lowQualScore : 111111111111111111111 111111111111 1111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 8888 1 4 4 33 333333333333333333333 11111 111111 1 11 1 666666666666666666 2 22 22222 1 000000000000 11 111111 222 0000000000000000000000 1 3333333333333 1111 1 11111111 11111111 22222 1 33 2222 1 1 111 2222222 3333333333333 11111 1 111111 111111111 33333333333333 1 111 111 333333333333 11 3333 1 4444444444444 11111 11 666666666666666666666666 3333 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 33 5555 111
lowQualScore : 6 6 5555 5 6 0 6 6 0 6 00 6 6 333333333333333333333 6 22222 7 9 000000 1 3 1 11 7 1 3 3 7 2 4 4 222222222222222222 0 2 6 77 55555 3 3 3 2 2 2 0 6 000000000000 88 999999 3 333 6 1 3 0000000000000000000000 5 5 6666666666666 4444 1 1 88888888 777 99999999 8 6 5 5 88888 5 3 1 77 3 0 0 7 9 3333 5 0 1 333 3 4444444 5 6 4 5 5 9999999999999 66 3 33333 2 111111 0 0 999999999 777 0 4 3 5 888 77777777777777 2 5 66 5 4 666 666 6 666 222 4 222222222222 44 5 0000 8 3 0 1 99 6 1 888 1 6 3 2 6 5555555555555 5 88888 1 0 3 11 222222222222222222222222 1 8 6 66 9999 3 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 2222 22 7 0 0 6666 333 3
lowQualScore : . . .... . . . . . . . .. . . ..................... . ..... . . ...... . . . .. . . . . . . . . .................. . . . .. ..... . . . . . . . . ............ .. ...... . ... . . . ...................... . . ............. .... . . ........ ... ........ . . . . ..... . . . .. . . . . . .... . . . ... . ....... . . . . . ............. .. . ..... . ...... . . ......... ... . . . . ... .............. . . .. . . ... ... . ... ... . ............ .. . .... . . . . .. . . ... . . . . . ............. . ..... . . . .. ........................ . . . .. .... . ........................................................................................................................ . .... .. . . . .... ... .
lowQualScore : 0 0 0000 0 0 0 0 0 0 0 00 0 0 000000000000000000000 0 00000 0 0 333333 0 3 0 33 3 0 7 3 3 5 0 0 000000000000000000 0 5 0 55 00000 2 2 2 5 2 5 8 2 333333333333 33 777777 7 000 0 0 7 7777777777777777777777 7 0 7777777777777 2222 0 0 77777777 777 00000000 4 4 0 7 77777 7 7 4 44 4 1 1 6 6 1111 7 0 4 444 4 3333333 7 0 5 0 0 9999999999999 99 2 11111 2 222222 1 2 555555555 111 1 2 6 0 888 22222222222222 5 0 44 0 5 444 555 0 444 777 0 666666666666 33 0 2222 0 2 6 0 22 0 7 777 7 7 2 5 0 0000000000000 0 00000 0 8 2 00 666666666666666666666666 4 0 0 11 7777 9 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 1111 11 3 7 3 4444 000 0
consensus : TGTTCAGTACTGAAAGTTTTTTTATTTTTCAAATCTAATTATTCTAT-ACAAAAAGTGGCCCAGAGCTATATTTCA-AATACT---TTCTTAATTC-AGTGATTTAACATTGAGTCTGATTTGT-TTGAGATCGTAA-AATATGGTTATCAATCAATATATNATAA-GCATAANTNATGATATANTATNGNCNATGTCATTGTGACCATNTTTAGCATTAACAA-----ATCAGACTCAATGTTAAATATGAGAGTTCTCATTAGATTTG-----CCAAA--ATCAGGTAGT--TTTATACCACA-ATCGTATTGCTACCAACCTGATTATACAAAGATTTCGAGGACCAGGACATTNAATGTGC--------TAGG--CG---TTTAGCGGTTA-------------TTGTGATACACTGC----TGTAATGCCATTGGACAAA-C-CT-A-TGTCA-TAT---TT---ATTGTCTTAATATCCCCTACATGTGTAGAAGCATNACCTCTAA-AAN-NTTTG-CTACATACAGCACATCTATTAAATTACATGCAGCTGCATTTTGTACAAAATACGGAAGAAAGGCATGT-AAGGTCAAGTTCA-TTCNAAC------TATG-TATATATTAATATACCCATNAATAACAAAATATACAG-CAA-AT-CT----G-----TG--TNTGT-ATGATGACATTGAACAAACATTTCACA------T-TATT--TTGATNAATATCCTATAATAAAGCT-AA---A-----NAATA---AAAGAATATGACATATTTTGAANAAT-TCCCTCCTCAATATTTTACTAGTTGACCTTTGACCCAATGACCT---TAAT-GAATGATACA---T---ATC-ATTTTAA-GCATA-ATTN-AAN-ATAT-ATTTAAATTT-AA-TCAGTTATGTTGGT--AAAATATATAACAAACATCTT-AAATATGAATATTGTTATTTCAT--A---TATATCAGTTCCAGCTTNACATTTTGCGCATGATA--CTATTTGGTGA--CCTTTGGCCTTTTAAGT-CCGTCAAACTAGATGTATACCTGGTATTTGCATCATAACAACAGAAAA--T-GTTGTGCTTAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACCCAATGACCTC----AATGAATAATACATGTTATTATTTTATACTCATGC-CATTGNTGGT
Reference ( gi|1 ) : TGTTCAGTGCTGAGAGTTT----ATTTTTCCAACCTAATTATTCTATAATAAAGAGT-GCTCAGCTCTATATCTTATATTATTGCATTC-TGCTTCAAGTAATTTAACTTTTAGTCCGATTTGTTTTGAGATTGTAA-AATATGATTATTAATTAATATATCATAA-GCATAACTTATAATATAATACGGTCAATGTCATTGGGACC-TCTCTAGC--TAACAA-----ATCAGACTCAATGTTAAATATGAGAGTTTTCATTAGATATG-----C------ATCAGGTAGT--TTTATACCACAAATCGTATTGCAAACAACCTGATTATATAAAGATTTCGAGAACCAGGACATTCAATGTTC--------TTAT--TA---CTTATTGGTGA-------------TTGTGATACACTGC----TGTAATGCCATTGTACAAA-C-CT-A-TGTTA-TAT---TA---ATTGTCTTAATATACCCTACATGTGTAGAAGCATAACCTCTAA-AAA-ATGTG-CTACATACATCACATCTATTAAATTACATG-AGCTGCATTTTGTACAAAATACGGATGAAAGGCTTGT-AAGGTTAAGGTCA-TCCAAAC------TATG-TATATATTAATGTACCCATCAATAACAAAATATACAG-CAA-AT-C-----G-----TG--TTTGT-ACGATTACATTGAATAAACATTTCACA------T-TATT--TTGATTAATATCCTATAATAAAGCT-AA---A-----CAATA---AAAGAATATGACATATTTTGAACAAT-TCTCTCCTCAATATTTTACTATTTGATCTTTGACCCAATGACCT---TAAA-GAATGATACA---T---ATT-ATTTTAA-GTATA-ATTC-AAT-ATAT-ATTTAAATAT-AA-TCATTTATGTTGGT--AAAATACATAACAAATATCTT-AAATATGAATATTGTTATTTAAC--A---CATATCAGTTCCAATTTAACATTTTGCGCATGATA--CTATATGGTGA--TATT-GGCCTTTT-AGT-CCGTTAAACTAGATGTATACCTGGTATTTGCATCATAACAACAGAAAA--T-TCGGTATTTAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCCAGTGACCTC----AATGTTTGATACATGTTATTATTTTA----CATGT-TATTATTGGT
gi|2 : TGTTCAGTACTGAAAGTTTTTTTATTTTTCAAATCTAATTATTCTAT-ACAAAAAGTGGCCCAGAGCTATATTTCA-AATACT---TTCTTAATTC-AGTGCTT----TTTTAGCTAAA--------GAGGTCACAATGACATGGCCA--A--TATTATATTATAATTTAT-GCTAATGATATATT--GATTAA---CA-----ACCATATTTAACATTATCAAAACAAATCAGACTCAATGTTAAATAT--GAGTTCTCAATAGATTTGTCGAAC------ATCAGGTAGT--TTTATATCACAAATCATATTGCTACCAACCTGATTATACAAAGATTTCGAAAACAAGGGCATTCAATGTGC--------TAAG--CA---TTTAGTGGTGA----------------AGCTCAACTGA----TATTATG-------ATAAA----T-A-TGTCA-TACATGTATGTATTGTCTTAATATCCCCTACATGTGTAGAAGCATTACCTCT-A-AAC-ATTTGTCTACATATAGCACATCTATAAAATTACCTGAAGCTGTATTTTGTACAAAATACGGAAGAAAAGCATGT-AAGGT-----------CGAA-------TATA-TATATA--AATATG---------AACAAAATATACTG-CAA-AT-CT----T-----TG--TGTGT-TTGATGACATTTAACAAACATTTCACATTTATTT-TATT--TTAATCAATATCCTATAATAATGCA-GA---A-----AAAT-----AAGAATATGACATATTTTGAAATAT-TCCTTCCTCCATATTTTACTAGTTGACCTTCGACCCAATTACTT---TAAC-TAATGAAACA---T---ATC-ATTCAAA-TCATA-TTTA-AAT-ATAT-ATTTAAATTG-AA-TCAGTTATGTTGGT--AAAATATATAACAAACATCTT-AAATATGAATATTGTTATATCAT--ATATTATATCAGTTCTTGCTTAACAGTTTACGCATGATA--CTATTTGGTGACCT-TT-GTCCTGTTAAGT-CCATCAAACAAGATGTATACCTAGTATTTGCATTATAACAACAGAAAAGGT-T--GTGCTTAAG
gi|2 : ATTTAACATTGAGTCTGATTTGTTTTGATAATGTTA-AATATGGTTGTTAATCAATATATCATTA-GCATAAATTATAATATAATATTGGCCATGTCATTGTGACC-TCTTTAGC--TAAAAA-----AGC--ACTGAA--TTAA----GAAAGTATT--TGAAATATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgaccaaatgacctcaatgcattatacatgttattattttatacacataccattgctaa
gi|3 : tgttcagtactgaaagtttttttatttttcaaatctaattattctatacaaaaagtggcccagagctATTTAACATAGAGTCTGATTTGTATTGCGATCGTAA-AATATGATTATCAATCAATATATAATAA-GCATAAatgagttctcaatagatttgtcgaacatcaggtagttttatatcacaaatcatattgctaccaacctgattatacaaagatttcgaaaacaagggcattcaatgtgctaagcatttagtggtgaagctcaactgatattatgataaatatgtcatacatgtatgtattgtcttaatatcccctacatgtgtagaagcattacctctaaacatttgtctacatatagcacatctataaaattacctgaagctgtattttgtacaaaatacggaagaaaagcatgtaaggtcgaatatatatataaatatgaacaaaatatactgcaaatctttgtgtgtttgatgacatttaacaaacatttcacatttattttattttaatcaatatcctataataatgcagaaaaataagaatatgacatattttgaaatattccttcctccatattttactagttgaccttcgacccaattactttaactaatgaaacatatcattcaaatcatatttaaatatatatttaaattgaatcagttatgttggtaaaatatataacaaacatcttaaatatgaatattgttatatcatatattatatcagttcttgcttaacagtttacgcatgatactatttggtgacctttgtcctgttaagtccatcaaacaagatgtatacctagtatttgcattataacaacagaaaaggttgtgcttaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgaccaaatgacctcaatgcattatacatgttattattttatacacataccattgctaa
gi|4 : gtatgatgattggggtggagggaACAA-----GTCAGACTCAATGTTAAATATGAGAGTTCTCATTAGTT-TG-----TCAAAATATCAGGTAGT--TTTATA------------TTGCTACCAACCGTATTATACAAAGATTTCGAGGACCAGGACATTAAATATGC--------TAGG--CA---TTTAGTGGTGAAGCTTAACTGTTATTGTGATATACTGC----TGTAATGCCATTGTATAAA-C-CTTG-TGTCC-TAT---TT---ATTGTCTTAATATTCCCTACATGTGTAAAAGCATGACCTATAA-AAA-CGTTG-CTTCCTACAGCACATCTATTAAATTACATGCAGCTGCATTTTGTACAAAATACTGAAGAATGGCATGA-AAGGTCAAGTTCA----AAA-----------------ATTAATATACTCATAAATAACAAAATATACAG-TAA-AT-T-----G-----TGCATTTG-----ATGGCATT------ACATTTAACA------T-TATA--TTGATAAATACGCTATAATATAGCT-AA---AAAT--TAATA---AACGGATTTGAAATATTTTTAACAAT-TTCCTCCTCAAAATGTTACTAGTTGACCTTTGACCCAATGACCT---TAAT-GAATGACATA---T---ATC-ATTTAAA-GCA-A-ATTTAAAG-ATAT-ATTTAAA-ATGAA-TCAGTTCTGTAGAT---AAATATATAACA---ATC-------ATGAATATTGTTATTTCAT--A---TATATCAGTTCCAGCTAAACATTTTGCGTATACTA--CTA--------------------------T-TCGTCAAGCTTGATATATACCTGGTATTTGCATTATAACAAAAGAAAA--T-GTTGTGTTTAAatgagagttctcatcaaatttgccaaacatcaggtaatattttatactacatatcgtaatgctaccaatctgattatacaaagatttcgtggaccagaacatttaatgtaccatgcggtttgtggtgaagcttaactgttattgtgatacactgctgtaatgctattgggtaaactctatgtcatattaattgtcttaatatctcctacatgtgcagaagcataacctctaaagttttactacatacggcacatctattaaattaaatacagctgcattttgtacaaatactgaacaaatgcatgtcaaggttaagttaattccaactacatgtatatatatattaatatacccattaataacaatatatacagtaaatctgtgtgtgtatgataacataaagcaaacatttcgccttattttgattaatatcctataataaggctaaaaaaactaataaaagaattcaacatattttgaacaatttcctcctcaattttcactagttgcccttttacccaatgaccttaatgaatatttaacacattcaacgatatatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctagatgcgtacctcatatttgcatcgtaacaacatcaaatgttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgacccaataacctcaatctataatacattattaataatttttatacacatgccagtggtaat
gi|3 : gtgtgtggtagggtggagggggcgattggtaaatctcattcgggaaactgatttcgccatctcaatACAA-----ATCAGACTCTATGTTAAATATGAGAGTTCTCATCAAATTTG-----CCAAAC-ATCAGGTAATATTTTATACTACATATCGTAATGCTACCAATCTGATTATACAAAGATTTCGTGGACCAGAACATTTAATGTACCATGCGGTTTGTGGTGAAGCTTAACTGTTA-------------TTGTGATACACTGC----TGTAATGCTATTGGGTAAA-CTCT-A-TGTCA-TAT---TA---ATTGTCTTAATATCTCCTACATGTGCAGAAGCATAACCTCT-A-AAG-TTTTA-CTACATACGGCACATCTATTAAATTAAATACAGCTGCATTTTGTAC-AAATACTGAACAAATGCATGTCAAGGTTAAGTTAA-TTCCAACTACATGTATA-TATATATTAATATACCCATTAATAACAATATATACAG-TAA-AT-CT----G-----TG--TGTGT-ATGATAACATAAAGCAAACATTTCGCC------T-TATT--TTGATTAATATCCTATAATAAGGCT-AA---AAAAACTAATA---AAAGAATTCAACATATTTTGAACAAT-TTCCTCCTCAAT-TTTCACTAGTTGCCCTTTTACCCAATGACCT---T-----AATGA---A---T---A-----TTTAA--CAC--ATTC-AACGATAT-ATTTAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgaccatatgacctcaatgaataatacatgttattattctatacgcatgccatttgta
gi|5 : gtatgatgattggggtggagggattatgcttattatatattgattgataatcatattttacgatcgcaatGTTA-------------TTGTGATACACTGC----TGTAATGCCATTGGACAAA-A-CT-AATGTCA-TAT---TT---ATTGTCTTAATGTACCCTACATGTATAGAAGCAATACCTGTAACAAA-GTTTG-CTCCATACTGCACAATTATTACATAACAAACAGCTGAATTT-GTACAAAATTCGGATGAAAGGTAAGT-AAGGTCAAGTTCA-TTCCAAC------TATG-AATATATCAAAATACCCATCAATAACAAAAAACACAG-CAA-AT-C-----AATCGTTG--TTTGT-ATGATGACATTGAGCAAGCATTTCAC----------------------ATATCCTTTTATAAAGCT-AACATA-----TATTA---AAAGAATATGAAATATTTTAAAAATT-TCCCTCCTCAATATTCTTCTAGTTGACATTTGACCCAATGATTT---TAAT-GAATAATACA---T---ATT-ATTTTAA-GCATA-TTTA-AAG-ATAT-ATTTAAATTG-AA-TCAGTTCAGTTGGTAAAAAAAATATAGCAAACATCTTAAAATATGAACATTGTTATTTCATAGA---TATATCAGTTCCATCTTTACATGTTGCACATGATATCCTATATGGTA------T-GACCTTTTAAAT-CCGTCAAACTAGA--------TGGTATTTG---CATAATACCAGAAAA--T-GTTGTGTTTAAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctagatgcgtacctcatatttgcatcgtaacaacatcaaatgttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgacccaataacctcaatctataatacattattaataatttttatacacatgccagtggtaat
gi|7 : cactaagggtgccacataggcatttaatggtgaagtttaactGTTA-------------TTGCAATACACTGCCATTTATAATGCCATTGGACAAA-C-CT---TGTCA-TTT---TT---ATTGTCTTAATATCCCCTACATGTGTAGAAGCATTACCTCTAA-AAATAT-TG-CTACATACAGCACATCTTTTAAATTAAATGCAGCTACATTTTGTACAAAATACGGAAGAAA----TAC-A---TCAAGGTCA-TTCCAAC------TATG-TATATATTAATATACCCATCAATAACAAAATATACAG-CAA-AT-CTTT--G-----TG--TTT---AAGATGGCATTAAACAAACATTTCACA------T-TATT--TTGATTAGTATCCTGTAATAAAGCT-AA---A-----AAATATTAAAAGAATATGACATATTTTGAAAAAT-TCCCTCTTCAGTATTTTACTAGTTGACCTTTGATCCAATGACCT---TGAT-AAATGATACA---T---ATC-ATTCTAA--CAT--ATTT-AAA-ATAT-AATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatttgacccataaccttaatgaataatatatgtttgtttttgtatacacatgctattggtaattt
gi|8 : catttagtggtgaagct-------------TTGTGATACACTGT----TGTAATGTCACTGGACACATC-TT-A-TGTTGTTGT---TG-----TGTCATACTATATACTACATGTGTAGAAGCGTGACCTCTAA-AGT-GTCTG-GTATCTACACTACATCTATTAAATTAC-T---GCTGAA----G-ACAAGTCAT---TTACA----TGT-AAGGTGAAGTTCATTCCAA--------TACGTTATATATTTATATATACACGAGTAAAAAAAGA-ACTA-CAATGT-CTCTTTG-----TG--TATGTGATGA-TACA-TGTATA------TTACA------TATATTACTCG--CAAGTTCCAGT-ATAAAGCTAAA---A-----CAATT---CACAATTATGACATATTTTGTACAATCTATTCCCTCAATATTTTACTAGATAACCTTCATCCCAAT
gi|6 : tgtgcgaggcgtttgtcaatacagcctaacagttcT---TT---ATTGTCTTAATATCCCCTACATTTGAAGAAGCATAACCTCTAA-AAT-AT-TG-ATACATACAGTACATCTATGATATTACAT----------TTTGTACAAAATACCGAAGAAAGGCATGT-AAGGTCAAGTTCA-TTCAAAC------TATG-TAGATATTAATATACCCATCAATAACACAGTATACAGTTTA-TT-T-----G-----TG--TTTTT-ATGATGACA-TGAAGCAA-------------------------GATTAGTATTCCATTAAAAAGCT-AA---AG----CATTA---GAAAAA-AGGACATATTTTGAAAAAA-TACTTCCGCAATATTTTACTGGTTGATCTCTGACCCAGTTACCT---TAAA-GAATGATACA---C---ATC-ATTCCA---TACACATTCAAAG-ATAT-ATTTAAA
gi|2 : CCGTATTTTGTACAAAATACAGaaggaataagttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatcataacaacagaacatgtgcttaagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccaatgacctcaatgaataatacatgttataattttatactcatgcaattgtta
gi|9 : tgttcagtactgaaagtttttttatttttcaaatctaattattctatacaaaaagtggcccagagctatatttcaaatactttcttaattcagtgcttttttagctaaagaggtcacaatgacatggccaatattatattataatttatgctaatgatatattgattaacaaccatatttaacattatcaaaacaaatcagactcaatgttaaatatgagttctcaatagatttgtcgaacatcaggtagttttatatcacaaatcatattgctaccaacctgattatacaaagatttcgaaaacaagggcattcaatgtgctaagcatttagtggtgaagctcaactgatattatgataaatatgtcatacatgtatgtattgtcttaatatcccctacatgtgtagaagcattacctctaaacatttgtctacatatagcacatctataaaattacctgaagATAAGTAACATAACATACAG-TAA-GTAT-----G-----TG--TGTTT-ATGGTGACAACAGACAATCATTTTACA------T-TATT--GTGATAAATATCCCATAATAAAGCC-AA---A------------------ACATGACATATTTTGAACAAT-TTCCTCTTCAATATTTTACTAGTTTACCGTTGACCTTTTGACTT---TTAC-CGTTGA--CC---T---TTTGACCTTAATGGATG-AT----AC-ATATCATTT-----T-AA-CCACATAT--------AAAAT-TATA--------CTT-AAA-----ATTCTGTCGGTAAAT--A---TATATAA----CAA----ACATATTGT---TGATG--TTATTCGGTGA--CCTTTGGCTTTTA-AGT-CCATCAAGTTAGATGTATACCTGGTATTTGTATCATAGCAAGAGATAA--TGTTGGGATTaagaaaagcatgtaaggtcgaatatatatataaatatgaacaaaatatactgcaaatctttgtgtgtttgatgacatttaacaaacatttcacatttattttattttaatcaatatcctataataatgcagaaaaataagaatatgacatattttgaaatattccttcctccatattttactagttgaccttcgacccaattactttaactaatgaaacatatcattcaaatcatatttaaatatatatttaaattgaatcagttatgttggtaaaatatataacaaacatcttaaatatgaatattgttatatcatatattatatcagttcttgcttaacagtttacgcatgatactatttggtgacctttgtcctgttaagtccatcaaacaagatgtatacctagtatttgcattataacaacagaaaaggttgtgcttaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgaccaaatgacctcaatgcattatacatgttattattttatacacataccattgctaa
gi|13 : GACCCTTGACCCAATGACC----TAAT-GAATAATACA---T---aa
gi|10 : gatgtatacctggtatttgcatcataacaacagaaaatgttgtgcttaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaACCTTTGACCCAATGACTTCTGTAAATGAGTAATTTATGTT---ATT-ATTTTAgcttttg
gi|15 : taaaatatataaccaatatcttaaatataatttccagttttacatttgcgcatgatattattttgtgacctttagctttttaattccgtcaaactagatgtatacctgatatttgcatcataacaacagaaaatgttgtgcttaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTTTGACTCAATGACCT---CAGT-AAATAAAACA---TGTCATT-ATTTTAtactcatgccattggtaat
gi|16 : TTTGACCTAATGACCT---CAAT-AAATAATACA---TTTAATT-ATTTTAtactcatgccatcggtaat
gi|17 : a-ATAT-ATTTAAAT-T-GATTCAGTTATGTTGGT--AGAATATATAACAAACATCCT-AAATATGAAtacgcatatcagtggt
gi|10 : T--AAAATATATAACCAATATCTT-AAATAT-AAT---------------------------TTCCAGTTTTACATTT-GCGCATGATA--TTATTTTGTGA--CCTTTAGCTTTTT-AATTCCGTCAAACTAGATGTATACCTGATATTTGCATCATAACAACAGAAAA--T-GTTGTGCTTAAG
gi|3 : CTAGATGCGTACCTCATATTTGCATCGTAACAACATCAAA--T-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgacccaatgacttctgtaaatgagtaatttatgttattattttatactcatgccattggtaat
gi|18 : gtatgatgattggggtggagggattatgcttattatatattgattgataatcatattttacgatcgcaatacaaatcagactctatgttaaatatgagagttctcatcaaatttgccaaacatcaggtaatattttatactacatatcgtaatgctaccaatctgattatacaaagatttcgtggaccagaacatttaatgtaccatgcggtttgtggtgaagcttaactgttattgtgatacactgctgtaatgctattgggtaaactctatgtcatattaattgtcttaatatctcctacatgtgcagaagcataacctctaaagttttactacatacggcacatctattaaattaaatacagctgcattttgtacaaatactgaacaaatgcatgtcaaggttaagttaattccaactacatgtatatatatattaatatacccattaataacaatatatacagtaaatctgtgtgtgtatgataacataaagcaaacatttcgccttattttgattaatatcctataataaggctaaaaaaactaataaaagaattcaacatattttgaacaatttcctcctcaattttcactagttgcccttttacccaatgaccttaatgaatatttaacacattcaacgatatatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAGATGTTTACCTGATATTTGCATTAGAGCAAAAGAAAA--T-gttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgacccaataacctcaatctataatacattattaataatttttatacacatgccagtggtaat
gi|13 : GATGTATACCTGGTATTTGCATCATAACAACAGAAAA--T-GTTGTGCTTAAGgttgttctga
gi|12 : GTATTTTCATCATGACAACAGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagacccttgacccaatgacctaatgaataatacatgcttttg
gi|6 : acatgaaCATCATAACAACAGAACA--T----GTGCTTAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACCCAATGACCTC----AATGAATAATACATGTTATAATTTTATACTCATGC-AATTGTctatgttgtgcttaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgacccaataaataatacatgttattgttttaaactcatgttttt
gi|2 : tttattgtcttaatatcccctacatttgaagaagcataacctctaaaatattgatacatacagtacatctatgatattacattttgtacaaaataccgaagaaaggcatgtaaggtcaagttcattcaaactatgtagatattaatatacccatcaataacacagtatacagtttatttgtgtttttatgatgacatgaagcaagattagtattccattaaaaagctaaagcattagaaaaaaggacatattttgaaaaaatacttccgcaatattttactggttgatctctgacccagttaccttaaagaatgatacacatcattccatacacattcaaagatatatttaaaaaggaataagttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACCAAATGACCTC----AATGCATTATACATGTTATTATTTTA----TAa
gi|5 : tgttcagtactgaaagtttttttatttttcaaatctaattattctatacaaaaagtggcccagagctatatttcaaatactttcttaattcagtgcttttttagctaaagaggtcacaatgacatggccaatattatattataatttatgctaatgatatattgattaacaaccatatttaacattatcaaaacaaatcagactcaatgttaaatatgagttctcaatagatttgtcgaacatcaggtagttttatatcacaaatcatattgctaccaacctgattatacaaagatttcgaaaacaagggcattcaatgtgctaagcatttagtggtgaagctcaactgatattatgataaatatgtcatacatgtatgtattgtcttaatatcccctacatgtgtagaagcattacctctaaacatttgtctacatatagcacatctataaaattacctgaagctgtattttgtacaaaatacggaagaaaagcatgtaaggtcgaatatatatataaatatgaacaaaatatactgcaaatctttgtgtgtttgatgacatttaacaaacatttcacatttattttattttaatcaatatcctataataatgcagaaaaataagaatatgacatattttgaaatattccttcctccatattttactagttgaccttcgacccaattactttaactaatgaaacatatcattcaaatcatatttaaatatatatttaaattgaatcagttatgttggtaaaatatataacaaacatcttaaatatgaatattgttatatcatatattatatcagttcttgcttaacagtttacgcatgatactatttggtgacctttgtcctgttaagtccatcaaacaagatgtatacctagtatttgcattataacaacagaaaaggttgtgcttaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgACCCAATGATTTT----AATGAATAATACAT---ATTATTTTAAG--CATAT-Tcacataccattgctaa
gi|10 : cactaagggtgccacataggcatttaatggtgaagtttaactgttattgtgatacactgctgtaatgccattggacaaaactaatgtcatatttattgtcttaatgtaccctacatgtatagaagcaatacctgtaacaaagtttgctccatactgcacaattattacataacaaacagctgaatttgtacaaaattcggatgaaaggtaagtaaggtcaagttcattccaactatgaatatatcaaaatacccatcaataacaaaaaacacagcaaatcaatcgttgtttgtatgatgacattgagcaagcatttcacatatccttttataaagctaacatatattaaaagaatatgaaatattttaaaaatttccctcctcaatattcttctagttgacatttgACCCAATGACTTCTGTAAATGAGTAATTTATGTTATTATTTTATACTCATGC-CATTtaaagatatatttaaattgaatcagttcagttggtaaaaaaaatatagcaaacatcttaaaatatgaacattgttatttcatagatatatcagttccatctttacatgttgcacatgatatcctatatggtatgaccttttaaatccgtcaaactagatggtatttgcataataccagaaaatgttgtgtttaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatttgacccataaccttaatgaataatatatgtttgtttttgtatacacatgctattggtaattt
gi|16 : taaaatatataaccaatatcttaaatataatttccagttttacatttgcgcatgatattattttgtgacctttagctttttaattccgtcaaactagatgtatacctgatatttgcatcataacaacagaaaatgttgtgcttaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgACCTAATGACCTC----AATAAATAATACATTTAATTATTTTA----TACGCATATCAGTGGTggtaat
gi|15 : atttgACTCAATGACCTC----AGTAAATAAAACATGTCATTATTTTATACTCATGC-CAT
gi|4 : ctttgTGACCTC----AATGAATAATACATGTTATTATTCTATACGCATGC-CATTcggtaat
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TGTGTGTTTTATGACATTAGACACATTATTTTATCATACGCAATTGGTAGCAAAAGCCTTGTGCCAAAATCAGTTAAAACTTGTCATATTTTGAGCAACGTCTTCAACATTGCACTAGTTTACCTTTGACAATGGGATTTCAATGAATAACATATATTGTCTTTCTATGCCCGTTACAATGTCAATTGGAAATAAAAAAAAATCCGATGTTAAATACATAATAAACATAAAATATGAATGTTGCTGGTTTATGCCTCTTCCGACTGACAATCAACACACGGCGCCCTTTTGTGATCTTTG
Unaligned ( gi|14 ): TATTTTTAGCAATTCCTACCTCAACATATTATTAGTTTGCCTGTGACACAATGGCCTTAATCATTGTAAGCATATTAAAAGATATAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 2 1 2 333 111 2 1111 333333333 1 222 2 222 11 2 666666666666666666666666666666666 2 11 11 222 5555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 111 111 111111 11 111111 1111111 11111111 2222222222222 111111111111111 111111111 11111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111 11111
lowQualScore : 4444 3 0 5 55 4 0 555 777 0 2222 6 7 333333333 3 1 3 111 3 4 1 000 66 1 3 1 6 1 1 1 444444444444444444444444444444444 3 3 33 0 33 33 66 777 0 1 5 1111111111111111111111111111111111111111111111111 2222 222 111 444444 1 1 5 22 5 0 22 1 0 0 0 2 3 1 5 0 2 5 444444 5 2 4 8888888 1 2 1 555 44 0 2222222 4 55 2 99999 44444444 4 777 7777777777777 6 0 1 3 1 55 1 0 6 0 777 2 3 666666666666666 1 55 1 8 1 0 777 0 0 777 0 3 1 444444444 55 5 1 1 1 1 77 00 22222 1 5 3 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66666666666666 8 8888 4 11111 7 1
lowQualScore : .... . . . .. . . ... ... . .... . . ......... . . . ... . . . ... .. . . . . . . . ................................. . . .. . .. .. .. ... . . . ................................................. .... ... ... ...... . . . .. . . .. . . . . . . . . . . . ...... . . . ....... . . . ... .. . ....... . .. . ..... ........ . ... ............. . . . . . .. . . . . ... . . ............... . .. . . . . ... . . ... . . . ......... .. . . . . . .. .. ..... . . . . ........................................................................................................................ .............. . .... . ..... . .
