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lowQualScore : . . . .. ...... .... . ... .... ......... . . .. .. .. . .. . ...... ......... ... .. . . . ............................. .. ..... ....... .. . . ....... ... ... ... . .. .. . .
lowQualScore : 0 9 7 99 999999 8888 0 777 5555 222222222 1 2 11 11 77 3 11 0 888888 444444444 111 11 4 4 2 77777777777777777777777777777 77 99999 6666666 88 3 7 2222222 444 222 000 7 88 22 1 4
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Reference ( gi|11 ) : CCGCCTTGCATGCG-GAAGGTTGTGGGTTCAATCCCC-GGCTGGGTCATACCAAAGACTTTA--AAAATGGT-AC---TAGAAG----CTTCCTAG--GACATTTGACG-CT--CAGC--ATTTAGAGGGGAGTTCTAGGTCTGGTC-AGCCCGGTGTCA-GTA------TAATGTGACTG---------GG--TGG--GGTATCATAC-C-ATGTG-TCTGCGGCA--------------T------C-------CAGTGTGATA-----GCGCT--TC---GAATAC-TGTCTCAAGTAGACACCGTCGC-G--A----TATGACT-GAAAAATTGTTGA---AAGCGAT-GCTA--AAC-ACCGTACAAC
gi|8 : CCGGCTCGTATGCG-GAAGGTCGTGGGTTTAATCCCC-AGCCGGGTCATACCAAAGACTTTA--AAAATGGT-AC---TAGAAG----CTTCCT------CGCTTGACG-CT--CAGA--ATTTAGAGGAGAGTTCTAGGTCTGGTC-GGCCCGGTGTCA-GTA------TAATGTGACTG---------GT--TGG--GGTATCATAC-C-ATGTG-TCTGCGGCATGATAC--------T------C-------CAGTGTGACA-----GCACT--TA---GAATAC-TGTCTCAAGTAGACACCATCGC-G--A----TATGACT-G-AAAATTGTTGATCTAAACAAT---TA--AAC-CCTATA
gi|9 : gtagagcatCCACCTCACATGTG-GAAGGTTGTGGGTTTGATCCTC-GGCCAAATCATGCCAAAGACTTGA--AAAATGGT-AC---TGGAAG----TTTCCT------CACTTGGCG-TT--TAAC--ATTTAGAGGATATTTCTAGGTCTGGTC-AGCTCGGTGTCA-GTA------TACTAT--------------AG--T-----------TAC-C-ATGTG-TCTATGGCATGATAC--------T------C-------CAGTGTGGTA-----GGGCTTATA---GAATAC-TGTCTGTAGTAGACACTGTTAT-G--A----TTTAACT-GAAAAATATTTGA---AAGCGAT-GCTG--AAC-ACa
gi|12 : aagtggttgaagtaggggtagagtgtCTGCCTCACATACG-GAAGGTTGTGGGTTTCCTTCCC-TGCTGGGTCATATGAAAGACTT-G--AAAATGGT-AC---TAGAAG----CGTCCT------CGCTTGATG-CT--AAGC--ATTTAGAGGGTAATTCTAGGTCTGGTT-GGTACGGTGTCG-GTA------TAATGTGACTT---------GA--TGG--GGTATCACAC-C-ATGTG-TCTGCAGCA--------------TGATA--CTA-----CAGTGTGGCA-----GCACT--CA---GAATAC-TGCCTCAAGTAAACACCG--GT-G-------------------------TAA---AAACAAC-ACTA--AAC-ACTGTACAAC
