lowQualScore : 11111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 1 111 8888888888888888888 33333333333 22222 111 1111 2222 11111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 7777777777777 22 1 111111 11111 00000000000000000000000000000 1 1 11 1 1 33333333 1 111 1 111 1 6666666666666 222 222222 22 111111111111111111 111 1 33333333333 111111 444444444444444 1 33333333 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 6666666666666666666666666666666666666666666666 11111 1 9999999 2222222 11 1 111 777777777777777777777777777777777777 11111111111 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 44444444444444444444444444444444 11 333333
lowQualScore : 11 6 8 5 77 000 8888888888888888888 77777777777 1 99999 777 0 2222 0000 0 3 55555 66 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 9 4 1111111111111 77 6 11 3 444444 6 66666 33333333333333333333333333333 77 6 6 5 22 0 0 6 0 0 6 3 11111111 5 444 0 444 1 3 0 9999999999999 88888 1 000 666666 44 3 22 2 1 33 2 44 555 2 2 333333333333333333 444 1 8 5 3 77777777777 66 44 555555 999999999999999 2 88 3 1 8 22222222 4 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 22 55 8 5555555555555555555555555555555555555555555555 00000 1 2 4444444 3 2222222 44 555 555 6 111 2 111111111111111111111111111111111111 777777 5 22222222222 33 444 3 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 55555555555555555555555555555555 444 11 2 2 2 2 2 7 3 444444 8888
lowQualScore : .. . . . .. ... ................... ........... . ..... ... . .... .... . . ..... .. ....................................................... . . . ............. .. . .. . ...... . ..... ............................. .. . . . .. . . . . . . . ........ . ... . ... . . . ............. ..... . ... ...... .. . .. . . .. . .. ... . . .................. ... . . . . ........... .. .. ...... ............... . .. . . . ........ . .................................................... .. .. . .............................................. ..... . . ....... . ....... .. ... ... . ... . .................................... ...... . ........... .. ... . . ..................................................................................................................................... . ................................ ... .. . . . . . . . ...... ....
lowQualScore : 00 0 6 1 66 000 1111111111111111111 44444444444 7 77777 666 7 1111 3333 7 6 66666 99 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 6 7 1111111111111 99 3 77 5 333333 7 77777 22222222222222222222222222222 77 5 0 3 33 8 0 0 0 8 0 0 22222222 0 999 6 000 0 0 6 9999999999999 88888 1 444 555555 66 2 44 9 7 99 9 44 000 9 7 444444444444444444 000 8 2 0 2 33333333333 77 44 555555 777777777777777 3 66 2 5 0 22222222 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 88 00 8 5555555555555555555555555555555555555555555555 00000 4 3 5555555 7 0000000 44 000 666 0 222 7 555555555555555555555555555555555555 222222 0 77777777777 44 777 1 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 44444444444444444444444444444444 777 77 7 7 7 9 6 9 1 666666 8888
consensus : GTTTTGGGCTCCAAAGTGAATAAGATACTGAACCCAAAA---G-----TTGT-A-TG-----TTCTATA---T-------GATACACATT--CA-AAAAAAAN--AGA----GC---CAACATTTGGT---TGAAAAT--TA--A-T--A----T--AAGA--CA-----A--AAG--------------------TGAA-AGTAATGTCTATATA--AT---------A--CAATTT-GCACCTAAAC-T----T-TA-----ACA------A-----A--------AG------CCCAATTTCTCCTTTTCAATCCGATATTTCGCCTTTGA-ACTT-AAATATAGCAGCCCTT---TT-CGGTACAAAATGACTCGAAG---TATAAGCATACACCCTTGTGCCAAGTAACATTC---CAC----GTAACTGTNA-GCATGCA--CAGTAA---ATCACAACTTG--CACCAAAA-CTTTAA-CGCAGA--G-TTT-AAAG---AC-AAAA-TAT--------GAC-------CTGCAAGC---CATGCACANTTATGAAC--A--NTTN-ANNAAAACTT-TAACG---CAAAGTTTA-AAGAC-AA--A-TATGACCNTTTC-GCCCTGC-A-T------A-TGAC-----C------TT-T-------------A--------------G---C---CCAATATGTTACATACTGCCTCAGAGATATTTGCCAATGATACAGTGAGTATTTTAGAGCATTTTGTCGACATTAAAAA-----AACTTTAACGCAAAGT-T----TAAAGAC--AAAA-TATGACNTTTTC---A-C-C-TGCAAN--ATGACC-TTGACT----TT--GAA--TNN---A---GGAGCC-CGAATATGTTACATA------CTGCCT-----------CA--GAG---TA-TAAGCATNCACACN--T--ATGCT--ATGT-----------AA---C-TGCA---A-GCNATGCACA-C-TNATG-----------AA---CAACTT------A----A--A------------AAACTT---------T------AACGCAGAGTTTAAAG--G------C-AA--A-T---GTGA-C-CTTTTC---ACCCT-GCA-AT-ATGACCTTG-ACTTTGAATTTAG-GAGCCCNAATATG--T-TACATACTGCC
Reference ( gi|1 ) : GTTTTATGCTCCAAAATGACTAAGATACTAAACCTGAAA---G-----T------CA-----TTCTATA---T-------GATACACATT--TA-AAAAAAAA--AGA----GC---AAACATTTGGC---TGAAAAT--TA--A-T--A----T--A--A--CA-----A--AAT--------------------TGAA-AGAAATGTCCATATA--A----------A--CAACTG-GCAGCTAAAC-T----T-TA-----ACA------A-----AC-------AG------CCCAATTTCTTCTTTTCATTTTGATATTTAGCCTTTGA-ACCT-AAATATAGCAGCTCTT---TTTTGGTAGAAAATAACTAAAAG---TATAAGCATAAACCCTTGTGCCAAGTAACATGC---CAA----GTAACTGTTA-GCATGCA--CAGTAA---ACGACAACTTG--CATCAAAT-CTTTAA-TGCAGA--G-TTT-AAAG---AC-AAAA-TAT--------GAC-------CTGCAAGC---CATGTACACTTATAAAT--A--TTTA-AAAAAAACTT-TACCG---CAAAGTTTATAAGGC-AA--C-CGTGACCGTTTT-GCCCTAC-A-C------A-TGAC-----C------TT-T-------------A--------------G---C---CCAATATGTTACATACTTTTTCAAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAAAA-----AACTTTAATAAAAAGGATAG-ATAAAGGC--AGA--TATGATGTTTTC---A-C-C-TGCAAA--ATGACC-TTGACA----TT--GAA--TAA---A---GGAACC-CGAGTATGTTACATA------CTGCTT-----------CA--GAG---TA-TAAGCATCCACACC--T--ATGCT--ACGT-----------AA---C-TGCA---A-GCTAAGCACA-C-TAATG-----------AA---CAAGTT------A----A--A------------AAA--T---------T------AAGGCAAAGTTTAAAG--G------T-AA--C-T---GTGA-C-TGTTTC---ACTGT-GCA-AT-ATGACCTTG-ACTTTGAATTTAG-GACCCCCAATATG--C-TACATACTGCC
gi|13 : GTTTTGGGCTCCCAAGTAAAAAAGATACTGAACCCAAAA---GTTGTAT------TG-----TTCTATA---C---------CAAACATTAACA-GAAAAAAAT-ATA----GCTATAAACA--AGACATACGAAAATAAGA--A-TC-A----T--A--A--TA-----CCTAAG--------------------TGAA-AGTGATATCTATATATTAT---------A--CAATT--GCACCTAAACAT----TATA-----ATAGTT---A-----TA-------AG------CTCATTTTCTCCTTTTAA-TCTGATATATCGTC-TTGA-ACTT-AAATATAGCAGCCCT
gi|16 : GCTCCAAAGTGG---AAATAATA--CCCGAAAAGTG-----TAA----TA-----TTTTCTA---T-------GATACACATT--CATAAAAAAAC--AGA----GC---GAACATTTGGT---TGAAAAT--TG--A-T--A----A--T--A--CA-----A--AAG--------------------TGAA-AATAATGTCTATATAC-ATGTAT-----A--CAATTT-GCAACTAAAC-C----T-TA-----ACA------
gi|26 : gCCAAAGTGAATAAGATAACGAACCCAAAT---G-----C------TATAATGTTTTACA---T-------GATACACAt
gi|2 : CAGAGTGAATAAGATACTGAACCCAAAA---G-----TTGTAA-TG-----TTCTATA---TTATTATAGAGGCACA-T--TA-ATAAAAAT--AGA----GC---CAGCATCTGGT---TGAAA----TAAGA-C--A----T--AAGA--CA-----C--AA----------------------GAATATAAATATC---ATA--AT---------A--CA
gi|5 : CAAAGTGAATAAGATACTCAACCCAAAA---G-----TTGTAA-CG-----TTCTATA---A-------GATACACAATAACA-AAAACAAG--AGA----GC---CAACAT----A---AGAAAAT--AAG-A-TTCA----T--A--ATACA-----A--AAG--------------------TGAA-AATAATGTCAATATA--ATTAC------A--CAA-TGTGCACCTAAAC-T----T-TA-----CCA------T-----AG-------AGATATAACTCAATTTCTCCTTTTCAATCCGATATTGCGCCCTTGgaagtgaatgtaacatgtcttatataattatatatatatataaatacaatttgcacctgaactttaacatagtttaaagcccaatattttgtttacaatctgatatttcgctttgaacttaaatacagcagcccttaaattgtacaaaaactcgatgtataagcacacacacttgtgccaagtgatattctcataactgtaactactgatatgcatgtagtattttacaacttgcaccaaaactttaacactgagttttaaagacaaaatatacagttccaactgtataactgcaagcaatgcaaaattaagaccaacttgcacaaaaacttcaacataaagtttaaagactgtttcaccctgcaatatgacattgaactttttacatactgcctcagagtttaagcattcgcactacatataactgcaagctatgaacacttacaaacaatttgcacctaaactttaatgcagtcactgacacaaacactgatgcagcggaaagtacataacttccactattcatagaatagtcaagttaaaaaca
gi|20 : AGTGAATAAGATACTGAACTCAAAA---G-----TTGTTA-TA-----TTCTATA---TGATTATAGATACACATT--AATAAAAAAAT--ACA----GC---CAAAATTTGGT---T-AAAAT--TA--A-T--A----A--AAGA--CA-----T--AA----------------------GAA-AGtgcccagtaaccttctcatgactgtaattatgtacagtaaatcacaatttacacccaaacacacagtttaaagacaaaatacgacattttcatcatgcaaaatgaccttcaatttcaagctaggggccaaatatgttacataccacctcagtgtataagcacatatacttacaacatgttttagtatattaactgcaaacaatgcatagttatgaacaacttgcactaaaatttcaacacaaagattaagcaaaatgttaccttttcatcgtacaatgaccttggctttaaatttaggagcctgacatattgtatactgcctca
gi|17 : gGAATAAGATACCGAACCTAAAA---G-----TTGGCTACG-----TTCTGTAATTT-------GATACATATT--GA-CAAAAATAGTAGA----AC---CAA-ATTTAGT---AGGGAAT--TA--ATT--AGACCT--A--A--GA-----A--AAT-----------------------A-AGAA
gi|4 : -----TTCTATA---T-------GACGTACATT---A-ACAAAAAA--ACATACGGC---CAACATTTGGT---TAAACAT--TA--A-T--A----T--AAGA--CATTAAGA--AATTAAGAATAATAATACAAAAGTGAA-AGTAATGTCTATATG--ATGGTATATGTA--CAACTT-GCACCTAAAC-T----T-TA-----ACAT-----AGATTTACATGTATAAA------CCCCATTTCTTGTTTTCAATCTGAAATTCCGCCTTtcatagcacaaaagt
gi|3 : tccaaaagttttaattAAGAA--TA--A-T--A----TTAA--A--AA-----A--AAG--------------------TGAA-AGTATTGTCGAAATA--T----------A--CAACCT-GAACCTAAAC-TAAACT-TAGAGTTATA------A---------------G------CCCAATATCACTTTTTCAATCCGATATTTTGCATT--ATACTT-AA-CATAGCAGCCCTT---TATCAGTACAAAAAAACTCGAGG---TATAAGCATACACCCTTGTACCAAGTAACAT-T---TAC----ATAACTGTAA-GTATAAATGTAGTAA---AT--CAACCT-----TCAAAgcctttcaacagtacaaaccttgtgccaagtaaaattcacaaaactgtaagtcttagaatgtaagtaattaatcacaacctgcaccaaaacagagttttaaagacaaaatataaccttttcaccctgcaaaatgaccacaagctttatgagctaggagccaaatatgttacataatgcctcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaacttgcacaaaaaagtttaatgcaaagtttaacacaaaatatgacctttgcacactggaatatgaccttgtgtgtaaatttagaagcccaatatgtaacatactgcctcatagtaaaagcatgcaca
gi|2 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgatatatatgaaacactaacagacaaaacttgaaaaaaaatttggttatacattaattcttgatacaagaaaaatATATA--A----------ATACAATTT-GCACCTGAAC-T----T-TA-----ACATAGTTTA-----A--------AG------CCCAATATTTTGTTTACAATCTGATATTTCGC-TTTGA-ACTT-AAATACAGCAGCCCTTAAATT---GTACAAAA--ACTCGATG---TATAAGCACACACACTTGTGCCAAGTGATATTCTCATAACT--GTAACTACTG-ATATGCATGTAGTAT---TTTACAACTTG--CACCAAAA-CTTTAA-CACTGA--GTTTT-AAAG---AC-AAAA-TATACAGTTCCAACTGTATAACTGCAAGC---AATGCAAAATTA-AGACCAA--CTTGCACAAAAACTT-CAACA---TAAAGTTTA-AA-------------GACTGTTTC-ACCCTGCAA-T------A-TGAC-----A------TT-G-------------A--------------A---C---T-----TTTTACATACTGCCTCAGAGatgtcattgaccttcagggtaagagcccgatctattacattatacctaagagtataaacattcacactttcataccatgtttcagccatgaaactgcaaacaaagcagatgaacaactttaacgcaaattaacttgaagacacagtttcatcttttaattttcaccctgcactatgatattgactttgaatttaggaatcctgtatgtccgacatactgcctcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|12 : cagagtgaataagatactgaacccaaaagttgtaatgttctatattattatagaggcacattaataaaaatagagccagcatctggttgaaataagacataagacacaagaatataaatatcataatacagaagtgaatgtaacatgtcttatataattatatatat-------AG------CCCATTTTCT-CTTCCCATTCCGATATTTCACC--TGA-ACTTGGGATAT---AACTCTT---tttaagcattcgcactacatataactgcaagctatgaacacttacaaacaatttgcacctaaactttaatgcagtcactgacacaaacactgatgcagcggaaagtacataacttccactattcatagaatagtcaagttaaaaaca
gi|15 : aagttataAATTTTGCAGTCCAT---TTGTGGTACAAAATGCCTCAAAG---TATA-GCCTACACCCTTGTGCCAAGTTACAT-T---CAC----ATAACTGCAA-ACATACA--TGGTAA---ATCACAGCCTG--CACCAAAA-CTGTAA-TGCATATTG-CCT---------C-AGAG-TAT--------AA----------GCAAGCACACATATGCAaagcatacacagtaaatcacaacttgcaccaaaacttcaacgcagaggttaaagacgaaaatatgaactttcgtaatcgaaaaatgaccttgattttaaataaagagacgaacagcttacatactgtctgacatacaatagatcacactcgttcttaaaaacaatacatag
gi|24 : acAATGCCTTAAAG---TATAAGAATACACCTTTGTGTCAAGTTACAT-T---CAC----ATGATT-----GCCTGCA--TAACAA---A
gi|14 : ttatgattcgcACTAAGAGGTATATAAGCATACACCATTGTGCTAAGTAACAT-T---CAC----ATAACTGTCA-GTATGCA----------------AGCTTG--CACCAAAA-GTTTAA-CACAGA--G-TTT-AAAG---AC-AAAA-TAT--------Gtat
gi|4 : atagtacagacAGTACAAACC-TTGTGCCAAGTAAAATTCA--CAAAACTGTAAGTCTTA-GAATGTA---AGTAATTAATCACAACCTG--CACCAAA----------ACAGA--G-TTTTAAAG---AC-AAAA-TAT--------AAC-------CTttttcagtactgagcaatattgcgtaaatttaactacaataaaac
gi|5 : tccaaaagttttaattttctatatgacgtacattaacaaaaaaacatacggccaacatttggttaaacattaatataagacattaagaaattaagaataataatacaaaagtgaaagtaatgtctatatgatggtatatgtacaacttgcacctaaactttaacatagatttacatgtataaaccccatttcttgttttcaatctgaaattccgccttgcctttcaacCCCTTGTGCCCAGTAACCTTCT--CA------TGACTGTAA-TTATGTA--CAGTAA---ATCACAATTTA--CACCCAA-------A-CACACA--G-TTT-AAAG---AC-AAAA-TAC--------GAC-------tttcaccctgcaaaatgaccacaagctttatgagctaggagccaaatatgttacataatgcctcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaacttgcacaaaaaagtttaatgcaaagtttaacacaaaatatgacctttgcacactggaatatgaccttgtgtgtaaatttagaagcccaatatgtaacatactgcctcatagtaaaagcatgcaca
gi|12 : caaagtgaataagatactcaacccaaaagttgtaacgttctataagatacacaataacaaaaacaagagagccaacataagaaaataagattcataatacaaaagtgaaaataatgtcaatataattacacaatgtgcacctaaactttaccatagagatataactcaatttctccttttcaatccgatattgcgTAACTCTTAAGCATACA--CAGTAA---ATCACAACTTG--CACCAAAA-CTTCAA-CGCAGA--G-GTT-AAAG---ACGAAAA-TAT--------GAA-------CTattttcatcatgcaaaatgaccttcaatttcaagctaggggccaaatatgttacataccacctcagtgtataagcacatatacttacaacatgttttagtatattaactgcaaacaatgcatagttatgaacaacttgcactaaaatttcaacacaaagattaagcaaaatgttaccttttcatcgtacaatgaccttggctttaaatttaggagcctgacatattgtatactgcctca
gi|9 : aagttataagcccattttctcttcccattccgatatttcacctgaacttgggataA--CATTAA---ATCACAACTTG--CAACAAAA-CTTTAA-TACAGA--G-TTT-AAAG---AC-AAAACTGT--------GAC-------TTttcgtaatcgaaaaatgaccttgattttaaataaagagacgaacagcttacatactgtctgacatacaatagatcacactcgttcttaaaaacaatacatag
gi|11 : GACAACTTGAACAT-AAA--CTTTAAGTTCA-A--G-TTT-AA-G---AC-AAAA-TAT--------GAtttcaccctgcaatataaccttcactttcaggttaggagaccaaaatactacatactgcctcagaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaccaaaacttaatgcagagtctaaaggaaaataaccttttcatcctgcaacatgaccgggactttaaaattgggagccaggtatgt
gi|7 : gaataaataagatgACACCCTG--CACCAAAA-CTTTAA-TGTAAA--G-TTT--AAG---GC--AAA-TAT--------GAC-------Ctattttcatcctcatatatgacagttaatttgaattgaggagcccaatatgttacatattaccgccgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcctgcaccaaaactttaacgcatgtggaacgcagacgcagacgccgttgccgttgccgacat
gi|6 : tttaacccttcaatatgaccttgactttcatgttaggagcccaatatgttacacactgcctcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacacactgcatcaaaactttaatggaaagtttaaggcaaatgtgaccttttaactatgcaatatgaccttgattttctattaggatcacaatatattacatagtattaccgcctgtgagtataagcatgcacacgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaACACCCTG--CACCAAAA-CTTTAA-TGTAAA--G-TTT--AAG---GC--AAA-TAT--------GAC-------CTattttttactgtatattacgacgttgaatttaggagccccatatgttacatactgcttcagag
gi|8 : caccctgcaccaaaactttaatgtaaagtttaaggcaaatatgaccattttttactgtatattacgacgttgaatttaggagccccatatgttacatactgcttcagagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaCTTG--CGTC--------TAA-CACAGA--G-TTT-AAAG---GC-AAAA-Ttttttactgtatattacgacgttgactttgaatttaggagccccatatgtaacatactgcttcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaacgttaccgcagatatgatgtggatgctgacgctggagcaagtacaaaaactagcttattcataaaatacacattgccacaaacctctttagc
gi|4 : tgttatatatttttatataatatttgccaatgatacagtgagtattttagagcattttgtcgacattaaaaataaagaacttaatgcagagtttaaagacaaaatatgaaaattttgctctgcaatatgaccttgactttcaaatttgttacatactgtctcagtattaaagcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactgCAAAC-CTT--G-TGCCAA--G-T---AAAATTCAC-AAAA----------------------CTGTAAGT---CTTAGA-A--TGTAAGT--A--ATTA-ATCACAACCTGCACCAAAACAGAGTTTTAAAGAC-AA--AATATAACCTTTTC-ACCCTGC-A-A------AATGAC-----CACAAGCTT-T-------------ATGAGCTAGGA----G---C---CAAATATGTTACATAATGCCTCAGAGtaattaaagtgaccttttcaccttgcaattatgaccttgactttgaagtttggagctgtagtgcaggttggatgtag
gi|10 : tccaaaagttttaattttctatatgacgtacattaacaaaaaaacatacggccaacatttggttaaacattaatataagacattaagaaattaagaataataatacaaaagtgaaagtaatgtctatatgatggtatatgtacaacttgcacctaaactttaacatagatttacatgtataaaccccatttcttgttttcaatctgaaattccgccttgcctttcaacagtaAATACTTTAA-CGTAAA--G-TTT-AAAG---AC-AAAA-TGT--------GAC-------CTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaacttgcacaaaaaagtttaatgcaaagtttaacacaaaatatgacctttgcacactggaatatgaccttgtgtgtaaatttagaagcccaatatgtaacatactgcctcatagtaaaagcatgcaca
gi|8 : TTAA-TGCAGA--G-TTT-AAAG---AC-AAAA-TAT--------GAttttatcctgcaatatgaccttggctttgaagttaggagtcacgtactacatacagcctcaaagtattaagatacattcttatgctaagttccagccttaattactgcaaacattaccaacttgcaccaaaacatttacggaggtgagatgcgaacgccgccaccgccaccgatactgacgttagtcgagtacaaaatacttcccatttcacataatagtcgagtt
gi|5 : tgttatatatttttatataatatttgccaatgatacagtgagtattttagagcattttgtcgacattaaaaataaagaacA-TAT--------TAA-------CTGCAAAC---AATGCATAGTTATGAAC--AACTTGC-ACTAAAATTT-CAACA---CAAAGATTA--AGCA-AA--A-TGTTACCTTTTC-ATCGTAC-A--------A-TGAC-----C------TT-aaattttgctctgcaatatgaccttgactttcaaatttgttacatactgtctcagtattaaagcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactgcttgcgtctaacacagagtttaaaggcaaaattaattaaagtgaccttttcaccttgcaattatgaccttgactttgaagtttggagctgtagtgcaggttggatgtag
gi|18 : caaagtgaataagatactcaacccaaaagttgtaacgttctataagatacacaataacaaaaacaagagagccaacataagaaaataagattcataatacaaaagtgaaaataatgtcaatataattacacaatgtgcacctaaactttaccatagagatataactcaatttctccttttcaatccgatattgcgcccttgtgcccagtaaccttctcatgactgtaattatgtacagtaaatcacaatttacacccaaacacacagtttaaagacaaaatacgacattttcatcatgcaaaatgaccttcaatttcaagctaggggccaaatatgttacataccacctcagtgtataagcacatatacttacaacatgttttagtCGAGC---CATGTACACTTATGAAggctttaaatttaggagcctgacatattgtatactgcctca
gi|9 : ataac-AACAAAACTT-TAATA---CAGAGTTTA-AAGAC-AAAAC-TGTGACTTTTTC-ACCCTGC-AAT------A-TAAC-----C------TT-C-------------ACTTTCAGGTTAGGAG---A---CCAAAATACTACATACTGCCTCAGAaagcttgcacctgaactgcaatgcaggtggtatgaagatgccagggagagtaaacaatagaattcatagaatagaaaaaaaataatctta
gi|4 : acattaaatcacaacttgcAAAAAAGTT-TAATG---CAAAGTT--TAACACAAA--A-TATGACC--TTT-GC---AC-A-CTGGAATA-TGAC-----C------TTGTGTGTAAATTTAGAA--------------G---C---CCAATATGTAACATACTGCCTCATAGannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaccaaaacttaatgcagagtctaaaggaaaataaccttttcatcctgcaacatgaccgggactttaaaattgggagccaggtatgt
gi|8 : tccaaaagttttaattttctatatgacgtacattaacaaaaaaacatacggccaacatttggttaaacattaatataagacattaagaaattaagaataataatacaaaagtgaaagtaatgtctatatgatggtatatgtacaacttgcacctaaactttaacatagatttacatgtataaaccccatttcttgttttcaatctgaaattccgccttgcctttcaacagtacaaaccttgtgccaagtaaaattcacaaaactgtaagtcttagaatgtaagtaattaatcacaacctgcaccaaaacagagttttaaagacaaaatataaccttttcaccctgcaaaatgaccacaagctttatgagctaggagccaaatatgttacataatgcctcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaacttgcacAAAGAACTT--AATG---CAGAGTTTA-AAGAC-AA--AATATGAAAATTTT-GCTCTGC-AAT------A-TGAC-----C------TT-G-------------A------------------CTTTCAAATTTGTTACATACTGTCTCAtaaaagcatgcaca
gi|7 : tgttatatatttttatataatatttgccaatgatacagtgagtattttagagcattttgtcgacattaaaaatAAAACTT-TAATG---TAAAGTTTA--AGGC-AA--A-TATGACCATTTT-TTACTGT-A-T------A-TTACGA---CGTTGAATT-T-------------A--------------GGAGC---CCCATATGTTACATACTGCTTCAGAGgtattaaagcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactgcttgcgtctaacacagagtttaaaggcaaaattaattaaagtgaccttttcaccttgcaattatgaccttgactttgaagtttggagctgtagtgcaggttggatgtag
gi|6 : tttaacccttcaatatgaccttgactttcatgttaggagcccaatatgttacacactgcctcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacacactgcatcaaaactttaatggaaagtttaaggcaaatgtgaccttttaactatgcaatatgaccttgattttctattaggatcacaatatattacatagtattaccgcctgtgagtataagcatgcacacgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaccctgcaccAAAACTT-TAATG---TAAAGTTTA--AGGC-AA--A-TATGACCATTTT-TTACTGT-A-T------A-TTACGA---CGTTGAATT-T-------------A--------------GGAGC---CCCATATGTTACATACTGCTTCAGAG
gi|6 : caccctgcaccAAAACTT-TAATG---TAAAGTTTA--AGGC-AA--A-TATGACCTTTTTTACTGTAT-A-TT-----A-CGACGTTGAC------TT-TGAATTTAGG----A--------------G---C---CCCATATGTAACATACTGCTTCAGAG-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNAAAAACG------TTACCGC--AGA--TATGATGTannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaccctgcaccaaaactttaatgtaaagtttaaggcaaatatgaccttttttactgtatattacgacgttgactttgaatttaggagccccatatgtaacatactgcttcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaacgttaccgcagatatgatgtggatgctgacgctggagcaagtacaaaaactagcttattcataaaatacacattgccacaaacctctttagc
gi|10 : caccctgcaccaaaactttaatgtaaagtttaaggcaaatatgaccattttttactgtatattacgacgttgaatttaggagccccatatgttacatactgcttcagagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaccctgcaccAATACTT-TAACG---TAAAGTTTA-AAGACAAA--A-TGTGACCTTTTT-ATCCTGCAA-T------A-TGAC-----C------TT-ggatgctgacgctggagcaagtacaaaaactagcttattcataaaatacacattgccacaaacctctttagc
gi|11 : -------------A--------------G---C---CCAATATGTTACATATTggctttgaagttaggagtcacgtactacatacagcctcaaagtattaagatacattcttatgctaagttccagccttaattactgcaaacattaccaacttgcaccaaaacatttacggaggtgagatgcgaacgccgccaccgccaccgatactgacgttagtcgagtacaaaatacttcccatttcacataatagtcgagtt
gi|8 : gaataaataagatggacaacttgaacataaactttaagttcaagtttaagacaaaatatgatattttcatcctcatatatgacagttaatttgaattgaggTGTTATATATTTTTATATA-ATATTTGCCAATGATACAGTGAGTATTTTAGAGCATTTTGTCGACATTAAAAATAAAGAACTT-AATGCAGAGT-T----TAAAGAC--AAAA-TATGAAAATTTT---G-CTC-TGCAAT--ATGACC-TTGACT----TT------------------------CAAATTTGTTACATA------CTGTCTCAGTATTAAAGCA--GAG---NN-NNNNNNNNNNNNNN--N--NNNNN--NNNN-----------NN---N-NNNN---N-NNNNNNNNNN-N-NNNNN-----------NN---NNNNNN------N----N--N------------AAC--TGCTTGCGTCT------AACACAGAGTTTAAAG--GCAAAATT-AA--T-TAAAGTGA-C-CTTTTC---ACCTT-GCA-ATTATGACCTTG-ACTTTGAAGTTTG-GAaccgccgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcctgcaccaaaactttaacgcatgtggaacgcagacgcagacgccgttgccgttgccgacat
gi|9 : AACAA-----AACTTTAATACAGAGT-T----TAAAGAC--AAAACTGTGACTTTTTC---A-C-CCTGCAAT--ATAACC-TTCACT----TT--CAG--GTT---A---GGAGAC-CAAA-ATACTACATA------CTGCCT-----------CA--GAA---NN-NNNNNNNNNNNNNN--N--NNNNN--NNNN-----------NN---N-NNNN---N-NNNNNNNNNN-N-NNNNN-----------NN---NNNNNN------N----N--NNNNNNNNGCACCAAAACT---------T------AATGCAGAGTCTAAAG--G------A-AA--------ATAA-C-CTTTTC---ATCCT-GCA-AC-ATGACCGGG-ACTTTAAAATTGG-GAGCCgctgtagtgcaggttggatgtag
gi|4 : acattaaatcacaacttgcAAAA-----AAGTTTAATGCAAAGTTTAACACAAA-------A--TATGACCTTTGC---A-CAC-TGGAAT--ATGACC-TTG--------T--GTG--TAA---ATTTAGAAGC-CCAATATGTAACATA------CTGCCT-----------CA--TAG---TA-AAAGCATGCACAaggtatgt
gi|2 : tccaaaagttttaattttctatatgacgtacattaacaaaaaaacatacggccaacatttggttaaacattaatataagacattaagaaattaagaataataatacaaaagtgaaagtaatgtctatatgatggtatatgtacaacttgcacctaaactttaacatagatttacatgtataaaccccatttcttgttttcaatctgaaattccgccttgcctttcaacagtacaaaccttgtgccaagtaaaattcacaaaactgtaagtcttagaatgtaagtaattaatcacaacctgcaccaaaacagagttttaaagacaaaatataaccttttcaccctgcaaaatgaccacaagctttatgagctaggagccaaatatgttacataatgcctcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaacttgcacAAA-----AACTTCAACATAAAGT-T----TAAAGAC------------TGTTT-C---A-C-CCTGCAAT--ATGAC-------A----TT--GAA-----------------C-T-----TTTTACATA------CTGCCT-----------CA--GAG---TT-TAAGCATTCGCAC-------TAC---ATAT-----------AA---C-TGCA---A-GCTATGAACA-C-TTACA-----------AA---CAATTT------
gi|5 : cagagtgaataagatactgaacccaaaagttgtaatgttctatattattatagaggcacattaataaaaatagagccagcatctggttgaaataagacataagacacaagaatataaatatcataatacagaagtgaatgtaacatgtcttatataattatatatatatataaatacaatttgcacctgaactttaacatagtttaaagcccaatattttgtttacaatctgatatttcgctttgaacttaaatacagcagcccttaaattgtacaaaaactcgatgtataagcacacacacttgtgccaagtgatattctcataactgtaactactgatatgcatgtagtattttacaacttgcaccaaaactttaacactgagttttaaagacaaaatatacagttccaactgtataactgcaagcaatgcaaaattaagaccaacttgcacAA-----AATTTCAACACAAAGATTAA-GCAAA-------A--TGTTACCTTTTC---A-T-C--GTACA--ATGACC-TTGGCT----TT--AAA--TTT---A---GGAGCC-TGA-CATATTGTATA------CTGCCT-----------CA--gcacctaaactttaatgcagtcactgacacaaacactgatgcagcggaaagtacataacttccactattcatagaatagtcaagttaaaaaca
gi|7 : caaagtgaataagatactcaacccaaaagttgtaacgttctataagatacacaataacaaaaacaagagagccaacataagaaaataagattcataatacaaaagtgaaaataatgtcaatataattacacaatgtgcacctaaactttaccatagagatataactcaatttctccttttcaatccgatattgcgcccttgtgcccagtaaccttctcatgactgtaattatgtacagtaaatcacaatttacacccaaacacacagtttaaagacaaaatacgacattttcatcatgcaaaatgaccttcaatttcaagctaggggccaaatatgttacataccacctcagtgtataagcacatatacttacaacatgttttagtatattaactgcaaacaatgcatagttatgaacaacttgcactAA-----AACTTTAATGGAAAG--T----TTAAGGC--AAA--TGTGACCTTTTA---A-C-TATGCAAT--ATGACC-TTGATT----TT--CTA--TTA-------GGATCA-CAA-TATATTACATAGTATTACCGCCT-----------GT--GAG---TA-TAAGCATGCACAC
gi|6 : tttaacccttcaatatgaccttgactttcatgttaggagcccaatatgttacacactgcctcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacacactgcatcAA-----AACTTTAATGTAAAG--T----TTAAGGC--AAA--TATGACCTTTTT---T-A-C-TGTATATTACGACG-TTGACT----TT--GAA--TTT---A---GGAGCC-CCA-TATGTAACATA------CTGCTT-----------CA--GAG---gagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaccctgcaccaaaactttaatgtaaagtttaaggcaaatatgaccattttttactgtatattacgacgttgaatttaggagccccatatgttacatactgcttcagag
gi|12 : caccctgcaccaaaactttaatgtaaagtttaaggcaaatatgaccattttttactgtatattacgacgttgaatttaggagccccatatgttacatactgcttcagagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaccctgcaccAA-----AACTTCAACGCAGAGG-T----TAAAGACGAAAA--TATGA-ACTTTCGTAA-T-C--GAAAA--ATGACC-TTGATT----TT--AAA--TAA---A---GAGA---CGAACAGCTTACATA------CTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaacgttaccgcagatatgatgtggatgctgacgctggagcaagtacaaaaactagcttattcataaaatacacattgccacaaacctctttagc
gi|10 : aagttataagcccattttctcttcccattccgatatttcacctgaacttgggatataactcttaagcatacacagtaaatcacaacttgcaccAA-----TACTTTAACGTAAAGT-T----TAAAGAC--AAAA-TGTGACCTTTTT---ATC-C-TGCAAT--ATGACC-TTGGCT----TT--GAA--GTT---A---GGAGTCACG----TACTACATA------CAGCCT-----------CA--AAG---TATTAAG-ATACATTCT--T--ATGCT--AAGT-----------tctgacatacaatagatcacactcgttcttaaaaacaatacatag
gi|5 : TAAAGAC--AAAA-TACGACATTTTC---A-T-CATGCAAA--ATGACC-TTCAAT----TT--CAAGCTAG---G---GG---C-CAAATATGTTACATA------CCACCT-----------CA--GTG---TA-TAAGCACATATACT--T--ACAAC--ATGTTTTAGTATATTAA---C-TGCA---A-ACAATGCATA-G-TTATG-----------AA---CAACTT------GC---ACTA------------AAA--T---------TTC----AACACAAAGATTAA-G--C------A-AA--A-T---GTTA-C-CTTTTC---ATCGT-ACA-AT---GACCTTG-GCTTTAAATTTAG-GA-GCCTGACATA--T-TGTATACTGCCtccagccttaattactgcaaacattaccaacttgcaccaaaacatttacggaggtgagatgcgaacgccgccaccgccaccgatactgacgttagtcgagtacaaaatacttcccatttcacataatagtcgagtt
gi|4 : caaagtgaataagatactcaacccaaaagttgtaacgttctataagatacacaataacaaaaacaagagagccaacataagaaaataagattcataatacaaaagtgaaaataatgtcaatataattacacaatgtgcacctaaactttaccatagagatataactcaatttctccttttcaatccgatattgcgcccttgtgcccagtaaccttctcatgactgtaattatgtacagtaaatcacaatttacacccaaacacacagttTAAAGAC--AAAA-TATAACCTTTTC---A-C-CCTGCAAA--ATGACC----ACAAGCTTT----A--TGAGCTA---GGAGCC--AAATATGTTACATA------ATGCCT-----------CA--GAG---NN-NNNNNNNNNNNNNN--N--NNNNN--NNNN-----------NN---N-NNNN---N-NNNNNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNAA---CAACTTGCAC--A----A--A------------AAAGTT---------T------AATGCAAAGTTTAACA--C------A-AA--A-T---ATGA-C-CTTTGC---ACACT-GGA-AT-ATGACCTTG-TGTGTAAATTTAG-AA-GCCCAATATG--T-AACATACTGCCtca
gi|11 : tccaaaagttttaattttctatatgacgtacattaacaaaaaaacatacggccaacatttggttaaacattaatataagacattaagaaattaagaataataatacaaaagtgaaagtaatgtctatatgatggtatatgtacaacttgcacctaaactttaacatagatttacatgtataaaccccatttcttgttttcaatctgaaattccgccttgcctttcaacagtacaaaccttgtgccaagtaaaattcacaaaactgtaagtcttagaatgtaagtaattaatcacaacctgcaccaaaacagagtttAAGAC--AAAA-TATGATATTTTC---A-T-C-CTCATAT-ATGACAGTTAAT-----TT--GAA--TTG---A---GGAGCC-CAA-TATGTTACATA------TTACCG-----------CC--GAG---tcatagtaaaagcatgcaca
gi|19 : gaataaataagatggacaacttgaacataaactttaagttcaagtttTTTTC---A-A-CATGCAAT--ATGACT-TTGA-------------------------AGAGCC-CTA-TATGTTCCATT------TTGCCT-----------TG--GAG---TA-TAAGCAAAAACATA--T--GTGCTTAACTT-----------TATTCC-TATA---ACGCAATGTACA-C-TGATG-----------AA---CAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcctgcaccaaaactttaacgcatgtggaacgcagacgcagacgccgttgccgttgccgacat
gi|3 : ---A-C-C-TTCAAA--ATGTCA-TTGACC----TTCAGGG--TAA--------GAGCC-CGA-TCTATTACATT------ATACCT-----------AA--GAG---TA-TAAACATTCACACT--TTCATACC--ATGTTTCAGCCATGAAA---C-TGCA---A-ACAAAGCA------GATG-----------AA---CAACTT------T----A--ACGC---------AAA--T---------TAACTTGAAGACACAGTTT-------------C-AT--C-T---TTTA-A-T-TTTC---ACCCT-GCA-CT-ATGATATTG-ACTTTGAATTTAG-GAATCCT-GTATGTCC-GACATACTGCC
gi|7 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgatatatatgaaacactaacagacaaaacttgaaaaaaaatttggttatacattaattcttgatacaagaaaaataagaataatattaaaaaaaagtgaaagtattgtcgaaatatacaacctgaacctaaactaaacttagagttataagcccaatatcactttttcaatccgatattttgcattatacttaacatagcagccctttatcagtacaaaaaaactcgaggtataagcatacacccttgtaccaagtaacatttacataactgtaagtataaatgtagtaaatca-C-C-TTCAAT--ATGACC-TTGAC-----TT--TCA--TGTT--A---GGAGCC-CAA-TATGTTACACA------CTGCCT-----------CAGAGNN---NN-NNNNNNNNNNNNNN--N--NNNNN--NNNN-----------NN---N-NNNN---N-NNNNNNNNNN-N-NNNNN-----------NN---NNNNNN------A----A--ACACACTGCATCAAAACTT---------T------AATGGAAAGTTTAA-G--G------C-AA--A-T---GTGA-C-CTTTTA---ACTAT-GCA-AT-ATGACCTTG-ATTTTCTA-TTAG-GA-TCACAATATA--T-TACATAtcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|15 : tttaacTGCATA------TTGCCT-----------CA--GAG---TA-TAAGCAAGCACACA--T--ATGCgtattaccgcctgtgagtataagcatgcacacgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaccctgcaccaaaactttaatgtaaagtttaaggcaaatatgaccattttttactgtatattacgacgttgaatttaggagccccatatgttacatactgcttcagag
gi|14 : acaattttgcagtccatttgtggtacaaaatgcctcaaagtatagcctacacccttgtgccaagttacattcacataactgcaaacatacatggtaaatcacagcctgcaccaaaactgtaaA--GAGGTATA-TAAGCAT--ACACCATT--GTGCT--AAGT-----------AA---CATTCACATA-ACT--GT-CA-G-TA-TG----------------CAAGCTTGCACCA----A--A------------AGT--T---------T------AACACAGAGTTTAAAG--A------CAAA--A-T---ATG----T-TTTCAGTACTGA-GCA-AT-ATa
gi|2 : atagtacagacactaCT--GTAT-----------AA---C-TGCA---A-GCAATGCAAAAT-TAA-G-----------AC---CAACTTGCAC--A----A--A------------AAC--T---------TC-----AACATAAAGTTTAAAG------------------------A-C-TGTTTC---ACCCT-GCA-AT-ATGACATTGAACTTTtgcgtaaatttaactacaataaaac
gi|12 : cagagtgaataagatactgaacccaaaagttgtaatgttctatattattatagaggcacattaataaaaatagagccagcatctggttgaaataagacataagacacaagaatataaatatcataatacagaagtgaatgtaacatgtcttatataattatatatatatataaatacaatttgcacctgaactttaacatagtttaaagcccaatattttgtttacaatctgatatttcgctttgaacttaaatacagcagcccttaaattgtacaaaaactcgatgtataagcacacacacttgtgccaagtgatattctcataactgtaactactgatatgcatgtagtattttacaacttgcaccaaaactttaacactgagttttaaagacaaaatatacagttccaaTAAGCATA-CACAGTA-----------AATCACAACTT------GCACCA--A------------AAC--T---------TC-----AACGCAGAGGTTAAAGACG------A-AA--A-T---ATGAAC-T--TTC---GTAATCGAA-AA-ATGACCTTG-ATTTTAAATAAAGAGA---CGAACA-G--CTTACATACTGTCttacatactgcctcagagtttaagcattcgcactacatataactgcaagctatgaacacttacaaacaatttgcacctaaactttaatgcagtcactgacacaaacactgatgcagcggaaagtacataacttccactattcatagaatagtcaagttaaaaaca
gi|9 : aagttataagcccattttctcttcccattccgatatttcacctgaacttgggatataactctACA-T-TAAAT-----------CA---CAACTTGC----A----AC-A------------AAACTT---------T------AATACAGAGTTTAAAG--A------C-AAAAC-T---GTGA-C-TTTTTC---ACCCT-GCA-AT-ATAACCTTC-ACTTTCAGGTTAG-GAGACCAAA-ATA--C-TACATACTGCCtgacatacaatagatcacactcgttcttaaaaacaatacatag
gi|11 : ATG-----------GA---CAACTT------G----A--ACAT---------AAACTT---------T------AAGTTCAAGTTTAAGA--C------A-AA--A-T---ATGA-T-ATTTTC---ATCCT--CATAT-ATGACAGTT-AATTTGAATTGAG-GAGCCC-AATATG--T-TACATATTACCtcagaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaccaaaacttaatgcagagtctaaaggaaaataaccttttcatcctgcaacatgaccgggactttaaaattgggagccaggtatgt
gi|8 : gaataaataagT------A----A--A------------GAAC-T---------T------AATGCAGAGTTTAAAG--A------C-AA--AAT---ATGA-A-AATTTT---GCTCT-GCA-AT-ATGACCTTG-ACTTT--------------CAAATTTG--T-TACATACTGTCgccgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcctgcaccaaaactttaacgcatgtggaacgcagacgcagacgccgttgccgttgccgacat
gi|6 : tgttatatatttttatataatatttgccaatgatacagtgagtattttagagcattttgtcgacattaaaaa--A------------AAACTT---------T------AATGTAAAGTTTAA-G--G------C-AA--A-T---ATGA-CCTTTTTT---ACTGT-ATA-TT-ACGACGTTG-ACTTTGAATTTAG-GAGCCCC-ATATG--T-AACATACTGCtcagtattaaagcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactgcttgcgtctaacacagagtttaaaggcaaaattaattaaagtgaccttttcaccttgcaattatgaccttgactttgaagtttggagctgtagtgcaggttggatgtag
gi|10 : caccctgcaccaaaactttaatgtaaagtttaaggcaaatatgaccattttttactgtatattacgacgttgaatttaggagccccatatgttacatactgcttcagagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaccctgcacc--T---------T------AACGTAAAGTTTAAAG--A------C-AA--AAT---GTGA-C-CTTTTT---ATCCT-GCA-AT-ATGACCTTG-GCTTTGAAGTTAG-GAGTC---ACGTA--C-TACATACAGCCttcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaacgttaccgcagatatgatgtggatgctgacgctggagcaagtacaaaaactagcttattcataaaatacacattgccacaaacctctttagc
gi|19 : aatactTTTC---AACAT-GCA-AT-A------TG-ACTTTGAA------GAGCCCT-ATATG--T-TCCATTTTGCCtcaaagtattaagatacattcttatgctaagttccagccttaattactgcaaacattaccaacttgcaccaaaacatttacggaggtgagatgcgaacgccgccaccgccaccgatactgacgttagtcgagtacaaaatacttcccatttcacataatagtcgagtt
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AAAACTTAACCGCAGACGGGACACAAATACAGATGCTGGCACTGGGGTGAGTTGAAAAAACTACCCTATTAATAAAATAGAACAATTGATCATACCTCTTTAAC
Unaligned ( gi|22 ): CAGTAACAGCTTTACGCTCCATAAAATAAAGAAGATACTGAAAACAAAAGTTGTAATGTAAACATCTATATGGAAATGTTGATTGAAAA
Unaligned ( gi|23 ): CCAGGGTGAATTAGATACTGAACCCAAAACTTGTAATGTTCTACGTTGTATATGATATGTGATACACATAGAAAAATAGAG
Unaligned ( gi|25 ): CACAGTGAACAAGACACTAGGCCCAAAGTTGTAATATTCCATATGATTGTAGATACACATTAAAAAAA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222 2222222222222222222 33333 11111111 333333333333333333333 11 111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 111 66666666666666666666 111111 333333333 222 22222222222222 111 11111111 2222222 11 222 6666666666666 111111 111111 3333333333 111 1 11111111 222 11 11111 1111 222 1 1111 1111 11111 1 22222222 1111 111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 111111111 11 111111 11 11 22
lowQualScore : 33 66 55 77 3333333333333333333333333333 6666666666666666666 11111 4 1 88888888 2 333 777777777777777777777 66 4 00 777 8 222222 6 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 5 2222 5 000 99999999999999999999 5 666666 6 00 5 8 8 666666666 888 000 4 2 55555555555555 777 777 0 3 44 1 7 8 88 3 33333333 0000000 66 2 88 8 666 1111111111111 000000 999999 6 44444 8888888888 555 3 44444444 555 00 3 66666 3333 333 2 0 2 7777 3 7777 3 0 11111 1 0 3 666 3 1 3 3 2 44 666 1 5 33 0 5 22222222 2 1 1111 888 3 44 444444444444 4444 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 33 777777 555 9 44 3 222222222 00 55 000000 3 33 55 00 2 0 4 00 66
lowQualScore : .. .. .. .. ............................ ................... ..... . . ........ . ... ..................... .. . .. ... . ...... . .................................................................. . . .... . ... .................... . ...... . .. . . . ......... ... ... . . .............. ... ... . . .. . . . .. . ........ ....... .. . .. . ... ............. ...... ...... . ..... .......... ... . ........ ... .. . ..... .... ... . . . .... . .... . . ..... . . . ... . . . . . .. ... . . .. . . ........ . . .... ... . .. ............ .... ............................................................................................................. . .. ...... ... . .. . ......... .. .. ...... . .. .. .. . . . .. ..