lowQualScore : 5555 0 0 0 55 0 0 000 000 0 3333 7 3 000000000 7 0 3 555 0 0 0 555 55 0 7 0 7 0 0 0 999999999999999999999999999999999 2 2 22 0 88 88 88 000 2 0 7 2222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 111 666 444444 4 0 0 00 0 1 11 4 1 1 4 5 6 4 0 1 8 6 444444 0 6 4 3333333 0 5 1 999 88 7 2222222 0 55 4 66666 55555555 0 000 7777777777777 1 7 0 6 2 00 6 7 3 7 000 6 2 555555555555555 0 00 7 4 7 7 000 1 2 111 1 9 3 666666666 77 3 4 0 7 7 99 99 33333 0 2 2 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111 0 5555 0 11111 7 0
consensus : TGTTCAGTGCTGAGAGTTTTTTTATTTTTCNAACCTAATTATTCTATAACAAAGAGTGGCCCAGNNCTATATCTCANATTACTGCATTCTTGNTTCAAGTGATTTAAC-TTTAGTCCGANTTGT-TT-GAGATCGCGA-AATATGGCTATCAATTANTATATCATAANCTATGACTTATNATATATTGATTGACAAT--CAT-T---ACCATCTCTAGCA-TA-----ACAAATCAGACTCAATGTTAAATATGAGAGTTCTCATTAGATTTGCCGAACAT--CAGGTAGT--TTTATACCACA-AATCGTATTGCTACCAACCTGATTATACAAAGATTTCGAGGACCAGGACATTCAATGTGCTAGGCG-------------TTT-------------AGCGGT-------------TATTGTGATACACTGC----TGTAATGCCATTGGACAAA-C-CT-A-TGTCATA------TTTATTGTCTTAATATCCCCTACATGTGTAGAAGCATNACCTCTAA-AANNTTTG-CTACATACAGCACATCTATTAAATTACATGCAGCTGCATTTTGTACAAAATACGGAAGAAAGGCATGT-AAGGTCAAGTTCATTCCAACTA------TG-TATATATTAATATACCCATCAATAACAAAATATACAGCAA-ATC---TG-TGTGTGTATGATGACATTAA-ACAAACATTTCACA------T-TATT--TTGATCAATATCCTAT----AATAAA--------GCT-AA---A-----N--AA---TAAAAGAATATGACATATTTTGAACAAT-TCCCTCCTCAATATTTTACTAGTTGACCTTTGACCCAAT--GACCTTAACGAATGATACATA---TCATTCTAAGC--------AT---ANTTAAA-GATATATTTAAATTGAATCAGTTATGTTGGT--AAAATATATAACAAACATCTT-AAATATGAATATTGTTATTTCAT--A---TATATCAGTTCCAGCTTAACATTTTGCGCATGATA--CTATTTGGTGACCT-TTGGCCTTTTAAGTCCGTCAAACTAGATGTATACCTGGTATTTGCATCATAACAACAGAAAATGTTGTGCTTAAG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAC------C-------CA-ATGACCTC----AATGAATAATACATG-TTATTA-----TTTTATACNCATGCCATTGGTGGT
Reference ( family-1499 ) : TGTTCAGTACTGAAAGTTTTTTTATTTTTCAAATCTAATTATTCTATA-CAAAAAGTGGCCCAGAGCTATATTTCAAAT-ACT---TTCTTAATTCA-GTGATTTAACATTGAGTCTGATTTGT-TT-GAGATCGTAA-AATATGGTTATCAATCAATATATNATAAGC-ATAANTNATGATATANT-ATNGNCNATGTCAT-TGTGACCATNTTTAGCATTA-----ACAAATCAGACTCAATGTTAAATATGAGAGTTCTCATTAGATTTGCCAAA-AT--CAGGTAGT--TTTATACCACA-A-TCGTATTGCTACCAACCTGATTATACAAAGATTTCGAGGACCAGGACATTNAATGTGCTAGGCG-------------TTT-------------AGCGGT-------------TATTGTGATACACTGC----TGTAATGCCATTGGACAAA-C-CT-A-TGTCATA------TTTATTGTCTTAATATCCCCTACATGTGTAGAAGCATNACCTCTAA-AANNTTTG-CTACATACAGCACATCTATTAAATTACATGCAGCTGCATTTTGTACAAAATACGGAAGAAAGGCATGT-AAGGTCAAGTTCATTCNAACTA------TG-TATATATTAATATACCCATNAATAACAAAATATACAGCAA-ATC---TG-TGTNTGTATGATGACATTGA-ACAAACATTTCACA------T-TATT--TTGATNAATATCCTAT----AATAAA--------GCT-AA---A-----N--AA---TAAAAGAATATGACATATTTTGAANAAT-TCCCTCCTCAATATTTTACTAGTTGACCTTTGACCCAAT--GACCTTAATGAATGATACATA---TCATTTTAAGC--------AT---AATTNAA-NATATATTTAAATTTAATCAGTTATGTTGGT--AAAATATATAACAAACATCTT-AAATATGAATATTGTTATTTCAT--A---TATATCAGTTCCAGCTTNACATTTTGCGCATGATA--CTATTTGGTGACCT-TTGGCCTTTTAAGTCCGTCAAACTAGATGTATACCTGGTATTTGCATCATAACAACAGAAAATGTTGTGCTTAAG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAC------C-------CA-ATGACCTC----AATGAATAATACATG-TTATTA-----TTTTATACTCATGCCATTGNTGGT
gi|1 : TGTTCAGTGCTGAGAGTTT----ATTTTTCCAACCTAATTATTCTATAATAAAGAGTG-CTCAGCTCTATATCTTATATTATTGCATTCT-GCTTCAAGTAATTTAACTTTTAGTCCGATTTGT-TTTGAGATTGTAA-AATATGATTATTAATTAATATATCATAAGC-ATAACTTATAATATAAT-ACGGTCAATGTCAT-TGGGACC-TCTCTAGC--TA-----ACAAATCAGACTCAATGTTAAATATGAGAGTTTTCATTAGATATGC-----AT--CAGGTAGT--TTTATACCACA-AATCGTATTGCAAACAACCTGATTATATAAAGATTTCGAGAACCAGGACATTCAATGTTCTTATTA-------------CTT-------------ATTGGT-------------GATTGTGATACACTGC----TGTAATGCCATTGTACAAA-C-CT-A-TGTTATA------TTAATTGTCTTAATATACCCTACATGTGTAGAAGCATAACCTCTAA-AAAATGTG-CTACATACATCACATCTATTAAATTACATG-AGCTGCATTTTGTACAAAATACGGATGAAAGGCTTGT-AAGGTTAAGGTCATCCAAACTA------TG-TATATATTAATGTACCCATCAATAACAAAATATACAGCAA-ATC----G-TGTTTGTACGATTACATTGA-ATAAACATTTCACA------T-TATT--TTGATTAATATCCTAT----AATAAA--------GCT-AA---A-----C--AA---TAAAAGAATATGACATATTTTGAACAAT-TCTCTCCTCAATATTTTACTATTTGATCTTTGACCCAAT--GACCTTAAAGAATGATACATA---TTATTTTAAGT--------AT---AATTCAA-TATATATTTAAATATAATCATTTATGTTGGT--AAAATACATAACAAATATCTT-AAATATGAATATTGTTATTTAAC--A---CATATCAGTTCCAATTTAACATTTTGCGCATGATA--CTATATGGTGA--TATTGGCCTTTT-AGTCCGTTAAACTAGATGTATACCTGGTATTTGCATCATAACAACAGAAAATTCGGTATTTAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAC------C-------CA-GTGACCTC----AATGTTTGATACATG-TTATTA-----TTTTA----CATGTTATTATTGGT
gi|10 : T--AAAATATATAACCAATATCTT-AAATAT-AAT---------------------------TTCCAGTTTTACATTT-GCGCATGATA--TTATTTTGTGACCT-TTAGCTTTTTAATTCCGTCAAACTAGATGTATACCTGATATTTGCATCATAACAACAGAAAATGTTGTGCTTAAG-
gi|10 : AC------C-------CA-ATGACTTCTGTAAATGAGTAATTTATG-TTATTA-----TTTTATACTCATGCCATTGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgacccaatgacttctgtaaatgagtaatttatgttattattttatactcatgccattggtaat
gi|11 : taaaatatataaccaatatcttaaatataatttccagttttacatttgcgcatgatattattttgtgacctttagctttttaattccgtcaaactagatgtatacctgatatttgcatcataacaacagaaaatgttgtgcttaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttg-TGTGTGTTTTATGACATTAG-ACA---------CA------T-TATT--TT-ATCA-TACGCAATTGGTAGCAAAAGCCTTGTGCC-AA---A-----ATCAG---TTAAA--ACTTGTCATATTTTGAGCAA----CGTCTTCAACATTGCACTAGTTTACCTTTGA--CAATGGGATTTCAATGAATAACATATATTGTCTTTCTATGCCCGTTACAATGTCAATTGGA-AATAAA---AAA--AAATCCG--ATGTT------AAATACATAATAAACATA---AAATATGAATGTTGCTGGTT--T--A---TGCCTC--TTCCGAC-TGACAATCAACACACGGCG--CCCTTTTGTGATCT-TTGaat
gi|12 : GTATTTTCATCATGACAACAGACTATGTTGTGCTTAA
gi|13 : acatgaaGATGTATACCTGGTATTTGCATCATAACAACAGAAAATGTTGTGCTTAAG-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAC------CCTTGACCCA-ATGACCT-----AATGAATAATACATG-CTTTTannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgacccaataaataatacatgttattgttttaaactcatgttttt
gi|14 : TATTTTTAGCAAT-TCCTACCTCAACATATTATTAGTTTGCCTGTGACACAAT--GGCCTTA-------------A---TCATTGTAAGC--------AT---ATTAAAA-GATATATg
gi|15 : AC------T-------CA-ATGACCTC----AGTAAATAAAACATG-TCATTA-----TTTTATACTCATGCCATCGG
gi|16 : ctttgAC------C-------TA-ATGACCTC----AATAAATAATACATT-TAATTA-----TTTTATACGCATATCAGTGGaat
gi|17 : atttgATATATTTAAATTGATTCAGTTATGTTGGT--AGAATATATAACAAACATCCT-AAATATGAA
gi|18 : TAGATGTTTACCTGATATTTGCATTAGAGCAAAAGAAAATGTTGTTCT
gi|2 : TGTTCAGTACTGAAAGTTTTTTTATTTTTCAAATCTAATTATTCTATA-CAAAAAGTGGCCCAGAGCTATATTTCAAAT-ACT---TTCTTAATTCA-GTGCTTT----TTTAG-CTAAA--------GAGGTCACAATGACATGGC---CAAT-ATTATATTATAATTTATG-CTAATGATATATTGATTAACAA------------CCATATTTAACATTATCAAAACAAATCAGACTCAATGTTAAATATGAG--TTCTCAATAGATTTGTCGAACAT--CAGGTAGT--TTTATATCACA-AATCATATTGCTACCAACCTGATTATACAAAGATTTCGAAAACAAGGGCATTCAATGTGCTAAGCA-------------TTT-------------AGTGGT-------------------GAAGCTCAAC----TG--ATATTAT--GATAAA----T-A-TGTCATACATGTATGTATTGTCTTAATATCCCCTACATGTGTAGAAGCATTACCTCT-A-AACATTTGTCTACATATAGCACATCTATAAAATTACCTGAAGCTGTATTTTGTACAAAATACGGAAGAAAAGCATGT-AAGGTCGA-------------A------TA-TATATATAAATATG---------AACAAAATATACTGCAA-ATC---TT-TGTGTGTTTGATGACATTTA-ACAAACATTTCACATTTATTT-TATT--TTAATCAATATCCTAT----AATAAT--------GCA-GA---A-----A--AA---T--AAGAATATGACATATTTTGAAATAT-TCCTTCCTCCATATTTTACTAGTTGACCTTCGACCCAAT--TACTTTAACTAATGAAACATA---TCATTCAAATC--------AT---ATTTAAA-TATATATTTAAATTGAATCAGTTATGTTGGT--AAAATATATAACAAACATCTT-AAATATGAATATTGTTATATCAT--ATATTATATCAGTTCTTGCTTAACAGTTTACGCATGATA--CTATTTGGTGACCT-TTGTCCTGTTAAGTCCATCAAACAAGATGTATACCTAGTATTTGCATTATAACAACAGAAAAGGTTGTGCTTAAG-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCTTTGAC-------CAAATGACCTC----AATGCATTATACATG-TTATTA-----TTTTATACACATACCATTGCga
gi|3 : TTATTATATATTGATTGATAAT--CATATTTTACGATC----GCAATA------CAAATCAGACTCTATGTTAAATATGAGAGTTCTCATCAAATTTGCCAAACAT--CAGGTAATATTTTATACTACATA-TCGTAATGCTACCAATCTGATTATACAAAGATTTCGTGGACCAGAACATTTAATGTACCATGCGGTTTGTGGTGAAGCTT-------------AACTGT-------------TATTGTGATACACTGC----TGTAATGCTATTGGGTAAA-CTCT-A-TGTCATA------TTAATTGTCTTAATATCTCCTACATGTGCAGAAGCATAACCTCTAA-A-GTTTTA-CTACATACGGCACATCTATTAAATTAAATACAGCTGCATTTTGTACAAA-TACTGAACAAATGCATGTCAAGGTTAAGTTAATTCCAACTACATGTATA-TATATATTAATATACCCATTAATAACAATATATACAGTAA-ATC---TG-TGTGTGTATGATAACATAAA-GCAAACATTTCGCC------T-TATT--TTGATTAATATCCTAT----AATAAG--------GCT-AA---AAAAACT--AA---TAAAAGAATTCAACATATTTTGAACAAT-TTCCTCCTCAAT-TTTCACTAGTTGCCCTTTTACCCAAT--GACCTTAATGAAT-------------ATTT--AAC--------AC----ATTCAACGATATATTTAaa
gi|3 : gtatgatgattggggtggagggattatgcCTAGATGCGTACCTCATATTTGCATCGTAACAACATCAAATGTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctagatgcgtacctcatatttgcatcgtaacaacatcaaatgttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgacccaataacctcaatctataatacattattaataatttttatacacatgccagtggtaat
gi|3 : gtatgatgattggggtggagggattatgcttattatatattgattgataatcatattttacgatcgcaatacaaatcagactctatgttaaatatgagagttctcatcaaatttgccaaacatcaggtaatattttatactacatatcgtaatgctaccaatctgattatacaaagatttcgtggaccagaacatttaatgtaccatgcggtttgtggtgaagcttaactgttattgtgatacactgctgtaatgctattgggtaaactctatgtcatattaattgtcttaatatctcctacatgtgcagaagcataacctctaaagttttactacatacggcacatctattaaattaaatacagctgcattttgtacaaatactgaacaaatgcatgtcaaggttaagttaattccaactacatgtatatatatattaatatacccattaataacaatatatacagtaaatctgtgtgtgtatgataacataaagcaaacatttcgccttattttgattaatatcctataataaggctaaaaaaactaataaaagaattcaacatattttgaacaatttcctcctcaattttcactagttgcccttttacccaatgaccttaatgaatatttaacacattcaacgatatatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAC------C-------CA-ATAACCTC----AATCTATAATACA---TTATTAATAATTTTTATACACATGCCAGTGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgacccaataacctcaatctataatacattattaataatttttatacacatgccagtggtaat
gi|4 : gtatgatgattggggtggagggattatgcttattatatattgattgataatcatattttacgatcgcaatacaaatcagactctatgttaaatatgagagttctcatcaaatttgccaaacatcaggtaatattttatactacatatcgtaatgctaccaatctgattatacaaagatttcgtggaccagaacatttaatgtaccatgcggtttgtggtgaagcttaactgttattgtgatacactgctgtaatgctattgggtaaactctatgtcatattaattgtcttaatatctcctacatgtgcagaagcataacctctaaagttttactacatacggcacatctattaaattaaatacagctgcattttgtacaaatactgaacaaatgcatgtcaaggttaagttaattccaactacatgtatatatatattaatatacccattaataacaatatatacagtaaatctgtgtgtgtatgataacataaagcaaacatttcgccttattttgattaatatcctataataaggctaaaaaaactaataaaagaattcaacatattttgaacaatttcctcctcaattttcactagttgcccttttacccaatgaccttaatgaatatttaacacattcaacgatatatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctagatgcgtacctcatatttgcatcgtaacaacatcaaatgttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgATTTAACATTGAGTCTGACTTGTATT-GAGATGGCGA-AATaat
gi|4 : gtgtgtggtagggtggagggggcgattggtaaatctcattcgggaaactg-----ACAAGTCAGACTCAATGTTAAATATGAGAGTTCTCATTAG-TTTGTCAAA-ATATCAGGTAGT--TTTATA-------------TTGCTACCAACCGTATTATACAAAGATTTCGAGGACCAGGACATTAAATATGCTAGGCA-------------TTT-------------AGTGGTGAAGCTTAACTGTTATTGTGATATACTGC----TGTAATGCCATTGTATAAA-C-CTTG-TGTCCTA------TTTATTGTCTTAATATTCCCTACATGTGTAAAAGCATGACCTATAA-AAACGTTG-CTTCCTACAGCACATCTATTAAATTACATGCAGCTGCATTTTGTACAAAATACTGAAGAATGGCATGA-AAGGTCAAGTTCA---AAA-----------------ATTAATATACTCATAAATAACAAAATATACAGTAA-AT----TG-TGCAT-T-TGATGGCATT-------ACATTTAACA------T-TATA--TTGATAAATACGCTAT----AATATA--------GCT-AA---AAAT--T--AA---TAAACGGATTTGAAATATTTTTAACAAT-TTCCTCCTCAAAATGTTACTAGTTGACCTTTGACCCAAT--GACCTTAATGAATGACATATA---TCATTTAAAGC--------AA---ATTTAAA-GATATATTTAAAATGAATCAGTTCTGTAGAT---AAATATATAACA---ATC-------ATGAATATTGTTATTTCAT--A---TATATCAGTTCCAGCTAAACATTTTGCGTATACTA--CTATT-------------------------CGTCAAGCTTGATATATACCTGGTATTTGCATTATAACAAAAGAAAATGTTGTGTTTAAatgagagttctcattagtttgtcaaaatatcaggtagttttatattgctaccaaccgtattatacaaagatttcgaggaccaggacattaaatatgctaggcatttagtggtgaagcttaactgttattgtgatatactgctgtaatgccattgtataaaccttgtgtcctatttattgtcttaatattccctacatgtgtaaaagcatgacctataaaaacgttgcttcctacagcacatctattaaattacatgcagctgcattttgtacaaaatactgaagaatggcatgaaaggtcaagttcaaaaattaatatactcataaataacaaaatatacagtaaattgtgcatttgatggcattacatttaacattatattgataaatacgctataatatagctaaaaattaataaacggatttgaaatatttttaacaatttcctcctcaaaatgttactagttgacctttgacccaatgaccttaatgaatgacatatatcatttaaagcaaatttaaagatatatttaaaatgaatcagttctgtagataaatatataacaatcatgaatattgttatttcatatatatcagttccagctaaacattttgcgtatactactattcgtcaagcttgatatatacctggtatttgcattataacaaaagaaaatgttgtgtttaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgaccatatgacctcaatgaataatacatgttattattctatacgcatgccatttgta
gi|4 : gtgtgtggtagggtggagggggcgattggtaaatctcattcgggaaactgatttcgccatctcaat------C-------CATATGACCTC----AATGAATAATACATG-TTATTA-----TTCTATACGCATGCCATTannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgaccatatgacctcaatgaataatacatgttattattctatacgcatgccatttgta
gi|5 : gtgtgtggtagggtggagggggcgattggtaaatctcattcgggaaactgatttcgccatctcaatacaagtcagactcaatgttaaatatgagagttctcattagtttgtcaaaatatcaggtagttttatattgctaccaaccgtattatacaaagatttcgaggaccaggacattaaatatgctaggcatttagtggtgaagcttaactgttattgtgatatactgctgtaatgccattgtataaaccttgtgtcctatttattgtcttaatattccctacatgtgtaaaagcatgacctataaaaacgttgcttcctacagcacatctattaaattacatgcagctgcattttgtacaaaatactgaagaatggcatgaaaggtcaagttcaaaaattaatatactcataaataacaaaatatacagtaaattgtgcatttgatggcattacatttaacattatattgataaatacgctataatatagctaaaaattaataaacggatttgaaatatttttaacaatttcctcctcaaaatgttactagttgacctttgacccaatgaccttaatgaatgacatatatcatttaaagcaaatttaaagatatatttaaaatgaatcagttctgtagataaatatataacaatcatgaatattgttatttcatatatatcagttccagctaaacattttgcgtatactactattcgtcaagcttgatatatacctggtatttgcattataacaaaagaaaatgttgtgtttaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgaGGCATTTAATG-GT--GAAG-------------TTT-------------AACTGT-------------TATTGTGATACACTGC----TGTAATGCCATTGGACAAA-A-CT-AATGTCATA------TTTATTGTCTTAATGTACCCTACATGTATAGAAGCAATACCTGTAACAAAGTTTG-CTCCATACTGCACAATTATTACATAACAAACAGCTGAATTT-GTACAAAATTCGGATGAAAGGTAAGT-AAGGTCAAGTTCATTCCAACTA------TG-AATATATCAAAATACCCATCAATAACAAAAAACACAGCAA-ATCAATCGTTGTTTGTATGATGACATTGA-GCAAGCATTTCAC----------------------ATATCCTTT----TATAAA--------GCT-AACATA-----T--AT---TAAAAGAATATGAAATATTTTAAAAATT-TCCCTCCTCAATATTCTTCTAGTTGACATTTGACCCAAT--GATTTTAATGAATAATACATA---TTATTTTAAGC--------AT---ATTTAAA-GATATATTTAAATTGAATCAGTTCAGTTGGTAAAAAAAATATAGCAAACATCTTAAAATATGAACATTGTTATTTCATAGA---TATATCAGTTCCATCTTTACATGTTGCACATGATATCCTATATGGTA------TGACCTTTTAAATCCGTCAAACTAGA--------TGGTATTTG---CATAATACCAGAAAATGTTGTGTTTAAG-tgta
gi|5 : cactaagggtgccacataAC------C-------CA--TAACCTT----AATGAATAATATATGTTTGTTT-----TTGTATACACATGCTATTGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatttgacccataaccttaatgaataatatatgtttgtttttgtatacacatgctattggtaattt
gi|6 : cactaagggtgccacataggcatttaatggtgaagtttaactgttattgtgatacactgctgtaatgccattggacaaaactaatgtcatatttattgtcttaatgtaccctacatgtatagaagcaatacctgtaacaaagtttgctccatactgcacaattattacataacaaacagctgaatttgtacaaaattcggatgaaaggtaagtaaggtcaagttcattccaactatgaatatatcaaaatacccatcaataacaaaaaacacagcaaatcaatcgttgtttgtatgatgacattgagcaagcatttcacatatccttttataaagctaacatatattaaaagaatatgaaatattttaaaaatttccctcctcaatattcttctagttgacatttgacccaatgattttaatgaataatacatattattttaagcatatttaaagatatatttaaattgaatcagttcagttggtaaaaaaaatatagcaaacatcttaaaatatgaacattgttatttcatagatatatcagttccatctttacatgttgcacatgatatcctatatggtatgaccttttaaatccgtcaaactagatggtatttgcataataccagaaaatgttgtgtttaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatttg------TTTATTGTCTTAATATCCCCTACATTTGAAGAAGCATAACCTCTAA-AATATT-G-ATACATACAGTACATCTATGATATTACAT----------TTTGTACAAAATACCGAAGAAAGGCATGT-AAGGTCAAGTTCATTCAAACTA------TG-TAGATATTAATATACCCATCAATAACACAGTATACAGTTT-ATT---TG-TGTTTTTATGATGACATGAA-GCAA--------------------------GATTAGTATTCCAT----TAAAAA--------GCT-AA---A-----G--CA---TTAGAAAAAAGGACATATTTTGAAAAAA-TACTTCCGCAATATTTTACTGGTTGATCTCTGACCCAGT--TACCTTAAAGAATGATACACA---TCATTCCATAC--------AC---ATTCAAA-GATATATTTAAAaattt
gi|6 : CATCATAACAACAGAACA---TGTGCTTAAG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAC------C-------CA-ATGACCTC----AATGAATAATACATG-TTATAA-----TTTTATACTCATGCAATTGTaaggaataagttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatcataacaacagaacatgtgcttaagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccaatgacctcaatgaataatacatgttataattttatactcatgcaattgtta
