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Reference ( gi|5 )            :                                                                                                                                                                                       CGTTTATTCTCATGTATTAGGCGCGTTTTCC--CCCCAACTTTTATGATCTTCGAGAAGGAATGCGCGAT-ATACATAGGTACAGAAGATTTCA--TTTTT--TTTTTAAATGTAAT-TT-TTCAAAGATTTATCGATTCAGAAAAGATTTTGCTACACCGGTATGTTCAGATATTAATTTCAGGACAATTTCTTCATGTGAGCTCGATTATAGGTGATGATTTACCTAGTGGAGAATGTTTTAT-TCAAATTCAGTCCTTATATATTATATATGCAGTAAAACATGTCAAATAAAT
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7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|2 ): AATGTATGTTAACACAACTGGCAGTATTAAGTTTCATTTACATGGCTAATTCCTATCTAAAGATATTGAGTGGAAGTCATTATTCTATTTTAAGTAACAATGACCTTGACCCATACCTCAGTCACCAAAACATACAATCCCAAATTTCTGCTCCATATAAGCTACCTATGTATAGATTCATTTAAATAATTTCATCCTAACTTAAGTTATTGAAAAGAAACCAATTTTCTTTTTTTAGTAACAATTAAATGACCTTGAATGTAGCACCACTGACTCATTTGGAATCCAAACCATCTTCTCATATAAACATATGTACAAAGTTTCATTCAAATAGCTAAATCCTTACTAAAGTAATTGAATAGAAACCATAAATTCTCACTTTGAACCG
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Unaligned ( gi|12 ): TATGTTATAAAGTGGAAACTGTTTTCTTATTTTTTGTAACAGTGACCTTGACCTCACGCATATTGTCCTGGAAATTGGAATGCCAGGTTTAGTTTTGATATAATACTCTATCAATTCAATTTTACAA
Unaligned ( gi|13 ): AGTGACTGTGACATTGATTTTGTCCCAAGTTACAATCCCATCCTTTGTATCCATATAAGCTAGCTATCTATAGAGACAATTTCATTCAAATATTTCAATCCTAACTAAAATTATTGAA
Unaligned ( gi|16 ): AACATTTGATACAATACTGCAAACAGTGTAACAATATATACAGTGCAGTT






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Reference ( family-147 )      :                                                                                                                                                                                                                          CGTTTATNCTCACGTATTANGCGCGTTTTTTTTC--CAACTTTTAAGATCTTCGAGAAGGGATGCGCGAT-ATACACAAGTACAGAAGATTTCA-TTTTT---TTTTTAA-TGTAAT-TT-TTCAAAGATTTATCGATTCAGAAAAGATTTTGCTACACGGGTATGTTCAGATATTAATTTCAGGACAATTTCTTCATGTGAGCTCGATTATAGGTGATGATTTACCTAGCGGAGAATGTTTTAT-TCAAATTCAGTCCTTATACATTATATATGCAGTAAAACATGTCAAATAAAT
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                             TCGAAAAGGGATGCGCAGT-ATACTCAAGTACAGAAGATTTCA-ACTTA---TTTTTA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                           C--CAACTTTTAAGATCTTGGAGAAGGGATGCGTGAT-A--------TACAGATGATTTTA-TATTT---TTTT--A-TGTATT-TT-TTCtaaagcgtctgcccctccatctgattaagtgattttgctata
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                            TTTAT--TCACGTATTGTGCACATATTTGTTC--CAACTTTTAAGAACC-CAATAAAAGATGCAC-ATGATAGACAAGTACAGAAGGTTTCA-CTTTT---TCTTCAA-GGTAAT-TTGCCCCAAGACTGATCGATTTGGAAA
gi|5                          : cataagcaatcccaatctatgtctcgatataagctacctatgcacgaaaattaaataaaatatctcatatcttccttatattattcagcagaaactattttcttattttcagaaacagtgaccttgaactcagtgaccccatatatgcaatcccaaccttcgtctcaatataaactgtgtgacagttctatgtacaaagtttcattcaaattctattCGTTTATTCTCATGTATTAGGCGCGTTTTCCCCC--CAACTTTTATGATCTTCGAGAAGGAATGCGCGAT-ATACATAGGTACAGAAGATTTCA-TTTTT---TTTTTAAATGTAAT-TT-TTCAAAGATTTATCGATTCAGAAAAGATTTTGCTACACCGGTATGTTCAGATATTAATTTCAGGACAATTTCTTCATGTGAGCTCGATTATAGGTGATGATTTACCTAGTGGAGAATGTTTTAT-TCAAATTCAGTCCTTATATATTATATATGCAGTAAAACATGTCAAATAAATtattt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                          CGTTTATTCTCACATATTAAGTGCATTTTTTTTC--CAACTTTTAAGATCTTTGAGAAGGGATGTGCAAT-ATATGCAAGTACAGAAGATTTCA-TTTTT---TTTTCA--TGTAAT-TT-TTCAAAGATTTACCGATCCAGAAAAGATTTTGCTACACCGGTGTATTCAGATATAAATTTCAGGACAATTTCTTCATGTGAGCTCGATTATTGGTGATGATTTACCTAACGGAGAATGTTTTAT-TCAAATTCAGTCCTTATACATTATATATGCAGTAAAATATGTCAAATAAAT