lowQualScore : 22 11 00 99 3333333333333333333333333333 9999999999999999999 55555 4 0 11111111 2 666 888888888888888888888 11 4 66 888 4 444444 7 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 7 1111 7 000 33333333333333333333 7 444444 6 99 7 0 0 222222222 000 555 0 6 22222222222222 444 000 7 2 22 2 3 8 00 6 22222222 6666666 11 5 00 8 555 2222222222222 888888 000000 8 88888 4444444444 333 3 77777777 777 22 2 00000 8888 333 0 3 0 7777 0 0000 2 6 11111 4 5 6 444 6 3 6 6 3 66 777 4 7 99 7 7 44444444 9 9 1111 999 1 22 555555555555 9999 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 77 777777 888 3 66 3 999999999 00 00 555555 6 99 00 22 5 9 1 33 99
consensus : GTTTTANGCTCCA--AAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--T-AAT-GT-----TC--------------TATA---T-------G-------ATACACATT-ACA-AAAAAA-ATAGAGCCA--------ACATTTGGTTGAAA---------------------AT--TA-AT--AT---AANACA-----AAAGTGAAAGTAA--------------------TGTCT-----------------ATATA-----A---------T---ACAACTTGCACCTAAAC-T----T-TAA---CAT-----A-------------A-AG------CCCAATTTCTCCTTTTCAATCCGATATTTCGCCTT-TGAACTT-AAATATAGCAGCCC-TT---T-TC-GGTACAAAATGACTCGAAGTATAAGCATACACCCTTGTGCCAAGTAACATTCTACATAACTGTAA------GC------ATGCA--CAGTAA---ATCACAACCTGCACCAAAACTTTAACG--CAGAG-TTTAAAGAC-AAAA-TAT--------GAC-------C--TNCAAGCCATGCAAA-TTATGACCANTT--CA-AAAAACTTCAACGCAAAGTTTA-AAGNCAAATATG------ACCGTTTC-GCCCTGC-ATATGAC-TT-AGCNC-ATATG-TTACATAC-TGTTTCAGA-GATATT---TGCNAACGATGCAGTGGNTATTTTAGAGCANCTTGTCGACATTAAAAA-----AACTTTAACGCAAAGT-T---T-AAAGAC-AAAA-TATGACCTTT--TCA-C-C-TGCA-AN-ATGACCTTGA-CTTT--GAANTTAG-GAGCCCGAATATGTTACATACTGCCTCAGAG---TA-T--AAGCA----------TNCACACTT--ATGCTATG-----------T-----------AA--------C-TGC--A---A-GCNATGCACACTNATG-----------AACA-A-CTT----G-A--A------------AAACT--TT------AACGCAGAGT---TTAAAGGC--A-AAT--------GTGACC--TTT--T------CA-CCCT--GCAA-TATGACCTTGACTTTGAATTTAGGAGCCCCGATATGTT--ACATACTGCC
Reference ( family-117 ) : GTTTTGGGCTCCA--AAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--T-A-T-GT-----TC--------------TATA---T-------G-------ATACACATT--CA-AAAAAA-ANAGAGCCA--------ACATTTGGTTGAAA---------------------AT--TA-AT--AT---AAGACA-----AAAGTGAAAGTAA--------------------TGTCT-----------------ATATA-----A---------T---ACAATTTGCACCTAAAC-T----T-TAA---CA------A-------------A-AG------CCCAATTTCTCCTTTTCAATCCGATATTTCGCCTT-TGAACTT-AAATATAGCAGCCC-TT---T-TC-GGTACAAAATGACTCGAAGTATAAGCATACACCCTTGTGCCAAGTAACATTCCACGTAACTGTNA------GC------ATGCA--CAGTAA---ATCACAACTTGCACCAAAACTTTAACG--CAGAG-TTTAAAGAC-AAAA-TAT--------GAC-------C--TGCAAGCCATGCACANTTATGAACANTT--NANNAAAACTTTAACGCAAAGTTTA-AAGACAAATATG------ACCNTTTC-GCCCTGC-ATATGACCTTTAGCCCAATATG-TTACATAC-TGCCTCAGA-GATATT---TGCCAATGATACAGTGAGTATTTTAGAGCATTTTGTCGACATTAAAAA-----AACTTTAACGCAAAGT-T---T-AAAGAC-AAAA-TATGACNTTT--TCA-C-C-TGCA-AN-ATGACCTTGA-CTTT--GAATNNAG-GAGCCCGAATATGTTACATACTGCCTCAGAG---TA-T--AAGCA----------TNCACACNT--ATGCTATG-----------T-----------AA--------C-TGC--A---A-GCNATGCACACTNATG-----------AACA-A-CTT----A-A--A------------AAACT--TT------AACGCAGAGT---TTAAAGGC--A-AAT--------GTGACC--TTT--T------CA-CCCT--GCAA-TATGACCTTGACTTTGAATTTAGGAGCCCNAATATGTT--ACATACTGCC
gi|1 : GTTTTATGCTCCA--AAATG--ACTAAGATACTAAACCTGAAAGTCA--T------------TC--------------TATA---T-------G-------ATACACATT--TA-AAAAAA-AAAGAGCAA--------ACATTTGGCTGAAA---------------------AT--TA-AT--AT---AA--CA-----AAATTGAAAGAAA--------------------TGTCC-----------------ATATA-----A-------------ACAACTGGCAGCTAAAC-T----T-TAA---CA------A-------------ACAG------CCCAATTTCTTCTTTTCATTTTGATATTTAGCCTT-TGAACCT-AAATATAGCAGCTC-TT---T-TTTGGTAGAAAATAACTAAAAGTATAAGCATAAACCCTTGTGCCAAGTAACATGCCAAGTAACTGTTA------GC------ATGCA--CAGTAA---ACGACAACTTGCATCAAATCTTTAATG--CAGAG-TTTAAAGAC-AAAA-TAT--------GAC-------C--TGCAAGCCATGTACACTTATAAATATTT--AAAAAAAACTTTACCGCAAAGTTTATAAGGCAACCGTG------ACCGTTTT-GCCCTAC-ACATGACCTTTAGCCCAATATG-TTACATAC-TTTTTCAAA-GNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAAAA-----AACTTTAATAAAAAGGATAGAT-AAAGGC--AGA-TATGATGTTT--TCA-C-C-TGCA-AA-ATGACCTTGA-CATT--GAATAAAG-GAACCCGAGTATGTTACATACTGCTTCAGAG---TA-T--AAGCA----------TCCACACCT--ATGCTACG-----------T-----------AA--------C-TGC--A---A-GCTAAGCACACTAATG-----------AACA-A-GTT----A-A--A------------AAA----TT------AAGGCAAAGT---TTAAAGGT--A-ACT--------GTGACT--GTT--T------CA-CTGT--GCAA-TATGACCTTGACTTTGAATTTAGGACCCCCAATATGCT--ACATACTGCC
gi|10 : AA-----TACTTTAACGTAAAGT-T---T-AAAGAC-AAAA-TGTGACCTTT--TTATC-C-TGCA-AT-ATGACCTTGG-CTTT--GAAGTTAG-GAGTC---ACGTACTACATACAGCCTCAAAG---TATT--AAG-A----------TACATTCTT--ATGCTAAG-----------TTCC--------AG--------C-CTT--A---A-TTACTGCAAAC--ATT-----------ACCA-A-CTT----GCACCA------------AAACA--TT------TACG--GAGG---TGAGATGC--G-AAC--------G
gi|11 : ACAACTTGAACATAAACTTTAA-GTTCA-AG-TTT-AAGAC-AAAA-TAT--------GAccgccaccgccaccgatactgacgttagtcgagtacaaaatacttcccatttcacataatagtcgagtt
gi|11 : gaataaataagatggA-----AACTTTAAGTTCAAGT-T---T-AA-GAC-AAAA-TATGATATTT--TCA-T-C-CTCATAT-ATGACAGTTA-ATTT--GAATTGAG-GAGCCC-AATATGTTACATATTACCGCCGAG---tattttcatcctcatatatgacagttaatttgaattgaggagcccaatatgttacatattaccgccgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcctgcaccaaaactttaacgcatgtggaacgcagacgcagacgccgttgccgttgccgacat
gi|11 : gaataaataagatggacaacttgaacatCCTGCACCAAAACTTTAACG--CAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcctgcaccaaaactttaacgcatgtggaacgcagacgcagacgccgttgccgttgccgacat
gi|12 : gaataaataagatggacaacttgaacataaactttaagttcaagtttaagacaaaatatgatattttcatcctcatatatgacagttaatttgaattgaggagcccaatatgttacatattaccgccgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntt-------------A-AG------CCCATTTTCTC-TTCCCATTCCGATATTTCACC---TGAACTTGGGATATAACtgtggaacgcagacgcagacgccgttgccgttgccgacat
gi|12 : aagttatATA-----------T-----------AA--------C-T-CTTA---A-GC-ATACACAGTAAAT-----------CACA-A-CTT----GCACCA------------AAACT--TC------AACGCAGAGG---TTAAAGACGAA-AAT--------ATGAAC--TTTCGT------AA-TC----GAAA-AATGACCTTGATTTTAAATA-AAGAGAC-GAACAGCTT--ACATACTGTCtcttaagcatacacagtaaatcacaacttgcaccaaaacttcaacgcagaggttaaagacgaaaatatgaactttcgtaatcgaaaaatgaccttgattttaaataaagagacgaacagcttacatactgtctgacatacaatagatcacactcgttcttaaaaacaatacatag
gi|12 : aagttataagcccattttctcttcccattccgatatttcacctgaacttgggTAACTCTTAA-----GC------ATACA--CAGTAA---ATCACAACTTGCACCAAAACTTCAACG--CAGAG-GTTAAAGACGAAAA-TAT--------GAA-------C--Ttgacatacaatagatcacactcgttcttaaaaacaatacatag
gi|12 : aagttataagcccattttctcttcccattccgatatttcacctgaacttgggataAA-----AACTTCAACGCAGAGG-T---T-AAAGACGAAAA-TATGAACTTTCGTAA-T-C--GAA-AA-ATGACCTTGA-TTTT--AAATAAAGAGA---CGAACAGCTTACATACTGTCTttcgtaatcgaaaaatgaccttgattttaaataaagagacgaacagcttacatactgtctgacatacaatagatcacactcgttcttaaaaacaatacatag
gi|13 : aagttataagcccattttctcttcccattccgatatttcacctgaacttgggatataactcttaagcatacacagtaaatcacaacttgcaccGTTTTGGGCTCCC--AAGTA--AAAAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--T-A-TTGT-----TC--------------TATA---C----------------CAAACATTAACAGAAAAAA-ATATAGCTATAAACAAGACATACG----AAA---------------------ATAAGA-ATC-AT---AATACC-----TAAGTGAAAGTGA--------------------TATCT-----------------ATATATT---A---------T---ACAATT-GCACCTAAACAT----TATAA---TA------GTTAT---------A-AG------CTCATTTTCTCCTTTT-AATCTGATATATCGTCTT--GAACTT-AAATATAGCAGCCC-Tgacatacaatagatcacactcgttcttaaaaacaatacatag
gi|14 : CTAAGAGGTATA-T--AAGCA----------TACACCATT--GTGCTAAG-----------T-----------AA--------CATTC--ACATA-ACTGT---CAGT-ATG-------------CA-AGCTT----GCACCA------------AAAGT--TT------AACACAGAGT---TTAAAGACA-A-AAT--------ATG-----TTT--T------CAGTACTGAGCAA-TAT
gi|14 : atagtacagacaTATAAGCATACACCATTGTGCTAAGTAACATTC-ACATAACTGTCA------GT------ATGCA----------------AGCTTGCACCAAAAGTTTAACA--CAGAG-TTTAAAGAC-AAAA-TAT--------Gtgcgtaaatttaactacaataaaac
gi|15 : atagtacagacactaagaggtaAATTTTGCAGTCCATT---T-GT-GGTACAAAATGCCTCAAAGTATA-GCCTACACCCTTGTGCCAAGTTACATTC-ACATAACTGCAA------AC------ATACA--TGGTAA---ATCACAGCCTGCACCAAAACTGTAATG--CAttttcagtactgagcaatattgcgtaaatttaactacaataaaac
gi|15 : acTGCATATTGCCTCAGAG---TA-T--AAGCA----------AGCACACAT--ATGCtattgcctcagagtataagcaagcacacatatgca
gi|16 : acaattttgcagtccatttgtggtacaaaatgcctcaaagtatagcctacacccttgtgccaagttacattcacataactgcaaacatacatggtaaatcacagcctgcaccaaaactgtaaGGCTCCA--AAGTGGAAATAA--TAC----CCGAAAAGT-G--T-AAT-AT-----TT--------------TCTA---T-------G-------ATACACATT--CATAAAAAA-ACAGAGCGA--------ACATTTGGTTGAAA---------------------AT--TG-----AT---AATACA-----AAAGTGAAAATAA--------------------TGTCT-----------------ATATACATGTA---------T---ACAATTTGCAACTAAAC-C----T-TAA---CA------a
gi|17 : G--AATAAGATACCGAACCTAAAAGTTGGCT-A-C-GT-----TC--------------TGTAATTT-------G-------ATACATATTGACA-AAAATA-GTAGAACCA--------A-ATTTAGTAGGGA---------------------AT--TA-AT---T----AGACC-----TAA--GAAAATAA--------------------t
gi|18 : -----------T-----------AA--------C-CG-------A-GCCATGTACACTTATG-----------AAAA-G-CTT----G-C--ACCT---------GAACT--GC------AATGCAGgaatcatagcacaaaagt
gi|19 : aTTT--TCA-A-CATGCA-AT-ATGAC-------TTT--GAA------GAGCCCTA-TATGTTCCATTTTGCCTTGGAG---TA-T--AAGCA----------AAAACATAT--GTGCT--------------T-----------AACTTTATTCC-TAT--A---ACGCAATGTACACTGATG-----------AACA-gtggtatgaagatgccagggagagtaaacaatagaattcatagaatagaaaaaaaataatctta
gi|2 : CA--GAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--T-AAT-GT-----TC--------------TATA---TTATTATAG-------AGGCACATT---A-ATAAAA-ATAGAGCCA--------GCATCTGGTTGAAATAAGACATAAGACACAAGAATAT--AA-AT--ATCATAATACA-----GAAGTGAATGTAACA------------------TGTCTTATATAATTATATATATATATA-----AA--------T---ACAATTTGCACCTGAAC-T----T-TAA---CATAGTTTA-------------A-AG------CCCAATATTTTGTTTACAATCTGATATTTCGC-TT-TGAACTT-AAATACAGCAGCCC-TTAAAT-T---GTACAAAA--ACTCGATGTATAAGCACACACACTTGTGCCAAGTGATATTCT-CATAACTGTAACTACTGAT------ATGCATGTAGTAT---TTTACAACTTGCACCAAAACTTTAACA--CTGAGTTTTAAAGAC-AAAA-TATACAGTTCCAACTGTATAAC--TGCAAGCAATGCAAAATTAAGACCAACTTGCACAAAAACTTCAACATAAAGTTTA-AAGAC-----TG----------TTTC-ACCCTGCAATATGACATTGAACT-----TT-TTACATAC-TGCCTCAGA-G
gi|2 : AAA-----AACTTCAACATAAAGT-T---T-AAAGAC--------TG----TT--TCA-C-CCTGCA-AT-ATGACATTGAACTTT------------------------TTACATACTGCCTCAGAG---TT-T--AAGCA----------TTCGCAC-----TAC-ATA-----------T-----------AA--------C-TGC--A---A-GCTATGAACACTTACA-----------AACA-A-TTT----G-C--ACCT---------AAACT--TT------AATGCAGtttaagcattcgcactacatataactgcaagctatgaacacttacaaacaatttgcacctaaactttaatgcagtcactgacacaaacactgatgcagcggaaagtacataacttccactattcatagaatagtcaagttaaaaaca
gi|20 : cagagtgaataagatactgaacccaaaagttgtaatgttctatattattatagaggcacattaataaaaatagagccagcatctggttgaaataagacataagacacaagaatataaatatcataatacagaagtgaatgtaacatgtcttatataattatatatatatataaatacaatttgcacctgaactttaacatagtttaaagcccaatattttgtttacaatctgatatttcgctttgaacttaaatacagcagcccttaaattgtacaaaaactcgatgtataagcacacacacttgtgccaagtgatattctcataactgtaactactgatatgcatgtagtattttacaacttgcaccaaaactttaacactgagttttaaagacaaaatatacagttccaactgtataactgcaagcaatgcaaaattaagaccaacttgcacAGTG--AATAAGATACTGAACTCAAAAGTTGT-T-A-T-AT-----TC--------------TATA---TGATTATAG-------ATACACATT--AATAAAAAA-ATACAGCCA--------AAATTTGGTT-AAA---------------------AT--TA-AT--AA---AAGACA-----TAA--GAAAGtcactgacacaaacactgatgcagcggaaagtacataacttccactattcatagaatagtcaagttaaaaaca
gi|22 : gGCTTTACGCTCCATAAAATA--AAGAAGATACTGAAAACAAAAGTTG--TAA-T-GTAAACATC--------------TATA---T-------G-------
gi|23 : cagtaacaCCA--GGGTG--AATTAGATACTGAACCCAAAACTTG--TAA-T-GT-----TCTACGTTGTATATGATATG---T-------G-------ATACACAT------AGAAAA-ATAGAGgaaatgttgattgaaaa
gi|24 : AATGCCTTAAAGTATAAGAATACACCTTTGTGTCAAGTTACATT-CACATGATT----------GC------CTGCA--TAACAA---AT
gi|25 : ttatgattcgcCA--CAGTG--AACAAGACACTAGGCCCAAA-GTTG--T-AAT-AT-----TC--------------CATA---T-------GATTGTAGATACACATT--AA-AAAAAat
gi|26 : CCA--AAGTG--AATAAGATAACGAACCCAAATGCTA--TAA-T-GT-----TT--------------TACA---T-------G-------ATACACA
gi|3 : AAG---------------------AA--TA-AT--AT---TAAAAA-----AAAGTGAAAGTAT--------------------TGTCG-----------------AAATA---------------T---ACAACCTGAACCTAAAC-TAAACT-TAGAGTTA------T-------------A-AG------CCCAATATCACTTTTTCAATCCGATATTTTGCATTAT--ACTT-AA-CATAGCAGCCC-TT---TATC-AGTACAAAAAAACTCGAGGTATAAGCATACACCCTTGTACCAAGTAACATT-TACATAACTGTAA------GT------ATAAATGTAGTAA---ATCA-ACCTT----CAAAA
gi|3 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgatatatatgaaacactaacagacaaaacttgaaaaaaaatttggttatacattaattcttgatacaagaaaaatA-C-C-TTCA-AA-ATGTCATTGA-CCTT--CAGGGTAA-GAGCCCGA-TCTATTACATTATACCTAAGAG---TA-T--AAACA----------TTCACACTTTCATACCATG-----------TTTCAGCCATGAAA--------C-TGC--A---A-ACAAAGCA----GATG-----------AACA-A-CTT------------------------------T------AACGCAAATTAACTTGAAGAC--ACAGT--------TTCATC--TTT--TAATTTTCA-CCCT--GCAC-TATGATATTGACTTTGAATTTAGGAATCCT-GTATGTCCGACATACTGCCtgtcattgaccttcagggtaagagcccgatctattacattatacctaagagtataaacattcacactttcataccatgtttcagccatgaaactgcaaacaaagcagatgaacaactttaacgcaaattaacttgaagacacagtttcatcttttaattttcaccctgcactatgatattgactttgaatttaggaatcctgtatgtccgacatactgcctcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|4 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgatatatatgaaacactaacagacaaaacttgaaaaaaaatttggttatacattaattcttgatacaagaaaaataagaataatattaaaaaaaagtgaaagtattgtcgaaatatacaacctgaacctaaactaaacttagagttataagcccaatatcactttttcaatccgatattttgcattatacttaacatagcagccctttatcagtacaaaaaaactcgaggtataagcatacacccttgtaccaagtaacatttacataactgtaagtataaatgtagtaaatcaCCAAAAGTTT--T-AAT-TT-----TC--------------TATA---T-------G-------ACGTACATTAACA-AAAAAACATACGGCCA--------ACATTTGGTTAAAC---------------------AT--TA-AT--AT---AAGACATTAAGAAATTAAGAATAATAATACAAAAGTGAAAGTAATGTCT-----------------ATATG-----ATGGTATATGT---ACAACTTGCACCTAAAC-T----T-TAA---CAT-----AGATTTACATGTATA-AA------CCCCATTTCTTGTTTTCAATCTGAAATTCCGCCTT-tcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|4 : tCCTTGTGCCAAGTAAAATTC-ACAAAACTGTAA------GTCTTAGAATGTA---AGTAATTAATCACAACCTGCACCAAAA----------CAGAGTTTTAAAGAC-AAAA-TAT--------AAC-------CTTTTCA--CCCTGCAAA---ATGACCAC---------AAGCTTT-ATG---AGCTAG-GAGCCAAATATG------gcctttcaacagtacaaaccttgtgccaagtaaaattcacaaaactgtaagtcttagaatgtaagtaattaatcacaacctgcaccaaaacagagttttaaagacaaaatataaccttttcaccctgcaaaatgaccacaagctttatgagctaggagccaaatatgttacataatgcctcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaacttgcacaaaaaagtttaatgcaaagtttaacacaaaatatgacctttgcacactggaatatgaccttgtgtgtaaatttagaagcccaatatgtaacatactgcctcatagtaaaagcatgcaca
gi|4 : tccaaaagttttaattttctatatgacgtacattaacaaaaaaacatacggccaacatttggttaaacattaatataagacattaagaaattaagaataataatacaaaagtgaaagtaatgtctatatgatggtatatgtacaacttgcacctaaactttaacatagatttacatgtataaaccccatttcttgttttcaatctgaaattccgccttgcctttcaacagtacaaaCAGAGT-T---TTAAAGAC-AAAA-TATAACCTTT--TCA-C-CCTGCA-AA-ATGACCACAAGCTTTATGAG-CTAG-GAGCC-AAATATGTTACATAATGCCTCAGAG---NN-N--NNNNN----------NNNNNNNNN--NNNNNNNN-----------N-----------NN--------N-NNN--N---N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACA-A-CTTGCACA-A--A------------AAAGT--TT------AATGCAAAGT---TTAACACA--A-AAT--------ATGACC--TTT--G------CA-CACT--GGAA-TATGACCTTGTGTGTAAATTTAGAAGCCC-AATATGTA--ACATACTGCCttacataatgcctcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaacttgcacaaaaaagtttaatgcaaagtttaacacaaaatatgacctttgcacactggaatatgaccttgtgtgtaaatttagaagcccaatatgtaacatactgcctcatagtaaaagcatgcaca
gi|5 : tccaaaagttttaattttctatatgacgtacattaacaaaaaaacatacggccaacatttggttaaacattaatataagacattaagaaattaagaataataatacaaaagtgaaagtaatgtctatatgatggtatatgtacaacttgcacctaaactttaacatagatttacatgtataaaccccatttcttgttttcaatctgaaattccgccttgcctttcaacagtacaaaccttgtgccaagtaaaattcacaaaactgtaagtcttagaatgtaagtaattaatcacaacctgcaccaaaaCA--AAGTG--AATAAGATACTCAACCCAAAAGTTG--T-AAC-GT-----TC--------------TATA---A-------G-------ATACACAATAACA-AAAACA-AGAGAGCCA--------ACAT--AA--GAAA---------------------AT--AAGATTCAT---AATACA-----AAAGTGAAAATAA--------------------TGTCA-----------------ATATA-----A---------TTACACAATGTGCACCTAAAC-T----T-TAC---CAT-----A-------------G-AGATATAACTCAATTTCTCCTTTTCAATCCGATATTGCGCCCT-TGtcatagtaaaagcatgcaca
gi|5 : TGCGCCCTTGTGCCCAGTAACCTTCT-CATGACTGTAA------TT------ATGTA--CAGTAA---ATCACAATTTACACCCAAAC----ACA--C--AG-TTTAAAGAC-AAAA-TAC--------GACAT-----T--TTCA--TCATGCAAA---ATGACC--TT--C-----AATTTCAA-GCTAGG------GGCCAAATATGTTACATACCACCTCAG---TGT-ATA--------AGCAC-ATATACTTACA-ACATGTTTTAG--TATATTAACTGCAAACAATGCA-TAGTTAT----GAACAACTTG----CACT---AA-----AATTTCAACACAAAGA-T---T-AA--GC-AAAA-TGTTACCTTT--TCA-T-C--GTA-CA-ATGACCTTGG-CTTT--AAATTTAG-GAGCCTG-ACATATTGTATACTGCCTCAtgcccagtaaccttctcatgactgtaattatgtacagtaaatcacaatttacacccaaacacacagtttaaagacaaaatacgacattttcatcatgcaaaatgaccttcaatttcaagctaggggccaaatatgttacataccacctcagtgtataagcacatatacttacaacatgttttagtatattaactgcaaacaatgcatagttatgaacaacttgcactaaaatttcaacacaaagattaagcaaaatgttaccttttcatcgtacaatgaccttggctttaaatttaggagcctgacatattgtatactgcctca
gi|5 : caaagtgaataagatactcaacccaaaagttgtaacgttctataagatacacaataacaaaaacaagagagccaacataagaaaataagattcataatacaaaagtgaaaataatgtcaatataattacacaatgtgcacctaaactttaccatagagatataactcaatttctccttttcaatccgatatAACACACAGT-T---T-AAAGAC-AAAA-TACGACATTT--TCA-T-CATGCA-AA-ATGACCTTCA-ATTT--CAAGCTAG-GGG-CCAAATATGTTACATACCACCTCAGTG---TA-T--AAGCA----------CATATACTT--ACAACATGTTTTAGTATATT-----------AA--------C-TGC--A---A-ACAATGCATAGTTATG-----------AACA-A-CTT----GCACTA------------AAATT--TC------AACACAAAGA---TTAA--GCA-A-AAT--------GTTACC--TTT--T------CA-TCGT--ACA---ATGACCTTGGCTTTAAATTTAGGAG-CCTGACATATT--GTATACTGCC
gi|6 : caaagtgaataagatactcaacccaaaagttgtaacgttctataagatacacaataacaaaaacaagagagccaacataagaaaataagattcataatacaaaagtgaaaataatgtcaatataattacacaatgtgcacctaaactttaccatagagatataactcaatttctccttttcaatccgatattgcgcccttgtgcccagtaaccttctcatgactgtaattatgtacagtaaatcacaatttacacccaCACCCTGCACCAAAACTTTAATG--TAAAG-TTT-AAGGC--AAA-TAT--------GAC-------C--tca
gi|6 : --A------------AAACT--TT------AATGTAAAGT---TTAA-GGC--A-AAT--------ATGACCATTTT--T------TA-C--T--GTA--TATTAC---GACGTTGAATTTAGGAGCCCC-ATATGTT--ACATACTGCattttttactgtatattacgacgttgaatttaggagccccatatgttacatactgcttcagagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaccctgcaccaaaactttaatgtaaagtttaaggcaaatatgaccttttttactgtatattacgacgttgactttgaatttaggagccccatatgtaacatactgcttcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaacgttaccgcagatatgatgtggatgctgacgctggagcaagtacaaaaactagcttattcataaaatacacattgccacaaacctctttagc
gi|6 : caccctgcaccACACCCTGCACCAAAACTTTAATG--TAAAG-TTT-AAGGC--AAA-TAT--------GAC-------C--Tttcagagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaccctgcaccaaaactttaatgtaaagtttaaggcaaatatgaccttttttactgtatattacgacgttgactttgaatttaggagccccatatgtaacatactgcttcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaacgttaccgcagatatgatgtggatgctgacgctggagcaagtacaaaaactagcttattcataaaatacacattgccacaaacctctttagc
gi|6 : caccctgcaccaaaactttaatgtaaagtttaaggcaaatatgaccattttttactgtatattacgacgttgaatttaggagccccatatgttacatactgcttcagagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAA-----AACTTTAATGTAAAGT-T---T-AAGG-C-AAA--TATGACCTTT--TTT-A-C-TGTATATTACGACGTTGA-CTTT--GAATTTAG-GAGCCC-CATATGTAACATACTGCTTCAGAGNN-NN-N--NNNNN----------NNNNNNNNN--NNNNNNNN-----------N-----------NN--------N-NNN--N---N-NNNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNN-N-NNN----N-A--A------------AAACG--TT------ACCGCAGAtttttactgtatattacgacgttgactttgaatttaggagccccatatgtaacatactgcttcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaacgttaccgcagatatgatgtggatgctgacgctggagcaagtacaaaaactagcttattcataaaatacacattgccacaaacctctttagc
gi|7 : caccctgcaccaaaactttaatgtaaagtttaaggcaaatatgaccattttttactgtatattacgacgttgaatttaggagccccatatgttacatactgcttcagagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaccctgcacc-C-C-TTCA-AT-ATGACCTTGA-CTTT--CATGTTAG-GAGCCC-AATATGTTACACACTGCCTCAGAG---NN-N--NNNNN----------NNNNNNNNN--NNNNNNNN-----------N-----------NN--------N-NNN--N---N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACACA-CTG----C-ATCA------------AAACT--TT------AATGGAAAGT---TTAA-GGC--A-AAT--------GTGACC--TTT--T------AA-CTAT--GCAA-TATGACCTTGATTTTCTA-TTAGGATCAC-AATATATT--ACATAtatgatgtggatgctgacgctggagcaagtacaaaaactagcttattcataaaatacacattgccacaaacctctttagc
gi|7 : tttaacACACCCTGCACCAAAACTTTAATG--TAAAG-TTT-AAGGC--AAA-TAT--------GAC-------C--gtattaccgcctgtgagtataagcatgcacacgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaccctgcaccaaaactttaatgtaaagtttaaggcaaatatgaccattttttactgtatattacgacgttgaatttaggagccccatatgttacatactgcttcagag
gi|7 : tttaacccttcaatatgaccttgactttcatgttaggagcccaatatgttacacactgcctcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacacactgcatcaaaactttaatggaaagtttaaggcaaatgtgaccttttaactatgcaatatgaccttgattttctattaggatcacaatatattacatagtattaccgcctgtgagtataagcatgcacacgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna--A------------AAACT--TT------AATGTAAAGT---TTAA-GGC--A-AAT--------ATGACCATTTT--T------TA-C--T--GTA--TATTAC---GACGTTGAATTTAGGAGCCCC-ATATGTT--ACATACTGCattttttactgtatattacgacgttgaatttaggagccccatatgttacatactgcttcagag
gi|8 : tttaacccttcaatatgaccttgactttcatgttaggagcccaatatgttacacactgcctcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacacactgcatcaaaactttaatggaaagtttaaggcaaatgtgaccttttaactatgcaatatgaccttgattttctattaggatcacaatatattacatagtattaccgcctgtgagtataagcatgcacacgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaccctgcaccTG-TTATATAT-T--TTTATATAATATT---TGCCAATGATACAGTGAGTATTTTAGAGCATTTTGTCGACATTAAAAATAAAGAACTT-AATGCAGAGT-T---T-AAAGAC-AAAA-TATGAAAATT--TTG-CTC-TGCA-AT-ATGACCTTGA-CTTT----------------CAAATTTGTTACATACTGTCTC--AG---TA-TTAAAGCAGAGNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN-----------N-----------NN--------N-NNN--N---N-NNNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNN-N-NNN----N-N--N------------NAACTGCTTGCGTCTAACACAGAGT---TTAAAGGCA-A-AATTAATTAAAGTGACC--TTT--T------CA-CCTT--GCAATTATGACCTTGACTTTGAAGTTTGGAGCttcagag
gi|9 : A--CATTAA---ATCACAACTTGCAACAAAACTTTAATA--CAGAG-TTTAAAGAC-AAAACTGT--------GAC-------T--Ttgtagtgcaggttggatgtag
gi|9 : AACAA-----AACTTTAATACAGAGT-T---T-AAAGAC-AAAACTGTGACTTTT--TCACC-C-TGCA-AT-ATAACCTTCA-CTTT--CAGGTTAG-GAGACCAAA-ATACTACATACTGCCTCAGAA---NN-N--NNNNN----------NNNNNNNNN--NNNNNNNN-----------N-----------NN--------N-NNN--N---N-NNNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNN-N-NNN----N-N--NNNNNNNNGCACCAAAAC--TT------AATGCAGAGT---CTAAAGGA--A-AA----------TAACC--TTT--T------CA-TCCT--GCAA-CATGACCGGGACTTTAAAATTGGGAG-CCAGGTATGTtttcaccctgcaatataaccttcactttcaggttaggagaccaaaatactacatactgcctcagaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaccaaaacttaatgcagagtctaaaggaaaataaccttttcatcctgcaacatgaccgggactttaaaattgggagccaggtatgt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AAAACTTAACCGCAGACGGGACACAAATACAGATGCTGGCACTGGGGTGAGTTGAAAAAACTACCCTATTAATAAAATAGAACAATTGATCATACCTCTTTAAC
Alignments
lowQualScore : 1111111 3333333 22222222 11111111 6666666666666666666666666666666666666666666 111111111111 5555555555555555555555555555555555555555 1111 333333333333333333333 111 111 2222222222 1111 11 11111111111111 111 11111111 11111111 333333333333333 22 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 222222 22222222222 55555555555 11111 222 111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 11111111 111111 11 11
lowQualScore : 1 66 55 44 1 88888 0000000 555 0000000 3 00000000 4 4 0 66666666 1 0 1 2222222222222222222222222222222222222222222 55 4 222222222222 5 1 66 7777777777777777777777777777777777777777 2 5 0000 5 888 66 000000000000000000000 0 000 1 3 5 33 5 55 0 3 0 000 5 3333333333 888 0000 1 77 4 88888888888888 888 777 77777777 1 5 88 88 88888888 5 000000000000000 8 8 8 55 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 88 0 6 0 444 333333 1 0 66666666666 3 1 00000000000 77777 0 0 2 555 1 7 2 99 777 33 22222 6666 4 2 6 6 111 666666 666 2 33 33 222222222222 4444 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6666 999999 888 3 5 5 88888888 666666 5 3 77 77 7 77 1 3 33
lowQualScore : . .. .. .. . ..... ....... ... ....... . ........ . . . ........ . . . ........................................... .. . ............ . . .. ........................................ . . .... . ... .. ..................... . ... . . . .. . .. . . . ... . .......... ... .... . .. . .............. ... ... ........ . . .. .. ........ . ............... . . . .. ................................................................................................ .. . . . ... ...... . . ........... . . ........... ..... . . . ... . . . .. ... .. ..... .... . . . . ... ...... ... . .. .. ............ .... ....................................................................................................... .... ...... ... . . . ........ ...... . . .. .. . .. . . ..