gi|5 : gtgtCCACCTTGCATGCG-GAAGGTCGTGGATTTGATCCCC-AG-TCGGTCATAT-GAAGACTTGA--AAAATGAT-AC---TAGAAG----CTTTCTAG------CTTGGCG-TT--CAGC--ATTTAAAGAT-ATTTCTAAG-ATGGTC-AGCCCGTTGTCA-ATA------TAGTGTAACTG---------GA--CGG--GATGTTATAC-CCATGTA-TCTGCAGCA--------------T--------------------GATACTCCAGCACT--CA---GAATAC-GGCCTCAAGGAAACACCATCGT-G--A----TATGACT-GAAAAGTTGaaca
gi|7 : tgttcattataaccctgaatatcttcagtgacttcttaacgcagcaatggtctggggtagagcgtCTGTCTCACATGCA-GAACGTTGTGGGTTCGATCCCC-GACCAGGTCATACCAAAGACTTGA--ACAATGAT-TC---TTGAAA----CTTCAT------CGCTAGGCG-CT--TAGC--ATTAAGAGGATAGTTCTAGGTCTGGCT-GTCCAGGTGTGA-GTA------TAATATATCTA---------TC--TGC--GGCATGATATAC-A---G-TATAC------------------T------T-------CAGTGTGGTA-----GCGCT--TG---GAGTAC-TGTCCCAAATAGACACCGTCAT-G--T----TATGATT-GAAAAATGGTTGA---AAACGACAGCGA--AACAATCAAACAAC
gi|1 : ggtggtttaagggtagattgtCCGCATCGCGTGCCCGAAGGTCTCGGGTTC-------------GGTCATACCAATGACT----------GGT-TC---GAGAAG----TTTCCT------CGCTTGGCG-CT--TATC--ATTTAGAGGATCGTTCTAGGTCTGGTC-TGCCTGTTGTCA-GTT------TAATGTTACTG---------GG--TGG--GATACCACAC-T-ATGTG-TCTGCGGCA--------------TGATACCC-------CATTGTGGCA-----GCGCC--CA---GAATACTTTTTTCAAGTACACACTGCCGC-G--A----TATAGCT-TAAAGATTGTTAA---AAGCGAC-GCTA--AAC-TTCACACAAa
gi|2 : cactattcagttgtcaaaataacacatctacgaaaaataagtcttcatttcaaatgtgtataatcgcagcagtggtctaatggcaatgcgtCCGCCTTGCATGCG-GAATGTCGTGGGTT--A--------------CATACCAAAGAATTGA--ATTTTTTT-TC---TAAAAG----CT---------ACAT----CG-CT--CAGC--ATTAAGAGAATAATTCTAGGTTTGGTC-GGCCCGTTGTCA-GTA------TAATGTGGCTA---------GT--TGG--AGTTTCATAC-C-ATGTG-CTTGCGGCATGATAC--------T------T-------CAGTGTGGCA-----GAGCT--CA---GAATAC-TATCTCAAGTAGAAAACATCGC-A--A----TAAGATT-TAGAAACTGATGA---ATGTGAC-GTTA--AAC-GCCACACAGCacaacc
gi|4 : accagtaattatcattaaatgcacacataatacaataacatctggataatgttttaaacagttcagctctagtggtagagcatCCGCCTCACATGTG-GAAGGTAGTTAGTTTGATCCAA-AGCTGACTCCTTTCAAAAGCTTGA--AAAATGGT-AC-----GA-----------TAG------TTTGGCA-TA--CAGCATATTTAAAGGATATTTTTAAGACTGGTT-GGTCTGGAGTT---TA------TAATGTGATTG---------GG---GGTAGGTATCATAC-C-ATATA-TGTTTGACATTTTCTGATTATGCT------C-------CAGTGTGGTA-----GTACT--T
gi|16 : taaatgccaaatcagatatcacattcatgaaccattataaatttgtaactattggtattttaaatggtggtctaatggtagcatttCCGCTTCATATGCT-GGAGGACACGGGTTTGATTTTC-GGCGAGGCCATATCAAATATTTTA--GAAATTGTGAT---TAAAAG----CTTTCT---------TT-----CT--CAGC--ATTTAGaaaagtatgttttttatcattgaggtattgaaagtgaaaaca
