lowQualScore                  :                                        11111  1111111     1          111111     22       33333                 111111                3333333333333333333333333333333333                            111111111    22222                               555555555555555555   11111111                    99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999                  33333333333333333333333333333333              1111                   22222    777777777777777777777                                                     66666666666666666666666                11                      
lowQualScore                  :                                        11111  0000000  88 4  3   3 3 000000  3  22       44444 5     3    55   555555   3    666 3   5555555555555555555555555555555555  555     999      3        333333333    88888 4  55        666   3 3     3  111111111111111111   22222222         4     66   22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222   3       4 99   55555555555555555555555555555555           8  9999   4               33333    111111111111111111111  7777             3   55  33  33   3   3 888888  2  55555555555555555555555     33  33  3  66                3     
lowQualScore                  :                                        .....  .......  .. .  .   . . ......  .  ..       ..... .     .    ..   ......   .    ... .   ..................................  ...     ...      .        .........    ..... .  ..        ...   . .     .  ..................   ........         .     ..   .......................................................................   .       . ..   ................................           .  ....   .               .....    .....................  ....             .   ..  ..  ..   .   . ......  .  .......................     ..  ..  .  ..                .     
lowQualScore                  :                                        22222  2222222  66 5  6   6 6 555555  6  44       11111 6     6    00   000000   6    444 6   4444444444444444444444444444444444  888     222      6        333333333    22222 0  55        444   6 6     6  555555555555555555   88888888         4     11   66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666   6       0 55   22222222222222222222222222222222           0  8888   0               33333    888888888888888888888  1111             1   55  33  99   1   1 888888  2  88888888888888888888888     99  33  1  55                5     
consensus                     :                                 ATACGTTA----GT-GT----TT--T-GC-AGC-T-A------AT-GCG-CATGCTT--GG-CGGCCAT-AGTG--CGG---CA-TTC-TGGG---A-GTT---------CT--AT---------A---------TT---TTTAA---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T-AAGTCCAATN-NA-TT--TTACACAA---AAA-C-ACGAT-TGCT--CTGATACGTA-N--ACT-AT--CT-TTATTCAGG-AAGTT--CTGTTAA-----TTA----AGTAATC----------T---------AAC--GA---------CG-------ATACTT-TCCGTAA-G--CCA-------------------GG-TA-----A--TTTACATTCGG-TT---CTTT-CCGTAACGTCATGTG-----ATAT------------G---G----TT----AGTCTGGTCCCCG-CCCCCGCCACT-CTTT-GAT-C------ACTCG-T-----A------G---A----TCAAAG-AGTGGC-GGGGGCGGGGACCAGACTAAGCATGA
Reference ( gi|4 )            :                                 ATACGTTA----GT-GT----TT--T-GC-AGC-T-A------AT-GCGGCATGCTT--G--CAGCCAT-AGTG--CGG---CC-TTC-TGGG---A-GTT---------CT--AT---------A---------TT---TTTAA---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T-AAATCCAATT-CA-TT--TTACACAA---AAA-C-ACGAT-TGTTAATTGATATGTATT--ACT-AT--TC-TTATTCAGG-AAGTT--CTGTTAA-----TTA----AGTAACC----------T---------AAT--AA---------CA-------ACACTT-TCCGTAA-G--CCA-------------------GG-CA-----A--TTTACATTCGG-TT---ATTT-CCGTAACGTCATGTG-----ATAT------------G---G----TT----AGTCTGGTCCCCG-CCCCCGCCACT-CTTT-GAT-C------ACTCG-T-----A------G---A----TCAAAG-AGTGGC-GGAAGCGGGGACCAGACTAAACATGA
gi|1                          :                                 ATACGCTA----GT-ATGTATTT--T-GC-AGCGT-A------AT-GCGTCATGCTTA-G--TGAGCATCAGTG--CGG---CA-TTCATCGGTGAA-GTT---------TTTTAT---------A---------TT---TTTAAATTTTTCCC-CTAAAAAC-AT-TTACGTCTA--T-GA-TT----ACACAA---AAA-C-ACGA---ACTGGCTGATACGTAT---ACTGAT--CT-TTCTTCAGGGAAGCTATCTGTTAAGGTAATTATGCTAGCAATCAACTTCTCGGT---------AATTGAA---------CTCTTTTTTATACTTGTCCGTAA-GG-CCA-------------------GG-TA-----A--CTTACATTCGGGTT---CTTT-CCGTAGCGTCATGTGCTATAATAT------------GCATGAGGTTT----AGTCTGGTCCCCG--------AACT-ATTT-GAT-CTTCGTTACGCG-T------------G---A----TCAAAATAGAGGC-GGGGGCGGGG-CCAGACTAAGCATGA
gi|7                          :       tgttggccgctctcggagcgctacatATACTTTC----GT-GT----TT--TTGT-AGC-T-A------AT-GCG-CATGCTT--GG-CGGCCAT-AATG--CAG---CA-TTC-TGGG---A-GTTATACAAAA-CT--GT---------AA--------TT---TTTAT---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T-AA-TCCAATA-AA-TT--TTACACAA---AAA-C-ACGAT-TG----CTGATACGTA-C--ACT-AT--CT-CTATTCAGG-GAGTT--CTG---------TTA----AATAATC----------T---------AAA--AA---------TA-------AC-TTT-TCgagtacgaaatgctagttgttatactt
gi|11                         :             ttgctagtgccctggcatatATACGTTA----GT-GT----TT--TTGC-AGC-T-A------AT-GC-GCATGCTTG-G--CGGCCAT-AGTG--CGG---CA-TTC-TGGG---A-GTT---------AT--AT---------A---------TC---TTTAA---TTTTCC-TTAAAAGC---------------------T--TTACACAA---AAA-C-ACGAT-TG----CTGATACGTA-G--ACT-ATGATCTTTATTCAGG-AAGTT--CTagataatgaact
gi|5                          :          tgctagcgctctcttgctggcatATACAT------GTAGT----TT--T-GC-AGC-T-A------CT-GCG-CATGCTT--GAGTGGCCAT-AGTG--CGG---CA-TTG-TGGG---A-GTT---------AT--AT---------AGAACTGTAATT---TTTAC---TTTTTC--TAAAAGC-AT-T-AAATCCAATA-CA-TT--TT---------GAA-T--TGAT-TGCTA--TA--ATGTA-A--ACT-A------------AGA-A------CTG---------TTA----AGTGATA----------T---------AAA--AA---------TA-------AC-----TGTGT------TCA-------------------AG-TG-----A--TTTACATTCGG-TT---CTTT-TCGTGAC
gi|15                         :             ctagcgccctcgggcgctggtTACGTTAACTAGT-GC----TTC-T-GC-AGC-T-A------AT-G-AGCATGCTT--GG-CGGCCAT-AATG-----------------GG---A-GTT---------AT--AT---------A---------TT---TTTGA---TATTTC-CAAAAAAC-AT-T-AAATCCATTTACA-TT--TTACACAA---AAA-C-ACGAT-agtgcgtgggaaaaattctgccctctcgagtct
gi|13                         :                                  TATGCTA----GT-CT----TT--TTGCCAGT-T-C------AT-GCG-C-TGCTT--GGGCGGCCAT-AGTGGCCGGTTGCC---C-TGGG---A-TTTAGTATCAGACT--GT---------A---------AT---TTTAAA--CTTTCC-CCATTA-C-AT---AAATCCTAAC-CAGTT--TTACACAA---AAA-CAATGAT-TGTTGAT
gi|8                          :                                 tgACGTTA----GT-AT----TT--TTGC-AGC-A-A------AT-GC-GCATGCTTG-G--CTGTCAT-GGTG--CGG---CA-TTC-TGGG---A---T---------TT--AT---------A---------T------------------------AAC----------CCAATA-AA-TT--TTACACAA---AAA-C-GCGAT-TGCTAAT--ACATACACTAGACA-AT--TC-Tattaaactatctt
gi|2                          : tgctagcgctatcgaacgctggcatatatgcggcACGTT-----GT-AT----TTATT-GC-AGC-TTA------ATTGCGCAATGCTT--GG-CGGCTAT--GTG--CGG---GCATTC-TGGG---AGGTT---------CTTGAT---------A----------T---TTTAA---TTTTGC-Cgtgaagtaatccagcattaacttttcagataatgaactcttttga
gi|3                          :      ttgctagcgctcctccggcttctagcatataGCTA----GT--T----TT--T-GC-AGT-T-C------AT-GCG-CATGCTTGGG--CGGCCAT-AGTG--CGG---CA-TTC-TGGG---A-TTT---------GT--ATAGAACTGTAA---------TT---TTTAA---CTTTCC-TT--AAAC-AT-T-AAATCCAATA-CA-TT--TTACACAA---AAA-C-ATGAT-TG----CTGATATATA-A--ACT-AT--CT-TTATTCAGG-GAGTT--CTGTTAA-----GTA----Aacctaatgattgacttggttgatgtgaatatttgttgttctcctctaaaaaccatgtacgtctatgattgttcacacaaaaagcacgatatgcgaatacgtatactttcttattagaagtttctttaacaataacttttcaggttaaatgaagcttctttcgatacttccgtaaggccaggtaatttttacattcggtttgctttcccgtaagcgagtctaaggcatgaggt
gi|6                          :                                                  gtcatt--T-GC-AGA-T-A------AT-GCG-CATGTTT--GG-CAGCTAT-AGTG--CGG---CA-TTC-TGGG---A-GTT---------CT--AT---------A---------TT---TTTAA---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T-ACGTCTA--T-GA-TT--TTACACAATTTAAA-C-ACGAT-TG----CTGATATGTA-T--ACT-AT--CT-TTATTCAGG-AAGTT--CTG---------TTA----AGTAATC----------T---------AAC--AA---------TA-------AC-TTT-TCAGTTA-A--TGA-------------------AG-T------A--T-----TTCGA-TG---CTTT-CCGTAA-GTCAGGTA-----ATAtataattttaactttattccttcttgacattgcgcgggaaaatgaactctttcgatactttccgtaagccatttcattgacggtcgttaaagtaatttacattcggtttattttcgtgacagtgcgcaggaaaaattctgccttcgggaatttccgta
gi|17                         :                                    agcgcctcagcactagcata--T-GC-AGC-T-ACTAGTAAT-GTG-CATGCTT--GG-CGACCAT-AGTG--CGA---CA-TTC-TGGG---A-GTT---------CT--AT---------A---------TTGTATTTAG---GTTTC
gi|2                          :                                                                                                                               tgctagcgcccgagcata--AT---------A---------TT---TGTTG---TTCTCCTCTAAAAACCATGT-ACGTCTA--T-GA-TTGTTCACACAA---AAAGC-ACGATATGCGA----ATACGTA-T--ACT--T--TC-TTATT--AG-AAGTT--TCTTTAA-----C------AATAACT----------TTTCAGGTTAAAT--GAAGCTTCTTTCG-------ATAC-T-TCCGTAAGG--CCA-------------------GG-TA-----ATTTTTACATTCGG-TTTGCTTTC-CCGTAA
gi|14                         :                                                                                ttgctagcgctcctccggcttctagcatataacgttgtatttattgcagcttaattgcgcaatgcttggcggctatgtgcgggcattctgggaggttcttgatattttaattttgccacctaatgattgacttggttgatgtgaACAA---AAA-C-ACGAT-TGCT----GATACGTAT---ACT-TT--TT-TTATTCAAG-AAGTT--CT-TTAA-----C------AATAACT----------TTTCAGGCA-AAT--GAAGCTTCTTTCG-------ATACTT-TCCGTAA-GGCCCA-------------------GG-TA-----AT-TTTACATTTGG-TT---CTTTCCCGTAgcgagtctaaggcatgaggt
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGG-AAGTT--CTG---------TTA----AGTAATC----------T---------AAC--AA---------TA-------CCTTTT-TCccagtctaagcatgatacgaatgct
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ---------CG-------ATACTT-CCCGTAA-G--CCA-------------------GG-TA-----A--TTTACATTCGG-TT---CTTT-CCG-AACACCATGTAT----ATATTTATGCATGA--G---G----TT----AGTTTGGTCCCCG-CCCCTGCCACT-CTTT-GAT-C------ACTCG-TTACG-A------GTGAA----TCAAAG-AGT-GC-GGGGGTGGGGACCAGACTAAGCATGAaggtaatgaactctttcgatac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    cttt---------CG-------ATACTT-TCCGTAC-G--CCG-------------------GG-TA-----G--TTTACATTCGG-TT---CTTT-CCGCAACGTCATGTG-----ATATAATTATGAATGAG---G----TT----AGTCTGGTCCCCGCCCCCCGCTACT-CTTT-AAA-C------ACTCGTT-----ACGAGT-G---A----TCAAAG-AGTGGC-GCGGGCGGGGACCAAACTGAGCATGAaggtacgaatgcta
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aatgaactcttt---------CG-------ATACTT-TCCGTAA-G--CCATTTCATTGACGGTCGTTAAAG-TA-----A--TTTACATTCGGTTT---ATTT-TCGTGACggtacgaatgctagtggttat
gi|20                         :                                                                                                                                        gtcattgctagtttttgcagttcatgcgcatgcttgggcggccatagtgcggcattctgggatttgtatagaactgtaatttttaactttccttaaacattaaatccaatacattttacacaaaaacatgattgctgatatataaactatctttattcagggagttctgttaagtaatataattttaactttattccttcttgacattgcgcgggaaaatgaactctttCTT-TTCGTAA-G--CCA-------------------GG-TATGGTAA--TTTACATTCGG-TT---CTTT-TCGTGACATCagtgcgcaggaaaaattctgccttcgggaatttccgta
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -G--CCA-------------------GGGTA-----A--CTTACATTCGG-TT---CTTT-CCGTAGCGTCATGTG-----CTATAATTATGCATGAG---G----TT----AGTCTGGTCCCCG-CC------ACT-ATTT-GAT-C------ACTCGTT-----ACGCGT-G---A----TCAAAT-AGAGGC-GGGGGCGGGGGCCAGACTAAGCATGAtgctttcgagaatttccgtaa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AACGTCATGTG-----ATATATGCACGA----G---G----TTCTAAAGTCTGGTCCCCG------------------------------CTTG-T------------G---A----TCAAAG-AGTGGT-GGGGGCGGggtacgaatgctagttgttat
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AT------------G---C----TT----AGTCTGG-CCCCG-CCCCCGCCTCTATTTT-GAT-C------ACGCG-TAACGAA------G---A----TCAAAT-AGT--------TCGGGGACCAGACTAAA
gi|10                         :                                                                                                                                   tgttggccgctctcggagcgctacatatacgctagtatgtattttgcagcgtaatgcgtcatgcttagtgagcatcagtgcggcattcatcggtgaagttttttatatttttaaatttttcccctaaaaacatttacgtctatgattacacaaaaacacgaactggctgatacgtatactgatctttcttcagggaagctatctgttaaggtaattatgctagcaatcaacttctcggtaattgaactcttttttatacttgtccgtaaggccaggtaacttacattcgggttctttccgtagcgtcatgtgctataatatgcatgagAT------------G---C----TT----AGTCTGGTCCCCA-CCCCCGC-ACT-CTTT-GATTC------ACTCG-T-----AACGAGTG---A----TCAAAG-AGTGGC-AGGGGCGGGGACCAAACTAAgagagtacgaaatgctagttgttatactt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ctttcgatacttcccgtaagccaggtaatttacattcggttctttccgaacaccatgtatatatttatgcatgaggAT------------G---C----TC----AGTTTGGTCCCCG-CCCGCGCCACT-CTTT-GAT-C------ACTCG-T-----AAC----G---AGTGTTTAAAG-AGTAGCGGGGGGCGGGGACCAGACTAAgaaggtacgaatgcta
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aatgaactctttcgatactttccgtacgccgggtagtttacattcggttctttccgcaacgtcatgtgatataattatgaatgaggAT------------G---C----TT----AGTCTGGCCCCCG-CCCCCGCCTCT-ATTT-GAT-C------ACGCG-T-----AACGAGTG---A----TCAAAT-AGTGGC-GG------GGACCAGACTAAgaggtacgaatgctagtggttat
