lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33333333 1 1 11 222222222222 1 3333333333 1 66666666666666666666666666666666666666666666666 1111 111 1111111 333 11 111 22222222222 11 1 1 111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222 33 1 1 11 1111 11 55555555555555 1111111111111111111111 11
lowQualScore : 6 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 3 99999999 5 22 0 77 444444444444 3 0 5 1 8888888888 0 8 0 3 11111111111111111111111111111111111111111111111 4444 1 000 8888888 7 777 5 000 88 44 3 0 5 5 1 000 77 99999999999 3 33 6 6 2 55 222 3 5 0 000 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 8 5 3 0 8 0 3 7 3 3 888888 33 44 00 9 9 0 33 2222 77 99 33 11111111111111 3333333333333333333333 0 7 22 4
lowQualScore : . ............................................................................................................. . . ........ . .. . .. ............ . . . . .......... . . . . ............................................... .... . ... ....... . ... . ... .. .. . . . . . ... .. ........... . .. . . . .. ... . . . ... .................................................................... . . . . . . . . . . . ...... .. .. .. . . . .. .... .. .. .. .............. ...................... . . .. .
lowQualScore : 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 33333333 0 55 0 88 000000000000 5 3 6 6 6666666666 6 0 2 2 33333333333333333333333333333333333333333333333 2222 7 000 6666666 3 111 7 777 11 00 6 6 7 7 7 000 99 44444444444 3 11 7 7 5 88 222 7 0 5 222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8 0 4 0 8 0 6 2 8 2 0 222222 55 88 22 0 0 2 99 1111 99 33 99 99999999999999 3333333333333333333333 2 7 77 0
consensus : NNGTAAAGTACATTG--CGATTACGTATT----GATACGAGNNGTA---CAAGTATTAGATTAGNTTGCTAAATGACGATTAACTCGGAATGCTATTGNNGGCAATNTAGGGTNNCTTTAGTCGACCGGNCGACCGGGCGACTCTATTTGCTACGGATTTCGGAAGTAGTCA--CTG-------GAGTGACGTAATATAGGGAA-CAGT-A--TTTTTTTA-ATGAGTGAAGAATATAT---TGT-TAGCATGAT--TTACGTACGTTTTT-------AT----ATGCTGATA---ATGACA-------ATGNATTGGT-GATTATAAATTAGC-NAACAAAAACATA-T-GGTTTGT---T--ATAA---TAGNTT-GCTTATTGTTTCAA-ACTG-GGAAAGAAATAATGACAGATCCTGNTCTGTTTGGTTACC--GATTA------TC------TGATTTACTCGAATAAAACTGGAACAACAANAAC-----GTT---GAAGGC---TGTATATT-ACTCGAGTACAG-GTAATTTGCATANTTTATNCCG---CAACTGTTGCTTTTGCGAC-GTTGGTTTTACAAGGCAGGCATAATCTAGC-CAGT----TTG--CATCAAGGCTGTATAAAT---CATC-----N-GCCATACAAT----------------------ACTTCGATGNTTTGAATCAATATNTTCTT
Reference ( gi|1 ) : TTGTAAAATA--TTGTACGATTA-ATATTTCCTGATGCAAACAACAACTTAAGT-TTAGA--AGGT---------ACG--TAACTCGA---GCTGT--GTGA-AATG---GGTTA--TGAGTCAGCTGGACAATCGGTTGAATCTATTTGCTACAGATTTCGAAAAAAGTCA--CTA-------GAGTGACATAATATAAGGAA-CAGTCA--TTTTTTTA-ATGATTGAATAATATAT---TGT-TAGTATGCT--TAACATACATTTTT-----AAAT----ATGCTAATA---ATGACA-------ATGTATTGGT-GATTAGGTATTAGC-GAATAAAAACATA-T-GATTTGT---T--ATAG---TAAGTT-GTTTAATGTTTCAA-ACTG-GGAAAGAAATAATGGCAGATTCTGGTGTGCTTGGTTACC--AATTA------TC------TGA---ACT--AATAAAACTGGAAGAAGAACAA------GTTCAAGAAGGC---TGTATATT-AATCGAATACAG-GTAATTTGCACACTTTATTCTA---CAACTGTTGCTTTTGCAACTGTTTGTGTTACAAGGAAGGCATAATCTAGA-CAGT----TTG--CATCACGGCTGTATAAAT---CATC-----T-GCCATACAAT----------------------ACTTTGATGATTTGCGTCAATATTTTCTT
gi|4 : GTAAAGTACATTG--CGATTACGTATT----GATATGAAAAG-----TAAATATTAAA--AAGT---------ATAATTAATTTGGAATGCTATTGATGG-AATGTAGAGTAA--TTAGTTGACCGGCCGACCGGGCGACCCTATTTACTACGGATTTCGCAAGTAGTCA--ATG-------GAATGACGCAATCTACGGAA-CAGT-A--GTTTTTGA-ATGAGTGAAGAATACAT---TGT-TATAATGGT--TTACATACATTTTG-----TTAT----ATGCTGATA---ATAACA-------ATGCAT-------TTAGAT--------AACAAAAACAAA-TGGATAT-T---T--ATAA---TAGCTT-GCTTGTTATTTTAA-ACTG-GGAAA-AAATAATGGCAGACCCTGGTCTGTTTACTTACA--GAATA------TC------
gi|2 : taGATACAAGCTATA---CAAGT-TTAGATTAGTTTGCTAAATGACG--TA-CTCT----GCTAT--TAGACAATC---GGTTTCTTTAGTCAACTGGAC--------GACTCTATTTGCTACGCATTTCGTAAGTAGTCA--CTG-------GAGTGA-ATAgtaatatga
gi|10 : CAACCGGGCGACTCTATTTGCTCCAGATTTCGGAAGTAGTCA--CAG-------GAGTGACATATTATA--GA------TA--TTGATGTACATGGTT--ATGAT---T---TGTGTAGTATGATGCTGATGTACATttgttagcatacttttatgttttatatgctaatataaatgacaatgtattggttaattataaagcagctaacaaaaacatagtggttgttatgttagtttgattattgtttaaacttggaagaaataatgataattcctgatctgtttggttaactgaagtatgattcacccgaatacaactggaacaagaacattggtatatattactcgagtacaatgtaatgtgacttttttatgtcgcaactgatgctttttcgacgatggtataacaaggcaggcataatcttgccagtttgcatcaacgcatttcagccatacaatctagtgtgatatattcccgtagactttgatgttttcatctatcgagttgtttttattactcactgtatttaacaagtttttat
gi|12 : gtttatttaaagtTTTATTATGAACTCCGGAAGTCGTCA--CTATTCTCCAGTATGACGTAATATAGGGAT-CAGT-ATTTTTTTTTA-ATGAGTGACGA-----------------ATGAT--TAACATACGTTTTT------CAT----ATGTTGATA---ATGAC
gi|8 : CGGAAGAAGTTAACTTA-------G-GTGACACAAAATAGGAAG-CAG-CA--TTTTTTGA-ACGAGTAAAGAATATATAATTGT-TATCATTAT--TTACACA-ATTTTTTTATAAAATCGTTATGCTGATA---ATGACA-------TTG-ATTGGT-GATTATAAATTAGC-CAACAAAACCATA-T-CGTTTGTAACT--ATAG---T---TT-GCTTATTATTTCAA-ATT
gi|7 : --CCA-------GAGTGACTTAAT-TAAGGGAGCTGTAC--TTTTTTTA-ATTAGTGAA---------------------G-----AGCA---ATTTT--------AT----AGGCTGATG---ATAACA-------ATGAATTTGC-GAATATAAATTAGTTAAACAAAAACATA-T-GGGTTGT---T--ATAA---T-TGTTGGTTTATTGTTTCAA-ACTG-GGGTAGAAATAATGAGATATCCTGGTTTGCTTGGCTACC--GATCA------TCGGAATATGATTTACTCGAATAAAACT
gi|9 : ctacggactcctccagATATAT---TGT-TAGTATGGT--TTACGCACGTTTGT-------AT----ATGCTGATA---ATTATAACCATTTATGTATTTGT-GACAACAAATCAGC-TAAC-AGAGCATA-T-GGTTTGT---TAAATAGATTTACG-T-GTTT--TTTTTCA
gi|2 : ATAT---TGT-TAGCATACT--TT---TATGTTTT--------AT----ATGCTAATATAAATGACA-------ATGTATTGGTTAATTATAAAGCAGC-TAACAAAAACATAGT-GGTT-GT---T--ATGT---TAGTTT-GATTATTGTTT-AA-ACTT-GGAA-GAAATAATGATAATTCCTGATCTGTTTGGTTAACTGAAGTA------T--------GATTCACCCGAATACAACTGGAACAAGAACA--------TT------GG----TATATATT-ACTCGAGTACAATGTAATGTG---ACTTTTTTATGTCGCAACTGATGCTTTTTCGAC-GATGGTATAACAAGGCAGGCATAATCTTGC-CAGT----TTG--CATCAACGC-------AT---T-TC-----A-GCCATACAAT----------------------gcggaacaaa
gi|3 : gatacaagctatacaagtttagattagtttgctaaatgacgtactctgctattagacaatcggtttctttagtcaactggacgactctatttgctacgcatttcgtaagtagtcactggagtgaAATA-----GACA-------CTGGA---GT-GATTATAAATTCGC-AAACGAAAATGCA-T-TGTTTGT---T--AGAA---TAGTCT-GCTAATTGTTTCAACATAGCGGAAAGAAAGAATGG-----TCTGCTTTG-TTGGTTACT--GATTA------T-------TGG---A-----ATAAAACTGGAACAACAATAAC-----ATT------GGCATATGTA-ATT-AACGGAATACAG-GTAATGTGCATAACATATGCCG---CAACTGTTGC-TTTGCGGC-GTTGCTTTTATAAGGCAGG-------TAGAGTAGTGTCATTGATCACCAAGACTGTGCAAATGTACA---------GCCATACAATGGTGTGCAATATAGTCCAGTCGACTTCGATGTTTTGTATCAATATATTCTTctagtgtgatatattcccgtagactttgatgttttcatctatcgagttgtttttattactcactgtatttaacaagtttttat
gi|5 : tacgtatttcagaACA-------ATGTAGTGGT-GATCATAAATTAGC-TAATAAAA-CAAA-T-GAATTGT---T--ATGA---TAGCCA-GCCTAATGTTACAA-ACTG-GGAAAGAAATAATAACAGATT-TGTTTT--TTGGACACC--ATTTAATGAAATG------TGATTTACTCGAATAGAATTGAAAGAACAAGAACTTTCGGTTTGGTAA--T---TGTATATT-ACTCAAGTATAT-GTAATTTGCATACTTTgttatccttctgtttttgtatta
gi|6 : CTT-GGAAATAAATAATGACAGAATCGGATCTGTCTGTTTACC--GATTA------TTAGTATATTATTTACTCGAATAAA-CTTGAACAATAAAAAT-----GTT---GGTGTC---TGTATAAT-ACTCGAGT-TAG-GTAATTTGCATAATTCATGCCG---CAACTGTTGATTTTGAGA-TGTTTGTTTTACAGGACAGGCATGACATAGC-TAGT----TTG--CATCAAGGTTGTA-GAAT---GTTC-----A-GCCATACAAT----------------------Acaaaaataggaatttctagccagtatacatcaaggatgtttaaatcatccaaaatggcgtgcaatattaccctgtcgactttaatgctttgaaata
gi|11 : CAAGAA--C---TAAATATTTAATCAAGTACAG-GAAGTTTGTATATTTTATTCCG----GATTTTTTTTTTTGAAAC-GTTGGT-TTACAAAGAAGACATAATCTAGA-CAG-----TTG--T-TCA--GTTGTATCAA----CATatgtgcaatatagtccgttcgactttctttatacttttggtgtgtttcaaactcccttattttgaaagtttacttat
gi|14 : ACAAGGCATGCACAATCTAGC-TAGT----TGG--CATCAATACTGTATAAt
gi|5 : tataTCTAGC-CAGT----ATA--CATCAAGGATGTTTAAAT---CATCCAAAAT-GGCGTGCAAT----------------------ATTcaaagcatgcacaatctag
gi|13 : acaatgtagtggtgatcataaattagctaataaaacaaatgaattgttatgatagccagcctaatgttacaaactgggaaagaaataataacagatttgttttttggacaccatttaatgaaatgtgatttactcgaatagaattgaaagaacaagaactttcggtttggtaattgtatattactcaagtatatgtaatttgcatactttcaaaaataggaattAGC-CAGT----TTG--TATTAAGGCTGTATACAT----ATT-----TAGACATACAATCGTGAGCAATAGTCTGGTCG--AATTTGTTGCTTTGAATCAATATTTTCTTaccctgtcgactttaatgctttgaaata
gi|15 : ----------------------ACTTTGATGATTTGAGTCAATAgt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTGTTAAGTTACCGAGTATTGGAATATGATTTGATCGAATAAAAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 22 1 2222 333333333 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111 111111 11111111111 1111 222222222 1111111 1111111 5555555 6666666666666666666666 111 22222222222 2222222222222222222222222222222 11 222222
lowQualScore : 88 77 5 8888 0 3333 555555555 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 0 1 2 22 2 1 66 88888888888 4 0 1 444444 44444444444 999 3 5555 1111 66 5 66 5 000000000 888 5 6666666 5 222 5 1 5 2 5 0 0 2 1 5 5 0 3 44 1 1 0 5 55 6666666 2222222 1 0 5 1 4444444444444444444444 2 6 1 1 0 8 11 111 0 0 66 0 2 11111111111 7777777777777777777777777777777 33 888888 1 3 1
lowQualScore : .. .. . .... . .... ......... .......................................................... . . . . .. . . .. ........... . . . ...... ........... ... . .... .... .. . .. . ......... ... . ....... . ... . . . . . . . . . . . . . .. . . . . .. ....... ....... . . . . ...................... . . . . . . .. ... . . .. . . ........... ............................... .. ...... . . .
