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lowQualScore                  :     0 0   88  0   0   0             9     8 9    9     2   22  00 8  8      55         6  8  9    8  333 3      0   0 5555555           0 0 0  0       
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Reference ( gi|99591 )        : TTAC-G-CCA--GG-CGT-AAG-TCCCGGACTAACA-CAAAA-T-CTAA-GACCAATTTA-TG--T-TT-CATCAA--AGAGCGTAA-CA-TT-ACAC-CG---GCCTTAAG-TTA-A-------GCCCAAATTTC-A-C-AC-CTGGTCA
gi|99593                      : TTAC-G-CCA--GG-CGT-AAG-TCCCGGACTAACA-CAAAA-T-CTAA-GACCAATTTA-TG--T-TT-CATCAA--AGAGCGTAA-CA-TT-ACAC-CG---GCCTTAAG-TTA-A-------GCCCAAATTTC-A-C-AC-CTGGT
gi|99594                      : TTAC-G-CCA--GG-CGT-AAG-TCCCGGACTAACA-CAAAA-T-CTAA-GACCAATTTA-TG--T-TT-CATCAA--AGAGCGTAA-CA-TT-ACAT-CA---GCCTTGAG-TTA-A-------GCCCAAATTTC-A-C-AC-CTGGTCA
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Alignments
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lowQualScore                  :     . .   ..  .   .   .             .     . .    .         ..  .. .  .      ..         .  .  .    .  ...        .   . .......           . . .  .       
lowQualScore                  :     9 9   66  9   9   9             8     6 8    8         66  88 7  7      44         5  6  8    6  222        8   9 1111111           9 9 8  7       
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Reference ( family-772 )      : TTAC-G-CCA--GG-CGT-AAG-TCCCGGACTAACA-CAAAA-T-CTAA-GACCAATTTA-TG--T-TT-CATCAA--AGAGCGTAA-CA-TT-ACAC-CG---GCCTTAAG-TTA-A-------GCCCAAATTTC-A-C-AC-CTGGTCA
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Alignments
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lowQualScore                  :     . .   ..  .   .   .             .     . .    .         ..  .. .  .      ..         .  .  .    .  ...        .   . .......           . . .  .       
lowQualScore                  :     9 9   66  9   9   9             8     6 8    8         66  88 7  7      44         5  6  8    6  222        8   9 1111111           9 9 8  7       
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Reference ( family-772 )      : TTAC-G-CCA--GG-CGT-AAG-TCCCGGACTAACA-CAAAA-T-CTAA-GACCAATTTA-TG--T-TT-CATCAA--AGAGCGTAA-CA-TT-ACAC-CG---GCCTTAAG-TTA-A-------GCCCAAATTTC-A-C-AC-CTGGTCA
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gi|99601                      : TTAC-G-CCA--GG-CGT-AAG-TCCCGGACTTACA-CAAAA-T-CTAA-GACCACTTTC-TG--T-TT-CATCAA--AGAGCGTAA-CA-TT-ACAC-CA---GCCTTA-----A-A-------GCCCAAATTTT-A-C-AC-TTGGTCA
gi|99602                      : TTAC-G-C-A--GA-CGT-AAG-TCCCGGACTAACA-CAAAA-T-------------TTC-TG--T-TT-CATCAA--AGAGCGTAA-CA-CT-ACAC-CG---GCCTTAAG-TTA-A-------GCCCAAATTTT-A-C-AC-CTGGTCA
gi|99603                      : TTAC-GGCCA--GG-CGT-AAG-TCCCGGACTAACA-CAAAA-T-------------TTC-TG--T-TTTCATCAA--AGAGCGTAA-CA-TT-ACAC-CG---GCCTT-AG-TTATA-------GCCCAAATTT--A-C-AC-CTGGTCA
