lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 111 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 1 44444444444444444444 333333333333333 22 111 1 2222222222 11 1 22 44444444444444444 1 222 222 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 111111111111 1 3333333333333333 1111 22222 1 1
lowQualScore : 2222 000 88888 555 8 2 2 2 66 66666 99999999 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 1 777 55 6 2 2 2 444 77777777777777777777 555 2 333333333333333 9999999 2 00 3 3 3 999 1 4 5 1111111111 7777 5 3 88 88888 4 7 1 8 99 88 00000000000000000 6 55 5 111 3 555 444 1 6 3 3 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 999999999999 2 777777 2 5 444 3 7 5555555555555555 2 5 33 0000 33 00000 6 1 4 777 4 2 0 77 7
lowQualScore : .... ... ..... ... . . . . .. ..... ........ ......................................................................................................... . . ... .. . . . . ... .................... ... . ............... ....... . .. . . . ... . . . .......... .... . . .. ..... . . . . .. .. ................. . .. . ... . ... ... . . . . ............................................................................................................................. . ............ . ...... . . ... . . ................ . . .. .... .. ..... . . . ... . . . .. .
lowQualScore : 2222 111 33333 444 6 8 7 7 33 77777 77777777 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 5 555 22 9 5 5 5 444 33333333333333333333 000 9 111111111111111 3333333 2 00 0 6 7 555 8 2 2 6666666666 1111 7 3 99 33333 9 5 6 0 55 55 66666666666666666 0 00 0 222 1 444 777 7 0 6 6 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 555555555555 5 222222 5 0 444 9 5 6666666666666666 5 0 44 0000 99 44444 0 0 4 888 4 1 2 00 0
consensus : TGAAT--CCTTAACTGGATCCTACT--CA-----TATAAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAA-T-T--GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTA-----A--------AAC-----CA--------T--------NGAATAANNNGTNGACNNCANNTNNNNCNAGTTCNNNNGNGCCNNNNNATNGTGNCTGTNNNCNNCGTNNTAA--------GGCGCGCTCGCCGTAGTCTGGTCTGTACATTTATGTC-T-GGTTGTTCA-CA---AA-----------------TAAT---TATC-TC------C--------ATA-------TATCATACATTGTGAATGTG-CATCTGAAAAGAT-CCCAAAAATCGGAAATTCCGTTGTTGTGAN-----TTNAATTATC----TCCCTTTATGAAA-T-AAA-----TATATATGATTTCACTGTATCTTCATGAT-CC-AA-CGGGTT---TAT-AA-ATC----TGTCCTTTATATAGCATGTGAGTAGTCA--TGAATCCTTAACTGGATCCTAC-TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAAT-T-GTCCGTCCAG-T-CCA-----GA-TGT--G---TTGCATGTAAAACCATAGTA--TTAAAAAATAATATGTAAATCATAGCTAACACCAGTTCTATTGAGTTGGTTAATGGTATTTGTTTGCATTGTAGTNAGGCGCG-CTCGCCGTAGTCTGGT-----------CTGTACATT-TA------TGT-C-T---GGTTGTTCACA-AA-------------TA-A-T-TAT--CTC----C--AT---A-TATATATCATACAT-TGTG---AA-TGTGCATGTATCNNCTATCTAAAT
Reference ( gi|1 ) : TGAAT--ATTTAACTGGATCCTACT--TA-----TATAAAG---CCATCAGTTCATGTATGTATA-T-T--GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTA-----A--------AAC-----TA--------T--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------GGTGCACTTGTCGTCATCTGGTCTGTACATTAATGTC-T-GGTTGTTCA-CA---AA-----------------ATGT---TATC-TC------T--------ATA-------TATCATATATTGTGAATGTG-AATCTGAAAAGGT-TCCAAAAACCGGAAATTCCGTTGTTTTGAT-----TTCTATTATC----TCCTTTTATGAAA-T-GAA-----TACATATGATTTCAATGTATCTTCATGAT-C--AA-TGGGTT---ACT-TA-ATT----TGTCCTTTACATAGCATGTGAGTAGTCA--TTAATCCTTAACTGGGGTCTAC-TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAAT-G-GTCCTTCTAG-T-CAA-----AT-TGT--C---TT-----TAATTCCACAGT---TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGAC-CTCGCCGTAGTGTGGT-----------TTGTACATT-TA------TGT-C-T---GGTTGTTAACA-AA-------------AT-A-T-TAT--CTC----C--AT---C-TATACATCATATAT-TGTG---AA-TGTGAATGTATCATCTATCTATATGTATGTAGCTAAGCACACATTAACATCATTTTAAGCTGAACTGAATTTACACTATTGTTAT
gi|4 : TGAAT--CCTTAACTGGATCCTACT--CA-----TATTAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAA-TCT--GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAATCCA--------AAG-----TA--------TNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------GGTGCGCTACCCATAGTCTGGTCTGTACATTTATGTCTT-GGTTATTCA-CA---CA-----------------TAAT---TATC-TC------C--------ATA-------TAT-ATA
gi|5 : tatatgccaaaaaaatcgtaaattctgttgttgtaaatttaattacctccctttatgaaattaaatatatatgaattcactgtatctctatgatcaaacaggtttataaatctatcctttatataacatgtgagtagtcaTGAAT--CCTTAACTGGATCCTACT--CA-----TATAAAA---CTATCAGTGCATGTATGTAAA-T-T--GTACGTCCAGTCCGGATGTGTTGCATGTA-----A--------AAC-----CA--------TAGTATNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------GGCGCGTTCACCGTAATCTGATCTGTACATTTATGTT-T-GGTTGTTCA-TA-----------------------------TATA-TA------T--------ATA-------TAgaggttaatcattcatagtgtttaaatattgctgtat
gi|9 : tattacatatactttgaagacaccagaccaggtaatatatatcccaagaattggaaattccattgtgatttccattatctccctttatgaaataaatacatatgatttcactgtatcttcatgaccccaacaggttttaatgtaattactatgtcctttatatagcatgtgagtaatagTGAAT--CCTTAACTGGATCCTACT--GA-----TATAAAG---TTATCAGTTCATGTATGTAAA-T-T--GTCCTTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTA-----A--------AAC-----CA--------TAGTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------GGGGCGCTCGCCGTAATCCGGTATGTACATTTATGTC-T-GGTTATTCG-CA---AA-----------------TAAT---TATC-TC------C--------ATA-------TATa
gi|6 : aatttaatcatctctctttatgaaatgaaatacgtacatataaattcactgtatcttcatgatccaacgtgtttctaaatatgtcttttatatagtatgtgagtagtcaTGAAT--CGTTAACTGGAACCTACT--CA-----TATAAAG---CTTTCTGTTGATGTATGTATA-T-T--GTCTGTCCAGT-CAGATGTGTTGCTTGTA-----A--------AAC-----CA--------TAGTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA--------GGCGCACTTGCTGCAGTTTGGTCTGTTCGTTTATGGC-T-GGTTGTTCATTA---AT-----------------AT-T---TATCATCA-----T--------ATA-------TATCATACATTGTGAATGTG-CATCTGGAAAGATAAACAAAAATTGGGAACACCGTTat
gi|15 : tactaaaataaatccatatgatatcatgatgatccaacagttttctgtgtctgtcctttataaaacacgaaagtagtcaTGAATCCATATA--TGGATCCTACT--CA-----CACAAAG---CTATCAGTTCATGGATGTAAG-T-T--GTCCATCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTA-----A--------AAC-----CA--------tatataaatttatt
gi|3 : attatctccctttatgaaatgaattcatatgatttcactgtatcttcataatccaatgagtttgtatgtctgtcctttatatagcatgtgagtagtcaTGAGT--AGTTAACTGGATCCTACTTCTATATCCTATAAAGCGACTATCAGTCCACGTATGCAAA-T-T--ATTC
gi|19 : tacagttcttgtatgtaaatcatcctaaaaggccagatgtgttgcatgtaaaaccattgtttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgcgctcgccatagtctggtctgtaaatttgtgtctggctgttaacaaataattgtcttcatatattatttatcatatattgtgagcttgtatgctaaaatcggaaataccgttattgtgaagttattacctcggtcccttgatgaaataaaatgtctctgttttactatgttttcataatctaacgggtttctatatctgtcctttatatgtcgaTGAAT--CCTTAACTGGATCCTACT--CA-----TATAAAG---CTATCA
gi|8 : ctccctttatgaaattaaatatatatgaattcactgtatctatatgatccaacgagtttataaatctgtcctttatatagcatgtgagtagtcaTGAAT--CCTTAACTGGATCCTACT--CA-----TATAAAG---CTATCAGTTCATGAATGTAAATT-T--GTCAACCCTGTCCAGATGTGTTGCATGTA-----A--------c
gi|2 : ctgtattaactaaatactttcattgttatagcataactgactcattgttatgatatgtgaccacaatatatataaagcatgtgagtagtcaTAACTGGATCCTACT--CA-----TATAAAG---C--TTAGTTCATGTATGTAAA-T-T--GTCCGTCCAATCCAGATGTGTTGCATATA-----A--------AAC-----CATAGTATGTT--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------GGCGTGTTTGCCGTAGTCTGGTATGTACATTTATGTC-T-GGTTGTTTA-CA---AA-----------------TAAT---TATC-TC------C--------ATA-------TATTAttccatagtatataagtcatggtcgacaccaaatttattggtttggcagagaccttgatattgtgtctgtggtttgcattgtagcaaggtgcgctcacggtcatttacaaataattatctacatatatatatatatatcatacataatgtgaataattatgaatgagcccaaaaatc
gi|12 : atttattatataattatataagatggtggatcccttgatattgtgcctatggtttgcattgttgttataatgtaatctcgtctgtacatttatgtcttgttgtttacaaataattacctctttatatatatatatcatacattgtgaatatgtgctttgaaaagatctcaaaaatcggaaattctgtttctatgatttcaattatctccctttatgaaataaatacatatgatttcactgtatcttcatgttccaacagatttataaatctgtcctttatatagcatgtgagtagtcatgagtccaTAACTGGATTATACT--CA-----TATAAAG---CTATCAGTTCATGCATGTAAA-G-T--GTCTGTCCAGTTCAAATGTATTGAATCTA-----A--------AA---------------------------AATAATATGTAAATCATAGCTAACACCAGTTCTATTGAGTTGGTTAATGGTATTTGTTTGCATTGTAGTTA--------GGCGCTCTCACCGTAGTCTAGT-----CATTTATGTC-T-GGTTGTTCG-CAAATAA-----------------ATAT---CA-C-CA------T--------ATA-------TATAATATAT
gi|11 : CTGGACCCTACT--CA-----TATAAAG---CTA-CAGTTCATGTATGTAAA-T-T--GTCCGTCCAGTCGAGATGTGTTGCCTGTA-----A--------AAC-----CA--------T--------atatcaattatacaaatatccactatctaaataaacattgagattctgagcaggcaaaatcactgttgata
gi|16 : GGATCCTACT--CA-----CACAAAG---CTATCAGTTCATGGATGTAAG-T-T--GTCCATCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTA-----A--------AAC-----CA--------T--------cgtttggtttggtagataccttgatattatgtctatggtcgccgtagtctggtacatttacatactatacatttatgcctggtttatcacaaataattatctccacatatatatatcatacattgtgaatgatcatctgaaagatatccaaaatctgaaagttcgttgttgtaatgtgaattaaattatctcctttacatttatatatataatgctttt
gi|7 : AG---CTATCAGTTCATGTATGTACA-T-TT-GTCCAACCTGTACAGATGTGTTGCATGTA-----ATTCCATAGAAT-----NN--------N--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------GGCGTACTCGCCGTTGTCTGGTCTGTATATTTATGTC-TTGGTTATTCA-CA---AA-----------------TAAT---TATC-TCCATATAT--------ATA-------TATCATGCATTGTGAATGAG-CATCTGAAGAGAC-CCC-ATAATCTTAAATTCCGTTGGTGTGAA-----TTTAATTATC----TCCATTTATGAAATT-TAA-----TATATATAA-TTGACTGTATCTATATGATCC--AA-CGGGTT---TAT-AA-ATA----TGTCCTTTATATAGCGTGAGAGTAGTCA--TGAATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtctggattttcacaaataatccatttatatgtatc
gi|3 : CAGTTCTTGTATGTAAA-T-C--ATCCTAAAAGGCCAGATGTGTTGCATGTA-----A--------AAC-----CA--------T--------TGTTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGCGCGCTCGCCATAGTCTGGTCTGTAAATTTGTGTC-T-GGCTGTTAA-CA---AA-----------------TAAT---TGTC-TT------C--------ATATATTATTTATCATATATTGTGAGCTTG-TAT--------GC-T---AAAATCGGAAATACCGTTATTGTGAA-----GT-TATTACCTCGGTCCCTTGATGAAA-TAAAA-----TGTCTCTG-TTTTACTATGTTTTCATAAT-CT-AA-CGGGTT---TCT-AT-ATC----TGTCCTTTATATGTCG-ATGAGTAGTTAACTGGATCCT--ACT----TCTATATCCTATAAAGCGACTATCAGTCCACGTATGCAAAT-
gi|13 : taATGTAAA-T-T--GTCCTTACAGTCCAGATATGCTACGTGTT-----A--------AAC-----Ttattc
gi|14 : TA-T-TTGGTCTGTCCTGTCTAGATGTGTTGCATGTA-----A--------AAC-----ttgatatataatcaatggttgaaataaaatctattaagtatgttgattctattgtgttgtgtactttgttgtttgcattgtagccagatgccctcgccgtagtctctgtctggtttgtttatagtataattatatatgcatatacatgtatgttatctatttctaacaatatcaacaattagtattcaaacgttaagg
gi|10 : AGATGTGTTGCATATA-----A--------AACGTTAATG--------T--------AAAAGCCATGGTTGACACCATATCTATTGAATTTATAGATGCCTTGATATTGTGACTATGGTTTGCATTTTAGCTA-----GGCGCGCTCGTCATAATCTGGTTTATAC----------T-GGTTGTTCA-CA---AATAAGTATCGCAGTATATATATAAATATA-TA------T--------ATA-------TATCATACATTGTGAATGTG-CATCTGAAAATAT-CCCCAAAATCGAAAATGCCATTGTTGTGAT-----TAAAATTATC----TCCCTTTATcctagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaaggtgcactcaacttagtctggtctgtacatttatgtcttgttgttcacaatttattatctccatgta