lowQualScore : 00 55 0 3333 7 3333 333333333 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 7 0 5 88 5 4 99 11111111111 0 7 1 666666 99999999999 000 8 0000 9999 99 0 99 0 000000000 888 0 2222222 9 888 0 0 0 0 0 5 4 0 0 7 7 7 0 33 0 1 9 0 22 2222222 8888888 4 7 2 0 0000000000000000000000 5 7 0 0 8 0 88 777 7 1 99 1 0 22222222222 5555555555555555555555555555555 88 888888 0 5 0
consensus : NNGTAAAGTACATTGTACGATTACGTATT----GATACGAACAATA---CAAGT-TTAGA--AG-T----AAGT-ACG--TAACTCGG--TGCTAT-TGA-GG-AAT---GGGTTA--TTAGTCGACCGGNCGACCGGGCGACTCTATTTGCTACGGATTTCGGAAGT--AGTCA-CTG-------GAGTGACGTAATATAGGGAGCAGT-A--TTTTTTTAATGAGTGAAGAATATAT---TGTTAGCATGNTTTACGTA-CGTTT--TT-A--T-A---------TGCTGATA---AT-GACA-------ATGTATTGGT-GATTATAAATTAGCTAA-CAAAAACATA-TGGTTTGTTATAATAGTTTGCTTATTGTTTCAA-ACTG-GGAAAGAAATAATGGCAGATCCTGGTCTGTTTGGTTA-CCGA-TT-------ATC-G-ATATGATTTACTCGAATAAAACTGGAACAACAAGAA----CG--TT---GG-GGC---TGTATATTANTCGAGTACAG-GTAATTTGCATANTTTATGCCGCAACTGTTGCTTTTGCGAC-GTTGGTTTTACAAGGCAGGCA---TAATCTAGCCAGTTTG--CATCAAGGCTGTATAAATCNT-C-----AGCCATACAAT--TG------------------A--------CT--TCGA------TGCTTTGNATCAATATTTTCTT
Reference ( family-1161 ) : NNGTAAAGTACATTG--CGATTACGTATT----GATACGAGNNGTA---CAAGTATTAGATTAGNTTGCTAAATGACGATTAACTCGGAATGCTAT-TGNNGGCAATNTAGGGTNNCTTTAGTCGACCGGNCGACCGGGCGACTCTATTTGCTACGGATTTCGGAAGT--AGTCA-CTG-------GAGTGACGTAATATAGGGAACAGT-A--TTTTTTTAATGAGTGAAGAATATAT---TGTTAGCATGATTTACGTA-CGTTT--TT-A--T-A---------TGCTGATA---AT-GACA-------ATGNATTGGT-GATTATAAATTAGCNAA-CAAAAACATA-TGGTTTGTTATAATAGNTTGCTTATTGTTTCAA-ACTG-GGAAAGAAATAATGACAGATCCTGNTCTGTTTGGTTA-CCGA-TT-------ATC------TGATTTACTCGAATAAAACTGGAACAACAANAA----CG--TT---GAAGGC---TGTATATTACTCGAGTACAG-GTAATTTGCATANTTTATNCCGCAACTGTTGCTTTTGCGAC-GTTGGTTTTACAAGGCAGGCA---TAATCTAGCCAGTTTG--CATCAAGGCTGTATAAATCAT-C-----NGCCATACAAT----------------------A--------CT--TCGA------TGNTTTGAATCAATATNTTCTT
gi|1 : GTAAAATA--TTGTACGATTA-ATATTTCCTGATGCAAACAACAACTTAAGT-TTAGA--AGGT---------ACG--TAACTCGA---GCTGTGTGA----AAT---GGGTTA--TGAGTCAGCTGGACAATCGGTTGAATCTATTTGCTACAGATTTCGAAAAA--AGTCA-CTA-------GAGTGACATAATATAAGGAACAGTCA--TTTTTTTAATGATTGAATAATATAT---TGTTAGTATGCTTAACATA-CATTT--TT-AAAT-A---------TGCTAATA---AT-GACA-------ATGTATTGGT-GATTAGGTATTAGCGAA-TAAAAACATA-TGATTTGTTATAGTAAGTTGTTTAATGTTTCAA-ACTG-GGAAAGAAATAATGGCAGATTCTGGTGTGCTTGGTTA-CCAA-TT-------ATC------TGA---ACT--AATAAAACTGGAAGAAGAACAA-----G--TTCAAGAAGGC---TGTATATTAATCGAATACAG-GTAATTTGCACACTTTATTCTACAACTGTTGCTTTTGCAACTGTTTGTGTTACAAGGAAGGCA---TAATCTAGACAGTTTG--CATCACGGCTGTATAAATCAT-C-----TGCCATACAAT----------------------A--------CT--TTGA------TGATTTGCGTCAATATTTTCTT
gi|10 : ttGTCAACCGGGCGACTCTATTTGCTCCAGATTTCGGAAGT--AGTCA-CAG-------GAGTGACATATTATAG---ATA-----------TTGATG---------TACAT---GGTT---ATGATTTGTGTA--G------T-A--TGA---------TGCTGAT
gi|11 : gtttatttaaaCAAGAA----C----T---AAA--------TAT-TTAATCAAGTACAG-GAAGTTTGTATATTTTATTCCG-GATTTTTTTTTTTGAAAC-GTTGG-TTTACAAAGAAGACA---TAATCTAGACAG-TTG--T-TCA--GTTGTATCAA-CAT-gtacat
gi|12 : TTTATTATGAACTCCGGAAGT--CGTCA-CTATTCTCCAGTATGACGTAATATAGGGATCAGT-ATTTTTTTTTAATGAGTGACGA----------------ATGATTAACATA-CGTTT--TTCA--T-A---------TGTTGATA---AT-GACt
gi|13 : AGCCAGTTTG--TATTAAGGCTGTATACATATT-T-----AGACATACAATCGTG------------------AGCAATAGTCTGGTCGAATTTGTTGCTTTGAATCAATATTTTCTT
gi|14 : ACAAGGCATGCA---CAATCTAGCTAGTTGG--CATCAATACTGTATAAgt
gi|16 : tataTTTGTTAAGTTA-CCGA-GT-------ATTGGAATATGATTTGATCGAATAAAACcaaagcatgcacaatctag
gi|2 : ----GATACAAGCTATA---CAAGT-TTAGATTAGTTTGCTAAATGACG--TA-CTC----TGCTAT-T--AGACAATC---GGTTTCTTTAGTCAACTGGACGAC--------TCTATTTGCTACGCATTTCGTAAGT--AGTCA-CTG-------GAGTG----AATATTGTTAGCA-T-A--CTTTT
gi|2 : GAGTGAA-----TAT---TGTTAGCATACTTT---TA-TGTTT--T--A--T-A---------TGCTAATATAAAT-GACA-------ATGTATTGGTTAATTATAAAGCAGCTAA-CAAAAACATAGTGGTT-GTTATGTTAGTTTGATTATTGTTT-AA-ACTT-GGAA-GAAATAATGATAATTCCTGATCTGTTTGGTTAACTGAAGT-------AT--------GATTCACCCGAATACAACTGGAACAA---GAA----CA--TT---GG-------TATATATTACTCGAGTACAATGTAATGTGACTTTTTTATGTCGCAACTGATGCTTTTTCGAC-GATGGTATAACAAGGCAGGCA---TAATCTTGCCAGTTTG--CATCAACGC-------ATT-T-C-----AGCCATACAAT----------------------atgttttatatgctaatataaatgacaatgtattggttaattataaagcagctaacaaaaacatagtggttgttatgttagtttgattattgtttaaacttggaagaaataatgataattcctgatctgtttggttaactgaagtatgattcacccgaatacaactggaacaagaacattggtatatattactcgagtacaatgtaatgtgacttttttatgtcgcaactgatgctttttcgacgatggtataacaaggcaggcataatcttgccagtttgcatcaacgcatttcagccatacaatctagtgtgatatattcccgtagactttgatgttttcatctatcgagttgtttttattactcactgtatttaacaagtttttat
gi|3 : gatacaagctatacaagtttagattagtttgctaaatgacgtactctgctattagacaatcggtttctttagtcaactggacgactctatttgctacgcatttcgtaagtagtcactgTACGTATTTCAGAAAT--AGACA-CTG-------GAGTGActagtgtgatatattcccgtagactttgatgttttcatctatcgagttgtttttattactcactgtatttaacaagtttttat
gi|3 : A---ATAGACA-------CTGGA---GT-GATTATAAATTCGCAAA-CGAAAATGCA-TTGTTTGTTAGAATAGTCTGCTAATTGTTTCAACATAGCGGAAAGAAAGAATGG-----TCTGCTTTG-TTGGTTA-CTGA-TT-------AT-------TG--------GAATAAAACTGGAACAACAATAA----CA--TT------GGCATATGTA-ATTAACGGAATACAG-GTAATGTGCATAACATATGCCGCAACTGTTGC-TTTGCGGC-GTTGCTTTTATAAGGCAGGTAGAGTAGT---GTCA--TTGATCACCAAGACTGTGCAAAT-GTAC-----AGCCATACAATGGTGTGCAATATAGTCCAGTCGA--------CT--TCGA------TGTTTTGTATCAATATATTCTTttataaattcgcaaacgaaaatgcattgtttgttagaatagtctgctaattgtttcaacatagcggaaagaaagaatggtctgctttgttggttactgattattggaataaaactggaacaacaataacattggcatatgtaattaacggaatacaggtaatgtgcataacatatgccgcaactgttgctttgcggcgttgcttttataaggcaggtagagtagtgtcattgatcaccaagactgtgcaaatgtacagccatacaatggtgtgcaatatagtccagtcgacttcgatgttttgtatcaatatattcttgttatccttctgtttttgtatta
gi|4 : tacgtatttcagaGTAAAGTACATTG--CGATTACGTATT----GATATGAAAAGTA-----AATATTAAA----------AAGT-ATAATTAATTTGGAATGCTAT-TGATGG-AATGTAGAGTAA--TTAGTTGACCGGCCGACCGGGCGACCCTATTTACTACGGATTTCGCAAGT--AGTCA-ATG-------GAATGACGCAATCTACGGAACAGT-A--GTTTTTGAATGAGTGAAGAATACAT---TGTTATAATGGTTTACATA-CATTTTGTT-A--T-A---------TGCTGATA---AT-AACA-------ATGCAT--------------TTAGATAA-CAAAAACAAA-TGGATATTTATAATAGCTTGCTTGTTATTTTAA-ACTG-GGAAA-AAATAATGGCAGACCCTGGTCTGTTTACTTA-CAGA-AT-------ATC------gttatccttctgtttttgtatta
gi|5 : taACA-------ATGTAGTGGT-GATCATAAATTAGCTAA-TAAAA-CAAA-TGAATTGTTATGATAGCCAGCCTAATGTTACAA-ACTG-GGAAAGAAATAATAACAGAT-TTGTTT--TTTGGACA-CC-A-TTTAATGAAATG------TGATTTACTCGAATAGAATTGAAAGAACAAGAACTTTCGGTTT---GGTAAT---TGTATATTACTCAAGTATAT-GTAATTTGCATACTTTgtaatatga
gi|5 : TCTAGCCAGTATA--CATCAAGGATGTTTAAATCAT-CCAAAATGGCGTGCAATATTACCCTGTCG----------A--------CT--TTAA------TGCTTTGAAcaaaaataggaatttctagccagtatacatcaaggatgtttaaatcatccaaaatggcgtgcaatattaccctgtcgactttaatgctttgaaata
gi|6 : acaatgtagtggtgatcataaattagctaataaaacaaatgaattgttatgatagccagcctaatgttacaaactgggaaagaaataataacagatttgttttttggacaccatttaatgaaatgtgatttactcgaatagaattgaaagaacaagaactttcggtttggtaattgtatattactcaagtatatgtaatttgcatactttcaaaaataggaattCTT-GGAAATAAATAATGACAGAATCGGATCTGTCTGTTTA-CCGA-TT-------ATTAGTATATTATTTACTCGAATAAA-CTTGAACAATAAAAA----TG--TT---GGTGTC---TGTATAATACTCGAGT-TAG-GTAATTTGCATAATTCATGCCGCAACTGTTGATTTTGAGAT-GTTTGTTTTACAGGACAGGCA---TGACATAGCTAGTTTG--CATCAAGGTTGTA-GAATGTT-C-----AGCCATACAAT----------------------A--------ata
gi|7 : CTACGGACTCC-----TCCAGCCA-----------GAGTGACTTAATTAAGGGAGCTGT-AC-TTTTTTTAATTAGTGAAGA--------------GCA----------A----TT--TT-A--T-A---------GGCTGATG---AT-AACA-------ATGAATTTGC-GAATATAAATTAGTTAAACAAAAACATA-TGGGTTGTTATAATTGTTGGTTTATTGTTTCAA-ACTG-GGGTAGAAATAATGAGATATCCTGGTTTGCTTGGCTA-CCGA-TC-------ATCGGAATATGATTTACTCGAATAAAACTatgtgcaatatagtccgttcgactttctttatacttttggtgtgtttcaaactcccttattttgaaagtttacttat
gi|8 : CGGAAGA--AGTTAACTT-------AGGTGACACAAAATAGGAAGCAGC-A--TTTTTTGAACGAGTAAAGAATATATAATTGTTATCATTATTTACACAATTTTT--TT-A--T-AAAATCGTTATGCTGATA---AT-GACA-------TTG-ATTGGT-GATTATAAATTAGCCAA-CAAAACCATA-TCGTTTGTAACTATAGTTTGCTTATTATTTCAA-ATT
gi|9 : ATATAT---TGTTAGTATGGTTTACGCA-CGTTT--GT-A--T-A---------TGCTGATA---AT-TATAACCATTTATGTATTTGT-GACAACAAATCAGCTAA-C-AGAGCATA-TGGTTTGTTA-AATAGATT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CATATGATTGTGTGCAATTTAGTCCCGTTGACTTTGATGATTTGAGTCAATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 11 1 2222 2222 11 66666666666 33333 1 333 222 11 11111111111 11 111111111 222222222 1111111 33333 4444444444444444444444 111 1111 1111111111111111111111111111111111 11 222222
lowQualScore : 88 88 5 8888 0 7777 88 33333333333 7 66666 3 222 333 88 0 0 1 2 22 2 1 66 88888888888 4 6 55 0 2 666666666 22 3 6666 999 77 5 77 222222222 888 5 6666666 5 222 5 5 2 5 0 0 2 5 5 5 0 55 1 0 5 3 77777 1 0 8 3 9999999999999999999999 1 6 1 0 8 1 6 111 0 0 66 0 2 9999 4444 7777777777777777777777777777777777 33 888888 0 1
lowQualScore : .. .. . .... . .... .. ........... . ..... . ... ... .. . . . . .. . . .. ........... . . .. . . ......... .. . .... ... .. . .. ......... ... . ....... . ... . . . . . . . . . . . .. . . . . ..... . . . . ...................... . . . . . . . ... . . .. . . .... .... .................................. .. ...... . .
