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consensus                     :    NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGGTTAAGTTT-TTAGTTTATACTAATT-T-AT-TTTAGCTCGATTGCGAAGAAAGCTCAGAGCTTAT-A--TG--N--ATCGCTCTCGAG-TCCGCTTC--CTGG---G-TAGAACCAG--TACTG-AGTGTTGTTGTTTT-TGA-GAG--GC-ATCGGGTCGAG-CNGN-GGATNG--AACCCGCA--ACCTCCGGCG---TGAGCGGCCAACACTCTATCCACTNCACTAC
Reference ( gi|2 )            :    AAGCTATGCCGTATCACGATCACGACAGTGAAATACCAAGCGACAAGTTAAGTTCCTTAGTTTATGCTAATT-T-AT-TTTAGCTCGGCTGCGAAGAAAGTTTAGAGCTGAT-A--TA--T--ACCGCTCTCGAG-GCTGCTTT--CTGG---G-TAGAACCAG--TACTG-AGTATTGTTGTTTTATGA-CAG--GC-ATCAGGTCGAG-CGGC-GGATAT--AACCCATA--ACCTCTGGCG---GGAGCGACCAACACTCTATCCACTGCACTACA
gi|6                          :                                               CAGGTTA-GTT---TACTTTATACTTATT-T-AT-TTTAGCTCGATTGAGATGAAAGTTCAGAGCTTAA-A--TG--A--ACCAATCTCAAGTGCT-CTTT--CTG-----------------TATTG-AGT---GTTGTTTTATGA-GAG--GC-ATCGAGTCGAG-CTGG-AGATTA--AACTCGTA--ACCACTGGCA---TGAACGACCAACACTCTAACTATTTCACTAC
gi|4                          :          ttgctcatctctgtttttttttaaggcaaaaaaagaatttttttAGTTT-TCAGTTTATATTAATT-T-AT-TTTAGCTCTATTGCAAAGAAAGCTCAAAGCT--T-A--AG--A--ACTACTCTCAAG-TCCACTTC--CTGG---G-TAGAACCAG--TACTG-AACATT-TTATCT-------AG--GC-ATTGCCTCGAA-CTGA-AGACTG--AACCTGCA--ACCTCTAGC-------GTGATCAAAACTCTATCCACTACACTACcgcc
gi|3                          :          aactatgctcaatgtattcttatgaaccagtgtaaagcaaagagatttctTTATTTTACATTAATT-T-AA-TTTAGCTTGATTGTCAAGTAAGCTCGGAGCTTAT-G--CA--T--ATCTTTCTCCAG---TGCATTCCCTTA---T-TAGATCTGG--TACTG-A--ATTG-TGTTT--CGA-GAG--G---TCGGGTAAAG-C--CTGGGTCA--AACTCGCG--ACCTCTGCCGTCTGAAG---CCAGCACCCTATCCGCTATACTACctcc
gi|18                         : ttatttttttttaaatattattatcattggagctattattataatatacatattgacatTTATTTTATACTCATT-T-AT-TTTAGCTTGATTACTAAAAA---CTA-ATCTGA------------ACTGCTCATGAG-CTTGCTTC--ATGC---A-TAGAACCAG--TTCTG-AGTG-TGTTTTTTTAtgac
gi|7                          :                                                             TAGATTATACTA-TT-T-AT-CTTAGCTCGATTGCGAAGGAAACTCAAAGTTTAT-A--TG--A--ATCGCTTAAGAG-TCTGCTTT--CTGA---G-TAGATCCAG--TACCG-AGTGTTGTTATATTA-GATC-----C-AT-GGATCAAA-CA---GGACACCGAACACGCA--GCCTCAGTCG---TGAGCGGCCAACACACTATCGACGACAC
gi|10                         :                        tttggaaataagtatcattgtaacatatacacgtacaTAGTTCATGCTAATT-T-GT-TTTTACTTGATTGT-----AAGCTCAGAGTTTTA-A--TG--A--ATTGCTATCAAG-TTTTTTTC--CTAGTTAGCTAGAACCAG--TACTG-A---TTGTTGTTTT-TGA-GAG-----ATC--GTC-------C-G-ATAA--AAC--ATGCTACCTCTGGTG---AACGCAATCAAAACTCTATCCATTGCATTACaccgcaccgc
gi|1                          :                                                              AGTGTATACTAATT-T-GT-TATAGCTCGATTGCGATGCAAACTCAGAGCTTAT-A--TG--A--ATCGCTC-CAAT-TCCGCGTC--CTGT---G-TAGAACCAG--TACTG-AGT---GTTACTTTATGA-AAG--GC-ATCGGGTCGAG-CGGA-GGATCG--AACCTCCA--GCCTATGTCG---TGATAGGCCAACACTCTATCCATTACACTACcgcc
gi|8                          :         tattattattcaagctatctttgaataatttgttcagatttatttgttagttaAGTTTATACT--TTAT-AT-TTTAGCTTGATTGCAAAGAAAACTCAGTGCTTGT-A--TG--A--ATCGCTCTCGAG-TCTGCTTC--CTGG---T-TAGAATCAA--TACTG-AGTGTTGTTTTTTT-----CAGAAGC-ATTGTGTTGA---GGT-GGGAATC-AAACTGCA--ACCTCTGGTA---TGAGCGGCCAACACTCTTACCACTTTACTcgtccccgctcaaatt
gi|5                          :                       ttttgtgaataagatactgtttaaactattcaaacattaAGTTTATTCTAGTT-TTGTATTTAGCTAGACTGCAAAGAATGCTCAGACTTAAT-G--AA--T----CGCTCTCTGG-TCCGGTTC--CTTG---G-TAGAACCAG--TAGTA-AA---TGTTGTTTT-TGA-GGA--GCTATCTGGTTGAGTCTGT-GTTTG---AACTCATA--ACCTTCGGCA---TGAGCAGCCAA-----TGACCATTCCACTAC
gi|9                          :         gaatagttacagtaataagatgaacatttggtctacccatatatcaaacatttaaTTAATATTAATT-T-AT-TTCAGCTCGATTGAGAAAAAAGTTCAAAGCTTAT-A--TG--G--ACCACTCTTGAG-TCTGC-TC--CTGG---G-TAGAACCAG--TACCA-AGT-T--TTGTTTTGT-A-GAG--GC-ATCAGGGCAAC-CTGG-AGATTG--AACCTGCA--ACCTCTGGCA---TAAGCAGCTAACAC
gi|22                         :                                      aatgatgaaaaaattcatcaattttaatctataTAGTT-T-GT-TTTAGCTTGATTGCGAAAAAAGCTCAAAGCTcgcccca
gi|11                         :                                                                         ATT-T-AT-TTTGACCCGATTGCGAAGAAAGTTCCAATATTAT-AATCA--TGAATCGTTCTCGAG-
gi|17                         :                                                     aatttaggctcatagatatttTT-C-AT-TTTAGCTCTGTTATGAAGTAAGCCTAAA---GAT-A--TACTT--ATCGCTCT--AGTGCCCCTTTC-CTGG---G-TTG-----G--TACTGAAGT----TTGTTTT-TGA-AAGT-CC-ATCCGATTGAG-Ctccatgtcctaggatgaagatattcggtcgtgcgtgggattgaatccatggcctccgacgtgaacggtcaatactatatccac