gi|14 : cctactccaatatacatatttgataacggtacatgttggcgtggaa--------GGTGCACTCAACTTAGTCTGGTCTGTACATTTATGTC-T-TGTTGTTCA-CA---AT-----------------TTAT---TATC-TC------C--------ATG-------TA
gi|22 : tatttggtctgtcctgtctagatgtgttgcatgtaaaaccctagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaa--------GGCACACTAGCCATAGTCTGGTCTGTACATTTATGTC-T-GGTTATTCA-CA---AA-----------------
gi|2 : GTAATCTCGTCTGTACATTTATGTC-T-TGTTGTTTA-CA---AA-----------------TAAT---TACC-TC------TTTATATATATA-------TATCATACATTGTGAATATGTGCTTTGAAAAGAT-CTCAAAAATCGGAAATTCTGTTTCTATGAT-----TTCAATTATC----TCCCTTTATGAAA-T-AAA-----TACATATGATTTCACTGTATCTTCATGTTCC--AA-CAGATT---TAT-AA-ATC----TGTCCTTTATATAGCATGTGAGTAGTCA--TGAGTCCATAACTGGATCCTAC-TCATATAAAG---C--TTAGTTCATGTATGTAAAT-T-GTCCGTCCAA-T-CCA-----GA-TGT--G---TTGCATATAAAACCATAGTATGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGCGTG---TTTGCCGTAGTCTGGT-----------ATGTACATT-TA------TGT-C-T---GGTTGTTTACA-AA-------------TA-A-T-TAT--CTC----C--AT---A-TATtaattatgtgtgtgtgtgtgt
gi|18 : atttattatataattatataagatggtggatcccttgatattgtgcctatggtttgcattgttgttataatTCTAGTCTGTACATTTATGTC-T-GGTTATTCA-CA---AA-----------------TAAT---CACC-TCCATA--T--------ATA-------TATCATACATTGTGAATGTG-TATGTGAACAGAT-AAAAAAAATCGGAAATTCTGTTGTTGTGAT-----TTCAATTATC----TTCCTTTGT---------A-----TATATATta
gi|20 : TCTGGTCTGTACATTTATGTT-T-GGTTATTCA-CA---AA-----------------TAAT---TATC-TA------C--------ATA-------TA
gi|21 : cgcgatcgccgcagTCTTGTCTGTATATTTAGGTC-T-GCTTGTTCA-CA---AA-----------------atttacttaatactacatatacacatacactattta
gi|11 : gcgcgctgtccatagCTATACATTTATGCC-T-GGTTTATCA-CA---AA-----------------TAAT---TATC-TCCACATAT--------ATA-------TATCATACATTGTGAATGAT-CATCTG-AAAGATATCCAAAATCTGAAAGTT-CGTTGTTGTAATGTGAATTAAATTATC----TCCTTT----ACA-T-TTA-----TATATATAATtaatatatatttactgggtttggtgtatt
gi|5 : ctggaccctactcatataaagctacagttcatgtatgtaaattgtccgtccagtcgagatgtgttgcctgtaaaaccatcgtttggtttggtagataccttgatattatgtctatggtcgccgtagtctggtacatttacataT-CCCAAGAATTGGAAATTCCATTGT---GAT-----TTCCATTATC----TCCCTTTATGAAA-T-AAA-----TACATATGATTTCACTGTATCTTCATGAC-CCCAA-CAGGTTTTAATG-TA-ATTACTATGTCCTTTATATAGCATGTGAGTAATAG--TGAATCCTTAACTGGATCCTAC-TCATATAAAA---CTATCAGTGCATGTATGTAAAT-T-GTACGTCCAG-T-CCG-----GA-TGT--G---TTGCATGTAAAACCATAGT---ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGCGCG-TTCACCGTAATCTGAT-----------CTGTACATT-TA------TGT-T-T---GGTTGTTCATATAT-------------AT-A-TATAT--gctttt
gi|4 : tattacatatactttgaagacaccagaccaggtaatatataAAAAATCGTAAATTCTGTTGTTGTAAA-----TTTAATTACC----TCCCTTTATGAAA-TTAAA-----TATATATGAATTCACTGTATCTCTATGAT-C--AAACAGGTT---TAT-AA-ATC----TATCCTTTATATAACATGTGAGTAGTCA--TGAATCCTTAACTGGATCCTAC-TCATATTAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAATCT-GTCCGTCCAG-T-CCA-----GA-TGT--G---TTGCATGTAAATCCAAAGTA--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTGCG-CTACCCATAGTCTGGT-----------CTGTACATT-TA------TGT-CTT---GGTTATTCACA-CA-------------TA-A-T-TAT--CTC----C--AT---A-TATATAaa
gi|17 : tatatgccaaTCCGTTGTTGTGAA-----TTAAATTACC----TCCCTTTATGAAA-TTAAA-----TATACATGAATTCACTGTATCTCTATGAT-CC-AA-CGGGTT---TAT-AA-ATG----TTTCCGTTATACAGAATATGAGTAGTCA--TGAATCCTTAACT-GGATCTG---TATATGAAgaggttaatcattcatagtgtttaaatattgctgtat
gi|9 : ATCATC----TCTCTTTATGAAA-T-GAAATACGTACATATAAATTCACTGTATCTTCATGAT-CC-AA-CGTGTT---TCT-AA-ATA----TGTCTTTTATATAGTATGTGAGTAGTCA--TGAATCCTTAACTGGATCCTAC-TGATATAAAG---TTATCAGTTCATGTATGTAAAT-T-GTCCTTCCAG-T-CCA-----GA-TGT--G---TTGCATGTAAAACCATAGT---ACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGCGCTCGCCGTAATCCGGT-----------ATGTACATT-TA------TGT-C-T---GGTTATTCGCA-AA-------------TA-A-T-TAT--CTC----C--AT---A-TATAattttattgtttt
gi|15 : aatttaATTATC----TCCCTTTATGAAA-T-GAA-----TTCATATGATTTCACTGTATCTTCATAAT-CC-AA-TGAGTT-----TGTATGTC----TGTCCTTTATATAGCATGTGAGTAGTCA--TGAATCCATATATGGATCCTAC-TCACACAAAG---CTATCAGTTCATGGATGTAAGT-T-GTCCATCCAG-T-CCA-----GA-TGT--G---TT-----t
gi|19 : C----TCCCTTTATGAAA-TTAAA-----TATATATGAATTCACTGTATCTATATGAT-CC-AA-CGAGTT---TAT-AA-ATC----TGTCCTTTATATAGCATGTGAGTAGTCA--TGAATCCTTAACTGGATCCTAC-TCATATAAAG---CTATCAgcatgtaaaacca
gi|6 : TAAAA-T-AAA-----TCCATATGATATCA-TG-------ATGAT-CC-AA-CAGTTT---TCT-GT-GTC----TGTCCTTTATAAAACACGAAAGTAGTCA--TGAATCGTTAACTGGAACCTAC-TCATATAAAG---CTTTCTGTTGATGTATGTATAT-T-GTCTGTCCAG-T-CAG-----ATGTGTTGC---TTG----TAAAACCATAGTA--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGGCGCA-CTTGCTGCAGTTTGGT-----------CTGTTCGTT-TA------TGG-C-T---GGTTGTT--CATTA-------------AT-ATT-TAT---------C--AT---CATATATATCATACAT-TGTG---AA-TGTGCATc
gi|8 : tacTATAAAGCATGTGAGTAGTCA--TGAATCCTTAACTGGATCCTAC-TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGAATGTAAAT-TTGTCAACCCTG-T-CCA-----GA-TGT--G---TTGCATGTAATTCCATAGT---ctggaaagataaacaaaaattgggaacaccgtttatataaatttatt
gi|12 : ctgtattaactaaatactttcattgttatagcataactgactcattgttatgatatgtgaccacaatataTAACTGGATTATAC-TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGCATGTAAAG-T-GTCTGTCCAGTT-CAA-----A--TGT--A---TT-----GAA--------T---CTAAAAAATAATATGTAAATCATAGCTAACACCAGTTCTATTGAGTTGGTTAATGGTATTTGTTTGCATTGTAGTTAGGCGCT-CTCACCGTAGTCTAGT----------------CATT-TA------TGT-C-T---GGTTGTTCGCA-AA-------------TA-A-A-TAT--CAC----C--A------TATATATAATATATATATC---AATTATACAAATATCCACTATCTAAATatataagtcatggtcgacaccaaatttattggtttggcagagaccttgatattgtgtctgtggtttgcattgtagcaaggtgcgctcacggtcatttacaaataattatctacatatatatatatatatcatacataatgtgaataattatgaatgagcccaaaaatc
gi|11 : CTGGACCCTAC-TCATATAAAG---CTA-CAGTTCATGTATGTAAAT-T-GTCCGTCCAG-T-CGAGATGTGT-TGC--C---TG-----TAAAACCATCGT---TTaaacattgagattctgagcaggcaaaatcactgttgata
gi|16 : CTAC-TCACACAAAG---CTATCAGTTCATGGATGTAAGT-T-GTCCATCCAG-T-CCA-----GA-TGT--G---TT-----ggtttggtagataccttgatattatgtctatggtcgccgtagtctggtacatttacatactatacatttatgcctggtttatcacaaataattatctccacatatatatatcatacattgtgaatgatcatctgaaagatatccaaaatctgaaagttcgttgttgtaatgtgaattaaattatctcctttacatttatatatataatgctttt
gi|7 : ggatcAG---CTATCAGTTCATGTATGTACAT-TTGTCCAACCTG-TACAG-----ATGTGT--TGCATG-----TAATTCCATAGAA--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGCGTA-CTCGCCGTTGTCTGGT-----------CTGTATATT-TA------TGT-CTT---GGTTATTCACA-AA-------------TA-A-T-TAT--CTC----CATAT---A-TATATATCATGCAT-TGTG---AA-TGgcatgtaaaaccatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtctggattttcacaaataatccatttatatgtatc
gi|3 : CAGTTCTTGTATGTAAAT-C-ATCCTagcatctgaagagaccccataatcttaaattccgttggtgtgaatttaattatctccatttatgaaatttaatatatataattgactgtatctatatgatccaacgggtttataaatatgtcctttatatagcgtgagagtagtcatgaatc
gi|3 : ta-CTCGCCATAGTCTGGT-----------CTGTAAATT-TG------TGT-C-T---GGCTGTTAACA-AA-------------TA-A-T-TGT--CTT----C--ATATAT-TATTTATCATATAT-TGTG---AG-CTTGTATGaaaaggccagatgtgttgcatgtaaaaccattgtttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgcgctcgccatagtctggtctgtaaatttgtgtctggctgttaacaaataattgtcttcatatattatttatcatatattgtgagcttgtatgctaaaatcggaaataccgttattgtgaagttattacctcggtcccttgatgaaataaaatgtctctgttttactatgttttcataatctaacgggtttctatatctgtcctttatatgtcgatgagtagttaactggatcctacttctatatcctataaagcgactatcagtccacgtatgcaaattattc
gi|10 : tacagttcttgtatgtaaatcatcctaaaaggccagatgtgttgcatgtaaaaccattgtttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgcg-CTCGTCATAATCTGGT-----------TTATAC------------------T---GGTTGTTCACA-AATAAGTATCGCAGTAT-A-TATATAAATA----T--AT---A-TATATATCATACAT-TGTG---AA-TGTGCATctaaaatcggaaataccgttattgtgaagttattacctcggtcccttgatgaaataaaatgtctctgttttactatgttttcataatctaacgggtttctatatctgtcctttatatgtcgatgagtagttaactggatcctacttctatatcctataaagcgactatcagtccacgtatgcaaattattc
gi|14 : cctactccaatatacatatttgataacggtacatgttggcgtggaaagatgtgttgcatataaaacgttaatgtaaaagccatggttgacaccatatctattgaatttatagatgccttgatattgtgactatggtttgcattttagctaggcgcg-CTCAACTTAGTCTGGT-----------CTGTACATT-TA------TGT-C-T---TGTTGTTCACA-AT-------------TT-A-T-TAT--CTC----C--AT---G-TActgaaaatatccccaaaatcgaaaatgccattgttgtgattaaaattatctccctttat
gi|22 : tatttggtctgtcctgtctagatgtgttgcatgtaaaaccctagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaaggtgca-CTAGCCATAGTCTGGT-----------CTGTACATT-TA------TGT-C-T---GGTTATTCACA-AA-------------TA-A-T-TAT--
gi|11 : ggcacaTCGCCGTAGTCTGGTACATTTACATACTATACATT-TA------TGC-C-T---GGT--TTATCACAA-------------ATAA-T-TAT--CTCCA--C--AT---A-TATATATCATACAT-TGTG---AA-TG-------ATCATCTgtgtgtgtgtgtgt
gi|20 : ctggaccctactcatataaagctacagttcatgtatgtaaattgtccgtccagtcgagatgtgttgcctgtaaaaccatcgtttggtttggtagataccttgatattatgtctatggTCGCCGCAGTCTGGT-----------CTGTACATT-TA------TGT-T-T---GGTTATTCACA-AA-------------TA-A-T-TAT--CTA----C--AT---A-TAgaaagatatccaaaatctgaaagttcgttgttgtaatgtgaattaaattatctcctttacatttatatatataatgctttt
gi|2 : cgcgaGTAATCTCGT-----------CTGTACATT-TA------TGT-C-T---TGTTGTTTACA-AA-------------TA-A-T-TAC--CTCTTTAT--AT---A-TATATATCATACAT-TGTG---AA-TATGatttacttaatactacatatacacatacactattta
gi|8 : atttattatataattatataagatggtggatcccttgatattgtgcctatggtttgcattgttgttataatTGTGGT-----------TTG--CATTGTAGCAAGGTGCGC-TCACGGTCATTTACA-AA-------------TA-A-T-TAT--CTA----C--AT---A-TATATAT-ATATAT-CATACATAA-TGTGAATtgctttgaaaagatctcaaaaatcggaaattctgtttctatgatttcaattatctccctttatgaaataaatacatatgatttcactgtatcttcatgttccaacagatttataaatctgtcctttatatagcatgtgagtagtcatgagtccataactggatcctactcatataaagcttagttcatgtatgtaaattgtccgtccaatccagatgtgttgcatataaaaccatagtatgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgtgtttgccgtagtctggtatgtacatttatgtctggttgtttacaaataattatctccatatatta
gi|18 : ctgtattaactaaatactttcattgttatagcataactgactcattgttatgatatgtgaccacaatatatataaagcatgtgagtagtcatgaatccttaactggatcctactcatataaagctatcagttcatgaatgtaaatttgtcaaccctgtccagatgtgttgcatgtaattccatagtatataagtcatggtcgacaccaaatttattggtttggcagagaccttgatattgtgtcTAGT-----------CTGTACATT-TA------TGT-C-T---GGTTATTCACA-AA-------------TA-A-T-CAC--CTC----C--AT---A-TATATATCATACAT-TGTG---AA-TGTGTATGTaattatgaatgagcccaaaaatc
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111111 66666666666666666666666666666 111111111111 111111 11111 11 1111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 111111 11111111 11 11111 11111
lowQualScore : 11 3 1 8 22 1 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 99999999999 4 4 99999999999999999999999999999 777777777777 666666 77 5 1 11 00000 1 1 6666 3 22 77777 3 0 3 666 3 7777 1111111 666 3 3 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2222222 0 0 77 0 3 3 3 55 000000 55 66666666 1 55 66666 6 8 00000 22 7
lowQualScore : .. . . . .. . . ................................................................................................ ........... . . ............................. ............ ...... .. . . .. ..... . . .... . .. ..... . . . ... . .... ....... ... . . .................................................................................. ....... . . .. . . . . .. ...... .. ........ . .. ..... . . ..... .. .
