcaatattggttgtaattgtt
gi|22 : tTT-TAAA-GTA---AAATGT-T--AAATATATTAGTTGTGGT------CG--------------A--C------A-------TA-CA--T---AAA---CCGGT-AA---AA------TTATAGCAGCTCTGGG-A--T---A---A-A----A--C--------A----TATT------C---ACTAT--T-----CT-------A---A-A---ACTT--GCGTC---TTTAGATGTGTT--AAGTAAATATgttaccgtgtaaaatata
gi|23 : AAA-AGAT--CACT-T-C--AA-TAAATCATTTGTGGT------CG--------------A--C------A-------TAATA--T---GTA---CCGATTGA---AA------TGATAGCAGATCTGTG-A--TTAAA---A-G----A--T--------A----TATta
gi|24 : tgatttttggtattttttttaaacaaaaaaa--AAAT-G-T--AG-AAAATTAA--GCTGT------TG--------------A--T------A-------TA-CAA-T---AAA---CCGATAAA---CA------TGATATCAGATCTGGT-A--T--AG---A-A----G--T--------A----TATC------G---AATAT--T-----CAA------A---A-A---ACTT--GCG-T---TTTAAAGACGTT--CAGTAatat
gi|25 : caTTCAATTTAATTCTAACATTTTCATCCCTT-TAAA-TCAT--AAAT-T-TTAAA-AAAAATAATTGCGGC------CG--------------A--C------ATACTTC-TA-TA--T---GAA---CCGCAAAA---AA------T-------GATCTACG-A--T--AA---A-A----A--
gi|26 : -ACGTTAACACGACACAGCCACC---------CATAACA-GCACAATCATTATAT----GGAAAAGTTGTAATTACTA--T--T-----A-TACAT-GTACATACTTTCAGAAGAAATGA
gi|27 : --------------A--T------A-------TA-TA--T---GAA---CCGATAAA---AA------TGATAGCATATCTTGA-A--T--AA---A-A----C--T--------A----TAAT------C---A------T-----T--------ATTCA-A---AC-------TT---TTTAAAGGCGTT--AACTATACCTca
gi|28 : -TAAA-ACAC--ATAT-T-T--AA-CAAATTTATTGCGGT------CA--------------A--T------A-------TA-TG--T---GAA---CGGACACA---AA------TGTTAGCAGATCTGGG-A--C--AA---A-A----A--C--------A----CGTT------tggtagac
gi|29 : TTCATCTCTT-TGAA-ACAC--AAAT-T-T--AA-CACATTTATTGCGGT------CG--------------A--T------A-------TA-TA--T---TAA---CCGATAGA---AA------TTACAGCAGATtttaaa
gi|3 : gcTATACTTAATGCCTTTAAAAA-----C--A-----Catatta
gi|3 : TTTTCAATTTTATTCCAA-AATC-CATCACTT-CAAA-ACAC--AATT-T-T--AA-CAACTTAATTGCAGG------TG--------------A--C------A-------TA-CA--T---GAA---CTGATAAC---AA------TAATAACAGACTTGGG-A--T--AA---A-A----A--C--------A----TATT------C---A------A-----CATTACA--A---A-A---ACAT--GCGCT---TTTAAAGGCATT--AAGTATATCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgacctggattttcaattttattccaaaatccatcacttcaaaacacaattttaacaacttaattgcaggtgacatacatgaactgataacaataataacagacttgggataaaaacatattcaacattacaaaaacatgcgcttttaaaggcattaagtatatcttaattttataaaactttttttttatcaatttcctttttagttagaatc
gi|30 : tatacttaatgcctttaaaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgacctggaCAC--AAAT-T-A--AA-CAAATCAATTGCGTT------TG--------------A--C------A-------TATTATTT---GAA---CCGAT-AA---AA------CGATGGCAGATCAGGG-T--T--AA---A-A----A--T--------A----AATT------C---taattttataaaactttttttttatcaatttcctttttagttagaatc
gi|31 : ------A-------TA-TA--T---GAA---CTGATTAA---AA------TGATAGCAGATCTGGA-A--T---A---A-A----A--T--------ATTACTATT------C---A------
gi|4 : aaataattttgtattATACATAACGCCTTAAGAAA-----T--GANNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNN-----------CCTT-----------TTGTTTTTCAATCTTATTCCAAC-----------------A-ACAA--AAGT-T-T--CA-CAAATT-ATTACGGT------CG--------------A--A------AT------TA-TA--T---GAA---TCGTTGAA---CA------TGACAGCAGATCTGGG-A--T--AA---A-A----A--TG-------A----TATT------T---AATAT--T-----T--------A---A-AAATATTTTAACGTT---TTTAACGACGTT--AAGCATATat
gi|5 : TACACTTAACAGAGTTAAAAA-----C--G-----CN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNTT-----------TATTCCC--------TTGTTTTT----TTTAT-----------CAT-A-TT-TAAA-GCAC--AAAT-T-T--AA-CAAATTAATTGCGGT------CG--------------A--C------A-------CC-TA--T---TAA---CCGATAAA---AA------TGATAGCAGCTATTGG-A--T--AA---A-A----AG-T--------A----TATT------C---AATATTCC-----C--------A---A-A----------CGTT---TTTAAAGGCATT--ATGTATATTTGATAACGTTACAGGTAATACGGTTAAATATT-A-tacatagagaaaatgactttaaagtagtaattgttgtgtcgtttctatgactttttattcaatttta
gi|6 : aaataACACTTACTGCCTTTAAAA------C--G-----CN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNN-----------NNNN-----------NNNNNT--CAACTGTTTTCAAACAATTTCATCACTT-AAAA-ACAT--ATAT-T-T--AA-CAAATTAATTGTGGC------CA--------------A--C------ATAACAGTTA-TG--T---GAA---CCGATAAA---AA------TTATAGCAGATCTGGA-A--A--AA---ATA----A--A--------A----TAAT------C---AGGT---T-----C--------A---ATA---ACTT--GGGTTTTCTTTATAAGCATC--AAgttgtt
gi|7 : acaatacCTTTAAAAA-----C--G-----CN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNN-----------NNNNNNNNCC-----TTGTTTTTCAATTTTATTCCAATACTTTCATAACTT-TAAA-GTAC--AAGT-T-T--AG-CAAATTAATTGCGGT------CG--------------A--C------A-------TA-TA--T---G-A---CAGAT-AA---AA------TGATAGAAGATTTTGT-A--T--GA---A-A----A--T--------A----TATCAATATAT---A------T-----C--------A---A-A---ACTA--TCCTT---GTTAAAGCCTTT--CACTATATGTtgaata
gi|8 : ttatctcaaatataT------TG--------------A--A------A-------CA-TA--T---GAA---TCAATAAA---AA------GGGTAGCAGATATTGG-A--T--CA---A-A----A--T--------A----CATT------C---ACTATATT-----CA-------A---A-A---ACAT--GTGTT---TTTACAGTCATT--AAGTATAtat
gi|9 : tatacttaacaactttaaatatgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcttgaatcttacaaatacctgcgattggacaacgattTATATTGACCGCCTTTAAAAAAATCACTAG-----CA----TGGGCATTGTATCATATCTAGATACATTAT-GTTACATTAATTGAAAACCAAGGCCAACATTTCT-----------TACC-----------TTATTTTTCAATTTTATTCCAAGAGTTTCATCAATTCTAAA-A-----AAAT----------------ATTGCGAT------CG--------------A--T------A-------TA-TA--T---GAA---CCATTGGA---AA------TGATAGCAGATTCGGG-A--T--AC---C-A----A--TTATATTCAA----TATT------C---A------T-----G--------A---A-AG--AAAT--GTGTT---CATAAAGACGTT--gatcatactgtgtgttttttacagatgaca
Alignments
lowQualScore : 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 666666666666666666666 2222 444444444444 222222 2 11 5555555 1111 66666666 222222
lowQualScore : 77777 44 7777 1 33 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 2 2 1 22 1 1 22 3 444444 88888888888888 11 888888 9999999 4 33 222 222 1 222 444444 1 33 88 222 3 3333 33 99999999 5555 888888 333 666666666666666666666 777 4 555 4 22 333 33 1 999 1111 000000000000 7 333333 6 00 3 4444444 5555 0 4 11111111 4 999999
lowQualScore : ..... .. .... . .. . ....................................................................... . . . . .. . . .. . ...... .............. .. ...... ....... . .. ... ... . ... ...... . .. .. ... . .... .. ........ .... ...... ... ..................... ... . ... . .. ... .. . ... .... ............ . ...... . .. . ....... .... . . ........ . ......
