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lowQualScore                  :                                                                    5   888    444       9999999999999999999999999999999999  2   00 55   444    2 88    77777 44 99999   666   5       4  0 00 0000   8   99999999999999999999 7         
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Reference ( gi|7 )            :                                                              GTGTCTTGTA---CTGG--GTAACCAC--ATGGCGG----ATA--TCA--GGAAC---TT-TGGTTA--G--GTGC--ACTGGC-TGCCG-----T-CA-T---ATA---ACT-GAAATAC-TG-T--T--A-AAAGAAATGTGTAGAA---A--C-T--A-TACAAACAAG
gi|1                          :                                                              GTGTCAAGTA---CTTG--TCAACCAC--CTAGTGG----AAC--CCA--GAAACAA-TCATGATTA--G--GTGC--AAAACC-T--CG-----T-TA-A---ATA---ACT-GAAATAG-TG-T--T--G-AAATAA
gi|5                          :                           aaactaatttgagatggtttgtttgatggtatgggGTGTCTTATATTTCTTA--ACAACTAA--ATG--------AGA--CTA--GAAAA---CT-GGATTA--G--GTGT--GCTGAC-CACCT-----T-TA-A---ATG---ACT-GACATAC-TG-T--T--G-AA--AAATAT------------C-C--A-CACAAACAAgaaa
gi|14                         :                                                     tagttaggtGTGTCCAGTA---CTGG--TTACCCGC--CCGGCGG----ACA--GCA--GGACC---GA-TGTTT-------------------CGCCG-----C-TA-T---ATA---TTT-GGAATAA-TG-T--T--A-AAAaca
gi|15                         :                                    gatgcgacacagtcacagaatatggtGTGTCTAGTA---CTGG--TTA-CCAC--CTGACTG----ATA--TCA--GGA
gi|37                         : taaatcttccttccactcctgaatatattgaaaagatggcagccacttgcagagataaggtGTGTATAGGA---CTGG--TTAACCGC--CTGGCGG----ATA---CA--AGA
gi|8                          :                                                 ttcagaaataaagtTGTCTAACA---CTGT--TTAGCCAC--TTAGCAG----ATT--TCA--GCAACAAAT----GTTA--G--TTGA--ACTG-C-CATCT-----T-TA-T---ATATAAACT-GAAACAA-TGTT--T--G-AAAGAAAGGCACAAAAC--C--C-C--A-TACAAACg
gi|12                         :                                                                  CTAGTA---CTGG--TTAACCGC--CAAGTAG----TTT--CCA--GAAAT---AA-TGATTA--G--TTGC--ACTG-------------T-TA-T---ATA---ACT-AAAATAC-T--T--T--G-ATAAAAAGGGACAAAA---C--C-CC-A-TACAAACA
gi|18                         :                                                                 agTTATA---ATAG--GTAA--AC---TGG---------A--TCACTAGAAC---GA-CGACTA--G--GCGC--GATGAC-C-CCG-----G-CAAC---ATA---ACT-GAAATAC-TG-A--T--G-GAAAAAAGGTG
gi|13                         :                                                                  actGTA---CTGG--TTAACCAC--CTAGAAA----ATG--CCA--GGAGT---GA-TGGGTA--G--ATGT--ATTAAC-TGCTA-----T-TA-A---ATA---ACT-GAAATAC-TA-T--T--A-GACAAAA----CAAAA---C--C-C--T-TACAAACAaaaa
gi|4                          :                                                                    aGTA---CCGGCTGCAACTAC--CTGGCAGGACGATT--TCA--GGTAT---GT-TGATTA--G--GTGT--GCTGA--TGCCA-----T-TA-T---ATA---ATT-G-AATAT-TA----T--A-GAAAAAA-GGGT-CAA---A--C-C----CACAAACAA
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gi|11                         :                                                               aaagtgtggctagatG--GTAACC-C--AT--CTG----ACAGTCCA--GGAAG---GA-TGATTATAA--ATAC--ACGGAC-CACTG-----T-TA-A---ATA---ACT-GAAACAC-TG-T--T--G-AAAGAAAT-CGTA-AA---A--C-TCCA-TACATACAAaca
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gi|25                         :                                                                                                                       ccc-TGTTTA--G--GTGC--ACTGTC-CGCCG-----T-TA-T---ATA---ATT-GATATAC-CG-TTAT--A-AAAGAcaaagacaccaaatct
gi|24                         :                                                                                                                  tgaaacga-TGATTA--G--GTAC--ACTTGC-CGCCA-----T-TA-G---ATA---AC--GAAATGC-TGGT--T--A-AA--AAAGGAGT-GAA---ACCC-C--A-TTCAAACAcgacaaacccccatt
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gi|31                         :                                                                                                                       cga-TGATTT--G--GTGT--GCTGAC-TGCCA-----T-TA-T---A-A---ACT-GAAATATACG-T--T--G-AAt
gi|35                         :                                                                                                          accagctaatggaagggaGATTA--G--GTGA--ACTGAC-TGCCAATAACTACA-T---ATA---ACT-GAAATAC-TG-T--T--G-AAAAAAA
gi|2                          :                                                                                                                              TCA--G--GAGT--GCTGTC-TGCCA-----T-CA-A---ATA---ACT-GAAACAT-TG-T--T--A-AAACAA
gi|22                         :                                                       aattaatccatgacttgctgagataaggtatgtgagtattcgtcaacctcccagcaaaacccaacaatgataaA--G--GTGC--AATGAC----CA-----T-TA-A---ATA---ACT-GAAATAC-TG-T--T--G-AAAAAA
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gi|16                         :                                                                                                                                                at-TGACA-----T-CA-TTGAAAA---ACT-GAAATAC-TG-T--TGGA-AAAGAAAacataataaag
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): AGTACTGGTTAACCACCAAGAAAAGTCCATAACCGTTAAGCAGGTGCGCCAACCGCCGTCAGATAACTGAACTACTATTGAAACGGGCGTAACACAAAAAAAAGAAATACAAACAAA
Unaligned ( gi|9 ): ATGGTGTGTCTGCTACGGGTTAACCACCTACTGGGTTCCTCGAGCGATGCCTGGCGTTTTACGATTGAAAAACTGTCAAAATTAAAATGCGTAAAACCCTACATTAACAA
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Unaligned ( gi|29 ): GCTGACCGCCTTTATATAGCTGGACTGGTGTTGGAACAAACAGGCTCAAAGCCGCATACAAACAAAT
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Alignments
