lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333                                                                                                                                                        444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444                                                                                   11111111111111                          
lowQualScore                  :                                                                                                                                 88888888888888888888888888888888888888888888888888888                                                 2222222                             11                                  111     7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777             444  1   1   1        2        5555555555      2222         333       1                 8888888888888888888              2    222          222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222       22222    1  2222222222       666666666666666666   1       222               22222222222222             777777777    
lowQualScore                  :                           2 2 22   1 0 1     33333  2  1  6666 444 1 22 0 1      1 22  999999999    444444 1 11 44 666666  3333 22222222222222222222222222222222222222222222222222222  22  555 8888   44  1   333 55 22 1 1 333 4444  2222222  0   9999999  55    3  3    33   99  4 66       4   99999   77  222     2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222             111  5 4 5   5 6      0        6666666666      2222     6   555       5            555  2222222222222222222              4    222       2  222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222    1  55555    0  8888888888       111111111111111111   3  3 6  999            6  55555555555555   6         111111111    
lowQualScore                  :                           . . ..   . . .     .....  .  .  .... ... . .. . .      . ..  .........    ...... . .. .. ......  .... .....................................................  ..  ... ....   ..  .   ... .. .. . . ... ....  .......  .   .......  ..    .  .    ..   ..  . ..       .   .....   ..  ...     ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................             ...  . . .   . .      .        ..........      ....     .   ...       .            ...  ...................              .    ...       .  ................................................................................................................................................................................................................................................................................................    .  .....    .  ..........       ..................   .  . .  ...            .  ..............   .         .........    
lowQualScore                  :                           1 0 66   9 5 8     77777  9  5  9999 111 5 33 4 5      5 11  111111111    000000 5 99 22 000000  3333 55555555555555555555555555555555555555555555555555555  33  888 5555   11  7   000 99 55 8 8 777 5555  6666666  2   5555555  55    6  6    99   22  4 11       4   66666   99  333     2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222             000  5 0 0   5 0      0        0000000000      0000     0   000       0            555  5555555555555555555              7    000       5  111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111    2  00000    0  6666666666       333333333333333333   3  7 7  000            0  00000000000000   0         000000000    
consensus                     :                       TTTA-G-C--TCA-CCT-GAGCC-GA--AGGCT-CA-A-GT---G-AGCTTT-TCTGAT-C--AA--A--A---TTTGT-----C-CG-T--T------GT----C--T-------GT---CG-------C-----G-----GT-----------G-T-GT--TG---T----AAA--CT-TTT---C--A--C-A-T---T----TT-CA--TTTTCTTCTC-----CAG-AACC-AC-TGGG-NCAA-ATT-C--AACCAAA-CTT--GGTACA--AATC-ATCCT--T--GG--TAT---AAGGGAATT-CAAGTTATG-----G---TTCA--AATGA-GG-NCCG--GGCC---TC------GA--TGG--AGATAATC-AC-----G-AAA-TGC-AAA-ATA-GG-GTGG-GTCATT-ANCAAATCTCCCTCNNAGGAACCACTGGGCCAGNAAAAANCTGAAATNCATAATGANANCCTCTNTGGTATAGTGGGGATTCCAAGTTTTAGTTCAANTCAAATGAAGGCACTGGGCCCCGGGGGTACGATGGGGCCANAATAGGTGGAGATCAAAGTTNCNCGAAAATGCGATTANATANGGGTGGNGTCATTTAAAAAAATCTTCCTCTCAANAACCACCTGGGCCCAGAAAAANCGGAGATTTATAGTATGGAAGCTTCCTGATATAGNGGAGATTCAGGTTTTGTTCAAATCATGAACCCCCGGGGGCTACCGATGGGGCCAACACAATAGGGGATCAAAGTTNCNCATANNANTGATTATACAAATGGGAAAATCTTTAAAAATTCTCCTCTCAANAACCACCTGGGCCAGAAAAAGCTGAAGATTTA-GTATGTGGAAGCTTCCTGTATGTGGAGGA-GATCCAGGTTTNNTTCAAATCATGANCCCCCGGGGG-GGGGGTACGATGGGGCCACAATAGGG--ATCAAAGTTACCCATATGATTATA-------TNTGGNA--AAACCTTTCACAN---AAAAT-TTNT--CC-CCAGAAC-AACT-GNG---GCAANCCCGAACCAAACTT--AGTAC-GAATCA-TCCT-GTGGTG-AAG----GGNT-----------TAT-TCAAATG-----AAGG-ACC-GTGCC---CCATCAA------GGGGATA-----ATC-ACGAAATT-CCAAAATAATGTGGCATTAACGCAA-TATACTTAACTATTTAA--ATA-AACTTCA
Reference ( gi|1 )            :                       TTTA-G-C--TCA-CCT-GAGCC-GA--AGGCT-CA-A-GT---G-AGCTTT-TCTGAT-C--AA--A--A---TTTGT-----C-CG-T--T------GT----C--T-------GT---TGG------C-----G-----GT-----------GGT-GT--TG---T----AAA--CT-TTT---C--A--C-A-T---T----TT-CA--TTTTCTTCTC-----CAA-AACC-AC-TGGG-GCAA-ATT-C--AACCAAA-CTT--GGCACA--AATC-ATCCT--T--GG--TA----AAGGGAAGT-TAAGTTATG-----G---TTCA-CAATGAAGG-ACCA--GGCC---TC------AACGTGG--AGATAATC-AC-----G-AAA-TGC-AAA-ATA-GG-ATGGGATCATTAAT-AAATCTTCGCCGCAGATACCACTGGGTTAG--AAAAGCTGAAATATA-AAT--AAGCTTCTCTGATATAGTAGAGATTC-GAG-TTT-GTTC-AATCAAATGA----------TCCC-----T--------GTCACATTAGG--GA-ATCAAAGTTTTAC----ATGTGA--ATATATAGG-GAAATC-TTT--AAAA-TCTT-TTCTGAAGAACGA-CTGGG-C-AGAAAA----------T-TA--ATGAAAGCTTCCTGACATAGTGTAGATTTAAGTTT-GTTCAAAT-ATG-ACTTTCGGGGG-TA-TGATGAGGC---CACAATAGGGGATCAAAGTTTTACATGTTAGT-AGTAT----A-GGGAAAATCTTTAATAATTGTATTCTCAAGAATTG-TTGA--CAGAAGAAAC--AATATTTACCTA-A--AAAG--TCCTG-ATATAGAGTATGATCTAAATTTTA-TCAATTCATTATCCCTTTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCA-AGTAGGGTAGTCGAAGATTTGCATAAAA--ATAAGCCCCCTTTGGTATCAAATTTTTGCCAT---AAAATGTTCT--TC-CAAGAAC-AACTAGGG---GCAATTTTAAA--GGACTT--GGTAC-AAATCA-TCCT--TGGTG-AAG----GGAT-----------TGT-TCAAATG-----AAGG-ACC-ATGCC---CCATCAAA-----GGGGATA-----ATC-ACGACATTGGCAAAATAATGTGACAC--AGTCAGTTTTTCTTGACTATTTAATGATACAGTTTCAT
gi|20                         :                       TCTA-G-T--TCA-CAT-GAGCC-AA--AGACT-GA-A-AT---G-AGATCT-TCTGAT-C--AA--A--A---TATTT-----C-TG-T--T------GTGGGAC----------GT---TGG------C-----------AT-------------T-GT--CA---T----AAA--CA-TTT---C--A--C-A-T---T----
gi|28                         :                       TTTA-G-C--TCA-CCT-GAGC----------T-CA-G-GC---G-AGCTTT-TCTGAT-T--AA--A--A---TTTGT-----C-CA-T--T------TT----C--T-------GT---CG
gi|10                         :                       TTTA-G-C--TCA-CCT-GAGCC-AA--AATCT-TA-A-ATTTTG-AGCTTT-TTTTTT-T--CA--A--A---TTTGT-----C-CA-T--T------GT----T--T-------GTCAGTGT------CGTCTGG-----GTGCTGCAGAGTGGGC-GT--CG---T----AAA--TT-TTT---C--A--C-A-A---T----TT-TA--Tttgt
gi|17                         :                       TTTA-C-C--TCA-CAT-GAGCC-AA--------------T---G-A------TCTGAT-T--AA--A--A---TTTGG-----C-TG-T--C------GT----C------------------------------------GT-------------T-GT--CT---T----AAA--TC-TTT---C--A--C-A-T---T----TT-C-----TTCTCCTC-----CAG-AACC-AC-TG
gi|8                          :                 tagcttTTTA---C--TC--CCT--AGCC-GA--AGGCT-CAGA-GT---G-AGCTTT-C--GAT-C--AA--A--AAAGTTTGT-----C-CGCT--T------G-----C--T-------GT---CGG------C-----C-----GT-----------CGTCGT--CG---T----
