lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 5555555 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000 77777777 11 1 4444 33 33 1 2 333 333 1 33333 1 11 6666666666666666 11 1 11 1 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222 111 11 11 11111111111111 2222222222222 3333333 111111111 222222 222222222
lowQualScore : 6 6 1111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 4 66666666 33 5 999 8888 00 44 7 3 6 11 6 0 000 666 0 0 0 6 0 66666 3 3 3 3 88 2 0000000000000000 6 22 7 1 1 66 5 5 6 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0000 5 66 22 2 66 111 2 99 666 1 55 33 3 5 555 44 33333333333333 9999 555 44 1111111111111 3 7777777 88888 2 77 4 555555555 5 0 0 66 000000 888888888
lowQualScore : . . ....... ........................................................ . . ........ .. . ... .... .. .. . . . .. . . ... ... . . . . . ..... . . . . .. . ................ . .. . . . .. . . . ................................................................. .... . .. .. . .. ... . .. ... . .. .. . . ... .. .............. .... ... .. ............. . ....... ..... . .. . ......... . . . .. ...... .........
lowQualScore : 0 0 0000000 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 00000000 55 0 000 0000 00 00 0 0 7 77 0 2 555 000 2 0 2 0 2 00000 2 3 7 7 33 5 7777777777777777 7 77 0 0 0 33 0 0 7 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0000 7 99 55 0 11 777 0 11 444 8 00 11 3 6 888 22 55555555555555 6666 444 22 6666666666666 3 0000000 33333 3 22 0 222222222 1 2 4 99 999999 222222222
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGGCATTCATTCAGTATATATTTA--------TAGTT-CTA------CGCGTGGTCCGGTTAGCCAAGTC-GCTA-GCTCGTCTGACTATCGGNCCAGGGGGAATCGNNGGTTCGAATCCCNNNCCAGC-ACAGTCCCAGTGATGATTGATATNCGGCATTGCGTCTCATTATCATTCGTNTCTCTCACCGCTGATTCAAGTGGGA-AAGTTATCAGTTACTTGC-GGAGATG-GNGTGTGCTCGAGTACTGGTTAA--CCTTTCAGGATCNCAGGAAAGAGT-----G-----GTTAACTGATCGTCTGTTAGCCCTCGACGGCATAAAAATGACGCTAAATATTAAATC---AAGTCAATCCAGTCTTACCAGAGTTTAA-----TTCGCAACATGTAAACTTCAAATGAAGTTTACATATTT----AGT-TTAT--ACTAATTTATTTTAGCTCGA--TTGCGATGNAAGCTCAGAGCTTATATGA---ACCGCTC--TCGAGT-CCGC---TTCCTGGGT--AG---AAC-CA----GTACTGA----G---TGT--TG--T---T--N--TG-AGAGGCAT-C--G--T-----CGAGCTGGGGATCG-AACCCGCAAC-------C-TCTGGCGTGAGCGGCCA--ACA-----CTCTATCCATT---NNACTACCTC
Reference ( gi|1 ) : TGATTGGTTAAAACTTGTCACCAGACTGGTATTCACTAAAAAT-TATTTAATTTGTTCTAGTTTCTAATATAGC-CATG-CCCTATTAGCTCAGTCTGTTATGC--GTCCGACTATCAAACC---TG---TCATGAGTTAGAATCCCCACCCAGCAACAGTCTCCATGATGTATGATTTACGA-ATTGTGTTTCATTATCATTC--TTCTCATACCGCTGATTCAAGTGGGA-AAGTTGTCAGTTAC-TGG-GGAGATG-GGGTGTGCTCGAGTACTGGTTAA--CCTTTCAGGATCCCAGGAATCAGT-----G-----GTTAACTGATCGTCAGTTAGCCCTTGATAGCATAAAGATTACGCTCAATATTCAATCTTTTATTCAAT-T-GTTT--CTAATATTTAACCCAGTTGGC-ACATGGCAGCACC---CGA----TACATATTT----AGT-TTAT--ACTAATTTATTTTAGCTCGA--TTGTGACAAAAGCTCAGAGCTTATAGGA---ACCGCTC--TCCAGT-CCAC---TTCCTGGGT--AA---AAC-CA----GTACTGA----G---TGT--TG--T---T--A--TG-AGAGGCAT-C--A--T-----CGAGCTGGGGATCA-AACCTGCAAC-------C-TCCGGCATGAGCAGCCA--ACA-----TTCTATCAATT---TGACTACCTCCGCGCTTGATACATA
gi|3 : CTGGCATTCATTCAGTATATATTTA--------TAGTT-CTA------CGCGTGGTCCGGTTAGCCAAGTC-GCTA-GCTCGTCTGACTATCGGATC---AGGAATCGTTGGTTCGAATCCCCTGCCA---ACAGTCT--ATGATGATTGATATACGACAGAGCATCTGATTATCATTTGTTTCTCA--CCGCTGATTCAAGTGGGA-AATATATCAGTAACTTGC-GGAGA-G-GGGTGTGCTCGAGTACTTGCTAA--CCATTCAGGATCACAGGAAAGAGT-----GGTTATGTTAACTGATTGTCTGTTTGCACTCGACGTGATTA--ATGACGCTGAATAATAAAT
gi|2 : atttttgaaaatatgctcggacgaagaaaaataaaattcaaaatgggagataattTCTGACTATCAATCCAGGGG---TCAGAAGTTCAAATCCCAACCCAGC--CAGTCCCAGTGATGATTGATATCTGGCATTGCGTCTTATTATCATTCATTTCTC----TGCTGATTCAAGAGAGA-AAGTTATAAGTTAC-TTGCGGAGATGTAAATGTGCCAGAGTACTGGTTAA--CCTTCCAGGATTCCAGGAAAGAGTGGTTAG-----GTTAACTGATTATCTGTTAGCCCTTGATAGCATAAAAATGATACTAAACATCAAATC---AAATCAAT-CAGTCTTACCAGAGTTTAA-----TTCGCAACATGTAAACTTCAAATGAAGTTTATATGTTT----AAT-TTTTTAACTACT---TTTTAGTTTGAAGTTGTtaat
gi|5 : -ATTGTATCTCATTATCATTC--GTCTCTCACCACTGATCCAAGTGGGA-AAGTTATCAGTTACTTGC-GGAGATG-GCGTGTGCTTGAGTACTGGTTAATCCCTGTTAGtgtttttttcatcaattgtgaa
gi|16 : gtTCTTTTTCATTC--GTCTCTCACAGCTGATTCGGGTGGGAGAAATCATTTGTTACTTGC-GGATATccctctatggcataaaaatgacgctaaatattcaatcagtcaatctgtggcagtgtgggagcaggagtttatttaaaacattattttaaatacctttctcttctaatctttgctaacta
gi|5 : acgttatctaT-----G-----GTTAA----TC-CCTGTTAGCCCTCTATGGCATAAAAATGACGCTAAATATTCAATC----AGTCAATCT-GT
gi|6 : gtattgtatctcattatcattcgtctctcaccactgatccaagtgggaaagttatcagttacttgcggagatggcgtgtgcttgagtacCATATTTTTTAAGT-TTAT--ACTAATTTATTTTAGCTCAA--TTGGGATGAAAGCTCCAAGTTTATATAA---ACTG--C--TCGAGT-CCTC---TTCCTGGGA--AT---AAT-CA----GTACAGA----G---TGT--TG--T---TTAA--GA-AGAGGCAT-TGGG--T-----CGAGCTGTGGATCG-TACAAGCAAC-------CTTTTGTCATGAACGGACA--ACA-------CTATCCATTACATAACTGCCggcagtgtgggagcaggagtttatttaaaacattattttaaatacctttctcttctaatctttgctaacta
gi|11 : aattattttcATATTTTG--ATTATTAT--TCTAGTTTATTTTAGCTCGA--T--TGATATA--TTCAGAGTTTATGTTA---ATCGCCT--T--AGT-CCAT---TTCCTGTGC--AG---GA--CA----GTACTGA----G---CGT--
gi|4 : atcatcaaaatagtgT----AGT-TTAT--ACTAATTTACTTTAGCTCGA--TTGCGATGAAAGTTCAGAGCTTATATGA---ACTGCTC--TCGAGT-CCGC---TTCCTGGGT--AG---AAC-CA----GTACTGA----GTAATGT--T---T---T--A--TG-AGAGGCAT-CGGG--T-----CGACCGGGGGATCG-AACCCGCAAC-------T-TCTGGCGTGAGCGGCCA--ACA-----CTCTATCCA------GACTACCggactgcgtaaga
gi|7 : ttgatatatattttgttaatatttttttaactagttttatgaaatatgttaacacctcgT----AGT-TTAT--ACTTATTTATTTTAGCTTGA--TTGTGAAGAAAGCTCTGAGCTTAAATGA---ATTGCTC--TCGAAG-CTGC---TTCCTGGGT--AG---AAG-CA----GAACTGA----G---TGT--TG--T---C--ATTTG-AAAGTCAT-TGAG--T-----CAAACTGGGGATCACAACCTGCAACTTCTGGGC-TCTGGCATGATTGGCCA--ACA-----CTATATCCATT---GTACTACa
gi|10 : T----AGT-TCAT--ACT--TTTTTTTTAGCTTGA--TTGCAATGAAAGCTCAGAGCTTATATCA---ACCACTT--TCGAGT----C---GTCCTTGG----------------------TGA----G---TGT--TGTTT---T--A--TG-AGAGGCAT-CTGA--T-----CGAGCTGGGGATTA-AACCCACAAC-------C-TCAGGCATTAGCAGCCA--ACA-----CTCTATCCATT---TGtgccctg