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lowQualScore                  :                                                                      4 999     11        7  2 3333333         11111    00  00      7777     4       2222222   3333   1    1   3 1   2    77 2  333333333   444444444    77777777 7 44   44     
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Reference ( family-342 )      :                                                            GTGTCTAGTA-C---TGGTT--AACCACCTGGCGG----ATNCCAGGAACG---N-TGAT--TA--GGTGCG----CTGACCGCCGTTAN------ATA----ACT-GAAA-TAC-T-GTT-GAAA--A-AA-A---GG--CGT---------AAAA--NC----CAT--ACA--AACAA
gi|1                          :                                                            GTGTCAAGTA-C---TTGTC--AACCACCTAGTGG----AACCCAGAAACAATCA-TGAT--TA--GGTGCA----A-AACC-TCGTTAA------ATA----ACT-GAAA-TAG-T-GTT-GAAA--T-AA-
gi|10                         :                         aaactaatttgagatggtttgtttgatggtatgggGTGGCTAGAT-C---TGGGT--AACCACC------------------AATG---G-GGAT--TT--GGTTTG----CTGAGCGCTGTTGT------ATA----ACT-AAAA-TACAT-ATT-GAAA--A-AG-----GG--CGT---------AAAA--CCT---CAT--ACA--AACAAgaaa
gi|11                         :                                                                   aaagt---TGGTA--ACCCATCTGACAG------TCCAGGAAGG---A-TGAT--TATAAATACA----CGGACCACTGTTAA------ATA----ACT-GAAA-CAC-T-GTT-GAAA--G-AA-A----T--CGT---------AAAAC-TC----CAT--ACA--TACAAaca
gi|12                         :                                                               tCTAGTA-C---TGGTT--AACCGCCAAGTAG----TTTCCAGAAATA---A-TGAT--TA--GTTGCA----CT-------GTTAT------ATA----ACT-AAAA-TAC-T--TT-GATA--A-AA-A---GG--GAC---------AAAAC-CC----CAT--ACA--AACAac
gi|13                         :                                                                agAGTA-C---TGGTT--AACCACCTAGAAA----ATGCCAGGAGTG---A-TGGG--TA--GATGTA----TTAACTGCTATTAA------ATA----ACT-GAAA-TAC-T-ATT-AGAC--A-AA-A---------C---------AAAA--CC----CTT--ACA--AACA
gi|14                         :                                                            GTGTCCAGTA-C---TGGTT--ACCCGCCCGGCGG----ACAGCAGGACCG---A-TGTT--T------------------CGCCGCTAT------ATA----TTT-GGAA-TAA-T-GTT-AAAA--
gi|15                         :                                  gatgcgacacagtcacagaatatggtGTGTCTAGTA-C---TGGTT---ACCACCTGACTG----ATATCAGGA
gi|16                         : taaatcttccttccactcctgaatatattgaaaagatggcagccacttgcagagataaggtGTCTGGTAGCATGTGATT--TTCTACCTCGAAG----ATACAAGGAACA---A-AAAT--TA--GATATG----ATGAC-ATCATTGA------AAA----ACT-GAAA-TAC-T-GTT-GGAA--A-AG-A---
gi|17                         :                                                                                        aTAGCGG----ATTTCGGAAACG---A-TGAT--TA--CGTGTG----CTGACTGCCGT-AA------ACA----ATTTGATA-TAT-T-GTT-GCAA--ACAG-ATGGGGAACGT---------AA------------C--ACA--AACAAaa
gi|18                         :                                                                                            aGG----ATCACTAGAACG---A-CGAC--TA--GGCGCG----ATGACCCCGGCAAC------ATA----ACT-GAAA-TAC-T-GAT-GGAA--A-AA-A---GG--TG----------AAAA--
gi|19                         :                                                                actttataataggtaaactACCACCTAGCGG----TTTCAAGGAACG---A-TAAT--TA--GGTATG----C----CGCCGTTAA------ATA----ACT-CACG-TAA-T-GTT-G-GA--A-AA-A---GG--CGT---------AAAA--CC----C-----CA--AACAA
gi|2                          :                                                                  AGTA-T---TCGTC--AACCTCCCAGCAA----AACCCAACAATG---A-TAAT--CA--GGAGTG----CTGTCTGCCATCAA------ATA----ACT-GAAA-CAT-T-GTT-AAAA--C-AA-ag
gi|20                         :                                                                         aattaatccatgacttgctgagataaggtatgtgAATG---G-GGAT--TT--GGTGTG----CTGAGCGCTGTTGT------ATA----ACT-AAAA-TACAT-GTT-GAAA--A-AG-----GG--CGT---------AAAA--CCT---CAT--ACA--AACAA
gi|21                         :                                                          ggtaaccaccTA-C---AGGTT--AACCACCCAGAGA----ATCCCAGGAGCA---G-TGAT--AA--TGTTTA----ATGTCAGCCGTTAA------ATA----ACT-GAAG-CAC-T-GTT-GACA--A-Aac
gi|22                         :                                                                 TAGAA-C---AGATT--AACTGCCCAGCAG----ATCCAAGGAATG---A-CAAC--CA--GGTGCA----ATGACCA---TTAA------ATA----ACT-GAAA-TAC-T-GTT-GAAA--A-AA-G---Gcaaa
gi|23                         :                                                                                                             CG---A-TGAC--TA--GGTGTA----CTAACCGCCGTTAA------GTA----ACT-GATG-TAT-T-GTT-GACA--A-AA------G--CAT---------AAAA--TCCATTCAT--ACA--AACAa
gi|24                         :                                                                                                             CG---A-TGAT--TA--GGTACA----CTTGCCGCCATTAG------ATA----AC--GAAA-TGC-TGGTT---AA--A-AA-A---GG--AGT---------GAAAC-CC----CAT--TCA--AACAt
gi|25                         :                                                                                                         GAAACG---A-TGTT--TA--GGTGCA----CTGTCCGCCGTTAT------ATA----ATT-GATA-TAC-C-GTT---AT--A-AA-A---GA--CGA---------CAAA--CC----C
gi|26                         :                                                                                                     tCCAAGAACG---G-TGTC--TA--GGCGCA----CTGACATGCGTTAT------ATA----ACT-ATAA-TAC-A-GTT-TAAC--A-AA-ccatt
gi|27                         :                                                                                                                                            ccGCTGTTAA------TTA----ACT-GAAA-TAC-T-GAT-GAAA--G-AA-A---CC--CGT---------ACAA--CC----CAT--ATA--AACAAgacaccaaatct
gi|28                         :                                                                                                                              attGCA----CTGGCCACAATTAA------AAA----ACT-GAAA-TGC-T-GTT-GAAA--A-AA------G--TGT---------AAAAATAT----CAT--ACA--GACacataataaag
