lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 1111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000 333333 111 111 2222 222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222222222 1111111111111111 555555555555555555555555555555555 111111111111111111 111111111 111111111111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 11111111111111 222222 1111111111111111111111111111 111111 111 11111111 22222222222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222 11 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111111111111111 222222222 111 11 11 222222222 111 111 3333333333 44 4 1 444444 4 222 4
lowQualScore : 44444 2222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 777 4 2 222222 999 111 888 8 4 8888 66 8888 8 99 7 9 555 5 1 5 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 555 7 666 55 7 3 3333333333 6666 66666 1 5 2 8 99999999999999 55 2 7777777777777777 2 2 2 666666666666666666666666666666666 1 1 1 11 33 666666666666666666 444444 1 000000000 222 1 111111111111111 2 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 555 3 6666 7 44 0 77777777777777 333 444444 555 1 55 444 3333 22 6666666666666666666666666666 33 5555 333333 11 222 8888 33 1 555555 44444444 1 66666666 1 33333333333333333 2 2 444 1 5555555555555555555555555555555555555555555555 444 333 2 22 2 33 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7777 1 22 22 1 66666666666666666666666666 33 22 1 11 1 1 1 555555555 1 1 8 1 22 2 777 00 77 11 5 111111111 4 99999999 4 66 4 5 66 555 88888 000 9999999999 7 66 6 6 6 0 5 222222 0 111 0
lowQualScore : ..... .... ...................................................... ... . . ...... ... ... ... . . .... .. .... . .. . . ... . . . ................................................................ ... . ... .. . . .......... .... ..... . . . . .............. .. . ................ . . . ................................. . . . .. .. .................. ...... . ......... ... . ............... . . ............................................................................................................ ... . .... . .. . .............. ... ...... ... . .. ... .... .. ............................ .. .... ...... .. ... .... .. . ...... ........ . ........ . ................. . . ... . .............................................. ... ... . .. . .. ....................................................................................... .... . .. .. . .......................... .. .. . .. . . . ......... . . . . .. . ... .. .. .. . ......... . ........ . .. . . .. ... ..... ... .......... . .. . . . . . ...... . ... .
lowQualScore : 33333 1111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 000 4 4 666666 111 444 555 9 4 6666 99 5555 2 22 7 9 222 0 4 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 555 3 444 00 2 6 8888888888 5555 22222 9 3 7 6 44444444444444 22 4 1111111111111111 4 1 1 444444444444444444444444444444444 5 3 3 88 11 777777777777777777 888888 2 777777777 222 2 000000000000000 9 2 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 1 1111 5 88 4 88888888888888 333 333333 222 8 66 888 5555 22 7777777777777777777777777777 99 7777 111111 99 444 0000 77 3 000000 44444444 2 44444444 8 88888888888888888 4 4 111 8 2222222222222222222222222222222222222222222222 111 999 4 77 7 77 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0000 7 33 22 5 55555555555555555555555555 77 00 5 99 2 2 3 666666666 4 5 1 9 99 2 111 22 99 99 0 666666666 4 22222222 4 11 4 4 99 666 88888 888 0000000000 3 00 0 0 0 0 0 000000 0 000 0
consensus : NNNNACTA-TACGATGACGTGCATTG----TCT--------T--------------G--------------A---------------GTTCAATACA--GGT-CACGTG-AA-ACATT---GTTT---ATAACATTCGAA-AAGGATGNNGACA--TAT----ATACTCATT--CAGACAGACAAGGTGAT--GTGAA-CCCAG-A-------NT------GT---ATA---GG-TGT-CTT--CTTC-T-ATTGTA----A--NA--TATTT-T-T-G---T--GNAA-AGT--TTNAAAN-CTG----T-----ACTGTG-A-A-A-C---TT-T--TT-GA-GTTA-T-C----G---C-G---T-C-ACAA--CAAAA----ATG---T--TCAN---C-----AC-AACAA-AGA-T--G--TTGA----C-----G-----TA------C-A--------GA---CA-GACAGACAAG--G-T-GA---TG--TG-AACCCAGA--------A-T-TAT---T----A----TA-G--T----GT-CT-T------CC--TT--T-TATT-GTA-G--AGTAT-TTT---TG--TG-CAAAGT--------TT--GAAA-AC----TGTACNGTGAAAANTCT---------T-T--GAG---TTA--NC-GC---GT-CA-NA---AC----AA--AAA----TGT---C----C--A---C----A--A----CAA-----AGAT--G--TTG----A--C-ATA------CA--------GAC-AGACAGA-------CAAG-GT--------GCTG---T-G-A-A---CCCAG-----AN------TTTATA-C---AC----T-TC-TG---------C---CTC--T-TA-TT-G--TA-GA-GT----A-CANT---T---G--TGCA-AAGT--TT-CAAA-A-CT-G-T------A-CG-A--TA----A----AACNTT---TT---GA-G--TTA--T-C----G---------------------CG--TCA--CAA-CG-AAA-ATGT-T-GA-C----GG-ACAGAC-GGA-CGGACGGA--CA-A--GGTGAT-TACT--ATNGGG-CA--T-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGCT----GAAGT-CATATGAAAGTCTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTTTTACATGTATAATATAAATGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCAGAGTGATGTCA
Reference ( gi|1 ) : TTAAACTATTACGATGACGTGCATTG----TCT--------T--------------G--------------A---------------GTTCAATACA--GGT-CACAT--AG-GCATT---GTTT---ATAGCATTTGAA-AAGGATAAAAATA--TAC----ATACTCATT--CAGAAAGACAAGGTGAA--GTGAA-CCCAG-A-------CT------GT---GTA---GG-TGT-CTT--TTTC-TCATTGTA----A--CA--CATTT-T-T-G---T--GGAA-AGT--CTAAAAT-CTG----T-----ACTGTG-A-A-A-C---TT-T--TT-GA-ATTA-T-T----G---C-A---T-C-ACAA--CAACA----ATA---T--TCAG---C-----AC-AACAA-AGA-T--G--TTGG----C-----G-----TA------C-A--------GA---CA-GACAGACAAG--A-T-GA---TA--TG-AACCCAGA--------A-TATAT---T----A----TA-G--T----GT-CT-T------CC--TT--T-TATT-GTA-G--AGCAT-TTT---TA--TG-GAAAGT--------TT--GAAA-AC----TGTACAGTGAAAAATCT---------T-T--GAG---TTA--AT-GC---GT-CA-TA---AC----AA--AAA----TGT---C----C--A---T----A--A----CAA-----GGAT--G--CTG----A--C-ATA------CA--------GAC-AGACAGA-------AAAG-GT--------ACTG---C-G-A-A---CCCAG-----AT------TTTATA-C---AC----T-TC-TG---------C---CTC--T-TA-AT-G--TA-GA-GT----A-CAAT---T---G--TGCA-GAGT--TT-CAAA-A-CT-G-T------A-CG-A--TA---CA----AACGTT---TT---AA-G--TTA--T-C----A---------------------CA--TCA--CAA-CG-AAA-ATGT-T-GA-A----AG-ACAGAC-GGA-CGGACGGA--CA-A--TGTGAT-TACT--ATAAGG-CA--T-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGCT----GAAATTCATATGAAAA-CTTCCTGATATAGTGGAAATTCAGGTTTGTTCAAATCATGACCACCACTAGGGGATAGAAATTTTATATGCA-AATATAAAGGGAAAAT-CTTC-AAAAATCTTCTCA-AGAACCATATTGAT-TCAGAAGAGTGGATATTTGTTTGAAACCTTACTGATATGGAGTAGATTCAAGTTTGTG
gi|19 : ACTA--ACAATGATGTGCATTG----TCT--------TAAAGTTTATTGAATG--------------A---------------GTTTAATAAA--GGT-CTCAT--AA-ACATT---GTTT---ATAACTTTTGAA-AAGGATAA----A--TAT----ATACTCATT--C
gi|7 : ttaacctcgtataactacaccaagcccgatcgagtttgtttACTAGTA--ATGACGTGCATTA----TTTCAATTGGAT--------------G--------------A---------------ATTCAAAACATTGGTGTACAT--Atggtgggcaacatattacaattctaacattcaaattgaattatctccctttgacaattttcacgctaagacaa
gi|36 : cttattcttagcagaaaagatgcggtgcagattatcacagtgcagtactacgtccgtggggatccattacggtcaaggagcaaatcatttaggaattttaatgaatagggtacacccctttgaaatctattatgtggactttgtttattaggtgagacagttcattaaggtgtaatgtgcaaggaatacataattcaatatataatttacatttgaatctacctccaatttccaactgcacgacagaaatttaacttagataccgaggtcgatcgagattgttgATTGGGAT-ACGTGCCTTGGTTATAT--------T--------------G--------------A---------------ATTCAATACA--TGT-CGCCT--CGAACATT---TTTTCACAAAACATTCGAattatcaaacagactaaatatatat
gi|3 : ggatgtcagaacttttaactgttaaccgacccgatcgagagtttattgACTATGACGTGCATTG----TCT--------T--------------A--------------AAAGTTTATTGAATAGGTTCAATACA--AGT-CACATG-AA-ACATTATAGTTT---ATAACATTCGAA-AAGAAT--AAATA--TAT----ATCCTCTTT--CTGATGGGCAAca
gi|16 : ttatcaattttaccaacatacatgaatctttagcattcgtatttgcatacatgggtgggcagattctcttattcctagtagaaacataccatgtatgcgctacaaaatttcttaagaaatatcaaaataaatcgtagatctaccatacttacgtagcgcatgggacttttccgtcaatgagtgcgtcattgaatagggcacactcacttgaaataaattttgtgagcatgtttattagataaaacagttcactaaggtttcataagtaaagaatacataattcatagcgtaattacgtaaatcacttctaaactccaatgggatgtcagaaatttaacctcgtataccgaacccgatcgatattttttttttcaaATAACGTGCCTTG----TTTATAT----T--------------G--------------A---------------ATTCAATACA--TGT-CGC-TCGAA-ACATT----TTTCA-AAAACATTCGAC-AAaccttatttactatacaatacaggtctaatatttaaatcgaattatctccctttgccaatgttgaatatacaaaatcacaacaaagatgttggcatacagacaaag
gi|22 : gcacacaagtgtaactaaatctcattgcatggataataagaacggattactggtacaaaaaagtggtgcataatttgatgcataagtaacatttgaaccgacctccagtttgcagccggatgtcagaactttaacctcgtataccgaacccgatcgagagtttattgacttggaATGACTTGTATTG----TCT--------TAAAGTTTATTGAATG--------------A---------------GTTCAATACA--AGT-CATGTG-AA-ACA-T---GCTA---ATAG---TTGAc
gi|12 : cttcaatctgcaaccggatgtcagaaatttaacctcatatactaaactcgatcaatgaatttttttactaacaatTGTCGTGTATTG----TCT--------T--------------AGAGTTCATTGAATAA---------------GTTCAATACA--AGT-CACGTG-AA-ACATTTTAGTTT---ATAATATTCGGA-AAGAATAAATATATTTAT----ATACTCATT--tatttgtaatatatgtattaaacctttatatatcttcagcaagtggtaataat
gi|5 : --------T--------------G--------------A---------------GTTTGATACA--GGT-CACAT--AA-ACATT---GTTT---ATAACATTTGAA-AAGGATAAATATA--TACACATATACTCATT--Cttggtgggcaacaattatttttcatatattcaaattgaattatctctctttgacattgttgaatctaaatctataacaacaaagacgctgacttgcatacagaaagacaaggtgatgtgaacccaggctttatagattgtaaagcattattgtgtaaagtttgaaaattgtacagaca
gi|2 : catgggtgggcagtttcccttattcctagcagaaacataccctgtatgcgctacaaaataaaaaaaaagattaaaagtaccgtacttacgtaaagtatggggcttttccgtcagtgaacacgccattttaaattttttgccgacaaatgaatagggcacactcatttgaactatattttgtgagcatgtttattagaccgaacagttcactagggtgtcatgtttaaagaatacgcaattcattcatagcgtaactttcctctagtttgccacaggatgtaagaactttaacctcgtataccaagcccgattgattagacatgcaccgtcgtaaagtttattgaa--------T--------------G--------------G---------------ATTCAATACA--GGT-CACATG-AA-ACATTATAGTTT---ATAACTTTCGAA-AAGAAT--AAATT--TAT----ATACTCATT--CTGAAGAGCAAtggtgggcaacaattatattcaaattgaattatctccctttcacaatattcacgctgacatgcatacagaaagacaa
gi|11 : tatcaattttaccaacatacatgaatctttagcattcgtatttgcaataatgcatatgggtgggcattttcccttattcctagcagaaacgtaccatgtatgcgttacaaaaattcataagcaaataacaaagtagatttaccatacttacgtaaagcatggggcttttccgtcaatgagcacgccatttcagaattttcgccgacaaatcaatagggaacacttatttgaaatctattttgtgagcatgttattatatcgaacagttcactaaggagtcatgtgtaaagaatacataattcatagcgtaaattacgtaaatcacacgtttaaacttttttccaattgcaaccggatgtaaaaaaaattaaccttatatataccgaaccccagcgagattttttatttttttttttacaaacacttaaaagtttactgaaATT---GTTT---AT--CACT--AC-AAAGATGTTGACA--TAT----ATA-----T--C-GACAGAAAAGGTGAT--GTGAA-CCTAG-A-------AT------CT---AAA---GA-TGT-CTT--CCTT-TAAATGTA----G--AA--TATTT-C-T-G---T--GAAA-Acaattacagttctaatgttcaaattgaagtgtctccttttgacaatattgaatatataaaatcacaacaaagatgatgacatacatacagacagac
gi|15 : tttgaattacatgtatctcccttcgacaacgttcaactgataaaaaaaaatattacaatttccgacagacatggcgatgtcccagaatttatagagttttcttatttctgtatagtggaaactgagaattatcgcgtctcagaaaaATT---GTTT---AT--CACT--AACAAAGATGTTGACA--TAT----ATA-----T--C-GACAGAAAAGGTGAT--GTGAA-CCTAG-A-------AT------CT---AAA---GGATGT-CTT--CCTT-TAAATGTAG---A--GA--TATTT-TCT-G---T--GAAA-Actgcgatgggatatctcagttatcgcgtaacaa
gi|34 : gataaaaaaaaatattacaatttccgacagacatggcgatgtcccagaatttatagagttttcttttctgtatagtggaaactgagaattatcgcgtctcagaaaaATT---GTTC---A--ACAC--GAC-AAAGATGTTGACA--TAC----ATACAGACTGACAGACAGACAAGGTGA----------TCAGAA-------TT------GTCTAGTA---AA-AGT-TTT--TTTC-CCCCT----------------TTTAT-T-G---T--AGAGTAGT--TTGAAAA-CTGTATAT-----ACTGTG-A-ctgcgaatgggatatctcatgttatcgcgtaacaa
gi|6 : aaaC----ATAC--ATA--CAGACAGACAAGGTGGAC-GTGAAACCCAG-AATTTTACTT------GT---GTA---GG-TAT-GTT--CTTT-T-ATTGTA-------CAAGTATTT-T-TTG---TTTGAAA-AGT--TTGAAATACTA----T-------TGTG-A-A-AAC---TC-T--TTAGC-GTTA-T------G---C-ACAGT-C-ATGA--TAAAA----A-AGAGT--TCAC---C-----AC-AACAA-AGA-T--G--TTGA----C-----A-----TA------C-A--------AA---CA-G---GACAAG--G-T-GC---TA--T
gi|23 : actgtaaaaactctgatttaatcacgtcaaaacaaaaaatggtgcgctataaacaacaatgatgtcgcC----GTAC-CATTAACATACAGACAAGG-GAAACGTGAC-CGCAG-A-------TTTAGCTTGT---ATATATGG-TGTTCTT--CCTT-TTATTGTA----A---------TT-T-T-AAGTT--GAAA-AGTATCT----T-TTG----TTGAAGAGTGTG-A-A-A-CCTCTT-T--TG-GA-GTTA-T-T----AAAAC-G---T-CCATAA--TAAAA----AAA---AA-TCAC---C-----AC-AACAA-AGA-T--G----GA----C-----A-----TAT-----C-A--------TA---CA-AACtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatgttaacgggacagacggaactgacaga
gi|12 : gCATA--CAGAAAGACAAGGTGAT--GTGAA-CCCAG-G-------CT------TT---ATA---G------------------ATTGTA----A--AG--CATTA-T-T-G---T--GTAA-AGT--TTGAAAA-TTG----T-----ACt
gi|9 : tgtcgtgtattgtcttagagttcattgaataagttcaatacaagtcacgtgaaacattttagtttataatattcggaaagaataaatatatttatatactcattttggtgggcaacaattatttttcatatattcaaattgaattatctctctttgacattgttgaatctaaatctataacaacaaagacgctgacttg--CAGACAGACAAAGTGCT--TTGAA-CCCAG-AA------CT----------------------T-CCG--CTTC-TT-TTGTA----GAGTA--CAATT-----G---T--GCAA-AGT--TTCAAAA-CTG----T-----ACGATA-ACA-A-C---TT-T--TT-TA-ATTA-T-C----G---C-A---T-C-AC--------------------------------------AACGA-AAA-T--G--TTGATAGAC-----A-----GA------C-A--------GA---CA-GACAGACAAT--G-T-GC---TG--TG-AACCCAAA--------A-T---T---T----A----TACA--T----TT-CC-G------CC--TC--A-TATT-GTA-G--AATAC-AAT---TG--TG-CACGAT-------------AAA-ACTTTTTTTTCAGTT----ATCTCATCGCAACT-T--GAG---TTA--TC-AC---AT-CA-CG---AC----GA--AAA----TGT---T---------------------------------GAT--G---------------------------------GAC-AGAC-GA-------A----------------CG-----G-A-A---CCCAG-----AA------TTTATC-C---AC----T-TC-TG---------C---CTC--T-TA-agaca
gi|17 : aaaatgttgacggacagaATAGGGCAAT--GTGAA-C--AG-A-------A-------GT----TA---AG-TGT-TTC--CTCCATTATTGTAGGTAA--C-----TTT-C-T-G---T--ACAC-AGT--TTCAAAA-CTG----T-----ACGGCG-G-A-A---------------A-AACA-T-C----G---C-G---T-C-AAAC--CAAAA----ATG-------CGG---------AC-AGAAA-AGA-C--G-----------------------------------------GA---CA-GACAGGTAAACTA-T-AA---TA--T
gi|18 : ttaaaatgtcagtagataccaaaatcacaacaacgattcgttgaccgt---GG-TGT-CTTCCTTTC-T-ATTGTA----A--GG--TGTTT-T-TTG---T--GGAA-G-------------TG----T---------TG-A-ATA-C---TC-T--T--GA-GTTA-T-C----A---CCG---T-C-ATAA--CAA--------G---T--TCAC---CT----AC-AACAA-AAA-T--GATCTGC----C-----A-----TA------C-A--------Gagggttccgcatttcatcgggccctaataaggtgatcattgaa
gi|30 : tacttttaacatctcttgagtatcaccatcaaaactaaatgtcatattacaacaacagatggttgccgatacatacagacaagacagacatgagtgacggtacaaccgattttattcgtaaccttt-T-T-G---T--GCAA-ACTTTCCAGAAC-CTG----T-----ATGATA-A-A-A-C---TT-TTGTT-GA-GTTA-T-CGCTGG---C-A---T-C-ACAA--------------------TCG----------------AA-AAA-T--G---TGA----C-------------------T-A--------GA---CA-GACAGA
gi|54 : gacgggaccagacgaacggagcgtacgaaccagattcatacactttgtgcttcttatttgtagagaaa-T-T-G---T--GCAA-AGT--TTCAAAA-CTG----T-----ACCATA-A-G-AGC---TT-T--TT-GA-GTTA-T-C----A---C-A---T-C-ACgca
gi|11 : aaT-CTG----T-----ATAGTGGA-A-A-C---TG-A-----GA-ATTA-T-C----G---C-G---T-C-TCAG--AAAAA----TTG---T--TTAT---C-----AC-TACAA-AGA-T--G--TTGA----C-----A-----TA------T-A--------TA---TC-GACAGAAAAG--G-T-GA---TG--TG-AACCTAGA--------A-T---C---T----A----AA-GA-T----GT-CT-T------CC--TT--T-AAAT-GTA-G--AATAT-TTC---TG--------------------T--GAAA-AC----TG--CGATGGGATATCT---------C-----AG---TTA--TC-GC---G-----TA---AC----AA--
gi|15 : tttgaattacatgtatctcccttcgacaacgttcaactgataaaaaaaaatattacaatttccgacagacatggcgatgtcccagaatttatagagttttcttattT-CTG----T-----ATAGTGGA-A-A-C---TG-A-----GA-ATTA-T-C----G---C-G---T-C-TCAG--AAAAA----TTG---T--TTAT---C-----ACTAACAA-AGA-T--G--TTGA----C-----A-----TA------T-A--------TA---TC-GACAGAAAAG--G-T-GA---TG--TG-AACCTAGA--------A-T---C---T----A----AA-GGAT----GT-CT-T------CC--TT--T-AAAT-GTA-G--AG-ATATTT---TC--TG----------------T--GAAA-AC----TGCG-AATGGGATATCT---------CAT----G---TTA--TC-GC---G-----TA---AC----AA--
gi|18 : gataaaaaaaaatattacaatttccgacagacatggcgatgtcccagaatttatagagttttcttt----T-----ACTTTT-A-ACA-T---CT-C--TT-GA-GT-A-T-C----A---CCA---T-C-AAAA--CTAAATGTCATA---T--T------------AC-AACAACAGA-T--GG-TTGC----C-----GATACATA------C-A--------GA---CAAGACAGACATG--AGT-GACGGTA--C--AACC--GA--------T-TTTAT---TCGTAACCTTTG-G--T----GT-CT-T------CC--TT--TCTATT-GTA-A--GGTGT-TTT---T---TGTGGAAGTG-------TT--GAA----------TAC---------TCT---------T----GAG---TTATCAC--C---GT-CA-TA---AC----AA--GTT----CAC---C----T--A---C----A--A----CAA-----AAAT--GATCTG----C--C-ATA------CA--------G
gi|44 : ----T-----ACTGTA-A-A-A-C---TT-T--TT-AA-GTTA-T-C----A---C-A---T-C-AAAA--CAAAA----GTT---C--TTA----------AG-AACAA-AGA-T--G--TTGC----C-----A------A------C-A--------TA---C--GACAGA
gi|6 : -----ACTGTA-A-A-AAC---TC-T-----GA-TTTAAT-C----A---C-G---T-C-AAAA--CAAAA----A-A---TGGTGCG---CTATAAAC-AACAA-TGA-T--G--TCGC----C-----A-----TA------C-A--------TA---CA-GACAGACAAG--G-TGGA---CG--TGAAACCCAGA--------ATTTTACTTGT----G----TA-G-------GT-ATGT------TC--TT--T-TATT-GTACA--AGTAT-TTTTTGTT--TG-AAAAGT--------TT--GAAATAC------TATTGTGAAAACTCT---------T-TA-GCG---TT---AT-GCACAGT-CA-TG---AT----AA--AAAAG--AGTTCAC----C--A---C----A--A----CAA-----AGAT--G--TTG----A--C-ATA------CA--------AAC-AG---GA-------CAAG-GT--------GCT
gi|42 : -----ACTGTA-A-A-A-A---TTCT--TT-GA-GTTA-T-C----A---C-G---T-C-AAAA--CAAAA----ATG---T--CCAT---A-----AC-AACAA-AGA-T--G--TTGC----C-----A-----TA------C-A--------TA---CA-GCCAGACAattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatgttaacgggacagacggaactgacaga
gi|41 : -----ACTGTA-A-ACA-T---TC-T--TT-GA-GTTA-T-C----A---C-CC--T-C-AAAA--CAAAA----ATG---T--TCAT---A-----AC-A-CAA-AGA-T--G--TTTG----CCATACA-----TA------C-A--------TA---CA-GACAGACAgac
gi|12 : -C---TC-T--TT-GACATTG-T-T----G---A-A---T-C--TAA---ATCT----ATA-------------------AC-AACAA-AGA-C--G--CTGA----C-----T-----TG------C-A--------TA---CA-GAAAGACAAG--G-T-GA---TG--TG-AACCCAGG--------C-T---T---T----A----TA-G-------------------------------ATT-GTA-A--AGCAT-TAT---TG--TG-TAAAGT--------TT--GAAA-AT----TGTACAG
gi|2 : tgtcgtgtattgtcttagagttcattgaataagttcaatacaagtcacgtgaaacattttagtttataatattcggaaagaataaatatatttatatactcattttggtgggcaacaattatttttcatatattcaaattgaattatct-C---CT-T--TT-GACAATA-T-T----G---A-A---TAT-ATAA------A----AT--------------C-----AC-AACAA-AGA-T--G--ATGA----C-----A-----TA------C-A--------TA---CA-GACAGACaca
gi|11 : tatcaattttaccaacatacatgaatctttagcattcgtatttgcaataatgcatatgggtgggcattttcccttattcctagcagaaacgtaccatgtatgcgttacaaaaattcataagcaaataacaaagtagatttaccatacttacgtaaagcatggggcttttccgtcaatgagcacgccatttcagaattttcgccgacaaatcaatagggaacacttatttgaaatctattttgtgagcatgttattatatcgaacagttcactaaggagtcatgtgtaaagaatacataattcatagcgtaaattacgtaaatcacacgtttaaacttttttccaattgcaaccggatgtaaaaaaaattaaccttatatataccgaaccccagcgagattttttatttttttttttacaaacacttaaaagtttactgaatggattcaatacaggtcacatgaaacattatagtttataactttcgaaaagaataaatttatatactcattctgaagagcaacaattacagttctaatgttcaaattgaagtgtct-T--TT-GA-ATTA-CAT----G---T-A---T-C-TCCCTTCGACA----ACG---T--TCAA---CTG---AT-AAAAA-AAAAT--A--TT-------------------A------C-A---------ATTTCC-GACAGACATG--G-C-GA---TG--T----CCCAGA--------A-T---T---T----A----TA-G--A----G----------------TT--T-TCTT-----------AT-TT-----------------------------------C----TGTATAGTGGAAA--CT---------G-A--GAA---TTA--TC-GC---GT-CT-CA---GA----AA--AAT----TGT---T----T--A---TC---ACTA----CAA-----AGAT--G--TTG----A--C-ATA------TA--------TAT-CGACAGA-------AAAG-GT--------GATG---T-G-A-A---CCTAG-----AA------TCTAAA-G---AT----G-TC-TT---------C---CTT--T-AA-AT-G--TA-GA-AT----A-TTTC---T---G--TG-------------AAA-A-CT-G----------CG-A--TG----G----GATATC---TC----A-G--TTA--T-C----G---------------------CG--TAA--CAA-
gi|10 : -ACAA---AACA----AAG---T--TCAC---C-----AC-AACAG-AGA-T--G--TTGA----C-----A-----TA------C-A--------GA---CA-GACAGACAAG--G-T-G
gi|21 : -ACAA---AACA----GT-------TCAC---C-----AA-AACAA-AGA-T--G--TTGA----C-----A-----TA------C-A--------GA---CA-GACActgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatgttgacggacagatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|3 : A----ATA---T--ACAAAATC-----AC-AACAA-AGA-T--G--TTGG----C-----A-----TA------C-A--------GA---CA-AAaggtgcctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatattgtggacagacggactgacagacaa
gi|34 : ttatcaattttaccaacatacatgaatctttagcattcgtatttgcatacatgggtgggcagattctcttattcctagtagaaacataccatgtatgcgctacaaaatttcttaagaaatatcaaaataaatcgtagatctaccatacttacgtagcgcatgggacttttccgtcaatgagtgcgtcattgaatagggcacactcacttgaaataaattttgtgagcatgtttattagataaaacagttcactaaggtttcataagtaaagaatacataattcatagcgtaattacgtaaatcacttctaaactccaatgggatgtcagaaatttaacctcgtataccgaacccgatcgatattttttttttcaaactatgacgtgcattgtcttaaaagtttattgaataggttcaatacaagtcacatgaaacattatagtttataacattcgaaaagaataaatatatatcctctttctgatgggcaaaccttatttactatacaatacaggtctaatatttaaatcgaattatctccctttgccaatgttgTG---T--TCAA---C-----AC-GACAA-AGA-T--G--TTGA----C-----A-----TA------C-ATACAGACTGA---CA-GACAGACAAG--G-T-GA---T----------CAGA--------A-T-TGT---C---------TA-G--TAAAAGT-TT-TTTTCCCCC--TT--T-TATT-GTA-G--AGT-------------------AGT--------TT--GAAA-AC----TGTATAg
gi|53 : aaaatCAT---C-----AC-AACAA-TAA-T--G--TTGA----C-----G-----GA------C-A--------GA---CG-GACGGACG------------------G-AATCCAAA--------A-TTTAT---tactgtga
gi|64 : cgCAC---C-----AC-AACAA-AGA-T--G--TTGA----A-----A-----TA------C-A--------GA---GA-GACAaca
gi|17 : agttga---C-----AC-AACAA-CGA-TTCG--TTGAC---C-----G-----TA------T-A--------G-------GGCA-------------A---TG--TG-AA--CAGA--------A----GT---T----A-----A-G--T----GT--T-T------CC--TCCAT-TATT-GTA-GGTAAC-T-TTC---TG--TA-CACAGT--------TT--CAAA-AC----TGTACGGCGGAAAAAC--------------------------ATCGC---GT-CA-AA---CC----AA--AAA----TGC---G----G--A---C----A--G----AAA-----AGAC--G----G----A--C-AGA------CA--------GGT-AAACtggt
gi|61 : ttaaaatgtcagtagataccaaaat-----AC-AACGA-AAA-T--G--TTG------------------A------C-A--------GA---CA-GACGGACAtataatatagggttccgcatttcatcgggccctaataaggtgatcattgaa
gi|68 : -----AC-AACAA-AGG-T--G--TTGC----C-----A-----TA------C-A--------TA---CA-GACAcacaaacagggtgctg
gi|24 : gtccata-AACAA-AGA-T--G--TTGC----A-----A-----TATCTGGCC-A--------GA---CA-GACAGACAAG--G-T-G
gi|9 : caccaA-AAA-T--G--TTGA----C-----G-----GA------C-A--------GA---CA-GACAGACAAA--G-T-GC---TT--TG-AACCCAGA--------A---------------------------------CT-T------CCGCTT--C-TTTT-GTA-G--AGTAC-AAT---TG--TG-CAAAGT--------TT--CAAA-AC----TGTACGATAACAACTTT---------T-T--TAA---TTA--TC-GC---AT-CA-CA---AC----GA--AAA----TGT---T----G--A---T----A--------------------------G----A--C-AGA------CA--------GAC-AGACAGA-------CAAT-GT--------GCTG---T-G-A-A---CCCAA-----AA------TTTATA-C---AT----T-TC-CG---------C---CTC--A-TA-TT-G--TA-GA-AT----A-CAAT---T---G--TGCACGA-------TAAA-A-CT-T-TTTTTTCA--G-T--TATCTCATCGCAAC------TT---GA-G--TTA--T-C----A---------------------CA--TCA--CGA-CG-AAA-ATGT-T-GA-T----GG-ACAGAC-GAA-CGGActgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaacacgaaaatattgatggaagacggactgacagacaaggtgct
gi|29 : A-AAA-T--G--TTGA----C-----G-----GA------C-A--------GA---CA-GACAGACacccagaatttatccacttctgcctctta
gi|71 : aaatgtagacggacagacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngA-AAA-T--G--TTGA----C-----G-----GA------C-G--------GA---CA-GACAGACAGG--G-T-Gggaca
gi|58 : A-AAA-T--G--TTGA----C-----G-----AA------C-AACGGACT-GA---CA-GACAAACAAG--G-T-GC---TA--TG-ct
gi|70 : -AAA-T--G--TTGA----C-----G-----GA------C-A--------GA---CA-GACAGACAAG--G-T-Gccgc
gi|23 : G----C-----G-----TA------CCATT------AA---CA-TACAGACAAG--G---GA---AACGTG-ACCGCAGATTTAGCTTG-TATAT--------A----TG-G--T----GTTCT-T------CC--TT--T-TATT-GTA-------AT-TTT---AAGTTG-AAAAGTATCTTTTGTT--GAAG-A------GT---GTGAAACCTCT---------T-TTGGAGTTATTA--AA-AC---GTCCA-TA---ATAAAAAA--AAA----TCA---C----C--A---C----A--A----CAA-----AGAT--G----G----A--C-ATAT-----CA--------TAC-AAACctg
gi|30 : ---CA-GACGAACGGA--G-C-G----TA--CG-AACC-AGATTC-----A-TACAC---T----T----T--G--T----G--CT-T------C-------T-TATTTGTA-G--AGAA---AT---TG--TG-CAAACT--------TTCCAGAA-CC----TGTATGAT-AAAACTTTTG-------T-T--GAG---TTA--TC-GCT--GG-CA-TC---AC----AA-----------T---C----G--A---A----A--A--------------AT--G---TG----A--C----------TA--------GAC-AGACAGA-------t
gi|54 : gacgggacT---TG--TG-CAAAGT--------TT--CAAA-AC----TGTACCATAAGAGCTTT---------T-T--GAG---TTA--TC-AC---AT-CA-gca
gi|15 : aaC----TGTATAGTGGAAA--CT---------G-A--GAA---TTA--TC-GC---GT-CT-CA---GA----AA--AAT----TGT---T----T--A---TCACTA--A----CAA-----AGAT--G--TTG----A--C-ATA------TA--------TAT-CGACAGA-------AAAG-GT--------GATG---T-G-A-A---CCTAG-----AA------TCTAAAGG---AT----G-TC-TT---------C---CTT--T-AA-AT-G--TA-GA-G-----A-TATTTTCT---G--TG-------------AAA-A-CT-G----------CGAA--TG----G----GATATC---TC---AT-G--TTA--T-C----G---------------------CG--TAA--CAA-c
gi|44 : gataaaaaaaaatattacaatttccgacagacatggcgatgtcccagaatttatagagttttcttttTACTGT-AAAACTTT---------T-T--AAG---TTA--TC-AC---AT-CA-AA---AC----AA--AAG----T-T---C----TTAA---G----A--A----CAA-----AGAT--G--TTGCCA-A--C-ATA------C---------GAC-AGA
gi|56 : TACTGTAAAAATTCG---------T-T--GAG---TTATCAA-G----GT-CA-AA---AC----AA--AAA----TGT---C----C--A---C----A--
gi|42 : ACTGTAAAAATTCT---------T-T--GAG---TTA--TC-AC---GT-CA-AA---AC----AA--AAA----TGT---C----C--A---TAAC-A--A----CAA-----AGAT--G--TTGCCATA--C-ATA------CA--------GCC-AGACAGA-------ttac
gi|41 : ACTGTAAACATTCT---------T-T--GAG---TTATCAC-CC----T-CA-AA---AC----AA--AAA----TGT---T----C--A---T----AACA----CAA-----AGAT--GT-TTGCCATA--C-ATA------CA--------TAC-AGACAGA-------c
gi|43 : ACTGTTAAAACTCT---------T-C--GAG---TTA--TC-AC---GT-CA-AA---AC----AA--AAA----TGT---C----C--A---T----A--ACAG-CAA-----AGTT--G--TTG----C--C-AAA------CA--------TAT-ATACAca
gi|6 : TGTAAAAACT---------C-T--GAT---TTA--ATCAC---GT-CA-AA---AC----AA--AAAATGGTGCG--C----T--A---T----A--AACAACAA-----TGAT--G--TCG----C--C-ATA------CA--------TAC-AGACAGA-------CAAG-GTGG------AC-G---T-GAA-A---CCCAGA----AT------TTT--------AC----T-TG-TGTAGGTATGTT---CTT--T-TA-TT-G--TACAA-GT----ATTTTT---T---GTTTGAA-AAGT--TT-GAAATA-CT-ATT------G-TG-A--------A----AACTCT---TT---AGCG--TTA--TGC----ACAGTCATGATAAAAAAGAGTTCA--CCA--CAA-CA-AAG-ATGT-T-GA-C----AT-ACAAACAGGA-C
gi|18 : acAACATCTC--------T-T--GAG---T----AT--C---AC-CA-TC---AA----AACTAAA----TGT---CATATT--A---C----A--A----CAACAGATGGTT--G--CCG----ATAC-ATA------CA--------GACAAGACAGACATGAGTGACG-GT--------AC---------A-A---CC--G-----AT------TTTATT-CGTAAC----C-TT-TGGTGTCTT--C---CTT--TCTA-TT-G--TA-AG-GT----GTTTTT---T---G--TGGA--AGTG-TT-GAAT-A-CT-C-T--------TG-AGTTA---TC----ACCGTC---ATAACAA-G--T----T-C----A---------------------CC--T-A--CAA-CA-AAA-ATGaaggtgctattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatgttaacgggacagacggaactgacaga
gi|65 : tactttt-T--GAG---TTA--TC-GC---GT-CA-CA---AC----TA--AAA----TGT---atctgccatacag
gi|17 : ---TTA--AA-AT---GT-CAGTAGATAC----CA--AAA----T----------C--A---C----A--A----CAA-----CGATTCG--TTG----A--CCGTA------TA--------G--------------------G-GC--------AATG---T-G-A-A---C--AG-----AA------GTTAAG-T---GT----T-TC----------------CTCCAT-TA-TT-G--TA-G--GT----A--ACT---TTCTG--TACA-CAGT--TT-CAAA-A-CT-G-T------A-CG-G--CG---GA----AA------------AA-----CA--T-C----G---------------------CG--TCA--AAC-CA-AAA-ATGC-G-GA-C----AGAAAAGAC-GGA-CAGACAGG--TA-AACTATAA-----T--ATAGGG-T---T-----CCG-CA---TT---TC-A--T--C-G--GGCCC---TAAT----A-AGGT----GA---TCAT-TGAAtgactgacggacgga
gi|10 : -CA-AA---AC----AA--AGT----TCA---C----C--A---C----A--A----CAG-----AGAT--G--TTG----A--C-ATA------CA--------GAC-AGACAGA-------CAAG-GT--------GCTG---
gi|3 : aA-TAT--AC----AA--AA-----------T----C--A---C----A--A----CAA-----AGAT--G--TTG----G--C-ATA------CA--------GAC-AAAttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatgttgacggacagatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|21 : ttatcaattttaccaacatacatgaatctttagcattcgtatttgcatacatgggtgggcagattctcttattcctagtagaaacataccatgtatgcgctacaaaatttcttaagaaatatcaaaataaatcgtagatctaccatacttacgtagcgcatgggacttttccgtcaatgagtgcgtcattgaatagggcacactcacttgaaataaattttgtgagcatgtttattagataaaacagttcactaaggtttcataagtaaagaatacataattcatagcgtaattacgtaaatcacttctaaactccaatgggatgtcagaaatttaacctcgtataccgaacccgatcgatattttttttttcaaactatgacgtgcattgtcttaaaagtttattgaataggttcaatacaagtcacatgaaacattatagtttataacattcgaaaagaataaatatatatcctctttctgatgggcaaaccttatttactatacaatacaggtctaatatttaaatcgaattatctccctttgccaatgttga---AC----AA--AAC----AGTTCAC----C--A---A----A--A----CAA-----AGAT--G--TTG----A--C-ATA------CA--------GAC-AGAC-----------AAG-GT--------GCg
gi|34 : ----AA--AAT----TGT---T----C--AACAC----G--A----CAA-----AGAT--G--TTG----A--C-ATA------CATACAGACTGAC-AGACAGA-------CAAG-GT--------GATC---A-G-A-ATTGTCTAGTAAAAGT------TTT---------T----T-TC-CC---------C---CTT--T-TA-TT-G--TA-GA-GT--------------------------AGT--TT-GAAA-A-CT-G-T------A-T--A--TA---Cctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatattgtggacagacggactgacagacaa
gi|2 : A--AAA----T----------C--A---C----A--A----CAA-----AGAT--G--ATG----A--C-ATA------CA--------TAC-AGACAGA-------tgtga
gi|68 : tatcaattttaccaacatacatgaatctttagcattcgtatttgcaataatgcatatgggtgggcattttcccttattcctagcagaaacgtaccatgtatgcgttacaaaaattcataagcaaataacaaagtagatttaccatacttacgtaaagcatggggcttttccgtcaatgagcacgccatttcagaattttcgccgacaaatcaatagggaacacttatttgaaatctattttgtgagcatgttattatatcgaacagttcactaaggagtcatgtgtaaagaatacataattcatagcgtaaattacgtaaatcacacgtttaaacttttttccaattgcaaccggatgtaaaaaaaattaaccttatatataccgaaccccagcgagattttttatttttttttttacaaacacttaaaagtttactgaatggattcaatacaggtcacatgaaacattatagtttataactttcgaaaagaataaatttatatactcattctgaagagcaacaattacagttctaatgttcaaattgaagtgtctccttttgacaatattgaatatatGT---C----C--A---T----A--A----CAACAA--AGGT--G--TTG----C--C-ATA------CA--------TAC-AGACAc
gi|24 : ---C----C--A--------A--A----CAA-----AGAT--G--TTG----C--A-ATATCTGGCCA--------GAC-AGACAGA-------CAAG-GT--------GCTG---TTN-N-N---NNNNN-----NN------NNNNNN-N---NN----N-NN-NN---------N---NNN--N-NN-NN-N--NN-NN-NN----N-NNNN---N---N--NNNN-NNNN--NN-NNNN-N-NN-N-N------N-NN-N--NN---NN----NNNNNN---NN---NN-N--NNN--N-N----N---------------------NG--TAA--CA--CG-AAA-ATAT-T-GA-T----GG-A-AGAC-GGA-CTGACAGA--CA-A--GGTG
gi|64 : ca---C----C--A---C----A--A----CAA-----AGAT--G--TTG----A--A-ATA------CA--------GAG-AGACAct
gi|53 : agttgaca----C--A---C----A--A----CAA-----TAAT--G--TTG----A--C-GGA------CA--------GAC-GGACGGA------------------------CG-----G-A-A---TCCAA-----AA------TTTATA-C---Atggt
gi|12 : cgcat--A---C----A--A----CAA-----AGAC--G--CTG----A--C-TTG------CA--------TAC-AGAAAGA-------CAAG-GT--------GATG---T-G-A-A---CCCAG-----GC------TTTATA-G---AT-----------------------------------T-G--TA-AA-GC----A-TTAT---T---G--TGTA-AAGT--TT-GAAA-A-TT-G-T------A-C
gi|14 : tgtcgtgtattgtcttagagttcattgaataagttcaatacaagtcacgtgaaacattttagtttataatattcggaaagaataaatatatttatatactcattttggtgggcaacaattatttttcatatattcaaattgaattatctctctttgacattgttgaatctaaatctata----A--A----CAA-----G-AT--G--CTA----ATTC-ATG------CA--------GA------ATG-------AAAA-GC--------ACTGTCAC-G-GTA---CACAA-----AT------TATTTT-C---A-----T-TA-AG---------C---CT---------T-G--AA-GATATTTTAA-TAAT---T---G----AA-AAGT--TT-CAAA-A-AT---T------A-C--A--TGT--CA----GACAGT---TA---AA-A----A--A-A----A---------------------AA--ACG--CAA-CT-AGG-CTACAT-GA-GCATGAG-ATAGAC-AGA-CAGATGGA--CA-G--GGTGAT-TACT--ACTGGG-CA--T-----CTGACA---T-------A--TGGTGG--GGCCC---TGATCATAACAGCTACTGGTAGTGAATATGAAAGTCTTCagaca
gi|70 : AT--G--TTG----A--C-GGA------CA--------GAC-AGACAGA-------CAAG-GT--------GCTG---
gi|71 : aaAT--G--TTG----A--C-GGA------CG--------GAC-AGACAGA-------CAGG-GT--------GCT
gi|23 : aaaTA----A--C-ATA------CA--------GAC-AA--GGG-------AAAC-GTG-------ACCG---C-A-G-A---TTTAG-----CT------TGTATA-T---ATGGTGT-TC-TT---------C---CTT--T-TA-TT-G--TA-
gi|30 : gcgtaccat------CA--------GAC-GAACGGA----------GCGT--------AC-------G-A-A---CC-AG-----AT------TC-ATA-C---AC----T-TTGTG---------C---TTC--T-TA-TTTG--TA-GA-G-----A--AAT---T---G--TGCA-AACT--TTCCAGA-ACCT-G-T------A-TG-A--TA----A----AACTTTTG-TT---GA-G--TTA--T-CGCTGG---------------------CA--TCA--CAATCGAAAA-ATG--T-GA-CT---AG-ACAGAC-AGA-attttaagttgaaaagtatcttttgttgaagagtgtgaaacctcttttggagttattaaaacgtccataataaaaaaaaatcaccacaacaaagatggacatatcatacaaact
gi|28 : gacgggacA--------GAC-AGACAAA-------CAAG-GTGCTGTGCCGCTG---T-G-G-A---CCCAA-------------TTTATA-C---AC------TC-TG---------C---CAC--T-TA-TT-GTTTA-GG-GT------CAAA---T---G--TGCA-AAGTGGTT-AGAA-A-CCGG-T------ATTA-A--TA----G----AAC-TT---TT---GA-G--TTA--T-C----A---------------------C---TCA--CTA-TC-AAATATGT-T------------ACGGAC-Ggca
gi|51 : aaatcttgaactgaacagaggct--------GAC-AGACAGA-------CGA------------ACGA---C-G-A-A---TCCAG-----ATATGTATCTTAAA-CC--AC----T-TC-CG---------C---CTC--T-TA-aga
gi|33 : aaaatgtttAG-GT--------GCTG-----G-A------CCAG-----AA------GTTAAA-C---AC----TATC-TG---------CGCTCTC--T-CA-A--G--TA-G----------CA-T---T---C--TGCATAAGT--TA-CAAA----T-G--------A-CA-AATTA---AT----AACATTATATTG--AA-GATTTGGTT-C--------------------------CA--TCA--CAA-CG-AAA-ATGT-T-GC-G----A--ACAGAG-GAA-CGGt
gi|39 : AG-----AA------TTTATA-G---AC----G-TC-TT---------C---CTC--T-TATCT-G--TA--A-GT----A-CTTT---T---G--TGCA--CGT--TT-T----A-C----T------A-AT-A--TG---CA----GA---T---TT---A-----TTG----C----A----------------------A--TCATGTGA-CG-AAA-ATGT-T-GA-C----GGAACAGAC-AGA-CG
gi|31 : ----A-CAAT---T---G--AACA-AAGTGATT-C------CT-A-T------A-------------A----GGCTTT---TT---------TTN--T-C----A---------------------TA--TCA--AAA-TG-AAA-ATGA-T-GA-T----GG-ACA-AT-AGA--------A--CA-A--AGTGAT-TCCT--ATAAGG-CT--TTTTTCCCC-CAAATTT---TCAA--T-ACAG--GGCCTTG-TAA-GA-AA-A
gi|54 : AAT---T---G--TGCA-AAGT--TT-CAAA-A-CT-G-T------A-CC-A--TA---AG----AGCTTT---TT---GA-G--TTA--T-C----A---------------------CA--TCA--Catatttgaatgaa
gi|44 : -A-CT-G-T------A-------------A----AACTTT---TT---AA-G--TTA--T-C----A---------------------CA--TCA--AAA-CA-AAA-GTTC-T-TA-A----GA-ACAAA
gi|35 : t-T------A-CG-A--TA---AA----AATAGT---TT---GA-----CA--T-A----G---------------------GA--TCA--CAA-CA-AAA-GTGT-T-GA-C----AG-ACATGT-CGA-CTAATGGA--CA-A----TGAA-TACT--ATCGGG-TT--C-----CCA-TA---TT---TC-A--T-GCAA--GGTCC---TGATGA-GA-A-CT----GAA---CACATGAgatgttgccaacatacgacaga
gi|42 : --TA---AA----AATTCT---TT---GA-G--TTA--T-C----A---------------------CG--TCA--AAA-CA-AAA-ATGT-g
gi|41 : actgA----AACATTCT-TT---GA-G--TTA--T-C----A---------------------CCC-TCA--AAA-CA-AAA-ATGT-T-CATA----AC-ACAAAccataacaacaaagatgttgccatacatacagccagacagac
gi|43 : actgtA----AACTCT---TC---GA-G--TTA--T-C----A---------------------CG--TCA--AAA-CA-AAA-ATGT-gatgtttgccatacatacatacagacagaca
gi|66 : actgttaCATC---TT---GA-G--TTA--T-C----A---------------------CAATTCA--CAA-CG-AAA-ATGT-T-G--------G-ACAGccataacagcaaagttgttgccaaacatatataca
gi|65 : T---GA-G--TTA--T-C----G---------------------CG--TCA--CAA-CT-AAA-ATGT-T----------G-ACTGAC-GGA-CGGA
gi|34 : ---AA-A--TTG--T-T--------------------------CA--ACA--CGA-CA-AAG-ATGT-T-GACATAC-AT-ACAGAC-TGA-CAGACAGA--CA-A--GGTGAT-CA
gi|10 : a---AA-G--TT--------------------------------CA--CCA--CAA-CA-GAG-ATGT-T----------G-ACATAC-AGA-CAGACAGA--CA-A--GGTGgaattgtctagtaaaagtttttttcccccttttattgtagagtagtttgaaaactgtatatactgtga
gi|64 : acaaaacaA-G--TTG---------A---------------------CA--CCA--CAA-CA-AAG-ATGT-T-GA-A----AT-ACAGAG-AGA-Cctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatgttgacggacagatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|2 : TA--T-A----A---------------------AA--TCA--CAA-CA-AAG-ATGA-T-GA-C----AT-ACATAC-AGA-CAGACatggt
gi|53 : tatcaattttaccaacatacatgaatctttagcattcgtatttgcaataatgcatatgggtgggcattttcccttattcctagcagaaacgtaccatgtatgcgttacaaaaattcataagcaaataacaaagtagatttaccatacttacgtaaagcatggggcttttccgtcaatgagcacgccatttcagaattttcgccgacaaatcaatagggaacacttatttgaaatctattttgtgagcatgttattatatcgaacagttcactaaggagtcatgtgtaaagaatacataattcatagcgtaaattacgtaaatcacacgtttaaacttttttccaattgcaaccggatgtaaaaaaaattaaccttatatataccgaaccccagcgagattttttatttttttttttacaaacacttaaaagtttactgaatggattcaatacaggtcacatgaaacattatagtttataactttcgaaaagaataaatttatatactcattctgaagagcaacaattacagttctaatgttcaaattgaagtgtctccttttgacaatattgaata-C----G---------------------CA--TCA--CAA-CA-ATA-ATGT-T-GA-C----GG-ACAGAC-GGA-CGGACGGA--
gi|61 : A--CAA-CG-AAA-ATGT-T-GA-C----AG-ACAGAC-GGA-CACACAAA--CA-G--GGTGatccaaaatttataca
gi|21 : G-AAA-ATAT-T-GT-G-----G-ACAGAC-GGA-CTGACAGA--CA-A--ctg
gi|20 : acaaaacagttcaccaaaacaaagatgttgacatacagacagacaaggtgcctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnG-AAA-ATGT-T-GA--------------C-GTAGCAGACGGA--CA-AA-TGTGAT-TACTGAATTGGG-CA--CG----CCG-CA---AT---TT-G--T-GATGTTGGCCCAATTAAGAA-AA-AG
gi|29 : gaacaaggtggctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnG-AAA-ATGT-T-GA-C----GG-ACAGAC-AGA-CAGACGGA--CA-
gi|71 : aaatgtagacggacagacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-AAA-ATGT-T----------G-ACGGAC-GGA-CAGACAGA--CA-G--GGTG
gi|51 : -AAA-ATGT-TTGA-C----AG-ACAGAC-GAA-C-GACGAATCCAGA--TATG---TATC--TTAAAC-CACTT-----CCG-CC---TC---TT-A--T-ct
gi|70 : AA-ATGT-T----------G-ACGGAC-AGA-CAGACAGA--CA-A--GGTG
gi|59 : AA-ATGT-T-GA-C----GA-ACAGAC-GGA-CTGACAGA--CA-A--ctg
gi|57 : AA-ATGT-T-GA-C----GA-ACAGAC-GGA-CTGACAGA--CA-A--acaaggtgctgtgccg
gi|63 : -ATGT-T-GA-C----GA-ACAGAC-GGA-CTGACAGA--CA-A--accaaggtgctgtgccgc
gi|48 : GT-T-GA-C----AG-ACAGAC-GGA-C-----GA--CA-A--GATGACACACT--AT--GGCCG--T-----GCG-CA---TCATATC-AATT-GCAG--GGCCC---TAATacaaggtgctgtgc
gi|72 : -CA--T-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAAT
gi|67 : A--C-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-TA---CT----AAAAT
gi|50 : AGTTTTACATGTATAATATAAATGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCAGAGTGATGTCAcaat
19 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): AACAATTCTCAACATTTTTCCTGGAATATATAAATCTACAACGTGCGCCTCTTTACAAACATGTACATGGGCGAGTAGTTTCCTTAATTCCTAGTAGAAACACTATGTATACGCTACGAATATCAAAATACAAATGTACTTACGTGAAACATGGGGACTTTTACACTAACGAGCACGCCATTTCGGAATTTGCACCGACGAAACTTCGGTAACATATAATGAATAGTGCACACTCATCTGACATCTATCTTTTAACTTTGTTGTTTAGACGGAACAGTTCACTAAGGTATACTGTGCAAGGGATACATAATTCATTGGAAGCTACGTCCAATTGGCATCTGAATGTCAGACTAGGAATGACATGCATTGTTTTATTGAATAAATTCAATACCCGAAACATTTTCGCATAGAAACAAAAAAGTTGTACGGTAATCTAAACTGGTACGGTAAACTATCTATATATCAATATAATTATTCAATAAATTATCTTCCCTTAACAATGTTCAGTAGATACAAAATCACAACAACGATGTTGACACGTATACGGGCAATG
Unaligned ( gi|8 ): AATTCAATTTTACCAACATACATATACCTTTAACATTCGTATTTGCATACATGGGTGGGCAGTTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACATACCATGTATGCGCTACAAAATATTAAAAGTACCGTACTTACGTAAAGCATGGGGCTTTTCCGTCAATGAACACGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACAAATAAATAGGGCACACTCATGTGAGCATGTTTATTAGATCGAACAGTTCACTAAGGTATCATGTGTAAAGAATACGTAATTCATTCATAGCGTTCCTCCAATTCAAGGTATCACACCGGTAATTATTTTCACTATATGTTTCTATGTAGGAAAAAAAT
Unaligned ( gi|13 ): GTCCATTTTACCAACATGCATGAATCTTTAGCATTCATAATTGCATACATGGGTGGACAGTTCCCCTTATTTCTAGCAGAAACATTCCATGTATGGACTAATTCATAAAAGAATTCAAAATAGATCTACTGTACTTACGTAAAGCATGGGACATTTCCGTCAATGAACACGCCAATTCAGAATTTTTGCCGACAAATGAATAGGGCACACTCATATGAAATCTATTTTGTGAGCATGTTTATCAGACCGAACAGT
Unaligned ( gi|25 ): ATCAATTTTACCAACATAAATAAACCTTTAGCATTCGTATTTGTATACATGGGTGGACAGATTTCCTTATTCCTAGCAGAAGCATACCATGTATGCGATACAAATGTCAATGTACCGTACTTACGTAAAGCAAGGGACTTTTCCGCCAATGAGCCCACCATTTCAGAATTGAATAGGGCACACTCATTAG
Unaligned ( gi|26 ): GCATGGAGCTTTTCCGTCAATAGCACGCAATATTTCACGAAATCTATTCGACTGAATATGATTGGGCAACTCATTTGAATCTTTTTGTGGAGCAATGTCTATTAGATCGAAGTTACAGGTGTCATGTTAAAAACTATATAATGATATTAAACTCTCCTCCAAATTTGCAACTGGATGTCGGAAATCT
Unaligned ( gi|27 ): GGGCACACTCATGTGAGCATGTTTGATATTAGATCGAACAGTTCACTAAAGTTGTCATATGGAAAAAACAAAATTTACATAATTAATTGCGGTAAAATCACATTAAACTTTCCTGGCAATCGGAAATCAGAAATTAAAACCTCGTATTACCGGAGAACCTGCATTTTCGATTT
Unaligned ( gi|32 ): ACTGTGCAGAAATACATATTAATCAATGAATAATTTACATTTGATCTAACCTCCAATTCTCCAAATGCACGACAAATTTAACTAGTAGATACCGAGGTCGATCGAGAATTGTTGACTAGTAATGACGTGCACTTATTTGATTGGA
Unaligned ( gi|37 ): CATGTACATGCGCTACAAAATATCAAAGAACCGTATACGTAAAGCATGAGGTTTTTTCGTCAATGAGCACGCGCCATTTCAGAATTTTCGGTGATAAATTAATGAGTTTGAAAACACTT
Unaligned ( gi|38 ): AATTTTGACATAATACACGAATCTTTAGCATTCGTATTTGCATAGTTTCCTTATCTTAGCGAAAAAACATAATGTACATTAAAAATTTATAAGCAAAAATATCAAACATACCA
Unaligned ( gi|40 ): AAATCCATAAGCAAATTCAAAGTAACTCACTTTTCTAAAACATGAGGCTTTTCCGTCAATTAGCACGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACAAATGAAT
Unaligned ( gi|45 ): CTATTTTGCGAGTAATGTTTCTTAGATCGAACAGTTCATTAAAGTGTCATGTGCAAAGAATACAGAGTTACATTT
Unaligned ( gi|46 ): TCAATTTTACCAACATACATGAACCTTTGGCATTCATATTTGCACACATGGGTGGGCAGTTTCCCTTATTCCTAG
Unaligned ( gi|47 ): TACTAACAATTTTACCAACATACACATGGGTGGGGCAGTTTCCCTTTTCCTAGCAGAACAAAAACATACCATGT
Unaligned ( gi|49 ): TTACCAACATGCATGAATCTTTAGCATTCCTATTTGCATACACGGGTGGGCAGTTTTCTTCTGTATTTCT
Unaligned ( gi|52 ): CCGTTCTTTGATGTGTAATGTACAAGAAATAAATAACTCAATGCATAAGGTATGCTTGAGCCTAC
Unaligned ( gi|55 ): AATAACAAAACAAGTTCCCACACAAGAGTTGACATAGACAGACAAGGTTGCTGT
Unaligned ( gi|60 ): ATGTTGACGAACAGACGGACTGAAGTTAAACAAGGTGCTGTGCCGCT
Unaligned ( gi|62 ): ATGTTGACGAACACACGGACTGACAGACAAACAAGGTGCTGTGCC
Unaligned ( gi|69 ): ACAGACGGACTGACAAACAAGGAGCTGTGCCGCTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 1111 99999999999999999999999999999999999999999999999999 222 111 1111 444444444 1111 1111 111 444 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 1111111111 11111 11111111 88888888888888888888888888888888888 111111111 44444444444444444444444 111 11111111 1111111111 11111111 111111 1111111111111111111111111111111 1111 1111111111 22222222222222222222 1111 11111 111 33333333333 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 1 1 1 1
lowQualScore : 88 0 2222 22222222222222222222222222222222222222222222222222 0 4 9 666 555 4444 555555555 8888 66 0000 777 555 1 666 0 3 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 6 6 2 11 3333333333 5 4 4 77777 2 44444444 3 4 4 66666 8 33333333333333333333333333333333333 4 4 333333333 4 55 4 4 22222222222222222222222 4 2 99999999 1 444 3 44 11111111 3 3 1 2 8888888888 777 333 333 22 22 33 1 3333 33 1 555555 444444 00000000 2222 4444444 44444 1 88888888 22 000000 4 3 44 44 777 55 6666666 11 4 1 666 55 9999999999999999999999999999999 3 2222 555 33 6666 33 2222222222 33 11111111111111111111 2 2 1 3 1 1 1 222 5555 1 5 3 1 6666 77 6 3 55555 4 777 777 4 66 4 3 66 333 3 66 666 00000000000 3 5 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 3 5 5 5 2 2 5
lowQualScore : .. . .... .................................................. . . . ... ... .... ......... .... .. .... ... ... . ... . . .............................................................. . . . . .. .......... . . . ..... . ........ . . . ..... . ................................... . . ......... . .. . . ....................... . . ........ . ... . .. ........ . . . . .......... ... ... ... .. .. .. . .... .. . ...... ...... ........ .... ....... ..... . ........ .. ...... . . .. .. ... .. ....... .. . . ... .. ............................... . .... ... .. .... .. .......... .. .................... . . . . . . . ... .... . . . . .... .. . . ..... . ... ... . .. . . .. ... . .. ... ........... . . ....................................................... . . . . . . . .