gi|8 : T----AGG-TTAT--ACTATTTT-TTTTAGCTCGA--TTGCAA-ATAAGCTTACGGCTTGTATGA---ACTGCTA--TTGGGT-CCGCGTCCTCCTGGGTTGAGTTGAAC-TA----AAACTGA----G---TGT--TG--TATGT--T--TG-AGAGGTA-----A--T-----CGAGCTCGCGATCG-AACCGACAAC-------G-ACCGGCGTGAACAGCAA--ACA-----CTCTATCCACT---GCACTACTTC
gi|9 : AT--ACTAATTAATTTTAGCTCGA--TTGCGAAACATGTTCAGAGCTCGTATGA---ACCGTTC--TTGAGT-CCGC---TTCCTGTGT--AG---TAC-CA----GTACAGA----G---TGCTATG--T---C--T--TT-AGATGCAT-C--AGGT-----CGACCCGTGGATCT-AACCGGCAAC-------C-TCTGGCTGGAGTGTTCA--ACA-----CTCTATCgctgt
gi|13 : ATTTTAACTCTG--TTGTGATGTAAGCCAAAAGGT-ATACTA---ATCGCTC--TTGGGT-CCCA---TTCCTGGGT--A---------G----GTACTGAT---G---T-T--TGT-T---T--T--TG-AAAGTC---C--A--T-----CCGGTTGAGtactacactc
gi|6 : cTGACAAAAGGTT---GCTTGTACGATCCACAGCTCGACCCAATGCCTC---TTCTTAAAC--AA---CACTCT----GTACTGA----T---TAT--TC--C---C--A--GGAAGAGG-AC-------T-----CGAGCcccggaact
gi|12 : aattattttccatattttttaagtttatactaatttattttagctcaattgggatgaaagctccaagtttatataaactCTTATAT-A---ACAGCTC--TTGTGT-TCGC---TTCCTGTGT--AG---AAC-TA----GAACTGA----G---TGT--TT--T---T-----TG-AGAGGCAT-T--GGCT-----TGAGGTCGGGATTT-AAC---CAAC-------C-tgaacggacaacactatccattacataactgcc
gi|15 : tgaaacaA---ACTTCTC--TCGAGT-CGAC---CTCCTGGGT--AA---AAC-AG----GTACAGC----G---TGA--TT--T---T----------AGATAT-C--G--TTGGGATGAGCTGGGGATCG-AATCCGacaccacatttcccgccggcgtga
gi|17 : tAGT-CCAC---TACCTGGGT--AG---AAC-CA----GTAGTGA----A---TGT--TG--T---T--T--TG--CAGACAC-A--A--T-----GGTGTTG----TCT-AACCTGTAaa
gi|14 : CCTTGGT--AG---AAC-CAACTAGTACTGGACTGG---TGC--TG--T---C--T--TG-AAACGTATTC--AGGT-----GAAGCCTATGATCA-AACCTGCAAT-------T-TATAGTGTGACCAGTCA--ACACACATTTCTATgtc
gi|18 : GCTGAGGAT-A-AACTTGCAAC-------C-TCTGGCATGAGTGGCTACTACA-----CT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): AGTATTTTTTTCTTCTTCTTAACTCATGCTAA
Alignments
lowQualScore : 1 8888888888888888888888888 1 2 2 11 5555555 2222 1111 22 1 11 22222 22222 111 44444444444444 1 33333 222 33333 1111 111 333 1111111 11111
lowQualScore : 2 4 5 1111111111111111111111111 5 2 3 0 0 88 222 5555555 3333 333 5555 5555 1 6 3 77 3 8 0 0 1 0 33 1 55555 55555 2 6 2 3 0 3 666 33333333333333 3 7 33333 3 7 111 7 55555 5 7777 5 66 0 0 0 3 1 4 0 555 44 555 0 6666 6666 555 3 44 77 000 555 3 3 666 55 99999 55 4 3333333 4 1 66 11111 2 44
lowQualScore : . . . ......................... . . . . . .. ... ....... .... ... .... .... . . . .. . . . . . . .. . ..... ..... . . . . . . ... .............. . . ..... . . ... . ..... . .... . .. . . . . . . . ... .. ... . .... .... ... . .. .. ... ... . . ... .. ..... .. . ....... . . .. ..... . ..
lowQualScore : 5 0 5 0000000000000000000000000 0 5 0 0 0 00 333 7777777 3333 000 7777 0000 0 5 2 00 2 0 8 0 0 2 88 0 00000 00000 5 5 0 2 8 0 222 77777777777777 3 3 33333 7 3 000 3 77777 0 5555 0 11 9 9 9 9 0 1 4 888 22 444 8 5555 5555 444 1 22 99 444 666 3 6 444 00 11111 55 9 0000000 0 7 11 11111 3 00
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGGCATTCACTNAGNATATATTTAATTTGTTCTAGTTTCTAATATAGCGCGTGGCCCNGTTAGCCNAGTCTGCTATGCTCGTCCGACTATCGAACCAG--G---TCGTNAGTTCGAATCCCCACCCAGCA-CAGTCTC-ATGATGATTGATATACGGCATTGCGTCTCATTATCATTCGTTTCTCTCACCGCTGATTCAAGTGGGA-AAGTTATCAGTTACTTGCGGAGATG-GGGTGTGCTCGAGTACTGGTTAA--CCTTTCAGGATCCCAGGAAAGAGTG-----GTTA-----ACTGATCGTCTGTTAGCCCTCGATGGCATAAAAATGACGCTAAATATTNAATCAANTCAATC-----CAGTN-T--TACCA-GAGTTTAA-----TTCGCAACATGT-AACTTCAAATGAA----GTTTACATATT-T----AGT-TTAT--ACTAATTTATTTTAGCTCGATTGCGATGNAAGCTCAGAGCTTATATGAACCGCTCTCGAGTCCGC---TTCCTGGGT--AG---AACC----AGTACTG----AG---TG-T--TG--T---T--TTG-AGAG-GCATC-G-G--TCG-----AGCTGGGGATCG-AACCCGCAAC-------C-TCTGGCGTGAGCGGCCA--ACAC-----TCTATCCATTNNACTACCTC
Reference ( family-69 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGGCATTCATTCAGTATATATTTA--------TAGTT-CTA------CGCGTGGTCCGGTTAGCCAAGTC-GCTA-GCTCGTCTGACTATCGGNCCAGGGGGAATCGNNGGTTCGAATCCCNNNCCAGCA-CAGTCCCAGTGATGATTGATATNCGGCATTGCGTCTCATTATCATTCGTNTCTCTCACCGCTGATTCAAGTGGGA-AAGTTATCAGTTACTTGCGGAGATG-GNGTGTGCTCGAGTACTGGTTAA--CCTTTCAGGATCNCAGGAAAGAGTG-----GTTA-----ACTGATCGTCTGTTAGCCCTCGACGGCATAAAAATGACGCTAAATATTAAATCAAGTCAATC-----CAGTC-T--TACCA-GAGTTTAA-----TTCGCAACATGTAAACTTCAAATGAA----GTTTACATATT-T----AGT-TTAT--ACTAATTTATTTTAGCTCGATTGCGATGNAAGCTCAGAGCTTATATGAACCGCTCTCGAGTCCGC---TTCCTGGGT--AG---AACC----AGTACTG----AG---TG-T--TG--T---T--NTG-AGAG-GCATC---G--TCG-----AGCTGGGGATCG-AACCCGCAAC-------C-TCTGGCGTGAGCGGCCA--ACAC-----TCTATCCATTNNACTACCTC
gi|1 : CTGGTATTCACTAAAAAT-TATTTAATTTGTTCTAGTTTCTAATATAGC-CATG-CCCTATTAGCTCAGTCTGTTATGC--GTCCGACTATCAAACCTG------TCATGAGTTAGAATCCCCACCCAGCAACAGTCTCCATGATGTATGATTTACGA-ATTGTGTTTCATTATCATTC--TTCTCATACCGCTGATTCAAGTGGGA-AAGTTGTCAGTTACTGG-GGAGATG-GGGTGTGCTCGAGTACTGGTTAA--CCTTTCAGGATCCCAGGAATCAGTG-----GTTA-----ACTGATCGTCAGTTAGCCCTTGATAGCATAAAGATTACGCTCAATATTCAATC--TTTTATT-----CAATTGT--TTCTA-ATATTTAACCCAGTTGGCA-CATGGCAGCACC---CGA--------TACATATT-T----AGT-TTAT--ACTAATTTATTTTAGCTCGATTGTGACAAAAGCTCAGAGCTTATAGGAACCGCTCTCCAGTCCAC---TTCCTGGGT--AA---AACC----AGTACTG----AG---TG-T--TG--T---T--ATG-AGAG-GCATC---A--TCG-----AGCTGGGGATCA-AACCTGCAAC-------C-TCCGGCATGAGCAGCCA--ACAT-----TCTATCAATTTGACTACCTC
gi|10 : tgattggttaaaacttgtcaccaga-T----AGT-TCAT--ACT--TTTTTTTTAGCTTGATTGCAATGAAAGCTCAGAGCTTATATCAACCACTTTCGAGT-CG-----TCCTTGG---------------------TG----AG---TG-T--TGTTT---T--ATG-AGAG-GCATCTG-A--TCG-----AGCTGGGGATTA-AACCCACAAC-------C-TCAGGCATTAGCAGCCA--ACAC-----TCTATCCATTTGcgcgcttgatacata
gi|11 : ATATT-TTG--ATTATTAT--TCTAGTTTATTTTAGCTCGATT--GATATA--TTCAGAGTTTATGTTAATCGCCTT--AGTCCAT---TTCCTGTGC--AG---GA-C----AGTACTG----AG---CG-T--
gi|12 : atcatcaaaatagtgCTTATAT-AACAGCTCTTGTGTTCGC---TTCCTGTGT--AG---AACT----AGAACTG----AG---TG-T--T---T---T--TTG-AGAG-GCATT---GGCTTG-----AGGTCGGGATTT-AAC---CAAC-------C-ggactgcgtaaga
