lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 55 1 11 5555555555555555 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 111 333 1 22 11111 11 333333333 111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222222 111 11111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 1111 333333333 2222222 1111 333333 11111 55555555555 4444444 22222222 1 1
lowQualScore : 55 5 33 88 8 0000000000000000 7 7 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 333 4 555 6 4 5 77 11111 88 5 77 777777777 111111 3 1 33 55 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 5 99 111 66666 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 00 9999 1 555555555 6 3333333 2 8 8 3 8888 0 777777 77777 1 00000000000 6 5555555 88888888 8 1 1 0
lowQualScore : .. . .. .. . ................ . . ........................................................... . ... . ... . . . .. ..... .. . .. ......... ...... . . .. .. .................................................................................................................................................................... ....... . .. ... ..... .................................................... . .. .... . ......... . ....... . . . . .... . ...... ..... . ........... . ....... ........ . . . .
lowQualScore : 00 0 88 88 0 1111111111111111 5 8 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 888 0 000 0 0 5 55 22222 11 7 99 111111111 555555 7 6 77 55 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0000000 3 22 777 77777 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 77 8888 0 333333333 7 6666666 8 0 0 2 6666 8 444444 33333 4 66666666666 7 7777777 22222222 0 0 8 8
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTACTTTAAACAATTTGGTTTTAAGTTTT-ATA-ACAAGCTTCTACAT-T----ATCTCAGTAACTACTAGCCATACATCGA--CGAC-ACATC---A-CGTG--TTT--GTTNTC--TACCATTAGGAGAACT-AAAGCGGGATAACTTG-GNTNTGGCTTAGTTAGGCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCTTTNATACAATT--T--TAAGTTTTN-TA-GCAAG--CTCA-T-ATCTC-AGTAACT------ACTAGTCATACATCAATGAAA--CTTC---A--CGA--CTG-------TC----ACT--A-C----CAT--T--AA---GG---GC--ACA------AGTGGGAT---TA-A-CT--NT--G-------TTT----TA-GGCAGAATTATT-NCNC-CTTTTATACTTAG-A-AA-TTGA-TAAAATTGTTTTAGAAA-CTCAT--ATCTCAGAAA---AT-----ACT----TTC-GGAT-TTAATTGG-ATATT----------AATCGGTGTGT----TCAGTANTAAAGTAAAAACTCGCAAGGANAAGTG-CAAATAANCTTTAC-TTG-TATTTTGTTAG-AATTATATN-C---TTTTA----TATACTTAGAC----AATT-GGG-TTAGATTTTTATAGCATGCNCGATATTATTGTCCA--GTT-TCAG-TCATCCGATAGCTATTGTTTTGA
Reference ( gi|1 ) : AAATATTAATTAATCCACTTTTAGTAAATAGCAGTTTTAATATGGAATTAAAAAAGATAGAAATAACTTTTTGTGTAATTAATTATAAAACACGATGGAAACAATATACCTTATAATTAATATCCTCTCTTCTTCACAAAAATGTAGACATTTCTACT--AAAGAATTTGGTTTCAAGTTTT-ATA-ACAAACTTCTACATGT----ATCTTAGTAACTACTAGTCATGCATCAA--CGAC-ACATC---A-CATG--TTT--GTTATC--TACTAATAAGAGAACTCAAAGTGGGATAGCTTG-GGTATGACT---TTAAGTAGCTTACACAAGTCACGTAATCTCTTTAATAC--TT--T--TAAGTTTTC-TA-ACAAG--CTTA-A-ATTTA-AGTAACT------ACTAGTCATACGTCAATGAAA--CATC---A--TGA--CTG-------TC---AACT--A-C----CAT--T--AA---GG---AC--ACA------AGTGGGAT---TG-A-CT--GT--G-------TTT----TA-GGCAGAATTATT-TCAC-CTTTTATACTTTG-A-AATTTGA-TAAAA--GTTTTAAAAAGTTTAT--ATCTCAGAAA---AT-----ACT----TTTAAGAT-TTAAATAG-ATATT----------GACCGGTCGGT----TCAATATTAAAGAAATAACTCGGAAGGTCAAGTG-CAAATAACCTTTGC-TTG-TATTTTGTTAG-AA-TATATC-C---TTTTA----TATATTTAGA-----GATTAAGG-TTAGATTTTTATAGCATATTTAA-ATTATTGTCTA--ATTCTCAG-TCATCCTATAGCTTTTGTTTTGA
gi|12 : CTACTTTAAACAATTTGGTT---ACTTTTCATA-ACAAGCTT--ACAT--------CTCAATACATACTAGTTACTCATCGT--TGAC-ACAT----A-C-TG--TCTCCGT------TACTAA-AGGCG-----AAAGTGGGATAG
gi|3 : TTTAAGTTCT-ATA-GCAG---TCT-CACAT----ATCTCGGTAGCTACTAGTCA
gi|9 : taagTTAAAGTTTT--TATGCCAGCT----CAT-T----ATCTCAGTTATCAATATCCATACATGAA--TGAA-ACTCC---A-CATG--TGT--ATTACC--T--------------TTAAA--GGTATAACTTT-GTTTTGATT---TTAGGCAGatgaagcttcacaattgtcttcacttccagcagggtttacatgggatatctgtgttttaggcagatttgaataaaatgttttagaccttgaatctcagaaaatactttcaggatttaatggaatattaattggtgtgttcagtactgaagtaaaaactaacaaagaaaagtgccatgacctttgtgttgttacttttatattccattttatacatgaaaaaatggattagatttttatagcatgcacaatatttttgtcaaaattcagtcatctgatagatattgttctgaaacaaggtgtgaaaaggggagtccactgtcttctgacagctcttgt
gi|10 : taTTAAGTTTT-AAA-ATAAGATCCTAT---T----AC---AGTGAATACTAGTCTTATATCAA--TGA--AAGTC---A-CATAATTTT--GTCTTTAATACCATTATAAGAACTCG----GGGATA---TGTGATATGGCTTAGTTAAGtattatgacccttttatacttagaaaacatcgctaatttttttcagga
gi|15 : aaatatggcctcttttatactcgaAAGTTCT-ACA-ACAAACTTCTA----------TCTCAGTAACTACTAGTCATACATTA-----AT-ACATTTTGG-CA-G--TT----TTGTC--CATT--CAAG-GAAC---AAGTTGAATAgttatt
gi|6 : aTTCTGCATGTTAATATCTCAGTAACTACTAGCCc
gi|13 : taactaccagccttacatcaatgatttcattactattaaatgaactcgacatgataaggagacaaatggaatataacttttaatttgaaacagaataataacacctcttttcttagaaaaattgattaagattgAGTAACTACTAGCCATACATCGATGCAACTGCATG---ATTGTG--TTT--GTTCAC--CACCATTTGAAGA--T--AAGCGAGATAACTTG-Gtttaa
gi|10 : CTCTTTTATAC--TCGAT--TAAGTTTTA-AA-ATAAGATCCTA-----TTACAGTGAAT------ACTAGTCTTATATCAATGAAAGTCA-C---A--TAATTTTG-------TCTTTAA-T--A-C----CATTAT--AA---GA---AC--TCG---------GGGATATGTG-A--T--AT--G-------GCT----TA-GTTAAGGTTATT-caacaatttcaggcatattta
gi|12 : aaatatggcCTTTAA-ACAATT--TGGTTACTTTTCATA-ACAAG--CTTA-C-ATCTC-AATACAT------ACTAGTTACTCATCGTTGACA--CAT---------A--CTG-------TC----TCC--G-T----TAC--T--AA---AG---GC--GAA------AGTGGGAT---
gi|3 : ctaT--T--TAAGTTCTA-TA-GCAGT--CTCACATATCTC-GGTAGCT------ACTAGTCA-------ATGAAG--CTTC---A--CAA--TTG-------TCTT-CACT--T-C----CAG--C--AG---GGTTTAC--A----------TGGGAT------ATCT--GT--G-------TTT----TA-GGCAGA---------------------TTTG-A-A-------TAAAAT-GTTTTAGAC--CTTGA--ATCTCAGAAA---AT-----ACT----TTCAGGAT-TT-AATGGAATATT----------AATTGGTGTGT----TCAGTACTGAAGTAAAAACTAACAAAGAAAAGTG-C-CATGACCTTTGTGTTGTTACTTT---------TATATT-CCA-TTTTA----TACATGAAAA-----AAT--GGA-TTAGATTTTTATAGCATGCACAATATTTTTGTCAA--AAT-TCAG-TCATCTGATAGATATTGTTCTGAag
gi|2 : taagT--T--AAAATATTT-TA-GAAAG--CTCA-C-ATCTC-AGT---------------TGATATAGCAATGAAA--CTTC---ACATGT--GTG-------TT---CACC--A-A----CAT--T--AAAT-GC---ACTCACATGGTTGAGGGAGAT----A-A-CTC-GT--A-------TTTAATATAAGGCAAATTTATT-GCCC-CTTTTACACGAAG-ACAATAGGG-TTAAATTGTTTCAGAAAGCTCAT--TTCTTTGAAATATAT-----ACT----T----GAT-CTACTTTT-ATATTCTATTTTTTAAACTAATTGGTGTATTCAGTATTAAAGAAAGAAGTCTTAGGGGCAAATG-CCA-TAAACTTTAC-TTG-TATTTTGTTAGAAA-TATATCAC---TTT------TATGCTTAGAC----TATT--GGTTTAGATTTTTATATCATGTTTGATATTATTGTCCACTCTTGTTAGTTCATGTTGTCGATTT--TTTTGaacaaggtgtgaaaaggggagtccactgtcttctgacagctcttgt
gi|9 : caT--T--AAAGTTTT--TATGCCAG--CTCA-TTATCTC-AGTTATC------AATATCCATACATGAATGAAA--C-TCCACA--TG----TG-------T-----ATT--A-C----CTT--T--AA---AG---GT--ATA------ACT----T---TG---TT--TT--GA------TTT----TA-GGCAGTATTATG-AC-C-CTTTTATACTTAG-A-AA
gi|11 : ta--TAAGGTTTT-TA-GTAAG--GTCA-T-ATGAG-AGTAACTTGTGTAACT--TCACACGT--GT--------TC---A--CTA--CTA-------TA---AACTGGA-C------T--C--AA---AG---TG--ACA------AGTGGGA----TA-A-CT--GT----------TCTAATATA-GACAGATTTA---TCGT-CCTTTAacatcgctaatttttttcagga