lowQualScore : 88 2 1111 88888888888888888888888888888888888888888888888888 9 4 4 222 666 2222 222222222 8888 11 6666 555 555 0 555 0 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7 7 7 5 99 6666666666 0 0 0 00000 1 55555555 6 4 4 77777 9 44444444444444444444444444444444444 4 4 444444444 4 33 4 4 22222222222222222222222 4 9 55555555 0 444 6 66 99999999 6 1 0 5 4444444444 000 555 555 88 00 55 5 1111 44 9 555555 000000 00000000 9999 6666666 33333 9 88888888 99 555555 5 6 33 99 000 55 2222222 11 7 0 444 44 5555555555555555555555555555555 1 4444 444 99 6666 99 7777777777 44 77777777777777777777 7 0 7 3 6 6 6 888 0000 8 7 7 6 1111 99 6 9 66666 4 888 888 4 11 4 7 11 999 0 00 222 44444444444 2 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 0 0 5 5 5 5 0
consensus : NNNNACTAT-ACGATGACGTGCATTG----TCT----T--------------G--------------A---------------GTTCAATACAGGTCACGTGAAACATT-TAGTTT---ATAACATTCGAAAAGG----ATA-AAATA--TATATACTCATTC---CGA-CGGGCAA----GG---CGATGT---CCCAGANTNTATAG-GTGTCTTCTTC------T-ATTG-AACATATTTCTGTGGAAA---TGGAA-CTGTACTGTGAA-A-CTTTTTGAGTTA-TCGC-GTCANAACAAAAT-TGTT-CATC-----AC-AACAA-AGATG-TTG-----ACGTACA--------GACA-GACAGACAAG-GT-GA--CG-TG-AACCCAGAAT-T---------T-T----A------TAG--T----GT-CT-T------C--CTTT-TATTGTA-GAG-TA-TTTT---TG--TG-AAAGT--------TTGAAA-ACTG----TACNGTGAAAACTCTTT--GA-GTTA-TC--G---C-G-TC-ANAACAAAA-A----TGT---CC---A---C---A--ACAAAGAT--G--TT-G----AC--GTA------CA------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGT--GAACCCAG------AATTTATA-CACT-TC-CGC---CTC--TTAT-T-G--TAGAGTACAATT---GTGCA-AAGT--TTC-AAAAC-T-GTA-CGA--T---A-A-AA-C---NTT---T--TGAG---TTA--TC----GC-A--TCA--CA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-A---G----ACGG-ACGGACGGACAAGGTGA--T-TACT--ATNGGGCAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGCT----GAAA-T-CATATGAAAGTCTTCCTGATATAGTGGAAATTCAGGTTTGTTCAAATCATGACCACCACTAGGGGATAGAAGTTTTACATGCATAATATAAANGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCANANTGATGTCA
Reference ( family-777 ) : NNNNACTAT-ACGATGACGTGCATTG----TCT----T--------------G--------------A---------------GTTCAATACAGGTCACGTGAAACATT---GTTT---ATAACATTCGAAAAGG----ATGNNGACA--TATATACTCATTC---AGA-CAGACAA----GG---TGATGTGAACCCAGANTGTATAG-GTGTCTTCTTC------T-ATTGTAANATATTTTTGTGNAAAGTTTNAAANCTGTACTGTGAA-A-CTTTTTGAGTTA-TCGC-GTCACAACAAAAA-TGTT-CANC-----AC-AACAA-AGATG-TTG-----ACGTACA--------GACA-GACAGACAAG-GT-GA--TG-TG-AACCCAGAAT-T-A-------T-T----A------TAG--T----GT-CT-T------C--CTTT-TATTGTA-GAG-TA-TTTT---TG--TGCAAAGT--------TTGAAA-ACTG----TACNGTGAAAANTCTTT--GA-GTTA-NC--G---C-G-TC-ANAACAAAA-A----TGT---CC---A---C---A--ACAAAGAT--G--TT-G----AC--ATA------CA------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGT--GAACCCAG------ANTTTATA-CACT-TC-TGC---CTC--TTAT-T-G--TAGAGTACANTT---GTGCA-AAGT--TTC-AAAAC-T-GTA-CGA--T---A-A-AA-C---NTT---T--TGAG---TTA--TC----GC-G--TCA--CA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-A---G----ACGG-ACGGACGGACAAGGTGA--T-TACT--ATNGGGCAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGCT----GAAG-T-CATATGAAAGTCTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTTTTACATGTATAATATAAATGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCAGAGTGATGTCA
gi|1 : ACTATTACGATGACGTGCATTG----TCT----T--------------G--------------A---------------GTTCAATACAGGTCACAT-AGGCATT---GTTT---ATAGCATTTGAAAAGG----ATAAAAATA--TACATACTCATTC---AGA-AAGACAA----GG---TGAAGTGAACCCAGACTGTGTAG-GTGTCTTTTTC------TCATTGTAACACATTTTTGTGGAAAGTCTAAAATCTGTACTGTGAA-A-CTTTTTGAATTA-TTGC-ATCACAACAACAA-TATT-CAGC-----AC-AACAA-AGATG-TTG-----GCGTACA--------GACA-GACAGACAAG-AT-GA--TA-TG-AACCCAGAATAT-A-------T-T----A------TAG--T----GT-CT-T------C--CTTT-TATTGTA-GAG-CA-TTTT---TA--TGGAAAGT--------TTGAAA-ACTG----TACAGTGAAAAATCTTT--GA-GTTA-AT--G---C-G-TC-ATAACAAAA-A----TGT---CC---A---T---A--ACAAGGAT--G--CT-G----AC--ATA------CA------GAC--------A----GAC-------AGA-----AAAGG-TA--------CTGC--GAACCCAG------ATTTTATA-CACT-TC-TGC---CTC--TTAA-T-G--TAGAGTACAATT---GTGCA-GAGT--TTC-AAAAC-T-GTA-CGA--T---ACA-AA-C---GTT---T--TAAG---TTA--TC----AC-A--TCA--CA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAA-AG-A-C-A---G----ACGG-ACGGACGGACAATGTGA--T-TACT--ATAAGGCAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGCT----GAAATT-CATATGAAAA-CTTCCTGATATAGTGGAAATTCAGGTTTGTTCAAATCATGACCACCACTAGGGGATAGAAATTTTATATGCA-AATATAAAGGGAAAAT-CTTC-AAAAATCTTCTCA-AGAACCATATTGAT-TCA
gi|10 : ttaaC-AAAACAAAG-T----TCA---CC---A---C---A--ACAGAGAT--G--TT-G----AC--ATA------CA------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGT--gaagagtggatatttgtttgaaaccttactgatatggagtagattcaagtttgtg
gi|10 : aG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-A---G----ATGtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatgttgacggacagatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|11 : acaaaacaaagttcaccacaacagagatgttgacatacagacagacagacaaggtgctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTC---CGA-CAGACAT----GG---CGATGT---CCCAGAATTTATAG-A-GTTTTCTT-------------------ATTTCTGTATAG----TGGAAACTG----------A-------GAATTA-TCGC-GTCTCAGAAAAAT-TGTT-TATC-----AC-TACAA-AGATG-TTG-----ACATATA--------TATC-GACAGAAAAG-GT-GA--TG-TG-AACCTAGAAT-C-----------T----A------AAGA-T----GT-CT-T------C--CTTT-AAATGTA-GAA-TA-TTTC---TG--TG-----------------AAA-ACTG------CGATGGGATATCTC----A-GTTA-TC--G---C-G-TA-ACAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|12 : tttgaattacatgtatctcccttcgacaacgttcaactgataaaaaaaaatattacaatTGTCGTGTATTG----TCT----T--------------AGAGTTCATTGAATAA---------------GTTCAATACAAGTCACGTGAAACATTTTAGTTT---ATAATATTCGGAAAGA----ATAAATATATTTATATACTCATTT---TGG-TGGGCAA----
gi|12 : -----AC-AACAA-AGACG-CTG-----ACTTGCA--------TACA-GAAAGACAAG-GT-GA--TG-TG-AACCCAGGCT-----------T-T----A------TAG-----------------------------ATTGTA-AAG-CA-TTAT---TG--TGTAAAGT--------TTGAAA-ATTG----TACAGcaattatttttcatatattcaaattgaattatctctctttgacattgttgaatctaaatctataacaacaaagacgctgacttgcatacagaaagacaaggtgatgtgaacccaggctttatagattgtaaagcattattgtgtaaagtttgaaaattgtacagaca
gi|14 : tgtcgtgtattgtcttagagttcattgaataagttcaatacaagtcacgtgaaacattttagtttataatattcggaaagaataaatatatttatatactcattttggtgggcaacaattatttttcatatattcaaattgaattatctctctttgacattgttgaatctaaatctataG-A-T-A---G----ACAG-ACAGATGGACAGGGTGA--T-TACT--ACTGGGCAT-----CTGACA---T-------A--TGGTGG--GGCCC---TGATCATAACAGCTACTGGTAG-TGAATATGAAAGTCTTCaca
gi|15 : aacaagatgctaattcatgcagaatgaaaagcactgtcacggtacacaaattattttcattaagccttgaagatattttaataattgaaaagtttcaaaaattacatgtcagacagttaaaaaaaaaaacgcaactaggctacatgagcatgaTTC---CGA-CAGACAT----GG---CGATGT---CCCAGAATTTATAGAGTTTTCTTTTC------T-GT------ATA-----GTGGAAA--------------CTGAGAA------------TTA-TCGC-GTCTCAGAAAAAT-TGTT-TATC-----ACTAACAA-AGATG-TTG-----ACATATA--------TATC-GACAGAAAAG-GT-GA--TG-TG-AACCTAGAAT-C-----------T----A------AAGGAT----GT-CT-T------C--CTTT-AAATGTA-GAGATA-TTTT---C---TG---------------TGAAA-ACTG----CG-AATGGGATATCTC----ATGTTA-TC--G---C-G-TA-ACAA
gi|16 : gataaaaaaaaatattacaatATAACGTGCCTTG----TTTATATT--------------G--------------A---------------ATTCAATACATGTCGCTCGAAACATT----TTTCA-AAAACATTCGACAA
gi|17 : gcacacaagtgtaactaaatctcattgcatggataataagaacggattactggtacaaaaaagtggtgcataatttgatgcataagtaacatttgaaccgacctccagtttgcagccggatgtcagaactttaacctcgtataccgaacccgatcgagagtttattgacttggaACCAAA-A----T------C---A---C---A--ACAACGATTCG--TT-G----ACC-GTA------TA------G--------------------------GG-----CAA--------------TGT--GAAC--AG------AAGTTAAG-TGTT-TC-------CTCCATTAT-T-G--TAG-GTA-ACTTTCTGTACA-CAGT--TTC-AAAAC-T-GTA-CGG--CGGAA-A-AA-C---------------------A--TC----GC-G--TCA--AA--------------------C-CA-AAA-ATG----C-GG-A-C-A---GA---AAAG-ACGGACAGAC-AGGTAAACTATAAT--ATAGGGT-T-----CCG-CA---TT---TC-A--T--C-G--GGCCC---TAAT----A-AGGT----GA---T-CAT-TGAAc
gi|18 : ttaaaatgtcagtagatTACTTTTAACA-TCTCTTGAGT-A-TCACCATCAAAACTAAA--TGTCATATT-----AC-AACAACAGATGGTTGCCGATACATACA--------GACAAGACAGACATGAGT-GA--CGGTACAACC--GATT-TTA-------T-TCGTAACCTT--TGG--T----GT-CT-T------C--CTTTCTATTGTA-AGG-TG-TTTT---T---TG---------------TGGAA-G-TG----T----TGAATACTCTT---GA-GTTA-TC--A---CCG-TC-ATAACAAGT-T----CAC---CT---A---C---A--ACAAAAAT--GATCT-G----CC--ATA------CA------G
gi|19 : ACTA--ACAATGATGTGCATTG----TCT----TAAAGTTTATTGAATG--------------A---------------GTTTAATAAAGGTCTCAT-AAACATT---GTTT---ATAACTTTTGAAAAGG----AT----AAA--TATATACTCATTC---TGG-TGGGCAA----
gi|2 : ttaacctcgtataactacaccaagcccgatcgagtttgttt----T--------------G--------------G---------------ATTCAATACAGGTCACATGAAACATTATAGTTT---ATAACTTTCGAAAAGA----AT--AAATT--TATATACTCATTCTGAAGAGCA-ACAATTACAGTTCTAATGT----TCAAATTG---AA-GTGTCTCCTTTTGACAAT-ATTG-AATATATcatattacaattctaacattcaaattgaattatctccctttgacaattttcacgctaagacaa
gi|2 : tatcaattttaccaacatacatgaatctttagcattcgtatttgcaataatgcatatgggtgggcattttcccttattcctagcagaaacgtaccatgtatgcgttacaaaaattcataagcaaataacaaagtagatttaccatacttacgtaaagcatggggcttttccgtcaatgagcacgccatttcagaattttcgccgacaaatcaatagggaacacttatttgaaatctattttgtgagcatgttattatatcgaacagttcactaaggagtcatgtgtaaagaatacataattcatagcgtaaattacgtaaatcacacgtttaaacttttttccaattgcaaccggatgtaaaaaaaattaaccttatatataccgaaccccagcgagattttttatttttttttttacaaacacttaaaagtttactgaaAAA-A----T------C---A---C---A--ACAAAGAT--G--AT-G----AC--ATA------CA------TAC--------A----GAC-------AGA-----Caaaatcacaacaaagatgatgacatacatacagacagac
gi|20 : tatcaattttaccaacatacatgaatctttagcattcgtatttgcaataatgcatatgggtgggcattttcccttattcctagcagaaacgtaccatgtatgcgttacaaaaattcataagcaaataacaaagtagatttaccatacttacgtaaagcatggggcttttccgtcaatgagcacgccatttcagaattttcgccgacaaatcaatagggaacacttatttgaaatctattttgtgagcatgttattatatcgaacagttcactaaggagtcatgtgtaaagaatacataattcatagcgtaaattacgtaaatcacacgtttaaacttttttccaattgcaaccggatgtaaaaaaaattaaccttatatataccgaaccccagcgagattttttatttttttttttacaaacacttaaaagtttactgaatggattcaatacaggtcacatgaaacattatagtttataactttcgaaaagaataaatttatatactcattctgaagagcaacaattacagttctaatgttcaaattgaagtgtctccttttgacaatattgaatatatG-AAA-ATGTTGAC-GT-AGC-A---G----ACGG-ACA-------AATGTGA--T-TACTGAATTGGGCACG----CCG-CA---AT---TT-G--T-GATGTTGGCCCAATTAAGAA-AA-AG
gi|21 : gaacaaggtggctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACAAAA-C----AGT---TC---A---CCAAA--ACAAAGAT--G--TT-G----AC--AT----------------AC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TGC-------CTGT--
gi|21 : G-AAA-ATATTG-T-GG-A-C-A---G----ACGG-ACTGACAGACAAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatattgtggacagacggactgacagacaa
gi|22 : acaaaacagttcaccaaaacaaagatgttgacatacagacagacaaggtgcctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGACTTGTATTG----TCT----TAAAGTTTATTGAATG--------------A---------------GTTCAATACAAGTCATGTGAAACAT
gi|23 : cttcaatctgcaaccggatgtcagaaatttaacctcatatactaaactcgatcaatgaatttttttactaacaatACA-TACAGACAAG-G--GAAACG-TG-ACCGCAGATT-T-AGCTTGTATAT----A------TGG--T----GTTCT-T------C--CTTT-TATTGTA------A-TTTTAAGT---TGAAAAGTATCTTTTGTTGAAG-A--G----T---GTGAAACCTCTTTTGGA-GTTA-TT--AAAAC-G-TCCATAATAAAA-AAAAATCA---CC---A---C---A--ACAAAGAT--G-----G----AC--ATAT-----CA------TAC--------A----AAC-------gctaatagttgatatttgtaatatatgtattaaacctttatatatcttcagcaagtggtaataat
gi|24 : gcgtaccatta---CC---A-------A--ACAAAGAT--G--TT-G----CA--ATATCTGGCCA------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGTTNNNNNNNNN------NNNNNNNN-NNNN-NN-NNN---NNN--NNNN-N-N--NNNNNNNNNNNN---NNNNN-NNNN--NNN-NNNNN-N-NNN-NNN--N---N-N-NN-N---NNN---N--NNNN---NNN--NN----NN-G--TAA--C---------------------A-CG-AAA-ATATTGAT-GG-A---A---G----ACGG-ACTGACAGACAAGGTGt
gi|28 : caA------GAC--------A----GAC-------AAA-----CAAGG-TGCTGTGCCGCTGT--GGACCC--------AATTTATA-CAC--TC-TGC---CAC--TTAT-T-GTTTAGGGT-CAAAT---GTGCA-AAGTGGTTA-GAAAC-CGGTATTAA--T---A-G-AA-C----TT---T--TGAG---TTA--TC----AC----TCA--CT--------------------A-TC-AAATATGTT-AC-GG-A-CGA---G----Act
gi|29 : aaatcttgaactgaacagaggct--ATG------TA------GAC--------G----GAC-------AGA-----CGANN-NN--------NNNN--NNNNNNNN------NNNNNNNN-NNNN-NN-NNN---NNN--NNNN-N-N--NNNNNNNNNNNN---NNNNN-NNNN--NNN-NNNNN-N-NNN-NNN--N---N-N-NN-N---NNN---N--NNNN---NNN--NN----NN-N--NNN--NN--------------------N-NG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-A---GACAGACAG-ACGGAC
gi|29 : aaA-AAATG-TTG-----ACGGACA--------GACA-GACAGACa
gi|3 : aaatgtagacggacagacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng-ACTATGACGTGCATTG----TCT----T--------------A--------------AAAGTTTATTGAATAGGTTCAATACAAGTCACATGAAACATTATAGTTT---ATAACATTCGAAAAGA----AT--AAATA--TATATCCTCTTTC---TGA-TGGGCAA----ggaca
gi|3 : ttatcaattttaccaacatacatgaatctttagcattcgtatttgcatacatgggtgggcagattctcttattcctagtagaaacataccatgtatgcgctacaaaatttcttaagaaatatcaaaataaatcgtagatctaccatacttacgtagcgcatgggacttttccgtcaatgagtgcgtcattgaatagggcacactcacttgaaataaattttgtgagcatgtttattagataaaacagttcactaaggtttcataagtaaagaatacataattcatagcgtaattacgtaaatcacttctaaactccaatgggatgtcagaaatttaacctcgtataccgaacccgatcgatattttttttttcaaAAA-A----T------C---A---C---A--ACAAAGAT--G--TT-G----GC--ATA------CA------GAC--------A----AAaccttatttactatacaatacaggtctaatatttaaatcgaattatctccctttgccaatgttgaatatacaaaatcacaacaaagatgttggcatacagacaaag
gi|30 : ttatcaattttaccaacatacatgaatctttagcattcgtatttgcatacatgggtgggcagattctcttattcctagtagaaacataccatgtatgcgctacaaaatttcttaagaaatatcaaaataaatcgtagatctaccatacttacgtagcgcatgggacttttccgtcaatgagtgcgtcattgaatagggcacactcacttgaaataaattttgtgagcatgtttattagataaaacagttcactaaggtttcataagtaaagaatacataattcatagcgtaattacgtaaatcacttctaaactccaatgggatgtcagaaatttaacctcgtataccgaacccgatcgatattttttttttcaaactatgacgtgcattgtcttaaaagtttattgaataggttcaatacaagtcacatgaaacattatagtttataacattcgaaaagaataaatatatatcctctttctgatgggcaaaccttatttactatacaatacaggtctaatatttaaatcgaattatctccctttgccaatgttgaatatacC--------A----GAC-------GAA-----CGGAG-CG---------TAC--GAACC-AG------A-TTCATA-CACT-TTGTGC---TTC--TTAT-TTG--TAGAG-A-AATT---GTGCA-AACT--TTCCAGAACCT-GTA-TGA--T---A-A-AA-C---TTT---TGTTGAG---TTA--TCGCTGGC-A--TCA--CA--------------------ATCGAAAA-ATG-TGACTAG-A-C-A---G----ACAG-Ag
gi|31 : gacgggacACAATT---GAACA-AAGTGATTC-----C-T-------A--T---A-A-GG-C---TTT---T--T------TTN--TC----AT-A--TCA--AA--------------------A-TG-AAA-ATGATGAT-GG-A-C-A--------ATAG-A-------ACAAAGTGA--T-TCCT--ATAAGGCTTTTTTCCCC-CAAATTT---TCAA--T-ACAG--GGCCTTG-TAA-GA-AA-Agca
gi|33 : AGG-TG--------CTG---GA--CCAG------AAGTTAAA-CACTATC-TGCGCTCTC--TCA----------AGTAGCATT---CTGCATAAGT--TAC-AAA---T-G-A-CAAATT---A-ATAA-C---ATTATAT--TGAAGATTTGGTTC-----C-A--TCA--CA--------------------A-CG-AAA-ATGTTG-C-GA-A-C-A---G----AGGA-ACGGatatttgaatgaa
gi|34 : AAAAT-TGTT-CAAC-----AC-GACAA-AGATG-TTG-----ACATACATACAGACTGACA-GACAGACAAG-GT-GA--T---------CAGAAT-T-G-------T-C-----------TAG--TAAAAGT-TT-TTTTCCCC--CTTT-TATTGTA-GAG-T------------------AGT--------TTGAAA-ACTGTATATACTGTGA
gi|35 : TA-CGA--T---A-A-AAAT---AGT---T--TGA-----CA--TA----GG-A--TCA--CA--------------------A-CA-AAA-GTGTTGAC-AG-A-C-A---T----GTCG-ACTAATGGACAA--TGA--A-TACT--ATCGGGTTC-----CCA-TA---TT---TC-A--T-GCAA--GGTCC---TGATGA-GA-A-CT----GAA----CACATGA
gi|36 : GAT-ACGTGCCTTGGTTATAT----T--------------G--------------A---------------ATTCAATACATGTCGCCTCGAACATT---TTTTCACAAAACATTCGAg
gi|39 : ggatgtcagaacttttaactgttaaccgacccgatcgagagtttattgattggAG------AATTTATA-GACG-TC-TTC---CTC--TTATCT-G--TA-AGTACTTTT---GTGC--ACGT--TTT----AC-T------------------AA-T---ATG---C--AGAT---TTA--TT----GCAA--TCATGTG--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-GGAA-C-A---G----ACAG-ACGca
gi|4 : AAA-A----T------C---A---C---A--ACAACGAT--G--TT-G----AC--ACG------TA------TAC--------G----GGC-------A
gi|41 : aacaattctcaacatttttcctggaatatataaatctacaacgtgcgcctctttacaaacatgtacatgggcgagtagtttccttaattcctagtagaaacactatgtatacgctacgaatatcaaaatacaaatgtacttacgtgaaacatggggacttttacactaacgagcacgccatttcggaatttgcaccgacgaaacttcggtaacatataatgaatagtgcacactcatctgacatctatcttttaactttgttgtttagacggaacagttcactaaggtatactgtgcaagggatacataattcattggaagctacgtccaattggcatctgaatgtcagactaggaatgacatgcattgttttattgaataaattcaatacccgaaacattttcgcatagaaacaaaaaagttgtacggtaatctaaactggtacggtaaactatctatatatcaatataattattcaataaattatcttcccttaacaatgttcagtagatacACTGTAAACATTCTTT--GA-GTTA-TC--A---C-CCTC-AAAACAAAA-A----TGT---TC---A---T---AACACAAAGAT--GT-TT-GCCATAC--ATA------CA------TAC--------A----GAC-------AGA-----CAatg
gi|42 : ACTGTAAAAATTCTTT--GA-GTTA-TC--A---C-G-TC-AAAACAAAA-A----TGT---CCATAA---C---A--ACAAAGAT--G--TT-G----CC--ATA------CA------TAC--------A----GCC-------AGA-----CA
gi|43 : ACTGTTAAAACTCTTC--GA-GTTA-TC--A---C-G-TC-AAAACAAAA-A----TGT---CCATAA---C---A--GCAAAGTT--G--TT-G----CC--AAA------CA------TAT--------A----TAC-------Agac
gi|44 : TACTGTAAA-A-CTTTTTAAGTTA-TCAC-ATCAAAACAAAA---GTT-CTTA-----AG-AACAA-AGATG-TTGCCA--ACATAC---------GACA-GA
gi|48 : GTTGAC-AG-A-C-A---G----ACGG-AC-----GACAAGATGA--CACACT--AT-GGCCGT-----GCG-CA---TCATATC-AATT-GCAG--GGCCC---TAAT
gi|5 : ----T--------------G--------------A---------------GTTTGATACAGGTCACAT-AAACATT---GTTT---ATAACATTTGAAAAGGATAAATATATACA--CATATACTCATTC---TGG-TGGGCAA----
gi|50 : catgggtgggcagtttcccttattcctagcagaaacataccctgtatgcgctacaaaataaaaaaaaagattaaaagtaccgtacttacgtaaagtatggggcttttccgtcagtgaacacgccattttaaattttttgccgacaaatgaatagggcacactcatttgaactatattttgtgagcatgtttattagaccgaacagttcactagggtgtcatgtttaaagaatacgcaattcattcatagcgtaactttcctctagtttgccacaggatgtaagaactttaacctcgtataccaagcccgattgattagacatgcaccgtcgtaaagtttattgaaAGTTTTACATGTATAATATAAATGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCAGAGTGATGTCAcaattatattcaaattgaattatctccctttcacaatattcacgctgacatgcatacagaaagacaa
gi|51 : AAAAT--G--TTTG----AC--A----------------GAC--------A----GAC-------GAA-----CGA----------------C--GAATCCAGATATGTATCTTAAACCACT-TC-CGC---CTC--TTAT-
gi|53 : C----GC-A--TCA--CA--------------------A-CA-ATA-ATGTTGAC-GG-A-C-A---G----ACGG-ACGGACGGA
gi|53 : C---A---C---A--ACAATAAT--G--TT-G----AC--GGA------CA------GAC--------G----GAC-------GGA-----CG--------------------GAATCCAA------AATTTATA-CAatccaaaatttataca
gi|54 : cgcatAATT---GTGCA-AAGT--TTC-AAAAC-T-GTA-CCA--T---A-AGAG-C---TTT---T--TGAG---TTA--TC----AC-A--TCA--C
gi|55 : -ATAACAAAACA----AGTTC-CC---A---C---A---CAA-GA---G--TT-G----AC--ATA------------------------------GAC-------AGA-----CAAGGTTG--------CTGT--
gi|56 : a----TACTGTAAAAATTCGTT--GA-GTTA-TCAAG-----G-TC-AAAACAAAA-A----TGT---CC---A---C---A--
gi|57 : AA-ATGTTGAC-GA-A-C-A---G----ACGG-ACTGACAGACAAttac
gi|57 : AAAT--G--TT-G----AC--GAA------CA------GAC--------GGACTGAC-------AGACAAACCAAGG-TG--------CTGT--Gaccaaggtgctgtgccgc
gi|58 : -AAA-ATGTTGAC-GA-A-C-AACGG----ACTG-ACAGACAAACAAGGTGccgc
gi|59 : AA-ATGTTGAC-GA-A-C-A---G----ACGG-ACTGACAGACAActatgccgc
gi|59 : AAAT--G--TT-G----AC--GAA------CA------GACGGACTGACA----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTGT--Gacaaggtgctgtgccg
gi|6 : ACTGTAAA-AACTCT--GATTTAATCAC-GTCAAAACAAAAAATGGT-GCGCTATAAAC-AACAA-TGATG-TCG-----CCATACA--------TACA-GACAGACAAG-GTGGA--CG-TGAAACCCAGAAT-T---------T-T----ACTTGTGTAG-------GT-ATGT------T--CTTT-TATTGTACAAG-TATTTTT---TGTTTGAAAAGT--------TTGAAATAC------TATTGTGAAAACTCTTTA-GC-GTTATGC--A---CAG-TC-ATGATAAAA-AAG--AGTTCACC---A---C---A--ACAAAGAT--G--TT-G----AC--ATA------CA------AAC--------A----G----------GA-----CAAGG-TG--------CTAT--ccg
gi|6 : G-AAA-ATGTTAACGGG-A-C-A---G----ACGGAACTGACAGAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatgttaacgggacagacggaactgacaga
gi|60 : actgtaaaaactctgatttaatcacgtcaaaacaaaaaatggtgcgctataaacaacaatgatgtcgccatacatacagacagacaaggtggacgtgaaacccagaattttacttgtgtaggtatgttcttttattgtacaagtattttttgtttgaaaagtttgaaatactattgtgaaaactctttagcgttatgcacagtcatgataaaaaagagttcaccacaacaaagatgttgacatacaaacaggacaaggtgctattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAT--G--TT-G----AC--GAA------CA------GAC--------G----GACTGAAGTTAAA-----CAAGG-TG--------CTGT--G
gi|61 : A--CA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-AG-A-C-A---G----ACGG-ACACACAAACAGGGTGccgct
gi|62 : AT--G--TT-G----ACGAACA------CACGGACTGAC--------A----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTGT--Gctg
gi|63 : -ATGTTGAC-GA-A-C-A---G----ACGG-ACTGACAGACAAcc
gi|63 : AT--G--TT-G----AC--GAA------CA------GACGGACTGACA----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTGT--Gacaaggtgctgtgc
gi|64 : ---CC---A---C---A--ACAAAGAT--G--TT-G----AA--ATA------CA------GAG--------A----GAC-------Ac
gi|65 : agttgaca--TGAG---TTA--TC----GC-G--TCA--CA--------------------A-CT-AAA-ATGTTGAC-TG-A-C-G---G----ACGG-Atggt
gi|66 : -C---ATC---T--TGAG---TTA--TC----AC-AATTCA--CA--------------------A-CG-AAA-ATGTT----GG-A-C-A---G----
gi|67 : AC-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-TA---CT----AAAA-T-CA
gi|68 : GT---CC---ATAAC---A--ACAAAGGT--G--TT-G----CC--ATA------CA------TAC--------A----GAC-------Aat
gi|70 : AAAT--G--TT-G----AC--GGA------CA------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTG
gi|71 : AAAAT--G--TT-G----AC--GGA------CG------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAGGG-TG--------CT
gi|72 : CAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAAT
gi|9 : A-AAATG-TTG-----ACGGACA--------GACA-GACAGACAAA-GT-GC--TT-TG-AACCCAGAA---------------------------------------CT-T------CCGCTTC-TTTTGTA-GAG-TA-CAAT---TG--TGCAAAGT--------TTCAAA-ACTG----TACGATAACAACTTTTT--TA-ATTA-TC--G---C-A-TC-ACAACGAAA-A----TGT---T--------------------GAT--A-----G----AC--AGA------CA------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAATG-TG--------CTGT--GAACCCAA------AATTTATA-CATT-TC-CGC---CTC--ATAT-T-G--TAGAATACAATT---GTGC----------------------A-CGA--T---A-A-AA-CTTTTTT---T--TCAG---TTA--TC----TC-A--TCG--CAACTTGAGTTATCACATCACGA-CG-AAA-ATGTTGAT-GG-A-C-A---G----ACGA-ACGGA
16 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): CTTATTCTTAGCAGAAAAGATGCGGTGCAGATTATCACAGTGCAGTACTACGTCCGTGGGGATCCATTACGGTCAAGGAGCAAATCATTTAGGAATTTTAATGAATAGGGTACACCCCTTTGAAATCTATTATGTGGACTTTGTTTATTAGGTGAGACAGTTCATTAAGGTGTAATGTGCAAGGAATACATAATTCAATATATAATTTACATTTGAATCTACCTCCAATTTCCAACTGCACGACAGAAATTTAACTTAGATACCGAGGTCGATCGAGATTGTTGACTAGTAATGACGTGCATTATTTCAATTGGATGAATTCAAAACATTGGTGTACATAATTATCAAACAGACTAAATATATAT
Unaligned ( gi|8 ): AATTCAATTTTACCAACATACATATACCTTTAACATTCGTATTTGCATACATGGGTGGGCAGTTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACATACCATGTATGCGCTACAAAATATTAAAAGTACCGTACTTACGTAAAGCATGGGGCTTTTCCGTCAATGAACACGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACAAATAAATAGGGCACACTCATGTGAGCATGTTTATTAGATCGAACAGTTCACTAAGGTATCATGTGTAAAGAATACGTAATTCATTCATAGCGTTCCTCCAATTCAAGGTATCACACCGGTAATTATTTTCACTATATGTTTCTATGTAGGAAAAAAAT
Unaligned ( gi|13 ): GTCCATTTTACCAACATGCATGAATCTTTAGCATTCATAATTGCATACATGGGTGGACAGTTCCCCTTATTTCTAGCAGAAACATTCCATGTATGGACTAATTCATAAAAGAATTCAAAATAGATCTACTGTACTTACGTAAAGCATGGGACATTTCCGTCAATGAACACGCCAATTCAGAATTTTTGCCGACAAATGAATAGGGCACACTCATATGAAATCTATTTTGTGAGCATGTTTATCAGACCGAACAGT
Unaligned ( gi|25 ): ATCAATTTTACCAACATAAATAAACCTTTAGCATTCGTATTTGTATACATGGGTGGACAGATTTCCTTATTCCTAGCAGAAGCATACCATGTATGCGATACAAATGTCAATGTACCGTACTTACGTAAAGCAAGGGACTTTTCCGCCAATGAGCCCACCATTTCAGAATTGAATAGGGCACACTCATTAG
Unaligned ( gi|26 ): GCATGGAGCTTTTCCGTCAATAGCACGCAATATTTCACGAAATCTATTCGACTGAATATGATTGGGCAACTCATTTGAATCTTTTTGTGGAGCAATGTCTATTAGATCGAAGTTACAGGTGTCATGTTAAAAACTATATAATGATATTAAACTCTCCTCCAAATTTGCAACTGGATGTCGGAAATCT
Unaligned ( gi|27 ): GGGCACACTCATGTGAGCATGTTTGATATTAGATCGAACAGTTCACTAAAGTTGTCATATGGAAAAAACAAAATTTACATAATTAATTGCGGTAAAATCACATTAAACTTTCCTGGCAATCGGAAATCAGAAATTAAAACCTCGTATTACCGGAGAACCTGCATTTTCGATTT
Unaligned ( gi|32 ): ACTGTGCAGAAATACATATTAATCAATGAATAATTTACATTTGATCTAACCTCCAATTCTCCAAATGCACGACAAATTTAACTAGTAGATACCGAGGTCGATCGAGAATTGTTGACTAGTAATGACGTGCACTTATTTGATTGGA
Unaligned ( gi|37 ): CATGTACATGCGCTACAAAATATCAAAGAACCGTATACGTAAAGCATGAGGTTTTTTCGTCAATGAGCACGCGCCATTTCAGAATTTTCGGTGATAAATTAATGAGTTTGAAAACACTT
Unaligned ( gi|38 ): AATTTTGACATAATACACGAATCTTTAGCATTCGTATTTGCATAGTTTCCTTATCTTAGCGAAAAAACATAATGTACATTAAAAATTTATAAGCAAAAATATCAAACATACCA
Unaligned ( gi|40 ): AAATCCATAAGCAAATTCAAAGTAACTCACTTTTCTAAAACATGAGGCTTTTCCGTCAATTAGCACGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACAAATGAAT
Unaligned ( gi|45 ): CTATTTTGCGAGTAATGTTTCTTAGATCGAACAGTTCATTAAAGTGTCATGTGCAAAGAATACAGAGTTACATTT
Unaligned ( gi|46 ): TCAATTTTACCAACATACATGAACCTTTGGCATTCATATTTGCACACATGGGTGGGCAGTTTCCCTTATTCCTAG
Unaligned ( gi|47 ): TACTAACAATTTTACCAACATACACATGGGTGGGGCAGTTTCCCTTTTCCTAGCAGAACAAAAACATACCATGT
Unaligned ( gi|49 ): TTACCAACATGCATGAATCTTTAGCATTCCTATTTGCATACACGGGTGGGCAGTTTTCTTCTGTATTTCT
Unaligned ( gi|52 ): CCGTTCTTTGATGTGTAATGTACAAGAAATAAATAACTCAATGCATAAGGTATGCTTGAGCCTAC
Unaligned ( gi|69 ): ACAGACGGACTGACAAACAAGGAGCTGTGCCGCTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 1111 99999999999999999999999999999999999999999999999999 3333 111 1 11111 1111 111 11 11 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111 11111 111111111 6666666666666666666666666666666666666 111111111 333333333 1111111 1111111111 11111 11111111 11111111 11111 22222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222222222 1111 11111 111 22222222222 22 1 1 1 1 1
lowQualScore : 88 0 2222 22222222222222222222222222222222222222222222222222 0 4 9 4 66 2222 111 9999 3 0 5 66 33333 22 3 4 3 8 7777 444 1 1 11 11 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 5 0 5 11 888 9999 66666 3 3 2 2 00000 3 111111111 2 4 4 88 8 3 6666666666666666666666666666666666666 4 4 333333333 4 55 4 8 222222222 7 4 4444444 6666666666 2 88 3 33333 3 3 3 1 7777 3 44 888 999 33 22 44 3333 555 666666 11111111 22222222 3333 5555555 44444 2 77777777 33 4 00000 4 44 44 777 0 5555 66 11 5 777 44 11111111111111111111111111111111111111111111 7777 44 77777 66 77777777777777777777 2 2 2 3 1 1 1 1 2 6 3 2 6666 77 6 3 55555 4 777 777 4 66 4 3 66 333 3 66 666 77777777777 3 44 4 2 5 1 5 5 5 1 1 5
lowQualScore : .. . .... .................................................. . . . . .. .... ... .... . . . .. ..... .. . . . . .... ... . . .. .. ............................................................................. . . . . .. ... .... ..... . . . . ..... . ......... . . . .. . . ..................................... . . ......... . .. . . ......... . . ....... .......... . .. . ..... . . . . .... . .. ... ... .. .. .. .... ... ...... ........ ........ .... ....... ..... . ........ .. . ..... . .. .. ... . .... .. .. . ... .. ............................................ .... .. ..... .. .................... . . . . . . . . . . . . .... .. . . ..... . ... ... . .. . . .. ... . .. ... ........... . .. . . . . . . . . . .
