lowQualScore : 22222222222222222 1111111111111111 111111 111111 5555555555555555555555555555 1 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 22222222 11 11111 11111111 444444444444444444
lowQualScore : 1 6 44 666 1 4 44444444444444444 2 4444 55555 7777777777777777 88888 666 000000 111111 9999999999999999999999999999 0 8 2 0 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 2 2 77 44444444 4 00 4 9999 11111 4 44444444 99 555555555555555555 2
lowQualScore : . . .. ... . . ................. . .... ..... ................ ..... ... ...... ...... ............................ . . . . . ..................................................................................... . . . .. ........ . .. . .... ..... . ........ .. .................. .
lowQualScore : 7 1 88 111 7 0 55555555555555555 1 5555 33333 1111111111111111 33333 444 444444 555555 3333333333333333333333333333 2 8 2 0 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 5 5 99 66666666 4 66 4 4444 11111 4 55555555 55 444444444444444444 7
consensus : AAATCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-GAA-----------------A-A----A-----AA---C----------CAAA-----C---AAAA--A---ACAA------AAC--------------CAAA----TC-A--CCCCCCCCCCCCAAACAA-AA-ACCA-TACATTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAA-GTNTNT--AATG-------AAT-CATTACA--GATTA-T----AAAC-----TATTCAG-CTATAGCTGT--G-----TTC--TTTTT---------T--------GTCCAGGTCTTTGAATGTA
Reference ( gi|7 ) : AAATCAAAGTACTT-AATGCACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-GAA-----------------A-A----A-----AA---C----------CAAA-----C---AAAA--A---ACAA------AAC--------------CAAA----TTGA--CCCCCCCCCCCCAAATAA-AA-ACCA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAA-GTGTGT--AATT-------AAT-CATTACA--GATTA-T----AAAC-----TATTCAG-CTATAGCTGT--G-----TTC--TTTTT---------T--------GTCCAAGTCTTTGAATGTA
gi|8 : AAATCAAAGTACTT-AATGCACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-GAA-----------------A-A----A-----AA---A----------C-AA-----C---AAAA--A---ACAA------AAC--------------CAAA----TTGACCCCCCCCCCCCCCAAATAA-AA-ACCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAA-GTGTGT--AATT-------AAT-CATTACA--GATTA-T----AAAC-----TATTCAG-CTATAGCTGT--------TTC---TTTT---------T--------GTCCAAGTCTTTGAA
gi|17 : AAATTAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAA--T---G-TATTGGAA-----------------A-A----A-----AA---C----------CCAC-----C---AAAA--A---
gi|9 : atccAAATCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-GAATAAAATCC---------ACA----A-----AA---C----------CAAAAAATAC---AAAAAAA---ACAA------AA---------------CAAA-------A--CACACACACACAAAACAA-AA-ACtaaga
gi|26 : AAATCAAAGTACTT-AGTGTATTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-Gaa
gi|2 : AATCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCAGGTAC--T---A-TGTT-AAAAAATAGCAACCCCCATAA-A----A-----AA---CAAAAAAAGAACAAA-----C---AAAA--ATAAATAA------AACTAAATAACCCCCTTCAAAGATCTCCA--CCTCCCTCTCCCAAACCACAA-ACTT-TACATTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTTGT--AATA-------AAT-CATTACA--TATTT-TTCGCACAC-----TTTTAAG-CTATTGTTGT--G-----TTC--TTTTT---------T--------ATCCAGGTCTTTGAATGTA
gi|4 : AATCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAA--T---G-TATT-GAA-----------------A-AAAATA-----AA---C----------CAAA-----TACGAAGA--A---ACAA------AActt
gi|16 : AATCACAGTACTT-AATGGACTGATAGCCGGGTAC--T---C-TATT-CAA-----------------A-C----A-----AA--------------CAAA-----C-----AA--A---ACAA------AAC--------------CAAA----aaaaaaaattaaaaacaaaaacaaaattttaaatttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggttttaacgaattattacatatcaaacacttttcagctatagatgtgttcctttttttgtccaggtctttgattgtactt
gi|22 : AATAAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCTGGGTAC--T---G-TATT-GAA-----------------A-A----A-----Aaaaaa
gi|10 : AATCAAAGTACTT-GATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATTAGTA-----------------A-A----A-----CA---C----------C--------C---AAAAC-A---ACCACCCCCCAACG-------------CAAA----C--A--CCCCCCCCCTC---ACAA-AACACCA-
gi|1 : AATCAAAGTCCTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TCAT-GAA-----------------A-A----ACTCCCGA---A----------CAAA-----C---CAAA--A---ACAA------Aaga
