lowQualScore : 1 11111111 3333333 2 1111111 11 333333 1111111111 2 222 1111111 222222 11111 11111 11111 1111 444444444444 33333333333 3333 22222222222222222222222222222 111 111111111111 333333333333 111111 11111111 11111 2 11 1 11111111 22 11111111 2222222 1111 11 11111111 1111 22222222222222 2222222222222222222 444444 1 1111 11111111 11 222222222 33 11 2222 11111111 11 2 11111 111 222222 2222 11 4
lowQualScore : 3 55 55 55 5 55 55 666 88888888 3333333 2 2 4 3 0000000 6 666 3 7777 88 3 3 666 3 7777 3 55 3 888888 0 3 3 5555555555 3 5 3 3 8888 000 7 1111111 7777 111111 11111 44444 77777 44 2222 444444444444 55 00000000000 3 44 6 1111 3 666 0 77777777777777777777777777777 3 3 33 3 7777 3 55 222 888888888888 666666666666 4 4 777 4 4 8 4 4 777777 4 888 55 4 99999999 4 00000 44 777 55 4 8 4 99 55 00 55 6 8 0 44444444 4 8888 99 8 777 44444444 4 1111111 1111 3 3 33 33333333 3 3333 3 3 3 3 11111111111111 0000000000000000000 66 3 666 3 3 666 111111 33 4 66 4 4 66 4 6 3 3 7 55 99999 3 3 3 3 5555 8888 66 4 66666666 22 4 111111111 4 777 88 22 9999 0 4 1 66666666 11 4 55 0 8 4 4 55 5 11111 3 777 7 333 55 3 55 000000 3 55 5555 3 55 3 3 4 4 44 66 0
lowQualScore : . .. .. .. . .. .. ... ........ ....... . . . . ....... . ... . .... .. . . ... . .... . .. . ...... . . . .......... . . . . .... ... . ....... .... ...... ..... ..... ..... .. .... ............ .. ........... . .. . .... . ... . ............................. . . .. . .... . .. ... ............ ............ . . ... . . . . . ...... . ... .. . ........ . ..... .. ... .. . . . .. .. .. .. . . . ........ . .... .. . ... ........ . ....... .... . . .. ........ . .... . . . . .............. ................... .. . ... . . ... ...... .. . .. . . .. . . . . . .. ..... . . . . .... .... .. . ........ .. . ......... . ... .. .. .... . . . ........ .. . .. . . . . .. . ..... . ... . ... .. . .. ...... . .. .... . .. . . . . .. .. .
lowQualScore : 6 00 00 00 5 00 00 444 55555555 6666666 1 1 4 6 8888888 0 444 6 7777 33 6 6 444 6 7777 6 00 6 111111 5 6 6 9999999999 6 5 6 6 5555 555 3 8888888 7777 444444 11111 00000 77777 00 7777 666666666666 00 99999999999 3 66 7 7777 3 444 2 11111111111111111111111111111 6 6 88 6 7777 6 55 555 555555555555 555555555555 0 0 000 0 0 0 0 0 888888 0 777 55 0 88888888 0 00000 88 000 55 0 0 0 55 55 11 55 0 0 8 55555555 0 5555 55 0 888 55555555 0 0000000 5555 6 6 88 22222222 6 9999 6 6 6 6 44444444444444 7777777777777777777 00 6 444 6 6 444 555555 00 4 11 4 4 11 4 0 6 6 3 00 11111 6 6 6 6 6666 9999 11 9 11111111 22 4 888888888 4 333 99 22 0000 8 4 9 11111111 88 0 55 0 0 0 0 55 7 11111 4 000 3 666 00 6 00 444444 6 00 5555 6 00 6 6 4 4 44 11 0
consensus : TTGT-AATGAA--CA--TTTT--TTTCCTTT--A--A---TAT----A-A-ATTTTT----AAAGATTTCCCAA-TACAT-------GAAC---TTTATT-CT----A-TA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GTATTTA--TATGGT-A-TC----------GGT-AAATCGA-ATTCAG-AA-A--CTGC-ATGGTT-GC-------ATTCTTT----CCACTTGCT---C--ACC-----CC--CC-CCT--A-C-AC----CCCC----T------ACA--ATTTTTCA--C-T-GTAA-CATTT-ATTTTGG--AGAG-TTTTT---AT-CAAT---TTAGATAAATA------------AA-TGA------ATA--TGATTG-AACATGT-CATAG-CC----AGT-GTTT--AT---GACTTT-T---A-----ATTGTTATATT----------G-A-AATTCCT---G-ACTT-A-C-AAA-GA--C---TGT-GTG--GTT--AG-AT---GTT--A-CA-----AAATTTT-AT---TCTTGTACC--A-CTGAAA-A--CA--AACAT-NA--TTTATTC-AATAATTAATCTA--------G-CT----TC-AA-TAG-T-TCA--------TA-TTTT-------CACGAAA---AGGT-GAG-TGG-CTTGG--------TA-T-C--T-TT-AC-TA-C-----A--------CACA---A----TTTT--A----AAAAAAA-TTCAATG---A-C-GG---GTTTTTA--T-AAAAAAAT-ATGAA--T-T-ATG--TAC-TGAGAAAA-ATGC-T-TTTG--CAAAG-----AG-CAT-TT-T-T--N-TTCA---TTT--TGGAGGGTTT--------TCCTAA--TA-TT----T---AAAA-AA-A-TTGGC-AAA--TGCCAAACA-TA-AAAATTATTT-CAAAA--------TA-TTTAA-TA--CTGGGA-TA-TT-TTG--AACATTCTTGT-----TTAAAAATTC---AAT-A---AAA--TTA-TTCAAA--TTA-----TTT-TTTCAGC--AGG--CCT-TTATAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AAC-AT-TTTT--AAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGGCTTGTCTATCAATATCCCCCTTAA
Reference ( gi|3 ) : TTGT-AATGAA--CA--TTTT--TTTCCTTT--A--A---TAT----A-A-ATTTGT----AAAGATTTCCCAAATACCT-------GAGC---TTTATT-CT----A-AA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GTAATTA-ATATGGT-A-TT----------GGT-AA-TCGA-ATTCAG-AA-A--CTGC-ATGGTT-GC-------ATTCTTT----CCACTTGCT---C--ACC-----CC--CC-CCT--A-C-AC----CCC-----T------ACA--ATTTTTCA--T-T-GTAAACATTT-ATTTTGG--AGAG-TTTT----AT-CAAT---TTAGATAAATA------------AA-TGA------ATG--TGATTG-AACATCT-TATAG-CC----AGT-GTTT--AT---GATTTG-T---A-----ATTGTTATA-T----------G-A-AATTCCT---G-ACTT-A-C-AAA-GA--C---TGT-GTG--GTT--AG-AT---GTT--A-CA-----AAATTTT-AT---TCTTGTACC--A-CTG-AA-A--CA--AACAT-AA--TTCATTCAAATAATTAATCTA--------G-CT----T--AA-TAG-T-TCA--------TA-TTTT-------CACGAAA---AGGT-GAG-TGG-ATTGG--------TA-T-C--T-TT-AC-TA-C-----A--------CACA---A----TTTT--A----AAAAAAA-TTCAATG---A-C-GG---GTTTTTA--AAAAAAAAAT-ATGAA--T-T-ATG--TAC-TGAGAAAA-ATGC-T-TTTG--CAAAG-----AG-CAT-TT-T-T--T-TTCA---TTT--TGGAGGGTTT--------TCCTAA--TA-TT----T---AAAA-AA-A-TTGG--AAA--TGCCAAACA-TA-AAAATTATTT-CAAAA--------TA-TTTAA-TA--CT-GGA-TA-TT-TTG--AACATTCTTGT-----TTAAAAATTC---AAT-A---AAA--TTA-TTCAAA--TTA-----TTT-TTTCAGC--A-G--CCT-TTATAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AAC-AT-TTTT--AAGTAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTAGCT-GTCTATTAATATCCCCCTTAA
gi|2 : TTGT-AATGAA--CA--TTGT--TT-CCTTT--A--A---TAT----A-A-ATTT-T----CAAGATTTCTCAA-TACCT-------GAAC---TTTATT-CT----A-TA-CACT-GCCCGTCA-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GTA-TT---TATGGTTA-TT----------GGT-AAATCGA-ATTCAG-AA-A--CTGC-ATGGTT-GC-------ATTCTTT----CCACTTGTT---C--ACCACCCCCC--CC-CCTTTA-C-AC----CCCCCCT-T------ACA--ATTTTTCAC-T-T-GTAACAATTT-ATTTTGG--AGAG-TTTTT---AT-CA-T---TTAGATAAATA------------AA-T-A------ATGATTGATTG-A-CATCCCTATAG-CC----AGT-GTTT--AT---GATTTGCT---A-----ATTGTTATA-TT---------G-A-AATTCCT---G-ACTT-A-C-ACA-AA--CC--TGT-GTG--GTT--AG-AT---GTT--AACG-----AAATTTT-AT----CTTGTACC--A-CTG-AA-AA-CA--AACATTAA--TTTATTCAAA--ATTAATCTA--------G-CT----TCAAA-TAG-T-T-A--------TA-TTTT-------CACGAAA----GGT-GAGGTGG-CTTGG--------TAGT-C--T-TTTAC-TA-C-----A--------CACA---A----TTTA--A----AAAAAAA-TCCAATG---AAC-GG---GTTTT------AAGAAAAT-ATGAA--T-T-ATG--TAC-TGAGAAAAAATGC-T-TTTG--CAAAG-----AG-CAT-TT-T-T--TGTTCA----TT--TGGAGGGTTT--------TCCTAA--TA--T----T---AAAA-AA-A-TTGGC-AAA--TGCCAAACA-T--AAAATTA-TT-CAAAA--------TA-TTTGA-TA--CTGGGA-TA-TTCTTGAAAACA-TCTTGT-----TTAAAAATTCAATAAT-A---AAA--TTA-TTCAA-----A-----TTT-TTTCAGC--AGG--CCT-TTATAT--ATCA-T-TACTTAG-AATT-AAC-AT-TTTT--A
gi|7 : aTTGT-AATGAA--CA--TTTT--TT-CCTTA--A--C---TAT----A----TTTTT----AA-GATTTCCCAA-TACCT-------GAAC---TTTAT--CT----A-TA-CACT-GCCC---GCT----GAAGTAGAAAT--CTGCGTATTTA--TATG-T-ACTT----------GGT-AAATCGA--TTCAG-AA-AGACTGCGATGGTT-AC---------TCTTC----CCA-TTGCTAC-C--ACC-----CCACCCACCT--A-CCAC----CCCCCCC-T------ACA---TTCTTCA--CCT-GTAGCGATTT-ATT--GG--AGAG-TTTTT---AG-CAAA---TTAGA-----------------------A------AC------TTG-AAAATCT-TAT-G-CC----AGT-GTTT--AT---GATTTG-T---A-----ATTGTTATA-T----------GAA-AATTCCT---G-ACTT-ACC-AAA-GA--C---TGT-GT---GTT--AG-AT---GTTA-A-CA-----ACATTTT--T---TCTT-TACC--A-CTGAAA-A--CA--AACAT-AA--TCTACTTCAATAATTAATCTA--------G-CT----TC-AA-TAG-CATCA--------TA-TTTTC------CACGAAG---GCGT-GAG-TGG-CTTGG--------TA-T-CT-T-TT-ACTTA-C--------------CACA---A-----TTT--A----AAAAAAA-TTCAATGGGAG-C-TG---GTT---------AAAAAATCATGAA--T-T-ATGAATGC-TGAAGAA----GC-T-TTTG--CAAAG-----AGCCAT-TT-T-T--G-TTCA---TTT--TTGAGGGTTT--------TCCT-A--TA-TT----TAAAAAAA-AA-A-TTGGC-AAA--TGCCAAACA--A-AATCTTATTT-C-AAA--------TA---TAACTA--CT-GGA-TA-TT-TTG--AA-ATTCTTGT-----TTAAAAA-TC---AAT-A---AAC--TCA-TTCACA---TA-----TTT-GTTCAGC--ACG--CCT-TTATAT-----A-T-TACATAATAATTAAAC-A--TTTT--AAGTAgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttttagcttgtccatataatatccccctaaatgacg
gi|6 : TCGT-AATCAG--CA--TTTT--CCTC-TTT--A--A---TGT----T-GTATTTTTTAAAAAAGATTTCCCAA-TACAT-------GAAC---TTTATTGTT----A-TA-CACT-GTC----A-C----TAA-TAGAAAT--CTG-GTA--TATATATGGT-G-TC----------GGT-AAATCAA-ATTCAG-AA-A--CTG-----GTT-AC-------ATTCTTT----CCATTTACT-------CC-----AC--CA-CCT----C-ACCA--CCC-----T------ACA--ATGTTTCAG-T-T-GT-AACAATT-ATTTTGG--AGAGTTTTT----AT-CAAT---TTAGATAAATA------------AA-TGA------ATA--TGACTG-AACATGT-AATAG-AC----AGT-GTTT--AT---GACTTT-T---A-----ATTGTTACGTT----------G-A-AATTCCT---G-ACTA-A-CAAAA-GA--C---TGT-GTATTGTT--AG-AT----TTCAA-CA-----AAATTTG-TT---TCTTGTAAC--A-CTGAAA-A--CA--AACAC-TA--CTTATTC-AATAATTAATCTA--------G-CT----TC-AA-TAG-T-TCA--------TA-TTTT-------TACGAAA---AGGA-AGA-TGT-TTTGA--------TA-TAC--T-TT-AC-AA-C-----A--------TACA---A------TT--A----AAAAAA---TGAATG---A-C-GG---GTTTTT----TATGAAAAT-ACAAA--T-T-ATG--TAC-TTAG-AAA-ATGT-T-GTTG--CAAAG-----AG-CAT-TT-TCC--C-TTCA---TTT--TGG-CGGTTT--------TCCTAA--GATTT----T---CAAA-AT-G-TCGC--AAA--TGTTAAAGA--A-AAAGTAATTT-CATGA--------TA-TTAAA-TA--CTGGGA-TA-TT-GTA--AGCATTCTTGT-----TTAAAAAAGC---AGT-AG--AAA--TTA-TTAATA--TTA-----ATT-GTTCAGC--T-G--GCTGTTATAT--ATTA-T-TACATAGAAATT-AAC-ATCTTTT--AA
gi|1 : TTGT-AATTGATTCA--TTTTGTTTTCCTTTTAA--A---TAT----A-A--TTTTT----A--GATTTTCCCAATACCTTTTTTTTGAACGCTTTTATT-CTTTATA-TATCACTTGCCC---A-TTTTCGA--TAGAAATTCCTG-TTATTTT--TATTGT-A-TTTTTTGTTTTTGGT-AAATCGATATTCAGTAATA--CTGC-ATGTTTTGCTATGTTTATTCTTTTTCCCCACTTGCT---a
gi|4 : ttaaTGTGAATGAA--CA--TTTT--T--CCTTT--A--A---TAT----T-G-ATTTTT----TAAGATTTCCCAA-TACCA-------GAAC---TT-ATT-CT----A-TA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GTATTTA--TATGGT-A-----------------AA-TCGA-ACTCAA-GA-A--CTGC-ATGGTTTGC-------ATTCTTT----CCACTTGCT---C--ACC-----CC--CC-CCC----C-AC----CCCC----T------ACA--ATTT----------GTAA-CATTT-ATTTTGG--AGAG-TTTTTC--AT-CAAT---TTAGATAAATA------------AA-TGA------ATA--TGATTG-AACATCG-CATAG-CC----AGT-GTTT--AT---GATTTT-TTTAA-----ATTGTTATATT----------G-A-AATTCCC---G-ACTT-A-C-AAA-GA--C---AGT-GTG--GTT--AG-AT---GTTA-A-CA-----AAATGTT-AT---TCTTGTACC--A-CTGAAA-A--CA--AACAT-AA--TTTATTC-AATAATTAATCTA--------G-CT----TC-AA-TAGTT-TCA--------TA-TTTT-------CACGACA---AGGT-GAG-TGG-CTTGG--------TA-T-CTTT-TT-AC-TA-C-----A--------CACA---A----TTTA--A----AAAAAAA-TTCAATG---A-C-GG---GTTTT-------ATGAAAT-ATGAA--T-T-ATG--TAC-TGAG-AAA-ATGC-T-TTTG--TAAAT-----AG-CAT-TT-T-T--TGTTCA---TTT--TGGAGG--TT--------TCCTAA--TA-TT----TAA-AAAA-AA-A-ATGGCCAAA--TGTCAAACA-T--AAAATTATTT-CAAAATATAATACTA-TTTAA-TA--CTGGGA-TA-TT-TTG--AACATTC-----------AAAAATTC---ATTAA---AAA--GTA-TTCAAA--TTA------TT-TTTCAGC--AGG--CCT-TTATAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AAC-AT-TTTT--AAGTAtctacttccttttcctaccctttttttttttttttcttccctttttttattctattcaattttttttcactttttaaacattttattttgagtagagtttttattatctatattttatattaatatatttaatttttaatgatgttgtatatcattatcttatagtctctcagttgtttttattttgattttattaatattgttttattattttttttgataattccttttgtacttacaaatgatctttgttgtggttttagattgtatttaacatttaaaaattttatatttcttgtaccttatctgaatacaaacttaatttttattttcatatttaatttattttctatgtcttttctaatagtcatacgtatttattttatataaatacgagaaataggtgagtggccttggttgttccttttttttattactatcaatacatctattatttttaaaaaaaatttcaatgactgggtttttattgaaaaattttgtgaattttatgtacttgagaaaatgcttttgcaaagagattttttgtttcatttttttggtaggtttttttctgatcttaatttatttttataaaataatattggctaaattttctaactattataatattatttccaagatattttaatactggattacttttgaacatcttgtatttattaaaaattcaataaaaatttatttcgaaatttaattttttttcagcaggcctttacattaatcatatcactatgtataattttaatttattgtttaatgt
gi|8 : TGT-AATGAA--CA--TTTT--TT-CCTTT--A--A----AT----A-T-ATTTTT----AA-GATTTCCCAA-TACCT-------GAAC---TT-ATC-TT----A-TA-CACT-GCGC---A-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GTA-TTA--TATG-T-A-TT----------GGT-AA-TCGA-ATTCAG-AA----CGGC-ATGGTT-AC-------ATTCTT-----CCACTTGCCACCC--ACC-----CCACCC-CCT--A-C-AC----CCCCCCCCT------ACA--ATTTT-CA--CCT-GTAG-CATTT-ATTT-GG--AGAG-TTTTT---AT-CAAT---TTAGATAA-----------------------------------TTG-AACATCT-TATAG-CC----AGT-G-TT--AT---GATTTG-T---A-----ATTGTTATATT----------G-A-AATTCCT---G-ACTT-ACC-AAA-GA--C---TGT-GT---GTT--AG-AT---GTT--A-CA-----ACA-TTT-A----TCTTGTACC--A-CTGAAA-A--CA--AACAT-AA--TTTATTC--ATAATTAATCTA--------G-CT----T--CA-TA----TCA--------TA-TTTT-------CACGAAA---GGCTGGAG-TGG-CTTGG--------TA-T-C--T-TT----TA-C-----AC-------CACA---A------TT--A----AAAAAAA-ATCAATG---A-C--G---GTTTT-------AAAAAAT-ATGA-----T-ATG--TAA-TGTTGAAA-ATGCTT-TTTG--CAAAG-----AG-CAT-TT-T-T--G-TTCA----TT--TGGAGGG-TT--------TCCTAA--TA-TT----T-----AA-AA-A-TTGGC-AAA--TGCCAAACA--A-ACAATTATTT-C-AAA--------TA--TTAA-TA--CT-GGA-TA--T-TTG--AACA-TCTTGT-----TTAAAAA-TC---AAT-A---AAA--TCA-TTCACA--TTA-----TTTGTTTCAGC--A-GGCCTT-TTATAT--AT-A-T-TACATAGAAATT-AAC-A--TTTT--AAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctttagcttgtttattaatatcccccttaaacat
gi|17 : taTGT-AATGAA--CA--TTTT--TTTCTTTT--AATA---TAT----A-A-ATTTTT-----AAGATTTCCC-AATACAT-------GAAC---TTTATT-CT----A-TA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TAGAATT--CTG-GT-ATTT-ATATGGT-A-TT----------GGTAAA-TCAA-ATTCAG-AA-A--C-----TGATT-GC-------ATTCTTC----CCATTTGCT---C--
gi|14 : GT-AATGAA--CA--TTTA--TTTCCTTT--A--A---TATT---ATA-ATTTTT----TAAGAATTCCCAA-TGCAT-------GAAC---TTTATT-CT----A-TA-CACT-GTCC---C-G----AAA-TA-AAAT--CAG-GTTATTA--TATCGT-A-TC----------GGT-AAATCAA-ATTCAG-AA-A--CTG-----GTT-GC-------AT-ATTT----CCACTTGCT---CC-ACC-----CC--CC-CC---A-C-CC----CCCAA---T------AGA--ATTTTTCA--T-TTGTTA-CATTT-ATTTTGG--AGAC-TTTT----TTTCAAT---TTAGATAAATA------------AA-TTA------ATT--TTATTG-AACATGT-CATAG-CA----AGT-GTcaac
gi|9 : T-AATAAA--CA--TTTT--TT--CTTT--A--A---TAT----ATA-ATTTTTTA--AAAGATTTCACA--TGCAT-------GAAC---TTTATT-CT----ATAA-T-CC-GTCC---A-T----GAA-TAGAAAT--CAG-GTATCTA-TTATGAT-A-TC----------GTA-AA-TACA-ATTGAG-AA-------C--TGGCT-GC-------ATTATTT----CCACTTGCT---CCAACC-----AC--CCACCG--A-C--C----CCCAA---T------GCA--ATTTTTCA--C-T--TAAACATCT-ATTTGGG--AGAG-TTTTT---AT-CAAT---TAAGATATATA------------AAATGA-------TA--TGATTGGAACATGT-CATAGTCC----AGT-GTTT--ATAT-GACTT--T---A-----ATTGTTATA-TT---------G-A-AATTCCT---G-ACTT-A-C-AAA-GA--T---TAT-TTA--GTT--AG-AT---GTA--A-CA-----AA-TTTG-AT---TATTGTACC--A-CTG-AA-AAACA--ATCAT-TA--TTTATTCAA-TAATTAATCTA--------G-CT----T--CACTAG-T-TCA--------TA-TTTTT------CACCAAA---AGGT-GAG-TGG-TTTGA--------TA-T-C--TCTT-AC-TA-C-----A--------CAGA---A----TT----A----AAAAAAA-TTGAATG---A-C-GG---GTTTTTA--TCAAAA---T-ATGAA--T-T-ATG--TAC-TCAG-AAA-ATGC-T-TTTG--TAAAG-----AG-CATATT-T-T--G-TTCA---TTT--TGGTGGGTTT--------TCCTAA--TA-TT----T----CAA-AA-T-TTGGC-AAA--TGTCAAAGA--A-AAAACT-TTT-CAAAA--------TA--TTAA-TA--CTGGGA-TA-TT-TTG--AACATTCTT
gi|19 : T-AATGAA--CAGTTTTT--TTTTCTTT--A--ATATTAT----A-A-ATTTAT-----AAGATTTCCC-AATACAT-------GA
gi|5 : c-AATGAA--CA--TTTT--TC-CCTTT--A--A---TATCATTA-A-ATCT-------AAGATTTCCCAA-TACAT-------GAAC---TTTATT-CT----A-TA-CACT-GTCC---A-T----AGA-TATAAAT--CGG-GCA--TATATATGGT-A-TC----------GGT-AAATCAA-ATTCAG-AA-A--CTG-----GTT-GC-------ATTCTTT----TCACTTGCT---CGAACC-----CC--C-----------AC----CCCAA---T------ACA--ATTTTTCAC-T-T-GTGA-CATTT-ATTTTGG--AAAG-TTTTT---AT-CAAT---TTAGATAAATA------------AA-TGA------ATA--TGGTTG-AACATGT-TATAG-CC----AGT-TTCT--AT---GACTTT-T---A-----ATTGTTATATT----------G-A-AATTTCT---G-ACTT-A-C-AAA-GA--C-----T-GTG--GTT--AGAAT---TTA--A-CA-----AAATTTA-AT---TCTTGTACC--A-CTGAAA-A--CA--AACAT-TA--TTTGTTCAAA-AA-TAATCTA--------G-CT----TC-AA-TAG-T-GCA--------TA-TTTT-------C---------------AA-TGG-GGTGA--------TA-TAT--T-TT-AC-TA-C-----A--------CACA---A-----TTT--A----AAAAAAA--TAAATG---A-C-AG---GTTTTTA--TGAAAAG----ATGAA--T-T-ATG--TAC-TCAG-AAA-ATGC-T-CTTT--CAAAG-----AA-CAT-GTAT-T--G-TTCA---TTT--TGGCGGGTTT--------TCCAAA--CA-TG----T---TTAA-GT-T-TTGGC-AAAGGTGAAAGACA--A-AAAACTATTT-CAAAA--------TA-TTTAA-TA--CCAGGA-TA-TT-TTA--AACATTCTTGT-----TTAAAAATTC---AGT-AG--AAA--TTA-TTCAAA--TTA-----ATT-TTTCATC--AGG--CCT-TTGTAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AAT-AT-TTTTTAAAGTAa
