lowQualScore : 22 1 444444 22 1 1 3333 22 1 22 2 33 2 4 2 2 22 1 1 1 1 22 1 1 5555 1 66666 444 1 1 1 44 1 1 7777777 1 1 1 8888 1 1 1 1 44444 0 3333 1 2 333 0
lowQualScore : .. . ...... .. . . .... .. . .. . .. . . . . .. . . . . .. . . .... . ..... ... . . . .. . . ....... . . . .... . . . . ..... . .... . . ... .
lowQualScore : 22 6 666666 22 6 6 4444 22 6 22 2 11 2 4 2 1 66 9 9 9 9 66 8 8 7777 7 11111 888 8 9 7 00 0 7 7777777 9 9 3 2222 9 9 9 8 55555 1 9999 8 0 555 5
consensus : AAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--C-AA-CTA-CTCAAA-TAT--GCACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCGATA-TA-A----CT-AA-----TAT---AATAA-TTAAGATC-TGGTG-AAAATTTTCG-CAAAA-------TAAAC-A-TTGCG--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATAG
Reference ( gi|11 ) : AAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--C-AA-CTA-CTCAAA-TAT--GCACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCGATA-TA-A----CT-AA-----TAT---AATAA-TTAAAATC-TGGTA-AAAATTTTCA-CAAAA-------TAAAC-A-TTGCG--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATAG
gi|9 : AAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC-----CA--CTT-TTT--C-AA-TTA-CTCAAA-TAT--GCACAAATTAA-C-A-CCT-A--CCGATA-TA-A----CT-AA-----TAT---AATAA-TTAAGATC-T-GTAGAAAATTTTCG-CAAAA-------CAAAC-A-TTGGA--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-TCG-TTG---CGAATAACCCGCCATAG
gi|5 : tAAAGAAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CAATTTT-TTC--C-AA-CTA-CTTAAA-TAT--GTACAAGTTAATC-A-CCTTA--CCTATAATA-A----CT-AAA----TAT---AATAA-TTAAAATC-TGGTA-AAAATGTTCA-CAAAA-------TATAC-A-TTCCG--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-CAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATAGc
gi|14 : aAAAACAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TT---C-AC-CTA-CACAGA-TAT--GCACAAGT-AA-C-A-TCT-A--CCAATA-TA-A----CT-AA-----TAT---AATAA-TTAAGATC--GGTG-AAAATTTTCA-CAAAA-------TAAAC-A-TTGCA--A-TAT-TGATTGGG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GCC-TTT---TGAA-AACCCGCCATAGc
gi|3 : tAAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-TA--TTT-TGT--C-AA-CTA-TCTAAA-TAT--GCACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCGATA-TA-A----CT-AA-----TAT---AATAA-TTAAGATC-TGGTG-AAAATTTTCG-CAAAATACTTAGTAAAC-A-TGGGG--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTAAATTCATGA-ACG-TTT---CAAATTACCCGCCATA
gi|1 : ttAAAACAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--C-AC-CTA-CACAGA-TAT--GCACAAGTTAA-C-A-TCT-A--CCAATA-TA-A----CT-AA-----TAT---AATAA-TTAAGATC-GGGTG-AAAATTTTCA-CAAAA-------TAAAC-A-TTGCA--A-TAT-TGATTGGG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GC
gi|8 : taaaatcagataatttacgttgcataggacattatattttgacattAAAGCAA--T-ACA------AGACCTG-TTAA----CTG-T--GG-CA--TTT-TTTTTC-AC-CTTTCTCAA--TAT--GCACAAGCTA--C-A-CCT----TGGTTA-TA-A----CT-AA-----TAT---AATAAATGAAGATC-TGGTG-AAAATTTTCA-CAAAA-------TAAAC-GTTTGCA--A-TATGTGACTGAG--GCA-T-T-----ATTGA----ATGA-GCGTTTT---CAAAT----CGCCATAGcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttgaaaacccgccatagc
gi|7 : AAAGCCA--T-ATACCGGTAAG--CTG-T-AA----CTGCC--GG-TA--TTT-TT---C-AA-CTA-TCCCAA-TGT--TCACCAGTTAA-T-T-CCT-A--TCGACA-TA-ATGCACT-AA-----TAT---AACCT-TTAAGGTT-TGATA-AAAAATTTGG-CAA-------------------GTA--A-TAT-TGCTTGAG-AGCA-TAC-----CTTCA----ATGA-GCA-TTT---CCTGTACACCGCCATAGc
gi|2 : tttAAAGCAA--T-ACA------TG--CTG-A-AA----CTGAT--GGACA--TTC------C-GA-CTA-TCCAAG-TAT--GCACCAAATAT-C-T-CCC-A--TTGGTA-TA-T----CT-AA-----TAT---AATCC-TCATGATC-TGATG-AAAAATTAAG-CAAAA-------TAAAC-A-TGGGA--A-GTT-TGCTTGAA-AACA-TAC-----CTAAA----ATAA-ACA-TTT---
gi|40 : AAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--ttgtaaattgctttaaccctagaagcaatcatcat
gi|39 : tAAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--aataattt
gi|34 : tAAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--aataattt
gi|38 : cattAAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-GA----CTGAC--GG-CA--aataatt
gi|37 : ttAAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-GA----CTGAC--GG-CA--aataattt
gi|35 : ttAAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-GA----CTGAC--GG-CA--aataattt
gi|33 : attAAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--AG-CA--aataattt
gi|31 : attAAAGCAA--TTACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--TG-CA--aataattt
gi|29 : cattAAAGCAA--T-ACA------A----------A----CTGAC--GG-----TTT-TGT--A-AAACTA-TTTAA--------------TTAG-C-A-CCT-A--CCATTG-TA-A----CA-AA-----TAaatattttg