gi|29                         :                                                                                                                                   G----CTGACCGCCTTTAT------ATA----GCT-GGAC-TGG-T-GTT-GGAAC-A-AACA---GG--CTC---------AAAG--CCG---CAT--ACA--AACAAtaaata
gi|3                          :                                                                                        CTGGCAG----AACCCAGGAACA---T-TGATTATA--GATGTGCCAACTGACTGCCATTAT------ATA----ACT-GAAG--AC-T-GTC-GAAA--A-AA-A---GT--TGC---------AAAA--CCA---CATACACA--AACAat
gi|30                         :                                                                                                                 taagcatcggataaatggG----TTGACCGCCATTAA------ATA----ACT-GAAA-TTC-T-GTT-GGAA--A-AA-A---GA--CAC---------AAAAT-CC----CAT--ACA--AACAA
gi|31                         :                                                                                  tACCAGCTAATGG----A----AGG---G---A-TGAT--TT--GGTGTG----CTGACTGCCATTAT------A-A----ACT-GAAA-TATAC-GTT-GAA
gi|32                         :                                                                                                                                           ACTACC-TTAT------ATATTAAACT-AAAAATAC-T-GTTGGAAA--A-AA-G---GG--CAC---------AAAAT-CC----CAC--ACA--AACA
gi|33                         :                                                                                                        AGGAGTG---A-TGAT--TA--GTTGCA----CAAATCACCATTGA------ATA----AGT-GAAA-AAC-T-GTT-TAAA--A-AA-
gi|34                         :                                                                                                                                                 ccaAT------ATA----ACT-GAAT-TAC-T-GTT-GAAA--A-AA-A---GA--CGC---------AAAA--TTG---CAT--TCA--AACAA
gi|35                         :                                                                                                              catcataGAT--TA--GGTGAA----CTGACTGCCAATAACTACATATA----ACT-GAAA-TAC-T-GTT-GAAA--A-AA-A---ac
gi|36                         :                                                                                                                                                  TTAT------ACA----ACT-TAAA-TAA-T-GTT-GAAA--G-AA---------CGT---------AAAA--CC----C-----CA--AACAA
gi|37                         :                                                       tcaccGTGTATAGGA-C---TGGTT--AACCGCCTGGCGG----ATACAAGac
gi|38                         :                                                                                                                   ttcagaaataaagtGTG----CTGACAGCCGTTAT------TTA----ACT-GAAA-TTC-T-TTT-GGAA--T-AA-A---Gag
gi|4                          :                                                                  AGTA-C---CGGCTGCAACTACCTGGCAGGACGATTTCAGGTATG---T-TGAT--TA--GGTGTG----CTGA-TGCCATTAT------ATA----ATT-G-AA-TAT-T-ATA-GAAA--A-AA-G---G----GT---------CAAA--CC----C----ACA--AACAA
gi|5                          :                                                       cttagGTGTCTTATA-T---TTCTT--AACAAC-TAAATG----AGACTAGAAAAC---T-GGAT--TA--GGTGTG----CTGACCACCTTTAA------ATG----ACT-GACA-TAC-T-GTT-GAAA--A-A------------T------------A--TC----CAC--ACA--AACAAaca
gi|6                          :                                                         tagttaggtAGTA-C---TGGTT--AACCACCAAGAAA----AGTCCATAACCG---T-TAAG--CA--GGTGCG----CCAACCGCCGTCAG------ATA----ACT-GAAC-TAC-T-ATT-G--A--A-AC-G---GG--CGTAACACAAAAAAAA--GA----AAT--ACA--AACAAaca
gi|7                          :                                                            GTGTCTTGTA-C---TGGGT--AACCACATGGCGG----ATATCAGGAACT---T-TGGT--TA--GGTGCA----CTGGCTGCCGTCAT------ATA----ACT-GAAA-TAC-T-GTT-AAAA--G-AA-A---TG--TGT---------AGAA--AC----TAT--ACA--AACAAa
gi|8                          :                                                             TGTCTAACA-C---TGTTT--AGCCACTTAGCAG----ATTTCAGCAACA---AATG-T--TA--GTTGAA----CTG-CCATCTTTAT------ATATAA-ACT-GAAA-CAA-T-GTTTGAAA--G-AA-A---GG--CAC---------AAAAC-CC----CAT--ACA--AACg
gi|9                          :                                                            GTGTCTGCTA-C---GGGTT--AACCACCTACTGG----GTTCCTCGAGCG---A-TG------------C-----CTGGC----GTTTT------ACG----ATT-GAAA-AAC-T-GTC-AAAATTA-AA-A---TG--CGT---------AAAA--CC----C-T--ACATTAACAA





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lowQualScore                  :                                                                      4 999     11           2 3333333       11  88888      11    3  7777            3333333   4444 1      1   4 1   3    88   3333       66 0 4444 1 55   55     
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Reference ( family-342 )      :                                                            GTGTCTAGTA-C---TGGTT--AACCACCTAGCGG----ATNCCAGGAA--CG---A-TGATTA--GGTGCGC----TGACCGCCGTTAN------ATA----A-CTGAAA-TAC-T-GTT-GAAA--AAA-AGGCGTAAAA--C-C----CAT--ACA--AACAA
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gi|2                          :                                                                  AGTA-T---TCGTC--AACCTCCCAGCAA----AACCCAACAA--TG---A-TAATCA--GGAGTGC----TGTCTGCCATCAA------ATA----A-CTGAAA-CAT-T-GTT-AAAA--CAA-ag
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gi|29                         :                                                                                                                                   GC----TGACCGCCTTTAT------ATA----G-CTGGAC-TGG-T-GTT-GGAAC-AAACAGGCTCAAAG--C-CG---CAT--ACA--AACAAtaaata
gi|3                          :                                                                                        CTGGCAG----AACCCAGGAA--CA---T-TGATTATAGATGTGCCAACTGACTGCCATTAT------ATA----A-CTGAAG--AC-T-GTC-GAAA--AAA-AGTTGCAAAA--C-CA---CATACACA--AACAat