lowQualScore : 00 55 0 3333 7 0000 33 00000000000 3 00000 3 000 333 33 7 7 0 5 88 5 4 99 11111111111 0 7 88 6 5 777777777 44 0 7777 111 99 7 99 999999999 888 0 2222222 2 888 0 0 0 0 5 4 0 0 7 7 7 66 1 4 0 4 88888 4 7 2 2 8888888888888888888888 0 7 0 8 0 0 0 777 7 1 99 1 0 7777 2222 8888888888888888888888888888888888 88 888888 2 0
consensus : NNGTAAAGTACATTGTACGATTACGTATT----GATACGAACAATA---NAAGTTTAGA--AGT-----A-GT-ACGTAACTCGG--TGCTAT-TGA-G-AATG---GGTTA--TTAGTCGACCGGNCGACCGGGCGACTCTATTTGCTACGGATTTCGGAAGT--AGTCA-CTG-------GAGTGACGTAATATAGGGAGCAGT-A--TTTTTTTAATGAGTGAAGAATATAT---TGTTAGCATGNTTTACATA-CGTTT--TT-A--TA---------TGCTGATA---AT-GACA-------ATGTATTGGT-GATTATAAATTAGCTAA-CAAAAACATA-TGGTTTGTTATAATAG-TTTGCTTATTGTTTCAA-ACTG-GGAAAGAAATAATGGCAGATCCTGGTCTGTTTGGTTA-CCGATTATCGGAATATGATTTACTCGAATAAAACTGGAACAACAANAAC-----GTT----GGC--G-C-TGTATATTANTCGAGTACAG-GTAATTTGCATANTTTATGCCGCAACTGTTGCTTTTGCGAC-GTTGGTTTTACAAGGCAGGCA---TAATCTAGCCAGTTTG--CATCAAGGCTGTATAAATNTT-CA----GCCATACAA--------------------T--CGA--------CT--TCGA------TGCTTTGNATCAATATTTTCTT
Reference ( family-1161 ) : NNGTAAAGTACATTGTACGATTACGTATT----GATACGAACAATA---CAAGTTTAGA--AGT-----AAGT-ACGTAACTCGG--TGCTAT-TGA-GGAATG---GGTTA--TTAGTCGACCGGNCGACCGGGCGACTCTATTTGCTACGGATTTCGGAAGT--AGTCA-CTG-------GAGTGACGTAATATAGGGAGCAGT-A--TTTTTTTAATGAGTGAAGAATATAT---TGTTAGCATGNTTTACGTA-CGTTT--TT-A--TA---------TGCTGATA---AT-GACA-------ATGTATTGGT-GATTATAAATTAGCTAA-CAAAAACATA-TGGTTTGTTATAATAG-TTTGCTTATTGTTTCAA-ACTG-GGAAAGAAATAATGGCAGATCCTGGTCTGTTTGGTTA-CCGATTATCG--ATATGATTTACTCGAATAAAACTGGAACAACAAGAAC-----GTT----GGG--G-C-TGTATATTANTCGAGTACAG-GTAATTTGCATANTTTATGCCGCAACTGTTGCTTTTGCGAC-GTTGGTTTTACAAGGCAGGCA---TAATCTAGCCAGTTTG--CATCAAGGCTGTATAAATCNT-CA----GCCATACAA--------------------T--TGA--------CT--TCGA------TGCTTTGNATCAATATTTTCTT
gi|1 : GTAAAATA--TTGTACGATTA-ATATTTCCTGATGCAAACAACAACTTAAGTTTAGA--AG--------GT-ACGTAACTCGA---GCTGTGTGA---AATG---GGTTA--TGAGTCAGCTGGACAATCGGTTGAATCTATTTGCTACAGATTTCGAAAAA--AGTCA-CTA-------GAGTGACATAATATAAGGAACAGTCA--TTTTTTTAATGATTGAATAATATAT---TGTTAGTATGCTTAACATA-CATTT--TT-AAATA---------TGCTAATA---AT-GACA-------ATGTATTGGT-GATTAGGTATTAGCGAA-TAAAAACATA-TGATTTGTTATAGTAA-GTTGTTTAATGTTTCAA-ACTG-GGAAAGAAATAATGGCAGATTCTGGTGTGCTTGGTTA-CCAATTATC------TGA---ACT--AATAAAACTGGAAGAAGAACAA------GTTCAAGAAG--G-C-TGTATATTAATCGAATACAG-GTAATTTGCACACTTTATTCTACAACTGTTGCTTTTGCAACTGTTTGTGTTACAAGGAAGGCA---TAATCTAGACAGTTTG--CATCACGGCTGTATAAATCAT-CT----GCCATACAA--------------------T----A--------CT--TTGA------TGATTTGCGTCAATATTTTCTT
gi|10 : ttGTCAACCGGGCGACTCTATTTGCTCCAGATTTCGGAAGT--AGTCA-CAG-------GAGTGACATATTATAG
gi|11 : gtttatttaaaTAT-TTAATCAAGTACAG-GAAGTTTGTATATTTTATTCCG-GATTTTTTTTTTTGAAAC-GTTGGTTT-ACAAAGAAGACA---TAATCTAGACAG-TTG--T-TCA--GTTGTATCAAatattgatgtacatggttatgatttgtgtagtatgatgctgatgtacat
gi|12 : caagaactaaaTTTATTATGAACTCCGGAAGT--CGTCA-CTATTCTCCAGTATGACGTAATATAGGGATCAGT-ATTTTTTTTTAATGAGTGACGA----------------ATGATTAACATA-CGTTT--TTCA--TA---------TGTTGATA---AT-GACcatt
gi|13 : AGCCAGTTTG--TATTAAGGCTGTATACATATT-TA----GACATACAA--------------------TCGTGAGCAATAGTCTGGTCGAATTTGTTGCTTTGAATCAATATTTTCTT
gi|14 : ACAAGGCATGCA---CAATCTAGCTAGTTGG--CATCAATACTGTATAAgt
gi|16 : tataTTTGTTAAGTTA-CCGAGTATTGGAATATGATTTGATCGAATAAAACcaaagcatgcacaatctag
gi|2 : ----GATACAAGCTATA---CAAGTTTAGATTAGTTTGCTAAATGACGTA-CTC----TGCTAT-TAG-ACAATC---GGTTTCTTTAGTCAACTGGACGAC--------TCTATTTGCTACGCATTTCGTAAGT--AGTCA-CTG-------GAGTG----AATATTGTTAGCA-T-A--CTTTT
gi|2 : GAGTGAA-----TAT---TGTTAGCATACTTT---TA-TGTTT--T--A--TA---------TGCTAATATAAAT-GACA-------ATGTATTGGTTAATTATAAAGCAGCTAA-CAAAAACATAGTGGTT-GTTATGTTAG-TTTGATTATTGTTT-AA-ACTT-GGAA-GAAATAATGATAATTCCTGATCTGTTTGGTTAACTGA-----A--GTATGATTCACCCGAATACAACTGGAACAA---GAAC-----ATT----GG-------TATATATTACTCGAGTACAATGTAATGTGACTTTTTTATGTCGCAACTGATGCTTTTTCGAC-GATGGTATAACAAGGCAGGCA---TAATCTTGCCAGTTTG--CATCAACGC---AT-----TT-CA----GCCATACAA--------------------T--atgttttatatgctaatataaatgacaatgtattggttaattataaagcagctaacaaaaacatagtggttgttatgttagtttgattattgtttaaacttggaagaaataatgataattcctgatctgtttggttaactgaagtatgattcacccgaatacaactggaacaagaacattggtatatattactcgagtacaatgtaatgtgacttttttatgtcgcaactgatgctttttcgacgatggtataacaaggcaggcataatcttgccagtttgcatcaacgcatttcagccatacaatctagtgtgatatattcccgtagactttgatgttttcatctatcgagttgtttttattactcactgtatttaacaagtttttat
gi|3 : gatacaagctatacaagtttagattagtttgctaaatgacgtactctgctattagacaatcggtttctttagtcaactggacgactctatttgctacgcatttcgtaagtagtcactgTACGTATTTCAGAAAT--AGACA-CTG-------GAGTGActagtgtgatatattcccgtagactttgatgttttcatctatcgagttgtttttattactcactgtatttaacaagtttttat
gi|3 : A---ATAGACA-------CTGGA---GT-GATTATAAATTCGCAAA-CGAAAATGCA-TTGTTTGTTAGAATAG-TCTGCTAATTGTTTCAACATAGCGGAAAGAAAGAATGGT-----CTGCTTTGTT-GGTTA-CTGATTATTG---------------GAATAAAACTGGAACAACAATAAC-----ATT----GGC--A-TATGTA-ATTAACGGAATACAG-GTAATGTGCATAACATATGCCGCAACTGTTGC-TTTGCGGC-GTTGCTTTTATAAGGCAGGTAGAGTAGT---GTCA--TTGATCACCAAGACTGTGCAAATGTA-CA----GCCATACAATGGTGTGCAATATAGTCCAGT--CGA--------CT--TCGA------TGTTTTGTATCAATATATTCTTttataaattcgcaaacgaaaatgcattgtttgttagaatagtctgctaattgtttcaacatagcggaaagaaagaatggtctgctttgttggttactgattattggaataaaactggaacaacaataacattggcatatgtaattaacggaatacaggtaatgtgcataacatatgccgcaactgttgctttgcggcgttgcttttataaggcaggtagagtagtgtcattgatcaccaagactgtgcaaatgtacagccatacaatggtgtgcaatatagtccagtcgacttcgatgttttgtatcaatatattcttgttatccttctgtttttgtatta
gi|4 : tacgtatttcagaGTAAAGTACATTG--CGATTACGTATT----GATATGAAAAGTA---AATATTAAAA--AGT-----A--T-AATTAATTTGGAATGCTAT-TGATGGAATGTAGAGTAA--TTAGTTGACCGGCCGACCGGGCGACCCTATTTACTACGGATTTCGCAAGT--AGTCA-ATG-------GAATGACGCAATCTACGGAACAGT-A--GTTTTTGAATGAGTGAAGAATACAT---TGTTATAATGGTTTACATA-CATTTTGTT-A--TA---------TGCTGATA---AT-AACA-------ATGCAT--------------TTAGATAA-CAAAAACAAA-TGGATATTTATAATAG-CTTGCTTGTTATTTTAA-ACTG-GGAAA-AAATAATGGCAGACCCTGGTCTGTTTACTTA-CAGAATATCGTAATATGAgttatccttctgtttttgtatta
gi|5 : taACA-------ATGTAGTGGT-GATCATAAATTAGCTAA-TAAAA-CAAA-TGAATTGTTATGATAG-CCAGCCTAATGTTACAA-ACTG-GGAAAGAAATAATAACAGAT--TTGTTT-TTTGGACA-CCATTTAATGAAATGTGATTTACTCGAATAGAATTGAAAGAACAAGAACTTTCGGTT----TGGTAA-T-TGTATATTACTCAAGTATAT-GTAATTTGCATACTTT
gi|5 : TCTAGCCAGTATA--CATCAAGGATGTTTAAATCATCCAAAATGGCGTGCAATATTACCCTG----------T--CGA--------CT--TTAA------TGCTTTGAcaaaaataggaatttctagccagtatacatcaaggatgtttaaatcatccaaaatggcgtgcaatattaccctgtcgactttaatgctttgaaata
gi|6 : acaatgtagtggtgatcataaattagctaataaaacaaatgaattgttatgatagccagcctaatgttacaaactgggaaagaaataataacagatttgttttttggacaccatttaatgaaatgtgatttactcgaatagaattgaaagaacaagaactttcggtttggtaattgtatattactcaagtatatgtaatttgcatactttcaaaaataggaattCTT-GGAAATAAATAATGACAGAATCGGATCTGTCTGTTTA-CCGATTATTAGTATATTATTTACTCGAATAAA-CTTGAACAATAAAAAT-----GTT----GGT--GTC-TGTATAATACTCGAGT-TAG-GTAATTTGCATAATTCATGCCGCAACTGTTGATTTTGAGAT-GTTTGTTTTACAGGACAGGCA---TGACATAGCTAGTTTG--CATCAAGGTTGTA-GAATGTT-CA----GCCATACAA--------------------T--ata
gi|7 : CTACGGACTCC-----TCCAGCCA-----------GAGTGACTTAATTAAGGGAGCTGT-AC-TTTTTTTAATTAGTGAAGA--------------GCA----------A----TT--TT-A--TA---------GGCTGATG---AT-AACA-------ATGAATTTGC-GAATATAAATTAGTTAAACAAAAACATA-TGGGTTGTTATAATTG-TTGGTTTATTGTTTCAA-ACTG-GGGTAGAAATAATGAGATATCCTGGTTTGCTTGGCTA-CCGATCATCGGAATATGATTTACTCGAATAAAACTaatgtgcaatatagtccgttcgactttctttatacttttggtgtgtttcaaactcccttattttgaaagtttacttat