gi|10 : acatcAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--C-AA-CTA-TTAAAA-TAT--GCACAAGTTCA-C-A-CCT-A--CCGATA-TA-A----CT-AA-----TAT---AATAA-TTAGAATC-TGGTA-AAAAATTTCA-CAAAA-------TAAAC-A-TTGCG--A-TAT-TGAGTGAG-AGCA-AAT-----CTTTA----ATGA-GCG-TTT---TGAATAACCCAACATAG
gi|16 : AAG-AA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGACTTGA-CA--TTT-TTT--C-AAACTA-CTCAAA-TAT--GC-CAAGTTAA-CAA-CTT-A--CCGATA-TATA----CTAAA-----TATA--AATAA-TTAAGATC-TGGTG-AAAA--TTCA-CAAAA-------T-AAT-A-TTGAAT-A-TAT-TATTTGAA-AGCA-TATTATTATCTGA----ATGA-ACc
gi|4 : AAGCAAATT-ACA------GC--CTGCT-AA----CCGAC--GG-CA--TTTATTT--C-AA--TA-CTTAAAATATCTGTACAAGTTAA-C-AACCT-A--CCT-TA-TA-AA---CT-AAATAAATAT---AATAA-TTAAAATC--GGTA-AAGAATTTCA-CAAAAG------TATACTA-TTCCGA-A-TAT-TGATTGAGAAGCACCAT-----CTT-A----ATGA-GGC-TTT---CCAAT-ACCCGCCAcccgtcata
gi|15 : AGCAA--T-GCA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--C-AA-CTA-CTCAAA-TAT--GCACATGTTAA-C-A-CCT-A--CCAATA-TA-A----CT-AA-----TAT---AATAA-TTAAAATC-GTGTA-AAAATTTTCA-CAAAA-------TAAAC-A-TTGCG--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAC-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATag
gi|6 : AGCAA--T-ACA------AT--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--CCAA-CTA-CTCAAA-TAT--GCACAAGTTAA-C-A-TCT-ATACCGAAA-TA-A----CT-AA-----TATTATAATAA-TTAAGATA-GGTTG-AAAATTTTCG-CAAAA-------TAAAC-A-TGGGG--A-TAT-TGATTGAG-AACA-TAT-----TTTGT----ATGA-GCG-TTC---CGAATAACCCGCCATAG
gi|12 : tatGCAA--T-ACA------AG--TTG-T-AAATAACTAAC--GG-TA--TTT-T-T--C-AA-CTA-TCCAAG-TAT--GCACTAGTTAA-C-A-TCT-A--TCGATA-TA-A----TC-AA-----TAT------------AGATC-TGATG-AAAATGTCAG-CAAAA-------TAAAC-A-AGGAAATA-TAT-TGCTTGGG-AACA-TGC-----CTACA----TTTA-GTG-TTT---CGTATAAATCTCCATAG
gi|13 : tCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--AA-CA--TTT-TTT--C-AA-CTT-CTTAAA-TAT--GCACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCGATA-TA-A----CT-AA-----TAT---AATAA-TTAAGATC-TGGTA-AAAAAATTCA-CAAAA-------TAAAC-T-TTGCG--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATAGcctc
gi|26 : AA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--C-AA-CTA-CTCAAA-TAT--GCACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCTATA-TA-A----CT-AA-----TAT---c
gi|19 : aattT-TTT--C-AA-CTA-ACCAAG-TAT--GCACAAATTAA-C-A-TAT-A---TGATA-TA-A----CT-AA-----TAA---AATCA-TTACGATCATGAT---GAATATTCAGGAAAA-------T-AAC-A-T---A--A-GAA-TGCCTACA-A--A-TAC---------A----ATGGTGCG-TTTAACCGTATAAACCGCCATA
gi|28 : CAAA-TAT--GCACAAGCTAA-C-A-CCT-A--CCGATG-TA-A----CT-AA-----TAT---ATTAA-TTAAGATC-TGGTG-AAAATTTTCT-TAAAA-------TAa
gi|20 : T--GTACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCGATA-TA-A----CT-AA-----TAT---AATAA-TTAAGATT-TGGTG-AATATTTTCG-CGAAA-------TAAAC-A--TGGG--ACTAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGTATAACCCGCCATA
gi|21 : aagc--GCACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCTATA-TA-A----CT-AA-----TAT---AATAA-TTAAAATC-TGGTA-AAAATTTTCA-CAAAA-------TAAAC-A-TTGCG--A-TA--TGATTGAG-AGCA-CAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATAG
gi|32 : -TA-A----CT-AA-----TAT---AATAA-TTAAAATC-TGGTG-AAAGTTTTTA-CAAc
gi|22 : T-AA-----TAT---AATAC-TTAAGATC-TGATG-AAAAATTCTA-AAAAA-------TAAAT-G-TGGGA--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GTG-TTT---CTAATATACTGCCATAG
gi|23 : T---AATA--TTAAGATC-GGGTG-AAAATTTTTA-CAAAA-------TAA-C-A-TTGCA--A--AT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTAA----ATGA-GCA-TTT---TGAATAA-CCGCCATAGcc
gi|27 : atTC-TGATG-AAAAATTCCG-CAAAA-------TAAAC-A-TGGGA--A-TAT-TG----AG-AGCA-TAT-----CTTCA----ACTA-GTG-TTT---CGAATAAATCGCCATAGc
gi|25 : A-CAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATAG
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): CTACCCATTTATGTACTTAACACCAGTCATAATGTGATGAAAAATTCAGAAAAAATAAATAAGGGATTATATTGCTTTGGGAGCATATATATGTGAACTATGAATATTTCATATATTATTGCAATACCCTTAGATGCAATCATTA
Unaligned ( gi|18 ): TTTGAGGGTCCATCGTTTAACTCCATGTGAATGCGAGTCGCTGTCGGGATATGTTACTCATTTACATCCACAGATGTAATTTTAGAAATGTTATAAAATTATAACTTTATGTTTGCATTTATCATGTAAAACTCATTTGCACTTC
Unaligned ( gi|24 ): TATTCAGATGAAACAAACAAGGAAATATTGTCTAAGAGTATAACAACAGTGAGTGTTTCGTATAAACCGTCAGAGCCCGGACGTAGTTGT
Unaligned ( gi|30 ): GTTGTCCAACATCCATGACACAATTCTTTTTTGTAATAAATAACTTTTTAATAATGTACATTTAAAG
Unaligned ( gi|36 ): TAAAATCAGATAATTTACGTTGCATAGGACATTATATTT
Unaligned ( gi|41 ): TTCCTGCAATGACTGCTGCTTCATCACATTTATTG
Alignments
lowQualScore : 22 1 444444 22 1 1 3333 22 1 22 2 22 2 4 2 2 22 1 1 1 1 22 1 1 1 3333 44444 3 222 1 1 1 0 22 7777777 1 1 0 7777 1 1 1 1 44444 3333 1 1 333
lowQualScore : .. . ...... .. . . .... .. . .. . .. . . . . .. . . . . .. . . . .... ..... . ... . . . . .. ....... . . . .... . . . . ..... .... . . ...
