lowQualScore : 7 4 00 4 111 111111 0 0 222 5555 1
lowQualScore : . . .. . ... ...... . . ... .... .
lowQualScore : 1 9 66 8 333 222222 4 5 222 6666 5
consensus : TATATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
Reference ( gi|84891 ) : TACACAGAGA--ATATCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84894 : TACACAGAGA--ATATCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATAAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84895 : TAAATAGATA--ATACCATGTAAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84896 : TAAATAGAGA--ATACCATGTAAGTGTCTGATA---T------AATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84898 : TATACAGAGA--ACACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAAGTT-TATCAGGTGAGG-C-T-GA----AAAAA-AAA
gi|84893 : TATATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGCTA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAAG-C-T-TA----CAAAA-AAA
gi|84899 : TACATACAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-T-A-TA----GAAGA-AAA
gi|84906 : TAAATAGAGA--ATATCATGTAAGTGTCTGATA---T------TAGCAACTT-TATCAGGTTAGG-C-T-CA----GAAAA-AAA
gi|84909 : TAAATAGAGA--ATATCATGTTAGTGTCTGATA---T------CATTAACTT-TATCAGGTGAGA-C-T-AA----GAAAATAAA
gi|84897 : TATATAGAGA--TTGCAATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGTGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84914 : TAAACAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTTATA---T------TATCAGCTT-GATCAGGTGAAG-C-T-TA----GAATA-AAA
gi|84905 : TAAATAGAGA--ATACCATGCTAGTGTCTGATA---T------TATCAGCTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T
gi|84902 : TATATAGAGA--ATACCATGTTATTGTCTGATA---T------TATCGAATT-GATCAGGTAAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84908 : TACATAGATA--ATACCATGTTATTGTCTGATA---T------TATCAACGT-TATCAGGTGAGG-C---TA----GGAAA-AAA
gi|84907 : TAAATAGAGA--ATACCATGTTTGTGTCTGATA---T------CATCAACCT-TATCAGGTTAGG-C-T-TA----GAAAATAAA
gi|84910 : TAAATAGAGA--ATATTATGTTAGTGTCTGATA---T------CATTTCCTT-TATCAGGTGAGA-C-T-AA----GAAAA-AAA
gi|84916 : TAAATAGAAA--ATACCATGTAAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGTTGATG-C-T-TA----GAATA-
gi|84912 : TATATAGAGA--AAACCATGTTAGTGCCTGATA---T------TACCAAATT-TATCAGTTGAGG-C-T-GA----GAAAA-
gi|84917 : TAAATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGG
gi|84919 : TAAATAGAGA--ATACCATGTTAATGTCTGAT-----------TATCAACTT-TATCAGGTGAAG-C-T-
gi|84920 : TATAAAGAGA--ACACCATGTTAGTATCTGGTA---T------TATCTATTT-TATAAGGTGAAG-A-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84922 : TAAATAGAGA--ATACCATGTTAATGTCCAATA---T------TATCAACTT-TTTCAGGTGAAG-C-T-
gi|84921 : TATATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TACCA
gi|84901 : TACATGTAGA--ATACCATGTAAGTGTCTGATA---T------TATTGACTT-GATCAGGTTAGG-C-A-CA----AAAAA-AAA
gi|84925 : TAAATAGAGA--ATAT-ATGTTAGTGTCTGATA---T------TATC-TCTT-TATTTCGTGAGA-C-T-TA----GAAAA-CAA
gi|84923 : TATATAGAAA--ATACCATGTAAGTACCTGATA---G------TCTTAACTT-TATCAGGTGAGG-A----A----GAGAA-AAA
gi|84924 : TATATAGAGA--ATACCATGTTATTGTCTGATA----------TA--AACTT-TATCAGGCGAG
gi|84929 : TAAACAGAGA--ATACCTTCTTGGTGTCTGTTG---T------TAAAAAATT-TACCAGGTGAGG-C-T-TA----GA
gi|84926 : TATATAGAGA--ACACCATGTTAGTGTCAGGTA---A------TCTAAACTT-TATCAGGCGA-G-C-TGGA----GTAAA-AA
gi|84928 : TATATAGAGA--ATACCATGTTAGTGCCTGATT---T------TCTAAAAAA-TTTCAGGTGAGG-C-A-GA----GAATA-AA
gi|84930 : TATATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGA-------------------TT-TATCAGTTGAGG-----TG----GAGGA-AAA
gi|84931 : TATATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTTATA---T------TATTA
gi|84932 : TATATACAGA--ATACTATGTTAGTGCCTGAAA---T------TCTAAACAT-TATCAGGCGA
gi|84944 : ACATAGAGA--ATATCATATTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGATGAGG-C-T-TA----GAAAA-AA
gi|84935 : ATATAGAGA--ATACCTTGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AA
gi|84940 : ATATAGAGA--ATGCCGTGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GCAAA-AA
gi|84942 : ATATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------CATCAACTA-TATCAGGTGAGG-C-T-AA----GAAAA-AAA
gi|84946 : ATATAGAGA--ATACCATGCTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGATGAGG-C-T-TA----TAAAA-
gi|84950 : ATATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGACA---A------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----G
gi|84961 : ATATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTG-TATCAGGAGAGA-C-T-T
gi|84967 : ATATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAATAT-TATCAGATGAG
gi|84963 : ATATAGAGATGATA-AATGTAAGTGTCTAATA---T------TGTCAACTT-TATCAGGTTAGG-C-G-CA----AAAAA-AA
gi|84981 : ATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACAT-TATCAGGTTAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84977 : ATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GATAT-AAA
gi|84982 : tATAGAGA--ATACCATGTTAATGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCACTTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AA
gi|84983 : ATAAAGA--ATACCATGTAAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T
gi|84985 : ATAGAGA--ATACCATGTAAACGTCTAATA---T------TATCAACTT-TATCAAGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-TAA
gi|84988 : ATAAAGA--ATATCATGTTAGTGTCGGATA---T------TATCAACTT-TATAAGGTGACG-C-T-TG----TAAAA-
gi|84911 : ATAAAGA--ATACCCTGTTATTGTCTAATA---T------TATCAGCTT-TATCAGGTGAGG-T-T-TA----GAAAA-AGA
