lowQualScore                  :                             1                                                            11111111                                                      111                                            
lowQualScore                  :                             5    1  0    1 1  00 0  0 0 0 22222 333 0  0 22 111111 11    44444444  44 2 0   1  111 22222222 1    888888   1 7 0  0 111 222 6666666666 1 44444 1 2   1   1             
lowQualScore                  :                             .    .  .    . .  .. .  . . . ..... ... .  . .. ...... ..    ........  .. . .   .  ... ........ .    ......   . . .  . ... ... .......... . ..... . .   .   .             
lowQualScore                  :                             5    3  6    2 2  88 6  6 6 6 11111 111 6  6 00 777777 44    33333333  66 3 7   3  333 77777777 6    222222   8 0 9  9 777 333 0000000000 0 55555 0 1   1   1             
consensus                     :                          CTAAAATC-TT-TTAT-T-CA--G-AA-C-T-T-----T---T-AC-A--C------A--TATT--N-----TT-GATA-AAG-AA---T--------C-ACTT----TATCG-AAA-CA-C---TN--A----------A-A--C--A-A-AGA-CTT-CCCCCGGGAATTC
Reference ( gi|24 )           :                          CTACAATC-TT-TTAT-T-CA--G-AA-C-T-T-----T---T-AC-A--C------A--TATT--T-----TT-GACA-AAG-AA---T--------C-ACTT----CATCG-AGA-CA-C---TC--A----------A-A--C--A-A-AGA-CTT-CCCCCGGGAATTC
gi|20                         :                          CTAAAATC-TT-TTTTAT-CA--G-A--C-T-T-----T---T-AC-A--C------A--TATT--T-----T--GACA-AAG-AA---T--------C-ACTT----CATCG-AAA-CA-C---TC--GATC-------A-A--CA-A-A-AGA-CTT-CCCCCGGGAATT
gi|8                          :                      atttCTAAAATC-TT-TTAT-T-CA--C-AA-C-T-T-----T---T-AC-A--C------A--T--T--T-----TT-GACA-AAG-AA---T--------C-ACTT----TAGCG-ACA-TA-C---TC--A----------A-A--C--A-A-AGA-ATT-CTCCCGGGACTTC
gi|19                         :                       tttCTAAAATC-TT-TTAT-T-CA--G-AG-CAT-T-----TAAAT-AC-A--C------A--TATT--T-----TT-GACA-AAG-AA---T--------C-ACTT----CATCG-AAA-CA-C---TC--A----------T-T--T--A-A-GGA-CTT--CCCCGGAAATTccctttccacatgcactctttctgacacaaccacaga
gi|27                         :                     tatttCTAAAATC-TT-TTAT---CA--G-AA-C-T-T-----T-----AC-A--C------A--TATT--T-----T--GACA-AAG-AA------------A-ACTT----CATCA-AAAACA-C----C--A----------A-A--C--A-A-AGA-CTTCCCCCCGGGAATT
gi|12                         :                          CTAAAATC-TT-TTAT-T-CA--G-AA-C-T-T-----T---T-GC-A--C------A--TATT--T-----TT-GACA-AAG-AA---T--------C-A-------------AAA-CA-C---TA--A----------A-A--C--A-A-AAA-CTT-TCCCacc
gi|23                         :                    atgtttCTAAAATC-TT-TTAT-T--A--A-AA-C-A-C-----T---T-AC-A--C------A--TATT--T-----TT-GACACGAA-AA--------------ACTT----CATCG-AAG-CA-C---TCA-A----------A-A--T--A-A-AGATCTT-TCTCCGCGAtttttccatacactgtagcaacctaggtgcaaaat
gi|40                         :                       tttCTAAAATC-TT-TTAT-T-CA--G-AA-C-T-T-----T---T-AC-A--C------A--TATT--A-----TT--------A-AA---T--------C-AATT----TTTTG-AAA-CA-C---TT--A----------A-A--C--A-A-AGA-----CCCCCGct
gi|10                         :                    atatttCTAAAACC-TT-GTAT-T-CG--G-AA-C-C-G-----T---T-AA-A--C------A--TATG--T-----TT-GACA-AAG-AA---T--------C-ACTT----CATC--------------T--A----------A-A--C--A-A-GGC-TTT-CTCTCGGGACTTCctc
gi|55                         :                       ttcCTAAAAAC-TT-TTAT-T-CA--G-AA-C-T-T-----T---T-AC-A--C------A--TATT--T-----TT-GACA-AAG-AA---T--------C-ACctttttccccatgcgctctaatcaacacaaccacaaataa
gi|43                         :                      atttCTAAAATC-TT-TTAT-T-AA--G-AA-C-T-T-----T---A-AA-A--C------A--CATT--A-----TT-TATA-AAG-AA---T--------C-ACTT-----ATCG-AAA-CA-G---TA--A----------A-G--C--A-A-AGA-CTT-
gi|2                          :                      atttCTAAAATC-T----AT-T-CA--G-AA-C-T-T-----T---T-AC-G--C------A--TATT--A-----TT-AACA-AAG-AA---T--------C-ACTT----TCTCG-AAA-CA-C---T--------------A-A--C--------A-CCC-CCCCC
gi|42                         :                    atatttCTAAAATC-GT-TTAT-T-TA--G-AA-C-C-G-----C---T-AC-A--C------A--TACT--T-----TC-GATA-AAG-AA---T--------T-ACTC----CATCG-A-A-TA-A---TA--A----------C-A--C--A-A-AGA-CTC-CCCctcccgtacacatactaacacaaccacaaactgatcgacttgcgaccgatcattatatattgatgtacctgttaatgtttttcaata
gi|54                         :                       tttCTAAAATC-GT-TTAT-G-TA--G-AA-C-T-T-----T---T-AC-A--C------A--TATT--T-----TG-GACA-AAG-AA---T--------A-ACTT----
gi|34                         :                     taattCTAAAATC-TT-TTAT-T-CA--A-AA-T-T-T-----T---T-AC-A--C------A--TATT--A-----TT--------A-AA---T--------C-AAGT----TTTCG-AAA-TA-C---TA--A----------A-C--C--A-A-AGG-CTC-CC
gi|46                         :                      ctttCTAAAATC-TT-TTAT-T-CA--G-AA---T-T-----T---T-AC-A--C------A--TATT--A-----TT--AC-------A---T--------C-AAGT----TTTCG-AAA-CA-C---T---A----------A-A--CCAA-A-AGA-CTC-CCgctctcccc
gi|11                         :                       tttCTAAAATC-TT-TTAT-T-C----------------------T-AC----C------A--TATT--TA----CC-AATT-AAG-AA---T--------C-ACTT----AATCG-AAA-CA-C---TT--A----------A-A--A--ACA-AGA-CGT-CCCCgc
gi|37                         :                     tatttCTAAAATC-TT-TTAT-T-CA--T-AA-C-T-TA----TA--T-AC-A--T------A--TATT--A-----TT-GATA-AAGAAA---T--------C-ACTC----TACGG-AAA-CA-C---AT--A----------G-A-----A-G-TGA-TTT-CTCCtctctcccgtgtgcacattcctaacacaaccctcagatagatcgg
gi|38                         :                         tCTAAAATC-TT-TTAT-T-CA--A-AA-T-T-T-----T---T-AC-A--C------A--TATT--A-----TT--------A-AA---T--------C-AAGT----TTTCG-AAA-TA-C---TA--A----------A-C--C--A-A-AGG--TT-CCC
gi|68                         :                    atttttCTAAAATC-TT-TTAT-T-CA--G-AA-C-T-T-----T---T-AC-A--C------A--------------TT-GATA-AAG-gctct
gi|48                         :                   catatttCTAAAA-C-TT-TTAT-T-CA--G-AA-A-T-T-----T-----AC-A--C------A--CATT--A-----CT-AATA-AAG-AA---T--------C-ACT-----------AAA-C-------C--A------------------A-A-AGA-CTC-CCCC
gi|61                         :                     tatttCTAAAATC-TT-TTAT-G-CA--G-AA-C-T-T-----T---T-AC-A--C------A--AATT--A-----TT-TATA-AAG-AA---t
gi|63                         :                     tatttCTAAAGTT-TT-TTAT-T-CA--G-AA-C-T-T-----T---T--C-A--C------AACT-TT--T-----TT-AACA-GAG-AA---T--------C-AC
gi|65                         :                         cCTAAAATC-TT-TTAT-TTCA--G-AA-C-T-T-----T---T-AC-A--C------A--CATT--A-----TT-TATA-AAG-
gi|41                         :                     tatttCTAAAATC-TT-T-AT-T-CA--ATAA-T-T-T-----T---TTAC-A--C------A--TATT--A-----TT-------AT-AA---T--------C-AGTT----T-TCA-AAA-CA-C---T---A----------A-A--C--A-A-AG----T-CTCCCG
gi|66                         :                         cCTAAAATC-TT-TTAT-T-CA--G-AA-C-T-T-----T---T-AT-A--C------A--CATTA-T-----TTAAATA-AAG-ctctcccc
gi|58                         :                      atttCTAAAATC-TT-TTAT-T-CA--A-AG-C---T-----T---T-AC-A--C------A--TATT--A-----TT-AATA-GAG-AA---T--------
gi|59                         :                   catatttCTAAAATC-TT-TTAT-T-CA--G-AA-T-T-T-----T---T-AC-T--C------A--CATT--A-----TT-TATA-AAG-A
gi|56                         :                   catatttCTA-AATA-TT-TTAT-T-TA--G-AA-C-T-T-----T---T-AC-A--C------A--CATA--A-----TT-TATA-AAA-AA---T--------C-AC
gi|53                         :                     tatttCTAAAACC-CT-TTAT-T-TA--G-AA-C-T-T-----T---T-AC-A--CATAATGA--TATG--T-----TT-GATA-AAG-A
gi|32                         :                   catatctCTAAATTC-TTATTGT-T-CA--G-AA-C---T-----T---T-AC-A--C------A--TATA--T-----GT-TA-------AA---T--------CAATTT----TTTCG-AAA-CT-C---TA--A----------A-AC-C--A-A-AGA-CTC-CCC
gi|57                         :                         tCTAAAACC-TT-TTAT-T-CA--G-AA-C-T-T-----T---T-AC-A--C------A--TGAT--A-----TA-AATA-AAG-Agctcctcgc
gi|69                         :                  acatatttCTAAAATC-TT-TTAT-G-CA--G-AA-C-T-T-----T---T-AC-A--C------A--TATT--G-----TT-
gi|73                         :                  acatatatCTAAAATC-GT-TTAT-T-CA--G-AA-C-T-T-----T---T-AC-A--C------A--TATT--A-----TT-a
gi|70                         :                     tatttCTAAAATC-TT-TAAT-T-CA--G-AA-C-T-T-----T---T-AC-A--C------A--TATT--A-----TT-a
gi|36                         :                   catatttCTAAAATC-TT-TTAT-T-CA--A-AA-T-T-T-----T---T-AC-G--C------A--TATT--A-----TT-AAa
gi|44                         :                      ctttCTAAAATC-TT-TTAT-T-CA--G-AA---T-T-----T---T-AC-A--C------AT-TATT------------AC------AA---T--------CTAGTT----T-TC--AAA-CA-C---T--------------A-A--CA-A-A-AGA-CTC-CCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|21                         :                     tctttCTAAAATC-TT-TAAT-T-CAAAG-AA-C-T-T-----T---T-AC-AC-C------A--TATT--A-----TT-AAgtttc
gi|25                         :                     tctttCTAAAATCCTT-TTAT-T-CA--G-AA-C-T-T-----TTC-T-AC-AC-C------A--TA----------TT-AATA-TAGAAA---T--------C-AAGT----TTTTGAAAA-CAGC---TC--A----------ATC--C--A-ATAGA-CTattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|33                         :                      tctttTAAAATC-TT-TTAT-T-CA--G-AA-C-T-T-----T---T-AC-A--C------A--TATT--T-----TT-GACA-AAG-AA---A--------C-ACTT----CATCA-AAA-CA-C---TC--A----------A-A--C--A-A-AGA-CTT-CCCCCGGGAActc
gi|4                          :                           TAAAATC-TT-TTAT-T-TA--G-AA-C-T-T-----T---T-AC-A--C------A---ATTA-T-----TT-GATA-AAG-AA---T--------C-ACTT----TATCG-AAA-CA-C---TT--AGAACAAATAGA-A--C--A-A-AGA-CTT-CCCCC
gi|14                         :                       tctaTAAAATA-TT-TTAT-T-CA--T-AG-C-T-T-----T---T-AC-A--C------A--TATT--G-----TT-AATA-AAG-CA---TCGATCATGC-ACTTTGAACAGCG-AAA-CA-C---TCTAA----------A-A--C--A-A-AGA-CTC-CCCCCtctccccatggcgcacaccatactacaacaaacacaaatagatcgagccgctcac
gi|17                         :                           TAAAATC-TT-TCAT-C-CC--G-GA-C-T-T-----G---T-AT-A--C------A--TATT--A-----TT-GATA-AAG-AA---T--------C-ACTC----TACGG-AAA-CA-C---TT--A----------A-------A-A-ATA-ATT-CCTCtctatccatg
gi|50                         :                         ttTAAAATC-TA-TTAT-T-CA--G-AA-C-T-T-----T---C-AT-A--C------A--TAAT--A-----TT-GATA-AGA-AA---T--------C-ACTC----TATTG-AAA-CA-ttttccctgtgcgcacttt
gi|13                         :                        tttTAAAATC-TT-TTAT-T-CA--G-AA-C-T-T-----T---T-AT--------------TATT--T-----TT-TATA-TAA-AA---C--------C-ACTC----CACAG-AAA-CA-C---TT--A----------G-A--taaaa
gi|71                         :                        attTAAAATC-TT-TAAT-T-CA--G-AA-A-T-T-----T---T-AC-A--C------A--TATT--A-----TT-aattatttctttcccccctgcgcactctctaacacaaccacaaat