gi|99604                      : TTAC-G-CCA--GG-CGT-AAG-TCCCGGACT-ACA-CAAAA-T-CTAA-G-CCAATTTA-AT--T-TT-CATCAA--AG-GCATAA-AA-TT-ACAC------GCCTT-AG-TTA-A-------CCCAAAATTTC-A-C-AC-CT-GTCA
gi|99605                      : TTAC-G-CCA--GG-CGT-AAG-T-CCGGACT-ACA-C-AAA-T-CTAA-GACGCATTTA-TG--T-TT-C-TCAA--AGACCGT-A-CA-TT-ACAC-AG---A--TTAAG-TTA-A-------GACAAATTTTC-A-CAAC-CTGGTCA
gi|99606                      : TTAC-G-CCA--GG-CGT-AAG-TCCCGGACTAACA-CAAAA-T-CTAA-GACCAATTTA-TG--T-TT-CATCAA--ACATCGGAA-
gi|99607                      : TTAC-G-CCA--GG-CGT-AAGCTCCCGGACTAACAGCATAA-T-CTAG-ACCCACTTTC-TG--TATG-CATCAA----AGCGTAA-CA-TT-ACACTTG---GCCTTAAG-TTA-AT------GACCAAATTTA-G-C-AC-GCGGTCA
gi|99608                      : TTAC-G-CCA--GA-CGT-AAG-TCGCGGA-TAACA-CAAA---------------TTTC-TGGTT-TT-CATCAA--AGAGCGTAA-CACCT-ACA--CG-----CTTAAGTTTA-A-------G-CCAAATTTT-A-C-ATACTGGTC
gi|99609                      : TTAC-G-CCA--GA-CGT-AAG-TCGCGGA-TAACA-CAAA---------------TTTC-TGGTT-TT-CATCAA--AGAGCGTAA-CACCT-ACA--CG-----CTTAAGTTTA-A-------G-CCAAATTTT-A-C-ATACTGGTC
gi|99610                      :  TAC-G-CCT--GG-CGT-AAC-TCCTGGACTTACA-TAAAA-T-TTAA-GACCAATT---TG--T-TT-CATCAA--AAAGCGTAA-CA-TT-ACAT-TG---GCCT
gi|99611                      :   AC-G-C-A--GG-CGT-AAG-TCC--GGCTAA----AAAA-T-CTAA-GACCA-TTTA-TG--T-TT-CATCAA--AGAGCGTAA-CA-TT--CAC-CG---G-CTTAAG-TTA-A-------GCC--AATTTC-A-C-ACACTGGTCA
gi|99612                      :                                 AACA-CAAAA-TGCTAA-GACCAATTTA-TG--T-TT-CATCAA--AGAGCGTAA-CA-TT-ACAC-CGAGTACCTTAAG-TTA-ATGTTGCCACCCAAATTTCAA-C-AC-CTGG
gi|99613                      :                                                             -TG--T-TT-CATCAA--AAAGCGTAA-CA-TT-ACAC-CG---GCCTTAAG-TTA-A-------ACCAAAATTTT-A-C-AC-CTGGTCA


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blockSeqs                     :     . .   .   .   .   .             .     . .    .         A   .  .  .      .          .  .  .    .  .          .   . .                 . . .  A
blockSeqs                     :     . .   .   .   .   .             .     . .    .         A   .  .  .      .          .  .  .    .  .          .   . .                 . . .  .
blockSeqs                     :     . .   .   .   .   .             .     . .    .         A   .  .  .      .          .  .  .    .  .          .   . .                 . . .  .
blockSeqs                     :     . .   .   .   .   .             .     . .    .         A   .  .  .      .          .  .  .    .  .          .   . .                 . . .  .
blockSeqs                     :     . .   .   .   .   .             .     . .    .         A   .  .  .      .          .  .  .    .  .          .   . .                 . . .  .
blockSeqs                     :     . .   .   .   .   .             .     . .    .         A   .  .  .      .          .  .  .    .  .          .   . .                 . . .  .
