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lowQualScore : 333 1 55555555 333 2 1 1 5 1 44 3333 222 99999 22 3 6 222 22 77777777777 22 1 6 333333 1 44 1 1 7 22 8 6666666666 22222222222222222222222222222222 22 6666666666 4444444 55555555 444444 999999 1 22 3333 33333 2 55555555555555555555555 7 2 1 1 222 1 1 2
lowQualScore : ... . ........ ... . . . . . .. .... ... ..... .. . . ... .. ........... .. . . ...... . .. . . . .. . .......... ................................ .. .......... ....... ........ ...... ...... . .. .... ..... . ....................... . . . . ... . . .
lowQualScore : 999 7 00000000 555 0 7 6 0 8 99 4444 888 22222 66 5 8 666 11 33333333333 11 3 4 888888 3 55 4 4 7 00 8 5555555555 77777777777777777777777777777777 00 5555555555 8888888 44444444 333333 333333 5 00 3333 88888 7 22222222222222222222222 1 9 4 5 666 2 5 6
consensus : CCCGGTTAGCTCAGT---CGGTAG-CGC--GTC---TGA-CTATC-AAT-CCAGGGGTCGC-GAGT----TC---GA----ATCCCC-GCCCGGCCACAGTCTCCGTGATG---ATT--GATATA---------CGA--CATTGCGTCTCA-TTGTC------ATTC-GTCTCTCACCG-CT-GATTCAAGT-GGGAAAGTTATCAGTTACTTG--CGGAGATGGGGTGTGCTCGAGTACTGGT----------T----------A----------A----------T--C----------C-------CAG--------GA------AA---N--A-GT--GGTTAGGTTA----A-----CTGATCGTCTGT----T-----------AGC----C-C-T-CGA-TGG---CATAAAAATGACGCTAAATATTCAANCAA
Reference ( gi|5 ) : CCCGATTAGCTCAGT---CGGTTA-CGC--GTC---TGA-CTATC-AAT-CCAGCGGTCGA-GAGT----TC---GT----ATCCCCTGCCCGGCAACAGTCTCCGTGATG---ATT--GATATA---------CAA--CATTGTGTCTCA-TCATC------ATTC-GTCTCTCACCA-CT-GATTCAAGT-GGGAAAGTTATTAGTTACTTG--CGGAGATGGGGTGTGCTCGAGTACTGGT----------T----------A----------A----------T--C----------C-------CAG--------GA------AA---C--A-GT--GGTTAGGTTA----A-----CTGATTGTCTGT----T-----------AG-----C-C-T-CGA-TGG---CATAAAAATGACGCTAAATATTCAATCAA
gi|16 : CCCGATTAGCTCAGT---TGGTTA-TGT--GTC---TGA-CTTTC-TAT-CAAGGGGTCAT-GAGT----TT---GA----ATCCC-TGCCCAGCAACAGTCTCCGTTATG---ATT--GATATA---------TGA--CATTATGTCTCA-TTATC------TTTT-GTTTCTCACCG-CT-GATTTAAGT-AGGAATGTTATCAGTTACTTG--TGAAGACGGGGTGTGCTCGAGTACTGGT----------T----------A----------ACCTTTCAGGAT--C----------C-------CGG--------GA------AA---C--A-
gi|8 : CCCGGTTAGCTCAGA---C--TTG-C------------A-TTA---AAT-CTAG-GGTTGC-GAGT----TT---GA----ATTCCC-GCT-GGCCACTGTCTCC-TGATG---ACT--GATATA---------TGATACATTGTATCTCA-TTGTC------ATTC-ATCTCTCATCG-CT-GGTTCAAGT-GGGAAATTTATTGAATGCTTG--CAGAGAT-CAGTGTTCTCGAGTACTGGT----------T----------T----------ACC--------T--C----------C-------CAGGATCCCTTGA------AA---G--A-GG--GGTTTGGTTA----A-----CTGATCATCTGT----T-----------AGC----C-C-T-TGA-TGG---CATTAAAAGAATGCTAAATATTCAAACAAtgacactaaatattcaatcaatcatt
gi|17 : cCCTGCTTAGCTCATT---CTGTAG-CAC--ATC---TGA-CTATC-AAAACCAGAGGTCAC-GAGT----TT---GA----ATACC-TGCCCAGCCACAGCCTTTACGATT---ATT--AATATA---------CAA--CATGGAGTCTCA-TAGTC------ATTT-GTCTCTC-CCAGCT-GATTCAAGT-GGGAAACTTAT---TTAT----------ATAG---GTGTTAACCTTCTAG----------------------A----------A----------T--C----------A-------CAG--------GA------AA---G--A-GT--GG-TAGGTTA----A-----CTGATCCTATGTA---A-----------AA-----C-C-T-TGA-TAA---CATAAAAATGA
gi|1 : gCTGATTAGCTCAGT---CG-------T--GTC---TGA-CTATC-AAT-CCAGGTGTCGC-GAGT----TC---GA----ATCCCC-ACCTGGCAACAGTCTCTGTGATG---ATT--GACAAA---------CAA--CATT-CGTCTCA-TTATC------ATGT-GTTTCTCAACG-CT-GATTCAAGT-GGAGAAGTTATCAGTTACTTG--CGGATATAGGATGTGCTCGATTTCTGGT----------T----------AACTTTTCAGGA----------T--C----------C-------AAG--------GA------AA---C--A-GT--GGGTATGTTA----A-----CTGAACATCTGTATTAC-----------AGTAAGCC-C-T-CGA-TGG-----TAAAAATGACGCTTTATATTCAGTCA
gi|20 : CCAATTAGCTCAGT---CGGTTA-TGC--GTC---TGA-CTATC-AAT-CCAGGGGACGA-CA------TT---GT----GTCTC
gi|11 : CCGGTTAGCTCAGT---CGGTAG-CTA--ATT---TGA-GTTCC-ATT-CCATCGGTCGT-GAGT----TT---AA----AACCTC-GTTTCGCCACAGTGTCCGTGATG---A-----GTAT-----------------TTTCGTTTTA-TTGTA------ATTC-GTTTCTCATCG-CT-GATTAAAGT-G--------------TATTTG--CGGAGAT-TGGTGTACTGCAGTATTTGT----------T----------AGCATTCCAATA----------T--C----------C-------CAC--------GA------AC---G--A-GT--GACTAGGTTA----A-----CTGATTGCCTGT----T-----------GGA----C-C-T-CGA-TGG---CAT-ACAATTACGATCAATATTCAAACAAattatcatacgtctctcaccactgattcaagtgggaaagttatcagttacttgcggagatgtggtgtgctcgagtactggttaatcccaggaaacagtggttaggttaactgatcatctgttagcccttgatggcataaaaatgacactcaatattcaatca