lowQualScore : 77777 22 7777 0 00 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 3 1 8 22 5 5 00 0 111111 11111111111111 99 000000 5555555 0 22 333 333 9 333 000000 5 55 55 888 2 4444 88 44444444 2222 444444 333 000000000000000000000 444 2 888 2 99 777 11 0 888 2222 333333333333 3 777777 7 33 7 0000000 3333 7 0 55555555 0 555555
consensus : TATACTTAACGCCTTTAAAAA-----C--GCA----TGGGTNTTGTATCANATCTAGATA----AC-GNTA----AATTNAAA--CAA----AACGTTCNT-----------TA-----T-----------CTTGTTTTTCAATTTTATTCCAACAATTTCATCACTT-TAAA-ACAC--AAAT-T-T--AA-CAAATTAATTGCGGT------CG--------------A--C------A-------TA-TA--T---GAA---CCGATAAA---AA------TGATAGCAGATCTGGG-A--T--AA---A-A----A--T--------A----TATT------C---A------T-----C--------A---A-A---ACTT--GCGTT---TTTAAAGGCGTT--AAGTATATNTGACCA----ACAGG--ATACG---AAGTATT-A-ACGTTTACA-GACGCAGCCGCC----A--AGCATGACA-ACACGATCAATATATGGAAAAGTTGNAATTACTACAATGAGGAATACATGTACANACTTTCAGAAGAAATGA
Reference ( family-472 ) : TATACTTAACGCCTTTAAAAA-----C--GCA----TGGGTNTTGTATCANATCTAGATA----AC-GNTA----AATTNAAA--CAA----AACGTTCNT-----------TA-----T-----------CTTGTTTTTCAATTTTATTCCAACAATTTCATCACTT-TAAA-ACAC--AAAT-T-T--AA-CAAATTAATTGCGGT------CG--------------A--C------A-------TA-TA--T---GAA---CCGATAAA---AA------TGATAGCAGATCTGGG-A--T--AA---A-A----A--T--------A----TATT------C---A------T-----C--------A---A-A---ACTT--GCGTT---TTTAAAGGCGTT--AAGTATATNTGACCA----ACAGG--ATACG---AAGTATT-A-ACGTTTACA-GACGCAGCCGCC----A--AGCATGACA-ACACGATCAATATATGGAAAAGTTGAAATTATTAT--TGAGG-ATACATGTATAAACTTTCAGAAGAAATGA
gi|1 : TATATTTAACGCCTTTAAACA-----C--GCN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNN-----------NN-----T-----------TTTGTTTTTCAATTTTATTTCAACAATTCCACCAATT-TAAA-ACAC--AAAT-T-T--AA-CAAATCAACTGAGGT------CG--------------A--C------A-------TA-TA--T---GAA---CCGATACA---AT------TGATAGCAGACCTGGG-T--T--AA---A-C----A--T--------A----TATT------C----------T-----C--------A---A-A---ACTT--GCGTT---ATTTATGGTGTT--AAGAATATGTGACCA----ACAGG--ATACG---AAGTATTCATACATTTACAGGACGCAGCGGCCAGAGA--AGCATG--A-ACACAATCAATATATGGAAAAGTTGAAATTATTACAATGAGGAATACATGTATAAAT------AAGAAATGA
gi|10 : TATACATAACGACTTTAAAAA-----C--
gi|10 : gaaa--AAAT-T-T--AT-CAAATTAATTGCGGTAAACAGCG--------------A--TTTTGTAA-------CA-CA--T---GAA---CTGATACA---AA------TTATGGCAGATCTGAG-A--TA-AA---A-A----A--T--------A----TATT------C---AATAT--T-----CA-------A---A-A---ACTC--A-------TTTAAAGTCACT--TAATATATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgtttttaaatttatcaaattaattgcggtaaacagcgattttgtaacacatgaactgatacaaattatggcagatctgagataaaaaatatattcaatattcaaaaactcatttaaagtcacttaatatatccattatatcaatgtgtt
gi|11 : gaaatatacataacgactttaaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgttttt-T-T--AATCAAATTAAATGCAAT------CA--------------A--C------A-------AA-AA--TTTTGAA---CCAATGAA---AG------TGCTGGCAGATCTGAG-A--TC-AA---A-A----A--T--------A----TACT------CAATA------T-----T--------A---A-A---AAAA--AC-TT---TTTAAAGTTGTC--AAGTATACATccattatatcaatgtgtt
gi|12 : aaaatatatacttaatgtacacctttaaaatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatgtttttcaaTAACACCTTTAAAAA-----T--GCN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNN-----------NN-----NNNNNNNNNNNCCTTGTTTTTCTATTTTATTCCAACAATTTCATGACTC---AA-ACAC--AAAT-T-T--AA-TAAATT-----CGGC----------------------A--T------A-------TA-TA--T---GAA---TCGATAAA---AA------TGATAGCAGATCTGGG-A--T--AA---AGA----A--T--------A----TATTAGA---T---A------T-----TCA------A---A-A---ACTT--GTGTA---TTTA
gi|13 : aACTTAACGATTTTAAAAA-----C--GCN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNN-----------NN-----NNNNNNNNAAAACTTGTTTTT-AATTTTATACCAACAATTTCATCACTT-TGAACACAC--AAAT-T-T--AA-CAAATTAATTGCGAT------CG--------------A--C------A-------TATTA--T---GAT---CCGAAAGA---GATACATGTAATGGTAGATCTGCG-A--T--
gi|14 : ATACCTAACGACTTTAAAA---------GCA----TAAATATTGTATCAAATCTAGATA----AC-GATA----AACTTAAA--CAA----AATGTTC-T-----------TG-----C-----------CTTGCTTTTCACCTTTATCCCAACAATGCCGACACTT-TAAA-ACAC--ATAA-T-T--AA-CAAATCAATTGCGGT------TG--------------A--C------A-------TA-CG--T---GAA---CAGATGAA---AA------TAAAAGCAGATCGGAG-A--T---A---A-A----A--T--------A----TAca
gi|15 : TAGACTTAACGCCTTTAGAAA-----C--GTN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNCAATA-----T-----------CTTGTTTTTCAAGTT-ATACCAACAATTCCGTCATCT-TTAA-ACAT--AAAT-G-A--AA-CAAAATAATTGCGGT------CG--------------A--C------T-------TA-TA--T---GAA---CCGATGAA---AA------TGATAGCAGac
gi|16 : TT-TAAA-ACAC--AAAA-T-T--AA-CAAATTAATTGCAGC------CA--------------A--CA-----A-------TA-TA--T---GAA---CTGATATG---AA------TGATAATAGATCTGGG-G--GGAAA---A-A----A--T--------A----TAAT------T---AAATG--T-----T--------AAATA-A---ACAT--GCATT---TTTAAAGGTGTC--AAGGATA
gi|17 : AAA-AAAC--AAAT-T-T--TA-CAAATTAATTGTGGT------CG--------------A--T------A-------TA-TA--T---GAA---CGGAACAA---AA------TGATAGCAGATCTGAT-A--T--AA---A-AAAAGA--T--------A----TATT------C---A------A-----TATAAAAAAA---A-A---ACGT--GCGTT---TTTAAAGGCGGT--AAGTATAaagacatctagcttaaaagttgtttttttatatctcttttctgaaagcataaaatc
gi|18 : AAT-T-T--AA-CAAATTAATTGCTGT------TGTCAGCAATTTTATAA--C------A-------TA-TA--T---GAA---CTG-TGAA---AA------TGATAGCAGATCTGAG-A--T--gataaagaaatttaagataatgagttatgctgttgttcgctatattactcgtatt
gi|19 : aaatagatatacttagtgactttacaaacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttgtttttttttcTTTTCAATTTTATTCCTACAATTCCATCGCTT-TGAA---AC--AAAT-G-T--AA-CAAATTTATTGCGAT------CT--------------G--C------A-------TA-TA--T---GAATCTCCAATAAA---A
gi|2 : aatatacttaaagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattccTACTTGACGTATTTTTAAA-----C--GCAAGTATGGGTTTTGTA-AAAATCTAGATATG--ATTGATA----AATCAAGG--CAA----ACTGT--AT-----------TG-----T-----------TTTGTCTTT-AATTTTATTCTTACAATTGTATCACTT-TAAA-ACAA--AAAT-A-T--AA-GAAATCAATTTAGGT------CA--------------A--C------A-------TA-TA--T---AAA---CCGATAAA---AA------CGATAGCAGATCTGAG-A--TG-AA---A-A----A--T--------G----TATA------C---A------TTATTCC--------A---ACA---ACTT--GGGAT---TTTAAAGGCGTT--GAGTATATTT---CA----ACA------------AAGTA-T-A-----TTACA-GA---AGGTGCC----ACTAGTTTGATATATATGATTAATATATcacacttaagg
gi|20 : -ACACCAAGAC-T-G--AA-CAAATTAATTGCGGT------CG--------------A--CATAA--A-------TA-TA--T---AAA---TCGGTAGA---AA------TGATATCAAATCTGGGTATCT--AATGTA-T----A--TA-------A----TATT------C---A---------------------A---A-A---ACGT--GCATT---TTTAAAGGCATTAAAAGTAAATATTGCCA----ACtataggtatacttaaatttcaatttaaggactgcttaatataaataacaa