gi|84987 : tgtATAGATA--ATACCATGCTAGTGTCTGATA---A------TATCTACTT-TATCAAGTGAGGTT-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84984 : ATAGAGA--ATACAATA--AGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCGGGTGAGG-C-T-TG----GA
gi|84927 : ATAGAGA--ATACAATGTTAGTGTCTGA------------TATCAACTT-TATC
gi|84892 : tgtAGAGA--ATATCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AA
gi|84937 : tatatagagAGAGA--ATACCATGTTAGTATCTGATA---T------TACCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84954 : atttAGAGA--ATA-CATGTTATTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AA
gi|84990 : atctAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-CATCAGGTGAGT-C-T-TA----GAAAA-
gi|84955 : tAGAGA--ATACCATGTAAGTGTCTGATA---T------TATTAACTT-TATCAGGTGAGA-C-T-TA----GAAAATAAA
gi|84991 : atgtAGAGA--ATACTATGTTGATGTCTGATA---T------TATCAAATT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----AAAAA-
gi|84904 : AGATA--ATACCATTTTAGTGTCTGATA---T------AATCAACTT-T-TCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84915 : tatgtAGTGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------CATCAAATT-TATCATGTGAGG-C-T-TG----GAAAA-AGA
gi|84939 : tatatagagagagAGAGA--ATACCATGTTAGTATCTAATA---T------TATCAACTT-CATCAGGTTTGG-C----A----GAAAA-AAA
gi|84964 : ataaAGAGA--ATATCATGCTTGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATAAGGT-------T-TAGCACGAAAA-AAA
gi|84957 : ataaAGAGA--ACACCATGTTAGTGTCTTATA---T------TATCAATTT-CAGCAGGTTCGG-C-A-TA----AAAAA-
gi|84952 : ataaAGAGA--ATACCGTTTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTTCCATCAGGTTTGG-C----AC---GAAAA-AAA
gi|84959 : ataaAGAGA--ATATCATGATAGTGTCTAATA---T------TATCAACTT-CATCATGT
gi|84966 : ataaAGAGA--ATACCATGGTAGTGTCTAATA---T------CATCAACTT-CATCAGGTTCGG-----TAC---GAAAA-AGA
gi|84978 : ataaAGAGA--ATACCATGTCAGTGCCTGATAGT-C------TATGAAATG-TATCAGGTGAAG-T-T-GA----GAAAA-GAA
gi|84973 : taaAGAGA--ACACCATGTAAGTGTCTAAGA---T------TATCAACTT-TGTCAGGT
gi|84949 : ataaAGAGA--ATGCCATTTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACAT-CGTCAGGT
gi|84969 : ataaAGGGA--ATGCCATGTTAATGGCTGATA---T------AAACAACTT-CATCAGGTTCGG-C---AA----GAAAA-AAA
gi|84953 : ataaAGAGA--ATACCATGTTATTTTCCCATA---T------TATTAACTT-CATCAGGTTTGT-C-A-TG----AAAAA-AAA
gi|84900 : ataaGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TGTCAGGTGTGG-C-T-TA----GAAAA-
gi|84913 : taaatgGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGAAG---T------TATCAATTT-TATCAGAGGAGG-C-T-TA----GAAAA-AA
gi|84993 : taaatgGAGA--ATATCATGTTAGTGTCTATTA---C------TATCAACGT-CATCAGGTTCGG-C-A-CG----AAAAA-AAA
gi|84903 : AGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---G------TATCAACTT-TATCAGGTGAAG-C-T-TA----GAAAC-AA
gi|85000 : taaatatAGA--ATACCATGTAAGTGTCTGATA---T------TATAAACCT-TATCAAGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84918 : AGA--ATAGCATGTTAGTAGCTGATA---T------TCTCAACTT-TATCAGGTGAGG-A-T-TA----GAAAA-AA
gi|84986 : taaatacAAA--ATACCATGTAAGTGTCTGATA---T---------CAACTT-TATCAGGTGAGG-T-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84971 : atgaAGA--CTACCATGTAAAAGTCTGATA---T------AATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----AAAAA-AA
gi|84938 : ataaatAGA--ACATCATGTAAGTGTCTAATA---T------TATCAACTT-CATCAAGTTAGG-C-A-CG----AAAAA-AAA
gi|84968 : ataaatAGA--AGTTCATGTTAGTGTCTAATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTACGG-C-
gi|84956 : ataaatAGA--ATACCATGTAAGTGTCTAATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTCCAG-CAC-CA----AAAAA-AAA
gi|84994 : ataaatAGA--ATACCATGTAAGTGTCTAATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTTTGG-C----AC---GAAGA-AAA
gi|84958 : AAA--ATACCATGTAAGTGTCTAATA---T------TATCAACTT-TATCAGGT
gi|84998 : ataaatAGA--ATACAATATAAGTGTCTAATA---T------TGTCAACTT-TATCAGGTTCGG-C-A-TG----AAAAA-AAA
gi|84943 : AGA--ATACCATGTAAGTGTCTAATA---G------TATCAACTT-TATCAGGT
gi|84970 : ataaatAGA--ATACCATGTAAATGTCTGATA---TAATAATTATCAACTT-TATCAGGTTCGG-C----AC---GAAAA-AAA
gi|85001 : ataaatAGA--ATACCTTGTAAGTGTCTAATA---T------TATAAACTT-TATCAGGTTCGG-C----AC---GAAAA-AAA
gi|84936 : AGA--ATACCATGTAAGGGTCTAATA---T------AATCAACTT-TATCAGGTTCAG-C-A-CA----AAAAA-AAA
gi|84995 : ataaatAGA--ATACCATGTAGATATCTAATA---T------TATCAACTT-CATCAGGTTCGG-C-A-CG----AAAAA-AAA
gi|84996 : AGA--ATACCATGTTAATTTCTAATA---T------TATTAACTT-CATCAGGTTCGG-C----AC---GAAAC-AAA
gi|85002 : AGA--ATACCATGTTGGTGCCTGAAA---G------TCTAAATTT-TATCAGGTTAGG---T-TC----GAAAA-AAA
gi|84997 : AGA--ATACCATGTAAGCATTTAATA---T------TTTCAACTT-TATCAGGTTCAG-C-A-T-----GAAAA-AAA
gi|84960 : GA--ATACCATATTAGTGTCTGACA---T------TATCAACTT-CATCAGGTGAAG-A-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84972 : atataatGA--ATACCATGTAAGTGTCTAATA---T------TATCAACTT-CATCAGGTTTGG-C----AC---GAAAA-AAA
gi|85004 : ataaaagGA--ATACCATGTTAGTGCCTGATAGAGT------TATC---TT-TATCAGGTGAGG-----TAGGGTGAAAA-
gi|85006 : CATGTTAGTGTTTGATA---T------TATCAATTT-TATCAGATGAGG-C-T-TA----GAAAA-
gi|85005 : TGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCCCGTGAGG-C-T-TA----GAACA-
gi|85007 : tacttGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|85008 : GTCTGATA---T------TATCAACTT-AATCCGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AA
Alignments
lowQualScore : 33333333 111111 111 0 0 222 5555 1
lowQualScore : ........ ...... ... . . ... .... .
