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Reference ( gi|1 )            :                                                TGACATGATTACAATATGATACAAACATAGACAATCGAACAT-----TT----GTA---AT---A-----T--GTTGTACCCAGCCTTATCAGG----CTTATCTGTCACTTTTTTGTGTGTGT--GTG---TATATGGA---AAATGAAGGCATATAGCA-CATTGACA---CTGCAAGGGGTCGACTTTATA--AGTT-----AT--AA-----AAA--GAAAAGTGGTATTCTAAAGTGAAAATAC--AGTCAATCCTAAAA--AT--GAGCA----CAATTATTATACCAGCTGTT-----ATA----TT---C-A----TAT---T-T-----TTATCAA-ACATA-TC-AAGTAG-AACT-GAA-CA-ATATTAAAC-A-AGATTTGTATAATA-AAAAGTTGTACGA-TTT-T-CAAAACAT--TTACATTAACAATAAAGCAGTAAAGTGTACTGTT----GAAATAATTGTTGGGTTGGTAAATAGCAA-----TTATATTTTGTCTGTATTTGCTAGCATTAACTGGACGCAGTGGTCTTA-ATGTG-----TGAAGCA----------ATATACATAATGTCTCTCCTGGTAGAATATGAAGTGTATTTTGGT
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gi|11                         : acatttacaagatccttaccatttttttatttatttatttatttacgTGACATGATAACAATGTAATACAAACATAGACAATCAGACATAATAGTT----GTA---ATG--A-----TAAGTTACACCCAGCCTAAACAGG----CTTATCTGTTACGTTCTT
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gi|8                          :                                               cgGGCATAATTTCAATATAATGCATCCATACATAATAAAAAA------------GTACAAAT---A-----T--TTT-TATTCAGCCTAATCAGG----CTTATCCGTCAC---TTTGTAT-TGTTAGTGCAATATCTAAATTTAAATAAAAACAT
gi|7                          :                           tgttttttatttataaaaaatatttattatataatatatttacgaACATAGACAATCAAACATAATA-TCTACAATA---AT---G-----T--GTTGTAACTAGCC-TATTAGAAAGTCTTATTTGTCAGTTATT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                          tactatAATGTAGACATTTTACATCACTGACAGAACTAC----GTTTGACTCTATATAAATTCATTGAT--AATGTGTAAA--AAGAAGTGTTGT-----------AATAC--AGTCAATCATACAA--AT--GAGTA----AAATCATTTTTTCAGCTACT-----ATA----TT---C-A----TAT---gtaaataccatttaaattcattataatttataaaagaaaaaggggtactttaaagtaaaaatacaatcacttataagaataagtaagagccgttattat
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-2575 )     :                                                                                                      TGACATGATTACAATATAATACAAACATAGACAANCAAACATAATAGTTGTAAT--AA----NA--TTGT-ACCCAGCC---TAAACAGGCTTATCTGTCACTTTTTTGTAT-TGTTAGTGCAATATCTAAATTTAAATGNAGACATTTTACATCACTGACAGAACTAC----GT---TTGACTT--TATAAGTT-AT----------T-AAAAA-GAANAA-TGGTGTTTCAAAGTGAGAATACAGTCAATCGTAAAATT--GAG--TAA-AATCATTATATCGGTTATTAT---ATNC-A-TAT-TATA---------A-TTA-TG-AA-ATATATTTAAGTAG-NNTT-GAC-CAATATTAAACA-AAA-TTTGTATAATATCAA-GTTATNCGATTTTTCAAAGCGT--TTATATTGA-----------TAAAGTGTCCTGTTTCANAAA-TAATTGTTGGGTTGGTTAATAATANTACTTTTATATTTTTTCTGT-TTCACCANCATCAACTGGACCCAGTGTTGTTACNTGTNATATTTGNAGCATGCCA--AAACG-ATATACATTGTTTCTCTCACAGTTAAGTAGGAAGTGTATTTCGGT
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Reference ( family-2575 )     :                                                                                                      TGACATGATTACAATATAATACAAACATAGACAANCAAACATAATAGTTGTAAT--AA----NA--TTGTACCCAGCC---TAAACAGGCTTATCTGTCACTTTTTTGTAT-TG-T-AGTGC--TATNTAAATTCAAATGAAGACATNTNGCATCACTGACAGAACTAC----GTTCGACTTTATA--AGTT-ATTAA-AA-----AAGAANAA-TGGTGTTTCAAAGTGAGAATAC--AGTCAATCGTAAAANT--GAG--TAA-AATCATTATATCGGTTATNAT---ATNC-A-TAT-TATA---------A-TTA-TG-AA-ATATATTTAAGTAGCATTTGAC-CAATATTAAACA-AAA-TTTGTATAATATC-AAGTTATNCGATTTTTCAAAGCGT--TTATA--T-------------ATAAAGTGTCCTGTTTTAG-AAATAATTGTTGGGTTGGTTAATAACAATACT-TTTATATTTT-TCTGT-TTCGCTAGCATCAACTGGA-C-CAGTGTTGTTACATG-----TTTGAAGCATGCCA--AAACG-ATATACATCGTTTCTCTCNCGGTNGAGTANGAAGTGTATTTCGGT