gi|21 : acATCTCATTACTT-TAAA-ACAA--AAAA-AAT--AA-CAAATTAATTAATTT------TG--------------AAAC------A-------TA-TA--T---GAA---TCGATGAATGTAA------TAACAGTAGATCTGGA-AA-T--AA---A-A----AATT--------AA---TATT------C---A---------------------A---A-A---GTTT--GCGTT---TTTAAAGACGAT--CAGTATAtgatgagaaatcctgtcgcaatattggttgtaattgtt
gi|22 : tTT-TAAA-GTA---AAATGT-T--AAATATATTAGTTGTGGT------CG--------------A--C------A-------TA-CA--T---AAA---CCGGT-AA---AA------TTATAGCAGCTCTGGG-A--T---A---A-A----A--C--------A----TATT------C---ACTAT--T-----CT-------A---A-A---ACTT--GCGTC---TTTAGATGTGTT--AAGTAAATATgttaccgtgtaaaatata
gi|23 : AAA-AGAT--CACT-T-C--AA-TAAATCATTTGTGGT------CG--------------A--C------A-------TAATA--T---GTA---CCGATTGA---AA------TGATAGCAGATCTGTG-A--TTAAA---A-G----A--T--------A----TATta
gi|24 : tgatttttggtattttttttaaacaaaaaaa--AAAT-G-T--AG-AAAATTAA--GCTGT------TG--------------A--T------A-------TA-CAA-T---AAA---CCGATAAA---CA------TGATATCAGATCTGGT-A--T--AG---A-A----G--T--------A----TATC------G---AATAT--T-----CAA------A---A-A---ACTT--GCG-T---TTTAAAGACGTT--CAGTAatat
gi|25 : caTTCAATTTAATTCTAACATTTTCATCCCTT-TAAA-TCAT--AAAT-T-TTAAA-AAAAATAATTGCGGC------CG--------------A--C------ATACTTC-TA-TA--T---GAA---CCGCAAAA---AA------T-------GATCTACG-A--T--AA---A-A----A--
gi|26 : -ACGTTAACACGACACAGCCACC---------CATAACA-GCACAATCATTATATGGAAAAGTTGTAATTACTAT--T-----ATACATGTACATACTTTCAGAAGAAATGA
gi|27 : --------------A--T------A-------TA-TA--T---GAA---CCGATAAA---AA------TGATAGCATATCTTGA-A--T--AA---A-A----C--T--------A----TAAT------C---A------T-----T--------ATTCA-A---AC-------TT---TTTAAAGGCGTT--AACTATACCTca
gi|28 : -TAAA-ACAC--ATAT-T-T--AA-CAAATTTATTGCGGT------CA--------------A--T------A-------TA-TG--T---GAA---CGGACACA---AA------TGTTAGCAGATCTGGG-A--C--AA---A-A----A--C--------A----CGTT------tggtagac
gi|29 : TTCATCTCTT-TGAA-ACAC--AAAT-T-T--AA-CACATTTATTGCGGT------CG--------------A--T------A-------TA-TA--T---TAA---CCGATAGA---AA------TTACAGCAGATtttaaa
gi|3 : gcTATACTTAATGCCTTTAAAAA-----C--ACatatta
gi|3 : TTTTCAATTTTATTCCAA-AATC-CATCACTT-CAAA-ACAC--AATT-T-T--AA-CAACTTAATTGCAGG------TG--------------A--C------A-------TA-CA--T---GAA---CTGATAAC---AA------TAATAACAGACTTGGG-A--T--AA---A-A----A--C--------A----TATT------C---A------A-----CATTACA--A---A-A---ACAT--GCGCT---TTTAAAGGCATT--AAGTATATCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgacctggattttcaattttattccaaaatccatcacttcaaaacacaattttaacaacttaattgcaggtgacatacatgaactgataacaataataacagacttgggataaaaacatattcaacattacaaaaacatgcgcttttaaaggcattaagtatatcttaattttataaaactttttttttatcaatttcctttttagttagaatc
gi|30 : tatacttaatgcctttaaaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgacctggaCAC--AAAT-T-A--AA-CAAATCAATTGCGTT------TG--------------A--C------A-------TATTATTT---GAA---CCGAT-AA---AA------CGATGGCAGATCAGGG-T--T--AA---A-A----A--T--------A----AATT------C---taattttataaaactttttttttatcaatttcctttttagttagaatc
gi|31 : ------A-------TA-TA--T---GAA---CTGATTAA---AA------TGATAGCAGATCTGGA-A--T---A---A-A----A--T--------ATTACTATT------C---A------
gi|4 : aaataattttgtattATACATAACGCCTTAAGAAA-----T--GAN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNN-----------NNNNNCCT-----------TTTGTTTTTCAATCTTATTCCAAC-----------------A-ACAA--AAGT-T-T--CA-CAAATT-ATTACGGT------CG--------------A--A------AT------TA-TA--T---GAA---TCGTTGAA---CA------TGACAGCAGATCTGGG-A--T--AA---A-A----A--TG-------A----TATT------T---AATAT--T-----T--------A---A-AAATATTTTAACGTT---TTTAACGACGTT--AAGCATATat
gi|5 : TACACTTAACAGAGTTAAAAA-----C--GCN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNTT-----------TA-----TTCC--------CTTGTTTTT----TTTAT-----------CAT-A-TT-TAAA-GCAC--AAAT-T-T--AA-CAAATTAATTGCGGT------CG--------------A--C------A-------CC-TA--T---TAA---CCGATAAA---AA------TGATAGCAGCTATTGG-A--T--AA---A-A----AG-T--------A----TATT------C---AATATTCC-----C--------A---A-A----------CGTT---TTTAAAGGCATT--ATGTATATTTGATAACGTTACAGGTAATACGGTTAAATATT-A-tacatagagaaaatgactttaaagtagtaattgttgtgtcgtttctatgactttttattcaatttta
gi|6 : aaataACACTTACTGCCTTTAAAA------C--GCN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNN-----------NN-----N-----------NNNNNNT--CAACTGTTTTCAAACAATTTCATCACTT-AAAA-ACAT--ATAT-T-T--AA-CAAATTAATTGTGGC------CA--------------A--C------ATAACAGTTA-TG--T---GAA---CCGATAAA---AA------TTATAGCAGATCTGGA-A--A--AA---ATA----A--A--------A----TAAT------C---AGGT---T-----C--------A---ATA---ACTT--GGGTTTTCTTTATAAGCATC--AAgttgtt
gi|7 : acaatacCTTTAAAAA-----C--GCN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNN-----------NN-----NNNNNNC-----CTTGTTTTTCAATTTTATTCCAATACTTTCATAACTT-TAAA-GTAC--AAGT-T-T--AG-CAAATTAATTGCGGT------CG--------------A--C------A-------TA-TA--T---G-A---CAGAT-AA---AA------TGATAGAAGATTTTGT-A--T--GA---A-A----A--T--------A----TATCAATATAT---A------T-----C--------A---A-A---ACTA--TCCTT---GTTAAAGCCTTT--CACTATATGTtgaata
gi|8 : ttatctcaaatataT------TG--------------A--A------A-------CA-TA--T---GAA---TCAATAAA---AA------GGGTAGCAGATATTGG-A--T--CA---A-A----A--T--------A----CATT------C---ACTATATT-----CA-------A---A-A---ACAT--GTGTT---TTTACAGTCATT--AAGTATAtat
gi|9 : tatacttaacaactttaaatatgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcttgaatcttacaaatacctgcgattggacaacgattTATATTGACCGCCTTTAAAAAAATCACTAGCA----TGGGCATTGTATCATATCTAGATACATTAT-GTTACATTAATTGAAAACCAAGGCCAACATTTCT-----------TA-----C-----------CTTATTTTTCAATTTTATTCCAAGAGTTTCATCAATTCTAAA-A-------------------AAAT--ATTGCGAT------CG--------------A--T------A-------TA-TA--T---GAA---CCATTGGA---AA------TGATAGCAGATTCGGG-A--T--AC---C-A----A--TTATATTCAA----TATT------C---A------T-----G--------A---A-AG--AAAT--GTGTT---CATAAAGACGTT--gatcatactgtgtgttttttacagatgaca
Alignments
lowQualScore : 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 666666666666666666666 2222 444444444444 222222 2 11 5555555 1111 33333333 222222
lowQualScore : 77777 44 7777 1 33 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 2 2 1 22 1 1 22 3 444444 88888888888888 11 888888 9999999 4 33 222 222 1 222 444444 1 33 88 222 3 3333 33 99999999 5555 888888 333 666666666666666666666 777 4 555 4 22 333 33 1 999 1111 000000000000 7 333333 6 00 3 4444444 5555 0 1 55555555 1 999999
lowQualScore : ..... .. .... . .. . ....................................................................... . . . . .. . . .. . ...... .............. .. ...... ....... . .. ... ... . ... ...... . .. .. ... . .... .. ........ .... ...... ... ..................... ... . ... . .. ... .. . ... .... ............ . ...... . .. . ....... .... . . ........ . ......