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gi|35                         :                                                                                                                catcataGATTA--GGTGAAC----TGACTGCCAATAACTACATATA----A-CTGAAA-TAC-T-GTT-GAAA--AAA-Aac
gi|36                         :                                                                                                                                                  TTAT------ACA----A-CTTAAA-TAA-T-GTT-GAAA--GAA----CGTAAAA--C-C----C-----CA--AACAA
gi|37                         :                                                       tcaccGTGTATAGGA-C---TGGTT--AACCGCCTGGCGG----ATACAAGac
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gi|5                          :                                                       cttagGTGTCTTATA-T---TTCTT--AACAAC-TAAATG----AGACTAGAAAACTG------GATTA--GGTGTGC----TGACCACCTTTAA------ATG----A-CTGACA-TAC-T-GTT-GAAA--AA-------T---A--T-C----CAC--ACA--AACAAaca
gi|6                          :                                                         tagttaggtAGTA-C---TGGTT--AACCACCAAGAAA----AGTCCATAAC--CG---T-TAAGCA--GGTGCGC----CAACCGCCGTCAG------ATA----A-CTGAAC-TAC-T-ATT-G--A--AAC-GGGCGTAACA--C-aca
gi|7                          :                                                            GTGTCTTGTA-C---TGGGT--AACCACATGGCGG----ATATCAGGAA--CT---T-TGGTTA--GGTGCAC----TGGCTGCCGTCAT------ATA----A-CTGAAA-TAC-T-GTT-AAAA--GAA-ATGTGTAGAA--A-C----TAT--ACA--AACAAaaaaaaaagaaatacaaacaaa
gi|8                          :                                                             TGTCTAACA-C---TGTTT--AGCCACTTAGCAG----ATTTCAGCAA--CA---AATG-TTA--GTTGAAC----TG-CCATCTTTAT------ATATAA-A-CTGAAA-CAA-T-GTTTGAAA--GAA-AGGCACAAAA--CCC----CAT--ACA--AACg
gi|9                          :                                                            GTGTCTGCTA-C---GGGTT--AACCACCTACTGG----GTTCCTCGAG--CG---A-TG----------C-C----TGGC----GTTTT------ACG----A-TTGAAA-AAC-T-GTC-AAAATTAAA-ATGCGTAAAA--C-C----C-T--ACATTAACAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): CCCCAAGAACGGTGTCTAGGCGCACTGACATGCGTTATATAACTATAATACAGTTTAACAAAGACACCAAATCT






Alignments
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Reference ( family-342 )      :                                                            GTGTCTAGTA-C---TGGTT--AACCACCTAGCGG----ATNCCAGGAA--CG---A-TGATTA--GGTGCGC----TGACCGCCGTTAN------ATA----A-CTGAAA-TAC-T-GTT-GAAA--AAA-AGGCGTAAAA--C-C----CAT--ACA--AACAA
gi|1                          :                                                            GTGTCAAGTA-C---TTGTC--AACCACCTAGTGG----AACCCAGAAA--CAATCA-TGATTA--GGTGCAA-----AACC-TCGTTAA------ATA----A-CTGAAA-TAG-T-GTT-GAAA--TAA-
gi|10                         :                         aaactaatttgagatggtttgtttgatggtatgggGTGGCTAGAT-C---TGGGT--AACCACC------------------AA--TG---G-GGATTT--GGTTTGC----TGAGCGCTGTTGT------ATA----A-CTAAAA-TACAT-ATT-GAAA--AAG--GGCGTAAAA--C-CT---CAT--ACA--AACAAgaaa
gi|11                         :                                                                   aaagt---TGGTA--ACCCATCTGACAG------TCCAGGAA--GG---A-TGATTATAAATACAC----GGACCACTGTTAA------ATA----A-CTGAAA-CAC-T-GTT-GAAA--GAA-A-TCGTAAAA--CTC----CAT--ACA--TACAAaca
gi|12                         :                                                               tCTAGTA-C---TGGTT--AACCGCCAAGTAG----TTTCCAGAAA--TA---A-TGATTA--GTTGCAC----T-------GTTAT------ATA----A-CTAAAA-TAC-T--TT-GATA--AAA-AGGGACAAAAC-C-C----CAT--ACA--AACAac
gi|13                         :                                                                agAGTA-C---TGGTT--AACCACCTAGAAA----ATGCCAGGAG--TG---A-TGGGTA--GATGTAT----TAACTGCTATTAA------ATA----A-CTGAAA-TAC-T-ATT-AGAC--AAA-A----CAAAA--C-C----CTT--ACA--AACA
gi|14                         :                                                            GTGTCCAGTA-C---TGGTT--ACCCGCCCGGCGG----ACAGCAGGAC--CG---A-TGTTT------------------CGCCGCTAT------ATA----T-TTGGAA-TAA-T-GTT-AAAA--
gi|15                         :                                  gatgcgacacagtcacagaatatggtGTGTCTAGTA-C---TGGTT---ACCACCTGACTG----ATATCAGGA
gi|16                         : taaatcttccttccactcctgaatatattgaaaagatggcagccacttgcagagataaggtGTCTGGTAGCATGTGATT--TTCTACCTCGAAG----ATACAAGGAA--CA---A-AAATTA--GATATGA----TGAC-ATCATTGA------AAA----A-CTGAAA-TAC-T-GTT-GGAA--AAG-A
gi|17                         :                                                                                        aTAGCGG----ATTTCGGAAA--CG---A-TGATTA--CGTGTGC----TGACTGCCG-TAA------ACA----ATTTGATA-TAT-T-GTT-G-CA--AAC-AGATGGGGAA--CGT----AAC--ACA--AACAAaa
gi|18                         :                                                                                            aGG----ATCACTAGAA--CG---A-CGACTA--GGCGCGA----TGACCCCGGCAAC------ATA----A-CTGAAA-TAC-T-GAT-GGAA--AAA-AGGTG-AAAA--
gi|19                         :                                                                actttataataggtaaactACCACCTAGCGG----TTTCAAGGAA--CG---A-TAATTA--GGTATG--------CCGCCGTTAA------ATA----A-CTCACG-TAA-T-GTT-G-GA--AAA-AGGCGTAAAA--C-C----C-----CA--AACAA
gi|2                          :                                                                  AGTA-T---TCGTC--AACCTCCCAGCAA----AACCCAACAA--TG---A-TAATCA--GGAGTGC----TGTCTGCCATCAA------ATA----A-CTGAAA-CAT-T-GTT-AAAA--CAA-ag
gi|20                         :                                                                         aattaatccatgacttgctgagataaggtatgtgAA--TG---G-GGATTT--GGTGTGC----TGAGCGCTGTTGT------ATA----A-CTAAAA-TACAT-GTT-GAAA--AAG--GGCGTAAAA--C-CT---CAT--ACA--AACAA
gi|21                         :                                                          ggtaaccaccTA-C---AGGTT--AACCACCCAGAGA----ATCCCAGGAG--CA---G-TGATAA--TGTTTAA----TGTCAGCCGTTAA------ATA----A-CTGAAG-CAC-T-GTT-GACA--AAac