lowQualScore : 0 11 00 66 3 33333 0000000 444 0000000 3 55555555 0 0 1 11111111 1 8 9 9999999999999999999999999999999999999999999 55 0 555555555555 3 1 99 9999999999999999999999999999999999999999 2 0 6666 0 888 99 555555555555555555555 8 222 4 6 0 44 0 99 1 4 4 000 7 7777777777 111 4444 4 44 0 99999999999999 555 000 11111111 9 0 22 22 11111111 0 222222222222222 0 0 0 88 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 44 8 7 2 777 000000 0 8 00000000000 6 0 66666666666 77777 9 4 9 000 6 8 9 66 444 77 44444 2222 7 4 6 4 222 444444 999 5 44 44 777777777777 1111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 8888 666666 888 2 0 0 11111111 444444 7 0 99 11 5 22 4 8 88
consensus : GTTTTACGCTCCA--AAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TAATGT-----TC-------TATA---T-------GATACAC-ATT-A-CA---AAAAAA-A-TAGAGCCA--------ACATTTGGTTGAA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-T---AATACAAAAGTGAAAGTAA--TGTCT-----------------ATATA-----A-T---------ACAACTTGCACCTAAAC-T----T-TAA---CA--TA-----AAG------C------CCAATTTCTCC--TTTTCAATCCG-ATATTTCGCCTT-TGAACTT-AAATATAGCAGCC---C-TT---T-TC-GGTACAAAATGACTC---GAAGTATAAGCATACACCCTTGTGCCAAGTAACATTCTACATAACTGT-AA------GC------ATGCA--CAGTAA---ATC-------ACAACCTGCACCAAAACTTTAACGCAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------G-AC-------CTT--CAAGCCAT-GC-A-AATTATGACC---ATTT--CA-AA-AAACTTCAACGCAAAGTTTA-AAGCCAAATATG------ACCGTTTC-GCCCTGC-ATA-TGAC--TT-AG------CNC-ATATG-TTACATAC-TGTTTCAGANATAT--T---TGCAAACGATGCAGTGGNTATTTNAGAACAACTTGCCAACATTAAAAA-----AACTTTAACGCAAAGT-T---TAAAGAC-AAAA-TATGACC--TTT--TCA-C-C-TGCA-AT-ATGACCTTGA-CTTTGAANTTAGGAGCCC-AATATGTTACATA------CTGCCTCAGAG---TA-T--A--AGCA----------TNCACACTT--ATGCTANG-----------T-----------AA--------C-TGCA---A-GCNATGCACACTNATG-----------AACA-A-CTTG-ACCA------------AAACT--TT------AACGCAGAGT---TTAAAGGCAA-AAT--------GTGACCTTTT------CA-CCNT--GCAA-TATGACCTTGACTTTGAATTTAGGAGCCCCGATATGTT--ACATACTGCC
Reference ( family-117 ) : GTTTTANGCTCCA--AAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TAATGT-----TC-------TATA---T-------GATACAC-ATT-A-CA---AAAAAA-A-TAGAGCCA--------ACATTTGGTTGAA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-T---AANACAAAAGTGAAAGTAA--TGTCT-----------------ATATA-----A-T---------ACAACTTGCACCTAAAC-T----T-TAA---CA--TA-----AAG------C------CCAATTTCTCC--TTTTCAATCCG-ATATTTCGCCTT-TGAACTT-AAATATAGCAGCC---C-TT---T-TC-GGTACAAAATGACTC---GAAGTATAAGCATACACCCTTGTGCCAAGTAACATTCTACATAACTGT-AA------GC------ATGCA--CAGTAA---ATC-------ACAACCTGCACCAAAACTTTAACGCAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------G-AC-------CTN--CAAGCCAT-GC-A-AATTATGACC---ANTT--CA-AA-AAACTTCAACGCAAAGTTTA-AAGNCAAATATG------ACCGTTTC-GCCCTGC-ATA-TGAC--TT-AG------CNC-ATATG-TTACATAC-TGTTTCAGAGATAT--T---TGCNAACGATGCAGTGGNTATTTTAGAGCANCTTGTCGACATTAAAAA-----AACTTTAACGCAAAGT-T---TAAAGAC-AAAA-TATGACC--TTT--TCA-C-C-TGCA-AN-ATGACCTTGA-CTTTGAANTTAGGAGCCCGAATATGTTACATA------CTGCCTCAGAG---TA-T--A--AGCA----------TNCACACTT--ATGCTATG-----------T-----------AA--------C-TGCA---A-GCNATGCACACTNATG-----------AACA-A-CTTG-A--A------------AAACT--TT------AACGCAGAGT---TTAAAGGC-A-AAT--------GTGACCTTTT------CA-CCCT--GCAA-TATGACCTTGACTTTGAATTTAGGAGCCCCGATATGTT--ACATACTGCC
gi|1 : GTTTTATGCTCCA--AAATG--ACTAAGATACTAAACCTGAAAGTCA--T----------TC-------TATA---T-------GATACAC-ATT---TA---AAAAAA-A-AAGAGCAA--------ACATTTGGCTGAA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-T---AA--CAAAATTGAAAGAAA--TGTCC-----------------ATATA-----A-----------ACAACTGGCAGCTAAAC-T----T-TAA---CA--AA-----CAG------C------CCAATTTCTTC--TTTTCATTTTG-ATATTTAGCCTT-TGAACCT-AAATATAGCAGCT---C-TT---T-TTTGGTAGAAAATAACTA---AAAGTATAAGCATAAACCCTTGTGCCAAGTAACATGCCAAGTAACTGT-TA------GC------ATGCA--CAGTAA---ACG-------ACAACTTGCATCAAATCTTTAATGCAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------G-AC-------CTG--CAAGCCAT-GT-ACACTTATAAAT---ATTTA-AA-AA-AAACTTTACCGCAAAGTTTATAAGGCAACCGTG------ACCGTTTT-GCCCTAC-ACA-TGACCTTT-AG------CCCAATATG-TTACATAC-TTTTTCAAAGNNNN--N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAAAA-----AACTTTAATAAAAAGGATAGATAAAGGC--AGA-TATGATG--TTT--TCA-C-C-TGCA-AA-ATGACCTTGA-CATTGAATAAAGGAACCCGAGTATGTTACATA------CTGCTTCAGAG---TA-T--A--AGCA----------TCCACACCT--ATGCTACG-----------T-----------AA--------C-TGCA---A-GCTAAGCACACTAATG-----------AACA-A-GTTA-A--A------------AAA----TT------AAGGCAAAGT---TTAAAGGT-A-ACT--------GTGACTGTTT------CA-CTGT--GCAA-TATGACCTTGACTTTGAATTTAGGACCCCCAATATGCT--ACATACTGCC
gi|10 : AA-----TACTTTAACGTAAAGT-T---TAAAGAC-AAAA-TGTGACC--TTT--TTATC-C-TGCA-AT-ATGACCTTGG-CTTTGAAGTTAGGAGTC---ACGTACTACATA------CAGCCTCAAAG---TATT--A--AG-A----------TACATTCTT--ATGCTAAG-----------TTCC--------AG--------C-CTTA---A-TTACTGCAAAC--ATT-----------ACCA-A-CTTGCACCA------------AAACA--TT------TACG--GAGG---TGAGATGC-G-AAC--------G
gi|11 : CAACTTG--AACAT-----A-----AACTTTAAGTTCAAGT-T---TAA-GAC-AAAA-TATGATA--TTT--TCA-T-C-CTCATAT-ATGACAGTTA-ATTTGAATTGAGGAGCCC-AATATGTTACATA------TTACCGCCGAG---NN-N--N--NNNN----------NNNNNNNNN--NNNNNNNN-----------N-----------NN--------N-NNNN---N-NNNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNNTT-CCTGCACCA------------AAACT--TT------AACGCAccgccaccgccaccgatactgacgttagtcgagtacaaaatacttcccatttcacataatagtcgagtt
gi|12 : gaataaataagatgga-----AAG------C------CCATTTTCTC---TTCCCATTCCG-ATATTTCACC---TGAACTTGGGATATAACtgtggaacgcagacgcagacgccgttgccgttgccgacat
gi|12 : aagttatATATAACTCTTAA------GC------ATACA--CAGTAA---ATC-------ACAACTTGCACCAAAACTTCAACGCAGAG-GTT-AAAGACGAAAATAT--------GAAC-------TTT--C--GTAATCGA-A-AA--ATGACCTTGATTT--TA-AATAAAtcttaagcatacacagtaaatcacaacttgcaccaaaacttcaacgcagaggttaaagacgaaaatatgaactttcgtaatcgaaaaatgaccttgattttaaataaagagacgaacagcttacatactgtctgacatacaatagatcacactcgttcttaaaaacaatacatag
gi|12 : aagttataagcccattttctcttcccattccgatatttcacctgaacttgggAA-----AACTTCAACGCAGAGG-T---TAAAGACGAAAA-TATGAAC--TTTCGTAA-T-C--GAA-AA-ATGACCTTGA-TTTT-AAATAAAGAGAC-GAACAGCTTACATA------CTGTCTGACA----TA-C--AATAG-A----------T-CACACTC--GTTCT--------------T-----------AA-------------A---A-ACAATACATAgagacgaacagcttacatactgtctgacatacaatagatcacactcgttcttaaaaacaatacatag
gi|13 : aagttataagcccattttctcttcccattccgatatttcacctgaacttgggatataactcttaagcatacacagtaaatcacaacttgcaccGTTTTGGGCTCCC--AAGTA--AAAAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TATTGT-----TC-------TATA---C---------CAAAC-ATT-AACAG--AAAAAA-A-TATAGCTATAAACAAGACATACG----AA---------------------A---------------------ATAAGA-A---TC-A-T---AATACCTAAGTGAAAGTGA--TATCT-----------------ATATATT---A-T---------ACAA-TTGCACCTAAACAT----TATAA---TAGTTAT----AAG------C------TCATTTTCTCC--TTTT-AATCTG-ATATATCGTCTT--GAACTT-AAATATAGCAGCC---C-Tg
gi|14 : CTAAGAGGTATA-T--A--AGCA----------TACACCATT--GTGCTAAG-----------T-----------AA--------CATTCACATA-ACTGT---CAGT-ATG-------------CA-AGCTTGCACCA------------AAAGT--TT------AACACAGAGT---TTAAAGACAA-AAT--------ATG---TTTT------CAGTACTGAGCAA-TAT
gi|14 : atagtacagacaTATAAGCATACACCATTGTGCTAAGTAACATTC-ACATAACTGT-CA------GT------ATGCA-----------------------AGCTTGCACCAAAAGTTTAACACAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------G-tgcgtaaatttaactacaataaaac
gi|15 : atagtacagacactaagaggtaAATTTTGCAGTC---CATT---T-GT-GGTACAAAATGCCTC---AAAGTATA-GCCTACACCCTTGTGCCAAGTTACATTC-ACATAACTGC-AA------AC------ATACA--TGGTAA---ATC-------ACAGCCTGCACCAAAACTGTAATGCAttttcagtactgagcaatattgcgtaaatttaactacaataaaac
gi|15 : acTGCATA------TTGCCTCAGAG---TA-T--A--AGCA----------AGCACACAT--ATGCtattgcctcagagtataagcaagcacacatatgca
gi|16 : acaattttgcagtccatttgtggtacaaaatgcctcaaagtatagcctacacccttgtgccaagttacattcacataactgcaaacatacatggtaaatcacagcctgcaccaaaactgtaaGCTCCA--AAGTGGAAATAA--TAC----CCGAAAAGT-G--TAATAT-----TT-------TCTA---T-------GATACAC-ATT---CAT--AAAAAA-A-CAGAGCGA--------ACATTTGGTTGAA---------------------A---------------------AT--TG--------A-T---AATACAAAAGTGAAAATAA--TGTCT-----------------ATATACATGTA-T---------ACAATTTGCAACTAAAC-C----T-TAA---CA--Ta
gi|17 : gG--AATAAGATACCGAACCTAAAAGTTGGCT-ACGT-----TC-------TGTAATTT-------GATACAT-ATTGA-CA---AAAATA-G-TAGAACCA--------A-ATTTAGTAGGG---------------------A---------------------AT--TA-A---T----T---AGACCTAA---GAAAATAA--
gi|18 : -----------T-----------AA--------C-CG-----A-GCCATGTACACTTATG-----------AAAA-G-CTTG-C--ACCT---------GAACT--GC------AATGCAGgaatcatagcacaaaagt
gi|19 : a--TTT--TCA-A-CATGCA-AT-ATGAC-------TTTGAA-----GAGCCCT-ATATGTTCCATT------TTGCCTTGGAG---TA-T--A--AGCA----------AAAACATAT--GTGCT--------------T-----------AACTTTATTCC-TATA---ACGCAATGTACACTGATG-----------AACA-gtggtatgaagatgccagggagagtaaacaatagaattcatagaatagaaaaaaaataatctta
gi|2 : CA--GAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TAATGT-----TC-------TATA---TTATTATAGAGGCAC-ATT-A------ATAAAA-A-TAGAGCCA--------GCATCTGGTTGAA---------------------ATAAGACATAAGACACAAGAATAT--AA-A---T--A-TCATAATACAGAAGTGAATGTAACATGTCTTATATAATTATATATATATATA-----AAT---------ACAATTTGCACCTGAAC-T----T-TAA---CA--TAGTTTAAAG------C------CCAATATTTTG--TTTACAATCTG-ATATTTCGC-TT-TGAACTT-AAATACAGCAGCC---C-TTAAAT-T---GTACAAAA--ACTC---GATGTATAAGCACACACACTTGTGCCAAGTGATATTCT-CATAACTGT-AACTACTGAT------ATGCATGTAGTAT---TTT-------ACAACTTGCACCAAAACTTTAACACTGAGTTTT-AAAGAC-AAAATATACAGTTCCA-ACTGTATAACTG--CAAGCAAT-GCAA-AATTAAGACC---AACTTGCACAA-AAACTTCAACATAAAGTTTA-AA---------G------ACTGTTTC-ACCCTGCAATA-TGACA-TTGAA------CT-----TT-TTACATAC-TGCCTCAGAG
gi|2 : ATATAC-AGTTCCAACTGTATAAC---TGCAAGCAATGCAA-----AATTAAGACCAACTTGC--ACA-----AA-----AACTTCAACATAAAGT-T---TAAAGAC--------TG------TT--TCA-C-CCTGCA-AT-ATGACATTGAACTTT---------------------TTACATA------CTGCCTCAGAG---TT-T--A--AGCA----------TTCGCAC-----TAC-ATA-----------T-----------AA--------C-TGCA---A-GCTATGAACACTTACA-----------AACA-A-TTTG-C--ACCT---------AAACT--TT------AATGCAGtttaagcattcgcactacatataactgcaagctatgaacacttacaaacaatttgcacctaaactttaatgcagtcactgacacaaacactgatgcagcggaaagtacataacttccactattcatagaatagtcaagttaaaaaca
gi|20 : cagagtgaataagatactgaacccaaaagttgtaatgttctatattattatagaggcacattaataaaaatagagccagcatctggttgaaataagacataagacacaagaatataaatatcataatacagaagtgaatgtaacatgtcttatataattatatatatatataaatacaatttgcacctgaactttaacatagtttaaagcccaatattttgtttacaatctgatatttcgctttgaacttaaatacagcagcccttaaattgtacaaaaactcgatgtataagcacacacacttgtgccaagtgatattctcataactgtaactactgatatgcatgtagtattttacaacttgcaccaaaactttaacactgagttttaaagacaaaAGTG--AATAAGATACTGAACTCAAAAGTTG--TTATAT-----TC-------TATA---TGATTATAGATACAC-ATT-A-AT---AAAAAA-A-TACAGCCA--------AAATTTGGTT-AA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-A---AAGACATAA--GAAAGtcactgacacaaacactgatgcagcggaaagtacataacttccactattcatagaatagtcaagttaaaaaca
gi|22 : gGCTTTACGCTCCATAAAATA--AAGAAGATACTGAAAACAAAAGTTG--TAATGTAAACATC-------TATA---T-------G
gi|23 : cagtaacaCCA--GGGTG--AATTAGATACTGAACCCAAAACTTG--TAATGT-----TCTACGTTGTATA---T-------GATATGT-GAT-A-CACATAGAAAA-A-TAGAGgaaatgttgattgaaaa
gi|24 : AATGCCTT---AAAGTATAAGAATACACCTTTGTGTCAAGTTACATTC-ACATGATT-----------GC------CTGCA--TAACAA---AT
gi|25 : ttatgattcgcCA--CAGTG--AACAAGACACTAGGCCCAAA-GTTG--TAATAT-----TC-------CATA---TGATTGTAGATACAC-ATT-A-AA---AAAAat
gi|26 : CCA--AAGTG--AATAAGATAACGAACCCAAATGCTA--TAATGT-----TT-------TACA---T-------GATACAC-A
gi|3 : -------TATA---T-------GAAACAC--TA-A-CA---GACAAA-ACTTGAAAAA--------AAATTTGGTTATA---------------------C---------------------AT--TA-A---T--
gi|3 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgataAA---------------------G---------------------AA--TA-A---T--A-T---TAAAAAAAAGTGAAAGTAT--TGTCG-----------------AAATA-------T---------ACAACCTGAACCTAAAC-TAAACT-TAGAGTTA--TA-----A-G------C------CCAATATCACT--TTTTCAATCCG-ATATTTTGCATTAT--ACTT-AA-CATAGCAGCC---C-TT---TATC-AGTACAAAAAAACTC---GAGGTATAAGCATACACCCTTGTACCAAGTAACATT-TACATAACTGT-AA------GT------ATAAATGTAGTAA---AT---------CAACCT---TCAAAAtcttgatacaagaaaaataagaataatattaaaaaaaagtgaaagtattgtcgaaatatacaacctgaacctaaactaaacttagagttataagcccaatatcactttttcaatccgatattttgcattatacttaacatagcagccctttatcagtacaaaaaaactcgaggtataagcatacacccttgtaccaagtaacatttacataactgtaagtataaatgtagtaaatcaaccttcaaaatgtcattgaccttcagggtaagagcccgatctattacattatacctaagagtataaacattcacactttcataccatgtttcagccatgaaactgcaaacaaagcagatgaacaactttaacgcaaattaacttgaagacacagtttcatcttttaattttcaccctgcactatgatattgactttgaatttaggaatcctgtatgtccgacatactgcctcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|3 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgatatatatgaaacactaacagacaaaacttgaaaaaaaatttggttatacattaattcttgatacaagaaaaatA-C-C-TTCA-AA-ATGTCATTGA-CCTTCAGGGTAAGAGCCCGA-TCTATTACATT------ATACCTAAGAG---TA-T--A--AACA----------TTCACACTTTCATACCATG-----------TTTCAGCCATGAAA--------C-TGCA---A-ACAAAGCA----GATG-----------AACA-A-CTT--------------------------T------AACGCAAATTAACTTGAAGAC-ACAGT--------TTCATCTTTTAATTTTCA-CCCT--GCAC-TATGATATTGACTTTGAATTTAGGAATCCTG-TATGTCCGACATACTGCCtgtcattgaccttcagggtaagagcccgatctattacattatacctaagagtataaacattcacactttcataccatgtttcagccatgaaactgcaaacaaagcagatgaacaactttaacgcaaattaacttgaagacacagtttcatcttttaattttcaccctgcactatgatattgactttgaatttaggaatcctgtatgtccgacatactgcctcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|4 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgatatatatgaaacactaacagacaaaacttgaaaaaaaatttggttatacattaattcttgatacaagaaaaataagaataatattaaaaaaaagtgaaagtattgtcgaaatatacaacctgaacctaaactaaacttagagttataagcccaatatcactttttcaatccgatattttgcattatacttaacatagcagccctttatcagtacaaaaaaactcgaggtataagcatacacccttgtaccaagtaacatttacataactgtaagtataaatgtagtaaatcaCCAAAAGTTT--TAATTT-----TC-------TATA---T-------GACGTAC-ATT-AACA---AAAAAACA-TACGGCCA--------ACATTTGGTTAAACATTAATATAAGACATTAAGAA---------------------AT--TA-AGAAT--AAT---AATACAAAAGTGAAAGTAA--TGTCT-----------------ATATG-----A-TGGTATATGTACAACTTGCACCTAAAC-T----T-TAA---CA--T-------AG----------------ATTTACAT--GTATAAACCCC-ATTTCTTGTTTT-CAATCTG-AAAT-T--CCGCCTTGC-CT---T-TC-A----------AC-------AGTACAAAC-------CTTGTGCCAAGTAAAATTC-ACAAAACTGT-AA------GTCTTAGAATGTA---AGTAATTAATC-------ACAACCTGCACCAAAAC--------AGAG-TTTTAAAGAC-AAAATAT--------A-AC-------CTTTTCA--CCCT-GC-A-AA--ATGACC---AC----------AAGCTTTA-TG---AGCTAG-GAGCCAAATATG------------------TTAC-ATAATGCC--TC-AGAGNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN--N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACAACTTGC--ACA----AAA-----AAGTTTAATGCAAAGT-T---TAAC-AC-AAAA-TATGACC--TTT--GCA-CAC-TGGA-AT-ATGACCTTGT-GTGTAAATTTAGAAGCCC-AATATGTAACATA------CTGCCTCATAG---TA-A--A--AGCA----------TGCACAtcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|5 : tCA--AAGTG--AATAAGATACTCAACCCAAAAGTTG--TAACGT-----TC-------TATA---A-------GATACACAATA-A-CA---AAAACA-A-GAGAGCCA--------ACA--TAA--GAA---------------------A---------------------AT--AAGA---TTCA-T---AATACAAAAGTGAAAATAA--TGTCA-----------------ATATA-----A-TTAC------ACAATGTGCACCTAAAC-T----T-TAC---CA--TA-----GAGATATAAC------TCAATTTCTCC--TTTTCAATCCG-ATATTGCGCCCT-TG
gi|5 : TGCGCCCTTGTGCCCAGTAACCTTCT-CATGACTGT-AA------TT------ATGTA--CAGTAA---ATC-------ACAATTTACACCCAAAC----ACACAG---TTT-AAAGAC-AAAATAC--------G-ACAT-----TTT--CA--TCAT-GC-A-AA--ATGACC-----TT--CA-A-----TTTCAA-GCTAGG------GGCCAAATATGTTACATACCACCTCAG---TGT-ATA----------AG------CAC-ATATACTTACA-ACATGTTTTAG-TATAT--TAACTGCAAACAATGCA-TAGTTAT----GAACAACTTG----CACTAAAA--------TTTCAACACAAAGA-T---TAAG--C-AAAA-TGTTACC--TTT--TCA-T-C--GTA-CA-ATGACCTTGG-CTTTAAATTTAGGAGCCTG-ACATATTGTATA------CTGCCTCAtgcccagtaaccttctcatgactgtaattatgtacagtaaatcacaatttacacccaaacacacagtttaaagacaaaatacgacattttcatcatgcaaaatgaccttcaatttcaagctaggggccaaatatgttacataccacctcagtgtataagcacatatacttacaacatgttttagtatattaactgcaaacaatgcatagttatgaacaacttgcactaaaatttcaacacaaagattaagcaaaatgttaccttttcatcgtacaatgaccttggctttaaatttaggagcctgacatattgtatactgcctca
gi|5 : caaagtgaataagatactcaacccaaaagttgtaacgttctataagatacacaataacaaaaacaagagagccaacataagaaaataagattcataatacaaaagtgaaaataatgtcaatataattacacaatgtgcacctaaactttaccatagagatataactcaatttctccttttcaatccgatatAACACACAGT-T---TAAAGAC-AAAA-TACGACA--TTT--TCA-T-CATGCA-AA-ATGACCTTCA-ATTTCAAGCTAGGGG-CCAAATATGTTACATA------CCACCTCAGTG---TA-T--A--AGCA----------CATATACTT--ACAACATGTTTTAGTATATT-----------AA--------C-TGCA---A-ACAATGCATAGTTATG-----------AACA-A-CTTGCACTA------------AAATT--TC------AACACAAAGA---TTAA--GCAA-AAT--------GTTACCTTTT------CA-TCGT--ACA---ATGACCTTGGCTTTAAATTTAGGAG-CCTGACATATT--GTATACTGCC
gi|6 : caaagtgaataagatactcaacccaaaagttgtaacgttctataagatacacaataacaaaaacaagagagccaacataagaaaataagattcataatacaaaagtgaaaataatgtcaatataattacacaatgtgcacctaaactttaccatagagatataactcaatttctccttttcaatccgatattgcgcccttgtgcccagtaaccttctcatgactgtaattatgtacagtaaatcacaatttacacccaCACCCTGCACCAAAAC-T----T-TAA---TG--TA-----AAG------TTTAAGGCAAATATGACCATTTTTTA--CTGTATATTACGACGT-TGAATTT-------AGGAGCC---C-CA---T-AT-GTTACATACTGCTTCAGAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN------NN------NNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNAACACCCTGCACCAAAACTTTAATGTAAAG-TTT--AAGGC--AAATAT--------G-AC-------CTtca
gi|6 : AA-----AACTTTAATGTAAAGT-T---TAAGG-C-AAA--TATGACCATTTT--TTA-C---TGTA--T-ATTAC---GA-CGTTGAATTTAGGAGCCCCA-TATGTTACATA------CTGCTTCAGAG---tttttactgtatattacgacgttgactttgaatttaggagccccatatgtaacatactgcttcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaacgttaccgcagatatgatgtggatgctgacgctggagcaagtacaaaaactagcttattcataaaatacacattgccacaaacctctttagc
gi|6 : caccctgcaccAA-----AACTTTAATGTAAAGT-T---TAAGG-C-AAA--TATGACC--TTT--TTT-A-C-TGTATATTACGACGTTGA-CTTTGAATTTAGGAGCCC-CATATGTAACATA------CTGCTTCAGAGNN-NN-N--N--NNNN----------NNNNNNNNN--NNNNNNNN-----------N-----------NN--------N-NNNN---N-NNNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNN-N-NNNN-A--A------------AAACG--TT------ACCGCAGAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaccctgcaccaaaactttaatgtaaagtttaaggcaaatatgaccttttttactgtatattacgacgttgactttgaatttaggagccccatatgtaacatactgcttcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaacgttaccgcagatatgatgtggatgctgacgctggagcaagtacaaaaactagcttattcataaaatacacattgccacaaacctctttagc
gi|7 : caccctgcaccaaaactttaatgtaaagtttaaggcaaatatgaccattttttactgtatattacgacgttgaatttaggagccccatatgttacatactgcttcagagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaccctgcacc-C-C-TTCA-AT-ATGACCTTGA-CTTTCATGTTAGGAGCCC-AATATGTTACACA------CTGCCTCAGAG---NN-N--N--NNNN----------NNNNNNNNN--NNNNNNNN-----------N-----------NN--------N-NNNN---N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACACA-CTGC-ATCA------------AAACT--TT------AATGGAAAGT---TTAA-GGC-A-AAT--------GTGACCTTTT------AA-CTAT--GCAA-TATGACCTTGATTTTCTA-TTAGGA-TCACAATATATT--ACATAtatgatgtggatgctgacgctggagcaagtacaaaaactagcttattcataaaatacacattgccacaaacctctttagc
gi|7 : tttaacAA-----AACTTTAATGGAAAGT-T---TAAGG-C-AAA--TGTGACC--TTT--TAA-C-TATGCA-AT-ATGACCTTGA-TTTTCTA-TTAGGATCAC-AATATATTACATAGTATTACCGCCTGTGAG---TA-T--A--AGCA----------TGCACACgtattaccgcctgtgagtataagcatgcacacgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaccctgcaccaaaactttaatgtaaagtttaaggcaaatatgaccattttttactgtatattacgacgttgaatttaggagccccatatgttacatactgcttcagag
gi|7 : tttaacccttcaatatgaccttgactttcatgttaggagcccaatatgttacacactgcctcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacacactgcatc-------ACACCCTGCACCAAAACTTTAATGTAAAG-TTT--AAGGC--AAATAT--------G-AC-------Cgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaccctgcaccaaaactttaatgtaaagtttaaggcaaatatgaccattttttactgtatattacgacgttgaatttaggagccccatatgttacatactgcttcagag
gi|7 : tttaacccttcaatatgaccttgactttcatgttaggagcccaatatgttacacactgcctcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacacactgcatcaaaactttaatggaaagtttaaggcaaatgtgaccttttaactatgcaatatgaccttgattttctattaggatcacaatatattacatagtattaccgcctgtgagtataagcatgcacacgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAA-----AACTTTAATGTAAAGT-T---TAAGG-C-AAA--TATGACCATTTT--TTA-C---TGTA--T-ATTAC---GA-CGTTGAATTTAGGAGCCCCA-TATGTTACATA------CTGCTTCAGAG---attttttactgtatattacgacgttgaatttaggagccccatatgttacatactgcttcagag
gi|8 : tttaacccttcaatatgaccttgactttcatgttaggagcccaatatgttacacactgcctcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacacactgcatcaaaactttaatggaaagtttaaggcaaatgtgaccttttaactatgcaatatgaccttgattttctattaggatcacaatatattacatagtattaccgcctgtgagtataagcatgcacacgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaccctgcaccTG-TTATATAT-TTTTATATA-ATAT--T---TGCCAATGATACAGTGAGTATTTTAGAGCATTTTGTCGACATTAAAAATAAAGAACTT-AATGCAGAGT-T---TAAAGAC-AAAA-TATGAAA--ATT--TTG-CTC-TGCA-AT-ATGACCTTGA-CTTTCAAATT-------------TGTTACATA------CTGTCTC--AG---TA-TTAA--AGCAGAGNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN-----------N-----------NN--------N-NNNN---N-NNNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNN-N-NNNN-N--N------------NAACTGCTTGCGTCTAACACAGAGT---TTAAAGGCAA-AATTAATTAAAGTGACCTTTT------CA-CCTT--GCAATTATGACCTTGACTTTGAAGTTTGGAGC
gi|9 : CAACTTG-CAACA------A-----AACTTTAATACAGAGT-T---TAAAGAC-AAAACTGTGACT--TTT--TCACC-C-TGCA-AT-ATAACCTTCA-CTTTCAGGTTAGGAGACCAAA-ATACTACATA------CTGCCTCAGAA---NN-N--N--NNNN----------NNNNNNNNN--NNNNNNNN-----------N-----------NN--------N-NNNN---N-NNNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNN-N-NNNN-N--NNNNNNNNGCACCAAAAC--TT------AATGCAGAGT---CTAAAGGA-A-AA----------TAACCTTTT------CA-TCCT--GCAA-CATGACCGGGACTTTAAAATTGGGAG-CCAGGTATGTtgtagtgcaggttggatgtag
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AAAACTTAACCGCAGACGGGACACAAATACAGATGCTGGCACTGGGGTGAGTTGAAAAAACTACCCTATTAATAAAATAGAACAATTGATCATACCTCTTTAAC
Alignments
lowQualScore : 1111111 3333333 22222222 11111111 6666666666666666666666666666666666666666666 5555555555555555555555555555555555555555 1111 333333333333333333333 111 111 2222222222 1111 11 11111111111111 111 11111111 333333333333333333333333333 22 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4444444444444444444444444444444444444444444 1111 55555555555555555 1 1111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111 111111111 222222 11 11
lowQualScore : 3 66 55 44 1 88888 0000000 555 0000000 3 00000000 4 4 0 66666666 1 0 1 2222222222222222222222222222222222222222222 55 4 999999 5 888 3 77 7777777777777777777777777777777777777777 2 5 0000 5 888 66 000000000000000000000 0 000 1 3 5 33 5 55 0 3 0 000 5 3333333333 888 0000 1 77 4 88888888888888 888 777 88888888 3 5 5 5 333333333333333333333333333 8 8 8 55 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 88 2 9999 3333333333333333333333333333333333333333333 11 3333 88888888888888888 1 3 555 0 6 3 66 44 44 555 3 5 2 1 5 6 33 2 33 777777 444 2 33 33 2222222222 44 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 8888888888 0 1 3 2 888888888 111111 888 1 55 0 5 11 55 11
lowQualScore : . .. .. .. . ..... ....... ... ....... . ........ . . . ........ . . . ........................................... .. . ...... . ... . .. ........................................ . . .... . ... .. ..................... . ... . . . .. . .. . . . ... . .......... ... .... . .. . .............. ... ... ........ . . . . ........................... . . . .. ................................................................................................. .. . .... ........................................... .. .... ................. . . ... . . . .. .. .. ... . . . . . . .. . .. ...... ... . .. .. .......... .. ................................................................................................. . .......... . . . . ......... ...... ... . .. . . .. .. ..
lowQualScore : 7 11 00 66 3 33333 0000000 444 0000000 3 55555555 0 0 1 11111111 1 8 9 9999999999999999999999999999999999999999999 55 0 999999 0 888 4 99 9999999999999999999999999999999999999999 2 0 6666 0 888 99 555555555555555555555 8 222 4 6 0 44 0 99 1 4 4 000 7 7777777777 111 4444 4 44 0 99999999999999 555 000 66666666 2 7 7 7 555555555555555555555555555 0 0 0 88 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44 8 0000 6666666666666666666666666666666666666666666 88 0000 88888888888888888 8 3 888 1 5 3 66 22 22 666 3 3 7 7 5 2 00 5 44 222222 444 7 77 77 1111111111 22 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 1111111111 5 9 6 0 444444444 222222 888 0 11 7 1 99 33 00
consensus : GTTTTACGCTCCA--AAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TAATGT-----TC-------TATA---T-------GATACAC-ATT-A-CA---AAAAAA-A-TAGAGCCA--------ACATTTGGTTGAA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-T---AATACAAAAGTGAAAGTAA--TGTCT-----------------ATATA-----A-T---------ACAACTTGCACCTAAAC-T----T-TAA---CA--TA-----AAG------C------CCAATTTCTCC--TTTTCAATCCG-ATATTTCGCCTT-TGAACTT-AAATATAGCAGCC---C-TT---T-TC-GGTACAAAATGACTC---GAAGTATAAGCATACACCCTTGTGCCAAGTAACATTCTACATAACTGT-AA------GC------ATGCA--CAGTAA---ATC-------ACAACCTGCACCAAAACTTTAACGCAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------G-AC-------CTT--CAAGCCAT-GC-A-AATTATGACC---A--TTT-CA-AA-AAACTTCAACGCAAAGTTTA-AAGCCAAATATG------ACCGTTTC-GCCCTGC-ATA-TGAC--TT-AG------CNC-ATATG-TTACATAC-TGTTTCAGANA-T-----ATT---CGCA--------AACGATGCA----GTGANTATTTNCGAACAACTTGC--ACATTAAAAA-----AACTTTAACGCAAAGT-T---TAAAGAC-AAAA-TATGACC--TTT--TCA-C-C-TGCA-AT-ATGACCTTGACTTTNAANTTAGGAGCCC-AATA-TGT--TACATA------CTGCCTCAGAG---TA-T--A--AGCA--------TNCACACTT--ATGCTANG-----------T-----------AAC-T--------GCA---A-ACAATGCACACTGATG-----------AACA-A-C-TTGC----------AC-CAAAAC--------TTTAACGCAGAGTTTAAAGGCAAAAT--------GTGACC------TTTTC---ACCGTGCAA-TATGACCTTGACTTTGAATTTAGGAGCCCCGATATGTT--ACATACTGCC
Reference ( family-117 ) : GTTTTACGCTCCA--AAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TAATGT-----TC-------TATA---T-------GATACAC-ATT-A-CA---AAAAAA-A-TAGAGCCA--------ACATTTGGTTGAA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-T---AATACAAAAGTGAAAGTAA--TGTCT-----------------ATATA-----A-T---------ACAACTTGCACCTAAAC-T----T-TAA---CA--TA-----AAG------C------CCAATTTCTCC--TTTTCAATCCG-ATATTTCGCCTT-TGAACTT-AAATATAGCAGCC---C-TT---T-TC-GGTACAAAATGACTC---GAAGTATAAGCATACACCCTTGTGCCAAGTAACATTCTACATAACTGT-AA------GC------ATGCA--CAGTAA---ATC-------ACAACCTGCACCAAAACTTTAACGCAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------G-AC-------CTT--CAAGCCAT-GC-A-AATTATGACC---A--TTT-CA-AA-AAACTTCAACGCAAAGTTTA-AAGCCAAATATG------ACCGTTTC-GCCCTGC-ATA-TGAC--TT-AG------CNC-ATATG-TTACATAC-TGTTTCAGANA-T-----ATT---TGCA--------AACGATGCA----GTGGNTATTTNAGAACAACTTGCCAACATTAAAAA-----AACTTTAACGCAAAGT-T---TAAAGAC-AAAA-TATGACC--TTT--TCA-C-C-TGCA-AT-ATGACCTTGACTTTGAANTTAGGAGCCC-AATA-TGT--TACATA------CTGCCTCAGAG---TA-T--A--AGCA--------TNCACACTT--ATGCTANG-----------T-----------AAC-T--------GCA---A-GCNATGCACACTNATG-----------AACA-A-C-TTG-----------AC-CAAAAC--------TTTAACGCAGAGTTTAAAGGCAAAAT--------GTGACC------TTTTC---ACCNTGCAA-TATGACCTTGACTTTGAATTTAGGAGCCCCGATATGTT--ACATACTGCC
gi|1 : GTTTTATGCTCCA--AAATG--ACTAAGATACTAAACCTGAAAGTCA--T----------TC-------TATA---T-------GATACAC-ATT---TA---AAAAAA-A-AAGAGCAA--------ACATTTGGCTGAA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-T---AA--CAAAATTGAAAGAAA--TGTCC-----------------ATATA-----A-----------ACAACTGGCAGCTAAAC-T----T-TAA---CA--AA-----CAG------C------CCAATTTCTTC--TTTTCATTTTG-ATATTTAGCCTT-TGAACCT-AAATATAGCAGCT---C-TT---T-TTTGGTAGAAAATAACTA---AAAGTATAAGCATAAACCCTTGTGCCAAGTAACATGCCAAGTAACTGT-TA------GC------ATGCA--CAGTAA---ACG-------ACAACTTGCATCAAATCTTTAATGCAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------G-AC-------CTG--CAAGCCAT-GT-ACACTTATAAAT---A--TTTAAA-AA-AAACTTTACCGCAAAGTTTATAAGGCAACCGTG------ACCGTTTT-GCCCTAC-ACA-TGACCTTT-AG------CCCAATATG-TTACATAC-TTTTTCAAAGN-N-----NNN---NNNN--------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAAAA-----AACTTTAATAAAAAGGATAGATAAAGGC--AGA-TATGATG--TTT--TCA-C-C-TGCA-AA-ATGACCTTGACATTGAATAAAGGAACCCGAGTA-TGT--TACATA------CTGCTTCAGAG---TA-T--A--AGCA--------TCCACACCT--ATGCTACG-----------T-----------AAC-T--------GCA---A-GCTAAGCACACTAATG-----------AACA-A-G-TTA-----------A---AAAA----------TTAAGGCAAAGTTTAAAGGT-AACT--------GTGACT------GTTTC---ACTGTGCAA-TATGACCTTGACTTTGAATTTAGGACCCCCAATATGCT--ACATACTGCC
gi|10 : AA-----TACTTTAACGTAAAGT-T---TAAAGAC-AAAA-TGTGACC--TTT--TTATC-C-TGCA-AT-ATGACCTTGGCTTTGAAGTTAGGAGTC---ACG-TAC--TACATA------CAGCCTCAAAG---TATT--A--AG-A--------TACATTCTT--ATGCTAAG-----------TTCC--------AGC-C--------TTA---A-TTACTGCAAAC--ATT-----------ACCA-A-C-TTGC----------AC-CAAAAC--------ATTTACG--GAGGTGAGATGCGAA
gi|11 : GGACAACTTG--AACAT-----A-----AACTTTAAGTTCAAGT-T---TAA-GAC-AAAA-TATGATA--TTT--TCA-T-C-CTCATAT-ATGACAGTTAATTTGAATTGAGGAGCCC-AATA-TGT--TACATA------TTACCGCCGAG---NN-N--N--NNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNN-----------N-----------NNN-N--------NNN---N-NNNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNNTT-C-CTGC----------AC-CAAAAC--------TTTAACGCAcgccgccaccgccaccgatactgacgttagtcgagtacaaaatacttcccatttcacataatagtcgagtt
gi|12 : gaataaataagat-----AAG------C------CCATTTTCTC---TTCCCATTCCG-ATATTTCACC---TGAACTTGGGATATAACtgtggaacgcagacgcagacgccgttgccgttgccgacat
gi|12 : aagttatATATAACTCTTAA------GC------ATACA--CAGTAA---ATC-------ACAACTTGCACCAAAACTTCAACGCAGAG-GTT-AAAGACGAAAATAT--------GAAC-------TTT--C--GTAATCGA-A-AA--ATGACCTTGA--TTT-TA-AATAAAtcttaagcatacacagtaaatcacaacttgcaccaaaacttcaacgcagaggttaaagacgaaaatatgaactttcgtaatcgaaaaatgaccttgattttaaataaagagacgaacagcttacatactgtctgacatacaatagatcacactcgttcttaaaaacaatacatag
gi|12 : aagttataagcccattttctcttcccattccgatatttcacctgaacttgggACAACTTGC--ACC-----AA-----AACTTCAACGCAGAGG-T---TAAAGACGAAAA-TATGAAC--TTTCGTAA-T-C--GAA-AA-ATGACCTTGATTTT-AAATAAAGAGACG-AACA-GCT--TACATA------CTGTCTGACA----TA-C--AATAG-A--------T-CACACTC--GTTCT--------------T-----------AA-------------A---A-ACAATACATAgagacgaacagcttacatactgtctgacatacaatagatcacactcgttcttaaaaacaatacatag
gi|13 : aagttataagcccattttctcttcccattccgatatttcacctgaacttgggatataactcttaagcatacacagtaaatcGTTTTGGGCTCCC--AAGTA--AAAAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TATTGT-----TC-------TATA---C---------CAAAC-ATT-AACAG--AAAAAA-A-TATAGCTATAAACAAGACATACG----AA---------------------A---------------------ATAAGA-A---TC-A-T---AATACCTAAGTGAAAGTGA--TATCT-----------------ATATATT---A-T---------ACAA-TTGCACCTAAACAT----TATAA---TAGTTAT----AAG------C------TCATTTTCTCC--TTTT-AATCTG-ATATATCGTCTT--GAACTT-AAATATAGCAGCC---C-Tg
gi|14 : CTAAGAGGTATA-T--A--AGCA--------TACACCATT--GTGCTAAG-----------T-----------AACAT--------TCACATA-ACTGT---CAGT-ATG-------------CA-AGC-TTGC----------AC-CAAAAG--------TTTAACACAGAGTTTAAAGACAAAAT--------ATG---------TTTTCAGTACTGAGCAA-TAT
gi|14 : atagtacagacaTATAAGCATACACCATTGTGCTAAGTAACATTC-ACATAACTGT-CA------GT------ATGCA-----------------------AGCTTGCACCAAAAGTTTAACACAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------G-tgcgtaaatttaactacaataaaac
gi|15 : atagtacagacactaagaggtaAATTTTGCAGTC---CATT---T-GT-GGTACAAAATGCCTC---AAAGTATA-GCCTACACCCTTGTGCCAAGTTACATTC-ACATAACTGC-AA------AC------ATACA--TGGTAA---ATC-------ACAGCCTGCACCAAAACTGTAATGCAttttcagtactgagcaatattgcgtaaatttaactacaataaaac
gi|15 : acCC-AAAACTGTAATGCATA------TTGCCTCAGAG---TA-T--A--AGCA--------AGCACACAT--ATGCtattgcctcagagtataagcaagcacacatatgca
gi|16 : acaattttgcagtccatttgtggtacaaaatgcctcaaagtatagcctacacccttgtgccaagttacattcacataactgcaaacatacatggtaaatcacagcctgcaGCTCCA--AAGTGGAAATAA--TAC----CCGAAAAGT-G--TAATAT-----TT-------TCTA---T-------GATACAC-ATT---CAT--AAAAAA-A-CAGAGCGA--------ACATTTGGTTGAA---------------------A---------------------AT--TG--------A-T---AATACAAAAGTGAAAATAA--TGTCT-----------------ATATACATGTA-T---------ACAATTTGCAACTAAAC-C----T-TAA---CA--Ta
gi|17 : gG--AATAAGATACCGAACCTAAAAGTTGGCT-ACGT-----TC-------TGTAATTT-------GATACAT-ATTGA-CA---AAAATA-G-TAGAACCA--------A-ATTTAGTAGGG---------------------A---------------------AT--TA-A---T--
gi|19 : --TTT--TCA-A-CATGCA-AT-ATGAC------TTTGAA-----GAGCCC-TATA-TGT--TCCATT------TTGCCTTGGAG---TA-T--A--AGCA--------AAAACATAT--GTGCT--------------T-----------AAC-TTTATTCCTATA---ACGCAATGTACACTGATG-----------AACA-tagacctaagaaaataagaatcatagcacaaaagt
gi|2 : CA--GAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TAATGT-----TC-------TATA---TTATTATAGAGGCAC-ATT-A------ATAAAA-A-TAGAGCCA--------GCATCTGGTTGAA---------------------ATAAGACATAAGACACAAGAATAT--AA-A---T--A-TCATAATACAGAAGTGAATGTAACATGTCTTATATAATTATATATATATATA-----AAT---------ACAATTTGCACCTGAAC-T----T-TAA---CA--TAGTTTAAAG------C------CCAATATTTTG--TTTACAATCTG-ATATTTCGC-TT-TGAACTT-AAATACAGCAGCC---C-TTAAAT-T---GTACAAAA--ACTC---GATGTATAAGCACACACACTTGTGCCAAGTGATATTCT-CATAACTGT-AACTACTGAT------ATGCATGTAGTAT---TTT-------ACAACTTGCACCAAAACTTTAACACTGAGTTTT-AAAGAC-AAAATATACAGTTCCA-ACTGTATAACTG--CAAGCAAT-GCAA-AATTAAGACC---AACTTG-CACAA-AAACTTCAACATAAAGTTTA-AA---------G------ACTGTTTC-ACCCTGCAATA-TGACA-TTGAA------CT-----TT-TTACATAC-TGCCTCAGAGT-TTAAGCATT---CGCACTACATATAAC--TGCAAGCTATGAACACTTACAAACAATTTGC--ACCT-----A-----AACTTTAATGCA
gi|20 : AGTG--AATAAGATACTGAACTCAAAAGTTG--TTATAT-----TC-------TATA---TGATTATAGATACAC-ATT-A-AT---AAAAAA-A-TACAGCCA--------AAATTTGGTT-AA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-A---AAGACATAA--GAAAGgtcactgacacaaacactgatgcagcggaaagtacataacttccactattcatagaatagtcaagttaaaaaca
gi|22 : gGCTTTACGCTCCATAAAATA--AAGAAGATACTGAAAACAAAAGTTG--TAATGTAAACATC-------TATA---T-------G
gi|23 : cagtaacaCCA--GGGTG--AATTAGATACTGAACCCAAAACTTG--TAATGT-----TCTACGTTGTATA---T-------GATATGT-GAT-A-CACATAGAAAA-A-TAGAGgaaatgttgattgaaaa
gi|24 : AATGCCTT---AAAGTATAAGAATACACCTTTGTGTCAAGTTACATTC-ACATGATT-----------GC------CTGCA--TAACAA---AT
gi|25 : ttatgattcgcCA--CAGTG--AACAAGACACTAGGCCCAAA-GTTG--TAATAT-----TC-------CATA---TGATTGTAGATACAC-ATT-A-AA---AAAAat