lowQualScore : 00 2 0 0 88 0 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00000000000 0 0 11111111111111111111111111111 999999999999 444444 99 7 4 66 00000 0 0 5555 1 66 77777 8 6 6 111 6 7777 8888888 444 6 6 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0000000 5 7 33 8 6 6 6 00 555555 00 11111111 4 88 77777 7 0 00000 00 3
consensus : TGAATATTTAACTGGATCCTACTCATATAAAGCTATCAGTTCATGTATGTAAATT-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATCG--------A-GTAAAAG-----GTTGACACCATATCTATTGAATTTATAGATGCCTTGATATTGTGACTATGGTTTGCATTTTA---A--------GGCGCGCTCGCCGTAGTCTGGT-----------CTGTACATTTATGTCT-GGTTGTTCACAAATAAT-TATCTC--------------------C--------ATA-------T----AT------CATACATTGTGAAT--GTGCAT-CTGAAAAGATCCCAAAAATCGGAAATTCCGTTGT-----TGTGANTTCAATTATC----TCCCTTTATGAAA-T-AAA-----TACATATGATTTCACTGTATCTTCATGATCC-AACGGGTTT--ATA-AATC----TGTCCTTTATATAGCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAA-T-TGTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATAGTAT-TAANNAATGGTATGTAAATCANAGCTA------ACGCCGANTCTATTGNGTTGG--------TTAATG--GTNTTT---GTTTGCATTGTAGCN-----AGGCGCGCTCGCCGTAGTCTGGTCTGTACATTTATGTC-TGG-TTGTTCACAA-ATAATTATC-TCC------A--TATATAT--------ATCATACAT--TGTG----AA-TG-TGCATGTATCNACTATCTAAAT
Reference ( family-114 ) : TGAATCCTTAACTGGATCCTACTCATATAAAGCTATCAGTTCATGTATGTAAATT-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATNG--------A-ATAANNN-----GTNGACNNCANNTNNNNCNAGTTCNNNNGNGCCNNNNNATNGTGNCTGTNNNCNNCGTNNTA---A--------GGCGCGCTCGCCGTAGTCTGGT-----------CTGTACATTTATGTCT-GGTTGTTCACAAATAAT-TATCTC--------------------C--------ATA-------T----AT------CATACATTGTGAAT--GTGCAT-CTGAAAAGATCCCAAAAATCGGAAATTCCGTTGT-----TGTGANTTNAATTATC----TCCCTTTATGAAA-T-AAA-----TATATATGATTTCACTGTATCTTCATGATCC-AACGGGTTT--ATA-AATC----TGTCCTTTATATAGCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAA-T-TGTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATAGTAT-TAAAAAATAATATGTAAATCATAGCTA------ACACCAGTTCTATTGAGTTGG--------TTAATG--GTATTT---GTTTGCATTGTAGTN-----AGGCGCGCTCGCCGTAGTCTGGTCTGTACATTTATGTC-TGG-TTGTTCACAA-ATAATTATC-TCC------A--TATATAT--------ATCATACAT--TGTG----AA-TG-TGCATGTATCNNCTATCTAAAT
gi|1 : TGAATATTTAACTGGATCCTACTTATATAAAGCCATCAGTTCATGTATGTATATT-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACTATNN--------N-NNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N--------GGTGCACTTGTCGTCATCTGGT-----------CTGTACATTAATGTCT-GGTTGTTCACAAAATGT-TATCTC--------------------T--------ATA-------T----AT------CATATATTGTGAAT--GTGAAT-CTGAAAAGGTTCCAAAAACCGGAAATTCCGTTGT-----TTTGATTTCTATTATC----TCCTTTTATGAAA-T-GAA-----TACATATGATTTCAATGTATCTTCATGAT-C-AATGGGTTA--CTT-AATT----TGTCCTTTACATAGCATGTGAGTAGTCATTAATCCTTAACTGGGGTCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAA-T-GGTCCTTCTAGTCAAATTGTCTT-----TAATTCCACAGT-T-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGATGACCTCGCCGTAGTGTGGTTTGTACATTTATGTC-TGG-TTGTTAACAA-AATATTATC-TCC------A--TCTATAC--------ATCATATAT--TGTG----AA-TG-TGAATGTATCATCTATCTATAT
gi|10 : AGATGTGTTGCATATAAAAC-GTTA--------ATGTAAAAGCCATGGTTGACACCATATCTATTGAATTTATAGATGCCTTGATATTGTGACTATGGTTTGCATTTTAGCTA--------GGCGCGCTCGTCATAATCTGGT-----------TTATAC---------T-GGTTGTTCACAAATAAG-TATCGCAGTATATATATAAATATATAT--------ATA-------T----AT------CATACATTGTGAAT--GTGCAT-CTGAAAATATCCCCAAAATCGAAAATGCCATTGT-----TGTGATTAAAATTATC----TCCCTTTATgtatgtagctaagcacacattaacatcattttaagctgaactgaatttacactattgttat
gi|11 : cctactccaatatacatatttgataacggtacatgttggcgtggaaCTGGACCCTACTCATATAAAGCTA-CAGTTCATGTATGTAAATT-GTCCGTCCAGTCGAGATGTGTTGCCTGTAAAACCATCG--------
gi|11 : TCGCCGTAGTCTGGTACATTTACATACTATACATTTATGCCT-GGTTTATCACAAATAAT-TATCTC--------------------CACATAT--ATA-------T----AT------CATACATTGTGAAT--GATCAT-CTG-AAAGATATCCAAAATCTGAAAGTTCGTTGTTGTAATGTGAATTAAATTATC----T-CCTTTAC---A-T-TTA-----TATATATAATtttggtttggtagataccttgatattatgtctatggtcgccgtagtctggtacatttacatactatacatttatgcctggtttatcacaaataattatctccacatatatatatcatacattgtgaatgatcatctgaaagatatccaaaatctgaaagttcgttgttgtaatgtgaattaaattatctcctttacatttatatatataatgctttt
gi|12 : ctggaccctactcatataaagctacagttcatgtatgtaaattgtccgtccagtcgagatgtgttgcctgtaaaaccatcgtttggtttggtagataccttgatattatgtctatggTAACTGGATTATAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGCATGTAAA-G-TGTCTGTCCAGTTCAAATGTATTG-------AATC--------TAAAAAATAATATGTAAATCATAGCTA------ACACCAGTTCTATTGAGTTGG--------TTAATG--GTATTT---GTTTGCATTGTAGTT-----AGGCGCTCTCACCGTAGTCTAGT-----CATTTATGTC-TGG-TTGTTCGCAA-ATAAATATC-ACC------A--TATATAT--------A--ATATATA-TATC----AATTA-TACAAATATCCACTATCTAAATgctttt
gi|13 : ATGTAAA-T-TGTCCTTACAGTCCAGATATGCTACGTGTTAAACTTTGATATATAATCAATGGT-TG-AAATAAAATCTATTAAGTATGTTGATTCTATTGTGTTGT--------GTACT----TTGTT---GTTTGCATTGTAGCC-----AGATGCCCTCGCCGTAGTC---TC----------TGTC-TGGTTTGTTTATAGTATAATTAT-----------A--TATGCAT-----------ATACA---TGT------A-TG-T-----TATCTATT-TCTAAaaacattgagattctgagcaggcaaaatcactgttgata
gi|14 : GTCTGTCCTGTCTAGATGTGTTGCATGTAAAACCCTAGTAT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNTAAAAGGTGCACTCAACTTAGTCTGGTCTGTACATTTATGTC-TTG-TTGTTCACAA-TTTATTATC-TCC------A--TGTAcaatatcaacaattagtattcaaacgttaagg
gi|15 : tatttgATTATC----TCCCTTTATGAAA-T-GAA-----TTCATATGATTTCACTGTATCTTCATAATCC-AATGAGTTT--GTA-TGTC----TGTCCTTTATATAGCATGTGAGTAGTCATGAATCCATATATGGATCCTAC-------TCACACAAAG---CTATCAGTTCATGGATGTAAG-T-TGTCCATCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCA
gi|16 : GGATCCTACTCACACAAAGCTATCAGTTCATGGATGTAAGTT-GTCCATCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCAT
gi|16 : TGTC-TGG-ATTTTCACAA-ATAA------TCC------ATTTATATGT--------ATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtctggattttcacaaataatccatttatatgtatc
gi|17 : ggatcctactcacacaaagctatcagttcatggatgtaagttgtccatccagtccagatgtgttgcatgtaaaaccatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttTCCGTTGT-----TGTGAATTAAATTACC----TCCCTTTATGAAA-TTAAA-----TATACATGAATTCACTGTATCTCTATGATCC-AACGGGTTT--ATA-AATG----TTTCCGTTATACAGAATATGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATC
gi|18 : TCTAGT-----------CTGTACATTTATGTCT-GGTTATTCACAAATAAT-CACCTC--------------------C--------ATA-------TATATAT------CATACATTGTGAAT--GTGTAT-GTGAACAGATAAAAAAAATCGGAAATTCTGTTGT-----TGTGATTTCAATTATC----TTCCTTTGT---------A-----TATATATtgtatatgaaattttattgtttt
gi|19 : C----TCCCTTTATGAAA-TTAAA-----TATATATGAATTCACTGTATCTATATGATCC-AACGAGTTT--ATA-AATC----TGTCCTTTATATAGCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---CTATCA
gi|2 : GTAATCTCGT-----------CTGTACATTTATGTCT-TGTTGTTTACAAATAAT-TACCTC--------------------TTTATATATATA-------T----AT------CATACATTGTGAATATGTGC-T-TTGAAAAGATCTCAAAAATCGGAAATTCTGTTTC-----TATGATTTCAATTATC----TCCCTTTATGAAA-T-AAA-----TACATATGATTTCACTGTATCTTCATGTTCC-AACAGATTT--ATA-AATC----TGTCCTTTATATAGCATGTGAGTAGTCATGAGTCCATAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---C--TTAGTTCATGTATGTAAA-T-TGTCCGTCCAATCCAGATGTGTTGCATATAAAACCATAGTAT-GTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGGCGTGTTTGCCGTAGTCTGGTATGTACATTTATGTC-TGG-TTGTTTACAA-ATAATTATC-TCC------A--TATATc
gi|20 : atttattatataattatataagatggtggatcccttgatattgtgcctatggtttgcattgttgttataatCGCGATCGCCGCAGTCTGGT-----------CTGTACATTTATGTTT-GGTTATTCACAAATAAT-TATCTA--------------------C--------ATA-------T----Ata
gi|21 : GCGCGCTGTCCATAGTCTTGT-----------CTGTATATTTAGGTCT-GCTTGTTCACAAATAATATATatttacttaatactacatatacacatacactattta
gi|22 : --------GGCACACTAGCCATAGTCTGGT-----------CTGTACATTTATGTCT-GGTTATTCACAAATAAT-TATatttactgggtttggtgtatt
gi|3 : CAGTTCTTGTATGTAAATC-ATCCTAAAAGGCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATTGTTTAANNNN-NNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N--------GGCGCGCTCGCCATAGTCTGGT-----------CTGTAAATTTGTGTCT-GGCTGTTAACAAATAAT-TGTCTT--------------------C--------ATATATTATTT----AT------CATATATTGTGAGC--TTGTATGCT------------AAAATCGGAAATACCGTTAT-----TGTGAAGTT-ATTACCTCGGTCCCTTGATGAAA-TAAAA-----TGTCTCTG-TTTTACTATGTTTTCATAATCT-AACGGGTTT--CTA-TATC----TGTCCTTTATATGTCG-ATGAGTAG----------TTAACTGGATCCTACTTCTATATCCTATAAAGCGACTATCAGTCCACGTATGCAAA-T-TATTCgtgtgtgtgtgtgt
gi|4 : taAAAAATCGTAAATTCTGTTGT-----TGTAAATTTAATTACC----TCCCTTTATGAAA-TTAAA-----TATATATGAATTCACTGTATCTCTATGATCA-AACAGGTTT--ATA-AATC----TATCCTTTATATAACATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATTAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAA-TCTGTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAATCCAAAGTAT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGGTGCGCTACCCATAGTCTGGTCTGTACATTTATGTCTTGG-TTATTCACAC-ATAATTATC-TCC------A--TATATATAGAGGTTAATCATTCAT--AGTGTTTAAA-TATTGC-TGTAT
gi|5 : tatatgccaaATCCCAAGAATTGGAAATTCCATTGT--------GATTTCCATTATC----TCCCTTTATGAAA-T-AAA-----TACATATGATTTCACTGTATCTTCATGACCCCAACAGGTTTTAATGTAATTACTATGTCCTTTATATAGCATGTGAGTAATAGTGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAA---CTATCAGTGCATGTATGTAAA-T-TGTACGTCCAGTCCGGATGTGTTGCATGTAAAACCATAGTA--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGGCGCGTTCACCGTAATCTGATCTGTACATTTATGTT-TGG-TTGTTCATA-------TAT-----------A--TATATAT--------A
gi|6 : tattacatatactttgaagacaccagaccaggtaatatatTAAAA-T-AAA-----TCCATATGATATCA-TG-------ATGATCC-AACAGTTTT--CTG-TGTC----TGTCCTTTATAAAACACGAAAGTAGTCATGAATCGTTAACTGGAACCTAC-------TCATATAAAG---CTTTCTGTTGATGTATGTATA-T-TGTCTGTCCAGT-CAGATGTGTTGCTTGTAAAACCATAGTAT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNA-----AGGCGCACTTGCTGCAGTTTGGTCTGTTCGTTTATGGC-TGG-TTGTTCATTA-ATATTTATCATC-----------ATATAT--------ATCATACAT--TGTG----AA-TG-TGCATa
gi|7 : tacAGCTATCAGTTCATGTATGTACATTTGTCCAACCTGTACAGATGTGTTGCATGTAATTCCATAG--------A-ATNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNGGCGTACTCGCCGTTGTCTGGT-----------CTGTATATTTATGTCTTGGTTATTCACAAATAAT-TATCTC--------------------C--------ATA-------T----ATATATATCATGCATTGTGAAT--GAGCAT-CTGAAGAGACCCCATAA-TCTTAAATTCCGTTGG-----TGTGAATTTAATTATC----TCCATTTATGAAATT-TAA-----TATATATAA-TTGACTGTATCTATATGATCC-AACGGGTTT--ATA-AATA----TGTCCTTTATATAGCGTGAGAGTAGTCATGAATCctggaaagataaacaaaaattgggaacaccgtttatataaatttatt
gi|8 : TATAAAGCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGAATGTAAATT-TGTCAACCCTGTCCAGATGTGTTGCATGTAATTCCATAG--------------TATATAAGTCATGGTCG------ACACCAAATTTATTGGTTTGGCAGAGACCTTGATATTGTGTCTGTGGTTTGCATTGTAGCA-----AGGTGCGCTCAC--------GGT-----CATTT----------------ACAA-ATAATTATC-TACATATATA--TATATAT--------ATCATACATAATGTG----AA-T
gi|9 : ctgtattaactaaatactttcattgttatagcataactgactcattgttatgatatgtgaccacaatataAATTTAATCATC----TCTCTTTATGAAA-T-GAAATACGTACATATAAATTCACTGTATCTTCATGATCC-AACGTGTTT--CTA-AATA----TGTCTTTTATATAGTATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TGATATAAAG---TTATCAGTTCATGTATGTAAA-T-TGTCCTTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATAGTAC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGGGGCGCTCGCCGTAATCCGGTATGTACATTTATGTC-TGG-TTATTCGCAA-ATAATTATC-TCC------A--TATATAT--------aattatgaatgagcccaaaaatc
Alignments
lowQualScore : 777777777777777777777777777777 7777777777777777777777 11111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666 11111 11111 1111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 11111111 11111111111
lowQualScore : 3 1 8 22 1 3 111111111111111111111111111111 2 1 2 4 2222222222222222222222 4 99999999999 0 4 4 3333333333333333333333333333333333333333333333 77 5 1 11 00000 1 2 6666 0 2 8 00000 2 3 44 3 3 444 444 88888 7777 44 1111111 666 3 3 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 5 3 3 3 33 999999 44 555 44444444 0 55555555555 5 6 88888 0 1 3
lowQualScore : . . . .. . . .............................. . . . . ...................... . ........... . . . .............................................. .. . . .. ..... . . .... . . . ..... . . .. . . ... ... ..... .... .. ....... ... . . .................................................................................. ...... . . . . .. ...... .. ... ........ . ........... . . ..... . . .