gi|22                         :                                                                 TAGAA-C---AGATT--AACTGCCCAGCAG----ATCCAAGGAA--TG---A-CAACCA--GGTGCAA----TGACCA---TTAA------ATA----A-CTGAAA-TAC-T-GTT-GAAA--AAA-GGcaaa
gi|23                         :                                                                                                             --CG---A-TGACTA--GGTGTAC----TAACCGCCGTTAA------GTA----A-CTGATG-TAT-T-GTT-GACA--AAA---GCATAAAA--T-CCATTCAT--ACA--AACAa
gi|24                         :                                                                                                             --CG---A-TGATTA--GGTACAC----TTGCCGCCATTAG------ATA----A-C-GAAA-TGC-TGGTT---AA--AAA-AGGAGTGAAAC-C-C----CAT--TCA--AACAt
gi|25                         :                                                                                                         GAAA--CG---A-TGTTTA--GGTGCAC----TGTCCGCCGTTAT------ATA----A-TTGATA-TAC-C-GTT---AT--AAA-AGACGACAAA--C-C----C
gi|27                         :                                                                                                                                             tGCTGTTAA------TTA----A-CTGAAA-TAC-T-GAT-GAAA--GAA-ACCCGTACAA--C-C----CAT--ATA--AACAAccatt
gi|28                         :                                                                                                                              attGCAC----TGGCCACAATTAA------AAA----A-CTGAAA-TGC-T-GTT-GAAA--AAA---GTGTAAAAATA-T----CAT--ACA--GACacataataaag
gi|29                         :                                                                                                                                   GC----TGACCGCCTTTAT------ATA----G-CTGGAC-TGG-T-GTT-GGAAC-AAACAGGCTCAAAG--C-CG---CAT--ACA--AACAAtaaata
gi|3                          :                                                                                        CTGGCAG----AACCCAGGAA--CA---T-TGATTATAGATGTGCCAACTGACTGCCATTAT------ATA----A-CTGAAG--AC-T-GTC-GAAA--AAA-AGTTGCAAAA--C-CA---CATACACA--AACAat
gi|30                         :                                                                                                                 taagcatcggataaatggGT----TGACCGCCATTAA------ATA----A-CTGAAA-TTC-T-GTT-GGAA--AAA-AGACACAAAAT-C-C----CAT--ACA--AACAA
gi|31                         :                                                                                  tACCAGCTAATGG----A----AGG-----G---A-TGATTT--GGTGTGC----TGACTGCCATTAT------A-A----A-CTGAAA-TATAC-GTT-GAA
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gi|33                         :                                                                                                        AGGAG--TG---A-TGATTA--GTTGCAC----AAATCACCATTGA------ATA----A-GTGAAA-AAC-T-GTT-TAAA--AAA-
gi|34                         :                                                                                                                                                 ccaAT------ATA----A-CTGAAT-TAC-T-GTT-GAAA--AAA-AGACGCAAAA--T-TG---CAT--TCA--AACAA
gi|35                         :                                                                                                                catcataGATTA--GGTGAAC----TGACTGCCAATAACTACATATA----A-CTGAAA-TAC-T-GTT-GAAA--AAA-Aac
gi|36                         :                                                                                                                                                  TTAT------ACA----A-CTTAAA-TAA-T-GTT-GAAA--GAA----CGTAAAA--C-C----C-----CA--AACAA
gi|37                         :                                                       tcaccGTGTATAGGA-C---TGGTT--AACCGCCTGGCGG----ATACAAGac
gi|38                         :                                                                                                                   ttcagaaataaagtGTGC----TGACAGCCGTTAT------TTA----A-CTGAAA-TTC-T-TTT-GGAA--TAA-AGag
gi|4                          :                                                                  AGTA-C---CGGCTGCAACTACCTGGCAGGACGATTTCAGGTA--TG---T-TGATTA--GGTGTGC----TGA-TGCCATTAT------ATA----A-TTG-AA-TAT-T-ATA-GAAA--AAA-GG--GTCAAA--C-C----C----ACA--AACAA
gi|5                          :                                                       cttagGTGTCTTATA-T---TTCTT--AACAAC-TAAATG----AGACTAGAAAACTG------GATTA--GGTGTGC----TGACCACCTTTAA------ATG----A-CTGACA-TAC-T-GTT-GAAA--AA-------T---A--T-C----CAC--ACA--AACAAaca
gi|6                          :                                                         tagttaggtAGTA-C---TGGTT--AACCACCAAGAAA----AGTCCATAAC--CG---T-TAAGCA--GGTGCGC----CAACCGCCGTCAG------ATA----A-CTGAAC-TAC-T-ATT-G--A--AAC-GGGCGTAACA--C-aca
gi|7                          :                                                            GTGTCTTGTA-C---TGGGT--AACCACATGGCGG----ATATCAGGAA--CT---T-TGGTTA--GGTGCAC----TGGCTGCCGTCAT------ATA----A-CTGAAA-TAC-T-GTT-AAAA--GAA-ATGTGTAGAA--A-C----TAT--ACA--AACAAaaaaaaaagaaatacaaacaaa
gi|8                          :                                                             TGTCTAACA-C---TGTTT--AGCCACTTAGCAG----ATTTCAGCAA--CA---AATG-TTA--GTTGAAC----TG-CCATCTTTAT------ATATAA-A-CTGAAA-CAA-T-GTTTGAAA--GAA-AGGCACAAAA--CCC----CAT--ACA--AACg
gi|9                          :                                                            GTGTCTGCTA-C---GGGTT--AACCACCTACTGG----GTTCCTCGAG--CG---A-TG----------C-C----TGGC----GTTTT------ACG----A-TTGAAA-AAC-T-GTC-AAAATTAAA-ATGCGTAAAA--C-C----C-T--ACATTAACAA


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blockSeqs                     :                                                                      . .       .              ATA           .   A          .        .               T         .    .      .   . .   .    .    AGG        .  . .    A .    . 