gi|29 : AATCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---T-TAtaaaaaataaacaaaacaataaaaaagaaaagtaggccaaaaaaaaaaaacccccaaaaacaaaaataagccaaaaaaaaaaacaacaaaaaaaacacacaaacatttacattgcaagccaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgaatcattacaaatcataaacaattcagcattagctgggtttttttaaaagtttttgaacgttctttt
gi|28 : AATTAAAGTACTT-AATGTACTAATAGCCAGGTAC--T---G-TAT
gi|15 : tAATCAAAGTACTT-AATGTACTG-----TGGGTAC--T---G-TA-T-GAA-----------------A-A----A-----AAGCGC----------C-GA-----C---AAAA--C---GCAC------AA
gi|30 : ATCAAAGTATTT-AATGTACTAATAGCCGGGTAC--T---G-TATtgtgagtctccc
gi|14 : ATCAAAGTA-TT-ATT--ACTGATAGCTGGGTAC--T---G-TA-T-GAA-----------------A-A----A-----AAGCGC----------C-GA-----C---AAAA--C---GCAC------AA
gi|20 : TCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTACGGTACGG-TATT-GGA-----------------A-A----A-----AA---C----------Ctgtgagtctccc
gi|19 : TCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTACGGTACGG-TATT-GGA-----------------A-A----A-----AA---C----------C
gi|21 : CAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-GAA-----------------G-A----A-----AA---C----------AAAA-----
gi|24 : cCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-AAA-----------------A-A----A-----A
gi|23 : AAAGTACTTCAATGTACTGATAGCCGGGT-C--T---GTTATT--AA-----------------A-A----A-----AA---C----------C
gi|27 : GTACTG-AATGTACTGCTAGCCGGGTAC--T---G-TAAT-GAA-----------------G-A----A-----AA---C----------
gi|25 : TACTG-AATGTACTGATTGCCGGGTAC--T---G-TATT-GAA-----------------G-A----A-----AA---C----------
gi|18 : aACTT-AATGT-CTGATAGCCGGGTAT--C---G-TATT-GAAC----------------A-A----A-----AA---C----------AAAA-----C---AAAA--A---GCAA------ACC--------------CAAaa
gi|3 : TATAA-GTTTTT--A-TG-------AAT-CATTACA--GATTA-T----AAAC-----TATTCAG-TTATAGCTGT--G-----CTT--TTTTT---------TTTTTGGTCGCCCAGGTTTTTTATTGTcaaccc
gi|5 : atagtcgggtatctgtattgaatcccccccccgaaaaagacaaacaaagcaaaataaaactttgacaacaaaaaaatccccaccccaaaacaaaacaaaacaaaaaaaaacctttacattgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgacaTACAA-ATGTTTGAAATTTTTAGATAATTCATTACACAAATTA-T----AAATAAAATTATTCAG-T--TAGCTGTG-G-----TTC--TTT
gi|12 : tcgggtatctagtgaattaagacccccaccaccaatgtaaataacatacaatacatagaaaaacccaacaactaaaaaattttgacacaacaacaacaaaaaatactttacattgcaaccaagaggttaataagacattttgatcatagatccttttgtgtttaatttccatattggatattgT--AATA-------AAT-CATTACA--GATTT-T----AAAC-----TATTCAG-CTATAGCTGT--G-----TTCT-TTTTT---------T--------GTCCAGGTCTGTGAATGggggtgtttggggggtga
gi|4 : ttT--AACG-------AAT-TATTACA--TATCA-A----ACAC-----TTTTCAG-CTATAGATGT--G-----TTCCTTTTTT---------T--------GTCCAGGTCTTTGATTGTAaac
gi|1 : aatcaaagtacttaatgtactgatagccgggtaatgtattgaaaaaaataaaccaaatacgaagaaacaaaaaaaaaaaattaaaaacaaaaacaaaattttaaatttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtttT--AATG-------AAT-CATTACA--AATCA-T----AAAC-----AATTCAG-CATTAGCTGG--G-----T----TTTTT---------T--------A--AAAGTTTTTGAACGTctt
gi|13 : aatcaaagtccttaatgtactgatagccgggtactgtcatgaaaaactcccgaacaaaccaaaaacaaataaaaaataaacaaaacaataaaaaagaaaagtaggccaaaaaaaaaaaacccccaaaaacaaaaataagccaaaaaaaaaaacaacaaaaaaaacacacaaacatttacattgcaagccaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATG-------AAC-CATTACA--GATTA-T----AAAC-----TATTCAG-CTGTAGCTGTGGG-----TTT--TTTTTGGGGGGGGGTTG------GTCCAGGTCTTTtctttt
gi|11 : ATG-------AAT-CATTACAT-GATTAAT----AAAC-----TATTCAGACTATAGCTAT--GATTCATTT--TTTTT---------TTTGGTCC-GCCCAGGTC--TGAATGTA
gi|6 : aagttttAGCTGT--G-----ATT--TTTTT---------T--------GTCTAGGTCTTTGAATGTAct
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111 1111111111111111111111 6666666666666666666666 11 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 111111111 22222222
lowQualScore : 1 44 555 1 3 33333333333333333 3 66666666 6666 44444 3333333333333333333333 999 3 77777777 999999 77 8888888888888888888888 0 1 6 6 6 44 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 1 777 4 4 9999 4 77777 99 666666666 77777777 4
lowQualScore : . .. ... . . ................. . ........ .... ..... ...................... ... . ........ ...... .. ...................... . . . . . .. ............................................................................ . . ... . . .... . ..... .. ......... ........ .