gi|7 : tttattgtcttaatatcccctacatttgaagaagcataacctctaaaatattgatacatacagtacatctatgatattacattttgtacaaaataccgaagaaaggcatgtaaggtcaagttcattcaaactatgtagatattaatatacccatcaataacacagtatacagtttatttgtgtttttatgatgacatgaagcaagattagtattccattaaaaagctaaagcattagaaaaaaggacatattttgaaaaaatacttccgcaatattttactggttgatctctgacccagttaccttaaagaatgatacacatcattccatacacattcaaagatatatttaaaaaggaataagttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-------------AGCTGT-------------TATTGCAATACACTGCCATTTATAATGCCATTGGACAAA-C-CT---TGTCATT------TTTATTGTCTTAATATCCCCTACATGTGTAGAAGCATTACCTCTAA-AAATATTG-CTACATACAGCACATCTTTTAAATTAAATGCAGCTACATTTTGTACAAAATACGGAAGAAATACAT--------CAAGGTCATTCCAACTA------TG-TATATATTAATATACCCATCAATAACAAAATATACAGCAA-ATC---TT-TGTGTTTAAGATGGCATTAA-ACAAACATTTCACA------T-TATT--TTGATTAGTATCCTGT----AATAAA--------GCT-AA---A-----A--AATATTAAAAGAATATGACATATTTTGAAAAAT-TCCCTCTTCAGTATTTTACTAGTTGACCTTTGATCCAAT--GACCTTGATAAATGATACATA---TCATTCTAA-C--------AT----ATTTAA-AATATAATTa
gi|8 : catttagtggtgaTGTGCGAGGCG-------------TTTGTCAATACAGCCTAACAGT-------------TCTTGTGATACACTGT----TGTAATGTCACTGGACACATC-TT-A-TGTTGTT------GTTG-TGTCATACTATATACTACATGTGTAGAAGCGTGACCTCTAA-AGTGTCTG-GTATCTACACTACATCTATTAAATTAC-T---GCTGAA----G-ACAAGTCATTTA-------CATGT-AAGGTGAAGTTCATTCCAA-TA------CGTTATATATTTATATATACACGAGTAAAAAAAGA-ACTACAATGTC---TC-TTTGTGTATG-TGA---TGATACATGTATATTACA------TATATTACTCG--CAAGTTCCAGT-----ATAAA--------GCTAAA---A-----C--AA---TTCACAATTATGACATATTTTGTACAATCTATTCCCTCAATATTTTACTAGATAACCTTCATCCCAAT--
gi|9 : ATAAGTAACATAACATACAGTAA-GTA---TG-TGTGTTTATGGTGACAACAG-ACAATCATTTTACA------T-TATT--GTGATAAATATCCCAT----AATAAA--------GCC-AA---A--------------------ACATGACATATTTTGAACAAT-TTCCTCTTCAATATTTTACTAGTTTACCGTTGACCTTTT--GACTTTTACCGTTGA----------CCTTTTGACC--------TT---AATGGAT-GATACATATCATTTTAACCACATAT--------AAAAT-TATA--------CTT-AAA-----ATTCTGTCGGTAAAT--A---TATATAA----CA----AACATATTGT---TGATG--TTATTCGGTGACCT-TTGGC-TTTTAAGTCCATCAAGTTAGATGTATACCTGGTATTTGTATCATAGCAAGAGATAATGTTGGGATTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 1 1 1 222 1 1 222 2 1 55555555 2 222 1 2 11 777777777777777777777777 111111 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 111 111111 111111111 1111111 1111111 11111111 2222222222222 11111111 111111111 11111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111 11111
lowQualScore : 4444 1 5 5 22 1 5 000 5 1 5 3 111 0 5 11111111 6 0 111 5 1 1 7 3 1 6 88 777777777777777777777777 3 3 111111 33 66 3 0 1 5 1111111111111111111111111111111111111111111111111 2222 88 777 444444 1 1 5 22 5 0 222 1 0 0 0 2 3 1 5 0 2 5 555555555 2 66 3333333 0 0 3 44 0 2222222 4 55 3 99999 44444444 4 777 7777777777777 6 0 3 1 55 5 0 6 0 777 3 6 44444444 777 1 1 5 33 777 0 666 0 0 666 0 3 1 333333333 55 4 1 0 1 1 66 11 11111 1 4 2 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222 3 7777 3 00000 2
lowQualScore : .... . . . .. . . ... . . . . ... . . ........ . . ... . . . . . . . .. ........................ . . ...... .. .. . . . . ................................................. .... .. ... ...... . . . .. . . ... . . . . . . . . . . . ......... . .. ....... . . . .. . ....... . .. . ..... ........ . ... ............. . . . . .. . . . . ... . . ........ ... . . . .. ... . ... . . ... . . . ......... .. . . . . . .. .. ..... . . . . ...................................................................................................................... .............. . .... . ..... .
lowQualScore : 5555 0 5 0 00 0 5 555 5 0 5 0 000 0 5 00000000 0 0 555 5 0 0 3 7 0 7 33 222222222222222222222222 2 2 000000 88 88 5 2 4 7 2222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 77 333 444444 4 0 0 00 0 1 999 4 1 1 4 5 6 4 0 1 5 6 555555555 9 11 8888888 7 3 9 88 7 2222222 0 55 9 66666 55555555 0 000 7777777777777 1 7 6 2 00 5 7 3 7 000 9 6 55555555 000 0 6 0 99 222 8 333 2 3 666 2 5 2 222222222 22 8 4 6 6 6 99 00 22222 0 6 9 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33333333333333 6 7777 6 00000 4
consensus : TGTTCAGTGCTGAGAGTTTTTTTATTTTTCNAACCTAATTATTCTATAACAAAGAGTGGCCCAGNNCTATATCTCANATTACTGCATTCTTGNTTCAAGTGNTTTAACTTTTAGTCCGANTTGTTTTGAGGTCGCAATGACATGGCTATCAATTANTATATCATAANCTATG-CTTATNATATATTGATTGACAAT--CATATT-T---ACCATCTCTAGCANAACAAATCAGACTCAATGTTAAATATGAGAGTTCTCATTAGATTTGCCGAA-CATCAGGTAGT--TTTATACCACAAATCGTATTGCTACCAACCTGATTATACAAAGATTTCGAGGACCAGGACATTCAATGTGCTAGGCG-------------TTT-------------AGCGGT-------------TATTGTGATACACTGC----TGTAATGCCATTGGACAAAC-CT-A-TGTCATA------TTTATTGTCTTAATATCCCCTACATGTGTAGAAGCATNACCTCTAA-AANNTTTG-CTACATACAGCACATCTATTAAATTACATGCAGCTGCATTTTGTACAAAATACGGAAGAAAGGCATGT-AAGGTCAAGTTCATTCCAACTA------TG-TATATATTAATATACCCATCAATAACAAAATA--TACAGCAAATC---TG-TGTGTGTATGATGACATTAAACAAACATTTCACA------T-TATT--TTGATCAATATCCTAT----AATAAA--------GCT-AA---A-----N--AA---TAAAAGAATATGACATATTTTGAACAAT-TCCCTCCTCAATATTTTACTAGTTGACCTTTGACCCAAT--GACCTTAACGAATGATACATA---TCATTCTAAGC--------AT---ATTTAAAGATATATTTAA-ATTGAATCAGT--TATGTTGGT--AAAATATATAACAAACATCTT-AAATATGAATATTGTTATTTCAT--A---TATATCAGTTCCAGCTTAACATTTTGCGCATGATA--CTATTTGGTGACCT-TTGGCCTTTTAAGTCCGTCAAACTAGATGTATACCTGGTATTTGCATCATAACAACAGAAAATGTTGTGCTTAAG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-------C------CCA-ATGACCTC----AATGAATAATACATG-TTATTA-----TTTTATACNCATGCCATTGGTGGT
Reference ( family-1499 ) : TGTTCAGTGCTGAGAGTTTTTTTATTTTTCNAACCTAATTATTCTATAACAAAGAGTGGCCCAGNNCTATATCTCANATTACTGCATTCTTGNTTCAAGTGATTTAACTTT-AGTCCGANTTGTTT-GAGATCGCGA-AATATGGCTATCAATTANTATATCATAANCTATGACTTATNATATATTGATTGACAAT--CAT----T---ACCATCTCTAGCATAACAAATCAGACTCAATGTTAAATATGAGAGTTCTCATTAGATTTGCCGAA-CATCAGGTAGT--TTTATACCACAAATCGTATTGCTACCAACCTGATTATACAAAGATTTCGAGGACCAGGACATTCAATGTGCTAGGCG-------------TTT-------------AGCGGT-------------TATTGTGATACACTGC----TGTAATGCCATTGGACAAAC-CT-A-TGTCATA------TTTATTGTCTTAATATCCCCTACATGTGTAGAAGCATNACCTCTAA-AANNTTTG-CTACATACAGCACATCTATTAAATTACATGCAGCTGCATTTTGTACAAAATACGGAAGAAAGGCATGT-AAGGTCAAGTTCATTCCAACTA------TG-TATATATTAATATACCCATCAATAACAAAATA--TACAGCAAATC---TG-TGTGTGTATGATGACATTAAACAAACATTTCACA------T-TATT--TTGATCAATATCCTAT----AATAAA--------GCT-AA---A-----N--AA---TAAAAGAATATGACATATTTTGAACAAT-TCCCTCCTCAATATTTTACTAGTTGACCTTTGACCCAAT--GACCTTAACGAATGATACATA---TCATTCTAAGC--------AT---ANTTAAAGATATATTTAA-ATTGAATCAGT--TATGTTGGT--AAAATATATAACAAACATCTT-AAATATGAATATTGTTATTTCAT--A---TATATCAGTTCCAGCTTAACATTTTGCGCATGATA--CTATTTGGTGACCT-TTGGCCTTTTAAGTCCGTCAAACTAGATGTATACCTGGTATTTGCATCATAACAACAGAAAATGTTGTGCTTAAG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-------C------CCA-ATGACCTC----AATGAATAATACATG-TTATTA-----TTTTATACNCATGCCATTGGTGGT
gi|1 : TGTTCAGTGCTGAGAGTTT----ATTTTTCCAACCTAATTATTCTATAATAAAGAGTG-CTCAGCTCTATATCTTATATTATTGCATTCT-GCTTCAAGTAATTTAACTTTTAGTCCGATTTGTTTTGAGATTGTAA-AATATGATTATTAATTAATATATCATAAGC-ATAACTTATAATATAAT-ACGGTCAATGTCAT----TGGGACC-TCTCTAGC-TAACAAATCAGACTCAATGTTAAATATGAGAGTTTTCATTAGATATGC------ATCAGGTAGT--TTTATACCACAAATCGTATTGCAAACAACCTGATTATATAAAGATTTCGAGAACCAGGACATTCAATGTTCTTATTA-------------CTT-------------ATTGGT-------------GATTGTGATACACTGC----TGTAATGCCATTGTACAAAC-CT-A-TGTTATA------TTAATTGTCTTAATATACCCTACATGTGTAGAAGCATAACCTCTAA-AAAATGTG-CTACATACATCACATCTATTAAATTACATG-AGCTGCATTTTGTACAAAATACGGATGAAAGGCTTGT-AAGGTTAAGGTCATCCAAACTA------TG-TATATATTAATGTACCCATCAATAACAAAATA--TACAGCAAATC----G-TGTTTGTACGATTACATTGAATAAACATTTCACA------T-TATT--TTGATTAATATCCTAT----AATAAA--------GCT-AA---A-----C--AA---TAAAAGAATATGACATATTTTGAACAAT-TCTCTCCTCAATATTTTACTATTTGATCTTTGACCCAAT--GACCTTAAAGAATGATACATA---TTATTTTAAGT--------AT---AATTCAATATATATTTAA-ATATAATCATT--TATGTTGGT--AAAATACATAACAAATATCTT-AAATATGAATATTGTTATTTAAC--A---CATATCAGTTCCAATTTAACATTTTGCGCATGATA--CTATATGGTGA--TATTGGCCTTTT-AGTCCGTTAAACTAGATGTATACCTGGTATTTGCATCATAACAACAGAAAATTCGGTATTTAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------C------CCA-GTGACCTC----AATGTTTGATACATG-TTATTA-----TTTTA----CATGTTATTATTGGT
gi|10 : T--AAAATATATAACCAATATCTT-AAATAT-AAT---------------------------TTCCAGTTTTACATTT-GCGCATGATA--TTATTTTGTGACCT-TTAGCTTTTTAATTCCGTCAAACTAGATGTATACCTGATATTTGCATCATAACAACAGAAAATGTTGTGCTTAAG-
gi|10 : GA-------C------CCA-ATGACTTCTGTAAATGAGTAATTTATG-TTATTA-----TTTTATACTCATGCCATTGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgacccaatgacttctgtaaatgagtaatttatgttattattttatactcatgccattggtaat
gi|11 : taaaatatataaccaatatcttaaatataatttccagttttacatttgcgcatgatattattttgtgacctttagctttttaattccgtcaaactagatgtatacctgatatttgcatcataacaacagaaaatgttgtgcttaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccttt-TGTGTGTTTTATGACATTAGACA---------CA------T-TATT--TT-ATCA-TACGCAATTGGTAGCAAAAGCCTTGTGCC-AA---A-----ATCAG---TTAAA--ACTTGTCATATTTTGAGCAA----CGTCTTCAACATTGCACTAGTTTACCTTTGA--CAATGGGATTTCAATGAATAACATATATTGTCTTTCTATGCCCGTTACAATGTCAATTGGAAATAAA---AA-A--AAATCCG----ATGTT------AAATACATAATAAACATA---AAATATGAATGTTGCTGGTT--T--A---TGCCTC--TTCCGAC-TGACAATCAACACACGGCG--CCCTTTTGTGATCT-TTGaat
gi|12 : GTATTTTCATCATGACAACAGACTATGTTGTGCTTAA
gi|12 : acatgaaGA-------C------CC--------------AATAAATAATACATG-TTATTG-----TTTTAAACTCATGannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgacccaataaataatacatgttattgttttaaactcatgttttt
gi|13 : acatgaagtattttcatcatgacaacagactatgttgtgcttaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttGATGTATACCTGGTATTTGCATCATAACAACAGAAAATGTTGTGCTTAAG-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGACCCTTGAC------CCA-ATGACCT-----AATGAATAATACATG-CTTTTttttt
gi|14 : TATTTTTAGCAAT-TCCTACCTCAACATATTATTAGTTTGCCTGTGACACAAT--GGCCTTA-------------A---TCATTGTAAGC--------AT---ATTAAAAGATATATg
gi|15 : GA-------C------TCA-ATGACCTC----AGTAAATAAAACATG-TCATTA-----TTTTATACTCATGCCATCGGT
gi|16 : ctttGA-------C------CTA-ATGACCTC----AATAAATAATACATT-TAATTA-----TTTTATACGCATATCAGTGGTaat
gi|17 : atttATATATTTAA-ATTGATTCAGT--TATGTTGGT--AGAATATATAACAAACATCCT-AAATATGAA
gi|18 : TAGATGTTTACCTGATATTTGCATTAGAGCAAAAGAAAATGTTGTTCT
gi|2 : TGTTCAGTACTGAAAGTTTTTTTATTTTTCAAATCTAATTATTCTATA-CAAAAAGTGGCCCAGAGCTATATTTCAAAT-ACT---TTCTTAATTCA-GTGCTTT---TTT-AG-CTAAA-------GAGGTCACAATGACATGGC---CAAT-ATTATATTATAATTTATG-CTAATGATATATTGATTAACAAC--CATATT-T---AACAT---TATCAAAACAAATCAGACTCAATGTTAAATATGAG--TTCTCAATAGATTTGTCGAA-CATCAGGTAGT--TTTATATCACAAATCATATTGCTACCAACCTGATTATACAAAGATTTCGAAAACAAGGGCATTCAATGTGCTAAGCA-------------TTT-------------AGTGGT-------------------GAAGCTCAAC----TG--ATATTAT--GATAAA---T-A-TGTCATACATGTATGTATTGTCTTAATATCCCCTACATGTGTAGAAGCATTACCTCT-A-AACATTTGTCTACATATAGCACATCTATAAAATTACCTGAAGCTGTATTTTGTACAAAATACGGAAGAAAAGCATGT-AAGGTCGA-------------A------TA-TATATATAAATATG---------AACAAAATA--TACTGCAAATC---TT-TGTGTGTTTGATGACATTTAACAAACATTTCACATTTATTT-TATT--TTAATCAATATCCTAT----AATAAT--------GCA-GA---A-----A--AA---T--AAGAATATGACATATTTTGAAATAT-TCCTTCCTCCATATTTTACTAGTTGACCTTCGACCCAAT--TACTTTAACTAATGAAACATA---TCATTCAAATC--------AT---ATTTAAATATATATTTAA-ATTGAATCAGT--TATGTTGGT--AAAATATATAACAAACATCTT-AAATATGAATATTGTTATATCAT--ATATTATATCAGTTCTTGCTTAACAGTTTACGCATGATA--CTATTTGGTGACCT-TTGTCCTGTTAAGTCCATCAAACAAGATGTATACCTAGTATTTGCATTATAACAACAGAAAAGGTTGTGCTTAAG-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------CCTTTGACCAAATGACCTC----AATGCATTATACATG-TTATTA-----TTTTATACACATACCATTGga
gi|3 : TATG-CTTATTATATATTGATTGATAAT--CATATTTT---ACGATC----GCAATACAAATCAGACTCTATGTTAAATATGAGAGTTCTCATCAAATTTGCCAAA-CATCAGGTAATATTTTATACTACATATCGTAATGCTACCAATCTGATTATACAAAGATTTCGTGGACCAGAACATTTAATGTACCATGCGGTTTGTGGTGAAGCTT-------------AACTGT-------------TATTGTGATACACTGC----TGTAATGCTATTGGGTAAACTCT-A-TGTCATA------TTAATTGTCTTAATATCTCCTACATGTGCAGAAGCATAACCTCTAA-A-GTTTTA-CTACATACGGCACATCTATTAAATTAAATACAGCTGCATTTTGTACAAA-TACTGAACAAATGCATGTCAAGGTTAAGTTAATTCCAACTACATGTATA-TATATATTAATATACCCATTAATAACAATATA--TACAGTAAATC---TG-TGTGTGTATGATAACATAAAGCAAACATTTCGCC------T-TATT--TTGATTAATATCCTAT----AATAAG--------GCT-AA---AAAAACT--AA---TAAAAGAATTCAACATATTTTGAACAAT-TTCCTCCTCAAT-TTTCACTAGTTGCCCTTTTACCCAAT--GACCTTAATGAAT-------------ATT-TAA-C--------AC---ATTCAACGATATATTTActaa
gi|3 : gtatgatgattggggtggagggatCTAGATGCGTACCTCATATTTGCATCGTAACAACATCAAATGTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctagatgcgtacctcatatttgcatcgtaacaacatcaaatgttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgacccaataacctcaatctataatacattattaataatttttatacacatgccagtggtaat
gi|3 : gtatgatgattggggtggagggattatgcttattatatattgattgataatcatattttacgatcgcaatacaaatcagactctatgttaaatatgagagttctcatcaaatttgccaaacatcaggtaatattttatactacatatcgtaatgctaccaatctgattatacaaagatttcgtggaccagaacatttaatgtaccatgcggtttgtggtgaagcttaactgttattgtgatacactgctgtaatgctattgggtaaactctatgtcatattaattgtcttaatatctcctacatgtgcagaagcataacctctaaagttttactacatacggcacatctattaaattaaatacagctgcattttgtacaaatactgaacaaatgcatgtcaaggttaagttaattccaactacatgtatatatatattaatatacccattaataacaatatatacagtaaatctgtgtgtgtatgataacataaagcaaacatttcgccttattttgattaatatcctataataaggctaaaaaaactaataaaagaattcaacatattttgaacaatttcctcctcaattttcactagttgcccttttacccaatgaccttaatgaatatttaacacattcaacgatatatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGA-------C------CCA-ATAACCTC----AATCTATAATACA---TTATTAATAATTTTTATACACATGCCAGTGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgacccaataacctcaatctataatacattattaataatttttatacacatgccagtggtaat
gi|4 : gtatgatgattggggtggagggattatgcttattatatattgattgataatcatattttacgatcgcaatacaaatcagactctatgttaaatatgagagttctcatcaaatttgccaaacatcaggtaatattttatactacatatcgtaatgctaccaatctgattatacaaagatttcgtggaccagaacatttaatgtaccatgcggtttgtggtgaagcttaactgttattgtgatacactgctgtaatgctattgggtaaactctatgtcatattaattgtcttaatatctcctacatgtgcagaagcataacctctaaagttttactacatacggcacatctattaaattaaatacagctgcattttgtacaaatactgaacaaatgcatgtcaaggttaagttaattccaactacatgtatatatatattaatatacccattaataacaatatatacagtaaatctgtgtgtgtatgataacataaagcaaacatttcgccttattttgattaatatcctataataaggctaaaaaaactaataaaagaattcaacatattttgaacaatttcctcctcaattttcactagttgcccttttacccaatgaccttaatgaatatttaacacattcaacgatatatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctagatgcgtacctcatatttgcatcgtaacaacatcaaatgttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttCCATCTC-A--ATA-CAAGTCAGACTCAATGTTAAATATGAGAGTTCTCATTAG-TTTGTCAAAATATCAGGTAGT--TTTATA------------TTGCTACCAACCGTATTATACAAAGATTTCGAGGACCAGGACATTAAATATGCTAGGCA-------------TTT-------------AGTGGTGAAGCTTAACTGTTATTGTGATATACTGC----TGTAATGCCATTGTATAAAC-CTTG-TGTCCTA------TTTATTGTCTTAATATTCCCTACATGTGTAAAAGCATGACCTATAA-AAACGTTG-CTTCCTACAGCACATCTATTAAATTACATGCAGCTGCATTTTGTACAAAATACTGAAGAATGGCATGA-AAGGTCAAGTTCA----AA--A--------------ATTAATATACTCATAAATAACAAAATA--TACAGTAAAT-------TGTGCATTTGATGGCATT------ACATTTAACA------T-TATA--TTGATAAATACGCTAT----AATATA--------GCT-AA---AAAT--T--AA---TAAACGGATTTGAAATATTTTTAACAAT-TTCCTCCTCAAAATGTTACTAGTTGACCTTTGACCCAAT--GACCTTAATGAATGACATATA---TCATTTAAAGC--------AA---ATTTAAAGATATATTTAA-AATGAATCAGT--TCTGTAGAT---AAATATATAACA---ATC-------ATGAATATTGTTATTTCAT--A---TATATCAGTTCCAGCTAAACATTTTGCGTATACTA--CTATT-------------------------CGTCAAGCTTGATATATACCTGGTATTTGCATTATAACAAAAGAAAATGTTGTGTTTAAaat
gi|4 : gtgtgtggtagggtggagggggcgattggtaaatctcattcgggaaactgatttcgGA-------C------CAT-ATGACCTC----AATGAATAATACATG-TTATTA-----TTCTATACGCATGCCATTTGTannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgaccatatgacctcaatgaataatacatgttattattctatacgcatgccatttgta
gi|5 : gtgtgtggtagggtggagggggcgattggtaaatctcattcgggaaactgatttcgccatctcaatacaagtcagactcaatgttaaatatgagagttctcattagtttgtcaaaatatcaggtagttttatattgctaccaaccgtattatacaaagatttcgaggaccaggacattaaatatgctaggcatttagtggtgaagcttaactgttattgtgatatactgctgtaatgccattgtataaaccttgtgtcctatttattgtcttaatattccctacatgtgtaaaagcatgacctataaaaacgttgcttcctacagcacatctattaaattacatgcagctgcattttgtacaaaatactgaagaatggcatgaaaggtcaagttcaaaaattaatatactcataaataacaaaatatacagtaaattgtgcatttgatggcattacatttaacattatattgataaatacgctataatatagctaaaaattaataaacggatttgaaatatttttaacaatttcctcctcaaaatgttactagttgacctttgacccaatgaccttaatgaatgacatatatcatttaaagcaaatttaaagatatatttaaaatgaatcagttctgtagataaatatataacaatcatgaatattgttatttcatatatatcagttccagctaaacattttgcgtatactactattcgtcaagcttgatatatacctggtatttgcattataacaaaagaaaatgttgtgtttaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttGGCATTTAATG-GT--GAAG-------------TTT-------------AACTGT-------------TATTGTGATACACTGC----TGTAATGCCATTGGACAAAA-CT-AATGTCATA------TTTATTGTCTTAATGTACCCTACATGTATAGAAGCAATACCTGTAACAAAGTTTG-CTCCATACTGCACAATTATTACATAACAAACAGCTGAATTT-GTACAAAATTCGGATGAAAGGTAAGT-AAGGTCAAGTTCATTCCAACTA------TG-AATATATCAAAATACCCATCAATAACAAAAAA--CACAGCAAATCAATCGTTGTTTGTATGATGACATTGAGCAAGCATTTCAC----------------------ATATCCTTT----TATAAA--------GCT-AACATA-----T--AT---TAAAAGAATATGAAATATTTTAAAAATT-TCCCTCCTCAATATTCTTCTAGTTGACATTTGACCCAAT--GATTTTAATGAATAATACATA---TTATTTTAAGC--------AT---ATTTAAAGATATATTTAA-ATTGAATCAGT--TCAGTTGGTAAAAAAAATATAGCAAACATCTTAAAATATGAACATTGTTATTTCATAGA---TATATCAGTTCCATCTTTACATGTTGCACATGATATCCTATATGGTA------TGACCTTTTAAATCCGTCAAACTAGA--------TGGTATTTG---CATAATACCAGAAAATGTTGTGTTTAAG-a