blockSeqs                     :                                                                      . .       .              ATT           .   A          .        .               A         .    .      .   . .   .    .    AGA        .  . .    A .    . 
blockSeqs                     :                                                                      . .       .              ATC           .   A          .        .               A         .    .      .   . .   .    .    ACC        .  . .    A .    . 
blockSeqs                     :                                                                      . .       .              TTT           .   A          .        .               C         .    .      .   . .   .    .    AGT        .  . .    A .    . 
blockSeqs                     :                                                                      . .       .              AAC           .   A          .        .               A         .    .      .   . .   .    .    AGA        .  . .    A .    . 
blockSeqs                     :                                                                      . .       .              ATC           .   A          .        .               A         .    .      .   . .   .    .    GGG        .  . .    A .    . 
blockSeqs                     :                                                                      . .       .              ATC           .   G          .        .               T         .    .      .   . .   .    .    AGA        .  . .    A .    . 
blockSeqs                     :                                                                      . .       .              AAC           .   G          .        .               A         .    .      .   . .   .    .    GGG        .  . .    A .    . 
blockSeqs                     :                                                                      . .       .              ATA           .   A          .        .               A         .    .      .   . .   .    .    ATG        .  . .    A .    . 
blockSeqs                     :                                                                      . .       .              AGA           .   A          .        .               A         .    .      .   . .   .    .    AGG        .  . .    A .    . 
blockSeqs                     :                                                                      . .       .              AGT           .   A          .        .               G         .    .      .   . .   .    .    ATG        .  . .    A .    . 
blockSeqs                     :                                                                        .       .              ATA           .   A          .        .               T         .    .      .   . .   .    .    AT         .  . .    A .    . 
blockSeqs                     :                                                                                               ATT           .   T          .        .               A         .    .      .   . .   .    .    GG         .  . .    . .    . 
blockSeqs                     :                                                                                               GTT           .   A          .        .               A         .    .      .   . .   .    .    GG         .  . .    . .    . 
blockSeqs                     :                                                                                               T             .   A          .        .               T         .    .      .   . .   .    .    A          .  . .    . .    . 
blockSeqs                     :                                                                                               A             .   T          .        .               T         .    .      .   . .   .    .    G          .  . .    . .    . 
blockSeqs                     :                                                                                               .             .   T          .        .               A         .    .      .   . .   .    .    G          .  . .             
blockSeqs                     :                                                                                                             .   T          .        .               T         .    .      .   . .   .    .    .          .  .               
blockSeqs                     :                                                                                                             .   A          .        .               T         .    .      .   . .   .    .    .          .                  
blockSeqs                     :                                                                                                             .   .          .        .               A         .    .      .   . .   .    .                                  
blockSeqs                     :                                                                                                                            .        .               T         .    .      .   . .   .    .                                  
blockSeqs                     :                                                                                                                                     .               T         .    .      .   . .   .    .                                  
blockSeqs                     :                                                                                                                                     .               T         .    .      .   . .   .    .                                  
blockSeqs                     :                                                                                                                                     .               T         .    .      .   . .   .    .                                  