lowQualScore : 2 0 0 88 0 6 888888888888888888888888888888 2 8 3 3 8888888888888888888888 4 00000000000 7 0 0 9999999999999999999999999999999999999999999999 99 7 4 66 00000 0 6 5555 1 9 6 00000 8 3 66 3 3 888 222 11111 1111 66 8888888 444 6 6 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 000000 1 3 3 3 88 666666 66 888 55555555 1 11111111111 7 7 44444 8 0 2
consensus : TGAATATTTAACTGGATCCTACTCATATAAAGCTATCAGTTCATGTATGTAAATT-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATCGA-NTAAAAG-----GTTGACACCATATCTATTGGNTTNGTAGATNCCTTGATATTGTGNCTATGGTTTGCATTNTA---A--------GGCGCGCT-CGCCGTAGTCTGGT-----------CTGTACATTTATGTCT-GGTTGTTCACAAATAAT-TATCTC--C--------ATA------------------T----AT-------CATACATTGTGAAT--GTGCAT-CTGAAAAGATCCCAAAAATCGGAAATTCCGTTGT-----TGTGANTTCAATTATCTC----CCTTTATGAAA-T-AAA-----TACATATGATTTCACTGT-AT--CTTCA-TGATCC-AACGGGTTT--ATA-A-ATC----TGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAA-T-TGTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATAGTAT-TNNTCAATGGTATGTAAATCANAGCTA------ACGCCGANTCTATTGNGTTGG--------TTAATG--GTNTTT---GTTTGCATTGTAGCN-----AGGCGCGCTCGCCGTAGTCTGGTCTGTACATTTATGTC-TGG-TTGTTCACAA-ATAATTATC-TCC------A--TATA---TAT--------ATCATACAT--TGTG----AA-TG-TGCACGTATCCACTATCTAAAT
Reference ( family-114 ) : TGAATATTTAACTGGATCCTACTCATATAAAGCTATCAGTTCATGTATGTAAATT-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATCGA-GTAAAAG-----GTTGACACCATATCTATTGAATTTATAGATGCCTTGATATTGTGACTATGGTTTGCATTTTA---A--------GGCGCGCT-CGCCGTAGTCTGGT-----------CTGTACATTTATGTCT-GGTTGTTCACAAATAAT-TATCTC--C--------ATA------------------T----AT-------CATACATTGTGAAT--GTGCAT-CTGAAAAGATCCCAAAAATCGGAAATTCCGTTGT-----TGTGANTTCAATTATCTC----CCTTTATGAAA-T-AAA-----TACATATGATTTCACTGT-AT--CTTCA-TGATCC-AACGGGTTT--ATA-A-ATC----TGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAA-T-TGTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATAGTAT-TAANNAATGGTATGTAAATCANAGCTA------ACGCCGANTCTATTGNGTTGG--------TTAATG--GTNTTT---GTTTGCATTGTAGCN-----AGGCGCGCTCGCCGTAGTCTGGTCTGTACATTTATGTC-TGG-TTGTTCACAA-ATAATTATC-TCC------A--TATA---TAT--------ATCATACAT--TGTG----AA-TG-TGCATGTATCNACTATCTAAAT
gi|1 : TGAATATTTAACTGGATCCTACTTATATAAAGCCATCAGTTCATGTATGTATATT-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACTATNNN-NNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N--------GGTGCACT-TGTCGTCATCTGGT-----------CTGTACATTAATGTCT-GGTTGTTCACAAAATGT-TATCTC--T--------ATA------------------T----AT-------CATATATTGTGAAT--GTGAAT-CTGAAAAGGTTCCAAAAACCGGAAATTCCGTTGT-----TTTGATTTCTATTATCTC----CTTTTATGAAA-T-GAA-----TACATATGATTTCAATGT-AT--CTTCA-TGAT-C-AATGGGTTA--CTT-A-ATT----TGTCC----TTTACATA--GCATGTGAGTAGTCATTAATCCTTAACTGGGGTCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAA-T-GGTCCTTCTAGTCAAATTGTCTT-----TAATTCCACAGT-T-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGATGACCTCGCCGTAGTGTGGTTTGTACATTTATGTC-TGG-TTGTTAACAA-AATATTATC-TCC------A--TCTA---TAC--------ATCATATAT--TGTG----AA-TG-TGAATGTATCATCTATCTATAT
gi|10 : AGATGTGTTGCATATAAAAC-GTTAATGTAAAAGCCATGGTTGACACCATATCTATTGAATTTATAGATGCCTTGATATTGTGACTATGGTTTGCATTTTAGCTA--------GGCGCGCT-CGTCATAATCTGGT-----------TTATA---------CT-GGTTGTTCACAAATAAG-TATCGCAGT--------ATATATATAAATATATATATAT----AT-------CATACATTGTGAAT--GTGCAT-CTGAAAATATCCCCAAAATCGAAAATGCCATTGT-----TGTGATTAAAATTATCTC----CCTTTATgtatgtagctaagcacacattaacatcattttaagctgaactgaatttacactattgttat
gi|11 : cctactccaatatacatatttgataacggtacatgttggcgtggaaCTGGACCCTACTCATATAAAGCTA-CAGTTCATGTATGTAAATT-GTCCGTCCAGTCGAGATGTGTTGCCTGTAAAACCATCG----------------------------T-TTGGTTTGGTAGATACCTTGATATTATGTCTATGGT-------------------------------CGCCGTAGTCTGGTACATTTACATACTATACATTTATGCCT-GGTTTATCACAAATAAT-TATCTC--CACATAT--ATA------------------T----AT-------CATACATTGTGAAT--GATCAT-CTG-AAAGATATCCAAAATCTGAAAGTTCGTTGTTGTAATGTGAATTAAATTATCT-----CCTTTAC---A-T-TTA-----TATATATAAT
gi|12 : TAACTGGATTATAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGCATGTAAA-G-TGTCTGTCCAGTTCAAATGTATTGAATCTAAAA---------------AATAATATGTAAATCATAGCTA------ACACCAGTTCTATTGAGTTGG--------TTAATG--GTATTT---GTTTGCATTGTAGTT-----AGGCGCTCTCACCGTAGTCTAGT-----CATTTATGTC-TGG-TTGTTCGCAA-ATAAATATC-ACC------A--TATA---TAT--------A--ATATATA-TATC----AATTA-TACAAATATCCACTATCTAAATgctttt
gi|13 : ATGTAAA-T-TGTCCTTACAGTCCAGATATGCTACGTGTTAAACTTTGATATATAATCAATGGT-TG-AAATAAAATCTATTAAGTATGTTGATTCTATTGTGTTGT--------GTACT----TTGTT---GTTTGCATTGTAGCC-----AGATGCCCTCGCCGTAGTC---TC----------TGTC-TGGTTTGTTTATAGTATAATTAT-----------A--TATG---CAT-----------ATACA---TGT------A-TG-T-----TATCTATT-TCTAAaaacattgagattctgagcaggcaaaatcactgttgata
gi|14 : GTCTGTCCTGTCTAGATGTGTTGCATGTAAAACCCTAGTAT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNTAAAAGGTGCACTCAACTTAGTCTGGTCTGTACATTTATGTC-TTG-TTGTTCACAA-TTTATTATC-TCC------A--TGTA---caatatcaacaattagtattcaaacgttaagg
gi|15 : tatttgATTATCTC----CCTTTATGAAA-T-GAA-----TTCATATGATTTCACTGT-AT--CTTCA-TAATCC-AATGAGTTT--GTA-T-GTC----TGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAGTCATGAATCCATATATGGATCCTAC-------TCACACAAAG---CTATCAGTTCATGGATGTAAG-T-TGTCCATCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCA
gi|16 : GGATCCTACTCACACAAAGCTATCAGTTCATGGATGTAAGTT-GTCCATCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCAT
gi|16 : TGTC-TGG-ATTTTCACAA-ATAA------TCC------ATTTATA---TGT--------ATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtctggattttcacaaataatccatttatatgtatc
gi|17 : ggatcctactcacacaaagctatcagttcatggatgtaagttgtccatccagtccagatgtgttgcatgtaaaaccatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttTCCGTTGT-----TGTGAATTAAATTACCTC----CCTTTATGAAA-TTAAA-----TATACATGAATTCACTGT-AT--CTCTA-TGATCC-AACGGGTTT--ATA-A-ATG----TTTCC----GTTATACA--GAATATGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATC
gi|18 : TCTAGT-----------CTGTACATTTATGTCT-GGTTATTCACAAATAAT-CACCTC--C--------ATA------------------TATATAT-------CATACATTGTGAAT--GTGTAT-GTGAACAGATAAAAAAAATCGGAAATTCTGTTGT-----TGTGATTTCAATTATCTT----CCTTTGT---A-T-ATA-----TAtgtatatgaaattttattgtttt
gi|19 : CTC----CCTTTATGAAA-TTAAA-----TATATATGAATTCACTGT-AT--CTATA-TGATCC-AACGAGTTT--ATA-A-ATC----TGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAt
gi|2 : TGGATCCCTTGATATTGTGCCTATGGTTTGCATTGT-----------------TGTTATAATGTAATCTCGT-----------CTGTACATTTATGTCT-TGTTGTTTACAAATAAT-TACCTC--TTTATATATATA------------------T----AT-------CATACATTGTGAATATGTGC-T-TTGAAAAGATCTCAAAAATCGGAAATTCTGTTTC-----TATGATTTCAATTATCTC----CCTTTATGAAA-T-AAA-----TACATATGATTTCACTGT-AT--CTTCA-TGTTCC-AACAGATTT--ATA-A-ATC----TGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAGTCATGAGTCCATAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---C--TTAGTTCATGTATGTAAA-T-TGTCCGTCCAATCCAGATGTGTTGCATATAAAACCATAGTAT-GTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGGCGTGTTTGCCGTAGTCTGGTATGTACATTTATGTC-TGG-TTGTTTACAA-ATAATTATC-TCC------A--TATA---Tc
gi|20 : atttattatataattatataagatggCGCGAT-CGCCGCAGTCTGGT-----------CTGTACATTTATGTTT-GGTTATTCACAAATAAT-TATCTA--C--------ATA------------------T----Ata
gi|20 : CGCGATCGCCGCAGTCTGGTCTGTACATTTATGTT-TGG-TTATTCACAA-ATAATTATC-TAC------A--TATAATTTAC--------TTAATAC------TA----CA-TA-TACACATA--CACTATTTAatttacttaatactacatatacacatacactattta
gi|21 : GCGCGCT-GTCCATAGTCTTGT-----------CTGTATATTTAGGTCT-GCTTGTTCACAAATAATATAT
gi|22 : --------GGCACACT-AGCCATAGTCTGGT-----------CTGTACATTTATGTCT-GGTTATTCACAAATAAT-TATatttactgggtttggtgtatt
gi|3 : CAGTTCTTGTATGTAAATC-ATCCTAAAAGGCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATTGT-TTAANNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNGGCGCGCT-CGCCATAGTCTGGT-----------CTGTAAATTTGTGTCT-GGCTGTTAACAAATAAT-TGTCTT--C--------ATA------------------T----ATTATTTATCATATATTGTGAGC--TTGTATGCT------------AAAATCGGAAATACCGTTAT-----TGTGAAGTTA-TTACCTCGGTCCCTTGATGAAA-T-AAAA----TGTCTCTG-TTTTACTAT-GT--TTTCA-TAATCT-AACGGGTTT--CTA-T-ATC----TGTCC----TTTATATG--TCG-ATGAGTAG----------TTAACTGGATCCTACTTCTATATCCTATAAAGCGACTATCAGTCCACGTATGCAAA-T-TATTCgtgtgtgtgtgtgt
gi|4 : taAAAAATCGTAAATTCTGTTGT-----TGTAAATTTAATTACCTC----CCTTTATGAAA-TTAAA-----TATATATGAATTCACTGT-AT--CTCTA-TGATCA-AACAGGTTT--ATA-A-ATC----TATCC----TTTATATA--ACATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATTAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAA-TCTGTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAATCCAAAGTAT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGGTGCGCTACCCATAGTCTGGTCTGTACATTTATGTCTTGG-TTATTCACAC-ATAATTATC-TCC------A--TATA---TATAGAGGTTAATCATTCAT--AGTGTTTAAA-TATTGC-TGTAT
gi|5 : tatatgccaaATCCCAAGAATTGGAAATTCCATTGT--------GATTTCCATTATCTC----CCTTTATGAAA-T-AAA-----TACATATGATTTCACTGT-AT--CTTCA-TGACCCCAACAGGTTTTAATGTA-ATTACTATGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAATAGTGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAA---CTATCAGTGCATGTATGTAAA-T-TGTACGTCCAGTCCGGATGTGTTGCATGTAAAACCATAGTA--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGGCGCGTTCACCGTAATCTGATCTGTACATTTATGTT-TGG-TTGTTCATA-------TAT-----------A--TATA---TAT--------A
gi|6 : tattacatatactttgaagacaccagaccaggtaatatatTAAAA-T-AAA-----TCCATATGATATCA-TG----------A-TGATCC-AACAGTTTT--CTG-T-GTC----TGTCC----TTTATAAA--ACACGAAAGTAGTCATGAATCGTTAACTGGAACCTAC-------TCATATAAAG---CTTTCTGTTGATGTATGTATA-T-TGTCTGTCCAGT-CAGATGTGTTGCTTGTAAAACCATAGTAT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNA-----AGGCGCACTTGCTGCAGTTTGGTCTGTTCGTTTATGGC-TGG-TTGTTCATTA-ATATTTATCATC-----------ATA---TAT--------ATCATACAT--TGTG----AA-TG-TGCATa
gi|7 : tacAGCTATCAGTTCATGTATGTACATTTGTCCAACCTGTACAGATGTGTTGCATGTAATTCCATAGA-ATNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNGGCGTACT-CGCCGTTGTCTGGT-----------CTGTATATTTATGTCTTGGTTATTCACAAATAAT-TATCTC--C--------ATA------------------T----ATATATAT-CATGCATTGTGAAT--GAGCAT-CTGAAGAGACCCCATAA-TCTTAAATTCCGTTGG-----TGTGAATTTAATTATCTC----CATTTATGAAATT-TAA-----TATATATAA-TTGACTGT-AT--CTATA-TGATCC-AACGGGTTT--ATA-A-ATA----TGTCC----TTTATATA--GCGTGAGAGTAGTCATGAATCctggaaagataaacaaaaattgggaacaccgtttatataaatttatt
gi|8 : CTGTATTAAC-T-AAA-----TAC------TTTCATTGTTATAGCATAACTGACTC-ATTG---TT--ATG-ATATG----TGACCACAATATATATAAAGCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGAATGTAAATT-TGTCAACCCTGTCCAGATGTGTTGCATGTAATTCCATA--------------GTATATAAGTCATGGTCG------ACACCAAATTTATTGGTTTGGCAGAGACCTTGATATTGTGTCTGTGGTTTGCATTGTAGCA-----AGGTGCGCTCAC--------GGT-----CATTT----------------ACAA-ATAATTATC-TACATATATA--TATA---TAT--------ATCATACATAATGTG----AA-T
gi|9 : AATTTAATCATCTC----TCTTTATGAAA-T-GAAATACGTACATATAAATTCACTGT-AT--CTTCA-TGATCC-AACGTGTTT--CTA-A-ATA----TGTCT----TTTATATA--GTATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TGATATAAAG---TTATCAGTTCATGTATGTAAA-T-TGTCCTTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATAGTAC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGGGGCGCTCGCCGTAATCCGGTATGTACATTTATGTC-TGG-TTATTCGCAA-ATAATTATC-TCC------A--TATA---TAT--------aattatgaatgagcccaaaaatc
Alignments
lowQualScore : 777777777777777777777777777777 7777777777777777777777 11111111111 6666666666666666666666666666666666666 111111 11111 1 1111111 111111111 111111 22222222222222222222222222 111111 111 11111
lowQualScore : 3 1 8 22 1 3 000000000000000000000000000000 1 1 1 1 2222222222222222222222 4 99999999999 0 4 4 3333333333333333333333333333333333333 666666 77 5 1 11 00000 3 1 5 6666 0 2 1 77777 2 3 44 3 3 444 444 88888 7777 44 1111111 666 3 3 666666666 0 3333 0 1 0 111111 0 111 11 44444444444444444444444444 111111 5 3 3 3 33 999999 44 555 22 999 5 6 33333 3 0 3
lowQualScore : . . . .. . . .............................. . . . . ...................... . ........... . . . ..................................... ...... .. . . .. ..... . . . .... . . . ..... . . .. . . ... ... ..... .... .. ....... ... . . ......... . .... . . . ...... . ... .. .......................... ...... . . . . .. ...... .. ... .. ... . . ..... . . .