lowQualScore : 77777 22 7777 0 00 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 3 1 8 22 5 5 00 0 111111 11111111111111 99 000000 5555555 0 22 333 333 9 333 000000 5 55 55 888 2 4444 88 44444444 2222 444444 333 000000000000000000000 444 2 888 2 99 777 11 0 888 2222 333333333333 3 777777 7 33 7 0000000 3333 7 0 55555555 0 555555
consensus : TATACTTAACGCCTTTAAAAA-----C--GCA----TGGGTNTTGTATCANATCTAGATA----AC-GNTA----AATTNAAA--CAA----AACGTTCNT-----------TA-----T-----------CTTGTTTTTCAATTTTATTCCAACAATTTCATCACTT-TAAA-ACAC--AAAT-T-T--AA-CAAATTAATTGCGGT------CG--------------A--C------A-------TA-TA--T---GAA---CCGATAAA---AA------TGATAGCAGATCTGGG-A--T--AA---A-A----A--T--------A----TATT------C---A------T-----C--------A---A-A---ACTT--GCGTT---TTTAAAGGCGTT--AAGTATATNTGACCA----ACAGG--ATACG---AAGTATT-A-ACGTTTACA-GACGCAGCCGCC----A--AGCATGACA-ACACGATCAATATATGGAAAAGTTGNAATTACTACAATGAGGAATACATGTACANACTTTCAGAAGAAATGA
Reference ( family-472 ) : TATACTTAACGCCTTTAAAAA-----C--GCA----TGGGTNTTGTATCANATCTAGATA----AC-GNTA----AATTNAAA--CAA----AACGTTCNT-----------TA-----T-----------CTTGTTTTTCAATTTTATTCCAACAATTTCATCACTT-TAAA-ACAC--AAAT-T-T--AA-CAAATTAATTGCGGT------CG--------------A--C------A-------TA-TA--T---GAA---CCGATAAA---AA------TGATAGCAGATCTGGG-A--T--AA---A-A----A--T--------A----TATT------C---A------T-----C--------A---A-A---ACTT--GCGTT---TTTAAAGGCGTT--AAGTATATNTGACCA----ACAGG--ATACG---AAGTATT-A-ACGTTTACA-GACGCAGCCGCC----A--AGCATGACA-ACACGATCAATATATGGAAAAGTTGNAATTACTACAATGAGGAATACATGTACANACTTTCAGAAGAAATGA
gi|1 : TATATTTAACGCCTTTAAACA-----C--GCN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNN-----------NN-----T-----------TTTGTTTTTCAATTTTATTTCAACAATTCCACCAATT-TAAA-ACAC--AAAT-T-T--AA-CAAATCAACTGAGGT------CG--------------A--C------A-------TA-TA--T---GAA---CCGATACA---AT------TGATAGCAGACCTGGG-T--T--AA---A-C----A--T--------A----TATT------C----------T-----C--------A---A-A---ACTT--GCGTT---ATTTATGGTGTT--AAGAATATGTGACCA----ACAGG--ATACG---AAGTATTCATACATTTACAGGACGCAGCGGCCAGAGA--AGCATG--A-ACACAATCAATATATGGAAAAGTTGAAATTATTACAATGAGGAATACATGTATAAAT------AAGAAATGA
gi|10 : TATACATAACGACTTTAAAAA-----C--
gi|10 : gaaa--AAAT-T-T--AT-CAAATTAATTGCGGTAAACAGCG--------------A--TTTTGTAA-------CA-CA--T---GAA---CTGATACA---AA------TTATGGCAGATCTGAG-A--TA-AA---A-A----A--T--------A----TATT------C---AATAT--T-----CA-------A---A-A---ACTC--A-------TTTAAAGTCACT--TAATATATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgtttttaaatttatcaaattaattgcggtaaacagcgattttgtaacacatgaactgatacaaattatggcagatctgagataaaaaatatattcaatattcaaaaactcatttaaagtcacttaatatatccattatatcaatgtgtt
gi|11 : gaaatatacataacgactttaaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgttttt-T-T--AATCAAATTAAATGCAAT------CA--------------A--C------A-------AA-AA--TTTTGAA---CCAATGAA---AG------TGCTGGCAGATCTGAG-A--TC-AA---A-A----A--T--------A----TACT------CAATA------T-----T--------A---A-A---AAAA--AC-TT---TTTAAAGTTGTC--AAGTATACATccattatatcaatgtgtt
gi|12 : aaaatatatacttaatgtacacctttaaaatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatgtttttcaaTAACACCTTTAAAAA-----T--GCN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNN-----------NN-----NNNNNNNNNNNCCTTGTTTTTCTATTTTATTCCAACAATTTCATGACTC---AA-ACAC--AAAT-T-T--AA-TAAATT-----CGGC----------------------A--T------A-------TA-TA--T---GAA---TCGATAAA---AA------TGATAGCAGATCTGGG-A--T--AA---AGA----A--T--------A----TATTAGA---T---A------T-----TCA------A---A-A---ACTT--GTGTA---TTTA
gi|13 : aACTTAACGATTTTAAAAA-----C--GCN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNN-----------NN-----NNNNNNNNAAAACTTGTTTTT-AATTTTATACCAACAATTTCATCACTT-TGAACACAC--AAAT-T-T--AA-CAAATTAATTGCGAT------CG--------------A--C------A-------TATTA--T---GAT---CCGAAAGA---GATACATGTAATGGTAGATCTGCG-A--T--
gi|14 : ATACCTAACGACTTTAAAA---------GCA----TAAATATTGTATCAAATCTAGATA----AC-GATA----AACTTAAA--CAA----AATGTTC-T-----------TG-----C-----------CTTGCTTTTCACCTTTATCCCAACAATGCCGACACTT-TAAA-ACAC--ATAA-T-T--AA-CAAATCAATTGCGGT------TG--------------A--C------A-------TA-CG--T---GAA---CAGATGAA---AA------TAAAAGCAGATCGGAG-A--T---A---A-A----A--T--------A----TAca
gi|15 : TAGACTTAACGCCTTTAGAAA-----C--GTN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNCAATA-----T-----------CTTGTTTTTCAAGTT-ATACCAACAATTCCGTCATCT-TTAA-ACAT--AAAT-G-A--AA-CAAAATAATTGCGGT------CG--------------A--C------T-------TA-TA--T---GAA---CCGATGAA---AA------TGATAGCAGac
gi|16 : TT-TAAA-ACAC--AAAA-T-T--AA-CAAATTAATTGCAGC------CA--------------A--CA-----A-------TA-TA--T---GAA---CTGATATG---AA------TGATAATAGATCTGGG-G--GGAAA---A-A----A--T--------A----TAAT------T---AAATG--T-----T--------AAATA-A---ACAT--GCATT---TTTAAAGGTGTC--AAGGATA
gi|17 : AAA-AAAC--AAAT-T-T--TA-CAAATTAATTGTGGT------CG--------------A--T------A-------TA-TA--T---GAA---CGGAACAA---AA------TGATAGCAGATCTGAT-A--T--AA---A-AAAAGA--T--------A----TATT------C---A------A-----TATAAAAAAA---A-A---ACGT--GCGTT---TTTAAAGGCGGT--AAGTATAaagacatctagcttaaaagttgtttttttatatctcttttctgaaagcataaaatc
gi|18 : AAT-T-T--AA-CAAATTAATTGCTGT------TGTCAGCAATTTTATAA--C------A-------TA-TA--T---GAA---CTG-TGAA---AA------TGATAGCAGATCTGAG-A--T--gataaagaaatttaagataatgagttatgctgttgttcgctatattactcgtatt
gi|19 : aaatagatatacttagtgactttacaaacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttgtttttttttcTTTTCAATTTTATTCCTACAATTCCATCGCTT-TGAA---AC--AAAT-G-T--AA-CAAATTTATTGCGAT------CT--------------G--C------A-------TA-TA--T---GAATCTCCAATAAA---A