gi|7                          :                  acatattttTAAAATC-TT-TTAT-T-CG--G-AA-C-T-TTTAAAT---T-AT-A--C------A--TGCT--A-----TT-AAAA-AGG-AA---T--------
gi|18                         :   actatacttatgtttgaatatttgtttAGTC-TT-TTAT-T-CA--G-AT-T-T-T-----T---C-AA-A--T------A--TATT--A-----TT-GACA-AAA-AAAAAT--------C-ACTT----CATTG-AAA-CA-C---TC--G----------A-A--C--A-A-AAA-CTT-CCCCCGGGAGTTCtcaataaaaagtgagttccatttccccatacgcacttcacgaacggatcggccgtt
gi|30                         :                      attccttaAATC-TT-TTAT-T-TA--G-AA-C-T-T-----T---C-CT-T--C------A--TATT--TAATTATT-GATA-AAG-AA---T--------C-ACTT----TATCG-AAA-CA-C---TA--A----------A-A--A--A-A-AGc
gi|3                          :                       ttttaaaAAAC-CT-TTAC-T-CC--G-AA-T-T-T-----T---T-AC-A--C------A--TATT------------AAT-AAG-AA---T--------C-ACTT----CCTCGAAAA-CA-C---TA--A----------A-A--C--A-A-AGA-CTT-CCCgattta
gi|51                         :               acatattgtttaaaaAATC-GT-TTAT-T-TA--G-AA-C-T-T-----T---T-AC-A--C------A--CATT--A-----TT-TATA-AAG-GA---T--------C-ACTT-----ATCG-AAA-GA-C---Tttccctccccccaaatttggggtgccaacaccactactatatcgattggcctggcccgaccga
gi|5                          :                             aAATC-TT-TTTA-T-CA--G-AA-C-G-T-----T---T-AC-A--C------A--TATT--A-----TT-GATA-AAG--A---T--------C-AC------CATCG-t
gi|1                          :                           tgaAATC-TT-TTAT-TTCA--G-AA-C-T-T-----T---T-AT-A--C------A--TATT--A-----AT-AACA-AGG-A------------------------ACCG-AAA-CA-A---TG--A----------A-A--A--A-ATATA-TTT-CCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccacgaatatgcggccgatcattatccaaagattcttcctgttaattttactattt
gi|45                         :                  atctttttaaaaAATA-TT-TTAT-T-CA--A-AA-C-T-T-----G---T-AT-A--C------A--TATT--A-----TG-GATA-ACG-AA---T--------C-ACGC----TATC--AGA-attccctatacgtacatgtactttctagcataatcacaaatagatcagccgatagttgtgtgtgcttggtacatgtgaatttatttctcatgatt
gi|39                         :                           tgaAATCATT-TTAT-T-CA--G-AA-T-T-T-----TA--T-AC-A--C------A--TATT--TA----TT-TAC-------A---T--------C-AAGT----TTTCG-----CA-C---CT--A----------A-A--C--C-A-AAA-GCT-CCCTCaatctagagaatttttctttt
gi|26                         :                       ctttcaaAATC-AT-TTAT-T-CG--A-AA-C-TAT-----T---T-AC-AACT------A--TATT--A-----TT--ATA-----AA---T--------C-AAAT----TTTTG-AAA-CA-C---TA--A----------A-A--CG-G-A-AGA-CTC-CCtccc
gi|60                         :                        tatttctATC-TT-TCAT-T-CA--G-AA-C-T-T-----T---T-AC-A--C------A--TATT--T-----TT-GACC-AAT-AA---gctcttt
gi|62                         :                     tttctaaaatATC-TT-TTAT-T-CA--G-AA-C-T-T-----T---T-AC-A--C------A--CAAT--A-----TT-TATA-AAG-AA---T--------C-GCCT-----ATCa
gi|31                         :                              cATC-TT-TTAT-T-CA--G-AATT-T-T-----T---T-ACAA--C------A--TATTAAT-----T--------AA-AA---T--------C-AAGT----TTTCG-AAA-CA-C---T---A----------A-ATCC--A-A-AGA-CTC-
gi|72                         :                      ctttctaacATC-TT-TTAT-T-CA--G-AA-T-T-T-----T---T-AC-A--C------A--TATT--A-----TT-AAgctttc
gi|16                         :                      tctttctaacTT-TT-TTAT-T-CA--G-AA-A-T-T-----T---T-AC-A--C------A--TTTT--A-----TT-GCTA-AAG-AA---T--------C-ACTT----TATCG-AAA-CA-T---TA--A----------A-A--C--A-G-GGA-CAT-CCTC
gi|9                          :                   atatttcttaattTC-TT-TTAT-T-CA--G-AA-C-A-T-----T---T-AC-A--T------A--CATT--A-----TT-AATA-AAG-AA---T--------C-A-TT----TATCG-TAA-CA-G---TA--T----------A-G--C--A-A-AGA-CTT-TTCCattccccacaacaca
gi|67                         :                        atttctaagt-TT-TCAT-T-TA--G-AA-C-T-T-----T---T-AC-A--C------A--TACT--T-----TT-GACA-AAA-AA---T--------ttctcccttgcgctctatctacattgtaacacaatgacaaat
gi|6                          :                       ttaataaaaca-TT-TTATAT-TA--G-AA-C-T-T-----T---C-AC----T------A--TATT--TG----TT-GATA-AA--AT---T--------C-AATT----TCTTG-AAA-GA-AAAAGC--A----------A-T--T--A-A-AGA-CTT-CCC
gi|49                         : ctatgattataagtttaatacattgttacttcgcca-TTAT-T-CA--G-AA-C-T-T-----G---C-AT-A--C------G--TATG--TCA---TT-GATA-AAG-AA---T--------C-ACTC----TACAG-AAA-CA-C---TT--G----------T-A-----A-A-TGA-TTT-CTCCtttccccatgcacactcaaaatagatcagccgtt
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gi|52                         :                      acatatttctaaaaacaaAT-T-CA--G-AA-C-C-T-----T---T-AC-A--C------A--TATT--TA----TT-ATTA-TTA-AA---T--------C-AATT----TTTCA-AAA-CA-C---T---A----------A-A--C--tagc
gi|64                         :                                                                        -A--C------A--TTTT--T-----CT-GATA-AAG-AA---T--------C-ACTT----TATCG-AAA-CA-A---T---A----------A-A--T--A-A-AGA-CTT-c
gi|47                         :                                                                                             -----TT-GCCA-AA---A---T--------C-ACTT----CATTG-AAA-CT-C---TC--A----------A-A--C--A-A-AAG-AAT-CCCCTGGGAa
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|28 ): TCTTTCTAAAACATCTTTATTTCAAAATTTTTACACACTTATTAAATCAAGTTTTCGAAATAACTAATACCAAAGGCTCCGCGCTCTCC
Unaligned ( gi|29 ): TTTCTTAAAAATCTTTTATTCAGCACATTTTTACCATATTAGTTTAAATTCAAGTTTTTCAAACCCAAACCAAAGACTCCGCTTTCCC
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lowQualScore                  :                                            99 2  6    2 2 88  6  6 44 6 11111 888 6  6 00 777777  000 55 44 777  6666   7   6  222 66666666 5 8    22222  8 9   7  11  55 6666666666 8 1111111 0 0   0   0             
consensus                     :                                     CTAAAAT--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--C------AT---A--T--T-A-TT--G-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----ATC-G-AAA-CA--CT-NA----------A-A-----C-A-A-AGA-CTT-CCCCCGGGAATTC
Reference ( family-546 )      :                                     CTAAAAT--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--C------AT---A--T--T-N-TT--G-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----ATC-G-AAA-CA--CT-NA----------A-A-----C-A-A-AGA-CTT-CCCCCGGGAATTC
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gi|10                         :                           atctttttaaCTAAAAC--C-TT-GTAT-T-C--GG-AA-C--C-G-----T---T-AA-A--C------AT---A--T--G-T-TT--G-ACA-AAG-AA---T--------C-A-CTTC----ATC--------------TA----------A-A-----C-A-A-GGC-TTT-CTCTCGGGACTTCattccctatacgtacatgtactttctagcataatcacaaatagatcagccgatagttgtgtgtgcttggtacatgtgaatttatttctcatgatt
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gi|12                         :                                tatttCTAAAAT--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-GC-A--C------AT---A--T--T-T-TT--G-ACA-AAG-AA---T--------C-A---------------AAA-CA--CT-AA----------A-A-----C-A-A-AAA-CTT-TCCCtctctcccgtgtgcacattcctaacacaaccctcagatagatcgg
gi|13                         :                                atgtttTAAAAT--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AT------------T---A--T--T-T-TT--T-ATA-TAA-AA---C--------C-A-CTCC----ACA-G-AAA-CA--CT-TA----------G-A-----tttttccatacactgtagcaacctaggtgcaaaat
gi|14                         :                                   attTAAAAT--A-TT-TTAT-T-C--AT-AG-C--T-T-----T---T-AC-A--C------AT---A--T--T-G-TT--A-ATA-AAG-CA---TCGATCATGC-A-CTTTGAACAGC-G-AAA-CACTCT-AA----------A-A-----C-A-A-AGA-CTC-CCCCCaattatttctttcccccctgcgcactctctaacacaaccacaaat
gi|16                         :                                           T--T-TT-TTAT-T-C--AG-AA-A--T-T-----T---T-AC-A--C------AT---T--T--T-A-TT--G-CTA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----ATC-G-AAA-CA--TT-AA----------A-A-----C-A-G-GGA-CAT-CCTCtctatccatg
gi|17                         :                         atatttcttaattTAAAAT--C-TT-TCAT-C-C--CG-GA-C--T-T-----G---T-AT-A--C------AT---A--T--T-A-TT--G-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CTCT----ACG-G-AAA-CA--CT-TA----------A---------A-A-ATA-ATT-CCTCattccccacaacaca
gi|18                         :                                   ttCTTAAGT--C-TT-TTAT-T-C--AG-AT-T--T-T-----T---C-AA-A--T------AT---A--T--T-A-TT--G-ACA-AAA-AAAAAT--------C-A-CTTC----ATT-G-AAA-CA--CT-CG----------A-A-----C-A-A-AAA-CTT-CCCCCGGGAGTTCttttccctgtgcgcacttt
gi|19                         :                                 attcCTAAAAT--C-TT-TTAT-T-C--AG-AG-CA-T-T-----TAAAT-AC-A--C------AT---A--T--T-T-TT--G-ACA-AAG-AA---T--------C-A-CTTC----ATC-G-AAA-CA--CT-CA----------T-T-----T-A-A-GGA-CTT--CCCCGGAAATTc
gi|2                          :                                tatttCTAAAAT--C-T----AT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-G--C------AT---A--T--T-A-TT--A-ACA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----CTC-G-AAA-CA--CT-------------A-A-----C-------A-CCC-CCCCC
gi|20                         :                               atatttCTAAAAT--C-TT-TTTTAT-C--AG-A--C--T-T-----T---T-AC-A--C------AT---A--T--T---TT--G-ACA-AAG-AA---T--------C-A-CTTC----ATC-G-AAA-CA--CT-CGATC-------A-A-----CAA-A-AGA-CTT-CCCCCGGGAATTctcccgtacacatactaacacaaccacaaactgatcgacttgcgaccgatcattatatattgatgtacctgttaatgtttttcaata
gi|21                         :                                 atttCTAAAAT--C-TT-TAAT-T-CAAAG-AA-C--T-T-----T---T-AC-AC-C------AT---A--T--T-A-TT--A-A
gi|22                         :                                               tctttTAT-T-C--AG-AA-C--G-C-----T---T-AC-A--C------TT---A--T--TAA-TT--A-ATA-GA--AA---T--------C-A-TTTT----CTC-G-AAA-CA--CT-AA----------A-A-----G-A-A-ATA-CCT-CCCattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|23                         :                   acatatttctaaaaacaaCTAAAAT--C-TT-TTAT-T----AA-AA-C--A-C-----T---T-AC-A--C------AT---A--T--T-T-TT--G-ACACGAA-AA--------------A-CTTC----ATC-G-AAG-CA--CTCAA----------A-A-----T-A-A-AGATCTT-TCTCCGCGAtagc
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gi|25                         :                                     CTAAAAT--CCTT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----TTC-T-AC-AC-C------AT---A--T--T-A-AT----ATA-GA--AA---T--------C-A-AGTT----TTT-GAAAA-CAG-CT-CA----------ATC-----C-A-ATAGA-CT
gi|26                         :                                    tctttAAT--C-AT-TTAT-T-C--GA-AA-C--TAT-----T---T-AC-AACT------AT---A--T--T-A-TT----ATA-AA-------T--------C-A-AATT----TTT-G-AAA-CA--CT-AA----------A-A-----CGG-A-AGA-CTC-CCctc
gi|27                         :                              tatttctCTAAAAT--C-TT-TTAT---C--AG-AA-C--T-T-----T-----AC-A--C------AT---A--T--T---TT--G-ACA-AAG-AA------------A-A-CTTC----ATC-A-AAAACA--C--CA----------A-A-----C-A-A-AGA-CTTCCCCCCGGGAATTgctcttt