lowQualScore : 2 0 0 88 0 6 222222222222222222222222222222 0 0 0 0 1111111111111111111111 4 00000000000 7 0 0 1111111111111111111111111111111111111 444444 99 7 4 66 00000 6 0 7 5555 1 9 4 11111 8 3 66 3 3 888 222 11111 1111 66 8888888 444 6 6 333333333 9 1111 2 0 2 555555 9 444 22 99999999999999999999999999 000000 1 3 3 3 88 666666 66 888 11 000 2 7 00000 2 2 2
consensus : TGAATATTTAACTGGATCCTACTCATATAAAGCTATCAGTTCATGTATGTAAATT-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATCGAT-TAAAAG-----GTTGACACCATATCTATTGGNTTGGTAGATNCCTTGATATTGTGNCTATGGTTTGCATTNTA---A--------GGCGCGCT-CGCCGTAGTCTGGT-----------CTGTACATTTATGTCT-GGTTGTTCACAAATAAT-TATCTC--C--------ATA------------------T----AT------CATACATTGTGAAT--GTGCAT-CTGAAAAGATCCCAAAAATCGGAAATTCCGTTGT-----TGTG-ANTTCAATTATC----TCCCTTTATGAAA-T-AAA-----TACATATGATTTCACTGT-AT--CTTCA-TGATCC-AACGGGTTT--ATA-A-ATC----TGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAA-T-TGTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATAGTAT-TNTTCAATAGTATGTAAATCANAGCTA------ACGCCGANTCTATTGNGTTGG--------TTAATG--GTNTTT---GTTTGCATTGTAGCN-----AGGCGCGCTCGCCGTAGTCTGGTCTGTACATTTATGTC-TGG-TTGTTCACAA-ATAATTATC-TCC------A--TATA---TATATCATACAT--TGTGAA-TGTGCACGTATCCACTATCTAAAT
Reference ( family-114 ) : TGAATATTTAACTGGATCCTACTCATATAAAGCTATCAGTTCATGTATGTAAATT-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATCGAN-TAAAAG-----GTTGACACCATATCTATTGGNTTNGTAGATNCCTTGATATTGTGNCTATGGTTTGCATTNTA---A--------GGCGCGCT-CGCCGTAGTCTGGT-----------CTGTACATTTATGTCT-GGTTGTTCACAAATAAT-TATCTC--C--------ATA------------------T----AT------CATACATTGTGAAT--GTGCAT-CTGAAAAGATCCCAAAAATCGGAAATTCCGTTGT-----TGTG-ANTTCAATTATC----TCCCTTTATGAAA-T-AAA-----TACATATGATTTCACTGT-AT--CTTCA-TGATCC-AACGGGTTT--ATA-A-ATC----TGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAA-T-TGTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATAGTAT-TNNTCAATGGTATGTAAATCANAGCTA------ACGCCGANTCTATTGNGTTGG--------TTAATG--GTNTTT---GTTTGCATTGTAGCN-----AGGCGCGCTCGCCGTAGTCTGGTCTGTACATTTATGTC-TGG-TTGTTCACAA-ATAATTATC-TCC------A--TATA---TATATCATACAT--TGTGAA-TGTGCACGTATCCACTATCTAAAT
gi|1 : TGAATATTTAACTGGATCCTACTTATATAAAGCCATCAGTTCATGTATGTATATT-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACTATNNNN-NNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N--------GGTGCACT-TGTCGTCATCTGGT-----------CTGTACATTAATGTCT-GGTTGTTCACAAAATGT-TATCTC--T--------ATA------------------T----AT------CATATATTGTGAAT--GTGAAT-CTGAAAAGGTTCCAAAAACCGGAAATTCCGTTGT-----TTTG-ATTTCTATTATC----TCCTTTTATGAAA-T-GAA-----TACATATGATTTCAATGT-AT--CTTCA-TGAT-C-AATGGGTTA--CTT-A-ATT----TGTCC----TTTACATA--GCATGTGAGTAGTCATTAATCCTTAACTGGGGTCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAA-T-GGTCCTTCTAGTCAAATTGTCTT-----TAATTCCACAGT-T-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGATGACCTCGCCGTAGTGTGGTTTGTACATTTATGTC-TGG-TTGTTAACAA-AATATTATC-TCC------A--TCTA---TACATCATATAT--TGTGAA-TGTGAATGTATCATCTATCTATAT
gi|10 : AGATGTGTTGCATATAAAAC-GTTAATGTAAAAGCCATGGTTGACACCATATCTATTGAATTTATAGATGCCTTGATATTGTGACTATGGTTTGCATTTTAGCTA--------GGCGCGCT-CGTCATAATCTGGT-----------TTATA---------CT-GGTTGTTCACAAATAAG-TATCGCAGT--------ATATATATAAATATATATATAT----AT------CATACATTGTGAAT--GTGCAT-CTGAAAATATCCCCAAAATCGAAAATGCCATTGT-----TGTG-ATTAAAATTATC----TCCCTTTATgtatgtagctaagcacacattaacatcattttaagctgaactgaatttacactattgttat
gi|11 : cctactccaatatacatatttgataacggtacatgttggcgtggaaCTGGACCCTACTCATATAAAGCTA-CAGTTCATGTATGTAAATT-GTCCGTCCAGTCGAGATGTGTTGCCTGTAAAACCATCG----------------------------T-TTGGTTTGGTAGATACCTTGATATTATGTCTATGGT-------------------------------CGCCGTAGTCTGGTACATTTACATACTATACATTTATGCCT-GGTTTATCACAAATAAT-TATCTC--CACATAT--ATA------------------T----AT------CATACATTGTGAAT--GATCAT-CTG-AAAGATATCCAAAATCTGAAAGTTCGTTGTTGTAATGTG-AATTAAATTATC----T-CCTTTAC---A-T-TTA-----TATATATAAT
gi|12 : TAACTGGATTATAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGCATGTAAA-G-TGTCTGTCCAGTTCAAATGTATTGAATCTAAAA---------------AATAATATGTAAATCATAGCTA------ACACCAGTTCTATTGAGTTGG--------TTAATG--GTATTT---GTTTGCATTGTAGTT-----AGGCGCTCTCACCGTAGTCTAGT-----CATTTATGTC-TGG-TTGTTCGCAA-ATAAATATC-ACC------A--TATA---TATA--ATATATA-TATCAATTATACAAATATCCACTATCTAAATgctttt
gi|13 : ATGTAAA-T-TGTCCTTACAGTCCAGATATGCTACGTGTTAAACTTTGATATATAATCAATGGT-TG-AAATAAAATCTATTAAGTATGTTGATTCTATTGTGTTGT--------GTACT----TTGTT---GTTTGCATTGTAGCC-----AGATGCCCTCGCCGTAGTC---TC----------TGTC-TGGTTTGTTTATAGTATAATTAT-----------A--TATG---CAT---ATACA---TGT--A-TGT-----TATCTATT-TCTAAaaacattgagattctgagcaggcaaaatcactgttgata
gi|14 : GTCTGTCCTGTCTAGATGTGTTGCATGTAAAACCCTAGTAT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNTAAAAGGTGCACTCAACTTAGTCTGGTCTGTACATTTATGTC-TTG-TTGTTCACAA-TTTATTATC-TCC------A--TGTA---caatatcaacaattagtattcaaacgttaagg
gi|15 : tatttgATTATC----TCCCTTTATGAAA-T-GAA-----TTCATATGATTTCACTGT-AT--CTTCA-TAATCC-AATGAGTTT--GTA-T-GTC----TGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAGTCATGAATCCATATATGGATCCTAC-------TCACACAAAG---CTATCAGTTCATGGATGTAAG-T-TGTCCATCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCA
gi|16 : GGATCCTACTCACACAAAGCTATCAGTTCATGGATGTAAGTT-GTCCATCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCAT
gi|16 : TGTC-TGG-ATTTTCACAA-ATAA------TCC------ATTTATA---TGTATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtctggattttcacaaataatccatttatatgtatc
gi|17 : ggatcctactcacacaaagctatcagttcatggatgtaagttgtccatccagtccagatgtgttgcatgtaaaaccatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttTCCGTTGT-----TGTG-AATTAAATTACC----TCCCTTTATGAAA-TTAAA-----TATACATGAATTCACTGT-AT--CTCTA-TGATCC-AACGGGTTT--ATA-A-ATG----TTTCC----GTTATACA--GAATATGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATC
gi|18 : TCTAGT-----------CTGTACATTTATGTCT-GGTTATTCACAAATAAT-CACCTC--C--------ATA------------------TATATAT------CATACATTGTGAAT--GTGTAT-GTGAACAGATAAAAAAAATCGGAAATTCTGTTGT-----TGTG-ATTTCAATTATC----TTCCTTTGT---A-T-ATA-----TAtgtatatgaaattttattgtttt
gi|19 : C----TCCCTTTATGAAA-TTAAA-----TATATATGAATTCACTGT-AT--CTATA-TGATCC-AACGAGTTT--ATA-A-ATC----TGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAt
gi|2 : TGGTGGATCCCTTGATATTGTGCCTATGGTTTGCATTGT-----------------TGTTATAATGTAATCTCGT-----------CTGTACATTTATGTCT-TGTTGTTTACAAATAAT-TACCTC--TTTATATATATA------------------T----AT------CATACATTGTGAATATGTGC-T-TTGAAAAGATCTCAAAAATCGGAAATTCTGTTTC-----TATG-ATTTCAATTATC----TCCCTTTATGAAA-T-AAA-----TACATATGATTTCACTGT-AT--CTTCA-TGTTCC-AACAGATTT--ATA-A-ATC----TGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAGTCATGAGTCCATAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---C--TTAGTTCATGTATGTAAA-T-TGTCCGTCCAATCCAGATGTGTTGCATATAAAACCATAGTAT-GTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGGCGTGTTTGCCGTAGTCTGGTATGTACATTTATGTC-TGG-TTGTTTACAA-ATAATTATC-TCC------A--TATA---Tc
gi|20 : atttattatataattatataagaCGCGAT-CGCCGCAGTCTGGT-----------CTGTACATTTATGTTT-GGTTATTCACAAATAAT-TATCTA--C--------ATA------------------T----Ata
gi|20 : CGCGATCGCCGCAGTCTGGTCTGTACATTTATGTT-TGG-TTATTCACAA-ATAATTATC-TAC------A--TATAATTTACTTAATAC------TACA-TATACACATA--CACTATTTAatttacttaatactacatatacacatacactattta
gi|21 : GCGCGCT-GTCCATAGTCTTGT-----------CTGTATATTTAGGTCT-GCTTGTTCACAAATAATATAT
gi|22 : --------GGCACACT-AGCCATAGTCTGGT-----------CTGTACATTTATGTCT-GGTTATTCACAAATAAT-TATatttactgggtttggtgtatt
gi|3 : CAGTTCTTGTATGTAAATC-ATCCTAAAAGGCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATTGTT-TAANNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNGGCGCGCT-CGCCATAGTCTGGT-----------CTGTAAATTTGTGTCT-GGCTGTTAACAAATAAT-TGTCTT--C--------ATATATTATT-----------T----AT------CATATATTGTGAGC--TTGTATGCT------------AAAATCGGAAATACCGTTAT-----TGTGAAGTT--ATTACCTCGGTCCCTTGATGAAA-TAAAA-----TGTCTCTG-TTTTACTAT-GT--TTTCA-TAATCT-AACGGGTTT--CTA-T-ATC----TGTCC----TTTATATG--TCG-ATGAGTAG----------TTAACTGGATCCTACTTCTATATCCTATAAAGCGACTATCAGTCCACGTATGCAAA-T-TATTCgtgtgtgtgtgtgt
gi|4 : taAAAAATCGTAAATTCTGTTGT-----TGTA-AATTTAATTACC----TCCCTTTATGAAA-TTAAA-----TATATATGAATTCACTGT-AT--CTCTA-TGATCA-AACAGGTTT--ATA-A-ATC----TATCC----TTTATATA--ACATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATTAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAA-TCTGTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAATCCAAAGTAT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGGTGCGCTACCCATAGTCTGGTCTGTACATTTATGTCTTGG-TTATTCACAC-ATAATTATC-TCC------A--TATA---TATA
gi|5 : tatatgccaaATCCCAAGAATTGGAAATTCCATTGT--------G-ATTTCCATTATC----TCCCTTTATGAAA-T-AAA-----TACATATGATTTCACTGT-AT--CTTCA-TGACCCCAACAGGTTTTAATGTA-ATTACTATGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAATAGTGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAA---CTATCAGTGCATGTATGTAAA-T-TGTACGTCCAGTCCGGATGTGTTGCATGTAAAACCATAGTA--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGGCGCGTTCACCGTAATCTGATCTGTACATTTATGTT-TGG-TTGTTCATA-------TAT-----------A--TATA---TATAgaggttaatcattcatagtgtttaaatattgctgtat
gi|6 : tattacatatactttgaagacaccagaccaggtaatatatTAAAA-T-AAA-----TCCATATGATATCA-TG----------A-TGATCC-AACAGTTTT--CTG-T-GTC----TGTCC----TTTATAAA--ACACGAAAGTAGTCATGAATCGTTAACTGGAACCTAC-------TCATATAAAG---CTTTCTGTTGATGTATGTATA-T-TGTCTGTCCAGT-CAGATGTGTTGCTTGTAAAACCATAGTAT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNA-----AGGCGCACTTGCTGCAGTTTGGTCTGTTCGTTTATGGC-TGG-TTGTTCATTA-ATATTTATCATC-----------ATA---TATATCATACAT--TGTGAA-TGTGCAa
gi|7 : tacAGCTATCAGTTCATGTATGTACATTTGTCCAACCTGTACAGATGTGTTGCATGTAATTCCATAGAA-TNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNGGCGTACT-CGCCGTTGTCTGGT-----------CTGTATATTTATGTCTTGGTTATTCACAAATAAT-TATCTC--C--------ATA------------------T----ATATATATCATGCATTGTGAAT--GAGCAT-CTGAAGAGACCCCATAA-TCTTAAATTCCGTTGG-----TGTG-AATTTAATTATC----TCCATTTATGAAATT-TAA-----TATATATAA-TTGACTGT-AT--CTATA-TGATCC-AACGGGTTT--ATA-A-ATA----TGTCC----TTTATATA--GCGTGAGAGTAGTCATGAATCtctggaaagataaacaaaaattgggaacaccgtttatataaatttatt
gi|8 : CTGTATTAAC-T-AAA-----TAC------TTTCATTGTTATAGCATAACTGACTC-ATTG---TT--ATG-ATATG----TGACCACAATATATATAAAGCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGAATGTAAATT-TGTCAACCCTGTCCAGATGTGTTGCATGTAA--------------TTCCATAGTATATAAGTCATGGTCG------ACACCAAATTTATTGGTTTGGCAGAGACCTTGATATTGTGTCTGTGGTTTGCATTGTAGCA-----AGGTGCGCTCAC--------GGT-----CATTT----------------ACAA-ATAATTATC-TACATATATA--TATA---TATATCATACATAATGTGAA-T
gi|9 : -AATTTAATCATC----TCTCTTTATGAAA-T-GAAATACGTACATATAAATTCACTGT-AT--CTTCA-TGATCC-AACGTGTTT--CTA-A-ATA----TGTCT----TTTATATA--GTATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TGATATAAAG---TTATCAGTTCATGTATGTAAA-T-TGTCCTTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATAGTAC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGGGGCGCTCGCCGTAATCCGGTATGTACATTTATGTC-TGG-TTATTCGCAA-ATAATTATC-TCC------A--TATA---TATaattatgaatgagcccaaaaatc
Alignments
lowQualScore : 99999999999999999999999999999999999999 5555555555555555555555 11111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666 11111 11111 1111111 111111111 111111 22222222222222222222222222 111111 111 11111
lowQualScore : 3 1 8 22 1 3 77777777777777777777777777777777777777 1 1 1 1111111111111111111111 4 99999999999 0 4 4 3333333333333333333333333333333333333333333333 77 5 1 11 00000 1 2 6666 0 2 8 00000 2 3 44 3 3 444 444 88888 7777 44 1111111 666 3 3 555555555 3333 0 1 0 111111 0 111 11 44444444444444444444444444 111111 5 3 3 3 33 999999 44 555 22 999 5 6 33333 3 0 3
lowQualScore : . . . .. . . ...................................... . . . ...................... . ........... . . . .............................................. .. . . .. ..... . . .... . . . ..... . . .. . . ... ... ..... .... .. ....... ... . . ......... .... . . . ...... . ... .. .......................... ...... . . . . .. ...... .. ... .. ... . . ..... . . .