gi|11                         : cttgttacttactttggcctttTTTA-G-C--TCA-CCT-GAACC-AA--AATAG-CA-A-GT---A--------TCTGATGC-------------CTTGT-----T-CG-T--C------GT----A--T-------G--------------------------------------AGT--C--TG---T----CAA--CT-TTT---C--A--C-A-T---T----TC-GA---CTTCTTCTC-----CAAGAACC-GTATGGA-CCCA-AT-----AACAAAA-CTcgtttgtcgttgttcgtacacttttcaacatttcacac
gi|22                         :                       TTTA-G-C--TCA-CCT-GAGCC-AT--AGTCT-CA-A-TT---G-AGC-------------------------TTTGT-----T-CG-T--T------GT----C--T-------GT---TGT------C----------------------------AT--TA---T----AAA--------------A--C-A-T---T----T------TTTGCTTCa
gi|29                         :                     tcTTTA-G-C--T-A-C-T-GA--C-AATTAAGCT-CA-A-GTT--G-AGCTTT-TCTGAT-T--AA--A-------TTCT-----C-CG-T--T------GT----C--
gi|30                         :                     ttTTTA-G-CCATCA-CCTTGAGCC-GA--AGGCT-C--A-GT---G-AGCTAG-TCTGGT-
gi|27                         :                     ttTTTG-G-C--TCA-CCT-GAGTT-GA--ACATT-CG-T-GT---T-GACATT-TCTGAT-C--AA--G--A---TTTCT-----T-TG-G--T------TT----C--T-------GT---
gi|16                         :                      tTTTA-G-T--TC----T-CGGCCTGA--AGGCT-CA-A--T---GAAGCTCT-TCTAAC-C--AA--A--A---ATTGT-----CTCT-T--C------GG----C--T--------T---CGT------C-----G-----GT------------CT-GT--TGACAT----AAAACTT-TTT---C--A--A-A-T---T----
gi|4                          :                     ttTTTATG-C--TCAATTT-GAAGT-AC--AGGCT-TT-A-GT---G-CATTTT-CCTTAT-C--AA---------TTTTT-----C-------T------GC----A--T-------GT---CCA------C-----A-----AT-----------C------------------AA--CT-TT----C--A--C-A-T---T----TTTCA--ACTTTTTCTC-----AAG-AACA-AT-ATGG-CCAA-ATT-C--TACCACATCTC--TGAAAA--GAT--ATCCT--T---G--TATT--ATGGGTA---TATATTAAA-----G---TT----------GG-TCCAATGGTC---TC------A---TGGAAAGATAACT-AG-----G-AAA-T
gi|2                          :                      ttTTA-G-C--TC----T-G-GCC-GA--AG-CT-CA-AAGT---G-AAATTTGTCCG------------------TTGT-----C-TG-T--C------GT----CGTT-------GT---TGT------C-----GTCGGCGT-----------GTT-GT--TG---TTGGTAAA--CT-TTT---C--A--C-A-T---T----TTAAA--CTTTATTCTC-----CAG-AACCAAC-TGCG-GCAA---T-C--AACCAAA-CTT--GGTACA--AATC-ATCCTTGT--GG--TA----TAGGGGATTCCAAGTT-TA-----GTA-TTCA--AATGAAGGCACTG--GGCC---CCTTCAAAAAGGTGG--AGATCATCTAC-----GAAAA-TGCAAAA-ATAGGG-GTGGTGTCATTTAA-AAATCTTCTTCTCAAGAACCACTGGGCCAGA-AAAAGCTGAAATTTATAATGAAAGCTTC-CT-ATAT-GTGGAGATTC-AAGTTTT-GTTCAAATC--ATAA----------CCCCGGGGGTACGATGGGGCCACAATAGG--G--ATCAAAGTTACCC----ATATGATTATATATGGA-AAAATC-TTTAAAAAA-TCTT-CTCTCAATAACCACCTGGGCC-AGAAAAACTGAAGAT-T-TAGTATGGAAGCTTCCTG--ATAGAGGAGA-TCAGGTTT-GTTCAAATCATGAACCCCCGGGGGCTACTGATGGGGCCAACACAATAGGGGATCAAAGTTTTACA--ATAGTGATTATACAAA-GGGAAAATCTTTAA-AATTagtacaagcaaa
gi|15                         :                        TTA-G-C--TCA-TCT-GAACT-GA--AGGCT-CA-C-AT---G-A---TT-TCTGAT-C--AA--A--A---TTTGG-----T-CG-T--T------GT----T--TTGTCGTCGT---CGACATCGTC-----G-----TT-----------GTT-GT--CG---T----CAG--CT-TTT---C--A--C-A-T---C----TT-ttttaggtccctgagta
gi|12                         :                        TTA-GGC--TCA-CCT-GAGCC-GA--CGGCT-CA-A--T---G-AG--TA-TC-GTT-C--AAAGA--A---TTTGT-------CG-T--T------GT----C--T-------GT---GAT------CT----C-----GT-----------TGT-GT--CG---T----GAGT-CTGTTTGTAC--A--C-A-C---T----TT-
gi|19                         :               gttttgtttgTG-G-C--TCA-CCT-GAGTC-AT--AGACT-CA-A-GA---C-AGTTAT-TCTGAT-C--AA--T--A---TTTAA-----C-CA-TCAT------GC----C--C---------------------------------------------------T--TG---T----AAA--CT-TCT---CA-A--C-A-T---T----TT-
gi|18                         :                    tttaaTG-G-C--TCA-CCT-GAGTC-AT--AGACT-CA-A-GA---C-AGTTAT-TCTGAT-C--AA--T--A---TTTAA-----C-CA-TCAT------GC----C--C---------------------------------------------------T--TG---T----AAA--CT-TCT---CA-A--C-A-T---T----TT-aagctt
gi|22                         :                    ttttaaA-G-C--TCA-ATT-GAGAC-TA--TGGCT-CA-G-GT---G-AGCTaagct
gi|9                          :                      tcttt-G-C--TCA-CCC-TAGCC-AT--AGACT-TA-A--T---G-AAATTT-TCTTGT-C--AA--A--AA--TTTCT-----C-TT-T--C------AT----C--T-------GT---C-----------------------------------T-GT--TAGAAT----GAA--CT-TTT---C--A----A-T--------------------GTCTC-----TAG-GACC-AA-TGGG-TCACTATT-C---CCCAAT-CTT--GCCTCA--AGTC-ATttgttcgttgtctgttgtcattataaaacattttttgcttc
gi|12                         :                             -C--TCA-T-T-GAGCC-GT--CGGCT-CA-G-GT---G-AGCCTttt
gi|21                         :                   gttttgtttgtt--TCA-CCA-GAGCC-AA--AGACT-CG-G-GC---G-AGTTGT-TCTGAT-C--AA--A--A---TTTGT-----C-AA-T--T------GT----T--T----------------------------------T-----------GTC-GT--TG---T----AAT--CT-TTT---C--A--CAA-T---T----TT-tatcgttcaaagaatttgtcgttgtctgtgatctcgttgtgtcgtgagtctgtttgtacacacttt
gi|13                         :                                    atCC-GAGCT-GA--AAACCGCA-T-AT---G-AGCTAT-T--GCA-C--AC--ACCA---TCTGA-----C-CG-T--TT-----GT----C--T-------GT------------------------------------------C--TG---T----AAA--CT-GTT---C--A--C-A-T---T----TT-CA--CTTTTTTC-C-----CAG-AACC-AC-
gi|26                         :                                         tttttatatagGACT-CA-C-CT---A-ATCTTT-TCTGAT-C--AA--T--A---TTTAG-----C-CA-T--T------GT----C--T-------GT---T--------------G-----GT-----------GGT-GT--TT---TC---AAG--TT-TTT---C--C--C-A-
gi|25                         :                                                    GACT-CA-C-CT---A-ATCTTT-TCTGAT-C--AA--T--A---TTTAG-----C-CA-T--T------GT----C--T-------GT---T--------------G-----GT-----------GGT-GT--TT---TC---AAG--TT-TTT---C--C--C-A-
gi|24                         :                                                    GACT-CA-C-CT---A-ATCTTT-TCTGAT-C--AA--T--A---TTTAG-----C-CA-T--T------GT----C--T-------GT---T--------------G-----GT-----------GGT-GT--TT---TC---AAG--TT-TTT---C--C--C-A-
gi|23                         :                                                     GCT-CA-C-CT---G-ATCTTT-TCTGAT-C--AA--T--A---TTTAG-----C-CA-T--T------GT----C--T-------GT---T--------------G-----GT-----------GGT-GT--TT---C----AAG--TT-TTT---C--
gi|7                          :                                               ttttttaCT-CA-A-GT---G-AG-TGT-TCTGAT-C--A--------------C-----C-CG-T--TAACAGCGT----C--C-------GTC--TGA------C-----T-----GT-----------C-T-GTAATA---T----AAA--CG-GTA---T--A--C-A-A---T----TT-CT--ATTTCTTC--------AG-AATC--T-TAGA-GCTA-ATTTC--AACCAAA-CTT--GCCATA--ACGT-ATGCT--T------TA----AAcc
gi|3                          :                                                                        TTT-CTTGAT-TTAGA--A--A---TGTGTTCAGCC-CT-T--T------GT----C--T-------GT---T--------C-----G-----TC-----------GTT-GT--TG---T----AAA--CT-TTT---CATA--C-A-T---TGTAGTT-TA--TATTTTTCTTTCTAACAG-AGCA-AC-AATG-TCAA-ATT-TCAAATCAAT-CTT--GGTATAATAATCTATCCT--TG-GG--TAC---AAGAGA-----AAATTCTGTATCTG---TTC---------GT-CCC-----CC---TT------GA-ATGG--CGAGAATC-ACATCAAG-AAA---C-AAACATA-G---TTGGGTCATT--TCAAATCTCTCTCAAAGA-ATCAC----CTAGCAAAAATTTGAAATcagcaa
gi|14                         :                                                                          T-TCTGAT-A--GA--A--A---TTCGT-----C-CT-T--T------GT----C----------GT---CGT------C-----G-----------------------T--TG---T----GAA--CT-TTT---C--ATAC-A-TGTAT----TTATA--TTTTCTTCTA-----CAG-AGCA-AC-AATG-TCAA-TTT-C--AATCAAT-CTT--GGTActttacactaaaatgctttctgac