gi|8 : CGGAAGA--AGTTAACTT-------AGGTGACACAAAATAGGAAGCAGC-A--TTTTTTGAACGAGTAAAGAATATATAATTGTTATCATTATTTACACAATTTTT--TT-A--TAAAATCGTTATGCTGATA---AT-GACA-------TTG-ATTGGT-GATTATAAATTAGCCAA-CAAAACCATA-TCGTTTGTAACTATAG-TTTGCTTATTATTTCAA-ATT
gi|9 : ATATAT---TGTTAGTATGGTTTACGCA-CGTTT--GT-A--TA---------TGCTGATA---AT-TATAACCATTTATGTATTTGT-GACAACAAATCAGCTAA-C-AGAGCATA-TGGTTTGTTA-AATAGATTTACGTGTTTTTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CATATGATTGTGTGCAATTTAGTCCCGTTGACTTTGATGATTTGAGTCAATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 11 1 2222 2222 11 66666666666 33333 111 333 222 11 11111111111 11 1111111111111111 111 222222222 11111111 55555555555555555555555 111 1111 0000000000000000000000000000000000 11 222222
lowQualScore : 88 88 5 8888 0 4444 88 11111111111 7 66666 777 333 333 88 0 0 1 2 22 2 1 66 88888888888 4 6 55 3 9999999999999999 44 1 0 777 77 5 77 222222222 5 66666666 5 222 5 5 2 5 6 2 5 5 5 0 0 55 1 0 0 0 2 1 0 0 5 1 66666666666666666666666 1 6 1 0 8 11 111 0 0 66 0 2 88 4444 8888888888888888888888888888888888 33 888888 0 1
lowQualScore : .. .. . .... . .... .. ........... . ..... ... ... ... .. . . . . .. . . .. ........... . . .. . ................ .. . . ... .. . .. ......... . ........ . ... . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . ....................... . . . . . .. ... . . .. . . .. .... .................................. .. ...... . .
lowQualScore : 00 55 0 3333 7 3333 33 00000000000 3 00000 777 333 333 33 7 7 0 5 88 5 4 99 11111111111 0 7 88 0 6666666666666666 44 9 7 666 99 7 99 999999999 0 55555555 2 888 0 0 0 0 6 0 0 7 7 1 7 66 1 4 2 2 0 4 7 8 0 0 00000000000000000000000 0 7 0 8 0 88 777 7 1 99 1 0 77 2222 8888888888888888888888888888888888 88 888888 2 0
consensus : NNGTAAAGTACATTGTACGATTACGTATT----GATACGAACAATAA---AAGTTTAGA--AGT------AGT-ACGTAACTCGG--TGCTAT-T-GA---AATG---GGTTA--TTAGTCGACCGGNCGACCGGGCGACTCTATTTGCTACGGATTTCGGAAGT--AGTCA-CTG-------GAGTGACGTAATATAGGGAGCAGT-A--TTTTTTTAATGAGTGAAGAATATAT---TGTTAGTATGNTTTACATA-CGTTT--TT-A--TA---------TGCTGATAAT-GACA-------ATGTATTGG-TGATTATAAATTAGCTAA-CAAAAACATA-TGGTTTGTTATAATAG-TTTGCTTATTGTTTCAA-ACTG-GGAAAGAAATAATGGCAGATCCTGGTCTGTTTGGTTACCGATTATCGGAATATGATTTACTCGAATAAAACTGGAANAACAANAA----CG--TT-----GGC-G-C-TGTATATTANTCGAGTACAG-GTAATTTGCATANTTTATGCCGCAACTGTTGCTTTTGCGAC-GTTGGTTTTACAAGGCAGGCA---TAATCTAGCCAGTTTG--CATCAAGGCTGTATAAAT-ATTCA----GCCATACAA--------------------TC--GA--------CT--TCGA------TGCTTTGNATCAATATTTTCTT
Reference ( family-1161 ) : NNGTAAAGTACATTGTACGATTACGTATT----GATACGAACAATAN---AAGTTTAGA--AGT------AGT-ACGTAACTCGG--TGCTAT-T-GA--GAATG---GGTTA--TTAGTCGACCGGNCGACCGGGCGACTCTATTTGCTACGGATTTCGGAAGT--AGTCA-CTG-------GAGTGACGTAATATAGGGAGCAGT-A--TTTTTTTAATGAGTGAAGAATATAT---TGTTAGCATGNTTTACATA-CGTTT--TT-A--TA---------TGCTGATAAT-GACA-------ATGTATTGG-TGATTATAAATTAGCTAA-CAAAAACATA-TGGTTTGTTATAATAG-TTTGCTTATTGTTTCAA-ACTG-GGAAAGAAATAATGGCAGATCCTGGTCTGTTTGGTTACCGATTATCGGAATATGATTTACTCGAATAAAACTGGAACAACAANAA----CG--TT-----GGC-G-C-TGTATATTANTCGAGTACAG-GTAATTTGCATANTTTATGCCGCAACTGTTGCTTTTGCGAC-GTTGGTTTTACAAGGCAGGCA---TAATCTAGCCAGTTTG--CATCAAGGCTGTATAAAT-NTTCA----GCCATACAA--------------------TC--GA--------CT--TCGA------TGCTTTGNATCAATATTTTCTT
gi|1 : GTAAAATA--TTGTACGATTA-ATATTTCCTGATGCAAACAACAACTTAAGTTTAGA--AG--------GT-ACGTAACTCGA---GCTGTGT-GA---AATG---GGTTA--TGAGTCAGCTGGACAATCGGTTGAATCTATTTGCTACAGATTTCGAAAAA--AGTCA-CTA-------GAGTGACATAATATAAGGAACAGTCA--TTTTTTTAATGATTGAATAATATAT---TGTTAGTATGCTTAACATA-CATTT--TT-AAATA---------TGCTAATAAT-GACA-------ATGTATTGG-TGATTAGGTATTAGCGAA-TAAAAACATA-TGATTTGTTATAGTAA-GTTGTTTAATGTTTCAA-ACTG-GGAAAGAAATAATGGCAGATTCTGGTGTGCTTGGTTACCAATTATC------TGA---ACT--AATAAAACTGGAAGAAGAACAA-----G--TTCAAGAAG--G-C-TGTATATTAATCGAATACAG-GTAATTTGCACACTTTATTCTACAACTGTTGCTTTTGCAACTGTTTGTGTTACAAGGAAGGCA---TAATCTAGACAGTTTG--CATCACGGCTGTATAAAT-CATCT----GCCATACAA--------------------T----A--------CT--TTGA------TGATTTGCGTCAATATTTTCTT
gi|10 : ttGTCAACCGGGCGACTCTATTTGCTCCAGATTTCGGAAGT--AGTCA-CAG-------GAGTGACATATTATAG
gi|11 : gtttatttaaaTAT-TTAATCAAGTACAG-GAAGTTTGTATATTTTATTCCG-GATTTTTTTTTTTGAAAC-GTTGG-TTTACAAAGAAGACA---TAATCTAGACAG-TTG--T-TCA--GTTGTATCAAC-ATTatattgatgtacatggttatgatttgtgtagtatgatgctgatgtacat
gi|12 : caagaactaaaTTTATTATGAACTCCGGAAGT--CGTCA-CTATTCTCCAGTATGACGTAATATAGGGATCAGT-ATTTTTTTTTAATGAGTGACGA----------------ATGATTAACATA-CGTTT--TTCA--TA---------TGTTGATAAT-GAC
gi|13 : AGCCAGTTTG--TATTAAGGCTGTATACAT-ATTTA----GACATACAA--------------------TCGTGAGCAATAGTCTGGTCGAATTTGTTGCTTTGAATCAATATTTTCTT
gi|14 : ACAAGGCATGCA---CAATCTAGCTAGTTGG--CATCAATACTGTATAAgt
gi|16 : tataTTTGTTAAGTTACCGAGTATTGGAATATGATTTGATCGAATAAAACcaaagcatgcacaatctag
gi|2 : ----GATACAAGCTATAC---AAGTTTAGATTAGTTTGCTAAATGACGTA-CTC----TGCTAT-TAGA--CAATC---GGTTTCTTTAGTCAACTGGACGAC--------TCTATTTGCTACGCATTTCGTAAGT--AGTCA-CTG-------GAGTG----AATATTGTTAGCA-T-A--CTTT----------------TATGT---T-TTA-TATGC--TA-ATA---------T-A--AA---------T---GACAAT-G-------------TATTGGTTAATTATAAAGCAGCTAA-CAAAAACATAGTGG-TTGTTATGTTAG-TTTGATTATTGTTT-AA-ACTT-GG-AAGAAATAATGATAATTCCTGATCTGTTTGGTTA------ACTGAAGTATGATTCACCCGAATACAACTGG---AACAAGAA----CA--TT-----GG------TATATATTACTCGAGTACAATGTAATGTGACTTTTTTATGTCGCAACTGATGCTTTTTCGAC-GATGGTATAACAAGGCAGGCA---TAATCTTGCCAGTTTG--CATCAACGC---AT------TTCA----GCCATACAA--------------------TC--
gi|3 : TACGTATTTCAGAAAT--AGACA-CTG-------GAGTGAtagtgtgatatattcccgtagactttgatgttttcatctatcgagttgtttttattactcactgtatttaacaagtttttat
gi|3 : AATAGACA-------CTGGA---G-TGATTATAAATTCGCAAA-CGAAAATGCA-TTGTTTGTTAGAATAG-TCTGCTAATTGTTTCAACATAGCGGAAAGAAAGAATGGT-----CTGCTTTGTT-GGTTACTGATTATTGGAAT---------------AAAACTGGAACAACAATAA----CA--TT-----GGC-A-TATGTA-ATTAACGGAATACAG-GTAATGTGCATAACATATGCCGCAACTGTTGC-TTTGCGGC-GTTGCTTTTATAAGGCAGGTAGAGTAGT---GTCA--TTGATCACCAAGACTGTGCAAAT-GTACA----GCCATACAATGGTGTGCAATATAGTCCAGTC--GA--------CT--TCGA------TGTTTTGTATCAATATATTCTTttataaattcgcaaacgaaaatgcattgtttgttagaatagtctgctaattgtttcaacatagcggaaagaaagaatggtctgctttgttggttactgattattggaataaaactggaacaacaataacattggcatatgtaattaacggaatacaggtaatgtgcataacatatgccgcaactgttgctttgcggcgttgcttttataaggcaggtagagtagtgtcattgatcaccaagactgtgcaaatgtacagccatacaatggtgtgcaatatagtccagtcgacttcgatgttttgtatcaatatattcttgttatccttctgtttttgtatta
gi|4 : tacgtatttcagaGTAAAGTACATTG--CGATTACGTATT----GATATGAAAAGTAA---ATATTAAAA--AGT------A-T-AATTAATTTGGAATGCTAT-T-GATGGAATGTAGAGTAA--TTAGTTGACCGGCCGACCGGGCGACCCTATTTACTACGGATTTCGCAAGT--AGTCA-ATG-------GAATGACGCAATCTACGGAACAGT-A--GTTTTTGAATGAGTGAAGAATACAT---TGTTATAATGGTTTACATA-CATTTTGTT-A--TA---------TGCTGATAAT-AACA-------ATGCAT--------------TTAGATAA-CAAAAACAAA-TGGATATTTATAATAG-CTTGCTTGTTATTTTAA-ACTG-GGAAA-AAATAATGGCAGACCCTGGTCTGTTTACTTACAGAATATCGTAATATGAgttatccttctgtttttgtatta
gi|5 : taACA-------ATGTAGTGG-TGATCATAAATTAGCTAA-TAAAA-CAAA-TGAATTGTTATGATAG-CCAGCCTAATGTTACAA-ACTG-GGAAAGAAATAATAACAGAT--TTGTTT-TTTGGACACCATTTAATGAAATGTGATTTACTCGAATAGAATTGAAAGAACAAGAACTTTCGGTTT-----GGTAA-T-TGTATATTACTCAAGTATAT-GTAATTTGCATACTTT