lowQualScore : 2 0 0 88 0 6 22222222222222222222222222222222222222 0 0 0 4444444444444444444444 4 00000000000 7 0 0 9999999999999999999999999999999999999999999999 99 7 4 66 00000 0 6 5555 1 9 6 00000 8 3 66 3 3 888 222 11111 1111 66 8888888 444 6 3 999999999 1111 2 0 2 555555 9 444 22 99999999999999999999999999 000000 1 3 3 3 88 666666 66 888 11 000 2 7 00000 2 2 2
consensus : TGAATATTTAACTGGATCCTACTCATATAAAGCTATCAGTTCATGTATGTAAATT-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATCGA--------T-TAAAAG-----GTTGACACCATATCTATTGGNTTGGTAGATNCCTTGATATTGTGNCTATGGTTTGCATTNTA---A--------GGCGCGCT-CGCCGTAGTCTGGT-----------CTGTACATTTATGTCT-GGTTGTTCACAAATAAT-TATCTC--C--------ATA------------------T----AT-------CATACATTGTGAAT--GTGCAT-CTGAAAAGATCCCAAAAATCGGAAATTCCGTTGT-----TGTGANTTCAATTATCTC----CCTTTATGAAA-T-AAA-----TACATATGATTTCACTGT-AT--CTTCA-TGATCC-AACGGGTTT--ATA-A-ATC----TGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAAT-T-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATAGTAT-TNTTCAATAGTATGTAAATCANAGCTA------ACGCCGANTCTATTGNGTTGG--------TTAATG--GTNTTT---GTTTGCATTGTAGCN-----AGGCGCGCTCGCCGTAGTCTGGTCTGTACATTTATGTC-TGG-TTGTTCACAA-ATAATTATC-TCC------A--TATA---TATATCATACAT--TGTGAA-TGTGCACGTATCCACTATCTAAAT
Reference ( family-114 ) : TGAATATTTAACTGGATCCTACTCATATAAAGCTATCAGTTCATGTATGTAAATT-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATCGA--------T-TAAAAG-----GTTGACACCATATCTATTGGNTTGGTAGATNCCTTGATATTGTGNCTATGGTTTGCATTNTA---A--------GGCGCGCT-CGCCGTAGTCTGGT-----------CTGTACATTTATGTCT-GGTTGTTCACAAATAAT-TATCTC--C--------ATA------------------T----AT-------CATACATTGTGAAT--GTGCAT-CTGAAAAGATCCCAAAAATCGGAAATTCCGTTGT-----TGTGANTTCAATTATCTC----CCTTTATGAAA-T-AAA-----TACATATGATTTCACTGT-AT--CTTCA-TGATCC-AACGGGTTT--ATA-A-ATC----TGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAAT-T-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATAGTAT-TNTTCAATAGTATGTAAATCANAGCTA------ACGCCGANTCTATTGNGTTGG--------TTAATG--GTNTTT---GTTTGCATTGTAGCN-----AGGCGCGCTCGCCGTAGTCTGGTCTGTACATTTATGTC-TGG-TTGTTCACAA-ATAATTATC-TCC------A--TATA---TATATCATACAT--TGTGAA-TGTGCACGTATCCACTATCTAAAT
gi|1 : TGAATATTTAACTGGATCCTACTTATATAAAGCCATCAGTTCATGTATGTATATT-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACTATNNN--------N-NNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N--------GGTGCACT-TGTCGTCATCTGGT-----------CTGTACATTAATGTCT-GGTTGTTCACAAAATGT-TATCTC--T--------ATA------------------T----AT-------CATATATTGTGAAT--GTGAAT-CTGAAAAGGTTCCAAAAACCGGAAATTCCGTTGT-----TTTGATTTCTATTATCTC----CTTTTATGAAA-T-GAA-----TACATATGATTTCAATGT-AT--CTTCA-TGAT-C-AATGGGTTA--CTT-A-ATT----TGTCC----TTTACATA--GCATGTGAGTAGTCATTAATCCTTAACTGGGGTCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAAT-G-GTCCTTCTAGTCAAATTGTCTT-----TAATTCCACAGT-T-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGATGACCTCGCCGTAGTGTGGTTTGTACATTTATGTC-TGG-TTGTTAACAA-AATATTATC-TCC------A--TCTA---TACATCATATAT--TGTGAA-TGTGAATGTATCATCTATCTATAT
gi|10 : AGATGTGTTGCATATAAAAC-GTTAA--------TGTAAAAGCCATGGTTGACACCATATCTATTGAATTTATAGATGCCTTGATATTGTGACTATGGTTTGCATTTTAGCTA--------GGCGCGCT-CGTCATAATCTGGT-----------TTATA---------CT-GGTTGTTCACAAATAAG-TATCGCAGT--------ATATATATAAATATATATATAT----AT-------CATACATTGTGAAT--GTGCAT-CTGAAAATATCCCCAAAATCGAAAATGCCATTGT-----TGTGATTAAAATTATCTC----CCTTTATgtatgtagctaagcacacattaacatcattttaagctgaactgaatttacactattgttat
gi|11 : cctactccaatatacatatttgataacggtacatgttggcgtggaaCTGGACCCTACTCATATAAAGCTA-CAGTTCATGTATGTAAATT-GTCCGTCCAGTCGAGATGTGTTGCCTGTAAAACCATCG------------------------------------T-TTGGTTTGGTAGATACCTTGATATTATGTCTATGGT-------------------------------CGCCGTAGTCTGGTACATTTACATACTATACATTTATGCCT-GGTTTATCACAAATAAT-TATCTC--CACATAT--ATA------------------T----AT-------CATACATTGTGAAT--GATCAT-CTG-AAAGATATCCAAAATCTGAAAGTTCGTTGTTGTAATGTGAATTAAATTATCT-----CCTTTAC---A-T-TTA-----TATATATAAT
gi|12 : TAACTGGATTATAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGCATGTAAAG-T-GTCTGTCCAGTTCAAATGTATTGAATCTAAAA---------------AATAATATGTAAATCATAGCTA------ACACCAGTTCTATTGAGTTGG--------TTAATG--GTATTT---GTTTGCATTGTAGTT-----AGGCGCTCTCACCGTAGTCTAGT-----CATTTATGTC-TGG-TTGTTCGCAA-ATAAATATC-ACC------A--TATA---TATA--ATATATA-TATCAATTATACAAATATCCACTATCTAAATgctttt
gi|13 : ATGTAAAT-T-GTCCTTACAGTCCAGATATGCTACGTGTTAAACTTTGATATATAATCAATGGT-TG-AAATAAAATCTATTAAGTATGTTGATTCTATTGTGTTGT--------GTACT----TTGTT---GTTTGCATTGTAGCC-----AGATGCCCTCGCCGTAGTC---TC----------TGTC-TGGTTTGTTTATAGTATAATTAT-----------A--TATG---CAT---ATACA---TGT--A-TGT-----TATCTATT-TCTAAaaacattgagattctgagcaggcaaaatcactgttgata
gi|14 : -GTCTGTCCTGTCTAGATGTGTTGCATGTAAAACCCTAGTAT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNTAAAAGGTGCACTCAACTTAGTCTGGTCTGTACATTTATGTC-TTG-TTGTTCACAA-TTTATTATC-TCC------A--TGTA---caatatcaacaattagtattcaaacgttaagg
gi|15 : tatttgATTATCTC----CCTTTATGAAA-T-GAA-----TTCATATGATTTCACTGT-AT--CTTCA-TAATCC-AATGAGTTT--GTA-T-GTC----TGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAGTCATGAATCCATATATGGATCCTAC-------TCACACAAAG---CTATCAGTTCATGGATGTAAGT-T-GTCCATCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCA
gi|16 : GGATCCTACTCACACAAAGCTATCAGTTCATGGATGTAAGTT-GTCCATCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCAT
gi|16 : TGTC-TGG-ATTTTCACAA-ATAA------TCC------ATTTATA---TGTATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtctggattttcacaaataatccatttatatgtatc
gi|17 : ggatcctactcacacaaagctatcagttcatggatgtaagttgtccatccagtccagatgtgttgcatgtaaaaccatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttTCCGTTGT-----TGTGAATTAAATTACCTC----CCTTTATGAAA-TTAAA-----TATACATGAATTCACTGT-AT--CTCTA-TGATCC-AACGGGTTT--ATA-A-ATG----TTTCC----GTTATACA--GAATATGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATC
gi|18 : TCTAGT-----------CTGTACATTTATGTCT-GGTTATTCACAAATAAT-CACCTC--C--------ATA------------------TATATAT-------CATACATTGTGAAT--GTGTAT-GTGAACAGATAAAAAAAATCGGAAATTCTGTTGT-----TGTGATTTCAATTATCTT----CCTTTGT---A-T-ATA-----TAtgtatatgaaattttattgtttt
gi|19 : CTC----CCTTTATGAAA-TTAAA-----TATATATGAATTCACTGT-AT--CTATA-TGATCC-AACGAGTTT--ATA-A-ATC----TGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAt
gi|2 : TGGTGGATCCCTTGATATTGTGCCTATGGTTTGCATTGT-----------------TGTTATAATGTAATCTCGT-----------CTGTACATTTATGTCT-TGTTGTTTACAAATAAT-TACCTC--TTTATATATATA------------------T----AT-------CATACATTGTGAATATGTGC-T-TTGAAAAGATCTCAAAAATCGGAAATTCTGTTTC-----TATGATTTCAATTATCTC----CCTTTATGAAA-T-AAA-----TACATATGATTTCACTGT-AT--CTTCA-TGTTCC-AACAGATTT--ATA-A-ATC----TGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAGTCATGAGTCCATAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---C--TTAGTTCATGTATGTAAAT-T-GTCCGTCCAATCCAGATGTGTTGCATATAAAACCATAGTAT-GTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGGCGTGTTTGCCGTAGTCTGGTATGTACATTTATGTC-TGG-TTGTTTACAA-ATAATTATC-TCC------A--TATA---Tc
gi|20 : atttattatataattatataagaCGCGAT-CGCCGCAGTCTGGT-----------CTGTACATTTATGTTT-GGTTATTCACAAATAAT-TATCTA--C--------ATA------------------T----Ata
gi|20 : CGCGATCGCCGCAGTCTGGTCTGTACATTTATGTT-TGG-TTATTCACAA-ATAATTATC-TAC------A--TATAATTTACTTAATAC------TACA-TATACACATA--CACTATTTAatttacttaatactacatatacacatacactattta
gi|21 : GCGCGCT-GTCCATAGTCTTGT-----------CTGTATATTTAGGTCT-GCTTGTTCACAAATAATATAT
gi|22 : --------GGCACACT-AGCCATAGTCTGGT-----------CTGTACATTTATGTCT-GGTTATTCACAAATAAT-TATatttactgggtttggtgtatt
gi|3 : CAGTTCTTGTATGTAAATC-ATCCTAAAAGGCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATTGT--------T-TAANNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNGGCGCGCT-CGCCATAGTCTGGT-----------CTGTAAATTTGTGTCT-GGCTGTTAACAAATAAT-TGTCTT--C--------ATA------------------T----ATTATTTATCATATATTGTGAGC--TTGTATGCT------------AAAATCGGAAATACCGTTAT-----TGTGAAGTTA-TTACCTCGGTCCCTTGATGAAA-T-AAAA----TGTCTCTG-TTTTACTAT-GT--TTTCA-TAATCT-AACGGGTTT--CTA-T-ATC----TGTCC----TTTATATG--TCG-ATGAGTAG----------TTAACTGGATCCTACTTCTATATCCTATAAAGCGACTATCAGTCCACGTATGCAAAT-T-ATTCgtgtgtgtgtgtgt
gi|4 : taAAAAATCGTAAATTCTGTTGT-----TGTAAATTTAATTACCTC----CCTTTATGAAA-TTAAA-----TATATATGAATTCACTGT-AT--CTCTA-TGATCA-AACAGGTTT--ATA-A-ATC----TATCC----TTTATATA--ACATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATTAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAATCT-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAATCCAAAGTAT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGGTGCGCTACCCATAGTCTGGTCTGTACATTTATGTCTTGG-TTATTCACAC-ATAATTATC-TCC------A--TATA---TATA
gi|5 : tatatgccaaATCCCAAGAATTGGAAATTCCATTGT--------GATTTCCATTATCTC----CCTTTATGAAA-T-AAA-----TACATATGATTTCACTGT-AT--CTTCA-TGACCCCAACAGGTTTTAATGTA-ATTACTATGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAATAGTGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAA---CTATCAGTGCATGTATGTAAAT-T-GTACGTCCAGTCCGGATGTGTTGCATGTAAAACCATAGTA--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGGCGCGTTCACCGTAATCTGATCTGTACATTTATGTT-TGG-TTGTTCATA-------TAT-----------A--TATA---TATAgaggttaatcattcatagtgtttaaatattgctgtat
gi|6 : tattacatatactttgaagacaccagaccaggtaatatatTAAAA-T-AAA-----TCCATATGATATCA-TG----------A-TGATCC-AACAGTTTT--CTG-T-GTC----TGTCC----TTTATAAA--ACACGAAAGTAGTCATGAATCGTTAACTGGAACCTAC-------TCATATAAAG---CTTTCTGTTGATGTATGTATAT-T-GTCTGTCCAGT-CAGATGTGTTGCTTGTAAAACCATAGTAT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNA-----AGGCGCACTTGCTGCAGTTTGGTCTGTTCGTTTATGGC-TGG-TTGTTCATTA-ATATTTATCATC-----------ATA---TATATCATACAT--TGTGAA-TGTGCAa
gi|7 : tacAGCTATCAGTTCATGTATGTACATTTGTCCAACCTGTACAGATGTGTTGCATGTAATTCCATAGAATNNNNNNN-NNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N--------GGCGTACT-CGCCGTTGTCTGGT-----------CTGTATATTTATGTCTTGGTTATTCACAAATAAT-TATCTC--C--------ATA------------------T----ATATATAT-CATGCATTGTGAAT--GAGCAT-CTGAAGAGACCCCATAA-TCTTAAATTCCGTTGG-----TGTGAATTTAATTATCTC----CATTTATGAAATT-TAA-----TATATATAA-TTGACTGT-AT--CTATA-TGATCC-AACGGGTTT--ATA-A-ATA----TGTCC----TTTATATA--GCGTGAGAGTAGTCATGAATCtctggaaagataaacaaaaattgggaacaccgtttatataaatttatt
gi|8 : CTGTATTAAC-T-AAA-----TAC------TTTCATTGTTATAGCATAACTGACTC-ATTG---TT--ATG-ATATG----TGACCACAATATATATAAAGCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGAATGTAAAT-TTGTCAACCCTGTCCAGATGTGTTGCATGTAA--------------TTCCATAGTATATAAGTCATGGTCG------ACACCAAATTTATTGGTTTGGCAGAGACCTTGATATTGTGTCTGTGGTTTGCATTGTAGCA-----AGGTGCGCTCAC--------GGT-----CATTT----------------ACAA-ATAATTATC-TACATATATA--TATA---TATATCATACATAATGTGAA-T
gi|9 : AATTTAATCATCTC----TCTTTATGAAA-T-GAAATACGTACATATAAATTCACTGT-AT--CTTCA-TGATCC-AACGTGTTT--CTA-A-ATA----TGTCT----TTTATATA--GTATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TGATATAAAG---TTATCAGTTCATGTATGTAAAT-T-GTCCTTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATAGTAC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGGGGCGCTCGCCGTAATCCGGTATGTACATTTATGTC-TGG-TTATTCGCAA-ATAATTATC-TCC------A--TATA---TATaattatgaatgagcccaaaaatc
Alignments
lowQualScore : 99999999999999999999999999999999999999 5555555555555555555555 11111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666 11111 11111 1111111 111111111 111111 22222222222222222222222222 111111 111 11111
lowQualScore : 3 1 8 22 1 3 77777777777777777777777777777777777777 1 1 1 1111111111111111111111 4 99999999999 0 4 4 3333333333333333333333333333333333333333333333 77 5 1 11 00000 1 2 6666 0 2 8 00000 2 3 44 3 3 444 444 88888 7777 44 1111111 666 3 3 555555555 3333 0 1 0 111111 0 111 11 44444444444444444444444444 111111 5 3 3 3 33 999999 44 555 22 999 5 6 33333 3 0 3
lowQualScore : . . . .. . . ...................................... . . . ...................... . ........... . . . .............................................. .. . . .. ..... . . .... . . . ..... . . .. . . ... ... ..... .... .. ....... ... . . ......... .... . . . ...... . ... .. .......................... ...... . . . . .. ...... .. ... .. ... . . ..... . . .
