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lowQualScore                  :        . ....... . .    ......    ..     .   .   . ....  .      .  .. ....  ......     .    ......     ....    .. .  ........  . .. .     .  .      
lowQualScore                  :        9 0000000 0 4    888888    99     0   2   2 3333  1      2  11 7777  999999     1    111111     0000    11 2  11111111  2 11 4     7  4      
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Reference ( gi|119029 )       : GGATCACAT-----CTAAG-TGTA------AATT-GCCGCCTATT-AGT-G---GTC-AGTTAA-CT--G----TG-A----AAGTC-CTGT------TAGGTA---AGAC--C-CC--------AA-T--G-AAAAC-AT-CCATTA
gi|119030                     : GGATCACGT-----CTAGG-TGTA------AATT-ACCGCCTATT-AGT-G---GTC-AGTTAA-CT--G----TG-A----AAGTC-CTGT------TAGGTA---AGA---C-CC--------AA-T--G-AAAAC-AT-CCATTA
gi|119031                     : GGATCACAT-------AGG-TGTA------AATT-ACCACCTATT-AGT-G---GTC-AGTTAA-CTCTG----TG-A----AAGTC-CTGT------TAGGTA---AGAC--C-CC--------AA-T--G-AAAAC-AT-CCA
gi|119028                     : GGATCAC--------TAAGGTGTA------AATT-ACCGCCTGTT-AGT-G---GTC-AGTTAA-CT--G----TG-A----AAGTC-CTGC------TAGGC----AGAC--CTCC--------AA-T--G-AAAAC-AT-CCATTA
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Alignments
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lowQualScore                  :        999999999 2      666666    2      3   2    66666  2    2   555   666666 55555  2  2    555555     4444    22 2  77777777  2 22 4     4  2      
lowQualScore                  :        ......... .      ......    .      .   .    .....  .    .   ...   ...... .....  .  .    ......     ....    .. .  ........  . .. .     .  .      
lowQualScore                  :        555555555 4      444444    2      3   1    77777  0    0   666   111111 00000  0  0    888888     0000    99 1  66666666  1 99 2     4  2      
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Reference ( family-820 )      : GGATCAC----GTCT-A-GGTGTA------AATT-ACCGCCTATT-AGTG---G-TC-AGTT-AACC--GTG-A----A-----AG-TC-CTGT------TAGGTA---AGAC--C-CC--------AA-T--G-AAAAC-AT-CCATTA
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Alignments
lowQualScore                  :        222222222                                                                                         1111                                         
lowQualScore                  :        999999999 2      666666    2      3   2    66666  2    2   555   666666 55555  2  2    555555     4444    22 2  77777777  2 22 4     4  2      
lowQualScore                  :        ......... .      ......    .      .   .    .....  .    .   ...   ...... .....  .  .    ......     ....    .. .  ........  . .. .     .  .      
lowQualScore                  :        555555555 4      444444    2      3   1    77777  0    0   666   111111 00000  0  0    888888     0000    99 1  66666666  1 99 2     4  2      
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Reference ( family-820 )      : GGATCAC----GTCT-A-GGTGTA------AATT-ACCGCCTATT-AGTG---G-TC-AGTT-AACC--GTG-A----A-----AG-TC-CTGT------TAGGTA---AGAC--C-CC--------AA-T--G-AAAAC-AT-CCATTA
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gi|119042                     :         atctctT-A-GGTGTA------AACT-ACCGTC-ATT-AGTG---G-TC-AGTT-AACT--GTG-T----A-----AG-----------------GTA----GAC--C-CC--------AA-T--G-AAAAC-AT-CCATTA
gi|119043                     :        cactctgT-A-GGTGTA------AATT-ACCGCCTATTAAGTG---G-TC-AGTT-AGCCT-ATG-G----A-----AG-TCACTGT------TAGGT----AGACCAC-CC--------AA-TCGA-AAAACGAT-CTAT
gi|119044                     :                 t-GATGTA------AATT-ACCGTCGACT-GGTGTACG-TC-AATT-AACC--ATA-G----A-----AG-TC-CTGT------TATG-A---AGAC--C-AG--------TA-T--G-GAAGC-AT-CCATTA
gi|119045                     :                     TGTA------AATT-ACCGCCTATT-AGT----A-TC-AGTTAAACT--GTG-A----A-----AG-T--CTGT------TAGGTC---AGAC--C-CC--------AA-T--GAAAAAC-ATCCCATTA
gi|119046                     :                                           ATT-AGTG---T-TC-AGTT-AACT--GTG-G----A-----AG-CC-CTGT------TAGGTAGACAGAT--C-CC--------AA-T--G-AATAC-AT-CCATTA
gi|119047                     :                                                         C-AGTT-AACT--GTG-A----A-----AG-TC-TTGT------TAGGTA---AGAT--C-CC--------AA-T--G-AAAGC-AT-CCATTA
gi|119048                     :                                                                           ----A-----GG-TC-TTGT------TAGGTA----GAC--G-CC--------AA-T--G-AAAAC-AT-CCAT


blockSeqs                     :        ATGGGTGC  .      CATGTA    T      T   A    TACG   A    A   TCT   GTTCT  TCTGT  T  A    TCCATG     AGAC    CA .  GATCATGT  T CG A     A  C
blockSeqs                     :        ATCTG     .      .         .      T   .    GG     .    .   CT    AA     .      .  .    .          A       .  .  .         . .  A     G  .