gi|14                         :                                                                   ctaaggttT-T-AT-TCTAGCTCTGTTGTGAAGTAAACCCAGAGGTTAT-AC-TA-----ATCGCTCTTGGG-TCCCTTTC--CTGG---G-TAG-----G--TACTGAAGT----TTGTTTT-TGA-AAG--TCTATCCGGTTGAG-C
gi|16                         :                                              atttatcaaatgaatgacagctaagcttaT-C-AT-TTTAACTCTGTTGTGAAGTAAGCCCAAA--TG-T-A--TA--TTAATCGCTCTTGTG-TCCTTTTC--CTGG---G-TAG-----G--TACTGAAGT----TTGTTTT-TGA-AAGT-TC-ATCCGATTGAG-Ccctggtttcaag
gi|20                         :                                                                     caaatgtaagacacttaaggttaCTGCAAAGTAAGCTCAGAACTTAT-A--TG--A--ATCGTTCTCGAG-TCCGCTTT--CTGA---G-TAAAACCAG--TACTG-Accgggactca
gi|12                         :                                                                                            tTGTGAAGAAAGCTCAGAGTTTAC-A--TG--C--ACCACTCTCGTG-TCCACTTC--CTGG---A-TTGAACCAG--TACTG-AGTGTTA--GTTTT-TGA-GAG--GC-ATCAAGTC-AG-CCAC-GATTCG--AAGCCTCA--ACCTCTTGCG---TGAGCGGCCAACA--ATGTTCACTTCACT
gi|13                         :                                                                                                           atAGCTGATTA--TA--TGAATTGGTCTCTAA------TCT--CT----------AACCAGGGTA--G-AGT---GTTGTTTT-TGA-GAG--ACCATCAGGTCGAtcc
gi|19                         :                                                        tatatatcatatactgtttactgtttattccatattgataaattacaaaaagacctcagtcagatc--T--ACCATTCTTGAG-CTTACTTC--CTAG---G-TAGAACCAG-----TG-ACCAGTGTTATTTTATGA-GAG--GC-ATCAGGTCAAcctgttgcttga
gi|15                         :                                                                                                                              gatCACTCTCAAG-TC-AATTT--CTGG---A-TAGAACCAG--TACTG-AGTGTTGCTTTTTTGAGA--AG--GC-ATGGGGTCAAG-CTGG-GAATGG--AATCGACA--ATCTCCAGCG---CGAGTGACTATCACTCATTCCACTGCACTAtct
gi|11                         :                                                                                                                                                                                  acttaaatgactATGA--AG--AT-ATTCGGTCGTG-CGTG-GGATTG--AATCCATG--GCCTCCGACG---TGAACGGTCAATACTATATCCACt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AGTTACTTCTGAATGATGCCATGCTTGTTGAAATTCCAATACGTGCGCTTTGGTGAAGTTTTTCTG






Alignments
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Reference ( family-48 )       :             NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGGTTAAGTTT-TTA--GTT-----TATACTAATT-T-AT-TTTAGCTCGATTGCGAAGAAAGCTCAG-------A-GCT---TATA----TGNATCGCTCTCGAGTCCGCTTCCTGG---G-TAGAACCA--GT-ACTGAGTGTTGTTGT-TTT-TG-AG-AG-G-C-ATCGGGTCGAG-CNGNGGATNGAACCCGCAACCTCCGGCGTGAGCG--GCCAACACTCTATCCACTNCACTAC
gi|1                          :                                                        CAGATTTATTTG-TTA--GTTAAGTGTATACTAATT-T-GT-TATAGCTCGATTGCGATGCAAACTCAG-------A-GCT---TATA----TGAATCGCTC-CAATTCCGCGTCCTGT---G-TAGAACCA--GT-ACTGAGTGTTACT---TTA-TG-AA-AG-G-C-ATCGGGTCGAG-CGGAGGATCGAACCTCCAGCCTATGTCGTGATAG--GCCAACACTCTATCCATTACACTAC
gi|10                         :                                    tattattattcaagctatctttgaataatttgttTA--GTT-----CATGCTAATT-T-GT-TTTTACTTGATTGT-----AAGCTCAG-------A-GTT---TTAA----TGAATTGCTATCAAGTTTTTTTCCTAGTTAGCTAGAACCA--GT-ACTGA---TTGTTGT-TTT-TG-AG-AG-----ATCG--TC----C----GATAAAACATGCTACCTCTGG--TGAACGCAATCAAAACTCTATCCATTGCATTACcgtccccgctcaaatt
gi|11                         :                                                            TTAGGCTC-ATA--G--------ATATTTATT-T-AT-TTTGACCCGATTGCGAAGAAAGTTCCA-------A-TAT---TATAATCATGAATCGTTCTCGAGTCCATGTCC--------TAGGA----------------------------TG-A--AG-A-T-ATTCGGTCGTG-CGTGGGATTGAATCCATGGCCTCCGACGTGAACG--GTCAATACTATATCCACcgcc
gi|12                         :                                                                                                        aatATTGTGAAGAAAGCTCAG-------A-GTT---TACA----TGCACCACTCTCGTGTCCACTTCCTGG---A-TTGAACCA--GT-ACTGAGTGTTA--GT-TTT-TG-AG-AG-G-C-ATCAAGTC-AG-CCACGATTCGAAGCCTCAACCTCTTGCGTGAGCG--GCCAACA--ATGTTCACTTCACT
gi|13                         :                                                                   T-TTACTGTT-----TATTCCA----T-AT-T---GATAAATTACAAAAAGACCTCAGTCAGATCA-GCTGATTATA----TGAATTGGTCTCTAATCT-CT--------------AACCAGGGT-A--GAG---TGTTGT-TTT-TG-AG-AG-ACC-ATCAGGTCGAC-CTGTTGCTTGAtcc