gi|13 : tgaaacaATTTTAACTCTGTTGTGATGTAAGCCAAAAGGT-ATACTAATCGCTCTTGGGTCCCA---TTCCTGGGT--AG------------GTACTG----A----TGTT--TGT-T---T--TTG-AAAGTCCATCCG-G--TTG-----AGCCCGGAAacaccacatttcccgccggcgtga
gi|14 : cCCTTGGT--AG---AACCAACTAGTACTGGACTGG---TG-C--TG--T---C--TTG-AAAC-GTATTCAGG--TGA-----AGCCTATGATCA-AACCTGCAAT-------T-TATAGTGTGACCAGTCA--ACACACATTTCTATct
gi|15 : AACTTCTCTCGAGTCGAC---CTCCTGGGT--AA---AACA----GGTAC------AG---CG-T--GA--T---T--TT----AG-ATATC---G--TTGGGATGAGCTGGGGATCG-AATCCG
gi|16 : tTCTTTTTCATTCGT--CTCTCACAGCTGATTCGGGTGGGAGAAATCATTTGTTACTTGCGGATATaa
gi|17 : acgttatctaAGTCCAC---TACCTGGGT--AG---AACC----AGTAGTG----AA---TG-T--TG--T---T--TTGCAGA
gi|18 : GCTGAGGAT-A-AACTTGCAAC-------C-TCTGGCATGAGTGGCTACTACAC-----Tcacaatggtgttgtctaacctgtagtc
gi|2 : TCTGACTATCAATCCAGGGG---TCAGAAGTTCAAATCCCAACCCAGC--CAGTCCCAGTGATGATTGATATCTGGCATTGCGTCTTATTATCATTCATTTCTCT----GCTGATTCAAGAGAGA-AAGTTATAAGTTACTTGCGGAGATGTAAATGTGCCAGAGTACTGGTTAA--CCTTCCAGGATTCCAGGAAAGAGTG-----GTTAGGTTAACTGATTATCTGTTAGCCCTTGATAGCATAAAAATGATACTAAACATCAAATCAAATCAATC------AGTC-T--TACCA-GAGTTTAA-----TTCGCAACATGTAAACTTCAAATGAA----GTTTATATGTT-T----AAT-TTTTTAACTACT---TTTTAGTTTGA
gi|3 : CTGGCATTCATTCAGTATATATTTA--------TAGTT-CTA------CGCGTGGTCCGGTTAGCCAAGTC-GCTA-GCTCGTCTGACTATCGGATCA---GGAATCGTTGGTTCGAATCCCCTGCCA--A-CAGTCT--ATGATGATTGATATACGACAGAGCATCTGATTATCATTTGTT--TCTCACCGCTGATTCAAGTGGGA-AATATATCAGTAACTTGCGGAGA-G-GGGTGTGCTCGAGTACTTGCTAA--CCATTCAGGATCACAGGAAAGAGTGGTTATGTTA-----ACTGATTGTCTGTTTGCACTCGACGTGAT--TAATGACGCTGAATAATAAATTAAagttgttgtttttttcatcaattgtgaa
gi|4 : atttttgaaaatatgctcggacgaagaaaaataaaattcaaaatgggagataattATGAAATATGTTAACACCTCGT----AGT-TTAT--ACTAATTTACTTTAGCTCGATTGCGATGAAAGTTCAGAGCTTATATGAACTGCTCTCGAGTCCGC---TTCCTGGGT--AG---AACC----AGTACTG----AGTAATG-T--T---T---T--ATG-AGAG-GCATCGG-G--TCG-----ACCGGGGGATCG-AACCCGCAAC-------T-TCTGGCGTGAGCGGCCA--ACAC-----TCTATCCA---GACTACCt
gi|5 : ttgatatatattttgttaatatttttttaactagttttGTATTGTATCTCATTATCATTCGT--CTCTCACCACTGATCCAAGTGGGA-AAGTTATCAGTTACTTGCGGAGATG-GCGTGTGCTTGAGTACTGGTTAATCCCTGTTAGa
gi|5 : TG-----GTTA-----A----TC-CCTGTTAGCCCTCTATGGCATAAAAATGACGCTAAATATTCAATC-AGTCAATCTGTGGCAGTG-TGGGAGCAGGAGTTT-A-----TTTAAAACAT-T--ATTTTAAATccctctatggcataaaaatgacgctaaatattcaatcagtcaatctgtggcagtgtgggagcaggagtttatttaaaacattattttaaatacctttctcttctaatctttgctaacta
gi|6 : gtattgtatctcattatcattcgtctctcaccactgatccaagtgggaaagttatcagttacttgcggagatggcgtgtgcttgagtacTTTCCATATT-TTTTAAGT-TTAT--ACTAATTTATTTTAGCTCAATTGGGATGAAAGCTCCAAGTTTATATAAACTG--CTCGAGTCCTC---TTCCTGGGA--AT---AATC----AGTACAG----AG---TG-T--TG--T---TTAAGA-AGAG-GCATTGG-G--TCG-----AGCTGTGGATCG-TACAAGCAAC-------CTTTTGTCATGAACGGACA--ACA-------CTATCCATTACacctttctcttctaatctttgctaacta
gi|7 : aattat-T----AGT-TTAT--ACTTATTTATTTTAGCTTGATTGTGAAGAAAGCTCTGAGCTTAAATGAATTGCTCTCGAAGCTGC---TTCCTGGGT--AG---AAGC----AGAACTG----AG---TG-T--TG--TCA-T--TTG-AAAG-TCATTGA-G--TCA-----AACTGGGGATCACAACCTGCAACTTCTGGGC-TCTGGCATGATTGGCCA--ACAC-----TATATCCATTGTACTACtaactgcc
gi|8 : -T----AGG-TTAT--ACTATTTT-TTTTAGCTCGATTGCAA-ATAAGCTTACGGCTTGTATGAACTGCTATTGGGTCCGCGTCCTCCTGGGTTGAGTTGAACT----AAAACTG----AG---TG-T--TG--TATGT--TTG-AGAG-GTA-----A--TCG-----AGCTCGCGATCG-AACCGACAAC-------G-ACCGGCGTGAACAGCAA--ACAC-----TCTATCCACTGCACTACTTCtgccctg
gi|9 : AT--ACTAATTAATTTTAGCTCGATTGCGAAACATGTTCAGAGCTCGTATGAACCGTTCTTGAGTCCGC---TTCCTGTGT--AG---TACC----AGTACAG----AG---TG-CTATG--T---C--TTT-AGAT-GCATCAG-G--TCG-----ACCCGTGGATCT-AACCGGCAAC-------C-TCTGGCTGGAGTGTTCA--ACAC-----TCTATCTACTACACTgctgt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): AGTATTTTTTTCTTCTTCTTAACTCATGCTAA
Alignments
lowQualScore : 1 33333333 1 33333333 1 1 1 11 33 2222 2222 11 11 1 11 44444444444 2222 555555 11 1 33333 33333 33333 1111 111 11 2222 1111111 11111
lowQualScore : 1 1 5 55555555 5 55555555 5 1 1 5 5 88 0 0 7 66 0 1 5555 4444 6 3 11 44 8 0 0 0 0 33 00000000000 2 6 3 0 1 7777 1 666666 1 88 3 7 33333 3 7 66666 7 55555 5 7777 5 66 0 0 0 3 1 4 0 555 44 555 0 6666 6666 3 44 3 000 33 3 3 0000 3 3 7777 55 4 3333333 4 1 66 11111 2 44
lowQualScore : . . . ........ . ........ . . . . . .. . . . .. . . .... .... . . .. .. . . . . . .. ........... . . . . . .... . ...... . .. . . ..... . . ..... . ..... . .... . .. . . . . . . . ... .. ... . .... .... . .. . ... .. . . .... . . .... .. . ....... . . .. ..... . ..
lowQualScore : 0 0 5 55555555 5 00000000 0 0 0 5 5 00 7 7 3 77 7 0 7777 3333 5 2 22 22 0 8 0 2 2 88 00000000000 5 5 2 8 0 2222 0 777777 0 33 3 3 33333 7 3 77777 3 77777 0 5555 0 11 9 9 9 9 0 1 4 888 22 444 8 5555 5555 1 22 3 444 88 3 3 0000 3 3 1111 55 9 0000000 0 7 11 11111 3 00
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGGCATTCACTNAGNATATATTTAATTTGTTCTAGTTTCTAATATAGCGCGTGGCCCNGTTAGCCNAGTCTGCTATGCTCGTCCGACTATCGAACCAGGGGTCGTNAGTTCGAATCCCCACCCAGCA-CAGTCTC-A-TGATGATTGATATACGGCATTGCGTCTCATTATCATTCGTTTCTCTCACCGCTGATTCAAGTGGGA-AAGTTATCAGTTACTTGCGGAGATG-GGGTGTGCTCGAGTACTGGTTAA--CCTTTCAGGATCCCAGGAAAGAGT-----G-----GTTAACTGATCGTCTGTTAGCCCTCGATGGCATAAAAATGACGCTAAATATTNAATC---AANTCAAT------CAGTGT--TACCA-GAGTTTAA-----TTCGCAACAT-GT-AACTTCAAATGAA----GTTTACATATT-T----AGT-TTAT--ACTAATTTATTTTAGCTCGATTGCGATGNAAGCTCAGAGCTTATATGAACCGCTCTCGAGTCCGC---TTCCTGGGT--AG---AACC----AGTACTG----AGTG-T--TG-T---TT--TG-AGAG-GCAT-C--G-G-T----CGAGCTGGGGATCG-AACCCGCAAC-------C-TCTGGCGTGAGCGGCCA--ACAC-----TCTATCCATTNNACTACCTC
Reference ( family-69 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGGCATTCACTNAGNATATATTTAATTTGTTCTAGTTTCTAATATAGCGCGTGGCCCNGTTAGCCNAGTCTGCTATGCTCGTCCGACTATCGAACCAGG--TCGTNAGTTCGAATCCCCACCCAGCA-CAGTCTC-A-TGATGATTGATATACGGCATTGCGTCTCATTATCATTCGTTTCTCTCACCGCTGATTCAAGTGGGA-AAGTTATCAGTTACTTGCGGAGATG-GGGTGTGCTCGAGTACTGGTTAA--CCTTTCAGGATCCCAGGAAAGAGT-----G-----GTTAACTGATCGTCTGTTAGCCCTCGATGGCATAAAAATGACGCTAAATATTNAATC---AANTCAATC-----CAGTNT--TACCA-GAGTTTAA-----TTCGCAACAT-GT-AACTTCAAATGAA----GTTTACATATT-T----AGT-TTAT--ACTAATTTATTTTAGCTCGATTGCGATGNAAGCTCAGAGCTTATATGAACCGCTCTCGAGTCCGC---TTCCTGGGT--AG---AACC----AGTACTG----AGTG-T--TG-T---TT--TG-AGAG-GCAT-C--G-G-T----CGAGCTGGGGATCG-AACCCGCAAC-------C-TCTGGCGTGAGCGGCCA--ACAC-----TCTATCCATTNNACTACCTC