gi|28 : CCAATTAGCCCAGT---TGGTAG-CGA--GTC---AGA-CTA-------CCAGGGGT-GATGAAT----TC---GA----AACCCC------GT--CAGTCGCTGTGAGA---ATT--GATATA---------TGA--CATTGTGTCTCA-TTATC------ATTC-GTCTCTCATTG-CT-GATTCAAGT-GTGAAAGTTATCAGTTACTTG--Ca
gi|29 : CCGATTAGCTCTGT---C-ATTAGCGC--GTC---TGA-ATATT-AAT-CCATGGGTCAC-GAGC----TT---GA----ATCCCC--ACCGGTCACAATCTCCGTGATG---GTT--GATATA---------C-A--TATTGCGTCTCA-TTATC------ATTC-GTCT
gi|15 : CCGGTTAGCTAAGTTAGCAGCGG-CAC--GCA---TGA-TTACC-AAT-CCA----------AGT----TA---GA----ATGCC--GCCAGGTCATAATCTTCGTAGTG---ATatgatataaaagagagactaataaaagt
gi|34 : gtCTGGTTAGCTTAGT---TTGTAG-CTT--GTC---TGA-CTATT-AAT-CCAGGAGAAGT-GAGT----TT---Ggttagaacgttatcaggtacttgcggtggtgggcgtacttgaatactgcttaaccttcaagaatccaaggaaagagtgttttggttaactgattatttgtaagctctcgatgacataacaaacaaatcaaatgtattccaagacattccggtagtcaaaca
gi|7 : CGGTTATCTTAAT---CGGTAA-AGC--GTC---TGA-CTATC-AAT-GCAGGTGTCGT-GAGT----TC---AA----ATCCCC-AACTGGCCACAGTATCTCTGATG---ACA--AATATA---------CA-----TTACGTCTCAGTCATCGCTGTCAGTC-GTCTCTCACCA-CT-GATTCAAGT-GGGAAAGTTATCAGTTA----------------ATATGCTCAAGTACTGGTCAACCATCCAT----------G----------A----------C--C----------C-------CAG--------GA------AC---T--A-GT--AGTTATGTTA----A-----TCGGTCG--CGT----TGCCCAACCCTAAC-----C-C-C-CAA-TGG---TAT-AACATTACGCTAAGTAaacgccgccaaccacagt
gi|2 : GATTAGCTCAGT---CGGTAA------------TGATCTAGA-AAT-CCAGGGGTCAT-GAGT----TT---GT----ATCTCC-GCCCGGCAACAGCCTCCGTGATG---ATT--GATATA---------CGA--CACTGTGTCTCA-TTGTC------ATTC-GTCTCTCACCA-CT-GATTCAAGT-GGGAAAGTTATCAGTTACTTG--CAGAGATGGAGTGTACTTGAGTACCGGT----------TGACCTTCAAGG----------A----------T--C----------C-------CAG--------GA------AA---C--A-GT--GGTTAGGTTA----A-----CTGATCATCTGT----T-----------AGC----C-C-T-TGA-TGGCTTCATATAAATGATGCTTAACATTCAATCAgt
gi|24 : TTAGCACAGT---CGGTAG-CAC--ATC---TGA-CAATT-AAT-CTAGGGGTAGT-GAAT----TCTGAGTTCTAATCCC--ACCAAACCACAGTCTCTTTGATG---ATT--GATACA---------TGC--CATTGAGTCTCA---ATT------GT-A-ATCTCTCACCT-CT-GGTTGAAGA-GGGAAAGTTATCAGTAAGTTG--CAGAGA-GGGGTGTACTCAAGTACTGGT----------A----------A----------A----------
gi|10 : gccaagTAGTTCAGT---CG-TTAGTGC--ATA---TGA-CTTTC-AAT-CCAGAGGTTGC-GAGT----TT---GA----ATCCCC-GCCGGGACACAGTCTCAGTGATG---ACT--GATAAA---------CGA--CATTGCGTCTCA-TTGTC------ATTT-G-----------CT-GATTCAAGT-GGGAAAGTTATCAGTTACTTG--CAGAGA---GGTGTGCTCGATTACTGGT----------T----------AACCTTCCAGGA----------T--C----------C-------CAG--------GA------AA---G--A-GT--GGTTAGTTTA----A-----CTGATCATCTGT----A-----------TG-----CAC-T-TGA-TGG---CATAAAAATTATGCTTAATAATCAcat
gi|12 : agaTAGCTCAGT---CAG--A-AGCTAGTC---TGA-CTACC-AAT-ACAGGGGTTGT-GAGC----TT---G-----ATTACCTGGCTAGCCGCAGTCTCCTTGATG---GTT--GATACA---------CAA--CATTGCATCTCA-GTGTC------ATTC-ATCTCTCACTG-CT-GATTCAAGT-GGGAAAGTTATCAGTTCCTTG--CGGAGAT-AGGTGTGCTCAAGTACTGGT----------T----------AC---------C----------T--T----------C-------CAG--------GA----------------------TT----------C-----CTG--CGTCTGTA---T-----------TG-----C-CTT-TGA-TTG---CAT-AAAATGATGCGAAATGTTCAAACAA
gi|39 : TAGCTCAGT---TGGTAA-CGT--GTC---TGA-CTGTCAAAT-CTGG-GGTCGC-AAGT----TC---GA----ATCCCC
gi|4 : gcAGCACAGT---CTGTAG-CAC--ATC---TGA-CTATC-AAT-CCAAGGGT-GT-GGGT----TT---GA----ATTTCTT-CTTGGCCACTGTCTCCATGATG---AAT--GATATA---------CGA--CATTGTATCCCA-CTGTC------ATTT-GTCTCTCATCT-CT-GATTCAAGC-GGAAAAGTTATCAATTACTTG--CAGAGAT-AGATGTGCTCTAGTACTGGT----------T----------AATATTCCAGGA----------T--C----------C-------CAG--------GA------AA---G--A-GT--GGTCAGATTC----A-----CTGATCATCTGT----T-----------TGT----C-C-T-CAA-TGG---CAGAAGAACAACACTAAATATTCAAACAa
gi|40 : aAGCTCAAT---CAGTAA-TGC--ATC---TGA-CTATC-AAT----ACG---GG-GAGT----TT---GA----ATCC
gi|6 : gaactggcgGATTAGCGC--GTCCGCTGA-CTGTC-AAT-CCAGGGGTCGT-GAGT----TC---GA----ATCCCC-GCCCGGCCACAATATCCGT-ATATCCGTT--GATATA---------CGA--CATTGCGTCTCA-TTATC------ATTC-GTCTCTCACCG-CT-GATTGAAGT-GGGAAAGTTATCACTTACTTG--AGGCCATGGAGTGTGCTCGAATACTGGT----------T----------A----------ACCTTCCAGTGT--C----------C-------CAG--------GA------AA---C--C-GC--GGTTAGGTTA----A-----CTGATTGTCTAT----T-----------AG-----CTC-T-CGA-TGT---CAT-AAAATGACGTTAAATATTAAATCAA
gi|18 : GC--ATC---TGA-CTATT-AGT-CCAGGGGTCAG-GAGT----TT---GA----ATCCC-TGTCCTGCAATAGTTTCCATGATG---ACT--GATA------------AA-------TGTCTCA-TTGTC------ATTT-ATCTCTCACCA-CG-GATTCAAGT-GGGAAAGTTATCAGTCACTTG--CGGAGAT-GGGTGTGCTCCAGTACTGGT----------TGACCTTCCG-G----------A----------T--C----------C-------CAG--------GA------AA---T--A-GT--GGCTAGGTTA----A-----CTGATTGTCTGT----T-----------AGT----C-C-T-CAA-TGG---CATAA