lowQualScore : 88 2 1111 88888888888888888888888888888888888888888888888888 9 4 4 4 11 2222 000 4444 2 0 0 99 99999 88 1 2 2 0 0000 000 0 0 00 00 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 7 4 7 66 888 9999 77777 1 1 7 5 66666 6 666666666 5 0 0 99 9 6 7777777777777777777777777777777777777 4 4 444444444 4 33 4 9 888888888 2 4 4444444 7777777777 1 66 6 77777 6 6 3 0 1111 3 66 999 333 77 44 11 7777 333 777777 55555555 11111111 5555 4444444 88888 0 22222222 11 0 00000 0 77 66 888 4 1111 99 00 1 000 77 22222222222222222222222222222222222222222222 1111 22 99999 88 11111111111111111111 9 2 0 8 8 8 8 8 1 1 4 9 1111 99 6 9 66666 4 888 888 4 11 4 7 11 999 0 00 222 66666666666 2 33 0 5 5 0 0 5 5 0 0 0
consensus : NNNNACTAT-ACGATGACGTGCATTG----TCT----T--------------G--------------A---------------GTTCAATACAGGTCACGTGAAACA-T--T--TAGTTT---ATAACATTC----GAAAAGGATAAA-A-TA--T----ATATACTCATTCCGACGGGCAAGGC-GAT----GT---CCCAGANTTT--AT--AGGTGTCTTCTTC------T-ATTG-AA-ATATTTCTGTG-A-AA---TGGAA-CTGTACTGTGAA-A-CTTTTTG--AGTTA-TCGC-GTCAAA---ACAAAA--TTGTT-C---ATCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----ACATACA--------GACA-GACAGACAAG-GT-GAC-GTG-AACCCAGAAT-T-T----------TA-----------TAG--T----G-TCT-T------C--CTTT-TATTGTA-GAG-TA-TTTTTGT---G-AAAGTTTGAAA-A-------CTG----T-----ACTGTGAAAACTCTTT--GAGTTAT-C---G-C-G-T-CANAAC----AAAA-A--TGT---CC---ACA--ACAAAGAT--G--TTG----AC-GNA------CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGT--GAACCCAGA-ATTTAT-----AC-ACT-TC-CGC---CTCTTAT-T-G--TAGAGTACAATT---GTGCA-AAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CGA--T---A-A-AA-C---NTT---TTGAG---TTA--TC----GCA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGACAAGGTGA--T-TACT--ATNGGGCAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGCT----GAAA-T-CATATGAAAGCCTTCCTGATATGGNGNAGATTCAGGTTTGTTCAAATCATGACCACCACTAGGGGATAGAAGTTTTACATGCATAATATAAANGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCANANTGATGTCA
Reference ( family-777 ) : NNNNACTAT-ACGATGACGTGCATTG----TCT----T--------------G--------------A---------------GTTCAATACAGGTCACGTGAAACA-T--T--TAGTTT---ATAACATTC----GAAAAGGATAAA-A-TA--T----ATATACTCATTCCGACGGGCAAGGC-GAT----GT---CCCAGANTNT--AT--AGGTGTCTTCTTC------T-ATTG-AACATATTTCTGTGGA-AA---TGGAA-CTGTACTGTGAA-A-CTTTTTG--AGTTA-TCGC-GTCANA---ACAAAA--TTGTT-C---ATCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----ACGTACA--------GACA-GACAGACAAG-GT-GAC-GTG-AACCCAGAAT-T-T----------TA-----------TAG--T----G-TCT-T------C--CTTT-TATTGTA-GAG-TA-TTTTTGT---G-AAAGTTTGAAA-A-------CTG----T-----ACNGTGAAAACTCTTT--GAGTTAT-C---G-C-G-T-CANAAC----AAAA-A--TGT---CC---ACA--ACAAAGAT--G--TTG----AC-GTA------CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGT--GAACCCAGA-ATTTAT-----AC-ACT-TC-CGC---CTCTTAT-T-G--TAGAGTACAATT---GTGCA-AAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CGA--T---A-A-AA-C---NTT---TTGAG---TTA--TC----GCA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGACAAGGTGA--T-TACT--ATNGGGCAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGCT----GAAA-T-CATATGAAAGTCTTCCTGATATAGTGGAAATTCAGGTTTGTTCAAATCATGACCACCACTAGGGGATAGAAGTTTTACATGCATAATATAAANGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCANANTGATGTCA
gi|1 : ACTATTACGATGACGTGCATTG----TCT----T--------------G--------------A---------------GTTCAATACAGGTCACAT-AGGCA-T--T----GTTT---ATAGCATTT----GAAAAGGATAAA-AATA--T----ACATACTCATTCAGAAAGACAAGGT-GAA----GTGAACCCAGACTGT--GT--AGGTGTCTTTTTC------TCATTGTAACACATTTTTGTGGA-AAGTCTAAAATCTGTACTGTGAA-A-CTTTTTG--AATTA-TTGC-ATCACA---ACAACA--ATATT-C---AGCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----GCGTACA--------GACA-GACAGACAAG-AT-GAT-ATG-AACCCAGAATATAT----------TA-----------TAG--T----G-TCT-T------C--CTTT-TATTGTA-GAG-CA-TTTTTAT---GGAAAGTTTGAAA-A-------CTG----T-----ACAGTGAAAAATCTTT--GAGTTAA-T---G-C-G-T-CATAAC----AAAA-A--TGT---CC---ATA--ACAAGGAT--G--CTG----AC-ATA------CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----AAAGG-TA--------CTGC--GAACCCAGA-TTTTAT-----AC-ACT-TC-TGC---CTCTTAA-T-G--TAGAGTACAATT---GTGCA-GAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CGA--T---ACA-AA-C---GTT---TTAAG---TTA--TC----ACA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAA-AG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGACAATGTGA--T-TACT--ATAAGGCAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGCT----GAAATT-CATATGAAAA-CTTCCTGATATAGTGGAAATTCAGGTTTGTTCAAATCATGACCACCACTAGGGGATAGAAATTTTATATGCA-AATATAAAGGGAAAAT-CTTC-AAAAATCTTCTCA-AGAACCATATTGAT-TCA
gi|1 : ttaaTGAAA-CCTTACTGATATGGAGTAGATTCAAGTTTGTgaagagtggatatttgtttgaaaccttactgatatggagtagattcaagtttgtg
gi|10 : ttaaactattacgatgacgtgcattgtcttgagttcaatacaggtcacataggcattgtttatagcatttgaaaaggataaaaatatacatactcattcagaaagacaaggtgaagtgaacccagactgtgtaggtgtctttttctcattgtaacacatttttgtggaaagtctaaaatctgtactgtgaaactttttgaattattgcatcacaacaacaatattcagcacaacaaagatgttggcgtacagacagacagacaagatgatatgaacccagaatatattatagtgtcttccttttattgtagagcatttttatggaaagtttgaaaactgtacagtgaaaaatctttgagttaatgcgtcataacaaaaatgtccataacaaggatgctgacatacagacagacagaaaaggtactgcgaacccagattttatacacttctgcctcttaatgtagagtacaattgtgcagagtttcaaaactgtacgatacaaacgttttaagttatcacatcacaacgaaaatgttgaaagacagacggacggacggacaatgtgattactataaggcatccgcatttcatgcggggccctaatgaaaagctgaaattcatatgaaaacttcctgatatagtggaaattcaggtttgttcaaatcatgaccaccactaggggatagaaattttatatgcaaatataaagggaaaatcttcaaaaatcttctcaagaaccatattgattcagaagagtggatatttgtt-CAAAAC----AAAG-T--TCA---CC---ACA--ACAGAGAT--G--TTG----AC-ATA------CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGT--g
gi|10 : aG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ATGtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatgttgacggacagatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|11 : acaaaacaaagttcaccacaacagagatgttgacatacagacagacagacaaggtgctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---ACAACGTTCAACTGATAAAAA-AAA-A-TA--T-----TACAAT--TTCCGACAGACATGGC-GAT----GT---CCCAGAATTT--AT--AGA-GTTTTCT-------------------TATTTCTGT--ATAG---TGGAA-----ACTGAGAA--------------TTA-TCGC-GTCTCA---GAAAAA--TTGTT-T---ATCA-C-TACAA-AGATG-TTG-----ACATATA--------TATC-GACAGAAAAG-GT-GAT-GTG-AACCTAGAAT-C-T----------AA-----------AGA--T----G-TCT-T------C--CTTT-AAATGTA-GAA-TA-TTTCTG------------TGAAA-A-------CTG-----------CGATGGGA--TATCT--CAGTTAT-C---G-C-G-T-AACAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|12 : tttgaattacatgtatctcccttcgTGTCGTGTATTG----TCT----T--------------AGAGTTCATTGAATAA---------------GTTCAATACAAGTCACGTGAAACATT--T--TAGTTT---ATAATATTC----GGAAAGAATAAATA-TATTT----ATATACTCATTTTGGTGGGCAA
gi|12 : ---ATAA-C-AACAA-AGACG-CTG-----ACTTGCA--------TACA-GAAAGACAAG-GT-GAT-GTG-AACCCAG-GC-T-T----------TA-----------TAG-----------------------------ATTGTA-AAG-CA-TTATTGT---GTAAAGTTTGAAA-A-------TTG----T-----ACAGcaattatttttcatatattcaaattgaattatctctctttgacattgttgaatctaaatctataacaacaaagacgctgacttgcatacagaaagacaaggtgatgtgaacccaggctttatagattgtaaagcattattgtgtaaagtttgaaaattgtacagaca
gi|14 : tgtcgtgtattgtcttagagttcattgaataagttcaatacaagtcacgtgaaacattttagtttataatattcggaaagaataaatatatttatatactcattttggtgggcaacaattatttttcatatattcaaattgaattatctctctttgacattgttgaatctaaatctG-A-T-AG-ACAG-ACAGATGGACAGGGTGA--T-TACT--ACTGGGCAT-----CTGACA---T-------A--TGGTGG--GGCCC---TGATCATAACAGCTACTGGTAG-TGAATATGAAAGTCTTCaca
gi|15 : aacaagatgctaattcatgcagaatgaaaagcactgtcacggtacacaaattattttcattaagccttgaagatattttaataattgaaaagtttcaaaaattacatgtcagacagttaaaaaaaaaaacgcaactaggctacatgagcatgaAAA-A-TA--T-----TACAAT--TTCCGACAGACATGGC-GAT----GT---CCCAGAATTT--AT--AGA-GTTTTCTT---------------------TTCTGTATA-G----TGGAA-----ACTGAGAA--------------TTA-TCGC-GTCTCA---GAAAAA--TTGTT-T---ATCA-CTAACAA-AGATG-TTG-----ACATATA--------TATC-GACAGAAAAG-GT-GAT-GTG-AACCTAGAAT-C-T----------AA------------AGGAT----G-TCT-T------C--CTTT-AAATGTA-GAGATA-TTTTC-T---G-------TGAAA-A-------CTG----CG----AATGGGATATCTCAT-----GTTAT-C---G-C-G-T-AACAA
gi|16 : gataaaaaATAACGTGCCTTG----TTTATATT--------------G--------------A---------------ATTCAATACATGTCGCTCGAAACA-T--T--T--TTCA--AAAACATTC----GACAA
gi|17 : gcacacaagtgtaactaaatctcattgcatggataataagaacggattactggtacaaaaaagtggtgcataatttgatgcataagtaacatttgaaccgacctccagtttgcagccggatgtcagaactttaacctcgtataccgaacccgatcgagagtttattgacttggaAC----CAAA-A--T------C---ACA--ACAACGATTCG--TTG----ACCGTA------TA--------G--------------------------GG-----CAA--------------TGT--GAAC--AGA-AGTTAA-----GT-GTT-TC-CTC---C-ATTAT-T-G--TAG-GTA-ACTTTCTGTACA-CAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CGG--CGGAA-A-AA-C-------------------A--TC----GCG--TCAAA--------------------C-CA-AAA-ATG----C-GG-A-C-AGAAAAG-ACGGACAGAC-AGGTAAACTATAAT--ATAGGGT-T-----CCG-CA---TT---TC-A--T--C-G--GGCCC---TAAT----A-AGGT----G--A-T-CAT-TGAAc
gi|18 : ttaaaatgtcagtagatTACTTTTAACA-TCTCTTG--AGT-A-TCACCATCAAA---ACTAAA--T-GTCAT---ATTA-C-AACAACAGATGGTTGCCGATACATACA--------GACAAGACAGACATGAGT-GACGGTACAACC---GAT-T-T----------TATTCGTAACCTTTGG--T----G-TCT-T------C--CTTTCTATTGTA-AGG-TGTTTTTTGT---G-GAAG-----------------TG----T---------TGAATACTC-TT--GAGTTAT-C---ACC-G-T-CATAAC----AAGT-T--CAC---CT---ACA--ACAAAAAT--GATCTG----CC-ATA------CA--------G
gi|19 : ACTA--ACAATGATGTGCATTG----TCT----TAAAGTTTATTGAATG--------------A---------------GTTTAATAAAGGTCTCAT-AAACA-T--T----GTTT---ATAACTTTT----GAAAAGGATAA-----A--T----ATATACTCATTCTGGTGGGCAA
gi|2 : ttaacctcgtataactacaccaagcccgatcgagtttgttt----T--------------G--------------G---------------ATTCAATACAGGTCACATGAAACA-T--TA-TAGTTT---ATAACTTTC----GAAAAGAAT-AA-A-TT--T----ATATACTCATTCTGAAGAGCAA--C-AATTACAGT---TCTAATGTTCAAATTGAAGTGTCTCCTTTTGACAAT-ATTG-AATATATcatattacaattctaacattcaaattgaattatctccctttgacaattttcacgctaagacaa
gi|2 : tatcaattttaccaacatacatgaatctttagcattcgtatttgcaataatgcatatgggtgggcattttcccttattcctagcagaaacgtaccatgtatgcgttacaaaaattcataagcaaataacaaagtagatttaccatacttacgtaaagcatggggcttttccgtcaatgagcacgccatttcagaattttcgccgacaaatcaatagggaacacttatttgaaatctattttgtgagcatgttattatatcgaacagttcactaaggagtcatgtgtaaagaatacataattcatagcgtaaattacgtaaatcacacgtttaaacttttttccaattgcaaccggatgtaaaaaaaattaaccttatatataccgaaccccagcgagattttttatttttttttttacaaacacttaaaagtttactgaa---ATCA-C-AACAA-AGATG-ATG-----ACATACA--------TACA-GACAGACaaaatcacaacaaagatgatgacatacatacagacagac
gi|20 : tatcaattttaccaacatacatgaatctttagcattcgtatttgcaataatgcatatgggtgggcattttcccttattcctagcagaaacgtaccatgtatgcgttacaaaaattcataagcaaataacaaagtagatttaccatacttacgtaaagcatggggcttttccgtcaatgagcacgccatttcagaattttcgccgacaaatcaatagggaacacttatttgaaatctattttgtgagcatgttattatatcgaacagttcactaaggagtcatgtgtaaagaatacataattcatagcgtaaattacgtaaatcacacgtttaaacttttttccaattgcaaccggatgtaaaaaaaattaaccttatatataccgaaccccagcgagattttttatttttttttttacaaacacttaaaagtttactgaatggattcaatacaggtcacatgaaacattatagtttataactttcgaaaagaataaatttatatactcattctgaagagcaacaattacagttctaatgttcaaattgaagtgtctccttttgacaatattgaatatataaaG-AAA-ATGTTGAC-GT-AGC-AG-ACGG-ACA-------AATGTGA--T-TACTGAATTGGGCACG----CCG-CA---AT---TT-G--T-GATGTTGGCCCAATTAAGAA-AA-AG
gi|21 : gaacaaggtggctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---ACAAAA--CAGTT-C---ACCA-A-AACAA-AGATG-TTG-----ACAT------------ACA-GACAGACAAG-GT-G
gi|21 : G-AAA-ATATTG-T-GG-A-C-AG-ACGG-ACTGACAGACAAcctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatattgtggacagacggactgacagacaa
gi|22 : acaaaacagttcaccaaaacaaagatgttgacatacagacagacaaggtgcctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGACTTGTATTG----TCT----TAAAGTTTATTGAATG--------------A---------------GTTCAATACAAGTCATGTGAAACA-TGCTAATAGTTG---ATA
gi|23 : cttcaatctgcaaccggatgtcagaaatttaacctcatatactaaactcgatcaatgaatttttttactaacaat-TTA-----ACATACA--------GACA--------AGG-GA-AAC-GTG-ACCGCAG-AT-T-TAGCTTGTATATA-----------TGG--T----GTTCT-T------C--CTTT-TATTGTA------A-TTTT---------AAG-TTGAAA-AGTATCTTTTG----TTGAAGAGTGTGAAACCTCTTTTGGAGTTAT-TAAAA-C-G-TCCATAATAAAAAAAA-A--TCA---CC---ACA--ACAAAGAT--G----G----AC-ATAT-----CA--------TAC--------A----AAC-------tttgtaatatatgtattaaacctttatatatcttcagcaagtggtaataat
gi|24 : gcgtacca---CC---A-A--ACAAAGAT--G--TTG----CA-ATATCTGGCCA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGTTNNNNNNNNNN-NNNNNN-----NN-NNN-NN-NNN---NNNNNNN-N-N--NNNNNNNNNNNN---NNNNN-NNNN--NN-NNNNN-NN-NNN-NNN--N---N-N-NN-N---NNN---NNNNN---NNN--NN----NNG--TAAC---------------------A-CG-AAA-ATATTGAT-GG-A---AG-ACGG-ACTGACAGACAAGGTGt
gi|28 : caA--------GAC--------A----GAC-------AAA-----CAAGG-TGCTGTGCCGCTGT--GGACCC--A-ATTTAT-----AC-AC--TC-TGC---CACTTAT-T-GTTTAGGGT-CAAAT---GTGCA-AAGTGGTT-AGAAA-CCGGTATTAA--T---A-G-AA-C----TT---TTGAG---TTA--TC----AC---TCACT--------------------A-TC-AAATATGTT-AC-GG-A-CGAG-Act
gi|29 : aaatcttgaactgaacagaggctA-AAATG-TTG-----ACGGACA--------GACA-GACAGAC
gi|3 : aaatgtagacggacagacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng-ACTATGACGTGCATTG----TCT----T--------------A--------------AAAGTTTATTGAATAGGTTCAATACAAGTCACATGAAACA-T--TA-TAGTTT---ATAACATTC----GAAAAGAAT-AA-A-TA--T----ATATCCTCTTTCTGATGGGCAAACCTTAT----TT---ACTATACAAT--AC--AGG--------TC------T-A-------ATATTT------A-AA---TCGAA-TTAT-CT--------CCCTTTGCCAAT--------GTTGAATATACAAAA-------------TCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----GCATACA--------GACA-AAggaca
gi|30 : ttatcaattttaccaacatacatgaatctttagcattcgtatttgcatacatgggtgggcagattctcttattcctagtagaaacataccatgtatgcgctacaaaatttcttaagaaatatcaaaataaatcgtagatctaccatacttacgtagcgcatgggacttttccgtcaatgagtgcgtcattgaatagggcacactcacttgaaataaattttgtgagcatgtttattagataaaacagttcactaaggtttcataagtaaagaatacataattcatagcgtaattacgtaaatcacttctaaactccaatgggatgtcagaaatttaacctcgtataccgaacccgatcgatattttttttttcaaC--------A----GAC-------GAA-----CGGAG-CG---------TAC--GAACC-AGA--TTCAT-----AC-ACT-TTGTGC---TTCTTAT-TTG--TAGAG-A-AATT---GTGCA-AACT--TTCCAGAACCT-GTA-TGA--T---A-A-AA-C---TTTTG-TTGAG---TTA--TCGCTGGCA--TCACA--------------------ATCGAAAA-ATG-TGACTAG-A-C-AG-ACAG-Ag
gi|31 : gacgggacACAATT---GAACA-AAGTGATT-C-----CT-------A--T---A-A-GG-C---TTT---TT------TTN--TC----ATA--TCAAA--------------------A-TG-AAA-ATGATGAT-GG-A-C-A--ATAG-A-------ACAAAGTGA--T-TCCT--ATAAGGCTTTTTTCCCC-CAAATTT---TCAA--T-ACAG--GGCCTTG-TAA-GA-AA-Agca
gi|33 : AGG-TG--------CTG---GA--CCAGA-AGTTAA-----AC-ACTATC-TGCGCTCTCTCA----------AGTAGCATT---CTGCATAAGT--TA-CAAA---T-G-A-CAAATT---A-ATAA-C---ATTATATTGAAGATTTGGTTC-----CA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTG-C-GA-A-C-AG-AGGA-ACGGatatttgaatgaa
gi|34 : AAAA--TTGTT-C---AACA-C-GACAA-AGATG-TTG-----ACATACATACAGACTGACA-GACAGACAAG-GT-GA---------TCAGAAT-T-G----------TC-----------TAG--TAAAAG-TTT-TTTTCCCC--CTTT-TATTGTA-GAG-T----------------AGTTTGAAA-A-------CTGTATAT-----ACTGTGA
gi|35 : TA-CGA--T---A-A-AAAT---AGT---TTGA-----CA--TA----GGA--TCACA--------------------A-CA-AAA-GTGTTGAC-AG-A-C-AT-GTCG-ACTAATGGACAA--TGA--A-TACT--ATCGGGTTC-----CCA-TA---TT---TC-A--T-GCAA--GGTCC---TGATGA-GA-A-CT----GAA----CACATGA
gi|36 : GAT-ACGTGCCTTGGTTATAT----T--------------G--------------A---------------ATTCAATACATGTCGCCTCGAACA-T--T--T--TTTCACAAAACATTC----GAg
gi|39 : ggatgtcagaacttttaactgttaaccgacccgatcgagagtttattgattggAGA-ATTTAT-----AG-ACG-TC-TTC---CTCTTATCT-G--TA-AGTACTTTT---GTGCA-C-GT--TT-TA----CT------------------AA-T---ATG---CAGAT---TTA--TT----GCAA-TCATGTG------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-GGAA-C-AG-ACAG-ACGca
gi|4 : ---ATCA-C-AACAA-CGATG-TTG-----ACACGTA--------TACG-GGCA
gi|41 : aacaattctcaacatttttcctggaatatataaatctacaacgtgcgcctctttacaaacatgtacatgggcgagtagtttccttaattcctagtagaaacactatgtatacgctacgaatatcaaaatacaaatgtacttacgtgaaacatggggacttttacactaacgagcacgccatttcggaatttgcaccgacgaaacttcggtaacatataatgaatagtgcacactcatctgacatctatcttttaactttgttgtttagacggaacagttcactaaggtatactgtgcaagggatacataattcattggaagctacgtccaattggcatctgaatgtcagactaggaatgacatgcattgttttattgaataaattcaatacccgaaacattttcgcatagaaacaaaaaagttgtacggtaatctaaactggtacggtaaactatctatatatcaatataattattcaataaattatcttcccttaacaatgttcagtagatacaaa-----ACTGTAAACATTCTTT--GAGTTAT-C---A-C-CCT-CAAAAC----AAAA-A--TGT---TC---ATAACACAAAGAT--GT-TTGCCATAC-ATA------CA--------TAC--------A----GAC-------AGA-----CAatg
gi|42 : -----ACTGTAAAAATTCTTT--GAGTTAT-C---A-C-G-T-CAAAAC----AAAA-A--TGT---CCATAACA--ACAAAGAT--G--TTG----CC-ATA------CA--------TAC--------A----GCC-------AGA-----CA
gi|43 : -----ACTGTTAAAACTCTTC--GAGTTAT-C---A-C-G-T-CAAAAC----AAAA-A--TGT---CCATAACA--GCAAAGTT--G--TTG----CC-AAA------CA--------TAT--------A----TAC-------Agac
gi|44 : TACTGTAAA-A-CTTTTTA--AGTTA-TCAC-ATCAAA---ACAAAA----GTT-C---TTAA-G-AACAA-AGATG-TTGCCA--ACATAC---------GACA-GA
gi|48 : GTTGAC-AG-A-C-AG-ACGG-AC-----GACAAGATGA--CACACT--AT-GGCCGT-----GCG-CA---TCATATC-AATT-GCAG--GGCCC---TAAT
gi|5 : ----T--------------G--------------A---------------GTTTGATACAGGTCACAT-AAACA-T--T----GTTT---ATAACATTT----GAAAAGGATAAATA-TA--TACACATATACTCATTCTGGTGGGCAA
gi|50 : catgggtgggcagtttcccttattcctagcagaaacataccctgtatgcgctacaaaataaaaaaaaagattaaaagtaccgtacttacgtaaagtatggggcttttccgtcagtgaacacgccattttaaattttttgccgacaaatgaatagggcacactcatttgaactatattttgtgagcatgtttattagaccgaacagttcactagggtgtcatgtttaaagaatacgcaattcattcatagcgtaactttcctctagtttgccacaggatgtaagaactttaacctcgtataccaagcccgattgattagacatgcaccgtcgtaaagtttattgaaAGTTTTACATGTATAATATAAATGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCAGAGTGATGTCAcaattatattcaaattgaattatctccctttcacaatattcacgctgacatgcatacagaaagacaa
gi|51 : AAAAT--G--TT------T-G-A------CA--------GAC--------A----GAC-------GAA-----CGA----------------C--GAATCCAGATATGTATCTTAAACCACT-TC-CGC---CTCTTAT-
gi|53 : C----GCA--TCACA--------------------A-CA-ATA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGA
gi|53 : C---ACA--ACAATAAT--G--TTG----AC-GGA------CA--------GAC--------G----GAC-------GGA-----CG--------------------GAATCCAAA-ATTTAT-----AC-Aatccaaaatttataca
gi|54 : cgcatAATT---GTGCA-AAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CCA--T---A-AGAG-C---TTT---TTGAG---TTA--TC----ACA--TCAC
gi|55 : ATAAC----AAAACA--AGTTC-CC---ACA---CAA-GA---G--TTG----AC-ATA--------------------------------GAC-------AGA-----CAAGGTTG--------CTGT--
gi|56 : a----T-----ACTGTAAAAATTCGTT--GAGTTAT-CAA-G---G-T-CAAAAC----AAAA-A--TGT---CC---ACA--
gi|57 : AA-ATGTTGAC-GA-A-C-AG-ACGG-ACTGACAGACAAttac
gi|57 : AAAT--G--TTG----AC-GAA------CA--------GAC--------GGACTGAC-------AGACAAACCAAGG-TG--------CTGT--Gaccaaggtgctgtgccgc
gi|58 : AAAAT--G--TTG----AC-GAA------CAACGGACT-GAC--------A----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTAT--Gccgc
gi|59 : AA-ATGTTGAC-GA-A-C-AG-ACGG-ACTGACAGACAAccgc
gi|59 : AAAT--G--TTG----AC-GAA------CA--------GACGGACTGACA----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTGT--Gacaaggtgctgtgccg
gi|6 : ACTGTAAA-AACTCT--G--ATTTAATCAC-GTCAAA---ACAAAAAATGGTG-CGCTATAAAC-AACAA-TGATG-TCG-----CCATACA--------TACA-GACAGACAAG-GTGGAC-GTGAAACCCAGAAT-T-T----------TACTTGTG-----TAG-------G-TATGT------T--CTTT-TATTGTACAAG-TATTTTTTGTTTGA-AAAGTTTGAAATA-------C------T-----ATTGTGAAAACTCTTTA-GCGTTATGC---A-CAG-T-CATGAT----AAAA-AAGAGTTCACC---ACA--ACAAAGAT--G--TTG----AC-ATA------CA--------AAC--------A----G----------GA-----CAAGG-TG--------CTAT--ccg
gi|6 : G-AAA-ATGTTAACGGG-A-C-AG-ACGGAACTGACAGAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatgttaacgggacagacggaactgacaga
gi|60 : actgtaaaaactctgatttaatcacgtcaaaacaaaaaatggtgcgctataaacaacaatgatgtcgccatacatacagacagacaaggtggacgtgaaacccagaattttacttgtgtaggtatgttcttttattgtacaagtattttttgtttgaaaagtttgaaatactattgtgaaaactctttagcgttatgcacagtcatgataaaaaagagttcaccacaacaaagatgttgacatacaaacaggacaaggtgctattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAT--G--TTG----AC-GAA------CA--------GAC--------G----GACTGAAGTTAAA-----CAAGG-TG--------CTGT--G
gi|61 : ACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-AG-A-C-AG-ACGG-ACACACAAACAGGGTGccgct
gi|62 : AT--G--TTG----AC-GAA------CACACGGACTGAC--------A----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTGT--Gctg
gi|63 : AT--G--TTG----AC-GAA------CA--------GACGGACTGACA----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTGT--Gcc
gi|64 : ---CC---ACA--ACAAAGAT--G--TTG----AA-ATA------CA--------GAG--------A----GAC-------Ac
gi|65 : agttgacaTGAG---TTA--TC----GCG--TCACA--------------------A-CT-AAA-ATGTTGAC-TG-A-C-GG-ACGG-Atggt
gi|66 : -C---ATC---TTGAG---TTA--TC----ACAATTCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTT----GG-A-C-AG-
gi|67 : AC-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-TA---CT----AAAA-T-CA
gi|68 : GTC-C---ATAA-C-AACAA-AGGTG-TTG-----CCATACA--------TACA-GACAat
gi|70 : AAAT--G--TTG----AC-GGA------CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTG
gi|71 : AAAAT--G--TTG----AC-GGA------CG--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAGGG-TG--------CT
gi|72 : CAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAAT
gi|9 : A-AAATG-TTG-----ACGGACA--------GACA-GACAGACAAA-GT-GCT-TTG-AACCCAGAA-----------------------------------------CT-T------CCGCTTC-TTTTGTA-GAG-TA-CAATTGT---GCAAAGTTTCAAA-A-------CTG----T-----ACGATAACAACTTTTT--TAATTAT-C---G-C-A-T-CACAAC----GAAA-A--TGT---T--------------GAT--A----G----AC-AGA------CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAATG-TG--------CTGT--GAACCCAAA-ATTTAT-----AC-ATT-TC-CGC---CTCATAT-T-G--TAGAATACAATT---GTGC----------------------A-CGA--T---A-A-AA-CTTTTTT---TTCAG---TTA--TC----TCA--TCGCAACTTGAGTTATCACATCACGA-CG-AAA-ATGTTGAT-GG-A-C-AG-ACGA-ACGGA
16 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): CTTATTCTTAGCAGAAAAGATGCGGTGCAGATTATCACAGTGCAGTACTACGTCCGTGGGGATCCATTACGGTCAAGGAGCAAATCATTTAGGAATTTTAATGAATAGGGTACACCCCTTTGAAATCTATTATGTGGACTTTGTTTATTAGGTGAGACAGTTCATTAAGGTGTAATGTGCAAGGAATACATAATTCAATATATAATTTACATTTGAATCTACCTCCAATTTCCAACTGCACGACAGAAATTTAACTTAGATACCGAGGTCGATCGAGATTGTTGACTAGTAATGACGTGCATTATTTCAATTGGATGAATTCAAAACATTGGTGTACATAATTATCAAACAGACTAAATATATAT
Unaligned ( gi|8 ): AATTCAATTTTACCAACATACATATACCTTTAACATTCGTATTTGCATACATGGGTGGGCAGTTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACATACCATGTATGCGCTACAAAATATTAAAAGTACCGTACTTACGTAAAGCATGGGGCTTTTCCGTCAATGAACACGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACAAATAAATAGGGCACACTCATGTGAGCATGTTTATTAGATCGAACAGTTCACTAAGGTATCATGTGTAAAGAATACGTAATTCATTCATAGCGTTCCTCCAATTCAAGGTATCACACCGGTAATTATTTTCACTATATGTTTCTATGTAGGAAAAAAAT
Unaligned ( gi|13 ): GTCCATTTTACCAACATGCATGAATCTTTAGCATTCATAATTGCATACATGGGTGGACAGTTCCCCTTATTTCTAGCAGAAACATTCCATGTATGGACTAATTCATAAAAGAATTCAAAATAGATCTACTGTACTTACGTAAAGCATGGGACATTTCCGTCAATGAACACGCCAATTCAGAATTTTTGCCGACAAATGAATAGGGCACACTCATATGAAATCTATTTTGTGAGCATGTTTATCAGACCGAACAGT
Unaligned ( gi|25 ): ATCAATTTTACCAACATAAATAAACCTTTAGCATTCGTATTTGTATACATGGGTGGACAGATTTCCTTATTCCTAGCAGAAGCATACCATGTATGCGATACAAATGTCAATGTACCGTACTTACGTAAAGCAAGGGACTTTTCCGCCAATGAGCCCACCATTTCAGAATTGAATAGGGCACACTCATTAG
Unaligned ( gi|26 ): GCATGGAGCTTTTCCGTCAATAGCACGCAATATTTCACGAAATCTATTCGACTGAATATGATTGGGCAACTCATTTGAATCTTTTTGTGGAGCAATGTCTATTAGATCGAAGTTACAGGTGTCATGTTAAAAACTATATAATGATATTAAACTCTCCTCCAAATTTGCAACTGGATGTCGGAAATCT
Unaligned ( gi|27 ): GGGCACACTCATGTGAGCATGTTTGATATTAGATCGAACAGTTCACTAAAGTTGTCATATGGAAAAAACAAAATTTACATAATTAATTGCGGTAAAATCACATTAAACTTTCCTGGCAATCGGAAATCAGAAATTAAAACCTCGTATTACCGGAGAACCTGCATTTTCGATTT
Unaligned ( gi|32 ): ACTGTGCAGAAATACATATTAATCAATGAATAATTTACATTTGATCTAACCTCCAATTCTCCAAATGCACGACAAATTTAACTAGTAGATACCGAGGTCGATCGAGAATTGTTGACTAGTAATGACGTGCACTTATTTGATTGGA
Unaligned ( gi|37 ): CATGTACATGCGCTACAAAATATCAAAGAACCGTATACGTAAAGCATGAGGTTTTTTCGTCAATGAGCACGCGCCATTTCAGAATTTTCGGTGATAAATTAATGAGTTTGAAAACACTT
Unaligned ( gi|38 ): AATTTTGACATAATACACGAATCTTTAGCATTCGTATTTGCATAGTTTCCTTATCTTAGCGAAAAAACATAATGTACATTAAAAATTTATAAGCAAAAATATCAAACATACCA
Unaligned ( gi|40 ): AAATCCATAAGCAAATTCAAAGTAACTCACTTTTCTAAAACATGAGGCTTTTCCGTCAATTAGCACGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACAAATGAAT
Unaligned ( gi|45 ): CTATTTTGCGAGTAATGTTTCTTAGATCGAACAGTTCATTAAAGTGTCATGTGCAAAGAATACAGAGTTACATTT
Unaligned ( gi|46 ): TCAATTTTACCAACATACATGAACCTTTGGCATTCATATTTGCACACATGGGTGGGCAGTTTCCCTTATTCCTAG
Unaligned ( gi|47 ): TACTAACAATTTTACCAACATACACATGGGTGGGGCAGTTTCCCTTTTCCTAGCAGAACAAAAACATACCATGT
Unaligned ( gi|49 ): TTACCAACATGCATGAATCTTTAGCATTCCTATTTGCATACACGGGTGGGCAGTTTTCTTCTGTATTTCT
Unaligned ( gi|52 ): CCGTTCTTTGATGTGTAATGTACAAGAAATAAATAACTCAATGCATAAGGTATGCTTGAGCCTAC
Unaligned ( gi|69 ): ACAGACGGACTGACAAACAAGGAGCTGTGCCGCTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 1111 99999999999999999999999999999999999999999999999999 3333 111 1 11111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222 11111 111111111 66666666666666666666666666666666666666 111111 333333333 1111111 1111111111 11111 11111111 11111111 11111111 11111 22222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222222222 1111 11111 111 22222222222 22 1 1 1 1 1
lowQualScore : 88 0 2222 22222222222222222222222222222222222222222222222222 0 4 9 4 66 2222 111 9999 3 0 5 66 33333 22 3 4 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 4 888 0 666 0000 2 444 2 2 2 4 44444 000000000 2 3 3 88 8 3 44444444444444444444444444444444444444 4 4 222222 66 4 55 4 8 222222222 7 4 4444444 4444444444 5 99 4 44444 4 4 1 8888 4 55 22222222 22 22 1 4444 4444 1 22222222 33333333 3333 5555555 55555 2 77777777 33 4 00000 4 44 44 777 0 5555 66 11 5 777 44 11111111111111111111111111111111111111111111 7777 44 77777 66 77777777777777777777 2 2 2 4 1 1 1 1 2 5 3 2 6666 77 6 3 55555 4 777 777 4 66 4 3 66 333 3 66 666 77777777777 3 44 1 1 5 1 5 5 5 1 1 5
lowQualScore : .. . .... .................................................. . . . . .. .... ... .... . . . .. ..... .. . . .............................................................................................................. . . ... . ... .... . ... . . . . ..... ......... . . . .. . . ...................................... . . ...... .. . .. . . ......... . . ....... .......... . .. . ..... . . . .... . .. ........ .. .. . .... .... . ........ ........ .... ....... ..... . ........ .. . ..... . .. .. ... . .... .. .. . ... .. ............................................ .... .. ..... .. .................... . . . . . . . . . . . . .... .. . . ..... . ... ... . .. . . .. ... . .. ... ........... . .. . . . . . . . . . .