gi|15 : AAGTTCTA-CA-ACAAA--CTTC-T-ATCTC-AGTAACT------ACTAGTCATACATTAAT---A--CATT---T--TGG--CAG-------TT-----TT--GTC----CAT--TC-AA---GG---A---ACA------AGTTGAAT---c
gi|13 : a-AGTAACT------ACTAGCCATACATCGATGCAA--CTGC---A--TGA--TTGTGTTTGTTC----ACC--A-C----CAT--TTGAA---G--------ATA------AGCGAGA----TA-A-CT---T--GGCAACAATTT----CA-GGCA----TATT-Tac
gi|4 : GTAACT------TCTGGTCATGTGCCAATGAAA--CTTC---A--CAA--CTG-------TCTC-CACT--G-C----TAG--T--AG---GG---GT--ACA------AATTGGA-----A-A-AC--ATA-G-------TTT----TT-GGCAGAATTATT-TTA---------------------TTG----------TTTTAGATACCTCAT--ATTTCAGAAA---AT-----TCT----ATT--GGTATTAATTGA-AAAGT----------AATTGGTGTAT----TCATTATTAAAGTAGAAATTTGTAGGGACTAGTTTCA--TTACCTTTAC-TTG-TATTTTGTTAG-AATTATATCTC---TTTTATACTTATACTTATACTTATGATT-GGG-TTAGATTTCTGTAGCATGCCTCATATTATTGTCCA--GTT-TCAG-TTATCCAATAGCTATTGTTTTGAa
gi|6 : tctctTAACT------ACCAGCCTTACATCAATG--A--TTTC---A--TTA--CTA-------TT---AAATGAA-CTCGACATGAT--AA---GG---AG--ACA------AATGGAATA--TA-A-CT--TTTAA-------TTT----GA-AACAGAATAATA-ACAC-CTCTT-TTCTTAGAA-AAATTGATTAAGATTGTTCT-GCATGTTAAT--ATCTCAGTAA---CT-----ACTAGCCTTTAAga
gi|16 : C---G--TGA--GTG-------TT---AGCT--A-C----CGG--T--AAATAGG---AC--ACA------AGAGGCA-------A-CTCCAT--T-------TTT----TA-GACAGAAATACG-CCCC-CTTCTATACTTAA-A-AA
gi|8 : C---A--T-A--CTG-------TC---T-CC--G-T----TAC--T--AA---AG---GC--GAA------AGTGGGAT---AGCA-C----A--G-------ATT----AA-GGGATAATTATT-TC-C-CTTTCCTACT
gi|5 : caT--T--AA---TG---GG--ACA------AATGAAAT----------------A-------TCT----T--GGCAAAATTATTGTCTCTCTTTCAAACTTTG-A-AA--------AGT--GTTTTAGAAATATCAT--ATCTCATAAA---ATATAACACT----TATTGGAA-TTCAATAG-GTA-T----------GACCAGT-----------AC-CTACAGGA--AACT-------TAAAGGA-CAATTA--CTTTAC-TTG-TATTTTATTAG-AG-TA-AGA-T---TTTTA----T-TTTTTGGA-----AATT-AGA-TTAAAGGTTTAAAGCATGTTC----TTATTcatattcaggaaatgcgattgtgattcaactgagaattaatacctatgcacagttttaaagaaaaaaatacatacctttatttgttttttattagaa
gi|7 : ---TA-A-CT--CT--G-------TTT----TA-GGCAAAATTATA-GCCC-TTTTTATACTTAG-A-AATTTGA-TAAAAGTGTTTTGTAAA-TTCATAGATCTCTGAGA---AT-----ACT----ATCGGGAT-TTAATTAA-AAATG----------AATCGATGTGT----TCAGTTATAAAGTAAAAACTCACAAGGAAAAGTG-CAAAtcagtaaccgctaatcatactgt
gi|14 : gagcgccgtcagaGT----TCAGTGATAAAGTAAAAAATAAAAAAAACAAGTG-CCAA-AAGCTTTAC-TTG-TATTTTGTTAC-AATTATATA-CATGTTTTA----TA
gi|17 : tacatttatgtTTT-----TATACTTAAA-----AAATAGGG-TTAGATTTTTATAGCATGCACAGCAGAATTGTC-A--AATATCAG-TTATCTGATAGCTATTGTc
gi|18 : G-TTAAATTTTGATAGCATGTTTCATATTACTGTGTA--GTTCTCAG-ACATCCAGTAGCTACTGTTTTGA
Alignments
lowQualScore : 11 11 22222222 11 11 11111111 11111 22222 1 1 1 222 1111111111111111111 222 1111 4444444444444444444444 222222222222222222222222222 111 2222222222222 1111 22222 33333333333333 111111 222222 33333333333333 111 33333 222222 11111 222222 11111 1
lowQualScore : 88 2 88 77777777 7 2 2 1 33 22 8 77777777 88888 22 9 0 3 88888 0 2 3 1 1 111 6 6 9999999999999999999 1 111 1 1 5 0000 2 2 4444 0000000000000000000000 55 55 44 44 222222222222222222222222222 1 999 4444444444444 4444 3 1 55555 3 0 3 3 33333333333333 99 888888 66 888 222222 5 1 2 9 99999999999999 4 66 9 1 777 2 66 00000 1 1 3 666666 1 22222 999999 6 11111 1 6 1
lowQualScore : .. . .. ........ . . . . .. .. . ........ ..... .. . . . ..... . . . . . ... . . ................... . ... . . . .... . . .... ...................... .. .. .. .. ........................... . ... ............. .... . . ..... . . . . .............. .. ...... .. ... ...... . . . . .............. . .. . . ... . .. ..... . . . ...... . ..... ...... . ..... . . .
lowQualScore : 55 5 55 00000000 3 5 0 2 88 55 8 00000000 55555 88 8 2 2 00000 0 3 3 0 0 000 0 0 0000000000000000000 0 555 3 0 7 4444 4 9 4444 0000000000000000000000 55 00 66 66 111111111111111111111111111 0 000 8888888888888 2222 3 6 00000 6 9 2 3 00000000000000 77 999999 99 888 999999 7 4 7 1 33333333333333 0 00 8 4 222 8 44 22222 0 7 5 777777 7 33333 555555 7 44444 7 0 4
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTACTTTAAANAATTTGGTTTTAAGTTTTATAACAAGCTCCTACAT-TATCTCAGTAANTACTAGTCATACATCGA--CGAC-ACATCA-C-GTG--TTTGTTNTC--TACCATTAGGAGAACT-AAAGC-GGGATAGCTTG-GGTATGGCTTAGTTAAGTAGCTTACACAAGTCACGTAATCTCTTTAATACAANTTTAAGTTTTNTA-GCAAGCTCA--T-ATCTCAGTAACTACTAGTCATACGTCAATGAAACTTCACGAC-TG-------T---C---A------CTA-C--CAT--T--AA---GGGC--------AC----------AAGTGGGAT-TAACTN--T--G------TTT----TA-GGCAGAATTATNG-C-C-CTTTTATACTTAGA-AA--T-T-GAT-AAAATTGTTTTAGA-AA-C-TCATA--TCTCAGAAA---ATACTNTC-G-G-ATTTAATTGAANATT--------------AATCGGTGTGTTCAGTAT-TAAAGTAAAAACTCGNAAGGACAAGTG-CNAATAACCTTTACTTGTATTTTGTTAGAATTATATC-C---TTTTATA----TACTTAGA-----AATT-GGGTTAGATTTTTATAGCATGCTCGATATTATTGTCCAGTTCTCAGTCATCCGATAGCTATTGTTTTGA
Reference ( family-291 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTACTTTAAACAATTTGGTTTTAAGTTTTATAACAAGCTTCTACAT-TATCTCAGTAACTACTAGCCATACATCGA--CGAC-ACATCA-C-GTG--TTTGTTNTC--TACCATTAGGAGAACT-AAAGC-GGGATAACTTG-GNTNTGGCTTAGTTAGGCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCTTTNATACAATTTTAAGTTTTNTA-GCAAGCTCA--T-ATCTCAGTAACTACTAGTCATACATCAATGAAACTTCACGAC-TG-------T---C---A------CTA-C--CAT--T--AA---GGGC--------AC----------AAGTGGGAT-TAACTN--T--G------TTT----TA-GGCAGAATTATTN-CNC-CTTTTATACTTAGA-AA--T-T-GAT-AAAATTGTTTTAGA-AA-C-TCATA--TCTCAGAAA---ATACTTTC-G-G-ATTTAATTGGATATT--------------AATCGGTGTGTTCAGTAN-TAAAGTAAAAACTCGCAAGGANAAGTG-CAAATAANCTTTACTTGTATTTTGTTAGAATTATATN-C---TTTTATA----TACTTAGAC----AATT-GGGTTAGATTTTTATAGCATGCNCGATATTATTGTCCAGTT-TCAGTCATCCGATAGCTATTGTTTTGA
gi|1 : CTACT--AAAGAATTTGGTTTCAAGTTTTATAACAAACTTCTACATGTATCTTAGTAACTACTAGTCATGCATCAA--CGAC-ACATCA-C-ATG--TTTGTTATC--TACTAATAAGAGAACTCAAAGT-GGGATAGCTTG-GGTATGACTT---TAAGTAGCTTACACAAGTCACGTAATCTCTTTAATAC--TTTTAAGTTTTCTA-ACAAGCTTA--A-ATTTAAGTAACTACTAGTCATACGTCAATGAAACATCATGAC-TG-------T---C---AA-----CTA-C--CAT--T--AA---GGAC--------AC----------AAGTGGGAT-TGACTG--T--G------TTT----TA-GGCAGAATTATTT-CAC-CTTTTATACTTTGA-AAT-T-T-GAT-AAAA--GTTTTAAA-AAGT-TTATA--TCTCAGAAA---ATACTTTTAA-G-ATTTAAATAGATATT--------------GACCGGTCGGTTCAATAT-TAAAGAAATAACTCGGAAGGTCAAGTG-CAAATAACCTTTGCTTGTATTTTGTTAGAA-TATATC-C---TTTTATA----TATTTAGA-----GATTAAGGTTAGATTTTTATAGCATATTTAA-ATTATTGTCTAATTCTCAGTCATCCTATAGCTTTTGTTTTGA
gi|10 : aaatattaattaatccacttttagtaaatagcagttttaatatggaattaaaaaagatagaaataactttttgtgtaattaattataaaacacgatggaaacaatataccttataattaatatcctctcttcttcacaaaaatgtagacatttTTAAGTTTTAAAATAAGATCCT--AT-TA---CAGTGAATACTAGTCTTATATCAA--TGA--AAGTCA-C-ATAATTTTGTCTTTAATACCATTATAAGAACT-----CGGGGATA---TGTGATATGGCTTAGTTAAG
gi|11 : aaatatggcctcttttatactcgaTAAGGTTTTTA-GTAAGGTCA--T-ATGAGAGTAACT------------T--GTGTAACTTCAC-ACGTG-------TT--C---A------CTA-C--TAT--A--AACT-GGACTCAAAGTGAC----------AAGTGGGA--TAACTG--T---------TCTAATATA-GACAGATTTATCG--TC-CTTTgttatt
gi|12 : CTACTTTAAACAATTTGG--TTACTTTTCATAACAAGCT--TAC----ATCTCAATACATACTAGTTACTCATCGT--TGAC-ACAT-A-CTGTC--TCCGTTA-C--TA--A--AGG----CG-AAAGT-GGGATAac
gi|13 : AGTAACTACTAGCCATACATCGATGCAACTGCATGATT-GTG--TTTGTTCAC--CACCATTTGAAGA--T--AAGC-GAGATAACTTG-Gg