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gccagggtaacttacattcggttctttccgtagcgtcatgtgctataattatgcatgaggAT------------G---C----TT----AGTCTGATTCCCG-CCCC-GCCACT-CTTTTGAT-C------ACT------------------------------------------GGCGGGAACCAGACTAAgaggtacgaatgctagttgttat
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          agg------------G---G----TT----AGTCTGGTTCCCG-CCA--G---------T-GAT-C------A-----------------------------AAAG-AGTGGC-GGG-GCGGGAATCAGACTAAGCATGAgaggtacgaatgctagcggttatactt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aT----AGTCTGGTCCCCA-CTCTCGCCCCT-CTTT-GAT-C------AATCggtacgaatgctagcggttatactt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gatgcttgcattaaacaaggtaatttgacatctccactgctgctgaggaatgagaaatagatttctaaagaggCCG-CCCCCACCACT-CTTT-GAT-C------AC------------------------------------------AAGCGGGGACCAGACTct
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aacgtcatgtgatatatgcacgaggttctaa------G---A----TCAAAG-AGGGGC-GAGAGTGGGGACCAGACTA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GACGGTCGTTAAAAGAATTTAACATTCGTTTATTTCGTGACATGTGCGCAGGAAAAATTCTGCTCTTCCGGGAATTTCCGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  111111111111111111111                                                                                                          
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                1                                                                          22222222222222222222222222                                        111111111                           33333               1111                       3333333333333333          6666666666666666666666666666            1111111111111       1111111    2222222222222222222                                                     22222    000000000000000000000  1111             111111111           111111     5555555555555555                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                             99999  66 8888  77 3  3   3 3 999999  3   6  3      3 6       3    44 3      555 3    555 3   88888888888888888888888888  555     888      3      0 999999999   444444444          555   3 3     3  99999   3      44   0000    0     3      55    8888888888888888 4    4   0000000000000000000000000000    666     8888888888888  3  0 2222222 3  3333333333333333333  3  77777 77    555     3    44 3   6               00000    666666666666666666666  0000             444444444   2       444444     8888888888888888       5                1               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                             .....  .. ....  .. .  .   . . ......  .   .  .      . .       .    .. .      ... .    ... .   ..........................  ...     ...      .      . .........   .........          ...   . .     .  .....   .      ..   ....    .     .      ..    ................ .    .   ............................    ...     .............  .  . ....... .  ...................  .  ..... ..    ...     .    .. .   .               .....    .....................  ....             .........   .       ......     ................       .                .               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                             22222  33 5555  99 3  3   3 3 666666  3   7  3      3 7       3    66 3      888 3    888 3   99999999999999999999999999  444     555      3      4 666666666   666666666          888   3 3     3  33333   6      66   2222    7     6      00    4444444444444444 0    0   1111111111111111111111111111    444     3333333333333  3  5 0000000 1  8888888888888888888  1  77777 33    888     3    66 3   7               00000    444444444444444444444  6666             222222222   5       444444     6666666666666666       7                7               
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                      ATACGTTA----GT-GT----TT--T-GC-AGC-T-A------AT-GCG-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-GTT---------CT--AT-A---------TT---TTTAA---TTTTCC-CTAAAAAC-A-T-TAAATCC-A--ATNNATTTTACACAA---AAA-C-ACGAT-TGC---CTGA-TACGTAN-ACT---ATCTTTATTCA-GGAAGT--TCTGT-----TAATTA----A-GTAA-TCT---------AA-----CGA---------CGAT---ACTTT-------------CC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-TA-----A--TTTA---CATTC-GGTT--C-TTT-CCGTAACGTCATGTG-----ATATA--TACG-----G---G----TT----AGTCTGGTCCCCG-CCCCCGCCACTCTTTGATC------ACTCG-T----A-----G---ATCAAAG-AGTGGCGGGGGCGGGGACCAGACTAAGCATGA
Reference ( family-1937 )     :                                                                                                                                                                                                                                      ATACGTTA----GT-GT----TT--T-GC-AGC-T-A------AT-GCG-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-GTT---------CT--AT-A---------TT---TTTAA---TTTTCC-CTAAAAAC-A-T-TAAGTCC-A--ATNNATTTTACACAA---AAA-C-ACGAT-TGCT--CTGA-TACGTAN-ACT---ATCTTTATTCA-GGAAGT--TCTGT-----TAATTA----A-GTAA-TCT---------AA-----CGA---------CGAT---ACTTT-------------CC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-TA-----A--TTTA---CATTC-GGTT--C-TTT-CCGTAACGTCATGTG-----ATAT------------G---G----TT----AGTCTGGTCCCCG-CCCCCGCCACTCTTTGATC------ACTCG-T----A-----G---ATCAAAG-AGTGGCGGGGGCGGGGACCAGACTAAGCATGA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                      ATACGCTA----GT-ATGTATTT--T-GC-AGCGT-A------AT-GCGTCA-TGCTTA-G-TGAGCATCAGTG--C-GGCATT---CATCGGTGAA-GTT---------TTTTAT-A---------TT---TTTAAATTTTTCCC-CTAAAAAC-ATT-TACGTCT----ATGA---TTACACAA---AAA-C-ACGA---ACTGGCTGA-TACGTAT-ACTG--ATCTTTCTTCAGGGAAGCTATCTGTTAAGGTAATTATGCTA-GCAA-TC----------AACTTCTCGG---------TAATTGAACTCTTTTTTATACTTGTCC-GTAAG---G--C-CA-------------------GG-TA-----A--CTTA---CATTCGGGTT--C-TTT-CCGTAGCGTCATGTGCTATAATAT------------GCATGAGGTTT----AGTCTGGTCCCCG--------AACTATTTGATCTTCGTTACGCG-T----------G---ATCAAAATAGAGGCGGGGGCGGGG-CCAGACTAAGCATGA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tgttggccgctctcggagcgctacat---------CGAT---ACTTC-------------CC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-TA-----A--TTTA---CATTC-GGTT--C-TTT-CCG-AACACCATGTAT----ATATTTATGCATGA--G---G----TT----AGTTTGGTCCCCG-CCCCTGCCACTCTTTGATC------ACTCG-TTACGA-----GTGAATCAAAG-AGT-GCGGGGGTGGGGACCAGACTAAGCATGAgagtacgaaatgctagttgttatactt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                  ctttATACGTTA----GT-GT----TT--TTGC-AGC-T-A------AT-GCG-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-GTT---------AT--AT-A---------TC---TTTAA---TTTTCC-TTAAAAGC----------------------TTTACACAA---AAA-C-ACGAT-TG----CTGA-TACGTAG-ACTATGATCTTTATTCA-GGAAGT--TCTaggtacgaatgcta
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tgctagcgctctcttgctggcat----G--C-CA-------------------GGGTA-----A--CTTA---CATTC-GGTT--C-TTT-CCGTAGCGTCATGTG-----CTATAATTATGCATGAG---G----TT----AGTCTGGT-------CCCCGCCACTATTTGATC------ACTCGTT----ACGCGTG---ATCAAAT-AGAGGCGGGGGCGGGGGCCAGACTAAGCATGA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                       TATGCTA----GT-CT----TT--TTGCCAGT-T-C------AT-GCG-C--TGCTTG-GGCGGCCAT-AGTGGCC-GG--TTGCCC-TGGG---A-TTTAGTATCAGACT--GT-A---------AT---TTTAAA--CTTTCC-CCATTA-C-A-T--AAATCCTA--ACCAGTTTTACACAA---AAA-CAATGAT-TG----TTGA-TAT-TAA-ACT---ATCTTggtacgaatgctagttgttat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tgACAA---AAA-C-ACGAT-TGCT----GA-TACGTAT-ACT---TTTTTTATTCA-AGAAGT--TCT-T-----TAAC------A-ATAA-CTTTTCAGGCA-AA-----TGAAGCTTCTTTCGAT---ACTTT-------------CC-GTAA----GGCC-CA-------------------GG-TA-----AT-TTTA---CATTT-GGTT--C-TTTCCCGTA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                       TACGTTAACTAGT-GC----TTC-T-GC-AGC-T-A------AT-GAG-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AA-----------------TGGG---A-GTT---------AT--AT-A---------TT---TTTGA---TATTTC-CAAAAAAC-A-T-TAAATCC-AT-TTACATTTTACACAA---AAA-C-ACGAT-ccagtctaagcatgatacgaatgct
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        T----AGTCTGGTCCCCA-CTCTCGCCCCTCTTTGATC------AATC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                    gatgcttgcattaaacaaggtaatttgacatctccactgctgctgaggaatgagaaatagatttctaaagagg--T-GC-AGC-T-ACTAGTAAT-GTG-CA-TGCTTG-G-CGACCAT-AGTG--C-GACATT---C-TGGG---A-GTT---------CT--AT-A---------TTGTATTTAG---GTTTCct
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tgctagcgcccgagcata------------G---G----TT----AGTCTGGTTCCCG-CCA--G--------TGATC------A-----------------------AAAG-AGTGGCGGGG-CGGGAATCAGACTAAGCATGA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                       aACGTT-----GT-AT----TTATT-GC-AGC-TTA------ATTGCG-CAATGCTTG-G-CGGCTAT--GTG--CGGGCATT---C-TGGG---AGGTT---------CTTGAT-A----------T---TTTAA---TTTTGC-Cggtacgaatgctagcggttatactt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ttgctagcgctcctccggcttctagcatata--AT-A---------TT---TGTTG---TTCTCCTCTAAAAACCA-TGTACGTCT-ATGATTG--TTCACACAA---AAAGC-ACGATATGC-----GAATACGTAT-ACT---TTCTT-ATT---AGAAGT--TTCTT-----TAAC------A-ATAA-CTTTTCAGGTTAAA-----TGAAGCTTCTTTCGAT---ACTT--------------CC-GTAA----GG-C-CA-------------------GG-TA-----ATTTTTA---CATTC-GGTTTGC-TTTCCCGTAAacctaatgattgacttggttgatgtgaatatttgttgttctcctctaaaaaccatgtacgtctatgattgttcacacaaaaagcacgatatgcgaatacgtatactttcttattagaagtttctttaacaataacttttcaggttaaatgaagcttctttcgatacttccgtaaggccaggtaatttttacattcggtttgctttcccgtaagcgagtctaaggcatgaggt
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ttgctagcgctcctccggcttctagcatataacgttgtatttattgcagcttaattgcgcaatgcttggcggctatgtgcgggcattctgggaggttcttgatattttaattttgccacctaatgattgacttggttgatgtgaCTTT-------------TC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-TATGGTAA--TTTA---CATTC-GGTT--C-TTT-TCGTGACATCgcgagtctaaggcatgaggt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AACGTCATGTG-----ATATATGCACGA----G---G----TTCTAAAGTCTGGTCCCCG---------------------------CTTG-T----------G---ATCAAAG-AGTGGTGGGGGCGGtgctttcgagaatttccgtaa
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  A-GGAAGT--TCTG---------TTA----A-GTAA-TCT---------A--------A---------CAAT---ACCTT-------------TT------------T-CA-------------------GG-TA-----A--T
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                          GCTA----GT--T----TT--T-GC-AGT-T-C------AT-GCG-CA-TGCTTG-GGCGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-TTT---------GT--AT-AGAACTGTAATT---TTTAA---CTTTCC-TTAAA--C-A-T-TAAATCC-A--ATACATTTTACACAA---AAA-C-ATGAT-TG----CTGA-TATATAA-ACT---ATCTTTATTCA-GGGAGT--TCTGT-----TAAGTA----ATATAATTTT---------AA-----CT----------TTAT---TCCTT-------------CT--TGACATTG--CGCG-------------------GG-AA-----A--ATGAACTCTTTC-GATA--C-TTT-CCGTAA-GCCATgaactctttcgatac
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       gtcatt---------CGAT---ACTTT-------------CC-GTAA----G--C-CATTTCATTGACGGTCGTTAAAG-TA-----A--TTTA---CATTC-GGTT--TATTT-TCGTGACttcattgacggtcgttaaagtaatttacattcggtttattttcgtgacagtgcgcaggaaaaattctgccttcgggaatttccgta
gi|4                          : gtcattgctagtttttgcagttcatgcgcatgcttgggcggccatagtgcggcattctgggatttgtatagaactgtaatttttaactttccttaaacattaaatccaatacattttacacaaaaacatgattgctgatatataaactatctttattcagggagttctgttaagtaatataattttaactttattccttcttgacattgcgcgggaaaatgaactctttATACGTTA----GT-GT----TT--T-GC-AGC-T-A------AT-GCGGCA-TGCTTG---CAGCCAT-AGTG--C-GGCCTT---C-TGGG---A-GTT---------CT--AT-A---------TT---TTTAA---TTTTCC-CTAAAAAC-A-T-TAAATCC-A--ATTCATTTTACACAA---AAA-C-ACGAT-TGTTAATTGA-TATGTATTACT---ATTCTTATTCA-GGAAGT--TCTGT-----TAATTA----A-GTAA-CCT---------AA-----TAA---------CAAC---ACTTT-------------CC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-CA-----A--TTTA---CATTC-GGTT--A-TTT-CCGTAACGTCATGTG-----ATAT------------G---G----TT----AGTCTGGTCCCCG-CCCCCGCCACTCTTTGATC------ACTCG-T----A-----G---ATCAAAG-AGTGGCGGAAGCGGGGACCAGACTAAACATGAagtgcgcaggaaaaattctgccttcgggaatttccgta
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                      ATACAT------GTAGT----TT--T-GC-AGC-T-A------CT-GCG-CA-TGCTTGAG-TGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---G-TGGG---A-GTT---------AT--AT-AGAACTGTAATT---TTTAC---TTTTTC--TAAAAGC-A-T-TAAATCC-A--ATACATTTT---------GAA-T--TGAT-TGCT--ATAA-T--GTAA-ACT---A---------A-GAA------CTG---------TTA----A-GTGA-TAT---------AA-----AAA---------TA-----ACTGT----------------GT---------T-CA-------------------AG-TG-----A--TTTA---CATTC-GGTT--C-TTT-TCGTGAC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                        ctagcgccctcgggcgctggt--T-GC-AGA-T-A------AT-GCG-CA-TGTTTG-G-CAGCTAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-GTT---------CT--AT-A---------TT---TTTAA---TTTTCC-CTAAAAAC-A-T-TACGTCT-A----TGATTTTACACAATTTAAA-C-ACGAT-TG----CTGA-TATGTAT-ACT---ATCTTTATTCA-GGAAGT--TCTG---------TTA----A-GTAA-TCT---------AA-----CAA---------TA-----ACTTT-------------TCAGTTA----A--T-GA-------------------AG-T------A--T--------TTC-GATG--C-TTT-CCGTAA-GTCAGGTA-----ATAagtgcgtgggaaaaattctgccctctcgagtct