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Reference ( family-147 )      :                                                                                                                                                                                                                          CGTTTATNCTCACGTATTANGCGCGTTTTTTTTC--CAACTTTTAAGATCTTCGAGAAGGGATGCGCGAT-ATACATAAGTACAGAAGATTTCA-TTTTT---TTTTTAA-TGTAAT-TT-TTCAAAGATTTATCGATTCAGAAAAGATTTTGCTACACNGGTATGTTCAGATATTAATTTCAGGACAATTTCTTCATGTGAGCTCGATTATAGGTGATGATTTACCTAGCGGAGAATGTTTTAT-TCAAATTCAGTCCTTATACATTATATATGCAGTAAAACATGTCAAATAAAT
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                             TCGAAAAGGGATGCGCAGT-ATACTCAAGTACAGAAGATTTCA-ACTTA---TTTTTA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                           C--CAACTTTTAAGATCTTGGAGAAGGGATGCGTGAT-A--------TACAGATGATTTTA-TATTT---TTTT--A-TGTATT-TT-TTCtaaagcgtctgcccctccatctgattaagtgattttgctata
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                            TTTAT--TCACGTATTGTGCACATATTTGTTC--CAACTTTTAAGAACC-CAATAAAAGATGCAC-ATGATAGACAAGTACAGAAGGTTTCA-CTTTT---TCTTCAA-GGTAAT-TTGCCCCAAGACTGATCGATTTGGAAA
gi|5                          : cataagcaatcccaatctatgtctcgatataagctacctatgcacgaaaattaaataaaatatctcatatcttccttatattattcagcagaaactattttcttattttcagaaacagtgaccttgaactcagtgaccccatatatgcaatcccaaccttcgtctcaatataaactgtgtgacagttctatgtacaaagtttcattcaaattctattCGTTTATTCTCATGTATTAGGCGCGTTTTCCCCC--CAACTTTTATGATCTTCGAGAAGGAATGCGCGAT-ATACATAGGTACAGAAGATTTCA-TTTTT---TTTTTAAATGTAAT-TT-TTCAAAGATTTATCGATTCAGAAAAGATTTTGCTACACCGGTATGTTCAGATATTAATTTCAGGACAATTTCTTCATGTGAGCTCGATTATAGGTGATGATTTACCTAGTGGAGAATGTTTTAT-TCAAATTCAGTCCTTATATATTATATATGCAGTAAAACATGTCAAATAAATtattt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                          CGTTTATTCTCACATATTAAGTGCATTTTTTTTC--CAACTTTTAAGATCTTTGAGAAGGGATGTGCAAT-ATATGCAAGTACAGAAGATTTCA-TTTTT---TTTTCA--TGTAAT-TT-TTCAAAGATTTACCGATCCAGAAAAGATTTTGCTACACCGGTGTATTCAGATATAAATTTCAGGACAATTTCTTCATGTGAGCTCGATTATTGGTGATGATTTACCTAACGGAGAATGTTTTAT-TCAAATTCAGTCCTTATACATTATATATGCAGTAAAATATGTCAAATAAAT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                         cCGTTTCTACTCACGTATTAGGAGCGTTTTTTTTC--CAACTTTTAAGATTTTCGAGAACGAATGCGCTTT-ATACATAAGTACAGAAGATTTCA-TTTT------TTTAA-TGTAAT-TT-GTCAAAGATTTATCAACTCAGAAAAGAGTTTGCTACACAGGTATGTTGAGATATTAGTTTCATGACACTTTCTTCATGTGAGCTTGATTATAGATGATGAATTACCTAGTGGAGAAGGTTTTAT-TCAAATTCAGTCCTTTCACATTATATATGCAGTAAAACATGTCAAATAAAT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                          CGTTTATCCTCATGTATTATGCATGTTTTTTTCC--CAACTTTTAAGATCTTCGAGAAGGGATGCG---------ATAAGTACAGAAGATTTCA-TTTTT---TTTTTA--TGTAAAATT-TTCAAAAATTTATCGATTCAGAAAAAGTTTTG-TACACGGGTATGTTCAGATATTAATTTCAGGACACTTTCTTCATGTGAGCTTGATTATAGGTGATGATTTACCTAGCGGAGAATTTTTTTTCTCAAATTCAGTCCTTATACATTATATATGCAGTAAAACATGTCAAATAAAT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                           GTTTCTACTCACTTATTAAGCGCGTTTTTTTTCTCCAACTTTTAAGATCTTTGAGAAGGGATGCGTGAT-ATACATAAGTACAGAAGGTTTCC-CTTTTATTTTTTTTA-TGTAAT-TT-TTCAAAGATTTATTGATTCAGAAAAGATTTTGCTACATGGGTATGTTCAGATGTTAATTTCAGGACAATTTCTTCATGTGAGCTCAATTATAGGTGATGATTTACCTAGCAGAGAATGTTTTAT-TCAAATTCAGTCCTTATACATTATACA


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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                 T           A              .                                G  .                       .     .        A       .  .                                C     C                                                                                     .