gi|14 : agtgaTAAC-AAT-CAAGGGGTCGC-GACT----TC---G-----AGTCCCTGCTCGGTAACAGTCTCCGTGATG---ATT--GATGTA---------CTA--CATTTCTTCTCA-TTATC-------TTC-GTCTCTCAACG-CT-AATTCAAGT-GGGAAATTTATCAGTTACTTG--CGGAAATGGGATGTGCTCGAGTACTGGT----------T----------AACTTTCTAGGA----------T--C----------C-------AAG--------GA------AA---T--A-GT--GGTTAAGTTA----A-----CTGATTGTCCGT----T-----------AGC----C-C-T-TGA-TGG---CATAAAAATGATGCTTAATATTCAATcgat
gi|33 : TATC-AAT-CCAGGGGTCGT-GAGT----TC---AA----ATAATC-GCCCATCTACAGTCTCCGTGATG---ATT--GATATA---------C
gi|13 : ccgattagtC-AAT-CCAGGGATTGT-GAGTAAAATC---GA----ATTCCCGGCT-GGCAACAGTCTCTGTGATG---ATT--GACAAA---------CGA--CATTGTGTCTCA-TAATC------ATTC-ATCTCTCATCA-CT-GATTCCAGT-GAGAAAGTTATCAGTTACTTG--CTGAGATGGGGAGTGCTTGAGTACTGGT----------T----------A----------A----------C--CTTTCAGGATTC-------AAG--------GA------AA---C--A-GT--GGTTAGGTTA----C-----CTGATCGTCTGT----T-----------AAC----C-C-T-TGA-TGG---CATAAAAATGACGCTAAATATTCAAT
gi|22 : C-AGT-CAAGGGGTTGC-AAGT----TC---AA----ATCCCC-ACTTGGCAA--GTCTCAGTGATG---ATTTAAATATATGCAAATTCCAA--CATTGTGTCTCA-TGTTA------ATTC-ATCTTTAATCA-CT-GATTCAAGTGGGGAAAGTTGTCAATTACTTGCACGGATATTGGGTGTGC
gi|19 : actgttatgttatgtaacaaa-CCAGGGATTGT-GAGT----TT---GA----ATCCCC-ACCCATCAGCAGTCTCCGTGAT------------ATA---------CGA--CATTATGTCTCA-TTATC------ATTC-GTCTCTCACTG-CT-GATTCAAGT-AAGAAAATTATCAGTTACTTG--CGGAGATGGGGTATGTTCAAGTACTGGT----------T----------AAGCTTTCAGGA----------T--C----------C-------CAG--------GA------AA---T--A-GA--GGTTAGGTTA----A-----CTTATCGTCTGT----T-----------AGC----C-C-T-AGA-TGG---CATAAAAATGACGCTAAATcaaacaagtagtcaaaggtttgatcc
gi|9 : CTGCCCTGCCATATTCTCTGTGATG---ATT--GATATG---------CAA--TGTTGTGTCTCA-TTGTC-------TTC-TTCTCTCACTG-CT-GATTTAAGT-GGGAAAGTTATCAGTTACTTG--TGGAGAT-GGGTGTGCTTGAGTACTGGT----------T----------AACCTTCCAGGA----------T--C----------C-------CAA--------GA------AA---G--A-AT--GGTTAGGTTAAATTA-----TTGATTGTCTGC----T-----------AGC----C-C-T-CAA-TGG---CATAAAAATGATGCTAACTATTCA
gi|3 : taaagctgaactgtctgtccggcactgagatgtgatttcaaatcaggAACAGTCTCCGTGATG---ATT--GATATA---------CGA--CATTGTGTCTCA-TTATC------ATTC-ATCTCTCATCG-CT-GATTCAAGT-GGGAAAGTTATCAGTTACTTG--CGGAGACGGGGTGTGCTAGAGTAGTGGT----------T----------T----------A----------T--C----------C-------CAG--------GA------AA---C--A-GT--GGTTAGGTTA----A-----CTGATCGTCTGT----T-----------AGC----C-C-T-CGA-TGA---CATAAAAATGACGCTAAATATTC
gi|25 : cttcttgtcagaatctactgacctgattccgatgtaatttcactgacatttaccatgggtgaacctctaccaagtttgCGGTCTCCAGGATG---ATA--GATATA---------CAA--CATTATGTCTCT-TTATC------AATC-GTCTCTCACCG-CT-GATTCAAGT-AGGAAAGCTATCAGTTACTTG--CAGAGATGGGGTGTGCTCAAATACTGGT----------T----------A----------A----------T--T----------C-------CAG--------GA------AA---C--A-GT--GGTTAGG--------------TGATCGTCTGT----T-----------AGC----C-C-T-CGA-TGG---CATGAAAATGACGCTAAATATTCAACCA
gi|23 : tccAGTCTCTGGGATG---ATT--AATATG-----------A--CATTATGTGTCA-CCATC------ATTC-TTCTCTCACTG-CT-GAGTCAAGC-TGGAAAGTTATCAGTGACTTG--TGGACATGGGTTGTGCTCAAGAACCGGT----------T----------A----------A----------CAGT----------C-------CAG--------GATCCAATGA---CAGA-GT--GGCTAGCTTT----A-----CTGATCTTCTGT----T-----------AGC----C-C-T-CAA-TGT---AATAAAAGT--TGTTTAATATTCA
gi|41 : AGTCTCTGTTATG---ATT--GATGTA---------TGA--CATTATGTCTTA-TTGTC------ATTCTGTCTTT
gi|26 : agTGATG---TTT--AATATA---------AGA--CATTGCTTCTTA-TTGCC------ATTC-GTCTCTAACAT-AT-GATTCATGT-GAGAACGTTATCAGCTACTTG--TGGAGAT-GAGTGTGCTTGAGAGCTAGT----------T----------A----------ACCT-------T--C----------CAAGATATCAG--------GA------AG------A-GT--ATTAAGGTTA----A-----CTGATTATTTGT----G-----------AG-----CTC-T-CGA-TGG---CATAAt
gi|20 : A---------CGA--CATTGTGTCTCA-TTATC------ATAC-GTCTCTCACCA-CT-GATTCAAGT-GGGAAAGTTATCAGTTACTTG--CGGAGATGTGGTGTGCTCGAGTACTGGT----------T----------A----------A----------T--C----------C-------CAG--------GA------AA---C--A-GT--GGTTAGGTTA----A-----CTGATCATCTGT----T-----------AGC----C-C-T-TGA-TGG---CATAAAAATGACACTCAATATTCAATCAta
gi|21 : ccaattagctcagtcggttatgcgtctgactatcaatccaggggATTGCGTCTTA-TT-TC------CTTC-ATCTCTAGC------------AAT-GGGAAAGTTATAAGTTAGTTG--CG-AGATTGG-TGTGCTCAATTATTGGT----------T----------A----------ACA--------T--T----------C-------------------A------AAGTTT--ATGTTAGGTTATGTTA----GGTTTCCTGATCGTTTGT----T-----------GG-----C-C-CACGA-TGG---CATAAAACTGACGCCAAACAT