blockSeqs                     :        ATCT      .      .         .      T   .    G      .    .   T     A      .      .  .    .          A       .  .  .         . .  .     .  .
blockSeqs                     :        GTCT      .      .         .      T   .    G      .    .   T     A      .      .  .    .          A       .  .  .         . .  .     .  .
blockSeqs                     :        ATCT      .      .         .      A   .    G      .    .   T     A      .      .  .    .          A       .  .  .         . .  .     .  .
blockSeqs                     :        AT        .      .         .      A   .    G      .    .   C     A      .      .  .    .          A       .  .  .         . .  .     .  .
blockSeqs                     :        AT        .      .         .      T   .    G      .    .   T     A      .      .  .    .          A       .  .  .         . .  .     .  .
blockSeqs                     :        AT        .      .         .      T   .    T      .    .   T     G      .      .  .    .          A       .  .  .         . .  .     .  .
blockSeqs                     :        AT        .      .         .      T   .    A      .    .   C     A      .      .  .    .          A       .  .  .         . .  .     .  .
blockSeqs                     :        GT        .      .         .      G   .    G      .    .   C     G      .      .  .    .          C       .  .  .         . .  .     .  .
blockSeqs                     :        GT        .      .         .      G   .    T      .    .   C     T      .      .  .    .          A       .  .  .         . .  .     .  .
blockSeqs                     :        CA        .      .         .      G   .    T      .    .   C     T      .      .  .    .          A       .  .  .         . .  .     .  .
blockSeqs                     :                  .      .         .      G   .    C      .    .   T     G      .      .  .    .          .       .  .  .         . .  .     .  .
blockSeqs                     :                  .      .         .      T   .    G      .    .   C     G      .      .  .    .          .       .  .  .         . .  .     .  .
blockSeqs                     :                  .      .         .      G   .    G      .    .   T     A      .      .  .    .          .       .  .  .         . .  .     .  .
blockSeqs                     :                  .      .         .      T   .    A      .    .   T     G      .      .  .    .          .       .  .  .         . .  .     .  .
blockSeqs                     :                         .         .      .   .    T      .    .   T     A      .      .  .    .          .       .  .  .         . .  .     .  .
blockSeqs                     :                                              .    .      .    .   .     .      .      .  .    .          .       .  .  .         . .  .         
blockSeqs                     :                                                          .    .                .      .  .    .                                                 


blockSeqCons                  :        AT*******                                                                                         A***
originalCons                  : GGATCAC----GTCT-A-GGTGTA------AATT-ACCGCCTATT-AGTG---G-TC-AGTT-AACC--GTG-A----A-----AG-TC-CTGT------TAGGTA---AGAC--C-CC--------AA-T--G-AAAAC-AT-CCATTA
finalCons                     : GGATCACAT-------A-GGTGTA------AATT-ACCGCCTATT-AGTG---G-TC-AGTT-AACC--GTG-A----A-----AG-TC-CTGT------TAGGTA---AGAC--C-CC--------AA-T--G-AAAAC-AT-CCATTA





Alignments
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lowQualScore                  :          444       666666 666666   2      3   2    66666  2    2  22 22   666666 55555  2  2    555555     4444    22 2  77777777  2 22 4     4  2      
lowQualScore                  :          ...       ...... ......   .      .   .    .....  .    .  .. ..   ...... .....  .  .    ......     ....    .. .  ........  . .. .     .  .      