lowQualScore : 11 5 444444 11 5 5 3333 11 5 11 1 99 1 2 1 0 66 8 8 8 8 55 7 7 7 7777 22222 3 999 7 7 7 6 00 4444444 8 8 9 0000 8 8 8 7 33333 7777 7 9 333
consensus : AAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--C-AA-CTA-CTC-AAATA--TGCACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCGATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAGATC-TGGTGAAAATTTTC-GCAAAA-------TAAAC-A-TTGCG--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATAG
Reference ( family-944 ) : AAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--C-AA-CTA-CTC-AAATA--TGCACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCGATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAGATC-TGGTGAAAATTTTC-GCAAAA-------TAAAC-A-TTGCG--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATAG
gi|1 : AAAACAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--C-AC-CTA-CAC-AGATA--TGCACAAGTTAA-C-A-TCT-A--CCAATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAGATC-GGGTGAAAATTTTC-ACAAAA-------TAAAC-A-TTGCA--A-TAT-TGATTGGG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GC
gi|10 : taaaatcagataatttacgttgcataggacattatattttgacattAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--C-AA-CTA-TTA-AAATA--TGCACAAGTTCA-C-A-CCT-A--CCGATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAGAATC-TGGTAAAAAATTTC-ACAAAA-------TAAAC-A-TTGCG--A-TAT-TGAGTGAG-AGCA-AAT-----CTTTA----ATGA-GCG-TTT---TGAATAACCCAACATAGcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttgaaaacccgccatagc
gi|11 : AAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--C-AA-CTA-CTC-AAATA--TGCACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCGATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAAATC-TGGTAAAAATTTTC-ACAAAA-------TAAAC-A-TTGCG--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATAGc
gi|12 : GCAA--T-ACA------AG--TTG-T-AAATAACTAAC--GG-TA--TTT-T-T--C-AA-CTA-TCC-AAGTA--TGCACTAGTTAA-C-A-TCT-A--TCGATA-T-A-A----TC-----AA-TAT-------------AGATC-TGATGAAAATGTCA-GCAAAA-------TAAAC-A-AGGAAATA-TAT-TGCTTGGG-AACA-TGC-----CTACA----TTTA-GTG-TTT---CGTATAAATCTCCATAG
gi|13 : tCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--AA-CA--TTT-TTT--C-AA-CTT-CTT-AAATA--TGCACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCGATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAGATC-TGGTAAAAAAATTC-ACAAAA-------TAAAC-T-TTGCG--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATAGcctc
gi|14 : AAAACAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TT---C-AC-CTA-CAC-AGATA--TGCACAAGT-AA-C-A-TCT-A--CCAATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAGATC--GGTGAAAATTTTC-ACAAAA-------TAAAC-A-TTGCA--A-TAT-TGATTGGG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GCC-TTT---TGAA-AACCCGCCATAGc
gi|15 : tAGCAA--T-GCA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--C-AA-CTA-CTC-AAATA--TGCACATGTTAA-C-A-CCT-A--CCAATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAAATC-GTGTAAAAATTTTC-ACAAAA-------TAAAC-A-TTGCG--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAC-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCAT
gi|16 : AAG-AA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGACTTGA-CA--TTT-TTT--C-AAACTA-CTC-AAATA--TGC-CAAGTTAA-C-AACTT-A--CCGATA-T-ATA----CT-----AAATAT---AAATAA-TTAAGATC-TGGTGAAAA--TTC-ACAAAA-------T-AAT-A-TTGAAT-A-TAT-TATTTGAA-AGCA-TATTATTATCTGA----ATGA-AC
gi|19 : T-TTT--C-AA-CTA-ACC-AAGTA--TGCACAAATTAA-C-A-TAT-A---TGATA-T-A-A----CT-----AA-TAA---AA-TCA-TTACGATCATGATG--AATATTCAGGAAAA-------T-AAC-A-T---A--A-GAA-TGCCTACA-A--A-TAC---------A----ATGGTGCG-TTTAACCGTATAAACCGCCATAcccgtcata
gi|2 : AAAGCAA--T-ACA------TG--CTG-A-AA----CTGAT--GGACA--TTC------C-GA-CTA-TCC-AAGTA--TGCACCAAATAT-C-T-CCC-A--TTGGTA-T-A-T----CT-----AA-TAT---AA-TCC-TCATGATC-TGATGAAAAATTAA-GCAAAA-------TAAAC-A-TGGGA--A-GTT-TGCTTGAA-AACA-TAC-----CTAAA----ATAA-ACA-TTT---a
gi|20 : --TGTACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCGATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAGATT-TGGTGAATATTTTC-GCGAAA-------TAAAC-A--TGGG--ACTAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGTATAACCCGCCATAttgtaaattgctttaaccctagaagcaatcatcat
gi|21 : aagcGCACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCTATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAAATC-TGGTAAAAATTTTC-ACAAAA-------TAAAC-A-TTGCG--A-TA--TGATTGAG-AGCA-CAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATAG
gi|22 : T-----AA-TAT---AA-TAC-TTAAGATC-TGATGAAAAATTCT-AAAAAA-------TAAAT-G-TGGGA--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GTG-TTT---CTAATATACTGCCATAGc
gi|23 : T---AA-TA--TTAAGATC-GGGTGAAAATTTTT-ACAAAA-------TAA-C-A-TTGCA--A--AT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTAA----ATGA-GCA-TTT---TGAATAA-CCGCCATAGcc