gi|1 : CTGGTATTCACTAAAAAT-TATTTAATTTGTTCTAGTTTCTAATATAGC-CATG-CCCTATTAGCTCAGTCTGTTATGC--GTCCGACTATCAAACC-TG--TCATGAGTTAGAATCCCCACCCAGCAACAGTCTCCA-TGATGTATGATTTACGA-ATTGTGTTTCATTATCATTC--TTCTCATACCGCTGATTCAAGTGGGA-AAGTTGTCAGTTACTGG-GGAGATG-GGGTGTGCTCGAGTACTGGTTAA--CCTTTCAGGATCCCAGGAATCAGT-----G-----GTTAACTGATCGTCAGTTAGCCCTTGATAGCATAAAGATTACGCTCAATATTCAATCTTTTATTCAAT---------TGT--TTCTA-ATATTTAACCCAGTTGGC-ACATGGC-AGCACC---CGA--------TACATATT-T----AGT-TTAT--ACTAATTTATTTTAGCTCGATTGTGACAAAAGCTCAGAGCTTATAGGAACCGCTCTCCAGTCCAC---TTCCTGGGT--AA---AACC----AGTACTG----AGTG-T--TG-T---TA--TG-AGAG-GCAT-C----A-T----CGAGCTGGGGATCA-AACCTGCAAC-------C-TCCGGCATGAGCAGCCA--ACAT-----TCTATCAATTTGACTACCTC
gi|10 : tgattggttaaaacttgtcaccaga-T----AGT-TCAT--ACT--TTTTTTTTAGCTTGATTGCAATGAAAGCTCAGAGCTTATATCAACCACTTTCGAGT-CG-----TCCTTGG---------------------TG----AGTG-T--TG-T---TTTATG-AGAG-GCAT-CT-G-A-T----CGAGCTGGGGATTA-AACCCACAAC-------C-TCAGGCATTAGCAGCCA--ACAC-----TCTATCCATTTGcgcgcttgatacata
gi|11 : ATATT-TTG--ATTATTAT--TCTAGTTTATTTTAGCTCGATT--GATATA--TTCAGAGTTTATGTTAATCGCCTT--AGTCCAT---TTCCTGTGC--AG---GA-C----AGTACTG----AGCG-T--
gi|12 : atcatcaaaatagtgCTTATAT-AACAGCTCTTGTGTTCGC---TTCCTGTGT--AG---AACT----AGAACTG----AGTG-T--T--T---TT--TG-AGAG-GCAT-T--G-GCT----TGAGGTCGGGATTT-AAC---CAAC-------C-ggactgcgtaaga
gi|13 : tgaaacaATTTTAACTCTGTTGTGATGTAAGCCAAAAGGT-ATACTAATCGCTCTTGGGTCCCA---TTCCTGGGT--AG------------GTACTG----A-TGTT--TGTT---TT--TG-AAAGTCCATCC--G-G-T----TGAGCCCGGAAacaccacatttcccgccggcgtga
gi|14 : cCCTTGGT--AG---AACCAACTAGTACTGGACTGGTG-C--TG-T---CT--TG-AAAC-GTAT-TCAG-G-T----GAAGCCTATGATCA-AACCTGCAAT-------T-TATAGTGTGACCAGTCA--ACACACATTTCTATct
gi|15 : AACTTCTCTCGAGTCGAC---CTCCTGGGT--AA---AACA----GGTAC------AGCG-T--GA-T---TT--T----AG-ATAT-C--G-T-TGGGATGAGCTGGGGATCG-AATCCG
gi|16 : tTCTTTTTCATTCGT--CTCTCACAGCTGATTCGGGTGGGAGAAATCATTTGTTACTTGCGGATATaa
gi|17 : acgttatctaAGTCCAC---TACCTGGGT--AG---AACC----AGTAGTG----AATG-T--TG-T---TT--TGCAGAC-ACAA-T--G-G-T----
gi|18 : GCTGAGGAT-A-AACTTGCAAC-------C-TCTGGCATGAGTGGCTACTACAC-----Tgttgtctaacctgtagtc
gi|2 : TCTGACTATCAATCCAGGGGTCAGAAGTTCAAATCCCAACCCAGC--CAGTCCC-AGTGATGATTGATATCTGGCATTGCGTCTTATTATCATTCATTTCTCT----GCTGATTCAAGAGAGA-AAGTTATAAGTTACTTGCGGAGATGTAAATGTGCCAGAGTACTGGTTAA--CCTTCCAGGATTCCAGGAAAGAGTGGTTAG-----GTTAACTGATTATCTGTTAGCCCTTGATAGCATAAAAATGATACTAAACATCAAATC---AAATCAAT------CAGTCT--TACCA-GAGTTTAA-----TTCGCAACAT-GTAAACTTCAAATGAA----GTTTATATGTT-T----AAT-TTTTTAACTACT---TTTTAGTTTGA
gi|3 : CTGGCATTCATTCAGTATATATTTA--------TAGTT-CTA------CGCGTGGTCCGGTTAGCCAAGTC-GCTA-GCTCGTCTGACTATCGGATCAGGAATCGTTGGTTCGAATCCCCTGCCA--A-CAGTCT--A-TGATGATTGATATACGACAGAGCATCTGATTATCATTTGTTTCTC--ACCGCTGATTCAAGTGGGA-AATATATCAGTAACTTGCGGAGA-G-GGGTGTGCTCGAGTACTTGCTAA--CCATTCAGGATCACAGGAAAGAGT-----GGTTATGTTAACTGATTGTCTGTTTGCACTCGACGTGAT--TAATGACGCTGAATAATAAATT---AAagttgttgtttttttcatcaattgtgaa
gi|4 : atttttgaaaatatgctcggacgaagaaaaataaaattcaaaatgggagataattATGAAATATGTTAACACCTCGT----AGT-TTAT--ACTAATTTACTTTAGCTCGATTGCGATGAAAGTTCAGAGCTTATATGAACTGCTCTCGAGTCCGC---TTCCTGGGT--AG---AACC----AGTACTG----AGTA-A--TG-T---TTTATG-AGAG-GCAT-CG-G-G-T----CGACCGGGGGATCG-AACCCGCAAC-------T-TCTGGCGTGAGCGGCCA--ACAC-----TCTATCCA---GACTACCt
gi|5 : ttgatatatattttgttaatatttttttaactagttttGTATTGTATCTCATTATCATTCGT--CTCTCACCACTGATCCAAGTGGGA-AAGTTATCAGTTACTTGCGGAGATG-GCGTGTGCTTGAGTACTGGTTAATCCCTGTTAGa
gi|5 : T-----G-----GTTAA----TC-CCTGTTAGCCCTCTATGGCATAAAAATGACGCTAAATATTCAATC----AGTCAATCTGTGGCAGTGTGGGAGCAGGAGTTT-A-----TTTAAAACAT--T--ATTTTAAATccctctatggcataaaaatgacgctaaatattcaatcagtcaatctgtggcagtgtgggagcaggagtttatttaaaacattattttaaatacctttctcttctaatctttgctaacta
gi|6 : gtattgtatctcattatcattcgtctctcaccactgatccaagtgggaaagttatcagttacttgcggagatggcgtgtgcttgagtacTTTCCATATT-TTTTAAGT-TTAT--ACTAATTTATTTTAGCTCAATTGGGATGAAAGCTCCAAGTTTATATAAACTG--CTCGAGTCCTC---TTCCTGGGA--AT---AATC----AGTACAG----AGTG-T--TG-T---TTAAGA-AGAG-GCAT-TG-G-G-T----CGAGCTGTGGATCG-TACAAGCAAC-------CTTTTGTCATGAACGGACA--ACA-------CTATCCATTACacctttctcttctaatctttgctaacta
gi|7 : aattat-T----AGT-TTAT--ACTTATTTATTTTAGCTTGATTGTGAAGAAAGCTCTGAGCTTAAATGAATTGCTCTCGAAGCTGC---TTCCTGGGT--AG---AAGC----AGAACTG----AGTG-T--TG-TCA-TT--TG-AAAG-TCAT-T--GAG-T----CAAACTGGGGATCACAACCTGCAACTTCTGGGC-TCTGGCATGATTGGCCA--ACAC-----TATATCCATTGTACTACtaactgcc
gi|8 : -T----AGG-TTAT--ACTATTTT-TTTTAGCTCGATTGCAA-ATAAGCTTACGGCTTGTATGAACTGCTATTGGGTCCGCGTCCTCCTGGGTTGAGTTGAACT----AAAACTG----AGTG-T--TG-TATGTT--TG-AGAG-GTA-------A-T----CGAGCTCGCGATCG-AACCGACAAC-------G-ACCGGCGTGAACAGCAA--ACAC-----TCTATCCACTGCACTACTTCtgccctg
gi|9 : AT--ACTAATTAATTTTAGCTCGATTGCGAAACATGTTCAGAGCTCGTATGAACCGTTCTTGAGTCCGC---TTCCTGTGT--AG---TACC----AGTACAG----AGTG-CTATG-T---CT--TT-AGAT-GCAT-CA-G-G-T----CGACCCGTGGATCT-AACCGGCAAC-------C-TCTGGCTGGAGTGTTCA--ACAC-----TCTATCTACTACACTgctgt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): AGTATTTTTTTCTTCTTCTTAACTCATGCTAA
Alignments
lowQualScore : 1 33333333 1 33333333 1 1 1 11 2222 2222 11 11 1 11 22222 22222 2222 4444444 11 1 33333 33333 33333 1111 111 11 2222 1111111 11111
lowQualScore : 1 1 5 55555555 5 55555555 5 1 1 5 5 88 0 0 7777 0 1 5555 4444 6 3 11 44 8 0 0 0 0 33 55555 55555 2 6 3 0 1 7777 1 5555555 88 3 7 33333 3 7 66666 7 55555 5 7777 5 66 0 0 0 3 1 4 0 555 44 555 0 6666 6666 3 44 3 000 33 3 3 0000 3 3 7777 55 4 3333333 4 1 66 11111 2 44
lowQualScore : . . . ........ . ........ . . . . . .. . . .... . . .... .... . . .. .. . . . . . .. ..... ..... . . . . . .... . ....... .. . . ..... . . ..... . ..... . .... . .. . . . . . . . ... .. ... . .... .... . .. . ... .. . . .... . . .... .. . ....... . . .. ..... . ..
