lowQualScore : 222222 222 111
lowQualScore : 44 77777 3 999999 2 2 9 888 5 33 33 777777 2 2 2 5555 222 33 33 33 777
lowQualScore : .. ..... . ...... . . . ... . .. .. ...... . . . .... ... .. .. .. ...
lowQualScore : 22 77777 1 444444 7 7 5 111 5 77 77 777777 7 7 7 7777 000 77 77 77 555
consensus : GCATGTT--CGT-----CT-ACTTTN--T-TGA-T-AATGC---TCNA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--CGGAGAAGG
Reference ( gi|127659 ) : GCATGTT--CGT-----CT-ACTTTT--T-TGA-T-AGTGCC--TCCA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--TGGAGAAGG
gi|127661 : GCATGTT---GT-----CT-ACTTTT--T--GA-T-AATGC---TCGA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----T---TTTT--T--GAAG--T--TGGAGAAGG
gi|127662 : GCATGTT--CGT-----CT-ACTTTT--T--GA-T-AATGC---TCGA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-A-CA----A---TTTT--T--GATT--T--GGGAGAAGG
gi|127660 : GCATGTT--CGT-----CT-ACTTCA--T--GA-T-AATGC---TCTA--TCACATG--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTA--T--GAAG--T--CGGAG
gi|127664 : GCATGTT--CGT-----TC-ACTTTA--T--GA-A-AAT--C--TCGA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A----TTT--T--GACG--T--TGGAGAGGG
gi|127665 : GCATGTT--CAT-----TT-ACTTCA--T--GA-T-AATGT---TCCA--TCACATA--AAT------CTGTAC-TTG-CGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--CAGAGAAGG
gi|127666 : GCATGTT--TGT-----AT-ACATCA--T--GA-T-AATGC---TCCA--TCACATA--CATGTACATCTAAAC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--CGGAGAAGG
gi|127663 : GCATGTT--TGT-----CT-ACTTTA--T--GT-T-AATGC---TCTA--ACATGTA--CAT------TTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTGT--T--GAAG--T--CAGAGAAGG
gi|127668 : GCATGTTATCGT-----CT-ACTTTT--A-TGA-T-A-TGCCACTCGA--CAACATA--CAT------CT-AGT-TTG-TGA-AGCA----ATT-TTTT--T--GAAG--T--TGGAGA
gi|127667 : GCATGTC--CGT-----CT-ACTTAT------A-T-AATGCC----CA--TCACA-A--CAT------CTGAGC-T-G-TGA-AGCA----A---TTTT--TTGGAAG--T----GAGAAG
gi|127669 : GCATGTT--TGT-----C---CTTTT--CATGA-T-AGTGCT--TC-A--TCAC---------------------TTG-TGA-AGCA----A---ATTT--T--GAAG--T--CGGAGAAAG
gi|127670 : CATGTT--AGT-----CT-AATTCA--T--GA-T-AATGC---TCCA--TCACATATACAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTC--T--GAAG--T--CAGAGAAGG
gi|127671 : GTT--CGTGATATCT-ACTCTTGGT-TGA-TTAATGC---TCCC--TCACATA--CAT------CTGAGG-CTG-TGACAGCA----ATCTTCTT--T--GAAGCTT--CGGAGGA
gi|127672 : TT--CGT-----CTTACCTTA--TATGAAT-A-TGC---TCGAAATCACATA--CAT------CTGAGCATTGTTGA-AGCGACATA---TTTTTAT--GAAG--TGGTGGAGAAG
gi|127673 : TT--T-TGA-T-AATGC---TCGA--TCA-ATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----AAG-TTTT--T--GAAG--T--TGGAGAGGG
gi|127674 : c-TGA-T-AAT-CC--ACCA--GCATATA--CAT------TTTAAT-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--CAAT--T--CGGAAAAGG
Alignments
lowQualScore : 222222 111
lowQualScore : 33 77777 2 111111 2 666 1 33 33 777777 2 2 2 5555 111 33 33 33 444
lowQualScore : .. ..... . ...... . ... . .. .. ...... . . . .... ... .. .. .. ...