lowQualScore : 7 66 888 7 8 33333333333333333 8 99999999 0000 88888 5555555555555555555555 666 1 22222222 666666 55 0000000000000000000000 7 0 7 7 7 00 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 0 999 4 4 4444 4 00000 55 000000000 55555555 0
consensus : AAATCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-GA-----------------A-A--------A----A-----AA---C----------CAA-----AC---AAAA-A---A----CAA------AAC-CAAAT-------------------C-ACCCCCCCCCCCCAAACAA-AA-ACCA-TACATTGCAAGCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAA-GTTTT--TAATGAATCATTACA-GATT-AT----AAACTATTCAG-CTATAGCTGTG-----TTC--TTTT---------TT--------G-TCCAGGTCTTTGAATGTA
Reference ( family-1460 ) : AAATCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-GA-----------------A-A--------A----A-----AA---C----------CAA-----AC---AAAA-A---A----CAA------AAC-CAAAT-------------------C-ACCCCCCCCCCCCAAACAA-AA-ACCA-TACATTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAA-GTNTN--TAATGAATCATTACA-GATT-AT----AAACTATTCAG-CTATAGCTGTG-----TTC--TTTT---------TT--------G-TCCAGGTCTTTGAATGTA
gi|1 : AATCAAAGTCCTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TCAT-GA-----------------A-A--------A----ACTCCCGA---A----------CAA-----AC---CAAA-A---A----CAA------A
gi|1 : A-----------------A-A--------AT---A-----AG---C----------CAA-----AA---AAAA-A---AACAACAA------AA---AAAA-------------------C-AC-------------ACAA-AC-ATT--TACATTGCAAGCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNTAATGAATCATTACA-AATC-AT----AAACAATTCAG-CATTAGCTGGG-----T----TTTT---------TT--------A---AAAGTTTTTGAACGTtaaaaaataaacaaaacaataaaaaagaaaagtaggccaaaaaaaaaaaacccccaaaaacaaaaataagccaaaaaaaaaaacaacaaaaaaaacacacaaacatttacattgcaagccaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgaatcattacaaatcataaacaattcagcattagctgggtttttttaaaagtttttgaacgttctttt
gi|10 : aatcaaagtccttaatgtactgatagccgggtactgtcatgaaaaactcccgaacaaaccaaaaacaaataaaaaataaacaaaacaataaaaaagaaaagtaggccaaaaaaaaaaaacccccaaaaacaAATCAAAGTACTT-GATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATTAGT-----------------A-A--------A----A-----CA---C----------C--------C---AAAACA---A----CCACCCCCCAACGCAAA--------------------C-ACCCCCCCCCTC---ACAA-AACACCA-tctttt
gi|11 : AA-GTTTT----ATGAATCATTACATGATTAAT----AAACTATTCAGACTATAGCTATGATTCATTT--TTTT---------TTTTGGTCC-G-CCCAGGTC--TGAATGTAaga
gi|12 : TT--TAATAAATCATTACA-GATT-TT----AAACTATTCAG-CTATAGCTGTG-----TTCT-TTTT---------TT--------G-TCCAGGTCTGTGAATGct
gi|13 : ATGAACCATTACA-GATT-AT----AAACTATTCAG-CTGTAGCTGTGGGT--TTT--TTTTGGGGGGGGGTT--------GGTCCAGGTCTTTaac
gi|14 : ATCAAAGTATT---AT-TACTGATAGCTGGGTAC--T---G-TA-T-GA-----------------A-A--------A----A-----AAGCGC----------C-G-----AC---AAAA-C---G----CAC------AA
gi|15 : AATCAAAGTACTT-AATGTACTG-----TGGGTAC--T---G-TA-T-GA-----------------A-A--------A----A-----AAGCGC----------C-G-----AC---AAAA-C---G----CAC------AAtgtgagtctccc
gi|16 : AATCACAGTACTT-AATGGACTGATAGCCGGGTAC--T---C-TATT-CA-----------------A-A--------C----A-----AA--------------CAA-----AC-----AA-A---A----CAA------AAC-CAAAtgtgagtctccc
gi|17 : AAATTAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAA--T---G-TATTGGA-----------------A-A--------A----A-----AA---C----------CCA-----CC---AAAA-A---aaaaa
gi|18 : atccACTT-AATGT-CTGATAGCCGGGTAT--C---G-TATT-GA-----------------ACA--------A----A-----AA---C----------AAA-----AC---AAAA-A---G----CAA------ACC-CAA---------------------C-AACCCtaaga
gi|19 : TCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTACGGTACGG-TATT-GG-----------------A-A--------A----A-----AA---C----------C
gi|2 : AATCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCAGGTAC--T---A-TGTT-AAAAAATAGCAACCCCCATA-A--------A----A-----AA---CAAAAAAAGAACAA-----AC---AAAA-ATAAA----TAA------AAC-TAAATAACCCCCTTCAAAGATCTCC-ACCTCCCTCTCCCAAACCACAA-ACTT-TACATTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTTG--TAATAAATCATTACA-TATT-TTTCGCACACTTTTAAG-CTATTGTTGTG-----TTC--TTTT---------TT--------A-TCCAGGTCTTTGAATGTA
gi|20 : TCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTACGGTACGG-TATT-GG-----------------A-A--------A----A-----AA---C----------Cctt
gi|21 : CAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-GA-----------------A-G--------A----A-----AA---C----------AAA-----A