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     --GAG--TAA-AATCATTACATCGGTTAAGAA---ATTC---TGC-T-TA---------A-CTATTGCAA-AC---TTTAAGTTGCAT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  attga---------A-TTA-TG-AATATATATTTAAGTAGTATTTGAC-CAATTTTTAACA-AAA-TTTGTATAATATC-TACTTATACGA-TTTTCTAAGCCTAATTGTATTT-------------ATAAcaaacacagccttaactagttgtgtccatgtgatgcatttgtgactgtgt
gi|16                         :                                                                                                     tTGACATGATTACAATATAATACAAACATAGACAAACAAACATAATAGTTGTAATAAAA----AA--ATGTACCC---------AACAGGCTTATTTGTCACTCTTTTta
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tacg--GAG--TAA-AATCATTATATCGGTTAAGAA---ATAC---TGC-T-TA---------A-CTATTGCAA-AC---TTTAAGTTGCATt
gi|18                         :                                                                                                 attgaTGACATGATTACAATATAGTACAAATATAGACAcaaacacagccttaactagttgtg
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 cgGTT-ATTAA-AA-----AAGAATAA-TGGTGTTTCAAAGTGAGAATAC--AGTCAATC-TAAAATT--GAGAGTAA-AATCATTATATCTGTTATCAT---GCA--A-TAT-TATACATGTATATA-TTA-TG-AA-ATATATTTAAGTAGTATTTGAC-TGATATTAAACA-AAAATTTGTATAATACC-AAGTTATTCGATTTTTCAAAGTGT--TTATG----------------ATAAGGTGTCCTGTTTTAGAAAATAATTGGTGGGTTGGATAATAATAATACT-TTTATA-TTT-TCTGT-TTCACCATCATCAACTGGA---CAGTATTGTTACATGTAATATTTGTAGCATGCCA--AAACG-ATATACATTGTTTCTCTCACAGTTAAGTAGGAAGTGTATTTCGGT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTTATT--AGTT-ATTGA-AA-----AAGAATAA-CGGTGTTTCAAAGTGAAAAT-------------TGA------GAG--TAA-AATCATTATATCAGTTA--AT---ATGCAA-CAT-TATGTAT------A-TTA-TG-AA-ATATATTTAAGTAGTATTTGAC-CCATATTAAAAATACA-TTTGTATCATATC-AAGTTA-------TTTCAAAGCGT--TCATA----------------ATAAAGTGTCCTCTTTT-----ATGATTGTTGGGTTGGTTAAT---AATAC--TTTAT-TTTT-TCTGT-TTCACTAGCATCAACTGAACC-CAGTGTTGTTAC-TG-----TTTGAAGCATGTCAGTAAACACGTATACAACGTT
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gi|8                          : tactatacatagacaatcaaacataatatctacaataatgtgttgtaactagcctattagaaagtcttatttgtcagttattgtaaataccatttaaattcaGGCATAATTTCAATATAATGCATCCATACATAATAAAA---AA-----GTACA--AA----TAT-TTTTATTCAGCC---TAATCAGGCTTATCCGTCAC---TTTGTAT-TGTT-AGTGCAATATCTAAATTTAAATAAAAACATtat
gi|9                          :                                                         tgttttttatttataaaaaatatttattatataatatatttacgaTGACATGATTACAATATAATACAAACATAGACAAACAAATATAATAGTTGTAAT--AAAAAGAA--TTGTACCCATCC---TAAACAGGCTTATCTGCCACTCTTT