gi|14                         :                                                                           tatatatcatatactgT-T-AT-TCTAGCTCTGTTGTGAAGTAAACCCAG-------A-GGT---TATA----CTAATCGCTCTTGGGTCCCTTTCCTGG---G-TAG-------GT-ACTGAA-GT--TTGT-TTT-TG-AA-AG-T-CTATCCGGTTGAG-CCCTGG
gi|15                         :                                                                                                          atttatcaaatgaatgacagctaagcttaCT---TAAA----TGACTCACTCTCAAGTCAATTTC-TGG---A-TAGAACCA--GT-ACTGAGTGTTGCT-T-TTT-TG-AGAAG-G-C-ATGGGGTCAAG-CTGGGAATGGAATCGACAATCTCCAGCGCGAGTG--ACTATCACTCATTCCACTGCACTAtttcaag
gi|16                         :                                                                                          aT-C-AT-TTTAACTCTGTTGTGAAGTAAGCCCAA-------ATG-----TATA----TTAATCGCTCTTGTGTCCTTTTCCTGG---G-TAG-------GT-ACTGAA-GT--TTGT-TTT-TG-AA-AGTT-C-ATCCGATTGAG-CCCGGGAt
gi|17                         :                                                                   caaatgtaagacacttaaggttaTT-C-AT-TTTAGCTCTGTTATGAAGTAAGCCTAA-------A-GAT----ATA----CTTATCGCTCTAGTGCCCCTTTCCTGG---G-TTG-------GT-ACTGAA-GT--TTGT-TTT-TG-AA-AGTC-C-ATCCGATTGAG-Cctca
gi|18                         :                                                            ctaaggtt-TTA--TTT-----TATACTCATT-T-AT-TTTAGCTTGATTACTAAAAA-----------------CT---AATC----TGAACTGCTCATGAGCTTGCTTCATGC---A-TAGAACCA--GT-TCTGAGTG-TGTTTT-TTT-
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gi|2                          :                                                    gattCAAGTTAAGTTCCTTA--GTT-----TATGCTAATT-T-AT-TTTAGCTCGGCTGCGAAGAAAGTTTAG-------A-GCT---GATA----TATACCGCTCTCGAGGCTGCTTTCTGG---G-TAGAACCA--GT-ACTGAGTATTGTTGT-TTTATG-AC-AG-G-C-ATCAGGTCGAG-CGGCGGATATAACCCATAACCTCTGGCGGGAGCG--ACCAACACTCTATCCACTGCACTACtct
gi|20                         :                                                                  aagctatgccgtatcacgatcacgacagtgaaataccaagcgaTGCAAAGTAAGCTCAG-------A-ACT---TATA----TGAATCGTTCTCGAGTCCGCTTTCTGA---G-TAAAACCA--GT-ACTGAa
gi|22                         :                                                                                     tcTAGTT-T-GT-TTTAGCTTGATTGCGAAAAAAGCTCAA-------A-GCT---
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gi|4                          :     ttatttttttttaaatattattatcattggagctattattataatatacatattgacaAGTTT-TCA--GTT-----TATATTAATT-T-AT-TTTAGCTCTATTGCAAAGAAAGCTCAA-------A-GCT---TA-A-----GAACTACTCTCAAGTCCACTTCCTGG---G-TAGAACCA--GT-ACTGAACATT-TTAT-CT--------AG-G-C-ATTGCCTCGAA-CTGAAGACTGAACCTGCAACCTCTAGCGTGA------TCAAAACTCTATCCACTACACTACtgac
gi|5                          :                     aactatgctcaatgtattcttatgaaccagtgtaaagcaaagagatttctA--GTT-----TATTCTAGTT-TTGTATTTAGCTAGACTGCAAAGAATGCTCAG-------A--CT---TA-A----TGAATCGCTCTCTGGTCCGGTTCCTTG---G-TAGAACCA--GT-AGTAAA---TGTTGT-TTT-TG-AG-GA-G-CTATCTGGTTGAGTCTGTGT-TTGAACTCATAACCTTCGGCATGAGCA--GCCAA-----TGACCATTCCACTACctcc
gi|6                          : gaatagttacagtaataagatgaacatttggtctacccatatatcaaacatttaaCAGGTTAG---T-TTA--CTT-----TATACTTATT-T-AT-TTTAGCTCGATTGAGATGAAAGTTCAG-------A-GCT---TAAA----TGAACCAATCTCAAGTGCTCTTTCTG-----------------T-ATTGAGTGTTGTT---TTA-TG-AG-AG-G-C-ATCGAGTCGAG-CTGGAGATTAAACTCGTAACCACTGGCATGAACG--ACCAACACTCTAACTATTTCACTAC
gi|7                          :                          ttgctcatctctgtttttttttaaggcaaaaaaagaatttttttTA--GAT-----TATACTA-TT-T-AT-CTTAGCTCGATTGCGAAGGAAACTCAA-------A-GTT---TATA----TGAATCGCTTAAGAGTCTGCTTTCTGA---G-TAGATCCA--GT-ACCGAGTGTTGTTAT-ATT----AG-AT-C-C-AT-GGATCAAA-CAGGACACCGAACACGCAGCCTCAGTCGTGAGCG--GCCAACACACTATCGACGACACcgcc
gi|8                          :                              tttggaaataagtatcattgtaacatatacacgtacaT-TAA--GTT-----TATACT--TTAT-AT-TTTAGCTTGATTGCAAAGAAAACTCAG-------T-GCT---TGTA----TGAATCGCTCTCGAGTCTGCTTCCTGG---T-TAGAATCA--AT-ACTGAGTGTTGTT-T-TTT-TC-AG-AA-G-C-ATTGTGTTGAG-GTGGGAATCAAA-CTGCAACCTCTGGTATGAGCG--GCCAACACTCTTACCACTTTACTaccgcaccgc
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consensus                     :             NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGGTTAAGTTT-TTA--GTT-----TATACTAATT-T-AT-TTTAGCTCGATTGCGAAGAAAGCTCAG-------A-GCT---TATA----TGAATCGCTCTCGAGTCCGCTTCCTGG---G-TAGAACCA--GT-ACTGAGTGTTGTTGT-TTT-TG-AG-AG-G-C-ATCGGGTCGAGCCGGGGATCGAACCCGCAACCTCTGGCGTGA--GCGGCCAACACTCTATCCACTNCACTAC