gi|29                         :                                       AAAAT--C-TT-TTAT-T-C--AG-CA-CATT-T-----T---T-AC----C------AT---A--T--TAG-TT-----TA-AAT------T--------CAA-GTTT----TTC---AAA-C---CC-AA----------A-C-----C-A-A-AGA-CTC-acc
gi|3                          :                                tttcttaAAAAA--C-CT-TTAC-T-C--CG-AA-T--T-T-----T---T-AC-A--C------AT---A--T--T-A-------ATA-A-G-AA---T--------C-A-CTTC----CTC-G-AAAACA--CT-AA----------A-A-----C-A-A-AGA-CTT-CCCgctttccc
gi|30                         :                          acatattgtttaaAAAAT--C-TT-TTAT-T-T--AG-AA-C--T-T-----TCC-T-TC-A--T------ATTTAA--T--T-A-TT--G-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----ATC-G-AAA-CA--CT-AA----------A-A-----A-A-A-AGttccctccccccaaatttggggtgccaacaccactactatatcgattggcctggcccgaccga
gi|31                         :                                ttttaCTAACAT--C-TT-TTAT-T-C--AG-AATT--T-T-----T---T-ACAA--C------AT---A--T--T-A-AT-----TA-A---AA---T--------C-A-AGTT----TTC-G-AAA-CA--CT-AA----------ATC-----C-A-A-AGA-CTC-gattta
gi|32                         :                                 ctttCTAAATT--C-TTATTGT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T-----AC-A--C------AT---A--TA-T-G-TT--A-A--------A---T--------C-AATTTT----TTC-G-AAA-CT--CT-AA----------A-AC----C-A-A-AGA-CTC-CCCgctttc
gi|33                         :                                     tTAAAAT--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--C------AT---A--T--T-T-TT--G-ACA-AAG-AA---A--------C-A-CTTC----ATC-A-AAA-CA--CT-CA----------A-A-----C-A-A-AGA-CTT-CCCCCGGGAAgctcctcgc
gi|34                         :                                     CTAAAAT--C-TT-TTAT-T-C--AA-AA-T--T-T-----T---T-AC-A--C------AT---A--T--T-A-TT----------A-AA---T--------C-A-AGTT----TTC-G-AAA-TA--CT-AA----------A-C-----C-A-A-AGG-CTC-CC
gi|36                         :                                 ctttCTAAAAT--C-TT-TTAT-T-C--AA-AA-T--T-T-----T---T-AC-G--C------AT---A--T--T-A-TT--A-Agctctcccc
gi|37                         :                                 ctttCTAAAAT--C-TT-TTAT-T-C--AT-AA-C--T-TA----TA--T-AC-A--T------AT---A--T--T-A-TT--G-ATA-AAGAAA---T--------C-A-CTCT----ACG-G-AAA-CA--CA-TA----------G-A-------A-G-TGA-TTT-CTCCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|38                         :                                    tCTAAAAT--C-TT-TTAT-T-C--AA-AA-T--T-T-----T---T-AC-A--C------AT---A--T--T-A-TT----------A-AA---T--------C-A-AGTT----TTC-G-AAA-TA--CT-AA----------A-C-----C-A-A-AGG--TT-CCC
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gi|4                          :                                 ctttcTAAAAT--C-TT-TTAT-T-T--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--C------A----A--T--TAT-TT--G-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----ATC-G-AAA-CA--CT-TAGAACAAATAGA-A-----C-A-A-AGA-CTT-CCCCCtccc
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gi|41                         :                               atatttCTAAAAT--C-TT-T-AT-T-C--AATAA-T--T-T-----T---TTAC-A--C------AT---A--T--T-A-TT----AT------AA---T--------C-A-GTTT-----TC-A-AAA-CA--CT--A----------A-A-----C-A-A-AG----T-CTCCCGctc
gi|42                         :                                    cCTAAAAT--C-GT-TTAT-T-T--AG-AA-C--C-G-----C---T-AC-A--C------AT---A--C--T-T-TC--G-ATA-AAG-AA---T--------T-A-CTCC----ATC-G--AA-TA--AT-AA----------C-A-----C-A-A-AGA-CTC-CCCctctcccc
gi|43                         :                                  tttCTAAAAT--C-TT-TTAT-T-A--AG-AA-C--T-T-----T---A-AA-A--C------AC---A--T--T-A-TT--T-ATA-AAG-AA---T--------C-A-C-TT----ATC-G-AAA-CA--GT-AA----------A-G-----C-A-A-AGA-CTT-
gi|44                         :                                 atttCTAAAAT--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA----T-T-----T---T-AC-A--C-----------A--T--T-A-TT---------AC-AA---T--------CTA-GTTT-----TC---AAA-CA--CT-AA----------C-A-------A-A-AGA-CTC-CC
gi|45                         :                                 tctttTGAAAT--A-TT-TTAT-T-C--AA-AA-C--T-T-----G---T-AT-A--C------AT---A--T--T-A-TG--G-ATA-ACG-AA---T--------C-A-CGCT----ATCAG-AAA-gtttc
gi|46                         :                                     CTAAAAT--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA----T-T-----T---T-AC-A--C------AT---A--T--T-A-TT--ACATC-AAG--------------------TTT-----TC-G-AAA-CA--CT-AA----------A-C-----CAA-A-AGA-CTC-CCtctagagaatttttctttt
gi|47                         :                                                                                                                        tttAA-AA---T--------C-A-CTTC----ATT-G-AAA-CT--CT-CA----------A-A-----C-A-A-AAG-AAT-CCCCTGGGAgc
gi|48                         :            attcaatttctaaaaaaaaattgccCTAAAA---C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-A--T-T-----T-----AC-A--C------AC---A--T--T-A-CT--A-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CT------------AAA-C------CA--------------------A-A-AGA-CTC-CCCCtgccttcc
gi|49                         :                                             tattt-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----G---C-AT-A--C------GT---A--TGTC-A-TT--G-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CTCT----ACA-G-AAA-CA--CT-TG----------T-A-------A-A-TGA-TTT-CTCCt
gi|5                          :                                      TGAAAT--C-TT-TTTA-T-C--AG-AA-C--G-T-----T---T-AC-A--C------AT---A--T--T-A-TT--G-ATA-AAG--A---T--------C-A-C--C----ATC-G-
gi|50                         :                                      TAAAAT--C-TA-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---C-AT-A--C------AT---A--A--T-A-TT--G-ATA-AGA-AA---T--------C-A-CTCT----ATT-G-AAA-CA---T-AA----------A-A-----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccacgaatatgcggccgatcattatccaaagattcttcctgttaattttactattt
gi|51                         :                                     tttAAAT--C-GT-TTAT-T-T--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--C------AC---A--T--T-A-TT--T-ATA-AAG-GA---T--------C-A-C-TT----ATC-G-AAA-GA--CT-
gi|52                         :                                                     AT-T-C--AG-AA-C--C-T-----T---T-AC-A--C------AT---AT-T--T-A-TT--A-TTA-TTA-AA---T--------C-A-ATTT----TTC-A-AAA-CA--CT-AA----------A-t
gi|53                         :                                     CTAAAAC--C-CT-TTAT-T-T--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CATAATGAT---A--T--G-T-TT--G-ATA-AAG-Acc
gi|54                         :                              catatctCTAAAAT--C-GT-TTAT-G-T--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--C------AT---A--T--T-T-TG--G-ACA-AAG-AA---T--------A-A-CTT
gi|55                         :                                taattCTAAAAA--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--C------AT---A--T--T-T-TT--G-ACA-AAG-AA---T--------C-A-C
gi|56                         :                                    atttAAAT--A-TT-TTAT-T-T--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--C------AC---A--T--A-A-TT--T-ATA-AAA-AA---T--------C-A-C
gi|57                         :                              tatttctCTAAAAC--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--C------AT---G--A--T-A-TA--A-ATA-AAG-A
gi|58                         :                             acatatttCTAAAAT--C-TT-TTAT-T-C--AA-AG-C----T-----T---T-AC-A--C------AT---A--T--T-A-TT--A-ATA-GAG-AA---T--------
gi|59                         :                              catatttCTAAAAT--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-T--T-T-----T---T-AC-T--C------AC---A--T--T-A-TT--T-ATA-AAG-A
gi|6                          :                                        catattt-TT-TTATAT-T--AG-AA-C--T-T-----T---C-AC----T------AT---AT-T--T-G-TT--G-ATA-AA--AT---T--------C-A-ATTT----CTT-G-AAA-GA-----AA----------A-AGCAATT-A-A-AGA-CTT-CCC
gi|60                         : ctatgattataagtttaatacattgttacttcgccaCTAAAATATC-TT-TCAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--C------AT---A--T--T-T-TT--G-Atttccccatgcacactcaaaatagatcagccgtt
gi|61                         :                                  tttCTAAAAT--C-TT-TTAT-G-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--C------AA---A--T--T-A-TT--T-ATA-AAG-AA---ccaataaa
gi|62                         :                                     tatttAT--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--C------AC---A--A--T-A-TT--T-ATA-AAG-AA---T--------C-G-C-CT----ATC-
gi|63                         :                                    cCTAAAGT--T-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T--C-A--C------A----ACTT--T-T-TT--A-ACA-GAG-AA---T--------C-A-C
gi|64                         :                                                                                     c-A--C------AT---T--T--T-T-CT--G-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----ATC-G-AAA-CA--AT--A----------A-A-----T-A-A-AGA-CTT-
gi|65                         :                                     CTAAAAT--C-TT-TTAT-TTC--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--C------AC---A--T--T-A-TT--T-ATA-AAG-a
gi|66                         :                                tatttCTAAAAT--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AT-A--C------AC---A--T--T-A-TTTAA-ATA-AAG-
gi|67                         :                                  atttTAAAAC--A-TT-TCAT-T-T--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--C------AT---A--C--T-T-TT--G-ACA-AAA-AA---T--------
gi|68                         :                                 ttaaCTAAAAT--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--C------A--------------TT--G-ATA-AAG-
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gi|72                         :                            acatattttCTAACAT--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-T--T-T-----T---T-AC-A--C------AT---A--T--T-A-TT--A-A
gi|73                         :                                tctttCTAAAAT--C-GT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--C------AT---A--T--T-A-TT--
gi|8                          :                                tatttCTAAAAT--C-TT-TTAT-T-C--AC-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--C------AT---------T-T-TT--G-ACA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----AGC-G-ACA-TA--CT-CA----------A-A-----C-A-A-AGA-ATT-CTCCCGGGACTTCa
