lowQualScore : 111 11 11
lowQualScore : 2 000 5 2 33 4 66 2 6 22 2 66 666 22 2 2 2 6 555 55 2 4 55 77 4444 7777 4 2 2 4 8888 2 2 2 4 2 2 4
lowQualScore : . ... . . .. . .. . . .. . .. ... .. . . . . ... .. . . .. .. .... .... . . . . .... . . . . . . .
lowQualScore : 7 333 0 5 44 2 22 1 3 11 1 77 111 99 1 1 1 3 888 00 1 2 88 11 5555 4444 2 1 1 2 7777 1 1 1 2 1 2 4
consensus : CTG-T-G-TGCCA-G-TTT-TAT-CCT-G-TC-T--A-G-NCAATTTTA--CCC--AC-CT-T-GT-C---G--T-CTT-A--CT--AC----T----ATG-TTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTTT
Reference ( gi|110458 ) : CTG-T-G-TGCCA-G-TTT-TAT-CCA-G-TC-T--A-G-ACAATTTTA--CCC--AC-CT-T-GT-C---G--T-CTT-A--CT--AC----T----ATG-TTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTTT
gi|110456 : CTGAT-G-TGTCA-G-TTTCTAT-CCC-G-TC-T--A-G-ACAATTTTA--CCC--AC-CT-T-GT-C---G--T-CTTAA--CT--AC----T----ATG-TTT-T-A-TGTA---AAAGT-GT-TGTT-C-C-AT-TGTTT
gi|110447 : atCTG-T-GGTGCAA-G-TTT--AT-CCT-G-TCCT--A-G-TCAATTTTA--ACC--AC-CT-T-GT-C---T--C-TTT-A--CT--AC----T----ATGTTTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTTT
gi|110453 : aatgcaaattacCTG-TAG-TGCTA-A-GGT-TAT-CCCTG-TC-T--A-G-TCAATTTTA--ACC--AC-CT-T-GT-C---G--T-CTC-A--CT--ACTATAT----ATG-TTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTt
gi|110452 : tgcaattacCTG-T-GGTGGCAAG-TTT-T-T-ACT-G-TC-T--A-G-TCAATTTTA--ACC--AC-CT-T-GT-C---G--T-TTT-A--CT--AC----T----ATGTTTT-T-A-TGT----AAA-T-GT-T-TT-C-C-A--TGTTTT
gi|110450 : atgcaattacCTG-T-GGTGCCA-G-TTT--AT-CCT-G-TCCT--A-A-GTCATTTTA--CAC--CC-CT-T-GTTC---G--T-TTT-AAGCT--AC----T----GTG-TTT-T-AATGT----AAAGT-GT-T-TTCC-C-AT-TGTTTTtt
gi|110449 : aatgcaattacCTG-T-GGTGCCA-G-TTT--AT-CCT-G-TCCT--A-A-GTCATTTTA--CAC--CC-CT-T-GTTC---G--T-TTT-AAGCT--AC----T----GTG-TTT-T-AATGT----AAAGT-GT-T-TTCC-C-AT-TGTTTTtt
gi|110451 : aatgcaattacCTG-TTG-TGCAA-G-TTT-TAT-CCT-G-T--T--A-T--CAATTT-A--ACC--AC-CT---GT-T---G--T--TT-A--CT--AC----T----ATG-TTT-TAA-TGT----CAAGT-GT-T-TT-CGC-AT-TGTTTTtt
gi|110455 : aatgcattaacCTG-T---TGTCAAG-TGT-T-T-CCT-G-TC-CTAA-G-TCAATTTTA--ACC--AC-AC-T-GT-CC--G--T--TT-A--CTT-AC----T----ATG-TTT-A-A-TGT-----AAGT-AT-T-T----C-AT-TGTTTTtt
gi|110459 : tgcagtacTG-T-T-TGCCA-G-TTT-TAT-CCT-G-TC-T--A-G-ACAATATTA--ACC--AC-CT-T-GT-C---G--T-CTT-A--CT--AC----T----ATG-TTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTTTtt
gi|110460 : TG-T-G-TGCCA-G-TTT-TATTCCT-G-TC-TT-A-G-ACAATGTTA--CCC--AC-CT-T-GT-CACTG--T-CTT-A--CTTAGC----T----ATG-TTT---A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTT
gi|110457 : TG-T-G-TGCCA-G-TTT-TAT-CCT-G-TC-T--A---ACAATTTCA--CTC--AC-CT-T-GTCC---G--T-CTT-A--CTG-AC----T----A-G-TTT-T-A-TGTAGAGAGAGT-G--T-TT-C-C-AT-TGTTT
gi|110454 : ctTG-T-G-TGCAA-G-TTA-TAT-CCA-T-GC-T--A-GTCCAATTTTAATCCA--AC-CT-T-GT-C---G--TTCTT-A--CT--AC----T----AT--TTT-T-A-TGTA---AAAGT-GT-T-TT-C-CGATGTGTTTT
gi|110461 : tgcaattaccgG-T-G-TGCCC-A-TTA-TCT-CTA-A-AC-A--A-A-ACAATTTTA--CCC--AC-TT-T-GT-C---G--T-CTT-A--CT--AC----T----ATG-TTT-T-A-TGA----AAAGT-GG-T-TT-A-C-AT-TGTTTTtt
gi|110462 : -T-G-TGCCA-G-TTT-TATTCCT-G-TG-T--A-G-ACAATTTTA--CCC--AC-CT-T-GT-C---G--T-CTT-A--CT--AC----T----GTG-TTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-G-TT-C-C-AT-TGTTTT
gi|110463 : -T-G-TGCCA-GGTTT-TAG-CCT-G-TC-T--AAG-ACAATTTTA--CC---AC-CTAT-GT-C---GG-T-CTT-A--CT--AC----TTGAAATG-TTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-t
gi|110448 : -TGCCA-G-TTT--AT-CCT-G-TC-TT-A-G-TCAATTTTA--ACC--AC-CT-T-GT-T---G--T-CTT-T--CT--AC----T----ATG-TTTGT-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTTT
gi|110464 : aatgcaattgcctgatTT-TAT-CCT-GCTC-TTAG-G-ACAATTTTA--CTCTCAC-CT-T-GT-C---G--T-CTTTA--CT--AC----TCG--ATG-TT----A-TGT----AAAGT-GT-G-TT-C-C-AT-TGTT
gi|110465 : TT-TAT-CCT-G-TC-TC-A-G-ACATTTTTA--ACC--TCACT-T-GG-C---G--T-CT--A--CT--AC----T----ATG-TTT-T-A-TGT-----AAGT-GT-G-TT-C-C-AT-TTTTT
gi|110466 : -TAT-CCT-G-TC-T--A-G-TCAATTTTA---AC--AC-CT-TGGT-C---GTTT-TTT-A--CT--AC----T----ATG--TT-T-A-TGT----AAAGTGGTGT-TT-C-C-ATGTATTTT
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 2 5 9 4 2 44 4 4 2 2 77 2 1 2 55555 555 22 2 2 2 8 333 44 2 4 55 2 44 4444 7777 4 2 2 4 8888 2 2 2 4 2 2 4
lowQualScore : . . . . . .. . . . . .. . . . ..... ... .. . . . . ... .. . . .. . .. .... .... . . . . .... . . . . . . .
lowQualScore : 5 0 4 7 4 00 0 0 0 0 00 0 0 0 00000 222 88 0 0 0 0 555 88 0 0 55 0 88 2222 0000 0 0 0 0 2222 0 0 0 0 0 1 2
consensus : CTG-T-G-TGCCA-G-TTT-TAT-CC-TG-TC-T--A-GNC-AA-----TTTTA--CCC--AC-CT-T-GT-C---G--T-CTT-A--C-T--AC----T----ATG-TTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTTT
Reference ( family-853 ) : CTG-T-G-TGCCA-G-TTT-TAT-CC-TG-TC-T--A-GNC-AA-----TTTTA--CCC--AC-CT-T-GT-C---G--T-CTT-A--C-T--AC----T----ATG-TTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTTT
gi|110447 : CTG-T-GGTGCAA-G-TTT--AT-CC-TG-TCCT--A-GTC-AA-----TTTTA--ACC--AC-CT-T-GT-C---T--C-TTT-A--C-T--AC----T----ATGTTTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTTT
gi|110448 : aatgcaaattac-TGCCA-G-TTT--AT-CC-TG-TC-TT-A-GTC-AA-----TTTTA--ACC--AC-CT-T-GT-T---G--T-CTT-T--C-T--AC----T----ATG-TTTGT-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTTTt
gi|110449 : aatgcaattgcctgatCTG-T-GGTGCCA-G-TTT--AT-CC-TG-TC-CTAA-GTC-A------TTTTA--CAC--CC-CT-T-GTTC---G--T-TTT-AAGC-T--AC----T----GTG-TTT-T-AATGT----AAAGT-GT-T-TTCC-C-AT-TGTTTT
gi|110450 : aatgcaattacCTG-T-GGTGCCA-G-TTT--AT-CC-TG-TC-CTAA-GTC-A------TTTTA--CAC--CC-CT-T-GTTC---G--T-TTT-AAGC-T--AC----T----GTG-TTT-T-AATGT----AAAGT-GT-T-TTCC-C-AT-TGTTTTtt
gi|110451 : aatgcaattacCTG-TTG-TGCAA-G-TTT-TAT-CC-TG-T--T--A--TC-AA------TTTA--ACC--AC-C--T-GT-T---G--T--TT-A--C-T--AC----T----ATG-TTT-TAA-TGT----CAAGT-GT-T-TT-CGC-AT-TGTTTTtt
gi|110452 : aatgcattaacCTG-T-GGTGGCAAG-TTT-T-T-AC-TG-TC-T--A-GTC-AA-----TTTTA--ACC--AC-CT-T-GT-C---G--T-TTT-A--C-T--AC----T----ATGTTTT-T-A-TGT----AAA-T-GT-T-TT-C-C-A--TGTTTTtt
gi|110453 : atgcaattacCTG-TAG-TGCTA-A-GGT-TAT-CCCTG-TC-T--A-GTC-AA-----TTTTA--ACC--AC-CT-T-GT-C---G--T-CTC-A--C-T--ACTATAT----ATG-TTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTtt
gi|110454 : tgcaattacTG-T-G-TGCAA-G-TTA-TAT-CCATG--C-T--A-GTCCAA-----TTTTAATCCA--AC-CT-T-GT-C---G--TTCTT-A--C-T--AC----T----AT--TTT-T-A-TGTA---AAAGT-GT-T-TT-C-CGATGTGTTTT
gi|110455 : tgcaattaccgCTG-T---TGTCAAG-TGT-T-T-CC-TG-TC-CTAA-GTC-AA-----TTTTA--ACC--AC-AC-T-GTCC---G--T--TT-A--CTT--AC----T----ATG-TTT-A-A-TGT-----AAGT-AT-T-T----C-AT-TGTTTTtt
gi|110456 : tgcagtacCTGAT-G-TGTCA-G-TTTCTAT-CC-CG-TC-T--A-GAC-AA-----TTTTA--CCC--AC-CT-T-GT-C---G--T-CTTAA--C-T--AC----T----ATG-TTT-T-A-TGTA---AAAGT-GT-TGTT-C-C-AT-TGTTTtt
gi|110457 : atTG-T-G-TGCCA-G-TTT-TAT-CC-TG-TC-T--A--AC-AA-----TTTCA--CTC--AC-CT-T-GTCC---G--T-CTT-A--C-TG-AC----T----A-G-TTT-T-A-TGTAGAGAGAGT-G--T-TT-C-C-AT-TGTTT
gi|110458 : ctCTG-T-G-TGCCA-G-TTT-TAT-CC-AG-TC-T--A-GAC-AA-----TTTTA--CCC--AC-CT-T-GT-C---G--T-CTT-A--C-T--AC----T----ATG-TTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTTT
gi|110459 : TG-T-T-TGCCA-G-TTT-TAT-CC-TG-TC-T--A-GAC-AA-----TATTA--ACC--AC-CT-T-GT-C---G--T-CTT-A--C-T--AC----T----ATG-TTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTTT
gi|110460 : TG-T-G-TGCCA-G-TTT-TATTCC-TG-TC-TT-A-GAC-AA-----TGTTA--CCC--AC-CT-T-GT-CACTG--T-CTT-A--C-TTAGC----T----ATG-TTT---A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTT
gi|110461 : G-T-G-TGCCC-A-TT---AT-C-----TC-T--A-AAC-AAAACAATTTTA--CCC--AC-TT-T-GT-C---G--T-CTT-A--C-T--AC----T----ATG-TTT-T-A-TGA----AAAGT-GG-T-TT-A-C-AT-TGTTTT
gi|110462 : -T-G-TGCCA-G-TTT-TATTCC-TG-TG-T--A-GAC-AA-----TTTTA--CCC--AC-CT-T-GT-C---G--T-CTT-A--C-T--AC----T----GTG-TTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-G-TT-C-C-AT-TGTTTT