gi|5 : TCTAGCCAGTATA--CATCAAGGATGTTTAAATCATCCAAAATGGCGTGCAATATTACCCTG----------TC--GA--------CT--TTAA------TGCTTTGAcaaaaataggaatttctagccagtatacatcaaggatgtttaaatcatccaaaatggcgtgcaatattaccctgtcgactttaatgctttgaaata
gi|6 : acaatgtagtggtgatcataaattagctaataaaacaaatgaattgttatgatagccagcctaatgttacaaactgggaaagaaataataacagatttgttttttggacaccatttaatgaaatgtgatttactcgaatagaattgaaagaacaagaactttcggtttggtaattgtatattactcaagtatatgtaatttgcatactttcaaaaataggaattCTT-GGAAATAAATAATGACAGAATCGGATCTGTCTGTTTACCGATTATTAGTATATTATTTACTCGAATAAA-CTTGAACAATAAAAA----TG--TT-----GGT-GTC-TGTATAATACTCGAGT-TAG-GTAATTTGCATAATTCATGCCGCAACTGTTGATTTTGAGAT-GTTTGTTTTACAGGACAGGCA---TGACATAGCTAGTTTG--CATCAAGGTTGTA-GAAT-GTTCA----GCCATACAA--------------------Tata
gi|7 : CTACGGACTCC-----TCCAGCCA-----------GAGTGACTTAATTAAGGGAGCTGT-AC-TTTTTTTAATTAGTGAAGA--------------GCA----------A----TT--TT-A--TA---------GGCTGATGAT-AACA-------ATGAATTTG-CGAATATAAATTAGTTAAACAAAAACATA-TGGGTTGTTATAATTG-TTGGTTTATTGTTTCAA-ACTG-GGGTAGAAATAATGAGATATCCTGGTTTGCTTGGCTACCGATCATCGGAATATGATTTACTCGAATAAAACTaatgtgcaatatagtccgttcgactttctttatacttttggtgtgtttcaaactcccttattttgaaagtttacttat
gi|8 : CGGAAGA--AGTTAACTT-------AGGTGACACAAAATAGGAAGCAGC-A--TTTTTTGAACGAGTAAAGAATATATAATTGTTATCATTATTTACACAATTTTT--TT-A--TAAAATCGTTATGCTGATAAT-GACA-------TTG-ATTGG-TGATTATAAATTAGCCAA-CAAAACCATA-TCGTTTGTAACTATAG-TTTGCTTATTATTTCAA-ATT
gi|9 : ATATAT---TGTTAGTATGGTTTACGCA-CGTTT--GT-A--TA---------TGCTGATAAT-TATAACCATTTATGTATTTG-TGACAACAAATCAGCTAA-C-AGAGCATA-TGGTTTGTTA-AATAGATTTACGTGTTTTTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CATATGATTGTGTGCAATTTAGTCCCGTTGACTTTGATGATTTGAGTCAATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 11 1 2222 222 11 66666666666 33333 111 333 222 11 11111111111 11 11111111111111111 111 2222222222 11111111 55555555555555555555555 111 1111 0000000000000000000000000000000000 11 222222
lowQualScore : 88 88 5 8888 0 333 88 11111111111 7 66666 777 666 333 88 0 0 1 2 22 2 1 66 88888888888 4 6 55 3 44444444444444444 44 1 0 777 77 5 77 4444444444 88 66666666 5 222 5 5 2 5 6 2 5 5 5 0 0 55 1 0 0 0 2 1 0 0 3 1 66666666666666666666666 1 6 1 0 8 11 111 0 0 66 0 2 77 4444 8888888888888888888888888888888888 33 888888 0 1
lowQualScore : .. .. . .... . ... .. ........... . ..... ... ... ... .. . . . . .. . . .. ........... . . .. . ................. .. . . ... .. . .. .......... .. ........ . ... . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . ....................... . . . . . .. ... . . .. . . .. .... .................................. .. ...... . .
lowQualScore : 00 55 0 3333 7 333 33 00000000000 3 00000 777 777 333 33 7 7 0 5 88 5 4 99 11111111111 0 7 88 0 22222222222222222 44 9 7 666 99 7 99 3333333333 44 55555555 2 888 0 0 0 0 6 0 0 7 7 1 7 66 1 4 2 2 0 4 7 8 8 0 00000000000000000000000 0 7 0 8 0 88 777 7 1 99 1 0 99 2222 8888888888888888888888888888888888 88 888888 2 0
consensus : NNGTAAAGTACATTGTACGATTACGTATT----GATACGAACAATAA---AAGTTTAGA--AGT------AGT-ACGTAACTCGG--TGCTAT-T-GAC--AATG---GGTTA--TTAGTCGACCGGNCGACCGGGCGACTCTATTTGCTACGGATTTCGGAAGT--AGTCA-CTG-------GAGTGACGTAATATAGGGAGCAGT-A--TTTTTTTAATGAGTGAAGAATATAT---TGTTAGTATGNTTTACATA-CGTTT--TT-A--TA---------TGCTGATAAT-GACA-------ATGTATTGG-TGATTATAAATTAGCTAA-CAAAAACATA-TGGTTTGTTATAATAG-TTTGCTTATTGTTTCAA-ACTG-GGAAAGAAATAATGGCAGATCCTGGTCTGTTTGGTTACCGATTATCGGAATATGATTTACTCGAATAAAACTGGAANAACAANAA----CG--TT-----GGC-G-C-TGTATATTANTCGAGTACAG-GTAATTTGCATANTTTATGCCGCAACTGTTGCTTTTGCGAC-GTTGGTTTTACAAGGCAGGCA---TAATCTAGCCAGTTTG--CATCAAGGCTGTATAAAT-ATTCA----GCCATACAA--------------------TC--GA--------CT--TCGA------TGCTTTGNATCAATATTTTCTT
Reference ( family-1161 ) : NNGTAAAGTACATTGTACGATTACGTATT----GATACGAACAATAA---AAGTTTAGA--AGT------AGT-ACGTAACTCGG--TGCTAT-T-GA---AATG---GGTTA--TTAGTCGACCGGNCGACCGGGCGACTCTATTTGCTACGGATTTCGGAAGT--AGTCA-CTG-------GAGTGACGTAATATAGGGAGCAGT-A--TTTTTTTAATGAGTGAAGAATATAT---TGTTAGTATGNTTTACATA-CGTTT--TT-A--TA---------TGCTGATAAT-GACA-------ATGTATTGG-TGATTATAAATTAGCTAA-CAAAAACATA-TGGTTTGTTATAATAG-TTTGCTTATTGTTTCAA-ACTG-GGAAAGAAATAATGGCAGATCCTGGTCTGTTTGGTTACCGATTATCGGAATATGATTTACTCGAATAAAACTGGAANAACAANAA----CG--TT-----GGC-G-C-TGTATATTANTCGAGTACAG-GTAATTTGCATANTTTATGCCGCAACTGTTGCTTTTGCGAC-GTTGGTTTTACAAGGCAGGCA---TAATCTAGCCAGTTTG--CATCAAGGCTGTATAAAT-ATTCA----GCCATACAA--------------------TC--GA--------CT--TCGA------TGCTTTGNATCAATATTTTCTT
gi|1 : GTAAAATA--TTGTACGATTA-ATATTTCCTGATGCAAACAACAACTTAAGTTTAGA--AG--------GT-ACGTAACTCGA---GCTGTGT-GA---AATG---GGTTA--TGAGTCAGCTGGACAATCGGTTGAATCTATTTGCTACAGATTTCGAAAAA--AGTCA-CTA-------GAGTGACATAATATAAGGAACAGTCA--TTTTTTTAATGATTGAATAATATAT---TGTTAGTATGCTTAACATA-CATTT--TT-AAATA---------TGCTAATAAT-GACA-------ATGTATTGG-TGATTAGGTATTAGCGAA-TAAAAACATA-TGATTTGTTATAGTAA-GTTGTTTAATGTTTCAA-ACTG-GGAAAGAAATAATGGCAGATTCTGGTGTGCTTGGTTACCAATTATC------TGA---ACT--AATAAAACTGGAAGAAGAACAA-----G--TTCAAGAAG--G-C-TGTATATTAATCGAATACAG-GTAATTTGCACACTTTATTCTACAACTGTTGCTTTTGCAACTGTTTGTGTTACAAGGAAGGCA---TAATCTAGACAGTTTG--CATCACGGCTGTATAAAT-CATCT----GCCATACAA--------------------T----A--------CT--TTGA------TGATTTGCGTCAATATTTTCTT
gi|10 : ttGTCAACCGGGCGACTCTATTTGCTCCAGATTTCGGAAGT--AGTCA-CAG-------GAGTGACATATTATAG
gi|11 : gtttatttaaaTAT-TTAATCAAGTACAG-GAAGTTTGTATATTTTATTCCG-GATTTTTTTTTTTGAAAC-GTTGG-TTTACAAAGAAGACA---TAATCTAGACAG-TTG--T-TCA--GTTGTATCAAC-ATTatattgatgtacatggttatgatttgtgtagtatgatgctgatgtacat
gi|12 : caagaactaaaTTTATTATGAACTCCGGAAGT--CGTCA-CTATTCTCCAGTATGACGTAATATAGGGATCAGT-ATTTTTTTTTAATGAGTGACGA----------------ATGATTAACATA-CGTTT--TTCA--TA---------TGTTGATAAT-GAC
gi|13 : AGCCAGTTTG--TATTAAGGCTGTATACAT-ATTTA----GACATACAA--------------------TCGTGAGCAATAGTCTGGTCGAATTTGTTGCTTTGAATCAATATTTTCTT
gi|14 : ACAAGGCATGCA---CAATCTAGCTAGTTGG--CATCAATACTGTATAAgt
gi|16 : tataTTTGTTAAGTTACCGAGTATTGGAATATGATTTGATCGAATAAAACcaaagcatgcacaatctag
gi|2 : ----GATACAAGCTATAC---AAGTTTAGATTAGTTTGCTAAATGACGTA-CTC----TGCTAT-TAGAC--AATC---GGTTTCTTTAGTCAACTGGACGAC--------TCTATTTGCTACGCATTTCGTAAGT--AGTCA-CTG-------GAGTG----AATATTGTTAGCA-T-A--CTTT----------------TATGT---T-TTA-TATGC--TA-ATA---------T-A--AA------------TGACAAT--------------GTATTGGTTAATTATAAAGCAGCTAA-CAAAAACATAGTGG-TTGTTATGTTAG-TTTGATTATTGTTT-AA-ACTT-GG-AAGAAATAATGATAATTCCTGATCTGTTTGGTTA------ACTGAAGTATGATTCACCCGAATACAACTGG---AACAAGAA----CA--TT-----GG------TATATATTACTCGAGTACAATGTAATGTGACTTTTTTATGTCGCAACTGATGCTTTTTCGAC-GATGGTATAACAAGGCAGGCA---TAATCTTGCCAGTTTG--CATCAACGC---AT------TTCA----GCCATACAA--------------------TC--
gi|3 : TACGTATTTCAGAAAT--AGACA-CTG-------GAGTGAtagtgtgatatattcccgtagactttgatgttttcatctatcgagttgtttttattactcactgtatttaacaagtttttat
gi|3 : AATAGACA-------CTGGA---G-TGATTATAAATTCGCAAA-CGAAAATGCA-TTGTTTGTTAGAATAG-TCTGCTAATTGTTTCAACATAGCGGAAAGAAAGAATGGT-----CTGCTTTGTT-GGTTACTGATTATTGGAAT---------------AAAACTGGAACAACAATAA----CA--TT-----GGC-A-TATGTA-ATTAACGGAATACAG-GTAATGTGCATAACATATGCCGCAACTGTTGC-TTTGCGGC-GTTGCTTTTATAAGGCAGGTAGAGTAGT---GTCA--TTGATCACCAAGACTGTGCAAAT-GTACA----GCCATACAATGGTGTGCAATATAGTCCAGTC--GA--------CT--TCGA------TGTTTTGTATCAATATATTCTTttataaattcgcaaacgaaaatgcattgtttgttagaatagtctgctaattgtttcaacatagcggaaagaaagaatggtctgctttgttggttactgattattggaataaaactggaacaacaataacattggcatatgtaattaacggaatacaggtaatgtgcataacatatgccgcaactgttgctttgcggcgttgcttttataaggcaggtagagtagtgtcattgatcaccaagactgtgcaaatgtacagccatacaatggtgtgcaatatagtccagtcgacttcgatgttttgtatcaatatattcttgttatccttctgtttttgtatta