Reference ( family-48 )       :             NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGGTTAAGTTT-TTA--GTT-----TATACTAATT-T-AT-TTTAGCTCGATTGCGAAGAAAGCTCAG-------A-GCT---TATA----TGAATCGCTCTCGAGTCCGCTTCCTGG---G-TAGAACCA--GT-ACTGAGTGTTGTTGT-TTT-TG-AG-AG-G-C-ATCGGGTCGAGCCGGGGATCGAACCCGCAACCTCTGGCGTGA--GCGGCCAACACTCTATCCACTNCACTAC
gi|1                          :                                                        CAGATTTATTTG-TTA--GTTAAGTGTATACTAATT-T-GT-TATAGCTCGATTGCGATGCAAACTCAG-------A-GCT---TATA----TGAATCGCTC-CAATTCCGCGTCCTGT---G-TAGAACCA--GT-ACTGAGTGTTACT---TTA-TG-AA-AG-G-C-ATCGGGTCGAGCGGAGGATCGAACCTCCAGCCTATGTCGTGA--TAGGCCAACACTCTATCCATTACACTAC
gi|10                         :                                    tattattattcaagctatctttgaataatttgttTA--GTT-----CATGCTAATT-T-GT-TTTTACTTGATTGT-----AAGCTCAG-------A-GTT---TTAA----TGAATTGCTATCAAGTTTTTTTCCTAGTTAGCTAGAACCA--GT-ACTGA---TTGTTGT-TTT-TG-AG-AG-----ATC--GTC---C----GATAAAACATGCTACCTCTG--GTGAACGCAATCAAAACTCTATCCATTGCATTACcgtccccgctcaaatt
gi|11                         :                                                            TTAGGCTC-ATA--G--------ATATTTATT-T-AT-TTTGACCCGATTGCGAAGAAAGTTCCA-------A-TAT---TATAATCATGAATCGTTCTCGAGTCCATGTCC--------TAGGA----------------------------TG-A--AG-A-T-ATTCGGTCGTGCGTGGGATTGAATCCATGGCCTCCGACGTGA--ACGGTCAATACTATATCCACcgcc
gi|12                         :                                                                                                        aatATTGTGAAGAAAGCTCAG-------A-GTT---TACA----TGCACCACTCTCGTGTCCACTTCCTGG---A-TTGAACCA--GT-ACTGAGTGTTA--GT-TTT-TG-AG-AG-G-C-ATCAAGTC-AGCCACGATTCGAAGCCTCAACCTCTTGCGTGA--GCGGCCAACA--ATGTTCACTTCACT
gi|13                         :                                                                   T-TTACTGTT-----TATTCCA----T-AT-T---GATAAATTACAAAAAGACCTCAGTCAGATCA-GCTGATTATA----TGAATTGGTCTCTAATCT-CT--------------AACCAGGGT-A--GAG---TGTTGT-TTT-TG-AG-AG-ACC-ATCAGGTCGAtcc
gi|14                         :                                                                           tatatatcatatactgT-T-AT-TCTAGCTCTGTTGTGAAGTAAACCCAG-------A-GGT---TATA----CTAATCGCTCTTGGGTCCCTTTCCTGG---G-TAG-------GT-ACTGAA-GT--TTGT-TTT-TG-AA-AG-T-CTATCCGGTTGAGCCcctgttgcttga
gi|15                         :                                                                                                          atttatcaaatgaatgacagctaagcttaCT---TAAA----TGACTCACTCTCAAGTCAATTTC-TGG---A-TAGAACCA--GT-ACTGAGTGTTGCT-T-TTT-TG-AGAAG-G-C-ATGGGGTCAAGCTGGGAATGGAATCGACAATCTCCAGCGCGA--GTGACTATCACTCATTCCACTGCACTActggtttcaag
gi|16                         :                                                                                          aT-C-AT-TTTAACTCTGTTGTGAAGTAAGCCCAA-------ATG-----TATA----TTAATCGCTCTTGTGTCCTTTTCCTGG---G-TAG-------GT-ACTGAA-GT--TTGT-TTT-TG-AA-AGTT-C-ATCCGATTGAGCCCGGGAt
gi|17                         :                                                                   caaatgtaagacacttaaggttaTT-C-AT-TTTAGCTCTGTTATGAAGTAAGCCTAA-------A-GA----TATA----CTTATCGCTCTAGTGCCCCTTTCCTGG---G-TTG-------GT-ACTGAA-GT--TTGT-TTT-TG-AA-AGTC-C-ATCCGATTGAGCctca
gi|18                         :                                                            ctaaggtt-TTA--TTT-----TATACTCATT-T-AT-TTTAGCTTGATTACTAAAAA-----------------CT---AATC----TGAACTGCTCATGAGCTTGCTTCATGC---A-TAGAACCA--GT-TCTGAGTG-TGTTTT-TTT-
gi|19                         :                                                                                                                                                       ACCATTCTTGAGCTTACTTCCTAG---G-TAGAACCA--GTGACC-AGTGTTAT--T-TTA-TG-AG-AG-G-C-ATCAGGTCAAa
gi|2                          :                                                    gattCAAGTTAAGTTCCTTA--GTT-----TATGCTAATT-T-AT-TTTAGCTCGGCTGCGAAGAAAGTTTAG-------A-GCT---GATA----TATACCGCTCTCGAGGCTGCTTTCTGG---G-TAGAACCA--GT-ACTGAGTATTGTTGT-TTTATG-AC-AG-G-C-ATCAGGTCGAGCGGCGGATATAACCCATAACCTCTGGCGGGA--GCGACCAACACTCTATCCACTGCACTACtct
gi|20                         :                                                                  aagctatgccgtatcacgatcacgacagtgaaataccaagcgaTGCAAAGTAAGCTCAG-------A-ACT---TATA----TGAATCGTTCTCGAGTCCGCTTTCTGA---G-TAAAACCA--GT-ACTGAa