gi|25 : atA-CAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATAGc
gi|26 : atgcacaaaattgactttggagtcgttgcctaagcaatggtttAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--C-AA-CTA-CTC-AAATA--TGCACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCTATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---cc
gi|27 : aattTC-TGATGAAAAATTCC-GCAAAA-------TAAAC-A-TGGGA--A-TAT-TG----AG-AGCA-TAT-----CTTCA----ACTA-GTG-TTT---CGAATAAATCGCCATAG
gi|28 : C-AAATA--TGCACAAGCTAA-C-A-CCT-A--CCGATG-T-A-A----CT-----AA-TAT---AT-TAA-TTAAGATC-TGGTGAAAATTTTC-TTAAAA-------TA
gi|29 : AAAGCAA--T-ACA------A----------A----CTGAC--GG-----TTT-TGT--A-AAACTA-TTT-AA-------------TTAG-C-A-CCT-A--CCATTG-T-A-A----CA-----AA-TA
gi|3 : acatcAAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-TA--TTT-TGT--C-AA-CTA-TCT-AAATA--TGCACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCGATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAGATC-TGGTGAAAATTTTC-GCAAAATACTTAGTAAAC-A-TGGGG--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTAAATTCATGA-ACG-TTT---CAAATTACCCGCCATA
gi|31 : ttAAAGCAA--TTACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--TG-CA--
gi|32 : catt-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAAATC-TGGTGAAAGTTTTT-ACAAaatattttg
gi|33 : AAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--AG-CA--
gi|34 : attAAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--aataattt
gi|35 : cattAAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-GA----CTGAC--GG-CA--aataatt
gi|37 : attAAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-GA----CTGAC--GG-CA--aataattt
gi|38 : ttAAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-GA----CTGAC--GG-CA--aataattt
gi|39 : ttAAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--aataattt
gi|4 : tAAGCAAATT-ACA------GC--CTGCT-AA----CCGAC--GG-CA--TTTATTT--C-AA--TA-CTTAAAATATCTGTACAAGTTAA-CAA-CCT-A--CCT-TA-TAA-A----CTAAATAAA-TAT---AA-TAA-TTAAAATC--GGTAAAGAATTTC-ACAAAAG------TATACTA-TTCCGA-A-TAT-TGATTGAGAAGCACCAT-----CTT-A----ATGA-GGC-TTT---CCAAT-ACCCGCCAaataattt
gi|40 : AAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--ag
gi|5 : tAAAGAAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CAATTTT-TTC--C-AA-CTA-CTT-AAATA--TGTACAAGTTAATC-A-CCTTA--CCTATAAT-A-A----CT-----AAATAT---AA-TAA-TTAAAATC-TGGTAAAAATGTTC-ACAAAA-------TATAC-A-TTCCG--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-CAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATAGaataattt
gi|6 : aAGCAA--T-ACA------AT--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--CCAA-CTA-CTC-AAATA--TGCACAAGTTAA-C-A-TCT-ATACCGAAA-T-A-A----CT-----AA-TATTATAA-TAA-TTAAGATA-GGTTGAAAATTTTC-GCAAAA-------TAAAC-A-TGGGG--A-TAT-TGATTGAG-AACA-TAT-----TTTGT----ATGA-GCG-TTC---CGAATAACCCGCCATAGc
gi|7 : tatAAAGCCA--T-ATACCGGTAAG--CTG-T-AA----CTGCC--GG-TA--TTT-TT---C-AA-CTA-TCC-CAATG--TTCACCAGTTAA-T-T-CCT-A--TCGACA-T-A-ATGCACT-----AA-TAT---AA-CCT-TTAAGGTT-TGATAAAAAATTTG-GCAA-------------------GTA--A-TAT-TGCTTGAG-AGCA-TAC-----CTTCA----ATGA-GCA-TTT---CCTGTACACCGCCATAG
gi|8 : tttAAAGCAA--T-ACA------AGACCTG-TTAA----CTG-T--GG-CA--TTT-TTTTTC-AC-CTTTCTC-AA-TA--TGCACAAGCTA--C-A-CCT----TGGTTA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAAATGAAGATC-TGGTGAAAATTTTC-ACAAAA-------TAAAC-GTTTGCA--A-TATGTGACTGAG--GCA-T-T-----ATTGA----ATGA-GCGTTTT---CAAAT----CGCCATAG
gi|9 : AAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC-----CA--CTT-TTT--C-AA-TTA-CTC-AAATA--TGCACAAATTAA-C-A-CCT-A--CCGATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAGATC-TGTAGAAAATTTTC-GCAAAA-------CAAAC-A-TTGGA--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-TCG-TTG---CGAATAACCCGCCATAGc
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): CTACCCATTTATGTACTTAACACCAGTCATAATGTGATGAAAAATTCAGAAAAAATAAATAAGGGATTATATTGCTTTGGGAGCATATATATGTGAACTATGAATATTTCATATATTATTGCAATACCCTTAGATGCAATCATTA
Unaligned ( gi|18 ): TTTGAGGGTCCATCGTTTAACTCCATGTGAATGCGAGTCGCTGTCGGGATATGTTACTCATTTACATCCACAGATGTAATTTTAGAAATGTTATAAAATTATAACTTTATGTTTGCATTTATCATGTAAAACTCATTTGCACTTC
Unaligned ( gi|24 ): TATTCAGATGAAACAAACAAGGAAATATTGTCTAAGAGTATAACAACAGTGAGTGTTTCGTATAAACCGTCAGAGCCCGGACGTAGTTGT
Unaligned ( gi|30 ): GTTGTCCAACATCCATGACACAATTCTTTTTTGTAATAAATAACTTTTTAATAATGTACATTTAAAG
Unaligned ( gi|36 ): TAAAATCAGATAATTTACGTTGCATAGGACATTATATTT
Unaligned ( gi|41 ): TTCCTGCAATGACTGCTGCTTCATCACATTTATTG
Alignments
lowQualScore : 22 1 444444 22 1 1 3333 22 1 22 2 22 2 4 2 2 22 1 1 1 1 22 1 1 1 3333 44444 3 222 1 1 1 0 22 7777777 1 1 0 7777 1 1 1 1 44444 3333 1 1 333
lowQualScore : .. . ...... .. . . .... .. . .. . .. . . . . .. . . . . .. . . . .... ..... . ... . . . . .. ....... . . . .... . . . . ..... .... . . ...