gi|3 : taacactgatatagaatatgcgtgtCACCTGGCATGCG-AAAGAAAGTGGGTTCGATCCTC-TGCCGGGTCATACCA--GTCTT-G--AAAATGGT-AC---TAGAAG----CTTCC------ACGCTTGGCA-CT--CAGC--ATT--GAGAGAAGTTCAAGGTCTGGTT-GGGCCAGTGTCA-GTA------TATTGTGACTA---------GG--TAG--GGTAGCATTC-C-ATGCA-TTTGCGGCAGGATAT--------T------C-------CAGTGTGGCC-----GCGCT--TA---GAATAC-TATCTCACACAGATGCCATTAT-G--------ATGACT-GATAAATTGTTTA---AAGCTGT-GCTA--AAC-AGCATGCAACgattatatttctaaaa
gi|10 : attcagtaaacggtgagattattttcaatctaccgaataccgcagtgatgatctagtggcactGCCTCGCATGCG-GAAGGTGATGGGTTCGATCCCA-GGCCGGGTCATACCAAAGACTCTA--AAAATCGT-AT---TAGAAA----CATCCC------CGCTTGACG-TT--CAGC--ATATAGAGGAAAGTTCTAGGTCTGGTC-GGCCCAGTGTCA-GTA------TAATGTGACTG---------GG--CTG--GGTATCATAC-C-TTGTG-TCTGCGGCATGATAC--------T------C-------CAGTGTGACA-----GCACT--CA---GAATAC-TGTCTCAAGTTGACATCATCGC-A--C----TATGACTGGAAAAATT-TTGA---AAGCAAC-GCTT--AAC-ACCATACAACaa
gi|27 : GCCCTGCATGCG-GAAGCTGACTGGTTCAACCACC-GGCC---TCCT-TCAATGATTCTAACAAAATaaca
gi|23 : gaaTGTA-GAAAGTTGTGGACTTGATCCCG-TGATGGGTCGTCTTGAAGACT------AAATGAT-c
gi|13 : taaaatgtttgccttttcatgtactCG-GA-GGTTCTATGTTCGATCTCC-A-CTCGGTTGTTCCACCGA----A--GAAA--GT-AT---TTG--------TTGCTAG--G---TGTAATG-------G---ATTTAATGGATAGCTCTAGAACTTTTT-GACCCGGTGATA-GTA------TAATTTGACTAAATCGACTAGG--TGA--CGTATCATAC---ATTTAATTTGTTATA------------------------------AAT-TAATA-------------------ATAC-TGCTACAAGCAGACACTGTTGT-GTTAGTGTTATGGCC-GAAAAATTGTTGA---AAACGA
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gi|19 : gtctctcatatgttGGGTTTAATTCCCAGGCCAGGTCATACCAAAGACTT----AAAATGGT-AC---TAGAAG----CTTCAT------CGCTTATCG-CT--CAGC--ATTTAGGTGATAGATCTAGGTCTGGTC-GGCCCAGTGTCA-GTA------TAATGTGACTga
gi|6 : GTTTGATTGCC-AGATGGGTCATACCAAAGACTTGA--AAAACGGT-TA---TAGAAG----TTTCTT------CGCTTGGCG-CT--CAGA--ATTAAGAGGATAGTTCTAGGTCTGGTC------TGTGTCA-GTA------TAATG---------------------G--GATA---------ACGTC-TCTGCGGCACCAGGTAC------T------C-------CAGTGTGGCA-----GCGCT--CCTTTGAATAC-TGTTTCATGTAGAGAC
gi|29 : ggatgataatctagaattaattcataatggcctcatcattgcacaccacagcattgtttagtgatggagcatccacctcttatccgctggtcagttTCCCC-ATTCAGGCCTTACCAAAGACTT----AAAATGTT-AC---TAAAAG----Ctttgatttaaaaaaaaaaa
gi|20 : ttattTCAAACTGAACATTTTA--AAAGCGGT-ACATCTAGC-G----CTTCCT--------TTCAGCG-GGAACAGC--ATTTTTAGGGTAGT--TAAGTCTTACC-AGTCTAGTTTAA-GTA------TTATGTGA