gi|22                         :                                                                                     tcTAGTT-T-GT-TTTAGCTTGATTGCGAAAAAAGCTCAA-------A-GCT---
gi|3                          :                                                                   T-TTA--TTT-----TACATTAATT-T-AA-TTTAGCTTGATTGTCAAGTAAGCTCGG-------A-GCT---TATG----CATATCTTTCTCCAGTGCATTCCCTTA---T-TAGATCTG--GT-ACTGA-----ATTGTGTTT-CG-AG-AG-G----TCGGGTAAAGCCTGGG-TCAAACTCGCGACCTCTGCCGTCT--GAAGCCAGCACCCTATCCGCTATACTAC
gi|4                          :     ttatttttttttaaatattattatcattggagctattattataatatacatattgacaAGTTT-TCA--GTT-----TATATTAATT-T-AT-TTTAGCTCTATTGCAAAGAAAGCTCAA-------A-GCT---TA-A-----GAACTACTCTCAAGTCCACTTCCTGG---G-TAGAACCA--GT-ACTGAACATT-TTAT-CT--------AG-G-C-ATTGCCTCGAACTGAAGACTGAACCTGCAACCTCTAGCGTGA------TCAAAACTCTATCCACTACACTACtgac
gi|5                          :                     aactatgctcaatgtattcttatgaaccagtgtaaagcaaagagatttctA--GTT-----TATTCTAGTT-TTGTATTTAGCTAGACTGCAAAGAATGCTCAG-------A--CT---TA-A----TGAATCGCTCTCTGGTCCGGTTCCTTG---G-TAGAACCA--GT-AGTAAA---TGTTGT-TTT-TG-AG-GA-G-CTATCTGGTTGAGTCTGTGTTTGAACTCATAACCTTCGGCATGA--GCAGCCAA-----TGACCATTCCACTACctcc
gi|6                          : gaatagttacagtaataagatgaacatttggtctacccatatatcaaacatttaaCAGGTTAG---T-TTA--CTT-----TATACTTATT-T-AT-TTTAGCTCGATTGAGATGAAAGTTCAG-------A-GCT---TAAA----TGAACCAATCTCAAGTGCTCTTTCTG-----------------T-ATTGAGTGTTGTT---TTA-TG-AG-AG-G-C-ATCGAGTCGAGCTGGAGATTAAACTCGTAACCACTGGCATGA--ACGACCAACACTCTAACTATTTCACTAC
gi|7                          :                          ttgctcatctctgtttttttttaaggcaaaaaaagaatttttttTA--GAT-----TATACTA-TT-T-AT-CTTAGCTCGATTGCGAAGGAAACTCAA-------A-GTT---TATA----TGAATCGCTTAAGAGTCTGCTTTCTGA---G-TAGATCCA--GT-ACCGAGTGTTGTTAT-ATT----AG-AT-C-C-AT-GGATCAAACAGGACACCGAACACGCAGCCTCAGTCGTGA--GCGGCCAACACACTATCGACGACACcgcc
gi|8                          :                              tttggaaataagtatcattgtaacatatacacgtacaT-TAA--GTT-----TATACT--TTAT-AT-TTTAGCTTGATTGCAAAGAAAACTCAG-------T-GCT---TGTA----TGAATCGCTCTCGAGTCTGCTTCCTGG---T-TAGAATCA--AT-ACTGAGTGTTGTT-T-TTT-TC-AG-AA-G-C-ATTGTGTTGAGGTGGGAATCAAA-CTGCAACCTCTGGTATGA--GCGGCCAACACTCTTACCACTTTACTaccgcaccgc
gi|9                          :                                       ttttgtgaataagatactgtttaaactattcaaacaTT-----AATATTAATT-T-AT-TTCAGCTCGATTGAGAAAAAAGTTCAA-------A-GCT---TATA----TGGACCACTCTTGAGTCTGC-TCCTGG---G-TAGAACCA--GT-ACCAAGTTTTG-----TTT-TGTAG-AG-G-C-ATCAGGGCAACCTGGAGATTGAACCTGCAACCTCTGGCATAA--GCAGCTAACAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AGTTACTTCTGAATGATGCCATGCTTGTTGAAATTCCAATACGTGCGCTTTGGTGAAGTTTTTCTG






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consensus                     :             NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGGTTAAGTTT-TTA--GTT-----TATACTAATT-T-AT-TTTAGCTCGATTGCGAAGAAAGCTCAG-------A-GCT---TATA----TGAATCGCTCTCGAGTCCGCTTCCTGG---G-TAGAACCA--GT-ACTGAGTGTTGTTGT-TTT-TG-AG-AG-G-C-ATCGGGTCGAGCCGGGGATCGAACCCGCAACCTCTGGCGTGA--GCGGCCAACACTCTATCCACTNCACTAC
Reference ( family-48 )       :             NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGGTTAAGTTT-TTA--GTT-----TATACTAATT-T-AT-TTTAGCTCGATTGCGAAGAAAGCTCAG-------A-GCT---TATA----TGAATCGCTCTCGAGTCCGCTTCCTGG---G-TAGAACCA--GT-ACTGAGTGTTGTTGT-TTT-TG-AG-AG-G-C-ATCGGGTCGAGCCGGGGATCGAACCCGCAACCTCTGGCGTGA--GCGGCCAACACTCTATCCACTNCACTAC
gi|1                          :                                                        CAGATTTATTTG-TTA--GTTAAGTGTATACTAATT-T-GT-TATAGCTCGATTGCGATGCAAACTCAG-------A-GCT---TATA----TGAATCGCTC-CAATTCCGCGTCCTGT---G-TAGAACCA--GT-ACTGAGTGTTACT---TTA-TG-AA-AG-G-C-ATCGGGTCGAGCGGAGGATCGAACCTCCAGCCTATGTCGTGA--TAGGCCAACACTCTATCCATTACACTAC
gi|10                         :                                    tattattattcaagctatctttgaataatttgttTA--GTT-----CATGCTAATT-T-GT-TTTTACTTGATTGT-----AAGCTCAG-------A-GTT---TTAA----TGAATTGCTATCAAGTTTTTTTCCTAGTTAGCTAGAACCA--GT-ACTGA---TTGTTGT-TTT-TG-AG-AG-----ATC--GTC---C----GATAAAACATGCTACCTCTG--GTGAACGCAATCAAAACTCTATCCATTGCATTACcgtccccgctcaaatt
gi|11                         :                                                            TTAGGCTC-ATA--G--------ATATTTATT-T-AT-TTTGACCCGATTGCGAAGAAAGTTCCA-------A-TAT---TATAATCATGAATCGTTCTCGAGTCCATGTCC--------TAGGA----------------------------TG-A--AG-A-T-ATTCGGTCGTGCGTGGGATTGAATCCATGGCCTCCGACGTGA--ACGGTCAATACTATATCCACcgcc