gi|110463 : -T-G-TGCCA-GGTTT-TAG-CC-TG-TC-T--AAGAC-AA-----TTTTA--CC---AC-CTAT-GT-C---GG-T-CTT-A--C-T--AC----TTGAAATG-TTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-t
gi|110464 : TT-TAT-CC-TGCTC-TTAG-GAC-AA-----TTTTA--CTCTCAC-CT-T-GT-C---G--T-CTTTA--C-T--AC----TCG--ATG-TT----A-TGT----AAAGT-GT-G-TT-C-C-AT-TGTT
gi|110465 : TT-TAT-CC-TG-TC-TC-A-GAC-AT-----TTTTA--ACC--TCACT-T-GG-C---G--T-CT--A--C-T--AC----T----ATG-TTT-T-A-TGT-----AAGT-GT-G-TT-C-C-AT-TTTTT
gi|110466 : -TAT-CC-TG-TC-T--A-GTC-AA-----TTTTA---AC--AC-CT-TGGT-C---GTTT-TTT-A--C-T--AC----T----ATG--TT-T-A-TGT----AAAGTGGTGT-TT-C-C-ATGTATTTT
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 2 5 9 4 2 44 4 4 2 2 77 2 1 2 55555 555 22 2 2 2 8 333 44 2 4 55 2 44 4444 7777 4 2 2 4 8888 2 2 2 4 2 2 4
lowQualScore : . . . . . .. . . . . .. . . . ..... ... .. . . . . ... .. . . .. . .. .... .... . . . . .... . . . . . . .
lowQualScore : 5 0 4 7 4 00 0 0 0 0 00 0 0 0 00000 222 88 0 0 0 0 555 88 0 0 55 0 88 2222 0000 0 0 0 0 2222 0 0 0 0 0 1 2
consensus : CTG-T-G-TGCCA-G-TTT-TAT-CC-TG-TC-T--A-GNC-AA-----TTTTA--CCC--AC-CT-T-GT-C---G--T-CTT-A--C-T--AC----T----ATG-TTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTTT
Reference ( family-853 ) : CTG-T-G-TGCCA-G-TTT-TAT-CC-TG-TC-T--A-GNC-AA-----TTTTA--CCC--AC-CT-T-GT-C---G--T-CTT-A--C-T--AC----T----ATG-TTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTTT
gi|110447 : CTG-T-GGTGCAA-G-TTT--AT-CC-TG-TCCT--A-GTC-AA-----TTTTA--ACC--AC-CT-T-GT-C---T--C-TTT-A--C-T--AC----T----ATGTTTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTTT
gi|110448 : aatgcaaattac-TGCCA-G-TTT--AT-CC-TG-TC-TT-A-GTC-AA-----TTTTA--ACC--AC-CT-T-GT-T---G--T-CTT-T--C-T--AC----T----ATG-TTTGT-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTTTt
gi|110449 : aatgcaattgcctgatCTG-T-GGTGCCA-G-TTT--AT-CC-TG-TC-CTAA-GTC-A------TTTTA--CAC--CC-CT-T-GTTC---G--T-TTT-AAGC-T--AC----T----GTG-TTT-T-AATGT----AAAGT-GT-T-TTCC-C-AT-TGTTTT
gi|110450 : aatgcaattacCTG-T-GGTGCCA-G-TTT--AT-CC-TG-TC-CTAA-GTC-A------TTTTA--CAC--CC-CT-T-GTTC---G--T-TTT-AAGC-T--AC----T----GTG-TTT-T-AATGT----AAAGT-GT-T-TTCC-C-AT-TGTTTTtt
gi|110451 : aatgcaattacCTG-TTG-TGCAA-G-TTT-TAT-CC-TG-T--T--A--TC-AA------TTTA--ACC--AC-C--T-GT-T---G--T--TT-A--C-T--AC----T----ATG-TTT-TAA-TGT----CAAGT-GT-T-TT-CGC-AT-TGTTTTtt
gi|110452 : aatgcattaacCTG-T-GGTGGCAAG-TTT-T-T-AC-TG-TC-T--A-GTC-AA-----TTTTA--ACC--AC-CT-T-GT-C---G--T-TTT-A--C-T--AC----T----ATGTTTT-T-A-TGT----AAA-T-GT-T-TT-C-C-A--TGTTTTtt
gi|110453 : atgcaattacCTG-TAG-TGCTA-A-GGT-TAT-CCCTG-TC-T--A-GTC-AA-----TTTTA--ACC--AC-CT-T-GT-C---G--T-CTC-A--C-T--ACTATAT----ATG-TTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTtt
gi|110454 : tgcaattacTG-T-G-TGCAA-G-TTA-TAT-CCATG--C-T--A-GTCCAA-----TTTTAATCCA--AC-CT-T-GT-C---G--TTCTT-A--C-T--AC----T----AT--TTT-T-A-TGTA---AAAGT-GT-T-TT-C-CGATGTGTTTT
gi|110455 : tgcaattaccgCTG-T---TGTCAAG-TGT-T-T-CC-TG-TC-CTAA-GTC-AA-----TTTTA--ACC--AC-AC-T-GTCC---G--T--TT-A--CTT--AC----T----ATG-TTT-A-A-TGT-----AAGT-AT-T-T----C-AT-TGTTTTtt
gi|110456 : tgcagtacCTGAT-G-TGTCA-G-TTTCTAT-CC-CG-TC-T--A-GAC-AA-----TTTTA--CCC--AC-CT-T-GT-C---G--T-CTTAA--C-T--AC----T----ATG-TTT-T-A-TGTA---AAAGT-GT-TGTT-C-C-AT-TGTTTtt
gi|110457 : atTG-T-G-TGCCA-G-TTT-TAT-CC-TG-TC-T--A--AC-AA-----TTTCA--CTC--AC-CT-T-GTCC---G--T-CTT-A--C-TG-AC----T----A-G-TTT-T-A-TGTAGAGAGAGT-G--T-TT-C-C-AT-TGTTT
gi|110458 : ctCTG-T-G-TGCCA-G-TTT-TAT-CC-AG-TC-T--A-GAC-AA-----TTTTA--CCC--AC-CT-T-GT-C---G--T-CTT-A--C-T--AC----T----ATG-TTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTTT
gi|110459 : TG-T-T-TGCCA-G-TTT-TAT-CC-TG-TC-T--A-GAC-AA-----TATTA--ACC--AC-CT-T-GT-C---G--T-CTT-A--C-T--AC----T----ATG-TTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTTT
gi|110460 : TG-T-G-TGCCA-G-TTT-TATTCC-TG-TC-TT-A-GAC-AA-----TGTTA--CCC--AC-CT-T-GT-CACTG--T-CTT-A--C-TTAGC----T----ATG-TTT---A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTT
gi|110461 : G-T-G-TGCCC-A-TT---AT-C-----TC-T--A-AAC-AAAACAATTTTA--CCC--AC-TT-T-GT-C---G--T-CTT-A--C-T--AC----T----ATG-TTT-T-A-TGA----AAAGT-GG-T-TT-A-C-AT-TGTTTT
gi|110462 : -T-G-TGCCA-G-TTT-TATTCC-TG-TG-T--A-GAC-AA-----TTTTA--CCC--AC-CT-T-GT-C---G--T-CTT-A--C-T--AC----T----GTG-TTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-G-TT-C-C-AT-TGTTTT
gi|110463 : -T-G-TGCCA-GGTTT-TAG-CC-TG-TC-T--AAGAC-AA-----TTTTA--CC---AC-CTAT-GT-C---GG-T-CTT-A--C-T--AC----TTGAAATG-TTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-t
gi|110464 : TT-TAT-CC-TGCTC-TTAG-GAC-AA-----TTTTA--CTCTCAC-CT-T-GT-C---G--T-CTTTA--C-T--AC----TCG--ATG-TT----A-TGT----AAAGT-GT-G-TT-C-C-AT-TGTT
gi|110465 : TT-TAT-CC-TG-TC-TC-A-GAC-AT-----TTTTA--ACC--TCACT-T-GG-C---G--T-CT--A--C-T--AC----T----ATG-TTT-T-A-TGT-----AAGT-GT-G-TT-C-C-AT-TTTTT
gi|110466 : -TAT-CC-TG-TC-T--A-GTC-AA-----TTTTA---AC--AC-CT-TGGT-C---GTTT-TTT-A--C-T--AC----T----ATG--TT-T-A-TGT----AAAGTGGTGT-TT-C-C-ATGTATTTT
blockSeqs : A T G A G CT T C C . TA A T C AACAA ATC TC A A G T ACT TT T A AG T TA TATA TGAA T G A A AGAG G G G C G G G
blockSeqs : . A G A . T T A . . TA . T . . A . . . . T . G . T AG . G . CG . . . A A . . . C . . G