gi|26 : CCA--AAGTG--AATAAGATAACGAACCCAAATGCTA--TAATGT-----TT-------TACA---T-------GATACAC-A
gi|3 : -------TATA---T-------GAAACAC--TA-A-CA---GACAAA-ACTTGAAAAA--------AAATTTGGTTATA---------------------C---------------------AT--TA-A---T--
gi|3 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgataAA---------------------G---------------------AA--TA-A---T--A-T---TAAAAAAAAGTGAAAGTAT--TGTCG-----------------AAATA-------T---------ACAACCTGAACCTAAAC-TAAACT-TAGAGTTA--TA-----A-G------C------CCAATATCACT--TTTTCAATCCG-ATATTTTGCATTAT--ACTT-AA-CATAGCAGCC---C-TT---TATC-AGTACAAAAAAACTC---GAGGTATAAGCATACACCCTTGTACCAAGTAACATT-TACATAACTGT-AA------GT------ATAAATGTAGTAA---AT---------CAACCT---TCAAAAtcttgatacaagaaaaataagaataatattaaaaaaaagtgaaagtattgtcgaaatatacaacctgaacctaaactaaacttagagttataagcccaatatcactttttcaatccgatattttgcattatacttaacatagcagccctttatcagtacaaaaaaactcgaggtataagcatacacccttgtaccaagtaacatttacataactgtaagtataaatgtagtaaatcaaccttcaaaatgtcattgaccttcagggtaagagcccgatctattacattatacctaagagtataaacattcacactttcataccatgtttcagccatgaaactgcaaacaaagcagatgaacaactttaacgcaaattaacttgaagacacagtttcatcttttaattttcaccctgcactatgatattgactttgaatttaggaatcctgtatgtccgacatactgcctcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|3 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgatatatatgaaacactaacagacaaaacttgaaaaaaaatttggttatacattaattcttgatacaagaaaaatA-C-C-TTCA-AA-ATGTCATTGACCTTCAGGGTAAGAGCCC-GATC-TAT--TACATT------ATACCTAAGAG---TA-T--A--AACA--------TTCACACTTTCATACCATG-----------TTTCAGCCATGAAAC-T--------GCA---A-ACAAAGCA----GATG-----------AACA-A-CTTTA-----------ACGCAAA-----------TTAAC-------TTGAAGACACAGT--------TTCATCTTTTAATTTTC---ACCCTGCAC-TATGATATTGACTTTGAATTTAGGAATCCTG-TATGTCCGACATACTGCCtgtcattgaccttcagggtaagagcccgatctattacattatacctaagagtataaacattcacactttcataccatgtttcagccatgaaactgcaaacaaagcagatgaacaactttaacgcaaattaacttgaagacacagtttcatcttttaattttcaccctgcactatgatattgactttgaatttaggaatcctgtatgtccgacatactgcctcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|4 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgatatatatgaaacactaacagacaaaacttgaaaaaaaatttggttatacattaattcttgatacaagaaaaataagaataatattaaaaaaaagtgaaagtattgtcgaaatatacaacctgaacctaaactaaacttagagttataagcccaatatcactttttcaatccgatattttgcattatacttaacatagcagccctttatcagtacaaaaaaactcgaggtataagcatacacccttgtaccaagtaacatttacataactgtaagtataaatgtagtaaatcaCCAAAAGTTT--TAATTT-----TC-------TATA---T-------GACGTAC-ATT-AACA---AAAAAACA-TACGGCCA--------ACATTTGGTTAAACATTAATATAAGACATTAAGAA---------------------AT--TA-AGAAT--AAT---AATACAAAAGTGAAAGTAA--TGTCT-----------------ATATG-----A-TGGTATATGTACAACTTGCACCTAAAC-T----T-TAA---CA--T-------AG----------------ATTTACAT--GTATAAACCCC-ATTTCTTGTTTT-CAATCTG-AAAT-T--CCGCCTTGC-CT---T-TC-A----------AC-------AGTACAAAC-------CTTGTGCCAAGTAAAATTC-ACAAAACTGT-AA------GTCTTAGAATGTA---AGTAATTAATC-------ACAACCTGCACCAAAAC--------AGAG-TTTTAAAGAC-AAAATAT--------A-AC-------CTTTTCA--CCCT-GC-A-AA--ATGACC---A--C---------AAGCTTTA-TG---AGCTAG-GAGCCAAATATG------------------TTAC-ATAATGCC--TC-AGAGNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-N-----NNN---NNNN--------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNAACAACTTGC--ACA----AAA-----AAGTTTAATGCAAAGT-T---T-AACAC-AAAA-TATGACC--TTT--GCA-CAC-TGGA-AT-ATGACCTTGTGTGTAAATTTAGAAGCCC-AATA-TGT--AACATA------CTGCCTCATAG---TA-A--A--AGCA--------TGCACAtcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|5 : tCA--AAGTG--AATAAGATACTCAACCCAAAAGTTG--TAACGT-----TC-------TATA---A-------GATACACAATA-A-CA---AAAACA-A-GAGAGCCA--------ACA--TAA--GAA---------------------A---------------------AT--AAGA---TTCA-T---AATACAAAAGTGAAAATAA--TGTCA-----------------ATATA-----A-TTAC------ACAATGTGCACCTAAAC-T----T-TAC---CA--TA-----GAGATATAAC------TCAATTTCTCC--TTTTCAATCCG-ATATTGCGCCCT-TG
gi|5 : TGCGCCCTTGTGCCCAGTAACCTTCT-CATGACTGT-AA------TT------ATGTA--CAGTAA---ATC-------ACAATTTACACCCAAAC----ACACAG---TTT-AAAGAC-AAAATAC--------G-ACAT-----TTT--CA--TCAT-GC-A-AA--ATGACC-------TT-CA-A-----TTTCAA-GCTAGG------GGCCAAATATGTTACATACCACCTCAG---TGT-ATA----------AG------CAC-ATATACTTACA-ACATGTTTTAG-TA-T-----ATTAACTGCA--------AACAATGCA-----TAGTTAT----GAACAACTTGC----ACTAAAA--------TTTCAACACAAAGA-T---TAAG--C-AAAA-TGTTACC--TTT--TCA-T-CGTACA-AT---GACCTTGGCTTTAAATTTAGGAGCCT-GACA-TAT--TGTATA------CTGCCTCAtgcccagtaaccttctcatgactgtaattatgtacagtaaatcacaatttacacccaaacacacagtttaaagacaaaatacgacattttcatcatgcaaaatgaccttcaatttcaagctaggggccaaatatgttacataccacctcagtgtataagcacatatacttacaacatgttttagtatattaactgcaaacaatgcatagttatgaacaacttgcactaaaatttcaacacaaagattaagcaaaatgttaccttttcatcgtacaatgaccttggctttaaatttaggagcctgacatattgtatactgcctca
gi|5 : caaagtgaataagatactcaacccaaaagttgtaacgttctataagatacacaataacaaaaacaagagagccaacataagaaaataagattcataatacaaaagtgaaaataatgtcaatataattacacaatgtgcacctaaactttaccatagagatataactcaatttctccttttcaatccgatatAACACACAGT-T---TAAAGAC-AAAA-TACGACA--TTT--TCA-T-CATGCA-AA-ATGACCTTCAATTTCAAGCTAGGGGCCA-AATA-TGT--TACATA------CCACCTCAGTG---TA-T--A--AGCA--------CATATACTT--ACAACATGTTTTAGTATATT-----------AAC-T--------GCA---A-ACAATGCATAGTTATG-----------AACA-A-C-TTGC----------AC-TAAAAT--------TTCAACACAAAGATTAA--GCAAAAT--------GTTACC------TTTTC---ATCGTACA---ATGACCTTGGCTTTAAATTTAGGAG-CCTGACATATT--GTATACTGCC
gi|6 : caaagtgaataagatactcaacccaaaagttgtaacgttctataagatacacaataacaaaaacaagagagccaacataagaaaataagattcataatacaaaagtgaaaataatgtcaatataattacacaatgtgcacctaaactttaccatagagatataactcaatttctccttttcaatccgatattgcgcccttgtgcccagtaaccttctcatgactgtaattatgtacagtaaatcacaatttacacccaCACCCTGCACCAAAAC-T----T-TAA---TG--TA-----AAG------TTTAAGGCAAATATGACCATTTTTTA--CTGTATATTACGACGT-TGAATTT-------AGGAGCC---C-CA---T-AT-GTTACATACTGCTTCAGAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN------NN------NNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNAACACCCTGCACCAAAACTTTAATGTAAAG-TTT--AAGGC--AAATAT--------G-AC-------CTT--tca
gi|6 : AA-----AACTTTAATGTAAAGT-T---TAAGG-C-AAA--TATGACCATTTT--TTA-C---TGTA--T-ATTAC---GACGTTGAATTTAGGAGCCC-CATA-TGT--TACATA------CTGCTTCAGAG---ttttactgtatattacgacgttgactttgaatttaggagccccatatgtaacatactgcttcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaacgttaccgcagatatgatgtggatgctgacgctggagcaagtacaaaaactagcttattcataaaatacacattgccacaaacctctttagc
gi|6 : caccctgcaccAA-----AACTTTAATGTAAAGT-T---TAAGG-C-AAA--TATGACC--TTT--TTT-A-C-TGTATATTACGACGTTGACTTTGAATTTAGGAGCCC-CATA-TGT--AACATA------CTGCTTCAGAG---NN-N--N--NNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNN-----------N-----------NNN-N--------NNN---N-NNNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNN-N-N-NNN-----------NN-AAAAAC--------GTTACCGCAGAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaccctgcaccaaaactttaatgtaaagtttaaggcaaatatgaccttttttactgtatattacgacgttgactttgaatttaggagccccatatgtaacatactgcttcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaacgttaccgcagatatgatgtggatgctgacgctggagcaagtacaaaaactagcttattcataaaatacacattgccacaaacctctttagc
gi|7 : caccctgcaccaaaactttaatgtaaagtttaaggcaaatatgaccattttttactgtatattacgacgttgaatttaggagccccatatgttacatactgcttcagagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaccctgcacc-C-C-TTCA-AT-ATGACCTTGACTTTCATGTTAGGAGCCC-AATA-TGT--TACACA------CTGCCTCAGAG---NN-N--N--NNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNN-----------N-----------NNN-N--------NNN---N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACACA-C-TGC-----------AT-CAAAAC--------TTTAATGGAAAGTTTAA-GGCAAA-T--------GTGACC------TTTTA---ACTATGCAA-TATGACCTTGATTTTCTA-TTAGGA-TCACAATATATT--ACATAtatgatgtggatgctgacgctggagcaagtacaaaaactagcttattcataaaatacacattgccacaaacctctttagc
gi|7 : tttaacAA-----AACTTTAATGGAAAGT-T---TAAGG-C-AAA--TGTGACC--TTT--TAA-C-TATGCA-AT-ATGACCTTGATTTTCTA-TTAGGATCAC-AATA-TAT--TACATAGTATTACCGCCTGTGAG---TA-T--A--AGCA--------TGCACACgtattaccgcctgtgagtataagcatgcacacgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaccctgcaccaaaactttaatgtaaagtttaaggcaaatatgaccattttttactgtatattacgacgttgaatttaggagccccatatgttacatactgcttcagag
gi|7 : tttaacccttcaatatgaccttgactttcatgttaggagcccaatatgttacacactgcctcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacacactgcatc-----------AACA-C-C-CTGC----------AC-CAAAAC--------TTTAATGTAAAGTTT-AAGGC-AAAT--------ATGACCAT----TTTTT---ACTGT---A-TATTAC---GACGTTGAATTTAGGAGCCCC-ATATGTT--ACATACTGCgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaccctgcaccaaaactttaatgtaaagtttaaggcaaatatgaccattttttactgtatattacgacgttgaatttaggagccccatatgttacatactgcttcagag
gi|8 : tttaacccttcaatatgaccttgactttcatgttaggagcccaatatgttacacactgcctcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacacactgcatcaaaactttaatggaaagtttaaggcaaatgtgaccttttaactatgcaatatgaccttgattttctattaggatcacaatatattacatagtattaccgcctgtgagtataagcatgcacacgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTG-TTATATAT-T--TTTATATAAT-----ATT---TGCC--------AATGATACA----GTGAGTATTTTAGAGCATTTTGTCGACATTAAAAATAAAGAAC-TTAATGCAGAGT-T---TAAAGAC-AAAA-TATGAAA--ATT--TTG-CTC-TGCA-AT-ATGACCTTGACTTTCAAATT--------------TGT--TACATA------CTGTCTC--AG---TA-TTAA--AGCAGAGNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN-----------N-----------NNN-N--------NNN---N-NNNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNN-N-N-NNN-----------NN-NNNAACTGCTTGCGTCTAACACAGAGTTTAAAGGCAAAATTAATTAAAGTGACC------TTTTC---ACCTTGCAATTATGACCTTGACTTTGAAGTTTGGAGCttcagag
gi|9 : ACAACTTGC-AACA------A-----AACTTTAATACAGAGT-T---TAAAGAC-AAAACTGTGACT--TTT--TCA-C-CCTGCA-AT-ATAACCTTCACTTTCAGGTTAGGAGACC-AAAA-TAC--TACATA------CTGCCTCAGAA---NN-N--N--NNNN--------NNNNNNNNN--NNNNNNNN-----------N-----------NNN-N--------NNN---N-NNNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNN-N-N-NNNNNNNNNNNNGCAC-CAAAAC---------TTAATGCAGAGTCTAAAGG-AAAA----------TAACC------TTTTC---ATCCTGCAA-CATGACCGGGACTTTAAAATTGGGAG-CCAGGTATGTtgtagtgcaggttggatgtag
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATAACCGAGCCATGTACACTTATGAAAAGCTTGCACCTGAACTGCAATGCAGGTGGTATGAAGATGCCAGGGAGAGTAAACAATAGAATTCATAGAATAGAAAAAAAATAATCTTA
Unaligned ( gi|21 ): AAAACTTAACCGCAGACGGGACACAAATACAGATGCTGGCACTGGGGTGAGTTGAAAAAACTACCCTATTAATAAAATAGAACAATTGATCATACCTCTTTAAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 3333333 22222222 11111111 6666666666666666666666666666666666666666666 5555555555555555555555555555555555555555 1111 111 222222222222222222 111 222222222 11 11 22222222222222 222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 444444 1 1111111111 111111111 33333333333333333333333333333333333333333 11111111111 111111111 11111111111 111111 111 1111
lowQualScore : 3 66 55 44 1 88888 0000000 555 0000000 3 00000000 4 4 0 66666666 1 0 1 2222222222222222222222222222222222222222222 55 4 999999 5 888 3 77 7777777777777777777777777777777777777777 4 5 2222 5 000 666666666666666666 5 0 33 55 6 1 1 111 6 444444444 11 33 1 99 4 00000000000000 000 777 4 3 1 5 5 5 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 33 66 999999 99999 1 3 666 0 3 3 0 44 666 4 5 2 3 2 4 2 2 33 777777 1111111111 444 2 33 33 111111111 44 99999999999999999999999999999999999999999 44 3 2 888 44444444444 888 3 111111111 0 4 44 66666666666 777777 111 8888 44 1 2 77 0000 77
lowQualScore : . .. .. .. . ..... ....... ... ....... . ........ . . . ........ . . . ........................................... .. . ...... . ... . .. ........................................ . . .... . ... .................. . . .. .. . . . ... . ......... .. .. . .. . .............. ... ... . . . . . . .......................................................................................................................................................................................................................... . .. .. ...... ..... . . ... . . . . .. ... . . . . . . . . .. ...... .......... ... . .. .. ......... .. ......................................... .. . . ... ........... ... . ......... . . .. ........... ...... ... .... .. . . .. .... ..
lowQualScore : 7 11 00 66 3 33333 0000000 444 0000000 3 55555555 0 0 1 11111111 1 8 9 9999999999999999999999999999999999999999999 55 0 999999 0 888 4 99 9999999999999999999999999999999999999999 0 7 1111 7 000 222222222222222222 3 7 11 99 7 7 7 777 7 666666666 22 22 4 33 4 88888888888888 444 888 5 2 4 7 7 7 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 33 11 111111 11111 4 6 444 4 6 6 5 66 777 3 7 9 6 0 8 7 7 77 777777 7777777777 777 9 99 99 777777777 66 11111111111111111111111111111111111111111 66 3 6 999 66666666666 222 1 888888888 2 4 99 55555555555 000000 000 5555 99 1 0 66 8888 99
consensus : GTTTTACGCTCCA--AAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TAATGT-----TC-------TATA---T-------GATACAC-ATT-A-CA---AAAAAA-A-TAGAGCCA--------ACATTTGGTTGAA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-T---AATACAAAAGTGAAAGTAA--TGTCT-----------------ATATA-----A-T---------ACAACTTGCACCTAAAC-T----T-TAA---CA--TA-----AAG------CCCAATTTCTCCTTTTCAATCCGATATTTCGCCTT-TGAACTT-AAATATAGCAGCC---C-TT---T-TC-GGTACAAAATGACTCGAAGTATAAGCATACACCCTTGTGCCAAGTAACATTCTACATAACTGT-AA------GC------ATGCA--CAGTAA---ATCACAACCTGCACCAAAACTTTAACGCAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------G-AC-------CTT--CAAGCCAT-GC-A-AAT-ATGACC---A--TTT-CA--AA-AAACTTCAACGCNAAGTTTA-G-AGCCAAATATGTTACATACCGCTTC-GCCCTGC-ATA-TGAC--TT-AG------CNC-ATATG-TTACATAC-TGTTTC--AGATA-T-----ATT---CGCA--------AACGATGCA----GTGAGTANTTACGAACAACTTGC--ACNT--AAAA-----AACTTTAACGCAAAGT-T---TAAAGAC-AAAA-TATGACCTTT--TCA-C-C-TGCA-A-TATGACCTTGACTTTNAANTTAGGAGCCC-AATA-TGT--TACATA------CTGCCTCAGA----------G---TA-T--A--AGCA-------TNCACACTT--ATGCTANG-----------T-----------AAC-CGCA-------AA--CAA-TGCACACTNATG-----------AACA-A-CTTGCAC-CAAAAC--------TTTAACGCAGAGTTTAAAGGC-AAAAT--------GTGACC------TTTTC---ACCGT----GCAA-TATGACCTTGACTTTGAATTTAGGAGCCCCGA-TATGTT--ACATACTGCC
Reference ( family-117 ) : GTTTTACGCTCCA--AAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TAATGT-----TC-------TATA---T-------GATACAC-ATT-A-CA---AAAAAA-A-TAGAGCCA--------ACATTTGGTTGAA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-T---AATACAAAAGTGAAAGTAA--TGTCT-----------------ATATA-----A-T---------ACAACTTGCACCTAAAC-T----T-TAA---CA--TA-----AAG------CCCAATTTCTCCTTTTCAATCCGATATTTCGCCTT-TGAACTT-AAATATAGCAGCC---C-TT---T-TC-GGTACAAAATGACTCGAAGTATAAGCATACACCCTTGTGCCAAGTAACATTCTACATAACTGT-AA------GC------ATGCA--CAGTAA---ATCACAACCTGCACCAAAACTTTAACGCAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------G-AC-------CTT--CAAGCCAT-GC-A-AATTATGACC---A--TTT-CA--AA-AAACTTCAACGCAAAGTTTA-A-AGCCAAATATG------ACCGTTTC-GCCCTGC-ATA-TGAC--TT-AG------CNC-ATATG-TTACATAC-TGTTTC--AGANA-T-----ATT---CGCA--------AACGATGCA----GTGANTATTTNCGAACAACTTGC--ACATTAAAAA-----AACTTTAACGCAAAGT-T---TAAAGAC-AAAA-TATGACCTTT--TCA-C-C-TGCA-A-TATGACCTTGACTTTNAANTTAGGAGCCC-AATA-TGT--TACATA------CTGCCTCAGA----------G---TA-T--A--AGCA-------TNCACACTT--ATGCTANG-----------T-----------AAC-TGCA-------AA--CAA-TGCACACTGATG-----------AACA-A-CTTGCAC-CAAAAC--------TTTAACGCAGAGTTTAAAGGC-AAAAT--------GTGACC------TTTTC---ACCGT----GCAA-TATGACCTTGACTTTGAATTTAGGAGCCCCGA-TATGTT--ACATACTGCC
gi|1 : GTTTTATGCTCCA--AAATG--ACTAAGATACTAAACCTGAAAGTCA--T----------TC-------TATA---T-------GATACAC-ATT---TA---AAAAAA-A-AAGAGCAA--------ACATTTGGCTGAA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-T---AA--CAAAATTGAAAGAAA--TGTCC-----------------ATATA-----A-----------ACAACTGGCAGCTAAAC-T----T-TAA---CA--AA-----CAG------CCCAATTTCTTCTTTTCATTTTGATATTTAGCCTT-TGAACCT-AAATATAGCAGCT---C-TT---T-TTTGGTAGAAAATAACTAAAAGTATAAGCATAAACCCTTGTGCCAAGTAACATGCCAAGTAACTGT-TA------GC------ATGCA--CAGTAA---ACGACAACTTGCATCAAATCTTTAATGCAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------G-AC-------CTG--CAAGCCAT-GT-ACACTTATAAAT---A--TTTAAA--AA-AAACTTTACCGCAAAGTTTATA-AGGCAACCGTG------ACCGTTTT-GCCCTAC-ACA-TGACCTTT-AG------CCCAATATG-TTACATAC-TTTTTCAAAGNNN-N-----NNN---NNNN--------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNTTAAAAA-----AACTTTAATAAAAAGGATAGATAAAGGC--AGA-TATGATGTTT--TCA-C-C-TGCA-A-AATGACCTTGACATTGAATAAAGGAACCCGAGTA-TGT--TACATA------CTGCTTCAGA----------G---TA-T--A--AGCA-------TCCACACCT--ATGCTACG-----------T-----------AAC-TGCA-------AG--CTA-AGCACACTAATG-----------AACA-A-GTT------AAAAA--------ATTAAGGCAAAGTTTAAAGGT--AACT--------GTGACT------GTTTC---ACTGT----GCAA-TATGACCTTGACTTTGAATTTAGGACCCCCAA-TATGCT--ACATACTGCC
gi|10 : AA-----TACTTTAACGTAAAGT-T---TAAAGAC-AAAA-TGTGACCTTT--TTATC-C-TGCA-A-TATGACCTTGGCTTTGAAGTTAGGAGTC---ACG-TAC--TACATA------CAGCCTCAAA----------G---TATT--A--AG-A-------TACATTCTT--ATGCTAAG-----------TTCC--------AGC-CTTA-------AT--TAC-TGCAAAC--ATT-----------ACCA-A-CTTGCAC-CAAAAC--------ATTTACG--GAGGTGAGATGC-GAA
gi|11 : GGACAACTTGA--ACAT-----A-----AACTTTAAGTTCAAGT-T---TAA-GAC-AAAA-TATGATATTT--TCA-T-C-CTCATA-TATGACAGTTAATTTGAATTGAGGAGCCC-AATA-TGT--TACATA------TTACCGCCGA----------G---NN-N--N--NNNN-------NNNNNNNNN--NNNNNNNN-----------N-----------NNN-NNNN-------NN--NNN-NNNNNNNNNNNN-----------NNNNTT-CCTGCAC-CAAAAC--------TTTAACGCAcgccgccaccgccaccgatactgacgttagtcgagtacaaaatacttcccatttcacataatagtcgagtt
gi|12 : gaataaataagat-----AAG------CCCATTTTCTC-TTCCCATTCCGATATTTCACC---TGAACTTGGGATATAACtgtggaacgcagacgcagacgccgttgccgttgccgacat
gi|12 : aagttatATATAACTCTTAA------GC------ATACA--CAGTAA---ATCACAACTTGCACCAAAACTTCAACGCAGAG-GTT-AAAGACGAAAATAT--------GAAC-------TTT--C--GTAATCGA-A-AA--ATGACCTTGA--TTT-TA--AATAAAtcttaagcatacacagtaaatcacaacttgcaccaaaacttcaacgcagaggttaaagacgaaaatatgaactttcgtaatcgaaaaatgaccttgattttaaataaagagacgaacagcttacatactgtctgacatacaatagatcacactcgttcttaaaaacaatacatag
gi|12 : aagttataagcccattttctcttcccattccgatatttcacctgaacttgggACA-A-CTTGCAC-CAAAAC--------TTCAACGCAGAGGTTAAAGACGAAAAT--------ATGAAC------TTT-------CGTAATCGAAA-AATGACCTTGATTTTAAATA-AAGAGAC--GAACAGCTT--ACATACTGTCgagacgaacagcttacatactgtctgacatacaatagatcacactcgttcttaaaaacaatacatag
gi|12 : aagttataagcccattttctcttcccattccgatatttcacctgaacttgggatataactcttaagcatacacagtaaatcACAACTTGC--ACC-----AA-----AACTTCAACGCAGAGG-T---TAAAGACGAAAA-TATGAACTTTCGTAA-T-C--GAA-A-AATGACCTTGA-TTTTAAATAAAGAGACG-AACA-GCT--TACATA------CTGTCTGACA--------------TA-C--AATAG-A-------T-CACACTC--GTTCT--------------T-----------AA-----A-------AA--CAA-TACATAtgacatacaatagatcacactcgttcttaaaaacaatacatag
gi|13 : aagttataagcccattttctcttcccattccgatatttcacctgaacttgggatataactcttaagcatacacagtaaatcGTTTTGGGCTCCC--AAGTA--AAAAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TATTGT-----TC-------TATA---C---------CAAAC-ATT-AACAG--AAAAAA-A-TATAGCTATAAACAAGACATACG----AA---------------------A---------------------ATAAGA-A---TC-A-T---AATACCTAAGTGAAAGTGA--TATCT-----------------ATATATT---A-T---------ACAA-TTGCACCTAAACAT----TATAA---TAGTTAT----AAG------CTCATTTTCTCCTTTT-AATCTGATATATCGTCTT--GAACTT-AAATATAGCAGCC---C-Tg
gi|14 : CTAAGA----------GGTATA-T--A--AGCA-------TACACCATT--GTGCTAAG-----------T-----------AACATTCA-------CA--TAACTGT-CAGT-ATG-------------CA-AGCTTGCAC-CAAAAG--------TTTAACACAGAGTTTAAAGAC-AAAAT--------ATG---------TTTTCAGTACTGA----GCAA-TAT
gi|14 : atagtacagacaTATAAGCATACACCATTGTGCTAAGTAACATTC-ACATAACTGT-CA------GT------ATGCA----------------AGCTTGCACCAAAAGTTTAACACAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------G-tgcgtaaatttaactacaataaaac
gi|15 : atagtacagacactaagaggtaAATTTTGCAGTC---CATT---T-GT-GGTACAAAATGCCTCAAAGTATA-GCCTACACCCTTGTGCCAAGTTACATTC-ACATAACTGC-AA------AC------ATACA--TGGTAA---ATCACAGCCTGCACCAAAACTGTAATGCAttttcagtactgagcaatattgcgtaaatttaactacaataaaac
gi|15 : acCC-AAAACTGTAATGCATA------TTGCCTCAGA----------G---TA-T--A--AGCA-------AGCACACAT--ATGCtattgcctcagagtataagcaagcacacatatgca
gi|16 : acaattttgcagtccatttgtggtacaaaatgcctcaaagtatagcctacacccttgtgccaagttacattcacataactgcaaacatacatggtaaatcacagcctgcaGCTCCA--AAGTGGAAATAA--TAC----CCGAAAAGT-G--TAATAT-----TT-------TCTA---T-------GATACAC-ATT---CAT--AAAAAA-A-CAGAGCGA--------ACATTTGGTTGAA---------------------A---------------------AT--TG--------A-T---AATACAAAAGTGAAAATAA--TGTCT-----------------ATATACATGTA-T---------ACAATTTGCAACTAAAC-C----T-TAA---CA--Ta
gi|17 : gG--AATAAGATACCGAACCTAAAAGTTGGCT-ACGT-----TC-------TGTAATTT-------GATACAT-ATTGA-CA---AAAATA-G-TAGAACCA--------A-ATTTAGTAGGG---------------------A---------------------AT--TA-A---T--
gi|18 : -----------T-----------AAC-CG---------AG--CCA-TGTACACTTATG-----------AAAA-G-CTTGCAC-CTGAAC--------TGCAATGCAGtagacctaagaaaataagaatcatagcacaaaagt
gi|19 : aTTT--TCA-A-CATGCA-A-TATGACTTTGA-----------AGAGCCC-TATA-TGT--TCCATT------TTGCCTTGGA----------G---TA-T--A--AGCA-------AAAACATAT--GTGCT--------------T-----------AAC-TTTATTCCTATAACGCAA-TGTACACTGATG-----------AACA-gtggtatgaagatgccagggagagtaaacaatagaattcatagaatagaaaaaaaataatctta
gi|2 : CA--GAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TAATGT-----TC-------TATA---TTATTATAGAGGCAC-ATT-A------ATAAAA-A-TAGAGCCA--------GCATCTGGTTGAA---------------------ATAAGACATAAGACACAAGAATAT--AA-A---T--A-TCATAATACAGAAGTGAATGTAACATGTCTTATATAATTATATATATATATA-----AAT---------ACAATTTGCACCTGAAC-T----T-TAA---CA--TAGTTTAAAG------CCCAATATTTTGTTTACAATCTGATATTTCGC-TT-TGAACTT-AAATACAGCAGCC---C-TTAAAT-T---GTACAAAA--ACTCGATGTATAAGCACACACACTTGTGCCAAGTGATATTCT-CATAACTGT-AACTACTGAT------ATGCATGTAGTAT---TTTACAACTTGCACCAAAACTTTAACACTGAGTTTT-AAAGAC-AAAATATACAGTTCCA-ACTGTATAACTG--CAAGCAAT-GCAA-AATTAAGACC---AACTTG-CAC-AA-AAACTTCAACATAAAGTTTA-A-A---------G------ACTGTTTC-ACCCTGCAATA-TGACA-TTGAA------CT-----TT-TTACATAC-TGCCTC--AGAGT-TTAAGCATT---CGCACTACATATAAC--TGCAAGCTATGAACACTTACAAACAATTTGC--ACCT-----A-----AACTTTAATGCA
gi|20 : AGTG--AATAAGATACTGAACTCAAAAGTTG--TTATAT-----TC-------TATA---TGATTATAGATACAC-ATT-A-AT---AAAAAA-A-TACAGCCA--------AAATTTGGTT-AA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-A---AAGACATAA--GAAAGgtcactgacacaaacactgatgcagcggaaagtacataacttccactattcatagaatagtcaagttaaaaaca
gi|22 : gGCTTTACGCTCCATAAAATA--AAGAAGATACTGAAAACAAAAGTTG--TAATGTAAACATC-------TATA---T-------G
gi|23 : cagtaacaCCA--GGGTG--AATTAGATACTGAACCCAAAACTTG--TAATGT-----TCTACGTTGTATA---T-------GATATGT-GAT-A-CACATAGAAAA-A-TAGAGgaaatgttgattgaaaa
gi|24 : AATGCCTTAAAGTATAAGAATACACCTTTGTGTCAAGTTACATTC-ACATGATT-----------GC------CTGCA--TAACAA---AT
gi|25 : ttatgattcgcCA--CAGTG--AACAAGACACTAGGCCCAAA-GTTG--TAATAT-----TC-------CATA---TGATTGTAGATACAC-ATT-A-AA---AAAAat
gi|26 : CCA--AAGTG--AATAAGATAACGAACCCAAATGCTA--TAATGT-----TT-------TACA---T-------GATACAC-A
gi|3 : -------TATA---T-------GAAACAC--TA-A-CA---GACAAA-ACTTGAAAAA--------AAATTTGGTTATA---------------------C---------------------AT--TA-A---T--
gi|3 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgataAA---------------------G---------------------AA--TA-A---T--A-T---TAAAAAAAAGTGAAAGTAT--TGTCG-----------------AAATA-------T---------ACAACCTGAACCTAAAC-TAAACT-TAGAGTTA--TA-----A-G------CCCAATATCACTTTTTCAATCCGATATTTTGCATTAT--ACTT-AA-CATAGCAGCC---C-TT---TATC-AGTACAAAAAAACTCGAGGTATAAGCATACACCCTTGTACCAAGTAACATT-TACATAACTGT-AA------GT------ATAAATGTAGTAA---AT--CAACCT---TCAAAAtcttgatacaagaaaaataagaataatattaaaaaaaagtgaaagtattgtcgaaatatacaacctgaacctaaactaaacttagagttataagcccaatatcactttttcaatccgatattttgcattatacttaacatagcagccctttatcagtacaaaaaaactcgaggtataagcatacacccttgtaccaagtaacatttacataactgtaagtataaatgtagtaaatcaaccttcaaaatgtcattgaccttcagggtaagagcccgatctattacattatacctaagagtataaacattcacactttcataccatgtttcagccatgaaactgcaaacaaagcagatgaacaactttaacgcaaattaacttgaagacacagtttcatcttttaattttcaccctgcactatgatattgactttgaatttaggaatcctgtatgtccgacatactgcctcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|3 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgatatatatgaaacactaacagacaaaacttgaaaaaaaatttggttatacattaattcttgatacaagaaaaatA-C-C-TTCA-A-AATGTCATTGACCTTCAGGGTAAGAGCCC-GATC-TAT--TACATT------ATACCTAAGA----------G---TA-T--A--AACA-------TTCACACTTTCATACCATG-----------TTTCAGCCATGAAAC-TGCA-------AA--CAA-AGCA----GATG-----------AACA-A-CTTTAACGCAAA-----------TTAAC-------TTGAAGAC-ACAGT--------TTCATCTTTTAATTTTC---ACCCT----GCAC-TATGATATTGACTTTGAATTTAGGAATCCTG--TATGTCCGACATACTGCCtgtcattgaccttcagggtaagagcccgatctattacattatacctaagagtataaacattcacactttcataccatgtttcagccatgaaactgcaaacaaagcagatgaacaactttaacgcaaattaacttgaagacacagtttcatcttttaattttcaccctgcactatgatattgactttgaatttaggaatcctgtatgtccgacatactgcctcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|4 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgatatatatgaaacactaacagacaaaacttgaaaaaaaatttggttatacattaattcttgatacaagaaaaataagaataatattaaaaaaaagtgaaagtattgtcgaaatatacaacctgaacctaaactaaacttagagttataagcccaatatcactttttcaatccgatattttgcattatacttaacatagcagccctttatcagtacaaaaaaactcgaggtataagcatacacccttgtaccaagtaacatttacataactgtaagtataaatgtagtaaatcaCCAAAAGTTT--TAATTT-----TC-------TATA---T-------GACGTAC-ATT-AACA---AAAAAACA-TACGGCCA--------ACATTTGGTTAAACATTAATATAAGACATTAAGAA---------------------AT--TA-AGAAT--AAT---AATACAAAAGTGAAAGTAA--TGTCT-----------------ATATG-----A-TGGTATATGTACAACTTGCACCTAAAC-T----T-TAA---CA--T-------AG----------ATTTACATGTATAAACCCCATTTCTTGTTTT-CAATCTG-AAAT-T--CCGCCTTGC-CT---T-TC-A----------AC----AGTACAAAC-------CTTGTGCCAAGTAAAATTC-ACAAAACTGT-AA------GTCTTAGAATGTA---AGTAATTAATCACAACCTGCACCAAAAC--------AGAG-TTTTAAAGAC-AAAATAT--------A-AC-------CTTTTCA--CCCT-GC-A-AA--ATGACC---A--C----------AAGCTTTA-TG---AGCTAG-G-AGCCAAATATG------------------TTAC-ATAATGCC--TC-AGAGNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNN-NNNNNN--NNNNN-N-----NNN---NNNN--------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNAACAACTTGC--ACA----AAA-----AAGTTTAATGCAAAGT-T---T-AACAC-AAAA-TATGACCTTT--GCA-CAC-TGGA-A-TATGACCTTGTGTGTAAATTTAGAAGCCC-AATA-TGT--AACATA------CTGCCTCATA----------G---TA-A--A--AGCA-------TGCACAtcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|5 : tCA--AAGTG--AATAAGATACTCAACCCAAAAGTTG--TAACGT-----TC-------TATA---A-------GATACACAATA-A-CA---AAAACA-A-GAGAGCCA--------ACA--TAA--GAA---------------------A---------------------AT--AAGA---TTCA-T---AATACAAAAGTGAAAATAA--TGTCA-----------------ATATA-----A-TTAC------ACAATGTGCACCTAAAC-T----T-TAC---CA--TA-----GAGATATAACTCAATTTCTCCTTTTCAATCCGATATTGCGCCCT-TG
gi|5 : TGCGCCCTTGTGCCCAGTAACCTTCT-CATGACTGT-AA------TT------ATGTA--CAGTAA---ATCACAATTTACACCCAAAC----ACACAG---TTT-AAAGAC-AAAATAC--------G-ACAT-----TTT--CA--TCAT-GC-A-AA--ATGACC-------TT-CA--A-----TTTCAA-GCTAGG-------GGCCAAATATGTTACATACCACCTCAG---TGT-ATA----------AG------CAC-ATATACTTACA-ACATGTTTT--AG-TA-T-----ATTAACTGCA--------AACAATGCA---------TAGTTATGAACAACTTGC--AC--TAAAA--------TTTCAACACAAAGA-T---TAAG--C-AAAA-TGTTACCTTT--TCA-T-CGTACA-A-T--GACCTTGGCTTTAAATTTAGGAGCCT-GACA-TAT--TGTATA------CTGCCTCAtgcccagtaaccttctcatgactgtaattatgtacagtaaatcacaatttacacccaaacacacagtttaaagacaaaatacgacattttcatcatgcaaaatgaccttcaatttcaagctaggggccaaatatgttacataccacctcagtgtataagcacatatacttacaacatgttttagtatattaactgcaaacaatgcatagttatgaacaacttgcactaaaatttcaacacaaagattaagcaaaatgttaccttttcatcgtacaatgaccttggctttaaatttaggagcctgacatattgtatactgcctca
gi|5 : caaagtgaataagatactcaacccaaaagttgtaacgttctataagatacacaataacaaaaacaagagagccaacataagaaaataagattcataatacaaaagtgaaaataatgtcaatataattacacaatgtgcacctaaactttaccatagagatataactcaatttctccttttcaatccgatatAACACACAGT-T---TAAAGAC-AAAA-TACGACATTT--TCA-T-CATGCA-A-AATGACCTTCAATTTCAAGCTAGGGGCCA-AATA-TGT--TACATA------CCACCTCAGT----------G---TA-T--A--AGCA-------CATATACTT--ACAACATGTTTTAGTATATT-----------AAC-TGCA-------AA--CAA-TGCATAGTTATG-----------AACA-A-CTTGCAC-TAAAAT--------TTCAACACAAAGATTAA--GC-AAAAT--------GTTACC------TTTTC---ATCGT----ACA---ATGACCTTGGCTTTAAATTTAGGAG-CCTGA-CATATT--GTATACTGCC
gi|6 : caaagtgaataagatactcaacccaaaagttgtaacgttctataagatacacaataacaaaaacaagagagccaacataagaaaataagattcataatacaaaagtgaaaataatgtcaatataattacacaatgtgcacctaaactttaccatagagatataactcaatttctccttttcaatccgatattgcgcccttgtgcccagtaaccttctcatgactgtaattatgtacagtaaatcacaatttacacccaCACCCTGCACCAAAACTTTAATG--------T-AAAG------------------------------TT--TAAG-----GC-A-AAT-ATGACC---ATTTTT-TACTGT-ATATTACGACGTTGAATTTA-GGAGCCCCATATGTTACATACTGCTTC-AGAGANN-NNN-NNNN--NN-NN------NNN-NNNNN-NNNNNNNN-NNNNNN--NNNNN-N-----NNN---NNNN--------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNAACACCCTGC--ACC-----AA-----AACTTTAATGTAAAGT-T---T-AAGGC--AAA-TATGACCTTT--TTT-A-C-TGTATATTACGACGTTGACTTTGAATTTAGGAGCCC-CATA-TGT--AACATA------CTGCTTCAGA----------G---tca
gi|6 : -----------AACA-C-CCTGCAC-CAAAAC--------TTTAATGTAAAGTTTAA-GGC-AAA-T--------ATGACC------TTTTTT--ACTGT----ATAT-TACGACGTTGACTTTGAATTTAGGAGCCCC-A-TATGTA--ACATACTGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaacgttaccgcagatatgatgtggatgctgacgctggagcaagtacaaaaactagcttattcataaaatacacattgccacaaacctctttagc
gi|7 : caccctgcaccaaaactttaatgtaaagtttaaggcaaatatgaccattttttactgtatattacgacgttgaatttaggagccccatatgttacatactgcttcagagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-C-C-TTCA-A-TATGACCTTGACTTTCATGTTAGGAGCCC-AATA-TGT--TACACA------CTGCCTCAGA----------G---NN-N--N--NNNN-------NNNNNNNNN--NNNNNNNN-----------N-----------NNN-NNNN-------NN--NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACACA-CT-GCAT-CAAAAC--------TTTAATGGAAAGTTTAA-GGC-AAA-T--------GTGACC------TTTTA---ACTAT----GCAA-TATGACCTTGATTTTCTA-TTAGGA-TCACAA-TATATT--ACATAttcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaacgttaccgcagatatgatgtggatgctgacgctggagcaagtacaaaaactagcttattcataaaatacacattgccacaaacctctttagc
gi|7 : tttaacAA-----AACTTTAATGGAAAGT-T---TAAGG-C-AAA--TGTGACCTTT--TAA-C-TATGCA-A-TATGACCTTGATTTTCTA-TTAGGATCAC-AATA-TAT--TACATAGTATTACCGCCTGTGA----------G---TA-T--A--AGCA-------TGCACACgtattaccgcctgtgagtataagcatgcacacgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaccctgcaccaaaactttaatgtaaagtttaaggcaaatatgaccattttttactgtatattacgacgttgaatttaggagccccatatgttacatactgcttcagag
gi|7 : tttaacccttcaatatgaccttgactttcatgttaggagcccaatatgttacacactgcctcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacacactgcatc-----------AACA-C-CCTGCAC-CAAAAC--------TTTAATGTAAAGTTT-AAGGC--AAAT--------ATGACCAT----TTTTT---ACTGT-------A-TATTAC---GACGTTGAATTTAGGAGCCCC-A-TATGTT--ACATACTGCgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaccctgcaccaaaactttaatgtaaagtttaaggcaaatatgaccattttttactgtatattacgacgttgaatttaggagccccatatgttacatactgcttcagag
gi|8 : tttaacccttcaatatgaccttgactttcatgttaggagcccaatatgttacacactgcctcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacacactgcatcaaaactttaatggaaagtttaaggcaaatgtgaccttttaactatgcaatatgaccttgattttctattaggatcacaatatattacatagtattaccgcctgtgagtataagcatgcacacgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTG-TTATATAT-T--TTT--ATATAAT-----ATT---TGCC--------AATGATACA----GTGAGTATTTTAGAGCATTTTGTCGACATTAAAAATAAAGAACTT-AATGCAGAGT-T---TAAAGAC-AAAA-TATGAAAATT--TTG-CTC-TGCA-A-TATGACCTTGACTTTCAAATT--------------TGT--TACATA------CTGTCTC--A----------G---TA-TTAA--AGCAGAGNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN-----------N-----------NNN-NNNN-------NN--NNN-NNNNNNNNNNNN-----------NNNN-N-NNNNNNN-NNNAACTGCTTGCGTCTAACACAGAGTTTAAAGGC-AAAATTAATTAAAGTGACC------TTTTC---ACCTT----GCAATTATGACCTTGACTTTGAAGTTTGGAGCttcagag
gi|9 : ACAACTTGC--A-----ACAA-----AACTTTAATACAGAGT-T---TAAAGAC-AAAACTGTGACTTTT--TCA-C-CCTGCA-A-TATAACCTTCACTTTCAGGTTAGGAGACC-AAAA-TAC--TACATA------CTGCCTCAGAANNNNNNNNNN---NN-N--N--NNNN-------NNNNNNNNN--NNNNNNNN-----------N-----------NNN-NNNN-------NN--NNN-NNNNNNNNNNNN-----------NNNN-N-NNNGCAC-CAAAAC---------TTAATGCAGAGTCTAAAGG--AAAA----------TAACC------TTTTC---ATCCT----GCAA-CATGACCGGGACTTTAAAATTGGGAG-CCAGG-TATGTtgtagtgcaggttggatgtag
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AAAACTTAACCGCAGACGGGACACAAATACAGATGCTGGCACTGGGGTGAGTTGAAAAAACTACCCTATTAATAAAATAGAACAATTGATCATACCTCTTTAAC
Alignments
lowQualScore : 1111111 3333333 22222222 11111111 6666666666666666666666666666666666666666666 5555555555555555555555555555555555555555 1111 111 222222222222222222 111 222222222 11 11 22222222222222 222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44444444444 1 11111111111111 111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 111111111 2222222222222222222222 111 11 11
lowQualScore : 3 66 55 44 1 88888 0000000 555 0000000 3 00000000 4 4 0 66666666 1 0 1 2222222222222222222222222222222222222222222 55 4 999999 5 888 3 77 7777777777777777777777777777777777777777 4 5 2222 5 000 666666666666666666 5 0 33 55 6 1 1 111 6 444444444 11 33 1 99 4 00000000000000 000 777 4 3 0 5 5 5 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 0 1 222 5 111 888888 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 2 66 88888888888 2 4 777 1 1 66 4 0 55 888 0 6 3 2 2 2 33 0 3 44 33333333333333 4444 44 1 333333333 0 55 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 000 4 888888888 1 5 4444444444444444444444 000 3 5 2 7 88 00 33
lowQualScore : . .. .. .. . ..... ....... ... ....... . ........ . . . ........ . . . ........................................... .. . ...... . ... . .. ........................................ . . .... . ... .................. . . .. .. . . . ... . ......... .. .. . .. . .............. ... ... . . . . . . ................................................................. ..... . . ... . ... ...... ................................................................................................. . . .. ........... . . ... . . .. . . .. ... . . . . . . .. . . .. .............. .... .. . ......... . .. .............................................................. ... . ......... . . ...................... ... . . . . .. .. ..