gi|5 : cactaagggtgccacataGA-------C------CCA--TAACCTT----AATGAATAATATATGTTTGTTT-----TTGTATACACATGCTATTGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatttgacccataaccttaatgaataatatatgtttgtttttgtatacacatgctattggtaattt
gi|6 : cactaagggtgccacataggcatttaatggtgaagtttaactgttattgtgatacactgctgtaatgccattggacaaaactaatgtcatatttattgtcttaatgtaccctacatgtatagaagcaatacctgtaacaaagtttgctccatactgcacaattattacataacaaacagctgaatttgtacaaaattcggatgaaaggtaagtaaggtcaagttcattccaactatgaatatatcaaaatacccatcaataacaaaaaacacagcaaatcaatcgttgtttgtatgatgacattgagcaagcatttcacatatccttttataaagctaacatatattaaaagaatatgaaatattttaaaaatttccctcctcaatattcttctagttgacatttgacccaatgattttaatgaataatacatattattttaagcatatttaaagatatatttaaattgaatcagttcagttggtaaaaaaaatatagcaaacatcttaaaatatgaacattgttatttcatagatatatcagttccatctttacatgttgcacatgatatcctatatggtatgaccttttaaatccgtcaaactagatggtatttgcataataccagaaaatgttgtgtttaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacattt------TTTATTGTCTTAATATCCCCTACATTTGAAGAAGCATAACCTCTAA-AATATT-G-ATACATACAGTACATCTATGATATTACAT----------TTTGTACAAAATACCGAAGAAAGGCATGT-AAGGTCAAGTTCATTCAAACTA------TG-TAGATATTAATATACCCATCAATAACACAGTA--TACAGTTTATT---TG-TGTTTTTATGATGACATGAAGCAA--------------------------GATTAGTATTCCAT----TAAAAA--------GCT-AA---A-----G--CA---TTAGAAAAAAGGACATATTTTGAAAAAA-TACTTCCGCAATATTTTACTGGTTGATCTCTGACCCAGT--TACCTTAAAGAATGATACACA---TCATTCCATAC--------AC---ATTCAAAGATATATTTAAAAAGGAATAAGTTTTATNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATCATAACAACAGAACA---TGTGCTTAAG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------C------CCA-ATGACCTC----AATGAATAATACATG-TTATAA-----TTTTATACTCATGCAATTGaattt
gi|7 : -------------AGCTGT-------------TATTGCAATACACTGCCATTTATAATGCCATTGGACAAAC-CT---TGTCATT------TTTATTGTCTTAATATCCCCTACATGTGTAGAAGCATTACCTCTAA-AAATATTG-CTACATACAGCACATCTTTTAAATTAAATGCAGCTACATTTTGTACAAAATACGGAAGAAATACAT--------CAAGGTCATTCCAACTA------TG-TATATATTAATATACCCATCAATAACAAAATA--TACAGCAAATC---TT-TGTGTTTAAGATGGCATTAAACAAACATTTCACA------T-TATT--TTGATTAGTATCCTGT----AATAAA--------GCT-AA---A-----A--AATATTAAAAGAATATGACATATTTTGAAAAAT-TCCCTCTTCAGTATTTTACTAGTTGACCTTTGATCCAAT--GACCTTGATAAATGATACATA---TCATTCTAA-C--------AT---ATTTAAA-ATATAATTtta
gi|8 : catttagtggtgaTGTGCGAGGCG-------------TTTGTCAATACAGCCTAACAGT-------------TCTTGTGATACACTGT----TGTAATGTCACTGGACACAT-CTTA-TGTTGTT------GTTGT-GTCATACTATATACTACATGTGTAGAAGCGTGACCTCTAA-AGTGTCTG-GTATCTACACTACATCTATTAAATTAC-TGC---TGAA----G-ACAAGTCATTTA-------CATGT-AAGGTGAAGTTCATTCCAA-TA------CGTTATATATTTATATATACACGAGTAAAAAAAGAACTACAATGTCTC---TT-TGTGTATGTGATGAT-----ACATGTATATTACA------TATATTACTCG--CAAGTTCCAGT-----ATAAA--------GCTAAA---A-----C--AA---TTCACAATTATGACATATTTTGTACAATCTATTCCCTCAATATTTTACTAGATAACCTTCATCCCAAT--
gi|9 : ATAAGTAACATAACA--TACAGTAAGTA---TG-TGTGTTTATGGTGACAACAGACAATCATTTTACA------T-TATT--GTGATAAATATCCCAT----AATAAA--------GCC-AA---A--------------------ACATGACATATTTTGAACAAT-TTCCTCTTCAATATTTTACTAGTTTACCGTTGACCTTTT--GACTTTTACCGTTGA----------CCTTTTGACC--------TT---AATGGATGATACATATCA-TTTTAACCACA--TAT--------AAAAT-TATA--------CTT-AAA-----ATTCTGTCGGTAAAT--A---TATATAA----CA----AACATATTGT---TGATG--TTATTCGGTGACCT-TTGGC-TTTTAAGTCCATCAAGTTAGATGTATACCTGGTATTTGTATCATAGCAAGAGATAATGTTGGGATTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 1 1 1 222 1 1 2222 1 33333333 1 222 1 1 333333333333333333 111111 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 111 111111 111111111 1111111 1111111 11111111 2222222222222 11111111 111111111 11111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111 11111
lowQualScore : 4444 1 5 5 22 1 5 000 5 1 5 1 4444 5 44444444 5 111 5 1 1 3 7 1 6 999999999999999999 3 3 111111 33 66 3 0 1 5 1111111111111111111111111111111111111111111111111 2222 88 777 444444 1 1 5 22 5 0 222 1 0 0 0 2 3 1 5 0 2 5 555555555 2 66 3333333 0 0 3 44 0 2222222 4 55 3 99999 44444444 4 777 7777777777777 6 0 3 1 55 5 0 6 0 777 3 6 44444444 777 1 5 33 777 0 666 0 0 666 0 3 1 333333333 55 4 1 0 1 1 66 11 11111 1 4 2 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222 3 7777 3 00000 2
lowQualScore : .... . . . .. . . ... . . . . .... . ........ . ... . . . . . . . .................. . . ...... .. .. . . . . ................................................. .... .. ... ...... . . . .. . . ... . . . . . . . . . . . ......... . .. ....... . . . .. . ....... . .. . ..... ........ . ... ............. . . . . .. . . . . ... . . ........ ... . . .. ... . ... . . ... . . . ......... .. . . . . . .. .. ..... . . . . ...................................................................................................................... .............. . .... . ..... .
lowQualScore : 5555 0 5 0 00 0 5 555 5 0 5 0 0000 5 00000000 5 555 5 0 0 3 3 0 7 555555555555555555 2 2 000000 88 88 5 2 4 7 2222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 77 333 444444 4 0 0 00 0 1 999 4 1 1 4 5 6 4 0 1 5 6 555555555 9 11 8888888 7 3 9 88 7 2222222 0 55 9 66666 55555555 0 000 7777777777777 1 7 6 2 00 5 7 3 7 000 9 6 55555555 000 6 0 99 222 8 333 2 3 666 2 5 2 222222222 22 8 4 6 6 6 99 00 22222 0 6 9 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33333333333333 6 7777 6 00000 4
consensus : TGTTCAGTGCTGAGAGTTTTTTTATTTTTCNAACCTAATTATTCTATAACAAAGAGTGGCCCAGNNCTATATCTCANATTACTGCATTCTTGNTTCAAGTGNTTTAACTTTTAGTCCGANTTGTTTTGAGGTCGCAATGACATGGCTATCAATTANTATATCATAANC-TATGCTTATNATATATTGATTGACAATCATATTT--ACCATCTCTAGCAANACAAATCAGACTCAATGTTAAATATGAGAGTTCTCATTAGATTTGCCGAA-CATCAGGTAGT--TTTATACCACAAATCGTATTGCTACCAACCTGATTATACAAAGATTTCGAGGACCAGGACATTCAATGTGCTAGGCG-------------TTT-------------AGCGGT-------------TATTGTGATACACTGC----TGTAATGCCATTGGACAAAC-CT-A-TGTCATA------TTTATTGTCTTAATATCCCCTACATGTGTAGAAGCATNACCTCTAA-AANNTTTG-CTACATACAGCACATCTATTAAATTACATGCAGCTGCATTTTGTACAAAATACGGAAGAAAGGCATGT-AAGGTCAAGTTCATTCCAACTA------TG-TATATATTAATATACCCATCAATAACAAAATA--TACAGCAAATC---TG-TGTGTGTATGATGACATTAAACAAACATTTCACA------T-TATT--TTGATCAATATCCTAT----AATAAA--------GCT-AA---A-----N--AA---TAAAAGAATATGACATATTTTGAACAAT-TCCCTCCTCAATATTTTACTAGTTGACCTTTGACCCAAT--GACCTTAACGAATGATACATA---TCATTCTAAGC--------ATAT---TTAAAGATATATTTAA-ATTGAATCAGT--TATGTTGGT--AAAATATATAACAAACATCTT-AAATATGAATATTGTTATTTCAT--A---TATATCAGTTCCAGCTTAACATTTTGCGCATGATA--CTATTTGGTGACCT-TTGGCCTTTTAAGTCCGTCAAACTAGATGTATACCTGGTATTTGCATCATAACAACAGAAAATGTTGTGCTTAAG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-------C------CCA-ATGACCTC----AATGAATAATACATG-TTATTA-----TTTTATACNCATGCCATTGGTGGT
Reference ( family-1499 ) : TGTTCAGTGCTGAGAGTTTTTTTATTTTTCNAACCTAATTATTCTATAACAAAGAGTGGCCCAGNNCTATATCTCANATTACTGCATTCTTGNTTCAAGTGNTTTAACTTTTAGTCCGANTTGTTTTGAGGTCGCAATGACATGGCTATCAATTANTATATCATAANC-TATGCTTATNATATATTGATTGACAATCATATTT--ACCATCTCTAGCANAACAAATCAGACTCAATGTTAAATATGAGAGTTCTCATTAGATTTGCCGAA-CATCAGGTAGT--TTTATACCACAAATCGTATTGCTACCAACCTGATTATACAAAGATTTCGAGGACCAGGACATTCAATGTGCTAGGCG-------------TTT-------------AGCGGT-------------TATTGTGATACACTGC----TGTAATGCCATTGGACAAAC-CT-A-TGTCATA------TTTATTGTCTTAATATCCCCTACATGTGTAGAAGCATNACCTCTAA-AANNTTTG-CTACATACAGCACATCTATTAAATTACATGCAGCTGCATTTTGTACAAAATACGGAAGAAAGGCATGT-AAGGTCAAGTTCATTCCAACTA------TG-TATATATTAATATACCCATCAATAACAAAATA--TACAGCAAATC---TG-TGTGTGTATGATGACATTAAACAAACATTTCACA------T-TATT--TTGATCAATATCCTAT----AATAAA--------GCT-AA---A-----N--AA---TAAAAGAATATGACATATTTTGAACAAT-TCCCTCCTCAATATTTTACTAGTTGACCTTTGACCCAAT--GACCTTAACGAATGATACATA---TCATTCTAAGC--------ATAT---TTAAAGATATATTTAA-ATTGAATCAGT--TATGTTGGT--AAAATATATAACAAACATCTT-AAATATGAATATTGTTATTTCAT--A---TATATCAGTTCCAGCTTAACATTTTGCGCATGATA--CTATTTGGTGACCT-TTGGCCTTTTAAGTCCGTCAAACTAGATGTATACCTGGTATTTGCATCATAACAACAGAAAATGTTGTGCTTAAG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-------C------CCA-ATGACCTC----AATGAATAATACATG-TTATTA-----TTTTATACNCATGCCATTGGTGGT
gi|1 : TGTTCAGTGCTGAGAGTTT----ATTTTTCCAACCTAATTATTCTATAATAAAGAGTG-CTCAGCTCTATATCTTATATTATTGCATTCT-GCTTCAAGTAATTTAACTTTTAGTCCGATTTGTTTTGAGATTGTAA-AATATGATTATTAATTAATATATCATAAGCATA-ACTTATAATATAAT-ACGGTCAATGTCATTGGGACC-TCTCTAGC-TAACAAATCAGACTCAATGTTAAATATGAGAGTTTTCATTAGATATGC------ATCAGGTAGT--TTTATACCACAAATCGTATTGCAAACAACCTGATTATATAAAGATTTCGAGAACCAGGACATTCAATGTTCTTATTA-------------CTT-------------ATTGGT-------------GATTGTGATACACTGC----TGTAATGCCATTGTACAAAC-CT-A-TGTTATA------TTAATTGTCTTAATATACCCTACATGTGTAGAAGCATAACCTCTAA-AAAATGTG-CTACATACATCACATCTATTAAATTACATG-AGCTGCATTTTGTACAAAATACGGATGAAAGGCTTGT-AAGGTTAAGGTCATCCAAACTA------TG-TATATATTAATGTACCCATCAATAACAAAATA--TACAGCAAATC----G-TGTTTGTACGATTACATTGAATAAACATTTCACA------T-TATT--TTGATTAATATCCTAT----AATAAA--------GCT-AA---A-----C--AA---TAAAAGAATATGACATATTTTGAACAAT-TCTCTCCTCAATATTTTACTATTTGATCTTTGACCCAAT--GACCTTAAAGAATGATACATA---TTATTTTAAGT--------ATAA---TTCAATATATATTTAA-ATATAATCATT--TATGTTGGT--AAAATACATAACAAATATCTT-AAATATGAATATTGTTATTTAAC--A---CATATCAGTTCCAATTTAACATTTTGCGCATGATA--CTATATGGTGA--TATTGGCCTTTT-AGTCCGTTAAACTAGATGTATACCTGGTATTTGCATCATAACAACAGAAAATTCGGTATTTAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------C------CCA-GTGACCTC----AATGTTTGATACATG-TTATTA-----TTTTA----CATGTTATTATTGGT
gi|10 : T--AAAATATATAACCAATATCTT-AAATAT-AAT---------------------------TTCCAGTTTTACATTT-GCGCATGATA--TTATTTTGTGACCT-TTAGCTTTTTAATTCCGTCAAACTAGATGTATACCTGATATTTGCATCATAACAACAGAAAATGTTGTGCTTAAG-
gi|10 : GA-------C------CCA-ATGACTTCTGTAAATGAGTAATTTATG-TTATTA-----TTTTATACTCATGCCATTGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgacccaatgacttctgtaaatgagtaatttatgttattattttatactcatgccattggtaat
gi|11 : taaaatatataaccaatatcttaaatataatttccagttttacatttgcgcatgatattattttgtgacctttagctttttaattccgtcaaactagatgtatacctgatatttgcatcataacaacagaaaatgttgtgcttaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccttt-TGTGTGTTTTATGACATTAGACA---------CA------T-TATT--TT-ATCA-TACGCAATTGGTAGCAAAAGCCTTGTGCC-AA---A-----ATCAG---TTAAA--ACTTGTCATATTTTGAGCAA----CGTCTTCAACATTGCACTAGTTTACCTTTGA--CAATGGGATTTCAATGAATAACATATATTGTCTTTCTATGCCCGTTACAATGTCAATTGGAAATAAA---AA-A--AAATCCG----ATGTT------AAATACATAATAAACATA---AAATATGAATGTTGCTGGTT--T--A---TGCCTC--TTCCGAC-TGACAATCAACACACGGCG--CCCTTTTGTGATCT-TTGaat
gi|12 : GTATTTTCATCATGACAACAGACTATGTTGTGCTTAA
gi|12 : acatgaaGA-------C------CC--------------AATAAATAATACATG-TTATTG-----TTTTAAACTCATGannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgacccaataaataatacatgttattgttttaaactcatgttttt
gi|13 : acatgaagtattttcatcatgacaacagactatgttgtgcttaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttGATGTATACCTGGTATTTGCATCATAACAACAGAAAATGTTGTGCTTAAG-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGACCCTTGAC------CCA-ATGACCT-----AATGAATAATACATG-CTTTTttttt
gi|14 : TATTTTTAGCAAT-TCCTACCTCAACATATTATTAGTTTGCCTGTGACACAAT--GGCCTTA-------------A---TCATTGTAAGC--------ATAT---TAAAAGATATATg
gi|15 : GA-------C------TCA-ATGACCTC----AGTAAATAAAACATG-TCATTA-----TTTTATACTCATGCCATCGGT
gi|16 : ctttGA-------C------CTA-ATGACCTC----AATAAATAATACATT-TAATTA-----TTTTATACGCATATCAGTGGTaat
gi|17 : atttATATATTTAA-ATTGATTCAGT--TATGTTGGT--AGAATATATAACAAACATCCT-AAATATGAA
gi|18 : TAGATGTTTACCTGATATTTGCATTAGAGCAAAAGAAAATGTTGTTCT
gi|2 : TGTTCAGTACTGAAAGTTTTTTTATTTTTCAAATCTAATTATTCTATA-CAAAAAGTGGCCCAGAGCTATATTTCAAAT-ACT---TTCTTAATTCA-GTGCTTT----TTTAG-CTAAA-------GAGGTCACAATGACATGGC---CAAT-ATTATATTATAATT-TATGCTAATGATATATTGATTAACAACCATATTT--AACAT---TATCAAAACAAATCAGACTCAATGTTAAATATGAG--TTCTCAATAGATTTGTCGAA-CATCAGGTAGT--TTTATATCACAAATCATATTGCTACCAACCTGATTATACAAAGATTTCGAAAACAAGGGCATTCAATGTGCTAAGCA-------------TTT-------------AGTGGT-------------------GAAGCTCAAC----TG--ATATTAT--GATAAA---T-A-TGTCATACATGTATGTATTGTCTTAATATCCCCTACATGTGTAGAAGCATTACCTCT-A-AACATTTGTCTACATATAGCACATCTATAAAATTACCTGAAGCTGTATTTTGTACAAAATACGGAAGAAAAGCATGT-AAGGTCGA-------------A------TA-TATATATAAATATG---------AACAAAATA--TACTGCAAATC---TT-TGTGTGTTTGATGACATTTAACAAACATTTCACATTTATTT-TATT--TTAATCAATATCCTAT----AATAAT--------GCA-GA---A-----A--AA---T--AAGAATATGACATATTTTGAAATAT-TCCTTCCTCCATATTTTACTAGTTGACCTTCGACCCAAT--TACTTTAACTAATGAAACATA---TCATTCAAATC--------ATAT---TTAAATATATATTTAA-ATTGAATCAGT--TATGTTGGT--AAAATATATAACAAACATCTT-AAATATGAATATTGTTATATCAT--ATATTATATCAGTTCTTGCTTAACAGTTTACGCATGATA--CTATTTGGTGACCT-TTGTCCTGTTAAGTCCATCAAACAAGATGTATACCTAGTATTTGCATTATAACAACAGAAAAGGTTGTGCTTAAG-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------CCTTTGACCAAATGACCTC----AATGCATTATACATG-TTATTA-----TTTTATACACATACCATTGga
gi|3 : -TATGCTTATTATATATTGATTGATAATCATATTTT-ACGATC----GCAATACAAATCAGACTCTATGTTAAATATGAGAGTTCTCATCAAATTTGCCAAA-CATCAGGTAATATTTTATACTACATATCGTAATGCTACCAATCTGATTATACAAAGATTTCGTGGACCAGAACATTTAATGTACCATGCGGTTTGTGGTGAAGCTT-------------AACTGT-------------TATTGTGATACACTGC----TGTAATGCTATTGGGTAAACTCT-A-TGTCATA------TTAATTGTCTTAATATCTCCTACATGTGCAGAAGCATAACCTCTAA-A-GTTTTA-CTACATACGGCACATCTATTAAATTAAATACAGCTGCATTTTGTACAAA-TACTGAACAAATGCATGTCAAGGTTAAGTTAATTCCAACTACATGTATA-TATATATTAATATACCCATTAATAACAATATA--TACAGTAAATC---TG-TGTGTGTATGATAACATAAAGCAAACATTTCGCC------T-TATT--TTGATTAATATCCTAT----AATAAG--------GCT-AA---AAAAACT--AA---TAAAAGAATTCAACATATTTTGAACAAT-TTCCTCCTCAAT-TTTCACTAGTTGCCCTTTTACCCAAT--GACCTTAATGAAT-------------ATT-TAA-C--------ACAT---TCAACGATATATTTActaa
gi|3 : gtatgatgattggggtggagggatCTAGATGCGTACCTCATATTTGCATCGTAACAACATCAAATGTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctagatgcgtacctcatatttgcatcgtaacaacatcaaatgttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgacccaataacctcaatctataatacattattaataatttttatacacatgccagtggtaat
gi|3 : gtatgatgattggggtggagggattatgcttattatatattgattgataatcatattttacgatcgcaatacaaatcagactctatgttaaatatgagagttctcatcaaatttgccaaacatcaggtaatattttatactacatatcgtaatgctaccaatctgattatacaaagatttcgtggaccagaacatttaatgtaccatgcggtttgtggtgaagcttaactgttattgtgatacactgctgtaatgctattgggtaaactctatgtcatattaattgtcttaatatctcctacatgtgcagaagcataacctctaaagttttactacatacggcacatctattaaattaaatacagctgcattttgtacaaatactgaacaaatgcatgtcaaggttaagttaattccaactacatgtatatatatattaatatacccattaataacaatatatacagtaaatctgtgtgtgtatgataacataaagcaaacatttcgccttattttgattaatatcctataataaggctaaaaaaactaataaaagaattcaacatattttgaacaatttcctcctcaattttcactagttgcccttttacccaatgaccttaatgaatatttaacacattcaacgatatatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGA-------C------CCA-ATAACCTC----AATCTATAATACA---TTATTAATAATTTTTATACACATGCCAGTGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgacccaataacctcaatctataatacattattaataatttttatacacatgccagtggtaat