lowQualScore : 11 5 444444 11 5 5 3333 11 5 11 1 99 1 2 1 0 66 8 8 8 8 55 7 7 7 7777 22222 3 999 7 7 7 6 00 4444444 8 8 9 0000 8 8 8 7 33333 7777 7 9 333
consensus : AAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--C-AA-CTA-CTC-AAATA--TGCACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCGATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAGATC-TGGTGAAAATTTTC-GCAAAA-------TAAAC-A-TTGCG--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATAG
Reference ( family-944 ) : AAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--C-AA-CTA-CTC-AAATA--TGCACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCGATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAGATC-TGGTGAAAATTTTC-GCAAAA-------TAAAC-A-TTGCG--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATAG
gi|1 : AAAACAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--C-AC-CTA-CAC-AGATA--TGCACAAGTTAA-C-A-TCT-A--CCAATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAGATC-GGGTGAAAATTTTC-ACAAAA-------TAAAC-A-TTGCA--A-TAT-TGATTGGG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GC
gi|10 : taaaatcagataatttacgttgcataggacattatattttgacattAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--C-AA-CTA-TTA-AAATA--TGCACAAGTTCA-C-A-CCT-A--CCGATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAGAATC-TGGTAAAAAATTTC-ACAAAA-------TAAAC-A-TTGCG--A-TAT-TGAGTGAG-AGCA-AAT-----CTTTA----ATGA-GCG-TTT---TGAATAACCCAACATAGcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttgaaaacccgccatagc
gi|11 : AAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--C-AA-CTA-CTC-AAATA--TGCACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCGATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAAATC-TGGTAAAAATTTTC-ACAAAA-------TAAAC-A-TTGCG--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATAGc
gi|12 : GCAA--T-ACA------AG--TTG-T-AAATAACTAAC--GG-TA--TTT-T-T--C-AA-CTA-TCC-AAGTA--TGCACTAGTTAA-C-A-TCT-A--TCGATA-T-A-A----TC-----AA-TAT-------------AGATC-TGATGAAAATGTCA-GCAAAA-------TAAAC-A-AGGAAATA-TAT-TGCTTGGG-AACA-TGC-----CTACA----TTTA-GTG-TTT---CGTATAAATCTCCATAG
gi|13 : tCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--AA-CA--TTT-TTT--C-AA-CTT-CTT-AAATA--TGCACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCGATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAGATC-TGGTAAAAAAATTC-ACAAAA-------TAAAC-T-TTGCG--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATAGcctc
gi|14 : AAAACAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TT---C-AC-CTA-CAC-AGATA--TGCACAAGT-AA-C-A-TCT-A--CCAATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAGATC--GGTGAAAATTTTC-ACAAAA-------TAAAC-A-TTGCA--A-TAT-TGATTGGG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GCC-TTT---TGAA-AACCCGCCATAGc
gi|15 : tAGCAA--T-GCA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--C-AA-CTA-CTC-AAATA--TGCACATGTTAA-C-A-CCT-A--CCAATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAAATC-GTGTAAAAATTTTC-ACAAAA-------TAAAC-A-TTGCG--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAC-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCAT
gi|16 : AAG-AA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGACTTGA-CA--TTT-TTT--C-AAACTA-CTC-AAATA--TGC-CAAGTTAA-C-AACTT-A--CCGATA-T-ATA----CT-----AAATAT---AAATAA-TTAAGATC-TGGTGAAAA--TTC-ACAAAA-------T-AAT-A-TTGAAT-A-TAT-TATTTGAA-AGCA-TATTATTATCTGA----ATGA-AC
gi|19 : T-TTT--C-AA-CTA-ACC-AAGTA--TGCACAAATTAA-C-A-TAT-A---TGATA-T-A-A----CT-----AA-TAA---AA-TCA-TTACGATCATGATG--AATATTCAGGAAAA-------T-AAC-A-T---A--A-GAA-TGCCTACA-A--A-TAC---------A----ATGGTGCG-TTTAACCGTATAAACCGCCATAcccgtcata
gi|2 : AAAGCAA--T-ACA------TG--CTG-A-AA----CTGAT--GGACA--TTC------C-GA-CTA-TCC-AAGTA--TGCACCAAATAT-C-T-CCC-A--TTGGTA-T-A-T----CT-----AA-TAT---AA-TCC-TCATGATC-TGATGAAAAATTAA-GCAAAA-------TAAAC-A-TGGGA--A-GTT-TGCTTGAA-AACA-TAC-----CTAAA----ATAA-ACA-TTT---a
gi|20 : --TGTACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCGATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAGATT-TGGTGAATATTTTC-GCGAAA-------TAAAC-A--TGGG--ACTAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGTATAACCCGCCATAttgtaaattgctttaaccctagaagcaatcatcat
gi|21 : aagcGCACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCTATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAAATC-TGGTAAAAATTTTC-ACAAAA-------TAAAC-A-TTGCG--A-TA--TGATTGAG-AGCA-CAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATAG
gi|22 : T-----AA-TAT---AA-TAC-TTAAGATC-TGATGAAAAATTCT-AAAAAA-------TAAAT-G-TGGGA--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GTG-TTT---CTAATATACTGCCATAGc
gi|23 : T---AA-TA--TTAAGATC-GGGTGAAAATTTTT-ACAAAA-------TAA-C-A-TTGCA--A--AT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTAA----ATGA-GCA-TTT---TGAATAA-CCGCCATAGcc
gi|25 : atA-CAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATAGc
gi|26 : atgcacaaaattgactttggagtcgttgcctaagcaatggtttAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--C-AA-CTA-CTC-AAATA--TGCACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCTATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---cc
gi|27 : aattTC-TGATGAAAAATTCC-GCAAAA-------TAAAC-A-TGGGA--A-TAT-TG----AG-AGCA-TAT-----CTTCA----ACTA-GTG-TTT---CGAATAAATCGCCATAG
gi|28 : C-AAATA--TGCACAAGCTAA-C-A-CCT-A--CCGATG-T-A-A----CT-----AA-TAT---AT-TAA-TTAAGATC-TGGTGAAAATTTTC-TTAAAA-------TA
gi|29 : AAAGCAA--T-ACA------A----------A----CTGAC--GG-----TTT-TGT--A-AAACTA-TTT-AA-------------TTAG-C-A-CCT-A--CCATTG-T-A-A----CA-----AA-TA
gi|3 : acatcAAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-TA--TTT-TGT--C-AA-CTA-TCT-AAATA--TGCACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCGATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAGATC-TGGTGAAAATTTTC-GCAAAATACTTAGTAAAC-A-TGGGG--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTAAATTCATGA-ACG-TTT---CAAATTACCCGCCATA