lowQualScore : 7 11 00 66 3 33333 0000000 444 0000000 3 55555555 0 0 1 11111111 1 8 9 9999999999999999999999999999999999999999999 55 0 999999 0 888 4 99 9999999999999999999999999999999999999999 0 7 1111 7 000 222222222222222222 3 7 11 99 7 7 7 777 7 666666666 22 22 4 33 4 88888888888888 444 888 5 2 4 7 7 7 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222 8 0 444 0 888 000000 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 9 11 99999999999 1 4 888 9 9 33 4 1 55 222 0 7 3 5 2 2 99 3 1 22 55555555555555 8888 66 1 888888888 7 00 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 0 000000000 6 1 9999999999999999999999 000 0 7 5 5 88 22 88
consensus : GTTTTACGCTCCA--AAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TAATGT-----TC-------TATA---T-------GATACAC-ATT-A-CA---AAAAAA-A-TAGAGCCA--------ACATTTGGTTGAA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-T---AATACAAAAGTGAAAGTAA--TGTCT-----------------ATATA-----A-T---------ACAACTTGCACCTAAAC-T----T-TAA---CA--TA-----AAG------CCCAATTTCTCCTTTTCAATCCGATATTTCGCCTT-TGAACTT-AAATATAGCAGCC---C-TT---T-TC-GGTACAAAATGACTCGAAGTATAAGCATACACCCTTGTGCCAAGTAACATTCTACATAACTGT-AA------GC------ATGCA--CAGTAA---ATCACAACCTGCACCAAAACTTTAACGCAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------G-AC-------CTT--CA-GCCATGCAAA--TATGACC---A--TTT----CA-AA-AAACTTCAACGCTAAGTTTA-G-AGCCAAATATGTTACATACCGCTTC-GCCCTGC-ATATGAC--TT-AGCNC-ATATG-TTACATAC-TGTTTC--AGA---TA--TATT---CGCA--------AACGATGCA----GTGAGTANTTACGAACAACTTGC--ACCT-------AAAAAACTTTAACGCAAAGT-T---TAAAGAC-AAAA-TATGACCTTT--TCA-C-C-TGCA-A-TATGACCTTGACTTTNAANTTAGGAGCCC-AATA-TGT--TACATACTGCCTCAGA----------G---TA-T--A--AGCA-------TNCACACTT--GTGCTANGT-----------AAC---CGCA-------AA--CAATGCACACTGATG-----------AACA-A-CTTGCAC-CAAAAC--------TTTAACGCAGAGTTTAAAGGCAAAAT--------GTGACC------TTTTC---ACCGTGCAA-TATGACCTTGACTTTGAATTTAGGAGCCCCGATATGTT--ACATACTGCC
Reference ( family-117 ) : GTTTTACGCTCCA--AAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TAATGT-----TC-------TATA---T-------GATACAC-ATT-A-CA---AAAAAA-A-TAGAGCCA--------ACATTTGGTTGAA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-T---AATACAAAAGTGAAAGTAA--TGTCT-----------------ATATA-----A-T---------ACAACTTGCACCTAAAC-T----T-TAA---CA--TA-----AAG------CCCAATTTCTCCTTTTCAATCCGATATTTCGCCTT-TGAACTT-AAATATAGCAGCC---C-TT---T-TC-GGTACAAAATGACTCGAAGTATAAGCATACACCCTTGTGCCAAGTAACATTCTACATAACTGT-AA------GC------ATGCA--CAGTAA---ATCACAACCTGCACCAAAACTTTAACGCAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------G-AC-------CTT--CAAGCCATGCAAA--TATGACC---A--TTT----CA-AA-AAACTTCAACGCNAAGTTTA-G-AGCCAAATATGTTACATACCGCTTC-GCCCTGC-ATATGAC--TT-AGCNC-ATATG-TTACATAC-TGTTTC--AGA---TA--TATT---CGCA--------AACGATGCA----GTGAGTANTTACGAACAACTTGC--ACNT-------AAAAAACTTTAACGCAAAGT-T---TAAAGAC-AAAA-TATGACCTTT--TCA-C-C-TGCA-A-TATGACCTTGACTTTNAANTTAGGAGCCC-AATA-TGT--TACATACTGCCTCAGA----------G---TA-T--A--AGCA-------TNCACACTT--ATGCTANGT-----------AAC---CGCA-------AA--CAATGCACACTNATG-----------AACA-A-CTTGCAC-CAAAAC--------TTTAACGCAGAGTTTAAAGGCAAAAT--------GTGACC------TTTTC---ACCGTGCAA-TATGACCTTGACTTTGAATTTAGGAGCCCCGATATGTT--ACATACTGCC
gi|1 : GTTTTATGCTCCA--AAATG--ACTAAGATACTAAACCTGAAAGTCA--T----------TC-------TATA---T-------GATACAC-ATT---TA---AAAAAA-A-AAGAGCAA--------ACATTTGGCTGAA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-T---AA--CAAAATTGAAAGAAA--TGTCC-----------------ATATA-----A-----------ACAACTGGCAGCTAAAC-T----T-TAA---CA--AA-----CAG------CCCAATTTCTTCTTTTCATTTTGATATTTAGCCTT-TGAACCT-AAATATAGCAGCT---C-TT---T-TTTGGTAGAAAATAACTAAAAGTATAAGCATAAACCCTTGTGCCAAGTAACATGCCAAGTAACTGT-TA------GC------ATGCA--CAGTAA---ACGACAACTTGCATCAAATCTTTAATGCAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------G-AC-------CTG--CAAGCCATGTACACTTATAAAT---A--TTTA---AA-AA-AAACTTTACCGCAAAGTTTATA-AGGCAACCGTG------ACCGTTTT-GCCCTAC-ACATGACCTTT-AGCCCAATATG-TTACATAC-TTTTTCAAAGN---NN--NNNN---NNNN--------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNTTA-----AAAAAACTTTAATAAAAAGGATAGATAAAGGC--AGA-TATGATGTTT--TCA-C-C-TGCA-A-AATGACCTTGACATTGAATAAAGGAACCCGAGTA-TGT--TACATACTGCTTCAGA----------G---TA-T--A--AGCA-------TCCACACCT--ATGCTACGT-----------AAC---TGCA-------AG--CTAAGCACACTAATG-----------AACA-A-GTT------AAAAA--------ATTAAGGCAAAGTTTAAAGGT-AACT--------GTGACT------GTTTC---ACTGTGCAA-TATGACCTTGACTTTGAATTTAGGACCCCCAATATGCT--ACATACTGCC
gi|10 : AATACTTTAACGTAAAGT-T---TAAAGAC-AAAA-TGTGACCTTT--TTATC-C-TGCA-A-TATGACCTTGGCTTTGAAGTTAGGAGTC---ACG-TAC--TACATACAGCCTCAAA----------G---TATT--A--AG-A-------TACATTCTT--ATGCTAAGTTCC--------AGC---CTTA-------AT--TACTGCAAAC--ATT-----------ACCA-A-CTTGCAC-CAAAAC--------ATTTACG--GAGGTGAGATGCGAA
gi|11 : ATGGACAACTTGA--ACAT-------AAA---CTTTAAGTTCAAGT-T---TAA-GAC-AAAA-TATGATATTT--TCA-T-C-CTCATA-TATGACAGTTAATTTGAATTGAGGAGCCC-AATA-TGT--TACATATTACCGCCGA----------G---NN-N--N--NNNN-------NNNNNNNNN--NNNNNNNNN-----------NNN---NNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNNTT-CCTGCAC-CAAAAC--------TTTAACGCAcgccgccaccgccaccgatactgacgttagtcgagtacaaaatacttcccatttcacataatagtcgagtt
gi|12 : gaataaataag-----AAG------CCCATTTTCTC-TTCCCATTCCGATATTTCACC---TGAACTTGGGATATAACtgtggaacgcagacgcagacgccgttgccgttgccgacat
gi|12 : aagttatATATAACTCTTAA------GC------ATACA--CAGTAA---ATCACAACTTGCACCAAAACTTCAACGCAGAG-GTT-AAAGACGAAAATAT--------GAAC-------TTT--C--GTAATCGAAA--AATGACCTTGA--TTT----TA-AATAAAtcttaagcatacacagtaaatcacaacttgcaccaaaacttcaacgcagaggttaaagacgaaaatatgaactttcgtaatcgaaaaatgaccttgattttaaataaagagacgaacagcttacatactgtctgacatacaatagatcacactcgttcttaaaaacaatacatag
gi|12 : aagttataagcccattttctcttcccattccgatatttcacctgaacttgggACAACTTGC--ACC----------AAAACTTCAACGCAGAGG-T---TAAAGACGAAAA-TATGAACTTTCGTAA-T-C--GAA-A-AATGACCTTGA-TTTTAAATAAAGAGACG-AACA-GCT--TACATACTGTCTGACA--------------TA-C--AATAG-A-------T-CACACTC--GTTCT---T-----------AA-------A-------AA--CAATACATAgagacgaacagcttacatactgtctgacatacaatagatcacactcgttcttaaaaacaatacatag
gi|13 : aagttataagcccattttctcttcccattccgatatttcacctgaacttgggatataactcttaagcatacacagtaaatcGTTTTGGGCTCCC--AAGTA--AAAAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TATTGT-----TC-------TATA---C---------CAAAC-ATT-AACAG--AAAAAA-A-TATAGCTATAAACAAGACATACG----AA---------------------A---------------------ATAAGA-A---TC-A-T---AATACCTAAGTGAAAGTGA--TATCT-----------------ATATATT---A-T---------ACAA-TTGCACCTAAACAT----TATAA---TAGTTAT----AAG------CTCATTTTCTCCTTTT-AATCTGATATATCGTCTT--GAACTT-AAATATAGCAGCC---C-Tg
gi|14 : CTAAGA----------GGTATA-T--A--AGCA-------TACACCATT--GTGCTAAGT-----------AACATTCACAT------AA--C--TGT-CAGT-ATG-------------CA-AGCTTGCAC-CAAAAG--------TTTAACACAGAGTTTAAAGACAAAAT--------ATG---------TTTTCAGTACTGAGCAA-TAT
gi|14 : atagtacagacaTATAAGCATACACCATTGTGCTAAGTAACATTC-ACATAACTGT-CA------GT------ATGCA----------------AGCTTGCACCAAAAGTTTAACACAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------G-tgcgtaaatttaactacaataaaac
gi|15 : atagtacagacactaagaggtaAATTTTGCAGTC---CATT---T-GT-GGTACAAAATGCCTCAAAGTATA-GCCTACACCCTTGTGCCAAGTTACATTC-ACATAACTGC-AA------AC------ATACA--TGGTAA---ATCACAGCCTGCACCAAAACTGTAATGCAttttcagtactgagcaatattgcgtaaatttaactacaataaaac
gi|15 : acCC-AAAACTGTAATGCATATTGCCTCAGA----------G---TA-T--A--AGCA-------AGCACACAT--ATGCtattgcctcagagtataagcaagcacacatatgca
gi|16 : acaattttgcagtccatttgtggtacaaaatgcctcaaagtatagcctacacccttgtgccaagttacattcacataactgcaaacatacatggtaaatcacagcctgcaGCTCCA--AAGTGGAAATAA--TAC----CCGAAAAGT-G--TAATAT-----TT-------TCTA---T-------GATACAC-ATT---CAT--AAAAAA-A-CAGAGCGA--------ACATTTGGTTGAA---------------------A---------------------AT--TG--------A-T---AATACAAAAGTGAAAATAA--TGTCT-----------------ATATACATGTA-T---------ACAATTTGCAACTAAAC-C----T-TAA---CA--Ta
gi|17 : gG--AATAAGATACCGAACCTAAAAGTTGGCT-ACGT-----TC-------TGTAATTT-------GATACAT-ATTGA-CA---AAAATA-G-TAGAACCA--------A-ATTTAGTAGGG---------------------A---------------------AT--TA-A---T--
gi|18 : T-----------AAC---CG---------AG--CCATGTACACTTATG-----------AAAA-G-CTTGCAC-CTGAAC--------TGCAATGCAGtagacctaagaaaataagaatcatagcacaaaagt
gi|19 : aTTT--TCA-A-CATGCA-A-TATGACTTTGA-----------AGAGCCC-TATA-TGT--TCCATTTTGCCTTGGA----------G---TA-T--A--AGCA-------AAAACATAT--GTGCT---T-----------AAC---TTTATTCCTATAACGCAATGTACACTGATG-----------AACA-gtggtatgaagatgccagggagagtaaacaatagaattcatagaatagaaaaaaaataatctta
gi|2 : CA--GAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TAATGT-----TC-------TATA---TTATTATAGAGGCAC-ATT-A------ATAAAA-A-TAGAGCCA--------GCATCTGGTTGAA---------------------ATAAGACATAAGACACAAGAATAT--AA-A---T--A-TCATAATACAGAAGTGAATGTAACATGTCTTATATAATTATATATATATATA-----AAT---------ACAATTTGCACCTGAAC-T----T-TAA---CA--TAGTTTAAAG------CCCAATATTTTGTTTACAATCTGATATTTCGC-TT-TGAACTT-AAATACAGCAGCC---C-TTAAAT-T---GTACAAAA--ACTCGATGTATAAGCACACACACTTGTGCCAAGTGATATTCT-CATAACTGT-AACTACTGAT------ATGCATGTAGTAT---TTTACAACTTGCACCAAAACTTTAACACTGAGTTTT-AAAGAC-AAAATATACAGTTCCA-ACTGTATAACTG--CAAGCAATGCAAAATTAAGACC---AACTTG----CACAA-AAACTTCAACATAAAGTTTA-A-AG---------------ACTGTTTC-ACCCTGCAATATGACA-TTGAACT-----TT-TTACATAC-TGCCTC--AGAGTTTAAGCATT---CGCACTACATATAAC--TGCAAGCTATGAACACTTACAAACAATTTGC--ACCT----------AAACTTTAATGCA
gi|20 : AGTG--AATAAGATACTGAACTCAAAAGTTG--TTATAT-----TC-------TATA---TGATTATAGATACAC-ATT-A-AT---AAAAAA-A-TACAGCCA--------AAATTTGGTT-AA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-A---AAGACATAA--GAAAGgtcactgacacaaacactgatgcagcggaaagtacataacttccactattcatagaatagtcaagttaaaaaca
gi|22 : gGCTTTACGCTCCATAAAATA--AAGAAGATACTGAAAACAAAAGTTG--TAATGTAAACATC-------TATA---T-------G
gi|23 : cagtaacaCCA--GGGTG--AATTAGATACTGAACCCAAAACTTG--TAATGT-----TCTACGTTGTATA---T-------GATATGT-GAT-A-CACATAGAAAA-A-TAGAGgaaatgttgattgaaaa
gi|24 : AATGCCTTAAAGTATAAGAATACACCTTTGTGTCAAGTTACATTC-ACATGATT-----------GC------CTGCA--TAACAA---AT
gi|25 : ttatgattcgcCA--CAGTG--AACAAGACACTAGGCCCAAA-GTTG--TAATAT-----TC-------CATA---TGATTGTAGATACAC-ATT-A-AA---AAAAat
gi|26 : CCA--AAGTG--AATAAGATAACGAACCCAAATGCTA--TAATGT-----TT-------TACA---T-------GATACAC-A
gi|3 : -------TATA---T-------GAAACAC--TA-A-CA---GACAAA-ACTTGAAAAA--------AAATTTGGTTATA---------------------C---------------------AT--TA-A---T--
gi|3 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgataAA---------------------G---------------------AA--TA-A---T--A-T---TAAAAAAAAGTGAAAGTAT--TGTCG-----------------AAATA-------T---------ACAACCTGAACCTAAAC-TAAACT-TAGAGTTA--TA-----A-G------CCCAATATCACTTTTTCAATCCGATATTTTGCATTAT--ACTT-AA-CATAGCAGCC---C-TT---TATC-AGTACAAAAAAACTCGAGGTATAAGCATACACCCTTGTACCAAGTAACATT-TACATAACTGT-AA------GT------ATAAATGTAGTAA---AT--CAACCT---TCAAAAtcttgatacaagaaaaataagaataatattaaaaaaaagtgaaagtattgtcgaaatatacaacctgaacctaaactaaacttagagttataagcccaatatcactttttcaatccgatattttgcattatacttaacatagcagccctttatcagtacaaaaaaactcgaggtataagcatacacccttgtaccaagtaacatttacataactgtaagtataaatgtagtaaatcaaccttcaaaatgtcattgaccttcagggtaagagcccgatctattacattatacctaagagtataaacattcacactttcataccatgtttcagccatgaaactgcaaacaaagcagatgaacaactttaacgcaaattaacttgaagacacagtttcatcttttaattttcaccctgcactatgatattgactttgaatttaggaatcctgtatgtccgacatactgcctcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|3 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgatatatatgaaacactaacagacaaaacttgaaaaaaaatttggttatacattaattcttgatacaagaaaaatA-C-C-TTCA-A-AATGTCATTGACCTTCAGGGTAAGAGCCC-GATC-TAT--TACATTATACCTAAGA----------G---TA-T--A--AACA-------TTCACACTTTCATACCATGTTTCAGCCATGAAAC---TGCA-------AA--CAAAGCA----GATG-----------AACA-A-CTTTAACGCAAA-----------TTAAC-------TTGAAGACACAGT--------TTCATCTTTTAATTTTC---ACCCTGCAC-TATGATATTGACTTTGAATTTAGGAATCCTG-TATGTCCGACATACTGCCtgtcattgaccttcagggtaagagcccgatctattacattatacctaagagtataaacattcacactttcataccatgtttcagccatgaaactgcaaacaaagcagatgaacaactttaacgcaaattaacttgaagacacagtttcatcttttaattttcaccctgcactatgatattgactttgaatttaggaatcctgtatgtccgacatactgcctcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|4 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgatatatatgaaacactaacagacaaaacttgaaaaaaaatttggttatacattaattcttgatacaagaaaaataagaataatattaaaaaaaagtgaaagtattgtcgaaatatacaacctgaacctaaactaaacttagagttataagcccaatatcactttttcaatccgatattttgcattatacttaacatagcagccctttatcagtacaaaaaaactcgaggtataagcatacacccttgtaccaagtaacatttacataactgtaagtataaatgtagtaaatcaCCAAAAGTTT--TAATTT-----TC-------TATA---T-------GACGTAC-ATT-AACA---AAAAAACA-TACGGCCA--------ACATTTGGTTAAACATTAATATAAGACATTAAGAA---------------------AT--TA-AGAAT--AAT---AATACAAAAGTGAAAGTAA--TGTCT-----------------ATATG-----A-TGGTATATGTACAACTTGCACCTAAAC-T----T-TAA---CA--T-------AG----------ATTTACATGTATAAACCCCATTTCTTGTTTT-CAATCTG-AAAT-T--CCGCCTTGC-CT---T-TC-A----------AC----AGTACAAAC-------CTTGTGCCAAGTAAAATTC-ACAAAACTGT-AA------GTCTTAGAATGTA---AGTAATTAATCACAACCTGCACCAAAAC--------AGAG-TTTTAAAGAC-AAAATAT--------A-AC-------CTTTTCA--CCCTGCAAA---ATGACC---A--C------------AAGCTTTA----TGAGCTAG-G-AGCCAAATATGTTACATAATGCCTC-A-----------GAG--NN-NNNNN-NNNNN-NNNNNNNN-NNNNNN--NNN---NN--NNNN---NNNN--------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNAACAACTTGC--AC---------AAAAAAGTTTAATGCAAAGT-T---T-AACAC-AAAA-TATGACCTTT--GCA-CAC-TGGA-A-TATGACCTTGTGTGTAAATTTAGAAGCCC-AATA-TGT--AACATACTGCCTCATA----------G---TA-A--A--AGCA-------TGCACAtcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|5 : tCA--AAGTG--AATAAGATACTCAACCCAAAAGTTG--TAACGT-----TC-------TATA---A-------GATACACAATA-A-CA---AAAACA-A-GAGAGCCA--------ACA--TAA--GAA---------------------A---------------------AT--AAGA---TTCA-T---AATACAAAAGTGAAAATAA--TGTCA-----------------ATATA-----A-TTAC------ACAATGTGCACCTAAAC-T----T-TAC---CA--TA-----GAGATATAACTCAATTTCTCCTTTTCAATCCGATATTGCGCCCT-TG
gi|5 : TGCGCCCTTGTGCCCAGTAACCTTCT-CATGACTGT-AA------TT------ATGTA--CAGTAA---ATCACAATTTACACCCAAAC----ACAC--AG-TTT-AAAGAC-AAAATAC--------G-ACAT-----TTT--CA--TCATGCAAA---ATGACC-------TT----C------AATTTCAA-GCTA-----G-G-GGCCAAATATGTTACATACCACCTCAG---TGT-ATA---------AGCAC-ATATACTTACA-ACATGTTTT--AG----TA--TATTAACTGCA--------AACAATGCA---------TAGTTATGAACAACTTGC--ACT----------AAAATTTCAACACAAAGA-T---TAA--GC-AAAA-TGTTACCTTT--TCA-T-CGTACA----ATGACCTTGGCTTTAAATTTAGGAGCCT-GACA-TAT--TGTATACTGCCTCAtgcccagtaaccttctcatgactgtaattatgtacagtaaatcacaatttacacccaaacacacagtttaaagacaaaatacgacattttcatcatgcaaaatgaccttcaatttcaagctaggggccaaatatgttacataccacctcagtgtataagcacatatacttacaacatgttttagtatattaactgcaaacaatgcatagttatgaacaacttgcactaaaatttcaacacaaagattaagcaaaatgttaccttttcatcgtacaatgaccttggctttaaatttaggagcctgacatattgtatactgcctca
gi|6 : caaagtgaataagatactcaacccaaaagttgtaacgttctataagatacacaataacaaaaacaagagagccaacataagaaaataagattcataatacaaaagtgaaaataatgtcaatataattacacaatgtgcacctaaactttaccatagagatataactcaatttctccttttcaatccgatatCACCCTGCACCAAAACTTTAATGTAAAG-TTT-AAGG-------------------------------------------CAAA--TATGACC---A--TTTTTTACT-GT-ATATTACGACGTTGAATTTA-GGAGCCCCATATGTTACATACTGCTTC-AGAGANN-NNNNNNN--NN-NNNNN-NNNNN-NNNNNNNN-NNNNNN--NNN---NN--NNNN---NNNN--------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNAACACCCTGC--ACC----------AAAACTTTAATGTAAAGT-T---T-AAGGC--AAA-TATGACCTTT--TTT-A-C-TGTATATTACGACGTTGACTTTGAATTTAGGAGCCC-CATA-TGT--AACATACTGCTTCAGA----------G---
gi|7 : -C-C-TTCA-A-TATGACCTTGACTTTCATGTTAGGAGCCC-AATA-TGT--TACACACTGCCTCAGA----------G---NN-N--N--NNNN-------NNNNNNNNN--NNNNNNNNN-----------NNN---NNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACACA-CT-GCAT-CAAAAC--------TTTAATGGAAAGTTTAA-GGCAAA-T--------GTGACC------TTTTA---ACTATGCAA-TATGACCTTGATTTTCTA-TTAGGA-TCACAATATATT--ACATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaacgttaccgcagatatgatgtggatgctgacgctggagcaagtacaaaaactagcttattcataaaatacacattgccacaaacctctttagc
gi|7 : tttaac-----------AACA-C-CCTGCAC-CAAAAC--------TTTAATGTAAAGTTT-AAGGC-AAAT--------ATGACCAT----TTTTT---ACTGT---A-TATTAC---GACGTTGAATTTAGGAGCCCC-ATATGTT--ACATACTGCgtattaccgcctgtgagtataagcatgcacacgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaccctgcaccaaaactttaatgtaaagtttaaggcaaatatgaccattttttactgtatattacgacgttgaatttaggagccccatatgttacatactgcttcagag
gi|8 : tttaacccttcaatatgaccttgactttcatgttaggagcccaatatgttacacactgcctcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacacactgcatcaaaactttaatggaaagtttaaggcaaatgtgaccttttaactatgcaatatgaccttgattttctattaggatcacaatatattacatagtattaccgcctgtgagtataagcatgcacacgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTG-TTATATAT-T--TTT--ATA---TAA-TATT---TGCC--------AATGATACA----GTGAGTATTTTAGAGCATTTTGTCGACATTAAAAATAAAGAACTT-AATGCAGAGT-T---TAAAGAC-AAAA-TATGAAAATT--TTG-CTC-TGCA-A-TATGACCTTGACTTTCAAATT--------------TGT--TACATACTGTCTC--A----------G---TA-TTAA--AGCAGAGNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNN-----------NNN---NNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNN-N-NNNNNNN-NNNAACTGCTTGCGTCTAACACAGAGTTTAAAGGCAAAATTAATTAAAGTGACC------TTTTC---ACCTTGCAATTATGACCTTGACTTTGAAGTTTGGAGCttcagag
gi|9 : ACAACTTGC--A----------ACAAAACTTTAATACAGAGT-T---TAAAGAC-AAAACTGTGACTTTT--TCA-C-CCTGCA-A-TATAACCTTCACTTTCAGGTTAGGAGACC-AAAA-TAC--TACATACTGCCTCAGAANNNNNNNNNN---NN-N--N--NNNN-------NNNNNNNNN--NNNNNNNNN-----------NNN---NNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNN-N-NNNGCAC-CAAAAC---------TTAATGCAGAGTCTAAAGG-AAAA----------TAACC------TTTTC---ATCCTGCAA-CATGACCGGGACTTTAAAATTGGGAG-CCAGGTATGTtgtagtgcaggttggatgtag
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AAAACTTAACCGCAGACGGGACACAAATACAGATGCTGGCACTGGGGTGAGTTGAAAAAACTACCCTATTAATAAAATAGAACAATTGATCATACCTCTTTAAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 3333333 22222222 11111111 6666666666666666666666666666666666666666666 5555555555555555555555555555555555555555 1111 111 222222222222222222 111 222222222 11 11 22222222222222 222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 44444444444 1111 1111111111 111111111 333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111 222222222 33333333333 222222 11 11
lowQualScore : 3 66 55 44 1 88888 0000000 555 0000000 3 00000000 4 4 0 66666666 1 0 1 2222222222222222222222222222222222222222222 55 4 999999 5 888 3 77 7777777777777777777777777777777777777777 4 5 2222 5 000 666666666666666666 5 0 33 55 6 1 1 111 6 444444444 11 33 1 99 4 00000000000000 000 777 4 3 5 5 5 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 2 8888 88888888888 1 4 777 0 44 4 22 55 2222 9999 6 3 2 2 2 33 0 3 44 4444444444 6666 55 2 555555555 111111111111111111111111111111111111111111111 0 3 55 99999999999 88 4 111111111 2 0 7 00000000000 888888 5 6 2 7 88 00 33
lowQualScore : . .. .. .. . ..... ....... ... ....... . ........ . . . ........ . . . ........................................... .. . ...... . ... . .. ........................................ . . .... . ... .................. . . .. .. . . . ... . ......... .. .. . .. . .............. ... ... . . . . . ................................................................................................................................................................................................................ . . .... ........... . . ... . .. . .. .. .... .... . . . . . .. . . .. .......... .... .. . ......... ............................................. . . .. ........... .. . ......... . . . ........... ...... . . . . .. .. ..
lowQualScore : 7 11 00 66 3 33333 0000000 444 0000000 3 55555555 0 0 1 11111111 1 8 9 9999999999999999999999999999999999999999999 55 0 999999 0 888 4 99 9999999999999999999999999999999999999999 0 7 1111 7 000 222222222222222222 3 7 11 99 7 7 7 777 7 666666666 22 22 4 33 4 88888888888888 444 888 5 2 7 7 7 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 9 5555 55555555555 0 0 000 8 88 0 33 00 9999 4444 2 1 5 2 2 99 3 1 22 6666666666 1111 00 1 777777777 999999999999999999999999999999999999999999999 2 5 88 00000000000 44 4 000000000 9 1 1 00000000000 333333 2 7 5 5 88 22 88
consensus : GTTTTACGCTCCA--AAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TAATGT-----TC-------TATA---T-------GATACAC-ATT-A-CA---AAAAAA-A-TAGAGCCA--------ACATTTGGTTGAA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-T---AATACAAAAGTGAAAGTAA--TGTCT-----------------ATATA-----A-T---------ACAACTTGCACCTAAAC-T----T-TAA---CA--TA-----AAG------CCCAATTTCTCCTTTTCAATCCGATATTTCGCCTT-TGAACTT-AAATATAGCAGCC---C-TT---T-TC-GGTACAAAATGACTCGAAGTATAAGCATACACCCTTGTGCCAAGTAACATTCTACATAACTGT-AA------GC------ATGCA--CAGTAA---ATCACAACCTGCACCAAAACTTTAACGCAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------GAC-------CTT--C-AGCCATGCAAA--TATGACC---A--TTT----CA-AAAAACTTCAACGCTAAGTTTA-G-AGCCAAATATGTTACATACCGCTTC-GCCCTGC-ATATGAC--TT-AGCNC-ATATG-TTACATAC-TGTTTC--AGA---TA--TATT---CGCA--------AACGATGCA----GTGAGTANTTACGAACAACTTG----CACC-----T--AAAAAACTTTAACGCAAAGT-T---TAAAGAC-AAAA-TATGACCTTT--TCA--C-C-T--GCA-A-TATGACCTTGACTTTNAANTTAGGAGCCC-AATA-TGT--TACATACTGCCTCAGA----------GTA-T--A--AGCA-------TNCACACN---------TGT----GCTANGT---AACCGCA-------AA--CAATGCACACTGATG-----------AACA-ACTTGCAC-CAAAAC--------TTTAACGCAGAGTTTAAAGGCAAAAT--------GTGACC------TTTTCACCNTGCAA-TATGACCTTGACTTTGAATTTAGGAGCCCCGATATGTT--ACATACTGCC
Reference ( family-117 ) : GTTTTACGCTCCA--AAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TAATGT-----TC-------TATA---T-------GATACAC-ATT-A-CA---AAAAAA-A-TAGAGCCA--------ACATTTGGTTGAA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-T---AATACAAAAGTGAAAGTAA--TGTCT-----------------ATATA-----A-T---------ACAACTTGCACCTAAAC-T----T-TAA---CA--TA-----AAG------CCCAATTTCTCCTTTTCAATCCGATATTTCGCCTT-TGAACTT-AAATATAGCAGCC---C-TT---T-TC-GGTACAAAATGACTCGAAGTATAAGCATACACCCTTGTGCCAAGTAACATTCTACATAACTGT-AA------GC------ATGCA--CAGTAA---ATCACAACCTGCACCAAAACTTTAACGCAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------GAC-------CTT--C-AGCCATGCAAA--TATGACC---A--TTT----CA-AAAAACTTCAACGCTAAGTTTA-G-AGCCAAATATGTTACATACCGCTTC-GCCCTGC-ATATGAC--TT-AGCNC-ATATG-TTACATAC-TGTTTC--AGA---TA--TATT---CGCA--------AACGATGCA----GTGAGTANTTACGAACAACTTG----CACC-----T--AAAAAACTTTAACGCAAAGT-T---TAAAGAC-AAAA-TATGACCTTT--TCA--C-C-T--GCA-A-TATGACCTTGACTTTNAANTTAGGAGCCC-AATA-TGT--TACATACTGCCTCAGA----------GTA-T--A--AGCA-------TNCACACT---------TGT----GCTANGT---AACCGCA-------AA--CAATGCACACTGATG-----------AACA-ACTTGCAC-CAAAAC--------TTTAACGCAGAGTTTAAAGGCAAAAT--------GTGACC------TTTTCACCGTGCAA-TATGACCTTGACTTTGAATTTAGGAGCCCCGATATGTT--ACATACTGCC
gi|1 : GTTTTATGCTCCA--AAATG--ACTAAGATACTAAACCTGAAAGTCA--T----------TC-------TATA---T-------GATACAC-ATT---TA---AAAAAA-A-AAGAGCAA--------ACATTTGGCTGAA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-T---AA--CAAAATTGAAAGAAA--TGTCC-----------------ATATA-----A-----------ACAACTGGCAGCTAAAC-T----T-TAA---CA--AA-----CAG------CCCAATTTCTTCTTTTCATTTTGATATTTAGCCTT-TGAACCT-AAATATAGCAGCT---C-TT---T-TTTGGTAGAAAATAACTAAAAGTATAAGCATAAACCCTTGTGCCAAGTAACATGCCAAGTAACTGT-TA------GC------ATGCA--CAGTAA---ACGACAACTTGCATCAAATCTTTAATGCAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------GAC-------CTG--CAAGCCATGTACACTTATAAAT---A--TTTA---AA-AAAAACTTTACCGCAAAGTTTATA-AGGCAACCGTG------ACCGTTTT-GCCCTAC-ACATGACCTTT-AGCCCAATATG-TTACATAC-TTTTTCAAAGN---NN--NNNN---NNNN--------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNN-----TTAAAAAAACTTTAATAAAAAGGATAGATAAAGGC--AGA-TATGATGTTT--TCA--C-C-T--GCA-A-AATGACCTTGACATTGAATAAAGGAACCCGAGTA-TGT--TACATACTGCTTCAGA----------GTA-T--A--AGCA-------TCCACACC---------TAT----GCTACGT---AACTGCA-------AG--CTAAGCACACTAATG-----------AACA-AGTT------AAAAA--------ATTAAGGCAAAGTTTAAAGGT-AACT--------GTGACT------GTTTCACTGTGCAA-TATGACCTTGACTTTGAATTTAGGACCCCCAATATGCT--ACATACTGCC
gi|10 : AATACTTTAACGTAAAGT-T---TAAAGAC-AAAA-TGTGACCTTT--TTAT-C-C-T--GCA-A-TATGACCTTGGCTTTGAAGTTAGGAGTC---ACG-TAC--TACATACAGCCTCAAA----------GTATT--A--AG-A-------TACATTCT---------TAT----GCTAAGTTCCAGCCTTA-------AT--TACTGCAAAC--ATT-----------ACCA-ACTTGCAC-CAAAAC--------ATTTACG--GAGGTGAGATGCGAA
gi|11 : ATGGACAACTTG----AACA-----T--AAA---CTTTAAGTTCAAGT-T---TAA-GAC-AAAA-TATGATATTT--TCA--T-C-C--TCATA-TATGACAGTTAATTTGAATTGAGGAGCCC-AATA-TGT--TACATATTACCGCCGA----------GNN-N--N--NNNN-------NNNNNNNN---------NNN----NNNNNNN---NNNNNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNNTTCCTGCAC-CAAAAC--------TTTAACGCAcgccgccaccgccaccgatactgacgttagtcgagtacaaaatacttcccatttcacataatagtcgagtt
gi|12 : gaataaataag-----AAG------CCCATTTTCTC-TTCCCATTCCGATATTTCACC---TGAACTTGGGATATAACtgtggaacgcagacgcagacgccgttgccgttgccgacat
gi|12 : aagttatATATAACTCTTAA------GC------ATACA--CAGTAA---ATCACAACTTGCACCAAAACTTCAACGCAGAG-GTT-AAAGACGAAAATAT--------GAA-------CTT--T-CGTAATCGAAA--AATGACCTTGA--TTT----TA-AA------------TAA----A-G-AGACGAACAGCTTACATACTGtcttaagcatacacagtaaatcacaacttgcaccaaaacttcaacgcagaggttaaagacgaaaatatgaactttcgtaatcgaaaaatgaccttgattttaaataaagagacgaacagcttacatactgtctgacatacaatagatcacactcgttcttaaaaacaatacatag
gi|12 : aagttataagcccattttctcttcccattccgatatttcacctgaacttgggACAACTTG----CACC----------AAAACTTCAACGCAGAGG-T---TAAAGACGAAAA-TATGAACTTTCGTAA--T-C----GAA-A-AATGACCTTGA-TTTTAAATAAAGAGACG-AACA-GCT--TACATACTGTCTGACA-----------TA-C--AATAG-A-------T-CACACT---------CGT----TCT---T---AA----A-------AA--CAATACATAtctgacatacaatagatcacactcgttcttaaaaacaatacatag
gi|13 : aagttataagcccattttctcttcccattccgatatttcacctgaacttgggatataactcttaagcatacacagtaaatcGTTTTGGGCTCCC--AAGTA--AAAAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TATTGT-----TC-------TATA---C---------CAAAC-ATT-AACAG--AAAAAA-A-TATAGCTATAAACAAGACATACG----AA---------------------A---------------------ATAAGA-A---TC-A-T---AATACCTAAGTGAAAGTGA--TATCT-----------------ATATATT---A-T---------ACAA-TTGCACCTAAACAT----TATAA---TAGTTAT----AAG------CTCATTTTCTCCTTTT-AATCTGATATATCGTCTT--GAACTT-AAATATAGCAGCC---C-Tg
gi|14 : TATAAGCATACACCATTGTGCTAAGTAACATTC-ACATAACTGT-CA------GT------ATGCA----------------AGCTTGCACCAAAAGTTTAACACAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------G-T-------TTT--C-AG
gi|14 : atagtacagacactaagaggtaAGCTTG----CACC----------AAAAGTTTAACACAGAGT-T---TAAAGAC-AAAA-TATG---TTT--TCAGTA-C-TGAGCA-A-TATtactgagcaatattgcgtaaatttaactacaataaaac
gi|15 : atagtacagacactaagaggtatataagcatacaccattgtgctaagtaacattcacataactgtcagtatgcaAATTTTGCAGTC---CATT---T-GT-GGTACAAAATGCCTCAAAGTATA-GCCTACACCCTTGTGCCAAGTTACATTC-ACATAACTGC-AA------AC------ATACA--TGGTAA---ATCACAGCCTGCACCAAAACTGTAATGCAtgcgtaaatttaactacaataaaac
gi|15 : acCC-AAAACTGTAATGCATATTGCCTCAGA----------GTA-T--A--AGCA-------AGCACACA---------TAT----GCtattgcctcagagtataagcaagcacacatatgca
gi|16 : acaattttgcagtccatttgtggtacaaaatgcctcaaagtatagcctacacccttgtgccaagttacattcacataactgcaaacatacatggtaaatcacagcctgcaGCTCCA--AAGTGGAAATAA--TAC----CCGAAAAGT-G--TAATAT-----TT-------TCTA---T-------GATACAC-ATT---CAT--AAAAAA-A-CAGAGCGA--------ACATTTGGTTGAA---------------------A---------------------AT--TG--------A-T---AATACAAAAGTGAAAATAA--TGTCT-----------------ATATACATGTA-T---------ACAATTTGCAACTAAAC-C----T-TAA---CA--Ta
gi|17 : gG--AATAAGATACCGAACCTAAAAGTTGGCT-ACGT-----TC-------TGTAATTT-------GATACAT-ATTGA-CA---AAAATA-G-TAGAACCA--------A-ATTTAGTAGGG---------------------A---------------------AT--TA-A---T--
gi|18 : T---AACCG---------AG--CCATGTACACTTATG-----------AAAA-GCTTGCAC-CTGAAC--------TGCAATGCAGtagacctaagaaaataagaatcatagcacaaaagt
gi|19 : aTTT--TCA--A-CAT--GCA-A-TATGACTTTGA-----------AGAGCCC-TATA-TGT--TCCATTTTGCCTTGGA----------GTA-T--A--AGCA-------AAAACATA---------TGT----GCT---T---AACTTTATTCCTATAACGCAATGTACACTGATG-----------AACA-gtggtatgaagatgccagggagagtaaacaatagaattcatagaatagaaaaaaaataatctta
gi|2 : CA--GAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TAATGT-----TC-------TATA---TTATTATAGAGGCAC-ATT-A------ATAAAA-A-TAGAGCCA--------GCATCTGGTTGAA---------------------ATAAGACATAAGACACAAGAATAT--AA-A---T--A-TCATAATACAGAAGTGAATGTAACATGTCTTATATAATTATATATATATATA-----AAT---------ACAATTTGCACCTGAAC-T----T-TAA---CA--TAGTTTAAAG------CCCAATATTTTGTTTACAATCTGATATTTCGC-TT-TGAACTT-AAATACAGCAGCC---C-TTAAAT-T---GTACAAAA--ACTCGATGTATAAGCACACACACTTGTGCCAAGTGATATTCT-CATAACTGT-AACTACTGAT------ATGCATGTAGTAT---TTTACAACTTGCACCAAAACTTTAACACTGAGTTTT-AAAGAC-AAAATATACAGTTCCAACTGTATAACTG--CAAGCAATGCAAAATTAAGACC---AACTTG----CACAAAAACTTCAACATAAAGTTTA-A-AG---------------ACTGTTTC-ACCCTGCAATATGACA-TTGAACT-----TT-TTACATAC-TGCCTC--AGAGTTTAAGCATT---CGCACTACATATAAC--TGCAAGCTATGAACACTTACAAACAATTTG----CACC-----T-----AAACTTTAATGCA
gi|20 : AGTG--AATAAGATACTGAACTCAAAAGTTG--TTATAT-----TC-------TATA---TGATTATAGATACAC-ATT-A-AT---AAAAAA-A-TACAGCCA--------AAATTTGGTT-AA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-A---AAGACATAA--GAAAGgtcactgacacaaacactgatgcagcggaaagtacataacttccactattcatagaatagtcaagttaaaaaca
gi|22 : gGCTTTACGCTCCATAAAATA--AAGAAGATACTGAAAACAAAAGTTG--TAATGTAAACATC-------TATA---T-------G