gi|33 : GGT-AC---TAGAAG----CTTTCT------CGCTTGATGTCT--CAG
gi|15 : T-AC---TCAAAC----CTTTCT------CGCTTGGCG-AT--CAAC--ATTTAGAGGATA-TT-----TCTGGTC-ATCCCGGTGTCACCTAATGACGTCATGCGACTG---------GC--CGA--GGTATTATAA-C-ATG--------------------------T------T-------CAG-------------------------AATAT-ATTCTAAAGTCAACATCGTCGT-G--A----TAT-ACC-----ATTTTTTGA---AAGCGAC-GTTAGCAAC-Aga
gi|25 : C--ATTTAATAGATAGTTCTTAAACTTGTT-GGTCCGATGATA-GTA------AACTATGACTG---------GG--TGG--GGTATCATAC-A-AAGTG-actac
gi|21 : AGTTTTAGACTAGGTC-CGCTCAATGCCA-GTT------TAATGTGGCTG---------G
gi|32 : GCCCAGTGTCA-GTA------TAATGTGACTG---------GG--TGA--GGTATacagcccttcttgccttgacctccctggaatctgtagcaagatattccagtgcaggac
gi|17 : -GTA-------AATATAAGTT---------GG--CGG--GATATCATAC-C-ATGCG-TCTGCGGCA--------------TGATA--CTCCAATGCAATGTGGCA-----GTGCT--TA---GAATAT--------------CATCGCTTC-G--A----TATAACT-GGAAAA---TTAA---AA------GCTA--AAC-ACCATATAACg
gi|18 : AATATAAGTT---------GG--CGG--GATATCATAC-C-ATGCG-TCTGCGGCA--------------TGATA--CTCCAATGCAATGTGGCA-----GTGCT--TA---GAATAT--------------CATCGCTTC-G--A----TATAACT-GGAAAA---TTAA---AA------GCTA--AAC-ACCATATAACaacataa
gi|30 : aTG-TTTGCGACA--------------A------C-------TAGTGTGGCA-----TTACT--TT---AAATAC-TGTCTCAAGTGGaacataa
gi|22 : A-----GCATT--TA---GAATAC-TGTCTCAAGCAGACGCTGT-GCAG--A----TATGACT----AAAGTGTTGA---AAGCGAC-GCTT--TAC-ACTATGCAAC
gi|28 : cTTTCAAGAATAC---GTCAT-T--A----TATGACT-GAACAATTTTTAA---AAGCGAT-GCT---AAC-ACa
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): ACAGTGATCATTGAGTGGAAGATCGTCTGCTACACTGTAGGCAACGGATTCGATCCCCGACCAGTTCATGACAAAAA
Unaligned ( gi|26 ): GTTACTGGTTGAAGTATCACATTATGTGTTGTGTGACACTCCAGAGAGACTGCATTAAAAGCACAGTC
Unaligned ( gi|31 ): AAAATGGTTCTTAAAGCTTCTTCGCTTGCGGCTTAAAATTTAAAG
Alignments
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Reference ( family-375 ) : CCGCCTCGCATGCG-GAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGG--GTCATACCAAAGACT-T-A-AA-AATGGT-A-C---TAGAAGC-TTCCT----CGCTTGGCG-CT--CA-GC--ATT-----TA-GAGGATAGTTCTAGGTCTGGTCGGCCC-GGTGTCA-GTA------TAATGTGACTG----GG--CGG--GGTATCATA-C-CATGTGTCTGCGGCA--------------T------C-------CAGTGTGGCAGCG---CT--TAG-AATAC-TGTCTCAAGTAGACACCGTCGC-G--A----TATGACT-GAAAAATTGTTGA---AAGCGAC-GCTA--AAC-ACCATACAAC