gi|22 : cAATAAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCTGGGTAC--T---G-TATT-GA-----------------A-A--------A----A-----A
gi|23 : AAAGTACTTCAATGTACTGATAGCCGGGT-C--T---GTTATT--A-----------------A-A--------A----A-----AA---C----------C
gi|24 : CAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-AA-----------------A-A--------A----A-----A
gi|25 : TACTG-AATGTACTGATTGCCGGGTAC--T---G-TATT-GA-----------------A-G--------A----A-----AA---C----------
gi|26 : aAAATCAAAGTACTT-AGTGTATTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-Gaa
gi|27 : GTACTG-AATGTACTGCTAGCCGGGTAC--T---G-TAAT-GA-----------------A-G--------A----A-----AA---C----------
gi|28 : AATTAAAGTACTT-AATGTACTAATAGCCAGGTAC--T---G-TAT
gi|29 : tAATCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---T-TA
gi|3 : TATAA-GTTTT--TA-TGAATCATTACA-GATT-AT----AAACTATTCAG-TTATAGCTGTG-----CTT--TTTT---------TTTTTTGGTCG-CCCAGGTTTTTTATTGT
gi|30 : atagtcgggtatctgtattgaatcccccccccgaaaaagacaaacaaagcaaaataaaactttgacaacaaaaaaatccccaccccaaaacaaaacaaaacaaaaaaaaacctttacattgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgacaATCAAAGTATTT-AATGTACTAATAGCCGGGTAC--T---G-TAT
gi|4 : AATCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAA--T---G-TATT-GA-----------------A-A--------AAAATA-----AA---C----------CAA-----ATACGAAGA-A---A----CAA------AA
gi|4 : TT--TAACGAATTATTACA-TATC-AA----ACACTTTTCAG-CTATAGATGTG-----TTCCTTTTT---------TT--------G-TCCAGGTCTTTGATTGTAaaaaaaaattaaaaacaaaaacaaaattttaaatttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggttttaacgaattattacatatcaaacacttttcagctatagatgtgttcctttttttgtccaggtctttgattgtactt
gi|6 : aatcaaagtacttaatgtactgatagccgggtaatgtattgaaaaaaataaaccaaatacgaagaaacaaaaaaaaaaaattaaaaacaaaaacaaaattttaaatttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtAGCTGTG-----ATT--TTTT---------TT--------G-TCTAGGTCTTTGAATGTActt
gi|7 : tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatacccgaatgccaaaaagaatattaacccctccccctcaaaccactgacaccaaaaaaaaatcccctttatgttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttaaaaAAATCAAAGTACTT-AATGCACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-GA-----------------A-A--------A----A-----AA---C----------CAA-----AC---AAAA-A---A----CAA------AAC-CAAAT-------------------TGACCCCCCCCCCCCAAATAA-AA-ACCA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAA-GTGTG--TAATTAATCATTACA-GATT-AT----AAACTATTCAG-CTATAGCTGTG-----TTC--TTTT---------TT--------G-TCCAAGTCTTTGAATGTActttt
gi|8 : AAATCAAAGTACTT-AATGCACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-GA-----------------A-A--------A----A-----AA---A----------C-A-----AC---AAAA-A---A----CAA------AAC-CAAATTGA----------------C-CCCCCCCCCCCCCAAATAA-AA-ACCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAA-GTGTG--TAATTAATCATTACA-GATT-AT----AAACTATTCAG-CTATAGCTGT------TTC---TTT---------TT--------G-TCCAAGTCTTTGAA
gi|9 : AAATCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-GA-----------------ATAAAATCCACA----A-----AA---C----------CAAAAAATACAA-AAAA-A---A----CAA------AA--CAAA----------------------ACACACACACACAAAACAA-AA-AC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TCGGGTATCTAGTGAATTAAGACCCCCACCACCAATGTAAATAACATACAATACATAGAAAAACCCAACAACTAAAAAATTTTGACACAACAACAACAAAAAATACTTTACATTGCAACCAAGAGGTTAATAAGACATTTTGATCATAGATCCTTTTGTGTTTAATTTCCATATTGGATATTGTACAAATGTTTGAAATTTTTAGATAATTCATTACACAAATTATAAATAAAATTATTCAGTTAGCTGTGGTTCTTTGGGGTGTTTGGGGGGTGA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111 1111111111111111111111 6666666666666666666666 11 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 111111111 22222222
lowQualScore : 1 44 555 1 3 33333333333333333 3 66666666 6666 44444 3333333333333333333333 999 3 77777777 999999 77 8888888888888888888888 0 1 6 6 6 44 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 888 4 4 9999 4 77777 99 666666666 77777777 4
lowQualScore : . .. ... . . ................. . ........ .... ..... ...................... ... . ........ ...... .. ...................... . . . . . .. .................................................................... . ... . . .... . ..... .. ......... ........ .