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Reference ( family-2575 )     :                                                                                                      TGACATGATTACAATATAATACAAACATAGACAANCAAACATAATAGTTGTAAT--AA----NA--TTGT-ACCCAGCC---TAAACAGGCTTATCTGTCACTTTTTTGTAT-TG-T-AGTGC--TATNTAAATTCAAATGAAGACATNTNGCATCACTGACAGAACTGCAAGGGNTCGACTTTATA--AGTT-ATTAA-AA-----AAGAANAA-TGGTGTTTCAAAGTGAGAATAC--AGTCAATCGTAAAANT--GAG--TAA-AATCATTATATCGGTTATNAT---ATNCA-TAT-TATA---------A-TTA-TG-AA-ATATATTTAAGTAGTATTTGAC-CAATATTAAACA-AAA-TTTGTATAATATC-AAGTTATNCGATTTTTCAAAGCGT--TTATA--T-------------ATAAAGTGTCCTGTTTTAG-AAATAATTGTTGGGTTGGTTAATAGCAATACT-TTTATATTTT-TCTGT-TTCGCTAGCATCAACTGGA-C-CAGTGTTGTTACATG-----TTTGAAGCATGCCA--AAACG-ATATACATCGTTTCTCTCNCGGTNGAGTANGAAGTGTATTTCGGT
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gi|16                         :                                                                                                     tTGACATGATTACAATATAATACAAACATAGACAAACAAACATAATAGTTGTAATAAAA----AA--ATGT-ACCC---------AACAGGCTTATTTGTCACTCTTTTta
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tacg--GAG--TAA-AATCATTATATCGGTTAAGAA---ATAC--TGC-T-TA---------A-CTATTGCAA-AC---TTTAAGTTGCATt
gi|18                         :                                                                                                 attgaTGACATGATTACAATATAGTACAAATATAGACAcaaacacagccttaactagttgtg
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cgGTT-ATTAA-AA-----AAGAATAA-TGGTGTTTCAAAGTGAGAATAC--AGTCAATC-TAAAATT--GAGAGTAA-AATCATTATATCTGTTATCAT---GCA-A-TAT-TATACATGTATATA-TTA-TG-AA-ATATATTTAAGTAGTATTTGAC-TGATATTAAACA-AAAATTTGTATAATACC-AAGTTATTCGATTTTTCAAAGTGT--TTATG----------------ATAAGGTGTCCTGTTTTAGAAAATAATTGGTGGGTTGGATAATAATAATACT-TTTATA-TTT-TCTGT-TTCACCATCATCAACTGGA---CAGTATTGTTACATGTAATATTTGTAGCATGCCA--AAACG-ATATACATTGTTTCTCTCACAGTTAAGTAGGAAGTGTATTTCGGT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTATT--AGTT-ATTGA-AA-----AAGAATAA-CGGTGTTTCAAAGTGAAAAT-------------TGA------GAG--TAA-AATCATTATATCAGTTA--AT---ATGCAACAT-TATGTAT------A-TTA-TG-AA-ATATATTTAAGTAGTATTTGAC-CCATATTAAAAATACA-TTTGTATCATATC-AAGTTA-------TTTCAAAGCGT--TCATA----------------ATAAAGTGTCCTCTTTT-----ATGATTGTTGGGTTGGTTAAT---AATAC--TTTAT-TTTT-TCTGT-TTCACTAGCATCAACTGAACC-CAGTGTTGTTAC-TG-----TTTGAAGCATGTCAGTAAACACGTATACAACGTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                     aataccatactatgtaaattcaTTTAAA--AGTT-ATTAA-AA-----AAGAAAAA-TGGTGTTTCAAAGTGAGAAAAC--AGTCAATCGTAAAATTTTGAG--TAA-AATCATAATATCTGTTA--AT---ATGCAGTAT-TATATAC------A-TTA-TG-AA-ATACATTTAAGTAGTTTTTGACATAA-ATTAAACA-AAA-TTTGTGTAATATC-AAGTTATTCGATTTTACAAAGCGT--TTATA----------------ATAATGTGTCCTGTTTTA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                      ataatataatatgtcaattcaTTTACA--AATT-GT----AA-----AAGAATAA-TGATGTTTTAAAGTGAGAATAT--ATTCAATCGTTAAATT--GAGAGTAA-AAACATTATATCG---ATAAT---ATGCAATAT-TATA---------AATTA-TG-AA-ATATATTTAAGTACCATTTAAC-CAATATTAAACA-GAA-TTTGCATAATATCAAAGTTATTTGATTTTTCAAAGTGT--TTATG----------------ATAAAGTGTCCTGTTTCAT-AAtacaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                  tttaataacataatatgtaaattcaTTTATA--AGTT-ATAAA-AA-----AAGAATAA-TGGTGTTTTAAAGTGAAAATATCTAGTAAATTG----A----GAG--TAA-AATCATTATAGCGGTTATTATGAAATTT--TATGTATA-----------TTA-TG-AA-AT----TTAAGTAGTATTAGAC-CAGTATTAAACA-AAA-TGTGTGTAATATC-GAGTGATACGATTTTTCAAAGTGT--TTAT