gi|13 : AGTAACTACTAGCCATACATCGATGCAACTGCATGAT-TGTGTTTGTT---C---A------CCA-C--CAT--TTGAA---G-----------AT----------AAGCGAGA--TAACTT--G--GCAACAATTT----CA-GGCATATTTAcaacaatttcaggcatattta
gi|14 : TGTGTTCAGTGA-TAAAGTAAAAAATAAAAAAAACAAGTG-CCAA-AAGCTTTACTTGTATTTTGTTACAATTATATA-CATGTTTTATA----
gi|15 : tacatttaAAGTTCTACA-ACAAACTTC--T-ATCTCAGTAACTACTAGTCATACATTAAT-ACATTT--TGGC-AG-------T---T----------TTGTC--CAT--T--CA---AGGA--------AC----------AAGTTGAAT-c
gi|16 : aGAG-TG-------T---T---AG-----CTA-C--CGG--T--AAATAGGAC--------AC----------AAGAGG----CAACTCCAT--T------TTT----TA-GACAGAAATACGC-CCC-CTTCTATACTTAAA-AA--ac
gi|17 : cgtTTT-TA----TACTTAAAA----AATA-GGGTTAGATTTTTATAGCATGCACAGCAGAATTGTCAAATA-TCAGTTATCTGATAGCTATTGT
gi|18 : GTTAAATTTTGATAGCATGTTTCATATTACTGTGTAGTTCTCAGACATCCAGTAGCTACTGTTTTGA
gi|2 : TTAAAATATTTTA-GAAAGCTCA--C-ATCTCAGT---------TGATATAGCAATGAAACTTCACATG-TG-------TGTTC---A------CCA-A--CAT--T--AA---ATGC--------ACTCACATGGTTGAGGGAGAT--AACTCG-T--A------TTTAATATAAGGCAAATTTATTG-CCC-CTTTTACACGAAGACAA--TAG-GGT-TAAATTGTTTCAGA-AAGC-TCATT--TCTTTGAAATATATACTT-----G-ATCTACTTTTATATTCTATTTTTTAAACTAATTGGTGTATTCAGTAT-TAAAGAAAGAAGTCTTAGGGGCAAATG-CCA-TAAACTTTACTTGTATTTTGTTAGAAATATATCAC---TTTTATG------CTTAGAC----TATT-GGTTTAGATTTTTATATCATGTTTGATATTATTGTCCAga
gi|3 : caAAGTTTAAGTTCTATA-GCAGTCTCACAT-ATCTCGGTAGCTACTAGTCA-------ATGAAGCTTCACAAT-TG-------T---CTTCA------CTT-C--CAG--C--A----GGGTTT------AC----------A--TGGGAT--ATCTG--T--G------TTT----TA-GGCAGA--------------TTT-------GA-A---------T-AAAAT-GTTTTAGA-C--C-TTGAA--TCTCAGAAA---ATACTTTCAG-G-ATTTAATGGAATATT--------------AATTGGTGTGTTCAGTAC-TGAAGTAAAAACTAACAAAGAAAAGTG-CCA-TGACCTTTG--TGT----TGTTACTTTTATATT-C---CATTTTA----TACATGAAA----AAAT-GGATTAGATTTTTATAGCATGCACAATATTTTTGTCAAAAT-TCAGTCATCTGATAGATATTGTTCTGActcttgttagttcatgttgtcgatttttttg
gi|4 : tTCTCTGTAACTTCTGGTCATGTGCCAATGAAACTTCACAAC-TG-------T---CTCCA------CTG-C--TAG--T--AG---GGGT--------AC----------AAATTGGAA--AACAT--A--G------TTT----TT-GGCAGAATTAT---------TTTAT-------------------------TGTTTTAGATAC-C-TCATA--TTTCAGAAA---ATTCTATT-G-G-TATTAATTGAAAAGT--------------AATTGGTGTATTCATTAT-TAAAGTAGAAATTTGTAGGGACTAGTTTCA--TTACCTTTACTTGTATTTTGTTAGAATTATATCTC---TTTTATACTTATACTTATACTTATGATT-GGGTTAGATTTCTGTAGCATGCCTCATATTATTGTCCAGTT-TCAGTTATCCAATAGCTATTGTTTTGAaacaaggtgtgaaaaggggagtccactgtcttctgacagctcttgt
gi|5 : T--T--AA---TGGG--------AC----------AAATG------AAATA--T--C------TT--------GGCAAAATTATTGTCTCTCTTTCAAACTT----------T-GA---AAAGTGTTTTAGA-AA-TATCATA--TCTCATAAA---ATA---TA-A-C-ACTTA-TTGGA-ATTC-------------AATAGGTATGACCAGTACCTACAG--GAAACTTA-AAGGACAATT---------ACTTTACTTGTATTTTATTAGAGTAAGAT------TTTTAT-----TTTTTGGA-----AATT-AGATTAAAGGTTTAAAGCATGTTC----TTAT--TTCAGTga
gi|5 : TTAAAGGTTTAAA-GCATGTTCT--T-ATTTCAGTAACCGCTAATCATACaaccgctaatcatactgt
gi|6 : ttaatgggacaaatgaaatatcttggcaaaattattgtctctctttcaaactttgaaaagtgttttagaaatatcatatctcataaaatataacacttattggaattcaataggtatgaccagtacctacaggaaacttaaaggacaattactttacttgtattttattagagtaagatttttattttttggaaattagaTAACTACCAGCCTTACATCAATGA--TTTCATTAC-TA-------T---T---AAATGAACT--CGACATGAT--AA---GGAG--------AC----------AAATGGAATATAACTT--TTAA------TTT----GA-AACAGAATAATAA-CAC-CTCTTTT-CTTAGA-AAAAT-T-GATTAAGATTGTTCTGCA-TG-T-TAATA--TCTCAGTAA---CTACTtgt
gi|7 : -TAACTC--T--G------TTT----TA-GGCAAAATTATAG-CCC-TTTTTATACTTAGA-AA--T-TTGAT-AAAAGTGTTTTGTA-AA-T-TCATAGATCTCTGAGA---ATACTATC-G-GGATTTAATTAAAAATG--------------AATCGATGTGTTCAGTTA-TAAAGTAAAAACTCACAAGGAAAAGTG-CAAAagcctttaa
gi|8 : gagcgccgtcagaAC-TG-------T---C---T------CCG-T--TAC--T--AA---AGGC--------GA----------AAGTGGGA--TAGCAC--A--G------ATT----AA-GGGATAATTATTT-C-C-CTTTCCTACTCA
gi|8 : cacatA-C-TCATA--T-TCAGGAA---ATGCGATT-GTG-ATTCAACTGAGAATT--------------AATACCTATGCACAGTTT-TAAAG-AAAA------------AAATA-C--AT-ACCTTTATTTGTTTTTTATTAGAAtattcaggaaatgcgattgtgattcaactgagaattaatacctatgcacagttttaaagaaaaaaatacatacctttatttgttttttattagaa
gi|9 : cacatactgtctccgttactaaaggcgaaagtgggatagcacagattaagggataattatttccctttcctTTAAAGTTTTTATGCCAGCTCA--TTATCTCAGTTATCAATATCCATACATGAATGAAACTCCACATG-TG-------T-------A------TTA-C--CTT--T--AA---AGGT--------AT----------AACT----T-T-GTTT--T--GA-----TTT----TA-GGCAGTATTATGA-C-C-CTTTTATACTTAGA-AA--
Alignments
lowQualScore : 11 11 1 1 3333 11 11 11111111 11111 22222 1 1 222 111 1111 4444444444444444444444 222222222222222222222222222 111 2222222222222 1111 11111111111 33333333333333 111111 222222 33333333333333 111 22222 333333 11111 2222222 111 1
lowQualScore : 88 1 11 3 2 7 5555 1 1 33 22 8 77777777 88888 22 9 0 3 88888 0 6 3 111 222 1 1 5 0000 2 1 2 4444 0000000000000000000000 55 55 44 44 222222222222222222222222222 1 999 4444444444444 4444 3 1 66666666666 5555 3 44444444444444 99 888888 66 888 333333 5 1 1 33333333333333 4 66 6 1 777 4 55555 0 3 333333 33333 3 3333333 888 0 111 1 3 5 1
lowQualScore : .. . .. . . . .... . . .. .. . ........ ..... .. . . . ..... . . . ... ... . . . .... . . . .... ...................... .. .. .. .. ........................... . ... ............. .... . . ........... .... . .............. .. ...... .. ... ...... . . . .............. . .. . . ... . ..... . . ...... ..... . ....... ... . ... . . . .
lowQualScore : 55 0 33 3 0 3 0000 0 2 88 55 8 00000000 55555 88 8 2 2 00000 0 5 3 000 333 3 0 7 4444 4 7 9 4444 0000000000000000000000 55 00 66 66 111111111111111111111111111 0 000 8888888888888 2222 3 6 66666666666 6666 3 22222222222222 77 999999 99 888 333333 7 4 0 66666666666666 0 22 9 4 888 5 44444 7 5 555555 66666 7 3333333 777 6 333 7 5 0 4
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTACTTTAAANAATTTGGTTTCAAGTTTT-ATAACAAGCTCCTACAT-TA-CTCAGTAANTACTAGTCATACATCGA--CGAC-ACATCA-C-GTG--TTTGTTNTC--TACCATTAGGAGAACT-AAAGC-GGGATAGCTTG-GGTATGGCTTAGTTAAGTAGCTTACACAAGTCACGTAATCTCTTTAATACAGNTTTAAGTTTTNTA-GCAAGCTCA--T-ATCTCAGTAACTACTAGTCATACGTCAATGAAACTTCACGAC-TG-------T---C---A------CTA-C--CAT--T--AA---GGGC--------AC----------AAGTGGGAT-TAACTN--T--G------TTT----TA-GGCAGAATTATCGC-C---C--TTTT-ATACTTAGA-AA--T-T-GAT-AAAATTGTTTTAGA-AA-C-TCATA--TCTCAGAAA---ATACTNTC-G-G-ATTTAATTGAANATT--------------AATCGGTGTGTTCAGTAT-TAAAGNAAAAACTCGNAAGGACAAGTGCCAATAACCTTTACTTGTATTTTGTTAGAATTATATC-C---TTTTA----TATACTTAGA-----A-ATT-G-GGTTAGATTTTTATAGCATGCTCGATATTATTGTCCAGTTCTCAGTCATCCGATAGCTATTGTTTTGA
Reference ( family-291 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTACTTTAAANAATTTGGTTTTAAGTTTT-ATAACAAGCTCCTACAT-TATCTCAGTAANTACTAGTCATACATCGA--CGAC-ACATCA-C-GTG--TTTGTTNTC--TACCATTAGGAGAACT-AAAGC-GGGATAGCTTG-GGTATGGCTTAGTTAAGTAGCTTACACAAGTCACGTAATCTCTTTAATACAANTTTAAGTTTTNTA-GCAAGCTCA--T-ATCTCAGTAACTACTAGTCATACGTCAATGAAACTTCACGAC-TG-------T---C---A------CTA-C--CAT--T--AA---GGGC--------AC----------AAGTGGGAT-TAACTN--T--G------TTT----TA-GGCAGAATTATNGC-C---C--TTTT-ATACTTAGA-AA--T-T-GAT-AAAATTGTTTTAGA-AA-C-TCATA--TCTCAGAAA---ATACTNTC-G-G-ATTTAATTGAANATT--------------AATCGGTGTGTTCAGTAT-TAAAGTAAAAACTCGNAAGGACAAGTGCNAATAACCTTTACTTGTATTTTGTTAGAATTATATC-C---TTTTA----TATACTTAGA-----A-ATT-G-GGTTAGATTTTTATAGCATGCTCGATATTATTGTCCAGTTCTCAGTCATCCGATAGCTATTGTTTTGA