lowQualScore : 0 0 5 55555555 5 00000000 0 0 0 5 5 00 7 7 7777 7 0 7777 3333 5 2 22 22 0 8 0 2 2 88 00000 00000 5 5 2 8 0 2222 0 0000000 33 3 3 33333 7 3 77777 3 77777 0 5555 0 11 9 9 9 9 0 1 4 888 22 444 8 5555 5555 1 22 3 444 88 3 3 0000 3 3 1111 55 9 0000000 0 7 11 11111 3 00
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGGCATTCACTNAGNATATATTTAATTTGTTCTAGTTTCTAATATAGCGCGTGGCCCNGTTAGCCNAGTCTGCTATGCTCGTCCGACTATCGAACCAGGNGTCGTNAGTTCGAATCCCCACCCAGCA-CAGTCTC-A-TGATGATTGATATACGGCATTGCGTCTCATTATCATTCGTTTCTCTCACCGCTGATTCAAGTGGGA-AAGTTATCAGTTACTTGCGGAGATG-GGGTGTGCTCGAGTACTGGTTAA--CCTTTCAGGATCCCAGGAAAGAGTG-----GTT-----AACTGATCGTCTGTTAGCCCTCGATGGCATAAAAATGACGCTAAATATTNAATC---AANTCAAT------CAGTGT--TACCA-GAGTTTAA-----TTCGCAACAT-GT-AACTTCAAATGAA----GTTTACATATT-T----AGT-TTAT--ACTAATTTATTTTAGCTCGATTGCGATGNAAGCTCAGAGCTTATATGAACCGCTCTCGAGTCCGC---TTCCTGGGT--AG---AACC----AGTACTG----AGTG-T--TG-T---TT--TG-AGAG-GCAT-C--G-G-T----CGAGCTGGGGATCG-AACCCGCAAC-------C-TCTGGCGTGAGCGGCCA--ACAC-----TCTATCCATTNNACTACCTC
Reference ( family-69 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGGCATTCACTNAGNATATATTTAATTTGTTCTAGTTTCTAATATAGCGCGTGGCCCNGTTAGCCNAGTCTGCTATGCTCGTCCGACTATCGAACCAGGGGTCGTNAGTTCGAATCCCCACCCAGCA-CAGTCTC-A-TGATGATTGATATACGGCATTGCGTCTCATTATCATTCGTTTCTCTCACCGCTGATTCAAGTGGGA-AAGTTATCAGTTACTTGCGGAGATG-GGGTGTGCTCGAGTACTGGTTAA--CCTTTCAGGATCCCAGGAAAGAGTG-----GTT-----AACTGATCGTCTGTTAGCCCTCGATGGCATAAAAATGACGCTAAATATTNAATC---AANTCAAT------CAGTGT--TACCA-GAGTTTAA-----TTCGCAACAT-GT-AACTTCAAATGAA----GTTTACATATT-T----AGT-TTAT--ACTAATTTATTTTAGCTCGATTGCGATGNAAGCTCAGAGCTTATATGAACCGCTCTCGAGTCCGC---TTCCTGGGT--AG---AACC----AGTACTG----AGTG-T--TG-T---TT--TG-AGAG-GCAT-C--G-G-T----CGAGCTGGGGATCG-AACCCGCAAC-------C-TCTGGCGTGAGCGGCCA--ACAC-----TCTATCCATTNNACTACCTC
gi|1 : CTGGTATTCACTAAAAAT-TATTTAATTTGTTCTAGTTTCTAATATAGC-CATG-CCCTATTAGCTCAGTCTGTTATGC--GTCCGACTATCAAACC---TGTCATGAGTTAGAATCCCCACCCAGCAACAGTCTCCA-TGATGTATGATTTACGA-ATTGTGTTTCATTATCATTC--TTCTCATACCGCTGATTCAAGTGGGA-AAGTTGTCAGTTACTGG-GGAGATG-GGGTGTGCTCGAGTACTGGTTAA--CCTTTCAGGATCCCAGGAATCAGTG-----GTT-----AACTGATCGTCAGTTAGCCCTTGATAGCATAAAGATTACGCTCAATATTCAATCTTTTATTCAAT---------TGT--TTCTA-ATATTTAACCCAGTTGGC-ACATGGC-AGCACC---CGA--------TACATATT-T----AGT-TTAT--ACTAATTTATTTTAGCTCGATTGTGACAAAAGCTCAGAGCTTATAGGAACCGCTCTCCAGTCCAC---TTCCTGGGT--AA---AACC----AGTACTG----AGTG-T--TG-T---TA--TG-AGAG-GCAT-C----A-T----CGAGCTGGGGATCA-AACCTGCAAC-------C-TCCGGCATGAGCAGCCA--ACAT-----TCTATCAATTTGACTACCTC
gi|10 : tgattggttaaaacttgtcaccaga-T----AGT-TCAT--ACT--TTTTTTTTAGCTTGATTGCAATGAAAGCTCAGAGCTTATATCAACCACTTTCGAGT-CG-----TCCTTGG---------------------TG----AGTG-T--TG-T---TTTATG-AGAG-GCAT-CT-G-A-T----CGAGCTGGGGATTA-AACCCACAAC-------C-TCAGGCATTAGCAGCCA--ACAC-----TCTATCCATTTGcgcgcttgatacata
gi|11 : ATATT-TTG--ATTATTAT--TCTAGTTTATTTTAGCTCGATT--GATATA--TTCAGAGTTTATGTTAATCGCCTT--AGTCCAT---TTCCTGTGC--AG---GA-C----AGTACTG----AGCG-T--
gi|12 : atcatcaaaatagtgCTTATAT-AACAGCTCTTGTGTTCGC---TTCCTGTGT--AG---AACT----AGAACTG----AGTG-T--T--T---TT--TG-AGAG-GCAT-T--G-GCT----TGAGGTCGGGATTT-AAC---CAAC-------C-ggactgcgtaaga
gi|13 : tgaaacaATTTTAACTCTGTTGTGATGTAAGCCAAAAGGT-ATACTAATCGCTCTTGGGTCCCA---TTCCTGGGT--AG------------GTACTG----A-TGTT--TGTT---TT--TG-AAAGTCCATCC--G-G-T----TGAGCCCGGAAacaccacatttcccgccggcgtga
gi|14 : cCCTTGGT--AG---AACCAACTAGTACTGGACTGGTG-C--TG-T---CT--TG-AAAC-GTAT-TCAG-G-T----GAAGCCTATGATCA-AACCTGCAAT-------T-TATAGTGTGACCAGTCA--ACACACATTTCTATct
gi|15 : AACTTCTCTCGAGTCGAC---CTCCTGGGT--AA---AACA----GGTAC------AGCG-T--GA-T---TT--T----AG-ATAT-C--G-T-TGGGATGAGCTGGGGATCG-AATCCG
gi|16 : tTCTTTTTCATTCGT--CTCTCACAGCTGATTCGGGTGGGAGAAATCATTTGTTACTTGCGGATATaa
gi|17 : acgttatctaAGTCCAC---TACCTGGGT--AG---AACC----AGTAGTG----AATG-T--TG-T---TT--TGCAGAC-ACAA-T--G-G-T----
gi|18 : GCTGAGGAT-A-AACTTGCAAC-------C-TCTGGCATGAGTGGCTACTACAC-----Tgttgtctaacctgtagtc
gi|2 : TCTGACTATCAATCCAGGGGTCAGAAGTTCAAATCCCAACCCAGC--CAGTCCC-AGTGATGATTGATATCTGGCATTGCGTCTTATTATCATTCATTTCTCT----GCTGATTCAAGAGAGA-AAGTTATAAGTTACTTGCGGAGATGTAAATGTGCCAGAGTACTGGTTAA--CCTTCCAGGATTCCAGGAAAGAGTG-----GTTAGGTTAACTGATTATCTGTTAGCCCTTGATAGCATAAAAATGATACTAAACATCAAATC---AAATCAAT------CAGTCT--TACCA-GAGTTTAA-----TTCGCAACAT-GTAAACTTCAAATGAA----GTTTATATGTT-T----AAT-TTTTTAACTACT---TTTTAGTTTGA
gi|3 : CTGGCATTCATTCAGTATATATTTA--------TAGTT-CTA------CGCGTGGTCCGGTTAGCCAAGTC-GCTA-GCTCGTCTGACTATCGGATCAGGAATCGTTGGTTCGAATCCCCTGCCA--A-CAGTCT--A-TGATGATTGATATACGACAGAGCATCTGATTATCATTTGTTTCTC--ACCGCTGATTCAAGTGGGA-AATATATCAGTAACTTGCGGAGA-G-GGGTGTGCTCGAGTACTTGCTAA--CCATTCAGGATCACAGGAAAGAGTGGTTATGTT-----AACTGATTGTCTGTTTGCACTCGACGTGAT--TAATGACGCTGAATAATAAATT---AAagttgttgtttttttcatcaattgtgaa
gi|4 : atttttgaaaatatgctcggacgaagaaaaataaaattcaaaatgggagataattATGAAATATGTTAACACCTCGT----AGT-TTAT--ACTAATTTACTTTAGCTCGATTGCGATGAAAGTTCAGAGCTTATATGAACTGCTCTCGAGTCCGC---TTCCTGGGT--AG---AACC----AGTACTG----AGTA-A--TG-T---TTTATG-AGAG-GCAT-CG-G-G-T----CGACCGGGGGATCG-AACCCGCAAC-------T-TCTGGCGTGAGCGGCCA--ACAC-----TCTATCCA---GACTACCt
gi|5 : ttgatatatattttgttaatatttttttaactagttttGTATTGTATCTCATTATCATTCGT--CTCTCACCACTGATCCAAGTGGGA-AAGTTATCAGTTACTTGCGGAGATG-GCGTGTGCTTGAGTACTGGTTAATCCCTGTTAGa
gi|5 : TG-----GTT-----AA----TC-CCTGTTAGCCCTCTATGGCATAAAAATGACGCTAAATATTCAATC----AGTCAATCTGTGGCAGTGTGGGAGCAGGAGTTT-A-----TTTAAAACAT--T--ATTTTAAATccctctatggcataaaaatgacgctaaatattcaatcagtcaatctgtggcagtgtgggagcaggagtttatttaaaacattattttaaatacctttctcttctaatctttgctaacta
gi|6 : gtattgtatctcattatcattcgtctctcaccactgatccaagtgggaaagttatcagttacttgcggagatggcgtgtgcttgagtacTTTCCATATT-TTTTAAGT-TTAT--ACTAATTTATTTTAGCTCAATTGGGATGAAAGCTCCAAGTTTATATAAACTG--CTCGAGTCCTC---TTCCTGGGA--AT---AATC----AGTACAG----AGTG-T--TG-T---TTAAGA-AGAG-GCAT-TG-G-G-T----CGAGCTGTGGATCG-TACAAGCAAC-------CTTTTGTCATGAACGGACA--ACA-------CTATCCATTACacctttctcttctaatctttgctaacta
gi|7 : aattat-T----AGT-TTAT--ACTTATTTATTTTAGCTTGATTGTGAAGAAAGCTCTGAGCTTAAATGAATTGCTCTCGAAGCTGC---TTCCTGGGT--AG---AAGC----AGAACTG----AGTG-T--TG-TCA-TT--TG-AAAG-TCAT-T--GAG-T----CAAACTGGGGATCACAACCTGCAACTTCTGGGC-TCTGGCATGATTGGCCA--ACAC-----TATATCCATTGTACTACtaactgcc
gi|8 : -T----AGG-TTAT--ACTATTTT-TTTTAGCTCGATTGCAA-ATAAGCTTACGGCTTGTATGAACTGCTATTGGGTCCGCGTCCTCCTGGGTTGAGTTGAACT----AAAACTG----AGTG-T--TG-TATGTT--TG-AGAG-GTA-------A-T----CGAGCTCGCGATCG-AACCGACAAC-------G-ACCGGCGTGAACAGCAA--ACAC-----TCTATCCACTGCACTACTTCtgccctg
gi|9 : AT--ACTAATTAATTTTAGCTCGATTGCGAAACATGTTCAGAGCTCGTATGAACCGTTCTTGAGTCCGC---TTCCTGTGT--AG---TACC----AGTACAG----AGTG-CTATG-T---CT--TT-AGAT-GCAT-CA-G-G-T----CGACCCGTGGATCT-AACCGGCAAC-------C-TCTGGCTGGAGTGTTCA--ACAC-----TCTATCTACTACACTgctgt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): AGTATTTTTTTCTTCTTCTTAACTCATGCTAA
Alignments
lowQualScore : 1 33333333 1 33333333 1 1 1 11 2222 2222 11 11 1 11 22222 22222 2222 4444444 11 1 33333 33333 33333 1111 111 11 2222 1111111 11111
lowQualScore : 1 1 5 55555555 5 55555555 5 1 1 5 5 88 0 0 7 1 0 1 5555 4444 6 3 11 44 8 0 0 0 0 33 55555 55555 2 6 3 0 1 7777 1 5555555 88 3 7 33333 3 7 66666 7 55555 5 7777 5 66 0 0 0 3 1 4 0 555 44 555 0 6666 6666 3 44 3 000 33 3 3 0000 3 3 7777 55 4 3333333 4 1 66 11111 2 44
lowQualScore : . . . ........ . ........ . . . . . .. . . . . . . .... .... . . .. .. . . . . . .. ..... ..... . . . . . .... . ....... .. . . ..... . . ..... . ..... . .... . .. . . . . . . . ... .. ... . .... .... . .. . ... .. . . .... . . .... .. . ....... . . .. ..... . ..