gi|16 : -------GAAC---TTT--T-TT----A-TA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TGGTAAT--CTG-ATGTTTA--TATGGT-A-TC----------AGT-AAATCAA-ATTCAG-AA-A--CTG-----GTT-GC-------ATTCTTT----CCACTTGCT---C--CAC-----CC--AT-CCT--ACC-ACCACTCCC-----TCTCCCAATAATATTTTCCAC-C-T-GT-AACATTT-ATTTTAA--AGAGTTTTT----AT-CAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttggcttgtctgtcaatatcccct
gi|11 : -C-GC----CCA-----T------AAA--ATTGTTCA--C-TAGTAA-CATTT-ATTTTGG--AGAA-TTTTT---AT-CAAT---TAAGATAAATA------------AA-TTG------ATA--TGATTG-AAAATGT-CCTAG-CA----AGT-GTTT--AC---GACTTT-T---G-----ATTGTTATCTT----------G-A-ATTTCCT---G-ACTT-A-C-AAA-GAGTG---TGT-GTG--GTT--AG-AA---TTT--A-AT-----AAATTTTGAT---TCGTGTACC--A-CTGAAA-A--CA--AACAA-CA--TTTATTC-AATAATTAATTTA--------G-CT----TC-AA-TAG-T-TAA--------TA-TTTT-------TACCAAA---TTGT-GAG-TGG-ATTGA--------TA-T-CT-T-TT-AG-TA-A-----A--------TATA---A----TTTCAAA----AAAAAAA-TT-AATA---A-C-GG---GTTTTTA--TGAAAA
gi|12 : caccac-C-GC----CCA-----T------AAA--ATTGTTCA--C-TAGTAA-CATTT-ATTTTGG--A-AT-TTTT----AT-CAAT---T-AGATAAATA------------AA-TTG------ATA--TGATTG-ACAATGT-CCTAG-CC----AGT-GTTT--AC---GACTTT-T---G-----ATTGTTATC-T----------G-A-ATTTCCT---G-ACTTAA-C-AAA-GA--TG--TGT-GTG--GTT--AG-AT----TT--A--A-----TAATTTG-AT---TCGTGTACC--A-CTGAAA-A--CAACAACAT-----TTTATC--ACTAATTAATTTA--------G-CT----TC-AATTAG-T-TAA--------TAGTTTT-------TACCAAA---TTGT-GAG-TGG-ATTGA--------TA-T-T--T-TT-AG-TA-A-----A--------TA-A---A----TTTC--AAAACAAAAAAA-TTAAATA---A---GG---GTTTTTA--TGAAAAcatg
gi|1 : tcaccacTTTTTCACTT-T-TTAAACATTTTATTTTGAGTAGAG-TTTTTATTAT-CTATATTTTATATTAATATATTTAATTTTTAA-TGATGTTGTATA--TCATT-----ATCT-TATAG-TCTCTCAGTTGTTTTTATTTTGATTT--T---ATTAATATTGTTTTA-TTATTTTTTTTG-ATAATTCCTTTTGTACTT-A-C-AAATGA--TCTTTGTTGTG--GTTTTAG-ATTGTATTTAA-CATTTAAAAATTTT-ATATTTCTTGTACCTTATCTG-AATA--CA--AACTT-AATTTTTATTTTCATATTTAATTTATTTTCTATGTCTTTTCT--AA-TAG---TCATACGTATTTA-TTTTATATAAATACGAGAAATAGGT-GAG-TGGCCTTGGTTGTTCCTTT-T-T--T-TT-AT-TA-CTATCAA--------TACATCTATTATTTTT--A----AAAAAAATTTCAATG---A-CTGG---GTTTTTATTGAAAAATTTT-GTGAATTT-T-ATG--TACTTGAG-AAA-ATGC-T-TTTG--CAAAG-----AG--AT-TT-T-TTGT-TTCATTTTTT--TGGTAGGTTTTTTTCTGATCTTAATTTA-TTTTTAT---AAAATAATA-TTGGCTAAATTTTCTAACTATTATAATATTATTTCCAAGA--------TATTTTAA-TA--CT-GGATTACTT-TTG--AACA-TCTTGTATTTATTAAAAATTC---AAT-A---AAAATTTATTTCGAAATTTAATT--TTT-TTTCAGC--AGG--CCT-TTACATTAATCA-T-t
gi|10 : ttaattgtaattgattcattttgttttccttttaaatataatttttagattttcccaataccttttttttgaacgcttttattctttatatatcacttgcccattttcgatagaaattcctgttatttttattgtattttttgtttttggtaaatcgatattcagtaatactgcatgttttgctatgtttattctttttccccacttgcttctacttccttttcctaccctttttttttttttttcttccctttttttattctattcaatttAA---AGGT-GAG-TGG-CTTGG--------TA-T-C--T-TT-AC-TAAC-----AAAAAAAAACACA---------TTT--AGG--AAAAAAA-ATCAATG---A-C-GGAGTGTTTTTT--TAATGAAAAT-ATGAA--TATGATG--TAC-TGAGAAAG-ATGC-A-CTTGAACATAGTCGGGAG-CAT-TT-T-T--T-GTTA---TTTATTGGAGGGTT-----------CTAAAATG-TT----T---AAAA-AA-AATTGAC-AAA--TGTCAA-CA-TA-AAG-TTATTT-CAAAA--------TA-TTTAA-TAAACT-GGA-TA-TT-TTG--AAACTTCTGTT-----TTAAAAATTC---AAT-A---AAA--TTA-TTCAAA--TTAGTTTTTTT-TTTCAGC--A-GGCCCT-TTATAT--ATCA-TATACATAGAAATT-AACAAG-TTTT--AAGTAatcactatgtataattttaatttattgtttaatgt
gi|2 : gAAAA-ATGC-TCTTTG--CAAA------AG-CAT-TT-T-T--T-CTCA---
gi|8 : attgtaatgaacattgtttcctttaatataaattttcaagatttctcaatacctgaactttattctatacactgcccgtcatgaatagaaatctggtatttatggttattggtaaatcgaattcagaaactgcatggttgcattctttccacttgttcaccacccccccccctttacacccccccttacaatttttcacttgtaacaatttattttggagagtttttatcatttagataaataaataatgattgattgacatccctatagccagtgtttatgatttgctaattgttatattgaaattcctgacttacacaaacctgtgtggttagatgttaacgaaattttatcttgtaccactgaaaacaaacattaatttattcaaaattaatctagcttcaaatagttatattttcacgaaaggtgaggtggcttggtagtcttttactacacacaatttaaaaaaaaatccaatgaacgggttttaagaaaatatgaattatgtacAAAA-ATGC-TCTTTG--CAAAA-----AG-CAT-TT-T-tgttcatttggagggttttcctaatattaaaaaaattggcaaatgccaaacataaaattattcaaaatatttgatactgggatattcttgaaaacatcttgtttaaaaattcaataataaaattattcaaattttttcagcaggcctttatatatcattacttagaattaacatttttagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttttagcttgtccatataatatccccctaaatgacg
gi|13 : tatgtaatgaacattttttcctttaaatatatttttaagatttcccaatacctgaacttatcttatacactgcgcatgaatagaaatctggtattatatgtattggtaatcgaattcagaacggcatggttacattcttccacttgccacccaccccaccccctacaccccccccctacaattttcacctgtagcatttatttggagagtttttatcaatttagataattgaacatcttatagccagtgttatgatttgtaattgttatattgaaattcctgacttaccaaagactgtgtgttagatgttacaacatttatcttgtaccactgaaaacaaacataatttattcataattaatctagcttcatatcatattttcacgaaaggctggagtggcttggtatcttttacaccacaattaaaaaaaaatcaatgacggttttaaaaaatatgatatgtaatgttgTAA-TA--CT-GGGGTA-TT-TTG--AACATTCTTG------TTAAAAATGC---AATAA---AAA--TTA-TTCAAA--TTA-----ACT-TTTCAGC--ACG--CCT-TTATAT--ATCA-T-TACACAGAAATT-AAC-TT-TTAT--AAGTAgttcatttggagggtttcctaatatttaaaaattggcaaatgccaaacaaacaattatttcaaatattaatactggatatttgaacatcttgtttaaaaatcaataaaatcattcacattatttgtttcagcaggccttttatatatattacatagaaattaacattttaagt
gi|18 : AAAAATTC---AAT-AATAAAA--TTA-TTCACA--ATA-----TTT-TTTCAGCGAG-G--CCT-TTATA---ATCATT-TACATAGAAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttggcttgtctatcattatccccca
gi|15 : -A---AAA--ATA-TTCAAA--TTA-----ATT-TTT-AGC--A-GT-CCT-TTATAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AGT-A--TTTT--AAGTAatttctttttaca
gi|4 : TTTAGCTTGTTTATTAATATCCCCCTTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctttggcttgtctatcaatatcccccttaataa
gi|15 : tgtgaatgaacatttttcctttaatattgattttttaagatttcccaataccagaacttattctatacactgcccatgaatagaaatctggtatttatatggtaaatcgaactcaagaactgcatggtttgcattctttccacttgctcaccccccccccaccccctacaatttgtaacatttattttggagagtttttcatcaatttagataaataaatgaatatgattgaacatcgcatagccagtgtttatgatttttttaaattgttatattgaaattcccgacttacaaagacagtgtggttagatgttaacaaaatgttattcttgtaccactgaaaacaaacataatttattcaataattaatctagcttcaatagtttcatattttcacgacaaggtgagtggcttggtatctttttactacacacaatttaaaaaaaaattcaatgacgggttttatgaaatatgaattatgtactgagaaaatgcttttgtaaatagcattttttgttcattttggaggtttcctaatatttaaaaaaaaaatggccaaatgtcaaacataaaattatttcaaaatataatactatttaatactgggatattttgaacattcaaaaattcattaaaaagtattcaaattatttttcagcaggcctttatatatcattacatagaaattaacatttttaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcTTTGGCTTGTCTATCAATATCCCCCTTAAacat
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 222222222 1111111 1111111 11111111111 111 1111111 111111 11111 11 2222222222 1 33333333333 11111 111111111111 1111111 111 111111111 111111 1111 11 222222222222 22222222 1111111 2222222222222 11111111111111 11111111 1111 111111 22 11111 11111111 11 11111 11 2222 11111111 11111 111 111111 11 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 3 44 44 44 3 44 555555555 7777777 3 3 3 0000000 555 3 7777 3 3 555 3 7777 3 44 3 3 3 3 3 44444444444 3 3 7777 3 555 3 3 0000000 7777 444444 00000 11 4 2222222222 0 99999999999 44 66666 555 3 3 3 3 44 3 77777 3 777777777777 3 1 0000000 2 3 555 2 3 3 7777 3 55 111 99999999 55 444444444 3 666 3 3 7 3 3 555555 3 777 55 3 1111 77 3 99999 777777 55 3 3 55 3 4 55 3 55 3 222222222222 3 3 3 00000000 5555555 555 3 3 44 1111111111111 3 3 3 88888888888888 88888888 44 1111 666 2 3 3 555 222222 666 55 4 4 55 4 22 4 55 00000 4 8 4 4 4 666 7777 55 3 44444444 11 8888 99999 4 666 4 4 11 4444 4 0 44444444 99 3 55 5 3 3 55 4 00000 2 666 6 222 44 3 44 777777 3 3 3 3 44 3 3 4 4 22 55 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 0
lowQualScore : . .. .. .. . .. ......... ....... . . . ....... ... . .... . . ... . .... . .. . . . . . ........... . . .... . ... . . ....... .... ...... ..... .. . .......... . ........... .. ..... ... . . . . .. . ..... . ............ . . ....... . . ... . . . .... . .. ... ........ .. ......... . ... . . . . . ...... . ... .. . .... .. . ..... ...... .. . . .. . . .. . .. . ............ . . . ........ ....... ... . . .. ............. . . . .............. ........ .. .... ... . . . ... ...... ... .. . . .. . .. . .. ..... . . . . . ... .... .. . ........ .. .... ..... . ... . . .. .... . . ........ .. . .. . . . .. . ..... . ... . ... .. . .. ...... . . . . .. . . . . .. .. .................................................................................................................................... . .
lowQualScore : 3 66 66 66 4 66 999999999 5555555 3 3 0 0000000 888 3 1111 3 3 888 3 1111 3 66 3 3 3 3 3 77777777777 3 3 1111 2 111 3 3 8888888 1111 111111 00000 00 0 7777777777 0 88888888888 66 22222 444 1 1 1 1 22 1 77777 3 111111111111 3 8 8888888 5 3 888 5 3 3 1111 3 00 444 44444444 00 555555555 6 444 6 6 3 6 6 333333 6 000 00 6 5555 33 6 11111 777777 00 6 6 00 6 5 00 6 00 6 333333333333 6 6 6 55555555 5555555 888 3 3 33 7777777777777 3 3 3 88888888888888 11111111 66 7777 000 5 3 3 888 777777 444 55 0 0 55 0 55 0 55 00000 0 0 0 0 0 555 8888 55 5 55555555 00 5555 33333 0 888 0 0 00 3333 0 8 55555555 77 6 00 1 6 6 00 4 00000 3 444 7 555 66 3 66 999999 3 3 3 3 66 3 3 0 0 11 55 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 8
consensus : TTGT-AATGAA--CA--TTTT--TTTCCTTT--AATAT----A--A-ATTTTT----AAAGATTT-CCCAA-TACNT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GTATTTA-T-ATGGT-A-TC----------GGTAAATCGA-ATTCAG-AA-A--CTGC-ATG-GTT-GC-------ATTCTTT----CCACTTGCT---C--ACC-----CC--CC-CCT--A----C-ACC-CCC----T------ACA--ATTTTTCA-C-T-GT---AA-C-A-TTT-ATTTTGG--AGAGTTTTT-ATCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TGA------ATATGATTG-A---ACATNTC-ATAG-CC----AGT-GTTT--AT---GACTT-T--T---AAT--TGTTATATT---------GA-AATTCCT---G-ACTT-A-C-AAA-GA--C---TGT-GTG--GTT--AG-AT---GTT--A-CA-----AAATTTT-AT---TCTTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACA-TAATTT--A-TT--CAA-TAATTAATCTAGCTTC------------AA-TAG-T-TCATA--------TTTT-------CACGAAAA---GGT-GA-GTGGC-TTGGTA--------T-C--T-TTAC-TA-C-----A--------CACA------ATTTT--A----AAAAAAA--TTCAATG-AC-GG---GTTTTT-ATAA-AAAAA---TATGAA--T-T-ATG--TAC-TGAG--AAAATGC-TTTTG--CAAAG-----AG-CA-T-TT-T-T--GTTCA---TTT--TGGAGGGTTT--------TCCTAA--TATT----T---AAAA-AA-A-TTGG-C-AAA--TGCCAAACA-TA-AAAATTATTT-CAAAA--------TA-TTTAA-TA--CTGGGATA-TT-TTG--AACATTCTTGT-----TTAAAAATTC---AAT-A---AAA--TTA-TTCAAA--TTA-----TTT-TTTCAGC-AGG-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AAC-AT-TTTT--AAGTAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANT-TTGGCTTGTCTATCAATATCCCCCTTAA
Reference ( family-100 ) : TTGT-AATGAA--CA--TTTT--TTTCCTTT--AATAT----A--A-ATTTTT----AAAGATTT-CCCAA-TACAT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GTATTTA-T-ATGGT-A-TC----------GGTAAATCGA-ATTCAG-AA-A--CTGC-ATG-GTT-GC-------ATTCTTT----CCACTTGCT---C--ACC-----CC--CC-CCT--A----C-ACC-CCC----T------ACA--ATTTTTCA-C-T-GT---AA-C-A-TTT-ATTTTGG--AGAGTTTTT-ATCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TGA------ATATGATTG-A---ACATGTC-ATAG-CC----AGT-GTTT--AT---GACTT-T--T---AAT--TGTTATATT---------GA-AATTCCT---G-ACTT-A-C-AAA-GA--C---TGT-GTG--GTT--AG-AT---GTT--A-CA-----AAATTTT-AT---TCTTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACA-TNATTT--A-TT--CAA-TAATTAATCTAGCTTC------------AA-TAG-T-TCATA--------TTTT-------CACGAAAA---GGT-GA-GTGGC-TTGGTA--------T-C--T-TTAC-TA-C-----A--------CACA------ATTTT--A----AAAAAAA--TTCAATG-AC-GG---GTTTTT-ATAA-AAAAA---TATGAA--T-T-ATG--TAC-TGAG-AAAAATGC-TTTTG--CAAAG-----AG-CA-T-TT-T-T--NTTCA---TTT--TGGAGGGTTT--------TCCTAA--TATT----T---AAAA-AA-A-TTGG-C-AAA--TGCCAAACA-TA-AAAATTATTT-CAAAA--------TA-TTTAA-TA--CTGGGATA-TT-TTG--AACATTCTTGT-----TTAAAAATTC---AAT-A---AAA--TTA-TTCAAA--TTA-----TTT-TTTCAGC-AGG-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AAC-AT-TTTT--AAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-TTGGCTTGTCTATCAATATCCCCCTTAA
gi|1 : TTGT-AATTGATTCA--TTTTGTTTTCCTTTTAAATAT----A--A--TTTTT----A--GATTTTCCCAA-TACCTTTTTTTTGAACGCTTTTATT-CTTTATATATCACTTGCCC---A-TTTTCGA--TAGAAATTCCTG-TTATTTT-T-ATTGT-A-TTTTTTGTTTTTGGTAAATCGATATTCAGTAATA--CTGC-ATGTTTT-GCTATGTTTATTCTTTTTCCCCACTTGCT---
gi|1 : ttaaTTTTTCA-C-T-TTTTAAA-C-A-TTTTATTTTGAGTAGAGTTTTT-ATTATCTATATTTTATATTAATATATTTAATTTTTAA-TGATGTTGTATATCATT--------ATCTT-ATAG-TCTCTCAGTTGTTTTTATTTTGATTT-TATT---AATATTGTTTTATTATTTTTTTTGATAATTCCTTTTGTACTT-A-C-AAATGA--TCTTTGTTGTG--GTTTTAG-ATTGTATTTAA-CATTTAAAAATTTT-ATATTTCTTGTACCTTATCTG-AATACA--AACT-TAATTTTTA-TTTTCA--TATTTAATTTATTTTCTATGTCTTTTCTAA-TAG-T--CATACGTATTTATTTTATATAAATACGAGAAATAGGT-GA-GTGGCCTTGGTTGTTCCTTTT-T--T-TTAT-TA-CTATCAA--------TACATCTATTATTTT--T----AAAAAAAATTTCAATG-ACTGG---GTTTTT-ATTG-AAAAATTTTGTGAATTT-T-ATG--TACTTGAG--AAAATGC-TTTTG--CAAAG-----AG--A-T-TT-T-TTGTTTCATTTTTT--TGGTAGGTTTTTTTCTGATCTTAATTTATTTTTAT---AAAATAATA-TTGG-CTAAATTTTCTAACTATTATAATATTATTTCCAAGA--------TATTTTAA-TA--CTGGATTACTT-TTG--AACA-TCTTGTATTTATTAAAAATTC---AAT-A---AAAATTTATTTCGAAATTTAATT--TTT-TTTCAGC-AGG-CC-TTTACATTAATCA-T-tctacttccttttcctaccctttttttttttttttcttccctttttttattctattcaattttttttcactttttaaacattttattttgagtagagtttttattatctatattttatattaatatatttaatttttaatgatgttgtatatcattatcttatagtctctcagttgtttttattttgattttattaatattgttttattattttttttgataattccttttgtacttacaaatgatctttgttgtggttttagattgtatttaacatttaaaaattttatatttcttgtaccttatctgaatacaaacttaatttttattttcatatttaatttattttctatgtcttttctaatagtcatacgtatttattttatataaatacgagaaataggtgagtggccttggttgttccttttttttattactatcaatacatctattatttttaaaaaaaatttcaatgactgggtttttattgaaaaattttgtgaattttatgtacttgagaaaatgcttttgcaaagagattttttgtttcatttttttggtaggtttttttctgatcttaatttatttttataaaataatattggctaaattttctaactattataatattatttccaagatattttaatactggattacttttgaacatcttgtatttattaaaaattcaataaaaatttatttcgaaatttaattttttttcagcaggcctttacattaatcatatcactatgtataattttaatttattgtttaatgt
gi|10 : ttaattgtaattgattcattttgttttccttttaaatataatttttagattttcccaataccttttttttgaacgcttttattctttatatatcacttgcccattttcgatagaaattcctgttatttttattgtattttttgtttttggtaaatcgatattcagtaatactgcatgttttgctatgtttattctttttccccacttgcttctacttccttttcctaccctttttttttttttttcttccctttttttattctattcaatttAAA---GGT-GA-GTGGC-TTGGTA--------T-C--T-TTAC-TAAC-----AAAAAAAAACACA--------TTT--AGG--AAAAAAA--ATCAATG-AC-GGAGTGTTTTT-TTAATGAAAA---TATGAA--TATGATG--TAC-TGAG-AAAGATGC-ACTTGAACATAGTCGGGAG-CA-T-TT-T-T--TGTTA---TTTATTGGAGGGTT-----------CTAAAATGTT----T---AAAA-AA-AATTGA-C-AAA--TGTCAA-CA-TA-AAG-TTATTT-CAAAA--------TA-TTTAA-TAAACTGG-ATA-TT-TTG--AAACTTCTGTT-----TTAAAAATTC---AAT-A---AAA--TTA-TTCAAA--TTAGTTTTTTT-TTTCAGC-AGGCCC-TTTATAT--ATCA-TATACATAGAAATT-AACAAG-TTTT--AAGTAatcactatgtataattttaatttattgtttaatgt
gi|11 : g----C-ACCGCCCA---T------AAA--ATTGTTCA-C-TAGT---AA-C-A-TTT-ATTTTGG--AGAATTTTT-ATCA-----ATTA-AGATAAATA------------AA-TTG------ATATGATTG-A---AAATGTC-CTAG-CA----AGT-GTTT--AC---GACTT-T--T---GAT--TGTTATCTT---------GA-ATTTCCT---G-ACTT-A-C-AAA-GAGTG---TGT-GTG--GTT--AG-AA---TTT--A-AT-----AAATTTTGAT---TCGTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACA-ACATTT--A-TT--CAA-TAATTAATTTAGCTTC------------AA-TAG-T-TAATA--------TTTT-------TACCAAAT---TGT-GA-GTGGA-TTGATA--------T-CT-T-TTAG-TA-A-----A--------TATA------ATTTCAAA----AAAAAAA--TT-AATA-AC-GG---GTTTTT-ATGA-AAACA---T