gi|1 : CTACT--AAAGAATTTGGTTTCAAGTTTT-ATAACAAACTTCTACATGTATCTTAGTAACTACTAGTCATGCATCAA--CGAC-ACATCA-C-ATG--TTTGTTATC--TACTAATAAGAGAACTCAAAGT-GGGATAGCTTG-GGTATGACTT---TAAGTAGCTTACACAAGTCACGTAATCTCTTTAATAC--TTTTAAGTTTTCTA-ACAAGCTTA--A-ATTTAAGTAACTACTAGTCATACGTCAATGAAACATCATGAC-TG-------T---C---AA-----CTA-C--CAT--T--AA---GGAC--------AC----------AAGTGGGAT-TGACTG--T--G------TTT----TA-GGCAGAATTATTTCAC---C--TTTT-ATACTTTGA-AA--T-TTGAT-AAAA--GTTTTAAA-AAGT-TTATA--TCTCAGAAA---ATACTTTT-AAG-ATTTAAATAGATATT--------------GACCGGTCGGTTCAATAT-TAAAGAAATAACTCGGAAGGTCAAGTGCAAATAACCTTTGCTTGTATTTTGTTAGAAT-ATATC-C---TTTTA----TATATTTAGA-----G-ATT-AAGGTTAGATTTTTATAGCATATTTAA-ATTATTGTCTAATTCTCAGTCATCCTATAGCTTTTGTTTTGA
gi|10 : aaatattaattaatccacttttagtaaatagcagttttaatatggaattaaaaaagatagaaataactttttgtgtaattaattataaaacacgatggaaacaatataccttataattaatatcctctcttcttcacaaaaatgtagacatttTTAAGTTTT-AAAATAAGATCCT--AT-TA---CAGTGAATACTAGTCTTATATCAA--TGA--AAGTCA-C-ATAATTTTGTCTTTAATACCATTATAAGAACT-----CGGGGATA---TGTGATATGGCTTAGTTAAG
gi|11 : aaatatggcctcttttatactcgaTAAGGTTTTTA-GTAAGGTCA--T-ATGAGAGTAACT--------TGTGT------AACTTCAC-ACGTGT------T---C---A------CTA-C--TAT--A--AACT-GGACTCAAAGTGAC----------AAGTGGGA--TAACTG--T---------TCTAATATA-GACAGATTTATCGT-C---C--TTTgttatt
gi|12 : CTACTTTAAACAATTTGGTT---ACTTTTCATAACAAGCT--TACAT----CTCAATACATACTAGTTACTCATCGT--TGAC-ACAT-A-CTGTC--TCCGTTA-C--TA--A--AGG----CG-AAAGT-GGGATAGac
gi|13 : AGTAACTACTAGCCATACATCGATGCAACTGCATGATT-GTG--TTTGTTCAC--CACCATTTGAAGA--T--AAGC-GAGATAACTTG-G
gi|13 : AGTAACTACTAGCCATACATCGATGCAACTGCATGAT-TGTGTTTGTT---C---A------CCA-C--CAT--TTGAA---G-----------AT----------AAGCGAGA--TAACTT--G--GCAACAATTT----CA-GGCATATTTAcaacaatttcaggcatattta
gi|14 : TGTGTTCAGTGA-TAAAGTAAAAAATAAAAAAAACAAGTGCCAA-AAGCTTTACTTGTATTTTGTTACAATTATATA-CATGTTTTA----TA
gi|15 : tacatttaAAGTTCTACA-ACAAACTTC--T-ATCTCAGTAACTACTAGTCATACATTAAT-ACATTT--TGGC-AG-------T---T----------TTGTC--CAT--T--CA---AGGA--------AC----------AAGTTGAAT-c
gi|16 : aGAG-TG-------T---T---AG-----CTA-C--CGG--T--AAATAGGAC--------AC----------AAGAGG----CAACTCCAT--T------TTT----TA-GACAGAAATA-CGC-C---CCCTTCT-ATACTTAAA-AA--ac
gi|17 : cgtTTT-----TATACTTAAA-----A-AATAG-GGTTAGATTTTTATAGCATGCACAGCAGAATTGTCAAA-TATCAGTTATCTGATAGCTATTGT
gi|18 : GTTAAATTTTGATAGCATGTTTCATATTACTGTGTAGTTCTCAGACATCCAGTAGCTACTGTTTTGA
gi|2 : TTAAAATATTTTA-GAAAGCTCA--C-ATCTCAGT---------TGATATAGCAATGAAACTTCACATG-TG-------TGTTC---A------CCA-A--CAT--T--AA---ATGC--------ACTCACATGGTTGAGGGAGAT--AACTCG-T--A------TTTAATATAAGGCAAATTTATTGC-C---CC-TTTT-ACACGAAGACAA--TAG-GGT-TAAATTGTTTCAGA-AAGC-TCATT--TCTTTGAAATATATACTT-----G-ATCTACTTTTATATTCTATTTTTTAAACTAATTGGTGTATTCAGTAT-TAAAGAAAGAAGTCTTAGGGGCAAATGCCA-TAAACTTTACTTGTATTTTGTTAGAAATATATCAC---TTT------TATGCTTAGA-----CTATT-G-GTTTAGATTTTTATATCATGTTTGATATTATTGTCCAga
gi|3 : caAAGTTTAAGTTCTATA-GCAGTCTCACAT-ATCTCGGTAGCTACTAGTCA-------ATGAAGCTTCACAAT-TG-------T---CTTCA------CTT-C--CAG--C--A----GGGTTT------AC----------A--TGGGAT--ATCTG--T--G------TTT----TA-GGCAGA-----------------TTT--------GA-A---------T-AAAAT-GTTTTAGA-C--C-TTGAA--TCTCAGAAA---ATACTTTCAG-G-ATTTAATGGAATATT--------------AATTGGTGTGTTCAGTAC-TGAAGTAAAAACTAACAAAGAAAAGTGCC-ATGACCTTTG--TG----TTGTTACTTTTATATT-CCA-TTTTA----TACA-TGAAA-----A-AAT-G-GATTAGATTTTTATAGCATGCACAATATTTTTGTCAAAAT-TCAGTCATCTGATAGATATTGTTCTGActcttgttagttcatgttgtcgatttttttg
gi|4 : tTCTCTGTAACTTCTGGTCATGTGCCAATGAAACTTCACAAC-TG-------T---CTCCA------CTG-C--TAG--T--AG---GGGT--------AC----------AAATTGGAA--AACAT--A--G------TTT----TT-GGCAGAATTAT------------TTT-AT-------------------------TGTTTTAGATAC-C-TCATA--TTTCAGAAA---ATTCTATT-G-G-TATTAATTGAAAAGT--------------AATTGGTGTATTCATTAT-TAAAGTAGAAATTTGTAGGGACTAGT-TTCATTACCTTTACTTGTATTTTGTTAGAATTATATCTC---TTTTATACTTATACTTATACTTATG-ATT-G-GGTTAGATTTCTGTAGCATGCCTCATATTATTGTCCAGTT-TCAGTTATCCAATAGCTATTGTTTTGAaacaaggtgtgaaaaggggagtccactgtcttctgacagctcttgt
gi|5 : T--T--AA---TGGG--------AC----------AAATG------AAATA--T--C------TT--------GGCAAAATTATTGT-CTCTC--TTTC-AAACTT----------T-GA---AAAGTGTTTTAGA-AA-TATCATA--TCTCATAAA---ATA-TAAC-----ACTTA-TTGGAATTC--------------AATAGGTATGACCAGTACCTACAG--GAAACTT-AAAGGACAATTAC--------TTTACTTGTATTTTATTAGAGTAAGAT------TTTTA----T-TTTTTGGA-----A-ATT-A-GATTAAAGGTTTAAAGCATGTTC----TTAT--TTCAGTga
gi|5 : AGATTAAAGGTTTAAA-GCATGTTCT--T-ATTTCAGTAACCGCTAATCATACaaccgctaatcatactgt
gi|6 : ttaatgggacaaatgaaatatcttggcaaaattattgtctctctttcaaactttgaaaagtgttttagaaatatcatatctcataaaatataacacttattggaattcaataggtatgaccagtacctacaggaaacttaaaggacaattactttacttgtattttattagagtaagatttttattttttggaaattTAACTACCAGCCTTACATCAATGA--TTTCATTAC-TA-------T---T---AAATGAACT--CGACATGAT--AA---GGAG--------AC----------AAATGGAATATAACTT--TTAA------TTT----GA-AACAGAATAATAACAC---C--TCTT-TT-CTTAGA-AAAAT-T-GATTAAGATTGTTCTGCA-TG-T-TAATA--TCTCAGTAA---CTACTtgt
gi|7 : -TAACTC--T--G------TTT----TA-GGCAAAATTATAGC-C---C--TTTTTATACTTAGA-AA--T-TTGAT-AAAAGTGTTTTGTA-AA-T-TCATAGATCTCTGAGA---ATACTATC-G-GGATTTAATTAAAAATG--------------AATCGATGTGTTCAGTTA-TAAAGTAAAAACTCACAAGGAAAAGTGCAAAagcctttaa
gi|8 : gagcgccgtcagaAC-TG-------T---C---T------CCG-T--TAC--T--AA---AGGC--------GA----------AAGTGGGA--TAGCAC--A--G------ATT----AA-GGGATAATTATTTC-C---C--TTTC-CTACTCA
gi|8 : cacatA-C-TCATA--T-TCAGGAA---ATGCGATT-GTG-ATTCAACTGAGAATT--------------AATACCTATGCACAGTTT-TAAAGAAAAAAAT-------ACA--T-------ACCTTTATTTGTTTTTTATTAGAAtattcaggaaatgcgattgtgattcaactgagaattaatacctatgcacagttttaaagaaaaaaatacatacctttatttgttttttattagaa
gi|9 : cacatactgtctccgttactaaaggcgaaagtgggatagcacagattaagggataattatttccctttcctTTAAAGTTTTTATGCCAGCTCA--TTATCTCAGTTATCAATATCCATACATGAATGAAACTCCACATG-TG-------T-------A------TTA-C--CTT--T--AA---AGGT--------AT----------AACT----T-TG-TTT--T--GA-----TTT----TA-GGCAGTATTATGAC-C---C--TTTT-ATACTTAGA-AA--
Alignments
lowQualScore : 11 11 1 3333333 11 1 11111111 11111 22222 1 1 222 111 1111 4444444444444444444444 222222222222222222222222222 111 2222222222222 1111 2222222222222 33333333333333 111111 222222 33333333333333 111 22222 333333 11111 2222222 111 1
lowQualScore : 88 1 11 2 6 4444444 1 1 33 0 2 8 77777777 88888 22 9 0 3 88888 0 6 3 111 222 1 1 5 0000 2 1 2 4444 0000000000000000000000 55 55 44 44 222222222222222222222222222 1 999 4444444444444 4444 3 1 3333333333333 7777 3 44444444444444 99 888888 66 888 333333 5 1 1 33333333333333 4 66 1 1 777 1 66666 0 3 333333 33333 3 3333333 888 0 111 1 3 5 1
lowQualScore : .. . .. . . ....... . . .. . . . ........ ..... .. . . . ..... . . . ... ... . . . .... . . . .... ...................... .. .. .. .. ........................... . ... ............. .... . . ............. .... . .............. .. ...... .. ... ...... . . . .............. . .. . . ... . ..... . . ...... ..... . ....... ... . ... . . . .