gi|4 : gtatgatgattggggtggagggattatgcttattatatattgattgataatcatattttacgatcgcaatacaaatcagactctatgttaaatatgagagttctcatcaaatttgccaaacatcaggtaatattttatactacatatcgtaatgctaccaatctgattatacaaagatttcgtggaccagaacatttaatgtaccatgcggtttgtggtgaagcttaactgttattgtgatacactgctgtaatgctattgggtaaactctatgtcatattaattgtcttaatatctcctacatgtgcagaagcataacctctaaagttttactacatacggcacatctattaaattaaatacagctgcattttgtacaaatactgaacaaatgcatgtcaaggttaagttaattccaactacatgtatatatatattaatatacccattaataacaatatatacagtaaatctgtgtgtgtatgataacataaagcaaacatttcgccttattttgattaatatcctataataaggctaaaaaaactaataaaagaattcaacatattttgaacaatttcctcctcaattttcactagttgcccttttacccaatgaccttaatgaatatttaacacattcaacgatatatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctagatgcgtacctcatatttgcatcgtaacaacatcaaatgttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttTTC--GCCATCTC----AATACAAGTCAGACTCAATGTTAAATATGAGAGTTCTCATTAG-TTTGTCAAAATATCAGGTAGT--TTTATA------------TTGCTACCAACCGTATTATACAAAGATTTCGAGGACCAGGACATTAAATATGCTAGGCA-------------TTT-------------AGTGGTGAAGCTTAACTGTTATTGTGATATACTGC----TGTAATGCCATTGTATAAAC-CTTG-TGTCCTA------TTTATTGTCTTAATATTCCCTACATGTGTAAAAGCATGACCTATAA-AAACGTTG-CTTCCTACAGCACATCTATTAAATTACATGCAGCTGCATTTTGTACAAAATACTGAAGAATGGCATGA-AAGGTCAAGTTCA----AA--A--------------ATTAATATACTCATAAATAACAAAATA--TACAGTAAAT-------TGTGCATTTGATGGCATT------ACATTTAACA------T-TATA--TTGATAAATACGCTAT----AATATA--------GCT-AA---AAAT--T--AA---TAAACGGATTTGAAATATTTTTAACAAT-TTCCTCCTCAAAATGTTACTAGTTGACCTTTGACCCAAT--GACCTTAATGAATGACATATA---TCATTTAAAGC--------AAAT---TTAAAGATATATTTAA-AATGAATCAGT--TCTGTAGAT---AAATATATAACA---ATC-------ATGAATATTGTTATTTCAT--A---TATATCAGTTCCAGCTAAACATTTTGCGTATACTA--CTATT-------------------------CGTCAAGCTTGATATATACCTGGTATTTGCATTATAACAAAAGAAAATGTTGTGTTTAAaat
gi|4 : gtgtgtggtagggtggagggggcgattggtaaatctcattcgggaaactgatGA-------C------CAT-ATGACCTC----AATGAATAATACATG-TTATTA-----TTCTATACGCATGCCATTTGTannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgaccatatgacctcaatgaataatacatgttattattctatacgcatgccatttgta
gi|5 : gtgtgtggtagggtggagggggcgattggtaaatctcattcgggaaactgatttcgccatctcaatacaagtcagactcaatgttaaatatgagagttctcattagtttgtcaaaatatcaggtagttttatattgctaccaaccgtattatacaaagatttcgaggaccaggacattaaatatgctaggcatttagtggtgaagcttaactgttattgtgatatactgctgtaatgccattgtataaaccttgtgtcctatttattgtcttaatattccctacatgtgtaaaagcatgacctataaaaacgttgcttcctacagcacatctattaaattacatgcagctgcattttgtacaaaatactgaagaatggcatgaaaggtcaagttcaaaaattaatatactcataaataacaaaatatacagtaaattgtgcatttgatggcattacatttaacattatattgataaatacgctataatatagctaaaaattaataaacggatttgaaatatttttaacaatttcctcctcaaaatgttactagttgacctttgacccaatgaccttaatgaatgacatatatcatttaaagcaaatttaaagatatatttaaaatgaatcagttctgtagataaatatataacaatcatgaatattgttatttcatatatatcagttccagctaaacattttgcgtatactactattcgtcaagcttgatatatacctggtatttgcattataacaaaagaaaatgttgtgtttaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttGGCATTTAATG-GT--GAAG-------------TTT-------------AACTGT-------------TATTGTGATACACTGC----TGTAATGCCATTGGACAAAA-CT-AATGTCATA------TTTATTGTCTTAATGTACCCTACATGTATAGAAGCAATACCTGTAACAAAGTTTG-CTCCATACTGCACAATTATTACATAACAAACAGCTGAATTT-GTACAAAATTCGGATGAAAGGTAAGT-AAGGTCAAGTTCATTCCAACTA------TG-AATATATCAAAATACCCATCAATAACAAAAAA--CACAGCAAATCAATCGTTGTTTGTATGATGACATTGAGCAAGCATTTCAC----------------------ATATCCTTT----TATAAA--------GCT-AACATA-----T--AT---TAAAAGAATATGAAATATTTTAAAAATT-TCCCTCCTCAATATTCTTCTAGTTGACATTTGACCCAAT--GATTTTAATGAATAATACATA---TTATTTTAAGC--------ATAT---TTAAAGATATATTTAA-ATTGAATCAGT--TCAGTTGGTAAAAAAAATATAGCAAACATCTTAAAATATGAACATTGTTATTTCATAGA---TATATCAGTTCCATCTTTACATGTTGCACATGATATCCTATATGGTA------TGACCTTTTAAATCCGTCAAACTAGA--------TGGTATTTG---CATAATACCAGAAAATGTTGTGTTTAAG-a
gi|5 : cactaagggtgccacataGA-------C------CCA--TAACCTT----AATGAATAATATATGTTTGTTT-----TTGTATACACATGCTATTGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatttgacccataaccttaatgaataatatatgtttgtttttgtatacacatgctattggtaattt
gi|6 : cactaagggtgccacataggcatttaatggtgaagtttaactgttattgtgatacactgctgtaatgccattggacaaaactaatgtcatatttattgtcttaatgtaccctacatgtatagaagcaatacctgtaacaaagtttgctccatactgcacaattattacataacaaacagctgaatttgtacaaaattcggatgaaaggtaagtaaggtcaagttcattccaactatgaatatatcaaaatacccatcaataacaaaaaacacagcaaatcaatcgttgtttgtatgatgacattgagcaagcatttcacatatccttttataaagctaacatatattaaaagaatatgaaatattttaaaaatttccctcctcaatattcttctagttgacatttgacccaatgattttaatgaataatacatattattttaagcatatttaaagatatatttaaattgaatcagttcagttggtaaaaaaaatatagcaaacatcttaaaatatgaacattgttatttcatagatatatcagttccatctttacatgttgcacatgatatcctatatggtatgaccttttaaatccgtcaaactagatggtatttgcataataccagaaaatgttgtgtttaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacattt------TTTATTGTCTTAATATCCCCTACATTTGAAGAAGCATAACCTCTAA-AATATT-G-ATACATACAGTACATCTATGATATTACAT----------TTTGTACAAAATACCGAAGAAAGGCATGT-AAGGTCAAGTTCATTCAAACTA------TG-TAGATATTAATATACCCATCAATAACACAGTA--TACAGTTTATT---TG-TGTTTTTATGATGACATGAAGCAA--------------------------GATTAGTATTCCAT----TAAAAA--------GCT-AA---A-----G--CA---TTAGAAAAAAGGACATATTTTGAAAAAA-TACTTCCGCAATATTTTACTGGTTGATCTCTGACCCAGT--TACCTTAAAGAATGATACACA---TCATTCCATAC--------ACAT---TCAAAGATATATTTAAAAAGGAATAAGTTTTATNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATCATAACAACAGAACA---TGTGCTTAAG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------C------CCA-ATGACCTC----AATGAATAATACATG-TTATAA-----TTTTATACTCATGCAATTGaattt
gi|7 : -------------AGCTGT-------------TATTGCAATACACTGCCATTTATAATGCCATTGGACAAAC-CT---TGTCATT------TTTATTGTCTTAATATCCCCTACATGTGTAGAAGCATTACCTCTAA-AAATATTG-CTACATACAGCACATCTTTTAAATTAAATGCAGCTACATTTTGTACAAAATACGGAAGAAATACAT--------CAAGGTCATTCCAACTA------TG-TATATATTAATATACCCATCAATAACAAAATA--TACAGCAAATC---TT-TGTGTTTAAGATGGCATTAAACAAACATTTCACA------T-TATT--TTGATTAGTATCCTGT----AATAAA--------GCT-AA---A-----A--AATATTAAAAGAATATGACATATTTTGAAAAAT-TCCCTCTTCAGTATTTTACTAGTTGACCTTTGATCCAAT--GACCTTGATAAATGATACATA---TCATTCTAA-C--------ATAT---TTAAA-ATATAATTtta
gi|8 : catttagtggtgaTGTGCGAGGCG-------------TTTGTCAATACAGCCTAACAGT-------------TCTTGTGATACACTGT----TGTAATGTCACTGGACACAT-CTTA-TGTTGTT------GTTGT-GTCATACTATATACTACATGTGTAGAAGCGTGACCTCTAA-AGTGTCTG-GTATCTACACTACATCTATTAAATTAC-TGC---TGAA----G-ACAAGTCATTTA-------CATGT-AAGGTGAAGTTCATTCCAA-TA------CGTTATATATTTATATATACACGAGTAAAAAAAGAACTACAATGTCTC---TT-TGTGTATGTGATGAT-----ACATGTATATTACA------TATATTACTCG--CAAGTTCCAGT-----ATAAA--------GCTAAA---A-----C--AA---TTCACAATTATGACATATTTTGTACAATCTATTCCCTCAATATTTTACTAGATAACCTTCATCCCAAT--
gi|9 : ATAAGTAACATAACA--TACAGTAAGTA---TG-TGTGTTTATGGTGACAACAGACAATCATTTTACA------T-TATT--GTGATAAATATCCCAT----AATAAA--------GCC-AA---A--------------------ACATGACATATTTTGAACAAT-TTCCTCTTCAATATTTTACTAGTTTACCGTTGACCTTTT--GACTTTTACCGTTGA----------CCTTTTGACC--------TTAA---TGGATGATACATATCA-TTTTAACCACA--TAT--------AAAAT-TATA--------CTT-AAA-----ATTCTGTCGGTAAAT--A---TATATAA----CA----AACATATTGT---TGATG--TTATTCGGTGACCT-TTGGC-TTTTAAGTCCATCAAGTTAGATGTATACCTGGTATTTGTATCATAGCAAGAGATAATGTTGGGATTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 1 1 1 222 1 1 2222 1 33333333 1 222 1 1 33333333333333 1 111111 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 111 111111 111111111 1111111 1111111 11111111 2222222222222 11111111 111111111 11111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111 11111
lowQualScore : 4444 1 5 5 22 1 5 000 5 1 5 1 4444 5 44444444 5 111 5 1 1 3 7 1 6 55555555555555 0 3 3 111111 33 66 3 0 1 5 1111111111111111111111111111111111111111111111111 2222 88 777 444444 1 1 5 22 5 0 222 1 0 0 0 2 3 1 5 0 2 5 555555555 2 66 3333333 0 0 3 44 0 2222222 4 55 3 99999 44444444 4 777 7777777777777 6 0 3 1 55 5 0 6 0 777 3 6 44444444 777 1 5 33 777 0 666 0 0 666 0 3 1 333333333 55 4 1 0 1 1 66 11 11111 1 4 2 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222 3 7777 3 00000 2
lowQualScore : .... . . . .. . . ... . . . . .... . ........ . ... . . . . . . . .............. . . . ...... .. .. . . . . ................................................. .... .. ... ...... . . . .. . . ... . . . . . . . . . . . ......... . .. ....... . . . .. . ....... . .. . ..... ........ . ... ............. . . . . .. . . . . ... . . ........ ... . . .. ... . ... . . ... . . . ......... .. . . . . . .. .. ..... . . . . ...................................................................................................................... .............. . .... . ..... .
lowQualScore : 5555 0 5 0 00 0 5 555 5 0 5 0 0000 5 00000000 5 555 5 0 0 3 3 0 7 00000000000000 8 2 2 000000 88 88 5 2 4 7 2222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 77 333 444444 4 0 0 00 0 1 999 4 1 1 4 5 6 4 0 1 5 6 555555555 9 11 8888888 7 3 9 88 7 2222222 0 55 9 66666 55555555 0 000 7777777777777 1 7 6 2 00 5 7 3 7 000 9 6 55555555 000 6 0 99 222 8 333 2 3 666 2 5 2 222222222 22 8 4 6 6 6 99 00 22222 0 6 9 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33333333333333 6 7777 6 00000 4
consensus : TGTTCAGTGCTGAGAGTTTTTTTATTTTTCNAACCTAATTATTCTATAACAAAGAGTGGCCCAGNNCTATATCTCANATTACTGCATTCTTGNTTCAAGTGNTTTAACTTTTAGTCCGANTTGTTTTGAGGTCGCAATGACATGGCTATCAATTANTATATCATAANC-TATGCTTATNATATATTGATTGACAATCATATTT--ACCATCTCTAGCAATACAAATCAGACTCAATGTTAAATATGAGAGTTCTCATTAGATTTGCCGAA-CATCAGGTAGT--TTTATACCACAAATCGTATTGCTACCAACCTGATTATACAAAGATTTCGAGGACCAGGACATTCAATGTGCTAGGCG-------------TTT-------------AGCGGT-------------TATTGTGATACACTGC----TGTAATGCCATTGGACAAAC-CT-A-TGTCATA------TTTATTGTCTTAATATCCCCTACATGTGTAGAAGCATNACCTCTAA-AANNTTTG-CTACATACAGCACATCTATTAAATTACATGCAGCTGCATTTTGTACAAAATACGGAAGAAAGGCATGT-AAGGTCAAGTTCATTCCAACTA------TG-TATATATTAATATACCCATCAATAACAAAATA--TACAGCAAATC---TG-TGTGTGTATGATGACATTAAACAAACATTTCACA------T-TATT--TTGATCAATATCCTAT----AATAAA--------GCT-AA---A-----N--AA---TAAAAGAATATGACATATTTTGAACAAT-TCCCTCCTCAATATTTTACTAGTTGACCTTTGACCCAAT--GACCTTAACGAATGATACATA---TCATTCTAAGC--------ATAT---TTAAAGATATATTTAA-ATTGAATCAGT--TATGTTGGT--AAAATATATAACAAACATCTT-AAATATGAATATTGTTATTTCAT--A---TATATCAGTTCCAGCTTAACATTTTGCGCATGATA--CTATTTGGTGACCT-TTGGCCTTTTAAGTCCGTCAAACTAGATGTATACCTGGTATTTGCATCATAACAACAGAAAATGTTGTGCTTAAG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-------C------CCA-ATGACCTC----AATGAATAATACATG-TTATTA-----TTTTATACNCATGCCATTGGTGGT
Reference ( family-1499 ) : TGTTCAGTGCTGAGAGTTTTTTTATTTTTCNAACCTAATTATTCTATAACAAAGAGTGGCCCAGNNCTATATCTCANATTACTGCATTCTTGNTTCAAGTGNTTTAACTTTTAGTCCGANTTGTTTTGAGGTCGCAATGACATGGCTATCAATTANTATATCATAANC-TATGCTTATNATATATTGATTGACAATCATATTT--ACCATCTCTAGCAANACAAATCAGACTCAATGTTAAATATGAGAGTTCTCATTAGATTTGCCGAA-CATCAGGTAGT--TTTATACCACAAATCGTATTGCTACCAACCTGATTATACAAAGATTTCGAGGACCAGGACATTCAATGTGCTAGGCG-------------TTT-------------AGCGGT-------------TATTGTGATACACTGC----TGTAATGCCATTGGACAAAC-CT-A-TGTCATA------TTTATTGTCTTAATATCCCCTACATGTGTAGAAGCATNACCTCTAA-AANNTTTG-CTACATACAGCACATCTATTAAATTACATGCAGCTGCATTTTGTACAAAATACGGAAGAAAGGCATGT-AAGGTCAAGTTCATTCCAACTA------TG-TATATATTAATATACCCATCAATAACAAAATA--TACAGCAAATC---TG-TGTGTGTATGATGACATTAAACAAACATTTCACA------T-TATT--TTGATCAATATCCTAT----AATAAA--------GCT-AA---A-----N--AA---TAAAAGAATATGACATATTTTGAACAAT-TCCCTCCTCAATATTTTACTAGTTGACCTTTGACCCAAT--GACCTTAACGAATGATACATA---TCATTCTAAGC--------ATAT---TTAAAGATATATTTAA-ATTGAATCAGT--TATGTTGGT--AAAATATATAACAAACATCTT-AAATATGAATATTGTTATTTCAT--A---TATATCAGTTCCAGCTTAACATTTTGCGCATGATA--CTATTTGGTGACCT-TTGGCCTTTTAAGTCCGTCAAACTAGATGTATACCTGGTATTTGCATCATAACAACAGAAAATGTTGTGCTTAAG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-------C------CCA-ATGACCTC----AATGAATAATACATG-TTATTA-----TTTTATACNCATGCCATTGGTGGT
gi|1 : TGTTCAGTGCTGAGAGTTT----ATTTTTCCAACCTAATTATTCTATAATAAAGAGTG-CTCAGCTCTATATCTTATATTATTGCATTCT-GCTTCAAGTAATTTAACTTTTAGTCCGATTTGTTTTGAGATTGTAA-AATATGATTATTAATTAATATATCATAAGCATA-ACTTATAATATAAT-ACGGTCAATGTCATTGGGACC-TCTCTAGCTA-ACAAATCAGACTCAATGTTAAATATGAGAGTTTTCATTAGATATGC------ATCAGGTAGT--TTTATACCACAAATCGTATTGCAAACAACCTGATTATATAAAGATTTCGAGAACCAGGACATTCAATGTTCTTATTA-------------CTT-------------ATTGGT-------------GATTGTGATACACTGC----TGTAATGCCATTGTACAAAC-CT-A-TGTTATA------TTAATTGTCTTAATATACCCTACATGTGTAGAAGCATAACCTCTAA-AAAATGTG-CTACATACATCACATCTATTAAATTACATG-AGCTGCATTTTGTACAAAATACGGATGAAAGGCTTGT-AAGGTTAAGGTCATCCAAACTA------TG-TATATATTAATGTACCCATCAATAACAAAATA--TACAGCAAATC----G-TGTTTGTACGATTACATTGAATAAACATTTCACA------T-TATT--TTGATTAATATCCTAT----AATAAA--------GCT-AA---A-----C--AA---TAAAAGAATATGACATATTTTGAACAAT-TCTCTCCTCAATATTTTACTATTTGATCTTTGACCCAAT--GACCTTAAAGAATGATACATA---TTATTTTAAGT--------ATAA---TTCAATATATATTTAA-ATATAATCATT--TATGTTGGT--AAAATACATAACAAATATCTT-AAATATGAATATTGTTATTTAAC--A---CATATCAGTTCCAATTTAACATTTTGCGCATGATA--CTATATGGTGA--TATTGGCCTTTT-AGTCCGTTAAACTAGATGTATACCTGGTATTTGCATCATAACAACAGAAAATTCGGTATTTAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------C------CCA-GTGACCTC----AATGTTTGATACATG-TTATTA-----TTTTA----CATGTTATTATTGGT
gi|10 : T--AAAATATATAACCAATATCTT-AAATAT-AAT---------------------------TTCCAGTTTTACATTT-GCGCATGATA--TTATTTTGTGACCT-TTAGCTTTTTAATTCCGTCAAACTAGATGTATACCTGATATTTGCATCATAACAACAGAAAATGTTGTGCTTAAG-
gi|10 : GA-------C------CCA-ATGACTTCTGTAAATGAGTAATTTATG-TTATTA-----TTTTATACTCATGCCATTGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgacccaatgacttctgtaaatgagtaatttatgttattattttatactcatgccattggtaat
gi|11 : taaaatatataaccaatatcttaaatataatttccagttttacatttgcgcatgatattattttgtgacctttagctttttaattccgtcaaactagatgtatacctgatatttgcatcataacaacagaaaatgttgtgcttaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccttt-TGTGTGTTTTATGACATTAGACA---------CA------T-TATT--TT-ATCA-TACGCAATTGGTAGCAAAAGCCTTGTGCC-AA---A-----ATCAG---TTAAA--ACTTGTCATATTTTGAGCAA----CGTCTTCAACATTGCACTAGTTTACCTTTGA--CAATGGGATTTCAATGAATAACATATATTGTCTTTCTATGCCCGTTACAATGTCAATTGGAAATAAA---AA-A--AAATCCG----ATGTT------AAATACATAATAAACATA---AAATATGAATGTTGCTGGTT--T--A---TGCCTC--TTCCGAC-TGACAATCAACACACGGCG--CCCTTTTGTGATCT-TTGaat
gi|12 : GTATTTTCATCATGACAACAGACTATGTTGTGCTTAA
gi|12 : acatgaaGA-------C------CC--------------AATAAATAATACATG-TTATTG-----TTTTAAACTCATGannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgacccaataaataatacatgttattgttttaaactcatgttttt
gi|13 : acatgaagtattttcatcatgacaacagactatgttgtgcttaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttGATGTATACCTGGTATTTGCATCATAACAACAGAAAATGTTGTGCTTAAG-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGACCCTTGAC------CCA-ATGACCT-----AATGAATAATACATG-CTTTTttttt
gi|14 : TATTTTTAGCAAT-TCCTACCTCAACATATTATTAGTTTGCCTGTGACACAAT--GGCCTTA-------------A---TCATTGTAAGC--------ATAT---TAAAAGATATATg
gi|15 : GA-------C------TCA-ATGACCTC----AGTAAATAAAACATG-TCATTA-----TTTTATACTCATGCCATCGGT
gi|16 : ctttGA-------C------CTA-ATGACCTC----AATAAATAATACATT-TAATTA-----TTTTATACGCATATCAGTGGTaat
gi|17 : atttATATATTTAA-ATTGATTCAGT--TATGTTGGT--AGAATATATAACAAACATCCT-AAATATGAA
gi|18 : TAGATGTTTACCTGATATTTGCATTAGAGCAAAAGAAAATGTTGTTCT
gi|2 : TGTTCAGTACTGAAAGTTTTTTTATTTTTCAAATCTAATTATTCTATA-CAAAAAGTGGCCCAGAGCTATATTTCAAAT-ACT---TTCTTAATTCA-GTGCTTT----TTTAG-CTAAA-------GAGGTCACAATGACATGGC---CAAT-ATTATATTATAATT-TATGCTAATGATATATTGATTAACAACCATATTT--AACAT---TATCAAAACAAATCAGACTCAATGTTAAATATGAG--TTCTCAATAGATTTGTCGAA-CATCAGGTAGT--TTTATATCACAAATCATATTGCTACCAACCTGATTATACAAAGATTTCGAAAACAAGGGCATTCAATGTGCTAAGCA-------------TTT-------------AGTGGT-------------------GAAGCTCAAC----TG--ATATTAT--GATAAA---T-A-TGTCATACATGTATGTATTGTCTTAATATCCCCTACATGTGTAGAAGCATTACCTCT-A-AACATTTGTCTACATATAGCACATCTATAAAATTACCTGAAGCTGTATTTTGTACAAAATACGGAAGAAAAGCATGT-AAGGTCGA-------------A------TA-TATATATAAATATG---------AACAAAATA--TACTGCAAATC---TT-TGTGTGTTTGATGACATTTAACAAACATTTCACATTTATTT-TATT--TTAATCAATATCCTAT----AATAAT--------GCA-GA---A-----A--AA---T--AAGAATATGACATATTTTGAAATAT-TCCTTCCTCCATATTTTACTAGTTGACCTTCGACCCAAT--TACTTTAACTAATGAAACATA---TCATTCAAATC--------ATAT---TTAAATATATATTTAA-ATTGAATCAGT--TATGTTGGT--AAAATATATAACAAACATCTT-AAATATGAATATTGTTATATCAT--ATATTATATCAGTTCTTGCTTAACAGTTTACGCATGATA--CTATTTGGTGACCT-TTGTCCTGTTAAGTCCATCAAACAAGATGTATACCTAGTATTTGCATTATAACAACAGAAAAGGTTGTGCTTAAG-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------CCTTTGACCAAATGACCTC----AATGCATTATACATG-TTATTA-----TTTTATACACATACCATTGga
gi|3 : -TATGCTTATTATATATTGATTGATAATCATATTTT-ACGATC----GCAATACAAATCAGACTCTATGTTAAATATGAGAGTTCTCATCAAATTTGCCAAA-CATCAGGTAATATTTTATACTACATATCGTAATGCTACCAATCTGATTATACAAAGATTTCGTGGACCAGAACATTTAATGTACCATGCGGTTTGTGGTGAAGCTT-------------AACTGT-------------TATTGTGATACACTGC----TGTAATGCTATTGGGTAAACTCT-A-TGTCATA------TTAATTGTCTTAATATCTCCTACATGTGCAGAAGCATAACCTCTAA-A-GTTTTA-CTACATACGGCACATCTATTAAATTAAATACAGCTGCATTTTGTACAAA-TACTGAACAAATGCATGTCAAGGTTAAGTTAATTCCAACTACATGTATA-TATATATTAATATACCCATTAATAACAATATA--TACAGTAAATC---TG-TGTGTGTATGATAACATAAAGCAAACATTTCGCC------T-TATT--TTGATTAATATCCTAT----AATAAG--------GCT-AA---AAAAACT--AA---TAAAAGAATTCAACATATTTTGAACAAT-TTCCTCCTCAAT-TTTCACTAGTTGCCCTTTTACCCAAT--GACCTTAATGAAT-------------ATT-TAA-C--------ACAT---TCAACGATATATTTActaa