gi|9                          :                                  tttCTAAGTT--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--A-T-----T---T-AC-A--T------AC---A--T--T-A-TT--A-ATA-AAG-AA---T--------C-A--TTT----ATC-G-TAA-CA--GT-AT----------A-G-----C-A-A-AGA-CTT-TTCCccctttccacatgcactctttctgacacaaccacaga
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|28 ): TCTTTCTAAAACATCTTTATTTCAAAATTTTTACACACTTATTAAATCAAGTTTTCGAAATAACTAATACCAAAGGCTCCGCGCTCTCC
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Alignments
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lowQualScore                  :                                           88 88 2  6    2 2 88  6  6 44 6 00000 888 6  1 99   666 99 66 1 111  6666   6   6  222 66666666 5 8    55555  8 7   9 9 11  55 3333333333 8 7777777 0 9   0   0             
consensus                     :                                     CTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT--G-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----ATC-G-AAA-C-A--CT-NA----------A-A-----C-A-A-AGA-CTT-CCCCCGGGAATTC
Reference ( family-546 )      :                                     CTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT--G-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----ATC-G-AAA-C-A--CT-NA----------A-A-----C-A-A-AGA-CTT-CCCCCGGGAATTC
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gi|16                         :                                           --T--T-TT-TTAT-T-C--AG-AA-A--T-T-----T---T-AC-A--CAT---T--T--T-A---TT--G-CTA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----ATC-G-AAA-C-A--TT-AA----------A-A-----C-A-G-GGA-CAT-CCTCtctatccatg
gi|17                         :                         atatttcttaattTAAAA--T--C-TT-TCAT-C-C--CG-GA-C--T-T-----G---T-AT-A--CAT---A--T--T-A---TT--G-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CTCT----ACG-G-AAA-C-A--CT-TA----------A---------A-A-ATA-ATT-CCTCattccccacaacaca
gi|18                         :                                   ttCTTAAG--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AT-T--T-T-----T---C-AA-A--TAT---A--T--T-A---TT--G-ACA-AAA-AAAAAT--------C-A-CTTC----ATT-G-AAA-C-A--CT-CG----------A-A-----C-A-A-AAA-CTT-CCCCCGGGAGTTCttttccctgtgcgcacttt
gi|19                         :                                 attcCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AG-CA-T-T-----TAAAT-AC-A--CAT---A--T--T-T---TT--G-ACA-AAG-AA---T--------C-A-CTTC----ATC-G-AAA-C-A--CT-CA----------T-T-----T-A-A-GGA-CTT--CCCCGGAAATTc
gi|2                          :                                tatttCTAAAA--T--C-T----AT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-G--CAT---A--T--T-A---TT--A-ACA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----CTC-G-AAA-C-A--CT-------------A-A-----C-------A-CCC-CCCCC
gi|20                         :                               atatttCTAAAA--T--C-TT-TTTTAT-C--AG-A--C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-----TT--G-ACA-AAG-AA---T--------C-A-CTTC----ATC-G-AAA-C-A--CT-CGATC-------A-A-----CAA-A-AGA-CTT-CCCCCGGGAATTctcccgtacacatactaacacaaccacaaactgatcgacttgcgaccgatcattatatattgatgtacctgttaatgtttttcaata
gi|21                         :                                 atttCTAAAA--T--C-TT-TAAT-T-CAAAG-AA-C--T-T-----T---T-AC-AC-CAT---A--T--T-A---TT--A-A
gi|22                         :                                                 tctttTAT-T-C--AG-AA-C--G-C-----T---T-AC-A--CTT---A--T--TAA---TT--A-ATA-GA--AA---T--------C-A-TTTT----CTC-G-AAA-C-A--CT-AA----------A-A-----G-A-A-ATA-CCT-CCCattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|23                         :                   acatatttctaaaaacaaCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T----AA-AA-C--A-C-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-T---TT--G-ACACGAA-AA--------------A-CTTC----ATC-G-AAG-C-A--CTCAA----------A-A-----T-A-A-AGATCTT-TCTCCGCGAtagc
gi|24                         :                                  tttCTACAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-T---TT--G-ACA-AAG-AA---T--------C-A-CTTC----ATC-G-AGA-C-A--CT-CA----------A-A-----C-A-A-AGA-CTT-CCCCCGGGAATTCct
gi|25                         :                                     CTAAAA--T--CCTT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----TTC-T-AC-AC-CAT---A--T--T-A---AT----ATA-GA--AA---T--------C-A-AGTT----TTT-GAAAA-C-AG-CT-CA----------ATC-----C-A-ATAGA-CT
gi|26                         :                                    tctttAA--T--C-AT-TTAT-T-C--GA-AA-C--TAT-----T---T-AC-AACTAT---A--T--T-A---TT----ATA-AA-------T--------C-A-AATT----TTT-G-AAA-C-A--CT-AA----------A-A-----CGG-A-AGA-CTC-CCctc
gi|27                         :                              tatttctCTAAAA--T--C-TT-TTAT---C--AG-AA-C--T-T-----T-----AC-A--CAT---A--T--T-----TT--G-ACA-AAG-AA------------A-A-CTTC----ATC-A-AAAAC-A--C--CA----------A-A-----C-A-A-AGA-CTTCCCCCCGGGAATTgctcttt
gi|28                         :                                     CTAAAACAT--C-TT-TATT-T-C--AA-AA-T--T-T-----T---T-AC-A--CAC------T--T-A---TT----------A-AA---T--------C-A-AGTT----TTC-G-AAA-TAA--CT-AAT---------A-C-----C-A-A-AGG-CTC-acc
gi|29                         :                                  tctttAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-CA-CATT-T-----T---T-AC----CAT---A--T--T-AG--TT-----TA-AAT------T--------CAA-GTTT----TTC---AAA-C----CC-AA----------A-C-----C-A-A-AGA-CTC-gcgctctcc
gi|3                          :                                tttcttaAAAA--A--C-CT-TTAC-T-C--CG-AA-T--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---------AT--AAG-AA---T--------C-A-CTTC----CTC-GAAAA-C-A--CT-AA----------A-A-----C-A-A-AGA-CTT-CCCgctttccc
gi|30                         :                          acatattgtttaaAAAA--T--C-TT-TTAT-T-T--AG-AA-C--T-T-----TCC-T-TC-A--TATTTAA--T--T-A---TT--G-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----ATC-G-AAA-C-A--CT-AA----------A-A-----A-A-A-AGttccctccccccaaatttggggtgccaacaccactactatatcgattggcctggcccgaccga
gi|31                         :                                ttttaCTAACA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AATT--T-T-----T---T-ACAA--CAT---A--T--T-A---AT-----TA-A---AA---T--------C-A-AGTT----TTC-G-AAA-C-A--CT-AA----------ATC-----C-A-A-AGA-CTC-gattta
gi|32                         :                                 ctttCTAAAT--T--C-TTATTGT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T-----AC-A--CAT---A--T----A---T---G-TTA-AA-------T--------C-AATTTT----TTC-G-AAA-C-T--CT-AA----------A-AC----C-A-A-AGA-CTC-CCCgctttc
gi|33                         :                                     tTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-T---TT--G-ACA-AAG-AA---A--------C-A-CTTC----ATC-A-AAA-C-A--CT-CA----------A-A-----C-A-A-AGA-CTT-CCCCCGGGAAgctcctcgc
gi|34                         :                                     CTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AA-AA-T--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT----------A-AA---T--------C-A-AGTT----TTC-G-AAA-T-A--CT-AA----------A-C-----C-A-A-AGG-CTC-CC
gi|36                         :                                 ctttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AA-AA-T--T-T-----T---T-AC-G--CAT---A--T--T-A---TT--A-Agctctcccc
gi|37                         :                                 ctttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AT-AA-C--T-TA----TA--T-AC-A--TAT---A--T--T-A---TT--G-ATA-AAGAAA---T--------C-A-CTCT----ACG-G-AAA-C-A--CA-TA----------G-A-------A-G-TGA-TTT-CTCCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|38                         :                                    tCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AA-AA-T--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT----------A-AA---T--------C-A-AGTT----TTC-G-AAA-T-A--CT-AA----------A-C-----C-A-A-AGG--TT-CCC
gi|39                         :                                 atttttAAAA--T--CATT-TTAT-T-C--AG-AA-T--T-T-----TA--T-AC-A--CAT---AT-T--T-A---TT--T-AC-------A---T--------C-A-AGTT----TTC-G-----C-A--CC-TA----------A-A-----C-C-A-AAA-GCT-CCCTCgctct
gi|4                          :                                 ctttcTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-T--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CA----A--T--T-AT--TT--G-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----ATC-G-AAA-C-A--CT-TAGAACAAATAGA-A-----C-A-A-AGA-CTT-CCCCCtccc
gi|40                         :                                 tctaCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT----------A-AA---T--------C-A-ATTT----TTT-G-AAA-C-A--CT-TA----------A-A-----C-A-A-AGA-----CCCCCGtctccccatggcgcacaccatactacaacaaacacaaatagatcgagccgctcac
gi|41                         :                               atatttCTAAAA--T--C-TT-T-AT-T-C--AATAA-T--T-T-----T---TTAC-A--CAT---A--T--T-A---TT----AT------AA---T--------C-A-GTTT-----TC-A-AAA-C-A--CT--A----------A-A-----C-A-A-AG----T-CTCCCGctc
gi|42                         :                                    cCTAAAA--T--C-GT-TTAT-T-T--AG-AA-C--C-G-----C---T-AC-A--CAT---A--C--T-T---TC--G-ATA-AAG-AA---T--------T-A-CTCC----ATC-G--AA-T-A--AT-AA----------C-A-----C-A-A-AGA-CTC-CCCctctcccc
gi|43                         :                                  tttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-A--AG-AA-C--T-T-----T---A-AA-A--CAC---A--T--T-A---TT--T-ATA-AAG-AA---T--------C-A-C-TT----ATC-G-AAA-C-A--GT-AA----------A-G-----C-A-A-AGA-CTT-
gi|44                         :                                 atttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA----T-T-----T---T-AC-A--C-----A--T--T-A---TT---------AC-AA---T--------CTA-GTTT-----TC---AAA-C-A--CT-AA----------C-A-------A-A-AGA-CTC-CC
gi|45                         :                                 tctttTGAAA--T--A-TT-TTAT-T-C--AA-AA-C--T-T-----G---T-AT-A--CAT---A--T--T-A---TG--G-ATA-ACG-AA---T--------C-A-CGCT----ATCAG-AAA-gtttc
gi|46                         :                                     CTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA----T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT--ACATC-AAG--------------------TTT-----TC-G-AAA-C-A--CT-AA----------A-C-----CAA-A-AGA-CTC-CCtctagagaatttttctttt
gi|47                         :                                                                                                      ttt-A---TT--G-CCA-AA---A---T--------C-A-CTTC----ATT-G-AAA-C-T--CT-CA----------A-A-----C-A-A-AAG-AAT-CCCCTGGGAgc