blockSeqs : . . G . . T . . . . TA . T . . C . . . . C . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . TA . T . . C . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . T . T . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . T . T . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . C . T . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . T . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . A . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : T*
originalCons : CTG-T-G-TGCCA-G-TTT-TAT-CC-TG-TC-T--A-GNC-AA-----TTTTA--CCC--AC-CT-T-GT-C---G--T-CTT-A--C-T--AC----T----ATG-TTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTTT
finalCons : CTG-T-G-TGCCA-G-TTTT-AT-CC-TG-TC-T--A-GNC-AA-----TTTTA--CCC--AC-CT-T-GT-C---G--T-CTT-A--C-T--AC----T----ATG-TTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTTT
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 2 5 9 4 2 44 4 4 2 2 77 2 1 2 55555 555 22 2 2 2 8 333 44 2 4 55 2 44 4444 7777 4 2 2 4 8888 2 2 2 4 2 2 4
lowQualScore : . . . . . .. . . . . .. . . . ..... ... .. . . . . ... .. . . .. . .. .... .... . . . . .... . . . . . . .
lowQualScore : 5 0 4 7 4 00 0 0 0 0 00 0 0 0 00000 222 88 0 0 0 0 555 88 0 0 55 0 88 2222 0000 0 0 0 0 2222 0 0 0 0 0 1 2
consensus : CTG-T-G-TGCCA-G-TTT-TAT-CC-TG-TC-T--A-GNC-AA-----TTTTA--CCC--AC-CT-T-GT-C---G--T-CTT-A--C-T--AC----T----ATG-TTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTTT
Reference ( family-853 ) : CTG-T-G-TGCCA-G-TTT-TAT-CC-TG-TC-T--A-GNC-AA-----TTTTA--CCC--AC-CT-T-GT-C---G--T-CTT-A--C-T--AC----T----ATG-TTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTTT
gi|110447 : CTG-T-GGTGCAA-G-TTT--AT-CC-TG-TCCT--A-GTC-AA-----TTTTA--ACC--AC-CT-T-GT-C---T--C-TTT-A--C-T--AC----T----ATGTTTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTTT
gi|110448 : aatgcaaattac-TGCCA-G-TTT--AT-CC-TG-TC-TT-A-GTC-AA-----TTTTA--ACC--AC-CT-T-GT-T---G--T-CTT-T--C-T--AC----T----ATG-TTTGT-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTTTt
gi|110449 : aatgcaattgcctgatCTG-T-GGTGCCA-G-TTT--AT-CC-TG-TC-CTAA-GTC-A------TTTTA--CAC--CC-CT-T-GTTC---G--T-TTT-AAGC-T--AC----T----GTG-TTT-T-AATGT----AAAGT-GT-T-TTCC-C-AT-TGTTTT
gi|110450 : aatgcaattacCTG-T-GGTGCCA-G-TTT--AT-CC-TG-TC-CTAA-GTC-A------TTTTA--CAC--CC-CT-T-GTTC---G--T-TTT-AAGC-T--AC----T----GTG-TTT-T-AATGT----AAAGT-GT-T-TTCC-C-AT-TGTTTTtt
gi|110451 : aatgcaattacCTG-TTG-TGCAA-G-TTT-TAT-CC-TG-T--T--A--TC-AA------TTTA--ACC--AC-C--T-GT-T---G--T--TT-A--C-T--AC----T----ATG-TTT-TAA-TGT----CAAGT-GT-T-TT-CGC-AT-TGTTTTtt