lowQualScore : 0 0 5 55555555 5 00000000 0 0 0 5 5 00 7 7 3 0 7 0 7777 3333 5 2 22 22 0 8 0 2 2 88 00000 00000 5 5 2 8 0 2222 0 0000000 33 3 3 33333 7 3 77777 3 77777 0 5555 0 11 9 9 9 9 0 1 4 888 22 444 8 5555 5555 1 22 3 444 88 3 3 0000 3 3 1111 55 9 0000000 0 7 11 11111 3 00
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGGCATTCACTNAGNATATATTTAATTTGTTCTAGTTTCTAATATAGCGCGTGGCCCNGTTAGCCNAGTCTGCTATGCTCGTCCGACTATCGAACCAGGNGTCGTNAGTTCGAATCCCCACCCAGCA-CAGTCTC-A-TGATGATTGATATACGGCATTGCGTCTCATTATCATTCGTTTCTCTCACCGCTGATTCAAGTGGGA-AAGTTATCAGTTACTTGCGGAGATG-GGGTGTGCTCGAGTACTGGTTAA--CCTTTCAGGATCCCAGGAAAGAGTG-----GTT-----AACTGATCGTCTGTTAGCCCTCGATGGCATAAAAATGACGCTAAATATTNAATC---AANTCAAT------CAGTGT--TACCA-GAGTTTAA-----TTCGCAACAT-GT-AACTTCAAATGAA----GTTTACATATT-T----AGT-TTAT--ACTAATTTATTTTAGCTCGATTGCGATGNAAGCTCAGAGCTTATATGAACCGCTCTCGAGTCCGC---TTCCTGGGT--AG---AACC----AGTACTG----AGTG-T--TG-T---TT--TG-AGAG-GCAT-C--G-G-T----CGAGCTGGGGATCG-AACCCGCAAC-------C-TCTGGCGTGAGCGGCCA--ACAC-----TCTATCCATTNNACTACCTC
Reference ( family-69 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGGCATTCACTNAGNATATATTTAATTTGTTCTAGTTTCTAATATAGCGCGTGGCCCNGTTAGCCNAGTCTGCTATGCTCGTCCGACTATCGAACCAGGNGTCGTNAGTTCGAATCCCCACCCAGCA-CAGTCTC-A-TGATGATTGATATACGGCATTGCGTCTCATTATCATTCGTTTCTCTCACCGCTGATTCAAGTGGGA-AAGTTATCAGTTACTTGCGGAGATG-GGGTGTGCTCGAGTACTGGTTAA--CCTTTCAGGATCCCAGGAAAGAGTG-----GTT-----AACTGATCGTCTGTTAGCCCTCGATGGCATAAAAATGACGCTAAATATTNAATC---AANTCAAT------CAGTGT--TACCA-GAGTTTAA-----TTCGCAACAT-GT-AACTTCAAATGAA----GTTTACATATT-T----AGT-TTAT--ACTAATTTATTTTAGCTCGATTGCGATGNAAGCTCAGAGCTTATATGAACCGCTCTCGAGTCCGC---TTCCTGGGT--AG---AACC----AGTACTG----AGTG-T--TG-T---TT--TG-AGAG-GCAT-C--G-G-T----CGAGCTGGGGATCG-AACCCGCAAC-------C-TCTGGCGTGAGCGGCCA--ACAC-----TCTATCCATTNNACTACCTC
gi|1 : CTGGTATTCACTAAAAAT-TATTTAATTTGTTCTAGTTTCTAATATAGC-CATG-CCCTATTAGCTCAGTCTGTTATGC--GTCCGACTATCAAACC---TGTCATGAGTTAGAATCCCCACCCAGCAACAGTCTCCA-TGATGTATGATTTACGA-ATTGTGTTTCATTATCATTC--TTCTCATACCGCTGATTCAAGTGGGA-AAGTTGTCAGTTACTGG-GGAGATG-GGGTGTGCTCGAGTACTGGTTAA--CCTTTCAGGATCCCAGGAATCAGTG-----GTT-----AACTGATCGTCAGTTAGCCCTTGATAGCATAAAGATTACGCTCAATATTCAATCTTTTATTCAAT---------TGT--TTCTA-ATATTTAACCCAGTTGGC-ACATGGC-AGCACC---CGA--------TACATATT-T----AGT-TTAT--ACTAATTTATTTTAGCTCGATTGTGACAAAAGCTCAGAGCTTATAGGAACCGCTCTCCAGTCCAC---TTCCTGGGT--AA---AACC----AGTACTG----AGTG-T--TG-T---TA--TG-AGAG-GCAT-C----A-T----CGAGCTGGGGATCA-AACCTGCAAC-------C-TCCGGCATGAGCAGCCA--ACAT-----TCTATCAATTTGACTACCTC
gi|10 : tgattggttaaaacttgtcaccaga-T----AGT-TCAT--ACT--TTTTTTTTAGCTTGATTGCAATGAAAGCTCAGAGCTTATATCAACCACTTTCGAGT-CG-----TCCTTGG---------------------TG----AGTG-T--TG-T---TTTATG-AGAG-GCAT-CT-G-A-T----CGAGCTGGGGATTA-AACCCACAAC-------C-TCAGGCATTAGCAGCCA--ACAC-----TCTATCCATTTGcgcgcttgatacata
gi|11 : ATATT-TTG--ATTATTAT--TCTAGTTTATTTTAGCTCGATT--GATATA--TTCAGAGTTTATGTTAATCGCCTT--AGTCCAT---TTCCTGTGC--AG---GA-C----AGTACTG----AGCG-T--
gi|12 : atcatcaaaatagtgCTTATAT-AACAGCTCTTGTGTTCGC---TTCCTGTGT--AG---AACT----AGAACTG----AGTG-T--T--T---TT--TG-AGAG-GCAT-T--G-GCT----TGAGGTCGGGATTT-AAC---CAAC-------C-ggactgcgtaaga
gi|13 : tgaaacaATTTTAACTCTGTTGTGATGTAAGCCAAAAGGT-ATACTAATCGCTCTTGGGTCCCA---TTCCTGGGT--AG------------GTACTG----A-TGTT--TGTT---TT--TG-AAAGTCCATCC--G-G-T----TGAGCCCGGAAacaccacatttcccgccggcgtga
gi|14 : cCCTTGGT--AG---AACCAACTAGTACTGGACTGGTG-C--TG-T---CT--TG-AAAC-GTAT-TCAG-G-T----GAAGCCTATGATCA-AACCTGCAAT-------T-TATAGTGTGACCAGTCA--ACACACATTTCTATct
gi|15 : AACTTCTCTCGAGTCGAC---CTCCTGGGT--AA---AACA----GGTAC------AGCG-T--GA-T---TT--T----AG-ATAT-C--G-T-TGGGATGAGCTGGGGATCG-AATCCG
gi|16 : tTCTTTTTCATTCGT--CTCTCACAGCTGATTCGGGTGGGAGAAATCATTTGTTACTTGCGGATATaa
gi|17 : acgttatctaAGTCCAC---TACCTGGGT--AG---AACC----AGTAGTG----AATG-T--TG-T---TT--TGCAGAC-ACAA-T--G-G-T----
gi|18 : GCTGAGGAT-A-AACTTGCAAC-------C-TCTGGCATGAGTGGCTACTACAC-----Tgttgtctaacctgtagtc
gi|2 : TCTGACTATCAATCCAGGGGTCAGAAGTTCAAATCCCAACCCAGC--CAGTCCC-AGTGATGATTGATATCTGGCATTGCGTCTTATTATCATTCATTTCTCT----GCTGATTCAAGAGAGA-AAGTTATAAGTTACTTGCGGAGATGTAAATGTGCCAGAGTACTGGTTAA--CCTTCCAGGATTCCAGGAAAGAGTG-----GTTAGGTTAACTGATTATCTGTTAGCCCTTGATAGCATAAAAATGATACTAAACATCAAATC---AAATCAAT------CAGTCT--TACCA-GAGTTTAA-----TTCGCAACAT-GTAAACTTCAAATGAA----GTTTATATGTT-T----AAT-TTTTTAACTACT---TTTTAGTTTGA
gi|3 : CTGGCATTCATTCAGTATATATTTA--------TAGTT-CTA------CGCGTGGTCCGGTTAGCCAAGTC-GCTA-GCTCGTCTGACTATCGGATCAGGAATCGTTGGTTCGAATCCCCTGCCA--A-CAGTCT--A-TGATGATTGATATACGACAGAGCATCTGATTATCATTTGTTTCTC--ACCGCTGATTCAAGTGGGA-AATATATCAGTAACTTGCGGAGA-G-GGGTGTGCTCGAGTACTTGCTAA--CCATTCAGGATCACAGGAAAGAGTGGTTATGTT-----AACTGATTGTCTGTTTGCACTCGACGTGAT--TAATGACGCTGAATAATAAATT---AAagttgttgtttttttcatcaattgtgaa
gi|4 : atttttgaaaatatgctcggacgaagaaaaataaaattcaaaatgggagataattATGAAATATGTTAACACCTCGT----AGT-TTAT--ACTAATTTACTTTAGCTCGATTGCGATGAAAGTTCAGAGCTTATATGAACTGCTCTCGAGTCCGC---TTCCTGGGT--AG---AACC----AGTACTG----AGTA-A--TG-T---TTTATG-AGAG-GCAT-CG-G-G-T----CGACCGGGGGATCG-AACCCGCAAC-------T-TCTGGCGTGAGCGGCCA--ACAC-----TCTATCCA---GACTACCt