gi|1 : CCGCATCGCGTGCCCGAAGGTCTCGGGTTCG---------------GTCATACCAATGACT-----------GGT-T-C---GAGAAGT-TTCCT----CGCTTGGCG-CT--TA-TC--ATT-----TA-GAGGATCGTTCTAGGTCTGGTCTGCCT-GTTGTCA-GTT------TAATGTTACTG----GG--TGG--GATACCACA-C-TATGTGTCTGCGGCA--------------TGATACCC-------CATTGTGGCAGCG---CC--CAG-AATACTTTTTTCAAGTACACACTGCCGC-G--A----TATAGCT-TAAAGATTGTTAA---AAGCGAC-GCTA--AAC-TTCACACAA
gi|10 : cactattcagttgtcaaaataacacatctacgaaaaataagtcttcatttcaaatgtgtataatcgcagcagtggtctaatggcaatgcgtGCCTCGCATGCG-GAAGGTGATGGGTTCGATCCCA-GGCCGG--GTCATACCAAAGACTCT-A-AA-AATCGT-A-T---TAGAAAC-ATCCC----CGCTTGACG-TT--CA-GC--ATA-----TA-GAGGAAAGTTCTAGGTCTGGTCGGCCC-AGTGTCA-GTA------TAATGTGACTG----GG--CTG--GGTATCATA-C-CTTGTGTCTGCGGCATGATAC--------T------C-------CAGTGTGACAGCA---CT--CAG-AATAC-TGTCTCAAGTTGACATCATCGC-A--C----TATGACTGGAAAAATT-TTGA---AAGCAAC-GCTT--AAC-ACCATACAACacaacc
gi|11 : CCGCCTTGCATGCG-GAAGGTTGTGGGTTCAATCCCC-GGCTGG--GTCATACCAAAGACT-TTA-AA-AATGGT-A-C---TAGAAGC-TTCCTAGGACATTTGACG-CT--CA-GC--ATT-----TA-GAGGGGAGTTCTAGGTCTGGTCAGCCC-GGTGTCA-GTA------TAATGTGACTG----GG--TGG--GGTATCATA-C-CATGTGTCTGCGGCA--------------T------C-------CAGTGTGATAGCG---CT--TCG-AATAC-TGTCTCAAGTAGACACCGTCGC-G--A----TATGACT-GAAAAATTGTTGA---AAGCGAT-GCTA--AAC-ACCGTACAACaaca
gi|12 : CTGCCTCACATACG-GAAGGTTGTGGGTTTCCTTCCC-TGCTGG--GTCATATGAAAGACT-T-G-AA-AATGGT-A-C---TAGAAGC-GTCCT----CGCTTGATG-CT--AA-GC--ATT-----TA-GAGGGTAATTCTAGGTCTGGTTGGTAC-GGTGTCG-GTA------TAATGTGACTT----GA--TGG--GGTATCACA-C-CATGTGTCTGCAGCA--------------TGATA--CTA-----CAGTGTGGCAGCA---CT--CAG-AATAC-TGCCTCAAGTAAACACCG--GT-G-------------------------TAA---AAACAAC-ACTA--AAC-ACTGTACAAC
gi|13 : gtgtCG-GAGGTTC-TATGTTCGATCTCC-ACTCGGTTGTTCCACCGAAGA----------AA--GT-A-------------TTTGT----TGCTAGGTG--T--AATGG--ATT-----TA-ATGGATAGCTCTAGAACTTTTTGACCC-GGTGATA-GTA------TAATTTGACTAAATCGA--CTA--GGTGACGTA-T-CATA---------CA--------------T------T-------TAATTTGTTATAA---AT--TAATAATAC-TGCTACAAGCAGACACTGTTGT-GTTAGTGTTATGGCC-GAAAAATTGTTGA---AAACGAaaca
gi|14 : aaGTCTCTCATATG-TTAGGTTATGGGTTCAAGTCTC-GGTTGA--GTT---TCAAAGACT-T-ACAA-AATAGT-G-G---CAGTTGTGTTCTTTC--CGGTCAACA-TT--CG-TC--ATTAAAAATA-AAGGGTAGTTA-AGGACTGGTTGACCCCGGCAT-A-GTA------TCATGTGATAG----GGGTCAG--GGTAATATG-C-CATGTGTCTGCAGTA--------------T------