gi|31 : ttAAAGCAA--TTACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--TG-CA--
gi|32 : catt-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAAATC-TGGTGAAAGTTTTT-ACAAaatattttg
gi|33 : AAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--AG-CA--
gi|34 : attAAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--aataattt
gi|35 : cattAAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-GA----CTGAC--GG-CA--aataatt
gi|37 : attAAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-GA----CTGAC--GG-CA--aataattt
gi|38 : ttAAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-GA----CTGAC--GG-CA--aataattt
gi|39 : ttAAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--aataattt
gi|4 : tAAGCAAATT-ACA------GC--CTGCT-AA----CCGAC--GG-CA--TTTATTT--C-AA--TA-CTTAAAATATCTGTACAAGTTAA-CAA-CCT-A--CCT-TA-TAA-A----CTAAATAAA-TAT---AA-TAA-TTAAAATC--GGTAAAGAATTTC-ACAAAAG------TATACTA-TTCCGA-A-TAT-TGATTGAGAAGCACCAT-----CTT-A----ATGA-GGC-TTT---CCAAT-ACCCGCCAaataattt
gi|40 : AAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--ag
gi|5 : tAAAGAAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CAATTTT-TTC--C-AA-CTA-CTT-AAATA--TGTACAAGTTAATC-A-CCTTA--CCTATAAT-A-A----CT-----AAATAT---AA-TAA-TTAAAATC-TGGTAAAAATGTTC-ACAAAA-------TATAC-A-TTCCG--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-CAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATAGaataattt
gi|6 : aAGCAA--T-ACA------AT--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--CCAA-CTA-CTC-AAATA--TGCACAAGTTAA-C-A-TCT-ATACCGAAA-T-A-A----CT-----AA-TATTATAA-TAA-TTAAGATA-GGTTGAAAATTTTC-GCAAAA-------TAAAC-A-TGGGG--A-TAT-TGATTGAG-AACA-TAT-----TTTGT----ATGA-GCG-TTC---CGAATAACCCGCCATAGc
gi|7 : tatAAAGCCA--T-ATACCGGTAAG--CTG-T-AA----CTGCC--GG-TA--TTT-TT---C-AA-CTA-TCC-CAATG--TTCACCAGTTAA-T-T-CCT-A--TCGACA-T-A-ATGCACT-----AA-TAT---AA-CCT-TTAAGGTT-TGATAAAAAATTTG-GCAA-------------------GTA--A-TAT-TGCTTGAG-AGCA-TAC-----CTTCA----ATGA-GCA-TTT---CCTGTACACCGCCATAG
gi|8 : tttAAAGCAA--T-ACA------AGACCTG-TTAA----CTG-T--GG-CA--TTT-TTTTTC-AC-CTTTCTC-AA-TA--TGCACAAGCTA--C-A-CCT----TGGTTA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAAATGAAGATC-TGGTGAAAATTTTC-ACAAAA-------TAAAC-GTTTGCA--A-TATGTGACTGAG--GCA-T-T-----ATTGA----ATGA-GCGTTTT---CAAAT----CGCCATAG
gi|9 : AAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC-----CA--CTT-TTT--C-AA-TTA-CTC-AAATA--TGCACAAATTAA-C-A-CCT-A--CCGATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAGATC-TGTAGAAAATTTTC-GCAAAA-------CAAAC-A-TTGGA--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-TCG-TTG---CGAATAACCCGCCATAGc
blockSeqs : AT T CCGGTA AC C T ATAA TT A AT A TT C A T A TC T A A T TA A A T TGCA AAATA A TAT A A A AG TACTTAG T T AAAT C G A C TATTA ATTC T T AAC
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . A . . . . A G . . AAT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . CGA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . CG . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . CG . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . CG . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . CA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . CG . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . GA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . GG . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . CG . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . GA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . CA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . GA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . GG . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . CG . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . GG . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . TA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . CA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . GA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--C-AA-CTA-CTC-AAATA--TGCACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCGATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAGATC-TGGTGAAAATTTTC-GCAAAA-------TAAAC-A-TTGCG--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATAG
finalCons : AAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--C-AA-CTA-CTC-AAATA--TGCACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCGATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAGATC-TGGTGAAAATTTTC-GCAAAA-------TAAAC-A-TTGCG--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATAG
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): CTACCCATTTATGTACTTAACACCAGTCATAATGTGATGAAAAATTCAGAAAAAATAAATAAGGGATTATATTGCTTTGGGAGCATATATATGTGAACTATGAATATTTCATATATTATTGCAATACCCTTAGATGCAATCATTA
Unaligned ( gi|18 ): TTTGAGGGTCCATCGTTTAACTCCATGTGAATGCGAGTCGCTGTCGGGATATGTTACTCATTTACATCCACAGATGTAATTTTAGAAATGTTATAAAATTATAACTTTATGTTTGCATTTATCATGTAAAACTCATTTGCACTTC
Unaligned ( gi|24 ): TATTCAGATGAAACAAACAAGGAAATATTGTCTAAGAGTATAACAACAGTGAGTGTTTCGTATAAACCGTCAGAGCCCGGACGTAGTTGT
Unaligned ( gi|30 ): GTTGTCCAACATCCATGACACAATTCTTTTTTGTAATAAATAACTTTTTAATAATGTACATTTAAAG
Unaligned ( gi|36 ): TAAAATCAGATAATTTACGTTGCATAGGACATTATATTT
Unaligned ( gi|41 ): TTCCTGCAATGACTGCTGCTTCATCACATTTATTG
Alignments
lowQualScore : 22 1 444444 22 1 1 3333 22 1 22 2 22 2 4 2 2 22 1 1 1 1 22 1 1 1 3333 44444 3 222 1 1 1 0 22 7777777 1 1 0 7777 1 1 1 1 44444 3333 1 1 333
lowQualScore : .. . ...... .. . . .... .. . .. . .. . . . . .. . . . . .. . . . .... ..... . ... . . . . .. ....... . . . .... . . . . ..... .... . . ...