lowQualScore : 88 2 1111 88888888888888888888888888888888888888888888888888 9 4 4 4 11 2222 000 4444 2 0 0 99 99999 88 1 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 9 4 888 3 444 6666 9 444 5 5 4 4 22222 666666666 2 6 6 99 9 6 88888888888888888888888888888888888888 4 4 888888 11 4 33 4 9 888888888 2 4 4444444 2222222222 8 55 0 55555 0 0 0 5555 0 55 33333333 66 66 9 0000 7777 9 55555555 22222222 9999 9999999 00000 1 66666666 22 0 00000 0 77 66 888 4 1111 99 00 1 000 77 22222222222222222222222222222222222222222222 1111 22 99999 88 11111111111111111111 9 2 1 0 9 9 9 9 2 5 2 9 1111 99 6 9 66666 4 888 888 4 11 4 7 11 999 0 00 222 66666666666 2 00 0 0 5 0 0 5 5 0 0 0
consensus : NNNNACTAT-ACGATGACGTGCATTG----TCT----T--------------G--------------A---------------GTTCAATACAGGTCACGTGAAACA-T--T--TAGTTT---ATAACATTC----GAAAAGGATAAA-A-TA--T----ATATACTCATTCCGACGGGCAAGGC-GAT----GT---CCCAGANTTT--AT--AGG-GTCTTCTT----T-----A-ATATT---TCTGTANAA----TNGAA-TTATACTGTGAA-A-CTCTTTG--A-GTTA-TCGC-G-TCAAA---ACAAAA--TTGTT-C---ATCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----ACATACA--------GACA-GACAGACAAG-GT-GAC-GTG-AACCCAGAAT-T-T----------TA-----------TAG--T----G-TCT-T------CC--TTT-TATTGTA-GAG-TA-TTTTTGT---G-AAAGTTTGAAA-A-------CTG----T-----ACTGTGAAAACTCTTT--GAGTTAT-C---G-C-GT-CANAAC----AAAA-A--TGT---CC---ACAACAAAGAT--G--TT-G----AC--GNA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGT--GAACCCAGA-ATTTAT-----AC-ACT-TC-CGC---CTCTTAT-T-G--TAGAGTACAATT---GTGCA-AAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CGA--T---A-A-AA-C---NTT---TTGAG---TTA--TC----GCA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGACAAGGTGA--T-TACT--ATNGGGCAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGCT----GAAA-T-CATATGAAAGCCTTCCTGATATGGNGNAGATTCAGGTTTGTTCAAATCATGACCACCACTAGGGGATAGAAGTTTTACATGCATAATATAAANGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCANANTGATGTCA
Reference ( family-777 ) : NNNNACTAT-ACGATGACGTGCATTG----TCT----T--------------G--------------A---------------GTTCAATACAGGTCACGTGAAACA-T--T--TAGTTT---ATAACATTC----GAAAAGGATAAA-A-TA--T----ATATACTCATTCCGACGGGCAAGGC-GAT----GT---CCCAGANTTT--AT--AGGTGTCTTCTTCT-ATTG-A-A-ATATT---TCTGTGAAA----TGGAA-CTGTACTGTGAA-A-CTTTTTG--A-GTTA-TCGC-G-TCAAA---ACAAAA--TTGTT-C---ATCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----ACATACA--------GACA-GACAGACAAG-GT-GAC-GTG-AACCCAGAAT-T-T----------TA-----------TAG--T----G-TCT-T------CC--TTT-TATTGTA-GAG-TA-TTTTTGT---G-AAAGTTTGAAA-A-------CTG----T-----ACTGTGAAAACTCTTT--GAGTTAT-C---G-C-GT-CANAAC----AAAA-A--TGT---CC---ACAACAAAGAT--G--TT-G----AC--GNA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGT--GAACCCAGA-ATTTAT-----AC-ACT-TC-CGC---CTCTTAT-T-G--TAGAGTACAATT---GTGCA-AAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CGA--T---A-A-AA-C---NTT---TTGAG---TTA--TC----GCA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGACAAGGTGA--T-TACT--ATNGGGCAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGCT----GAAA-T-CATATGAAAGCCTTCCTGATATGGNGNAGATTCAGGTTTGTTCAAATCATGACCACCACTAGGGGATAGAAGTTTTACATGCATAATATAAANGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCANANTGATGTCA
gi|1 : ACTATTACGATGACGTGCATTG----TCT----T--------------G--------------A---------------GTTCAATACAGGTCACAT-AGGCA-T--T----GTTT---ATAGCATTT----GAAAAGGATAAA-AATA--T----ACATACTCATTCAGAAAGACAAGGT-GAA----GTGAACCCAGACTGT--GT--AGGTGTCTTTTTCTCATTGTA-ACACATT---TTTGTGGAAAGTCTAAAATCTGTACTGTGAA-A-CTTTTTG--A-ATTA-TTGC-A-TCACA---ACAACA--ATATT-C---AGCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----GCGTACA--------GACA-GACAGACAAG-AT-GAT-ATG-AACCCAGAATATAT----------TA-----------TAG--T----G-TCT-T------CC--TTT-TATTGTA-GAG-CA-TTTTTAT---GGAAAGTTTGAAA-A-------CTG----T-----ACAGTGAAAAATCTTT--GAGTTAA-T---G-C-GT-CATAAC----AAAA-A--TGT---CC---ATAACAAGGAT--G--CT-G----AC--ATA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----AAAGG-TA--------CTGC--GAACCCAGA-TTTTAT-----AC-ACT-TC-TGC---CTCTTAA-T-G--TAGAGTACAATT---GTGCA-GAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CGA--T---ACA-AA-C---GTT---TTAAG---TTA--TC----ACA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAA-AG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGACAATGTGA--T-TACT--ATAAGGCAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGCT----GAAATT-CATATGAAAA-CTTCCTGATATAGTGGAAATTCAGGTTTGTTCAAATCATGACCACCACTAGGGGATAGAAATTTTATATGCA-AATATAAAGGGAAAAT-CTTC-AAAAATCTTCTCA-AGAACCATATTGAT-TCA
gi|1 : ttaaTGAAA-CCTTACTGATATGGAGTAGATTCAAGTTTGTgaagagtggatatttgtttgaaaccttactgatatggagtagattcaagtttgtg
gi|10 : ttaaactattacgatgacgtgcattgtcttgagttcaatacaggtcacataggcattgtttatagcatttgaaaaggataaaaatatacatactcattcagaaagacaaggtgaagtgaacccagactgtgtaggtgtctttttctcattgtaacacatttttgtggaaagtctaaaatctgtactgtgaaactttttgaattattgcatcacaacaacaatattcagcacaacaaagatgttggcgtacagacagacagacaagatgatatgaacccagaatatattatagtgtcttccttttattgtagagcatttttatggaaagtttgaaaactgtacagtgaaaaatctttgagttaatgcgtcataacaaaaatgtccataacaaggatgctgacatacagacagacagaaaaggtactgcgaacccagattttatacacttctgcctcttaatgtagagtacaattgtgcagagtttcaaaactgtacgatacaaacgttttaagttatcacatcacaacgaaaatgttgaaagacagacggacggacggacaatgtgattactataaggcatccgcatttcatgcggggccctaatgaaaagctgaaattcatatgaaaacttcctgatatagtggaaattcaggtttgttcaaatcatgaccaccactaggggatagaaattttatatgcaaatataaagggaaaatcttcaaaaatcttctcaagaaccatattgattcagaagagtggatatttgttCAAA---ACAAA-----GTT-C---ACCA-C-AACAG-AGATG-TTG-----ACATACA--------GACA-GACAGACAAG-GT-Gg
gi|10 : aG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ATGctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatgttgacggacagatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|11 : acaaaacaaagttcaccacaacagagatgttgacatacagacagacagacaaggtgctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---ACAACGTTCAACTGATAAAAA-AAA-A-TA--T-----TACAAT--TTCCGACAGACATGGC-GAT----GT---CCCAGAATTT--AT--AGA-GTTTTCT--------------TATT---TCTGTATAG----TGGAA-----ACTGAGAA---------------TTA-TCGC-G-TCTCA---GAAAAA--TTGTT-T---ATCA-C-TACAA-AGATG-TTG-----ACATATA--------TATC-GACAGAAAAG-GT-GAT-GTG-AACCTAGAAT-C-T----------AA-----------AGA--T----G-TCT-T------CC--TTT-AAATGTA-GAA-TA-TTTCTG------------TGAAA-A-------CTG----C-----GATGGGATATCTC------AGTTAT-C---G-C-GT-AACAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|12 : tttgaattacatgtatctcccttcgTGTCGTGTATTG----TCT----T--------------AGAGTTCATTGAATAA---------------GTTCAATACAAGTCACGTGAAACATT--T--TAGTTT---ATAATATTC----GGAAAGAATAAATA-TATTT----ATATACTCATTTTGGTGGGCAA--C-AA------------------TT--AT-------TTTTC-----AT-------ATATT---C-----AAA----TTGAA-TTAT-CT--------CTCTTTG--ACATTG-TTGA-A-TCTAA---A----------TC-T---ATAA-C-AACAA-AGACG-CTG-----ACTTGCA--------TACA-GAAAGACAAG-GT-GAT-GTG-AACCCAG-GC-T-T----------TA-----------TAG-----------------------------ATTGTA-AAG-CA-TTATTGT---GTAAAGTTTGAAA-A-------TTG----T-----AC
gi|14 : G-A-T-AG-ACAG-ACAGATGGACAGGGTGA--T-TACT--ACTGGGCAT-----CTGACA---T-------A--TGGTGG--GGCCC---TGATCATAACAGCTACTGGTAG-TGAATATGAAAGTCTTCagaca
gi|15 : aacaagatgctaattcatgcagaatgaaaagcactgtcacggtacacaaattattttcattaagccttgaagatattttaataattgaaaagtttcaaaaattacatgtcagacagttaaaaaaaaaaacgcaactaggctacatgagcatgaAAA-A-TA--T-----TACAAT--TTCCGACAGACATGGC-GAT----GT---CCCAGAATTT--AT--AGA-GTTTTCTT----------------T---TCTGTATAG----TGGAA-----ACTGAGAA---------------TTA-TCGC-G-TCTCA---GAAAAA--TTGTT-T---ATCA-CTAACAA-AGATG-TTG-----ACATATA--------TATC-GACAGAAAAG-GT-GAT-GTG-AACCTAGAA--T-C----------TA-----------AAGGAT----G-TCT-T------CC--TTT-AAATGTA-GAGATA-TTTTC-T---G-------TGAAA-A-------CTG----CG----AATGGGATATCTCAT-----GTTAT-C---G-C-GT-AACAA
gi|16 : gataaaaaATAACGTGCCTTG----TTTATATT--------------G--------------A---------------ATTCAATACATGTCGCTCGAAACA-T--T--T--TTCA--AAAACATTC----GACAA
gi|17 : gcacacaagtgtaactaaatctcattgcatggataataagaacggattactggtacaaaaaagtggtgcataatttgatgcataagtaacatttgaaccgacctccagtttgcagccggatgtcagaactttaacctcgtataccgaacccgatcgagagtttattgacttggaAC----CAAA-A--T------C---ACAACAACGATTCG--TT-G----ACC-GTA-TA--------G--------------------------GG-----CAA--------------TGT--GAAC--AGA-AGTTAA-----GT-GTT-TC-CTC---C-ATTAT-T-G--TAG-GTA-ACTTTCTGTACA-CAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CGG--CGGAA-A-AA-C-------------------A--TC----GCG--TCAAA--------------------C-CA-AAA-ATG----C-GG-A-C-AGAAAAG-ACGGACAGAC-AGGTAAACTATAAT--ATAGGGT-T-----CCG-CA---TT---TC-A--T--C-G--GGCCC---TAAT----A-AGGT----G--A-T-CAT-TGAAc
gi|18 : ttaaaatgtcagtagatTACTTTTAACA-TCTCTTG--A-GT-A-TCACCA-TCAAA---ACTAAA--T-GTCAT---ATTA-C-AACAACAGATGGTTGCCGATACATACA--------GACAAGACAGACATGAGT-GACGGTACAACC---GAT-T-T----------TATTCGTAACCTTTGG--T----G-TCT-T------CC--TTTCTATTGTA-AGG-TGTTTTTTGT---G-GAAG-----------------TG----T---------TGAATACTC-TT--GAGTTAT-C---ACC-GT-CATAAC----AAGT-T--CAC---CT---ACAACAAAAAT--GATCT-G----CC--ATA-CA--------G
gi|19 : ACTA--ACAATGATGTGCATTG----TCT----TAAAGTTTATTGAATG--------------A---------------GTTTAATAAAGGTCTCAT-AAACA-T--T----GTTT---ATAACTTTT----GAAAAGGATAA-----A--T----ATATACTCATTCTGGTGGGCAA
gi|2 : ttaacctcgtataactacaccaagcccgatcgagtttgttt----T--------------G--------------G---------------ATTCAATACAGGTCACATGAAACA-T--TA-TAGTTT---ATAACTTTC----GAAAAGAAT-AA-A-TT--T----ATATACTCATTCTGAAGAGCAA--C-AATTACAGT---TCTAATGTTCAAATTGAAGTGTCTCCTT----TTG-ACA-ATATTGAATATATAAAA----Tcatattacaattctaacattcaaattgaattatctccctttgacaattttcacgctaagacaa
gi|2 : tatcaattttaccaacatacatgaatctttagcattcgtatttgcaataatgcatatgggtgggcattttcccttattcctagcagaaacgtaccatgtatgcgttacaaaaattcataagcaaataacaaagtagatttaccatacttacgtaaagcatggggcttttccgtcaatgagcacgccatttcagaattttcgccgacaaatcaatagggaacacttatttgaaatctattttgtgagcatgttattatatcgaacagttcactaaggagtcatgtgtaaagaatacataattcatagcgtaaattacgtaaatcacacgtttaaacttttttccaattgcaaccggatgtaaaaaaaattaaccttatatataccgaaccccagcgagattttttatttttttttttacaaacacttaaaagtttactgaa---ATCA-C-AACAA-AGATG-ATG-----ACATACA--------TACA-GACAGACcacaacaaagatgatgacatacatacagacagac
gi|20 : tatcaattttaccaacatacatgaatctttagcattcgtatttgcaataatgcatatgggtgggcattttcccttattcctagcagaaacgtaccatgtatgcgttacaaaaattcataagcaaataacaaagtagatttaccatacttacgtaaagcatggggcttttccgtcaatgagcacgccatttcagaattttcgccgacaaatcaatagggaacacttatttgaaatctattttgtgagcatgttattatatcgaacagttcactaaggagtcatgtgtaaagaatacataattcatagcgtaaattacgtaaatcacacgtttaaacttttttccaattgcaaccggatgtaaaaaaaattaaccttatatataccgaaccccagcgagattttttatttttttttttacaaacacttaaaagtttactgaatggattcaatacaggtcacatgaaacattatagtttataactttcgaaaagaataaatttatatactcattctgaagagcaacaattacagttctaatgttcaaattgaagtgtctccttttgacaatattgaatatataaaG-AAA-ATGTTGAC-GT-AGC-AG-ACGG-ACA-------AATGTGA--T-TACTGAATTGGGCACG----CCG-CA---AT---TT-G--T-GATGTTGGCCCAATTAAGAA-AA-AG
gi|21 : gaacaaggtggctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---ACAAAA--CAGTT-C---ACCA-A-AACAA-AGATG-TTG-----ACAT------------ACA-GACAGACAAG-GT-G
gi|21 : G-AAA-ATATTG-T-GG-A-C-AG-ACGG-ACTGACAGACAAcctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatattgtggacagacggactgacagacaa
gi|22 : acaaaacagttcaccaaaacaaagatgttgacatacagacagacaaggtgcctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGACTTGTATTG----TCT----TAAAGTTTATTGAATG--------------A---------------GTTCAATACAAGTCATGTGAAACA-TGCTAATAGTTG---ATA
gi|23 : cttcaatctgcaaccggatgtcagaaatttaacctcatatactaaactcgatcaatgaatttttttactaacaat-TTA-----ACATACA--------GACA--------AGG-GA-AAC-GTG-ACCGCAG-AT-T-TAGCTTGTATATA-----------TGG--T----GTTCT-T------CC--TTT-TATTGTA------A-TTTT---------AAG-TTGAAA-AGTATCTTTTG----TTGAAGAGTGTGAAACCTCTTTTGGAGTTAT-TAAAA-C-GTCCATAATAAAAAAAA-A--TCA---CC---ACAACAAAGAT--G-----G----AC--ATATCA--------TAC--------A----AAC-------tttgtaatatatgtattaaacctttatatatcttcagcaagtggtaataat
gi|24 : gcgtacca---CC---A-AACAAAGAT--G--TT-GCAATATCTGGC-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGTTNNNNNNNNNN-NNNNNN-----NN-NNN-NN-NNN---NNNNNNN-N-N--NNNNNNNNNNNN---NNNNN-NNNN--NN-NNNNN-NN-NNN-NNN--N---N-N-NN-N---NNN---NNNNN---NNN--NN----NNG--TAACA----------------------CG-AAA-ATATTGAT-GG-A---AG-ACGG-ACTGACAGACAAGGTGt
gi|28 : caA--------GAC--------A----GAC-------AAA-----CAAGG-TGCTGTGCCGCTGT--GGACCC--A-ATTTAT-----AC-AC--TC-TGC---CACTTAT-T-GTTTAGGGT-CAAAT---GTGCA-AAGTGGTT-AGAAA-CCGGTATTAA--T---A-G-AA-C----TT---TTGAG---TTA--TC----AC---TCACT--------------------A-TC-AAATATGTT-AC-GG-A-CGAG-Act
gi|29 : aaatcttgaactgaacagaggctAAAAT--G--TT-G----AC--GGA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----C
gi|3 : aaatgtagacggacagacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng-ACTATGACGTGCATTG----TCT----T--------------A--------------AAAGTTTATTGAATAGGTTCAATACAAGTCACATGAAACA-T--TA-TAGTTT---ATAACATTC----GAAAAGAAT-AA-A-TA--T----ATATCCTCTTTCTGATGGGCAAACCTTAT----TT---ACTATACAAT--AC--AG--GTCT--------------A-ATATT---T-----AAA----TCGAA-TTAT-CT--------CCCTTTGCCA-AT--------G-TTGAATATACAAAA-------------TCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----GCATACA--------GACA-AAggaca
gi|30 : ttatcaattttaccaacatacatgaatctttagcattcgtatttgcatacatgggtgggcagattctcttattcctagtagaaacataccatgtatgcgctacaaaatttcttaagaaatatcaaaataaatcgtagatctaccatacttacgtagcgcatgggacttttccgtcaatgagtgcgtcattgaatagggcacactcacttgaaataaattttgtgagcatgtttattagataaaacagttcactaaggtttcataagtaaagaatacataattcatagcgtaattacgtaaatcacttctaaactccaatgggatgtcagaaatttaacctcgtataccgaacccgatcgatattttttttttcaaC--------A----GAC-------GAA-----CGGAG-CG---------TAC--GAACC-AGA--TTCAT-----AC-ACT-TTGTGC---TTCTTAT-TTG--TAGAG-A-AATT---GTGCA-AACT--TTCCAGAACCT-GTA-TGA--T---A-A-AA-C---TTTTG-TTGAG---TTA--TCGCTGGCA--TCACA--------------------ATCGAAAA-ATG-TGACTAG-A-C-AG-ACAG-Ag
gi|31 : gacgggacACAATT---GAACA-AAGTGATT-C-----CT-------A--T---A-A-GG-C---TTT---TT------TTN--TC----ATA--TCAAA--------------------A-TG-AAA-ATGATGAT-GG-A-C-A--ATAG-A-------ACAAAGTGA--T-TCCT--ATAAGGCTTTTTTCCCC-CAAATTT---TCAA--T-ACAG--GGCCTTG-TAA-GA-AA-Agca
gi|33 : AGG-TG--------CTG---GA--CCAGA-AGTTAA-----AC-ACTATC-TGCGCTCTCTCA----------AGTAGCATT---CTGCATAAGT--TA-CAAA---T-G-A-CAAATT---A-ATAA-C---ATTATATTGAAGATTTGGTTC-----CA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTG-C-GA-A-C-AG-AGGA-ACGGatatttgaatgaa
gi|34 : AAAA--TTGTT-C---AACA-C-GACAA-AGATG-TTG-----ACATACATACAGACTGACA-GACAGACAAG-GT-GA---------TCAGAAT-T-G----------TC-----------TAG--TAAAAG-TTT-TTTTCCCCC--TTT-TATTGTA-GAG-T----------------AGTTTGAAA-A-------CTGTATAT-----ACTGTGA
gi|35 : TA-CGA--T---A-A-AAAT---AGT---TTGA-----CA--TA----GGA--TCACA--------------------A-CA-AAA-GTGTTGAC-AG-A-C-AT-GTCG-ACTAATGGACAA--TGA--A-TACT--ATCGGGTTC-----CCA-TA---TT---TC-A--T-GCAA--GGTCC---TGATGA-GA-A-CT----GAA----CACATGA
gi|36 : GAT-ACGTGCCTTGGTTATAT----T--------------G--------------A---------------ATTCAATACATGTCGCCTCGAACA-T--T--T--TTTCACAAAACATTC----GAg
gi|39 : ggatgtcagaacttttaactgttaaccgacccgatcgagagtttattgattggAGA-ATTTAT-----AG-ACG-TC-TTC---CTCTTATCT-G--TA-AGTACTTTT---GTGCA-C-GT--TT-TA----CT------------------AA-T---ATG---CAGAT---TTA--TT----GCAA-TCATGTG------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-GGAA-C-AG-ACAG-ACGca
gi|4 : ---ATCA-C-AACAA-CGATG-TTG-----ACACGTA--------TACG-GGCA
gi|41 : aacaattctcaacatttttcctggaatatataaatctacaacgtgcgcctctttacaaacatgtacatgggcgagtagtttccttaattcctagtagaaacactatgtatacgctacgaatatcaaaatacaaatgtacttacgtgaaacatggggacttttacactaacgagcacgccatttcggaatttgcaccgacgaaacttcggtaacatataatgaatagtgcacactcatctgacatctatcttttaactttgttgtttagacggaacagttcactaaggtatactgtgcaagggatacataattcattggaagctacgtccaattggcatctgaatgtcagactaggaatgacatgcattgttttattgaataaattcaatacccgaaacattttcgcatagaaacaaaaaagttgtacggtaatctaaactggtacggtaaactatctatatatcaatataattattcaataaattatcttcccttaacaatgttcagtagatacaaaACTGTAAACA-TTCTTTG--A-GTTA-TCAC-CCTCAAA---ACAAAA--ATGTT-C---ATAA-C--ACAA-AGATGTTTGCCAT-ACATACA--------TACA-GACAGACAatg
gi|42 : -----ACTGTAAAAATTCTTT--GAGTTAT-C---A-C-GT-CAAAAC----AAAA-A--TGT---CCATAACAACAAAGAT--G--TT-G----CC--ATA-CA--------TAC--------A----GCC-------AGA-----CA
gi|43 : -----ACTGTTAAAACTCTTC--GAGTTAT-C---A-C-GT-CAAAAC----AAAA-A--TGT---CCATAACAGCAAAGTT--G--TT-G----CC--AAA-CA--------TAT--------A----TAC-------Agac
gi|44 : TACTGTAAA-A-CTTTTTA--A-GTTA-TCAC-A-TCAAA---ACAAAA----GTT-C---TTAA-G-AACAA-AGATG-TTGCCA--ACATAC---------GACA-GA
gi|48 : GTTGAC-AG-A-C-AG-ACGG-AC-----GACAAGATGA--CACACT--AT-GGCCGT-----GCG-CA---TCATATC-AATT-GCAG--GGCCC---TAAT
gi|5 : ----T--------------G--------------A---------------GTTTGATACAGGTCACAT-AAACA-T--T----GTTT---ATAACATTT----GAAAAGGATAAATA-TA--TACACATATACTCATTCTGGTGGGCAA
gi|50 : catgggtgggcagtttcccttattcctagcagaaacataccctgtatgcgctacaaaataaaaaaaaagattaaaagtaccgtacttacgtaaagtatggggcttttccgtcagtgaacacgccattttaaattttttgccgacaaatgaatagggcacactcatttgaactatattttgtgagcatgtttattagaccgaacagttcactagggtgtcatgtttaaagaatacgcaattcattcatagcgtaactttcctctagtttgccacaggatgtaagaactttaacctcgtataccaagcccgattgattagacatgcaccgtcgtaaagtttattgaaAGTTTTACATGTATAATATAAATGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCAGAGTGATGTCAcaattatattcaaattgaattatctccctttcacaatattcacgctgacatgcatacagaaagacaa
gi|51 : AAAAT--G--TTTG----AC--AGA-CA--------GAC--------G----AAC--------GA-----C---------------------GAATCCAGATATGTATCTTAAACCACT-TC-CGC---CTCTTAT-
gi|53 : C----GCA--TCACA--------------------A-CA-ATA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGA
gi|53 : C---ACAACAATAAT--G--TT-G----AC--GGA-CA--------GAC--------G----GAC-------GGA-----CG--------------------GAATCCAAA-ATTTAT-----AC-Aatccaaaatttataca
gi|54 : cgcatAATT---GTGCA-AAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CCA--T---A-AGAG-C---TTT---TTGAG---TTA--TC----ACA--TCAC
gi|55 : ATAAC----AAAACA--AGTTC-CC---ACA-CAA-GA---G--TT-G----AC-----------------AT--------A----GAC-------AGA-----CAAGGTTG--------CTGT--
gi|56 : a----T-----ACTGTAAAAATTCGTT--GAGTTAT-CAA-G---GT-CAAAAC----AAAA-A--TGT---CC---ACA
gi|57 : AA-ATGTTGAC-GA-A-C-AG-ACGG-ACTGACAGACAAttac
gi|57 : AAAT--G--TT-G----AC--GAA-CA--------GAC--------GGACTGAC-------AGACAAACCAAGG-TG--------CTGT--Gaccaaggtgctgtgccgc
gi|58 : AAAAT--G--TT-G----AC--GAA-CAACGGACT-GAC--------A----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTAT--Gccgc
gi|59 : AAAT--G--TT-G----AC--GAA-CA--------GACGGACTGACA----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTGT--Gccgc
gi|6 : ACTGTAAA-AACTCT--G--A-TTTAATCAC-G-TCAAA---ACAAAAAATGGTG-CGCTATAAAC-AACAA-TGATG-TCG-----CCATACA--------TACA-GACAGACAAG-GTGGAC-GTGAAACCCAGAAT-T-T----------TACTTGTG-----TAG-------G-TATGT------TC--TTT-TATTGTACAAG-TATTTTTTGTTTGA-AAAGTTTGAAATA-------C------T-----ATTGTGAAAACTCTTTA-GCGTTATGC---A-CAGT-CATGAT----AAAA-AAGAGTTCACC---ACAACAAAGAT--G--TT-G----AC--ATA-CA--------AAC--------A----G----------GA-----CAAGG-TG--------CTAT--ccg
gi|6 : G-AAA-ATGTTAACGGG-A-C-AG-ACGGAACTGACAGAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatgttaacgggacagacggaactgacaga
gi|60 : actgtaaaaactctgatttaatcacgtcaaaacaaaaaatggtgcgctataaacaacaatgatgtcgccatacatacagacagacaaggtggacgtgaaacccagaattttacttgtgtaggtatgttcttttattgtacaagtattttttgtttgaaaagtttgaaatactattgtgaaaactctttagcgttatgcacagtcatgataaaaaagagttcaccacaacaaagatgttgacatacaaacaggacaaggtgctattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAT--G--TT-G----AC--GAA-CA--------GAC--------G----GACTGAAGTTAAA-----CAAGG-TG--------CTGT--G
gi|61 : ACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-AG-A-C-AG-ACGG-ACACACAAACAGGGTGccgct
gi|62 : AT--G--TT-G----AC--GAA-CACACGGACTGAC--------A----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTGT--Gctg
gi|63 : AT--G--TT-G----AC--GAA-CA--------GACGGACTGACA----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTGT--Gcc
gi|64 : -C---ACCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----AAATACA--------GAGA-GACAc
gi|65 : agttgaTGAG---TTA--TC----GCG--TCACA--------------------A-CT-AAA-ATGTTGAC-TG-A-C-GG-ACGG-Atggt
gi|66 : -C---ATC---TTGAG---TTA--TC----ACAATTCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTT----GG-A-C-AG-
gi|67 : AC-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-TA---CT----AAAA-T-CA
gi|68 : GTC-C---ATAA-C-AACAA-AGGTG-TTG-----CCATACA--------TACA-GACAat
gi|70 : AAAT--G--TT-G----AC--GGA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTG
gi|71 : AAAAT--G--TT-G----AC--GGA-CG--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAGGG-TG--------CT
gi|72 : CAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAAT
gi|9 : A-AAATG-TTG-----ACGGACA--------GACA-GACAGACAAA-GT-GCT-TTG-AACCCAGAA-----------------------------------------CT-T------CCGCTTC-TTTTGTA-GAG-TA-CAATTGT---GCAAAGTTTCAAA-A-------CTG----T-----ACGATAACAACTTTTT--TAATTAT-C---G-C-AT-CACAAC----GAAA-A--TGT---T------------GAT--A-----G----AC--AGA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAATG-TG--------CTGT--GAACCCAAA-ATTTAT-----AC-ATT-TC-CGC---CTCATAT-T-G--TAGAATACAATT---GTGC----------------------A-CGA--T---A-A-AA-CTTTTTT---TTCAG---TTA--TC----TCA--TCGCAACTTGAGTTATCACATCACGA-CG-AAA-ATGTTGAT-GG-A-C-AG-ACGA-ACGGA
16 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): CTTATTCTTAGCAGAAAAGATGCGGTGCAGATTATCACAGTGCAGTACTACGTCCGTGGGGATCCATTACGGTCAAGGAGCAAATCATTTAGGAATTTTAATGAATAGGGTACACCCCTTTGAAATCTATTATGTGGACTTTGTTTATTAGGTGAGACAGTTCATTAAGGTGTAATGTGCAAGGAATACATAATTCAATATATAATTTACATTTGAATCTACCTCCAATTTCCAACTGCACGACAGAAATTTAACTTAGATACCGAGGTCGATCGAGATTGTTGACTAGTAATGACGTGCATTATTTCAATTGGATGAATTCAAAACATTGGTGTACATAATTATCAAACAGACTAAATATATAT
Unaligned ( gi|8 ): AATTCAATTTTACCAACATACATATACCTTTAACATTCGTATTTGCATACATGGGTGGGCAGTTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACATACCATGTATGCGCTACAAAATATTAAAAGTACCGTACTTACGTAAAGCATGGGGCTTTTCCGTCAATGAACACGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACAAATAAATAGGGCACACTCATGTGAGCATGTTTATTAGATCGAACAGTTCACTAAGGTATCATGTGTAAAGAATACGTAATTCATTCATAGCGTTCCTCCAATTCAAGGTATCACACCGGTAATTATTTTCACTATATGTTTCTATGTAGGAAAAAAAT
Unaligned ( gi|13 ): GTCCATTTTACCAACATGCATGAATCTTTAGCATTCATAATTGCATACATGGGTGGACAGTTCCCCTTATTTCTAGCAGAAACATTCCATGTATGGACTAATTCATAAAAGAATTCAAAATAGATCTACTGTACTTACGTAAAGCATGGGACATTTCCGTCAATGAACACGCCAATTCAGAATTTTTGCCGACAAATGAATAGGGCACACTCATATGAAATCTATTTTGTGAGCATGTTTATCAGACCGAACAGT
Unaligned ( gi|25 ): ATCAATTTTACCAACATAAATAAACCTTTAGCATTCGTATTTGTATACATGGGTGGACAGATTTCCTTATTCCTAGCAGAAGCATACCATGTATGCGATACAAATGTCAATGTACCGTACTTACGTAAAGCAAGGGACTTTTCCGCCAATGAGCCCACCATTTCAGAATTGAATAGGGCACACTCATTAG
Unaligned ( gi|26 ): GCATGGAGCTTTTCCGTCAATAGCACGCAATATTTCACGAAATCTATTCGACTGAATATGATTGGGCAACTCATTTGAATCTTTTTGTGGAGCAATGTCTATTAGATCGAAGTTACAGGTGTCATGTTAAAAACTATATAATGATATTAAACTCTCCTCCAAATTTGCAACTGGATGTCGGAAATCT
Unaligned ( gi|27 ): GGGCACACTCATGTGAGCATGTTTGATATTAGATCGAACAGTTCACTAAAGTTGTCATATGGAAAAAACAAAATTTACATAATTAATTGCGGTAAAATCACATTAAACTTTCCTGGCAATCGGAAATCAGAAATTAAAACCTCGTATTACCGGAGAACCTGCATTTTCGATTT
Unaligned ( gi|32 ): ACTGTGCAGAAATACATATTAATCAATGAATAATTTACATTTGATCTAACCTCCAATTCTCCAAATGCACGACAAATTTAACTAGTAGATACCGAGGTCGATCGAGAATTGTTGACTAGTAATGACGTGCACTTATTTGATTGGA
Unaligned ( gi|37 ): CATGTACATGCGCTACAAAATATCAAAGAACCGTATACGTAAAGCATGAGGTTTTTTCGTCAATGAGCACGCGCCATTTCAGAATTTTCGGTGATAAATTAATGAGTTTGAAAACACTT
Unaligned ( gi|38 ): AATTTTGACATAATACACGAATCTTTAGCATTCGTATTTGCATAGTTTCCTTATCTTAGCGAAAAAACATAATGTACATTAAAAATTTATAAGCAAAAATATCAAACATACCA
Unaligned ( gi|40 ): AAATCCATAAGCAAATTCAAAGTAACTCACTTTTCTAAAACATGAGGCTTTTCCGTCAATTAGCACGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACAAATGAAT
Unaligned ( gi|45 ): CTATTTTGCGAGTAATGTTTCTTAGATCGAACAGTTCATTAAAGTGTCATGTGCAAAGAATACAGAGTTACATTT
Unaligned ( gi|46 ): TCAATTTTACCAACATACATGAACCTTTGGCATTCATATTTGCACACATGGGTGGGCAGTTTCCCTTATTCCTAG
Unaligned ( gi|47 ): TACTAACAATTTTACCAACATACACATGGGTGGGGCAGTTTCCCTTTTCCTAGCAGAACAAAAACATACCATGT
Unaligned ( gi|49 ): TTACCAACATGCATGAATCTTTAGCATTCCTATTTGCATACACGGGTGGGCAGTTTTCTTCTGTATTTCT
Unaligned ( gi|52 ): CCGTTCTTTGATGTGTAATGTACAAGAAATAAATAACTCAATGCATAAGGTATGCTTGAGCCTAC
Unaligned ( gi|69 ): ACAGACGGACTGACAAACAAGGAGCTGTGCCGCTG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 1111 99999999999999999999999999999999999999999999999999 3333 111 1 11111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222 11111 111111111 66666666666666666666666666666666666666 111111 333333333 1111111 1111111111 11111 11111111 11111111 11111111 11111 22222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222222222 1111 11111 111 22222222222 22 1 1 1 1 1
lowQualScore : 88 0 2222 22222222222222222222222222222222222222222222222222 0 4 9 4 66 2222 111 9999 3 0 5 66 33333 22 3 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 666 0 555 11111 44444 2 2 2 4 44444 000000000 2 3 3 88 8 3 44444444444444444444444444444444444444 4 4 222222 66 4 55 4 8 222222222 7 4 4444444 4444444444 5 99 4 44444 4 4 1 8888 4 55 22222222 22 22 1 4444 4444 1 22222222 33333333 3333 5555555 55555 2 77777777 33 4 00000 4 44 44 777 0 5555 66 11 5 777 44 11111111111111111111111111111111111111111111 7777 44 77777 66 77777777777777777777 2 2 2 4 1 1 1 1 2 5 3 2 6666 77 6 3 55555 4 777 777 4 66 4 3 66 333 3 66 666 77777777777 3 44 1 1 5 1 5 5 5 1 1 5
lowQualScore : .. . .... .................................................. . . . . .. .... ... .... . . . .. ..... .. . . .................................................................................................... . ... . ... ..... ..... . . . . ..... ......... . . . .. . . ...................................... . . ...... .. . .. . . ......... . . ....... .......... . .. . ..... . . . .... . .. ........ .. .. . .... .... . ........ ........ .... ....... ..... . ........ .. . ..... . .. .. ... . .... .. .. . ... .. ............................................ .... .. ..... .. .................... . . . . . . . . . . . . .... .. . . ..... . ... ... . .. . . .. ... . .. ... ........... . .. . . . . . . . . . .
lowQualScore : 88 2 1111 88888888888888888888888888888888888888888888888888 9 4 4 4 11 2222 000 4444 2 0 0 99 99999 88 1 2 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 888 8 444 77777 66666 5 5 4 4 22222 666666666 2 6 6 99 9 6 88888888888888888888888888888888888888 4 4 888888 11 4 33 4 9 888888888 2 4 4444444 2222222222 8 55 0 55555 0 0 0 5555 0 55 33333333 66 66 9 0000 7777 9 55555555 22222222 9999 9999999 00000 1 66666666 22 0 00000 0 77 66 888 4 1111 99 00 1 000 77 22222222222222222222222222222222222222222222 1111 22 99999 88 11111111111111111111 9 2 1 0 9 9 9 9 2 5 2 9 1111 99 6 9 66666 4 888 888 4 11 4 7 11 999 0 00 222 66666666666 2 00 0 0 5 0 0 5 5 0 0 0
consensus : NNNNACTAT-ACGATGACGTGCATTG----TCT----T--------------G--------------A---------------GTTCAATACAGGTCACGTGAAACA-T--T--TAGTTT---ATAACATTC----GAAAAGGATAAA-A-TA--T----ATATACTCATTCCGACGGGCAAGGC-GATGT---CCCAGA-TTTACAGG-GTTTTCTT-------TAATA--T-TTCTGT-AAA----TNGAAT-TATACTGTGAA---CTCT-TTG--A-ATTA-TCGC-G-TCAAA---ACAAAA--TTGTT-C---ATCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----ACATACA--------GACA-GACAGACAAG-GT-GAC-GTG-AACCCAGAAT-T-T----------TA-----------TAG--T----G-TCT-T------CC--TTT-TATTGTA-GAG-TA-TTTTTGT---G-AAAGTTTGAAA-A-------CTG----T-----ACTGTGAAAACTCTTT--GAGTTAT-C---G-C-GT-CANAAC----AAAA-A--TGT---CC---ACAACAAAGAT--G--TT-G----AC--GNA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGT--GAACCCAGA-ATTTAT-----AC-ACT-TC-CGC---CTCTTAT-T-G--TAGAGTACAATT---GTGCA-AAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CGA--T---A-A-AA-C---NTT---TTGAG---TTA--TC----GCA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGACAAGGTGA--T-TACT--ATNGGGCAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGCT----GAAA-T-CATATGAAAGCCTTCCTGATATGGNGNAGATTCAGGTTTGTTCAAATCATGACCACCACTAGGGGATAGAAGTTTTACATGCATAATATAAANGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCANANTGATGTCA
Reference ( family-777 ) : NNNNACTAT-ACGATGACGTGCATTG----TCT----T--------------G--------------A---------------GTTCAATACAGGTCACGTGAAACA-T--T--TAGTTT---ATAACATTC----GAAAAGGATAAA-A-TA--T----ATATACTCATTCCGACGGGCAAGGC-GATGT---CCCAGANTTTATAGG-GTCTTCTT-------TAATA--T-TTCTGTANAA----TNGAAT-TATACTGTGAA-A-CTCT-TTG--A-GTTA-TCGC-G-TCAAA---ACAAAA--TTGTT-C---ATCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----ACATACA--------GACA-GACAGACAAG-GT-GAC-GTG-AACCCAGAAT-T-T----------TA-----------TAG--T----G-TCT-T------CC--TTT-TATTGTA-GAG-TA-TTTTTGT---G-AAAGTTTGAAA-A-------CTG----T-----ACTGTGAAAACTCTTT--GAGTTAT-C---G-C-GT-CANAAC----AAAA-A--TGT---CC---ACAACAAAGAT--G--TT-G----AC--GNA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGT--GAACCCAGA-ATTTAT-----AC-ACT-TC-CGC---CTCTTAT-T-G--TAGAGTACAATT---GTGCA-AAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CGA--T---A-A-AA-C---NTT---TTGAG---TTA--TC----GCA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGACAAGGTGA--T-TACT--ATNGGGCAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGCT----GAAA-T-CATATGAAAGCCTTCCTGATATGGNGNAGATTCAGGTTTGTTCAAATCATGACCACCACTAGGGGATAGAAGTTTTACATGCATAATATAAANGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCANANTGATGTCA
gi|1 : ACTATTACGATGACGTGCATTG----TCT----T--------------G--------------A---------------GTTCAATACAGGTCACAT-AGGCA-T--T----GTTT---ATAGCATTT----GAAAAGGATAAA-AATA--T----ACATACTCATTCAGAAAGACAAGGT-GAAGTGAACCCAGACTGTGTAGGTGTCTTTTTCTCATTGTAACACAT-TTTTGTGGAAAGTCTAAAATCTGTACTGTGAA-A-CTTT-TTG--A-ATTA-TTGC-A-TCACA---ACAACA--ATATT-C---AGCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----GCGTACA--------GACA-GACAGACAAG-AT-GAT-ATG-AACCCAGAATATAT----------TA-----------TAG--T----G-TCT-T------CC--TTT-TATTGTA-GAG-CA-TTTTTAT---GGAAAGTTTGAAA-A-------CTG----T-----ACAGTGAAAAATCTTT--GAGTTAA-T---G-C-GT-CATAAC----AAAA-A--TGT---CC---ATAACAAGGAT--G--CT-G----AC--ATA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----AAAGG-TA--------CTGC--GAACCCAGA-TTTTAT-----AC-ACT-TC-TGC---CTCTTAA-T-G--TAGAGTACAATT---GTGCA-GAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CGA--T---ACA-AA-C---GTT---TTAAG---TTA--TC----ACA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAA-AG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGACAATGTGA--T-TACT--ATAAGGCAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGCT----GAAATT-CATATGAAAA-CTTCCTGATATAGTGGAAATTCAGGTTTGTTCAAATCATGACCACCACTAGGGGATAGAAATTTTATATGCA-AATATAAAGGGAAAAT-CTTC-AAAAATCTTCTCA-AGAACCATATTGAT-TCA
gi|1 : ttaaTGAAA-CCTTACTGATATGGAGTAGATTCAAGTTTGTgaagagtggatatttgtttgaaaccttactgatatggagtagattcaagtttgtg
gi|10 : ttaaactattacgatgacgtgcattgtcttgagttcaatacaggtcacataggcattgtttatagcatttgaaaaggataaaaatatacatactcattcagaaagacaaggtgaagtgaacccagactgtgtaggtgtctttttctcattgtaacacatttttgtggaaagtctaaaatctgtactgtgaaactttttgaattattgcatcacaacaacaatattcagcacaacaaagatgttggcgtacagacagacagacaagatgatatgaacccagaatatattatagtgtcttccttttattgtagagcatttttatggaaagtttgaaaactgtacagtgaaaaatctttgagttaatgcgtcataacaaaaatgtccataacaaggatgctgacatacagacagacagaaaaggtactgcgaacccagattttatacacttctgcctcttaatgtagagtacaattgtgcagagtttcaaaactgtacgatacaaacgttttaagttatcacatcacaacgaaaatgttgaaagacagacggacggacggacaatgtgattactataaggcatccgcatttcatgcggggccctaatgaaaagctgaaattcatatgaaaacttcctgatatagtggaaattcaggtttgttcaaatcatgaccaccactaggggatagaaattttatatgcaaatataaagggaaaatcttcaaaaatcttctcaagaaccatattgattcagaagagtggatatttgttCAAA---ACAAA-----GTT-C---ACCA-C-AACAG-AGATG-TTG-----ACATACA--------GACA-GACAGACAAG-GT-Gg
gi|10 : aG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ATGctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatgttgacggacagatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|11 : acaaaacaaagttcaccacaacagagatgttgacatacagacagacagacaaggtgctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---ACAACGTTCAACTGATAAAAA-AAA-A-TA--T-----TACAAT--TTCCGACAGACATGGC-GATGT---CCCAGAATTTATAGA-GTTTTCTT-----------A--T-TTCTGTATAG----TGGAA-----ACTGAGAA----------------TTA-TCGC-G-TCTCA---GAAAAA--TTGTT-T---ATCA-C-TACAA-AGATG-TTG-----ACATATA--------TATC-GACAGAAAAG-GT-GAT-GTG-AACCTAGAAT-C-T----------AA-----------AGA--T----G-TCT-T------CC--TTT-AAATGTA-GAA-TA-TTTCTG------------TGAAA-A-------CTG----C-----GATGGGATATCTC------AGTTAT-C---G-C-GT-AACAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|12 : tttgaattacatgtatctcccttcgTGTCGTGTATTG----TCT----T--------------AGAGTTCATTGAATAA---------------GTTCAATACAAGTCACGTGAAACATT--T--TAGTTT---ATAATATTC----GGAAAGAATAAATA-TATTT----ATATACTCATTTTGGTGGGCAA--C-AA--------------TTAT-----TTTTC-----------ATA--TATTC----AAA----TTGAAT-TAT-CT--------CTCT-TTG--ACATTG-TTGA-A-TCTAA---A----------TC-T---ATAA-C-AACAA-AGACG-CTG-----ACTTGCA--------TACA-GAAAGACAAG-GT-GAT-GTG-AACCCAG-GC-T-T----------TA-----------TAG-----------------------------ATTGTA-AAG-CA-TTATTGT---GTAAAGTTTGAAA-A-------TTG----T-----AC
gi|14 : G-A-T-AG-ACAG-ACAGATGGACAGGGTGA--T-TACT--ACTGGGCAT-----CTGACA---T-------A--TGGTGG--GGCCC---TGATCATAACAGCTACTGGTAG-TGAATATGAAAGTCTTCagaca
gi|15 : aacaagatgctaattcatgcagaatgaaaagcactgtcacggtacacaaattattttcattaagccttgaagatattttaataattgaaaagtttcaaaaattacatgtcagacagttaaaaaaaaaaacgcaactaggctacatgagcatgaAAA-A-TA--T-----TACAAT--TTCCGACAGACATGGC-GATGT---CCCAGAATTTATAGA-GTTTTCTT-------T---------TCTGTATAG----TGGAA-----ACTGAGAA----------------TTA-TCGC-G-TCTCA---GAAAAA--TTGTT-T---ATCA-CTAACAA-AGATG-TTG-----ACATATA--------TATC-GACAGAAAAG-GT-GAT-GTG-AACCTAGAA--T-C----------TA-----------AAGGAT----G-TCT-T------CC--TTT-AAATGTA-GAGATA-TTTTC-T---G-------TGAAA-A-------CTG----CG----AATGGGATATCTCAT-----GTTAT-C---G-C-GT-AACAA
gi|16 : gataaaaaATAACGTGCCTTG----TTTATATT--------------G--------------A---------------ATTCAATACATGTCGCTCGAAACA-T--T--T--TTCA--AAAACATTC----GACAA
gi|17 : gcacacaagtgtaactaaatctcattgcatggataataagaacggattactggtacaaaaaagtggtgcataatttgatgcataagtaacatttgaaccgacctccagtttgcagccggatgtcagaactttaacctcgtataccgaacccgatcgagagtttattgacttggaAC----CAAA-A--T------C---ACAACAACGATTCG--TT-G----ACC-GTA-TA--------G--------------------------GG-----CAA--------------TGT--GAAC--AGA-AGTTAA-----GT-GTT-TC-CTC---C-ATTAT-T-G--TAG-GTA-ACTTTCTGTACA-CAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CGG--CGGAA-A-AA-C-------------------A--TC----GCG--TCAAA--------------------C-CA-AAA-ATG----C-GG-A-C-AGAAAAG-ACGGACAGAC-AGGTAAACTATAAT--ATAGGGT-T-----CCG-CA---TT---TC-A--T--C-G--GGCCC---TAAT----A-AGGT----G--A-T-CAT-TGAAc
gi|18 : ttaaaatgtcagtagatTACTTTTAA-C-ATCTCTTG--A-GT-A-TCACCA-TCAAA---ACTAAA--T-GTCAT---ATTA-C-AACAACAGATGGTTGCCGATACATACA--------GACAAGACAGACATGAGT-GACGGTACAACC---GAT-T-T----------TATTCGTAACCTTTGG--T----G-TCT-T------CC--TTTCTATTGTA-AGG-TGTTTTTTGT---G-GAAG-----------------TG----T---------TGAATACTC-TT--GAGTTAT-C---ACC-GT-CATAAC----AAGT-T--CAC---CT---ACAACAAAAAT--GATCT-G----CC--ATA-CA--------G
gi|19 : ACTA--ACAATGATGTGCATTG----TCT----TAAAGTTTATTGAATG--------------A---------------GTTTAATAAAGGTCTCAT-AAACA-T--T----GTTT---ATAACTTTT----GAAAAGGATAA-----A--T----ATATACTCATTCTGGTGGGCAA--------------CATA--TTACAA-----TTC---------TAACA--T-TC-----AAA----TTGAAT-TAT-CT--------CCCT-TTGACA-ATTT-TCAC-G-CTAAG---ACAA
gi|2 : ttaacctcgtataactacaccaagcccgatcgagtttgttt----T--------------G--------------G---------------ATTCAATACAGGTCACATGAAACA-T--TA-TAGTTT---ATAACTTTC----GAAAAGAAT-AA-A-TT--T----ATATACTCATTCTGAAGAGCAA--C-AA--------------TTACAG-----TTC---------TAATG--T-TC-----AAA----TTGAAG-TGT-CT--------CCTT-TTG--ACAATA-TTGA-A-T--AT---ATAAAA-------------TCA-C-AACAA-AGATG-ATG-----ACATACA--------TACA-GACAGAC
gi|20 : tatcaattttaccaacatacatgaatctttagcattcgtatttgcaataatgcatatgggtgggcattttcccttattcctagcagaaacgtaccatgtatgcgttacaaaaattcataagcaaataacaaagtagatttaccatacttacgtaaagcatggggcttttccgtcaatgagcacgccatttcagaattttcgccgacaaatcaatagggaacacttatttgaaatctattttgtgagcatgttattatatcgaacagttcactaaggagtcatgtgtaaagaatacataattcatagcgtaaattacgtaaatcacacgtttaaacttttttccaattgcaaccggatgtaaaaaaaattaaccttatatataccgaaccccagcgagattttttatttttttttttacaaacacttaaaagtttactgaaG-AAA-ATGTTGAC-GT-AGC-AG-ACGG-ACA-------AATGTGA--T-TACTGAATTGGGCACG----CCG-CA---AT---TT-G--T-GATGTTGGCCCAATTAAGAA-AA-AG
gi|21 : gaacaaggtggctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---ACAAAA--CAGTT-C---ACCA-A-AACAA-AGATG-TTG-----ACAT------------ACA-GACAGACAAG-GT-G
gi|21 : G-AAA-ATATTG-T-GG-A-C-AG-ACGG-ACTGACAGACAAcctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatattgtggacagacggactgacagacaa
gi|22 : acaaaacagttcaccaaaacaaagatgttgacatacagacagacaaggtgcctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGACTTGTATTG----TCT----TAAAGTTTATTGAATG--------------A---------------GTTCAATACAAGTCATGTGAAACA-TGCTAATAGTTG---ATA
gi|23 : cttcaatctgcaaccggatgtcagaaatttaacctcatatactaaactcgatcaatgaatttttttactaacaat-TTA-----ACATACA--------GACA--------AGG-GA-AAC-GTG-ACCGCAG-AT-T-TAGCTTGTATATA-----------TGG--T----GTTCT-T------CC--TTT-TATTGTA------A-TTTT---------AAG-TTGAAA-AGTATCTTTTG----TTGAAGAGTGTGAAACCTCTTTTGGAGTTAT-TAAAA-C-GTCCATAATAAAAAAAA-A--TCA---CC---ACAACAAAGAT--G-----G----AC--ATATCA--------TAC--------A----AAC-------tttgtaatatatgtattaaacctttatatatcttcagcaagtggtaataat
gi|24 : gcgtacca---CC---A-AACAAAGAT--G--TT-GCAATATCTGGC-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGTTNNNNNNNNNN-NNNNNN-----NN-NNN-NN-NNN---NNNNNNN-N-N--NNNNNNNNNNNN---NNNNN-NNNN--NN-NNNNN-NN-NNN-NNN--N---N-N-NN-N---NNN---NNNNN---NNN--NN----NNG--TAAC---------------------A-CG-AAA-ATATTGAT-GG-A---AG-ACGG-ACTGACAGACAAGGTGt
gi|28 : caA--------GAC--------A----GAC-------AAA-----CAAGG-TGCTGTGCCGCTGT--GGACCC--A-ATTTAT-----AC-AC--TC-TGC---CACTTAT-T-GTTTAGGGT-CAAAT---GTGCA-AAGTGGTT-AGAAA-CCGGTATTAA--T---A-G-AA-C----TT---TTGAG---TTA--TC----AC---TCACT--------------------A-TC-AAATATGTT-AC-GG-A-CGAG-Act
gi|29 : aaatcttgaactgaacagaggctAAAAT--G--TT-G----AC--GGA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----C
gi|3 : aaatgtagacggacagacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng-ACTATGACGTGCATTG----TCT----T--------------A--------------AAAGTTTATTGAATAGGTTCAATACAAGTCACATGAAACA-T--TA-TAGTTT---ATAACATTC----GAAAAGAAT-AA-A-TA--T----ATATCCTCTTTCTGATGGGCAAACCTTATTT---ACTATACAATACAGG-------TC-------TAATA--T-TT-----AAA----TCGAAT-TAT-CT--------CCCT-TTGCCA-AT--------G-TTGAATATACAAA-------------ATCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----GCATACA--------GACA-AAggaca
gi|30 : ttatcaattttaccaacatacatgaatctttagcattcgtatttgcatacatgggtgggcagattctcttattcctagtagaaacataccatgtatgcgctacaaaatttcttaagaaatatcaaaataaatcgtagatctaccatacttacgtagcgcatgggacttttccgtcaatgagtgcgtcattgaatagggcacactcacttgaaataaattttgtgagcatgtttattagataaaacagttcactaaggtttcataagtaaagaatacataattcatagcgtaattacgtaaatcacttctaaactccaatgggatgtcagaaatttaacctcgtataccgaacccgatcgatattttttttttcaaC--------A----GAC-------GAA-----CGGAG-CG---------TAC--GAACC-AGA--TTCAT-----AC-ACT-TTGTGC---TTCTTAT-TTG--TAGAG-A-AATT---GTGCA-AACT--TTCCAGAACCT-GTA-TGA--T---A-A-AA-C---TTTTG-TTGAG---TTA--TCGCTGGCA--TCACA--------------------ATCGAAAA-ATG-TGACTAG-A-C-AG-ACAG-Ag
gi|31 : gacgggacACAATT---GAACA-AAGTGATT-C-----CT-------A--T---A-A-GG-C---TTT---TT------TTN--TC----ATA--TCAAA--------------------A-TG-AAA-ATGATGAT-GG-A-C-A--ATAG-A-------ACAAAGTGA--T-TCCT--ATAAGGCTTTTTTCCCC-CAAATTT---TCAA--T-ACAG--GGCCTTG-TAA-GA-AA-Agca
gi|33 : AGG-TG--------CTG---GA--CCAGA-AGTTAA-----AC-ACTATC-TGCGCTCTCTCA----------AGTAGCATT---CTGCATAAGT--TA-CAAA---T-G-A-CAAATT---A-ATAA-C---ATTATATTGAAGATTTGGTTC-----CA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTG-C-GA-A-C-AG-AGGA-ACGGatatttgaatgaa
gi|34 : AAAA--TTGTT-C---AACA-C-GACAA-AGATG-TTG-----ACATACATACAGACTGACA-GACAGACAAG-GT-GA---------TCAGAAT-T-G----------TC-----------TAG--TAAAAG-TTT-TTTTCCCCC--TTT-TATTGTA-GAG-T----------------AGTTTGAAA-A-------CTGTATAT-----ACTGTGA
gi|35 : TA-CGA--T---A-A-AAAT---AGT---TTGA-----CA--TA----GGA--TCACA--------------------A-CA-AAA-GTGTTGAC-AG-A-C-AT-GTCG-ACTAATGGACAA--TGA--A-TACT--ATCGGGTTC-----CCA-TA---TT---TC-A--T-GCAA--GGTCC---TGATGA-GA-A-CT----GAA----CACATGA
gi|36 : GAT-ACGTGCCTTGGTTATAT----T--------------G--------------A---------------ATTCAATACATGTCGCCTCGAACA-T--T--T--TTTCACAAAACATTC----GAg
gi|39 : ggatgtcagaacttttaactgttaaccgacccgatcgagagtttattgattggAGA-ATTTAT-----AG-ACG-TC-TTC---CTCTTATCT-G--TA-AGTACTTTT---GTGCA-C-GT--TT-TA----CT------------------AA-T---ATG---CAGAT---TTA--TT----GCAA-TCATGTG------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-GGAA-C-AG-ACAG-ACGca
gi|4 : ---ATCA-C-AACAA-CGATG-TTG-----ACACGTA--------TACG-GGCA
gi|41 : aacaattctcaacatttttcctggaatatataaatctacaacgtgcgcctctttacaaacatgtacatgggcgagtagtttccttaattcctagtagaaacactatgtatacgctacgaatatcaaaatacaaatgtacttacgtgaaacatggggacttttacactaacgagcacgccatttcggaatttgcaccgacgaaacttcggtaacatataatgaatagtgcacactcatctgacatctatcttttaactttgttgtttagacggaacagttcactaaggtatactgtgcaagggatacataattcattggaagctacgtccaattggcatctgaatgtcagactaggaatgacatgcattgttttattgaataaattcaatacccgaaacattttcgcatagaaacaaaaaagttgtacggtaatctaaactggtacggtaaactatctatatatcaatataattattcaataaattatcttcccttaacaatgttcagtagatacaaaACTGTAAACA-TTCT-TTG--A-GTTA-TCAC-CCTCAAA---ACAAAA--ATGTT-C---ATAA-C--ACAA-AGATGTTTGCCAT-ACATACA--------TACA-GACAGACAatg
gi|42 : -----ACTGTAAAAATTCTTT--GAGTTAT-C---A-C-GT-CAAAAC----AAAA-A--TGT---CCATAACAACAAAGAT--G--TT-G----CC--ATA-CA--------TAC--------A----GCC-------AGA-----CA
gi|43 : -----ACTGTTAAAACTCTTC--GAGTTAT-C---A-C-GT-CAAAAC----AAAA-A--TGT---CCATAACAGCAAAGTT--G--TT-G----CC--AAA-CA--------TAT--------A----TAC-------Agac
gi|44 : TACTGTAAA-A-CTTT-TTA--A-GTTA-TCAC-A-TCAAA---ACAAAA----GTT-C---TTAA-G-AACAA-AGATG-TTGCCA--ACATAC---------GACA-GA
gi|48 : GTTGAC-AG-A-C-AG-ACGG-AC-----GACAAGATGA--CACACT--AT-GGCCGT-----GCG-CA---TCATATC-AATT-GCAG--GGCCC---TAAT
gi|5 : ----T--------------G--------------A---------------GTTTGATACAGGTCACAT-AAACA-T--T----GTTT---ATAACATTT----GAAAAGGATAAATA-TA--TACACATATACTCATTCTGGTGGGCAA
gi|50 : catgggtgggcagtttcccttattcctagcagaaacataccctgtatgcgctacaaaataaaaaaaaagattaaaagtaccgtacttacgtaaagtatggggcttttccgtcagtgaacacgccattttaaattttttgccgacaaatgaatagggcacactcatttgaactatattttgtgagcatgtttattagaccgaacagttcactagggtgtcatgtttaaagaatacgcaattcattcatagcgtaactttcctctagtttgccacaggatgtaagaactttaacctcgtataccaagcccgattgattagacatgcaccgtcgtaaagtttattgaaAGTTTTACATGTATAATATAAATGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCAGAGTGATGTCAcaattatattcaaattgaattatctccctttcacaatattcacgctgacatgcatacagaaagacaa
gi|51 : AAAAT--G--TTTG----AC--AGA-CA--------GAC--------G----AAC--------GA-----C---------------------GAATCCAGATATGTATCTTAAACCACT-TC-CGC---CTCTTAT-
gi|53 : C----GCA--TCACA--------------------A-CA-ATA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGA
gi|53 : C---ACAACAATAAT--G--TT-G----AC--GGA-CA--------GAC--------G----GAC-------GGA-----CG--------------------GAATCCAAA-ATTTAT-----AC-Aatccaaaatttataca
gi|54 : cgcatAATT---GTGCA-AAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CCA--T---A-AGAG-C---TTT---TTGAG---TTA--TC----ACA--TCAC
gi|55 : ATAAC----AAAACA--AGTTC-CC---ACA-CAA-GA---G--TT-G----AC-----------------AT--------A----GAC-------AGA-----CAAGGTTG--------CTGT--
gi|56 : a----T-----ACTGTAAAAATTCGTT--GAGTTAT-CAA-G---GT-CAAAAC----AAAA-A--TGT---CC---ACA
gi|57 : AA-ATGTTGAC-GA-A-C-AG-ACGG-ACTGACAGACAAttac
gi|57 : AAAT--G--TT-G----AC--GAA-CA--------GAC--------GGACTGAC-------AGACAAACCAAGG-TG--------CTGT--Gaccaaggtgctgtgccgc
gi|58 : AAAAT--G--TT-G----AC--GAA-CAACGGACT-GAC--------A----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTAT--Gccgc
gi|59 : AAAT--G--TT-G----AC--GAA-CA--------GACGGACTGACA----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTGT--Gccgc
gi|6 : ACTGTAAA-AACTCT---G--A-TTTAATCAC-G-TCAAA---ACAAAAAATGGTG-CGCTATAAAC-AACAA-TGATG-TCG-----CCATACA--------TACA-GACAGACAAG-GTGGAC-GTGAAACCCAGAAT-T-T----------TACTTGTG-----TAG-------G-TATGT------TC--TTT-TATTGTACAAG-TATTTTTTGTTTGA-AAAGTTTGAAATA-------C------T-----ATTGTGAAAACTCTTTA-GCGTTATGC---A-CAGT-CATGAT----AAAA-AAGAGTTCACC---ACAACAAAGAT--G--TT-G----AC--ATA-CA--------AAC--------A----G----------GA-----CAAGG-TG--------CTAT--ccg
gi|6 : G-AAA-ATGTTAACGGG-A-C-AG-ACGGAACTGACAGAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatgttaacgggacagacggaactgacaga
gi|60 : actgtaaaaactctgatttaatcacgtcaaaacaaaaaatggtgcgctataaacaacaatgatgtcgccatacatacagacagacaaggtggacgtgaaacccagaattttacttgtgtaggtatgttcttttattgtacaagtattttttgtttgaaaagtttgaaatactattgtgaaaactctttagcgttatgcacagtcatgataaaaaagagttcaccacaacaaagatgttgacatacaaacaggacaaggtgctattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAT--G--TT-G----AC--GAA-CA--------GAC--------G----GACTGAAGTTAAA-----CAAGG-TG--------CTGT--G
gi|61 : ACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-AG-A-C-AG-ACGG-ACACACAAACAGGGTGccgct
gi|62 : AT--G--TT-G----AC--GAA-CACACGGACTGAC--------A----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTGT--Gctg
gi|63 : AT--G--TT-G----AC--GAA-CA--------GACGGACTGACA----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTGT--Gcc
gi|64 : -C---ACCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----AAATACA--------GAGA-GACAc
gi|65 : agttgaTGAG---TTA--TC----GCG--TCACA--------------------A-CT-AAA-ATGTTGAC-TG-A-C-GG-ACGG-Atggt
gi|66 : -C---ATC---TTGAG---TTA--TC----ACAATTCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTT----GG-A-C-AG-
gi|67 : AC-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-TA---CT----AAAA-T-CA
gi|68 : GTC-C---ATAA-C-AACAA-AGGTG-TTG-----CCATACA--------TACA-GACAat
gi|70 : AAAT--G--TT-G----AC--GGA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTG
gi|71 : AAAAT--G--TT-G----AC--GGA-CG--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAGGG-TG--------CT
gi|72 : CAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAAT
gi|9 : A-AAATG-TTG-----ACGGACA--------GACA-GACAGACAAA-GT-GCT-TTG-AACCCAGAA-----------------------------------------CT-T------CCGCTTC-TTTTGTA-GAG-TA-CAATTGT---GCAAAGTTTCAAA-A-------CTG----T-----ACGATAACAACTTTTT--TAATTAT-C---G-C-AT-CACAAC----GAAA-A--TGT---T------------GAT--A-----G----AC--AGA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAATG-TG--------CTGT--GAACCCAAA-ATTTAT-----AC-ATT-TC-CGC---CTCATAT-T-G--TAGAATACAATT---GTGC----------------------A-CGA--T---A-A-AA-CTTTTTT---TTCAG---TTA--TC----TCA--TCGCAACTTGAGTTATCACATCACGA-CG-AAA-ATGTTGAT-GG-A-C-AG-ACGA-ACGGA
16 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): CTTATTCTTAGCAGAAAAGATGCGGTGCAGATTATCACAGTGCAGTACTACGTCCGTGGGGATCCATTACGGTCAAGGAGCAAATCATTTAGGAATTTTAATGAATAGGGTACACCCCTTTGAAATCTATTATGTGGACTTTGTTTATTAGGTGAGACAGTTCATTAAGGTGTAATGTGCAAGGAATACATAATTCAATATATAATTTACATTTGAATCTACCTCCAATTTCCAACTGCACGACAGAAATTTAACTTAGATACCGAGGTCGATCGAGATTGTTGACTAGTAATGACGTGCATTATTTCAATTGGATGAATTCAAAACATTGGTGTACATAATTATCAAACAGACTAAATATATAT
Unaligned ( gi|8 ): AATTCAATTTTACCAACATACATATACCTTTAACATTCGTATTTGCATACATGGGTGGGCAGTTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACATACCATGTATGCGCTACAAAATATTAAAAGTACCGTACTTACGTAAAGCATGGGGCTTTTCCGTCAATGAACACGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACAAATAAATAGGGCACACTCATGTGAGCATGTTTATTAGATCGAACAGTTCACTAAGGTATCATGTGTAAAGAATACGTAATTCATTCATAGCGTTCCTCCAATTCAAGGTATCACACCGGTAATTATTTTCACTATATGTTTCTATGTAGGAAAAAAAT
Unaligned ( gi|13 ): GTCCATTTTACCAACATGCATGAATCTTTAGCATTCATAATTGCATACATGGGTGGACAGTTCCCCTTATTTCTAGCAGAAACATTCCATGTATGGACTAATTCATAAAAGAATTCAAAATAGATCTACTGTACTTACGTAAAGCATGGGACATTTCCGTCAATGAACACGCCAATTCAGAATTTTTGCCGACAAATGAATAGGGCACACTCATATGAAATCTATTTTGTGAGCATGTTTATCAGACCGAACAGT
Unaligned ( gi|25 ): ATCAATTTTACCAACATAAATAAACCTTTAGCATTCGTATTTGTATACATGGGTGGACAGATTTCCTTATTCCTAGCAGAAGCATACCATGTATGCGATACAAATGTCAATGTACCGTACTTACGTAAAGCAAGGGACTTTTCCGCCAATGAGCCCACCATTTCAGAATTGAATAGGGCACACTCATTAG
Unaligned ( gi|26 ): GCATGGAGCTTTTCCGTCAATAGCACGCAATATTTCACGAAATCTATTCGACTGAATATGATTGGGCAACTCATTTGAATCTTTTTGTGGAGCAATGTCTATTAGATCGAAGTTACAGGTGTCATGTTAAAAACTATATAATGATATTAAACTCTCCTCCAAATTTGCAACTGGATGTCGGAAATCT
Unaligned ( gi|27 ): GGGCACACTCATGTGAGCATGTTTGATATTAGATCGAACAGTTCACTAAAGTTGTCATATGGAAAAAACAAAATTTACATAATTAATTGCGGTAAAATCACATTAAACTTTCCTGGCAATCGGAAATCAGAAATTAAAACCTCGTATTACCGGAGAACCTGCATTTTCGATTT
Unaligned ( gi|32 ): ACTGTGCAGAAATACATATTAATCAATGAATAATTTACATTTGATCTAACCTCCAATTCTCCAAATGCACGACAAATTTAACTAGTAGATACCGAGGTCGATCGAGAATTGTTGACTAGTAATGACGTGCACTTATTTGATTGGA
Unaligned ( gi|37 ): CATGTACATGCGCTACAAAATATCAAAGAACCGTATACGTAAAGCATGAGGTTTTTTCGTCAATGAGCACGCGCCATTTCAGAATTTTCGGTGATAAATTAATGAGTTTGAAAACACTT
Unaligned ( gi|38 ): AATTTTGACATAATACACGAATCTTTAGCATTCGTATTTGCATAGTTTCCTTATCTTAGCGAAAAAACATAATGTACATTAAAAATTTATAAGCAAAAATATCAAACATACCA
Unaligned ( gi|40 ): AAATCCATAAGCAAATTCAAAGTAACTCACTTTTCTAAAACATGAGGCTTTTCCGTCAATTAGCACGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACAAATGAAT
Unaligned ( gi|45 ): CTATTTTGCGAGTAATGTTTCTTAGATCGAACAGTTCATTAAAGTGTCATGTGCAAAGAATACAGAGTTACATTT
Unaligned ( gi|46 ): TCAATTTTACCAACATACATGAACCTTTGGCATTCATATTTGCACACATGGGTGGGCAGTTTCCCTTATTCCTAG
Unaligned ( gi|47 ): TACTAACAATTTTACCAACATACACATGGGTGGGGCAGTTTCCCTTTTCCTAGCAGAACAAAAACATACCATGT
Unaligned ( gi|49 ): TTACCAACATGCATGAATCTTTAGCATTCCTATTTGCATACACGGGTGGGCAGTTTTCTTCTGTATTTCT
Unaligned ( gi|52 ): CCGTTCTTTGATGTGTAATGTACAAGAAATAAATAACTCAATGCATAAGGTATGCTTGAGCCTAC
Unaligned ( gi|69 ): ACAGACGGACTGACAAACAAGGAGCTGTGCCGCTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 1111 99999999999999999999999999999999999999999999999999 3333 111 1 11111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 22222 11111 111111111 66666666666666666666666666666666666666 111111 333333333 1111111 1111111111 11111 11111111 11111111 11111111 11111 22222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222222222 1111 11111 111 22222222222 22 1 1 1 1 1
lowQualScore : 88 0 2222 22222222222222222222222222222222222222222222222222 0 4 9 4 66 2222 111 9999 3 0 5 66 33333 22 3 4 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 00 7 3 666 0 555 33333 44444 2 2 2 4 44444 000000000 2 3 3 88 8 3 44444444444444444444444444444444444444 4 4 222222 66 4 55 4 8 222222222 7 4 4444444 4444444444 5 99 4 44444 4 4 1 8888 4 55 22222222 22 22 1 4444 4444 1 22222222 33333333 3333 5555555 55555 2 77777777 33 4 00000 4 44 44 777 0 5555 66 11 5 777 44 11111111111111111111111111111111111111111111 7777 44 77777 66 77777777777777777777 2 2 2 4 1 1 1 1 2 5 3 2 6666 77 6 3 55555 4 777 777 4 66 4 3 66 333 3 66 666 77777777777 3 44 1 1 5 1 5 5 5 1 1 5
lowQualScore : .. . .... .................................................. . . . . .. .... ... .... . . . .. ..... .. . . ............................................................................................ . .. . . ... . ... ..... ..... . . . . ..... ......... . . . .. . . ...................................... . . ...... .. . .. . . ......... . . ....... .......... . .. . ..... . . . .... . .. ........ .. .. . .... .... . ........ ........ .... ....... ..... . ........ .. . ..... . .. .. ... . .... .. .. . ... .. ............................................ .... .. ..... .. .................... . . . . . . . . . . . . .... .. . . ..... . ... ... . .. . . .. ... . .. ... ........... . .. . . . . . . . . . .