gi|6                          :                                                                                                                                                                                        --TG---T----AA----C-TTC---C--A--C-AAT---T----TT-GAACTTTTCTCC-C-----CGA-ACCA-AC-TGGGCGCAG-ATT-C--AAACAAA-CTTTAAATACT--AATCAATCCT--TACGGTTTATCTCAATGGAAG---GACCTATG-----GCTTTCCATCAAT-AGGG-AC-----ACC---TC--------C-----------ATT-AC-----T-AAA-TGC-AAA-ATT-GGCATG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                      gtcA--TGTTGTTCTC-----CCA-GAAC-AC-TCGC--CAA---T-C--AACCAAA-CTT---GTGCA--AA-C-ATCC---T--GG--TG----AAGGG-ATT-CAAG---TG-----G----TCA-TAAAGA------CA--GTCCCTATC------AA----G--A-ATAATC-AC-----A-ACATTCC-AAA-ATA-AT-GTGG---CATTAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aaaTACA-AAT--CATCCT-TGTGGTATAG--GGGATTCCAAG-TTTAGT---ATTCAAATGAAGGCACTGGGCCCC-----T---------TCAAAA-AGGTGGAGATCA----TCTACGAAAATGCAA--AAATAGGGGTGGTGTCATTT--AAAAATCTTCTTCTCAAGAACCA-CTGGG-CCAGAAAAAGCTGAAATTTATA--ATGAAAGCTTCCT-ATAT-GTGGAGATTCAAGTTTTGTTCAAATCATA-AC-CCCGGGGG-TA-CGATGGGGC---CACAATA-GGGATCAAAGTTACCCATATGATT-A-TAT----ATGGAAAAATCTTTAAAAAATCTTCTCTCAATAACCACCTGGGCCAGAA-AAACTGAAGATTTA-GTATG--GAAGCTTCCTG---ATAGAGGA-GATC-AGGTTTGT-TCAAATCATGAACCCCCGGGGGcgcaatatacttaactatttaaataaacttca
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttagctctggccgaagctcaaagtgaaatttgtccgttgtctgtcgtcgttgttgtcgtcggcgtgttgttgttggtaaacttttcacattttaaactttattctccagaaccaactgcggcaatcaaccaaacttggTTTAAAAATCTTCTTCTCAAGAACCA-CTGGGCCAGAAAAAGCTGAA-ATTTA--TA-ATGAAAGCTTCCTATATGTGGA----GATTCAAGTTTTGTTCAAATCATAACCCC--------GGGGGTACGATGGGGCCACAATAGGG--ATCAAAGTTACCCATATGATTATA-------TATGGAA--AAATCTTT---AA---AAAATCTTCT--CT-CAATAAC-CACCTGGGCCAGAAAAACTGAA---GATTT--AGTATGGAAGCT-TCCTGATAGAG-GAGATCAGGTT-----------TGT-TCAAATC-----ATGA-ACC-ctactgatggggccaacacaataggggatcaaagttttacaatagtgattatacaaagggaaaatctttaaaattttttaggtccctgagta
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ttagctctggccgaagctcaaagtgaaatttgtccgttgtctgtcgtcgttgttgtcgtcggcgtgttgttgttggtaaacttttcacattttaaactttattctccagaaccaactgcggcaatcaaccaaacttggtacaaatcatccttgtggtataggggattccaagtttagtattcaaatgaaggcactgggccccttcaaaaaggtggagatcatctacgaaaatgcaaaaataggggtggtgtcaTTGGTA---AACTTTTCACATTTTAAACT-TTAT--TCTCCAGAACCAACT-GCG---GCAATC---AACCAAACTT--GGTAC-AAATCA-TCCTTGTGGTATAGG----GGATTCCAAGTTTAGTAT-TCAAATG-----AAGGCACT-GGGCC---CCTTCAAAAAGGTGGAGATC-----ATCTACGAAAATGCAAAAATAcccgggggctactgatggggccaacacaataggggatcaaagttttacaatagtgattatacaaagggaaaatctttaaaattttttaggtccctgagta
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ttagctctggccgaagctcaaagtgaaatttgtccgttgtctgtcgtcgttgttgtcgtcggcgtgttgttg---AAAATGTTGTTCTC-CCAGAAC--ACT--CG---CCAATC---AACCAAACTT---GTGC-AAA-CA-TCC---TGGTG-AAG----GGA--------------T-TCAAGTGGTCATAAAG-ACA-GT-CC---CTATCAA--------GAATA-----ATC-ACAACATT-CCAAAATAATGTGGCATTAACGCAA-TATACTTAACTATTTAA--ATA-AACTTCAggggtggtgtcatttaaaaatcttcttctcaagaaccactgggccagaaaaagctgaaatttataatgaaagcttcctatatgtggagattcaagttttgttcaaatcataaccccgggggtacgatggggccacaatagggatcaaagttacccatatgattatatatggaaaaatctttaaaaaatcttctctcaataaccacctgggccagaaaaactgaagatttagtatggaagcttcctgatagaggagatcaggtttgttcaaatcatgaacccccgggggctactgatggggccaacacaataggggatcaaagttttacaatagtgattatacaaagggaaaatctttaaaattttttaggtccctgagta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TTCT--CC-CCGAACC-AACTGGGC---GCAGATTCAAAC-AAACTTTAAATAC-TAATCAATCCT--T------AC----GGTT-----------TATCTCAATGG-----AAGG-ACCTATGGCTTTCCATCAAT-----AGGGACACCTCCATT-ACTAAAT--GCAAAAT

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                 11111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                             2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222                                                                                                                                                                                                                      
lowQualScore                  :                                                                                                                                          66666666666666666666666666666666666666                                                   111111        11111                                            11           2222          111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111   11        1  22222    11     111    11   111     222              1               2            1111111   1         2222    2         33      44      2   11   99999999999999999999999999999999999999999999             88888888888888888888888888888   222   1    33            1     333      9999999999999999                 11        1    1  1        1   1           1  22        222                        11111   1      55555                   2222         5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555   11   33        2      11           22222    333333333      333         1     444        1    1       33333       11    222     1  1       33333           22                11      2                 22   2       
lowQualScore                  :                       2 2 22   2   1     1  22  3  1  6666 444 1 33 0 1      1 444444444 55555 222    333333 33  1 3 1 1   5555555 222 1 66666666666666666666666666666666666666  555555555555555   44  1   333 55 22 1  333 4444  888888        00000 4       7777 1 1   88   777     55     0   11    8      6666   7      555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555   33        0  55555    33     777  6 77   666     000      0 3  22 2       7    0  7     1      9999999   2 1 1 0   1111    0    6    00      33      0   88   55555555555555555555555555555555555555555555         1 1 88888888888888888888888888888   111   5    88   2  1   2 5     222      2222222222222222                 88 1 2    5    5  5        5   5           5  11        111                    888 99999 1 5 3    11111              4 4  2222      1  1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111   22   00  1     6  1 0 88        7  44444    555555555      000    9  7 3     555        4    3    4  33333       44 6  333     3  3  6    33333     3 7 7 00      7         88 55   0 4 4             77   0       
lowQualScore                  :                       . . ..   .   .     .  ..  .  .  .... ... . .. . .      . ......... ..... ...    ...... ..  . . . .   ....... ... . ......................................  ...............   ..  .   ... .. .. .  ... ....  ......        ..... .       .... . .   ..   ...     ..     .   ..    .      ....   .      ...............................................................   ..        .  .....    ..     ...  . ..   ...     ...      . .  .. .       .    .  .     .      .......   . . . .   ....    .    .    ..      ..      .   ..   ............................................         . . .............................   ...   .    ..   .  .   . .     ...      ................                 .. . .    .    .  .        .   .           .  ..        ...                    ... ..... . . .    .....              . .  ....      .  ......................................................................................................................................................................   ..   ..  .     .  . . ..        .  .....    .........      ...    .  . .     ...        .    .    .  .....       .. .  ...     .  .  .    .....     . . . ..      .         .. ..   . . .             ..   .       