gi|4 : tacgtatttcagaGTAAAGTACATTG--CGATTACGTATT----GATATGAAAAGTAA---ATATTAAAA--AGT------A-T-AATTAATTTGGAATGCTAT-T-GATGGAATGTAGAGTAA--TTAGTTGACCGGCCGACCGGGCGACCCTATTTACTACGGATTTCGCAAGT--AGTCA-ATG-------GAATGACGCAATCTACGGAACAGT-A--GTTTTTGAATGAGTGAAGAATACAT---TGTTATAATGGTTTACATA-CATTTTGTT-A--TA---------TGCTGATAAT-AACA-------ATGCAT--------------TTAGATAA-CAAAAACAAA-TGGATATTTATAATAG-CTTGCTTGTTATTTTAA-ACTG-GGAAA-AAATAATGGCAGACCCTGGTCTGTTTACTTACAGAATATCGTAATATGAgttatccttctgtttttgtatta
gi|5 : taACA-------ATGTAGTGG-TGATCATAAATTAGCTAA-TAAAA-CAAA-TGAATTGTTATGATAG-CCAGCCTAATGTTACAA-ACTG-GGAAAGAAATAATAACAGAT--TTGTTT-TTTGGACACCATTTAATGAAATGTGATTTACTCGAATAGAATTGAAAGAACAAGAACTTTCGGTTT-----GGTAA-T-TGTATATTACTCAAGTATAT-GTAATTTGCATACTTT
gi|5 : TCTAGCCAGTATA--CATCAAGGATGTTTAAATCATCCAAAATGGCGTGCAATATTACCCTG----------TC--GA--------CT--TTAA------TGCTTTGAcaaaaataggaatttctagccagtatacatcaaggatgtttaaatcatccaaaatggcgtgcaatattaccctgtcgactttaatgctttgaaata
gi|6 : acaatgtagtggtgatcataaattagctaataaaacaaatgaattgttatgatagccagcctaatgttacaaactgggaaagaaataataacagatttgttttttggacaccatttaatgaaatgtgatttactcgaatagaattgaaagaacaagaactttcggtttggtaattgtatattactcaagtatatgtaatttgcatactttcaaaaataggaattCTT-GGAAATAAATAATGACAGAATCGGATCTGTCTGTTTACCGATTATTAGTATATTATTTACTCGAATAAA-CTTGAACAATAAAAA----TG--TT-----GGT-GTC-TGTATAATACTCGAGT-TAG-GTAATTTGCATAATTCATGCCGCAACTGTTGATTTTGAGAT-GTTTGTTTTACAGGACAGGCA---TGACATAGCTAGTTTG--CATCAAGGTTGTA-GAAT-GTTCA----GCCATACAA--------------------Tata
gi|7 : CTACGGACTCC-----TCCAGCCA-----------GAGTGACTTAATTAAGGGAGCTGT-AC-TTTTTTTAATTAGTGAAG--------------AGCA----------A----TT--TT-A--TA---------GGCTGATGAT-AACA-------ATGAATTTG-CGAATATAAATTAGTTAAACAAAAACATA-TGGGTTGTTATAATTG-TTGGTTTATTGTTTCAA-ACTG-GGGTAGAAATAATGAGATATCCTGGTTTGCTTGGCTACCGATCATCGGAATATGATTTACTCGAATAAAACTaatgtgcaatatagtccgttcgactttctttatacttttggtgtgtttcaaactcccttattttgaaagtttacttat
gi|8 : CGGAAGA--AGTTAACTT-------AGGTGACACAAAATAGGAAGCAGC-A--TTTTTTGAACGAGTAAAGAATATATAATTGTTATCATTATTTACACAATTTTT--TT-A--TAAAATCGTTATGCTGATAAT-GACA-------TTG-ATTGG-TGATTATAAATTAGCCAA-CAAAACCATA-TCGTTTGTAACTATAG-TTTGCTTATTATTTCAA-ATT
gi|9 : ATATAT---TGTTAGTATGGTTTACGCA-CGTTT--GT-A--TA---------TGCTGATAAT-TATAACCATTTATGTATTTG-TGACAACAAATCAGCTAA-C-AGAGCATA-TGGTTTGTTA-AATAGATTTACGTGTTTTTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CATATGATTGTGTGCAATTTAGTCCCGTTGACTTTGATGATTTGAGTCAATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 11 1 2222 222 11 66666666666 33333 111 333 222 11 11111111111 11 11111111111111111 111 2222222222 11111111 55555555555555555555555 111 1111 0000000000000000000000000000000000 11 222222
lowQualScore : 88 88 5 8888 0 333 88 11111111111 7 66666 777 000 333 88 0 0 1 2 22 2 1 66 88888888888 4 6 55 3 44444444444444444 44 1 0 777 77 5 77 4444444444 88 66666666 5 222 5 5 2 5 6 2 5 5 5 0 0 55 1 0 0 0 2 1 0 0 3 1 66666666666666666666666 1 6 1 0 8 11 111 0 0 66 0 2 77 4444 8888888888888888888888888888888888 33 888888 0 1
lowQualScore : .. .. . .... . ... .. ........... . ..... ... ... ... .. . . . . .. . . .. ........... . . .. . ................. .. . . ... .. . .. .......... .. ........ . ... . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . ....................... . . . . . .. ... . . .. . . .. .... .................................. .. ...... . .
lowQualScore : 00 55 0 3333 7 333 33 00000000000 3 00000 777 333 333 33 7 7 0 5 88 5 4 99 11111111111 0 7 88 0 22222222222222222 44 9 7 666 99 7 99 3333333333 44 55555555 2 888 0 0 0 0 6 0 0 7 7 1 7 66 1 4 2 2 0 4 7 8 8 0 00000000000000000000000 0 7 0 8 0 88 777 7 1 99 1 0 99 2222 8888888888888888888888888888888888 88 888888 2 0
consensus : NNGTAAAGTACATTGTACGATTACGTATT----GATACGAACAATAA---AAGTTTAGA--AGT------AGT-ACGTAACTCGG--TGCTAT-T-GAC--AATG---GGTTA--TTAGTCGACCGGNCGACCGGGCGACTCTATTTGCTACGGATTTCGGAAGT--AGTCA-CTG-------GAGTGACGTAATATAGGGAGCAGT-A--TTTTTTTAATGAGTGAAGAATATAT---TGTTAGTATGNTTTACATA-CGTTT--TT-A--TA---------TGCTGATAAT-GACA-------ATGTATTGG-TGATTATAAATTAGCTAA-CAAAAACATA-TGGTTTGTTATAATAG-TTTGCTTATTGTTTCAA-ACTG-GGAAAGAAATAATGGCAGATCCTGGTCTGTTTGGTTACCGATTATCGGAATATGATTTACTCGAATAAAACTGGAANAACAANAA----CG--TT-----GGC-G-C-TGTATATTANTCGAGTACAG-GTAATTTGCATANTTTATGCCGCAACTGTTGCTTTTGCGAC-GTTGGTTTTACAAGGCAGGCA---TAATCTAGCCAGTTTG--CATCAAGGCTGTATAAAT-ATTCA----GCCATACAA--------------------TC--GA--------CT--TCGA------TGCTTTGNATCAATATTTTCTT
Reference ( family-1161 ) : NNGTAAAGTACATTGTACGATTACGTATT----GATACGAACAATAA---AAGTTTAGA--AGT------AGT-ACGTAACTCGG--TGCTAT-T-GAC--AATG---GGTTA--TTAGTCGACCGGNCGACCGGGCGACTCTATTTGCTACGGATTTCGGAAGT--AGTCA-CTG-------GAGTGACGTAATATAGGGAGCAGT-A--TTTTTTTAATGAGTGAAGAATATAT---TGTTAGTATGNTTTACATA-CGTTT--TT-A--TA---------TGCTGATAAT-GACA-------ATGTATTGG-TGATTATAAATTAGCTAA-CAAAAACATA-TGGTTTGTTATAATAG-TTTGCTTATTGTTTCAA-ACTG-GGAAAGAAATAATGGCAGATCCTGGTCTGTTTGGTTACCGATTATCGGAATATGATTTACTCGAATAAAACTGGAANAACAANAA----CG--TT-----GGC-G-C-TGTATATTANTCGAGTACAG-GTAATTTGCATANTTTATGCCGCAACTGTTGCTTTTGCGAC-GTTGGTTTTACAAGGCAGGCA---TAATCTAGCCAGTTTG--CATCAAGGCTGTATAAAT-ATTCA----GCCATACAA--------------------TC--GA--------CT--TCGA------TGCTTTGNATCAATATTTTCTT
gi|1 : GTAAAATA--TTGTACGATTA-ATATTTCCTGATGCAAACAACAACTTAAGTTTAGA--AG--------GT-ACGTAACTCGA---GCTGTGT-GA---AATG---GGTTA--TGAGTCAGCTGGACAATCGGTTGAATCTATTTGCTACAGATTTCGAAAAA--AGTCA-CTA-------GAGTGACATAATATAAGGAACAGTCA--TTTTTTTAATGATTGAATAATATAT---TGTTAGTATGCTTAACATA-CATTT--TT-AAATA---------TGCTAATAAT-GACA-------ATGTATTGG-TGATTAGGTATTAGCGAA-TAAAAACATA-TGATTTGTTATAGTAA-GTTGTTTAATGTTTCAA-ACTG-GGAAAGAAATAATGGCAGATTCTGGTGTGCTTGGTTACCAATTATC------TGA---ACT--AATAAAACTGGAAGAAGAACAA-----G--TTCAAGAAG--G-C-TGTATATTAATCGAATACAG-GTAATTTGCACACTTTATTCTACAACTGTTGCTTTTGCAACTGTTTGTGTTACAAGGAAGGCA---TAATCTAGACAGTTTG--CATCACGGCTGTATAAAT-CATCT----GCCATACAA--------------------T----A--------CT--TTGA------TGATTTGCGTCAATATTTTCTT
gi|10 : ttGTCAACCGGGCGACTCTATTTGCTCCAGATTTCGGAAGT--AGTCA-CAG-------GAGTGACATATTATAG
gi|11 : gtttatttaaaTAT-TTAATCAAGTACAG-GAAGTTTGTATATTTTATTCCG-GATTTTTTTTTTTGAAAC-GTTGG-TTTACAAAGAAGACA---TAATCTAGACAG-TTG--T-TCA--GTTGTATCAAC-ATTatattgatgtacatggttatgatttgtgtagtatgatgctgatgtacat
gi|12 : caagaactaaaTTTATTATGAACTCCGGAAGT--CGTCA-CTATTCTCCAGTATGACGTAATATAGGGATCAGT-ATTTTTTTTTAATGAGTGACGA----------------ATGATTAACATA-CGTTT--TTCA--TA---------TGTTGATAAT-GAC
gi|13 : AGCCAGTTTG--TATTAAGGCTGTATACAT-ATTTA----GACATACAA--------------------TCGTGAGCAATAGTCTGGTCGAATTTGTTGCTTTGAATCAATATTTTCTT
gi|14 : ACAAGGCATGCA---CAATCTAGCTAGTTGG--CATCAATACTGTATAAgt
gi|16 : tataTTTGTTAAGTTACCGAGTATTGGAATATGATTTGATCGAATAAAACcaaagcatgcacaatctag