gi|15 : T-A-C---TCAAACC-TTTCT----CGCTTGGCG-AT--CA-AC--ATT-----TA-GAGGATA-TT-----TCTGGTCATCCC-GGTGTCACCTAATGACGTCATGCGACTG----GC--CGA--GGTATTATA-A-CATGT--------------------------------------------------------T--CAG-AATAT-ATTCTAAAGTCAACATCGTCGT-G--A----TAT-ACC-----ATTTTTTGA---AAGCGAC-GTTAGCAAC-ga
gi|16 : CCGCTTCATATGCT-GGAGGACACGGGTTTGATTTTC-GGCGAG--GCCATATCAAATATT-TTA-GA-AATTGTGA-T---TAAAAGC-TTTCT-------TT-----CT--CA-GC--ATT-----TAGGATTATATTTCTAactac
gi|17 : taacactgatatagaatatgcgtgt-GTA-------AATATAAGTT----GG--CGG--GATATCATA-C-CATGCGTCTGCGGCA--------------TGATA--CTCCAATGCAATGTGGCAGTG---CT--TAG-AATAT--------------CATCGCTTC-G--A----TATAACT-GGAAAA---TTAA---AA------GCTA--AAC-ACCATATAACaaa
gi|18 : AATATAAGTT----GG--CGG--GATATCATA-C-CATGCGTCTGCGGCA--------------TGATA--CTCCAATGCAATGTGGCAGTG---CT--TAG-AATAT--------------CATCGCTTC-G--A----TATAACT-GGAAAA---TTAA---AA------GCTA--AAC-ACCATATAACaacataa
gi|19 : aGGGTTTAATTCCCAGGCCAG--GTCATACCAAAGACT-T-A-AA-A-TGGT-A-C---TAGAAGC-TTCAT----CGCTTATCG-CT--CA-GC--ATT-----TA-GGTGATAGATCTAGGTCTGGTCGGCCC-AGTGTCA-GTA------TAATGTGACTaacataa
gi|2 : CCGCCTTGCATGCG-GAATGTCGTGGGTT--A----------------CATACCAAAGAAT-T-G-AA-TTTTTT-TTC---TAAAAGC-TACAT----CGCT----------CA-GC--ATT-----AA-GAGAATAATTCTAGGTTTGGTCGGCCC-GTTGTCA-GTA------TAATGTGGCTA----GT--TGG--AGTTTCATA-C-CATGTGCTTGCGGCATGATAC--------T------T-------CAGTGTGGCAGAG---CT--CAG-AATAC-TATCTCAAGTAGAAAACATCGC-A--A----TAAGATT-TAGAAACTGATGA---ATGTGAC-GTTA--AAC-GCCACACAGC
gi|20 : accagtaattatcattaaatgcacacataatacaataacatctggataatgttttaaacagttcagctctagtggtagagcatT-T-A-AA-AGCGGT-A-CATCTAGC-GC-TTCCT----T--TCAGCG-GGAACA-GC--ATT-----TT-TAGGGTAGT--TAAGTCTTACCAGTCT-AGTTTAA-GTA------TTATGTGA
gi|21 : tcaaactgaacattAGTTTTAGACTAGGTCCGCTC-AATGCCA-GTT------TAATGTGGCTG----GA--CAG--
gi|22 : CAGCA---TT--TAG-AATAC-TGTCTCAAGCAGACGCTGT-GCAG--A----TATGACT----AAAGTGTTGA---AAGCGAC-GCTT--TAC-ACTATGCAACcccttcttgccttgacctccctggaatctgtagcaagatattccagtgcaggac
gi|24 : GGATTCGATCCCC-GACCAG--TTCATGACAAAAAa
gi|25 : acagtgatcattgagtggaagatcgtctgctacactgtaggcaacC--ATT-----TA-ATAGATAGTTCTTAAACTTGTTGGTCC-GATGATA-GTA------AACTATGACTG----GG--TGG--GGTATCATA-C-AAAGTG