gi|2 : aatatacttaaagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattccTACTTGACGTATTTTTAAA-----C--GCAAGTATGGGTTTTGTA-AAAATCTAGATATG--ATTGATA----AATCAAGG--CAA----ACTGT--AT-----------TG-----T-----------TTTGTCTTT-AATTTTATTCTTACAATTGTATCACTT-TAAA-ACAA--AAAT-A-T--AA-GAAATCAATTTAGGT------CA--------------A--C------A-------TA-TA--T---AAA---CCGATAAA---AA------CGATAGCAGATCTGAG-A--TG-AA---A-A----A--T--------G----TATA------C---A------TTATTCC--------A---ACA---ACTT--GGGAT---TTTAAAGGCGTT--GAGTATATTT---CA----ACA------------AAGTA-T-A-----TTACA-GA---AGGTGCC----ACTAGTTTGATATATATGATTAATATATcacacttaagg
gi|20 : -ACACCAAGAC-T-G--AA-CAAATTAATTGCGGT------CG--------------A--CATAA--A-------TA-TA--T---AAA---TCGGTAGA---AA------TGATATCAAATCTGGGTATCT--AATGTA-T----A--TA-------A----TATT------C---A---------------------A---A-A---ACGT--GCATT---TTTAAAGGCATTAAAAGTAAATATTGCCA----ACtataggtatacttaaatttcaatttaaggactgcttaatataaataacaa
gi|21 : acATCTCATTACTT-TAAA-ACAA--AAAA-AAT--AA-CAAATTAATTAATTT------TG--------------AAAC------A-------TA-TA--T---GAA---TCGATGAATGTAA------TAACAGTAGATCTGGA-AA-T--AA---A-A----AATT--------AA---TATT------C---A---------------------A---A-A---GTTT--GCGTT---TTTAAAGACGAT--CAGTATAtgatgagaaatcctgtcgcaatattggttgtaattgtt
gi|22 : tTT-TAAA-GTA---AAATGT-T--AAATATATTAGTTGTGGT------CG--------------A--C------A-------TA-CA--T---AAA---CCGGT-AA---AA------TTATAGCAGCTCTGGG-A--T---A---A-A----A--C--------A----TATT------C---ACTAT--T-----CT-------A---A-A---ACTT--GCGTC---TTTAGATGTGTT--AAGTAAATATgttaccgtgtaaaatata
gi|23 : AAA-AGAT--CACT-T-C--AA-TAAATCATTTGTGGT------CG--------------A--C------A-------TAATA--T---GTA---CCGATTGA---AA------TGATAGCAGATCTGTG-A--TTAAA---A-G----A--T--------A----TATta
gi|24 : tgatttttggtattttttttaaacaaaaaaa--AAAT-G-T--AG-AAAATTAA--GCTGT------TG--------------A--T------A-------TA-CAA-T---AAA---CCGATAAA---CA------TGATATCAGATCTGGT-A--T--AG---A-A----G--T--------A----TATC------G---AATAT--T-----CAA------A---A-A---ACTT--GCG-T---TTTAAAGACGTT--CAGTAatat
gi|25 : caTTCAATTTAATTCTAACATTTTCATCCCTT-TAAA-TCAT--AAAT-T-TTAAA-AAAAATAATTGCGGC------CG--------------A--C------ATACTTC-TA-TA--T---GAA---CCGCAAAA---AA------T-------GATCTACG-A--T--AA---A-A----A--
gi|26 : -ACGTTAACACGACACAGCCACC---------CATAACA-GCACAATCATTATATGGAAAAGTTGTAATTACTAT--T-----ATACATGTACATACTTTCAGAAGAAATGA
gi|27 : --------------A--T------A-------TA-TA--T---GAA---CCGATAAA---AA------TGATAGCATATCTTGA-A--T--AA---A-A----C--T--------A----TAAT------C---A------T-----T--------ATTCA-A---AC-------TT---TTTAAAGGCGTT--AACTATACCTca
gi|28 : -TAAA-ACAC--ATAT-T-T--AA-CAAATTTATTGCGGT------CA--------------A--T------A-------TA-TG--T---GAA---CGGACACA---AA------TGTTAGCAGATCTGGG-A--C--AA---A-A----A--C--------A----CGTT------tggtagac
gi|29 : TTCATCTCTT-TGAA-ACAC--AAAT-T-T--AA-CACATTTATTGCGGT------CG--------------A--T------A-------TA-TA--T---TAA---CCGATAGA---AA------TTACAGCAGATtttaaa
gi|3 : gcTATACTTAATGCCTTTAAAAA-----C--ACatatta
gi|3 : TTTTCAATTTTATTCCAA-AATC-CATCACTT-CAAA-ACAC--AATT-T-T--AA-CAACTTAATTGCAGG------TG--------------A--C------A-------TA-CA--T---GAA---CTGATAAC---AA------TAATAACAGACTTGGG-A--T--AA---A-A----A--C--------A----TATT------C---A------A-----CATTACA--A---A-A---ACAT--GCGCT---TTTAAAGGCATT--AAGTATATCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgacctggattttcaattttattccaaaatccatcacttcaaaacacaattttaacaacttaattgcaggtgacatacatgaactgataacaataataacagacttgggataaaaacatattcaacattacaaaaacatgcgcttttaaaggcattaagtatatcttaattttataaaactttttttttatcaatttcctttttagttagaatc
gi|30 : tatacttaatgcctttaaaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgacctggaCAC--AAAT-T-A--AA-CAAATCAATTGCGTT------TG--------------A--C------A-------TATTATTT---GAA---CCGAT-AA---AA------CGATGGCAGATCAGGG-T--T--AA---A-A----A--T--------A----AATT------C---taattttataaaactttttttttatcaatttcctttttagttagaatc
gi|31 : ------A-------TA-TA--T---GAA---CTGATTAA---AA------TGATAGCAGATCTGGA-A--T---A---A-A----A--T--------ATTACTATT------C---A------
gi|4 : aaataattttgtattATACATAACGCCTTAAGAAA-----T--GAN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNN-----------NNNNNCCT-----------TTTGTTTTTCAATCTTATTCCAAC-----------------A-ACAA--AAGT-T-T--CA-CAAATT-ATTACGGT------CG--------------A--A------AT------TA-TA--T---GAA---TCGTTGAA---CA------TGACAGCAGATCTGGG-A--T--AA---A-A----A--TG-------A----TATT------T---AATAT--T-----T--------A---A-AAATATTTTAACGTT---TTTAACGACGTT--AAGCATATat
gi|5 : TACACTTAACAGAGTTAAAAA-----C--GCN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNTT-----------TA-----TTCC--------CTTGTTTTT----TTTAT-----------CAT-A-TT-TAAA-GCAC--AAAT-T-T--AA-CAAATTAATTGCGGT------CG--------------A--C------A-------CC-TA--T---TAA---CCGATAAA---AA------TGATAGCAGCTATTGG-A--T--AA---A-A----AG-T--------A----TATT------C---AATATTCC-----C--------A---A-A----------CGTT---TTTAAAGGCATT--ATGTATATTTGATAACGTTACAGGTAATACGGTTAAATATT-A-tacatagagaaaatgactttaaagtagtaattgttgtgtcgtttctatgactttttattcaatttta
gi|6 : aaataACACTTACTGCCTTTAAAA------C--GCN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNN-----------NN-----N-----------NNNNNNT--CAACTGTTTTCAAACAATTTCATCACTT-AAAA-ACAT--ATAT-T-T--AA-CAAATTAATTGTGGC------CA--------------A--C------ATAACAGTTA-TG--T---GAA---CCGATAAA---AA------TTATAGCAGATCTGGA-A--A--AA---ATA----A--A--------A----TAAT------C---AGGT---T-----C--------A---ATA---ACTT--GGGTTTTCTTTATAAGCATC--AAgttgtt