gi|110452 : aatgcattaacCTG-T-GGTGGCAAG-TTT-T-T-AC-TG-TC-T--A-GTC-AA-----TTTTA--ACC--AC-CT-T-GT-C---G--T-TTT-A--C-T--AC----T----ATGTTTT-T-A-TGT----AAA-T-GT-T-TT-C-C-A--TGTTTTtt
gi|110453 : atgcaattacCTG-TAG-TGCTA-A-GGT-TAT-CCCTG-TC-T--A-GTC-AA-----TTTTA--ACC--AC-CT-T-GT-C---G--T-CTC-A--C-T--ACTATAT----ATG-TTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTtt
gi|110454 : tgcaattacTG-T-G-TGCAA-G-TTA-TAT-CCATG--C-T--A-GTCCAA-----TTTTAATCCA--AC-CT-T-GT-C---G--TTCTT-A--C-T--AC----T----AT--TTT-T-A-TGTA---AAAGT-GT-T-TT-C-CGATGTGTTTT
gi|110455 : tgcaattaccgCTG-T---TGTCAAG-TGT-T-T-CC-TG-TC-CTAA-GTC-AA-----TTTTA--ACC--AC-AC-T-GTCC---G--T--TT-A--CTT--AC----T----ATG-TTT-A-A-TGT-----AAGT-AT-T-T----C-AT-TGTTTTtt
gi|110456 : tgcagtacCTGAT-G-TGTCA-G-TTTCTAT-CC-CG-TC-T--A-GAC-AA-----TTTTA--CCC--AC-CT-T-GT-C---G--T-CTTAA--C-T--AC----T----ATG-TTT-T-A-TGTA---AAAGT-GT-TGTT-C-C-AT-TGTTTtt
gi|110457 : atTG-T-G-TGCCA-G-TTT-TAT-CC-TG-TC-T--A--AC-AA-----TTTCA--CTC--AC-CT-T-GTCC---G--T-CTT-A--C-TG-AC----T----A-G-TTT-T-A-TGTAGAGAGAGT-G--T-TT-C-C-AT-TGTTT
gi|110458 : ctCTG-T-G-TGCCA-G-TTT-TAT-CC-AG-TC-T--A-GAC-AA-----TTTTA--CCC--AC-CT-T-GT-C---G--T-CTT-A--C-T--AC----T----ATG-TTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTTT
gi|110459 : TG-T-T-TGCCA-G-TTT-TAT-CC-TG-TC-T--A-GAC-AA-----TATTA--ACC--AC-CT-T-GT-C---G--T-CTT-A--C-T--AC----T----ATG-TTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTTT
gi|110460 : TG-T-G-TGCCA-G-TTT-TATTCC-TG-TC-TT-A-GAC-AA-----TGTTA--CCC--AC-CT-T-GT-CACTG--T-CTT-A--C-TTAGC----T----ATG-TTT---A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-C-AT-TGTTT
gi|110461 : G-T-G-TGCCC-A-TT---AT-C-----TC-T--A-AAC-AAAACAATTTTA--CCC--AC-TT-T-GT-C---G--T-CTT-A--C-T--AC----T----ATG-TTT-T-A-TGA----AAAGT-GG-T-TT-A-C-AT-TGTTTT
gi|110462 : -T-G-TGCCA-G-TTT-TATTCC-TG-TG-T--A-GAC-AA-----TTTTA--CCC--AC-CT-T-GT-C---G--T-CTT-A--C-T--AC----T----GTG-TTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-G-TT-C-C-AT-TGTTTT
gi|110463 : -T-G-TGCCA-GGTTT-TAG-CC-TG-TC-T--AAGAC-AA-----TTTTA--CC---AC-CTAT-GT-C---GG-T-CTT-A--C-T--AC----TTGAAATG-TTT-T-A-TGT----AAAGT-GT-T-TT-C-t
gi|110464 : TT-TAT-CC-TGCTC-TTAG-GAC-AA-----TTTTA--CTCTCAC-CT-T-GT-C---G--T-CTTTA--C-T--AC----TCG--ATG-TT----A-TGT----AAAGT-GT-G-TT-C-C-AT-TGTT
gi|110465 : TT-TAT-CC-TG-TC-TC-A-GAC-AT-----TTTTA--ACC--TCACT-T-GG-C---G--T-CT--A--C-T--AC----T----ATG-TTT-T-A-TGT-----AAGT-GT-G-TT-C-C-AT-TTTTT
gi|110466 : -TAT-CC-TG-TC-T--A-GTC-AA-----TTTTA---AC--AC-CT-TGGT-C---GTTT-TTT-A--C-T--AC----T----ATG--TT-T-A-TGT----AAAGTGGTGT-TT-C-C-ATGTATTTT