gi|27 : GCCCTGCATGCG-GAAGCTGACTGGTTCAACCACC-GGCC
gi|28 : gaaTTTCAAGAATAC---GTCAT-T--A----TATGACT-GAACAATTTTTAA---AAGCGAT-GCT---AAC-ACtccttcaatgattctaacaaaatc
gi|29 : TCCCC-ATTCAG--GCCTTACCAAAGACT-T---AA-AATGTT-A-C---TAAAAGC-
gi|3 : ttattCACCTGGCATGCG-AAAGAAAGTGGGTTCGATCCTC-TGCCGG--GTCATACCA--GTCT-T-G-AA-AATGGT-A-C---TAGAAGC-TTCCA----CGCTTGGCA-CT--CA-GC--ATT-----GA-GAGAA--GTTCAAGGTCTGGTTGGGCC-AGTGTCA-GTA------TATTGTGACTA----GG--TAG--GGTAGCATT-C-CATGCATTTGCGGCAGGATAT--------T------C-------CAGTGTGGCCGCG---CT--TAG-AATAC-TATCTCACACAGATGCCATTAT-G--------ATGACT-GATAAATTGTTTA---AAGCTGT-GCTA--AAC-AGCATGCAAC
gi|30 : attcagtaaacggtgagattattttcaatctaccgaataccgcagtgatgatctagtggcactTGTTTGCGACA--------------A------C-------TAGTGTGGCATTA---CT--TTA-AATAC-TGTCTCAAGTGGaa
gi|31 : -AA-AATGGT-T-C---TTAAAGC-TTCTT----CGCTTGCGG-CT--TA-AA--ATT-----TA-AAG
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|26 ): GTTACTGGTTGAAGTATCACATTATGTGTTGTGTGACACTCCAGAGAGACTGCATTAAAAGCACAGTC
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gi|18 : AATATAAGTT----GG--CGG--GATATCATA-C-CATGCGTCTGCGGCA--------------TGATA--CTCCAATGCAATGTGGCAGTG---CT--TAG-AATAT--------------CATCGCTTC-G--A----TATAACT-GGAAAA---TTAA---AA------GCTA--AAC-ACCATATAACaacataa
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gi|3 : ttattCACCTGGCATGCG-AAAGAAAGTGGGTTCGATCCTC-TGCCGG--GTCATACCA--GTCTTGAAAA-TGGT-AC---TAGAAGC-TTCCA----CGCTTGGCA-CT--CA-GC--ATT-----GA-GAGAA--GTTCAAGGTCTGGTTGGGCC-AGTGTCA-GTA------TATTGTGACTA----GG--TAG--GGTAGCATT-C-CATGCATTTGCGGCAGGATAT--------T------C-------CAGTGTGGCCGCG---CT--TAG-AATAC-TATCTCACACAGATGCCATTAT-G--------ATGACT-GATAAATTGTTTA---AAGCTGT-GCTA--AAC-AGCATGCAAC
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gi|9 : gtagagcatCCACCTCACATGTG-GAAGGTTGTGGGTTTGATCCTC-GGCCAA--ATCATGCCAAAGACTTGAAAAATGGT-AC---TGGAAGT-TTCCT----CACTTGGCG-TT--TA-AC--ATT-----TA-GAGGATATTTCTAGGTCTGGTCAGCTC-GGTGTCA-GTA------TACTAT------------------AGT----TA-C-CATGTGTCTATGGCATGATAC--------T------C-------CAGTGTGGTAGGG---CTTATAG-AATAC-TGTCTGTAGTAGACACTGTTAT-G--A----TTTAACT-GAAAAATATTTGA---AAGCGAT-GCTG--AAC-ACa
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