gi|7 : acaatacCTTTAAAAA-----C--GCN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNN-----------NN-----NNNNNNC-----CTTGTTTTTCAATTTTATTCCAATACTTTCATAACTT-TAAA-GTAC--AAGT-T-T--AG-CAAATTAATTGCGGT------CG--------------A--C------A-------TA-TA--T---G-A---CAGAT-AA---AA------TGATAGAAGATTTTGT-A--T--GA---A-A----A--T--------A----TATCAATATAT---A------T-----C--------A---A-A---ACTA--TCCTT---GTTAAAGCCTTT--CACTATATGTtgaata
gi|8 : ttatctcaaatataT------TG--------------A--A------A-------CA-TA--T---GAA---TCAATAAA---AA------GGGTAGCAGATATTGG-A--T--CA---A-A----A--T--------A----CATT------C---ACTATATT-----CA-------A---A-A---ACAT--GTGTT---TTTACAGTCATT--AAGTATAtat
gi|9 : tatacttaacaactttaaatatgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcttgaatcttacaaatacctgcgattggacaacgattTATATTGACCGCCTTTAAAAAAATCACTAGCA----TGGGCATTGTATCATATCTAGATACATTAT-GTTACATTAATTGAAAACCAAGGCCAACATTTCT-----------TA-----C-----------CTTATTTTTCAATTTTATTCCAAGAGTTTCATCAATTCTAAA-A-------------------AAAT--ATTGCGAT------CG--------------A--T------A-------TA-TA--T---GAA---CCATTGGA---AA------TGATAGCAGATTCGGG-A--T--AC---C-A----A--TTATATTCAA----TATT------C---A------T-----G--------A---A-AG--AAAT--GTGTT---CATAAAGACGTT--gatcatactgtgtgttttttacagatgaca
blockSeqs : AATCA TA AGTA N NN N CATTATGTTACATTAATTGAAAACCAAGGCCAACATTTCTTAC T C C CA G A TA T AAACAG TCAGCAATTTTATA AA TTTGTA TAACAGT T TT TTT TCT A TGT TACATG T TC GA TGT G AAAG AT TATATTCA TTAC AATATA AAT ATATAAAAAA AAT C AAT T TA TTC AA A TGC CGTT GGTAATACGGTT T A C CA T ACT ATAT T T T TTTCAG
blockSeqs : . . . N NN N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC T . . . . . . A . . . ATAA TACTTC A A . . G . . . A TA . T . G A A AGA . CTATATTCA TTC T G A . . . T GAT . . . . . C . ACA
blockSeqs : . . . A TC A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAA C . . . . . . . . . . A T T . . . A . . . . A . . . . G . . . ATATTCAA . . . T . . . A . .
blockSeqs : . . . N NN N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATAT C . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . C . . . . . . . . ACATTACA . . . A . . . A
blockSeqs : . . . T NN A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC C . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . G . . . . . . . . ATATTCCC . . . G . . . C
blockSeqs : . . . N NN N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCT G . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . ATATTCA . . . T . . . C
blockSeqs : . . . N NN N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATTCC T . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . TTATTCC . . . G . . . T
blockSeqs : . . . N NN N TGATTGATAAATCAAGGCAAACTGTATTGT T . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . CTATTCT . . . T . . . G
blockSeqs : . . . N TC N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . AATGTT . . . T . . .
blockSeqs : . . . A A T ACGATAAACTTAAACAAAATGTTCTTGC T . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . ATATTT . . . T . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . GGTTC . . . A . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . TTCA . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . TT . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . TT . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . TC . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . TG . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TATACTTAACGCCTTTAAAAA-----C--GCA----TGGGTNTTGTATCANATCTAGATA----AC-GNTA----AATTNAAA--CAA----AACGTTCNT-----------TA-----T-----------CTTGTTTTTCAATTTTATTCCAACAATTTCATCACTT-TAAA-ACAC--AAAT-T-T--AA-CAAATTAATTGCGGT------CG--------------A--C------A-------TA-TA--T---GAA---CCGATAAA---AA------TGATAGCAGATCTGGG-A--T--AA---A-A----A--T--------A----TATT------C---A------T-----C--------A---A-A---ACTT--GCGTT---TTTAAAGGCGTT--AAGTATATNTGACCA----ACAGG--ATACG---AAGTATT-A-ACGTTTACA-GACGCAGCCGCC----A--AGCATGACA-ACACGATCAATATATGGAAAAGTTGNAATTACTACAATGAGGAATACATGTACANACTTTCAGAAGAAATGA
finalCons : TATACTTAACGCCTTTAAAAA-----C--GCA----TGGGTNTTGTATCANATCTAGATA----AC-GNTA----AATTNAAA--CAA----AACGTTCNT-----------TA-----T-----------CTTGTTTTTCAATTTTATTCCAACAATTTCATCACTT-TAAA-ACAC--AAAT-T-T--AA-CAAATTAATTGCGGT------CG--------------A--C------A-------TA-TA--T---GAA---CCGATAAA---AA------TGATAGCAGATCTGGG-A--T--AA---A-A----A--T--------A----TATT------C---A------T-----C--------A---A-A---ACTT--GCGTT---TTTAAAGGCGTT--AAGTATATNTGACCA----ACAGG--ATACG---AAGTATT-A-ACGTTTACA-GACGCAGCCGCC----A--AGCATGACA-ACACGATCAATATATGGAAAAGTTGNAATTACTACAATGAGGAATACATGTACANACTTTCAGAAGAAATGA
Alignments
lowQualScore : 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 666666666666666666666 2222 444444444444 222222 2 11 5555555 1111 33333333 222222
lowQualScore : 77777 44 7777 1 33 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 2 2 1 22 1 1 22 3 444444 88888888888888 11 888888 9999999 4 33 222 222 1 222 444444 1 33 88 222 3 3333 33 99999999 5555 888888 333 666666666666666666666 777 4 555 4 22 333 33 1 999 1111 000000000000 7 333333 6 00 3 4444444 5555 0 1 55555555 1 999999
lowQualScore : ..... .. .... . .. . ....................................................................... . . . . .. . . .. . ...... .............. .. ...... ....... . .. ... ... . ... ...... . .. .. ... . .... .. ........ .... ...... ... ..................... ... . ... . .. ... .. . ... .... ............ . ...... . .. . ....... .... . . ........ . ......