blockSeqs                     :     . .   .   .   .   .             .     . .    .         C   .  .  .      .          .  .  .    .  .          .   . .                 . . .  .
blockSeqs                     :     . .   .   .   .   .             .     . .    .         C   .  .  .      .          .  .  .    .  .          .   . .                 . . .  .
blockSeqs                     :     . .   .   .   .   .             .     . .    .         C   .  .  .      .          .  .  .    .  .          .   . .                 . . .  .
blockSeqs                     :     . .   .   .   .   .             .     . .    .         A   .  .  .      .          .  .  .    .  .          .   . .                 . . .  .
blockSeqs                     :     . .   .   .   .   .             .     . .    .         A   .  .  .      .          .  .  .    .  .          .   . .                 . . .  .
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blockSeqs                     :     . .   .   .   .   .             .     . .    .         C   .  .  .      .          .  .  .    .  .          .   . .                 . . .  .
blockSeqs                     :     . .   .   .   .   .             .     . .    .         C   .  .  .      .          .  .  .    .  .          .   . .                 . . .  .
blockSeqs                     :     . .   .   .   .   .             .     . .    .         C   .  .  .      .          .  .  .    .  .          .   . .                 . . .  .
blockSeqs                     :     . .   .   .   .   .             .     . .    .         A   .  .  .      .          .  .  .    .  .          .   . .                 . . .  .
blockSeqs                     :     . .   .   .   .   .             .     . .    .         A   .  .  .      .          .  .  .    .  .          .   . .                 . . .  .
blockSeqs                     :     . .   .   .   .   .             .     . .    .         .   .  .  .      .          .  .  .    .  .          .   . .                 . . .  .
blockSeqs                     :                                     .     . .    .         .   .  .  .      .          .  .  .    .  .                                          
blockSeqs                     :                                                                .  .  .      .          .                                                        


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originalCons                  : TTAC-G-CCA--GG-CGT-AAG-TCCCGGACTAACA-CAAAA-T-CTAA-GACCAATTTA-TG--T-TT-CATCAA--AGAGCGTAA-CA-TT-ACAC-CG---GCCTTAAG-TTA-A-------GCCCAAATTTC-A-C-AC-CTGGTCA
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Alignments
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lowQualScore                  :     . .   ..  .   .   .             .     . .    .         ..  .. .  .      ..         .  .  .    .  ...        .   . .......           . . .  .       
lowQualScore                  :     9 9   66  9   9   9             8     6 8    8         66  88 7  7      44         5  6  8    6  222        8   9 1111111           9 9 8  7       
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Reference ( family-772 )      : TTAC-G-CCA--GG-CGT-AAG-TCCCGGACTAACA-CAAAA-T-CTAA-GACCAATTTA-TG--T-TT-CATCAA--AGAGCGTAA-CA-TT-ACAC-CG---GCCTTAAG-TTA-A-------GCCCAAATTTC-A-C-AC-CTGGTCA
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gi|99607                      : TTAC-G-CCA--GG-CGT-AAGCTCCCGGACTAACAGCATAA-T-CTAG-ACCCACTTTC-TG--TATG-CATCAA----AGCGTAA-CA-TT-ACACTTG---GCCTTAAG-TTA-AT------GACCAAATTTA-G-C-AC-GCGGTCA
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gi|99609                      : TTAC-G-CCA--GA-CGT-AAG-TCGCGGA-TAACA-CAAA---------------TTTC-TGGTT-TT-CATCAA--AGAGCGTAA-CACCT-ACA--CG-----CTTAAGTTTA-A-------G-CCAAATTTT-A-C-ATACTGGTC
gi|99610                      :  TAC-G-CCT--GG-CGT-AAC-TCCTGGACTTACA-TAAAA-T-TTAA-GACCAATT---TG--T-TT-CATCAA--AAAGCGTAA-CA-TT-ACAT-TG---GCCT
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