lowQualScore : 00000000 222222 333 4 5 111 5555 5
consensus : TATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
Reference ( family-262 ) : TATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84891 : TACACAGAGA--------ATATCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84892 : TATATAGAGAGAGA----ATATCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AA
gi|84893 : TATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGCT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAAG-C-T-TA----CAAAA-AAA
gi|84894 : TACACAGAGA--------ATATCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATAAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84895 : TAAATAGATA--------ATACCATGTAAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84896 : TAAATAGAGA--------ATACCATGTAAGTGTCTGAT------A---TAATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84897 : TATATAGAGA--------TTGCAATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGTGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84898 : TATACAGAGA--------ACACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAAGTT-TATCAGGTGAGG-C-T-GA----AAAAA-AAA
gi|84899 : TACATACAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-T-A-TA----GAAGA-AAA
gi|84900 : TAAATGGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TGTCAGGTGTGG-C-T-TA----GAAAA-
gi|84901 : TACATGTAGA--------ATACCATGTAAGTGTCTGAT------A---TTATTGACTT-GATCAGGTTAGG-C-A-CA----AAAAA-AAA
gi|84902 : TATATAGAGA--------ATACCATGTTATTGTCTGAT------A---TTATCGAATT-GATCAGGTAAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84903 : TAAATATAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---GTATCAACTT-TATCAGGTGAAG-C-T-TA----GAAAC-AA
gi|84904 : TATGTAGATA--------ATACCATTTTAGTGTCTGAT------A---TAATCAACTT-T-TCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84905 : TAAATAGAGA--------ATACCATGCTAGTGTCTGAT------A---TTATCAGCTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T
gi|84906 : TAAATAGAGA--------ATATCATGTAAGTGTCTGAT------A---TTAGCAACTT-TATCAGGTTAGG-C-T-CA----GAAAA-AAA
gi|84907 : TAAATAGAGA--------ATACCATGTTTGTGTCTGAT------A---TCATCAACCT-TATCAGGTTAGG-C-T-TA----GAAAATAAA
gi|84908 : TACATAGATA--------ATACCATGTTATTGTCTGAT------A---TTATCAACGT-TATCAGGTGAGG-C---TA----GGAAA-AAA
gi|84909 : TAAATAGAGA--------ATATCATGTTAGTGTCTGAT------A---TCATTAACTT-TATCAGGTGAGA-C-T-AA----GAAAATAAA
gi|84910 : TAAATAGAGA--------ATATTATGTTAGTGTCTGAT------A---TCATTTCCTT-TATCAGGTGAGA-C-T-AA----GAAAA-AAA
gi|84911 : TGTATAAAGA--------ATACCCTGTTATTGTCTAAT------A---TTATCAGCTT-TATCAGGTGAGG-T-T-TA----GAAAA-AGA
gi|84912 : TATATAGAGA--------AAACCATGTTAGTGCCTGAT------A---TTACCAAATT-TATCAGTTGAGG-C-T-GA----GAAAA-
gi|84913 : TAAATGGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAA------G---TTATCAATTT-TATCAGAGGAGG-C-T-TA----GAAAA-AA
gi|84914 : TAAACAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTTAT------A---TTATCAGCTT-GATCAGGTGAAG-C-T-TA----GAATA-AAA
gi|84915 : TATATAGAGAGAGAGTGAATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TCATCAAATT-TATCATGTGAGG-C-T-TG----GAAAA-AGA
gi|84916 : TAAATAGAAA--------ATACCATGTAAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGTTGATG-C-T-TA----GAATA-
gi|84917 : TAAATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGG
gi|84918 : TAAATACAGA--------ATAGCATGTTAGTAGCTGAT------A---TTCTCAACTT-TATCAGGTGAGG-A-T-TA----GAAAA-AA
gi|84919 : TAAATAGAGA--------ATACCATGTTAATGTCTG--------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAAG-C-T-
gi|84920 : TATAAAGAGA--------ACACCATGTTAGTATCTGGT------A---TTATCTATTT-TATAAGGTGAAG-A-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84921 : TATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TACCA
gi|84922 : TAAATAGAGA--------ATACCATGTTAATGTCCAAT------A---TTATCAACTT-TTTCAGGTGAAG-C-T-
gi|84923 : TATATAGAAA--------ATACCATGTAAGTACCTGAT------A---GTCTTAACTT-TATCAGGTGAGG-A----A----GAGAA-AAA
gi|84924 : TATATAGAGA--------ATACCATGTTATTGTCTGAT------A----TA--AACTT-TATCAGGCGAG
gi|84925 : TAAATAGAGA--------ATAT-ATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATC-TCTT-TATTTCGTGAGA-C-T-TA----GAAAA-CAA
gi|84926 : TATATAGAGA--------ACACCATGTTAGTGTCAGGT------A---ATCTAAACTT-TATCAGGCGA-G-C-TGGA----GTAAA-AA
gi|84927 : TGTATAGAGA--------ATACAATGTTAGTGTCTGA------------TATCAACTT-TATC
gi|84928 : TATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGCCTGAT------T---TTCTAAAAAA-TTTCAGGTGAGG-C-A-GA----GAATA-AA
gi|84929 : TAAACAGAGA--------ATACCTTCTTGGTGTCTGTT------G---TTAAAAAATT-TACCAGGTGAGG-C-T-TA----GA
gi|84930 : TATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT-------------------T-TATCAGTTGAGG-----TG----GAGGA-AAA
gi|84931 : TATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTTAT------A---TTATTA
gi|84932 : TATATACAGA--------ATACTATGTTAGTGCCTGAA------A---TTCTAAACAT-TATCAGGCGA
gi|84935 : ATATAGAGA--------ATACCTTGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AA
gi|84936 : ATAAATAGA--------ATACCATGTAAGGGTCTAAT------A---TAATCAACTT-TATCAGGTTCAG-C-A-CA----AAAAA-AAA
gi|84937 : ATTTAGAGA--------ATACCATGTTAGTATCTGAT------A---TTACCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84938 : ATAAATAGA--------ACATCATGTAAGTGTCTAAT------A---TTATCAACTT-CATCAAGTTAGG-C-A-CG----AAAAA-AAA
gi|84939 : ATAAAGAGA--------ATACCATGTTAGTATCTAAT------A---TTATCAACTT-CATCAGGTTTGG-C----A----GAAAA-AAA
gi|84940 : ATATAGAGA--------ATGCCGTGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GCAAA-AA
gi|84942 : ATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TCATCAACTA-TATCAGGTGAGG-C-T-AA----GAAAA-AAA