blockSeqs                     :                                                                                                                                     .               A         .    .      .   . .   .    .                                  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                     G         .    .      .   . .   .    .                                  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                     T         .    .      .   . .   .    .                                  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                     T         .    .      .   . .   .    .                                  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                     T         .    .      .   . .   .                                       


blockSeqCons                  :                                                                                                                 A****                                                                         AGG*            ****
originalCons                  :                                                            GTGTCTAGTA-C---TGGTT--AACCACCTAGCGG----ATNCCAGGAA--CG---A-TGATTA--GGTGCGC----TGACCGCCGTTAN------ATA----A-CTGAAA-TAC-T-GTT-GAAA--AAA-AGGCGTAAAA--C-C----CAT--ACA--AACAA
finalCons                     :                                                            GTGTCTAGTA-C---TGGTT--AACCACCTAGCGG----ATNCCAGGAA--CGA----TGATTA--GGTGCGC----TGACCGCCGTTAN------ATA----A-CTGAAA-TAC-T-GTT-GAAA--AAAAGG-CGTAAAA--C-C----CAT--ACA--AACAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): CCCCAAGAACGGTGTCTAGGCGCACTGACATGCGTTATATAACTATAATACAGTTTAACAAAGACACCAAATCT






Alignments
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lowQualScore                  :                                                                      4 999     11           2 3333333       11  88888      11    3  7777            3333333   4444 1      1   4 1   3    88   3333       66 0 4444 1 55   55     
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Reference ( family-342 )      :                                                            GTGTCTAGTA-C---TGGTT--AACCACCTAGCGG----ATNCCAGGAA--CG---A-TGATTA--GGTGCGC----TGACCGCCGTTAN------ATA----A-CTGAAA-TAC-T-GTT-GAAA--AAA-AGGCGTAAAA--C-C----CAT--ACA--AACAA
gi|1                          :                                                            GTGTCAAGTA-C---TTGTC--AACCACCTAGTGG----AACCCAGAAA--CAATCA-TGATTA--GGTGCAA-----AACC-TCGTTAA------ATA----A-CTGAAA-TAG-T-GTT-GAAA--TAA-
gi|10                         :                         aaactaatttgagatggtttgtttgatggtatgggGTGGCTAGAT-C---TGGGT--AACCACC------------------AA--TG---G-GGATTT--GGTTTGC----TGAGCGCTGTTGT------ATA----A-CTAAAA-TACAT-ATT-GAAA--AAG--GGCGTAAAA--C-CT---CAT--ACA--AACAAgaaa
gi|11                         :                                                                   aaagt---TGGTA--ACCCATCTGACAG------TCCAGGAA--GG---A-TGATTATAAATACAC----GGACCACTGTTAA------ATA----A-CTGAAA-CAC-T-GTT-GAAA--GAA-A-TCGTAAAA--CTC----CAT--ACA--TACAAaca
gi|12                         :                                                               tCTAGTA-C---TGGTT--AACCGCCAAGTAG----TTTCCAGAAA--TA---A-TGATTA--GTTGCAC----T-------GTTAT------ATA----A-CTAAAA-TAC-T--TT-GATA--AAA-AGGGACAAAAC-C-C----CAT--ACA--AACAac
gi|13                         :                                                                agAGTA-C---TGGTT--AACCACCTAGAAA----ATGCCAGGAG--TG---A-TGGGTA--GATGTAT----TAACTGCTATTAA------ATA----A-CTGAAA-TAC-T-ATT-AGAC--AAA-A----CAAAA--C-C----CTT--ACA--AACA
gi|14                         :                                                            GTGTCCAGTA-C---TGGTT--ACCCGCCCGGCGG----ACAGCAGGAC--CG---A-TGTTT------------------CGCCGCTAT------ATA----T-TTGGAA-TAA-T-GTT-AAAA--
gi|15                         :                                  gatgcgacacagtcacagaatatggtGTGTCTAGTA-C---TGGTT---ACCACCTGACTG----ATATCAGGA
gi|16                         : taaatcttccttccactcctgaatatattgaaaagatggcagccacttgcagagataaggtGTCTGGTAGCATGTGATT--TTCTACCTCGAAG----ATACAAGGAA--CA---A-AAATTA--GATATGA----TGAC-ATCATTGA------AAA----A-CTGAAA-TAC-T-GTT-GGAA--AAG-A
gi|17                         :                                                                                        aTAGCGG----ATTTCGGAAA--CG---A-TGATTA--CGTGTGC----TGACTGCCG-TAA------ACA----ATTTGATA-TAT-T-GTT-G-CA--AAC-AGATGGGGAA--CGT----AAC--ACA--AACAAaa
gi|18                         :                                                                                            aGG----ATCACTAGAA--CG---A-CGACTA--GGCGCGA----TGACCCCGGCAAC------ATA----A-CTGAAA-TAC-T-GAT-GGAA--AAA-AGGTG-AAAA--
gi|19                         :                                                                actttataataggtaaactACCACCTAGCGG----TTTCAAGGAA--CG---A-TAATTA--GGTATG--------CCGCCGTTAA------ATA----A-CTCACG-TAA-T-GTT-G-GA--AAA-AGGCGTAAAA--C-C----C-----CA--AACAA
gi|2                          :                                                                  AGTA-T---TCGTC--AACCTCCCAGCAA----AACCCAACAA--TG---A-TAATCA--GGAGTGC----TGTCTGCCATCAA------ATA----A-CTGAAA-CAT-T-GTT-AAAA--CAA-ag
gi|20                         :                                                                         aattaatccatgacttgctgagataaggtatgtgAA--TG---G-GGATTT--GGTGTGC----TGAGCGCTGTTGT------ATA----A-CTAAAA-TACAT-GTT-GAAA--AAG--GGCGTAAAA--C-CT---CAT--ACA--AACAA
gi|21                         :                                                          ggtaaccaccTA-C---AGGTT--AACCACCCAGAGA----ATCCCAGGAG--CA---G-TGATAA--TGTTTAA----TGTCAGCCGTTAA------ATA----A-CTGAAG-CAC-T-GTT-GACA--AAac