gi|2 : ----GATACAAGCTATAC---AAGTTTAGATTAGTTTGCTAAATGACGTA-CTC----TGCTAT-TAGAC--AATC---GGTTTCTTTAGTCAACTGGACGAC--------TCTATTTGCTACGCATTTCGTAAGT--AGTCA-CTG-------GAGTG----AATATTGTTAGCA-T-A--CTTT----------------TATGT---T-TTA-TATGC--TA-ATA---------T-A--AA------------TGACAAT--------------GTATTGGTTAATTATAAAGCAGCTAA-CAAAAACATAGTGG-TTGTTATGTTAG-TTTGATTATTGTTT-AA-ACTT-GG-AAGAAATAATGATAATTCCTGATCTGTTTGGTTA------ACTGAAGTATGATTCACCCGAATACAACTGG---AACAAGAA----CA--TT-----GG------TATATATTACTCGAGTACAATGTAATGTGACTTTTTTATGTCGCAACTGATGCTTTTTCGAC-GATGGTATAACAAGGCAGGCA---TAATCTTGCCAGTTTG--CATCAACGC---AT------TTCA----GCCATACAA--------------------TC--
gi|3 : TACGTATTTCAGAAAT--AGACA-CTG-------GAGTGAtagtgtgatatattcccgtagactttgatgttttcatctatcgagttgtttttattactcactgtatttaacaagtttttat
gi|3 : AATAGACA-------CTGGA---G-TGATTATAAATTCGCAAA-CGAAAATGCA-TTGTTTGTTAGAATAG-TCTGCTAATTGTTTCAACATAGCGGAAAGAAAGAATGGT-----CTGCTTTGTT-GGTTACTGATTATTGGAAT---------------AAAACTGGAACAACAATAA----CA--TT-----GGC-A-TATGTA-ATTAACGGAATACAG-GTAATGTGCATAACATATGCCGCAACTGTTGC-TTTGCGGC-GTTGCTTTTATAAGGCAGGTAGAGTAGT---GTCA--TTGATCACCAAGACTGTGCAAAT-GTACA----GCCATACAATGGTGTGCAATATAGTCCAGTC--GA--------CT--TCGA------TGTTTTGTATCAATATATTCTTttataaattcgcaaacgaaaatgcattgtttgttagaatagtctgctaattgtttcaacatagcggaaagaaagaatggtctgctttgttggttactgattattggaataaaactggaacaacaataacattggcatatgtaattaacggaatacaggtaatgtgcataacatatgccgcaactgttgctttgcggcgttgcttttataaggcaggtagagtagtgtcattgatcaccaagactgtgcaaatgtacagccatacaatggtgtgcaatatagtccagtcgacttcgatgttttgtatcaatatattcttgttatccttctgtttttgtatta
gi|4 : tacgtatttcagaGTAAAGTACATTG--CGATTACGTATT----GATATGAAAAGTAA---ATATTAAAA--AGT------A-T-AATTAATTTGGAATGCTAT-T-GATGGAATGTAGAGTAA--TTAGTTGACCGGCCGACCGGGCGACCCTATTTACTACGGATTTCGCAAGT--AGTCA-ATG-------GAATGACGCAATCTACGGAACAGT-A--GTTTTTGAATGAGTGAAGAATACAT---TGTTATAATGGTTTACATA-CATTTTGTT-A--TA---------TGCTGATAAT-AACA-------ATGCAT--------------TTAGATAA-CAAAAACAAA-TGGATATTTATAATAG-CTTGCTTGTTATTTTAA-ACTG-GGAAA-AAATAATGGCAGACCCTGGTCTGTTTACTTACAGAATATCGTAATATGAgttatccttctgtttttgtatta
gi|5 : taACA-------ATGTAGTGG-TGATCATAAATTAGCTAA-TAAAA-CAAA-TGAATTGTTATGATAG-CCAGCCTAATGTTACAA-ACTG-GGAAAGAAATAATAACAGAT--TTGTTT-TTTGGACACCATTTAATGAAATGTGATTTACTCGAATAGAATTGAAAGAACAAGAACTTTCGGTTT-----GGTAA-T-TGTATATTACTCAAGTATAT-GTAATTTGCATACTTT
gi|5 : TCTAGCCAGTATA--CATCAAGGATGTTTAAATCATCCAAAATGGCGTGCAATATTACCCTG----------TC--GA--------CT--TTAA------TGCTTTGAcaaaaataggaatttctagccagtatacatcaaggatgtttaaatcatccaaaatggcgtgcaatattaccctgtcgactttaatgctttgaaata
gi|6 : acaatgtagtggtgatcataaattagctaataaaacaaatgaattgttatgatagccagcctaatgttacaaactgggaaagaaataataacagatttgttttttggacaccatttaatgaaatgtgatttactcgaatagaattgaaagaacaagaactttcggtttggtaattgtatattactcaagtatatgtaatttgcatactttcaaaaataggaattCTT-GGAAATAAATAATGACAGAATCGGATCTGTCTGTTTACCGATTATTAGTATATTATTTACTCGAATAAA-CTTGAACAATAAAAA----TG--TT-----GGT-GTC-TGTATAATACTCGAGT-TAG-GTAATTTGCATAATTCATGCCGCAACTGTTGATTTTGAGAT-GTTTGTTTTACAGGACAGGCA---TGACATAGCTAGTTTG--CATCAAGGTTGTA-GAAT-GTTCA----GCCATACAA--------------------Tata
gi|7 : CTACGGACTCC-----TCCAGCCA-----------GAGTGACTTAATTAAGGGAGCTGT-AC-TTTTTTTAATTAGTGAAG--------------AGCA----------A----TT--TT-A--TA---------GGCTGATGAT-AACA-------ATGAATTTG-CGAATATAAATTAGTTAAACAAAAACATA-TGGGTTGTTATAATTG-TTGGTTTATTGTTTCAA-ACTG-GGGTAGAAATAATGAGATATCCTGGTTTGCTTGGCTACCGATCATCGGAATATGATTTACTCGAATAAAACTaatgtgcaatatagtccgttcgactttctttatacttttggtgtgtttcaaactcccttattttgaaagtttacttat
gi|8 : CGGAAGA--AGTTAACTT-------AGGTGACACAAAATAGGAAGCAGC-A--TTTTTTGAACGAGTAAAGAATATATAATTGTTATCATTATTTACACAATTTTT--TT-A--TAAAATCGTTATGCTGATAAT-GACA-------TTG-ATTGG-TGATTATAAATTAGCCAA-CAAAACCATA-TCGTTTGTAACTATAG-TTTGCTTATTATTTCAA-ATT
gi|9 : ATATAT---TGTTAGTATGGTTTACGCA-CGTTT--GT-A--TA---------TGCTGATAAT-TATAACCATTTATGTATTTG-TGACAACAAATCAGCTAA-C-AGAGCATA-TGGTTTGTTA-AATAGATTTACGTGTTTTTT
blockSeqs : CA . C . . TT TTTGCTAAATG A GGAAT TA TGG TAG CT T C GC C G CC CTATTCTCCA A . TT T AATATATAATTGTTATC AT A ATT TG C . AAATCGTTAT AG ACCATTTA T TTG T A A G T T A C C TC T A T C G CTTTCGGTTTGGTAAT A T T . TA GAG AT C CA AAAT TGGTGTGCAATATAGTCCAGTCGA GG ATTTGT A
blockSeqs : . . . TAT . T T C . . A C GC C G . ACTT G . C G AATACATTGTTATA GT T CG . . . T G C G GTG . . A . A G . . . CC C A T G T CATTGGCATA C . T . TT . . A A . TCGTGAGCAATAGT . . T
blockSeqs : C . . . T . CAG G . . T TATGTTTTAT AT T CA . . . T A A C TTT . . A . A T . . . AT T A T C G TGTTGGTGTC A . A . TT . . A A . TATTACCCTGTCGA . . A
blockSeqs : G . CTG T . . G AGC GT T CG . . . G A A T TTG . . A . G T . . . TC C G T . A CATTGG C . C . T . . A G .
blockSeqs : C . CTG A . . . A C T . . . . T G A A TTT . . C . T T . . . T T A T C . A . . A G .
blockSeqs : G . ATG . . . . . . . . T T T T . . G . T C . . . . C A . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . .
blockSeqCons : ** CGTTGGTGC**************
originalCons : NNGTAAAGTACATTGTACGATTACGTATT----GATACGAACAATAA---AAGTTTAGA--AGT------AGT-ACGTAACTCGG--TGCTAT-T-GAC--AATG---GGTTA--TTAGTCGACCGGNCGACCGGGCGACTCTATTTGCTACGGATTTCGGAAGT--AGTCA-CTG-------GAGTGACGTAATATAGGGAGCAGT-A--TTTTTTTAATGAGTGAAGAATATAT---TGTTAGTATGNTTTACATA-CGTTT--TT-A--TA---------TGCTGATAAT-GACA-------ATGTATTGG-TGATTATAAATTAGCTAA-CAAAAACATA-TGGTTTGTTATAATAG-TTTGCTTATTGTTTCAA-ACTG-GGAAAGAAATAATGGCAGATCCTGGTCTGTTTGGTTACCGATTATCGGAATATGATTTACTCGAATAAAACTGGAANAACAANAA----CG--TT-----GGC-G-C-TGTATATTANTCGAGTACAG-GTAATTTGCATANTTTATGCCGCAACTGTTGCTTTTGCGAC-GTTGGTTTTACAAGGCAGGCA---TAATCTAGCCAGTTTG--CATCAAGGCTGTATAAAT-ATTCA----GCCATACAA--------------------TC--GA--------CT--TCGA------TGCTTTGNATCAATATTTTCTT
finalCons : NNGTAAAGTACATTGTACGATTACGTATT----GATACGAACAATAA---AAGTTTAGA--AGT------AGT-ACGTAACTCGG--TGCTAT-T-GAC--AATG---GGTTA--TTAGTCGACCGGNCGACCGGGCGACTCTATTTGCTACGGATTTCGGAAGT--AGTCA-CTG-------GAGTGACGTAATATAGGGAGCAGT-A--TTTTTTTAATGAGTGAAGAATATAT---TGTTAGTATGNTTTACATA-CGTTT--TT-A--TA---------TGCTGATAAT-GACA-------ATGTATTGG-TGATTATAAATTAGCTAA-CAAAAACATA-TGGTTTGTTATAATAG-TTTGCTTATTGTTTCAA-ACTG-GGAAAGAAATAATGGCAGATCCTGGTCTGTTTGGTTACCGATTATCGGAATATGATTTACTCGAATAAAACTGGAANAACAANAACGTTGGTGC--------------TGTATATTANTCGAGTACAG-GTAATTTGCATANTTTATGCCGCAACTGTTGCTTTTGCGAC-GTTGGTTTTACAAGGCAGGCA---TAATCTAGCCAGTTTG--CATCAAGGCTGTATAAAT-ATTCA----GCCATACAA--------------------TC--GA--------CT--TCGA------TGCTTTGNATCAATATTTTCTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CATATGATTGTGTGCAATTTAGTCCCGTTGACTTTGATGATTTGAGTCAATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 11 1 2222 222 11 66666666666 33333 111 333 222 11 11111111111 11 11111111111111111 111 2222222222 11111111 55555555555555555555555 111 1111 0000000000000000000000000000000000 11 222222
lowQualScore : 88 88 5 8888 0 333 88 11111111111 7 66666 777 000 333 88 0 0 1 2 22 2 1 66 88888888888 4 6 55 3 44444444444444444 44 1 0 777 77 5 77 4444444444 88 66666666 5 222 5 5 2 5 6 2 5 5 5 0 0 55 1 0 0 0 2 1 0 0 3 1 33333333333333333333333 1 6 1 0 8 11 111 0 0 66 0 2 77 4444 8888888888888888888888888888888888 33 888888 0 1
lowQualScore : .. .. . .... . ... .. ........... . ..... ... ... ... .. . . . . .. . . .. ........... . . .. . ................. .. . . ... .. . .. .......... .. ........ . ... . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . ....................... . . . . . .. ... . . .. . . .. .... .................................. .. ...... . .