gi|84943 : ATAAATAGA--------ATACCATGTAAGTGTCTAAT------A---GTATCAACTT-TATCAGGT
gi|84944 : ACATAGAGA--------ATATCATATTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGATGAGG-C-T-TA----GAAAA-AA
gi|84946 : ATATAGAGA--------ATACCATGCTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGATGAGG-C-T-TA----TAAAA-
gi|84949 : ATAAAGAGA--------ATGCCATTTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACAT-CGTCAGGT
gi|84950 : ATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAC------A---ATATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----G
gi|84952 : ATAAAGAGA--------ATACCGTTTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTTCCATCAGGTTTGG-C----AC---GAAAA-AAA
gi|84953 : ATAAAGAGA--------ATACCATGTTATTTTCCCAT------A---TTATTAACTT-CATCAGGTTTGT-C-A-TG----AAAAA-AAA
gi|84954 : ATCTAGAGA--------ATAC-ATGTTATTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AA
gi|84955 : ATGTAGAGA--------ATACCATGTAAGTGTCTGAT------A---TTATTAACTT-TATCAGGTGAGA-C-T-TA----GAAAATAAA
gi|84956 : ATAAATAGA--------ATACCATGTAAGTGTCTAAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTCCAG-CAC-CA----AAAAA-AAA
gi|84957 : ATAAAGAGA--------ACACCATGTTAGTGTCTTAT------A---TTATCAATTT-CAGCAGGTTCGG-C-A-TA----AAAAA-
gi|84958 : ATAAATAAA--------ATACCATGTAAGTGTCTAAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGT
gi|84959 : ATAAAGAGA--------ATATCATGATAGTGTCTAAT------A---TTATCAACTT-CATCATGT
gi|84960 : ATATAATGA--------ATACCATATTAGTGTCTGAC------A---TTATCAACTT-CATCAGGTGAAG-A-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84961 : ATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTG-TATCAGGAGAGA-C-T-T
gi|84963 : ATATAGAGATG------ATAA-ATGTAAGTGTCTAAT------A---TTGTCAACTT-TATCAGGTTAGG-C-G-CA----AAAAA-AA
gi|84964 : ATAAAGAGA--------ATATCATGCTTGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATAAGGT-------T-TAGCACGAAAA-AAA
gi|84966 : ATAAAGAGA--------ATACCATGGTAGTGTCTAAT------A---TCATCAACTT-CATCAGGTTCGG-----TAC---GAAAA-AGA
gi|84967 : ATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAATAT-TATCAGATGAG
gi|84968 : TAAATAGA-A--------GT-TCATGTTAGTGTCTAAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTACGG-C-
gi|84969 : aATAAAGGGA--------ATGCCATGTTAATGGCTGAT------A---TAAACAACTT-CATCAGGTTCGG-C---AA----GAAAA-AAA
gi|84970 : ATAAATAGA--------ATACCATGTAAATGTCTGATATAATAA---TTATCAACTT-TATCAGGTTCGG-C----AC---GAAAA-AAA
gi|84971 : ATAAATAGA--------CTACCATGTAAAAGTCTGAT------A---TAATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----AAAAA-AA
gi|84972 : ATAAAAGGA--------ATACCATGTAAGTGTCTAAT------A---TTATCAACTT-CATCAGGTTTGG-C----AC---GAAAA-AAA
gi|84973 : ATAAAGAGA--------ACACCATGTAAGTGTCTAAG------A---TTATCAACTT-TGTCAGGT
gi|84977 : TATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GATAT-AAA
gi|84978 : TAAAGAGA--------ATACCATGTCAGTGCCTGAT------AGT-CTATGAAATG-TATCAGGTGAAG-T-T-GA----GAAAA-GAA
gi|84981 : ATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACAT-TATCAGGTTAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84982 : ATAGAGA--------ATACCATGTTAATGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCACTTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AA
gi|84983 : ATAAAGA--------ATACCATGTAAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T
gi|84984 : ATAGAGA--------ATACAATA--AGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCGGGTGAGG-C-T-TG----GA
gi|84985 : ATAGAGA--------ATACCATGTAAACGTCTAAT------A---TTATCAACTT-TATCAAGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-TAA
gi|84986 : ATGAAAA--------ATACCATGTAAGTGTCTGAT------A---T---CAACTT-TATCAGGTGAGG-T-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84987 : ATAGATA--------ATACCATGCTAGTGTCTGAT------A---ATATCTACTT-TATCAAGTGAGGTT-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84988 : ATAAAGA--------ATATCATGTTAGTGTCGGAT------A---TTATCAACTT-TATAAGGTGACG-C-T-TG----TAAAA-
gi|84990 : TAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-CATCAGGTGAGT-C-T-TA----GAAAA-
gi|84991 : AGAGA--------ATACTATGTTGATGTCTGAT------A---TTATCAAATT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----AAAAA-
gi|84993 : GAGA--------ATATCATGTTAGTGTCTATT------A---CTATCAACGT-CATCAGGTTCGG-C-A-CG----AAAAA-AAA
gi|84994 : AGA--------ATACCATGTAAGTGTCTAAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTTTGG-C----AC---GAAGA-AAA
gi|84995 : AGA--------ATACCATGTAGATATCTAAT------A---TTATCAACTT-CATCAGGTTCGG-C-A-CG----AAAAA-AAA
gi|84996 : AGA--------ATACCATGTTAATTTCTAAT------A---TTATTAACTT-CATCAGGTTCGG-C----AC---GAAAC-AAA
gi|84997 : AGA--------ATACCATGTAAGCATTTAAT------A---TTTTCAACTT-TATCAGGTTCAG-C-A-T-----GAAAA-AAA
gi|84998 : AGA--------ATACAATATAAGTGTCTAAT------A---TTGTCAACTT-TATCAGGTTCGG-C-A-TG----AAAAA-AAA
gi|85000 : AGA--------ATACCATGTAAGTGTCTGAT------A---TTATAAACCT-TATCAAGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|85001 : AGA--------ATACCTTGTAAGTGTCTAAT------A---TTATAAACTT-TATCAGGTTCGG-C----AC---GAAAA-AAA
gi|85002 : AGA--------ATACCATGTTGGTGCCTGAA------A---GTCTAAATTT-TATCAGGTTAGG---T-TC----GAAAA-AAA
gi|85004 : GA--------ATACCATGTTAGTGCCTGAT------AGAGTTAT---CTT-TATCAGGTGAGG-----TAGGGTGAAAA-
gi|85005 : TACTTTGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCCCGTGAGG-C-T-TA----GAACA-
gi|85006 : CATGTTAGTGTTTGAT------A---TTATCAATTT-TATCAGATGAGG-C-T-TA----GAAAA-
gi|85007 : GTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|85008 : GTCTGAT------A---TTATCAACTT-AATCCGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AA
Alignments
lowQualScore : 33333333 111111 111 0 0 222 5555 1
lowQualScore : ........ ...... ... . . ... .... .