gi|22                         :                                                                 TAGAA-C---AGATT--AACTGCCCAGCAG----ATCCAAGGAA--TG---A-CAACCA--GGTGCAA----TGACCA---TTAA------ATA----A-CTGAAA-TAC-T-GTT-GAAA--AAA-GGcaaa
gi|23                         :                                                                                                             --CG---A-TGACTA--GGTGTAC----TAACCGCCGTTAA------GTA----A-CTGATG-TAT-T-GTT-GACA--AAA---GCATAAAA--T-CCATTCAT--ACA--AACAa
gi|24                         :                                                                                                             --CG---A-TGATTA--GGTACAC----TTGCCGCCATTAG------ATA----A-C-GAAA-TGC-TGGTT---AA--AAA-AGGAGTGAAAC-C-C----CAT--TCA--AACAt
gi|25                         :                                                                                                         GAAA--CG---A-TGTTTA--GGTGCAC----TGTCCGCCGTTAT------ATA----A-TTGATA-TAC-C-GTT---AT--AAA-AGACGACAAA--C-C----C
gi|27                         :                                                                                                                                             tGCTGTTAA------TTA----A-CTGAAA-TAC-T-GAT-GAAA--GAA-ACCCGTACAA--C-C----CAT--ATA--AACAAccatt
gi|28                         :                                                                                                                              attGCAC----TGGCCACAATTAA------AAA----A-CTGAAA-TGC-T-GTT-GAAA--AAA---GTGTAAAAATA-T----CAT--ACA--GACacataataaag
gi|29                         :                                                                                                                                   GC----TGACCGCCTTTAT------ATA----G-CTGGAC-TGG-T-GTT-GGAAC-AAACAGGCTCAAAG--C-CG---CAT--ACA--AACAAtaaata
gi|3                          :                                                                                        CTGGCAG----AACCCAGGAA--CA---T-TGATTATAGATGTGCCAACTGACTGCCATTAT------ATA----A-CTGAAG--AC-T-GTC-GAAA--AAA-AGTTGCAAAA--C-CA---CATACACA--AACAat
gi|30                         :                                                                                                                 taagcatcggataaatggGT----TGACCGCCATTAA------ATA----A-CTGAAA-TTC-T-GTT-GGAA--AAA-AGACACAAAAT-C-C----CAT--ACA--AACAA
gi|31                         :                                                                                  tACCAGCTAATGG----A----AGG-----G---A-TGATTT--GGTGTGC----TGACTGCCATTAT------A-A----A-CTGAAA-TATAC-GTT-GAA
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gi|33                         :                                                                                                        AGGAG--TG---A-TGATTA--GTTGCAC----AAATCACCATTGA------ATA----A-GTGAAA-AAC-T-GTT-TAAA--AAA-
gi|34                         :                                                                                                                                                 ccaAT------ATA----A-CTGAAT-TAC-T-GTT-GAAA--AAA-AGACGCAAAA--T-TG---CAT--TCA--AACAA
gi|35                         :                                                                                                                catcataGATTA--GGTGAAC----TGACTGCCAATAACTACATATA----A-CTGAAA-TAC-T-GTT-GAAA--AAA-Aac
gi|36                         :                                                                                                                                                  TTAT------ACA----A-CTTAAA-TAA-T-GTT-GAAA--GAA----CGTAAAA--C-C----C-----CA--AACAA
gi|37                         :                                                       tcaccGTGTATAGGA-C---TGGTT--AACCGCCTGGCGG----ATACAAGac
gi|38                         :                                                                                                                   ttcagaaataaagtGTGC----TGACAGCCGTTAT------TTA----A-CTGAAA-TTC-T-TTT-GGAA--TAA-AGag
gi|4                          :                                                                  AGTA-C---CGGCTGCAACTACCTGGCAGGACGATTTCAGGTA--TG---T-TGATTA--GGTGTGC----TGA-TGCCATTAT------ATA----A-TTG-AA-TAT-T-ATA-GAAA--AAA-GG--GTCAAA--C-C----C----ACA--AACAA
gi|5                          :                                                       cttagGTGTCTTATA-T---TTCTT--AACAAC-TAAATG----AGACTAGAAAACTG------GATTA--GGTGTGC----TGACCACCTTTAA------ATG----A-CTGACA-TAC-T-GTT-GAAA--AA-------T---A--T-C----CAC--ACA--AACAAaca
gi|6                          :                                                         tagttaggtAGTA-C---TGGTT--AACCACCAAGAAA----AGTCCATAAC--CG---T-TAAGCA--GGTGCGC----CAACCGCCGTCAG------ATA----A-CTGAAC-TAC-T-ATT-G--A--AAC-GGGCGTAACA--C-aca
gi|7                          :                                                            GTGTCTTGTA-C---TGGGT--AACCACATGGCGG----ATATCAGGAA--CT---T-TGGTTA--GGTGCAC----TGGCTGCCGTCAT------ATA----A-CTGAAA-TAC-T-GTT-AAAA--GAA-ATGTGTAGAA--A-C----TAT--ACA--AACAAaaaaaaaagaaatacaaacaaa
gi|8                          :                                                             TGTCTAACA-C---TGTTT--AGCCACTTAGCAG----ATTTCAGCAA--CA---AATG-TTA--GTTGAAC----TG-CCATCTTTAT------ATATAA-A-CTGAAA-CAA-T-GTTTGAAA--GAA-AGGCACAAAA--CCC----CAT--ACA--AACg
gi|9                          :                                                            GTGTCTGCTA-C---GGGTT--AACCACCTACTGG----GTTCCTCGAG--CG---A-TG----------C-C----TGGC----GTTTT------ACG----A-TTGAAA-AAC-T-GTC-AAAATTAAA-ATGCGTAAAA--C-C----C-T--ACATTAACAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): CCCCAAGAACGGTGTCTAGGCGCACTGACATGCGTTATATAACTATAATACAGTTTAACAAAGACACCAAATCT