gi|7                          :                                                                                                       aataaaacaataatgtaaattcaACATAGACAATCAAACATAATATCTACAAT--AATG--TG--TTGT-AACTAGCCTATTAGAAAGTCTTATTTGTCAGT------TAT-TG-TAAATAC--CATTTAAATTCA
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gi|8                          : tactatacatagacaatcaaacataatatctacaataatgtgttgtaactagcctattagaaagtcttatttgtcagttattgtaaataccatttaaattcaGGCATAATTTCAATATAATGCATCCATACATAATAAAA---AA-----GTACA--AA----TA--TTTTTATTCAGCC---TAATCAGGCTTATCCGTCAC---TTTGTAT-TGTT-AGTGCAATATCTAAATTTAAATAAAAACATtat
gi|9                          :                                                         tgttttttatttataaaaaatatttattatataatatatttacgaTGACATGATTACAATATAATACAAACATAGACAAACAAATATAATAGTTGTAAT--AAAAAGAA--TTGT-ACCCATCC---TAAACAGGCTTATCTGCCACTCTTT


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Reference ( family-2575 )     :                                                                                                      TGACATGATTACAATATAATACAAACATAGACAANCAAACATAATAGTTGTAATAANAAG--TTGTACCCAGCC---TAAACAGGCTTATCTGTCACTTTTTTGTAT-TG-T-AGTGC--TATNTAAATTCAAATGAAGACATNTNGCATCACTGACAGAACTGCAAGGGNTCGACTTTATA--AGTT-ATTAA-AA-----AAGAANAA-TGGTGTTTCAAAGTGAGAATAC--AGTCAATCGTAAAANT--GAG--TAA-AATCATTATATCGGTTATNAT--------ATNC-A-TATTA--T--A-A-ATTATGAA-ATATATTTAAGTAGTATTTGAC-CAATATTAAACA-AAA-TTTGTATAATATC-AAGTTATNCGATTTTTCAAA-------GCGTTTA---TAA-----------TAAAGTGTCCTGTTTT--A-AAATAATTGTTGGGTTGGTTAATAGCAATACT-TTTATATTTT-TCTGT-TTCGCTAGCATCAACTGGA-C-CAGTGTTGTTACATG-----TTTGAAGCATGCCA--AAACG-ATATACATCGTTTCTCTCNCGGTNGAGTANGAAGTGTATTTCGGT
gi|1                          :                                                                                                      TGACATGATTACAATATGATACAAACATAGACAATCGAACAT-----TTGTAATAT---G--TTGTACCCAGCC---TTATCAGGCTTATCTGTCACTTTTTTGTGTGTG-T--GTG---TATATGGA---AAATGAAGGCATATAGCA-CATTGACA---CTGCAAGGGGTCGACTTTATA--AGTT-AT--A-AA-----AAGAAAAG-TGGTATTCTAAAGTGAAAATAC--AGTCAATCCTAAAAAT--GAG--CAC-AATTATTATACCAGCTGTTAT--------ATTC-A-TATT---T-------TTATCAA-ACATA-TCAAGTAG-AACTGAA-CAATATTAAACA-AGA-TTTGTATAATAAA-AAGTTGTACGA-TTTTCAAA-------ACATTTACATTAACAATAAAGCAGTAAAGTGTACTG--TT--G-AAATAATTGTTGGGTTGGTAAATAGCAA------TTATATTTTGTCTGTATTTGCTAGCATTAACTGGA-CGCAGTGGTCTTA-ATG-----TGTGAAGCA-------------ATATACATAATGTCTCTCCTGGTAGAATATGAAGTGTATTTTGGT
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gi|11                         :                                                        tgtttgatttctataataaactaactattattattattaatttacgTGACATGATAACAATGTAATACAAACATAGACAATCAGACATAATAGTTGTAATGATAAG--TTACACCCAGCC---TAAACAGGCTTATCTGTTACGTTCTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                  acattttcatgattttttttttattatttatttatttacaAATGTAGACATTTTACATCACTGACAGAACTAC----GTTTGACTCTATATAAATTCATTGATAATGTGTAAAAAGAA---GTGTT-----GT---AATAC--AGTCAATCATACAAAT--GAG--TAA-AATCATTTTTTCAGCTACTAT--------ATTC-A-TATta