gi|45 : agctctgtatttcaatccaggtgtcgtaagttccccgcaagccacatacaccgggactTGCCTCA-TTGTC------ATTA-ATCTCTCACTG-TTCGATTTAAGT-GAAAA
gi|27 : catTTTTA-TTGTA------ATTC-GTTTCTCATCG-CT-GATTAAAGT-G--------------TATTTG--CGGAGATTGG-TGTACTGCAGTATTTGT----------T----------AGCATTCCAATA----------T--C----------C-------CAC--------GA------AC---G--A-GT--GACTAGGTTA----A-----CTGATTGCCTGT----T-----------GGA----C-C-T-CGA-TGG---CAT-ACAATTACGATCAATATTCAAACAAt
gi|15 : TCA-TAATC-------TTC-GT--------A-GT-GAT----GT-TAGAACGTTATCAGGTACTTG--CGGTGGTGGG-CGTACTTGAATACTGCT----------T----------A----------ACCTTCAAGAAT--C----------C-------AAG--------GA------AA---G--A-GT--GTTTTGGTTA----A-----CTGATTATTTGT----A-----------AG-----CTC-T-CGA-TGA---CATAACAAacataacaaagcga
gi|46 : gtccggttagctaagttagcagcggcacgcatgattaccaatccaagttagaatgccgccaggTTACCA-CT-GATTCAAGT-GTAAAAGTTGACAGTTACTTacaaatcaaatgtattccaagacattccggtagtcaaaca
gi|30 : tacgcctgaAAAGTTATCAGTTACTTG--CGGAGATGGGGTGTGCTCGAGTACTGGT----------T----------T----------A----------T--C----------C-------CAG--------GA------AA---C--A-GT--GGTTACGTTA----A-----CTGATCATCTGT----T-----------AA-----CAC-C-CGA-TGG---CATAGAAATGATGCTAAATATTCAATCAA
gi|44 : TGCCCGAGTACTGGT----------T----------AACATGTCACGA----------T--C----------C-------AAG--------GA------AA---T--A-GT--tc
gi|38 : gaaatagttgc----------A----------T--A----------C-------CTG--------GA------AA---G--A-GT--GCTTTGGTTA----A-----CTGAT------------------------------C-T-T-----------CATAAAAA-AACGCTTCATATTCAAACAA
gi|49 : gg--GGTTAGGTTA----A-----CTGATCATCTGT----T-----------AT-----C-C-T-aca
gi|35 : TCTGT----T-----------CA-----C-CAT-CAACTGG---CATAAAAATGAAGCTCAATATTCAATCAAtcaaggaaataataa
gi|48 : gatcacatgtatctgtcagtcaG-----T-C-T-CAA-TGG---CATAAAAATGATGATAAATATTCAAACAA
gi|16 : gAAACATGACACTAAATATTCAATCAAacaa
9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): ACTGTTAGGTTAGTTGGTAATGCGCTTGACTGTCATTCCGGGGGTTGCAAGTTTAAATCTTCACCTGGTCACAGTTTCAGTGTTAATA
Unaligned ( gi|32 ): GCTCAGCTAGATCAGTCAGTAATGAGTTTTCTTTTCAAGTGTCATGAGTCCAAATTTTTGCCCATCCACAGTTTTTATTATGATTGG
Unaligned ( gi|36 ): GATCAGGAGATATGAGTTTGAATCCACGCCTGGCCACAGTCCCCGAGTTTATCGATACATGACATTAG
Unaligned ( gi|37 ): TATGGAGATATTTGTGCTGGAGTTCTAGTTAACTTTCCAGAATTCCAGAAACGAGTTGTTATGTTGA
Unaligned ( gi|42 ): CCAGGTATCTGAGTCGATAAAGCGTCTAACTGTCAACCCAGGGTAGGAAGTTCGA
Unaligned ( gi|43 ): CAGTCGGACTTGTGTCTGTCTGTCAATACAGGCGCCATGACATTGAGTCTCATTA
Unaligned ( gi|47 ): TATGAGGCTACCATATTGTTACCAGGTCAGTATAAATTGTCAATA
Unaligned ( gi|50 ): TCAATTCAGGGGTTGCATGTTTAAATCTCCATCTGGCCACA
Unaligned ( gi|51 ): AGATGACAACATCAGACTGTTATAATGTCAG
Alignments
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consensus : CCCGGTTAGCTCAGTCGGTAGCG---CGTC---TGA-CTATCAAT-CCAG----GGGTCG-------CGAGT----TCGAATCC--CC-GCCCGGCCACAGTCTCCGTGATG---ATT--GATATACG---------A--CATTGCGTCTC-A-------TTGTCATTC-GTCTCTCACCGCT-GATTCAAGT-GGGAAAGTTATCAGTTACTTG--CGGAGATGGGGTGTGCTCGAGTACTGGT----------T----------A----------A----------T--C----------CCAGGA--------A-----ANAGT--------GGTTAGGTTA----A-----CTGATCGT-CTG-------T-T-------AGCCCTCGA-TGG---CATAAAAATGACGCTAAATATTCAANCAA
Reference ( family-2167 ) : CCCGGTTAGCTCAGTCGGTAGCG---CGTC---TGA-CTATCAAT-CCAG----GGGTCG-------CGAGT----TCGAATCC--CC-GCCCGGCCACAGTCTCCGTGATG---ATT--GATATACG---------A--CATTGCGTCTC-A-------TTGTCATTC-GTCTCTCACCGCT-GATTCAAGT-GGGAAAGTTATCAGTTACTTG--CGGAGATGGGGTGTGCTCGAGTACTGGT----------T----------A----------A----------T--C----------CCAGGA--------A-----ANAGT--------GGTTAGGTTA----A-----CTGATCGT-CTG-------T-T-------AGCCCTCGA-TGG---CATAAAAATGACGCTAAATATTCAANCAA
gi|1 : CTGATTAGCTCAGTCG---------TGTC---TGA-CTATCAAT-CCAG----GTGTCG-------CGAGT----TCGAATCC--CC-ACCTGGCAACAGTCTCTGTGATG---ATT--GACAAACA---------A--CATT-CGTCTC-A-------TTATCATGT-GTTTCTCAACGCT-GATTCAAGT-GGAGAAGTTATCAGTTACTTG--CGGATATAGGATGTGCTCGATTTCTGGT----------T----------AACTTTTCAGGA----------T--C----------CAAGGA--------A-----ACAGT--------GGGTATGTTA----A-----CTGAACAT-CTG-------TATTACAGTAAGCCCTCGA-TGG-----TAAAAATGACGCTTTATATTCAGTCA
gi|10 : TAGTTCAGTCGTTAGTG---CATA---TGA-CTTTCAAT-CCAG----AGGTTG-------CGAGT----TTGAATCC--CC-GCCGGGACACAGTCTCAGTGATG---ACT--GATAAACG---------A--CATTGCGTCTC-A-------TTGTCATT-----------TGCT-GATTCAAGT-GGGAAAGTTATCAGTTACTTG--CAGAGA---GGTGTGCTCGATTACTGGT----------T----------AACCTTCCAGGA----------T--C----------CCAGGA--------A-----AGAGT--------GGTTAGTTTA----A-----CTGATCAT-CTG-------T-A-------TGCACTTGA-TGG---CATAAAAATTATGCTTAATAATCA