gi|12 : cac----C-ACCGCCCA---T------AAA--ATTGTTCA-C-TAGT---AA-C-A-TTT-ATTTTGG--AA--TTTTT-ATCA-----ATT--AGATAAATA------------AA-TTG------ATATGATTG-A---CAATGTC-CTAG-CC----AGT-GTTT--AC---GACTT-T--T---GAT--TGTTAT-CT---------GA-ATTTCCT---G-ACTTAA-C-AAA-GA--TG--TGT-GTG--GTT--AG-AT----TT--A--A-----TAATTTG-AT---TCGTGTACC--A-CTG-AAAACAACAACA-T--TTT--A--T--CAC-TAATTAATTTAGCTTC------------AATTAG-T-TAATAG-------TTTT-------TACCAAAT---TGT-GA-GTGGA-TTGATA--------T-T--T-TTAG-TA-A-----A--------TA-A------ATTTC--AAAACAAAAAAA--TTAAATA-A--GG---GTTTTT-ATGA-AAAg
gi|13 : tcacTAA-TA--CTGGGGTA-TT-TTG--AACATTCTTG------TTAAAAATGC---AATAA---AAA--TTA-TTCAAA--TTA-----ACT-TTTCAGC-ACG-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACACAGAAATT-AAC-TT-TTAT--AAGTAt
gi|13 : T-TTGGCTTGTCTATCATTATCCCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttggcttgtctatcattatccccca
gi|14 : taatactggggtattttgaacattcttgttaaaaatgcaataaaaattattcaaattaacttttcagcacgcctttatatatcattacacagaaattaacttttataagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttGT-AATGAA--CA--TTTA--TTTCCTTT--AATATT---AT-A-ATTTTT----TAAGAATT-CCCAA-TGCAT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-CACT-GTCC---C-G----AAA-TA-AAAT--CAG-GTTATTA-T-ATCGT-A-TC----------GGTAAATCAA-ATTCAG-AA-A--CTG------GTT-GC-------AT-ATTT----CCACTTGCT---CC-ACC-----CC--CC-CC----------ACC-CCCCAA-T------AGA--ATTTTTCA-T-TTGT---TA-C-A-TTT-ATTTTGG--AGACTTTTT-TTCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TTA------ATTTTATTG-A---ACATGTC-ATAG-CA----AGT-GTa
gi|15 : -A---AAA--ATA-TTCAAA--TTA-----ATT-TTT-AGC-AGT-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AGT-A--TTTT--AAGTA
gi|15 : T-TTGGCTTGTCTATCAATATCCCCCTTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctttggcttgtctatcaatatcccccttaataa
gi|16 : aaaaatattcaaattaatttttagcagtcctttatatatcattacatagaaattagtattttaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntc-------GAAC---TTT--T-TT----ATA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TGGTAAT--CTG-ATGTTTA-T-ATGGT-A-TC----------AGTAAATCAA-ATTCAG-AA-A--C-----TG-GTT-GC-------ATTCTTT----CCACTTGCT---C--CAC-----CC--AT-CCT--ACCACC-ACT-CCC----TCTCCCAATAATATTTTCCACC-T-GT---AA-C-A-TTT-ATTTTAA--AGAGTTTTT-ATCA-----taa
gi|17 : TGT-AATGAA--CA--TTTT--TTTCTTTT--AATAT----ATAA-ATTTTT----AA-GATTT-CCCAA-TACAT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TAGAATT--CTG-GTATTTA-T-ATGGT-A-TT----------GGTAAATCAA-ATTCAG-AA-A--C-----TG-ATT-GC-------ATTCTTC----CCATTTGCT---C--
gi|18 : AAAAATTC---AAT-AATAAAA--TTA-TTCACA--ATA-----TTT-TTTCAGCGAGG-CC-TTTATA---ATCATT-TACATAGAAATcaac
gi|19 : T-AATGAA--CAGTTTTT--TTTTCTTT--AATATTAT-A--A-ATTTAT----AA-GATTT-CCCAA-TACAT-------GAAatttctttttaca
gi|2 : cTTGT-AATGAA--CA--TTGT--TT-CCTTT--AATAT----A--A-ATTTTC----AA-GATTT-CTCAA-TACCT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-CACT-GCCCGTCA-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GTATTTA-T---GGTTA-TT----------GGTAAATCGA-ATTCAG-AA-A--CTGC-ATG-GTT-GC-------ATTCTTT----CCACTTGTT---C--ACCACCCCCC--CC-CCTTTA----C-ACC-CCCCCT-T------ACA--ATTTTTCA-C-TTGT---AA-C-AATTT-ATTTTGG--AGAGTTTTT-ATCA------TTT-AGATAAATA------------AA-TAA---------TGATTG-ATTGACATCCCTATAG-CC----AGT-GTTT--AT---GATTTGC--T---AAT--TGTTATATT---------GA-AATTCCT---G-ACTT-A-C-ACA-AA--CC--TGT-GTG--GTT--AG-AT---GTTA-A-CG-----AAATTTT-A----TCTTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACATTAATTT--A-TT--CAA--AATTAATCTAGCTTCA-----------AA-TAG-T-T-ATA--------TTTT-------CACG-AAA---GGT-GAGGTGGC-TTGGTAG-------T-CT-T-TTAC-TA-C-----A--------CACA------ATTTA--A----AAAAAAA--TCCAATGAAC-GG---GTTT----TAA-GAAAA---TATGAA--T-T-ATG--TAC-TGAGAAAAAATGC-TTTTG--CAAAG-----AG-CATT-TT-T-T--GTTCA----TT--TGGAGGGTTT--------TCCTAA--TA-T----T---AAAA-AA-A-TTGG-C-AAA--TGCCAAACA-T--AAAATTA-TT-CAAAA--------TA-TTTGA-TA--CTGGGATA-TTCTTGAAAACA-TCTTGT-----TTAAAAATTCAATAAT-A---AAA--TTA-TTCAA-----A-----TTT-TTTCAGC-AGG-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACTTAG-AATT-AAC-AT-TTTT--A
gi|3 : aTTGT-AATGAA--CA--TTTT--TTTCCTTT--AATAT----A--A-ATTTGT----AAAGATTT-CCCAAATACCT-------GAGC---TTTATT-CT----AAA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GTAATTAAT-ATGGT-A-TT----------GGTAA-TCGA-ATTCAG-AA-A--CTGC-ATG-GTT-GC-------ATTCTTT----CCACTTGCT---C--ACC-----CC--CC-CCT--A----C-ACC-CC-----T------ACA--ATTTTTCA-T-T-GT---AAAC-A-TTT-ATTTTGG--AGAGTTTT--ATCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TGA------ATGTGATTG-A---ACATCTT-ATAG-CC----AGT-GTTT--AT---GATTT-G--T---AAT--TGTTATAT----------GA-AATTCCT---G-ACTT-A-C-AAA-GA--C---TGT-GTG--GTT--AG-AT---GTT--A-CA-----AAATTTT-AT---TCTTGTACC--A-CTG-AAA-CA--AACA-TAATTC--A-TT--CAAATAATTAATCTAGCTT-------------AA-TAG-T-TCATA--------TTTT-------CACGAAAA---GGT-GA-GTGGA-TTGGTA--------T-C--T-TTAC-TA-C-----A--------CACA------ATTTT--A----AAAAAAA--TTCAATG-AC-GG---GTTTTTAAAAA-AAAAA---TATGAA--T-T-ATG--TAC-TGAG-AAAAATGC-TTTTG--CAAAG-----AG-CA-T-TT-T-T--TTTCA---TTT--TGGAGGGTTT--------TCCTAA--TATT----T---AAAA-AA-A-TTGG---AAA--TGCCAAACA-TA-AAAATTATTT-CAAAA--------TA-TTTAA-TA--CT-GGATA-TT-TTG--AACATTCTTGT-----TTAAAAATTC---AAT-A---AAA--TTA-TTCAAA--TTA-----TTT-TTTCAGC-A-G-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AAC-AT-TTTT--AAGTAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAT-TTAGC-TGTCTATTAATATCCCCCTTAAgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttttagcttgtccatataatatccccctaaatgacg
gi|4 : TGTGAATGAA--CA--TTTT--T--CCTTT--AATAT----T--G-ATTTTT----TAAGATTT-CCCAA-TACCA-------GAAC---TT-ATT-CT----ATA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GTATTTA-T-ATGGT-A-----------------AATCGA-ACTCAA-GA-A--CTGC-ATG-GTTTGC-------ATTCTTT----CCACTTGCT---C--ACC-----CC--CC-CCC-------C-ACC-CCC----T------ACA--ATTT---------GT---AA-C-A-TTT-ATTTTGG--AGAGTTTTTCATCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TGA------ATATGATTG-A---ACATCGC-ATAG-CC----AGT-GTTT--AT---GATTT-T--TTTAAAT--TGTTATATT---------GA-AATTCCC---G-ACTT-A-C-AAA-GA--C---AGT-GTG--GTT--AG-AT---GTT--AACA-----AAATGTT-AT---TCTTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACA-TAATTT--A-TT--CAA-TAATTAATCTAGCTTC------------AA-TAGTT-TCATA--------TTTT-------CACGACAA---GGT-GA-GTGGC-TTGGTA--------T-CTTT-TTAC-TA-C-----A--------CACA------ATTTA--A----AAAAAAA--TTCAATG-AC-GG---G-TTTT-AT----GAAA---TATGAA--T-T-ATG--TAC-TGAG--AAAATGC-TTTTG--TAAAT-----AG-CATT-TT-T-T--GTTCA---TTT--TGGAGG--TT--------TCCTAA--TATT----TAA-AAAA-AA-A-ATGGCC-AAA--TGTCAAACA-T--AAAATTATTT-CAAAATATAATACTA-TTTAA-TA--CTGGGATA-TT-TTG--AACATTC-----------AAAAATTC---ATTAA---AAA--GTA-TTCAAA--TTA------TT-TTTCAGC-AGG-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AAC-AT-TTTT--AAGTA
gi|4 : T-TTAGCTTGTTTATTAATATCCCCCTTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctttagcttgtttattaatatcccccttaaacat
gi|5 : tgtgaatgaacatttttcctttaatattgattttttaagatttcccaataccagaacttattctatacactgcccatgaatagaaatctggtatttatatggtaaatcgaactcaagaactgcatggtttgcattctttccacttgctcaccccccccccaccccctacaatttgtaacatttattttggagagtttttcatcaatttagataaataaatgaatatgattgaacatcgcatagccagtgtttatgatttttttaaattgttatattgaaattcccgacttacaaagacagtgtggttagatgttaacaaaatgttattcttgtaccactgaaaacaaacataatttattcaataattaatctagcttcaatagtttcatattttcacgacaaggtgagtggcttggtatctttttactacacacaatttaaaaaaaaattcaatgacgggttttatgaaatatgaattatgtactgagaaaatgcttttgtaaatagcattttttgttcattttggaggtttcctaatatttaaaaaaaaaatggccaaatgtcaaacataaaattatttcaaaatataatactatttaatactgggatattttgaacattcaaaaattcattaaaaagtattcaaattatttttcagcaggcctttatatatcattacatagaaattaacatttttaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntc-AATGAA--CA--TTTT--TC-CCTTT--AATATCATTA--A-ATCT-------AAGATTT-CCCAA-TACAT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-CACT-GTCC---A-T----AGA-TATAAAT--CGG-GCATATA-T-ATGGT-A-TC----------GGTAAATCAA-ATTCAG-AA-A--CTG------GTT-GC-------ATTCTTT----TCACTTGCT---CGAACC-----CC--C--------------ACC-CCAA---T------ACA--ATTTTTCA-C-TTGT---GA-C-A-TTT-ATTTTGG--AAAGTTTTT-ATCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TGA------ATATGGTTG-A---ACATGTT-ATAG-CC----AGT-TTCT--AT---GACTT-T--T---AAT--TGTTATATT---------GA-AATTTCT---G-ACTT-A-C-AAA-GA--C-----T-GTG--GTT--AGAAT---TTA--A-CA-----AAATTTA-AT---TCTTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACA-TTATTT--G-TT--CAA--AAATAATCTAGCTTC------------AA-TAG-T-GCATA--------TTTT-------CA--ATGG---GGT-GA-----------TA--------TAT--T-TTAC-TA-C-----A--------CACA------A-TTT--A----AAAAAAA---TAAATG-AC-AG---GTTTTT-ATGA-AAAG-----ATGAA--T-T-ATG--TAC-TCAG--AAAATGC-TCTTT--CAAAG-----AA-CA-T-GTAT-T--GTTCA---TTT--TGGCGGGTTT--------TCCAAA--CATG----T---TTAA-GT-T-TTGG-C-AAAGGTGAAAGACA--A-AAAACTATTT-CAAAA--------TA-TTTAA-TA--CCAGGATA-TT-TTA--AACATTCTTGT-----TTAAAAATTC---AGT-AG--AAA--TTA-TTCAAA--TTA-----ATT-TTTCATC-AGG-CC-TTTGTAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AAT-AT-TTTTTAAAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTTGGCTTGTCTGTCAATATCCCCacat
gi|6 : TCGT-AATCAG--CA--TTTT--CCTC-TTT--AATGT----T--GTATTTTTTAAAAAAGATTT-CCCAA-TACAT-------GAAC---TTTATTGTT----ATA-CACT-GTC----A-C----TAA-TAGAAAT--CTG-GTATATA-T-ATGGT-G-TC----------GGTAAATCAA-ATTCAG-AA-A--CTG------GTT-AC-------ATTCTTT----CCATTTACT---C----C-----AC--CA-CCT-------C-ACCACCC----T------ACA--ATGTTTCAGT-T-GT---AA-C-A-ATT-ATTTTGG--AGAGTTTTT-ATCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TGA------ATATGACTG-A---ACATGTA-ATAG-AC----AGT-GTTT--AT---GACTT-T--T---AAT--TGTTACGTT---------GA-AATTCCT---G-ACTA-A-CAAAA-GA--C---TGT-GTATTGTT--AG-AT----TTCAA-CA-----AAATTTG-TT---TCTTGTAAC--A-CTG-AAAACA--AACA-CTACTT--A-TT--CAA-TAATTAATCTAGCTTC------------AA-TAG-T-TCATA--------TTTT-------TACGAAAA---GGA-AG-ATGTT-TTGATA--------TAC--T-TTAC-AA-C-----A--------TACA------A--TT--A----AAAAAA----TGAATG-AC-GG---GTTTTT--TAT-GAAAA---TACAAA--T-T-ATG--TAC-TTAG--AAAATGT-TGTTG--CAAAG-----AG-CA-T-TT-TCC--CTTCA---TTT--TGG-CGGTTT--------TCCTAA--GATT----T---TCAA-AA-T-GTCG-C-AAA--TGTTAAAGA--A-AAAGTAATTT-CATGA--------TA-TTAAA-TA--CTGGGATA-TT-GTA--AGCATTCTTGT-----TTAAAAAAGC---AGT-AG--AAA--TTA-TTAATA--TTA-----ATT-GTTCAGC-TGG-CT-GTTATAT--ATTA-T-TACATAGAAATT-AAC-ATCTTTT--AAt
gi|7 : TTGT-AATGAA--CA--TTTT--TT-CCTTA--ACTAT----A-----TTTTT----AA-GATTT-CCCAA-TACCT-------GAAC---TTTAT--CT----ATA-CACT-GCCC---GCT----GAAGTAGAAAT--CTGCGTATTTA-T-ATG-T-ACTT----------GGTAAATCGA--TTCAG-AA-AGACTGCGATG-GTT-AC---------TCTTC----CCA-TTGCTAC-C--ACC-----CCACCCACCT--A----CCACC-CCCCCC-T------ACA---TTCTTCA-CCT-GT---AG-CGA-TTT-ATT--GG--AGAGTTTTT-AGCA-----AATT-AGA-----------------------A------AC----TTG-A---AAATCTT-AT-G-CC----AGT-GTTT--AT---GATTT-G--T---AAT--TGTTATATG---------AA-AATTCCT---G-ACTT-ACC-AAA-GA--C---TGT-GT---GTT--AG-AT---GTTA-A-CA-----ACATTTT--T---TCTT-TACC--A-CTG-AAAACA--AACA-TAATCT--ACTT--CAA-TAATTAATCTAGCTTC------------AA-TAG-CATCATA--------TTTTC------CACGAAGG---CGT-GA-GTGGC-TTGGTA--------T-CT-T-TTACTTA-C--------------CACA------A-TTT--A----AAAAAAA--TTCAATG-G--GA---GCTGGT--TAA-AAAAT---CATGAA--T-T-ATGAATGC-TGAA-GAA---GC-TTTTG--CAAAG-----AGCCA-T-TT-T-T--GTTCA---TTT--TTGAGGGTTT--------TCCT-A--TATT----TAAAAAAA-AA-A-TTGG-C-AAA--TGCCAAACA--A-AATCTTATTT-C-AAA--------TA---TAACTA--CT-GGATA-TT-TTG--AA-ATTCTTGT-----TTAAAAA-TC---AAT-A---AAC--TCA-TTCACA---TA-----TTT-GTTCAGC-ACG-CC-TTTATAT-----A-T-TACATAATAATTAAAC-A--TTTT--AAGTAa
gi|8 : TGT-AATGAA--CA--TTTT--TT-CCTTT--AA-AT----A--T-ATTTTT----AA-GATTT-CCCAA-TACCT-------GAAC---TT-ATC-TT----ATA-CACT-GCGC---A-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GTATT-A-T-ATG-T-A-TT----------GGTAA-TCGA-ATTCAG-AA----CGGC-ATG-GTT-AC-------ATTCTT-----CCACTTGCCACCC--ACC-----CCACCC-CCT--A----C-ACC-CCCCCCCT------ACA--ATTTT-CA-CCT-GT---AG-C-A-TTT-ATTT-GG--AGAGTTTTT-ATCA-----ATTT-AGATAA---------------------------------TTG-A---ACATCTT-ATAG-CC----AGT-GTT---AT---GATTT-G--T---AAT--TGTTATATT---------GA-AATTCCT---G-ACTT-ACC-AAA-GA--C---TGT-GT---GTT--AG-AT---GTT--A-CA-----ACA-TTT-A----TCTTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACA-TAATTT--A-TT--C-A-TAATTAATCTAGCTTC-------------A-TA----TCATA--------TTTT-------CACGAAAG---GCTGGA-GTGGC-TTGGTA--------T-C--T-TT---TA-C-----AC-------CACA------A--TT--A----AAAAAAA--ATCAATG-AC--G---GTTTT-----A-AAAAA---TATGA-----T-ATG--TAA-TGTT-GAAAATGCTTTTTG--CAAAG-----AG-CA-T-TT-T-T--GTTCA----TT--TGGAGGG-TT--------TCCTAA--TATT----T-----AA-AA-A-TTGG-C-AAA--TGCCAAACA--A-ACAATTATTT-C-AAA--------TA--TTAA-TA--CT-GGATA--T-TTG--AACA-TCTTGT-----TTAAAAA-TC---AAT-A---AAA--TCA-TTCACA--TTA-----TTTGTTTCAGC-AGG-CCTTTTATAT--AT-A-T-TACATAGAAATT-AAC-A--TTTT--AAGT
gi|9 : taT-AATAAA--CA--TTTT--TT--CTTT--AATAT----AT-A-ATTTTTTA--AAAGATTT-CACA--TGCAT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-ATCC-GTCC---A-T----GAA-TAGAAAT--CAG-GTATCTA-TTATGAT-A-TC----------G-TAAATACA-ATTGAG-AA-------C--TG-GCT-GC-------ATTATTT----CCACTTGCT---CCAACC-----AC--CC-ACC--G------ACC-CCCAA--T------GCA--ATTTTTCA-C-T-TA---AA-C-A-TCT-ATTTGGG--AGAGTTTTT-ATCA-----ATTA-AGATATATA------------AAATGA-------TATGATTGGA---ACATGTC-ATAGTCC----AGT-GTTT--ATAT-GACTT-T------AAT--TGTTATATT---------GA-AATTCCT---G-ACTT-A-C-AAA-GA--T---TAT-TTA--GTT--AG-AT---GTA--A-C------AAATTTG-AT---TATTGTACC--A-CTGAAAAACA--ATCA-TTATTT--A-TT--CAA-TAATTAATCTAGCTTC------------AC-TAG-T-TCATAT-------TTTT-------CACCAAAA---GGT-GA-GTGGT-TTGATA--------T-C--TCTTAC-TA-C-----A--------CAGA------A--TT--A----AAAAAAA--TTGAATG-AC-GG---GTTTTT-AT---CAAAA---TATGAA--T-T-ATG--TAC-TCAG--AAAATGC-TTTTG--TAAAG-----AG-CA-TATT-T-T--GTTCA---TTT--TGGTGGGTTT--------TCCTAA--TATT----T----CAA-AA-T-TTGG-C-AAA--TGTCAAAGA--A-AAAACT-TTT-CAAAA--------TA--TTAA-TA--CTGGGATA-TT-TTG--AACATTCTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 222222222 1111111 1111111 11111111111 111 1111111 111111 11111 11 2222222222 1 33333333333 11111 111111111111 1111111 111 111111111 111111 1111 11 222222222222 22222222 1111111 2222222222222 11111111111111 11111111 1111 111111 11111 11111111 11 11111 11 2222 11111111 11111 111 111111 11 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 3 44 44 44 3 44 555555555 7777777 3 3 1 0000000 555 3 7777 3 3 555 3 7777 3 44 3 3 3 3 3 44444444444 3 3 7777 3 555 3 3 0000000 7777 444444 00000 11 4 2222222222 0 99999999999 44 66666 888 3 3 3 44 3 77777 3 777777777777 3 1 0000000 2 3 555 1 3 3 7777 3 55 111 99999999 55 444444444 3 666 3 3 7 3 3 555555 3 777 55 3 1111 77 3 99999 777777 55 3 3 55 3 4 55 3 55 3 222222222222 3 3 3 00000000 5555555 555 3 3 44 1111111111111 3 3 3 88888888888888 88888888 44 1111 666 2 3 3 555 222222 666 55 4 4 55 4 4 99 4 4 55 00000 4 8 4 4 4 4 4 7777 55 3 44444444 11 8888 99999 4 666 4 4 11 4444 4 0 44444444 99 3 55 5 3 3 55 4 00000 2 666 6 222 44 3 44 777777 3 3 3 3 44 3 3 4 4 22 55 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 8 0
lowQualScore : . .. .. .. . .. ......... ....... . . . ....... ... . .... . . ... . .... . .. . . . . . ........... . . .... . ... . . ....... .... ...... ..... .. . .......... . ........... .. ..... ... . . . .. . ..... . ............ . . ....... . . ... . . . .... . .. ... ........ .. ......... . ... . . . . . ...... . ... .. . .... .. . ..... ...... .. . . .. . . .. . .. . ............ . . . ........ ....... ... . . .. ............. . . . .............. ........ .. .... ... . . . ... ...... ... .. . . .. . . .. . . .. ..... . . . . . . . .... .. . ........ .. .... ..... . ... . . .. .... . . ........ .. . .. . . . .. . ..... . ... . ... .. . .. ...... . . . . .. . . . . .. .. ................................................................................................................................ . . .