lowQualScore : 99 11111 9 000000 5 999 0 44 44 222222 5 5 5 3333 222 44 44 44 111
consensus : GCATGTT--CGT-----CT-ACTTTA--T-TGAT-AATGC---TCCA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--CGGAGAAGG
Reference ( family-966 ) : GCATGTT--CGT-----CT-ACTTTN--T-TGAT-AATGC---TCNA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--CGGAGAAGG
gi|127659 : GCATGTT--CGT-----CT-ACTTTT--T-TGAT-AGTGCC--TCCA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--TGGAGAAGG
gi|127660 : GCATGTT--CGT-----CT-ACTTCA--T--GAT-AATGC---TCTA--TCACATG--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTA--T--GAAG--T--CGGAG
gi|127661 : GCATGTT---GT-----CT-ACTTT---T-TGAT-AATGC---TCGA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----T---TTTT--T--GAAG--T--TGGAGAAGG
gi|127662 : GCATGTT--CGT-----CT-ACTTT---T-TGAT-AATGC---TCGA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-A-CA----A---TTTT--T--GATT--T--GGGAGAAGG
gi|127663 : GCATGTT--TGT-----CT-ACTTTA--T--GTT-AATGC---TCTA--ACATGTA--CAT------TTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTGT--T--GAAG--T--CAGAGAAGG
gi|127664 : GCATGTT--CGT-----TC-ACTTTA--T--GAA-AAT-C---TCGA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A----TTT--T--GACG--T--TGGAGAGGG
gi|127665 : GCATGTT--CAT-----TT-ACTTCA--T--GAT-AATGT---TCCA--TCACATA--AAT------CTGTAC-TTG-CGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--CAGAGAAGG
gi|127666 : GCATGTT--TGT-----AT-ACATCA--T--GAT-AATGC---TCCA--TCACATA--CATGTACATCTAAAC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--CGGAGAAGG
gi|127667 : GCATGTC--CGT-----CT-ACTT-A--T---AT-AATGC----CCA--TCACA-A--CAT------CTGAGC-T-G-TGA-AGCA----A---TTTT--TTGGAAG--T----GAGAAG
gi|127668 : GCATGTTATCGT-----CT-ACTTTT--A-TGAT-A-TGCCACTCGA--CAACATA--CAT------CT-AGT-TTG-TGA-AGCA----ATT-TTTT--T--GAAG--T--TGGAGA
gi|127669 : GCATGTT--TGT-----C---CTTTT--CATGAT-AGTGC---TTCA--TCAC---------------------TTG-TGA-AGCA----A---ATTT--T--GAAG--T--CGGAGAAAG
gi|127670 : CATGTT--AGT-----CT-AATTCA--T--GAT-AATGC---TCCA--TCACATATACAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTC--T--GAAG--T--CAGAGAAGG
gi|127671 : GTT--CGTGATATCT-ACTCTTGGT-TGATTAATGC---TCCC--TCACATA--CAT------CTGAGG-CTG-TGACAGCA----ATCTTCTT--T--GAAGCTT--CGGAGGA
gi|127672 : TT--CGT-----CTTACCTTA--TATGAA-TATGC---TCGAAATCACATA--CAT------CTGAGCATTGTTGA-AGCGACATA---TTTTTAT--GAAG--TGGTGGAGAAG
gi|127673 : TT--T-TGAT-AATGC---TCGA--TCA-ATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----AAG-TTTT--T--GAAG--T--TGGAGAGGG
gi|127674 : c-TGAT-AATCC---ACCA--GCATATA--CAT------TTTAAT-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--CAAT--T--CGGAAAAGG
Alignments
lowQualScore : 22 111
lowQualScore : 33 77777 2 5555 11 2 666 1 33 33 777777 2 2 2 5555 111 33 33 33 444
lowQualScore : .. ..... . .... .. . ... . .. .. ...... . . . .... ... .. .. .. ...