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        attga-ATTATGAATATATATTTAAGTAGTATTTGAC-CAATTTTTAACA-AAA-TTTGTATAATATC-TACTTATACGATTTTCTAAGCCTAATTGTATTTA---TAA-----------TAtgcttaactattgcaaactttaagttgcatcaaacacagccttaactagttgtgtccatgtgatgcatttgtgactgtgt
gi|16                         :                                                                                                     tTGACATGATTACAATATAATACAAACATAGACAAACAAACATAATAGTTGTAATAAAAAA--ATGTACCC---------AACAGGCTTATTTGTCACTCTTTT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tacg--GAG--TAA-AATCATTATATCGGTTAAGAA--------ATAC-t
gi|18                         :                                                                                                 attgaTGACATGATTACAATATAGTACAAATATAGACAtgcttaactattgcaaactttaagttgcatcaaacacagccttaactagttgtg
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                             cgGTT-ATTAA-AA-----AAGAATAA-TGGTGTTTCAAAGTGAGAATAC--AGTCAATC-TAAAATT--GAGAGTAA-AATCATTATATCTGTTATCATGCAATATTATAC-A-TGT-A--T--A-T-ATTATGAA-ATATATTTAAGTAGTATTTGAC-TGATATTAAACA-AAAATTTGTATAATACC-AAGTTATTCGATTTTTCAAA-------GTGTTTA---TGA-----------TAAGGTGTCCTGTTTTAGA-AAATAATTGGTGGGTTGGATAATAATAATACT-TTTATA-TTT-TCTGT-TTCACCATCATCAACTGGA---CAGTATTGTTACATGTAATATTTGTAGCATGCCA--AAACG-ATATACATTGTTTCTCTCACAGTTAAGTAGGAAGTGTATTTCGGT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTTATT--AGTT-ATTGA-AA-----AAGAATAA-CGGTGTTTCAAAGTGAAAAT-------------TGA------GAG--TAA-AATCATTATATCAGTTA--AT--------ATGCAA-CATTATGT--A-T-ATTATGAA-ATATATTTAAGTAGTATTTGAC-CCATATTAAAAATACA-TTTGTATCATATC-AAGTTA-------TTTCAAA-------GCGTTCA---TAA-----------TAAAGTGTCCTCTTTT------ATGATTGTTGGGTTGGTTAAT---AATAC--TTTAT-TTTT-TCTGT-TTCACTAGCATCAACTGAACC-CAGTGTTGTTAC-TG-----TTTGAAGCATGTCAGTAAACACGTATACAACGTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                aataccatactatgtaaattcaTTTAAA--AGTT-ATTAA-AA-----AAGAAAAA-TGGTGTTTCAAAGTGAGAAAAC--AGTCAATCGTAAAATTTTGAG--TAA-AATCATAATATCTGTTA--AT--------ATGC-AGTATTA--T--ATACATTATGAA-ATACATTTAAGTAGTTTTTGACATAA-ATTAAACA-AAA-TTTGTGTAATATC-AAGTTATTCGATTTTACAAA-------GCGTTTA---TAA-----------TAATGTGTCCTGTTTT--A-
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                 ataatataatatgtcaattcaTTTACA--AATT-GT----AA-----AAGAATAA-TGATGTTTTAAAGTGAGAATAT--ATTCAATCGTTAAATT--GAGAGTAA-AAACATTATATCG---ATAAT--------ATGC-AATATTA--T--A-A-ATTATGAA-ATATATTTAAGTACCATTTAAC-CAATATTAAACA-GAA-TTTGCATAATATCAAAGTTATTTGATTTTTCAAA-------GTGTTTA---TGA-----------TAAAGTGTCCTGTTTC--A-TAAtacaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                             tttaataacataatatgtaaattcaTTTATA--AGTT-ATAAA-AA-----AAGAATAA-TGGTGTTTTAAAGTGAAAATATCTAGTAAATTG----A----GAG--TAA-AATCATTATAGCGGTTATTAT--------G-AA-A-TTTTA--TGTA-T-ATTATGAA-AT----TTAAGTAGTATTAGAC-CAGTATTAAACA-AAA-TGTGTGTAATATC-GAGTGATACGATTTTTCAAA-------GTGTTTA---T
gi|7                          :                                                                                                       aataaaacaataatgtaaattcaACATAGACAATCAAACATAATATCTACAATAATGTG--TTGTAACTAGCCTATTAGAAAGTCTTATTTGTCAGT------TAT-TG-TAAATAC--CATTTAAATTCA
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