lowQualScore : 77777 22 7777 0 00 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 3 1 8 22 5 5 00 0 111111 11111111111111 99 000000 5555555 0 22 333 333 9 333 000000 5 55 55 888 2 4444 88 44444444 2222 444444 333 000000000000000000000 444 2 888 2 99 777 11 0 888 2222 333333333333 3 777777 7 33 7 0000000 3333 7 0 55555555 0 555555
consensus : TATACTTAACGCCTTTAAAAA-----C--GCA----TGGGTNTTGTATCANATCTAGATA----AC-GNTA----AATTNAAA--CAA----AACGTTCNT-----------TA-----T-----------CTTGTTTTTCAATTTTATTCCAACAATTTCATCACTT-TAAA-ACAC--AAAT-T-T--AA-CAAATTAATTGCGGT------CG--------------A--C------A-------TA-TA--T---GAA---CCGATAAA---AA------TGATAGCAGATCTGGG-A--T--AA---A-A----A--T--------A----TATT------C---A------T-----C--------A---A-A---ACTT--GCGTT---TTTAAAGGCGTT--AAGTATATNTGACCA----ACAGG--ATACG---AAGTATT-A-ACGTTTACA-GACGCAGCCGCC----A--AGCATGACA-ACACGATCAATATATGGAAAAGTTGNAATTACTACAATGAGGAATACATGTACANACTTTCAGAAGAAATGA
Reference ( family-472 ) : TATACTTAACGCCTTTAAAAA-----C--GCA----TGGGTNTTGTATCANATCTAGATA----AC-GNTA----AATTNAAA--CAA----AACGTTCNT-----------TA-----T-----------CTTGTTTTTCAATTTTATTCCAACAATTTCATCACTT-TAAA-ACAC--AAAT-T-T--AA-CAAATTAATTGCGGT------CG--------------A--C------A-------TA-TA--T---GAA---CCGATAAA---AA------TGATAGCAGATCTGGG-A--T--AA---A-A----A--T--------A----TATT------C---A------T-----C--------A---A-A---ACTT--GCGTT---TTTAAAGGCGTT--AAGTATATNTGACCA----ACAGG--ATACG---AAGTATT-A-ACGTTTACA-GACGCAGCCGCC----A--AGCATGACA-ACACGATCAATATATGGAAAAGTTGNAATTACTACAATGAGGAATACATGTACANACTTTCAGAAGAAATGA
gi|1 : TATATTTAACGCCTTTAAACA-----C--GCN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNN-----------NN-----T-----------TTTGTTTTTCAATTTTATTTCAACAATTCCACCAATT-TAAA-ACAC--AAAT-T-T--AA-CAAATCAACTGAGGT------CG--------------A--C------A-------TA-TA--T---GAA---CCGATACA---AT------TGATAGCAGACCTGGG-T--T--AA---A-C----A--T--------A----TATT------C----------T-----C--------A---A-A---ACTT--GCGTT---ATTTATGGTGTT--AAGAATATGTGACCA----ACAGG--ATACG---AAGTATTCATACATTTACAGGACGCAGCGGCCAGAGA--AGCATG--A-ACACAATCAATATATGGAAAAGTTGAAATTATTACAATGAGGAATACATGTATAAAT------AAGAAATGA
gi|10 : TATACATAACGACTTTAAAAA-----C--
gi|10 : gaaa--AAAT-T-T--AT-CAAATTAATTGCGGTAAACAGCG--------------A--TTTTGTAA-------CA-CA--T---GAA---CTGATACA---AA------TTATGGCAGATCTGAG-A--TA-AA---A-A----A--T--------A----TATT------C---AATAT--T-----CA-------A---A-A---ACTC--A-------TTTAAAGTCACT--TAATATATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgtttttaaatttatcaaattaattgcggtaaacagcgattttgtaacacatgaactgatacaaattatggcagatctgagataaaaaatatattcaatattcaaaaactcatttaaagtcacttaatatatccattatatcaatgtgtt
gi|11 : gaaatatacataacgactttaaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttgttttt-T-T--AATCAAATTAAATGCAAT------CA--------------A--C------A-------AA-AA--TTTTGAA---CCAATGAA---AG------TGCTGGCAGATCTGAG-A--TC-AA---A-A----A--T--------A----TACT------CAATA------T-----T--------A---A-A---AAAA--AC-TT---TTTAAAGTTGTC--AAGTATACATccattatatcaatgtgtt
gi|12 : aaaatatatacttaatgtacacctttaaaatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatgtttttcaaTAACACCTTTAAAAA-----T--GCN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNN-----------NN-----NNNNNNNNNNNCCTTGTTTTTCTATTTTATTCCAACAATTTCATGACTC---AA-ACAC--AAAT-T-T--AA-TAAATT-----CGGC----------------------A--T------A-------TA-TA--T---GAA---TCGATAAA---AA------TGATAGCAGATCTGGG-A--T--AA---AGA----A--T--------A----TATTAGA---T---A------T-----TCA------A---A-A---ACTT--GTGTA---TTTA
gi|13 : aACTTAACGATTTTAAAAA-----C--GCN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNN-----------NN-----NNNNNNNNAAAACTTGTTTTT-AATTTTATACCAACAATTTCATCACTT-TGAACACAC--AAAT-T-T--AA-CAAATTAATTGCGAT------CG--------------A--C------A-------TATTA--T---GAT---CCGAAAGA---GATACATGTAATGGTAGATCTGCG-A--T--
gi|14 : ATACCTAACGACTTTAAAA---------GCA----TAAATATTGTATCAAATCTAGATA----AC-GATA----AACTTAAA--CAA----AATGTTC-T-----------TG-----C-----------CTTGCTTTTCACCTTTATCCCAACAATGCCGACACTT-TAAA-ACAC--ATAA-T-T--AA-CAAATCAATTGCGGT------TG--------------A--C------A-------TA-CG--T---GAA---CAGATGAA---AA------TAAAAGCAGATCGGAG-A--T---A---A-A----A--T--------A----TAca
gi|15 : TAGACTTAACGCCTTTAGAAA-----C--GTN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNCAATA-----T-----------CTTGTTTTTCAAGTT-ATACCAACAATTCCGTCATCT-TTAA-ACAT--AAAT-G-A--AA-CAAAATAATTGCGGT------CG--------------A--C------T-------TA-TA--T---GAA---CCGATGAA---AA------TGATAGCAGac
gi|16 : TT-TAAA-ACAC--AAAA-T-T--AA-CAAATTAATTGCAGC------CA--------------A--CA-----A-------TA-TA--T---GAA---CTGATATG---AA------TGATAATAGATCTGGG-G--GGAAA---A-A----A--T--------A----TAAT------T---AAATG--T-----T--------AAATA-A---ACAT--GCATT---TTTAAAGGTGTC--AAGGATA
gi|17 : AAA-AAAC--AAAT-T-T--TA-CAAATTAATTGTGGT------CG--------------A--T------A-------TA-TA--T---GAA---CGGAACAA---AA------TGATAGCAGATCTGAT-A--T--AA---A-AAAAGA--T--------A----TATT------C---A------A-----TATAAAAAAA---A-A---ACGT--GCGTT---TTTAAAGGCGGT--AAGTATAaagacatctagcttaaaagttgtttttttatatctcttttctgaaagcataaaatc
gi|18 : AAT-T-T--AA-CAAATTAATTGCTGT------TGTCAGCAATTTTATAA--C------A-------TA-TA--T---GAA---CTG-TGAA---AA------TGATAGCAGATCTGAG-A--T--gataaagaaatttaagataatgagttatgctgttgttcgctatattactcgtatt
gi|19 : aaatagatatacttagtgactttacaaacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttgtttttttttcTTTTCAATTTTATTCCTACAATTCCATCGCTT-TGAA---AC--AAAT-G-T--AA-CAAATTTATTGCGAT------CT--------------G--C------A-------TA-TA--T---GAATCTCCAATAAA---A
gi|2 : aatatacttaaagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattccTACTTGACGTATTTTTAAA-----C--GCAAGTATGGGTTTTGTA-AAAATCTAGATATG--ATTGATA----AATCAAGG--CAA----ACTGT--AT-----------TG-----T-----------TTTGTCTTT-AATTTTATTCTTACAATTGTATCACTT-TAAA-ACAA--AAAT-A-T--AA-GAAATCAATTTAGGT------CA--------------A--C------A-------TA-TA--T---AAA---CCGATAAA---AA------CGATAGCAGATCTGAG-A--TG-AA---A-A----A--T--------G----TATA------C---A------TTATTCC--------A---ACA---ACTT--GGGAT---TTTAAAGGCGTT--GAGTATATTT---CA----ACA------------AAGTA-T-A-----TTACA-GA---AGGTGCC----ACTAGTTTGATATATATGATTAATATATcacacttaagg