gi|5 : ttgatatatattttgttaatatttttttaactagttttGTATTGTATCTCATTATCATTCGT--CTCTCACCACTGATCCAAGTGGGA-AAGTTATCAGTTACTTGCGGAGATG-GCGTGTGCTTGAGTACTGGTTAATCCCTGTTAGa
gi|5 : TG-----GTT-----AA----TC-CCTGTTAGCCCTCTATGGCATAAAAATGACGCTAAATATTCAATC----AGTCAATCTGTGGCAGTGTGGGAGCAGGAGTTT-A-----TTTAAAACAT--T--ATTTTAAATccctctatggcataaaaatgacgctaaatattcaatcagtcaatctgtggcagtgtgggagcaggagtttatttaaaacattattttaaatacctttctcttctaatctttgctaacta
gi|6 : gtattgtatctcattatcattcgtctctcaccactgatccaagtgggaaagttatcagttacttgcggagatggcgtgtgcttgagtacTTTCCATATT-TTTTAAGT-TTAT--ACTAATTTATTTTAGCTCAATTGGGATGAAAGCTCCAAGTTTATATAAACTG--CTCGAGTCCTC---TTCCTGGGA--AT---AATC----AGTACAG----AGTG-T--TG-T---TTAAGA-AGAG-GCAT-TG-G-G-T----CGAGCTGTGGATCG-TACAAGCAAC-------CTTTTGTCATGAACGGACA--ACA-------CTATCCATTACacctttctcttctaatctttgctaacta
gi|7 : aattat-T----AGT-TTAT--ACTTATTTATTTTAGCTTGATTGTGAAGAAAGCTCTGAGCTTAAATGAATTGCTCTCGAAGCTGC---TTCCTGGGT--AG---AAGC----AGAACTG----AGTG-T--TG-TCA-TT--TG-AAAG-TCAT-T--GAG-T----CAAACTGGGGATCACAACCTGCAACTTCTGGGC-TCTGGCATGATTGGCCA--ACAC-----TATATCCATTGTACTACtaactgcc
gi|8 : -T----AGG-TTAT--ACTATTTT-TTTTAGCTCGATTGCAA-ATAAGCTTACGGCTTGTATGAACTGCTATTGGGTCCGCGTCCTCCTGGGTTGAGTTGAACT----AAAACTG----AGTG-T--TG-TATGTT--TG-AGAG-GTA-------A-T----CGAGCTCGCGATCG-AACCGACAAC-------G-ACCGGCGTGAACAGCAA--ACAC-----TCTATCCACTGCACTACTTCtgccctg
gi|9 : AT--ACTAATTAATTTTAGCTCGATTGCGAAACATGTTCAGAGCTCGTATGAACCGTTCTTGAGTCCGC---TTCCTGTGT--AG---TACC----AGTACAG----AGTG-CTATG-T---CT--TT-AGAT-GCAT-CA-G-G-T----CGACCCGTGGATCT-AACCGGCAAC-------C-TCTGGCTGGAGTGTTCA--ACAC-----TCTATCTACTACACTgctgt
blockSeqs : C T A . . CG G G A . . TC A G A GC CAG C G TT TC G T TC GTTAT AGGTT C A A A A A CTGTGGC GG G A . C A GTAA A AATAT G TTTA A TA T A C GTC TG TTG AACT GACT T TA T ATG TA C T TCA A C GGGA AC C TTCTGGG T A CT ACATT T TG
blockSeqs : A A T A A C A TT TC . . . . . C G A A A G C . . . . T A T A A . TG . . T T T . . . . . . . . CA TA . . CT . . . A T . . G . . T AC
blockSeqs : T G . T . . . . . . . . C . . . . . T T T . . . . . . . . . AA . . CC . . . T C . . A . . T GT
blockSeqs : G . . . . . . . T A G . . . . . . . . . . . . CG . . . A T . . G . . C GC
blockSeqs : . . . . T A A . . . . . . . . . . . . TG . . . G C . . A . . C AC
blockSeqs : . . . . A A G . . . . . . . . . . . . CA . . . A A . . A . . . G
blockSeqs : . . . . A T G . . . . . . . . . . . . T . . . G T . . G . .
blockSeqs : . . C G . . . . . . . . . . . . C . . . G G . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . G G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : C***
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGGCATTCACTNAGNATATATTTAATTTGTTCTAGTTTCTAATATAGCGCGTGGCCCNGTTAGCCNAGTCTGCTATGCTCGTCCGACTATCGAACCAGGNGTCGTNAGTTCGAATCCCCACCCAGCA-CAGTCTC-A-TGATGATTGATATACGGCATTGCGTCTCATTATCATTCGTTTCTCTCACCGCTGATTCAAGTGGGA-AAGTTATCAGTTACTTGCGGAGATG-GGGTGTGCTCGAGTACTGGTTAA--CCTTTCAGGATCCCAGGAAAGAGTG-----GTT-----AACTGATCGTCTGTTAGCCCTCGATGGCATAAAAATGACGCTAAATATTNAATC---AANTCAAT------CAGTGT--TACCA-GAGTTTAA-----TTCGCAACAT-GT-AACTTCAAATGAA----GTTTACATATT-T----AGT-TTAT--ACTAATTTATTTTAGCTCGATTGCGATGNAAGCTCAGAGCTTATATGAACCGCTCTCGAGTCCGC---TTCCTGGGT--AG---AACC----AGTACTG----AGTG-T--TG-T---TT--TG-AGAG-GCAT-C--G-G-T----CGAGCTGGGGATCG-AACCCGCAAC-------C-TCTGGCGTGAGCGGCCA--ACAC-----TCTATCCATTNNACTACCTC
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGGCATTCACTNAGNATATATTTAATTTGTTCTAGTTTCTAATATAGCGCGTGGCCCNGTTAGCCNAGTCTGCTATGCTCGTCCGACTATCGAACCAGGNGTCGTNAGTTCGAATCCCCACCCAGCA-CAGTCTC-A-TGATGATTGATATACGGCATTGCGTCTCATTATCATTCGTTTCTCTCACCGCTGATTCAAGTGGGA-AAGTTATCAGTTACTTGCGGAGATG-GGGTGTGCTCGAGTACTGGTTAA--CCTTTCAGGATCCCAGGAAAGAGTG-----GTT-----AACTGATCGTCTGTTAGCCCTCGATGGCATAAAAATGACGCTAAATATTNAATC---AANTCAAT------CAGTGT--TACCA-GAGTTTAA-----TTCGCAACAT-GT-AACTTCAAATGAA----GTTTACATATT-T----AGT-TTAT--ACTAATTTATTTTAGCTCGATTGCGATGNAAGCTCAGAGCTTATATGAACCGCTCTCGAGTCCGC---TTCCTGGGT--AG---AACC----AGTACTG----AGTG-T--TG-T---TT--TG-AGAG-GCATC---G-G-T----CGAGCTGGGGATCG-AACCCGCAAC-------C-TCTGGCGTGAGCGGCCA--ACAC-----TCTATCCATTNNACTACCTC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): AGTATTTTTTTCTTCTTCTTAACTCATGCTAA
Alignments
lowQualScore : 1 33333333 1 33333333 1 1 1 11 2222 2222 11 11 1 11 22222 22222 2222 4444444 11 1 33333 33333 33333 1111 111 11 2222 1111111 11111
lowQualScore : 1 1 5 55555555 5 55555555 5 1 1 5 5 88 0 0 7 1 0 1 5555 4444 6 3 11 44 8 0 0 0 0 33 55555 55555 2 6 3 0 1 7777 1 5555555 88 3 7 33333 3 7 66666 7 55555 5 7777 5 66 0 0 0 3 1 4 0 555 44 555 0 6666 6666 3 44 3 000 33 3 3 0000 3 3 7777 55 4 3333333 4 1 66 11111 2 44
lowQualScore : . . . ........ . ........ . . . . . .. . . . . . . .... .... . . .. .. . . . . . .. ..... ..... . . . . . .... . ....... .. . . ..... . . ..... . ..... . .... . .. . . . . . . . ... .. ... . .... .... . .. . ... .. . . .... . . .... .. . ....... . . .. ..... . ..