lowQualScore                  :                       1 1 88   0   9     9  66  4  5  8888 222 5 22 4 4      4 444444444 99999 666    999999 55  5 0 5 5   0000000 777 5 66666666666666666666666666666666666666  777777777777777   11  7   000 99 55 8  777 5555  000000        00000 0       9999 4 0   66   222     88     3   00    0      2222   0      000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000   88        0  00000    22     777  7 00   777     777      7 7  00 0       3    7  0     0      7777777   0 0 0 7   8888    0    0    00      00      5   55   55555555555555555555555555555555555555555555         0 0 00000000000000000000000000000   555   5    00   5  0   5 0     555      0000000000000000                 55 0 5    5    5  5        0   5           0  00        000                    000 00000 0 0 0    55555              0 0  5555      0  0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000   00   00  0     7  0 7 33        3  33333    333333333      777    0  3 3     777        0    3    7  33333       00 7  333     3  3  7    33333     7 0 3 00      3         55 00   0 0 0             55   0       
consensus                     :                   TTTA-G-C--TCA-CCT-GAGCC-GA--AGGCT-CA-A-GT---G-AGCTTT-TCTGAT-C--A------A--A--A---TTTGT-----C--CG-T-T-G-TCT-------G---T-C-----------------G-------CGGT-G-T----GTT---G---T-------AAA--CT-TTT---C--A--C-AT---T----TT-CA-TTTTCTTCTC-----C-AGAACCA-C-NGGGCCAA-ATTC--AACCAAA-CTTGGTACA--AATC-ATCCTT-G--GTATAAGGGA-----ATTNAAGTT-TG-----GT--TCA-AATG-AGGNC--CGGGCCTC--------G-A--TGG--AGATAATC-AC-----GAAA-TGCAAA-A-TAGGN-TGG-G-TCATT-ANAAATCTTCNTCGCAGGAACCACTGGGCTAG-AAAAAGCTGAAA--TTTACAATGAAAGCTTCTCTGATATATGTGGAGATTCCGAGTTTT-GTTCAAATCAAATGA------T---CCCCGGGGGTACGATGGGGCCACANTAGG-GGAGATCAAAGTTNCNC----ATGTGANTATATANGGA-GAAATC-TTTAAAAAAATCTTCTTCTNAANAACNACCTGGGCCCAGAAAAACTGAAGATTTA--GTATGGAAGCTTCCTGACATAGNGNAGATTCAGGTTTTGTTCAAATCATGAACCCCCGGGGGCTACTGATGGGGCCAACACAATAGGGGATCAAAGTTTTACATGNTAGTGANTATACAAA-GGGAAAATCTTTAANANTTNTATTCTCAAGAATTG-TTGA--CAGAAGAAAC--AATATTTACCTA---AAAAG--TCCTG-ATATAGAGTATGATCTAAATTTTA-TCAATTCATTATCCCTTTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCA-AGTAGGGTAGTCGAAGATTTGCATAAAA--ATAAGCCCCCTTTGGTATCAAATTTTTGCCATAAAATGTTCTTC--CCGGAACAACT-GGG-GCAATTTCAAAC-GAACTT--GGTACAAATC-ATCCT-T-GTGAAGGG-TTAT-TCAANTG-----AAGGACC-GTGCC---CCATC-AA-GGGGATA-----ATCACGACATT-GCAAAATAATGTGGCATTAANNCAGTTNTNCTTGACTATTTAATGATACAGCTTCA
Reference ( family-260 )      :                   TTTA-G-C--TCA-CCT-GAGCC-GA--AGGCT-CA-A-GT---G-AGCTTT-TCTGAT-C--A------A--A--A---TTTGT-----C--CG-T-T-G-TCT-------G---T-C-----------------G-------CGGT-G-T----GTT---G---T-------AAA--CT-TTT---C--A--C-AT---T----TT-CA-TTTTCTTCTC-----C-AGAACCA-C-TGGGNCAA-ATTC--AACCAAA-CTTGGTACA--AATC-ATCCTT-G--GTATAAGGGA-----ATTCAAGTTATG-----GT--TCA-AATG-AGGNC--CGGGCCTC--------G-A--TGG--AGATAATC-AC-----GAAA-TGCAAA-A-TAGGG-TGG-G-TCATTANCAAATCTCCCTCNNAGGAACCACTGGGCCAGNAAAAANCTGAAA--TNCATAATGANANCCTCTNTGGTATA-GTGGGGATTCCAAGTTTTAGTTCAANTCAAATGAAGGCACTGGGCCCCGGGGGTACGATGGGGCCANAATAGGTGGAGATCAAAGTTNCNCGAAAATGCGATTANATANGGGTGGNGTCATTTAAAAAAATCTTCCTCTCAANAACCACCTGGGCCCAGAAAAANCGGAGATTTATAGTATGGAAGCTTCCTGATATAGNGGAGATTCAGGTTTTGTTCAAATCATGAACCCCCGGGGGCTACCGATGGGGCCAACACAATAGGGGATCAAAGTTNCNCATANNANTGATTATACAAATGGGAAAATCTTTAAAAATTCTCCTCTCAANAACCACCTGGGCCAGAAAAAGCTGAAGATTTA-GTATGTGGAAGCTTCCTGTATGTGGAGGA-GATCCAGGTTTNNTTCAAATCATGANCCC-CCGGGGGGGGGGTACGATGGGGCCACAATAGGG--ATCAAAGTTACCCATATGATTATA-------TNTGGNA--AAACCTTTCACANAAAAT-TTNTCC--CCAGAACAACT-GNG-GCAANCCCGAACCAAACTT--AGTACGAATC-ATCCTGTGGTGAAGGGNTTAT-TCAAATG-----AAGGACC-GTGCC---CCATC-AA-GGGGATA-----ATCACGAAATT-CCAAAATAATGTGGCATTAACGCAA-TATACTTAACTATTTAA--ATA-AACTTCA
gi|1                          :                   TTTA-G-C--TCA-CCT-GAGCC-GA--AGGCT-CA-A-GT---G-AGCTTT-TCTGAT-C--A------A--A--A---TTTGT-----C--CG-T-T-G-TCT-------G---T-T-----------------GG------CGGT-GGT----GTT---G---T-------AAA--CT-TTT---C--A--C-AT---T----TT-CA-TTTTCTTCTC-----C-AAAACCA-C-TGGGGCAA-ATTC--AACCAAA-CTTGGCACA--AATC-ATCCTT-G--GTA-AAGGGA-----AGTTAAGTTATG-----GT--TCACAATGAAGGAC--CAGGCCTC--------A-ACGTGG--AGATAATC-AC-----GAAA-TGCAAA-A-TAGGA-TGG-GATCATTAATAAATCTTCGCCGCAGATACCACTGGGTTAG--AAAAGCTGAAA--TATA-AAT--AAGCTTCTCTGATATA-GTAGAGATT-CGAGTTT--GTTCAA-TCAAATGA------T---CCCT--------------GTCACATTAG--GGA-ATCAAAGTTTTAC----ATGTGAATATATAGG---GAAATC-TTT---AAAATCTT-TTCTGAAGAACGA-CTGGG--CAGAAAA---------TTA----ATGAAAGCTTCCTGACATAGTGTAGATTTAAG-TTTGTTCAAAT-ATG-ACTTTCGGGGG-TA-TGATGAGGC---CACAATAGGGGATCAAAGTTTTACATGTTAGT-AGTATA-----GGGAAAATCTTTAATAATTGTATTCTCAAGAATTG-TTGA--CAGAAGAAAC--AATATTTACCTA---AAAAG--TCCTG-ATATAGAGTATGATCTAAATTTTA-TCAATTCATTATCCCTTTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCA-AGTAGGGTAGTCGAAGATTTGCATAAAA--ATAAGCCCCCTTTGGTATCAAATTTTTGCCATAAAATGTTCTTC--CAAGAACAACTAGGG-GCAATTTTAAA--GGACTT--GGTACAAATC-ATCCT-TGGTGAAGGGATTGT-TCAAATG-----AAGGACC-ATGCC---CCATCAAA-GGGGATA-----ATCACGACATTGGCAAAATAATGTGACAC--AGTCAGTTTTTCTTGACTATTTAATGATACAGTTTCA
gi|10                         :                   TTTA-G-C--TCA-CCT-GAGCC-AA--AATCT-TA-A-ATTTTG-AGCTTT-TTTTTT-T--C------A--A--A---TTTGT-----C--CA-T-T-G-TTT-------G---T-CAGTGTCGTCTGGGTGCTG-------CAGA-G-TGGGCGTC---G---T-------AAA--TT-TTT---C--A--C-AA---T----TT-TA-Tt
gi|11                         :                   TTTA-G-C--TCA-CCT-GAACC-AA--AATAG-CA-A-GT---A--------TCTGATGC-------------------CTTGT-----T--CG-T-C-G-TAT-------G--------------------------------AGT---------CT---G---T-------CAA--CT-TTT---C--A--C-AT---T----TC-GA--CTTCTTCTC-----CAAGAACCG-TATGGACCCA-AT----AACAAAA-CT
gi|12                         :                    TTA-GGC--TCA-CCT-GAGCC-GA--CGGCT-CA-A--T---G-AG--TA-TC-GTT-C--A------AAGA--A---TTTGT--------CG-T-T-G-TCT-------GTGAT-C-----------------T-------CGTT-G-T----GTC---G---T-------GAGT-CTGTTTGTAC--A--C-AC---T----TT-a
gi|13                         :                        gttttgtttgCC-GAGCT-GA--AAACCGCA-T-AT---G-AGCTAT-T--GCA-C--A------C--ACCA---TCTGA-----C--CG-T-TTG-TCT-------G---T-C---------------------------------------T---G---T-------AAA--CT-GTT---C--A--C-AT---T----TT-CA-CTTTTTTC-C-----C-AGAACCA-C-