gi|23 : cagtaacaCCA--GGGTG--AATTAGATACTGAACCCAAAACTTG--TAATGT-----TCTACGTTGTATA---T-------GATATGT-GAT-A-CACATAGAAAA-A-TAGAGgaaatgttgattgaaaa
gi|24 : AATGCCTTAAAGTATAAGAATACACCTTTGTGTCAAGTTACATTC-ACATGATT-----------GC------CTGCA--TAACAA---AT
gi|25 : ttatgattcgcCA--CAGTG--AACAAGACACTAGGCCCAAA-GTTG--TAATAT-----TC-------CATA---TGATTGTAGATACAC-ATT-A-AA---AAAAat
gi|26 : CCA--AAGTG--AATAAGATAACGAACCCAAATGCTA--TAATGT-----TT-------TACA---T-------GATACAC-A
gi|3 : -------TATA---T-------GAAACAC--TA-A-CA---GACAAA-ACTTGAAAAA--------AAATTTGGTTATA---------------------C---------------------AT--TA-A---T--
gi|3 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgataAA---------------------G---------------------AA--TA-A---T--A-T---TAAAAAAAAGTGAAAGTAT--TGTCG-----------------AAATA-------T---------ACAACCTGAACCTAAAC-TAAACT-TAGAGTTA--TA-----A-G------CCCAATATCACTTTTTCAATCCGATATTTTGCATTAT--ACTT-AA-CATAGCAGCC---C-TT---TATC-AGTACAAAAAAACTCGAGGTATAAGCATACACCCTTGTACCAAGTAACATT-TACATAACTGT-AA------GT------ATAAATGTAGTAA---AT--CAACCT---TCAAAAtcttgatacaagaaaaataagaataatattaaaaaaaagtgaaagtattgtcgaaatatacaacctgaacctaaactaaacttagagttataagcccaatatcactttttcaatccgatattttgcattatacttaacatagcagccctttatcagtacaaaaaaactcgaggtataagcatacacccttgtaccaagtaacatttacataactgtaagtataaatgtagtaaatcaaccttcaaaatgtcattgaccttcagggtaagagcccgatctattacattatacctaagagtataaacattcacactttcataccatgtttcagccatgaaactgcaaacaaagcagatgaacaactttaacgcaaattaacttgaagacacagtttcatcttttaattttcaccctgcactatgatattgactttgaatttaggaatcctgtatgtccgacatactgcctcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|3 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgatatatatgaaacactaacagacaaaacttgaaaaaaaatttggttatacattaattcttgatacaagaaaaatA--C-C-T--TCA-A-AATGTCATTGACCTTCAGGGTAAGAGCCC-GATC-TAT--TACATTATACCTAAGA----------GTA-T--A--AACA-------TTCACACTTTCATACCATGTTTCAGCCATGA---AACTGCA-------AA--CAAAGCA----GATG-----------AACA-ACTTTAACGCAAA-----------TTAAC-------TTGAAGACACAGT--------TTCATCTTTTAATTTTCACCCTGCAC-TATGATATTGACTTTGAATTTAGGAATCCTG-TATGTCCGACATACTGCCtgtcattgaccttcagggtaagagcccgatctattacattatacctaagagtataaacattcacactttcataccatgtttcagccatgaaactgcaaacaaagcagatgaacaactttaacgcaaattaacttgaagacacagtttcatcttttaattttcaccctgcactatgatattgactttgaatttaggaatcctgtatgtccgacatactgcctcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|4 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgatatatatgaaacactaacagacaaaacttgaaaaaaaatttggttatacattaattcttgatacaagaaaaataagaataatattaaaaaaaagtgaaagtattgtcgaaatatacaacctgaacctaaactaaacttagagttataagcccaatatcactttttcaatccgatattttgcattatacttaacatagcagccctttatcagtacaaaaaaactcgaggtataagcatacacccttgtaccaagtaacatttacataactgtaagtataaatgtagtaaatcaCCAAAAGTTT--TAATTT-----TC-------TATA---T-------GACGTAC-ATT-AACA---AAAAAACA-TACGGCCA--------ACATTTGGTTAAACATTAATATAAGACATTAAGAA---------------------AT--TA-AGAAT--AAT---AATACAAAAGTGAAAGTAA--TGTCT-----------------ATATG-----A-TGGTATATGTACAACTTGCACCTAAAC-T----T-TAA---CA--T-------AG----------ATTTACATGTATAAACCCCATTTCTTGTTTT-CAATCTG-AAAT-T--CCGCCTTGC-CT---T-TC-A----------AC----AGTACAAAC-------CTTGTGCCAAGTAAAATTC-ACAAAACTGT-AA------GTCTTAGAATGTA---AGTAATTAATCACAACCTGCACCAAAAC--------AGAG-TTTTAAAGAC-AAAATAT--------AAC-------CTTTTC-ACCC-TGCAAA---ATGACC---A--C-----------AAGCTTTA----TGAGCTAG-G-AGCCAAATATGTTACATAATGCCTC-A-----------GAG--NN-NNNNN-NNNNN-NNNNNNNN-NNNNNN--NNN---NN--NNNN---NNNN--------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNAACAACTTG----CAC---------AAAAAAGTTTAATGCAAAGT-T---T-AACAC-AAAA-TATGACCTTT--GCA--CAC-T--GGA-A-TATGACCTTGTGTGTAAATTTAGAAGCCC-AATA-TGT--AACATACTGCCTCATA----------GTA-A--A--AGCA-------TGCACAtcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|5 : tCA--AAGTG--AATAAGATACTCAACCCAAAAGTTG--TAACGT-----TC-------TATA---A-------GATACACAATA-A-CA---AAAACA-A-GAGAGCCA--------ACA--TAA--GAA---------------------A---------------------AT--AAGA---TTCA-T---AATACAAAAGTGAAAATAA--TGTCA-----------------ATATA-----A-TTAC------ACAATGTGCACCTAAAC-T----T-TAC---CA--TA-----GAGATATAACTCAATTTCTCCTTTTCAATCCGATATTGCGCCCT-TG
gi|5 : TGCGCCCTTGTGCCCAGTAACCTTCT-CATGACTGT-AA------TT------ATGTA--CAGTAA---ATCACAATTTACACCCAAAC----ACACAG---TTT-AAAGAC-AAAATAC--------GACAT-----TTT--C-A-TCATGCAAA---ATGACC-------TT----CA-A----TTTCAA-GCTAGG-------GGCCAAATATGTTACATACCACCTCAG---TGT-ATA---------AGCAC-ATATACTTACA-ACATGTTTT--AG----TA--TATTAACTGCA--------AACAATGCA---------TAGTTATGAACAACTTG----CACT----------AAAATTTCAACACAAAGA-T---TAAG--C-AAAA-TGTTACCTTT--TCA--T-CGT--ACA-A-T--GACCTTGGCTTTAAATTTAGGAGCCT-GACA-TAT--TGTATACTGCCTCAtgcccagtaaccttctcatgactgtaattatgtacagtaaatcacaatttacacccaaacacacagtttaaagacaaaatacgacattttcatcatgcaaaatgaccttcaatttcaagctaggggccaaatatgttacataccacctcagtgtataagcacatatacttacaacatgttttagtatattaactgcaaacaatgcatagttatgaacaacttgcactaaaatttcaacacaaagattaagcaaaatgttaccttttcatcgtacaatgaccttggctttaaatttaggagcctgacatattgtatactgcctca
gi|6 : caaagtgaataagatactcaacccaaaagttgtaacgttctataagatacacaataacaaaaacaagagagccaacataagaaaataagattcataatacaaaagtgaaaataatgtcaatataattacacaatgtgcacctaaactttaccatagagatataactcaatttctccttttcaatccgatatCACCCTGCACCAAAACTTTAATGTAAAG-TTT-AAGG------------------------------------------CAAA--TATGACC---A--TTTTTTACT-GTATATTACGACGTTGAATTTA-GGAGCCCCATATGTTACATACTGCTTC-AGAGANN-NNNNNNN--NN-NNNNN-NNNNN-NNNNNNNN-NNNNNN--NNN---NN--NNNN---NNNN--------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNAACACCCTG----CACC----------AAAACTTTAATGTAAAGT-T---T-AAGGC--AAA-TATGACCTTT--TTT--A-C-T--GTATATTACGACGTTGACTTTGAATTTAGGAGCCC-CATA-TGT--AACATACTGCTTCAGA----------G
gi|7 : --C-C-T--TCA-A-TATGACCTTGACTTTCATGTTAGGAGCCC-AATA-TGT--TACACACTGCCTCAGA----------GNN-N--N--NNNN-------NNNNNNNN---------NNN----NNNNNNN---NNNNNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACACACT-GCAT-CAAAAC--------TTTAATGGAAAGTTTAA-GGCAAA-T--------GTGACC------TTTTAACTATGCAA-TATGACCTTGATTTTCTA-TTAGGA-TCACAATATATT--ACATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaacgttaccgcagatatgatgtggatgctgacgctggagcaagtacaaaaactagcttattcataaaatacacattgccacaaacctctttagc
gi|7 : tttaac-----------AACA-CCCTGCAC-CAAAAC--------TTTAATGTAAAGTTT-AAGGC-AAAT--------ATGACCAT----TTTTTACTGT---A-TATTAC---GACGTTGAATTTAGGAGCCCC-ATATGTT--ACATACTGCgtattaccgcctgtgagtataagcatgcacacgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaccctgcaccaaaactttaatgtaaagtttaaggcaaatatgaccattttttactgtatattacgacgttgaatttaggagccccatatgttacatactgcttcagag
gi|8 : tttaacccttcaatatgaccttgactttcatgttaggagcccaatatgttacacactgcctcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacacactgcatcaaaactttaatggaaagtttaaggcaaatgtgaccttttaactatgcaatatgaccttgattttctattaggatcacaatatattacatagtattaccgcctgtgagtataagcatgcacacgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTG-TTATATAT-T--TTT--ATA---TAA-TATT---TGCC--------AATGATACA----GTGAGTATTTTAGAGCATTTTGTCGACATTAAAAAT--AAAGAAC-TTAATGCAGAGT-T---TAAAGAC-AAAA-TATGAAAATT--TTG--CTC-T--GCA-A-TATGACCTTGACTTTCAAATT--------------TGT--TACATACTGTCTC--A----------GTA-TTAA--AGCAGAGNNNNNNNNNNNN---------NNN----NNNNNNN---NNNNNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNN-NNNNNNNN-NNNAACTGCTTGCGTCTAACACAGAGTTTAAAGGCAAAATTAATTAAAGTGACC------TTTTCACCTTGCAATTATGACCTTGACTTTGAAGTTTGGAGCttcagag
gi|9 : ACAACTTG----CAAC----------AAAACTTTAATACAGAGT-T---TAAAGAC-AAAACTGTGACTTTT--TCA--C-CCT--GCA-A-TATAACCTTCACTTTCAGGTTAGGAGACC-AAAA-TAC--TACATACTGCCTCAGAANNNNNNNNNNNN-N--N--NNNN-------NNNNNNNN---------NNN----NNNNNNN---NNNNNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNN-NNNNGCAC-CAAAAC---------TTAATGCAGAGTCTAAAGG-AAAA----------TAACC------TTTTCATCCTGCAA-CATGACCGGGACTTTAAAATTGGGAG-CCAGGTATGTtgtagtgcaggttggatgtag
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AAAACTTAACCGCAGACGGGACACAAATACAGATGCTGGCACTGGGGTGAGTTGAAAAAACTACCCTATTAATAAAATAGAACAATTGATCATACCTCTTTAAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 3333333 22222222 11111111 6666666666666666666666666666666666666666666 5555555555555555555555555555555555555555 1111 111 222222222222222222 111 222222222 11 11 22222222222222 222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 44444444444 111111 1111111111 111111111 111111111 2222222222222222222222222 22222222222 222222222 3333333333 222222 1 11 11
lowQualScore : 3 66 55 44 1 88888 0000000 555 0000000 3 00000000 4 4 0 66666666 1 0 1 2222222222222222222222222222222222222222222 55 4 999999 5 888 3 77 7777777777777777777777777777777777777777 4 5 2222 5 000 666666666666666666 5 0 33 55 6 1 1 111 6 444444444 11 33 1 99 4 00000000000000 000 777 4 3 5 5 5 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 2 7777 99999999999 1 3 666 0 3 3 555 44 333333 33 5 2 0 1 2 2 44 2 33 3333333333 6666 55 2 555555555 444444444 1 8888 6666666666666666666666666 0 3 55 11111111111 8 0 5 444444444 2 22 8888888888 333333 1 8 0 44 0 7 88
lowQualScore : . .. .. .. . ..... ....... ... ....... . ........ . . . ........ . . . ........................................... .. . ...... . ... . .. ........................................ . . .... . ... .................. . . .. .. . . . ... . ......... .. .. . .. . .............. ... ... . . . . . ................................................................................................................................................................................................................ . . .... ........... . . ... . . . ... .. ...... .. . . . . . . .. . .. .......... .... .. . ......... ......... . .... ......................... . . .. ........... . . . ......... . .. .......... ...... . . . .. . . ..
lowQualScore : 7 11 00 66 3 33333 0000000 444 0000000 3 55555555 0 0 1 11111111 1 8 9 9999999999999999999999999999999999999999999 55 0 999999 0 888 4 99 9999999999999999999999999999999999999999 0 7 1111 7 000 222222222222222222 3 7 11 99 7 7 7 777 7 666666666 22 22 4 33 4 88888888888888 444 888 5 2 7 7 7 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 9 7777 55555555555 4 6 444 4 6 6 111 66 444444 99 7 9 8 5 1 1 77 9 99 5555555555 1111 00 1 777777777 555555555 0 5555 6666666666666666666666666 2 5 88 11111111111 9 8 0 888888888 5 77 4444444444 000000 0 0 8 66 2 0 33
consensus : GTTTTACGCTCCA--AAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TAATGT-----TC-------TATA---T-------GATACAC-ATT-A-CA---AAAAAA-A-TAGAGCCA--------ACATTTGGTTGAA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-T---AATACAAAAGTGAAAGTAA--TGTCT-----------------ATATA-----A-T---------ACAACTTGCACCTAAAC-T----T-TAA---CA--TA-----AAG------CCCAATTTCTCCTTTTCAATCCGATATTTCGCCTT-TGAACTT-AAATATAGCAGCC---C-TT---T-TC-GGTACAAAATGACTCGAAGTATAAGCATACACCCTTGTGCCAAGTAACATTCTACATAACTGT-AA------GC------ATGCA--CAGTAA---ATCACAACCTGCACCAAAACTTTAACGCAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------GAC-------CTT--C-AGCCATGCAAA--TATGACC---A--TTT----CA-AAAAACTTCAACGCTAAGTTTA-G-AGCCAAATATGTTACATACCGCTTC-GCCCTGC-ATATGAC--TT-AGCNC-ATATG-TTACATAC-TGTTTC--AGA---TA--TATT---CGCA--------AACGATGCA----GTGAGTANTTACGAACAACTTG----CACC----------AAAACTTTAACGCAAAGT-T---TAAAGAC-AAAA-TATGACC--TTT--TCA--C-C-T--GCA-A-TATGACCTTGACTTTNAANTTAGGAGCCC-AATA-TGT--TACATACTGCCTCAGA----------GTA-T--A--AGCA-------TNCACA---------CNTGT----GCTANGT---AACCGCA-------AA--CAATGCACACTGATG-----------AACA-ACTTGCAC-CAAAAC--------TTTAACGCAGAGTTTAAAGGCAAAAT--------GTGACC------TTTTCACCNTGCAA-TATGACCTTGACTTTGAANTTAGGAGCCCCGATATGTT--ACATACTGCC
Reference ( family-117 ) : GTTTTACGCTCCA--AAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TAATGT-----TC-------TATA---T-------GATACAC-ATT-A-CA---AAAAAA-A-TAGAGCCA--------ACATTTGGTTGAA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-T---AATACAAAAGTGAAAGTAA--TGTCT-----------------ATATA-----A-T---------ACAACTTGCACCTAAAC-T----T-TAA---CA--TA-----AAG------CCCAATTTCTCCTTTTCAATCCGATATTTCGCCTT-TGAACTT-AAATATAGCAGCC---C-TT---T-TC-GGTACAAAATGACTCGAAGTATAAGCATACACCCTTGTGCCAAGTAACATTCTACATAACTGT-AA------GC------ATGCA--CAGTAA---ATCACAACCTGCACCAAAACTTTAACGCAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------GAC-------CTT--C-AGCCATGCAAA--TATGACC---A--TTT----CA-AAAAACTTCAACGCTAAGTTTA-G-AGCCAAATATGTTACATACCGCTTC-GCCCTGC-ATATGAC--TT-AGCNC-ATATG-TTACATAC-TGTTTC--AGA---TA--TATT---CGCA--------AACGATGCA----GTGAGTANTTACGAACAACTTG----CACC-----T--AAAAAACTTTAACGCAAAGT-T---TAAAGAC-AAAA-TATGACC--TTT--TCA--C-C-T--GCA-A-TATGACCTTGACTTTNAANTTAGGAGCCC-AATA-TGT--TACATACTGCCTCAGA----------GTA-T--A--AGCA-------TNCACA---------CNTGT----GCTANGT---AACCGCA-------AA--CAATGCACACTGATG-----------AACA-ACTTGCAC-CAAAAC--------TTTAACGCAGAGTTTAAAGGCAAAAT--------GTGACC------TTTTCACCNTGCAA-TATGACCTTGACTTTGAATTTAGGAGCCCCGATATGTT--ACATACTGCC
gi|1 : GTTTTATGCTCCA--AAATG--ACTAAGATACTAAACCTGAAAGTCA--T----------TC-------TATA---T-------GATACAC-ATT---TA---AAAAAA-A-AAGAGCAA--------ACATTTGGCTGAA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-T---AA--CAAAATTGAAAGAAA--TGTCC-----------------ATATA-----A-----------ACAACTGGCAGCTAAAC-T----T-TAA---CA--AA-----CAG------CCCAATTTCTTCTTTTCATTTTGATATTTAGCCTT-TGAACCT-AAATATAGCAGCT---C-TT---T-TTTGGTAGAAAATAACTAAAAGTATAAGCATAAACCCTTGTGCCAAGTAACATGCCAAGTAACTGT-TA------GC------ATGCA--CAGTAA---ACGACAACTTGCATCAAATCTTTAATGCAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------GAC-------CTG--CAAGCCATGTACACTTATAAAT---A--TTTA---AA-AAAAACTTTACCGCAAAGTTTATA-AGGCAACCGTG------ACCGTTTT-GCCCTAC-ACATGACCTTT-AGCCCAATATG-TTACATAC-TTTTTCAAAGN---NN--NNNN---NNNN--------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNN-----TTAAAAAAACTTTAATAAAAAGGATAGATAAAGGC--AGA-TATGATG--TTT--TCA--C-C-T--GCA-A-AATGACCTTGACATTGAATAAAGGAACCCGAGTA-TGT--TACATACTGCTTCAGA----------GTA-T--A--AGCA-------TCCACA---------CCTAT----GCTACGT---AACTGCA-------AG--CTAAGCACACTAATG-----------AACA-AGTT------AAAAA--------ATTAAGGCAAAGTTTAAAGGT-AACT--------GTGACT------GTTTCACTGTGCAA-TATGACCTTGACTTTGAATTTAGGACCCCCAATATGCT--ACATACTGCC
gi|10 : AATACTTTAACGTAAAGT-T---TAAAGAC-AAAA-TGTGACC--TTT--TTAT-C-C-T--GCA-A-TATGACCTTGGCTTTGAAGTTAGGAGTC---ACG-TAC--TACATACAGCCTCAAA----------GTATT--A--AG-A-------TACATT---------CTTAT----GCTAAGTTCCAGCCTTA-------AT--TACTGCAAAC--ATT-----------ACCA-ACTTGCAC-CAAAAC--------ATTTACG--GAGGTGAGATGCGAA
gi|11 : ATGGACAACTTG----AACA-----T--AAA---CTTTAAGTTCAAGT-T---TAA-GAC-AAAA-TATGATA--TTT--TCA--T-C-C--TCATA-TATGACAGTTAATTTGAATTGAGGAGCCC-AATA-TGT--TACATATTACCGCCGA----------GNN-N--N--NNNN-------NNNNNN---------NNNNN----NNNNNNN---NNNNNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNNTTCCTGCAC-CAAAAC--------TTTAACGCAcgccgccaccgccaccgatactgacgttagtcgagtacaaaatacttcccatttcacataatagtcgagtt
gi|12 : gaataaataag-----AAG------CCCATTTTCTC-TTCCCATTCCGATATTTCACC---TGAACTTGGGATATAACtgtggaacgcagacgcagacgccgttgccgttgccgacat
gi|12 : aagttatATATAACTCTTAA------GC------ATACA--CAGTAA---ATCACAACTTGCACCAAAACTTCAACGCAGAG-GTT-AAAGACGAAAATAT--------GAA-------CTT--T-CGTAATCGAAA--AATGACCTTGA--TTT----TA-AA------------TAA----A-G-AGACGAACAGCTTACATACTGtcttaagcatacacagtaaatcacaacttgcaccaaaacttcaacgcagaggttaaagacgaaaatatgaactttcgtaatcgaaaaatgaccttgattttaaataaagagacgaacagcttacatactgtctgacatacaatagatcacactcgttcttaaaaacaatacatag
gi|12 : aagttataagcccattttctcttcccattccgatatttcacctgaacttgggACAACTTG----CACC----------AAAACTTCAACGCAGAGG-T---TAAAGACGAAAA-TATGAAC--TTTCGTAA--T-C----GAA-A-AATGACCTTGA-TTTTAAATAAAGAGACG-AACA-GCT--TACATACTGTCTGACA-----------TA-C--AATAG-A-------T-CACA---------CTCGT----TCT---T---AA----A-------AA--CAATACATAtctgacatacaatagatcacactcgttcttaaaaacaatacatag
gi|13 : aagttataagcccattttctcttcccattccgatatttcacctgaacttgggatataactcttaagcatacacagtaaatcGTTTTGGGCTCCC--AAGTA--AAAAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TATTGT-----TC-------TATA---C---------CAAAC-ATT-AACAG--AAAAAA-A-TATAGCTATAAACAAGACATACG----AA---------------------A---------------------ATAAGA-A---TC-A-T---AATACCTAAGTGAAAGTGA--TATCT-----------------ATATATT---A-T---------ACAA-TTGCACCTAAACAT----TATAA---TAGTTAT----AAG------CTCATTTTCTCCTTTT-AATCTGATATATCGTCTT--GAACTT-AAATATAGCAGCC---C-Tg
gi|14 : TATAAGCATACACCATTGTGCTAAGTAACATTC-ACATAACTGT-CA------GT------ATGCA----------------AGCTTGCACCAAAAGTTTAACACAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------G-T-------TTT--C-AG
gi|14 : atagtacagacactaagaggtaAGCTTG----CACC----------AAAAGTTTAACACAGAGT-T---TAAAGAC-AAAA-TATG-----TTT--TCAGTA-C-TGAGCA-A-TATtactgagcaatattgcgtaaatttaactacaataaaac
gi|15 : atagtacagacactaagaggtatataagcatacaccattgtgctaagtaacattcacataactgtcagtatgcaAATTTTGCAGTC---CATT---T-GT-GGTACAAAATGCCTCAAAGTATA-GCCTACACCCTTGTGCCAAGTTACATTC-ACATAACTGC-AA------AC------ATACA--TGGTAA---ATCACAGCCTGCACCAAAACTGTAATGCAtgcgtaaatttaactacaataaaac
gi|15 : acCC-AAAACTGTAATGCATATTGCCTCAGA----------GTA-T--A--AGCA-------AGCACA---------CATAT----GCtattgcctcagagtataagcaagcacacatatgca
gi|16 : acaattttgcagtccatttgtggtacaaaatgcctcaaagtatagcctacacccttgtgccaagttacattcacataactgcaaacatacatggtaaatcacagcctgcaGCTCCA--AAGTGGAAATAA--TAC----CCGAAAAGT-G--TAATAT-----TT-------TCTA---T-------GATACAC-ATT---CAT--AAAAAA-A-CAGAGCGA--------ACATTTGGTTGAA---------------------A---------------------AT--TG--------A-T---AATACAAAAGTGAAAATAA--TGTCT-----------------ATATACATGTA-T---------ACAATTTGCAACTAAAC-C----T-TAA---CA--Ta
gi|17 : gG--AATAAGATACCGAACCTAAAAGTTGGCT-ACGT-----TC-------TGTAATTT-------GATACAT-ATTGA-CA---AAAATA-G-TAGAACCA--------A-ATTTAGTAGGG---------------------A---------------------AT--TA-A---T--
gi|18 : T---AACCG---------AG--CCATGTACACTTATG-----------AAAA-GCTTGCAC-CTGAAC--------TGCAATGCAGtagacctaagaaaataagaatcatagcacaaaagt
gi|19 : a--TTT--TCA--A-CAT--GCA-A-TATGACTTTGA-----------AGAGCCC-TATA-TGT--TCCATTTTGCCTTGGA----------GTA-T--A--AGCA-------AAAACA---------TATGT----GCT---T---AACTTTATTCCTATAACGCAATGTACACTGATG-----------AACA-gtggtatgaagatgccagggagagtaaacaatagaattcatagaatagaaaaaaaataatctta
gi|2 : CA--GAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TAATGT-----TC-------TATA---TTATTATAGAGGCAC-ATT-A------ATAAAA-A-TAGAGCCA--------GCATCTGGTTGAA---------------------ATAAGACATAAGACACAAGAATAT--AA-A---T--A-TCATAATACAGAAGTGAATGTAACATGTCTTATATAATTATATATATATATA-----AAT---------ACAATTTGCACCTGAAC-T----T-TAA---CA--TAGTTTAAAG------CCCAATATTTTGTTTACAATCTGATATTTCGC-TT-TGAACTT-AAATACAGCAGCC---C-TTAAAT-T---GTACAAAA--ACTCGATGTATAAGCACACACACTTGTGCCAAGTGATATTCT-CATAACTGT-AACTACTGAT------ATGCATGTAGTAT---TTTACAACTTGCACCAAAACTTTAACACTGAGTTTT-AAAGAC-AAAATATACAGTTCCAACTGTATAACTG--CAAGCAATGCAAAATTAAGACC---AACTTG----CACAAAAACTTCAACATAAAGTTTA-A-AG---------------ACTGTTTC-ACCCTGCAATATGACA-TTGAACT-----TT-TTACATAC-TGCCTC--AGAGTTTAAGCATT---CGCACTACATATAAC--TGCAAGCTATGAACACTTACAAACAATTTG----CACC-----T-----AAACTTTAATGCA
gi|20 : AGTG--AATAAGATACTGAACTCAAAAGTTG--TTATAT-----TC-------TATA---TGATTATAGATACAC-ATT-A-AT---AAAAAA-A-TACAGCCA--------AAATTTGGTT-AA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-A---AAGACATAA--GAAAGgtcactgacacaaacactgatgcagcggaaagtacataacttccactattcatagaatagtcaagttaaaaaca
gi|22 : gGCTTTACGCTCCATAAAATA--AAGAAGATACTGAAAACAAAAGTTG--TAATGTAAACATC-------TATA---T-------G
gi|23 : cagtaacaCCA--GGGTG--AATTAGATACTGAACCCAAAACTTG--TAATGT-----TCTACGTTGTATA---T-------GATATGT-GAT-A-CACATAGAAAA-A-TAGAGgaaatgttgattgaaaa
gi|24 : AATGCCTTAAAGTATAAGAATACACCTTTGTGTCAAGTTACATTC-ACATGATT-----------GC------CTGCA--TAACAA---AT
gi|25 : ttatgattcgcCA--CAGTG--AACAAGACACTAGGCCCAAA-GTTG--TAATAT-----TC-------CATA---TGATTGTAGATACAC-ATT-A-AA---AAAAat
gi|26 : CCA--AAGTG--AATAAGATAACGAACCCAAATGCTA--TAATGT-----TT-------TACA---T-------GATACAC-A
gi|3 : -------TATA---T-------GAAACAC--TA-A-CA---GACAAA-ACTTGAAAAA--------AAATTTGGTTATA---------------------C---------------------AT--TA-A---T--
gi|3 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgataAA---------------------G---------------------AA--TA-A---T--A-T---TAAAAAAAAGTGAAAGTAT--TGTCG-----------------AAATA-------T---------ACAACCTGAACCTAAAC-TAAACT-TAGAGTTA--TA-----A-G------CCCAATATCACTTTTTCAATCCGATATTTTGCATTAT--ACTT-AA-CATAGCAGCC---C-TT---TATC-AGTACAAAAAAACTCGAGGTATAAGCATACACCCTTGTACCAAGTAACATT-TACATAACTGT-AA------GT------ATAAATGTAGTAA---AT--CAACCT---TCAAAAtcttgatacaagaaaaataagaataatattaaaaaaaagtgaaagtattgtcgaaatatacaacctgaacctaaactaaacttagagttataagcccaatatcactttttcaatccgatattttgcattatacttaacatagcagccctttatcagtacaaaaaaactcgaggtataagcatacacccttgtaccaagtaacatttacataactgtaagtataaatgtagtaaatcaaccttcaaaatgtcattgaccttcagggtaagagcccgatctattacattatacctaagagtataaacattcacactttcataccatgtttcagccatgaaactgcaaacaaagcagatgaacaactttaacgcaaattaacttgaagacacagtttcatcttttaattttcaccctgcactatgatattgactttgaatttaggaatcctgtatgtccgacatactgcctcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|3 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgatatatatgaaacactaacagacaaaacttgaaaaaaaatttggttatacattaattcttgatacaagaaaaatA--C-C-T--TCA-A-AATGTCATTGACCTTCAGGGTAAGAGCCC-GATC-TAT--TACATTATACCTAAGA----------GTA-T--A--AACA-------TTCACACTTTCATACCATGTTTCAGCCATGA---AACTGCA-------AA--CAAAGCA----GATG-----------AACA-ACTTTAACGCAAA-----------TTAAC-------TTGAAGACACAGT--------TTCATCTTTTAATTTTCACCCTGCAC-TATGATATTGACTTTGAATTTAGGAATCCTG-TATGTCCGACATACTGCCtgtcattgaccttcagggtaagagcccgatctattacattatacctaagagtataaacattcacactttcataccatgtttcagccatgaaactgcaaacaaagcagatgaacaactttaacgcaaattaacttgaagacacagtttcatcttttaattttcaccctgcactatgatattgactttgaatttaggaatcctgtatgtccgacatactgcctcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|4 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgatatatatgaaacactaacagacaaaacttgaaaaaaaatttggttatacattaattcttgatacaagaaaaataagaataatattaaaaaaaagtgaaagtattgtcgaaatatacaacctgaacctaaactaaacttagagttataagcccaatatcactttttcaatccgatattttgcattatacttaacatagcagccctttatcagtacaaaaaaactcgaggtataagcatacacccttgtaccaagtaacatttacataactgtaagtataaatgtagtaaatcaCCAAAAGTTT--TAATTT-----TC-------TATA---T-------GACGTAC-ATT-AACA---AAAAAACA-TACGGCCA--------ACATTTGGTTAAACATTAATATAAGACATTAAGAA---------------------AT--TA-AGAAT--AAT---AATACAAAAGTGAAAGTAA--TGTCT-----------------ATATG-----A-TGGTATATGTACAACTTGCACCTAAAC-T----T-TAA---CA--T-------AG----------ATTTACATGTATAAACCCCATTTCTTGTTTT-CAATCTG-AAAT-T--CCGCCTTGC-CT---T-TC-A----------AC----AGTACAAAC-------CTTGTGCCAAGTAAAATTC-ACAAAACTGT-AA------GTCTTAGAATGTA---AGTAATTAATCACAACCTGCACCAAAAC--------AGAG-TTTTAAAGAC-AAAATAT--------AAC-------CTTTTC-ACCC-TGCAAA---ATGACC---A--C-----------AAGCTTTA----TGAGCTAG-G-AGCCAAATATGTTACATAATGCCTC-A-----------GAG--NN-NNNNN-NNNNN-NNNNNNNN-NNNNNN--NNN---NN--NNNN---NNNN--------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNAACAACTTG----CAC---------AAAAAAGTTTAATGCAAAGT-T---T-AACAC-AAAA-TATGACC--TTT--GCA--CAC-T--GGA-A-TATGACCTTGTGTGTAAATTTAGAAGCCC-AATA-TGT--AACATACTGCCTCATA----------GTA-A--A--AGCA-------TGCACA---------tcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|5 : tCA--AAGTG--AATAAGATACTCAACCCAAAAGTTG--TAACGT-----TC-------TATA---A-------GATACACAATA-A-CA---AAAACA-A-GAGAGCCA--------ACA--TAA--GAA---------------------A---------------------AT--AAGA---TTCA-T---AATACAAAAGTGAAAATAA--TGTCA-----------------ATATA-----A-TTAC------ACAATGTGCACCTAAAC-T----T-TAC---CA--TA-----GAGATATAACTCAATTTCTCCTTTTCAATCCGATATTGCGCCCT-TG
gi|5 : TGCGCCCTTGTGCCCAGTAACCTTCT-CATGACTGT-AA------TT------ATGTA--CAGTAA---ATCACAATTTACACCCAAAC----ACACAG---TTT-AAAGAC-AAAATAC--------GACAT-----TTT--C-A-TCATGCAAA---ATGACC-------TT----CA-A----TTTCAA-GCTAGG-------GGCCAAATATGTTACATACCACCTCAG---TGT-ATA---------AGCAC-ATATACTTACA-ACATGTTTT--AG----TA--TATTAACTGCA--------AACAATGCA---------TAGTTATGAACAACTTG----CACT----------AAAATTTCAACACAAAGA-T---TAAG--C-AAAA-TGTTACC--TTT--TCA--T-CGT--ACA-A-T--GACCTTGGCTTTAAATTTAGGAGCCT-GACA-TAT--TGTATACTGCCTCAtgcccagtaaccttctcatgactgtaattatgtacagtaaatcacaatttacacccaaacacacagtttaaagacaaaatacgacattttcatcatgcaaaatgaccttcaatttcaagctaggggccaaatatgttacataccacctcagtgtataagcacatatacttacaacatgttttagtatattaactgcaaacaatgcatagttatgaacaacttgcactaaaatttcaacacaaagattaagcaaaatgttaccttttcatcgtacaatgaccttggctttaaatttaggagcctgacatattgtatactgcctca
gi|6 : caaagtgaataagatactcaacccaaaagttgtaacgttctataagatacacaataacaaaaacaagagagccaacataagaaaataagattcataatacaaaagtgaaaataatgtcaatataattacacaatgtgcacctaaactttaccatagagatataactcaatttctccttttcaatccgatatCACCCTGCACCAAAACTTTAATGTAAAG-TTT-AAGG------------------------------------------CAAA--TATGACC---A--TTTTTTACT-GTATATTACGACGTTGAATTTA-GGAGCCCCATATGTTACATACTGCTTC-AGAGANN-NNNNNNN--NN-NNNNN-NNNNN-NNNNNNNN-NNNNNN--NNN---NN--NNNN---NNNN--------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNAACACCCTG----CACC----------AAAACTTTAATGTAAAGT-T---T-AAGGC--AAA-TATGACC--TTT--TTT--A-C-T--GTATATTACGACGTTGACTTTGAATTTAGGAGCCC-CATA-TGT--AACATACTGCTTCAGA----------G
gi|7 : --C-C-T--TCA-A-TATGACCTTGACTTTCATGTTAGGAGCCC-AATA-TGT--TACACACTGCCTCAGA----------GNN-N--N--NNNN-------NNNNNN---------NNNNN----NNNNNNN---NNNNNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACACACT-GCAT-CAAAAC--------TTTAATGGAAAGTTTAA-GGCAAA-T--------GTGACC------TTTTAACTATGCAA-TATGACCTTGATTTTCTA-TTAGGA-TCACAATATATT--ACATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaacgttaccgcagatatgatgtggatgctgacgctggagcaagtacaaaaactagcttattcataaaatacacattgccacaaacctctttagc
gi|7 : tttaacAACACCCTG----CACC----------AAAACTTTAATGTAAAGT-T---TAAGG-C-AAA--TATGACCATTTT--TTA--C---T--GTA---TATTAC---GACGTTGAATTTAGGAGCCC-CATA-TGT--TACATACTGCTTCAGA----------Ggtattaccgcctgtgagtataagcatgcacacgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaccctgcaccaaaactttaatgtaaagtttaaggcaaatatgaccattttttactgtatattacgacgttgaatttaggagccccatatgttacatactgcttcagag
gi|8 : tttaacccttcaatatgaccttgactttcatgttaggagcccaatatgttacacactgcctcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacacactgcatcaaaactttaatggaaagtttaaggcaaatgtgaccttttaactatgcaatatgaccttgattttctattaggatcacaatatattacatagtattaccgcctgtgagtataagcatgcacacgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTG-TTATATAT-T--TTT--ATA---TAA-TATT---TGCC--------AATGATACA----GTGAGTATTTTAGAGCATTTTGTCGACATTAAAAAT--AAAGAAC-TTAATGCAGAGT-T---TAAAGAC-AAAA-TATGAAA--ATT--TTG--CTC-T--GCA-A-TATGACCTTGACTTTCAAATT--------------TGT--TACATACTGTCTC--A----------GTA-TTAA--AGCAGAGNNNNNNNNNN---------NNNNN----NNNNNNN---NNNNNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNN-NNNNNNNN-NNNAACTGCTTGCGTCTAACACAGAGTTTAAAGGCAAAATTAATTAAAGTGACC------TTTTCACCTTGCAATTATGACCTTGACTTTGAAGTTTGGAGC
gi|9 : ACAACTTG----CAAC----------AAAACTTTAATACAGAGT-T---TAAAGAC-AAAACTGTGACT--TTT--TCA--C-CCT--GCA-A-TATAACCTTCACTTTCAGGTTAGGAGACC-AAAA-TAC--TACATACTGCCTCAGAANNNNNNNNNNNN-N--N--NNNN-------NNNNNN---------NNNNN----NNNNNNN---NNNNNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNN-NNNNGCAC-CAAAAC---------TTAATGCAGAGTCTAAAGG-AAAA----------TAACC------TTTTCATCCTGCAA-CATGACCGGGACTTTAAAATTGGGAG-CCAGGTATGTtgtagtgcaggttggatgtag
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AAAACTTAACCGCAGACGGGACACAAATACAGATGCTGGCACTGGGGTGAGTTGAAAAAACTACCCTATTAATAAAATAGAACAATTGATCATACCTCTTTAAC
Alignments
lowQualScore : 1111111 3333333 22222222 11111111 6666666666666666666666666666666666666666666 5555555555555555555555555555555555555555 1111 111 222222222222222222 111 222222222 11 11 22222222222222 222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 1111111 111111111 1111111111 111111111 3333333333333333333333333333333333333333333 22222222222 222222222 3333333333 222222 11 11
lowQualScore : 3 66 55 44 1 88888 0000000 555 0000000 3 00000000 4 4 0 66666666 1 0 1 2222222222222222222222222222222222222222222 55 4 999999 5 888 3 77 7777777777777777777777777777777777777777 4 5 2222 5 000 666666666666666666 5 0 33 55 6 1 1 111 6 444444444 11 33 1 99 4 00000000000000 000 777 4 3 5 5 5 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 2 7777 0000000 44 3 0000000 0 88888 3 555 3 3 44 3 44 44 888888888 5 2 0 1 2 2 44 2 33 3333333333 6666 55 2 555555555 1 3333333333333333333333333333333333333333333 0 3 55 11111111111 8 0 5 444444444 2 22 8888888888 333333 1 8 8 44 0 7 88
lowQualScore : . .. .. .. . ..... ....... ... ....... . ........ . . . ........ . . . ........................................... .. . ...... . ... . .. ........................................ . . .... . ... .................. . . .. .. . . . ... . ......... .. .. . .. . .............. ... ... . . . . . .............................................................................................................................................................................................................. . . .... ....... .. . ....... . ..... . ... . . .. . .. .. ......... . . . . . . .. . .. .......... .... .. . ......... . ........................................... . . .. ........... . . . ......... . .. .......... ...... . . . .. . . ..