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                 A           A              .                                T  .                       .     .        A       .  .                                .     G                                                                                     .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                            .                                G  .                       .     .        .       .  .                                                                                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                             .  .                       .     .        .       .  .                                                                                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                             .  .                       .     .                                                                                                                                                 


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                          
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finalCons                     :                                                                                                                                                                                                                          CGTTTATNCTCACGTATTANGCGCGTTTTTTTTC--CAACTTTTAAGATCTTCGAGAAGGGATGCGCGAT-ATACATAAGTACAGAAGATTTCA-TTTTT---TTTTTAA-TGTAAT-TT-TTCAAAGATTTATCGATTCAGAAAAGATTTTGCTACACNGGTATGTTCAGATATTAATTTCAGGACAATTTCTTCATGTGAGCTCGATTATAGGTGATGATTTACCTAGCGGAGAATGTTTTAT-TCAAATTCAGTCCTTATACATTATATATGCAGTAAAACATGTCAAATAAAT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): ACTGAGAGGAAGCGAATATGCTATTTTAGGTAACAATTATCTTGTCTCCAGTTACCCATATGCAATCCAAGCCTTTGTCTCATTAACACTAAATGTTATTTCAATAACTTCTTCCTCAAGATATTGAGTGAACAATTTTTTTATACTTCCAGTACCAATGACCCAATATACAATCAAAACCTTCACCTCAATACATGTATAACCAACTTTGTAACACTTTTTAATCAGATAGCCTATTCCTATCTTAAGTTATTGAGCATAAACTGTTTTTTTCTATTTTTAGTAACAATGTCCTAGCCCTTAGTGACACCTTATGTAATCACAGCTGTCTCGATATAAGCTACATGTACTTGTATGTTAAATTTTTCATTCAAATTGCTCATTCCTAACTAAACTTGCTGAACAGAAGTCATCAGTTTGTCATATGCCCAGCCACCCTCCCAACGAACATTATCTGCCAACTTGAT
Unaligned ( gi|2 ): AATGTATGTTAACACAACTGGCAGTATTAAGTTTCATTTACATGGCTAATTCCTATCTAAAGATATTGAGTGGAAGTCATTATTCTATTTTAAGTAACAATGACCTTGACCCATACCTCAGTCACCAAAACATACAATCCCAAATTTCTGCTCCATATAAGCTACCTATGTATAGATTCATTTAAATAATTTCATCCTAACTTAAGTTATTGAAAAGAAACCAATTTTCTTTTTTTAGTAACAATTAAATGACCTTGAATGTAGCACCACTGACTCATTTGGAATCCAAACCATCTTCTCATATAAACATATGTACAAAGTTTCATTCAAATAGCTAAATCCTTACTAAAGTAATTGAATAGAAACCATAAATTCTCACTTTGAACCG
Unaligned ( gi|3 ): TATACAAATGTATTGTGAAACGGAAACGATTTTTGTATTTTTAGTAACACTCACCTTGACAGTAACCCGAGGGACCAAATATGCAATCCCTCCCTTCGTCTTGATATAAGCTATATATTTACATAGTTTCATTAAGTTAGCTAAATCGTAGCTTAAGTTATTGTGCCATTTGCCTATTTTAGTAATAATTACCTTATTCGTGACCCCAGTGACCTAATGTGCAATCTCACTTTCGACTCGATATAAGCTACATTTATACATATATAGTGTTTCATTCAAATAGCTCAATCGGAACCAAGTTCATTGAAAGGAGCCTATCAGTTTGACGATTCCCCGCCCGCAAAACGACATCCACCACCTGA
Unaligned ( gi|11 ): AACCATTTTTCTGTTTTAGGTATTAAACAGTGACCTTGACCCAAATCAGTGGCTATATATGCAATCCCAACCTTTGTATTTATATAAGCAAACTATGGACAAAACCTCATTCAAATCCTAAATAAAGTTACTGAATGGA
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Reference ( family-147 )      :                                                                                                                                                                                                                          CGTTTATNCTCACGTATTANGCGCGTTTTTTTTC--CAACTTTTAAGATCTTCGAGAAGGGATGCGCGAT-ATACATAAGTACAGAAGATTTCA-TTTTT---TTTTTAA-TGTAAT-TT-TTCAAAGATTTATCGATTCAGAAAAGATTTTGCTACACNGGTATGTTCAGATATTAATTTCAGGACAATTTCTTCATGTGAGCTCGATTATAGGTGATGATTTACCTAGCGGAGAATGTTTTAT-TCAAATTCAGTCCTTATACATTATATATGCAGTAAAACATGTCAAATAAAT
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7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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