gi|11 : agaCCGGTTAGCTCAGTCGGTAGCT---AATT---TGA-GTTCCATT-CCAT----CGGTCG-------TGAGT----TTAAAACC--TC-GTTTCGCCACAGTGTCCGTGATG---A-----GTAT-----------------TTTCGTTTT-A-------TTGTAATTC-GTTTCTCATCGCT-GATTAAAGT-G--------------TATTTG--CGGAGAT-TGGTGTACTGCAGTATTTGT----------T----------AGCATTCCAATA----------T--C----------CCACGA--------A-----CGAGT--------GACTAGGTTA----A-----CTGATTGC-CTG-------T-T-------GGACCTCGA-TGG---CAT-ACAATTACGATCAATATTCAAACAA
gi|12 : TAGCTCAGTCAGAAGCT---AGTC---TGA-CTACCAAT-ACAG----GGGTTG-------TGAGC----TTGATTAC--CT-GGCTAGCCGCAGTCTCCTTGATG---GTT--GATACACA---------A--CATTGCATCTC-A-------GTGTCATTC-ATCTCTCACTGCT-GATTCAAGT-GGGAAAGTTATCAGTTCCTTG--CGGAGAT-AGGTGTGCTCAAGTACTGGT----------T----------AC---------C----------T--T----------CCAGGA-----------------------------TT----------C-----CTG--CGT-CTG-------TAT-------TGCCTTTGA-TTG---CAT-AAAATGATGCGAAATGTTCAAACAAa
gi|13 : CAAT-CCAG----GGATTG-------TGAGTAAAATCGAATTC--CC-GGCTGGCAACAGTCTCTGTGATG---ATT--GACAAACG---------A--CATTGTGTCTC-A-------TAATCATTC-ATCTCTCATCACT-GATTCCAGT-GAGAAAGTTATCAGTTACTTG--CTGAGATGGGGAGTGCTTGAGTACTGGT----------T----------A----------A----------C--CTTTCAGGATTCAAGGA--------A-----ACAGT--------GGTTAGGTTA----C-----CTGATCGT-CTG-------T-T-------AACCCTTGA-TGG---CATAAAAATGACGCTAAATATTCAA
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gi|15 : CCGGTTAGCTAAGTTAGCAGCGGCACGCA---TGA-TTACCAAT-CCA--------------------AGT----TAGAAT-G--CC-GCCAGGTCATAATCTTCGTAGTG---ATt
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gi|18 : gG---CATC---TGA-CTATTAGT-CCAG----GGGTCA-------GGAGT----TTGAATCC--CT-GTCCTGCAATAGTTTCCATGATG---ACT--GATA-------------A---AT---GTCTC-A-------TTGTCATTT-ATCTCTCACCACG-GATTCAAGT-GGGAAAGTTATCAGTCACTTG--CGGAGAT-GGGTGTGCTCCAGTACTGGT----------TGACCTTCCG-G----------A----------T--C----------CCAGGA--------A-----ATAGT--------GGCTAGGTTA----A-----CTGATTGT-CTG-------T-T-------AGTCCTCAA-TGG---CATAA
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-2167 ) : CCCGGTTAGCTCAGTCGGTAGCG---CGTC---TGA-CTATCAAT-CCAG----GGGTCG-------CGAGT----TCGAATCC--CC-GCCCGGCCACAGTCTCCGTGATG---ATT--GATATACG---------A--CATTGCGTCTC-A-------TTGTCATTC-GTCTCTCACCGCT-GATTCAAGT-GGGAAAGTTATCAGTTACTTG--CGGAGATGGGGTGTGCTCGAGTACTGGT----------T----------A----------A----------T--C----------CCAGGA--------A-----ANAGT--------GGTTAGGTTA----A-----CTGATCGT-CTG-------T-T-------AGCCCTCGA-TGG---CATAAAAATGACGCTAAATATTCAANCAA
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gi|22 : agctctgtattCAGT-CAAG----GGGTTG-------CAAGT----TCAAATCC--CC-ACTTGGC-A-AGTCTCAGTGATG---ATTTAAATATATGCAAATTCCAA--CATTGTGTCTC-A-------TGTTAATTC-ATCTTTAATCACT-GATTCAAGTGGGGAAAGTTGTCAATTACTTGCACGGATATTGGGTGTGC
gi|23 : actgttatgttatgtaacaaaAGTCTCTGGGATG---ATT--AATAT--G---------A--CATTATGTGTC-A-------CCATCATTC-TTCTCTCACTGCT-GAGTCAAGC-TGGAAAGTTATCAGTGACTTG--TGGACATGGGTTGTGCTCAAGAACCGGT----------T----------A----------A----------CAGT----------CCAGGATCC-----AATGACAGAGT--------GGCTAGCTTT----A-----CTGATCTT-CTG-------T-T-------AGCCCTCAA-TGT---AATAAAAGT--TGTTTAATATTCAcaaacaagtagtcaaaggtttgatcc
gi|24 : GTTAGCACAGTCGGTAGCA---CATC---TGA-CAATTAAT-CTAG----GGGTAGTGAATTCTGAGT----TCTAAT-C--CC-ACCAAACCACAGTCTCTTTGATG---ATT--GATACATG---------C--CATTGAGTCTCAA-------TTGTAA-----TCTCTCACCTCT-GGTTGAAGA-GGGAAAGTTATCAGTAAGTTG--CAGAGA-GGGGTGTACTCAAGTACTGGT----------A----------A----------A----------
gi|25 : gccaaCGGTCTCCAGGATG---ATA--GATATACA---------A--CATTATGTCTC-T-------TTATCAATC-GTCTCTCACCGCT-GATTCAAGT-AGGAAAGCTATCAGTTACTTG--CAGAGATGGGGTGTGCTCAAATACTGGT----------T----------A----------A----------T--T----------CCAGGA--------A-----ACAGT--------GGTTAGG--------------TGATCGT-CTG-------T-T-------AGCCCTCGA-TGG---CATGAAAATGACGCTAAATATTCAACCAcat
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gi|30 : cttcttgtcagaatctactgacctgattccgatgtaatttcactgacatttaccatgggtgaacctctaccaagtttgaAAAGTTATCAGTTACTTG--CGGAGATGGGGTGTGCTCGAGTACTGGT----------T----------T----------A----------T--C----------CCAGGA--------A-----ACAGT--------GGTTACGTTA----A-----CTGATCAT-CTG-------T-T-------AACACCCGA-TGG---CATAGAAATGATGCTAAATATTCAATCAA