gi|14                         :                                                           tttttatatagT-TCTGAT-A--G------A--A--A---TTCGT-----C--CT-T-T-G-TC--------G---T-C-----------------G-------T------C----GTT---G---T-------GAA--CT-TTT---C--ATAC-ATGTAT----TTATA-TTTTCTTCTA-----C-AGAGCAA-C-AATGTCAA-TTTC--AATCAAT-CTTGGTA
gi|15                         :                    TTA-G-C--TCA-TCT-GAACT-GA--AGGCT-CA-C-AT---G-A---TT-TCTGAT-C--A------A--A--A---TTTGG-----T--CG-T-T-G-TTTTGTCGTCG---T-C-----------------GACATCGTCGTT-G-TT---GTC---G---T-------CAG--CT-TTT---C--A--C-AT---C----TT-
gi|16                         :                   TTTA-G-T--TC----T-CGGCCTGA--AGGCT-CA-A--T---GAAGCTCT-TCTAAC-C--A------A--A--A---ATTGT-----CT-CT-T-C-G-GCT-----------T-C-----------------GT------CGGT-C-T----GTT---GACAT-------AAAACTT-TTT---C--A--A-AT---T----
gi|17                         :                 ttTTTA-C-C--TCA-CAT-GAGCC-AA--------------T---G-A------TCTGAT-T--A------A--A--A---TTTG----------G-C-T-G-TC--------G---T-C-----------------G-------T------T----GTC---T---T-------AAA--TC-TTT---C--A--C-AT---T----TT-C----TTCTCCTC-----C-AGAACCA-C-TG
gi|18                         :               tagcttTG-G-C--TCA-CCT-GAGTC-AT--AGACT-CA-A-GA---C-AGTTAT-TCTGAT-C--A------A--T--A---TTTAA-----C--CA-T-C-A---T-------G---C-C-------------------------C------------TT---G---T-------AAA--CT-TCT---CA-A--C-AT---T----TT-
gi|19                         :               ttttaaTG-G-C--TCA-CCT-GAGTC-AT--AGACT-CA-A-GA---C-AGTTAT-TCTGAT-C--A------A--T--A---TTTAA-----C--CA-T-C-A---T-------G---C-C-------------------------C------------TT---G---T-------AAA--CT-TCT---CA-A--C-AT---T----TT-aagct
gi|2                          :               tttaaTTA-G-C--TC----T-G-GCC-GA--AG-CT-CA-AAGT---G-AAATTTGTCCGTT-----------------G---TCTGT-----CGTCG-T-T-G-T-T-------G---T-C-----------------GT------CGGC-G-T----GTT---G---TTGTTGGTAAA--CT-TTT---C--A--C-AT---T----TT-AAACTTTATTCTC-----C-AGAACCAAC-TGCGGCAA---TC--AACCAAA-CTTGGTACA--AATC-ATCCTT-GTGGTATAGGGGA-----TTCCAAGTT-TA-----GTATTCA-AATG-AAGGCACTGGGCCCCTTCAAAAAG-G--TGG--AGATCATCTAC-----GAAAATGCAAA-AATAGGGGTGGTG-TCATTTAAAAATCTTCTTCTCAAGAACCACTGGGCCAG-AAAAAGCTGAAA--TTTATAATGAAAGCTTCC----TATATGTGGAGATTC-AAGTTTT-GTTCAAATCA--TAA----------CCCCGGGGGTACGATGGGGCCACAATAGG----GATCAAAGTTACCC----ATATGATTATATATGGA-AAAATC-TTTAAAAAA-TCTTC-TCTCAATAACCACCTGGGCC-AGAAAAACTGAAGATTTA--GTATGGAAGCTTCCTGATA--GAGGAGAT-CAGGTTT-GTTCAAATCATGAACCCCCGGGGGCTACTGATGGGGCCAACACAATAGGGGATCAAAGTTTTAC--AATAGTGATTATACAAA-GGGAAAATCTTTAAAATTTTTaagctt
gi|20                         :                   TCTA-G-T--TCA-CAT-GAGCC-AA--AGACT-GA-A-AT---G-AGATCT-TCTGAT-C--A------A--A--A---TATTT-----C--TG-T-T-G-TGG-------G---A-C-----------------GT------TGGC-ATT----GTC---A---T-------AAA--CA-TTT---C--A--C-AT---T----taggtccctgagta
gi|21                         :                           --TCA-CCA-GAGCC-AA--AGACT-CG-G-GC---G-AGTTGT-TCTGAT-C--A------A--A--A---TTTGT-----C--AA-T-T-GTTTT-------G---T-C-------------------------------------GTT---G---T-------AAT--CT-TTT---C--A--CAAT---T----TT-
gi|22                         :                 atTTTA-G-C--TCA-CCT-GAGCC-AT--AGTCT-CA-A-TT---G-AGC-------------------------------TTTGT-----T--CG-T-T-G-TCT-------G---T------------------------------T-G-TC---ATT---A---T-------AAA--------------A--C-AT---T----T-----TTTGCTTC
gi|23                         :                                               tcGCT-CA-C-CT---G-ATCTTT-TCTGAT-C--A------A--T--A---TTTAG-----C--CA-T-T-G-TCT-------G---T---------------------------TGGTGG-T----GTT---T---C-------AAG--TT-TTT---C--
gi|24                         :                                         ttttttaGACT-CA-C-CT---A-ATCTTT-TCTGAT-C--A------A--T--A---TTTAG-----C--CA-T-T-G-TCT-------G---T-TG----------------G-------TGGT-G-T-----TT---T---C-------AAG--TT-TTT---C--C--C-Acc
gi|25                         :                                                GACT-CA-C-CT---A-ATCTTT-TCTGAT-C--A------A--T--A---TTTAG-----C--CA-T-T-G-TCT-------G---T-TG----------------G-------TGGT-G-T-----TT---T---C-------AAG--TT-TTT---C--C--C-A
gi|26                         :                                                GACT-CA-C-CT---A-ATCTTT-TCTGAT-C--A------A--T--A---TTTAG-----C--CA-T-T-G-TCT-------G---T-TG----------------G-------TGGT-G-T-----TT---T---C-------AAG--TT-TTT---C--C--C-A
gi|27                         :                   TTTG-G-C--TCA-CCT-GAGTT-GA--ACATT-CG-T-GT---T-GACATT-TCTGAT-C--A------A--G--A---TTTCT-----T--TG-G-T-T-TCT-------G---T-
gi|28                         :                  tTTTA-G-C--TCA-CCT-GAGC----------T-CA-G-GC---G-AGCTTT-TCTGAT-T--A------A--A--A---TTTGT-----C--CA-T-T-T-TCT-------G---T-C-----------------G-------
gi|29                         :                   TTTA-G-C--T-A-C-T-GA--C-AATTAAGCT-CA-A-GTT--G-AGCTTT-TCTGAT-T--A------A--A-------TTCT-----C--CG-T-T-G-TCttgt
gi|3                          :                                                                  ttTTT-CTTGAT-TTAG------A--A--A---TGTGTTCAGCC--CT-T-T-G-TCT-------G---TTC-----------------G-------TCGT---T----GTT---G---T-------AAA--CT-TTT---CATA--C-AT---TGTAGTT-TA-TATTTTTCTTTCTAAC-AGAGCAA-C-AATGTCAA-ATTTCAAATCAAT-CTTGGTATAATAATCTATCCTTGG--GTACAAGAGA---------AAATTCTGTATCTGT--TC---------GTC--C--CCCTT--------GAA--TGG--CGAGAATC-ACATCAAGAAA---CAAACA-TA-GT-TGG-G-TCATT-TCAAATCTCTCTCAAA-GAATCAC----CTAGCAAAAATTTGAAATCTTTACACTAAAATGCTTTCTG
gi|30                         :                   TTTA-G-CCATCA-CCTTGAGCC-GA--AGGCT-C--A-GT---G-AGCTAG-TCTGGT-ac
gi|4                          :                 ttTTTATG-C--TCAATTT-GAAGT-AC--AGGCT-TT-A-GT---G-CATTTT-CCTTAT-C--A------A---------TTTTT-----C--TG-CAT-G-TC--------------C-----------------A-------CAAT-C-------------------------AA--CT-TT----C--A--C-AT---T----TTTCA-ACTTTTTCTC-----A-AGAACAA-T-ATGGCCAA-ATTC--TACCACATCTCTGAAAA--GAT--ATCCTT----GTATTATGGGTATATATTAAAGT--TG-----GT--CC--AAT-----------GGTCTC----------A--TGGAAAGATAACT-AG-----GAAA-T