lowQualScore : 2 0 0 88 0 6 22222222222222222222222222222222222222 0 0 0 4444444444444444444444 4 00000000000 7 0 0 9999999999999999999999999999999999999999999999 99 7 4 66 00000 0 6 5555 1 9 6 00000 8 3 66 3 3 888 222 11111 1111 66 8888888 444 6 3 999999999 1111 2 0 2 555555 9 444 22 99999999999999999999999999 000000 1 3 3 3 88 666666 66 888 11 000 2 7 00000 2 2 2
consensus : TGAATATTTAACTGGATCCTACTCATATAAAGCTATCAGTTCATGTATGTAAATT-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATCGA--------T-TAAAAG-----GTTGACACCATATCTATTGGNTTGGTAGATNCCTTGATATTGTGNCTATGGTTTGCATTNTA---A--------GGCGCGCT-CGCCGTAGTCTGGT-----------CTGTACATTTATGTCT-GGTTGTTCACAAATAAT-TATCTC--C--------ATA------------------T----AT-------CATACATTGTGAAT--GTGCAT-CTGAAAAGATCCCAAAAATCGGAAATTCCGTTGT-----TGTGANTTCAATTATCTC----CCTTTATGAAA-T-AAA-----TACATATGATTTCACTGT-AT--CTTCA-TGATCC-AACGGGTTT--ATA-A-ATC----TGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAAT-T-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATAGTAT-TNTTCAATAGTATGTAAATCANAGCTA------ACGCCGANTCTATTGNGTTGG--------TTAATG--GTNTTT---GTTTGCATTGTAGCN-----AGGCGCGCTCGCCGTAGTCTGGTCTGTACATTTATGTC-TGG-TTGTTCACAA-ATAATTATC-TCC------A--TATA---TATATCATACAT--TGTGAA-TGTGCACGTATCCACTATCTAAAT
Reference ( family-114 ) : TGAATATTTAACTGGATCCTACTCATATAAAGCTATCAGTTCATGTATGTAAATT-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATCGA--------T-TAAAAG-----GTTGACACCATATCTATTGGNTTGGTAGATNCCTTGATATTGTGNCTATGGTTTGCATTNTA---A--------GGCGCGCT-CGCCGTAGTCTGGT-----------CTGTACATTTATGTCT-GGTTGTTCACAAATAAT-TATCTC--C--------ATA------------------T----AT-------CATACATTGTGAAT--GTGCAT-CTGAAAAGATCCCAAAAATCGGAAATTCCGTTGT-----TGTGANTTCAATTATCTC----CCTTTATGAAA-T-AAA-----TACATATGATTTCACTGT-AT--CTTCA-TGATCC-AACGGGTTT--ATA-A-ATC----TGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAAT-T-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATAGTAT-TNTTCAATAGTATGTAAATCANAGCTA------ACGCCGANTCTATTGNGTTGG--------TTAATG--GTNTTT---GTTTGCATTGTAGCN-----AGGCGCGCTCGCCGTAGTCTGGTCTGTACATTTATGTC-TGG-TTGTTCACAA-ATAATTATC-TCC------A--TATA---TATATCATACAT--TGTGAA-TGTGCACGTATCCACTATCTAAAT
gi|1 : TGAATATTTAACTGGATCCTACTTATATAAAGCCATCAGTTCATGTATGTATATT-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACTATNNN--------N-NNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N--------GGTGCACT-TGTCGTCATCTGGT-----------CTGTACATTAATGTCT-GGTTGTTCACAAAATGT-TATCTC--T--------ATA------------------T----AT-------CATATATTGTGAAT--GTGAAT-CTGAAAAGGTTCCAAAAACCGGAAATTCCGTTGT-----TTTGATTTCTATTATCTC----CTTTTATGAAA-T-GAA-----TACATATGATTTCAATGT-AT--CTTCA-TGAT-C-AATGGGTTA--CTT-A-ATT----TGTCC----TTTACATA--GCATGTGAGTAGTCATTAATCCTTAACTGGGGTCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAAT-G-GTCCTTCTAGTCAAATTGTCTT-----TAATTCCACAGT-T-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGATGACCTCGCCGTAGTGTGGTTTGTACATTTATGTC-TGG-TTGTTAACAA-AATATTATC-TCC------A--TCTA---TACATCATATAT--TGTGAA-TGTGAATGTATCATCTATCTATAT
gi|10 : AGATGTGTTGCATATAAAAC-GTTAA--------TGTAAAAGCCATGGTTGACACCATATCTATTGAATTTATAGATGCCTTGATATTGTGACTATGGTTTGCATTTTAGCTA--------GGCGCGCT-CGTCATAATCTGGT-----------TTATA---------CT-GGTTGTTCACAAATAAG-TATCGCAGT--------ATATATATAAATATATATATAT----AT-------CATACATTGTGAAT--GTGCAT-CTGAAAATATCCCCAAAATCGAAAATGCCATTGT-----TGTGATTAAAATTATCTC----CCTTTATgtatgtagctaagcacacattaacatcattttaagctgaactgaatttacactattgttat
gi|11 : cctactccaatatacatatttgataacggtacatgttggcgtggaaCTGGACCCTACTCATATAAAGCTA-CAGTTCATGTATGTAAATT-GTCCGTCCAGTCGAGATGTGTTGCCTGTAAAACCATCG------------------------------------T-TTGGTTTGGTAGATACCTTGATATTATGTCTATGGT-------------------------------CGCCGTAGTCTGGTACATTTACATACTATACATTTATGCCT-GGTTTATCACAAATAAT-TATCTC--CACATAT--ATA------------------T----AT-------CATACATTGTGAAT--GATCAT-CTG-AAAGATATCCAAAATCTGAAAGTTCGTTGTTGTAATGTGAATTAAATTATCT-----CCTTTAC---A-T-TTA-----TATATATAAT
gi|12 : TAACTGGATTATAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGCATGTAAAG-T-GTCTGTCCAGTTCAAATGTATTGAATCTAAAA---------------AATAATATGTAAATCATAGCTA------ACACCAGTTCTATTGAGTTGG--------TTAATG--GTATTT---GTTTGCATTGTAGTT-----AGGCGCTCTCACCGTAGTCTAGT-----CATTTATGTC-TGG-TTGTTCGCAA-ATAAATATC-ACC------A--TATA---TATA--ATATATA-TATCAATTATACAAATATCCACTATCTAAATgctttt
gi|13 : ATGTAAAT-T-GTCCTTACAGTCCAGATATGCTACGTGTTAAACTTTGATATATAATCAATGGT-TG-AAATAAAATCTATTAAGTATGTTGATTCTATTGTGTTGT--------GTACT----TTGTT---GTTTGCATTGTAGCC-----AGATGCCCTCGCCGTAGTC---TC----------TGTC-TGGTTTGTTTATAGTATAATTAT-----------A--TATG---CAT---ATACA---TGT--A-TGT-----TATCTATT-TCTAAaaacattgagattctgagcaggcaaaatcactgttgata
gi|14 : -GTCTGTCCTGTCTAGATGTGTTGCATGTAAAACCCTAGTAT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNTAAAAGGTGCACTCAACTTAGTCTGGTCTGTACATTTATGTC-TTG-TTGTTCACAA-TTTATTATC-TCC------A--TGTA---caatatcaacaattagtattcaaacgttaagg
gi|15 : tatttgATTATCTC----CCTTTATGAAA-T-GAA-----TTCATATGATTTCACTGT-AT--CTTCA-TAATCC-AATGAGTTT--GTA-T-GTC----TGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAGTCATGAATCCATATATGGATCCTAC-------TCACACAAAG---CTATCAGTTCATGGATGTAAGT-T-GTCCATCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCA
gi|16 : GGATCCTACTCACACAAAGCTATCAGTTCATGGATGTAAGTT-GTCCATCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCAT
gi|16 : TGTC-TGG-ATTTTCACAA-ATAA------TCC------ATTTATA---TGTATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtctggattttcacaaataatccatttatatgtatc
gi|17 : ggatcctactcacacaaagctatcagttcatggatgtaagttgtccatccagtccagatgtgttgcatgtaaaaccatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttTCCGTTGT-----TGTGAATTAAATTACCTC----CCTTTATGAAA-TTAAA-----TATACATGAATTCACTGT-AT--CTCTA-TGATCC-AACGGGTTT--ATA-A-ATG----TTTCC----GTTATACA--GAATATGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATC
gi|18 : TCTAGT-----------CTGTACATTTATGTCT-GGTTATTCACAAATAAT-CACCTC--C--------ATA------------------TATATAT-------CATACATTGTGAAT--GTGTAT-GTGAACAGATAAAAAAAATCGGAAATTCTGTTGT-----TGTGATTTCAATTATCTT----CCTTTGT---A-T-ATA-----TAtgtatatgaaattttattgtttt
gi|19 : CTC----CCTTTATGAAA-TTAAA-----TATATATGAATTCACTGT-AT--CTATA-TGATCC-AACGAGTTT--ATA-A-ATC----TGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAt
gi|2 : TGGTGGATCCCTTGATATTGTGCCTATGGTTTGCATTGT-----------------TGTTATAATGTAATCTCGT-----------CTGTACATTTATGTCT-TGTTGTTTACAAATAAT-TACCTC--TTTATATATATA------------------T----AT-------CATACATTGTGAATATGTGC-T-TTGAAAAGATCTCAAAAATCGGAAATTCTGTTTC-----TATGATTTCAATTATCTC----CCTTTATGAAA-T-AAA-----TACATATGATTTCACTGT-AT--CTTCA-TGTTCC-AACAGATTT--ATA-A-ATC----TGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAGTCATGAGTCCATAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---C--TTAGTTCATGTATGTAAAT-T-GTCCGTCCAATCCAGATGTGTTGCATATAAAACCATAGTAT-GTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGGCGTGTTTGCCGTAGTCTGGTATGTACATTTATGTC-TGG-TTGTTTACAA-ATAATTATC-TCC------A--TATA---Tc
gi|20 : atttattatataattatataagaCGCGAT-CGCCGCAGTCTGGT-----------CTGTACATTTATGTTT-GGTTATTCACAAATAAT-TATCTA--C--------ATA------------------T----Ata
gi|20 : CGCGATCGCCGCAGTCTGGTCTGTACATTTATGTT-TGG-TTATTCACAA-ATAATTATC-TAC------A--TATAATTTACTTAATAC------TACA-TATACACATA--CACTATTTAatttacttaatactacatatacacatacactattta
gi|21 : GCGCGCT-GTCCATAGTCTTGT-----------CTGTATATTTAGGTCT-GCTTGTTCACAAATAATATAT
gi|22 : --------GGCACACT-AGCCATAGTCTGGT-----------CTGTACATTTATGTCT-GGTTATTCACAAATAAT-TATatttactgggtttggtgtatt
gi|3 : CAGTTCTTGTATGTAAATC-ATCCTAAAAGGCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATTGT--------T-TAANNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNGGCGCGCT-CGCCATAGTCTGGT-----------CTGTAAATTTGTGTCT-GGCTGTTAACAAATAAT-TGTCTT--C--------ATA------------------T----ATTATTTATCATATATTGTGAGC--TTGTATGCT------------AAAATCGGAAATACCGTTAT-----TGTGAAGTTA-TTACCTCGGTCCCTTGATGAAA-T-AAAA----TGTCTCTG-TTTTACTAT-GT--TTTCA-TAATCT-AACGGGTTT--CTA-T-ATC----TGTCC----TTTATATG--TCG-ATGAGTAG----------TTAACTGGATCCTACTTCTATATCCTATAAAGCGACTATCAGTCCACGTATGCAAAT-T-ATTCgtgtgtgtgtgtgt
gi|4 : taAAAAATCGTAAATTCTGTTGT-----TGTAAATTTAATTACCTC----CCTTTATGAAA-TTAAA-----TATATATGAATTCACTGT-AT--CTCTA-TGATCA-AACAGGTTT--ATA-A-ATC----TATCC----TTTATATA--ACATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATTAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAATCT-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAATCCAAAGTAT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGGTGCGCTACCCATAGTCTGGTCTGTACATTTATGTCTTGG-TTATTCACAC-ATAATTATC-TCC------A--TATA---TATA
gi|5 : tatatgccaaATCCCAAGAATTGGAAATTCCATTGT--------GATTTCCATTATCTC----CCTTTATGAAA-T-AAA-----TACATATGATTTCACTGT-AT--CTTCA-TGACCCCAACAGGTTTTAATGTA-ATTACTATGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAATAGTGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAA---CTATCAGTGCATGTATGTAAAT-T-GTACGTCCAGTCCGGATGTGTTGCATGTAAAACCATAGTA--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGGCGCGTTCACCGTAATCTGATCTGTACATTTATGTT-TGG-TTGTTCATA-------TAT-----------A--TATA---TATAgaggttaatcattcatagtgtttaaatattgctgtat
gi|6 : tattacatatactttgaagacaccagaccaggtaatatatTAAAA-T-AAA-----TCCATATGATATCA-TG----------A-TGATCC-AACAGTTTT--CTG-T-GTC----TGTCC----TTTATAAA--ACACGAAAGTAGTCATGAATCGTTAACTGGAACCTAC-------TCATATAAAG---CTTTCTGTTGATGTATGTATAT-T-GTCTGTCCAGT-CAGATGTGTTGCTTGTAAAACCATAGTAT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNA-----AGGCGCACTTGCTGCAGTTTGGTCTGTTCGTTTATGGC-TGG-TTGTTCATTA-ATATTTATCATC-----------ATA---TATATCATACAT--TGTGAA-TGTGCAa
gi|7 : tacAGCTATCAGTTCATGTATGTACATTTGTCCAACCTGTACAGATGTGTTGCATGTAATTCCATAGAATNNNNNNN-NNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N--------GGCGTACT-CGCCGTTGTCTGGT-----------CTGTATATTTATGTCTTGGTTATTCACAAATAAT-TATCTC--C--------ATA------------------T----ATATATAT-CATGCATTGTGAAT--GAGCAT-CTGAAGAGACCCCATAA-TCTTAAATTCCGTTGG-----TGTGAATTTAATTATCTC----CATTTATGAAATT-TAA-----TATATATAA-TTGACTGT-AT--CTATA-TGATCC-AACGGGTTT--ATA-A-ATA----TGTCC----TTTATATA--GCGTGAGAGTAGTCATGAATCtctggaaagataaacaaaaattgggaacaccgtttatataaatttatt
gi|8 : CTGTATTAAC-T-AAA-----TAC------TTTCATTGTTATAGCATAACTGACTC-ATTG---TT--ATG-ATATG----TGACCACAATATATATAAAGCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGAATGTAAAT-TTGTCAACCCTGTCCAGATGTGTTGCATGTAA--------------TTCCATAGTATATAAGTCATGGTCG------ACACCAAATTTATTGGTTTGGCAGAGACCTTGATATTGTGTCTGTGGTTTGCATTGTAGCA-----AGGTGCGCTCAC--------GGT-----CATTT----------------ACAA-ATAATTATC-TACATATATA--TATA---TATATCATACATAATGTGAA-T
gi|9 : AATTTAATCATCTC----TCTTTATGAAA-T-GAAATACGTACATATAAATTCACTGT-AT--CTTCA-TGATCC-AACGTGTTT--CTA-A-ATA----TGTCT----TTTATATA--GTATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TGATATAAAG---TTATCAGTTCATGTATGTAAAT-T-GTCCTTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATAGTAC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGGGGCGCTCGCCGTAATCCGGTATGTACATTTATGTC-TGG-TTATTCGCAA-ATAATTATC-TCC------A--TATA---TATaattatgaatgagcccaaaaatc
blockSeqs : T A T GT C T AATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN A G A NNNNNNNNNNNNNNNNNNN A ACATTTACATA T A AGTATATATATAAATATATATATATAT AT G A CC TGTAA T A GGTC T T ATACG T T AG C C TAA TA TACTA ACAA AA TTCTATA CGA C T ATATAATCA ATGT T TTAAGT AGT AG GCAGAGACCTTGATATTGTGTCTGTG NNTAAA C T T T CA ATATAT TT ATT TC TAA C T ACAAA T A
blockSeqs : T A . AT C C ATGTAAAAGCCATGGTTGACACCATATCTA T A T TTGCATTTTAGCTA . . . . TTTATATATATATAT . . A AT . A A . . T A T . . . . G AT C . . . . . . ATNNNNNN NNNN A . GAT TG GTTAATGGTATTT T C . . . C . . . TA TA A . ACACA T A
blockSeqs : . A . TA C T TTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNN N C C NNNNNNNNNNN . . . . CATATATTATTTAT . . A AA . A A . . T . A . . . . A T G . . . . . . ATGTTNNN NNNN N . NNN NN NNNNNNNNNNNNN C A . . . C . . . TC T G . . . .
blockSeqs : C . AA C A T N N N TTGCATTGT . . . . CACATATATATAT . . A CT . T C . . . . A . . . . A A C . . . . . . ATNNNNNN NNNN N . NNN NN NNNNNNNNNNNNN N C . . . C . . . TC . G .
blockSeqs : . N N . . . . . CATATATATATAT . . . CC . T C . . . . T . . . . A A C . . . . . . ATNNNNNN NNNN N . NNN NN NNNNNNNNNNNNN N C . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . CATATATATAT . . . CC . A T . . . . T . . . . C A C . . . . . . ACNNNNNN NNNN N . NNN NN NNNNNNNNNNNNN N C . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . A T . . . . A . . . . A T C . . . . . . ATNNNNN ATAT N . NNN NN NNNNNNNNNNNNN A C . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . T C . . . . T . . . . C A C . . . . . . TTCC NNNN T . AAA GT NNNNNNNNNNNNN A A . . . C . . .
blockSeqs : . . . . A T . . . . T . . . . A T A . . . . . . A TG N . NNN NN TGTACTTTGTT N . . . . . . . .
blockSeqs : A T . . . . T . . . . A A G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . C A A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ATGTAAAAGCCATGGTTGACACCAA************* TTGCATTTT************* CATATATATATAT********************************* ATGTTNNN* T**
originalCons : TGAATATTTAACTGGATCCTACTCATATAAAGCTATCAGTTCATGTATGTAAATT-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATCGA--------T-TAAAAG-----GTTGACACCATATCTATTGGNTTGGTAGATNCCTTGATATTGTGNCTATGGTTTGCATTNTA---A--------GGCGCGCT-CGCCGTAGTCTGGT-----------CTGTACATTTATGTCT-GGTTGTTCACAAATAAT-TATCTC--C--------ATA------------------T----AT-------CATACATTGTGAAT--GTGCAT-CTGAAAAGATCCCAAAAATCGGAAATTCCGTTGT-----TGTGANTTCAATTATCTC----CCTTTATGAAA-T-AAA-----TACATATGATTTCACTGT-AT--CTTCA-TGATCC-AACGGGTTT--ATA-A-ATC----TGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAAT-T-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATAGTAT-TNTTCAATAGTATGTAAATCANAGCTA------ACGCCGANTCTATTGNGTTGG--------TTAATG--GTNTTT---GTTTGCATTGTAGCN-----AGGCGCGCTCGCCGTAGTCTGGTCTGTACATTTATGTC-TGG-TTGTTCACAA-ATAATTATC-TCC------A--TATA---TATATCATACAT--TGTGAA-TGTGCACGTATCCACTATCTAAAT
finalCons : TGAATATTTAACTGGATCCTACTCATATAAAGCTATCAGTTCATGTATGTAAATT-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATCGATGTAAAAGCCATGGTTGACACCAA-------------TTGGNTTGGTAGATNCCTTGATATTGTGNCTATGGTTTGCATTTT-------------GGCGCGCT-CGCCGTAGTCTGGT-----------CTGTACATTTATGTCT-GGTTGTTCACAAATAAT-TATCTCCATATATATATAT---------------------------------CATACATTGTGAAT--GTGCAT-CTGAAAAGATCCCAAAAATCGGAAATTCCGTTGT-----TGTGANTTCAATTATCTC----CCTTTATGAAA-T-AAA-----TACATATGATTTCACTGT-AT--CTTCA-TGATCC-AACGGGTTT--ATA-A-ATC----TGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAAT-T-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATAGTATGTTNNN-ATAGTATGTAAATCANAGCTA------ACGCCGANTCTATTGNGTTGG--------TTAATG--GTNTTT---GTTTGCATTGTAGCN-----AGGCGCGCTCGCCGTAGTCTGGTCTGTACATTTATGTC-TGG-TTGTTCACAA-ATAATTATC-TCC------A--TATA---TATATCATACAT--TGTGAA-TGTGCACGTATCCACTATCTAAAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 0000000000000000000000000000000000000000000000000 33333333 11111111111 1111111 222222222222 11111 11111 1111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111 111111 111 11111
lowQualScore : 3 0 6 6 44 2222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 1 2 66666666 1 77777777777 3 1 3 7777777 000000000000 4 66 66 3 0 777 6 0 00000 1 2 6666 0 2 8 00000 2 3 44 3 3 444 444 88888 7777 44 1111111 666 3 3 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 5 3 3 3 3 000000 666 666 999 5 6 33333 3 0 3
lowQualScore : . . . . .. ................................................. . . . . ........ . ........... . . . ....... ............ . .. .. . . ... . . ..... . . .... . . . ..... . . .. . . ... ... ..... .... .. ....... ... . . . ................................................................................ ...... . . . . . ...... ... ... ... . . ..... . . .