lowQualScore : 7 11 00 66 3 33333 0000000 444 0000000 3 55555555 0 0 1 11111111 1 8 9 9999999999999999999999999999999999999999999 55 0 999999 0 888 4 99 9999999999999999999999999999999999999999 0 7 1111 7 000 222222222222222222 3 7 11 99 7 7 7 777 7 666666666 22 22 4 33 4 88888888888888 444 888 5 2 7 7 7 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 9 1111 0000000 22 1 0000000 5 33333 3 888 7 3 66 3 22 22 222222222 7 9 8 5 1 1 77 9 99 5555555555 1111 00 1 777777777 0 7777777777777777777777777777777777777777777 2 5 88 11111111111 9 8 0 888888888 5 77 4444444444 000000 0 0 8 66 2 0 33
consensus : GTTTTACGCTCCA--AAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TAATGT-----TC-------TATA---T-------GATACAC-ATT-A-CA---AAAAAA-A-TAGAGCCA--------ACATTTGGTTGAA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-T---AATACAAAAGTGAAAGTAA--TGTCT-----------------ATATA-----A-T---------ACAACTTGCACCTAAAC-T----T-TAA---CA--TA-----AAG------CCCAATTTCTCCTTTTCAATCCGATATTTCGCCTT-TGAACTT-AAATATAGCAGCC---C-TT---T-TC-GGTACAAAATGACTCGAAGTATAAGCATACACCCTTGTGCCAAGTAACATTCTACATAACTGT-AA------GC------ATGCA--CAGTAA---ATCACAACCTGCACCAAAACTTTAACGCAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------GAC-------CTT--C-AGCCATGCAAA--TATGACC---A--TTT----CA-AAAAACTTCAACGCTAAGTTTA-G-AGCCAAATATGTTACATACCGCTTC-GCCCTGC-ATATGAC--TT-AGCNC-ATATG-TTACATAC-TGTTTCAGA---TA--TATT---CGCA--------AACGATGCA----GTGAGTANTTACGAACAACTTG----CACC-------AA--AAC-T-------TTAACGCAA-----AGT-T---TAAAGAC-A--AAA-TATGACC--TTT--TCA--C-C-T--GCA-A-TATGACCTTGACTTTNAANTTAGGAGCCC-AATA-TGT--TACATACTGCCTCAGA----------GTA-T--A--AGCA-------TNCACACNT---------GT----GCTANGT---AACCGCA-------AA--CAATGCACACTGATG-----------AACA-ACTTGCAC-CAAAAC--------TTTAACGCAGAGTTTAAAGGCAAAAT--------GTGACCTTTT------CACCNTGCAA-TATGACCTTGACTTTGAANTTAGGAGCCCCGATATGTT--ACATACTGCC
Reference ( family-117 ) : GTTTTACGCTCCA--AAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TAATGT-----TC-------TATA---T-------GATACAC-ATT-A-CA---AAAAAA-A-TAGAGCCA--------ACATTTGGTTGAA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-T---AATACAAAAGTGAAAGTAA--TGTCT-----------------ATATA-----A-T---------ACAACTTGCACCTAAAC-T----T-TAA---CA--TA-----AAG------CCCAATTTCTCCTTTTCAATCCGATATTTCGCCTT-TGAACTT-AAATATAGCAGCC---C-TT---T-TC-GGTACAAAATGACTCGAAGTATAAGCATACACCCTTGTGCCAAGTAACATTCTACATAACTGT-AA------GC------ATGCA--CAGTAA---ATCACAACCTGCACCAAAACTTTAACGCAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------GAC-------CTT--C-AGCCATGCAAA--TATGACC---A--TTT----CA-AAAAACTTCAACGCTAAGTTTA-G-AGCCAAATATGTTACATACCGCTTC-GCCCTGC-ATATGAC--TT-AGCNC-ATATG-TTACATAC-TGTTTCAGA---TA--TATT---CGCA--------AACGATGCA----GTGAGTANTTACGAACAACTTG----CACC-------AA--AAC-T-------TTAACGCAA-----AGT-T---TAAAGAC-A--AAA-TATGACC--TTT--TCA--C-C-T--GCA-A-TATGACCTTGACTTTNAANTTAGGAGCCC-AATA-TGT--TACATACTGCCTCAGA----------GTA-T--A--AGCA-------TNCACACNT---------GT----GCTANGT---AACCGCA-------AA--CAATGCACACTGATG-----------AACA-ACTTGCAC-CAAAAC--------TTTAACGCAGAGTTTAAAGGCAAAAT--------GTGACCTTTT------CACCNTGCAA-TATGACCTTGACTTTGAANTTAGGAGCCCCGATATGTT--ACATACTGCC
gi|1 : GTTTTATGCTCCA--AAATG--ACTAAGATACTAAACCTGAAAGTCA--T----------TC-------TATA---T-------GATACAC-ATT---TA---AAAAAA-A-AAGAGCAA--------ACATTTGGCTGAA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-T---AA--CAAAATTGAAAGAAA--TGTCC-----------------ATATA-----A-----------ACAACTGGCAGCTAAAC-T----T-TAA---CA--AA-----CAG------CCCAATTTCTTCTTTTCATTTTGATATTTAGCCTT-TGAACCT-AAATATAGCAGCT---C-TT---T-TTTGGTAGAAAATAACTAAAAGTATAAGCATAAACCCTTGTGCCAAGTAACATGCCAAGTAACTGT-TA------GC------ATGCA--CAGTAA---ACGACAACTTGCATCAAATCTTTAATGCAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------GAC-------CTG--CAAGCCATGTACACTTATAAAT---A--TTTA---AA-AAAAACTTTACCGCAAAGTTTATA-AGGCAACCGTG------ACCGTTTT-GCCCTAC-ACATGACCTTT-AGCCCAATATG-TTACATAC-TTTTTCAAA---GN--NNNN---NNNN--------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNTTAAAAA--AAC-T-------TTAATAAAA-----AGGATAGATAAAGGC----AGA-TATGATG--TTT--TCA--C-C-T--GCA-A-AATGACCTTGACATTGAATAAAGGAACCCGAGTA-TGT--TACATACTGCTTCAGA----------GTA-T--A--AGCA-------TCCACACCT---------AT----GCTACGT---AACTGCA-------AG--CTAAGCACACTAATG-----------AACA-AGTT------AAAAA--------ATTAAGGCAAAGTTTAAAGGT-AACT--------GTGACTGTTT------CACTGTGCAA-TATGACCTTGACTTTGAATTTAGGACCCCCAATATGCT--ACATACTGCC
gi|10 : -------AA--TAC-T-------TTAACGTAA-----AGT-T---TAAAGAC-A--AAA-TGTGACC--TTT--TTAT-C-C-T--GCA-A-TATGACCTTGGCTTTGAAGTTAGGAGTC---ACG-TAC--TACATACAGCCTCAAA----------GTATT--A--AG-A-------TACATTCTT---------AT----GCTAAGTTCCAGCCTTA-------AT--TACTGCAAAC--ATT-----------ACCA-ACTTGCAC-CAAAAC--------ATTTACG--GAGGTGAGATGCGAA
gi|11 : ATGGACAACTTG----AACA-------TA--AAC-T-------TTAAGTTCA-----AGT-T---TAA-GAC-A--AAA-TATGATA--TTT--TCA--T-C-C--TCATA-TATGACAGTTAATTTGAATTGAGGAGCCC-AATA-TGT--TACATATTACCGCCGA----------GNN-N--N--NNNN-------NNNNNNNNN---------NN----NNNNNNN---NNNNNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNNTTCCTGCAC-CAAAAC--------TTTAACGCAcgccgccaccgccaccgatactgacgttagtcgagtacaaaatacttcccatttcacataatagtcgagtt
gi|12 : gaataaataag-----AAG------CCCATTTTCTC-TTCCCATTCCGATATTTCACC---TGAACTTGGGATATAACtgtggaacgcagacgcagacgccgttgccgttgccgacat
gi|12 : aagttatATATAACTCTTAA------GC------ATACA--CAGTAA---ATCACAACTTGCACCAAAACTTCAACGCAGAG-GTT-AAAGACGAAAATAT--------GAA-------CTT--T-CGTAATCGAAA--AATGACCTTGA--TTT----TA-AA------------TAA----A-G-AGACGAACAGCTTACATACTGtcttaagcatacacagtaaatcacaacttgcaccaaaacttcaacgcagaggttaaagacgaaaatatgaactttcgtaatcgaaaaatgaccttgattttaaataaagagacgaacagcttacatactgtctgacatacaatagatcacactcgttcttaaaaacaatacatag
gi|12 : aagttataagcccattttctcttcccattccgatatttcacctgaacttgggACAACTTG----CACC-------AA--AAC-T-------TCAACGCAG-----AGG-T---TAAAGACGA--AAA-TATGAAC--TTTCGTAA--T-C----GAA-A-AATGACCTTGA-TTTTAAATAAAGAGACG-AACA-GCT--TACATACTGTCTGACA-----------TA-C--AATAG-A-------T-CACACTC---------GT----TCT---T---AA----A-------AA--CAATACATAtctgacatacaatagatcacactcgttcttaaaaacaatacatag
gi|13 : aagttataagcccattttctcttcccattccgatatttcacctgaacttgggatataactcttaagcatacacagtaaatcGTTTTGGGCTCCC--AAGTA--AAAAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TATTGT-----TC-------TATA---C---------CAAAC-ATT-AACAG--AAAAAA-A-TATAGCTATAAACAAGACATACG----AA---------------------A---------------------ATAAGA-A---TC-A-T---AATACCTAAGTGAAAGTGA--TATCT-----------------ATATATT---A-T---------ACAA-TTGCACCTAAACAT----TATAA---TAGTTAT----AAG------CTCATTTTCTCCTTTT-AATCTGATATATCGTCTT--GAACTT-AAATATAGCAGCC---C-Tg
gi|14 : TATAAGCATACACCATTGTGCTAAGTAACATTC-ACATAACTGT-CA------GT------ATGCA----------------AGCTTGCACCAAAAGTTTAACACAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------G-T-------TTT--C-AG
gi|14 : atagtacagacactaagaggtaAGCTTG----CACC-------AA--AAG-T-------TTAACACAG-----AGT-T---TAAAGAC-A--AAA-TATG-----TTT--TCAGTA-C-TGAGCA-A-TATtactgagcaatattgcgtaaatttaactacaataaaac
gi|15 : atagtacagacactaagaggtatataagcatacaccattgtgctaagtaacattcacataactgtcagtatgcaAATTTTGCAGTC---CATT---T-GT-GGTACAAAATGCCTCAAAGTATA-GCCTACACCCTTGTGCCAAGTTACATTC-ACATAACTGC-AA------AC------ATACA--TGGTAA---ATCACAGCCTGCACCAAAACTGTAATGCAtgcgtaaatttaactacaataaaac
gi|15 : acCC-AAAACTGTAATGCATATTGCCTCAGA----------GTA-T--A--AGCA-------AGCACACAT---------AT----GCtattgcctcagagtataagcaagcacacatatgca
gi|16 : acaattttgcagtccatttgtggtacaaaatgcctcaaagtatagcctacacccttgtgccaagttacattcacataactgcaaacatacatggtaaatcacagcctgcaGCTCCA--AAGTGGAAATAA--TAC----CCGAAAAGT-G--TAATAT-----TT-------TCTA---T-------GATACAC-ATT---CAT--AAAAAA-A-CAGAGCGA--------ACATTTGGTTGAA---------------------A---------------------AT--TG--------A-T---AATACAAAAGTGAAAATAA--TGTCT-----------------ATATACATGTA-T---------ACAATTTGCAACTAAAC-C----T-TAA---CA--Ta
gi|17 : gG--AATAAGATACCGAACCTAAAAGTTGGCT-ACGT-----TC-------TGTAATTT-------GATACAT-ATTGA-CA---AAAATA-G-TAGAACCA--------A-ATTTAGTAGGG---------------------A---------------------AT--TA-A---T--
gi|18 : T---AACCG---------AG--CCATGTACACTTATG-----------AAAA-GCTTGCAC-CTGAAC--------TGCAATGCAGtagacctaagaaaataagaatcatagcacaaaagt
gi|19 : a--TTT--TCA--A-CAT--GCA-A-TATGACTTTGA-----------AGAGCCC-TATA-TGT--TCCATTTTGCCTTGGA----------GTA-T--A--AGCA-------AAAACATAT---------GT----GCT---T---AACTTTATTCCTATAACGCAATGTACACTGATG-----------AACA-gtggtatgaagatgccagggagagtaaacaatagaattcatagaatagaaaaaaaataatctta
gi|2 : CA--GAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TAATGT-----TC-------TATA---TTATTATAGAGGCAC-ATT-A------ATAAAA-A-TAGAGCCA--------GCATCTGGTTGAA---------------------ATAAGACATAAGACACAAGAATAT--AA-A---T--A-TCATAATACAGAAGTGAATGTAACATGTCTTATATAATTATATATATATATA-----AAT---------ACAATTTGCACCTGAAC-T----T-TAA---CA--TAGTTTAAAG------CCCAATATTTTGTTTACAATCTGATATTTCGC-TT-TGAACTT-AAATACAGCAGCC---C-TTAAAT-T---GTACAAAA--ACTCGATGTATAAGCACACACACTTGTGCCAAGTGATATTCT-CATAACTGT-AACTACTGAT------ATGCATGTAGTAT---TTTACAACTTGCACCAAAACTTTAACACTGAGTTTT-AAAGAC-AAAATATACAGTTCCAACTGTATAACTG--CAAGCAATGCAAAATTAAGACC---AACTTG----CACAAAAACTTCAACATAAAGTTTA-A-AG---------------ACTGTTTC-ACCCTGCAATATGACA-TTGAACT-----TT-TTACATAC-TGCCTCAGAGTTTAAGCATT---CGCACTACATATAAC--TGCAAGCTATGAACACTTACAAACAATTTG----CACC-------TA--AAC-T-------TTAATGCA
gi|20 : AGTG--AATAAGATACTGAACTCAAAAGTTG--TTATAT-----TC-------TATA---TGATTATAGATACAC-ATT-A-AT---AAAAAA-A-TACAGCCA--------AAATTTGGTT-AA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-A---AAGACATAA--GAAAGgtcactgacacaaacactgatgcagcggaaagtacataacttccactattcatagaatagtcaagttaaaaaca
gi|22 : gGCTTTACGCTCCATAAAATA--AAGAAGATACTGAAAACAAAAGTTG--TAATGTAAACATC-------TATA---T-------G
gi|23 : cagtaacaCCA--GGGTG--AATTAGATACTGAACCCAAAACTTG--TAATGT-----TCTACGTTGTATA---T-------GATATGT-GAT-A-CACATAGAAAA-A-TAGAGgaaatgttgattgaaaa
gi|24 : AATGCCTTAAAGTATAAGAATACACCTTTGTGTCAAGTTACATTC-ACATGATT-----------GC------CTGCA--TAACAA---AT
gi|25 : ttatgattcgcCA--CAGTG--AACAAGACACTAGGCCCAAA-GTTG--TAATAT-----TC-------CATA---TGATTGTAGATACAC-ATT-A-AA---AAAAat
gi|26 : CCA--AAGTG--AATAAGATAACGAACCCAAATGCTA--TAATGT-----TT-------TACA---T-------GATACAC-A
gi|3 : -------TATA---T-------GAAACAC--TA-A-CA---GACAAA-ACTTGAAAAA--------AAATTTGGTTATA---------------------C---------------------AT--TA-A---T--
gi|3 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgataAA---------------------G---------------------AA--TA-A---T--A-T---TAAAAAAAAGTGAAAGTAT--TGTCG-----------------AAATA-------T---------ACAACCTGAACCTAAAC-TAAACT-TAGAGTTA--TA-----A-G------CCCAATATCACTTTTTCAATCCGATATTTTGCATTAT--ACTT-AA-CATAGCAGCC---C-TT---TATC-AGTACAAAAAAACTCGAGGTATAAGCATACACCCTTGTACCAAGTAACATT-TACATAACTGT-AA------GT------ATAAATGTAGTAA---AT--CAACCT---TCAAAAtcttgatacaagaaaaataagaataatattaaaaaaaagtgaaagtattgtcgaaatatacaacctgaacctaaactaaacttagagttataagcccaatatcactttttcaatccgatattttgcattatacttaacatagcagccctttatcagtacaaaaaaactcgaggtataagcatacacccttgtaccaagtaacatttacataactgtaagtataaatgtagtaaatcaaccttcaaaatgtcattgaccttcagggtaagagcccgatctattacattatacctaagagtataaacattcacactttcataccatgtttcagccatgaaactgcaaacaaagcagatgaacaactttaacgcaaattaacttgaagacacagtttcatcttttaattttcaccctgcactatgatattgactttgaatttaggaatcctgtatgtccgacatactgcctcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|3 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgatatatatgaaacactaacagacaaaacttgaaaaaaaatttggttatacattaattcttgatacaagaaaaatCTTG----TACC-------AAGTAAC-A-------TTTACATAACTGTAAGT-A---TAAATGT-AGTAAA-T-CAACC--TT----------------CA-A-AATGTCATTGACCTTCAGGGTAAGAGCCC-GATC-TAT--TACATTATACCTAAGA----------GTA-T--A--AACA-------TTCACACTTTCATACCATGTTTCAGCCATGA---AACTGCA-------AA--CAAAGCA----GATG-----------AACA-ACTTTAACGCAAA-----------TTAAC-------TTGAAGACACAGT--------TTCATCTTTTAATTTTCACCCTGCAC-TATGATATTGACTTTGAATTTAGGAATCCTG-TATGTCCGACATACTGCCtgtcattgaccttcagggtaagagcccgatctattacattatacctaagagtataaacattcacactttcataccatgtttcagccatgaaactgcaaacaaagcagatgaacaactttaacgcaaattaacttgaagacacagtttcatcttttaattttcaccctgcactatgatattgactttgaatttaggaatcctgtatgtccgacatactgcctcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|4 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgatatatatgaaacactaacagacaaaacttgaaaaaaaatttggttatacattaattcttgatacaagaaaaataagaataatattaaaaaaaagtgaaagtattgtcgaaatatacaacctgaacctaaactaaacttagagttataagcccaatatcactttttcaatccgatattttgcattatacttaacatagcagccctttatcagtacaaaaaaactcgaggtataagcatacaccCCAAAAGTTT--TAATTT-----TC-------TATA---T-------GACGTAC-ATT-AACA---AAAAAACA-TACGGCCA--------ACATTTGGTTAAACATTAATATAAGACATTAAGAA---------------------AT--TA-AGAAT--AAT---AATACAAAAGTGAAAGTAA--TGTCT-----------------ATATG-----A-TGGTATATGTACAACTTGCACCTAAAC-T----T-TAA---CA--T-------AG----------ATTTACATGTATAAACCCCATTTCTTGTTTT-CAATCTG-AAAT-T--CCGCCTTGC-CT---T-TC-A----------AC----AGTACAAAC-------CTTGTGCCAAGTAAAATTC-ACAAAACTGT-AA------GTCTTAGAATGTA---AGTAATTAATCACAACCTGCACCAAAAC--------AGAG-TTTTAAAGAC-AAAATAT--------AAC-------CTTTTC-ACCC-TGCAAA---ATGACC---A--C-----------AAGCTTTA----TGAGCTAG-G-AGCCAAATATGTTACATAATGCCTC-A-----------GAG--NN-NNNNN-NNNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNN---NN--NNNN---NNNN--------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNAACAACTTG----CACA-------AA--AAAGT-------TTAATGCAA-----AGT-T---T-AACAC-A--AAA-TATGACC--TTT--GCA--CAC-T--GGA-A-TATGACCTTGTGTGTAAATTTAGAAGCCC-AATA-TGT--AACATACTGCCTCATA----------GTA-A--A--AGCA-------TGCACAtcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|5 : tCA--AAGTG--AATAAGATACTCAACCCAAAAGTTG--TAACGT-----TC-------TATA---A-------GATACACAATA-A-CA---AAAACA-A-GAGAGCCA--------ACA--TAA--GAA---------------------A---------------------AT--AAGA---TTCA-T---AATACAAAAGTGAAAATAA--TGTCA-----------------ATATA-----A-TTAC------ACAATGTGCACCTAAAC-T----T-TAC---CA--TA-----GAGATATAACTCAATTTCTCCTTTTCAATCCGATATTGCGCCCT-TG
gi|5 : TGCGCCCTTGTGCCCAGTAACCTTCT-CATGACTGT-AA------TT------ATGTA--CAGTAA---ATCACAATTTACACCCAAAC----ACACAG---TTT-AAAGAC-AAAATAC--------GACAT-----TTT--C-A-TCATGCAAA---ATGACC-------TT----CA-A----TTTCAA-GCTAGG-------GGCCAAATATGTTACATACCACCTCAG---TGT-ATA---------AGCAC-ATATACTTACA-ACATGTTTTAG----TA--TATTAACTGCA--------AACAATGCA---------TAGTTATGAACAACTTG----CACT-------AA--AAT-T-------TCAACACAA-----AGA-T---TAAG--C-A--AAA-TGTTACC--TTT--TCA--T-CGT--ACA-A-T--GACCTTGGCTTTAAATTTAGGAGCCT-GACA-TAT--TGTATACTGCCTCAtgcccagtaaccttctcatgactgtaattatgtacagtaaatcacaatttacacccaaacacacagtttaaagacaaaatacgacattttcatcatgcaaaatgaccttcaatttcaagctaggggccaaatatgttacataccacctcagtgtataagcacatatacttacaacatgttttagtatattaactgcaaacaatgcatagttatgaacaacttgcactaaaatttcaacacaaagattaagcaaaatgttaccttttcatcgtacaatgaccttggctttaaatttaggagcctgacatattgtatactgcctca
gi|6 : caaagtgaataagatactcaacccaaaagttgtaacgttctataagatacacaataacaaaaacaagagagccaacataagaaaataagattcataatacaaaagtgaaaataatgtcaatataattacacaatgtgcacctaaactttaccatagagatataactcaatttctccttttcaatccgatatCACCCTGCACCAAAACTTTAATGTAAAG-TTT-AAGG------------------------------------------CAAA--TATGACC---A--TTTTTTACT-GTATATTACGACGTTGAATTTA-GGAGCCCCATATGTTACATACTGCTTC-AGAGANN-NNNNNNN--NN-NNNNN-NNNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNN---NN--NNNN---NNNN--------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNAACACCCTG----CACC-------AA--AAC-T-------TTAATGTAA-----AGT-T---TAAGG-C-A--AA--TATGACC--TTT--TTT--A-C-T--GTATATTACGACGTTGACTTTGAATTTAGGAGCCC-CATA-TGT--AACATACTGCTTCAGA----------G
gi|7 : --C-C-T--TCA-A-TATGACCTTGACTTTCATGTTAGGAGCCC-AATA-TGT--TACACACTGCCTCAGA----------GNN-N--N--NNNN-------NNNNNNNNN---------NN----NNNNNNN---NNNNNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACACACT-GCAT-CAAAAC--------TTTAATGGAAAGTTTAA-GGCAAA-T--------GTGACCTTTT------AACTATGCAA-TATGACCTTGATTTTCTA-TTAGGA-TCACAATATATT--ACATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaacgttaccgcagatatgatgtggatgctgacgctggagcaagtacaaaaactagcttattcataaaatacacattgccacaaacctctttagc
gi|7 : tttaacAACACCCTG----CACC-------AA--AAC-T-------TTAATGTAA-----AGT-T---TAAGG-C-A--AA--TATGACCATTTT--TTA--C---T--GTA---TATTAC---GACGTTGAATTTAGGAGCCC-CATA-TGT--TACATACTGCTTCAGA----------Ggtattaccgcctgtgagtataagcatgcacacgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaccctgcaccaaaactttaatgtaaagtttaaggcaaatatgaccattttttactgtatattacgacgttgaatttaggagccccatatgttacatactgcttcagag
gi|8 : tttaacccttcaatatgaccttgactttcatgttaggagcccaatatgttacacactgcctcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacacactgcatcaaaactttaatggaaagtttaaggcaaatgtgaccttttaactatgcaatatgaccttgattttctattaggatcacaatatattacatagtattaccgcctgtgagtataagcatgcacacgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTG-TTATATAT-T--TTTATA---TAA-TATT---TGCC--------AATGATACA----GTGAGTATTTTAGAGCATTTTGTCGACATT-------AA--AAA-TAAAGAACTTAATGCAG-----AGT-T---TAAAGAC-A--AAA-TATGAAA--ATT--TTG--CTC-T--GCA-A-TATGACCTTGACTTTCAAATT--------------TGT--TACATACTGTCTC--A----------GTA-TTAA--AGCAGAGNNNNNNNNNNNNN---------NN----NNNNNNN---NNNNNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNN-NNNNNNNN-NNNAACTGCTTGCGTCTAACACAGAGTTTAAAGGCAAAATTAATTAAAGTGACCTTTT------CACCTTGCAATTATGACCTTGACTTTGAAGTTTGGAGC
gi|9 : ACAACTTG----CAAC-------AA--AAC-T-------TTAATACAG-----AGT-T---TAAAGAC-A--AAACTGTGACT--TTT--TCA--C-CCT--GCA-A-TATAACCTTCACTTTCAGGTTAGGAGACC-AAAA-TAC--TACATACTGCCTCAGAANNNNNNNNNNNN-N--N--NNNN-------NNNNNNNNN---------NN----NNNNNNN---NNNNNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNN-NNNNGCAC-CAAAAC---------TTAATGCAGAGTCTAAAGG-AAAA----------TAACCTTTT------CATCCTGCAA-CATGACCGGGACTTTAAAATTGGGAG-CCAGGTATGTtgtagtgcaggttggatgtag
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AAAACTTAACCGCAGACGGGACACAAATACAGATGCTGGCACTGGGGTGAGTTGAAAAAACTACCCTATTAATAAAATAGAACAATTGATCATACCTCTTTAAC
Alignments
lowQualScore : 1111111 3333333 22222222 11111111 6666666666666666666666666666666666666666666 5555555555555555555555555555555555555555 1111 111 222222222222222222 111 222222222 11 11 22222222222222 222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 1111111 111111111 1111111111 111111111 3333333333333333333333333333333333333333333 22222222222 222222222 3333333333 222222 11 11
lowQualScore : 3 66 55 44 1 88888 0000000 555 0000000 3 00000000 4 4 0 66666666 1 0 1 2222222222222222222222222222222222222222222 55 4 999999 5 888 3 77 7777777777777777777777777777777777777777 4 5 2222 5 000 666666666666666666 5 0 33 55 6 1 1 111 6 444444444 11 33 1 99 4 00000000000000 000 777 4 3 5 5 5 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 2 7777 0000000 44 3 0000000 0 88888 3 555 3 3 44 3 44 44 888888888 5 2 0 1 2 2 44 2 33 3333333333 6666 55 2 555555555 1 3333333333333333333333333333333333333333333 0 3 55 11111111111 8 0 5 444444444 2 22 8888888888 333333 1 8 8 44 0 7 88
lowQualScore : . .. .. .. . ..... ....... ... ....... . ........ . . . ........ . . . ........................................... .. . ...... . ... . .. ........................................ . . .... . ... .................. . . .. .. . . . ... . ......... .. .. . .. . .............. ... ... . . . . . .............................................................................................................................................................................................................. . . .... ....... .. . ....... . ..... . ... . . .. . .. .. ......... . . . . . . .. . .. .......... .... .. . ......... . ........................................... . . .. ........... . . . ......... . .. .......... ...... . . . .. . . ..
lowQualScore : 7 11 00 66 3 33333 0000000 444 0000000 3 55555555 0 0 1 11111111 1 8 9 9999999999999999999999999999999999999999999 55 0 999999 0 888 4 99 9999999999999999999999999999999999999999 0 7 1111 7 000 222222222222222222 3 7 11 99 7 7 7 777 7 666666666 22 22 4 33 4 88888888888888 444 888 5 2 7 7 7 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 9 1111 0000000 22 1 0000000 5 33333 3 888 7 3 66 3 22 22 222222222 7 9 8 5 1 1 77 9 99 5555555555 1111 00 1 777777777 0 7777777777777777777777777777777777777777777 2 5 88 11111111111 9 8 0 888888888 5 77 4444444444 000000 0 0 8 66 2 0 33
consensus : GTTTTACGCTCCA--AAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TAATGT-----TC-------TATA---T-------GATACAC-ATT-A-CA---AAAAAA-A-TAGAGCCA--------ACATTTGGTTGAA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-T---AATACAAAAGTGAAAGTAA--TGTCT-----------------ATATA-----A-T---------ACAACTTGCACCTAAAC-T----T-TAA---CA--TA-----AAG------CCCAATTTCTCCTTTTCAATCCGATATTTCGCCTT-TGAACTT-AAATATAGCAGCC---C-TT---T-TC-GGTACAAAATGACTCGAAGTATAAGCATACACCCTTGTGCCAAGTAACATTCTACATAACTGT-AA------GC------ATGCA--CAGTAA---ATCACAACCTGCACCAAAACTTTAACGCAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------GAC-------CTT--C-AGCCATGCAAA--TATGACC---A--TTT----CA-AAAAACTTCAACGCTAAGTTTA-G-AGCCAAATATGTTACATACCGCTTC-GCCCTGC-ATATGAC--TT-AGCNC-ATATG-TTACATAC-TGTTTCAGA---TA--TATT---CGCA--------AACGATGCA----GTGAGTANTTACGAACAACTTG----CACC-------AA--AAC-T-------TTAACGCAA-----AGT-T---TAAAGAC-A--AAA-TATGACC--TTT--TCA--C-C-T--GCA-A-TATGACCTTGACTTTNAANTTAGGAGCCC-AATA-TGT--TACATACTGCCTCAGA----------GTA-T--A--AGCA-------TNCACACNT---------GT----GCTANGT---AACCGCA-------AA--CAATGCACACTGATG-----------AACA-ACTTGCAC-CAAAAC--------TTTAACGCAGAGTTTAAAGGCAAAAT--------GTGACCTTTT------CACCNTGCAA-TATGACCTTGACTTTGAANTTAGGAGCCCCGATATGTT--ACATACTGCC
Reference ( family-117 ) : GTTTTACGCTCCA--AAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TAATGT-----TC-------TATA---T-------GATACAC-ATT-A-CA---AAAAAA-A-TAGAGCCA--------ACATTTGGTTGAA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-T---AATACAAAAGTGAAAGTAA--TGTCT-----------------ATATA-----A-T---------ACAACTTGCACCTAAAC-T----T-TAA---CA--TA-----AAG------CCCAATTTCTCCTTTTCAATCCGATATTTCGCCTT-TGAACTT-AAATATAGCAGCC---C-TT---T-TC-GGTACAAAATGACTCGAAGTATAAGCATACACCCTTGTGCCAAGTAACATTCTACATAACTGT-AA------GC------ATGCA--CAGTAA---ATCACAACCTGCACCAAAACTTTAACGCAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------GAC-------CTT--C-AGCCATGCAAA--TATGACC---A--TTT----CA-AAAAACTTCAACGCTAAGTTTA-G-AGCCAAATATGTTACATACCGCTTC-GCCCTGC-ATATGAC--TT-AGCNC-ATATG-TTACATAC-TGTTTCAGA---TA--TATT---CGCA--------AACGATGCA----GTGAGTANTTACGAACAACTTG----CACC-------AA--AAC-T-------TTAACGCAA-----AGT-T---TAAAGAC-A--AAA-TATGACC--TTT--TCA--C-C-T--GCA-A-TATGACCTTGACTTTNAANTTAGGAGCCC-AATA-TGT--TACATACTGCCTCAGA----------GTA-T--A--AGCA-------TNCACACNT---------GT----GCTANGT---AACCGCA-------AA--CAATGCACACTGATG-----------AACA-ACTTGCAC-CAAAAC--------TTTAACGCAGAGTTTAAAGGCAAAAT--------GTGACCTTTT------CACCNTGCAA-TATGACCTTGACTTTGAANTTAGGAGCCCCGATATGTT--ACATACTGCC
gi|1 : GTTTTATGCTCCA--AAATG--ACTAAGATACTAAACCTGAAAGTCA--T----------TC-------TATA---T-------GATACAC-ATT---TA---AAAAAA-A-AAGAGCAA--------ACATTTGGCTGAA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-T---AA--CAAAATTGAAAGAAA--TGTCC-----------------ATATA-----A-----------ACAACTGGCAGCTAAAC-T----T-TAA---CA--AA-----CAG------CCCAATTTCTTCTTTTCATTTTGATATTTAGCCTT-TGAACCT-AAATATAGCAGCT---C-TT---T-TTTGGTAGAAAATAACTAAAAGTATAAGCATAAACCCTTGTGCCAAGTAACATGCCAAGTAACTGT-TA------GC------ATGCA--CAGTAA---ACGACAACTTGCATCAAATCTTTAATGCAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------GAC-------CTG--CAAGCCATGTACACTTATAAAT---A--TTTA---AA-AAAAACTTTACCGCAAAGTTTATA-AGGCAACCGTG------ACCGTTTT-GCCCTAC-ACATGACCTTT-AGCCCAATATG-TTACATAC-TTTTTCAAA---GN--NNNN---NNNN--------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNTTAAAAA--AAC-T-------TTAATAAAA-----AGGATAGATAAAGGC----AGA-TATGATG--TTT--TCA--C-C-T--GCA-A-AATGACCTTGACATTGAATAAAGGAACCCGAGTA-TGT--TACATACTGCTTCAGA----------GTA-T--A--AGCA-------TCCACACCT---------AT----GCTACGT---AACTGCA-------AG--CTAAGCACACTAATG-----------AACA-AGTT------AAAAA--------ATTAAGGCAAAGTTTAAAGGT-AACT--------GTGACTGTTT------CACTGTGCAA-TATGACCTTGACTTTGAATTTAGGACCCCCAATATGCT--ACATACTGCC
gi|10 : -------AA--TAC-T-------TTAACGTAA-----AGT-T---TAAAGAC-A--AAA-TGTGACC--TTT--TTAT-C-C-T--GCA-A-TATGACCTTGGCTTTGAAGTTAGGAGTC---ACG-TAC--TACATACAGCCTCAAA----------GTATT--A--AG-A-------TACATTCTT---------AT----GCTAAGTTCCAGCCTTA-------AT--TACTGCAAAC--ATT-----------ACCA-ACTTGCAC-CAAAAC--------ATTTACG--GAGGTGAGATGCGAA
gi|11 : ATGGACAACTTG----AACA-------TA--AAC-T-------TTAAGTTCA-----AGT-T---TAA-GAC-A--AAA-TATGATA--TTT--TCA--T-C-C--TCATA-TATGACAGTTAATTTGAATTGAGGAGCCC-AATA-TGT--TACATATTACCGCCGA----------GNN-N--N--NNNN-------NNNNNNNNN---------NN----NNNNNNN---NNNNNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNNTTCCTGCAC-CAAAAC--------TTTAACGCAcgccgccaccgccaccgatactgacgttagtcgagtacaaaatacttcccatttcacataatagtcgagtt
gi|12 : gaataaataag-----AAG------CCCATTTTCTC-TTCCCATTCCGATATTTCACC---TGAACTTGGGATATAACtgtggaacgcagacgcagacgccgttgccgttgccgacat
gi|12 : aagttatATATAACTCTTAA------GC------ATACA--CAGTAA---ATCACAACTTGCACCAAAACTTCAACGCAGAG-GTT-AAAGACGAAAATAT--------GAA-------CTT--T-CGTAATCGAAA--AATGACCTTGA--TTT----TA-AA------------TAA----A-G-AGACGAACAGCTTACATACTGtcttaagcatacacagtaaatcacaacttgcaccaaaacttcaacgcagaggttaaagacgaaaatatgaactttcgtaatcgaaaaatgaccttgattttaaataaagagacgaacagcttacatactgtctgacatacaatagatcacactcgttcttaaaaacaatacatag
gi|12 : aagttataagcccattttctcttcccattccgatatttcacctgaacttgggACAACTTG----CACC-------AA--AAC-T-------TCAACGCAG-----AGG-T---TAAAGACGA--AAA-TATGAAC--TTTCGTAA--T-C----GAA-A-AATGACCTTGA-TTTTAAATAAAGAGACG-AACA-GCT--TACATACTGTCTGACA-----------TA-C--AATAG-A-------T-CACACTC---------GT----TCT---T---AA----A-------AA--CAATACATAtctgacatacaatagatcacactcgttcttaaaaacaatacatag
gi|13 : aagttataagcccattttctcttcccattccgatatttcacctgaacttgggatataactcttaagcatacacagtaaatcGTTTTGGGCTCCC--AAGTA--AAAAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TATTGT-----TC-------TATA---C---------CAAAC-ATT-AACAG--AAAAAA-A-TATAGCTATAAACAAGACATACG----AA---------------------A---------------------ATAAGA-A---TC-A-T---AATACCTAAGTGAAAGTGA--TATCT-----------------ATATATT---A-T---------ACAA-TTGCACCTAAACAT----TATAA---TAGTTAT----AAG------CTCATTTTCTCCTTTT-AATCTGATATATCGTCTT--GAACTT-AAATATAGCAGCC---C-Tg
gi|14 : TATAAGCATACACCATTGTGCTAAGTAACATTC-ACATAACTGT-CA------GT------ATGCA----------------AGCTTGCACCAAAAGTTTAACACAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------G-T-------TTT--C-AG
gi|14 : atagtacagacactaagaggtaAGCTTG----CACC-------AA--AAG-T-------TTAACACAG-----AGT-T---TAAAGAC-A--AAA-TATG-----TTT--TCAGTA-C-TGAGCA-A-TATtactgagcaatattgcgtaaatttaactacaataaaac
gi|15 : atagtacagacactaagaggtatataagcatacaccattgtgctaagtaacattcacataactgtcagtatgcaAATTTTGCAGTC---CATT---T-GT-GGTACAAAATGCCTCAAAGTATA-GCCTACACCCTTGTGCCAAGTTACATTC-ACATAACTGC-AA------AC------ATACA--TGGTAA---ATCACAGCCTGCACCAAAACTGTAATGCAtgcgtaaatttaactacaataaaac
gi|15 : acCC-AAAACTGTAATGCATATTGCCTCAGA----------GTA-T--A--AGCA-------AGCACACAT---------AT----GCtattgcctcagagtataagcaagcacacatatgca
gi|16 : acaattttgcagtccatttgtggtacaaaatgcctcaaagtatagcctacacccttgtgccaagttacattcacataactgcaaacatacatggtaaatcacagcctgcaGCTCCA--AAGTGGAAATAA--TAC----CCGAAAAGT-G--TAATAT-----TT-------TCTA---T-------GATACAC-ATT---CAT--AAAAAA-A-CAGAGCGA--------ACATTTGGTTGAA---------------------A---------------------AT--TG--------A-T---AATACAAAAGTGAAAATAA--TGTCT-----------------ATATACATGTA-T---------ACAATTTGCAACTAAAC-C----T-TAA---CA--Ta
gi|17 : gG--AATAAGATACCGAACCTAAAAGTTGGCT-ACGT-----TC-------TGTAATTT-------GATACAT-ATTGA-CA---AAAATA-G-TAGAACCA--------A-ATTTAGTAGGG---------------------A---------------------AT--TA-A---T--
gi|18 : T---AACCG---------AG--CCATGTACACTTATG-----------AAAA-GCTTGCAC-CTGAAC--------TGCAATGCAGtagacctaagaaaataagaatcatagcacaaaagt
gi|19 : a--TTT--TCA--A-CAT--GCA-A-TATGACTTTGA-----------AGAGCCC-TATA-TGT--TCCATTTTGCCTTGGA----------GTA-T--A--AGCA-------AAAACATAT---------GT----GCT---T---AACTTTATTCCTATAACGCAATGTACACTGATG-----------AACA-gtggtatgaagatgccagggagagtaaacaatagaattcatagaatagaaaaaaaataatctta
gi|2 : CA--GAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TAATGT-----TC-------TATA---TTATTATAGAGGCAC-ATT-A------ATAAAA-A-TAGAGCCA--------GCATCTGGTTGAA---------------------ATAAGACATAAGACACAAGAATAT--AA-A---T--A-TCATAATACAGAAGTGAATGTAACATGTCTTATATAATTATATATATATATA-----AAT---------ACAATTTGCACCTGAAC-T----T-TAA---CA--TAGTTTAAAG------CCCAATATTTTGTTTACAATCTGATATTTCGC-TT-TGAACTT-AAATACAGCAGCC---C-TTAAAT-T---GTACAAAA--ACTCGATGTATAAGCACACACACTTGTGCCAAGTGATATTCT-CATAACTGT-AACTACTGAT------ATGCATGTAGTAT---TTTACAACTTGCACCAAAACTTTAACACTGAGTTTT-AAAGAC-AAAATATACAGTTCCAACTGTATAACTG--CAAGCAATGCAAAATTAAGACC---AACTTG----CACAAAAACTTCAACATAAAGTTTA-A-AG---------------ACTGTTTC-ACCCTGCAATATGACA-TTGAACT-----TT-TTACATAC-TGCCTCAGAGTTTAAGCATT---CGCACTACATATAAC--TGCAAGCTATGAACACTTACAAACAATTTG----CACC-------TA--AAC-T-------TTAATGCA
gi|20 : AGTG--AATAAGATACTGAACTCAAAAGTTG--TTATAT-----TC-------TATA---TGATTATAGATACAC-ATT-A-AT---AAAAAA-A-TACAGCCA--------AAATTTGGTT-AA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-A---AAGACATAA--GAAAGgtcactgacacaaacactgatgcagcggaaagtacataacttccactattcatagaatagtcaagttaaaaaca
gi|22 : gGCTTTACGCTCCATAAAATA--AAGAAGATACTGAAAACAAAAGTTG--TAATGTAAACATC-------TATA---T-------G
gi|23 : cagtaacaCCA--GGGTG--AATTAGATACTGAACCCAAAACTTG--TAATGT-----TCTACGTTGTATA---T-------GATATGT-GAT-A-CACATAGAAAA-A-TAGAGgaaatgttgattgaaaa
gi|24 : AATGCCTTAAAGTATAAGAATACACCTTTGTGTCAAGTTACATTC-ACATGATT-----------GC------CTGCA--TAACAA---AT
gi|25 : ttatgattcgcCA--CAGTG--AACAAGACACTAGGCCCAAA-GTTG--TAATAT-----TC-------CATA---TGATTGTAGATACAC-ATT-A-AA---AAAAat
gi|26 : CCA--AAGTG--AATAAGATAACGAACCCAAATGCTA--TAATGT-----TT-------TACA---T-------GATACAC-A
gi|3 : -------TATA---T-------GAAACAC--TA-A-CA---GACAAA-ACTTGAAAAA--------AAATTTGGTTATA---------------------C---------------------AT--TA-A---T--
gi|3 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgataAA---------------------G---------------------AA--TA-A---T--A-T---TAAAAAAAAGTGAAAGTAT--TGTCG-----------------AAATA-------T---------ACAACCTGAACCTAAAC-TAAACT-TAGAGTTA--TA-----A-G------CCCAATATCACTTTTTCAATCCGATATTTTGCATTAT--ACTT-AA-CATAGCAGCC---C-TT---TATC-AGTACAAAAAAACTCGAGGTATAAGCATACACCCTTGTACCAAGTAACATT-TACATAACTGT-AA------GT------ATAAATGTAGTAA---AT--CAACCT---TCAAAAtcttgatacaagaaaaataagaataatattaaaaaaaagtgaaagtattgtcgaaatatacaacctgaacctaaactaaacttagagttataagcccaatatcactttttcaatccgatattttgcattatacttaacatagcagccctttatcagtacaaaaaaactcgaggtataagcatacacccttgtaccaagtaacatttacataactgtaagtataaatgtagtaaatcaaccttcaaaatgtcattgaccttcagggtaagagcccgatctattacattatacctaagagtataaacattcacactttcataccatgtttcagccatgaaactgcaaacaaagcagatgaacaactttaacgcaaattaacttgaagacacagtttcatcttttaattttcaccctgcactatgatattgactttgaatttaggaatcctgtatgtccgacatactgcctcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|3 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgatatatatgaaacactaacagacaaaacttgaaaaaaaatttggttatacattaattcttgatacaagaaaaatCTTG----TACC-------AAGTAAC-A-------TTTACATAACTGTAAGT-A---TAAATGT-AGTAAA-T-CAACC--TT----------------CA-A-AATGTCATTGACCTTCAGGGTAAGAGCCC-GATC-TAT--TACATTATACCTAAGA----------GTA-T--A--AACA-------TTCACACTTTCATACCATGTTTCAGCCATGA---AACTGCA-------AA--CAAAGCA----GATG-----------AACA-ACTTTAACGCAAA-----------TTAAC-------TTGAAGACACAGT--------TTCATCTTTTAATTTTCACCCTGCAC-TATGATATTGACTTTGAATTTAGGAATCCTG-TATGTCCGACATACTGCCtgtcattgaccttcagggtaagagcccgatctattacattatacctaagagtataaacattcacactttcataccatgtttcagccatgaaactgcaaacaaagcagatgaacaactttaacgcaaattaacttgaagacacagtttcatcttttaattttcaccctgcactatgatattgactttgaatttaggaatcctgtatgtccgacatactgcctcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|4 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgatatatatgaaacactaacagacaaaacttgaaaaaaaatttggttatacattaattcttgatacaagaaaaataagaataatattaaaaaaaagtgaaagtattgtcgaaatatacaacctgaacctaaactaaacttagagttataagcccaatatcactttttcaatccgatattttgcattatacttaacatagcagccctttatcagtacaaaaaaactcgaggtataagcatacaccCCAAAAGTTT--TAATTT-----TC-------TATA---T-------GACGTAC-ATT-AACA---AAAAAACA-TACGGCCA--------ACATTTGGTTAAACATTAATATAAGACATTAAGAA---------------------AT--TA-AGAAT--AAT---AATACAAAAGTGAAAGTAA--TGTCT-----------------ATATG-----A-TGGTATATGTACAACTTGCACCTAAAC-T----T-TAA---CA--T-------AG----------ATTTACATGTATAAACCCCATTTCTTGTTTT-CAATCTG-AAAT-T--CCGCCTTGC-CT---T-TC-A----------AC----AGTACAAAC-------CTTGTGCCAAGTAAAATTC-ACAAAACTGT-AA------GTCTTAGAATGTA---AGTAATTAATCACAACCTGCACCAAAAC--------AGAG-TTTTAAAGAC-AAAATAT--------AAC-------CTTTTC-ACCC-TGCAAA---ATGACC---A--C-----------AAGCTTTA----TGAGCTAG-G-AGCCAAATATGTTACATAATGCCTC-A-----------GAG--NN-NNNNN-NNNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNN---NN--NNNN---NNNN--------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNAACAACTTG----CACA-------AA--AAAGT-------TTAATGCAA-----AGT-T---T-AACAC-A--AAA-TATGACC--TTT--GCA--CAC-T--GGA-A-TATGACCTTGTGTGTAAATTTAGAAGCCC-AATA-TGT--AACATACTGCCTCATA----------GTA-A--A--AGCA-------TGCACAtcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|5 : tCA--AAGTG--AATAAGATACTCAACCCAAAAGTTG--TAACGT-----TC-------TATA---A-------GATACACAATA-A-CA---AAAACA-A-GAGAGCCA--------ACA--TAA--GAA---------------------A---------------------AT--AAGA---TTCA-T---AATACAAAAGTGAAAATAA--TGTCA-----------------ATATA-----A-TTAC------ACAATGTGCACCTAAAC-T----T-TAC---CA--TA-----GAGATATAACTCAATTTCTCCTTTTCAATCCGATATTGCGCCCT-TG
gi|5 : TGCGCCCTTGTGCCCAGTAACCTTCT-CATGACTGT-AA------TT------ATGTA--CAGTAA---ATCACAATTTACACCCAAAC----ACACAG---TTT-AAAGAC-AAAATAC--------GACAT-----TTT--C-A-TCATGCAAA---ATGACC-------TT----CA-A----TTTCAA-GCTAGG-------GGCCAAATATGTTACATACCACCTCAG---TGT-ATA---------AGCAC-ATATACTTACA-ACATGTTTTAG----TA--TATTAACTGCA--------AACAATGCA---------TAGTTATGAACAACTTG----CACT-------AA--AAT-T-------TCAACACAA-----AGA-T---TAAG--C-A--AAA-TGTTACC--TTT--TCA--T-CGT--ACA-A-T--GACCTTGGCTTTAAATTTAGGAGCCT-GACA-TAT--TGTATACTGCCTCAtgcccagtaaccttctcatgactgtaattatgtacagtaaatcacaatttacacccaaacacacagtttaaagacaaaatacgacattttcatcatgcaaaatgaccttcaatttcaagctaggggccaaatatgttacataccacctcagtgtataagcacatatacttacaacatgttttagtatattaactgcaaacaatgcatagttatgaacaacttgcactaaaatttcaacacaaagattaagcaaaatgttaccttttcatcgtacaatgaccttggctttaaatttaggagcctgacatattgtatactgcctca
gi|6 : caaagtgaataagatactcaacccaaaagttgtaacgttctataagatacacaataacaaaaacaagagagccaacataagaaaataagattcataatacaaaagtgaaaataatgtcaatataattacacaatgtgcacctaaactttaccatagagatataactcaatttctccttttcaatccgatatCACCCTGCACCAAAACTTTAATGTAAAG-TTT-AAGG------------------------------------------CAAA--TATGACC---A--TTTTTTACT-GTATATTACGACGTTGAATTTA-GGAGCCCCATATGTTACATACTGCTTC-AGAGANN-NNNNNNN--NN-NNNNN-NNNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNN---NN--NNNN---NNNN--------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNAACACCCTG----CACC-------AA--AAC-T-------TTAATGTAA-----AGT-T---TAAGG-C-A--AA--TATGACC--TTT--TTT--A-C-T--GTATATTACGACGTTGACTTTGAATTTAGGAGCCC-CATA-TGT--AACATACTGCTTCAGA----------G
gi|7 : --C-C-T--TCA-A-TATGACCTTGACTTTCATGTTAGGAGCCC-AATA-TGT--TACACACTGCCTCAGA----------GNN-N--N--NNNN-------NNNNNNNNN---------NN----NNNNNNN---NNNNNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACACACT-GCAT-CAAAAC--------TTTAATGGAAAGTTTAA-GGCAAA-T--------GTGACCTTTT------AACTATGCAA-TATGACCTTGATTTTCTA-TTAGGA-TCACAATATATT--ACATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaacgttaccgcagatatgatgtggatgctgacgctggagcaagtacaaaaactagcttattcataaaatacacattgccacaaacctctttagc
gi|7 : tttaacAACACCCTG----CACC-------AA--AAC-T-------TTAATGTAA-----AGT-T---TAAGG-C-A--AA--TATGACCATTTT--TTA--C---T--GTA---TATTAC---GACGTTGAATTTAGGAGCCC-CATA-TGT--TACATACTGCTTCAGA----------Ggtattaccgcctgtgagtataagcatgcacacgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaccctgcaccaaaactttaatgtaaagtttaaggcaaatatgaccattttttactgtatattacgacgttgaatttaggagccccatatgttacatactgcttcagag
gi|8 : tttaacccttcaatatgaccttgactttcatgttaggagcccaatatgttacacactgcctcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacacactgcatcaaaactttaatggaaagtttaaggcaaatgtgaccttttaactatgcaatatgaccttgattttctattaggatcacaatatattacatagtattaccgcctgtgagtataagcatgcacacgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTG-TTATATAT-T--TTTATA---TAA-TATT---TGCC--------AATGATACA----GTGAGTATTTTAGAGCATTTTGTCGACATT-------AA--AAA-TAAAGAACTTAATGCAG-----AGT-T---TAAAGAC-A--AAA-TATGAAA--ATT--TTG--CTC-T--GCA-A-TATGACCTTGACTTTCAAATT--------------TGT--TACATACTGTCTC--A----------GTA-TTAA--AGCAGAGNNNNNNNNNNNNN---------NN----NNNNNNN---NNNNNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNN-NNNNNNNN-NNNAACTGCTTGCGTCTAACACAGAGTTTAAAGGCAAAATTAATTAAAGTGACCTTTT------CACCTTGCAATTATGACCTTGACTTTGAAGTTTGGAGC
gi|9 : ACAACTTG----CAAC-------AA--AAC-T-------TTAATACAG-----AGT-T---TAAAGAC-A--AAACTGTGACT--TTT--TCA--C-CCT--GCA-A-TATAACCTTCACTTTCAGGTTAGGAGACC-AAAA-TAC--TACATACTGCCTCAGAANNNNNNNNNNNN-N--N--NNNN-------NNNNNNNNN---------NN----NNNNNNN---NNNNNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNN-NNNNGCAC-CAAAAC---------TTAATGCAGAGTCTAAAGG-AAAA----------TAACCTTTT------CATCCTGCAA-CATGACCGGGACTTTAAAATTGGGAG-CCAGGTATGTtgtagtgcaggttggatgtag
blockSeqs : G TA GA GC A AAACA TACGTTG ATT TATTATA A ACACAT C C TAAACAAG C G ATAAGACATAAGACACAAGAAT AA G GAAT A CAT T CA TTATATAATTATATATATATATAAAT T A AAAC A AGT TAGAGATATAA C CT AT G A A TTG A AAATT TG CA A TA T CTACTGAT TGT TTA C T T T G ACAGTTCCAACTGTATAACTGCAAGCAATGCAAAATTAAGACCAACTTGCACAAAAACTTCAACATAAAGTTTAAAGACTGTTTCACCCTGCAATATGACATTGAACTTTTTACATACTGCCTCAGAGTTTAAGCATTCGCACTACATATAACTGCAAGCTATGAA C T TCGA . GT G AAAGAAC CTGTA . . A G GT C AT CG GTACTGA T T C G G A C AA ANNNNNNNNN TTA AT N GAGNNNNNN T TCATACCATGTTTCAGCCATGAAACTGCAAA A NN NNNNNNNNNNA T G TGCTTGCGT C CG ATTAATTAAA AATTTT C T T AT A CG
blockSeqs : C . . . A . . . GATTATA . AACAG . . . C G CATTAATATAAGACATTAAGAA . . TTC . . T . TATATGATGGTATATGT T . . . . TAGTTTAAAG G AT T . A A . . TATCA TG CG C A . GTCTTAGA TGT . C T . . . CAAATATGACCATTTTTTACTGTATATTACGACGTTGAATTTAGGAGCCCCATATGTTACATACTGCTTCAGAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N C . . . . . . . . A . . . . . TCCT T . A G T A . . . TT . C TA N GTGCTTAACTTTATTCCTATAACG N TT . C . A C CA GT . A . G GC G .