gi|12                         :                                                                                                        aatATTGTGAAGAAAGCTCAG-------A-GTT---TACA----TGCACCACTCTCGTGTCCACTTCCTGG---A-TTGAACCA--GT-ACTGAGTGTTA--GT-TTT-TG-AG-AG-G-C-ATCAAGTC-AGCCACGATTCGAAGCCTCAACCTCTTGCGTGA--GCGGCCAACA--ATGTTCACTTCACT
gi|13                         :                                                                   T-TTACTGTT-----TATTCCA----T-AT-T---GATAAATTACAAAAAGACCTCAGTCAGATCA-GCTGATTATA----TGAATTGGTCTCTAATCT-CT--------------AACCAGGGT-A--GAG---TGTTGT-TTT-TG-AG-AG-ACC-ATCAGGTCGAtcc
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gi|15                         :                                                                                                          atttatcaaatgaatgacagctaagcttaCT---TAAA----TGACTCACTCTCAAGTCAATTTC-TGG---A-TAGAACCA--GT-ACTGAGTGTTGCT-T-TTT-TG-AGAAG-G-C-ATGGGGTCAAGCTGGGAATGGAATCGACAATCTCCAGCGCGA--GTGACTATCACTCATTCCACTGCACTActggtttcaag
gi|16                         :                                                                                          aT-C-AT-TTTAACTCTGTTGTGAAGTAAGCCCAA-------ATG-----TATA----TTAATCGCTCTTGTGTCCTTTTCCTGG---G-TAG-------GT-ACTGAA-GT--TTGT-TTT-TG-AA-AGTT-C-ATCCGATTGAGCCCGGGAt
gi|17                         :                                                                   caaatgtaagacacttaaggttaTT-C-AT-TTTAGCTCTGTTATGAAGTAAGCCTAA-------A-GA----TATA----CTTATCGCTCTAGTGCCCCTTTCCTGG---G-TTG-------GT-ACTGAA-GT--TTGT-TTT-TG-AA-AGTC-C-ATCCGATTGAGCctca
gi|18                         :                                                            ctaaggtt-TTA--TTT-----TATACTCATT-T-AT-TTTAGCTTGATTACTAAAAA-----------------CT---AATC----TGAACTGCTCATGAGCTTGCTTCATGC---A-TAGAACCA--GT-TCTGAGTG-TGTTTT-TTT-
gi|19                         :                                                                                                                                                       ACCATTCTTGAGCTTACTTCCTAG---G-TAGAACCA--GTGACC-AGTGTTAT--T-TTA-TG-AG-AG-G-C-ATCAGGTCAAa
gi|2                          :                                                    gattCAAGTTAAGTTCCTTA--GTT-----TATGCTAATT-T-AT-TTTAGCTCGGCTGCGAAGAAAGTTTAG-------A-GCT---GATA----TATACCGCTCTCGAGGCTGCTTTCTGG---G-TAGAACCA--GT-ACTGAGTATTGTTGT-TTTATG-AC-AG-G-C-ATCAGGTCGAGCGGCGGATATAACCCATAACCTCTGGCGGGA--GCGACCAACACTCTATCCACTGCACTACtct
gi|20                         :                                                                  aagctatgccgtatcacgatcacgacagtgaaataccaagcgaTGCAAAGTAAGCTCAG-------A-ACT---TATA----TGAATCGTTCTCGAGTCCGCTTTCTGA---G-TAAAACCA--GT-ACTGAa
gi|22                         :                                                                                     tcTAGTT-T-GT-TTTAGCTTGATTGCGAAAAAAGCTCAA-------A-GCT---
gi|3                          :                                                                   T-TTA--TTT-----TACATTAATT-T-AA-TTTAGCTTGATTGTCAAGTAAGCTCGG-------A-GCT---TATG----CATATCTTTCTCCAGTGCATTCCCTTA---T-TAGATCTG--GT-ACTGA-----ATTGTGTTT-CG-AG-AG-G----TCGGGTAAAGCCTGGG-TCAAACTCGCGACCTCTGCCGTCT--GAAGCCAGCACCCTATCCGCTATACTAC
gi|4                          :     ttatttttttttaaatattattatcattggagctattattataatatacatattgacaAGTTT-TCA--GTT-----TATATTAATT-T-AT-TTTAGCTCTATTGCAAAGAAAGCTCAA-------A-GCT---TA-A-----GAACTACTCTCAAGTCCACTTCCTGG---G-TAGAACCA--GT-ACTGAACATT-TTAT-CT--------AG-G-C-ATTGCCTCGAACTGAAGACTGAACCTGCAACCTCTAGCGTGA------TCAAAACTCTATCCACTACACTACtgac
gi|5                          :                     aactatgctcaatgtattcttatgaaccagtgtaaagcaaagagatttctA--GTT-----TATTCTAGTT-TTGTATTTAGCTAGACTGCAAAGAATGCTCAG-------A--CT---TA-A----TGAATCGCTCTCTGGTCCGGTTCCTTG---G-TAGAACCA--GT-AGTAAA---TGTTGT-TTT-TG-AG-GA-G-CTATCTGGTTGAGTCTGTGTTTGAACTCATAACCTTCGGCATGA--GCAGCCAA-----TGACCATTCCACTACctcc
gi|6                          : gaatagttacagtaataagatgaacatttggtctacccatatatcaaacatttaaCAGGTTAG---T-TTA--CTT-----TATACTTATT-T-AT-TTTAGCTCGATTGAGATGAAAGTTCAG-------A-GCT---TAAA----TGAACCAATCTCAAGTGCTCTTTCTG-----------------T-ATTGAGTGTTGTT---TTA-TG-AG-AG-G-C-ATCGAGTCGAGCTGGAGATTAAACTCGTAACCACTGGCATGA--ACGACCAACACTCTAACTATTTCACTAC