gi|32 : CTCAGCTAGATCAGTCAGTAATG---AGTT---T------TCTTT-TCAA----GTGTCA-------TGAGT----CCAAATTT--TT-GCCCATCCACAGTTTTTATTATG---ATT--Gtc
gi|33 : gTATCAAT-CCAG----GGGTCG-------TGAGT----TCAAATAA--TC-GCCCATCTACAGTCTCCGTGATG---ATT--GATATACg
gi|34 : ccgattagtCTGGTTAGCTTAGTTTGTAGCT---TGTC---TGA-CTATTAAT-CCAG----GAGAAG-------TGAGT----TTGAA-CG--CC-G-CCAACCACAGT
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gi|39 : ggGCTAGCTCAGTTGGTAACG---TGTC---TGA-CTGTCAAA-TCTG----GGGTCG-------CAAGT----TCGAATCC--CC-aca
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gi|41 : gaaAGTCTCTGTTATG---ATT--GATGTATG---------A--CATTATGTCTT-A-------TTGTCATTCTGTCTTT
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gi|45 : gaaatagttgc--CATTGC--CTC-A-------TTGTCATTA-ATCTCTCACTGTTCGATTTAAGT-GAAAA
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gi|48 : tacgcctgaCTCAA-TGG---CATAAAAATGATGATAAATATTCAAACAA
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gi|7 : gatCGGTTATCTTAATCGGTAAAG---CGTC---TGA-CTATCAAT-GCAG----GTGTCG-------TGAGT----TCAAATCC--CC-AACTGGCCACAGTATCTCTGATG---ACA--AATAT------------A--CATTACGTCTC-AGTCATCGCTGTCAGTC-GTCTCTCACCACT-GATTCAAGT-GGGAAAGTTATCAGTTA----------------ATATGCTCAAGTACTGGTCAACCATCCAT----------G----------A----------C--C----------CCAGGA--------A-----CTAGT--------AGTTATGTTA----A-----TCGGTCGCGTTGCCCAACCC-T-------AACCCCCAA-TGG---TAT-AACATTACGCTAAGTA
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gi|9 : cC---TGAACTGTCTGT-CCGGCACTGAGATG-------TGATT----TCAAATCAGGCT-GCCCTGCCATATTCTCTGTGATG---ATT--GATATGCA---------A--TGTTGTGTCTC-A-------TTGTC-TTC-TTCTCTCACTGCT-GATTTAAGT-GGGAAAGTTATCAGTTACTTG--TGGAGAT-GGGTGTGCTTGAGTACTGGT----------T----------AACCTTCCAGGA----------T--C----------CCAAGA--------A-----AGAAT--------GGTTAGGTTAAATTA-----TTGATTGT-CTG-------C-T-------AGCCCTCAA-TGG---CATAAAAATGATGCTAACTATTCA
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): ACTGTTAGGTTAGTTGGTAATGCGCTTGACTGTCATTCCGGGGGTTGCAAGTTTAAATCTTCACCTGGTCACAGTTTCAGTGTTAATA
Unaligned ( gi|37 ): TATGGAGATATTTGTGCTGGAGTTCTAGTTAACTTTCCAGAATTCCAGAAACGAGTTGTTATGTTGA
Unaligned ( gi|43 ): CAGTCGGACTTGTGTCTGTCTGTCAATACAGGCGCCATGACATTGAGTCTCATTA
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Unaligned ( gi|51 ): AGATGACAACATCAGACTGTTATAATGTCAG
Alignments
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Reference ( family-2167 ) : CCCGGTTAGCTCAGTCGGTAGCG---CGTC---TGA-CTATCAAT-CCAG----GGGTCG-------CGAGT----TCGAATCC--CC-GCCCGGCCACAGTCTCCGTGATG---ATT--GATATACG---------A--CATTGCGTCTC-A-------TTGTCATTC-GTCTCTCACCGCT-GATTCAAGT-GGGAAAGTTATCAGTTACTTG--CGGAGATGGGGTGTGCTCGAGTACTGGT----------T----------A----------A----------T--C----------CCAGGA--------A-----ANAGT--------GGTTAGGTTA----A-----CTGATCGT-CTG-------T-T-------AGCCCTCGA-TGG---CATAAAAATGACGCTAAATATTCAANCAA
gi|1 : CTGATTAGCTCAGTCG---------TGTC---TGA-CTATCAAT-CCAG----GTGTCG-------CGAGT----TCGAATCC--CC-ACCTGGCAACAGTCTCTGTGATG---ATT--GACAAACA---------A--CATT-CGTCTC-A-------TTATCATGT-GTTTCTCAACGCT-GATTCAAGT-GGAGAAGTTATCAGTTACTTG--CGGATATAGGATGTGCTCGATTTCTGGT----------T----------AACTTTTCAGGA----------T--C----------CAAGGA--------A-----ACAGT--------GGGTATGTTA----A-----CTGAACAT-CTG-------TATTACAGTAAGCCCTCGA-TGG-----TAAAAATGACGCTTTATATTCAGTCA
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gi|15 : CCGGTTAGCTAAGTTAGCAGCGGCACGCA---TGA-TTACCAAT-CCA--------------------AGT----TAGAAT-G--CC-GCCAGGTCATAATCTTCGTAGTG---ATt
gi|15 : gtGAACGTTATCAGGTACTTG--CGGTGGTGGG-CGTACTTGAATACTGCT----------T----------A----------ACCTTCAAGAAT--C----------CAAGGA--------A-----AGAGT--------GTTTTGGTTA----A-----CTGATTAT-TTG-------T-A-------AGCTCTCGA-TGA---CATAACAAgttagaacgttatcaggtacttgcggtggtgggcgtacttgaatactgcttaaccttcaagaatccaaggaaagagtgttttggttaactgattatttgtaagctctcgatgacataacaaacaaatcaaatgtattccaagacattccggtagtcaaaca
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gi|17 : CCTGCTTAGCTCATTCTGTAGCA---CATC---TGA-CTATCAAAACCAG----AGGTCA-------CGAGT----TTGAATAC--CT-GCCCAGCCACAGCCTTTACGATT---ATT--AATATACA---------A--CATGGAGTCTC-A-------TAGTCATTT-GTCTCTCCCAGCT-GATTCAAGT-GGGAAACTTAT---TTAT----------ATAG---GTGTTAACCTTCTAG----------------------A----------A----------T--C----------ACAGGA--------A-----AGAGT--------GG-TAGGTTA----A-----CTGATCCT-ATG-------T-A-------AAACCTTGA-TAA---CATAAAAATGAtgacactaaatattcaatcaatcatt
