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17 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-2008 ) : ACCCACTTCC----GC---CCCNG-CCCGGGGTT-GAACTC----ACGA-C-------CT-G-C-GG-AAC--CAA---A-TC----T---CC---TAGCAG-CGTG-TGACCA--GCGCG-CT-AG-ACCG---CTCG-A--CCATCTAGG-CA---AGT---C--C----AA----A-A-CTTGCTTTCG---AT-GAC---GATGGA-ATT---CTCGC-CACGCTGTCA-CACGCTACACG---GT-------CATTGAGAA-TG-GA--------------AAT-----G-GGATACA----GTCATTTGACG----TAAATTT--NA----G--G--ATCA---TACAAG--ATACACA--CTGC-ATT--T---C-A----A-TNTTTT-----TT-TATAA---AGCACA---GAT-ATTGCAA-TGA-----ACTCTT-A-A-A-T-AA--AC---A-T-AACTGCCCTA---A-GNATTAA
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7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-2008 ) : ACCCACTTCC----GC---CCCNG-CCCGGGGTT-GAACTC----ACGA-C-------CT-G-C-GG-AAC--CAAA---TC----T---CC---TAGCAG-CGTG-TGACCA--GCGCG-CT-AG-ACCG---CTCG-A--CCATCTAGG-CA---AGTC----A-A---A----A-ACTTGCTTTCG---AT-GAC---GATGGA-ATT---CTCGC-CACGCTGTCA-CACGCTACACG---GT-------CATTGAGAA-TG-GA--------------AAT-----G-GGATACA-GTT--ATTTGACGTA-AAT-TT---A--GAG--G-A-TCA---TACAAG--ATACACA-CTGCATTT----CA---A------TA--TATTTT---TATAA---AGCACA---GAT-ATTGCAA-TGA-----ACTCTT-A-A-A-T-AA--AC---A-T-AACTGCCCTA---A-GTATTAA
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7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-2008 ) : ACCCACTTCC----GC---CCCNG-CCCGGGGTT-GAACTC----ACGA-C-------CT-G-C-GG-AAC--CAAA---TC----T---CC---TAGCAG-CGTG-TGACCA--GCGCG-CT-AG-ACCG---CTCG-A--CCATCTAGG-CA---AGTC----A-A---A----A-ACTTGCTTTCG---AT-GAC---GATGGA-ATT---CTCGC-CACGCTGTCA-CACGCTACACG---GT-------CATTGAGAA-TG-GA--------------AAT-----G-GGATACA-GTT--ATTTGACGTA-AATTT----AAGAGGA-TCA---TACAAG--ATACACA--CTGCATTT----CA---A------TA--TATTTT---TATAA---AGCACA---GAT-ATTGCAA-TGA-----ACTCTT-A-A-A-T-AA--AC---A-T-AACTGCCCT---NA-GTATTAA
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gi|20 : atacatttagctgtgtattttatttcgcgtctttctttcgcggaaagcagctacagctatatcaattacatcgctagctaaagaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagcacaaagaaatcaccctgaattccacttccgccccggccgggtgaactcacacctgcgaacatactctcctagcgACCAGCTTCC----GC---CCCCG-TCCTGG-TC-GAACTC----ACGA-C-------CT-G-C-TG-AAC--CAAA---TA----T---CC---TAGCAGCCGTG-TGACCA--ACGCG-CT--G-CGCG---CTTG-A--CTATCTAAA-CA---AATT----C-A---A----C-ACTTGCTTTCG---AT-GAC---GAAGGA-ATT---GTAGC-CACGCTGT---CACGCTACACA---GT-------CCATGAGGA-TG-AA--------------
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gi|5 : cgcACCCACGTCC----GC---CCTAA-ACCGGGGTT-TATCTC----ACAA-C-------CT-G-C-GA-AAG--CAAA---TC----T---AT---TAGCAG-CGTA-TGAatggatacccacgtccgccctaaaccggggtttatctcacaacctgcgaaagcaaatctattagcagcgtatga
gi|50 : cgccccctgcctggtgttaaactaacgacctaaggatcaaaatcttctagcagcgcgtgacaagcgtgcttaactggttaaccatctaggcaagtcaaaaacttggtttcgatcacgatggaatctcatcaacctctcacacactacacaatcattgagaactatcttatgtaaatttaagagaatcatcaaaaataaacagtgtatttcaaatattttaaatagcgcaaaatattgcaagtgaaaaatagttttaatataaaacataaagaatcttactattaaatggatT---CTCGT-CACGCTGTCA-TACGCTACATG---GT-------TATTGAAAA-T
gi|51 : -T-AA--AC---A-T-AACTGCCCT---TA-GTatatataatatcaatcagtagttcttacatt
gi|53 : GCTTTCA---TT-GAT---GATGGG-ATT---CTCGC-CATACTGACACCGCGCTACATG---gaagaaaatattaattaatataaatcaaaagaaattcactattacatgga
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gi|7 : caagacacgcactgcattagaaatttctattgcaatgaactcttaaatagactaaatgaactaccctaagccgacgcaagaataaatactttaatgcaaagcacagagaaaatcactattatatgaatACCCACCTTCACTAGC---TACTG-CATGGGGAT-CAACTC----ATGG-C-------CT-G-C-GA-AAC--TCAA---TT----T---CCGCCTAGTGG-TGTG-TAACCA--GCGCG-Ctatctatgcgctgcagaaatacaata
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gi|9 : caaacgatcatcgaaatatccaacgccttatcagactcctcatccccatcatcagcccgatggaataccctggtattctgtattcatttgattcaactgtctccctcgttgcaaggttctggccttgcactccttatcttagccatttaaattcctcattaaataaacacagctaagttaattagaaatatttcaatttaaagacaaagcaccgaaacgttaactgactttggat---CCCAG-CTCAGGGTT-GAACTC----ACGA-C-------CT-G-T-GG-A-C--CGAA---T-----T---CC---TAGCAG-AGCG-TCACCA--GTGCG-CT-AG-ACTG----------------TA----------TC----G-A---A----A-A--TGC---CA---AT--------ATAGA-ATT---ATTGC-CTCGCTGTCA-CATGCTACACG---GT-------GGCTGAGAA-AG-AA--------------AAT-----G-ATGTACA-GCT--TTTTGACG---GATCT----AAAAGTA-TCA---TATATG--ATATACA--CTGCAATT----AA---A-------A--TA-CTA---TATAA---AGCACA---GAT-GTAGCAA-TTA-----ACTCTT-G-A-C-T-AGATAT---A-T-AACCGC
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Unaligned ( gi|45 ): CACCAATATCGCAATGAACTCTTTTAATAAACAGCTAGAACTACCATAAATGAAGAAATATCTAATATAAAGCACAGAAA
Unaligned ( gi|52 ): ATCTTGTTGTTTATTAGTCAAAAGCTATTACAGCTTAGAGATATTTTTTAAAAATCCAAAG
Unaligned ( gi|55 ): AAAGCACAGCGAAATTCGTTATGCATTGAGATCCACTTCCGTCCCTTCCCGAGGTT
Unaligned ( gi|59 ): AATATGTTTTAGCCAATGAAGTACTCAGATAAAAGTGTG
Unaligned ( gi|60 ): ACCATCATCGCACGCGATTGACATATGCACTTTCCA
Unaligned ( gi|61 ): AAAGCCCATTTTAGCTTTAGCTTATATAGAACC