lowQualScore : 00000000 222222 333 4 5 111 5555 5
consensus : TATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
Reference ( family-262 ) : TATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84891 : TACACAGAGA--------ATATCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84892 : TATATAGAGAGAGA----ATATCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AA
gi|84893 : TATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGCT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAAG-C-T-TA----CAAAA-AAA
gi|84894 : TACACAGAGA--------ATATCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATAAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84895 : TAAATAGATA--------ATACCATGTAAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84896 : TAAATAGAGA--------ATACCATGTAAGTGTCTGAT------A---TAATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84897 : TATATAGAGA--------TTGCAATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGTGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84898 : TATACAGAGA--------ACACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAAGTT-TATCAGGTGAGG-C-T-GA----AAAAA-AAA
gi|84899 : TACATACAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-T-A-TA----GAAGA-AAA
gi|84900 : TAAATGGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TGTCAGGTGTGG-C-T-TA----GAAAA-
gi|84901 : TACATGTAGA--------ATACCATGTAAGTGTCTGAT------A---TTATTGACTT-GATCAGGTTAGG-C-A-CA----AAAAA-AAA
gi|84902 : TATATAGAGA--------ATACCATGTTATTGTCTGAT------A---TTATCGAATT-GATCAGGTAAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84903 : TAAATATAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---GTATCAACTT-TATCAGGTGAAG-C-T-TA----GAAAC-AA
gi|84904 : TATGTAGATA--------ATACCATTTTAGTGTCTGAT------A---TAATCAACTT-T-TCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84905 : TAAATAGAGA--------ATACCATGCTAGTGTCTGAT------A---TTATCAGCTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T
gi|84906 : TAAATAGAGA--------ATATCATGTAAGTGTCTGAT------A---TTAGCAACTT-TATCAGGTTAGG-C-T-CA----GAAAA-AAA
gi|84907 : TAAATAGAGA--------ATACCATGTTTGTGTCTGAT------A---TCATCAACCT-TATCAGGTTAGG-C-T-TA----GAAAATAAA
gi|84908 : TACATAGATA--------ATACCATGTTATTGTCTGAT------A---TTATCAACGT-TATCAGGTGAGG-C---TA----GGAAA-AAA
gi|84909 : TAAATAGAGA--------ATATCATGTTAGTGTCTGAT------A---TCATTAACTT-TATCAGGTGAGA-C-T-AA----GAAAATAAA
gi|84910 : TAAATAGAGA--------ATATTATGTTAGTGTCTGAT------A---TCATTTCCTT-TATCAGGTGAGA-C-T-AA----GAAAA-AAA
gi|84911 : TGTATAAAGA--------ATACCCTGTTATTGTCTAAT------A---TTATCAGCTT-TATCAGGTGAGG-T-T-TA----GAAAA-AGA
gi|84912 : TATATAGAGA--------AAACCATGTTAGTGCCTGAT------A---TTACCAAATT-TATCAGTTGAGG-C-T-GA----GAAAA-
gi|84913 : TAAATGGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAA------G---TTATCAATTT-TATCAGAGGAGG-C-T-TA----GAAAA-AA
gi|84914 : TAAACAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTTAT------A---TTATCAGCTT-GATCAGGTGAAG-C-T-TA----GAATA-AAA
gi|84915 : TATATAGAGAGAGAGTGAATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TCATCAAATT-TATCATGTGAGG-C-T-TG----GAAAA-AGA
gi|84916 : TAAATAGAAA--------ATACCATGTAAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGTTGATG-C-T-TA----GAATA-
gi|84917 : TAAATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGG
gi|84918 : TAAATACAGA--------ATAGCATGTTAGTAGCTGAT------A---TTCTCAACTT-TATCAGGTGAGG-A-T-TA----GAAAA-AA
gi|84919 : TAAATAGAGA--------ATACCATGTTAATGTCTG--------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAAG-C-T-
gi|84920 : TATAAAGAGA--------ACACCATGTTAGTATCTGGT------A---TTATCTATTT-TATAAGGTGAAG-A-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84921 : TATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TACCA
gi|84922 : TAAATAGAGA--------ATACCATGTTAATGTCCAAT------A---TTATCAACTT-TTTCAGGTGAAG-C-T-
gi|84923 : TATATAGAAA--------ATACCATGTAAGTACCTGAT------A---GTCTTAACTT-TATCAGGTGAGG-A----A----GAGAA-AAA
gi|84924 : TATATAGAGA--------ATACCATGTTATTGTCTGAT------A----TA--AACTT-TATCAGGCGAG
gi|84925 : TAAATAGAGA--------ATAT-ATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATC-TCTT-TATTTCGTGAGA-C-T-TA----GAAAA-CAA
gi|84926 : TATATAGAGA--------ACACCATGTTAGTGTCAGGT------A---ATCTAAACTT-TATCAGGCGA-G-C-TGGA----GTAAA-AA
gi|84927 : TGTATAGAGA--------ATACAATGTTAGTGTCTGA------------TATCAACTT-TATC
gi|84928 : TATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGCCTGAT------T---TTCTAAAAAA-TTTCAGGTGAGG-C-A-GA----GAATA-AA
gi|84929 : TAAACAGAGA--------ATACCTTCTTGGTGTCTGTT------G---TTAAAAAATT-TACCAGGTGAGG-C-T-TA----GA
gi|84930 : TATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT-------------------T-TATCAGTTGAGG-----TG----GAGGA-AAA
gi|84931 : TATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTTAT------A---TTATTA
gi|84932 : TATATACAGA--------ATACTATGTTAGTGCCTGAA------A---TTCTAAACAT-TATCAGGCGA
gi|84935 : ATATAGAGA--------ATACCTTGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AA
gi|84936 : ATAAATAGA--------ATACCATGTAAGGGTCTAAT------A---TAATCAACTT-TATCAGGTTCAG-C-A-CA----AAAAA-AAA
gi|84937 : ATTTAGAGA--------ATACCATGTTAGTATCTGAT------A---TTACCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84938 : ATAAATAGA--------ACATCATGTAAGTGTCTAAT------A---TTATCAACTT-CATCAAGTTAGG-C-A-CG----AAAAA-AAA
gi|84939 : ATAAAGAGA--------ATACCATGTTAGTATCTAAT------A---TTATCAACTT-CATCAGGTTTGG-C----A----GAAAA-AAA
gi|84940 : ATATAGAGA--------ATGCCGTGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GCAAA-AA
gi|84942 : ATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TCATCAACTA-TATCAGGTGAGG-C-T-AA----GAAAA-AAA
gi|84943 : ATAAATAGA--------ATACCATGTAAGTGTCTAAT------A---GTATCAACTT-TATCAGGT
gi|84944 : ACATAGAGA--------ATATCATATTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGATGAGG-C-T-TA----GAAAA-AA
gi|84946 : ATATAGAGA--------ATACCATGCTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGATGAGG-C-T-TA----TAAAA-