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                  agcgcctcagcactagcataATACTTTC----GT-GT----TT--TTGT-AGC-T-A------AT-GCG-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AATG--C-AGCATT---C-TGGG---A-GTTATACAAAA-CT--GTAA---------TT---TTTAT---TTTTCC-CTAAAAAC-A-T-TAA-TCC-A--ATAAATTTTACACAA---AAA-C-ACGAT-TG----CTGA-TACGTAC-ACT---ATCTCTATTCA-GGGAGT--TCTG---------TTA----A-ATAA-TCT---------AA-----
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                    ttgctagtgccctggcatatACGTTA----GT-AT----TT--TTGC-AGC-A-A------AT-GCG-CA-TGCTTG-G-CTGTCAT-GGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A---T---------TT--AT-A---------T------------------------AAC----------CC-A--ATAAATTTTACACAA---AAA-C-GCGAT-TG----CTAA-TACATAC-ACT-------------A-GACAAT--TCTG---------TGA----A-GTAA-TCC---------AG-----Caaataacttttcagataatgaact
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tgctagcgctatcgaacgctggcatatatgcggc---------CGAT---ACTTT-------------CC-GTAC----G--C-CG-------------------GG-TA-----G--TTTA---CATTC-GGTT--C-TTT-CCGCAACGTCATGTG-----ATATAATTATGAATGAG---G----TT----AGTCTGGTCCCCGCCCCCCGCTACTCTTTAAAC------ACTCGTT----ACGAGTG---ATCAAAG-AGTGGCGCGGGCGGGGACCAAACTGAGCATGAattaacttttcagataatgaactcttttga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GACGGTCGTTAAAAGAATTTAACATTCGTTTATTTCGTGACATGTGCGCAGGAAAAATTCTGCTCTTCCGGGAATTTCCGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                1                                                                           22222222222222222222222222                                          111111                             33333                1111                       3333333333333333          6666666666666666666666666666            1111111111111       1111111    2222222222222222222                                                             88888888888888888    1111             111111111           111111     5555555555555555                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                             99999  66 8888  77 3  3   3 3 999999  3  3 3  3      3 6       3    44 3      555 3    555 3   88888888888888888888888888  555     888      3      2 3  777      3 666666           555   3 3   3  3  00000   3 3     44   0000    0     3      55    8888888888888888 4    4   0000000000000000000000000000    666     8888888888888  3  0 2222222 3  3333333333333333333  3  77777 77    555     3    44 3   6               77  5   88888888888888888    0000             444444444   2       444444     8888888888888888       5                1               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                             .....  .. ....  .. .  .   . . ......  .  . .  .      . .       .    .. .      ... .    ... .   ..........................  ...     ...      .      . .  ...      . ......           ...   . .   .  .  .....   . .     ..   ....    .     .      ..    ................ .    .   ............................    ...     .............  .  . ....... .  ...................  .  ..... ..    ...     .    .. .   .               ..  .   .................    ....             .........   .       ......     ................       .                .               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                             22222  33 5555  99 3  3   3 3 666666  3  3 3  3      3 7       3    66 3      888 3    888 3   99999999999999999999999999  444     555      3      5 6  111      6 555555           888   3 3   3  3  88888   6 6     66   2222    7     6      00    4444444444444444 0    0   1111111111111111111111111111    444     3333333333333  3  5 0000000 1  8888888888888888888  1  77777 33    888     3    66 3   7               99  7   22222222222222222    6666             222222222   5       444444     6666666666666666       7                7               
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                      ATACGTTA----GT-GT----TT--T-GC-AGC-T-A------AT-GC-G-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-GTT---------CT--AT-A---------TT---TTTAA---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T-AAATCC-A--ATNNATTTTACACAA---AAA-C-ACG-AT-TG----CTGA-T-ACGTA-NACT---ATCTTTATTCA-GGAAGT--TCTGT-----TAATTA----A-GTAA-TCT---------AA-----CGA---------CGAT---ACTTT-------------CC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-TA-----A--TTTA---CATTC-GGTT--C-TTT-CCGTAACGTCATGTG--AT-ATA-TT--AC----G-ATGAGGTT----AGTCTGGTCCCCG-CCCCCGCCACTCTTTGATC------ACTCG-T----A-----G---ATCAAAG-AGTGGCGGGGGCGGGGACCAGACTAAGCATGA
Reference ( family-1937 )     :                                                                                                                                                                                                                                      ATACGTTA----GT-GT----TT--T-GC-AGC-T-A------AT-GC-G-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-GTT---------CT--AT-A---------TT---TTTAA---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T-AAATCC-A--ATNNATTTTACACAA---AAA-C-ACG-AT-TGC---CTGA-T-ACGTA-NACT---ATCTTTATTCA-GGAAGT--TCTGT-----TAATTA----A-GTAA-TCT---------AA-----CGA---------CGAT---ACTTT-------------CC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-TA-----A--TTTA---CATTC-GGTT--C-TTT-CCGTAACGTCATGTG--AT-ATA--T--AC----G-----GGTT----AGTCTGGTCCCCG-CCCCCGCCACTCTTTGATC------ACTCG-T----A-----G---ATCAAAG-AGTGGCGGGGGCGGGGACCAGACTAAGCATGA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                      ATACGCTA----GT-ATGTATTT--T-GC-AGCGT-A------AT-GC-GTCA-TGCTTA-G-TGAGCATCAGTG--C-GGCATT---CATCGGTGAA-GTT---------TTTTAT-A---------TT---TTTAAATTTTTCCC-CTAAAAAC-AT-TTACGTCT-A----TGATT--ACACAA---AAA-C-ACGAAC-TGG---CTGA-T-ACGTA-TACTG--ATCTTTCTTCAGGGAAGCTATCTGTTAAGGTAATTATGCTA-GCAA-TC----------AACTTCTCGG---------TAATTGAACTCTTTTTTATACTTGTCC-GTAAG---G--C-CA-------------------GG-TA-----A--CTTA---CATTCGGGTT--C-TTT-CCGTAGCGTCATGTGCTATAATA--T--GCATGAG-----GTTT----AGTCTGGTCCCCG--------AACTATTTGATCTTCGTTACGCG-T----------G---ATCAAAATAGAGGCGGGGGCGGGG-CCAGACTAAGCATGA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tgttggccgctctcggagcgctacat---------CGAT---ACTTC-------------CC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-TA-----A--TTTA---CATTC-GGTT--C-TTT-CCG-AACACCATGT---AT-ATATTT--AT----GCATGAGGTT----AGTTTGGTCCCCG-CCCCTGCCACTCTTTGATC------ACTCG-TTACGA-----GTGAATCAAAG-AGT-GCGGGGGTGGGGACCAGACTAAGCATGAgagtacgaaatgctagttgttatactt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                  ctttATACGTTA----GT-GT----TT--TTGC-AGC-T-A------AT-GC-G-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-GTT---------AT--AT-A---------TC---TTTAA---TTTTCC-TTAAAAGC----------------------TTTACACAA---AAA-C-ACG-AT-TG----CTGA-T-ACGTA-GACTATGATCTTTATTCA-GGAAGT--TCTaggtacgaatgcta
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tgctagcgctctcttgctggcat----G--C-CA-------------------GGGTA-----A--CTTA---CATTC-GGTT--C-TTT-CCGTAGCGTCATGTG--CT-ATAATT--AT----GCATGAGGTT----AGTCTGGT-------CCCCGCCACTATTTGATC------ACTCGTT----ACGCGTG---ATCAAAT-AGAGGCGGGGGCGGGGGCCAGACTAAGCATGA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                       TATGCTA----GT-CT----TT--TTGCCAGT-T-C------AT-GC-G-C--TGCTTG-GGCGGCCAT-AGTGGCC-GG--TTGCCC-TGGG---A-TTTAGTATCAGACT--GT-A---------AT---TTTAAA--CTTTCC-CCATTA-C-AT---AAATCCTA--ACCAGTTTTACACAA---AAA-CAATG-AT-TG----TTGA-T-AT-TA-AACT---ATCTTggtacgaatgctagttgttat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tgACAA---AAA-C-ACG-AT-TGC----TGA-T-ACGTA-TACT---TTTTTTATTCA-AGAAGT--TCT-T-----TAAC------A-ATAA-CTTTTCAGGCA-AA-----TGAAGCTTCTTTCGAT---ACTTT-------------CC-GTAA----GGCC-CA-------------------GG-TA-----AT-TTTA---CATTT-GGTT--C-TTTCCCGTA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                       TACGTTAACTAGT-GC----TTC-T-GC-AGC-T-A------AT-GA-G-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AATG-----------------GG---A-GTT---------AT--AT-A---------TT---TTTGA---TATTTC-CAAAAAAC-AT-T-AAATCC-AT-TTACATTTTACACAA---AAA-C-ACG-AT-ccagtctaagcatgatacgaatgct
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        T----AGTCTGGTCCCCA-CTCTCGCCCCTCTTTGATC------AATC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                    gatgcttgcattaaacaaggtaatttgacatctccactgctgctgaggaatgagaaatagatttctaaagagg--T-GC-AGC-T-ACTAGTAAT-GT-G-CA-TGCTTG-G-CGACCAT-AGTG--C-GACATT---C-TGGG---A-GTT---------CT--AT-A---------TTGTATTTAG---GTTTCct
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tgctagcgcccgagcata-----GGTT----AGTCTGGTTCCCG-CCA--G--------TGATC------A-----------------------AAAG-AGTGGCGGGG-CGGGAATCAGACTAAGCATGA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                       aACGTT-----GT-AT----TTATT-GC-AGC-TTA------ATTGC-G-CAATGCTTG-G-CGGCTAT--GTG--CGGGCATT---C-TGGG---AGGTT---------CTTGAT-A----------T---TTTAA---TTTTGC-Cggtacgaatgctagcggttatactt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttgctagcgctcctccggcttctagcatata--AT-A---------TT---TGTTG---TTCTCCTCTAAAAACCATGT-ACGTCT-ATGATTG--TTCACACAA---AAAGC-ACG-ATATGC-----GAAT-ACGTA-TACT---TTCTT-ATT---AGAAGT--TTCTT-----TAAC------A-ATAA-CTTTTCAGGTTAAA-----TGAAGCTTCTTTCGAT---ACTT--------------CC-GTAA----GG-C-CA-------------------GG-TA-----ATTTTTA---CATTC-GGTTTGC-TTTCCCGTAAacctaatgattgacttggttgatgtgaatatttgttgttctcctctaaaaaccatgtacgtctatgattgttcacacaaaaagcacgatatgcgaatacgtatactttcttattagaagtttctttaacaataacttttcaggttaaatgaagcttctttcgatacttccgtaaggccaggtaatttttacattcggtttgctttcccgtaagcgagtctaaggcatgaggt
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttgctagcgctcctccggcttctagcatataacgttgtatttattgcagcttaattgcgcaatgcttggcggctatgtgcgggcattctgggaggttcttgatattttaattttgccacctaatgattgacttggttgatgtgaCTTT-------------TC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-TATGGTAA--TTTA---CATTC-GGTT--C-TTT-TCGTGACATCgcgagtctaaggcatgaggt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AACGTCATGTG--AT-ATA--TGCAC----GA----GGTTCTAAAGTCTGGTCCCCG---------------------------CTTG-T----------G---ATCAAAG-AGTGGTGGGGGCGGtgctttcgagaatttccgtaa
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     A-GGAAGT--TCTG---------TTA----A-GTAA-TCT---------A--------A---------CAAT---ACCTT-------------TT------------T-CA-------------------GG-TA-----A--T
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                          GCTA----GT--T----TT--T-GC-AGT-T-C------AT-GC-G-CA-TGCTTG-GGCGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-TTT---------GT--AT-AGAACTGTAATT---TTTAA---CTTTCC-TTAAA--C-AT-T-AAATCC-A--ATACATTTTACACAA---AAA-C-ATG-AT-TG----CTGA-T-ATATA-AACT---ATCTTTATTCA-GGGAGT--TCTGT-----TAAGTA----ATATAATTTT---------AA-----CT----------TTAT---TCCTT-------------CT--TGACATTG--CGCG-------------------GG-AA-----A--ATGAACTCTTTC-GATA--C-TTT-CCGTAA-GCCATgaactctttcgatac
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          gtcatt---------CGAT---ACTTT-------------CC-GTAA----G--C-CATTTCATTGACGGTCGTTAAAG-TA-----A--TTTA---CATTC-GGTT--TATTT-TCGTGACttcattgacggtcgttaaagtaatttacattcggtttattttcgtgacagtgcgcaggaaaaattctgccttcgggaatttccgta
gi|4                          : gtcattgctagtttttgcagttcatgcgcatgcttgggcggccatagtgcggcattctgggatttgtatagaactgtaatttttaactttccttaaacattaaatccaatacattttacacaaaaacatgattgctgatatataaactatctttattcagggagttctgttaagtaatataattttaactttattccttcttgacattgcgcgggaaaatgaactctttATACGTTA----GT-GT----TT--T-GC-AGC-T-A------AT-GCGG-CA-TGCTT--G-CAGCCAT-AGTG--C-GGCCTT---C-TGGG---A-GTT---------CT--AT-A---------TT---TTTAA---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T-AAATCC-A--ATTCATTTTACACAA---AAA-C-ACG-AT-TGTTAATTGA-T-ATGTATTACT---ATTCTTATTCA-GGAAGT--TCTGT-----TAATTA----A-GTAA-CCT---------AA-----TAA---------CAAC---ACTTT-------------CC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-CA-----A--TTTA---CATTC-GGTT--A-TTT-CCGTAACGTCATGTG--AT-AT------------------GGTT----AGTCTGGTCCCCG-CCCCCGCCACTCTTTGATC------ACTCG-T----A-----G---ATCAAAG-AGTGGCGGAAGCGGGGACCAGACTAAACATGAagtgcgcaggaaaaattctgccttcgggaatttccgta
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                      ATACAT------GTAGT----TT--T-GC-AGC-T-A------CT-GC-G-CA-TGCTTGAG-TGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---G-TGGG---A-GTT---------AT--AT-AGAACTGTAATT---TTTAC---TTTTTC--TAAAAGC-AT-T-AAATCC-A--ATACATTTT---------GAA-T--TG-AT-TGC---T--A-TAATGTA-AACT---A---------A-GAA------CTG---------TTA----A-GTGA-TAT---------AA-----AAA---------TA-----ACTGT----------------GT---------T-CA-------------------AG-TG-----A--TTTA---CATTC-GGTT--C-TTT-TCGTGAC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                        ctagcgccctcgggcgctggt--T-GC-AGA-T-A------AT-GC-G-CA-TGTTTG-G-CAGCTAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-GTT---------CT--AT-A---------TT---TTTAA---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T-ACGTCT-A----TGATTTTACACAATTTAAA-C-ACG-AT-TG----CTGA-T-ATGTA-TACT---ATCTTTATTCA-GGAAGT--TCTG---------TTA----A-GTAA-TCT---------AA-----CAA---------TA-----ACTTT-------------TCAGTTA----A--T-GA-------------------AG-T------A--T--------TTC-GATG--C-TTT-CCGTAA-GTCAGGTA--AT-Aagtgcgtgggaaaaattctgccctctcgagtct