gi|48                         :                  attcaatttctaaaaaaaaCTAAAA-----C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-A--T-T-----T-----AC-A--CAC---A--T--T-A---CT--A-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CT------------AAA-C-------CA--------------------A-A-AGA-CTC-CCCCtgccttcc
gi|49                         :                                               tattt-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----G---C-AT-A--CGT---A--TGTC-A---TT--G-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CTCT----ACA-G-AAA-C-A--CT-TG----------T-A-------A-A-TGA-TTT-CTCCt
gi|5                          :                                      TGAAA--T--C-TT-TTTA-T-C--AG-AA-C--G-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT--G-ATA-AAG--A---T--------C-A-C--C----ATC-G-
gi|50                         :                                      TAAAA--T--C-TA-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---C-AT-A--CAT---A--A--T-A---TT--G-ATA-AGA-AA---T--------C-A-CTCT----ATT-G-AAA-C-A---T-AA----------A-A-----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccacgaatatgcggccgatcattatccaaagattcttcctgttaattttactattt
gi|51                         :                                     tttAAA--T--C-GT-TTAT-T-T--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAC---A--T--T-A---TT--T-ATA-AAG-GA---T--------C-A-C-TT----ATC-G-AAA-G-A--CT-
gi|52                         :                                                       AT-T-C--AG-AA-C--C-T-----T---T-AC-A--CAT---AT-T--T-A---TT--A-TTA-TTA-AA---T--------C-A-ATTT----TTC-A-AAA-C-A--CT-AA----------A-t
gi|53                         :                                     CTAAAA--C--C-CT-TTAT-T-T--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CATA--A--TGAT-ATGTTT--G-ATA-AAG-Acc
gi|54                         :                              catatctCTAAAA--T--C-GT-TTAT-G-T--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-T---TG--G-ACA-AAG-AA---T--------A-A-CTT
gi|55                         :                                taattCTAAAA--A--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-T---TT--G-ACA-AAG-AA---T--------C-A-C
gi|56                         :                                    atttAAA--T--A-TT-TTAT-T-T--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAC---A--T--A-A---TT--T-ATA-AAA-AA---T--------C-A-C
gi|57                         :                              tatttctCTAAAA--C--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---G--A--T-A---TA--A-ATA-AAG-A
gi|58                         :                             acatatttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AA-AG-C--T-T-----T-----AC-A--CAT---A--T--T-A---TT--A-ATA-GAG-AA---T--------
gi|59                         :                              catatttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-T--T-T-----T---T-AC-T--CAC---A--T--T-A---TT--T-ATA-AAG-A
gi|6                          :                                          catattt-TT-TTATAT-T--AG-AA-C--T-T-----T---C-ACTA--TAT------T--T-G---TT--G-ATA-AA--AT---T--------C-A-ATTT----CTT-G-AAA-G-A-----AA----------A-AGCAATT-A-A-AGA-CTT-CCC
gi|60                         : ctatgattataagtttaatacattgttacttcgccaCTAAAA--TATC-TT-TCAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-T---TT--G-Atttccccatgcacactcaaaatagatcagccgtt
gi|61                         :                                  tttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-G-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAA---A--T--T-A---TT--T-ATA-AAG-AA---ccaataaa
gi|62                         :                                     tatttA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAC---A--A--T-A---TT--T-ATA-AAG-AA---T--------C-G-C-CT----ATC-
gi|63                         :                                    cCTAAAG--T--T-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T--C-A--CA----ACTT--T-T---TT--A-ACA-GAG-AA---T--------C-A-C
gi|64                         :                                                                                       c-A--CAT---T--T--T-T---CT--G-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----ATC-G-AAA-C-A--AT--A----------A-A-----T-A-A-AGA-CTT-
gi|65                         :                                     CTAAAA--T--C-TT-TTAT-TTC--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAC---A--T--T-A---TT--T-ATA-AAG-a
gi|66                         :                                tatttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AT-A--CAC---A--T--T-A---TTTAA-ATA-AAG-
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gi|68                         :                                 ttaaCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--C-------------A---TT--G-ATA-AAG-
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gi|73                         :                                tctttCTAAAA--T--C-GT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT--
gi|8                          :                                tatttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AC-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT------T--T-----TT--G-ACA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----AGC-G-ACA-T-A--CT-CA----------A-A-----C-A-A-AGA-ATT-CTCCCGGGACTTCa
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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lowQualScore                  :                                           88 88 2  6    2 2 88  6  6 44 6 00000 888 6  1 99   666 99 66 1 111  6666   6   6  222 66666666 5 8    55555  8 7   9 9 11  55 3333333333 8 7777777 0 9   0   0             
consensus                     :                                     CTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT--G-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----ATC-G-AAA-C-A--CT-NA----------A-A-----C-A-A-AGA-CTT-CCCCCGGGAATTC
Reference ( family-546 )      :                                     CTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT--G-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----ATC-G-AAA-C-A--CT-NA----------A-A-----C-A-A-AGA-CTT-CCCCCGGGAATTC
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gi|16                         :                                           --T--T-TT-TTAT-T-C--AG-AA-A--T-T-----T---T-AC-A--CAT---T--T--T-A---TT--G-CTA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----ATC-G-AAA-C-A--TT-AA----------A-A-----C-A-G-GGA-CAT-CCTCtctatccatg
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gi|18                         :                                   ttCTTAAG--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AT-T--T-T-----T---C-AA-A--TAT---A--T--T-A---TT--G-ACA-AAA-AAAAAT--------C-A-CTTC----ATT-G-AAA-C-A--CT-CG----------A-A-----C-A-A-AAA-CTT-CCCCCGGGAGTTCttttccctgtgcgcacttt
gi|19                         :                                 attcCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AG-CA-T-T-----TAAAT-AC-A--CAT---A--T--T-T---TT--G-ACA-AAG-AA---T--------C-A-CTTC----ATC-G-AAA-C-A--CT-CA----------T-T-----T-A-A-GGA-CTT--CCCCGGAAATTc
gi|2                          :                                tatttCTAAAA--T--C-T----AT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-G--CAT---A--T--T-A---TT--A-ACA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----CTC-G-AAA-C-A--CT-------------A-A-----C-------A-CCC-CCCCC
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gi|21                         :                                 atttCTAAAA--T--C-TT-TAAT-T-CAAAG-AA-C--T-T-----T---T-AC-AC-CAT---A--T--T-A---TT--A-A
gi|22                         :                                                 tctttTAT-T-C--AG-AA-C--G-C-----T---T-AC-A--CTT---A--T--TAA---TT--A-ATA-GA--AA---T--------C-A-TTTT----CTC-G-AAA-C-A--CT-AA----------A-A-----G-A-A-ATA-CCT-CCCattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|23                         :                   acatatttctaaaaacaaCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T----AA-AA-C--A-C-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-T---TT--G-ACACGAA-AA--------------A-CTTC----ATC-G-AAG-C-A--CTCAA----------A-A-----T-A-A-AGATCTT-TCTCCGCGAtagc
gi|24                         :                                  tttCTACAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-T---TT--G-ACA-AAG-AA---T--------C-A-CTTC----ATC-G-AGA-C-A--CT-CA----------A-A-----C-A-A-AGA-CTT-CCCCCGGGAATTCct
gi|25                         :                                     CTAAAA--T--CCTT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----TTC-T-AC-AC-CAT---A--T--T-A---AT----ATA-GA--AA---T--------C-A-AGTT----TTT-GAAAA-C-AG-CT-CA----------ATC-----C-A-ATAGA-CT
gi|26                         :                                    tctttAA--T--C-AT-TTAT-T-C--GA-AA-C--TAT-----T---T-AC-AACTAT---A--T--T-A---TT----ATA-AA-------T--------C-A-AATT----TTT-G-AAA-C-A--CT-AA----------A-A-----CGG-A-AGA-CTC-CCctc
gi|27                         :                              tatttctCTAAAA--T--C-TT-TTAT---C--AG-AA-C--T-T-----T-----AC-A--CAT---A--T--T-----TT--G-ACA-AAG-AA------------A-A-CTTC----ATC-A-AAAAC-A--C--CA----------A-A-----C-A-A-AGA-CTTCCCCCCGGGAATTgctcttt
gi|28                         :                                     CTAAAACAT--C-TT-TATT-T-C--AA-AA-T--T-T-----T---T-AC-A--CAC------T--T-A---TT----------A-AA---T--------C-A-AGTT----TTC-G-AAA-TAA--CT-AAT---------A-C-----C-A-A-AGG-CTC-acc
gi|29                         :                                  tctttAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-CA-CATT-T-----T---T-AC----CAT---A--T--T-AG--TT-----TA-AAT------T--------CAA-GTTT----TTC---AAA-C----CC-AA----------A-C-----C-A-A-AGA-CTC-gcgctctcc
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gi|30                         :                          acatattgtttaaAAAA--T--C-TT-TTAT-T-T--AG-AA-C--T-T-----TCC-T-TC-A--TATTTAA--T--T-A---TT--G-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----ATC-G-AAA-C-A--CT-AA----------A-A-----A-A-A-AGttccctccccccaaatttggggtgccaacaccactactatatcgattggcctggcccgaccga
gi|31                         :                                ttttaCTAACA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AATT--T-T-----T---T-ACAA--CAT---A--T--T-A---AT-----TA-A---AA---T--------C-A-AGTT----TTC-G-AAA-C-A--CT-AA----------ATC-----C-A-A-AGA-CTC-gattta
gi|32                         :                                 ctttCTAAAT--T--C-TTATTGT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T-----AC-A--CAT---A--T----A---T---G-TTA-AA-------T--------C-AATTTT----TTC-G-AAA-C-T--CT-AA----------A-AC----C-A-A-AGA-CTC-CCCgctttc