lowQualScore : 11 5 444444 11 5 5 3333 11 5 11 1 99 1 2 1 0 66 8 8 8 8 55 7 7 7 7777 22222 3 999 7 7 7 6 00 4444444 8 8 9 0000 8 8 8 7 33333 7777 7 9 333
consensus : AAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--C-AA-CTA-CTC-AAATA--TGCACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCGATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAGATC-TGGTGAAAATTTTC-GCAAAA-------TAAAC-A-TTGCG--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATAG
Reference ( family-944 ) : AAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--C-AA-CTA-CTC-AAATA--TGCACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCGATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAGATC-TGGTGAAAATTTTC-GCAAAA-------TAAAC-A-TTGCG--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATAG
gi|1 : AAAACAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--C-AC-CTA-CAC-AGATA--TGCACAAGTTAA-C-A-TCT-A--CCAATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAGATC-GGGTGAAAATTTTC-ACAAAA-------TAAAC-A-TTGCA--A-TAT-TGATTGGG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GC
gi|10 : taaaatcagataatttacgttgcataggacattatattttgacattAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--C-AA-CTA-TTA-AAATA--TGCACAAGTTCA-C-A-CCT-A--CCGATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAGAATC-TGGTAAAAAATTTC-ACAAAA-------TAAAC-A-TTGCG--A-TAT-TGAGTGAG-AGCA-AAT-----CTTTA----ATGA-GCG-TTT---TGAATAACCCAACATAGcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttgaaaacccgccatagc
gi|11 : AAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--C-AA-CTA-CTC-AAATA--TGCACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCGATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAAATC-TGGTAAAAATTTTC-ACAAAA-------TAAAC-A-TTGCG--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATAGc
gi|12 : GCAA--T-ACA------AG--TTG-T-AAATAACTAAC--GG-TA--TTT-T-T--C-AA-CTA-TCC-AAGTA--TGCACTAGTTAA-C-A-TCT-A--TCGATA-T-A-A----TC-----AA-TAT-------------AGATC-TGATGAAAATGTCA-GCAAAA-------TAAAC-A-AGGAAATA-TAT-TGCTTGGG-AACA-TGC-----CTACA----TTTA-GTG-TTT---CGTATAAATCTCCATAG
gi|13 : tCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--AA-CA--TTT-TTT--C-AA-CTT-CTT-AAATA--TGCACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCGATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAGATC-TGGTAAAAAAATTC-ACAAAA-------TAAAC-T-TTGCG--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATAGcctc
gi|14 : AAAACAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TT---C-AC-CTA-CAC-AGATA--TGCACAAGT-AA-C-A-TCT-A--CCAATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAGATC--GGTGAAAATTTTC-ACAAAA-------TAAAC-A-TTGCA--A-TAT-TGATTGGG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GCC-TTT---TGAA-AACCCGCCATAGc
gi|15 : tAGCAA--T-GCA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--C-AA-CTA-CTC-AAATA--TGCACATGTTAA-C-A-CCT-A--CCAATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAAATC-GTGTAAAAATTTTC-ACAAAA-------TAAAC-A-TTGCG--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAC-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCAT
gi|16 : AAG-AA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGACTTGA-CA--TTT-TTT--C-AAACTA-CTC-AAATA--TGC-CAAGTTAA-C-AACTT-A--CCGATA-T-ATA----CT-----AAATAT---AAATAA-TTAAGATC-TGGTGAAAA--TTC-ACAAAA-------T-AAT-A-TTGAAT-A-TAT-TATTTGAA-AGCA-TATTATTATCTGA----ATGA-AC
gi|19 : T-TTT--C-AA-CTA-ACC-AAGTA--TGCACAAATTAA-C-A-TAT-A---TGATA-T-A-A----CT-----AA-TAA---AA-TCA-TTACGATCATGATG--AATATTCAGGAAAA-------T-AAC-A-T---A--A-GAA-TGCCTACA-A--A-TAC---------A----ATGGTGCG-TTTAACCGTATAAACCGCCATAcccgtcata
gi|2 : AAAGCAA--T-ACA------TG--CTG-A-AA----CTGAT--GGACA--TTC------C-GA-CTA-TCC-AAGTA--TGCACCAAATAT-C-T-CCC-A--TTGGTA-T-A-T----CT-----AA-TAT---AA-TCC-TCATGATC-TGATGAAAAATTAA-GCAAAA-------TAAAC-A-TGGGA--A-GTT-TGCTTGAA-AACA-TAC-----CTAAA----ATAA-ACA-TTT---a
gi|20 : --TGTACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCGATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAGATT-TGGTGAATATTTTC-GCGAAA-------TAAAC-A--TGGG--ACTAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGTATAACCCGCCATAttgtaaattgctttaaccctagaagcaatcatcat
gi|21 : aagcGCACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCTATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAAATC-TGGTAAAAATTTTC-ACAAAA-------TAAAC-A-TTGCG--A-TA--TGATTGAG-AGCA-CAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATAG
gi|22 : T-----AA-TAT---AA-TAC-TTAAGATC-TGATGAAAAATTCT-AAAAAA-------TAAAT-G-TGGGA--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-GTG-TTT---CTAATATACTGCCATAGc