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                  agcgcctcagcactagcataATACTTTC----GT-GT----TT--TTGT-AGC-T-A------AT-GC-G-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AATG--C-AGCATT---C-TGGG---A-GTTATACAAAA-CT--GTAA---------TT---TTTAT---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T--AATCC-A--ATAAATTTTACACAA---AAA-C-ACG-AT-TG----CTGA-T-ACGTA-CACT---ATCTCTATTCA-GGGAGT--TCTG---------TTA----A-ATAA-TCT---------AA-----
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                    ttgctagtgccctggcatatACGTTA----GT-AT----TT--TTGC-AGC-A-A------AT-GC-G-CA-TGCTTG-G-CTGTCAT-GGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A---T---------TT--AT-A---------T----------------------------------AACCC-A--ATAAATTTTACACAA---AAA-C-GCG-AT-TG----CTAA-T-ACATA-CACT-------------A-GACAAT--TCTG---------TGA----A-GTAA-TCC---------AG-----Caaataacttttcagataatgaact
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tgctagcgctatcgaacgctggcatatatgcggc---------CGAT---ACTTT-------------CC-GTAC----G--C-CG-------------------GG-TA-----G--TTTA---CATTC-GGTT--C-TTT-CCGCAACGTCATGTG--AT-ATAATT--AT----GAATGAGGTT----AGTCTGGTCCCCGCCCCCCGCTACTCTTTAAAC------ACTCGTT----ACGAGTG---ATCAAAG-AGTGGCGCGGGCGGGGACCAAACTGAGCATGAattaacttttcagataatgaactcttttga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GACGGTCGTTAAAAGAATTTAACATTCGTTTATTTCGTGACATGTGCGCAGGAAAAATTCTGCTCTTCCGGGAATTTCCGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                1                                                                           2222222222222222222222222                                          111111                                                  1111                       7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777               1111111    2222222222222222222                                                           55555555555         1111             111111111           111111     5555555555555555                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                             99999  66 8888  77 3  3   3 3 999999  3  3 3  3      3 6       3    44 3      555 3    555 3   8888888888888888888888888  555     888      3      2 3  777  1   3 666666           555   3 3    44 3  7777     3     44   0000  1         3     55   5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555      3   3    1111111 2  2222222222222222222  2  77777 66   3 555   3    3  44 3   6      0            55555555555 0    5  0000             444444444   2       444444     8888888888888888       5                1               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                             .....  .. ....  .. .  .   . . ......  .  . .  .      . .       .    .. .      ... .    ... .   .........................  ...     ...      .      . .  ...  .   . ......           ...   . .    .. .  ....     .     ..   ....  .         .     ..   ......................................................................      .   .    ....... .  ...................  .  ..... ..   . ...   .    .  .. .   .      .            ........... .    .  ....             .........   .       ......     ................       .                .               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                             22222  33 5555  99 3  3   3 3 666666  3  3 3  3      3 7       3    66 3      888 3    888 3   9999999999999999999999999  444     555      3      5 6  111  7   6 555555           888   3 3    66 3  7777     6     66   2222  2         6     00   4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444      1   1    6666666 9  1111111111111111111  9  11111 88   1 444   1    1  22 1   2      4            66666666666 3    0  6666             222222222   5       444444     6666666666666666       7                7               
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                      ATACGTTA----GT-GT----TT--T-GC-AGC-T-A------AT-GC-G-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-GTT---------CT--ATA---------TT---TTTAA---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T-AAATCC-A--ATNNATTTTACACAA---AAA-C-ACGA--T-TG----CTGAT-ACGTA-NACT---ATCTTTATTCAGG-AAGTT--CTGTTAA-----TTA----A-GTAA-TC----------T---------AAC--GA---------CG-------ATACTT-TCC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-TA-----A--TTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-CCGTAACGTCATGTGATAT-A---TTATGCATGAGG-TT----AGTCTGGTCCCCG-CCCCCGCCACTCTTTGATC------ACTCG-T----A-----G---ATCAAAG-AGTGGCGGGGGCGGGGACCAGACTAAGCATGA
Reference ( family-1937 )     :                                                                                                                                                                                                                                      ATACGTTA----GT-GT----TT--T-GC-AGC-T-A------AT-GC-G-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-GTT---------CT--ATA---------TT---TTTAA---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T-AAATCC-A--ATNNATTTTACACAA---AAA-C-ACGA--T-TG----CTGAT-ACGTA-NACT---ATCTTTATTCAGG-AAGTT--CTGTTAA-----TTA----A-GTAA-TC----------T---------AAC--GA---------CG-------ATACTT-TCC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-TA-----A--TTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-CCGTAACGTCATGTGATAT-A---TTACG-ATGAGG-TT----AGTCTGGTCCCCG-CCCCCGCCACTCTTTGATC------ACTCG-T----A-----G---ATCAAAG-AGTGGCGGGGGCGGGGACCAGACTAAGCATGA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                      ATACGCTA----GT-ATGTATTT--T-GC-AGCGT-A------AT-GC-GTCA-TGCTTA-G-TGAGCATCAGTG--C-GGCATT---CATCGGTGAA-GTT---------TTTTATA---------TT---TTTAAATTTTTCCC-CTAAAAAC-AT-TTACGTCT-A----TGATT--ACACAA---AAA-C-ACGAACT-GG----CTGAT-ACGTA-TACTG--ATCTTTCTTCAGGGAAGCTATCTGTTAAGGTAATTATGCTA-GCAA-TCAACTTCTCGGT---------AATTGAA---------CTCTTTTTTATACTTGTCC-GTAA----GG-C-CA-------------------GG-TA-----A--CTT-A---CAT-TCGGGTT--C-TTT-CCGTAGCGTCATGTGCTAT-A---ATATGCATGAGGTTT----AGTCTGGTCCCCG--------AACTATTTGATCTTCGTTACGCG-T----------G---ATCAAAATAGAGGCGGGGGCGGGG-CCAGACTAAGCATGA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tgttggccgctctcggagcgctacat---------CG-------ATACTT-CCC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-TA-----A--TTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-CCG-AACACCATGT-ATAT-AT--TTATGCATGAGG-TT----AGTTTGGTCCCCG-CCCCTGCCACTCTTTGATC------ACTCG-TTACGA-----GTGAATCAAAG-AGT-GCGGGGGTGGGGACCAGACTAAGCATGAgagtacgaaatgctagttgttatactt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                  ctttATACGTTA----GT-GT----TT--TTGC-AGC-T-A------AT-GC-G-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-GTT---------AT--ATA---------TC---TTTAA---TTTTCC-TTAAAAGC----------------------TTTACACAA---AAA-C-ACGA--T-TG----CTGAT-ACGTA-GACTATGATCTTTATTCAGG-AAGTT--CTaggtacgaatgcta
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tgctagcgctctcttgctggcat----G--C-CA-------------------GGGTA-----A--CTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-CCGTAGCGTCATGTGCTATAA---TTATGCATGAGG-TT----AGTCTGGT-------CCCCGCCACTATTTGATC------ACTCGTT----ACGCGTG---ATCAAAT-AGAGGCGGGGGCGGGGGCCAGACTAAGCATGA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                       TATGCTA----GT-CT----TT--TTGCCAGT-T-C------AT-GC-G-C--TGCTTG-GGCGGCCAT-AGTGGCC-GG--TTGCCC-TGGG---A-TTTAGTATCAGACT--GTA---------AT---TTTAAA--CTTTCC-CCATTA-C-AT---AAATCCTA--ACCAGTTTTACACAA---AAA-CAATGA--T-TG----TTGAT-AT-TA-AACT---ATCTTggtacgaatgctagttgttat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tgACAA---AAA-C-ACGA--T-TG----CTGAT-ACGTA-TACT---TTTTTTATTCAAG-AAGTT--CT-TTAA-----C------A-ATAA-CT----------TTTCAGGCA-AAT--GAAGCTTCTTTCG-------ATACTT-TCC-GTAA----GGCC-CA-------------------GG-TA-----AT-TTT-A---CAT-TTGG-TT--C-TTTCCCGTA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                       TACGTTAACTAGT-GC----TTC-T-GC-AGC-T-A------AT-GA-G-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AATG-----------------GG---A-GTT---------AT--ATA---------TT---TTTGA---TATTTC-CAAAAAAC-AT-T-AAATCC-AT-TTACATTTTACACAA---AAA-C-ACGA--T-ccagtctaagcatgatacgaatgct
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                G-------ATGCTT-GCA-TTAA----A--C-AA-------------------GG-TA-----A--TTTGA---CATCTCCA-CT--G-CTG-CTG--AGG-AATGAGAAAT-AGATTTCTA-AAGAGG-T-----AGTCTGGTCCCCA-CTCTCGCCCCTCTTTGATC------AATC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                             --T-GC-AGC-T-ACTAGTAAT-GT-G-CA-TGCTTG-G-CGACCAT-AGTG--C-GACATT---C-TGGG---A-GTT---------CT--ATA---------TTGTATTTAG---GTTTCct
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tgctagcgcccgagcataAGG-TT----AGTCTGGTTCCCG-CCA--G--------TGATC------A-----------------------AAAG-AGTGGCGGGG-CGGGAATCAGACTAAGCATGA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                        ACGTT-----GT-AT----TTATT-GC-AGC-TTA------ATTGC-G-CAATGCTTG-G-CGGCTAT--GTG--CGGGCATT---C-TGGG---AGGTT---------CTTGATA----------T---TTTAA---TTTTGC-Cggtacgaatgctagcggttatactt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttgctagcgctcctccggcttctagcatata--ATA---------TT---TGTTG---TTCTCCTCTAAAAACCATGT-ACGTCT-ATGATTG--TTCACACAA---AAAGC-ACGA--TATG----CGAAT-ACGTA-TACT---TTC-TTATT--AG-AAGTT--TCTTTAA-----C------A-ATAA-CT----------TTTCAGGTTAAAT--GAAGCTTCTTTCG-------ATAC-T-TCC-GTAAG---G--C-CA-------------------GG-TA-----ATTTTT-A---CAT-TCGG-TTTGC-TTTCCCGTAAacctaatgattgacttggttgatgtgaatatttgttgttctcctctaaaaaccatgtacgtctatgattgttcacacaaaaagcacgatatgcgaatacgtatactttcttattagaagtttctttaacaataacttttcaggttaaatgaagcttctttcgatacttccgtaaggccaggtaatttttacattcggtttgctttcccgtaagcgagtctaaggcatgaggt
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ttgctagcgctcctccggcttctagcatataacgttgtatttattgcagcttaattgcgcaatgcttggcggctatgtgcgggcattctgggaggttcttgatattttaattttgccacctaatgattgacttggttgatgtgaCTT-TTC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-TATGGTAA--TTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-TCGTGACATCgcgagtctaaggcatgaggt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AACGTCATGTGATAT-A----TGC--ACGAGG-TTCTAAAGTCTGGTCCCCG---------------------------CTTG-T----------G---ATCAAAG-AGTGGTGGGGGCGGtgctttcgagaatttccgtaa
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AGG-AAGTT--CTG---------TTA----A-GTAA-TC----------T---------A-----A---------CA-------ATACCT-TTT------------T-CA-------------------GG-TA-----A--T
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                          GCTA----GT--T----TT--T-GC-AGT-T-C------AT-GC-G-CA-TGCTTG-GGCGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-TTT---------GT--ATAGAACTGTAATT---TTTAA---CTTTCC-TTAAA--C-AT-T-AAATCC-A--ATACATTTTACACAA---AAA-C-ATGA--T-TG----CTGAT-ATATA-AACT---ATCTTTATTCAGG-GAGTT--CTGTTAA-----GTA----ATATAATTT----------T---------AAC--T----------TT-------ATTCCT-TCT--TGACATTG--CGCG-------------------GG-AA-----A--ATG-AACTCTT-TCGA-TA--C-TTT-CCGTAA-GCCATgaactctttcgatac
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gtcatt---------CG-------ATACTT-TCC-GTAA----G--C-CATTTCATTGACGGTCGTTAAAG-TA-----A--TTT-A---CAT-TCGG-TT--TATTT-TCGTGACttcattgacggtcgttaaagtaatttacattcggtttattttcgtgacagtgcgcaggaaaaattctgccttcgggaatttccgta
gi|4                          : gtcattgctagtttttgcagttcatgcgcatgcttgggcggccatagtgcggcattctgggatttgtatagaactgtaatttttaactttccttaaacattaaatccaatacattttacacaaaaacatgattgctgatatataaactatctttattcagggagttctgttaagtaatataattttaactttattccttcttgacattgcgcgggaaaatgaactctttATACGTTA----GT-GT----TT--T-GC-AGC-T-A------AT-GCGG-CA-TGCTT--G-CAGCCAT-AGTG--C-GGCCTT---C-TGGG---A-GTT---------CT--ATA---------TT---TTTAA---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T-AAATCC-A--ATTCATTTTACACAA---AAA-C-ACGA--T-TGTTAATTGAT-ATGTATTACT---ATTCTTATTCAGG-AAGTT--CTGTTAA-----TTA----A-GTAA-CC----------T---------AAT--AA---------CA-------ACACTT-TCC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-CA-----A--TTT-A---CAT-TCGG-TT--A-TTT-CCGTAACGTCATGTGATAT---------------GG-TT----AGTCTGGTCCCCG-CCCCCGCCACTCTTTGATC------ACTCG-T----A-----G---ATCAAAG-AGTGGCGGAAGCGGGGACCAGACTAAACATGAagtgcgcaggaaaaattctgccttcgggaatttccgta