lowQualScore : 7 66 888 7 8 33333333333333333 8 99999999 0000 88888 5555555555555555555555 666 1 22222222 666666 55 0000000000000000000000 7 0 7 7 7 00 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 111 4 4 4444 4 00000 55 000000000 55555555 0
consensus : AAATCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-GA-----------------A-A--------A----A-----AA---C----------CAA-----AC---AAAA-A---A----CAA------AAC-CAAAT-------------------C-ACCCCCCCCCCCCAAACAA-AA-ACCA-TACATTGCAAGCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAA-GTTTT--TAATGAATCATTACA-GATT-AT----AAACTATTCAG-CTATAGCTGTG-----TTC--TTTT---------TT--------G-TCCAGGTCTTTGAATGTA
Reference ( family-1460 ) : AAATCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-GA-----------------A-A--------A----A-----AA---C----------CAA-----AC---AAAA-A---A----CAA------AAC-CAAAT-------------------C-ACCCCCCCCCCCCAAACAA-AA-ACCA-TACATTGCAAGCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAA-GTTTT--TAATGAATCATTACA-GATT-AT----AAACTATTCAG-CTATAGCTGTG-----TTC--TTTT---------TT--------G-TCCAGGTCTTTGAATGTA
gi|1 : AATCAAAGTCCTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TCAT-GA-----------------A-A--------A----ACTCCCGA---A----------CAA-----AC---CAAA-A---A----CAA------A
gi|1 : A-----------------A-A--------AT---A-----AG---C----------CAA-----AA---AAAA-A---AACAACAA------AA---AAAA-------------------C-AC-------------ACAA-AC-ATT--TACATTGCAAGCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNTAATGAATCATTACA-AATC-AT----AAACAATTCAG-CATTAGCTGGG-----T----TTTT---------TT--------A---AAAGTTTTTGAACGTtaaaaaataaacaaaacaataaaaaagaaaagtaggccaaaaaaaaaaaacccccaaaaacaaaaataagccaaaaaaaaaaacaacaaaaaaaacacacaaacatttacattgcaagccaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgaatcattacaaatcataaacaattcagcattagctgggtttttttaaaagtttttgaacgttctttt
gi|10 : aatcaaagtccttaatgtactgatagccgggtactgtcatgaaaaactcccgaacaaaccaaaaacaaataaaaaataaacaaaacaataaaaaagaaaagtaggccaaaaaaaaaaaacccccaaaaacaAATCAAAGTACTT-GATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATTAGT-----------------A-A--------A----A-----CA---C----------C--------C---AAAACA---A----CCACCCCCCAACGCAAA--------------------C-ACCCCCCCCCTC---ACAA-AACACCA-tctttt
gi|11 : AA-GTTTT----ATGAATCATTACATGATTAAT----AAACTATTCAGACTATAGCTATGATTCATTT--TTTT---------TTTTGGTCC-G-CCCAGGTC--TGAATGTAaga
gi|12 : TT--TAATAAATCATTACA-GATT-TT----AAACTATTCAG-CTATAGCTGTG-----TTCT-TTTT---------TT--------G-TCCAGGTCTGTGAATGct
gi|13 : ATGAACCATTACA-GATT-AT----AAACTATTCAG-CTGTAGCTGTGGGT--TTT--TTTTGGGGGGGGGTT--------GGTCCAGGTCTTTaac
gi|14 : ATCAAAGTATT---AT-TACTGATAGCTGGGTAC--T---G-TA-T-GA-----------------A-A--------A----A-----AAGCGC----------C-G-----AC---AAAA-C---G----CAC------AA
gi|15 : AATCAAAGTACTT-AATGTACTG-----TGGGTAC--T---G-TA-T-GA-----------------A-A--------A----A-----AAGCGC----------C-G-----AC---AAAA-C---G----CAC------AAtgtgagtctccc
gi|16 : AATCACAGTACTT-AATGGACTGATAGCCGGGTAC--T---C-TATT-CA-----------------A-A--------C----A-----AA--------------CAA-----AC-----AA-A---A----CAA------AAC-CAAAtgtgagtctccc
gi|17 : AAATTAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAA--T---G-TATTGGA-----------------A-A--------A----A-----AA---C----------CCA-----CC---AAAA-A---aaaaa
gi|18 : atccACTT-AATGT-CTGATAGCCGGGTAT--C---G-TATT-GA-----------------ACA--------A----A-----AA---C----------AAA-----AC---AAAA-A---G----CAA------ACC-CAA---------------------C-AACCCtaaga
gi|19 : TCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTACGGTACGG-TATT-GG-----------------A-A--------A----A-----AA---C----------C
gi|2 : AATCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCAGGTAC--T---A-TGTT-AAAAAATAGCAACCCCCATA-A--------A----A-----AA---CAAAAAAAGAACAA-----AC---AAAA-ATAAA----TAA------AAC-TAAATAACCCCCTTCAAAGATCTCC-ACCTCCCTCTCCCAAACCACAA-ACTT-TACATTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTTG--TAATAAATCATTACA-TATT-TTTCGCACACTTTTAAG-CTATTGTTGTG-----TTC--TTTT---------TT--------A-TCCAGGTCTTTGAATGTA
gi|20 : TCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTACGGTACGG-TATT-GG-----------------A-A--------A----A-----AA---C----------Cctt
gi|21 : CAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-GA-----------------A-G--------A----A-----AA---C----------AAA-----A
gi|22 : cAATAAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCTGGGTAC--T---G-TATT-GA-----------------A-A--------A----A-----A
gi|23 : AAAGTACTTCAATGTACTGATAGCCGGGT-C--T---GTTATT--A-----------------A-A--------A----A-----AA---C----------C
gi|24 : CAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-AA-----------------A-A--------A----A-----A
gi|25 : TACTG-AATGTACTGATTGCCGGGTAC--T---G-TATT-GA-----------------A-G--------A----A-----AA---C----------
gi|26 : aAAATCAAAGTACTT-AGTGTATTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-Gaa
gi|27 : GTACTG-AATGTACTGCTAGCCGGGTAC--T---G-TAAT-GA-----------------A-G--------A----A-----AA---C----------
gi|28 : AATTAAAGTACTT-AATGTACTAATAGCCAGGTAC--T---G-TAT
gi|29 : tAATCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---T-TA
gi|3 : TATAA-GTTTT--TA-TGAATCATTACA-GATT-AT----AAACTATTCAG-TTATAGCTGTG-----CTT--TTTT---------TTTTTTGGTCG-CCCAGGTTTTTTATTGT