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ttAAAATGTTGTTCTCCCAGAACA-CT--CG-CCAATC---AACCAAACTT---GTGCAAA-C-ATCCTG--GTGAAGGG---AT-TCAAGTGGTCATAAAGACA-GT-CC---CTATC-AA-GA--ATA-----ATCACAACATT-CCAAAATAATGTGGCATTAACGCAA-TATACTTAACTATTTAA--ATA-AACTTCAagtacaagcaaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             T-TTCTCC--CCGAACCAACT-GGGCGCAGATTCAAAC-AAACTTTAAATACTAATCAATCCT-T-----ACGGTTTATCTCAATGG-----AAGGACCTATGGCTTTCCATC-AATAGGGACACCTCCATTACTAAA-T-GCAAAAT----TGGCAT
gi|7                          :                        gtctgtaacttccacaattttgaactCT-CA-A-GT---G-AG-TGT-TCTGAT-C--ACCCGTTA--A--C---AGCGT-----C--CG-TCT-G-ACT-------G---T-C----------------------------T-G-T----AAT---A---T-------AAA--CG-GTA---T--A--C-AA---T----TT-CT-ATTTCTT--------C-AGAATCT-T-AGAGCTAA-TTTC--AACCAAA-CTTGg
gi|8                          :                   TTTA---C--TC--CCT--AGCC-GA--AGGCT-CAGA-GT---G-AGCTTT-C--GAT-C--A------A--A--AAAGTTTGT-----C--CGCT-T-G--CT-------G---T-C-----------------G-------ccataacgtatgctttaaacagcaa
gi|9                          : cttgttacttactttggccttt-G-C--TCA-CCC-TAGCC-AT--AGACT-TA-A--T---G-AAATTT-TCTTGT-CA-A------A--A--A---TTTCT-----C--TT-T-C-A-TCT-------G---T-C--------------------------------T----GTTAGAA---T-------GAA--CT-TTT---C--A----AT-------------------GTCTC-----T-AGGACCA-A-TGGGTCACTATTC---CCCAAT-CTTGCCTCA--AGTC-ATgccgtcgtcgtcgtcgtttgtcgttgttcgtacacttttcaacatttcacac

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
lowQualScore                  :                                                                                                                                          66666666666666666666666666666666666666                                                  111111        11111                                             11          111 1         00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000   11        1  22222    11     111   222   111     2222           11                 1            11    1   1   1              1          4      1      1   11   1     44444444444444           5555                             22           444    222            1     44      333333333   11               11          1       4        1    1          1  1           222                       111    1      2222                                                                                                                                                                                                                11           222222                 2222        1      22       22   1       33333       11    222     1  1       33333           1                 11      1                 11   1       
lowQualScore                  :                       2 2 22   2   1     1  22  3  1  6666 444 1 33 0 1      1 444444444 55555 222    333333 33  1 3 1 1   5555555 222 1 66666666666666666666666666666666666666  555555555555555   44  1   333 3 55 1  333 4444  888888        00000 4       6666 1 2   88   777     55     0    11   8      666 0  7      77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777   33        0  55555    33     777   111   666     7777        1  00 0       7       3    7       88    2   2   3    999       5          0      5      5   88   5     99999999999999     1     6666        1 1       1      1   66           666    111  1  1   1  5     22      888888888   88               88   1 1    5       0        5    5          5  5           111                       999    5 1    4444              1 1  1                                                                                                                                                                                            88  0     7  000000    7     77     5555      7 3      00       00   3    1  33333       44 6  333     3  3  6    33333     3   7 3       7         88 22   5 1 1             88   5       
lowQualScore                  :                       . . ..   .   .     .  ..  .  .  .... ... . .. . .      . ......... ..... ...    ...... ..  . . . .   ....... ... . ......................................  ...............   ..  .   ... . .. .  ... ....  ......        ..... .       .... . .   ..   ...     ..     .    ..   .      ... .  .      ..............................................................   ..        .  .....    ..     ...   ...   ...     ....        .  .. .       .       .    .       ..    .   .   .    ...       .          .      .      .   ..   .     ..............     .     ....        . .       .      .   ..           ...    ...  .  .   .  .     ..      .........   ..               ..   . .    .       .        .    .          .  .           ...                       ...    . .    ....              . .  .                                                                                                                                                                                            ..  .     .  ......    .     ..     ....      . .      ..       ..   .    .  .....       .. .  ...     .  .  .    .....     .   . .       .         .. ..   . . .             ..   .       
lowQualScore                  :                       1 1 88   0   9     9  66  4  5  8888 222 5 22 4 4      4 444444444 99999 666    999999 55  5 0 5 5   0000000 777 5 66666666666666666666666666666666666666  777777777777777   11  7   000 5 00 8  777 5555  000000        00000 0       3333 4 2   66   222     88     3    00   0      222 0  0      88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888   88        0  00000    22     777   000   777     3333        0  33 7       3       3    3       33    0   0   3    333       5          0      5      5   55   5     55555555555555     0     5555        0 0       0      0   00           000    555  0  0   0  0     55      000000000   00               00   0 0    5       0        0    5          0  0           000                       000    0 0    0000              0 0  0                                                                                                                                                                                            33  7     3  000000    3     33     7777      3 3      00       77   3    0  33333       00 7  333     3  3  7    33333     7   3 3       3         55 00   5 0 0             00   0       