gi|7                          :                          ttgctcatctctgtttttttttaaggcaaaaaaagaatttttttTA--GAT-----TATACTA-TT-T-AT-CTTAGCTCGATTGCGAAGGAAACTCAA-------A-GTT---TATA----TGAATCGCTTAAGAGTCTGCTTTCTGA---G-TAGATCCA--GT-ACCGAGTGTTGTTAT-ATT----AG-AT-C-C-AT-GGATCAAACAGGACACCGAACACGCAGCCTCAGTCGTGA--GCGGCCAACACACTATCGACGACACcgcc
gi|8                          :                              tttggaaataagtatcattgtaacatatacacgtacaT-TAA--GTT-----TATACT--TTAT-AT-TTTAGCTTGATTGCAAAGAAAACTCAG-------T-GCT---TGTA----TGAATCGCTCTCGAGTCTGCTTCCTGG---T-TAGAATCA--AT-ACTGAGTGTTGTT-T-TTT-TC-AG-AA-G-C-ATTGTGTTGAGGTGGGAATCAAA-CTGCAACCTCTGGTATGA--GCGGCCAACACTCTTACCACTTTACTaccgcaccgc
gi|9                          :                                       ttttgtgaataagatactgtttaaactattcaaacaTT-----AATATTAATT-T-AT-TTCAGCTCGATTGAGAAAAAAGTTCAA-------A-GCT---TATA----TGGACCACTCTTGAGTCTGC-TCCTGG---G-TAGAACCA--GT-ACCAAGTTTTG-----TTT-TGTAG-AG-G-C-ATCAGGGCAACCTGGAGATTGAACCTGCAACCTCTGGCATAA--GCAGCTAACAC


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finalCons                     :             NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGGTTAAGTTT-TTA--GTT-----TATACTAATT-T-AT-TTTAGCTCGATTGCGAAGAAAGCTCAG-------A-GCT---TATA----TGAATCGCTCTCGAGTCCGCTTCCTGG---G-TAGAACCA--GT-ACTGAGTGTTG---T-TTT-TG-AG-AG-G-C-ATCGGGTCGAGCCGGGGATCGAACCCGCAACCTCTGGCGTGA--GCGGCCAACACTCTATCCACTNCACTAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AGTTACTTCTGAATGATGCCATGCTTGTTGAAATTCCAATACGTGCGCTTTGGTGAAGTTTTTCTG






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consensus                     :             NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGGTTAAGTTT-TTA--GTT-----TATACTAATT-T-AT-TTTAGCTCGATTGCGAAGAAAGCTCAG-------A-GCT---TAT----ATGAATCGCTCTCGAGTCCGCTTCCTGG---G-TAGAACCA--GT-ACTG-AG---TGTT-G--T-T-TT-TGAG-AG-G-C-ATCGGGTCGAGCCGGGGATCGAACCCGCAACCTCTGGCGTGA--GCGGCCAACACTCTATCCACTNCACTAC
Reference ( family-48 )       :             NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGGTTAAGTTT-TTA--GTT-----TATACTAATT-T-AT-TTTAGCTCGATTGCGAAGAAAGCTCAG-------A-GCT---TAT----ATGAATCGCTCTCGAGTCCGCTTCCTGG---G-TAGAACCA--GT-ACTG-AG---TGTT-G--T-T-TT-TGAG-AG-G-C-ATCGGGTCGAGCCGGGGATCGAACCCGCAACCTCTGGCGTGA--GCGGCCAACACTCTATCCACTNCACTAC
gi|1                          :                                                        CAGATTTATTTG-TTA--GTTAAGTGTATACTAATT-T-GT-TATAGCTCGATTGCGATGCAAACTCAG-------A-GCT---TAT----ATGAATCGCTC-CAATTCCGCGTCCTGT---G-TAGAACCA--GT-ACTG-AG---TGTT-A--C-T-TTATGAA-AG-G-C-ATCGGGTCGAGCGGAGGATCGAACCTCCAGCCTATGTCGTGA--TAGGCCAACACTCTATCCATTACACTAC
gi|10                         :                                    tattattattcaagctatctttgaataatttgttTA--GTT-----CATGCTAATT-T-GT-TTTTACTTGATTGT-----AAGCTCAG-------A-GTT---TTA----ATGAATTGCTATCAAGTTTTTTTCCTAGTTAGCTAGAACCA--GT-ACTG-AT---TGTT-G--T-T-TT-TGAG-AG-----ATC--GTC---C----GATAAAACATGCTACCTCTG--GTGAACGCAATCAAAACTCTATCCATTGCATTACcgtccccgctcaaatt
gi|11                         :                                                            TTAGGCTC-ATA--G--------ATATTTATT-T-AT-TTTGACCCGATTGCGAAGAAAGTTCCA-------A-TAT---TATAATCATGAATCGTTCTCGAGTCCATGTCCTAG---G--A-------------TG-A------------------------AG-A-T-ATTCGGTCGTGCGTGGGATTGAATCCATGGCCTCCGACGTGA--ACGGTCAATACTATATCCACcgcc
gi|12                         :                                                                                                        aatATTGTGAAGAAAGCTCAG-------A-GTT---TAC----ATGCACCACTCTCGTGTCCACTTCCTGG---A-TTGAACCA--GT-ACTG-AG---TGTTAG--T-T-TT-TGAG-AG-G-C-ATCAAGTC-AGCCACGATTCGAAGCCTCAACCTCTTGCGTGA--GCGGCCAACA--ATGTTCACTTCACT
gi|13                         :                                                                   T-TTACTGTT-----TATTCCA----T-AT-T---GATAAATTACAAAAAGACCTCAGTCAGATCA-GCTGATTAT----ATGAATTGGTCTCTAATCT-CT--------------AACCAGGGT-A--G-AG---TGTT-G--T-T-TT-TGAG-AG-ACC-ATCAGGTCGAtcc
gi|14                         :                                                                           tatatatcatatactgT-T-AT-TCTAGCTCTGTTGTGAAGTAAACCCAG-------A-GGT---TAT----ACTAATCGCTCTTGGGTCCCTTTCCTGG---G-TAG-------GT-ACTGAAG---T-TT-G--T-T-TT-TGAA-AG-T-CTATCCGGTTGAGCCcctgttgcttga
gi|15                         :                                                                                                          atttatcaaatgaatgacagctaagcttaCT---TAA----ATGACTCACTCTCAAGTCAATTTC-TGG---A-TAGAACCA--GT-ACTG-AG---TGTT-GCTT-T-TT-TGAGAAG-G-C-ATGGGGTCAAGCTGGGAATGGAATCGACAATCTCCAGCGCGA--GTGACTATCACTCATTCCACTGCACTActggtttcaag