lowQualScore : 88 2 1111 88888888888888888888888888888888888888888888888888 9 4 4 4 11 2222 000 4444 2 0 0 99 99999 88 1 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 00 3 6 888 8 444 55555 66666 5 5 4 4 22222 666666666 2 6 6 99 9 6 88888888888888888888888888888888888888 4 4 888888 11 4 33 4 9 888888888 2 4 4444444 2222222222 8 55 0 55555 0 0 0 5555 0 55 33333333 66 66 9 0000 7777 9 55555555 22222222 9999 9999999 00000 1 66666666 22 0 00000 0 77 66 888 4 1111 99 00 1 000 77 22222222222222222222222222222222222222222222 1111 22 99999 88 11111111111111111111 9 2 1 0 9 9 9 9 2 5 2 9 1111 99 6 9 66666 4 888 888 4 11 4 7 11 999 0 00 222 66666666666 2 00 0 0 5 0 0 5 5 0 0 0
consensus : NNNNACTAT-ACGATGACGTGCATTG----TCT----T--------------G--------------A---------------GTTCAATACAGGTCACGTGAAACA-T--T--TAGTTT---ATAACATTC----GAAAAGGATAAA-A-TA--T----ATATACTCATTCCGACGGGCAAGGC-GATGT---CCCAG-AC-T-TACAGG-GTTTTCT--------TAATA--T-TTCTGT--A-AA---TNGAAT-TATACTGTGAA-C--TCT-TTG--A-ATTA-TCGC-G-TCAAA---ACAAAA--TTGTT-C---ATCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----ACATACA--------GACA-GACAGACAAG-GT-GAC-GTG-AACCCAGAAT-T-T----------TA-----------TAG--T----G-TCT-T------CC--TTT-TATTGTA-GAG-TA-TTTTTGT---G-AAAGTTTGAAA-A-------CTG----T-----ACTGTGAAAACTCTTT--GAGTTAT-C---G-C-GT-CANAAC----AAAA-A--TGT---CC---ACAACAAAGAT--G--TT-G----AC--GNA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGT--GAACCCAGA-ATTTAT-----AC-ACT-TC-CGC---CTCTTAT-T-G--TAGAGTACAATT---GTGCA-AAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CGA--T---A-A-AA-C---NTT---TTGAG---TTA--TC----GCA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGACAAGGTGA--T-TACT--ATNGGGCAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGCT----GAAA-T-CATATGAAAGCCTTCCTGATATGGNGNAGATTCAGGTTTGTTCAAATCATGACCACCACTAGGGGATAGAAGTTTTACATGCATAATATAAANGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCANANTGATGTCA
Reference ( family-777 ) : NNNNACTAT-ACGATGACGTGCATTG----TCT----T--------------G--------------A---------------GTTCAATACAGGTCACGTGAAACA-T--T--TAGTTT---ATAACATTC----GAAAAGGATAAA-A-TA--T----ATATACTCATTCCGACGGGCAAGGC-GATGT---CCCAG-AT-T-TACAGG-GTTTTCTT-------TAATA--T-TTCTGT--A-AA---TNGAAT-TATACTGTGAA-C--TCT-TTG--A-ATTA-TCGC-G-TCAAA---ACAAAA--TTGTT-C---ATCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----ACATACA--------GACA-GACAGACAAG-GT-GAC-GTG-AACCCAGAAT-T-T----------TA-----------TAG--T----G-TCT-T------CC--TTT-TATTGTA-GAG-TA-TTTTTGT---G-AAAGTTTGAAA-A-------CTG----T-----ACTGTGAAAACTCTTT--GAGTTAT-C---G-C-GT-CANAAC----AAAA-A--TGT---CC---ACAACAAAGAT--G--TT-G----AC--GNA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGT--GAACCCAGA-ATTTAT-----AC-ACT-TC-CGC---CTCTTAT-T-G--TAGAGTACAATT---GTGCA-AAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CGA--T---A-A-AA-C---NTT---TTGAG---TTA--TC----GCA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGACAAGGTGA--T-TACT--ATNGGGCAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGCT----GAAA-T-CATATGAAAGCCTTCCTGATATGGNGNAGATTCAGGTTTGTTCAAATCATGACCACCACTAGGGGATAGAAGTTTTACATGCATAATATAAANGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCANANTGATGTCA
gi|1 : ACTATTACGATGACGTGCATTG----TCT----T--------------G--------------A---------------GTTCAATACAGGTCACAT-AGGCA-T--T----GTTT---ATAGCATTT----GAAAAGGATAAA-AATA--T----ACATACTCATTCAGAAAGACAAGGT-GAAGTGAACCCAG-AC-TGTGTAGGTGTCTTTTTCTCATTGTAACACAT-TTTTGTGGA-AAGTCTAAAATCTGTACTGTGAAAC--TTT-TTG--A-ATTA-TTGC-A-TCACA---ACAACA--ATATT-C---AGCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----GCGTACA--------GACA-GACAGACAAG-AT-GAT-ATG-AACCCAGAATATAT----------TA-----------TAG--T----G-TCT-T------CC--TTT-TATTGTA-GAG-CA-TTTTTAT---GGAAAGTTTGAAA-A-------CTG----T-----ACAGTGAAAAATCTTT--GAGTTAA-T---G-C-GT-CATAAC----AAAA-A--TGT---CC---ATAACAAGGAT--G--CT-G----AC--ATA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----AAAGG-TA--------CTGC--GAACCCAGA-TTTTAT-----AC-ACT-TC-TGC---CTCTTAA-T-G--TAGAGTACAATT---GTGCA-GAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CGA--T---ACA-AA-C---GTT---TTAAG---TTA--TC----ACA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAA-AG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGACAATGTGA--T-TACT--ATAAGGCAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGCT----GAAATT-CATATGAAAA-CTTCCTGATATAGTGGAAATTCAGGTTTGTTCAAATCATGACCACCACTAGGGGATAGAAATTTTATATGCA-AATATAAAGGGAAAAT-CTTC-AAAAATCTTCTCA-AGAACCATATTGAT-TCA
gi|1 : ttaaTGAAA-CCTTACTGATATGGAGTAGATTCAAGTTTGTgaagagtggatatttgtttgaaaccttactgatatggagtagattcaagtttgtg
gi|10 : ttaaactattacgatgacgtgcattgtcttgagttcaatacaggtcacataggcattgtttatagcatttgaaaaggataaaaatatacatactcattcagaaagacaaggtgaagtgaacccagactgtgtaggtgtctttttctcattgtaacacatttttgtggaaagtctaaaatctgtactgtgaaactttttgaattattgcatcacaacaacaatattcagcacaacaaagatgttggcgtacagacagacagacaagatgatatgaacccagaatatattatagtgtcttccttttattgtagagcatttttatggaaagtttgaaaactgtacagtgaaaaatctttgagttaatgcgtcataacaaaaatgtccataacaaggatgctgacatacagacagacagaaaaggtactgcgaacccagattttatacacttctgcctcttaatgtagagtacaattgtgcagagtttcaaaactgtacgatacaaacgttttaagttatcacatcacaacgaaaatgttgaaagacagacggacggacggacaatgtgattactataaggcatccgcatttcatgcggggccctaatgaaaagctgaaattcatatgaaaacttcctgatatagtggaaattcaggtttgttcaaatcatgaccaccactaggggatagaaattttatatgcaaatataaagggaaaatcttcaaaaatcttctcaagaaccatattgattcagaagagtggatatttgttCAAA---ACAAA-----GTT-C---ACCA-C-AACAG-AGATG-TTG-----ACATACA--------GACA-GACAGACAAG-GT-Gg
gi|10 : aG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ATGctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatgttgacggacagatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|11 : acaaaacaaagttcaccacaacagagatgttgacatacagacagacagacaaggtgctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---ACAACGTTCAACTGATAAAAA-AAA-A-TA--T-----TACAAT--TTCCGACAGACATGGC-GATGT---CCCAGAAT-T-TATAGA-GTTTTCT-----------TA--T-TTCTGT--ATAG---TGGAA-----AC--TGA-----------G--A-ATTA-TCGC-G-TCTCA---GAAAAA--TTGTT-T---ATCA-C-TACAA-AGATG-TTG-----ACATATA--------TATC-GACAGAAAAG-GT-GAT-GTG-AACCTAGAAT-C-T----------AA-----------AGA--T----G-TCT-T------CC--TTT-AAATGTA-GAA-TA-TTTCTG------------TGAAA-A-------CTG----C-----GATGGGATATCTC------AGTTAT-C---G-C-GT-AACAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|12 : tttgaattacatgtatctcccttcgTGTCGTGTATTG----TCT----T--------------AGAGTTCATTGAATAA---------------GTTCAATACAAGTCACGTGAAACATT--T--TAGTTT---ATAATATTC----GGAAAGAATAAATA-TATTT----ATATACTCATTTTGGTGGGCAA--C-AA---------------T-TAT-----TTTTC-----------ATA--TATTC-----A-AA---TTGAAT-TAT-CT------C--TCT-TTG--ACATTG-TTGA-A-TCTAA---A----------TC-T---ATAA-C-AACAA-AGACG-CTG-----ACTTGCA--------TACA-GAAAGACAAG-GT-GAT-GTG-AACCCAG-GC-T-T----------TA-----------TAG-----------------------------ATTGTA-AAG-CA-TTATTGT---GTAAAGTTTGAAA-A-------TTG----T-----AC
gi|14 : G-A-T-AG-ACAG-ACAGATGGACAGGGTGA--T-TACT--ACTGGGCAT-----CTGACA---T-------A--TGGTGG--GGCCC---TGATCATAACAGCTACTGGTAG-TGAATATGAAAGTCTTCagaca
gi|15 : aacaagatgctaattcatgcagaatgaaaagcactgtcacggtacacaaattattttcattaagccttgaagatattttaataattgaaaagtttcaaaaattacatgtcagacagttaaaaaaaaaaacgcaactaggctacatgagcatgaAAA-A-TA--T-----TACAAT--TTCCGACAGACATGGC-GATGT---CCCAGAAT-T-TATAGA-GTTTTCT---------------T-TTCTGT--ATAG---TGGAA-----AC--TGA-----------G--A-ATTA-TCGC-G-TCTCA---GAAAAA--TTGTT-T---ATCA-CTAACAA-AGATG-TTG-----ACATATA--------TATC-GACAGAAAAG-GT-GAT-GTG-AACCTAGAA--T-C----------TA-----------AAGGAT----G-TCT-T------CC--TTT-AAATGTA-GAGATA-TTTTC-T---G-------TGAAA-A-------CTG----CG----AATGGGATATCTCAT-----GTTAT-C---G-C-GT-AACAA
gi|16 : gataaaaaATAACGTGCCTTG----TTTATATT--------------G--------------A---------------ATTCAATACATGTCGCTCGAAACA-T--T--T--TTCA--AAAACATTC----GACAA
gi|17 : gcacacaagtgtaactaaatctcattgcatggataataagaacggattactggtacaaaaaagtggtgcataatttgatgcataagtaacatttgaaccgacctccagtttgcagccggatgtcagaactttaacctcgtataccgaacccgatcgagagtttattgacttggaAC----CAAA-A--T------C---ACAACAACGATTCG--TT-G----ACC-GTA-TA--------G--------------------------GG-----CAA--------------TGT--GAAC--AGA-AGTTAA-----GT-GTT-TC-CTC---C-ATTAT-T-G--TAG-GTA-ACTTTCTGTACA-CAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CGG--CGGAA-A-AA-C-------------------A--TC----GCG--TCAAA--------------------C-CA-AAA-ATG----C-GG-A-C-AGAAAAG-ACGGACAGAC-AGGTAAACTATAAT--ATAGGGT-T-----CCG-CA---TT---TC-A--T--C-G--GGCCC---TAAT----A-AGGT----G--A-T-CAT-TGAAc
gi|18 : ttaaaatgtcagtagatTACTTTTAA-CA-TCTCTTG--A-GT-A-TCACCA-TCAAA---ACTAAA--T-GTCAT---ATTA-C-AACAACAGATGGTTGCCGATACATACA--------GACAAGACAGACATGAGT-GACGGTACAACC---GAT-T-T----------TATTCGTAACCTTTGG--T----G-TCT-T------CC--TTTCTATTGTA-AGG-TGTTTTTTGT---G-GAAG-----------------TG----T---------TGAATACTC-TT--GAGTTAT-C---ACC-GT-CATAAC----AAGT-T--CAC---CT---ACAACAAAAAT--GATCT-G----CC--ATA-CA--------G
gi|19 : ACTA--ACAATGATGTGCATTG----TCT----TAAAGTTTATTGAATG--------------A---------------GTTTAATAAAGGTCTCAT-AAACA-T--T----GTTT---ATAACTTTT----GAAAAGGATAA-----A--T----ATATACTCATTCTGGTGGGCAA--------------CAT-A--T-TACAA-----TTC---------TAACA--T-T----C--A-AA---TTGAAT-TAT-CT------C--CCT-TTGACA-ATTT-TCAC-G-CTAAG---ACAA
gi|2 : ttaacctcgtataactacaccaagcccgatcgagtttgttt----T--------------G--------------G---------------ATTCAATACAGGTCACATGAAACA-T--TA-TAGTTT---ATAACTTTC----GAAAAGAAT-AA-A-TT--T----ATATACTCATTCTGAAGAGCAA--C-AA---------------T-TACAG-----TTC---------TAATG--T-T----C--A-AA---TTGAAG-TGT-CT------C--CTT-TTG--ACAATA-TTGA-A-T--AT---ATAAA-------------ATCA-C-AACAA-AGATG-ATG-----ACATACA--------TACA-GACAGAC
gi|20 : tatcaattttaccaacatacatgaatctttagcattcgtatttgcaataatgcatatgggtgggcattttcccttattcctagcagaaacgtaccatgtatgcgttacaaaaattcataagcaaataacaaagtagatttaccatacttacgtaaagcatggggcttttccgtcaatgagcacgccatttcagaattttcgccgacaaatcaatagggaacacttatttgaaatctattttgtgagcatgttattatatcgaacagttcactaaggagtcatgtgtaaagaatacataattcatagcgtaaattacgtaaatcacacgtttaaacttttttccaattgcaaccggatgtaaaaaaaattaaccttatatataccgaaccccagcgagattttttatttttttttttacaaacacttaaaagtttactgaaG-AAA-ATGTTGAC-GT-AGC-AG-ACGG-ACA-------AATGTGA--T-TACTGAATTGGGCACG----CCG-CA---AT---TT-G--T-GATGTTGGCCCAATTAAGAA-AA-AG
gi|21 : gaacaaggtggctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---ACAAAA--CAGTT-C---ACCA-A-AACAA-AGATG-TTG-----ACAT------------ACA-GACAGACAAG-GT-G
gi|21 : G-AAA-ATATTG-T-GG-A-C-AG-ACGG-ACTGACAGACAAcctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatattgtggacagacggactgacagacaa
gi|22 : acaaaacagttcaccaaaacaaagatgttgacatacagacagacaaggtgcctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGACTTGTATTG----TCT----TAAAGTTTATTGAATG--------------A---------------GTTCAATACAAGTCATGTGAAACA-TGCTAATAGTTG---ATA
gi|23 : cttcaatctgcaaccggatgtcagaaatttaacctcatatactaaactcgatcaatgaatttttttactaacaat-TTA-----ACATACA--------GACA--------AGG-GA-AAC-GTG-ACCGCAG-AT-T-TAGCTTGTATATA-----------TGG--T----GTTCT-T------CC--TTT-TATTGTA------A-TTTT---------AAG-TTGAAA-AGTATCTTTTG----TTGAAGAGTGTGAAACCTCTTTTGGAGTTAT-TAAAA-C-GTCCATAATAAAAAAAA-A--TCA---CC---ACAACAAAGAT--G-----G----AC--ATATCA--------TAC--------A----AAC-------tttgtaatatatgtattaaacctttatatatcttcagcaagtggtaataat
gi|24 : gcgtacca---CC---A-AACAAAGAT--G--TT-GCAATATCTGGC-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGTTNNNNNNNNNN-NNNNNN-----NN-NNN-NN-NNN---NNNNNNN-N-N--NNNNNNNNNNNN---NNNNN-NNNN--NN-NNNNN-NN-NNN-NNN--N---N-N-NN-N---NNN---NNNNN---NNN--NN----NNG--TAACA----------------------CG-AAA-ATATTGAT-GG-A---AG-ACGG-ACTGACAGACAAGGTGt
gi|28 : caA--------GAC--------A----GAC-------AAA-----CAAGG-TGCTGTGCCGCTGT--GGACCC--A-ATTTAT-----AC-AC--TC-TGC---CACTTAT-T-GTTTAGGGT-CAAAT---GTGCA-AAGTGGTT-AGAAA-CCGGTATTAA--T---A-G-AA-C----TT---TTGAG---TTA--TC----AC---TCACT--------------------A-TC-AAATATGTT-AC-GG-A-CGAG-Act
gi|29 : aaatcttgaactgaacagaggctAAAAT--G--TT-G----AC--GGA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----C
gi|3 : aaatgtagacggacagacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng-ACTATGACGTGCATTG----TCT----T--------------A--------------AAAGTTTATTGAATAGGTTCAATACAAGTCACATGAAACA-T--TA-TAGTTT---ATAACATTC----GAAAAGAAT-AA-A-TA--T----ATATCCTCTTTCTGATGGGCAAACCTTATTT---ACTAT-ACAA-TACAGG-------TC-------TAATA--T-T----T--A-AA---TCGAAT-TAT-CT------C--CCT-TTGCCA-AT--------G-TTGAATATACAAA-------------ATCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----GCATACA--------GACA-AAggaca
gi|30 : ttatcaattttaccaacatacatgaatctttagcattcgtatttgcatacatgggtgggcagattctcttattcctagtagaaacataccatgtatgcgctacaaaatttcttaagaaatatcaaaataaatcgtagatctaccatacttacgtagcgcatgggacttttccgtcaatgagtgcgtcattgaatagggcacactcacttgaaataaattttgtgagcatgtttattagataaaacagttcactaaggtttcataagtaaagaatacataattcatagcgtaattacgtaaatcacttctaaactccaatgggatgtcagaaatttaacctcgtataccgaacccgatcgatattttttttttcaaC--------A----GAC-------GAA-----CGGAG-CG---------TAC--GAACC-AGA--TTCAT-----AC-ACT-TTGTGC---TTCTTAT-TTG--TAGAG-A-AATT---GTGCA-AACT--TTCCAGAACCT-GTA-TGA--T---A-A-AA-C---TTTTG-TTGAG---TTA--TCGCTGGCA--TCACA--------------------ATCGAAAA-ATG-TGACTAG-A-C-AG-ACAG-Ag
gi|31 : gacgggacACAATT---GAACA-AAGTGATT-C-----CT-------A--T---A-A-GG-C---TTT---TT------TTN--TC----ATA--TCAAA--------------------A-TG-AAA-ATGATGAT-GG-A-C-A--ATAG-A-------ACAAAGTGA--T-TCCT--ATAAGGCTTTTTTCCCC-CAAATTT---TCAA--T-ACAG--GGCCTTG-TAA-GA-AA-Agca
gi|33 : AGG-TG--------CTG---GA--CCAGA-AGTTAA-----AC-ACTATC-TGCGCTCTCTCA----------AGTAGCATT---CTGCATAAGT--TA-CAAA---T-G-A-CAAATT---A-ATAA-C---ATTATATTGAAGATTTGGTTC-----CA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTG-C-GA-A-C-AG-AGGA-ACGGatatttgaatgaa
gi|34 : AAAA--TTGTT-C---AACA-C-GACAA-AGATG-TTG-----ACATACATACAGACTGACA-GACAGACAAG-GT-GA---------TCAGAAT-T-G----------TC-----------TAG--TAAAAG-TTT-TTTTCCCCC--TTT-TATTGTA-GAG-T----------------AGTTTGAAA-A-------CTGTATAT-----ACTGTGA
gi|35 : TA-CGA--T---A-A-AAAT---AGT---TTGA-----CA--TA----GGA--TCACA--------------------A-CA-AAA-GTGTTGAC-AG-A-C-AT-GTCG-ACTAATGGACAA--TGA--A-TACT--ATCGGGTTC-----CCA-TA---TT---TC-A--T-GCAA--GGTCC---TGATGA-GA-A-CT----GAA----CACATGA
gi|36 : GAT-ACGTGCCTTGGTTATAT----T--------------G--------------A---------------ATTCAATACATGTCGCCTCGAACA-T--T--T--TTTCACAAAACATTC----GAg
gi|39 : ggatgtcagaacttttaactgttaaccgacccgatcgagagtttattgattggAGA-ATTTAT-----AG-ACG-TC-TTC---CTCTTATCT-G--TA-AGTACTTTT---GTGCA-C-GT--TT-TA----CT------------------AA-T---ATG---CAGAT---TTA--TT----GCAA-TCATGTG------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-GGAA-C-AG-ACAG-ACGca
gi|4 : ---ATCA-C-AACAA-CGATG-TTG-----ACACGTA--------TACG-GGCA
gi|41 : aacaattctcaacatttttcctggaatatataaatctacaacgtgcgcctctttacaaacatgtacatgggcgagtagtttccttaattcctagtagaaacactatgtatacgctacgaatatcaaaatacaaatgtacttacgtgaaacatggggacttttacactaacgagcacgccatttcggaatttgcaccgacgaaacttcggtaacatataatgaatagtgcacactcatctgacatctatcttttaactttgttgtttagacggaacagttcactaaggtatactgtgcaagggatacataattcattggaagctacgtccaattggcatctgaatgtcagactaggaatgacatgcattgttttattgaataaattcaatacccgaaacattttcgcatagaaacaaaaaagttgtacggtaatctaaactggtacggtaaactatctatatatcaatataattattcaataaattatcttcccttaacaatgttcagtagatacaaaACTGTAAA-CATTCT-TTG--A-GTTA-TCAC-CCTCAAA---ACAAAA--ATGTT-C---ATAA-C--ACAA-AGATGTTTGCCAT-ACATACA--------TACA-GACAGACAatg
gi|42 : -----ACTGTAAAAATTCTTT--GAGTTAT-C---A-C-GT-CAAAAC----AAAA-A--TGT---CCATAACAACAAAGAT--G--TT-G----CC--ATA-CA--------TAC--------A----GCC-------AGA-----CA
gi|43 : -----ACTGTTAAAACTCTTC--GAGTTAT-C---A-C-GT-CAAAAC----AAAA-A--TGT---CCATAACAGCAAAGTT--G--TT-G----CC--AAA-CA--------TAT--------A----TAC-------Agac
gi|44 : TACTGTAAAAC--TTT-TTA--A-GTTA-TCAC-A-TCAAA---ACAAAA----GTT-C---TTAA-G-AACAA-AGATG-TTGCCA--ACATAC---------GACA-GA
gi|48 : GTTGAC-AG-A-C-AG-ACGG-AC-----GACAAGATGA--CACACT--AT-GGCCGT-----GCG-CA---TCATATC-AATT-GCAG--GGCCC---TAAT
gi|5 : ----T--------------G--------------A---------------GTTTGATACAGGTCACAT-AAACA-T--T----GTTT---ATAACATTT----GAAAAGGATAAATA-TA--TACACATATACTCATTCTGGTGGGCAA
gi|50 : catgggtgggcagtttcccttattcctagcagaaacataccctgtatgcgctacaaaataaaaaaaaagattaaaagtaccgtacttacgtaaagtatggggcttttccgtcagtgaacacgccattttaaattttttgccgacaaatgaatagggcacactcatttgaactatattttgtgagcatgtttattagaccgaacagttcactagggtgtcatgtttaaagaatacgcaattcattcatagcgtaactttcctctagtttgccacaggatgtaagaactttaacctcgtataccaagcccgattgattagacatgcaccgtcgtaaagtttattgaaAGTTTTACATGTATAATATAAATGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCAGAGTGATGTCAcaattatattcaaattgaattatctccctttcacaatattcacgctgacatgcatacagaaagacaa
gi|51 : AAAAT--G--TTTG----AC--AGA-CA--------GAC--------G----AAC--------GA-----C---------------------GAATCCAGATATGTATCTTAAACCACT-TC-CGC---CTCTTAT-
gi|53 : C----GCA--TCACA--------------------A-CA-ATA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGA
gi|53 : C---ACAACAATAAT--G--TT-G----AC--GGA-CA--------GAC--------G----GAC-------GGA-----CG--------------------GAATCCAAA-ATTTAT-----AC-Aatccaaaatttataca
gi|54 : cgcatAATT---GTGCA-AAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CCA--T---A-AGAG-C---TTT---TTGAG---TTA--TC----ACA--TCAC
gi|55 : ATAAC----AAAACA--AGTTC-CC---ACA-CAA-GA---G--TT-G----AC-----------------AT--------A----GAC-------AGA-----CAAGGTTG--------CTGT--
gi|56 : a----T-----ACTGTAAAAATTCGTT--GAGTTAT-CAA-G---GT-CAAAAC----AAAA-A--TGT---CC---ACA
gi|57 : AA-ATGTTGAC-GA-A-C-AG-ACGG-ACTGACAGACAAttac
gi|57 : AAAT--G--TT-G----AC--GAA-CA--------GAC--------GGACTGAC-------AGACAAACCAAGG-TG--------CTGT--Gaccaaggtgctgtgccgc
gi|58 : AAAAT--G--TT-G----AC--GAA-CAACGGACT-GAC--------A----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTAT--Gccgc
gi|59 : AAAT--G--TT-G----AC--GAA-CA--------GACGGACTGACA----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTGT--Gccgc
gi|6 : ACTGTAAA-A--ACT-CTG--A-TTTAATCAC-G-TCAAA---ACAAAAAATGGTG-CGCTATAAAC-AACAA-TGATG-TCG-----CCATACA--------TACA-GACAGACAAG-GTGGAC-GTGAAACCCAGAAT-T-T----------TACTTGTG-----TAG-------G-TATGT------TC--TTT-TATTGTACAAG-TATTTTTTGTTTGA-AAAGTTTGAAATA-------C------T-----ATTGTGAAAACTCTTTA-GCGTTATGC---A-CAGT-CATGAT----AAAA-AAGAGTTCACC---ACAACAAAGAT--G--TT-G----AC--ATA-CA--------AAC--------A----G----------GA-----CAAGG-TG--------CTAT--ccg
gi|6 : G-AAA-ATGTTAACGGG-A-C-AG-ACGGAACTGACAGAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatgttaacgggacagacggaactgacaga
gi|60 : actgtaaaaactctgatttaatcacgtcaaaacaaaaaatggtgcgctataaacaacaatgatgtcgccatacatacagacagacaaggtggacgtgaaacccagaattttacttgtgtaggtatgttcttttattgtacaagtattttttgtttgaaaagtttgaaatactattgtgaaaactctttagcgttatgcacagtcatgataaaaaagagttcaccacaacaaagatgttgacatacaaacaggacaaggtgctattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAT--G--TT-G----AC--GAA-CA--------GAC--------G----GACTGAAGTTAAA-----CAAGG-TG--------CTGT--G
gi|61 : ACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-AG-A-C-AG-ACGG-ACACACAAACAGGGTGccgct
gi|62 : AT--G--TT-G----AC--GAA-CACACGGACTGAC--------A----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTGT--Gctg
gi|63 : AT--G--TT-G----AC--GAA-CA--------GACGGACTGACA----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTGT--Gcc
gi|64 : -C---ACCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----AAATACA--------GAGA-GACAc
gi|65 : agttgaTGAG---TTA--TC----GCG--TCACA--------------------A-CT-AAA-ATGTTGAC-TG-A-C-GG-ACGG-Atggt
gi|66 : -C---ATC---TTGAG---TTA--TC----ACAATTCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTT----GG-A-C-AG-
gi|67 : AC-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-TA---CT----AAAA-T-CA
gi|68 : GTC-C---ATAA-C-AACAA-AGGTG-TTG-----CCATACA--------TACA-GACAat
gi|70 : AAAT--G--TT-G----AC--GGA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTG
gi|71 : AAAAT--G--TT-G----AC--GGA-CG--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAGGG-TG--------CT
gi|72 : CAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAAT
gi|9 : A-AAATG-TTG-----ACGGACA--------GACA-GACAGACAAA-GT-GCT-TTG-AACCCAGAA-----------------------------------------CT-T------CCGCTTC-TTTTGTA-GAG-TA-CAATTGT---GCAAAGTTTCAAA-A-------CTG----T-----ACGATAACAACTTTTT--TAATTAT-C---G-C-AT-CACAAC----GAAA-A--TGT---T------------GAT--A-----G----AC--AGA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAATG-TG--------CTGT--GAACCCAAA-ATTTAT-----AC-ATT-TC-CGC---CTCATAT-T-G--TAGAATACAATT---GTGC----------------------A-CGA--T---A-A-AA-CTTTTTT---TTCAG---TTA--TC----TCA--TCGCAACTTGAGTTATCACATCACGA-CG-AAA-ATGTTGAT-GG-A-C-AG-ACGA-ACGGA
16 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): CTTATTCTTAGCAGAAAAGATGCGGTGCAGATTATCACAGTGCAGTACTACGTCCGTGGGGATCCATTACGGTCAAGGAGCAAATCATTTAGGAATTTTAATGAATAGGGTACACCCCTTTGAAATCTATTATGTGGACTTTGTTTATTAGGTGAGACAGTTCATTAAGGTGTAATGTGCAAGGAATACATAATTCAATATATAATTTACATTTGAATCTACCTCCAATTTCCAACTGCACGACAGAAATTTAACTTAGATACCGAGGTCGATCGAGATTGTTGACTAGTAATGACGTGCATTATTTCAATTGGATGAATTCAAAACATTGGTGTACATAATTATCAAACAGACTAAATATATAT
Unaligned ( gi|8 ): AATTCAATTTTACCAACATACATATACCTTTAACATTCGTATTTGCATACATGGGTGGGCAGTTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACATACCATGTATGCGCTACAAAATATTAAAAGTACCGTACTTACGTAAAGCATGGGGCTTTTCCGTCAATGAACACGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACAAATAAATAGGGCACACTCATGTGAGCATGTTTATTAGATCGAACAGTTCACTAAGGTATCATGTGTAAAGAATACGTAATTCATTCATAGCGTTCCTCCAATTCAAGGTATCACACCGGTAATTATTTTCACTATATGTTTCTATGTAGGAAAAAAAT
Unaligned ( gi|13 ): GTCCATTTTACCAACATGCATGAATCTTTAGCATTCATAATTGCATACATGGGTGGACAGTTCCCCTTATTTCTAGCAGAAACATTCCATGTATGGACTAATTCATAAAAGAATTCAAAATAGATCTACTGTACTTACGTAAAGCATGGGACATTTCCGTCAATGAACACGCCAATTCAGAATTTTTGCCGACAAATGAATAGGGCACACTCATATGAAATCTATTTTGTGAGCATGTTTATCAGACCGAACAGT
Unaligned ( gi|25 ): ATCAATTTTACCAACATAAATAAACCTTTAGCATTCGTATTTGTATACATGGGTGGACAGATTTCCTTATTCCTAGCAGAAGCATACCATGTATGCGATACAAATGTCAATGTACCGTACTTACGTAAAGCAAGGGACTTTTCCGCCAATGAGCCCACCATTTCAGAATTGAATAGGGCACACTCATTAG
Unaligned ( gi|26 ): GCATGGAGCTTTTCCGTCAATAGCACGCAATATTTCACGAAATCTATTCGACTGAATATGATTGGGCAACTCATTTGAATCTTTTTGTGGAGCAATGTCTATTAGATCGAAGTTACAGGTGTCATGTTAAAAACTATATAATGATATTAAACTCTCCTCCAAATTTGCAACTGGATGTCGGAAATCT
Unaligned ( gi|27 ): GGGCACACTCATGTGAGCATGTTTGATATTAGATCGAACAGTTCACTAAAGTTGTCATATGGAAAAAACAAAATTTACATAATTAATTGCGGTAAAATCACATTAAACTTTCCTGGCAATCGGAAATCAGAAATTAAAACCTCGTATTACCGGAGAACCTGCATTTTCGATTT
Unaligned ( gi|32 ): ACTGTGCAGAAATACATATTAATCAATGAATAATTTACATTTGATCTAACCTCCAATTCTCCAAATGCACGACAAATTTAACTAGTAGATACCGAGGTCGATCGAGAATTGTTGACTAGTAATGACGTGCACTTATTTGATTGGA
Unaligned ( gi|37 ): CATGTACATGCGCTACAAAATATCAAAGAACCGTATACGTAAAGCATGAGGTTTTTTCGTCAATGAGCACGCGCCATTTCAGAATTTTCGGTGATAAATTAATGAGTTTGAAAACACTT
Unaligned ( gi|38 ): AATTTTGACATAATACACGAATCTTTAGCATTCGTATTTGCATAGTTTCCTTATCTTAGCGAAAAAACATAATGTACATTAAAAATTTATAAGCAAAAATATCAAACATACCA
Unaligned ( gi|40 ): AAATCCATAAGCAAATTCAAAGTAACTCACTTTTCTAAAACATGAGGCTTTTCCGTCAATTAGCACGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACAAATGAAT
Unaligned ( gi|45 ): CTATTTTGCGAGTAATGTTTCTTAGATCGAACAGTTCATTAAAGTGTCATGTGCAAAGAATACAGAGTTACATTT
Unaligned ( gi|46 ): TCAATTTTACCAACATACATGAACCTTTGGCATTCATATTTGCACACATGGGTGGGCAGTTTCCCTTATTCCTAG
Unaligned ( gi|47 ): TACTAACAATTTTACCAACATACACATGGGTGGGGCAGTTTCCCTTTTCCTAGCAGAACAAAAACATACCATGT
Unaligned ( gi|49 ): TTACCAACATGCATGAATCTTTAGCATTCCTATTTGCATACACGGGTGGGCAGTTTTCTTCTGTATTTCT
Unaligned ( gi|52 ): CCGTTCTTTGATGTGTAATGTACAAGAAATAAATAACTCAATGCATAAGGTATGCTTGAGCCTAC
Unaligned ( gi|69 ): ACAGACGGACTGACAAACAAGGAGCTGTGCCGCTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 1111 99999999999999999999999999999999999999999999999999 3333 111 1111111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 22222 11111 111111111 66666666666666666666666666666666666666 111111 333333333 1111111 1111111111 11111 11111111 11111111 11111111 11111 22222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222222222 1111 11111 111 22222222222 22 1 1 1 1 1
lowQualScore : 88 0 2222 22222222222222222222222222222222222222222222222222 0 4 9 4 66 2222 111 9999 3 5555555555555 22 3 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 00 7 3 666 0 555 33333 44444 2 2 2 4 44444 000000000 2 3 3 88 8 3 44444444444444444444444444444444444444 4 4 222222 66 4 55 4 8 222222222 7 4 4444444 4444444444 5 99 4 44444 4 4 1 8888 4 55 22222222 22 22 1 4444 4444 1 22222222 33333333 3333 5555555 55555 2 77777777 33 4 00000 4 44 44 777 0 5555 66 11 5 777 44 11111111111111111111111111111111111111111111 7777 44 77777 66 77777777777777777777 2 2 2 4 1 1 1 1 2 5 3 2 6666 77 6 3 55555 4 777 777 4 66 4 3 66 333 3 66 666 77777777777 3 44 1 1 5 1 5 5 5 1 1 5
lowQualScore : .. . .... .................................................. . . . . .. .... ... .... . ............. .. . . ............................................................................................ . .. . . ... . ... ..... ..... . . . . ..... ......... . . . .. . . ...................................... . . ...... .. . .. . . ......... . . ....... .......... . .. . ..... . . . .... . .. ........ .. .. . .... .... . ........ ........ .... ....... ..... . ........ .. . ..... . .. .. ... . .... .. .. . ... .. ............................................ .... .. ..... .. .................... . . . . . . . . . . . . .... .. . . ..... . ... ... . .. . . .. ... . .. ... ........... . .. . . . . . . . . . .