gi|3 : gtatgatgattggggtggagggatCTAGATGCGTACCTCATATTTGCATCGTAACAACATCAAATGTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctagatgcgtacctcatatttgcatcgtaacaacatcaaatgttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgacccaataacctcaatctataatacattattaataatttttatacacatgccagtggtaat
gi|3 : gtatgatgattggggtggagggattatgcttattatatattgattgataatcatattttacgatcgcaatacaaatcagactctatgttaaatatgagagttctcatcaaatttgccaaacatcaggtaatattttatactacatatcgtaatgctaccaatctgattatacaaagatttcgtggaccagaacatttaatgtaccatgcggtttgtggtgaagcttaactgttattgtgatacactgctgtaatgctattgggtaaactctatgtcatattaattgtcttaatatctcctacatgtgcagaagcataacctctaaagttttactacatacggcacatctattaaattaaatacagctgcattttgtacaaatactgaacaaatgcatgtcaaggttaagttaattccaactacatgtatatatatattaatatacccattaataacaatatatacagtaaatctgtgtgtgtatgataacataaagcaaacatttcgccttattttgattaatatcctataataaggctaaaaaaactaataaaagaattcaacatattttgaacaatttcctcctcaattttcactagttgcccttttacccaatgaccttaatgaatatttaacacattcaacgatatatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGA-------C------CCA-ATAACCTC----AATCTATAATACA---TTATTAATAATTTTTATACACATGCCAGTGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgacccaataacctcaatctataatacattattaataatttttatacacatgccagtggtaat
gi|4 : gtatgatgattggggtggagggattatgcttattatatattgattgataatcatattttacgatcgcaatacaaatcagactctatgttaaatatgagagttctcatcaaatttgccaaacatcaggtaatattttatactacatatcgtaatgctaccaatctgattatacaaagatttcgtggaccagaacatttaatgtaccatgcggtttgtggtgaagcttaactgttattgtgatacactgctgtaatgctattgggtaaactctatgtcatattaattgtcttaatatctcctacatgtgcagaagcataacctctaaagttttactacatacggcacatctattaaattaaatacagctgcattttgtacaaatactgaacaaatgcatgtcaaggttaagttaattccaactacatgtatatatatattaatatacccattaataacaatatatacagtaaatctgtgtgtgtatgataacataaagcaaacatttcgccttattttgattaatatcctataataaggctaaaaaaactaataaaagaattcaacatattttgaacaatttcctcctcaattttcactagttgcccttttacccaatgaccttaatgaatatttaacacattcaacgatatatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctagatgcgtacctcatatttgcatcgtaacaacatcaaatgttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttTTC--GCCATCTC----AATACAAGTCAGACTCAATGTTAAATATGAGAGTTCTCATTAG-TTTGTCAAAATATCAGGTAGT--TTTATA------------TTGCTACCAACCGTATTATACAAAGATTTCGAGGACCAGGACATTAAATATGCTAGGCA-------------TTT-------------AGTGGTGAAGCTTAACTGTTATTGTGATATACTGC----TGTAATGCCATTGTATAAAC-CTTG-TGTCCTA------TTTATTGTCTTAATATTCCCTACATGTGTAAAAGCATGACCTATAA-AAACGTTG-CTTCCTACAGCACATCTATTAAATTACATGCAGCTGCATTTTGTACAAAATACTGAAGAATGGCATGA-AAGGTCAAGTTCA----AA--A--------------ATTAATATACTCATAAATAACAAAATA--TACAGTAAAT-------TGTGCATTTGATGGCATT------ACATTTAACA------T-TATA--TTGATAAATACGCTAT----AATATA--------GCT-AA---AAAT--T--AA---TAAACGGATTTGAAATATTTTTAACAAT-TTCCTCCTCAAAATGTTACTAGTTGACCTTTGACCCAAT--GACCTTAATGAATGACATATA---TCATTTAAAGC--------AAAT---TTAAAGATATATTTAA-AATGAATCAGT--TCTGTAGAT---AAATATATAACA---ATC-------ATGAATATTGTTATTTCAT--A---TATATCAGTTCCAGCTAAACATTTTGCGTATACTA--CTATT-------------------------CGTCAAGCTTGATATATACCTGGTATTTGCATTATAACAAAAGAAAATGTTGTGTTTAAaat
gi|4 : gtgtgtggtagggtggagggggcgattggtaaatctcattcgggaaactgatGA-------C------CAT-ATGACCTC----AATGAATAATACATG-TTATTA-----TTCTATACGCATGCCATTTGTannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgaccatatgacctcaatgaataatacatgttattattctatacgcatgccatttgta
gi|5 : gtgtgtggtagggtggagggggcgattggtaaatctcattcgggaaactgatttcgccatctcaatacaagtcagactcaatgttaaatatgagagttctcattagtttgtcaaaatatcaggtagttttatattgctaccaaccgtattatacaaagatttcgaggaccaggacattaaatatgctaggcatttagtggtgaagcttaactgttattgtgatatactgctgtaatgccattgtataaaccttgtgtcctatttattgtcttaatattccctacatgtgtaaaagcatgacctataaaaacgttgcttcctacagcacatctattaaattacatgcagctgcattttgtacaaaatactgaagaatggcatgaaaggtcaagttcaaaaattaatatactcataaataacaaaatatacagtaaattgtgcatttgatggcattacatttaacattatattgataaatacgctataatatagctaaaaattaataaacggatttgaaatatttttaacaatttcctcctcaaaatgttactagttgacctttgacccaatgaccttaatgaatgacatatatcatttaaagcaaatttaaagatatatttaaaatgaatcagttctgtagataaatatataacaatcatgaatattgttatttcatatatatcagttccagctaaacattttgcgtatactactattcgtcaagcttgatatatacctggtatttgcattataacaaaagaaaatgttgtgtttaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttGGCATTTAATG-GT--GAAG-------------TTT-------------AACTGT-------------TATTGTGATACACTGC----TGTAATGCCATTGGACAAAA-CT-AATGTCATA------TTTATTGTCTTAATGTACCCTACATGTATAGAAGCAATACCTGTAACAAAGTTTG-CTCCATACTGCACAATTATTACATAACAAACAGCTGAATTT-GTACAAAATTCGGATGAAAGGTAAGT-AAGGTCAAGTTCATTCCAACTA------TG-AATATATCAAAATACCCATCAATAACAAAAAA--CACAGCAAATCAATCGTTGTTTGTATGATGACATTGAGCAAGCATTTCAC----------------------ATATCCTTT----TATAAA--------GCT-AACATA-----T--AT---TAAAAGAATATGAAATATTTTAAAAATT-TCCCTCCTCAATATTCTTCTAGTTGACATTTGACCCAAT--GATTTTAATGAATAATACATA---TTATTTTAAGC--------ATAT---TTAAAGATATATTTAA-ATTGAATCAGT--TCAGTTGGTAAAAAAAATATAGCAAACATCTTAAAATATGAACATTGTTATTTCATAGA---TATATCAGTTCCATCTTTACATGTTGCACATGATATCCTATATGGTA------TGACCTTTTAAATCCGTCAAACTAGA--------TGGTATTTG---CATAATACCAGAAAATGTTGTGTTTAAG-a
gi|5 : cactaagggtgccacataGA-------C------CCA--TAACCTT----AATGAATAATATATGTTTGTTT-----TTGTATACACATGCTATTGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatttgacccataaccttaatgaataatatatgtttgtttttgtatacacatgctattggtaattt
gi|6 : cactaagggtgccacataggcatttaatggtgaagtttaactgttattgtgatacactgctgtaatgccattggacaaaactaatgtcatatttattgtcttaatgtaccctacatgtatagaagcaatacctgtaacaaagtttgctccatactgcacaattattacataacaaacagctgaatttgtacaaaattcggatgaaaggtaagtaaggtcaagttcattccaactatgaatatatcaaaatacccatcaataacaaaaaacacagcaaatcaatcgttgtttgtatgatgacattgagcaagcatttcacatatccttttataaagctaacatatattaaaagaatatgaaatattttaaaaatttccctcctcaatattcttctagttgacatttgacccaatgattttaatgaataatacatattattttaagcatatttaaagatatatttaaattgaatcagttcagttggtaaaaaaaatatagcaaacatcttaaaatatgaacattgttatttcatagatatatcagttccatctttacatgttgcacatgatatcctatatggtatgaccttttaaatccgtcaaactagatggtatttgcataataccagaaaatgttgtgtttaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacattt------TTTATTGTCTTAATATCCCCTACATTTGAAGAAGCATAACCTCTAA-AATATT-G-ATACATACAGTACATCTATGATATTACAT----------TTTGTACAAAATACCGAAGAAAGGCATGT-AAGGTCAAGTTCATTCAAACTA------TG-TAGATATTAATATACCCATCAATAACACAGTA--TACAGTTTATT---TG-TGTTTTTATGATGACATGAAGCAA--------------------------GATTAGTATTCCAT----TAAAAA--------GCT-AA---A-----G--CA---TTAGAAAAAAGGACATATTTTGAAAAAA-TACTTCCGCAATATTTTACTGGTTGATCTCTGACCCAGT--TACCTTAAAGAATGATACACA---TCATTCCATAC--------ACAT---TCAAAGATATATTTAAAAAGGAATAAGTTTTATNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATCATAACAACAGAACA---TGTGCTTAAG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------C------CCA-ATGACCTC----AATGAATAATACATG-TTATAA-----TTTTATACTCATGCAATTGaattt
gi|7 : -------------AGCTGT-------------TATTGCAATACACTGCCATTTATAATGCCATTGGACAAAC-CT---TGTCATT------TTTATTGTCTTAATATCCCCTACATGTGTAGAAGCATTACCTCTAA-AAATATTG-CTACATACAGCACATCTTTTAAATTAAATGCAGCTACATTTTGTACAAAATACGGAAGAAATACAT--------CAAGGTCATTCCAACTA------TG-TATATATTAATATACCCATCAATAACAAAATA--TACAGCAAATC---TT-TGTGTTTAAGATGGCATTAAACAAACATTTCACA------T-TATT--TTGATTAGTATCCTGT----AATAAA--------GCT-AA---A-----A--AATATTAAAAGAATATGACATATTTTGAAAAAT-TCCCTCTTCAGTATTTTACTAGTTGACCTTTGATCCAAT--GACCTTGATAAATGATACATA---TCATTCTAA-C--------ATAT---TTAAA-ATATAATTtta
gi|8 : catttagtggtgaTGTGCGAGGCG-------------TTTGTCAATACAGCCTAACAGT-------------TCTTGTGATACACTGT----TGTAATGTCACTGGACACAT-CTTA-TGTTGTT------GTTGT-GTCATACTATATACTACATGTGTAGAAGCGTGACCTCTAA-AGTGTCTG-GTATCTACACTACATCTATTAAATTAC-TGC---TGAA----G-ACAAGTCATTTA-------CATGT-AAGGTGAAGTTCATTCCAA-TA------CGTTATATATTTATATATACACGAGTAAAAAAAGAACTACAATGTCTC---TT-TGTGTATGTGATGAT-----ACATGTATATTACA------TATATTACTCG--CAAGTTCCAGT-----ATAAA--------GCTAAA---A-----C--AA---TTCACAATTATGACATATTTTGTACAATCTATTCCCTCAATATTTTACTAGATAACCTTCATCCCAAT--
gi|9 : ATAAGTAACATAACA--TACAGTAAGTA---TG-TGTGTTTATGGTGACAACAGACAATCATTTTACA------T-TATT--GTGATAAATATCCCAT----AATAAA--------GCC-AA---A--------------------ACATGACATATTTTGAACAAT-TTCCTCTTCAATATTTTACTAGTTTACCGTTGACCTTTT--GACTTTTACCGTTGA----------CCTTTTGACC--------TTAA---TGGATGATACATATCA-TTTTAACCACA--TAT--------AAAAT-TATA--------CTT-AAA-----ATTCTGTCGGTAAAT--A---TATATAA----CA----AACATATTGT---TGATG--TTATTCGGTGACCT-TTGGC-TTTTAAGTCCATCAAGTTAGATGTATACCTGGTATTTGTATCATAGCAAGAGATAATGTTGGGATTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 1 1 1 222 1 1 2222 1 33333333 1 222 1 1 33333333333333 111111 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 111 111111 111111111 1111111 1111111 11111111 2222222222222 11111111 111111111 11111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111 11111
lowQualScore : 4444 1 5 5 22 1 5 000 5 1 5 1 4444 5 44444444 5 111 5 1 1 3 7 1 6 55555555555555 9 3 3 111111 33 66 3 0 1 5 1111111111111111111111111111111111111111111111111 2222 88 777 444444 1 1 5 22 5 0 222 1 0 0 0 2 3 1 5 0 2 5 555555555 2 66 3333333 0 0 3 44 0 2222222 4 55 3 99999 44444444 4 777 7777777777777 6 0 3 1 55 5 0 6 0 777 3 6 44444444 777 1 5 33 777 0 666 0 0 666 0 3 1 333333333 55 4 1 0 1 1 66 11 11111 1 4 2 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222 3 7777 3 00000 2
lowQualScore : .... . . . .. . . ... . . . . .... . ........ . ... . . . . . . . .............. . . . ...... .. .. . . . . ................................................. .... .. ... ...... . . . .. . . ... . . . . . . . . . . . ......... . .. ....... . . . .. . ....... . .. . ..... ........ . ... ............. . . . . .. . . . . ... . . ........ ... . . .. ... . ... . . ... . . . ......... .. . . . . . .. .. ..... . . . . ...................................................................................................................... .............. . .... . ..... .
lowQualScore : 5555 0 5 0 00 0 5 555 5 0 5 0 0000 5 00000000 5 555 5 0 0 3 3 0 7 00000000000000 8 2 2 000000 88 88 5 2 4 7 2222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 77 333 444444 4 0 0 00 0 1 999 4 1 1 4 5 6 4 0 1 5 6 555555555 9 11 8888888 7 3 9 88 7 2222222 0 55 9 66666 55555555 0 000 7777777777777 1 7 6 2 00 5 7 3 7 000 9 6 55555555 000 6 0 99 222 8 333 2 3 666 2 5 2 222222222 22 8 4 6 6 6 99 00 22222 0 6 9 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33333333333333 6 7777 6 00000 4
consensus : TGTTCAGTGCTGAGAGTTTTTTTATTTTTCNAACCTAATTATTCTATAACAAAGAGTGGCCCAGNNCTATATCTCANATTACTGCATTCTTGNTTCAAGTGNTTTAACTTTTAGTCCGANTTGTTTTGAGGTCGCAATGACATGGCTATCAATTANTATATCATAANC-TATGCTTATNATATATTGATTGACAATCATATTT--ACCATCTCTAGCAATACAAATCAGACTCAATGTTAAATATGAGAGTTCTCATTAGATTTGCCGAA-CATCAGGTAGT--TTTATACCACAAATCGTATTGCTACCAACCTGATTATACAAAGATTTCGAGGACCAGGACATTCAATGTGCTAGGCG-------------TTT-------------AGCGGT-------------TATTGTGATACACTGC----TGTAATGCCATTGGACAAAC-CT-A-TGTCATA------TTTATTGTCTTAATATCCCCTACATGTGTAGAAGCATNACCTCTAA-AANNTTTG-CTACATACAGCACATCTATTAAATTACATGCAGCTGCATTTTGTACAAAATACGGAAGAAAGGCATGT-AAGGTCAAGTTCATTCCAACTA------TG-TATATATTAATATACCCATCAATAACAAAATA--TACAGCAAATC---TG-TGTGTGTATGATGACATTAAACAAACATTTCACA------T-TATT--TTGATCAATATCCTAT----AATAAA--------GCT-AA---A-----N--AA---TAAAAGAATATGACATATTTTGAACAAT-TCCCTCCTCAATATTTTACTAGTTGACCTTTGACCCAAT--GACCTTAACGAATGATACATA---TCATTCTAAGC--------ATAT---TTAAAGATATATTTAA-ATTGAATCAGT--TATGTTGGT--AAAATATATAACAAACATCTT-AAATATGAATATTGTTATTTCAT--A---TATATCAGTTCCAGCTTAACATTTTGCGCATGATA--CTATTTGGTGACCT-TTGGCCTTTTAAGTCCGTCAAACTAGATGTATACCTGGTATTTGCATCATAACAACAGAAAATGTTGTGCTTAAG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-------C------CCA-ATGACCTC----AATGAATAATACATG-TTATTA-----TTTTATACNCATGCCATTGGTGGT
Reference ( family-1499 ) : TGTTCAGTGCTGAGAGTTTTTTTATTTTTCNAACCTAATTATTCTATAACAAAGAGTGGCCCAGNNCTATATCTCANATTACTGCATTCTTGNTTCAAGTGNTTTAACTTTTAGTCCGANTTGTTTTGAGGTCGCAATGACATGGCTATCAATTANTATATCATAANC-TATGCTTATNATATATTGATTGACAATCATATTT--ACCATCTCTAGCAATACAAATCAGACTCAATGTTAAATATGAGAGTTCTCATTAGATTTGCCGAA-CATCAGGTAGT--TTTATACCACAAATCGTATTGCTACCAACCTGATTATACAAAGATTTCGAGGACCAGGACATTCAATGTGCTAGGCG-------------TTT-------------AGCGGT-------------TATTGTGATACACTGC----TGTAATGCCATTGGACAAAC-CT-A-TGTCATA------TTTATTGTCTTAATATCCCCTACATGTGTAGAAGCATNACCTCTAA-AANNTTTG-CTACATACAGCACATCTATTAAATTACATGCAGCTGCATTTTGTACAAAATACGGAAGAAAGGCATGT-AAGGTCAAGTTCATTCCAACTA------TG-TATATATTAATATACCCATCAATAACAAAATA--TACAGCAAATC---TG-TGTGTGTATGATGACATTAAACAAACATTTCACA------T-TATT--TTGATCAATATCCTAT----AATAAA--------GCT-AA---A-----N--AA---TAAAAGAATATGACATATTTTGAACAAT-TCCCTCCTCAATATTTTACTAGTTGACCTTTGACCCAAT--GACCTTAACGAATGATACATA---TCATTCTAAGC--------ATAT---TTAAAGATATATTTAA-ATTGAATCAGT--TATGTTGGT--AAAATATATAACAAACATCTT-AAATATGAATATTGTTATTTCAT--A---TATATCAGTTCCAGCTTAACATTTTGCGCATGATA--CTATTTGGTGACCT-TTGGCCTTTTAAGTCCGTCAAACTAGATGTATACCTGGTATTTGCATCATAACAACAGAAAATGTTGTGCTTAAG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-------C------CCA-ATGACCTC----AATGAATAATACATG-TTATTA-----TTTTATACNCATGCCATTGGTGGT
gi|1 : TGTTCAGTGCTGAGAGTTT----ATTTTTCCAACCTAATTATTCTATAATAAAGAGTG-CTCAGCTCTATATCTTATATTATTGCATTCT-GCTTCAAGTAATTTAACTTTTAGTCCGATTTGTTTTGAGATTGTAA-AATATGATTATTAATTAATATATCATAAGCATA-ACTTATAATATAAT-ACGGTCAATGTCATTGGGACC-TCTCTAGCTA-ACAAATCAGACTCAATGTTAAATATGAGAGTTTTCATTAGATATGC------ATCAGGTAGT--TTTATACCACAAATCGTATTGCAAACAACCTGATTATATAAAGATTTCGAGAACCAGGACATTCAATGTTCTTATTA-------------CTT-------------ATTGGT-------------GATTGTGATACACTGC----TGTAATGCCATTGTACAAAC-CT-A-TGTTATA------TTAATTGTCTTAATATACCCTACATGTGTAGAAGCATAACCTCTAA-AAAATGTG-CTACATACATCACATCTATTAAATTACATG-AGCTGCATTTTGTACAAAATACGGATGAAAGGCTTGT-AAGGTTAAGGTCATCCAAACTA------TG-TATATATTAATGTACCCATCAATAACAAAATA--TACAGCAAATC----G-TGTTTGTACGATTACATTGAATAAACATTTCACA------T-TATT--TTGATTAATATCCTAT----AATAAA--------GCT-AA---A-----C--AA---TAAAAGAATATGACATATTTTGAACAAT-TCTCTCCTCAATATTTTACTATTTGATCTTTGACCCAAT--GACCTTAAAGAATGATACATA---TTATTTTAAGT--------ATAA---TTCAATATATATTTAA-ATATAATCATT--TATGTTGGT--AAAATACATAACAAATATCTT-AAATATGAATATTGTTATTTAAC--A---CATATCAGTTCCAATTTAACATTTTGCGCATGATA--CTATATGGTGA--TATTGGCCTTTT-AGTCCGTTAAACTAGATGTATACCTGGTATTTGCATCATAACAACAGAAAATTCGGTATTTAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------C------CCA-GTGACCTC----AATGTTTGATACATG-TTATTA-----TTTTA----CATGTTATTATTGGT
gi|10 : T--AAAATATATAACCAATATCTT-AAATAT-AAT---------------------------TTCCAGTTTTACATTT-GCGCATGATA--TTATTTTGTGACCT-TTAGCTTTTTAATTCCGTCAAACTAGATGTATACCTGATATTTGCATCATAACAACAGAAAATGTTGTGCTTAAG-
gi|10 : GA-------C------CCA-ATGACTTCTGTAAATGAGTAATTTATG-TTATTA-----TTTTATACTCATGCCATTGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgacccaatgacttctgtaaatgagtaatttatgttattattttatactcatgccattggtaat
gi|11 : taaaatatataaccaatatcttaaatataatttccagttttacatttgcgcatgatattattttgtgacctttagctttttaattccgtcaaactagatgtatacctgatatttgcatcataacaacagaaaatgttgtgcttaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccttt-TGTGTGTTTTATGACATTAGACA---------CA------T-TATT--TT-ATCA-TACGCAATTGGTAGCAAAAGCCTTGTGCC-AA---A-----ATCAG---TTAAA--ACTTGTCATATTTTGAGCAA----CGTCTTCAACATTGCACTAGTTTACCTTTGA--CAATGGGATTTCAATGAATAACATATATTGTCTTTCTATGCCCGTTACAATGTCAATTGGAAATAAA---AA-A--AAATCCG----ATGTT------AAATACATAATAAACATA---AAATATGAATGTTGCTGGTT--T--A---TGCCTC--TTCCGAC-TGACAATCAACACACGGCG--CCCTTTTGTGATCT-TTGaat
gi|12 : GTATTTTCATCATGACAACAGACTATGTTGTGCTTAA
gi|12 : acatgaaGA-------C------CC--------------AATAAATAATACATG-TTATTG-----TTTTAAACTCATGannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgacccaataaataatacatgttattgttttaaactcatgttttt
gi|13 : acatgaagtattttcatcatgacaacagactatgttgtgcttaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttGATGTATACCTGGTATTTGCATCATAACAACAGAAAATGTTGTGCTTAAG-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGACCCTTGAC------CCA-ATGACCT-----AATGAATAATACATG-CTTTTttttt
gi|14 : TATTTTTAGCAAT-TCCTACCTCAACATATTATTAGTTTGCCTGTGACACAAT--GGCCTTA-------------A---TCATTGTAAGC--------ATAT---TAAAAGATATATg
gi|15 : GA-------C------TCA-ATGACCTC----AGTAAATAAAACATG-TCATTA-----TTTTATACTCATGCCATCGGT
gi|16 : ctttGA-------C------CTA-ATGACCTC----AATAAATAATACATT-TAATTA-----TTTTATACGCATATCAGTGGTaat
gi|17 : atttATATATTTAA-ATTGATTCAGT--TATGTTGGT--AGAATATATAACAAACATCCT-AAATATGAA
gi|18 : TAGATGTTTACCTGATATTTGCATTAGAGCAAAAGAAAATGTTGTTCT