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                      ATACAT------GTAGT----TT--T-GC-AGC-T-A------CT-GC-G-CA-TGCTTGAG-TGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---G-TGGG---A-GTT---------AT--ATAGAACTGTAATT---TTTAC---TTTTTC--TAAAAGC-AT-T-AAATCC-A--ATACATTTT---------GAA-T--TGA--T-TG----CT-ATAATGTA-AACT---A---------AGA-A------CTG---------TTA----A-GTGA-TA----------T---------AAA--AA---------TA---------ACTG-T---GT---------T-CA-------------------AG-TG-----A--TTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-TCGTGAC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                        ctagcgccctcgggcgctggt--T-GC-AGA-T-A------AT-GC-G-CA-TGTTTG-G-CAGCTAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-GTT---------CT--ATA---------TT---TTTAA---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T-ACGTCT-A----TGATTTTACACAATTTAAA-C-ACGA--T-TG----CTGAT-ATGTA-TACT---ATCTTTATTCAGG-AAGTT--CTG---------TTA----A-GTAA-TC----------T---------AAC--AA---------TA---------ACTT-TTCAGTTA----A--T-GA-------------------AG-T------A--T---------T-TCGA-TG--C-TTT-CCGTAA-GTCAGGTAATAagtgcgtgggaaaaattctgccctctcgagtct
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                  agcgcctcagcactagcataATACTTTC----GT-GT----TT--TTGT-AGC-T-A------AT-GC-G-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AATG--C-AGCATT---C-TGGG---A-GTTATACAAAA-CT--GTAA--------TT---TTTAT---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T-AA-TCC-A--ATAAATTTTACACAA---AAA-C-ACGA--T-TG----CTGAT-ACGTA-CACT---ATCTCTATTCAGG-GAGTT--CTG---------TTA----A-ATAA-TC----------T---------AA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                    ttgctagtgccctggcatatACGTTA----GT-AT----TT--TTGC-AGC-A-A------AT-GC-G-CA-TGCTTG-G-CTGTCAT-GGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A---T---------TT--ATA---------T----------------------------------AACCC-A--ATAAATTTTACACAA---AAA-C-GCGA--T-TG----CTAAT-ACATA-CACT-------------AGA-CAATT--CTG---------TGA----A-GTAA-TC----------C---------AGC--aaataacttttcagataatgaact
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tgctagcgctatcgaacgctggcatatatgcggc---------CG-------ATACTT-TCC-GTAC----G--C-CG-------------------GG-TA-----G--TTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-CCGCAACGTCATGTGATATAA---TTATGAATGAGG-TT----AGTCTGGTCCCCGCCCCCCGCTACTCTTTAAAC------ACTCGTT----ACGAGTG---ATCAAAG-AGTGGCGCGGGCGGGGACCAAACTGAGCATGAattaacttttcagataatgaactcttttga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GACGGTCGTTAAAAGAATTTAACATTCGTTTATTTCGTGACATGTGCGCAGGAAAAATTCTGCTCTTCCGGGAATTTCCGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                1                                                                           2222222222222222222222222                                          111111                                                  1111                       7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777               1111111    2222222222222222222                                                              22222222             1111             111111111           111111     5555555555555555                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                             99999  66 8888  77 3  3   3 3 999999  3  3 3  3      3 6       3    44 3      555 3    555 3   8888888888888888888888888  555     888      3      2 3  777  1   3 666666           555   3 3    44 3  7777     3     44   0000  1         3     55   5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555      3   3    1111111 2  2222222222222222222  2  77777 66   3 555   3    3  44 3   6      66  3       4   11111111     2    4  0000             444444444   2       444444     8888888888888888       5                1               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                             .....  .. ....  .. .  .   . . ......  .  . .  .      . .       .    .. .      ... .    ... .   .........................  ...     ...      .      . .  ...  .   . ......           ...   . .    .. .  ....     .     ..   ....  .         .     ..   ......................................................................      .   .    ....... .  ...................  .  ..... ..   . ...   .    .  .. .   .      ..  .       .   ........     .    .  ....             .........   .       ......     ................       .                .               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                             22222  33 5555  99 3  3   3 3 666666  3  3 3  3      3 7       3    66 3      888 3    888 3   9999999999999999999999999  444     555      3      5 6  111  7   6 555555           888   3 3    66 3  7777     6     66   2222  2         6     00   4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444      1   1    6666666 9  1111111111111111111  9  11111 88   1 444   1    1  22 1   2      55  3       0   22222222     0    4  6666             222222222   5       444444     6666666666666666       7                7               
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                      ATACGTTA----GT-GT----TT--T-GC-AGC-T-A------AT-GC-G-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-GTT---------CT--ATA---------TT---TTTAA---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T-AAATCC-A--ATNNATTTTACACAA---AAA-C-ACGA--T-TG----CTGAT-ACGTA-NACT---ATCTTTATTCAGG-AAGTT--CTGTTAA-----TTA----A-GTAA-TC----------T---------AAC--GA---------CG-------ATACTT-TCC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-TA-----A--TTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-CCGTAAC-GT-CATGTGA-TAT-A---TT-ATGCATGAGG-TT----AGTCTGGTCCCCG-CCCCCGCCACTCTTTGATC------ACTCG-T----A-----G---ATCAAAG-AGTGGCGGGGGCGGGGACCAGACTAAGCATGA
Reference ( family-1937 )     :                                                                                                                                                                                                                                      ATACGTTA----GT-GT----TT--T-GC-AGC-T-A------AT-GC-G-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-GTT---------CT--ATA---------TT---TTTAA---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T-AAATCC-A--ATNNATTTTACACAA---AAA-C-ACGA--T-TG----CTGAT-ACGTA-NACT---ATCTTTATTCAGG-AAGTT--CTGTTAA-----TTA----A-GTAA-TC----------T---------AAC--GA---------CG-------ATACTT-TCC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-TA-----A--TTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-CCGTAAC-GT-CATGTGA-TAT-A---TT-ATGCATGAGG-TT----AGTCTGGTCCCCG-CCCCCGCCACTCTTTGATC------ACTCG-T----A-----G---ATCAAAG-AGTGGCGGGGGCGGGGACCAGACTAAGCATGA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                      ATACGCTA----GT-ATGTATTT--T-GC-AGCGT-A------AT-GC-GTCA-TGCTTA-G-TGAGCATCAGTG--C-GGCATT---CATCGGTGAA-GTT---------TTTTATA---------TT---TTTAAATTTTTCCC-CTAAAAAC-AT-TTACGTCT-A----TGATT--ACACAA---AAA-C-ACGAACT-GG----CTGAT-ACGTA-TACTG--ATCTTTCTTCAGGGAAGCTATCTGTTAAGGTAATTATGCTA-GCAA-TCAACTTCTCGGT---------AATTGAA---------CTCTTTTTTATACTTGTCC-GTAA----GG-C-CA-------------------GG-TA-----A--CTT-A---CAT-TCGGGTT--C-TTT-CCGTAGC-GT-CATGTGC-TAT-A---AT-ATGCATGAGGTTT----AGTCTGGTCCCCG--------AACTATTTGATCTTCGTTACGCG-T----------G---ATCAAAATAGAGGCGGGGGCGGGG-CCAGACTAAGCATGA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tgttggccgctctcggagcgctacat---------CG-------ATACTT-CCC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-TA-----A--TTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-CCG-AAC-AC-CATGT-A-TAT-A---TTTATGCATGAGG-TT----AGTTTGGTCCCCG-CCCCTGCCACTCTTTGATC------ACTCG-TTACGA-----GTGAATCAAAG-AGT-GCGGGGGTGGGGACCAGACTAAGCATGAgagtacgaaatgctagttgttatactt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                  ctttATACGTTA----GT-GT----TT--TTGC-AGC-T-A------AT-GC-G-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-GTT---------AT--ATA---------TC---TTTAA---TTTTCC-TTAAAAGC----------------------TTTACACAA---AAA-C-ACGA--T-TG----CTGAT-ACGTA-GACTATGATCTTTATTCAGG-AAGTT--CTaggtacgaatgcta
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tgctagcgctctcttgctggcat----G--C-CA-------------------GGGTA-----A--CTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-CCGTAGC-GT-CATGTGC-TAT-AA--TT-ATGCATGAGG-TT----AGTCTGGT-------CCCCGCCACTATTTGATC------ACTCGTT----ACGCGTG---ATCAAAT-AGAGGCGGGGGCGGGGGCCAGACTAAGCATGA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                       TATGCTA----GT-CT----TT--TTGCCAGT-T-C------AT-GC-G-C--TGCTTG-GGCGGCCAT-AGTGGCC-GG--TTGCCC-TGGG---A-TTTAGTATCAGACT--GTA---------AT---TTTAAA--CTTTCC-CCATTA-C-AT---AAATCCTA--ACCAGTTTTACACAA---AAA-CAATGA--T-TG----TTGAT-AT-TA-AACT---ATCTTggtacgaatgctagttgttat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tgACAA---AAA-C-ACGA--T-TG----CTGAT-ACGTA-TACT---TTTTTTATTCAAG-AAGTT--CT-TTAA-----C------A-ATAA-CT----------TTTCAGGCA-AAT--GAAGCTTCTTTCG-------ATACTT-TCC-GTAA----GGCC-CA-------------------GG-TA-----AT-TTT-A---CAT-TTGG-TT--C-TTTCCCGTA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                       TACGTTAACTAGT-GC----TTC-T-GC-AGC-T-A------AT-GA-G-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AATG-----------------GG---A-GTT---------AT--ATA---------TT---TTTGA---TATTTC-CAAAAAAC-AT-T-AAATCC-AT-TTACATTTTACACAA---AAA-C-ACGA--T-ccagtctaagcatgatacgaatgct
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                G-------ATGCTT-GCA-TTAA----A--C-AA-------------------GG-TA-----A--TTTGA---CATCTCCA-CT--G-CTG-CTG--AG-G--AATGAGA-AAT-AGATTT-CTAAA-GAGG-T-----AGTCTGGTCCCCA-CTCTCGCCCCTCTTTGATC------AATC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                             --T-GC-AGC-T-ACTAGTAAT-GT-G-CA-TGCTTG-G-CGACCAT-AGTG--C-GACATT---C-TGGG---A-GTT---------CT--ATA---------TTGTATTTAG---GTTTCct
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tgctagcgcccgagcataAGG-TT----AGTCTGGTTCCCG-CCA--G--------TGATC------A-----------------------AAAG-AGTGGCGGGG-CGGGAATCAGACTAAGCATGA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                        ACGTT-----GT-AT----TTATT-GC-AGC-TTA------ATTGC-G-CAATGCTTG-G-CGGCTAT--GTG--CGGGCATT---C-TGGG---AGGTT---------CTTGATA----------T---TTTAA---TTTTGC-Cggtacgaatgctagcggttatactt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttgctagcgctcctccggcttctagcatata--ATA---------TT---TGTTG---TTCTCCTCTAAAAACCATGT-ACGTCT-ATGATTG--TTCACACAA---AAAGC-ACGA--TATG----CGAAT-ACGTA-TACT---TTC-TTATT--AG-AAGTT--TCTTTAA-----C------A-ATAA-CT----------TTTCAGGTTAAAT--GAAGCTTCTTTCG-------ATAC-T-TCC-GTAAG---G--C-CA-------------------GG-TA-----ATTTTT-A---CAT-TCGG-TTTGC-TTTCCCGTAA--------GCGAGTCT-A------AGGCATGAGG-Tacctaatgattgacttggttgatgtgaatatttgttgttctcctctaaaaaccatgtacgtctatgattgttcacacaaaaagcacgatatgcgaatacgtatactttcttattagaagtttctttaacaataacttttcaggttaaatgaagcttctttcgatacttccgtaaggccaggtaatttttacattcggtttgctttcccgtaagcgagtctaaggcatgaggt
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ttgctagcgctcctccggcttctagcatataacgttgtatttattgcagcttaattgcgcaatgcttggcggctatgtgcgggcattctgggaggttcttgatattttaattttgccacctaatgattgacttggttgatgtgaCTT-TTC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-TATGGTAA--TTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-TCGTGAC-AT-C
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AAC-GT-CATGTGA-TA-------T-ATGCACGAGG-TTCTAAAGTCTGGTCCCCG---------------------------CTTG-T----------G---ATCAAAG-AGTGGTGGGGGCGGtgctttcgagaatttccgtaa
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AGG-AAGTT--CTG---------TTA----A-GTAA-TC----------T---------A-----A---------CA-------ATACCT-TTT------------T-CA-------------------GG-TA-----A--T
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                          GCTA----GT--T----TT--T-GC-AGT-T-C------AT-GC-G-CA-TGCTTG-GGCGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-TTT---------GT--ATAGAACTGTAATT---TTTAA---CTTTCC-TTAAA--C-AT-T-AAATCC-A--ATACATTTTACACAA---AAA-C-ATGA--T-TG----CTGAT-ATATA-AACT---ATCTTTATTCAGG-GAGTT--CTGTTAA-----GTA----ATATAATTT----------T---------AAC--T----------TT-------ATTCCT-TCT--TGACATTG--CGCG-------------------GG-AA-----A--ATG-AACTCTT-TCGA-TA--C-TTT-CCGTAA--GC-CATgaactctttcgatac
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gtcatt---------CG-------ATACTT-TCC-GTAA----G--C-CATTTCATTGACGGTCGTTAAAG-TA-----A--TTT-A---CAT-TCGG-TT--TATTT-TCGTGAC-ttcattgacggtcgttaaagtaatttacattcggtttattttcgtgacagtgcgcaggaaaaattctgccttcgggaatttccgta
gi|4                          : gtcattgctagtttttgcagttcatgcgcatgcttgggcggccatagtgcggcattctgggatttgtatagaactgtaatttttaactttccttaaacattaaatccaatacattttacacaaaaacatgattgctgatatataaactatctttattcagggagttctgttaagtaatataattttaactttattccttcttgacattgcgcgggaaaatgaactctttATACGTTA----GT-GT----TT--T-GC-AGC-T-A------AT-GCGG-CA-TGCTT--G-CAGCCAT-AGTG--C-GGCCTT---C-TGGG---A-GTT---------CT--ATA---------TT---TTTAA---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T-AAATCC-A--ATTCATTTTACACAA---AAA-C-ACGA--T-TGTTAATTGAT-ATGTATTACT---ATTCTTATTCAGG-AAGTT--CTGTTAA-----TTA----A-GTAA-CC----------T---------AAT--AA---------CA-------ACACTT-TCC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-CA-----A--TTT-A---CAT-TCGG-TT--A-TTT-CCGTAAC-GT-CATGTGA-TAT----------------GG-TT----AGTCTGGTCCCCG-CCCCCGCCACTCTTTGATC------ACTCG-T----A-----G---ATCAAAG-AGTGGCGGAAGCGGGGACCAGACTAAACATGAagtgcgcaggaaaaattctgccttcgggaatttccgta