lowQualScore : 99 11111 9 9999 11 5 999 4 44 44 222222 5 5 5 3333 222 44 44 44 111
consensus : GCATGTT--CGT-----CT-ACTTC--AT-TGAT-AATGC---TCCA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--CGGAGAAGG
Reference ( family-966 ) : GCATGTT--CGT-----CT-ACTTT--AT-TGAT-AATGC---TCCA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--CGGAGAAGG
gi|127659 : GCATGTT--CGT-----CT-ACTTT--TT-TGAT-AGTGCC--TCCA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--TGGAGAAGG
gi|127660 : GCATGTT--CGT-----CT-ACTTC--AT--GAT-AATGC---TCTA--TCACATG--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTA--T--GAAG--T--CGGAG
gi|127661 : GCATGTT---GT-----CT-ACTTT---T-TGAT-AATGC---TCGA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----T---TTTT--T--GAAG--T--TGGAGAAGG
gi|127662 : GCATGTT--CGT-----CT-ACTTT---T-TGAT-AATGC---TCGA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-A-CA----A---TTTT--T--GATT--T--GGGAGAAGG
gi|127663 : GCATGTT--TGT-----CT-ACTTT--AT--GTT-AATGC---TCTA--ACATGTA--CAT------TTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTGT--T--GAAG--T--CAGAGAAGG
gi|127664 : GCATGTT--CGT-----TC-ACTTT--AT--GAA-AAT-C---TCGA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A----TTT--T--GACG--T--TGGAGAGGG
gi|127665 : GCATGTT--CAT-----TT-ACTTC--AT--GAT-AATGT---TCCA--TCACATA--AAT------CTGTAC-TTG-CGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--CAGAGAAGG
gi|127666 : GCATGTT--TGT-----AT-ACATC--AT--GAT-AATGC---TCCA--TCACATA--CATGTACATCTAAAC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--CGGAGAAGG
gi|127667 : GCATGTC--CGT-----CT-ACTT---AT---AT-AATGC----CCA--TCACA-A--CAT------CTGAGC-T-G-TGA-AGCA----A---TTTT--TTGGAAG--T----GAGAAG
gi|127668 : GCATGTTATCGT-----CT-ACTTT--TA-TGAT-A-TGCCACTCGA--CAACATA--CAT------CT-AGT-TTG-TGA-AGCA----ATT-TTTT--T--GAAG--T--TGGAGA
gi|127669 : GCATGTT--TGT-----CC-TTTTC--AT--GAT-AGTGC---TTCA--TCAC---------------------TTG-TGA-AGCA----A---ATTT--T--GAAG--T--CGGAGAAAG
gi|127670 : CATGTT--AGT-----CT-AATTC--AT--GAT-AATGC---TCCA--TCACATATACAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTC--T--GAAG--T--CAGAGAAGG
gi|127671 : GTT--CGTGATATCT-ACTCTTGGT-TGATTAATGC---TCCC--TCACATA--CAT------CTGAGG-CTG-TGACAGCA----ATCTTCTT--T--GAAGCTT--CGGAGGA
gi|127672 : TT--CGT-----CTTACCTT--ATATGAA-TATGC---TCGAAATCACATA--CAT------CTGAGCATTGTTGA-AGCGACATA---TTTTTAT--GAAG--TGGTGGAGAAG
gi|127673 : T-TGAT-AATGC---TCGA--TCA-ATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----AAG-TTTT--T--GAAG--T--TGGAGAGGG
gi|127674 : cttCTTC--AT--GAT-AATCC---ACCA--GCATATA--CAT------TTTAAT-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--CAAT--T--CGGAAAAGG
Alignments
lowQualScore : 22 111
lowQualScore : 33 77777 2 33 44 11 2 666 1 33 33 777777 2 2 2 5555 111 33 33 33 444
lowQualScore : .. ..... . .. .. .. . ... . .. .. ...... . . . .... ... .. .. .. ...