lowQualScore                  :          777       444444 444444   2      3   1    77777  0    0  88 77   111111 00000  0  0    888888     0000    99 1  66666666  1 99 2     4  2      
consensus                     : GGATCACGT---AGGTGTA------A------ATT-ACCGCCTATT-AGTG---G-TC-AGTT-AA--CC-GTG-A----A-----AG-TC-CTGT------TAGGTA---AGAC--C-CC--------AA-T--G-AAAAC-AT-CCATTA
Reference ( family-820 )      : GGATCACAT---AGGTGTA------A------ATT-ACCGCCTATT-AGTG---G-TC-AGTT-AA--CC-GTG-A----A-----AG-TC-CTGT------TAGGTA---AGAC--C-CC--------AA-T--G-AAAAC-AT-CCATTA
gi|119028                     : GGATCACTA---AGGTGTA------A------ATT-ACCGCCTGTT-AGTG---G-TC-AGTT-AA--CT-GTG-A----A-----AG-TC-CTGC------TAGGC----AGAC--CTCC--------AA-T--G-AAAAC-AT-CCATTA
gi|119029                     : GGATCACATCT-AAGTGTA------A------ATT-GCCGCCTATT-AGTG---G-TC-AGTT-AA--CT-GTG-A----A-----AG-TC-CTGT------TAGGTA---AGAC--C-CC--------AA-T--G-AAAAC-AT-CCATTA
gi|119030                     : GGATCACGTCT-AGGTGTA------A------ATT-ACCGCCTATT-AGTG---G-TC-AGTT-AA--CT-GTG-A----A-----AG-TC-CTGT------TAGGTA---AGA---C-CC--------AA-T--G-AAAAC-AT-CCATTA
gi|119031                     : GGATCACAT---AGGTGTA------A------ATT-ACCACCTATT-AGTG---G-TC-AGTT-AACTCT-GTG-A----A-----AG-TC-CTGT------TAGGTA---AGAC--C-CC--------AA-T--G-AAAAC-AT-CCA
gi|119032                     : GGATCACAT---AGGTGTA------A------ATT-ACCGCCTATT-AGTG---G-TC-AGTT-AA--AT-GTG-A----A-----AG-TC-CTTT------AAGGT----AGCC--C-CC--------AA-T--G-AAAAC-AT-CCATTA
gi|119033                     : GGATCACAT---AGGTGTA------A------ATT-ACCGCCAATT-AGTG---G-TC-AGTT-AA--CC-CTG-A----A-----AG-TC-CTGT------AAGGT----AGAC--C-CC--------CA-T--G-AAAAC-AC-CCCTTA
gi|119034                     : GGATCACAT---GGGTGTA------A------ATT-ACCGCCAATT-ATTG---T-TC-AGGT-AA--CT-GTG-G----A-----AG-TC-ATGT------TAGGC----GGAC--C-TC--------AA-T--G-AAAAC-AT-CCATTA
gi|119035                     : GGATCACATCT-AGGTGTACATGTAA------ATT-ACCGCCTATT-AGTG---A-TC-AGTT-AA--
gi|119036                     : GGATCACATCTGAGGT-TA------A------ATTTACCGCCTATT-A--G---G-TCAAGTT-AA--CT-GTGAA----A-----AG-TC-CTTT------TAGGTA---AGAC--C-CC--------AATT--G-AAAACAAT-CCATTA
gi|119037                     : GGATCACGT---AGGTGTA------A------ATT-AACGCCTATT-AGTG---GGTC-AGTT---------------------------C-CTGT------TAGGTA---GG-C--C-TCGATCATGTAA-T--G-AAAAC-AT-CCATTA
gi|119038                     : GGATCACGT---AGGTGTA------A------ATT-ACCGCCGACT-GATG---T-AA-AGGT-AA--CC-GTA-A----A-----AG-TC-CCGT------TAAGT----GGAC--C-AC--------AA-C--G-AAATC-AC-CAATTA
gi|119039                     : GGATCACAT---GGGTGCA------AGTGAAAATG-ACCGCCGATT-AGTG-----T----TT-AA--CC-GTA-GTTCTA-----AG-TC-CTGTTCCATGTACGTA---AACC--C-CC--------AA-T--GAAAAAC-AC-CCATTA
gi|119040                     : GGGTCACCA---GGGTGTA------T------ATT-CTCGCCGATT-AGTG---T-TC-AGTG-AA--CC-GTG-G----A-----AG-AC-CTGT------T
gi|119041                     :   ATCTCTT---AGGTGTA------A------ATT-ACCGCCGATT-GCTG---C-TC-AATT-A----C-ATG-T----ATCTGTAGTTC-CTTT------TAGAT----ATAC--C-CC--------AA-T--G-A
gi|119042                     :         T---AGGTGTA------A------ACT-ACCGTC-ATT-AGTG---G-TC-AGTT-AA--CT-GTG-T----A-----AG-----------------GTA----GAC--C-CC--------AA-T--G-AAAAC-AT-CCATTA
gi|119043                     :  cactctgT---AGGTGTA------A------ATT-ACCGCCTATTAAGTG---G-TC-AGTT-AG--CCTATG-G----A-----AG-TCACTGT------TAGGT----AGACCAC-CC--------AA-TCGA-AAAACGAT-CTAT
gi|119044                     :             tGATGTA------A------ATT-ACCGTCGACT-GGTGTACG-TC-AATT-AA--CC-ATA-G----A-----AG-TC-CTGT------TATG-A---AGAC--C-AG--------TA-T--G-GAAGC-AT-CCATTA
gi|119045                     :                TGTA------A------ATT-ACCGCCTATT-AGT----A-TC-AGTTAAA--CT-GTG-A----A-----AG-T--CTGT------TAGGTC---AGAC--C-CC--------AA-T--GAAAAAC-ATCCCATTA
gi|119046                     :                                            ATT-AGTG---T-TC-AGTT-AA--CT-GTG-G----A-----AG-CC-CTGT------TAGGTAGACAGAT--C-CC--------AA-T--G-AATAC-AT-CCATTA
gi|119047                     :                                                          C-AGTT-AA--CT-GTG-A----A-----AG-TC-TTGT------TAGGTA---AGAT--C-CC--------AA-T--G-AAAGC-AT-CCATTA
gi|119048                     :                                                                             ----A-----GG-TC-TTGT------TAGGTA----GAC--G-CC--------AA-T--G-AAAAC-AT-CCAT