lowQualScore : 55 0 00 0 7 0000000 0 2 88 0 5 8 00000000 55555 88 8 2 2 00000 0 5 3 000 000 3 0 7 4444 4 7 9 4444 0000000000000000000000 55 00 66 66 111111111111111111111111111 0 000 8888888888888 2222 3 6 0000000000000 8888 3 22222222222222 77 999999 99 888 333333 7 4 0 66666666666666 0 22 0 4 888 4 66666 7 5 555555 66666 7 3333333 777 6 333 7 5 0 4
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTACTTTAAANAATTTGGTTTCAAGTTTTATAACAAGCTCCTACAT-TA-CTCAGTAANTACTAGTCATACATCGA--CGAC-ACATCA-C-GTG--TTTGTTNTC--TACCATTAGGAGAACT-AAAGCGGG-ATAGCTTG-GGTATGGCTTAGTTAAGTAGCTTACACAAGTCACGTAATCTCTTTAATACAGNTTTAAGTTTTNTA-GCAAGCTCA--T-ATCTCAGTAACTACTAGTCATACGTCAATGAAACTTCACGAC-TG-------T---C---A------CTA-C--CAT--T--AA---GGGC--------AC----------AAGTGGGAT-TAACTN--T--G------TTT----TA-GGCAGAATTAT--CGC-C---C--TTTT-ATACTTAGA-AA--T-T-GAT-AAAATTGTTTTAGA-AA-C-TCATA--TCTCAGAAA---ATACTNTC-G-G-ATTTAATTGAANATT--------------AATCGGTGTGTTCAGTAT-TAAAGNAAAAACTCGNAAGGACAAGTGCCAATAACCTTTACTTGTATTTTGTTAGAATTATATC-C---TTTTA----TATACTTAGA-----A-ATT-G-GGTTAGATTTTTATAGCATGCTCGATATTATTGTCCAGTTCTCAGTCATCCGATAGCTATTGTTTTGA
Reference ( family-291 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTACTTTAAANAATTTGGTTTCAAGTTTTATAACAAGCTCCTACAT-TA-CTCAGTAANTACTAGTCATACATCGA--CGAC-ACATCA-C-GTG--TTTGTTNTC--TACCATTAGGAGAACT-AAAGCGGG-ATAGCTTG-GGTATGGCTTAGTTAAGTAGCTTACACAAGTCACGTAATCTCTTTAATACAGNTTTAAGTTTTNTA-GCAAGCTCA--T-ATCTCAGTAACTACTAGTCATACGTCAATGAAACTTCACGAC-TG-------T---C---A------CTA-C--CAT--T--AA---GGGC--------AC----------AAGTGGGAT-TAACTN--T--G------TTT----TA-GGCAGAATTAT--CGC-C---C--TTTT-ATACTTAGA-AA--T-T-GAT-AAAATTGTTTTAGA-AA-C-TCATA--TCTCAGAAA---ATACTNTC-G-G-ATTTAATTGAANATT--------------AATCGGTGTGTTCAGTAT-TAAAGNAAAAACTCGNAAGGACAAGTGCCAATAACCTTTACTTGTATTTTGTTAGAATTATATC-C---TTTTA----TATACTTAGA-----A-ATT-G-GGTTAGATTTTTATAGCATGCTCGATATTATTGTCCAGTTCTCAGTCATCCGATAGCTATTGTTTTGA
gi|1 : CTACT--AAAGAATTTGGTTTCAAGTTTTATAACAAACTTCTACATGTATCTTAGTAACTACTAGTCATGCATCAA--CGAC-ACATCA-C-ATG--TTTGTTATC--TACTAATAAGAGAACTCAAAGTGGG-ATAGCTTG-GGTATGACTT---TAAGTAGCTTACACAAGTCACGTAATCTCTTTAATAC--TTTTAAGTTTTCTA-ACAAGCTTA--A-ATTTAAGTAACTACTAGTCATACGTCAATGAAACATCATGAC-TG-------T---C---AA-----CTA-C--CAT--T--AA---GGAC--------AC----------AAGTGGGAT-TGACTG--T--G------TTT----TA-GGCAGAATTAT--TTCAC---C--TTTT-ATACTTTGA-AA--T-TTGAT-AAAA--GTTTTAAA-AAGT-TTATA--TCTCAGAAA---ATACTTTT-AAG-ATTTAAATAGATATT--------------GACCGGTCGGTTCAATAT-TAAAGAAATAACTCGGAAGGTCAAGTGCAAATAACCTTTGCTTGTATTTTGTTAGAAT-ATATC-C---TTTTA----TATATTTAGA-----G-ATT-AAGGTTAGATTTTTATAGCATATTTAA-ATTATTGTCTAATTCTCAGTCATCCTATAGCTTTTGTTTTGA
gi|10 : aaatattaattaatccacttttagtaaatagcagttttaatatggaattaaaaaagatagaaataactttttgtgtaattaattataaaacacgatggaaacaatataccttataattaatatcctctcttcttcacaaaaatgtagacatttTTAAGTTTTAAAATAAGATCCTA--T-TA-C--AGTGAATACTAGTCTTATATCAA--TGAA-A-GTCA-C-ATAATTTTGTCTTTAATACCATTATAAGAACT-----CGGGGATA---TGTGATATGGCTTAGTTAAG
gi|11 : aaatatggcctcttttatactcgaTAAGGTTTTTA-GTAAGGTCA--T-ATGAGAGTAACT--------TGTGT------AACTTCAC-ACGTGT------T---C---A------CTA-C--TAT--A--AACT-GGACTCAAAGTGAC----------AAGTGGGA--TAACTG--T---------TCTAATATA-GACAGATTTAT--CGT-C---C--TTTgttatt
gi|12 : CTACTTTAAACAATTTGGTT--ACTTTTCATAACAAGCT--TACAT----CTCAATACATACTAGTTACTCATCGT--TGAC-ACAT-A-CTGTC--TCCGTTA-C--TA--A--AGG----CG-AAAGTGGG-ATAGac
gi|13 : AGTAACTACTAGCCATACATCGATGCAACTGCATGATT-GTG--TTTGTTCAC--CACCATTTGAAGA--T--AAGCGAG-ATAACTTG-G
gi|13 : AGTAACTACTAGCCATACATCGATGCAACTGCATGAT-TGTGTTTGTT---C---A------CCA-C--CAT--TTGAA---G-----------AT----------AAGCGAGA--TAACTT--G--GCAACAATTT----CA-GGCATATTTAcaacaatttcaggcatattta
gi|14 : TGTGTTCAGTGA-TAAAGTAAAAAATAAAAAAAACAAGTGCCAA-AAGCTTTACTTGTATTTTGTTACAATTATATA-CATGTTTTA----TA
gi|15 : tacatttaAAGTTCTACA-ACAAACTTC--T-ATCTCAGTAACTACTAGTCATACATTAAT-ACATTT--TGGC-AG-------T---T----------TTGTC--CAT--T--CA---AGGA--------AC----------AAGTTGAAT-c
gi|16 : aGAG-TG-------T---T---AG-----CTA-C--CGG--T--AAATAGGAC--------AC----------AAGAGG----CAACTCCAT--T------TTT----TA-GACAGAAATA---CGC-C---CCCTTCT-ATACTTAAA-AA--ac
gi|17 : cgtTTT-----TATACTTAAA-----A-AATAG-GGTTAGATTTTTATAGCATGCACAGCAGAATTGTCAAA-TATCAGTTATCTGATAGCTATTGT
gi|18 : GTTAAATTTTGATAGCATGTTTCATATTACTGTGTAGTTCTCAGACATCCAGTAGCTACTGTTTTGA
gi|2 : TTAAAATATTTTA-GAAAGCTCA--C-ATCTCAGT---------TGATATAGCAATGAAACTTCACATG-TG-------TGTTC---A------CCA-A--CAT--T--AA---ATGC--------ACTCACATGGTTGAGGGAGAT--AACTCG-T--A------TTTAATATAAGGCAAATTTAT--TGC-C---CC-TTTT-ACACGAAGACAA--TAG-GGT-TAAATTGTTTCAGA-AAGC-TCATT--TCTTTGAAATATATACTT-----G-ATCTACTTTTATATTCTATTTTTTAAACTAATTGGTGTATTCAGTAT-TAAAGAAAGAAGTCTTAGGGGCAAATGCCA-TAAACTTTACTTGTATTTTGTTAGAAATATATCAC---TTT------TATGCTTAGA-----CTATT-G-GTTTAGATTTTTATATCATGTTTGATATTATTGTCCAga
gi|3 : caAAGTTTAAGTTCTATA-GCAGTCTCACAT-ATCTCGGTAGCTACTAGTCA-------ATGAAGCTTCACAAT-TG-------T---CTTCA------CTT-C--CAG--C--A----GGGTTT------AC----------A--TGGGAT--ATCTG--T--G------TTT----TA-GGCAGA-------------------TTT--------GA-A---------T-AAAAT-GTTTTAGA-C--C-TTGAA--TCTCAGAAA---ATACTTTCAG-G-ATTTAATGGAATATT--------------AATTGGTGTGTTCAGTAC-TGAAGTAAAAACTAACAAAGAAAAGTGCC-ATGACCTTTG--TG----TTGTTACTTTTATATT-CCA-TTTTA----TACA-TGAAA-----A-AAT-G-GATTAGATTTTTATAGCATGCACAATATTTTTGTCAAAAT-TCAGTCATCTGATAGATATTGTTCTGActcttgttagttcatgttgtcgatttttttg
gi|4 : tTCTCTGTAACTTCTGGTCATGTGCCAATGAAACTTCACAAC-TG-------T---CTCCA------CTG-C--TAG--T--AG---GGGT--------AC----------AAATTGGAA--AACAT--A--G------TTT----TT-GGCAGAATTAT--------------TTT-AT-------------------------TGTTTTAGATAC-C-TCATA--TTTCAGAAA---ATTCTATT-G-G-TATTAATTGAAAAGT--------------AATTGGTGTATTCATTAT-TAAAGTAGAAATTTGTAGGGACTAGTTTC-ATTACCTTTACTTGTATTTTGTTAGAATTATATCTC---TTTTATACTTATACTTATACTTATG-ATT-G-GGTTAGATTTCTGTAGCATGCCTCATATTATTGTCCAGTT-TCAGTTATCCAATAGCTATTGTTTTGAaacaaggtgtgaaaaggggagtccactgtcttctgacagctcttgt
gi|5 : T--T--AA---TGGG--------AC----------AAATG------AAATA--T--C------TT--------GGCAAAATTAT--TGT-CTCTC--TTTC-AAACTT----------T-GA---AAAGTGTTTTAGA-AA-TATCATA--TCTCATAAA---ATA-TAAC-----ACTTA-TTGGAATTC--------------AATAGGTATGACCAGTACCTACAGGAAA--CTT-AAAGGACAATTAC--------TTTACTTGTATTTTATTAGAGTAAGAT------TTTTA----T-TTTTTGGA-----A-ATT-A-GATTAAAGGTTTAAAGCATGTTC----TTAT--TTCAGTga
gi|5 : AGATTAAAGGTTTAAA-GCATGTTCT--T-ATTTCAGTAACCGCTAATCATACaaccgctaatcatactgt
gi|6 : ttaatgggacaaatgaaatatcttggcaaaattattgtctctctttcaaactttgaaaagtgttttagaaatatcatatctcataaaatataacacttattggaattcaataggtatgaccagtacctacaggaaacttaaaggacaattactttacttgtattttattagagtaagatttttattttttggaaattTAACTACCAGCCTTACATCAATGA--TTTCATTAC-TA-------T---T---AAATGAACT--CGACATGAT--AA---GGAG--------AC----------AAATGGAATATAACTT--TTAA------TTT----GA-AACAGAATAATAACAC-CT--C--TTTT----CTTAGA-AAAAT-T-GATTAAGATTGTTCTGCA-TG-T-TAATA--TCTCAGTAA---CTACTtgt
gi|7 : -TAACTC--T--G------TTT----TA-GGCAAAATTAT--AGC-C---C--TTTTTATACTTAGA-AA--T-TTGAT-AAAAGTGTTTTGTA-AA-T-TCATAGATCTCTGAGA---ATACTATC-G-GGATTTAATTAAAAATG--------------AATCGATGTGTTCAGTTA-TAAAGTAAAAACTCACAAGGAAAAGTGCAAAagcctttaa
gi|8 : gagcgccgtcagaAC-TG-------T---C---T------CCG-T--TAC--T--AA---AGGC--------GA----------AAGTGGGA--TAGCAC--A--G------ATT----AA-GGGATAATTAT--TTC-C---C--TTTC-CTACTCA
gi|8 : cacatA-C-TCATA--T-TCAGGAA---ATGCGATT-GTG-ATTCAACTGAGAATT--------------AATACCTATGCACAGTTT-TAAAGAAAAAAAT-------ACA--T-------ACCTTTATTTGTTTTTTATTAGAAtattcaggaaatgcgattgtgattcaactgagaattaatacctatgcacagttttaaagaaaaaaatacatacctttatttgttttttattagaa
gi|9 : cacatactgtctccgttactaaaggcgaaagtgggatagcacagattaagggataattatttccctttcctTTAAAGTTTTTATGCCAGCTCA--TTATCTCAGTTATCAATATCCATACATGAATGAAACTCCACATG-TG-------T-------A------TTA-C--CTT--T--AA---AGGT--------AT----------AACT----T-TG-TTT--T--GA-----TTT----TA-GGCAGTATTAT--GAC-C---C--TTTT-ATACTTAGA-AA--
Alignments
lowQualScore : 11 11 1 3333333 11 1 11111111 11111 22222 1 1 222 111 1111 4444444444444444444444 222222222222222222222222222 111 2222222222222 1111 2222222222222 33333333333333 111111 222222 33333333333333 111 22222 333333 11111 2222222 111 1
lowQualScore : 88 1 11 2 6 4444444 1 1 33 0 2 8 77777777 88888 22 9 0 3 88888 0 6 3 111 222 1 1 5 0000 2 1 2 4444 0000000000000000000000 55 55 44 44 222222222222222222222222222 1 999 4444444444444 4444 3 1 3333333333333 7777 3 44444444444444 99 888888 66 888 333333 5 1 1 33333333333333 4 66 1 1 777 1 66666 0 3 333333 33333 3 3333333 888 0 111 1 3 5 1
lowQualScore : .. . .. . . ....... . . .. . . . ........ ..... .. . . . ..... . . . ... ... . . . .... . . . .... ...................... .. .. .. .. ........................... . ... ............. .... . . ............. .... . .............. .. ...... .. ... ...... . . . .............. . .. . . ... . ..... . . ...... ..... . ....... ... . ... . . . .