lowQualScore : 00 55 0 3333 7 333 33 00000000000 3 00000 777 333 333 33 7 7 0 5 88 5 4 99 11111111111 0 7 88 0 22222222222222222 44 9 7 666 99 7 99 3333333333 44 55555555 2 888 0 0 0 0 6 0 0 7 7 1 7 66 1 4 2 2 0 4 7 8 8 0 22222222222222222222222 0 7 0 8 0 88 777 7 1 99 1 0 99 2222 8888888888888888888888888888888888 88 888888 2 0
consensus : NNGTAAAGTACATTGTACGATTACGTATT----GATACGAACAATAA---AAGTTTAGA--AGT------AGT-ACGTAACTCGG--TGCTAT-T-GAC--AATG---GGTTA--TTAGTCGACCGGNCGACCGGGCGACTCTATTTGCTACGGATTTCGGAAGT--AGTCA-CTG-------GAGTGACGTAATATAGGGAGCAGT-A--TTTTTTTAATGAGTGAAGAATATAT---TGTTAGTATGNTTTACATA-CGTTT--TT-A--TA---------TGCTGATAAT-GACA-------ATGTATTGG-TGATTATAAATTAGCTAA-CAAAAACATA-TGGTTTGTTATAATAG-TTTGCTTATTGTTTCAA-ACTG-GGAAAGAAATAATGGCAGATCCTGGTCTGTTTGGTTACCGATTATCGGAATATGATTTACTCGAATAAAACTGGAANAACAANAA----CG--TT-----GGC-G-C-TGTATATTANTCGAGTACAG-GTAATTTGCATANTTTATGCCGCAACTGTTGCTTTTGCGAC-GTTGGTTTTACAAGGCAGGCA---TAATCTAGCCAGTTTG--CATCAAGGCTGTATAAAT-ATTCA----GCCATACAA--------------------TC--GA--------CT--TCGA------TGCTTTGNATCAATATTTTCTT
Reference ( family-1161 ) : NNGTAAAGTACATTGTACGATTACGTATT----GATACGAACAATAA---AAGTTTAGA--AGT------AGT-ACGTAACTCGG--TGCTAT-T-GAC--AATG---GGTTA--TTAGTCGACCGGNCGACCGGGCGACTCTATTTGCTACGGATTTCGGAAGT--AGTCA-CTG-------GAGTGACGTAATATAGGGAGCAGT-A--TTTTTTTAATGAGTGAAGAATATAT---TGTTAGTATGNTTTACATA-CGTTT--TT-A--TA---------TGCTGATAAT-GACA-------ATGTATTGG-TGATTATAAATTAGCTAA-CAAAAACATA-TGGTTTGTTATAATAG-TTTGCTTATTGTTTCAA-ACTG-GGAAAGAAATAATGGCAGATCCTGGTCTGTTTGGTTACCGATTATCGGAATATGATTTACTCGAATAAAACTGGAANAACAANAA----CG--TT-----GGT-G-C-TGTATATTANTCGAGTACAG-GTAATTTGCATANTTTATGCCGCAACTGTTGCTTTTGCGAC-GTTGGTTTTACAAGGCAGGCA---TAATCTAGCCAGTTTG--CATCAAGGCTGTATAAAT-ATTCA----GCCATACAA--------------------TC--GA--------CT--TCGA------TGCTTTGNATCAATATTTTCTT
gi|1 : GTAAAATA--TTGTACGATTA-ATATTTCCTGATGCAAACAACAACTTAAGTTTAGA--AG--------GT-ACGTAACTCGA---GCTGTGT-GA---AATG---GGTTA--TGAGTCAGCTGGACAATCGGTTGAATCTATTTGCTACAGATTTCGAAAAA--AGTCA-CTA-------GAGTGACATAATATAAGGAACAGTCA--TTTTTTTAATGATTGAATAATATAT---TGTTAGTATGCTTAACATA-CATTT--TT-AAATA---------TGCTAATAAT-GACA-------ATGTATTGG-TGATTAGGTATTAGCGAA-TAAAAACATA-TGATTTGTTATAGTAA-GTTGTTTAATGTTTCAA-ACTG-GGAAAGAAATAATGGCAGATTCTGGTGTGCTTGGTTACCAATTATC------TGA---ACT--AATAAAACTGGAAGAAGAACAA-----G--TTCAAGAAG--G-C-TGTATATTAATCGAATACAG-GTAATTTGCACACTTTATTCTACAACTGTTGCTTTTGCAACTGTTTGTGTTACAAGGAAGGCA---TAATCTAGACAGTTTG--CATCACGGCTGTATAAAT-CATCT----GCCATACAA--------------------T----A--------CT--TTGA------TGATTTGCGTCAATATTTTCTT
gi|10 : ttGTCAACCGGGCGACTCTATTTGCTCCAGATTTCGGAAGT--AGTCA-CAG-------GAGTGACATATTATAG
gi|11 : gtttatttaaaTAT-TTAATCAAGTACAG-GAAGTTTGTATATTTTATTCCG-GATTTTTTTTTTTGAAAC-GTTGG-TTTACAAAGAAGACA---TAATCTAGACAG-TTG--T-TCA--GTTGTATCAAC-ATTatattgatgtacatggttatgatttgtgtagtatgatgctgatgtacat
gi|12 : caagaactaaaTTTATTATGAACTCCGGAAGT--CGTCA-CTATTCTCCAGTATGACGTAATATAGGGATCAGT-ATTTTTTTTTAATGAGTGACGA----------------ATGATTAACATA-CGTTT--TTCA--TA---------TGTTGATAAT-GAC
gi|13 : AGCCAGTTTG--TATTAAGGCTGTATACAT-ATTTA----GACATACAA--------------------TCGTGAGCAATAGTCTGGTCGAATTTGTTGCTTTGAATCAATATTTTCTT
gi|14 : ACAAGGCATGCA---CAATCTAGCTAGTTGG--CATCAATACTGTATAAgt
gi|16 : tataTTTGTTAAGTTACCGAGTATTGGAATATGATTTGATCGAATAAAACcaaagcatgcacaatctag
gi|2 : ----GATACAAGCTATAC---AAGTTTAGATTAGTTTGCTAAATGACGTA-CTC----TGCTAT-TAGAC--AATC---GGTTTCTTTAGTCAACTGGACGAC--------TCTATTTGCTACGCATTTCGTAAGT--AGTCA-CTG-------GAGTG----AATATTGTTAGCA-T-A--CTTT----------------TATGT---T-TTA-TATGC--TA-ATA---------T-A--AA------------TGACAAT--------------GTATTGGTTAATTATAAAGCAGCTAA-CAAAAACATAGTGG-TTGTTATGTTAG-TTTGATTATTGTTT-AA-ACTT-GG-AAGAAATAATGATAATTCCTGATCTGTTTGGTTA------ACTGAAGTATGATTCACCCGAATACAACTGG---AACAAGAA----CA--TT-----GG------TATATATTACTCGAGTACAATGTAATGTGACTTTTTTATGTCGCAACTGATGCTTTTTCGAC-GATGGTATAACAAGGCAGGCA---TAATCTTGCCAGTTTG--CATCAACGC---AT------TTCA----GCCATACAA--------------------TC--
gi|3 : TACGTATTTCAGAAAT--AGACA-CTG-------GAGTGAtagtgtgatatattcccgtagactttgatgttttcatctatcgagttgtttttattactcactgtatttaacaagtttttat
gi|3 : AATAGACA-------CTGGA---G-TGATTATAAATTCGCAAA-CGAAAATGCA-TTGTTTGTTAGAATAG-TCTGCTAATTGTTTCAACATAGCGGAAAGAAAGAATGGT-----CTGCTTTGTT-GGTTACTGATTATTGGAAT---------------AAAACTGGAACAACAATAA----CA--TT-----GGC-A-TATGTA-ATTAACGGAATACAG-GTAATGTGCATAACATATGCCGCAACTGTTGC-TTTGCGGC-GTTGCTTTTATAAGGCAGGTAGAGTAGT---GTCA--TTGATCACCAAGACTGTGCAAAT-GTACA----GCCATACAATGGTGTGCAATATAGTCCAGTC--GA--------CT--TCGA------TGTTTTGTATCAATATATTCTTttataaattcgcaaacgaaaatgcattgtttgttagaatagtctgctaattgtttcaacatagcggaaagaaagaatggtctgctttgttggttactgattattggaataaaactggaacaacaataacattggcatatgtaattaacggaatacaggtaatgtgcataacatatgccgcaactgttgctttgcggcgttgcttttataaggcaggtagagtagtgtcattgatcaccaagactgtgcaaatgtacagccatacaatggtgtgcaatatagtccagtcgacttcgatgttttgtatcaatatattcttgttatccttctgtttttgtatta
gi|4 : tacgtatttcagaGTAAAGTACATTG--CGATTACGTATT----GATATGAAAAGTAA---ATATTAAAA--AGT------A-T-AATTAATTTGGAATGCTAT-T-GATGGAATGTAGAGTAA--TTAGTTGACCGGCCGACCGGGCGACCCTATTTACTACGGATTTCGCAAGT--AGTCA-ATG-------GAATGACGCAATCTACGGAACAGT-A--GTTTTTGAATGAGTGAAGAATACAT---TGTTATAATGGTTTACATA-CATTTTGTT-A--TA---------TGCTGATAAT-AACA-------ATGCAT--------------TTAGATAA-CAAAAACAAA-TGGATATTTATAATAG-CTTGCTTGTTATTTTAA-ACTG-GGAAA-AAATAATGGCAGACCCTGGTCTGTTTACTTACAGAATATCGTAATATGAgttatccttctgtttttgtatta
gi|5 : taACA-------ATGTAGTGG-TGATCATAAATTAGCTAA-TAAAA-CAAA-TGAATTGTTATGATAG-CCAGCCTAATGTTACAA-ACTG-GGAAAGAAATAATAACAGAT--TTGTTT-TTTGGACACCATTTAATGAAATGTGATTTACTCGAATAGAATTGAAAGAACAAGAACTTTCGGTTT-----GGTAA-T-TGTATATTACTCAAGTATAT-GTAATTTGCATACTTT
gi|5 : TCTAGCCAGTATA--CATCAAGGATGTTTAAATCATCCAAAATGGCGTGCAATATTACCCTG----------TC--GA--------CT--TTAA------TGCTTTGAcaaaaataggaatttctagccagtatacatcaaggatgtttaaatcatccaaaatggcgtgcaatattaccctgtcgactttaatgctttgaaata
gi|6 : acaatgtagtggtgatcataaattagctaataaaacaaatgaattgttatgatagccagcctaatgttacaaactgggaaagaaataataacagatttgttttttggacaccatttaatgaaatgtgatttactcgaatagaattgaaagaacaagaactttcggtttggtaattgtatattactcaagtatatgtaatttgcatactttcaaaaataggaattCTT-GGAAATAAATAATGACAGAATCGGATCTGTCTGTTTACCGATTATTAGTATATTATTTACTCGAATAAA-CTTGAACAATAAAAA----TG--TT-----GGT-GTC-TGTATAATACTCGAGT-TAG-GTAATTTGCATAATTCATGCCGCAACTGTTGATTTTGAGAT-GTTTGTTTTACAGGACAGGCA---TGACATAGCTAGTTTG--CATCAAGGTTGTA-GAAT-GTTCA----GCCATACAA--------------------Tata
gi|7 : CTACGGACTCC-----TCCAGCCA-----------GAGTGACTTAATTAAGGGAGCTGT-AC-TTTTTTTAATTAGTGAAG--------------AGCA----------A----TT--TT-A--TA---------GGCTGATGAT-AACA-------ATGAATTTG-CGAATATAAATTAGTTAAACAAAAACATA-TGGGTTGTTATAATTG-TTGGTTTATTGTTTCAA-ACTG-GGGTAGAAATAATGAGATATCCTGGTTTGCTTGGCTACCGATCATCGGAATATGATTTACTCGAATAAAACTaatgtgcaatatagtccgttcgactttctttatacttttggtgtgtttcaaactcccttattttgaaagtttacttat
gi|8 : CGGAAGA--AGTTAACTT-------AGGTGACACAAAATAGGAAGCAGC-A--TTTTTTGAACGAGTAAAGAATATATAATTGTTATCATTATTTACACAATTTTT--TT-A--TAAAATCGTTATGCTGATAAT-GACA-------TTG-ATTGG-TGATTATAAATTAGCCAA-CAAAACCATA-TCGTTTGTAACTATAG-TTTGCTTATTATTTCAA-ATT
gi|9 : ATATAT---TGTTAGTATGGTTTACGCA-CGTTT--GT-A--TA---------TGCTGATAAT-TATAACCATTTATGTATTTG-TGACAACAAATCAGCTAA-C-AGAGCATA-TGGTTTGTTA-AATAGATTTACGTGTTTTTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CATATGATTGTGTGCAATTTAGTCCCGTTGACTTTGATGATTTGAGTCAATA