gi|84949 : ATAAAGAGA--------ATGCCATTTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACAT-CGTCAGGT
gi|84950 : ATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAC------A---ATATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----G
gi|84952 : ATAAAGAGA--------ATACCGTTTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTTCCATCAGGTTTGG-C----AC---GAAAA-AAA
gi|84953 : ATAAAGAGA--------ATACCATGTTATTTTCCCAT------A---TTATTAACTT-CATCAGGTTTGT-C-A-TG----AAAAA-AAA
gi|84954 : ATCTAGAGA--------ATAC-ATGTTATTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AA
gi|84955 : ATGTAGAGA--------ATACCATGTAAGTGTCTGAT------A---TTATTAACTT-TATCAGGTGAGA-C-T-TA----GAAAATAAA
gi|84956 : ATAAATAGA--------ATACCATGTAAGTGTCTAAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTCCAG-CAC-CA----AAAAA-AAA
gi|84957 : ATAAAGAGA--------ACACCATGTTAGTGTCTTAT------A---TTATCAATTT-CAGCAGGTTCGG-C-A-TA----AAAAA-
gi|84958 : ATAAATAAA--------ATACCATGTAAGTGTCTAAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGT
gi|84959 : ATAAAGAGA--------ATATCATGATAGTGTCTAAT------A---TTATCAACTT-CATCATGT
gi|84960 : ATATAATGA--------ATACCATATTAGTGTCTGAC------A---TTATCAACTT-CATCAGGTGAAG-A-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84961 : ATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTG-TATCAGGAGAGA-C-T-T
gi|84963 : ATATAGAGATG------ATAA-ATGTAAGTGTCTAAT------A---TTGTCAACTT-TATCAGGTTAGG-C-G-CA----AAAAA-AA
gi|84964 : ATAAAGAGA--------ATATCATGCTTGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATAAGGT-------T-TAGCACGAAAA-AAA
gi|84966 : ATAAAGAGA--------ATACCATGGTAGTGTCTAAT------A---TCATCAACTT-CATCAGGTTCGG-----TAC---GAAAA-AGA
gi|84967 : ATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAATAT-TATCAGATGAG
gi|84968 : TAAATAGA-A--------GT-TCATGTTAGTGTCTAAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTACGG-C-
gi|84969 : aATAAAGGGA--------ATGCCATGTTAATGGCTGAT------A---TAAACAACTT-CATCAGGTTCGG-C---AA----GAAAA-AAA
gi|84970 : ATAAATAGA--------ATACCATGTAAATGTCTGATATAATAA---TTATCAACTT-TATCAGGTTCGG-C----AC---GAAAA-AAA
gi|84971 : ATAAATAGA--------CTACCATGTAAAAGTCTGAT------A---TAATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----AAAAA-AA
gi|84972 : ATAAAAGGA--------ATACCATGTAAGTGTCTAAT------A---TTATCAACTT-CATCAGGTTTGG-C----AC---GAAAA-AAA
gi|84973 : ATAAAGAGA--------ACACCATGTAAGTGTCTAAG------A---TTATCAACTT-TGTCAGGT
gi|84977 : TATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GATAT-AAA
gi|84978 : TAAAGAGA--------ATACCATGTCAGTGCCTGAT------AGT-CTATGAAATG-TATCAGGTGAAG-T-T-GA----GAAAA-GAA
gi|84981 : ATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACAT-TATCAGGTTAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84982 : ATAGAGA--------ATACCATGTTAATGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCACTTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AA
gi|84983 : ATAAAGA--------ATACCATGTAAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T
gi|84984 : ATAGAGA--------ATACAATA--AGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCGGGTGAGG-C-T-TG----GA
gi|84985 : ATAGAGA--------ATACCATGTAAACGTCTAAT------A---TTATCAACTT-TATCAAGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-TAA
gi|84986 : ATGAAAA--------ATACCATGTAAGTGTCTGAT------A---T---CAACTT-TATCAGGTGAGG-T-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84987 : ATAGATA--------ATACCATGCTAGTGTCTGAT------A---ATATCTACTT-TATCAAGTGAGGTT-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84988 : ATAAAGA--------ATATCATGTTAGTGTCGGAT------A---TTATCAACTT-TATAAGGTGACG-C-T-TG----TAAAA-
gi|84990 : TAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-CATCAGGTGAGT-C-T-TA----GAAAA-
gi|84991 : AGAGA--------ATACTATGTTGATGTCTGAT------A---TTATCAAATT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----AAAAA-
gi|84993 : GAGA--------ATATCATGTTAGTGTCTATT------A---CTATCAACGT-CATCAGGTTCGG-C-A-CG----AAAAA-AAA
gi|84994 : AGA--------ATACCATGTAAGTGTCTAAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTTTGG-C----AC---GAAGA-AAA
gi|84995 : AGA--------ATACCATGTAGATATCTAAT------A---TTATCAACTT-CATCAGGTTCGG-C-A-CG----AAAAA-AAA
gi|84996 : AGA--------ATACCATGTTAATTTCTAAT------A---TTATTAACTT-CATCAGGTTCGG-C----AC---GAAAC-AAA
gi|84997 : AGA--------ATACCATGTAAGCATTTAAT------A---TTTTCAACTT-TATCAGGTTCAG-C-A-T-----GAAAA-AAA
gi|84998 : AGA--------ATACAATATAAGTGTCTAAT------A---TTGTCAACTT-TATCAGGTTCGG-C-A-TG----AAAAA-AAA
gi|85000 : AGA--------ATACCATGTAAGTGTCTGAT------A---TTATAAACCT-TATCAAGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|85001 : AGA--------ATACCTTGTAAGTGTCTAAT------A---TTATAAACTT-TATCAGGTTCGG-C----AC---GAAAA-AAA
gi|85002 : AGA--------ATACCATGTTGGTGCCTGAA------A---GTCTAAATTT-TATCAGGTTAGG---T-TC----GAAAA-AAA
gi|85004 : GA--------ATACCATGTTAGTGCCTGAT------AGAGTTAT---CTT-TATCAGGTGAGG-----TAGGGTGAAAA-
gi|85005 : TACTTTGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCCCGTGAGG-C-T-TA----GAACA-
gi|85006 : CATGTTAGTGTTTGAT------A---TTATCAATTT-TATCAGATGAGG-C-T-TA----GAAAA-
gi|85007 : GTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|85008 : GTCTGAT------A---TTATCAACTT-AATCCGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AA
blockSeqs : GAGAGTGA ATAATA GAG TG GCAC T
blockSeqs : GAGA . GT AC GGGT T
blockSeqs : TG . . T C T
blockSeqs : . . . T C .
blockSeqs : . . . T C .
blockSeqs : . . . T C .
blockSeqs : . . . T C .
blockSeqs : . . . T C .
blockSeqs : . . . T C .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . G . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : TATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
finalCons : TATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
Alignments
lowQualScore : 33333333 111111 111 0 0 222 5555 1
lowQualScore : ........ ...... ... . . ... .... .