gi|30 : atagtcgggtatctgtattgaatcccccccccgaaaaagacaaacaaagcaaaataaaactttgacaacaaaaaaatccccaccccaaaacaaaacaaaacaaaaaaaaacctttacattgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgacaATCAAAGTATTT-AATGTACTAATAGCCGGGTAC--T---G-TAT
gi|4 : AATCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAA--T---G-TATT-GA-----------------A-A--------AAAATA-----AA---C----------CAA-----ATACGAAGA-A---A----CAA------AA
gi|4 : TTT--TAACGAATTATTACA-TATC-AA----ACACTTTTCAG-CTATAGATGTG-----TTCCTTTTT---------TT--------G-TCCAGGTCTTTGATTGTAaaaaaaaattaaaaacaaaaacaaaattttaaatttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggttttaacgaattattacatatcaaacacttttcagctatagatgtgttcctttttttgtccaggtctttgattgtactt
gi|6 : aatcaaagtacttaatgtactgatagccgggtaatgtattgaaaaaaataaaccaaatacgaagaaacaaaaaaaaaaaattaaaaacaaaaacaaaattttaaatttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggAGCTGTG-----ATT--TTTT---------TT--------G-TCTAGGTCTTTGAATGTActt
gi|7 : tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatacccgaatgccaaaaagaatattaacccctccccctcaaaccactgacaccaaaaaaaaatcccctttatgttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttaaaaAAATCAAAGTACTT-AATGCACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-GA-----------------A-A--------A----A-----AA---C----------CAA-----AC---AAAA-A---A----CAA------AAC-CAAAT-------------------TGACCCCCCCCCCCCAAATAA-AA-ACCA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAA-GTGTG--TAATTAATCATTACA-GATT-AT----AAACTATTCAG-CTATAGCTGTG-----TTC--TTTT---------TT--------G-TCCAAGTCTTTGAATGTActttt
gi|8 : AAATCAAAGTACTT-AATGCACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-GA-----------------A-A--------A----A-----AA---A----------C-A-----AC---AAAA-A---A----CAA------AAC-CAAATTGA----------------C-CCCCCCCCCCCCCAAATAA-AA-ACCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAA-GTGTG--TAATTAATCATTACA-GATT-AT----AAACTATTCAG-CTATAGCTGT------TTC---TTT---------TT--------G-TCCAAGTCTTTGAA
gi|9 : AAATCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-GA-----------------ATAAAATCCACA----A-----AA---C----------CAAAAAATACAA-AAAA-A---A----CAA------AA--CAAA----------------------ACACACACACACAAAACAA-AA-AC
blockSeqs : C GG ACG T A AAAATAGCAACCCCCAT C AAATCCAC AAAT . CAAAAAAAGAACAA ACG C AACAA CCCCCC CG TAACCCCCTTCAAAGATCTCC T C C C AN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N T T A TCGC A ATTCA CT GGGGGGGGG TTTTGGTC G
blockSeqs : . GG ACG . G . T . T . CCAAAAAAT AA . TAAA . C TTGAC C C . . A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . T . . . . GGT T . TTGGTCC .
blockSeqs : . . . . . . . . . . GCGCCG . . A . C TTG C C . . T NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . GCGCCG . . G . C C C A . . A . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CCAA . . G . C C A . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CCCA . . A . C . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CAAA . . G . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CAAA . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CCAA . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CCAA . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CAA . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . ACA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CC
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : ***** C* TC******************** A* T**
originalCons : AAATCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-GA-----------------A-A--------A----A-----AA---C----------CAA-----AC---AAAA-A---A----CAA------AAC-CAAAT-------------------C-ACCCCCCCCCCCCAAACAA-AA-ACCA-TACATTGCAAGCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAA-GTTTT--TAATGAATCATTACA-GATT-AT----AAACTATTCAG-CTATAGCTGTG-----TTC--TTTT---------TT--------G-TCCAGGTCTTTGAATGTA
finalCons : AAATCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-GA-----------------A-A--------A----A-----AA---C----------CAA-----AC---AAAA-A---A----CAA------AAC-CAAATC--------------------ACCCCCCCCCCCCAAACAA-AA-ACCA-TACATTGCAAGCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAA-GTTTT--TAATGAATCATTACA-GATT-AT----AAACTATTCAG-CTATAGCTGTG-----TTC--TTTT---------TT--------G-TCCAGGTCTTTGAATGTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TCGGGTATCTAGTGAATTAAGACCCCCACCACCAATGTAAATAACATACAATACATAGAAAAACCCAACAACTAAAAAATTTTGACACAACAACAACAAAAAATACTTTACATTGCAACCAAGAGGTTAATAAGACATTTTGATCATAGATCCTTTTGTGTTTAATTTCCATATTGGATATTGTACAAATGTTTGAAATTTTTAGATAATTCATTACACAAATTATAAATAAAATTATTCAGTTAGCTGTGGTTCTTTGGGGTGTTTGGGGGGTGA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111 1111111111111111111111 6666666666666666666666 11 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 111111111 22222222
lowQualScore : 1 44 555 1 3 33333333333333333 3 66666666 6666 44444 3333333333333333333333 999 3 77777777 999999 77 8888888888888888888888 0 1 6 6 6 44 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 888 4 4 9999 4 77777 99 666666666 77777777 4
lowQualScore : . .. ... . . ................. . ........ .... ..... ...................... ... . ........ ...... .. ...................... . . . . . .. .................................................................... . ... . . .... . ..... .. ......... ........ .