gi|33                         :                                     tTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-T---TT--G-ACA-AAG-AA---A--------C-A-CTTC----ATC-A-AAA-C-A--CT-CA----------A-A-----C-A-A-AGA-CTT-CCCCCGGGAAgctcctcgc
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gi|36                         :                                 ctttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AA-AA-T--T-T-----T---T-AC-G--CAT---A--T--T-A---TT--A-Agctctcccc
gi|37                         :                                 ctttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AT-AA-C--T-TA----TA--T-AC-A--TAT---A--T--T-A---TT--G-ATA-AAGAAA---T--------C-A-CTCT----ACG-G-AAA-C-A--CA-TA----------G-A-------A-G-TGA-TTT-CTCCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|38                         :                                    tCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AA-AA-T--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT----------A-AA---T--------C-A-AGTT----TTC-G-AAA-T-A--CT-AA----------A-C-----C-A-A-AGG--TT-CCC
gi|39                         :                                 atttttAAAA--T--CATT-TTAT-T-C--AG-AA-T--T-T-----TA--T-AC-A--CAT---AT-T--T-A---TT--T-AC-------A---T--------C-A-AGTT----TTC-G-----C-A--CC-TA----------A-A-----C-C-A-AAA-GCT-CCCTCgctct
gi|4                          :                                 ctttcTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-T--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CA----A--T--T-AT--TT--G-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----ATC-G-AAA-C-A--CT-TAGAACAAATAGA-A-----C-A-A-AGA-CTT-CCCCCtccc
gi|40                         :                                 tctaCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT----------A-AA---T--------C-A-ATTT----TTT-G-AAA-C-A--CT-TA----------A-A-----C-A-A-AGA-----CCCCCGtctccccatggcgcacaccatactacaacaaacacaaatagatcgagccgctcac
gi|41                         :                               atatttCTAAAA--T--C-TT-T-AT-T-C--AATAA-T--T-T-----T---TTAC-A--CAT---A--T--T-A---TT----AT------AA---T--------C-A-GTTT-----TC-A-AAA-C-A--CT--A----------A-A-----C-A-A-AG----T-CTCCCGctc
gi|42                         :                                    cCTAAAA--T--C-GT-TTAT-T-T--AG-AA-C--C-G-----C---T-AC-A--CAT---A--C--T-T---TC--G-ATA-AAG-AA---T--------T-A-CTCC----ATC-G--AA-T-A--AT-AA----------C-A-----C-A-A-AGA-CTC-CCCctctcccc
gi|43                         :                                  tttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-A--AG-AA-C--T-T-----T---A-AA-A--CAC---A--T--T-A---TT--T-ATA-AAG-AA---T--------C-A-C-TT----ATC-G-AAA-C-A--GT-AA----------A-G-----C-A-A-AGA-CTT-
gi|44                         :                                 atttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA----T-T-----T---T-AC-A--C-----A--T--T-A---TT---------AC-AA---T--------CTA-GTTT-----TC---AAA-C-A--CT-AA----------C-A-------A-A-AGA-CTC-CC
gi|45                         :                                 tctttTGAAA--T--A-TT-TTAT-T-C--AA-AA-C--T-T-----G---T-AT-A--CAT---A--T--T-A---TG--G-ATA-ACG-AA---T--------C-A-CGCT----ATCAG-AAA-gtttc
gi|46                         :                                     CTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA----T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT--ACATC-AAG--------------------TTT-----TC-G-AAA-C-A--CT-AA----------A-C-----CAA-A-AGA-CTC-CCtctagagaatttttctttt
gi|47                         :                                                                                                      ttt-A---TT--G-CCA-AA---A---T--------C-A-CTTC----ATT-G-AAA-C-T--CT-CA----------A-A-----C-A-A-AAG-AAT-CCCCTGGGAgc
gi|48                         :                  attcaatttctaaaaaaaaCTAAAA-----C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-A--T-T-----T-----AC-A--CAC---A--T--T-A---CT--A-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CT------------AAA-C-------CA--------------------A-A-AGA-CTC-CCCCtgccttcc
gi|49                         :                                               tattt-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----G---C-AT-A--CGT---A--TGTC-A---TT--G-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CTCT----ACA-G-AAA-C-A--CT-TG----------T-A-------A-A-TGA-TTT-CTCCt
gi|5                          :                                      TGAAA--T--C-TT-TTTA-T-C--AG-AA-C--G-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT--G-ATA-AAG--A---T--------C-A-C--C----ATC-G-
gi|50                         :                                      TAAAA--T--C-TA-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---C-AT-A--CAT---A--A--T-A---TT--G-ATA-AGA-AA---T--------C-A-CTCT----ATT-G-AAA-C-A---T-AA----------A-A-----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccacgaatatgcggccgatcattatccaaagattcttcctgttaattttactattt
gi|51                         :                                     tttAAA--T--C-GT-TTAT-T-T--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAC---A--T--T-A---TT--T-ATA-AAG-GA---T--------C-A-C-TT----ATC-G-AAA-G-A--CT-
gi|52                         :                                                       AT-T-C--AG-AA-C--C-T-----T---T-AC-A--CAT---AT-T--T-A---TT--A-TTA-TTA-AA---T--------C-A-ATTT----TTC-A-AAA-C-A--CT-AA----------A-t
gi|53                         :                                     CTAAAA--C--C-CT-TTAT-T-T--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CATA--A--TGAT-ATGTTT--G-ATA-AAG-Acc
gi|54                         :                              catatctCTAAAA--T--C-GT-TTAT-G-T--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-T---TG--G-ACA-AAG-AA---T--------A-A-CTT
gi|55                         :                                taattCTAAAA--A--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-T---TT--G-ACA-AAG-AA---T--------C-A-C
gi|56                         :                                    atttAAA--T--A-TT-TTAT-T-T--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAC---A--T--A-A---TT--T-ATA-AAA-AA---T--------C-A-C
gi|57                         :                              tatttctCTAAAA--C--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---G--A--T-A---TA--A-ATA-AAG-A
gi|58                         :                             acatatttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AA-AG-C--T-T-----T-----AC-A--CAT---A--T--T-A---TT--A-ATA-GAG-AA---T--------
gi|59                         :                              catatttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-T--T-T-----T---T-AC-T--CAC---A--T--T-A---TT--T-ATA-AAG-A
gi|6                          :                                          catattt-TT-TTATAT-T--AG-AA-C--T-T-----T---C-ACTA--TAT------T--T-G---TT--G-ATA-AA--AT---T--------C-A-ATTT----CTT-G-AAA-G-A-----AA----------A-AGCAATT-A-A-AGA-CTT-CCC
gi|60                         : ctatgattataagtttaatacattgttacttcgccaCTAAAA--TATC-TT-TCAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-T---TT--G-Atttccccatgcacactcaaaatagatcagccgtt
gi|61                         :                                  tttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-G-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAA---A--T--T-A---TT--T-ATA-AAG-AA---ccaataaa
gi|62                         :                                     tatttA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAC---A--A--T-A---TT--T-ATA-AAG-AA---T--------C-G-C-CT----ATC-
gi|63                         :                                    cCTAAAG--T--T-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T--C-A--CA----ACTT--T-T---TT--A-ACA-GAG-AA---T--------C-A-C
gi|64                         :                                                                                       c-A--CAT---T--T--T-T---CT--G-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----ATC-G-AAA-C-A--AT--A----------A-A-----T-A-A-AGA-CTT-
gi|65                         :                                     CTAAAA--T--C-TT-TTAT-TTC--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAC---A--T--T-A---TT--T-ATA-AAG-a
gi|66                         :                                tatttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AT-A--CAC---A--T--T-A---TTTAA-ATA-AAG-
gi|67                         :                                  atttTAAAA--C--A-TT-TCAT-T-T--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--C--T-T---TT--G-ACA-AAA-AA---T--------
gi|68                         :                                 ttaaCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--C-------------A---TT--G-ATA-AAG-
gi|69                         :                              catatttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-G-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-G---TT--
gi|7                          :                              acatatatTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--GG-AA-C--T-TTTAAAT---T-AT-A--CAT---G--C--T-A---TT--A-AAA-AGG-AA---T--------a
gi|70                         :          actatacttatgtttgaatatttgtttCTAAAA--T--C-TT-TAAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT--tcaataaaaagtgagttccatttccccatacgcacttcacgaacggatcggccgtt
gi|71                         :                               catatttTAAAA--T--C-TT-TAAT-T-C--AG-AA-A--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT--a
gi|72                         :                            acatattttCTAACA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-T--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT--A-A
gi|73                         :                                tctttCTAAAA--T--C-GT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT--
gi|8                          :                                tatttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AC-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT------T--T-----TT--G-ACA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----AGC-G-ACA-T-A--CT-CA----------A-A-----C-A-A-AGA-ATT-CTCCCGGGACTTCa
gi|9                          :                                  tttCTAAGT--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--A-T-----T---T-AC-A--TAC---A--T--T-A---TT--A-ATA-AAG-AA---T--------C-A--TTT----ATC-G-TAA-C-A--GT-AT----------A-G-----C-A-A-AGA-CTT-TTCCccctttccacatgcactctttctgacacaaccacaga


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blockSeqs                     :                                                 A       A .          A    A     TC     T C    A   T  GA A G    AC            .   .        T      A        A       G   T  ATC        T CA        .       .