lowQualScore : 88 2 1111 88888888888888888888888888888888888888888888888888 9 4 4 4 11 2222 000 4444 2 1111111111111 88 1 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 00 3 6 888 8 444 55555 66666 5 5 4 4 22222 666666666 2 6 6 99 9 6 88888888888888888888888888888888888888 4 4 888888 11 4 33 4 9 888888888 2 4 4444444 2222222222 8 55 0 55555 0 0 0 5555 0 55 33333333 66 66 9 0000 7777 9 55555555 22222222 9999 9999999 00000 1 66666666 22 0 00000 0 77 66 888 4 1111 99 00 1 000 77 22222222222222222222222222222222222222222222 1111 22 99999 88 11111111111111111111 9 2 1 0 9 9 9 9 2 5 2 9 1111 99 6 9 66666 4 888 888 4 11 4 7 11 999 0 00 222 66666666666 2 00 0 0 5 0 0 5 5 0 0 0
consensus : NNNNACTAT-ACGATGACGTGCATTG----TCT----T--------------G--------------A---------------GTTCAATACAGGTCACGTGAAACA-T--T--TAGTTT---ATAACATTC----GAAAAGGATAAA-A-TA--T----ATATACTCATTCCGACGGGCAAGGC-GATGT---CCCAG-AC-T-TACAGG-GT---TTTCT-A-------ATAT-TTCTGT--A-AA---TNGAAT-TATACTGTGAA-C--TCT-TTG--A-ATTA-TCGC-G-TCAAA---ACAAAA--TTGTT-C---ATCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----ACATACA--------GACA-GACAGACAAG-GT-GAC-GTG-AACCCAGAAT-T-T----------TA-----------TAG--T----G-TCT-T------CC--TTT-TATTGTA-GAG-TA-TTTTTGT---G-AAAGTTTGAAA-A-------CTG----T-----ACTGTGAAAACTCTTT--GAGTTAT-C---G-C-GT-CANAAC----AAAA-A--TGT---CC---ACAACAAAGAT--G--TT-G----AC--GNA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGT--GAACCCAGA-ATTTAT-----AC-ACT-TC-CGC---CTCTTAT-T-G--TAGAGTACAATT---GTGCA-AAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CGA--T---A-A-AA-C---NTT---TTGAG---TTA--TC----GCA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGACAAGGTGA--T-TACT--ATNGGGCAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGCT----GAAA-T-CATATGAAAGCCTTCCTGATATGGNGNAGATTCAGGTTTGTTCAAATCATGACCACCACTAGGGGATAGAAGTTTTACATGCATAATATAAANGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCANANTGATGTCA
Reference ( family-777 ) : NNNNACTAT-ACGATGACGTGCATTG----TCT----T--------------G--------------A---------------GTTCAATACAGGTCACGTGAAACA-T--T--TAGTTT---ATAACATTC----GAAAAGGATAAA-A-TA--T----ATATACTCATTCCGACGGGCAAGGC-GATGT---CCCAG-AC-T-TACAGG-GT---TTTCTTA-------ATAT-TTCTGT--A-AA---TNGAAT-TATACTGTGAA-C--TCT-TTG--A-ATTA-TCGC-G-TCAAA---ACAAAA--TTGTT-C---ATCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----ACATACA--------GACA-GACAGACAAG-GT-GAC-GTG-AACCCAGAAT-T-T----------TA-----------TAG--T----G-TCT-T------CC--TTT-TATTGTA-GAG-TA-TTTTTGT---G-AAAGTTTGAAA-A-------CTG----T-----ACTGTGAAAACTCTTT--GAGTTAT-C---G-C-GT-CANAAC----AAAA-A--TGT---CC---ACAACAAAGAT--G--TT-G----AC--GNA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGT--GAACCCAGA-ATTTAT-----AC-ACT-TC-CGC---CTCTTAT-T-G--TAGAGTACAATT---GTGCA-AAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CGA--T---A-A-AA-C---NTT---TTGAG---TTA--TC----GCA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGACAAGGTGA--T-TACT--ATNGGGCAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGCT----GAAA-T-CATATGAAAGCCTTCCTGATATGGNGNAGATTCAGGTTTGTTCAAATCATGACCACCACTAGGGGATAGAAGTTTTACATGCATAATATAAANGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCANANTGATGTCA
gi|1 : ACTATTACGATGACGTGCATTG----TCT----T--------------G--------------A---------------GTTCAATACAGGTCACAT-AGGCA-T--T----GTTT---ATAGCATTT----GAAAAGGATAAA-AATA--T----ACATACTCATTCAGAAAGACAAGGT-GAAGTGAACCCAG-AC-TGTGTAGGTGTCTTTTTCTCATTGTAACACAT-TTTTGTGGA-AAGTCTAAAATCTGTACTGTGAAAC--TTT-TTG--A-ATTA-TTGC-A-TCACA---ACAACA--ATATT-C---AGCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----GCGTACA--------GACA-GACAGACAAG-AT-GAT-ATG-AACCCAGAATATAT----------TA-----------TAG--T----G-TCT-T------CC--TTT-TATTGTA-GAG-CA-TTTTTAT---GGAAAGTTTGAAA-A-------CTG----T-----ACAGTGAAAAATCTTT--GAGTTAA-T---G-C-GT-CATAAC----AAAA-A--TGT---CC---ATAACAAGGAT--G--CT-G----AC--ATA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----AAAGG-TA--------CTGC--GAACCCAGA-TTTTAT-----AC-ACT-TC-TGC---CTCTTAA-T-G--TAGAGTACAATT---GTGCA-GAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CGA--T---ACA-AA-C---GTT---TTAAG---TTA--TC----ACA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAA-AG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGACAATGTGA--T-TACT--ATAAGGCAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGCT----GAAATT-CATATGAAAA-CTTCCTGATATAGTGGAAATTCAGGTTTGTTCAAATCATGACCACCACTAGGGGATAGAAATTTTATATGCA-AATATAAAGGGAAAAT-CTTC-AAAAATCTTCTCA-AGAACCATATTGAT-TCA
gi|1 : ttaaTGAAA-CCTTACTGATATGGAGTAGATTCAAGTTTGTgaagagtggatatttgtttgaaaccttactgatatggagtagattcaagtttgtg
gi|10 : ttaaactattacgatgacgtgcattgtcttgagttcaatacaggtcacataggcattgtttatagcatttgaaaaggataaaaatatacatactcattcagaaagacaaggtgaagtgaacccagactgtgtaggtgtctttttctcattgtaacacatttttgtggaaagtctaaaatctgtactgtgaaactttttgaattattgcatcacaacaacaatattcagcacaacaaagatgttggcgtacagacagacagacaagatgatatgaacccagaatatattatagtgtcttccttttattgtagagcatttttatggaaagtttgaaaactgtacagtgaaaaatctttgagttaatgcgtcataacaaaaatgtccataacaaggatgctgacatacagacagacagaaaaggtactgcgaacccagattttatacacttctgcctcttaatgtagagtacaattgtgcagagtttcaaaactgtacgatacaaacgttttaagttatcacatcacaacgaaaatgttgaaagacagacggacggacggacaatgtgattactataaggcatccgcatttcatgcggggccctaatgaaaagctgaaattcatatgaaaacttcctgatatagtggaaattcaggtttgttcaaatcatgaccaccactaggggatagaaattttatatgcaaatataaagggaaaatcttcaaaaatcttctcaagaaccatattgattcagaagagtggatatttgttCAAA---ACAAA-----GTT-C---ACCA-C-AACAG-AGATG-TTG-----ACATACA--------GACA-GACAGACAAG-GT-Gg
gi|10 : aG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ATGctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatgttgacggacagatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|11 : acaaaacaaagttcaccacaacagagatgttgacatacagacagacagacaaggtgctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---ACAACGTTCAACTGATAAAAA-AAA-A-TA--T-----TACAAT--TTCCGACAGACATGGC-GATGT---CCCAGAAT-T-TATAGA-GT---TTTCT----------TAT-TTCTGT--ATAG---TGGAA-----AC--TGA-----------G--A-ATTA-TCGC-G-TCTCA---GAAAAA--TTGTT-T---ATCA-C-TACAA-AGATG-TTG-----ACATATA--------TATC-GACAGAAAAG-GT-GAT-GTG-AACCTAGAAT-C-T----------AA-----------AGA--T----G-TCT-T------CC--TTT-AAATGTA-GAA-TA-TTTCTG------------TGAAA-A-------CTG----C-----GATGGGATATCTC------AGTTAT-C---G-C-GT-AACAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|12 : tttgaattacatgtatctcccttcgTGTCGTGTATTG----TCT----T--------------AGAGTTCATTGAATAA---------------GTTCAATACAAGTCACGTGAAACATT--T--TAGTTT---ATAATATTC----GGAAAGAATAAATA-TATTT----ATATACTCATTTTGGTGGGCAA--C-AA---------------T-TAT-----T---TTTC----------ATATATTC-----A-AA---TTGAAT-TAT-CT------C--TCT-TTG--ACATTG-TTGA-A-TCTAA---A----------TC-T---ATAA-C-AACAA-AGACG-CTG-----ACTTGCA--------TACA-GAAAGACAAG-GT-GAT-GTG-AACCCAG-GC-T-T----------TA-----------TAG-----------------------------ATTGTA-AAG-CA-TTATTGT---GTAAAGTTTGAAA-A-------TTG----T-----AC
gi|14 : G-A-T-AG-ACAG-ACAGATGGACAGGGTGA--T-TACT--ACTGGGCAT-----CTGACA---T-------A--TGGTGG--GGCCC---TGATCATAACAGCTACTGGTAG-TGAATATGAAAGTCTTCagaca
gi|15 : aacaagatgctaattcatgcagaatgaaaagcactgtcacggtacacaaattattttcattaagccttgaagatattttaataattgaaaagtttcaaaaattacatgtcagacagttaaaaaaaaaaacgcaactaggctacatgagcatgaAAA-A-TA--T-----TACAAT--TTCCGACAGACATGGC-GATGT---CCCAGAAT-T-TATAGA-GT---TTTCT------------T-TTCTGT--ATAG---TGGAA-----AC--TGA-----------G--A-ATTA-TCGC-G-TCTCA---GAAAAA--TTGTT-T---ATCA-CTAACAA-AGATG-TTG-----ACATATA--------TATC-GACAGAAAAG-GT-GAT-GTG-AACCTAGAA--T-C----------TA-----------AAGGAT----G-TCT-T------CC--TTT-AAATGTA-GAGATA-TTTTC-T---G-------TGAAA-A-------CTG----CG----AATGGGATATCTCAT-----GTTAT-C---G-C-GT-AACAA
gi|16 : gataaaaaATAACGTGCCTTG----TTTATATT--------------G--------------A---------------ATTCAATACATGTCGCTCGAAACA-T--T--T--TTCA--AAAACATTC----GACAA
gi|17 : gcacacaagtgtaactaaatctcattgcatggataataagaacggattactggtacaaaaaagtggtgcataatttgatgcataagtaacatttgaaccgacctccagtttgcagccggatgtcagaactttaacctcgtataccgaacccgatcgagagtttattgacttggaAC----CAAA-A--T------C---ACAACAACGATTCG--TT-G----ACC-GTA-TA--------G--------------------------GG-----CAA--------------TGT--GAAC--AGA-AGTTAA-----GT-GTT-TC-CTC---C-ATTAT-T-G--TAG-GTA-ACTTTCTGTACA-CAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CGG--CGGAA-A-AA-C-------------------A--TC----GCG--TCAAA--------------------C-CA-AAA-ATG----C-GG-A-C-AGAAAAG-ACGGACAGAC-AGGTAAACTATAAT--ATAGGGT-T-----CCG-CA---TT---TC-A--T--C-G--GGCCC---TAAT----A-AGGT----G--A-T-CAT-TGAAc
gi|18 : ttaaaatgtcagtagatTACTTTTAA-CA-TCTCTTG--A-GT-A-TCACCA-TCAAA---ACTAAA--T-GTCAT---ATTA-C-AACAACAGATGGTTGCCGATACATACA--------GACAAGACAGACATGAGT-GACGGTACAACC---GAT-T-T----------TATTCGTAACCTTTGG--T----G-TCT-T------CC--TTTCTATTGTA-AGG-TGTTTTTTGT---G-GAAG-----------------TG----T---------TGAATACTC-TT--GAGTTAT-C---ACC-GT-CATAAC----AAGT-T--CAC---CT---ACAACAAAAAT--GATCT-G----CC--ATA-CA--------G
gi|19 : ACTA--ACAATGATGTGCATTG----TCT----TAAAGTTTATTGAATG--------------A---------------GTTTAATAAAGGTCTCAT-AAACA-T--T----GTTT---ATAACTTTT----GAAAAGGATAAA-------T----ATATACTCATTCTGGTGGGCAA--------------CAT-A--T-TACAA--------TTCT-A-------ACAT-TC------A-AA---TTGAAT-TAT-CT------C--CCT-TTGACA-ATTT-TCAC-G-CTAAG---ACAA
gi|2 : ttaacctcgtataactacaccaagcccgatcgagtttgttt----T--------------G--------------G---------------ATTCAATACAGGTCACATGAAACA-T--TA-TAGTTT---ATAACTTTC----GAAAAGAAT-AA-A-TT--T----ATATACTCATTCTGAAGAGCAA--C-AA---------------T-TACAG--------TTC-TA-------ATGT-T----C--A-AA---TTGAAG-TGT-CT------C--CTT-TTG--ACAATA-TTGA-A-T--AT---ATAAA-------------ATCA-C-AACAA-AGATG-ATG-----ACATACA--------TACA-GACAGAC
gi|20 : tatcaattttaccaacatacatgaatctttagcattcgtatttgcaataatgcatatgggtgggcattttcccttattcctagcagaaacgtaccatgtatgcgttacaaaaattcataagcaaataacaaagtagatttaccatacttacgtaaagcatggggcttttccgtcaatgagcacgccatttcagaattttcgccgacaaatcaatagggaacacttatttgaaatctattttgtgagcatgttattatatcgaacagttcactaaggagtcatgtgtaaagaatacataattcatagcgtaaattacgtaaatcacacgtttaaacttttttccaattgcaaccggatgtaaaaaaaattaaccttatatataccgaaccccagcgagattttttatttttttttttacaaacacttaaaagtttactgaaG-AAA-ATGTTGAC-GT-AGC-AG-ACGG-ACA-------AATGTGA--T-TACTGAATTGGGCACG----CCG-CA---AT---TT-G--T-GATGTTGGCCCAATTAAGAA-AA-AG
gi|21 : gaacaaggtggctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---ACAAAA--CAGTT-C---ACCA-A-AACAA-AGATG-TTG-----ACAT------------ACA-GACAGACAAG-GT-G
gi|21 : G-AAA-ATATTG-T-GG-A-C-AG-ACGG-ACTGACAGACAAcctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatattgtggacagacggactgacagacaa
gi|22 : acaaaacagttcaccaaaacaaagatgttgacatacagacagacaaggtgcctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGACTTGTATTG----TCT----TAAAGTTTATTGAATG--------------A---------------GTTCAATACAAGTCATGTGAAACA-TGCTAATAGTTG---ATA
gi|23 : cttcaatctgcaaccggatgtcagaaatttaacctcatatactaaactcgatcaatgaatttttttactaacaat-TTA-----ACATACA--------GACA--------AGG-GA-AAC-GTG-ACCGCAG-AT-T-TAGCTTGTATATA-----------TGG--T----GTTCT-T------CC--TTT-TATTGTA------A-TTTT---------AAG-TTGAAA-AGTATCTTTTG----TTGAAGAGTGTGAAACCTCTTTTGGAGTTAT-TAAAA-C-GTCCATAATAAAAAAAA-A--TCA---CC---ACAACAAAGAT--G-----G----AC--ATATCA--------TAC--------A----AAC-------tttgtaatatatgtattaaacctttatatatcttcagcaagtggtaataat
gi|24 : gcgtacca---CC---A-AACAAAGAT--G--TT-GCAATATCTGGC-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGTTNNNNNNNNNN-NNNNNN-----NN-NNN-NN-NNN---NNNNNNN-N-N--NNNNNNNNNNNN---NNNNN-NNNN--NN-NNNNN-NN-NNN-NNN--N---N-N-NN-N---NNN---NNNNN---NNN--NN----NNG--TAACA----------------------CG-AAA-ATATTGAT-GG-A---AG-ACGG-ACTGACAGACAAGGTGt
gi|28 : caA--------GAC--------A----GAC-------AAA-----CAAGG-TGCTGTGCCGCTGT--GGACCC--A-ATTTAT-----AC-AC--TC-TGC---CACTTAT-T-GTTTAGGGT-CAAAT---GTGCA-AAGTGGTT-AGAAA-CCGGTATTAA--T---A-G-AA-C----TT---TTGAG---TTA--TC----AC---TCACT--------------------A-TC-AAATATGTT-AC-GG-A-CGAG-Act
gi|29 : aaatcttgaactgaacagaggctAAAAT--G--TT-G----AC--GGA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----C
gi|3 : aaatgtagacggacagacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng-ACTATGACGTGCATTG----TCT----T--------------A--------------AAAGTTTATTGAATAGGTTCAATACAAGTCACATGAAACA-T--TA-TAGTTT---ATAACATTC----GAAAAGAAT-AA-A-TA--T----ATATCCTCTTTCTGATGGGCAAACCTTATTT---ACTAT-ACAA-TACAGG--------TC-TA-------ATAT-T----T--A-AA---TCGAAT-TAT-CT------C--CCT-TTGCCA-AT--------G-TTGAATATACAAA-------------ATCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----GCATACA--------GACA-AAggaca
gi|30 : ttatcaattttaccaacatacatgaatctttagcattcgtatttgcatacatgggtgggcagattctcttattcctagtagaaacataccatgtatgcgctacaaaatttcttaagaaatatcaaaataaatcgtagatctaccatacttacgtagcgcatgggacttttccgtcaatgagtgcgtcattgaatagggcacactcacttgaaataaattttgtgagcatgtttattagataaaacagttcactaaggtttcataagtaaagaatacataattcatagcgtaattacgtaaatcacttctaaactccaatgggatgtcagaaatttaacctcgtataccgaacccgatcgatattttttttttcaaC--------A----GAC-------GAA-----CGGAG-CG---------TAC--GAACC-AGA--TTCAT-----AC-ACT-TTGTGC---TTCTTAT-TTG--TAGAG-A-AATT---GTGCA-AACT--TTCCAGAACCT-GTA-TGA--T---A-A-AA-C---TTTTG-TTGAG---TTA--TCGCTGGCA--TCACA--------------------ATCGAAAA-ATG-TGACTAG-A-C-AG-ACAG-Ag
gi|31 : gacgggacACAATT---GAACA-AAGTGATT-C-----CT-------A--T---A-A-GG-C---TTT---TT------TTN--TC----ATA--TCAAA--------------------A-TG-AAA-ATGATGAT-GG-A-C-A--ATAG-A-------ACAAAGTGA--T-TCCT--ATAAGGCTTTTTTCCCC-CAAATTT---TCAA--T-ACAG--GGCCTTG-TAA-GA-AA-Agca
gi|33 : AGG-TG--------CTG---GA--CCAGA-AGTTAA-----AC-ACTATC-TGCGCTCTCTCA----------AGTAGCATT---CTGCATAAGT--TA-CAAA---T-G-A-CAAATT---A-ATAA-C---ATTATATTGAAGATTTGGTTC-----CA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTG-C-GA-A-C-AG-AGGA-ACGGatatttgaatgaa
gi|34 : AAAA--TTGTT-C---AACA-C-GACAA-AGATG-TTG-----ACATACATACAGACTGACA-GACAGACAAG-GT-GA---------TCAGAAT-T-G----------TC-----------TAG--TAAAAG-TTT-TTTTCCCCC--TTT-TATTGTA-GAG-T----------------AGTTTGAAA-A-------CTGTATAT-----ACTGTGA
gi|35 : TA-CGA--T---A-A-AAAT---AGT---TTGA-----CA--TA----GGA--TCACA--------------------A-CA-AAA-GTGTTGAC-AG-A-C-AT-GTCG-ACTAATGGACAA--TGA--A-TACT--ATCGGGTTC-----CCA-TA---TT---TC-A--T-GCAA--GGTCC---TGATGA-GA-A-CT----GAA----CACATGA
gi|36 : GAT-ACGTGCCTTGGTTATAT----T--------------G--------------A---------------ATTCAATACATGTCGCCTCGAACA-T--T--T--TTTCACAAAACATTC----GAg
gi|39 : ggatgtcagaacttttaactgttaaccgacccgatcgagagtttattgattggAGA-ATTTAT-----AG-ACG-TC-TTC---CTCTTATCT-G--TA-AGTACTTTT---GTGCA-C-GT--TT-TA----CT------------------AA-T---ATG---CAGAT---TTA--TT----GCAA-TCATGTG------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-GGAA-C-AG-ACAG-ACGca
gi|4 : ---ATCA-C-AACAA-CGATG-TTG-----ACACGTA--------TACG-GGCA
gi|41 : aacaattctcaacatttttcctggaatatataaatctacaacgtgcgcctctttacaaacatgtacatgggcgagtagtttccttaattcctagtagaaacactatgtatacgctacgaatatcaaaatacaaatgtacttacgtgaaacatggggacttttacactaacgagcacgccatttcggaatttgcaccgacgaaacttcggtaacatataatgaatagtgcacactcatctgacatctatcttttaactttgttgtttagacggaacagttcactaaggtatactgtgcaagggatacataattcattggaagctacgtccaattggcatctgaatgtcagactaggaatgacatgcattgttttattgaataaattcaatacccgaaacattttcgcatagaaacaaaaaagttgtacggtaatctaaactggtacggtaaactatctatatatcaatataattattcaataaattatcttcccttaacaatgttcagtagatacaaaACTGTAAA-CATTCT-TTG--A-GTTA-TCAC-CCTCAAA---ACAAAA--ATGTT-C---ATAA-C--ACAA-AGATGTTTGCCAT-ACATACA--------TACA-GACAGACAatg
gi|42 : -----ACTGTAAAAATTCTTT--GAGTTAT-C---A-C-GT-CAAAAC----AAAA-A--TGT---CCATAACAACAAAGAT--G--TT-G----CC--ATA-CA--------TAC--------A----GCC-------AGA-----CA
gi|43 : -----ACTGTTAAAACTCTTC--GAGTTAT-C---A-C-GT-CAAAAC----AAAA-A--TGT---CCATAACAGCAAAGTT--G--TT-G----CC--AAA-CA--------TAT--------A----TAC-------Agac
gi|44 : TACTGTAAAAC--TTT-TTA--A-GTTA-TCAC-A-TCAAA---ACAAAA----GTT-C---TTAA-G-AACAA-AGATG-TTGCCA--ACATAC---------GACA-GA
gi|48 : GTTGAC-AG-A-C-AG-ACGG-AC-----GACAAGATGA--CACACT--AT-GGCCGT-----GCG-CA---TCATATC-AATT-GCAG--GGCCC---TAAT
gi|5 : ----T--------------G--------------A---------------GTTTGATACAGGTCACAT-AAACA-T--T----GTTT---ATAACATTT----GAAAAGGATAAATA-TA--TACACATATACTCATTCTGGTGGGCAA
gi|50 : catgggtgggcagtttcccttattcctagcagaaacataccctgtatgcgctacaaaataaaaaaaaagattaaaagtaccgtacttacgtaaagtatggggcttttccgtcagtgaacacgccattttaaattttttgccgacaaatgaatagggcacactcatttgaactatattttgtgagcatgtttattagaccgaacagttcactagggtgtcatgtttaaagaatacgcaattcattcatagcgtaactttcctctagtttgccacaggatgtaagaactttaacctcgtataccaagcccgattgattagacatgcaccgtcgtaaagtttattgaaAGTTTTACATGTATAATATAAATGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCAGAGTGATGTCAcaattatattcaaattgaattatctccctttcacaatattcacgctgacatgcatacagaaagacaa
gi|51 : AAAAT--G--TTTG----AC--AGA-CA--------GAC--------G----AAC--------GA-----C---------------------GAATCCAGATATGTATCTTAAACCACT-TC-CGC---CTCTTAT-
gi|53 : C----GCA--TCACA--------------------A-CA-ATA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGA
gi|53 : C---ACAACAATAAT--G--TT-G----AC--GGA-CA--------GAC--------G----GAC-------GGA-----CG--------------------GAATCCAAA-ATTTAT-----AC-Aatccaaaatttataca
gi|54 : cgcatAATT---GTGCA-AAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CCA--T---A-AGAG-C---TTT---TTGAG---TTA--TC----ACA--TCAC
gi|55 : ATAAC----AAAACA--AGTTC-CC---ACA-CAA-GA---G--TT-G----AC-----------------AT--------A----GAC-------AGA-----CAAGGTTG--------CTGT--
gi|56 : a----T-----ACTGTAAAAATTCGTT--GAGTTAT-CAA-G---GT-CAAAAC----AAAA-A--TGT---CC---ACA
gi|57 : AA-ATGTTGAC-GA-A-C-AG-ACGG-ACTGACAGACAAttac
gi|57 : AAAT--G--TT-G----AC--GAA-CA--------GAC--------GGACTGAC-------AGACAAACCAAGG-TG--------CTGT--Gaccaaggtgctgtgccgc
gi|58 : AAAAT--G--TT-G----AC--GAA-CAACGGACT-GAC--------A----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTAT--Gccgc
gi|59 : AAAT--G--TT-G----AC--GAA-CA--------GACGGACTGACA----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTGT--Gccgc
gi|6 : ACTGTAAA-A--ACT-CTG--A-TTTAATCAC-G-TCAAA---ACAAAAAATGGTG-CGCTATAAAC-AACAA-TGATG-TCG-----CCATACA--------TACA-GACAGACAAG-GTGGAC-GTGAAACCCAGAAT-T-T----------TACTTGTG-----TAG-------G-TATGT------TC--TTT-TATTGTACAAG-TATTTTTTGTTTGA-AAAGTTTGAAATA-------C------T-----ATTGTGAAAACTCTTTA-GCGTTATGC---A-CAGT-CATGAT----AAAA-AAGAGTTCACC---ACAACAAAGAT--G--TT-G----AC--ATA-CA--------AAC--------A----G----------GA-----CAAGG-TG--------CTAT--ccg
gi|6 : G-AAA-ATGTTAACGGG-A-C-AG-ACGGAACTGACAGAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatgttaacgggacagacggaactgacaga
gi|60 : actgtaaaaactctgatttaatcacgtcaaaacaaaaaatggtgcgctataaacaacaatgatgtcgccatacatacagacagacaaggtggacgtgaaacccagaattttacttgtgtaggtatgttcttttattgtacaagtattttttgtttgaaaagtttgaaatactattgtgaaaactctttagcgttatgcacagtcatgataaaaaagagttcaccacaacaaagatgttgacatacaaacaggacaaggtgctattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAT--G--TT-G----AC--GAA-CA--------GAC--------G----GACTGAAGTTAAA-----CAAGG-TG--------CTGT--G
gi|61 : ACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-AG-A-C-AG-ACGG-ACACACAAACAGGGTGccgct
gi|62 : AT--G--TT-G----AC--GAA-CACACGGACTGAC--------A----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTGT--Gctg
gi|63 : AT--G--TT-G----AC--GAA-CA--------GACGGACTGACA----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTGT--Gcc
gi|64 : -C---ACCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----AAATACA--------GAGA-GACAc
gi|65 : agttgaTGAG---TTA--TC----GCG--TCACA--------------------A-CT-AAA-ATGTTGAC-TG-A-C-GG-ACGG-Atggt
gi|66 : -C---ATC---TTGAG---TTA--TC----ACAATTCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTT----GG-A-C-AG-
gi|67 : AC-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-TA---CT----AAAA-T-CA
gi|68 : GTC-C---ATAA-C-AACAA-AGGTG-TTG-----CCATACA--------TACA-GACAat
gi|70 : AAAT--G--TT-G----AC--GGA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTG
gi|71 : AAAAT--G--TT-G----AC--GGA-CG--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAGGG-TG--------CT
gi|72 : CAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAAT
gi|9 : A-AAATG-TTG-----ACGGACA--------GACA-GACAGACAAA-GT-GCT-TTG-AACCCAGAA-----------------------------------------CT-T------CCGCTTC-TTTTGTA-GAG-TA-CAATTGT---GCAAAGTTTCAAA-A-------CTG----T-----ACGATAACAACTTTTT--TAATTAT-C---G-C-AT-CACAAC----GAAA-A--TGT---T------------GAT--A-----G----AC--AGA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAATG-TG--------CTGT--GAACCCAAA-ATTTAT-----AC-ATT-TC-CGC---CTCATAT-T-G--TAGAATACAATT---GTGC----------------------A-CGA--T---A-A-AA-CTTTTTT---TTCAG---TTA--TC----TCA--TCGCAACTTGAGTTATCACATCACGA-CG-AAA-ATGTTGAT-GG-A-C-AG-ACGA-ACGGA
16 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): CTTATTCTTAGCAGAAAAGATGCGGTGCAGATTATCACAGTGCAGTACTACGTCCGTGGGGATCCATTACGGTCAAGGAGCAAATCATTTAGGAATTTTAATGAATAGGGTACACCCCTTTGAAATCTATTATGTGGACTTTGTTTATTAGGTGAGACAGTTCATTAAGGTGTAATGTGCAAGGAATACATAATTCAATATATAATTTACATTTGAATCTACCTCCAATTTCCAACTGCACGACAGAAATTTAACTTAGATACCGAGGTCGATCGAGATTGTTGACTAGTAATGACGTGCATTATTTCAATTGGATGAATTCAAAACATTGGTGTACATAATTATCAAACAGACTAAATATATAT
Unaligned ( gi|8 ): AATTCAATTTTACCAACATACATATACCTTTAACATTCGTATTTGCATACATGGGTGGGCAGTTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACATACCATGTATGCGCTACAAAATATTAAAAGTACCGTACTTACGTAAAGCATGGGGCTTTTCCGTCAATGAACACGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACAAATAAATAGGGCACACTCATGTGAGCATGTTTATTAGATCGAACAGTTCACTAAGGTATCATGTGTAAAGAATACGTAATTCATTCATAGCGTTCCTCCAATTCAAGGTATCACACCGGTAATTATTTTCACTATATGTTTCTATGTAGGAAAAAAAT
Unaligned ( gi|13 ): GTCCATTTTACCAACATGCATGAATCTTTAGCATTCATAATTGCATACATGGGTGGACAGTTCCCCTTATTTCTAGCAGAAACATTCCATGTATGGACTAATTCATAAAAGAATTCAAAATAGATCTACTGTACTTACGTAAAGCATGGGACATTTCCGTCAATGAACACGCCAATTCAGAATTTTTGCCGACAAATGAATAGGGCACACTCATATGAAATCTATTTTGTGAGCATGTTTATCAGACCGAACAGT
Unaligned ( gi|25 ): ATCAATTTTACCAACATAAATAAACCTTTAGCATTCGTATTTGTATACATGGGTGGACAGATTTCCTTATTCCTAGCAGAAGCATACCATGTATGCGATACAAATGTCAATGTACCGTACTTACGTAAAGCAAGGGACTTTTCCGCCAATGAGCCCACCATTTCAGAATTGAATAGGGCACACTCATTAG
Unaligned ( gi|26 ): GCATGGAGCTTTTCCGTCAATAGCACGCAATATTTCACGAAATCTATTCGACTGAATATGATTGGGCAACTCATTTGAATCTTTTTGTGGAGCAATGTCTATTAGATCGAAGTTACAGGTGTCATGTTAAAAACTATATAATGATATTAAACTCTCCTCCAAATTTGCAACTGGATGTCGGAAATCT
Unaligned ( gi|27 ): GGGCACACTCATGTGAGCATGTTTGATATTAGATCGAACAGTTCACTAAAGTTGTCATATGGAAAAAACAAAATTTACATAATTAATTGCGGTAAAATCACATTAAACTTTCCTGGCAATCGGAAATCAGAAATTAAAACCTCGTATTACCGGAGAACCTGCATTTTCGATTT
Unaligned ( gi|32 ): ACTGTGCAGAAATACATATTAATCAATGAATAATTTACATTTGATCTAACCTCCAATTCTCCAAATGCACGACAAATTTAACTAGTAGATACCGAGGTCGATCGAGAATTGTTGACTAGTAATGACGTGCACTTATTTGATTGGA
Unaligned ( gi|37 ): CATGTACATGCGCTACAAAATATCAAAGAACCGTATACGTAAAGCATGAGGTTTTTTCGTCAATGAGCACGCGCCATTTCAGAATTTTCGGTGATAAATTAATGAGTTTGAAAACACTT
Unaligned ( gi|38 ): AATTTTGACATAATACACGAATCTTTAGCATTCGTATTTGCATAGTTTCCTTATCTTAGCGAAAAAACATAATGTACATTAAAAATTTATAAGCAAAAATATCAAACATACCA
Unaligned ( gi|40 ): AAATCCATAAGCAAATTCAAAGTAACTCACTTTTCTAAAACATGAGGCTTTTCCGTCAATTAGCACGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACAAATGAAT
Unaligned ( gi|45 ): CTATTTTGCGAGTAATGTTTCTTAGATCGAACAGTTCATTAAAGTGTCATGTGCAAAGAATACAGAGTTACATTT
Unaligned ( gi|46 ): TCAATTTTACCAACATACATGAACCTTTGGCATTCATATTTGCACACATGGGTGGGCAGTTTCCCTTATTCCTAG
Unaligned ( gi|47 ): TACTAACAATTTTACCAACATACACATGGGTGGGGCAGTTTCCCTTTTCCTAGCAGAACAAAAACATACCATGT
Unaligned ( gi|49 ): TTACCAACATGCATGAATCTTTAGCATTCCTATTTGCATACACGGGTGGGCAGTTTTCTTCTGTATTTCT
Unaligned ( gi|52 ): CCGTTCTTTGATGTGTAATGTACAAGAAATAAATAACTCAATGCATAAGGTATGCTTGAGCCTAC
Unaligned ( gi|69 ): ACAGACGGACTGACAAACAAGGAGCTGTGCCGCTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 1111 99999999999999999999999999999999999999999999999999 3333 111 1111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 22222 11111 111111111 66666666666666666666666666666666666666 111111 333333333 1111111 1111111111 11111 11111111 11111111 11111111 11111 22222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222222222 1111 11111 111 22222222222 22 1 1 1 1 1
lowQualScore : 88 0 2222 22222222222222222222222222222222222222222222222222 0 4 9 4 66 2222 111 9999 3 5555555555555 22 3 4 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 00 7 3 666 0 555 33333 44444 2 2 2 4 44444 000000000 2 3 3 88 8 3 44444444444444444444444444444444444444 4 4 222222 66 4 55 4 8 222222222 7 4 4444444 4444444444 5 99 4 44444 4 4 1 8888 4 55 22222222 22 22 1 4444 4444 1 22222222 33333333 3333 5555555 55555 2 77777777 33 4 00000 4 44 44 777 0 5555 66 11 5 777 44 11111111111111111111111111111111111111111111 7777 44 77777 66 77777777777777777777 2 2 2 4 1 1 1 1 2 5 3 2 6666 77 6 3 55555 4 777 777 4 66 4 3 66 333 3 66 666 77777777777 3 44 1 1 5 1 5 5 5 1 1 5
lowQualScore : .. . .... .................................................. . . . . .. .... ... .... . ............. .. . . ............................................................................................ . .. . . ... . ... ..... ..... . . . . ..... ......... . . . .. . . ...................................... . . ...... .. . .. . . ......... . . ....... .......... . .. . ..... . . . .... . .. ........ .. .. . .... .... . ........ ........ .... ....... ..... . ........ .. . ..... . .. .. ... . .... .. .. . ... .. ............................................ .... .. ..... .. .................... . . . . . . . . . . . . .... .. . . ..... . ... ... . .. . . .. ... . .. ... ........... . .. . . . . . . . . . .
lowQualScore : 88 2 1111 88888888888888888888888888888888888888888888888888 9 4 4 4 11 2222 000 4444 2 1111111111111 88 1 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 00 3 6 888 8 444 55555 66666 5 5 4 4 22222 666666666 2 6 6 99 9 6 88888888888888888888888888888888888888 4 4 888888 11 4 33 4 9 888888888 2 4 4444444 2222222222 8 55 0 55555 0 0 0 5555 0 55 33333333 66 66 9 0000 7777 9 55555555 22222222 9999 9999999 00000 1 66666666 22 0 00000 0 77 66 888 4 1111 99 00 1 000 77 22222222222222222222222222222222222222222222 1111 22 99999 88 11111111111111111111 9 2 1 0 9 9 9 9 2 5 2 9 1111 99 6 9 66666 4 888 888 4 11 4 7 11 999 0 00 222 66666666666 2 00 0 0 5 0 0 5 5 0 0 0
consensus : NNNNACTAT-ACGATGACGTGCATTG----TCT----T--------------G--------------A---------------GTTCAATACAGGTCACGTGAAACA-T--T--TAGTTT---ATAACATTC----GAAAAGGATAAA-A-TA--T----ATATACTCATTCCGACGGGCAAGGC-GATGT---CCCAG-AC-T-TACAGG-GT---TTTCTAAT--------AT-TTCTGT--A-AA---TNGAAT-TATACTGTGAA-C--TCT-TTG--A-ATTA-TCGC-G-TCAAA---ACAAAA--TTGTT-C---ATCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----ACATACA--------GACA-GACAGACAAG-GT-GAC-GTG-AACCCAGAAT-T-T----------TA-----------TAG--T----G-TCT-T------CC--TTT-TATTGTA-GAG-TA-TTTTTGT---G-AAAGTTTGAAA-A-------CTG----T-----ACTGTGAAAACTCTTT--GAGTTAT-C---G-C-GT-CANAAC----AAAA-A--TGT---CC---ACAACAAAGAT--G--TT-G----AC--GNA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGT--GAACCCAGA-ATTTAT-----AC-ACT-TC-CGC---CTCTTAT-T-G--TAGAGTACAATT---GTGCA-AAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CGA--T---A-A-AA-C---NTT---TTGAG---TTA--TC----GCA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGACAAGGTGA--T-TACT--ATNGGGCAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGCT----GAAA-T-CATATGAAAGCCTTCCTGATATGGNGNAGATTCAGGTTTGTTCAAATCATGACCACCACTAGGGGATAGAAGTTTTACATGCATAATATAAANGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCANANTGATGTCA
Reference ( family-777 ) : NNNNACTAT-ACGATGACGTGCATTG----TCT----T--------------G--------------A---------------GTTCAATACAGGTCACGTGAAACA-T--T--TAGTTT---ATAACATTC----GAAAAGGATAAA-A-TA--T----ATATACTCATTCCGACGGGCAAGGC-GATGT---CCCAG-AC-T-TACAGG-GT---TTTCTAAT--------AT-TTCTGT--A-AA---TNGAAT-TATACTGTGAA-C--TCT-TTG--A-ATTA-TCGC-G-TCAAA---ACAAAA--TTGTT-C---ATCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----ACATACA--------GACA-GACAGACAAG-GT-GAC-GTG-AACCCAGAAT-T-T----------TA-----------TAG--T----G-TCT-T------CC--TTT-TATTGTA-GAG-TA-TTTTTGT---G-AAAGTTTGAAA-A-------CTG----T-----ACTGTGAAAACTCTTT--GAGTTAT-C---G-C-GT-CANAAC----AAAA-A--TGT---CC---ACAACAAAGAT--G--TT-G----AC--GNA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGT--GAACCCAGA-ATTTAT-----AC-ACT-TC-CGC---CTCTTAT-T-G--TAGAGTACAATT---GTGCA-AAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CGA--T---A-A-AA-C---NTT---TTGAG---TTA--TC----GCA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGACAAGGTGA--T-TACT--ATNGGGCAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGCT----GAAA-T-CATATGAAAGCCTTCCTGATATGGNGNAGATTCAGGTTTGTTCAAATCATGACCACCACTAGGGGATAGAAGTTTTACATGCATAATATAAANGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCANANTGATGTCA
gi|1 : ACTATTACGATGACGTGCATTG----TCT----T--------------G--------------A---------------GTTCAATACAGGTCACAT-AGGCA-T--T----GTTT---ATAGCATTT----GAAAAGGATAAA-AATA--T----ACATACTCATTCAGAAAGACAAGGT-GAAGTGAACCCAG-AC-TGTGTAGGTGTCTTTTTCTCATTGTAACACAT-TTTTGTGGA-AAGTCTAAAATCTGTACTGTGAAAC--TTT-TTG--A-ATTA-TTGC-A-TCACA---ACAACA--ATATT-C---AGCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----GCGTACA--------GACA-GACAGACAAG-AT-GAT-ATG-AACCCAGAATATAT----------TA-----------TAG--T----G-TCT-T------CC--TTT-TATTGTA-GAG-CA-TTTTTAT---GGAAAGTTTGAAA-A-------CTG----T-----ACAGTGAAAAATCTTT--GAGTTAA-T---G-C-GT-CATAAC----AAAA-A--TGT---CC---ATAACAAGGAT--G--CT-G----AC--ATA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----AAAGG-TA--------CTGC--GAACCCAGA-TTTTAT-----AC-ACT-TC-TGC---CTCTTAA-T-G--TAGAGTACAATT---GTGCA-GAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CGA--T---ACA-AA-C---GTT---TTAAG---TTA--TC----ACA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAA-AG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGACAATGTGA--T-TACT--ATAAGGCAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGCT----GAAATT-CATATGAAAA-CTTCCTGATATAGTGGAAATTCAGGTTTGTTCAAATCATGACCACCACTAGGGGATAGAAATTTTATATGCA-AATATAAAGGGAAAAT-CTTC-AAAAATCTTCTCA-AGAACCATATTGAT-TCA
gi|1 : ttaaTGAAA-CCTTACTGATATGGAGTAGATTCAAGTTTGTgaagagtggatatttgtttgaaaccttactgatatggagtagattcaagtttgtg
gi|10 : ttaaactattacgatgacgtgcattgtcttgagttcaatacaggtcacataggcattgtttatagcatttgaaaaggataaaaatatacatactcattcagaaagacaaggtgaagtgaacccagactgtgtaggtgtctttttctcattgtaacacatttttgtggaaagtctaaaatctgtactgtgaaactttttgaattattgcatcacaacaacaatattcagcacaacaaagatgttggcgtacagacagacagacaagatgatatgaacccagaatatattatagtgtcttccttttattgtagagcatttttatggaaagtttgaaaactgtacagtgaaaaatctttgagttaatgcgtcataacaaaaatgtccataacaaggatgctgacatacagacagacagaaaaggtactgcgaacccagattttatacacttctgcctcttaatgtagagtacaattgtgcagagtttcaaaactgtacgatacaaacgttttaagttatcacatcacaacgaaaatgttgaaagacagacggacggacggacaatgtgattactataaggcatccgcatttcatgcggggccctaatgaaaagctgaaattcatatgaaaacttcctgatatagtggaaattcaggtttgttcaaatcatgaccaccactaggggatagaaattttatatgcaaatataaagggaaaatcttcaaaaatcttctcaagaaccatattgattcagaagagtggatatttgttCAAA---ACAAA-----GTT-C---ACCA-C-AACAG-AGATG-TTG-----ACATACA--------GACA-GACAGACAAG-GT-Gg
gi|10 : aG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ATGctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatgttgacggacagatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|11 : acaaaacaaagttcaccacaacagagatgttgacatacagacagacagacaaggtgctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---ACAACGTTCAACTGATAAAAA-AAA-A-TA--T-----TACAAT--TTCCGACAGACATGGC-GATGT---CCCAGAAT-T-TATAGA-GT---TTTCT--T--------AT-TTCTGT--ATAG---TGGAA-----AC--TGA-----------G--A-ATTA-TCGC-G-TCTCA---GAAAAA--TTGTT-T---ATCA-C-TACAA-AGATG-TTG-----ACATATA--------TATC-GACAGAAAAG-GT-GAT-GTG-AACCTAGAAT-C-T----------AA-----------AGA--T----G-TCT-T------CC--TTT-AAATGTA-GAA-TA-TTTCTG------------TGAAA-A-------CTG----C-----GATGGGATATCTC------AGTTAT-C---G-C-GT-AACAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|12 : tttgaattacatgtatctcccttcgTGTCGTGTATTG----TCT----T--------------AGAGTTCATTGAATAA---------------GTTCAATACAAGTCACGTGAAACATT--T--TAGTTT---ATAATATTC----GGAAAGAATAAATA-TATTT----ATATACTCATTTTGGTGGGCAA--C-AA---------------T-TAT-----T---TTTC--AT--------ATATTC-----A-AA---TTGAAT-TAT-CT------C--TCT-TTG--ACATTG-TTGA-A-TCTAA---A----------TC-T---ATAA-C-AACAA-AGACG-CTG-----ACTTGCA--------TACA-GAAAGACAAG-GT-GAT-GTG-AACCCAG-GC-T-T----------TA-----------TAG-----------------------------ATTGTA-AAG-CA-TTATTGT---GTAAAGTTTGAAA-A-------TTG----T-----AC
gi|14 : G-A-T-AG-ACAG-ACAGATGGACAGGGTGA--T-TACT--ACTGGGCAT-----CTGACA---T-------A--TGGTGG--GGCCC---TGATCATAACAGCTACTGGTAG-TGAATATGAAAGTCTTCagaca
gi|15 : aacaagatgctaattcatgcagaatgaaaagcactgtcacggtacacaaattattttcattaagccttgaagatattttaataattgaaaagtttcaaaaattacatgtcagacagttaaaaaaaaaaacgcaactaggctacatgagcatgaAAA-A-TA--T-----TACAAT--TTCCGACAGACATGGC-GATGT---CCCAGAAT-T-TATAGA-GT---TTTCT------------T-TTCTGT--ATAG---TGGAA-----AC--TGA-----------G--A-ATTA-TCGC-G-TCTCA---GAAAAA--TTGTT-T---ATCA-CTAACAA-AGATG-TTG-----ACATATA--------TATC-GACAGAAAAG-GT-GAT-GTG-AACCTAGAA--T-C----------TA-----------AAGGAT----G-TCT-T------CC--TTT-AAATGTA-GAGATA-TTTTC-T---G-------TGAAA-A-------CTG----CG----AATGGGATATCTCAT-----GTTAT-C---G-C-GT-AACAA
gi|16 : gataaaaaATAACGTGCCTTG----TTTATATT--------------G--------------A---------------ATTCAATACATGTCGCTCGAAACA-T--T--T--TTCA--AAAACATTC----GACAA
gi|17 : gcacacaagtgtaactaaatctcattgcatggataataagaacggattactggtacaaaaaagtggtgcataatttgatgcataagtaacatttgaaccgacctccagtttgcagccggatgtcagaactttaacctcgtataccgaacccgatcgagagtttattgacttggaAC----CAAA-A--T------C---ACAACAACGATTCG--TT-G----ACC-GTA-TA--------G--------------------------GG-----CAA--------------TGT--GAAC--AGA-AGTTAA-----GT-GTT-TC-CTC---C-ATTAT-T-G--TAG-GTA-ACTTTCTGTACA-CAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CGG--CGGAA-A-AA-C-------------------A--TC----GCG--TCAAA--------------------C-CA-AAA-ATG----C-GG-A-C-AGAAAAG-ACGGACAGAC-AGGTAAACTATAAT--ATAGGGT-T-----CCG-CA---TT---TC-A--T--C-G--GGCCC---TAAT----A-AGGT----G--A-T-CAT-TGAAc
gi|18 : ttaaaatgtcagtagatTACTTTTAA-CA-TCTCTTG--A-GT-A-TCACCA-TCAAA---ACTAAA--T-GTCAT---ATTA-C-AACAACAGATGGTTGCCGATACATACA--------GACAAGACAGACATGAGT-GACGGTACAACC---GAT-T-T----------TATTCGTAACCTTTGG--T----G-TCT-T------CC--TTTCTATTGTA-AGG-TGTTTTTTGT---G-GAAG-----------------TG----T---------TGAATACTC-TT--GAGTTAT-C---ACC-GT-CATAAC----AAGT-T--CAC---CT---ACAACAAAAAT--GATCT-G----CC--ATA-CA--------G
gi|19 : ACTA--ACAATGATGTGCATTG----TCT----TAAAGTTTATTGAATG--------------A---------------GTTTAATAAAGGTCTCAT-AAACA-T--T----GTTT---ATAACTTTT----GAAAAGGATAAA-------T----ATATACTCATTCTGGTGGGCAA--------------CAT-A--T-TACAA--------TTCTAAC--------AT-TC------A-AA---TTGAAT-TAT-CT------C--CCT-TTGACA-ATTT-TCAC-G-CTAAG---ACAA
gi|2 : ttaacctcgtataactacaccaagcccgatcgagtttgttt----T--------------G--------------G---------------ATTCAATACAGGTCACATGAAACA-T--TA-TAGTTT---ATAACTTTC----GAAAAGAAT-AA-A-TT--T----ATATACTCATTCTGAAGAGCAA--C-AA---------------T-TACAG--------TTCTAAT--------GT-T----C--A-AA---TTGAAG-TGT-CT------C--CTT-TTG--ACAATA-TTGA-A-T--AT---ATAAA-------------ATCA-C-AACAA-AGATG-ATG-----ACATACA--------TACA-GACAGAC
gi|20 : tatcaattttaccaacatacatgaatctttagcattcgtatttgcaataatgcatatgggtgggcattttcccttattcctagcagaaacgtaccatgtatgcgttacaaaaattcataagcaaataacaaagtagatttaccatacttacgtaaagcatggggcttttccgtcaatgagcacgccatttcagaattttcgccgacaaatcaatagggaacacttatttgaaatctattttgtgagcatgttattatatcgaacagttcactaaggagtcatgtgtaaagaatacataattcatagcgtaaattacgtaaatcacacgtttaaacttttttccaattgcaaccggatgtaaaaaaaattaaccttatatataccgaaccccagcgagattttttatttttttttttacaaacacttaaaagtttactgaaG-AAA-ATGTTGAC-GT-AGC-AG-ACGG-ACA-------AATGTGA--T-TACTGAATTGGGCACG----CCG-CA---AT---TT-G--T-GATGTTGGCCCAATTAAGAA-AA-AG
gi|21 : gaacaaggtggctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---ACAAAA--CAGTT-C---ACCA-A-AACAA-AGATG-TTG-----ACAT------------ACA-GACAGACAAG-GT-G
gi|21 : G-AAA-ATATTG-T-GG-A-C-AG-ACGG-ACTGACAGACAAcctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatattgtggacagacggactgacagacaa
gi|22 : acaaaacagttcaccaaaacaaagatgttgacatacagacagacaaggtgcctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGACTTGTATTG----TCT----TAAAGTTTATTGAATG--------------A---------------GTTCAATACAAGTCATGTGAAACA-TGCTAATAGTTG---ATA
gi|23 : cttcaatctgcaaccggatgtcagaaatttaacctcatatactaaactcgatcaatgaatttttttactaacaat-TTA-----ACATACA--------GACA--------AGG-GA-AAC-GTG-ACCGCAG-AT-T-TAGCTTGTATATA-----------TGG--T----GTTCT-T------CC--TTT-TATTGTA------A-TTTT---------AAG-TTGAAA-AGTATCTTTTG----TTGAAGAGTGTGAAACCTCTTTTGGAGTTAT-TAAAA-C-GTCCATAATAAAAAAAA-A--TCA---CC---ACAACAAAGAT--G-----G----AC--ATATCA--------TAC--------A----AAC-------tttgtaatatatgtattaaacctttatatatcttcagcaagtggtaataat