gi|16                         :                                                                                          aT-C-AT-TTTAACTCTGTTGTGAAGTAAGCCCAA-------ATG-----TAT----ATTAATCGCTCTTGTGTCCTTTTCCTGG---G-TAG-------GT-ACTGAAG---T-TT-G--T-T-TT-TGAA-AGTT-C-ATCCGATTGAGCCCGGGAt
gi|17                         :                                                                   caaatgtaagacacttaaggttaTT-C-AT-TTTAGCTCTGTTATGAAGTAAGCCTAA-------A-GA----TAT----ACTTATCGCTCTAGTGCCCCTTTCCTGG---G-TTG-------GT-ACTGAAG---T-TT-G--T-T-TT-TGAA-AGTC-C-ATCCGATTGAGCctca
gi|18                         :                                                            ctaaggtt-TTA--TTT-----TATACTCATT-T-AT-TTTAGCTTGATTACTAAAAA-----------------CT---AAT----CTGAACTGCTCATGAGCTTGCTTCATGC---A-TAGAACCA--GT-TCTG-AG---TG-T-G--T-T-TT-T
gi|19                         :                                                                                                                                                       ACCATTCTTGAGCTTACTTCCTAG---G-TAGAACCA--GTGACC--AG---TGTT-A--T-T-TTATGAG-AG-G-C-ATCAGGTCAAtta
gi|2                          :                                                    gattCAAGTTAAGTTCCTTA--GTT-----TATGCTAATT-T-AT-TTTAGCTCGGCTGCGAAGAAAGTTTAG-------A-GCT---GAT----ATATACCGCTCTCGAGGCTGCTTTCTGG---G-TAGAACCA--GT-ACTG-AGTATTGTT-G--T-T-TTATGAC-AG-G-C-ATCAGGTCGAGCGGCGGATATAACCCATAACCTCTGGCGGGA--GCGACCAACACTCTATCCACTGCACTACtct
gi|20                         :                                                                  aagctatgccgtatcacgatcacgacagtgaaataccaagcgaTGCAAAGTAAGCTCAG-------A-ACT---TAT----ATGAATCGTTCTCGAGTCCGCTTTCTGA---G-TAAAACCA--GT-ACTG-Aa
gi|22                         :                                                                                     tcTAGTT-T-GT-TTTAGCTTGATTGCGAAAAAAGCTCAA-------A-GCT---
gi|3                          :                                                                   T-TTA--TTT-----TACATTAATT-T-AA-TTTAGCTTGATTGTCAAGTAAGCTCGG-------A-GCT---TAT----GCATATCTTTCTCCAGTGCATTCCCTTA---T-TAGATCTG--GT-ACTG-A-----ATT-G--TGT-TT-CGAG-AG-G----TCGGGTAAAGCCTGGG-TCAAACTCGCGACCTCTGCCGTCT--GAAGCCAGCACCCTATCCGCTATACTAC
gi|4                          :     ttatttttttttaaatattattatcattggagctattattataatatacatattgacaAGTTT-TCA--GTT-----TATATTAATT-T-AT-TTTAGCTCTATTGCAAAGAAAGCTCAA-------A-GCT---TA-----A-GAACTACTCTCAAGTCCACTTCCTGG---G-TAGAACCA--GT-ACTG-AA---CATT-T--T-A-TC-T----AG-G-C-ATTGCCTCGAACTGAAGACTGAACCTGCAACCTCTAGCGTGA------TCAAAACTCTATCCACTACACTACtgac
gi|5                          :                     aactatgctcaatgtattcttatgaaccagtgtaaagcaaagagatttctA--GTT-----TATTCTAGTT-TTGTATTTAGCTAGACTGCAAAGAATGCTCAG-------A--CT---TA-----ATGAATCGCTCTCTGGTCCGGTTCCTTG---G-TAGAACCA--GT-AGTA-AA---TGTT-G--T-T-TT-TGAG-GA-G-CTATCTGGTTGAGTCTGTGTTTGAACTCATAACCTTCGGCATGA--GCAGCCAA-----TGACCATTCCACTACctcc
gi|6                          : gaatagttacagtaataagatgaacatttggtctacccatatatcaaacatttaaCAGGTTAG---T-TTA--CTT-----TATACTTATT-T-AT-TTTAGCTCGATTGAGATGAAAGTTCAG-------A-GCT---TAA----ATGAACCAATCTCAAGTGCTCTTTCTG-----------------T-ATTG-AG---TGTT-G--T-T-TTATGAG-AG-G-C-ATCGAGTCGAGCTGGAGATTAAACTCGTAACCACTGGCATGA--ACGACCAACACTCTAACTATTTCACTAC
gi|7                          :                          ttgctcatctctgtttttttttaaggcaaaaaaagaatttttttTA--GAT-----TATACTA-TT-T-AT-CTTAGCTCGATTGCGAAGGAAACTCAA-------A-GTT---TAT----ATGAATCGCTTAAGAGTCTGCTTTCTGA---G-TAGATCCA--GT-ACCG-AG---TGTT-G--T-TATA-TTAG-AT-C-C-AT-GGATCAAACAGGACACCGAACACGCAGCCTCAGTCGTGA--GCGGCCAACACACTATCGACGACACcgcc
gi|8                          :                              tttggaaataagtatcattgtaacatatacacgtacaT-TAA--GTT-----TATACT--TTAT-AT-TTTAGCTTGATTGCAAAGAAAACTCAG-------T-GCT---TGT----ATGAATCGCTCTCGAGTCTGCTTCCTGG---T-TAGAATCA--AT-ACTG-AG---TGTT-GTTT-T-TT-TCAG-AA-G-C-ATTGTGTTGAGGTGGGAATCAAA-CTGCAACCTCTGGTATGA--GCGGCCAACACTCTTACCACTTTACTaccgcaccgc
gi|9                          :                                       ttttgtgaataagatactgtttaaactattcaaacaTT-----AATATTAATT-T-AT-TTCAGCTCGATTGAGAAAAAAGTTCAA-------A-GCT---TAT----ATGGACCACTCTTGAGTCTGCT-CCTGG---G-TAGAACCA--GT-ACCA-AG---TTTT-G--T-T-TT-GTAG-AG-G-C-ATCAGGGCAACCTGGAGATTGAACCTGCAACCTCTGGCATAA--GCAGCTAACAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AGTTACTTCTGAATGATGCCATGCTTGTTGAAATTCCAATACGTGCGCTTTGGTGAAGTTTTTCTG