lowQualScore : 99 11111 9 77 55 11 5 999 4 44 44 222222 5 5 5 3333 222 44 44 44 111
consensus : GCATGTT--CGT-----CT-ACT--TCAT-TGAT-AATGC---TCCA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--CGGAGAAGG
Reference ( family-966 ) : GCATGTT--CGT-----CT-ACT--TCAT-TGAT-AATGC---TCCA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--CGGAGAAGG
gi|127659 : GCATGTT--CGT-----CT-ACT--TTTT-TGAT-AGTGCC--TCCA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--TGGAGAAGG
gi|127660 : GCATGTT--CGT-----CT-ACT--TCAT--GAT-AATGC---TCTA--TCACATG--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTA--T--GAAG--T--CGGAG
gi|127661 : GCATGTT---GT-----CT-ACT--TT-T-TGAT-AATGC---TCGA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----T---TTTT--T--GAAG--T--TGGAGAAGG
gi|127662 : GCATGTT--CGT-----CT-ACT--TT-T-TGAT-AATGC---TCGA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-A-CA----A---TTTT--T--GATT--T--GGGAGAAGG
gi|127663 : GCATGTT--TGT-----CT-ACT--TTAT--GTT-AATGC---TCTA--ACATGTA--CAT------TTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTGT--T--GAAG--T--CAGAGAAGG
gi|127664 : GCATGTT--CGT-----TC-ACT--TTAT--GAA-AAT-C---TCGA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A----TTT--T--GACG--T--TGGAGAGGG
gi|127665 : GCATGTT--CAT-----TT-ACT--TCAT--GAT-AATGT---TCCA--TCACATA--AAT------CTGTAC-TTG-CGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--CAGAGAAGG
gi|127666 : GCATGTT--TGT-----AT-ACA--TCAT--GAT-AATGC---TCCA--TCACATA--CATGTACATCTAAAC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--CGGAGAAGG
gi|127667 : GCATGTC--CGT-----CT-ACT--T-AT---AT-AATGC----CCA--TCACA-A--CAT------CTGAGC-T-G-TGA-AGCA----A---TTTT--TTGGAAG--T----GAGAAG
gi|127668 : GCATGTTATCGT-----CT-ACT--TTTA-TGAT-A-TGCCACTCGA--CAACATA--CAT------CT-AGT-TTG-TGA-AGCA----ATT-TTTT--T--GAAG--T--TGGAGA
gi|127669 : GCATGTT--TGT-----CC-TTT--TCAT--GAT-AGTGC---TTCA--TCAC---------------------TTG-TGA-AGCA----A---ATTT--T--GAAG--T--CGGAGAAAG
gi|127670 : CATGTT--AGT-----CT-AAT--TCAT--GAT-AATGC---TCCA--TCACATATACAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTC--T--GAAG--T--CAGAGAAGG
gi|127671 : GTT--CGTGATATCT-ACTCTTGGT-TGATTAATGC---TCCC--TCACATA--CAT------CTGAGG-CTG-TGACAGCA----ATCTTCTT--T--GAAGCTT--CGGAGGA
gi|127672 : TT--CGT-----CTTACC--TTATATGAA-TATGC---TCGAAATCACATA--CAT------CTGAGCATTGTTGA-AGCGACATA---TTTTTAT--GAAG--TGGTGGAGAAG
gi|127673 : T-TGAT-AATGC---TCGA--TCA-ATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----AAG-TTTT--T--GAAG--T--TGGAGAGGG
gi|127674 : cttCT--TCAT--GAT-AATCC---ACCA--GCATATA--CAT------TTTAAT-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--CAAT--T--CGGAAAAGG
Alignments
lowQualScore : 22 111
lowQualScore : 33 77777 2 33 44 11 2 666 1 33 33 777777 2 2 2 5555 111 33 33 33 444
lowQualScore : .. ..... . .. .. .. . ... . .. .. ...... . . . .... ... .. .. .. ...