gi|23 : T---AA-TA--TTAAGATC-GGGTGAAAATTTTT-ACAAAA-------TAA-C-A-TTGCA--A--AT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTAA----ATGA-GCA-TTT---TGAATAA-CCGCCATAGcc
gi|25 : atA-CAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATAGc
gi|26 : atgcacaaaattgactttggagtcgttgcctaagcaatggtttAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--C-AA-CTA-CTC-AAATA--TGCACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCTATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---cc
gi|27 : aattTC-TGATGAAAAATTCC-GCAAAA-------TAAAC-A-TGGGA--A-TAT-TG----AG-AGCA-TAT-----CTTCA----ACTA-GTG-TTT---CGAATAAATCGCCATAG
gi|28 : C-AAATA--TGCACAAGCTAA-C-A-CCT-A--CCGATG-T-A-A----CT-----AA-TAT---AT-TAA-TTAAGATC-TGGTGAAAATTTTC-TTAAAA-------TA
gi|29 : AAAGCAA--T-ACA------A----------A----CTGAC--GG-----TTT-TGT--A-AAACTA-TTT-AA-------------TTAG-C-A-CCT-A--CCATTG-T-A-A----CA-----AA-TA
gi|3 : acatcAAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-TA--TTT-TGT--C-AA-CTA-TCT-AAATA--TGCACAAGTTAA-C-A-CCT-A--CCGATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAGATC-TGGTGAAAATTTTC-GCAAAATACTTAGTAAAC-A-TGGGG--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTAAATTCATGA-ACG-TTT---CAAATTACCCGCCATA
gi|31 : ttAAAGCAA--TTACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--TG-CA--
gi|32 : catt-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAAATC-TGGTGAAAGTTTTT-ACAAaatattttg
gi|33 : AAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--AG-CA--
gi|34 : attAAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--aataattt
gi|35 : cattAAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-GA----CTGAC--GG-CA--aataatt
gi|37 : attAAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-GA----CTGAC--GG-CA--aataattt
gi|38 : ttAAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-GA----CTGAC--GG-CA--aataattt
gi|39 : ttAAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--aataattt
gi|4 : tAAGCAAATT-ACA------GC--CTGCT-AA----CCGAC--GG-CA--TTTATTT--C-AA--TA-CTTAAAATATCTGTACAAGTTAA-CAA-CCT-A--CCT-TA-TAA-A----CTAAATAAA-TAT---AA-TAA-TTAAAATC--GGTAAAGAATTTC-ACAAAAG------TATACTA-TTCCGA-A-TAT-TGATTGAGAAGCACCAT-----CTT-A----ATGA-GGC-TTT---CCAAT-ACCCGCCAaataattt
gi|40 : AAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--ag
gi|5 : tAAAGAAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CAATTTT-TTC--C-AA-CTA-CTT-AAATA--TGTACAAGTTAATC-A-CCTTA--CCTATAAT-A-A----CT-----AAATAT---AA-TAA-TTAAAATC-TGGTAAAAATGTTC-ACAAAA-------TATAC-A-TTCCG--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-CAT-----CTTGA----ATGA-GCG-TTT---CGAATAACCCGCCATAGaataattt
gi|6 : aAGCAA--T-ACA------AT--CTG-T-AA----CTGAC--GG-CA--TTT-TTT--CCAA-CTA-CTC-AAATA--TGCACAAGTTAA-C-A-TCT-ATACCGAAA-T-A-A----CT-----AA-TATTATAA-TAA-TTAAGATA-GGTTGAAAATTTTC-GCAAAA-------TAAAC-A-TGGGG--A-TAT-TGATTGAG-AACA-TAT-----TTTGT----ATGA-GCG-TTC---CGAATAACCCGCCATAGc
gi|7 : tatAAAGCCA--T-ATACCGGTAAG--CTG-T-AA----CTGCC--GG-TA--TTT-TT---C-AA-CTA-TCC-CAATG--TTCACCAGTTAA-T-T-CCT-A--TCGACA-T-A-ATGCACT-----AA-TAT---AA-CCT-TTAAGGTT-TGATAAAAAATTTG-GCAA-------------------GTA--A-TAT-TGCTTGAG-AGCA-TAC-----CTTCA----ATGA-GCA-TTT---CCTGTACACCGCCATAG
gi|8 : tttAAAGCAA--T-ACA------AGACCTG-TTAA----CTG-T--GG-CA--TTT-TTTTTC-AC-CTTTCTC-AA-TA--TGCACAAGCTA--C-A-CCT----TGGTTA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAAATGAAGATC-TGGTGAAAATTTTC-ACAAAA-------TAAAC-GTTTGCA--A-TATGTGACTGAG--GCA-T-T-----ATTGA----ATGA-GCGTTTT---CAAAT----CGCCATAG
gi|9 : AAAGCAA--T-ACA------AG--CTG-T-AA----CTGAC-----CA--CTT-TTT--C-AA-TTA-CTC-AAATA--TGCACAAATTAA-C-A-CCT-A--CCGATA-T-A-A----CT-----AA-TAT---AA-TAA-TTAAGATC-TGTAGAAAATTTTC-GCAAAA-------CAAAC-A-TTGGA--A-TAT-TGATTGAG-AGCA-TAT-----CTTGA----ATGA-TCG-TTG---CGAATAACCCGCCATAGc
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): CTACCCATTTATGTACTTAACACCAGTCATAATGTGATGAAAAATTCAGAAAAAATAAATAAGGGATTATATTGCTTTGGGAGCATATATATGTGAACTATGAATATTTCATATATTATTGCAATACCCTTAGATGCAATCATTA
Unaligned ( gi|18 ): TTTGAGGGTCCATCGTTTAACTCCATGTGAATGCGAGTCGCTGTCGGGATATGTTACTCATTTACATCCACAGATGTAATTTTAGAAATGTTATAAAATTATAACTTTATGTTTGCATTTATCATGTAAAACTCATTTGCACTTC
Unaligned ( gi|24 ): TATTCAGATGAAACAAACAAGGAAATATTGTCTAAGAGTATAACAACAGTGAGTGTTTCGTATAAACCGTCAGAGCCCGGACGTAGTTGT
Unaligned ( gi|30 ): GTTGTCCAACATCCATGACACAATTCTTTTTTGTAATAAATAACTTTTTAATAATGTACATTTAAAG
Unaligned ( gi|36 ): TAAAATCAGATAATTTACGTTGCATAGGACATTATATTT
Unaligned ( gi|41 ): TTCCTGCAATGACTGCTGCTTCATCACATTTATTG