gi|2 : TGTTCAGTACTGAAAGTTTTTTTATTTTTCAAATCTAATTATTCTATA-CAAAAAGTGGCCCAGAGCTATATTTCAAAT-ACT---TTCTTAATTCA-GTGCTTT----TTTAG-CTAAA-------GAGGTCACAATGACATGGC---CAAT-ATTATATTATAATT-TATGCTAATGATATATTGATTAACAACCATATTT--AACAT---TATCAAAACAAATCAGACTCAATGTTAAATATGAG--TTCTCAATAGATTTGTCGAA-CATCAGGTAGT--TTTATATCACAAATCATATTGCTACCAACCTGATTATACAAAGATTTCGAAAACAAGGGCATTCAATGTGCTAAGCA-------------TTT-------------AGTGGT-------------------GAAGCTCAAC----TG--ATATTAT--GATAAA---T-A-TGTCATACATGTATGTATTGTCTTAATATCCCCTACATGTGTAGAAGCATTACCTCT-A-AACATTTGTCTACATATAGCACATCTATAAAATTACCTGAAGCTGTATTTTGTACAAAATACGGAAGAAAAGCATGT-AAGGTCGA-------------A------TA-TATATATAAATATG---------AACAAAATA--TACTGCAAATC---TT-TGTGTGTTTGATGACATTTAACAAACATTTCACATTTATTT-TATT--TTAATCAATATCCTAT----AATAAT--------GCA-GA---A-----A--AA---T--AAGAATATGACATATTTTGAAATAT-TCCTTCCTCCATATTTTACTAGTTGACCTTCGACCCAAT--TACTTTAACTAATGAAACATA---TCATTCAAATC--------ATAT---TTAAATATATATTTAA-ATTGAATCAGT--TATGTTGGT--AAAATATATAACAAACATCTT-AAATATGAATATTGTTATATCAT--ATATTATATCAGTTCTTGCTTAACAGTTTACGCATGATA--CTATTTGGTGACCT-TTGTCCTGTTAAGTCCATCAAACAAGATGTATACCTAGTATTTGCATTATAACAACAGAAAAGGTTGTGCTTAAG-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------CCTTTGACCAAATGACCTC----AATGCATTATACATG-TTATTA-----TTTTATACACATACCATTGga
gi|3 : -TATGCTTATTATATATTGATTGATAATCATATTTT-ACGATC----GCAATACAAATCAGACTCTATGTTAAATATGAGAGTTCTCATCAAATTTGCCAAA-CATCAGGTAATATTTTATACTACATATCGTAATGCTACCAATCTGATTATACAAAGATTTCGTGGACCAGAACATTTAATGTACCATGCGGTTTGTGGTGAAGCTT-------------AACTGT-------------TATTGTGATACACTGC----TGTAATGCTATTGGGTAAACTCT-A-TGTCATA------TTAATTGTCTTAATATCTCCTACATGTGCAGAAGCATAACCTCTAA-A-GTTTTA-CTACATACGGCACATCTATTAAATTAAATACAGCTGCATTTTGTACAAA-TACTGAACAAATGCATGTCAAGGTTAAGTTAATTCCAACTACATGTATA-TATATATTAATATACCCATTAATAACAATATA--TACAGTAAATC---TG-TGTGTGTATGATAACATAAAGCAAACATTTCGCC------T-TATT--TTGATTAATATCCTAT----AATAAG--------GCT-AA---AAAAACT--AA---TAAAAGAATTCAACATATTTTGAACAAT-TTCCTCCTCAAT-TTTCACTAGTTGCCCTTTTACCCAAT--GACCTTAATGAAT-------------ATT-TAA-C--------ACAT---TCAACGATATATTTActaa
gi|3 : gtatgatgattggggtggagggatCTAGATGCGTACCTCATATTTGCATCGTAACAACATCAAATGTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctagatgcgtacctcatatttgcatcgtaacaacatcaaatgttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgacccaataacctcaatctataatacattattaataatttttatacacatgccagtggtaat
gi|3 : gtatgatgattggggtggagggattatgcttattatatattgattgataatcatattttacgatcgcaatacaaatcagactctatgttaaatatgagagttctcatcaaatttgccaaacatcaggtaatattttatactacatatcgtaatgctaccaatctgattatacaaagatttcgtggaccagaacatttaatgtaccatgcggtttgtggtgaagcttaactgttattgtgatacactgctgtaatgctattgggtaaactctatgtcatattaattgtcttaatatctcctacatgtgcagaagcataacctctaaagttttactacatacggcacatctattaaattaaatacagctgcattttgtacaaatactgaacaaatgcatgtcaaggttaagttaattccaactacatgtatatatatattaatatacccattaataacaatatatacagtaaatctgtgtgtgtatgataacataaagcaaacatttcgccttattttgattaatatcctataataaggctaaaaaaactaataaaagaattcaacatattttgaacaatttcctcctcaattttcactagttgcccttttacccaatgaccttaatgaatatttaacacattcaacgatatatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGA-------C------CCA-ATAACCTC----AATCTATAATACA---TTATTAATAATTTTTATACACATGCCAGTGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgacccaataacctcaatctataatacattattaataatttttatacacatgccagtggtaat
gi|4 : gtatgatgattggggtggagggattatgcttattatatattgattgataatcatattttacgatcgcaatacaaatcagactctatgttaaatatgagagttctcatcaaatttgccaaacatcaggtaatattttatactacatatcgtaatgctaccaatctgattatacaaagatttcgtggaccagaacatttaatgtaccatgcggtttgtggtgaagcttaactgttattgtgatacactgctgtaatgctattgggtaaactctatgtcatattaattgtcttaatatctcctacatgtgcagaagcataacctctaaagttttactacatacggcacatctattaaattaaatacagctgcattttgtacaaatactgaacaaatgcatgtcaaggttaagttaattccaactacatgtatatatatattaatatacccattaataacaatatatacagtaaatctgtgtgtgtatgataacataaagcaaacatttcgccttattttgattaatatcctataataaggctaaaaaaactaataaaagaattcaacatattttgaacaatttcctcctcaattttcactagttgcccttttacccaatgaccttaatgaatatttaacacattcaacgatatatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctagatgcgtacctcatatttgcatcgtaacaacatcaaatgttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttTTC--GCCATCTC----AATACAAGTCAGACTCAATGTTAAATATGAGAGTTCTCATTAG-TTTGTCAAAATATCAGGTAGT--TTTATA------------TTGCTACCAACCGTATTATACAAAGATTTCGAGGACCAGGACATTAAATATGCTAGGCA-------------TTT-------------AGTGGTGAAGCTTAACTGTTATTGTGATATACTGC----TGTAATGCCATTGTATAAAC-CTTG-TGTCCTA------TTTATTGTCTTAATATTCCCTACATGTGTAAAAGCATGACCTATAA-AAACGTTG-CTTCCTACAGCACATCTATTAAATTACATGCAGCTGCATTTTGTACAAAATACTGAAGAATGGCATGA-AAGGTCAAGTTCA----AA--A--------------ATTAATATACTCATAAATAACAAAATA--TACAGTAAAT-------TGTGCATTTGATGGCATT------ACATTTAACA------T-TATA--TTGATAAATACGCTAT----AATATA--------GCT-AA---AAAT--T--AA---TAAACGGATTTGAAATATTTTTAACAAT-TTCCTCCTCAAAATGTTACTAGTTGACCTTTGACCCAAT--GACCTTAATGAATGACATATA---TCATTTAAAGC--------AAAT---TTAAAGATATATTTAA-AATGAATCAGT--TCTGTAGAT---AAATATATAACA---ATC-------ATGAATATTGTTATTTCAT--A---TATATCAGTTCCAGCTAAACATTTTGCGTATACTA--CTATT-------------------------CGTCAAGCTTGATATATACCTGGTATTTGCATTATAACAAAAGAAAATGTTGTGTTTAAaat
gi|4 : gtgtgtggtagggtggagggggcgattggtaaatctcattcgggaaactgatGA-------C------CAT-ATGACCTC----AATGAATAATACATG-TTATTA-----TTCTATACGCATGCCATTTGTannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgaccatatgacctcaatgaataatacatgttattattctatacgcatgccatttgta
gi|5 : gtgtgtggtagggtggagggggcgattggtaaatctcattcgggaaactgatttcgccatctcaatacaagtcagactcaatgttaaatatgagagttctcattagtttgtcaaaatatcaggtagttttatattgctaccaaccgtattatacaaagatttcgaggaccaggacattaaatatgctaggcatttagtggtgaagcttaactgttattgtgatatactgctgtaatgccattgtataaaccttgtgtcctatttattgtcttaatattccctacatgtgtaaaagcatgacctataaaaacgttgcttcctacagcacatctattaaattacatgcagctgcattttgtacaaaatactgaagaatggcatgaaaggtcaagttcaaaaattaatatactcataaataacaaaatatacagtaaattgtgcatttgatggcattacatttaacattatattgataaatacgctataatatagctaaaaattaataaacggatttgaaatatttttaacaatttcctcctcaaaatgttactagttgacctttgacccaatgaccttaatgaatgacatatatcatttaaagcaaatttaaagatatatttaaaatgaatcagttctgtagataaatatataacaatcatgaatattgttatttcatatatatcagttccagctaaacattttgcgtatactactattcgtcaagcttgatatatacctggtatttgcattataacaaaagaaaatgttgtgtttaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttGGCATTTAATG-GT--GAAG-------------TTT-------------AACTGT-------------TATTGTGATACACTGC----TGTAATGCCATTGGACAAAA-CT-AATGTCATA------TTTATTGTCTTAATGTACCCTACATGTATAGAAGCAATACCTGTAACAAAGTTTG-CTCCATACTGCACAATTATTACATAACAAACAGCTGAATTT-GTACAAAATTCGGATGAAAGGTAAGT-AAGGTCAAGTTCATTCCAACTA------TG-AATATATCAAAATACCCATCAATAACAAAAAA--CACAGCAAATCAATCGTTGTTTGTATGATGACATTGAGCAAGCATTTCAC----------------------ATATCCTTT----TATAAA--------GCT-AACATA-----T--AT---TAAAAGAATATGAAATATTTTAAAAATT-TCCCTCCTCAATATTCTTCTAGTTGACATTTGACCCAAT--GATTTTAATGAATAATACATA---TTATTTTAAGC--------ATAT---TTAAAGATATATTTAA-ATTGAATCAGT--TCAGTTGGTAAAAAAAATATAGCAAACATCTTAAAATATGAACATTGTTATTTCATAGA---TATATCAGTTCCATCTTTACATGTTGCACATGATATCCTATATGGTA------TGACCTTTTAAATCCGTCAAACTAGA--------TGGTATTTG---CATAATACCAGAAAATGTTGTGTTTAAG-a
gi|5 : cactaagggtgccacataGA-------C------CCA--TAACCTT----AATGAATAATATATGTTTGTTT-----TTGTATACACATGCTATTGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatttgacccataaccttaatgaataatatatgtttgtttttgtatacacatgctattggtaattt
gi|6 : cactaagggtgccacataggcatttaatggtgaagtttaactgttattgtgatacactgctgtaatgccattggacaaaactaatgtcatatttattgtcttaatgtaccctacatgtatagaagcaatacctgtaacaaagtttgctccatactgcacaattattacataacaaacagctgaatttgtacaaaattcggatgaaaggtaagtaaggtcaagttcattccaactatgaatatatcaaaatacccatcaataacaaaaaacacagcaaatcaatcgttgtttgtatgatgacattgagcaagcatttcacatatccttttataaagctaacatatattaaaagaatatgaaatattttaaaaatttccctcctcaatattcttctagttgacatttgacccaatgattttaatgaataatacatattattttaagcatatttaaagatatatttaaattgaatcagttcagttggtaaaaaaaatatagcaaacatcttaaaatatgaacattgttatttcatagatatatcagttccatctttacatgttgcacatgatatcctatatggtatgaccttttaaatccgtcaaactagatggtatttgcataataccagaaaatgttgtgtttaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacattt------TTTATTGTCTTAATATCCCCTACATTTGAAGAAGCATAACCTCTAA-AATATT-G-ATACATACAGTACATCTATGATATTACAT----------TTTGTACAAAATACCGAAGAAAGGCATGT-AAGGTCAAGTTCATTCAAACTA------TG-TAGATATTAATATACCCATCAATAACACAGTA--TACAGTTTATT---TG-TGTTTTTATGATGACATGAAGCAA--------------------------GATTAGTATTCCAT----TAAAAA--------GCT-AA---A-----G--CA---TTAGAAAAAAGGACATATTTTGAAAAAA-TACTTCCGCAATATTTTACTGGTTGATCTCTGACCCAGT--TACCTTAAAGAATGATACACA---TCATTCCATAC--------ACAT---TCAAAGATATATTTAAAAAGGAATAAGTTTTATNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATCATAACAACAGAACA---TGTGCTTAAG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------C------CCA-ATGACCTC----AATGAATAATACATG-TTATAA-----TTTTATACTCATGCAATTGaattt
gi|7 : -------------AGCTGT-------------TATTGCAATACACTGCCATTTATAATGCCATTGGACAAAC-CT---TGTCATT------TTTATTGTCTTAATATCCCCTACATGTGTAGAAGCATTACCTCTAA-AAATATTG-CTACATACAGCACATCTTTTAAATTAAATGCAGCTACATTTTGTACAAAATACGGAAGAAATACAT--------CAAGGTCATTCCAACTA------TG-TATATATTAATATACCCATCAATAACAAAATA--TACAGCAAATC---TT-TGTGTTTAAGATGGCATTAAACAAACATTTCACA------T-TATT--TTGATTAGTATCCTGT----AATAAA--------GCT-AA---A-----A--AATATTAAAAGAATATGACATATTTTGAAAAAT-TCCCTCTTCAGTATTTTACTAGTTGACCTTTGATCCAAT--GACCTTGATAAATGATACATA---TCATTCTAA-C--------ATAT---TTAAA-ATATAATTtta
gi|8 : catttagtggtgaTGTGCGAGGCG-------------TTTGTCAATACAGCCTAACAGT-------------TCTTGTGATACACTGT----TGTAATGTCACTGGACACAT-CTTA-TGTTGTT------GTTGT-GTCATACTATATACTACATGTGTAGAAGCGTGACCTCTAA-AGTGTCTG-GTATCTACACTACATCTATTAAATTAC-TGC---TGAA----G-ACAAGTCATTTA-------CATGT-AAGGTGAAGTTCATTCCAA-TA------CGTTATATATTTATATATACACGAGTAAAAAAAGAACTACAATGTCTC---TT-TGTGTATGTGATGAT-----ACATGTATATTACA------TATATTACTCG--CAAGTTCCAGT-----ATAAA--------GCTAAA---A-----C--AA---TTCACAATTATGACATATTTTGTACAATCTATTCCCTCAATATTTTACTAGATAACCTTCATCCCAAT--
gi|9 : ATAAGTAACATAACA--TACAGTAAGTA---TG-TGTGTTTATGGTGACAACAGACAATCATTTTACA------T-TATT--GTGATAAATATCCCAT----AATAAA--------GCC-AA---A--------------------ACATGACATATTTTGAACAAT-TTCCTCTTCAATATTTTACTAGTTTACCGTTGACCTTTT--GACTTTTACCGTTGA----------CCTTTTGACC--------TTAA---TGGATGATACATATCA-TTTTAACCACA--TAT--------AAAAT-TATA--------CTT-AAA-----ATTCTGTCGGTAAAT--A---TATATAA----CA----AACATATTGT---TGATG--TTATTCGGTGACCT-TTGGC-TTTTAAGTCCATCAAGTTAGATGTATACCTGGTATTTGTATCATAGCAAGAGATAATGTTGGGATTAA
blockSeqs : TTTT A . G AG A . . T A . C . . A T . . T T . T G G TAACATTAT A A A CAAAAT AT TC A C T GTTTGTGGTGAAGCTTAACTGTT CATT CT TG CATGTA C T C CA T GAA T G A A C C C CATGTATA T AC CAATCGT A AA ATTTATT A AC C TGGTA AGCCTTGT A CAT AAAACTAA T C C GG T C TTG C G CCGTTACA CAA A A TT TTT AAA TTA G G CATATAT AG G T A G TC TT ACCT G T A T NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN CCCTTGAC A TGTA T ATAAT T
blockSeqs : . T T G TTACGATCG T A A CGAAC . CT T T C TTTAGTGGTGAAGCTTAACTGTT . C AA . C A . GT . ACA C T A T . C C CGT A . CTT T AA A . . C A . . . AATTAA A . C . C A . G G . . G . TT T A TT A T CATAGA AG A T T A . TT ATCT T C A G NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN CCTTTGA . . . . T
blockSeqs : CGCCATCTC T . . CAAAC . . . A T TTTGTCAATACAGCCTAACAGTT . A TA . T G . AC . GCA C T A G . A C TA C . CTG A AG C . . T A . . . AAATAT A . T . T C . C T . . T . AT T A CT A T CATA AG G T T G . TG ACCT A C A A ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN C . . . . T
blockSeqs : T G TTTAACTGTT . C A . A T . AG . ACA A G T G . C C TG C . TTG G AA A . . A A . . . ATCAG A . T . T T . T G . . G . TT T A TT A T NNNN NN G T T G . TG NNNN N N N N C . . . . G
blockSeqs : . TTTAGTGGT . T A . C A . TA . GCA C C A G . C . TG C . CTT A TG A . . T T . . . AAA T . C . T T . T G . . G . AG T N NN N N AATA A T N N A . NN ACCT G . A G C . . . . A
blockSeqs : . . . . C T . AT . GC A G A T . . . TG G . CTT A AT A . . T T . . . TAT A . A . A T . C A . . G . TT A A TT T G TA . N . T N . CG . . . . . C . . . . A
blockSeqs : . A G . TG . . . T . . . . . . A . ATG A A A . . C A . . . GCA T . C . T . . C C . . G . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . G
blockSeqs : . . . . A . . . A A . . . CAA . . A . C . . T . . . G . . C . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . C . . . . T
blockSeqs : . . . C . . .
blockSeqCons : TTTNGCGGTGAAGCTTAACTGTT************************** A** GCA CTN**** ACCT*
originalCons : TGTTCAGTGCTGAGAGTTTTTTTATTTTTCNAACCTAATTATTCTATAACAAAGAGTGGCCCAGNNCTATATCTCANATTACTGCATTCTTGNTTCAAGTGNTTTAACTTTTAGTCCGANTTGTTTTGAGGTCGCAATGACATGGCTATCAATTANTATATCATAANC-TATGCTTATNATATATTGATTGACAATCATATTT--ACCATCTCTAGCAATACAAATCAGACTCAATGTTAAATATGAGAGTTCTCATTAGATTTGCCGAA-CATCAGGTAGT--TTTATACCACAAATCGTATTGCTACCAACCTGATTATACAAAGATTTCGAGGACCAGGACATTCAATGTGCTAGGCG-------------TTT-------------AGCGGT-------------TATTGTGATACACTGC----TGTAATGCCATTGGACAAAC-CT-A-TGTCATA------TTTATTGTCTTAATATCCCCTACATGTGTAGAAGCATNACCTCTAA-AANNTTTG-CTACATACAGCACATCTATTAAATTACATGCAGCTGCATTTTGTACAAAATACGGAAGAAAGGCATGT-AAGGTCAAGTTCATTCCAACTA------TG-TATATATTAATATACCCATCAATAACAAAATA--TACAGCAAATC---TG-TGTGTGTATGATGACATTAAACAAACATTTCACA------T-TATT--TTGATCAATATCCTAT----AATAAA--------GCT-AA---A-----N--AA---TAAAAGAATATGACATATTTTGAACAAT-TCCCTCCTCAATATTTTACTAGTTGACCTTTGACCCAAT--GACCTTAACGAATGATACATA---TCATTCTAAGC--------ATAT---TTAAAGATATATTTAA-ATTGAATCAGT--TATGTTGGT--AAAATATATAACAAACATCTT-AAATATGAATATTGTTATTTCAT--A---TATATCAGTTCCAGCTTAACATTTTGCGCATGATA--CTATTTGGTGACCT-TTGGCCTTTTAAGTCCGTCAAACTAGATGTATACCTGGTATTTGCATCATAACAACAGAAAATGTTGTGCTTAAG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-------C------CCA-ATGACCTC----AATGAATAATACATG-TTATTA-----TTTTATACNCATGCCATTGGTGGT
finalCons : TGTTCAGTGCTGAGAGTTTTTTTATTTTTCNAACCTAATTATTCTATAACAAAGAGTGGCCCAGNNCTATATCTCANATTACTGCATTCTTGNTTCAAGTGNTTTAACTTTTAGTCCGANTTGTTTTGAGGTCGCAATGACATGGCTATCAATTANTATATCATAANC-TATGCTTATNATATATTGATTGACAATCATATTT--ACCATCTCTAGCAATACAAATCAGACTCAATGTTAAATATGAGAGTTCTCATTAGATTTGCCGAA-CATCAGGTAGT--TTTATACCACAAATCGTATTGCTACCAACCTGATTATACAAAGATTTCGAGGACCAGGACATTCAATGTGCTAGGCGTTTNGCGGTGAAGCTTAACTGTT--------------------------ATTGTGATACACTGC----TGTAATGCCATTGGACAAAC-CTA--TGTCATA------TTTATTGTCTTAATATCCCCTACATGTGTAGAAGCATNACCTCTAA-AANNTTTG-CTACATACAGCACATCTATTAAATTACATGCAGCTGCATTTTGTACAAAATACGGAAGAAAGGCATGT-AAGGTCAAGTTCATTCCAACTA------TG-TATATATTAATATACCCATCAATAACAAAATA--TACAGCAAATCTN----TGTGTGTATGATGACATTAAACAAACATTTCACA------T-TATT--TTGATCAATATCCTAT----AATAAA--------GCT-AA---A-----N--AA---TAAAAGAATATGACATATTTTGAACAAT-TCCCTCCTCAATATTTTACTAGTTGACCTTTGACCCAAT--GACCTTAACGAATGATACATA---TCATTCTAAGC--------ATAT---TTAAAGATATATTTAA-ATTGAATCAGT--TATGTTGGT--AAAATATATAACAAACATCTT-AAATATGAATATTGTTATTTCAT--A---TATATCAGTTCCAGCTTAACATTTTGCGCATGATA--CTATTTGGTGACCT-TTGGCCTTTTAAGTCCGTCAAACTAGATGTATACCTGGTATTTGCATCATAACAACAGAAAATGTTGTGCTTAAG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-------C------CCA-ATGACCTC----AATGAATAATACATG-TTATTA-----TTTTATACNCATGCCATTGGTGGT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 1 1 1 222 1 1 2222 1 33333333 1 222 1 1 33333333333333 111 11 1111 1111111 11 2222222 1111111 1111111 11111111 2222222222222 11111111 111111111 11111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111 11111
lowQualScore : 4444 1 5 5 22 1 5 000 5 1 5 1 4444 5 44444444 5 111 5 1 1 3 7 1 6 55555555555555 9 3 3 666 0 33 3 00 3 0 0 1 1 777 0 1 2222 0 4444444 1 1 1 3 5 22 5 0 22 1 0 0 2 3 1 5 0 2 0000000 5 2 66 4444444 0 0 3 44 0 2222222 4 55 3 99999 44444444 4 777 7777777777777 6 0 3 1 55 5 0 6 0 777 3 6 44444444 777 1 5 33 777 0 666 0 0 666 0 3 1 333333333 55 4 1 0 1 1 66 11 11111 1 4 2 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222 3 7777 3 00000 2
lowQualScore : .... . . . .. . . ... . . . . .... . ........ . ... . . . . . . . .............. . . . ... . .. . .. . . . . . ... . . .... . ....... . . . . . .. . . .. . . . . . . . . . ....... . . .. ....... . . . .. . ....... . .. . ..... ........ . ... ............. . . . . .. . . . . ... . . ........ ... . . .. ... . ... . . ... . . . ......... .. . . . . . .. .. ..... . . . . ...................................................................................................................... .............. . .... . ..... .