lowQualScore : 3 66 66 66 4 66 999999999 5555555 3 3 0 0000000 888 3 1111 3 3 888 3 1111 3 66 3 3 3 3 3 77777777777 3 3 1111 2 111 3 3 8888888 1111 111111 00000 00 0 7777777777 0 88888888888 66 22222 555 1 1 1 22 1 77777 3 111111111111 3 8 8888888 5 3 888 0 3 3 1111 3 00 444 44444444 00 555555555 6 444 6 6 3 6 6 333333 6 000 00 6 5555 33 6 11111 777777 00 6 6 00 6 7 00 6 00 6 333333333333 6 6 6 55555555 5555555 888 3 3 33 7777777777777 3 3 3 88888888888888 11111111 66 7777 000 5 3 3 888 777777 444 55 0 0 55 0 0 55 0 0 55 00000 0 0 0 0 0 0 0 8888 55 5 55555555 00 5555 33333 0 888 0 0 00 3333 0 8 55555555 77 6 00 1 6 6 00 4 00000 3 444 7 555 66 3 66 999999 3 3 3 3 66 3 3 0 0 11 55 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 8
consensus : TTGT-AATGAA--CA--TTTT--TTTCCTTT--AATAT----A--A-ATTTTT----AAAGATTT-CCCAA-TACNT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GT-ATTTAT-ATGGT-A-TC----------GGTAAATCGA-ATTCAG-AA-A--CTGC-ATG-GTT-GC-------ATTCTTT----CCACTTGCT---C--ACC-----CC--CC-CCT--A----C-ACC-CCC----T------ACA--ATTTTTCA-C-T-GT---AAC-A-TTT-ATTTTGG--AGAGTTTTT-ATCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TGA------ATATGATTG-A---ACATNTC-ATAG-CC----AGT-GTTT--AT---GACTT-T--T---AAT--TGTTATATT---------GA-AATTCCT---G-ACTT-A-C-AAA-GA--C---TGT-GTG--GTT--AG-AT---GTT--A-CA-----AAATTTT-AT---TCTTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACA-TAATTT--A-TT--C-AATAATTAATCTAGCTTC------------AA-TAG-T-TCATA--------TTTT-------CACGAAAA---GGT-GA-GTGGC-TTGGTA--------T-C--T-TTAC-TA-C-----A--------CACA------ATTTT--A----AAAAAAA--TTCAATG-AC-GG---GTTTTT-ATAA-AAAAA---TATGAA--T-T-ATG--TAC-TG-AG--AAA-ATGC-TTTTG--CAAAG-----AG-CA-T-TT-T-T-G-TTCA---TTT--TGGAGGGTTT--------TCCTAA--TATT----T---AAAA-AA-A-TTGG-C-AAA--TGCCAAACA-TA-AAAATTATTT-CAAAA--------TA-TTTAA-TA--CTGGGATA-TT-TTG--AACATTCTTGT-----TTAAAAATTC---AAT-A---AAA--TTA-TTCAAA--TTA-----TTT-TTTCAGC-AGG-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AAC-AT-TTTT--AAGTAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANT-TTGGCTTGTCTATCAATATCCCCCTTAA
Reference ( family-100 ) : TTGT-AATGAA--CA--TTTT--TTTCCTTT--AATAT----A--A-ATTTTT----AAAGATTT-CCCAA-TACNT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GT-ATTTAT-ATGGT-A-TC----------GGTAAATCGA-ATTCAG-AA-A--CTGC-ATG-GTT-GC-------ATTCTTT----CCACTTGCT---C--ACC-----CC--CC-CCT--A----C-ACC-CCC----T------ACA--ATTTTTCA-C-T-GT---AAC-A-TTT-ATTTTGG--AGAGTTTTT-ATCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TGA------ATATGATTG-A---ACATNTC-ATAG-CC----AGT-GTTT--AT---GACTT-T--T---AAT--TGTTATATT---------GA-AATTCCT---G-ACTT-A-C-AAA-GA--C---TGT-GTG--GTT--AG-AT---GTT--A-CA-----AAATTTT-AT---TCTTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACA-TAATTT--A-TT--C-AATAATTAATCTAGCTTC------------AA-TAG-T-TCATA--------TTTT-------CACGAAAA---GGT-GA-GTGGC-TTGGTA--------T-C--T-TTAC-TA-C-----A--------CACA------ATTTT--A----AAAAAAA--TTCAATG-AC-GG---GTTTTT-ATAA-AAAAA---TATGAA--T-T-ATG--TAC-TG-AG--AAA-ATGC-TTTTG--CAAAG-----AG-CA-T-TT-T-T-G-TTCA---TTT--TGGAGGGTTT--------TCCTAA--TATT----T---AAAA-AA-A-TTGG-C-AAA--TGCCAAACA-TA-AAAATTATTT-CAAAA--------TA-TTTAA-TA--CTGGGATA-TT-TTG--AACATTCTTGT-----TTAAAAATTC---AAT-A---AAA--TTA-TTCAAA--TTA-----TTT-TTTCAGC-AGG-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AAC-AT-TTTT--AAGTAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANT-TTGGCTTGTCTATCAATATCCCCCTTAA
gi|1 : TTGT-AATTGATTCA--TTTTGTTTTCCTTTTAAATAT----A--A--TTTTT----A--GATTTTCCCAA-TACCTTTTTTTTGAACGCTTTTATT-CTTTATATATCACTTGCCC---A-TTTTCGA--TAGAAATTCCTG-TT-ATTTTT-ATTGT-A-TTTTTTGTTTTTGGTAAATCGATATTCAGTAATA--CTGC-ATGTTTT-GCTATGTTTATTCTTTTTCCCCACTTGCT---
gi|1 : ttaaTTTTTCA-C-T-TTTTAAAC-A-TTTTATTTTGAGTAGAGTTTTT-ATTATCTATATTTTATATTAATATATTTAATTTTTAA-TGATGTTGTATATCATT--------ATCTT-ATAG-TCTCTCAGTTGTTTTTATTTTGATTT-TATT---AATATTGTTTTATTATTTTTTTTGATAATTCCTTTTGTACTT-A-C-AAATGA--TCTTTGTTGTG--GTTTTAG-ATTGTATTTAA-CATTTAAAAATTTT-ATATTTCTTGTACCTTATCTG-AATACA--AACT-TAATTTTTA-TTTTC-A-TATTTAATTTATTTTCTATGTCTTTTCTAA-TAG-T--CATACGTATTTATTTTATATAAATACGAGAAATAGGT-GA-GTGGCCTTGGTTGTTCCTTTT-T--T-TTAT-TA-CTATCAA--------TACATCTATTATTTT--T----AAAAAAAATTTCAATG-ACTGG---GTTTTT-ATTG-AAAAATTTTGTGAATTT-T-ATG--TACTTG-AG--AAA-ATGC-TTTTG--CAAAG-----AG-AT-T-TT-T-T-GTTTCATTTTTT--TGGTAGGTTTTTTTCTGATCTTAATTTATTTTTAT---AAAATAATA-TTGG-CTAAATTTTCTAACTATTATAATATTATTTCCAAGA--------TATTTTAA-TA--CTGGATTACTT-TTG--AACA-TCTTGTATTTATTAAAAATTC---AAT-A---AAAATTTATTTCGAAATTTAATT--TTT-TTTCAGC-AGG-CC-TTTACATTAATCA-T-tctacttccttttcctaccctttttttttttttttcttccctttttttattctattcaattttttttcactttttaaacattttattttgagtagagtttttattatctatattttatattaatatatttaatttttaatgatgttgtatatcattatcttatagtctctcagttgtttttattttgattttattaatattgttttattattttttttgataattccttttgtacttacaaatgatctttgttgtggttttagattgtatttaacatttaaaaattttatatttcttgtaccttatctgaatacaaacttaatttttattttcatatttaatttattttctatgtcttttctaatagtcatacgtatttattttatataaatacgagaaataggtgagtggccttggttgttccttttttttattactatcaatacatctattatttttaaaaaaaatttcaatgactgggtttttattgaaaaattttgtgaattttatgtacttgagaaaatgcttttgcaaagagattttttgtttcatttttttggtaggtttttttctgatcttaatttatttttataaaataatattggctaaattttctaactattataatattatttccaagatattttaatactggattacttttgaacatcttgtatttattaaaaattcaataaaaatttatttcgaaatttaattttttttcagcaggcctttacattaatcatatcactatgtataattttaatttattgtttaatgt
gi|10 : ttaattgtaattgattcattttgttttccttttaaatataatttttagattttcccaataccttttttttgaacgcttttattctttatatatcacttgcccattttcgatagaaattcctgttatttttattgtattttttgtttttggtaaatcgatattcagtaatactgcatgttttgctatgtttattctttttccccacttgcttctacttccttttcctaccctttttttttttttttcttccctttttttattctattcaatttAAA---GGT-GA-GTGGC-TTGGTA--------T-C--T-TTAC-TAAC-----AAAAAAAAACACA--------TTT--AGG--AAAAAAA--ATCAATG-AC-GGAGTGTTTTT-TTAATGAAAA---TATGAA--TATGATG--TAC-TG-AG--AAAGATGC-ACTTGAACATAGTCGGGAG-CA-T-TT-T-TTG-TT-A---TTTATTGGAGGGTT-----------CTAAAATGTT----T---AAAA-AA-AATTGA-C-AAA--TGTCAA-CA-TA-AAG-TTATTT-CAAAA--------TA-TTTAA-TAAACTGG-ATA-TT-TTG--AAACTTCTGTT-----TTAAAAATTC---AAT-A---AAA--TTA-TTCAAA--TTAGTTTTTTT-TTTCAGC-AGGCCC-TTTATAT--ATCA-TATACATAGAAATT-AACAAG-TTTT--AAGTAatcactatgtataattttaatttattgtttaatgt
gi|11 : g----C-ACCGCCCA---T------AAA--ATTGTTCA-C-TAGT---AAC-A-TTT-ATTTTGG--AGAATTTTT-ATCA-----ATTA-AGATAAATA------------AA-TTG------ATATGATTG-A---AAATGTC-CTAG-CA----AGT-GTTT--AC---GACTT-T--T---GAT--TGTTATCTT---------GA-ATTTCCT---G-ACTT-A-C-AAA-GAGTG---TGT-GTG--GTT--AG-AA---TTT--A-AT-----AAATTTTGAT---TCGTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACA-ACATTT--A-TT--C-AATAATTAATTTAGCTTC------------AA-TAG-T-TAATA--------TTTT-------TACCAAAT---TGT-GA-GTGGA-TTGATA--------T-CT-T-TTAG-TA-A-----A--------TATA------ATTTCAAA----AAAAAAA--TT-AATA-AC-GG---GTTTTT-ATGA-AAACA---T
gi|12 : cac----C-ACCGCCCA---T------AAA--ATTGTTCA-C-TAGT---AAC-A-TTT-ATTTTGG--AA--TTTTT-ATCA-----ATT--AGATAAATA------------AA-TTG------ATATGATTG-A---CAATGTC-CTAG-CC----AGT-GTTT--AC---GACTT-T--T---GAT--TGTTAT-CT---------GA-ATTTCCT---G-ACTTAA-C-AAA-GA--TG--TGT-GTG--GTT--AG-AT----TT--A--A-----TAATTTG-AT---TCGTGTACC--A-CTG-AAAACAACAACA-T--TTT--A--T--C-ACTAATTAATTTAGCTTC------------AATTAG-T-TAATAG-------TTTT-------TACCAAAT---TGT-GA-GTGGA-TTGATA--------T-T--T-TTAG-TA-A-----A--------TA-A------ATTTC--AAAACAAAAAAA--TTAAATA-A--GG---GTTTTT-ATGA-AAAg
gi|13 : tcacTAA-TA--CTGGGGTA-TT-TTG--AACATTCTTG------TTAAAAATGC---AATAA---AAA--TTA-TTCAAA--TTA-----ACT-TTTCAGC-ACG-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACACAGAAATT-AAC-TT-TTAT--AAGTAt
gi|13 : T-TTGGCTTGTCTATCATTATCCCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttggcttgtctatcattatccccca
gi|14 : taatactggggtattttgaacattcttgttaaaaatgcaataaaaattattcaaattaacttttcagcacgcctttatatatcattacacagaaattaacttttataagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttGT-AATGAA--CA--TTTA--TTTCCTTT--AATATT---AT-A-ATTTTT----TAAGAATT-CCCAA-TGCAT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-CACT-GTCC---C-G----AAA-TA-AAAT--CAG-GT-TATTAT-ATCGT-A-TC----------GGTAAATCAA-ATTCAG-AA-A--CTG------GTT-GC-------AT-ATTT----CCACTTGCT---CC-ACC-----CC--CC-CC----------ACC-CCCCAA-T------AGA--ATTTTTCA-T-TTGT---TAC-A-TTT-ATTTTGG--AGACTTTTT-TTCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TTA------ATTTTATTG-A---ACATGTC-ATAG-CA----AGT-GTa
gi|15 : -A---AAA--ATA-TTCAAA--TTA-----ATT-TTT-AGC-AGT-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AGT-A--TTTT--AAGTA
gi|15 : T-TTGGCTTGTCTATCAATATCCCCCTTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctttggcttgtctatcaatatcccccttaataa
gi|16 : aaaaatattcaaattaatttttagcagtcctttatatatcattacatagaaattagtattttaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntc-------GAAC---TTT--T-TT----ATA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TGGTAAT--CTG-AT-GTTTAT-ATGGT-A-TC----------AGTAAATCAA-ATTCAG-AA-A--C-----TG-GTT-GC-------ATTCTTT----CCACTTGCT---C--CAC-----CC--AT-CCT--ACCACC-ACT-CCC----TCTCCCAATAATATTTTCCACC-T-GT---AAC-A-TTT-ATTTTAA--AGAGTTTTT-ATCA-----taa
gi|17 : TGT-AATGAA--CA--TTTT--TTTCTTTT--AATAT----ATAA-ATTTTT----AA-GATTT-CCCAA-TACAT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TAGAATT--CTG-GT-ATTTAT-ATGGT-A-TT----------GGTAAATCAA-ATTCAG-AA-A--C-----TG-ATT-GC-------ATTCTTC----CCATTTGCT---C--
gi|18 : AAAAATTC---AAT-AATAAAA--TTA-TTCACA--ATA-----TTT-TTTCAGCGAGG-CC-TTTATA---ATCATT-TACATAGAAATcaac
gi|19 : T-AATGAA--CAGTTTTT--TTTTCTTT--AATATTAT-A--A-ATTTAT----AA-GATTT-CCCAA-TACAT-------GAAatttctttttaca
gi|2 : cTTGT-AATGAA--CA--TTGT--TT-CCTTT--AATAT----A--A-ATTTTC----AA-GATTT-CTCAA-TACCT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-CACT-GCCCGTCA-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GT-ATTTAT---GGTTA-TT----------GGTAAATCGA-ATTCAG-AA-A--CTGC-ATG-GTT-GC-------ATTCTTT----CCACTTGTT---C--ACCACCCCCC--CC-CCTTTA----C-ACC-CCCCCT-T------ACA--ATTTTTCA-C-TTGT---AAC-AATTT-ATTTTGG--AGAGTTTTT-ATCA------TTT-AGATAAATA------------AA-TAA---------TGATTG-ATTGACATCCCTATAG-CC----AGT-GTTT--AT---GATTTGC--T---AAT--TGTTATATT---------GA-AATTCCT---G-ACTT-A-C-ACA-AA--CC--TGT-GTG--GTT--AG-AT---GTTA-A-CG-----AAATTTT-A----TCTTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACATTAATTT--A-TT--C-AA-AATTAATCTAGCTTCA-----------AA-TAG-T-T-ATA--------TTTT-------CACG-AAA---GGT-GAGGTGGC-TTGGTAG-------T-CT-T-TTAC-TA-C-----A--------CACA------ATTTA--A----AAAAAAA--TCCAATGAAC-GG---GTTT----TAA-GAAAA---TATGAA--T-T-ATG--TAC-TG-AGAAAAA-ATGC-TTTTG--CAAAG-----AG-CATT-TT-T-T-G-TTCA----TT--TGGAGGGTTT--------TCCTAA--TA-T----T---AAAA-AA-A-TTGG-C-AAA--TGCCAAACA-T--AAAATTA-TT-CAAAA--------TA-TTTGA-TA--CTGGGATA-TTCTTGAAAACA-TCTTGT-----TTAAAAATTCAATAAT-A---AAA--TTA-TTCAA-----A-----TTT-TTTCAGC-AGG-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACTTAG-AATT-AAC-AT-TTTT--A
gi|3 : aTTGT-AATGAA--CA--TTTT--TTTCCTTT--AATAT----A--A-ATTTGT----AAAGATTT-CCCAAATACCT-------GAGC---TTTATT-CT----AAA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GTAATTAAT-ATGGT-A-TT----------GGT-AATCGA-ATTCAG-AA-A--CTGC-ATG-GTT-GC-------ATTCTTT----CCACTTGCT---C--ACC-----CC--CC-CCT--A----C-A-C-CCC----T------ACA--ATTTTTCA-T-T-GTA--AAC-A-TTT-ATTTTGG--AGAG-TTTT-ATCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TGA------ATGTGATTG-A---ACATCTT-ATAG-CC----AGT-GTTT--AT---GATTT-G--T---AAT--TGTTATA-T---------GA-AATTCCT---G-ACTT-A-C-AAA-GA--C---TGT-GTG--GTT--AG-AT---GTT--A-CA-----AAATTTT-AT---TCTTGTACC--A-CTG--AAACA--AACA-TAATTC--A-TT--CAAATAATTAATCTAGCTT-------------AA-TAG-T-TCATA--------TTTT-------CACGAAAA---GGT-GA-GTGGA-TTGGTA--------T-C--T-TTAC-TA-C-----A--------CACA------ATTTT--A----AAAAAAA--TTCAATG-AC-GG---GTTTTTAAAAA-AAAAA---TATGAA--T-T-ATG--TAC-TG-AGA-AAA-ATGC-TTTTG--CAAAG-----AG-CA-T-TT-T-T-T-TTCA---TTT--TGGAGGGTTT--------TCCTAA--TATT----T---AAAA-AA-A-TTGG---AAA--TGCCAAACA-TA-AAAATTATTT-CAAAA--------TA-TTTAA-TA--CT-GGATA-TT-TTG--AACATTCTTGT-----TTAAAAATTC---AAT-A---AAA--TTA-TTCAAA--TTA-----TTT-TTTCAGC-A-G-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AAC-AT-TTTT--AAGTAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAT-TTAGC-TGTCTATTAATATCCCCCTTAAgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttttagcttgtccatataatatccccctaaatgacg
gi|4 : TGTGAATGAA--CA--TTTT--T--CCTTT--AATAT----T--G-ATTTTT----TAAGATTT-CCCAA-TACCA-------GAAC---TT-ATT-CT----ATA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GT-ATTTAT-ATGGT-A-----------------AATCGA-ACTCAA-GA-A--CTGC-ATG-GTTTGC-------ATTCTTT----CCACTTGCT---C--ACC-----CC--CC-CCC-------C-ACC-CCC----T------ACA--ATTT---------GT---AAC-A-TTT-ATTTTGG--AGAGTTTTTCATCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TGA------ATATGATTG-A---ACATCGC-ATAG-CC----AGT-GTTT--AT---GATTT-T--TTTAAAT--TGTTATATT---------GA-AATTCCC---G-ACTT-A-C-AAA-GA--C---AGT-GTG--GTT--AG-AT---GTT--AACA-----AAATGTT-AT---TCTTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACA-TAATTT--A-TT--C-AATAATTAATCTAGCTTC------------AA-TAGTT-TCATA--------TTTT-------CACGACAA---GGT-GA-GTGGC-TTGGTA--------T-CTTT-TTAC-TA-C-----A--------CACA------ATTTA--A----AAAAAAA--TTCAATG-AC-GG---G-TTTT-AT----GAAA---TATGAA--T-T-ATG--TAC-TG-AG--AAA-ATGC-TTTTG--TAAAT-----AG-CATT-TT-T-T-G-TTCA---TTT--TGGAGG--TT--------TCCTAA--TATT----TAA-AAAA-AA-A-ATGGCC-AAA--TGTCAAACA-T--AAAATTATTT-CAAAATATAATACTA-TTTAA-TA--CTGGGATA-TT-TTG--AACATTC-----------AAAAATTC---ATTAA---AAA--GTA-TTCAAA--TTA------TT-TTTCAGC-AGG-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AAC-AT-TTTT--AAGTA
gi|4 : T-TTAGCTTGTTTATTAATATCCCCCTTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctttagcttgtttattaatatcccccttaaacat
gi|5 : tgtgaatgaacatttttcctttaatattgattttttaagatttcccaataccagaacttattctatacactgcccatgaatagaaatctggtatttatatggtaaatcgaactcaagaactgcatggtttgcattctttccacttgctcaccccccccccaccccctacaatttgtaacatttattttggagagtttttcatcaatttagataaataaatgaatatgattgaacatcgcatagccagtgtttatgatttttttaaattgttatattgaaattcccgacttacaaagacagtgtggttagatgttaacaaaatgttattcttgtaccactgaaaacaaacataatttattcaataattaatctagcttcaatagtttcatattttcacgacaaggtgagtggcttggtatctttttactacacacaatttaaaaaaaaattcaatgacgggttttatgaaatatgaattatgtactgagaaaatgcttttgtaaatagcattttttgttcattttggaggtttcctaatatttaaaaaaaaaatggccaaatgtcaaacataaaattatttcaaaatataatactatttaatactgggatattttgaacattcaaaaattcattaaaaagtattcaaattatttttcagcaggcctttatatatcattacatagaaattaacatttttaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntc-AATGAA--CA--TTTT--TC-CCTTT--AATATCATTA--A-ATCT-------AAGATTT-CCCAA-TACAT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-CACT-GTCC---A-T----AGA-TATAAAT--CGG-GC-ATATAT-ATGGT-A-TC----------GGTAAATCAA-ATTCAG-AA-A--CTG------GTT-GC-------ATTCTTT----TCACTTGCT---CGAACC-----CC--C--------------ACC-CCAA---T------ACA--ATTTTTCA-C-TTGT---GAC-A-TTT-ATTTTGG--AAAGTTTTT-ATCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TGA------ATATGGTTG-A---ACATGTT-ATAG-CC----AGT-TTCT--AT---GACTT-T--T---AAT--TGTTATATT---------GA-AATTTCT---G-ACTT-A-C-AAA-GA--C-----T-GTG--GTT--AGAAT---TTA--A-CA-----AAATTTA-AT---TCTTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACA-TTATTT--G-TT--C-AA-AAATAATCTAGCTTC------------AA-TAG-T-GCATA--------TTTT-------CA--ATGG---GGT-GA-----------TA--------TAT--T-TTAC-TA-C-----A--------CACA------A-TTT--A----AAAAAAA---TAAATG-AC-AG---GTTTTT-ATGA-AAAG-----ATGAA--T-T-ATG--TAC-TC-AG--AAA-ATGC-TCTTT--CAAAG-----AA-CA-T-GTAT-T-G-TTCA---TTT--TGGCGGGTTT--------TCCAAA--CATG----T---TTAA-GT-T-TTGG-C-AAAGGTGAAAGACA--A-AAAACTATTT-CAAAA--------TA-TTTAA-TA--CCAGGATA-TT-TTA--AACATTCTTGT-----TTAAAAATTC---AGT-AG--AAA--TTA-TTCAAA--TTA-----ATT-TTTCATC-AGG-CC-TTTGTAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AAT-AT-TTTTTAAAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTTGGCTTGTCTGTCAATATCCCCacat
gi|6 : TCGT-AATCAG--CA--TTTT--CCTC-TTT--AATGT----T--GTATTTTTTAAAAAAGATTT-CCCAA-TACAT-------GAAC---TTTATTGTT----ATA-CACT-GTC----A-C----TAA-TAGAAAT--CTG-GT-ATATAT-ATGGT-G-TC----------GGTAAATCAA-ATTCAG-AA-A--CTG------GTT-AC-------ATTCTTT----CCATTTACT---C----C-----AC--CA-CCT-------C-ACCACCC----T------ACA--ATGTTTCAGT-T-GT---AAC-A-ATT-ATTTTGG--AGAGTTTTT-ATCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TGA------ATATGACTG-A---ACATGTA-ATAG-AC----AGT-GTTT--AT---GACTT-T--T---AAT--TGTTACGTT---------GA-AATTCCT---G-ACTA-A-CAAAA-GA--C---TGT-GTATTGTT--AG-AT----TTCAA-CA-----AAATTTG-TT---TCTTGTAAC--A-CTG-AAAACA--AACA-CTACTT--A-TT--C-AATAATTAATCTAGCTTC------------AA-TAG-T-TCATA--------TTTT-------TACGAAAA---GGA-AG-ATGTT-TTGATA--------TAC--T-TTAC-AA-C-----A--------TACA------A--TT--A----AAAAAA----TGAATG-AC-GG---GTTTTT--TAT-GAAAA---TACAAA--T-T-ATG--TAC-TT-AG--AAA-ATGT-TGTTG--CAAAG-----AG-CA-T-TT-TCC-C-TTCA---TTT--TGG-CGGTTT--------TCCTAA--GATT----T---TCAA-AA-T-GTCG-C-AAA--TGTTAAAGA--A-AAAGTAATTT-CATGA--------TA-TTAAA-TA--CTGGGATA-TT-GTA--AGCATTCTTGT-----TTAAAAAAGC---AGT-AG--AAA--TTA-TTAATA--TTA-----ATT-GTTCAGC-TGG-CT-GTTATAT--ATTA-T-TACATAGAAATT-AAC-ATCTTTT--AAt
gi|7 : TTGT-AATGAA--CA--TTTT--TT-CCTTA--ACTAT----A-----TTTTT----AA-GATTT-CCCAA-TACCT-------GAAC---TTTAT--CT----ATA-CACT-GCCC---GCT----GAAGTAGAAAT--CTGCGT-ATTTAT-ATG-T-ACTT----------GGTAAATCGA--TTCAG-AA-AGACTGCGATG-GTT-AC---------TCTTC----CCA-TTGCTAC-C--ACC-----CCACCCACCT--A----CCACC-CCCCCC-T------ACA---TTCTTCA-CCT-GT---AGCGA-TTT-ATT--GG--AGAGTTTTT-AGCA-----AATT-AGA-----------------------A------AC----TTG-A---AAATCTT-AT-G-CC----AGT-GTTT--AT---GATTT-G--T---AAT--TGTTATATG---------AA-AATTCCT---G-ACTT-ACC-AAA-GA--C---TGT-GT---GTT--AG-AT---GTTA-A-CA-----ACATTTT--T---TCTT-TACC--A-CTG-AAAACA--AACA-TAATCT--ACTT--C-AATAATTAATCTAGCTTC------------AA-TAG-CATCATA--------TTTTC------CACGAAGG---CGT-GA-GTGGC-TTGGTA--------T-CT-T-TTACTTA-C--------------CACA------A-TTT--A----AAAAAAA--TTCAATG-G--GA---GCTGGT--TAA-AAAAT---CATGAA--T-T-ATGAATGC-TG-AA--GAA---GC-TTTTG--CAAAG-----AGCCA-T-TT-T-T-G-TTCA---TTT--TTGAGGGTTT--------TCCT-A--TATT----TAAAAAAA-AA-A-TTGG-C-AAA--TGCCAAACA--A-AATCTTATTT-C-AAA--------TA---TAACTA--CT-GGATA-TT-TTG--AA-ATTCTTGT-----TTAAAAA-TC---AAT-A---AAC--TCA-TTCACA---TA-----TTT-GTTCAGC-ACG-CC-TTTATAT-----A-T-TACATAATAATTAAAC-A--TTTT--AAGTAa
gi|8 : TGT-AATGAA--CA--TTTT--TT-CCTTT--AA-AT----A--T-ATTTTT----AA-GATTT-CCCAA-TACCT-------GAAC---TT-ATC-TT----ATA-CACT-GCGC---A-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GT-ATT-AT-ATG-T-A-TT----------GGTAA-TCGA-ATTCAG-AA----CGGC-ATG-GTT-AC-------ATTCTT-----CCACTTGCCACCC--ACC-----CCACCC-CCT--A----C-ACC-CCCCCCCT------ACA--ATTTT-CA-CCT-GT---AGC-A-TTT-ATTT-GG--AGAGTTTTT-ATCA-----ATTT-AGATAA---------------------------------TTG-A---ACATCTT-ATAG-CC----AGT-GTT---AT---GATTT-G--T---AAT--TGTTATATT---------GA-AATTCCT---G-ACTT-ACC-AAA-GA--C---TGT-GT---GTT--AG-AT---GTT--A-CA-----ACA-TTT-A----TCTTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACA-TAATTT--A-TT--C--ATAATTAATCTAGCTTC-------------A-TA----TCATA--------TTTT-------CACGAAAG---GCTGGA-GTGGC-TTGGTA--------T-C--T-TT---TA-C-----AC-------CACA------A--TT--A----AAAAAAA--ATCAATG-AC--G---GTTTT-----A-AAAAA---TATGA-----T-ATG--TAA-TGTTG--AAA-ATGCTTTTTG--CAAAG-----AG-CA-T-TT-T-T-G-TTCA----TT--TGGAGGG-TT--------TCCTAA--TATT----T-----AA-AA-A-TTGG-C-AAA--TGCCAAACA--A-ACAATTATTT-C-AAA--------TA--TTAA-TA--CT-GGATA--T-TTG--AACA-TCTTGT-----TTAAAAA-TC---AAT-A---AAA--TCA-TTCACA--TTA-----TTTGTTTCAGC-AGG-CCTTTTATAT--AT-A-T-TACATAGAAATT-AAC-A--TTTT--AAGT
gi|9 : taT-AATAAA--CA--TTTT--TT--CTTT--AATAT----AT-A-ATTTTTTA--AAAGATTT-CACA--TGCAT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-ATCC-GTCC---A-T----GAA-TAGAAAT--CAG-GT-ATCTATTATGAT-A-TC----------G-TAAATACA-ATTGAG-AA-------C--TG-GCT-GC-------ATTATTT----CCACTTGCT---CCAACC-----AC--CC-ACC--G------ACC-CCCAA--T------GCA--ATTTTTCA-C-T-TA---AAC-A-TCT-ATTTGGG--AGAGTTTTT-ATCA-----ATTA-AGATATATA------------AAATGA-------TATGATTGGA---ACATGTC-ATAGTCC----AGT-GTTT--ATAT-GACTT-T------AAT--TGTTATATT---------GA-AATTCCT---G-ACTT-A-C-AAA-GA--T---TAT-TTA--GTT--AG-AT---GTA--A-C------AAATTTG-AT---TATTGTACC--A-CTGAAAAACA--ATCA-TTATTT--A-TT--C-AATAATTAATCTAGCTTC------------AC-TAG-T-TCATAT-------TTTT-------CACCAAAA---GGT-GA-GTGGT-TTGATA--------T-C--TCTTAC-TA-C-----A--------CAGA------A--TT--A----AAAAAAA--TTGAATG-AC-GG---GTTTTT-AT---CAAAA---TATGAA--T-T-ATG--TAC-TC-AG--AAA-ATGC-TTTTG--TAAAG-----AG-CA-TATT-T-T-G-TTCA---TTT--TGGTGGGTTT--------TCCTAA--TATT----T----CAA-AA-T-TTGG-C-AAA--TGTCAAAGA--A-AAAACT-TTT-CAAAA--------TA--TTAA-TA--CTGGGATA-TT-TTG--AACATTCTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 222222222 1111111 1111111 11111111111 111 1111111 111111 11111 11 2222222222 1 33333333333 11111 111111111111 1111111 111 111111111 111111 1111 11 222222222222 22222222 1111111 2222222222222 11111111111111 11111111 1111 111111 11111 11111111 11 11111 11 2222 11111111 11111 111 111111 11 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 3 44 44 44 3 44 555555555 7777777 3 3 1 0000000 555 3 7777 3 3 555 3 7777 3 44 3 3 3 3 3 44444444444 3 3 7777 3 555 3 3 0000000 7777 444444 00000 11 4 2222222222 0 99999999999 44 66666 888 3 3 3 44 3 77777 3 777777777777 3 1 0000000 2 3 555 1 3 3 7777 3 55 111 99999999 55 444444444 3 666 3 3 7 3 3 555555 3 777 55 3 1111 77 3 99999 777777 55 3 3 55 3 4 55 3 55 3 222222222222 3 3 3 00000000 5555555 555 3 3 44 1111111111111 3 3 3 88888888888888 88888888 44 1111 666 2 3 3 555 222222 666 55 4 4 55 4 4 99 4 4 55 00000 4 8 4 4 4 4 4 7777 55 3 44444444 11 8888 99999 4 666 4 4 11 4444 4 0 44444444 99 3 55 5 3 3 55 4 00000 2 666 6 222 44 3 44 777777 3 3 3 3 44 3 3 4 4 22 55 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 8 0
lowQualScore : . .. .. .. . .. ......... ....... . . . ....... ... . .... . . ... . .... . .. . . . . . ........... . . .... . ... . . ....... .... ...... ..... .. . .......... . ........... .. ..... ... . . . .. . ..... . ............ . . ....... . . ... . . . .... . .. ... ........ .. ......... . ... . . . . . ...... . ... .. . .... .. . ..... ...... .. . . .. . . .. . .. . ............ . . . ........ ....... ... . . .. ............. . . . .............. ........ .. .... ... . . . ... ...... ... .. . . .. . . .. . . .. ..... . . . . . . . .... .. . ........ .. .... ..... . ... . . .. .... . . ........ .. . .. . . . .. . ..... . ... . ... .. . .. ...... . . . . .. . . . . .. .. ................................................................................................................................ . . .
lowQualScore : 3 66 66 66 4 66 999999999 5555555 3 3 0 0000000 888 3 1111 3 3 888 3 1111 3 66 3 3 3 3 3 77777777777 3 3 1111 2 111 3 3 8888888 1111 111111 00000 00 0 7777777777 0 88888888888 66 22222 555 1 1 1 22 1 77777 3 111111111111 3 8 8888888 5 3 888 0 3 3 1111 3 00 444 44444444 00 555555555 6 444 6 6 3 6 6 333333 6 000 00 6 5555 33 6 11111 777777 00 6 6 00 6 7 00 6 00 6 333333333333 6 6 6 55555555 5555555 888 3 3 33 7777777777777 3 3 3 88888888888888 11111111 66 7777 000 5 3 3 888 777777 444 55 0 0 55 0 0 55 0 0 55 00000 0 0 0 0 0 0 0 8888 55 5 55555555 00 5555 33333 0 888 0 0 00 3333 0 8 55555555 77 6 00 1 6 6 00 4 00000 3 444 7 555 66 3 66 999999 3 3 3 3 66 3 3 0 0 11 55 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 8
consensus : TTGT-AATGAA--CA--TTTT--TTTCCTTT--AATAT----A--A-ATTTTT----AAAGATTT-CCCAA-TACNT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GT-ATTTAT-ATGGT-A-TC----------GGTAAATCGA-ATTCAG-AA-A--CTGC-ATG-GTT-GC-------ATTCTTT----CCACTTGCT---C--ACC-----CC--CC-CCT--A----C-ACC-CCC----T------ACA--ATTTTTCA-C-T-GT---AAC-A-TTT-ATTTTGG--AGAGTTTTT-ATCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TGA------ATATGATTG-A---ACATNTC-ATAG-CC----AGT-GTTT--AT---GACTT-T--T---AAT--TGTTATATT---------GA-AATTCCT---G-ACTT-A-C-AAA-GA--C---TGT-GTG--GTT--AG-AT---GTT--A-CA-----AAATTTT-AT---TCTTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACA-TAATTT--A-TT--C-AATAATTAATCTAGCTTC------------AA-TAG-T-TCATA--------TTTT-------CACGAAAA---GGT-GA-GTGGC-TTGGTA--------T-C--T-TTAC-TA-C-----A--------CACA------ATTTT--A----AAAAAAA--TTCAATG-AC-GG---GTTTTT-ATAA-AAAAA---TATGAA--T-T-ATG--TAC-TG-AG--AAA-ATGC-TTTTG--CAAAG-----AG-CA-T-TT-T-T-G-TTCA---TTT--TGGAGGGTTT--------TCCTAA--TATT----T---AAAA-AA-A-TTGG-C-AAA--TGCCAAACA-TA-AAAATTATTT-CAAAA--------TA-TTTAA-TA--CTGGGATA-TT-TTG--AACATTCTTGT-----TTAAAAATTC---AAT-A---AAA--TTA-TTCAAA--TTA-----TTT-TTTCAGC-AGG-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AAC-AT-TTTT--AAGTAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANT-TTGGCTTGTCTATCAATATCCCCCTTAA
Reference ( family-100 ) : TTGT-AATGAA--CA--TTTT--TTTCCTTT--AATAT----A--A-ATTTTT----AAAGATTT-CCCAA-TACNT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GT-ATTTAT-ATGGT-A-TC----------GGTAAATCGA-ATTCAG-AA-A--CTGC-ATG-GTT-GC-------ATTCTTT----CCACTTGCT---C--ACC-----CC--CC-CCT--A----C-ACC-CCC----T------ACA--ATTTTTCA-C-T-GT---AAC-A-TTT-ATTTTGG--AGAGTTTTT-ATCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TGA------ATATGATTG-A---ACATNTC-ATAG-CC----AGT-GTTT--AT---GACTT-T--T---AAT--TGTTATATT---------GA-AATTCCT---G-ACTT-A-C-AAA-GA--C---TGT-GTG--GTT--AG-AT---GTT--A-CA-----AAATTTT-AT---TCTTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACA-TAATTT--A-TT--C-AATAATTAATCTAGCTTC------------AA-TAG-T-TCATA--------TTTT-------CACGAAAA---GGT-GA-GTGGC-TTGGTA--------T-C--T-TTAC-TA-C-----A--------CACA------ATTTT--A----AAAAAAA--TTCAATG-AC-GG---GTTTTT-ATAA-AAAAA---TATGAA--T-T-ATG--TAC-TG-AG--AAA-ATGC-TTTTG--CAAAG-----AG-CA-T-TT-T-T-G-TTCA---TTT--TGGAGGGTTT--------TCCTAA--TATT----T---AAAA-AA-A-TTGG-C-AAA--TGCCAAACA-TA-AAAATTATTT-CAAAA--------TA-TTTAA-TA--CTGGGATA-TT-TTG--AACATTCTTGT-----TTAAAAATTC---AAT-A---AAA--TTA-TTCAAA--TTA-----TTT-TTTCAGC-AGG-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AAC-AT-TTTT--AAGTAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANT-TTGGCTTGTCTATCAATATCCCCCTTAA
gi|1 : TTGT-AATTGATTCA--TTTTGTTTTCCTTTTAAATAT----A--A--TTTTT----A--GATTTTCCCAA-TACCTTTTTTTTGAACGCTTTTATT-CTTTATATATCACTTGCCC---A-TTTTCGA--TAGAAATTCCTG-TT-ATTTTT-ATTGT-A-TTTTTTGTTTTTGGTAAATCGATATTCAGTAATA--CTGC-ATGTTTT-GCTATGTTTATTCTTTTTCCCCACTTGCT---
gi|1 : ttaaTTTTTCA-C-T-TTTTAAAC-A-TTTTATTTTGAGTAGAGTTTTT-ATTATCTATATTTTATATTAATATATTTAATTTTTAA-TGATGTTGTATATCATT--------ATCTT-ATAG-TCTCTCAGTTGTTTTTATTTTGATTT-TATT---AATATTGTTTTATTATTTTTTTTGATAATTCCTTTTGTACTT-A-C-AAATGA--TCTTTGTTGTG--GTTTTAG-ATTGTATTTAA-CATTTAAAAATTTT-ATATTTCTTGTACCTTATCTG-AATACA--AACT-TAATTTTTA-TTTTC-A-TATTTAATTTATTTTCTATGTCTTTTCTAA-TAG-T--CATACGTATTTATTTTATATAAATACGAGAAATAGGT-GA-GTGGCCTTGGTTGTTCCTTTT-T--T-TTAT-TA-CTATCAA--------TACATCTATTATTTT--T----AAAAAAAATTTCAATG-ACTGG---GTTTTT-ATTG-AAAAATTTTGTGAATTT-T-ATG--TACTTG-AG--AAA-ATGC-TTTTG--CAAAG-----AG-AT-T-TT-T-T-GTTTCATTTTTT--TGGTAGGTTTTTTTCTGATCTTAATTTATTTTTAT---AAAATAATA-TTGG-CTAAATTTTCTAACTATTATAATATTATTTCCAAGA--------TATTTTAA-TA--CTGGATTACTT-TTG--AACA-TCTTGTATTTATTAAAAATTC---AAT-A---AAAATTTATTTCGAAATTTAATT--TTT-TTTCAGC-AGG-CC-TTTACATTAATCA-T-tctacttccttttcctaccctttttttttttttttcttccctttttttattctattcaattttttttcactttttaaacattttattttgagtagagtttttattatctatattttatattaatatatttaatttttaatgatgttgtatatcattatcttatagtctctcagttgtttttattttgattttattaatattgttttattattttttttgataattccttttgtacttacaaatgatctttgttgtggttttagattgtatttaacatttaaaaattttatatttcttgtaccttatctgaatacaaacttaatttttattttcatatttaatttattttctatgtcttttctaatagtcatacgtatttattttatataaatacgagaaataggtgagtggccttggttgttccttttttttattactatcaatacatctattatttttaaaaaaaatttcaatgactgggtttttattgaaaaattttgtgaattttatgtacttgagaaaatgcttttgcaaagagattttttgtttcatttttttggtaggtttttttctgatcttaatttatttttataaaataatattggctaaattttctaactattataatattatttccaagatattttaatactggattacttttgaacatcttgtatttattaaaaattcaataaaaatttatttcgaaatttaattttttttcagcaggcctttacattaatcatatcactatgtataattttaatttattgtttaatgt
gi|10 : ttaattgtaattgattcattttgttttccttttaaatataatttttagattttcccaataccttttttttgaacgcttttattctttatatatcacttgcccattttcgatagaaattcctgttatttttattgtattttttgtttttggtaaatcgatattcagtaatactgcatgttttgctatgtttattctttttccccacttgcttctacttccttttcctaccctttttttttttttttcttccctttttttattctattcaatttAAA---GGT-GA-GTGGC-TTGGTA--------T-C--T-TTAC-TAAC-----AAAAAAAAACACA--------TTT--AGG--AAAAAAA--ATCAATG-AC-GGAGTGTTTTT-TTAATGAAAA---TATGAA--TATGATG--TAC-TG-AG--AAAGATGC-ACTTGAACATAGTCGGGAG-CA-T-TT-T-TTG-TT-A---TTTATTGGAGGGTT-----------CTAAAATGTT----T---AAAA-AA-AATTGA-C-AAA--TGTCAA-CA-TA-AAG-TTATTT-CAAAA--------TA-TTTAA-TAAACTGG-ATA-TT-TTG--AAACTTCTGTT-----TTAAAAATTC---AAT-A---AAA--TTA-TTCAAA--TTAGTTTTTTT-TTTCAGC-AGGCCC-TTTATAT--ATCA-TATACATAGAAATT-AACAAG-TTTT--AAGTAatcactatgtataattttaatttattgtttaatgt
gi|11 : g----C-ACCGCCCA---T------AAA--ATTGTTCA-C-TAGT---AAC-A-TTT-ATTTTGG--AGAATTTTT-ATCA-----ATTA-AGATAAATA------------AA-TTG------ATATGATTG-A---AAATGTC-CTAG-CA----AGT-GTTT--AC---GACTT-T--T---GAT--TGTTATCTT---------GA-ATTTCCT---G-ACTT-A-C-AAA-GAGTG---TGT-GTG--GTT--AG-AA---TTT--A-AT-----AAATTTTGAT---TCGTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACA-ACATTT--A-TT--C-AATAATTAATTTAGCTTC------------AA-TAG-T-TAATA--------TTTT-------TACCAAAT---TGT-GA-GTGGA-TTGATA--------T-CT-T-TTAG-TA-A-----A--------TATA------ATTTCAAA----AAAAAAA--TT-AATA-AC-GG---GTTTTT-ATGA-AAACA---T