lowQualScore : 55 0 00 0 7 0000000 0 2 88 0 5 8 00000000 55555 88 8 2 2 00000 0 5 3 000 000 3 0 7 4444 4 7 9 4444 0000000000000000000000 55 00 66 66 111111111111111111111111111 0 000 8888888888888 2222 3 6 0000000000000 8888 3 22222222222222 77 999999 99 888 333333 7 4 0 66666666666666 0 22 0 4 888 4 66666 7 5 555555 66666 7 3333333 777 6 333 7 5 0 4
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTACTTTAAANAATTTGGTTTCAAGTTTTATAACAAGCTCCTACAT-TA-CTCAGTAANTACTAGTCATACATCGA--CGAC-ACATCA-C-GTG--TTTGTTNTC--TACCATTAGGAGAACT-AAAGCGGG-ATAGCTTG-GGTATGGCTTAGTTAAGTAGCTTACACAAGTCACGTAATCTCTTTAATACAGNTTTAAGTTTTNTA-GCAAGCTCA--T-ATCTCAGTAACTACTAGTCATACGTCAATGAAACTTCACGAC-TG-------T---C---A------CTA-C--CAT--T--AA---GGGC--------AC----------AAGTGGGAT-TAACTN--T--G------TTT----TA-GGCAGAATTAT--CGC-C---C--TTTT-ATACTTAGA-AA--T-T-GAT-AAAATTGTTTTAGA-AA-C-TCATA--TCTCAGAAA---ATACTNTC-G-G-ATTTAATTGAANATT--------------AATCGGTGTGTTCAGTAT-TAAAGNAAAAACTCGNAAGGACAAGTGCCAATAACCTTTACTTGTATTTTGTTAGAATTATATC-C---TTTTA----TATACTTAGA-----A-ATT-G-GGTTAGATTTTTATAGCATGCTCGATATTATTGTCCAGTTCTCAGTCATCCGATAGCTATTGTTTTGA
Reference ( family-291 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTACTTTAAANAATTTGGTTTCAAGTTTTATAACAAGCTCCTACAT-TA-CTCAGTAANTACTAGTCATACATCGA--CGAC-ACATCA-C-GTG--TTTGTTNTC--TACCATTAGGAGAACT-AAAGCGGG-ATAGCTTG-GGTATGGCTTAGTTAAGTAGCTTACACAAGTCACGTAATCTCTTTAATACAGNTTTAAGTTTTNTA-GCAAGCTCA--T-ATCTCAGTAACTACTAGTCATACGTCAATGAAACTTCACGAC-TG-------T---C---A------CTA-C--CAT--T--AA---GGGC--------AC----------AAGTGGGAT-TAACTN--T--G------TTT----TA-GGCAGAATTAT--CGC-C---C--TTTT-ATACTTAGA-AA--T-T-GAT-AAAATTGTTTTAGA-AA-C-TCATA--TCTCAGAAA---ATACTNTC-G-G-ATTTAATTGAANATT--------------AATCGGTGTGTTCAGTAT-TAAAGNAAAAACTCGNAAGGACAAGTGCCAATAACCTTTACTTGTATTTTGTTAGAATTATATC-C---TTTTA----TATACTTAGA-----A-ATT-G-GGTTAGATTTTTATAGCATGCTCGATATTATTGTCCAGTTCTCAGTCATCCGATAGCTATTGTTTTGA
gi|1 : CTACT--AAAGAATTTGGTTTCAAGTTTTATAACAAACTTCTACATGTATCTTAGTAACTACTAGTCATGCATCAA--CGAC-ACATCA-C-ATG--TTTGTTATC--TACTAATAAGAGAACTCAAAGTGGG-ATAGCTTG-GGTATGACTT---TAAGTAGCTTACACAAGTCACGTAATCTCTTTAATAC--TTTTAAGTTTTCTA-ACAAGCTTA--A-ATTTAAGTAACTACTAGTCATACGTCAATGAAACATCATGAC-TG-------T---C---AA-----CTA-C--CAT--T--AA---GGAC--------AC----------AAGTGGGAT-TGACTG--T--G------TTT----TA-GGCAGAATTAT--TTCAC---C--TTTT-ATACTTTGA-AA--T-TTGAT-AAAA--GTTTTAAA-AAGT-TTATA--TCTCAGAAA---ATACTTTT-AAG-ATTTAAATAGATATT--------------GACCGGTCGGTTCAATAT-TAAAGAAATAACTCGGAAGGTCAAGTGCAAATAACCTTTGCTTGTATTTTGTTAGAAT-ATATC-C---TTTTA----TATATTTAGA-----G-ATT-AAGGTTAGATTTTTATAGCATATTTAA-ATTATTGTCTAATTCTCAGTCATCCTATAGCTTTTGTTTTGA
gi|10 : aaatattaattaatccacttttagtaaatagcagttttaatatggaattaaaaaagatagaaataactttttgtgtaattaattataaaacacgatggaaacaatataccttataattaatatcctctcttcttcacaaaaatgtagacatttTTAAGTTTTAAAATAAGATCCTA--T-TA-C--AGTGAATACTAGTCTTATATCAA--TGAA-A-GTCA-C-ATAATTTTGTCTTTAATACCATTATAAGAACT-----CGGGGATA---TGTGATATGGCTTAGTTAAG
gi|11 : aaatatggcctcttttatactcgaTAAGGTTTTTA-GTAAGGTCA--T-ATGAGAGTAACT--------TGTGT------AACTTCAC-ACGTGT------T---C---A------CTA-C--TAT--A--AACT-GGACTCAAAGTGAC----------AAGTGGGA--TAACTG--T---------TCTAATATA-GACAGATTTAT--CGT-C---C--TTTgttatt
gi|12 : CTACTTTAAACAATTTGGTT--ACTTTTCATAACAAGCT--TACAT----CTCAATACATACTAGTTACTCATCGT--TGAC-ACAT-A-CTGTC--TCCGTTA-C--TA--A--AGG----CG-AAAGTGGG-ATAGac
gi|13 : AGTAACTACTAGCCATACATCGATGCAACTGCATGATT-GTG--TTTGTTCAC--CACCATTTGAAGA--T--AAGCGAG-ATAACTTG-G
gi|13 : AGTAACTACTAGCCATACATCGATGCAACTGCATGAT-TGTGTTTGTT---C---A------CCA-C--CAT--TTGAA---G-----------AT----------AAGCGAGA--TAACTT--G--GCAACAATTT----CA-GGCATATTTAcaacaatttcaggcatattta
gi|14 : TGTGTTCAGTGA-TAAAGTAAAAAATAAAAAAAACAAGTGCCAA-AAGCTTTACTTGTATTTTGTTACAATTATATA-CATGTTTTA----TA
gi|15 : tacatttaAAGTTCTACA-ACAAACTTC--T-ATCTCAGTAACTACTAGTCATACATTAAT-ACATTT--TGGC-AG-------T---T----------TTGTC--CAT--T--CA---AGGA--------AC----------AAGTTGAAT-c
gi|16 : aGAG-TG-------T---T---AG-----CTA-C--CGG--T--AAATAGGAC--------AC----------AAGAGG----CAACTCCAT--T------TTT----TA-GACAGAAATA---CGC-C---CCCTTCT-ATACTTAAA-AA--ac
gi|17 : cgtTTT-----TATACTTAAA-----A-AATAG-GGTTAGATTTTTATAGCATGCACAGCAGAATTGTCAAA-TATCAGTTATCTGATAGCTATTGT
gi|18 : GTTAAATTTTGATAGCATGTTTCATATTACTGTGTAGTTCTCAGACATCCAGTAGCTACTGTTTTGA
gi|2 : TTAAAATATTTTA-GAAAGCTCA--C-ATCTCAGT---------TGATATAGCAATGAAACTTCACATG-TG-------TGTTC---A------CCA-A--CAT--T--AA---ATGC--------ACTCACATGGTTGAGGGAGAT--AACTCG-T--A------TTTAATATAAGGCAAATTTAT--TGC-C---CC-TTTT-ACACGAAGACAA--TAG-GGT-TAAATTGTTTCAGA-AAGC-TCATT--TCTTTGAAATATATACTT-----G-ATCTACTTTTATATTCTATTTTTTAAACTAATTGGTGTATTCAGTAT-TAAAGAAAGAAGTCTTAGGGGCAAATGCCA-TAAACTTTACTTGTATTTTGTTAGAAATATATCAC---TTT------TATGCTTAGA-----CTATT-G-GTTTAGATTTTTATATCATGTTTGATATTATTGTCCAga
gi|3 : caAAGTTTAAGTTCTATA-GCAGTCTCACAT-ATCTCGGTAGCTACTAGTCA-------ATGAAGCTTCACAAT-TG-------T---CTTCA------CTT-C--CAG--C--A----GGGTTT------AC----------A--TGGGAT--ATCTG--T--G------TTT----TA-GGCAGA-------------------TTT--------GA-A---------T-AAAAT-GTTTTAGA-C--C-TTGAA--TCTCAGAAA---ATACTTTCAG-G-ATTTAATGGAATATT--------------AATTGGTGTGTTCAGTAC-TGAAGTAAAAACTAACAAAGAAAAGTGCC-ATGACCTTTG--TG----TTGTTACTTTTATATT-CCA-TTTTA----TACA-TGAAA-----A-AAT-G-GATTAGATTTTTATAGCATGCACAATATTTTTGTCAAAAT-TCAGTCATCTGATAGATATTGTTCTGActcttgttagttcatgttgtcgatttttttg
gi|4 : tTCTCTGTAACTTCTGGTCATGTGCCAATGAAACTTCACAAC-TG-------T---CTCCA------CTG-C--TAG--T--AG---GGGT--------AC----------AAATTGGAA--AACAT--A--G------TTT----TT-GGCAGAATTAT--------------TTT-AT-------------------------TGTTTTAGATAC-C-TCATA--TTTCAGAAA---ATTCTATT-G-G-TATTAATTGAAAAGT--------------AATTGGTGTATTCATTAT-TAAAGTAGAAATTTGTAGGGACTAGTTTC-ATTACCTTTACTTGTATTTTGTTAGAATTATATCTC---TTTTATACTTATACTTATACTTATG-ATT-G-GGTTAGATTTCTGTAGCATGCCTCATATTATTGTCCAGTT-TCAGTTATCCAATAGCTATTGTTTTGAaacaaggtgtgaaaaggggagtccactgtcttctgacagctcttgt