lowQualScore : 0 8 7 7 33 3333333333333333333333333333333333333333333333333 0 0 0 3 66666666 6 33333333333 3 6 3 7777777 555555555555 4 99 99 6 2 111 2 1 00000 0 6 5555 1 9 6 00000 8 3 66 3 3 888 222 11111 1111 66 8888888 444 6 6 7 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 000000 1 6 6 6 6 555555 444 000 000 2 7 00000 2 2 2
consensus : TGAATNCTTAACTGGATCCTACTCATATAAAGCTATCAGTTCATGTATGTAAA-TT-GTCCGNCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATNG---------A---------TGTANAAGCCATGGTTGACACCA-----ATTGGTTTGGTAGATNCCTTGATATTGTGNCTATGGTTTGCATT-TT-----GGCGCGCTCGCCGTAGTCTGGT-----------CTGTACATTTATGTCT-GGTTGTTCACAAATAAT-TATCTC--C----ATAT------------AT-ATATATCATACAT--TGTGAAT--GTGCAT-C-TGAAAAGATCCCAAAAATCGGAAATTCCGTTGT-----TGTGANTTCAATTATCTC----CCTTTATGAAA-T-AAA-----TACATATGATTTCACTGT-AT--CTTCA-TGATCC-AACGGGTTT--ATA-A-ATC----TGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAA-T-TGTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATAGTATNTTNCCA-TAGTATGTAAATCANAGCTA------ACGCCGANTCTATTGNGTTGG--------TTAATG--GTNTTT---GTTTGCATTGTAGCN-----AGGCGCGCTCGCCGTAGTCTGGTCTGTACATTTATGTC-TGG-TTGTTCACAA-ATAATTATC-TCC------ATATA---TATATCATACAT--TGTGAA-TGTGCACGTATCCACTATCTAAAT
Reference ( family-114 ) : TGAATATTTAACTGGATCCTACTCATATAAAGCTATCAGTTCATGTATGTAAA-TT-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATCG---------A---------TGTAAAAGCCATGGTTGACACCA-----ATTGGNTTGGTAGATNCCTTGATATTGTGNCTATGGTTTGCATT-TT-----GGCGCGCTCGCCGTAGTCTGGT-----------CTGTACATTTATGTCT-GGTTGTTCACAAATAAT-TATCTC--C----ATAT------------AT-ATATATCATACAT--TGTGAAT--GTGCAT-C-TGAAAAGATCCCAAAAATCGGAAATTCCGTTGT-----TGTGANTTCAATTATCTC----CCTTTATGAAA-T-AAA-----TACATATGATTTCACTGT-AT--CTTCA-TGATCC-AACGGGTTT--ATA-A-ATC----TGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAA-T-TGTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATAGTATGTTNNNA-TAGTATGTAAATCANAGCTA------ACGCCGANTCTATTGNGTTGG--------TTAATG--GTNTTT---GTTTGCATTGTAGCN-----AGGCGCGCTCGCCGTAGTCTGGTCTGTACATTTATGTC-TGG-TTGTTCACAA-ATAATTATC-TCC------ATATA---TATATCATACAT--TGTGAA-TGTGCACGTATCCACTATCTAAAT
gi|1 : TGAATATTTAACTGGATCCTACTTATATAAAGCCATCAGTTCATGTATGTATA-TT-GTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACTATNN---------N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN----GGTGCACTTGTCGTCATCTGGT-----------CTGTACATTAATGTCT-GGTTGTTCACAAAATGT-TATCTC------------------------T-ATATATCATATAT--TGTGAAT--GTGAAT-C-TGAAAAGGTTCCAAAAACCGGAAATTCCGTTGT-----TTTGATTTCTATTATCTC----CTTTTATGAAA-T-GAA-----TACATATGATTTCAATGT-AT--CTTCA-TGAT-C-AATGGGTTA--CTT-A-ATT----TGTCC----TTTACATA--GCATGTGAGTAGTCATTAATCCTTAACTGGGGTCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAA-T-GGTCCTTCTAGTCAAATTGTCTT-----TAATTCCACAGT-TTNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGATGACCTCGCCGTAGTGTGGTTTGTACATTTATGTC-TGG-TTGTTAACAA-AATATTATC-TCC------ATCTA---TACATCATATAT--TGTGAA-TGTGAATGTATCATCTATCTATAT
gi|10 : AGATGTGTTGCATATAAAAC-GTTA---------A---------TGTAAAAGCCATGGTTGACACCATATCTATTGAATTTATAGATGCCTTGATATTGTGACTATGGTTTGCATT-TTAGCTAGGCGCGCTCGTCATAATCTGGT-----------TTATA---------CT-GGTTGTTCACAAATAAG-TATCGCAGT----ATATATATAAATATATAT-ATATATCATACAT--TGTGAAT--GTGCAT-C-TGAAAATATCCCCAAAATCGAAAATGCCATTGT-----TGTGATTAAAATTATCTC----CCTTTATgtatgtagctaagcacacattaacatcattttaagctgaactgaatttacactattgttat
gi|11 : cctactccaatatacatatttgataacggtacatgttggcgtggaaCTGGACCCTACTCATATAAAGCTA-CAGTTCATGTATGTAAA-TT-GTCCGTCCAGTCGAGATGTGTTGCCTGTAAAACCATC---------------------------------GTT--------------TGGTTTGGTAGATACCTTGATATTATGTCTATGGT-----------------------CGCCGTAGTCTGGTACATTTACATACTATACATTTATGCCT-GGTTTATCACAAATAAT-TATCTC--C----ACAT------------AT-ATATATCATACAT--TGTGAAT--GATCAT-C-TG-AAAGATATCCAAAATCTGAAAGTTCGTTGTTGTAATGTGAATTAAATTATCT-----CCTTTAC---A-T-TTA-----TATATATAAT
gi|12 : TAACTGGATTATAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGCATGTAAA-G-TGTCTGTCCAGTTCAAATGTATTGAATCTAAAA--------------AA-TAATATGTAAATCATAGCTA------ACACCAGTTCTATTGAGTTGG--------TTAATG--GTATTT---GTTTGCATTGTAGTT-----AGGCGCTCTCACCGTAGTCTAGT-----CATTTATGTC-TGG-TTGTTCGCAA-ATAAATATC-ACC------ATATA---TATA--ATATATA-TATCAATTATACAAATATCCACTATCTAAATgctttt
gi|13 : ATGTAAA-T-TGTCCTTACAGTCCAGATATGCTACGTGTTAAACTTTGATATATAATCAATGGT-TG-AAATAAAATCTATTAAGTATGTTGATTCTATTGTGTTGT--------GTACT----TTGTT---GTTTGCATTGTAGCC-----AGATGCCCTCGCCGTAGTC---TC----------TGTC-TGGTTTGTTTATAGTATAATTAT-----------ATATG---CAT---ATACA---TGT--A-TGT-----TATCTATT-TCTAAaaacattgagattctgagcaggcaaaatcactgttgata
gi|14 : GTCTGTCCTGTCTAGATGTGTTGCATGTAAAACCCTAGTATNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNTAAAAGGTGCACTCAACTTAGTCTGGTCTGTACATTTATGTC-TTG-TTGTTCACAA-TTTATTATC-TCC------ATGTA---caatatcaacaattagtattcaaacgttaagg
gi|15 : tatttgATTATCTC----CCTTTATGAAA-T-GAA-----TTCATATGATTTCACTGT-AT--CTTCA-TAATCC-AATGAGTTT--GTA-T-GTC----TGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAGTCATGAATCCATATATGGATCCTAC-------TCACACAAAG---CTATCAGTTCATGGATGTAAG-T-TGTCCATCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCA
gi|16 : GGATCCTACTCACACAAAGCTATCAGTTCATGGATGTAAG-TT-GTCCATCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCAT
gi|16 : TGTCT-GGATTTTCACAAATAA------TC--C----ATTT------------AT-ATGTATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtctggattttcacaaataatccatttatatgtatc
gi|17 : ggatcctactcacacaaagctatcagttcatggatgtaagttgtccatccagtccagatgtgttgcatgtaaaaccatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttTCCGTTGT-----TGTGAATTAAATTACCTC----CCTTTATGAAA-TTAAA-----TATACATGAATTCACTGT-AT--CTCTA-TGATCC-AACGGGTTT--ATA-A-ATG----TTTCC----GTTATACA--GAATATGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATC
gi|18 : TCTAGT-----------CTGTACATTTATGTCT-GGTTATTCACAAATAAT-CACCTC--C----ATAT---------------ATATATCATACAT--TGTGAAT--GTGTAT-G-TGAACAGATAAAAAAAATCGGAAATTCTGTTGT-----TGTGATTTCAATTATCTT----CCTTTGT---A-T-ATA-----TAtgtatatgaaattttattgtttt
gi|19 : CTC----CCTTTATGAAA-TTAAA-----TATATATGAATTCACTGT-AT--CTATA-TGATCC-AACGAGTTT--ATA-A-ATC----TGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAt
gi|2 : TGGTGGATCCCTTGATATTGTGCCTATGGTTTGCATTGTT-----GTTATAAT----GTAATCTCGT-----------CTGTACATTTATGTCT-TGTTGTTTACAAATAAT-TACCTC--TTT--ATAT------------AT-ATATATCATACAT--TGTGAATATGTGC-T-T-TGAAAAGATCTCAAAAATCGGAAATTCTGTTTC-----TATGATTTCAATTATCTC----CCTTTATGAAA-T-AAA-----TACATATGATTTCACTGT-AT--CTTCA-TGTTCC-AACAGATTT--ATA-A-ATC----TGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAGTCATGAGTCCATAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---C--TTAGTTCATGTATGTAAA-T-TGTCCGTCCAATCCAGATGTGTTGCATATAAAACCATAGTATGTTNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGGCGTGTTTGCCGTAGTCTGGTATGTACATTTATGTC-TGG-TTGTTTACAA-ATAATTATC-TCC------ATATA---Tc
gi|20 : atttattatataattatataagaCGCGATCGCCGCAGTCTGGT-----------CTGTACATTTATGTTT-GGTTATTCACAAATAAT-TATCTA--C----ATAT------------Ata
gi|20 : CGCGATCGCCGCAGTCTGGTCTGTACATTTATGTT-TGG-TTATTCACAA-ATAATTATC-TAC------ATATAATTTACTTAATAC------TACA-TATACACATA--CACTATTTAatttacttaatactacatatacacatacactattta
gi|21 : GCGCGCTGTCCATAGTCTTGT-----------CTGTATATTTAGGTCT-GCTTGTTCACAAATAATATAT
gi|22 : -----GGCACACTAGCCATAGTCTGGT-----------CTGTACATTTATGTCT-GGTTATTCACAAATAAT-TATatttactgggtttggtgtatt
gi|3 : CAGTTCTTGTATGTAAA-TC-ATCCTAAAAGGCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATTGTTTAANNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----GGCGCGCTCGCCATAGTCTGGT-----------CTGTAAATTTGTGTCT-GGCTGTTAACAAATAAT-TGTCTT--C----ATAT------------ATTATTTATCATATAT--TGTGAGC--TTGTATGC-T------------AAAATCGGAAATACCGTTAT-----TGTGAAGTTA-TTACCTCGGTCCCTTGATGAAA-T-AAAA----TGTCTCTG-TTTTACTAT-GT--TTTCA-TAATCT-AACGGGTTT--CTA-T-ATC----TGTCC----TTTATATG--TCG-ATGAGTAG----------TTAACTGGATCCTACTTCTATATCCTATAAAGCGACTATCAGTCCACGTATGCAAA-T-TATTCgtgtgtgtgtgtgt
gi|4 : taAAAAATCGTAAATTCTGTTGT-----TGTAAATTTAATTACCTC----CCTTTATGAAA-TTAAA-----TATATATGAATTCACTGT-AT--CTCTA-TGATCA-AACAGGTTT--ATA-A-ATC----TATCC----TTTATATA--ACATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATTAAG---CTATCAGTTCATGTATGTAAA-TCTGTCCGTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAATCCAAAGTATNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGGTGCGCTACCCATAGTCTGGTCTGTACATTTATGTCTTGG-TTATTCACAC-ATAATTATC-TCC------ATATA---TATA
gi|5 : tatatgccaaATCCCAAGAATTGGAAATTCCATTGT--------GATTTCCATTATCTC----CCTTTATGAAA-T-AAA-----TACATATGATTTCACTGT-AT--CTTCA-TGACCCCAACAGGTTTTAATGTA-ATTACTATGTCC----TTTATATA--GCATGTGAGTAATAGTGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAA---CTATCAGTGCATGTATGTAAA-T-TGTACGTCCAGTCCGGATGTGTTGCATGTAAAACCATAGTAT-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGGCGCGTTCACCGTAATCTGATCTGTACATTTATGTT-TGG-TTGTTCATA-------TAT-----------ATATA---TATAgaggttaatcattcatagtgtttaaatattgctgtat
gi|6 : tattacatatactttgaagacaccagaccaggtaatatatTAAAA-T-AAA-----TCCATATGATATCA-TG----------A-TGATCC-AACAGTTTT--CTG-T-GTC----TGTCC----TTTATAAA--ACACGAAAGTAGTCATGAATCGTTAACTGGAACCTAC-------TCATATAAAG---CTTTCTGTTGATGTATGTATA-T-TGTCTGTCCAGT-CAGATGTGTTGCTTGTAAAACCATAGTATNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNA-----AGGCGCACTTGCTGCAGTTTGGTCTGTTCGTTTATGGC-TGG-TTGTTCATTA-ATATTTATCATC---------ATA---TATATCATACAT--TGTGAA-TGTGCAa
gi|7 : tacAGCTATCAGTTCATGTATGTACA-TTTGTCCAACCTGTACAGATGTGTTGCATGTAATTCCATAG---------AATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----GGCGTACTCGCCGTTGTCTGGT-----------CTGTATATTTATGTCTTGGTTATTCACAAATAAT-TATCTC--C----ATAT------------AT-ATATATCATGCAT--TGTGAAT--GAGCAT-C-TGAAGAGACCCCATAA-TCTTAAATTCCGTTGG-----TGTGAATTTAATTATCTC----CATTTATGAAATT-TAA-----TATATATAA-TTGACTGT-AT--CTATA-TGATCC-AACGGGTTT--ATA-A-ATA----TGTCC----TTTATATA--GCGTGAGAGTAGTCATGAATCtctggaaagataaacaaaaattgggaacaccgtttatataaatttatt
gi|8 : CTGTATTAAC-T-AAA-----TAC------TTTCATTGTTATAGCATAACTGACTC-ATTG---TT--ATG-ATATG----TGACCACAATATATATAAAGCATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TCATATAAAG---CTATCAGTTCATGAATGTAAATT-TGTCAACCCTGTCCAGATGTGTTGCATGTAA-------------TTCCA-TAGTATATAAGTCATGGTCG------ACACCAAATTTATTGGTTTGGCAGAGACCTTGATATTGTGTCTGTGGTTTGCATTGTAGCA-----AGGTGCGCTCAC--------GGT-----CATTT----------------ACAA-ATAATTATC-TACATATATATATA---TATATCATACATAATGTGAA-T
gi|8 : TGAATCCTTAACTGGATCCTACTCATATAAAGCTATCAGTTCATGAATGTAAATTT-GTCAACCCTGTCCAGATGTGTTGCATGTAATTCCATAG-------------------TATATAAGTCATGGTCGACACCAAATTTATTGGTTTGGCAGAGACCTTGATATTGTGTCTGTGGTTTGCATT-GTAGCAAGGTGCGCTCAC--------GGT----------------CATTT---------------ACAAATAAT-TATCTA--CATATATAT------------AT-ATATATCATACATAATGTGAAT--A---AT-TATG-AATGAGCCCAAAAATCaattatgaatgagcccaaaaatc
gi|9 : ctgtattaactaaatactttcattgttatagcataactgactcattgttatgatatgtgaccacaatatatataaagcatgtgagtagtcaAATTTAATCATCTC----TCTTTATGAAA-T-GAAATACGTACATATAAATTCACTGT-AT--CTTCA-TGATCC-AACGTGTTT--CTA-A-ATA----TGTCT----TTTATATA--GTATGTGAGTAGTCATGAATCCTTAACTGGATCCTAC-------TGATATAAAG---TTATCAGTTCATGTATGTAAA-T-TGTCCTTCCAGTCCAGATGTGTTGCATGTAAAACCATAGTACNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN--NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NGGGGCGCTCGCCGTAATCCGGTATGTACATTTATGTC-TGG-TTATTCGCAA-ATAATTATC-TCC------ATATA---TAT