gi|12 : cac----C-ACCGCCCA---T------AAA--ATTGTTCA-C-TAGT---AAC-A-TTT-ATTTTGG--AA--TTTTT-ATCA-----ATT--AGATAAATA------------AA-TTG------ATATGATTG-A---CAATGTC-CTAG-CC----AGT-GTTT--AC---GACTT-T--T---GAT--TGTTAT-CT---------GA-ATTTCCT---G-ACTTAA-C-AAA-GA--TG--TGT-GTG--GTT--AG-AT----TT--A--A-----TAATTTG-AT---TCGTGTACC--A-CTG-AAAACAACAACA-T--TTT--A--T--C-ACTAATTAATTTAGCTTC------------AATTAG-T-TAATAG-------TTTT-------TACCAAAT---TGT-GA-GTGGA-TTGATA--------T-T--T-TTAG-TA-A-----A--------TA-A------ATTTC--AAAACAAAAAAA--TTAAATA-A--GG---GTTTTT-ATGA-AAAg
gi|13 : tcacTAA-TA--CTGGGGTA-TT-TTG--AACATTCTTG------TTAAAAATGC---AATAA---AAA--TTA-TTCAAA--TTA-----ACT-TTTCAGC-ACG-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACACAGAAATT-AAC-TT-TTAT--AAGTAt
gi|13 : T-TTGGCTTGTCTATCATTATCCCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttggcttgtctatcattatccccca
gi|14 : taatactggggtattttgaacattcttgttaaaaatgcaataaaaattattcaaattaacttttcagcacgcctttatatatcattacacagaaattaacttttataagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttGT-AATGAA--CA--TTTA--TTTCCTTT--AATATT---AT-A-ATTTTT----TAAGAATT-CCCAA-TGCAT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-CACT-GTCC---C-G----AAA-TA-AAAT--CAG-GT-TATTAT-ATCGT-A-TC----------GGTAAATCAA-ATTCAG-AA-A--CTG------GTT-GC-------AT-ATTT----CCACTTGCT---CC-ACC-----CC--CC-CC----------ACC-CCCCAA-T------AGA--ATTTTTCA-T-TTGT---TAC-A-TTT-ATTTTGG--AGACTTTTT-TTCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TTA------ATTTTATTG-A---ACATGTC-ATAG-CA----AGT-GTa
gi|15 : -A---AAA--ATA-TTCAAA--TTA-----ATT-TTT-AGC-AGT-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AGT-A--TTTT--AAGTA
gi|15 : T-TTGGCTTGTCTATCAATATCCCCCTTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctttggcttgtctatcaatatcccccttaataa
gi|16 : aaaaatattcaaattaatttttagcagtcctttatatatcattacatagaaattagtattttaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntc-------GAAC---TTT--T-TT----ATA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TGGTAAT--CTG-AT-GTTTAT-ATGGT-A-TC----------AGTAAATCAA-ATTCAG-AA-A--C-----TG-GTT-GC-------ATTCTTT----CCACTTGCT---C--CAC-----CC--AT-CCT--ACCACC-ACT-CCC----TCTCCCAATAATATTTTCCACC-T-GT---AAC-A-TTT-ATTTTAA--AGAGTTTTT-ATCA-----taa
gi|17 : TGT-AATGAA--CA--TTTT--TTTCTTTT--AATAT----ATAA-ATTTTT----AA-GATTT-CCCAA-TACAT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TAGAATT--CTG-GT-ATTTAT-ATGGT-A-TT----------GGTAAATCAA-ATTCAG-AA-A--C-----TG-ATT-GC-------ATTCTTC----CCATTTGCT---C--
gi|18 : AAAAATTC---AAT-AATAAAA--TTA-TTCACA--ATA-----TTT-TTTCAGCGAGG-CC-TTTATA---ATCATT-TACATAGAAATcaac
gi|19 : T-AATGAA--CAGTTTTT--TTTTCTTT--AATATTAT-A--A-ATTTAT----AA-GATTT-CCCAA-TACAT-------GAAatttctttttaca
gi|2 : cTTGT-AATGAA--CA--TTGT--TT-CCTTT--AATAT----A--A-ATTTTC----AA-GATTT-CTCAA-TACCT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-CACT-GCCCGTCA-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GT-ATTTAT---GGTTA-TT----------GGTAAATCGA-ATTCAG-AA-A--CTGC-ATG-GTT-GC-------ATTCTTT----CCACTTGTT---C--ACCACCCCCC--CC-CCTTTA----C-ACC-CCCCCT-T------ACA--ATTTTTCA-C-TTGT---AAC-AATTT-ATTTTGG--AGAGTTTTT-ATCA------TTT-AGATAAATA------------AA-TAA---------TGATTG-ATTGACATCCCTATAG-CC----AGT-GTTT--AT---GATTTGC--T---AAT--TGTTATATT---------GA-AATTCCT---G-ACTT-A-C-ACA-AA--CC--TGT-GTG--GTT--AG-AT---GTTA-A-CG-----AAATTTT-A----TCTTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACATTAATTT--A-TT--C-AA-AATTAATCTAGCTTCA-----------AA-TAG-T-T-ATA--------TTTT-------CACG-AAA---GGT-GAGGTGGC-TTGGTAG-------T-CT-T-TTAC-TA-C-----A--------CACA------ATTTA--A----AAAAAAA--TCCAATGAAC-GG---GTTT----TAA-GAAAA---TATGAA--T-T-ATG--TAC-TG-AGAAAAA-ATGC-TTTTG--CAAAG-----AG-CATT-TT-T-T-G-TTCA----TT--TGGAGGGTTT--------TCCTAA--TA-T----T---AAAA-AA-A-TTGG-C-AAA--TGCCAAACA-T--AAAATTA-TT-CAAAA--------TA-TTTGA-TA--CTGGGATA-TTCTTGAAAACA-TCTTGT-----TTAAAAATTCAATAAT-A---AAA--TTA-TTCAA-----A-----TTT-TTTCAGC-AGG-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACTTAG-AATT-AAC-AT-TTTT--A
gi|3 : aTTGT-AATGAA--CA--TTTT--TTTCCTTT--AATAT----A--A-ATTTGT----AAAGATTT-CCCAAATACCT-------GAGC---TTTATT-CT----AAA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GTAATTAAT-ATGGT-A-TT----------GGT-AATCGA-ATTCAG-AA-A--CTGC-ATG-GTT-GC-------ATTCTTT----CCACTTGCT---C--ACC-----CC--CC-CCT--A----C-A-C-CCC----T------ACA--ATTTTTCA-T-T-GTA--AAC-A-TTT-ATTTTGG--AGAG-TTTT-ATCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TGA------ATGTGATTG-A---ACATCTT-ATAG-CC----AGT-GTTT--AT---GATTT-G--T---AAT--TGTTATA-T---------GA-AATTCCT---G-ACTT-A-C-AAA-GA--C---TGT-GTG--GTT--AG-AT---GTT--A-CA-----AAATTTT-AT---TCTTGTACC--A-CTG--AAACA--AACA-TAATTC--A-TT--CAAATAATTAATCTAGCTT-------------AA-TAG-T-TCATA--------TTTT-------CACGAAAA---GGT-GA-GTGGA-TTGGTA--------T-C--T-TTAC-TA-C-----A--------CACA------ATTTT--A----AAAAAAA--TTCAATG-AC-GG---GTTTTTAAAAA-AAAAA---TATGAA--T-T-ATG--TAC-TG-AGA-AAA-ATGC-TTTTG--CAAAG-----AG-CA-T-TT-T-T-T-TTCA---TTT--TGGAGGGTTT--------TCCTAA--TATT----T---AAAA-AA-A-TTGG---AAA--TGCCAAACA-TA-AAAATTATTT-CAAAA--------TA-TTTAA-TA--CT-GGATA-TT-TTG--AACATTCTTGT-----TTAAAAATTC---AAT-A---AAA--TTA-TTCAAA--TTA-----TTT-TTTCAGC-A-G-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AAC-AT-TTTT--AAGTAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAT-TTAGC-TGTCTATTAATATCCCCCTTAAgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttttagcttgtccatataatatccccctaaatgacg
gi|4 : TGTGAATGAA--CA--TTTT--T--CCTTT--AATAT----T--G-ATTTTT----TAAGATTT-CCCAA-TACCA-------GAAC---TT-ATT-CT----ATA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GT-ATTTAT-ATGGT-A-----------------AATCGA-ACTCAA-GA-A--CTGC-ATG-GTTTGC-------ATTCTTT----CCACTTGCT---C--ACC-----CC--CC-CCC-------C-ACC-CCC----T------ACA--ATTT---------GT---AAC-A-TTT-ATTTTGG--AGAGTTTTTCATCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TGA------ATATGATTG-A---ACATCGC-ATAG-CC----AGT-GTTT--AT---GATTT-T--TTTAAAT--TGTTATATT---------GA-AATTCCC---G-ACTT-A-C-AAA-GA--C---AGT-GTG--GTT--AG-AT---GTT--AACA-----AAATGTT-AT---TCTTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACA-TAATTT--A-TT--C-AATAATTAATCTAGCTTC------------AA-TAGTT-TCATA--------TTTT-------CACGACAA---GGT-GA-GTGGC-TTGGTA--------T-CTTT-TTAC-TA-C-----A--------CACA------ATTTA--A----AAAAAAA--TTCAATG-AC-GG---G-TTTT-AT----GAAA---TATGAA--T-T-ATG--TAC-TG-AG--AAA-ATGC-TTTTG--TAAAT-----AG-CATT-TT-T-T-G-TTCA---TTT--TGGAGG--TT--------TCCTAA--TATT----TAA-AAAA-AA-A-ATGGCC-AAA--TGTCAAACA-T--AAAATTATTT-CAAAATATAATACTA-TTTAA-TA--CTGGGATA-TT-TTG--AACATTC-----------AAAAATTC---ATTAA---AAA--GTA-TTCAAA--TTA------TT-TTTCAGC-AGG-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AAC-AT-TTTT--AAGTA
gi|4 : T-TTAGCTTGTTTATTAATATCCCCCTTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctttagcttgtttattaatatcccccttaaacat
gi|5 : tgtgaatgaacatttttcctttaatattgattttttaagatttcccaataccagaacttattctatacactgcccatgaatagaaatctggtatttatatggtaaatcgaactcaagaactgcatggtttgcattctttccacttgctcaccccccccccaccccctacaatttgtaacatttattttggagagtttttcatcaatttagataaataaatgaatatgattgaacatcgcatagccagtgtttatgatttttttaaattgttatattgaaattcccgacttacaaagacagtgtggttagatgttaacaaaatgttattcttgtaccactgaaaacaaacataatttattcaataattaatctagcttcaatagtttcatattttcacgacaaggtgagtggcttggtatctttttactacacacaatttaaaaaaaaattcaatgacgggttttatgaaatatgaattatgtactgagaaaatgcttttgtaaatagcattttttgttcattttggaggtttcctaatatttaaaaaaaaaatggccaaatgtcaaacataaaattatttcaaaatataatactatttaatactgggatattttgaacattcaaaaattcattaaaaagtattcaaattatttttcagcaggcctttatatatcattacatagaaattaacatttttaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntc-AATGAA--CA--TTTT--TC-CCTTT--AATATCATTA--A-ATCT-------AAGATTT-CCCAA-TACAT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-CACT-GTCC---A-T----AGA-TATAAAT--CGG-GC-ATATAT-ATGGT-A-TC----------GGTAAATCAA-ATTCAG-AA-A--CTG------GTT-GC-------ATTCTTT----TCACTTGCT---CGAACC-----CC--C--------------ACC-CCAA---T------ACA--ATTTTTCA-C-TTGT---GAC-A-TTT-ATTTTGG--AAAGTTTTT-ATCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TGA------ATATGGTTG-A---ACATGTT-ATAG-CC----AGT-TTCT--AT---GACTT-T--T---AAT--TGTTATATT---------GA-AATTTCT---G-ACTT-A-C-AAA-GA--C-----T-GTG--GTT--AGAAT---TTA--A-CA-----AAATTTA-AT---TCTTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACA-TTATTT--G-TT--C-AA-AAATAATCTAGCTTC------------AA-TAG-T-GCATA--------TTTT-------CA--ATGG---GGT-GA-----------TA--------TAT--T-TTAC-TA-C-----A--------CACA------A-TTT--A----AAAAAAA---TAAATG-AC-AG---GTTTTT-ATGA-AAAG-----ATGAA--T-T-ATG--TAC-TC-AG--AAA-ATGC-TCTTT--CAAAG-----AA-CA-T-GTAT-T-G-TTCA---TTT--TGGCGGGTTT--------TCCAAA--CATG----T---TTAA-GT-T-TTGG-C-AAAGGTGAAAGACA--A-AAAACTATTT-CAAAA--------TA-TTTAA-TA--CCAGGATA-TT-TTA--AACATTCTTGT-----TTAAAAATTC---AGT-AG--AAA--TTA-TTCAAA--TTA-----ATT-TTTCATC-AGG-CC-TTTGTAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AAT-AT-TTTTTAAAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTTGGCTTGTCTGTCAATATCCCCacat
gi|6 : TCGT-AATCAG--CA--TTTT--CCTC-TTT--AATGT----T--GTATTTTTTAAAAAAGATTT-CCCAA-TACAT-------GAAC---TTTATTGTT----ATA-CACT-GTC----A-C----TAA-TAGAAAT--CTG-GT-ATATAT-ATGGT-G-TC----------GGTAAATCAA-ATTCAG-AA-A--CTG------GTT-AC-------ATTCTTT----CCATTTACT---C----C-----AC--CA-CCT-------C-ACCACCC----T------ACA--ATGTTTCAGT-T-GT---AAC-A-ATT-ATTTTGG--AGAGTTTTT-ATCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TGA------ATATGACTG-A---ACATGTA-ATAG-AC----AGT-GTTT--AT---GACTT-T--T---AAT--TGTTACGTT---------GA-AATTCCT---G-ACTA-A-CAAAA-GA--C---TGT-GTATTGTT--AG-AT----TTCAA-CA-----AAATTTG-TT---TCTTGTAAC--A-CTG-AAAACA--AACA-CTACTT--A-TT--C-AATAATTAATCTAGCTTC------------AA-TAG-T-TCATA--------TTTT-------TACGAAAA---GGA-AG-ATGTT-TTGATA--------TAC--T-TTAC-AA-C-----A--------TACA------A--TT--A----AAAAAA----TGAATG-AC-GG---GTTTTT--TAT-GAAAA---TACAAA--T-T-ATG--TAC-TT-AG--AAA-ATGT-TGTTG--CAAAG-----AG-CA-T-TT-TCC-C-TTCA---TTT--TGG-CGGTTT--------TCCTAA--GATT----T---TCAA-AA-T-GTCG-C-AAA--TGTTAAAGA--A-AAAGTAATTT-CATGA--------TA-TTAAA-TA--CTGGGATA-TT-GTA--AGCATTCTTGT-----TTAAAAAAGC---AGT-AG--AAA--TTA-TTAATA--TTA-----ATT-GTTCAGC-TGG-CT-GTTATAT--ATTA-T-TACATAGAAATT-AAC-ATCTTTT--AAt
gi|7 : TTGT-AATGAA--CA--TTTT--TT-CCTTA--ACTAT----A-----TTTTT----AA-GATTT-CCCAA-TACCT-------GAAC---TTTAT--CT----ATA-CACT-GCCC---GCT----GAAGTAGAAAT--CTGCGT-ATTTAT-ATG-T-ACTT----------GGTAAATCGA--TTCAG-AA-AGACTGCGATG-GTT-AC---------TCTTC----CCA-TTGCTAC-C--ACC-----CCACCCACCT--A----CCACC-CCCCCC-T------ACA---TTCTTCA-CCT-GT---AGCGA-TTT-ATT--GG--AGAGTTTTT-AGCA-----AATT-AGA-----------------------A------AC----TTG-A---AAATCTT-AT-G-CC----AGT-GTTT--AT---GATTT-G--T---AAT--TGTTATATG---------AA-AATTCCT---G-ACTT-ACC-AAA-GA--C---TGT-GT---GTT--AG-AT---GTTA-A-CA-----ACATTTT--T---TCTT-TACC--A-CTG-AAAACA--AACA-TAATCT--ACTT--C-AATAATTAATCTAGCTTC------------AA-TAG-CATCATA--------TTTTC------CACGAAGG---CGT-GA-GTGGC-TTGGTA--------T-CT-T-TTACTTA-C--------------CACA------A-TTT--A----AAAAAAA--TTCAATG-G--GA---GCTGGT--TAA-AAAAT---CATGAA--T-T-ATGAATGC-TG-AA--GAA---GC-TTTTG--CAAAG-----AGCCA-T-TT-T-T-G-TTCA---TTT--TTGAGGGTTT--------TCCT-A--TATT----TAAAAAAA-AA-A-TTGG-C-AAA--TGCCAAACA--A-AATCTTATTT-C-AAA--------TA---TAACTA--CT-GGATA-TT-TTG--AA-ATTCTTGT-----TTAAAAA-TC---AAT-A---AAC--TCA-TTCACA---TA-----TTT-GTTCAGC-ACG-CC-TTTATAT-----A-T-TACATAATAATTAAAC-A--TTTT--AAGTAa
gi|8 : TGT-AATGAA--CA--TTTT--TT-CCTTT--AA-AT----A--T-ATTTTT----AA-GATTT-CCCAA-TACCT-------GAAC---TT-ATC-TT----ATA-CACT-GCGC---A-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GT-ATT-AT-ATG-T-A-TT----------GGTAA-TCGA-ATTCAG-AA----CGGC-ATG-GTT-AC-------ATTCTT-----CCACTTGCCACCC--ACC-----CCACCC-CCT--A----C-ACC-CCCCCCCT------ACA--ATTTT-CA-CCT-GT---AGC-A-TTT-ATTT-GG--AGAGTTTTT-ATCA-----ATTT-AGATAA---------------------------------TTG-A---ACATCTT-ATAG-CC----AGT-GTT---AT---GATTT-G--T---AAT--TGTTATATT---------GA-AATTCCT---G-ACTT-ACC-AAA-GA--C---TGT-GT---GTT--AG-AT---GTT--A-CA-----ACA-TTT-A----TCTTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACA-TAATTT--A-TT--C--ATAATTAATCTAGCTTC-------------A-TA----TCATA--------TTTT-------CACGAAAG---GCTGGA-GTGGC-TTGGTA--------T-C--T-TT---TA-C-----AC-------CACA------A--TT--A----AAAAAAA--ATCAATG-AC--G---GTTTT-----A-AAAAA---TATGA-----T-ATG--TAA-TGTTG--AAA-ATGCTTTTTG--CAAAG-----AG-CA-T-TT-T-T-G-TTCA----TT--TGGAGGG-TT--------TCCTAA--TATT----T-----AA-AA-A-TTGG-C-AAA--TGCCAAACA--A-ACAATTATTT-C-AAA--------TA--TTAA-TA--CT-GGATA--T-TTG--AACA-TCTTGT-----TTAAAAA-TC---AAT-A---AAA--TCA-TTCACA--TTA-----TTTGTTTCAGC-AGG-CCTTTTATAT--AT-A-T-TACATAGAAATT-AAC-A--TTTT--AAGT
gi|9 : taT-AATAAA--CA--TTTT--TT--CTTT--AATAT----AT-A-ATTTTTTA--AAAGATTT-CACA--TGCAT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-ATCC-GTCC---A-T----GAA-TAGAAAT--CAG-GT-ATCTATTATGAT-A-TC----------G-TAAATACA-ATTGAG-AA-------C--TG-GCT-GC-------ATTATTT----CCACTTGCT---CCAACC-----AC--CC-ACC--G------ACC-CCCAA--T------GCA--ATTTTTCA-C-T-TA---AAC-A-TCT-ATTTGGG--AGAGTTTTT-ATCA-----ATTA-AGATATATA------------AAATGA-------TATGATTGGA---ACATGTC-ATAGTCC----AGT-GTTT--ATAT-GACTT-T------AAT--TGTTATATT---------GA-AATTCCT---G-ACTT-A-C-AAA-GA--T---TAT-TTA--GTT--AG-AT---GTA--A-C------AAATTTG-AT---TATTGTACC--A-CTGAAAAACA--ATCA-TTATTT--A-TT--C-AATAATTAATCTAGCTTC------------AC-TAG-T-TCATAT-------TTTT-------CACCAAAA---GGT-GA-GTGGT-TTGATA--------T-C--TCTTAC-TA-C-----A--------CAGA------A--TT--A----AAAAAAA--TTGAATG-AC-GG---GTTTTT-AT---CAAAA---TATGAA--T-T-ATG--TAC-TC-AG--AAA-ATGC-TTTTG--TAAAG-----AG-CA-TATT-T-T-G-TTCA---TTT--TGGTGGGTTT--------TCCTAA--TATT----T----CAA-AA-T-TTGG-C-AAA--TGTCAAAGA--A-AAAACT-TTT-CAAAA--------TA--TTAA-TA--CTGGGATA-TT-TTG--AACATTCTT
blockSeqs : G . GT . T . CATTAA TAAAAAA . A A . . G . . . GTC C . G . C A T T C C . . AGA T CGA . T . . ACCC ACCCC AC A TACCACC G TCTCCCA AT CTA A G A . . C . . . A T A A G TTG G T T . . . AT TTTTA . . . . . A C A . GTG . ATT . A T CA A . GAT . . A AC T C . C . A A T T A G C . G G C GTCT C T A AAAAAAAAA AT AA AAAC A C A . AGT TTAAT . . A G AA . T AA G T AA TCGGG C T A A C T . T AT A . AA . AAAAA . AA C . GG TA . TATAATAC T C AA G . C AA T . T AAT A ATA . . . GTTTTT G G C T . T A A . TC TA NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T T