lowQualScore : 0 0 5 55555555 5 00000000 0 0 0 5 5 00 7 7 3 0 7 0 7777 3333 5 2 22 22 0 8 0 2 2 88 00000 00000 5 5 2 8 0 2222 0 0000000 33 3 3 33333 7 3 77777 3 77777 0 5555 0 11 9 9 9 9 0 1 4 888 22 444 8 5555 5555 1 22 3 444 88 3 3 0000 3 3 1111 55 9 0000000 0 7 11 11111 3 00
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGGCATTCACTNAGNATATATTTAATTTGTTCTAGTTTCTAATATAGCGCGTGGCCCNGTTAGCCNAGTCTGCTATGCTCGTCCGACTATCGAACCAGGNGTCGTNAGTTCGAATCCCCACCCAGCA-CAGTCTC-A-TGATGATTGATATACGGCATTGCGTCTCATTATCATTCGTTTCTCTCACCGCTGATTCAAGTGGGA-AAGTTATCAGTTACTTGCGGAGATG-GGGTGTGCTCGAGTACTGGTTAA--CCTTTCAGGATCCCAGGAAAGAGTG-----GTT-----AACTGATCGTCTGTTAGCCCTCGATGGCATAAAAATGACGCTAAATATTNAATC---AANTCAAT------CAGTGT--TACCA-GAGTTTAA-----TTCGCAACAT-GT-AACTTCAAATGAA----GTTTACATATT-T----AGT-TTAT--ACTAATTTATTTTAGCTCGATTGCGATGNAAGCTCAGAGCTTATATGAACCGCTCTCGAGTCCGC---TTCCTGGGT--AG---AACC----AGTACTG----AGTG-T--TG-T---TT--TG-AGAG-GCAT-C--G-G-T----CGAGCTGGGGATCG-AACCCGCAAC-------C-TCTGGCGTGAGCGGCCA--ACAC-----TCTATCCATTNNACTACCTC
Reference ( family-69 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGGCATTCACTNAGNATATATTTAATTTGTTCTAGTTTCTAATATAGCGCGTGGCCCNGTTAGCCNAGTCTGCTATGCTCGTCCGACTATCGAACCAGGNGTCGTNAGTTCGAATCCCCACCCAGCA-CAGTCTC-A-TGATGATTGATATACGGCATTGCGTCTCATTATCATTCGTTTCTCTCACCGCTGATTCAAGTGGGA-AAGTTATCAGTTACTTGCGGAGATG-GGGTGTGCTCGAGTACTGGTTAA--CCTTTCAGGATCCCAGGAAAGAGTG-----GTT-----AACTGATCGTCTGTTAGCCCTCGATGGCATAAAAATGACGCTAAATATTNAATC---AANTCAAT------CAGTGT--TACCA-GAGTTTAA-----TTCGCAACAT-GT-AACTTCAAATGAA----GTTTACATATT-T----AGT-TTAT--ACTAATTTATTTTAGCTCGATTGCGATGNAAGCTCAGAGCTTATATGAACCGCTCTCGAGTCCGC---TTCCTGGGT--AG---AACC----AGTACTG----AGTG-T--TG-T---TT--TG-AGAG-GCAT-C--G-G-T----CGAGCTGGGGATCG-AACCCGCAAC-------C-TCTGGCGTGAGCGGCCA--ACAC-----TCTATCCATTNNACTACCTC
gi|1 : CTGGTATTCACTAAAAAT-TATTTAATTTGTTCTAGTTTCTAATATAGC-CATG-CCCTATTAGCTCAGTCTGTTATGC--GTCCGACTATCAAACC---TGTCATGAGTTAGAATCCCCACCCAGCAACAGTCTCCA-TGATGTATGATTTACGA-ATTGTGTTTCATTATCATTC--TTCTCATACCGCTGATTCAAGTGGGA-AAGTTGTCAGTTACTGG-GGAGATG-GGGTGTGCTCGAGTACTGGTTAA--CCTTTCAGGATCCCAGGAATCAGTG-----GTT-----AACTGATCGTCAGTTAGCCCTTGATAGCATAAAGATTACGCTCAATATTCAATCTTTTATTCAAT---------TGT--TTCTA-ATATTTAACCCAGTTGGC-ACATGGC-AGCACC---CGA--------TACATATT-T----AGT-TTAT--ACTAATTTATTTTAGCTCGATTGTGACAAAAGCTCAGAGCTTATAGGAACCGCTCTCCAGTCCAC---TTCCTGGGT--AA---AACC----AGTACTG----AGTG-T--TG-T---TA--TG-AGAG-GCAT-C----A-T----CGAGCTGGGGATCA-AACCTGCAAC-------C-TCCGGCATGAGCAGCCA--ACAT-----TCTATCAATTTGACTACCTC
gi|10 : tgattggttaaaacttgtcaccaga-T----AGT-TCAT--ACT--TTTTTTTTAGCTTGATTGCAATGAAAGCTCAGAGCTTATATCAACCACTTTCGAGT-CG-----TCCTTGG---------------------TG----AGTG-T--TG-T---TTTATG-AGAG-GCAT-CT-G-A-T----CGAGCTGGGGATTA-AACCCACAAC-------C-TCAGGCATTAGCAGCCA--ACAC-----TCTATCCATTTGcgcgcttgatacata
gi|11 : ATATT-TTG--ATTATTAT--TCTAGTTTATTTTAGCTCGATT--GATATA--TTCAGAGTTTATGTTAATCGCCTT--AGTCCAT---TTCCTGTGC--AG---GA-C----AGTACTG----AGCG-T--
gi|12 : atcatcaaaatagtgCTTATAT-AACAGCTCTTGTGTTCGC---TTCCTGTGT--AG---AACT----AGAACTG----AGTG-T--T--T---TT--TG-AGAG-GCAT-T--G-GCT----TGAGGTCGGGATTT-AAC---CAAC-------C-ggactgcgtaaga
gi|13 : tgaaacaATTTTAACTCTGTTGTGATGTAAGCCAAAAGGT-ATACTAATCGCTCTTGGGTCCCA---TTCCTGGGT--AG------------GTACTG----A-TGTT--TGTT---TT--TG-AAAGTCCATCC--G-G-T----TGAGCCCGGAAacaccacatttcccgccggcgtga
gi|14 : cCCTTGGT--AG---AACCAACTAGTACTGGACTGGTG-C--TG-T---CT--TG-AAAC-GTAT-TCAG-G-T----GAAGCCTATGATCA-AACCTGCAAT-------T-TATAGTGTGACCAGTCA--ACACACATTTCTATct
gi|15 : AACTTCTCTCGAGTCGAC---CTCCTGGGT--AA---AACA----GGTAC------AGCG-T--GA-T---TT--T----AG-ATAT-C--G-T-TGGGATGAGCTGGGGATCG-AATCCG
gi|16 : tTCTTTTTCATTCGT--CTCTCACAGCTGATTCGGGTGGGAGAAATCATTTGTTACTTGCGGATATaa
gi|17 : acgttatctaAGTCCAC---TACCTGGGT--AG---AACC----AGTAGTG----AATG-T--TG-T---TT--TGCAGAC-ACAA-T--G-G-T----
gi|18 : GCTGAGGAT-A-AACTTGCAAC-------C-TCTGGCATGAGTGGCTACTACAC-----Tgttgtctaacctgtagtc
gi|2 : TCTGACTATCAATCCAGGGGTCAGAAGTTCAAATCCCAACCCAGC--CAGTCCC-AGTGATGATTGATATCTGGCATTGCGTCTTATTATCATTCATTTCTCT----GCTGATTCAAGAGAGA-AAGTTATAAGTTACTTGCGGAGATGTAAATGTGCCAGAGTACTGGTTAA--CCTTCCAGGATTCCAGGAAAGAGTG-----GTTAGGTTAACTGATTATCTGTTAGCCCTTGATAGCATAAAAATGATACTAAACATCAAATC---AAATCAAT------CAGTCT--TACCA-GAGTTTAA-----TTCGCAACAT-GTAAACTTCAAATGAA----GTTTATATGTT-T----AAT-TTTTTAACTACT---TTTTAGTTTGA
gi|3 : CTGGCATTCATTCAGTATATATTTA--------TAGTT-CTA------CGCGTGGTCCGGTTAGCCAAGTC-GCTA-GCTCGTCTGACTATCGGATCAGGAATCGTTGGTTCGAATCCCCTGCCA--A-CAGTCT--A-TGATGATTGATATACGACAGAGCATCTGATTATCATTTGTTTCTC--ACCGCTGATTCAAGTGGGA-AATATATCAGTAACTTGCGGAGA-G-GGGTGTGCTCGAGTACTTGCTAA--CCATTCAGGATCACAGGAAAGAGTGGTTATGTT-----AACTGATTGTCTGTTTGCACTCGACGTGAT--TAATGACGCTGAATAATAAATT---AAagttgttgtttttttcatcaattgtgaa
gi|4 : atttttgaaaatatgctcggacgaagaaaaataaaattcaaaatgggagataattATGAAATATGTTAACACCTCGT----AGT-TTAT--ACTAATTTACTTTAGCTCGATTGCGATGAAAGTTCAGAGCTTATATGAACTGCTCTCGAGTCCGC---TTCCTGGGT--AG---AACC----AGTACTG----AGTA-A--TG-T---TTTATG-AGAG-GCAT-CG-G-G-T----CGACCGGGGGATCG-AACCCGCAAC-------T-TCTGGCGTGAGCGGCCA--ACAC-----TCTATCCA---GACTACCt
gi|5 : ttgatatatattttgttaatatttttttaactagttttGTATTGTATCTCATTATCATTCGT--CTCTCACCACTGATCCAAGTGGGA-AAGTTATCAGTTACTTGCGGAGATG-GCGTGTGCTTGAGTACTGGTTAATCCCTGTTAGa
gi|5 : TG-----GTT-----AA----TC-CCTGTTAGCCCTCTATGGCATAAAAATGACGCTAAATATTCAATC----AGTCAATCTGTGGCAGTGTGGGAGCAGGAGTTT-A-----TTTAAAACAT--T--ATTTTAAATccctctatggcataaaaatgacgctaaatattcaatcagtcaatctgtggcagtgtgggagcaggagtttatttaaaacattattttaaatacctttctcttctaatctttgctaacta
gi|6 : gtattgtatctcattatcattcgtctctcaccactgatccaagtgggaaagttatcagttacttgcggagatggcgtgtgcttgagtacTTTCCATATT-TTTTAAGT-TTAT--ACTAATTTATTTTAGCTCAATTGGGATGAAAGCTCCAAGTTTATATAAACTG--CTCGAGTCCTC---TTCCTGGGA--AT---AATC----AGTACAG----AGTG-T--TG-T---TTAAGA-AGAG-GCAT-TG-G-G-T----CGAGCTGTGGATCG-TACAAGCAAC-------CTTTTGTCATGAACGGACA--ACA-------CTATCCATTACacctttctcttctaatctttgctaacta
gi|7 : aattat-T----AGT-TTAT--ACTTATTTATTTTAGCTTGATTGTGAAGAAAGCTCTGAGCTTAAATGAATTGCTCTCGAAGCTGC---TTCCTGGGT--AG---AAGC----AGAACTG----AGTG-T--TG-TCA-TT--TG-AAAG-TCAT-T--GAG-T----CAAACTGGGGATCACAACCTGCAACTTCTGGGC-TCTGGCATGATTGGCCA--ACAC-----TATATCCATTGTACTACtaactgcc
gi|8 : -T----AGG-TTAT--ACTATTTT-TTTTAGCTCGATTGCAA-ATAAGCTTACGGCTTGTATGAACTGCTATTGGGTCCGCGTCCTCCTGGGTTGAGTTGAACT----AAAACTG----AGTG-T--TG-TATGTT--TG-AGAG-GTA-------A-T----CGAGCTCGCGATCG-AACCGACAAC-------G-ACCGGCGTGAACAGCAA--ACAC-----TCTATCCACTGCACTACTTCtgccctg
gi|9 : AT--ACTAATTAATTTTAGCTCGATTGCGAAACATGTTCAGAGCTCGTATGAACCGTTCTTGAGTCCGC---TTCCTGTGT--AG---TACC----AGTACAG----AGTG-CTATG-T---CT--TT-AGAT-GCAT-CA-G-G-T----CGACCCGTGGATCT-AACCGGCAAC-------C-TCTGGCTGGAGTGTTCA--ACAC-----TCTATCTACTACACTgctgt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): AGTATTTTTTTCTTCTTCTTAACTCATGCTAA