blockSeqs : . . . A . . . GATTGTA . GACA . . . C G A . . TC . . T . TATATACATGTAT C . . . . GTTATAAG T TT T . T T . . TGTG AA TA A A . GC C . T T . . . AACCTTTTCACCCTGCAAAATGACCACAAGCTTTATGAGCTAGGAGCCAAATATGTTACATAATGCCTCAGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN G N . . . . . . . . A . . . . . ACAT . . C T A A . . . N . C NN T ATGCTAAGTTCCAGCCTTAAT T TG . . . T G CA T . T . A T .
blockSeqs : . . . T . . . . . AACA . . . A A A . . T . . G . AATATAATTAC C . . . . TAAG T CC C . A A . . TTCA . CG A T . GT T . C T . . . GACATTTTCATCATGCAAAATGACCTTCAATTTCAAGCTAGGGGCCAAATATGTTACATACCACCTCAGTGTATAAGCACATATACTTACAACATGTTTTAGTATATTAACTGCAAACAATGCA N T . . . . . . . . A . . . . . CACT . . G C G T . . . C . C AG A NNNNNNNNNNNNNNNNNN C NN . . . T C CA A . C . . G
blockSeqs : . . . A . . . . . CAT . . . A A A . . T . . A . TATATATTAT T . . . . TAG C C T . A A . . . . A A . AC T . C T . . . T N . . . . . . . . G . . . . . TCGT . . C A T G . . . T . C AA A NNNNNNNNNNNNNNNNNN C NN . . . T C A
blockSeqs : . . . A . . . . . AAT . . . C G A . . T . . T . GAAATAT . . . . . . T . . . . A . GC C . . . . . . A . . . . . . . . A . . . . . CTCT . . C A T A . . . T . N TT T NNNNNNNNNNNNNNNNNN N NN . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . AAA . . . C . C . . T . . T T . GT . . . . . . . . . . . . A . . . . . CCCT . . C G T G . . . T . C TG N NNNNNNNNNNNNNNNNNN N G . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . ACA . . . . . G . . T . TT . . . . . . . . . . A . . . . . TCC . . C C G C . . . A . N NN N GTTCTTAAAAA N . . .
blockSeqs : . . A . . . . . ACA . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . ACT . . C G T A . . . N . . NN N .
blockSeqs : . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . CCT . . C C A C . . . N . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TC . . . C G A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . CT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : AACA**** TATATATATATAT*************************** TAGAAG************ A* ******* *** CCCT***** A* CA N*********
originalCons : GTTTTACGCTCCA--AAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TAATGT-----TC-------TATA---T-------GATACAC-ATT-A-CA---AAAAAA-A-TAGAGCCA--------ACATTTGGTTGAA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-T---AATACAAAAGTGAAAGTAA--TGTCT-----------------ATATA-----A-T---------ACAACTTGCACCTAAAC-T----T-TAA---CA--TA-----AAG------CCCAATTTCTCCTTTTCAATCCGATATTTCGCCTT-TGAACTT-AAATATAGCAGCC---C-TT---T-TC-GGTACAAAATGACTCGAAGTATAAGCATACACCCTTGTGCCAAGTAACATTCTACATAACTGT-AA------GC------ATGCA--CAGTAA---ATCACAACCTGCACCAAAACTTTAACGCAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------GAC-------CTT--C-AGCCATGCAAA--TATGACC---A--TTT----CA-AAAAACTTCAACGCTAAGTTTA-G-AGCCAAATATGTTACATACCGCTTC-GCCCTGC-ATATGAC--TT-AGCNC-ATATG-TTACATAC-TGTTTCAGA---TA--TATT---CGCA--------AACGATGCA----GTGAGTANTTACGAACAACTTG----CACC-------AA--AAC-T-------TTAACGCAA-----AGT-T---TAAAGAC-A--AAA-TATGACC--TTT--TCA--C-C-T--GCA-A-TATGACCTTGACTTTNAANTTAGGAGCCC-AATA-TGT--TACATACTGCCTCAGA----------GTA-T--A--AGCA-------TNCACACNT---------GT----GCTANGT---AACCGCA-------AA--CAATGCACACTGATG-----------AACA-ACTTGCAC-CAAAAC--------TTTAACGCAGAGTTTAAAGGCAAAAT--------GTGACCTTTT------CACCNTGCAA-TATGACCTTGACTTTGAANTTAGGAGCCCCGATATGTT--ACATACTGCC
finalCons : GTTTTACGCTCCA--AAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TAATGT-----TC-------TATA---T-------GATACAC-ATTAACA----AAAAAA-A-TAGAGCCA--------ACATTTGGTTGAA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-T---AATACAAAAGTGAAAGTAA--TGTCTATATATATATAT---------------------------ACAACTTGCACCTAAAC-T----T-TAA---CATAGAAG------------CCCAATTTCTCCTTTTCAATCCGATATTTCGCCTT-TGAACTT-AAATATAGCAGCC---C-TT---T-TC-GGTACAAAATGACTCGAAGTATAAGCATACACCCTTGTGCCAAGTAACATTCA-CATAACTGT-AA------GC------ATGCA--CAGTAA---ATCACAACCTGCACCAAAACTTTAACGCAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------GAC-------CTT--C-AGCCATGCAAA--TATGACC---A--TTT----CA-AAAAACTTCAACGCTAAGTTTA-G-AGCCAAATATGTTACATACCGCTTC-GCCCTGC-ATATGAC--TT-AGCNC-ATATG-TTACATAC-TGTTTCAGA---TA--TATT---CGCA--------AACGATGCA----GTGAGTANTTACGAACAACTTG----CACC-------AA--AAC-T-------TTAACGCAA-----AGT-T---TAAAGAC-A--AAA-TATGACC--TTT--TCACCCT-----GCA-A-TATGACCTTGACTTTNAANTTAGGAGCCCA-ATA-TGT--TACATACTGCCTCAGA----------GTA-T--A--AGCA-------TNCACACNT---------GT----GCTANGT---AACCGCA-------AA--CAATGCACACTGATG-----------AACA-ACTTGCAC-CAAAAC--------TTTAACGCAGAGTTTAAAGGCAAAN---------GTGACCTTTT------CACCNTGCAA-TATGACCTTGACTTTGAANTTAGGAGCCCCGATATGTT--ACATACTGCC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AAAACTTAACCGCAGACGGGACACAAATACAGATGCTGGCACTGGGGTGAGTTGAAAAAACTACCCTATTAATAAAATAGAACAATTGATCATACCTCTTTAAC
Alignments
lowQualScore : 1111111 3333333 1 11111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111 2222222222 4444444444444 77777777777777777 333333333 22222222222222 222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111 1111111 1111111111 111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222222222 111 222222222 11 111111 11 11
lowQualScore : 3 66 55 44 1 88888 0000000 555 0000000 44 0 0 4 4 0 66666666 1 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 22222 77 3333333333 2222222222222 0 4 88888888888888888 6 0 5 8 8 666666666 888 5 4 00000000000000 000 777 4 3 0 5 5 5 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 3 7777 111111111 0000000 0 3 555 55 55 3 999999 6666 33 2 66 33 2 0 0 2 2 33 2 2 33 2222222222 8888 44 3 333333333 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 777 8 4 666666666 0 1 000 5 888888888 22 999999 1 6 6 6 7 77 666 33
lowQualScore : . .. .. .. . ..... ....... ... ....... .. . . . . . ........ . . ....................................................................................... . ..... .. .......... ............. . . ................. . . . . . ......... ... . . .............. ... ... . . . . . . .............................................................................................................................................................................................................. . . .... ......... ....... . . ... .. .. . ...... .... .. . .. .. . . . . . .. . . .. .......... .... .. . ......... . ..................................................................... ... . . ......... . . ... . ......... .. ...... . . . . . .. ... ..
lowQualScore : 7 11 00 66 3 33333 0000000 444 0000000 99 9 9 0 0 1 11111111 1 8 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 55555 99 1111111111 6666666666666 1 0 77777777777777777 6 1 7 0 0 222222222 000 0 4 88888888888888 444 888 5 2 4 7 7 7 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 2 1111 111111111 0000000 5 3 888 00 00 3 666666 2222 77 7 33 77 7 1 7 0 0 88 3 7 77 5555555555 9999 66 2 888888888 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 000 0 1 444444444 9 1 000 7 666666666 33 222222 0 7 7 7 5 22 666 88
consensus : GTTTTACGCTCCA--AAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TAATGT-----TC-------TATA---T-------GATACACATTA-ACA-AAAAAA-A-TAGAGCCA--------ACATTTGGTT---------------------GAA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-T---AATAC-----AAAAGTGAAAGTA--ATGTC---------TATATA----TATAT----ATACAACTTGCACCTAAACTTTAACATAG----A--TA--------AGCCCAATTTCTCCTTTTCAATCCGATATTTCGCCTT-TGAACTT-AAATATAGCAGCCC-TT---T-TC-GGTACAAAATGACTCGAAGTATAAGCATACACCCTTGTGCCAAGTAACAT-TCACATAACTGT-AA------GC------ATGCA--CAGTAA---ATCACAACCTGCACCAAAACTTTAACGCAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------GAC-------CTT--C-AGCCATGCAAA--TATGACC---A--TTT----CA-AAAAACTTCAACGCTAAGTTTA-G-AGCCAAATATGTTACATACCGCTTC-GCCCTGC-ATATGAC--TT-AGCNC-ATATG-TTACATAC-TGTTTCAGA---TA--TATT---CGCA--------AACGATGCA----GTGAGTANTTACGAACAACTTG----CAC-C-------AAAACT-------TTAACGCAAAGT-T---TAAA-G-AC-AAA----A-TATGACC--TTT--TC-A-CCCT--GCA-ATATGACCTTGACTTTNAANTTAGGAGCCC-AATA-TGT--TACATACTGCCTCAGA----------GTA-T--A--AGCA-------TNCACACNT---------GT----GCTANGT---AACCGTA-------AA--CAATGCACACTGATG-----------AA---CA-ACTTGCACCAAAAC--------TTTAACGCAGAGT---TT-AAAGGCA---------AAC-GTGACC------TTTTCACCCTGCAA-TATGACCTTGA-CTTTG-AANTTAGGAGCCCCGATATGTT--ACATACTGCC
Reference ( family-117 ) : GTTTTACGCTCCA--AAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TAATGT-----TC-------TATA---T-------GATACACATTA-ACA-AAAAAA-A-TAGAGCCA--------ACATTTGGTT---------------------GAA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-T---AATAC-----AAAAGTGAAAGTA--ATGTC---------TATATA----TATAT----ATACAACTTGCACCTAAACTTTAACATAG----A------------AGCCCAATTTCTCCTTTTCAATCCGATATTTCGCCTT-TGAACTT-AAATATAGCAGCCC-TT---T-TC-GGTACAAAATGACTCGAAGTATAAGCATACACCCTTGTGCCAAGTAACAT-TCACATAACTGT-AA------GC------ATGCA--CAGTAA---ATCACAACCTGCACCAAAACTTTAACGCAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------GAC-------CTT--C-AGCCATGCAAA--TATGACC---A--TTT----CA-AAAAACTTCAACGCTAAGTTTA-G-AGCCAAATATGTTACATACCGCTTC-GCCCTGC-ATATGAC--TT-AGCNC-ATATG-TTACATAC-TGTTTCAGA---TA--TATT---CGCA--------AACGATGCA----GTGAGTANTTACGAACAACTTG----CAC-C-------AAAACT-------TTAACGCAAAGT-T---TAAA-G-AC-AAA----A-TATGACC--TTT--TC-A-CCCT--GCA-ATATGACCTTGACTTTNAANTTAGGAGCCC-AATA-TGT--TACATACTGCCTCAGA----------GTA-T--A--AGCA-------TNCACACNT---------GT----GCTANGT---AACCGCA-------AA--CAATGCACACTGATG-----------AA---CA-ACTTGCACCAAAAC--------TTTAACGCAGAGT---TT-AAAGGCA---------AAN-GTGACC------TTTTCACCNTGCAA-TATGACCTTGA-CTTTG-AANTTAGGAGCCCCGATATGTT--ACATACTGCC
gi|1 : GTTTTATGCTCCA--AAATG--ACTAAGATACTAAACCTGAAAGTCA--T----------TC-------TATA---T-------GATACACATT---TA-AAAAAA-A-AAGAGCAA--------ACATTTGGCT---------------------GAA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-T---AA--C-----AAAATTGAAAGAA--ATGTC---------CATATA-------------A-ACAACTGGCAGCTAAACTTTAACA-AA----C------------AGCCCAATTTCTTCTTTTCATTTTGATATTTAGCCTT-TGAACCT-AAATATAGCAGCTC-TT---T-TTTGGTAGAAAATAACTAAAAGTATAAGCATAAACCCTTGTGCCAAGTAACATGCCAAGTAACTGT-TA------GC------ATGCA--CAGTAA---ACGACAACTTGCATCAAATCTTTAATGCAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------GAC-------CTG--CAAGCCATGTACACTTATAAAT---A--TTTA---AA-AAAAACTTTACCGCAAAGTTTATA-AGGCAACCGTG------ACCGTTTT-GCCCTAC-ACATGACCTTT-AGCCCAATATG-TTACATAC-TTTTTCAAA---GN--NNNN---NNNN--------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNN-NNNTTAAAAAAACT-------TTAATAAAAAGGATAGATAAA-G-GC--AG----A-TATGATG--TTT--TC-A--CCT--GCA-AAATGACCTTGACATTGAATAAAGGAACCCGAGTA-TGT--TACATACTGCTTCAGA----------GTA-T--A--AGCA-------TCCACACCT---------AT----GCTACGT---AACTGCA-------AG--CTAAGCACACTAATG-----------AA---CA-AGTT-----AAAAA--------ATTAAGGCAAAGT---TT-AAAGGTA---------ACT-GTGACT------GTTTCACTGTGCAA-TATGACCTTGA-CTTTG-AATTTAGGACCCCCAATATGCT--ACATACTGCC
gi|10 : -------AATACT-------TTAACGTAAAGT-T---TAAA-G-AC-AAA----A-TGTGACC--TTT--TT-A-TCCT--GCA-ATATGACCTTGGCTTTGAAGTTAGGAGTC---ACG-TAC--TACATACAGCCTCAAA----------GTATT--A--AG-A-------TACATTCTT---------AT----GCTAAGTTCCAGCCTTA-------AT--TACTGCAAAC--ATT-----------AC---CA-ACTTGCACCAAAAC--------ATTTACG--GAGG---TG-AGATGCG---------AAC-G
gi|11 : ATGGACAACTTG----AAC-A-------TAAACT-------TTAAGTTCAAGT-T---TAA--G-AC-AAA----A-TATGATA--TTT--TC-A-TCCT---CATATATGACAGTTAATTTGAATTGAGGAGCCC-AATA-TGT--TACATATTACCGCCGA----------GNN-N--N--NNNN-------NNNNNNNNN---------NN----NNNNNNN---NNNNNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNNNN-----------NN---NNTTCCTGCACCAAAAC--------TTTAACGCAccgccaccgccaccgatactgacgttagtcgagtacaaaatacttcccatttcacataatagtcgagtt
gi|12 : gaataaataagTAT----A------------AGCCCATTTTCTC-TTCCCATTCCGATATTTCACC---TGAACTTGGGATATAACtgtggaacgcagacgcagacgccgttgccgttgccgacat
gi|12 : aagtATATAACTCTTAA------GC------ATACA--CAGTAA---ATCACAACTTGCACCAAAACTTCAACGCAGAG-GTT-AAAGACGAAAATAT--------GAA-------CTT--T-CGTAATCGAAA--AATGACCTTGA--TTT----TA-AA------------TAA----A-G-AGACGAACAGCTTACATACTGtcttaagcatacacagtaaatcacaacttgcaccaaaacttcaacgcagaggttaaagacgaaaatatgaactttcgtaatcgaaaaatgaccttgattttaaataaagagacgaacagcttacatactgtctgacatacaatagatcacactcgttcttaaaaacaatacatag
gi|12 : aagttataagcccattttctcttcccattccgatatttcacctgaacttgggACAACTTG----CAC-C-------AAAACT-------TCAACGCAGAGG-T---TAAA-G-ACGAAA----A-TATGAAC--TTTCGTA-A-TC----GAA-AAATGACCTTGA-TTTTAAATAAAGAGACG-AACA-GCT--TACATACTGTCTGACA-----------TA-C--AATAG-A-------T-CACACTC---------GT----TCT---T---AA----A-------AA--CAATACATAtctgacatacaatagatcacactcgttcttaaaaacaatacatag
gi|13 : aagttataagcccattttctcttcccattccgatatttcacctgaacttgggatataactcttaagcatacacagtaaatcGTTTTGGGCTCCC--AAGTA--AAAAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TATTGT-----TC-------TATA---C---------CAAACATTA-ACAGAAAAAA-A-TATAGCTATAAACAAGACATACG-------------------------AA---------------------A---------------------ATAAGA-A---TC-A-T---AATAC-----CTAAGTGAAAGTG--ATATC---------TATATA----T---T----ATACAA-TTGCACCTAAACATTATAATAGTTATA------------AGCTCATTTTCTCCTTTT-AATCTGATATATCGTCTT--GAACTT-AAATATAGCAGCCC-Tg
gi|14 : TATAAGCATACACCATTGTGCTAAGTAACAT-TCACATAACTGT-CA------GT------ATGCA----------------AGCTTGCACCAAAAGTTTAACACAGAG-TTT-AAAGAC-AAAATAT--------G-T-------TTT--C-AG
gi|14 : atagtacagacactaagaggtaAGCTTG----CAC-C-------AAAAGT-------TTAACACAGAGT-T---TAAA-G-AC-AAA----A-TATG-----TTT--TC-AGTACTGAGCA-ATATtactgagcaatattgcgtaaatttaactacaataaaac
gi|15 : atagtacagacactaagaggtatataagcatacaccattgtgctaagtaacattcacataactgtcagtatgcaAATTTTGCAGTCCATT---T-GT-GGTACAAAATGCCTCAAAGTATA-GCCTACACCCTTGTGCCAAGTTACAT-TCACATAACTGC-AA------AC------ATACA--TGGTAA---ATCACAGCCTGCACCAAAACTGTAATGCAtgcgtaaatttaactacaataaaac
gi|15 : acCC-AAAACTGTAATGCATATTGCCTCAGA----------GTA-T--A--AGCA-------AGCACACAT---------AT----GCtattgcctcagagtataagcaagcacacatatgca
gi|16 : acaattttgcagtccatttgtggtacaaaatgcctcaaagtatagcctacacccttgtgccaagttacattcacataactgcaaacatacatggtaaatcacagcctgcaGCTCCA--AAGTGGAAATAA--TAC----CCGAAAAGT-G--TAATAT-----TT-------TCTA---T-------GATACACATT---CATAAAAAA-A-CAGAGCGA--------ACATTTGGTT---------------------GAA---------------------A---------------------AT--TG-A---T--A------ATAC-----AAAAGTGAAAATA--ATGTC---------TATATA----CATGT----ATACAATTTGCAACTAAACCTTAACATa
gi|17 : gG--AATAAGATACCGAACCTAAAAGTTGGCT-ACGT-----TC-------TGTAATTT-------GATACATATTG-ACA-AAAATA-G-TAGAACCA--------A-ATTTAGTA---------------------GGG---------------------A---------------------AT--TA-A---T--
gi|18 : T---AACCG---------AG--CCATGTACACTTATG-----------AA---AA-GCTTGCACCTGAAC--------TGCAATGCAGtagacctaagaaaataagaatcatagcacaaaagt
gi|19 : a--TTT--TC-A-ACAT--GCA-ATATGACTTTGA-----------AGAGCCC-TATA-TGT--TCCATTTTGCCTTGGA----------GTA-T--A--AGCA-------AAAACATAT---------GT----GCT---T---AACTTTATTCCTATAACGCAATGTACACTGATG-----------AA---CA-gtggtatgaagatgccagggagagtaaacaatagaattcatagaatagaaaaaaaataatctta
gi|2 : CA--GAGTG--AATAAGATACTGAACCCAAAAGTTG--TAATGT-----TC-------TATA---TTATTATAGAGGCACATTA-ATA-AAAA-----TAGAGCCA--------GCATCTGGTT---------------------GAA---------------------ATAAGACATAAGACACAAGAATAT--AA-A---T--A-TCATAATAC-----AGAAGTGAATGTAACATGTCTTATATAATTATATA----TATATATAAATACAATTTGCACCTGAACTTTAACATAGTTTAA------------AGCCCAATATTTTGTTTACAATCTGATATTTCG-CTT-TGAACTT-AAATACAGCAGCCC-TTAAAT-T---GTACAAAA--ACTCGATGTATAAGCACACACACTTGTGCCAAGTGATAT-TCTCATAACTGT-AACTACTGAT------ATGCATGTAGTAT---TTTACAACTTGCACCAAAACTTTAACACTGAGTTTT-AAAGAC-AAAATATACAGTTCCAACTGTATAACTG--CAAGCAATGCAAAATTAAGACC---AACTTG----CACAAAAACTTCAACATAAAGTTTA-A-AG---------------ACTGTTTC-ACCCTGCAATATGACA-TTGAACT-----TT-TTACATAC-TGCCTCAGAGTTTAAGCATT---CGCACTACATATAAC--TGCAAGCTATGAACACTTACAAACAATTTG----CAC-C-------TAAACT-------TTAATGCA
gi|20 : AGTG--AATAAGATACTGAACTCAAAAGTTG--TTATAT-----TC-------TATA---TGATTATAGATACACATTA-AT--AAAAAA-A-TACAGCCA--------AAATTTGGTT----------------------AA---------------------A---------------------AT--TA-A---T--A-A---AAGAC-----ATAA--GAAAGgtcactgacacaaacactgatgcagcggaaagtacataacttccactattcatagaatagtcaagttaaaaaca
gi|22 : gGCTTTACGCTCCATAAAATA--AAGAAGATACTGAAAACAAAAGTTG--TAATGTAAACATC-------TATA---T-------G
gi|23 : cagtaacaCCA--GGGTG--AATTAGATACTGAACCCAAAACTTG--TAATGT-----TCTACGTTGTATA---T-------GATATGTGATACACATAGAAAA-A-TAGAGgaaatgttgattgaaaa
gi|24 : AATGCCTTAAAGTATAAGAATACACCTTTGTGTCAAGTTACAT-TCACATGATT-----------GC------CTGCA--TAACAA---AT
gi|25 : ttatgattcgcCA--CAGTG--AACAAGACACTAGGCCCAAA-GTTG--TAATAT-----TC-------CATA---TGATTGTAGATACACATTA-AAA-AAAat
gi|26 : CCA--AAGTG--AATAAGATAACGAACCCAAATGCTA--TAATGT-----TT-------TACA---T-------GATACACA
gi|3 : -------TATA---T-------GAAACAC--TA-ACA-GACAAA-ACTTGAAAAA--------AAATTTGGTTATACATTAATTCTTGATACAAGAA---------------------A---------------------AA--TA-A---G--AAT---AATATTAAAAAAAAGTGAAAGTA--TTGTC---------GA---------A-AT----ATACAACCTGAACCTAAACTA-AACTTAG----AGTTATA------AGCCCAATATCACTTTTTCAATCCGATATTTTGCATTAT--ACTT-AA-CATAGCAGCCC-TT---TATC-AGTACAAAAAAACTCGAGGTATAAGCATACACCCTTGTACCAAGTAACAT-TTACATAACTGT-AA------GT------ATAAATGTAGTAA---AT--CAACCT---TCAAAA
gi|3 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgata--TC-A-ACCT--TCA-AAATGTCATTGACCTTCAGGGTAAGAGCCC-GATC-TAT--TACATTATACCTAAGA----------GTA-T--A--AACA-------TTCACACTTTCATACCATGTTTCAGCCATGA---AACTGCA-------AA--CAAAGCA----GATG-----------AA---CA-ACT--------------------TTAACGCAAATTAACTT-GAAGACAC--------AGT-TTCATCTTTTAATTTTCACCCTGCAC-TATGATATTGA-CTTTG-AATTTAGGAATCCTG-TATGTCCGACATACTGCCtgtcattgaccttcagggtaagagcccgatctattacattatacctaagagtataaacattcacactttcataccatgtttcagccatgaaactgcaaacaaagcagatgaacaactttaacgcaaattaacttgaagacacagtttcatcttttaattttcaccctgcactatgatattgactttgaatttaggaatcctgtatgtccgacatactgcctcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|4 : aagttataaagactcaaaaacccgtgcaaaagcttttttccttgatatatatgaaacactaacagacaaaacttgaaaaaaaatttggttatacattaattcttgatacaagaaaaataagaataatattaaaaaaaagtgaaagtattgtcgaaatatacaacctgaacctaaactaaacttagagttataagcccaatatcactttttcaatccgatattttgcattatacttaacatagcagccctttatcagtacaaaaaaactcgaggtataagcatacacccttgtaccaagtaacatttacataactgtaagtataaatgtagtaaaCCAAAAGTTT--TAATTT-----TC-------TATA---T-------GACGTACATTA-ACA-AAAAAACA-TACGGCCA--------ACATTTGGTT---------------------AAACATTAATATAAGACATTAAGAA---------------------AT--TA-AGAAT--AAT---AATAC-----AAAAGTGAAAGTA--ATGTC---------TATATGATGGTATAT----GTACAACTTGCACCTAAACTTTAACATAG----ATTTACATGTATAAACCCCATTTCTTGTTTTCAATCTGAAATTCCGCCTT-tcggagtttaagcatgtataatttgaatgaagccaagtttcacacatatatgcagt
gi|4 : tTATGTACAACTTG----CAC-C-------TAAACT-------TTAACATAGA-T-T---TACATGTAT-AAACCCCA-TTTCTTG--TTT--TC-A-ATCT--GAA-ATTCCGCCTTGCCTTTCAAC-----AGTAC-AA---------ACCTTGTGCC---AA----------GTA----A--A--A-------TTCACAAAA---------CT----G-TAAGT------CTTA-------GA----ATGTA-AGTAATT-----------AATCACA-ACCTGCACCAAAAC----------------AGAGT---TTTAAAGACA---------AAATATAACC------TTTTCACCCTGCAA-AATGACCACAAGCTTTATGAGCTAGGAG-CCAAATATGTT--ACATAATGCCgcctttcaacagtacaaaccttgtgccaagtaaaattcacaaaactgtaagtcttagaatgtaagtaattaatcacaacctgcaccaaaacagagttttaaagacaaaatataaccttttcaccctgcaaaatgaccacaagctttatgagctaggagccaaatatgttacataatgcctcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaacttgcacaaaaaagtttaatgcaaagtttaacacaaaatatgacctttgcacactggaatatgaccttgtgtgtaaatttagaagcccaatatgtaacatactgcctcatagtaaaagcatgcaca
gi|4 : tccaaaagttttaattttctatatgacgtacattaacaaaaaaacatacggccaacatttggttaaacattaatataagacattaagaaattaagaataataatacaaaagtgaaagtaatgtctatatgatggtaCCTTGTGCCAAGTAAAAT-TCACAAAACTGT-AA------GTCTTAGAATGTA---AGTAATTAATCACAACCTGCACCAAAAC--------AGAG-TTTTAAAGAC-AAAATAT--------AAC-------CTTTTC-ACCC-TGCAAA---ATGACC---A--C-----------AAGCTTTA----TGAGCTAG-G-AGCCAAATATGTTACATAATGCCTC-A-----------GAG--NN-NNNNN-NNNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNN---NN--NNNN---NNNN--------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNAACAACTTG----CACAA-------AAAAGT-------TTAATGCAAAGT-T---T-AA-C-AC-AAA----A-TATGACC--TTT--GC-A-CACT--GGA-ATATGACCTTGTGTGTAAATTTAGAAGCCC-AATA-TGT--AACATACTGCCTCATA----------GTA-A--A--AGCA-------TGCACAtcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaacttgcacaaaaaagtttaatgcaaagtttaacacaaaatatgacctttgcacactggaatatgaccttgtgtgtaaatttagaagcccaatatgtaacatactgcctcatagtaaaagcatgcaca
gi|5 : tccaaaagttttaattttctatatgacgtacattaacaaaaaaacatacggccaacatttggttaaacattaatataagacattaagaaattaagaataataatacaaaagtgaaagtaatgtctatatgatggtatatgtacaacttgcacctaaactttaacatagatttacatgtataaaccccatttcttgttttcaatctgaaattccgccttgcctttcaacagtacaaaCA--AAGTG--AATAAGATACTCAACCCAAAAGTTG--TAACGT-----TC-------TATA---A-------GATACACAATA-ACA-AAAACA-A-GAGAGCCA--------ACA--TAA-----------------------GAA---------------------A---------------------AT--AAGA---TTCA-T---AATAC-----AAAAGTGAAAATA--ATGTC---------AATATA-----AT-T----ACACAATGTGCACCTAAACTTTACCATAG----AGATAT-------AACTCAATTTCTCCTTTTCAATCCGATATTGCGCCCT-TG
gi|5 : TGCGCCCTTGTGCCCAGTAACCT-TCTCATGACTGT-AA------TT------ATGTA--CAGTAA---ATCACAATTTACACCCAAAC----ACAC--AG-TTT-AAAGAC-AAAATAC--------GACAT-----TTT--C-A-TCATGCAAA---ATGACC-------TT----C-----AATTTCAA-GCTA-----G-G-GGCCAAATATGTTACATACCACCTCAG---TGT-ATA---------AGCAC-ATATACTTACA-ACATGTTTTAG----TA--TATTAACTGCA--------AACAATGCA---------TAGTTATGAACAACTTG----CAC-T-------AAAATT-------TCAACACAAAGA-T---TAA----GC-AAA----A-TGTTACC--TTT--TC-A-TCGT--ACA---ATGACCTTGGCTTTAAATTTAGGAGCCT-GACA-TAT--TGTATACTGCCTCAtgcccagtaaccttctcatgactgtaattatgtacagtaaatcacaatttacacccaaacacacagtttaaagacaaaatacgacattttcatcatgcaaaatgaccttcaatttcaagctaggggccaaatatgttacataccacctcagtgtataagcacatatacttacaacatgttttagtatattaactgcaaacaatgcatagttatgaacaacttgcactaaaatttcaacacaaagattaagcaaaatgttaccttttcatcgtacaatgaccttggctttaaatttaggagcctgacatattgtatactgcctca
gi|6 : caaagtgaataagatactcaacccaaaagttgtaacgttctataagatacacaataacaaaaacaagagagccaacataagaaaataagattcataatacaaaagtgaaaataatgtcaatataattacacaatgtgcacctaaactttaccatagagatataactcaatttctccttttcaatccgatatCACCCTGCACCAAAACTTTAATGTAAAG-TTT-AAGG------------------------------------------CAAA--TATGACC---A--TTTTTTACT-GTATATTACGACGTTGAATTTA-GGAGCCCCATATGTTACATACTGCTTC-AGAGANN-NNNNNNN--NN-NNNNN-NNNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNN---NN--NNNN---NNNN--------NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNAACACCCTG----CAC-C-------AAAACT-------TTAATGTAAAGT-T---TAAG-G--C-AAA------TATGACC--TTT--TTTA-CTGT--ATA-TTACGACGTTGACTTTGAATTTAGGAGCCC-CATA-TGT--AACATACTGCTTCAGA----------G
gi|7 : TT--TA-A-CCCT--TCA-ATATGACCTTGACTTTCATGTTAGGAGCCC-AATA-TGT--TACACACTGCCTCAGA----------GNN-N--N--NNNN-------NNNNNNNNN---------NN----NNNNNNN---NNNNNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAA---CACACT-GCATCAAAAC--------TTTAATGGAAAGT---TT-AA-GGCA---------AAT-GTGACC------TTTTAACTATGCAA-TATGACCTTGA-TTTTC-TA-TTAGGA-TCACAATATATT--ACATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaacgttaccgcagatatgatgtggatgctgacgctggagcaagtacaaaaactagcttattcataaaatacacattgccacaaacctctttagc
gi|7 : AACACCCTG----CAC-C-------AAAACT-------TTAATGTAAAGT-T---TAAG-G--C-AAA------TATGACCATTTT--TT-A-C--T--GTA--TATTAC---GACGTTGAATTTAGGAGCCC-CATA-TGT--TACATACTGCTTCAGA----------Ggtattaccgcctgtgagtataagcatgcacacgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaccctgcaccaaaactttaatgtaaagtttaaggcaaatatgaccattttttactgtatattacgacgttgaatttaggagccccatatgttacatactgcttcagag
gi|8 : tttaacccttcaatatgaccttgactttcatgttaggagcccaatatgttacacactgcctcagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacacactgcatcaaaactttaatggaaagtttaaggcaaatgtgaccttttaactatgcaatatgaccttgattttctattaggatcacaatatattacatagtattaccgcctgtgagtataagcatgcacacgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTG-TTATATAT-T--TTTATA---TAA-TATT---TGCC--------AATGATACA----GTGAGTATTTTAGAGCATTTTGTCGACAT-T-------AAAAATAAAGAACTTAATGCAGAGT-T---TAAA-G-AC-AAA----A-TATGAAA--ATT--TT-G-CTCT--GCA-ATATGACCTTGACTTTCAAATT--------------TGT--TACATACTGTCTC--A----------GTA-TTAA--AGCAGAGNNNNNNNNNNNNN---------NN----NNNNNNN---NNNNNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNNNN-----------NN---NN-NNNNNNNNNNNAACTGCTTGCGTCTAACACAGAGT---TT-AAAGGCAAAATTAATTAAA-GTGACC------TTTTCACCTTGCAATTATGACCTTGA-CTTTG-AAGTTTGGAGC
gi|9 : ACAACTTG----CAA-C-------AAAACT-------TTAATACAGAGT-T---TAAA-G-AC-AAA----ACTGTGACT--TTT--TC-A-CCCT--GCA-ATATAACCTTCACTTTCAGGTTAGGAGACC-AAAA-TAC--TACATACTGCCTCAGAANNNNNNNNNNNN-N--N--NNNN-------NNNNNNNNN---------NN----NNNNNNN---NNNNNNN-------NN--NNNNNNNNNNNNNNN-----------NN---NN-NNNNGCACCAAAAC---------TTAATGCAGAGT---CT-AAAGGAA---------AA---TAACC------TTTTCATCCTGCAA-CATGACCGGGA-CTTTA-AAATTGGGAG-CCAGGTATGTtgtagtgcaggttggatgtag
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AAAACTTAACCGCAGACGGGACACAAATACAGATGCTGGCACTGGGGTGAGTTGAAAAAACTACCCTATTAATAAAATAGAACAATTGATCATACCTCTTTAAC