blockSeqs : . . . . T . TATAA TAAAA . . A . . . . . . . . . . . . . . . . C . . A T CA . . . . CGA . AC . TTTAC A CCCCT . CTA . . . . . . . . . . T A A . . G . . . . . . GCT . . . . . . C . . TG . G . . G A . . AT . . . . . A . . . . . . . . T . . . . A TCTT . . . AC AT . GG T A . . . AAAAA . . . . . . . A . . . . . T . . . . . T . A . . . AAAA . A . . . TA . . T . . G . . . T . T . A G . . . A . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . T . TATA TAA . . A . . . . . . . . . . . . . . . . T . . A T CA . . . . ACC . . . TACC . CAAT . TTT . . . . . . . . . . T A T . . G . . . . . . TT . . . . . . . . . CC . G . . G A . . AT . . . . . A . . . . . . . . . . . . . A TCT . . . A AT . . T C . . . ATGA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . AA . A . . . T . . T . . G . . . T . T . . G . . . A . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . T . ATAA AAA . . C . . . . . . . . . . . . . . . . T . . A T CA . . . . CCA . . . TAC . CCTT . CCT . . . . . . . . . . A A G . . C . . . . . . TT . . . . . . . . . C . G . . G . . . AT . . . . . A . . . . . . . . . . . . . C TAT . . . A AT . . T C . . . ATGA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . AA . A . . . T . . T . . G . . . T . T . . . . . . T . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . T . TGT TAA . . C . . . . . . . . . . . . . . . . T . . A T CA . . . . C . . . TAC . CCCT . CTT . . . . . . . . . . G A A . . C . . . . . . GT . . . . . . . . . C . G . . T . . . AT . . . . . T . . . . . . . . . . . . . A TAC . . . A AT . . T C . . . ATGA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . C . . . AA . T . . . A . . T . . A . . . T . T . . . . . . T . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . ATA AA . . C . . . . . . . . . . . . . . . . C . . A T C . . . . C . . . CC . AAT . CTT . . . . . . . . . . G A A . . C . . . . . . TT . . . . . . . . . C . G . . G . . . TT . . . . . T . . . . . . . . . . . . . C TCT . . . A A . . T A . . . TAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . TT . T . . . A . . T . . G . . . T . T . . . . . . T . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . AA AA . . A . . . . . . . . . . . . . . . . C . . A T . . . . . C . . . TC . AT . GTT . . . . . . . . . . G A A . . G . . . . . . TT . . . . . . . . . C . G . . G . . . AT . . . . . A . . . . . . . . . . . . . T TC . . . A A . . T G . . . TAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . TC . A . . . A . . . . . G . . . T . T . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AA AA . . A . . . . . . . . . . . . . . . . T . . A G . . . . . C . . . CG . AT . CCT . . . . . . . . . . G A A . . G . . . . . . GT . . . . . . . . . C . A . . G . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . C TT . . . A A . . A C . . . TAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . C . A . . . A . . . . . . . . . T . A . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TG AA . . C . . . . . . . . . . . . . . . . T . . A . . . . . . C . . . . . T . CCT . . . . . . . . . . G . . . . C . . . . . . GT . . . . . . . . . C . . . . . . . . T . . . . . T . . . . . . . . . . . . . C TC . . . A A . . T C . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AT AA . . C . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . C . T . TT . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . T . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T TC . . . A A . . . G . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A AA . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . CT . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . TC . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ** ** AA***** ******* *** **** **** ** C********** A*** CA* ******* **** C***** TAC******* CT********* CTT** *** ** ***** ************ A****** **** ** *** TT****** ** ********* *** C***** ** G*** ** ***** AT**** ** ** ** ************ ******** ******* *** C* TCT********** A************* AT****** T** ATAA** *** ** T*** ******** ** **** A** ** A*** T* ***** ** ** N***** **
originalCons : TTGT-AATGAA--CA--TTTT--TTTCCTTT--AATAT----A--A-ATTTTT----AAAGATTT-CCCAA-TACNT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GT-ATTTAT-ATGGT-A-TC----------GGTAAATCGA-ATTCAG-AA-A--CTGC-ATG-GTT-GC-------ATTCTTT----CCACTTGCT---C--ACC-----CC--CC-CCT--A----C-ACC-CCC----T------ACA--ATTTTTCA-C-T-GT---AAC-A-TTT-ATTTTGG--AGAGTTTTT-ATCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TGA------ATATGATTG-A---ACATNTC-ATAG-CC----AGT-GTTT--AT---GACTT-T--T---AAT--TGTTATATT---------GA-AATTCCT---G-ACTT-A-C-AAA-GA--C---TGT-GTG--GTT--AG-AT---GTT--A-CA-----AAATTTT-AT---TCTTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACA-TAATTT--A-TT--C-AATAATTAATCTAGCTTC------------AA-TAG-T-TCATA--------TTTT-------CACGAAAA---GGT-GA-GTGGC-TTGGTA--------T-C--T-TTAC-TA-C-----A--------CACA------ATTTT--A----AAAAAAA--TTCAATG-AC-GG---GTTTTT-ATAA-AAAAA---TATGAA--T-T-ATG--TAC-TG-AG--AAA-ATGC-TTTTG--CAAAG-----AG-CA-T-TT-T-T-G-TTCA---TTT--TGGAGGGTTT--------TCCTAA--TATT----T---AAAA-AA-A-TTGG-C-AAA--TGCCAAACA-TA-AAAATTATTT-CAAAA--------TA-TTTAA-TA--CTGGGATA-TT-TTG--AACATTCTTGT-----TTAAAAATTC---AAT-A---AAA--TTA-TTCAAA--TTA-----TTT-TTTCAGC-AGG-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AAC-AT-TTTT--AAGTAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANT-TTGGCTTGTCTATCAATATCCCCCTTAA
finalCons : TTGT-AATGAA--CA--TTTT--TTTCCTTT--AATAT----A--A-ATTTTTAA-----GATTT-CCCAA-TACNT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GT-ATTTAT-ATGGT-A-TC----------GGTAAATCGA-ATTCAG-AAA---CTGCA-TG-GTT-GC-------ATTCTTT----CCACTTGCTC-----ACC-----CC--CC-CCTAC-------ACC-CCCCT---------ACA--ATTTTTCACTT--GT---AAC-A-TTT-ATTTTGG--AGAGTTTTT-ATCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TGAA------TATGATTG-A---ACATNTC-ATAG-CC----AGT-GTTT--AT---GACTTTT------AAT--TGTTATATT---------GA-AATTCCT---G-ACTT-A-C-AAA-GAC-----TGT-GTG--GTT--AG-ATG---TT--A-CA-----AAATTTTAT----TCTTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACA-TAATTT--A-TT--C-AATAATTAATCTAGCTTC------------AA-TAG-T-TCATA--------TTTT-------CACGAAAA---GGT-GA-GTGGC-TTGGTATCT----------T-TTAC-TA-CA-------------CACAAT------TTT--A----AAAAAAAT--TCAATG-AC-GG---GTTTTTATAA--AAAAA---TATGAA--T-T-ATG--TAC-TG-AG--AAA-ATGC-TTTTG--CAAAG-----AG-CA-T-TT-T-T-G-TTCAT---TT--TGGAGGGTTT--------TCCTAA--TATT----T---AAAA-AAA--TTGG-C-AAA--TGCCAAACAA---AAAATTATTT-CAAAA--------TAT-TTAA-TA--CTGGGATA-TT-TTG--AACATTCTTGT-----TTAAAAATTC---AAT-A---AAA--TTA-TTCAAA--TTAN-----TT-TTTCAGC-AGG-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AAC-AT-TTTT--AAGTAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANT-TTGGCTTGTCTATCAATATCCCCCTTAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22222222 11111 1111111 11111111111 111 1111111 111 11 11111 22222222222 22222222222 111111111111 1111111 111 111111111 111111 1111 11 222222222222 22222222 1111111 1111111 11111111111111 222222222 1111 111111 11111 11111111 11 11111 11111111 11111 111 111111 11 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 3 44 44 44 3 44 55555555 77777 3 3 1 0000000 555 3 7777 3 3 555 3 7777 3 44 3 3 3 3 3 44444444444 3 3 7777 3 555 3 3 0000000 7777 333 00 00000 99 4 33333333333 44 22222222222 44 44 3 3 3 3 44 3 77777 3 777777777777 3 1 0000000 2 3 555 1 3 3 7777 3 55 111 99999999 55 444444444 3 666 3 3 7 3 3 555555 3 777 55 3 1111 77 3 99999 777777 55 3 3 55 3 4 55 3 55 3 222222222222 3 3 3 00000000 5555555 555 3 3 44 0000000 3 3 3 3 99999999999999 111111111 44 1111 44 2 3 3 555 222222 666 55 4 4 55 4 4 99 4 4 55 00000 4 8 4 4 4 4 4 7777 55 3 44444444 11 8888 99999 4 666 4 4 99 0 8888 55 4 0 44444444 99 3 55 5 3 3 55 4 00000 2 666 6 222 44 3 44 999999 3 3 3 3 44 3 3 4 4 22 55 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 8 0
lowQualScore : . .. .. .. . .. ........ ..... . . . ....... ... . .... . . ... . .... . .. . . . . . ........... . . .... . ... . . ....... .... ... .. ..... .. . ........... .. ........... .. .. . . . . .. . ..... . ............ . . ....... . . ... . . . .... . .. ... ........ .. ......... . ... . . . . . ...... . ... .. . .... .. . ..... ...... .. . . .. . . .. . .. . ............ . . . ........ ....... ... . . .. ....... . . . . .............. ......... .. .... .. . . . ... ...... ... .. . . .. . . .. . . .. ..... . . . . . . . .... .. . ........ .. .... ..... . ... . . .. . .... .. . . ........ .. . .. . . . .. . ..... . ... . ... .. . .. ...... . . . . .. . . . . .. .. ................................................................................................................................ . . .
lowQualScore : 3 66 66 66 4 66 11111111 55555 3 3 0 0000000 888 3 1111 3 3 888 3 1111 3 66 3 3 3 3 3 77777777777 3 3 1111 2 111 3 3 8888888 1111 888 00 00000 55 0 11111111111 66 77777777777 66 22 1 1 1 1 22 1 77777 3 111111111111 3 8 8888888 5 3 888 0 3 3 1111 3 00 444 44444444 00 555555555 6 444 6 6 3 6 6 333333 6 000 00 6 5555 33 6 11111 777777 00 6 6 00 6 7 00 6 00 6 333333333333 6 6 6 55555555 5555555 888 3 3 33 8888888 3 3 3 3 66666666666666 444444444 66 7777 88 5 3 3 888 777777 444 55 0 0 55 0 0 55 0 0 55 00000 0 0 0 0 0 0 0 8888 55 5 55555555 00 5555 33333 0 888 0 0 55 5 5555 44 0 8 55555555 77 6 00 1 6 6 00 4 00000 3 444 7 555 66 3 66 666666 3 3 3 3 66 3 3 0 0 11 55 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 8
consensus : TTGT-AATGAA--CA--TTTT--TTTCCTTT--AATAT----A-A-ATTTTT-----AA-GATTTCCCAA-TACNT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GTATTTA-T-ATGGT-A-TC----------GGTAAATCGA-ATTCAG-AA-A--CTGC-ATG-GTT-GC-------ATTCTTT----CCACTTGCT---C--ACC-----CC--CC-C-----CT--A-CAC--CCCCC---T------ACA--ATTTTTCACTTGT--AA-C-A-TTT-ATTTTGG--AGAGTTTTT-ATCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TGA------ATATGATTG-A---ACATNTC-ATAG-CC----AGT-GTTT--AT---GACTT-T--T---AAT--TGTTATATT---------GA-AATTCCT---G-ACTT-A-C-AAA-GA--C---TGT-GTG--GTT--AG-AT---GTT--A-CA-----AAATTTT-AT---TCTTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACA-TAATTT--A-TT--C-AATAATTAATCTAGCTTC------------AA-TAG-T-TCATA--------TTTT-------CACGAAAA---GGT-GA-GTGG-CTTGG-------TA-TC-TTTTAC-TA-C-----A--------CACA---A----TTTT--A----AAAAAAA-TTCAATG-AC-GG---GTTTTT-ATAA-AAAAA---TATGAA--T-T-ATG--TAC-TG-AG--AAA-ATGC-TTTTG--CAAAG-----AG-CA-T-TT-T-T-G-TTCA---TTT--TGGAGGGTTT--------TCCTAA--TATT----T---AAAA-AA-A-TTGG-C-AAA--TGCCAAAC----A-AAAAATTATTT-CAAAA--------TA-TTTAA-TA--CTGGGATA-TT-TTG--AACATTCTTGT-----TTAAAAATTC---AAT-A---AAA--TTA-TTCAAA--TTA-----TTT-TTTCAGC-AGG-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AAC-AT-TTTT--AAGTAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANT-TTGGCTTGTCTATCAATATCCCCCTTAA
Reference ( family-100 ) : TTGT-AATGAA--CA--TTTT--TTTCCTTT--AATAT----A-A-ATTTTT-----AA-GATTTCCCAA-TACNT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GTATTTA-T-ATGGT-A-TC----------GGTAAATCGA-ATTCAG-AA-A--CTGC-ATG-GTT-GC-------ATTCTTT----CCACTTGCT---C--ACC-----CC--CC-C-----CT--A-CAC--CCCCC---T------ACA--ATTTTTCACTTGT--AA-C-A-TTT-ATTTTGG--AGAGTTTTT-ATCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TGA------ATATGATTG-A---ACATNTC-ATAG-CC----AGT-GTTT--AT---GACTT-T--T---AAT--TGTTATATT---------GA-AATTCCT---G-ACTT-A-C-AAA-GA--C---TGT-GTG--GTT--AG-AT---GTT--A-CA-----AAATTTT-AT---TCTTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACA-TAATTT--A-TT--C-AATAATTAATCTAGCTTC------------AA-TAG-T-TCATA--------TTTT-------CACGAAAA---GGT-GA-GTGG-CTTGG-------TA-TC-TTTTAC-TA-C-----A--------CACA---A----TTTT--A----AAAAAAA-TTCAATG-AC-GG---GTTTTT-ATAA-AAAAA---TATGAA--T-T-ATG--TAC-TG-AG--AAA-ATGC-TTTTG--CAAAG-----AG-CA-T-TT-T-T-G-TTCA---TTT--TGGAGGGTTT--------TCCTAA--TATT----T---AAAA-AA-A-TTGG-C-AAA--TGCCAAAC----A-AAAAATTATTT-CAAAA--------TA-TTTAA-TA--CTGGGATA-TT-TTG--AACATTCTTGT-----TTAAAAATTC---AAT-A---AAA--TTA-TTCAAA--TTA-----NTT-TTTCAGC-AGG-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AAC-AT-TTTT--AAGTAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANT-TTGGCTTGTCTATCAATATCCCCCTTAA
gi|1 : TTGT-AATTGATTCA--TTTTGTTTTCCTTTTAAATAT----A-A--TTTTT-----AG-ATTTTCCCAA-TACCTTTTTTTTGAACGCTTTTATT-CTTTATATATCACTTGCCC---A-TTTTCGA--TAGAAATTCCTG-TTATTTT-T-ATTGT-A-TTTTTTGTTTTTGGTAAATCGATATTCAGTAATA--CTGC-ATGTTTT-GCTATGTTTATTCTTTTTCCCCACTTGCT---
gi|1 : ttaaTTTTTCACTTTTTAAA-C-A-TTTTATTTTGAGTAGAGTTTTT-ATTATCTATATTTTATATTAATATATTTAATTTTTAA-TGATGTTGTATATCATT--------ATCTT-ATAG-TCTCTCAGTTGTTTTTATTTTGATTT-TATT---AATATTGTTTTATTATTTTTTTTGATAATTCCTTTTGTACTT-A-C-AAATGA--TCTTTGTTGTG--GTTTTAG-ATTGTATTTAA-CATTTAAAAATTTT-ATATTTCTTGTACCTTATCTG-AATACA--AACT-TAATTTTTA-TTTTC-A-TATTTAATTTATTTTCTATGTCTTTTCTAA-TAG-T--CATACGTATTTATTTTATATAAATACGAGAAATAGGT-GA-GTGGCCTTGGTTGTTCCTT-TT-TTTTAT-TA-CTATCAA--------TACATCTATTATTTTT--A----AAAAAAATTTCAATG-ACTGG---GTTTTT-ATTG-AAAAATTTTGTGAATTT-T-ATG--TACTTG-AG--AAA-ATGC-TTTTG--CAAAG-----AG-AT-T-TT-T-T-GTTTCATTTTTT--TGGTAGGTTTTTTTCTGATCTTAATTTATTTTTAT---AAAATAATA-TTGG-CTAAAT-TTTCTAACTATTA-TAATATTATTTCCAAGA--------TATTTTAA-TA--CTGGATTACTT-TTG--AACA-TCTTGTATTTATTAAAAATTC---AAT-A---AAAATTTATTTCGAAATTTAATT--TTT-TTTCAGC-AGG-CC-TTTACATTAATCA-T-tctacttccttttcctaccctttttttttttttttcttccctttttttattctattcaattttttttcactttttaaacattttattttgagtagagtttttattatctatattttatattaatatatttaatttttaatgatgttgtatatcattatcttatagtctctcagttgtttttattttgattttattaatattgttttattattttttttgataattccttttgtacttacaaatgatctttgttgtggttttagattgtatttaacatttaaaaattttatatttcttgtaccttatctgaatacaaacttaatttttattttcatatttaatttattttctatgtcttttctaatagtcatacgtatttattttatataaatacgagaaataggtgagtggccttggttgttccttttttttattactatcaatacatctattatttttaaaaaaaatttcaatgactgggtttttattgaaaaattttgtgaattttatgtacttgagaaaatgcttttgcaaagagattttttgtttcatttttttggtaggtttttttctgatcttaatttatttttataaaataatattggctaaattttctaactattataatattatttccaagatattttaatactggattacttttgaacatcttgtatttattaaaaattcaataaaaatttatttcgaaatttaattttttttcagcaggcctttacattaatcatatcactatgtataattttaatttattgtttaatgt
gi|10 : ttaattgtaattgattcattttgttttccttttaaatataatttttagattttcccaataccttttttttgaacgcttttattctttatatatcacttgcccattttcgatagaaattcctgttatttttattgtattttttgtttttggtaaatcgatattcagtaatactgcatgttttgctatgtttattctttttccccacttgcttctacttccttttcctaccctttttttttttttttcttccctttttttattctattcaatttAAA---GGT-GA-GTGG-CTTGG-------TA-TC-TTT-AC-TAAC-----AAAAAAAAACACA---------TTT--AGG--AAAAAAA-ATCAATG-AC-GGAGTGTTTTT-TTAATGAAAA---TATGAA--TATGATG--TAC-TG-AG--AAAGATGC-ACTTGAACATAGTCGGGAG-CA-T-TT-T-TTG-TT-A---TTTATTGGAGGGTT-----------CTAAAATGTT----T---AAAA-AA-AATTGA-C-AAA--TGTCAA-C----A-TAAAGTTATTT-CAAAA--------TA-TTTAA-TAAACTGG-ATA-TT-TTG--AAACTTCTGTT-----TTAAAAATTC---AAT-A---AAA--TTA-TTCAAA--TTAGTTTTTTT-TTTCAGC-AGGCCC-TTTATAT--ATCA-TATACATAGAAATT-AACAAG-TTTT--AAGTAatcactatgtataattttaatttattgtttaatgt