lowQualScore : 7 66 888 7 8 33333333333333333 8 99999999 0000 88888 5555555555555555555555 666 1 22222222 666666 55 0000000000000000000000 7 0 7 7 7 00 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 111 4 4 4444 4 00000 55 000000000 55555555 0
consensus : AAATCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-GA-----------------A-A--------A----A-----AA---C----------CAA-----AC---AAAA-A---A----CAA------AAC-CAAAT-------------------C-ACCCCCCCCCCCCAAACAA-AA-ACCA-TACATTGCAAGCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAA-GTTTT--TAATGAATCATTACA-GATT-AT----AAACTATTCAG-CTATAGCTGTG-----TTC--TTTT---------TT--------G-TCCAGGTCTTTGAATGTA
Reference ( family-1460 ) : AAATCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-GA-----------------A-A--------A----A-----AA---C----------CAA-----AC---AAAA-A---A----CAA------AAC-CAAAT-------------------C-ACCCCCCCCCCCCAAACAA-AA-ACCA-TACATTGCAAGCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAA-GTTTT--TAATGAATCATTACA-GATT-AT----AAACTATTCAG-CTATAGCTGTG-----TTC--TTTT---------TT--------G-TCCAGGTCTTTGAATGTA
gi|1 : AATCAAAGTCCTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TCAT-GA-----------------A-A--------A----ACTCCCGA---A----------CAA-----AC---CAAA-A---A----CAA------A
gi|1 : A-----------------A-A--------AT---A-----AG---C----------CAA-----AA---AAAA-A---AACAACAA------AA---AAAA-------------------C-AC-------------ACAA-AC-ATT--TACATTGCAAGCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNTAATGAATCATTACA-AATC-AT----AAACAATTCAG-CATTAGCTGGG-----T----TTTT---------TT--------A---AAAGTTTTTGAACGTtaaaaaataaacaaaacaataaaaaagaaaagtaggccaaaaaaaaaaaacccccaaaaacaaaaataagccaaaaaaaaaaacaacaaaaaaaacacacaaacatttacattgcaagccaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgaatcattacaaatcataaacaattcagcattagctgggtttttttaaaagtttttgaacgttctttt
gi|10 : aatcaaagtccttaatgtactgatagccgggtactgtcatgaaaaactcccgaacaaaccaaaaacaaataaaaaataaacaaaacaataaaaaagaaaagtaggccaaaaaaaaaaaacccccaaaaacaAATCAAAGTACTT-GATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATTAGT-----------------A-A--------A----A-----CA---C----------C--------C---AAAACA---A----CCACCCCCCAACGCAAA--------------------C-ACCCCCCCCCTC---ACAA-AACACCA-tctttt
gi|11 : AA-GTTTT----ATGAATCATTACATGATTAAT----AAACTATTCAGACTATAGCTATGATTCATTT--TTTT---------TTTTGGTCC-G-CCCAGGTC--TGAATGTAaga
gi|12 : TT--TAATAAATCATTACA-GATT-TT----AAACTATTCAG-CTATAGCTGTG-----TTCT-TTTT---------TT--------G-TCCAGGTCTGTGAATGct
gi|13 : ATGAACCATTACA-GATT-AT----AAACTATTCAG-CTGTAGCTGTGGGT--TTT--TTTTGGGGGGGGGTT--------GGTCCAGGTCTTTaac
gi|14 : ATCAAAGTATT---AT-TACTGATAGCTGGGTAC--T---G-TA-T-GA-----------------A-A--------A----A-----AAGCGC----------C-G-----AC---AAAA-C---G----CAC------AA
gi|15 : AATCAAAGTACTT-AATGTACTG-----TGGGTAC--T---G-TA-T-GA-----------------A-A--------A----A-----AAGCGC----------C-G-----AC---AAAA-C---G----CAC------AAtgtgagtctccc
gi|16 : AATCACAGTACTT-AATGGACTGATAGCCGGGTAC--T---C-TATT-CA-----------------A-A--------C----A-----AA--------------CAA-----AC-----AA-A---A----CAA------AAC-CAAAtgtgagtctccc
gi|17 : AAATTAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAA--T---G-TATTGGA-----------------A-A--------A----A-----AA---C----------CCA-----CC---AAAA-A---aaaaa
gi|18 : atccACTT-AATGT-CTGATAGCCGGGTAT--C---G-TATT-GA-----------------ACA--------A----A-----AA---C----------AAA-----AC---AAAA-A---G----CAA------ACC-CAA---------------------C-AACCCtaaga
gi|19 : TCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTACGGTACGG-TATT-GG-----------------A-A--------A----A-----AA---C----------C
gi|2 : AATCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCAGGTAC--T---A-TGTT-AAAAAATAGCAACCCCCATA-A--------A----A-----AA---CAAAAAAAGAACAA-----AC---AAAA-ATAAA----TAA------AAC-TAAATAACCCCCTTCAAAGATCTCC-ACCTCCCTCTCCCAAACCACAA-ACTT-TACATTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTTG--TAATAAATCATTACA-TATT-TTTCGCACACTTTTAAG-CTATTGTTGTG-----TTC--TTTT---------TT--------A-TCCAGGTCTTTGAATGTA