lowQualScore : 99 11111 9 77 55 11 5 999 4 44 44 222222 5 5 5 3333 222 44 44 44 111
consensus : GCATGTT--CGT-----CT-ACT--TCAT-TGAT-AATGC---TCCA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--CGGAGAAGG
Reference ( family-966 ) : GCATGTT--CGT-----CT-ACT--TCAT-TGAT-AATGC---TCCA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--CGGAGAAGG
gi|127659 : GCATGTT--CGT-----CT-ACT--TTTT-TGAT-AGTGCC--TCCA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--TGGAGAAGG
gi|127660 : GCATGTT--CGT-----CT-ACT--TCAT--GAT-AATGC---TCTA--TCACATG--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTA--T--GAAG--T--CGGAG
gi|127661 : GCATGTT---GT-----CT-ACT--TT-T-TGAT-AATGC---TCGA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----T---TTTT--T--GAAG--T--TGGAGAAGG
gi|127662 : GCATGTT--CGT-----CT-ACT--TT-T-TGAT-AATGC---TCGA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-A-CA----A---TTTT--T--GATT--T--GGGAGAAGG
gi|127663 : GCATGTT--TGT-----CT-ACT--TTAT--GTT-AATGC---TCTA--ACATGTA--CAT------TTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTGT--T--GAAG--T--CAGAGAAGG
gi|127664 : GCATGTT--CGT-----TC-ACT--TTAT--GAA-AAT-C---TCGA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A----TTT--T--GACG--T--TGGAGAGGG
gi|127665 : GCATGTT--CAT-----TT-ACT--TCAT--GAT-AATGT---TCCA--TCACATA--AAT------CTGTAC-TTG-CGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--CAGAGAAGG
gi|127666 : GCATGTT--TGT-----AT-ACA--TCAT--GAT-AATGC---TCCA--TCACATA--CATGTACATCTAAAC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--CGGAGAAGG
gi|127667 : GCATGTC--CGT-----CT-ACT--T-AT---AT-AATGC----CCA--TCACA-A--CAT------CTGAGC-T-G-TGA-AGCA----A---TTTT--TTGGAAG--T----GAGAAG
gi|127668 : GCATGTTATCGT-----CT-ACT--TTTA-TGAT-A-TGCCACTCGA--CAACATA--CAT------CT-AGT-TTG-TGA-AGCA----ATT-TTTT--T--GAAG--T--TGGAGA
gi|127669 : GCATGTT--TGT-----CC-TTT--TCAT--GAT-AGTGC---TTCA--TCAC---------------------TTG-TGA-AGCA----A---ATTT--T--GAAG--T--CGGAGAAAG
gi|127670 : CATGTT--AGT-----CT-AAT--TCAT--GAT-AATGC---TCCA--TCACATATACAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTC--T--GAAG--T--CAGAGAAGG
gi|127671 : GTT--CGTGATATCT-ACTCTTGGT-TGATTAATGC---TCCC--TCACATA--CAT------CTGAGG-CTG-TGACAGCA----ATCTTCTT--T--GAAGCTT--CGGAGGA
gi|127672 : TT--CGT-----CTTACC--TTATATGAA-TATGC---TCGAAATCACATA--CAT------CTGAGCATTGTTGA-AGCGACATA---TTTTTAT--GAAG--TGGTGGAGAAG
gi|127673 : T-TGAT-AATGC---TCGA--TCA-ATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----AAG-TTTT--T--GAAG--T--TGGAGAGGG
gi|127674 : cttCT--TCAT--GAT-AATCC---ACCA--GCATATA--CAT------TTTAAT-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--CAAT--T--CGGAAAAGG
blockSeqs : AT GATAT T CT CA AT T CAC T AA TA GTACAT A T C ACAT TCT TA TG CT GGT
blockSeqs : . . . . TA T . . G . . . . . . . TT . . . C
blockSeqs : . . . . TA T . . G . . . . . . . AG . . . T
blockSeqs : . . . . CA T . . T . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . CA T . . G . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . TT T . . C . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . CA . . . C . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . CA . . . C . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . GG . . . G . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . TA . . . C . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . CA . . . C . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . T . . . C . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . T . . . G . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . A . . . G . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ***
originalCons : GCATGTT--CGT-----CT-ACT--TCAT-TGAT-AATGC---TCCA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--CGGAGAAGG
finalCons : GCATGTT--CGT-----CT-ACT--TCAT--GAT-AATGC---TCCA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--CGGAGAAGG
Alignments
lowQualScore : 111
lowQualScore : 33 77777 2 2 55555 55 2 666 1 33 33 777777 2 2 2 5555 111 33 33 33 444
lowQualScore : .. ..... . . ..... .. . ... . .. .. ...... . . . .... ... .. .. .. ...