gi|24 : gcgtacca---CC---A-AACAAAGAT--G--TT-GCAATATCTGGC-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGTTNNNNNNNNNN-NNNNNN-----NN-NNN-NN-NNN---NNNNNNN-N-N--NNNNNNNNNNNN---NNNNN-NNNN--NN-NNNNN-NN-NNN-NNN--N---N-N-NN-N---NNN---NNNNN---NNN--NN----NNG--TAACA----------------------CG-AAA-ATATTGAT-GG-A---AG-ACGG-ACTGACAGACAAGGTGt
gi|28 : caA--------GAC--------A----GAC-------AAA-----CAAGG-TGCTGTGCCGCTGT--GGACCC--A-ATTTAT-----AC-AC--TC-TGC---CACTTAT-T-GTTTAGGGT-CAAAT---GTGCA-AAGTGGTT-AGAAA-CCGGTATTAA--T---A-G-AA-C----TT---TTGAG---TTA--TC----AC---TCACT--------------------A-TC-AAATATGTT-AC-GG-A-CGAG-Act
gi|29 : aaatcttgaactgaacagaggctAAAAT--G--TT-G----AC--GGA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----C
gi|3 : aaatgtagacggacagacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng-ACTATGACGTGCATTG----TCT----T--------------A--------------AAAGTTTATTGAATAGGTTCAATACAAGTCACATGAAACA-T--TA-TAGTTT---ATAACATTC----GAAAAGAAT-AA-A-TA--T----ATATCCTCTTTCTGATGGGCAAACCTTATTT---ACTAT-ACAA-TACAGG--------TCTAAT--------AT-T----T--A-AA---TCGAAT-TAT-CT------C--CCT-TTGCCA-AT--------G-TTGAATATACAAA-------------ATCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----GCATACA--------GACA-AAggaca
gi|30 : ttatcaattttaccaacatacatgaatctttagcattcgtatttgcatacatgggtgggcagattctcttattcctagtagaaacataccatgtatgcgctacaaaatttcttaagaaatatcaaaataaatcgtagatctaccatacttacgtagcgcatgggacttttccgtcaatgagtgcgtcattgaatagggcacactcacttgaaataaattttgtgagcatgtttattagataaaacagttcactaaggtttcataagtaaagaatacataattcatagcgtaattacgtaaatcacttctaaactccaatgggatgtcagaaatttaacctcgtataccgaacccgatcgatattttttttttcaaC--------A----GAC-------GAA-----CGGAG-CG---------TAC--GAACC-AGA--TTCAT-----AC-ACT-TTGTGC---TTCTTAT-TTG--TAGAG-A-AATT---GTGCA-AACT--TTCCAGAACCT-GTA-TGA--T---A-A-AA-C---TTTTG-TTGAG---TTA--TCGCTGGCA--TCACA--------------------ATCGAAAA-ATG-TGACTAG-A-C-AG-ACAG-Ag
gi|31 : gacgggacACAATT---GAACA-AAGTGATT-C-----CT-------A--T---A-A-GG-C---TTT---TT------TTN--TC----ATA--TCAAA--------------------A-TG-AAA-ATGATGAT-GG-A-C-A--ATAG-A-------ACAAAGTGA--T-TCCT--ATAAGGCTTTTTTCCCC-CAAATTT---TCAA--T-ACAG--GGCCTTG-TAA-GA-AA-Agca
gi|33 : AGG-TG--------CTG---GA--CCAGA-AGTTAA-----AC-ACTATC-TGCGCTCTCTCA----------AGTAGCATT---CTGCATAAGT--TA-CAAA---T-G-A-CAAATT---A-ATAA-C---ATTATATTGAAGATTTGGTTC-----CA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTG-C-GA-A-C-AG-AGGA-ACGGatatttgaatgaa
gi|34 : AAAA--TTGTT-C---AACA-C-GACAA-AGATG-TTG-----ACATACATACAGACTGACA-GACAGACAAG-GT-GA---------TCAGAAT-T-G----------TC-----------TAG--TAAAAG-TTT-TTTTCCCCC--TTT-TATTGTA-GAG-T----------------AGTTTGAAA-A-------CTGTATAT-----ACTGTGA
gi|35 : TA-CGA--T---A-A-AAAT---AGT---TTGA-----CA--TA----GGA--TCACA--------------------A-CA-AAA-GTGTTGAC-AG-A-C-AT-GTCG-ACTAATGGACAA--TGA--A-TACT--ATCGGGTTC-----CCA-TA---TT---TC-A--T-GCAA--GGTCC---TGATGA-GA-A-CT----GAA----CACATGA
gi|36 : GAT-ACGTGCCTTGGTTATAT----T--------------G--------------A---------------ATTCAATACATGTCGCCTCGAACA-T--T--T--TTTCACAAAACATTC----GAg
gi|39 : ggatgtcagaacttttaactgttaaccgacccgatcgagagtttattgattggAGA-ATTTAT-----AG-ACG-TC-TTC---CTCTTATCT-G--TA-AGTACTTTT---GTGCA-C-GT--TT-TA----CT------------------AA-T---ATG---CAGAT---TTA--TT----GCAA-TCATGTG------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-GGAA-C-AG-ACAG-ACGca
gi|4 : ---ATCA-C-AACAA-CGATG-TTG-----ACACGTA--------TACG-GGCA
gi|41 : aacaattctcaacatttttcctggaatatataaatctacaacgtgcgcctctttacaaacatgtacatgggcgagtagtttccttaattcctagtagaaacactatgtatacgctacgaatatcaaaatacaaatgtacttacgtgaaacatggggacttttacactaacgagcacgccatttcggaatttgcaccgacgaaacttcggtaacatataatgaatagtgcacactcatctgacatctatcttttaactttgttgtttagacggaacagttcactaaggtatactgtgcaagggatacataattcattggaagctacgtccaattggcatctgaatgtcagactaggaatgacatgcattgttttattgaataaattcaatacccgaaacattttcgcatagaaacaaaaaagttgtacggtaatctaaactggtacggtaaactatctatatatcaatataattattcaataaattatcttcccttaacaatgttcagtagatacaaaACTGTAAA-CATTCT-TTG--A-GTTA-TCAC-CCTCAAA---ACAAAA--ATGTT-C---ATAA-C--ACAA-AGATGTTTGCCAT-ACATACA--------TACA-GACAGACAatg
gi|42 : -----ACTGTAAAAATTCTTT--GAGTTAT-C---A-C-GT-CAAAAC----AAAA-A--TGT---CCATAACAACAAAGAT--G--TT-G----CC--ATA-CA--------TAC--------A----GCC-------AGA-----CA
gi|43 : -----ACTGTTAAAACTCTTC--GAGTTAT-C---A-C-GT-CAAAAC----AAAA-A--TGT---CCATAACAGCAAAGTT--G--TT-G----CC--AAA-CA--------TAT--------A----TAC-------Agac
gi|44 : TACTGTAAAAC--TTT-TTA--A-GTTA-TCAC-A-TCAAA---ACAAAA----GTT-C---TTAA-G-AACAA-AGATG-TTGCCA--ACATAC---------GACA-GA
gi|48 : GTTGAC-AG-A-C-AG-ACGG-AC-----GACAAGATGA--CACACT--AT-GGCCGT-----GCG-CA---TCATATC-AATT-GCAG--GGCCC---TAAT
gi|5 : ----T--------------G--------------A---------------GTTTGATACAGGTCACAT-AAACA-T--T----GTTT---ATAACATTT----GAAAAGGATAAATA-TA--TACACATATACTCATTCTGGTGGGCAA
gi|50 : catgggtgggcagtttcccttattcctagcagaaacataccctgtatgcgctacaaaataaaaaaaaagattaaaagtaccgtacttacgtaaagtatggggcttttccgtcagtgaacacgccattttaaattttttgccgacaaatgaatagggcacactcatttgaactatattttgtgagcatgtttattagaccgaacagttcactagggtgtcatgtttaaagaatacgcaattcattcatagcgtaactttcctctagtttgccacaggatgtaagaactttaacctcgtataccaagcccgattgattagacatgcaccgtcgtaaagtttattgaaAGTTTTACATGTATAATATAAATGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCAGAGTGATGTCAcaattatattcaaattgaattatctccctttcacaatattcacgctgacatgcatacagaaagacaa
gi|51 : AAAAT--G--TTTG----AC--AGA-CA--------GAC--------G----AAC--------GA-----C---------------------GAATCCAGATATGTATCTTAAACCACT-TC-CGC---CTCTTAT-
gi|53 : C----GCA--TCACA--------------------A-CA-ATA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGA
gi|53 : C---ACAACAATAAT--G--TT-G----AC--GGA-CA--------GAC--------G----GAC-------GGA-----CG--------------------GAATCCAAA-ATTTAT-----AC-Aatccaaaatttataca
gi|54 : cgcatAATT---GTGCA-AAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CCA--T---A-AGAG-C---TTT---TTGAG---TTA--TC----ACA--TCAC
gi|55 : ATAAC----AAAACA--AGTTC-CC---ACA-CAA-GA---G--TT-G----AC-----------------AT--------A----GAC-------AGA-----CAAGGTTG--------CTGT--
gi|56 : a----T-----ACTGTAAAAATTCGTT--GAGTTAT-CAA-G---GT-CAAAAC----AAAA-A--TGT---CC---ACA
gi|57 : AA-ATGTTGAC-GA-A-C-AG-ACGG-ACTGACAGACAAttac
gi|57 : AAAT--G--TT-G----AC--GAA-CA--------GAC--------GGACTGAC-------AGACAAACCAAGG-TG--------CTGT--Gaccaaggtgctgtgccgc
gi|58 : AAAAT--G--TT-G----AC--GAA-CAACGGACT-GAC--------A----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTAT--Gccgc
gi|59 : AAAT--G--TT-G----AC--GAA-CA--------GACGGACTGACA----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTGT--Gccgc
gi|6 : ACTGTAAA-A--ACT-CTG--A-TTTAATCAC-G-TCAAA---ACAAAAAATGGTG-CGCTATAAAC-AACAA-TGATG-TCG-----CCATACA--------TACA-GACAGACAAG-GTGGAC-GTGAAACCCAGAAT-T-T----------TACTTGTG-----TAG-------G-TATGT------TC--TTT-TATTGTACAAG-TATTTTTTGTTTGA-AAAGTTTGAAATA-------C------T-----ATTGTGAAAACTCTTTA-GCGTTATGC---A-CAGT-CATGAT----AAAA-AAGAGTTCACC---ACAACAAAGAT--G--TT-G----AC--ATA-CA--------AAC--------A----G----------GA-----CAAGG-TG--------CTAT--ccg
gi|6 : G-AAA-ATGTTAACGGG-A-C-AG-ACGGAACTGACAGAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatgttaacgggacagacggaactgacaga
gi|60 : actgtaaaaactctgatttaatcacgtcaaaacaaaaaatggtgcgctataaacaacaatgatgtcgccatacatacagacagacaaggtggacgtgaaacccagaattttacttgtgtaggtatgttcttttattgtacaagtattttttgtttgaaaagtttgaaatactattgtgaaaactctttagcgttatgcacagtcatgataaaaaagagttcaccacaacaaagatgttgacatacaaacaggacaaggtgctattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAT--G--TT-G----AC--GAA-CA--------GAC--------G----GACTGAAGTTAAA-----CAAGG-TG--------CTGT--G
gi|61 : ACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-AG-A-C-AG-ACGG-ACACACAAACAGGGTGccgct
gi|62 : AT--G--TT-G----AC--GAA-CACACGGACTGAC--------A----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTGT--Gctg
gi|63 : AT--G--TT-G----AC--GAA-CA--------GACGGACTGACA----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTGT--Gcc
gi|64 : -C---ACCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----AAATACA--------GAGA-GACAc
gi|65 : agttgaTGAG---TTA--TC----GCG--TCACA--------------------A-CT-AAA-ATGTTGAC-TG-A-C-GG-ACGG-Atggt
gi|66 : -C---ATC---TTGAG---TTA--TC----ACAATTCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTT----GG-A-C-AG-
gi|67 : AC-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-TA---CT----AAAA-T-CA
gi|68 : GTC-C---ATAA-C-AACAA-AGGTG-TTG-----CCATACA--------TACA-GACAat
gi|70 : AAAT--G--TT-G----AC--GGA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTG
gi|71 : AAAAT--G--TT-G----AC--GGA-CG--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAGGG-TG--------CT
gi|72 : CAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAAT
gi|9 : A-AAATG-TTG-----ACGGACA--------GACA-GACAGACAAA-GT-GCT-TTG-AACCCAGAA-----------------------------------------CT-T------CCGCTTC-TTTTGTA-GAG-TA-CAATTGT---GCAAAGTTTCAAA-A-------CTG----T-----ACGATAACAACTTTTT--TAATTAT-C---G-C-AT-CACAAC----GAAA-A--TGT---T------------GAT--A-----G----AC--AGA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAATG-TG--------CTGT--GAACCCAAA-ATTTAT-----AC-ATT-TC-CGC---CTCATAT-T-G--TAGAATACAATT---GTGC----------------------A-CGA--T---A-A-AA-CTTTTTT---TTCAG---TTA--TC----TCA--TCGCAACTTGAGTTATCACATCACGA-CG-AAA-ATGTTGAT-GG-A-C-AG-ACGA-ACGGA
16 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): CTTATTCTTAGCAGAAAAGATGCGGTGCAGATTATCACAGTGCAGTACTACGTCCGTGGGGATCCATTACGGTCAAGGAGCAAATCATTTAGGAATTTTAATGAATAGGGTACACCCCTTTGAAATCTATTATGTGGACTTTGTTTATTAGGTGAGACAGTTCATTAAGGTGTAATGTGCAAGGAATACATAATTCAATATATAATTTACATTTGAATCTACCTCCAATTTCCAACTGCACGACAGAAATTTAACTTAGATACCGAGGTCGATCGAGATTGTTGACTAGTAATGACGTGCATTATTTCAATTGGATGAATTCAAAACATTGGTGTACATAATTATCAAACAGACTAAATATATAT
Unaligned ( gi|8 ): AATTCAATTTTACCAACATACATATACCTTTAACATTCGTATTTGCATACATGGGTGGGCAGTTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACATACCATGTATGCGCTACAAAATATTAAAAGTACCGTACTTACGTAAAGCATGGGGCTTTTCCGTCAATGAACACGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACAAATAAATAGGGCACACTCATGTGAGCATGTTTATTAGATCGAACAGTTCACTAAGGTATCATGTGTAAAGAATACGTAATTCATTCATAGCGTTCCTCCAATTCAAGGTATCACACCGGTAATTATTTTCACTATATGTTTCTATGTAGGAAAAAAAT
Unaligned ( gi|13 ): GTCCATTTTACCAACATGCATGAATCTTTAGCATTCATAATTGCATACATGGGTGGACAGTTCCCCTTATTTCTAGCAGAAACATTCCATGTATGGACTAATTCATAAAAGAATTCAAAATAGATCTACTGTACTTACGTAAAGCATGGGACATTTCCGTCAATGAACACGCCAATTCAGAATTTTTGCCGACAAATGAATAGGGCACACTCATATGAAATCTATTTTGTGAGCATGTTTATCAGACCGAACAGT
Unaligned ( gi|25 ): ATCAATTTTACCAACATAAATAAACCTTTAGCATTCGTATTTGTATACATGGGTGGACAGATTTCCTTATTCCTAGCAGAAGCATACCATGTATGCGATACAAATGTCAATGTACCGTACTTACGTAAAGCAAGGGACTTTTCCGCCAATGAGCCCACCATTTCAGAATTGAATAGGGCACACTCATTAG
Unaligned ( gi|26 ): GCATGGAGCTTTTCCGTCAATAGCACGCAATATTTCACGAAATCTATTCGACTGAATATGATTGGGCAACTCATTTGAATCTTTTTGTGGAGCAATGTCTATTAGATCGAAGTTACAGGTGTCATGTTAAAAACTATATAATGATATTAAACTCTCCTCCAAATTTGCAACTGGATGTCGGAAATCT
Unaligned ( gi|27 ): GGGCACACTCATGTGAGCATGTTTGATATTAGATCGAACAGTTCACTAAAGTTGTCATATGGAAAAAACAAAATTTACATAATTAATTGCGGTAAAATCACATTAAACTTTCCTGGCAATCGGAAATCAGAAATTAAAACCTCGTATTACCGGAGAACCTGCATTTTCGATTT
Unaligned ( gi|32 ): ACTGTGCAGAAATACATATTAATCAATGAATAATTTACATTTGATCTAACCTCCAATTCTCCAAATGCACGACAAATTTAACTAGTAGATACCGAGGTCGATCGAGAATTGTTGACTAGTAATGACGTGCACTTATTTGATTGGA
Unaligned ( gi|37 ): CATGTACATGCGCTACAAAATATCAAAGAACCGTATACGTAAAGCATGAGGTTTTTTCGTCAATGAGCACGCGCCATTTCAGAATTTTCGGTGATAAATTAATGAGTTTGAAAACACTT
Unaligned ( gi|38 ): AATTTTGACATAATACACGAATCTTTAGCATTCGTATTTGCATAGTTTCCTTATCTTAGCGAAAAAACATAATGTACATTAAAAATTTATAAGCAAAAATATCAAACATACCA
Unaligned ( gi|40 ): AAATCCATAAGCAAATTCAAAGTAACTCACTTTTCTAAAACATGAGGCTTTTCCGTCAATTAGCACGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACAAATGAAT
Unaligned ( gi|45 ): CTATTTTGCGAGTAATGTTTCTTAGATCGAACAGTTCATTAAAGTGTCATGTGCAAAGAATACAGAGTTACATTT
Unaligned ( gi|46 ): TCAATTTTACCAACATACATGAACCTTTGGCATTCATATTTGCACACATGGGTGGGCAGTTTCCCTTATTCCTAG
Unaligned ( gi|47 ): TACTAACAATTTTACCAACATACACATGGGTGGGGCAGTTTCCCTTTTCCTAGCAGAACAAAAACATACCATGT
Unaligned ( gi|49 ): TTACCAACATGCATGAATCTTTAGCATTCCTATTTGCATACACGGGTGGGCAGTTTTCTTCTGTATTTCT
Unaligned ( gi|52 ): CCGTTCTTTGATGTGTAATGTACAAGAAATAAATAACTCAATGCATAAGGTATGCTTGAGCCTAC
Unaligned ( gi|69 ): ACAGACGGACTGACAAACAAGGAGCTGTGCCGCTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 1111 99999999999999999999999999999999999999999999999999 3333 111 1111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 22222 11111 111111111 66666666666666666666666666666666666666 111111 333333333 1111111 1111111111 11111 11111111 11111111 11111111 11111 22222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222222222 1111 11111 111 22222222222 22 1 1 1 1 1
lowQualScore : 88 0 2222 22222222222222222222222222222222222222222222222222 0 4 9 4 66 2222 111 9999 3 5555555555555 22 3 4 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 00 7 3 666 0 555 33333 44444 2 2 2 4 44444 000000000 2 3 3 88 8 3 44444444444444444444444444444444444444 4 4 222222 66 4 55 4 8 222222222 7 4 4444444 4444444444 5 99 4 44444 4 4 1 8888 4 55 22222222 22 22 1 4444 4444 1 22222222 33333333 3333 5555555 55555 2 77777777 33 4 00000 4 44 44 777 0 5555 66 11 5 777 44 11111111111111111111111111111111111111111111 7777 44 77777 66 77777777777777777777 2 2 2 4 1 1 1 1 2 5 3 2 6666 77 6 3 55555 4 777 777 4 66 4 3 66 333 3 66 666 77777777777 3 44 1 1 5 1 5 5 5 1 1 5
lowQualScore : .. . .... .................................................. . . . . .. .... ... .... . ............. .. . . ............................................................................................ . .. . . ... . ... ..... ..... . . . . ..... ......... . . . .. . . ...................................... . . ...... .. . .. . . ......... . . ....... .......... . .. . ..... . . . .... . .. ........ .. .. . .... .... . ........ ........ .... ....... ..... . ........ .. . ..... . .. .. ... . .... .. .. . ... .. ............................................ .... .. ..... .. .................... . . . . . . . . . . . . .... .. . . ..... . ... ... . .. . . .. ... . .. ... ........... . .. . . . . . . . . . .
lowQualScore : 88 2 1111 88888888888888888888888888888888888888888888888888 9 4 4 4 11 2222 000 4444 2 1111111111111 88 1 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 00 3 6 888 8 444 55555 66666 5 5 4 4 22222 666666666 2 6 6 99 9 6 88888888888888888888888888888888888888 4 4 888888 11 4 33 4 9 888888888 2 4 4444444 2222222222 8 55 0 55555 0 0 0 5555 0 55 33333333 66 66 9 0000 7777 9 55555555 22222222 9999 9999999 00000 1 66666666 22 0 00000 0 77 66 888 4 1111 99 00 1 000 77 22222222222222222222222222222222222222222222 1111 22 99999 88 11111111111111111111 9 2 1 0 9 9 9 9 2 5 2 9 1111 99 6 9 66666 4 888 888 4 11 4 7 11 999 0 00 222 66666666666 2 00 0 0 5 0 0 5 5 0 0 0
consensus : NNNNACTAT-ACGATGACGTGCATTG----TCT----T--------------G--------------A---------------GTTCAATACAGGTCACGTGAAACA-T--T--TAGTTT---ATAACATTC----GAAAAGGATAAA-A-TA--T----ATATACTCATTCCGACGGGCAAGGC-GATGT---CCCAG-AC-T-TACAGG-GT---TTTCTAAT--------AT-TTCTGT--A-AA---TNGAAT-TATACTGTGAA-C--TCT-TTG--A-ATTA-TCGC-G-TCAAA---ACAAAA--TTGTT-C---ATCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----ACATACA--------GACA-GACAGACAAG-GT-GAC-GTG-AACCCAGAAT-T-T----------TA-----------TAG--T----G-TCT-T------CC--TTT-TATTGTA-GAG-TA-TTTTTGT---G-AAAGTTTGAAA-A-------CTG----T-----ACTGTGAAAACTCTTT--GAGTTAT-C---G-C-GT-CANAAC----AAAA-A--TGT---CC---ACAACAAAGAT--G--TT-G----AC--GNA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGT--GAACCCAGA-ATTTAT-----AC-ACT-TC-CGC---CTCTTAT-T-G--TAGAGTACAATT---GTGCA-AAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CGA--T---A-A-AA-C---NTT---TTGAG---TTA--TC----GCA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGACAAGGTGA--T-TACT--ATNGGGCAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGCT----GAAA-T-CATATGAAAGCCTTCCTGATATGGNGNAGATTCAGGTTTGTTCAAATCATGACCACCACTAGGGGATAGAAGTTTTACATGCATAATATAAANGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCANANTGATGTCA
Reference ( family-777 ) : NNNNACTAT-ACGATGACGTGCATTG----TCT----T--------------G--------------A---------------GTTCAATACAGGTCACGTGAAACA-T--T--TAGTTT---ATAACATTC----GAAAAGGATAAA-A-TA--T----ATATACTCATTCCGACGGGCAAGGC-GATGT---CCCAG-AC-T-TACAGG-GT---TTTCTAAT--------AT-TTCTGT--A-AA---TNGAAT-TATACTGTGAA-C--TCT-TTG--A-ATTA-TCGC-G-TCAAA---ACAAAA--TTGTT-C---ATCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----ACATACA--------GACA-GACAGACAAG-GT-GAC-GTG-AACCCAGAAT-T-T----------TA-----------TAG--T----G-TCT-T------CC--TTT-TATTGTA-GAG-TA-TTTTTGT---G-AAAGTTTGAAA-A-------CTG----T-----ACTGTGAAAACTCTTT--GAGTTAT-C---G-C-GT-CANAAC----AAAA-A--TGT---CC---ACAACAAAGAT--G--TT-G----AC--GNA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGT--GAACCCAGA-ATTTAT-----AC-ACT-TC-CGC---CTCTTAT-T-G--TAGAGTACAATT---GTGCA-AAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CGA--T---A-A-AA-C---NTT---TTGAG---TTA--TC----GCA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGACAAGGTGA--T-TACT--ATNGGGCAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGCT----GAAA-T-CATATGAAAGCCTTCCTGATATGGNGNAGATTCAGGTTTGTTCAAATCATGACCACCACTAGGGGATAGAAGTTTTACATGCATAATATAAANGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCANANTGATGTCA
gi|1 : ACTATTACGATGACGTGCATTG----TCT----T--------------G--------------A---------------GTTCAATACAGGTCACAT-AGGCA-T--T----GTTT---ATAGCATTT----GAAAAGGATAAA-AATA--T----ACATACTCATTCAGAAAGACAAGGT-GAAGTGAACCCAG-AC-TGTGTAGGTGTCTTTTTCTCATTGTAACACAT-TTTTGTGGA-AAGTCTAAAATCTGTACTGTGAAAC--TTT-TTG--A-ATTA-TTGC-A-TCACA---ACAACA--ATATT-C---AGCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----GCGTACA--------GACA-GACAGACAAG-AT-GAT-ATG-AACCCAGAATATAT----------TA-----------TAG--T----G-TCT-T------CC--TTT-TATTGTA-GAG-CA-TTTTTAT---GGAAAGTTTGAAA-A-------CTG----T-----ACAGTGAAAAATCTTT--GAGTTAA-T---G-C-GT-CATAAC----AAAA-A--TGT---CC---ATAACAAGGAT--G--CT-G----AC--ATA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----AAAGG-TA--------CTGC--GAACCCAGA-TTTTAT-----AC-ACT-TC-TGC---CTCTTAA-T-G--TAGAGTACAATT---GTGCA-GAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CGA--T---ACA-AA-C---GTT---TTAAG---TTA--TC----ACA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAA-AG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGACAATGTGA--T-TACT--ATAAGGCAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGCT----GAAATT-CATATGAAAA-CTTCCTGATATAGTGGAAATTCAGGTTTGTTCAAATCATGACCACCACTAGGGGATAGAAATTTTATATGCA-AATATAAAGGGAAAAT-CTTC-AAAAATCTTCTCA-AGAACCATATTGAT-TCA
gi|1 : ttaaTGAAA-CCTTACTGATATGGAGTAGATTCAAGTTTGTgaagagtggatatttgtttgaaaccttactgatatggagtagattcaagtttgtg
gi|10 : ttaaactattacgatgacgtgcattgtcttgagttcaatacaggtcacataggcattgtttatagcatttgaaaaggataaaaatatacatactcattcagaaagacaaggtgaagtgaacccagactgtgtaggtgtctttttctcattgtaacacatttttgtggaaagtctaaaatctgtactgtgaaactttttgaattattgcatcacaacaacaatattcagcacaacaaagatgttggcgtacagacagacagacaagatgatatgaacccagaatatattatagtgtcttccttttattgtagagcatttttatggaaagtttgaaaactgtacagtgaaaaatctttgagttaatgcgtcataacaaaaatgtccataacaaggatgctgacatacagacagacagaaaaggtactgcgaacccagattttatacacttctgcctcttaatgtagagtacaattgtgcagagtttcaaaactgtacgatacaaacgttttaagttatcacatcacaacgaaaatgttgaaagacagacggacggacggacaatgtgattactataaggcatccgcatttcatgcggggccctaatgaaaagctgaaattcatatgaaaacttcctgatatagtggaaattcaggtttgttcaaatcatgaccaccactaggggatagaaattttatatgcaaatataaagggaaaatcttcaaaaatcttctcaagaaccatattgattcagaagagtggatatttgttCAAA---ACAAA-----GTT-C---ACCA-C-AACAG-AGATG-TTG-----ACATACA--------GACA-GACAGACAAG-GT-Gg
gi|10 : aG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ATGctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatgttgacggacagatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|11 : acaaaacaaagttcaccacaacagagatgttgacatacagacagacagacaaggtgctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---ACAACGTTCAACTGATAAAAA-AAA-A-TA--T-----TACAAT--TTCCGACAGACATGGC-GATGT---CCCAGAAT-T-TATAGA-GT---TTTCT--T--------AT-TTCTGT--ATAG---TGGAA-----AC--TGA-----------G--A-ATTA-TCGC-G-TCTCA---GAAAAA--TTGTT-T---ATCA-C-TACAA-AGATG-TTG-----ACATATA--------TATC-GACAGAAAAG-GT-GAT-GTG-AACCTAGAAT-C-T----------AA-----------AGA--T----G-TCT-T------CC--TTT-AAATGTA-GAA-TA-TTTCTG------------TGAAA-A-------CTG----C-----GATGGGATATCTC------AGTTAT-C---G-C-GT-AACAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|12 : tttgaattacatgtatctcccttcgTGTCGTGTATTG----TCT----T--------------AGAGTTCATTGAATAA---------------GTTCAATACAAGTCACGTGAAACATT--T--TAGTTT---ATAATATTC----GGAAAGAATAAATA-TATTT----ATATACTCATTTTGGTGGGCAA--C-AA---------------T-TAT-----T---TTTC--AT--------ATATTC-----A-AA---TTGAAT-TAT-CT------C--TCT-TTG--ACATTG-TTGA-A-TCTAA---A----------TC-T---ATAA-C-AACAA-AGACG-CTG-----ACTTGCA--------TACA-GAAAGACAAG-GT-GAT-GTG-AACCCAG-GC-T-T----------TA-----------TAG-----------------------------ATTGTA-AAG-CA-TTATTGT---GTAAAGTTTGAAA-A-------TTG----T-----AC
gi|14 : G-A-T-AG-ACAG-ACAGATGGACAGGGTGA--T-TACT--ACTGGGCAT-----CTGACA---T-------A--TGGTGG--GGCCC---TGATCATAACAGCTACTGGTAG-TGAATATGAAAGTCTTCagaca
gi|15 : aacaagatgctaattcatgcagaatgaaaagcactgtcacggtacacaaattattttcattaagccttgaagatattttaataattgaaaagtttcaaaaattacatgtcagacagttaaaaaaaaaaacgcaactaggctacatgagcatgaAAA-A-TA--T-----TACAAT--TTCCGACAGACATGGC-GATGT---CCCAGAAT-T-TATAGA-GT---TTTCT------------T-TTCTGT--ATAG---TGGAA-----AC--TGA-----------G--A-ATTA-TCGC-G-TCTCA---GAAAAA--TTGTT-T---ATCA-CTAACAA-AGATG-TTG-----ACATATA--------TATC-GACAGAAAAG-GT-GAT-GTG-AACCTAGAA--T-C----------TA-----------AAGGAT----G-TCT-T------CC--TTT-AAATGTA-GAGATA-TTTTC-T---G-------TGAAA-A-------CTG----CG----AATGGGATATCTCAT-----GTTAT-C---G-C-GT-AACAA
gi|16 : gataaaaaATAACGTGCCTTG----TTTATATT--------------G--------------A---------------ATTCAATACATGTCGCTCGAAACA-T--T--T--TTCA--AAAACATTC----GACAA
gi|17 : gcacacaagtgtaactaaatctcattgcatggataataagaacggattactggtacaaaaaagtggtgcataatttgatgcataagtaacatttgaaccgacctccagtttgcagccggatgtcagaactttaacctcgtataccgaacccgatcgagagtttattgacttggaAC----CAAA-A--T------C---ACAACAACGATTCG--TT-G----ACC-GTA-TA--------G--------------------------GG-----CAA--------------TGT--GAAC--AGA-AGTTAA-----GT-GTT-TC-CTC---C-ATTAT-T-G--TAG-GTA-ACTTTCTGTACA-CAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CGG--CGGAA-A-AA-C-------------------A--TC----GCG--TCAAA--------------------C-CA-AAA-ATG----C-GG-A-C-AGAAAAG-ACGGACAGAC-AGGTAAACTATAAT--ATAGGGT-T-----CCG-CA---TT---TC-A--T--C-G--GGCCC---TAAT----A-AGGT----G--A-T-CAT-TGAAc
gi|18 : ttaaaatgtcagtagatTACTTTTAA-CA-TCTCTTG--A-GT-A-TCACCA-TCAAA---ACTAAA--T-GTCAT---ATTA-C-AACAACAGATGGTTGCCGATACATACA--------GACAAGACAGACATGAGT-GACGGTACAACC---GAT-T-T----------TATTCGTAACCTTTGG--T----G-TCT-T------CC--TTTCTATTGTA-AGG-TGTTTTTTGT---G-GAAG-----------------TG----T---------TGAATACTC-TT--GAGTTAT-C---ACC-GT-CATAAC----AAGT-T--CAC---CT---ACAACAAAAAT--GATCT-G----CC--ATA-CA--------G
gi|19 : ACTA--ACAATGATGTGCATTG----TCT----TAAAGTTTATTGAATG--------------A---------------GTTTAATAAAGGTCTCAT-AAACA-T--T----GTTT---ATAACTTTT----GAAAAGGATAAA-------T----ATATACTCATTCTGGTGGGCAA--------------CAT-A--T-TACAA--------TTCTAAC--------AT-TC------A-AA---TTGAAT-TAT-CT------C--CCT-TTGACA-ATTT-TCAC-G-CTAAG---ACAA
gi|2 : ttaacctcgtataactacaccaagcccgatcgagtttgttt----T--------------G--------------G---------------ATTCAATACAGGTCACATGAAACA-T--TA-TAGTTT---ATAACTTTC----GAAAAGAAT-AA-A-TT--T----ATATACTCATTCTGAAGAGCAA--C-AA---------------T-TACAG--------TTCTAAT--------GT-T----C--A-AA---TTGAAG-TGT-CT------C--CTT-TTG--ACAATA-TTGA-A-T--AT---ATAAA-------------ATCA-C-AACAA-AGATG-ATG-----ACATACA--------TACA-GACAGAC
gi|20 : tatcaattttaccaacatacatgaatctttagcattcgtatttgcaataatgcatatgggtgggcattttcccttattcctagcagaaacgtaccatgtatgcgttacaaaaattcataagcaaataacaaagtagatttaccatacttacgtaaagcatggggcttttccgtcaatgagcacgccatttcagaattttcgccgacaaatcaatagggaacacttatttgaaatctattttgtgagcatgttattatatcgaacagttcactaaggagtcatgtgtaaagaatacataattcatagcgtaaattacgtaaatcacacgtttaaacttttttccaattgcaaccggatgtaaaaaaaattaaccttatatataccgaaccccagcgagattttttatttttttttttacaaacacttaaaagtttactgaaG-AAA-ATGTTGAC-GT-AGC-AG-ACGG-ACA-------AATGTGA--T-TACTGAATTGGGCACG----CCG-CA---AT---TT-G--T-GATGTTGGCCCAATTAAGAA-AA-AG
gi|21 : gaacaaggtggctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---ACAAAA--CAGTT-C---ACCA-A-AACAA-AGATG-TTG-----ACAT------------ACA-GACAGACAAG-GT-G
gi|21 : G-AAA-ATATTG-T-GG-A-C-AG-ACGG-ACTGACAGACAAcctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatattgtggacagacggactgacagacaa
gi|22 : acaaaacagttcaccaaaacaaagatgttgacatacagacagacaaggtgcctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGACTTGTATTG----TCT----TAAAGTTTATTGAATG--------------A---------------GTTCAATACAAGTCATGTGAAACA-TGCTAATAGTTG---ATA
gi|23 : cttcaatctgcaaccggatgtcagaaatttaacctcatatactaaactcgatcaatgaatttttttactaacaat-TTA-----ACATACA--------GACA--------AGG-GA-AAC-GTG-ACCGCAG-AT-T-TAGCTTGTATATA-----------TGG--T----GTTCT-T------CC--TTT-TATTGTA------A-TTTT---------AAG-TTGAAA-AGTATCTTTTG----TTGAAGAGTGTGAAACCTCTTTTGGAGTTAT-TAAAA-C-GTCCATAATAAAAAAAA-A--TCA---CC---ACAACAAAGAT--G-----G----AC--ATATCA--------TAC--------A----AAC-------tttgtaatatatgtattaaacctttatatatcttcagcaagtggtaataat
gi|24 : gcgtacca---CC---A-AACAAAGAT--G--TT-GCAATATCTGGC-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGTTNNNNNNNNNN-NNNNNN-----NN-NNN-NN-NNN---NNNNNNN-N-N--NNNNNNNNNNNN---NNNNN-NNNN--NN-NNNNN-NN-NNN-NNN--N---N-N-NN-N---NNN---NNNNN---NNN--NN----NNG--TAACA----------------------CG-AAA-ATATTGAT-GG-A---AG-ACGG-ACTGACAGACAAGGTGt
gi|28 : caA--------GAC--------A----GAC-------AAA-----CAAGG-TGCTGTGCCGCTGT--GGACCC--A-ATTTAT-----AC-AC--TC-TGC---CACTTAT-T-GTTTAGGGT-CAAAT---GTGCA-AAGTGGTT-AGAAA-CCGGTATTAA--T---A-G-AA-C----TT---TTGAG---TTA--TC----AC---TCACT--------------------A-TC-AAATATGTT-AC-GG-A-CGAG-Act
gi|29 : aaatcttgaactgaacagaggctAAAAT--G--TT-G----AC--GGA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----C
gi|3 : aaatgtagacggacagacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng-ACTATGACGTGCATTG----TCT----T--------------A--------------AAAGTTTATTGAATAGGTTCAATACAAGTCACATGAAACA-T--TA-TAGTTT---ATAACATTC----GAAAAGAAT-AA-A-TA--T----ATATCCTCTTTCTGATGGGCAAACCTTATTT---ACTAT-ACAA-TACAGG--------TCTAAT--------AT-T----T--A-AA---TCGAAT-TAT-CT------C--CCT-TTGCCA-AT--------G-TTGAATATACAAA-------------ATCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----GCATACA--------GACA-AAggaca
gi|30 : ttatcaattttaccaacatacatgaatctttagcattcgtatttgcatacatgggtgggcagattctcttattcctagtagaaacataccatgtatgcgctacaaaatttcttaagaaatatcaaaataaatcgtagatctaccatacttacgtagcgcatgggacttttccgtcaatgagtgcgtcattgaatagggcacactcacttgaaataaattttgtgagcatgtttattagataaaacagttcactaaggtttcataagtaaagaatacataattcatagcgtaattacgtaaatcacttctaaactccaatgggatgtcagaaatttaacctcgtataccgaacccgatcgatattttttttttcaaC--------A----GAC-------GAA-----CGGAG-CG---------TAC--GAACC-AGA--TTCAT-----AC-ACT-TTGTGC---TTCTTAT-TTG--TAGAG-A-AATT---GTGCA-AACT--TTCCAGAACCT-GTA-TGA--T---A-A-AA-C---TTTTG-TTGAG---TTA--TCGCTGGCA--TCACA--------------------ATCGAAAA-ATG-TGACTAG-A-C-AG-ACAG-Ag
gi|31 : gacgggacACAATT---GAACA-AAGTGATT-C-----CT-------A--T---A-A-GG-C---TTT---TT------TTN--TC----ATA--TCAAA--------------------A-TG-AAA-ATGATGAT-GG-A-C-A--ATAG-A-------ACAAAGTGA--T-TCCT--ATAAGGCTTTTTTCCCC-CAAATTT---TCAA--T-ACAG--GGCCTTG-TAA-GA-AA-Agca
gi|33 : AGG-TG--------CTG---GA--CCAGA-AGTTAA-----AC-ACTATC-TGCGCTCTCTCA----------AGTAGCATT---CTGCATAAGT--TA-CAAA---T-G-A-CAAATT---A-ATAA-C---ATTATATTGAAGATTTGGTTC-----CA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTG-C-GA-A-C-AG-AGGA-ACGGatatttgaatgaa
gi|34 : AAAA--TTGTT-C---AACA-C-GACAA-AGATG-TTG-----ACATACATACAGACTGACA-GACAGACAAG-GT-GA---------TCAGAAT-T-G----------TC-----------TAG--TAAAAG-TTT-TTTTCCCCC--TTT-TATTGTA-GAG-T----------------AGTTTGAAA-A-------CTGTATAT-----ACTGTGA
gi|35 : TA-CGA--T---A-A-AAAT---AGT---TTGA-----CA--TA----GGA--TCACA--------------------A-CA-AAA-GTGTTGAC-AG-A-C-AT-GTCG-ACTAATGGACAA--TGA--A-TACT--ATCGGGTTC-----CCA-TA---TT---TC-A--T-GCAA--GGTCC---TGATGA-GA-A-CT----GAA----CACATGA
gi|36 : GAT-ACGTGCCTTGGTTATAT----T--------------G--------------A---------------ATTCAATACATGTCGCCTCGAACA-T--T--T--TTTCACAAAACATTC----GAg
gi|39 : ggatgtcagaacttttaactgttaaccgacccgatcgagagtttattgattggAGA-ATTTAT-----AG-ACG-TC-TTC---CTCTTATCT-G--TA-AGTACTTTT---GTGCA-C-GT--TT-TA----CT------------------AA-T---ATG---CAGAT---TTA--TT----GCAA-TCATGTG------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-GGAA-C-AG-ACAG-ACGca
gi|4 : ---ATCA-C-AACAA-CGATG-TTG-----ACACGTA--------TACG-GGCA
gi|41 : aacaattctcaacatttttcctggaatatataaatctacaacgtgcgcctctttacaaacatgtacatgggcgagtagtttccttaattcctagtagaaacactatgtatacgctacgaatatcaaaatacaaatgtacttacgtgaaacatggggacttttacactaacgagcacgccatttcggaatttgcaccgacgaaacttcggtaacatataatgaatagtgcacactcatctgacatctatcttttaactttgttgtttagacggaacagttcactaaggtatactgtgcaagggatacataattcattggaagctacgtccaattggcatctgaatgtcagactaggaatgacatgcattgttttattgaataaattcaatacccgaaacattttcgcatagaaacaaaaaagttgtacggtaatctaaactggtacggtaaactatctatatatcaatataattattcaataaattatcttcccttaacaatgttcagtagatacaaaACTGTAAA-CATTCT-TTG--A-GTTA-TCAC-CCTCAAA---ACAAAA--ATGTT-C---ATAA-C--ACAA-AGATGTTTGCCAT-ACATACA--------TACA-GACAGACAatg
gi|42 : -----ACTGTAAAAATTCTTT--GAGTTAT-C---A-C-GT-CAAAAC----AAAA-A--TGT---CCATAACAACAAAGAT--G--TT-G----CC--ATA-CA--------TAC--------A----GCC-------AGA-----CA
gi|43 : -----ACTGTTAAAACTCTTC--GAGTTAT-C---A-C-GT-CAAAAC----AAAA-A--TGT---CCATAACAGCAAAGTT--G--TT-G----CC--AAA-CA--------TAT--------A----TAC-------Agac
gi|44 : TACTGTAAAAC--TTT-TTA--A-GTTA-TCAC-A-TCAAA---ACAAAA----GTT-C---TTAA-G-AACAA-AGATG-TTGCCA--ACATAC---------GACA-GA
gi|48 : GTTGAC-AG-A-C-AG-ACGG-AC-----GACAAGATGA--CACACT--AT-GGCCGT-----GCG-CA---TCATATC-AATT-GCAG--GGCCC---TAAT
gi|5 : ----T--------------G--------------A---------------GTTTGATACAGGTCACAT-AAACA-T--T----GTTT---ATAACATTT----GAAAAGGATAAATA-TA--TACACATATACTCATTCTGGTGGGCAA
gi|50 : catgggtgggcagtttcccttattcctagcagaaacataccctgtatgcgctacaaaataaaaaaaaagattaaaagtaccgtacttacgtaaagtatggggcttttccgtcagtgaacacgccattttaaattttttgccgacaaatgaatagggcacactcatttgaactatattttgtgagcatgtttattagaccgaacagttcactagggtgtcatgtttaaagaatacgcaattcattcatagcgtaactttcctctagtttgccacaggatgtaagaactttaacctcgtataccaagcccgattgattagacatgcaccgtcgtaaagtttattgaaAGTTTTACATGTATAATATAAATGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCAGAGTGATGTCAcaattatattcaaattgaattatctccctttcacaatattcacgctgacatgcatacagaaagacaa
gi|51 : AAAAT--G--TTTG----AC--AGA-CA--------GAC--------G----AAC--------GA-----C---------------------GAATCCAGATATGTATCTTAAACCACT-TC-CGC---CTCTTAT-
gi|53 : C----GCA--TCACA--------------------A-CA-ATA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGA
gi|53 : C---ACAACAATAAT--G--TT-G----AC--GGA-CA--------GAC--------G----GAC-------GGA-----CG--------------------GAATCCAAA-ATTTAT-----AC-Aatccaaaatttataca
gi|54 : cgcatAATT---GTGCA-AAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CCA--T---A-AGAG-C---TTT---TTGAG---TTA--TC----ACA--TCAC
gi|55 : ATAAC----AAAACA--AGTTC-CC---ACA-CAA-GA---G--TT-G----AC-----------------AT--------A----GAC-------AGA-----CAAGGTTG--------CTGT--
gi|56 : a----T-----ACTGTAAAAATTCGTT--GAGTTAT-CAA-G---GT-CAAAAC----AAAA-A--TGT---CC---ACA
gi|57 : AA-ATGTTGAC-GA-A-C-AG-ACGG-ACTGACAGACAAttac
gi|57 : AAAT--G--TT-G----AC--GAA-CA--------GAC--------GGACTGAC-------AGACAAACCAAGG-TG--------CTGT--Gaccaaggtgctgtgccgc
gi|58 : AAAAT--G--TT-G----AC--GAA-CAACGGACT-GAC--------A----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTAT--Gccgc
gi|59 : AAAT--G--TT-G----AC--GAA-CA--------GACGGACTGACA----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTGT--Gccgc
gi|6 : ACTGTAAA-A--ACT-CTG--A-TTTAATCAC-G-TCAAA---ACAAAAAATGGTG-CGCTATAAAC-AACAA-TGATG-TCG-----CCATACA--------TACA-GACAGACAAG-GTGGAC-GTGAAACCCAGAAT-T-T----------TACTTGTG-----TAG-------G-TATGT------TC--TTT-TATTGTACAAG-TATTTTTTGTTTGA-AAAGTTTGAAATA-------C------T-----ATTGTGAAAACTCTTTA-GCGTTATGC---A-CAGT-CATGAT----AAAA-AAGAGTTCACC---ACAACAAAGAT--G--TT-G----AC--ATA-CA--------AAC--------A----G----------GA-----CAAGG-TG--------CTAT--ccg
gi|6 : G-AAA-ATGTTAACGGG-A-C-AG-ACGGAACTGACAGAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatgttaacgggacagacggaactgacaga
gi|60 : actgtaaaaactctgatttaatcacgtcaaaacaaaaaatggtgcgctataaacaacaatgatgtcgccatacatacagacagacaaggtggacgtgaaacccagaattttacttgtgtaggtatgttcttttattgtacaagtattttttgtttgaaaagtttgaaatactattgtgaaaactctttagcgttatgcacagtcatgataaaaaagagttcaccacaacaaagatgttgacatacaaacaggacaaggtgctattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAT--G--TT-G----AC--GAA-CA--------GAC--------G----GACTGAAGTTAAA-----CAAGG-TG--------CTGT--G
gi|61 : ACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-AG-A-C-AG-ACGG-ACACACAAACAGGGTGccgct
gi|62 : AT--G--TT-G----AC--GAA-CACACGGACTGAC--------A----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTGT--Gctg
gi|63 : AT--G--TT-G----AC--GAA-CA--------GACGGACTGACA----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTGT--Gcc
gi|64 : -C---ACCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----AAATACA--------GAGA-GACAc
gi|65 : agttgaTGAG---TTA--TC----GCG--TCACA--------------------A-CT-AAA-ATGTTGAC-TG-A-C-GG-ACGG-Atggt
gi|66 : -C---ATC---TTGAG---TTA--TC----ACAATTCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTT----GG-A-C-AG-
gi|67 : AC-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-TA---CT----AAAA-T-CA
gi|68 : GTC-C---ATAA-C-AACAA-AGGTG-TTG-----CCATACA--------TACA-GACAat
gi|70 : AAAT--G--TT-G----AC--GGA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTG
gi|71 : AAAAT--G--TT-G----AC--GGA-CG--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAGGG-TG--------CT
gi|72 : CAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAAT
gi|9 : A-AAATG-TTG-----ACGGACA--------GACA-GACAGACAAA-GT-GCT-TTG-AACCCAGAA-----------------------------------------CT-T------CCGCTTC-TTTTGTA-GAG-TA-CAATTGT---GCAAAGTTTCAAA-A-------CTG----T-----ACGATAACAACTTTTT--TAATTAT-C---G-C-AT-CACAAC----GAAA-A--TGT---T------------GAT--A-----G----AC--AGA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAATG-TG--------CTGT--GAACCCAAA-ATTTAT-----AC-ATT-TC-CGC---CTCATAT-T-G--TAGAATACAATT---GTGC----------------------A-CGA--T---A-A-AA-CTTTTTT---TTCAG---TTA--TC----TCA--TCGCAACTTGAGTTATCACATCACGA-CG-AAA-ATGTTGAT-GG-A-C-AG-ACGA-ACGGA
blockSeqs : . GTTA TAAAAGTTTATTGAATAG G G T GC AATA CAC AACT A TATATACACA CA C C GGCGATGTCCCAGAATTTATAGAGTTTTCTTATTTCTGTATAGTGGAAACTGA C AC C A CA TAT AAATG CGCT A T C G CCGAT TACAGACTG A A G CG C A TTTTATTCGTAACCTTTGGT T G TTTCCC GC C CA A T TGTTTGAA T T GTATCTT TTGAAG A TG G AAAA A C C AAAA C AG CCATA TC AT T CAAT CTGG T CACGGACT GGACTGAC GACT TGAAGTT CAAAC T CTGTGCCG TN T CTTAA C TA GT GCT TTT TT NN N TCT TA TTCCAGAACCTGTATGATAAAACTTTTG AGAT GT GCTGG AT ACTTGAGTTATCACATCACG T A T T A G G A A A G G ACTA GA T A TTTTC A AAT ATA A AT G G TT AAT C TA CAG ACTGGTAGTG A GT A T T T C T T G G G
blockSeqs : . TAGAGTTCATTGAATAA T G . . ATA A . A TATATTTA CA T T GGCGATGTCCCAGAATTTATAGAGTTTTCTTTTCTGTATAGTGGAAACTGA . CC C . CC . ATT AT . . . T CCAT G . . . T A A TTTAGCTTGTATATATGGT . . . . . G . T TGTGTA T . . TATAT T A . AAG . . C . . . CCATA . . . . CGT . ACGGACT GGACTGAC . . . . . . . . . T C . TCT . GG C . C GGTTAGAAACCGGTATTAATAGAACTT N . G A TG . . . G . . . . . G A G CA . A A G . . . . . . T . TG A A AG AAAAT A C
blockSeqs : . TAAAGTTTATTGAATGA A G . . ATA . . A ATTTA CA C C ACCTTATTTACTATACAATACAGGTCTAATATTTAAATCGAATTATCTCC . . . . G . ATT C . . . . CCA T . . . T . G TTTTACTTGTGTAG . . . . . A . . TGTGCA T . . CG T . . AC . . T . . . TCACC . . . . AT . . . . . . . . . . . . N N . TT . GA C . N TACAAATGACAAATTAATAACATTATA G . N . . . . . . . . . . . A A T T . T T . . . . . . . A . . G A AG GAT .