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blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     A      . .    .   .  .  . .    A             .   .        .      A        .       .   A  .          . CC        .       .
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blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    A             .   .        .      T        .       .   C  .          . G         .       .
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    A             .   .        .      T        .       .   A  .          . T         .       .
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    G             .   .        .      A        .       .   C  .          . C         .       .
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    G             .   .        .      T        .       .   A  .          . C         .       .
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    G             .   .        .      T        .       .   A  .          . C         .       .
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    G             .   .        .      C        .       .   A  .          . C         .       .
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    G             .   .        .      A        .       .   A  .          . C         .       .
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    G             .   .        .      T        .       .   A  .          . C         .       .
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    A             .   .        .      T        .       .   A  .          . A         .       .
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    G             .   .        .      A        .       .   C  .          . C         .       .
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    T             .   .        .      T        .       .   A  .          . C         .       .
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    G             .   .        .      A        .       .   T  .          . C         .       .
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    G             .   .        .      T        .       .   A  .          . C         .       .
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    T             .   .        .      T        .       .   T  .          . C         .       .
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    G             .   .        .      A        .       .   T  .          . C         .       .
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    G             .   .        .      T        .       .   T  .          . C         .       .
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    A             .   .        .      A        .       .   A  .          . C         .       .
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    G             .   .        .      A        .       .   A  .          . C         .       .
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    G             .   .        .      A        .       .   A  .          . C         .       .
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    G             .   .        .      A        .       .   A  .          . C         .       .
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    T             .   .        .      A        .       .   C  .          . T         .       .
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    A             .   .        .      A        .       .   C  .          . C         .       .
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    G             .   .        .      A        .       .   T  .          . C         .       .
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    G             .   .        .      A        .       .   A  .          . .         .       .
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    G             .   .        .      T        .       .   A  .          . .         .       .
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    T             .   .        .      C        .       .   A  .          . .         .       .
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    A             .   .        .      A        .       .   C  .          . .         .        
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    A             .   .        .      A        .       .   A  .          . .         .        
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    T             .   .        .      A        .       .   .  .          .                    
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    G             .   .        .      A        .       .   .  .          .                    
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    G             .   .        .      .        .       .   .  .          .                    
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    T             .   .        .      .        .       .                                      
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    T             .   .        .      .        .                                              
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    A             .   .        .      .        .                                              
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    G             .   .        .      .                                                       
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    T             .   .        .                                                              
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    G             .   .        .                                                              
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    G             .   .        .                                                              
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    A             .   .        .                                                              
blockSeqs                     :                                                 .       . .          .    .     .      . .    .   .  .  . .    A             .   .                                                                       
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finalCons                     :                                     CTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT--G-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----ATC-G-AAA-C-A--CT-NA----------A-A-----C-A-A-AGA-CTT-CCCCCGGGAATTC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CACTTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCGGCCGATAAAAATATATGTACATAACTCTTAATATACTTTCA
Unaligned ( gi|35 ): CTTTTACATACATTATTATACCGAAACAGTTAAAGCAAAGAAATCCCCTTTCCCCACGCGCTCTTTCTGTCACAACTACAAATAG
Unaligned ( gi|74 ): CATGTGCAAATATCCAGAAACAAGATCTTACAAATAGATCG
Unaligned ( gi|75 ): ATGTCAGAATTCAAAACACAATCACAATAAGATCGGCCGCT






Alignments
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lowQualScore                  :                                           88 88 2  6    2 2 88  6  6 44 6 00000 888 6  1 99   666 99 66 1 111  6666   6   6  222 66666666 5 8    55555  8 7   9 9 11  55 3333333333 8 7777777 0 9   0   0             
consensus                     :                                     CTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT--G-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----ATC-G-AAA-C-A--CT-NA----------A-A-----C-A-A-AGA-CTT-CCCCCGGGAATTC
Reference ( family-546 )      :                                     CTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT--G-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----ATC-G-AAA-C-A--CT-NA----------A-A-----C-A-A-AGA-CTT-CCCCCGGGAATTC
gi|1                          :                                       AAAA--T--C-TT-TTAT-TTC--AG-AA-C--T-T-----T---T-AT-A--CAT---A--T--T-A---AT--A-ACA-AGG-A-------------------------ACC-G-AAA-C-A--AT-GA----------A-A-----A-A-ATATA-TTT-CCC
gi|10                         :                           atctttttaaCTAAAA--C--C-TT-GTAT-T-C--GG-AA-C--C-G-----T---T-AA-A--CAT---A--T--G-T---TT--G-ACA-AAG-AA---T--------C-A-CTTC----ATC---------------TA----------A-A-----C-A-A-GGC-TTT-CTCTCGGGACTTCattccctatacgtacatgtactttctagcataatcacaaatagatcagccgatagttgtgtgtgcttggtacatgtgaatttatttctcatgatt
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gi|12                         :                                tatttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-GC-A--CAT---A--T--T-T---TT--G-ACA-AAG-AA---T--------C-A---------------AAA-C-A--CT-AA----------A-A-----C-A-A-AAA-CTT-TCCCtctctcccgtgtgcacattcctaacacaaccctcagatagatcgg
gi|13                         :                                atgtttTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AT------T---A--T--T-T---TT--T-ATA-TAA-AA---C--------C-A-CTCC----ACA-G-AAA-C-A--CT-TA----------G-A-----tttttccatacactgtagcaacctaggtgcaaaat
gi|14                         :                                   attTAAAA--T--A-TT-TTAT-T-C--AT-AG-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-G---TT--A-ATA-AAG-CA---TCGATCATGC-A-CTTTGAACAGC-G-AAA-C-ACTCT-AA----------A-A-----C-A-A-AGA-CTC-CCCCCaattatttctttcccccctgcgcactctctaacacaaccacaaat
gi|16                         :                                           --T--T-TT-TTAT-T-C--AG-AA-A--T-T-----T---T-AC-A--CAT---T--T--T-A---TT--G-CTA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----ATC-G-AAA-C-A--TT-AA----------A-A-----C-A-G-GGA-CAT-CCTCtctatccatg
gi|17                         :                         atatttcttaattTAAAA--T--C-TT-TCAT-C-C--CG-GA-C--T-T-----G---T-AT-A--CAT---A--T--T-A---TT--G-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CTCT----ACG-G-AAA-C-A--CT-TA----------A---------A-A-ATA-ATT-CCTCattccccacaacaca
gi|18                         :                                   ttCTTAAG--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AT-T--T-T-----T---C-AA-A--TAT---A--T--T-A---TT--G-ACA-AAA-AAAAAT--------C-A-CTTC----ATT-G-AAA-C-A--CT-CG----------A-A-----C-A-A-AAA-CTT-CCCCCGGGAGTTCttttccctgtgcgcacttt
gi|19                         :                                 attcCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AG-CA-T-T-----TAAAT-AC-A--CAT---A--T--T-T---TT--G-ACA-AAG-AA---T--------C-A-CTTC----ATC-G-AAA-C-A--CT-CA----------T-T-----T-A-A-GGA-CTT--CCCCGGAAATTc
gi|2                          :                                tatttCTAAAA--T--C-T----AT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-G--CAT---A--T--T-A---TT--A-ACA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----CTC-G-AAA-C-A--CT-------------A-A-----C-------A-CCC-CCCCC
gi|20                         :                               atatttCTAAAA--T--C-TT-TTTTAT-C--AG-A--C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-----TT--G-ACA-AAG-AA---T--------C-A-CTTC----ATC-G-AAA-C-A--CT-CGATC-------A-A-----CAA-A-AGA-CTT-CCCCCGGGAATTctcccgtacacatactaacacaaccacaaactgatcgacttgcgaccgatcattatatattgatgtacctgttaatgtttttcaata
gi|21                         :                                 atttCTAAAA--T--C-TT-TAAT-T-CAAAG-AA-C--T-T-----T---T-AC-AC-CAT---A--T--T-A---TT--A-A
gi|22                         :                                                 tctttTAT-T-C--AG-AA-C--G-C-----T---T-AC-A--CTT---A--T--TAA---TT--A-ATA-GA--AA---T--------C-A-TTTT----CTC-G-AAA-C-A--CT-AA----------A-A-----G-A-A-ATA-CCT-CCCattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|23                         :                   acatatttctaaaaacaaCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T----AA-AA-C--A-C-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-T---TT--G-ACACGAA-AA--------------A-CTTC----ATC-G-AAG-C-A--CTCAA----------A-A-----T-A-A-AGATCTT-TCTCCGCGAtagc
gi|24                         :                                  tttCTACAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-T---TT--G-ACA-AAG-AA---T--------C-A-CTTC----ATC-G-AGA-C-A--CT-CA----------A-A-----C-A-A-AGA-CTT-CCCCCGGGAATTCct
gi|25                         :                                     CTAAAA--T--CCTT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----TTC-T-AC-AC-CAT---A--T--T-A---AT----ATA-GA--AA---T--------C-A-AGTT----TTT-GAAAA-C-AG-CT-CA----------ATC-----C-A-ATAGA-CT
gi|26                         :                                    tctttAA--T--C-AT-TTAT-T-C--GA-AA-C--TAT-----T---T-AC-AACTAT---A--T--T-A---TT----ATA-AA-------T--------C-A-AATT----TTT-G-AAA-C-A--CT-AA----------A-A-----CGG-A-AGA-CTC-CCctc