consensus                     :                   TTTA-G-C--TCA-CCT-GAGCC-GA--AGGCT-CA-A-GT---G-AGCTTT-TCTGAT-C--A------A--A--A---TTTGT-----C--CG-T-T-G-TCT-------G---T-C-----------------G-------CGGT-G-T----GTT---G---T-------AAA--CT-TTT---C-A--C-AT---T----TT-CA-TTTTCTTCTC-----C-AGAACCA-C-NGGGCCAA-ATTC--AACCAAA-CTTGGTACAA--ATC-ATCCTTG--G-TATAAGGGA-----ATTNAAGTT-TG-----GT--TCA-AATGA-GGNC--CGGGCCTC--------GA--TGG--AGATAATC-AC-----GAAA-TGCAAA-A-TAGGN-TGG-G-TCATT-AA-AAATCTTCNTCGCAAGAACCACTGGGCTAG-AAAAAGCTGAAA--TTTACAATGAAA-GCTTCTCTGATATATGTGGAGATTC-GAGTTTTGTTCAAATCAAATGATCCCCGGGGGTACGATGGGGCCACANTAGGGAA-ATCAAAGTTNCNCATGTGANTATATANGGAAAAATCTTTAAAAAA-TCTTCTTCTNAANAACNACCTGGGCC-AGAAAAACTGAAGATTTAGTATGGAAGCTTCCTGACATAGNGNAGATTCAGGTTT-GTTCAAATCATGAACCCCCGGGGGCTACTGATGGGGCCAACACAATAGGGGATCAAAGTTTTACATGNTAGTGANTATACAAAGGGAAAATCTTTAANANTTNTATTCTCAAGAATTGTTGACAGAAGAAACAATATTTACCTAAAAAGTCCTGATATAGAGTATGATCTAAATTTTATCAATTCATTATCCCTTTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCAAGTAGGGTAGTCGAAGATTTGCATAAAAATAAGCCCCCTTTGGTATCAAATTTTTGCCATAAAATGTTCTTC--CCGGAACAACT-GGG-GCAATTTCAAACGAACTT--GGTACAAATC-ATCCTT-GTGAAGGG-TTAT-TCAANTG-----AAGGACC-GTGCC---CCATC-AA-GGGGATA-----ATCACGACATT-GCAAAATAATGTGGCATTAANNCAGTTNTNCTTGACTATTTAATGATACAGCTTCA
Reference ( family-260 )      :                   TTTA-G-C--TCA-CCT-GAGCC-GA--AGGCT-CA-A-GT---G-AGCTTT-TCTGAT-C--A------A--A--A---TTTGT-----C--CG-T-T-G-TCT-------G---T-C-----------------G-------CGGT-G-T----GTT---G---T-------AAA--CT-TTT---C-A--C-AT---T----TT-CA-TTTTCTTCTC-----C-AGAACCA-C-NGGGCCAA-ATTC--AACCAAA-CTTGGTACAA--ATC-ATCCTTG--G-TATAAGGGA-----ATTNAAGTT-TG-----GT--TCA-AATGA-GGNC--CGGGCCTC--------GA--TGG--AGATAATC-AC-----GAAA-TGCAAA-A-TAGGN-TGG-G-TCATT-AN-AAATCTTCNTCGCAGGAACCACTGGGCTAG-AAAAAGCTGAAA--TTTACAATGAAA-GCTTCTCTGATATATGTGGAGATTCCGAGTTTTGTTCAAATCAAATGATCCCCGGGGGTACGATGGGGCCACANTAGGGGAGATCAAAGTTNCNCATGTGANTATATANGGAGAAATCTTTAAAAAAATCTTCTTCTNAANAACNACCTGGGCCCAGAAAAACTGAAGATTTAGTATGGAAGCTTCCTGACATAGNGNAGATTCAGGTTTTGTTCAAATCATGAACCCCCGGGGGCTACTGATGGGGCCAACACAATAGGGGATCAAAGTTTTACATGNTAGTGANTATACAAAGGGAAAATCTTTAANANTTNTATTCTCAAGAATTGTTGACAGAAGAAACAATATTTACCTAAAAAGTCCTGATATAGAGTATGATCTAAATTTTATCAATTCATTATCCCTTTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCAAGTAGGGTAGTCGAAGATTTGCATAAAAATAAGCCCCCTTTGGTATCAAATTTTTGCCATAAAATGTTCTTC--CCGGAACAACT-GGG-GCAATTTCAAACGAACTT--GGTACAAATC-ATCCTT-GTGAAGGG-TTAT-TCAANTG-----AAGGACC-GTGCC---CCATC-AA-GGGGATA-----ATCACGACATT-GCAAAATAATGTGGCATTAANNCAGTTNTNCTTGACTATTTAATGATACAGCTTCA
gi|1                          :                   TTTA-G-C--TCA-CCT-GAGCC-GA--AGGCT-CA-A-GT---G-AGCTTT-TCTGAT-C--A------A--A--A---TTTGT-----C--CG-T-T-G-TCT-------G---T-T-----------------GG------CGGT-GGT----GTT---G---T-------AAA--CT-TTT---C-A--C-AT---T----TT-CA-TTTTCTTCTC-----C-AAAACCA-C-TGGGGCAA-ATTC--AACCAAA-CTTGGCACAA--ATC-ATCCTTG--G-TA-AAGGGA-----AGTTAAGTTATG-----GT--TCACAATGAAGGAC--CAGGCCTC--------AACGTGG--AGATAATC-AC-----GAAA-TGCAAA-A-TAGGA-TGG-GATCATT-AATAAATCTTCGCCGCAGATACCACTGGGTTAG-AAAA-GCTGAAA--TATA-AAT--AA-GCTTCTCTGATATA-GTAGAGATTC-GAGTTT-GTTCAA-TCAAATGATCCCTG--------------TCACATTAGGGAA--TCAAAGTTTTACATGTGAATATATAGGGA--AATCTTTAAAA---TCTT-TTCTGAAGAACGAC-TGGGC--AGAAAA---------TTA--ATGAAAGCTTCCTGACATAGTGTAGATTTAAGTTT-GTTCAAAT-ATGA-CTTTCGGGGG-TA-TGATGAGGCCA---CAATAGGGGATCAAAGTTTTACATGTTAGT-AGTATA----GGGAAAATCTTTAATAATTGTATTCTCAAGAATTGTTGACAGAAGAAACAATATTTACCTAAAAAGTCCTGATATAGAGTATGATCTAAATTTTATCAATTCATTATCCCTTTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCAAGTAGGGTAGTCGAAGATTTGCATAAAAATAAGCCCCCTTTGGTATCAAATTTTTGCCATAAAATGTTCTTC--CAAGAACAACTAGGG-GCAATTTTAAA-GGACTT--GGTACAAATC-ATCCTTGGTGAAGGGATTGT-TCAAATG-----AAGGACC-ATGCC---CCATCAAA-GGGGATA-----ATCACGACATTGGCAAAATAATGTGACAC--AGTCAGTTTTTCTTGACTATTTAATGATACAGTTTCA
gi|10                         :                   TTTA-G-C--TCA-CCT-GAGCC-AA--AATCT-TA-A-ATTTTG-AGCTTT-TTTTTT-T--C------A--A--A---TTTGT-----C--CA-T-T-G-TTT-------G---T-CAGTGTCGTCTGGGTGCTG-------CAGA-G-TGGGCGTC---G---T-------AAA--TT-TTT---C-A--C-AA---T----TT-TA-Tt
gi|11                         :                   TTTA-G-C--TCA-CCT-GAACC-AA--AATAG-CA-A-GT---A--------TCTGATGC-------------------CTTGT-----T--CG-T-C-G-TAT-------G--------------------------------AGT---------CT---G---T-------CAA--CT-TTT---C-A--C-AT---T----TC-GA--CTTCTTCTC-----CAAGAACCG-TATGGACCCA-AT----AACAAAA-CT
gi|12                         :                    TTA-GGC--TCA-CCT-GAGCC-GA--CGGCT-CA-A--T---G-AG--TA-TC-GTT-C--A------AAGA--A---TTTGT--------CG-T-T-G-TCT-------GTGAT-C-----------------T-------CGTT-G-T----GTC---G---T-------GAGT-CTGTTTGTAC-A--C-AC---T----TT-a
gi|13                         :                        gttttgtttgCC-GAGCT-GA--AAACCGCA-T-AT---G-AGCTAT-T--GCA-C--A------C--ACCA---TCTGA-----C--CG-T-TTG-TCT-------G---T-C---------------------------------------T---G---T-------AAA--CT-GTT---C-A--C-AT---T----TT-CA-CTTTTTTC-C-----C-AGAACCA-C-
gi|14                         :                                                           tttttatatagT-TCTGAT-A--G------A--A--A---TTCGT-----C--CT-T-T-G-TC--------G---T-C-----------------G-------T------C----GTT---G---T-------GAA--CT-TTT---C-ATAC-ATGTAT----TTATA-TTTTCTTCTA-----C-AGAGCAA-C-AATGTCAA-TTTC--AATCAAT-CTTGGTA
gi|15                         :                    TTA-G-C--TCA-TCT-GAACT-GA--AGGCT-CA-C-AT---G-A---TT-TCTGAT-C--A------A--A--A---TTTGG-----T--CG-T-T-G-TTTTGTCGTCG---T-C-----------------GACATCGTCGTT-G-TT---GTC---G---T-------CAG--CT-TTT---C-A--C-AT---C----TT-
gi|16                         :                   TTTA-G-T--TC----T-CGGCCTGA--AGGCT-CA-A--T---GAAGCTCT-TCTAAC-C--A------A--A--A---ATTGT-----CT-CT-T-C-G-GCT-----------T-C-----------------GT------CGGT-C-T----GTT---GACAT-------AAAACTT-TTT---C-A--A-AT---T----
gi|17                         :                 ttTTTA-C-C--TCA-CAT-GAGCC-AA--------------T---G-A------TCTGAT-T--A------A--A--A---TTTG----------G-C-T-G-TC--------G---T-C-----------------G-------T------T----GTC---T---T-------AAA--TC-TTT---C-A--C-AT---T----TT-C----TTCTCCTC-----C-AGAACCA-C-TG