blockSeqs : . TAAAGTTTATTGAATGA A G . . TA . . A ATATA CT T T CATATTACAATTCTAACATTCAAATTGAATTATCTCC . . . . A . ACA T . . . . . T . . . T . A TTGTCTAGTAAAA . . . . . G . . TGTGG T . . C T . . G . . T . . . TCCC . . . . AT . . . . . . . . . . . . T T . NN . GA G . A TTCAAAACTGTACCATAAGAGCTTT G . A . . . . . . . . . . . T A G T . A T . . . . . . . A . . G G A GAA
blockSeqs : . ATATTGA G G . . T . . A ATAT CA T A CAATTATTTTTCATATATTCAAATTGAATTATCTCT . . . . G . ATT T . . . . . T . . . C . A TCTAAAGGAT . . . . . A . . CTG . . . T G . . G . . A . . . CT . . . . GG . . . . . . . . . . . . G T . TT . G C . A TTCAAAACTGTACGGCGGAAAAAC T . A . . . . . . . . . . . T G A T . C G . . . . . . . A . . G T .
blockSeqs : . TGG A C . . T . . . ATAT . T T CAATTACAGTTCTAATGTTCAAATTGAAGTGTCTCC . . . . G . AAT T . . . . . G . . . C . A TCTAAAGAT . . . . . G . . TG . . . T T . . A . . A . . . CC . . . . AT . . . . . . . . . . . . T T . TT . A C . A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN G . G . . . . . . . . . . . G G G A . . A . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : TGA C . . . . . . . TA . T T . . . . A . AT C . . . . . T . . . T . . CTTTATAG . . . . . G . . . . . . T T . . A . . T . . . CC . . . . AA . . . . . . . . . . . . T C . . . A . . C GATTCCTATAAGGCTTT G . G . . . . . . . . . . . T A G A . . . . . . . G . .
blockSeqs : TGA A . . . . . . . . . . G . A C . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . A . . A . . . CC . . . . AG . . . . . . . . . . . . . C . . . A ACGATAAAACTTTTTT G . G . . . . . . . . . . . G A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . C . . . . . G . . . T . . . G . . T . . . C . . . . GG . . . . . . . . . . . . . . TTTACTAATATG G . A . . . . . . . . . . . G A
blockSeqs : . . . . G . . C . . . . . T . . . C T . . . . GA . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . C . . . . . T . . . . . GA . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . C . . . . . G . . . . . GA . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . GA . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . GA . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . GA . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . GG . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . GG . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AG . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : TAAGTTTATTGAATGA********************************** ATA* ATATA******** TTTNATGTATAG************************** TGTG***** TTCAAAACTGTACGATAANAACTTT******************* GAT********
originalCons : NNNNACTAT-ACGATGACGTGCATTG----TCT----T--------------G--------------A---------------GTTCAATACAGGTCACGTGAAACA-T--T--TAGTTT---ATAACATTC----GAAAAGGATAAA-A-TA--T----ATATACTCATTCCGACGGGCAAGGC-GATGT---CCCAG-AC-T-TACAGG-GT---TTTCTAAT--------AT-TTCTGT--A-AA---TNGAAT-TATACTGTGAA-C--TCT-TTG--A-ATTA-TCGC-G-TCAAA---ACAAAA--TTGTT-C---ATCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----ACATACA--------GACA-GACAGACAAG-GT-GAC-GTG-AACCCAGAAT-T-T----------TA-----------TAG--T----G-TCT-T------CC--TTT-TATTGTA-GAG-TA-TTTTTGT---G-AAAGTTTGAAA-A-------CTG----T-----ACTGTGAAAACTCTTT--GAGTTAT-C---G-C-GT-CANAAC----AAAA-A--TGT---CC---ACAACAAAGAT--G--TT-G----AC--GNA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGT--GAACCCAGA-ATTTAT-----AC-ACT-TC-CGC---CTCTTAT-T-G--TAGAGTACAATT---GTGCA-AAGT--TT-CAAAA-CT-GTA-CGA--T---A-A-AA-C---NTT---TTGAG---TTA--TC----GCA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGACAAGGTGA--T-TACT--ATNGGGCAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGCT----GAAA-T-CATATGAAAGCCTTCCTGATATGGNGNAGATTCAGGTTTGTTCAAATCATGACCACCACTAGGGGATAGAAGTTTTACATGCATAATATAAANGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCANANTGATGTCA
finalCons : NNNNACTAT-ACGATGACGTGCATTG----TCTTAAGTTTATTGAATGA----------------------------------GTTCAATACAGGTCACGTGAAACA-T--TATA-GTTT---ATAACATTC----GAAAAGGATAAAATATA--------TATACTCATTCCGACGGGCAAGGC-GATGT---CCCAG-AC-T-TACAGG-GT---TTTCTAAT--------AT-TTCTGT--A-AA---TNGAAT-TATACTGTGAA-C--TCT-TTG--A-ATTA-TCGC-G-TCAAA---ACAAAA--TTGTT-C---ATCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----ACATACA--------GACA-GACAGACAAG-GT-GAC-GTG-AACCCAGAATTTNATGTATAG--------------------------G-TCT-T------CC--TTT-TATTGTA-GAG-TA-TTTTTGTG-----AAGTTTGAAA-A-------CTG----T-----ACTGTGAAAACTCTTT--GAGTTAT-C---G-C-GT-CANAAC----AAAA-A--TGT---CC---ACAACAAAGAT--G--TT-G----AC--GNA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGT--GAACCCAGA-ATTTAT-----AC-ACT-TC-CGC---CTCTTAT-T-G--TAGAGTACAATT---GTGCA-AAGTTTCAAAACTGTACGATAANAACTTT-------------------TTGAG---TTA--TC----GCA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGACAAGGTGA--T-TACT--ATNGGGCAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGCTGAT--------CATATGAAAGCCTTCCTGATATGGNGNAGATTCAGGTTTGTTCAAATCATGACCACCACTAGGGGATAGAAGTTTTACATGCATAATATAAANGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCANANTGATGTCA
16 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): CTTATTCTTAGCAGAAAAGATGCGGTGCAGATTATCACAGTGCAGTACTACGTCCGTGGGGATCCATTACGGTCAAGGAGCAAATCATTTAGGAATTTTAATGAATAGGGTACACCCCTTTGAAATCTATTATGTGGACTTTGTTTATTAGGTGAGACAGTTCATTAAGGTGTAATGTGCAAGGAATACATAATTCAATATATAATTTACATTTGAATCTACCTCCAATTTCCAACTGCACGACAGAAATTTAACTTAGATACCGAGGTCGATCGAGATTGTTGACTAGTAATGACGTGCATTATTTCAATTGGATGAATTCAAAACATTGGTGTACATAATTATCAAACAGACTAAATATATAT
Unaligned ( gi|8 ): AATTCAATTTTACCAACATACATATACCTTTAACATTCGTATTTGCATACATGGGTGGGCAGTTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACATACCATGTATGCGCTACAAAATATTAAAAGTACCGTACTTACGTAAAGCATGGGGCTTTTCCGTCAATGAACACGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACAAATAAATAGGGCACACTCATGTGAGCATGTTTATTAGATCGAACAGTTCACTAAGGTATCATGTGTAAAGAATACGTAATTCATTCATAGCGTTCCTCCAATTCAAGGTATCACACCGGTAATTATTTTCACTATATGTTTCTATGTAGGAAAAAAAT
Unaligned ( gi|13 ): GTCCATTTTACCAACATGCATGAATCTTTAGCATTCATAATTGCATACATGGGTGGACAGTTCCCCTTATTTCTAGCAGAAACATTCCATGTATGGACTAATTCATAAAAGAATTCAAAATAGATCTACTGTACTTACGTAAAGCATGGGACATTTCCGTCAATGAACACGCCAATTCAGAATTTTTGCCGACAAATGAATAGGGCACACTCATATGAAATCTATTTTGTGAGCATGTTTATCAGACCGAACAGT
Unaligned ( gi|25 ): ATCAATTTTACCAACATAAATAAACCTTTAGCATTCGTATTTGTATACATGGGTGGACAGATTTCCTTATTCCTAGCAGAAGCATACCATGTATGCGATACAAATGTCAATGTACCGTACTTACGTAAAGCAAGGGACTTTTCCGCCAATGAGCCCACCATTTCAGAATTGAATAGGGCACACTCATTAG
Unaligned ( gi|26 ): GCATGGAGCTTTTCCGTCAATAGCACGCAATATTTCACGAAATCTATTCGACTGAATATGATTGGGCAACTCATTTGAATCTTTTTGTGGAGCAATGTCTATTAGATCGAAGTTACAGGTGTCATGTTAAAAACTATATAATGATATTAAACTCTCCTCCAAATTTGCAACTGGATGTCGGAAATCT
Unaligned ( gi|27 ): GGGCACACTCATGTGAGCATGTTTGATATTAGATCGAACAGTTCACTAAAGTTGTCATATGGAAAAAACAAAATTTACATAATTAATTGCGGTAAAATCACATTAAACTTTCCTGGCAATCGGAAATCAGAAATTAAAACCTCGTATTACCGGAGAACCTGCATTTTCGATTT
Unaligned ( gi|32 ): ACTGTGCAGAAATACATATTAATCAATGAATAATTTACATTTGATCTAACCTCCAATTCTCCAAATGCACGACAAATTTAACTAGTAGATACCGAGGTCGATCGAGAATTGTTGACTAGTAATGACGTGCACTTATTTGATTGGA
Unaligned ( gi|37 ): CATGTACATGCGCTACAAAATATCAAAGAACCGTATACGTAAAGCATGAGGTTTTTTCGTCAATGAGCACGCGCCATTTCAGAATTTTCGGTGATAAATTAATGAGTTTGAAAACACTT
Unaligned ( gi|38 ): AATTTTGACATAATACACGAATCTTTAGCATTCGTATTTGCATAGTTTCCTTATCTTAGCGAAAAAACATAATGTACATTAAAAATTTATAAGCAAAAATATCAAACATACCA
Unaligned ( gi|40 ): AAATCCATAAGCAAATTCAAAGTAACTCACTTTTCTAAAACATGAGGCTTTTCCGTCAATTAGCACGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACAAATGAAT
Unaligned ( gi|45 ): CTATTTTGCGAGTAATGTTTCTTAGATCGAACAGTTCATTAAAGTGTCATGTGCAAAGAATACAGAGTTACATTT
Unaligned ( gi|46 ): TCAATTTTACCAACATACATGAACCTTTGGCATTCATATTTGCACACATGGGTGGGCAGTTTCCCTTATTCCTAG
Unaligned ( gi|47 ): TACTAACAATTTTACCAACATACACATGGGTGGGGCAGTTTCCCTTTTCCTAGCAGAACAAAAACATACCATGT
Unaligned ( gi|49 ): TTACCAACATGCATGAATCTTTAGCATTCCTATTTGCATACACGGGTGGGCAGTTTTCTTCTGTATTTCT
Unaligned ( gi|52 ): CCGTTCTTTGATGTGTAATGTACAAGAAATAAATAACTCAATGCATAAGGTATGCTTGAGCCTAC
Unaligned ( gi|69 ): ACAGACGGACTGACAAACAAGGAGCTGTGCCGCTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 22222 3333 1111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 22222 11111 111111111 11111 6666666666666666666666666666666666666 44444444444 11111111111111111111 111 11111111 222222222222222 11111111 11111111 11111 222222222222222222222222222222222222 22222222222222222222 1111 11111 111 444444444 2222 22 1 1 1 1 1
lowQualScore : 88 0 3 55555 4 4 2 1 5 7 55 1111 55 55 9999 3 5555555555555 22 3 4 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 00 7 3 666 0 555 33333 44444 2 2 2 4 55555 111111111 2 3 3 22222 8 7777777777777777777777777777777777777 99 55 4 4 66666666666 4 66666666666666666666 0 444 4 33333333 3 1 4 000000000000000 22 22 2 4444 5555 2 33333333 33333333 4444 6666666 55555 2 77777777 2 4 00000 4 44 44 777 0 5555 66 11 5 777 44 222222222222222222222222222222222222 555 44 7777 44 77777 66 77777777777777777777 2 2 2 3 1 1 1 1 2 5 2 2 6666 77 6 3 55555 4 777 777 4 66 4 3 66 333 3 5 6 000000000 7777 3 44 1 1 5 1 5 5 5 1 1 5
lowQualScore : .. . . ..... . . . . . . .. .... .. .. .... . ............. .. . . ............................................................................................ . .. . . ... . ... ..... ..... . . . . ..... ......... . . . ..... . ..................................... .. .. . . ........... . .................... . ... . ........ . . . ............... .. .. . .... .... . ........ ........ .... ....... ..... . ........ . . ..... . .. .. ... . .... .. .. . ... .. .................................... ... .. .... .. ..... .. .................... . . . . . . . . . . . . .... .. . . ..... . ... ... . .. . . .. ... . . . ......... .... . .. . . . . . . . . . .
lowQualScore : 88 2 9 33333 0 8 3 5 5 5 55 3333 55 55 4444 2 1111111111111 88 1 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 00 3 6 888 8 444 55555 66666 5 5 4 7 00000 888888888 2 6 6 33333 9 4444444444444444444444444444444444444 33 33 4 4 11111111111 4 99999999999999999999 9 222 0 55555555 6 0 0 666666666666666 88 88 0 2222 4444 0 11111111 88888888 0000 2222222 33333 1 66666666 4 0 00000 0 77 66 888 4 1111 99 00 1 000 77 111111111111111111111111111111111111 888 22 1111 22 99999 88 11111111111111111111 9 1 0 8 8 8 8 8 1 5 2 9 1111 99 6 9 66666 4 888 888 4 11 4 7 11 999 0 7 7 000000000 2222 2 00 0 0 5 0 0 5 5 0 0 0
consensus : NNNNACTAT-ACGATGACGTGCATTGTCTTA-AA-GTT-TATTGAATGAGTTCAATACAGGTCACGTGAAACAT--T--TAGTTT--AT--AACATTC----GAAAAGGATAAA-A-TA--T----ATATACTCATTCCGACGGGCAAGGC-GATGT---CCCAG-AC-T-TACAGG-GT---TTTCTAAT--------AT-TTCTGT--A-AA---TNGAAT-TATACTGTGAA-C--TCT-TTG--A-ATTA-TCGC-G-TCAAA---ACAAAA--TTGTT-C---ATCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----ACATACA--------NACA-GACAGACAAG-GT-GA--CG-TG-AACCCAGAATTTNA--T--GTA-----TA---G-GT---CT-T------CCTTT-TATTGTA-GAG-TA-TTTTTGT----G--AAGTTTGAAA-A-------CTG----T-----ACTGTGAAAACTCTTT--GAGTTAT-C--G---C-GTC-ANAACAAAA-A----TGT---CC---ACAACAAAGAT--G--TT-G----AC--GNA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGT-GAACCCAGA-ATTTAT-----AC-ACT-TC-CGC---CTCTTAT-T-G--TAGAGTACAATT---GTGCA-AAGT--TTC-AAAAC-T-GTA-CGA--T--AAGAAC---NTT---T--TGAG---TTA--TC----GCA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGACAAGGTGA--T-TACT--ATNGGGCAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGC---------TGA---TCATATGAAAGCCTTCCTGATATGGNGNAGATTCAGGTTTGTTCAAATCATGACCACCACTAGGGGATAGAAGTTTTACATGCATAATATAAANGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCANANTGATGTCA
Reference ( family-777 ) : NNNNACTAT-ACGATGACGTGCATTGTCTTA-A--GTT-TATTGAATGAGTTCAATACAGGTCACGTGAAACAT--T-ATAGTTT--AT--AACATTC----GAAAAGGATAAA-A-TA--T----ATATACTCATTCCGACGGGCAAGGC-GATGT---CCCAG-AC-T-TACAGG-GT---TTTCTAAT--------AT-TTCTGT--A-AA---TNGAAT-TATACTGTGAA-C--TCT-TTG--A-ATTA-TCGC-G-TCAAA---ACAAAA--TTGTT-C---ATCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----ACATACA--------GACA-GACAGACAAG-GT-GA--CG-TG-AACCCAGAATTTNA--T--GTA-----TA---G-GT---CT-T------CCTTT-TATTGTA-GAG-TA-TTTTTGT----G--AAGTTTGAAA-A-------CTG----T-----ACTGTGAAAACTCTTT--GAGTTAT-C--G---C-GTC-ANAACAAAA-A----TGT---CC---ACAACAAAGAT--G--TT-G----AC--GNA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGT-GAACCCAGA-ATTTAT-----AC-ACT-TC-CGC---CTCTTAT-T-G--TAGAGTACAATT---GTGCA-AAGT--TTC-AAAAC-T-GTA-CGA--T--AANAAC---TTT---T--TGAG---TTA--TC----GCA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGACAAGGTGA--T-TACT--ATNGGGCAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGC---------TGA---TCATATGAAAGCCTTCCTGATATGGNGNAGATTCAGGTTTGTTCAAATCATGACCACCACTAGGGGATAGAAGTTTTACATGCATAATATAAANGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCANANTGATGTCA
gi|1 : ACTATTACGATGACGTGCATTGTCTT-----------------GAGTTCAATACAGGTCACAT-AGGCAT--T----GTTT--AT--AGCATTT----GAAAAGGATAAA-AATA--T----ACATACTCATTCAGAAAGACAAGGT-GAAGTGAACCCAG-AC-TGTGTAGGTGTCTTTTTCTCATTGTAACACAT-TTTTGTGGA-AAGTCTAAAATCTGTACTGTGAAAC--TTT-TTG--A-ATTA-TTGC-A-TCACA---ACAACA--ATATT-C---AGCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----GCGTACA--------GACA-GACAGACAAG-AT-GA--TA-TG-AACCCAGAATAT-A--T---TA-----TA---GTGT---CT-T------CCTTT-TATTGTA-GAG-CA-TTTTTAT----GGAAAGTTTGAAA-A-------CTG----T-----ACAGTGAAAAATCTTT--GAGTTAA-T--G---C-GTC-ATAACAAAA-A----TGT---CC---ATAACAAGGAT--G--CT-G----AC--ATA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----AAAGG-TA--------CTGC-GAACCCAGA-TTTTAT-----AC-ACT-TC-TGC---CTCTTAA-T-G--TAGAGTACAATT---GTGCA-GAGT--TTC-AAAAC-T-GTA-CGA--T--ACAAAC---GTT---T--TAAG---TTA--TC----ACA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAA-AG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGACAATGTGA--T-TACT--ATAAGGCAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-AA-AGC---------TGAAATTCATATGAAAA-CTTCCTGATATAGTGGAAATTCAGGTTTGTTCAAATCATGACCACCACTAGGGGATAGAAATTTTATATGCA-AATATAAAGGGAAAAT-CTTC-AAAAATCTTCTCA-AGAACCATATTGAT-TCA
gi|1 : ttaaTGAAA-CCTTACTGATATGGAGTAGATTCAAGTTTGTgaagagtggatatttgtttgaaaccttactgatatggagtagattcaagtttgtg
gi|10 : ttaaactattacgatgacgtgcattgtcttgagttcaatacaggtcacataggcattgtttatagcatttgaaaaggataaaaatatacatactcattcagaaagacaaggtgaagtgaacccagactgtgtaggtgtctttttctcattgtaacacatttttgtggaaagtctaaaatctgtactgtgaaactttttgaattattgcatcacaacaacaatattcagcacaacaaagatgttggcgtacagacagacagacaagatgatatgaacccagaatatattatagtgtcttccttttattgtagagcatttttatggaaagtttgaaaactgtacagtgaaaaatctttgagttaatgcgtcataacaaaaatgtccataacaaggatgctgacatacagacagacagaaaaggtactgcgaacccagattttatacacttctgcctcttaatgtagagtacaattgtgcagagtttcaaaactgtacgatacaaacgttttaagttatcacatcacaacgaaaatgttgaaagacagacggacggacggacaatgtgattactataaggcatccgcatttcatgcggggccctaatgaaaagctgaaattcatatgaaaacttcctgatatagtggaaattcaggtttgttcaaatcatgaccaccactaggggatagaaattttatatgcaaatataaagggaaaatcttcaaaaatcttctcaagaaccatattgattcagaagagtggatatttgttCAAA---ACAAA-----GTT-C---ACCA-C-AACAG-AGATG-TTG-----ACATACA--------GACA-GACAGACAAG-GT-Gg
gi|10 : aG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ATGctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatgttgacggacagatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|11 : acaaaacaaagttcaccacaacagagatgttgacatacagacagacagacaaggtgctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--AC--AACGTTCAACTGATAAAAA-AAA-A-TA--T-----TACAAT--TTCCGACAGACATGGC-GATGT---CCCAGAAT-T-TATAGA-GT---TTTCT--T--------AT-TTCTGT--ATAG---TGGAA-----AC--TGA-----------G--A-ATTA-TCGC-G-TCTCA---GAAAAA--TTGTT-T---ATCA-C-TACAA-AGATG-TTG-----ACATATA--------TATC-GACAGAAAAG-GT-GA--TG-TG-AACCTAGAATCTAA--A--G-A-----T------GT---CT-T------CCTTT-AAATGTA-GAA-TA-TTTCTG-------------TGAAA-A-------CTG----C-----GATGGGATATCTC------AGTTAT-C--G---C-GTA-ACAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|12 : tttgaattacatgtatctcccttcgTGTCGTGTATTGTCTTAGA--GTT-CATTGAATAAGTTCAATACAAGTCACGTGAAACAT--T-TTAGTTT--AT--AATATTC----GGAAAGAATAAATA-TATTT----ATATACTCATTTTGGTGGGCAA--C-AA---------------T-TAT-----T---TTTC--AT--------ATATTC-----A-AA---TTGAAT-TAT-CT------C--TCT-TTG--ACATTG-TTGA-A-TCTAA---A----------TC-T---ATAA-C-AACAA-AGACG-CTG-----ACTTGCA--------TACA-GAAAGACAAG-GT-GA--TG-TG-AACCCAGGCTT---------TA-----TA---G-----------------------ATTGTA-AAG-CA-TTATTGT----GTAAAGTTTGAAA-A-------TTG----T-----AC
gi|14 : G-A-T-AG-ACAG-ACAGATGGACAGGGTGA--T-TACT--ACTGGGCAT-----CTGACA---T-------A--TGGTGG--GGCCC---TGATCATAACAGCTACTGGTAGTGA-----ATATGAAAGTCTTCagaca
gi|15 : aacaagatgctaattcatgcagaatgaaaagcactgtcacggtacacaaattattttcattaagccttgaagatattttaataattgaaaagtttcaaaaattacatgtcagacagttaaaaaaaaaaacgcaactaggctacatgagcatgaAAA-A-TA--T-----TACAAT--TTCCGACAGACATGGC-GATGT---CCCAGAAT-T-TATAGA-GT---TTTCT------------T-TTCTGT--ATAG---TGGAA-----AC--TGA-----------G--A-ATTA-TCGC-G-TCTCA---GAAAAA--TTGTT-T---ATCA-CTAACAA-AGATG-TTG-----ACATATA--------TATC-GACAGAAAAG-GT-GA--TG-TG-AACCTAGAATCTAA--A--GGA-----T------GT---CT-T------CCTTT-AAATGTA-GAGATA-TTTTC-T----G-------TGAAA-A-------CTG----CG----AATGGGATATCTCAT-----GTTAT-C--G---C-GTA-ACAA
gi|16 : gataaaaaATAACGTGCCTTGT-TTA--------TATTGAAT----TCAATACATGTCGCTCGAAACAT--T-----TTTCAAA--AACATTC----GACAA
gi|17 : gcacacaagtgtaactaaatctcattgcatggataataagaacggattactggtacaaaaaagtggtgcataatttgatgcataagtaacatttgaaccgacctccagtttgcagccggatgtcagaactttaacctcgtataccgaacccgatcgagagtttattgacttggaACCAAA-A----T------C---ACAACAACGATTCG--TT-G----ACC-GTA-TA--------G--------------------------GG-----CAA--------------TGT-GAAC--AGA-AGTTAA-----GT-GTT-TC-CTC---C-ATTAT-T-G--TAG-GTA-ACTTTCTGTACA-CAGT--TTC-AAAAC-T-GTA-CGG--CGGAAAAAC---------------------A--TC----GCG--TCAAA--------------------C-CA-AAA-ATG----C-GG-A-C-AGAAAAG-ACGGACAGAC-AGGTAAACTATAAT--ATAGGGT-T-----CCG-CA---TT---TC-A--T--C-G--GGCCC---TAAT----A-AGG---------TGA---TCAT-TGAAc
gi|18 : ttaaaatgtcagtagatTACTTTTAA-CA-TCTCTTG--A-GT-A-TCACCA-TCAAA---ACTAAA--T-GTCAT---ATTA-C-AACAACAGATGGTTGCCGATACATACA--------GACAAGACAGACATGAGT-GA--CGGTACAACC---GATTTTA--TTCGTAACCTTTG---GTGT---CT-T------CCTTTCTATTGTA-AGG-TG-TTTTT-T----G-------TGGAA-G--------TG----T---------TGAATACTCTT---GAGTTAT-C--A---CCGTC-ATAACAAGT-T----CAC---CT---ACAACAAAAAT--GATCT-G----CC--ATA-CA--------G
gi|19 : ACTA--ACAATGATGTGCATTGTCTTA-AA-GTT-TATTGAATGAGTTTAATAAAGGTCTCAT-AAACAT--T----GTTT--AT--AACTTTT----GAAAAGGATAAA-------T----ATATACTCATTCTGGTGGGCAA--------------CAT-A--T-TACAA--------TTCTAAC--------AT-TC------A-AA---TTGAAT-TAT-CT------C--CCT-TTGACA-ATTT-TCAC-G-CTAAG---ACAA
gi|2 : ttaacctcgtataactacaccaagcccgatcgagtttgtttA-A--GTT-TACTGAATGGATTCAATACAGGTCACATGAAACAT--T-ATAGTTT--AT--AACTTTC----GAAAAGAAT-AA-A-TT--T----ATATACTCATTCTGAAGAGCAA--C-AA---------------T-TACAG--------TTCTAAT--------GT-T----C--A-AA---TTGAAG-TGT-CT------C--CTT-TTG--ACAATA-TTGA-A-T--AT---ATAAA-------------ATCA-C-AACAA-AGATG-ATG-----ACATACA--------TACA-GACAGAC
gi|20 : tatcaattttaccaacatacatgaatctttagcattcgtatttgcaataatgcatatgggtgggcattttcccttattcctagcagaaacgtaccatgtatgcgttacaaaaattcataagcaaataacaaagtagatttaccatacttacgtaaagcatggggcttttccgtcaatgagcacgccatttcagaattttcgccgacaaatcaatagggaacacttatttgaaatctattttgtgagcatgttattatatcgaacagttcactaaggagtcatgtgtaaagaatacataattcatagcgtaaattacgtaaatcacacgtttaaacttttttccaattgcaaccggatgtaaaaaaaattaaccttatatataccgaaccccagcgagattttttatttttttttttacaaacacttaaG-AAA-ATGTTGAC-GT-AGC-AG-ACGG-ACA-------AATGTGA--T-TACTGAATTGGGCACG----CCG-CA---AT---TT-G--T-GATGTTGGCCCAATTAAGAA-AA-AG
gi|21 : gaacaaggtggctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---ACAAAA--CAGTT-C---ACCA-A-AACAA-AGATG-TTG-----ACAT------------ACA-GACAGACAAG-GT-G
gi|21 : G-AAA-ATATTG-T-GG-A-C-AG-ACGG-ACTGACAGACAAcctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatattgtggacagacggactgacagacaa
gi|22 : acaaaacagttcaccaaaacaaagatgttgacatacagacagacaaggtgcctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGACTTGTATTGTCTTA-AA-GTT-TATTGAATGAGTTCAATACAAGTCATGTGAAACATGCTAATAGTTG--AT--A
gi|23 : cttcaatctgcaaccggatgtcagaaatttaacctcatatactaaactcgatcaatgaatttttttactaacaatACA-TACAGACAAG-G--GAAACG-TG-ACCGCAGA-TTTAGCTT--GTA-----TATATG-GTGTTCT-T------CCTTT-TATTGTA------A-TTTT----------AAGTT-GAAA-AGTATCTTTTG----TTGAAGAGTGTGAAACCTCTTTTGGAGTTAT-T--AAAAC-GTCCATAATAAAA-AAAAATCA---CC---ACAACAAAGAT--G-----G----AC--ATATCA--------TAC--------A----AAC-------tttgtaatatatgtattaaacctttatatatcttcagcaagtggtaataat
gi|24 : gcgtaccatta---CC---A-AACAAAGAT--G--TT-GCAATATCTGGC-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTGTTNNNNNNNNN-NNNNNN-----NN-NNN-NN-NNN---NNNNNNN-N-N--NNNNNNNNNNNN---NNNNN-NNNN--NNN-NNNNN-N-NNN-NNN--N--NNNNNN---NNN---N--NNNN---NNN--NN----NNG--TAACA----------------------CG-AAA-ATATTGAT-GG-A---AG-ACGG-ACTGACAGACAAGGTGt
gi|28 : caA--------GAC--------A----GAC-------AAA-----CAAGG-TGCTGTGCCGCTGT-GGACCC--A-ATTTAT-----AC-AC--TC-TGC---CACTTAT-T-GTTTAGGGT-CAAAT---GTGCA-AAGTGGTTA-GAAAC-CGGTATTAA--T---AGAAC----TT---T--TGAG---TTA--TC----AC---TCACT--------------------A-TC-AAATATGTT-AC-GG-A-CGAG-Act
gi|29 : aaatcttgaactgaacagaggctG-AAA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ACAG-ACAGACGGACA
gi|3 : aaatgtagacggacagacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-ACTATGACGTGCATTGTCTTA-AAAGTT-TATTGAATAGGTTCAATACAAGTCACATGAAACAT--T-ATAGTTT--AT--AACATTC----GAAAAGAAT-AA-A-TA--T----ATATCCTCTTTCTGATGGGCAAACCTTATTT---ACTAT-ACAA-TACAGG--------TCTAAT--------AT-T----T--A-AA---TCGAAT-TAT-CT------C--CCT-TTGCCA-AT--------G-TTGAATATACAAA-------------ATCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----GCATACA--------GACA-AA
gi|30 : ttatcaattttaccaacatacatgaatctttagcattcgtatttgcatacatgggtgggcagattctcttattcctagtagaaacataccatgtatgcgctacaaaatttcttaagaaatatcaaaataaatcgtagatctaccatacttacgtagcgcatgggacttttccgtcaatgagtgcgtcattgaatagggcacactcacttgaaataaattttgtgagcatgtttattagataaaacagttcactaaggtttcataagtaaagaatacataattcatagcgtaattacgtaaatcacttctaaactccaatgggatgtcagaaatttaacctcgtataccgaacccgatcgatattttttttttcaaC--------A----GAC-------GAA-----CGGAG-CG---------TAC-GAACC-AGA--TTCAT-----AC-ACT-TTGTGC---TTCTTAT-TTG--TAGAG-A-AATT---GTGCA-AACT--TTCCAGAACCT-GTA-TGA--T--AA-AAC---TTT---TGTTGAG---TTA--TCGCTGGCA--TCACA--------------------ATCGAAAA-ATG-TGACTAG-A-C-AG-ACAG-Ag
gi|31 : gacgggacACAATT---GAACA-AAGTGATTC-----C-T-------A--T--AAGG-C---TTT---T--T------TTN--TC----ATA--TCAAA--------------------A-TG-AAA-ATGATGAT-GG-A-C-A--ATAG-A-------ACAAAGTGA--T-TCCT--ATAAGGCTTTTTTCCCC-CAAATTT---TCAA--T-ACAG--GGCCTTG-TAA-GA-AA-Agca
gi|33 : AGG-TG--------CTG--GA--CCAGA-AGTTAA-----AC-ACTATC-TGCGCTCTCTCA----------AGTAGCATT---CTGCATAAGT--TAC-AAA---T-G-A-CAAATT--AATAAC---ATTATAT--TGAAGATTTGGTTC-----CA--TCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTG-C-GA-A-C-AG-AGGA-ACGGatatttgaatgaa
gi|34 : AAAA--TTGTT-C---AACA-C-GACAA-AGATG-TTG-----ACATACATACAGACTGACA-GACAGACAAG-GT-GA-----------TCAGAATTGTC--TA-GTA-----AA---A-GT---TT-TTTTCCCCCTTT-TATTGTA-GAG-T-----------------AGTTTGAAA-A-------CTGTATAT-----ACTGTGA
gi|35 : TA-CGA--T--AAAAAT---AGT---T--TGA-----CA--TA----GGA--TCACA--------------------A-CA-AAA-GTGTTGAC-AG-A-C-AT-GTCG-ACTAATGGACAA--TGA--A-TACT--ATCGGGTTC-----CCA-TA---TT---TC-A--T-GCAA--GGTCC---TGATGA-GA-A-C---------TGA---ACACATGA
gi|36 : GAT-ACGTGCCTTG---------GTTATATTGAAT----TCAATACATGTCGCCTCGAACAT--T-TT--TTC--ACAAAACATTC----GAg
gi|39 : ggatgtcagaacttttaactgttaaccgacccgatcgagagtttattgattggAGA-ATTTAT-----AG-ACG-TC-TTC---CTCTTATCT-G--TA-AGTACTTTT---GTGCA-C-GT--TT-----------TA-C----T--AATA------TG---C--AGAT---TTA--TT----GCAA-TCATGTG------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-GGAA-C-AG-ACAG-ACGca
gi|4 : ATGACATGCATTGT---------TT-TATTGAATAAATTCAATAC----C---CGAAACAT--T-
gi|4 : aacaattctcaacatttttcctggaatatataaatctacaacgtgcgcctctttacaaacatgtacatgggcgagtagtttccttaattcctagtagaaacactatgtatacgctacgaatatcaaaatacaaatgtacttacgtgaaacatggggacttttacactaacgagcacgccatttcggaatttgcaccgacgaaacttcggtaacatataatgaatagtgcacactcatctgacatctatcttttaactttgttgtttagacggaacagttcactaaggtatactgtgcaagggatacataattcattggaagctacgtccaattggcatctgaatgtcagactagga---ATCA-C-AACAA-CGATG-TTG-----ACACGTA--------TACG-GGCAttcgcatagaaacaaaaaagttgtacggtaatctaaactggtacggtaaactatctatatatcaatataattattcaataaattatcttcccttaacaatgttcagtagatacaaaatcacaacaacgatgttgacacgtatacgggcaatg
gi|41 : aacaattctcaacatttttcctggaatatataaatctacaacgtgcgcctctttacaaacatgtacatgggcgagtagtttccttaattcctagtagaaacactatgtatacgctacgaatatcaaaatacaaatgtacttacgtgaaacatggggacttttacactaacgagcacgccatttcggaatttgcaccgacgaaacttcggtaacatataatgaatagtgcacactcatctgacatctatcttttaactttgttgtttagacggaacagttcactaaggtatactgtgcaagggatacataattcattggaagctacgtccaattggcatctgaatgtcagactaggaatgacatgcattgttttattgaataaattcaatacccgaaacattttcgcatagaaacaaaaaagttgtacggtaatctaaactggtacggtaaactatctatatatcaatataattattcaataaattatcttcccttaacaatgttcagtagatacaaaACTGTAAA-CATTCT-TTG--A-GTTA-TCAC-CCTCAAA---ACAAAA--ATGTT-C---ATAA-C--ACAA-AGATGTTTGCCAT-ACATACA--------TACA-GACAGACAatg
gi|42 : -----ACTGTAAAAATTCTTT--GAGTTAT-C--A---C-GTC-AAAACAAAA-A----TGT---CCATAACAACAAAGAT--G--TT-G----CC--ATA-CA--------TAC--------A----GCC-------AGA-----CA
gi|43 : -----ACTGTTAAAACTCTTC--GAGTTAT-C--A---C-GTC-AAAACAAAA-A----TGT---CCATAACAGCAAAGTT--G--TT-G----CC--AAA-CA--------TAT--------A----TAC-------Agac
gi|44 : TACTGTAAAAC--TTT-TTA--A-GTTA-TCAC-A-TCAAA---ACAAAA----GTT-C---TTAA-G-AACAA-AGATG-TTGCCA--ACATAC---------GACA-GA
gi|48 : GTTGAC-AG-A-C-AG-ACGG-AC-----GACAAGATGA--CACACT--AT-GGCCGT-----GCG-CA---TCATATC-AATT-GCAG--GGCCC---TAAT
gi|5 : GACATGCACCGTCGTA-AA-GTT-TATTGAATGAGTTTGATACAGGTCACAT-AAACAT--T----GTTT--AT--AACATTT----GAAAAGGATAAATA-TA--TACACATATACTCATTCTGGTGGGCAA
gi|50 : catgggtgggcagtttcccttattcctagcagaaacataccctgtatgcgctacaaaataaaaaaaaagattaaaagtaccgtacttacgtaaagtatggggcttttccgtcagtgaacacgccattttaaattttttgccgacaaatgaatagggcacactcatttgaactatattttgtgagcatgtttattagaccgaacagttcactagggtgtcatgtttaaagaatacgcaattcattcatagcgtaactttcctctagtttgccacaggatgtaagaactttaacctcgtataccaagcccgattgattaAGTTTTACATGTATAATATAAATGGAAAATCCTTCTAAAAATCTTCTCATAGAACCAGAGTGATGTCAcaattatattcaaattgaattatctccctttcacaatattcacgctgacatgcatacagaaagacaa
gi|51 : AAAAT--G--TTTG----AC--AGA-CA--------GAC--------G----AAC--------GA-----C--------------------GAATCCAGATATGTATCTTAAACCACT-TC-CGC---CTCTTAT-
gi|53 : C----GCA--TCACA--------------------A-CA-ATA-ATGTTGAC-GG-A-C-AG-ACGG-ACGGACGGA
gi|53 : C---ACAACAATAAT--G--TT-G----AC--GGA-CA--------GAC--------G----GAC-------GGA-----CG-------------------GAATCCAAA-ATTTAT-----AC-Aatccaaaatttataca
gi|54 : cgcatAATT---GTGCA-AAGT--TTC-AAAAC-T-GTA-CCA--T--AAGAGC---TTT---T--TGAG---TTA--TC----ACA--TCAC
gi|55 : -ATAACAAAACA----AGTTC-CC---ACA-CAA-GA---G--TT-G----AC-----------------AT--------A----GAC-------AGA-----CAAGGTTG--------CTGT-
gi|56 : a----T-----ACTGTAAAAATTCGTT--GAGTTAT-CAAG-----GTC-AAAACAAAA-A----TGT---CC---ACA
gi|57 : AA-ATGTTGAC-GA-A-C-AG-ACGG-ACTGACAGACAAttac
gi|57 : AAAT--G--TT-G----AC--GAA-CA--------GAC--------GGACTGAC-------AGACAAACCAAGG-TG--------CTGT-Gaccaaggtgctgtgccgc
gi|58 : AAAAT--G--TT-G----AC--GAA-CAACGGACT-GAC--------A----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTAT-Gccgc
gi|59 : AAAT--G--TT-G----AC--GAA-CA--------GACGGACTGACA----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTGT-Gccgc
gi|6 : ACTGTAAA-A--ACT-CTG--A-TTTAATCAC-G-TCAAA---ACAAAAAATGGTG-CGCTATAAAC-AACAA-TGATG-TCG-----CCATACA--------TACA-GACAGACAAG-GTGGA--CG-TGAAACCCAGAATTTTACTT--GTG-----TA---G-GT---ATGT------TCTTT-TATTGTACAAG-TATTTTTTGTTTGAA--AAGTTTGAAATA-------C------T-----ATTGTGAAAACTCTTTA-GCGTTATGC--A---CAGTC-ATGATAAAA-AAG--AGTTCACC---ACAACAAAGAT--G--TT-G----AC--ATA-CA--------AAC--------A----G----------GA-----CAAGG-TG--------CTAT-ccg
gi|6 : G-AAA-ATGTTAACGGG-A-C-AG-ACGGAACTGACAGAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaatgttaacgggacagacggaactgacaga
gi|60 : actgtaaaaactctgatttaatcacgtcaaaacaaaaaatggtgcgctataaacaacaatgatgtcgccatacatacagacagacaaggtggacgtgaaacccagaattttacttgtgtaggtatgttcttttattgtacaagtattttttgtttgaaaagtttgaaatactattgtgaaaactctttagcgttatgcacagtcatgataaaaaagagttcaccacaacaaagatgttgacatacaaacaggacaaggtgctattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAT--G--TT-G----AC--GAA-CA--------GAC--------G----GACTGAAGTTAAA-----CAAGG-TG--------CTGT-G
gi|61 : ACA--------------------A-CG-AAA-ATGTTGAC-AG-A-C-AG-ACGG-ACACACAAACAGGGTGccgct
gi|62 : AT--G--TT-G----AC--GAA-CACACGGACTGAC--------A----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTGT-Gctg
gi|63 : AT--G--TT-G----AC--GAA-CA--------GACGGACTGACA----GAC-------AAA-----CAAGG-TG--------CTGT-Gcc
gi|64 : -C---ACCA-C-AACAA-AGATG-TTG-----AAATACA--------GAGA-GACAc
gi|65 : agttga--TGAG---TTA--TC----GCG--TCACA--------------------A-CT-AAA-ATGTTGAC-TG-A-C-GG-ACGG-Atggt
gi|66 : TC---T--TGAG---TTA--TC----ACAATTCACA--------------------A-CG-AAA-ATGTT----GG-A-C-AG-
gi|67 : caAC-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAATGA-
gi|68 : GTC-C---ATAA-C-AACAA-AGGTG-TTG-----CCATACA--------TACA-GACAtactaaaatcaat
gi|70 : AAAT--G--TT-G----AC--GGA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAAGG-TG--------CTG
gi|71 : AAAAT--G--TT-G----AC--GGA-CG--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAGGG-TG--------CT
gi|72 : CAT-----CCG-CA---TT---TC-A--T-GCGG--GGCCC---TAAT
gi|9 : A-AAATG-TTG-----ACGGACA--------GACA-GACAGACAAA-GT-GC--TT-TG-AACCCAGAACTTC---C--G-------------------CT-T------CTTTT-----GTA-GAG-TA-CAATTGT----GCAAAGTTTCAAA-A-------CTG----T-----ACGATAACAACTTTTT--TAATTAT-C--G---C-ATC-ACAACGAAA-A----TGT---T------------GAT--A-----G----AC--AGA-CA--------GAC--------A----GAC-------AGA-----CAATG-TG--------CTGT-GAACCCAAA-ATTTAT-----AC-ATT-TC-CGC---CTCATAT-T-G--TAGAATACAATT---GTGC----------------------A-CGA--T--AA-AACTTTTTT---T--TCAG---TTA--TC----TCA--TCGCAACTTGAGTTATCACATCACGA-CG-AAA-ATGTTGAT-GG-A-C-AG-ACGA-ACGGA
16 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): CTTATTCTTAGCAGAAAAGATGCGGTGCAGATTATCACAGTGCAGTACTACGTCCGTGGGGATCCATTACGGTCAAGGAGCAAATCATTTAGGAATTTTAATGAATAGGGTACACCCCTTTGAAATCTATTATGTGGACTTTGTTTATTAGGTGAGACAGTTCATTAAGGTGTAATGTGCAAGGAATACATAATTCAATATATAATTTACATTTGAATCTACCTCCAATTTCCAACTGCACGACAGAAATTTAACTTAGATACCGAGGTCGATCGAGATTGTTGACTAGTAATGACGTGCATTATTTCAATTGGATGAATTCAAAACATTGGTGTACATAATTATCAAACAGACTAAATATATAT
Unaligned ( gi|8 ): AATTCAATTTTACCAACATACATATACCTTTAACATTCGTATTTGCATACATGGGTGGGCAGTTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACATACCATGTATGCGCTACAAAATATTAAAAGTACCGTACTTACGTAAAGCATGGGGCTTTTCCGTCAATGAACACGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACAAATAAATAGGGCACACTCATGTGAGCATGTTTATTAGATCGAACAGTTCACTAAGGTATCATGTGTAAAGAATACGTAATTCATTCATAGCGTTCCTCCAATTCAAGGTATCACACCGGTAATTATTTTCACTATATGTTTCTATGTAGGAAAAAAAT
Unaligned ( gi|13 ): GTCCATTTTACCAACATGCATGAATCTTTAGCATTCATAATTGCATACATGGGTGGACAGTTCCCCTTATTTCTAGCAGAAACATTCCATGTATGGACTAATTCATAAAAGAATTCAAAATAGATCTACTGTACTTACGTAAAGCATGGGACATTTCCGTCAATGAACACGCCAATTCAGAATTTTTGCCGACAAATGAATAGGGCACACTCATATGAAATCTATTTTGTGAGCATGTTTATCAGACCGAACAGT
Unaligned ( gi|25 ): ATCAATTTTACCAACATAAATAAACCTTTAGCATTCGTATTTGTATACATGGGTGGACAGATTTCCTTATTCCTAGCAGAAGCATACCATGTATGCGATACAAATGTCAATGTACCGTACTTACGTAAAGCAAGGGACTTTTCCGCCAATGAGCCCACCATTTCAGAATTGAATAGGGCACACTCATTAG
Unaligned ( gi|26 ): GCATGGAGCTTTTCCGTCAATAGCACGCAATATTTCACGAAATCTATTCGACTGAATATGATTGGGCAACTCATTTGAATCTTTTTGTGGAGCAATGTCTATTAGATCGAAGTTACAGGTGTCATGTTAAAAACTATATAATGATATTAAACTCTCCTCCAAATTTGCAACTGGATGTCGGAAATCT
Unaligned ( gi|27 ): GGGCACACTCATGTGAGCATGTTTGATATTAGATCGAACAGTTCACTAAAGTTGTCATATGGAAAAAACAAAATTTACATAATTAATTGCGGTAAAATCACATTAAACTTTCCTGGCAATCGGAAATCAGAAATTAAAACCTCGTATTACCGGAGAACCTGCATTTTCGATTT
Unaligned ( gi|32 ): ACTGTGCAGAAATACATATTAATCAATGAATAATTTACATTTGATCTAACCTCCAATTCTCCAAATGCACGACAAATTTAACTAGTAGATACCGAGGTCGATCGAGAATTGTTGACTAGTAATGACGTGCACTTATTTGATTGGA
Unaligned ( gi|37 ): CATGTACATGCGCTACAAAATATCAAAGAACCGTATACGTAAAGCATGAGGTTTTTTCGTCAATGAGCACGCGCCATTTCAGAATTTTCGGTGATAAATTAATGAGTTTGAAAACACTT
Unaligned ( gi|38 ): AATTTTGACATAATACACGAATCTTTAGCATTCGTATTTGCATAGTTTCCTTATCTTAGCGAAAAAACATAATGTACATTAAAAATTTATAAGCAAAAATATCAAACATACCA
Unaligned ( gi|40 ): AAATCCATAAGCAAATTCAAAGTAACTCACTTTTCTAAAACATGAGGCTTTTCCGTCAATTAGCACGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACAAATGAAT
Unaligned ( gi|45 ): CTATTTTGCGAGTAATGTTTCTTAGATCGAACAGTTCATTAAAGTGTCATGTGCAAAGAATACAGAGTTACATTT
Unaligned ( gi|46 ): TCAATTTTACCAACATACATGAACCTTTGGCATTCATATTTGCACACATGGGTGGGCAGTTTCCCTTATTCCTAG
Unaligned ( gi|47 ): TACTAACAATTTTACCAACATACACATGGGTGGGGCAGTTTCCCTTTTCCTAGCAGAACAAAAACATACCATGT
Unaligned ( gi|49 ): TTACCAACATGCATGAATCTTTAGCATTCCTATTTGCATACACGGGTGGGCAGTTTTCTTCTGTATTTCT
Unaligned ( gi|52 ): CCGTTCTTTGATGTGTAATGTACAAGAAATAAATAACTCAATGCATAAGGTATGCTTGAGCCTAC
Unaligned ( gi|69 ): ACAGACGGACTGACAAACAAGGAGCTGTGCCGCTG