gi|27                         :                              tatttctCTAAAA--T--C-TT-TTAT---C--AG-AA-C--T-T-----T-----AC-A--CAT---A--T--T-----TT--G-ACA-AAG-AA------------A-A-CTTC----ATC-A-AAAAC-A--C--CA----------A-A-----C-A-A-AGA-CTTCCCCCCGGGAATTgctcttt
gi|28                         :                                     CTAAAACAT--C-TT-TATT-T-C--AA-AA-T--T-T-----T---T-AC-A--CAC------T--T-A---TT----------A-AA---T--------C-A-AGTT----TTC-G-AAA-TAA--CT-AAT---------A-C-----C-A-A-AGG-CTC-acc
gi|29                         :                                  tctttAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-CA-CATT-T-----T---T-AC----CAT---A--T--T-AG--TT-----TA-AAT------T--------CAA-GTTT----TTC---AAA-C----CC-AA----------A-C-----C-A-A-AGA-CTC-gcgctctcc
gi|3                          :                                tttcttaAAAA--A--C-CT-TTAC-T-C--CG-AA-T--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---------AT--AAG-AA---T--------C-A-CTTC----CTC-GAAAA-C-A--CT-AA----------A-A-----C-A-A-AGA-CTT-CCCgctttccc
gi|30                         :                          acatattgtttaaAAAA--T--C-TT-TTAT-T-T--AG-AA-C--T-T-----TCC-T-TC-A--TATTTAA--T--T-A---TT--G-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----ATC-G-AAA-C-A--CT-AA----------A-A-----A-A-A-AGttccctccccccaaatttggggtgccaacaccactactatatcgattggcctggcccgaccga
gi|31                         :                                ttttaCTAACA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AATT--T-T-----T---T-ACAA--CAT---A--T--T-A---AT-----TA-A---AA---T--------C-A-AGTT----TTC-G-AAA-C-A--CT-AA----------ATC-----C-A-A-AGA-CTC-gattta
gi|32                         :                                 ctttCTAAAT--T--C-TTATTGT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T-----AC-A--CAT---A--T----A---T---G-TTA-AA-------T--------C-AATTTT----TTC-G-AAA-C-T--CT-AA----------A-AC----C-A-A-AGA-CTC-CCCgctttc
gi|33                         :                                     tTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-T---TT--G-ACA-AAG-AA---A--------C-A-CTTC----ATC-A-AAA-C-A--CT-CA----------A-A-----C-A-A-AGA-CTT-CCCCCGGGAAgctcctcgc
gi|34                         :                                     CTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AA-AA-T--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT----------A-AA---T--------C-A-AGTT----TTC-G-AAA-T-A--CT-AA----------A-C-----C-A-A-AGG-CTC-CC
gi|36                         :                                 ctttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AA-AA-T--T-T-----T---T-AC-G--CAT---A--T--T-A---TT--A-Agctctcccc
gi|37                         :                                 ctttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AT-AA-C--T-TA----TA--T-AC-A--TAT---A--T--T-A---TT--G-ATA-AAGAAA---T--------C-A-CTCT----ACG-G-AAA-C-A--CA-TA----------G-A-------A-G-TGA-TTT-CTCCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|38                         :                                    tCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AA-AA-T--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT----------A-AA---T--------C-A-AGTT----TTC-G-AAA-T-A--CT-AA----------A-C-----C-A-A-AGG--TT-CCC
gi|39                         :                                 atttttAAAA--T--CATT-TTAT-T-C--AG-AA-T--T-T-----TA--T-AC-A--CAT---AT-T--T-A---TT--T-AC-------A---T--------C-A-AGTT----TTC-G-----C-A--CC-TA----------A-A-----C-C-A-AAA-GCT-CCCTCgctct
gi|4                          :                                 ctttcTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-T--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CA----A--T--T-AT--TT--G-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----ATC-G-AAA-C-A--CT-TAGAACAAATAGA-A-----C-A-A-AGA-CTT-CCCCCtccc
gi|40                         :                                 tctaCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT----------A-AA---T--------C-A-ATTT----TTT-G-AAA-C-A--CT-TA----------A-A-----C-A-A-AGA-----CCCCCGtctccccatggcgcacaccatactacaacaaacacaaatagatcgagccgctcac
gi|41                         :                               atatttCTAAAA--T--C-TT-T-AT-T-C--AATAA-T--T-T-----T---TTAC-A--CAT---A--T--T-A---TT----AT------AA---T--------C-A-GTTT-----TC-A-AAA-C-A--CT--A----------A-A-----C-A-A-AG----T-CTCCCGctc
gi|42                         :                                    cCTAAAA--T--C-GT-TTAT-T-T--AG-AA-C--C-G-----C---T-AC-A--CAT---A--C--T-T---TC--G-ATA-AAG-AA---T--------T-A-CTCC----ATC-G--AA-T-A--AT-AA----------C-A-----C-A-A-AGA-CTC-CCCctctcccc
gi|43                         :                                  tttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-A--AG-AA-C--T-T-----T---A-AA-A--CAC---A--T--T-A---TT--T-ATA-AAG-AA---T--------C-A-C-TT----ATC-G-AAA-C-A--GT-AA----------A-G-----C-A-A-AGA-CTT-
gi|44                         :                                 atttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA----T-T-----T---T-AC-A--C-----A--T--T-A---TT---------AC-AA---T--------CTA-GTTT-----TC---AAA-C-A--CT-AA----------C-A-------A-A-AGA-CTC-CC
gi|45                         :                                 tctttTGAAA--T--A-TT-TTAT-T-C--AA-AA-C--T-T-----G---T-AT-A--CAT---A--T--T-A---TG--G-ATA-ACG-AA---T--------C-A-CGCT----ATCAG-AAA-gtttc
gi|46                         :                                     CTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA----T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT--ACATC-AAG--------------------TTT-----TC-G-AAA-C-A--CT-AA----------A-C-----CAA-A-AGA-CTC-CCtctagagaatttttctttt
gi|47                         :                                                                                                      ttt-A---TT--G-CCA-AA---A---T--------C-A-CTTC----ATT-G-AAA-C-T--CT-CA----------A-A-----C-A-A-AAG-AAT-CCCCTGGGAgc
gi|48                         :                  attcaatttctaaaaaaaaCTAAAA-----C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-A--T-T-----T-----AC-A--CAC---A--T--T-A---CT--A-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CT------------AAA-C-------CA--------------------A-A-AGA-CTC-CCCCtgccttcc
gi|49                         :                                               tattt-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----G---C-AT-A--CGT---A--TGTC-A---TT--G-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CTCT----ACA-G-AAA-C-A--CT-TG----------T-A-------A-A-TGA-TTT-CTCCt
gi|5                          :                                      TGAAA--T--C-TT-TTTA-T-C--AG-AA-C--G-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT--G-ATA-AAG--A---T--------C-A-C--C----ATC-G-
gi|50                         :                                      TAAAA--T--C-TA-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---C-AT-A--CAT---A--A--T-A---TT--G-ATA-AGA-AA---T--------C-A-CTCT----ATT-G-AAA-C-A---T-AA----------A-A-----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccacgaatatgcggccgatcattatccaaagattcttcctgttaattttactattt
gi|51                         :                                     tttAAA--T--C-GT-TTAT-T-T--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAC---A--T--T-A---TT--T-ATA-AAG-GA---T--------C-A-C-TT----ATC-G-AAA-G-A--CT-
gi|52                         :                                                       AT-T-C--AG-AA-C--C-T-----T---T-AC-A--CAT---AT-T--T-A---TT--A-TTA-TTA-AA---T--------C-A-ATTT----TTC-A-AAA-C-A--CT-AA----------A-t
gi|53                         :                                     CTAAAA--C--C-CT-TTAT-T-T--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CATA--A--TGAT-ATGTTT--G-ATA-AAG-Acc
gi|54                         :                              catatctCTAAAA--T--C-GT-TTAT-G-T--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-T---TG--G-ACA-AAG-AA---T--------A-A-CTT
gi|55                         :                                taattCTAAAA--A--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-T---TT--G-ACA-AAG-AA---T--------C-A-C
gi|56                         :                                    atttAAA--T--A-TT-TTAT-T-T--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAC---A--T--A-A---TT--T-ATA-AAA-AA---T--------C-A-C
gi|57                         :                              tatttctCTAAAA--C--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---G--A--T-A---TA--A-ATA-AAG-A
gi|58                         :                             acatatttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AA-AG-C--T-T-----T-----AC-A--CAT---A--T--T-A---TT--A-ATA-GAG-AA---T--------
gi|59                         :                              catatttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-T--T-T-----T---T-AC-T--CAC---A--T--T-A---TT--T-ATA-AAG-A
gi|6                          :                                          catattt-TT-TTATAT-T--AG-AA-C--T-T-----T---C-ACTA--TAT------T--T-G---TT--G-ATA-AA--AT---T--------C-A-ATTT----CTT-G-AAA-G-A-----AA----------A-AGCAATT-A-A-AGA-CTT-CCC
gi|60                         : ctatgattataagtttaatacattgttacttcgccaCTAAAA--TATC-TT-TCAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-T---TT--G-Atttccccatgcacactcaaaatagatcagccgtt
gi|61                         :                                  tttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-G-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAA---A--T--T-A---TT--T-ATA-AAG-AA---ccaataaa
gi|62                         :                                     tatttA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAC---A--A--T-A---TT--T-ATA-AAG-AA---T--------C-G-C-CT----ATC-
gi|63                         :                                    cCTAAAG--T--T-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T--C-A--CA----ACTT--T-T---TT--A-ACA-GAG-AA---T--------C-A-C
gi|64                         :                                                                                       c-A--CAT---T--T--T-T---CT--G-ATA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----ATC-G-AAA-C-A--AT--A----------A-A-----T-A-A-AGA-CTT-
gi|65                         :                                     CTAAAA--T--C-TT-TTAT-TTC--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAC---A--T--T-A---TT--T-ATA-AAG-a
gi|66                         :                                tatttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AT-A--CAC---A--T--T-A---TTTAA-ATA-AAG-
gi|67                         :                                  atttTAAAA--C--A-TT-TCAT-T-T--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--C--T-T---TT--G-ACA-AAA-AA---T--------
gi|68                         :                                 ttaaCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--C-------------A---TT--G-ATA-AAG-
gi|69                         :                              catatttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-G-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-G---TT--
gi|7                          :                              acatatatTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--GG-AA-C--T-TTTAAAT---T-AT-A--CAT---G--C--T-A---TT--A-AAA-AGG-AA---T--------a
gi|70                         :          actatacttatgtttgaatatttgtttCTAAAA--T--C-TT-TAAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT--tcaataaaaagtgagttccatttccccatacgcacttcacgaacggatcggccgtt
gi|71                         :                               catatttTAAAA--T--C-TT-TAAT-T-C--AG-AA-A--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT--a
gi|72                         :                            acatattttCTAACA--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-T--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT--A-A
gi|73                         :                                tctttCTAAAA--T--C-GT-TTAT-T-C--AG-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT---A--T--T-A---TT--
gi|8                          :                                tatttCTAAAA--T--C-TT-TTAT-T-C--AC-AA-C--T-T-----T---T-AC-A--CAT------T--T-----TT--G-ACA-AAG-AA---T--------C-A-CTTT----AGC-G-ACA-T-A--CT-CA----------A-A-----C-A-A-AGA-ATT-CTCCCGGGACTTCa
gi|9                          :                                  tttCTAAGT--T--C-TT-TTAT-T-C--AG-AA-C--A-T-----T---T-AC-A--TAC---A--T--T-A---TT--A-ATA-AAG-AA---T--------C-A--TTT----ATC-G-TAA-C-A--GT-AT----------A-G-----C-A-A-AGA-CTT-TTCCccctttccacatgcactctttctgacacaaccacaga
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CACTTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCGGCCGATAAAAATATATGTACATAACTCTTAATATACTTTCA
Unaligned ( gi|35 ): CTTTTACATACATTATTATACCGAAACAGTTAAAGCAAAGAAATCCCCTTTCCCCACGCGCTCTTTCTGTCACAACTACAAATAG
Unaligned ( gi|74 ): CATGTGCAAATATCCAGAAACAAGATCTTACAAATAGATCG
Unaligned ( gi|75 ): ATGTCAGAATTCAAAACACAATCACAATAAGATCGGCCGCT