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gi|2 : GATTAGCTCAGTCGGTAA------------TGATCTAGAAAT-CCAG----GGGTCA-------TGAGT----TTGTATCT--CC-GCCCGGCAACAGCCTCCGTGATG---ATT--GATATACG---------A--CACTGTGTCTC-A-------TTGTCATTC-GTCTCTCACCACT-GATTCAAGT-GGGAAAGTTATCAGTTACTTG--CAGAGATGGAGTGTACTTGAGTACCGGT----------TGACCTTCAAGG----------A----------T--C----------CCAGGA--------A-----ACAGT--------GGTTAGGTTA----A-----CTGATCAT-CTG-------T-T-------AGCCCTTGA-TGGCTTCATATAAATGATGCTTAACATTCAATCA
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gi|21 : ccaattagctcagtcggttatgcgtctgactatcaatccaggggTCAAT-CCAG----GTGTCG-------TAAGT----TC-----C--CC-GCA-AGCCACATACACCGGGAC-----------------------------TATTGCGTCTT-A-------TT-TCCTTC-ATCTCTAGC-----------AAT-GGGAAAGTTATAAGTTAGTTG--CG-AGATTGG-TGTGCTCAATTATTGGT----------T----------A----------ACA--------T--T----------C-------------------AAAGTTTATGTTAGGTTATGTTA----GGTTTCCTGATCGT-TTG-------T-T-------GGCCCACGA-TGG---CATAAAACTGACGCCAAACAT
gi|22 : agctctgtattCAGT-CAAG----GGGTTG-------CAAGT----TCAAATCC--CC-ACTTGGC-A-AGTCTCAGTGATG---ATTTAAATATATGCAAATTCCAA--CATTGTGTCTC-A-------TGTTAATTC-ATCTTTAATCACT-GATTCAAGTGGGGAAAGTTGTCAATTACTTGCACGGATATTGGGTGTGC
gi|23 : actgttatgttatgtaacaaaAGTCTCTGGGATG---ATT--AATAT--G---------A--CATTATGTGTC-A-------CCATCATTC-TTCTCTCACTGCT-GAGTCAAGC-TGGAAAGTTATCAGTGACTTG--TGGACATGGGTTGTGCTCAAGAACCGGT----------T----------A----------A----------CAGT----------CCAGGATCC-----AATGACAGAGT--------GGCTAGCTTT----A-----CTGATCTT-CTG-------T-T-------AGCCCTCAA-TGT---AATAAAAGT--TGTTTAATATTCAcaaacaagtagtcaaaggtttgatcc
gi|24 : GTTAGCACAGTCGGTAGCA---CATC---TGA-CAATTAAT-CTAG----GGGTAGTGAATTCTGAGT----TCTAAT-C--CC-ACCAAACCACAGTCTCTTTGATG---ATT--GATACATG---------C--CATTGAGTCTCAA-------TTGTAA-----TCTCTCACCTCT-GGTTGAAGA-GGGAAAGTTATCAGTAAGTTG--CAGAGA-GGGGTGTACTCAAGTACTGGT----------A----------A----------A----------
gi|25 : gccaaCGGTCTCCAGGATG---ATA--GATATACA---------A--CATTATGTCTC-T-------TTATCAATC-GTCTCTCACCGCT-GATTCAAGT-AGGAAAGCTATCAGTTACTTG--CAGAGATGGGGTGTGCTCAAATACTGGT----------T----------A----------A----------T--T----------CCAGGA--------A-----ACAGT--------GGTTAGG--------------TGATCGT-CTG-------T-T-------AGCCCTCGA-TGG---CATGAAAATGACGCTAAATATTCAACCAcat
gi|26 : tccTGATG---TTT--AATATAAG---------A--CATTGCTTCTT-A-------TTGCCATTC-GTCTCTAACATAT-GATTCATGT-GAGAACGTTATCAGCTACTTG--TGGAGAT-GAGTGTGCTTGAGAGCTAGT----------T----------A----------A----------C--CTT--------CCAAGATATCAGG-A-----AGAGT--------ATTAAGGTTA----A-----CTGATTAT-TTG-------T-G-------AGCTCTCGA-TGG---CATAA
gi|27 : TTTT-A-------TTGTAATTC-GTTTCTCATCGCT-GATTAAAGT-G--------------TATTTG--CGGAGATTGG-TGTACTGCAGTATTTGT----------T----------AGCATTCCAATA----------T--C----------CCACGA--------A-----CGAGT--------GACTAGGTTA----A-----CTGATTGC-CTG-------T-T-------GGACCTCGA-TGG---CAT-ACAATTACGATCAATATTCAAACAAta
gi|28 : CCAATTAGCCCAGTTGGTAGCG---AGTC---AGA-CTA------CCAG----GGGTGA-------TGAAT----TCGAAACC--CC-GTC-------AGTCGCTGTGAGA---ATT--GATATATG---------A--CATTGTGTCTC-A-------TTATCATTC-GTCTCTCATTGCT-GATTCAAGT-GTGAAAGTTATCAGTTACTTG--Cacataacaaagcga
gi|29 : CCGATTAGCTCTGTCATTAGCG---CGTC---TGA-ATATTAAT-CCAT----GGGTCA-------CGAGC----TTGAATCC--CC-A-CCGGTCACAATCTCCGTGATG---GTT--GATATAC----------A--TATTGCGTCTC-A-------TTATCATTC-GTCT
gi|3 : ACAGTCTCCGTGATG---ATT--GATATACG---------A--CATTGTGTCTC-A-------TTATCATTC-ATCTCTCATCGCT-GATTCAAGT-GGGAAAGTTATCAGTTACTTG--CGGAGACGGGGTGTGCTAGAGTAGTGGT----------T----------T----------A----------T--C----------CCAGGA--------A-----ACAGT--------GGTTAGGTTA----A-----CTGATCGT-CTG-------T-T-------AGCCCTCGA-TGA---CATAAAAATGACGCTAAATATTCatgatataaaagagagactaataaaagt
gi|30 : cttcttgtcagaatctactgacctgattccgatgtaatttcactgacatttaccatgggtgaacctctaccaagtttgaAAAGTTATCAGTTACTTG--CGGAGATGGGGTGTGCTCGAGTACTGGT----------T----------T----------A----------T--C----------CCAGGA--------A-----ACAGT--------GGTTACGTTA----A-----CTGATCAT-CTG-------T-T-------AACACCCGA-TGG---CATAGAAATGATGCTAAATATTCAATCAA
gi|32 : CTCAGCTAGATCAGTCAGTAATG---AGTT---T------TCTTT-TCAA----GTGTCA-------TGAGT----CCAAATTT--TT-GCCCATCCACAGTTTTTATTATG---ATT--Gtc
gi|33 : gTATCAAT-CCAG----GGGTCG-------TGAGT----TCAAATAA--TC-GCCCATCTACAGTCTCCGTGATG---ATT--GATATACg
gi|34 : ccgattagtCTGGTTAGCTTAGTTTGTAGCT---TGTC---TGA-CTATTAAT-CCAG----GAGAAG-------TGAGT----TTGAA-CG--CC-G-CCAACCACAGT