lowQualScore : 00000000 222222 333 4 5 111 5555 5
consensus : TATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
Reference ( family-262 ) : TATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84891 : TACACAGAGA--------ATATCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84892 : TATATAGAGAGAGA----ATATCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AA
gi|84893 : TATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGCT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAAG-C-T-TA----CAAAA-AAA
gi|84894 : TACACAGAGA--------ATATCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATAAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84895 : TAAATAGATA--------ATACCATGTAAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84896 : TAAATAGAGA--------ATACCATGTAAGTGTCTGAT------A---TAATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84897 : TATATAGAGA--------TTGCAATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGTGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84898 : TATACAGAGA--------ACACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAAGTT-TATCAGGTGAGG-C-T-GA----AAAAA-AAA
gi|84899 : TACATACAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-T-A-TA----GAAGA-AAA
gi|84900 : TAAATGGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TGTCAGGTGTGG-C-T-TA----GAAAA-
gi|84901 : TACATGTAGA--------ATACCATGTAAGTGTCTGAT------A---TTATTGACTT-GATCAGGTTAGG-C-A-CA----AAAAA-AAA
gi|84902 : TATATAGAGA--------ATACCATGTTATTGTCTGAT------A---TTATCGAATT-GATCAGGTAAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84903 : TAAATATAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---GTATCAACTT-TATCAGGTGAAG-C-T-TA----GAAAC-AA
gi|84904 : TATGTAGATA--------ATACCATTTTAGTGTCTGAT------A---TAATCAACTT-T-TCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84905 : TAAATAGAGA--------ATACCATGCTAGTGTCTGAT------A---TTATCAGCTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T
gi|84906 : TAAATAGAGA--------ATATCATGTAAGTGTCTGAT------A---TTAGCAACTT-TATCAGGTTAGG-C-T-CA----GAAAA-AAA
gi|84907 : TAAATAGAGA--------ATACCATGTTTGTGTCTGAT------A---TCATCAACCT-TATCAGGTTAGG-C-T-TA----GAAAATAAA
gi|84908 : TACATAGATA--------ATACCATGTTATTGTCTGAT------A---TTATCAACGT-TATCAGGTGAGG-C---TA----GGAAA-AAA
gi|84909 : TAAATAGAGA--------ATATCATGTTAGTGTCTGAT------A---TCATTAACTT-TATCAGGTGAGA-C-T-AA----GAAAATAAA
gi|84910 : TAAATAGAGA--------ATATTATGTTAGTGTCTGAT------A---TCATTTCCTT-TATCAGGTGAGA-C-T-AA----GAAAA-AAA
gi|84911 : TGTATAAAGA--------ATACCCTGTTATTGTCTAAT------A---TTATCAGCTT-TATCAGGTGAGG-T-T-TA----GAAAA-AGA
gi|84912 : TATATAGAGA--------AAACCATGTTAGTGCCTGAT------A---TTACCAAATT-TATCAGTTGAGG-C-T-GA----GAAAA-
gi|84913 : TAAATGGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAA------G---TTATCAATTT-TATCAGAGGAGG-C-T-TA----GAAAA-AA
gi|84914 : TAAACAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTTAT------A---TTATCAGCTT-GATCAGGTGAAG-C-T-TA----GAATA-AAA
gi|84915 : TATATAGAGAGAGAGTGAATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TCATCAAATT-TATCATGTGAGG-C-T-TG----GAAAA-AGA
gi|84916 : TAAATAGAAA--------ATACCATGTAAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGTTGATG-C-T-TA----GAATA-
gi|84917 : TAAATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGG
gi|84918 : TAAATACAGA--------ATAGCATGTTAGTAGCTGAT------A---TTCTCAACTT-TATCAGGTGAGG-A-T-TA----GAAAA-AA
gi|84919 : TAAATAGAGA--------ATACCATGTTAATGTCTG--------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAAG-C-T-
gi|84920 : TATAAAGAGA--------ACACCATGTTAGTATCTGGT------A---TTATCTATTT-TATAAGGTGAAG-A-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84921 : TATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TACCA
gi|84922 : TAAATAGAGA--------ATACCATGTTAATGTCCAAT------A---TTATCAACTT-TTTCAGGTGAAG-C-T-
gi|84923 : TATATAGAAA--------ATACCATGTAAGTACCTGAT------A---GTCTTAACTT-TATCAGGTGAGG-A----A----GAGAA-AAA
gi|84924 : TATATAGAGA--------ATACCATGTTATTGTCTGAT------A----TA--AACTT-TATCAGGCGAG
gi|84925 : TAAATAGAGA--------ATAT-ATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATC-TCTT-TATTTCGTGAGA-C-T-TA----GAAAA-CAA
gi|84926 : TATATAGAGA--------ACACCATGTTAGTGTCAGGT------A---ATCTAAACTT-TATCAGGCGA-G-C-TGGA----GTAAA-AA
gi|84927 : TGTATAGAGA--------ATACAATGTTAGTGTCTGA------------TATCAACTT-TATC
gi|84928 : TATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGCCTGAT------T---TTCTAAAAAA-TTTCAGGTGAGG-C-A-GA----GAATA-AA
gi|84929 : TAAACAGAGA--------ATACCTTCTTGGTGTCTGTT------G---TTAAAAAATT-TACCAGGTGAGG-C-T-TA----GA
gi|84930 : TATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT-------------------T-TATCAGTTGAGG-----TG----GAGGA-AAA
gi|84931 : TATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTTAT------A---TTATTA
gi|84932 : TATATACAGA--------ATACTATGTTAGTGCCTGAA------A---TTCTAAACAT-TATCAGGCGA
gi|84935 : ATATAGAGA--------ATACCTTGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AA
gi|84936 : ATAAATAGA--------ATACCATGTAAGGGTCTAAT------A---TAATCAACTT-TATCAGGTTCAG-C-A-CA----AAAAA-AAA
gi|84937 : ATTTAGAGA--------ATACCATGTTAGTATCTGAT------A---TTACCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84938 : ATAAATAGA--------ACATCATGTAAGTGTCTAAT------A---TTATCAACTT-CATCAAGTTAGG-C-A-CG----AAAAA-AAA
gi|84939 : ATAAAGAGA--------ATACCATGTTAGTATCTAAT------A---TTATCAACTT-CATCAGGTTTGG-C----A----GAAAA-AAA
gi|84940 : ATATAGAGA--------ATGCCGTGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GCAAA-AA
gi|84942 : ATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TCATCAACTA-TATCAGGTGAGG-C-T-AA----GAAAA-AAA