gi|5 : T--T--AA---TGGG--------AC----------AAATG------AAATA--T--C------TT--------GGCAAAATTAT--TGT-CTCTC--TTTC-AAACTT----------T-GA---AAAGTGTTTTAGA-AA-TATCATA--TCTCATAAA---ATA-TAAC-----ACTTA-TTGGAATTC--------------AATAGGTATGACCAGTACCTACAGGAAA--CTT-AAAGGACAATTAC--------TTTACTTGTATTTTATTAGAGTAAGAT------TTTTA----T-TTTTTGGA-----A-ATT-A-GATTAAAGGTTTAAAGCATGTTC----TTAT--TTCAGTga
gi|5 : AGATTAAAGGTTTAAA-GCATGTTCT--T-ATTTCAGTAACCGCTAATCATACaaccgctaatcatactgt
gi|6 : ttaatgggacaaatgaaatatcttggcaaaattattgtctctctttcaaactttgaaaagtgttttagaaatatcatatctcataaaatataacacttattggaattcaataggtatgaccagtacctacaggaaacttaaaggacaattactttacttgtattttattagagtaagatttttattttttggaaattTAACTACCAGCCTTACATCAATGA--TTTCATTAC-TA-------T---T---AAATGAACT--CGACATGAT--AA---GGAG--------AC----------AAATGGAATATAACTT--TTAA------TTT----GA-AACAGAATAATAACAC-CT--C--TTTT----CTTAGA-AAAAT-T-GATTAAGATTGTTCTGCA-TG-T-TAATA--TCTCAGTAA---CTACTtgt
gi|7 : -TAACTC--T--G------TTT----TA-GGCAAAATTAT--AGC-C---C--TTTTTATACTTAGA-AA--T-TTGAT-AAAAGTGTTTTGTA-AA-T-TCATAGATCTCTGAGA---ATACTATC-G-GGATTTAATTAAAAATG--------------AATCGATGTGTTCAGTTA-TAAAGTAAAAACTCACAAGGAAAAGTGCAAAagcctttaa
gi|8 : gagcgccgtcagaAC-TG-------T---C---T------CCG-T--TAC--T--AA---AGGC--------GA----------AAGTGGGA--TAGCAC--A--G------ATT----AA-GGGATAATTAT--TTC-C---C--TTTC-CTACTCA
gi|8 : cacatA-C-TCATA--T-TCAGGAA---ATGCGATT-GTG-ATTCAACTGAGAATT--------------AATACCTATGCACAGTTT-TAAAGAAAAAAAT-------ACA--T-------ACCTTTATTTGTTTTTTATTAGAAtattcaggaaatgcgattgtgattcaactgagaattaatacctatgcacagttttaaagaaaaaaatacatacctttatttgttttttattagaa
gi|9 : cacatactgtctccgttactaaaggcgaaagtgggatagcacagattaagggataattatttccctttcctTTAAAGTTTTTATGCCAGCTCA--TTATCTCAGTTATCAATATCCATACATGAATGAAACTCCACATG-TG-------T-------A------TTA-C--CTT--T--AA---AGGT--------AT----------AACT----T-TG-TTT--T--GA-----TTT----TA-GGCAGTATTAT--GAC-C---C--TTTT-ATACTTAGA-AA--
blockSeqs : TT C TT C C TAC A A TG T C C CATAAT TTTAA CC T A ACT G G T AGT AAG G T T CAT A G C ACG TGTTTGTTCA GT GA GA TG CTGGACTCAAAGTGAC G TAT TGGCAACAA AATA A T TGTCTCTC TATA A AAAATTGATTA TT AAGC GA TAT TTCAG G C T CTATTTTTTAAACT T CC T A AAA G CAAA T ACATG ATACT C CTTATG AG AGC A T A G
blockSeqs : . . . CTC A T . . C G CTGTC CAC CC T A CGA . A . AGA T A . TT A A T GAT TTAAATGAA A . . . ATGCACTCACATGGTT G TT CCATT AATA . T AACACCTC ATA A CAATAGGGTT GT TACC . . ATTGT . A T . T A A G CTT G CATA T TCCA A C CT G CAT T A C A
blockSeqs : C A . . . . TTGTG AC . . . T . . T T . T A A C GGC TGTTCA A . . . ATAGGACAC A T TTTAA . . A CGCCCCC ACA A AATTTGATA TT AATA . . ATTG . A A . T T T C AAC G CATG T CAC A C A G GAT C T . G
blockSeqs : T A . T T A C GAG TCTTCA A . . . GGGTTTAC G T CGTA . . T TGCCCC AAA A ATA GT TGT . . ATCG . A A . A C T T TGT T CATT T CTC A T A G AAT A T . A
blockSeqs : G A . C G G C ATG TCTCCA A . . . AGGAAC G C TTGA . . A CGTCC CTA A TGA T AAT . . AAC . A A . C T G C CAC A . A . . . A A CAT C .
blockSeqs : G T . T A A G AAT TTCA T . . . GGGTAC G T GTG . . A AGCCC ATA A . T CC . . T . . A . A A T C TA G . . . C
blockSeqs : A A . AAC TTAG G . . . TGGGAC A T TAG . . A TTCCC AT . . . T A A . .
blockSeqs : . . . TAC TCT G . . . GGAGAC G A ATC . . A GACCC . .
blockSeqs : . ATG TT A . . . AGGCGA . T CTG . . A . . .
blockSeqs : TA . . . . AGGTAT . . CAG . . A .
blockSeqs : . . GAT . GT . . .
blockSeqCons : TTTCA***************** T** CGCCCC******* AATGTA******** NT CATA* CNC*** G** NAT
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTACTTTAAANAATTTGGTTTCAAGTTTTATAACAAGCTCCTACAT-TA-CTCAGTAANTACTAGTCATACATCGA--CGAC-ACATCA-C-GTG--TTTGTTNTC--TACCATTAGGAGAACT-AAAGCGGG-ATAGCTTG-GGTATGGCTTAGTTAAGTAGCTTACACAAGTCACGTAATCTCTTTAATACAGNTTTAAGTTTTNTA-GCAAGCTCA--T-ATCTCAGTAACTACTAGTCATACGTCAATGAAACTTCACGAC-TG-------T---C---A------CTA-C--CAT--T--AA---GGGC--------AC----------AAGTGGGAT-TAACTN--T--G------TTT----TA-GGCAGAATTAT--CGC-C---C--TTTT-ATACTTAGA-AA--T-T-GAT-AAAATTGTTTTAGA-AA-C-TCATA--TCTCAGAAA---ATACTNTC-G-G-ATTTAATTGAANATT--------------AATCGGTGTGTTCAGTAT-TAAAGNAAAAACTCGNAAGGACAAGTGCCAATAACCTTTACTTGTATTTTGTTAGAATTATATC-C---TTTTA----TATACTTAGA-----A-ATT-G-GGTTAGATTTTTATAGCATGCTCGATATTATTGTCCAGTTCTCAGTCATCCGATAGCTATTGTTTTGA
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTACTTTAAANAATTTGGTTTCAAGTTTTATAACAAGCTCCTACAT-TA-CTCAGTAANTACTAGTCATACATCGA--CGAC-ACATCA-C-GTG--TTTGTTNTC--TACCATTAGGAGAACT-AAAGCGGG-ATAGCTTG-GGTATGGCTTAGTTAAGTAGCTTACACAAGTCACGTAATCTCTTTAATACAGNTTTAAGTTTTNTA-GCAAGCTCA--T-ATCTCAGTAACTACTAGTCATACGTCAATGAAACTTCACGAC-TGTTTCA-----------------CTA-C--CAT--T--AA---GGGC--------AC----------AAGTGGGAT--AACTN--T--G------TTT----TA-GGCAGAATTATCGCCCC-------TTTT-ATACTTAGAAATGTA--------AAANTGTTTTAGA-AA-C-TCATA--TCTCAGAAA---ATACTNTC-G-G-ATTTAATTGAANATT--------------AATCGGTGTGTTCAGTAT-TAAAGNAAAAACTCGNAAGGACAAGTGCCATA-ACCTTTACTTGTATTTTGTTAGAATTATATCNC---TTTTA----TATACTTAGA-----A-ATTG--GGTTAGATTTTTATAGCATGCTCNATATTATTGTCCAGTTCTCAGTCATCCGATAGCTATTGTTTTGA
Alignments
lowQualScore : 11 11 1 3333333 222222 22222222222222222222222 1 111 2 222 111 1111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3333333333333 1111 11111 44444444444444 1 111111 222222 33333333333333 111 22222 11111 2222222 1 1
lowQualScore : 88 1 11 2 6 4444444 1 4 111 6 6 777777 33333333333333333333333 0 3 222 0 111 222 1 1 5 0000 2 1 2 7777 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 44 5555555555555 4444 3 1 88888 4 99999 3 99999999999999 4 888888 66 888 333333 5 1 1 33333333333333 4 66 1 4 444 55 222 3 77777 33333 3 3333333 3 0 111 3 6 5 1
lowQualScore : .. . .. . . ....... . . ... . . ...... ....................... . . ... . ... ... . . . .... . . . .... ......................................................... . .. ............. .... . . ..... . ..... . .............. . ...... .. ... ...... . . . .............. . .. . . ... .. ... . ..... ..... . ....... . . ... . . . .