gi|35 : TCAT-CTG-------T-T-------CACCATCAACTGG---CATAAAAATGAAGCTCAATATTCAATCAA
gi|36 : gatcacatgtatctgtcagCAG----GAGATA-------TGAGT----TTGAATCC--AC-GCCTGGCCACAGTCCCCGAGTTT---ATC--GATACATG---------A--CATT
gi|38 : gat----------A----------T--A----------CCTGGA--------A-----AGAGT--------GCTTTGGTTA----A-----CTGATC-------------T-T-----------------------CATAAAAA-AACGCTTCATATTCAAACAAag
gi|39 : ggGCTAGCTCAGTTGGTAACG---TGTC---TGA-CTGTCAAA-TCTG----GGGTCG-------CAAGT----TCGAATCC--CC-aca
gi|4 : AGCACAGTCTGTAGCA---CATC---TGA-CTATCAAT-CCAA----GGGT-G-------TGGGT----TTGAATTT--CT-TCTTGGCCACTGTCTCCATGATG---AAT--GATATACG---------A--CATTGTATCCC-A-------CTGTCATTT-GTCTCTCATCTCT-GATTCAAGC-GGAAAAGTTATCAATTACTTG--CAGAGAT-AGATGTGCTCTAGTACTGGT----------T----------AATATTCCAGGA----------T--C----------CCAGGA--------A-----AGAGT--------GGTCAGATTC----A-----CTGATCAT-CTG-------T-T-------TGTCCTCAA-TGG---CAGAAGAACAACACTAAATATTCAAACAa
gi|40 : aCTGGCGAGCTCAATCAGTAATG---CATC---TGA-CTATCAAT-ACGG----G-------------GAGT----TTGAATCC--
gi|41 : gaaAGTCTCTGTTATG---ATT--GATGTATG---------A--CATTATGTCTT-A-------TTGTCATTCTGTCTTT
gi|42 : agCCAGGTATCTGAGTCGATAAAG---CGTC---TAA-CTGTCAAC-CCAG----GG-TAG-------GAAGT----TCGAt
gi|44 : TGCCCGAGTACTGGT----------T----------AACATGTCACGA----------T--C----------CAAGGA--------A-----ATAGT--------
gi|45 : gaaatagttgc--CATTGC--CTC-A-------TTGTCATTA-ATCTCTCACTGTTCGATTTAAGT-GAAAA
gi|46 : TTACCACT-GATTCAAGT-GTAAAAGTTGACAGTTACTTt
gi|48 : tacgcctgaCTCAA-TGG---CATAAAAATGATGATAAATATTCAAACAA
gi|49 : ggt--------GGTTAGGTTA----A-----CTGATCAT-CTG-------T-T-------ATCCTTCAA-GGA---AATAATAAacaa
gi|5 : CCCGATTAGCTCAGTCGGTTACG---CGTC---TGA-CTATCAAT-CCAG----CGGTCG-------AGAGT----TCGTATCC--CCTGCCCGGCAACAGTCTCCGTGATG---ATT--GATATACA---------A--CATTGTGTCTC-A-------TCATCATTC-GTCTCTCACCACT-GATTCAAGT-GGGAAAGTTATTAGTTACTTG--CGGAGATGGGGTGTGCTCGAGTACTGGT----------T----------A----------A----------T--C----------CCAGGA--------A-----ACAGT--------GGTTAGGTTA----A-----CTGATTGT-CTG-------T-T-------AG-CCTCGA-TGG---CATAAAAATGACGCTAAATATTCAATCAA
gi|50 : TCAAT-TCAG----GGGTTG-------CATGT----TTAAATCT--CC-ATCTGGCCACA
gi|6 : TAGCG---CGTCCGCTGA-CTGTCAAT-CCAG----GGGTCG-------TGAGT----TCGAATCC--CC-GCCCGGCCACAATATCCGT-ATATCCGTT--GATATACG---------A--CATTGCGTCTC-A-------TTATCATTC-GTCTCTCACCGCT-GATTGAAGT-GGGAAAGTTATCACTTACTTG--AGGCCATGGAGTGTGCTCGAATACTGGT----------T----------A----------ACCTTCCAGTGT--C----------CCAGGA--------A-----ACCGC--------GGTTAGGTTA----A-----CTGATTGT-CTA-------T-T-------AGCTCTCGA-TGT---CAT-AAAATGACGTTAAATATTAAATCAA
gi|7 : gatCGGTTATCTTAATCGGTAAAG---CGTC---TGA-CTATCAAT-GCAG----GTGTCG-------TGAGT----TCAAATCC--CC-AACTGGCCACAGTATCTCTGATG---ACA--AATAT------------A--CATTACGTCTC-AGTCATCGCTGTCAGTC-GTCTCTCACCACT-GATTCAAGT-GGGAAAGTTATCAGTTA----------------ATATGCTCAAGTACTGGTCAACCATCCAT----------G----------A----------C--C----------CCAGGA--------A-----CTAGT--------AGTTATGTTA----A-----TCGGTCGCGTTGCCCAACCC-T-------AACCCCCAA-TGG---TAT-AACATTACGCTAAGTA
gi|8 : CCCGGTTAGCTCAGAC--TTGC-------------A-TTA--AAT-CTAG----GG-TTG-------CGAGT----TTGAATTC--CC-GCT-GGCCACTGTCTCC-TGATG---ACT--GATATATG---------ATACATTGTATCTC-A-------TTGTCATTC-ATCTCTCATCGCT-GGTTCAAGT-GGGAAATTTATTGAATGCTTG--CAGAGATCAG-TGTTCTCGAGTACTGGT----------T----------T----------ACC--------T--C----------CCAGGATCCCTTGAA-----AGAGG--------GGTTTGGTTA----A-----CTGATCAT-CTG-------T-T-------AGCCCTTGA-TGG---CATTAAAAGAATGCTAAATATTCAAACAAgt
gi|9 : cC---TGAACTGTCTGT-CCGGCACTGAGATG-------TGATT----TCAAATCAGGCT-GCCCTGCCATATTCTCTGTGATG---ATT--GATATGCA---------A--TGTTGTGTCTC-A-------TTGTC-TTC-TTCTCTCACTGCT-GATTTAAGT-GGGAAAGTTATCAGTTACTTG--TGGAGAT-GGGTGTGCTTGAGTACTGGT----------T----------AACCTTCCAGGA----------T--C----------CCAAGA--------A-----AGAAT--------GGTTAGGTTAAATTA-----TTGATTGT-CTG-------C-T-------AGCCCTCAA-TGG---CATAAAAATGATGCTAACTATTCA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): ACTGTTAGGTTAGTTGGTAATGCGCTTGACTGTCATTCCGGGGGTTGCAAGTTTAAATCTTCACCTGGTCACAGTTTCAGTGTTAATA
Unaligned ( gi|37 ): TATGGAGATATTTGTGCTGGAGTTCTAGTTAACTTTCCAGAATTCCAGAAACGAGTTGTTATGTTGA
Unaligned ( gi|43 ): CAGTCGGACTTGTGTCTGTCTGTCAATACAGGCGCCATGACATTGAGTCTCATTA
Unaligned ( gi|47 ): TATGAGGCTACCATATTGTTACCAGGTCAGTATAAATTGTCAATA
Unaligned ( gi|51 ): AGATGACAACATCAGACTGTTATAATGTCAG