gi|11 : g-CAC--CGCCCA--T------AAA--ATTGTTCACTAGT--AA-C-A-TTT-ATTTTGG--AGAATTTTT-ATCA-----ATTA-AGATAAATA------------AA-TTG------ATATGATTG-A---AAATGTC-CTAG-CA----AGT-GTTT--AC---GACTT-T--T---GAT--TGTTATCTT---------GA-ATTTCCT---G-ACTT-A-C-AAA-GAGTG---TGT-GTG--GTT--AG-AA---TTT--A-AT-----AAATTTTGAT---TCGTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACA-ACATTT--A-TT--C-AATAATTAATTTAGCTTC------------AA-TAG-T-TAATA--------TTTT-------TACCAAAT---TGT-GA-GTGG-ATTGA-------TA-TC-TTTTAG-TA-A-----A--------TATA---A----TTTCAAA----AAAAAAA-TT-AATA-AC-GG---GTTTTT-ATGA-AAACA---T
gi|12 : cac-CAC--CGCCCA--T------AAA--ATTGTTCACTAGT--AA-C-A-TTT-ATTTTGG--AA--TTTTT-ATCA-----ATT--AGATAAATA------------AA-TTG------ATATGATTG-A---CAATGTC-CTAG-CC----AGT-GTTT--AC---GACTT-T--T---GAT--TGTTAT-CT---------GA-ATTTCCT---G-ACTTAA-C-AAA-GA--TG--TGT-GTG--GTT--AG-AT----TT--A--A-----TAATTTG-AT---TCGTGTACC--A-CTG-AAAACAACAACA-T--TTT--A--T--C-ACTAATTAATTTAGCTTC------------AATTAG-T-TAATAG-------TTTT-------TACCAAAT---TGT-GA-GTGG-ATTGA-------TA-T--TTTTAG-TA-A-----A--------TA-A---A----TTTC--AAAACAAAAAAA-TTAAATA-A--GG---GTTTTT-ATGA-AAAg
gi|13 : tcacTAA-TA--CTGGGGTA-TT-TTG--AACATTCTTG------TTAAAAATGC---AATAA---AAA--TTA-TTCAAA--TTA-----ACT-TTTCAGC-ACG-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACACAGAAATT-AAC-TT-TTAT--AAGTAt
gi|13 : T-TTGGCTTGTCTATCATTATCCCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttggcttgtctatcattatccccca
gi|14 : taatactggggtattttgaacattcttgttaaaaatgcaataaaaattattcaaattaacttttcagcacgcctttatatatcattacacagaaattaacttttataagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttGT-AATGAA--CA--TTTA--TTTCCTTT--AATATTAT-A-A-TTTTTT-----AA-GAATTCCCAA-TGCAT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-CACT-GTCC---C-G----AAA-TA-AAAT--CAG-GTTATTA-T-ATCGT-A-TC----------GGTAAATCAA-ATTCAG-AA-A--CTG------GTT-GC-------AT-ATTT----CCACTTGCTC--C--ACC-----CC--CC-C-----------CAC--CCCCCAA-T------AGA--ATTTTTCATTTGT--TA-C-A-TTT-ATTTTGG--AGACTTTTT-TTCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TTA------ATTTTATTG-A---ACATGTC-ATAG-CA----AGT-GTa
gi|15 : -A---AAA--ATA-TTCAAA--TTA-----ATT-TTT-AGC-AGT-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AGT-A--TTTT--AAGTA
gi|15 : T-TTGGCTTGTCTATCAATATCCCCCTTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctttggcttgtctatcaatatcccccttaataa
gi|16 : aaaaatattcaaattaatttttagcagtcctttatatatcattacatagaaattagtattttaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntc-------GAAC---TTT--T-TT----ATA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TGGTAAT--CTG-ATGTTTA-T-ATGGT-A-TC----------AGTAAATCAA-ATTCAG-AA-A--C-----TG-GTT-GC-------ATTCTTT----CCACTTGCT---C--CAC-----CC--AT-C-----CT--ACCACCACTCCC---TCTCCCAATAATATTTTCCACCTGT--AA-C-A-TTT-ATTTTAA--AGAGTTTTT-ATCA-----taa
gi|17 : TGT-AATGAA--CA--TTTT--TTTCTTTT--AATATAT--A-A-ATTTTT-----AA-GATTTCCCAA-TACAT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TAGAATT--CTG-GTATTTA-T-ATGGT-A-TT----------GGTAAATCAA-ATTCAG-AA-A--C-----TG-ATT-GC-------ATTCTTC----CCATTTGCT---C--
gi|18 : AAAAATTC---AAT-AATAAAA--TTA-TTCACA--ATA-----TTT-TTTCAGCGAGG-CC-TTTATA---ATCATT-TACATAGAAATcaac
gi|19 : T-AATGAA--CAGTTTTT--TTTTCTTT--AATATTAT-A-A-ATTTAT-----AA-GATTTCCCAA-TACAT-------GAAatttctttttaca
gi|2 : cTTGT-AATGAA--CA--TTGT--TT-CCTTT--AATAT----A-A-ATTTTC-----AA-GATTTCTCAA-TACCT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-CACT-GCCCGTCA-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GTATTTA-T---GGTTA-TT----------GGTAAATCGA-ATTCAG-AA-A--CTGC-ATG-GTT-GC-------ATTCTTT----CCACTTGTT---C--ACCACCCCCC--CC-C-----CTTTA-CAC--CCCCCCT-T------ACA--ATTTTTCACTTGT--AA-C-AATTT-ATTTTGG--AGAGTTTTT-ATCA------TTT-AGATAAATA------------AA-TAA---------TGATTG-ATTGACATCCCTATAG-CC----AGT-GTTT--AT---GATTTGC--T---AAT--TGTTATATT---------GA-AATTCCT---G-ACTT-A-C-ACA-AA--CC--TGT-GTG--GTT--AG-AT---GTTA-A-CG-----AAATTTT-A----TCTTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACATTAATTT--A-TT--C-AA-AATTAATCTAGCTTCA-----------AA-TAG-T-T-ATA--------TTTT-------CACG-AAA---GGT-GAGGTGG-CTTGG-------TAGTC-TTTTAC-TA-C-----A--------CACA---A----TTTA--A----AAAAAAA-TCCAATGAAC-GG---GTTT----TAA-GAAAA---TATGAA--T-T-ATG--TAC-TG-AGAAAAA-ATGC-TTTTG--CAAAG-----AG-CATT-TT-T-T-G-TTCA----TT--TGGAGGGTTT--------TCCTAA--TA-T----T---AAAA-AA-A-TTGG-C-AAA--TGCCAAAC----A-TAAAATTA-TT-CAAAA--------TA-TTTGA-TA--CTGGGATA-TTCTTGAAAACA-TCTTGT-----TTAAAAATTCAATAAT-A---AAA--TTA-TTCAAA--T--------TT-TTTCAGC-AGG-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACTTAG-AATT-AAC-AT-TTTT--A
gi|3 : aTTGT-AATGAA--CA--TTTT--TTTCCTTT--AATAT----A-A-ATTTGT-----AAAGATTTCCCAAATACCT-------GAGC---TTTATT-CT----AAA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GTAATTAAT-ATGGT-A-TT----------GGTAA-TCGA-ATTCAG-AA-A--CTGC-ATG-GTT-GC-------ATTCTTT----CCACTTGCT---C--ACC-----CC--CC-C-----CT--A-CAC--CCC-----T------ACA--ATTTTTCA-TTGT--AAAC-A-TTT-ATTTTGG--AGAGTTTT--ATCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TGA------ATGTGATTG-A---ACATCTT-ATAG-CC----AGT-GTTT--AT---GATTT-G--T---AAT--TGTTATAT----------GA-AATTCCT---G-ACTT-A-C-AAA-GA--C---TGT-GTG--GTT--AG-AT---GTT--A-CA-----AAATTTT-AT---TCTTGTACC--A-CTG-AAA-CA--AACA-TAATTC--A-TT--CAAATAATTAATCTAGCTT-------------AA-TAG-T-TCATA--------TTTT-------CACGAAAA---GGT-GA-GTGG-ATTGG-------TA-TC--TTTAC-TA-C-----A--------CACA---A----TTTT--A----AAAAAAA-TTCAATG-AC-GG---GTTTTTAAAAA-AAAAA---TATGAA--T-T-ATG--TAC-TG-AGA-AAA-ATGC-TTTTG--CAAAG-----AG-CA-T-TT-T-T-T-TTCA---TTT--TGGAGGGTTT--------TCCTAA--TATT----T---AAAA-AA-A-TTGG---AAA--TGCCAAAC----ATAAAAATTATTT-CAAAA--------TA-TTTAA-TA--CT-GGATA-TT-TTG--AACATTCTTGT-----TTAAAAATTC---AAT-A---AAA--TTA-TTCAAA--TTA-----TTT-TTTCAGC-A-G-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AAC-AT-TTTT--AAGTAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAT-TTAGC-TGTCTATTAATATCCCCCTTAAgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttttagcttgtccatataatatccccctaaatgacg
gi|4 : TGTGAATGAA--CA--TTTT--T--CCTTT--AATAT----T-G-ATTTTTT----AA-GATTTCCCAA-TACCA-------GAAC---TT-ATT-CT----ATA-CACT-GCCC---A-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GTATTTA-T-ATGGT-A-----------------AATCGA-ACTCAA-GA-A--CTGC-ATG-GTTTGC-------ATTCTTT----CCACTTGCT---C--ACC-----CC--CC-C-----CC----CAC--CCCC----T------ACA--ATTT-------GT--AA-C-A-TTT-ATTTTGG--AGAGTTTTTCATCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TGA------ATATGATTG-A---ACATCGC-ATAG-CC----AGT-GTTT--AT---GATTT-T--TTTAAAT--TGTTATATT---------GA-AATTCCC---G-ACTT-A-C-AAA-GA--C---AGT-GTG--GTT--AG-AT---GTT--AACA-----AAATGTT-AT---TCTTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACA-TAATTT--A-TT--C-AATAATTAATCTAGCTTC------------AA-TAGTT-TCATA--------TTTT-------CACGACAA---GGT-GA-GTGG-CTTGG-------TA-TCTTTTTAC-TA-C-----A--------CACA---A----TTTA--A----AAAAAAA-TTCAATG-AC-GG---G-TTTT-AT----GAAA---TATGAA--T-T-ATG--TAC-TG-AG--AAA-ATGC-TTTTG--TAAAT-----AG-CATT-TT-T-T-G-TTCA---TTT--TGGAGG--TT--------TCCTAA--TATT----TAA-AAAA-AA-A-ATGGCC-AAA--TGTCAAAC----A-TAAAATTATTT-CAAAATATAATACTA-TTTAA-TA--CTGGGATA-TT-TTG--AACATTC-----------AAAAATTC---ATTAA---AAA--GTA-TTCAAA--TTA------TT-TTTCAGC-AGG-CC-TTTATAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AAC-AT-TTTT--AAGTA
gi|4 : T-TTAGCTTGTTTATTAATATCCCCCTTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctttagcttgtttattaatatcccccttaaacat
gi|5 : tgtgaatgaacatttttcctttaatattgattttttaagatttcccaataccagaacttattctatacactgcccatgaatagaaatctggtatttatatggtaaatcgaactcaagaactgcatggtttgcattctttccacttgctcaccccccccccaccccctacaatttgtaacatttattttggagagtttttcatcaatttagataaataaatgaatatgattgaacatcgcatagccagtgtttatgatttttttaaattgttatattgaaattcccgacttacaaagacagtgtggttagatgttaacaaaatgttattcttgtaccactgaaaacaaacataatttattcaataattaatctagcttcaatagtttcatattttcacgacaaggtgagtggcttggtatctttttactacacacaatttaaaaaaaaattcaatgacgggttttatgaaatatgaattatgtactgagaaaatgcttttgtaaatagcattttttgttcattttggaggtttcctaatatttaaaaaaaaaatggccaaatgtcaaacataaaattatttcaaaatataatactatttaatactgggatattttgaacattcaaaaattcattaaaaagtattcaaattatttttcagcaggcctttatatatcattacatagaaattaacatttttaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntc-AATGAA--CA--TTTT--TC-CCTTT--AATATCATTA-A-ATCT-------AA-GATTTCCCAA-TACAT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-CACT-GTCC---A-T----AGA-TATAAAT--CGG-GCATATA-T-ATGGT-A-TC----------GGTAAATCAA-ATTCAG-AA-A--CTG------GTT-GC-------ATTCTTT----TCACTTGCT---CGAACC-----CC--C---------------AC--CCCAA---T------ACA--ATTTTTCACTTGT--GA-C-A-TTT-ATTTTGG--AAAGTTTTT-ATCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TGA------ATATGGTTG-A---ACATGTT-ATAG-CC----AGT-TTCT--AT---GACTT-T--T---AAT--TGTTATATT---------GA-AATTTCT---G-ACTT-A-C-AAA-GA--C-----T-GTG--GTT--AGAAT---TTA--A-CA-----AAATTTA-AT---TCTTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACA-TTATTT--G-TT--C-AA-AAATAATCTAGCTTC------------AA-TAG-T-GCATA--------TTTT-------CA--ATGG---GGT-GA------------------TA-TA-TTTTAC-TA-C-----A--------CACA---A-----TTT--A----AAAAAAA--TAAATG-AC-AG---GTTTTT-ATGA-AAAG-----ATGAA--T-T-ATG--TAC-TC-AG--AAA-ATGC-TCTTT--CAAAG-----AA-CA-T-GTAT-T-G-TTCA---TTT--TGGCGGGTTT--------TCCAAA--CATG----T---TTAA-GT-T-TTGG-C-AAAGGTGAAAGAC----A-AAAAACTATTT-CAAAA--------TA-TTTAA-TA--CCAGGATA-TT-TTA--AACATTCTTGT-----TTAAAAATTC---AGT-AG--AAA--TTA-TTCAAA--TTA-----ATT-TTTCATC-AGG-CC-TTTGTAT--ATCA-T-TACATAGAAATT-AAT-AT-TTTTTAAAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTTGGCTTGTCTGTCAATATCCCCacat
gi|6 : TCGT-AATCAG--CA--TTTT--CCTC-TTT--AATGT----T-GTATTTTTTAAAAAA-GATTTCCCAA-TACAT-------GAAC---TTTATTGTT----ATA-CACT-GTC----A-C----TAA-TAGAAAT--CTG-GTATATA-T-ATGGT-G-TC----------GGTAAATCAA-ATTCAG-AA-A--CTG------GTT-AC-------ATTCTTT----CCATTTACT---C----C-----AC--CA-C-----CT----CAC--CACCC---T------ACA--ATGTTTCAGTTGT--AA-C-A-ATT-ATTTTGG--AGAGTTTTT-ATCA-----ATTT-AGATAAATA------------AA-TGA------ATATGACTG-A---ACATGTA-ATAG-AC----AGT-GTTT--AT---GACTT-T--T---AAT--TGTTACGTT---------GA-AATTCCT---G-ACTA-A-CAAAA-GA--C---TGT-GTATTGTT--AG-AT----TTCAA-CA-----AAATTTG-TT---TCTTGTAAC--A-CTG-AAAACA--AACA-CTACTT--A-TT--C-AATAATTAATCTAGCTTC------------AA-TAG-T-TCATA--------TTTT-------TACGAAAA---GGA-AG-ATGT-TTTGA-------TA-TA-CTTTAC-AA-C-----A--------TACA---A------TT--A----AAAAAA---TGAATG-AC-GG---GTTTTT--TAT-GAAAA---TACAAA--T-T-ATG--TAC-TT-AG--AAA-ATGT-TGTTG--CAAAG-----AG-CA-T-TT-TCC-C-TTCA---TTT--TGG-CGGTTT--------TCCTAA--GATT----T---TCAA-AA-T-GTCG-C-AAA--TGTTAAAG----A-AAAAGTAATTT-CATGA--------TA-TTAAA-TA--CTGGGATA-TT-GTA--AGCATTCTTGT-----TTAAAAAAGC---AGT-AG--AAA--TTA-TTAATA--TTA-----ATT-GTTCAGC-TGG-CT-GTTATAT--ATTA-T-TACATAGAAATT-AAC-ATCTTTT--AAt
gi|7 : TTGT-AATGAA--CA--TTTT--TT-CCTTA--ACTAT----A----TTTTT-----AA-GATTTCCCAA-TACCT-------GAAC---TTTAT--CT----ATA-CACT-GCCC---GCT----GAAGTAGAAAT--CTGCGTATTTA-T-ATG-T-ACTT----------GGTAAATCGA--TTCAG-AA-AGACTGCGATG-GTT-AC---------TCTTC----CCA-TTGCTAC-C--ACC-----CCA-CC-CACCTACC--A-CCC--CCCCC---T------ACA---TTCTTCACCTGT--AG-CGA-TTT-ATT--GG--AGAGTTTTT-AGCA-----AATT-AGA-----------------------A------AC----TTG-A---AAATCTT-AT-G-CC----AGT-GTTT--AT---GATTT-G--T---AAT--TGTTATATG---------AA-AATTCCT---G-ACTT-ACC-AAA-GA--C---TGT-GT---GTT--AG-AT---GTTA-A-CA-----ACATTTT--T---TCTT-TACC--A-CTG-AAAACA--AACA-TAATCT--ACTT--C-AATAATTAATCTAGCTTC------------AA-TAG-CATCATA--------TTTTC------CACGAAGG---CGT-GA-GTGG-CTTGG-------TA-TC-TTTTACTTA-C--------------CACA---A-----TTT--A----AAAAAAA-TTCAATG-G--GA---GCTGGT--TAA-AAAAT---CATGAA--T-T-ATGAATGC-TG-AA--GAA---GC-TTTTG--CAAAG-----AGCCA-T-TT-T-T-G-TTCA---TTT--TTGAGGGTTT--------TCCT-A--TATT----TAAAAAAA-AA-A-TTGG-C-AAA--TGCCAAAC----A-AAATCTTATTT-C-AAA--------TA---TAACTA--CT-GGATA-TT-TTG--AA-ATTCTTGT-----TTAAAAA-TC---AAT-A---AAC--TCA-TTCACA---TA-----TTT-GTTCAGC-ACG-CC-TTTATAT-----A-T-TACATAATAATTAAAC-A--TTTT--AAGTAa
gi|8 : TGT-AATGAA--CA--TTTT--TT-CCTTT--AA-AT----A-T-ATTTTT-----AA-GATTTCCCAA-TACCT-------GAAC---TT-ATC-TT----ATA-CACT-GCGC---A-T----GAA-TAGAAAT--CTG-GTATT-A-T-ATG-T-A-TT----------GGTAA-TCGA-ATTCAG-AA----CGGC-ATG-GTT-AC-------ATTCTT-----CCACTTGCCACCC--ACC-----CCACCC-C-----CT--A-CAC--CCCCCCCCT------ACA--ATTTT-CACCTGT--AG-C-A-TTT-ATTT-GG--AGAGTTTTT-ATCA-----ATTT-AGATAA---------------------------------TTG-A---ACATCTT-ATAG-CC----AGT-GTT---AT---GATTT-G--T---AAT--TGTTATATT---------GA-AATTCCT---G-ACTT-ACC-AAA-GA--C---TGT-GT---GTT--AG-AT---GTT--A-CA-----ACA-TTT-A----TCTTGTACC--A-CTG-AAAACA--AACA-TAATTT--A-TT--C--ATAATTAATCTAGCTTC-------------A-TA----TCATA--------TTTT-------CACGAAAG---GCTGGA-GTGG-CTTGG-------TA-TC-TTTTAC--A-C--------------CACA---A------TT--A----AAAAAAA-ATCAATG-AC--G---GTTTT-----A-AAAAA---TATGA-----T-ATG--TAA-TGTTG--AAA-ATGCTTTTTG--CAAAG-----AG-CA-T-TT-T-T-G-TTCA----TT--TGGAGGG-TT--------TCCTAA--TATT----T-----AA-AA-A-TTGG-C-AAA--TGCCAAAC----A-AACAATTATTT-C-AAA--------TA--TTAA-TA--CT-GGATA--T-TTG--AACA-TCTTGT-----TTAAAAA-TC---AAT-A---AAA--TCA-TTCACA--TTA-----TTTGTTTCAGC-AGG-CCTTTTATAT--AT-A-T-TACATAGAAATT-AAC-A--TTTT--AAGT
gi|9 : taT-AATAAA--CA--TTTT--TT--CTTT--AATAT----ATA-ATTTTTTAA--AA-GATTTCACA--TGCAT-------GAAC---TTTATT-CT----ATA-ATCC-GTCC---A-T----GAA-TAGAAAT--CAG-GTATCTA-TTATGAT-A-TC----------G-TAAATACA-ATTGAG-AA-------C--TG-GCT-GC-------ATTATTT----CCACTTGCT---CCAACC-----AC--CCAC-----CG--A-C-C--CCCAA---T------GCA--ATTTTTCACTTA---AA-C-A-TCT-ATTTGGG--AGAGTTTTT-ATCA-----ATTA-AGATATATA------------AAATGA-------TATGATTGGA---ACATGTC-ATAGTCC----AGT-GTTT--ATAT-GACTT-T------AAT--TGTTATATT---------GA-AATTCCT---G-ACTT-A-C-AAA-GA--T---TAT-TTA--GTT--AG-AT---GTA--A-C------AAATTTG-AT---TATTGTACC--A-CTGAAAAACA--ATCA-TTATTT--A-TT--C-AATAATTAATCTAGCTTC------------AC-TAG-T-TCATAT-------TTTT-------CACCAAAA---GGT-GA-GTGG-TTTGA-------TA-TC-TCTTAC-TA-C-----A--------CAGA---A------TT--A----AAAAAAA-TTGAATG-AC-GG---GTTTTT-AT---CAAAA---TATGAA--T-T-ATG--TAC-TC-AG--AAA-ATGC-TTTTG--TAAAG-----AG-CA-TATT-T-T-G-TTCA---TTT--TGGTGGGTTT--------TCCTAA--TATT----T----CAA-AA-T-TTGG-C-AAA--TGTCAAAG----A-AAAAACT-TTT-CAAAA--------TA--TTAA-TA--CTGGGATA-TT-TTG--AACATTCTT