lowQualScore : 5555 0 5 0 00 0 5 555 5 0 5 0 0000 5 00000000 5 555 5 0 0 3 3 0 7 00000000000000 8 2 2 888 2 88 2 55 5 2 2 0 4 444 1 6 1111 7 6666666 7 4 0 2 0 00 0 1 11 4 1 1 5 6 4 0 1 5 0000000 0 9 11 0000000 7 3 9 88 7 2222222 0 55 9 66666 55555555 0 000 7777777777777 1 7 6 2 00 5 7 3 7 000 9 6 55555555 000 6 0 99 222 8 333 2 3 666 2 5 2 222222222 22 8 4 6 6 6 99 00 22222 0 6 9 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33333333333333 6 7777 6 00000 4
consensus : TGTTCAGTGCTGAGAGTTTTTTTATTTTTCNAACCTAATTATTCTATAACAAAGAGTGGCCCAGNNCTATATCTCANATTACTGCATTCTTGNTTCAAGTGNTTTAACTTTTAGTCCGANTTGTTTTGAGGTCGCAATGACATGGCTATCAATTANTATATCATAANC-TATGCTTATNATATATTGATTGACAATCATATTT--ACCATCTCTAGCAATACAAATCAGACTCAATGTTAAATATGAGAGTTCTCATTAGATTTGCC-GAACATCAGGTAGT--TTTATACCACAAATCGTATTGCTACCAACCTGATTATACAAAGATTTCGAGGACCAGGACATTCAATGTGCTAGGCATTTAGTGGTGAAGCTTAACTGTTATTGTGATACACTGC----TGTAATGCCATTGGACAAAC-C-T-A-TGTCATATTTATTGTCTTAATATCCCCTACATGTGTAGAAGCATNACCTCTAA-AANNTTTG-CTACATACAGCACATCTATTAAATTACATGCAGCTGCATTTTGTACAAAATACGGAAGAAAGGCATGT-AAGGTCAAGTTCATTCCAAC------TATG-TATATATTAATATACCCATCAATAACAAAATA--TACAGCAAATC--T--NTGTGTGTATGATGACATTAAACAAACATTTCACA------T-TATT--TTGATCAATATCCTAT----AATAAA--------GCT-AA---A-----N--AA---TAAAAGAATATGACATATTTTGAACAAT-TCCCTCCTCAATATTTTACTAGTTGACCTTTGACCCAAT--GACCTTAACGAATGATACATA---TCATTCTAAGC--------ATAT---TTAAAGATATATTTAA-ATTGAATCAGT--TATGTTGGT--AAAATATATAACAAACATCTT-AAATATGAATATTGTTATTTCAT--A---TATATCAGTTCCAGCTTAACATTTTGCGCATGATA--CTATTTGGTGACCT-TTGGCCTTTTAAGTCCGTCAAACTAGATGTATACCTGGTATTTGCATCATAACAACAGAAAATGTTGTGCTTAAG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-------C------CCA-ATGACCTC----AATGAATAATACATG-TTATTA-----TTTTATACNCATGCCATTGGTGGT
Reference ( family-1499 ) : TGTTCAGTGCTGAGAGTTTTTTTATTTTTCNAACCTAATTATTCTATAACAAAGAGTGGCCCAGNNCTATATCTCANATTACTGCATTCTTGNTTCAAGTGNTTTAACTTTTAGTCCGANTTGTTTTGAGGTCGCAATGACATGGCTATCAATTANTATATCATAANC-TATGCTTATNATATATTGATTGACAATCATATTT--ACCATCTCTAGCAATACAAATCAGACTCAATGTTAAATATGAGAGTTCTCATTAGATTTGCC-GAACATCAGGTAGT--TTTATACCACAAATCGTATTGCTACCAACCTGATTATACAAAGATTTCGAGGACCAGGACATTCAATGTGCTAGGCGTTTNGCGGTGAAGCTTAACTGTTATTGTGATACACTGC----TGTAATGCCATTGGACAAAC-C-T-A-TGTCATATTTATTGTCTTAATATCCCCTACATGTGTAGAAGCATNACCTCTAA-AANNTTTG-CTACATACAGCACATCTATTAAATTACATGCAGCTGCATTTTGTACAAAATACGGAAGAAAGGCATGT-AAGGTCAAGTTCATTCCAAC------TATG-TATATATTAATATACCCATCAATAACAAAATA--TACAGCAAATC--T--NTGTGTGTATGATGACATTAAACAAACATTTCACA------T-TATT--TTGATCAATATCCTAT----AATAAA--------GCT-AA---A-----N--AA---TAAAAGAATATGACATATTTTGAACAAT-TCCCTCCTCAATATTTTACTAGTTGACCTTTGACCCAAT--GACCTTAACGAATGATACATA---TCATTCTAAGC--------ATAT---TTAAAGATATATTTAA-ATTGAATCAGT--TATGTTGGT--AAAATATATAACAAACATCTT-AAATATGAATATTGTTATTTCAT--A---TATATCAGTTCCAGCTTAACATTTTGCGCATGATA--CTATTTGGTGACCT-TTGGCCTTTTAAGTCCGTCAAACTAGATGTATACCTGGTATTTGCATCATAACAACAGAAAATGTTGTGCTTAAG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-------C------CCA-ATGACCTC----AATGAATAATACATG-TTATTA-----TTTTATACNCATGCCATTGGTGGT
gi|1 : TGTTCAGTGCTGAGAGTTT----ATTTTTCCAACCTAATTATTCTATAATAAAGAGTG-CTCAGCTCTATATCTTATATTATTGCATTCT-GCTTCAAGTAATTTAACTTTTAGTCCGATTTGTTTTGAGATTGTAA-AATATGATTATTAATTAATATATCATAAGCATA-ACTTATAATATAAT-ACGGTCAATGTCATTGGGACC-TCTCTAGCTA-ACAAATCAGACTCAATGTTAAATATGAGAGTTTTCATTAGATATGC------ATCAGGTAGT--TTTATACCACAAATCGTATTGCAAACAACCTGATTATATAAAGATTTCGAGAACCAGGACATTCAATGTTCT---TATT----------ACTTATTGGTGATTGTGATACACTGC----TGTAATGCCATTGTACAAAC-C-T-A-TGTTATATTAATTGTCTTAATATACCCTACATGTGTAGAAGCATAACCTCTAA-AAAATGTG-CTACATACATCACATCTATTAAATTACATG-AGCTGCATTTTGTACAAAATACGGATGAAAGGCTTGT-AAGGTTAAGGTCATCCAAAC------TATG-TATATATTAATGTACCCATCAATAACAAAATA--TACAGCAAATC-----GTGTTTGTACGATTACATTGAATAAACATTTCACA------T-TATT--TTGATTAATATCCTAT----AATAAA--------GCT-AA---A-----C--AA---TAAAAGAATATGACATATTTTGAACAAT-TCTCTCCTCAATATTTTACTATTTGATCTTTGACCCAAT--GACCTTAAAGAATGATACATA---TTATTTTAAGT--------ATAA---TTCAATATATATTTAA-ATATAATCATT--TATGTTGGT--AAAATACATAACAAATATCTT-AAATATGAATATTGTTATTTAAC--A---CATATCAGTTCCAATTTAACATTTTGCGCATGATA--CTATATGGTGA--TATTGGCCTTTT-AGTCCGTTAAACTAGATGTATACCTGGTATTTGCATCATAACAACAGAAAATTCGGTATTTAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------C------CCA-GTGACCTC----AATGTTTGATACATG-TTATTA-----TTTTA----CATGTTATTATTGGT
gi|10 : T--AAAATATATAACCAATATCTT-AAATAT-AAT---------------------------TTCCAGTTTTACATTT-GCGCATGATA--TTATTTTGTGACCT-TTAGCTTTTTAATTCCGTCAAACTAGATGTATACCTGATATTTGCATCATAACAACAGAAAATGTTGTGCTTAAG-
gi|10 : GA-------C------CCA-ATGACTTCTGTAAATGAGTAATTTATG-TTATTA-----TTTTATACTCATGCCATTGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgacccaatgacttctgtaaatgagtaatttatgttattattttatactcatgccattggtaat
gi|11 : taaaatatataaccaatatcttaaatataatttccagttttacatttgcgcatgatattattttgtgacctttagctttttaattccgtcaaactagatgtatacctgatatttgcatcataacaacagaaaatgttgtgcttaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttTGTGTGTTTTATGACATTAGACA---------CA------T-TATT--TT-ATCA-TACGCAATTGGTAGCAAAAGCCTTGTGCC-AA---A-----ATCAG---TTAAA--ACTTGTCATATTTTGAGCAA----CGTCTTCAACATTGCACTAGTTTACCTTTGA--CAATGGGATTTCAATGAATAACATATATTGTCTTTCTATGCCCGTTACAATGTCAATTGGAAATAAA---AA-A--AAATCCG----ATGTT------AAATACATAATAAACATA---AAATATGAATGTTGCTGGTT--T--A---TGCCTC--TTCCGAC-TGACAATCAACACACGGCG--CCCTTTTGTGATCT-TTGaat
gi|12 : GTATTTTCATCATGACAACAGACTATGTTGTGCTTAA
gi|12 : acatgaaGA-------C------CC--------------AATAAATAATACATG-TTATTG-----TTTTAAACTCATGannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgacccaataaataatacatgttattgttttaaactcatgttttt
gi|13 : acatgaagtattttcatcatgacaacagactatgttgtgcttaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttGATGTATACCTGGTATTTGCATCATAACAACAGAAAATGTTGTGCTTAAG-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGACCCTTGAC------CCA-ATGACCT-----AATGAATAATACATG-CTTTTttttt
gi|14 : TATTTTTAGCAAT-TCCTACCTCAACATATTATTAGTTTGCCTGTGACACAAT--GGCCTTA-------------A---TCATTGTAAGC--------ATAT---TAAAAGATATATg
gi|15 : GA-------C------TCA-ATGACCTC----AGTAAATAAAACATG-TCATTA-----TTTTATACTCATGCCATCGGT
gi|16 : ctttGA-------C------CTA-ATGACCTC----AATAAATAATACATT-TAATTA-----TTTTATACGCATATCAGTGGTaat
gi|17 : atttATATATTTAA-ATTGATTCAGT--TATGTTGGT--AGAATATATAACAAACATCCT-AAATATGAA
gi|18 : TAGATGTTTACCTGATATTTGCATTAGAGCAAAAGAAAATGTTGTTCT
gi|2 : TGTTCAGTACTGAAAGTTTTTTTATTTTTCAAATCTAATTATTCTATA-CAAAAAGTGGCCCAGAGCTATATTTCAAAT-ACT---TTCTTAATTCA-GTGCTTT----TTTAG-CTAAA-------GAGGTCACAATGACATGGC---CAAT-ATTATATTATAATT-TATGCTAATGATATATTGATTAACAACCATATTT--AACAT---TATCAAAACAAATCAGACTCAATGTTAAATATGAG--TTCTCAATAGATTTGTC-GAACATCAGGTAGT--TTTATATCACAAATCATATTGCTACCAACCTGATTATACAAAGATTTCGAAAACAAGGGCATTCAATGTGCTAAGCATTTAGTGGTGAAGCTCAACTGATATTATGATAAAT-----------ATGTCAT-------AC-----A-TGT---ATGTATTGTCTTAATATCCCCTACATGTGTAGAAGCATTACCTCT-A-AACATTTGTCTACATATAGCACATCTATAAAATTACCTGAAGCTGTATTTTGTACAAAATACGGAAGAAAAGCATGT-AAGGTCGA-------------------ATA-TATATATAAATATG---------AACAAAATA--TACTGCAAATC--T--TTGTGTGTTTGATGACATTTAACAAACATTTCACATTTATTT-TATT--TTAATCAATATCCTAT----AATAAT--------GCA-GA---A-----A--AA---T--AAGAATATGACATATTTTGAAATAT-TCCTTCCTCCATATTTTACTAGTTGACCTTCGACCCAAT--TACTTTAACTAATGAAACATA---TCATTCAAATC--------ATAT---TTAAATATATATTTAA-ATTGAATCAGT--TATGTTGGT--AAAATATATAACAAACATCTT-AAATATGAATATTGTTATATCAT--ATATTATATCAGTTCTTGCTTAACAGTTTACGCATGATA--CTATTTGGTGACCT-TTGTCCTGTTAAGTCCATCAAACAAGATGTATACCTAGTATTTGCATTATAACAACAGAAAAGGTTGTGCTTAAG-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------CCTTTGACCAAATGACCTC----AATGCATTATACATG-TTATTA-----TTTTATACACATACCATTGga
gi|3 : -TATGCTTATTATATATTGATTGATAATCATATTTT-ACGATC----GCAATACAAATCAGACTCTATGTTAAATATGAGAGTTCTCATCAAATTTGCC-AAACATCAGGTAATATTTTATACTACATATCGTAATGCTACCAATCTGATTATACAAAGATTTCGTGGACCAGAACATTTAATGTACCATGCGGTTTGTGGTGAAGCTTAACTGTTATTGTGATACACTGC----TGTAATGCTATTGGGTAAACTC-T-A-TGTCATATTAATTGTCTTAATATCTCCTACATGTGCAGAAGCATAACCTCT-A-AAGTTTTA-CTACATACGGCACATCTATTAAATTAAATACAGCTGCATTTTGTAC-AAATACTGAACAAATGCATGTCAAGGTTAAGTTAATTCCAACTACATGTATA-TATATATTAATATACCCATTAATAACAATATA--TACAGTAAATC--T--GTGTGTGTATGATAACATAAAGCAAACATTTCGCC------T-TATT--TTGATTAATATCCTAT----AATAAG--------GCT-AA---AAAAACT--AA---TAAAAGAATTCAACATATTTTGAACAAT-TTCCTCCTCAAT-TTTCACTAGTTGCCCTTTTACCCAAT--GACCTTAATGAAT-------------ATT-TAA-C--------ACAT---TCAACGATATATTTActaa
gi|3 : gtatgatgattggggtggagggatCTAGATGCGTACCTCATATTTGCATCGTAACAACATCAAATGTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctagatgcgtacctcatatttgcatcgtaacaacatcaaatgttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgacccaataacctcaatctataatacattattaataatttttatacacatgccagtggtaat
gi|3 : gtatgatgattggggtggagggattatgcttattatatattgattgataatcatattttacgatcgcaatacaaatcagactctatgttaaatatgagagttctcatcaaatttgccaaacatcaggtaatattttatactacatatcgtaatgctaccaatctgattatacaaagatttcgtggaccagaacatttaatgtaccatgcggtttgtggtgaagcttaactgttattgtgatacactgctgtaatgctattgggtaaactctatgtcatattaattgtcttaatatctcctacatgtgcagaagcataacctctaaagttttactacatacggcacatctattaaattaaatacagctgcattttgtacaaatactgaacaaatgcatgtcaaggttaagttaattccaactacatgtatatatatattaatatacccattaataacaatatatacagtaaatctgtgtgtgtatgataacataaagcaaacatttcgccttattttgattaatatcctataataaggctaaaaaaactaataaaagaattcaacatattttgaacaatttcctcctcaattttcactagttgcccttttacccaatgaccttaatgaatatttaacacattcaacgatatatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGA-------C------CCA-ATAACCTC----AATCTATAATACA---TTATTAATAATTTTTATACACATGCCAGTGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgacccaataacctcaatctataatacattattaataatttttatacacatgccagtggtaat
gi|4 : gtatgatgattggggtggagggattatgcttattatatattgattgataatcatattttacgatcgcaatacaaatcagactctatgttaaatatgagagttctcatcaaatttgccaaacatcaggtaatattttatactacatatcgtaatgctaccaatctgattatacaaagatttcgtggaccagaacatttaatgtaccatgcggtttgtggtgaagcttaactgttattgtgatacactgctgtaatgctattgggtaaactctatgtcatattaattgtcttaatatctcctacatgtgcagaagcataacctctaaagttttactacatacggcacatctattaaattaaatacagctgcattttgtacaaatactgaacaaatgcatgtcaaggttaagttaattccaactacatgtatatatatattaatatacccattaataacaatatatacagtaaatctgtgtgtgtatgataacataaagcaaacatttcgccttattttgattaatatcctataataaggctaaaaaaactaataaaagaattcaacatattttgaacaatttcctcctcaattttcactagttgcccttttacccaatgaccttaatgaatatttaacacattcaacgatatatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctagatgcgtacctcatatttgcatcgtaacaacatcaaatgttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttTTC--GCCATCTC----AATACAAGTCAGACTCAATGTTAAATATGAGAGTTCTCATTAG-TTTGTCAAAATATCAGGTAGT--TTTA------------TATTGCTACCAACCGTATTATACAAAGATTTCGAGGACCAGGACATTAAATATGCTAGGCATTTAGTGGTGAAGCTTAACTGTTATTGTGATATACTGC----TGTAATGCCATTGTATAAAC-CTT-G-TGTCCTATTTATTGTCTTAATATTCCCTACATGTGTAAAAGCATGACCTATAA-AAACGTTG-CTTCCTACAGCACATCTATTAAATTACATGCAGCTGCATTTTGTACAAAATACTGAAGAATGGCATGA-AAGGTCAAGTTCA----AA--------A--------ATTAATATACTCATAAATAACAAAATA--TACAGTAAAT-------TGTGCATTTGATGGCATT------ACATTTAACA------T-TATA--TTGATAAATACGCTAT----AATATA--------GCT-AA---AAAT--T--AA---TAAACGGATTTGAAATATTTTTAACAAT-TTCCTCCTCAAAATGTTACTAGTTGACCTTTGACCCAAT--GACCTTAATGAATGACATATA---TCATTTAAAGC--------AAAT---TTAAAGATATATTTAA-AATGAATCAGT--TCTGTAGAT---AAATATATAACA---ATC-------ATGAATATTGTTATTTCAT--A---TATATCAGTTCCAGCTAAACATTTTGCGTATACTA--CTATT-------------------------CGTCAAGCTTGATATATACCTGGTATTTGCATTATAACAAAAGAAAATGTTGTGTTTAAaat
gi|4 : gtgtgtggtagggtggagggggcgattggtaaatctcattcgggaaactgatGA-------C------CAT-ATGACCTC----AATGAATAATACATG-TTATTA-----TTCTATACGCATGCCATTTGTannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgaccatatgacctcaatgaataatacatgttattattctatacgcatgccatttgta
gi|5 : gtgtgtggtagggtggagggggcgattggtaaatctcattcgggaaactgatttcgccatctcaatacaagtcagactcaatgttaaatatgagagttctcattagtttgtcaaaatatcaggtagttttatattgctaccaaccgtattatacaaagatttcgaggaccaggacattaaatatgctaggcatttagtggtgaagcttaactgttattgtgatatactgctgtaatgccattgtataaaccttgtgtcctatttattgtcttaatattccctacatgtgtaaaagcatgacctataaaaacgttgcttcctacagcacatctattaaattacatgcagctgcattttgtacaaaatactgaagaatggcatgaaaggtcaagttcaaaaattaatatactcataaataacaaaatatacagtaaattgtgcatttgatggcattacatttaacattatattgataaatacgctataatatagctaaaaattaataaacggatttgaaatatttttaacaatttcctcctcaaaatgttactagttgacctttgacccaatgaccttaatgaatgacatatatcatttaaagcaaatttaaagatatatttaaaatgaatcagttctgtagataaatatataacaatcatgaatattgttatttcatatatatcagttccagctaaacattttgcgtatactactattcgtcaagcttgatatatacctggtatttgcattataacaaaagaaaatgttgtgtttaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttTAGGCATTTAATGGTGAAGTTTAACTGTTATTGTGATACACTGC----TGTAATGCCATTGGACAAAA-C-T-AATGTCATATTTATTGTCTTAATGTACCCTACATGTATAGAAGCAATACCTGTAACAAAGTTTG-CTCCATACTGCACAATTATTACATAACAAACAGCTGAATTT-GTACAAAATTCGGATGAAAGGTAAGT-AAGGTCAAGTTCATTCCAAC------TATG-AATATATCAAAATACCCATCAATAACAAAAAA--CACAGCAAATCAATCGTTGTTTGTATGATGACATTGAGCAAGCATTTCAC----------------------ATATCCTTT----TATAAA--------GCT-AACATA-----T--AT---TAAAAGAATATGAAATATTTTAAAAATT-TCCCTCCTCAATATTCTTCTAGTTGACATTTGACCCAAT--GATTTTAATGAATAATACATA---TTATTTTAAGC--------ATAT---TTAAAGATATATTTAA-ATTGAATCAGT--TCAGTTGGTAAAAAAAATATAGCAAACATCTTAAAATATGAACATTGTTATTTCATAGA---TATATCAGTTCCATCTTTACATGTTGCACATGATATCCTATATGGTA------TGACCTTTTAAATCCGTCAAACTAGA--------TGGTATTTG---CATAATACCAGAAAATGTTGTGTTTAAG-a
gi|5 : cactaagggtgccacaGA-------C------CCA--TAACCTT----AATGAATAATATATGTTTGTTT-----TTGTATACACATGCTATTGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatttgacccataaccttaatgaataatatatgtttgtttttgtatacacatgctattggtaattt
gi|6 : cactaagggtgccacataggcatttaatggtgaagtttaactgttattgtgatacactgctgtaatgccattggacaaaactaatgtcatatttattgtcttaatgtaccctacatgtatagaagcaatacctgtaacaaagtttgctccatactgcacaattattacataacaaacagctgaatttgtacaaaattcggatgaaaggtaagtaaggtcaagttcattccaactatgaatatatcaaaatacccatcaataacaaaaaacacagcaaatcaatcgttgtttgtatgatgacattgagcaagcatttcacatatccttttataaagctaacatatattaaaagaatatgaaatattttaaaaatttccctcctcaatattcttctagttgacatttgacccaatgattttaatgaataatacatattattttaagcatatttaaagatatatttaaattgaatcagttcagttggtaaaaaaaatatagcaaacatcttaaaatatgaacattgttatttcatagatatatcagttccatctttacatgttgcacatgatatcctatatggtatgaccttttaaatccgtcaaactagatggtatttgcataataccagaaaatgttgtgtttaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatttTTTATTGTCTTAATATCCCCTACATTTGAAGAAGCATAACCTCTAA-AATATT-G-ATACATACAGTACATCTATGATATTACAT----------TTTGTACAAAATACCGAAGAAAGGCATGT-AAGGTCAAGTTCATTCAAAC------TATG-TAGATATTAATATACCCATCAATAACACAGTA--TACAGTTTATT--T--GTGTTTTTATGATGACATGAAGCAA--------------------------GATTAGTATTCCAT----TAAAAA--------GCT-AA---A-----G--CA---TTAGAAAAAAGGACATATTTTGAAAAAA-TACTTCCGCAATATTTTACTGGTTGATCTCTGACCCAGT--TACCTTAAAGAATGATACACA---TCATTCCATAC--------ACAT---TCAAAGATATATTTAAAAAGGAATAAGTTTTATNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATCATAACAACAGAACA---TGTGCTTAAG-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------C------CCA-ATGACCTC----AATGAATAATACATG-TTATAA-----TTTTATACTCATGCAATTGaattt
gi|7 : CATTTAGTGGTGAAGCT-----GTTATTGCAATACACTGCCATTTATAATGCCATTGGACAAAC-C-T---TGTCATTTTTATTGTCTTAATATCCCCTACATGTGTAGAAGCATTACCTCTAA-AAATATTG-CTACATACAGCACATCTTTTAAATTAAATGCAGCTACATTTTGTACAAAATACGGAAGAAATACAT--------CAAGGTCATTCCAAC------TATG-TATATATTAATATACCCATCAATAACAAAATA--TACAGCAAATC--T--TTGTGTTTAAGATGGCATTAAACAAACATTTCACA------T-TATT--TTGATTAGTATCCTGT----AATAAA--------GCT-AA---A-----A--AATATTAAAAGAATATGACATATTTTGAAAAAT-TCCCTCTTCAGTATTTTACTAGTTGACCTTTGATCCAAT--GACCTTGATAAATGATACATA---TCATTCTAA-C--------ATAT---TTAAA-ATATAATTtta
gi|8 : TGTGCGAGGCGTTTGTCAATACAGCCTAACAGTTCTTGTGATACACTGT----TGTAATGTCACTGGACACAT-C-TTA-TGTTGTTGTTGT-GTCATACTATATACTACATGTGTAGAAGCGTGACCTCTAA-AGTGTCTG-GTATCTACACTACATCTATTAAATTAC-T---GCTGAA----G-ACAAGTCATTTA-------CATGT-AAGGTGAAGTTCATTCCAA-------TACGTTATATATTTATATATACACGAGTAAAAAAAGAACTACAATGTCTC--T--TTGTGTATGTGATGAT-----ACATGTATATTACA------TATATTACTCG--CAAGTTCCAGT-----ATAAA--------GCTAAA---A-----C--AA---TTCACAATTATGACATATTTTGTACAATCTATTCCCTCAATATTTTACTAGATAACCTTCATCCCAAT--
gi|9 : ATAAGTAACATAACA--TACAGTAAGTA--T--GTGTGTTTATGGTGACAACAGACAATCATTTTACA------T-TATT--GTGATAAATATCCCAT----AATAAA--------GCC-AA---A--------------------ACATGACATATTTTGAACAAT-TTCCTCTTCAATATTTTACTAGTTTACCGTTGACCTTTT--GACTTTTACCGTTGA----------CCTTTTGACC--------TTAA---TGGATGATACATATCA-TTTTAACCACA--TAT--------AAAAT-TATA--------CTT-AAA-----ATTCTGTCGGTAAAT--A---TATATAA----CA----AACATATTGT---TGATG--TTATTCGGTGACCT-TTGGC-TTTTAAGTCCATCAAGTTAGATGTATACCTGGTATTTGTATCATAGCAAGAGATAATGTTGGGATTAA