gi|20 : TCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTACGGTACGG-TATT-GG-----------------A-A--------A----A-----AA---C----------Cctt
gi|21 : CAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-GA-----------------A-G--------A----A-----AA---C----------AAA-----A
gi|22 : cAATAAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCTGGGTAC--T---G-TATT-GA-----------------A-A--------A----A-----A
gi|23 : AAAGTACTTCAATGTACTGATAGCCGGGT-C--T---GTTATT--A-----------------A-A--------A----A-----AA---C----------C
gi|24 : CAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-AA-----------------A-A--------A----A-----A
gi|25 : TACTG-AATGTACTGATTGCCGGGTAC--T---G-TATT-GA-----------------A-G--------A----A-----AA---C----------
gi|26 : aAAATCAAAGTACTT-AGTGTATTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-Gaa
gi|27 : GTACTG-AATGTACTGCTAGCCGGGTAC--T---G-TAAT-GA-----------------A-G--------A----A-----AA---C----------
gi|28 : AATTAAAGTACTT-AATGTACTAATAGCCAGGTAC--T---G-TAT
gi|29 : tAATCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---T-TA
gi|3 : TATAA-GTTTT--TA-TGAATCATTACA-GATT-AT----AAACTATTCAG-TTATAGCTGTG-----CTT--TTTT---------TTTTTTGGTCG-CCCAGGTTTTTTATTGT
gi|30 : atagtcgggtatctgtattgaatcccccccccgaaaaagacaaacaaagcaaaataaaactttgacaacaaaaaaatccccaccccaaaacaaaacaaaacaaaaaaaaacctttacattgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgacaATCAAAGTATTT-AATGTACTAATAGCCGGGTAC--T---G-TAT
gi|4 : AATCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAA--T---G-TATT-GA-----------------A-A--------AAAATA-----AA---C----------CAA-----ATACGAAGA-A---A----CAA------AA
gi|4 : TTT--TAACGAATTATTACA-TATC-AA----ACACTTTTCAG-CTATAGATGTG-----TTCCTTTTT---------TT--------G-TCCAGGTCTTTGATTGTAaaaaaaaattaaaaacaaaaacaaaattttaaatttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggttttaacgaattattacatatcaaacacttttcagctatagatgtgttcctttttttgtccaggtctttgattgtactt
gi|6 : aatcaaagtacttaatgtactgatagccgggtaatgtattgaaaaaaataaaccaaatacgaagaaacaaaaaaaaaaaattaaaaacaaaaacaaaattttaaatttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggAGCTGTG-----ATT--TTTT---------TT--------G-TCTAGGTCTTTGAATGTActt
gi|7 : tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatacccgaatgccaaaaagaatattaacccctccccctcaaaccactgacaccaaaaaaaaatcccctttatgttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttaaaaAAATCAAAGTACTT-AATGCACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-GA-----------------A-A--------A----A-----AA---C----------CAA-----AC---AAAA-A---A----CAA------AAC-CAAAT-------------------TGACCCCCCCCCCCCAAATAA-AA-ACCA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAA-GTGTG--TAATTAATCATTACA-GATT-AT----AAACTATTCAG-CTATAGCTGTG-----TTC--TTTT---------TT--------G-TCCAAGTCTTTGAATGTActttt
gi|8 : AAATCAAAGTACTT-AATGCACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-GA-----------------A-A--------A----A-----AA---A----------C-A-----AC---AAAA-A---A----CAA------AAC-CAAATTGA----------------C-CCCCCCCCCCCCCAAATAA-AA-ACCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAA-GTGTG--TAATTAATCATTACA-GATT-AT----AAACTATTCAG-CTATAGCTGT------TTC---TTT---------TT--------G-TCCAAGTCTTTGAA
gi|9 : AAATCAAAGTACTT-AATGTACTGATAGCCGGGTAC--T---G-TATT-GA-----------------ATAAAATCCACA----A-----AA---C----------CAAAAAATACAA-AAAA-A---A----CAA------AA--CAAA----------------------ACACACACACACAAAACAA-AA-AC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TCGGGTATCTAGTGAATTAAGACCCCCACCACCAATGTAAATAACATACAATACATAGAAAAACCCAACAACTAAAAAATTTTGACACAACAACAACAAAAAATACTTTACATTGCAACCAAGAGGTTAATAAGACATTTTGATCATAGATCCTTTTGTGTTTAATTTCCATATTGGATATTGTACAAATGTTTGAAATTTTTAGATAATTCATTACACAAATTATAAATAAAATTATTCAGTTAGCTGTGGTTCTTTGGGGTGTTTGGGGGGTGA