gi|18                         :               tagcttTG-G-C--TCA-CCT-GAGTC-AT--AGACT-CA-A-GA---C-AGTTAT-TCTGAT-C--A------A--T--A---TTTAA-----C--CA-T-C-A---T-------G---C-C-------------------------C------------TT---G---T-------AAA--CT-TCT---CAA--C-AT---T----TT-
gi|19                         :               ttttaaTG-G-C--TCA-CCT-GAGTC-AT--AGACT-CA-A-GA---C-AGTTAT-TCTGAT-C--A------A--T--A---TTTAA-----C--CA-T-C-A---T-------G---C-C-------------------------C------------TT---G---T-------AAA--CT-TCT---CAA--C-AT---T----TT-aagct
gi|2                          :               tttaaTTA-G-C--TC----T-G-GCC-GA--AG-CT-CA-AAGT---G-AAATTTGTCCGTT-----------------G---TCTGT-----CGTCG-T-T-G-T-T-------G---T-C-----------------GT------CGGC-G-T----GTT---G---TTGTTGGTAAA--CT-TTT---C-A--C-AT---T----TT-AAACTTTATTCTC-----C-AGAACCAAC-TGCGGCAA---TC--AACCAAA-CTTGGTACAA--ATC-ATCCTTGTGG-TATAGGGGA-----TTCCAAGTT-TA-----GTATTCA-AATGA-AGGCACTGGGCCCCTTCAAAAAGG--TGG--AGATCATCTAC-----GAAAATGCAAA-AATAGGGGTGGTG-TCATTTAA-AAATCTTCTTCTCAAGAACCACTGGGCCAG-AAAAAGCTGAAA--TTTATAATGAAA-GCTTCC----TATATGTGGAGATTC-AAGTTTTGTTCAAATCA--TAA-CCCCGGGGGTACGATGGGGCCACAATAGGG---ATCAAAGTTACCCATATGATTATATATGGAAAAATCTTTAAAAAA-TCTTCT-CTCAATAACCACCTGGGCC-AGAAAAACTGAAGATTTAGTATGGAAGCTTCCTGA--TAGAGGAGAT-CAGGTTT-GTTCAAATCATGAACCCCCGGGGGCTACTGATGGGGCCAACACAATAGGGGATCAAAGTTTTACA--ATAGTGATTATACAAAGGGAAAATCTTTAAAATTTTTaagctt
gi|20                         :                   TCTA-G-T--TCA-CAT-GAGCC-AA--AGACT-GA-A-AT---G-AGATCT-TCTGAT-C--A------A--A--A---TATTT-----C--TG-T-T-G-TGG-------G---A-C-----------------GT------TGGC-ATT----GTC---A---T-------AAA--CA-TTT---C-A--C-AT---T----taggtccctgagta
gi|21                         :                           --TCA-CCA-GAGCC-AA--AGACT-CG-G-GC---G-AGTTGT-TCTGAT-C--A------A--A--A---TTTGT-----C--AA-T-T-GTTTT-------G---T-C-------------------------------------GTT---G---T-------AAT--CT-TTT---C-A--CAAT---T----TT-
gi|22                         :                 atTTTA-G-C--TCA-CCT-GAGCC-AT--AGTCT-CA-A-TT---G-AGC-------------------------------TTTGT-----T--CG-T-T-G-TCT-------G---T------------------------------T-G-TC---ATT---A---T-------AAA-------------A--C-AT---T----T-----TTTGCTTC
gi|23                         :                                               tcGCT-CA-C-CT---G-ATCTTT-TCTGAT-C--A------A--T--A---TTTAG-----C--CA-T-T-G-TCT-------G---T---------------------------TGGTGG-T----GTT---T---C-------AAG--TT-TTT---C-
gi|24                         :                                         ttttttaGACT-CA-C-CT---A-ATCTTT-TCTGAT-C--A------A--T--A---TTTAG-----C--CA-T-T-G-TCT-------G---T-TG----------------G-------TGGT-G-T-----TT---T---C-------AAG--TT-TTT---C-C--C-Acc
gi|25                         :                                                GACT-CA-C-CT---A-ATCTTT-TCTGAT-C--A------A--T--A---TTTAG-----C--CA-T-T-G-TCT-------G---T-TG----------------G-------TGGT-G-T-----TT---T---C-------AAG--TT-TTT---C-C--C-A
gi|26                         :                                                GACT-CA-C-CT---A-ATCTTT-TCTGAT-C--A------A--T--A---TTTAG-----C--CA-T-T-G-TCT-------G---T-TG----------------G-------TGGT-G-T-----TT---T---C-------AAG--TT-TTT---C-C--C-A
gi|27                         :                   TTTG-G-C--TCA-CCT-GAGTT-GA--ACATT-CG-T-GT---T-GACATT-TCTGAT-C--A------A--G--A---TTTCT-----T--TG-G-T-T-TCT-------G---T-
gi|28                         :                  tTTTA-G-C--TCA-CCT-GAGC----------T-CA-G-GC---G-AGCTTT-TCTGAT-T--A------A--A--A---TTTGT-----C--CA-T-T-T-TCT-------G---T-C-----------------G-------
gi|29                         :                   TTTA-G-C--T-A-C-T-GA--C-AATTAAGCT-CA-A-GTT--G-AGCTTT-TCTGAT-T--A------A--A-------TTCT-----C--CG-T-T-G-TCttgt
gi|3                          :                                                                  ttTTT-CTTGAT-TTAG------A--A--A---TGTGTTCAGCC--CT-T-T-G-TCT-------G---TTC-----------------G-------TCGT---T----GTT---G---T-------AAA--CT-TTT---C-ATAC-AT---TGTAGTT-TA-TATTTTTCTTTCTAAC-AGAGCAA-C-AATGTCAA-ATTTCAAATCAAT-CTTGGTATAATAATCTATCCTTG--GGTACAAGAGA-----A---AATTC-TGTATCTGT--TC---------GTC--CC--CCTT--------GAA-TGG--CGAGAATC-ACATCAAGAAA---CAAACA-TAG-T-TGG-G-TCATT-TC-AAATCTCTCTCA-AAGAATCAC----CTAGCAAAAATTTGAAATCTTTACACTAAAATGCTT-TCTGA
gi|30                         :                   TTTA-G-CCATCA-CCTTGAGCC-GA--AGGCT-C--A-GT---G-AGCTAG-TCTGGT-c
gi|4                          :                 ttTTTATG-C--TCAATTT-GAAGT-AC--AGGCT-TT-A-GT---G-CATTTT-CCTTAT-C--A------A---------TTTTT-----C--TG-CAT-G-TC--------------C-----------------A-------CAAT-C-------------------------AA--CT-TT----C-A--C-AT---T----TTTCA-ACTTTTTCTC-----A-AGAACAA-T-ATGGCCAA-ATTC--TACCACATCTCTGAAAAG--AT--ATCCTT---G-TATTATGGGTATATATTAAAG-T-TG-----GT--CC--AAT-----------GGTCTC---------A--TGGAAAGATAACT-AG-----GAAA-T
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ttAAAATGTTGTTCTCCCAGAACA-CT-CGC--CAAT--CAACCAAACTT--G-TGCAAA-C-ATCCTG-GTGAAGGG---AT-TCAAGTGGTCATAAAGACA-GT-CC---CTATC-AA-GA--ATA-----ATCACAACATT-CCAAAATAATGTGGCATTAACGCAA-TATACTTAACTATTTAA--ATA-AACTTCAagtacaagcaaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTCTCC--CCGAACCAACT-GGGCGCAGATTCAAACAAACTTTAAATACTAATCAATCCTT----ACGGT-TTATCTCAATGG-----AAGGACCTATGGCTTTCCATC-AATAGGGACACCTCCATTACTAAA-T-GCAAAAT----TGGCAT
gi|7                          :                       gtctgtaacttccacaattttgaacttCT-CA-A-GT---G-AG-TGT-TCTGAT-C--ACCCGTTA--A--C---AGCGT-----C--CG-TCT-G-ACT-------G---T-C----------------------------T-G-T----AAT---A---T-------AAA--CG-GTA---T-A--C-AA---T----TT-CT-ATTTCTT--------C-AGAATCT-T-AGAGCTAA-TTTC--AACCAAA-CTTGg
gi|8                          :                   TTTA---C--TC--CCT--AGCC-GA--AGGCT-CAGA-GT---G-AGCTTT-C--GAT-C--A------A--A--AAAGTTTGT-----C--CGCT-T-G--CT-------G---T-C-----------------G-------ccataacgtatgctttaaacagcaa
gi|9                          : cttgttacttactttggccttt-G-C--TCA-CCC-TAGCC-AT--AGACT-TA-A--T---G-AAATTT-TCTTGT-CA-A------A--A--A---TTTCT-----C--TT-T-C-A-TCT-------G---T-C--------------------------------T----GTTAGAA---T-------GAA--CT-TTT---C-A----AT-------------------GTCTC-----T-AGGACCA-A-TGGGTCACTATTC---CCCAAT-CTTGCCTCAA--GTC-ATgccgtcgtcgtcgtcgtttgtcgttgttcgtacacttttcaacatttcacac