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                      ATACAT------GTAGT----TT--T-GC-AGC-T-A------CT-GC-G-CA-TGCTTGAG-TGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---G-TGGG---A-GTT---------AT--ATAGAACTGTAATT---TTTAC---TTTTTC--TAAAAGC-AT-T-AAATCC-A--ATACATTTT---------GAA-T--TGA--T-TG----CT-ATAATGTA-AACT---A---------AGA-A------CTG---------TTA----A-GTGA-TA----------T---------AAA--AA---------TA---------ACTG-T---GT---------T-CA-------------------AG-TG-----A--TTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-TCGTGACAGTGCGTGGGA-AAA-A---TT-CTGC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                        ctagcgccctcgggcgctggt--T-GC-AGA-T-A------AT-GC-G-CA-TGTTTG-G-CAGCTAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-GTT---------CT--ATA---------TT---TTTAA---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T-ACGTCT-A----TGATTTTACACAATTTAAA-C-ACGA--T-TG----CTGAT-ATGTA-TACT---ATCTTTATTCAGG-AAGTT--CTG---------TTA----A-GTAA-TC----------T---------AAC--AA---------TA---------ACTT-TTCAGTTA----A--T-GA-------------------AG-T------A--T---------T-TCGA-TG--C-TTT-CCGTAA--GT-CAGGTAA-TAcctctcgagtct
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                  agcgcctcagcactagcataATACTTTC----GT-GT----TT--TTGT-AGC-T-A------AT-GC-G-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AATG--C-AGCATT---C-TGGG---A-GTTATACAAAA-CT--GTAA--------TT---TTTAT---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T-AA-TCC-A--ATAAATTTTACACAA---AAA-C-ACGA--T-TG----CTGAT-ACGTA-CACT---ATCTCTATTCAGG-GAGTT--CTG---------TTA----A-ATAA-TC----------T---------AA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                    ttgctagtgccctggcatatACGTTA----GT-AT----TT--TTGC-AGC-A-A------AT-GC-G-CA-TGCTTG-G-CTGTCAT-GGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A---T---------TT--ATA---------T----------------------------------AACCC-A--ATAAATTTTACACAA---AAA-C-GCGA--T-TG----CTAAT-ACATA-CACT-------------AGA-CAATT--CTG---------TGA----A-GTAA-TC----------C---------AGC--aaataacttttcagataatgaact
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tgctagcgctatcgaacgctggcatatatgcggc---------CG-------ATACTT-TCC-GTAC----G--C-CG-------------------GG-TA-----G--TTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-CCGCAAC-GT-CATGTGA-TATAA---TT-ATGAATGAGG-TT----AGTCTGGTCCCCGCCCCCCGCTACTCTTTAAAC------ACTCGTT----ACGAGTG---ATCAAAG-AGTGGCGCGGGCGGGGACCAAACTGAGCATGAattaacttttcagataatgaactcttttga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GACGGTCGTTAAAAGAATTTAACATTCGTTTATTTCGTGACATGTGCGCAGGAAAAATTCTGCTCTTCCGGGAATTTCCGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                1                                                                           2222222222222222222222222                                          111111                                                  1111                       7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777               1111111    2222222222222222222                                                              22222222             1111             111111111           111111     5555555555555555                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                             99999  66 8888  77 3  3   3 3 999999  3  3 3  3      3 6       3    44 3      555 3    555 3   8888888888888888888888888  555     888      3      2 3  777  1   3 666666           555   3 3    44 3  7777     3     44   0000  1         3     55   5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555      3   3    1111111 2  2222222222222222222  2  77777 66   3 555   3    3  44 3   6      66  3       4   11111111     2    4  0000             444444444   2       444444     8888888888888888       5                1               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                             .....  .. ....  .. .  .   . . ......  .  . .  .      . .       .    .. .      ... .    ... .   .........................  ...     ...      .      . .  ...  .   . ......           ...   . .    .. .  ....     .     ..   ....  .         .     ..   ......................................................................      .   .    ....... .  ...................  .  ..... ..   . ...   .    .  .. .   .      ..  .       .   ........     .    .  ....             .........   .       ......     ................       .                .               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                             22222  33 5555  99 3  3   3 3 666666  3  3 3  3      3 7       3    66 3      888 3    888 3   9999999999999999999999999  444     555      3      5 6  111  7   6 555555           888   3 3    66 3  7777     6     66   2222  2         6     00   4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444      1   1    6666666 9  1111111111111111111  9  11111 88   1 444   1    1  22 1   2      55  3       0   22222222     0    4  6666             222222222   5       444444     6666666666666666       7                7               
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                      ATACGTTA----GT-GT----TT--T-GC-AGC-T-A------AT-GC-G-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-GTT---------CT--ATA---------TT---TTTAA---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T-AAATCC-A--ATNNATTTTACACAA---AAA-C-ACGA--T-TG----CTGAT-ACGTA-NACT---ATCTTTATTCAGG-AAGTT--CTGTTAA-----TTA----A-GTAA-TC----------T---------AAC--GA---------CG-------ATACTT-TCC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-TA-----A--TTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-CCGTAAC-GT-CATGTGA-TAT-A---TT-ATGCATGAGG-TT----AGTCTGGTCCCCG-CCCCCGCCACTCTTTGATC------ACTCG-T----A-----G---ATCAAAG-AGTGGCGGGGGCGGGGACCAGACTAAGCATGA
Reference ( family-1937 )     :                                                                                                                                                                                                                                      ATACGTTA----GT-GT----TT--T-GC-AGC-T-A------AT-GC-G-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-GTT---------CT--ATA---------TT---TTTAA---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T-AAATCC-A--ATNNATTTTACACAA---AAA-C-ACGA--T-TG----CTGAT-ACGTA-NACT---ATCTTTATTCAGG-AAGTT--CTGTTAA-----TTA----A-GTAA-TC----------T---------AAC--GA---------CG-------ATACTT-TCC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-TA-----A--TTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-CCGTAAC-GT-CATGTGA-TAT-A---TT-ATGCATGAGG-TT----AGTCTGGTCCCCG-CCCCCGCCACTCTTTGATC------ACTCG-T----A-----G---ATCAAAG-AGTGGCGGGGGCGGGGACCAGACTAAGCATGA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                      ATACGCTA----GT-ATGTATTT--T-GC-AGCGT-A------AT-GC-GTCA-TGCTTA-G-TGAGCATCAGTG--C-GGCATT---CATCGGTGAA-GTT---------TTTTATA---------TT---TTTAAATTTTTCCC-CTAAAAAC-AT-TTACGTCT-A----TGATT--ACACAA---AAA-C-ACGAACT-GG----CTGAT-ACGTA-TACTG--ATCTTTCTTCAGGGAAGCTATCTGTTAAGGTAATTATGCTA-GCAA-TCAACTTCTCGGT---------AATTGAA---------CTCTTTTTTATACTTGTCC-GTAA----GG-C-CA-------------------GG-TA-----A--CTT-A---CAT-TCGGGTT--C-TTT-CCGTAGC-GT-CATGTGC-TAT-A---AT-ATGCATGAGGTTT----AGTCTGGTCCCCG--------AACTATTTGATCTTCGTTACGCG-T----------G---ATCAAAATAGAGGCGGGGGCGGGG-CCAGACTAAGCATGA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tgttggccgctctcggagcgctacat---------CG-------ATACTT-CCC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-TA-----A--TTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-CCG-AAC-AC-CATGT-A-TAT-A---TTTATGCATGAGG-TT----AGTTTGGTCCCCG-CCCCTGCCACTCTTTGATC------ACTCG-TTACGA-----GTGAATCAAAG-AGT-GCGGGGGTGGGGACCAGACTAAGCATGAgagtacgaaatgctagttgttatactt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                  ctttATACGTTA----GT-GT----TT--TTGC-AGC-T-A------AT-GC-G-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-GTT---------AT--ATA---------TC---TTTAA---TTTTCC-TTAAAAGC----------------------TTTACACAA---AAA-C-ACGA--T-TG----CTGAT-ACGTA-GACTATGATCTTTATTCAGG-AAGTT--CTaggtacgaatgcta
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tgctagcgctctcttgctggcat----G--C-CA-------------------GGGTA-----A--CTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-CCGTAGC-GT-CATGTGC-TAT-AA--TT-ATGCATGAGG-TT----AGTCTGGT-------CCCCGCCACTATTTGATC------ACTCGTT----ACGCGTG---ATCAAAT-AGAGGCGGGGGCGGGGGCCAGACTAAGCATGA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                       TATGCTA----GT-CT----TT--TTGCCAGT-T-C------AT-GC-G-C--TGCTTG-GGCGGCCAT-AGTGGCC-GG--TTGCCC-TGGG---A-TTTAGTATCAGACT--GTA---------AT---TTTAAA--CTTTCC-CCATTA-C-AT---AAATCCTA--ACCAGTTTTACACAA---AAA-CAATGA--T-TG----TTGAT-AT-TA-AACT---ATCTTggtacgaatgctagttgttat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tgACAA---AAA-C-ACGA--T-TG----CTGAT-ACGTA-TACT---TTTTTTATTCAAG-AAGTT--CT-TTAA-----C------A-ATAA-CT----------TTTCAGGCA-AAT--GAAGCTTCTTTCG-------ATACTT-TCC-GTAA----GGCC-CA-------------------GG-TA-----AT-TTT-A---CAT-TTGG-TT--C-TTTCCCGTA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                       TACGTTAACTAGT-GC----TTC-T-GC-AGC-T-A------AT-GA-G-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AATG-----------------GG---A-GTT---------AT--ATA---------TT---TTTGA---TATTTC-CAAAAAAC-AT-T-AAATCC-AT-TTACATTTTACACAA---AAA-C-ACGA--T-ccagtctaagcatgatacgaatgct
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                G-------ATGCTT-GCA-TTAA----A--C-AA-------------------GG-TA-----A--TTTGA---CATCTCCA-CT--G-CTG-CTG--AG-G--AATGAGA-AAT-AGATTT-CTAAA-GAGG-T-----AGTCTGGTCCCCA-CTCTCGCCCCTCTTTGATC------AATC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                             --T-GC-AGC-T-ACTAGTAAT-GT-G-CA-TGCTTG-G-CGACCAT-AGTG--C-GACATT---C-TGGG---A-GTT---------CT--ATA---------TTGTATTTAG---GTTTCct
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tgctagcgcccgagcataAGG-TT----AGTCTGGTTCCCG-CCA--G--------TGATC------A-----------------------AAAG-AGTGGCGGGG-CGGGAATCAGACTAAGCATGA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                        ACGTT-----GT-AT----TTATT-GC-AGC-TTA------ATTGC-G-CAATGCTTG-G-CGGCTAT--GTG--CGGGCATT---C-TGGG---AGGTT---------CTTGATA----------T---TTTAA---TTTTGC-Cggtacgaatgctagcggttatactt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttgctagcgctcctccggcttctagcatata--ATA---------TT---TGTTG---TTCTCCTCTAAAAACCATGT-ACGTCT-ATGATTG--TTCACACAA---AAAGC-ACGA--TATG----CGAAT-ACGTA-TACT---TTC-TTATT--AG-AAGTT--TCTTTAA-----C------A-ATAA-CT----------TTTCAGGTTAAAT--GAAGCTTCTTTCG-------ATAC-T-TCC-GTAAG---G--C-CA-------------------GG-TA-----ATTTTT-A---CAT-TCGG-TTTGC-TTTCCCGTAA--------GCGAGTCT-A------AGGCATGAGG-Tacctaatgattgacttggttgatgtgaatatttgttgttctcctctaaaaaccatgtacgtctatgattgttcacacaaaaagcacgatatgcgaatacgtatactttcttattagaagtttctttaacaataacttttcaggttaaatgaagcttctttcgatacttccgtaaggccaggtaatttttacattcggtttgctttcccgtaagcgagtctaaggcatgaggt
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ttgctagcgctcctccggcttctagcatataacgttgtatttattgcagcttaattgcgcaatgcttggcggctatgtgcgggcattctgggaggttcttgatattttaattttgccacctaatgattgacttggttgatgtgaCTT-TTC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-TATGGTAA--TTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-TCGTGAC-AT-C
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AAC-GT-CATGTGA-TA-------T-ATGCACGAGG-TTCTAAAGTCTGGTCCCCG---------------------------CTTG-T----------G---ATCAAAG-AGTGGTGGGGGCGGtgctttcgagaatttccgtaa
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AGG-AAGTT--CTG---------TTA----A-GTAA-TC----------T---------A-----A---------CA-------ATACCT-TTT------------T-CA-------------------GG-TA-----A--T
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                          GCTA----GT--T----TT--T-GC-AGT-T-C------AT-GC-G-CA-TGCTTG-GGCGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-TTT---------GT--ATAGAACTGTAATT---TTTAA---CTTTCC-TTAAA--C-AT-T-AAATCC-A--ATACATTTTACACAA---AAA-C-ATGA--T-TG----CTGAT-ATATA-AACT---ATCTTTATTCAGG-GAGTT--CTGTTAA-----GTA----ATATAATTT----------T---------AAC--T----------TT-------ATTCCT-TCT--TGACATTG--CGCG-------------------GG-AA-----A--ATG-AACTCTT-TCGA-TA--C-TTT-CCGTAA--GC-CATgaactctttcgatac
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gtcatt---------CG-------ATACTT-TCC-GTAA----G--C-CATTTCATTGACGGTCGTTAAAG-TA-----A--TTT-A---CAT-TCGG-TT--TATTT-TCGTGAC-ttcattgacggtcgttaaagtaatttacattcggtttattttcgtgacagtgcgcaggaaaaattctgccttcgggaatttccgta
gi|4                          : gtcattgctagtttttgcagttcatgcgcatgcttgggcggccatagtgcggcattctgggatttgtatagaactgtaatttttaactttccttaaacattaaatccaatacattttacacaaaaacatgattgctgatatataaactatctttattcagggagttctgttaagtaatataattttaactttattccttcttgacattgcgcgggaaaatgaactctttATACGTTA----GT-GT----TT--T-GC-AGC-T-A------AT-GCGG-CA-TGCTT--G-CAGCCAT-AGTG--C-GGCCTT---C-TGGG---A-GTT---------CT--ATA---------TT---TTTAA---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T-AAATCC-A--ATTCATTTTACACAA---AAA-C-ACGA--T-TGTTAATTGAT-ATGTATTACT---ATTCTTATTCAGG-AAGTT--CTGTTAA-----TTA----A-GTAA-CC----------T---------AAT--AA---------CA-------ACACTT-TCC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-CA-----A--TTT-A---CAT-TCGG-TT--A-TTT-CCGTAAC-GT-CATGTGA-TAT----------------GG-TT----AGTCTGGTCCCCG-CCCCCGCCACTCTTTGATC------ACTCG-T----A-----G---ATCAAAG-AGTGGCGGAAGCGGGGACCAGACTAAACATGAagtgcgcaggaaaaattctgccttcgggaatttccgta