lowQualScore : 55 0 00 0 7 0000000 0 7 000 7 7 000000 77777777777777777777777 7 3 222 0 000 000 3 0 7 4444 4 7 9 6666 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 22 1111111111111 2222 3 6 55555 0 33333 3 22222222222222 1 999999 99 888 333333 7 4 0 66666666666666 0 22 0 5 666 77 444 5 77777 66666 7 3333333 3 6 333 7 0 0 4
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTACTTTAAANAATTTGGTTTCAAGTTTTATAACAAGCTCCTACAT-TA-CTCAGTAAATACTAGTCATNCATCGACGACACGTCAC-GTN--TTCGTTATC--TACCA-TANGAGAACT-AAAGCGGG-ATAGCTTGTGGTATGGCTTAGTTAAGTAGCTTACACAAGTCACGTAATCTCTTTAATACAGNTTTAAGTTTTNTA-GCAAGCTCA--T-ATCTCAGTAACTACTAGTCATACGTCAATGAAACTTCACGAC-TGT-----T---TC-A-CTAC--CAT--T--AA---GGGC--------AC----------AAGTGGGA-TA--ACTC--T--G------TTT----TA-GGCAGAATTAT--CGCCCCTTT-T--ATACTTAGA-AA---T--GG--TAAAA-TGTTTTAGA-AA-C-TCATA--TCTCAGAAA---ATACTNTC-G-G-ATTTAATTGAANATT--------------AATCGGTGTGTTCAGTAT-TAAAGNAAAAACTCGNAAGGACAAGTGC-CATAACCTTTACTTGTATTTTGTTAGAATTATAT-C-C-TTTTA----TATACTTAGA-----A-ATT-GGGTTAGATTTTTATAGCATGCTCGATATTATTGTCNAATTCTCAGTCATCCGATAGCTATTGTTTTGA
Reference ( family-291 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTACTTTAAANAATTTGGTTTCAAGTTTTATAACAAGCTCCTACAT-TA-CTCAGTAANTACTAGTCATACATCGACGACACATCAC-GTG--TTTGTTNTC--TACCATTAGGAGAACT-AAAGCGGG-ATAGCTTG-GGTATGGCTTAGTTAAGTAGCTTACACAAGTCACGTAATCTCTTTAATACAGNTTTAAGTTTTNTA-GCAAGCTCA--T-ATCTCAGTAACTACTAGTCATACGTCAATGAAACTTCACGAC-TGT-----T---TC-A-CTAC--CAT--T--AA---GGGC--------AC----------AAGTGGGA-TA--ACTN--T--G------TTT----TA-GGCAGAATTAT--CGCCCCTTT-T--ATACTTAGA-AA---T---G--TAAAANTGTTTTAGA-AA-C-TCATA--TCTCAGAAA---ATACTNTC-G-G-ATTTAATTGAANATT--------------AATCGGTGTGTTCAGTAT-TAAAGNAAAAACTCGNAAGGACAAGTGC-CATAACCTTTACTTGTATTTTGTTAGAATTATAT-CNC-TTTTA----TATACTTAGA-----A-ATT-GGGTTAGATTTTTATAGCATGCTCNATATTATTGTCCAGTTCTCAGTCATCCGATAGCTATTGTTTTGA
gi|1 : CTACT--AAAGAATTTGGTTTCAAGTTTTATAACAAACTTCTACATGTATCTTAGTAACTACTAGTCATGCATCAACGACACATCAC-ATG--TTTGTTATC--TACTAATAAGAGAACTCAAAGTGGG-ATAGCTTG-GGTATGACTT---TAAGTAGCTTACACAAGTCACGTAATCTCTTTAATAC--TTTTAAGTTTTCTA-ACAAGCTTA--A-ATTTAAGTAACTACTAGTCATACGTCAATGAAACATCATGAC-TG----------TCAA-CTAC--CAT--T--AA---GGAC--------AC----------AAGTGGGATTG--ACTG--T--G------TTT----TA-GGCAGAATTAT--TTCACCTTT-T--ATACTTTGA-AA---TTTGA--TAAAA--GTTTTAAA-AAGT-TTATA--TCTCAGAAA---ATACTTTTAA-G-ATTTAAATAGATATT--------------GACCGGTCGGTTCAATAT-TAAAGAAATAACTCGGAAGGTCAAGTGCAAATAACCTTTGCTTGTATTTTGTTAGAA-TATAT-C-C-TTTTA----TATATTTAGA-----G-ATTAAGGTTAGATTTTTATAGCATATTTAA-ATTATTGTCTAATTCTCAGTCATCCTATAGCTTTTGTTTTGA
gi|10 : aaatattaattaatccacttttagtaaatagcagttttaatatggaattaaaaaagatagaaataactttttgtgtaattaattataaaacacgatggaaacaatataccttataattaatatcctctcttcttcacaaaaatgtagacatttTTAAGTTTTAAAATAAGATCCTA--T-TA-C--AGTGAATACTAGTCTTATATCAATGAAA-GTCAC-ATAATTTTGTCTTTAATACCATTATAAGAACT-----CGGGGATA---TGTGATATGGCTTAGTTAAG
gi|11 : aaatatggcctcttttatactcgaTAAGGTTTTTA-GTAAGGTCA--T-ATGAGAGTAACT--------TGTGT------AACTTCAC-ACGTGT-----T----C-A-CTAC--TAT--A--AACT-GGACTCAAAGTGAC----------AAGTGGGA-TA--ACTG--T---------TCTAATATA-GACAGATTTAT--CGTCCTTTgttatt
gi|12 : CTACTTTAAACAATTTGGTT--ACTTTTCATAACAAGCT--TACAT----CTCAATACATACTAGTTACTCATCGTTGACACAT-ACTGTC--TCCGTTA-C--TA--A--AGG----CG-AAAGTGGG-ATAGac
gi|13 : AGTAACTACTAGCCATACATCGATGCAACTGCATGAT-TGTGTTTGT---TC-A-CCAC--CAT--TTGAA---G-----------AT----------AAGCGAGA-TA--ACTT--G--GCAACAATTT----CA-GGCATATTTA
gi|14 : TGTGTTCAGTGA-TAAAGTAAAAAATAAAAAAAACAAGTGC-CAAAAGCTTTACTTGTATTTTGTTACAATTATATACATGTTTTA----TA
gi|15 : tacatttaAAGTTCTACA-ACAAACTTC--T-ATCTCAGTAACTACTAGTCATACATTAAT-ACATTT--TGGC-AGT-----T---TT-G-T--C--CAT--T--CA---AGGA--------AC----------AAGTTGAA-TA--c
gi|16 : a-CTAC--CGG--T--AAATAGGAC--------AC----------AAGAGG---CA--ACTCCAT--T------TTT----TA-GACAGAAATA---CGCCCCCTTCT--ATACTTAAA-AA---c
gi|17 : cgtgagtgttagTTT-----TATACTTAAA-----A-AATAGGGTTAGATTTTTATAGCATGCACAGCAGAATTGTCAAA-TATCAGTTATCTGATAGCTATTGT
gi|18 : GTTAAATTTTGATAGCATGTTTCATATTACTGTGTAGTTCTCAGACATCCAGTAGCTACTGTTTTGA
gi|2 : TTAAAATATTTTA-GAAAGCTCA--C-ATCTCAGT---------TGATATAGCAATGAAACTTCACATG-TGTG----T---TC-A-CCAA--CAT--T--AA---ATGC--------ACTCACATGGTTGAGGGAGA-TA--ACTCG-T--A------TTTAATATAAGGCAAATTTAT--TGCCCCTTT-T--ACACGAAGACAA---TAGGG--TTAAATTGTTTCAGA-AAGC-TCATT--TCTTTGAAATATATACTT-----G-ATCTACTTTTATATTCTATTTTTTAAACTAATTGGTGTATTCAGTAT-TAAAGAAAGAAGTCTTAGGGGCAAATGC-CATAAACTTTACTTGTATTTTGTTAGAAATATAT-CAC-TTT------TATGCTTAGA-----CTATT-GGTTTAGATTTTTATATCATGTTTGATATTATTGTCCAga
gi|3 : caAAGTTTAAGTTCTATA-GCAGTCTCACAT-ATCTCGGTAGCTACTAGTCA-------ATGAAGCTTCACAAT-TGTC----T---TC-A-CTTC--CAG--C--A----GGGTTT------AC----------A--TGGGA-TA--TCTG--T--G------TTT----TA-GGCAGA--------------TT-T---------GA-A-----------TAAAA-TGTTTTAGA-C--C-TTGAA--TCTCAGAAA---ATACTTTCAG-G-ATTTAATGGAATATT--------------AATTGGTGTGTTCAGTAC-TGAAGTAAAAACTAACAAAGAAAAGTGC-CATGACCTTTG--TG----TTGTTACTTTTATAT-TCCATTTTA----TACA-TGAAA-----A-AAT-GGATTAGATTTTTATAGCATGCACAATATTTTTGTCAAAAT-TCAGTCATCTGATAGATATTGTTCTGActcttgttagttcatgttgtcgatttttttg
gi|4 : tTCTCTGTAACTTCTGGTCATGTGCCAATGAAACTTCACAAC-TGT-----C---TCCA-CTGC--TAG--T--AG---GGGT--------AC----------AAATTGGA-AA--ACAT--A--G------TTT----TT-GGCAGAATTAT---------TT-T--AT--------------------------TGTTTTAGATAC-C-TCATA--TTTCAGAAA---ATTCTATT-G-G-TATTAATTGAAAAGT--------------AATTGGTGTATTCATTAT-TAAAGTAGAAATTTGTAGGGACTAGTTT-CATTACCTTTACTTGTATTTTGTTAGAATTATAT-CTC-TTTTATACTTATACTTATACTTATG-ATT-GGGTTAGATTTCTGTAGCATGCCTCATATTATTGTCCAGTT-TCAGTTATCCAATAGCTATTGTTTTGAaacaaggtgtgaaaaggggagtccactgtcttctgacagctcttgt
gi|5 : T--T--AA---TGGG--------AC----------AAATGAAA-TA--TCTT----------------------GGCAAAATTAT--TGTCTCTCT-TTCAAACTT---------T---G---AAAAGTGTTTTAGA-AA-TATCATA--TCTCATAAA---ATA-TAAC-----ACTTA-TTGGAATTC--------------AATAGGTATGACCAGTACCTACAGGAAA--CTT-AAAGGACAATTAC--------TTTACTTGTATTTTATTAGAGTAAGAT-----TTTTA----T-TTTTTGGA-----A-ATT-AGATTAAAGGTTTAAAGCATGTTCT-TATTga
gi|5 : AGATTAAAGGTTTAAA-GCATGTTCT--T-ATTTCAGTAACCGCTAATCATACtcagtaaccgctaatcatactgt
gi|6 : ttaatgggacaaatgaaatatcttggcaaaattattgtctctctttcaaactttgaaaagtgttttagaaatatcatatctcataaaatataacacttattggaattcaataggtatgaccagtacctacaggaaacttaaaggacaattactttacttgtattttattagagtaagatttttattttttggaaattTAACTACCAGCCTTACATCAATGA--TTTCATTAC-TAT-----TAAATG-AACT-CGACATGAT--AA---GGAG--------AC----------AAATGGAA-TATAACTT--TTAA------TTT----GA-AACAGAATAATAACACCTCTTT-T-----CTTAGA-AAAATT---GATTAAGATTGTTCTGCA-TG-T-TAATA--TCTCAGTAA---CTACTtgt
gi|7 : GA-TA--ACTC--T--G------TTT----TA-GGCAAAATTAT--AGCCCTTTT-T--ATACTTAGA-AA---TTTGA--TAAAAGTGTTTTGTA-AA-T-TCATAGATCTCTGAGA---ATACTATC-G-GGATTTAATTAAAAATG--------------AATCGATGTGTTCAGTTA-TAAAGTAAAAACTCACAAGGAAAAGTGC-agcctttaa
gi|8 : gagcgccgtcaAC-TGT-----C---TCCG-TTAC-------T--AA---AGGC--------GA----------AAGTGGGA-TA--GCAC--A--G------ATT----AA-GGGATAATTAT--T-TCCCTTT-C--CTACTCAaaa
gi|8 : cacatA-C-TCATA--T-TCAGGAA---ATGCGATT-GTG-ATTCAACTGAGAATT--------------AATACCTATGCACAGTTT-TAAAGAAAAAA---------ATA------CATA-CCTTTATTTGTTTTTTATTAGAAtattcaggaaatgcgattgtgattcaactgagaattaatacctatgcacagttttaaagaaaaaaatacatacctttatttgttttttattagaa
gi|9 : cacatactgtctccgttactaaaggcgaaagtgggatagcacagattaagggataattatttccctttcctTTAAAGTTTTTATGCCAGCTCA--TTATCTCAGTTATCAATATCCATACATGAATGAAACTCCACA---TGT-----G---T--A-TTAC--CTT--T--AA---AGGT---------------------------A-TA--ACTT--T--GTTTTGATTT----TA-GGCAGTATTAT---GACCCTTT-T--ATACTTAGA-AA---