lowQualScore : 99 11111 9 7 22222 99 5 999 4 44 44 222222 5 5 5 3333 222 44 44 44 111
consensus : GCATGTT--CGT-----CT-ACT-TC-A--T--GAT-AATGC---TCCA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--CGGAGAAGG
Reference ( family-966 ) : GCATGTT--CGT-----CT-ACT-TC-A--T--GAT-AATGC---TCCA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--CGGAGAAGG
gi|127659 : GCATGTT--CGT-----CT-ACT-TT-T--TT-GAT-AGTGCC--TCCA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--TGGAGAAGG
gi|127660 : GCATGTT--CGT-----CT-ACT-TC-A--T--GAT-AATGC---TCTA--TCACATG--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTA--T--GAAG--T--CGGAG
gi|127661 : GCATGTT---GT-----CT-ACT-TT-T--T--GAT-AATGC---TCGA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----T---TTTT--T--GAAG--T--TGGAGAAGG
gi|127662 : GCATGTT--CGT-----CT-ACT-TT-T--T--GAT-AATGC---TCGA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-A-CA----A---TTTT--T--GATT--T--GGGAGAAGG
gi|127663 : GCATGTT--TGT-----CT-ACT-TT-A--T--GTT-AATGC---TCTA--ACATGTA--CAT------TTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTGT--T--GAAG--T--CAGAGAAGG
gi|127664 : GCATGTT--CGT-----TC-ACT-TT-A--T--GAA-AAT-C---TCGA--TCACATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A----TTT--T--GACG--T--TGGAGAGGG
gi|127665 : GCATGTT--CAT-----TT-ACT-TC-A--T--GAT-AATGT---TCCA--TCACATA--AAT------CTGTAC-TTG-CGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--CAGAGAAGG
gi|127666 : GCATGTT--TGT-----AT-ACA-TC-A--T--GAT-AATGC---TCCA--TCACATA--CATGTACATCTAAAC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--GAAG--T--CGGAGAAGG
gi|127667 : GCATGTC--CGT-----CT-ACT-T--A--T---AT-AATGC----CCA--TCACA-A--CAT------CTGAGC-T-G-TGA-AGCA----A---TTTT--TTGGAAG--T----GAGAAG
gi|127668 : GCATGTTATCGT-----CT-ACT-TTTA--T--GAT-A-TGCCACTCGA--CAACATA--CAT------CT-AGT-TTG-TGA-AGCA----ATT-TTTT--T--GAAG--T--TGGAGA
gi|127669 : GCATGTT--TGT-----CC-TTT-TC-A--T--GAT-AGTGC---TTCA--TCAC---------------------TTG-TGA-AGCA----A---ATTT--T--GAAG--T--CGGAGAAAG
gi|127670 : CATGTT--AGT-----CT-AAT-TC-A--T--GAT-AATGC---TCCA--TCACATATACAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----A---TTTC--T--GAAG--T--CAGAGAAGG
gi|127671 : GTT--CGTGATATCT-ACTCTT-GGTT--GATTAATGC---TCCC--TCACATA--CAT------CTGAGG-CTG-TGACAGCA----ATCTTCTT--T--GAAGCTT--CGGAGGA
gi|127672 : TT--CGT-----CTTACC-TT-A--TATGAA-TATGC---TCGAAATCACATA--CAT------CTGAGCATTGTTGA-AGCGACATA---TTTTTAT--GAAG--TGGTGGAGAAG
gi|127673 : --T--GAT-AATGC---TCGA--TCA-ATA--CAT------CTGAGC-TTG-TGA-AGCA----AAG-TTTT--T--GAAG--T--TGGAGAGGG
gi|127674 : ctttCT-TC-A--T--GAT-AATCC---ACCA--GCATATA--CAT------TTTAAT-TTG-TGA-AGCA----A---TTTT--T--CAAT--T--CGGAAAAGG