gi|84943 : ATAAATAGA--------ATACCATGTAAGTGTCTAAT------A---GTATCAACTT-TATCAGGT
gi|84944 : ACATAGAGA--------ATATCATATTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGATGAGG-C-T-TA----GAAAA-AA
gi|84946 : ATATAGAGA--------ATACCATGCTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGATGAGG-C-T-TA----TAAAA-
gi|84949 : ATAAAGAGA--------ATGCCATTTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACAT-CGTCAGGT
gi|84950 : ATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAC------A---ATATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----G
gi|84952 : ATAAAGAGA--------ATACCGTTTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTTCCATCAGGTTTGG-C----AC---GAAAA-AAA
gi|84953 : ATAAAGAGA--------ATACCATGTTATTTTCCCAT------A---TTATTAACTT-CATCAGGTTTGT-C-A-TG----AAAAA-AAA
gi|84954 : ATCTAGAGA--------ATAC-ATGTTATTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AA
gi|84955 : ATGTAGAGA--------ATACCATGTAAGTGTCTGAT------A---TTATTAACTT-TATCAGGTGAGA-C-T-TA----GAAAATAAA
gi|84956 : ATAAATAGA--------ATACCATGTAAGTGTCTAAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTCCAG-CAC-CA----AAAAA-AAA
gi|84957 : ATAAAGAGA--------ACACCATGTTAGTGTCTTAT------A---TTATCAATTT-CAGCAGGTTCGG-C-A-TA----AAAAA-
gi|84958 : ATAAATAAA--------ATACCATGTAAGTGTCTAAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGT
gi|84959 : ATAAAGAGA--------ATATCATGATAGTGTCTAAT------A---TTATCAACTT-CATCATGT
gi|84960 : ATATAATGA--------ATACCATATTAGTGTCTGAC------A---TTATCAACTT-CATCAGGTGAAG-A-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84961 : ATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTG-TATCAGGAGAGA-C-T-T
gi|84963 : ATATAGAGATG------ATAA-ATGTAAGTGTCTAAT------A---TTGTCAACTT-TATCAGGTTAGG-C-G-CA----AAAAA-AA
gi|84964 : ATAAAGAGA--------ATATCATGCTTGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATAAGGT-------T-TAGCACGAAAA-AAA
gi|84966 : ATAAAGAGA--------ATACCATGGTAGTGTCTAAT------A---TCATCAACTT-CATCAGGTTCGG-----TAC---GAAAA-AGA
gi|84967 : ATATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAATAT-TATCAGATGAG
gi|84968 : TAAATAGA-A--------GT-TCATGTTAGTGTCTAAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTACGG-C-
gi|84969 : aATAAAGGGA--------ATGCCATGTTAATGGCTGAT------A---TAAACAACTT-CATCAGGTTCGG-C---AA----GAAAA-AAA
gi|84970 : ATAAATAGA--------ATACCATGTAAATGTCTGATATAATAA---TTATCAACTT-TATCAGGTTCGG-C----AC---GAAAA-AAA
gi|84971 : ATAAATAGA--------CTACCATGTAAAAGTCTGAT------A---TAATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----AAAAA-AA
gi|84972 : ATAAAAGGA--------ATACCATGTAAGTGTCTAAT------A---TTATCAACTT-CATCAGGTTTGG-C----AC---GAAAA-AAA
gi|84973 : ATAAAGAGA--------ACACCATGTAAGTGTCTAAG------A---TTATCAACTT-TGTCAGGT
gi|84977 : TATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GATAT-AAA
gi|84978 : TAAAGAGA--------ATACCATGTCAGTGCCTGAT------AGT-CTATGAAATG-TATCAGGTGAAG-T-T-GA----GAAAA-GAA
gi|84981 : ATAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACAT-TATCAGGTTAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84982 : ATAGAGA--------ATACCATGTTAATGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCACTTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AA
gi|84983 : ATAAAGA--------ATACCATGTAAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T
gi|84984 : ATAGAGA--------ATACAATA--AGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCGGGTGAGG-C-T-TG----GA
gi|84985 : ATAGAGA--------ATACCATGTAAACGTCTAAT------A---TTATCAACTT-TATCAAGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-TAA
gi|84986 : ATGAAAA--------ATACCATGTAAGTGTCTGAT------A---T---CAACTT-TATCAGGTGAGG-T-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84987 : ATAGATA--------ATACCATGCTAGTGTCTGAT------A---ATATCTACTT-TATCAAGTGAGGTT-T-TA----GAAAA-AAA
gi|84988 : ATAAAGA--------ATATCATGTTAGTGTCGGAT------A---TTATCAACTT-TATAAGGTGACG-C-T-TG----TAAAA-
gi|84990 : TAGAGA--------ATACCATGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-CATCAGGTGAGT-C-T-TA----GAAAA-
gi|84991 : AGAGA--------ATACTATGTTGATGTCTGAT------A---TTATCAAATT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----AAAAA-
gi|84993 : GAGA--------ATATCATGTTAGTGTCTATT------A---CTATCAACGT-CATCAGGTTCGG-C-A-CG----AAAAA-AAA
gi|84994 : AGA--------ATACCATGTAAGTGTCTAAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTTTGG-C----AC---GAAGA-AAA
gi|84995 : AGA--------ATACCATGTAGATATCTAAT------A---TTATCAACTT-CATCAGGTTCGG-C-A-CG----AAAAA-AAA
gi|84996 : AGA--------ATACCATGTTAATTTCTAAT------A---TTATTAACTT-CATCAGGTTCGG-C----AC---GAAAC-AAA
gi|84997 : AGA--------ATACCATGTAAGCATTTAAT------A---TTTTCAACTT-TATCAGGTTCAG-C-A-T-----GAAAA-AAA
gi|84998 : AGA--------ATACAATATAAGTGTCTAAT------A---TTGTCAACTT-TATCAGGTTCGG-C-A-TG----AAAAA-AAA
gi|85000 : AGA--------ATACCATGTAAGTGTCTGAT------A---TTATAAACCT-TATCAAGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|85001 : AGA--------ATACCTTGTAAGTGTCTAAT------A---TTATAAACTT-TATCAGGTTCGG-C----AC---GAAAA-AAA
gi|85002 : AGA--------ATACCATGTTGGTGCCTGAA------A---GTCTAAATTT-TATCAGGTTAGG---T-TC----GAAAA-AAA
gi|85004 : GA--------ATACCATGTTAGTGCCTGAT------AGAGTTAT---CTT-TATCAGGTGAGG-----TAGGGTGAAAA-
gi|85005 : TACTTTGTTAGTGTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCCCGTGAGG-C-T-TA----GAACA-
gi|85006 : CATGTTAGTGTTTGAT------A---TTATCAATTT-TATCAGATGAGG-C-T-TA----GAAAA-
gi|85007 : GTCTGAT------A---TTATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AAA
gi|85008 : GTCTGAT------A---TTATCAACTT-AATCCGGTGAGG-C-T-TA----GAAAA-AA