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                      ATACAT------GTAGT----TT--T-GC-AGC-T-A------CT-GC-G-CA-TGCTTGAG-TGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---G-TGGG---A-GTT---------AT--ATAGAACTGTAATT---TTTAC---TTTTTC--TAAAAGC-AT-T-AAATCC-A--ATACATTTT---------GAA-T--TGA--T-TG----CT-ATAATGTA-AACT---A---------AGA-A------CTG---------TTA----A-GTGA-TA----------T---------AAA--AA---------TA---------ACTG-T---GT---------T-CA-------------------AG-TG-----A--TTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-TCGTGACAGTGCGTGGGA-AAA-A---TT-CTGC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                        ctagcgccctcgggcgctggt--T-GC-AGA-T-A------AT-GC-G-CA-TGTTTG-G-CAGCTAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-GTT---------CT--ATA---------TT---TTTAA---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T-ACGTCT-A----TGATTTTACACAATTTAAA-C-ACGA--T-TG----CTGAT-ATGTA-TACT---ATCTTTATTCAGG-AAGTT--CTG---------TTA----A-GTAA-TC----------T---------AAC--AA---------TA---------ACTT-TTCAGTTA----A--T-GA-------------------AG-T------A--T---------T-TCGA-TG--C-TTT-CCGTAA--GT-CAGGTAA-TAcctctcgagtct
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                  agcgcctcagcactagcataATACTTTC----GT-GT----TT--TTGT-AGC-T-A------AT-GC-G-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AATG--C-AGCATT---C-TGGG---A-GTTATACAAAA-CT--GTAA--------TT---TTTAT---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T-AA-TCC-A--ATAAATTTTACACAA---AAA-C-ACGA--T-TG----CTGAT-ACGTA-CACT---ATCTCTATTCAGG-GAGTT--CTG---------TTA----A-ATAA-TC----------T---------AA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                    ttgctagtgccctggcatatACGTTA----GT-AT----TT--TTGC-AGC-A-A------AT-GC-G-CA-TGCTTG-G-CTGTCAT-GGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A---T---------TT--ATA---------T----------------------------------AACCC-A--ATAAATTTTACACAA---AAA-C-GCGA--T-TG----CTAAT-ACATA-CACT-------------AGA-CAATT--CTG---------TGA----A-GTAA-TC----------C---------AGC--aaataacttttcagataatgaact
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tgctagcgctatcgaacgctggcatatatgcggc---------CG-------ATACTT-TCC-GTAC----G--C-CG-------------------GG-TA-----G--TTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-CCGCAAC-GT-CATGTGA-TATAA---TT-ATGAATGAGG-TT----AGTCTGGTCCCCGCCCCCCGCTACTCTTTAAAC------ACTCGTT----ACGAGTG---ATCAAAG-AGTGGCGCGGGCGGGGACCAAACTGAGCATGAattaacttttcagataatgaactcttttga


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                             AACTA  AG .     AT T  C   . T CTAGTA  T  G .  A      A G       .    GC G      GCC .    .   G   AGTATCAGACTGTA             GTA     A        T      G C  GT   A   T TGATTG           TTT   G A    .  A  TTAA     A     TT   ATGA  T         .     .    TTAACAATAACTTTTCAGGTTAAATGAAGCTTCTTTCG                                      .   A    CATTG   G  TTTCATTGACGGTCGTTAA  G  TGGTA TT   G ACT   C    .  TG A   C      CA  G       G   AGATTT       T    .  CTAA             CCCCCCGCT   C       .          TTACGAGTGA             .                A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                             A      G  .     C  T  .   . . .       .  . .  .      . G       .    .  .      .   .    .   .   GTATAGAACTGTAA             .       .        .      A .  T    A   . TTTAC            .     . .    .  .  .        .     G    A     T         .     .    TTAACAATAACTTTTCAGGCAAATGAAGCTTCTTTCG                                       .   .    GGC     .  .                    .  .     T    . .     .    .  .  .   C      C   .       .   ATTT         T    .  .                CCCCTGCC    A       .          TTACGCGTG              .                G
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                             A      C  .     .  T  .   . . .       .  . .  .      . .       .    .  .      .   .    .   .   ATATAGAACTGTAA             .       .        .      A .  T    G   . ACCA             .     . .    .  .  .        .     A    T     T         .     .    TTAAGTAATATAATTTTAACTTT                                                     .   .    GG      .  .                    .  .     .    . .     .    .  .  .   .      C   .       .   AATT         T    .  .                CTCTCGCC    C       .          TTACGAGTG              .                A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                             A      G  .     .  T  .   . . .       .  . .  .      . .       .    .  .      .   .    .   .   ATACAAAACTGTAA             .       .        .      A .  T    A   . ATAC             .     . .    .  .  .        .     T    T     T         .     .    TTAATTAAGTAACCTAATAACA                                                      .   .    G       .  .                    .  .     .    . .     .    .  .  .   .      G   .       .   AATT         C    .  .                CCCCCGCC    C       .          TAG                    .                A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                             A      A  .     .  .  .   . . .       .  . .  .      . .       .    .  .      .   .    .   .   CTTGATA                    .       .        .      G .  T    A   . ATTC             .     . .    .  .  .        .     T    A     C         .     .    TTAAGTGATATAAAAATA                                                          .   .    G       .  .                    .  .     .    . .     .    .  .  .   .      C   .       .   ATT          T    .  .                CCCCGCC     C       .          TG                     .                A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                             C      G  .     .  .  .   . . .       .  . .  .      . .       .    .  .      .   .    .   .   ATATA                      .       .        .      A .  T    A   . ATAC             .     . .    .  .  .        .     A    A     T         .     .    TTAAGTAATCTAACAATA                                                          .   .    A       .  .                    .  .     .    . .     .    .  .  .   .      C   .       .   A            .    .  .                CCAG        .       .          .                      .                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                             A      G  .     .  .  .   . . .       .  . .  .      . .       .    .  .      .   .    .   .   ATATA                      .       .        .      A .  T    G   . ATAA             .     . .    .  .  .        .     A    A     T         .     .    TTAAGTAATCTAACA                                                             .   .    G       .  .                    .  .     .    . .     .    .  .  .   .      C   .       .   T            .    .  .                .           .       .                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                             .      A  .     .  .  .   . . .       .  . .  .      . .       .    .  .      .   .    .   .   CTATA                      .       .        .      . .  .    A   . ATAA             .     . .    .  .  .        .     T    A     .         .     .                                                                                .   .    G       .  .                    .  .     .    . .     .    .  .  .   .      C   .       .   .                 .                                                                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                             .      .  .     .  .  .   . . .       .  . .  .      . .       .    .  .      .   .    .   .   CTATA                      .       .        .      . .  .    .   . TG               .     . .    .  .  .        .     C    A     .         .     .                                                                                .   .    G       .  .                    .  .     .    . .     .    .  .  .   .      C   .       .                                                                                                                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                             .  .  .   . . .       .  . .  .      . .       .    .  .      .   .    .   .   CTATA                      .       .        .      . .  .    .   . .                .     . .    .  .  .        .     C    .     .         .     .                                                                                .   .    A       .  .                    .  .     .    . .     .    .  .  .   .      .   .                                                                                                                         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                             .  .  .   . . .       .  . .  .      . .       .    .  .      .   .    .   .   TTATA                      .       .        .                                       .     . .    .  .                                                                                                                             .   .    G       .  .                    .  .     .    . .     .    .  .  .   .      .   .                                                                                                                         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .       .                                                                                                                                                                                              .   .    .       .  .                    .  .     .    . .     .    .  .  .   .      .                                                                                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .       .  .                    .  .     .                                                                                                                                                                


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                       ****                                                                         ***     CTATA********************          ***                  T**        ATAN**                        **                        A***                  **                                                                                        G******                                                                                     ATT*****                              CCCCCGCC*           ******     TTACGAGTG*******
originalCons                  :                                                                                                                                                                                                                                      ATACGTTA----GT-GT----TT--T-GC-AGC-T-A------AT-GC-G-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-GTT---------CT--ATA---------TT---TTTAA---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T-AAATCC-A--ATNNATTTTACACAA---AAA-C-ACGA--T-TG----CTGAT-ACGTA-NACT---ATCTTTATTCAGG-AAGTT--CTGTTAA-----TTA----A-GTAA-TC----------T---------AAC--GA---------CG-------ATACTT-TCC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-TA-----A--TTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-CCGTAAC-GT-CATGTGA-TAT-A---TT-ATGCATGAGG-TT----AGTCTGGTCCCCG-CCCCCGCCACTCTTTGATC------ACTCG-T----A-----G---ATCAAAG-AGTGGCGGGGGCGGGGACCAGACTAAGCATGA
finalCons                     :                                                                                                                                                                                                                                      ATACGTTA----GT-GT----TT--T-GC-AGC-T-A------AT-GC-G-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-GTTCTATA--------------------TT---TTTAA---TTTTCC-CTAAAAAC-ATT--AAATCC-AATAN--ATTTTACACAA---AAA-C-ACGA--T-TG----CTGAT-ACGTA-NACTA---TCTTTATTCAGG-AAGTT--CTGTTAA-----TTA----A-GTAA-TC----------T---------AAC--GA---------CG-------ATACTT-TCC-GTAAG------C-CA-------------------GG-TA-----A--TTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-CCGTAAC-GT-CATGTGA-TATATT-----ATGCATGAGG-TT----AGTCTGGTCCCCGCCCCCGCC-ACTCTTTGATC------ACTCGTTACGAGTG-------ATCAAAG-AGTGGCGGGGGCGGGGACCAGACTAAGCATGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GACGGTCGTTAAAAGAATTTAACATTCGTTTATTTCGTGACATGTGCGCAGGAAAAATTCTGCTCTTCCGGGAATTTCCGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                1                                                                           2222222222222222222222222                                        1111111                                                    1111                       7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777               1111111    2222222222222222222                                                               222222             1111              22222222                111111                                             