gi|20 : -ACACCAAGAC-T-G--AA-CAAATTAATTGCGGT------CG--------------A--CATAA--A-------TA-TA--T---AAA---TCGGTAGA---AA------TGATATCAAATCTGGGTATCT--AATGTA-T----A--TA-------A----TATT------C---A---------------------A---A-A---ACGT--GCATT---TTTAAAGGCATTAAAAGTAAATATTGCCA----ACtataggtatacttaaatttcaatttaaggactgcttaatataaataacaa
gi|21 : acATCTCATTACTT-TAAA-ACAA--AAAA-AAT--AA-CAAATTAATTAATTT------TG--------------AAAC------A-------TA-TA--T---GAA---TCGATGAATGTAA------TAACAGTAGATCTGGA-AA-T--AA---A-A----AATT--------AA---TATT------C---A---------------------A---A-A---GTTT--GCGTT---TTTAAAGACGAT--CAGTATAtgatgagaaatcctgtcgcaatattggttgtaattgtt
gi|22 : tTT-TAAA-GTA---AAATGT-T--AAATATATTAGTTGTGGT------CG--------------A--C------A-------TA-CA--T---AAA---CCGGT-AA---AA------TTATAGCAGCTCTGGG-A--T---A---A-A----A--C--------A----TATT------C---ACTAT--T-----CT-------A---A-A---ACTT--GCGTC---TTTAGATGTGTT--AAGTAAATATgttaccgtgtaaaatata
gi|23 : AAA-AGAT--CACT-T-C--AA-TAAATCATTTGTGGT------CG--------------A--C------A-------TAATA--T---GTA---CCGATTGA---AA------TGATAGCAGATCTGTG-A--TTAAA---A-G----A--T--------A----TATta
gi|24 : tgatttttggtattttttttaaacaaaaaaa--AAAT-G-T--AG-AAAATTAA--GCTGT------TG--------------A--T------A-------TA-CAA-T---AAA---CCGATAAA---CA------TGATATCAGATCTGGT-A--T--AG---A-A----G--T--------A----TATC------G---AATAT--T-----CAA------A---A-A---ACTT--GCG-T---TTTAAAGACGTT--CAGTAatat
gi|25 : caTTCAATTTAATTCTAACATTTTCATCCCTT-TAAA-TCAT--AAAT-T-TTAAA-AAAAATAATTGCGGC------CG--------------A--C------ATACTTC-TA-TA--T---GAA---CCGCAAAA---AA------T-------GATCTACG-A--T--AA---A-A----A--
gi|26 : -ACGTTAACACGACACAGCCACC---------CATAACA-GCACAATCATTATATGGAAAAGTTGTAATTACTAT--T-----ATACATGTACATACTTTCAGAAGAAATGA
gi|27 : --------------A--T------A-------TA-TA--T---GAA---CCGATAAA---AA------TGATAGCATATCTTGA-A--T--AA---A-A----C--T--------A----TAAT------C---A------T-----T--------ATTCA-A---AC-------TT---TTTAAAGGCGTT--AACTATACCTca
gi|28 : -TAAA-ACAC--ATAT-T-T--AA-CAAATTTATTGCGGT------CA--------------A--T------A-------TA-TG--T---GAA---CGGACACA---AA------TGTTAGCAGATCTGGG-A--C--AA---A-A----A--C--------A----CGTT------tggtagac
gi|29 : TTCATCTCTT-TGAA-ACAC--AAAT-T-T--AA-CACATTTATTGCGGT------CG--------------A--T------A-------TA-TA--T---TAA---CCGATAGA---AA------TTACAGCAGATtttaaa
gi|3 : gcTATACTTAATGCCTTTAAAAA-----C--ACatatta
gi|3 : TTTTCAATTTTATTCCAA-AATC-CATCACTT-CAAA-ACAC--AATT-T-T--AA-CAACTTAATTGCAGG------TG--------------A--C------A-------TA-CA--T---GAA---CTGATAAC---AA------TAATAACAGACTTGGG-A--T--AA---A-A----A--C--------A----TATT------C---A------A-----CATTACA--A---A-A---ACAT--GCGCT---TTTAAAGGCATT--AAGTATATCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgacctggattttcaattttattccaaaatccatcacttcaaaacacaattttaacaacttaattgcaggtgacatacatgaactgataacaataataacagacttgggataaaaacatattcaacattacaaaaacatgcgcttttaaaggcattaagtatatcttaattttataaaactttttttttatcaatttcctttttagttagaatc
gi|30 : tatacttaatgcctttaaaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgacctggaCAC--AAAT-T-A--AA-CAAATCAATTGCGTT------TG--------------A--C------A-------TATTATTT---GAA---CCGAT-AA---AA------CGATGGCAGATCAGGG-T--T--AA---A-A----A--T--------A----AATT------C---taattttataaaactttttttttatcaatttcctttttagttagaatc
gi|31 : ------A-------TA-TA--T---GAA---CTGATTAA---AA------TGATAGCAGATCTGGA-A--T---A---A-A----A--T--------ATTACTATT------C---A------
gi|4 : aaataattttgtattATACATAACGCCTTAAGAAA-----T--GAN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNN-----------NNNNNCCT-----------TTTGTTTTTCAATCTTATTCCAAC-----------------A-ACAA--AAGT-T-T--CA-CAAATT-ATTACGGT------CG--------------A--A------AT------TA-TA--T---GAA---TCGTTGAA---CA------TGACAGCAGATCTGGG-A--T--AA---A-A----A--TG-------A----TATT------T---AATAT--T-----T--------A---A-AAATATTTTAACGTT---TTTAACGACGTT--AAGCATATat
gi|5 : TACACTTAACAGAGTTAAAAA-----C--GCN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNTT-----------TA-----TTCC--------CTTGTTTTT----TTTAT-----------CAT-A-TT-TAAA-GCAC--AAAT-T-T--AA-CAAATTAATTGCGGT------CG--------------A--C------A-------CC-TA--T---TAA---CCGATAAA---AA------TGATAGCAGCTATTGG-A--T--AA---A-A----AG-T--------A----TATT------C---AATATTCC-----C--------A---A-A----------CGTT---TTTAAAGGCATT--ATGTATATTTGATAACGTTACAGGTAATACGGTTAAATATT-A-tacatagagaaaatgactttaaagtagtaattgttgtgtcgtttctatgactttttattcaatttta
gi|6 : aaataACACTTACTGCCTTTAAAA------C--GCN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNN-----------NN-----N-----------NNNNNNT--CAACTGTTTTCAAACAATTTCATCACTT-AAAA-ACAT--ATAT-T-T--AA-CAAATTAATTGTGGC------CA--------------A--C------ATAACAGTTA-TG--T---GAA---CCGATAAA---AA------TTATAGCAGATCTGGA-A--A--AA---ATA----A--A--------A----TAAT------C---AGGT---T-----C--------A---ATA---ACTT--GGGTTTTCTTTATAAGCATC--AAgttgtt
gi|7 : acaatacCTTTAAAAA-----C--GCN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-NNNN----NNNNNNNN--NNN----NNNNNNNNN-----------NN-----NNNNNNC-----CTTGTTTTTCAATTTTATTCCAATACTTTCATAACTT-TAAA-GTAC--AAGT-T-T--AG-CAAATTAATTGCGGT------CG--------------A--C------A-------TA-TA--T---G-A---CAGAT-AA---AA------TGATAGAAGATTTTGT-A--T--GA---A-A----A--T--------A----TATCAATATAT---A------T-----C--------A---A-A---ACTA--TCCTT---GTTAAAGCCTTT--CACTATATGTtgaata
gi|8 : ttatctcaaatataT------TG--------------A--A------A-------CA-TA--T---GAA---TCAATAAA---AA------GGGTAGCAGATATTGG-A--T--CA---A-A----A--T--------A----CATT------C---ACTATATT-----CA-------A---A-A---ACAT--GTGTT---TTTACAGTCATT--AAGTATAtat
gi|9 : tatacttaacaactttaaatatgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcttgaatcttacaaatacctgcgattggacaacgattTATATTGACCGCCTTTAAAAAAATCACTAGCA----TGGGCATTGTATCATATCTAGATACATTAT-GTTACATTAATTGAAAACCAAGGCCAACATTTCT-----------TA-----C-----------CTTATTTTTCAATTTTATTCCAAGAGTTTCATCAATTCTAAA-A-------------------AAAT--ATTGCGAT------CG--------------A--T------A-------TA-TA--T---GAA---CCATTGGA---AA------TGATAGCAGATTCGGG-A--T--AC---C-A----A--TTATATTCAA----TATT------C---A------T-----G--------A---A-AG--AAAT--GTGTT---CATAAAGACGTT--gatcatactgtgtgttttttacagatgaca