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                             99999  66 8888  77 3  3   3 3 999999  3  3 3  3      3 6       3    44 3      555 3    555 3   8888888888888888888888888  555     888      3      2 3  777  1   4444444   55        555   3 3    44 3  7777     3     44   0000  1         3     55   5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555      3   3    1111111 2  2222222222222222222  2  77777 66   3 555   3    3  44 3   6      66  3       4    222222     2    4  0000              44444444   2    00 44   333333   5      777                1               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                             .....  .. ....  .. .  .   . . ......  .  . .  .      . .       .    .. .      ... .    ... .   .........................  ...     ...      .      . .  ...  .   .......   ..        ...   . .    .. .  ....     .     ..   ....  .         .     ..   ......................................................................      .   .    ....... .  ...................  .  ..... ..   . ...   .    .  .. .   .      ..  .       .    ......     .    .  ....              ........   .    .. ..   ......   .      ...                .               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                             22222  33 5555  99 3  3   3 3 666666  3  3 3  3      3 7       3    66 3      888 3    888 3   9999999999999999999999999  444     555      3      5 6  111  7   2222222   00        888   3 3    66 3  7777     6     66   2222  2         6     00   4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444      1   1    6666666 9  1111111111111111111  9  11111 88   1 444   1    1  22 1   2      55  3       0    111111     0    4  6666              22222222   5    44 55   777777   7      333                7               
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                      ATACGTTA----GT-GT----TT--T-GC-AGC-T-A------AT-GC-G-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-GTT---------CT--ATA---------TT---TTTAA---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T-AAATCC-A-ATANATT--TTACACAA---AAA-C-ACGA--T-TG----CTGAT-ACGTA-NACT---ATCTTTATTCAGG-AAGTT--CTGTTAA-----TTA----A-GTAA-TC----------T---------AAC--GA---------CG-------ATACTT-TCC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-TA-----A--TTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-CCGTAAC-GT-CATGTGA-TATA---TT-ATGCATGAGG-TT----AGTCTGGTCCCCGCCCCC-GCCACTCTTTGATCACTCGTTACG-GTG-ATCAAA-G-AGTGGCGGGGGCGGGGACCAGACTAAGCATGA
Reference ( family-1937 )     :                                                                                                                                                                                                                                      ATACGTTA----GT-GT----TT--T-GC-AGC-T-A------AT-GC-G-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-GTT---------CT--ATA---------TT---TTTAA---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T-AAATCC-A-ATANATT--TTACACAA---AAA-C-ACGA--T-TG----CTGAT-ACGTA-NACT---ATCTTTATTCAGG-AAGTT--CTGTTAA-----TTA----A-GTAA-TC----------T---------AAC--GA---------CG-------ATACTT-TCC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-TA-----A--TTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-CCGTAAC-GT-CATGTGA-TATA---TT-ATGCATGAGG-TT----AGTCTGGTCCCCGCCCCC-GCCACTCTTTGATCACTCGTTACGAGTG-ATCAAA-G-AGTGGCGGGGGCGGGGACCAGACTAAGCATGA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                      ATACGCTA----GT-ATGTATTT--T-GC-AGCGT-A------AT-GC-GTCA-TGCTTA-G-TGAGCATCAGTG--C-GGCATT---CATCGGTGAA-GTT---------TTTTATA---------TT---TTTAAATTTTTCCC-CTAAAAAC-AT-TTACGTCT-A--TGA-----TTACACAA---AAA-C-ACGAACT-GG----CTGAT-ACGTA-TACTG--ATCTTTCTTCAGGGAAGCTATCTGTTAAGGTAATTATGCTA-GCAA-TCAACTTCTCGGT---------AATTGAA---------CTCTTTTTTATACTTGTCC-GTAA----GG-C-CA-------------------GG-TA-----A--CTT-A---CAT-TCGGGTT--C-TTT-CCGTAGC-GT-CATGTGC-TATA---AT-ATGCATGAGGTTT----AGTCTGGTCCCCG--------AACTATTTGATC-TTCGTTACGCGTG-ATCAAA-ATAGAGGCGGGGGCGGGG-CCAGACTAAGCATGA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tgttggccgctctcggagcgctacat---------CG-------ATACTT-CCC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-TA-----A--TTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-CCG-AAC-AC-CATGT-A-TATA---TTTATGCATGAGG-TT----AGTTTGGTCCCCGCCCCT-GCCACTCTTTGATCACTCGTTACGAGTGAATCAAA-G-AGT-GCGGGGGTGGGGACCAGACTAAGCATGAgagtacgaaatgctagttgttatactt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                  ctttATACGTTA----GT-GT----TT--TTGC-AGC-T-A------AT-GC-G-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-GTT---------AT--ATA---------TC---TTTAA---TTTTCC-TTAAAAGC---------------------T--TTACACAA---AAA-C-ACGA--T-TG----CTGAT-ACGTA-GACTATGATCTTTATTCAGG-AAGTT--CTaggtacgaatgcta
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tgctagcgctctcttgctggcat----G--C-CA-------------------GGGTA-----A--CTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-CCGTAGC-GT-CATGTGC-TATAA--TT-ATGCATGAGG-TT----AGTCTGGTCCCCGCC-------ACTATTTGATCACTCGTTACGCGTG-ATCAAA-T-AGAGGCGGGGGCGGGGGCCAGACTAAGCATGA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                       TATGCTA----GT-CT----TT--TTGCCAGT-T-C------AT-GC-G-C--TGCTTG-GGCGGCCAT-AGTGGCC-GG--TTGCCC-TGGG---A-TTTAGTATCAGACT--GTA---------AT---TTTAAA--CTTTCC-CCATTA-C-AT---AAATCCTA-ACCAGTT--TTACACAA---AAA-CAATGA--T-TG----TTGAT-AT-TA-AACT---ATCTTggtacgaatgctagttgttat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tgACAA---AAA-C-ACGA--T-TG----CTGAT-ACGTA-TACT---TTTTTTATTCAAG-AAGTT--CT-TTAA-----C------A-ATAA-CT----------TTTCAGGCA-AAT--GAAGCTTCTTTCG-------ATACTT-TCC-GTAA----GGCC-CA-------------------GG-TA-----AT-TTT-A---CAT-TTGG-TT--C-TTTCCCGTA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                       TACGTTAACTAGT-GC----TTC-T-GC-AGC-T-A------AT-GA-G-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AATG-----------------GG---A-GTT---------AT--ATA---------TT---TTTGA---TATTTC-CAAAAAAC-AT-T-AAATCC-ATTTACATT--TTACACAA---AAA-C-ACGA--T-ccagtctaagcatgatacgaatgct
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 G-------ATGCTT-GCA-TTAA----A--C-AA-------------------GG-TA-----A--TTTGA---CATCTCCA-CT--G-CTG-CTG--AG-G--AATGAGA-AATAGATTT-CTAAA-GAGG-T-----AGTCTGGTCCCCACTCTC-GCCCCTCTTTGATCAATC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                             --T-GC-AGC-T-ACTAGTAAT-GT-G-CA-TGCTTG-G-CGACCAT-AGTG--C-GACATT---C-TGGG---A-GTT---------CT--ATA---------TTGTATTTAG---GTTTCct
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tgctagcgcccgagcataAGG-TT----AGTCTGGTTCCC-------GCCA---------------------GTG-ATCAAAAG-AGTGGCGGGG-CGGGAATCAGACTAAGCATGA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                        ACGTT-----GT-AT----TTATT-GC-AGC-TTA------ATTGC-G-CAATGCTTG-G-CGGCTAT--GTG--CGGGCATT---C-TGGG---AGGTT---------CTTGATA----------T---TTTAA---TTTTGC-Cggtacgaatgctagcggttatactt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttgctagcgctcctccggcttctagcatata--ATA---------TT---TGTTG---TTCTCCTCTAAAAACCATGT-ACGTCT-A--T-GATTGTTCACACAA---AAAGC-ACGA--TATG----CGAAT-ACGTA-TACT---TTC-TTATT--AG-AAGTT--TCTTTAA-----C------A-ATAA-CT----------TTTCAGGTTAAAT--GAAGCTTCTTTCG-------ATAC-T-TCC-GTAAG---G--C-CA-------------------GG-TA-----ATTTTT-A---CAT-TCGG-TTTGC-TTTCCCGTAA--------GCGAGTCTA------AGGCATGAGG-Tacctaatgattgacttggttgatgtgaatatttgttgttctcctctaaaaaccatgtacgtctatgattgttcacacaaaaagcacgatatgcgaatacgtatactttcttattagaagtttctttaacaataacttttcaggttaaatgaagcttctttcgatacttccgtaaggccaggtaatttttacattcggtttgctttcccgtaagcgagtctaaggcatgaggt
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ttgctagcgctcctccggcttctagcatataacgttgtatttattgcagcttaattgcgcaatgcttggcggctatgtgcgggcattctgggaggttcttgatattttaattttgccacctaatgattgacttggttgatgtgaCTT-TTC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-TATGGTAA--TTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-TCGTGAC-AT-C
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AAC-GT-CATGTGA-TA------T-ATGCACGAGG-TTCTAAAGTCTGGTCCCCGC-------------TTG---------------TG-ATCAAA-G-AGTGGTGGGGGCGGtgctttcgagaatttccgtaa
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGG-AAGTT--CTG---------TTA----A-GTAA-TC----------T---------A-----A---------CA-------ATACCT-TTT------------T-CA-------------------GG-TA-----A--T
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                          GCTA----GT--T----TT--T-GC-AGT-T-C------AT-GC-G-CA-TGCTTG-GGCGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-TTT---------GT--ATAGAACTGTAATT---TTTAA---CTTTCC-TTAAA--C-AT-T-AAATCC-A-ATACATT--TTACACAA---AAA-C-ATGA--T-TG----CTGAT-ATATA-AACT---ATCTTTATTCAGG-GAGTT--CTGTTAA-----GTA----ATATAATTT----------T---------AAC--T----------TT-------ATTCCT-TCT--TGACATTG--CGCG-------------------GG-AA-----A--ATG-AACTCTT-TCGA-TA--C-TTT-CCGTAA--GC-CATgaactctttcgatac
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gtcatt---------CG-------ATACTT-TCC-GTAA----G--C-CATTTCATTGACGGTCGTTAAAG-TA-----A--TTT-A---CAT-TCGG-TT--TATTT-TCGTGAC-ttcattgacggtcgttaaagtaatttacattcggtttattttcgtgacagtgcgcaggaaaaattctgccttcgggaatttccgta
gi|4                          : gtcattgctagtttttgcagttcatgcgcatgcttgggcggccatagtgcggcattctgggatttgtatagaactgtaatttttaactttccttaaacattaaatccaatacattttacacaaaaacatgattgctgatatataaactatctttattcagggagttctgttaagtaatataattttaactttattccttcttgacattgcgcgggaaaatgaactctttATACGTTA----GT-GT----TT--T-GC-AGC-T-A------AT-GCGG-CA-TGCTT--G-CAGCCAT-AGTG--C-GGCCTT---C-TGGG---A-GTT---------CT--ATA---------TT---TTTAA---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T-AAATCC-A-ATTCATT--TTACACAA---AAA-C-ACGA--T-TGTTAATTGAT-ATGTATTACT---ATTCTTATTCAGG-AAGTT--CTGTTAA-----TTA----A-GTAA-CC----------T---------AAT--AA---------CA-------ACACTT-TCC-GTAA----G--C-CA-------------------GG-CA-----A--TTT-A---CAT-TCGG-TT--A-TTT-CCGTAAC-GT-CATGTGA-TAT---------------GG-TT----AGTCTGGTCCCCGCCCCC-GCCACTCTTTGATCACTCG-TA-----G-ATCAAA-G-AGTGGCGGAAGCGGGGACCAGACTAAACATGAagtgcgcaggaaaaattctgccttcgggaatttccgta
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                      ATACAT------GTAGT----TT--T-GC-AGC-T-A------CT-GC-G-CA-TGCTTGAG-TGGCCAT-AGTG--C-GGCATT---G-TGGG---A-GTT---------AT--ATAGAACTGTAATT---TTTAC---TTTTTC--TAAAAGC-AT-T-AAATCC-A-ATACATT--TT---------GAA-T--TGA--T-TG----CT-ATAATGTA-AACT---A---------AGA-A------CTG---------TTA----A-GTGA-TA----------T---------AAA--AA---------TA---------ACTG-T---GT---------T-CA-------------------AG-TG-----A--TTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-TCGTGACAGTGCGTGGGA-AAAA---TT-CTGC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                        ctagcgccctcgggcgctggt--T-GC-AGA-T-A------AT-GC-G-CA-TGTTTG-G-CAGCTAT-AGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A-GTT---------CT--ATA---------TT---TTTAA---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T-ACGTCT---AT-GATT--TTACACAATTTAAA-C-ACGA--T-TG----CTGAT-ATGTA-TACT---ATCTTTATTCAGG-AAGTT--CTG---------TTA----A-GTAA-TC----------T---------AAC--AA---------TA---------ACTT-TTCAGTTA----A--T-GA-------------------AG-T------A--T---------T-TCGA-TG--C-TTT-CCGTAA--GT-CAGGTAA-TAcctctcgagtct
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                  agcgcctcagcactagcataATACTTTC----GT-GT----TT--TTGT-AGC-T-A------AT-GC-G-CA-TGCTTG-G-CGGCCAT-AATG--C-AGCATT---C-TGGG---A-GTTATACAAAA-CT--GTAA--------TT---TTTAT---TTTTCC-CTAAAAAC-AT-T-AA-TCC-A-ATAAATT--TTACACAA---AAA-C-ACGA--T-TG----CTGAT-ACGTA-CACT---ATCTCTATTCAGG-GAGTT--CTG---------TTA----A-ATAA-TC----------T---------AA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                    ttgctagtgccctggcatatACGTTA----GT-AT----TT--TTGC-AGC-A-A------AT-GC-G-CA-TGCTTG-G-CTGTCAT-GGTG--C-GGCATT---C-TGGG---A---T---------TT--ATA---------T----------------------------------AACCC-A-ATAAATT--TTACACAA---AAA-C-GCGA--T-TG----CTAAT-ACATA-CACT-------------AGA-CAATT--CTG---------TGA----A-GTAA-TC----------C---------AGC--aaataacttttcagataatgaact
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tgctagcgctatcgaacgctggcatatatgcggc---------CG-------ATACTT-TCC-GTAC----G--C-CG-------------------GG-TA-----G--TTT-A---CAT-TCGG-TT--C-TTT-CCGCAAC-GT-CATGTGA-TATAA--TT-ATGAATGAGG-TT----AGTCTGGTCCCCGCCCCCCGCTACTCTTTAAACACTCGTTACGAGTG-ATCAAA-G-AGTGGCGCGGGCGGGGACCAAACTGAGCATGAattaacttttcagataatgaactcttttga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GACGGTCGTTAAAAGAATTTAACATTCGTTTATTTCGTGACATGTGCGCAGGAAAAATTCTGCTCTTCCGGGAATTTCCGT